cola Report for recount2:SRP027383

Date: 2019-12-25 23:44:33 CET, cola version: 1.3.2

Document is loading...


Summary

All available functions which can be applied to this res_list object:

res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#>   Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#>   Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#>  [1] "cola_report"           "collect_classes"       "collect_plots"         "collect_stats"        
#>  [5] "colnames"              "functional_enrichment" "get_anno_col"          "get_anno"             
#>  [9] "get_classes"           "get_matrix"            "get_membership"        "get_stats"            
#> [13] "is_best_k"             "is_stable_k"           "ncol"                  "nrow"                 
#> [17] "rownames"              "show"                  "suggest_best_k"        "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap"      "top_rows_overlap"     
#> 
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]

The call of run_all_consensus_partition_methods() was:

#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)

Dimension of the input matrix:

mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17244   270

Density distribution

The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.

library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
    mc.cores = 4)

plot of chunk density-heatmap

Suggest the best k

Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in the table goes to the section for a single combination of methods.

The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.

suggest_best_k(res_list)
The best k 1-PAC Mean silhouette Concordance Optional k
SD:pam 2 1.000 0.961 0.985 **
CV:hclust 2 1.000 0.984 0.986 **
CV:kmeans 2 1.000 0.996 0.996 **
CV:mclust 2 1.000 0.998 0.999 **
MAD:kmeans 2 1.000 0.970 0.988 **
MAD:pam 2 1.000 0.980 0.992 **
ATC:NMF 2 1.000 0.968 0.988 **
SD:mclust 2 0.999 0.957 0.982 **
MAD:mclust 2 0.976 0.947 0.979 **
SD:kmeans 2 0.969 0.958 0.981 **
CV:NMF 5 0.951 0.915 0.959 ** 3,4
SD:NMF 2 0.939 0.948 0.979 *
CV:skmeans 6 0.932 0.861 0.922 * 2,3,4,5
SD:skmeans 5 0.930 0.905 0.957 * 2
MAD:skmeans 5 0.928 0.874 0.949 * 2,3
ATC:kmeans 3 0.923 0.931 0.970 * 2
MAD:NMF 3 0.915 0.910 0.959 * 2
ATC:skmeans 3 0.913 0.872 0.948 * 2
CV:pam 4 0.906 0.891 0.953 * 2
ATC:mclust 2 0.875 0.929 0.969
ATC:pam 2 0.752 0.906 0.955
ATC:hclust 2 0.466 0.802 0.898
SD:hclust 2 0.461 0.753 0.883
MAD:hclust 2 0.433 0.733 0.880

**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9

CDF of consensus matrices

Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.

collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)

plot of chunk collect-plots

Consensus heatmap

Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)

collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-consensus-heatmap-5

Membership heatmap

Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)

collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-membership-heatmap-5

Signature heatmap

Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)

Note in following heatmaps, rows are scaled.

collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-1

collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-2

collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-3

collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-4

collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)

plot of chunk tab-collect-get-signatures-5

Statistics table

The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)

get_stats(res_list, k = 2)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      2 0.939           0.948       0.979          0.493 0.506   0.506
#> CV:NMF      2 0.640           0.877       0.937          0.501 0.498   0.498
#> MAD:NMF     2 0.992           0.962       0.984          0.496 0.502   0.502
#> ATC:NMF     2 1.000           0.968       0.988          0.493 0.508   0.508
#> SD:skmeans  2 1.000           0.990       0.996          0.501 0.499   0.499
#> CV:skmeans  2 1.000           0.949       0.970          0.491 0.509   0.509
#> MAD:skmeans 2 1.000           0.982       0.992          0.501 0.499   0.499
#> ATC:skmeans 2 1.000           0.991       0.996          0.502 0.498   0.498
#> SD:mclust   2 0.999           0.957       0.982          0.466 0.534   0.534
#> CV:mclust   2 1.000           0.998       0.999          0.334 0.666   0.666
#> MAD:mclust  2 0.976           0.947       0.979          0.476 0.523   0.523
#> ATC:mclust  2 0.875           0.929       0.969          0.486 0.514   0.514
#> SD:kmeans   2 0.969           0.958       0.981          0.491 0.505   0.505
#> CV:kmeans   2 1.000           0.996       0.996          0.332 0.670   0.670
#> MAD:kmeans  2 1.000           0.970       0.988          0.498 0.501   0.501
#> ATC:kmeans  2 1.000           0.982       0.993          0.502 0.498   0.498
#> SD:pam      2 1.000           0.961       0.985          0.435 0.567   0.567
#> CV:pam      2 1.000           0.999       0.999          0.330 0.670   0.670
#> MAD:pam     2 1.000           0.980       0.992          0.450 0.549   0.549
#> ATC:pam     2 0.752           0.906       0.955          0.493 0.498   0.498
#> SD:hclust   2 0.461           0.753       0.883          0.469 0.501   0.501
#> CV:hclust   2 1.000           0.984       0.986          0.326 0.674   0.674
#> MAD:hclust  2 0.433           0.733       0.880          0.471 0.502   0.502
#> ATC:hclust  2 0.466           0.802       0.898          0.473 0.498   0.498
get_stats(res_list, k = 3)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      3 0.889           0.893       0.945          0.330 0.777   0.584
#> CV:NMF      3 1.000           0.964       0.986          0.284 0.765   0.568
#> MAD:NMF     3 0.915           0.910       0.959          0.337 0.740   0.527
#> ATC:NMF     3 0.863           0.862       0.946          0.335 0.744   0.537
#> SD:skmeans  3 0.741           0.773       0.889          0.289 0.825   0.662
#> CV:skmeans  3 0.964           0.948       0.979          0.314 0.696   0.480
#> MAD:skmeans 3 0.970           0.940       0.972          0.274 0.828   0.668
#> ATC:skmeans 3 0.913           0.872       0.948          0.252 0.862   0.728
#> SD:mclust   3 0.785           0.852       0.923          0.317 0.750   0.576
#> CV:mclust   3 0.693           0.888       0.925          0.909 0.691   0.535
#> MAD:mclust  3 0.718           0.824       0.911          0.294 0.678   0.479
#> ATC:mclust  3 0.432           0.669       0.752          0.279 0.664   0.449
#> SD:kmeans   3 0.824           0.895       0.942          0.339 0.685   0.454
#> CV:kmeans   3 0.713           0.875       0.915          0.862 0.681   0.526
#> MAD:kmeans  3 0.763           0.905       0.944          0.326 0.696   0.467
#> ATC:kmeans  3 0.923           0.931       0.970          0.320 0.705   0.478
#> SD:pam      3 0.708           0.838       0.919          0.474 0.711   0.520
#> CV:pam      3 0.732           0.883       0.934          0.842 0.716   0.580
#> MAD:pam     3 0.804           0.873       0.943          0.467 0.703   0.500
#> ATC:pam     3 0.687           0.846       0.925          0.326 0.785   0.594
#> SD:hclust   3 0.395           0.496       0.647          0.319 0.668   0.445
#> CV:hclust   3 0.573           0.609       0.808          0.694 0.843   0.767
#> MAD:hclust  3 0.367           0.535       0.721          0.320 0.728   0.508
#> ATC:hclust  3 0.497           0.672       0.820          0.352 0.773   0.575
get_stats(res_list, k = 4)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      4 0.808           0.837       0.901         0.1308 0.847   0.596
#> CV:NMF      4 0.971           0.941       0.976         0.1519 0.829   0.566
#> MAD:NMF     4 0.780           0.805       0.910         0.1158 0.849   0.593
#> ATC:NMF     4 0.739           0.799       0.895         0.1221 0.790   0.484
#> SD:skmeans  4 0.863           0.911       0.945         0.1348 0.844   0.602
#> CV:skmeans  4 1.000           0.962       0.984         0.1506 0.816   0.540
#> MAD:skmeans 4 0.779           0.860       0.904         0.1434 0.853   0.622
#> ATC:skmeans 4 0.783           0.784       0.849         0.1223 0.861   0.643
#> SD:mclust   4 0.553           0.588       0.755         0.1591 0.810   0.553
#> CV:mclust   4 0.675           0.791       0.859         0.0573 0.913   0.780
#> MAD:mclust  4 0.568           0.698       0.819         0.1793 0.808   0.542
#> ATC:mclust  4 0.495           0.609       0.708         0.1341 0.849   0.620
#> SD:kmeans   4 0.724           0.785       0.849         0.1298 0.822   0.537
#> CV:kmeans   4 0.778           0.904       0.907         0.1619 0.775   0.471
#> MAD:kmeans  4 0.665           0.500       0.737         0.1203 0.843   0.577
#> ATC:kmeans  4 0.674           0.610       0.786         0.1172 0.807   0.505
#> SD:pam      4 0.615           0.733       0.844         0.1287 0.755   0.439
#> CV:pam      4 0.906           0.891       0.953         0.2049 0.850   0.633
#> MAD:pam     4 0.695           0.807       0.864         0.1037 0.889   0.689
#> ATC:pam     4 0.731           0.654       0.797         0.1120 0.848   0.596
#> SD:hclust   4 0.438           0.521       0.683         0.1332 0.851   0.616
#> CV:hclust   4 0.556           0.758       0.826         0.1450 0.807   0.629
#> MAD:hclust  4 0.454           0.535       0.709         0.1327 0.755   0.429
#> ATC:hclust  4 0.562           0.581       0.751         0.1035 0.894   0.720
get_stats(res_list, k = 5)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      5 0.864           0.866       0.926         0.0552 0.844   0.506
#> CV:NMF      5 0.951           0.915       0.959         0.0746 0.916   0.694
#> MAD:NMF     5 0.897           0.873       0.933         0.0549 0.853   0.529
#> ATC:NMF     5 0.823           0.820       0.907         0.0702 0.849   0.516
#> SD:skmeans  5 0.930           0.905       0.957         0.0734 0.917   0.704
#> CV:skmeans  5 0.988           0.963       0.983         0.0788 0.912   0.678
#> MAD:skmeans 5 0.928           0.874       0.949         0.0777 0.908   0.680
#> ATC:skmeans 5 0.850           0.888       0.936         0.0818 0.940   0.780
#> SD:mclust   5 0.568           0.594       0.741         0.0825 0.805   0.426
#> CV:mclust   5 0.596           0.626       0.697         0.1061 0.863   0.627
#> MAD:mclust  5 0.535           0.505       0.722         0.0557 0.893   0.626
#> ATC:mclust  5 0.607           0.613       0.780         0.0546 0.832   0.556
#> SD:kmeans   5 0.836           0.850       0.905         0.0672 0.899   0.639
#> CV:kmeans   5 0.805           0.787       0.810         0.0826 0.893   0.627
#> MAD:kmeans  5 0.749           0.786       0.866         0.0665 0.832   0.459
#> ATC:kmeans  5 0.778           0.842       0.882         0.0687 0.860   0.530
#> SD:pam      5 0.701           0.687       0.819         0.0793 0.841   0.517
#> CV:pam      5 0.796           0.809       0.875         0.0462 0.963   0.867
#> MAD:pam     5 0.836           0.876       0.935         0.0693 0.889   0.625
#> ATC:pam     5 0.733           0.732       0.838         0.0674 0.923   0.721
#> SD:hclust   5 0.545           0.595       0.760         0.0880 0.882   0.600
#> CV:hclust   5 0.674           0.724       0.846         0.0976 0.975   0.924
#> MAD:hclust  5 0.533           0.616       0.762         0.0805 0.888   0.632
#> ATC:hclust  5 0.631           0.601       0.791         0.0765 0.859   0.581
get_stats(res_list, k = 6)
#>             k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> SD:NMF      6 0.806           0.721       0.874         0.0441 0.906   0.620
#> CV:NMF      6 0.881           0.752       0.868         0.0373 0.961   0.814
#> MAD:NMF     6 0.781           0.718       0.865         0.0431 0.890   0.571
#> ATC:NMF     6 0.791           0.711       0.849         0.0262 0.972   0.872
#> SD:skmeans  6 0.838           0.748       0.858         0.0385 0.953   0.789
#> CV:skmeans  6 0.932           0.861       0.922         0.0305 0.961   0.810
#> MAD:skmeans 6 0.838           0.763       0.871         0.0405 0.931   0.699
#> ATC:skmeans 6 0.794           0.782       0.867         0.0389 0.962   0.837
#> SD:mclust   6 0.679           0.741       0.787         0.0469 0.822   0.387
#> CV:mclust   6 0.635           0.562       0.741         0.0718 0.855   0.516
#> MAD:mclust  6 0.621           0.662       0.753         0.0461 0.875   0.516
#> ATC:mclust  6 0.706           0.751       0.843         0.0744 0.808   0.450
#> SD:kmeans   6 0.756           0.706       0.815         0.0409 0.960   0.809
#> CV:kmeans   6 0.794           0.720       0.833         0.0480 0.965   0.838
#> MAD:kmeans  6 0.745           0.667       0.772         0.0438 0.947   0.756
#> ATC:kmeans  6 0.759           0.675       0.803         0.0444 0.912   0.620
#> SD:pam      6 0.772           0.768       0.855         0.0551 0.855   0.462
#> CV:pam      6 0.857           0.844       0.905         0.0660 0.887   0.583
#> MAD:pam     6 0.804           0.712       0.868         0.0592 0.851   0.450
#> ATC:pam     6 0.828           0.821       0.902         0.0559 0.922   0.677
#> SD:hclust   6 0.580           0.480       0.712         0.0436 0.979   0.903
#> CV:hclust   6 0.661           0.587       0.811         0.0594 0.919   0.755
#> MAD:hclust  6 0.584           0.529       0.697         0.0491 0.958   0.816
#> ATC:hclust  6 0.651           0.558       0.750         0.0395 0.931   0.723

Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.

collect_stats(res_list, k = 2)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-1

collect_stats(res_list, k = 3)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-2

collect_stats(res_list, k = 4)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-3

collect_stats(res_list, k = 5)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-4

collect_stats(res_list, k = 6)

plot of chunk tab-collect-stats-from-consensus-partition-list-5

Partition from all methods

Collect partitions from all methods:

collect_classes(res_list, k = 2)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-1

collect_classes(res_list, k = 3)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-2

collect_classes(res_list, k = 4)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-3

collect_classes(res_list, k = 5)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-4

collect_classes(res_list, k = 6)

plot of chunk tab-collect-classes-from-consensus-partition-list-5

Top rows overlap

Overlap of top rows from different top-row methods:

top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-1

top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-2

top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-3

top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-4

top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-euler-5

Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:

top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-1

top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-2

top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-3

top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-4

top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")

plot of chunk tab-top-rows-overlap-by-correspondance-5

Heatmaps of the top rows:

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-1

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-2

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-3

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-4

top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)

plot of chunk tab-top-rows-heatmap-5

Results for each method


SD:hclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.461           0.753       0.883         0.4694 0.501   0.501
#> 3 3 0.395           0.496       0.647         0.3185 0.668   0.445
#> 4 4 0.438           0.521       0.683         0.1332 0.851   0.616
#> 5 5 0.545           0.595       0.760         0.0880 0.882   0.600
#> 6 6 0.580           0.480       0.712         0.0436 0.979   0.903

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934719     1  0.6801     0.7352 0.820 0.180
#> SRR934720     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0672     0.9010 0.992 0.008
#> SRR934722     2  0.8555     0.6728 0.280 0.720
#> SRR934723     1  0.1184     0.8991 0.984 0.016
#> SRR934724     1  0.0938     0.9002 0.988 0.012
#> SRR934725     1  0.2236     0.8923 0.964 0.036
#> SRR934726     1  0.4431     0.8523 0.908 0.092
#> SRR934727     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0376     0.9014 0.996 0.004
#> SRR934729     2  0.1633     0.8139 0.024 0.976
#> SRR934730     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934731     1  0.2043     0.8942 0.968 0.032
#> SRR934732     2  0.0672     0.8134 0.008 0.992
#> SRR934733     1  0.8443     0.5863 0.728 0.272
#> SRR934734     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.1184     0.8139 0.016 0.984
#> SRR934738     1  0.2423     0.8903 0.960 0.040
#> SRR934740     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.1414     0.8142 0.020 0.980
#> SRR934742     1  0.1414     0.8981 0.980 0.020
#> SRR934743     1  0.3584     0.8706 0.932 0.068
#> SRR934744     1  0.8016     0.6338 0.756 0.244
#> SRR934745     1  0.5178     0.8276 0.884 0.116
#> SRR934746     2  0.1633     0.8139 0.024 0.976
#> SRR934747     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.6531     0.7513 0.832 0.168
#> SRR934750     2  0.0376     0.8128 0.004 0.996
#> SRR934749     1  0.0672     0.9010 0.992 0.008
#> SRR934751     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.2423     0.8903 0.960 0.040
#> SRR934753     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.1633     0.8967 0.976 0.024
#> SRR934755     1  0.8763     0.5280 0.704 0.296
#> SRR934756     1  0.0376     0.9009 0.996 0.004
#> SRR934757     1  0.4815     0.8412 0.896 0.104
#> SRR934758     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.9491     0.5422 0.368 0.632
#> SRR934762     1  0.2423     0.8903 0.960 0.040
#> SRR934763     1  0.0938     0.9002 0.988 0.012
#> SRR934764     1  0.1633     0.8967 0.976 0.024
#> SRR934765     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934766     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.9000     0.6289 0.316 0.684
#> SRR934770     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.6247     0.7674 0.156 0.844
#> SRR934771     1  0.0672     0.9010 0.992 0.008
#> SRR934773     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934774     1  0.9710     0.2024 0.600 0.400
#> SRR934775     1  0.1633     0.8974 0.976 0.024
#> SRR934776     1  0.4690     0.8458 0.900 0.100
#> SRR934777     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934778     2  0.9754     0.4678 0.408 0.592
#> SRR934779     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934780     2  0.9815     0.4471 0.420 0.580
#> SRR934781     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0376     0.8128 0.004 0.996
#> SRR934783     1  0.0938     0.9002 0.988 0.012
#> SRR934784     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0672     0.9009 0.992 0.008
#> SRR934790     1  0.8608     0.5539 0.716 0.284
#> SRR934791     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.4431     0.7988 0.092 0.908
#> SRR934793     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.2043     0.8941 0.968 0.032
#> SRR934796     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.1184     0.8139 0.016 0.984
#> SRR934801     2  0.1184     0.8139 0.016 0.984
#> SRR934802     2  0.1184     0.8139 0.016 0.984
#> SRR934803     1  0.2948     0.8816 0.948 0.052
#> SRR934804     2  0.8144     0.7051 0.252 0.748
#> SRR934805     1  0.0938     0.9002 0.988 0.012
#> SRR934806     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934807     2  0.9087     0.6174 0.324 0.676
#> SRR934809     1  0.1633     0.8966 0.976 0.024
#> SRR934810     1  0.4298     0.8521 0.912 0.088
#> SRR934811     2  0.9087     0.6174 0.324 0.676
#> SRR934808     1  0.2423     0.8898 0.960 0.040
#> SRR934812     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.9661     0.4946 0.392 0.608
#> SRR934814     1  0.2236     0.8923 0.964 0.036
#> SRR934815     2  0.6247     0.7674 0.156 0.844
#> SRR934816     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.6048     0.7721 0.148 0.852
#> SRR934818     2  0.9944     0.3481 0.456 0.544
#> SRR934819     1  0.0938     0.9004 0.988 0.012
#> SRR934820     1  0.4161     0.8586 0.916 0.084
#> SRR934821     1  0.9977    -0.0999 0.528 0.472
#> SRR934822     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0376     0.9012 0.996 0.004
#> SRR934825     2  0.4298     0.8001 0.088 0.912
#> SRR934826     1  0.0376     0.9009 0.996 0.004
#> SRR934827     1  0.3274     0.8761 0.940 0.060
#> SRR934828     2  0.6438     0.7631 0.164 0.836
#> SRR934829     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934830     2  0.9286     0.5844 0.344 0.656
#> SRR934831     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934832     2  0.9286     0.5844 0.344 0.656
#> SRR934833     1  0.9896     0.0621 0.560 0.440
#> SRR934834     1  0.1633     0.8961 0.976 0.024
#> SRR934835     2  0.8813     0.6423 0.300 0.700
#> SRR934836     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.1843     0.8135 0.028 0.972
#> SRR934840     2  0.1843     0.8135 0.028 0.972
#> SRR934841     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.1184     0.8993 0.984 0.016
#> SRR934844     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.1843     0.8135 0.028 0.972
#> SRR934847     1  0.0938     0.9002 0.988 0.012
#> SRR934848     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934851     1  0.9988    -0.1347 0.520 0.480
#> SRR934853     1  0.3114     0.8788 0.944 0.056
#> SRR934852     2  0.9881     0.3924 0.436 0.564
#> SRR934854     1  0.9661     0.2526 0.608 0.392
#> SRR934856     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.1633     0.8139 0.024 0.976
#> SRR934861     2  0.3879     0.8021 0.076 0.924
#> SRR934862     2  0.0376     0.8128 0.004 0.996
#> SRR934863     1  0.1633     0.8970 0.976 0.024
#> SRR934864     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.4298     0.8521 0.912 0.088
#> SRR934866     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.8955     0.6288 0.312 0.688
#> SRR934868     2  0.5737     0.7775 0.136 0.864
#> SRR934869     1  0.6531     0.7513 0.832 0.168
#> SRR934870     1  0.0672     0.9009 0.992 0.008
#> SRR934871     2  0.3584     0.8057 0.068 0.932
#> SRR934872     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934873     2  0.9732     0.4779 0.404 0.596
#> SRR934874     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0376     0.9009 0.996 0.004
#> SRR934878     2  0.9815     0.4497 0.420 0.580
#> SRR934879     1  0.8016     0.6338 0.756 0.244
#> SRR934880     1  0.3114     0.8788 0.944 0.056
#> SRR934881     2  0.9661     0.4946 0.392 0.608
#> SRR934882     2  0.7745     0.7215 0.228 0.772
#> SRR934883     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.5294     0.7853 0.120 0.880
#> SRR934885     2  0.5059     0.7889 0.112 0.888
#> SRR934886     2  0.9686     0.4936 0.396 0.604
#> SRR934887     2  0.9866     0.4198 0.432 0.568
#> SRR934888     2  0.1414     0.8140 0.020 0.980
#> SRR934889     2  0.5294     0.7853 0.120 0.880
#> SRR934890     1  0.6973     0.7237 0.812 0.188
#> SRR934891     1  0.3733     0.8687 0.928 0.072
#> SRR934892     2  0.9754     0.4731 0.408 0.592
#> SRR934893     1  0.9732     0.2086 0.596 0.404
#> SRR934894     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.8661     0.6639 0.288 0.712
#> SRR934896     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934898     1  0.4815     0.8429 0.896 0.104
#> SRR934899     2  0.9754     0.4725 0.408 0.592
#> SRR934900     1  0.9170     0.4453 0.668 0.332
#> SRR934901     2  0.1414     0.8142 0.020 0.980
#> SRR934902     2  0.9954     0.3193 0.460 0.540
#> SRR934903     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934906     1  0.9087     0.4429 0.676 0.324
#> SRR934907     2  0.8661     0.6639 0.288 0.712
#> SRR934908     2  0.0672     0.8135 0.008 0.992
#> SRR934909     2  0.4161     0.8004 0.084 0.916
#> SRR934910     2  0.1633     0.8137 0.024 0.976
#> SRR934911     2  0.0376     0.8128 0.004 0.996
#> SRR934912     2  0.8144     0.6944 0.252 0.748
#> SRR934913     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934915     2  0.9998     0.2300 0.492 0.508
#> SRR934916     1  0.4815     0.8399 0.896 0.104
#> SRR934917     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.9954     0.3193 0.460 0.540
#> SRR934919     2  0.6247     0.7682 0.156 0.844
#> SRR934920     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934922     2  0.9661     0.5091 0.392 0.608
#> SRR934924     2  0.9209     0.5775 0.336 0.664
#> SRR934923     1  0.0376     0.9015 0.996 0.004
#> SRR934925     2  0.9044     0.6238 0.320 0.680
#> SRR934926     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.9044     0.6261 0.320 0.680
#> SRR934928     1  0.1633     0.8966 0.976 0.024
#> SRR934929     1  0.9970    -0.0751 0.532 0.468
#> SRR934930     2  0.9944     0.3444 0.456 0.544
#> SRR934931     2  0.8955     0.6348 0.312 0.688
#> SRR934932     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.9358     0.5677 0.352 0.648
#> SRR934936     2  0.9732     0.4820 0.404 0.596
#> SRR934933     1  0.3274     0.8761 0.940 0.060
#> SRR934937     1  0.8016     0.6338 0.756 0.244
#> SRR934938     2  0.9710     0.4923 0.400 0.600
#> SRR934939     1  0.2778     0.8856 0.952 0.048
#> SRR934940     2  0.9170     0.6071 0.332 0.668
#> SRR934941     2  0.9963     0.3126 0.464 0.536
#> SRR934942     2  0.8763     0.6542 0.296 0.704
#> SRR934943     2  0.5294     0.7853 0.120 0.880
#> SRR934944     1  0.1633     0.8977 0.976 0.024
#> SRR934945     2  0.9209     0.5775 0.336 0.664
#> SRR934946     1  0.9993    -0.1409 0.516 0.484
#> SRR934947     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934948     1  0.7883     0.6479 0.764 0.236
#> SRR934949     2  0.1633     0.8139 0.024 0.976
#> SRR934950     1  0.4298     0.8521 0.912 0.088
#> SRR934951     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.2948     0.8816 0.948 0.052
#> SRR934952     2  0.0376     0.8128 0.004 0.996
#> SRR934954     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934956     2  0.9686     0.4981 0.396 0.604
#> SRR934957     1  0.4815     0.8412 0.896 0.104
#> SRR934958     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934959     1  0.0672     0.9010 0.992 0.008
#> SRR934960     1  0.0376     0.9009 0.996 0.004
#> SRR934961     2  0.1414     0.8140 0.020 0.980
#> SRR934962     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934963     2  0.9754     0.4725 0.408 0.592
#> SRR934964     1  0.9977    -0.1026 0.528 0.472
#> SRR934965     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.8121 0.000 1.000
#> SRR934967     1  0.8207     0.6175 0.744 0.256
#> SRR934968     1  0.8016     0.6338 0.756 0.244
#> SRR934969     1  0.0376     0.9014 0.996 0.004
#> SRR934970     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.9732     0.4779 0.404 0.596
#> SRR934972     1  0.0376     0.9012 0.996 0.004
#> SRR934973     1  0.8813     0.5181 0.700 0.300
#> SRR934974     1  0.6973     0.7237 0.812 0.188
#> SRR934975     2  0.9963     0.3126 0.464 0.536
#> SRR934976     2  0.0672     0.8135 0.008 0.992
#> SRR934977     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934978     2  0.9988     0.2691 0.480 0.520
#> SRR934979     2  0.1633     0.8139 0.024 0.976
#> SRR934980     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934981     2  0.9491     0.5519 0.368 0.632
#> SRR934982     1  0.4815     0.8399 0.896 0.104
#> SRR934983     1  0.0376     0.9009 0.996 0.004
#> SRR934984     2  0.2778     0.8091 0.048 0.952
#> SRR934985     1  0.4690     0.8458 0.900 0.100
#> SRR934986     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.8763     0.6542 0.296 0.704
#> SRR934988     1  0.8327     0.6025 0.736 0.264
#> SRR934989     1  0.0000     0.9014 1.000 0.000
#> SRR934990     1  0.8016     0.6338 0.756 0.244

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     3  0.6302     0.0446 0.480 0.000 0.520
#> SRR934718     1  0.3879     0.7816 0.848 0.000 0.152
#> SRR934719     3  0.4002     0.4292 0.160 0.000 0.840
#> SRR934720     1  0.0000     0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721     3  0.6008     0.2739 0.372 0.000 0.628
#> SRR934722     2  0.6683     0.2619 0.008 0.496 0.496
#> SRR934723     1  0.4399     0.7662 0.812 0.000 0.188
#> SRR934724     3  0.6154     0.2341 0.408 0.000 0.592
#> SRR934725     3  0.6298     0.2641 0.388 0.004 0.608
#> SRR934726     1  0.7389     0.3394 0.556 0.036 0.408
#> SRR934727     1  0.3816     0.7839 0.852 0.000 0.148
#> SRR934728     3  0.6274     0.1216 0.456 0.000 0.544
#> SRR934729     2  0.4605     0.7922 0.000 0.796 0.204
#> SRR934730     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     3  0.6584     0.2818 0.380 0.012 0.608
#> SRR934732     2  0.1753     0.8595 0.000 0.952 0.048
#> SRR934733     3  0.7860     0.3856 0.228 0.116 0.656
#> SRR934734     1  0.0000     0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.5835     0.5060 0.660 0.000 0.340
#> SRR934736     1  0.0000     0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.2711     0.8509 0.000 0.912 0.088
#> SRR934738     3  0.6282     0.2657 0.384 0.004 0.612
#> SRR934740     1  0.0000     0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.4452     0.8009 0.000 0.808 0.192
#> SRR934742     1  0.4796     0.7442 0.780 0.000 0.220
#> SRR934743     1  0.4446     0.7192 0.856 0.032 0.112
#> SRR934744     3  0.3832     0.4582 0.100 0.020 0.880
#> SRR934745     1  0.6535     0.6175 0.728 0.052 0.220
#> SRR934746     2  0.2796     0.8482 0.000 0.908 0.092
#> SRR934747     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     3  0.4235     0.4201 0.176 0.000 0.824
#> SRR934750     2  0.2711     0.8487 0.000 0.912 0.088
#> SRR934749     3  0.6008     0.2739 0.372 0.000 0.628
#> SRR934751     1  0.4002     0.7769 0.840 0.000 0.160
#> SRR934752     3  0.6282     0.2705 0.384 0.004 0.612
#> SRR934753     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     3  0.6095     0.2618 0.392 0.000 0.608
#> SRR934755     3  0.4709     0.4630 0.092 0.056 0.852
#> SRR934756     1  0.6305     0.0982 0.516 0.000 0.484
#> SRR934757     3  0.7190     0.3468 0.320 0.044 0.636
#> SRR934758     1  0.3816     0.7839 0.852 0.000 0.148
#> SRR934759     1  0.0000     0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0592     0.8614 0.000 0.988 0.012
#> SRR934761     3  0.6359     0.0543 0.004 0.404 0.592
#> SRR934762     3  0.6282     0.2657 0.384 0.004 0.612
#> SRR934763     3  0.6154     0.2341 0.408 0.000 0.592
#> SRR934764     3  0.6095     0.2618 0.392 0.000 0.608
#> SRR934765     1  0.3752     0.7857 0.856 0.000 0.144
#> SRR934766     3  0.6267     0.1326 0.452 0.000 0.548
#> SRR934767     1  0.0000     0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.5835     0.5060 0.660 0.000 0.340
#> SRR934769     3  0.6451    -0.0963 0.004 0.436 0.560
#> SRR934770     1  0.3879     0.7816 0.848 0.000 0.152
#> SRR934772     2  0.6008     0.6048 0.000 0.628 0.372
#> SRR934771     3  0.6008     0.2739 0.372 0.000 0.628
#> SRR934773     1  0.0000     0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.7297     0.4705 0.108 0.188 0.704
#> SRR934775     3  0.6659     0.1033 0.460 0.008 0.532
#> SRR934776     3  0.7514     0.3421 0.328 0.056 0.616
#> SRR934777     3  0.6267     0.1326 0.452 0.000 0.548
#> SRR934778     3  0.8084     0.0931 0.072 0.384 0.544
#> SRR934779     1  0.1643     0.7828 0.956 0.000 0.044
#> SRR934780     3  0.7208     0.2126 0.040 0.340 0.620
#> SRR934781     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.2711     0.8487 0.000 0.912 0.088
#> SRR934783     3  0.6154     0.2341 0.408 0.000 0.592
#> SRR934784     2  0.0237     0.8615 0.000 0.996 0.004
#> SRR934785     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.3879     0.7816 0.848 0.000 0.152
#> SRR934787     1  0.3482     0.7882 0.872 0.000 0.128
#> SRR934788     3  0.6274     0.1228 0.456 0.000 0.544
#> SRR934789     3  0.6280     0.1114 0.460 0.000 0.540
#> SRR934790     3  0.4479     0.4612 0.096 0.044 0.860
#> SRR934791     3  0.6204     0.2027 0.424 0.000 0.576
#> SRR934792     2  0.4931     0.7515 0.000 0.768 0.232
#> SRR934793     1  0.0000     0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     3  0.6314     0.2617 0.392 0.004 0.604
#> SRR934796     1  0.3879     0.7816 0.848 0.000 0.152
#> SRR934797     1  0.0000     0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.1643     0.7828 0.956 0.000 0.044
#> SRR934799     3  0.6267     0.1326 0.452 0.000 0.548
#> SRR934800     2  0.2625     0.8525 0.000 0.916 0.084
#> SRR934801     2  0.2261     0.8550 0.000 0.932 0.068
#> SRR934802     2  0.2878     0.8481 0.000 0.904 0.096
#> SRR934803     1  0.5619     0.7015 0.744 0.012 0.244
#> SRR934804     2  0.7558     0.4401 0.044 0.556 0.400
#> SRR934805     3  0.6154     0.2341 0.408 0.000 0.592
#> SRR934806     1  0.6215     0.2897 0.572 0.000 0.428
#> SRR934807     3  0.7283    -0.1831 0.028 0.460 0.512
#> SRR934809     3  0.6126     0.2517 0.400 0.000 0.600
#> SRR934810     3  0.7228     0.3122 0.364 0.036 0.600
#> SRR934811     3  0.7283    -0.1831 0.028 0.460 0.512
#> SRR934808     3  0.6796     0.2933 0.368 0.020 0.612
#> SRR934812     1  0.1643     0.7828 0.956 0.000 0.044
#> SRR934813     3  0.5968     0.1528 0.000 0.364 0.636
#> SRR934814     3  0.6298     0.2641 0.388 0.004 0.608
#> SRR934815     2  0.6008     0.6048 0.000 0.628 0.372
#> SRR934816     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     2  0.5560     0.6620 0.000 0.700 0.300
#> SRR934818     3  0.7741     0.2907 0.068 0.324 0.608
#> SRR934819     1  0.5621     0.6121 0.692 0.000 0.308
#> SRR934820     3  0.6758     0.2947 0.360 0.020 0.620
#> SRR934821     3  0.7283     0.4170 0.068 0.260 0.672
#> SRR934822     1  0.5835     0.5060 0.660 0.000 0.340
#> SRR934823     3  0.6026     0.2686 0.376 0.000 0.624
#> SRR934825     2  0.4842     0.7595 0.000 0.776 0.224
#> SRR934826     3  0.6299     0.0406 0.476 0.000 0.524
#> SRR934827     1  0.5803     0.6912 0.736 0.016 0.248
#> SRR934828     2  0.6398     0.5949 0.008 0.620 0.372
#> SRR934829     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830     3  0.7657    -0.1326 0.044 0.448 0.508
#> SRR934831     1  0.0000     0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832     3  0.7657    -0.1326 0.044 0.448 0.508
#> SRR934833     3  0.8349     0.4235 0.128 0.264 0.608
#> SRR934834     1  0.4002     0.7763 0.840 0.000 0.160
#> SRR934835     2  0.6309     0.2224 0.000 0.504 0.496
#> SRR934836     1  0.3551     0.7878 0.868 0.000 0.132
#> SRR934837     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     3  0.6204     0.2027 0.424 0.000 0.576
#> SRR934839     2  0.3038     0.8449 0.000 0.896 0.104
#> SRR934840     2  0.3038     0.8449 0.000 0.896 0.104
#> SRR934841     1  0.1643     0.7828 0.956 0.000 0.044
#> SRR934842     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.5722     0.6375 0.704 0.004 0.292
#> SRR934844     3  0.6267     0.1326 0.452 0.000 0.548
#> SRR934845     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.3038     0.8449 0.000 0.896 0.104
#> SRR934847     3  0.6154     0.2341 0.408 0.000 0.592
#> SRR934848     3  0.6204     0.2027 0.424 0.000 0.576
#> SRR934849     1  0.3816     0.7839 0.852 0.000 0.148
#> SRR934850     1  0.3816     0.7839 0.852 0.000 0.148
#> SRR934851     3  0.6559     0.3898 0.040 0.252 0.708
#> SRR934853     3  0.5733     0.3314 0.324 0.000 0.676
#> SRR934852     3  0.6677     0.2451 0.024 0.324 0.652
#> SRR934854     3  0.8408     0.4412 0.152 0.232 0.616
#> SRR934856     3  0.6267     0.1326 0.452 0.000 0.548
#> SRR934858     1  0.4002     0.7769 0.840 0.000 0.160
#> SRR934859     2  0.1163     0.8613 0.000 0.972 0.028
#> SRR934860     2  0.2959     0.8470 0.000 0.900 0.100
#> SRR934861     2  0.4654     0.7790 0.000 0.792 0.208
#> SRR934862     2  0.1031     0.8612 0.000 0.976 0.024
#> SRR934863     3  0.6600     0.2747 0.384 0.012 0.604
#> SRR934864     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     3  0.7228     0.3122 0.364 0.036 0.600
#> SRR934866     2  0.0237     0.8596 0.000 0.996 0.004
#> SRR934867     2  0.6307     0.2283 0.000 0.512 0.488
#> SRR934868     2  0.5397     0.6886 0.000 0.720 0.280
#> SRR934869     3  0.4235     0.4201 0.176 0.000 0.824
#> SRR934870     3  0.6280     0.1114 0.460 0.000 0.540
#> SRR934871     2  0.5178     0.7487 0.000 0.744 0.256
#> SRR934872     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     3  0.7013     0.1748 0.028 0.364 0.608
#> SRR934874     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     3  0.6204     0.2027 0.424 0.000 0.576
#> SRR934877     1  0.6267     0.2135 0.548 0.000 0.452
#> SRR934878     3  0.6318     0.1757 0.008 0.356 0.636
#> SRR934879     3  0.3832     0.4582 0.100 0.020 0.880
#> SRR934880     3  0.5733     0.3314 0.324 0.000 0.676
#> SRR934881     3  0.5968     0.1528 0.000 0.364 0.636
#> SRR934882     2  0.6432     0.4321 0.004 0.568 0.428
#> SRR934883     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     2  0.5810     0.6592 0.000 0.664 0.336
#> SRR934885     2  0.5760     0.6705 0.000 0.672 0.328
#> SRR934886     3  0.6832     0.1472 0.020 0.376 0.604
#> SRR934887     3  0.6404     0.2066 0.012 0.344 0.644
#> SRR934888     2  0.2878     0.8479 0.000 0.904 0.096
#> SRR934889     2  0.5810     0.6592 0.000 0.664 0.336
#> SRR934890     3  0.3879     0.4334 0.152 0.000 0.848
#> SRR934891     3  0.6954     0.3188 0.352 0.028 0.620
#> SRR934892     3  0.6416     0.1499 0.008 0.376 0.616
#> SRR934893     3  0.5875     0.4694 0.056 0.160 0.784
#> SRR934894     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     3  0.6954    -0.2576 0.016 0.484 0.500
#> SRR934896     1  0.0000     0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0747     0.8619 0.000 0.984 0.016
#> SRR934898     3  0.7537     0.3390 0.332 0.056 0.612
#> SRR934899     3  0.7841     0.1217 0.064 0.360 0.576
#> SRR934900     3  0.5811     0.4693 0.092 0.108 0.800
#> SRR934901     2  0.4346     0.8058 0.000 0.816 0.184
#> SRR934902     3  0.6482     0.3191 0.024 0.296 0.680
#> SRR934903     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     1  0.6215     0.2897 0.572 0.000 0.428
#> SRR934906     3  0.7327     0.4715 0.132 0.160 0.708
#> SRR934907     3  0.6954    -0.2576 0.016 0.484 0.500
#> SRR934908     2  0.3941     0.8196 0.000 0.844 0.156
#> SRR934909     2  0.4750     0.7709 0.000 0.784 0.216
#> SRR934910     2  0.4575     0.8041 0.004 0.812 0.184
#> SRR934911     2  0.0892     0.8615 0.000 0.980 0.020
#> SRR934912     2  0.6244     0.3768 0.000 0.560 0.440
#> SRR934913     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     3  0.6280     0.1132 0.460 0.000 0.540
#> SRR934915     3  0.6589     0.3314 0.032 0.280 0.688
#> SRR934916     1  0.5442     0.6849 0.812 0.056 0.132
#> SRR934917     2  0.0592     0.8614 0.000 0.988 0.012
#> SRR934918     3  0.6482     0.3191 0.024 0.296 0.680
#> SRR934919     2  0.6318     0.6159 0.008 0.636 0.356
#> SRR934920     1  0.0000     0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     3  0.7192     0.1048 0.032 0.380 0.588
#> SRR934924     2  0.9386     0.4069 0.296 0.500 0.204
#> SRR934923     1  0.2066     0.7822 0.940 0.000 0.060
#> SRR934925     3  0.6442    -0.0834 0.004 0.432 0.564
#> SRR934926     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     3  0.6500    -0.1488 0.004 0.464 0.532
#> SRR934928     3  0.6126     0.2517 0.400 0.000 0.600
#> SRR934929     3  0.7739     0.4049 0.088 0.268 0.644
#> SRR934930     3  0.6341     0.2993 0.016 0.312 0.672
#> SRR934931     3  0.6931    -0.1822 0.016 0.456 0.528
#> SRR934932     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     3  0.6204     0.0115 0.000 0.424 0.576
#> SRR934936     3  0.6434     0.1381 0.008 0.380 0.612
#> SRR934933     1  0.5803     0.6912 0.736 0.016 0.248
#> SRR934937     3  0.3832     0.4582 0.100 0.020 0.880
#> SRR934938     3  0.6667     0.1484 0.016 0.368 0.616
#> SRR934939     3  0.6917     0.2974 0.368 0.024 0.608
#> SRR934940     3  0.6608    -0.0542 0.008 0.432 0.560
#> SRR934941     3  0.7218     0.3043 0.052 0.296 0.652
#> SRR934942     3  0.6505    -0.1952 0.004 0.468 0.528
#> SRR934943     2  0.5810     0.6592 0.000 0.664 0.336
#> SRR934944     1  0.6247     0.4309 0.620 0.004 0.376
#> SRR934945     2  0.9386     0.4069 0.296 0.500 0.204
#> SRR934946     3  0.7860     0.3760 0.088 0.284 0.628
#> SRR934947     1  0.6008     0.4509 0.628 0.000 0.372
#> SRR934948     3  0.3539     0.4552 0.100 0.012 0.888
#> SRR934949     2  0.2959     0.8468 0.000 0.900 0.100
#> SRR934950     3  0.7228     0.3122 0.364 0.036 0.600
#> SRR934951     3  0.6244     0.1612 0.440 0.000 0.560
#> SRR934953     1  0.5619     0.7015 0.744 0.012 0.244
#> SRR934952     2  0.2711     0.8487 0.000 0.912 0.088
#> SRR934954     2  0.0237     0.8614 0.000 0.996 0.004
#> SRR934955     1  0.1643     0.7828 0.956 0.000 0.044
#> SRR934956     3  0.6529     0.1312 0.012 0.368 0.620
#> SRR934957     3  0.7190     0.3468 0.320 0.044 0.636
#> SRR934958     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     3  0.6008     0.2739 0.372 0.000 0.628
#> SRR934960     3  0.6225     0.1791 0.432 0.000 0.568
#> SRR934961     2  0.2711     0.8493 0.000 0.912 0.088
#> SRR934962     2  0.1411     0.8607 0.000 0.964 0.036
#> SRR934963     3  0.7841     0.1217 0.064 0.360 0.576
#> SRR934964     3  0.6482     0.3984 0.040 0.244 0.716
#> SRR934965     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.5538     0.4574 0.132 0.060 0.808
#> SRR934968     3  0.3832     0.4582 0.100 0.020 0.880
#> SRR934969     3  0.6286     0.1010 0.464 0.000 0.536
#> SRR934970     1  0.5948     0.4795 0.640 0.000 0.360
#> SRR934971     3  0.7013     0.1748 0.028 0.364 0.608
#> SRR934972     3  0.6215     0.1756 0.428 0.000 0.572
#> SRR934973     3  0.4995     0.4685 0.092 0.068 0.840
#> SRR934974     3  0.3879     0.4334 0.152 0.000 0.848
#> SRR934975     3  0.7218     0.3043 0.052 0.296 0.652
#> SRR934976     2  0.3686     0.8278 0.000 0.860 0.140
#> SRR934977     1  0.3551     0.7878 0.868 0.000 0.132
#> SRR934978     3  0.6322     0.3558 0.024 0.276 0.700
#> SRR934979     2  0.2959     0.8470 0.000 0.900 0.100
#> SRR934980     1  0.0000     0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.6661     0.0496 0.012 0.400 0.588
#> SRR934982     1  0.5442     0.6849 0.812 0.056 0.132
#> SRR934983     3  0.6295     0.0537 0.472 0.000 0.528
#> SRR934984     2  0.3482     0.8322 0.000 0.872 0.128
#> SRR934985     3  0.7514     0.3421 0.328 0.056 0.616
#> SRR934986     1  0.3879     0.7816 0.848 0.000 0.152
#> SRR934987     3  0.6505    -0.1952 0.004 0.468 0.528
#> SRR934988     3  0.6208     0.4645 0.152 0.076 0.772
#> SRR934989     1  0.0000     0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.3832     0.4582 0.100 0.020 0.880

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     4  0.4585     0.4609 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR934718     1  0.4008     0.7188 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR934719     4  0.3958     0.4708 0.052 0.000 0.112 0.836
#> SRR934720     1  0.0188     0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934721     4  0.4799     0.5757 0.224 0.000 0.032 0.744
#> SRR934722     3  0.7031     0.6487 0.000 0.224 0.576 0.200
#> SRR934723     1  0.5041     0.7121 0.728 0.000 0.040 0.232
#> SRR934724     4  0.4661     0.5677 0.256 0.000 0.016 0.728
#> SRR934725     4  0.6080     0.5473 0.236 0.000 0.100 0.664
#> SRR934726     1  0.6969     0.0854 0.452 0.000 0.112 0.436
#> SRR934727     1  0.3975     0.7229 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR934728     4  0.4746     0.5168 0.304 0.000 0.008 0.688
#> SRR934729     3  0.5165    -0.0331 0.000 0.484 0.512 0.004
#> SRR934730     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.5627     0.5787 0.240 0.000 0.068 0.692
#> SRR934732     2  0.1677     0.7943 0.000 0.948 0.040 0.012
#> SRR934733     4  0.7024     0.2521 0.128 0.000 0.360 0.512
#> SRR934734     1  0.0188     0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934735     1  0.4981     0.2284 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR934736     1  0.0188     0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934737     2  0.3577     0.7403 0.000 0.832 0.156 0.012
#> SRR934738     4  0.6104     0.5481 0.232 0.000 0.104 0.664
#> SRR934740     1  0.0188     0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.5000     0.0711 0.000 0.504 0.496 0.000
#> SRR934742     1  0.5387     0.6813 0.696 0.000 0.048 0.256
#> SRR934743     1  0.4072     0.6721 0.828 0.000 0.120 0.052
#> SRR934744     4  0.3400     0.3309 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR934745     1  0.6019     0.5716 0.688 0.000 0.176 0.136
#> SRR934746     2  0.3658     0.7460 0.000 0.836 0.144 0.020
#> SRR934747     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.4261     0.4897 0.068 0.000 0.112 0.820
#> SRR934750     2  0.4164     0.5631 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR934749     4  0.4799     0.5757 0.224 0.000 0.032 0.744
#> SRR934751     1  0.4072     0.7118 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR934752     4  0.6104     0.5475 0.232 0.000 0.104 0.664
#> SRR934753     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.5662     0.5621 0.236 0.000 0.072 0.692
#> SRR934755     4  0.5311     0.0894 0.008 0.012 0.328 0.652
#> SRR934756     4  0.5428     0.3499 0.380 0.000 0.020 0.600
#> SRR934757     4  0.6377     0.5664 0.196 0.008 0.124 0.672
#> SRR934758     1  0.3975     0.7229 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR934759     1  0.0188     0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934760     2  0.0779     0.8034 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR934761     4  0.7912    -0.3662 0.000 0.308 0.336 0.356
#> SRR934762     4  0.6104     0.5481 0.232 0.000 0.104 0.664
#> SRR934763     4  0.4661     0.5677 0.256 0.000 0.016 0.728
#> SRR934764     4  0.5662     0.5621 0.236 0.000 0.072 0.692
#> SRR934765     1  0.3873     0.7367 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR934766     4  0.4382     0.5256 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR934767     1  0.0188     0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934768     1  0.4981     0.2284 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR934769     3  0.7149     0.6671 0.000 0.184 0.552 0.264
#> SRR934770     1  0.4008     0.7188 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR934772     3  0.5279     0.5143 0.000 0.252 0.704 0.044
#> SRR934771     4  0.4799     0.5757 0.224 0.000 0.032 0.744
#> SRR934773     1  0.0188     0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934774     4  0.7502    -0.2515 0.060 0.052 0.404 0.484
#> SRR934775     4  0.5364     0.4818 0.320 0.000 0.028 0.652
#> SRR934776     4  0.6657     0.5471 0.208 0.004 0.152 0.636
#> SRR934777     4  0.4560     0.5261 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934778     3  0.6977     0.6018 0.040 0.088 0.640 0.232
#> SRR934779     1  0.2469     0.7518 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934780     3  0.7634     0.6023 0.024 0.128 0.520 0.328
#> SRR934781     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.4164     0.5631 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR934783     4  0.4661     0.5677 0.256 0.000 0.016 0.728
#> SRR934784     2  0.0707     0.8043 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.4008     0.7188 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR934787     1  0.3726     0.7370 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934788     4  0.4406     0.5204 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR934789     4  0.4814     0.5040 0.316 0.000 0.008 0.676
#> SRR934790     4  0.5033     0.1113 0.008 0.004 0.324 0.664
#> SRR934791     4  0.4372     0.5537 0.268 0.000 0.004 0.728
#> SRR934792     2  0.5836     0.5039 0.000 0.640 0.304 0.056
#> SRR934793     1  0.0188     0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.5968     0.5531 0.236 0.000 0.092 0.672
#> SRR934796     1  0.4008     0.7188 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR934797     1  0.0188     0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934798     1  0.2469     0.7518 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934799     4  0.4560     0.5261 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934800     2  0.3324     0.7538 0.000 0.852 0.136 0.012
#> SRR934801     2  0.3037     0.7682 0.000 0.880 0.100 0.020
#> SRR934802     2  0.3529     0.7410 0.000 0.836 0.152 0.012
#> SRR934803     1  0.6112     0.6423 0.656 0.000 0.096 0.248
#> SRR934804     2  0.8330    -0.1513 0.032 0.412 0.372 0.184
#> SRR934805     4  0.4661     0.5677 0.256 0.000 0.016 0.728
#> SRR934806     4  0.5236     0.1473 0.432 0.000 0.008 0.560
#> SRR934807     3  0.7151     0.6570 0.016 0.172 0.612 0.200
#> SRR934809     4  0.4776     0.5779 0.244 0.000 0.024 0.732
#> SRR934810     4  0.6779     0.5548 0.248 0.004 0.136 0.612
#> SRR934811     3  0.7151     0.6570 0.016 0.172 0.612 0.200
#> SRR934808     4  0.5820     0.5763 0.240 0.000 0.080 0.680
#> SRR934812     1  0.2469     0.7518 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934813     4  0.7874    -0.3316 0.000 0.284 0.336 0.380
#> SRR934814     4  0.6080     0.5473 0.236 0.000 0.100 0.664
#> SRR934815     3  0.5279     0.5143 0.000 0.252 0.704 0.044
#> SRR934816     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.6637     0.4656 0.000 0.616 0.240 0.144
#> SRR934818     3  0.7847     0.5465 0.036 0.120 0.500 0.344
#> SRR934819     1  0.5821     0.4775 0.592 0.000 0.040 0.368
#> SRR934820     4  0.6834     0.5221 0.240 0.000 0.164 0.596
#> SRR934821     4  0.7455    -0.3623 0.020 0.104 0.400 0.476
#> SRR934822     1  0.4981     0.2284 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR934823     4  0.4706     0.5749 0.224 0.000 0.028 0.748
#> SRR934825     2  0.5742     0.5207 0.000 0.648 0.300 0.052
#> SRR934826     4  0.5291     0.4731 0.324 0.000 0.024 0.652
#> SRR934827     1  0.6220     0.6336 0.648 0.000 0.104 0.248
#> SRR934828     3  0.5535     0.5213 0.008 0.244 0.704 0.044
#> SRR934829     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     3  0.6752     0.6481 0.024 0.128 0.664 0.184
#> SRR934831     1  0.0188     0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934832     3  0.6752     0.6481 0.024 0.128 0.664 0.184
#> SRR934833     3  0.8124     0.3364 0.084 0.076 0.472 0.368
#> SRR934834     1  0.4842     0.7315 0.760 0.000 0.048 0.192
#> SRR934835     2  0.7748     0.0798 0.000 0.440 0.280 0.280
#> SRR934836     1  0.3726     0.7380 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934837     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.4372     0.5537 0.268 0.000 0.004 0.728
#> SRR934839     2  0.3813     0.7424 0.000 0.828 0.148 0.024
#> SRR934840     2  0.3813     0.7424 0.000 0.828 0.148 0.024
#> SRR934841     1  0.2469     0.7518 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934842     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.5839     0.5126 0.604 0.000 0.044 0.352
#> SRR934844     4  0.4382     0.5256 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR934845     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.3813     0.7424 0.000 0.828 0.148 0.024
#> SRR934847     4  0.4661     0.5677 0.256 0.000 0.016 0.728
#> SRR934848     4  0.4372     0.5537 0.268 0.000 0.004 0.728
#> SRR934849     1  0.3975     0.7229 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR934850     1  0.3975     0.7229 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR934851     3  0.6979     0.4691 0.012 0.080 0.500 0.408
#> SRR934853     4  0.5421     0.5778 0.200 0.000 0.076 0.724
#> SRR934852     4  0.8074    -0.3097 0.008 0.252 0.340 0.400
#> SRR934854     3  0.7837     0.1765 0.084 0.052 0.448 0.416
#> SRR934856     4  0.4382     0.5256 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR934858     1  0.4072     0.7118 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR934859     2  0.1584     0.7972 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR934860     2  0.3790     0.7355 0.000 0.820 0.164 0.016
#> SRR934861     2  0.5798     0.6041 0.000 0.696 0.208 0.096
#> SRR934862     2  0.1389     0.7917 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934863     4  0.5478     0.5760 0.248 0.000 0.056 0.696
#> SRR934864     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.6779     0.5548 0.248 0.004 0.136 0.612
#> SRR934866     2  0.0336     0.8041 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934867     2  0.7777     0.0113 0.000 0.424 0.316 0.260
#> SRR934868     2  0.6390     0.5166 0.000 0.644 0.224 0.132
#> SRR934869     4  0.4261     0.4897 0.068 0.000 0.112 0.820
#> SRR934870     4  0.4814     0.5040 0.316 0.000 0.008 0.676
#> SRR934871     3  0.6068     0.1251 0.000 0.448 0.508 0.044
#> SRR934872     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873     4  0.7874    -0.3735 0.000 0.280 0.348 0.372
#> SRR934874     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.4372     0.5537 0.268 0.000 0.004 0.728
#> SRR934877     4  0.5320     0.2139 0.416 0.000 0.012 0.572
#> SRR934878     3  0.7486     0.5230 0.000 0.188 0.464 0.348
#> SRR934879     4  0.3400     0.3309 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR934880     4  0.5421     0.5778 0.200 0.000 0.076 0.724
#> SRR934881     4  0.7874    -0.3316 0.000 0.284 0.336 0.380
#> SRR934882     2  0.7648    -0.0384 0.000 0.436 0.348 0.216
#> SRR934883     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     3  0.4857     0.4610 0.000 0.284 0.700 0.016
#> SRR934885     3  0.4933     0.4444 0.000 0.296 0.688 0.016
#> SRR934886     3  0.7772     0.4318 0.000 0.240 0.392 0.368
#> SRR934887     3  0.7429     0.5168 0.000 0.176 0.464 0.360
#> SRR934888     2  0.3554     0.7486 0.000 0.844 0.136 0.020
#> SRR934889     3  0.4857     0.4610 0.000 0.284 0.700 0.016
#> SRR934890     4  0.3991     0.4577 0.048 0.000 0.120 0.832
#> SRR934891     4  0.6064     0.5738 0.220 0.000 0.108 0.672
#> SRR934892     3  0.7538     0.5616 0.000 0.188 0.428 0.384
#> SRR934893     4  0.6784    -0.1152 0.004 0.096 0.344 0.556
#> SRR934894     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     3  0.7117     0.6515 0.004 0.216 0.584 0.196
#> SRR934896     1  0.0188     0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934897     2  0.0817     0.8023 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934898     4  0.6330     0.5544 0.200 0.000 0.144 0.656
#> SRR934899     3  0.8718     0.5427 0.052 0.212 0.428 0.308
#> SRR934900     4  0.5288     0.1744 0.000 0.056 0.224 0.720
#> SRR934901     2  0.4999     0.0836 0.000 0.508 0.492 0.000
#> SRR934902     4  0.7662    -0.2823 0.000 0.220 0.344 0.436
#> SRR934903     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.5236     0.1473 0.432 0.000 0.008 0.560
#> SRR934906     4  0.7006     0.0462 0.056 0.036 0.344 0.564
#> SRR934907     3  0.7117     0.6515 0.004 0.216 0.584 0.196
#> SRR934908     2  0.4977     0.1570 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR934909     2  0.5910     0.5888 0.000 0.688 0.208 0.104
#> SRR934910     2  0.5295     0.0610 0.000 0.504 0.488 0.008
#> SRR934911     2  0.1302     0.7966 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR934912     2  0.7578     0.1769 0.000 0.480 0.284 0.236
#> SRR934913     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.4431     0.5152 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR934915     3  0.7102     0.5400 0.008 0.104 0.512 0.376
#> SRR934916     1  0.5228     0.6464 0.776 0.012 0.116 0.096
#> SRR934917     2  0.0657     0.8040 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR934918     4  0.7662    -0.2823 0.000 0.220 0.344 0.436
#> SRR934919     3  0.5462     0.5020 0.004 0.264 0.692 0.040
#> SRR934920     1  0.0188     0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.7424     0.6514 0.012 0.144 0.536 0.308
#> SRR934924     3  0.7389     0.3520 0.272 0.212 0.516 0.000
#> SRR934923     1  0.3048     0.7512 0.876 0.000 0.016 0.108
#> SRR934925     3  0.7170     0.6666 0.000 0.184 0.548 0.268
#> SRR934926     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.7874     0.2730 0.000 0.336 0.380 0.284
#> SRR934928     4  0.4776     0.5779 0.244 0.000 0.024 0.732
#> SRR934929     3  0.7161     0.4021 0.032 0.060 0.492 0.416
#> SRR934930     4  0.7386    -0.4618 0.000 0.168 0.368 0.464
#> SRR934931     3  0.6989     0.6669 0.004 0.184 0.600 0.212
#> SRR934932     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.7909    -0.0614 0.000 0.364 0.312 0.324
#> SRR934936     3  0.7558     0.5679 0.000 0.192 0.428 0.380
#> SRR934933     1  0.6192     0.6378 0.652 0.000 0.104 0.244
#> SRR934937     4  0.3400     0.3309 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR934938     3  0.7684     0.4595 0.000 0.220 0.420 0.360
#> SRR934939     4  0.5727     0.5783 0.236 0.000 0.076 0.688
#> SRR934940     3  0.7229     0.6669 0.000 0.184 0.536 0.280
#> SRR934941     3  0.6468     0.5523 0.028 0.044 0.620 0.308
#> SRR934942     3  0.7064     0.6588 0.000 0.208 0.572 0.220
#> SRR934943     3  0.4857     0.4610 0.000 0.284 0.700 0.016
#> SRR934944     1  0.5861     0.0976 0.492 0.000 0.032 0.476
#> SRR934945     3  0.7389     0.3520 0.272 0.212 0.516 0.000
#> SRR934946     3  0.7320     0.4329 0.032 0.072 0.492 0.404
#> SRR934947     1  0.5000     0.1252 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR934948     4  0.3024     0.3648 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR934949     2  0.3708     0.7441 0.000 0.832 0.148 0.020
#> SRR934950     4  0.6779     0.5548 0.248 0.004 0.136 0.612
#> SRR934951     4  0.4594     0.5386 0.280 0.000 0.008 0.712
#> SRR934953     1  0.6112     0.6423 0.656 0.000 0.096 0.248
#> SRR934952     2  0.4164     0.5631 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR934954     2  0.0376     0.8055 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR934955     1  0.2469     0.7518 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934956     3  0.7629     0.6052 0.008 0.172 0.488 0.332
#> SRR934957     4  0.6377     0.5664 0.196 0.008 0.124 0.672
#> SRR934958     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.4799     0.5757 0.224 0.000 0.032 0.744
#> SRR934960     4  0.5222     0.5372 0.280 0.000 0.032 0.688
#> SRR934961     2  0.3606     0.7468 0.000 0.840 0.140 0.020
#> SRR934962     2  0.1388     0.7990 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR934963     3  0.8718     0.5427 0.052 0.212 0.428 0.308
#> SRR934964     3  0.6936     0.4589 0.012 0.076 0.496 0.416
#> SRR934965     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967     4  0.5163     0.3524 0.032 0.028 0.172 0.768
#> SRR934968     4  0.3400     0.3309 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR934969     4  0.4814     0.4988 0.316 0.000 0.008 0.676
#> SRR934970     1  0.4998     0.1679 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR934971     4  0.7874    -0.3735 0.000 0.280 0.348 0.372
#> SRR934972     4  0.5010     0.5380 0.276 0.000 0.024 0.700
#> SRR934973     4  0.4720     0.1836 0.000 0.016 0.264 0.720
#> SRR934974     4  0.3991     0.4577 0.048 0.000 0.120 0.832
#> SRR934975     3  0.6468     0.5523 0.028 0.044 0.620 0.308
#> SRR934976     2  0.4941     0.2185 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR934977     1  0.3726     0.7380 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934978     4  0.7535    -0.3998 0.008 0.148 0.376 0.468
#> SRR934979     2  0.3790     0.7355 0.000 0.820 0.164 0.016
#> SRR934980     1  0.0188     0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934981     3  0.7907     0.5925 0.008 0.216 0.444 0.332
#> SRR934982     1  0.5228     0.6464 0.776 0.012 0.116 0.096
#> SRR934983     4  0.5271     0.4808 0.320 0.000 0.024 0.656
#> SRR934984     2  0.4405     0.7188 0.000 0.800 0.152 0.048
#> SRR934985     4  0.6657     0.5471 0.208 0.004 0.152 0.636
#> SRR934986     1  0.4008     0.7188 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR934987     3  0.7064     0.6588 0.000 0.208 0.572 0.220
#> SRR934988     4  0.6057     0.2925 0.056 0.016 0.252 0.676
#> SRR934989     1  0.0188     0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934990     4  0.3400     0.3309 0.000 0.000 0.180 0.820

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.2646     0.7532 0.124 0.000 0.004 0.868 0.004
#> SRR934718     1  0.3906     0.7388 0.704 0.000 0.000 0.292 0.004
#> SRR934719     4  0.4875     0.2217 0.004 0.000 0.400 0.576 0.020
#> SRR934720     1  0.1267     0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934721     4  0.3173     0.7382 0.016 0.000 0.112 0.856 0.016
#> SRR934722     5  0.6702     0.5373 0.008 0.068 0.140 0.156 0.628
#> SRR934723     1  0.4746     0.7314 0.684 0.000 0.008 0.276 0.032
#> SRR934724     4  0.0981     0.8010 0.008 0.000 0.008 0.972 0.012
#> SRR934725     4  0.2908     0.7797 0.016 0.000 0.008 0.868 0.108
#> SRR934726     4  0.6097     0.2931 0.316 0.000 0.020 0.572 0.092
#> SRR934727     1  0.3884     0.7414 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR934728     4  0.1788     0.8027 0.056 0.000 0.004 0.932 0.008
#> SRR934729     5  0.4142     0.4143 0.004 0.252 0.016 0.000 0.728
#> SRR934730     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.2494     0.7944 0.008 0.000 0.032 0.904 0.056
#> SRR934732     2  0.1831     0.8009 0.000 0.920 0.076 0.000 0.004
#> SRR934733     4  0.4714     0.3117 0.016 0.000 0.004 0.608 0.372
#> SRR934734     1  0.1267     0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934735     4  0.4414     0.2333 0.376 0.000 0.004 0.616 0.004
#> SRR934736     1  0.1267     0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934737     2  0.4898     0.6622 0.000 0.684 0.068 0.000 0.248
#> SRR934738     4  0.2959     0.7804 0.016 0.000 0.008 0.864 0.112
#> SRR934740     1  0.1267     0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934739     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     5  0.4217     0.3781 0.004 0.280 0.012 0.000 0.704
#> SRR934742     1  0.5017     0.6887 0.652 0.000 0.008 0.300 0.040
#> SRR934743     1  0.4543     0.7236 0.780 0.000 0.020 0.088 0.112
#> SRR934744     3  0.4866     0.2930 0.004 0.000 0.580 0.396 0.020
#> SRR934745     1  0.6333     0.5876 0.616 0.000 0.032 0.188 0.164
#> SRR934746     2  0.5149     0.6593 0.000 0.680 0.104 0.000 0.216
#> SRR934747     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.4813     0.2899 0.004 0.000 0.376 0.600 0.020
#> SRR934750     2  0.4570     0.4612 0.004 0.648 0.016 0.000 0.332
#> SRR934749     4  0.3173     0.7382 0.016 0.000 0.112 0.856 0.016
#> SRR934751     1  0.3949     0.7305 0.696 0.000 0.000 0.300 0.004
#> SRR934752     4  0.2959     0.7769 0.016 0.000 0.008 0.864 0.112
#> SRR934753     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.2457     0.7933 0.016 0.000 0.008 0.900 0.076
#> SRR934755     3  0.3236     0.4717 0.000 0.000 0.828 0.152 0.020
#> SRR934756     4  0.3484     0.7182 0.152 0.000 0.004 0.820 0.024
#> SRR934757     4  0.3715     0.7392 0.004 0.000 0.064 0.824 0.108
#> SRR934758     1  0.3884     0.7414 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR934759     1  0.1267     0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934760     2  0.1282     0.8157 0.000 0.952 0.044 0.000 0.004
#> SRR934761     3  0.4956     0.4786 0.004 0.220 0.708 0.004 0.064
#> SRR934762     4  0.2959     0.7804 0.016 0.000 0.008 0.864 0.112
#> SRR934763     4  0.0981     0.8010 0.008 0.000 0.008 0.972 0.012
#> SRR934764     4  0.2457     0.7933 0.016 0.000 0.008 0.900 0.076
#> SRR934765     1  0.4290     0.7824 0.756 0.000 0.044 0.196 0.004
#> SRR934766     4  0.1843     0.8000 0.052 0.000 0.008 0.932 0.008
#> SRR934767     1  0.1267     0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934768     4  0.4414     0.2333 0.376 0.000 0.004 0.616 0.004
#> SRR934769     5  0.7553     0.4313 0.012 0.076 0.196 0.184 0.532
#> SRR934770     1  0.3906     0.7388 0.704 0.000 0.000 0.292 0.004
#> SRR934772     5  0.1471     0.5546 0.000 0.004 0.024 0.020 0.952
#> SRR934771     4  0.3173     0.7382 0.016 0.000 0.112 0.856 0.016
#> SRR934773     1  0.1267     0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934774     3  0.7554     0.0800 0.040 0.000 0.372 0.308 0.280
#> SRR934775     4  0.3262     0.7813 0.104 0.000 0.020 0.856 0.020
#> SRR934776     4  0.3484     0.7302 0.004 0.000 0.028 0.824 0.144
#> SRR934777     4  0.2158     0.7990 0.052 0.000 0.020 0.920 0.008
#> SRR934778     5  0.4288     0.5389 0.012 0.000 0.016 0.240 0.732
#> SRR934779     1  0.2536     0.8030 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR934780     5  0.7331     0.3521 0.008 0.028 0.232 0.256 0.476
#> SRR934781     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.4570     0.4612 0.004 0.648 0.016 0.000 0.332
#> SRR934783     4  0.0981     0.8010 0.008 0.000 0.008 0.972 0.012
#> SRR934784     2  0.1364     0.8192 0.000 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR934785     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.3906     0.7388 0.704 0.000 0.000 0.292 0.004
#> SRR934787     1  0.3689     0.7656 0.740 0.000 0.000 0.256 0.004
#> SRR934788     4  0.1857     0.7960 0.060 0.000 0.008 0.928 0.004
#> SRR934789     4  0.1928     0.7974 0.072 0.000 0.004 0.920 0.004
#> SRR934790     3  0.3359     0.4701 0.000 0.000 0.816 0.164 0.020
#> SRR934791     4  0.1503     0.8023 0.020 0.000 0.008 0.952 0.020
#> SRR934792     2  0.6893     0.2573 0.004 0.452 0.256 0.004 0.284
#> SRR934793     1  0.1267     0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934794     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.2802     0.7841 0.016 0.000 0.008 0.876 0.100
#> SRR934796     1  0.3906     0.7388 0.704 0.000 0.000 0.292 0.004
#> SRR934797     1  0.1267     0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934798     1  0.2536     0.8030 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR934799     4  0.2032     0.7973 0.052 0.000 0.020 0.924 0.004
#> SRR934800     2  0.4787     0.6870 0.000 0.712 0.080 0.000 0.208
#> SRR934801     2  0.4038     0.7388 0.000 0.792 0.080 0.000 0.128
#> SRR934802     2  0.4905     0.6720 0.000 0.696 0.080 0.000 0.224
#> SRR934803     1  0.5956     0.6811 0.624 0.000 0.028 0.260 0.088
#> SRR934804     3  0.8192     0.1940 0.032 0.272 0.372 0.040 0.284
#> SRR934805     4  0.0981     0.8010 0.008 0.000 0.008 0.972 0.012
#> SRR934806     4  0.5478     0.3751 0.320 0.000 0.064 0.608 0.008
#> SRR934807     5  0.4511     0.5816 0.004 0.028 0.024 0.180 0.764
#> SRR934809     4  0.1836     0.7976 0.008 0.000 0.040 0.936 0.016
#> SRR934810     4  0.3589     0.7359 0.004 0.000 0.040 0.824 0.132
#> SRR934811     5  0.4511     0.5816 0.004 0.028 0.024 0.180 0.764
#> SRR934808     4  0.2521     0.7888 0.008 0.000 0.024 0.900 0.068
#> SRR934812     1  0.2536     0.8030 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR934813     3  0.4253     0.4945 0.000 0.204 0.756 0.008 0.032
#> SRR934814     4  0.2908     0.7797 0.016 0.000 0.008 0.868 0.108
#> SRR934815     5  0.1471     0.5546 0.000 0.004 0.024 0.020 0.952
#> SRR934816     2  0.0290     0.8275 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934817     2  0.6381     0.1922 0.000 0.448 0.384 0.000 0.168
#> SRR934818     5  0.7091     0.3804 0.008 0.024 0.168 0.312 0.488
#> SRR934819     1  0.5286     0.3802 0.516 0.000 0.008 0.444 0.032
#> SRR934820     4  0.3769     0.7239 0.012 0.000 0.016 0.796 0.176
#> SRR934821     3  0.7463     0.1753 0.004 0.032 0.428 0.264 0.272
#> SRR934822     4  0.4414     0.2333 0.376 0.000 0.004 0.616 0.004
#> SRR934823     4  0.2967     0.7468 0.016 0.000 0.104 0.868 0.012
#> SRR934825     2  0.6864     0.2776 0.004 0.460 0.248 0.004 0.284
#> SRR934826     4  0.2844     0.7779 0.092 0.000 0.004 0.876 0.028
#> SRR934827     1  0.6050     0.6722 0.616 0.000 0.028 0.260 0.096
#> SRR934828     5  0.1725     0.5556 0.004 0.004 0.024 0.024 0.944
#> SRR934829     2  0.0290     0.8275 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934830     5  0.3925     0.5696 0.012 0.004 0.016 0.176 0.792
#> SRR934831     1  0.1267     0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934832     5  0.3925     0.5696 0.012 0.004 0.016 0.176 0.792
#> SRR934833     5  0.4956     0.3312 0.008 0.000 0.016 0.428 0.548
#> SRR934834     1  0.4644     0.7604 0.716 0.000 0.008 0.236 0.040
#> SRR934835     3  0.4958     0.2869 0.000 0.348 0.616 0.004 0.032
#> SRR934836     1  0.3790     0.7703 0.744 0.000 0.004 0.248 0.004
#> SRR934837     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.1597     0.8031 0.024 0.000 0.008 0.948 0.020
#> SRR934839     2  0.5354     0.6434 0.000 0.664 0.128 0.000 0.208
#> SRR934840     2  0.5354     0.6434 0.000 0.664 0.128 0.000 0.208
#> SRR934841     1  0.2536     0.8030 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR934842     2  0.0162     0.8271 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934843     1  0.5336     0.4211 0.528 0.000 0.008 0.428 0.036
#> SRR934844     4  0.1843     0.8000 0.052 0.000 0.008 0.932 0.008
#> SRR934845     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.5341     0.6444 0.000 0.664 0.124 0.000 0.212
#> SRR934847     4  0.0981     0.8010 0.008 0.000 0.008 0.972 0.012
#> SRR934848     4  0.1503     0.8023 0.020 0.000 0.008 0.952 0.020
#> SRR934849     1  0.3884     0.7414 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR934850     1  0.3884     0.7414 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR934851     5  0.7356     0.0804 0.008 0.024 0.344 0.204 0.420
#> SRR934853     4  0.3516     0.6750 0.004 0.000 0.164 0.812 0.020
#> SRR934852     3  0.3716     0.4919 0.004 0.176 0.800 0.008 0.012
#> SRR934854     5  0.5002     0.1586 0.008 0.000 0.016 0.484 0.492
#> SRR934856     4  0.1843     0.8000 0.052 0.000 0.008 0.932 0.008
#> SRR934858     1  0.3949     0.7305 0.696 0.000 0.000 0.300 0.004
#> SRR934859     2  0.2077     0.8057 0.000 0.920 0.040 0.000 0.040
#> SRR934860     2  0.5334     0.6334 0.000 0.652 0.104 0.000 0.244
#> SRR934861     2  0.6374     0.3976 0.000 0.512 0.280 0.000 0.208
#> SRR934862     2  0.2054     0.7918 0.004 0.916 0.008 0.000 0.072
#> SRR934863     4  0.1862     0.7961 0.004 0.000 0.016 0.932 0.048
#> SRR934864     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.3589     0.7359 0.004 0.000 0.040 0.824 0.132
#> SRR934866     2  0.0404     0.8240 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934867     3  0.5539     0.3363 0.000 0.324 0.596 0.004 0.076
#> SRR934868     2  0.6353     0.2876 0.000 0.480 0.348 0.000 0.172
#> SRR934869     4  0.4824     0.2791 0.004 0.000 0.380 0.596 0.020
#> SRR934870     4  0.1928     0.7974 0.072 0.000 0.004 0.920 0.004
#> SRR934871     5  0.5098     0.4368 0.004 0.248 0.020 0.036 0.692
#> SRR934872     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.5835     0.4840 0.000 0.188 0.668 0.032 0.112
#> SRR934874     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.1503     0.8023 0.020 0.000 0.008 0.952 0.020
#> SRR934877     4  0.3675     0.6393 0.216 0.000 0.004 0.772 0.008
#> SRR934878     3  0.6927     0.2729 0.004 0.072 0.528 0.080 0.316
#> SRR934879     3  0.4866     0.2930 0.004 0.000 0.580 0.396 0.020
#> SRR934880     4  0.3516     0.6750 0.004 0.000 0.164 0.812 0.020
#> SRR934881     3  0.4253     0.4945 0.000 0.204 0.756 0.008 0.032
#> SRR934882     3  0.7224     0.2886 0.004 0.276 0.448 0.020 0.252
#> SRR934883     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.2116     0.5457 0.000 0.028 0.040 0.008 0.924
#> SRR934885     5  0.2267     0.5430 0.000 0.048 0.028 0.008 0.916
#> SRR934886     3  0.7280     0.3913 0.004 0.140 0.560 0.100 0.196
#> SRR934887     3  0.7012     0.2733 0.004 0.068 0.520 0.092 0.316
#> SRR934888     2  0.4964     0.6751 0.000 0.700 0.096 0.000 0.204
#> SRR934889     5  0.2116     0.5457 0.000 0.028 0.040 0.008 0.924
#> SRR934890     4  0.4908     0.1714 0.004 0.000 0.416 0.560 0.020
#> SRR934891     4  0.3008     0.7737 0.004 0.000 0.036 0.868 0.092
#> SRR934892     3  0.7865     0.0501 0.004 0.080 0.400 0.180 0.336
#> SRR934893     3  0.3714     0.4976 0.004 0.044 0.836 0.104 0.012
#> SRR934894     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.6236     0.5664 0.008 0.060 0.100 0.164 0.668
#> SRR934896     1  0.1267     0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934897     2  0.1082     0.8217 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR934898     4  0.3513     0.7377 0.004 0.000 0.036 0.828 0.132
#> SRR934899     3  0.8703     0.1109 0.052 0.116 0.392 0.132 0.308
#> SRR934900     3  0.5567     0.4460 0.004 0.028 0.628 0.304 0.036
#> SRR934901     5  0.4365     0.3500 0.004 0.308 0.012 0.000 0.676
#> SRR934902     3  0.4370     0.5105 0.000 0.148 0.784 0.032 0.036
#> SRR934903     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.5478     0.3751 0.320 0.000 0.064 0.608 0.008
#> SRR934906     4  0.6450     0.0853 0.008 0.000 0.156 0.508 0.328
#> SRR934907     5  0.6236     0.5664 0.008 0.060 0.100 0.164 0.668
#> SRR934908     5  0.4675     0.2673 0.004 0.360 0.016 0.000 0.620
#> SRR934909     2  0.6394     0.3784 0.000 0.504 0.292 0.000 0.204
#> SRR934910     5  0.4775     0.3353 0.008 0.332 0.020 0.000 0.640
#> SRR934911     2  0.1701     0.8083 0.000 0.936 0.016 0.000 0.048
#> SRR934912     3  0.5920     0.1891 0.000 0.356 0.540 0.004 0.100
#> SRR934913     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.1990     0.7932 0.068 0.000 0.008 0.920 0.004
#> SRR934915     5  0.6979     0.0617 0.004 0.020 0.380 0.160 0.436
#> SRR934916     1  0.5103     0.6855 0.724 0.000 0.012 0.136 0.128
#> SRR934917     2  0.1124     0.8188 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR934918     3  0.4370     0.5105 0.000 0.148 0.784 0.032 0.036
#> SRR934919     5  0.2192     0.5474 0.004 0.004 0.052 0.020 0.920
#> SRR934920     1  0.1267     0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934921     2  0.0162     0.8271 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934922     5  0.6985     0.4614 0.008 0.040 0.160 0.232 0.560
#> SRR934924     5  0.6347     0.3646 0.260 0.096 0.036 0.004 0.604
#> SRR934923     1  0.2909     0.8035 0.848 0.000 0.000 0.140 0.012
#> SRR934925     5  0.7579     0.4276 0.012 0.076 0.196 0.188 0.528
#> SRR934926     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.6709     0.3797 0.004 0.212 0.548 0.016 0.220
#> SRR934928     4  0.1836     0.7976 0.008 0.000 0.040 0.936 0.016
#> SRR934929     5  0.6301     0.3575 0.012 0.008 0.084 0.400 0.496
#> SRR934930     3  0.7683     0.2584 0.004 0.076 0.476 0.196 0.248
#> SRR934931     5  0.5405     0.5746 0.004 0.040 0.068 0.168 0.720
#> SRR934932     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.4015     0.4044 0.004 0.284 0.708 0.000 0.004
#> SRR934936     3  0.7872     0.0276 0.004 0.080 0.392 0.180 0.344
#> SRR934933     1  0.6029     0.6774 0.620 0.000 0.028 0.256 0.096
#> SRR934937     3  0.4866     0.2930 0.004 0.000 0.580 0.396 0.020
#> SRR934938     3  0.7059     0.3802 0.004 0.108 0.564 0.084 0.240
#> SRR934939     4  0.2451     0.7886 0.004 0.000 0.036 0.904 0.056
#> SRR934940     5  0.7525     0.4103 0.008 0.072 0.212 0.188 0.520
#> SRR934941     5  0.5727     0.4766 0.012 0.000 0.096 0.264 0.628
#> SRR934942     5  0.7078     0.4973 0.012 0.068 0.164 0.164 0.592
#> SRR934943     5  0.2116     0.5457 0.000 0.028 0.040 0.008 0.924
#> SRR934944     4  0.4924     0.4075 0.320 0.000 0.020 0.644 0.016
#> SRR934945     5  0.6347     0.3646 0.260 0.096 0.036 0.004 0.604
#> SRR934946     5  0.6237     0.3753 0.012 0.008 0.080 0.388 0.512
#> SRR934947     4  0.4238     0.2675 0.368 0.000 0.004 0.628 0.000
#> SRR934948     3  0.5040     0.1314 0.004 0.000 0.516 0.456 0.024
#> SRR934949     2  0.5284     0.6486 0.000 0.668 0.116 0.000 0.216
#> SRR934950     4  0.3589     0.7359 0.004 0.000 0.040 0.824 0.132
#> SRR934951     4  0.2027     0.7944 0.040 0.000 0.024 0.928 0.008
#> SRR934953     1  0.5956     0.6811 0.624 0.000 0.028 0.260 0.088
#> SRR934952     2  0.4570     0.4612 0.004 0.648 0.016 0.000 0.332
#> SRR934954     2  0.0771     0.8234 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR934955     1  0.2536     0.8030 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR934956     5  0.7863     0.1357 0.008 0.068 0.336 0.184 0.404
#> SRR934957     4  0.3715     0.7392 0.004 0.000 0.064 0.824 0.108
#> SRR934958     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.3173     0.7382 0.016 0.000 0.112 0.856 0.016
#> SRR934960     4  0.2387     0.8042 0.040 0.000 0.004 0.908 0.048
#> SRR934961     2  0.4974     0.6727 0.000 0.696 0.092 0.000 0.212
#> SRR934962     2  0.1764     0.8064 0.000 0.928 0.064 0.000 0.008
#> SRR934963     3  0.8703     0.1109 0.052 0.116 0.392 0.132 0.308
#> SRR934964     5  0.7295     0.0924 0.008 0.020 0.340 0.208 0.424
#> SRR934965     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.4805     0.1842 0.004 0.004 0.552 0.432 0.008
#> SRR934968     3  0.4866     0.2930 0.004 0.000 0.580 0.396 0.020
#> SRR934969     4  0.2054     0.7953 0.072 0.000 0.004 0.916 0.008
#> SRR934970     4  0.4490     0.1047 0.404 0.000 0.004 0.588 0.004
#> SRR934971     3  0.5835     0.4840 0.000 0.188 0.668 0.032 0.112
#> SRR934972     4  0.4038     0.7284 0.088 0.000 0.088 0.812 0.012
#> SRR934973     3  0.4268     0.4578 0.000 0.000 0.708 0.268 0.024
#> SRR934974     4  0.4908     0.1714 0.004 0.000 0.416 0.560 0.020
#> SRR934975     5  0.5727     0.4766 0.012 0.000 0.096 0.264 0.628
#> SRR934976     5  0.4759     0.2059 0.004 0.388 0.016 0.000 0.592
#> SRR934977     1  0.3790     0.7703 0.744 0.000 0.004 0.248 0.004
#> SRR934978     3  0.7901     0.2274 0.008 0.068 0.436 0.240 0.248
#> SRR934979     2  0.5288     0.6380 0.000 0.656 0.100 0.000 0.244
#> SRR934980     1  0.1267     0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934981     3  0.8235    -0.0591 0.008 0.108 0.352 0.184 0.348
#> SRR934982     1  0.5103     0.6855 0.724 0.000 0.012 0.136 0.128
#> SRR934983     4  0.2787     0.7816 0.088 0.000 0.004 0.880 0.028
#> SRR934984     2  0.5619     0.6113 0.000 0.636 0.156 0.000 0.208
#> SRR934985     4  0.3484     0.7302 0.004 0.000 0.028 0.824 0.144
#> SRR934986     1  0.3906     0.7388 0.704 0.000 0.000 0.292 0.004
#> SRR934987     5  0.7078     0.4973 0.012 0.068 0.164 0.164 0.592
#> SRR934988     3  0.5664     0.2604 0.004 0.000 0.516 0.412 0.068
#> SRR934989     1  0.1267     0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934990     3  0.4866     0.2930 0.004 0.000 0.580 0.396 0.020

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.3107     0.6466 0.116 0.000 0.000 0.832 0.000 0.052
#> SRR934718     1  0.3812     0.7271 0.712 0.000 0.000 0.264 0.000 0.024
#> SRR934719     4  0.5995    -0.7396 0.000 0.000 0.236 0.408 0.000 0.356
#> SRR934720     1  0.1226     0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934721     4  0.3897     0.3667 0.008 0.000 0.016 0.712 0.000 0.264
#> SRR934722     5  0.5791     0.5125 0.000 0.036 0.092 0.132 0.680 0.060
#> SRR934723     1  0.4465     0.7157 0.692 0.000 0.000 0.252 0.036 0.020
#> SRR934724     4  0.0891     0.6974 0.000 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR934725     4  0.2933     0.6764 0.008 0.000 0.000 0.856 0.096 0.040
#> SRR934726     4  0.5860     0.2877 0.316 0.000 0.008 0.544 0.116 0.016
#> SRR934727     1  0.3734     0.7297 0.716 0.000 0.000 0.264 0.000 0.020
#> SRR934728     4  0.1624     0.7048 0.044 0.000 0.000 0.936 0.008 0.012
#> SRR934729     5  0.5597     0.3335 0.000 0.252 0.000 0.000 0.544 0.204
#> SRR934730     2  0.0260     0.8263 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934731     4  0.2839     0.6912 0.004 0.000 0.008 0.872 0.068 0.048
#> SRR934732     2  0.2871     0.7603 0.000 0.852 0.116 0.000 0.008 0.024
#> SRR934733     4  0.4884     0.2892 0.004 0.000 0.000 0.592 0.340 0.064
#> SRR934734     1  0.1226     0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934735     4  0.4514     0.2066 0.372 0.000 0.000 0.588 0.000 0.040
#> SRR934736     1  0.1226     0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934737     2  0.6339     0.5296 0.000 0.580 0.116 0.000 0.172 0.132
#> SRR934738     4  0.3000     0.6777 0.008 0.000 0.000 0.852 0.096 0.044
#> SRR934740     1  0.1226     0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934739     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     5  0.5814     0.3042 0.000 0.280 0.004 0.000 0.516 0.200
#> SRR934742     1  0.4737     0.6722 0.656 0.000 0.000 0.280 0.044 0.020
#> SRR934743     1  0.4925     0.6830 0.736 0.000 0.004 0.076 0.088 0.096
#> SRR934744     3  0.6217    -0.8244 0.000 0.000 0.396 0.236 0.008 0.360
#> SRR934745     1  0.6493     0.5146 0.572 0.000 0.004 0.160 0.160 0.104
#> SRR934746     2  0.6599     0.4863 0.000 0.548 0.164 0.000 0.160 0.128
#> SRR934747     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.5933    -0.6702 0.000 0.000 0.220 0.432 0.000 0.348
#> SRR934750     2  0.5327     0.3808 0.000 0.588 0.000 0.000 0.248 0.164
#> SRR934749     4  0.3897     0.3667 0.008 0.000 0.016 0.712 0.000 0.264
#> SRR934751     1  0.3855     0.7209 0.704 0.000 0.000 0.272 0.000 0.024
#> SRR934752     4  0.3000     0.6737 0.008 0.000 0.000 0.852 0.096 0.044
#> SRR934753     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.2492     0.6928 0.008 0.000 0.000 0.888 0.068 0.036
#> SRR934755     3  0.4390    -0.1040 0.000 0.000 0.676 0.048 0.004 0.272
#> SRR934756     4  0.3438     0.6463 0.144 0.000 0.000 0.812 0.020 0.024
#> SRR934757     4  0.3661     0.6274 0.000 0.000 0.024 0.804 0.136 0.036
#> SRR934758     1  0.3734     0.7297 0.716 0.000 0.000 0.264 0.000 0.020
#> SRR934759     1  0.1226     0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934760     2  0.1850     0.8012 0.000 0.924 0.052 0.000 0.008 0.016
#> SRR934761     3  0.3423     0.4477 0.000 0.080 0.836 0.000 0.056 0.028
#> SRR934762     4  0.3000     0.6777 0.008 0.000 0.000 0.852 0.096 0.044
#> SRR934763     4  0.0993     0.6975 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR934764     4  0.2492     0.6928 0.008 0.000 0.000 0.888 0.068 0.036
#> SRR934765     1  0.4206     0.7682 0.764 0.000 0.028 0.152 0.000 0.056
#> SRR934766     4  0.1934     0.6881 0.040 0.000 0.000 0.916 0.000 0.044
#> SRR934767     1  0.1226     0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934768     4  0.4514     0.2066 0.372 0.000 0.000 0.588 0.000 0.040
#> SRR934769     5  0.6554     0.4325 0.000 0.028 0.168 0.152 0.588 0.064
#> SRR934770     1  0.3812     0.7271 0.712 0.000 0.000 0.264 0.000 0.024
#> SRR934772     5  0.3892     0.4673 0.000 0.000 0.008 0.024 0.732 0.236
#> SRR934771     4  0.3897     0.3667 0.008 0.000 0.016 0.712 0.000 0.264
#> SRR934773     1  0.1226     0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934774     3  0.7679    -0.0778 0.032 0.000 0.308 0.284 0.308 0.068
#> SRR934775     4  0.3626     0.6848 0.096 0.000 0.008 0.828 0.032 0.036
#> SRR934776     4  0.3424     0.6257 0.000 0.000 0.004 0.796 0.168 0.032
#> SRR934777     4  0.2250     0.6791 0.040 0.000 0.000 0.896 0.000 0.064
#> SRR934778     5  0.4468     0.5239 0.000 0.000 0.000 0.212 0.696 0.092
#> SRR934779     1  0.2218     0.7898 0.884 0.000 0.000 0.104 0.000 0.012
#> SRR934780     5  0.6569     0.3975 0.000 0.004 0.160 0.220 0.540 0.076
#> SRR934781     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.5327     0.3808 0.000 0.588 0.000 0.000 0.248 0.164
#> SRR934783     4  0.0993     0.6975 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR934784     2  0.2424     0.7919 0.000 0.900 0.036 0.000 0.036 0.028
#> SRR934785     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.3812     0.7271 0.712 0.000 0.000 0.264 0.000 0.024
#> SRR934787     1  0.3593     0.7530 0.748 0.000 0.000 0.228 0.000 0.024
#> SRR934788     4  0.2001     0.6876 0.048 0.000 0.000 0.912 0.000 0.040
#> SRR934789     4  0.1976     0.7028 0.060 0.000 0.000 0.916 0.016 0.008
#> SRR934790     3  0.4617    -0.1557 0.000 0.000 0.652 0.060 0.004 0.284
#> SRR934791     4  0.1793     0.6945 0.012 0.000 0.000 0.928 0.012 0.048
#> SRR934792     3  0.7430     0.1455 0.000 0.292 0.356 0.000 0.212 0.140
#> SRR934793     1  0.1226     0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934794     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.2900     0.6817 0.008 0.000 0.000 0.860 0.088 0.044
#> SRR934796     1  0.3812     0.7271 0.712 0.000 0.000 0.264 0.000 0.024
#> SRR934797     1  0.1226     0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934798     1  0.2218     0.7898 0.884 0.000 0.000 0.104 0.000 0.012
#> SRR934799     4  0.2365     0.6751 0.040 0.000 0.000 0.888 0.000 0.072
#> SRR934800     2  0.6166     0.5534 0.000 0.604 0.136 0.000 0.144 0.116
#> SRR934801     2  0.5522     0.6193 0.000 0.672 0.128 0.000 0.112 0.088
#> SRR934802     2  0.6334     0.5313 0.000 0.584 0.136 0.000 0.152 0.128
#> SRR934803     1  0.5879     0.6612 0.620 0.000 0.016 0.228 0.096 0.040
#> SRR934804     3  0.8013     0.2742 0.012 0.152 0.440 0.040 0.216 0.140
#> SRR934805     4  0.0993     0.6975 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR934806     4  0.6100     0.2162 0.316 0.000 0.016 0.484 0.000 0.184
#> SRR934807     5  0.4500     0.5489 0.000 0.016 0.004 0.160 0.740 0.080
#> SRR934809     4  0.1933     0.6929 0.000 0.000 0.012 0.924 0.032 0.032
#> SRR934810     4  0.3704     0.6227 0.000 0.000 0.012 0.796 0.140 0.052
#> SRR934811     5  0.4500     0.5489 0.000 0.016 0.004 0.160 0.740 0.080
#> SRR934808     4  0.2342     0.6826 0.000 0.000 0.004 0.888 0.088 0.020
#> SRR934812     1  0.2218     0.7898 0.884 0.000 0.000 0.104 0.000 0.012
#> SRR934813     3  0.3021     0.4343 0.000 0.076 0.860 0.000 0.044 0.020
#> SRR934814     4  0.2933     0.6764 0.008 0.000 0.000 0.856 0.096 0.040
#> SRR934815     5  0.3892     0.4673 0.000 0.000 0.008 0.024 0.732 0.236
#> SRR934816     2  0.0405     0.8257 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR934817     3  0.6878     0.2395 0.000 0.268 0.476 0.000 0.124 0.132
#> SRR934818     5  0.6151     0.4229 0.000 0.004 0.116 0.280 0.552 0.048
#> SRR934819     1  0.5103     0.3787 0.516 0.000 0.000 0.424 0.036 0.024
#> SRR934820     4  0.3707     0.6236 0.004 0.000 0.000 0.784 0.156 0.056
#> SRR934821     3  0.7546     0.0129 0.000 0.008 0.344 0.220 0.312 0.116
#> SRR934822     4  0.4514     0.2066 0.372 0.000 0.000 0.588 0.000 0.040
#> SRR934823     4  0.3828     0.3955 0.008 0.000 0.016 0.724 0.000 0.252
#> SRR934825     3  0.7438     0.1248 0.000 0.300 0.348 0.000 0.212 0.140
#> SRR934826     4  0.2842     0.6856 0.084 0.000 0.000 0.868 0.020 0.028
#> SRR934827     1  0.5960     0.6524 0.612 0.000 0.016 0.228 0.104 0.040
#> SRR934828     5  0.3991     0.4682 0.000 0.000 0.008 0.028 0.724 0.240
#> SRR934829     2  0.0405     0.8257 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR934830     5  0.4486     0.5351 0.000 0.004 0.000 0.152 0.720 0.124
#> SRR934831     1  0.1226     0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934832     5  0.4486     0.5351 0.000 0.004 0.000 0.152 0.720 0.124
#> SRR934833     5  0.5254     0.3239 0.000 0.000 0.008 0.396 0.520 0.076
#> SRR934834     1  0.4371     0.7421 0.720 0.000 0.000 0.216 0.044 0.020
#> SRR934835     3  0.4591     0.4480 0.000 0.188 0.724 0.000 0.040 0.048
#> SRR934836     1  0.3699     0.7596 0.752 0.000 0.000 0.212 0.000 0.036
#> SRR934837     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.1887     0.6927 0.016 0.000 0.000 0.924 0.012 0.048
#> SRR934839     2  0.6726     0.4546 0.000 0.528 0.188 0.000 0.152 0.132
#> SRR934840     2  0.6726     0.4546 0.000 0.528 0.188 0.000 0.152 0.132
#> SRR934841     1  0.2218     0.7898 0.884 0.000 0.000 0.104 0.000 0.012
#> SRR934842     2  0.0291     0.8249 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR934843     1  0.5142     0.4137 0.528 0.000 0.000 0.408 0.040 0.024
#> SRR934844     4  0.1934     0.6881 0.040 0.000 0.000 0.916 0.000 0.044
#> SRR934845     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.6776     0.4433 0.000 0.520 0.192 0.000 0.156 0.132
#> SRR934847     4  0.0993     0.6975 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR934848     4  0.1858     0.6931 0.012 0.000 0.000 0.924 0.012 0.052
#> SRR934849     1  0.3734     0.7297 0.716 0.000 0.000 0.264 0.000 0.020
#> SRR934850     1  0.3734     0.7297 0.716 0.000 0.000 0.264 0.000 0.020
#> SRR934851     5  0.6924     0.1949 0.000 0.000 0.304 0.172 0.436 0.088
#> SRR934853     4  0.4513     0.3436 0.000 0.000 0.060 0.700 0.012 0.228
#> SRR934852     3  0.2714     0.3998 0.000 0.064 0.872 0.000 0.004 0.060
#> SRR934854     5  0.4927     0.1780 0.000 0.000 0.008 0.452 0.496 0.044
#> SRR934856     4  0.1934     0.6881 0.040 0.000 0.000 0.916 0.000 0.044
#> SRR934858     1  0.3855     0.7209 0.704 0.000 0.000 0.272 0.000 0.024
#> SRR934859     2  0.2911     0.7722 0.000 0.868 0.072 0.000 0.036 0.024
#> SRR934860     2  0.6744     0.4619 0.000 0.528 0.160 0.000 0.172 0.140
#> SRR934861     3  0.7208     0.0274 0.000 0.332 0.380 0.000 0.152 0.136
#> SRR934862     2  0.2128     0.7810 0.000 0.908 0.004 0.000 0.056 0.032
#> SRR934863     4  0.1807     0.6909 0.000 0.000 0.000 0.920 0.060 0.020
#> SRR934864     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.3704     0.6227 0.000 0.000 0.012 0.796 0.140 0.052
#> SRR934866     2  0.0725     0.8216 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR934867     3  0.4766     0.4610 0.000 0.160 0.724 0.000 0.072 0.044
#> SRR934868     3  0.7008     0.1355 0.000 0.308 0.432 0.000 0.128 0.132
#> SRR934869     4  0.5937    -0.6813 0.000 0.000 0.220 0.428 0.000 0.352
#> SRR934870     4  0.1976     0.7028 0.060 0.000 0.000 0.916 0.016 0.008
#> SRR934871     5  0.6164     0.3738 0.000 0.240 0.008 0.024 0.552 0.176
#> SRR934872     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.4904     0.4449 0.000 0.056 0.744 0.012 0.100 0.088
#> SRR934874     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.1793     0.6945 0.012 0.000 0.000 0.928 0.012 0.048
#> SRR934877     4  0.3890     0.5824 0.204 0.000 0.000 0.752 0.008 0.036
#> SRR934878     3  0.6472     0.1835 0.000 0.016 0.496 0.068 0.344 0.076
#> SRR934879     3  0.6217    -0.8244 0.000 0.000 0.396 0.236 0.008 0.360
#> SRR934880     4  0.4538     0.3394 0.000 0.000 0.060 0.696 0.012 0.232
#> SRR934881     3  0.3021     0.4343 0.000 0.076 0.860 0.000 0.044 0.020
#> SRR934882     3  0.6796     0.3435 0.000 0.140 0.520 0.004 0.224 0.112
#> SRR934883     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.4428     0.4523 0.000 0.020 0.024 0.008 0.708 0.240
#> SRR934885     5  0.4574     0.4500 0.000 0.044 0.012 0.008 0.700 0.236
#> SRR934886     3  0.6457     0.3515 0.000 0.048 0.604 0.080 0.200 0.068
#> SRR934887     3  0.6599     0.1803 0.000 0.016 0.484 0.076 0.344 0.080
#> SRR934888     2  0.6461     0.5118 0.000 0.568 0.152 0.000 0.148 0.132
#> SRR934889     5  0.4428     0.4523 0.000 0.020 0.024 0.008 0.708 0.240
#> SRR934890     4  0.6154    -0.7759 0.000 0.000 0.248 0.392 0.004 0.356
#> SRR934891     4  0.3075     0.6637 0.000 0.000 0.008 0.844 0.108 0.040
#> SRR934892     5  0.7625     0.0607 0.000 0.032 0.336 0.152 0.376 0.104
#> SRR934893     3  0.3585     0.1746 0.000 0.000 0.792 0.048 0.004 0.156
#> SRR934894     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.5467     0.5369 0.000 0.036 0.060 0.140 0.704 0.060
#> SRR934896     1  0.1226     0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934897     2  0.1542     0.8149 0.000 0.944 0.016 0.000 0.016 0.024
#> SRR934898     4  0.3313     0.6296 0.000 0.000 0.008 0.808 0.160 0.024
#> SRR934899     3  0.7863     0.0765 0.024 0.032 0.436 0.120 0.284 0.104
#> SRR934900     3  0.6442    -0.5518 0.000 0.008 0.496 0.164 0.032 0.300
#> SRR934901     5  0.5931     0.3186 0.000 0.280 0.004 0.000 0.492 0.224
#> SRR934902     3  0.3569     0.3895 0.000 0.056 0.836 0.004 0.044 0.060
#> SRR934903     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.6100     0.2162 0.316 0.000 0.016 0.484 0.000 0.184
#> SRR934906     4  0.6767    -0.0421 0.000 0.000 0.108 0.444 0.336 0.112
#> SRR934907     5  0.5467     0.5369 0.000 0.036 0.060 0.140 0.704 0.060
#> SRR934908     5  0.5935     0.2868 0.004 0.300 0.000 0.000 0.484 0.212
#> SRR934909     3  0.7179     0.0559 0.000 0.324 0.392 0.000 0.148 0.136
#> SRR934910     5  0.5879     0.3335 0.004 0.260 0.000 0.000 0.508 0.228
#> SRR934911     2  0.2115     0.7997 0.000 0.916 0.020 0.000 0.032 0.032
#> SRR934912     3  0.5599     0.4261 0.000 0.200 0.644 0.000 0.076 0.080
#> SRR934913     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.2263     0.6860 0.056 0.000 0.000 0.896 0.000 0.048
#> SRR934915     5  0.6641     0.1765 0.000 0.000 0.344 0.132 0.448 0.076
#> SRR934916     1  0.5251     0.6522 0.696 0.000 0.000 0.124 0.108 0.072
#> SRR934917     2  0.1785     0.8034 0.000 0.928 0.048 0.000 0.008 0.016
#> SRR934918     3  0.3569     0.3895 0.000 0.056 0.836 0.004 0.044 0.060
#> SRR934919     5  0.4316     0.4481 0.000 0.000 0.032 0.016 0.700 0.252
#> SRR934920     1  0.1226     0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934921     2  0.0291     0.8249 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR934922     5  0.5974     0.4782 0.000 0.008 0.120 0.188 0.624 0.060
#> SRR934924     5  0.6459     0.3057 0.204 0.024 0.004 0.000 0.456 0.312
#> SRR934923     1  0.2656     0.7893 0.860 0.000 0.000 0.120 0.012 0.008
#> SRR934925     5  0.6584     0.4301 0.000 0.028 0.168 0.156 0.584 0.064
#> SRR934926     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.6144     0.3779 0.000 0.092 0.588 0.004 0.232 0.084
#> SRR934928     4  0.1933     0.6929 0.000 0.000 0.012 0.924 0.032 0.032
#> SRR934929     5  0.5879     0.3866 0.000 0.000 0.068 0.360 0.516 0.056
#> SRR934930     3  0.7695     0.1282 0.000 0.032 0.408 0.164 0.280 0.116
#> SRR934931     5  0.4758     0.5476 0.000 0.020 0.032 0.148 0.744 0.056
#> SRR934932     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.3967     0.4383 0.000 0.132 0.776 0.000 0.008 0.084
#> SRR934936     5  0.7618     0.0772 0.000 0.032 0.328 0.152 0.384 0.104
#> SRR934933     1  0.5938     0.6576 0.616 0.000 0.016 0.224 0.104 0.040
#> SRR934937     3  0.6217    -0.8244 0.000 0.000 0.396 0.236 0.008 0.360
#> SRR934938     3  0.6228     0.3316 0.000 0.020 0.592 0.068 0.240 0.080
#> SRR934939     4  0.2649     0.6829 0.000 0.000 0.012 0.880 0.072 0.036
#> SRR934940     5  0.6772     0.4137 0.000 0.032 0.172 0.156 0.568 0.072
#> SRR934941     5  0.5682     0.4901 0.000 0.000 0.060 0.232 0.620 0.088
#> SRR934942     5  0.6028     0.4847 0.000 0.032 0.120 0.140 0.652 0.056
#> SRR934943     5  0.4428     0.4523 0.000 0.020 0.024 0.008 0.708 0.240
#> SRR934944     4  0.5198     0.4030 0.312 0.000 0.008 0.612 0.028 0.040
#> SRR934945     5  0.6459     0.3057 0.204 0.024 0.004 0.000 0.456 0.312
#> SRR934946     5  0.5765     0.4040 0.000 0.000 0.064 0.352 0.532 0.052
#> SRR934947     4  0.4323     0.2167 0.376 0.000 0.000 0.600 0.004 0.020
#> SRR934948     6  0.6235     0.0000 0.000 0.000 0.344 0.296 0.004 0.356
#> SRR934949     2  0.6739     0.4583 0.000 0.528 0.176 0.000 0.160 0.136
#> SRR934950     4  0.3704     0.6227 0.000 0.000 0.012 0.796 0.140 0.052
#> SRR934951     4  0.2740     0.6374 0.028 0.000 0.000 0.852 0.000 0.120
#> SRR934953     1  0.5879     0.6612 0.620 0.000 0.016 0.228 0.096 0.040
#> SRR934952     2  0.5327     0.3808 0.000 0.588 0.000 0.000 0.248 0.164
#> SRR934954     2  0.1577     0.8075 0.000 0.940 0.036 0.000 0.008 0.016
#> SRR934955     1  0.2218     0.7898 0.884 0.000 0.000 0.104 0.000 0.012
#> SRR934956     5  0.7203     0.2138 0.000 0.024 0.292 0.160 0.452 0.072
#> SRR934957     4  0.3661     0.6274 0.000 0.000 0.024 0.804 0.136 0.036
#> SRR934958     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.3897     0.3667 0.008 0.000 0.016 0.712 0.000 0.264
#> SRR934960     4  0.2274     0.7037 0.028 0.000 0.000 0.908 0.036 0.028
#> SRR934961     2  0.6427     0.5185 0.000 0.572 0.144 0.000 0.156 0.128
#> SRR934962     2  0.2880     0.7634 0.000 0.856 0.108 0.000 0.012 0.024
#> SRR934963     3  0.7863     0.0765 0.024 0.032 0.436 0.120 0.284 0.104
#> SRR934964     5  0.6927     0.2082 0.000 0.000 0.296 0.176 0.440 0.088
#> SRR934965     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.6213    -0.8237 0.000 0.000 0.388 0.296 0.004 0.312
#> SRR934968     3  0.6217    -0.8244 0.000 0.000 0.396 0.236 0.008 0.360
#> SRR934969     4  0.1882     0.7015 0.060 0.000 0.000 0.920 0.008 0.012
#> SRR934970     4  0.4403     0.0465 0.408 0.000 0.000 0.564 0.000 0.028
#> SRR934971     3  0.4904     0.4449 0.000 0.056 0.744 0.012 0.100 0.088
#> SRR934972     4  0.4769     0.3723 0.080 0.000 0.012 0.680 0.000 0.228
#> SRR934973     3  0.5688    -0.4850 0.000 0.000 0.544 0.156 0.008 0.292
#> SRR934974     4  0.6154    -0.7759 0.000 0.000 0.248 0.392 0.004 0.356
#> SRR934975     5  0.5682     0.4901 0.000 0.000 0.060 0.232 0.620 0.088
#> SRR934976     5  0.6008     0.2505 0.004 0.316 0.000 0.000 0.460 0.220
#> SRR934977     1  0.3699     0.7596 0.752 0.000 0.000 0.212 0.000 0.036
#> SRR934978     3  0.7185     0.0977 0.000 0.012 0.440 0.204 0.268 0.076
#> SRR934979     2  0.6717     0.4691 0.000 0.532 0.156 0.000 0.172 0.140
#> SRR934980     1  0.1226     0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934981     3  0.7339    -0.1268 0.000 0.032 0.372 0.160 0.372 0.064
#> SRR934982     1  0.5200     0.6547 0.700 0.000 0.000 0.124 0.108 0.068
#> SRR934983     4  0.2790     0.6878 0.080 0.000 0.000 0.872 0.020 0.028
#> SRR934984     2  0.6890     0.3956 0.000 0.496 0.220 0.000 0.152 0.132
#> SRR934985     4  0.3424     0.6257 0.000 0.000 0.004 0.796 0.168 0.032
#> SRR934986     1  0.3812     0.7271 0.712 0.000 0.000 0.264 0.000 0.024
#> SRR934987     5  0.6028     0.4847 0.000 0.032 0.120 0.140 0.652 0.056
#> SRR934988     3  0.6855    -0.5372 0.000 0.000 0.388 0.336 0.056 0.220
#> SRR934989     1  0.1226     0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934990     3  0.6217    -0.8244 0.000 0.000 0.396 0.236 0.008 0.360

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:kmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.969           0.958       0.981         0.4906 0.505   0.505
#> 3 3 0.824           0.895       0.942         0.3391 0.685   0.454
#> 4 4 0.724           0.785       0.849         0.1298 0.822   0.537
#> 5 5 0.836           0.850       0.905         0.0672 0.899   0.639
#> 6 6 0.756           0.706       0.815         0.0409 0.960   0.809

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934719     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934722     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934723     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934724     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934725     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934730     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934731     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934733     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934742     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934744     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934745     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934750     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934755     1  0.6148      0.814 0.848 0.152
#> SRR934756     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934757     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934758     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934766     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.8016      0.703 0.244 0.756
#> SRR934771     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934774     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934775     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934776     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934778     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934779     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934780     1  0.1414      0.975 0.980 0.020
#> SRR934781     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934790     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934791     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934793     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934807     2  0.7883      0.716 0.236 0.764
#> SRR934809     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934810     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934811     2  0.4161      0.896 0.084 0.916
#> SRR934808     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934815     2  0.4298      0.892 0.088 0.912
#> SRR934816     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934818     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934819     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934821     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934822     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934827     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934828     2  0.9686      0.401 0.396 0.604
#> SRR934829     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934830     2  0.9686      0.401 0.396 0.604
#> SRR934831     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934832     2  0.4431      0.889 0.092 0.908
#> SRR934833     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934834     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934851     1  0.5294      0.857 0.880 0.120
#> SRR934853     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934854     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934856     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934869     1  0.0672      0.987 0.992 0.008
#> SRR934870     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934871     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934872     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934873     2  0.8955      0.586 0.312 0.688
#> SRR934874     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934878     2  0.2043      0.939 0.032 0.968
#> SRR934879     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934880     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934881     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934882     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934883     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934885     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934886     2  0.3431      0.914 0.064 0.936
#> SRR934887     2  0.8813      0.609 0.300 0.700
#> SRR934888     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934890     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934891     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934892     2  0.7219      0.764 0.200 0.800
#> SRR934893     2  0.3879      0.904 0.076 0.924
#> SRR934894     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934898     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934899     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934900     1  0.3274      0.932 0.940 0.060
#> SRR934901     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934902     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934906     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934907     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934908     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934913     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934915     1  0.7602      0.703 0.780 0.220
#> SRR934916     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934919     2  0.9881      0.291 0.436 0.564
#> SRR934920     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934922     2  0.7815      0.722 0.232 0.768
#> SRR934924     2  1.0000      0.091 0.496 0.504
#> SRR934923     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934926     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934928     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934929     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934930     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934931     2  0.0938      0.954 0.012 0.988
#> SRR934932     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934936     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934933     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934937     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934938     2  0.5519      0.853 0.128 0.872
#> SRR934939     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934940     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934941     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934942     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934943     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934945     2  0.7745      0.727 0.228 0.772
#> SRR934946     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934947     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934948     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934950     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934951     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934956     2  0.3431      0.914 0.064 0.936
#> SRR934957     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934958     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934959     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934960     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934963     1  0.1414      0.975 0.980 0.020
#> SRR934964     1  0.5946      0.824 0.856 0.144
#> SRR934965     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934967     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934968     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934969     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934972     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934973     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934974     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934975     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934976     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934978     2  0.5178      0.865 0.116 0.884
#> SRR934979     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934981     2  0.6048      0.831 0.148 0.852
#> SRR934982     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934985     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934986     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000      0.963 0.000 1.000
#> SRR934988     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934990     1  0.0000      0.995 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     1  0.5254     0.7667 0.736 0.000 0.264
#> SRR934718     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721     1  0.5968     0.6313 0.636 0.000 0.364
#> SRR934722     3  0.3192     0.8515 0.000 0.112 0.888
#> SRR934723     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724     3  0.0237     0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934725     1  0.5529     0.7378 0.704 0.000 0.296
#> SRR934726     3  0.0237     0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934727     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728     1  0.5529     0.7378 0.704 0.000 0.296
#> SRR934729     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     3  0.0237     0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934732     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733     1  0.5327     0.7601 0.728 0.000 0.272
#> SRR934734     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738     1  0.5431     0.7495 0.716 0.000 0.284
#> SRR934740     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745     3  0.0892     0.9364 0.020 0.000 0.980
#> SRR934746     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749     1  0.5591     0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934751     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752     1  0.6168     0.5322 0.588 0.000 0.412
#> SRR934753     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     1  0.5591     0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934755     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761     3  0.5363     0.6259 0.000 0.276 0.724
#> SRR934762     1  0.5591     0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934763     3  0.0237     0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934764     1  0.5591     0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934765     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934766     1  0.5178     0.7724 0.744 0.000 0.256
#> SRR934767     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.1964     0.9066 0.000 0.056 0.944
#> SRR934770     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772     3  0.1289     0.9273 0.000 0.032 0.968
#> SRR934771     1  0.5591     0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934773     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775     1  0.5254     0.7667 0.736 0.000 0.264
#> SRR934776     3  0.0237     0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934777     1  0.5431     0.7495 0.716 0.000 0.284
#> SRR934778     3  0.0237     0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934779     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783     3  0.0237     0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934784     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0237     0.8719 0.996 0.000 0.004
#> SRR934789     1  0.5254     0.7667 0.736 0.000 0.264
#> SRR934790     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791     1  0.5591     0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934792     3  0.5138     0.6661 0.000 0.252 0.748
#> SRR934793     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     1  0.5591     0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934796     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799     1  0.5178     0.7724 0.744 0.000 0.256
#> SRR934800     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934804     3  0.5254     0.6458 0.000 0.264 0.736
#> SRR934805     1  0.5591     0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934806     1  0.4555     0.8007 0.800 0.000 0.200
#> SRR934807     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809     3  0.0237     0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934810     3  0.0237     0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934811     3  0.1411     0.9242 0.000 0.036 0.964
#> SRR934808     3  0.0237     0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934812     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.5650     0.5583 0.000 0.312 0.688
#> SRR934814     1  0.5591     0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934815     3  0.1031     0.9334 0.000 0.024 0.976
#> SRR934816     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     2  0.4504     0.7459 0.000 0.804 0.196
#> SRR934818     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819     1  0.4605     0.7988 0.796 0.000 0.204
#> SRR934820     3  0.2711     0.8532 0.088 0.000 0.912
#> SRR934821     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823     1  0.5591     0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934825     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826     1  0.0237     0.8719 0.996 0.000 0.004
#> SRR934827     3  0.0237     0.9470 0.004 0.000 0.996
#> SRR934828     3  0.1399     0.9304 0.004 0.028 0.968
#> SRR934829     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832     3  0.0747     0.9391 0.000 0.016 0.984
#> SRR934833     3  0.0237     0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934834     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0237     0.9901 0.000 0.996 0.004
#> SRR934836     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1  0.5178     0.7724 0.744 0.000 0.256
#> SRR934839     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844     1  0.5138     0.7747 0.748 0.000 0.252
#> SRR934845     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847     3  0.1643     0.9073 0.044 0.000 0.956
#> SRR934848     1  0.5591     0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934849     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852     2  0.0237     0.9901 0.000 0.996 0.004
#> SRR934854     3  0.0237     0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934856     1  0.5431     0.7495 0.716 0.000 0.284
#> SRR934858     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863     3  0.0237     0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934864     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934866     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0237     0.9901 0.000 0.996 0.004
#> SRR934868     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870     1  0.5591     0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934871     3  0.5431     0.6108 0.000 0.284 0.716
#> SRR934872     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1  0.5591     0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934877     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881     2  0.3816     0.8191 0.000 0.852 0.148
#> SRR934882     3  0.5291     0.6391 0.000 0.268 0.732
#> SRR934883     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934886     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934887     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934890     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     3  0.1529     0.9208 0.000 0.040 0.960
#> SRR934896     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899     3  0.4842     0.7100 0.000 0.224 0.776
#> SRR934900     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     1  0.5216     0.7696 0.740 0.000 0.260
#> SRR934906     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934907     3  0.2165     0.8989 0.000 0.064 0.936
#> SRR934908     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909     2  0.1289     0.9625 0.000 0.968 0.032
#> SRR934910     2  0.1964     0.9359 0.000 0.944 0.056
#> SRR934911     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     2  0.0592     0.9826 0.000 0.988 0.012
#> SRR934913     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     1  0.5254     0.7667 0.736 0.000 0.264
#> SRR934915     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0592     0.9420 0.000 0.012 0.988
#> SRR934919     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934920     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924     1  0.0424     0.8688 0.992 0.000 0.008
#> SRR934923     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925     3  0.5138     0.6660 0.000 0.252 0.748
#> SRR934926     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     3  0.5591     0.5731 0.000 0.304 0.696
#> SRR934928     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934930     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     2  0.0237     0.9901 0.000 0.996 0.004
#> SRR934936     3  0.1964     0.9058 0.000 0.056 0.944
#> SRR934933     1  0.2625     0.8469 0.916 0.000 0.084
#> SRR934937     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940     3  0.1411     0.9242 0.000 0.036 0.964
#> SRR934941     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942     3  0.1529     0.9208 0.000 0.040 0.960
#> SRR934943     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944     1  0.4654     0.7969 0.792 0.000 0.208
#> SRR934945     1  0.7622     0.3422 0.608 0.332 0.060
#> SRR934946     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951     1  0.5178     0.7724 0.744 0.000 0.256
#> SRR934953     3  0.4291     0.7435 0.180 0.000 0.820
#> SRR934952     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934957     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     3  0.6168     0.0351 0.412 0.000 0.588
#> SRR934960     1  0.5178     0.7724 0.744 0.000 0.256
#> SRR934961     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963     3  0.1860     0.9056 0.052 0.000 0.948
#> SRR934964     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969     1  0.5529     0.7378 0.704 0.000 0.296
#> SRR934970     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972     1  0.5591     0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934973     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985     3  0.0237     0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934986     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987     3  0.5138     0.6660 0.000 0.252 0.748
#> SRR934988     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     4  0.4560     0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934718     1  0.0707     0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934719     4  0.4605     0.6149 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR934720     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.6204     0.7611 0.164 0.000 0.164 0.672
#> SRR934722     3  0.5078     0.7632 0.000 0.028 0.700 0.272
#> SRR934723     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.5815     0.7702 0.140 0.000 0.152 0.708
#> SRR934725     4  0.4748     0.7715 0.268 0.000 0.016 0.716
#> SRR934726     4  0.3598     0.6739 0.028 0.000 0.124 0.848
#> SRR934727     1  0.0707     0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934728     4  0.4356     0.7689 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR934729     2  0.5256     0.6673 0.000 0.700 0.040 0.260
#> SRR934730     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.5815     0.7702 0.140 0.000 0.152 0.708
#> SRR934732     2  0.0817     0.9379 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934733     4  0.4804     0.7707 0.276 0.000 0.016 0.708
#> SRR934734     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.1389     0.8975 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR934736     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934738     4  0.4804     0.7707 0.276 0.000 0.016 0.708
#> SRR934740     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.2266     0.8923 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR934742     4  0.4730     0.6881 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR934743     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.1474     0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934745     3  0.4790     0.6934 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR934746     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934747     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.4643     0.6043 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR934750     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.6202     0.7620 0.172 0.000 0.156 0.672
#> SRR934751     1  0.0707     0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934752     4  0.4635     0.7692 0.216 0.000 0.028 0.756
#> SRR934753     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.4250     0.7747 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR934755     3  0.1557     0.7973 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR934756     4  0.4989     0.4711 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR934757     3  0.4977    -0.1103 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR934758     1  0.2589     0.7979 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR934759     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0188     0.9421 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934761     3  0.1520     0.8034 0.000 0.020 0.956 0.024
#> SRR934762     4  0.4776     0.7713 0.272 0.000 0.016 0.712
#> SRR934763     4  0.4920     0.7539 0.088 0.000 0.136 0.776
#> SRR934764     4  0.4250     0.7747 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR934765     1  0.0592     0.9241 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR934766     4  0.4560     0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934767     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.5105     0.7620 0.000 0.028 0.696 0.276
#> SRR934770     1  0.0707     0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934772     3  0.4585     0.7514 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR934771     4  0.6202     0.7620 0.172 0.000 0.156 0.672
#> SRR934773     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0817     0.8041 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934775     4  0.4560     0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934776     4  0.1474     0.6319 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR934777     4  0.4560     0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934778     4  0.4817    -0.2197 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR934779     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.3528     0.7891 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR934781     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.5815     0.7702 0.140 0.000 0.152 0.708
#> SRR934784     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0707     0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934787     1  0.0707     0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934788     4  0.4605     0.7264 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR934789     4  0.4382     0.7666 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR934790     3  0.1474     0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934791     4  0.4277     0.7736 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR934792     3  0.4199     0.7948 0.000 0.032 0.804 0.164
#> SRR934793     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.4706     0.7725 0.248 0.000 0.020 0.732
#> SRR934796     1  0.0707     0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934797     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.4560     0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934800     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934801     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934802     2  0.0707     0.9389 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934803     1  0.0188     0.9377 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934804     3  0.5085     0.7705 0.000 0.032 0.708 0.260
#> SRR934805     4  0.4910     0.7747 0.276 0.000 0.020 0.704
#> SRR934806     4  0.5907     0.7649 0.252 0.000 0.080 0.668
#> SRR934807     3  0.4790     0.6934 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR934809     4  0.5770     0.7710 0.140 0.000 0.148 0.712
#> SRR934810     4  0.2973     0.6817 0.020 0.000 0.096 0.884
#> SRR934811     3  0.4804     0.6927 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR934808     4  0.3820     0.7220 0.064 0.000 0.088 0.848
#> SRR934812     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.2174     0.7925 0.000 0.052 0.928 0.020
#> SRR934814     4  0.4535     0.7705 0.240 0.000 0.016 0.744
#> SRR934815     3  0.4585     0.7514 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR934816     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.5724     0.2455 0.000 0.424 0.548 0.028
#> SRR934818     3  0.4916     0.6397 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR934819     4  0.4477     0.7529 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR934820     4  0.4462     0.7548 0.164 0.000 0.044 0.792
#> SRR934821     3  0.0336     0.8085 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934822     1  0.0707     0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934823     4  0.6202     0.7620 0.172 0.000 0.156 0.672
#> SRR934825     2  0.1356     0.9318 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR934826     4  0.4585     0.7303 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR934827     3  0.2266     0.8131 0.004 0.000 0.912 0.084
#> SRR934828     3  0.4907     0.6671 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR934829     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     3  0.4804     0.6927 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR934831     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     3  0.4804     0.6927 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR934833     4  0.2149     0.5926 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR934834     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.5511     0.3943 0.000 0.620 0.352 0.028
#> SRR934836     1  0.0707     0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934837     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.4560     0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934839     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934840     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934841     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.4843    -0.0111 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR934844     4  0.4560     0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934845     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934847     4  0.5815     0.7702 0.140 0.000 0.152 0.708
#> SRR934848     4  0.4647     0.7711 0.288 0.000 0.008 0.704
#> SRR934849     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.1637     0.8146 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934853     4  0.4564     0.6246 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR934852     3  0.5636     0.2489 0.000 0.424 0.552 0.024
#> SRR934854     4  0.1557     0.6283 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR934856     4  0.4560     0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934858     1  0.0707     0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934859     2  0.0469     0.9406 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934860     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934861     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934862     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.5018     0.7542 0.088 0.000 0.144 0.768
#> SRR934864     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.2281     0.6585 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR934866     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867     3  0.5755     0.2054 0.000 0.444 0.528 0.028
#> SRR934868     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934869     3  0.1474     0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934870     4  0.4304     0.7723 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR934871     3  0.5254     0.7549 0.000 0.028 0.672 0.300
#> SRR934872     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.1118     0.8057 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR934874     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.4955     0.7771 0.268 0.000 0.024 0.708
#> SRR934877     4  0.4761     0.6772 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR934878     3  0.2149     0.8129 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR934879     3  0.1940     0.7728 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR934880     4  0.4564     0.6246 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR934881     3  0.4741     0.6588 0.000 0.228 0.744 0.028
#> SRR934882     3  0.2675     0.8044 0.000 0.044 0.908 0.048
#> SRR934883     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.4675     0.7235 0.000 0.736 0.020 0.244
#> SRR934885     2  0.7099     0.3934 0.000 0.552 0.168 0.280
#> SRR934886     3  0.0921     0.8066 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934887     3  0.0592     0.8064 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934888     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934889     2  0.4872     0.7138 0.000 0.728 0.028 0.244
#> SRR934890     3  0.1474     0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934891     4  0.2081     0.6443 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR934892     3  0.0469     0.8076 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934893     3  0.1211     0.8014 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934894     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     3  0.5078     0.7632 0.000 0.028 0.700 0.272
#> SRR934896     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     4  0.4500     0.1745 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR934899     3  0.5105     0.7620 0.000 0.028 0.696 0.276
#> SRR934900     3  0.1302     0.7956 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934901     2  0.2125     0.8912 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR934902     3  0.0817     0.8067 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934903     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.6202     0.7620 0.172 0.000 0.156 0.672
#> SRR934906     4  0.4584     0.6372 0.004 0.000 0.300 0.696
#> SRR934907     3  0.5078     0.7632 0.000 0.028 0.700 0.272
#> SRR934908     2  0.5312     0.6558 0.000 0.692 0.040 0.268
#> SRR934909     3  0.5277     0.5385 0.000 0.304 0.668 0.028
#> SRR934910     2  0.7442     0.2592 0.000 0.504 0.212 0.284
#> SRR934911     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.5442     0.4707 0.000 0.336 0.636 0.028
#> SRR934913     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.4560     0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934915     3  0.2081     0.8137 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR934916     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934918     3  0.0707     0.8067 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934919     3  0.4585     0.7514 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR934920     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.4406     0.7556 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR934924     1  0.5366     0.5424 0.684 0.000 0.040 0.276
#> SRR934923     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     3  0.5157     0.7600 0.000 0.028 0.688 0.284
#> SRR934926     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.3542     0.7741 0.000 0.120 0.852 0.028
#> SRR934928     4  0.4522     0.6310 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR934929     4  0.4994    -0.3291 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR934930     3  0.0592     0.8064 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934931     3  0.4406     0.7556 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR934932     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.5744     0.1517 0.000 0.536 0.436 0.028
#> SRR934936     3  0.1109     0.8154 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR934933     1  0.1743     0.8802 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR934937     3  0.1474     0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934938     3  0.0592     0.8064 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934939     4  0.4564     0.6246 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR934940     3  0.5078     0.7632 0.000 0.028 0.700 0.272
#> SRR934941     3  0.4431     0.7208 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR934942     3  0.5078     0.7632 0.000 0.028 0.700 0.272
#> SRR934943     2  0.4434     0.7480 0.000 0.756 0.016 0.228
#> SRR934944     4  0.4608     0.7605 0.304 0.000 0.004 0.692
#> SRR934945     1  0.5674     0.5246 0.668 0.004 0.044 0.284
#> SRR934946     3  0.4790     0.6934 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR934947     1  0.4406     0.3672 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR934948     3  0.1716     0.7829 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934949     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934950     4  0.4431     0.3082 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR934951     4  0.4560     0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934953     3  0.4868     0.7689 0.024 0.000 0.720 0.256
#> SRR934952     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0469     0.9407 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934955     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.1389     0.8156 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR934957     3  0.4164     0.7169 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR934958     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.6159     0.7499 0.132 0.000 0.196 0.672
#> SRR934960     4  0.4382     0.7666 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR934961     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934962     2  0.0336     0.9415 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934963     3  0.1716     0.8145 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934964     3  0.1474     0.8145 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934965     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.1474     0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934968     3  0.1302     0.7956 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934969     4  0.4356     0.7689 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR934970     4  0.4790     0.6679 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR934971     3  0.1302     0.8048 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934972     4  0.6202     0.7620 0.172 0.000 0.156 0.672
#> SRR934973     3  0.1302     0.7956 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934974     4  0.4661     0.5989 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR934975     3  0.4431     0.7208 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR934976     2  0.3757     0.8040 0.000 0.828 0.020 0.152
#> SRR934977     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.1118     0.8137 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR934979     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934980     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.1474     0.8148 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934982     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     4  0.4713     0.6946 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR934984     2  0.0921     0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934985     4  0.1792     0.6158 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR934986     1  0.4304     0.4182 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934987     3  0.5105     0.7620 0.000 0.028 0.696 0.276
#> SRR934988     3  0.1474     0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934989     1  0.0000     0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.1474     0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.1357     0.9242 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> SRR934718     1  0.1341     0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934719     3  0.4074     0.4865 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR934720     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934721     4  0.1197     0.9016 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR934722     5  0.1768     0.8501 0.000 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR934723     1  0.0510     0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934724     4  0.0162     0.9147 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934725     4  0.2054     0.9192 0.052 0.000 0.000 0.920 0.028
#> SRR934726     4  0.2722     0.8559 0.004 0.000 0.008 0.868 0.120
#> SRR934727     1  0.1544     0.9290 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934728     4  0.1270     0.9235 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934729     5  0.1197     0.8215 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR934730     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.0162     0.9147 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934732     2  0.2733     0.9112 0.016 0.888 0.080 0.000 0.016
#> SRR934733     4  0.2054     0.9192 0.052 0.000 0.000 0.920 0.028
#> SRR934734     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934735     1  0.1608     0.9259 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934736     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934737     2  0.3479     0.8961 0.016 0.852 0.076 0.000 0.056
#> SRR934738     4  0.1965     0.9205 0.052 0.000 0.000 0.924 0.024
#> SRR934740     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934739     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     5  0.4746    -0.0270 0.016 0.480 0.000 0.000 0.504
#> SRR934742     4  0.2179     0.8880 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR934743     1  0.0510     0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934744     3  0.1732     0.8469 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934745     5  0.1768     0.8500 0.000 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR934746     2  0.3479     0.8961 0.016 0.852 0.076 0.000 0.056
#> SRR934747     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.3932     0.5633 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR934750     2  0.0162     0.9402 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934749     4  0.1197     0.9016 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR934751     1  0.1341     0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934752     4  0.2304     0.9033 0.020 0.000 0.004 0.908 0.068
#> SRR934753     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.1270     0.9235 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934755     3  0.1197     0.8518 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934756     4  0.2813     0.8294 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR934757     4  0.2189     0.8585 0.000 0.000 0.084 0.904 0.012
#> SRR934758     1  0.3177     0.7522 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934759     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934760     2  0.1768     0.9229 0.000 0.924 0.072 0.000 0.004
#> SRR934761     3  0.1285     0.8426 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR934762     4  0.1965     0.9205 0.052 0.000 0.000 0.924 0.024
#> SRR934763     4  0.0794     0.9093 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934764     4  0.1270     0.9235 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934765     1  0.1399     0.9339 0.952 0.000 0.020 0.028 0.000
#> SRR934766     4  0.1430     0.9236 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934767     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934768     1  0.0510     0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934769     5  0.2136     0.8437 0.000 0.000 0.088 0.008 0.904
#> SRR934770     1  0.1341     0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934772     5  0.0609     0.8456 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934771     4  0.1121     0.9034 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR934773     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934774     3  0.2863     0.8484 0.000 0.000 0.876 0.064 0.060
#> SRR934775     4  0.1270     0.9235 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934776     4  0.3086     0.7974 0.000 0.000 0.004 0.816 0.180
#> SRR934777     4  0.1357     0.9242 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> SRR934778     5  0.1809     0.8271 0.000 0.000 0.012 0.060 0.928
#> SRR934779     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934780     5  0.4206     0.5882 0.000 0.000 0.288 0.016 0.696
#> SRR934781     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.0162     0.9147 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934784     2  0.0404     0.9402 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.1341     0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934787     1  0.1341     0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934788     4  0.1732     0.9126 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR934789     4  0.1270     0.9235 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934790     3  0.1732     0.8469 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934791     4  0.1430     0.9236 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934792     3  0.4574     0.5583 0.016 0.004 0.676 0.004 0.300
#> SRR934793     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934794     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.1965     0.9205 0.052 0.000 0.000 0.924 0.024
#> SRR934796     1  0.1341     0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934797     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934798     1  0.0510     0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934799     4  0.1430     0.9236 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934800     2  0.3356     0.9003 0.016 0.860 0.068 0.000 0.056
#> SRR934801     2  0.3159     0.9055 0.016 0.872 0.056 0.000 0.056
#> SRR934802     2  0.3385     0.8969 0.016 0.856 0.044 0.000 0.084
#> SRR934803     1  0.0510     0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934804     5  0.1965     0.8362 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR934805     4  0.0963     0.9241 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR934806     4  0.1893     0.9029 0.024 0.000 0.048 0.928 0.000
#> SRR934807     5  0.1544     0.8510 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934809     4  0.0162     0.9150 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934810     4  0.1892     0.8909 0.000 0.000 0.004 0.916 0.080
#> SRR934811     5  0.1410     0.8521 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934808     4  0.1502     0.9002 0.000 0.000 0.004 0.940 0.056
#> SRR934812     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934813     3  0.1211     0.8415 0.000 0.016 0.960 0.000 0.024
#> SRR934814     4  0.2054     0.9192 0.052 0.000 0.000 0.920 0.028
#> SRR934815     5  0.0609     0.8456 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934816     2  0.1018     0.9357 0.016 0.968 0.000 0.000 0.016
#> SRR934817     3  0.4890     0.6546 0.016 0.176 0.736 0.000 0.072
#> SRR934818     5  0.3803     0.7566 0.000 0.000 0.056 0.140 0.804
#> SRR934819     4  0.1410     0.9215 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR934820     4  0.2177     0.8936 0.008 0.000 0.004 0.908 0.080
#> SRR934821     3  0.2676     0.8411 0.000 0.000 0.884 0.036 0.080
#> SRR934822     1  0.1341     0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934823     4  0.1197     0.9016 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR934825     5  0.6095     0.0452 0.016 0.404 0.080 0.000 0.500
#> SRR934826     4  0.1792     0.9085 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR934827     3  0.4138     0.6545 0.000 0.000 0.708 0.016 0.276
#> SRR934828     5  0.0609     0.8456 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934829     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.1478     0.8518 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR934831     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934832     5  0.1478     0.8518 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR934833     5  0.2193     0.8044 0.000 0.000 0.008 0.092 0.900
#> SRR934834     1  0.0609     0.9530 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934835     3  0.5659     0.2482 0.016 0.368 0.564 0.000 0.052
#> SRR934836     1  0.1341     0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.1430     0.9236 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934839     2  0.3418     0.8984 0.016 0.856 0.072 0.000 0.056
#> SRR934840     2  0.3538     0.8936 0.016 0.848 0.080 0.000 0.056
#> SRR934841     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934842     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     4  0.3816     0.6096 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR934844     4  0.1430     0.9236 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.3479     0.8961 0.016 0.852 0.076 0.000 0.056
#> SRR934847     4  0.0404     0.9137 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934848     4  0.1357     0.9242 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> SRR934849     1  0.0510     0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934850     1  0.0510     0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934851     3  0.3882     0.7340 0.000 0.000 0.756 0.020 0.224
#> SRR934853     4  0.1478     0.8904 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR934852     3  0.2389     0.7780 0.000 0.116 0.880 0.000 0.004
#> SRR934854     4  0.3461     0.7382 0.000 0.000 0.004 0.772 0.224
#> SRR934856     4  0.1430     0.9236 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934858     1  0.1270     0.9400 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR934859     2  0.1934     0.9253 0.016 0.928 0.052 0.000 0.004
#> SRR934860     2  0.3538     0.8936 0.016 0.848 0.080 0.000 0.056
#> SRR934861     2  0.3538     0.8936 0.016 0.848 0.080 0.000 0.056
#> SRR934862     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.0671     0.9090 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR934864     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.2389     0.8626 0.000 0.000 0.004 0.880 0.116
#> SRR934866     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     3  0.4623     0.6873 0.016 0.148 0.764 0.000 0.072
#> SRR934868     2  0.3538     0.8936 0.016 0.848 0.080 0.000 0.056
#> SRR934869     3  0.1671     0.8481 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR934870     4  0.1270     0.9235 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934871     5  0.1041     0.8446 0.000 0.000 0.032 0.004 0.964
#> SRR934872     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.1568     0.8494 0.000 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR934874     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0865     0.9215 0.024 0.000 0.004 0.972 0.000
#> SRR934877     4  0.2230     0.8853 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR934878     3  0.4329     0.5983 0.000 0.000 0.672 0.016 0.312
#> SRR934879     3  0.1792     0.8450 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934880     4  0.1478     0.8904 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR934881     3  0.1828     0.8313 0.004 0.028 0.936 0.000 0.032
#> SRR934882     3  0.2234     0.8270 0.016 0.004 0.916 0.004 0.060
#> SRR934883     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.4390     0.6792 0.016 0.156 0.052 0.000 0.776
#> SRR934885     5  0.2791     0.7834 0.016 0.036 0.056 0.000 0.892
#> SRR934886     3  0.1469     0.8482 0.000 0.000 0.948 0.016 0.036
#> SRR934887     3  0.2659     0.8486 0.000 0.000 0.888 0.052 0.060
#> SRR934888     2  0.3418     0.8984 0.016 0.856 0.072 0.000 0.056
#> SRR934889     5  0.4817     0.6424 0.016 0.168 0.072 0.000 0.744
#> SRR934890     3  0.1792     0.8450 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934891     4  0.3160     0.7826 0.000 0.000 0.004 0.808 0.188
#> SRR934892     3  0.2659     0.8486 0.000 0.000 0.888 0.052 0.060
#> SRR934893     3  0.1197     0.8518 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.1544     0.8510 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934896     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934897     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     4  0.4054     0.7043 0.000 0.000 0.028 0.748 0.224
#> SRR934899     5  0.1608     0.8502 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR934900     3  0.1410     0.8513 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR934901     2  0.4291     0.0413 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR934902     3  0.1836     0.8531 0.000 0.000 0.932 0.036 0.032
#> SRR934903     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.1597     0.9002 0.012 0.000 0.048 0.940 0.000
#> SRR934906     4  0.1893     0.8976 0.000 0.000 0.048 0.928 0.024
#> SRR934907     5  0.1544     0.8510 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934908     5  0.1043     0.8267 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR934909     3  0.3674     0.7591 0.016 0.076 0.840 0.000 0.068
#> SRR934910     5  0.1082     0.8357 0.000 0.028 0.008 0.000 0.964
#> SRR934911     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.3470     0.7784 0.016 0.052 0.852 0.000 0.080
#> SRR934913     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.1430     0.9236 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934915     3  0.4232     0.6071 0.000 0.000 0.676 0.012 0.312
#> SRR934916     1  0.0510     0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934917     2  0.3479     0.8961 0.016 0.852 0.076 0.000 0.056
#> SRR934918     3  0.1121     0.8524 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR934919     5  0.1357     0.8413 0.000 0.000 0.048 0.004 0.948
#> SRR934920     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934921     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     5  0.1894     0.8485 0.000 0.000 0.072 0.008 0.920
#> SRR934924     5  0.1965     0.8008 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR934923     1  0.0510     0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934925     5  0.2136     0.8437 0.000 0.000 0.088 0.008 0.904
#> SRR934926     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.1365     0.8418 0.000 0.004 0.952 0.004 0.040
#> SRR934928     4  0.0963     0.9027 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR934929     4  0.5272     0.2892 0.000 0.000 0.052 0.552 0.396
#> SRR934930     3  0.2300     0.8530 0.000 0.000 0.908 0.052 0.040
#> SRR934931     5  0.1544     0.8510 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934932     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.4751     0.6324 0.016 0.204 0.732 0.000 0.048
#> SRR934936     3  0.2464     0.8327 0.000 0.000 0.888 0.016 0.096
#> SRR934933     1  0.1877     0.9269 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR934937     3  0.1732     0.8469 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934938     3  0.2588     0.8496 0.000 0.000 0.892 0.048 0.060
#> SRR934939     4  0.2020     0.8555 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR934940     5  0.2011     0.8450 0.000 0.000 0.088 0.004 0.908
#> SRR934941     5  0.6498     0.2435 0.000 0.000 0.196 0.352 0.452
#> SRR934942     5  0.1704     0.8510 0.000 0.000 0.068 0.004 0.928
#> SRR934943     5  0.4925     0.6233 0.016 0.180 0.072 0.000 0.732
#> SRR934944     4  0.1608     0.9173 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR934945     5  0.1908     0.8038 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR934946     5  0.1704     0.8507 0.000 0.000 0.068 0.004 0.928
#> SRR934947     1  0.4273     0.1654 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR934948     3  0.1792     0.8450 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934949     2  0.3538     0.8936 0.016 0.848 0.080 0.000 0.056
#> SRR934950     4  0.3649     0.7943 0.000 0.000 0.040 0.808 0.152
#> SRR934951     4  0.1357     0.9242 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> SRR934953     5  0.2899     0.8254 0.028 0.000 0.096 0.004 0.872
#> SRR934952     2  0.0290     0.9381 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934954     2  0.2499     0.9196 0.016 0.908 0.036 0.000 0.040
#> SRR934955     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934956     3  0.2727     0.8207 0.000 0.000 0.868 0.016 0.116
#> SRR934957     4  0.4624     0.6895 0.000 0.000 0.096 0.740 0.164
#> SRR934958     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.1197     0.9016 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR934960     4  0.1341     0.9225 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR934961     2  0.3159     0.9055 0.016 0.872 0.056 0.000 0.056
#> SRR934962     2  0.2173     0.9232 0.016 0.920 0.052 0.000 0.012
#> SRR934963     3  0.3563     0.7493 0.000 0.000 0.780 0.012 0.208
#> SRR934964     3  0.3912     0.7311 0.000 0.000 0.752 0.020 0.228
#> SRR934965     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.1410     0.8513 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR934968     3  0.1732     0.8469 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934969     4  0.1270     0.9235 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934970     4  0.2074     0.8953 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR934971     3  0.2635     0.8114 0.016 0.000 0.888 0.008 0.088
#> SRR934972     4  0.1197     0.9016 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR934973     3  0.1410     0.8513 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR934974     3  0.4074     0.4865 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR934975     5  0.6492     0.2550 0.000 0.000 0.196 0.348 0.456
#> SRR934976     5  0.3274     0.7159 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR934977     1  0.0510     0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934978     3  0.3003     0.8385 0.000 0.000 0.864 0.044 0.092
#> SRR934979     2  0.3479     0.8961 0.016 0.852 0.076 0.000 0.056
#> SRR934980     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934981     3  0.3639     0.7695 0.000 0.000 0.792 0.024 0.184
#> SRR934982     1  0.0510     0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934983     4  0.2127     0.8923 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR934984     2  0.3538     0.8936 0.016 0.848 0.080 0.000 0.056
#> SRR934985     5  0.3949     0.5446 0.000 0.000 0.004 0.300 0.696
#> SRR934986     1  0.4235     0.2511 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR934987     5  0.1768     0.8501 0.000 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR934988     3  0.1792     0.8450 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934989     1  0.0912     0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934990     3  0.1732     0.8469 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.3123     0.8111 0.076 0.000 0.000 0.836 0.000 0.088
#> SRR934718     1  0.2513     0.8150 0.852 0.000 0.000 0.140 0.000 0.008
#> SRR934719     3  0.4704     0.5645 0.000 0.000 0.684 0.160 0.000 0.156
#> SRR934720     1  0.2118     0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934721     4  0.5095     0.7046 0.016 0.000 0.156 0.672 0.000 0.156
#> SRR934722     5  0.1353     0.8087 0.000 0.000 0.024 0.012 0.952 0.012
#> SRR934723     1  0.0767     0.8691 0.976 0.000 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR934724     4  0.2491     0.8178 0.000 0.000 0.020 0.868 0.000 0.112
#> SRR934725     4  0.2001     0.8171 0.016 0.000 0.000 0.920 0.020 0.044
#> SRR934726     4  0.4788     0.6882 0.016 0.000 0.008 0.716 0.176 0.084
#> SRR934727     1  0.2810     0.7973 0.832 0.000 0.000 0.156 0.004 0.008
#> SRR934728     4  0.1503     0.8246 0.016 0.000 0.000 0.944 0.008 0.032
#> SRR934729     5  0.2234     0.7813 0.000 0.004 0.000 0.000 0.872 0.124
#> SRR934730     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.2527     0.8182 0.000 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> SRR934732     6  0.4246     0.6009 0.000 0.452 0.016 0.000 0.000 0.532
#> SRR934733     4  0.2622     0.8071 0.024 0.000 0.000 0.888 0.044 0.044
#> SRR934734     1  0.2118     0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934735     1  0.3404     0.6786 0.744 0.000 0.000 0.248 0.004 0.004
#> SRR934736     1  0.2020     0.8626 0.896 0.000 0.000 0.000 0.008 0.096
#> SRR934737     6  0.3833     0.6295 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR934738     4  0.2001     0.8171 0.016 0.000 0.000 0.920 0.020 0.044
#> SRR934740     1  0.2118     0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934739     2  0.0146     0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934741     5  0.6089    -0.0844 0.000 0.308 0.000 0.000 0.392 0.300
#> SRR934742     4  0.3252     0.7769 0.128 0.000 0.000 0.828 0.012 0.032
#> SRR934743     1  0.1003     0.8674 0.964 0.000 0.000 0.004 0.004 0.028
#> SRR934744     3  0.1204     0.7968 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR934745     5  0.1483     0.8117 0.000 0.000 0.008 0.012 0.944 0.036
#> SRR934746     6  0.3823     0.6385 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR934747     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.4496     0.6055 0.000 0.000 0.708 0.136 0.000 0.156
#> SRR934750     2  0.0692     0.8621 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR934749     4  0.5062     0.7089 0.016 0.000 0.152 0.676 0.000 0.156
#> SRR934751     1  0.2633     0.8292 0.864 0.000 0.000 0.112 0.004 0.020
#> SRR934752     4  0.1693     0.8146 0.004 0.000 0.000 0.932 0.020 0.044
#> SRR934753     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.1078     0.8252 0.016 0.000 0.000 0.964 0.008 0.012
#> SRR934755     3  0.0547     0.8048 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934756     4  0.3386     0.7386 0.176 0.000 0.000 0.796 0.012 0.016
#> SRR934757     4  0.5093     0.7069 0.000 0.000 0.136 0.704 0.052 0.108
#> SRR934758     1  0.3954     0.5732 0.684 0.000 0.000 0.296 0.004 0.016
#> SRR934759     1  0.2118     0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934760     2  0.2933     0.5389 0.000 0.796 0.000 0.004 0.000 0.200
#> SRR934761     3  0.2911     0.7473 0.000 0.000 0.832 0.000 0.024 0.144
#> SRR934762     4  0.1913     0.8184 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR934763     4  0.2195     0.8204 0.000 0.000 0.016 0.904 0.012 0.068
#> SRR934764     4  0.0976     0.8257 0.016 0.000 0.000 0.968 0.008 0.008
#> SRR934765     1  0.1500     0.8556 0.936 0.000 0.052 0.000 0.000 0.012
#> SRR934766     4  0.2134     0.8226 0.044 0.000 0.000 0.904 0.000 0.052
#> SRR934767     1  0.2118     0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934768     1  0.1219     0.8650 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR934769     5  0.2007     0.8063 0.000 0.000 0.032 0.012 0.920 0.036
#> SRR934770     1  0.2513     0.8150 0.852 0.000 0.000 0.140 0.000 0.008
#> SRR934772     5  0.2146     0.7901 0.000 0.000 0.004 0.000 0.880 0.116
#> SRR934771     4  0.5143     0.7075 0.020 0.000 0.152 0.672 0.000 0.156
#> SRR934773     1  0.2118     0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934774     3  0.2912     0.7899 0.000 0.000 0.856 0.012 0.104 0.028
#> SRR934775     4  0.3215     0.8216 0.072 0.000 0.000 0.828 0.000 0.100
#> SRR934776     4  0.4513     0.6163 0.000 0.000 0.004 0.700 0.212 0.084
#> SRR934777     4  0.2277     0.8249 0.032 0.000 0.000 0.892 0.000 0.076
#> SRR934778     5  0.3104     0.7808 0.000 0.000 0.004 0.068 0.844 0.084
#> SRR934779     1  0.2070     0.8617 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR934780     5  0.4664     0.5134 0.000 0.000 0.264 0.012 0.668 0.056
#> SRR934781     2  0.0146     0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0146     0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.2199     0.8199 0.000 0.000 0.020 0.892 0.000 0.088
#> SRR934784     2  0.1863     0.7452 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR934785     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.2513     0.8150 0.852 0.000 0.000 0.140 0.000 0.008
#> SRR934787     1  0.2538     0.8241 0.860 0.000 0.000 0.124 0.000 0.016
#> SRR934788     4  0.3193     0.7845 0.124 0.000 0.000 0.824 0.000 0.052
#> SRR934789     4  0.1492     0.8286 0.024 0.000 0.000 0.940 0.000 0.036
#> SRR934790     3  0.0865     0.8020 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934791     4  0.1779     0.8298 0.016 0.000 0.000 0.920 0.000 0.064
#> SRR934792     5  0.5741     0.0175 0.000 0.000 0.372 0.000 0.456 0.172
#> SRR934793     1  0.2118     0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934794     2  0.0146     0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.1913     0.8184 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR934796     1  0.2513     0.8150 0.852 0.000 0.000 0.140 0.000 0.008
#> SRR934797     1  0.2118     0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934798     1  0.0547     0.8695 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR934799     4  0.2912     0.8118 0.072 0.000 0.000 0.852 0.000 0.076
#> SRR934800     6  0.3828     0.6342 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR934801     6  0.3847     0.6032 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR934802     2  0.5794    -0.4004 0.000 0.436 0.000 0.000 0.180 0.384
#> SRR934803     1  0.1629     0.8620 0.940 0.000 0.024 0.004 0.004 0.028
#> SRR934804     5  0.2790     0.7280 0.000 0.000 0.140 0.000 0.840 0.020
#> SRR934805     4  0.1719     0.8288 0.016 0.000 0.000 0.924 0.000 0.060
#> SRR934806     4  0.6096     0.6703 0.084 0.000 0.156 0.604 0.000 0.156
#> SRR934807     5  0.1503     0.8078 0.000 0.000 0.008 0.016 0.944 0.032
#> SRR934809     4  0.2070     0.8238 0.000 0.000 0.008 0.892 0.000 0.100
#> SRR934810     4  0.3410     0.7542 0.000 0.000 0.004 0.820 0.100 0.076
#> SRR934811     5  0.1410     0.8092 0.000 0.000 0.008 0.004 0.944 0.044
#> SRR934808     4  0.2563     0.7901 0.000 0.000 0.004 0.880 0.076 0.040
#> SRR934812     1  0.2070     0.8617 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR934813     3  0.2623     0.7557 0.000 0.000 0.852 0.000 0.016 0.132
#> SRR934814     4  0.2001     0.8171 0.016 0.000 0.000 0.920 0.020 0.044
#> SRR934815     5  0.2196     0.7916 0.000 0.000 0.004 0.004 0.884 0.108
#> SRR934816     2  0.3151     0.4152 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR934817     6  0.4931     0.3392 0.000 0.064 0.356 0.000 0.004 0.576
#> SRR934818     5  0.3834     0.6877 0.000 0.000 0.008 0.172 0.772 0.048
#> SRR934819     4  0.2699     0.7877 0.124 0.000 0.000 0.856 0.012 0.008
#> SRR934820     4  0.2420     0.7982 0.000 0.000 0.000 0.884 0.040 0.076
#> SRR934821     3  0.3219     0.7639 0.000 0.000 0.820 0.012 0.148 0.020
#> SRR934822     1  0.2544     0.8155 0.852 0.000 0.000 0.140 0.004 0.004
#> SRR934823     4  0.5176     0.7036 0.020 0.000 0.156 0.668 0.000 0.156
#> SRR934825     6  0.5884     0.2345 0.000 0.156 0.008 0.000 0.380 0.456
#> SRR934826     4  0.2036     0.8187 0.064 0.000 0.000 0.912 0.008 0.016
#> SRR934827     3  0.5396     0.4362 0.024 0.000 0.572 0.012 0.348 0.044
#> SRR934828     5  0.1788     0.8044 0.000 0.000 0.004 0.004 0.916 0.076
#> SRR934829     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.1845     0.8090 0.000 0.000 0.008 0.004 0.916 0.072
#> SRR934831     1  0.2118     0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934832     5  0.1787     0.8094 0.000 0.000 0.008 0.004 0.920 0.068
#> SRR934833     5  0.3107     0.7502 0.000 0.000 0.000 0.116 0.832 0.052
#> SRR934834     1  0.1642     0.8593 0.936 0.000 0.000 0.004 0.028 0.032
#> SRR934835     6  0.5463     0.4552 0.000 0.148 0.312 0.000 0.000 0.540
#> SRR934836     1  0.2877     0.7856 0.820 0.000 0.000 0.168 0.000 0.012
#> SRR934837     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.2197     0.8229 0.044 0.000 0.000 0.900 0.000 0.056
#> SRR934839     6  0.3828     0.6342 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR934840     6  0.4261     0.6571 0.000 0.408 0.020 0.000 0.000 0.572
#> SRR934841     1  0.2070     0.8617 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR934842     2  0.0146     0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934843     4  0.4450     0.6306 0.236 0.000 0.000 0.700 0.012 0.052
#> SRR934844     4  0.2856     0.8110 0.076 0.000 0.000 0.856 0.000 0.068
#> SRR934845     2  0.0146     0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934846     6  0.3823     0.6385 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR934847     4  0.2696     0.8185 0.000 0.000 0.028 0.856 0.000 0.116
#> SRR934848     4  0.1594     0.8283 0.016 0.000 0.000 0.932 0.000 0.052
#> SRR934849     1  0.0405     0.8702 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR934850     1  0.0653     0.8702 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR934851     3  0.3859     0.6559 0.000 0.000 0.720 0.012 0.256 0.012
#> SRR934853     4  0.5150     0.6698 0.000 0.000 0.188 0.624 0.000 0.188
#> SRR934852     3  0.3900     0.6570 0.000 0.048 0.764 0.000 0.008 0.180
#> SRR934854     4  0.4918     0.4117 0.000 0.000 0.000 0.596 0.320 0.084
#> SRR934856     4  0.2197     0.8229 0.044 0.000 0.000 0.900 0.000 0.056
#> SRR934858     1  0.2070     0.8401 0.892 0.000 0.000 0.100 0.000 0.008
#> SRR934859     2  0.3747    -0.1694 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR934860     6  0.4261     0.6571 0.000 0.408 0.020 0.000 0.000 0.572
#> SRR934861     6  0.4269     0.6550 0.000 0.412 0.020 0.000 0.000 0.568
#> SRR934862     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.2294     0.8194 0.000 0.000 0.020 0.896 0.008 0.076
#> SRR934864     2  0.0146     0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.4732     0.5567 0.000 0.000 0.004 0.664 0.248 0.084
#> SRR934866     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     6  0.4900     0.3112 0.000 0.052 0.364 0.000 0.008 0.576
#> SRR934868     6  0.4261     0.6571 0.000 0.408 0.020 0.000 0.000 0.572
#> SRR934869     3  0.2346     0.7567 0.000 0.000 0.868 0.008 0.000 0.124
#> SRR934870     4  0.1194     0.8228 0.004 0.000 0.000 0.956 0.008 0.032
#> SRR934871     5  0.2053     0.7936 0.000 0.000 0.004 0.000 0.888 0.108
#> SRR934872     2  0.0146     0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.2988     0.7467 0.000 0.000 0.824 0.000 0.024 0.152
#> SRR934874     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.1594     0.8283 0.016 0.000 0.000 0.932 0.000 0.052
#> SRR934877     4  0.3392     0.7749 0.128 0.000 0.000 0.820 0.012 0.040
#> SRR934878     3  0.4559     0.2788 0.000 0.000 0.528 0.012 0.444 0.016
#> SRR934879     3  0.1753     0.7855 0.000 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR934880     4  0.5093     0.6700 0.000 0.000 0.192 0.632 0.000 0.176
#> SRR934881     3  0.3750     0.6687 0.000 0.020 0.764 0.000 0.016 0.200
#> SRR934882     3  0.4361     0.2519 0.000 0.000 0.552 0.000 0.024 0.424
#> SRR934883     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.4629     0.2326 0.000 0.040 0.000 0.000 0.524 0.436
#> SRR934885     5  0.3971     0.3020 0.000 0.004 0.000 0.000 0.548 0.448
#> SRR934886     3  0.2706     0.7625 0.000 0.000 0.852 0.000 0.024 0.124
#> SRR934887     3  0.1605     0.8084 0.000 0.000 0.940 0.012 0.032 0.016
#> SRR934888     6  0.4212     0.6364 0.000 0.424 0.000 0.000 0.016 0.560
#> SRR934889     6  0.4640     0.2280 0.000 0.044 0.004 0.000 0.348 0.604
#> SRR934890     3  0.2218     0.7690 0.000 0.000 0.884 0.012 0.000 0.104
#> SRR934891     4  0.5168     0.3489 0.000 0.000 0.004 0.564 0.344 0.088
#> SRR934892     3  0.2554     0.7980 0.000 0.000 0.880 0.012 0.088 0.020
#> SRR934893     3  0.0363     0.8051 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934894     2  0.0146     0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.1053     0.8098 0.000 0.000 0.020 0.012 0.964 0.004
#> SRR934896     1  0.2118     0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934897     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     4  0.5133     0.2597 0.000 0.000 0.004 0.536 0.384 0.076
#> SRR934899     5  0.1624     0.8021 0.000 0.000 0.044 0.012 0.936 0.008
#> SRR934900     3  0.0713     0.8029 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934901     2  0.5123     0.0553 0.000 0.508 0.000 0.000 0.408 0.084
#> SRR934902     3  0.1950     0.7946 0.000 0.000 0.912 0.000 0.024 0.064
#> SRR934903     2  0.0146     0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.6586     0.5204 0.076 0.000 0.260 0.508 0.000 0.156
#> SRR934906     4  0.4643     0.7528 0.000 0.000 0.116 0.716 0.012 0.156
#> SRR934907     5  0.1409     0.8065 0.000 0.000 0.032 0.012 0.948 0.008
#> SRR934908     5  0.2100     0.7861 0.000 0.004 0.000 0.000 0.884 0.112
#> SRR934909     6  0.4546     0.2340 0.000 0.020 0.388 0.000 0.012 0.580
#> SRR934910     5  0.1897     0.7992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.908 0.084
#> SRR934911     2  0.0146     0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934912     6  0.4607     0.2420 0.000 0.028 0.392 0.000 0.008 0.572
#> SRR934913     2  0.0146     0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.2451     0.8184 0.060 0.000 0.000 0.884 0.000 0.056
#> SRR934915     3  0.4462     0.4647 0.000 0.000 0.612 0.012 0.356 0.020
#> SRR934916     1  0.1313     0.8664 0.952 0.000 0.000 0.016 0.004 0.028
#> SRR934917     6  0.3828     0.6342 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR934918     3  0.0692     0.8053 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR934919     5  0.3534     0.6922 0.000 0.000 0.016 0.000 0.740 0.244
#> SRR934920     1  0.2118     0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934921     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     5  0.2084     0.8006 0.000 0.000 0.024 0.016 0.916 0.044
#> SRR934924     5  0.2948     0.7681 0.060 0.000 0.000 0.000 0.848 0.092
#> SRR934923     1  0.1003     0.8674 0.964 0.000 0.000 0.004 0.004 0.028
#> SRR934925     5  0.2081     0.8047 0.000 0.000 0.036 0.012 0.916 0.036
#> SRR934926     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.3163     0.7475 0.000 0.000 0.820 0.000 0.040 0.140
#> SRR934928     4  0.4261     0.7592 0.000 0.000 0.112 0.732 0.000 0.156
#> SRR934929     5  0.5271     0.2469 0.000 0.000 0.012 0.380 0.536 0.072
#> SRR934930     3  0.1930     0.8066 0.000 0.000 0.924 0.012 0.036 0.028
#> SRR934931     5  0.1426     0.8070 0.000 0.000 0.008 0.016 0.948 0.028
#> SRR934932     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.5152    -0.1075 0.000 0.084 0.468 0.000 0.000 0.448
#> SRR934936     3  0.4380     0.6875 0.000 0.000 0.716 0.012 0.216 0.056
#> SRR934933     1  0.3716     0.8211 0.828 0.000 0.012 0.084 0.040 0.036
#> SRR934937     3  0.1141     0.7975 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934938     3  0.1686     0.8051 0.000 0.000 0.924 0.000 0.064 0.012
#> SRR934939     4  0.5951     0.6030 0.000 0.000 0.216 0.580 0.036 0.168
#> SRR934940     5  0.1693     0.8110 0.000 0.000 0.020 0.012 0.936 0.032
#> SRR934941     5  0.6489     0.4330 0.000 0.000 0.132 0.248 0.532 0.088
#> SRR934942     5  0.1275     0.8107 0.000 0.000 0.016 0.012 0.956 0.016
#> SRR934943     6  0.4675     0.1836 0.000 0.052 0.000 0.000 0.368 0.580
#> SRR934944     4  0.4430     0.7844 0.128 0.000 0.008 0.744 0.004 0.116
#> SRR934945     5  0.2826     0.7740 0.052 0.000 0.000 0.000 0.856 0.092
#> SRR934946     5  0.1503     0.8059 0.000 0.000 0.008 0.016 0.944 0.032
#> SRR934947     1  0.4602    -0.0598 0.484 0.000 0.000 0.484 0.004 0.028
#> SRR934948     3  0.1958     0.7767 0.000 0.000 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR934949     6  0.4261     0.6571 0.000 0.408 0.020 0.000 0.000 0.572
#> SRR934950     4  0.5528     0.3468 0.000 0.000 0.024 0.556 0.336 0.084
#> SRR934951     4  0.3663     0.8015 0.072 0.000 0.004 0.796 0.000 0.128
#> SRR934953     5  0.4069     0.7353 0.056 0.000 0.092 0.012 0.804 0.036
#> SRR934952     2  0.1152     0.8295 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR934954     2  0.3789    -0.2446 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR934955     1  0.2070     0.8617 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR934956     3  0.3845     0.7126 0.000 0.000 0.756 0.012 0.204 0.028
#> SRR934957     4  0.6195     0.2687 0.000 0.000 0.080 0.504 0.340 0.076
#> SRR934958     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.5127     0.7009 0.016 0.000 0.160 0.668 0.000 0.156
#> SRR934960     4  0.1173     0.8246 0.016 0.000 0.000 0.960 0.008 0.016
#> SRR934961     6  0.3847     0.6032 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR934962     2  0.3804    -0.2775 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR934963     3  0.4192     0.7019 0.004 0.000 0.740 0.012 0.204 0.040
#> SRR934964     3  0.3735     0.6923 0.000 0.000 0.748 0.008 0.224 0.020
#> SRR934965     2  0.0000     0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0146     0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.1531     0.7934 0.000 0.000 0.928 0.004 0.000 0.068
#> SRR934968     3  0.1141     0.7975 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934969     4  0.1503     0.8246 0.016 0.000 0.000 0.944 0.008 0.032
#> SRR934970     4  0.3432     0.7683 0.148 0.000 0.000 0.800 0.000 0.052
#> SRR934971     6  0.4264    -0.0826 0.000 0.000 0.484 0.000 0.016 0.500
#> SRR934972     4  0.5554     0.6920 0.040 0.000 0.160 0.644 0.000 0.156
#> SRR934973     3  0.0260     0.8051 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934974     3  0.4671     0.5700 0.000 0.000 0.688 0.160 0.000 0.152
#> SRR934975     5  0.6458     0.4392 0.000 0.000 0.128 0.248 0.536 0.088
#> SRR934976     5  0.4728     0.4219 0.000 0.340 0.000 0.004 0.604 0.052
#> SRR934977     1  0.0717     0.8695 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR934978     3  0.2020     0.7996 0.000 0.000 0.896 0.000 0.096 0.008
#> SRR934979     6  0.3828     0.6342 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR934980     1  0.2165     0.8601 0.884 0.000 0.000 0.000 0.008 0.108
#> SRR934981     3  0.3487     0.7188 0.000 0.000 0.776 0.012 0.200 0.012
#> SRR934982     1  0.1693     0.8686 0.932 0.000 0.000 0.020 0.004 0.044
#> SRR934983     4  0.2975     0.7812 0.132 0.000 0.000 0.840 0.012 0.016
#> SRR934984     6  0.4326     0.6562 0.000 0.404 0.024 0.000 0.000 0.572
#> SRR934985     5  0.4941     0.0750 0.000 0.000 0.000 0.444 0.492 0.064
#> SRR934986     1  0.4184     0.0289 0.504 0.000 0.000 0.484 0.000 0.012
#> SRR934987     5  0.1364     0.8112 0.000 0.000 0.016 0.012 0.952 0.020
#> SRR934988     3  0.1806     0.7829 0.000 0.000 0.908 0.004 0.000 0.088
#> SRR934989     1  0.2118     0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934990     3  0.1141     0.7975 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:skmeans*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 5.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.990       0.996         0.5011 0.499   0.499
#> 3 3 0.741           0.773       0.889         0.2892 0.825   0.662
#> 4 4 0.863           0.911       0.945         0.1348 0.844   0.602
#> 5 5 0.930           0.905       0.957         0.0734 0.917   0.704
#> 6 6 0.838           0.748       0.858         0.0385 0.953   0.789

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934719     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934722     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934723     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934724     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934725     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934730     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934731     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934733     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934742     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934744     1  0.1843      0.968 0.972 0.028
#> SRR934745     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934750     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934755     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934756     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934757     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934758     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934766     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934771     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934774     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934775     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934776     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934778     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934779     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934780     2  0.3431      0.932 0.064 0.936
#> SRR934781     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934790     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934791     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934793     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934807     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934809     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934810     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934811     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934808     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934815     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934816     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934818     1  0.0672      0.987 0.992 0.008
#> SRR934819     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934821     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934822     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934827     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934828     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934829     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934830     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934832     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934833     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934834     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934851     2  0.3879      0.918 0.076 0.924
#> SRR934853     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934854     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934856     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934869     1  0.7299      0.748 0.796 0.204
#> SRR934870     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934871     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934872     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934873     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934874     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934878     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934879     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934880     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934881     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934882     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934883     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934885     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934886     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934887     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934888     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934890     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934891     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934892     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934893     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934898     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934899     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934900     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934902     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934906     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934907     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934908     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934913     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934915     2  0.0376      0.993 0.004 0.996
#> SRR934916     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934919     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934920     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934922     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934924     2  0.2778      0.949 0.048 0.952
#> SRR934923     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934926     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934928     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934929     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934930     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934931     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934936     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934933     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934937     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934938     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934939     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934940     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934941     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934942     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934943     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934945     2  0.0672      0.989 0.008 0.992
#> SRR934946     1  0.1184      0.979 0.984 0.016
#> SRR934947     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934948     1  0.0376      0.991 0.996 0.004
#> SRR934949     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934950     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934951     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934956     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934957     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934958     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934959     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934960     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934963     2  0.0938      0.986 0.012 0.988
#> SRR934964     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934967     1  0.7056      0.766 0.808 0.192
#> SRR934968     1  0.8713      0.591 0.708 0.292
#> SRR934969     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934972     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934973     2  0.7139      0.756 0.196 0.804
#> SRR934974     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934975     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934976     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934978     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934979     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934981     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934982     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934985     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934986     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934988     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0000      0.994 1.000 0.000
#> SRR934990     1  0.2423      0.955 0.960 0.040

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934718     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721     1  0.6307     0.4571 0.512 0.000 0.488
#> SRR934722     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934723     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724     1  0.6305     0.4654 0.516 0.000 0.484
#> SRR934725     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934726     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934729     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     1  0.6305     0.4654 0.516 0.000 0.484
#> SRR934732     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733     1  0.2356     0.7886 0.928 0.000 0.072
#> SRR934734     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934740     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749     1  0.6307     0.4571 0.512 0.000 0.488
#> SRR934751     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934753     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934755     3  0.5650     0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934756     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757     3  0.3816     0.5766 0.148 0.000 0.852
#> SRR934758     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761     3  0.6307     0.1242 0.000 0.488 0.512
#> SRR934762     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934763     1  0.6079     0.6215 0.612 0.000 0.388
#> SRR934764     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934765     1  0.3816     0.6705 0.852 0.000 0.148
#> SRR934766     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934767     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772     2  0.3116     0.8359 0.108 0.892 0.000
#> SRR934771     1  0.6307     0.4571 0.512 0.000 0.488
#> SRR934773     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775     1  0.3879     0.7652 0.848 0.000 0.152
#> SRR934776     1  0.5968     0.6527 0.636 0.000 0.364
#> SRR934777     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934778     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934779     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783     1  0.6305     0.4654 0.516 0.000 0.484
#> SRR934784     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934790     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934792     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934796     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934800     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934805     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934806     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934807     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934809     1  0.6305     0.4654 0.516 0.000 0.484
#> SRR934810     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934811     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934808     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934812     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.6291     0.1907 0.000 0.468 0.532
#> SRR934814     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934815     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934816     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934818     1  0.7809     0.5802 0.568 0.060 0.372
#> SRR934819     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934820     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934821     3  0.5178     0.6251 0.000 0.256 0.744
#> SRR934822     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823     1  0.6307     0.4571 0.512 0.000 0.488
#> SRR934825     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827     1  0.5560     0.3964 0.700 0.000 0.300
#> SRR934828     2  0.1860     0.9045 0.052 0.948 0.000
#> SRR934829     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830     2  0.2959     0.8314 0.000 0.900 0.100
#> SRR934831     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934833     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934834     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934839     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934845     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847     1  0.6305     0.4654 0.516 0.000 0.484
#> SRR934848     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934849     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.4618     0.6732 0.136 0.024 0.840
#> SRR934853     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852     2  0.1031     0.9369 0.000 0.976 0.024
#> SRR934854     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934856     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934858     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863     1  0.6305     0.4654 0.516 0.000 0.484
#> SRR934864     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     1  0.6305     0.4654 0.516 0.000 0.484
#> SRR934866     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934871     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934872     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     3  0.7001     0.4794 0.032 0.340 0.628
#> SRR934874     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934877     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.5621     0.5588 0.000 0.308 0.692
#> SRR934879     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881     2  0.3752     0.7887 0.000 0.856 0.144
#> SRR934882     2  0.0237     0.9570 0.000 0.996 0.004
#> SRR934883     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934886     3  0.6168     0.3475 0.000 0.412 0.588
#> SRR934887     3  0.0237     0.7815 0.000 0.004 0.996
#> SRR934888     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934890     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891     1  0.6302     0.4730 0.520 0.000 0.480
#> SRR934892     3  0.4399     0.6957 0.000 0.188 0.812
#> SRR934893     3  0.5650     0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934894     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934896     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898     3  0.5948    -0.0207 0.360 0.000 0.640
#> SRR934899     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934900     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902     3  0.5650     0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934903     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     3  0.6308    -0.4278 0.492 0.000 0.508
#> SRR934906     3  0.6180    -0.2251 0.416 0.000 0.584
#> SRR934907     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934908     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934910     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934915     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     3  0.5650     0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934919     2  0.3686     0.7939 0.140 0.860 0.000
#> SRR934920     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     3  0.1163     0.7728 0.000 0.028 0.972
#> SRR934924     2  0.6295     0.2391 0.472 0.528 0.000
#> SRR934923     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     2  0.6235     0.1285 0.000 0.564 0.436
#> SRR934928     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934930     3  0.5650     0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934931     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     2  0.6026     0.3170 0.000 0.624 0.376
#> SRR934936     2  0.5678     0.4709 0.000 0.684 0.316
#> SRR934933     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938     3  0.5650     0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934939     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934941     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934943     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934945     2  0.5785     0.5122 0.332 0.668 0.000
#> SRR934946     1  0.8817     0.4680 0.500 0.120 0.380
#> SRR934947     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934953     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.6299     0.1649 0.000 0.476 0.524
#> SRR934957     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     3  0.6309    -0.4367 0.496 0.000 0.504
#> SRR934960     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934961     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963     2  0.8762     0.2145 0.404 0.484 0.112
#> SRR934964     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934970     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971     2  0.6045     0.3056 0.000 0.620 0.380
#> SRR934972     1  0.6307     0.4571 0.512 0.000 0.488
#> SRR934973     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.5650     0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934979     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.5650     0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934982     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985     1  0.5650     0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934986     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000     0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934988     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000     0.7828 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     4  0.3542      0.889 0.120 0.000 0.028 0.852
#> SRR934718     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.2469      0.807 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934720     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.3157      0.893 0.004 0.000 0.144 0.852
#> SRR934722     2  0.1042      0.950 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR934723     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.2999      0.899 0.004 0.000 0.132 0.864
#> SRR934725     4  0.0707      0.913 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934726     4  0.4776      0.512 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR934727     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.2546      0.917 0.060 0.000 0.028 0.912
#> SRR934729     2  0.0592      0.956 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934730     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.2999      0.899 0.004 0.000 0.132 0.864
#> SRR934732     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934733     4  0.0921      0.911 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934734     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738     4  0.0707      0.913 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934740     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0188      0.962 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934742     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0336      0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934745     1  0.0707      0.963 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934746     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.0336      0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934750     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.3157      0.893 0.004 0.000 0.144 0.852
#> SRR934751     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.0592      0.912 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934753     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.2032      0.920 0.036 0.000 0.028 0.936
#> SRR934755     3  0.0592      0.900 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934756     1  0.4999     -0.141 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR934757     4  0.2973      0.893 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934758     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.3074      0.842 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR934762     4  0.0707      0.913 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934763     4  0.3047      0.906 0.012 0.000 0.116 0.872
#> SRR934764     4  0.2214      0.919 0.044 0.000 0.028 0.928
#> SRR934765     1  0.0188      0.978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934766     4  0.3367      0.896 0.108 0.000 0.028 0.864
#> SRR934767     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0927      0.952 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR934770     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     2  0.3196      0.848 0.000 0.856 0.008 0.136
#> SRR934771     4  0.3157      0.893 0.004 0.000 0.144 0.852
#> SRR934773     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0336      0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934775     4  0.3672      0.854 0.164 0.000 0.012 0.824
#> SRR934776     4  0.0000      0.906 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777     4  0.3547      0.908 0.072 0.000 0.064 0.864
#> SRR934778     4  0.0336      0.902 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934779     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.0469      0.898 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934781     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.2944      0.901 0.004 0.000 0.128 0.868
#> SRR934784     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.3907      0.776 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR934789     4  0.3367      0.896 0.108 0.000 0.028 0.864
#> SRR934790     3  0.0336      0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934791     4  0.1724      0.919 0.032 0.000 0.020 0.948
#> SRR934792     2  0.0336      0.960 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934793     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.0707      0.913 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934796     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.3542      0.889 0.120 0.000 0.028 0.852
#> SRR934800     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0524      0.958 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR934805     4  0.3279      0.911 0.032 0.000 0.096 0.872
#> SRR934806     1  0.1743      0.921 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR934807     2  0.4647      0.650 0.000 0.704 0.008 0.288
#> SRR934809     4  0.2714      0.906 0.004 0.000 0.112 0.884
#> SRR934810     4  0.0592      0.912 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934811     2  0.3351      0.835 0.000 0.844 0.008 0.148
#> SRR934808     4  0.2984      0.909 0.084 0.000 0.028 0.888
#> SRR934812     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.3024      0.845 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR934814     4  0.0707      0.913 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934815     2  0.3196      0.848 0.000 0.856 0.008 0.136
#> SRR934816     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.1867      0.897 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR934818     4  0.0336      0.907 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934819     4  0.3942      0.771 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR934820     4  0.0592      0.912 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934821     3  0.0336      0.900 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934822     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.3157      0.893 0.004 0.000 0.144 0.852
#> SRR934825     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826     4  0.2921      0.876 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR934827     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828     2  0.3351      0.835 0.000 0.844 0.008 0.148
#> SRR934829     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     2  0.4295      0.721 0.000 0.752 0.008 0.240
#> SRR934831     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     2  0.3351      0.835 0.000 0.844 0.008 0.148
#> SRR934833     4  0.0336      0.902 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934834     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.3367      0.896 0.108 0.000 0.028 0.864
#> SRR934839     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844     4  0.3542      0.889 0.120 0.000 0.028 0.852
#> SRR934845     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.2999      0.899 0.004 0.000 0.132 0.864
#> SRR934848     4  0.2660      0.919 0.036 0.000 0.056 0.908
#> SRR934849     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.2647      0.850 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR934853     4  0.3024      0.890 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR934852     3  0.4585      0.592 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR934854     4  0.0000      0.906 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934856     4  0.3367      0.896 0.108 0.000 0.028 0.864
#> SRR934858     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.2888      0.902 0.004 0.000 0.124 0.872
#> SRR934864     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.0188      0.907 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934866     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869     3  0.0336      0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934870     4  0.2214      0.919 0.044 0.000 0.028 0.928
#> SRR934871     2  0.0779      0.954 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934872     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.3052      0.852 0.004 0.136 0.860 0.000
#> SRR934874     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.2032      0.920 0.028 0.000 0.036 0.936
#> SRR934877     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.2530      0.855 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR934879     3  0.0336      0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934880     4  0.3024      0.890 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR934881     3  0.4817      0.469 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR934882     2  0.4843      0.273 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR934883     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0592      0.956 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934885     2  0.0188      0.962 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934886     3  0.2921      0.851 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR934887     3  0.0000      0.899 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934888     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934890     3  0.0336      0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934891     4  0.0000      0.906 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892     3  0.0188      0.900 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934893     3  0.0707      0.900 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934894     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     2  0.3196      0.848 0.000 0.856 0.008 0.136
#> SRR934896     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     4  0.0707      0.912 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934899     2  0.0672      0.956 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR934900     3  0.0336      0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934901     2  0.0592      0.956 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934902     3  0.2149      0.880 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR934903     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     1  0.4936      0.530 0.672 0.000 0.316 0.012
#> SRR934906     4  0.1305      0.915 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR934907     2  0.2611      0.887 0.000 0.896 0.008 0.096
#> SRR934908     2  0.0927      0.952 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR934909     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934910     2  0.1042      0.950 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR934911     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912     2  0.2530      0.850 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR934913     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.3271      0.882 0.132 0.000 0.012 0.856
#> SRR934915     3  0.2760      0.845 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR934916     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.1940      0.885 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR934919     2  0.2861      0.863 0.096 0.888 0.000 0.016
#> SRR934920     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.5476      0.463 0.000 0.020 0.584 0.396
#> SRR934924     1  0.0707      0.963 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934923     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0927      0.952 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR934926     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.3074      0.842 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR934928     4  0.2868      0.897 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR934929     4  0.2760      0.852 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR934930     3  0.1474      0.893 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR934931     2  0.3351      0.835 0.000 0.844 0.008 0.148
#> SRR934932     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.4222      0.698 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR934936     2  0.4916      0.159 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR934933     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0336      0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934938     3  0.0921      0.898 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934939     4  0.3024      0.890 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR934940     2  0.0927      0.952 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR934941     4  0.0817      0.907 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934942     2  0.2675      0.883 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR934943     2  0.0188      0.962 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934944     1  0.0188      0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934945     1  0.1297      0.948 0.964 0.016 0.000 0.020
#> SRR934946     4  0.0336      0.902 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934947     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0336      0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934949     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950     4  0.0592      0.909 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR934951     4  0.3754      0.905 0.064 0.000 0.084 0.852
#> SRR934953     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.2589      0.864 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR934957     4  0.2814      0.899 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR934958     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.3157      0.893 0.004 0.000 0.144 0.852
#> SRR934960     4  0.1824      0.914 0.060 0.000 0.004 0.936
#> SRR934961     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.0707      0.959 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.2647      0.850 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR934965     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0336      0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934968     3  0.0336      0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934969     4  0.2915      0.910 0.080 0.000 0.028 0.892
#> SRR934970     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.4103      0.722 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR934972     4  0.3157      0.893 0.004 0.000 0.144 0.852
#> SRR934973     3  0.0336      0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934974     3  0.2647      0.792 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR934975     4  0.0817      0.907 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934976     2  0.1042      0.950 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR934977     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.2813      0.878 0.000 0.080 0.896 0.024
#> SRR934979     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.2546      0.875 0.000 0.092 0.900 0.008
#> SRR934982     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000      0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934985     4  0.0188      0.908 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934986     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.1042      0.950 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR934988     3  0.0336      0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934989     1  0.0000      0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0336      0.899 0.000 0.000 0.992 0.008

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.2561     0.8024 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR934720     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.0794     0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934722     5  0.0510     0.8536 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934723     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934725     4  0.0510     0.9564 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934726     4  0.3684     0.6195 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR934727     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934729     5  0.3336     0.7263 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR934730     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934733     4  0.1469     0.9317 0.036 0.000 0.000 0.948 0.016
#> SRR934734     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934738     4  0.0510     0.9564 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934740     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.3774     0.5363 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR934742     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934745     5  0.3109     0.7114 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR934746     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.1608     0.8882 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR934750     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.0794     0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934751     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.0510     0.9564 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934753     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934755     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934756     1  0.3424     0.6681 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR934757     4  0.0162     0.9599 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934758     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.1270     0.9093 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR934762     4  0.0404     0.9578 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934763     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934764     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     5  0.1965     0.8244 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR934770     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     5  0.0510     0.8537 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934771     4  0.0794     0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934773     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934775     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934776     4  0.1043     0.9432 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934777     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934778     5  0.0000     0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     5  0.4235     0.2812 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR934781     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.1732     0.8891 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR934789     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934790     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934791     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.2471     0.8110 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR934793     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.0404     0.9578 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934796     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0404     0.9482 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934803     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     5  0.4182     0.3694 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR934805     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.3002     0.8241 0.856 0.000 0.028 0.116 0.000
#> SRR934807     5  0.0000     0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934810     4  0.0794     0.9506 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934811     5  0.0000     0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934808     4  0.0162     0.9603 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934812     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.0794     0.9310 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR934814     4  0.0510     0.9564 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934815     5  0.0290     0.8542 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934816     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934818     5  0.4088     0.3921 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR934819     4  0.3039     0.7531 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR934820     4  0.0703     0.9527 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934821     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934822     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.0794     0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934825     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934826     4  0.0162     0.9600 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934827     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828     5  0.0000     0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934829     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.0000     0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.0000     0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833     5  0.0000     0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934848     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.3109     0.7804 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR934853     4  0.0794     0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934852     2  0.2561     0.8165 0.000 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR934854     4  0.1043     0.9432 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934856     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.1043     0.9432 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934866     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869     3  0.0404     0.9436 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934870     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934871     5  0.3143     0.7514 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR934872     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.1965     0.8579 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.3210     0.7663 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934879     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934880     4  0.0794     0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934881     2  0.3003     0.7648 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR934882     2  0.2891     0.7815 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.4015     0.5305 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR934885     2  0.3480     0.6332 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR934886     3  0.0794     0.9310 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR934887     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934888     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934890     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934891     4  0.1043     0.9432 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934892     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934893     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.0000     0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     4  0.1043     0.9432 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934899     5  0.3177     0.7214 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR934900     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934901     5  0.3424     0.7112 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR934902     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     1  0.6478    -0.0342 0.420 0.000 0.396 0.184 0.000
#> SRR934906     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934907     5  0.0162     0.8541 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934908     5  0.1043     0.8480 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR934909     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934910     5  0.1043     0.8480 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR934911     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     2  0.0290     0.9520 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934915     3  0.3143     0.7761 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR934916     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934919     5  0.5014     0.4589 0.040 0.368 0.000 0.000 0.592
#> SRR934920     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     5  0.0000     0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924     5  0.3366     0.6761 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR934923     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     5  0.1965     0.8244 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR934926     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.1608     0.8873 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR934928     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934929     4  0.3710     0.7389 0.192 0.000 0.000 0.784 0.024
#> SRR934930     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934931     5  0.0000     0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.3336     0.7121 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR934936     2  0.3932     0.5316 0.000 0.672 0.328 0.000 0.000
#> SRR934933     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934939     4  0.0880     0.9458 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934940     5  0.2966     0.7627 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR934941     4  0.3970     0.7067 0.000 0.000 0.020 0.744 0.236
#> SRR934942     5  0.0000     0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934943     2  0.3612     0.5951 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934944     1  0.1197     0.9311 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR934945     5  0.3366     0.6761 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR934946     5  0.0000     0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950     4  0.1043     0.9432 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934951     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.4161     0.3114 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934954     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934957     4  0.0955     0.9493 0.000 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR934958     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.0794     0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934960     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.3109     0.7804 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR934965     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934968     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934969     4  0.0000     0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0880     0.9486 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR934971     2  0.3074     0.7548 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR934972     4  0.0794     0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934973     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934974     3  0.2690     0.7871 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR934975     4  0.3970     0.7067 0.000 0.000 0.020 0.744 0.236
#> SRR934976     5  0.1043     0.8480 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR934977     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0963     0.9317 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934979     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.1341     0.9181 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR934982     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0609     0.9604 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934985     4  0.4045     0.4508 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR934986     1  0.0794     0.9526 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR934987     5  0.0510     0.8536 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934988     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000     0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.3782     0.5797 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR934718     1  0.1075     0.9320 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.5221     0.0715 0.000 0.000 0.476 0.432 0.000 0.092
#> SRR934720     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.3915     0.5699 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000 0.412
#> SRR934722     5  0.2495     0.8058 0.000 0.060 0.016 0.032 0.892 0.000
#> SRR934723     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     6  0.1444     0.6241 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR934725     4  0.4122     0.3824 0.000 0.000 0.000 0.704 0.048 0.248
#> SRR934726     6  0.2006     0.6031 0.080 0.000 0.000 0.016 0.000 0.904
#> SRR934727     1  0.0146     0.9580 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934728     6  0.1141     0.6487 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR934729     5  0.3012     0.7576 0.000 0.196 0.000 0.008 0.796 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     6  0.1444     0.6241 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR934732     2  0.0520     0.9242 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR934733     4  0.4237     0.3806 0.004 0.000 0.000 0.704 0.048 0.244
#> SRR934734     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.1910     0.8760 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0405     0.9251 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934738     4  0.4061     0.3877 0.000 0.000 0.000 0.708 0.044 0.248
#> SRR934740     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.3707     0.4654 0.000 0.680 0.000 0.008 0.312 0.000
#> SRR934742     1  0.2135     0.8514 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0458     0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934745     5  0.3383     0.6177 0.268 0.000 0.000 0.004 0.728 0.000
#> SRR934746     2  0.1074     0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.4767     0.4819 0.000 0.000 0.620 0.304 0.000 0.076
#> SRR934750     2  0.1957     0.8242 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR934749     4  0.3915     0.5699 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000 0.412
#> SRR934751     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.4061     0.3877 0.000 0.000 0.000 0.708 0.044 0.248
#> SRR934753     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     6  0.3854    -0.4358 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR934755     3  0.0458     0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934756     4  0.5383     0.2036 0.416 0.000 0.000 0.472 0.000 0.112
#> SRR934757     6  0.1219     0.6411 0.000 0.000 0.004 0.048 0.000 0.948
#> SRR934758     1  0.0632     0.9483 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0146     0.9265 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.1471     0.8604 0.000 0.064 0.932 0.004 0.000 0.000
#> SRR934762     4  0.3558     0.4150 0.000 0.000 0.000 0.736 0.016 0.248
#> SRR934763     6  0.0260     0.6596 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934764     6  0.3854    -0.4358 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR934765     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766     4  0.3823     0.5735 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR934767     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0260     0.9565 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR934769     5  0.3220     0.8016 0.000 0.076 0.016 0.040 0.856 0.012
#> SRR934770     1  0.1444     0.9124 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR934772     5  0.2554     0.8080 0.000 0.048 0.000 0.076 0.876 0.000
#> SRR934771     4  0.3915     0.5699 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000 0.412
#> SRR934773     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.1003     0.8985 0.000 0.000 0.964 0.016 0.000 0.020
#> SRR934775     6  0.2020     0.6130 0.008 0.000 0.000 0.096 0.000 0.896
#> SRR934776     6  0.2218     0.6313 0.000 0.000 0.000 0.104 0.012 0.884
#> SRR934777     4  0.3817     0.5760 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR934778     5  0.4282     0.5748 0.000 0.000 0.000 0.304 0.656 0.040
#> SRR934779     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     6  0.6678     0.0805 0.000 0.000 0.288 0.032 0.296 0.384
#> SRR934781     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     6  0.0260     0.6568 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934784     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0865     0.9408 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0363     0.9545 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.5173     0.5576 0.108 0.000 0.000 0.568 0.000 0.324
#> SRR934789     6  0.1007     0.6508 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR934790     3  0.0458     0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934791     4  0.2883     0.5451 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934792     2  0.3419     0.7099 0.000 0.792 0.016 0.012 0.180 0.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.3558     0.4150 0.000 0.000 0.000 0.736 0.016 0.248
#> SRR934796     1  0.0865     0.9408 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.3804     0.5786 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR934800     2  0.0820     0.9208 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR934801     2  0.1074     0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934802     2  0.2631     0.7347 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR934803     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     5  0.3684     0.5718 0.000 0.332 0.004 0.000 0.664 0.000
#> SRR934805     6  0.0790     0.6540 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR934806     4  0.5318     0.5162 0.120 0.000 0.004 0.580 0.000 0.296
#> SRR934807     5  0.1387     0.7968 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR934809     6  0.1663     0.6278 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR934810     6  0.4653     0.4103 0.000 0.000 0.000 0.360 0.052 0.588
#> SRR934811     5  0.1075     0.7986 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR934808     6  0.0858     0.6586 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR934812     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.0363     0.8990 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814     4  0.4061     0.3877 0.000 0.000 0.000 0.708 0.044 0.248
#> SRR934815     5  0.1866     0.7974 0.000 0.008 0.000 0.084 0.908 0.000
#> SRR934816     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.1332     0.9120 0.000 0.952 0.008 0.028 0.012 0.000
#> SRR934818     6  0.4566     0.4374 0.000 0.000 0.000 0.068 0.280 0.652
#> SRR934819     4  0.5612     0.4450 0.144 0.000 0.000 0.428 0.000 0.428
#> SRR934820     6  0.4620     0.3981 0.000 0.000 0.000 0.368 0.048 0.584
#> SRR934821     3  0.1401     0.8863 0.000 0.000 0.948 0.020 0.028 0.004
#> SRR934822     1  0.1501     0.9081 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.3915     0.5699 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000 0.412
#> SRR934825     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934826     4  0.3717     0.4472 0.016 0.000 0.000 0.708 0.000 0.276
#> SRR934827     1  0.0790     0.9346 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828     5  0.1863     0.7862 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR934829     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.2664     0.7330 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934831     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.1714     0.7871 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR934833     5  0.4203     0.5829 0.000 0.000 0.000 0.316 0.652 0.032
#> SRR934834     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0820     0.9206 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR934836     1  0.2053     0.8735 0.888 0.000 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR934837     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.3817     0.5749 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR934839     2  0.1074     0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934840     2  0.1074     0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.2219     0.8432 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR934844     4  0.3782     0.5845 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR934845     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.1074     0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934847     6  0.1387     0.6266 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934848     4  0.3828     0.5699 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR934849     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.3481     0.7908 0.000 0.000 0.804 0.072 0.124 0.000
#> SRR934853     6  0.2838     0.4755 0.000 0.000 0.004 0.188 0.000 0.808
#> SRR934852     2  0.3668     0.5201 0.000 0.668 0.328 0.004 0.000 0.000
#> SRR934854     6  0.4357     0.4368 0.000 0.000 0.000 0.340 0.036 0.624
#> SRR934856     4  0.3823     0.5735 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR934858     1  0.0363     0.9545 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0520     0.9242 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR934860     2  0.1074     0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934861     2  0.1074     0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     6  0.0000     0.6588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     6  0.4712     0.4212 0.000 0.000 0.000 0.344 0.060 0.596
#> SRR934866     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0820     0.9206 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR934868     2  0.1074     0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934869     3  0.3920     0.6900 0.000 0.000 0.736 0.216 0.000 0.048
#> SRR934870     6  0.1141     0.6487 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR934871     5  0.2814     0.7750 0.000 0.172 0.000 0.008 0.820 0.000
#> SRR934872     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.2766     0.7778 0.000 0.124 0.852 0.020 0.004 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.3288     0.5651 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR934877     1  0.2491     0.8056 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.4133     0.6727 0.000 0.000 0.708 0.032 0.252 0.008
#> SRR934879     3  0.0717     0.9015 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR934880     6  0.2003     0.5894 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR934881     2  0.3742     0.4847 0.000 0.648 0.348 0.004 0.000 0.000
#> SRR934882     2  0.4640     0.4165 0.000 0.592 0.368 0.028 0.012 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.4419     0.4064 0.000 0.384 0.000 0.032 0.584 0.000
#> SRR934885     2  0.3210     0.7536 0.000 0.804 0.000 0.028 0.168 0.000
#> SRR934886     3  0.0692     0.8943 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000 0.000
#> SRR934887     3  0.0622     0.8975 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000
#> SRR934888     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934889     2  0.1649     0.9009 0.000 0.932 0.000 0.036 0.032 0.000
#> SRR934890     3  0.2859     0.8019 0.000 0.000 0.828 0.156 0.000 0.016
#> SRR934891     6  0.4139     0.4479 0.000 0.000 0.000 0.336 0.024 0.640
#> SRR934892     3  0.2402     0.8595 0.000 0.000 0.896 0.032 0.060 0.012
#> SRR934893     3  0.0458     0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.0891     0.8012 0.000 0.008 0.000 0.024 0.968 0.000
#> SRR934896     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     6  0.2389     0.6387 0.000 0.000 0.000 0.060 0.052 0.888
#> SRR934899     5  0.2340     0.7926 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR934900     3  0.0458     0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934901     5  0.3190     0.7374 0.000 0.220 0.000 0.008 0.772 0.000
#> SRR934902     3  0.0000     0.9012 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.4880     0.5426 0.012 0.000 0.044 0.580 0.000 0.364
#> SRR934906     4  0.2402     0.5302 0.000 0.000 0.000 0.868 0.012 0.120
#> SRR934907     5  0.1003     0.8035 0.000 0.016 0.000 0.020 0.964 0.000
#> SRR934908     5  0.2389     0.8003 0.000 0.128 0.000 0.008 0.864 0.000
#> SRR934909     2  0.1074     0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934910     5  0.2389     0.8003 0.000 0.128 0.000 0.008 0.864 0.000
#> SRR934911     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     2  0.1780     0.8973 0.000 0.932 0.028 0.028 0.012 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.3804     0.5791 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR934915     3  0.3958     0.7510 0.000 0.000 0.764 0.108 0.128 0.000
#> SRR934916     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0820     0.9205 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR934918     3  0.0000     0.9012 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934919     5  0.5705     0.3898 0.048 0.372 0.000 0.036 0.532 0.012
#> SRR934920     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     5  0.1850     0.7912 0.000 0.000 0.016 0.052 0.924 0.008
#> SRR934924     5  0.3409     0.5785 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000
#> SRR934923     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     5  0.3277     0.8003 0.000 0.088 0.016 0.040 0.848 0.008
#> SRR934926     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.2918     0.8414 0.000 0.048 0.868 0.020 0.064 0.000
#> SRR934928     6  0.1663     0.6151 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR934929     4  0.2981     0.4821 0.008 0.000 0.000 0.852 0.040 0.100
#> SRR934930     3  0.1003     0.8927 0.000 0.000 0.964 0.020 0.016 0.000
#> SRR934931     5  0.1327     0.7974 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.4619     0.3621 0.000 0.576 0.388 0.024 0.012 0.000
#> SRR934936     2  0.5914     0.3671 0.000 0.568 0.300 0.032 0.088 0.012
#> SRR934933     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0458     0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0000     0.9012 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939     6  0.2053     0.5884 0.000 0.000 0.004 0.108 0.000 0.888
#> SRR934940     5  0.3518     0.7961 0.000 0.092 0.016 0.040 0.836 0.016
#> SRR934941     6  0.6606     0.2997 0.000 0.000 0.056 0.332 0.164 0.448
#> SRR934942     5  0.2030     0.7967 0.000 0.016 0.016 0.036 0.924 0.008
#> SRR934943     2  0.3094     0.7877 0.000 0.824 0.000 0.036 0.140 0.000
#> SRR934944     6  0.4401     0.0593 0.464 0.000 0.000 0.024 0.000 0.512
#> SRR934945     5  0.3409     0.5785 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000
#> SRR934946     5  0.3221     0.6749 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR934947     1  0.1745     0.9088 0.924 0.000 0.000 0.020 0.000 0.056
#> SRR934948     3  0.1003     0.8983 0.000 0.000 0.964 0.020 0.000 0.016
#> SRR934949     2  0.1074     0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934950     6  0.4763     0.4194 0.000 0.000 0.000 0.344 0.064 0.592
#> SRR934951     4  0.3804     0.5746 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR934953     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.3782     0.2036 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.2611     0.8498 0.000 0.000 0.880 0.028 0.080 0.012
#> SRR934957     6  0.1564     0.6488 0.000 0.000 0.000 0.024 0.040 0.936
#> SRR934958     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.3915     0.5699 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000 0.412
#> SRR934960     4  0.3464     0.4489 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR934961     2  0.1074     0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934962     2  0.0725     0.9217 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR934963     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.3518     0.7907 0.000 0.000 0.804 0.092 0.104 0.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.2783     0.8102 0.000 0.000 0.836 0.148 0.000 0.016
#> SRR934968     3  0.0458     0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934969     6  0.1075     0.6504 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR934970     1  0.4654     0.1673 0.544 0.000 0.000 0.412 0.000 0.044
#> SRR934971     2  0.4670     0.3800 0.000 0.580 0.380 0.028 0.012 0.000
#> SRR934972     4  0.3915     0.5699 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000 0.412
#> SRR934973     3  0.0458     0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934974     4  0.5347     0.1946 0.000 0.000 0.384 0.504 0.000 0.112
#> SRR934975     6  0.6581     0.2995 0.000 0.000 0.052 0.332 0.168 0.448
#> SRR934976     5  0.2135     0.8010 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR934977     1  0.0363     0.9545 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0713     0.8972 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934979     2  0.0520     0.9240 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.2872     0.8143 0.000 0.000 0.836 0.024 0.140 0.000
#> SRR934982     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     4  0.4096    -0.0362 0.484 0.000 0.000 0.508 0.000 0.008
#> SRR934984     2  0.1074     0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934985     6  0.2712     0.6270 0.000 0.000 0.000 0.088 0.048 0.864
#> SRR934986     1  0.4241     0.3588 0.608 0.000 0.000 0.368 0.000 0.024
#> SRR934987     5  0.2419     0.8067 0.000 0.060 0.016 0.028 0.896 0.000
#> SRR934988     3  0.1334     0.8923 0.000 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR934989     1  0.0000     0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0458     0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:pam**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.961       0.985         0.4349 0.567   0.567
#> 3 3 0.708           0.838       0.919         0.4741 0.711   0.520
#> 4 4 0.615           0.733       0.844         0.1287 0.755   0.439
#> 5 5 0.701           0.687       0.819         0.0793 0.841   0.517
#> 6 6 0.772           0.768       0.855         0.0551 0.855   0.462

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934719     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934722     1  0.9795     0.2841 0.584 0.416
#> SRR934723     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934724     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934725     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934731     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934733     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934742     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934744     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934745     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934750     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934755     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934756     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934757     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934758     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934766     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934769     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934770     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934772     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934771     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934774     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934775     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934776     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934778     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934779     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934780     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934781     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934790     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934791     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0672     0.9719 0.008 0.992
#> SRR934793     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934807     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934809     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934810     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934811     1  0.0376     0.9830 0.996 0.004
#> SRR934808     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934815     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934816     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934818     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934819     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934821     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934822     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934827     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934828     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934829     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934830     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934831     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934832     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934833     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934834     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934851     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934853     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934854     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934856     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934869     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934870     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934871     1  0.9248     0.4832 0.660 0.340
#> SRR934872     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934873     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934878     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934879     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934880     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934881     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934882     1  0.8661     0.5914 0.712 0.288
#> SRR934883     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934885     1  0.9129     0.5118 0.672 0.328
#> SRR934886     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934887     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934888     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.4298     0.8897 0.088 0.912
#> SRR934890     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934891     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934892     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934893     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.9998     0.0272 0.492 0.508
#> SRR934896     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934898     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934899     2  0.8909     0.5525 0.308 0.692
#> SRR934900     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934901     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934902     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934906     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934907     2  0.0938     0.9681 0.012 0.988
#> SRR934908     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934915     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934916     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934918     1  0.8081     0.6674 0.752 0.248
#> SRR934919     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934920     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934922     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934924     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934923     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934925     2  0.9998     0.0270 0.492 0.508
#> SRR934926     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934928     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934929     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934930     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934931     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934936     1  0.7299     0.7386 0.796 0.204
#> SRR934933     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934937     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934938     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934939     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934940     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934941     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934942     1  0.8813     0.5699 0.700 0.300
#> SRR934943     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934945     1  0.7674     0.7076 0.776 0.224
#> SRR934946     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934947     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934948     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934950     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934951     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934956     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934957     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934959     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934960     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934963     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934964     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934967     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934968     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934969     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934971     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934972     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934973     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934974     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934975     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934976     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934978     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934979     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934981     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934982     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9791 0.000 1.000
#> SRR934985     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934986     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.9000     0.5342 0.316 0.684
#> SRR934988     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000
#> SRR934990     1  0.0000     0.9868 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     1  0.6079     0.5037 0.612 0.000 0.388
#> SRR934718     1  0.3116     0.8474 0.892 0.000 0.108
#> SRR934719     3  0.4346     0.7066 0.184 0.000 0.816
#> SRR934720     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721     3  0.5327     0.5651 0.272 0.000 0.728
#> SRR934722     3  0.2261     0.8496 0.000 0.068 0.932
#> SRR934723     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934725     1  0.6111     0.5526 0.604 0.000 0.396
#> SRR934726     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934727     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934728     3  0.3686     0.7754 0.140 0.000 0.860
#> SRR934729     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733     1  0.6111     0.5526 0.604 0.000 0.396
#> SRR934734     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934736     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738     1  0.6111     0.5526 0.604 0.000 0.396
#> SRR934740     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742     1  0.6140     0.4613 0.596 0.000 0.404
#> SRR934743     1  0.2165     0.8435 0.936 0.000 0.064
#> SRR934744     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934746     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     3  0.1163     0.8834 0.028 0.000 0.972
#> SRR934750     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749     3  0.5760     0.4550 0.328 0.000 0.672
#> SRR934751     1  0.4346     0.8169 0.816 0.000 0.184
#> SRR934752     1  0.6154     0.5304 0.592 0.000 0.408
#> SRR934753     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     1  0.6309     0.2408 0.504 0.000 0.496
#> SRR934755     3  0.0592     0.8931 0.012 0.000 0.988
#> SRR934756     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934757     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934759     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761     3  0.6126     0.3652 0.000 0.400 0.600
#> SRR934762     1  0.6154     0.5304 0.592 0.000 0.408
#> SRR934763     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934764     1  0.6168     0.5019 0.588 0.000 0.412
#> SRR934765     1  0.3686     0.8183 0.860 0.000 0.140
#> SRR934766     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934767     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.2959     0.8472 0.900 0.000 0.100
#> SRR934772     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934771     3  0.6291    -0.0541 0.468 0.000 0.532
#> SRR934773     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775     3  0.3192     0.8068 0.112 0.000 0.888
#> SRR934776     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777     1  0.4178     0.8243 0.828 0.000 0.172
#> SRR934778     3  0.4750     0.6349 0.216 0.000 0.784
#> SRR934779     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934784     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934787     1  0.3619     0.8449 0.864 0.000 0.136
#> SRR934788     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934789     3  0.5591     0.5192 0.304 0.000 0.696
#> SRR934790     3  0.0592     0.8929 0.012 0.000 0.988
#> SRR934791     1  0.6111     0.5526 0.604 0.000 0.396
#> SRR934792     3  0.4654     0.6943 0.000 0.208 0.792
#> SRR934793     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     1  0.6154     0.5304 0.592 0.000 0.408
#> SRR934796     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934797     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799     1  0.5397     0.7015 0.720 0.000 0.280
#> SRR934800     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803     3  0.6180     0.2742 0.416 0.000 0.584
#> SRR934804     3  0.4504     0.7079 0.000 0.196 0.804
#> SRR934805     3  0.1529     0.8750 0.040 0.000 0.960
#> SRR934806     1  0.6204     0.4308 0.576 0.000 0.424
#> SRR934807     3  0.1860     0.8665 0.052 0.000 0.948
#> SRR934809     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934810     3  0.2356     0.8507 0.072 0.000 0.928
#> SRR934811     3  0.1860     0.8665 0.052 0.000 0.948
#> SRR934808     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934812     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934814     1  0.6154     0.5304 0.592 0.000 0.408
#> SRR934815     3  0.1031     0.8863 0.024 0.000 0.976
#> SRR934816     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     2  0.2356     0.9098 0.000 0.928 0.072
#> SRR934818     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819     1  0.4121     0.8292 0.832 0.000 0.168
#> SRR934820     1  0.6154     0.5304 0.592 0.000 0.408
#> SRR934821     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822     1  0.2261     0.8437 0.932 0.000 0.068
#> SRR934823     3  0.5254     0.5776 0.264 0.000 0.736
#> SRR934825     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934827     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934828     3  0.2066     0.8601 0.060 0.000 0.940
#> SRR934829     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830     3  0.2261     0.8536 0.068 0.000 0.932
#> SRR934831     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832     3  0.1860     0.8665 0.052 0.000 0.948
#> SRR934833     3  0.1860     0.8665 0.052 0.000 0.948
#> SRR934834     3  0.5363     0.5540 0.276 0.000 0.724
#> SRR934835     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836     1  0.2537     0.8458 0.920 0.000 0.080
#> SRR934837     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934839     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934844     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934845     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934848     1  0.4702     0.7949 0.788 0.000 0.212
#> SRR934849     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934854     3  0.1860     0.8665 0.052 0.000 0.948
#> SRR934856     1  0.4121     0.8280 0.832 0.000 0.168
#> SRR934858     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934859     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     3  0.1163     0.8835 0.028 0.000 0.972
#> SRR934866     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870     3  0.2878     0.8266 0.096 0.000 0.904
#> SRR934871     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934872     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1  0.5882     0.6329 0.652 0.000 0.348
#> SRR934877     1  0.3816     0.8388 0.852 0.000 0.148
#> SRR934878     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934882     3  0.4346     0.7292 0.000 0.184 0.816
#> SRR934883     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0592     0.9778 0.000 0.988 0.012
#> SRR934885     3  0.6079     0.4102 0.000 0.388 0.612
#> SRR934886     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934887     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889     3  0.6095     0.3837 0.000 0.392 0.608
#> SRR934890     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     3  0.2261     0.8496 0.000 0.068 0.932
#> SRR934896     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899     3  0.4346     0.7247 0.000 0.184 0.816
#> SRR934900     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902     3  0.2356     0.8391 0.000 0.072 0.928
#> SRR934903     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     3  0.5397     0.5467 0.280 0.000 0.720
#> SRR934906     3  0.6154     0.0424 0.408 0.000 0.592
#> SRR934907     3  0.3482     0.7882 0.000 0.128 0.872
#> SRR934908     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909     3  0.6111     0.3744 0.000 0.396 0.604
#> SRR934910     2  0.6225     0.1986 0.000 0.568 0.432
#> SRR934911     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     2  0.2356     0.9079 0.000 0.928 0.072
#> SRR934913     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934915     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916     1  0.5529     0.6628 0.704 0.000 0.296
#> SRR934917     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     3  0.3192     0.8050 0.000 0.112 0.888
#> SRR934919     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934920     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924     1  0.5098     0.6636 0.752 0.000 0.248
#> SRR934923     1  0.1289     0.8301 0.968 0.000 0.032
#> SRR934925     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     3  0.6126     0.3648 0.000 0.400 0.600
#> SRR934928     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929     3  0.2261     0.8532 0.068 0.000 0.932
#> SRR934930     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934936     3  0.0237     0.8969 0.000 0.004 0.996
#> SRR934933     3  0.2959     0.8191 0.100 0.000 0.900
#> SRR934937     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934941     3  0.1860     0.8665 0.052 0.000 0.948
#> SRR934942     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934943     3  0.6299     0.1492 0.000 0.476 0.524
#> SRR934944     3  0.5363     0.5540 0.276 0.000 0.724
#> SRR934945     1  0.5619     0.6607 0.744 0.012 0.244
#> SRR934946     3  0.1860     0.8665 0.052 0.000 0.948
#> SRR934947     1  0.5706     0.6486 0.680 0.000 0.320
#> SRR934948     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951     1  0.3619     0.8446 0.864 0.000 0.136
#> SRR934953     3  0.0747     0.8912 0.016 0.000 0.984
#> SRR934952     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934957     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     3  0.4504     0.6893 0.196 0.000 0.804
#> SRR934960     1  0.4504     0.8084 0.804 0.000 0.196
#> SRR934961     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963     3  0.1860     0.8683 0.052 0.000 0.948
#> SRR934964     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0592     0.8931 0.012 0.000 0.988
#> SRR934968     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969     3  0.3816     0.7623 0.148 0.000 0.852
#> SRR934970     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934971     3  0.0237     0.8969 0.000 0.004 0.996
#> SRR934972     3  0.5465     0.5322 0.288 0.000 0.712
#> SRR934973     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975     3  0.0592     0.8930 0.012 0.000 0.988
#> SRR934976     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     1  0.1860     0.8419 0.948 0.000 0.052
#> SRR934978     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934984     2  0.0000     0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934986     1  0.3551     0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934987     3  0.0237     0.8964 0.000 0.004 0.996
#> SRR934988     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000     0.8987 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     4  0.4261    0.74838 0.112 0.000 0.068 0.820
#> SRR934718     4  0.4679    0.55436 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR934719     4  0.3907    0.70855 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR934720     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.4491    0.74826 0.060 0.000 0.140 0.800
#> SRR934722     3  0.3048    0.78434 0.000 0.016 0.876 0.108
#> SRR934723     1  0.2469    0.83632 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934724     4  0.3356    0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934725     4  0.2530    0.72512 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR934726     4  0.5488    0.09342 0.016 0.000 0.452 0.532
#> SRR934727     4  0.4331    0.64402 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR934728     4  0.1389    0.74654 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR934729     3  0.4331    0.54670 0.000 0.288 0.712 0.000
#> SRR934730     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.3356    0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934732     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934733     4  0.2704    0.72148 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR934734     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     4  0.4134    0.67012 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR934736     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0921    0.91934 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934738     4  0.2469    0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934740     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.4500    0.51143 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR934742     4  0.4534    0.74361 0.132 0.000 0.068 0.800
#> SRR934743     1  0.2408    0.84353 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR934744     3  0.3907    0.64655 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR934745     3  0.3969    0.77592 0.016 0.000 0.804 0.180
#> SRR934746     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.4008    0.69959 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR934750     2  0.0817    0.92300 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934749     4  0.3398    0.75622 0.060 0.000 0.068 0.872
#> SRR934751     4  0.6627    0.64329 0.300 0.000 0.112 0.588
#> SRR934752     4  0.2469    0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934753     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.1557    0.74508 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR934755     4  0.4477    0.63234 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR934756     4  0.4072    0.67447 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR934757     4  0.3356    0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934758     4  0.4072    0.67447 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR934759     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.2345    0.78644 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR934762     4  0.2469    0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934763     4  0.3356    0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934764     4  0.1557    0.74502 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR934765     1  0.3143    0.79379 0.876 0.000 0.100 0.024
#> SRR934766     4  0.3873    0.69012 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR934767     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.2345    0.84294 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR934769     3  0.3219    0.78356 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR934770     4  0.4661    0.56094 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR934772     3  0.3356    0.78207 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR934771     4  0.3903    0.75647 0.076 0.000 0.080 0.844
#> SRR934773     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     4  0.3764    0.69045 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR934775     4  0.4907    0.73365 0.060 0.000 0.176 0.764
#> SRR934776     4  0.4989    0.02135 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR934777     4  0.3172    0.71643 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR934778     3  0.4382    0.67156 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR934779     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.3400    0.77653 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934781     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.1792    0.88934 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR934783     4  0.3074    0.73036 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR934784     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786     4  0.4522    0.60142 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR934787     4  0.4522    0.60102 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR934788     4  0.3907    0.68807 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR934789     4  0.3948    0.75291 0.096 0.000 0.064 0.840
#> SRR934790     4  0.4222    0.67660 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR934791     4  0.2469    0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934792     3  0.2214    0.79519 0.000 0.028 0.928 0.044
#> SRR934793     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.2469    0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934796     4  0.4522    0.60142 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR934797     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.4686    0.74114 0.144 0.000 0.068 0.788
#> SRR934800     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934802     3  0.4679    0.44628 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR934803     1  0.7259    0.00566 0.492 0.000 0.156 0.352
#> SRR934804     3  0.2021    0.78172 0.000 0.012 0.932 0.056
#> SRR934805     4  0.0592    0.75246 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR934806     4  0.5428    0.73732 0.140 0.000 0.120 0.740
#> SRR934807     3  0.4103    0.69782 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR934809     4  0.2408    0.73324 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR934810     4  0.0817    0.74831 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934811     3  0.4103    0.69782 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR934808     4  0.3808    0.72246 0.012 0.000 0.176 0.812
#> SRR934812     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.4933    0.20706 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR934814     4  0.2469    0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934815     3  0.3649    0.74371 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934816     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.5407   -0.02548 0.000 0.504 0.484 0.012
#> SRR934818     3  0.4331    0.68342 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR934819     4  0.3895    0.72270 0.184 0.000 0.012 0.804
#> SRR934820     4  0.2647    0.72377 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR934821     3  0.2469    0.78320 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934822     4  0.4713    0.54010 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR934823     4  0.4776    0.73971 0.060 0.000 0.164 0.776
#> SRR934825     2  0.4981    0.10377 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR934826     4  0.3907    0.68807 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR934827     3  0.4356    0.74762 0.064 0.000 0.812 0.124
#> SRR934828     3  0.4164    0.69329 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR934829     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     3  0.4164    0.69329 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR934831     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     3  0.4134    0.69567 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR934833     3  0.4543    0.64172 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR934834     1  0.6240    0.48952 0.664 0.000 0.200 0.136
#> SRR934835     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934836     4  0.4624    0.57085 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR934837     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.3873    0.69012 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR934839     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0188    0.93702 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934841     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     4  0.4250    0.65130 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR934844     4  0.3873    0.69012 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR934845     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.3219    0.72758 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR934848     4  0.2469    0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934849     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.2345    0.84294 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR934851     3  0.2647    0.79954 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR934853     4  0.3356    0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934852     2  0.3907    0.67336 0.000 0.768 0.232 0.000
#> SRR934854     4  0.2647    0.69691 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR934856     4  0.3074    0.71758 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934858     4  0.4697    0.55123 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR934859     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.4981    0.13455 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR934861     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.3356    0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934864     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.1474    0.74962 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR934866     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867     3  0.4933    0.23606 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR934868     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869     4  0.4888    0.45000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR934870     4  0.1302    0.74658 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR934871     3  0.0921    0.79882 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934872     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.2654    0.78270 0.004 0.000 0.888 0.108
#> SRR934874     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.2469    0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934877     4  0.4158    0.69957 0.224 0.000 0.008 0.768
#> SRR934878     3  0.2921    0.79744 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR934879     4  0.4222    0.67660 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR934880     4  0.3356    0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934881     3  0.4222    0.57514 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR934882     3  0.2469    0.78320 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934883     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.4948    0.19536 0.000 0.560 0.440 0.000
#> SRR934885     3  0.5538    0.48480 0.000 0.320 0.644 0.036
#> SRR934886     3  0.2469    0.78320 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934887     3  0.2469    0.78320 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934888     2  0.1389    0.90516 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934889     3  0.6382    0.45166 0.000 0.340 0.580 0.080
#> SRR934890     4  0.4222    0.67660 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR934891     4  0.3219    0.67762 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR934892     3  0.2530    0.78398 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR934893     3  0.3266    0.73671 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR934894     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     3  0.2814    0.77831 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR934896     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     4  0.4981   -0.03087 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR934899     3  0.2032    0.78112 0.000 0.028 0.936 0.036
#> SRR934900     3  0.3074    0.75254 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR934901     2  0.4981    0.13333 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR934902     3  0.2469    0.78320 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934903     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.5100    0.73455 0.076 0.000 0.168 0.756
#> SRR934906     4  0.2483    0.73284 0.032 0.000 0.052 0.916
#> SRR934907     3  0.2944    0.77907 0.000 0.004 0.868 0.128
#> SRR934908     3  0.4222    0.56489 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR934909     3  0.6701    0.44551 0.000 0.328 0.564 0.108
#> SRR934910     3  0.5272    0.70632 0.000 0.136 0.752 0.112
#> SRR934911     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912     2  0.3448    0.76272 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR934913     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.3873    0.69012 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR934915     3  0.3528    0.78980 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR934916     1  0.5142    0.72015 0.744 0.000 0.064 0.192
#> SRR934917     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.2081    0.79229 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR934919     3  0.4472    0.74375 0.020 0.000 0.760 0.220
#> SRR934920     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.3311    0.79170 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR934924     3  0.6971    0.38935 0.276 0.000 0.568 0.156
#> SRR934923     1  0.1022    0.88266 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934925     3  0.1557    0.79788 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR934926     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.1474    0.79822 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934928     4  0.2589    0.72781 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR934929     4  0.3356    0.65265 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934930     3  0.1716    0.79687 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934931     3  0.2814    0.77831 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR934932     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.1716    0.88358 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR934936     3  0.1867    0.79562 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934933     4  0.5531    0.72256 0.128 0.000 0.140 0.732
#> SRR934937     4  0.4304    0.66455 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR934938     3  0.1637    0.79734 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934939     4  0.3356    0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934940     3  0.2814    0.79310 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR934941     3  0.4817    0.63865 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR934942     3  0.2704    0.78194 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR934943     3  0.5848    0.36946 0.000 0.376 0.584 0.040
#> SRR934944     4  0.5314    0.72855 0.084 0.000 0.176 0.740
#> SRR934945     3  0.6080    0.62357 0.132 0.008 0.704 0.156
#> SRR934946     3  0.4134    0.69567 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR934947     4  0.5346    0.71612 0.192 0.000 0.076 0.732
#> SRR934948     4  0.4222    0.67660 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR934949     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950     4  0.4643    0.26869 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR934951     4  0.4399    0.69780 0.224 0.000 0.016 0.760
#> SRR934953     3  0.5288    0.73928 0.068 0.000 0.732 0.200
#> SRR934952     2  0.2760    0.82704 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934954     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.2469    0.78320 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934957     4  0.4998   -0.03254 0.000 0.000 0.488 0.512
#> SRR934958     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.4050    0.73515 0.024 0.000 0.168 0.808
#> SRR934960     4  0.3219    0.71789 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR934961     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963     3  0.2329    0.79639 0.012 0.000 0.916 0.072
#> SRR934964     3  0.3528    0.78980 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR934965     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967     4  0.4277    0.66968 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934968     3  0.3873    0.65127 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR934969     4  0.1118    0.74769 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934970     4  0.4228    0.69160 0.232 0.000 0.008 0.760
#> SRR934971     3  0.2469    0.78320 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934972     4  0.4782    0.74282 0.068 0.000 0.152 0.780
#> SRR934973     3  0.4933    0.08679 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934974     4  0.4164    0.68358 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR934975     3  0.4431    0.70835 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR934976     3  0.4222    0.56489 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR934977     1  0.4994   -0.23406 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934978     3  0.2281    0.79546 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR934979     2  0.0000    0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.1637    0.79734 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934982     1  0.2647    0.82801 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR934983     4  0.4072    0.67447 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR934984     2  0.0188    0.93696 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934985     4  0.4998   -0.03254 0.000 0.000 0.488 0.512
#> SRR934986     4  0.4134    0.67002 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR934987     3  0.1940    0.79655 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR934988     4  0.4661    0.56025 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR934989     1  0.0000    0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     4  0.4250    0.67285 0.000 0.000 0.276 0.724

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.3003    0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934718     4  0.2280    0.73573 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR934719     4  0.4101    0.65922 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR934720     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.3003    0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934722     5  0.0404    0.74166 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934723     1  0.3636    0.69245 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR934724     3  0.4030    0.28571 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR934725     4  0.0000    0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934726     3  0.5284    0.54468 0.000 0.000 0.568 0.376 0.056
#> SRR934727     4  0.0451    0.82175 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR934728     4  0.0703    0.82985 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR934729     5  0.0404    0.74340 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934730     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     3  0.3636    0.46759 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR934732     2  0.0162    0.92151 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934733     4  0.0000    0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     4  0.0290    0.82193 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934736     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.1043    0.89550 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR934738     4  0.0000    0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     5  0.4192    0.23047 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR934742     4  0.2124    0.75091 0.004 0.000 0.096 0.900 0.000
#> SRR934743     1  0.3919    0.74025 0.776 0.000 0.036 0.188 0.000
#> SRR934744     3  0.2966    0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934745     5  0.5940    0.40914 0.004 0.000 0.200 0.184 0.612
#> SRR934746     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.4101    0.07373 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR934750     2  0.2230    0.82508 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR934749     4  0.3003    0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934751     3  0.5520    0.51941 0.076 0.000 0.560 0.364 0.000
#> SRR934752     4  0.0000    0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0000    0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934755     3  0.0000    0.62815 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934756     4  0.0162    0.82297 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934757     3  0.3480    0.50728 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR934758     4  0.0162    0.82297 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934759     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.1197    0.88767 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.3684    0.50923 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934762     4  0.0000    0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934763     3  0.3480    0.50728 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR934764     4  0.2966    0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934765     1  0.3109    0.66376 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR934766     4  0.2966    0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934767     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.3586    0.70383 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR934769     5  0.4305   -0.21583 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR934770     4  0.2280    0.73573 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR934772     3  0.6301    0.34627 0.000 0.000 0.516 0.184 0.300
#> SRR934771     4  0.3003    0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934773     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.1043    0.63337 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR934775     3  0.3913    0.36124 0.000 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR934776     3  0.5731    0.53247 0.000 0.000 0.568 0.328 0.104
#> SRR934777     4  0.2966    0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934778     5  0.3177    0.60748 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR934779     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.3906    0.53753 0.000 0.000 0.704 0.004 0.292
#> SRR934781     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.2424    0.80981 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR934783     4  0.4060    0.62007 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR934784     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     4  0.4072    0.79660 0.100 0.000 0.108 0.792 0.000
#> SRR934787     4  0.2563    0.73125 0.120 0.000 0.008 0.872 0.000
#> SRR934788     4  0.2929    0.83592 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR934789     4  0.0404    0.82697 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934790     3  0.0000    0.62815 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934791     4  0.2966    0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934792     5  0.4297   -0.14722 0.000 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR934793     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.0000    0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934796     4  0.2338    0.74834 0.112 0.000 0.004 0.884 0.000
#> SRR934797     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.2966    0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934800     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934802     5  0.4268    0.10542 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR934803     3  0.6110    0.49637 0.216 0.000 0.568 0.216 0.000
#> SRR934804     5  0.1043    0.72532 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR934805     4  0.3003    0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934806     4  0.4558    0.79531 0.060 0.000 0.216 0.724 0.000
#> SRR934807     5  0.0000    0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809     4  0.3003    0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934810     4  0.2377    0.69157 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR934811     5  0.0000    0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934808     3  0.4249    0.49001 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR934812     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     2  0.6715   -0.08059 0.000 0.392 0.248 0.000 0.360
#> SRR934814     4  0.0000    0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934815     5  0.3123    0.62372 0.000 0.000 0.004 0.184 0.812
#> SRR934816     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.4779    0.47465 0.000 0.628 0.340 0.000 0.032
#> SRR934818     3  0.5880    0.52109 0.000 0.000 0.568 0.304 0.128
#> SRR934819     4  0.0000    0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934820     4  0.0000    0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934821     3  0.3143    0.58757 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR934822     4  0.2074    0.75422 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR934823     4  0.3003    0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934825     2  0.4060    0.44318 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR934826     4  0.0000    0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934827     3  0.3550    0.59503 0.020 0.000 0.796 0.184 0.000
#> SRR934828     5  0.3003    0.62085 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR934829     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.0000    0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.0000    0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833     5  0.3796    0.51141 0.000 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR934834     3  0.5994    0.50862 0.208 0.000 0.604 0.184 0.004
#> SRR934835     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836     4  0.5083    0.76411 0.120 0.000 0.184 0.696 0.000
#> SRR934837     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.2966    0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934839     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0566    0.91426 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR934841     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     4  0.0609    0.81671 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934844     4  0.3003    0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934845     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.3109    0.82702 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR934848     4  0.2966    0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934849     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.3003    0.76480 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR934851     3  0.4126    0.38327 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR934853     3  0.4030    0.28571 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR934852     2  0.5716    0.45764 0.000 0.616 0.240 0.000 0.144
#> SRR934854     5  0.6510    0.15309 0.000 0.000 0.196 0.360 0.444
#> SRR934856     4  0.2966    0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934858     4  0.4734    0.79128 0.088 0.000 0.188 0.724 0.000
#> SRR934859     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.4465    0.64959 0.000 0.732 0.056 0.000 0.212
#> SRR934861     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     3  0.3480    0.50728 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR934864     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.4682    0.00937 0.000 0.000 0.356 0.620 0.024
#> SRR934866     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.6347    0.26649 0.000 0.524 0.228 0.000 0.248
#> SRR934868     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869     3  0.2516    0.57661 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR934870     4  0.3003    0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934871     5  0.0000    0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934872     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.2966    0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934874     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.3003    0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934877     4  0.2719    0.68477 0.004 0.000 0.144 0.852 0.000
#> SRR934878     5  0.4235   -0.05341 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR934879     3  0.0880    0.63293 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR934880     3  0.3480    0.50728 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR934881     2  0.6695   -0.08707 0.000 0.392 0.240 0.000 0.368
#> SRR934882     3  0.3003    0.59167 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934883     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.4029    0.42885 0.000 0.316 0.004 0.000 0.680
#> SRR934885     5  0.5847    0.55053 0.000 0.148 0.132 0.040 0.680
#> SRR934886     3  0.2966    0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934887     3  0.2966    0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934888     2  0.2377    0.81277 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR934889     3  0.6452    0.22336 0.000 0.268 0.500 0.000 0.232
#> SRR934890     3  0.3895    0.16969 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000
#> SRR934891     3  0.4272    0.56179 0.000 0.000 0.752 0.196 0.052
#> SRR934892     3  0.3452    0.56839 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR934893     3  0.2966    0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934894     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.0000    0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.4162    0.59876 0.000 0.000 0.768 0.176 0.056
#> SRR934899     5  0.0963    0.72750 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR934900     3  0.2966    0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934901     5  0.3707    0.48850 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR934902     3  0.3003    0.59167 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934903     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.3388    0.82719 0.008 0.000 0.200 0.792 0.000
#> SRR934906     4  0.3675    0.82303 0.000 0.000 0.188 0.788 0.024
#> SRR934907     5  0.0963    0.72750 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR934908     5  0.0000    0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934909     3  0.3789    0.48927 0.000 0.224 0.760 0.000 0.016
#> SRR934910     5  0.0000    0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     2  0.4074    0.50073 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.2966    0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934915     3  0.4276    0.38465 0.000 0.000 0.616 0.004 0.380
#> SRR934916     3  0.6108    0.46217 0.248 0.000 0.564 0.188 0.000
#> SRR934917     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.3983    0.43397 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR934919     3  0.5823    0.50506 0.004 0.000 0.628 0.188 0.180
#> SRR934920     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     5  0.3366    0.49998 0.000 0.000 0.212 0.004 0.784
#> SRR934924     5  0.2127    0.68656 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR934923     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     5  0.4305   -0.19982 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR934926     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.4101    0.38536 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR934928     3  0.4060    0.26562 0.000 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR934929     4  0.5477    0.33750 0.000 0.000 0.132 0.648 0.220
#> SRR934930     3  0.4126    0.38629 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR934931     5  0.0000    0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.2891    0.76115 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR934936     3  0.4305    0.22440 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR934933     3  0.5030    0.56205 0.044 0.000 0.604 0.352 0.000
#> SRR934937     3  0.0162    0.62854 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934938     3  0.4088    0.39448 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR934939     3  0.4015    0.29692 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR934940     5  0.2648    0.61489 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR934941     5  0.6606   -0.26997 0.000 0.000 0.364 0.216 0.420
#> SRR934942     5  0.0000    0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934943     5  0.5233    0.54214 0.000 0.192 0.128 0.000 0.680
#> SRR934944     3  0.4390    0.49176 0.004 0.000 0.568 0.428 0.000
#> SRR934945     5  0.0794    0.73680 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR934946     5  0.0000    0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947     3  0.5133    0.51573 0.044 0.000 0.568 0.388 0.000
#> SRR934948     3  0.0703    0.63249 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934949     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950     3  0.6080    0.58261 0.000 0.000 0.568 0.248 0.184
#> SRR934951     4  0.2966    0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934953     3  0.4231    0.60756 0.020 0.000 0.796 0.052 0.132
#> SRR934952     2  0.3966    0.50305 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR934954     2  0.0290    0.91867 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934955     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.3143    0.58564 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR934957     3  0.4125    0.58845 0.000 0.000 0.772 0.172 0.056
#> SRR934958     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.3561    0.77401 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR934960     4  0.0000    0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963     3  0.4276    0.39477 0.004 0.000 0.616 0.000 0.380
#> SRR934964     3  0.4126    0.38327 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR934965     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000    0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.2561    0.57243 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR934968     3  0.2966    0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934969     4  0.1121    0.83329 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR934970     4  0.2773    0.83799 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR934971     3  0.3171    0.59984 0.000 0.000 0.816 0.176 0.008
#> SRR934972     4  0.3003    0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934973     3  0.2966    0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934974     4  0.4171    0.62387 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR934975     3  0.6244    0.33657 0.000 0.000 0.444 0.144 0.412
#> SRR934976     5  0.0000    0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.6311    0.09236 0.504 0.000 0.176 0.320 0.000
#> SRR934978     3  0.4201    0.34303 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR934979     2  0.0703    0.90794 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934980     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.4256    0.31332 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR934982     1  0.3274    0.74184 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR934983     4  0.0162    0.82297 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934984     2  0.0510    0.91347 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934985     3  0.5880    0.52109 0.000 0.000 0.568 0.304 0.128
#> SRR934986     4  0.0703    0.81549 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR934987     5  0.0000    0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934988     3  0.0290    0.62989 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934989     1  0.0000    0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000    0.62815 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.2527     0.7898 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR934718     6  0.1845     0.7459 0.028 0.000 0.000 0.052 0.000 0.920
#> SRR934719     4  0.4085     0.7430 0.000 0.000 0.120 0.752 0.000 0.128
#> SRR934720     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.2738     0.7895 0.000 0.000 0.004 0.820 0.000 0.176
#> SRR934722     5  0.1387     0.7921 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR934723     6  0.3290     0.6399 0.252 0.000 0.000 0.004 0.000 0.744
#> SRR934724     4  0.1564     0.7428 0.000 0.000 0.040 0.936 0.000 0.024
#> SRR934725     6  0.2527     0.7720 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934726     6  0.7133     0.4548 0.004 0.000 0.124 0.284 0.144 0.444
#> SRR934727     6  0.3101     0.7828 0.032 0.000 0.000 0.148 0.000 0.820
#> SRR934728     4  0.3782     0.1576 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR934729     5  0.0632     0.8154 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.2402     0.6843 0.000 0.000 0.120 0.868 0.000 0.012
#> SRR934732     2  0.1082     0.9341 0.000 0.956 0.040 0.000 0.000 0.004
#> SRR934733     6  0.2527     0.7720 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934734     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     6  0.1753     0.7437 0.004 0.000 0.000 0.084 0.000 0.912
#> SRR934736     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.2454     0.8023 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR934738     6  0.2697     0.7671 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR934740     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     5  0.2527     0.7052 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR934742     6  0.2531     0.7698 0.004 0.000 0.008 0.128 0.000 0.860
#> SRR934743     6  0.4108     0.7154 0.164 0.000 0.000 0.092 0.000 0.744
#> SRR934744     3  0.0713     0.8431 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934745     5  0.5484     0.6288 0.004 0.000 0.092 0.132 0.684 0.088
#> SRR934746     2  0.0777     0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934747     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.4003     0.7391 0.000 0.000 0.124 0.760 0.000 0.116
#> SRR934750     2  0.2597     0.7843 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR934749     4  0.2597     0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934751     6  0.4972     0.7190 0.016 0.000 0.088 0.232 0.000 0.664
#> SRR934752     6  0.2527     0.7720 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934753     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     6  0.1714     0.7544 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR934755     3  0.0000     0.8432 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934756     6  0.1806     0.7589 0.004 0.000 0.000 0.088 0.000 0.908
#> SRR934757     4  0.3193     0.6662 0.000 0.000 0.124 0.824 0.000 0.052
#> SRR934758     6  0.3314     0.7763 0.012 0.000 0.000 0.224 0.000 0.764
#> SRR934759     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.1349     0.9197 0.000 0.940 0.056 0.000 0.000 0.004
#> SRR934761     3  0.0713     0.8398 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934762     6  0.2135     0.7282 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR934763     4  0.2624     0.6752 0.000 0.000 0.124 0.856 0.000 0.020
#> SRR934764     4  0.3023     0.7738 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR934765     1  0.2265     0.8899 0.896 0.000 0.024 0.004 0.000 0.076
#> SRR934766     4  0.2597     0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934767     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     6  0.3360     0.6417 0.264 0.000 0.000 0.004 0.000 0.732
#> SRR934769     5  0.4203     0.6216 0.000 0.000 0.216 0.068 0.716 0.000
#> SRR934770     6  0.1807     0.7443 0.020 0.000 0.000 0.060 0.000 0.920
#> SRR934772     5  0.1829     0.7976 0.000 0.000 0.056 0.024 0.920 0.000
#> SRR934771     4  0.2597     0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934773     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     4  0.4936     0.0702 0.000 0.000 0.436 0.500 0.000 0.064
#> SRR934775     4  0.3206     0.7055 0.000 0.000 0.068 0.828 0.000 0.104
#> SRR934776     6  0.6578     0.5982 0.000 0.000 0.104 0.256 0.120 0.520
#> SRR934777     4  0.2597     0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934778     5  0.4827     0.4170 0.000 0.000 0.000 0.084 0.620 0.296
#> SRR934779     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     5  0.6061     0.2826 0.000 0.000 0.340 0.168 0.476 0.016
#> SRR934781     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.2092     0.8464 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR934783     4  0.1644     0.7460 0.000 0.000 0.040 0.932 0.000 0.028
#> SRR934784     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     6  0.3541     0.5230 0.020 0.000 0.000 0.232 0.000 0.748
#> SRR934787     6  0.1829     0.7452 0.024 0.000 0.000 0.056 0.000 0.920
#> SRR934788     4  0.3126     0.7428 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR934789     6  0.4408     0.6442 0.000 0.000 0.036 0.356 0.000 0.608
#> SRR934790     3  0.0632     0.8437 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934791     4  0.3023     0.7736 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR934792     3  0.3862     0.1757 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     6  0.1610     0.7569 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR934796     6  0.2094     0.7349 0.020 0.000 0.000 0.080 0.000 0.900
#> SRR934797     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0291     0.9837 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR934799     4  0.2597     0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934800     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0692     0.9441 0.000 0.976 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR934802     5  0.3868    -0.0697 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR934803     6  0.4686     0.7116 0.088 0.000 0.136 0.040 0.000 0.736
#> SRR934804     5  0.2491     0.7115 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR934805     4  0.2129     0.7509 0.000 0.000 0.040 0.904 0.000 0.056
#> SRR934806     4  0.3076     0.7528 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR934807     5  0.0146     0.8193 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934809     4  0.1610     0.7611 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR934810     6  0.3023     0.7579 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR934811     5  0.0000     0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934808     6  0.5121     0.6797 0.000 0.000 0.124 0.272 0.000 0.604
#> SRR934812     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.2905     0.7849 0.000 0.084 0.852 0.000 0.064 0.000
#> SRR934814     6  0.2527     0.7720 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934815     5  0.0914     0.8189 0.000 0.000 0.016 0.000 0.968 0.016
#> SRR934816     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.3468     0.5863 0.000 0.284 0.712 0.000 0.000 0.004
#> SRR934818     5  0.5814     0.5175 0.000 0.000 0.124 0.232 0.600 0.044
#> SRR934819     6  0.1957     0.7651 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR934820     6  0.2883     0.7635 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR934821     3  0.1863     0.8338 0.000 0.000 0.920 0.044 0.036 0.000
#> SRR934822     6  0.3588     0.7848 0.060 0.000 0.000 0.152 0.000 0.788
#> SRR934823     4  0.2772     0.7893 0.000 0.000 0.004 0.816 0.000 0.180
#> SRR934825     2  0.3867     0.0864 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR934826     6  0.1806     0.7565 0.004 0.000 0.000 0.088 0.000 0.908
#> SRR934827     3  0.2822     0.7938 0.004 0.000 0.864 0.056 0.000 0.076
#> SRR934828     5  0.2883     0.6415 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934829     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.1267     0.8076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934831     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.0000     0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934833     5  0.4757     0.5737 0.000 0.000 0.000 0.180 0.676 0.144
#> SRR934834     6  0.5350     0.7039 0.036 0.000 0.132 0.168 0.000 0.664
#> SRR934835     2  0.0777     0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934836     4  0.3582     0.7431 0.016 0.000 0.000 0.732 0.000 0.252
#> SRR934837     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.2597     0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934839     2  0.0777     0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934840     2  0.1080     0.9371 0.000 0.960 0.032 0.000 0.004 0.004
#> SRR934841     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     6  0.1958     0.7879 0.004 0.000 0.000 0.100 0.000 0.896
#> SRR934844     4  0.2631     0.7878 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR934845     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0777     0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934847     4  0.1794     0.7458 0.000 0.000 0.040 0.924 0.000 0.036
#> SRR934848     4  0.2631     0.7886 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR934849     1  0.0146     0.9869 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934850     6  0.3290     0.6399 0.252 0.000 0.000 0.004 0.000 0.744
#> SRR934851     3  0.2655     0.8180 0.000 0.000 0.872 0.012 0.096 0.020
#> SRR934853     4  0.1549     0.7410 0.000 0.000 0.044 0.936 0.000 0.020
#> SRR934852     3  0.2482     0.7433 0.000 0.148 0.848 0.000 0.000 0.004
#> SRR934854     6  0.3911     0.7443 0.000 0.000 0.000 0.256 0.032 0.712
#> SRR934856     4  0.2597     0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934858     4  0.4604     0.6304 0.152 0.000 0.000 0.696 0.000 0.152
#> SRR934859     2  0.0777     0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934860     2  0.4763     0.3453 0.000 0.576 0.048 0.000 0.372 0.004
#> SRR934861     2  0.0777     0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934862     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.2624     0.6770 0.000 0.000 0.124 0.856 0.000 0.020
#> SRR934864     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     6  0.5507     0.4331 0.000 0.000 0.068 0.420 0.024 0.488
#> SRR934866     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     3  0.3663     0.7356 0.000 0.128 0.796 0.000 0.072 0.004
#> SRR934868     2  0.0777     0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934869     4  0.4929     0.5961 0.000 0.000 0.280 0.620 0.000 0.100
#> SRR934870     4  0.2003     0.7500 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR934871     5  0.0000     0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934872     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.1267     0.8289 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR934874     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.2631     0.7886 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR934877     6  0.2101     0.7643 0.004 0.000 0.004 0.100 0.000 0.892
#> SRR934878     5  0.4094     0.6266 0.000 0.000 0.224 0.040 0.728 0.008
#> SRR934879     3  0.3221     0.6087 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR934880     4  0.2446     0.6805 0.000 0.000 0.124 0.864 0.000 0.012
#> SRR934881     3  0.3017     0.7810 0.000 0.084 0.844 0.000 0.072 0.000
#> SRR934882     3  0.0547     0.8441 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.1232     0.8097 0.000 0.016 0.024 0.000 0.956 0.004
#> SRR934885     5  0.0937     0.8137 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR934886     3  0.0146     0.8430 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934887     3  0.0937     0.8403 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR934888     2  0.3679     0.6553 0.000 0.724 0.012 0.000 0.260 0.004
#> SRR934889     5  0.5203    -0.0213 0.000 0.456 0.076 0.000 0.464 0.004
#> SRR934890     3  0.4929     0.3655 0.000 0.000 0.608 0.300 0.000 0.092
#> SRR934891     4  0.3072     0.6704 0.000 0.000 0.084 0.840 0.000 0.076
#> SRR934892     3  0.4763     0.5774 0.000 0.000 0.688 0.136 0.172 0.004
#> SRR934893     3  0.0146     0.8438 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.0000     0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934896     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     4  0.6324     0.2632 0.000 0.000 0.252 0.528 0.172 0.048
#> SRR934899     5  0.2219     0.7384 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR934900     3  0.0632     0.8437 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934901     5  0.0937     0.8095 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR934902     3  0.0632     0.8437 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.3290     0.7498 0.000 0.000 0.004 0.744 0.000 0.252
#> SRR934906     4  0.3078     0.7842 0.000 0.000 0.000 0.796 0.012 0.192
#> SRR934907     5  0.2003     0.7568 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR934908     5  0.0000     0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909     3  0.3370     0.7241 0.000 0.140 0.812 0.000 0.044 0.004
#> SRR934910     5  0.0000     0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.1753     0.8002 0.000 0.084 0.912 0.000 0.000 0.004
#> SRR934913     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.2597     0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934915     3  0.3228     0.8051 0.000 0.000 0.844 0.044 0.092 0.020
#> SRR934916     6  0.4372     0.7006 0.176 0.000 0.040 0.040 0.000 0.744
#> SRR934917     2  0.0777     0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934918     3  0.1267     0.8334 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR934919     6  0.6525     0.5096 0.000 0.000 0.144 0.112 0.192 0.552
#> SRR934920     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     5  0.4957     0.6054 0.000 0.000 0.196 0.108 0.680 0.016
#> SRR934924     5  0.3646     0.6486 0.052 0.000 0.000 0.000 0.776 0.172
#> SRR934923     1  0.1757     0.9074 0.916 0.000 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR934925     5  0.3558     0.6106 0.000 0.000 0.248 0.016 0.736 0.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.1444     0.8297 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR934928     4  0.2365     0.7274 0.000 0.000 0.072 0.888 0.000 0.040
#> SRR934929     6  0.2815     0.7695 0.000 0.000 0.024 0.056 0.044 0.876
#> SRR934930     3  0.2121     0.8214 0.000 0.000 0.892 0.012 0.096 0.000
#> SRR934931     5  0.0000     0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.3652     0.5033 0.000 0.324 0.672 0.000 0.000 0.004
#> SRR934936     3  0.4828     0.0968 0.000 0.000 0.500 0.044 0.452 0.004
#> SRR934933     6  0.4958     0.7117 0.020 0.000 0.124 0.164 0.000 0.692
#> SRR934937     3  0.0632     0.8437 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934938     3  0.1444     0.8306 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR934939     4  0.2070     0.7070 0.000 0.000 0.092 0.896 0.000 0.012
#> SRR934940     5  0.2629     0.7734 0.000 0.000 0.060 0.068 0.872 0.000
#> SRR934941     6  0.5549     0.5762 0.000 0.000 0.000 0.232 0.212 0.556
#> SRR934942     5  0.0458     0.8186 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934943     5  0.1082     0.8127 0.000 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR934944     6  0.4882     0.6974 0.004 0.000 0.124 0.204 0.000 0.668
#> SRR934945     5  0.1334     0.8063 0.020 0.000 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR934946     5  0.2066     0.7980 0.000 0.000 0.000 0.052 0.908 0.040
#> SRR934947     6  0.4114     0.7574 0.016 0.000 0.052 0.176 0.000 0.756
#> SRR934948     3  0.1327     0.8321 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0777     0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934950     4  0.3552     0.6292 0.000 0.000 0.084 0.800 0.000 0.116
#> SRR934951     4  0.2631     0.7878 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR934953     3  0.4862     0.3498 0.004 0.000 0.600 0.052 0.004 0.340
#> SRR934952     2  0.3499     0.5535 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR934954     2  0.2266     0.8592 0.000 0.880 0.012 0.000 0.108 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.1572     0.8388 0.000 0.000 0.936 0.036 0.028 0.000
#> SRR934957     4  0.5480     0.4197 0.000 0.000 0.180 0.628 0.172 0.020
#> SRR934958     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.2706     0.7907 0.000 0.000 0.008 0.832 0.000 0.160
#> SRR934960     6  0.1714     0.7544 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR934961     2  0.0603     0.9456 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR934962     2  0.0405     0.9481 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR934963     3  0.3900     0.7717 0.004 0.000 0.796 0.020 0.128 0.052
#> SRR934964     3  0.2383     0.8156 0.000 0.000 0.880 0.000 0.096 0.024
#> SRR934965     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     4  0.5226     0.3192 0.000 0.000 0.444 0.464 0.000 0.092
#> SRR934968     3  0.0632     0.8437 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934969     4  0.3330     0.5441 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR934970     4  0.3244     0.7434 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR934971     3  0.0146     0.8430 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934972     4  0.3265     0.7558 0.000 0.000 0.004 0.748 0.000 0.248
#> SRR934973     3  0.0632     0.8437 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934974     4  0.3921     0.7426 0.000 0.000 0.116 0.768 0.000 0.116
#> SRR934975     6  0.6205     0.6101 0.000 0.000 0.176 0.232 0.044 0.548
#> SRR934976     5  0.0000     0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     4  0.5601     0.5389 0.248 0.000 0.000 0.544 0.000 0.208
#> SRR934978     3  0.2378     0.7858 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR934979     2  0.2526     0.8680 0.000 0.876 0.024 0.000 0.096 0.004
#> SRR934980     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.3221     0.6356 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR934982     6  0.3482     0.5834 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR934983     6  0.2668     0.7746 0.004 0.000 0.000 0.168 0.000 0.828
#> SRR934984     2  0.1082     0.9338 0.000 0.956 0.040 0.000 0.000 0.004
#> SRR934985     5  0.7282     0.0981 0.000 0.000 0.124 0.256 0.404 0.216
#> SRR934986     6  0.1644     0.7424 0.004 0.000 0.000 0.076 0.000 0.920
#> SRR934987     5  0.0000     0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934988     3  0.3835     0.4967 0.000 0.000 0.668 0.320 0.000 0.012
#> SRR934989     1  0.0000     0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0632     0.8437 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:mclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.999           0.957       0.982         0.4657 0.534   0.534
#> 3 3 0.785           0.852       0.923         0.3169 0.750   0.576
#> 4 4 0.553           0.588       0.755         0.1591 0.810   0.553
#> 5 5 0.568           0.594       0.741         0.0825 0.805   0.426
#> 6 6 0.679           0.741       0.787         0.0469 0.822   0.387

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934719     2  0.0376     0.9836 0.004 0.996
#> SRR934720     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934721     2  0.0376     0.9836 0.004 0.996
#> SRR934722     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934723     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934724     2  0.0376     0.9836 0.004 0.996
#> SRR934725     1  0.3733     0.9112 0.928 0.072
#> SRR934726     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934731     2  0.0376     0.9836 0.004 0.996
#> SRR934732     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934733     1  0.0376     0.9706 0.996 0.004
#> SRR934734     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0376     0.9706 0.996 0.004
#> SRR934740     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934742     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934744     2  0.0376     0.9836 0.004 0.996
#> SRR934745     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934748     2  0.0376     0.9836 0.004 0.996
#> SRR934750     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934749     2  0.0376     0.9836 0.004 0.996
#> SRR934751     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.8081     0.6850 0.752 0.248
#> SRR934753     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.2043     0.9488 0.968 0.032
#> SRR934755     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934756     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934757     2  0.4298     0.8977 0.088 0.912
#> SRR934758     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.1414     0.9589 0.980 0.020
#> SRR934763     1  0.9608     0.4109 0.616 0.384
#> SRR934764     1  0.0672     0.9680 0.992 0.008
#> SRR934765     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934766     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934771     2  0.4690     0.8836 0.100 0.900
#> SRR934773     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934774     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934775     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934776     2  0.0376     0.9834 0.004 0.996
#> SRR934777     1  0.2043     0.9481 0.968 0.032
#> SRR934778     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934779     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934780     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934781     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.9635     0.3984 0.612 0.388
#> SRR934784     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934790     2  0.3274     0.9288 0.060 0.940
#> SRR934791     1  0.0376     0.9706 0.996 0.004
#> SRR934792     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.6623     0.7952 0.828 0.172
#> SRR934796     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.0376     0.9706 0.996 0.004
#> SRR934806     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934807     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934809     2  0.3879     0.9108 0.076 0.924
#> SRR934810     2  0.9087     0.5028 0.324 0.676
#> SRR934811     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934808     1  0.1843     0.9513 0.972 0.028
#> SRR934812     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.8443     0.6459 0.728 0.272
#> SRR934815     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934816     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934818     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934819     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934820     1  0.1184     0.9621 0.984 0.016
#> SRR934821     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934822     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934823     2  0.6887     0.7714 0.184 0.816
#> SRR934825     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934827     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934828     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934829     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934830     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934832     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934833     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934834     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934847     2  0.1633     0.9654 0.024 0.976
#> SRR934848     1  0.0672     0.9680 0.992 0.008
#> SRR934849     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934851     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934853     2  0.0376     0.9836 0.004 0.996
#> SRR934852     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934854     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934856     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.9393     0.4755 0.644 0.356
#> SRR934864     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.9635     0.4017 0.612 0.388
#> SRR934866     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934869     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934870     1  0.0376     0.9706 0.996 0.004
#> SRR934871     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934872     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934873     2  0.4431     0.8933 0.092 0.908
#> SRR934874     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.4431     0.8909 0.908 0.092
#> SRR934877     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934878     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934879     2  0.0376     0.9836 0.004 0.996
#> SRR934880     2  0.8144     0.6627 0.252 0.748
#> SRR934881     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934882     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934885     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934886     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934887     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934888     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934890     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934891     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934892     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934893     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934898     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934899     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934900     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934902     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.0376     0.9705 0.996 0.004
#> SRR934906     2  0.2043     0.9570 0.032 0.968
#> SRR934907     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934908     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934915     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934916     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934919     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934920     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934922     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934924     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934923     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934928     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934929     2  0.9896     0.2117 0.440 0.560
#> SRR934930     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934931     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934936     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934933     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934937     2  0.0376     0.9836 0.004 0.996
#> SRR934938     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934939     2  0.0376     0.9836 0.004 0.996
#> SRR934940     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934941     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934942     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934943     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934945     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934946     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934948     2  0.0376     0.9836 0.004 0.996
#> SRR934949     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934950     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934951     1  0.3431     0.9178 0.936 0.064
#> SRR934953     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934956     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934957     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934959     2  0.0376     0.9836 0.004 0.996
#> SRR934960     1  0.0376     0.9706 0.996 0.004
#> SRR934961     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934963     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934964     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934967     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934968     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934969     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934972     2  0.9983     0.0791 0.476 0.524
#> SRR934973     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934974     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934975     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934976     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934978     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934979     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934981     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934982     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934985     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934986     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934988     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9731 1.000 0.000
#> SRR934990     2  0.0000     0.9867 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     1  0.3267     0.8588 0.884 0.000 0.116
#> SRR934718     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934720     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721     3  0.2448     0.8963 0.000 0.076 0.924
#> SRR934722     3  0.1643     0.8964 0.000 0.044 0.956
#> SRR934723     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724     3  0.2356     0.8680 0.072 0.000 0.928
#> SRR934725     3  0.0475     0.8877 0.004 0.004 0.992
#> SRR934726     3  0.5621     0.5364 0.308 0.000 0.692
#> SRR934727     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728     1  0.2448     0.9125 0.924 0.000 0.076
#> SRR934729     3  0.0424     0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934730     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     3  0.2056     0.8919 0.024 0.024 0.952
#> SRR934732     3  0.6307     0.1603 0.000 0.488 0.512
#> SRR934733     1  0.2537     0.9097 0.920 0.000 0.080
#> SRR934734     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738     3  0.2945     0.8229 0.088 0.004 0.908
#> SRR934740     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     3  0.3192     0.8532 0.000 0.112 0.888
#> SRR934742     1  0.1643     0.9359 0.956 0.000 0.044
#> SRR934743     1  0.0237     0.9502 0.996 0.000 0.004
#> SRR934744     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934745     1  0.5098     0.7073 0.752 0.000 0.248
#> SRR934746     3  0.6252     0.3053 0.000 0.444 0.556
#> SRR934747     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934750     3  0.6079     0.3716 0.000 0.388 0.612
#> SRR934749     3  0.2448     0.8963 0.000 0.076 0.924
#> SRR934751     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752     3  0.2959     0.8129 0.100 0.000 0.900
#> SRR934753     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     3  0.5956     0.4796 0.324 0.004 0.672
#> SRR934755     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934756     1  0.0592     0.9479 0.988 0.000 0.012
#> SRR934757     3  0.2926     0.8901 0.040 0.036 0.924
#> SRR934758     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.5785     0.4542 0.000 0.668 0.332
#> SRR934761     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934762     3  0.5650     0.5083 0.312 0.000 0.688
#> SRR934763     3  0.5835     0.4532 0.340 0.000 0.660
#> SRR934764     1  0.4605     0.7750 0.796 0.000 0.204
#> SRR934765     1  0.3267     0.8588 0.884 0.000 0.116
#> SRR934766     1  0.0592     0.9479 0.988 0.000 0.012
#> SRR934767     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.1753     0.8966 0.000 0.048 0.952
#> SRR934770     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934771     3  0.2939     0.8949 0.012 0.072 0.916
#> SRR934773     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.1878     0.8977 0.004 0.044 0.952
#> SRR934775     1  0.2711     0.8872 0.912 0.000 0.088
#> SRR934776     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934777     1  0.1529     0.9376 0.960 0.000 0.040
#> SRR934778     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934779     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.2356     0.8974 0.000 0.072 0.928
#> SRR934781     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.4062     0.7589 0.000 0.836 0.164
#> SRR934783     3  0.6274     0.1438 0.456 0.000 0.544
#> SRR934784     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789     1  0.1289     0.9395 0.968 0.000 0.032
#> SRR934790     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934791     1  0.3038     0.8881 0.896 0.000 0.104
#> SRR934792     3  0.2625     0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934793     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     3  0.1647     0.8721 0.036 0.004 0.960
#> SRR934796     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0237     0.9505 0.996 0.000 0.004
#> SRR934800     2  0.0424     0.9179 0.000 0.992 0.008
#> SRR934801     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     3  0.5988     0.4250 0.000 0.368 0.632
#> SRR934803     1  0.3192     0.8632 0.888 0.000 0.112
#> SRR934804     3  0.1753     0.8966 0.000 0.048 0.952
#> SRR934805     1  0.4121     0.8014 0.832 0.000 0.168
#> SRR934806     1  0.3340     0.8548 0.880 0.000 0.120
#> SRR934807     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934809     3  0.4062     0.7456 0.164 0.000 0.836
#> SRR934810     3  0.0983     0.8826 0.016 0.004 0.980
#> SRR934811     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934808     3  0.6215     0.1811 0.428 0.000 0.572
#> SRR934812     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934814     3  0.0475     0.8877 0.004 0.004 0.992
#> SRR934815     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934816     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     3  0.3879     0.8446 0.000 0.152 0.848
#> SRR934818     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934819     1  0.1411     0.9377 0.964 0.000 0.036
#> SRR934820     3  0.6308    -0.0609 0.492 0.000 0.508
#> SRR934821     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934822     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823     3  0.2866     0.8950 0.008 0.076 0.916
#> SRR934825     3  0.3551     0.8630 0.000 0.132 0.868
#> SRR934826     1  0.1289     0.9395 0.968 0.000 0.032
#> SRR934827     3  0.6062     0.3585 0.384 0.000 0.616
#> SRR934828     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934829     2  0.6302    -0.0174 0.000 0.520 0.480
#> SRR934830     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934831     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934833     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934834     1  0.1163     0.9422 0.972 0.000 0.028
#> SRR934835     3  0.5882     0.5485 0.000 0.348 0.652
#> SRR934836     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1  0.0747     0.9464 0.984 0.000 0.016
#> SRR934839     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840     3  0.3941     0.8400 0.000 0.156 0.844
#> SRR934841     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.1411     0.9377 0.964 0.000 0.036
#> SRR934844     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.5591     0.5182 0.000 0.696 0.304
#> SRR934847     3  0.6075     0.5492 0.316 0.008 0.676
#> SRR934848     1  0.4452     0.7806 0.808 0.000 0.192
#> SRR934849     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.1643     0.8970 0.000 0.044 0.956
#> SRR934853     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934852     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934854     3  0.0475     0.8877 0.004 0.004 0.992
#> SRR934856     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     3  0.4346     0.8131 0.000 0.184 0.816
#> SRR934861     3  0.5835     0.5643 0.000 0.340 0.660
#> SRR934862     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863     3  0.4974     0.6458 0.236 0.000 0.764
#> SRR934864     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     3  0.0475     0.8866 0.004 0.004 0.992
#> SRR934866     3  0.6008     0.4142 0.000 0.372 0.628
#> SRR934867     3  0.2625     0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934868     3  0.5138     0.7200 0.000 0.252 0.748
#> SRR934869     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934870     1  0.3340     0.8742 0.880 0.000 0.120
#> SRR934871     3  0.1031     0.8936 0.000 0.024 0.976
#> SRR934872     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934874     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1  0.5098     0.6987 0.752 0.000 0.248
#> SRR934877     1  0.0424     0.9486 0.992 0.000 0.008
#> SRR934878     3  0.1753     0.8966 0.000 0.048 0.952
#> SRR934879     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934880     3  0.3028     0.8924 0.032 0.048 0.920
#> SRR934881     3  0.5058     0.7304 0.000 0.244 0.756
#> SRR934882     3  0.2625     0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934883     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     3  0.0424     0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934885     3  0.0424     0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934886     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934887     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934888     2  0.5058     0.6718 0.000 0.756 0.244
#> SRR934889     3  0.1964     0.8972 0.000 0.056 0.944
#> SRR934890     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934891     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934892     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934893     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934894     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     3  0.0747     0.8916 0.000 0.016 0.984
#> SRR934896     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0424     0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934899     3  0.1411     0.8956 0.000 0.036 0.964
#> SRR934900     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934901     3  0.3192     0.8567 0.000 0.112 0.888
#> SRR934902     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934903     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     3  0.3554     0.8736 0.064 0.036 0.900
#> SRR934906     3  0.1399     0.8885 0.028 0.004 0.968
#> SRR934907     3  0.1643     0.8964 0.000 0.044 0.956
#> SRR934908     3  0.1163     0.8858 0.000 0.028 0.972
#> SRR934909     3  0.2625     0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934910     3  0.0424     0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934911     2  0.4555     0.7395 0.000 0.800 0.200
#> SRR934912     3  0.3116     0.8829 0.000 0.108 0.892
#> SRR934913     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934915     3  0.1643     0.8964 0.000 0.044 0.956
#> SRR934916     1  0.1163     0.9422 0.972 0.000 0.028
#> SRR934917     3  0.6192     0.3788 0.000 0.420 0.580
#> SRR934918     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934919     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934920     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0424     0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934924     1  0.2066     0.9287 0.940 0.000 0.060
#> SRR934923     1  0.0592     0.9473 0.988 0.000 0.012
#> SRR934925     3  0.2165     0.8976 0.000 0.064 0.936
#> SRR934926     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     3  0.2625     0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934928     3  0.2926     0.8925 0.036 0.040 0.924
#> SRR934929     3  0.2400     0.8476 0.064 0.004 0.932
#> SRR934930     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934931     3  0.0424     0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934932     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     3  0.4346     0.8060 0.000 0.184 0.816
#> SRR934936     3  0.2625     0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934933     1  0.1411     0.9333 0.964 0.000 0.036
#> SRR934937     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934938     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934939     3  0.2939     0.8968 0.012 0.072 0.916
#> SRR934940     3  0.0592     0.8905 0.000 0.012 0.988
#> SRR934941     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934942     3  0.0424     0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934943     3  0.2625     0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934944     1  0.2711     0.8885 0.912 0.000 0.088
#> SRR934945     1  0.2066     0.9287 0.940 0.000 0.060
#> SRR934946     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934947     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934949     2  0.5560     0.5442 0.000 0.700 0.300
#> SRR934950     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934951     1  0.3941     0.8257 0.844 0.000 0.156
#> SRR934953     1  0.4842     0.7462 0.776 0.000 0.224
#> SRR934952     2  0.6235     0.2436 0.000 0.564 0.436
#> SRR934954     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.2625     0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934957     3  0.1411     0.8969 0.000 0.036 0.964
#> SRR934958     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     3  0.2448     0.8963 0.000 0.076 0.924
#> SRR934960     1  0.2165     0.9213 0.936 0.000 0.064
#> SRR934961     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963     1  0.6154     0.3552 0.592 0.000 0.408
#> SRR934964     3  0.1643     0.8970 0.000 0.044 0.956
#> SRR934965     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934968     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934969     1  0.1289     0.9395 0.968 0.000 0.032
#> SRR934970     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934972     3  0.3039     0.8898 0.036 0.044 0.920
#> SRR934973     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934974     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934975     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934976     3  0.1163     0.8858 0.000 0.028 0.972
#> SRR934977     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.2066     0.8980 0.000 0.060 0.940
#> SRR934979     2  0.6244     0.1539 0.000 0.560 0.440
#> SRR934980     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.1753     0.8974 0.000 0.048 0.952
#> SRR934982     1  0.1031     0.9429 0.976 0.000 0.024
#> SRR934983     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984     3  0.3340     0.8741 0.000 0.120 0.880
#> SRR934985     3  0.0237     0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934986     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987     3  0.1643     0.8964 0.000 0.044 0.956
#> SRR934988     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934989     1  0.0000     0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.2537     0.8960 0.000 0.080 0.920

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     1  0.8040     0.5429 0.568 0.216 0.064 0.152
#> SRR934718     1  0.0188     0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.4933     0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934720     1  0.2399     0.8819 0.920 0.032 0.048 0.000
#> SRR934721     4  0.5578     0.2514 0.040 0.000 0.312 0.648
#> SRR934722     4  0.2704     0.5824 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR934723     1  0.1610     0.8889 0.952 0.016 0.032 0.000
#> SRR934724     4  0.3123     0.5847 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR934725     4  0.1474     0.6394 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR934726     4  0.6756     0.3047 0.356 0.032 0.044 0.568
#> SRR934727     1  0.0188     0.8891 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934728     1  0.4961     0.1699 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR934729     4  0.5113     0.3247 0.000 0.024 0.292 0.684
#> SRR934730     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934731     4  0.2466     0.6419 0.056 0.000 0.028 0.916
#> SRR934732     3  0.7313    -0.2304 0.000 0.380 0.464 0.156
#> SRR934733     1  0.2010     0.8757 0.932 0.004 0.004 0.060
#> SRR934734     1  0.2197     0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934735     1  0.0336     0.8888 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.1388     0.8893 0.960 0.012 0.028 0.000
#> SRR934737     2  0.4283     0.9286 0.000 0.740 0.256 0.004
#> SRR934738     4  0.2345     0.6210 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR934740     1  0.2197     0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934739     2  0.5113     0.9038 0.000 0.712 0.252 0.036
#> SRR934741     4  0.5697     0.2884 0.000 0.052 0.292 0.656
#> SRR934742     1  0.3387     0.8722 0.888 0.028 0.052 0.032
#> SRR934743     1  0.5065     0.8154 0.772 0.032 0.172 0.024
#> SRR934744     3  0.4933     0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934745     1  0.5712     0.7507 0.756 0.036 0.072 0.136
#> SRR934746     2  0.7313     0.4382 0.000 0.464 0.380 0.156
#> SRR934747     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934748     3  0.4933     0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934750     4  0.7828    -0.1970 0.000 0.296 0.292 0.412
#> SRR934749     4  0.5906     0.2982 0.064 0.000 0.292 0.644
#> SRR934751     1  0.5169     0.7805 0.744 0.212 0.020 0.024
#> SRR934752     4  0.1716     0.6338 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR934753     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934754     4  0.3074     0.5839 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934755     3  0.3448     0.5949 0.000 0.004 0.828 0.168
#> SRR934756     1  0.0188     0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934757     4  0.5480     0.4805 0.140 0.000 0.124 0.736
#> SRR934758     1  0.0000     0.8891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.2399     0.8819 0.920 0.032 0.048 0.000
#> SRR934760     3  0.7188    -0.4023 0.000 0.428 0.436 0.136
#> SRR934761     3  0.3311     0.5960 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR934762     4  0.3528     0.5473 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR934763     4  0.1302     0.6414 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR934764     4  0.4331     0.4687 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR934765     3  0.8326    -0.2317 0.340 0.220 0.416 0.024
#> SRR934766     1  0.1004     0.8831 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR934767     1  0.2197     0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934768     1  0.0336     0.8888 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934769     4  0.2408     0.6017 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR934770     1  0.0188     0.8892 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934772     4  0.5193     0.3053 0.000 0.020 0.324 0.656
#> SRR934771     4  0.6775     0.0382 0.100 0.000 0.384 0.516
#> SRR934773     1  0.2399     0.8819 0.920 0.032 0.048 0.000
#> SRR934774     4  0.4406     0.2818 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR934775     1  0.6094     0.7318 0.712 0.164 0.016 0.108
#> SRR934776     4  0.0376     0.6496 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR934777     4  0.4941     0.1787 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR934778     4  0.0707     0.6485 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934779     1  0.2197     0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934780     4  0.2011     0.6226 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR934781     2  0.4934     0.9119 0.000 0.720 0.252 0.028
#> SRR934782     2  0.6521     0.8021 0.000 0.620 0.256 0.124
#> SRR934783     4  0.3257     0.5902 0.152 0.000 0.004 0.844
#> SRR934784     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934785     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934786     1  0.0188     0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.7229     0.6893 0.612 0.220 0.144 0.024
#> SRR934788     1  0.0188     0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934789     1  0.1118     0.8784 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934790     3  0.5775     0.4515 0.000 0.212 0.696 0.092
#> SRR934791     4  0.4989     0.0878 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR934792     3  0.5088     0.3328 0.000 0.004 0.572 0.424
#> SRR934793     1  0.2197     0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934794     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934795     4  0.2281     0.6246 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR934796     1  0.0188     0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.2197     0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934798     1  0.1042     0.8900 0.972 0.008 0.020 0.000
#> SRR934799     1  0.1398     0.8774 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR934800     2  0.4103     0.9300 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR934801     2  0.4252     0.9299 0.000 0.744 0.252 0.004
#> SRR934802     4  0.7890    -0.1988 0.000 0.288 0.352 0.360
#> SRR934803     1  0.8349     0.4895 0.432 0.244 0.300 0.024
#> SRR934804     3  0.5279     0.3345 0.000 0.012 0.588 0.400
#> SRR934805     4  0.4679     0.4016 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR934806     3  0.8225    -0.1231 0.296 0.220 0.460 0.024
#> SRR934807     4  0.0707     0.6485 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934809     4  0.2281     0.6214 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR934810     4  0.1022     0.6441 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR934811     4  0.1022     0.6467 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR934808     4  0.3764     0.5205 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR934812     1  0.1452     0.8876 0.956 0.008 0.036 0.000
#> SRR934813     3  0.4632     0.5331 0.000 0.004 0.688 0.308
#> SRR934814     4  0.1118     0.6428 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934815     4  0.4222     0.3866 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR934816     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934817     3  0.5408     0.4404 0.000 0.016 0.576 0.408
#> SRR934818     4  0.1118     0.6440 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR934819     1  0.1124     0.8899 0.972 0.004 0.012 0.012
#> SRR934820     4  0.2868     0.5918 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR934821     4  0.4941    -0.1175 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR934822     1  0.0188     0.8891 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.6766     0.0533 0.100 0.000 0.380 0.520
#> SRR934825     3  0.6979     0.2951 0.000 0.120 0.504 0.376
#> SRR934826     1  0.0895     0.8842 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR934827     3  0.9120    -0.1136 0.284 0.244 0.396 0.076
#> SRR934828     4  0.4695     0.3900 0.004 0.012 0.252 0.732
#> SRR934829     3  0.6936     0.0595 0.000 0.284 0.568 0.148
#> SRR934830     4  0.0817     0.6479 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934831     1  0.2197     0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934832     4  0.0817     0.6479 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934833     4  0.0188     0.6494 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934834     1  0.7754     0.6776 0.564 0.232 0.172 0.032
#> SRR934835     3  0.6323     0.4444 0.000 0.164 0.660 0.176
#> SRR934836     1  0.0707     0.8882 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934838     1  0.1004     0.8831 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR934839     2  0.5358     0.8907 0.000 0.700 0.252 0.048
#> SRR934840     3  0.6811     0.3067 0.000 0.216 0.604 0.180
#> SRR934841     1  0.1854     0.8862 0.940 0.012 0.048 0.000
#> SRR934842     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934843     1  0.2521     0.8856 0.924 0.032 0.028 0.016
#> SRR934844     1  0.1182     0.8856 0.968 0.016 0.000 0.016
#> SRR934845     2  0.4252     0.9299 0.000 0.744 0.252 0.004
#> SRR934846     2  0.6813     0.7067 0.000 0.576 0.292 0.132
#> SRR934847     4  0.4434     0.5235 0.228 0.000 0.016 0.756
#> SRR934848     4  0.4543     0.4412 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR934849     1  0.0524     0.8890 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR934850     1  0.1059     0.8898 0.972 0.012 0.016 0.000
#> SRR934851     3  0.4877     0.3365 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR934853     4  0.5313     0.0819 0.016 0.000 0.376 0.608
#> SRR934852     3  0.6295     0.4746 0.000 0.212 0.656 0.132
#> SRR934854     4  0.0188     0.6491 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934856     1  0.3534     0.7750 0.840 0.008 0.004 0.148
#> SRR934858     1  0.0336     0.8889 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.6138     0.8275 0.000 0.648 0.260 0.092
#> SRR934860     3  0.7385    -0.0792 0.000 0.340 0.484 0.176
#> SRR934861     3  0.6104     0.4844 0.000 0.140 0.680 0.180
#> SRR934862     2  0.4343     0.9240 0.000 0.732 0.264 0.004
#> SRR934863     4  0.1209     0.6479 0.032 0.000 0.004 0.964
#> SRR934864     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934865     4  0.0469     0.6487 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934866     4  0.7896    -0.2240 0.000 0.296 0.336 0.368
#> SRR934867     3  0.4079     0.5929 0.000 0.020 0.800 0.180
#> SRR934868     3  0.5632     0.5652 0.000 0.092 0.712 0.196
#> SRR934869     3  0.4941     0.4124 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR934870     4  0.4843     0.3061 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR934871     4  0.2281     0.6171 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR934872     2  0.4737     0.9188 0.000 0.728 0.252 0.020
#> SRR934873     3  0.3311     0.5960 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR934874     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934875     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934876     4  0.3311     0.5720 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR934877     1  0.3460     0.8726 0.884 0.036 0.056 0.024
#> SRR934878     4  0.4624     0.1653 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934879     3  0.4933     0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934880     4  0.6430    -0.1601 0.068 0.000 0.428 0.504
#> SRR934881     3  0.5457     0.5569 0.000 0.088 0.728 0.184
#> SRR934882     3  0.4054     0.5933 0.000 0.016 0.796 0.188
#> SRR934883     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934884     4  0.5207     0.3200 0.000 0.028 0.292 0.680
#> SRR934885     4  0.5388     0.0223 0.000 0.012 0.456 0.532
#> SRR934886     3  0.3266     0.5951 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR934887     3  0.4996     0.3290 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR934888     2  0.7636     0.5179 0.000 0.468 0.284 0.248
#> SRR934889     4  0.5268     0.0441 0.000 0.008 0.452 0.540
#> SRR934890     3  0.4933     0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934891     4  0.0000     0.6491 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892     3  0.4996     0.3219 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR934893     3  0.3444     0.5959 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR934894     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934895     4  0.1557     0.6344 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR934896     1  0.2399     0.8819 0.920 0.032 0.048 0.000
#> SRR934897     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934898     4  0.1022     0.6452 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR934899     3  0.5039     0.3232 0.000 0.004 0.592 0.404
#> SRR934900     3  0.4933     0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934901     4  0.5623     0.2944 0.000 0.048 0.292 0.660
#> SRR934902     3  0.3486     0.5950 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR934903     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934905     3  0.6705     0.3214 0.100 0.220 0.656 0.024
#> SRR934906     4  0.2131     0.6459 0.036 0.000 0.032 0.932
#> SRR934907     4  0.2011     0.6199 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR934908     4  0.5546     0.3000 0.000 0.044 0.292 0.664
#> SRR934909     3  0.4136     0.5913 0.000 0.016 0.788 0.196
#> SRR934910     4  0.5193     0.2919 0.000 0.020 0.324 0.656
#> SRR934911     2  0.7128     0.6901 0.000 0.556 0.260 0.184
#> SRR934912     3  0.5240     0.5745 0.000 0.072 0.740 0.188
#> SRR934913     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934914     1  0.1576     0.8780 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR934915     4  0.3610     0.4770 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR934916     1  0.7803     0.6705 0.556 0.240 0.172 0.032
#> SRR934917     3  0.7379    -0.1656 0.000 0.364 0.468 0.168
#> SRR934918     3  0.3528     0.5945 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR934919     4  0.5028     0.1932 0.004 0.000 0.400 0.596
#> SRR934920     1  0.2197     0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934921     2  0.5810     0.8565 0.000 0.672 0.256 0.072
#> SRR934922     4  0.1302     0.6407 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934924     1  0.5346     0.8116 0.760 0.036 0.172 0.032
#> SRR934923     1  0.7620     0.6739 0.564 0.244 0.168 0.024
#> SRR934925     4  0.3837     0.4412 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR934926     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934927     3  0.5112     0.4129 0.000 0.004 0.560 0.436
#> SRR934928     4  0.2751     0.6302 0.040 0.000 0.056 0.904
#> SRR934929     4  0.5463     0.4820 0.224 0.020 0.032 0.724
#> SRR934930     3  0.4948     0.4076 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR934931     4  0.1302     0.6407 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934932     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934934     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934935     3  0.5062     0.5804 0.000 0.064 0.752 0.184
#> SRR934936     3  0.4999     0.3045 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR934933     1  0.7585     0.6775 0.568 0.244 0.164 0.024
#> SRR934937     3  0.4933     0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934938     4  0.4981    -0.2172 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR934939     4  0.4713     0.1308 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR934940     4  0.1557     0.6348 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR934941     4  0.0707     0.6489 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934942     4  0.1389     0.6392 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR934943     4  0.5698     0.2107 0.000 0.036 0.356 0.608
#> SRR934944     1  0.6297     0.7397 0.688 0.220 0.040 0.052
#> SRR934945     1  0.5346     0.8116 0.760 0.036 0.172 0.032
#> SRR934946     4  0.0817     0.6479 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934947     1  0.0188     0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.4933     0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934949     2  0.6956     0.6893 0.000 0.564 0.288 0.148
#> SRR934950     4  0.0188     0.6491 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934951     4  0.6762     0.1460 0.428 0.004 0.080 0.488
#> SRR934953     1  0.8582     0.3746 0.372 0.244 0.352 0.032
#> SRR934952     4  0.7795    -0.1881 0.000 0.296 0.280 0.424
#> SRR934954     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934955     1  0.1854     0.8862 0.940 0.012 0.048 0.000
#> SRR934956     3  0.4343     0.5441 0.000 0.004 0.732 0.264
#> SRR934957     4  0.1474     0.6385 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR934958     2  0.5025     0.9081 0.000 0.716 0.252 0.032
#> SRR934959     4  0.5929     0.1348 0.048 0.000 0.356 0.596
#> SRR934960     1  0.1489     0.8743 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR934961     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934962     2  0.6049     0.8335 0.000 0.652 0.264 0.084
#> SRR934963     3  0.8580    -0.1598 0.276 0.244 0.440 0.040
#> SRR934964     4  0.4661     0.1450 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR934965     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934966     2  0.4072     0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934967     3  0.4948     0.4076 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR934968     3  0.4933     0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934969     1  0.4948     0.1923 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR934970     1  0.4323     0.7920 0.776 0.204 0.000 0.020
#> SRR934971     3  0.3400     0.5960 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934972     3  0.8557     0.3771 0.108 0.216 0.532 0.144
#> SRR934973     3  0.3400     0.5962 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934974     3  0.4948     0.4076 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR934975     4  0.0469     0.6493 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934976     4  0.5546     0.3000 0.000 0.044 0.292 0.664
#> SRR934977     1  0.6415     0.7386 0.676 0.220 0.080 0.024
#> SRR934978     3  0.4697     0.4314 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR934979     2  0.7049     0.6657 0.000 0.548 0.300 0.152
#> SRR934980     1  0.2131     0.8854 0.932 0.032 0.036 0.000
#> SRR934981     4  0.4761     0.0878 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR934982     1  0.5257     0.8114 0.764 0.032 0.172 0.032
#> SRR934983     1  0.0188     0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934984     3  0.5160     0.5713 0.000 0.072 0.748 0.180
#> SRR934985     4  0.0707     0.6485 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934986     1  0.0188     0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934987     4  0.1716     0.6301 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR934988     3  0.4981     0.3649 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR934989     1  0.2399     0.8819 0.920 0.032 0.048 0.000
#> SRR934990     3  0.4933     0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.5725    0.56747 0.124 0.000 0.040 0.692 0.144
#> SRR934718     4  0.1270    0.54508 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934719     3  0.3443    0.79057 0.008 0.000 0.816 0.012 0.164
#> SRR934720     1  0.3177    0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934721     5  0.6867    0.26492 0.012 0.000 0.240 0.276 0.472
#> SRR934722     5  0.2068    0.72267 0.004 0.000 0.092 0.000 0.904
#> SRR934723     1  0.4151    0.67345 0.652 0.000 0.004 0.344 0.000
#> SRR934724     5  0.3579    0.59962 0.000 0.000 0.004 0.240 0.756
#> SRR934725     5  0.1952    0.75935 0.004 0.000 0.000 0.084 0.912
#> SRR934726     5  0.7707   -0.10360 0.320 0.004 0.048 0.236 0.392
#> SRR934727     4  0.4135   -0.08448 0.340 0.000 0.000 0.656 0.004
#> SRR934728     4  0.4101    0.35096 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR934729     2  0.6409    0.40698 0.008 0.440 0.132 0.000 0.420
#> SRR934730     2  0.0693    0.75184 0.012 0.980 0.008 0.000 0.000
#> SRR934731     5  0.3054    0.75240 0.012 0.000 0.060 0.052 0.876
#> SRR934732     2  0.4801    0.67632 0.000 0.668 0.284 0.000 0.048
#> SRR934733     4  0.6417    0.03969 0.336 0.000 0.004 0.496 0.164
#> SRR934734     1  0.3177    0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934735     4  0.4283   -0.36398 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR934736     1  0.4276    0.64072 0.616 0.000 0.004 0.380 0.000
#> SRR934737     2  0.2773    0.76151 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR934738     5  0.3727    0.62123 0.016 0.000 0.000 0.216 0.768
#> SRR934740     1  0.3177    0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934739     2  0.0566    0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.6126    0.61247 0.008 0.564 0.128 0.000 0.300
#> SRR934742     1  0.5343    0.34702 0.572 0.000 0.036 0.380 0.012
#> SRR934743     1  0.5047    0.36807 0.588 0.000 0.032 0.376 0.004
#> SRR934744     3  0.3080    0.80676 0.008 0.000 0.844 0.008 0.140
#> SRR934745     1  0.6328    0.25656 0.576 0.000 0.044 0.300 0.080
#> SRR934746     2  0.4203    0.74763 0.000 0.760 0.188 0.000 0.052
#> SRR934747     2  0.0566    0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.3277    0.80137 0.008 0.000 0.832 0.012 0.148
#> SRR934750     2  0.5861    0.68131 0.012 0.632 0.128 0.000 0.228
#> SRR934749     5  0.6951    0.24124 0.016 0.000 0.236 0.280 0.468
#> SRR934751     4  0.2678    0.53625 0.100 0.000 0.016 0.880 0.004
#> SRR934752     5  0.1768    0.76073 0.004 0.000 0.000 0.072 0.924
#> SRR934753     2  0.0404    0.74933 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     5  0.2471    0.71544 0.000 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR934755     3  0.1932    0.79704 0.008 0.020 0.936 0.004 0.032
#> SRR934756     4  0.3282    0.35542 0.188 0.000 0.000 0.804 0.008
#> SRR934757     5  0.7406    0.28847 0.084 0.000 0.216 0.184 0.516
#> SRR934758     4  0.2798    0.46203 0.140 0.000 0.000 0.852 0.008
#> SRR934759     1  0.3177    0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934760     2  0.4481    0.72021 0.000 0.720 0.232 0.000 0.048
#> SRR934761     3  0.3112    0.72752 0.000 0.100 0.856 0.000 0.044
#> SRR934762     5  0.2763    0.70413 0.004 0.000 0.000 0.148 0.848
#> SRR934763     5  0.2228    0.76326 0.004 0.000 0.012 0.076 0.908
#> SRR934764     5  0.3534    0.57138 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR934765     4  0.5209    0.44567 0.172 0.000 0.116 0.704 0.008
#> SRR934766     4  0.2843    0.59096 0.008 0.000 0.000 0.848 0.144
#> SRR934767     1  0.3177    0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934768     4  0.4304   -0.41127 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR934769     5  0.2392    0.71410 0.000 0.004 0.104 0.004 0.888
#> SRR934770     4  0.1671    0.52911 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR934772     2  0.7090    0.53082 0.108 0.524 0.056 0.008 0.304
#> SRR934771     4  0.6336    0.43700 0.020 0.000 0.140 0.580 0.260
#> SRR934773     1  0.3177    0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934774     5  0.5710    0.06743 0.040 0.000 0.400 0.024 0.536
#> SRR934775     4  0.5374    0.57517 0.120 0.000 0.024 0.712 0.144
#> SRR934776     5  0.0740    0.77008 0.004 0.000 0.008 0.008 0.980
#> SRR934777     4  0.4030    0.40180 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR934778     5  0.0854    0.76869 0.008 0.000 0.004 0.012 0.976
#> SRR934779     1  0.3274    0.72418 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR934780     5  0.2233    0.71951 0.000 0.000 0.104 0.004 0.892
#> SRR934781     2  0.0693    0.75000 0.012 0.980 0.008 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.4807    0.74007 0.000 0.728 0.132 0.000 0.140
#> SRR934783     5  0.3652    0.64112 0.004 0.000 0.012 0.200 0.784
#> SRR934784     2  0.1281    0.75618 0.012 0.956 0.032 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0693    0.75000 0.012 0.980 0.008 0.000 0.000
#> SRR934786     4  0.1341    0.54356 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR934787     4  0.3888    0.47657 0.176 0.000 0.032 0.788 0.004
#> SRR934788     4  0.1408    0.55535 0.044 0.000 0.000 0.948 0.008
#> SRR934789     4  0.2719    0.59131 0.004 0.000 0.000 0.852 0.144
#> SRR934790     3  0.2626    0.77175 0.056 0.008 0.904 0.012 0.020
#> SRR934791     4  0.4030    0.39571 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR934792     2  0.6827    0.36412 0.004 0.424 0.256 0.000 0.316
#> SRR934793     1  0.3177    0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934794     2  0.0566    0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934795     5  0.2068    0.75021 0.004 0.000 0.000 0.092 0.904
#> SRR934796     4  0.1341    0.54356 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR934797     1  0.3177    0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934798     1  0.4283    0.51614 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR934799     4  0.3011    0.59259 0.016 0.000 0.000 0.844 0.140
#> SRR934800     2  0.3752    0.76404 0.000 0.804 0.148 0.000 0.048
#> SRR934801     2  0.2179    0.76324 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR934802     2  0.5337    0.71834 0.004 0.684 0.136 0.000 0.176
#> SRR934803     4  0.5205    0.21525 0.360 0.000 0.044 0.592 0.004
#> SRR934804     2  0.6392    0.61848 0.008 0.556 0.208 0.000 0.228
#> SRR934805     4  0.4294    0.09349 0.000 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR934806     4  0.5457    0.44368 0.164 0.000 0.136 0.688 0.012
#> SRR934807     5  0.0854    0.76672 0.012 0.000 0.004 0.008 0.976
#> SRR934809     5  0.3983    0.42875 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934810     5  0.1478    0.76522 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR934811     5  0.1875    0.75476 0.016 0.028 0.008 0.008 0.940
#> SRR934808     5  0.2445    0.74827 0.004 0.000 0.004 0.108 0.884
#> SRR934812     1  0.3837    0.63213 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR934813     3  0.4617    0.49224 0.000 0.224 0.716 0.000 0.060
#> SRR934814     5  0.1638    0.76642 0.004 0.000 0.000 0.064 0.932
#> SRR934815     5  0.4422    0.60600 0.028 0.132 0.044 0.004 0.792
#> SRR934816     2  0.2230    0.76367 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.5164    0.43816 0.000 0.256 0.660 0.000 0.084
#> SRR934818     5  0.0865    0.76528 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR934819     4  0.5227    0.50999 0.144 0.000 0.012 0.712 0.132
#> SRR934820     5  0.2286    0.73834 0.004 0.000 0.000 0.108 0.888
#> SRR934821     3  0.5191    0.72798 0.016 0.048 0.688 0.004 0.244
#> SRR934822     4  0.4302   -0.40814 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR934823     4  0.6631    0.47650 0.044 0.000 0.136 0.580 0.240
#> SRR934825     2  0.5843    0.69470 0.008 0.636 0.188 0.000 0.168
#> SRR934826     4  0.3409    0.58474 0.032 0.000 0.000 0.824 0.144
#> SRR934827     1  0.7935   -0.02822 0.332 0.000 0.300 0.296 0.072
#> SRR934828     5  0.5551    0.49638 0.104 0.184 0.012 0.008 0.692
#> SRR934829     2  0.5280    0.70674 0.008 0.668 0.248 0.000 0.076
#> SRR934830     5  0.1016    0.76621 0.012 0.004 0.004 0.008 0.972
#> SRR934831     1  0.3177    0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934832     5  0.1143    0.76562 0.012 0.008 0.004 0.008 0.968
#> SRR934833     5  0.0324    0.77012 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR934834     1  0.5363    0.34635 0.572 0.000 0.052 0.372 0.004
#> SRR934835     2  0.5114    0.62767 0.000 0.608 0.340 0.000 0.052
#> SRR934836     4  0.1357    0.54842 0.048 0.000 0.000 0.948 0.004
#> SRR934837     2  0.0566    0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.2843    0.59096 0.008 0.000 0.000 0.848 0.144
#> SRR934839     2  0.2909    0.76214 0.000 0.848 0.140 0.000 0.012
#> SRR934840     2  0.5074    0.69568 0.000 0.660 0.268 0.000 0.072
#> SRR934841     1  0.3684    0.67420 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR934842     2  0.0566    0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.4435    0.64785 0.664 0.000 0.008 0.320 0.008
#> SRR934844     4  0.3106    0.59214 0.020 0.000 0.000 0.840 0.140
#> SRR934845     2  0.0566    0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.3536    0.75901 0.000 0.812 0.156 0.000 0.032
#> SRR934847     5  0.5215    0.12775 0.008 0.000 0.028 0.444 0.520
#> SRR934848     4  0.4235    0.22449 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR934849     4  0.4273   -0.32102 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR934850     1  0.4219    0.59462 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR934851     3  0.6361    0.63886 0.036 0.100 0.644 0.016 0.204
#> SRR934853     5  0.6487    0.38983 0.008 0.000 0.268 0.192 0.532
#> SRR934852     3  0.3228    0.77555 0.052 0.028 0.880 0.012 0.028
#> SRR934854     5  0.0703    0.76979 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934856     4  0.3810    0.58843 0.040 0.000 0.000 0.792 0.168
#> SRR934858     4  0.1270    0.54444 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934859     2  0.3616    0.75519 0.000 0.804 0.164 0.000 0.032
#> SRR934860     2  0.5039    0.71281 0.000 0.676 0.244 0.000 0.080
#> SRR934861     2  0.5174    0.62567 0.000 0.604 0.340 0.000 0.056
#> SRR934862     2  0.2930    0.76232 0.000 0.832 0.164 0.000 0.004
#> SRR934863     5  0.2141    0.76659 0.004 0.000 0.016 0.064 0.916
#> SRR934864     2  0.0404    0.74933 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     5  0.1041    0.76920 0.004 0.000 0.000 0.032 0.964
#> SRR934866     2  0.5709    0.69970 0.012 0.656 0.132 0.000 0.200
#> SRR934867     2  0.5255    0.56780 0.000 0.560 0.388 0.000 0.052
#> SRR934868     2  0.5328    0.60947 0.000 0.584 0.352 0.000 0.064
#> SRR934869     3  0.2629    0.81278 0.000 0.000 0.860 0.004 0.136
#> SRR934870     5  0.4114    0.33641 0.000 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR934871     5  0.4788    0.52443 0.004 0.136 0.120 0.000 0.740
#> SRR934872     2  0.0566    0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.3688    0.78436 0.060 0.040 0.852 0.004 0.044
#> SRR934874     2  0.0566    0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0566    0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.4302    0.05645 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR934877     1  0.5430    0.32990 0.560 0.000 0.040 0.388 0.012
#> SRR934878     5  0.2284    0.72258 0.004 0.000 0.096 0.004 0.896
#> SRR934879     3  0.3210    0.80174 0.008 0.000 0.832 0.008 0.152
#> SRR934880     5  0.6534    0.16860 0.008 0.000 0.156 0.368 0.468
#> SRR934881     2  0.5309    0.59473 0.000 0.576 0.364 0.000 0.060
#> SRR934882     2  0.5216    0.49262 0.000 0.520 0.436 0.000 0.044
#> SRR934883     2  0.0566    0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.6177   -0.00717 0.004 0.316 0.140 0.000 0.540
#> SRR934885     2  0.6551    0.61774 0.024 0.560 0.156 0.000 0.260
#> SRR934886     3  0.3336    0.74969 0.004 0.088 0.856 0.004 0.048
#> SRR934887     3  0.4299    0.66883 0.004 0.000 0.672 0.008 0.316
#> SRR934888     2  0.5079    0.72636 0.000 0.700 0.136 0.000 0.164
#> SRR934889     2  0.6214    0.62725 0.004 0.568 0.188 0.000 0.240
#> SRR934890     3  0.3167    0.80320 0.008 0.000 0.836 0.008 0.148
#> SRR934891     5  0.0880    0.76895 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR934892     5  0.4621    0.12080 0.004 0.000 0.412 0.008 0.576
#> SRR934893     3  0.1808    0.79794 0.000 0.020 0.936 0.004 0.040
#> SRR934894     2  0.0566    0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.2011    0.72532 0.004 0.000 0.088 0.000 0.908
#> SRR934896     1  0.3177    0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934897     2  0.1357    0.75908 0.004 0.948 0.048 0.000 0.000
#> SRR934898     5  0.1243    0.76543 0.004 0.000 0.028 0.008 0.960
#> SRR934899     2  0.6883    0.61308 0.048 0.552 0.156 0.000 0.244
#> SRR934900     3  0.2989    0.80864 0.008 0.000 0.852 0.008 0.132
#> SRR934901     2  0.6156    0.60268 0.008 0.556 0.128 0.000 0.308
#> SRR934902     3  0.2227    0.79285 0.000 0.032 0.916 0.004 0.048
#> SRR934903     2  0.0566    0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.6545    0.28438 0.128 0.000 0.396 0.460 0.016
#> SRR934906     5  0.5766    0.15133 0.024 0.000 0.044 0.396 0.536
#> SRR934907     5  0.1965    0.72066 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR934908     2  0.6178    0.60432 0.008 0.556 0.132 0.000 0.304
#> SRR934909     2  0.5272    0.56040 0.000 0.552 0.396 0.000 0.052
#> SRR934910     2  0.6185    0.61894 0.008 0.568 0.144 0.000 0.280
#> SRR934911     2  0.4845    0.73673 0.000 0.724 0.128 0.000 0.148
#> SRR934912     2  0.5284    0.57961 0.000 0.568 0.376 0.000 0.056
#> SRR934913     2  0.0566    0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.2561    0.59197 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR934915     5  0.2284    0.72460 0.004 0.000 0.096 0.004 0.896
#> SRR934916     1  0.5363    0.34635 0.572 0.000 0.052 0.372 0.004
#> SRR934917     2  0.4655    0.71467 0.000 0.700 0.248 0.000 0.052
#> SRR934918     3  0.1992    0.78659 0.000 0.032 0.924 0.000 0.044
#> SRR934919     2  0.7800    0.51645 0.104 0.508 0.132 0.016 0.240
#> SRR934920     1  0.3177    0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934921     2  0.1965    0.76652 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR934922     5  0.1928    0.73537 0.004 0.000 0.072 0.004 0.920
#> SRR934924     1  0.3962    0.59060 0.800 0.000 0.036 0.152 0.012
#> SRR934923     4  0.5080    0.19278 0.368 0.000 0.044 0.588 0.000
#> SRR934925     5  0.2233    0.71377 0.004 0.000 0.104 0.000 0.892
#> SRR934926     2  0.0566    0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.5098    0.74232 0.004 0.092 0.696 0.000 0.208
#> SRR934928     5  0.4872    0.56245 0.004 0.000 0.056 0.248 0.692
#> SRR934929     5  0.8009   -0.04780 0.280 0.024 0.044 0.236 0.416
#> SRR934930     3  0.3870    0.73141 0.004 0.000 0.732 0.004 0.260
#> SRR934931     5  0.0740    0.76631 0.004 0.000 0.008 0.008 0.980
#> SRR934932     2  0.0693    0.75241 0.012 0.980 0.008 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0566    0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.5228    0.60843 0.000 0.588 0.356 0.000 0.056
#> SRR934936     5  0.3861    0.48563 0.004 0.000 0.284 0.000 0.712
#> SRR934933     4  0.5319    0.21238 0.360 0.000 0.044 0.588 0.008
#> SRR934937     3  0.3080    0.80676 0.008 0.000 0.844 0.008 0.140
#> SRR934938     3  0.4487    0.64842 0.004 0.008 0.660 0.004 0.324
#> SRR934939     5  0.4025    0.58834 0.008 0.000 0.232 0.012 0.748
#> SRR934940     5  0.2233    0.71377 0.004 0.000 0.104 0.000 0.892
#> SRR934941     5  0.1173    0.77030 0.004 0.000 0.012 0.020 0.964
#> SRR934942     5  0.1952    0.72786 0.004 0.000 0.084 0.000 0.912
#> SRR934943     2  0.6294    0.58016 0.004 0.532 0.160 0.000 0.304
#> SRR934944     4  0.5118    0.54195 0.160 0.000 0.028 0.732 0.080
#> SRR934945     1  0.3962    0.59060 0.800 0.000 0.036 0.152 0.012
#> SRR934946     5  0.0740    0.76800 0.004 0.000 0.008 0.008 0.980
#> SRR934947     4  0.1282    0.55202 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004
#> SRR934948     3  0.3124    0.80564 0.008 0.000 0.840 0.008 0.144
#> SRR934949     2  0.5039    0.73303 0.000 0.700 0.184 0.000 0.116
#> SRR934950     5  0.1202    0.76946 0.004 0.000 0.004 0.032 0.960
#> SRR934951     4  0.6282    0.54744 0.056 0.000 0.116 0.640 0.188
#> SRR934953     4  0.6914   -0.09181 0.352 0.000 0.276 0.368 0.004
#> SRR934952     2  0.5705    0.69000 0.008 0.644 0.128 0.000 0.220
#> SRR934954     2  0.2179    0.76421 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.3636    0.68244 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR934956     3  0.5989    0.35806 0.012 0.268 0.612 0.004 0.104
#> SRR934957     5  0.1618    0.76237 0.008 0.000 0.040 0.008 0.944
#> SRR934958     2  0.0404    0.74933 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     5  0.6972    0.08805 0.008 0.000 0.260 0.336 0.396
#> SRR934960     4  0.3048    0.58269 0.004 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR934961     2  0.1908    0.76411 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.2170    0.76524 0.004 0.904 0.088 0.000 0.004
#> SRR934963     4  0.6957   -0.09344 0.320 0.000 0.328 0.348 0.004
#> SRR934964     3  0.4732    0.34755 0.004 0.004 0.520 0.004 0.468
#> SRR934965     2  0.0404    0.74933 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0404    0.74933 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.2942    0.81014 0.008 0.000 0.856 0.008 0.128
#> SRR934968     3  0.3035    0.80785 0.008 0.000 0.848 0.008 0.136
#> SRR934969     4  0.4030    0.39066 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR934970     4  0.1251    0.55789 0.036 0.000 0.000 0.956 0.008
#> SRR934971     3  0.3336    0.74969 0.004 0.088 0.856 0.004 0.048
#> SRR934972     4  0.6936    0.45556 0.116 0.000 0.248 0.560 0.076
#> SRR934973     3  0.1917    0.79952 0.008 0.016 0.936 0.004 0.036
#> SRR934974     3  0.3450    0.79308 0.008 0.000 0.808 0.008 0.176
#> SRR934975     5  0.0898    0.77034 0.000 0.000 0.008 0.020 0.972
#> SRR934976     2  0.6110    0.61665 0.008 0.568 0.128 0.000 0.296
#> SRR934977     4  0.3732    0.47657 0.176 0.000 0.032 0.792 0.000
#> SRR934978     3  0.5158    0.66490 0.004 0.092 0.704 0.004 0.196
#> SRR934979     2  0.5002    0.73422 0.000 0.708 0.160 0.000 0.132
#> SRR934980     1  0.4181    0.67679 0.712 0.000 0.020 0.268 0.000
#> SRR934981     3  0.5024    0.63099 0.000 0.044 0.640 0.004 0.312
#> SRR934982     1  0.4865    0.43714 0.640 0.000 0.032 0.324 0.004
#> SRR934983     4  0.3053    0.45845 0.128 0.000 0.012 0.852 0.008
#> SRR934984     2  0.5252    0.59751 0.000 0.580 0.364 0.000 0.056
#> SRR934985     5  0.0960    0.77011 0.004 0.000 0.008 0.016 0.972
#> SRR934986     4  0.1502    0.54609 0.056 0.000 0.000 0.940 0.004
#> SRR934987     5  0.2020    0.71659 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR934988     3  0.3578    0.77636 0.004 0.000 0.784 0.008 0.204
#> SRR934989     1  0.3177    0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934990     3  0.3035    0.80785 0.008 0.000 0.848 0.008 0.136

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.3031     0.7915 0.108 0.000 0.044 0.844 0.004 0.000
#> SRR934718     1  0.4308     0.7966 0.728 0.000 0.000 0.152 0.000 0.120
#> SRR934719     3  0.2728     0.7711 0.000 0.000 0.872 0.040 0.080 0.008
#> SRR934720     6  0.1204     0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934721     4  0.5604     0.5875 0.048 0.000 0.268 0.612 0.068 0.004
#> SRR934722     5  0.3481     0.7377 0.000 0.000 0.072 0.124 0.804 0.000
#> SRR934723     1  0.3989     0.7285 0.720 0.000 0.000 0.044 0.000 0.236
#> SRR934724     4  0.2332     0.8192 0.036 0.000 0.020 0.904 0.040 0.000
#> SRR934725     4  0.2865     0.7752 0.004 0.000 0.004 0.848 0.128 0.016
#> SRR934726     4  0.4888     0.7462 0.156 0.000 0.048 0.732 0.048 0.016
#> SRR934727     1  0.4392     0.7966 0.720 0.000 0.000 0.144 0.000 0.136
#> SRR934728     4  0.1865     0.8042 0.040 0.000 0.000 0.920 0.000 0.040
#> SRR934729     5  0.4146     0.7144 0.044 0.120 0.028 0.016 0.792 0.000
#> SRR934730     2  0.0551     0.8874 0.000 0.984 0.008 0.000 0.004 0.004
#> SRR934731     4  0.3221     0.8049 0.024 0.000 0.048 0.848 0.080 0.000
#> SRR934732     2  0.6073     0.2547 0.052 0.500 0.384 0.000 0.032 0.032
#> SRR934733     4  0.3889     0.7758 0.068 0.000 0.000 0.800 0.028 0.104
#> SRR934734     6  0.1204     0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934735     1  0.4354     0.7920 0.724 0.000 0.000 0.132 0.000 0.144
#> SRR934736     1  0.4142     0.7377 0.712 0.000 0.000 0.056 0.000 0.232
#> SRR934737     2  0.3274     0.8597 0.036 0.856 0.072 0.000 0.016 0.020
#> SRR934738     4  0.2784     0.8102 0.004 0.000 0.004 0.872 0.048 0.072
#> SRR934740     6  0.1204     0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934739     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934741     5  0.4571     0.6563 0.052 0.164 0.032 0.008 0.744 0.000
#> SRR934742     1  0.3549     0.7612 0.824 0.000 0.004 0.112 0.024 0.036
#> SRR934743     1  0.2758     0.7506 0.872 0.000 0.004 0.028 0.008 0.088
#> SRR934744     3  0.2781     0.7713 0.000 0.000 0.868 0.040 0.084 0.008
#> SRR934745     1  0.5604     0.5895 0.660 0.000 0.004 0.116 0.164 0.056
#> SRR934746     2  0.6498     0.5128 0.044 0.564 0.184 0.000 0.188 0.020
#> SRR934747     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934748     3  0.2781     0.7706 0.000 0.000 0.868 0.040 0.084 0.008
#> SRR934750     5  0.5616     0.2287 0.048 0.372 0.036 0.008 0.536 0.000
#> SRR934749     4  0.5463     0.6384 0.048 0.000 0.240 0.640 0.068 0.004
#> SRR934751     1  0.3394     0.8092 0.804 0.000 0.000 0.144 0.000 0.052
#> SRR934752     4  0.2407     0.7873 0.004 0.000 0.004 0.884 0.096 0.012
#> SRR934753     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934754     4  0.1926     0.8041 0.000 0.000 0.000 0.912 0.068 0.020
#> SRR934755     3  0.3106     0.7811 0.008 0.040 0.872 0.032 0.044 0.004
#> SRR934756     1  0.4518     0.7883 0.696 0.000 0.000 0.200 0.000 0.104
#> SRR934757     4  0.4656     0.7568 0.076 0.000 0.112 0.748 0.064 0.000
#> SRR934758     1  0.4418     0.7945 0.708 0.000 0.000 0.192 0.000 0.100
#> SRR934759     6  0.1204     0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934760     2  0.4421     0.8203 0.048 0.784 0.104 0.000 0.032 0.032
#> SRR934761     3  0.3581     0.7591 0.056 0.040 0.848 0.004 0.024 0.028
#> SRR934762     4  0.2532     0.8020 0.004 0.000 0.000 0.884 0.060 0.052
#> SRR934763     4  0.2810     0.7690 0.004 0.000 0.008 0.832 0.156 0.000
#> SRR934764     4  0.2144     0.8131 0.004 0.000 0.000 0.908 0.040 0.048
#> SRR934765     1  0.3467     0.7967 0.828 0.000 0.020 0.120 0.016 0.016
#> SRR934766     4  0.2442     0.7827 0.068 0.000 0.000 0.884 0.000 0.048
#> SRR934767     6  0.1204     0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934768     1  0.4526     0.7812 0.704 0.000 0.000 0.132 0.000 0.164
#> SRR934769     5  0.3941     0.7287 0.016 0.004 0.076 0.108 0.796 0.000
#> SRR934770     1  0.4308     0.7966 0.728 0.000 0.000 0.152 0.000 0.120
#> SRR934772     5  0.4913     0.7208 0.056 0.108 0.016 0.064 0.752 0.004
#> SRR934771     4  0.5328     0.6560 0.052 0.000 0.216 0.664 0.064 0.004
#> SRR934773     6  0.1204     0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934774     3  0.5190     0.6700 0.068 0.000 0.692 0.164 0.076 0.000
#> SRR934775     4  0.3076     0.7911 0.112 0.000 0.044 0.840 0.004 0.000
#> SRR934776     4  0.3404     0.6608 0.000 0.000 0.004 0.744 0.248 0.004
#> SRR934777     4  0.2138     0.7966 0.052 0.000 0.000 0.908 0.004 0.036
#> SRR934778     5  0.4122     0.1097 0.000 0.000 0.004 0.472 0.520 0.004
#> SRR934779     6  0.1757     0.9560 0.076 0.000 0.000 0.008 0.000 0.916
#> SRR934780     5  0.6333     0.0429 0.024 0.000 0.360 0.188 0.428 0.000
#> SRR934781     2  0.0260     0.8869 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.3663     0.8507 0.060 0.836 0.032 0.000 0.056 0.016
#> SRR934783     4  0.2462     0.8177 0.032 0.000 0.012 0.892 0.064 0.000
#> SRR934784     2  0.0622     0.8869 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR934785     2  0.0632     0.8859 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.4308     0.7966 0.728 0.000 0.000 0.152 0.000 0.120
#> SRR934787     1  0.2846     0.8033 0.840 0.000 0.004 0.140 0.000 0.016
#> SRR934788     1  0.4406     0.7804 0.696 0.000 0.000 0.224 0.000 0.080
#> SRR934789     4  0.2442     0.7827 0.068 0.000 0.000 0.884 0.000 0.048
#> SRR934790     3  0.3471     0.7801 0.024 0.036 0.856 0.040 0.040 0.004
#> SRR934791     4  0.1749     0.8132 0.024 0.000 0.000 0.932 0.008 0.036
#> SRR934792     3  0.5286     0.7100 0.032 0.040 0.704 0.056 0.168 0.000
#> SRR934793     6  0.1204     0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934794     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934795     4  0.2504     0.7894 0.004 0.000 0.000 0.880 0.088 0.028
#> SRR934796     1  0.4308     0.7966 0.728 0.000 0.000 0.152 0.000 0.120
#> SRR934797     6  0.1204     0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934798     1  0.5029     0.6921 0.620 0.000 0.000 0.120 0.000 0.260
#> SRR934799     4  0.2499     0.7796 0.072 0.000 0.000 0.880 0.000 0.048
#> SRR934800     2  0.3496     0.8541 0.036 0.844 0.076 0.000 0.024 0.020
#> SRR934801     2  0.3398     0.8575 0.040 0.852 0.064 0.000 0.024 0.020
#> SRR934802     2  0.4875     0.6841 0.052 0.704 0.040 0.004 0.200 0.000
#> SRR934803     1  0.2834     0.7589 0.876 0.000 0.008 0.048 0.008 0.060
#> SRR934804     3  0.6073     0.2825 0.008 0.140 0.476 0.012 0.364 0.000
#> SRR934805     4  0.1789     0.8054 0.044 0.000 0.000 0.924 0.000 0.032
#> SRR934806     1  0.4126     0.7722 0.776 0.000 0.044 0.148 0.028 0.004
#> SRR934807     5  0.2979     0.7224 0.000 0.000 0.004 0.188 0.804 0.004
#> SRR934809     4  0.2027     0.8191 0.032 0.000 0.016 0.920 0.032 0.000
#> SRR934810     4  0.2773     0.7733 0.004 0.000 0.004 0.852 0.128 0.012
#> SRR934811     5  0.2952     0.7402 0.000 0.008 0.004 0.156 0.828 0.004
#> SRR934808     4  0.2320     0.8041 0.024 0.000 0.004 0.892 0.080 0.000
#> SRR934812     6  0.2448     0.9117 0.064 0.000 0.000 0.052 0.000 0.884
#> SRR934813     3  0.4013     0.7365 0.044 0.076 0.816 0.000 0.036 0.028
#> SRR934814     4  0.3032     0.7754 0.004 0.000 0.004 0.840 0.128 0.024
#> SRR934815     5  0.3369     0.7556 0.000 0.084 0.012 0.072 0.832 0.000
#> SRR934816     2  0.2190     0.8781 0.032 0.916 0.032 0.000 0.012 0.008
#> SRR934817     3  0.4408     0.7162 0.040 0.108 0.784 0.000 0.036 0.032
#> SRR934818     5  0.3923     0.3243 0.000 0.000 0.004 0.416 0.580 0.000
#> SRR934819     4  0.3159     0.7796 0.108 0.000 0.004 0.836 0.000 0.052
#> SRR934820     4  0.2056     0.7953 0.004 0.000 0.000 0.904 0.080 0.012
#> SRR934821     3  0.4220     0.7581 0.048 0.012 0.788 0.036 0.116 0.000
#> SRR934822     1  0.4425     0.7885 0.716 0.000 0.000 0.132 0.000 0.152
#> SRR934823     4  0.5401     0.6331 0.052 0.000 0.228 0.652 0.064 0.004
#> SRR934825     3  0.6705    -0.0471 0.004 0.268 0.368 0.008 0.340 0.012
#> SRR934826     4  0.3822     0.6935 0.128 0.000 0.000 0.776 0.000 0.096
#> SRR934827     1  0.6265     0.3348 0.552 0.000 0.300 0.076 0.028 0.044
#> SRR934828     5  0.4207     0.7535 0.024 0.084 0.004 0.108 0.780 0.000
#> SRR934829     2  0.3835     0.8366 0.012 0.812 0.112 0.000 0.036 0.028
#> SRR934830     5  0.3020     0.7311 0.000 0.004 0.004 0.176 0.812 0.004
#> SRR934831     6  0.1204     0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934832     5  0.2986     0.7330 0.000 0.004 0.004 0.172 0.816 0.004
#> SRR934833     5  0.4006     0.3882 0.000 0.000 0.004 0.392 0.600 0.004
#> SRR934834     1  0.2888     0.7621 0.872 0.000 0.004 0.056 0.012 0.056
#> SRR934835     3  0.5558     0.5557 0.052 0.236 0.648 0.000 0.032 0.032
#> SRR934836     1  0.4276     0.8008 0.728 0.000 0.000 0.168 0.000 0.104
#> SRR934837     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934838     4  0.2442     0.7827 0.068 0.000 0.000 0.884 0.000 0.048
#> SRR934839     2  0.3747     0.8492 0.040 0.832 0.072 0.000 0.028 0.028
#> SRR934840     2  0.5570     0.5685 0.032 0.612 0.288 0.000 0.040 0.028
#> SRR934841     6  0.2190     0.9304 0.060 0.000 0.000 0.040 0.000 0.900
#> SRR934842     2  0.0146     0.8867 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.4339     0.7881 0.760 0.000 0.000 0.096 0.024 0.120
#> SRR934844     4  0.4022     0.5112 0.252 0.000 0.000 0.708 0.000 0.040
#> SRR934845     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934846     2  0.4388     0.8254 0.052 0.788 0.096 0.000 0.036 0.028
#> SRR934847     4  0.3092     0.8126 0.036 0.000 0.040 0.860 0.064 0.000
#> SRR934848     4  0.1572     0.8100 0.028 0.000 0.000 0.936 0.000 0.036
#> SRR934849     1  0.4462     0.7875 0.712 0.000 0.000 0.136 0.000 0.152
#> SRR934850     1  0.4432     0.7745 0.708 0.000 0.000 0.104 0.000 0.188
#> SRR934851     3  0.4930     0.7256 0.060 0.004 0.724 0.064 0.148 0.000
#> SRR934853     4  0.5899     0.3184 0.036 0.000 0.376 0.504 0.080 0.004
#> SRR934852     3  0.4389     0.7322 0.072 0.104 0.780 0.000 0.020 0.024
#> SRR934854     4  0.3421     0.7162 0.004 0.000 0.004 0.780 0.200 0.012
#> SRR934856     4  0.2599     0.7910 0.076 0.000 0.004 0.884 0.008 0.028
#> SRR934858     1  0.4308     0.7966 0.728 0.000 0.000 0.152 0.000 0.120
#> SRR934859     2  0.4292     0.8292 0.052 0.796 0.088 0.000 0.036 0.028
#> SRR934860     2  0.5618     0.5952 0.052 0.624 0.264 0.000 0.040 0.020
#> SRR934861     3  0.5390     0.5989 0.040 0.216 0.672 0.000 0.040 0.032
#> SRR934862     2  0.3520     0.8554 0.036 0.844 0.072 0.000 0.028 0.020
#> SRR934863     4  0.3056     0.7671 0.008 0.000 0.012 0.820 0.160 0.000
#> SRR934864     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934865     4  0.3164     0.7383 0.004 0.000 0.004 0.804 0.180 0.008
#> SRR934866     2  0.5513     0.4297 0.048 0.576 0.036 0.008 0.332 0.000
#> SRR934867     3  0.4738     0.6810 0.040 0.156 0.744 0.000 0.028 0.032
#> SRR934868     3  0.5569     0.5001 0.036 0.272 0.624 0.000 0.036 0.032
#> SRR934869     3  0.1860     0.7829 0.004 0.004 0.928 0.036 0.028 0.000
#> SRR934870     4  0.1585     0.8156 0.012 0.000 0.000 0.940 0.012 0.036
#> SRR934871     5  0.3365     0.7526 0.000 0.084 0.036 0.040 0.840 0.000
#> SRR934872     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934873     3  0.4453     0.7690 0.056 0.040 0.800 0.028 0.064 0.012
#> SRR934874     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934875     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934876     4  0.1679     0.8152 0.016 0.000 0.000 0.936 0.012 0.036
#> SRR934877     1  0.3549     0.7612 0.824 0.000 0.004 0.112 0.024 0.036
#> SRR934878     3  0.5333     0.4815 0.000 0.000 0.564 0.136 0.300 0.000
#> SRR934879     3  0.2781     0.7713 0.000 0.000 0.868 0.040 0.084 0.008
#> SRR934880     3  0.5924     0.2741 0.028 0.000 0.516 0.352 0.100 0.004
#> SRR934881     3  0.5045     0.6613 0.040 0.168 0.720 0.000 0.040 0.032
#> SRR934882     3  0.3723     0.7534 0.044 0.056 0.840 0.004 0.032 0.024
#> SRR934883     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934884     5  0.4009     0.7251 0.044 0.100 0.028 0.020 0.808 0.000
#> SRR934885     5  0.4518     0.7142 0.020 0.128 0.048 0.036 0.768 0.000
#> SRR934886     3  0.3895     0.7766 0.040 0.040 0.836 0.028 0.044 0.012
#> SRR934887     3  0.4216     0.7482 0.024 0.000 0.768 0.076 0.132 0.000
#> SRR934888     2  0.4215     0.7743 0.052 0.768 0.036 0.000 0.144 0.000
#> SRR934889     5  0.4585     0.6754 0.000 0.164 0.104 0.012 0.720 0.000
#> SRR934890     3  0.2617     0.7717 0.000 0.000 0.876 0.040 0.080 0.004
#> SRR934891     4  0.3327     0.7292 0.004 0.000 0.004 0.792 0.188 0.012
#> SRR934892     3  0.4305     0.7216 0.016 0.000 0.752 0.084 0.148 0.000
#> SRR934893     3  0.2895     0.7816 0.008 0.040 0.880 0.032 0.040 0.000
#> SRR934894     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934895     5  0.3248     0.7389 0.000 0.000 0.032 0.164 0.804 0.000
#> SRR934896     6  0.1204     0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934897     2  0.1599     0.8822 0.024 0.940 0.028 0.000 0.008 0.000
#> SRR934898     4  0.3405     0.6251 0.000 0.000 0.004 0.724 0.272 0.000
#> SRR934899     5  0.6150     0.4652 0.028 0.124 0.240 0.016 0.588 0.004
#> SRR934900     3  0.2728     0.7711 0.000 0.000 0.872 0.040 0.080 0.008
#> SRR934901     5  0.4381     0.6861 0.052 0.140 0.028 0.012 0.768 0.000
#> SRR934902     3  0.2970     0.7824 0.016 0.040 0.884 0.028 0.024 0.008
#> SRR934903     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934905     1  0.6125     0.5176 0.556 0.000 0.260 0.144 0.036 0.004
#> SRR934906     4  0.4275     0.7780 0.072 0.000 0.060 0.780 0.088 0.000
#> SRR934907     5  0.3172     0.7495 0.000 0.000 0.048 0.128 0.824 0.000
#> SRR934908     5  0.4263     0.7038 0.052 0.128 0.028 0.012 0.780 0.000
#> SRR934909     3  0.4033     0.7419 0.044 0.072 0.816 0.000 0.036 0.032
#> SRR934910     5  0.3574     0.7163 0.004 0.132 0.040 0.012 0.812 0.000
#> SRR934911     2  0.3730     0.8222 0.052 0.812 0.032 0.000 0.104 0.000
#> SRR934912     3  0.4519     0.7084 0.040 0.112 0.776 0.000 0.040 0.032
#> SRR934913     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934914     4  0.2420     0.7843 0.076 0.000 0.000 0.884 0.000 0.040
#> SRR934915     3  0.5383     0.5039 0.000 0.000 0.580 0.172 0.248 0.000
#> SRR934916     1  0.2888     0.7621 0.872 0.000 0.004 0.056 0.012 0.056
#> SRR934917     2  0.4410     0.8199 0.052 0.784 0.104 0.000 0.032 0.028
#> SRR934918     3  0.2665     0.7823 0.004 0.040 0.896 0.028 0.024 0.008
#> SRR934919     5  0.5865     0.6902 0.084 0.076 0.068 0.064 0.700 0.008
#> SRR934920     6  0.1204     0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934921     2  0.1552     0.8835 0.000 0.940 0.036 0.000 0.020 0.004
#> SRR934922     5  0.3541     0.6804 0.000 0.000 0.020 0.232 0.748 0.000
#> SRR934924     1  0.4857     0.5976 0.688 0.000 0.004 0.028 0.052 0.228
#> SRR934923     1  0.2905     0.7554 0.864 0.000 0.004 0.036 0.008 0.088
#> SRR934925     5  0.4351     0.6660 0.008 0.000 0.148 0.104 0.740 0.000
#> SRR934926     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934927     3  0.4432     0.7565 0.044 0.060 0.796 0.008 0.072 0.020
#> SRR934928     4  0.3005     0.8067 0.024 0.000 0.060 0.864 0.052 0.000
#> SRR934929     4  0.4901     0.7473 0.128 0.000 0.056 0.736 0.072 0.008
#> SRR934930     3  0.4169     0.7605 0.024 0.000 0.780 0.068 0.124 0.004
#> SRR934931     5  0.2979     0.7224 0.000 0.000 0.004 0.188 0.804 0.004
#> SRR934932     2  0.0146     0.8873 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934935     3  0.5452     0.6159 0.060 0.196 0.676 0.000 0.048 0.020
#> SRR934936     3  0.4540     0.6913 0.024 0.000 0.724 0.064 0.188 0.000
#> SRR934933     1  0.2981     0.7666 0.868 0.000 0.004 0.072 0.024 0.032
#> SRR934937     3  0.2728     0.7711 0.000 0.000 0.872 0.040 0.080 0.008
#> SRR934938     3  0.3944     0.7551 0.032 0.000 0.788 0.044 0.136 0.000
#> SRR934939     3  0.5440     0.4293 0.000 0.000 0.556 0.288 0.156 0.000
#> SRR934940     5  0.3642     0.7397 0.012 0.000 0.048 0.140 0.800 0.000
#> SRR934941     4  0.3481     0.7068 0.004 0.000 0.004 0.772 0.208 0.012
#> SRR934942     5  0.3210     0.7365 0.000 0.000 0.028 0.168 0.804 0.000
#> SRR934943     5  0.5373     0.6493 0.036 0.156 0.072 0.012 0.708 0.016
#> SRR934944     1  0.4872     0.3561 0.532 0.000 0.040 0.420 0.004 0.004
#> SRR934945     1  0.4857     0.5976 0.688 0.000 0.004 0.028 0.052 0.228
#> SRR934946     5  0.3805     0.5329 0.000 0.000 0.004 0.328 0.664 0.004
#> SRR934947     1  0.4244     0.7940 0.720 0.000 0.000 0.200 0.000 0.080
#> SRR934948     3  0.2933     0.7674 0.000 0.000 0.856 0.040 0.096 0.008
#> SRR934949     2  0.4318     0.8258 0.052 0.792 0.092 0.000 0.044 0.020
#> SRR934950     4  0.3295     0.7328 0.004 0.000 0.004 0.796 0.184 0.012
#> SRR934951     4  0.4111     0.7811 0.080 0.000 0.080 0.796 0.040 0.004
#> SRR934953     1  0.3331     0.7526 0.852 0.000 0.008 0.064 0.028 0.048
#> SRR934952     5  0.5596     0.1201 0.052 0.404 0.028 0.008 0.508 0.000
#> SRR934954     2  0.2814     0.8697 0.032 0.884 0.052 0.000 0.012 0.020
#> SRR934955     6  0.2119     0.9355 0.060 0.000 0.000 0.036 0.000 0.904
#> SRR934956     3  0.4898     0.7331 0.048 0.028 0.732 0.032 0.160 0.000
#> SRR934957     4  0.5219     0.5016 0.000 0.000 0.152 0.604 0.244 0.000
#> SRR934958     2  0.0291     0.8869 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR934959     4  0.5664     0.5301 0.044 0.000 0.296 0.588 0.068 0.004
#> SRR934960     4  0.2604     0.7953 0.036 0.000 0.000 0.880 0.008 0.076
#> SRR934961     2  0.2272     0.8773 0.024 0.912 0.040 0.000 0.008 0.016
#> SRR934962     2  0.1851     0.8798 0.012 0.928 0.036 0.000 0.024 0.000
#> SRR934963     1  0.3729     0.7328 0.836 0.000 0.024 0.044 0.048 0.048
#> SRR934964     3  0.4813     0.6662 0.008 0.000 0.692 0.144 0.156 0.000
#> SRR934965     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934966     2  0.0291     0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934967     3  0.2420     0.7737 0.000 0.000 0.884 0.040 0.076 0.000
#> SRR934968     3  0.2781     0.7724 0.000 0.000 0.868 0.040 0.084 0.008
#> SRR934969     4  0.1930     0.8000 0.048 0.000 0.000 0.916 0.000 0.036
#> SRR934970     1  0.3909     0.7736 0.720 0.000 0.000 0.244 0.000 0.036
#> SRR934971     3  0.3891     0.7763 0.036 0.040 0.836 0.028 0.048 0.012
#> SRR934972     3  0.6985     0.0745 0.244 0.000 0.384 0.316 0.052 0.004
#> SRR934973     3  0.2189     0.7807 0.008 0.004 0.912 0.032 0.044 0.000
#> SRR934974     3  0.2468     0.7742 0.000 0.000 0.888 0.048 0.060 0.004
#> SRR934975     4  0.3327     0.7288 0.004 0.000 0.004 0.792 0.188 0.012
#> SRR934976     5  0.4356     0.6889 0.052 0.140 0.032 0.008 0.768 0.000
#> SRR934977     1  0.3438     0.8037 0.816 0.000 0.000 0.112 0.004 0.068
#> SRR934978     3  0.4384     0.7500 0.048 0.012 0.772 0.036 0.132 0.000
#> SRR934979     2  0.4574     0.8082 0.036 0.772 0.088 0.000 0.084 0.020
#> SRR934980     1  0.4092     0.5701 0.636 0.000 0.000 0.020 0.000 0.344
#> SRR934981     3  0.4399     0.7473 0.044 0.012 0.768 0.036 0.140 0.000
#> SRR934982     1  0.3442     0.7622 0.840 0.000 0.004 0.064 0.024 0.068
#> SRR934983     1  0.4438     0.7863 0.708 0.000 0.004 0.208 0.000 0.080
#> SRR934984     3  0.5293     0.5621 0.028 0.244 0.660 0.000 0.036 0.032
#> SRR934985     4  0.3599     0.6878 0.020 0.000 0.004 0.756 0.220 0.000
#> SRR934986     1  0.4297     0.7990 0.724 0.000 0.000 0.176 0.000 0.100
#> SRR934987     5  0.3107     0.7487 0.000 0.000 0.052 0.116 0.832 0.000
#> SRR934988     3  0.2328     0.7746 0.000 0.000 0.892 0.056 0.052 0.000
#> SRR934989     6  0.1204     0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934990     3  0.2728     0.7711 0.000 0.000 0.872 0.040 0.080 0.008

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


SD:NMF*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk SD-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk SD-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.939           0.948       0.979         0.4930 0.506   0.506
#> 3 3 0.889           0.893       0.945         0.3299 0.777   0.584
#> 4 4 0.808           0.837       0.901         0.1308 0.847   0.596
#> 5 5 0.864           0.866       0.926         0.0552 0.844   0.506
#> 6 6 0.806           0.721       0.874         0.0441 0.906   0.620

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934719     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934722     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934723     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934724     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934725     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934731     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934733     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934742     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934744     1  0.0938     0.9711 0.988 0.012
#> SRR934745     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934750     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934755     2  0.5519     0.8509 0.128 0.872
#> SRR934756     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934757     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934758     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934766     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.8267     0.6576 0.260 0.740
#> SRR934771     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934774     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934775     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934776     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934778     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934779     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934780     1  0.6973     0.7634 0.812 0.188
#> SRR934781     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934790     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934791     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934807     2  0.9988     0.0900 0.480 0.520
#> SRR934809     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934810     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934811     2  0.4939     0.8733 0.108 0.892
#> SRR934808     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934815     2  0.5059     0.8688 0.112 0.888
#> SRR934816     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934818     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934819     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934821     1  0.8016     0.6743 0.756 0.244
#> SRR934822     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934827     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934828     1  0.4690     0.8797 0.900 0.100
#> SRR934829     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934830     1  0.9988     0.0532 0.520 0.480
#> SRR934831     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934832     2  0.5408     0.8553 0.124 0.876
#> SRR934833     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934834     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934851     1  0.7950     0.6796 0.760 0.240
#> SRR934853     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934854     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934856     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934869     1  0.5059     0.8665 0.888 0.112
#> SRR934870     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934871     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934872     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934873     2  0.7745     0.7117 0.228 0.772
#> SRR934874     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934878     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934879     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934880     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934881     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934882     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934885     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934886     2  0.0938     0.9642 0.012 0.988
#> SRR934887     2  0.6712     0.7892 0.176 0.824
#> SRR934888     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934890     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934891     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934892     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934893     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934898     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934899     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934900     2  0.6438     0.8055 0.164 0.836
#> SRR934901     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934902     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934906     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934907     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934908     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934915     1  0.9795     0.2740 0.584 0.416
#> SRR934916     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934919     1  0.9944     0.1430 0.544 0.456
#> SRR934920     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934922     2  0.5178     0.8644 0.116 0.884
#> SRR934924     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934923     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934928     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934929     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934930     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934931     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934936     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934933     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934937     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934938     2  0.1184     0.9610 0.016 0.984
#> SRR934939     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934940     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934941     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934942     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934943     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934945     2  0.9922     0.2032 0.448 0.552
#> SRR934946     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934947     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934948     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934950     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934951     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934956     2  0.2778     0.9332 0.048 0.952
#> SRR934957     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934959     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934960     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934963     1  0.1633     0.9600 0.976 0.024
#> SRR934964     2  0.9996     0.0610 0.488 0.512
#> SRR934965     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934967     1  0.1414     0.9638 0.980 0.020
#> SRR934968     1  0.5737     0.8355 0.864 0.136
#> SRR934969     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934972     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934973     1  0.6048     0.8198 0.852 0.148
#> SRR934974     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934975     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934976     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934978     2  0.2423     0.9404 0.040 0.960
#> SRR934979     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934981     2  0.2778     0.9333 0.048 0.952
#> SRR934982     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934985     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934986     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000     0.9737 0.000 1.000
#> SRR934988     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9819 1.000 0.000
#> SRR934990     1  0.3114     0.9279 0.944 0.056

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     3  0.2711     0.9255 0.088 0.000 0.912
#> SRR934718     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.1964     0.9377 0.056 0.000 0.944
#> SRR934720     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721     3  0.1964     0.9391 0.056 0.000 0.944
#> SRR934722     2  0.2537     0.8958 0.000 0.920 0.080
#> SRR934723     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724     3  0.1289     0.9416 0.032 0.000 0.968
#> SRR934725     1  0.6295     0.1699 0.528 0.000 0.472
#> SRR934726     3  0.4750     0.7527 0.216 0.000 0.784
#> SRR934727     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728     3  0.1031     0.9378 0.024 0.000 0.976
#> SRR934729     2  0.1643     0.9217 0.000 0.956 0.044
#> SRR934730     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     3  0.1411     0.9418 0.036 0.000 0.964
#> SRR934732     2  0.0237     0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934733     1  0.5465     0.6264 0.712 0.000 0.288
#> SRR934734     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738     3  0.4974     0.6845 0.236 0.000 0.764
#> SRR934740     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0424     0.9436 0.000 0.992 0.008
#> SRR934742     1  0.0237     0.9479 0.996 0.000 0.004
#> SRR934743     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.1529     0.9413 0.040 0.000 0.960
#> SRR934745     1  0.1860     0.9113 0.948 0.000 0.052
#> SRR934746     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     3  0.2165     0.9344 0.064 0.000 0.936
#> SRR934750     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749     3  0.2066     0.9377 0.060 0.000 0.940
#> SRR934751     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752     3  0.2356     0.9027 0.072 0.000 0.928
#> SRR934753     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     3  0.1031     0.9329 0.024 0.000 0.976
#> SRR934755     3  0.8013     0.3588 0.072 0.364 0.564
#> SRR934756     1  0.2165     0.9046 0.936 0.000 0.064
#> SRR934757     3  0.1860     0.9402 0.052 0.000 0.948
#> SRR934758     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761     2  0.0237     0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934762     3  0.1031     0.9329 0.024 0.000 0.976
#> SRR934763     3  0.0424     0.9347 0.008 0.000 0.992
#> SRR934764     3  0.0892     0.9339 0.020 0.000 0.980
#> SRR934765     1  0.4452     0.7342 0.808 0.000 0.192
#> SRR934766     3  0.2448     0.9336 0.076 0.000 0.924
#> SRR934767     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0747     0.9379 0.000 0.984 0.016
#> SRR934770     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772     2  0.1860     0.9162 0.000 0.948 0.052
#> SRR934771     3  0.2066     0.9377 0.060 0.000 0.940
#> SRR934773     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.1643     0.9408 0.044 0.000 0.956
#> SRR934775     3  0.2356     0.9351 0.072 0.000 0.928
#> SRR934776     3  0.0747     0.9345 0.016 0.000 0.984
#> SRR934777     3  0.1860     0.9410 0.052 0.000 0.948
#> SRR934778     1  0.6260     0.2488 0.552 0.000 0.448
#> SRR934779     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.0237     0.9352 0.004 0.000 0.996
#> SRR934781     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783     3  0.0747     0.9388 0.016 0.000 0.984
#> SRR934784     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788     3  0.5905     0.5386 0.352 0.000 0.648
#> SRR934789     3  0.1643     0.9412 0.044 0.000 0.956
#> SRR934790     3  0.2878     0.9114 0.096 0.000 0.904
#> SRR934791     3  0.1411     0.9407 0.036 0.000 0.964
#> SRR934792     2  0.0237     0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934793     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     3  0.1529     0.9262 0.040 0.000 0.960
#> SRR934796     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799     3  0.2261     0.9363 0.068 0.000 0.932
#> SRR934800     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934805     3  0.1529     0.9421 0.040 0.000 0.960
#> SRR934806     3  0.6168     0.3639 0.412 0.000 0.588
#> SRR934807     2  0.6286     0.2191 0.000 0.536 0.464
#> SRR934809     3  0.1163     0.9412 0.028 0.000 0.972
#> SRR934810     3  0.0747     0.9345 0.016 0.000 0.984
#> SRR934811     2  0.3425     0.8647 0.004 0.884 0.112
#> SRR934808     3  0.0747     0.9345 0.016 0.000 0.984
#> SRR934812     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0747     0.9389 0.000 0.984 0.016
#> SRR934814     1  0.6295     0.1699 0.528 0.000 0.472
#> SRR934815     2  0.2261     0.9051 0.000 0.932 0.068
#> SRR934816     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     2  0.0237     0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934818     3  0.0848     0.9332 0.008 0.008 0.984
#> SRR934819     3  0.3038     0.8826 0.104 0.000 0.896
#> SRR934820     3  0.1529     0.9265 0.040 0.000 0.960
#> SRR934821     3  0.4136     0.8511 0.020 0.116 0.864
#> SRR934822     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823     3  0.2066     0.9377 0.060 0.000 0.940
#> SRR934825     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826     1  0.5988     0.4643 0.632 0.000 0.368
#> SRR934827     1  0.4784     0.7110 0.796 0.004 0.200
#> SRR934828     1  0.6599     0.7232 0.748 0.168 0.084
#> SRR934829     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830     2  0.9778     0.1155 0.236 0.408 0.356
#> SRR934831     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832     2  0.6062     0.6422 0.016 0.708 0.276
#> SRR934833     3  0.2066     0.9127 0.060 0.000 0.940
#> SRR934834     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0237     0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934836     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     3  0.2356     0.9351 0.072 0.000 0.928
#> SRR934839     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.1753     0.9144 0.952 0.000 0.048
#> SRR934844     3  0.2878     0.9216 0.096 0.000 0.904
#> SRR934845     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847     3  0.1411     0.9418 0.036 0.000 0.964
#> SRR934848     3  0.1529     0.9410 0.040 0.000 0.960
#> SRR934849     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.4615     0.8189 0.020 0.144 0.836
#> SRR934853     3  0.1529     0.9413 0.040 0.000 0.960
#> SRR934852     2  0.0237     0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934854     3  0.1031     0.9331 0.024 0.000 0.976
#> SRR934856     3  0.2356     0.9351 0.072 0.000 0.928
#> SRR934858     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0237     0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934862     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863     3  0.0237     0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934864     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     3  0.0237     0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934866     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869     3  0.2200     0.9370 0.056 0.004 0.940
#> SRR934870     3  0.0892     0.9364 0.020 0.000 0.980
#> SRR934871     2  0.1753     0.9191 0.000 0.952 0.048
#> SRR934872     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     2  0.5939     0.6831 0.224 0.748 0.028
#> SRR934874     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     3  0.1529     0.9421 0.040 0.000 0.960
#> SRR934877     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.0424     0.9329 0.000 0.008 0.992
#> SRR934879     3  0.1753     0.9400 0.048 0.000 0.952
#> SRR934880     3  0.1289     0.9414 0.032 0.000 0.968
#> SRR934881     2  0.0237     0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934882     2  0.0237     0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934883     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     2  0.1529     0.9244 0.000 0.960 0.040
#> SRR934885     2  0.0237     0.9455 0.000 0.996 0.004
#> SRR934886     2  0.1182     0.9347 0.012 0.976 0.012
#> SRR934887     3  0.1753     0.9187 0.000 0.048 0.952
#> SRR934888     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0424     0.9436 0.000 0.992 0.008
#> SRR934890     3  0.1860     0.9390 0.052 0.000 0.948
#> SRR934891     3  0.0237     0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934892     3  0.1411     0.9255 0.000 0.036 0.964
#> SRR934893     2  0.6941     0.0962 0.016 0.520 0.464
#> SRR934894     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     2  0.5785     0.5548 0.000 0.668 0.332
#> SRR934896     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0237     0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934899     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934900     3  0.2096     0.9382 0.052 0.004 0.944
#> SRR934901     2  0.0237     0.9455 0.000 0.996 0.004
#> SRR934902     2  0.4178     0.7833 0.000 0.828 0.172
#> SRR934903     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     3  0.4555     0.7894 0.200 0.000 0.800
#> SRR934906     3  0.1529     0.9419 0.040 0.000 0.960
#> SRR934907     2  0.4121     0.8100 0.000 0.832 0.168
#> SRR934908     2  0.1289     0.9294 0.000 0.968 0.032
#> SRR934909     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934910     2  0.1289     0.9294 0.000 0.968 0.032
#> SRR934911     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     2  0.0237     0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934913     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     3  0.2356     0.9356 0.072 0.000 0.928
#> SRR934915     3  0.0237     0.9336 0.000 0.004 0.996
#> SRR934916     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     2  0.4346     0.7679 0.000 0.816 0.184
#> SRR934919     2  0.6319     0.6656 0.228 0.732 0.040
#> SRR934920     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0000     0.9332 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924     1  0.1525     0.9247 0.964 0.004 0.032
#> SRR934923     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0892     0.9371 0.000 0.980 0.020
#> SRR934926     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     2  0.0424     0.9437 0.000 0.992 0.008
#> SRR934928     3  0.1411     0.9415 0.036 0.000 0.964
#> SRR934929     3  0.1964     0.9381 0.056 0.000 0.944
#> SRR934930     3  0.3619     0.8293 0.000 0.136 0.864
#> SRR934931     2  0.6192     0.3492 0.000 0.580 0.420
#> SRR934932     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     2  0.0237     0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934936     2  0.6225     0.2411 0.000 0.568 0.432
#> SRR934933     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.1964     0.9377 0.056 0.000 0.944
#> SRR934938     3  0.2165     0.9072 0.000 0.064 0.936
#> SRR934939     3  0.1031     0.9407 0.024 0.000 0.976
#> SRR934940     2  0.2356     0.9019 0.000 0.928 0.072
#> SRR934941     3  0.0237     0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934942     2  0.6140     0.3923 0.000 0.596 0.404
#> SRR934943     2  0.0424     0.9436 0.000 0.992 0.008
#> SRR934944     3  0.4654     0.7910 0.208 0.000 0.792
#> SRR934945     1  0.2187     0.9128 0.948 0.024 0.028
#> SRR934946     3  0.0848     0.9331 0.008 0.008 0.984
#> SRR934947     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.1529     0.9413 0.040 0.000 0.960
#> SRR934949     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950     3  0.0237     0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934951     3  0.2448     0.9312 0.076 0.000 0.924
#> SRR934953     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956     2  0.0592     0.9413 0.000 0.988 0.012
#> SRR934957     3  0.0237     0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934958     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     3  0.2066     0.9377 0.060 0.000 0.940
#> SRR934960     3  0.5216     0.6829 0.260 0.000 0.740
#> SRR934961     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.1031     0.9305 0.000 0.024 0.976
#> SRR934965     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.1964     0.9377 0.056 0.000 0.944
#> SRR934968     3  0.2063     0.9394 0.044 0.008 0.948
#> SRR934969     3  0.1411     0.9407 0.036 0.000 0.964
#> SRR934970     1  0.0237     0.9476 0.996 0.000 0.004
#> SRR934971     2  0.0237     0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934972     3  0.2448     0.9294 0.076 0.000 0.924
#> SRR934973     3  0.2703     0.9319 0.056 0.016 0.928
#> SRR934974     3  0.1964     0.9377 0.056 0.000 0.944
#> SRR934975     3  0.0237     0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934976     2  0.1031     0.9344 0.000 0.976 0.024
#> SRR934977     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978     2  0.4346     0.7730 0.000 0.816 0.184
#> SRR934979     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.1031     0.9327 0.976 0.000 0.024
#> SRR934981     3  0.2878     0.8777 0.000 0.096 0.904
#> SRR934982     1  0.0592     0.9420 0.988 0.000 0.012
#> SRR934983     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985     3  0.1860     0.9188 0.052 0.000 0.948
#> SRR934986     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.2356     0.9021 0.000 0.928 0.072
#> SRR934988     3  0.1964     0.9377 0.056 0.000 0.944
#> SRR934989     1  0.0000     0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.1964     0.9377 0.056 0.000 0.944

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     3  0.3647     0.8019 0.108 0.000 0.852 0.040
#> SRR934718     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.0188     0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934720     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     3  0.0921     0.8531 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934722     2  0.4961     0.1002 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR934723     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     3  0.3688     0.7689 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR934725     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934726     4  0.4690     0.5860 0.276 0.000 0.012 0.712
#> SRR934727     1  0.3444     0.7570 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR934728     3  0.5000     0.1720 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR934729     4  0.3219     0.7344 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR934730     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     3  0.3311     0.7967 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR934732     2  0.0336     0.9519 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934733     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.1792     0.9029 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR934736     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934740     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0921     0.9334 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934742     1  0.3801     0.7021 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR934743     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0000     0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934745     4  0.2197     0.8074 0.080 0.004 0.000 0.916
#> SRR934746     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.0188     0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934750     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749     3  0.1302     0.8505 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934751     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0921     0.8351 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934755     3  0.2868     0.7366 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR934756     4  0.3907     0.6604 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR934757     3  0.1716     0.8462 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934758     1  0.3726     0.7151 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934759     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934761     2  0.3688     0.7640 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR934762     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934763     4  0.3688     0.6604 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR934764     4  0.2760     0.7560 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR934765     1  0.1716     0.9107 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR934766     3  0.3764     0.7612 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR934767     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934770     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     4  0.3569     0.7064 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR934771     3  0.0188     0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934773     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0188     0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934775     3  0.4049     0.7625 0.008 0.000 0.780 0.212
#> SRR934776     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777     3  0.3444     0.7883 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR934778     4  0.0188     0.8490 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934779     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.3123     0.8065 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR934781     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783     3  0.4008     0.7315 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR934784     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788     1  0.7638    -0.1086 0.420 0.000 0.372 0.208
#> SRR934789     3  0.4643     0.5738 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR934790     3  0.0000     0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791     3  0.4624     0.5834 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR934792     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934796     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     3  0.3400     0.7911 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934800     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934805     3  0.3975     0.7362 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR934806     3  0.2593     0.7955 0.104 0.000 0.892 0.004
#> SRR934807     4  0.0188     0.8490 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934809     3  0.3726     0.7655 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934810     4  0.0188     0.8477 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934811     4  0.0336     0.8477 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934808     4  0.3219     0.7171 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR934812     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     2  0.3801     0.7481 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR934814     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934815     4  0.0592     0.8438 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934816     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.0336     0.9519 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934818     4  0.3266     0.7126 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934819     4  0.4079     0.7174 0.180 0.000 0.020 0.800
#> SRR934820     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934821     3  0.2053     0.8055 0.000 0.072 0.924 0.004
#> SRR934822     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     3  0.0336     0.8546 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934825     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934827     1  0.1302     0.9301 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR934828     4  0.0336     0.8477 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934829     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     4  0.0188     0.8490 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934831     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     4  0.0188     0.8490 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934833     4  0.0188     0.8490 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934834     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.1118     0.9328 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     3  0.3649     0.7723 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934839     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934840     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     4  0.4679     0.4466 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR934844     3  0.4609     0.7798 0.056 0.000 0.788 0.156
#> SRR934845     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934847     3  0.3266     0.7990 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR934848     3  0.4134     0.7116 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR934849     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.4284     0.6737 0.000 0.020 0.780 0.200
#> SRR934853     3  0.0336     0.8546 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934852     2  0.1389     0.9236 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934854     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934856     3  0.3486     0.7852 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR934858     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0336     0.9519 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.4877     0.1889 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR934864     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934866     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934868     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934869     3  0.0188     0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934870     4  0.4431     0.4836 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR934871     4  0.4916     0.3368 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR934872     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873     2  0.7129     0.4594 0.196 0.560 0.244 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     3  0.3726     0.7651 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934877     1  0.1557     0.9158 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR934878     3  0.4978     0.3639 0.000 0.004 0.612 0.384
#> SRR934879     3  0.0188     0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934880     3  0.0817     0.8536 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934881     2  0.2647     0.8619 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR934882     2  0.1716     0.9109 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     4  0.3764     0.6879 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR934885     2  0.0188     0.9525 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934886     2  0.3801     0.7483 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR934887     3  0.0188     0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934888     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889     2  0.1474     0.9104 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR934890     3  0.0188     0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934891     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892     3  0.0188     0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934893     3  0.1637     0.8134 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     4  0.1637     0.8158 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934896     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     4  0.4072     0.5880 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR934899     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934900     3  0.0000     0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934901     2  0.1022     0.9300 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934902     2  0.4916     0.3441 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     3  0.0188     0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934906     3  0.2081     0.8397 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR934907     4  0.4331     0.5892 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR934908     4  0.4804     0.4042 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR934909     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934910     4  0.4941     0.2533 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR934911     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912     2  0.2345     0.8802 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     3  0.4008     0.7317 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR934915     4  0.5000    -0.0476 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR934916     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934918     3  0.4977     0.0287 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR934919     4  0.6822     0.5685 0.204 0.192 0.000 0.604
#> SRR934920     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     2  0.2530     0.8694 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR934928     3  0.1211     0.8513 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934929     4  0.3074     0.7106 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR934930     3  0.3764     0.6377 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR934931     4  0.0188     0.8490 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934932     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.2760     0.8541 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934936     2  0.0188     0.9528 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934933     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0000     0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0000     0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934939     3  0.2647     0.8237 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR934940     4  0.3726     0.6935 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR934941     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942     4  0.0469     0.8459 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934943     2  0.0469     0.9467 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934944     3  0.5066     0.7612 0.120 0.000 0.768 0.112
#> SRR934945     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934946     4  0.0000     0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.3123     0.7968 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR934948     3  0.0188     0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934949     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950     4  0.0188     0.8477 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934951     3  0.1867     0.8433 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934953     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0921     0.9341 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934954     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     2  0.2589     0.8660 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR934957     3  0.4193     0.7005 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR934958     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934959     3  0.0188     0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934960     4  0.3975     0.5963 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR934961     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934963     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.3649     0.6921 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934965     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0000     0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934968     3  0.0000     0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969     3  0.4977     0.2855 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR934970     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934971     2  0.2647     0.8619 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR934972     3  0.0188     0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934973     3  0.0000     0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974     3  0.0188     0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934975     4  0.0188     0.8477 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934976     2  0.4843     0.3000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR934977     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     2  0.4406     0.6264 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR934979     2  0.0000     0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.3266     0.6987 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR934982     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0188     0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934985     4  0.0188     0.8490 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934986     1  0.2216     0.8768 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR934987     4  0.4134     0.6498 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR934988     3  0.0188     0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934989     1  0.0000     0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000     0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.2136     0.8855 0.008 0.000 0.088 0.904 0.000
#> SRR934718     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.3661     0.5708 0.000 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR934720     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.2179     0.8766 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR934722     5  0.3983     0.4960 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR934723     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.1671     0.8886 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR934725     5  0.0963     0.8857 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR934726     4  0.0981     0.8704 0.012 0.000 0.008 0.972 0.008
#> SRR934727     1  0.0162     0.9670 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934728     4  0.0566     0.8792 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR934729     2  0.2879     0.8760 0.000 0.880 0.008 0.080 0.032
#> SRR934730     2  0.0290     0.9502 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.0794     0.8876 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934732     2  0.1121     0.9405 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934733     5  0.0162     0.9019 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934734     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.3366     0.6856 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0880     0.9465 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934738     5  0.4242     0.1544 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934740     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0693     0.9454 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR934742     4  0.1894     0.8428 0.072 0.000 0.008 0.920 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0880     0.8747 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR934745     5  0.4212     0.5450 0.292 0.004 0.004 0.004 0.696
#> SRR934746     2  0.1444     0.9410 0.000 0.948 0.040 0.012 0.000
#> SRR934747     2  0.0162     0.9505 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.1608     0.8589 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR934750     2  0.0162     0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934749     4  0.2127     0.8786 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR934751     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.3816     0.6188 0.000 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR934753     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0865     0.8694 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR934755     3  0.0771     0.8715 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR934756     4  0.3192     0.8161 0.112 0.000 0.000 0.848 0.040
#> SRR934757     4  0.2471     0.8095 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR934758     1  0.0162     0.9670 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0290     0.9501 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.2230     0.8139 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR934762     4  0.2719     0.8227 0.000 0.000 0.004 0.852 0.144
#> SRR934763     4  0.0290     0.8784 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934764     4  0.0404     0.8770 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934765     1  0.1544     0.9076 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR934766     4  0.1732     0.8879 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR934767     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     2  0.1285     0.9311 0.000 0.956 0.004 0.036 0.004
#> SRR934770     1  0.0794     0.9454 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR934772     2  0.4855     0.7557 0.000 0.760 0.028 0.088 0.124
#> SRR934771     4  0.2929     0.8214 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR934773     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0609     0.8760 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934775     4  0.2260     0.8722 0.064 0.000 0.028 0.908 0.000
#> SRR934776     4  0.1557     0.8489 0.000 0.000 0.008 0.940 0.052
#> SRR934777     4  0.1851     0.8858 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR934778     5  0.0162     0.9019 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934779     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.6120     0.4272 0.000 0.000 0.564 0.196 0.240
#> SRR934781     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0162     0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934783     4  0.0404     0.8844 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934784     2  0.0290     0.9502 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.2189     0.8601 0.084 0.000 0.012 0.904 0.000
#> SRR934789     4  0.0727     0.8845 0.004 0.000 0.012 0.980 0.004
#> SRR934790     3  0.0671     0.8762 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR934791     4  0.2351     0.8836 0.000 0.000 0.088 0.896 0.016
#> SRR934792     3  0.2891     0.7533 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.2280     0.8302 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR934796     1  0.0290     0.9636 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.1732     0.8879 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR934800     2  0.0963     0.9438 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0963     0.9456 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0162     0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934803     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     3  0.4410     0.7395 0.000 0.124 0.764 0.000 0.112
#> SRR934805     4  0.0880     0.8880 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934806     1  0.5414     0.5566 0.660 0.000 0.140 0.200 0.000
#> SRR934807     5  0.0000     0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809     4  0.2127     0.8786 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR934810     5  0.0404     0.8998 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934811     5  0.0000     0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934808     4  0.0324     0.8813 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR934812     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.2127     0.8259 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR934814     4  0.3932     0.5161 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR934815     5  0.3369     0.8287 0.000 0.024 0.028 0.092 0.856
#> SRR934816     2  0.0404     0.9496 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.1544     0.9293 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR934818     4  0.0613     0.8791 0.000 0.004 0.008 0.984 0.004
#> SRR934819     4  0.0451     0.8775 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR934820     5  0.0162     0.9019 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934821     3  0.1830     0.8770 0.000 0.028 0.932 0.040 0.000
#> SRR934822     1  0.0162     0.9670 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934823     4  0.2648     0.8482 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR934825     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934826     4  0.2777     0.8316 0.016 0.000 0.000 0.864 0.120
#> SRR934827     1  0.3534     0.6514 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR934828     5  0.0898     0.8937 0.000 0.000 0.008 0.020 0.972
#> SRR934829     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.0000     0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.0000     0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833     5  0.0162     0.9019 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934834     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.1121     0.9408 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934836     1  0.1965     0.8726 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR934837     2  0.0162     0.9505 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.1908     0.8847 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR934839     2  0.1043     0.9423 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.1410     0.9321 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0162     0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934843     4  0.4974     0.0582 0.484 0.000 0.004 0.492 0.020
#> SRR934844     4  0.2189     0.8861 0.012 0.000 0.084 0.904 0.000
#> SRR934845     2  0.0162     0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934846     2  0.1121     0.9408 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.1671     0.8886 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR934848     4  0.1792     0.8870 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.2228     0.8441 0.000 0.004 0.908 0.012 0.076
#> SRR934853     4  0.2179     0.8766 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR934852     2  0.3816     0.5358 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000
#> SRR934854     4  0.4288     0.2896 0.000 0.000 0.004 0.612 0.384
#> SRR934856     4  0.1732     0.8879 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0703     0.9467 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.1410     0.9362 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.1478     0.9318 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0324     0.9494 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934863     4  0.0162     0.8798 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934864     2  0.0162     0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934865     5  0.0510     0.8977 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR934866     2  0.0162     0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934867     2  0.1043     0.9426 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.1638     0.9328 0.000 0.932 0.064 0.004 0.000
#> SRR934869     4  0.4192     0.4357 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR934870     4  0.1124     0.8884 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR934871     2  0.1954     0.9231 0.000 0.932 0.008 0.028 0.032
#> SRR934872     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.4096     0.7040 0.176 0.052 0.772 0.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0162     0.9505 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.2020     0.8818 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR934877     1  0.2929     0.7678 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR934878     3  0.1830     0.8625 0.000 0.004 0.932 0.012 0.052
#> SRR934879     3  0.1197     0.8696 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934880     4  0.3003     0.8127 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934881     3  0.3707     0.6400 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR934882     3  0.4201     0.3289 0.000 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.3593     0.8488 0.000 0.844 0.020 0.092 0.044
#> SRR934885     2  0.1710     0.9340 0.000 0.944 0.020 0.024 0.012
#> SRR934886     3  0.2127     0.8146 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR934887     3  0.0794     0.8756 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934888     2  0.1124     0.9445 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR934889     2  0.3163     0.8702 0.000 0.864 0.032 0.092 0.012
#> SRR934890     3  0.1544     0.8611 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR934891     5  0.2377     0.8258 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR934892     3  0.2127     0.8324 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR934893     3  0.0566     0.8740 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR934894     2  0.0162     0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934895     5  0.0290     0.8981 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934896     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0290     0.9493 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934898     4  0.0324     0.8813 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR934899     2  0.5876     0.1102 0.000 0.512 0.104 0.000 0.384
#> SRR934900     3  0.0880     0.8747 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR934901     2  0.0579     0.9475 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR934902     3  0.1478     0.8483 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0162     0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934905     3  0.1544     0.8611 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR934906     3  0.1704     0.8603 0.000 0.000 0.928 0.068 0.004
#> SRR934907     5  0.0404     0.8960 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934908     2  0.1124     0.9375 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR934909     2  0.1830     0.9291 0.000 0.924 0.068 0.008 0.000
#> SRR934910     5  0.3109     0.7172 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR934911     2  0.0162     0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934912     2  0.1608     0.9241 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0162     0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934914     4  0.2011     0.8858 0.004 0.000 0.088 0.908 0.000
#> SRR934915     3  0.3039     0.7400 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR934916     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0794     0.9462 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.1469     0.8729 0.000 0.036 0.948 0.016 0.000
#> SRR934919     2  0.5729     0.7155 0.108 0.728 0.032 0.100 0.032
#> SRR934920     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0162     0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934922     5  0.0290     0.9009 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934924     1  0.0880     0.9449 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR934923     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0613     0.9477 0.000 0.984 0.008 0.004 0.004
#> SRR934926     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.2377     0.8116 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR934928     3  0.1732     0.8541 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934929     5  0.4980     0.2619 0.000 0.000 0.036 0.380 0.584
#> SRR934930     3  0.2491     0.8628 0.000 0.068 0.896 0.036 0.000
#> SRR934931     5  0.0000     0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.3857     0.5688 0.000 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR934936     2  0.0613     0.9477 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004
#> SRR934933     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0880     0.8747 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR934938     3  0.0566     0.8759 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR934939     4  0.1544     0.8892 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR934940     2  0.3402     0.7738 0.000 0.804 0.008 0.184 0.004
#> SRR934941     5  0.0162     0.9019 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934942     5  0.1901     0.8753 0.000 0.024 0.004 0.040 0.932
#> SRR934943     2  0.2741     0.8980 0.000 0.892 0.032 0.064 0.012
#> SRR934944     4  0.1956     0.8645 0.076 0.000 0.008 0.916 0.000
#> SRR934945     1  0.1041     0.9420 0.964 0.004 0.000 0.000 0.032
#> SRR934946     5  0.0290     0.9011 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934947     4  0.2516     0.8052 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934948     3  0.1544     0.8611 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR934949     2  0.1410     0.9321 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR934950     5  0.0290     0.9011 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934951     4  0.1908     0.8847 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR934953     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.3210     0.7340 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934954     2  0.0290     0.9502 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.3715     0.6852 0.000 0.260 0.736 0.000 0.004
#> SRR934957     4  0.0290     0.8835 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.2179     0.8766 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR934960     4  0.2171     0.8764 0.000 0.000 0.024 0.912 0.064
#> SRR934961     2  0.0880     0.9465 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.1043     0.9426 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.0162     0.9662 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.2130     0.8416 0.000 0.000 0.908 0.012 0.080
#> SRR934965     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.1908     0.8270 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR934968     3  0.0794     0.8756 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934969     4  0.0566     0.8837 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR934970     1  0.1671     0.8958 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR934971     2  0.1671     0.9209 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR934972     4  0.4278     0.2967 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR934973     3  0.0671     0.8762 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR934974     4  0.3752     0.6691 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR934975     5  0.0162     0.9019 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934976     5  0.3210     0.7097 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934977     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.1300     0.8760 0.000 0.028 0.956 0.016 0.000
#> SRR934979     2  0.0880     0.9465 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.2074     0.8734 0.000 0.044 0.920 0.036 0.000
#> SRR934982     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.1410     0.9321 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR934985     4  0.1557     0.8490 0.000 0.000 0.008 0.940 0.052
#> SRR934986     4  0.3003     0.7613 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR934987     2  0.4182     0.4416 0.000 0.644 0.004 0.000 0.352
#> SRR934988     3  0.1732     0.8541 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0703     0.8759 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.0146   0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934718     1  0.2969   0.708707 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR934719     4  0.2883   0.709563 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.0260   0.882127 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR934722     2  0.5169   0.380866 0.000 0.624 0.004 0.000 0.240 0.132
#> SRR934723     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.0692   0.879060 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000
#> SRR934725     6  0.0632   0.874542 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR934726     5  0.4062   0.093529 0.008 0.000 0.000 0.440 0.552 0.000
#> SRR934727     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.1141   0.865027 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR934729     5  0.2302   0.611802 0.000 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR934730     2  0.0547   0.838138 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934731     4  0.0363   0.881103 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934732     2  0.1498   0.822701 0.000 0.940 0.032 0.000 0.028 0.000
#> SRR934733     6  0.0000   0.878378 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.3854   0.234572 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     5  0.4083   0.001359 0.000 0.460 0.008 0.000 0.532 0.000
#> SRR934738     6  0.3727   0.402395 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR934740     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0260   0.838134 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934741     5  0.2762   0.596284 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934742     4  0.4219   0.447270 0.320 0.000 0.000 0.648 0.032 0.000
#> SRR934743     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0260   0.868490 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934745     5  0.6471  -0.005078 0.356 0.020 0.000 0.000 0.376 0.248
#> SRR934746     5  0.3615   0.445788 0.000 0.292 0.008 0.000 0.700 0.000
#> SRR934747     2  0.0363   0.839450 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934748     4  0.3695   0.400725 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR934750     2  0.0632   0.831955 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934749     4  0.0146   0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.1910   0.818897 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR934753     2  0.0547   0.838138 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934754     4  0.1075   0.864134 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934755     3  0.0547   0.860823 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR934756     4  0.1152   0.858231 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR934757     5  0.5084   0.418634 0.000 0.000 0.124 0.264 0.612 0.000
#> SRR934758     1  0.3938   0.539049 0.660 0.000 0.000 0.324 0.000 0.016
#> SRR934759     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0603   0.838627 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR934761     3  0.1320   0.840296 0.000 0.036 0.948 0.000 0.016 0.000
#> SRR934762     4  0.0458   0.879841 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934763     4  0.3175   0.626467 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR934764     4  0.0363   0.880176 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934765     1  0.0937   0.864606 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766     4  0.0146   0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0146   0.890702 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934769     5  0.3866   0.113678 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR934770     1  0.3804   0.344205 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR934772     5  0.1787   0.637213 0.000 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR934771     4  0.1124   0.868958 0.000 0.000 0.036 0.956 0.008 0.000
#> SRR934773     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0260   0.867634 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934775     4  0.0909   0.877789 0.012 0.000 0.000 0.968 0.020 0.000
#> SRR934776     5  0.3684   0.303512 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR934777     4  0.0146   0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934778     6  0.0000   0.878378 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     4  0.7302   0.090288 0.000 0.036 0.216 0.424 0.280 0.044
#> SRR934781     2  0.0000   0.839562 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0632   0.831896 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934783     4  0.1204   0.858666 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR934784     2  0.1204   0.823895 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934785     2  0.0260   0.839611 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934786     1  0.3428   0.595670 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0260   0.888955 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934788     4  0.0146   0.882140 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934789     4  0.0713   0.876026 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934790     3  0.0146   0.868484 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934791     4  0.0146   0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934792     3  0.2178   0.750687 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000 0.000
#> SRR934793     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0146   0.839087 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934795     4  0.0692   0.877340 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR934796     1  0.2793   0.731952 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.0146   0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934800     2  0.3984   0.488598 0.000 0.648 0.016 0.000 0.336 0.000
#> SRR934801     2  0.3874   0.462515 0.000 0.636 0.008 0.000 0.356 0.000
#> SRR934802     2  0.0713   0.837614 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR934803     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     3  0.1950   0.831152 0.000 0.024 0.912 0.000 0.000 0.064
#> SRR934805     4  0.0547   0.878798 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934806     4  0.3629   0.596204 0.260 0.000 0.016 0.724 0.000 0.000
#> SRR934807     6  0.1007   0.867468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934809     4  0.0363   0.881148 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR934810     6  0.1556   0.843363 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR934811     6  0.1556   0.847756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR934808     4  0.4080   0.159201 0.000 0.000 0.000 0.536 0.456 0.008
#> SRR934812     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.0000   0.867847 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814     6  0.2445   0.812264 0.000 0.000 0.000 0.108 0.020 0.872
#> SRR934815     5  0.2201   0.617575 0.000 0.036 0.004 0.000 0.904 0.056
#> SRR934816     2  0.2378   0.752122 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR934817     5  0.5438   0.325300 0.000 0.148 0.304 0.000 0.548 0.000
#> SRR934818     4  0.3309   0.604498 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR934819     4  0.0458   0.879230 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934820     6  0.0000   0.878378 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934821     3  0.0520   0.867719 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR934822     1  0.3198   0.667984 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.0790   0.873204 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0790   0.827372 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR934826     4  0.0363   0.880479 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934827     1  0.3864   0.080366 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828     5  0.2631   0.522942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934829     2  0.0000   0.839562 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     6  0.0000   0.878378 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     6  0.0000   0.878378 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833     6  0.1391   0.867691 0.000 0.000 0.000 0.016 0.040 0.944
#> SRR934834     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.3563   0.716401 0.000 0.800 0.092 0.000 0.108 0.000
#> SRR934836     1  0.3867   0.133961 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0458   0.839098 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934838     4  0.0146   0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934839     2  0.4101   0.521450 0.000 0.664 0.028 0.000 0.308 0.000
#> SRR934840     2  0.4609   0.263263 0.000 0.540 0.040 0.000 0.420 0.000
#> SRR934841     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0547   0.833740 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934843     1  0.1812   0.830793 0.912 0.000 0.000 0.080 0.008 0.000
#> SRR934844     4  0.0146   0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0713   0.829582 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR934846     2  0.4461   0.320589 0.000 0.564 0.032 0.000 0.404 0.000
#> SRR934847     4  0.0260   0.881808 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934848     4  0.0146   0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0363   0.866228 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934853     4  0.1049   0.874969 0.000 0.000 0.032 0.960 0.008 0.000
#> SRR934852     2  0.2312   0.759377 0.000 0.876 0.112 0.000 0.012 0.000
#> SRR934854     5  0.5583   0.270009 0.000 0.000 0.000 0.244 0.548 0.208
#> SRR934856     4  0.0146   0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0777   0.835998 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024 0.000
#> SRR934860     5  0.3867   0.368689 0.000 0.328 0.012 0.000 0.660 0.000
#> SRR934861     5  0.5257   0.000398 0.000 0.432 0.096 0.000 0.472 0.000
#> SRR934862     2  0.1204   0.809530 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934863     4  0.2092   0.798126 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR934864     2  0.0146   0.839087 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934865     6  0.2070   0.826167 0.000 0.000 0.000 0.100 0.008 0.892
#> SRR934866     2  0.0713   0.829825 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR934867     2  0.3454   0.671001 0.000 0.768 0.024 0.000 0.208 0.000
#> SRR934868     5  0.3333   0.585178 0.000 0.192 0.024 0.000 0.784 0.000
#> SRR934869     4  0.2320   0.793001 0.000 0.004 0.132 0.864 0.000 0.000
#> SRR934870     4  0.0260   0.881808 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934871     5  0.1349   0.621635 0.000 0.056 0.000 0.000 0.940 0.004
#> SRR934872     2  0.0146   0.839087 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934873     3  0.4151   0.697432 0.092 0.028 0.780 0.000 0.100 0.000
#> SRR934874     2  0.0363   0.839450 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934875     2  0.0458   0.839047 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934876     4  0.0146   0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934877     1  0.3126   0.687140 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.0964   0.863231 0.000 0.000 0.968 0.004 0.012 0.016
#> SRR934879     3  0.0790   0.857167 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934880     4  0.2019   0.832115 0.000 0.000 0.088 0.900 0.012 0.000
#> SRR934881     3  0.1267   0.835762 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882     3  0.2593   0.748209 0.000 0.008 0.844 0.000 0.148 0.000
#> SRR934883     2  0.0458   0.839047 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934884     5  0.1082   0.623293 0.000 0.040 0.000 0.004 0.956 0.000
#> SRR934885     5  0.1910   0.643480 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR934886     3  0.1168   0.846060 0.000 0.016 0.956 0.000 0.028 0.000
#> SRR934887     3  0.0146   0.868484 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934888     2  0.2859   0.736837 0.000 0.828 0.016 0.000 0.156 0.000
#> SRR934889     5  0.1858   0.641334 0.000 0.092 0.000 0.004 0.904 0.000
#> SRR934890     3  0.3866   0.020391 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR934891     6  0.5276   0.437304 0.000 0.000 0.000 0.312 0.124 0.564
#> SRR934892     3  0.5966   0.357470 0.000 0.052 0.532 0.328 0.088 0.000
#> SRR934893     3  0.0146   0.866746 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934894     2  0.0363   0.836852 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934895     6  0.1074   0.871347 0.000 0.000 0.012 0.000 0.028 0.960
#> SRR934896     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.1501   0.810700 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR934898     4  0.3862   0.122052 0.000 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR934899     2  0.3764   0.658549 0.000 0.784 0.044 0.000 0.012 0.160
#> SRR934900     3  0.0260   0.868490 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934901     2  0.1444   0.800677 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934902     3  0.0146   0.866746 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934903     2  0.0260   0.838134 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934905     4  0.4400   0.124766 0.008 0.000 0.456 0.524 0.012 0.000
#> SRR934906     4  0.3136   0.725825 0.000 0.000 0.188 0.796 0.000 0.016
#> SRR934907     6  0.1814   0.811188 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR934908     2  0.4294   0.564003 0.000 0.692 0.000 0.000 0.060 0.248
#> SRR934909     5  0.2868   0.627327 0.000 0.132 0.028 0.000 0.840 0.000
#> SRR934910     2  0.5108   0.082463 0.000 0.484 0.000 0.000 0.080 0.436
#> SRR934911     2  0.0547   0.838138 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934912     3  0.5100   0.362544 0.000 0.116 0.600 0.000 0.284 0.000
#> SRR934913     2  0.0146   0.839087 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934914     4  0.0146   0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934915     3  0.0937   0.855236 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR934916     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.2882   0.717589 0.000 0.812 0.008 0.000 0.180 0.000
#> SRR934918     3  0.0260   0.868490 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934919     5  0.1760   0.631398 0.020 0.048 0.004 0.000 0.928 0.000
#> SRR934920     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0632   0.831955 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934922     6  0.4812   0.437776 0.000 0.000 0.068 0.000 0.344 0.588
#> SRR934924     1  0.1957   0.809232 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR934923     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     5  0.4044   0.460775 0.000 0.312 0.012 0.000 0.668 0.008
#> SRR934926     2  0.0547   0.838138 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934927     3  0.0260   0.866817 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934928     3  0.3244   0.603720 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> SRR934929     4  0.1913   0.841586 0.000 0.000 0.012 0.908 0.000 0.080
#> SRR934930     3  0.1059   0.862416 0.000 0.016 0.964 0.016 0.004 0.000
#> SRR934931     6  0.0547   0.875778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934932     2  0.0000   0.839562 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0146   0.839087 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934935     3  0.4038   0.568408 0.000 0.216 0.728 0.000 0.056 0.000
#> SRR934936     2  0.2668   0.694007 0.000 0.828 0.000 0.004 0.168 0.000
#> SRR934933     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0260   0.868490 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0000   0.867847 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939     4  0.0713   0.874652 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934940     5  0.4026   0.359901 0.000 0.376 0.000 0.012 0.612 0.000
#> SRR934941     6  0.0000   0.878378 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942     5  0.5292  -0.107986 0.000 0.100 0.000 0.000 0.468 0.432
#> SRR934943     5  0.1644   0.640892 0.000 0.076 0.004 0.000 0.920 0.000
#> SRR934944     4  0.4687   0.581514 0.136 0.000 0.000 0.684 0.180 0.000
#> SRR934945     1  0.1957   0.808996 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR934946     6  0.2902   0.707391 0.000 0.000 0.000 0.196 0.004 0.800
#> SRR934947     1  0.5022   0.098034 0.496 0.000 0.000 0.432 0.072 0.000
#> SRR934948     3  0.1007   0.849503 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934949     2  0.5316   0.125881 0.000 0.480 0.104 0.000 0.416 0.000
#> SRR934950     6  0.0405   0.877137 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR934951     4  0.0146   0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934953     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0865   0.826434 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR934954     2  0.1267   0.822364 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR934955     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     2  0.4944   0.015412 0.000 0.488 0.448 0.000 0.064 0.000
#> SRR934957     5  0.4109   0.247661 0.000 0.000 0.008 0.392 0.596 0.004
#> SRR934958     2  0.0547   0.838138 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934959     4  0.0458   0.880024 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR934960     4  0.0260   0.881809 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934961     2  0.3955   0.405831 0.000 0.608 0.008 0.000 0.384 0.000
#> SRR934962     2  0.1802   0.807474 0.000 0.916 0.012 0.000 0.072 0.000
#> SRR934963     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.0458   0.865399 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR934965     2  0.0260   0.839611 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934966     2  0.0260   0.838134 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934967     3  0.4951   0.302685 0.000 0.016 0.560 0.384 0.040 0.000
#> SRR934968     3  0.0260   0.868490 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934969     4  0.0632   0.878147 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934970     4  0.3620   0.377422 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.5667   0.223220 0.024 0.092 0.524 0.000 0.360 0.000
#> SRR934972     4  0.2121   0.821894 0.000 0.000 0.096 0.892 0.012 0.000
#> SRR934973     3  0.0260   0.868490 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934974     4  0.1643   0.847413 0.000 0.000 0.068 0.924 0.008 0.000
#> SRR934975     6  0.0000   0.878378 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976     2  0.3618   0.645821 0.000 0.776 0.000 0.000 0.048 0.176
#> SRR934977     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.3043   0.727674 0.000 0.148 0.828 0.012 0.012 0.000
#> SRR934979     2  0.3742   0.482885 0.000 0.648 0.004 0.000 0.348 0.000
#> SRR934980     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0972   0.858925 0.000 0.008 0.964 0.028 0.000 0.000
#> SRR934982     1  0.0260   0.888955 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934983     1  0.4339   0.547063 0.648 0.000 0.000 0.316 0.004 0.032
#> SRR934984     2  0.4993   0.341412 0.000 0.560 0.080 0.000 0.360 0.000
#> SRR934985     5  0.3360   0.478100 0.000 0.000 0.000 0.264 0.732 0.004
#> SRR934986     4  0.1141   0.853674 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.4616   0.410067 0.000 0.648 0.000 0.000 0.280 0.072
#> SRR934988     3  0.3489   0.569003 0.000 0.000 0.708 0.288 0.004 0.000
#> SRR934989     1  0.0000   0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0260   0.868490 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-SD-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk SD-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-SD-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk SD-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:hclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.984       0.986         0.3255 0.674   0.674
#> 3 3 0.573           0.609       0.808         0.6943 0.843   0.767
#> 4 4 0.556           0.758       0.826         0.1450 0.807   0.629
#> 5 5 0.674           0.724       0.846         0.0976 0.975   0.924
#> 6 6 0.661           0.587       0.811         0.0594 0.919   0.755

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     2  0.2043      0.985 0.032 0.968
#> SRR934718     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934719     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934720     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934721     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934722     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934723     2  0.0672      0.971 0.008 0.992
#> SRR934724     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934725     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0672      0.987 0.992 0.008
#> SRR934727     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934728     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934729     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934730     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934731     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934732     2  0.2423      0.982 0.040 0.960
#> SRR934733     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934734     2  0.0376      0.968 0.004 0.996
#> SRR934735     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934736     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934737     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934738     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934740     2  0.0376      0.968 0.004 0.996
#> SRR934739     2  0.2043      0.984 0.032 0.968
#> SRR934741     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934742     2  0.1414      0.979 0.020 0.980
#> SRR934743     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934744     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934745     1  0.0938      0.985 0.988 0.012
#> SRR934746     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934747     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934748     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934750     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934749     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934751     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934752     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934753     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934754     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934755     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934756     1  0.1843      0.976 0.972 0.028
#> SRR934757     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934758     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934759     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934760     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934761     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934762     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934766     2  0.2043      0.985 0.032 0.968
#> SRR934767     2  0.0376      0.968 0.004 0.996
#> SRR934768     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934769     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934770     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934772     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934771     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934773     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934774     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934775     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934776     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934778     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934779     2  0.0376      0.968 0.004 0.996
#> SRR934780     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934781     2  0.2043      0.984 0.032 0.968
#> SRR934782     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934783     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.3733      0.959 0.072 0.928
#> SRR934785     2  0.4431      0.939 0.092 0.908
#> SRR934786     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934787     2  0.1414      0.979 0.020 0.980
#> SRR934788     1  0.0938      0.985 0.988 0.012
#> SRR934789     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934790     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934791     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.3733      0.959 0.072 0.928
#> SRR934793     2  0.0376      0.968 0.004 0.996
#> SRR934794     2  0.4562      0.934 0.096 0.904
#> SRR934795     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934797     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934798     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934799     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.3733      0.959 0.072 0.928
#> SRR934801     2  0.3733      0.959 0.072 0.928
#> SRR934802     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934803     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934804     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934805     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934807     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934809     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934810     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934811     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934808     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934812     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934813     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934814     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934815     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934816     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934817     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934818     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934819     1  0.1184      0.983 0.984 0.016
#> SRR934820     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934821     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934822     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934823     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934825     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934826     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934827     1  0.1843      0.976 0.972 0.028
#> SRR934828     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934829     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934830     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934831     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934832     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934833     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934834     2  0.0376      0.968 0.004 0.996
#> SRR934835     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934836     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934837     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934838     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934839     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934840     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934841     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934842     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934843     1  0.1633      0.978 0.976 0.024
#> SRR934844     2  0.2043      0.985 0.032 0.968
#> SRR934845     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934846     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934847     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934850     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934851     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934853     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934852     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934854     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934856     2  0.1633      0.982 0.024 0.976
#> SRR934858     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934859     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934860     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934861     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934862     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934863     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934864     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934865     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934866     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934867     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934868     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934869     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934870     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934871     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934872     2  0.4431      0.939 0.092 0.908
#> SRR934873     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934874     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934875     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934876     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.1184      0.983 0.984 0.016
#> SRR934878     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934879     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934880     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934881     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934882     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934883     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934884     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934885     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934886     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934887     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934888     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934889     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934890     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934891     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934892     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934893     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934894     1  0.8016      0.665 0.756 0.244
#> SRR934895     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934896     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934897     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934898     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934899     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934900     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934901     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934902     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934903     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934905     2  0.1633      0.982 0.024 0.976
#> SRR934906     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934907     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934908     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934909     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934910     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934911     2  0.3733      0.959 0.072 0.928
#> SRR934912     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934913     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934914     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934915     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934916     1  0.1843      0.976 0.972 0.028
#> SRR934917     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934918     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934919     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934920     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934921     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934922     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934924     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934923     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934925     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934926     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934927     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934928     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934929     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934930     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934931     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934932     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934934     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934935     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934936     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934933     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934937     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934938     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934939     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934940     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934941     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934942     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934943     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934944     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934945     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934946     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934947     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934948     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934949     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934950     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934951     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.1843      0.976 0.972 0.028
#> SRR934952     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934954     2  0.2043      0.984 0.032 0.968
#> SRR934955     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934956     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934957     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934958     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934959     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934960     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934961     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934962     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934963     1  0.0672      0.987 0.992 0.008
#> SRR934964     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934965     1  0.0376      0.989 0.996 0.004
#> SRR934966     2  0.2043      0.984 0.032 0.968
#> SRR934967     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934968     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934969     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934970     2  0.1843      0.983 0.028 0.972
#> SRR934971     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934972     2  0.1633      0.982 0.024 0.976
#> SRR934973     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934974     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934975     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934976     2  0.2043      0.984 0.032 0.968
#> SRR934977     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934978     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934979     2  0.2778      0.977 0.048 0.952
#> SRR934980     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934981     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934982     2  0.1633      0.982 0.024 0.976
#> SRR934983     2  0.2043      0.985 0.032 0.968
#> SRR934984     2  0.2236      0.986 0.036 0.964
#> SRR934985     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934986     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934987     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934988     1  0.0000      0.991 1.000 0.000
#> SRR934989     1  0.2043      0.973 0.968 0.032
#> SRR934990     1  0.0000      0.991 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     3  0.0237     0.9864 0.000 0.004 0.996
#> SRR934718     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934719     1  0.0592     0.6500 0.988 0.012 0.000
#> SRR934720     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934721     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934722     1  0.1529     0.6300 0.960 0.040 0.000
#> SRR934723     3  0.1163     0.9757 0.000 0.028 0.972
#> SRR934724     1  0.0237     0.6544 0.996 0.004 0.000
#> SRR934725     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934726     1  0.5327     0.5383 0.728 0.272 0.000
#> SRR934727     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934728     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934729     1  0.6280    -0.7319 0.540 0.460 0.000
#> SRR934730     1  0.6305    -0.7991 0.516 0.484 0.000
#> SRR934731     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732     3  0.0661     0.9828 0.004 0.008 0.988
#> SRR934733     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734     3  0.1289     0.9732 0.000 0.032 0.968
#> SRR934735     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934736     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934737     1  0.6274    -0.7159 0.544 0.456 0.000
#> SRR934738     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740     3  0.1289     0.9732 0.000 0.032 0.968
#> SRR934739     3  0.0237     0.9862 0.000 0.004 0.996
#> SRR934741     1  0.5678    -0.1817 0.684 0.316 0.000
#> SRR934742     3  0.0747     0.9822 0.000 0.016 0.984
#> SRR934743     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934744     1  0.1643     0.6234 0.956 0.044 0.000
#> SRR934745     1  0.5706     0.5205 0.680 0.320 0.000
#> SRR934746     1  0.5905    -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934747     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934748     1  0.0592     0.6500 0.988 0.012 0.000
#> SRR934750     2  0.6267     0.9289 0.452 0.548 0.000
#> SRR934749     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934751     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934752     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934753     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934754     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934755     1  0.3879     0.4464 0.848 0.152 0.000
#> SRR934756     1  0.5988     0.4994 0.632 0.368 0.000
#> SRR934757     1  0.1753     0.6481 0.952 0.048 0.000
#> SRR934758     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934759     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934760     2  0.6309     0.8437 0.496 0.504 0.000
#> SRR934761     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934765     1  0.6180     0.4801 0.584 0.416 0.000
#> SRR934766     3  0.0237     0.9864 0.000 0.004 0.996
#> SRR934767     3  0.1289     0.9732 0.000 0.032 0.968
#> SRR934768     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934769     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934772     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934771     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934773     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934774     1  0.1529     0.6304 0.960 0.040 0.000
#> SRR934775     1  0.3686     0.5994 0.860 0.140 0.000
#> SRR934776     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0237     0.6544 0.996 0.004 0.000
#> SRR934778     1  0.1031     0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934779     3  0.1289     0.9732 0.000 0.032 0.968
#> SRR934780     1  0.1031     0.6436 0.976 0.024 0.000
#> SRR934781     3  0.0237     0.9862 0.000 0.004 0.996
#> SRR934782     2  0.6267     0.9289 0.452 0.548 0.000
#> SRR934783     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934784     3  0.1877     0.9625 0.012 0.032 0.956
#> SRR934785     3  0.2384     0.9491 0.008 0.056 0.936
#> SRR934786     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934787     3  0.0747     0.9822 0.000 0.016 0.984
#> SRR934788     1  0.4346     0.5774 0.816 0.184 0.000
#> SRR934789     1  0.3038     0.6167 0.896 0.104 0.000
#> SRR934790     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934792     3  0.1877     0.9625 0.012 0.032 0.956
#> SRR934793     3  0.1289     0.9732 0.000 0.032 0.968
#> SRR934794     3  0.2550     0.9446 0.012 0.056 0.932
#> SRR934795     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934796     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934797     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934798     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934799     1  0.0237     0.6544 0.996 0.004 0.000
#> SRR934800     3  0.1877     0.9625 0.012 0.032 0.956
#> SRR934801     3  0.1877     0.9625 0.012 0.032 0.956
#> SRR934802     2  0.6299     0.8906 0.476 0.524 0.000
#> SRR934803     1  0.6267     0.4485 0.548 0.452 0.000
#> SRR934804     2  0.6291     0.9067 0.468 0.532 0.000
#> SRR934805     1  0.1163     0.6487 0.972 0.028 0.000
#> SRR934806     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934807     1  0.1031     0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934809     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934810     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934811     1  0.1031     0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934808     1  0.3038     0.6167 0.896 0.104 0.000
#> SRR934812     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934813     1  0.4291     0.3757 0.820 0.180 0.000
#> SRR934814     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934815     1  0.4887     0.2238 0.772 0.228 0.000
#> SRR934816     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934817     1  0.5859    -0.3182 0.656 0.344 0.000
#> SRR934818     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819     1  0.4796     0.5605 0.780 0.220 0.000
#> SRR934820     1  0.0237     0.6533 0.996 0.004 0.000
#> SRR934821     1  0.1031     0.6436 0.976 0.024 0.000
#> SRR934822     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934823     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934825     1  0.6095    -0.5047 0.608 0.392 0.000
#> SRR934826     1  0.1163     0.6489 0.972 0.028 0.000
#> SRR934827     1  0.6252     0.4525 0.556 0.444 0.000
#> SRR934828     1  0.4887     0.2238 0.772 0.228 0.000
#> SRR934829     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934830     1  0.1031     0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934831     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934832     1  0.1031     0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934833     1  0.0424     0.6520 0.992 0.008 0.000
#> SRR934834     3  0.1289     0.9732 0.000 0.032 0.968
#> SRR934835     1  0.4796     0.2439 0.780 0.220 0.000
#> SRR934836     1  0.6154     0.4845 0.592 0.408 0.000
#> SRR934837     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934838     1  0.0237     0.6544 0.996 0.004 0.000
#> SRR934839     1  0.5905    -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934840     1  0.5905    -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934841     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934842     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934843     1  0.5948     0.5027 0.640 0.360 0.000
#> SRR934844     3  0.0237     0.9864 0.000 0.004 0.996
#> SRR934845     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934846     1  0.5905    -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934847     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934849     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934850     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934851     1  0.1031     0.6427 0.976 0.024 0.000
#> SRR934853     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934852     2  0.6309     0.8376 0.500 0.500 0.000
#> SRR934854     1  0.0237     0.6533 0.996 0.004 0.000
#> SRR934856     3  0.0592     0.9839 0.000 0.012 0.988
#> SRR934858     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934859     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934860     1  0.5905    -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934861     1  0.5905    -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934862     2  0.6274     0.9221 0.456 0.544 0.000
#> SRR934863     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934864     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934865     1  0.0237     0.6533 0.996 0.004 0.000
#> SRR934866     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934867     1  0.4842     0.2251 0.776 0.224 0.000
#> SRR934868     1  0.5859    -0.3182 0.656 0.344 0.000
#> SRR934869     1  0.0592     0.6500 0.988 0.012 0.000
#> SRR934870     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934871     1  0.5138     0.0925 0.748 0.252 0.000
#> SRR934872     3  0.2384     0.9491 0.008 0.056 0.936
#> SRR934873     1  0.3686     0.5375 0.860 0.140 0.000
#> SRR934874     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934875     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934876     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934877     1  0.5397     0.5342 0.720 0.280 0.000
#> SRR934878     1  0.2537     0.5802 0.920 0.080 0.000
#> SRR934879     1  0.1643     0.6234 0.956 0.044 0.000
#> SRR934880     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934881     1  0.4399     0.3525 0.812 0.188 0.000
#> SRR934882     1  0.4931     0.2183 0.768 0.232 0.000
#> SRR934883     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934884     1  0.4931     0.2085 0.768 0.232 0.000
#> SRR934885     1  0.4887     0.2238 0.772 0.228 0.000
#> SRR934886     1  0.2796     0.5607 0.908 0.092 0.000
#> SRR934887     1  0.2537     0.5802 0.920 0.080 0.000
#> SRR934888     1  0.5968    -0.4045 0.636 0.364 0.000
#> SRR934889     1  0.4887     0.2238 0.772 0.228 0.000
#> SRR934890     1  0.0592     0.6500 0.988 0.012 0.000
#> SRR934891     1  0.0237     0.6533 0.996 0.004 0.000
#> SRR934892     1  0.1031     0.6436 0.976 0.024 0.000
#> SRR934893     1  0.3941     0.4382 0.844 0.156 0.000
#> SRR934894     2  0.9815     0.6198 0.332 0.416 0.252
#> SRR934895     1  0.1529     0.6300 0.960 0.040 0.000
#> SRR934896     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934897     1  0.6302    -0.7886 0.520 0.480 0.000
#> SRR934898     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899     1  0.2959     0.5643 0.900 0.100 0.000
#> SRR934900     1  0.1753     0.6191 0.952 0.048 0.000
#> SRR934901     1  0.6026    -0.4418 0.624 0.376 0.000
#> SRR934902     1  0.3116     0.5340 0.892 0.108 0.000
#> SRR934903     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934905     3  0.0592     0.9839 0.000 0.012 0.988
#> SRR934906     1  0.0592     0.6500 0.988 0.012 0.000
#> SRR934907     1  0.1529     0.6300 0.960 0.040 0.000
#> SRR934908     2  0.6291     0.9067 0.468 0.532 0.000
#> SRR934909     1  0.5905    -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934910     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934911     3  0.1877     0.9625 0.012 0.032 0.956
#> SRR934912     1  0.5905    -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934913     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934914     1  0.3340     0.6088 0.880 0.120 0.000
#> SRR934915     1  0.1031     0.6427 0.976 0.024 0.000
#> SRR934916     1  0.6154     0.4836 0.592 0.408 0.000
#> SRR934917     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934918     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934919     1  0.4887     0.2238 0.772 0.228 0.000
#> SRR934920     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934921     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934922     1  0.1031     0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934924     1  0.6192     0.4768 0.580 0.420 0.000
#> SRR934923     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934925     1  0.2625     0.5741 0.916 0.084 0.000
#> SRR934926     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934927     1  0.3038     0.5409 0.896 0.104 0.000
#> SRR934928     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934929     1  0.1753     0.6470 0.952 0.048 0.000
#> SRR934930     1  0.1031     0.6440 0.976 0.024 0.000
#> SRR934931     1  0.1031     0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934932     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934934     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934935     1  0.4121     0.4073 0.832 0.168 0.000
#> SRR934936     1  0.1031     0.6436 0.976 0.024 0.000
#> SRR934933     1  0.6180     0.4797 0.584 0.416 0.000
#> SRR934937     1  0.1643     0.6234 0.956 0.044 0.000
#> SRR934938     1  0.2711     0.5679 0.912 0.088 0.000
#> SRR934939     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934940     1  0.1031     0.6436 0.976 0.024 0.000
#> SRR934941     1  0.0892     0.6455 0.980 0.020 0.000
#> SRR934942     1  0.1289     0.6369 0.968 0.032 0.000
#> SRR934943     1  0.4931     0.2085 0.768 0.232 0.000
#> SRR934944     1  0.6154     0.4845 0.592 0.408 0.000
#> SRR934945     1  0.6192     0.4768 0.580 0.420 0.000
#> SRR934946     1  0.1031     0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934947     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934948     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949     1  0.5882    -0.3346 0.652 0.348 0.000
#> SRR934950     1  0.0237     0.6533 0.996 0.004 0.000
#> SRR934951     1  0.0237     0.6544 0.996 0.004 0.000
#> SRR934953     1  0.6260     0.4506 0.552 0.448 0.000
#> SRR934952     2  0.6267     0.9289 0.452 0.548 0.000
#> SRR934954     3  0.0237     0.9862 0.000 0.004 0.996
#> SRR934955     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934956     1  0.1031     0.6436 0.976 0.024 0.000
#> SRR934957     1  0.0892     0.6465 0.980 0.020 0.000
#> SRR934958     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934959     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934960     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961     1  0.6291    -0.7565 0.532 0.468 0.000
#> SRR934962     2  0.6260     0.9310 0.448 0.552 0.000
#> SRR934963     1  0.3619     0.5694 0.864 0.136 0.000
#> SRR934964     1  0.1031     0.6427 0.976 0.024 0.000
#> SRR934965     2  0.6192     0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934966     3  0.0237     0.9862 0.000 0.004 0.996
#> SRR934967     1  0.0747     0.6479 0.984 0.016 0.000
#> SRR934968     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934970     3  0.0424     0.9853 0.000 0.008 0.992
#> SRR934971     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972     3  0.0592     0.9839 0.000 0.012 0.988
#> SRR934973     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975     1  0.0892     0.6455 0.980 0.020 0.000
#> SRR934976     3  0.0237     0.9862 0.000 0.004 0.996
#> SRR934977     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934978     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979     3  0.0892     0.9788 0.000 0.020 0.980
#> SRR934980     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934981     1  0.2878     0.5558 0.904 0.096 0.000
#> SRR934982     3  0.0592     0.9839 0.000 0.012 0.988
#> SRR934983     3  0.0237     0.9864 0.000 0.004 0.996
#> SRR934984     3  0.0000     0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934985     1  0.0000     0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934986     1  0.6168     0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934987     1  0.1289     0.6369 0.968 0.032 0.000
#> SRR934988     1  0.1031     0.6443 0.976 0.024 0.000
#> SRR934989     1  0.6192     0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934990     1  0.1643     0.6234 0.956 0.044 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     3  0.1059    0.90709 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR934718     1  0.4193    0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934719     4  0.0524    0.82550 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR934720     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934721     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934722     4  0.1118    0.81426 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR934723     3  0.3428    0.86333 0.012 0.144 0.844 0.000
#> SRR934724     4  0.0469    0.82207 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934725     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934726     4  0.5167   -0.46517 0.488 0.004 0.000 0.508
#> SRR934727     1  0.4193    0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934728     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934729     2  0.5000    0.57061 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR934730     2  0.4989    0.65007 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR934731     3  0.0000    0.90926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732     3  0.5624    0.83171 0.172 0.108 0.720 0.000
#> SRR934733     3  0.0336    0.90926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR934734     3  0.3718    0.85169 0.012 0.168 0.820 0.000
#> SRR934735     1  0.4222    0.93693 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934736     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934737     4  0.5290   -0.50215 0.008 0.476 0.000 0.516
#> SRR934738     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934740     3  0.3718    0.85169 0.012 0.168 0.820 0.000
#> SRR934739     3  0.5512    0.83504 0.172 0.100 0.728 0.000
#> SRR934741     4  0.4957    0.20081 0.012 0.320 0.000 0.668
#> SRR934742     3  0.2329    0.89258 0.012 0.072 0.916 0.000
#> SRR934743     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934744     4  0.1388    0.81082 0.012 0.028 0.000 0.960
#> SRR934745     4  0.5570   -0.27793 0.440 0.020 0.000 0.540
#> SRR934746     4  0.5070   -0.03684 0.008 0.372 0.000 0.620
#> SRR934747     2  0.4277    0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934748     4  0.0524    0.82550 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR934750     2  0.4855    0.79878 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR934749     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934751     1  0.4193    0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934752     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934753     2  0.4331    0.88136 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934754     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934755     4  0.3529    0.66881 0.012 0.152 0.000 0.836
#> SRR934756     1  0.4543    0.87570 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR934757     4  0.1610    0.80944 0.032 0.016 0.000 0.952
#> SRR934758     1  0.4164    0.94008 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR934759     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934760     2  0.5244    0.79932 0.012 0.600 0.000 0.388
#> SRR934761     3  0.0469    0.90832 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934762     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934763     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934764     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934765     1  0.3942    0.93729 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR934766     3  0.1059    0.90709 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR934767     3  0.3718    0.85169 0.012 0.168 0.820 0.000
#> SRR934768     1  0.4193    0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934769     3  0.1174    0.90888 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR934770     1  0.4193    0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934772     3  0.1388    0.90933 0.012 0.028 0.960 0.000
#> SRR934771     3  0.0000    0.90926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934774     4  0.1584    0.81472 0.012 0.036 0.000 0.952
#> SRR934775     4  0.4843   -0.09125 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR934776     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934777     4  0.0469    0.82202 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934778     4  0.0895    0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934779     3  0.3718    0.85169 0.012 0.168 0.820 0.000
#> SRR934780     4  0.0895    0.82360 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934781     3  0.5512    0.83504 0.172 0.100 0.728 0.000
#> SRR934782     2  0.4855    0.79878 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR934783     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934784     3  0.6025    0.81571 0.172 0.140 0.688 0.000
#> SRR934785     3  0.6243    0.80143 0.172 0.160 0.668 0.000
#> SRR934786     1  0.4193    0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934787     3  0.1637    0.90032 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR934788     4  0.3907    0.48623 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR934789     4  0.3172    0.64398 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR934790     3  0.0336    0.90879 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934791     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934792     3  0.6025    0.81571 0.172 0.140 0.688 0.000
#> SRR934793     3  0.3718    0.85169 0.012 0.168 0.820 0.000
#> SRR934794     3  0.6284    0.79803 0.172 0.164 0.664 0.000
#> SRR934795     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934796     1  0.4193    0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934797     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934798     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934799     4  0.0469    0.82202 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934800     3  0.6025    0.81571 0.172 0.140 0.688 0.000
#> SRR934801     3  0.6025    0.81571 0.172 0.140 0.688 0.000
#> SRR934802     2  0.4948    0.73606 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR934803     1  0.6023    0.77292 0.612 0.060 0.000 0.328
#> SRR934804     2  0.4933    0.75285 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR934805     4  0.1211    0.79682 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR934806     1  0.4193    0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934807     4  0.0895    0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934809     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934810     3  0.0336    0.90926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR934811     4  0.0895    0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934808     4  0.2973    0.66540 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934812     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934813     4  0.3937    0.60281 0.012 0.188 0.000 0.800
#> SRR934814     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934815     4  0.4284    0.52437 0.012 0.224 0.000 0.764
#> SRR934816     2  0.4277    0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934817     4  0.5040    0.00544 0.008 0.364 0.000 0.628
#> SRR934818     3  0.1174    0.90985 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR934819     4  0.4222    0.36426 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR934820     4  0.0188    0.82520 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934821     4  0.0895    0.82360 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934822     1  0.4222    0.93693 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934823     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934825     4  0.5172   -0.21212 0.008 0.404 0.000 0.588
#> SRR934826     4  0.1118    0.80046 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934827     1  0.6058    0.75742 0.604 0.060 0.000 0.336
#> SRR934828     4  0.4284    0.52437 0.012 0.224 0.000 0.764
#> SRR934829     2  0.4277    0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934830     4  0.0895    0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934831     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934832     4  0.0895    0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934833     4  0.0376    0.82567 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR934834     3  0.3718    0.85169 0.012 0.168 0.820 0.000
#> SRR934835     4  0.4353    0.50084 0.012 0.232 0.000 0.756
#> SRR934836     1  0.4222    0.93672 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934837     2  0.4277    0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934838     4  0.0469    0.82202 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934839     4  0.5070   -0.03684 0.008 0.372 0.000 0.620
#> SRR934840     4  0.5070   -0.03684 0.008 0.372 0.000 0.620
#> SRR934841     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934842     2  0.4277    0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934843     1  0.4817    0.77303 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR934844     3  0.1059    0.90709 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR934845     2  0.4277    0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934846     4  0.5070   -0.03684 0.008 0.372 0.000 0.620
#> SRR934847     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934848     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934849     1  0.4164    0.94008 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR934850     1  0.4193    0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934851     4  0.0707    0.82219 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934853     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934852     2  0.5339    0.80375 0.016 0.600 0.000 0.384
#> SRR934854     4  0.0188    0.82520 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934856     3  0.1474    0.90226 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR934858     1  0.4193    0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934859     3  0.2089    0.90160 0.020 0.048 0.932 0.000
#> SRR934860     4  0.5070   -0.03684 0.008 0.372 0.000 0.620
#> SRR934861     4  0.5085   -0.05775 0.008 0.376 0.000 0.616
#> SRR934862     2  0.4843    0.80044 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR934863     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934864     2  0.4331    0.88136 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934865     4  0.0188    0.82520 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934866     2  0.4277    0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934867     4  0.4228    0.50423 0.008 0.232 0.000 0.760
#> SRR934868     4  0.5055   -0.01490 0.008 0.368 0.000 0.624
#> SRR934869     4  0.0524    0.82550 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR934870     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934871     4  0.4483    0.36770 0.004 0.284 0.000 0.712
#> SRR934872     3  0.6243    0.80143 0.172 0.160 0.668 0.000
#> SRR934873     4  0.4188    0.69798 0.064 0.112 0.000 0.824
#> SRR934874     2  0.4277    0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934875     2  0.4277    0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934876     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934877     1  0.4998    0.52881 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR934878     4  0.2101    0.78141 0.012 0.060 0.000 0.928
#> SRR934879     4  0.1388    0.81082 0.012 0.028 0.000 0.960
#> SRR934880     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934881     4  0.4019    0.58700 0.012 0.196 0.000 0.792
#> SRR934882     4  0.4295    0.49095 0.008 0.240 0.000 0.752
#> SRR934883     2  0.4277    0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934884     4  0.4319    0.51332 0.012 0.228 0.000 0.760
#> SRR934885     4  0.4284    0.52437 0.012 0.224 0.000 0.764
#> SRR934886     4  0.2949    0.75803 0.024 0.088 0.000 0.888
#> SRR934887     4  0.2101    0.78141 0.012 0.060 0.000 0.928
#> SRR934888     4  0.5138   -0.14937 0.008 0.392 0.000 0.600
#> SRR934889     4  0.4284    0.52437 0.012 0.224 0.000 0.764
#> SRR934890     4  0.0524    0.82550 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR934891     4  0.0188    0.82520 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934892     4  0.0895    0.82360 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934893     4  0.3625    0.65685 0.012 0.160 0.000 0.828
#> SRR934894     2  0.6979    0.60324 0.184 0.624 0.012 0.180
#> SRR934895     4  0.1118    0.81426 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR934896     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934897     2  0.4992    0.63911 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR934898     3  0.1174    0.90985 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR934899     4  0.3243    0.75278 0.036 0.088 0.000 0.876
#> SRR934900     4  0.1584    0.80637 0.012 0.036 0.000 0.952
#> SRR934901     4  0.5125   -0.12861 0.008 0.388 0.000 0.604
#> SRR934902     4  0.2675    0.73950 0.008 0.100 0.000 0.892
#> SRR934903     2  0.4277    0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934905     3  0.1557    0.90129 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR934906     4  0.0524    0.82550 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR934907     4  0.1118    0.81426 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR934908     2  0.4933    0.75285 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR934909     4  0.5070   -0.03684 0.008 0.372 0.000 0.620
#> SRR934910     3  0.4150    0.87091 0.120 0.056 0.824 0.000
#> SRR934911     3  0.6025    0.81571 0.172 0.140 0.688 0.000
#> SRR934912     4  0.5085   -0.05775 0.008 0.376 0.000 0.616
#> SRR934913     2  0.4277    0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934914     4  0.3024    0.65746 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934915     4  0.0592    0.82315 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934916     1  0.4134    0.93388 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR934917     3  0.2089    0.90160 0.020 0.048 0.932 0.000
#> SRR934918     3  0.1209    0.90723 0.004 0.032 0.964 0.000
#> SRR934919     4  0.4284    0.52437 0.012 0.224 0.000 0.764
#> SRR934920     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934921     2  0.4277    0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934922     4  0.0895    0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934924     1  0.3982    0.93146 0.776 0.004 0.000 0.220
#> SRR934923     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934925     4  0.2345    0.75951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR934926     2  0.4277    0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934927     4  0.2676    0.74431 0.012 0.092 0.000 0.896
#> SRR934928     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934929     4  0.1489    0.79755 0.044 0.004 0.000 0.952
#> SRR934930     4  0.0895    0.82404 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934931     4  0.0895    0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934932     2  0.4748    0.86211 0.016 0.716 0.000 0.268
#> SRR934934     2  0.4748    0.86211 0.016 0.716 0.000 0.268
#> SRR934935     4  0.3718    0.63998 0.012 0.168 0.000 0.820
#> SRR934936     4  0.0895    0.82360 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934933     1  0.3942    0.93593 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR934937     4  0.1388    0.81082 0.012 0.028 0.000 0.960
#> SRR934938     4  0.2402    0.76557 0.012 0.076 0.000 0.912
#> SRR934939     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934940     4  0.0895    0.82360 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934941     4  0.0469    0.82438 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934942     4  0.0921    0.81850 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934943     4  0.4319    0.51332 0.012 0.228 0.000 0.760
#> SRR934944     1  0.4222    0.93672 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934945     1  0.3982    0.93146 0.776 0.004 0.000 0.220
#> SRR934946     4  0.0895    0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934947     1  0.4193    0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934948     3  0.0000    0.90926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949     4  0.5055   -0.01583 0.008 0.368 0.000 0.624
#> SRR934950     4  0.0188    0.82520 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934951     4  0.0469    0.82202 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934953     1  0.6041    0.76536 0.608 0.060 0.000 0.332
#> SRR934952     2  0.4855    0.79878 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR934954     3  0.5512    0.83504 0.172 0.100 0.728 0.000
#> SRR934955     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934956     4  0.0895    0.82360 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934957     4  0.0779    0.82498 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR934958     2  0.4331    0.88136 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934959     3  0.0000    0.90926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934960     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934961     2  0.4998    0.60357 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR934962     2  0.5070    0.82636 0.008 0.620 0.000 0.372
#> SRR934963     4  0.3966    0.72267 0.072 0.088 0.000 0.840
#> SRR934964     4  0.0592    0.82315 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934965     2  0.4277    0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934966     3  0.5512    0.83504 0.172 0.100 0.728 0.000
#> SRR934967     4  0.0657    0.82500 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR934968     3  0.0000    0.90926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934970     3  0.1938    0.89953 0.012 0.052 0.936 0.000
#> SRR934971     3  0.1004    0.90971 0.004 0.024 0.972 0.000
#> SRR934972     3  0.1557    0.90129 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR934973     3  0.0817    0.90970 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR934974     3  0.0000    0.90926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934975     4  0.0469    0.82438 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934976     3  0.5265    0.84336 0.160 0.092 0.748 0.000
#> SRR934977     1  0.4193    0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934978     3  0.0817    0.90970 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR934979     3  0.5678    0.83026 0.172 0.112 0.716 0.000
#> SRR934980     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934981     4  0.2662    0.75921 0.016 0.084 0.000 0.900
#> SRR934982     3  0.1938    0.89954 0.012 0.052 0.936 0.000
#> SRR934983     3  0.1059    0.90709 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR934984     3  0.2089    0.90160 0.020 0.048 0.932 0.000
#> SRR934985     4  0.0336    0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934986     1  0.4193    0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934987     4  0.0921    0.81850 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934988     4  0.0895    0.82434 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934989     1  0.3726    0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934990     4  0.1388    0.81082 0.012 0.028 0.000 0.960

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     5  0.4030     0.4985 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934718     1  0.2773     0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934719     4  0.0451     0.8568 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934720     1  0.1608     0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934721     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934722     4  0.1478     0.8394 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR934723     5  0.2929     0.6855 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR934724     4  0.0404     0.8560 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR934725     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934726     1  0.4451     0.2755 0.504 0.004 0.000 0.492 0.000
#> SRR934727     1  0.2773     0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934728     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934729     2  0.4999     0.4635 0.032 0.604 0.000 0.360 0.004
#> SRR934730     2  0.4040     0.6571 0.012 0.712 0.000 0.276 0.000
#> SRR934731     3  0.3895     0.6624 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR934732     3  0.0451     0.6677 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR934733     3  0.4171     0.5277 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR934734     5  0.0290     0.7060 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934735     1  0.2813     0.8946 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR934736     1  0.1608     0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934737     2  0.4928     0.2599 0.020 0.548 0.000 0.428 0.004
#> SRR934738     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934740     5  0.0290     0.7060 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934739     3  0.0162     0.6697 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934741     4  0.5331     0.3805 0.048 0.344 0.000 0.600 0.008
#> SRR934742     5  0.3508     0.6456 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR934743     1  0.1608     0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934744     4  0.1403     0.8435 0.024 0.024 0.000 0.952 0.000
#> SRR934745     4  0.4818    -0.0927 0.460 0.020 0.000 0.520 0.000
#> SRR934746     4  0.5089     0.1645 0.028 0.432 0.000 0.536 0.004
#> SRR934747     2  0.0451     0.7903 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR934748     4  0.0451     0.8568 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934750     2  0.3242     0.7346 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR934749     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934751     1  0.2773     0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934752     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934753     2  0.1205     0.7958 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR934754     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934755     4  0.3565     0.7259 0.024 0.176 0.000 0.800 0.000
#> SRR934756     1  0.3274     0.8382 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR934757     4  0.1364     0.8465 0.036 0.012 0.000 0.952 0.000
#> SRR934758     1  0.2732     0.8977 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR934759     1  0.1608     0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934760     2  0.3488     0.7437 0.024 0.808 0.000 0.168 0.000
#> SRR934761     3  0.3932     0.6537 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR934762     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934763     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934764     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934765     1  0.2020     0.8883 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR934766     5  0.4030     0.4985 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934767     5  0.0290     0.7060 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934768     1  0.2773     0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934769     3  0.3561     0.7026 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR934770     1  0.2773     0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934772     3  0.3612     0.6993 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR934771     3  0.3895     0.6624 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR934773     1  0.1608     0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934774     4  0.1568     0.8485 0.020 0.036 0.000 0.944 0.000
#> SRR934775     4  0.4307    -0.2308 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR934776     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934777     4  0.0404     0.8553 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR934778     4  0.0771     0.8560 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR934779     5  0.0290     0.7060 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934780     4  0.0510     0.8562 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR934781     3  0.0162     0.6697 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934782     2  0.3274     0.7321 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR934783     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934784     3  0.0963     0.6511 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934785     3  0.1341     0.6344 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.2773     0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934787     3  0.4268     0.4259 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR934788     4  0.3612     0.5302 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR934789     4  0.2732     0.7218 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR934790     3  0.3913     0.6579 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR934791     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934792     3  0.0963     0.6511 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934793     5  0.0290     0.7060 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934794     3  0.1410     0.6302 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934796     1  0.2773     0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934797     1  0.1608     0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934798     1  0.1608     0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934799     4  0.0404     0.8553 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR934800     3  0.0963     0.6511 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934801     3  0.0963     0.6511 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934802     2  0.4101     0.5596 0.004 0.664 0.000 0.332 0.000
#> SRR934803     1  0.4915     0.7343 0.696 0.064 0.000 0.236 0.004
#> SRR934804     2  0.4047     0.5852 0.004 0.676 0.000 0.320 0.000
#> SRR934805     4  0.1043     0.8412 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR934806     1  0.2773     0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934807     4  0.0771     0.8560 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR934809     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934810     3  0.4171     0.5277 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR934811     4  0.0771     0.8560 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR934808     4  0.2561     0.7430 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR934812     1  0.1608     0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934813     4  0.4268     0.5994 0.024 0.268 0.000 0.708 0.000
#> SRR934814     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934815     4  0.4377     0.6780 0.048 0.184 0.000 0.760 0.008
#> SRR934816     2  0.0290     0.7918 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934817     4  0.5064     0.2176 0.028 0.416 0.000 0.552 0.004
#> SRR934818     3  0.3730     0.6888 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934819     4  0.3837     0.4321 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000
#> SRR934820     4  0.0451     0.8571 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934821     4  0.0703     0.8559 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR934822     1  0.2813     0.8946 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR934823     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934825     4  0.5045     0.0447 0.024 0.464 0.000 0.508 0.004
#> SRR934826     4  0.1043     0.8411 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR934827     1  0.4967     0.7234 0.688 0.064 0.000 0.244 0.004
#> SRR934828     4  0.4377     0.6780 0.048 0.184 0.000 0.760 0.008
#> SRR934829     2  0.0290     0.7918 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934830     4  0.0771     0.8560 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR934831     1  0.1608     0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934832     4  0.0771     0.8560 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR934833     4  0.0579     0.8574 0.008 0.008 0.000 0.984 0.000
#> SRR934834     5  0.1270     0.6964 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR934835     4  0.4794     0.5008 0.032 0.308 0.000 0.656 0.004
#> SRR934836     1  0.2813     0.8945 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR934837     2  0.0451     0.7903 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR934838     4  0.0404     0.8553 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR934839     4  0.5089     0.1645 0.028 0.432 0.000 0.536 0.004
#> SRR934840     4  0.5089     0.1645 0.028 0.432 0.000 0.536 0.004
#> SRR934841     1  0.1608     0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934842     2  0.0290     0.7918 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934843     1  0.3730     0.7506 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR934844     5  0.4256     0.1519 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR934845     2  0.0963     0.7956 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR934846     4  0.5089     0.1645 0.028 0.432 0.000 0.536 0.004
#> SRR934847     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934848     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934849     1  0.2732     0.8977 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR934850     1  0.2773     0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934851     4  0.0865     0.8526 0.004 0.024 0.000 0.972 0.000
#> SRR934853     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934852     2  0.3214     0.7550 0.036 0.844 0.000 0.120 0.000
#> SRR934854     4  0.0451     0.8571 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934856     3  0.4256     0.4468 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR934858     1  0.2773     0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934859     3  0.3177     0.7100 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR934860     4  0.5089     0.1645 0.028 0.432 0.000 0.536 0.004
#> SRR934861     4  0.5099     0.1351 0.028 0.440 0.000 0.528 0.004
#> SRR934862     2  0.3690     0.7399 0.020 0.780 0.000 0.200 0.000
#> SRR934863     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934864     2  0.1205     0.7958 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR934865     4  0.0451     0.8571 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934866     2  0.0290     0.7918 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934867     4  0.4351     0.6155 0.028 0.244 0.000 0.724 0.004
#> SRR934868     4  0.5089     0.1652 0.028 0.432 0.000 0.536 0.004
#> SRR934869     4  0.0451     0.8568 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934870     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934871     4  0.4416     0.4210 0.012 0.356 0.000 0.632 0.000
#> SRR934872     3  0.1341     0.6344 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR934873     4  0.3888     0.7531 0.076 0.120 0.000 0.804 0.000
#> SRR934874     2  0.0451     0.7903 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR934875     2  0.0451     0.7903 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR934876     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934877     1  0.4150     0.5651 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR934878     4  0.2012     0.8261 0.020 0.060 0.000 0.920 0.000
#> SRR934879     4  0.1403     0.8435 0.024 0.024 0.000 0.952 0.000
#> SRR934880     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934881     4  0.4360     0.5704 0.024 0.284 0.000 0.692 0.000
#> SRR934882     4  0.4428     0.5807 0.020 0.284 0.000 0.692 0.004
#> SRR934883     2  0.0451     0.7903 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR934884     4  0.4726     0.6157 0.048 0.228 0.000 0.716 0.008
#> SRR934885     4  0.4377     0.6780 0.048 0.184 0.000 0.760 0.008
#> SRR934886     4  0.3304     0.7955 0.052 0.092 0.000 0.852 0.004
#> SRR934887     4  0.2012     0.8261 0.020 0.060 0.000 0.920 0.000
#> SRR934888     4  0.5099     0.1312 0.028 0.440 0.000 0.528 0.004
#> SRR934889     4  0.4377     0.6780 0.048 0.184 0.000 0.760 0.008
#> SRR934890     4  0.0451     0.8568 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934891     4  0.0451     0.8571 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934892     4  0.0510     0.8562 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR934893     4  0.3602     0.7211 0.024 0.180 0.000 0.796 0.000
#> SRR934894     2  0.4533     0.4995 0.032 0.704 0.260 0.000 0.004
#> SRR934895     4  0.1478     0.8394 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR934896     1  0.1608     0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934897     2  0.4194     0.6547 0.012 0.708 0.000 0.276 0.004
#> SRR934898     3  0.3730     0.6888 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934899     4  0.3612     0.7794 0.064 0.100 0.000 0.832 0.004
#> SRR934900     4  0.1579     0.8407 0.024 0.032 0.000 0.944 0.000
#> SRR934901     4  0.5453     0.1454 0.044 0.420 0.000 0.528 0.008
#> SRR934902     4  0.2616     0.7964 0.020 0.100 0.000 0.880 0.000
#> SRR934903     2  0.0290     0.7918 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934905     3  0.4262     0.4365 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR934906     4  0.0451     0.8568 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934907     4  0.1478     0.8394 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR934908     2  0.4047     0.5852 0.004 0.676 0.000 0.320 0.000
#> SRR934909     4  0.5089     0.1645 0.028 0.432 0.000 0.536 0.004
#> SRR934910     3  0.2020     0.6945 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR934911     3  0.0963     0.6511 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934912     4  0.5111     0.0910 0.028 0.452 0.000 0.516 0.004
#> SRR934913     2  0.0290     0.7918 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934914     4  0.2773     0.7168 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR934915     4  0.0671     0.8543 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000
#> SRR934916     1  0.2329     0.8881 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR934917     3  0.3177     0.7100 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR934918     3  0.3452     0.7061 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR934919     4  0.4377     0.6780 0.048 0.184 0.000 0.760 0.008
#> SRR934920     1  0.1608     0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934921     2  0.0290     0.7918 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934922     4  0.0771     0.8560 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR934924     1  0.1892     0.8785 0.916 0.004 0.000 0.080 0.000
#> SRR934923     1  0.1671     0.8803 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR934925     4  0.2516     0.7816 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR934926     2  0.0451     0.7903 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR934927     4  0.2653     0.7966 0.024 0.096 0.000 0.880 0.000
#> SRR934928     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934929     4  0.1282     0.8424 0.044 0.004 0.000 0.952 0.000
#> SRR934930     4  0.0798     0.8569 0.008 0.016 0.000 0.976 0.000
#> SRR934931     4  0.0771     0.8560 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR934932     2  0.0955     0.7616 0.028 0.968 0.000 0.000 0.004
#> SRR934934     2  0.1041     0.7593 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR934935     4  0.3745     0.6992 0.024 0.196 0.000 0.780 0.000
#> SRR934936     4  0.0510     0.8562 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR934933     1  0.2020     0.8864 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR934937     4  0.1403     0.8435 0.024 0.024 0.000 0.952 0.000
#> SRR934938     4  0.2362     0.8129 0.024 0.076 0.000 0.900 0.000
#> SRR934939     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934940     4  0.0510     0.8562 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR934941     4  0.0404     0.8555 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR934942     4  0.0794     0.8534 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR934943     4  0.4697     0.6224 0.048 0.224 0.000 0.720 0.008
#> SRR934944     1  0.2813     0.8945 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR934945     1  0.1892     0.8785 0.916 0.004 0.000 0.080 0.000
#> SRR934946     4  0.0865     0.8553 0.004 0.024 0.000 0.972 0.000
#> SRR934947     1  0.2773     0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934948     3  0.3876     0.6660 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934949     4  0.5078     0.1913 0.028 0.424 0.000 0.544 0.004
#> SRR934950     4  0.0451     0.8571 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934951     4  0.0404     0.8553 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR934953     1  0.4941     0.7295 0.692 0.064 0.000 0.240 0.004
#> SRR934952     2  0.3242     0.7346 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR934954     3  0.0162     0.6697 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934955     1  0.1608     0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934956     4  0.0510     0.8562 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR934957     4  0.0693     0.8574 0.008 0.012 0.000 0.980 0.000
#> SRR934958     2  0.1205     0.7958 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR934959     3  0.3876     0.6660 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934960     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934961     2  0.4696     0.3690 0.012 0.584 0.000 0.400 0.004
#> SRR934962     2  0.3280     0.7507 0.012 0.812 0.000 0.176 0.000
#> SRR934963     4  0.3911     0.7623 0.100 0.084 0.000 0.812 0.004
#> SRR934964     4  0.0671     0.8543 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000
#> SRR934965     2  0.0451     0.7903 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR934966     3  0.0162     0.6697 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934967     4  0.0566     0.8562 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> SRR934968     3  0.3876     0.6660 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934969     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934970     5  0.3774     0.5974 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR934971     3  0.3636     0.6980 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR934972     3  0.4262     0.4365 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR934973     3  0.3796     0.6805 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR934974     3  0.3876     0.6660 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934975     4  0.0404     0.8555 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR934976     3  0.0703     0.6772 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934977     1  0.2773     0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934978     3  0.3796     0.6805 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR934979     3  0.0693     0.6682 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR934980     1  0.1608     0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934981     4  0.3047     0.8024 0.044 0.084 0.000 0.868 0.004
#> SRR934982     5  0.3636     0.6293 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR934983     5  0.4030     0.4985 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934984     3  0.3177     0.7100 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR934985     4  0.0290     0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934986     1  0.2773     0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934987     4  0.1197     0.8473 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR934988     4  0.0798     0.8572 0.008 0.016 0.000 0.976 0.000
#> SRR934989     1  0.1608     0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934990     4  0.1403     0.8435 0.024 0.024 0.000 0.952 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     3  0.4508     0.0526 0.000 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR934718     1  0.2092     0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934719     4  0.0777     0.7833 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR934720     1  0.0363     0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934722     4  0.2070     0.7284 0.000 0.044 0.000 0.908 0.048 0.000
#> SRR934723     3  0.5686    -0.3260 0.000 0.000 0.456 0.000 0.160 0.384
#> SRR934724     4  0.0363     0.7884 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934725     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934726     1  0.4086     0.1632 0.528 0.000 0.000 0.464 0.008 0.000
#> SRR934727     1  0.2092     0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934729     2  0.6025     0.1406 0.008 0.480 0.000 0.208 0.304 0.000
#> SRR934730     2  0.4855     0.5249 0.000 0.660 0.000 0.136 0.204 0.000
#> SRR934731     3  0.0858     0.5850 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR934732     3  0.4095     0.3986 0.000 0.008 0.512 0.000 0.000 0.480
#> SRR934733     3  0.2309     0.5238 0.000 0.000 0.888 0.000 0.028 0.084
#> SRR934734     6  0.5769     0.6462 0.000 0.000 0.236 0.000 0.256 0.508
#> SRR934735     1  0.2135     0.8719 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0363     0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.5795    -0.0935 0.000 0.496 0.000 0.284 0.220 0.000
#> SRR934738     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934740     6  0.5769     0.6462 0.000 0.000 0.236 0.000 0.256 0.508
#> SRR934739     3  0.3866     0.4031 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR934741     5  0.6053     0.7186 0.008 0.192 0.000 0.360 0.440 0.000
#> SRR934742     3  0.5144    -0.1638 0.000 0.000 0.536 0.000 0.092 0.372
#> SRR934743     1  0.0363     0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934744     4  0.2358     0.6918 0.000 0.016 0.000 0.876 0.108 0.000
#> SRR934745     4  0.4465    -0.1247 0.472 0.004 0.000 0.504 0.020 0.000
#> SRR934746     4  0.6114    -0.4366 0.000 0.352 0.000 0.352 0.296 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.0777     0.7833 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR934750     2  0.3908     0.5998 0.000 0.768 0.000 0.132 0.100 0.000
#> SRR934749     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934751     1  0.2092     0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934753     2  0.1225     0.6910 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036 0.000
#> SRR934754     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934755     4  0.4693     0.3166 0.004 0.116 0.000 0.692 0.188 0.000
#> SRR934756     1  0.2631     0.8146 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR934757     4  0.1418     0.7679 0.032 0.000 0.000 0.944 0.024 0.000
#> SRR934758     1  0.2048     0.8750 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0363     0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.4013     0.6184 0.004 0.728 0.000 0.040 0.228 0.000
#> SRR934761     3  0.0909     0.5913 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR934762     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934763     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934764     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934765     1  0.1141     0.8642 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934766     3  0.4508     0.0526 0.000 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR934767     6  0.5769     0.6462 0.000 0.000 0.236 0.000 0.256 0.508
#> SRR934768     1  0.2092     0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.2147     0.6000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.020 0.084
#> SRR934770     1  0.2092     0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934772     3  0.2020     0.5966 0.000 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR934771     3  0.0858     0.5850 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR934773     1  0.0363     0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934774     4  0.2002     0.7545 0.008 0.020 0.000 0.916 0.056 0.000
#> SRR934775     1  0.3854     0.1216 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR934776     4  0.0405     0.7891 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR934777     4  0.0363     0.7873 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934778     4  0.1226     0.7723 0.004 0.004 0.000 0.952 0.040 0.000
#> SRR934779     6  0.5769     0.6462 0.000 0.000 0.236 0.000 0.256 0.508
#> SRR934780     4  0.0858     0.7783 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR934781     3  0.3866     0.4031 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR934782     2  0.3947     0.5955 0.000 0.764 0.000 0.136 0.100 0.000
#> SRR934783     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934784     3  0.4717     0.3869 0.000 0.024 0.504 0.000 0.012 0.460
#> SRR934785     6  0.4887    -0.4389 0.000 0.048 0.472 0.000 0.004 0.476
#> SRR934786     1  0.2092     0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934787     3  0.2660     0.5155 0.000 0.000 0.868 0.000 0.048 0.084
#> SRR934788     4  0.3288     0.3052 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR934789     4  0.2491     0.5502 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR934790     3  0.0547     0.5869 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR934791     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934792     3  0.4717     0.3869 0.000 0.024 0.504 0.000 0.012 0.460
#> SRR934793     6  0.5769     0.6462 0.000 0.000 0.236 0.000 0.256 0.508
#> SRR934794     3  0.4984     0.3557 0.000 0.048 0.480 0.000 0.008 0.464
#> SRR934795     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934796     1  0.2092     0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0363     0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0363     0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.0363     0.7873 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934800     3  0.4717     0.3869 0.000 0.024 0.504 0.000 0.012 0.460
#> SRR934801     3  0.4717     0.3869 0.000 0.024 0.504 0.000 0.012 0.460
#> SRR934802     2  0.4771     0.3829 0.000 0.652 0.000 0.248 0.100 0.000
#> SRR934803     1  0.4775     0.7102 0.712 0.048 0.000 0.188 0.052 0.000
#> SRR934804     2  0.4723     0.4197 0.000 0.664 0.000 0.232 0.104 0.000
#> SRR934805     4  0.0937     0.7648 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934806     1  0.2092     0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934807     4  0.1155     0.7750 0.004 0.004 0.000 0.956 0.036 0.000
#> SRR934809     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934810     3  0.2309     0.5238 0.000 0.000 0.888 0.000 0.028 0.084
#> SRR934811     4  0.1226     0.7723 0.004 0.004 0.000 0.952 0.040 0.000
#> SRR934808     4  0.2300     0.5911 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0363     0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934813     4  0.5479    -0.0157 0.004 0.220 0.000 0.588 0.188 0.000
#> SRR934814     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934815     5  0.4821     0.8762 0.008 0.036 0.000 0.472 0.484 0.000
#> SRR934816     2  0.0260     0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934817     4  0.6110    -0.4354 0.000 0.336 0.000 0.368 0.296 0.000
#> SRR934818     3  0.1757     0.5989 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR934819     4  0.3482     0.2151 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR934820     4  0.0405     0.7898 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934821     4  0.1049     0.7795 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032 0.000
#> SRR934822     1  0.2135     0.8719 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934825     2  0.6062    -0.3290 0.000 0.408 0.000 0.304 0.288 0.000
#> SRR934826     4  0.0937     0.7614 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934827     1  0.4833     0.6958 0.704 0.048 0.000 0.196 0.052 0.000
#> SRR934828     5  0.4821     0.8762 0.008 0.036 0.000 0.472 0.484 0.000
#> SRR934829     2  0.0260     0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934830     4  0.1226     0.7723 0.004 0.004 0.000 0.952 0.040 0.000
#> SRR934831     1  0.0363     0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934832     4  0.1226     0.7723 0.004 0.004 0.000 0.952 0.040 0.000
#> SRR934833     4  0.0951     0.7867 0.008 0.004 0.000 0.968 0.020 0.000
#> SRR934834     6  0.5922     0.5893 0.000 0.000 0.284 0.000 0.252 0.464
#> SRR934835     4  0.5803    -0.2939 0.000 0.248 0.000 0.500 0.252 0.000
#> SRR934836     1  0.2135     0.8726 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.0363     0.7873 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934839     4  0.6114    -0.4366 0.000 0.352 0.000 0.352 0.296 0.000
#> SRR934840     4  0.6114    -0.4366 0.000 0.352 0.000 0.352 0.296 0.000
#> SRR934841     1  0.0363     0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0260     0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934843     1  0.3151     0.7037 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR934844     3  0.3964     0.2626 0.000 0.000 0.724 0.000 0.044 0.232
#> SRR934845     2  0.1088     0.6904 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016 0.000
#> SRR934846     2  0.6114    -0.1451 0.000 0.352 0.000 0.352 0.296 0.000
#> SRR934847     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934848     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934849     1  0.2048     0.8750 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.2092     0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934851     4  0.1686     0.7489 0.000 0.012 0.000 0.924 0.064 0.000
#> SRR934853     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934852     2  0.3438     0.6147 0.008 0.764 0.000 0.008 0.220 0.000
#> SRR934854     4  0.0551     0.7894 0.008 0.004 0.000 0.984 0.004 0.000
#> SRR934856     3  0.2554     0.5237 0.000 0.000 0.876 0.000 0.048 0.076
#> SRR934858     1  0.2092     0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934859     3  0.3151     0.5478 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR934860     2  0.6114    -0.1451 0.000 0.352 0.000 0.352 0.296 0.000
#> SRR934861     2  0.6113    -0.1220 0.000 0.360 0.000 0.344 0.296 0.000
#> SRR934862     2  0.4273     0.5802 0.000 0.732 0.000 0.120 0.148 0.000
#> SRR934863     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934864     2  0.1225     0.6910 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036 0.000
#> SRR934865     4  0.0405     0.7898 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0260     0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934867     4  0.5440    -0.1622 0.000 0.200 0.000 0.576 0.224 0.000
#> SRR934868     2  0.6114    -0.1468 0.000 0.352 0.000 0.352 0.296 0.000
#> SRR934869     4  0.0777     0.7833 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR934870     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934871     4  0.5461    -0.3218 0.004 0.308 0.000 0.556 0.132 0.000
#> SRR934872     6  0.4887    -0.4389 0.000 0.048 0.472 0.000 0.004 0.476
#> SRR934873     4  0.4948     0.4188 0.060 0.088 0.000 0.720 0.132 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934877     1  0.3634     0.4727 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR934878     4  0.3054     0.6460 0.004 0.040 0.000 0.840 0.116 0.000
#> SRR934879     4  0.2358     0.6918 0.000 0.016 0.000 0.876 0.108 0.000
#> SRR934880     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934881     4  0.5582    -0.0805 0.004 0.240 0.000 0.568 0.188 0.000
#> SRR934882     4  0.5663    -0.1611 0.004 0.220 0.000 0.556 0.220 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.5287     0.8642 0.008 0.076 0.000 0.424 0.492 0.000
#> SRR934885     5  0.4821     0.8762 0.008 0.036 0.000 0.472 0.484 0.000
#> SRR934886     4  0.4213     0.5255 0.040 0.080 0.000 0.780 0.100 0.000
#> SRR934887     4  0.3054     0.6460 0.004 0.040 0.000 0.840 0.116 0.000
#> SRR934888     2  0.6105    -0.1663 0.000 0.360 0.000 0.352 0.288 0.000
#> SRR934889     5  0.4821     0.8762 0.008 0.036 0.000 0.472 0.484 0.000
#> SRR934890     4  0.0858     0.7818 0.004 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR934891     4  0.0405     0.7898 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934892     4  0.0858     0.7783 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR934893     4  0.4674     0.3276 0.004 0.120 0.000 0.696 0.180 0.000
#> SRR934894     2  0.4725     0.3625 0.000 0.648 0.000 0.000 0.088 0.264
#> SRR934895     4  0.2070     0.7284 0.000 0.044 0.000 0.908 0.048 0.000
#> SRR934896     1  0.0363     0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.4931     0.5128 0.000 0.648 0.000 0.136 0.216 0.000
#> SRR934898     3  0.1757     0.5989 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR934899     4  0.4408     0.4969 0.052 0.088 0.000 0.768 0.092 0.000
#> SRR934900     4  0.2536     0.6768 0.000 0.020 0.000 0.864 0.116 0.000
#> SRR934901     5  0.6284     0.5359 0.008 0.280 0.000 0.316 0.396 0.000
#> SRR934902     4  0.3756     0.5433 0.004 0.076 0.000 0.788 0.132 0.000
#> SRR934903     2  0.0260     0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934905     3  0.2608     0.5198 0.000 0.000 0.872 0.000 0.048 0.080
#> SRR934906     4  0.0858     0.7840 0.004 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR934907     4  0.2070     0.7284 0.000 0.044 0.000 0.908 0.048 0.000
#> SRR934908     2  0.4723     0.4197 0.000 0.664 0.000 0.232 0.104 0.000
#> SRR934909     2  0.6114    -0.1451 0.000 0.352 0.000 0.352 0.296 0.000
#> SRR934910     3  0.3652     0.5022 0.000 0.000 0.672 0.000 0.004 0.324
#> SRR934911     3  0.4717     0.3869 0.000 0.024 0.504 0.000 0.012 0.460
#> SRR934912     2  0.6104    -0.0979 0.000 0.372 0.000 0.336 0.292 0.000
#> SRR934913     2  0.0260     0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934914     4  0.2527     0.5481 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR934915     4  0.1462     0.7594 0.000 0.008 0.000 0.936 0.056 0.000
#> SRR934916     1  0.1588     0.8639 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR934917     3  0.3151     0.5478 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR934918     3  0.2738     0.5752 0.000 0.000 0.820 0.000 0.004 0.176
#> SRR934919     5  0.4821     0.8762 0.008 0.036 0.000 0.472 0.484 0.000
#> SRR934920     1  0.0363     0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0260     0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934922     4  0.1155     0.7750 0.004 0.004 0.000 0.956 0.036 0.000
#> SRR934924     1  0.0748     0.8485 0.976 0.004 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR934923     1  0.0458     0.8527 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934925     4  0.3370     0.5492 0.000 0.124 0.000 0.812 0.064 0.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     4  0.3689     0.5529 0.004 0.068 0.000 0.792 0.136 0.000
#> SRR934928     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934929     4  0.1644     0.7597 0.040 0.000 0.000 0.932 0.028 0.000
#> SRR934930     4  0.0922     0.7839 0.004 0.004 0.000 0.968 0.024 0.000
#> SRR934931     4  0.1155     0.7750 0.004 0.004 0.000 0.956 0.036 0.000
#> SRR934932     2  0.1501     0.6372 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR934934     2  0.1556     0.6345 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR934935     4  0.4957     0.2260 0.004 0.148 0.000 0.664 0.184 0.000
#> SRR934936     4  0.0858     0.7783 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR934933     1  0.1082     0.8593 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR934937     4  0.2358     0.6918 0.000 0.016 0.000 0.876 0.108 0.000
#> SRR934938     4  0.3355     0.6020 0.004 0.048 0.000 0.816 0.132 0.000
#> SRR934939     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934940     4  0.0858     0.7783 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR934941     4  0.1265     0.7674 0.000 0.008 0.000 0.948 0.044 0.000
#> SRR934942     4  0.1297     0.7670 0.000 0.012 0.000 0.948 0.040 0.000
#> SRR934943     5  0.5290     0.8671 0.008 0.076 0.000 0.428 0.488 0.000
#> SRR934944     1  0.2135     0.8726 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR934945     1  0.0748     0.8485 0.976 0.004 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR934946     4  0.1410     0.7668 0.004 0.008 0.000 0.944 0.044 0.000
#> SRR934947     1  0.2092     0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0713     0.5864 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934949     4  0.6113    -0.4365 0.000 0.344 0.000 0.360 0.296 0.000
#> SRR934950     4  0.0405     0.7898 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934951     4  0.0363     0.7873 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934953     1  0.4804     0.7036 0.708 0.048 0.000 0.192 0.052 0.000
#> SRR934952     2  0.3908     0.5998 0.000 0.768 0.000 0.132 0.100 0.000
#> SRR934954     3  0.3866     0.4031 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR934955     1  0.0363     0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934956     4  0.0858     0.7783 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR934957     4  0.0777     0.7862 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR934958     2  0.1225     0.6910 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036 0.000
#> SRR934959     3  0.0713     0.5864 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934960     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934961     2  0.5703     0.2485 0.000 0.524 0.000 0.244 0.232 0.000
#> SRR934962     2  0.3698     0.6271 0.000 0.788 0.000 0.096 0.116 0.000
#> SRR934963     4  0.4688     0.4551 0.088 0.072 0.000 0.748 0.092 0.000
#> SRR934964     4  0.1462     0.7594 0.000 0.008 0.000 0.936 0.056 0.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     3  0.3866     0.4031 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR934967     4  0.1152     0.7712 0.004 0.000 0.000 0.952 0.044 0.000
#> SRR934968     3  0.0713     0.5864 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934969     4  0.0260     0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934970     3  0.4926    -0.0461 0.000 0.000 0.584 0.000 0.080 0.336
#> SRR934971     3  0.2266     0.5949 0.000 0.000 0.880 0.000 0.012 0.108
#> SRR934972     3  0.2608     0.5198 0.000 0.000 0.872 0.000 0.048 0.080
#> SRR934973     3  0.1812     0.5980 0.000 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR934974     3  0.0632     0.5878 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934975     4  0.1265     0.7674 0.000 0.008 0.000 0.948 0.044 0.000
#> SRR934976     3  0.3854     0.4183 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR934977     1  0.2092     0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.1757     0.5981 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR934979     3  0.4184     0.4261 0.000 0.008 0.556 0.000 0.004 0.432
#> SRR934980     1  0.0363     0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934981     4  0.3748     0.5870 0.028 0.068 0.000 0.812 0.092 0.000
#> SRR934982     3  0.5045    -0.1331 0.000 0.000 0.552 0.000 0.084 0.364
#> SRR934983     3  0.4508     0.0526 0.000 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR934984     3  0.3023     0.5557 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR934985     4  0.0405     0.7891 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR934986     1  0.2092     0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934987     4  0.1720     0.7522 0.000 0.032 0.000 0.928 0.040 0.000
#> SRR934988     4  0.0777     0.7865 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR934989     1  0.0363     0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934990     4  0.2358     0.6918 0.000 0.016 0.000 0.876 0.108 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:kmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.996       0.996         0.3317 0.670   0.670
#> 3 3 0.713           0.875       0.915         0.8620 0.681   0.526
#> 4 4 0.778           0.904       0.907         0.1619 0.775   0.471
#> 5 5 0.805           0.787       0.810         0.0826 0.893   0.627
#> 6 6 0.794           0.720       0.833         0.0480 0.965   0.838

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934718     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934719     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934721     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934722     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934723     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934724     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934725     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934726     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934727     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934728     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934729     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934730     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934731     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934732     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934733     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934734     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934735     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934736     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934737     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934738     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934740     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934739     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934741     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934742     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934743     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934744     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934745     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934746     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934747     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934748     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934750     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934749     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934751     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934752     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR934753     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934754     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934755     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934756     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934757     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934758     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934759     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934760     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934761     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934762     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934763     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934764     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934765     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934766     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934767     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934768     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934769     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934770     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934772     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934771     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934773     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934774     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934775     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934776     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934778     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934779     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934780     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934781     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934782     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934783     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR934784     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934785     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934786     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934787     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934788     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934789     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934790     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934791     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934792     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934793     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934794     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934795     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934796     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934797     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934798     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934799     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934800     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934801     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934802     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934803     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934804     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934805     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934806     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934807     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934809     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934810     2  0.0376      0.996 0.004 0.996
#> SRR934811     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934808     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934812     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934813     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934814     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR934815     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934816     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934817     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934818     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934819     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934820     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934821     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934822     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934823     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934825     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934826     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934827     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934828     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934829     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934830     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934831     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934832     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934833     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR934834     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934835     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934837     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934838     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934839     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934840     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934842     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934844     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934845     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934846     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934847     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR934848     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934849     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934850     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934851     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934853     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR934852     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934854     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR934856     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934858     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934859     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934860     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934861     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934862     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934863     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR934864     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934865     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR934866     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934867     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934868     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934869     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934870     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934871     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934872     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934873     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934874     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934875     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934876     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934877     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934878     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934879     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934880     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934881     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934882     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934883     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934884     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934885     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934886     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934887     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934888     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934889     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934890     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934891     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR934892     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934893     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934895     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934896     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934897     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934898     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934899     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934900     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934901     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934902     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934903     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934905     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934906     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR934907     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934908     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934909     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934910     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934911     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934912     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934913     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934914     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934915     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934916     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934917     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934918     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934919     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR934920     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934921     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934922     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934924     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934923     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934925     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934926     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934927     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934928     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR934929     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934930     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934931     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934932     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934934     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934935     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934936     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934933     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934937     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934938     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934939     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934940     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934941     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934942     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934943     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934944     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934945     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934946     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934947     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934948     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934949     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934950     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934951     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934953     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934952     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934955     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934956     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR934957     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934958     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934959     2  0.0376      0.996 0.004 0.996
#> SRR934960     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934961     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934962     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934963     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934964     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934965     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934967     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934968     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934969     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934970     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934971     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934972     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934973     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934974     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934975     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934976     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934977     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934978     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934979     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934980     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934981     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934982     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934983     2  0.0000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934984     2  0.0672      0.997 0.008 0.992
#> SRR934985     1  0.0376      0.996 0.996 0.004
#> SRR934986     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934987     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934988     1  0.0000      0.997 1.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0672      0.995 0.992 0.008
#> SRR934990     1  0.0000      0.997 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934718     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934719     3  0.6260     0.0737 0.448 0.000 0.552
#> SRR934720     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934721     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934722     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934723     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934724     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934725     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934726     1  0.3619     0.9005 0.864 0.000 0.136
#> SRR934727     1  0.2165     0.9161 0.936 0.000 0.064
#> SRR934728     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934729     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934730     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934731     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934732     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934733     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934734     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934735     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934736     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934737     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934738     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934740     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934739     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934741     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934742     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934743     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934744     3  0.4178     0.7691 0.172 0.000 0.828
#> SRR934745     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934746     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934747     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934748     3  0.6307    -0.1104 0.488 0.000 0.512
#> SRR934750     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934749     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934751     1  0.1964     0.9149 0.944 0.000 0.056
#> SRR934752     1  0.4605     0.8626 0.796 0.000 0.204
#> SRR934753     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934754     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934755     3  0.1289     0.8924 0.032 0.000 0.968
#> SRR934756     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934757     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934758     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934759     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934760     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934761     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934762     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934763     1  0.4346     0.8809 0.816 0.000 0.184
#> SRR934764     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934765     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934766     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934767     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934768     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934769     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934770     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934772     2  0.0424     0.9798 0.008 0.992 0.000
#> SRR934771     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934773     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934774     3  0.6252     0.0907 0.444 0.000 0.556
#> SRR934775     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934776     1  0.5216     0.7933 0.740 0.000 0.260
#> SRR934777     1  0.4178     0.8880 0.828 0.000 0.172
#> SRR934778     1  0.6244     0.3719 0.560 0.000 0.440
#> SRR934779     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934780     3  0.5178     0.6332 0.256 0.000 0.744
#> SRR934781     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934782     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934783     1  0.4605     0.8626 0.796 0.000 0.204
#> SRR934784     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934785     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934786     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934787     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934788     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934789     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934790     2  0.1163     0.9785 0.028 0.972 0.000
#> SRR934791     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934792     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934793     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934794     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934795     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934796     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934797     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934798     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934799     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934800     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934801     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934802     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934803     1  0.2066     0.9155 0.940 0.000 0.060
#> SRR934804     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.4178     0.8880 0.828 0.000 0.172
#> SRR934806     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934807     3  0.5016     0.6631 0.240 0.000 0.760
#> SRR934809     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934810     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934811     3  0.2356     0.8637 0.072 0.000 0.928
#> SRR934808     1  0.4062     0.8911 0.836 0.000 0.164
#> SRR934812     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934813     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.4750     0.8500 0.784 0.000 0.216
#> SRR934815     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934816     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934817     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934818     2  0.1031     0.9790 0.024 0.976 0.000
#> SRR934819     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934820     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934821     3  0.4062     0.7790 0.164 0.000 0.836
#> SRR934822     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934823     1  0.2878     0.9115 0.904 0.000 0.096
#> SRR934825     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934826     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934827     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934828     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934829     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934830     3  0.4399     0.7476 0.188 0.000 0.812
#> SRR934831     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934832     3  0.3340     0.8237 0.120 0.000 0.880
#> SRR934833     1  0.5178     0.7994 0.744 0.000 0.256
#> SRR934834     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934835     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934837     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934838     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934839     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934840     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934842     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934843     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934844     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934845     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934846     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.4605     0.8626 0.796 0.000 0.204
#> SRR934848     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934849     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934850     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934851     3  0.4062     0.7790 0.164 0.000 0.836
#> SRR934853     1  0.4931     0.8319 0.768 0.000 0.232
#> SRR934852     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934854     1  0.4931     0.8319 0.768 0.000 0.232
#> SRR934856     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934858     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934859     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934860     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934861     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934862     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934863     1  0.5058     0.8165 0.756 0.000 0.244
#> SRR934864     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934865     1  0.4931     0.8319 0.768 0.000 0.232
#> SRR934866     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934867     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934868     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934869     3  0.4452     0.7418 0.192 0.000 0.808
#> SRR934870     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934871     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934872     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934873     3  0.4399     0.7533 0.188 0.000 0.812
#> SRR934874     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934875     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934876     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934877     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934878     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879     3  0.5905     0.4070 0.352 0.000 0.648
#> SRR934880     1  0.5216     0.7933 0.740 0.000 0.260
#> SRR934881     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934882     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934883     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934884     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934885     3  0.0424     0.9082 0.000 0.008 0.992
#> SRR934886     3  0.1031     0.8972 0.024 0.000 0.976
#> SRR934887     3  0.1643     0.8844 0.044 0.000 0.956
#> SRR934888     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934889     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934890     3  0.5835     0.4402 0.340 0.000 0.660
#> SRR934891     1  0.5098     0.8109 0.752 0.000 0.248
#> SRR934892     3  0.3941     0.7881 0.156 0.000 0.844
#> SRR934893     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894     3  0.4196     0.7765 0.024 0.112 0.864
#> SRR934895     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934897     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934898     2  0.0892     0.9793 0.020 0.980 0.000
#> SRR934899     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934900     3  0.3752     0.8006 0.144 0.000 0.856
#> SRR934901     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934902     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934903     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934905     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934906     1  0.4974     0.8269 0.764 0.000 0.236
#> SRR934907     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934908     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934909     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934911     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934912     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934913     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934914     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934915     3  0.4002     0.7837 0.160 0.000 0.840
#> SRR934916     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934917     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934918     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934919     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934920     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934921     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934922     3  0.4002     0.7837 0.160 0.000 0.840
#> SRR934924     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934923     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934925     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934926     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934927     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934928     1  0.4974     0.8269 0.764 0.000 0.236
#> SRR934929     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934930     3  0.1289     0.8924 0.032 0.000 0.968
#> SRR934931     3  0.4002     0.7837 0.160 0.000 0.840
#> SRR934932     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934934     3  0.1170     0.9002 0.008 0.016 0.976
#> SRR934935     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934936     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934933     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934937     3  0.4235     0.7640 0.176 0.000 0.824
#> SRR934938     3  0.0592     0.9039 0.012 0.000 0.988
#> SRR934939     3  0.6295    -0.0378 0.472 0.000 0.528
#> SRR934940     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934941     3  0.6252     0.0907 0.444 0.000 0.556
#> SRR934942     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934943     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934944     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934945     1  0.4002     0.8317 0.840 0.000 0.160
#> SRR934946     3  0.4002     0.7837 0.160 0.000 0.840
#> SRR934947     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934948     2  0.0424     0.9799 0.008 0.992 0.000
#> SRR934949     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934950     1  0.5178     0.7994 0.744 0.000 0.256
#> SRR934951     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934953     1  0.2448     0.9150 0.924 0.000 0.076
#> SRR934952     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934954     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934955     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934956     3  0.4178     0.7756 0.172 0.000 0.828
#> SRR934957     3  0.6267     0.0559 0.452 0.000 0.548
#> SRR934958     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934959     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934960     1  0.4178     0.8880 0.828 0.000 0.172
#> SRR934961     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934962     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934963     1  0.2261     0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934964     3  0.4002     0.7837 0.160 0.000 0.840
#> SRR934965     3  0.0747     0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934966     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934967     3  0.3482     0.8162 0.128 0.000 0.872
#> SRR934968     2  0.0000     0.9800 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969     1  0.4291     0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934970     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934971     2  0.0424     0.9798 0.008 0.992 0.000
#> SRR934972     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934973     2  0.0000     0.9800 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974     2  0.1163     0.9785 0.028 0.972 0.000
#> SRR934975     3  0.6280     0.0193 0.460 0.000 0.540
#> SRR934976     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934977     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934978     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934979     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934980     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934981     3  0.3941     0.7881 0.156 0.000 0.844
#> SRR934982     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934983     2  0.1643     0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934984     2  0.1031     0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934985     1  0.5058     0.8165 0.756 0.000 0.244
#> SRR934986     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934987     3  0.0000     0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934988     1  0.5988     0.5772 0.632 0.000 0.368
#> SRR934989     1  0.1860     0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934990     3  0.4002     0.7837 0.160 0.000 0.840

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934718     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934719     4  0.3691      0.889 0.068 0.076 0.000 0.856
#> SRR934720     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934721     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934722     4  0.3486      0.825 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR934723     3  0.3663      0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934724     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934725     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934726     4  0.3024      0.880 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934727     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934728     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934729     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934730     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934731     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934732     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934733     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934734     3  0.3663      0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934735     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934736     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934737     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934738     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934740     3  0.3663      0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934739     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934741     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934742     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934743     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934744     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934745     1  0.4454      0.514 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR934746     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934747     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934748     4  0.3691      0.889 0.068 0.076 0.000 0.856
#> SRR934750     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934749     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934751     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934752     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934753     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934754     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934755     4  0.4454      0.661 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR934756     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934757     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934758     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934759     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934760     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934761     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934762     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934763     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934764     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934765     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934766     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934767     3  0.3663      0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934768     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934769     3  0.0937      0.934 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR934770     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934772     3  0.0469      0.934 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR934771     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934773     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934774     4  0.3691      0.889 0.068 0.076 0.000 0.856
#> SRR934775     4  0.3074      0.876 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934776     4  0.3335      0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934777     4  0.3024      0.880 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934778     4  0.3667      0.890 0.088 0.056 0.000 0.856
#> SRR934779     3  0.3663      0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934780     4  0.3196      0.870 0.008 0.136 0.000 0.856
#> SRR934781     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934782     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934783     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934784     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934785     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934786     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934787     3  0.3663      0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934788     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934789     4  0.3074      0.876 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934790     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934791     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934792     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934793     3  0.3663      0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934794     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934795     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934796     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934797     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934798     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934799     4  0.3074      0.876 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934800     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934801     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934802     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934803     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934804     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934805     4  0.3024      0.880 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934806     1  0.1022      0.988 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934807     4  0.3196      0.870 0.008 0.136 0.000 0.856
#> SRR934809     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934810     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934811     4  0.3266      0.843 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934808     4  0.3024      0.880 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934812     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934813     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934814     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934815     2  0.3801      0.687 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR934816     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934817     2  0.2973      0.807 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR934818     3  0.2676      0.936 0.000 0.012 0.896 0.092
#> SRR934819     1  0.1022      0.988 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934820     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934821     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934822     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934823     4  0.3024      0.880 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934825     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934826     4  0.3074      0.876 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934827     1  0.1022      0.988 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934828     2  0.4776      0.325 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR934829     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934830     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934831     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934832     4  0.3219      0.848 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR934833     4  0.3335      0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934834     3  0.3663      0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934835     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934836     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934837     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934838     4  0.3074      0.876 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934839     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934840     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934841     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934842     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934843     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934844     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934845     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934846     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934847     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934848     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934849     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934850     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934851     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934853     4  0.3271      0.888 0.132 0.012 0.000 0.856
#> SRR934852     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934854     4  0.3271      0.888 0.132 0.012 0.000 0.856
#> SRR934856     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934858     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934859     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934860     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934861     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934862     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934863     4  0.3335      0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934864     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934865     4  0.3271      0.888 0.132 0.012 0.000 0.856
#> SRR934866     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934867     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934868     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934869     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934870     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934871     4  0.4866      0.448 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR934872     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934873     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934874     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934875     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934876     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934877     1  0.1022      0.988 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934878     4  0.3266      0.843 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934879     4  0.3587      0.883 0.040 0.104 0.000 0.856
#> SRR934880     4  0.3335      0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934881     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934882     2  0.3074      0.796 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR934883     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934884     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934885     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934886     4  0.4040      0.755 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR934887     4  0.3219      0.847 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR934888     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934889     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934890     4  0.3557      0.881 0.036 0.108 0.000 0.856
#> SRR934891     4  0.3335      0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934892     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934893     4  0.4877      0.445 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR934894     2  0.4100      0.746 0.012 0.820 0.152 0.016
#> SRR934895     4  0.3311      0.840 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR934896     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934897     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934898     3  0.1902      0.937 0.000 0.004 0.932 0.064
#> SRR934899     2  0.4790      0.292 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR934900     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934901     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934902     4  0.4103      0.743 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR934903     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934905     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934906     4  0.3271      0.888 0.132 0.012 0.000 0.856
#> SRR934907     4  0.3444      0.829 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR934908     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934909     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934910     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934911     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934912     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934913     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934914     4  0.3074      0.876 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934915     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934916     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934917     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934918     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934919     2  0.4713      0.371 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR934920     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934921     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934922     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934924     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934923     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934925     4  0.4985      0.258 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR934926     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934927     2  0.5000     -0.153 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR934928     4  0.3335      0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934929     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934930     4  0.3219      0.847 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR934931     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934932     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934934     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934935     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934936     4  0.3486      0.825 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR934933     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934937     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934938     4  0.3356      0.837 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR934939     4  0.3691      0.889 0.068 0.076 0.000 0.856
#> SRR934940     4  0.3266      0.843 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934941     4  0.3691      0.889 0.068 0.076 0.000 0.856
#> SRR934942     4  0.3266      0.843 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934943     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934944     1  0.1022      0.988 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934945     1  0.1406      0.959 0.960 0.024 0.000 0.016
#> SRR934946     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934947     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934948     3  0.2441      0.937 0.012 0.004 0.916 0.068
#> SRR934949     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934950     4  0.3335      0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934951     4  0.3074      0.876 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934953     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934952     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934954     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934955     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934956     4  0.3450      0.854 0.008 0.156 0.000 0.836
#> SRR934957     4  0.3691      0.889 0.068 0.076 0.000 0.856
#> SRR934958     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934959     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934960     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934961     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934962     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934963     1  0.1022      0.988 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934964     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934965     2  0.0469      0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934966     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934967     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934968     3  0.1771      0.937 0.012 0.004 0.948 0.036
#> SRR934969     4  0.2973      0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934970     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934971     3  0.0937      0.934 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR934972     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934973     3  0.0657      0.936 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR934974     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934975     4  0.3691      0.889 0.068 0.076 0.000 0.856
#> SRR934976     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934977     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934978     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934979     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934980     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934981     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934982     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934983     3  0.3672      0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934984     3  0.1059      0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934985     4  0.3335      0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934986     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934987     4  0.4877      0.438 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR934988     4  0.3587      0.890 0.104 0.040 0.000 0.856
#> SRR934989     1  0.0921      0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934990     4  0.2973      0.866 0.000 0.144 0.000 0.856

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     5  0.3983     0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934718     1  0.0404     0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934719     3  0.4610    -0.0343 0.008 0.020 0.676 0.296 0.000
#> SRR934720     1  0.0703     0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934721     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934722     3  0.1818     0.7518 0.000 0.044 0.932 0.024 0.000
#> SRR934723     5  0.4060     0.8490 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR934724     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934725     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934726     4  0.4958     0.8826 0.032 0.000 0.400 0.568 0.000
#> SRR934727     1  0.0510     0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934728     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934729     2  0.1701     0.9057 0.000 0.936 0.016 0.048 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     5  0.4384     0.8573 0.000 0.000 0.016 0.324 0.660
#> SRR934732     5  0.0404     0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934733     5  0.3983     0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934734     5  0.4494     0.8320 0.012 0.000 0.000 0.380 0.608
#> SRR934735     1  0.0510     0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934736     1  0.0404     0.9390 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934737     2  0.0703     0.9178 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934738     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934740     5  0.4074     0.8474 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR934739     5  0.0162     0.8637 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934741     2  0.1357     0.9066 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR934742     5  0.3983     0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934743     1  0.0404     0.9390 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934744     3  0.1082     0.7580 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> SRR934745     1  0.6063     0.3871 0.568 0.000 0.256 0.176 0.000
#> SRR934746     2  0.2068     0.8786 0.000 0.904 0.092 0.004 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.3250     0.5709 0.008 0.020 0.844 0.128 0.000
#> SRR934750     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934751     1  0.0404     0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934752     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934755     3  0.2513     0.7167 0.000 0.116 0.876 0.008 0.000
#> SRR934756     4  0.4262     0.1120 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR934757     3  0.4506    -0.1022 0.028 0.000 0.676 0.296 0.000
#> SRR934758     1  0.0510     0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934759     1  0.0703     0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934760     2  0.0162     0.9229 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934761     5  0.0510     0.8648 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934762     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934763     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934764     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934765     1  0.0000     0.9406 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766     5  0.3983     0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934767     5  0.4074     0.8474 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR934768     1  0.0404     0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934769     5  0.0671     0.8655 0.000 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR934770     1  0.0404     0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934772     5  0.1018     0.8670 0.000 0.000 0.016 0.016 0.968
#> SRR934771     5  0.4366     0.8576 0.000 0.000 0.016 0.320 0.664
#> SRR934773     1  0.0703     0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934774     3  0.1059     0.7527 0.008 0.020 0.968 0.004 0.000
#> SRR934775     4  0.5236     0.8631 0.052 0.000 0.380 0.568 0.000
#> SRR934776     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934777     4  0.5103     0.8862 0.040 0.000 0.404 0.556 0.000
#> SRR934778     4  0.5090     0.7322 0.016 0.012 0.460 0.512 0.000
#> SRR934779     5  0.4060     0.8490 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR934780     3  0.1471     0.7487 0.004 0.024 0.952 0.020 0.000
#> SRR934781     5  0.0162     0.8637 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934782     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934784     5  0.1364     0.8421 0.000 0.036 0.012 0.000 0.952
#> SRR934785     5  0.0404     0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934786     1  0.0404     0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934787     5  0.4182     0.8508 0.000 0.000 0.004 0.352 0.644
#> SRR934788     4  0.4682     0.1759 0.420 0.000 0.016 0.564 0.000
#> SRR934789     4  0.5236     0.8631 0.052 0.000 0.380 0.568 0.000
#> SRR934790     5  0.4309     0.8599 0.000 0.000 0.016 0.308 0.676
#> SRR934791     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934792     5  0.0404     0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934793     5  0.4494     0.8320 0.012 0.000 0.000 0.380 0.608
#> SRR934794     5  0.0404     0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934795     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934796     1  0.0404     0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934797     1  0.0703     0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934798     1  0.0703     0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934799     4  0.5236     0.8631 0.052 0.000 0.380 0.568 0.000
#> SRR934800     5  0.0404     0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934801     5  0.0404     0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934802     2  0.0771     0.9178 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR934803     1  0.0404     0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934804     3  0.5065     0.0575 0.000 0.420 0.544 0.036 0.000
#> SRR934805     4  0.5103     0.8862 0.040 0.000 0.404 0.556 0.000
#> SRR934806     1  0.4734     0.3765 0.604 0.000 0.024 0.372 0.000
#> SRR934807     3  0.4774    -0.0610 0.004 0.024 0.632 0.340 0.000
#> SRR934809     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934810     5  0.4306     0.8570 0.000 0.000 0.012 0.328 0.660
#> SRR934811     3  0.4620     0.0944 0.000 0.028 0.652 0.320 0.000
#> SRR934808     4  0.4909     0.8913 0.028 0.000 0.412 0.560 0.000
#> SRR934812     1  0.0703     0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934813     3  0.4420     0.0262 0.000 0.448 0.548 0.004 0.000
#> SRR934814     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934815     3  0.5185     0.2168 0.000 0.384 0.568 0.048 0.000
#> SRR934816     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.4211     0.3358 0.000 0.360 0.636 0.004 0.000
#> SRR934818     5  0.3527     0.8691 0.000 0.000 0.016 0.192 0.792
#> SRR934819     4  0.4833     0.2001 0.412 0.000 0.024 0.564 0.000
#> SRR934820     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934821     3  0.0955     0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR934822     1  0.0510     0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934823     4  0.5077     0.8754 0.040 0.000 0.392 0.568 0.000
#> SRR934825     2  0.1082     0.9166 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000
#> SRR934826     4  0.5236     0.8631 0.052 0.000 0.380 0.568 0.000
#> SRR934827     1  0.4080     0.6678 0.728 0.000 0.252 0.020 0.000
#> SRR934828     2  0.6443     0.1546 0.000 0.504 0.248 0.248 0.000
#> SRR934829     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     3  0.4674     0.0696 0.004 0.024 0.656 0.316 0.000
#> SRR934831     1  0.0703     0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934832     3  0.4602     0.1135 0.000 0.028 0.656 0.316 0.000
#> SRR934833     4  0.4885     0.8648 0.028 0.000 0.400 0.572 0.000
#> SRR934834     5  0.4060     0.8490 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR934835     2  0.3635     0.6990 0.000 0.748 0.248 0.004 0.000
#> SRR934836     1  0.0510     0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.5236     0.8631 0.052 0.000 0.380 0.568 0.000
#> SRR934839     2  0.0451     0.9212 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR934840     2  0.2719     0.8340 0.000 0.852 0.144 0.004 0.000
#> SRR934841     1  0.0703     0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     4  0.4307    -0.0818 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR934844     5  0.3983     0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934845     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.2124     0.8756 0.000 0.900 0.096 0.004 0.000
#> SRR934847     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934848     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.9406 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0404     0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934851     3  0.0955     0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR934853     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934852     2  0.2329     0.8385 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR934854     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934856     5  0.4366     0.8576 0.000 0.000 0.016 0.320 0.664
#> SRR934858     1  0.0404     0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934859     5  0.0000     0.8640 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.2193     0.8780 0.000 0.900 0.092 0.008 0.000
#> SRR934861     2  0.2583     0.8454 0.000 0.864 0.132 0.004 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934866     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.4403     0.3029 0.000 0.560 0.436 0.004 0.000
#> SRR934868     2  0.3086     0.7945 0.000 0.816 0.180 0.004 0.000
#> SRR934869     3  0.1399     0.7488 0.000 0.028 0.952 0.020 0.000
#> SRR934870     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934871     3  0.3521     0.6790 0.000 0.140 0.820 0.040 0.000
#> SRR934872     5  0.0404     0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934873     3  0.1485     0.7575 0.000 0.032 0.948 0.020 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934877     4  0.4674     0.1883 0.416 0.000 0.016 0.568 0.000
#> SRR934878     3  0.0794     0.7602 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR934879     3  0.1153     0.7545 0.004 0.024 0.964 0.008 0.000
#> SRR934880     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934881     2  0.4430     0.2207 0.000 0.540 0.456 0.004 0.000
#> SRR934882     3  0.4402     0.3378 0.000 0.352 0.636 0.012 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.2304     0.8954 0.000 0.908 0.044 0.048 0.000
#> SRR934885     2  0.2304     0.8954 0.000 0.908 0.044 0.048 0.000
#> SRR934886     3  0.2017     0.7392 0.000 0.080 0.912 0.008 0.000
#> SRR934887     3  0.0955     0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR934888     2  0.1704     0.8947 0.000 0.928 0.068 0.004 0.000
#> SRR934889     2  0.1981     0.9022 0.000 0.924 0.028 0.048 0.000
#> SRR934890     3  0.1153     0.7545 0.004 0.024 0.964 0.008 0.000
#> SRR934891     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934892     3  0.1082     0.7580 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> SRR934893     3  0.2843     0.6950 0.000 0.144 0.848 0.008 0.000
#> SRR934894     2  0.3039     0.7802 0.000 0.836 0.012 0.000 0.152
#> SRR934895     3  0.1579     0.7545 0.000 0.032 0.944 0.024 0.000
#> SRR934896     1  0.0703     0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     5  0.2519     0.8709 0.000 0.000 0.016 0.100 0.884
#> SRR934899     3  0.4301     0.5381 0.000 0.260 0.712 0.028 0.000
#> SRR934900     3  0.0955     0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR934901     2  0.1282     0.9065 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR934902     3  0.2017     0.7409 0.000 0.080 0.912 0.008 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     5  0.4366     0.8576 0.000 0.000 0.016 0.320 0.664
#> SRR934906     4  0.4961     0.8530 0.028 0.000 0.448 0.524 0.000
#> SRR934907     3  0.1818     0.7518 0.000 0.044 0.932 0.024 0.000
#> SRR934908     2  0.1484     0.9065 0.000 0.944 0.008 0.048 0.000
#> SRR934909     2  0.3885     0.6692 0.000 0.724 0.268 0.008 0.000
#> SRR934910     5  0.0290     0.8645 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934911     5  0.0404     0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934912     2  0.3756     0.7002 0.000 0.744 0.248 0.008 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.5236     0.8631 0.052 0.000 0.380 0.568 0.000
#> SRR934915     3  0.1082     0.7580 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> SRR934916     1  0.0510     0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934917     5  0.0000     0.8640 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934918     5  0.0510     0.8648 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934919     3  0.5067     0.4581 0.000 0.288 0.648 0.064 0.000
#> SRR934920     1  0.0703     0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.1300     0.7511 0.000 0.028 0.956 0.016 0.000
#> SRR934924     1  0.0609     0.9378 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934923     1  0.0510     0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934925     3  0.3495     0.6705 0.000 0.160 0.812 0.028 0.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.3519     0.6351 0.000 0.216 0.776 0.008 0.000
#> SRR934928     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934929     3  0.4824    -0.4482 0.028 0.000 0.596 0.376 0.000
#> SRR934930     3  0.0955     0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR934931     3  0.3495     0.5831 0.000 0.028 0.812 0.160 0.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.4437    -0.0295 0.000 0.464 0.532 0.004 0.000
#> SRR934936     3  0.1205     0.7596 0.000 0.040 0.956 0.004 0.000
#> SRR934933     1  0.0510     0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934937     3  0.0955     0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR934938     3  0.1331     0.7592 0.000 0.040 0.952 0.008 0.000
#> SRR934939     4  0.5072     0.7925 0.008 0.020 0.456 0.516 0.000
#> SRR934940     3  0.1830     0.7514 0.000 0.028 0.932 0.040 0.000
#> SRR934941     3  0.3792     0.4477 0.008 0.020 0.792 0.180 0.000
#> SRR934942     3  0.1830     0.7514 0.000 0.028 0.932 0.040 0.000
#> SRR934943     2  0.2304     0.8954 0.000 0.908 0.044 0.048 0.000
#> SRR934944     1  0.3906     0.6620 0.744 0.000 0.016 0.240 0.000
#> SRR934945     1  0.0609     0.9378 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934946     3  0.3650     0.5499 0.000 0.028 0.796 0.176 0.000
#> SRR934947     1  0.0510     0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934948     5  0.3343     0.8700 0.000 0.000 0.016 0.172 0.812
#> SRR934949     2  0.2629     0.8412 0.000 0.860 0.136 0.004 0.000
#> SRR934950     4  0.4942     0.8797 0.028 0.000 0.432 0.540 0.000
#> SRR934951     4  0.5236     0.8631 0.052 0.000 0.380 0.568 0.000
#> SRR934953     1  0.3877     0.7212 0.764 0.000 0.212 0.024 0.000
#> SRR934952     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934954     5  0.0162     0.8637 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934955     1  0.0703     0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934956     3  0.1195     0.7595 0.000 0.028 0.960 0.012 0.000
#> SRR934957     3  0.3933     0.4048 0.008 0.020 0.776 0.196 0.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     5  0.4384     0.8573 0.000 0.000 0.016 0.324 0.660
#> SRR934960     4  0.5111     0.8886 0.040 0.000 0.408 0.552 0.000
#> SRR934961     2  0.1205     0.9092 0.000 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.4736     0.3816 0.576 0.000 0.404 0.020 0.000
#> SRR934964     3  0.1082     0.7580 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     5  0.0162     0.8637 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934967     3  0.1082     0.7602 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> SRR934968     5  0.2677     0.8711 0.000 0.000 0.016 0.112 0.872
#> SRR934969     4  0.4924     0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934970     5  0.3983     0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934971     5  0.0912     0.8666 0.000 0.000 0.016 0.012 0.972
#> SRR934972     5  0.4366     0.8576 0.000 0.000 0.016 0.320 0.664
#> SRR934973     5  0.1626     0.8688 0.000 0.000 0.016 0.044 0.940
#> SRR934974     5  0.4138     0.8635 0.000 0.000 0.016 0.276 0.708
#> SRR934975     3  0.4001     0.3766 0.008 0.020 0.768 0.204 0.000
#> SRR934976     5  0.0162     0.8637 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934977     1  0.0404     0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934978     5  0.0510     0.8648 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934979     5  0.0404     0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934980     1  0.0404     0.9390 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934981     3  0.0955     0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR934982     5  0.3983     0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934983     5  0.3983     0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934984     5  0.0000     0.8640 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934985     4  0.4893     0.8702 0.028 0.000 0.404 0.568 0.000
#> SRR934986     1  0.0510     0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934987     3  0.3283     0.6864 0.000 0.140 0.832 0.028 0.000
#> SRR934988     3  0.1200     0.7383 0.016 0.012 0.964 0.008 0.000
#> SRR934989     1  0.0703     0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934990     3  0.0955     0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     6  0.3833     0.7702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR934718     1  0.0363     0.9069 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934719     4  0.3995    -0.1346 0.000 0.000 0.480 0.516 0.004 0.000
#> SRR934720     1  0.2537     0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934721     4  0.0551     0.8628 0.004 0.000 0.008 0.984 0.004 0.000
#> SRR934722     3  0.4306     0.7152 0.000 0.012 0.752 0.124 0.112 0.000
#> SRR934723     6  0.4561     0.7605 0.004 0.000 0.028 0.000 0.424 0.544
#> SRR934724     4  0.0405     0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934725     4  0.0862     0.8610 0.004 0.000 0.008 0.972 0.016 0.000
#> SRR934726     4  0.2019     0.8064 0.088 0.000 0.000 0.900 0.012 0.000
#> SRR934727     1  0.0458     0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.0405     0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934729     2  0.4177     0.5759 0.000 0.684 0.032 0.004 0.280 0.000
#> SRR934730     2  0.0146     0.7946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934731     6  0.3955     0.7711 0.000 0.000 0.004 0.000 0.436 0.560
#> SRR934732     6  0.0865     0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934733     6  0.3833     0.7702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR934734     6  0.4664     0.7201 0.004 0.000 0.032 0.000 0.476 0.488
#> SRR934735     1  0.0458     0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.2432     0.8916 0.888 0.000 0.024 0.008 0.080 0.000
#> SRR934737     2  0.3394     0.6847 0.000 0.776 0.024 0.000 0.200 0.000
#> SRR934738     4  0.0767     0.8618 0.004 0.000 0.008 0.976 0.012 0.000
#> SRR934740     6  0.4571     0.7562 0.004 0.000 0.028 0.000 0.432 0.536
#> SRR934739     6  0.0405     0.7879 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR934741     2  0.3812     0.6129 0.000 0.712 0.024 0.000 0.264 0.000
#> SRR934742     6  0.3843     0.7669 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR934743     1  0.1518     0.9026 0.944 0.000 0.024 0.008 0.024 0.000
#> SRR934744     3  0.2631     0.7783 0.000 0.004 0.856 0.128 0.012 0.000
#> SRR934745     1  0.6795     0.2409 0.516 0.000 0.124 0.184 0.176 0.000
#> SRR934746     2  0.4232     0.6286 0.000 0.732 0.100 0.000 0.168 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.3468     0.5954 0.000 0.000 0.712 0.284 0.004 0.000
#> SRR934750     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.0551     0.8628 0.004 0.000 0.008 0.984 0.004 0.000
#> SRR934751     1  0.0458     0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.0862     0.8610 0.004 0.000 0.008 0.972 0.016 0.000
#> SRR934753     2  0.0146     0.7946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934754     4  0.0405     0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934755     3  0.4090     0.6373 0.000 0.048 0.792 0.068 0.092 0.000
#> SRR934756     4  0.2994     0.6680 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR934757     4  0.3778     0.4723 0.000 0.000 0.288 0.696 0.016 0.000
#> SRR934758     1  0.0458     0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.2537     0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934760     2  0.0865     0.7806 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR934761     6  0.0603     0.7906 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004 0.980
#> SRR934762     4  0.0767     0.8618 0.004 0.000 0.008 0.976 0.012 0.000
#> SRR934763     4  0.0405     0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934764     4  0.0405     0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934765     1  0.1180     0.9060 0.960 0.000 0.012 0.012 0.016 0.000
#> SRR934766     6  0.3833     0.7702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR934767     6  0.4571     0.7562 0.004 0.000 0.028 0.000 0.432 0.536
#> SRR934768     1  0.0363     0.9069 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934769     6  0.0717     0.7922 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016 0.976
#> SRR934770     1  0.0363     0.9069 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934772     6  0.1148     0.7926 0.004 0.000 0.016 0.000 0.020 0.960
#> SRR934771     6  0.4051     0.7715 0.000 0.000 0.008 0.000 0.432 0.560
#> SRR934773     1  0.2537     0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934774     3  0.2320     0.7776 0.000 0.000 0.864 0.132 0.004 0.000
#> SRR934775     4  0.2053     0.7924 0.108 0.000 0.000 0.888 0.004 0.000
#> SRR934776     4  0.0520     0.8613 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR934777     4  0.0547     0.8538 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR934778     4  0.4603     0.5353 0.000 0.000 0.148 0.696 0.156 0.000
#> SRR934779     6  0.4571     0.7562 0.004 0.000 0.028 0.000 0.432 0.536
#> SRR934780     3  0.3672     0.7463 0.000 0.004 0.792 0.140 0.064 0.000
#> SRR934781     6  0.0405     0.7879 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR934782     2  0.0146     0.7946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934783     4  0.0405     0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934784     6  0.1408     0.7729 0.000 0.020 0.036 0.000 0.000 0.944
#> SRR934785     6  0.0865     0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934786     1  0.0363     0.9069 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934787     6  0.4417     0.7677 0.000 0.000 0.028 0.000 0.416 0.556
#> SRR934788     4  0.3023     0.6633 0.212 0.000 0.000 0.784 0.004 0.000
#> SRR934789     4  0.1753     0.8120 0.084 0.000 0.000 0.912 0.004 0.000
#> SRR934790     6  0.4150     0.7776 0.000 0.000 0.016 0.000 0.392 0.592
#> SRR934791     4  0.0405     0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934792     6  0.0865     0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934793     6  0.4664     0.7201 0.004 0.000 0.032 0.000 0.476 0.488
#> SRR934794     6  0.0865     0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934795     4  0.0767     0.8618 0.004 0.000 0.008 0.976 0.012 0.000
#> SRR934796     1  0.0458     0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.2537     0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934798     1  0.2537     0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934799     4  0.1663     0.8109 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR934800     6  0.0865     0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934801     6  0.0865     0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934802     2  0.3088     0.7201 0.000 0.832 0.048 0.000 0.120 0.000
#> SRR934803     1  0.1245     0.8941 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032 0.000
#> SRR934804     3  0.3968     0.4465 0.000 0.124 0.772 0.004 0.100 0.000
#> SRR934805     4  0.0458     0.8560 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR934806     4  0.4261     0.2940 0.408 0.000 0.000 0.572 0.020 0.000
#> SRR934807     4  0.5614     0.1921 0.000 0.004 0.300 0.540 0.156 0.000
#> SRR934809     4  0.0405     0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934810     6  0.3961     0.7707 0.000 0.000 0.004 0.000 0.440 0.556
#> SRR934811     4  0.5804     0.0432 0.000 0.004 0.332 0.492 0.172 0.000
#> SRR934808     4  0.0146     0.8613 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934812     1  0.2537     0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934813     3  0.2858     0.5634 0.000 0.124 0.844 0.000 0.032 0.000
#> SRR934814     4  0.0862     0.8610 0.004 0.000 0.008 0.972 0.016 0.000
#> SRR934815     5  0.5902     0.3478 0.000 0.156 0.408 0.008 0.428 0.000
#> SRR934816     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.4342     0.4058 0.000 0.108 0.748 0.012 0.132 0.000
#> SRR934818     6  0.3261     0.7944 0.000 0.000 0.016 0.000 0.204 0.780
#> SRR934819     4  0.3023     0.6633 0.212 0.000 0.000 0.784 0.004 0.000
#> SRR934820     4  0.0951     0.8597 0.004 0.000 0.008 0.968 0.020 0.000
#> SRR934821     3  0.2278     0.7788 0.000 0.004 0.868 0.128 0.000 0.000
#> SRR934822     1  0.0458     0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.1152     0.8398 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR934825     2  0.3782     0.6538 0.000 0.740 0.036 0.000 0.224 0.000
#> SRR934826     4  0.0937     0.8419 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934827     1  0.4734     0.3643 0.604 0.000 0.348 0.016 0.032 0.000
#> SRR934828     5  0.7248     0.4313 0.000 0.256 0.128 0.200 0.416 0.000
#> SRR934829     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     4  0.5713     0.0643 0.000 0.004 0.336 0.504 0.156 0.000
#> SRR934831     1  0.2537     0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934832     4  0.5804     0.0432 0.000 0.004 0.332 0.492 0.172 0.000
#> SRR934833     4  0.2709     0.7556 0.000 0.000 0.020 0.848 0.132 0.000
#> SRR934834     6  0.4423     0.7658 0.000 0.000 0.028 0.000 0.420 0.552
#> SRR934835     2  0.5519     0.0034 0.000 0.512 0.344 0.000 0.144 0.000
#> SRR934836     1  0.0458     0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.1007     0.8401 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR934839     2  0.3245     0.7044 0.000 0.800 0.028 0.000 0.172 0.000
#> SRR934840     2  0.4953     0.4875 0.000 0.652 0.176 0.000 0.172 0.000
#> SRR934841     1  0.2537     0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     4  0.3738     0.5627 0.280 0.000 0.000 0.704 0.016 0.000
#> SRR934844     6  0.3833     0.7702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR934845     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.4393     0.6068 0.000 0.716 0.112 0.000 0.172 0.000
#> SRR934847     4  0.0405     0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934848     4  0.0405     0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934849     1  0.1078     0.9055 0.964 0.000 0.016 0.008 0.012 0.000
#> SRR934850     1  0.0363     0.9069 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.2278     0.7788 0.000 0.004 0.868 0.128 0.000 0.000
#> SRR934853     4  0.0508     0.8615 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR934852     2  0.3738     0.4767 0.000 0.752 0.208 0.000 0.040 0.000
#> SRR934854     4  0.1196     0.8476 0.000 0.000 0.008 0.952 0.040 0.000
#> SRR934856     6  0.4199     0.7727 0.000 0.000 0.016 0.000 0.416 0.568
#> SRR934858     1  0.0363     0.9069 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934859     6  0.0146     0.7887 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR934860     2  0.4549     0.5872 0.000 0.680 0.088 0.000 0.232 0.000
#> SRR934861     2  0.4798     0.5305 0.000 0.672 0.156 0.000 0.172 0.000
#> SRR934862     2  0.0146     0.7946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934863     4  0.0551     0.8630 0.004 0.000 0.008 0.984 0.004 0.000
#> SRR934864     2  0.0146     0.7946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934865     4  0.1196     0.8476 0.000 0.000 0.008 0.952 0.040 0.000
#> SRR934866     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     3  0.5350    -0.2562 0.000 0.296 0.564 0.000 0.140 0.000
#> SRR934868     2  0.5191     0.3850 0.000 0.616 0.212 0.000 0.172 0.000
#> SRR934869     3  0.2848     0.7607 0.000 0.004 0.828 0.160 0.008 0.000
#> SRR934870     4  0.0405     0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934871     3  0.5082     0.4864 0.000 0.048 0.680 0.064 0.208 0.000
#> SRR934872     6  0.0865     0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934873     3  0.3151     0.7532 0.004 0.004 0.840 0.112 0.040 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0405     0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934877     4  0.3290     0.6577 0.208 0.000 0.000 0.776 0.016 0.000
#> SRR934878     3  0.2346     0.7785 0.000 0.008 0.868 0.124 0.000 0.000
#> SRR934879     3  0.2531     0.7767 0.000 0.000 0.856 0.132 0.012 0.000
#> SRR934880     4  0.0725     0.8608 0.000 0.000 0.012 0.976 0.012 0.000
#> SRR934881     3  0.4040     0.2027 0.000 0.280 0.688 0.000 0.032 0.000
#> SRR934882     3  0.3740     0.5566 0.000 0.100 0.808 0.020 0.072 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.5005     0.4728 0.000 0.612 0.088 0.004 0.296 0.000
#> SRR934885     2  0.5047     0.4183 0.000 0.584 0.080 0.004 0.332 0.000
#> SRR934886     3  0.2976     0.7442 0.000 0.028 0.860 0.088 0.024 0.000
#> SRR934887     3  0.2600     0.7773 0.000 0.008 0.860 0.124 0.008 0.000
#> SRR934888     2  0.4095     0.6444 0.000 0.748 0.100 0.000 0.152 0.000
#> SRR934889     2  0.4773     0.5100 0.000 0.632 0.068 0.004 0.296 0.000
#> SRR934890     3  0.2531     0.7767 0.000 0.000 0.856 0.132 0.012 0.000
#> SRR934891     4  0.1265     0.8450 0.000 0.000 0.008 0.948 0.044 0.000
#> SRR934892     3  0.2631     0.7776 0.000 0.004 0.856 0.128 0.012 0.000
#> SRR934893     3  0.3219     0.6990 0.000 0.056 0.852 0.060 0.032 0.000
#> SRR934894     2  0.2609     0.6544 0.000 0.868 0.036 0.000 0.000 0.096
#> SRR934895     3  0.4033     0.7363 0.000 0.012 0.776 0.124 0.088 0.000
#> SRR934896     1  0.2537     0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934897     2  0.0363     0.7924 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934898     6  0.2060     0.7964 0.000 0.000 0.016 0.000 0.084 0.900
#> SRR934899     3  0.3931     0.6627 0.000 0.080 0.804 0.044 0.072 0.000
#> SRR934900     3  0.2631     0.7783 0.000 0.004 0.856 0.128 0.012 0.000
#> SRR934901     2  0.3368     0.6442 0.000 0.756 0.012 0.000 0.232 0.000
#> SRR934902     3  0.2918     0.7413 0.000 0.032 0.864 0.084 0.020 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     6  0.4199     0.7727 0.000 0.000 0.016 0.000 0.416 0.568
#> SRR934906     4  0.1867     0.8192 0.000 0.000 0.064 0.916 0.020 0.000
#> SRR934907     3  0.3829     0.7473 0.000 0.012 0.792 0.124 0.072 0.000
#> SRR934908     2  0.4014     0.5907 0.000 0.696 0.024 0.004 0.276 0.000
#> SRR934909     2  0.5890    -0.1830 0.000 0.448 0.340 0.000 0.212 0.000
#> SRR934910     6  0.0405     0.7892 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR934911     6  0.0865     0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934912     2  0.5775    -0.0340 0.000 0.480 0.328 0.000 0.192 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.1219     0.8364 0.048 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000
#> SRR934915     3  0.2968     0.7735 0.000 0.004 0.840 0.128 0.028 0.000
#> SRR934916     1  0.1594     0.8837 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052 0.000
#> SRR934917     6  0.0146     0.7887 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR934918     6  0.0458     0.7900 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934919     3  0.6156    -0.5150 0.004 0.104 0.444 0.036 0.412 0.000
#> SRR934920     1  0.2537     0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.4010     0.7250 0.000 0.004 0.764 0.148 0.084 0.000
#> SRR934924     1  0.3222     0.8642 0.824 0.000 0.024 0.012 0.140 0.000
#> SRR934923     1  0.1245     0.8941 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032 0.000
#> SRR934925     3  0.4480     0.6874 0.000 0.048 0.760 0.084 0.108 0.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.2687     0.6905 0.000 0.072 0.876 0.044 0.008 0.000
#> SRR934928     4  0.0725     0.8608 0.000 0.000 0.012 0.976 0.012 0.000
#> SRR934929     4  0.4204     0.5107 0.000 0.000 0.252 0.696 0.052 0.000
#> SRR934930     3  0.2488     0.7788 0.000 0.008 0.864 0.124 0.004 0.000
#> SRR934931     3  0.5650     0.3373 0.000 0.004 0.508 0.344 0.144 0.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.3727     0.4454 0.000 0.128 0.784 0.000 0.088 0.000
#> SRR934936     3  0.3238     0.7708 0.000 0.012 0.832 0.120 0.036 0.000
#> SRR934933     1  0.1245     0.8941 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032 0.000
#> SRR934937     3  0.2631     0.7783 0.000 0.004 0.856 0.128 0.012 0.000
#> SRR934938     3  0.2473     0.7672 0.000 0.012 0.876 0.104 0.008 0.000
#> SRR934939     4  0.2019     0.7982 0.000 0.000 0.088 0.900 0.012 0.000
#> SRR934940     3  0.4564     0.6831 0.000 0.008 0.720 0.136 0.136 0.000
#> SRR934941     3  0.5012     0.4183 0.000 0.000 0.576 0.336 0.088 0.000
#> SRR934942     3  0.4673     0.6709 0.000 0.008 0.708 0.136 0.148 0.000
#> SRR934943     2  0.5005     0.4728 0.000 0.612 0.088 0.004 0.296 0.000
#> SRR934944     1  0.4099     0.3562 0.612 0.000 0.000 0.372 0.016 0.000
#> SRR934945     1  0.3265     0.8603 0.824 0.004 0.024 0.008 0.140 0.000
#> SRR934946     3  0.5694     0.3406 0.000 0.004 0.512 0.328 0.156 0.000
#> SRR934947     1  0.0603     0.9045 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR934948     6  0.3230     0.7948 0.000 0.000 0.012 0.000 0.212 0.776
#> SRR934949     2  0.4893     0.4962 0.000 0.660 0.168 0.000 0.172 0.000
#> SRR934950     4  0.3206     0.7337 0.000 0.000 0.104 0.828 0.068 0.000
#> SRR934951     4  0.1152     0.8398 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR934953     1  0.4926     0.5607 0.688 0.000 0.192 0.020 0.100 0.000
#> SRR934952     2  0.0146     0.7946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934954     6  0.0405     0.7879 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR934955     1  0.2537     0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934956     3  0.2673     0.7763 0.004 0.004 0.856 0.128 0.008 0.000
#> SRR934957     3  0.4795     0.3616 0.000 0.000 0.544 0.400 0.056 0.000
#> SRR934958     2  0.0146     0.7946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934959     6  0.3955     0.7711 0.000 0.000 0.004 0.000 0.436 0.560
#> SRR934960     4  0.0508     0.8597 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000
#> SRR934961     2  0.3877     0.6650 0.000 0.764 0.076 0.000 0.160 0.000
#> SRR934962     2  0.0632     0.7863 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934963     3  0.4800     0.1488 0.372 0.000 0.580 0.016 0.032 0.000
#> SRR934964     3  0.2531     0.7784 0.000 0.004 0.860 0.128 0.008 0.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     6  0.0405     0.7879 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR934967     3  0.2804     0.7717 0.000 0.004 0.852 0.120 0.024 0.000
#> SRR934968     6  0.2664     0.7974 0.000 0.000 0.016 0.000 0.136 0.848
#> SRR934969     4  0.0405     0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934970     6  0.3843     0.7669 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR934971     6  0.1168     0.7929 0.000 0.000 0.016 0.000 0.028 0.956
#> SRR934972     6  0.4199     0.7727 0.000 0.000 0.016 0.000 0.416 0.568
#> SRR934973     6  0.1657     0.7952 0.000 0.000 0.016 0.000 0.056 0.928
#> SRR934974     6  0.3992     0.7819 0.000 0.000 0.012 0.000 0.364 0.624
#> SRR934975     3  0.5140     0.3251 0.000 0.000 0.520 0.392 0.088 0.000
#> SRR934976     6  0.0405     0.7879 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR934977     1  0.0363     0.9069 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934978     6  0.0914     0.7920 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016 0.968
#> SRR934979     6  0.0790     0.7873 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR934980     1  0.2432     0.8916 0.888 0.000 0.024 0.008 0.080 0.000
#> SRR934981     3  0.2278     0.7788 0.000 0.004 0.868 0.128 0.000 0.000
#> SRR934982     6  0.3833     0.7702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR934983     6  0.3833     0.7702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR934984     6  0.0291     0.7890 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR934985     4  0.1196     0.8461 0.000 0.000 0.008 0.952 0.040 0.000
#> SRR934986     1  0.0458     0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934987     3  0.4811     0.6552 0.000 0.048 0.728 0.088 0.136 0.000
#> SRR934988     3  0.2402     0.7740 0.000 0.000 0.856 0.140 0.004 0.000
#> SRR934989     1  0.2537     0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934990     3  0.2631     0.7783 0.000 0.004 0.856 0.128 0.012 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:skmeans*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 6.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.949       0.970         0.4910 0.509   0.509
#> 3 3 0.964           0.948       0.979         0.3139 0.696   0.480
#> 4 4 1.000           0.962       0.984         0.1506 0.816   0.540
#> 5 5 0.988           0.963       0.983         0.0788 0.912   0.678
#> 6 6 0.932           0.861       0.922         0.0305 0.961   0.810

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5

There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934718     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934719     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934720     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934721     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934722     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934723     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934724     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934725     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934727     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934728     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934730     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934731     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934732     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934733     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934734     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934735     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934736     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934737     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934738     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934740     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934739     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934742     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934743     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934744     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934745     1  0.2603    0.95610 0.956 0.044
#> SRR934746     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934747     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934748     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934750     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934749     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934751     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934752     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934754     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934755     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934756     1  0.2043    0.96102 0.968 0.032
#> SRR934757     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934758     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934759     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934760     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934761     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934766     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934767     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934768     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934769     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934772     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934771     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934773     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934774     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934775     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934776     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934778     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934779     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934780     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934781     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934783     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934787     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934788     1  0.2778    0.95439 0.952 0.048
#> SRR934789     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934790     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934791     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934793     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934794     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934797     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934798     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934799     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934803     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934804     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934805     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934807     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934809     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934810     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934811     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934808     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934812     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934813     2  0.8327    0.69805 0.264 0.736
#> SRR934814     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934815     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934816     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934817     1  0.0376    0.97012 0.996 0.004
#> SRR934818     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934819     1  0.2043    0.96102 0.968 0.032
#> SRR934820     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934821     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934822     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934823     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934825     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934826     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934827     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934828     1  0.9983    0.00673 0.524 0.476
#> SRR934829     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934830     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934831     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934832     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934833     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934834     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934835     2  0.3431    0.95408 0.064 0.936
#> SRR934836     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934837     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934838     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934840     2  0.3584    0.95115 0.068 0.932
#> SRR934841     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934842     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934843     1  0.2043    0.96102 0.968 0.032
#> SRR934844     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934845     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934846     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934847     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934850     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934851     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934853     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0376    0.96291 0.004 0.996
#> SRR934854     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934856     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934858     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934859     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934861     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934862     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934863     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934865     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934866     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934867     1  0.9460    0.38171 0.636 0.364
#> SRR934868     2  0.4298    0.93427 0.088 0.912
#> SRR934869     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934870     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934871     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934872     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934873     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934874     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934875     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934876     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.2043    0.96102 0.968 0.032
#> SRR934878     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934879     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934880     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934881     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934882     2  0.4690    0.92255 0.100 0.900
#> SRR934883     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934884     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934885     2  0.3274    0.95689 0.060 0.940
#> SRR934886     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934887     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934888     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934889     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934890     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934891     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934892     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934893     2  0.9993    0.14370 0.484 0.516
#> SRR934894     2  0.1414    0.96271 0.020 0.980
#> SRR934895     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934896     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934897     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934898     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934899     1  0.7745    0.68665 0.772 0.228
#> SRR934900     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934901     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934902     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934903     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934905     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934906     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934907     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934908     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934909     2  0.4022    0.94140 0.080 0.920
#> SRR934910     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934913     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934914     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934915     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934916     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934917     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934919     1  0.7299    0.72738 0.796 0.204
#> SRR934920     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934921     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934922     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934924     1  0.3274    0.94820 0.940 0.060
#> SRR934923     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934925     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934926     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934927     1  0.0938    0.96475 0.988 0.012
#> SRR934928     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934929     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934930     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934931     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934932     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934934     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934935     2  0.9710    0.40277 0.400 0.600
#> SRR934936     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934933     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934937     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934938     1  0.1184    0.96185 0.984 0.016
#> SRR934939     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934940     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934941     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934942     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934943     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934944     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934945     1  0.7950    0.73143 0.760 0.240
#> SRR934946     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934947     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934948     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934950     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934951     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934952     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934954     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934956     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934957     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934958     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934959     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934960     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934962     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934963     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934964     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934965     2  0.2948    0.96160 0.052 0.948
#> SRR934966     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934967     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934968     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934969     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934970     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934971     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934972     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934973     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934974     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934975     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934976     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934978     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934979     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934981     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934982     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934983     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934984     2  0.0000    0.96288 0.000 1.000
#> SRR934985     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934986     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934987     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934988     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000
#> SRR934989     1  0.2948    0.95260 0.948 0.052
#> SRR934990     1  0.0000    0.97258 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2 p3
#> SRR934717     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934718     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934719     1  0.6045      0.419 0.620 0.380  0
#> SRR934720     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934721     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934722     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934723     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934724     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934725     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934726     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934727     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934728     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934729     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934730     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934731     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934732     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934733     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934734     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934735     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934736     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934737     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934738     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934740     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934739     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934741     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934742     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934743     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934744     2  0.1529      0.936 0.040 0.960  0
#> SRR934745     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934746     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934747     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934748     1  0.5216      0.666 0.740 0.260  0
#> SRR934750     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934749     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934751     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934752     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934753     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934754     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934755     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934756     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934757     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934758     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934759     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934760     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934761     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934762     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934763     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934764     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934765     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934766     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934767     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934768     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934769     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934770     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934772     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934771     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934773     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934774     1  0.5591      0.586 0.696 0.304  0
#> SRR934775     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934776     1  0.3879      0.818 0.848 0.152  0
#> SRR934777     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934778     1  0.4654      0.745 0.792 0.208  0
#> SRR934779     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934780     1  0.6095      0.376 0.608 0.392  0
#> SRR934781     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934782     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934783     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934784     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934785     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934786     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934787     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934788     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934789     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934790     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934791     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934792     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934793     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934794     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934795     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934796     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934797     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934798     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934799     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934800     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934801     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934802     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934803     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934804     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934805     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934806     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934807     2  0.6045      0.367 0.380 0.620  0
#> SRR934809     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934810     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934811     2  0.2448      0.899 0.076 0.924  0
#> SRR934808     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934812     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934813     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934814     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934815     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934816     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934817     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934818     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934819     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934820     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934821     2  0.0747      0.959 0.016 0.984  0
#> SRR934822     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934823     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934825     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934826     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934827     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934828     2  0.1964      0.920 0.056 0.944  0
#> SRR934829     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934830     2  0.4504      0.748 0.196 0.804  0
#> SRR934831     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934832     2  0.2448      0.899 0.076 0.924  0
#> SRR934833     1  0.1289      0.938 0.968 0.032  0
#> SRR934834     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934835     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934836     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934837     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934838     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934839     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934840     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934841     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934842     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934843     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934844     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934845     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934846     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934847     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934848     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934849     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934850     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934851     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934853     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934852     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934854     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934856     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934858     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934859     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934860     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934861     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934862     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934863     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934864     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934865     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934866     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934867     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934868     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934869     2  0.4121      0.788 0.168 0.832  0
#> SRR934870     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934871     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934872     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934873     2  0.4555      0.747 0.200 0.800  0
#> SRR934874     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934875     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934876     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934877     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934878     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934879     2  0.6204      0.234 0.424 0.576  0
#> SRR934880     1  0.2066      0.912 0.940 0.060  0
#> SRR934881     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934882     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934883     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934884     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934885     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934886     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934887     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934888     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934889     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934890     2  0.6192      0.247 0.420 0.580  0
#> SRR934891     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934892     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934893     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934894     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934895     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934896     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934897     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934898     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934899     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934900     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934901     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934902     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934903     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934905     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934906     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934907     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934908     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934909     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934910     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934911     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934912     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934913     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934914     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934915     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934916     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934917     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934918     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934919     2  0.3879      0.811 0.152 0.848  0
#> SRR934920     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934921     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934922     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934924     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934923     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934925     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934926     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934927     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934928     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934929     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934930     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934931     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934932     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934934     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934935     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934936     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934933     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934937     2  0.1529      0.936 0.040 0.960  0
#> SRR934938     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934939     1  0.4750      0.733 0.784 0.216  0
#> SRR934940     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934941     1  0.5948      0.465 0.640 0.360  0
#> SRR934942     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934943     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934944     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934945     1  0.3038      0.864 0.896 0.104  0
#> SRR934946     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934947     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934948     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934949     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934950     1  0.2165      0.908 0.936 0.064  0
#> SRR934951     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934953     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934952     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934954     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934955     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934956     2  0.4555      0.747 0.200 0.800  0
#> SRR934957     1  0.4887      0.716 0.772 0.228  0
#> SRR934958     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934959     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934960     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934961     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934962     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934963     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934964     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934965     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934966     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934967     2  0.0237      0.969 0.004 0.996  0
#> SRR934968     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934969     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934970     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934971     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934972     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934973     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934974     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934975     1  0.5650      0.569 0.688 0.312  0
#> SRR934976     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934977     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934978     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934979     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934980     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934981     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934982     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934983     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934984     3  0.0000      1.000 0.000 0.000  1
#> SRR934985     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934986     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934987     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0
#> SRR934988     1  0.4291      0.783 0.820 0.180  0
#> SRR934989     1  0.0000      0.966 1.000 0.000  0
#> SRR934990     2  0.0000      0.973 0.000 1.000  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934722     2  0.0707      0.960 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934723     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934724     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934725     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934726     4  0.4072      0.667 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR934727     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934729     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934734     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934740     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934739     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934742     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934751     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934753     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934755     2  0.3219      0.801 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR934756     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934757     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934762     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934763     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934764     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934765     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934767     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775     4  0.4977      0.188 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR934776     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934778     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934780     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934784     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934789     4  0.4776      0.424 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR934790     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934792     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934794     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934796     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.4761      0.434 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR934800     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934805     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934806     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934807     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934810     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934811     4  0.3610      0.742 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR934808     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934812     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934814     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934815     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934816     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934818     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934819     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934820     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934821     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934825     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826     4  0.2081      0.889 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR934827     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828     2  0.0188      0.973 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934829     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     4  0.1867      0.898 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR934833     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934839     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934848     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934849     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934854     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934856     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934864     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934866     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934871     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934872     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     2  0.6482      0.549 0.208 0.640 0.000 0.152
#> SRR934874     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934877     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934882     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934883     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934885     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934886     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934887     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934890     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893     2  0.1118      0.944 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934894     2  0.0469      0.967 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934895     2  0.1637      0.922 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR934896     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934899     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934900     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934902     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934906     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934907     2  0.1022      0.949 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934908     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934909     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934910     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.4382      0.593 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR934915     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919     2  0.3444      0.768 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR934920     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.1211      0.942 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR934926     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934928     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934930     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934936     2  0.3219      0.802 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR934933     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938     2  0.3801      0.720 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR934939     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940     4  0.4040      0.665 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR934941     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942     4  0.3610      0.742 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR934943     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934944     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934945     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934946     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934953     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     2  0.7557      0.281 0.232 0.484 0.000 0.284
#> SRR934957     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934960     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934961     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000      0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     4  0.0188      0.965 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934968     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934970     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934971     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934972     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934973     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934975     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934983     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934984     3  0.0000      1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934986     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0469      0.967 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934988     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000      1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     4  0.0000      0.968 0.000 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4 p5
#> SRR934717     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934718     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934719     3  0.4235      0.211 0.000 0.000 0.576 0.424  0
#> SRR934720     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934721     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934722     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934723     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934724     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934725     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934726     4  0.3074      0.763 0.196 0.000 0.000 0.804  0
#> SRR934727     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934728     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934729     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934730     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934731     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934732     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934733     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934734     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934735     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934736     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934737     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934738     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934740     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934739     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934741     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934742     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934743     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934744     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934745     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934746     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934747     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934748     3  0.0609      0.941 0.000 0.000 0.980 0.020  0
#> SRR934750     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934749     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934751     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934752     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934753     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934754     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934755     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934756     1  0.1792      0.908 0.916 0.000 0.000 0.084  0
#> SRR934757     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934758     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934759     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934760     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934761     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934762     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934763     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934764     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934765     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934766     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934767     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934768     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934769     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934770     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934772     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934771     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934773     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934774     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934775     4  0.3274      0.728 0.220 0.000 0.000 0.780  0
#> SRR934776     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934777     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934778     4  0.0162      0.965 0.000 0.000 0.004 0.996  0
#> SRR934779     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934780     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934781     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934782     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934783     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934784     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934785     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934786     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934787     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934788     1  0.1965      0.893 0.904 0.000 0.000 0.096  0
#> SRR934789     4  0.1965      0.883 0.096 0.000 0.000 0.904  0
#> SRR934790     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934791     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934792     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934793     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934794     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934795     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934796     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934797     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934798     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934799     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934800     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934801     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934802     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934803     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934804     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934805     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934806     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934807     4  0.1043      0.940 0.000 0.000 0.040 0.960  0
#> SRR934809     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934810     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934811     4  0.2864      0.843 0.000 0.112 0.024 0.864  0
#> SRR934808     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934812     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934813     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934814     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934815     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934816     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934817     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934818     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934819     1  0.1908      0.898 0.908 0.000 0.000 0.092  0
#> SRR934820     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934821     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934822     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934823     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934825     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934826     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934827     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934828     2  0.0162      0.986 0.000 0.996 0.000 0.004  0
#> SRR934829     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934830     4  0.0880      0.946 0.000 0.000 0.032 0.968  0
#> SRR934831     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934832     4  0.0880      0.946 0.000 0.000 0.032 0.968  0
#> SRR934833     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934834     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934835     2  0.2020      0.880 0.000 0.900 0.100 0.000  0
#> SRR934836     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934837     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934838     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934839     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934840     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934841     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934842     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934843     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934844     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934845     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934846     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934847     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934848     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934849     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934850     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934851     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934853     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934852     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934854     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934856     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934858     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934859     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934860     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934861     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934862     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934863     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934864     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934865     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934866     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934867     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934868     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934869     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934870     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934871     2  0.3816      0.550 0.000 0.696 0.304 0.000  0
#> SRR934872     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934873     3  0.3109      0.736 0.200 0.000 0.800 0.000  0
#> SRR934874     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934875     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934876     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934877     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934878     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934879     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934880     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934881     3  0.3452      0.688 0.000 0.244 0.756 0.000  0
#> SRR934882     3  0.1608      0.899 0.000 0.072 0.928 0.000  0
#> SRR934883     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934884     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934885     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934886     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934887     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934888     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934889     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934890     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934891     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934892     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934893     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934894     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934895     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934896     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934897     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934898     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934899     3  0.3452      0.689 0.000 0.244 0.756 0.000  0
#> SRR934900     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934901     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934902     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934903     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934905     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934906     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934907     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934908     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934909     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934910     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934911     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934912     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934913     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934914     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934915     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934916     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934917     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934918     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934919     2  0.2648      0.814 0.152 0.848 0.000 0.000  0
#> SRR934920     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934921     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934922     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934924     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934923     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934925     3  0.0510      0.945 0.000 0.016 0.984 0.000  0
#> SRR934926     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934927     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934928     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934929     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934930     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934931     4  0.3561      0.677 0.000 0.000 0.260 0.740  0
#> SRR934932     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934934     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934935     3  0.3109      0.752 0.000 0.200 0.800 0.000  0
#> SRR934936     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934933     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934937     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934938     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934939     4  0.2471      0.847 0.000 0.000 0.136 0.864  0
#> SRR934940     3  0.1341      0.914 0.000 0.056 0.944 0.000  0
#> SRR934941     4  0.3913      0.561 0.000 0.000 0.324 0.676  0
#> SRR934942     3  0.0290      0.950 0.000 0.008 0.992 0.000  0
#> SRR934943     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934944     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934945     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934946     4  0.2516      0.843 0.000 0.000 0.140 0.860  0
#> SRR934947     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934948     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934949     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934950     4  0.0404      0.960 0.000 0.000 0.012 0.988  0
#> SRR934951     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934953     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934952     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934954     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934955     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934956     3  0.2424      0.827 0.132 0.000 0.868 0.000  0
#> SRR934957     4  0.0880      0.946 0.000 0.000 0.032 0.968  0
#> SRR934958     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934959     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934960     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934961     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934962     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934963     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934964     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934965     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000  0
#> SRR934966     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934967     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934968     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934969     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934970     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934971     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934972     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934973     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934974     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934975     4  0.3366      0.723 0.000 0.000 0.232 0.768  0
#> SRR934976     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934977     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934978     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934979     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934980     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934981     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934982     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934983     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934984     5  0.0000      1.000 0.000 0.000 0.000 0.000  1
#> SRR934985     4  0.0000      0.967 0.000 0.000 0.000 1.000  0
#> SRR934986     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934987     3  0.3508      0.670 0.000 0.252 0.748 0.000  0
#> SRR934988     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0
#> SRR934989     1  0.0000      0.994 1.000 0.000 0.000 0.000  0
#> SRR934990     3  0.0000      0.955 0.000 0.000 1.000 0.000  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934718     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.3175     0.4626 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934722     5  0.3578     0.6521 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR934723     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934724     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934725     4  0.0547     0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934726     4  0.2793     0.7134 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934729     2  0.1714     0.8420 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934733     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0458     0.8889 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934738     4  0.0547     0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934740     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934739     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934741     2  0.1714     0.8420 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR934742     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934745     1  0.2219     0.8433 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR934746     2  0.3244     0.7787 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.0937     0.8063 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR934750     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.0547     0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934755     3  0.3198     0.6023 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR934756     4  0.3756     0.3854 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR934757     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934758     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934762     4  0.0547     0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934763     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934764     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934767     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934770     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     6  0.0790     0.9811 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR934771     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934773     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934775     4  0.2854     0.7026 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR934776     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934777     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934778     5  0.3853     0.5405 0.000 0.000 0.016 0.304 0.680 0.000
#> SRR934779     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934780     3  0.3868    -0.3887 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR934781     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934782     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934784     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934785     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934786     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934788     4  0.3727     0.4122 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR934789     4  0.1141     0.8945 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR934790     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791     4  0.0260     0.9400 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934792     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934793     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934794     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934795     4  0.0547     0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934796     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934800     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934801     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934802     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934803     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0146     0.8914 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934805     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0260     0.9881 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR934807     5  0.4716     0.6414 0.000 0.000 0.136 0.184 0.680 0.000
#> SRR934809     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934810     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934811     5  0.4591     0.6211 0.000 0.004 0.084 0.224 0.688 0.000
#> SRR934808     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814     4  0.0547     0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934815     5  0.3866    -0.4652 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR934816     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.3383     0.5899 0.000 0.004 0.728 0.000 0.268 0.000
#> SRR934818     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819     4  0.3774     0.3622 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR934820     4  0.0547     0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934821     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934822     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0146     0.8916 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934826     4  0.0547     0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934827     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828     5  0.3515    -0.0276 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR934829     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.4549     0.6178 0.000 0.000 0.088 0.232 0.680 0.000
#> SRR934831     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.4587     0.6328 0.000 0.000 0.108 0.204 0.688 0.000
#> SRR934833     5  0.3547     0.4904 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR934834     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934835     2  0.3865     0.7689 0.000 0.720 0.032 0.000 0.248 0.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934839     2  0.3244     0.7787 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR934840     2  0.3383     0.7767 0.000 0.728 0.004 0.000 0.268 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.3383     0.7767 0.000 0.728 0.004 0.000 0.268 0.000
#> SRR934847     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934848     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934853     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854     4  0.0547     0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934856     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934860     2  0.3244     0.7787 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR934861     2  0.3383     0.7767 0.000 0.728 0.004 0.000 0.268 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.0547     0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934866     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.2668     0.8277 0.000 0.828 0.004 0.000 0.168 0.000
#> SRR934868     2  0.3383     0.7767 0.000 0.728 0.004 0.000 0.268 0.000
#> SRR934869     3  0.2499     0.7282 0.000 0.000 0.880 0.048 0.072 0.000
#> SRR934870     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934871     5  0.3612     0.6258 0.000 0.036 0.200 0.000 0.764 0.000
#> SRR934872     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934873     3  0.4410     0.5621 0.164 0.000 0.716 0.000 0.120 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0260     0.9875 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934879     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934880     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934881     3  0.3847     0.2375 0.000 0.456 0.544 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882     3  0.4487     0.5209 0.000 0.068 0.668 0.000 0.264 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.3620     0.7125 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR934885     2  0.3620     0.7125 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR934886     3  0.1663     0.7762 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR934887     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934888     2  0.3076     0.7945 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR934889     2  0.3620     0.7125 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR934890     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934891     4  0.0547     0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934892     3  0.1141     0.7945 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR934893     3  0.1858     0.7787 0.000 0.012 0.912 0.000 0.076 0.000
#> SRR934894     2  0.1007     0.8619 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR934895     5  0.3672     0.6241 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR934896     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899     5  0.5045     0.4315 0.000 0.364 0.084 0.000 0.552 0.000
#> SRR934900     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934901     2  0.1610     0.8426 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR934902     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934906     4  0.0632     0.9336 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934907     5  0.3774     0.5661 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR934908     2  0.1610     0.8426 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR934909     2  0.3383     0.7767 0.000 0.728 0.004 0.000 0.268 0.000
#> SRR934910     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934911     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934912     2  0.3383     0.7767 0.000 0.728 0.004 0.000 0.268 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934915     3  0.1075     0.7978 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR934916     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934918     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934919     2  0.4254     0.6897 0.020 0.624 0.004 0.000 0.352 0.000
#> SRR934920     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     5  0.3789     0.5512 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR934924     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     5  0.3578     0.6521 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934928     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934929     4  0.1387     0.8954 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR934930     3  0.1141     0.7945 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR934931     5  0.4029     0.6705 0.000 0.000 0.292 0.028 0.680 0.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.4067     0.5562 0.000 0.040 0.700 0.000 0.260 0.000
#> SRR934936     3  0.3862    -0.3329 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR934933     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939     4  0.2562     0.7317 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR934940     5  0.3578     0.6521 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR934941     5  0.4047     0.5969 0.000 0.000 0.384 0.012 0.604 0.000
#> SRR934942     5  0.3578     0.6521 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR934943     2  0.3620     0.7125 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR934944     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934945     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934946     5  0.4291     0.6721 0.000 0.000 0.268 0.052 0.680 0.000
#> SRR934947     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948     6  0.0713     0.9812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934949     2  0.3383     0.7767 0.000 0.728 0.004 0.000 0.268 0.000
#> SRR934950     4  0.2971     0.7924 0.000 0.000 0.052 0.844 0.104 0.000
#> SRR934951     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934953     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934954     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934955     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.2362     0.6842 0.136 0.000 0.860 0.000 0.004 0.000
#> SRR934957     4  0.1644     0.8642 0.000 0.000 0.076 0.920 0.004 0.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934960     4  0.0547     0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934961     2  0.3244     0.7787 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.0260     0.8323 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934967     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934968     6  0.0865     0.9809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR934969     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934970     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934971     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934972     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934973     6  0.0865     0.9809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR934974     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975     5  0.4470     0.6207 0.000 0.000 0.356 0.040 0.604 0.000
#> SRR934976     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934977     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934979     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934980     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0146     0.8341 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934982     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934983     6  0.0000     0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934984     6  0.1007     0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934985     4  0.0000     0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934986     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987     5  0.3789     0.6549 0.000 0.008 0.332 0.000 0.660 0.000
#> SRR934988     3  0.0291     0.8331 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000     0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:pam*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 4.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.999       0.999         0.3299 0.670   0.670
#> 3 3 0.732           0.883       0.934         0.8420 0.716   0.580
#> 4 4 0.906           0.891       0.953         0.2049 0.850   0.633
#> 5 5 0.796           0.809       0.875         0.0462 0.963   0.867
#> 6 6 0.857           0.844       0.905         0.0660 0.887   0.583

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934718     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934719     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934720     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934721     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934722     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934723     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934724     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934725     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934726     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934727     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934728     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934729     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934730     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934731     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934732     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934733     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934734     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934735     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934736     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934737     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934738     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934740     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934739     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934741     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934742     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934743     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934744     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934745     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934746     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934747     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934748     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934750     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934749     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934751     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934752     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934753     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934754     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934755     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934756     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934757     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934758     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934759     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934760     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934761     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934762     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934763     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934764     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934765     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934766     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934767     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934768     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934769     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934770     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934772     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934771     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934773     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934774     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934775     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934776     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934777     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934778     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934779     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934780     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934781     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934782     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934783     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934784     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934785     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934786     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934787     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934788     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934789     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934790     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934791     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934792     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934793     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934794     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934795     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934796     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934797     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934798     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934799     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934800     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934801     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934802     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934803     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934804     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934805     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934806     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934807     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934809     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934810     2   0.295      0.945 0.052 0.948
#> SRR934811     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934808     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934812     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934813     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934814     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934815     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934816     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934817     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934818     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934819     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934820     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934821     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934822     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934823     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934825     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934826     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934827     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934828     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934829     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934830     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934831     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934832     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934833     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934834     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934835     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934836     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934837     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934839     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934840     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934841     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934842     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934844     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934845     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934846     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934847     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934848     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934849     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934850     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934851     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934853     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934852     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934854     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934856     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934858     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934859     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934860     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934861     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934862     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934863     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934864     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934865     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934866     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934867     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934868     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934869     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934870     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934871     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934872     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934873     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934874     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934875     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934877     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934878     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934879     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934880     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934881     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934882     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934883     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934884     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934885     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934886     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934887     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934888     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934889     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934890     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934891     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934892     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934893     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934894     2   0.552      0.854 0.128 0.872
#> SRR934895     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934896     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934897     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934898     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934899     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934900     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934901     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934902     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934903     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934905     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934906     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934907     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934908     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934909     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934910     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934911     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934912     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934913     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934914     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934915     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934916     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934917     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934918     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934919     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934920     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934921     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934922     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934924     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934923     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934925     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934926     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934927     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934928     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934929     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934930     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934931     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934932     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934934     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934935     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934936     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934933     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934937     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934938     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934939     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934940     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934941     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934942     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934943     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934944     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934945     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934946     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934947     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934948     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934949     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934950     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934951     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934953     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934952     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934954     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934955     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934956     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934957     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934958     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934959     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934960     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934961     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934962     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934963     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934964     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934965     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934967     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934968     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934969     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934970     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934971     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934972     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934973     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934974     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934975     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934976     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934977     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934978     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934979     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934980     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934981     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934982     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934983     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934984     2   0.000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934985     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934986     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934987     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934988     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934989     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934990     1   0.000      1.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934718     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719     1  0.4654      0.820 0.792 0.208 0.000
#> SRR934720     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0424      0.895 0.992 0.008 0.000
#> SRR934722     2  0.0424      0.946 0.008 0.992 0.000
#> SRR934723     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934724     1  0.1289      0.893 0.968 0.032 0.000
#> SRR934725     1  0.1289      0.893 0.968 0.032 0.000
#> SRR934726     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0424      0.895 0.992 0.008 0.000
#> SRR934729     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934733     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734     3  0.0237      0.982 0.004 0.000 0.996
#> SRR934735     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934739     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934743     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744     1  0.4931      0.801 0.768 0.232 0.000
#> SRR934745     1  0.1753      0.890 0.952 0.048 0.000
#> SRR934746     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     1  0.4346      0.835 0.816 0.184 0.000
#> SRR934750     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752     1  0.1529      0.892 0.960 0.040 0.000
#> SRR934753     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     1  0.1411      0.893 0.964 0.036 0.000
#> SRR934755     1  0.4931      0.802 0.768 0.232 0.000
#> SRR934756     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757     1  0.1411      0.893 0.964 0.036 0.000
#> SRR934758     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.1411      0.893 0.964 0.036 0.000
#> SRR934763     1  0.1411      0.893 0.964 0.036 0.000
#> SRR934764     1  0.0892      0.894 0.980 0.020 0.000
#> SRR934765     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934766     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934767     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934771     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934773     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774     1  0.4654      0.820 0.792 0.208 0.000
#> SRR934775     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934776     1  0.4235      0.840 0.824 0.176 0.000
#> SRR934777     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934778     1  0.4178      0.843 0.828 0.172 0.000
#> SRR934779     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934780     1  0.4654      0.820 0.792 0.208 0.000
#> SRR934781     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783     1  0.1860      0.890 0.948 0.052 0.000
#> SRR934784     2  0.4555      0.684 0.000 0.800 0.200
#> SRR934785     2  0.5529      0.498 0.000 0.704 0.296
#> SRR934786     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934788     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934790     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934792     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934793     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934794     3  0.5733      0.522 0.000 0.324 0.676
#> SRR934795     1  0.1411      0.893 0.964 0.036 0.000
#> SRR934796     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934800     3  0.6111      0.355 0.000 0.396 0.604
#> SRR934801     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934805     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934807     1  0.5363      0.755 0.724 0.276 0.000
#> SRR934809     1  0.1411      0.893 0.964 0.036 0.000
#> SRR934810     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934811     1  0.5363      0.755 0.724 0.276 0.000
#> SRR934808     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934814     1  0.1753      0.891 0.952 0.048 0.000
#> SRR934815     1  0.5178      0.776 0.744 0.256 0.000
#> SRR934816     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934818     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934820     1  0.1411      0.893 0.964 0.036 0.000
#> SRR934821     1  0.4654      0.820 0.792 0.208 0.000
#> SRR934822     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934828     1  0.5138      0.779 0.748 0.252 0.000
#> SRR934829     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830     1  0.5327      0.759 0.728 0.272 0.000
#> SRR934831     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832     1  0.5497      0.734 0.708 0.292 0.000
#> SRR934833     1  0.4002      0.850 0.840 0.160 0.000
#> SRR934834     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934835     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934845     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847     1  0.1860      0.890 0.948 0.052 0.000
#> SRR934848     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851     1  0.4796      0.811 0.780 0.220 0.000
#> SRR934853     1  0.3116      0.872 0.892 0.108 0.000
#> SRR934852     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934854     1  0.3116      0.872 0.892 0.108 0.000
#> SRR934856     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934858     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863     1  0.3340      0.867 0.880 0.120 0.000
#> SRR934864     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     1  0.3412      0.866 0.876 0.124 0.000
#> SRR934866     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869     1  0.4931      0.801 0.768 0.232 0.000
#> SRR934870     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934871     1  0.5650      0.705 0.688 0.312 0.000
#> SRR934872     2  0.6267      0.105 0.000 0.548 0.452
#> SRR934873     1  0.1964      0.887 0.944 0.056 0.000
#> SRR934874     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1  0.1163      0.894 0.972 0.028 0.000
#> SRR934877     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878     1  0.5591      0.717 0.696 0.304 0.000
#> SRR934879     1  0.4750      0.814 0.784 0.216 0.000
#> SRR934880     1  0.3619      0.860 0.864 0.136 0.000
#> SRR934881     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934882     2  0.6168      0.105 0.412 0.588 0.000
#> SRR934883     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885     2  0.4702      0.701 0.212 0.788 0.000
#> SRR934886     1  0.4887      0.805 0.772 0.228 0.000
#> SRR934887     1  0.5291      0.765 0.732 0.268 0.000
#> SRR934888     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889     2  0.1031      0.928 0.024 0.976 0.000
#> SRR934890     1  0.4931      0.801 0.768 0.232 0.000
#> SRR934891     1  0.4062      0.846 0.836 0.164 0.000
#> SRR934892     1  0.4887      0.805 0.772 0.228 0.000
#> SRR934893     1  0.6111      0.546 0.604 0.396 0.000
#> SRR934894     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     2  0.0237      0.951 0.004 0.996 0.000
#> SRR934896     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899     2  0.3816      0.779 0.148 0.852 0.000
#> SRR934900     1  0.4974      0.798 0.764 0.236 0.000
#> SRR934901     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902     1  0.5058      0.790 0.756 0.244 0.000
#> SRR934903     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934906     1  0.3752      0.858 0.856 0.144 0.000
#> SRR934907     2  0.4291      0.723 0.180 0.820 0.000
#> SRR934908     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934910     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934911     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934915     1  0.5254      0.769 0.736 0.264 0.000
#> SRR934916     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934918     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934919     1  0.2356      0.885 0.928 0.072 0.000
#> SRR934920     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     1  0.5327      0.760 0.728 0.272 0.000
#> SRR934924     1  0.0237      0.894 0.996 0.004 0.000
#> SRR934923     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.6274     -0.109 0.456 0.544 0.000
#> SRR934926     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     2  0.0237      0.951 0.004 0.996 0.000
#> SRR934928     1  0.2796      0.878 0.908 0.092 0.000
#> SRR934929     1  0.2356      0.885 0.928 0.072 0.000
#> SRR934930     1  0.5591      0.717 0.696 0.304 0.000
#> SRR934931     1  0.5397      0.750 0.720 0.280 0.000
#> SRR934932     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934936     1  0.6140      0.533 0.596 0.404 0.000
#> SRR934933     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934937     1  0.4931      0.801 0.768 0.232 0.000
#> SRR934938     1  0.5621      0.711 0.692 0.308 0.000
#> SRR934939     1  0.4796      0.811 0.780 0.220 0.000
#> SRR934940     1  0.5058      0.790 0.756 0.244 0.000
#> SRR934941     1  0.4931      0.801 0.768 0.232 0.000
#> SRR934942     1  0.6309      0.258 0.500 0.500 0.000
#> SRR934943     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934945     1  0.4555      0.726 0.800 0.200 0.000
#> SRR934946     1  0.5497      0.734 0.708 0.292 0.000
#> SRR934947     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950     1  0.4504      0.828 0.804 0.196 0.000
#> SRR934951     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934953     1  0.1031      0.894 0.976 0.024 0.000
#> SRR934952     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956     1  0.4702      0.818 0.788 0.212 0.000
#> SRR934957     1  0.4750      0.815 0.784 0.216 0.000
#> SRR934958     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934960     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963     1  0.1860      0.887 0.948 0.052 0.000
#> SRR934964     1  0.5397      0.750 0.720 0.280 0.000
#> SRR934965     2  0.0000      0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934967     1  0.5254      0.769 0.736 0.264 0.000
#> SRR934968     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934970     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934971     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934973     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975     1  0.4796      0.812 0.780 0.220 0.000
#> SRR934976     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981     1  0.4931      0.801 0.768 0.232 0.000
#> SRR934982     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934983     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934984     3  0.0000      0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934985     1  0.2796      0.878 0.908 0.092 0.000
#> SRR934986     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.3816      0.776 0.148 0.852 0.000
#> SRR934988     1  0.4702      0.817 0.788 0.212 0.000
#> SRR934989     1  0.0000      0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990     1  0.4931      0.801 0.768 0.232 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     4  0.1174     0.9247 0.012 0.020 0.000 0.968
#> SRR934720     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934722     2  0.3172     0.8054 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR934723     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934724     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934725     4  0.1389     0.9054 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR934726     4  0.0592     0.9256 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934727     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934729     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934734     3  0.2704     0.8410 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738     4  0.1389     0.9054 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR934740     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934739     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934742     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934745     1  0.3400     0.7525 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR934746     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.0000     0.9247 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934751     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934753     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934755     4  0.5085     0.5589 0.020 0.304 0.000 0.676
#> SRR934756     1  0.4998     0.0502 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR934757     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934758     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934762     4  0.0707     0.9236 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934763     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934764     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934765     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934767     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     4  0.0927     0.9223 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR934775     4  0.2408     0.8539 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR934776     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934777     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934778     4  0.0657     0.9268 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR934779     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934780     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934781     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934784     2  0.2530     0.8435 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR934785     2  0.3528     0.7372 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.4961     0.1812 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR934789     4  0.0921     0.9216 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934790     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791     4  0.0592     0.9253 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934792     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793     3  0.0336     0.9707 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR934794     3  0.4817     0.3536 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR934795     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934796     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.2760     0.8249 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR934800     3  0.4992     0.0779 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR934801     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0469     0.9521 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934803     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0469     0.9521 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934805     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934806     1  0.4994     0.0406 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934807     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934809     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934810     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934811     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934808     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934812     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0592     0.9496 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934814     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934815     4  0.4770     0.6319 0.012 0.288 0.000 0.700
#> SRR934816     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.1118     0.9291 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934818     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934819     4  0.4888     0.2979 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR934820     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934821     4  0.1624     0.9139 0.020 0.028 0.000 0.952
#> SRR934822     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934825     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826     4  0.4406     0.5617 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR934827     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828     4  0.7327     0.2889 0.320 0.176 0.000 0.504
#> SRR934829     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     4  0.0336     0.9249 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934831     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934833     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934834     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.2868     0.8159 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR934839     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934848     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934849     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     4  0.1510     0.9157 0.016 0.028 0.000 0.956
#> SRR934853     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934852     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934854     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934856     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934864     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934866     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0188     0.9560 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934869     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934870     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934871     4  0.3569     0.7598 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR934872     2  0.4746     0.3991 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR934873     4  0.5519     0.5733 0.264 0.052 0.000 0.684
#> SRR934874     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934877     1  0.4916     0.2575 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR934878     4  0.2921     0.8230 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR934879     4  0.0707     0.9229 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934880     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934881     2  0.0469     0.9521 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934882     2  0.2999     0.8331 0.004 0.864 0.000 0.132
#> SRR934883     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0336     0.9534 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934885     2  0.0469     0.9505 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934886     4  0.2174     0.8972 0.020 0.052 0.000 0.928
#> SRR934887     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934888     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934890     4  0.0707     0.9228 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934891     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934892     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934893     2  0.5313     0.3654 0.016 0.608 0.000 0.376
#> SRR934894     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     2  0.3486     0.7669 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934896     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934899     2  0.0592     0.9496 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934900     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934901     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934902     2  0.5013     0.5747 0.020 0.688 0.000 0.292
#> SRR934903     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934906     4  0.0336     0.9263 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934907     4  0.4992     0.1154 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR934908     2  0.0469     0.9521 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934909     2  0.0469     0.9505 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934910     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.3569     0.7401 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR934915     4  0.0336     0.9249 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934916     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919     4  0.4855     0.3144 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR934920     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934924     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     4  0.4898     0.3151 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR934926     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     2  0.3219     0.8007 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR934928     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934929     4  0.0921     0.9206 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934930     4  0.3219     0.7979 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR934931     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934932     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.0469     0.9521 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934936     4  0.4985     0.1453 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR934933     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934938     4  0.3528     0.7634 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR934939     4  0.0188     0.9250 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934940     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934941     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934942     4  0.1118     0.9161 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR934943     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934944     1  0.3649     0.7178 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR934945     1  0.0469     0.9318 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934946     4  0.1211     0.9135 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR934947     1  0.0188     0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934948     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950     4  0.0188     0.9250 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934951     4  0.0592     0.9253 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934953     1  0.0188     0.9402 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934952     2  0.0469     0.9521 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934954     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     4  0.1174     0.9200 0.020 0.012 0.000 0.968
#> SRR934957     4  0.0000     0.9247 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934960     4  0.1474     0.9026 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR934961     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.0469     0.9318 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934964     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934965     2  0.0000     0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     4  0.0707     0.9234 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934968     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934970     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934971     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934972     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934973     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934975     4  0.0336     0.9249 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934976     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     4  0.1109     0.9199 0.004 0.028 0.000 0.968
#> SRR934982     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934983     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934984     3  0.0000     0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985     4  0.0469     0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934986     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.4907     0.2544 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR934988     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934989     1  0.0000     0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     4  0.0921     0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934719     4  0.2233     0.8155 0.000 0.016 0.000 0.904 0.080
#> SRR934720     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934721     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934722     2  0.5009     0.7291 0.000 0.652 0.000 0.060 0.288
#> SRR934723     3  0.0609     0.9324 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934724     4  0.0162     0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934725     4  0.0992     0.8164 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008
#> SRR934726     4  0.0703     0.8228 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR934727     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934728     4  0.0162     0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934729     2  0.3336     0.8238 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR934730     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934732     5  0.3876     0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934733     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934734     3  0.2423     0.7921 0.080 0.000 0.896 0.000 0.024
#> SRR934735     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934736     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934737     2  0.1197     0.8510 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR934738     4  0.0992     0.8164 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008
#> SRR934740     3  0.0609     0.9324 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934739     5  0.3876     0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934741     2  0.1270     0.8514 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934742     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934744     4  0.4275     0.7450 0.000 0.020 0.000 0.696 0.284
#> SRR934745     1  0.3143     0.6994 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR934746     2  0.2516     0.8522 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR934747     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.0000     0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934750     2  0.1851     0.8551 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR934749     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934751     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934752     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934753     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934755     4  0.6928     0.4784 0.028 0.200 0.000 0.512 0.260
#> SRR934756     4  0.4504     0.1881 0.428 0.000 0.000 0.564 0.008
#> SRR934757     4  0.0162     0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934758     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934759     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934760     2  0.0162     0.8436 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934761     3  0.3684     0.3752 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934762     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934763     4  0.0000     0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934764     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934765     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934766     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934767     3  0.0609     0.9324 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934768     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934769     3  0.4126    -0.0685 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR934770     1  0.0162     0.9658 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934772     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934771     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934774     4  0.2433     0.8196 0.024 0.012 0.000 0.908 0.056
#> SRR934775     4  0.1410     0.7984 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR934776     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934777     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934778     4  0.1608     0.8205 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934779     3  0.0609     0.9324 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934780     4  0.3351     0.7996 0.004 0.020 0.000 0.828 0.148
#> SRR934781     5  0.3876     0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934782     2  0.1270     0.8457 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934783     4  0.0000     0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934784     5  0.4464     0.6254 0.000 0.288 0.028 0.000 0.684
#> SRR934785     5  0.5153     0.7024 0.000 0.204 0.112 0.000 0.684
#> SRR934786     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934787     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.4559     0.0561 0.480 0.000 0.000 0.512 0.008
#> SRR934789     4  0.0510     0.8242 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR934790     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934791     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934792     5  0.3876     0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934793     3  0.0865     0.9230 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR934794     5  0.5137     0.7826 0.000 0.108 0.208 0.000 0.684
#> SRR934795     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934796     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934797     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934798     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934799     4  0.1341     0.7983 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR934800     5  0.5082     0.7912 0.000 0.096 0.220 0.000 0.684
#> SRR934801     5  0.3876     0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934802     2  0.3707     0.7896 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934803     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934804     2  0.3707     0.7896 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934805     4  0.0162     0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934806     4  0.4297     0.1483 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR934807     4  0.4318     0.7451 0.000 0.020 0.000 0.688 0.292
#> SRR934809     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934810     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934811     4  0.4318     0.7451 0.000 0.020 0.000 0.688 0.292
#> SRR934808     4  0.0162     0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934812     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934813     2  0.3707     0.7896 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934814     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934815     4  0.5888     0.6145 0.000 0.136 0.000 0.576 0.288
#> SRR934816     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.3689     0.8061 0.000 0.740 0.000 0.004 0.256
#> SRR934818     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934819     4  0.4045     0.4133 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR934820     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934821     4  0.4915     0.7450 0.028 0.020 0.000 0.684 0.268
#> SRR934822     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934823     4  0.0162     0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934825     2  0.1965     0.8558 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR934826     4  0.3519     0.6360 0.216 0.000 0.000 0.776 0.008
#> SRR934827     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934828     4  0.7201     0.3964 0.308 0.064 0.000 0.492 0.136
#> SRR934829     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     4  0.2929     0.7977 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934831     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934832     4  0.4318     0.7451 0.000 0.020 0.000 0.688 0.292
#> SRR934833     4  0.0963     0.8251 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR934834     3  0.0404     0.9394 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934835     2  0.0404     0.8453 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934836     1  0.0404     0.9632 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.1628     0.7961 0.056 0.000 0.000 0.936 0.008
#> SRR934839     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.2891     0.8451 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR934841     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934842     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0290     0.9628 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934844     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.2424     0.8535 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR934847     4  0.0000     0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934848     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934849     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934850     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934851     4  0.4789     0.7443 0.024 0.016 0.000 0.684 0.276
#> SRR934853     4  0.0000     0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934856     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934859     5  0.3876     0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934860     2  0.2813     0.8469 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR934861     2  0.2377     0.8539 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR934862     2  0.2329     0.8540 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR934863     4  0.0000     0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934866     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.3210     0.8314 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934868     2  0.2966     0.8428 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR934869     4  0.3690     0.7800 0.000 0.020 0.000 0.780 0.200
#> SRR934870     4  0.0000     0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934871     4  0.5213     0.6882 0.000 0.076 0.000 0.640 0.284
#> SRR934872     5  0.5191     0.7141 0.000 0.192 0.124 0.000 0.684
#> SRR934873     4  0.6692     0.5616 0.252 0.032 0.000 0.556 0.160
#> SRR934874     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934877     1  0.4307     0.0319 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR934878     4  0.4969     0.7107 0.000 0.056 0.000 0.652 0.292
#> SRR934879     4  0.3044     0.8045 0.004 0.008 0.000 0.840 0.148
#> SRR934880     4  0.0000     0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934881     2  0.3707     0.7896 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934882     2  0.4953     0.7443 0.004 0.664 0.000 0.048 0.284
#> SRR934883     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.2966     0.8428 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR934885     2  0.3475     0.8406 0.004 0.804 0.000 0.012 0.180
#> SRR934886     4  0.5169     0.7266 0.028 0.028 0.000 0.660 0.284
#> SRR934887     4  0.4428     0.7443 0.004 0.020 0.000 0.692 0.284
#> SRR934888     2  0.3534     0.8080 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR934889     2  0.2377     0.8537 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR934890     4  0.3656     0.7836 0.000 0.020 0.000 0.784 0.196
#> SRR934891     4  0.0000     0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934892     4  0.4428     0.7443 0.004 0.020 0.000 0.692 0.284
#> SRR934893     2  0.7230     0.2923 0.024 0.424 0.000 0.268 0.284
#> SRR934894     5  0.3876     0.5964 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR934895     2  0.5404     0.6919 0.000 0.620 0.000 0.088 0.292
#> SRR934896     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934897     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934899     2  0.3707     0.7896 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934900     4  0.4428     0.7443 0.004 0.020 0.000 0.692 0.284
#> SRR934901     2  0.2179     0.8558 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR934902     2  0.6730     0.5795 0.028 0.532 0.000 0.156 0.284
#> SRR934903     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934906     4  0.1792     0.8199 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR934907     4  0.6796     0.0672 0.000 0.336 0.000 0.372 0.292
#> SRR934908     2  0.3561     0.8059 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR934909     2  0.2966     0.8428 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR934910     5  0.4210     0.7047 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR934911     5  0.3876     0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934912     2  0.2966     0.8428 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR934913     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.2806     0.7145 0.152 0.000 0.000 0.844 0.004
#> SRR934915     4  0.3430     0.7841 0.000 0.004 0.000 0.776 0.220
#> SRR934916     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934917     5  0.3876     0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934918     5  0.4304     0.5296 0.000 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR934919     4  0.4249     0.1952 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR934920     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934921     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     4  0.4318     0.7451 0.000 0.020 0.000 0.688 0.292
#> SRR934924     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934923     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934925     4  0.6706     0.2430 0.000 0.288 0.000 0.428 0.284
#> SRR934926     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     2  0.4988     0.7325 0.000 0.656 0.000 0.060 0.284
#> SRR934928     4  0.0000     0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934929     4  0.2653     0.8151 0.024 0.000 0.000 0.880 0.096
#> SRR934930     4  0.5047     0.7015 0.000 0.064 0.000 0.652 0.284
#> SRR934931     4  0.4318     0.7451 0.000 0.020 0.000 0.688 0.292
#> SRR934932     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.3707     0.7896 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934936     4  0.6771     0.1136 0.000 0.324 0.000 0.392 0.284
#> SRR934933     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934937     4  0.4405     0.7470 0.004 0.020 0.000 0.696 0.280
#> SRR934938     4  0.5213     0.6873 0.000 0.076 0.000 0.640 0.284
#> SRR934939     4  0.0290     0.8272 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934940     4  0.4286     0.7571 0.004 0.020 0.000 0.716 0.260
#> SRR934941     4  0.4227     0.7474 0.000 0.016 0.000 0.692 0.292
#> SRR934942     4  0.4404     0.7420 0.000 0.024 0.000 0.684 0.292
#> SRR934943     2  0.2929     0.8440 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR934944     1  0.3143     0.6921 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR934945     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934946     4  0.4442     0.7455 0.000 0.028 0.000 0.688 0.284
#> SRR934947     1  0.0404     0.9626 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934948     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934949     2  0.3210     0.8319 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934950     4  0.0404     0.8262 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934951     4  0.0290     0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934953     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934952     2  0.3707     0.7896 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934954     5  0.3876     0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934955     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934956     4  0.4214     0.7824 0.028 0.012 0.000 0.764 0.196
#> SRR934957     4  0.0000     0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934960     4  0.1082     0.8145 0.028 0.000 0.000 0.964 0.008
#> SRR934961     2  0.2471     0.8527 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR934962     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.0579     0.9601 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR934964     4  0.4318     0.7451 0.000 0.020 0.000 0.688 0.292
#> SRR934965     2  0.0000     0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     5  0.3876     0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934967     4  0.3419     0.7932 0.000 0.016 0.000 0.804 0.180
#> SRR934968     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934969     4  0.0162     0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934970     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934972     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934973     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934974     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934975     4  0.2966     0.7964 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR934976     5  0.3876     0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934977     1  0.0290     0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934978     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934979     5  0.3876     0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934980     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934981     4  0.4651     0.7414 0.012 0.020 0.000 0.684 0.284
#> SRR934982     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983     3  0.0000     0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984     3  0.3966     0.1583 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR934985     4  0.0162     0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934986     1  0.0794     0.9473 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR934987     2  0.6671     0.3053 0.000 0.440 0.000 0.268 0.292
#> SRR934988     4  0.3031     0.8033 0.004 0.020 0.000 0.856 0.120
#> SRR934989     1  0.0162     0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934990     4  0.4428     0.7443 0.004 0.020 0.000 0.692 0.284

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934718     1  0.1010     0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934719     4  0.2300     0.8089 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0363     0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934721     4  0.0865     0.8885 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934722     3  0.1007     0.9038 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR934723     6  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934724     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934725     4  0.0146     0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934726     4  0.2420     0.8462 0.076 0.000 0.040 0.884 0.000 0.000
#> SRR934727     1  0.1082     0.9381 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934729     2  0.3101     0.7831 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934732     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934733     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934734     6  0.0363     0.8342 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934735     1  0.1082     0.9384 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0363     0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934737     2  0.1610     0.8727 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR934738     4  0.0146     0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934740     6  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934739     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934741     2  0.1501     0.8742 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR934742     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934743     1  0.0458     0.9379 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0146     0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934745     1  0.3547     0.5997 0.696 0.000 0.004 0.300 0.000 0.000
#> SRR934746     2  0.2762     0.8310 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934750     2  0.1863     0.8684 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.0937     0.8875 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934751     1  0.1010     0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.0146     0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0146     0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934755     3  0.0865     0.9019 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934756     4  0.3852     0.3602 0.384 0.000 0.004 0.612 0.000 0.000
#> SRR934757     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934758     1  0.1010     0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0363     0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934760     2  0.0363     0.8821 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761     5  0.3862    -0.0810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR934762     4  0.0146     0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934763     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934764     4  0.0146     0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0405     0.9349 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR934766     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934767     6  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934768     1  0.1010     0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934769     5  0.3789     0.1577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR934770     1  0.1010     0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934772     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934771     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934773     1  0.0363     0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934774     4  0.2340     0.8165 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR934775     4  0.1082     0.8884 0.004 0.000 0.040 0.956 0.000 0.000
#> SRR934776     4  0.0865     0.8870 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934777     4  0.0146     0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934778     4  0.2793     0.7148 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR934779     6  0.0000     0.8467 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934780     4  0.3695     0.4692 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR934781     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934782     2  0.2491     0.7897 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934784     5  0.2260     0.7536 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934785     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934786     1  0.1010     0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934787     6  0.2260     0.9562 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR934788     4  0.3872     0.3357 0.392 0.000 0.004 0.604 0.000 0.000
#> SRR934789     4  0.1391     0.8851 0.016 0.000 0.040 0.944 0.000 0.000
#> SRR934790     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934791     4  0.0146     0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934792     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934793     6  0.0363     0.8342 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934794     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934795     4  0.0146     0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934796     1  0.1010     0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0363     0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934798     1  0.0363     0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934799     4  0.0291     0.8809 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR934800     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934801     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934802     3  0.1007     0.9038 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR934803     1  0.1010     0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934804     3  0.1007     0.9038 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR934805     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934806     1  0.4471    -0.0325 0.500 0.000 0.028 0.472 0.000 0.000
#> SRR934807     3  0.0260     0.9197 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934809     4  0.0790     0.8884 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR934810     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934811     3  0.0937     0.9040 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR934808     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0363     0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934813     3  0.1007     0.9038 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814     4  0.0146     0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934815     3  0.1082     0.9048 0.000 0.004 0.956 0.040 0.000 0.000
#> SRR934816     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.3854     0.3174 0.000 0.536 0.464 0.000 0.000 0.000
#> SRR934818     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934819     4  0.3807     0.3955 0.368 0.000 0.004 0.628 0.000 0.000
#> SRR934820     4  0.0146     0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934821     3  0.0790     0.9052 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934822     1  0.1082     0.9384 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934825     2  0.2048     0.8647 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR934826     4  0.3023     0.6822 0.212 0.000 0.004 0.784 0.000 0.000
#> SRR934827     1  0.1124     0.9382 0.956 0.000 0.008 0.036 0.000 0.000
#> SRR934828     4  0.5848     0.2915 0.256 0.000 0.256 0.488 0.000 0.000
#> SRR934829     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     3  0.2823     0.7405 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR934831     1  0.0363     0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934832     3  0.0937     0.9040 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR934833     4  0.1814     0.8234 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR934834     6  0.0713     0.8695 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934835     2  0.0547     0.8814 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836     1  0.1349     0.9265 0.940 0.000 0.004 0.056 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.0291     0.8803 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.2912     0.8150 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0363     0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.1010     0.9361 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934844     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934845     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.2730     0.8339 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934848     4  0.0146     0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.9350 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0790     0.9381 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0632     0.9101 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934853     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854     4  0.0865     0.8870 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934856     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934858     1  0.0935     0.9396 0.964 0.000 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR934859     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934860     2  0.2854     0.8218 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.2697     0.8365 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.2631     0.8411 0.000 0.820 0.180 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.0937     0.8875 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.2941     0.8114 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.2941     0.8114 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869     4  0.3804     0.3410 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR934870     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934871     3  0.1010     0.9087 0.000 0.036 0.960 0.004 0.000 0.000
#> SRR934872     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934873     3  0.3293     0.7413 0.140 0.000 0.812 0.048 0.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0146     0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934877     4  0.4010     0.2888 0.408 0.000 0.008 0.584 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.0146     0.9200 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934879     4  0.3515     0.5687 0.000 0.000 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR934880     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934881     3  0.1007     0.9038 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882     3  0.0865     0.9088 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.2941     0.8114 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR934885     2  0.3230     0.8131 0.000 0.776 0.212 0.012 0.000 0.000
#> SRR934886     3  0.0146     0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934887     3  0.0146     0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934888     3  0.3869    -0.2253 0.000 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR934889     2  0.2631     0.8409 0.000 0.820 0.180 0.000 0.000 0.000
#> SRR934890     3  0.3050     0.6546 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR934891     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934892     3  0.0260     0.9187 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934893     3  0.0291     0.9203 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR934894     5  0.2454     0.7341 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR934895     3  0.1010     0.9074 0.000 0.036 0.960 0.004 0.000 0.000
#> SRR934896     1  0.0363     0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934899     3  0.1007     0.9038 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR934900     3  0.0146     0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934901     2  0.2178     0.8610 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR934902     3  0.0146     0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934906     4  0.2941     0.7288 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR934907     3  0.0508     0.9188 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934908     3  0.3023     0.6493 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR934909     2  0.2941     0.8114 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR934910     5  0.2597     0.7230 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR934911     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934912     2  0.2941     0.8114 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.2553     0.7688 0.144 0.000 0.008 0.848 0.000 0.000
#> SRR934915     3  0.1910     0.8280 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR934916     1  0.1010     0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934917     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934918     5  0.2883     0.6669 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934919     4  0.3934     0.3367 0.376 0.000 0.008 0.616 0.000 0.000
#> SRR934920     1  0.0363     0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0146     0.9200 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934924     1  0.0665     0.9360 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008 0.000
#> SRR934923     1  0.1010     0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934925     3  0.0291     0.9203 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.0363     0.9192 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934928     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934929     3  0.3866     0.0904 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR934930     3  0.0146     0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934931     3  0.0260     0.9197 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.1765     0.8548 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR934936     3  0.0405     0.9202 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000
#> SRR934933     1  0.1010     0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0260     0.9189 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0291     0.9203 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR934939     4  0.1075     0.8865 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR934940     3  0.2178     0.8093 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR934941     3  0.0260     0.9197 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934942     3  0.0146     0.9200 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934943     2  0.2941     0.8114 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR934944     1  0.3979     0.5959 0.708 0.000 0.036 0.256 0.000 0.000
#> SRR934945     1  0.1643     0.8788 0.924 0.000 0.068 0.000 0.008 0.000
#> SRR934946     3  0.1007     0.9052 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934947     1  0.1082     0.9381 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR934948     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934949     2  0.3409     0.6994 0.000 0.700 0.300 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950     4  0.1075     0.8865 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR934951     4  0.0291     0.8820 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR934953     1  0.2404     0.8746 0.884 0.000 0.080 0.036 0.000 0.000
#> SRR934952     3  0.1007     0.9038 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR934954     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934955     1  0.0363     0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934956     3  0.2320     0.7988 0.004 0.000 0.864 0.132 0.000 0.000
#> SRR934957     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934960     4  0.0146     0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934961     2  0.2762     0.8310 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.3727     0.6951 0.748 0.000 0.216 0.036 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.0260     0.9197 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934967     4  0.3828     0.2811 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000 0.000
#> SRR934968     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934969     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934970     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934971     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934972     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934973     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934974     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934975     3  0.2562     0.7550 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> SRR934976     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934977     1  0.1010     0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934978     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934979     5  0.0363     0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934980     1  0.0363     0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934981     3  0.0146     0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934982     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934983     6  0.2300     0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934984     5  0.3789     0.1699 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR934985     4  0.0937     0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934986     1  0.1858     0.8906 0.904 0.000 0.004 0.092 0.000 0.000
#> SRR934987     3  0.1082     0.9058 0.000 0.040 0.956 0.004 0.000 0.000
#> SRR934988     4  0.2912     0.7271 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0363     0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934990     3  0.0146     0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:mclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.998       0.999         0.3339 0.666   0.666
#> 3 3 0.693           0.888       0.925         0.9091 0.691   0.535
#> 4 4 0.675           0.791       0.859         0.0573 0.913   0.780
#> 5 5 0.596           0.626       0.697         0.1061 0.863   0.627
#> 6 6 0.635           0.562       0.741         0.0718 0.855   0.516

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934718     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934719     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934720     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934721     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934722     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934723     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934724     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934725     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934726     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934727     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934728     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934729     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934730     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934731     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934732     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934733     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934734     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934735     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934736     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934737     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934738     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934740     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934739     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934741     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934742     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934743     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934744     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934745     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934746     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934747     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934748     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934750     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934749     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934751     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934752     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934753     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934754     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934755     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934756     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934757     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934758     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934759     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934760     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934761     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934762     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934763     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934764     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934765     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934766     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934767     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934768     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934769     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934770     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934772     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934771     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934773     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934774     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934775     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934776     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934777     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934778     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934779     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934780     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934781     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934782     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934783     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934784     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934785     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934786     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934787     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934788     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934789     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934790     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934791     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934792     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934793     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934794     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934795     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934796     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934797     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934798     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934799     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934800     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934801     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934802     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934803     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934804     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934805     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934806     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934807     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934809     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934810     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934811     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934808     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934812     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934813     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934814     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934815     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934816     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934817     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934818     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934819     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934820     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934821     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934822     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934823     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934825     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934826     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934827     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934828     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934829     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934830     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934831     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934832     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934833     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934834     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934835     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934836     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934837     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934839     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934840     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934841     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934842     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934844     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934845     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934846     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934847     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934848     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934849     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934850     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934851     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934853     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934852     2   0.833      0.641 0.264 0.736
#> SRR934854     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934856     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934858     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934859     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934860     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934861     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934862     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934863     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934864     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934865     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934866     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934867     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934868     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934869     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934870     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934871     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934872     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934873     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934874     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934875     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934877     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934878     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934879     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934880     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934881     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934882     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934883     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934884     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934885     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934886     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934887     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934888     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934889     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934890     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934891     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934892     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934893     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934894     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934895     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934896     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934897     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934898     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934899     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934900     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934901     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934902     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934903     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934905     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934906     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934907     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934908     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934909     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934910     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934911     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934912     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934913     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934914     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934915     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934916     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934917     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934918     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934919     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934920     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934921     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934922     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934924     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934923     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934925     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934926     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934927     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934928     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934929     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934930     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934931     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934932     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934934     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934935     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934936     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934933     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934937     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934938     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934939     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934940     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934941     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934942     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934943     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934944     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934945     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934946     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934947     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934948     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934949     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934950     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934951     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934953     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934952     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934954     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934955     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934956     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934957     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934958     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934959     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934960     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934961     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934962     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934963     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934964     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934965     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934967     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934968     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934969     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934970     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934971     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934972     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934973     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934974     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934975     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934976     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934977     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934978     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934979     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934980     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934981     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934982     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934983     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934984     2   0.000      0.995 0.000 1.000
#> SRR934985     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934986     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934987     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934988     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934989     1   0.000      1.000 1.000 0.000
#> SRR934990     1   0.000      1.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934719     3  0.6204      0.401 0.424 0.000 0.576
#> SRR934720     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934721     1  0.2711      0.826 0.912 0.000 0.088
#> SRR934722     3  0.2796      0.902 0.092 0.000 0.908
#> SRR934723     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934724     1  0.3192      0.809 0.888 0.000 0.112
#> SRR934725     1  0.3038      0.815 0.896 0.000 0.104
#> SRR934726     1  0.4291      0.873 0.820 0.000 0.180
#> SRR934727     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934728     1  0.0237      0.850 0.996 0.000 0.004
#> SRR934729     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934730     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934731     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934734     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934736     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934737     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0237      0.850 0.996 0.000 0.004
#> SRR934740     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934742     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.3551      0.899 0.868 0.000 0.132
#> SRR934744     1  0.5859      0.432 0.656 0.000 0.344
#> SRR934745     1  0.4452      0.864 0.808 0.000 0.192
#> SRR934746     3  0.1860      0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934747     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.6180      0.200 0.584 0.000 0.416
#> SRR934750     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.2537      0.832 0.920 0.000 0.080
#> SRR934751     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934752     1  0.3038      0.815 0.896 0.000 0.104
#> SRR934753     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.2261      0.838 0.932 0.000 0.068
#> SRR934755     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934757     1  0.5138      0.811 0.748 0.000 0.252
#> SRR934758     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934759     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934760     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934762     1  0.2066      0.842 0.940 0.000 0.060
#> SRR934763     1  0.4002      0.760 0.840 0.000 0.160
#> SRR934764     1  0.1163      0.850 0.972 0.000 0.028
#> SRR934765     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934766     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934767     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934769     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934772     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934774     3  0.1964      0.882 0.056 0.000 0.944
#> SRR934775     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934776     3  0.5621      0.670 0.308 0.000 0.692
#> SRR934777     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR934778     3  0.3816      0.871 0.148 0.000 0.852
#> SRR934779     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934780     3  0.2625      0.907 0.084 0.000 0.916
#> SRR934781     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.3816      0.772 0.852 0.000 0.148
#> SRR934784     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934787     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934789     1  0.3340      0.900 0.880 0.000 0.120
#> SRR934790     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791     1  0.1289      0.849 0.968 0.000 0.032
#> SRR934792     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     1  0.2066      0.842 0.940 0.000 0.060
#> SRR934796     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934797     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934798     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934799     1  0.3038      0.896 0.896 0.000 0.104
#> SRR934800     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.3551      0.899 0.868 0.000 0.132
#> SRR934804     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.1411      0.855 0.964 0.000 0.036
#> SRR934806     1  0.3619      0.898 0.864 0.000 0.136
#> SRR934807     3  0.3038      0.896 0.104 0.000 0.896
#> SRR934809     1  0.4002      0.762 0.840 0.000 0.160
#> SRR934810     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934811     3  0.1964      0.916 0.056 0.000 0.944
#> SRR934808     1  0.3116      0.897 0.892 0.000 0.108
#> SRR934812     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934813     3  0.2066      0.915 0.060 0.000 0.940
#> SRR934814     1  0.3038      0.815 0.896 0.000 0.104
#> SRR934815     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934816     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934817     3  0.2537      0.908 0.080 0.000 0.920
#> SRR934818     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934819     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934820     1  0.1411      0.849 0.964 0.000 0.036
#> SRR934821     3  0.0892      0.920 0.020 0.000 0.980
#> SRR934822     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934823     1  0.3551      0.872 0.868 0.000 0.132
#> SRR934825     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.3116      0.897 0.892 0.000 0.108
#> SRR934827     1  0.4504      0.860 0.804 0.000 0.196
#> SRR934828     3  0.6008      0.181 0.372 0.000 0.628
#> SRR934829     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934830     3  0.3038      0.896 0.104 0.000 0.896
#> SRR934831     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934832     3  0.3038      0.896 0.104 0.000 0.896
#> SRR934833     3  0.3412      0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934834     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934835     3  0.0237      0.925 0.004 0.000 0.996
#> SRR934836     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934837     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.2165      0.879 0.936 0.000 0.064
#> SRR934839     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934840     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934842     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934844     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934845     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934846     3  0.1860      0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934847     1  0.4002      0.759 0.840 0.000 0.160
#> SRR934848     1  0.2356      0.836 0.928 0.000 0.072
#> SRR934849     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934850     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934851     3  0.0892      0.922 0.020 0.000 0.980
#> SRR934853     3  0.3752      0.874 0.144 0.000 0.856
#> SRR934852     2  0.6509      0.122 0.004 0.524 0.472
#> SRR934854     3  0.6302      0.226 0.480 0.000 0.520
#> SRR934856     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934859     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934861     3  0.1860      0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934862     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.4178      0.744 0.828 0.000 0.172
#> SRR934864     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.4887      0.672 0.772 0.000 0.228
#> SRR934866     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934867     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934868     3  0.1860      0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934869     3  0.2796      0.902 0.092 0.000 0.908
#> SRR934870     1  0.0237      0.850 0.996 0.000 0.004
#> SRR934871     3  0.1860      0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934872     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     3  0.3619      0.777 0.136 0.000 0.864
#> SRR934874     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934875     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.2537      0.831 0.920 0.000 0.080
#> SRR934877     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934878     3  0.3412      0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934879     3  0.3412      0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934880     1  0.2261      0.838 0.932 0.000 0.068
#> SRR934881     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934882     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934883     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934884     3  0.1860      0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934885     3  0.1860      0.883 0.052 0.000 0.948
#> SRR934886     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934887     3  0.3192      0.891 0.112 0.000 0.888
#> SRR934888     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934889     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934890     3  0.3412      0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934891     1  0.5327      0.597 0.728 0.000 0.272
#> SRR934892     3  0.3412      0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934893     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     3  0.2796      0.902 0.092 0.000 0.908
#> SRR934896     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934897     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934898     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934899     3  0.0237      0.922 0.004 0.000 0.996
#> SRR934900     3  0.3482      0.881 0.128 0.000 0.872
#> SRR934901     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934902     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934903     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934905     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934906     3  0.6295      0.248 0.472 0.000 0.528
#> SRR934907     3  0.2796      0.902 0.092 0.000 0.908
#> SRR934908     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934909     3  0.2066      0.915 0.060 0.000 0.940
#> SRR934910     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934913     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934915     3  0.3412      0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934916     1  0.6590      0.830 0.756 0.112 0.132
#> SRR934917     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919     3  0.1031      0.908 0.024 0.000 0.976
#> SRR934920     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934921     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934922     3  0.3412      0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934924     1  0.5981      0.855 0.788 0.080 0.132
#> SRR934923     1  0.6590      0.830 0.756 0.112 0.132
#> SRR934925     3  0.2625      0.906 0.084 0.000 0.916
#> SRR934926     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934927     3  0.2796      0.902 0.092 0.000 0.908
#> SRR934928     1  0.5465      0.547 0.712 0.000 0.288
#> SRR934929     1  0.4702      0.847 0.788 0.000 0.212
#> SRR934930     3  0.3412      0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934931     3  0.3340      0.885 0.120 0.000 0.880
#> SRR934932     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934934     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934935     3  0.1753      0.918 0.048 0.000 0.952
#> SRR934936     3  0.2796      0.902 0.092 0.000 0.908
#> SRR934933     1  0.6590      0.830 0.756 0.112 0.132
#> SRR934937     3  0.4702      0.775 0.212 0.000 0.788
#> SRR934938     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939     3  0.5621      0.671 0.308 0.000 0.692
#> SRR934940     3  0.2959      0.898 0.100 0.000 0.900
#> SRR934941     3  0.3482      0.881 0.128 0.000 0.872
#> SRR934942     3  0.3267      0.888 0.116 0.000 0.884
#> SRR934943     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934945     1  0.5981      0.855 0.788 0.080 0.132
#> SRR934946     3  0.3038      0.896 0.104 0.000 0.896
#> SRR934947     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934948     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949     3  0.1860      0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934950     1  0.5529      0.531 0.704 0.000 0.296
#> SRR934951     1  0.3619      0.870 0.864 0.000 0.136
#> SRR934953     1  0.5581      0.863 0.788 0.036 0.176
#> SRR934952     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934956     3  0.3879      0.755 0.152 0.000 0.848
#> SRR934957     3  0.3412      0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934958     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934959     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934960     1  0.0237      0.850 0.996 0.000 0.004
#> SRR934961     3  0.1860      0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934962     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934963     1  0.5072      0.857 0.792 0.012 0.196
#> SRR934964     3  0.3412      0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934965     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.3412      0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934968     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969     1  0.0000      0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR934970     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934972     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934973     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934975     3  0.4178      0.854 0.172 0.000 0.828
#> SRR934976     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934978     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934981     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934983     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000      0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985     1  0.5529      0.605 0.704 0.000 0.296
#> SRR934986     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934987     3  0.2711      0.904 0.088 0.000 0.912
#> SRR934988     3  0.1163      0.921 0.028 0.000 0.972
#> SRR934989     1  0.3412      0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934990     3  0.4654      0.818 0.208 0.000 0.792

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     4  0.4776    0.90977 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR934718     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     2  0.6656    0.66090 0.136 0.608 0.000 0.256
#> SRR934720     1  0.0188    0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934721     1  0.7513    0.36489 0.492 0.284 0.000 0.224
#> SRR934722     2  0.3356    0.85195 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934723     4  0.4277    0.92559 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934724     2  0.7717   -0.00925 0.384 0.392 0.000 0.224
#> SRR934725     1  0.7677    0.32819 0.460 0.268 0.000 0.272
#> SRR934726     1  0.2675    0.80918 0.892 0.008 0.000 0.100
#> SRR934727     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     1  0.4888    0.72576 0.740 0.036 0.000 0.224
#> SRR934729     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.4713    0.91740 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR934732     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733     4  0.4776    0.90977 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR934734     4  0.4277    0.92559 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934735     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738     1  0.4609    0.73187 0.752 0.024 0.000 0.224
#> SRR934740     4  0.4277    0.92559 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934739     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934742     4  0.4356    0.93075 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR934743     1  0.2282    0.80977 0.924 0.052 0.000 0.024
#> SRR934744     1  0.7662    0.13397 0.436 0.344 0.000 0.220
#> SRR934745     1  0.3080    0.79180 0.880 0.096 0.000 0.024
#> SRR934746     2  0.1557    0.87301 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR934747     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     2  0.7483    0.38529 0.288 0.496 0.000 0.216
#> SRR934750     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749     1  0.7347    0.45779 0.528 0.244 0.000 0.228
#> SRR934751     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     1  0.7692    0.31768 0.456 0.268 0.000 0.276
#> SRR934753     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     1  0.7530    0.37975 0.492 0.272 0.000 0.236
#> SRR934755     2  0.2345    0.87071 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR934756     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934757     1  0.6488    0.43876 0.604 0.292 0.000 0.104
#> SRR934758     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0188    0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934760     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934762     1  0.6042    0.67267 0.672 0.104 0.000 0.224
#> SRR934763     2  0.7331    0.49895 0.212 0.528 0.000 0.260
#> SRR934764     1  0.7120    0.53305 0.564 0.212 0.000 0.224
#> SRR934765     1  0.0336    0.84005 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934766     4  0.4776    0.90977 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR934767     4  0.4277    0.92559 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934768     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771     3  0.4605    0.08744 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR934773     1  0.0188    0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934774     2  0.3612    0.86234 0.044 0.856 0.000 0.100
#> SRR934775     1  0.1389    0.83143 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR934776     2  0.4372    0.80023 0.004 0.728 0.000 0.268
#> SRR934777     1  0.4888    0.72549 0.740 0.036 0.000 0.224
#> SRR934778     2  0.3486    0.84704 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934779     4  0.4277    0.92559 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934780     2  0.4037    0.85380 0.056 0.832 0.000 0.112
#> SRR934781     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783     2  0.7866    0.06387 0.348 0.376 0.000 0.276
#> SRR934784     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     4  0.4331    0.92935 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR934788     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934789     1  0.1022    0.83585 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934790     3  0.4250    0.33008 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934791     1  0.5816    0.68713 0.688 0.088 0.000 0.224
#> SRR934792     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793     4  0.4277    0.92559 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934794     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     1  0.6724    0.61222 0.612 0.164 0.000 0.224
#> SRR934796     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0188    0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934798     1  0.0188    0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934799     1  0.1302    0.83288 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR934800     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803     1  0.2060    0.81371 0.932 0.052 0.000 0.016
#> SRR934804     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934805     1  0.4105    0.77321 0.812 0.032 0.000 0.156
#> SRR934806     1  0.1489    0.83261 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR934807     2  0.3649    0.84104 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR934809     1  0.7660    0.34369 0.464 0.260 0.000 0.276
#> SRR934810     4  0.4790    0.90486 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR934811     2  0.0707    0.87320 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934808     1  0.2345    0.81188 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR934812     1  0.0188    0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934813     2  0.2589    0.86848 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR934814     1  0.6606    0.62876 0.624 0.152 0.000 0.224
#> SRR934815     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934816     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.3123    0.85920 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR934818     3  0.0469    0.90038 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934819     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934820     1  0.5756    0.69029 0.692 0.084 0.000 0.224
#> SRR934821     2  0.4155    0.84828 0.072 0.828 0.000 0.100
#> SRR934822     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     1  0.2987    0.80330 0.880 0.016 0.000 0.104
#> SRR934825     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826     1  0.0336    0.83996 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934827     1  0.3080    0.79180 0.880 0.096 0.000 0.024
#> SRR934828     2  0.4372    0.54995 0.268 0.728 0.000 0.004
#> SRR934829     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     2  0.3528    0.84739 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR934831     1  0.0188    0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934832     2  0.2530    0.86721 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR934833     2  0.4567    0.79139 0.008 0.716 0.000 0.276
#> SRR934834     4  0.4277    0.92559 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934835     2  0.2149    0.87210 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR934836     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     1  0.1302    0.83288 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR934839     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.1474    0.87240 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR934841     1  0.0188    0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934842     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844     4  0.4776    0.90977 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR934845     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.1557    0.87301 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR934847     1  0.7556    0.37940 0.488 0.264 0.000 0.248
#> SRR934848     1  0.6798    0.59946 0.604 0.172 0.000 0.224
#> SRR934849     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     2  0.2867    0.86979 0.012 0.884 0.000 0.104
#> SRR934853     2  0.7129    0.57112 0.196 0.560 0.000 0.244
#> SRR934852     2  0.2704    0.78039 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR934854     2  0.5742    0.74199 0.060 0.664 0.000 0.276
#> SRR934856     3  0.4713   -0.01772 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR934858     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.2081    0.87284 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR934862     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863     2  0.7457    0.46507 0.220 0.504 0.000 0.276
#> SRR934864     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     2  0.6814    0.62907 0.140 0.584 0.000 0.276
#> SRR934866     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.1474    0.87240 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR934868     2  0.2281    0.87195 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR934869     2  0.3123    0.85917 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR934870     1  0.5056    0.72121 0.732 0.044 0.000 0.224
#> SRR934871     2  0.1637    0.87358 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR934872     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     2  0.5938    0.66861 0.232 0.676 0.000 0.092
#> SRR934874     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     1  0.7712    0.07515 0.404 0.372 0.000 0.224
#> SRR934877     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878     2  0.3688    0.83820 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR934879     2  0.6229    0.71883 0.132 0.664 0.000 0.204
#> SRR934880     1  0.6685    0.50717 0.600 0.268 0.000 0.132
#> SRR934881     2  0.1940    0.87285 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934882     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934883     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0188    0.87130 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934885     2  0.1978    0.83553 0.068 0.928 0.000 0.004
#> SRR934886     2  0.0188    0.87157 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934887     2  0.3583    0.84972 0.004 0.816 0.000 0.180
#> SRR934888     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934890     2  0.3498    0.85653 0.008 0.832 0.000 0.160
#> SRR934891     2  0.6855    0.62100 0.144 0.580 0.000 0.276
#> SRR934892     2  0.3486    0.84704 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934893     2  0.1940    0.87285 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934894     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     2  0.3356    0.85195 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934896     1  0.0188    0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934897     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.1557    0.84970 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR934899     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934900     2  0.5766    0.76398 0.104 0.704 0.000 0.192
#> SRR934901     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934902     2  0.2345    0.87071 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR934903     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.4564    0.93288 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR934906     2  0.5940    0.74951 0.120 0.692 0.000 0.188
#> SRR934907     2  0.3172    0.85788 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR934908     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934909     2  0.2149    0.87313 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR934910     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     2  0.1716    0.87304 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR934913     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     1  0.1474    0.83011 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934915     2  0.3726    0.83623 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934916     1  0.3716    0.77581 0.852 0.096 0.000 0.052
#> SRR934917     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919     2  0.1398    0.85434 0.040 0.956 0.000 0.004
#> SRR934920     1  0.0188    0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934921     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922     2  0.3837    0.82979 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR934924     1  0.2483    0.80608 0.916 0.052 0.000 0.032
#> SRR934923     1  0.3716    0.77581 0.852 0.096 0.000 0.052
#> SRR934925     2  0.2868    0.86448 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR934926     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     2  0.3219    0.85653 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR934928     2  0.6618    0.66031 0.124 0.604 0.000 0.272
#> SRR934929     2  0.6845    0.10841 0.448 0.452 0.000 0.100
#> SRR934930     2  0.3569    0.84409 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934931     2  0.3610    0.84269 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR934932     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.2281    0.87129 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR934936     2  0.3356    0.85195 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934933     1  0.3716    0.77581 0.852 0.096 0.000 0.052
#> SRR934937     2  0.7385    0.39648 0.296 0.508 0.000 0.196
#> SRR934938     2  0.2081    0.87244 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR934939     2  0.4539    0.79435 0.008 0.720 0.000 0.272
#> SRR934940     2  0.3400    0.85044 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR934941     2  0.4222    0.80021 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR934942     2  0.3610    0.84269 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR934943     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934944     1  0.0921    0.83675 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934945     1  0.2483    0.80608 0.916 0.052 0.000 0.032
#> SRR934946     2  0.3486    0.84704 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934947     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948     4  0.4564    0.93288 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR934949     2  0.0336    0.87189 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934950     2  0.6450    0.67904 0.108 0.616 0.000 0.276
#> SRR934951     1  0.2867    0.80526 0.884 0.012 0.000 0.104
#> SRR934953     1  0.3587    0.77791 0.856 0.104 0.000 0.040
#> SRR934952     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0188    0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934956     2  0.5820    0.67464 0.232 0.684 0.000 0.084
#> SRR934957     2  0.3688    0.83820 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR934958     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.4790    0.90445 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR934960     1  0.4399    0.73580 0.760 0.016 0.000 0.224
#> SRR934961     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.3813    0.75495 0.828 0.148 0.000 0.024
#> SRR934964     2  0.3837    0.82979 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR934965     2  0.0000    0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     2  0.3649    0.84023 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR934968     4  0.4661    0.92316 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR934969     1  0.5816    0.69009 0.688 0.088 0.000 0.224
#> SRR934970     4  0.4564    0.93288 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR934971     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934972     3  0.4761   -0.08062 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR934973     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974     3  0.4925   -0.35012 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR934975     2  0.4222    0.80021 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR934976     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0188    0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934981     2  0.2345    0.87071 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR934982     4  0.4431    0.93303 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR934983     4  0.4776    0.90977 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR934984     3  0.0000    0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985     2  0.6170    0.70841 0.192 0.672 0.000 0.136
#> SRR934986     1  0.0000    0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.3024    0.86262 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR934988     2  0.2987    0.86920 0.016 0.880 0.000 0.104
#> SRR934989     1  0.0188    0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934990     2  0.6885    0.60981 0.196 0.596 0.000 0.208

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     3  0.1671     0.8404 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934718     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934719     4  0.7383     0.3543 0.104 0.232 0.000 0.524 0.140
#> SRR934720     1  0.1341     0.7777 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR934721     4  0.4014     0.5653 0.256 0.016 0.000 0.728 0.000
#> SRR934722     2  0.6009     0.5226 0.000 0.544 0.000 0.320 0.136
#> SRR934723     3  0.0000     0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.4042     0.6105 0.212 0.032 0.000 0.756 0.000
#> SRR934725     4  0.3612     0.5911 0.228 0.008 0.000 0.764 0.000
#> SRR934726     1  0.6046     0.1631 0.520 0.044 0.000 0.396 0.040
#> SRR934727     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934728     4  0.3715     0.5571 0.260 0.004 0.000 0.736 0.000
#> SRR934729     2  0.2344     0.6662 0.000 0.904 0.000 0.064 0.032
#> SRR934730     2  0.1386     0.6533 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032
#> SRR934731     3  0.2280     0.7846 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR934732     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934733     3  0.1671     0.8404 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934734     3  0.0000     0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934736     1  0.2712     0.8065 0.880 0.000 0.000 0.088 0.032
#> SRR934737     2  0.1818     0.6417 0.000 0.932 0.000 0.024 0.044
#> SRR934738     4  0.3969     0.4586 0.304 0.004 0.000 0.692 0.000
#> SRR934740     3  0.0000     0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934741     2  0.2473     0.6427 0.000 0.896 0.000 0.032 0.072
#> SRR934742     3  0.0162     0.8421 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934743     1  0.5085     0.6777 0.780 0.048 0.028 0.068 0.076
#> SRR934744     4  0.8047     0.3034 0.184 0.232 0.000 0.436 0.148
#> SRR934745     1  0.7188     0.5052 0.532 0.172 0.004 0.240 0.052
#> SRR934746     2  0.3779     0.6462 0.000 0.776 0.000 0.200 0.024
#> SRR934747     2  0.1571     0.6366 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR934748     4  0.7663     0.1763 0.116 0.316 0.000 0.444 0.124
#> SRR934750     2  0.3526     0.6534 0.000 0.832 0.000 0.072 0.096
#> SRR934749     4  0.3942     0.5936 0.232 0.020 0.000 0.748 0.000
#> SRR934751     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934752     4  0.3454     0.6317 0.156 0.028 0.000 0.816 0.000
#> SRR934753     2  0.1571     0.6321 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR934754     4  0.3690     0.5978 0.224 0.012 0.000 0.764 0.000
#> SRR934755     2  0.6808     0.5008 0.020 0.488 0.000 0.320 0.172
#> SRR934756     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934757     4  0.8216     0.2706 0.292 0.180 0.000 0.376 0.152
#> SRR934758     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934759     1  0.1270     0.7792 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR934760     2  0.2460     0.6290 0.004 0.900 0.000 0.024 0.072
#> SRR934761     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934762     4  0.3861     0.5520 0.264 0.008 0.000 0.728 0.000
#> SRR934763     4  0.4121     0.6390 0.100 0.112 0.000 0.788 0.000
#> SRR934764     4  0.3750     0.5904 0.232 0.012 0.000 0.756 0.000
#> SRR934765     1  0.2389     0.8048 0.880 0.000 0.000 0.116 0.004
#> SRR934766     3  0.1732     0.8366 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR934767     3  0.0000     0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934769     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934770     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934772     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934771     3  0.4060     0.0624 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR934773     1  0.1270     0.7792 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR934774     2  0.7725     0.3380 0.080 0.404 0.000 0.336 0.180
#> SRR934775     1  0.3010     0.7634 0.824 0.004 0.000 0.172 0.000
#> SRR934776     4  0.4676     0.3640 0.008 0.264 0.000 0.696 0.032
#> SRR934777     4  0.3790     0.5370 0.272 0.004 0.000 0.724 0.000
#> SRR934778     2  0.6099     0.4866 0.000 0.512 0.000 0.352 0.136
#> SRR934779     3  0.0000     0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780     2  0.7585     0.4003 0.084 0.428 0.000 0.340 0.148
#> SRR934781     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934782     2  0.1282     0.6639 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR934783     4  0.3810     0.6277 0.176 0.036 0.000 0.788 0.000
#> SRR934784     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934785     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934786     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934787     3  0.0162     0.8421 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934788     1  0.2536     0.7983 0.868 0.004 0.000 0.128 0.000
#> SRR934789     1  0.3266     0.7386 0.796 0.004 0.000 0.200 0.000
#> SRR934790     3  0.4262    -0.3928 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR934791     4  0.3835     0.5582 0.260 0.008 0.000 0.732 0.000
#> SRR934792     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934793     3  0.0000     0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934795     4  0.3671     0.5867 0.236 0.008 0.000 0.756 0.000
#> SRR934796     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934797     1  0.1197     0.7803 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR934798     1  0.1992     0.7926 0.924 0.000 0.000 0.032 0.044
#> SRR934799     1  0.3231     0.7401 0.800 0.004 0.000 0.196 0.000
#> SRR934800     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934801     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934802     2  0.2189     0.6655 0.000 0.904 0.000 0.084 0.012
#> SRR934803     1  0.5415     0.6973 0.732 0.084 0.004 0.132 0.048
#> SRR934804     2  0.3697     0.6541 0.008 0.832 0.000 0.088 0.072
#> SRR934805     4  0.4283     0.4176 0.348 0.008 0.000 0.644 0.000
#> SRR934806     1  0.4002     0.7514 0.780 0.008 0.000 0.184 0.028
#> SRR934807     2  0.6121     0.4480 0.000 0.488 0.000 0.380 0.132
#> SRR934809     4  0.3779     0.6158 0.200 0.024 0.000 0.776 0.000
#> SRR934810     3  0.1671     0.8404 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934811     2  0.6717     0.5675 0.024 0.536 0.000 0.264 0.176
#> SRR934808     1  0.4298     0.4545 0.640 0.008 0.000 0.352 0.000
#> SRR934812     1  0.1121     0.7815 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR934813     2  0.5245     0.5572 0.000 0.608 0.000 0.328 0.064
#> SRR934814     4  0.3519     0.6028 0.216 0.008 0.000 0.776 0.000
#> SRR934815     2  0.5952     0.6240 0.024 0.652 0.000 0.168 0.156
#> SRR934816     2  0.2570     0.6471 0.000 0.888 0.000 0.028 0.084
#> SRR934817     2  0.6009     0.5226 0.000 0.544 0.000 0.320 0.136
#> SRR934818     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934819     1  0.2471     0.7942 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR934820     4  0.3783     0.5689 0.252 0.008 0.000 0.740 0.000
#> SRR934821     2  0.7667     0.4114 0.084 0.424 0.000 0.328 0.164
#> SRR934822     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934823     1  0.4648     0.1135 0.524 0.012 0.000 0.464 0.000
#> SRR934825     2  0.2850     0.6319 0.000 0.872 0.000 0.036 0.092
#> SRR934826     1  0.3160     0.7503 0.808 0.004 0.000 0.188 0.000
#> SRR934827     1  0.7318     0.4486 0.508 0.212 0.004 0.228 0.048
#> SRR934828     2  0.7694     0.3704 0.140 0.496 0.000 0.212 0.152
#> SRR934829     2  0.3226     0.6531 0.000 0.852 0.000 0.060 0.088
#> SRR934830     2  0.6416     0.4572 0.000 0.452 0.000 0.372 0.176
#> SRR934831     1  0.1197     0.7803 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR934832     2  0.6117     0.5465 0.000 0.540 0.000 0.304 0.156
#> SRR934833     4  0.4844     0.2216 0.000 0.280 0.000 0.668 0.052
#> SRR934834     3  0.0000     0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.4297     0.6058 0.000 0.692 0.000 0.288 0.020
#> SRR934836     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934837     2  0.1410     0.6345 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR934838     1  0.3796     0.5790 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR934839     2  0.2293     0.6427 0.000 0.900 0.000 0.016 0.084
#> SRR934840     2  0.4343     0.6607 0.000 0.768 0.000 0.136 0.096
#> SRR934841     1  0.1522     0.7862 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR934842     2  0.1430     0.6392 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR934843     1  0.3116     0.8012 0.852 0.012 0.000 0.124 0.012
#> SRR934844     3  0.1671     0.8404 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934845     2  0.1410     0.6345 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR934846     2  0.3319     0.6593 0.000 0.820 0.000 0.160 0.020
#> SRR934847     4  0.3909     0.6063 0.216 0.024 0.000 0.760 0.000
#> SRR934848     4  0.3835     0.5582 0.260 0.008 0.000 0.732 0.000
#> SRR934849     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934850     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934851     2  0.7301     0.4613 0.044 0.444 0.000 0.328 0.184
#> SRR934853     4  0.6307     0.5658 0.132 0.128 0.000 0.656 0.084
#> SRR934852     2  0.7967     0.3313 0.080 0.544 0.064 0.124 0.188
#> SRR934854     4  0.2516     0.5559 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR934856     3  0.4030     0.0727 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR934858     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934859     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934860     2  0.3039     0.6637 0.000 0.836 0.000 0.152 0.012
#> SRR934861     2  0.3789     0.6424 0.000 0.768 0.000 0.212 0.020
#> SRR934862     2  0.1117     0.6575 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR934863     4  0.3857     0.6459 0.108 0.084 0.000 0.808 0.000
#> SRR934864     2  0.1670     0.6387 0.000 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR934865     4  0.2825     0.5799 0.016 0.124 0.000 0.860 0.000
#> SRR934866     2  0.3593     0.6563 0.000 0.828 0.000 0.084 0.088
#> SRR934867     2  0.4918     0.6498 0.000 0.708 0.000 0.192 0.100
#> SRR934868     2  0.4141     0.6267 0.000 0.728 0.000 0.248 0.024
#> SRR934869     2  0.6144     0.4899 0.000 0.512 0.000 0.344 0.144
#> SRR934870     4  0.3766     0.5440 0.268 0.004 0.000 0.728 0.000
#> SRR934871     2  0.6131     0.5638 0.000 0.548 0.000 0.284 0.168
#> SRR934872     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934873     2  0.8131     0.2696 0.200 0.392 0.000 0.280 0.128
#> SRR934874     2  0.2208     0.6181 0.000 0.908 0.000 0.020 0.072
#> SRR934875     2  0.1638     0.6355 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR934876     4  0.4233     0.6104 0.208 0.044 0.000 0.748 0.000
#> SRR934877     1  0.2865     0.7955 0.856 0.004 0.000 0.132 0.008
#> SRR934878     2  0.6080     0.4902 0.000 0.520 0.000 0.344 0.136
#> SRR934879     4  0.7802     0.0831 0.112 0.332 0.000 0.412 0.144
#> SRR934880     4  0.8217     0.4148 0.252 0.268 0.000 0.360 0.120
#> SRR934881     2  0.3961     0.6270 0.000 0.736 0.000 0.248 0.016
#> SRR934882     2  0.6899     0.5871 0.008 0.572 0.040 0.228 0.152
#> SRR934883     2  0.2017     0.6229 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR934884     2  0.2136     0.6695 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008
#> SRR934885     2  0.6794     0.4389 0.080 0.592 0.000 0.208 0.120
#> SRR934886     2  0.6488     0.5991 0.032 0.596 0.000 0.184 0.188
#> SRR934887     2  0.6188     0.4430 0.000 0.492 0.000 0.364 0.144
#> SRR934888     2  0.1571     0.6664 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR934889     2  0.3019     0.6637 0.000 0.864 0.000 0.088 0.048
#> SRR934890     2  0.6638     0.2742 0.012 0.428 0.000 0.408 0.152
#> SRR934891     4  0.3521     0.5612 0.024 0.144 0.000 0.824 0.008
#> SRR934892     2  0.6140     0.4680 0.000 0.504 0.000 0.356 0.140
#> SRR934893     2  0.7753     0.4566 0.024 0.448 0.044 0.320 0.164
#> SRR934894     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934895     2  0.6009     0.5226 0.000 0.544 0.000 0.320 0.136
#> SRR934896     1  0.1341     0.7777 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR934897     2  0.2685     0.6443 0.000 0.880 0.000 0.028 0.092
#> SRR934898     5  0.4235     0.8547 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR934899     2  0.5140     0.6303 0.016 0.720 0.000 0.096 0.168
#> SRR934900     4  0.7362    -0.1338 0.060 0.384 0.000 0.408 0.148
#> SRR934901     2  0.0693     0.6537 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR934902     2  0.6866     0.5128 0.024 0.496 0.000 0.304 0.176
#> SRR934903     2  0.1544     0.6316 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR934905     3  0.1341     0.8453 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR934906     4  0.7808     0.0458 0.132 0.328 0.000 0.416 0.124
#> SRR934907     2  0.6022     0.5172 0.000 0.540 0.000 0.324 0.136
#> SRR934908     2  0.1579     0.6545 0.000 0.944 0.000 0.024 0.032
#> SRR934909     2  0.5600     0.5804 0.000 0.616 0.000 0.268 0.116
#> SRR934910     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934911     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934912     2  0.4021     0.6516 0.000 0.764 0.000 0.200 0.036
#> SRR934913     2  0.1571     0.6382 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR934914     1  0.3132     0.7613 0.820 0.008 0.000 0.172 0.000
#> SRR934915     2  0.6117     0.4671 0.000 0.504 0.000 0.360 0.136
#> SRR934916     1  0.7621     0.4491 0.544 0.208 0.032 0.156 0.060
#> SRR934917     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934918     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934919     2  0.7384     0.4270 0.096 0.528 0.000 0.208 0.168
#> SRR934920     1  0.1270     0.7792 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR934921     2  0.1628     0.6413 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR934922     2  0.6220     0.3436 0.000 0.432 0.000 0.428 0.140
#> SRR934924     1  0.6871     0.5551 0.636 0.024 0.116 0.148 0.076
#> SRR934923     1  0.6931     0.5409 0.632 0.136 0.032 0.140 0.060
#> SRR934925     2  0.5967     0.5310 0.000 0.556 0.000 0.308 0.136
#> SRR934926     2  0.1410     0.6345 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR934927     2  0.6035     0.5082 0.000 0.536 0.000 0.328 0.136
#> SRR934928     4  0.4696     0.6457 0.136 0.112 0.000 0.748 0.004
#> SRR934929     4  0.8212     0.1742 0.264 0.224 0.000 0.380 0.132
#> SRR934930     2  0.6090     0.4852 0.000 0.516 0.000 0.348 0.136
#> SRR934931     2  0.6146     0.4489 0.000 0.488 0.000 0.376 0.136
#> SRR934932     2  0.2669     0.6063 0.000 0.876 0.000 0.020 0.104
#> SRR934934     2  0.3031     0.5924 0.004 0.856 0.000 0.020 0.120
#> SRR934935     2  0.4817     0.5873 0.000 0.656 0.000 0.300 0.044
#> SRR934936     2  0.6035     0.5082 0.000 0.536 0.000 0.328 0.136
#> SRR934933     1  0.7074     0.5263 0.616 0.136 0.032 0.156 0.060
#> SRR934937     4  0.8119     0.2051 0.164 0.264 0.000 0.412 0.160
#> SRR934938     2  0.7682     0.4411 0.016 0.440 0.040 0.312 0.192
#> SRR934939     4  0.5501     0.3614 0.008 0.228 0.000 0.660 0.104
#> SRR934940     2  0.5996     0.5295 0.000 0.548 0.000 0.316 0.136
#> SRR934941     4  0.5781     0.0962 0.000 0.308 0.000 0.576 0.116
#> SRR934942     2  0.6047     0.5086 0.000 0.532 0.000 0.332 0.136
#> SRR934943     2  0.0290     0.6571 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934944     1  0.3047     0.7745 0.832 0.004 0.000 0.160 0.004
#> SRR934945     1  0.6871     0.5551 0.636 0.024 0.116 0.148 0.076
#> SRR934946     2  0.6080     0.5048 0.000 0.528 0.000 0.332 0.140
#> SRR934947     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934948     3  0.1121     0.8473 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934949     2  0.2920     0.6603 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR934950     4  0.3256     0.5564 0.016 0.148 0.000 0.832 0.004
#> SRR934951     1  0.4504     0.2270 0.564 0.008 0.000 0.428 0.000
#> SRR934953     1  0.7506     0.4367 0.544 0.220 0.028 0.156 0.052
#> SRR934952     2  0.1124     0.6637 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR934954     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934955     1  0.1121     0.7815 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR934956     2  0.8251     0.2491 0.216 0.380 0.000 0.260 0.144
#> SRR934957     2  0.6390     0.3757 0.008 0.468 0.000 0.392 0.132
#> SRR934958     2  0.1410     0.6336 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR934959     3  0.1671     0.8404 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934960     4  0.3861     0.5076 0.284 0.004 0.000 0.712 0.000
#> SRR934961     2  0.2130     0.6659 0.000 0.908 0.000 0.080 0.012
#> SRR934962     2  0.1493     0.6575 0.000 0.948 0.000 0.028 0.024
#> SRR934963     1  0.7385     0.3580 0.484 0.276 0.004 0.188 0.048
#> SRR934964     4  0.6361    -0.3301 0.004 0.424 0.000 0.432 0.140
#> SRR934965     2  0.1571     0.6374 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR934966     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934967     2  0.6270     0.4451 0.004 0.496 0.000 0.364 0.136
#> SRR934968     3  0.1341     0.8452 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR934969     4  0.3835     0.5565 0.260 0.008 0.000 0.732 0.000
#> SRR934970     3  0.1121     0.8473 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934971     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934972     3  0.4088    -0.0316 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR934973     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934974     3  0.3586     0.4492 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR934975     4  0.5254     0.2493 0.000 0.272 0.000 0.644 0.084
#> SRR934976     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934977     1  0.2179     0.8096 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004
#> SRR934978     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934979     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934980     1  0.1695     0.7755 0.940 0.008 0.008 0.000 0.044
#> SRR934981     2  0.7002     0.4859 0.028 0.468 0.000 0.328 0.176
#> SRR934982     3  0.0162     0.8421 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934983     3  0.1671     0.8404 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934984     5  0.4030     0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934985     4  0.8016    -0.0461 0.144 0.292 0.000 0.412 0.152
#> SRR934986     1  0.2233     0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934987     2  0.5905     0.5533 0.000 0.572 0.000 0.292 0.136
#> SRR934988     2  0.7161     0.2621 0.032 0.404 0.000 0.384 0.180
#> SRR934989     1  0.1341     0.7777 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR934990     4  0.7828     0.0915 0.116 0.328 0.000 0.412 0.144

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     6  0.3175     0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR934718     1  0.0146     0.5235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934719     3  0.4334     0.3113 0.004 0.004 0.616 0.360 0.016 0.000
#> SRR934720     1  0.5182     0.0834 0.484 0.024 0.000 0.040 0.452 0.000
#> SRR934721     4  0.3405     0.8089 0.076 0.000 0.112 0.812 0.000 0.000
#> SRR934722     3  0.1225     0.6436 0.000 0.036 0.952 0.000 0.012 0.000
#> SRR934723     6  0.3838     0.7003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR934724     4  0.3054     0.7908 0.036 0.000 0.136 0.828 0.000 0.000
#> SRR934725     4  0.3211     0.8096 0.120 0.000 0.056 0.824 0.000 0.000
#> SRR934726     3  0.6762    -0.1433 0.376 0.052 0.436 0.116 0.020 0.000
#> SRR934727     1  0.0260     0.5222 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934728     4  0.3054     0.7995 0.136 0.000 0.036 0.828 0.000 0.000
#> SRR934729     2  0.4833     0.7213 0.000 0.668 0.256 0.044 0.032 0.000
#> SRR934730     2  0.3431     0.7925 0.000 0.756 0.228 0.000 0.016 0.000
#> SRR934731     6  0.3050     0.8318 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR934732     6  0.0260     0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934733     6  0.3175     0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR934734     6  0.3838     0.7003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR934735     1  0.0146     0.5231 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934736     1  0.3426     0.3522 0.720 0.000 0.000 0.004 0.276 0.000
#> SRR934737     2  0.2170     0.7879 0.000 0.888 0.100 0.000 0.012 0.000
#> SRR934738     4  0.3101     0.7871 0.148 0.000 0.032 0.820 0.000 0.000
#> SRR934740     6  0.3838     0.7003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR934739     6  0.0000     0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.2214     0.7839 0.000 0.888 0.096 0.000 0.016 0.000
#> SRR934742     6  0.3782     0.7302 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR934743     1  0.7219    -0.6011 0.456 0.048 0.048 0.148 0.300 0.000
#> SRR934744     3  0.5001     0.4560 0.016 0.016 0.616 0.324 0.028 0.000
#> SRR934745     1  0.8453    -0.6577 0.352 0.156 0.100 0.148 0.244 0.000
#> SRR934746     3  0.3956     0.3149 0.000 0.264 0.704 0.000 0.032 0.000
#> SRR934747     2  0.2772     0.8091 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR934748     3  0.5083     0.2795 0.040 0.004 0.584 0.352 0.020 0.000
#> SRR934750     2  0.3012     0.7718 0.000 0.796 0.196 0.000 0.008 0.000
#> SRR934749     4  0.3612     0.8101 0.100 0.000 0.104 0.796 0.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0458     0.5214 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934752     4  0.3511     0.7314 0.024 0.000 0.216 0.760 0.000 0.000
#> SRR934753     2  0.2595     0.8056 0.000 0.836 0.160 0.000 0.004 0.000
#> SRR934754     4  0.3215     0.8156 0.100 0.000 0.072 0.828 0.000 0.000
#> SRR934755     3  0.5549     0.6345 0.008 0.128 0.656 0.176 0.032 0.000
#> SRR934756     1  0.0000     0.5232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934757     3  0.7059     0.3640 0.156 0.068 0.468 0.288 0.020 0.000
#> SRR934758     1  0.0000     0.5232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.4147     0.2581 0.552 0.000 0.000 0.012 0.436 0.000
#> SRR934760     2  0.2798     0.7635 0.000 0.852 0.112 0.000 0.036 0.000
#> SRR934761     6  0.0000     0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934762     4  0.3054     0.7995 0.136 0.000 0.036 0.828 0.000 0.000
#> SRR934763     4  0.2907     0.7781 0.020 0.000 0.152 0.828 0.000 0.000
#> SRR934764     4  0.3130     0.8064 0.124 0.000 0.048 0.828 0.000 0.000
#> SRR934765     1  0.1503     0.5072 0.944 0.000 0.016 0.008 0.032 0.000
#> SRR934766     6  0.3101     0.8290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR934767     6  0.3838     0.7003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR934768     1  0.0146     0.5235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934769     6  0.0000     0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0146     0.5235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934772     6  0.0000     0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934771     6  0.2854     0.8385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR934773     1  0.4123     0.2686 0.568 0.000 0.000 0.012 0.420 0.000
#> SRR934774     3  0.5805     0.5843 0.020 0.112 0.632 0.208 0.028 0.000
#> SRR934775     1  0.3905     0.3663 0.716 0.000 0.024 0.256 0.004 0.000
#> SRR934776     4  0.4128     0.1445 0.000 0.004 0.488 0.504 0.004 0.000
#> SRR934777     4  0.3210     0.7740 0.168 0.000 0.028 0.804 0.000 0.000
#> SRR934778     3  0.2068     0.6647 0.000 0.020 0.916 0.048 0.016 0.000
#> SRR934779     6  0.3838     0.7003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR934780     3  0.4276     0.6486 0.032 0.080 0.796 0.068 0.024 0.000
#> SRR934781     6  0.0000     0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.3907     0.7535 0.000 0.704 0.268 0.000 0.028 0.000
#> SRR934783     4  0.3248     0.7802 0.032 0.000 0.164 0.804 0.000 0.000
#> SRR934784     6  0.0260     0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934785     6  0.0260     0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934786     1  0.0547     0.5190 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934787     6  0.3789     0.7270 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR934788     1  0.1745     0.5047 0.924 0.000 0.020 0.056 0.000 0.000
#> SRR934789     1  0.4224     0.2940 0.632 0.000 0.028 0.340 0.000 0.000
#> SRR934790     6  0.1814     0.8567 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR934791     4  0.3377     0.7566 0.188 0.000 0.028 0.784 0.000 0.000
#> SRR934792     6  0.0260     0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934793     6  0.3838     0.7003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR934794     6  0.0260     0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934795     4  0.3215     0.8158 0.100 0.000 0.072 0.828 0.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000     0.5232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.4157     0.2536 0.544 0.000 0.000 0.012 0.444 0.000
#> SRR934798     1  0.3950     0.2738 0.564 0.000 0.000 0.004 0.432 0.000
#> SRR934799     1  0.4332     0.2723 0.616 0.000 0.032 0.352 0.000 0.000
#> SRR934800     6  0.0260     0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934801     6  0.0260     0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934802     2  0.4292     0.6610 0.000 0.628 0.340 0.000 0.032 0.000
#> SRR934803     1  0.7008    -0.3813 0.524 0.052 0.072 0.096 0.256 0.000
#> SRR934804     2  0.6477     0.1711 0.012 0.472 0.368 0.076 0.072 0.000
#> SRR934805     4  0.4146     0.6257 0.288 0.000 0.036 0.676 0.000 0.000
#> SRR934806     1  0.5229     0.3046 0.668 0.020 0.040 0.236 0.036 0.000
#> SRR934807     3  0.1536     0.6580 0.000 0.024 0.944 0.020 0.012 0.000
#> SRR934809     4  0.3718     0.8104 0.132 0.000 0.084 0.784 0.000 0.000
#> SRR934810     6  0.3245     0.8337 0.000 0.000 0.000 0.008 0.228 0.764
#> SRR934811     3  0.3641     0.6095 0.008 0.148 0.804 0.016 0.024 0.000
#> SRR934808     1  0.4886     0.2787 0.620 0.000 0.076 0.300 0.004 0.000
#> SRR934812     1  0.4067     0.2596 0.548 0.000 0.000 0.008 0.444 0.000
#> SRR934813     3  0.3628     0.5703 0.000 0.112 0.816 0.040 0.032 0.000
#> SRR934814     4  0.3644     0.8101 0.088 0.000 0.120 0.792 0.000 0.000
#> SRR934815     3  0.5414     0.4558 0.016 0.240 0.652 0.052 0.040 0.000
#> SRR934816     2  0.2948     0.7787 0.000 0.804 0.188 0.000 0.008 0.000
#> SRR934817     3  0.1745     0.6250 0.000 0.068 0.920 0.000 0.012 0.000
#> SRR934818     6  0.0146     0.8646 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934819     1  0.1682     0.5040 0.928 0.000 0.020 0.052 0.000 0.000
#> SRR934820     4  0.3123     0.8016 0.136 0.000 0.040 0.824 0.000 0.000
#> SRR934821     3  0.5475     0.6161 0.020 0.108 0.672 0.176 0.024 0.000
#> SRR934822     1  0.0000     0.5232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     1  0.5482    -0.2121 0.456 0.004 0.092 0.444 0.004 0.000
#> SRR934825     2  0.2630     0.7714 0.008 0.876 0.096 0.008 0.012 0.000
#> SRR934826     1  0.3876     0.3526 0.700 0.000 0.024 0.276 0.000 0.000
#> SRR934827     1  0.8532    -0.6521 0.348 0.156 0.116 0.148 0.232 0.000
#> SRR934828     2  0.8191    -0.2418 0.040 0.296 0.276 0.144 0.244 0.000
#> SRR934829     2  0.3198     0.7750 0.000 0.796 0.188 0.008 0.008 0.000
#> SRR934830     3  0.2386     0.6594 0.000 0.052 0.900 0.024 0.024 0.000
#> SRR934831     1  0.4157     0.2536 0.544 0.000 0.000 0.012 0.444 0.000
#> SRR934832     3  0.2345     0.6562 0.000 0.060 0.900 0.020 0.020 0.000
#> SRR934833     3  0.3620     0.2912 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000
#> SRR934834     6  0.3789     0.7270 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR934835     3  0.3865     0.3523 0.000 0.248 0.720 0.000 0.032 0.000
#> SRR934836     1  0.0146     0.5235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934837     2  0.2772     0.8091 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR934838     4  0.4602     0.1509 0.480 0.004 0.028 0.488 0.000 0.000
#> SRR934839     2  0.2389     0.7993 0.000 0.864 0.128 0.000 0.008 0.000
#> SRR934840     2  0.4493     0.1557 0.000 0.492 0.484 0.008 0.016 0.000
#> SRR934841     1  0.3966     0.2649 0.552 0.000 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR934842     2  0.2346     0.8043 0.000 0.868 0.124 0.000 0.008 0.000
#> SRR934843     1  0.5551     0.2522 0.684 0.036 0.076 0.036 0.168 0.000
#> SRR934844     6  0.3198     0.8225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR934845     2  0.2772     0.8091 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR934846     3  0.4060     0.2628 0.000 0.284 0.684 0.000 0.032 0.000
#> SRR934847     4  0.3775     0.8065 0.092 0.000 0.128 0.780 0.000 0.000
#> SRR934848     4  0.3344     0.7949 0.152 0.000 0.044 0.804 0.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0146     0.5235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934850     1  0.2562     0.4355 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR934851     3  0.5212     0.6444 0.028 0.112 0.704 0.140 0.016 0.000
#> SRR934853     4  0.5105     0.1924 0.068 0.000 0.428 0.500 0.004 0.000
#> SRR934852     2  0.7117     0.1229 0.004 0.508 0.064 0.024 0.204 0.196
#> SRR934854     4  0.2883     0.7313 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR934856     6  0.3023     0.8336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR934858     1  0.0146     0.5235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934859     6  0.0000     0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934860     3  0.4657    -0.2993 0.000 0.456 0.508 0.004 0.032 0.000
#> SRR934861     3  0.3934     0.3189 0.000 0.260 0.708 0.000 0.032 0.000
#> SRR934862     2  0.3470     0.8005 0.000 0.772 0.200 0.000 0.028 0.000
#> SRR934863     4  0.3217     0.7291 0.008 0.000 0.224 0.768 0.000 0.000
#> SRR934864     2  0.2450     0.7965 0.000 0.868 0.116 0.000 0.016 0.000
#> SRR934865     4  0.2883     0.7351 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR934866     2  0.3012     0.7718 0.000 0.796 0.196 0.000 0.008 0.000
#> SRR934867     3  0.4551     0.0251 0.000 0.436 0.536 0.012 0.016 0.000
#> SRR934868     3  0.3766     0.3768 0.000 0.232 0.736 0.000 0.032 0.000
#> SRR934869     3  0.4182     0.5571 0.000 0.028 0.724 0.228 0.020 0.000
#> SRR934870     4  0.3054     0.7995 0.136 0.000 0.036 0.828 0.000 0.000
#> SRR934871     3  0.3242     0.5942 0.000 0.148 0.816 0.004 0.032 0.000
#> SRR934872     6  0.0260     0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934873     3  0.5113     0.5562 0.128 0.092 0.724 0.032 0.024 0.000
#> SRR934874     2  0.1918     0.7792 0.000 0.904 0.088 0.000 0.008 0.000
#> SRR934875     2  0.2772     0.8091 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR934876     4  0.3254     0.8007 0.056 0.000 0.124 0.820 0.000 0.000
#> SRR934877     1  0.3610     0.4189 0.836 0.016 0.080 0.040 0.028 0.000
#> SRR934878     3  0.3111     0.6233 0.000 0.008 0.820 0.156 0.016 0.000
#> SRR934879     3  0.4845     0.4779 0.016 0.012 0.624 0.324 0.024 0.000
#> SRR934880     3  0.5880    -0.1128 0.140 0.012 0.456 0.392 0.000 0.000
#> SRR934881     3  0.4996     0.1868 0.000 0.304 0.624 0.040 0.032 0.000
#> SRR934882     3  0.6230     0.3647 0.012 0.276 0.564 0.080 0.068 0.000
#> SRR934883     2  0.1970     0.7822 0.000 0.900 0.092 0.000 0.008 0.000
#> SRR934884     2  0.4389     0.6050 0.000 0.596 0.372 0.000 0.032 0.000
#> SRR934885     2  0.6789     0.3127 0.048 0.588 0.136 0.144 0.084 0.000
#> SRR934886     3  0.6313     0.4420 0.024 0.184 0.608 0.124 0.060 0.000
#> SRR934887     3  0.4056     0.5962 0.000 0.008 0.704 0.264 0.024 0.000
#> SRR934888     2  0.4135     0.7108 0.000 0.668 0.300 0.000 0.032 0.000
#> SRR934889     2  0.5176     0.6451 0.000 0.640 0.264 0.056 0.040 0.000
#> SRR934890     3  0.5020     0.5116 0.000 0.044 0.600 0.332 0.024 0.000
#> SRR934891     4  0.3244     0.6712 0.000 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR934892     3  0.4130     0.5060 0.000 0.012 0.704 0.260 0.024 0.000
#> SRR934893     3  0.6797     0.4926 0.012 0.176 0.524 0.216 0.072 0.000
#> SRR934894     6  0.0260     0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934895     3  0.1218     0.6472 0.000 0.028 0.956 0.004 0.012 0.000
#> SRR934896     1  0.4157     0.2536 0.544 0.000 0.000 0.012 0.444 0.000
#> SRR934897     2  0.3073     0.7800 0.000 0.788 0.204 0.000 0.008 0.000
#> SRR934898     6  0.0632     0.8610 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934899     3  0.7236     0.1686 0.028 0.316 0.440 0.140 0.076 0.000
#> SRR934900     3  0.4649     0.5045 0.004 0.024 0.632 0.324 0.016 0.000
#> SRR934901     2  0.2841     0.8058 0.000 0.824 0.164 0.000 0.012 0.000
#> SRR934902     3  0.4611     0.6002 0.008 0.132 0.752 0.076 0.032 0.000
#> SRR934903     2  0.2706     0.8095 0.000 0.832 0.160 0.000 0.008 0.000
#> SRR934905     6  0.3288     0.8154 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR934906     3  0.5845     0.4116 0.052 0.040 0.584 0.300 0.024 0.000
#> SRR934907     3  0.1478     0.6441 0.000 0.032 0.944 0.004 0.020 0.000
#> SRR934908     2  0.2830     0.8039 0.000 0.836 0.144 0.000 0.020 0.000
#> SRR934909     3  0.2998     0.5980 0.000 0.096 0.856 0.024 0.024 0.000
#> SRR934910     6  0.0000     0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934911     6  0.0260     0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934912     3  0.5615     0.0398 0.000 0.364 0.532 0.068 0.036 0.000
#> SRR934913     2  0.2805     0.8096 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004 0.000
#> SRR934914     1  0.4015     0.3701 0.720 0.000 0.028 0.244 0.008 0.000
#> SRR934915     3  0.4164     0.4805 0.000 0.016 0.688 0.280 0.016 0.000
#> SRR934916     1  0.8213    -0.7051 0.336 0.160 0.060 0.148 0.296 0.000
#> SRR934917     6  0.0000     0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934918     6  0.0260     0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934919     3  0.7803     0.1058 0.060 0.292 0.408 0.144 0.096 0.000
#> SRR934920     1  0.4157     0.2536 0.544 0.000 0.000 0.012 0.444 0.000
#> SRR934921     2  0.2772     0.8096 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR934922     3  0.4102     0.5016 0.000 0.016 0.700 0.268 0.016 0.000
#> SRR934924     5  0.7325     1.0000 0.304 0.052 0.048 0.156 0.440 0.000
#> SRR934923     1  0.7909    -0.7121 0.388 0.112 0.056 0.148 0.296 0.000
#> SRR934925     3  0.1367     0.6411 0.000 0.044 0.944 0.000 0.012 0.000
#> SRR934926     2  0.2772     0.8091 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR934927     3  0.2220     0.6458 0.000 0.036 0.908 0.044 0.012 0.000
#> SRR934928     4  0.3731     0.7229 0.020 0.004 0.240 0.736 0.000 0.000
#> SRR934929     3  0.6226     0.5295 0.132 0.072 0.624 0.152 0.020 0.000
#> SRR934930     3  0.3876     0.5337 0.000 0.016 0.728 0.244 0.012 0.000
#> SRR934931     3  0.1518     0.6564 0.000 0.024 0.944 0.024 0.008 0.000
#> SRR934932     2  0.1563     0.7609 0.000 0.932 0.056 0.000 0.012 0.000
#> SRR934934     2  0.2263     0.7498 0.000 0.896 0.056 0.000 0.048 0.000
#> SRR934935     3  0.3686     0.4105 0.000 0.220 0.748 0.000 0.032 0.000
#> SRR934936     3  0.1296     0.6479 0.000 0.032 0.952 0.004 0.012 0.000
#> SRR934933     1  0.8079    -0.7109 0.360 0.140 0.056 0.148 0.296 0.000
#> SRR934937     3  0.5803     0.4422 0.024 0.044 0.556 0.340 0.036 0.000
#> SRR934938     3  0.6622     0.5203 0.012 0.144 0.536 0.244 0.064 0.000
#> SRR934939     4  0.4289     0.2873 0.000 0.004 0.444 0.540 0.012 0.000
#> SRR934940     3  0.1138     0.6540 0.000 0.024 0.960 0.004 0.012 0.000
#> SRR934941     3  0.4394    -0.1323 0.000 0.004 0.496 0.484 0.016 0.000
#> SRR934942     3  0.1149     0.6514 0.000 0.024 0.960 0.008 0.008 0.000
#> SRR934943     2  0.3454     0.7882 0.000 0.768 0.208 0.000 0.024 0.000
#> SRR934944     1  0.3513     0.4337 0.804 0.000 0.020 0.152 0.024 0.000
#> SRR934945     5  0.7325     1.0000 0.304 0.052 0.048 0.156 0.440 0.000
#> SRR934946     3  0.1844     0.6638 0.000 0.016 0.928 0.040 0.016 0.000
#> SRR934947     1  0.0000     0.5232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948     6  0.3330     0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR934949     2  0.4509     0.4873 0.000 0.532 0.436 0.000 0.032 0.000
#> SRR934950     4  0.3215     0.7119 0.004 0.000 0.240 0.756 0.000 0.000
#> SRR934951     4  0.5063     0.2725 0.432 0.004 0.064 0.500 0.000 0.000
#> SRR934953     1  0.8411    -0.6859 0.336 0.156 0.088 0.148 0.272 0.000
#> SRR934952     2  0.3999     0.7484 0.000 0.696 0.272 0.000 0.032 0.000
#> SRR934954     6  0.0000     0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.3966     0.2649 0.552 0.000 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR934956     3  0.5831     0.4962 0.140 0.092 0.672 0.068 0.028 0.000
#> SRR934957     3  0.3977     0.4692 0.000 0.004 0.692 0.284 0.020 0.000
#> SRR934958     2  0.2772     0.8091 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR934959     6  0.3126     0.8275 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR934960     4  0.3023     0.7957 0.140 0.000 0.032 0.828 0.000 0.000
#> SRR934961     2  0.4344     0.6378 0.000 0.612 0.356 0.000 0.032 0.000
#> SRR934962     2  0.3368     0.7916 0.000 0.756 0.232 0.000 0.012 0.000
#> SRR934963     1  0.8714    -0.5567 0.328 0.164 0.192 0.148 0.168 0.000
#> SRR934964     3  0.4097     0.4742 0.000 0.012 0.688 0.284 0.016 0.000
#> SRR934965     2  0.2738     0.8093 0.000 0.820 0.176 0.000 0.004 0.000
#> SRR934966     6  0.0000     0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934967     3  0.4080     0.5030 0.000 0.016 0.704 0.264 0.016 0.000
#> SRR934968     6  0.2941     0.8384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 0.780
#> SRR934969     4  0.3094     0.7967 0.140 0.000 0.036 0.824 0.000 0.000
#> SRR934970     6  0.3330     0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR934971     6  0.0000     0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972     6  0.2941     0.8371 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 0.780
#> SRR934973     6  0.0000     0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974     6  0.2631     0.8501 0.000 0.000 0.000 0.008 0.152 0.840
#> SRR934975     4  0.4165     0.3685 0.000 0.004 0.420 0.568 0.008 0.000
#> SRR934976     6  0.0000     0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0632     0.5177 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934978     6  0.0000     0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979     6  0.0260     0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934980     1  0.5406     0.1013 0.616 0.032 0.032 0.024 0.296 0.000
#> SRR934981     3  0.4043     0.6239 0.012 0.120 0.796 0.048 0.024 0.000
#> SRR934982     6  0.3782     0.7302 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR934983     6  0.3198     0.8225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR934984     6  0.0000     0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934985     3  0.4794     0.6446 0.036 0.084 0.756 0.100 0.024 0.000
#> SRR934986     1  0.0000     0.5232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987     3  0.1563     0.6342 0.000 0.056 0.932 0.000 0.012 0.000
#> SRR934988     3  0.5810     0.5108 0.004 0.108 0.536 0.332 0.020 0.000
#> SRR934989     1  0.4712     0.1815 0.512 0.024 0.000 0.012 0.452 0.000
#> SRR934990     3  0.4789     0.4787 0.012 0.012 0.620 0.332 0.024 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


CV:NMF**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 5.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk CV-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk CV-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.640           0.877       0.937         0.5014 0.498   0.498
#> 3 3 1.000           0.964       0.986         0.2837 0.765   0.568
#> 4 4 0.971           0.941       0.976         0.1519 0.829   0.566
#> 5 5 0.951           0.915       0.959         0.0746 0.916   0.694
#> 6 6 0.881           0.752       0.868         0.0373 0.961   0.814

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4

There is also optional best \(k\) = 3 4 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934718     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934719     1  0.4298     0.8851 0.912 0.088
#> SRR934720     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934722     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934723     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934724     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934725     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934731     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934732     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934733     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934734     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934740     2  0.8813     0.6809 0.300 0.700
#> SRR934739     2  0.3584     0.8898 0.068 0.932
#> SRR934741     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934742     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934743     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934744     1  0.9866     0.3511 0.568 0.432
#> SRR934745     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.2423     0.9202 0.960 0.040
#> SRR934750     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934755     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934756     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934757     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934758     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934762     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934766     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934767     2  0.9000     0.6538 0.316 0.684
#> SRR934768     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934770     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934771     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934773     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934774     1  0.6438     0.8190 0.836 0.164
#> SRR934775     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934776     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934778     1  0.2603     0.9176 0.956 0.044
#> SRR934779     2  0.8555     0.7120 0.280 0.720
#> SRR934780     1  0.6531     0.8150 0.832 0.168
#> SRR934781     2  0.3879     0.8862 0.076 0.924
#> SRR934782     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934787     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934788     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934790     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934791     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.2948     0.8970 0.052 0.948
#> SRR934793     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.1414     0.9089 0.020 0.980
#> SRR934802     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934807     1  0.6887     0.7983 0.816 0.184
#> SRR934809     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934810     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934811     1  0.6887     0.7983 0.816 0.184
#> SRR934808     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934815     1  0.9996     0.1735 0.512 0.488
#> SRR934816     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934818     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934819     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934821     1  0.6801     0.8026 0.820 0.180
#> SRR934822     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934827     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934828     2  0.9833     0.1708 0.424 0.576
#> SRR934829     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934830     1  0.6887     0.7983 0.816 0.184
#> SRR934831     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934832     1  0.6887     0.7983 0.816 0.184
#> SRR934833     1  0.1633     0.9307 0.976 0.024
#> SRR934834     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934835     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934844     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934845     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934851     1  0.6887     0.7983 0.816 0.184
#> SRR934853     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934854     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934856     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934858     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.6712     0.8324 0.176 0.824
#> SRR934860     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934869     2  0.9866     0.1325 0.432 0.568
#> SRR934870     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934871     2  0.3431     0.8742 0.064 0.936
#> SRR934872     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934873     1  0.6712     0.8067 0.824 0.176
#> SRR934874     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934878     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934879     1  0.5629     0.8483 0.868 0.132
#> SRR934880     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934881     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934882     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934885     2  0.5737     0.8061 0.136 0.864
#> SRR934886     1  0.9209     0.5795 0.664 0.336
#> SRR934887     2  0.0938     0.9094 0.012 0.988
#> SRR934888     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934890     1  0.6623     0.8111 0.828 0.172
#> SRR934891     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934892     1  0.9087     0.6035 0.676 0.324
#> SRR934893     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934898     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934899     2  0.4431     0.8488 0.092 0.908
#> SRR934900     1  0.9608     0.4753 0.616 0.384
#> SRR934901     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934902     2  0.2948     0.8845 0.052 0.948
#> SRR934903     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934905     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934906     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934907     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934908     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934911     2  0.2603     0.8999 0.044 0.956
#> SRR934912     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934915     1  0.7219     0.7834 0.800 0.200
#> SRR934916     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934917     2  0.6712     0.8324 0.176 0.824
#> SRR934918     2  0.6712     0.8324 0.176 0.824
#> SRR934919     1  0.9944     0.2686 0.544 0.456
#> SRR934920     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934922     1  0.7056     0.7910 0.808 0.192
#> SRR934924     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934923     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934928     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934929     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934930     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934931     1  0.7139     0.7872 0.804 0.196
#> SRR934932     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934936     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934933     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934937     2  0.9983    -0.0483 0.476 0.524
#> SRR934938     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934939     1  0.5519     0.8521 0.872 0.128
#> SRR934940     2  0.6531     0.7652 0.168 0.832
#> SRR934941     1  0.6247     0.8277 0.844 0.156
#> SRR934942     2  0.1414     0.9048 0.020 0.980
#> SRR934943     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934945     1  0.3431     0.9024 0.936 0.064
#> SRR934946     1  0.7453     0.7702 0.788 0.212
#> SRR934947     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934948     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934949     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934950     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934951     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934956     1  0.6712     0.8067 0.824 0.176
#> SRR934957     1  0.6438     0.8189 0.836 0.164
#> SRR934958     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934959     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934960     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934963     1  0.4298     0.8850 0.912 0.088
#> SRR934964     1  0.6887     0.7983 0.816 0.184
#> SRR934965     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.4815     0.8727 0.104 0.896
#> SRR934967     2  0.1414     0.9051 0.020 0.980
#> SRR934968     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934969     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934970     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934971     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934972     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934973     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934974     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934975     1  0.3431     0.9033 0.936 0.064
#> SRR934976     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934977     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934978     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934979     2  0.5737     0.8557 0.136 0.864
#> SRR934980     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934981     1  0.6887     0.7983 0.816 0.184
#> SRR934982     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934983     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934984     2  0.6887     0.8274 0.184 0.816
#> SRR934985     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934986     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000     0.9154 0.000 1.000
#> SRR934988     1  0.0376     0.9435 0.996 0.004
#> SRR934989     1  0.0000     0.9460 1.000 0.000
#> SRR934990     2  0.9954     0.0195 0.460 0.540

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2 p3
#> SRR934717     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934718     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934719     1  0.3941    0.80811 0.844 0.156  0
#> SRR934720     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934721     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934722     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934723     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934724     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934725     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934726     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934727     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934728     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934729     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934730     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934731     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934732     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934733     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934734     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934735     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934736     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934737     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934738     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934740     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934739     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934741     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934742     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934743     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934744     2  0.0237    0.97853 0.004 0.996  0
#> SRR934745     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934746     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934747     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934748     1  0.0592    0.96627 0.988 0.012  0
#> SRR934750     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934749     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934751     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934752     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934753     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934754     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934755     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934756     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934757     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934758     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934759     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934760     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934761     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934762     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934763     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934764     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934765     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934766     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934767     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934768     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934769     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934770     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934772     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934771     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934773     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934774     1  0.2878    0.87827 0.904 0.096  0
#> SRR934775     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934776     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934777     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934778     1  0.1411    0.94261 0.964 0.036  0
#> SRR934779     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934780     1  0.5254    0.63515 0.736 0.264  0
#> SRR934781     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934782     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934783     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934784     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934785     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934786     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934787     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934788     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934789     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934790     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934791     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934792     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934793     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934794     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934795     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934796     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934797     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934798     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934799     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934800     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934801     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934802     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934803     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934804     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934805     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934806     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934807     1  0.6309    0.00728 0.500 0.500  0
#> SRR934809     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934810     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934811     2  0.4654    0.74216 0.208 0.792  0
#> SRR934808     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934812     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934813     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934814     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934815     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934816     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934817     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934818     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934819     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934820     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934821     2  0.5058    0.68497 0.244 0.756  0
#> SRR934822     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934823     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934825     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934826     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934827     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934828     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934829     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934830     2  0.6095    0.36182 0.392 0.608  0
#> SRR934831     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934832     2  0.0747    0.96645 0.016 0.984  0
#> SRR934833     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934834     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934835     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934836     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934837     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934838     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934839     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934840     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934841     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934842     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934843     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934844     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934845     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934846     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934847     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934848     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934849     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934850     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934851     2  0.4178    0.79016 0.172 0.828  0
#> SRR934853     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934852     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934854     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934856     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934858     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934859     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934860     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934861     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934862     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934863     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934864     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934865     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934866     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934867     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934868     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934869     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934870     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934871     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934872     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934873     2  0.4750    0.73046 0.216 0.784  0
#> SRR934874     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934875     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934876     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934877     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934878     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934879     1  0.6026    0.40961 0.624 0.376  0
#> SRR934880     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934881     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934882     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934883     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934884     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934885     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934886     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934887     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934888     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934889     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934890     1  0.5968    0.43751 0.636 0.364  0
#> SRR934891     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934892     2  0.0237    0.97854 0.004 0.996  0
#> SRR934893     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934894     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934895     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934896     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934897     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934898     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934899     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934900     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934901     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934902     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934903     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934905     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934906     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934907     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934908     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934909     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934910     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934911     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934912     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934913     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934914     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934915     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934916     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934917     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934918     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934919     2  0.2356    0.90618 0.072 0.928  0
#> SRR934920     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934921     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934922     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934924     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934923     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934925     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934926     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934927     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934928     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934929     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934930     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934931     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934932     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934934     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934935     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934936     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934933     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934937     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934938     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934939     1  0.2261    0.90898 0.932 0.068  0
#> SRR934940     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934941     1  0.5810    0.50956 0.664 0.336  0
#> SRR934942     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934943     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934944     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934945     1  0.0424    0.97008 0.992 0.008  0
#> SRR934946     2  0.0237    0.97853 0.004 0.996  0
#> SRR934947     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934948     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934949     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934950     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934951     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934953     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934952     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934954     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934955     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934956     2  0.4974    0.69857 0.236 0.764  0
#> SRR934957     1  0.0237    0.97383 0.996 0.004  0
#> SRR934958     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934959     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934960     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934961     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934962     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934963     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934964     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934965     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934966     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934967     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934968     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934969     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934970     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934971     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934972     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934973     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934974     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934975     1  0.0424    0.97011 0.992 0.008  0
#> SRR934976     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934977     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934978     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934979     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934980     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934981     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934982     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934983     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934984     3  0.0000    1.00000 0.000 0.000  1
#> SRR934985     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934986     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934987     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0
#> SRR934988     1  0.0424    0.97015 0.992 0.008  0
#> SRR934989     1  0.0000    0.97740 1.000 0.000  0
#> SRR934990     2  0.0000    0.98236 0.000 1.000  0

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934722     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934723     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934724     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934725     4  0.1792      0.901 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR934726     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.0188      0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934729     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.4977      0.153 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR934735     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738     4  0.0469      0.948 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934740     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934739     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934742     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934751     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.0188      0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934753     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0469      0.948 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934755     2  0.0921      0.947 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934756     1  0.0188      0.979 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934757     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934762     4  0.0188      0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934763     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934764     4  0.0188      0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934765     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934767     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     4  0.1022      0.931 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR934775     4  0.4746      0.425 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR934776     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934778     4  0.0817      0.940 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934779     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934780     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934784     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     3  0.1118      0.958 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR934786     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934788     4  0.3356      0.780 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR934789     4  0.0592      0.946 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934790     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934792     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793     1  0.1389      0.937 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR934794     3  0.0336      0.990 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934795     4  0.0188      0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934796     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.0592      0.946 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934800     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934805     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934806     1  0.0469      0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934807     4  0.0469      0.947 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934809     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934810     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934811     2  0.4941      0.210 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR934808     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934812     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934814     4  0.1211      0.927 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR934815     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934816     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934818     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934819     1  0.3528      0.749 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR934820     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934821     4  0.2216      0.876 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR934822     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.0188      0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934825     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826     4  0.3356      0.779 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR934827     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828     2  0.2469      0.865 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR934829     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     4  0.3356      0.780 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR934831     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     4  0.4277      0.616 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR934833     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.0592      0.946 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934839     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934848     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934849     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     4  0.4356      0.596 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR934853     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934854     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934856     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934864     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934866     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869     4  0.4746      0.431 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR934870     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934871     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934872     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     2  0.4008      0.672 0.244 0.756 0.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934877     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878     4  0.4331      0.604 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR934879     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934882     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934883     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934885     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934886     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934887     4  0.1211      0.924 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR934888     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934890     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893     2  0.3074      0.809 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR934894     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     2  0.1302      0.931 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934896     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934899     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934900     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934902     2  0.1557      0.920 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR934903     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934906     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934907     2  0.0188      0.967 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934908     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934909     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934910     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.0817      0.940 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934915     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919     2  0.1474      0.924 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR934920     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934926     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934928     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929     4  0.0188      0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934930     2  0.4713      0.425 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR934931     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934936     2  0.0469      0.960 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934933     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938     4  0.4804      0.391 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR934939     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940     2  0.3172      0.797 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR934941     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942     4  0.4761      0.417 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR934943     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934944     1  0.2760      0.843 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR934945     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934946     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951     4  0.0188      0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934953     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     2  0.4059      0.733 0.200 0.788 0.000 0.012
#> SRR934957     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934960     4  0.0592      0.945 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934961     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     2  0.4916      0.245 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR934968     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934970     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934971     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934972     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934973     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934975     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     4  0.1867      0.895 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR934982     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934983     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934984     3  0.0000      0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985     4  0.0707      0.943 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934986     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0188      0.967 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934988     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000      0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     4  0.0000      0.954 0.000 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934718     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.2377     0.8208 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934720     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.2020     0.8840 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR934722     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934723     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934724     4  0.1043     0.9259 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR934725     4  0.0404     0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934726     1  0.3074     0.7454 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR934727     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.0162     0.9360 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934729     2  0.1018     0.9324 0.000 0.968 0.016 0.016 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934733     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734     1  0.4088     0.4200 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR934735     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934738     4  0.0000     0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934740     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934739     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934742     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0510     0.9203 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934745     1  0.1571     0.9157 0.936 0.004 0.000 0.060 0.000
#> SRR934746     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.1478     0.8875 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR934750     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.1851     0.8935 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR934751     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.0404     0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0290     0.9347 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934755     3  0.0703     0.9216 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR934756     4  0.0963     0.9205 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR934757     4  0.4464     0.3482 0.008 0.000 0.408 0.584 0.000
#> SRR934758     1  0.0404     0.9650 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.4306     0.0144 0.000 0.508 0.492 0.000 0.000
#> SRR934761     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934762     4  0.0162     0.9353 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934763     4  0.0290     0.9359 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934764     4  0.0162     0.9360 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934765     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934767     5  0.0162     0.9945 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR934768     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934771     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934773     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0451     0.9218 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR934775     4  0.4449     0.0761 0.484 0.000 0.004 0.512 0.000
#> SRR934776     4  0.0404     0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934777     4  0.0880     0.9298 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934778     4  0.0609     0.9313 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934779     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934780     3  0.3966     0.4510 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR934781     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.0510     0.9348 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934784     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934785     5  0.1341     0.9311 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR934786     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934788     4  0.1121     0.9168 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR934789     4  0.0671     0.9330 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000
#> SRR934790     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791     4  0.0510     0.9348 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934792     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934793     1  0.1270     0.9237 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR934794     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934795     4  0.0404     0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934796     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.1117     0.9288 0.020 0.000 0.016 0.964 0.000
#> SRR934800     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934801     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934803     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0963     0.9328 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934805     4  0.0794     0.9313 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934806     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934807     4  0.0404     0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934809     4  0.0880     0.9299 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934810     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934811     4  0.3456     0.7282 0.000 0.184 0.016 0.800 0.000
#> SRR934808     4  0.0290     0.9359 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934812     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.1121     0.9132 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR934814     4  0.0404     0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934815     2  0.2054     0.8964 0.000 0.920 0.028 0.052 0.000
#> SRR934816     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.2377     0.8353 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR934818     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819     4  0.0963     0.9197 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR934820     4  0.0000     0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934821     3  0.0566     0.9214 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR934822     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.2377     0.8586 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR934825     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934826     4  0.0290     0.9347 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934827     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828     2  0.3016     0.8062 0.000 0.848 0.020 0.132 0.000
#> SRR934829     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     4  0.0510     0.9324 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934831     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     4  0.0671     0.9310 0.000 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR934833     4  0.0404     0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934834     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934835     2  0.4161     0.3259 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.0510     0.9348 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934839     2  0.0794     0.9380 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0880     0.9355 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0703     0.9426 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.0963     0.9279 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR934848     4  0.0510     0.9348 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0609     0.9225 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR934853     4  0.2471     0.8506 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR934852     3  0.4138     0.4417 0.000 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR934854     4  0.0404     0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934856     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0510     0.9463 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.1121     0.9269 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.0290     0.9359 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.0000     0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0794     0.9359 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.1671     0.9019 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR934869     3  0.4989     0.2981 0.000 0.416 0.552 0.032 0.000
#> SRR934870     4  0.0290     0.9359 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934871     2  0.0290     0.9495 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934872     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934873     3  0.1809     0.8883 0.060 0.012 0.928 0.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0794     0.9313 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934877     1  0.3796     0.5539 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR934878     3  0.0609     0.9225 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR934879     3  0.0510     0.9203 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934880     4  0.2516     0.8465 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR934881     3  0.2891     0.7990 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR934882     3  0.1671     0.8888 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0693     0.9435 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000
#> SRR934885     2  0.0833     0.9396 0.004 0.976 0.016 0.004 0.000
#> SRR934886     3  0.1121     0.9118 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR934887     3  0.0566     0.9214 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR934888     2  0.0510     0.9463 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0671     0.9433 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR934890     3  0.0794     0.9151 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934891     4  0.0162     0.9360 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934892     3  0.0794     0.9151 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934893     3  0.0703     0.9216 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     2  0.4503     0.5943 0.000 0.696 0.268 0.036 0.000
#> SRR934896     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899     2  0.0880     0.9332 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934900     3  0.0510     0.9203 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934901     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934902     3  0.0703     0.9216 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934906     4  0.2179     0.8735 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR934907     2  0.4262     0.1737 0.000 0.560 0.440 0.000 0.000
#> SRR934908     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934909     2  0.3242     0.7323 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000
#> SRR934910     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934911     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934912     3  0.3636     0.6443 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.0404     0.9356 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934915     3  0.0000     0.9193 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934916     1  0.0162     0.9733 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934917     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934918     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934919     2  0.3961     0.7551 0.160 0.792 0.044 0.004 0.000
#> SRR934920     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     4  0.1671     0.8996 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR934924     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.1121     0.9118 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR934928     4  0.2852     0.8097 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR934929     4  0.0912     0.9340 0.012 0.000 0.016 0.972 0.000
#> SRR934930     3  0.0703     0.9216 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR934931     4  0.0510     0.9324 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.1908     0.8766 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR934936     2  0.0404     0.9463 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934933     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0510     0.9203 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934938     3  0.0510     0.9227 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR934939     4  0.2471     0.8523 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR934940     2  0.2992     0.8467 0.000 0.868 0.068 0.064 0.000
#> SRR934941     4  0.4045     0.4666 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR934942     4  0.5220     0.1083 0.000 0.440 0.044 0.516 0.000
#> SRR934943     2  0.0609     0.9444 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934944     1  0.0162     0.9729 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934945     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934946     4  0.0404     0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934947     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.2230     0.8565 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR934950     4  0.0404     0.9354 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934951     4  0.1725     0.9157 0.020 0.000 0.044 0.936 0.000
#> SRR934953     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934954     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.3319     0.7800 0.160 0.020 0.820 0.000 0.000
#> SRR934957     4  0.0703     0.9330 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934960     4  0.0290     0.9359 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934961     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0162     0.9500 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.0703     0.9173 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934967     3  0.0510     0.9227 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR934968     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969     4  0.0290     0.9359 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934970     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934971     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934973     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975     4  0.1792     0.8896 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR934976     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0955     0.9154 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000
#> SRR934982     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934983     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934984     5  0.0000     0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934985     4  0.0510     0.9324 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934986     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000     0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934988     3  0.0703     0.9175 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0510     0.9203 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934718     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     5  0.5259   -0.36801 0.000 0.000 0.436 0.096 0.468 0.000
#> SRR934720     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.4177    0.79073 0.000 0.000 0.012 0.520 0.468 0.000
#> SRR934722     2  0.1010    0.78073 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934723     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934724     4  0.4089    0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934725     4  0.0260    0.59694 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934726     1  0.5077    0.28550 0.552 0.000 0.000 0.088 0.360 0.000
#> SRR934727     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.3986    0.79242 0.000 0.000 0.004 0.532 0.464 0.000
#> SRR934729     5  0.5073    0.54424 0.000 0.448 0.000 0.076 0.476 0.000
#> SRR934730     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934733     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734     1  0.3838    0.18891 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR934735     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     5  0.3868    0.57164 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR934738     4  0.2664    0.69111 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR934740     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934739     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934741     5  0.3864    0.58798 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR934742     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934743     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0146    0.88566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934745     1  0.2879    0.76168 0.816 0.004 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR934746     2  0.3868   -0.57066 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR934747     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.3388    0.70948 0.000 0.000 0.792 0.036 0.172 0.000
#> SRR934750     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.4089    0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934751     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.2219    0.67045 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR934753     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.3989    0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934755     3  0.1010    0.86839 0.000 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000
#> SRR934756     4  0.4574    0.77556 0.036 0.000 0.000 0.524 0.440 0.000
#> SRR934757     3  0.5615    0.24937 0.036 0.000 0.532 0.068 0.364 0.000
#> SRR934758     1  0.0790    0.89786 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.2491    0.62667 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934762     4  0.3854    0.79158 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR934763     4  0.3989    0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934764     4  0.3989    0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934765     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934767     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934768     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934771     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934773     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0146    0.88566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934775     5  0.6194   -0.50475 0.304 0.000 0.008 0.252 0.436 0.000
#> SRR934776     4  0.3620    0.75675 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR934777     4  0.4089    0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934778     4  0.2996    0.27129 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR934779     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934780     3  0.6088    0.27252 0.000 0.044 0.536 0.296 0.124 0.000
#> SRR934781     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.4089    0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934784     6  0.0547    0.97492 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR934785     6  0.1765    0.87718 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR934786     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934788     4  0.4120    0.79146 0.004 0.000 0.004 0.524 0.468 0.000
#> SRR934789     4  0.4217    0.79155 0.004 0.000 0.008 0.524 0.464 0.000
#> SRR934790     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791     4  0.3989    0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934792     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934793     1  0.1267    0.86801 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR934794     6  0.0458    0.98035 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR934795     4  0.3659    0.76681 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR934796     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.4089    0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934800     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934801     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0291    0.81483 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR934803     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     3  0.2664    0.77619 0.000 0.016 0.848 0.000 0.136 0.000
#> SRR934805     4  0.4089    0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934806     1  0.3971    0.29988 0.548 0.000 0.004 0.000 0.448 0.000
#> SRR934807     4  0.0713    0.57039 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934809     4  0.4089    0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934810     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934811     4  0.2909    0.40298 0.000 0.136 0.000 0.836 0.028 0.000
#> SRR934808     4  0.3979    0.79131 0.000 0.000 0.004 0.540 0.456 0.000
#> SRR934812     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.0458    0.88168 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814     4  0.0632    0.57376 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934815     5  0.4513    0.38349 0.000 0.032 0.000 0.440 0.528 0.000
#> SRR934816     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.3699    0.50919 0.000 0.004 0.660 0.000 0.336 0.000
#> SRR934818     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819     4  0.4117    0.79166 0.004 0.000 0.004 0.528 0.464 0.000
#> SRR934820     4  0.0632    0.60652 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934821     3  0.0000    0.88588 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934822     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.4177    0.79073 0.000 0.000 0.012 0.520 0.468 0.000
#> SRR934825     5  0.3868    0.56468 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR934826     4  0.3854    0.79158 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR934827     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828     5  0.3986    0.36158 0.000 0.004 0.000 0.464 0.532 0.000
#> SRR934829     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     4  0.1007    0.55496 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR934831     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     4  0.1327    0.53319 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR934833     4  0.0632    0.57376 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934834     6  0.0146    0.99390 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934835     2  0.3582    0.43875 0.000 0.732 0.252 0.000 0.016 0.000
#> SRR934836     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0632    0.79632 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934838     4  0.4089    0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934839     2  0.4210   -0.10155 0.000 0.636 0.028 0.000 0.336 0.000
#> SRR934840     5  0.4705    0.58077 0.000 0.472 0.044 0.000 0.484 0.000
#> SRR934841     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934845     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     5  0.4592    0.59831 0.000 0.468 0.036 0.000 0.496 0.000
#> SRR934847     4  0.4089    0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934848     4  0.3989    0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934849     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0146    0.88570 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934853     4  0.4333    0.78698 0.000 0.000 0.020 0.512 0.468 0.000
#> SRR934852     3  0.3860    0.13697 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854     4  0.0363    0.60029 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934856     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934858     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934860     5  0.4523    0.61398 0.000 0.452 0.032 0.000 0.516 0.000
#> SRR934861     5  0.4705    0.58077 0.000 0.472 0.044 0.000 0.484 0.000
#> SRR934862     2  0.0146    0.81117 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934863     4  0.4086    0.79231 0.000 0.000 0.008 0.528 0.464 0.000
#> SRR934864     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.0865    0.61340 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR934866     2  0.0000    0.81461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.2431    0.64967 0.000 0.860 0.132 0.000 0.008 0.000
#> SRR934868     5  0.4847    0.60531 0.000 0.444 0.056 0.000 0.500 0.000
#> SRR934869     2  0.4690    0.06824 0.000 0.512 0.028 0.008 0.452 0.000
#> SRR934870     4  0.3989    0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934871     5  0.6107    0.51836 0.000 0.260 0.020 0.204 0.516 0.000
#> SRR934872     6  0.0146    0.99276 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR934873     3  0.2234    0.78317 0.124 0.004 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0458    0.80321 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934875     2  0.0000    0.81461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.4089    0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934877     1  0.5461    0.20443 0.528 0.000 0.000 0.140 0.332 0.000
#> SRR934878     3  0.0146    0.88570 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934879     3  0.0146    0.88566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934880     4  0.4177    0.79073 0.000 0.000 0.012 0.520 0.468 0.000
#> SRR934881     3  0.2378    0.76751 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882     3  0.0520    0.88207 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR934883     2  0.0291    0.81456 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR934884     5  0.4676    0.61133 0.000 0.428 0.000 0.044 0.528 0.000
#> SRR934885     5  0.4453    0.61244 0.000 0.444 0.000 0.028 0.528 0.000
#> SRR934886     3  0.0260    0.88406 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934887     3  0.0146    0.88566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934888     2  0.3964    0.30845 0.000 0.724 0.044 0.000 0.232 0.000
#> SRR934889     5  0.4246    0.61042 0.000 0.452 0.000 0.016 0.532 0.000
#> SRR934890     3  0.1720    0.84335 0.000 0.000 0.928 0.032 0.040 0.000
#> SRR934891     4  0.2278    0.66839 0.000 0.000 0.004 0.868 0.128 0.000
#> SRR934892     3  0.1471    0.84763 0.000 0.000 0.932 0.004 0.064 0.000
#> SRR934893     3  0.0146    0.88570 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000    0.81461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     4  0.6068   -0.23167 0.000 0.360 0.264 0.376 0.000 0.000
#> SRR934896     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0790    0.78769 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR934898     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899     2  0.3428    0.39220 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000 0.000
#> SRR934900     3  0.0260    0.88426 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934901     5  0.3868    0.56666 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR934902     3  0.0146    0.88570 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934906     4  0.4520    0.78452 0.000 0.000 0.032 0.520 0.448 0.000
#> SRR934907     2  0.5847   -0.00123 0.000 0.444 0.360 0.196 0.000 0.000
#> SRR934908     2  0.4010   -0.34236 0.000 0.584 0.000 0.008 0.408 0.000
#> SRR934909     5  0.5233    0.58220 0.000 0.404 0.096 0.000 0.500 0.000
#> SRR934910     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934911     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934912     3  0.5888   -0.23317 0.000 0.200 0.400 0.000 0.400 0.000
#> SRR934913     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.3989    0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934915     3  0.0260    0.88393 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934916     1  0.3446    0.54892 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR934917     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934918     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934919     5  0.6383    0.51235 0.056 0.236 0.000 0.176 0.532 0.000
#> SRR934920     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     4  0.3695    0.38022 0.000 0.000 0.272 0.712 0.016 0.000
#> SRR934924     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.5454    0.15791 0.000 0.616 0.184 0.012 0.188 0.000
#> SRR934926     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.0260    0.88406 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934928     4  0.5538    0.46293 0.000 0.000 0.340 0.512 0.148 0.000
#> SRR934929     4  0.3244    0.72863 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR934930     3  0.0146    0.88570 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934931     4  0.0713    0.57039 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934932     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000    0.81461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.1261    0.86689 0.000 0.024 0.952 0.000 0.024 0.000
#> SRR934936     2  0.0260    0.81372 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR934933     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0146    0.88566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934938     3  0.0146    0.88570 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939     4  0.4704    0.77354 0.000 0.000 0.044 0.488 0.468 0.000
#> SRR934940     2  0.3212    0.63784 0.000 0.840 0.100 0.048 0.012 0.000
#> SRR934941     4  0.3810   -0.05249 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR934942     4  0.5422   -0.06297 0.000 0.324 0.100 0.564 0.012 0.000
#> SRR934943     5  0.4322    0.61525 0.000 0.452 0.020 0.000 0.528 0.000
#> SRR934944     1  0.3789    0.53562 0.668 0.000 0.004 0.004 0.324 0.000
#> SRR934945     1  0.0146    0.92380 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934946     4  0.0713    0.57713 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934947     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949     5  0.4944    0.58927 0.000 0.448 0.064 0.000 0.488 0.000
#> SRR934950     4  0.0603    0.60204 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR934951     4  0.4089    0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934953     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0146    0.81426 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934954     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.4003    0.70579 0.116 0.124 0.760 0.000 0.000 0.000
#> SRR934957     4  0.4736    0.75834 0.000 0.000 0.060 0.588 0.352 0.000
#> SRR934958     2  0.0291    0.81456 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR934959     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934960     4  0.3989    0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934961     2  0.3868   -0.57060 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR934962     2  0.0858    0.79350 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028 0.000
#> SRR934963     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.0146    0.88570 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934965     2  0.0146    0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934967     3  0.0146    0.88566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934968     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969     4  0.3989    0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934970     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934971     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934973     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975     4  0.2416    0.44641 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR934976     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0767    0.88047 0.000 0.008 0.976 0.004 0.012 0.000
#> SRR934982     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934983     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934984     6  0.0000    0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934985     4  0.3961    0.61775 0.000 0.004 0.000 0.556 0.440 0.000
#> SRR934986     1  0.3804    0.36085 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR934987     2  0.1340    0.76953 0.000 0.948 0.008 0.040 0.004 0.000
#> SRR934988     3  0.2048    0.80182 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR934989     1  0.0000    0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0146    0.88566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-CV-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk CV-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-CV-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk CV-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:hclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.433           0.733       0.880         0.4709 0.502   0.502
#> 3 3 0.367           0.535       0.721         0.3204 0.728   0.508
#> 4 4 0.454           0.535       0.709         0.1327 0.755   0.429
#> 5 5 0.533           0.616       0.762         0.0805 0.888   0.632
#> 6 6 0.584           0.529       0.697         0.0491 0.958   0.816

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934719     1  0.5408     0.8044 0.876 0.124
#> SRR934720     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934722     2  0.9491     0.5228 0.368 0.632
#> SRR934723     1  0.1184     0.8807 0.984 0.016
#> SRR934724     1  0.0376     0.8834 0.996 0.004
#> SRR934725     1  0.0938     0.8818 0.988 0.012
#> SRR934726     1  0.4562     0.8348 0.904 0.096
#> SRR934727     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.2603     0.8164 0.044 0.956
#> SRR934730     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934731     1  0.1414     0.8793 0.980 0.020
#> SRR934732     2  0.4298     0.8014 0.088 0.912
#> SRR934733     1  0.8813     0.5311 0.700 0.300
#> SRR934734     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0376     0.8212 0.004 0.996
#> SRR934738     1  0.1633     0.8777 0.976 0.024
#> SRR934740     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.2423     0.8171 0.040 0.960
#> SRR934742     1  0.1184     0.8807 0.984 0.016
#> SRR934743     1  0.6801     0.7427 0.820 0.180
#> SRR934744     1  0.8267     0.6195 0.740 0.260
#> SRR934745     1  0.9460     0.3743 0.636 0.364
#> SRR934746     2  0.0376     0.8212 0.004 0.996
#> SRR934747     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.5178     0.8126 0.884 0.116
#> SRR934750     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.1633     0.8777 0.976 0.024
#> SRR934753     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0938     0.8818 0.988 0.012
#> SRR934755     1  0.9754     0.2537 0.592 0.408
#> SRR934756     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934757     1  0.5059     0.8200 0.888 0.112
#> SRR934758     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0376     0.8212 0.004 0.996
#> SRR934761     2  0.8763     0.6299 0.296 0.704
#> SRR934762     1  0.1633     0.8777 0.976 0.024
#> SRR934763     1  0.0376     0.8834 0.996 0.004
#> SRR934764     1  0.0938     0.8818 0.988 0.012
#> SRR934765     1  0.3733     0.8467 0.928 0.072
#> SRR934766     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.9427     0.5367 0.360 0.640
#> SRR934770     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.6531     0.7621 0.168 0.832
#> SRR934771     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934774     1  0.9775     0.2180 0.588 0.412
#> SRR934775     1  0.1414     0.8793 0.980 0.020
#> SRR934776     1  0.4815     0.8261 0.896 0.104
#> SRR934777     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934778     2  0.9661     0.4712 0.392 0.608
#> SRR934779     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934780     2  0.9977     0.2500 0.472 0.528
#> SRR934781     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.0376     0.8834 0.996 0.004
#> SRR934784     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0376     0.8834 0.996 0.004
#> SRR934790     1  0.9358     0.4239 0.648 0.352
#> SRR934791     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.2948     0.8157 0.052 0.948
#> SRR934793     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.1633     0.8777 0.976 0.024
#> SRR934796     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0376     0.8212 0.004 0.996
#> SRR934801     2  0.0376     0.8212 0.004 0.996
#> SRR934802     2  0.0376     0.8212 0.004 0.996
#> SRR934803     1  0.9170     0.4548 0.668 0.332
#> SRR934804     2  0.9635     0.4788 0.388 0.612
#> SRR934805     1  0.0376     0.8834 0.996 0.004
#> SRR934806     1  0.0672     0.8826 0.992 0.008
#> SRR934807     2  0.8909     0.6198 0.308 0.692
#> SRR934809     1  0.2423     0.8703 0.960 0.040
#> SRR934810     1  0.3733     0.8522 0.928 0.072
#> SRR934811     2  0.8909     0.6198 0.308 0.692
#> SRR934808     1  0.4815     0.8260 0.896 0.104
#> SRR934812     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.8713     0.6334 0.292 0.708
#> SRR934814     1  0.0938     0.8818 0.988 0.012
#> SRR934815     2  0.6531     0.7621 0.168 0.832
#> SRR934816     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.5842     0.7795 0.140 0.860
#> SRR934818     1  0.9970    -0.0270 0.532 0.468
#> SRR934819     1  0.1184     0.8807 0.984 0.016
#> SRR934820     1  0.3431     0.8575 0.936 0.064
#> SRR934821     1  0.9710     0.2666 0.600 0.400
#> SRR934822     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934825     2  0.2043     0.8191 0.032 0.968
#> SRR934826     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934827     1  0.9580     0.3204 0.620 0.380
#> SRR934828     2  0.7376     0.7304 0.208 0.792
#> SRR934829     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934830     2  0.8909     0.6194 0.308 0.692
#> SRR934831     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934832     2  0.8909     0.6194 0.308 0.692
#> SRR934833     1  0.9393     0.3965 0.644 0.356
#> SRR934834     1  0.4298     0.8423 0.912 0.088
#> SRR934835     2  0.5519     0.7852 0.128 0.872
#> SRR934836     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0376     0.8212 0.004 0.996
#> SRR934840     2  0.0376     0.8212 0.004 0.996
#> SRR934841     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.1184     0.8807 0.984 0.016
#> SRR934844     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0672     0.8211 0.008 0.992
#> SRR934847     1  0.0376     0.8834 0.996 0.004
#> SRR934848     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934851     1  1.0000    -0.1420 0.504 0.496
#> SRR934853     1  0.5737     0.7893 0.864 0.136
#> SRR934852     2  0.9129     0.5780 0.328 0.672
#> SRR934854     1  0.9323     0.4193 0.652 0.348
#> SRR934856     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.2423     0.8172 0.040 0.960
#> SRR934862     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.3733     0.8522 0.928 0.072
#> SRR934866     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.5178     0.7914 0.116 0.884
#> SRR934868     2  0.4431     0.8015 0.092 0.908
#> SRR934869     1  0.5178     0.8126 0.884 0.116
#> SRR934870     1  0.0376     0.8834 0.996 0.004
#> SRR934871     2  0.4298     0.8042 0.088 0.912
#> SRR934872     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934873     2  0.8386     0.6723 0.268 0.732
#> SRR934874     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934878     2  0.9552     0.5048 0.376 0.624
#> SRR934879     1  0.7950     0.6532 0.760 0.240
#> SRR934880     1  0.5737     0.7893 0.864 0.136
#> SRR934881     2  0.8713     0.6334 0.292 0.708
#> SRR934882     2  0.6048     0.7772 0.148 0.852
#> SRR934883     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.5519     0.7862 0.128 0.872
#> SRR934885     2  0.5178     0.7922 0.116 0.884
#> SRR934886     2  0.9686     0.4619 0.396 0.604
#> SRR934887     2  0.9866     0.3591 0.432 0.568
#> SRR934888     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.5737     0.7819 0.136 0.864
#> SRR934890     1  0.5519     0.8004 0.872 0.128
#> SRR934891     1  0.4431     0.8368 0.908 0.092
#> SRR934892     2  0.9881     0.3595 0.436 0.564
#> SRR934893     1  0.9922     0.1053 0.552 0.448
#> SRR934894     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.9460     0.5319 0.364 0.636
#> SRR934896     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934898     1  0.5519     0.8036 0.872 0.128
#> SRR934899     2  0.9954     0.2860 0.460 0.540
#> SRR934900     1  0.9286     0.4465 0.656 0.344
#> SRR934901     2  0.2423     0.8171 0.040 0.960
#> SRR934902     2  0.9933     0.2861 0.452 0.548
#> SRR934903     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.0672     0.8826 0.992 0.008
#> SRR934906     1  0.9427     0.3802 0.640 0.360
#> SRR934907     2  0.9460     0.5319 0.364 0.636
#> SRR934908     2  0.2423     0.8175 0.040 0.960
#> SRR934909     2  0.3431     0.8121 0.064 0.936
#> SRR934910     2  0.4939     0.7959 0.108 0.892
#> SRR934911     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.5629     0.7828 0.132 0.868
#> SRR934913     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934915     2  0.9993     0.2090 0.484 0.516
#> SRR934916     1  0.2236     0.8726 0.964 0.036
#> SRR934917     2  0.0376     0.8212 0.004 0.996
#> SRR934918     2  0.9944     0.2742 0.456 0.544
#> SRR934919     2  0.7299     0.7374 0.204 0.796
#> SRR934920     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934922     2  0.9732     0.4423 0.404 0.596
#> SRR934924     2  0.8443     0.6681 0.272 0.728
#> SRR934923     1  0.0672     0.8825 0.992 0.008
#> SRR934925     2  0.9427     0.5367 0.360 0.640
#> SRR934926     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.7376     0.7324 0.208 0.792
#> SRR934928     1  0.2423     0.8703 0.960 0.040
#> SRR934929     1  0.9988    -0.0794 0.520 0.480
#> SRR934930     2  0.9881     0.3517 0.436 0.564
#> SRR934931     2  0.9000     0.6087 0.316 0.684
#> SRR934932     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.7139     0.7403 0.196 0.804
#> SRR934936     2  0.9866     0.3709 0.432 0.568
#> SRR934933     1  0.9170     0.4548 0.668 0.332
#> SRR934937     1  0.8267     0.6195 0.740 0.260
#> SRR934938     1  0.9933     0.0859 0.548 0.452
#> SRR934939     1  0.3431     0.8567 0.936 0.064
#> SRR934940     2  0.9552     0.5071 0.376 0.624
#> SRR934941     2  0.9993     0.2067 0.484 0.516
#> SRR934942     2  0.9427     0.5367 0.360 0.640
#> SRR934943     2  0.5519     0.7862 0.128 0.872
#> SRR934944     1  0.2603     0.8686 0.956 0.044
#> SRR934945     2  0.8443     0.6681 0.272 0.728
#> SRR934946     2  1.0000     0.1480 0.500 0.500
#> SRR934947     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934948     1  0.7602     0.6846 0.780 0.220
#> SRR934949     2  0.0672     0.8211 0.008 0.992
#> SRR934950     1  0.3733     0.8522 0.928 0.072
#> SRR934951     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.9170     0.4548 0.668 0.332
#> SRR934952     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934956     2  0.9922     0.3256 0.448 0.552
#> SRR934957     1  0.5059     0.8200 0.888 0.112
#> SRR934958     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934959     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934960     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0376     0.8212 0.004 0.996
#> SRR934962     2  0.0376     0.8212 0.004 0.996
#> SRR934963     2  0.9954     0.2860 0.460 0.540
#> SRR934964     1  1.0000    -0.1420 0.504 0.496
#> SRR934965     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934967     1  0.7674     0.6830 0.776 0.224
#> SRR934968     1  0.8267     0.6195 0.740 0.260
#> SRR934969     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.8386     0.6723 0.268 0.732
#> SRR934972     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934973     1  0.9044     0.5024 0.680 0.320
#> SRR934974     1  0.5408     0.8044 0.876 0.124
#> SRR934975     2  0.9993     0.2067 0.484 0.516
#> SRR934976     2  0.2948     0.8149 0.052 0.948
#> SRR934977     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934978     1  0.9993    -0.0902 0.516 0.484
#> SRR934979     2  0.0000     0.8207 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934981     2  0.9922     0.3256 0.448 0.552
#> SRR934982     1  0.2236     0.8726 0.964 0.036
#> SRR934983     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0938     0.8207 0.012 0.988
#> SRR934985     1  0.4815     0.8261 0.896 0.104
#> SRR934986     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.9427     0.5367 0.360 0.640
#> SRR934988     1  0.8861     0.5383 0.696 0.304
#> SRR934989     1  0.0000     0.8839 1.000 0.000
#> SRR934990     1  0.8267     0.6195 0.740 0.260

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     1  0.5785     0.6906 0.668 0.000 0.332
#> SRR934718     1  0.2537     0.6721 0.920 0.000 0.080
#> SRR934719     3  0.6189    -0.0951 0.364 0.004 0.632
#> SRR934720     1  0.0747     0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934721     1  0.6235     0.6114 0.564 0.000 0.436
#> SRR934722     3  0.6859     0.3617 0.024 0.356 0.620
#> SRR934723     1  0.5859     0.6538 0.656 0.000 0.344
#> SRR934724     1  0.6291     0.5451 0.532 0.000 0.468
#> SRR934725     1  0.6215     0.5928 0.572 0.000 0.428
#> SRR934726     1  0.7178     0.4313 0.512 0.024 0.464
#> SRR934727     1  0.2448     0.6717 0.924 0.000 0.076
#> SRR934728     1  0.6168     0.6269 0.588 0.000 0.412
#> SRR934729     2  0.5404     0.6783 0.004 0.740 0.256
#> SRR934730     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     1  0.6672     0.5307 0.520 0.008 0.472
#> SRR934732     2  0.3752     0.7523 0.000 0.856 0.144
#> SRR934733     3  0.9008     0.2201 0.360 0.140 0.500
#> SRR934734     1  0.0747     0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934735     1  0.5016     0.7019 0.760 0.000 0.240
#> SRR934736     1  0.0747     0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934737     2  0.1643     0.8455 0.000 0.956 0.044
#> SRR934738     1  0.6252     0.5708 0.556 0.000 0.444
#> SRR934740     1  0.0747     0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934739     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.5138     0.6854 0.000 0.748 0.252
#> SRR934742     1  0.5882     0.6531 0.652 0.000 0.348
#> SRR934743     1  0.7591     0.2670 0.632 0.068 0.300
#> SRR934744     3  0.6201     0.3276 0.208 0.044 0.748
#> SRR934745     3  0.9579     0.3364 0.368 0.200 0.432
#> SRR934746     2  0.1411     0.8460 0.000 0.964 0.036
#> SRR934747     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     3  0.6247    -0.1328 0.376 0.004 0.620
#> SRR934750     2  0.1031     0.8472 0.000 0.976 0.024
#> SRR934749     1  0.6235     0.6114 0.564 0.000 0.436
#> SRR934751     1  0.4291     0.6943 0.820 0.000 0.180
#> SRR934752     1  0.6252     0.5708 0.556 0.000 0.444
#> SRR934753     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     1  0.6215     0.5928 0.572 0.000 0.428
#> SRR934755     3  0.6255     0.4960 0.112 0.112 0.776
#> SRR934756     1  0.5760     0.6855 0.672 0.000 0.328
#> SRR934757     3  0.7309    -0.2459 0.416 0.032 0.552
#> SRR934758     1  0.2448     0.6717 0.924 0.000 0.076
#> SRR934759     1  0.0747     0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934760     2  0.0592     0.8490 0.000 0.988 0.012
#> SRR934761     3  0.6489     0.0379 0.004 0.456 0.540
#> SRR934762     1  0.6252     0.5708 0.556 0.000 0.444
#> SRR934763     1  0.6286     0.5534 0.536 0.000 0.464
#> SRR934764     1  0.6215     0.5928 0.572 0.000 0.428
#> SRR934765     1  0.5591     0.5579 0.696 0.000 0.304
#> SRR934766     1  0.5882     0.6835 0.652 0.000 0.348
#> SRR934767     1  0.0747     0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934768     1  0.5016     0.7019 0.760 0.000 0.240
#> SRR934769     3  0.7050     0.3346 0.028 0.372 0.600
#> SRR934770     1  0.2537     0.6721 0.920 0.000 0.080
#> SRR934772     2  0.6994     0.4043 0.020 0.556 0.424
#> SRR934771     1  0.6235     0.6114 0.564 0.000 0.436
#> SRR934773     1  0.0747     0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934774     3  0.7615     0.5397 0.164 0.148 0.688
#> SRR934775     1  0.6398     0.6608 0.620 0.008 0.372
#> SRR934776     3  0.7561    -0.2955 0.444 0.040 0.516
#> SRR934777     1  0.5882     0.6835 0.652 0.000 0.348
#> SRR934778     3  0.8308     0.3392 0.096 0.336 0.568
#> SRR934779     1  0.1163     0.6472 0.972 0.000 0.028
#> SRR934780     3  0.7523     0.5456 0.080 0.260 0.660
#> SRR934781     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.1031     0.8472 0.000 0.976 0.024
#> SRR934783     1  0.6280     0.5586 0.540 0.000 0.460
#> SRR934784     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.2537     0.6721 0.920 0.000 0.080
#> SRR934787     1  0.2356     0.6683 0.928 0.000 0.072
#> SRR934788     1  0.5785     0.6903 0.668 0.000 0.332
#> SRR934789     1  0.6192     0.6119 0.580 0.000 0.420
#> SRR934790     3  0.5974     0.4403 0.148 0.068 0.784
#> SRR934791     1  0.5948     0.6779 0.640 0.000 0.360
#> SRR934792     2  0.3784     0.7945 0.004 0.864 0.132
#> SRR934793     1  0.0747     0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934794     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     1  0.6252     0.5708 0.556 0.000 0.444
#> SRR934796     1  0.2537     0.6721 0.920 0.000 0.080
#> SRR934797     1  0.0747     0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934798     1  0.1643     0.6552 0.956 0.000 0.044
#> SRR934799     1  0.5810     0.6881 0.664 0.000 0.336
#> SRR934800     2  0.1529     0.8461 0.000 0.960 0.040
#> SRR934801     2  0.1529     0.8446 0.000 0.960 0.040
#> SRR934802     2  0.1529     0.8461 0.000 0.960 0.040
#> SRR934803     3  0.8246     0.3894 0.312 0.100 0.588
#> SRR934804     3  0.8037     0.3452 0.076 0.352 0.572
#> SRR934805     1  0.6280     0.5586 0.540 0.000 0.460
#> SRR934806     1  0.6126     0.6473 0.600 0.000 0.400
#> SRR934807     3  0.8199     0.0381 0.072 0.440 0.488
#> SRR934809     3  0.6521    -0.4878 0.496 0.004 0.500
#> SRR934810     3  0.6825    -0.4453 0.492 0.012 0.496
#> SRR934811     3  0.8199     0.0381 0.072 0.440 0.488
#> SRR934808     3  0.7549    -0.2795 0.436 0.040 0.524
#> SRR934812     1  0.1163     0.6472 0.972 0.000 0.028
#> SRR934813     3  0.6267     0.0327 0.000 0.452 0.548
#> SRR934814     1  0.6215     0.5928 0.572 0.000 0.428
#> SRR934815     2  0.6994     0.4043 0.020 0.556 0.424
#> SRR934816     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     2  0.5621     0.5884 0.000 0.692 0.308
#> SRR934818     3  0.8408     0.5620 0.144 0.244 0.612
#> SRR934819     1  0.5882     0.6531 0.652 0.000 0.348
#> SRR934820     1  0.6678     0.4769 0.512 0.008 0.480
#> SRR934821     3  0.7160     0.5359 0.132 0.148 0.720
#> SRR934822     1  0.5016     0.7019 0.760 0.000 0.240
#> SRR934823     1  0.6235     0.6114 0.564 0.000 0.436
#> SRR934825     2  0.3340     0.8094 0.000 0.880 0.120
#> SRR934826     1  0.5905     0.6779 0.648 0.000 0.352
#> SRR934827     3  0.8229     0.4720 0.256 0.124 0.620
#> SRR934828     2  0.7801     0.3248 0.052 0.520 0.428
#> SRR934829     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830     3  0.8310     0.0605 0.080 0.420 0.500
#> SRR934831     1  0.0747     0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934832     3  0.8310     0.0605 0.080 0.420 0.500
#> SRR934833     3  0.9045     0.4325 0.256 0.192 0.552
#> SRR934834     1  0.6603     0.5439 0.648 0.020 0.332
#> SRR934835     2  0.5529     0.6018 0.000 0.704 0.296
#> SRR934836     1  0.3192     0.6822 0.888 0.000 0.112
#> SRR934837     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1  0.5905     0.6811 0.648 0.000 0.352
#> SRR934839     2  0.1753     0.8423 0.000 0.952 0.048
#> SRR934840     2  0.1753     0.8423 0.000 0.952 0.048
#> SRR934841     1  0.1163     0.6472 0.972 0.000 0.028
#> SRR934842     2  0.0237     0.8497 0.000 0.996 0.004
#> SRR934843     1  0.5859     0.6538 0.656 0.000 0.344
#> SRR934844     1  0.5835     0.6871 0.660 0.000 0.340
#> SRR934845     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.1753     0.8414 0.000 0.952 0.048
#> SRR934847     1  0.6280     0.5586 0.540 0.000 0.460
#> SRR934848     1  0.5905     0.6811 0.648 0.000 0.352
#> SRR934849     1  0.2448     0.6717 0.924 0.000 0.076
#> SRR934850     1  0.2448     0.6717 0.924 0.000 0.076
#> SRR934851     3  0.7478     0.5736 0.116 0.192 0.692
#> SRR934853     3  0.5926    -0.0816 0.356 0.000 0.644
#> SRR934852     3  0.7069     0.1836 0.024 0.408 0.568
#> SRR934854     3  0.8994     0.4227 0.260 0.184 0.556
#> SRR934856     1  0.5882     0.6835 0.652 0.000 0.348
#> SRR934858     1  0.4235     0.6939 0.824 0.000 0.176
#> SRR934859     2  0.1643     0.8443 0.000 0.956 0.044
#> SRR934860     2  0.1411     0.8471 0.000 0.964 0.036
#> SRR934861     2  0.3619     0.7877 0.000 0.864 0.136
#> SRR934862     2  0.0892     0.8472 0.000 0.980 0.020
#> SRR934863     1  0.6291     0.5492 0.532 0.000 0.468
#> SRR934864     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     3  0.6825    -0.4453 0.492 0.012 0.496
#> SRR934866     2  0.0237     0.8497 0.000 0.996 0.004
#> SRR934867     2  0.5363     0.6336 0.000 0.724 0.276
#> SRR934868     2  0.4842     0.7043 0.000 0.776 0.224
#> SRR934869     3  0.6247    -0.1328 0.376 0.004 0.620
#> SRR934870     1  0.6192     0.6119 0.580 0.000 0.420
#> SRR934871     2  0.5864     0.6252 0.008 0.704 0.288
#> SRR934872     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     2  0.7067     0.1184 0.020 0.512 0.468
#> SRR934874     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1  0.5948     0.6779 0.640 0.000 0.360
#> SRR934877     1  0.5650     0.6944 0.688 0.000 0.312
#> SRR934878     3  0.6994     0.3706 0.028 0.360 0.612
#> SRR934879     3  0.6168     0.2873 0.224 0.036 0.740
#> SRR934880     3  0.5926    -0.0816 0.356 0.000 0.644
#> SRR934881     3  0.6267     0.0327 0.000 0.452 0.548
#> SRR934882     2  0.5845     0.5794 0.004 0.688 0.308
#> SRR934883     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     2  0.6079     0.5128 0.000 0.612 0.388
#> SRR934885     2  0.6209     0.5318 0.004 0.628 0.368
#> SRR934886     3  0.7337     0.4757 0.056 0.300 0.644
#> SRR934887     3  0.7396     0.4810 0.060 0.296 0.644
#> SRR934888     2  0.1289     0.8479 0.000 0.968 0.032
#> SRR934889     2  0.6111     0.4958 0.000 0.604 0.396
#> SRR934890     3  0.6169    -0.0807 0.360 0.004 0.636
#> SRR934891     3  0.7159    -0.3424 0.448 0.024 0.528
#> SRR934892     3  0.6601     0.4807 0.028 0.296 0.676
#> SRR934893     3  0.6848     0.5183 0.100 0.164 0.736
#> SRR934894     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     3  0.7809     0.3074 0.060 0.372 0.568
#> SRR934896     1  0.0747     0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934897     2  0.0592     0.8502 0.000 0.988 0.012
#> SRR934898     3  0.7681    -0.2020 0.412 0.048 0.540
#> SRR934899     3  0.7226     0.5164 0.080 0.228 0.692
#> SRR934900     3  0.6920     0.4370 0.164 0.104 0.732
#> SRR934901     2  0.5138     0.6854 0.000 0.748 0.252
#> SRR934902     3  0.7558     0.4776 0.072 0.284 0.644
#> SRR934903     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     1  0.6126     0.6473 0.600 0.000 0.400
#> SRR934906     3  0.7926     0.4884 0.216 0.128 0.656
#> SRR934907     3  0.7809     0.3074 0.060 0.372 0.568
#> SRR934908     2  0.5158     0.7046 0.004 0.764 0.232
#> SRR934909     2  0.4062     0.7654 0.000 0.836 0.164
#> SRR934910     2  0.6625     0.5806 0.024 0.660 0.316
#> SRR934911     2  0.0747     0.8497 0.000 0.984 0.016
#> SRR934912     2  0.5560     0.5947 0.000 0.700 0.300
#> SRR934913     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     1  0.5785     0.6906 0.668 0.000 0.332
#> SRR934915     3  0.7543     0.5680 0.104 0.216 0.680
#> SRR934916     1  0.2939     0.6158 0.916 0.012 0.072
#> SRR934917     2  0.0592     0.8494 0.000 0.988 0.012
#> SRR934918     3  0.7528     0.4841 0.072 0.280 0.648
#> SRR934919     2  0.6925     0.3116 0.016 0.532 0.452
#> SRR934920     1  0.0747     0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934921     2  0.0237     0.8497 0.000 0.996 0.004
#> SRR934922     3  0.7234     0.4460 0.048 0.312 0.640
#> SRR934924     2  0.9195     0.2503 0.152 0.464 0.384
#> SRR934923     1  0.2537     0.6513 0.920 0.000 0.080
#> SRR934925     3  0.7050     0.3346 0.028 0.372 0.600
#> SRR934926     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     2  0.6244     0.3096 0.000 0.560 0.440
#> SRR934928     3  0.6521    -0.4878 0.496 0.004 0.500
#> SRR934929     3  0.8372     0.5584 0.152 0.228 0.620
#> SRR934930     3  0.7056     0.4877 0.044 0.300 0.656
#> SRR934931     3  0.8100     0.0823 0.068 0.420 0.512
#> SRR934932     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     2  0.6154     0.3919 0.000 0.592 0.408
#> SRR934936     3  0.6744     0.4796 0.032 0.300 0.668
#> SRR934933     3  0.8246     0.3894 0.312 0.100 0.588
#> SRR934937     3  0.6201     0.3276 0.208 0.044 0.748
#> SRR934938     3  0.7216     0.5378 0.112 0.176 0.712
#> SRR934939     3  0.6944    -0.4160 0.468 0.016 0.516
#> SRR934940     3  0.6917     0.3579 0.024 0.368 0.608
#> SRR934941     3  0.7592     0.5526 0.112 0.208 0.680
#> SRR934942     3  0.7050     0.3346 0.028 0.372 0.600
#> SRR934943     2  0.6079     0.5128 0.000 0.612 0.388
#> SRR934944     1  0.6513     0.6075 0.592 0.008 0.400
#> SRR934945     2  0.9195     0.2503 0.152 0.464 0.384
#> SRR934946     3  0.8374     0.5403 0.144 0.240 0.616
#> SRR934947     1  0.5098     0.7020 0.752 0.000 0.248
#> SRR934948     3  0.6264     0.2449 0.244 0.032 0.724
#> SRR934949     2  0.1529     0.8444 0.000 0.960 0.040
#> SRR934950     3  0.6825    -0.4453 0.492 0.012 0.496
#> SRR934951     1  0.5905     0.6825 0.648 0.000 0.352
#> SRR934953     3  0.8246     0.3894 0.312 0.100 0.588
#> SRR934952     2  0.1031     0.8472 0.000 0.976 0.024
#> SRR934954     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.1163     0.6472 0.972 0.000 0.028
#> SRR934956     3  0.6872     0.5156 0.044 0.276 0.680
#> SRR934957     3  0.7309    -0.2459 0.416 0.032 0.552
#> SRR934958     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     1  0.6235     0.6114 0.564 0.000 0.436
#> SRR934960     1  0.5905     0.6779 0.648 0.000 0.352
#> SRR934961     2  0.1289     0.8464 0.000 0.968 0.032
#> SRR934962     2  0.0892     0.8480 0.000 0.980 0.020
#> SRR934963     3  0.7304     0.5128 0.084 0.228 0.688
#> SRR934964     3  0.7478     0.5736 0.116 0.192 0.692
#> SRR934965     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.6869     0.2356 0.264 0.048 0.688
#> SRR934968     3  0.6201     0.3276 0.208 0.044 0.748
#> SRR934969     1  0.6180     0.6243 0.584 0.000 0.416
#> SRR934970     1  0.3340     0.6841 0.880 0.000 0.120
#> SRR934971     2  0.7067     0.1184 0.020 0.512 0.468
#> SRR934972     1  0.6235     0.6114 0.564 0.000 0.436
#> SRR934973     3  0.6625     0.4158 0.176 0.080 0.744
#> SRR934974     3  0.6189    -0.0951 0.364 0.004 0.632
#> SRR934975     3  0.7592     0.5526 0.112 0.208 0.680
#> SRR934976     2  0.5158     0.7046 0.004 0.764 0.232
#> SRR934977     1  0.2448     0.6688 0.924 0.000 0.076
#> SRR934978     3  0.7447     0.5756 0.120 0.184 0.696
#> SRR934979     2  0.1411     0.8471 0.000 0.964 0.036
#> SRR934980     1  0.0747     0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934981     3  0.6872     0.5156 0.044 0.276 0.680
#> SRR934982     1  0.2939     0.6158 0.916 0.012 0.072
#> SRR934983     1  0.5905     0.6779 0.648 0.000 0.352
#> SRR934984     2  0.2066     0.8368 0.000 0.940 0.060
#> SRR934985     3  0.7561    -0.2955 0.444 0.040 0.516
#> SRR934986     1  0.2878     0.6774 0.904 0.000 0.096
#> SRR934987     3  0.7050     0.3346 0.028 0.372 0.600
#> SRR934988     3  0.7092     0.4028 0.208 0.084 0.708
#> SRR934989     1  0.0747     0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934990     3  0.6201     0.3276 0.208 0.044 0.748

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     4  0.3123     0.4801 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR934718     1  0.4994     0.6722 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934719     4  0.5102     0.5239 0.220 0.000 0.048 0.732
#> SRR934720     1  0.5057     0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934721     4  0.2125     0.6096 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR934722     3  0.8741     0.6468 0.092 0.180 0.500 0.228
#> SRR934723     4  0.5559     0.3338 0.240 0.000 0.064 0.696
#> SRR934724     4  0.1837     0.6260 0.028 0.000 0.028 0.944
#> SRR934725     4  0.3611     0.5993 0.060 0.000 0.080 0.860
#> SRR934726     4  0.5714     0.5401 0.128 0.000 0.156 0.716
#> SRR934727     1  0.4972     0.7071 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR934728     4  0.2376     0.5988 0.068 0.000 0.016 0.916
#> SRR934729     3  0.5050     0.2556 0.004 0.408 0.588 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.2660     0.6302 0.036 0.000 0.056 0.908
#> SRR934732     2  0.4426     0.7431 0.044 0.840 0.064 0.052
#> SRR934733     4  0.6090     0.1711 0.052 0.000 0.384 0.564
#> SRR934734     1  0.5057     0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934735     4  0.4456     0.1899 0.280 0.000 0.004 0.716
#> SRR934736     1  0.5057     0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934737     2  0.2125     0.8197 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR934738     4  0.3873     0.6001 0.060 0.000 0.096 0.844
#> SRR934740     1  0.5057     0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934739     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741     3  0.4898     0.2394 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR934742     4  0.5528     0.3450 0.236 0.000 0.064 0.700
#> SRR934743     1  0.7894     0.2544 0.364 0.000 0.292 0.344
#> SRR934744     4  0.7306     0.2303 0.340 0.008 0.132 0.520
#> SRR934745     3  0.8230     0.2720 0.204 0.028 0.468 0.300
#> SRR934746     2  0.1978     0.8246 0.004 0.928 0.068 0.000
#> SRR934747     2  0.0469     0.8383 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934748     4  0.4957     0.5439 0.204 0.000 0.048 0.748
#> SRR934750     2  0.2081     0.7975 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934749     4  0.2125     0.6096 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR934751     4  0.4817    -0.3112 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR934752     4  0.3873     0.6001 0.060 0.000 0.096 0.844
#> SRR934753     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.3611     0.5993 0.060 0.000 0.080 0.860
#> SRR934755     4  0.8624    -0.0820 0.352 0.032 0.260 0.356
#> SRR934756     4  0.4244     0.4814 0.168 0.000 0.032 0.800
#> SRR934757     4  0.4663     0.5946 0.064 0.000 0.148 0.788
#> SRR934758     1  0.4972     0.7071 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR934759     1  0.5057     0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934760     2  0.0657     0.8385 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR934761     2  0.9643    -0.0253 0.216 0.368 0.264 0.152
#> SRR934762     4  0.3873     0.6001 0.060 0.000 0.096 0.844
#> SRR934763     4  0.1733     0.6254 0.024 0.000 0.028 0.948
#> SRR934764     4  0.3611     0.5993 0.060 0.000 0.080 0.860
#> SRR934765     1  0.6080     0.2411 0.488 0.000 0.044 0.468
#> SRR934766     4  0.2760     0.5145 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR934767     1  0.5057     0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934768     4  0.4456     0.1899 0.280 0.000 0.004 0.716
#> SRR934769     3  0.8595     0.6527 0.092 0.156 0.516 0.236
#> SRR934770     1  0.4994     0.6722 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934772     3  0.4728     0.5807 0.016 0.188 0.776 0.020
#> SRR934771     4  0.2125     0.6096 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR934773     1  0.5057     0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934774     3  0.7700     0.3399 0.152 0.012 0.440 0.396
#> SRR934775     4  0.4199     0.5278 0.164 0.000 0.032 0.804
#> SRR934776     4  0.4225     0.5846 0.024 0.000 0.184 0.792
#> SRR934777     4  0.2760     0.5145 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR934778     3  0.5640     0.6357 0.032 0.044 0.740 0.184
#> SRR934779     1  0.4830     0.7590 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934780     3  0.8507     0.5402 0.116 0.084 0.468 0.332
#> SRR934781     2  0.0188     0.8379 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934782     2  0.2081     0.7975 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934783     4  0.1520     0.6243 0.024 0.000 0.020 0.956
#> SRR934784     2  0.0469     0.8383 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934785     2  0.0188     0.8379 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934786     1  0.4994     0.6722 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934787     1  0.4967     0.7126 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR934788     4  0.3024     0.4932 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934789     4  0.2101     0.6072 0.060 0.000 0.012 0.928
#> SRR934790     4  0.8009     0.0517 0.348 0.008 0.232 0.412
#> SRR934791     4  0.2345     0.5491 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR934792     2  0.5135     0.7135 0.048 0.784 0.140 0.028
#> SRR934793     1  0.5057     0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934794     2  0.0188     0.8379 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934795     4  0.3873     0.6001 0.060 0.000 0.096 0.844
#> SRR934796     1  0.4994     0.6722 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934797     1  0.5057     0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934798     1  0.4898     0.7444 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR934799     4  0.3024     0.4943 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934800     2  0.1978     0.8233 0.004 0.928 0.068 0.000
#> SRR934801     2  0.2053     0.8224 0.004 0.924 0.072 0.000
#> SRR934802     2  0.1978     0.8233 0.004 0.928 0.068 0.000
#> SRR934803     4  0.7523    -0.1650 0.184 0.000 0.404 0.412
#> SRR934804     3  0.8462     0.6350 0.096 0.188 0.544 0.172
#> SRR934805     4  0.1520     0.6243 0.024 0.000 0.020 0.956
#> SRR934806     4  0.3495     0.5646 0.140 0.000 0.016 0.844
#> SRR934807     3  0.5776     0.6691 0.012 0.124 0.736 0.128
#> SRR934809     4  0.2586     0.6281 0.040 0.000 0.048 0.912
#> SRR934810     4  0.3525     0.6207 0.040 0.000 0.100 0.860
#> SRR934811     3  0.5776     0.6691 0.012 0.124 0.736 0.128
#> SRR934808     4  0.4332     0.5913 0.032 0.000 0.176 0.792
#> SRR934812     1  0.4830     0.7590 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934813     2  0.9641    -0.0211 0.228 0.368 0.256 0.148
#> SRR934814     4  0.3611     0.5993 0.060 0.000 0.080 0.860
#> SRR934815     3  0.4728     0.5807 0.016 0.188 0.776 0.020
#> SRR934816     2  0.0469     0.8383 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934817     2  0.7453     0.5014 0.124 0.620 0.204 0.052
#> SRR934818     3  0.8008     0.4257 0.072 0.076 0.456 0.396
#> SRR934819     4  0.5528     0.3450 0.236 0.000 0.064 0.700
#> SRR934820     4  0.3787     0.6113 0.036 0.000 0.124 0.840
#> SRR934821     4  0.8697    -0.2177 0.200 0.052 0.328 0.420
#> SRR934822     4  0.4456     0.1899 0.280 0.000 0.004 0.716
#> SRR934823     4  0.2125     0.6096 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR934825     2  0.4574     0.7352 0.044 0.808 0.136 0.012
#> SRR934826     4  0.3581     0.5449 0.116 0.000 0.032 0.852
#> SRR934827     3  0.7493     0.2855 0.156 0.004 0.448 0.392
#> SRR934828     3  0.4837     0.5973 0.024 0.160 0.788 0.028
#> SRR934829     2  0.0469     0.8383 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934830     3  0.5257     0.6573 0.024 0.084 0.784 0.108
#> SRR934831     1  0.5057     0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934832     3  0.5257     0.6573 0.024 0.084 0.784 0.108
#> SRR934833     4  0.6631    -0.1696 0.032 0.028 0.452 0.488
#> SRR934834     4  0.7109    -0.0485 0.336 0.000 0.144 0.520
#> SRR934835     2  0.7292     0.5278 0.116 0.636 0.196 0.052
#> SRR934836     4  0.5000    -0.6334 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934837     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.2647     0.5248 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR934839     2  0.2342     0.8151 0.008 0.912 0.080 0.000
#> SRR934840     2  0.2342     0.8151 0.008 0.912 0.080 0.000
#> SRR934841     1  0.4830     0.7590 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934842     2  0.0188     0.8382 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934843     4  0.5559     0.3338 0.240 0.000 0.064 0.696
#> SRR934844     4  0.2973     0.4984 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934845     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.2266     0.8148 0.004 0.912 0.084 0.000
#> SRR934847     4  0.1520     0.6243 0.024 0.000 0.020 0.956
#> SRR934848     4  0.2589     0.5289 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR934849     1  0.4972     0.7071 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR934850     1  0.4972     0.7071 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR934851     3  0.7339     0.5713 0.132 0.020 0.576 0.272
#> SRR934853     4  0.5184     0.5186 0.212 0.000 0.056 0.732
#> SRR934852     2  0.9825    -0.1255 0.240 0.324 0.264 0.172
#> SRR934854     4  0.6622    -0.1333 0.032 0.028 0.440 0.500
#> SRR934856     4  0.2704     0.5194 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR934858     4  0.4855    -0.3517 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR934859     2  0.1584     0.8312 0.012 0.952 0.036 0.000
#> SRR934860     2  0.2124     0.8256 0.008 0.924 0.068 0.000
#> SRR934861     2  0.4584     0.7332 0.056 0.808 0.128 0.008
#> SRR934862     2  0.1867     0.8083 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR934863     4  0.1820     0.6274 0.020 0.000 0.036 0.944
#> SRR934864     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.3525     0.6207 0.040 0.000 0.100 0.860
#> SRR934866     2  0.0336     0.8377 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934867     2  0.7006     0.5559 0.108 0.656 0.192 0.044
#> SRR934868     2  0.6202     0.6367 0.088 0.716 0.164 0.032
#> SRR934869     4  0.4957     0.5439 0.204 0.000 0.048 0.748
#> SRR934870     4  0.2101     0.6072 0.060 0.000 0.012 0.928
#> SRR934871     3  0.6521     0.2747 0.012 0.424 0.516 0.048
#> SRR934872     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873     2  0.9296     0.0667 0.184 0.412 0.284 0.120
#> SRR934874     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0469     0.8383 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934876     4  0.2345     0.5491 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR934877     4  0.3486     0.4342 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR934878     3  0.9650     0.5104 0.180 0.224 0.388 0.208
#> SRR934879     4  0.7067     0.2609 0.332 0.004 0.124 0.540
#> SRR934880     4  0.5184     0.5186 0.212 0.000 0.056 0.732
#> SRR934881     2  0.9641    -0.0211 0.228 0.368 0.256 0.148
#> SRR934882     2  0.7685     0.3835 0.100 0.572 0.272 0.056
#> SRR934883     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     3  0.4567     0.5264 0.000 0.244 0.740 0.016
#> SRR934885     3  0.5278     0.4867 0.008 0.284 0.688 0.020
#> SRR934886     3  0.9003     0.5845 0.140 0.132 0.468 0.260
#> SRR934887     3  0.9852     0.4254 0.228 0.188 0.328 0.256
#> SRR934888     2  0.1635     0.8321 0.008 0.948 0.044 0.000
#> SRR934889     3  0.4502     0.5343 0.000 0.236 0.748 0.016
#> SRR934890     4  0.5254     0.5174 0.220 0.000 0.056 0.724
#> SRR934891     4  0.3895     0.6100 0.036 0.000 0.132 0.832
#> SRR934892     3  0.9730     0.5054 0.184 0.192 0.356 0.268
#> SRR934893     1  0.9295    -0.3661 0.332 0.084 0.256 0.328
#> SRR934894     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     3  0.7888     0.6765 0.060 0.152 0.584 0.204
#> SRR934896     1  0.5057     0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934897     2  0.0817     0.8373 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934898     4  0.4677     0.5762 0.040 0.000 0.192 0.768
#> SRR934899     3  0.7364     0.6199 0.116 0.044 0.616 0.224
#> SRR934900     4  0.8449     0.0656 0.340 0.044 0.176 0.440
#> SRR934901     3  0.4898     0.2394 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR934902     1  0.9939    -0.3955 0.276 0.196 0.260 0.268
#> SRR934903     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.3495     0.5646 0.140 0.000 0.016 0.844
#> SRR934906     3  0.7081     0.2944 0.124 0.000 0.452 0.424
#> SRR934907     3  0.7888     0.6765 0.060 0.152 0.584 0.204
#> SRR934908     2  0.5000    -0.0204 0.000 0.504 0.496 0.000
#> SRR934909     2  0.5429     0.6888 0.064 0.760 0.156 0.020
#> SRR934910     3  0.5190     0.4059 0.008 0.328 0.656 0.008
#> SRR934911     2  0.1022     0.8332 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR934912     2  0.7363     0.5210 0.116 0.632 0.196 0.056
#> SRR934913     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.3024     0.4920 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934915     3  0.7744     0.5785 0.128 0.040 0.556 0.276
#> SRR934916     1  0.6087     0.7312 0.596 0.004 0.048 0.352
#> SRR934917     2  0.0592     0.8384 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934918     1  0.9930    -0.3963 0.276 0.192 0.260 0.272
#> SRR934919     3  0.5740     0.6122 0.028 0.180 0.736 0.056
#> SRR934920     1  0.5057     0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934921     2  0.0188     0.8382 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934922     3  0.8462     0.6351 0.108 0.112 0.524 0.256
#> SRR934924     3  0.5611     0.5671 0.108 0.132 0.748 0.012
#> SRR934923     1  0.5775     0.7194 0.560 0.000 0.032 0.408
#> SRR934925     3  0.8595     0.6527 0.092 0.156 0.516 0.236
#> SRR934926     2  0.0188     0.8379 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934927     2  0.9021     0.0252 0.168 0.440 0.292 0.100
#> SRR934928     4  0.2586     0.6281 0.040 0.000 0.048 0.912
#> SRR934929     3  0.6384     0.5455 0.052 0.016 0.612 0.320
#> SRR934930     3  0.9900     0.4258 0.244 0.188 0.300 0.268
#> SRR934931     3  0.5946     0.6772 0.020 0.124 0.732 0.124
#> SRR934932     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.8603     0.3184 0.176 0.508 0.236 0.080
#> SRR934936     3  0.9650     0.5195 0.172 0.188 0.372 0.268
#> SRR934933     4  0.7523    -0.1650 0.184 0.000 0.404 0.412
#> SRR934937     4  0.7306     0.2303 0.340 0.008 0.132 0.520
#> SRR934938     4  0.9200    -0.2206 0.288 0.072 0.296 0.344
#> SRR934939     4  0.3333     0.6224 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR934940     3  0.8930     0.6340 0.108 0.172 0.480 0.240
#> SRR934941     3  0.6381     0.5780 0.088 0.004 0.628 0.280
#> SRR934942     3  0.8629     0.6530 0.092 0.160 0.512 0.236
#> SRR934943     3  0.4567     0.5264 0.000 0.244 0.740 0.016
#> SRR934944     4  0.5007     0.5403 0.172 0.000 0.068 0.760
#> SRR934945     3  0.5611     0.5671 0.108 0.132 0.748 0.012
#> SRR934946     3  0.6407     0.5678 0.052 0.020 0.624 0.304
#> SRR934947     4  0.4356     0.1137 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR934948     4  0.6374     0.3249 0.324 0.000 0.084 0.592
#> SRR934949     2  0.2124     0.8223 0.008 0.924 0.068 0.000
#> SRR934950     4  0.3525     0.6207 0.040 0.000 0.100 0.860
#> SRR934951     4  0.2868     0.5218 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR934953     4  0.7523    -0.1650 0.184 0.000 0.404 0.412
#> SRR934952     2  0.2081     0.7975 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934954     2  0.0336     0.8390 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934955     1  0.4830     0.7590 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934956     3  0.9361     0.5218 0.168 0.144 0.416 0.272
#> SRR934957     4  0.4663     0.5946 0.064 0.000 0.148 0.788
#> SRR934958     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.2125     0.6096 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR934960     4  0.3581     0.5449 0.116 0.000 0.032 0.852
#> SRR934961     2  0.1902     0.8255 0.004 0.932 0.064 0.000
#> SRR934962     2  0.1209     0.8344 0.004 0.964 0.032 0.000
#> SRR934963     3  0.7412     0.6207 0.120 0.044 0.612 0.224
#> SRR934964     3  0.7339     0.5713 0.132 0.020 0.576 0.272
#> SRR934965     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967     4  0.6912     0.3487 0.292 0.012 0.104 0.592
#> SRR934968     4  0.7306     0.2303 0.340 0.008 0.132 0.520
#> SRR934969     4  0.2335     0.6026 0.060 0.000 0.020 0.920
#> SRR934970     4  0.4981    -0.5467 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR934971     2  0.9296     0.0667 0.184 0.412 0.284 0.120
#> SRR934972     4  0.2125     0.6096 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR934973     4  0.8098     0.1055 0.332 0.020 0.196 0.452
#> SRR934974     4  0.5179     0.5212 0.220 0.000 0.052 0.728
#> SRR934975     3  0.6381     0.5780 0.088 0.004 0.628 0.280
#> SRR934976     2  0.5000    -0.0157 0.000 0.504 0.496 0.000
#> SRR934977     1  0.4977     0.7080 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR934978     3  0.7652     0.5483 0.152 0.024 0.548 0.276
#> SRR934979     2  0.1978     0.8264 0.004 0.928 0.068 0.000
#> SRR934980     1  0.5057     0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934981     3  0.9361     0.5218 0.168 0.144 0.416 0.272
#> SRR934982     1  0.6087     0.7312 0.596 0.004 0.048 0.352
#> SRR934983     4  0.3581     0.5449 0.116 0.000 0.032 0.852
#> SRR934984     2  0.2795     0.8081 0.012 0.896 0.088 0.004
#> SRR934985     4  0.4225     0.5846 0.024 0.000 0.184 0.792
#> SRR934986     4  0.5000    -0.6382 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR934987     3  0.8629     0.6530 0.092 0.160 0.512 0.236
#> SRR934988     4  0.7719     0.1806 0.256 0.016 0.196 0.532
#> SRR934989     1  0.5057     0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934990     4  0.7306     0.2303 0.340 0.008 0.132 0.520

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.3612   6.60e-01 0.228 0.000 0.008 0.764 0.000
#> SRR934718     1  0.3579   7.70e-01 0.756 0.000 0.004 0.240 0.000
#> SRR934719     4  0.4759   3.55e-01 0.020 0.000 0.328 0.644 0.008
#> SRR934720     1  0.1522   8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934721     4  0.3612   7.17e-01 0.064 0.000 0.100 0.832 0.004
#> SRR934722     5  0.8212   3.96e-01 0.008 0.132 0.224 0.196 0.440
#> SRR934723     4  0.5306   4.93e-01 0.320 0.000 0.004 0.616 0.060
#> SRR934724     4  0.1405   7.44e-01 0.016 0.000 0.008 0.956 0.020
#> SRR934725     4  0.3461   7.44e-01 0.068 0.000 0.008 0.848 0.076
#> SRR934726     4  0.5952   6.31e-01 0.164 0.000 0.040 0.668 0.128
#> SRR934727     1  0.3352   8.07e-01 0.800 0.000 0.004 0.192 0.004
#> SRR934728     4  0.2573   7.58e-01 0.104 0.000 0.000 0.880 0.016
#> SRR934729     5  0.3920   4.19e-01 0.004 0.268 0.004 0.000 0.724
#> SRR934730     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.2599   7.48e-01 0.028 0.000 0.024 0.904 0.044
#> SRR934732     2  0.3300   7.58e-01 0.004 0.792 0.204 0.000 0.000
#> SRR934733     4  0.5774   1.81e-01 0.052 0.000 0.020 0.548 0.380
#> SRR934734     1  0.1522   8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934735     4  0.4828   2.97e-01 0.408 0.000 0.012 0.572 0.008
#> SRR934736     1  0.1597   8.37e-01 0.940 0.000 0.000 0.048 0.012
#> SRR934737     2  0.3047   8.52e-01 0.004 0.868 0.044 0.000 0.084
#> SRR934738     4  0.3690   7.37e-01 0.068 0.000 0.008 0.832 0.092
#> SRR934740     1  0.1522   8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934739     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     5  0.3968   4.13e-01 0.004 0.276 0.004 0.000 0.716
#> SRR934742     4  0.5289   5.01e-01 0.316 0.000 0.004 0.620 0.060
#> SRR934743     1  0.6627   2.70e-01 0.480 0.000 0.004 0.216 0.300
#> SRR934744     3  0.4610   4.79e-01 0.020 0.000 0.676 0.296 0.008
#> SRR934745     5  0.6569   3.82e-01 0.240 0.000 0.004 0.252 0.504
#> SRR934746     2  0.3078   8.55e-01 0.008 0.872 0.064 0.000 0.056
#> SRR934747     2  0.0693   8.89e-01 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR934748     4  0.4521   4.00e-01 0.012 0.000 0.316 0.664 0.008
#> SRR934750     2  0.2964   7.75e-01 0.004 0.840 0.004 0.000 0.152
#> SRR934749     4  0.3612   7.17e-01 0.064 0.000 0.100 0.832 0.004
#> SRR934751     1  0.4383   3.83e-01 0.572 0.000 0.004 0.424 0.000
#> SRR934752     4  0.3690   7.37e-01 0.068 0.000 0.008 0.832 0.092
#> SRR934753     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.3461   7.44e-01 0.068 0.000 0.008 0.848 0.076
#> SRR934755     3  0.2801   5.01e-01 0.024 0.004 0.884 0.084 0.004
#> SRR934756     4  0.4514   6.77e-01 0.228 0.000 0.008 0.728 0.036
#> SRR934757     4  0.3849   6.56e-01 0.000 0.000 0.080 0.808 0.112
#> SRR934758     1  0.3352   8.07e-01 0.800 0.000 0.004 0.192 0.004
#> SRR934759     1  0.1522   8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934760     2  0.1124   8.85e-01 0.004 0.960 0.036 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.4818   3.73e-01 0.012 0.300 0.668 0.012 0.008
#> SRR934762     4  0.3690   7.37e-01 0.068 0.000 0.008 0.832 0.092
#> SRR934763     4  0.1503   7.46e-01 0.020 0.000 0.008 0.952 0.020
#> SRR934764     4  0.3461   7.44e-01 0.068 0.000 0.008 0.848 0.076
#> SRR934765     1  0.6246   4.91e-01 0.564 0.000 0.236 0.196 0.004
#> SRR934766     4  0.3439   6.96e-01 0.188 0.000 0.008 0.800 0.004
#> SRR934767     1  0.1522   8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934768     4  0.4828   2.97e-01 0.408 0.000 0.012 0.572 0.008
#> SRR934769     5  0.7687   4.69e-01 0.008 0.084 0.188 0.216 0.504
#> SRR934770     1  0.3550   7.74e-01 0.760 0.000 0.004 0.236 0.000
#> SRR934772     5  0.2647   5.60e-01 0.008 0.028 0.032 0.024 0.908
#> SRR934771     4  0.3612   7.17e-01 0.064 0.000 0.100 0.832 0.004
#> SRR934773     1  0.1522   8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934774     4  0.7053  -3.85e-01 0.008 0.000 0.308 0.348 0.336
#> SRR934775     4  0.4328   6.85e-01 0.208 0.000 0.016 0.752 0.024
#> SRR934776     4  0.3822   6.58e-01 0.020 0.000 0.020 0.808 0.152
#> SRR934777     4  0.3439   6.96e-01 0.188 0.000 0.008 0.800 0.004
#> SRR934778     5  0.3759   5.88e-01 0.004 0.000 0.024 0.180 0.792
#> SRR934779     1  0.1965   8.40e-01 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR934780     5  0.7683   3.57e-01 0.008 0.040 0.232 0.316 0.404
#> SRR934781     2  0.0162   8.89e-01 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934782     2  0.2964   7.75e-01 0.004 0.840 0.004 0.000 0.152
#> SRR934783     4  0.1299   7.46e-01 0.020 0.000 0.008 0.960 0.012
#> SRR934784     2  0.0693   8.89e-01 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR934785     2  0.0162   8.89e-01 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934786     1  0.3550   7.74e-01 0.760 0.000 0.004 0.236 0.000
#> SRR934787     1  0.3333   7.99e-01 0.788 0.000 0.004 0.208 0.000
#> SRR934788     4  0.3611   6.81e-01 0.208 0.000 0.008 0.780 0.004
#> SRR934789     4  0.2189   7.61e-01 0.084 0.000 0.000 0.904 0.012
#> SRR934790     3  0.3602   5.01e-01 0.036 0.000 0.820 0.140 0.004
#> SRR934791     4  0.3252   7.25e-01 0.156 0.000 0.008 0.828 0.008
#> SRR934792     2  0.5141   6.92e-01 0.004 0.712 0.192 0.008 0.084
#> SRR934793     1  0.1522   8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934794     2  0.0162   8.89e-01 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934795     4  0.3690   7.37e-01 0.068 0.000 0.008 0.832 0.092
#> SRR934796     1  0.3579   7.70e-01 0.756 0.000 0.004 0.240 0.000
#> SRR934797     1  0.1522   8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934798     1  0.2471   8.32e-01 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR934799     4  0.3455   6.80e-01 0.208 0.000 0.008 0.784 0.000
#> SRR934800     2  0.2867   8.59e-01 0.004 0.880 0.044 0.000 0.072
#> SRR934801     2  0.3002   8.56e-01 0.008 0.876 0.068 0.000 0.048
#> SRR934802     2  0.2867   8.59e-01 0.004 0.880 0.044 0.000 0.072
#> SRR934803     5  0.8054   3.14e-01 0.172 0.000 0.124 0.340 0.364
#> SRR934804     5  0.8095   3.37e-01 0.012 0.152 0.236 0.132 0.468
#> SRR934805     4  0.1299   7.46e-01 0.020 0.000 0.008 0.960 0.012
#> SRR934806     4  0.4664   6.95e-01 0.152 0.000 0.096 0.748 0.004
#> SRR934807     5  0.3682   6.02e-01 0.000 0.040 0.012 0.120 0.828
#> SRR934809     4  0.2654   7.36e-01 0.016 0.000 0.044 0.900 0.040
#> SRR934810     4  0.3602   7.17e-01 0.020 0.000 0.036 0.840 0.104
#> SRR934811     5  0.3682   6.02e-01 0.000 0.040 0.012 0.120 0.828
#> SRR934808     4  0.3841   6.65e-01 0.012 0.000 0.032 0.808 0.148
#> SRR934812     1  0.1965   8.40e-01 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR934813     3  0.4575   3.77e-01 0.012 0.296 0.680 0.008 0.004
#> SRR934814     4  0.3461   7.44e-01 0.068 0.000 0.008 0.848 0.076
#> SRR934815     5  0.2647   5.60e-01 0.008 0.028 0.032 0.024 0.908
#> SRR934816     2  0.0693   8.89e-01 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR934817     2  0.5249   3.40e-01 0.008 0.544 0.416 0.000 0.032
#> SRR934818     5  0.7493   3.63e-01 0.012 0.036 0.168 0.376 0.408
#> SRR934819     4  0.5289   5.01e-01 0.316 0.000 0.004 0.620 0.060
#> SRR934820     4  0.3496   7.17e-01 0.040 0.000 0.004 0.832 0.124
#> SRR934821     3  0.7299   1.66e-01 0.008 0.032 0.476 0.300 0.184
#> SRR934822     4  0.4828   2.97e-01 0.408 0.000 0.012 0.572 0.008
#> SRR934823     4  0.3612   7.17e-01 0.064 0.000 0.100 0.832 0.004
#> SRR934825     2  0.4946   7.21e-01 0.004 0.732 0.160 0.004 0.100
#> SRR934826     4  0.4042   7.30e-01 0.156 0.000 0.008 0.792 0.044
#> SRR934827     5  0.7943   3.60e-01 0.124 0.000 0.152 0.332 0.392
#> SRR934828     5  0.1530   5.62e-01 0.008 0.008 0.004 0.028 0.952
#> SRR934829     2  0.0693   8.89e-01 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR934830     5  0.2787   5.94e-01 0.004 0.004 0.012 0.104 0.876
#> SRR934831     1  0.1522   8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934832     5  0.2787   5.94e-01 0.004 0.004 0.012 0.104 0.876
#> SRR934833     4  0.5161  -1.70e-01 0.024 0.000 0.008 0.488 0.480
#> SRR934834     1  0.7005   1.43e-01 0.448 0.000 0.048 0.384 0.120
#> SRR934835     2  0.4730   3.86e-01 0.004 0.568 0.416 0.000 0.012
#> SRR934836     1  0.3861   7.17e-01 0.712 0.000 0.004 0.284 0.000
#> SRR934837     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.3525   7.03e-01 0.184 0.000 0.008 0.800 0.008
#> SRR934839     2  0.3229   8.44e-01 0.008 0.860 0.088 0.000 0.044
#> SRR934840     2  0.3229   8.44e-01 0.008 0.860 0.088 0.000 0.044
#> SRR934841     1  0.1965   8.40e-01 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR934842     2  0.0404   8.86e-01 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934843     4  0.5306   4.93e-01 0.320 0.000 0.004 0.616 0.060
#> SRR934844     4  0.3578   6.85e-01 0.204 0.000 0.008 0.784 0.004
#> SRR934845     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.3229   8.44e-01 0.008 0.860 0.088 0.000 0.044
#> SRR934847     4  0.1299   7.46e-01 0.020 0.000 0.008 0.960 0.012
#> SRR934848     4  0.3488   7.06e-01 0.180 0.000 0.008 0.804 0.008
#> SRR934849     1  0.3352   8.07e-01 0.800 0.000 0.004 0.192 0.004
#> SRR934850     1  0.3352   8.07e-01 0.800 0.000 0.004 0.192 0.004
#> SRR934851     5  0.7062   4.42e-01 0.012 0.016 0.248 0.212 0.512
#> SRR934853     4  0.4877   3.58e-01 0.024 0.000 0.312 0.652 0.012
#> SRR934852     3  0.4198   4.34e-01 0.012 0.252 0.728 0.004 0.004
#> SRR934854     4  0.5157  -1.28e-01 0.024 0.000 0.008 0.500 0.468
#> SRR934856     4  0.3402   7.00e-01 0.184 0.000 0.008 0.804 0.004
#> SRR934858     1  0.4321   4.65e-01 0.600 0.000 0.004 0.396 0.000
#> SRR934859     2  0.1557   8.79e-01 0.000 0.940 0.052 0.000 0.008
#> SRR934860     2  0.3087   8.57e-01 0.004 0.868 0.064 0.000 0.064
#> SRR934861     2  0.4436   7.21e-01 0.008 0.744 0.208 0.000 0.040
#> SRR934862     2  0.2179   8.35e-01 0.004 0.896 0.000 0.000 0.100
#> SRR934863     4  0.1780   7.49e-01 0.024 0.000 0.008 0.940 0.028
#> SRR934864     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.3602   7.17e-01 0.020 0.000 0.036 0.840 0.104
#> SRR934866     2  0.0510   8.86e-01 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR934867     2  0.4686   4.32e-01 0.004 0.588 0.396 0.000 0.012
#> SRR934868     2  0.4965   5.79e-01 0.008 0.652 0.304 0.000 0.036
#> SRR934869     4  0.4521   4.00e-01 0.012 0.000 0.316 0.664 0.008
#> SRR934870     4  0.2189   7.61e-01 0.084 0.000 0.000 0.904 0.012
#> SRR934871     5  0.5704   4.03e-01 0.008 0.300 0.020 0.048 0.624
#> SRR934872     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.6529   3.00e-01 0.012 0.344 0.544 0.048 0.052
#> SRR934874     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0693   8.89e-01 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR934876     4  0.3252   7.25e-01 0.156 0.000 0.008 0.828 0.008
#> SRR934877     4  0.4039   6.16e-01 0.268 0.000 0.008 0.720 0.004
#> SRR934878     3  0.7842   2.20e-01 0.004 0.176 0.484 0.116 0.220
#> SRR934879     3  0.4925   4.18e-01 0.020 0.000 0.624 0.344 0.012
#> SRR934880     4  0.4877   3.58e-01 0.024 0.000 0.312 0.652 0.012
#> SRR934881     3  0.4575   3.77e-01 0.012 0.296 0.680 0.008 0.004
#> SRR934882     2  0.6600   2.20e-01 0.008 0.516 0.356 0.024 0.096
#> SRR934883     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.3380   5.47e-01 0.004 0.088 0.028 0.020 0.860
#> SRR934885     5  0.4019   5.28e-01 0.004 0.132 0.032 0.020 0.812
#> SRR934886     3  0.8290  -2.11e-01 0.008 0.100 0.352 0.220 0.320
#> SRR934887     3  0.6985   3.76e-01 0.004 0.144 0.600 0.100 0.152
#> SRR934888     2  0.2142   8.76e-01 0.004 0.920 0.028 0.000 0.048
#> SRR934889     5  0.3264   5.50e-01 0.004 0.080 0.028 0.020 0.868
#> SRR934890     4  0.4791   3.39e-01 0.020 0.000 0.336 0.636 0.008
#> SRR934891     4  0.3507   6.92e-01 0.012 0.000 0.036 0.840 0.112
#> SRR934892     3  0.8551   8.33e-02 0.012 0.156 0.392 0.216 0.224
#> SRR934893     3  0.2987   5.02e-01 0.020 0.024 0.888 0.060 0.008
#> SRR934894     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.7107   5.33e-01 0.000 0.108 0.140 0.180 0.572
#> SRR934896     1  0.1522   8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934897     2  0.1282   8.82e-01 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR934898     4  0.4160   6.28e-01 0.008 0.000 0.044 0.780 0.168
#> SRR934899     5  0.6838   4.84e-01 0.008 0.020 0.240 0.184 0.548
#> SRR934900     3  0.4576   5.14e-01 0.020 0.024 0.744 0.208 0.004
#> SRR934901     5  0.3968   4.13e-01 0.004 0.276 0.004 0.000 0.716
#> SRR934902     3  0.4719   5.11e-01 0.016 0.148 0.764 0.068 0.004
#> SRR934903     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.4664   6.95e-01 0.152 0.000 0.096 0.748 0.004
#> SRR934906     5  0.6968   3.18e-01 0.020 0.000 0.184 0.372 0.424
#> SRR934907     5  0.7107   5.33e-01 0.000 0.108 0.140 0.180 0.572
#> SRR934908     5  0.4402   3.14e-01 0.004 0.372 0.004 0.000 0.620
#> SRR934909     2  0.4912   6.51e-01 0.008 0.688 0.256 0.000 0.048
#> SRR934910     5  0.3595   4.87e-01 0.004 0.188 0.004 0.008 0.796
#> SRR934911     2  0.1270   8.74e-01 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934912     2  0.4738   3.76e-01 0.004 0.564 0.420 0.000 0.012
#> SRR934913     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.3643   6.79e-01 0.212 0.000 0.008 0.776 0.004
#> SRR934915     5  0.7366   4.37e-01 0.008 0.032 0.228 0.252 0.480
#> SRR934916     1  0.3146   8.14e-01 0.856 0.000 0.000 0.092 0.052
#> SRR934917     2  0.0865   8.87e-01 0.004 0.972 0.024 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.4678   5.12e-01 0.016 0.144 0.768 0.068 0.004
#> SRR934919     5  0.4082   5.53e-01 0.004 0.028 0.088 0.056 0.824
#> SRR934920     1  0.1522   8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934921     2  0.0404   8.86e-01 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934922     5  0.7728   4.31e-01 0.004 0.072 0.224 0.236 0.464
#> SRR934924     5  0.2787   5.26e-01 0.104 0.012 0.004 0.004 0.876
#> SRR934923     1  0.3730   8.19e-01 0.820 0.000 0.016 0.136 0.028
#> SRR934925     5  0.7687   4.69e-01 0.008 0.084 0.188 0.216 0.504
#> SRR934926     2  0.0162   8.89e-01 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934927     3  0.6766   2.06e-01 0.004 0.384 0.468 0.024 0.120
#> SRR934928     4  0.2654   7.36e-01 0.016 0.000 0.044 0.900 0.040
#> SRR934929     5  0.5607   5.20e-01 0.008 0.000 0.076 0.312 0.604
#> SRR934930     3  0.7711   3.37e-01 0.008 0.148 0.528 0.168 0.148
#> SRR934931     5  0.4682   5.97e-01 0.000 0.060 0.048 0.112 0.780
#> SRR934932     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.4758  -5.87e-05 0.012 0.432 0.552 0.004 0.000
#> SRR934936     3  0.8592   3.79e-02 0.012 0.152 0.376 0.220 0.240
#> SRR934933     5  0.8029   3.08e-01 0.172 0.000 0.120 0.344 0.364
#> SRR934937     3  0.4610   4.79e-01 0.020 0.000 0.676 0.296 0.008
#> SRR934938     3  0.5180   4.62e-01 0.008 0.040 0.756 0.104 0.092
#> SRR934939     4  0.2728   7.17e-01 0.004 0.000 0.040 0.888 0.068
#> SRR934940     5  0.8146   3.85e-01 0.008 0.108 0.220 0.228 0.436
#> SRR934941     5  0.5981   5.26e-01 0.008 0.000 0.132 0.260 0.600
#> SRR934942     5  0.7731   4.68e-01 0.008 0.088 0.188 0.216 0.500
#> SRR934943     5  0.3380   5.47e-01 0.004 0.088 0.028 0.020 0.860
#> SRR934944     4  0.5590   6.62e-01 0.208 0.000 0.064 0.684 0.044
#> SRR934945     5  0.2787   5.26e-01 0.104 0.012 0.004 0.004 0.876
#> SRR934946     5  0.5519   5.35e-01 0.008 0.000 0.076 0.292 0.624
#> SRR934947     4  0.4403   1.59e-01 0.436 0.000 0.004 0.560 0.000
#> SRR934948     3  0.5173   1.66e-01 0.020 0.000 0.508 0.460 0.012
#> SRR934949     2  0.2992   8.54e-01 0.008 0.876 0.072 0.000 0.044
#> SRR934950     4  0.3602   7.17e-01 0.020 0.000 0.036 0.840 0.104
#> SRR934951     4  0.3513   7.00e-01 0.180 0.000 0.020 0.800 0.000
#> SRR934953     5  0.8054   3.14e-01 0.172 0.000 0.124 0.340 0.364
#> SRR934952     2  0.2964   7.75e-01 0.004 0.840 0.004 0.000 0.152
#> SRR934954     2  0.0566   8.89e-01 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR934955     1  0.1965   8.40e-01 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR934956     3  0.8242   2.97e-02 0.008 0.116 0.408 0.192 0.276
#> SRR934957     4  0.3849   6.56e-01 0.000 0.000 0.080 0.808 0.112
#> SRR934958     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.3612   7.17e-01 0.064 0.000 0.100 0.832 0.004
#> SRR934960     4  0.4042   7.30e-01 0.156 0.000 0.008 0.792 0.044
#> SRR934961     2  0.2875   8.60e-01 0.008 0.884 0.056 0.000 0.052
#> SRR934962     2  0.2026   8.74e-01 0.008 0.924 0.056 0.000 0.012
#> SRR934963     5  0.6937   4.83e-01 0.012 0.020 0.240 0.184 0.544
#> SRR934964     5  0.7062   4.42e-01 0.012 0.016 0.248 0.212 0.512
#> SRR934965     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000   8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.5072   1.28e-01 0.020 0.000 0.516 0.456 0.008
#> SRR934968     3  0.4610   4.79e-01 0.020 0.000 0.676 0.296 0.008
#> SRR934969     4  0.2505   7.61e-01 0.092 0.000 0.000 0.888 0.020
#> SRR934970     1  0.4335   6.21e-01 0.664 0.000 0.008 0.324 0.004
#> SRR934971     3  0.6529   3.00e-01 0.012 0.344 0.544 0.048 0.052
#> SRR934972     4  0.3612   7.17e-01 0.064 0.000 0.100 0.832 0.004
#> SRR934973     3  0.3840   5.07e-01 0.012 0.000 0.772 0.208 0.008
#> SRR934974     4  0.4775   3.47e-01 0.020 0.000 0.332 0.640 0.008
#> SRR934975     5  0.5981   5.26e-01 0.008 0.000 0.132 0.260 0.600
#> SRR934976     5  0.4402   3.13e-01 0.004 0.372 0.004 0.000 0.620
#> SRR934977     1  0.3461   7.90e-01 0.772 0.000 0.004 0.224 0.000
#> SRR934978     5  0.7350   3.80e-01 0.016 0.016 0.292 0.220 0.456
#> SRR934979     2  0.3021   8.59e-01 0.004 0.872 0.060 0.000 0.064
#> SRR934980     1  0.1522   8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934981     3  0.8232   3.62e-02 0.008 0.116 0.412 0.192 0.272
#> SRR934982     1  0.3146   8.14e-01 0.856 0.000 0.000 0.092 0.052
#> SRR934983     4  0.4042   7.30e-01 0.156 0.000 0.008 0.792 0.044
#> SRR934984     2  0.3518   8.31e-01 0.008 0.840 0.104 0.000 0.048
#> SRR934985     4  0.3822   6.58e-01 0.020 0.000 0.020 0.808 0.152
#> SRR934986     1  0.3814   7.20e-01 0.720 0.000 0.004 0.276 0.000
#> SRR934987     5  0.7731   4.68e-01 0.008 0.088 0.188 0.216 0.500
#> SRR934988     3  0.5652   2.80e-01 0.008 0.000 0.532 0.400 0.060
#> SRR934989     1  0.1522   8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934990     3  0.4610   4.79e-01 0.020 0.000 0.676 0.296 0.008

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.4220     0.6337 0.208 0.000 0.040 0.736 0.004 0.012
#> SRR934718     1  0.3642     0.7699 0.776 0.000 0.020 0.192 0.004 0.008
#> SRR934719     4  0.4407     0.1003 0.000 0.000 0.480 0.496 0.000 0.024
#> SRR934720     1  0.0984     0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934721     4  0.4371     0.5969 0.044 0.000 0.216 0.720 0.000 0.020
#> SRR934722     6  0.8088     0.1842 0.004 0.092 0.084 0.140 0.284 0.396
#> SRR934723     4  0.5420     0.4657 0.316 0.000 0.000 0.584 0.032 0.068
#> SRR934724     4  0.1364     0.7036 0.000 0.000 0.016 0.952 0.012 0.020
#> SRR934725     4  0.3665     0.6874 0.052 0.000 0.004 0.828 0.040 0.076
#> SRR934726     4  0.6278     0.5778 0.156 0.000 0.036 0.628 0.060 0.120
#> SRR934727     1  0.2994     0.7979 0.820 0.000 0.008 0.164 0.000 0.008
#> SRR934728     4  0.2315     0.7228 0.084 0.000 0.008 0.892 0.000 0.016
#> SRR934729     5  0.4168     0.4029 0.000 0.256 0.000 0.000 0.696 0.048
#> SRR934730     2  0.0458     0.8274 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR934731     4  0.2969     0.7053 0.012 0.000 0.036 0.876 0.024 0.052
#> SRR934732     2  0.4989     0.6426 0.000 0.640 0.140 0.000 0.000 0.220
#> SRR934733     4  0.6562     0.1624 0.040 0.000 0.008 0.504 0.264 0.184
#> SRR934734     1  0.0984     0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934735     4  0.4697     0.3282 0.396 0.000 0.012 0.568 0.004 0.020
#> SRR934736     1  0.0984     0.8269 0.968 0.000 0.000 0.012 0.012 0.008
#> SRR934737     2  0.4227     0.7228 0.000 0.692 0.000 0.000 0.052 0.256
#> SRR934738     4  0.3919     0.6814 0.052 0.000 0.004 0.812 0.056 0.076
#> SRR934740     1  0.0984     0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934739     2  0.0000     0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     5  0.4212     0.3970 0.000 0.264 0.000 0.000 0.688 0.048
#> SRR934742     4  0.5406     0.4734 0.312 0.000 0.000 0.588 0.032 0.068
#> SRR934743     1  0.6959     0.2954 0.492 0.000 0.004 0.156 0.236 0.112
#> SRR934744     3  0.2805     0.5794 0.000 0.000 0.828 0.160 0.000 0.012
#> SRR934745     5  0.7449     0.1108 0.224 0.000 0.000 0.208 0.392 0.176
#> SRR934746     2  0.4088     0.7025 0.000 0.668 0.004 0.000 0.020 0.308
#> SRR934747     2  0.0806     0.8265 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR934748     4  0.4399     0.1607 0.000 0.000 0.460 0.516 0.000 0.024
#> SRR934750     2  0.3130     0.6947 0.000 0.824 0.004 0.000 0.144 0.028
#> SRR934749     4  0.4371     0.5969 0.044 0.000 0.216 0.720 0.000 0.020
#> SRR934751     1  0.4395     0.3731 0.580 0.000 0.016 0.396 0.000 0.008
#> SRR934752     4  0.3919     0.6814 0.052 0.000 0.004 0.812 0.056 0.076
#> SRR934753     2  0.0000     0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.3611     0.6900 0.052 0.000 0.004 0.832 0.040 0.072
#> SRR934755     3  0.2669     0.5613 0.004 0.000 0.864 0.024 0.000 0.108
#> SRR934756     4  0.4540     0.6582 0.212 0.000 0.012 0.716 0.008 0.052
#> SRR934757     4  0.4469     0.5901 0.004 0.000 0.048 0.752 0.040 0.156
#> SRR934758     1  0.2994     0.7979 0.820 0.000 0.008 0.164 0.000 0.008
#> SRR934759     1  0.0984     0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934760     2  0.2613     0.7930 0.000 0.848 0.012 0.000 0.000 0.140
#> SRR934761     3  0.5901     0.2889 0.004 0.168 0.496 0.004 0.000 0.328
#> SRR934762     4  0.3919     0.6814 0.052 0.000 0.004 0.812 0.056 0.076
#> SRR934763     4  0.1508     0.7053 0.004 0.000 0.016 0.948 0.012 0.020
#> SRR934764     4  0.3611     0.6900 0.052 0.000 0.004 0.832 0.040 0.072
#> SRR934765     1  0.5689     0.4402 0.548 0.000 0.320 0.116 0.004 0.012
#> SRR934766     4  0.3889     0.6647 0.164 0.000 0.044 0.776 0.000 0.016
#> SRR934767     1  0.0984     0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934768     4  0.4697     0.3282 0.396 0.000 0.012 0.568 0.004 0.020
#> SRR934769     6  0.7619     0.1331 0.004 0.048 0.068 0.148 0.328 0.404
#> SRR934770     1  0.3611     0.7737 0.780 0.000 0.020 0.188 0.004 0.008
#> SRR934772     5  0.3007     0.4750 0.004 0.004 0.004 0.020 0.848 0.120
#> SRR934771     4  0.4371     0.5969 0.044 0.000 0.216 0.720 0.000 0.020
#> SRR934773     1  0.0984     0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934774     6  0.7750     0.2346 0.004 0.000 0.232 0.256 0.188 0.320
#> SRR934775     4  0.4683     0.6608 0.192 0.000 0.024 0.724 0.012 0.048
#> SRR934776     4  0.4089     0.6040 0.008 0.000 0.004 0.768 0.068 0.152
#> SRR934777     4  0.3889     0.6647 0.164 0.000 0.044 0.776 0.000 0.016
#> SRR934778     5  0.5357     0.3157 0.000 0.000 0.008 0.120 0.592 0.280
#> SRR934779     1  0.1493     0.8349 0.936 0.000 0.004 0.056 0.004 0.000
#> SRR934780     6  0.7740     0.2347 0.004 0.024 0.108 0.216 0.232 0.416
#> SRR934781     2  0.0146     0.8259 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934782     2  0.3130     0.6947 0.000 0.824 0.004 0.000 0.144 0.028
#> SRR934783     4  0.1204     0.7060 0.004 0.000 0.016 0.960 0.004 0.016
#> SRR934784     2  0.0806     0.8265 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR934785     2  0.0146     0.8259 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934786     1  0.3611     0.7737 0.780 0.000 0.020 0.188 0.004 0.008
#> SRR934787     1  0.3324     0.7932 0.808 0.000 0.016 0.164 0.004 0.008
#> SRR934788     4  0.3990     0.6535 0.184 0.000 0.040 0.760 0.000 0.016
#> SRR934789     4  0.2086     0.7211 0.064 0.000 0.008 0.912 0.004 0.012
#> SRR934790     3  0.2739     0.5712 0.012 0.000 0.876 0.048 0.000 0.064
#> SRR934791     4  0.3433     0.6927 0.132 0.000 0.040 0.816 0.000 0.012
#> SRR934792     2  0.6112     0.5078 0.000 0.516 0.080 0.008 0.048 0.348
#> SRR934793     1  0.0984     0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934794     2  0.0146     0.8259 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934795     4  0.3919     0.6814 0.052 0.000 0.004 0.812 0.056 0.076
#> SRR934796     1  0.3642     0.7699 0.776 0.000 0.020 0.192 0.004 0.008
#> SRR934797     1  0.0984     0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934798     1  0.2418     0.8255 0.884 0.000 0.008 0.096 0.004 0.008
#> SRR934799     4  0.4288     0.6440 0.188 0.000 0.048 0.744 0.004 0.016
#> SRR934800     2  0.4044     0.7306 0.000 0.704 0.000 0.000 0.040 0.256
#> SRR934801     2  0.4086     0.7066 0.000 0.676 0.012 0.000 0.012 0.300
#> SRR934802     2  0.4044     0.7306 0.000 0.704 0.000 0.000 0.040 0.256
#> SRR934803     6  0.8633     0.0978 0.172 0.000 0.084 0.252 0.228 0.264
#> SRR934804     6  0.7958     0.0553 0.004 0.084 0.116 0.088 0.320 0.388
#> SRR934805     4  0.1204     0.7060 0.004 0.000 0.016 0.960 0.004 0.016
#> SRR934806     4  0.5505     0.5851 0.132 0.000 0.200 0.640 0.004 0.024
#> SRR934807     5  0.5380     0.4160 0.000 0.036 0.004 0.080 0.648 0.232
#> SRR934809     4  0.2763     0.6934 0.004 0.000 0.040 0.884 0.024 0.048
#> SRR934810     4  0.3415     0.6730 0.008 0.000 0.020 0.844 0.064 0.064
#> SRR934811     5  0.5380     0.4160 0.000 0.036 0.004 0.080 0.648 0.232
#> SRR934808     4  0.3992     0.6151 0.004 0.000 0.008 0.780 0.072 0.136
#> SRR934812     1  0.1493     0.8349 0.936 0.000 0.004 0.056 0.004 0.000
#> SRR934813     3  0.5869     0.2874 0.004 0.160 0.496 0.004 0.000 0.336
#> SRR934814     4  0.3665     0.6874 0.052 0.000 0.004 0.828 0.040 0.076
#> SRR934815     5  0.3007     0.4750 0.004 0.004 0.004 0.020 0.848 0.120
#> SRR934816     2  0.0806     0.8265 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR934817     6  0.6299    -0.1569 0.000 0.332 0.244 0.000 0.012 0.412
#> SRR934818     6  0.7624     0.1684 0.004 0.020 0.076 0.300 0.236 0.364
#> SRR934819     4  0.5406     0.4734 0.312 0.000 0.000 0.588 0.032 0.068
#> SRR934820     4  0.3457     0.6769 0.024 0.000 0.000 0.832 0.084 0.060
#> SRR934821     3  0.7528    -0.1143 0.000 0.020 0.368 0.204 0.088 0.320
#> SRR934822     4  0.4697     0.3282 0.396 0.000 0.012 0.568 0.004 0.020
#> SRR934823     4  0.4371     0.5969 0.044 0.000 0.216 0.720 0.000 0.020
#> SRR934825     2  0.5908     0.5479 0.000 0.540 0.056 0.004 0.064 0.336
#> SRR934826     4  0.4103     0.7045 0.136 0.000 0.012 0.784 0.016 0.052
#> SRR934827     6  0.8526     0.1101 0.124 0.000 0.092 0.240 0.252 0.292
#> SRR934828     5  0.2201     0.4856 0.000 0.000 0.000 0.028 0.896 0.076
#> SRR934829     2  0.0806     0.8265 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR934830     5  0.4572     0.4133 0.000 0.000 0.004 0.064 0.668 0.264
#> SRR934831     1  0.0984     0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934832     5  0.4572     0.4133 0.000 0.000 0.004 0.064 0.668 0.264
#> SRR934833     4  0.6278    -0.1093 0.008 0.000 0.004 0.436 0.324 0.228
#> SRR934834     1  0.7221     0.2291 0.468 0.000 0.052 0.308 0.084 0.088
#> SRR934835     6  0.6168    -0.2301 0.000 0.372 0.252 0.000 0.004 0.372
#> SRR934836     1  0.3990     0.7141 0.728 0.000 0.016 0.240 0.004 0.012
#> SRR934837     2  0.0000     0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.3764     0.6707 0.160 0.000 0.044 0.784 0.000 0.012
#> SRR934839     2  0.4259     0.6811 0.000 0.648 0.020 0.000 0.008 0.324
#> SRR934840     2  0.4259     0.6811 0.000 0.648 0.020 0.000 0.008 0.324
#> SRR934841     1  0.1493     0.8349 0.936 0.000 0.004 0.056 0.004 0.000
#> SRR934842     2  0.0458     0.8213 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934843     4  0.5420     0.4657 0.316 0.000 0.000 0.584 0.032 0.068
#> SRR934844     4  0.4086     0.6524 0.180 0.000 0.048 0.756 0.000 0.016
#> SRR934845     2  0.0000     0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.4319     0.6812 0.000 0.648 0.024 0.000 0.008 0.320
#> SRR934847     4  0.1293     0.7061 0.004 0.000 0.020 0.956 0.004 0.016
#> SRR934848     4  0.3729     0.6734 0.156 0.000 0.044 0.788 0.000 0.012
#> SRR934849     1  0.2994     0.7979 0.820 0.000 0.008 0.164 0.000 0.008
#> SRR934850     1  0.2994     0.7979 0.820 0.000 0.008 0.164 0.000 0.008
#> SRR934851     6  0.7284     0.0456 0.000 0.000 0.172 0.136 0.312 0.380
#> SRR934853     4  0.4802     0.1576 0.000 0.000 0.404 0.540 0.000 0.056
#> SRR934852     3  0.5612     0.3337 0.004 0.136 0.552 0.000 0.004 0.304
#> SRR934854     4  0.6256    -0.0728 0.008 0.000 0.004 0.448 0.312 0.228
#> SRR934856     4  0.3854     0.6676 0.160 0.000 0.044 0.780 0.000 0.016
#> SRR934858     1  0.4382     0.4662 0.612 0.000 0.020 0.360 0.000 0.008
#> SRR934859     2  0.2750     0.7939 0.000 0.844 0.020 0.000 0.000 0.136
#> SRR934860     2  0.4308     0.7047 0.000 0.664 0.008 0.000 0.028 0.300
#> SRR934861     2  0.5336     0.5342 0.000 0.532 0.088 0.000 0.008 0.372
#> SRR934862     2  0.2170     0.7677 0.000 0.888 0.000 0.000 0.100 0.012
#> SRR934863     4  0.1823     0.7059 0.004 0.000 0.016 0.932 0.012 0.036
#> SRR934864     2  0.0000     0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.3472     0.6722 0.008 0.000 0.020 0.840 0.064 0.068
#> SRR934866     2  0.0806     0.8203 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR934867     2  0.6118     0.2072 0.000 0.384 0.232 0.000 0.004 0.380
#> SRR934868     2  0.5934     0.3775 0.000 0.444 0.148 0.000 0.012 0.396
#> SRR934869     4  0.4399     0.1607 0.000 0.000 0.460 0.516 0.000 0.024
#> SRR934870     4  0.2086     0.7211 0.064 0.000 0.008 0.912 0.004 0.012
#> SRR934871     5  0.5934     0.3567 0.000 0.276 0.004 0.032 0.568 0.120
#> SRR934872     2  0.0000     0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     6  0.6865    -0.1813 0.000 0.152 0.380 0.032 0.028 0.408
#> SRR934874     2  0.0000     0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0806     0.8265 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR934876     4  0.3433     0.6927 0.132 0.000 0.040 0.816 0.000 0.012
#> SRR934877     4  0.4205     0.5999 0.248 0.000 0.032 0.708 0.000 0.012
#> SRR934878     6  0.7760     0.2203 0.004 0.088 0.292 0.084 0.096 0.436
#> SRR934879     3  0.3424     0.5422 0.000 0.000 0.772 0.204 0.000 0.024
#> SRR934880     4  0.4802     0.1576 0.000 0.000 0.404 0.540 0.000 0.056
#> SRR934881     3  0.5869     0.2874 0.004 0.160 0.496 0.004 0.000 0.336
#> SRR934882     6  0.6797    -0.0525 0.000 0.328 0.192 0.012 0.036 0.432
#> SRR934883     2  0.0000     0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.3818     0.4734 0.004 0.064 0.000 0.012 0.800 0.120
#> SRR934885     5  0.4463     0.4677 0.004 0.108 0.004 0.016 0.760 0.108
#> SRR934886     6  0.8123     0.2681 0.000 0.056 0.232 0.144 0.180 0.388
#> SRR934887     3  0.6932     0.0374 0.000 0.068 0.440 0.056 0.060 0.376
#> SRR934888     2  0.3345     0.7659 0.000 0.776 0.000 0.000 0.020 0.204
#> SRR934889     5  0.3834     0.4736 0.004 0.056 0.000 0.016 0.800 0.124
#> SRR934890     4  0.4473     0.0914 0.000 0.000 0.480 0.492 0.000 0.028
#> SRR934891     4  0.3591     0.6422 0.008 0.000 0.008 0.816 0.048 0.120
#> SRR934892     6  0.7934     0.3354 0.004 0.084 0.220 0.140 0.096 0.456
#> SRR934893     3  0.3470     0.5320 0.000 0.000 0.772 0.028 0.000 0.200
#> SRR934894     2  0.0000     0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.7389     0.0292 0.000 0.080 0.036 0.132 0.392 0.360
#> SRR934896     1  0.0984     0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934897     2  0.1572     0.8171 0.000 0.936 0.000 0.000 0.036 0.028
#> SRR934898     4  0.4511     0.5646 0.004 0.000 0.012 0.732 0.080 0.172
#> SRR934899     5  0.7404    -0.0425 0.004 0.008 0.132 0.128 0.372 0.356
#> SRR934900     3  0.4003     0.5899 0.000 0.016 0.784 0.104 0.000 0.096
#> SRR934901     5  0.4212     0.3970 0.000 0.264 0.000 0.000 0.688 0.048
#> SRR934902     3  0.5048     0.4706 0.004 0.096 0.676 0.016 0.000 0.208
#> SRR934903     2  0.0000     0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.5505     0.5851 0.132 0.000 0.200 0.640 0.004 0.024
#> SRR934906     4  0.7588    -0.3746 0.000 0.000 0.156 0.296 0.276 0.272
#> SRR934907     5  0.7389     0.0292 0.000 0.080 0.036 0.132 0.392 0.360
#> SRR934908     5  0.5035     0.3216 0.000 0.360 0.000 0.000 0.556 0.084
#> SRR934909     2  0.5797     0.4356 0.000 0.468 0.128 0.000 0.012 0.392
#> SRR934910     5  0.4483     0.4558 0.000 0.180 0.000 0.008 0.720 0.092
#> SRR934911     2  0.1616     0.8108 0.000 0.932 0.000 0.000 0.048 0.020
#> SRR934912     2  0.6176     0.1577 0.000 0.372 0.256 0.000 0.004 0.368
#> SRR934913     2  0.0000     0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.4022     0.6523 0.188 0.000 0.040 0.756 0.000 0.016
#> SRR934915     6  0.7649     0.1180 0.000 0.012 0.144 0.180 0.304 0.360
#> SRR934916     1  0.2886     0.8087 0.872 0.000 0.000 0.060 0.040 0.028
#> SRR934917     2  0.2135     0.8010 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR934918     3  0.5030     0.4720 0.004 0.092 0.676 0.016 0.000 0.212
#> SRR934919     5  0.4602     0.4214 0.004 0.004 0.052 0.036 0.748 0.156
#> SRR934920     1  0.0984     0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934921     2  0.0458     0.8213 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934922     6  0.7696     0.1889 0.004 0.040 0.080 0.172 0.288 0.416
#> SRR934924     5  0.4200     0.4432 0.088 0.004 0.000 0.000 0.744 0.164
#> SRR934923     1  0.3362     0.8162 0.848 0.000 0.032 0.084 0.020 0.016
#> SRR934925     6  0.7619     0.1331 0.004 0.048 0.068 0.148 0.328 0.404
#> SRR934926     2  0.0146     0.8259 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934927     6  0.6755     0.0248 0.000 0.224 0.264 0.008 0.040 0.464
#> SRR934928     4  0.2763     0.6934 0.004 0.000 0.040 0.884 0.024 0.048
#> SRR934929     5  0.6543     0.0834 0.000 0.000 0.032 0.240 0.440 0.288
#> SRR934930     6  0.7503     0.0542 0.000 0.076 0.356 0.112 0.060 0.396
#> SRR934931     5  0.5828     0.3784 0.000 0.052 0.008 0.080 0.608 0.252
#> SRR934932     2  0.0146     0.8267 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934934     2  0.0000     0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     6  0.6005    -0.1764 0.000 0.236 0.380 0.000 0.000 0.384
#> SRR934936     6  0.7959     0.3563 0.004 0.084 0.204 0.144 0.104 0.460
#> SRR934933     6  0.8608     0.0960 0.172 0.000 0.080 0.256 0.228 0.264
#> SRR934937     3  0.2805     0.5794 0.000 0.000 0.828 0.160 0.000 0.012
#> SRR934938     3  0.5296     0.4249 0.000 0.024 0.672 0.036 0.044 0.224
#> SRR934939     4  0.2894     0.6659 0.004 0.000 0.012 0.860 0.020 0.104
#> SRR934940     6  0.7734     0.2293 0.004 0.060 0.080 0.148 0.260 0.448
#> SRR934941     5  0.6840     0.0731 0.000 0.000 0.068 0.180 0.400 0.352
#> SRR934942     6  0.7661     0.1337 0.004 0.052 0.068 0.148 0.324 0.404
#> SRR934943     5  0.3818     0.4734 0.004 0.064 0.000 0.012 0.800 0.120
#> SRR934944     4  0.5878     0.6257 0.196 0.000 0.068 0.644 0.020 0.072
#> SRR934945     5  0.4200     0.4432 0.088 0.004 0.000 0.000 0.744 0.164
#> SRR934946     5  0.6478     0.1097 0.000 0.000 0.032 0.220 0.456 0.292
#> SRR934947     4  0.4370     0.1809 0.428 0.000 0.008 0.552 0.000 0.012
#> SRR934948     3  0.4476     0.4263 0.000 0.000 0.640 0.308 0.000 0.052
#> SRR934949     2  0.3991     0.7096 0.000 0.680 0.012 0.000 0.008 0.300
#> SRR934950     4  0.3415     0.6730 0.008 0.000 0.020 0.844 0.064 0.064
#> SRR934951     4  0.4760     0.6423 0.164 0.000 0.092 0.720 0.004 0.020
#> SRR934953     6  0.8633     0.0978 0.172 0.000 0.084 0.252 0.228 0.264
#> SRR934952     2  0.3130     0.6947 0.000 0.824 0.004 0.000 0.144 0.028
#> SRR934954     2  0.1444     0.8186 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR934955     1  0.1493     0.8349 0.936 0.000 0.004 0.056 0.004 0.000
#> SRR934956     6  0.8211     0.3528 0.000 0.072 0.256 0.140 0.156 0.376
#> SRR934957     4  0.4469     0.5901 0.004 0.000 0.048 0.752 0.040 0.156
#> SRR934958     2  0.0000     0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.4371     0.5969 0.044 0.000 0.216 0.720 0.000 0.020
#> SRR934960     4  0.4103     0.7045 0.136 0.000 0.012 0.784 0.016 0.052
#> SRR934961     2  0.3797     0.7197 0.000 0.692 0.000 0.000 0.016 0.292
#> SRR934962     2  0.3323     0.7509 0.000 0.752 0.008 0.000 0.000 0.240
#> SRR934963     5  0.7497    -0.0405 0.008 0.008 0.132 0.128 0.368 0.356
#> SRR934964     6  0.7284     0.0456 0.000 0.000 0.172 0.136 0.312 0.380
#> SRR934965     2  0.0000     0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.4538     0.3720 0.000 0.000 0.624 0.324 0.000 0.052
#> SRR934968     3  0.2805     0.5794 0.000 0.000 0.828 0.160 0.000 0.012
#> SRR934969     4  0.2182     0.7220 0.068 0.000 0.008 0.904 0.000 0.020
#> SRR934970     1  0.4235     0.6088 0.672 0.000 0.020 0.296 0.000 0.012
#> SRR934971     6  0.6865    -0.1813 0.000 0.152 0.380 0.032 0.028 0.408
#> SRR934972     4  0.4371     0.5969 0.044 0.000 0.216 0.720 0.000 0.020
#> SRR934973     3  0.3367     0.5873 0.000 0.000 0.816 0.104 0.000 0.080
#> SRR934974     4  0.4407     0.0934 0.000 0.000 0.484 0.492 0.000 0.024
#> SRR934975     5  0.6840     0.0731 0.000 0.000 0.068 0.180 0.400 0.352
#> SRR934976     5  0.5230     0.3221 0.000 0.352 0.004 0.000 0.552 0.092
#> SRR934977     1  0.3494     0.7828 0.788 0.000 0.016 0.184 0.004 0.008
#> SRR934978     6  0.7439     0.1127 0.000 0.000 0.208 0.144 0.292 0.356
#> SRR934979     2  0.4047     0.7141 0.000 0.676 0.000 0.000 0.028 0.296
#> SRR934980     1  0.0984     0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934981     6  0.8191     0.3536 0.000 0.072 0.256 0.140 0.152 0.380
#> SRR934982     1  0.2886     0.8087 0.872 0.000 0.000 0.060 0.040 0.028
#> SRR934983     4  0.4103     0.7045 0.136 0.000 0.012 0.784 0.016 0.052
#> SRR934984     2  0.4514     0.6659 0.000 0.632 0.028 0.000 0.012 0.328
#> SRR934985     4  0.4089     0.6040 0.008 0.000 0.004 0.768 0.068 0.152
#> SRR934986     1  0.3843     0.7229 0.740 0.000 0.016 0.232 0.004 0.008
#> SRR934987     6  0.7661     0.1337 0.004 0.052 0.068 0.148 0.324 0.404
#> SRR934988     3  0.6136     0.3033 0.000 0.000 0.504 0.280 0.020 0.196
#> SRR934989     1  0.0984     0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934990     3  0.2805     0.5794 0.000 0.000 0.828 0.160 0.000 0.012

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:kmeans**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.970       0.988         0.4982 0.501   0.501
#> 3 3 0.763           0.905       0.944         0.3259 0.696   0.467
#> 4 4 0.665           0.500       0.737         0.1203 0.843   0.577
#> 5 5 0.749           0.786       0.866         0.0665 0.832   0.459
#> 6 6 0.745           0.667       0.772         0.0438 0.947   0.756

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934719     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934722     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934723     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934724     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934725     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934731     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934733     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934742     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934744     1  0.0672     0.9829 0.992 0.008
#> SRR934745     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934750     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934755     1  0.9552     0.3889 0.624 0.376
#> SRR934756     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934757     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934758     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934766     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.3584     0.9244 0.068 0.932
#> SRR934771     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934774     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934775     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934776     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934778     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934779     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934780     2  0.9795     0.3049 0.416 0.584
#> SRR934781     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934790     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934791     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934807     2  0.1414     0.9694 0.020 0.980
#> SRR934809     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934810     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934811     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934808     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934815     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934816     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934818     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934819     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934821     1  0.9850     0.2417 0.572 0.428
#> SRR934822     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934827     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934828     2  0.3879     0.9166 0.076 0.924
#> SRR934829     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934830     2  0.3879     0.9166 0.076 0.924
#> SRR934831     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934832     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934833     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934834     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934851     2  0.8327     0.6564 0.264 0.736
#> SRR934853     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934854     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934856     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934869     1  0.1843     0.9631 0.972 0.028
#> SRR934870     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934871     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934872     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934873     2  0.1414     0.9694 0.020 0.980
#> SRR934874     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934878     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934879     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934880     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934881     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934882     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934885     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934886     2  0.1414     0.9694 0.020 0.980
#> SRR934887     2  0.1633     0.9660 0.024 0.976
#> SRR934888     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934890     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934891     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934892     2  0.1414     0.9694 0.020 0.980
#> SRR934893     2  0.1414     0.9694 0.020 0.980
#> SRR934894     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934898     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934899     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934900     1  0.9993     0.0424 0.516 0.484
#> SRR934901     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934902     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934906     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934907     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934908     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934915     2  0.7453     0.7420 0.212 0.788
#> SRR934916     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934919     2  0.2948     0.9406 0.052 0.948
#> SRR934920     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934922     2  0.1414     0.9694 0.020 0.980
#> SRR934924     2  0.3879     0.9166 0.076 0.924
#> SRR934923     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934928     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934929     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934930     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934931     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934936     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934933     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934937     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934938     2  0.1414     0.9694 0.020 0.980
#> SRR934939     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934940     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934941     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934942     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934943     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934945     2  0.0672     0.9782 0.008 0.992
#> SRR934946     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934947     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934948     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934950     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934951     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934956     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934957     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934959     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934960     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934963     2  0.8661     0.6102 0.288 0.712
#> SRR934964     2  0.7528     0.7352 0.216 0.784
#> SRR934965     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934967     1  0.0938     0.9789 0.988 0.012
#> SRR934968     1  0.1184     0.9751 0.984 0.016
#> SRR934969     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934972     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934973     1  0.1414     0.9711 0.980 0.020
#> SRR934974     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934975     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934976     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934978     2  0.1633     0.9661 0.024 0.976
#> SRR934979     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934981     2  0.1414     0.9694 0.020 0.980
#> SRR934982     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934985     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934986     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000     0.9840 0.000 1.000
#> SRR934988     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9903 1.000 0.000
#> SRR934990     1  0.0376     0.9866 0.996 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934718     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721     1  0.4796      0.834 0.780 0.000 0.220
#> SRR934722     3  0.4654      0.763 0.000 0.208 0.792
#> SRR934723     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724     3  0.4452      0.699 0.192 0.000 0.808
#> SRR934725     1  0.3879      0.876 0.848 0.000 0.152
#> SRR934726     3  0.1753      0.897 0.048 0.000 0.952
#> SRR934727     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934729     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     3  0.2878      0.839 0.096 0.000 0.904
#> SRR934732     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733     1  0.3267      0.886 0.884 0.000 0.116
#> SRR934734     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738     1  0.4002      0.873 0.840 0.000 0.160
#> SRR934740     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745     3  0.1411      0.904 0.036 0.000 0.964
#> SRR934746     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749     1  0.4796      0.834 0.780 0.000 0.220
#> SRR934751     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934753     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934755     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761     3  0.4235      0.791 0.000 0.176 0.824
#> SRR934762     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934763     3  0.1643      0.893 0.044 0.000 0.956
#> SRR934764     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934765     1  0.2261      0.891 0.932 0.000 0.068
#> SRR934766     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934767     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.4654      0.763 0.000 0.208 0.792
#> SRR934770     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772     3  0.3686      0.834 0.000 0.140 0.860
#> SRR934771     1  0.4796      0.834 0.780 0.000 0.220
#> SRR934773     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775     1  0.4504      0.854 0.804 0.000 0.196
#> SRR934776     3  0.0747      0.915 0.016 0.000 0.984
#> SRR934777     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934778     3  0.1964      0.891 0.056 0.000 0.944
#> SRR934779     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783     3  0.3551      0.793 0.132 0.000 0.868
#> SRR934784     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934790     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934792     3  0.4796      0.747 0.000 0.220 0.780
#> SRR934793     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934796     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799     1  0.4235      0.867 0.824 0.000 0.176
#> SRR934800     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803     1  0.1860      0.899 0.948 0.000 0.052
#> SRR934804     3  0.4796      0.747 0.000 0.220 0.780
#> SRR934805     1  0.4504      0.854 0.804 0.000 0.196
#> SRR934806     1  0.4291      0.866 0.820 0.000 0.180
#> SRR934807     3  0.1411      0.908 0.000 0.036 0.964
#> SRR934809     3  0.5397      0.520 0.280 0.000 0.720
#> SRR934810     3  0.2711      0.850 0.088 0.000 0.912
#> SRR934811     3  0.4654      0.763 0.000 0.208 0.792
#> SRR934808     3  0.2165      0.876 0.064 0.000 0.936
#> SRR934812     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.4654      0.760 0.000 0.208 0.792
#> SRR934814     1  0.3879      0.876 0.848 0.000 0.152
#> SRR934815     3  0.3752      0.831 0.000 0.144 0.856
#> SRR934816     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     2  0.2959      0.882 0.000 0.900 0.100
#> SRR934818     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934820     1  0.5497      0.724 0.708 0.000 0.292
#> SRR934821     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823     1  0.4796      0.834 0.780 0.000 0.220
#> SRR934825     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934828     3  0.4618      0.834 0.024 0.136 0.840
#> SRR934829     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830     3  0.1860      0.900 0.000 0.052 0.948
#> SRR934831     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832     3  0.3879      0.823 0.000 0.152 0.848
#> SRR934833     3  0.1753      0.897 0.048 0.000 0.952
#> SRR934834     1  0.3340      0.823 0.880 0.000 0.120
#> SRR934835     2  0.0424      0.987 0.000 0.992 0.008
#> SRR934836     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1  0.4235      0.867 0.824 0.000 0.176
#> SRR934839     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844     1  0.4235      0.867 0.824 0.000 0.176
#> SRR934845     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847     1  0.5216      0.784 0.740 0.000 0.260
#> SRR934848     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934849     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853     3  0.0592      0.917 0.012 0.000 0.988
#> SRR934852     2  0.0892      0.976 0.000 0.980 0.020
#> SRR934854     3  0.1860      0.894 0.052 0.000 0.948
#> SRR934856     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934858     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863     3  0.1411      0.900 0.036 0.000 0.964
#> SRR934864     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934866     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0237      0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR934868     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870     1  0.4346      0.862 0.816 0.000 0.184
#> SRR934871     3  0.4796      0.747 0.000 0.220 0.780
#> SRR934872     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934874     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934877     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881     2  0.3619      0.833 0.000 0.864 0.136
#> SRR934882     3  0.4796      0.747 0.000 0.220 0.780
#> SRR934883     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885     2  0.0424      0.986 0.000 0.992 0.008
#> SRR934886     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934887     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934890     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     3  0.4605      0.768 0.000 0.204 0.796
#> SRR934896     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899     3  0.4750      0.753 0.000 0.216 0.784
#> SRR934900     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     1  0.4796      0.834 0.780 0.000 0.220
#> SRR934906     3  0.0592      0.917 0.012 0.000 0.988
#> SRR934907     3  0.4654      0.763 0.000 0.208 0.792
#> SRR934908     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909     2  0.1031      0.972 0.000 0.976 0.024
#> SRR934910     2  0.3619      0.832 0.000 0.864 0.136
#> SRR934911     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     2  0.0892      0.976 0.000 0.980 0.020
#> SRR934913     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934915     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934919     3  0.0237      0.923 0.000 0.004 0.996
#> SRR934920     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924     3  0.6126      0.427 0.400 0.000 0.600
#> SRR934923     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925     3  0.4796      0.747 0.000 0.220 0.780
#> SRR934926     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     3  0.5254      0.687 0.000 0.264 0.736
#> SRR934928     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934930     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931     3  0.1529      0.906 0.000 0.040 0.960
#> SRR934932     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     2  0.0747      0.980 0.000 0.984 0.016
#> SRR934936     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934933     1  0.6267      0.371 0.548 0.000 0.452
#> SRR934937     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940     3  0.4555      0.772 0.000 0.200 0.800
#> SRR934941     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942     3  0.4654      0.763 0.000 0.208 0.792
#> SRR934943     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944     1  0.4504      0.854 0.804 0.000 0.196
#> SRR934945     3  0.6799      0.247 0.012 0.456 0.532
#> SRR934946     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951     1  0.4235      0.867 0.824 0.000 0.176
#> SRR934953     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934952     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934957     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     1  0.4796      0.834 0.780 0.000 0.220
#> SRR934960     1  0.3116      0.888 0.892 0.000 0.108
#> SRR934961     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934964     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969     1  0.4291      0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934970     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972     1  0.4796      0.834 0.780 0.000 0.220
#> SRR934973     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000      0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985     3  0.1860      0.894 0.052 0.000 0.948
#> SRR934986     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987     3  0.4796      0.747 0.000 0.220 0.780
#> SRR934988     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000      0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000      0.925 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     1  0.6000     0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934718     1  0.1940     0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934719     4  0.1940     0.3328 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR934720     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.4431     0.2367 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR934722     3  0.1398     0.6457 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR934723     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.5609     0.3364 0.200 0.000 0.088 0.712
#> SRR934725     1  0.6396     0.1948 0.468 0.000 0.064 0.468
#> SRR934726     4  0.5607     0.0140 0.020 0.000 0.488 0.492
#> SRR934727     1  0.1940     0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934728     4  0.6005    -0.1866 0.460 0.000 0.040 0.500
#> SRR934729     3  0.5155    -0.0682 0.000 0.468 0.528 0.004
#> SRR934730     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.5609     0.3364 0.200 0.000 0.088 0.712
#> SRR934732     2  0.0779     0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934733     1  0.6354     0.3153 0.520 0.000 0.064 0.416
#> SRR934734     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.2011     0.7327 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934736     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0657     0.9288 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR934738     4  0.6396    -0.2197 0.468 0.000 0.064 0.468
#> SRR934740     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934741     2  0.2888     0.8292 0.000 0.872 0.124 0.004
#> SRR934742     1  0.5848     0.4203 0.584 0.000 0.040 0.376
#> SRR934743     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     4  0.4925    -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934745     3  0.1716     0.6270 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934746     2  0.0779     0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934747     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.1940     0.3328 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR934750     2  0.0657     0.9264 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR934749     4  0.4477     0.2226 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR934751     1  0.1940     0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934752     4  0.6392    -0.1799 0.452 0.000 0.064 0.484
#> SRR934753     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.6005    -0.1866 0.460 0.000 0.040 0.500
#> SRR934755     4  0.4898    -0.2488 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR934756     1  0.5512     0.5218 0.660 0.000 0.040 0.300
#> SRR934757     4  0.4477    -0.1397 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR934758     1  0.3355     0.6812 0.836 0.000 0.004 0.160
#> SRR934759     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0188     0.9321 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934761     3  0.6487     0.4262 0.000 0.072 0.500 0.428
#> SRR934762     4  0.6392    -0.1799 0.452 0.000 0.064 0.484
#> SRR934763     4  0.5911     0.3324 0.196 0.000 0.112 0.692
#> SRR934764     4  0.6005    -0.1866 0.460 0.000 0.040 0.500
#> SRR934765     1  0.3444     0.5393 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR934766     1  0.6000     0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934767     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.1706     0.6466 0.000 0.036 0.948 0.016
#> SRR934770     1  0.1940     0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934772     3  0.1716     0.6317 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934771     4  0.4477     0.2226 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR934773     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.4994     0.3937 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR934775     4  0.6005    -0.1839 0.460 0.000 0.040 0.500
#> SRR934776     3  0.4967     0.0310 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR934777     1  0.6000     0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934778     3  0.3726     0.4558 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934779     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.3024     0.6294 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR934781     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934782     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934783     4  0.5609     0.3364 0.200 0.000 0.088 0.712
#> SRR934784     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.1940     0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934787     1  0.1940     0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934788     1  0.5942     0.3516 0.548 0.000 0.040 0.412
#> SRR934789     4  0.6005    -0.1866 0.460 0.000 0.040 0.500
#> SRR934790     4  0.4916    -0.2447 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR934791     4  0.6010    -0.2139 0.472 0.000 0.040 0.488
#> SRR934792     3  0.3895     0.6250 0.000 0.036 0.832 0.132
#> SRR934793     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934795     4  0.6392    -0.1799 0.452 0.000 0.064 0.484
#> SRR934796     1  0.1940     0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934797     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     1  0.6000     0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934800     2  0.0657     0.9288 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR934801     2  0.0657     0.9288 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR934802     2  0.0779     0.9262 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR934803     1  0.1767     0.7053 0.944 0.000 0.044 0.012
#> SRR934804     3  0.2319     0.6409 0.000 0.040 0.924 0.036
#> SRR934805     4  0.6000    -0.1677 0.452 0.000 0.040 0.508
#> SRR934806     4  0.4804     0.0483 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR934807     3  0.1716     0.6270 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934809     4  0.5593     0.3252 0.212 0.000 0.080 0.708
#> SRR934810     4  0.6726     0.2600 0.100 0.000 0.364 0.536
#> SRR934811     3  0.1792     0.6269 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR934808     4  0.6992     0.2812 0.156 0.000 0.280 0.564
#> SRR934812     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.7644     0.3628 0.000 0.208 0.412 0.380
#> SRR934814     1  0.6396     0.1948 0.468 0.000 0.064 0.468
#> SRR934815     3  0.1716     0.6317 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934816     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.6623     0.4053 0.000 0.620 0.232 0.148
#> SRR934818     3  0.2081     0.6275 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR934819     1  0.6010     0.2337 0.488 0.000 0.040 0.472
#> SRR934820     4  0.6906    -0.0904 0.408 0.000 0.108 0.484
#> SRR934821     3  0.4898     0.4737 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR934822     1  0.1940     0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934823     4  0.4477     0.2226 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR934825     2  0.1059     0.9264 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR934826     1  0.5807     0.4324 0.596 0.000 0.040 0.364
#> SRR934827     3  0.4431     0.5604 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR934828     3  0.1867     0.6245 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934829     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     3  0.1792     0.6269 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR934831     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     3  0.1792     0.6269 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR934833     3  0.4843     0.1267 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR934834     1  0.2892     0.6500 0.896 0.000 0.068 0.036
#> SRR934835     2  0.5496     0.6064 0.000 0.724 0.188 0.088
#> SRR934836     1  0.1940     0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934837     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     1  0.5996     0.2828 0.512 0.000 0.040 0.448
#> SRR934839     2  0.0779     0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934840     2  0.0779     0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934841     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934843     1  0.5417     0.5460 0.676 0.000 0.040 0.284
#> SRR934844     1  0.6000     0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934845     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934846     2  0.0779     0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934847     4  0.5394     0.3123 0.228 0.000 0.060 0.712
#> SRR934848     1  0.6011     0.2087 0.480 0.000 0.040 0.480
#> SRR934849     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.4624     0.5392 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR934853     4  0.0817     0.3621 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934852     3  0.7824     0.3447 0.000 0.328 0.404 0.268
#> SRR934854     3  0.4925     0.0795 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR934856     1  0.6000     0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934858     1  0.1940     0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934859     2  0.0188     0.9321 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934860     2  0.0779     0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934861     2  0.0779     0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934862     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934863     4  0.5632     0.3387 0.196 0.000 0.092 0.712
#> SRR934864     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934865     4  0.4967     0.0763 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR934866     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934867     2  0.4485     0.6727 0.000 0.772 0.200 0.028
#> SRR934868     2  0.0779     0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934869     4  0.4925    -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934870     4  0.6140    -0.1702 0.452 0.000 0.048 0.500
#> SRR934871     3  0.2816     0.6317 0.000 0.064 0.900 0.036
#> SRR934872     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934873     3  0.4992     0.4186 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR934874     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.6011    -0.2332 0.480 0.000 0.040 0.480
#> SRR934877     1  0.5658     0.4853 0.632 0.000 0.040 0.328
#> SRR934878     3  0.4331     0.5690 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR934879     4  0.4925    -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934880     4  0.0707     0.3634 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934881     3  0.7766     0.3258 0.000 0.344 0.412 0.244
#> SRR934882     3  0.7054     0.4794 0.000 0.144 0.536 0.320
#> SRR934883     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.5203     0.4968 0.000 0.636 0.348 0.016
#> SRR934885     3  0.5597    -0.0793 0.000 0.464 0.516 0.020
#> SRR934886     3  0.4994     0.4137 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR934887     3  0.4992     0.4029 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR934888     2  0.0376     0.9320 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR934889     2  0.5026     0.5601 0.000 0.672 0.312 0.016
#> SRR934890     4  0.4925    -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934891     3  0.4916     0.1434 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR934892     3  0.4989     0.4087 0.000 0.000 0.528 0.472
#> SRR934893     4  0.4916    -0.2606 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR934894     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934895     3  0.2021     0.6451 0.000 0.040 0.936 0.024
#> SRR934896     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934898     3  0.4040     0.5040 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR934899     3  0.1211     0.6450 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR934900     4  0.4925    -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934901     2  0.2944     0.8220 0.000 0.868 0.128 0.004
#> SRR934902     3  0.4999     0.3977 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR934903     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934905     4  0.4477     0.2232 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR934906     4  0.3587     0.4225 0.088 0.000 0.052 0.860
#> SRR934907     3  0.1398     0.6457 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR934908     3  0.5168    -0.1340 0.000 0.492 0.504 0.004
#> SRR934909     2  0.6350     0.4297 0.000 0.636 0.252 0.112
#> SRR934910     3  0.4964     0.2055 0.000 0.380 0.616 0.004
#> SRR934911     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934912     2  0.7629    -0.2236 0.000 0.404 0.392 0.204
#> SRR934913     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934914     1  0.6000     0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934915     3  0.4431     0.5611 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR934916     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0779     0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934918     4  0.4998    -0.3795 0.000 0.000 0.488 0.512
#> SRR934919     3  0.1716     0.6373 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934920     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934922     3  0.1302     0.6367 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934924     3  0.6148     0.2549 0.408 0.000 0.540 0.052
#> SRR934923     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     3  0.1211     0.6450 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.7438     0.4428 0.000 0.244 0.512 0.244
#> SRR934928     4  0.0895     0.3674 0.004 0.000 0.020 0.976
#> SRR934929     3  0.4456     0.4703 0.004 0.000 0.716 0.280
#> SRR934930     3  0.4992     0.4029 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR934931     3  0.1474     0.6326 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934932     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.6373     0.4802 0.000 0.652 0.200 0.148
#> SRR934936     3  0.4679     0.5301 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR934933     1  0.5434     0.4121 0.696 0.000 0.252 0.052
#> SRR934937     4  0.4925    -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934938     3  0.4977     0.4280 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR934939     4  0.1474     0.3516 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR934940     3  0.2411     0.6426 0.000 0.040 0.920 0.040
#> SRR934941     3  0.3528     0.6081 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR934942     3  0.2411     0.6426 0.000 0.040 0.920 0.040
#> SRR934943     2  0.4936     0.6133 0.000 0.700 0.280 0.020
#> SRR934944     4  0.6055    -0.1238 0.436 0.000 0.044 0.520
#> SRR934945     3  0.6854     0.3204 0.348 0.056 0.568 0.028
#> SRR934946     3  0.1792     0.6246 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR934947     1  0.4304     0.5795 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934948     4  0.4925    -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934949     2  0.0779     0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934950     3  0.4250     0.5345 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934951     1  0.6000     0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934953     3  0.1792     0.6417 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR934952     2  0.0657     0.9264 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR934954     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.4661     0.5353 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR934957     3  0.4830     0.4891 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR934958     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.4222     0.2793 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR934960     1  0.5957     0.3354 0.540 0.000 0.040 0.420
#> SRR934961     2  0.0188     0.9321 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934962     2  0.0188     0.9321 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934963     3  0.4564     0.5479 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR934964     3  0.4746     0.5168 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR934965     2  0.0000     0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0188     0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934967     4  0.4898    -0.2452 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR934968     4  0.4925    -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934969     4  0.6005    -0.1866 0.460 0.000 0.040 0.500
#> SRR934970     1  0.4697     0.4939 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR934971     3  0.4996     0.4085 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR934972     4  0.4477     0.2226 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR934973     4  0.4933    -0.2609 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR934974     4  0.2149     0.3178 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR934975     3  0.3528     0.6081 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR934976     2  0.5088     0.3261 0.000 0.572 0.424 0.004
#> SRR934977     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.4855     0.4934 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR934979     2  0.0657     0.9288 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR934980     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.4761     0.5148 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR934982     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.4955     0.5746 0.708 0.000 0.024 0.268
#> SRR934984     2  0.0779     0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934985     3  0.4916     0.0866 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR934986     1  0.4277     0.5832 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR934987     3  0.1913     0.6446 0.000 0.040 0.940 0.020
#> SRR934988     4  0.4925    -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934989     1  0.0000     0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     4  0.4925    -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.2424    0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934718     1  0.3707    0.73783 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934719     3  0.4227    0.43022 0.000 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR934720     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934721     4  0.0880    0.79336 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934722     5  0.0609    0.87415 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934723     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934724     4  0.0579    0.80039 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR934725     4  0.2707    0.83297 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> SRR934726     4  0.4655    0.33905 0.004 0.000 0.012 0.600 0.384
#> SRR934727     1  0.3906    0.71953 0.704 0.000 0.000 0.292 0.004
#> SRR934728     4  0.2583    0.83225 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934729     5  0.0798    0.86811 0.008 0.016 0.000 0.000 0.976
#> SRR934730     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.0451    0.80218 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR934732     2  0.3814    0.86558 0.064 0.816 0.116 0.000 0.004
#> SRR934733     4  0.2707    0.83297 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> SRR934734     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934735     1  0.3774    0.71893 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR934736     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934737     2  0.3838    0.86798 0.064 0.820 0.108 0.000 0.008
#> SRR934738     4  0.2707    0.83297 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> SRR934740     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934739     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.4996    0.24988 0.032 0.548 0.000 0.000 0.420
#> SRR934742     4  0.2583    0.83225 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934743     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934744     3  0.2377    0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934745     5  0.0290    0.87623 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934746     2  0.3888    0.86593 0.064 0.816 0.112 0.000 0.008
#> SRR934747     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.4101    0.53599 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR934750     2  0.0510    0.91217 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR934749     4  0.0880    0.79336 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934751     1  0.3774    0.71893 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR934752     4  0.2771    0.83277 0.128 0.000 0.000 0.860 0.012
#> SRR934753     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.2583    0.83225 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934755     3  0.1908    0.83103 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR934756     4  0.3662    0.67567 0.252 0.000 0.000 0.744 0.004
#> SRR934757     4  0.3934    0.46544 0.000 0.000 0.276 0.716 0.008
#> SRR934758     1  0.4288    0.51440 0.612 0.000 0.000 0.384 0.004
#> SRR934759     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934760     2  0.2813    0.88650 0.024 0.868 0.108 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.0898    0.81335 0.000 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR934762     4  0.2707    0.83297 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> SRR934763     4  0.1430    0.79591 0.000 0.000 0.004 0.944 0.052
#> SRR934764     4  0.2583    0.83225 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934765     1  0.4503    0.71192 0.756 0.000 0.124 0.120 0.000
#> SRR934766     4  0.2424    0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934767     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934768     1  0.1671    0.89556 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR934769     5  0.0865    0.87211 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR934770     1  0.3707    0.73783 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934772     5  0.0324    0.87572 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR934771     4  0.0880    0.79336 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934773     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934774     3  0.3176    0.82313 0.000 0.000 0.856 0.080 0.064
#> SRR934775     4  0.2280    0.83322 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR934776     4  0.4675    0.18321 0.004 0.000 0.008 0.544 0.444
#> SRR934777     4  0.2424    0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934778     5  0.0324    0.87566 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR934779     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934780     5  0.3812    0.67614 0.000 0.000 0.204 0.024 0.772
#> SRR934781     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.0451    0.80218 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR934784     2  0.0451    0.91864 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR934785     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.3707    0.73783 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934787     1  0.3707    0.73783 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934788     4  0.2424    0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934789     4  0.2424    0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934790     3  0.2377    0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934791     4  0.2424    0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934792     3  0.4626    0.43980 0.020 0.000 0.616 0.000 0.364
#> SRR934793     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934794     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.2707    0.83297 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> SRR934796     1  0.3684    0.74223 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR934797     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934798     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934799     4  0.2424    0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934800     2  0.3627    0.87605 0.064 0.836 0.092 0.000 0.008
#> SRR934801     2  0.3515    0.87974 0.064 0.844 0.084 0.000 0.008
#> SRR934802     2  0.1701    0.91098 0.028 0.944 0.016 0.000 0.012
#> SRR934803     1  0.3757    0.82687 0.828 0.000 0.088 0.076 0.008
#> SRR934804     5  0.3300    0.67505 0.004 0.000 0.204 0.000 0.792
#> SRR934805     4  0.1965    0.83071 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR934806     4  0.1485    0.79716 0.020 0.000 0.032 0.948 0.000
#> SRR934807     5  0.0290    0.87623 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934809     4  0.0290    0.80354 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934810     4  0.3203    0.72562 0.000 0.000 0.012 0.820 0.168
#> SRR934811     5  0.0162    0.87597 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934808     4  0.2953    0.74354 0.000 0.000 0.012 0.844 0.144
#> SRR934812     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934813     3  0.0992    0.80973 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR934814     4  0.2707    0.83297 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> SRR934815     5  0.0324    0.87572 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR934816     2  0.1331    0.91144 0.040 0.952 0.000 0.000 0.008
#> SRR934817     3  0.5337    0.48261 0.064 0.252 0.668 0.000 0.016
#> SRR934818     5  0.2390    0.81888 0.000 0.000 0.020 0.084 0.896
#> SRR934819     4  0.2583    0.83225 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934820     4  0.3517    0.81276 0.100 0.000 0.000 0.832 0.068
#> SRR934821     3  0.3146    0.81108 0.000 0.000 0.856 0.052 0.092
#> SRR934822     1  0.3612    0.75331 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR934823     4  0.0880    0.79336 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934825     2  0.6500    0.64373 0.064 0.616 0.112 0.000 0.208
#> SRR934826     4  0.2583    0.83225 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934827     3  0.4219    0.65315 0.000 0.000 0.716 0.024 0.260
#> SRR934828     5  0.0324    0.87572 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR934829     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.0290    0.87623 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934831     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934832     5  0.0290    0.87623 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934833     5  0.0290    0.87405 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934834     1  0.4583    0.71824 0.740 0.000 0.004 0.064 0.192
#> SRR934835     3  0.5636    0.17620 0.064 0.368 0.560 0.000 0.008
#> SRR934836     1  0.3707    0.73783 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934837     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.2424    0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934839     2  0.3888    0.86593 0.064 0.816 0.112 0.000 0.008
#> SRR934840     2  0.3936    0.86325 0.064 0.812 0.116 0.000 0.008
#> SRR934841     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934842     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     4  0.3969    0.58056 0.304 0.000 0.000 0.692 0.004
#> SRR934844     4  0.2424    0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934845     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.3888    0.86593 0.064 0.816 0.112 0.000 0.008
#> SRR934847     4  0.0162    0.80340 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934848     4  0.2424    0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934849     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934850     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934851     3  0.3852    0.71765 0.000 0.000 0.760 0.020 0.220
#> SRR934853     4  0.2074    0.73849 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR934852     3  0.1285    0.80368 0.004 0.036 0.956 0.000 0.004
#> SRR934854     5  0.4562   -0.02690 0.000 0.000 0.008 0.492 0.500
#> SRR934856     4  0.2424    0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934858     1  0.3707    0.73783 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934859     2  0.3209    0.88576 0.060 0.860 0.076 0.000 0.004
#> SRR934860     2  0.3936    0.86325 0.064 0.812 0.116 0.000 0.008
#> SRR934861     2  0.3936    0.86325 0.064 0.812 0.116 0.000 0.008
#> SRR934862     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.0955    0.79568 0.000 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR934864     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.4016    0.57098 0.000 0.000 0.012 0.716 0.272
#> SRR934866     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     3  0.5591    0.22772 0.064 0.352 0.576 0.000 0.008
#> SRR934868     2  0.3936    0.86325 0.064 0.812 0.116 0.000 0.008
#> SRR934869     3  0.2424    0.82584 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR934870     4  0.2707    0.83297 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> SRR934871     5  0.0579    0.87459 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR934872     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0955    0.81583 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR934874     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.2377    0.83328 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR934877     4  0.2629    0.82968 0.136 0.000 0.000 0.860 0.004
#> SRR934878     3  0.4668    0.50414 0.000 0.000 0.624 0.024 0.352
#> SRR934879     3  0.2377    0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934880     4  0.2280    0.72302 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR934881     3  0.2352    0.78231 0.048 0.032 0.912 0.000 0.008
#> SRR934882     3  0.2456    0.78148 0.064 0.008 0.904 0.000 0.024
#> SRR934883     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.4769    0.69215 0.064 0.120 0.044 0.000 0.772
#> SRR934885     5  0.3572    0.75955 0.068 0.012 0.076 0.000 0.844
#> SRR934886     3  0.1082    0.81737 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR934887     3  0.3035    0.82929 0.000 0.000 0.856 0.112 0.032
#> SRR934888     2  0.3449    0.87966 0.064 0.844 0.088 0.000 0.004
#> SRR934889     5  0.5914    0.59758 0.068 0.136 0.108 0.000 0.688
#> SRR934890     3  0.2377    0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934891     4  0.4659   -0.00954 0.000 0.000 0.012 0.496 0.492
#> SRR934892     3  0.3064    0.82904 0.000 0.000 0.856 0.108 0.036
#> SRR934893     3  0.2074    0.83055 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR934894     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.0510    0.87516 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934896     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934897     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     5  0.4826    0.06024 0.000 0.000 0.020 0.472 0.508
#> SRR934899     5  0.0510    0.87516 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934900     3  0.2377    0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934901     2  0.4375    0.25368 0.004 0.576 0.000 0.000 0.420
#> SRR934902     3  0.1012    0.82025 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR934903     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.1851    0.75175 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR934906     4  0.2793    0.75126 0.000 0.000 0.088 0.876 0.036
#> SRR934907     5  0.0510    0.87516 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934908     5  0.0798    0.86811 0.008 0.016 0.000 0.000 0.976
#> SRR934909     3  0.4475    0.64117 0.068 0.160 0.764 0.000 0.008
#> SRR934910     5  0.0671    0.86931 0.004 0.016 0.000 0.000 0.980
#> SRR934911     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.2844    0.76700 0.064 0.032 0.888 0.000 0.016
#> SRR934913     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.2424    0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934915     3  0.4508    0.55366 0.000 0.000 0.648 0.020 0.332
#> SRR934916     1  0.1704    0.89713 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR934917     2  0.3888    0.86593 0.064 0.816 0.112 0.000 0.008
#> SRR934918     3  0.1732    0.83230 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934919     5  0.1644    0.85638 0.008 0.000 0.048 0.004 0.940
#> SRR934920     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934921     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     5  0.0865    0.87211 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR934924     5  0.0609    0.86954 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR934923     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934925     5  0.1116    0.87100 0.004 0.000 0.028 0.004 0.964
#> SRR934926     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.2104    0.79312 0.044 0.008 0.924 0.000 0.024
#> SRR934928     4  0.2280    0.72246 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR934929     5  0.4744    0.01045 0.000 0.000 0.016 0.476 0.508
#> SRR934930     3  0.2654    0.83111 0.000 0.000 0.884 0.084 0.032
#> SRR934931     5  0.0290    0.87623 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934932     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.4861    0.55196 0.060 0.220 0.712 0.000 0.008
#> SRR934936     3  0.3449    0.75671 0.000 0.000 0.812 0.024 0.164
#> SRR934933     1  0.5588    0.65222 0.632 0.000 0.056 0.288 0.024
#> SRR934937     3  0.2377    0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934938     3  0.3119    0.82237 0.000 0.000 0.860 0.072 0.068
#> SRR934939     4  0.2719    0.69514 0.000 0.000 0.144 0.852 0.004
#> SRR934940     5  0.0932    0.87401 0.004 0.000 0.020 0.004 0.972
#> SRR934941     5  0.5738    0.41814 0.000 0.000 0.264 0.132 0.604
#> SRR934942     5  0.0404    0.87563 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934943     5  0.5889    0.58986 0.068 0.148 0.096 0.000 0.688
#> SRR934944     4  0.1671    0.82692 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR934945     5  0.0671    0.87063 0.016 0.004 0.000 0.000 0.980
#> SRR934946     5  0.0510    0.87484 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934947     4  0.3774    0.59390 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR934948     3  0.2377    0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934949     2  0.3888    0.86593 0.064 0.816 0.112 0.000 0.008
#> SRR934950     4  0.5302    0.17578 0.000 0.000 0.052 0.536 0.412
#> SRR934951     4  0.2329    0.83347 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR934953     5  0.2280    0.79294 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR934952     2  0.0794    0.90488 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934954     2  0.2928    0.88986 0.064 0.872 0.064 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934956     3  0.3012    0.79155 0.000 0.000 0.852 0.024 0.124
#> SRR934957     4  0.6240    0.05556 0.000 0.000 0.152 0.488 0.360
#> SRR934958     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.1732    0.75835 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR934960     4  0.2583    0.83225 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934961     2  0.3398    0.88303 0.064 0.852 0.076 0.000 0.008
#> SRR934962     2  0.3274    0.88438 0.064 0.856 0.076 0.000 0.004
#> SRR934963     3  0.3656    0.74202 0.000 0.000 0.784 0.020 0.196
#> SRR934964     3  0.4100    0.74577 0.000 0.000 0.764 0.044 0.192
#> SRR934965     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000    0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.2377    0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934968     3  0.2377    0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934969     4  0.2424    0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934970     4  0.2424    0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934971     3  0.2426    0.78078 0.064 0.000 0.900 0.000 0.036
#> SRR934972     4  0.0880    0.79336 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934973     3  0.2329    0.82834 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR934974     3  0.4249    0.40037 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR934975     5  0.5738    0.41814 0.000 0.000 0.264 0.132 0.604
#> SRR934976     5  0.2891    0.73689 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR934977     1  0.1608    0.89736 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934978     3  0.3242    0.82031 0.000 0.000 0.852 0.072 0.076
#> SRR934979     2  0.3838    0.86798 0.064 0.820 0.108 0.000 0.008
#> SRR934980     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934981     3  0.3241    0.78220 0.000 0.000 0.832 0.024 0.144
#> SRR934982     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934983     4  0.3949    0.58401 0.300 0.000 0.000 0.696 0.004
#> SRR934984     2  0.3936    0.86325 0.064 0.812 0.116 0.000 0.008
#> SRR934985     5  0.3044    0.76330 0.004 0.000 0.008 0.148 0.840
#> SRR934986     4  0.3857    0.55711 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR934987     5  0.0404    0.87563 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934988     3  0.2377    0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934989     1  0.1544    0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934990     3  0.2377    0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.3578     0.7176 0.052 0.164 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR934718     1  0.4330     0.5665 0.632 0.036 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.5509     0.4223 0.000 0.292 0.544 0.164 0.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.5035     0.6016 0.000 0.296 0.104 0.600 0.000 0.000
#> SRR934722     5  0.2007     0.8253 0.000 0.016 0.040 0.012 0.924 0.008
#> SRR934723     1  0.1219     0.8231 0.948 0.004 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.3171     0.7197 0.000 0.204 0.012 0.784 0.000 0.000
#> SRR934725     4  0.3135     0.7239 0.068 0.048 0.000 0.856 0.028 0.000
#> SRR934726     4  0.6071     0.3695 0.000 0.140 0.036 0.536 0.288 0.000
#> SRR934727     1  0.4636     0.3363 0.532 0.032 0.000 0.432 0.004 0.000
#> SRR934728     4  0.2866     0.7328 0.052 0.084 0.000 0.860 0.004 0.000
#> SRR934729     5  0.1644     0.8176 0.000 0.028 0.000 0.000 0.932 0.040
#> SRR934730     2  0.3999     0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934731     4  0.3141     0.7209 0.000 0.200 0.012 0.788 0.000 0.000
#> SRR934732     6  0.1088     0.6148 0.000 0.016 0.024 0.000 0.000 0.960
#> SRR934733     4  0.3345     0.7209 0.068 0.052 0.000 0.844 0.036 0.000
#> SRR934734     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.4516     0.4343 0.564 0.036 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.8316 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     6  0.0146     0.6123 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR934738     4  0.3057     0.7239 0.068 0.048 0.000 0.860 0.024 0.000
#> SRR934740     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934741     5  0.5956    -0.0833 0.000 0.224 0.000 0.000 0.420 0.356
#> SRR934742     4  0.2432     0.7173 0.080 0.024 0.000 0.888 0.008 0.000
#> SRR934743     1  0.0909     0.8293 0.968 0.012 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.2331     0.7863 0.000 0.080 0.888 0.032 0.000 0.000
#> SRR934745     5  0.1452     0.8270 0.000 0.020 0.020 0.012 0.948 0.000
#> SRR934746     6  0.0291     0.6179 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR934747     2  0.3999     0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934748     3  0.5304     0.4782 0.000 0.292 0.572 0.136 0.000 0.000
#> SRR934750     2  0.4407     0.9503 0.000 0.496 0.000 0.000 0.024 0.480
#> SRR934749     4  0.4871     0.6138 0.000 0.296 0.088 0.616 0.000 0.000
#> SRR934751     1  0.4573     0.4691 0.584 0.044 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.2767     0.7321 0.044 0.048 0.000 0.880 0.028 0.000
#> SRR934753     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934754     4  0.2220     0.7346 0.044 0.036 0.000 0.908 0.012 0.000
#> SRR934755     3  0.2133     0.7915 0.000 0.052 0.912 0.020 0.000 0.016
#> SRR934756     4  0.3304     0.6330 0.168 0.020 0.000 0.804 0.008 0.000
#> SRR934757     4  0.6228     0.4192 0.000 0.184 0.268 0.516 0.032 0.000
#> SRR934758     4  0.4478    -0.1244 0.452 0.016 0.000 0.524 0.008 0.000
#> SRR934759     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     6  0.3728    -0.5782 0.000 0.344 0.004 0.000 0.000 0.652
#> SRR934761     3  0.2402     0.7540 0.000 0.000 0.868 0.000 0.012 0.120
#> SRR934762     4  0.2688     0.7322 0.044 0.048 0.000 0.884 0.024 0.000
#> SRR934763     4  0.3124     0.7275 0.000 0.140 0.024 0.828 0.008 0.000
#> SRR934764     4  0.2186     0.7338 0.048 0.036 0.000 0.908 0.008 0.000
#> SRR934765     1  0.5644     0.5168 0.620 0.100 0.232 0.048 0.000 0.000
#> SRR934766     4  0.2971     0.7183 0.052 0.104 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.2703     0.7531 0.824 0.004 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR934769     5  0.2603     0.8177 0.000 0.024 0.060 0.012 0.892 0.012
#> SRR934770     1  0.4344     0.5615 0.628 0.036 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR934772     5  0.1341     0.8239 0.000 0.028 0.000 0.000 0.948 0.024
#> SRR934771     4  0.5035     0.6016 0.000 0.296 0.104 0.600 0.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.2340     0.7807 0.000 0.024 0.900 0.016 0.060 0.000
#> SRR934775     4  0.3419     0.7376 0.040 0.152 0.004 0.804 0.000 0.000
#> SRR934776     4  0.5936     0.3325 0.000 0.136 0.024 0.524 0.316 0.000
#> SRR934777     4  0.3235     0.7187 0.052 0.128 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR934778     5  0.2058     0.8097 0.000 0.056 0.000 0.036 0.908 0.000
#> SRR934779     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     5  0.5006     0.5613 0.000 0.076 0.264 0.016 0.644 0.000
#> SRR934781     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934782     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934783     4  0.2912     0.7257 0.000 0.172 0.012 0.816 0.000 0.000
#> SRR934784     6  0.3907    -0.7903 0.000 0.408 0.000 0.004 0.000 0.588
#> SRR934785     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934786     1  0.4330     0.5665 0.632 0.036 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.4348     0.5807 0.640 0.040 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.3413     0.7056 0.080 0.108 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR934789     4  0.2875     0.7343 0.052 0.096 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR934790     3  0.2221     0.7883 0.000 0.072 0.896 0.032 0.000 0.000
#> SRR934791     4  0.3235     0.7186 0.052 0.128 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR934792     3  0.5780     0.0925 0.000 0.020 0.460 0.000 0.416 0.104
#> SRR934793     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934795     4  0.2767     0.7321 0.044 0.048 0.000 0.880 0.028 0.000
#> SRR934796     1  0.4330     0.5665 0.632 0.036 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0458     0.8312 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.3316     0.7176 0.052 0.136 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR934800     6  0.0146     0.6123 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR934801     6  0.0603     0.5946 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980
#> SRR934802     6  0.4272    -0.4262 0.000 0.288 0.000 0.000 0.044 0.668
#> SRR934803     1  0.3574     0.7183 0.808 0.012 0.148 0.016 0.016 0.000
#> SRR934804     5  0.3748     0.6535 0.000 0.012 0.212 0.000 0.756 0.020
#> SRR934805     4  0.3050     0.7372 0.028 0.136 0.004 0.832 0.000 0.000
#> SRR934806     4  0.5223     0.5940 0.004 0.300 0.108 0.588 0.000 0.000
#> SRR934807     5  0.1053     0.8292 0.000 0.020 0.012 0.004 0.964 0.000
#> SRR934809     4  0.2738     0.7321 0.000 0.176 0.004 0.820 0.000 0.000
#> SRR934810     4  0.4507     0.6716 0.000 0.116 0.028 0.748 0.108 0.000
#> SRR934811     5  0.0777     0.8259 0.000 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR934808     4  0.4271     0.6903 0.000 0.120 0.028 0.768 0.084 0.000
#> SRR934812     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.2402     0.7540 0.000 0.000 0.868 0.000 0.012 0.120
#> SRR934814     4  0.3135     0.7239 0.068 0.048 0.000 0.856 0.028 0.000
#> SRR934815     5  0.1341     0.8239 0.000 0.028 0.000 0.000 0.948 0.024
#> SRR934816     6  0.3189    -0.1666 0.000 0.236 0.000 0.004 0.000 0.760
#> SRR934817     6  0.3782     0.2865 0.000 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636
#> SRR934818     5  0.4208     0.7223 0.000 0.112 0.024 0.092 0.772 0.000
#> SRR934819     4  0.1956     0.7195 0.080 0.008 0.000 0.908 0.004 0.000
#> SRR934820     4  0.3394     0.7223 0.028 0.104 0.000 0.832 0.036 0.000
#> SRR934821     3  0.2542     0.7701 0.000 0.020 0.884 0.016 0.080 0.000
#> SRR934822     1  0.3998     0.5749 0.644 0.016 0.000 0.340 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.5035     0.6016 0.000 0.296 0.104 0.600 0.000 0.000
#> SRR934825     6  0.4397     0.4228 0.000 0.012 0.032 0.000 0.284 0.672
#> SRR934826     4  0.2658     0.7148 0.080 0.036 0.000 0.876 0.008 0.000
#> SRR934827     3  0.4511     0.5305 0.000 0.036 0.672 0.016 0.276 0.000
#> SRR934828     5  0.0972     0.8251 0.000 0.028 0.000 0.000 0.964 0.008
#> SRR934829     2  0.3999     0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934830     5  0.0865     0.8263 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR934831     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.0790     0.8263 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR934833     5  0.2941     0.7994 0.000 0.060 0.024 0.048 0.868 0.000
#> SRR934834     1  0.5915     0.5680 0.640 0.076 0.012 0.088 0.184 0.000
#> SRR934835     6  0.3515     0.3831 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR934836     1  0.4913     0.5086 0.588 0.080 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.3999     0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934838     4  0.3017     0.7189 0.052 0.108 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR934839     6  0.0260     0.6086 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934840     6  0.0547     0.6250 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934841     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934843     4  0.3799     0.5749 0.208 0.024 0.000 0.756 0.012 0.000
#> SRR934844     4  0.3107     0.7181 0.052 0.116 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR934845     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934846     6  0.0260     0.6213 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934847     4  0.3483     0.7194 0.000 0.212 0.024 0.764 0.000 0.000
#> SRR934848     4  0.3062     0.7193 0.052 0.112 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0790     0.8281 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0937     0.8260 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.3750     0.6680 0.000 0.020 0.764 0.016 0.200 0.000
#> SRR934853     4  0.5735     0.4943 0.000 0.352 0.176 0.472 0.000 0.000
#> SRR934852     3  0.2473     0.7430 0.000 0.000 0.856 0.000 0.008 0.136
#> SRR934854     4  0.5995     0.0962 0.000 0.124 0.024 0.448 0.404 0.000
#> SRR934856     4  0.3017     0.7189 0.052 0.108 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR934858     1  0.4332     0.5818 0.644 0.040 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR934859     6  0.2092     0.3649 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR934860     6  0.0547     0.6250 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934861     6  0.0632     0.6243 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934862     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934863     4  0.3086     0.7247 0.000 0.156 0.020 0.820 0.004 0.000
#> SRR934864     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934865     4  0.6024     0.3094 0.000 0.136 0.028 0.512 0.324 0.000
#> SRR934866     2  0.3999     0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934867     6  0.3728     0.3273 0.000 0.000 0.344 0.000 0.004 0.652
#> SRR934868     6  0.0547     0.6250 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934869     3  0.4065     0.6863 0.000 0.220 0.724 0.056 0.000 0.000
#> SRR934870     4  0.2772     0.7339 0.040 0.092 0.000 0.864 0.004 0.000
#> SRR934871     5  0.1959     0.8220 0.000 0.032 0.020 0.000 0.924 0.024
#> SRR934872     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934873     3  0.2531     0.7477 0.000 0.000 0.856 0.000 0.012 0.132
#> SRR934874     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934875     2  0.3999     0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934876     4  0.3088     0.7225 0.048 0.120 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR934877     4  0.2981     0.7024 0.100 0.040 0.000 0.852 0.008 0.000
#> SRR934878     3  0.4684     0.3243 0.000 0.024 0.580 0.016 0.380 0.000
#> SRR934879     3  0.2537     0.7813 0.000 0.096 0.872 0.032 0.000 0.000
#> SRR934880     4  0.5648     0.5097 0.000 0.304 0.180 0.516 0.000 0.000
#> SRR934881     3  0.3046     0.6930 0.000 0.000 0.800 0.000 0.012 0.188
#> SRR934882     3  0.4200     0.3729 0.000 0.004 0.592 0.000 0.012 0.392
#> SRR934883     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934884     5  0.4322     0.3899 0.000 0.028 0.000 0.000 0.600 0.372
#> SRR934885     5  0.4652     0.4644 0.000 0.032 0.016 0.000 0.628 0.324
#> SRR934886     3  0.2402     0.7540 0.000 0.000 0.868 0.000 0.012 0.120
#> SRR934887     3  0.1078     0.7973 0.000 0.008 0.964 0.016 0.012 0.000
#> SRR934888     6  0.0520     0.6028 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> SRR934889     6  0.4802     0.0701 0.000 0.028 0.016 0.000 0.404 0.552
#> SRR934890     3  0.3318     0.7416 0.000 0.172 0.796 0.032 0.000 0.000
#> SRR934891     4  0.6187     0.0960 0.000 0.144 0.028 0.432 0.396 0.000
#> SRR934892     3  0.2001     0.7877 0.000 0.020 0.920 0.016 0.044 0.000
#> SRR934893     3  0.2133     0.7915 0.000 0.052 0.912 0.020 0.000 0.016
#> SRR934894     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934895     5  0.1862     0.8277 0.000 0.016 0.032 0.012 0.932 0.008
#> SRR934896     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934898     4  0.6176     0.0451 0.000 0.132 0.032 0.420 0.416 0.000
#> SRR934899     5  0.2127     0.8192 0.000 0.012 0.060 0.012 0.912 0.004
#> SRR934900     3  0.2221     0.7883 0.000 0.072 0.896 0.032 0.000 0.000
#> SRR934901     5  0.5850    -0.1194 0.000 0.384 0.000 0.000 0.424 0.192
#> SRR934902     3  0.1625     0.7842 0.000 0.000 0.928 0.000 0.012 0.060
#> SRR934903     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934905     4  0.5726     0.4675 0.000 0.300 0.196 0.504 0.000 0.000
#> SRR934906     4  0.5485     0.6210 0.000 0.296 0.108 0.580 0.016 0.000
#> SRR934907     5  0.2332     0.8195 0.000 0.016 0.060 0.012 0.904 0.008
#> SRR934908     5  0.1777     0.8208 0.000 0.032 0.012 0.000 0.932 0.024
#> SRR934909     6  0.4274     0.0713 0.000 0.008 0.424 0.000 0.008 0.560
#> SRR934910     5  0.1448     0.8245 0.000 0.024 0.012 0.000 0.948 0.016
#> SRR934911     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934912     6  0.3998    -0.1459 0.000 0.000 0.492 0.000 0.004 0.504
#> SRR934913     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934914     4  0.3017     0.7189 0.052 0.108 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR934915     3  0.4391     0.4969 0.000 0.020 0.652 0.016 0.312 0.000
#> SRR934916     1  0.1167     0.8282 0.960 0.012 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR934917     6  0.0363     0.6230 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934918     3  0.0951     0.7947 0.000 0.000 0.968 0.008 0.004 0.020
#> SRR934919     5  0.3864     0.7603 0.000 0.044 0.032 0.000 0.796 0.128
#> SRR934920     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934922     5  0.2479     0.8102 0.000 0.028 0.064 0.016 0.892 0.000
#> SRR934924     5  0.1418     0.8217 0.024 0.032 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR934923     1  0.0622     0.8308 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR934925     5  0.2939     0.8052 0.000 0.024 0.084 0.012 0.868 0.012
#> SRR934926     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934927     3  0.2944     0.7323 0.000 0.008 0.832 0.000 0.012 0.148
#> SRR934928     4  0.5492     0.5463 0.000 0.280 0.168 0.552 0.000 0.000
#> SRR934929     5  0.5554     0.2836 0.000 0.068 0.032 0.364 0.536 0.000
#> SRR934930     3  0.1223     0.7968 0.000 0.008 0.960 0.016 0.012 0.004
#> SRR934931     5  0.1269     0.8277 0.000 0.020 0.012 0.012 0.956 0.000
#> SRR934932     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934934     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934935     6  0.3774     0.1875 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR934936     3  0.4680     0.5658 0.000 0.024 0.688 0.016 0.252 0.020
#> SRR934933     1  0.6812     0.4405 0.524 0.068 0.040 0.280 0.088 0.000
#> SRR934937     3  0.2331     0.7863 0.000 0.080 0.888 0.032 0.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0777     0.7982 0.000 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000
#> SRR934939     4  0.6018     0.5046 0.000 0.272 0.180 0.528 0.020 0.000
#> SRR934940     5  0.2415     0.8234 0.000 0.024 0.048 0.012 0.904 0.012
#> SRR934941     5  0.6411     0.4962 0.000 0.104 0.152 0.176 0.568 0.000
#> SRR934942     5  0.2007     0.8250 0.000 0.016 0.040 0.012 0.924 0.008
#> SRR934943     6  0.4695    -0.0836 0.000 0.028 0.008 0.000 0.460 0.504
#> SRR934944     4  0.3425     0.7346 0.028 0.164 0.008 0.800 0.000 0.000
#> SRR934945     5  0.1390     0.8239 0.016 0.032 0.000 0.000 0.948 0.004
#> SRR934946     5  0.1777     0.8214 0.000 0.032 0.024 0.012 0.932 0.000
#> SRR934947     4  0.4239     0.5501 0.248 0.056 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.3023     0.7608 0.000 0.140 0.828 0.032 0.000 0.000
#> SRR934949     6  0.0260     0.6213 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934950     4  0.6362     0.0438 0.000 0.136 0.044 0.412 0.408 0.000
#> SRR934951     4  0.3807     0.7064 0.052 0.192 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR934953     5  0.3955     0.6942 0.000 0.036 0.188 0.016 0.760 0.000
#> SRR934952     2  0.4592     0.9198 0.000 0.496 0.000 0.000 0.036 0.468
#> SRR934954     6  0.1765     0.4373 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR934955     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.3272     0.7222 0.000 0.020 0.820 0.016 0.144 0.000
#> SRR934957     4  0.7228     0.0543 0.000 0.148 0.144 0.380 0.328 0.000
#> SRR934958     2  0.3999     0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934959     4  0.5119     0.5952 0.000 0.308 0.108 0.584 0.000 0.000
#> SRR934960     4  0.2563     0.7169 0.076 0.040 0.000 0.880 0.004 0.000
#> SRR934961     6  0.0777     0.5816 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000 0.972
#> SRR934962     6  0.1765     0.4424 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR934963     3  0.3578     0.7064 0.000 0.028 0.796 0.016 0.160 0.000
#> SRR934964     3  0.3268     0.7159 0.000 0.020 0.808 0.008 0.164 0.000
#> SRR934965     2  0.3999     0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934966     2  0.3868     0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934967     3  0.2901     0.7670 0.000 0.128 0.840 0.032 0.000 0.000
#> SRR934968     3  0.2331     0.7863 0.000 0.080 0.888 0.032 0.000 0.000
#> SRR934969     4  0.2968     0.7326 0.052 0.092 0.000 0.852 0.004 0.000
#> SRR934970     4  0.3566     0.6963 0.096 0.104 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.3955     0.4003 0.000 0.000 0.608 0.000 0.008 0.384
#> SRR934972     4  0.5089     0.5950 0.000 0.300 0.108 0.592 0.000 0.000
#> SRR934973     3  0.2106     0.7901 0.000 0.064 0.904 0.032 0.000 0.000
#> SRR934974     3  0.5611     0.3866 0.000 0.292 0.528 0.180 0.000 0.000
#> SRR934975     5  0.6411     0.4962 0.000 0.104 0.152 0.176 0.568 0.000
#> SRR934976     5  0.3817     0.5856 0.000 0.252 0.000 0.000 0.720 0.028
#> SRR934977     1  0.2579     0.7883 0.872 0.040 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.1152     0.7964 0.000 0.004 0.952 0.000 0.044 0.000
#> SRR934979     6  0.0000     0.6159 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0865     0.8312 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.2981     0.7432 0.000 0.020 0.848 0.016 0.116 0.000
#> SRR934982     1  0.0870     0.8298 0.972 0.012 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR934983     4  0.4028     0.5501 0.224 0.036 0.000 0.732 0.008 0.000
#> SRR934984     6  0.0632     0.6243 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934985     5  0.5820     0.3062 0.000 0.120 0.024 0.320 0.536 0.000
#> SRR934986     4  0.4481     0.4339 0.284 0.060 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR934987     5  0.1963     0.8268 0.000 0.016 0.032 0.012 0.928 0.012
#> SRR934988     3  0.3062     0.7589 0.000 0.144 0.824 0.032 0.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0713     0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.2331     0.7863 0.000 0.080 0.888 0.032 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:skmeans*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 5.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.982       0.992         0.5014 0.499   0.499
#> 3 3 0.970           0.940       0.972         0.2743 0.828   0.668
#> 4 4 0.779           0.860       0.904         0.1434 0.853   0.622
#> 5 5 0.928           0.874       0.949         0.0777 0.908   0.680
#> 6 6 0.838           0.763       0.871         0.0405 0.931   0.699

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3

There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934719     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934722     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934723     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934724     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934725     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934730     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934731     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934733     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934742     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934744     1  0.8207      0.666 0.744 0.256
#> SRR934745     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934750     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934755     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934756     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934757     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934758     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934766     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934771     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934774     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934775     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934776     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934778     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934779     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934780     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934781     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934790     1  0.2043      0.958 0.968 0.032
#> SRR934791     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934793     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934807     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934809     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934810     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934811     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934808     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934815     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934816     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934818     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934819     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934821     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934822     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934827     1  0.4939      0.876 0.892 0.108
#> SRR934828     2  0.0672      0.990 0.008 0.992
#> SRR934829     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934830     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934832     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934833     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934834     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934851     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934853     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934854     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934856     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934869     1  0.7139      0.760 0.804 0.196
#> SRR934870     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934871     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934872     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934873     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934874     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934878     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934879     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934880     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934881     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934882     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934883     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934885     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934886     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934887     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934888     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934890     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934891     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934892     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934893     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934898     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934899     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934900     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934902     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934906     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934907     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934908     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934913     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934915     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934916     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934919     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934920     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934922     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934924     2  0.0672      0.990 0.008 0.992
#> SRR934923     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934926     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934928     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934929     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934930     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934931     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934936     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934933     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934937     1  0.0938      0.977 0.988 0.012
#> SRR934938     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934939     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934940     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934941     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934942     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934943     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934945     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934946     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934947     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934948     1  0.0938      0.977 0.988 0.012
#> SRR934949     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934950     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934951     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.9323      0.479 0.652 0.348
#> SRR934952     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934956     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934957     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934958     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934959     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934960     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934963     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934964     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934967     1  0.6247      0.816 0.844 0.156
#> SRR934968     1  0.9491      0.435 0.632 0.368
#> SRR934969     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934972     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934973     2  0.8763      0.568 0.296 0.704
#> SRR934974     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934975     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934976     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934978     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934979     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934981     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934982     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934985     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934986     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000      0.997 0.000 1.000
#> SRR934988     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934990     1  0.8327      0.652 0.736 0.264

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934718     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721     1  0.2796      0.913 0.908 0.000 0.092
#> SRR934722     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934723     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724     1  0.2625      0.921 0.916 0.000 0.084
#> SRR934725     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934729     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     1  0.2625      0.921 0.916 0.000 0.084
#> SRR934732     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749     1  0.2796      0.913 0.908 0.000 0.092
#> SRR934751     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934753     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934755     3  0.0237      0.944 0.000 0.004 0.996
#> SRR934756     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757     3  0.5327      0.634 0.272 0.000 0.728
#> SRR934758     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761     3  0.2796      0.879 0.000 0.092 0.908
#> SRR934762     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934763     1  0.2537      0.924 0.920 0.000 0.080
#> SRR934764     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934765     3  0.5835      0.538 0.340 0.000 0.660
#> SRR934766     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934767     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771     1  0.2796      0.913 0.908 0.000 0.092
#> SRR934773     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934776     1  0.1031      0.968 0.976 0.000 0.024
#> SRR934777     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934778     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934779     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783     1  0.2537      0.924 0.920 0.000 0.080
#> SRR934784     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934790     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934792     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934796     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934800     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934805     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934806     1  0.1529      0.957 0.960 0.000 0.040
#> SRR934807     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934809     1  0.1964      0.944 0.944 0.000 0.056
#> SRR934810     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934811     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934808     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934812     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.2625      0.886 0.000 0.084 0.916
#> SRR934814     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934815     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934816     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934818     1  0.1753      0.950 0.952 0.000 0.048
#> SRR934819     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934821     3  0.0237      0.944 0.000 0.004 0.996
#> SRR934822     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823     1  0.2796      0.913 0.908 0.000 0.092
#> SRR934825     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827     3  0.5560      0.623 0.300 0.000 0.700
#> SRR934828     2  0.1529      0.931 0.040 0.960 0.000
#> SRR934829     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830     2  0.0747      0.957 0.016 0.984 0.000
#> SRR934831     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934833     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934834     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934839     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934845     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847     1  0.2711      0.917 0.912 0.000 0.088
#> SRR934848     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934849     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0592      0.941 0.000 0.012 0.988
#> SRR934853     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852     2  0.5882      0.458 0.000 0.652 0.348
#> SRR934854     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934856     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934858     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863     1  0.2537      0.924 0.920 0.000 0.080
#> SRR934864     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     1  0.1860      0.947 0.948 0.000 0.052
#> SRR934866     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934871     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934872     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     3  0.3038      0.868 0.000 0.104 0.896
#> SRR934874     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934877     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.0747      0.939 0.000 0.016 0.984
#> SRR934879     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881     2  0.5529      0.569 0.000 0.704 0.296
#> SRR934882     2  0.3340      0.851 0.000 0.880 0.120
#> SRR934883     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934886     3  0.2625      0.887 0.000 0.084 0.916
#> SRR934887     3  0.0237      0.944 0.000 0.004 0.996
#> SRR934888     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934890     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891     1  0.1163      0.965 0.972 0.000 0.028
#> SRR934892     3  0.0237      0.944 0.000 0.004 0.996
#> SRR934893     3  0.0424      0.942 0.000 0.008 0.992
#> SRR934894     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934896     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898     1  0.4002      0.834 0.840 0.000 0.160
#> SRR934899     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934900     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902     3  0.0892      0.936 0.000 0.020 0.980
#> SRR934903     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     1  0.6274      0.181 0.544 0.000 0.456
#> SRR934906     1  0.2066      0.942 0.940 0.000 0.060
#> SRR934907     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934908     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934910     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934915     3  0.0592      0.941 0.000 0.012 0.988
#> SRR934916     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0424      0.942 0.000 0.008 0.992
#> SRR934919     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934920     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     3  0.5178      0.662 0.000 0.256 0.744
#> SRR934924     2  0.2625      0.877 0.084 0.916 0.000
#> SRR934923     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934926     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     2  0.6079      0.356 0.000 0.612 0.388
#> SRR934928     3  0.2959      0.868 0.100 0.000 0.900
#> SRR934929     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934930     3  0.0592      0.941 0.000 0.012 0.988
#> SRR934931     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934932     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     2  0.6095      0.345 0.000 0.608 0.392
#> SRR934936     2  0.5621      0.545 0.000 0.692 0.308
#> SRR934933     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938     3  0.0424      0.942 0.000 0.008 0.992
#> SRR934939     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934941     3  0.3412      0.851 0.124 0.000 0.876
#> SRR934942     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934943     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934945     2  0.0747      0.958 0.016 0.984 0.000
#> SRR934946     1  0.0661      0.976 0.988 0.004 0.008
#> SRR934947     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950     3  0.4974      0.708 0.236 0.000 0.764
#> SRR934951     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934953     1  0.5426      0.786 0.820 0.088 0.092
#> SRR934952     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.2625      0.887 0.000 0.084 0.916
#> SRR934957     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     1  0.3482      0.875 0.872 0.000 0.128
#> SRR934960     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963     2  0.6779      0.164 0.012 0.544 0.444
#> SRR934964     3  0.0424      0.943 0.000 0.008 0.992
#> SRR934965     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934970     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.5363      0.624 0.000 0.276 0.724
#> SRR934972     1  0.2796      0.913 0.908 0.000 0.092
#> SRR934973     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975     3  0.3482      0.847 0.128 0.000 0.872
#> SRR934976     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0592      0.941 0.000 0.012 0.988
#> SRR934979     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.1529      0.923 0.000 0.040 0.960
#> SRR934982     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985     1  0.0424      0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934986     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000      0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934988     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000      0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000      0.944 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934718     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.3837     0.5977 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR934720     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.4323     0.8184 0.028 0.000 0.184 0.788
#> SRR934722     2  0.3726     0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934723     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.4375     0.8213 0.032 0.000 0.180 0.788
#> SRR934725     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934726     4  0.4008     0.8447 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR934727     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934729     2  0.1389     0.9117 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR934730     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.4467     0.8265 0.040 0.000 0.172 0.788
#> SRR934732     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934733     4  0.4804     0.6209 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR934734     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934740     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0188     0.9346 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934742     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934745     1  0.3726     0.7106 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934746     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.3123     0.7116 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR934750     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.4323     0.8184 0.028 0.000 0.184 0.788
#> SRR934751     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934753     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934755     3  0.0188     0.8746 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934756     1  0.4585     0.3260 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR934757     4  0.4136     0.8072 0.016 0.000 0.196 0.788
#> SRR934758     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.3444     0.8024 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934762     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934763     4  0.4638     0.8374 0.060 0.000 0.152 0.788
#> SRR934764     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934765     1  0.1302     0.9068 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR934766     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934767     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     2  0.1867     0.8975 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR934770     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     2  0.3726     0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934771     4  0.4323     0.8184 0.028 0.000 0.184 0.788
#> SRR934773     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934775     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934776     4  0.2670     0.8285 0.040 0.000 0.052 0.908
#> SRR934777     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934778     4  0.0000     0.7760 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.1637     0.8574 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934781     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.4467     0.8265 0.040 0.000 0.172 0.788
#> SRR934784     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934789     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934790     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934792     2  0.0188     0.9346 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934793     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934796     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934800     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     2  0.3123     0.8360 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR934805     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934806     1  0.5836     0.5884 0.700 0.000 0.112 0.188
#> SRR934807     2  0.3726     0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934809     4  0.4780     0.8557 0.096 0.000 0.116 0.788
#> SRR934810     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934811     2  0.3726     0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934808     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934812     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.3444     0.8024 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934814     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934815     2  0.3726     0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934816     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.2760     0.8091 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934818     4  0.1389     0.7937 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR934819     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934820     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934821     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934822     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.4323     0.8184 0.028 0.000 0.184 0.788
#> SRR934825     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934827     1  0.3975     0.6657 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR934828     2  0.3726     0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934829     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     2  0.3726     0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934831     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     2  0.3726     0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934833     4  0.0000     0.7760 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0469     0.9279 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934839     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934845     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.4323     0.8184 0.028 0.000 0.184 0.788
#> SRR934848     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934849     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.3311     0.8116 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR934853     4  0.3726     0.7904 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934852     3  0.3907     0.7558 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR934854     4  0.2216     0.8448 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR934856     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934858     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.4467     0.8265 0.040 0.000 0.172 0.788
#> SRR934864     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.1059     0.7962 0.016 0.000 0.012 0.972
#> SRR934866     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869     3  0.0921     0.8557 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934870     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934871     2  0.1302     0.9141 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934872     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.3311     0.8114 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934877     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.3486     0.8022 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR934879     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934880     4  0.3726     0.7904 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934881     3  0.3907     0.7558 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR934882     2  0.4888     0.1934 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0592     0.9291 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934885     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934886     3  0.3400     0.8056 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR934887     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934888     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934890     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934891     4  0.1489     0.8157 0.044 0.000 0.004 0.952
#> SRR934892     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934893     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     2  0.3726     0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934896     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     4  0.3074     0.8032 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR934899     2  0.3528     0.8116 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR934900     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934901     2  0.0469     0.9309 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934902     3  0.3074     0.8230 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     1  0.7767     0.1132 0.432 0.000 0.300 0.268
#> SRR934906     4  0.4375     0.8744 0.180 0.000 0.032 0.788
#> SRR934907     2  0.3726     0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934908     2  0.3688     0.8019 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR934909     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934910     2  0.3726     0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934911     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912     2  0.4072     0.6103 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934915     3  0.3400     0.8069 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934916     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0469     0.8736 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934919     2  0.0592     0.9291 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934920     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.7666     0.0568 0.000 0.392 0.396 0.212
#> SRR934924     1  0.3726     0.7106 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934923     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0707     0.9272 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934926     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.3873     0.7603 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR934928     4  0.3726     0.7904 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934929     4  0.3444     0.8561 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR934930     3  0.1637     0.8619 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR934931     2  0.3726     0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934932     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.4008     0.7403 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR934936     2  0.4817     0.2666 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR934933     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0336     0.8737 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934939     4  0.3726     0.7904 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934940     2  0.1637     0.9046 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR934941     4  0.2216     0.7072 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR934942     2  0.3726     0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934943     2  0.0188     0.9346 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934944     1  0.4916    -0.0251 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR934945     2  0.7036     0.5247 0.212 0.576 0.000 0.212
#> SRR934946     4  0.0000     0.7760 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950     4  0.0707     0.7829 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934951     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934953     1  0.1211     0.9119 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR934952     2  0.2647     0.8622 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR934954     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.3444     0.8024 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934957     4  0.3726     0.7904 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934958     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.4323     0.8184 0.028 0.000 0.184 0.788
#> SRR934960     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934961     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.4786     0.7047 0.796 0.132 0.008 0.064
#> SRR934964     3  0.3219     0.8161 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR934965     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934968     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969     4  0.3726     0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934970     1  0.0188     0.9460 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934971     3  0.3837     0.7646 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR934972     4  0.4323     0.8184 0.028 0.000 0.184 0.788
#> SRR934973     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974     3  0.4406     0.4328 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR934975     4  0.2216     0.7072 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR934976     2  0.3726     0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934977     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.3074     0.8223 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR934979     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.3074     0.8223 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR934982     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934985     4  0.3074     0.8642 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934986     1  0.0188     0.9460 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934987     2  0.3726     0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934988     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000     0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.3707    0.58700 0.000 0.000 0.716 0.284 0.000
#> SRR934720     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.0162    0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934722     5  0.0703    0.87022 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934723     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934725     4  0.0703    0.94122 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934726     4  0.0794    0.93117 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR934727     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934729     5  0.3210    0.73816 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934730     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934733     1  0.4798    0.28742 0.580 0.000 0.000 0.396 0.024
#> SRR934734     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934738     4  0.0703    0.94122 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934740     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.4307   -0.08162 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR934742     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934745     5  0.0000    0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934746     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.3109    0.71506 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR934750     2  0.1197    0.89483 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR934749     4  0.0162    0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934751     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.0703    0.94122 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934753     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934755     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934756     1  0.0703    0.95306 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934757     4  0.0162    0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934758     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.0290    0.92082 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR934762     4  0.0510    0.94525 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934763     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934764     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0162    0.97302 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934766     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     5  0.3074    0.75561 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR934770     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     5  0.0290    0.87361 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934771     4  0.0162    0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934773     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934775     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934776     4  0.0510    0.94505 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934777     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934778     5  0.0000    0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     5  0.4101    0.40595 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR934781     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.1544    0.89099 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR934789     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934790     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934791     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0609    0.92209 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934793     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.0510    0.94525 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934796     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0162    0.93604 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934803     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     5  0.4273    0.21846 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR934805     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.4138    0.36439 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR934807     5  0.0000    0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934810     4  0.0794    0.93887 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934811     5  0.0000    0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934808     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.0162    0.92396 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934814     4  0.0703    0.94122 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934815     5  0.0000    0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934816     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934818     5  0.4030    0.41898 0.000 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR934819     4  0.0290    0.94701 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934820     4  0.0703    0.94122 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934821     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934822     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.0162    0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934825     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934826     4  0.1908    0.86823 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR934827     1  0.3305    0.69455 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR934828     5  0.0000    0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934829     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.0000    0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.0000    0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833     5  0.0162    0.87146 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934834     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0290    0.96968 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934837     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934848     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.3003    0.76113 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934853     4  0.0162    0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934852     2  0.4201    0.34045 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR934854     4  0.0880    0.93614 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR934856     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.0794    0.93887 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934866     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869     3  0.2280    0.81037 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR934870     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934871     5  0.3210    0.73816 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934872     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.1478    0.86312 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.2690    0.79689 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR934879     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934880     4  0.0162    0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934881     2  0.3796    0.58077 0.000 0.700 0.300 0.000 0.000
#> SRR934882     2  0.3274    0.70869 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR934883     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.4249    0.29264 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR934885     2  0.3336    0.65345 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR934886     3  0.0162    0.92396 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934887     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934888     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934890     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934891     4  0.0794    0.93887 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934892     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934893     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.0000    0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     4  0.0609    0.94332 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934899     5  0.2329    0.80242 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR934900     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934901     5  0.3336    0.71793 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR934902     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.6248    0.24193 0.172 0.000 0.308 0.520 0.000
#> SRR934906     4  0.0162    0.95005 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934907     5  0.0290    0.87362 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934908     5  0.0794    0.86862 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934909     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934910     5  0.0703    0.87022 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934911     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     2  0.0404    0.92866 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934915     3  0.3177    0.73770 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR934916     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934919     2  0.4300   -0.00538 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR934920     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     5  0.0000    0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924     5  0.0703    0.86255 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR934923     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     5  0.3857    0.57901 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR934926     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.4182    0.27691 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR934928     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934929     4  0.4183    0.74626 0.136 0.000 0.000 0.780 0.084
#> SRR934930     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934931     5  0.0000    0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.3837    0.56614 0.000 0.692 0.308 0.000 0.000
#> SRR934936     2  0.3534    0.65675 0.000 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR934933     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934939     4  0.0162    0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934940     5  0.3177    0.74239 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR934941     4  0.6647   -0.03406 0.000 0.000 0.224 0.392 0.384
#> SRR934942     5  0.0162    0.87379 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934943     2  0.3816    0.50852 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR934944     4  0.3508    0.64949 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> SRR934945     5  0.0703    0.86255 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR934946     5  0.0000    0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.0510    0.96254 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934948     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950     4  0.0794    0.93887 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934951     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.0404    0.96611 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR934952     2  0.4306   -0.05255 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR934954     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.0162    0.92450 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934957     4  0.0324    0.94903 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR934958     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.0162    0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934960     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.3003    0.76113 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934965     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0162    0.92400 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934968     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934969     4  0.0000    0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0794    0.95115 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR934971     2  0.4101    0.43325 0.000 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR934972     4  0.0162    0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934973     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934974     3  0.4150    0.35417 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR934975     4  0.6647   -0.03406 0.000 0.000 0.224 0.392 0.384
#> SRR934976     5  0.0794    0.86862 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934977     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0162    0.92450 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934979     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0162    0.92450 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934982     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000    0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934985     4  0.4227    0.26785 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR934986     1  0.0880    0.94697 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR934987     5  0.0703    0.87022 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934988     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0000    0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000    0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.3482    0.68782 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934718     1  0.3797    0.32388 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR934719     4  0.5662    0.18904 0.000 0.000 0.384 0.460 0.000 0.156
#> SRR934720     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.3482    0.65549 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934722     5  0.1710    0.84702 0.000 0.020 0.012 0.020 0.940 0.008
#> SRR934723     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     6  0.1556    0.78744 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR934725     4  0.3141    0.62173 0.000 0.000 0.000 0.788 0.012 0.200
#> SRR934726     6  0.0806    0.81329 0.008 0.000 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR934727     1  0.1075    0.84194 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR934728     6  0.1765    0.78737 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR934729     5  0.2668    0.77017 0.000 0.168 0.000 0.004 0.828 0.000
#> SRR934730     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934731     6  0.1610    0.78440 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR934732     2  0.0291    0.94073 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR934733     4  0.4024    0.61211 0.068 0.000 0.000 0.776 0.016 0.140
#> SRR934734     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.3828    0.28002 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0146    0.94177 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934738     4  0.3141    0.62173 0.000 0.000 0.000 0.788 0.012 0.200
#> SRR934740     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934741     2  0.3966    0.15093 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR934742     1  0.4333    0.13979 0.512 0.000 0.000 0.468 0.000 0.020
#> SRR934743     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0547    0.88194 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934745     5  0.0837    0.84943 0.004 0.000 0.000 0.020 0.972 0.004
#> SRR934746     2  0.0405    0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934747     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934748     3  0.5333    0.36620 0.000 0.000 0.564 0.300 0.000 0.136
#> SRR934750     2  0.2491    0.77339 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934749     4  0.3482    0.65549 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934751     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.3141    0.62173 0.000 0.000 0.000 0.788 0.012 0.200
#> SRR934753     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934754     4  0.3706    0.65463 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR934755     3  0.0458    0.88224 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934756     4  0.4711    0.47938 0.280 0.000 0.000 0.640 0.000 0.080
#> SRR934757     6  0.1584    0.79129 0.000 0.000 0.008 0.064 0.000 0.928
#> SRR934758     1  0.2854    0.69942 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934761     3  0.0713    0.87320 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR934762     4  0.3073    0.62727 0.000 0.000 0.000 0.788 0.008 0.204
#> SRR934763     6  0.0458    0.81424 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934764     4  0.3706    0.65463 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR934765     1  0.0146    0.87005 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766     4  0.3371    0.71031 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR934767     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.2260    0.76318 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934769     5  0.3364    0.80191 0.000 0.096 0.020 0.020 0.844 0.020
#> SRR934770     1  0.3838    0.25642 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR934772     5  0.0909    0.85205 0.000 0.012 0.000 0.020 0.968 0.000
#> SRR934771     4  0.3482    0.65549 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934773     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0603    0.88217 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR934775     6  0.2092    0.76973 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR934776     6  0.2309    0.78666 0.000 0.000 0.000 0.084 0.028 0.888
#> SRR934777     4  0.3409    0.70186 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR934778     5  0.3794    0.68792 0.000 0.000 0.000 0.216 0.744 0.040
#> SRR934779     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     6  0.6247    0.33936 0.000 0.000 0.236 0.024 0.240 0.500
#> SRR934781     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934782     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934783     6  0.0865    0.80856 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR934784     2  0.0146    0.94182 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934786     1  0.3756    0.36974 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0260    0.86865 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.4449    0.70514 0.088 0.000 0.000 0.696 0.000 0.216
#> SRR934789     6  0.1444    0.79940 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR934790     3  0.0547    0.88194 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934791     4  0.2300    0.69532 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR934792     2  0.3829    0.74381 0.000 0.792 0.072 0.012 0.124 0.000
#> SRR934793     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934795     4  0.3043    0.62490 0.000 0.000 0.000 0.792 0.008 0.200
#> SRR934796     1  0.3756    0.36978 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0146    0.87078 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.3515    0.69327 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR934800     2  0.0291    0.94073 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR934801     2  0.0405    0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934802     2  0.1714    0.86082 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR934803     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     5  0.3711    0.65723 0.000 0.260 0.020 0.000 0.720 0.000
#> SRR934805     6  0.1267    0.80657 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934806     4  0.4339    0.65636 0.060 0.000 0.000 0.684 0.000 0.256
#> SRR934807     5  0.1010    0.84743 0.000 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR934809     6  0.1910    0.79216 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR934810     6  0.4009    0.64192 0.000 0.000 0.000 0.288 0.028 0.684
#> SRR934811     5  0.0790    0.84835 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934808     6  0.1152    0.80984 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004 0.952
#> SRR934812     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.0000    0.88139 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814     4  0.3141    0.62173 0.000 0.000 0.000 0.788 0.012 0.200
#> SRR934815     5  0.0777    0.85011 0.000 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000
#> SRR934816     2  0.0000    0.94262 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.0551    0.93745 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004 0.000
#> SRR934818     6  0.3948    0.68479 0.000 0.000 0.000 0.064 0.188 0.748
#> SRR934819     4  0.4047    0.66045 0.012 0.000 0.000 0.604 0.000 0.384
#> SRR934820     6  0.3927    0.58277 0.000 0.000 0.000 0.344 0.012 0.644
#> SRR934821     3  0.0820    0.87608 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR934822     1  0.3810    0.31109 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.3482    0.65549 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934825     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934826     4  0.3679    0.64741 0.052 0.000 0.000 0.772 0.000 0.176
#> SRR934827     1  0.2854    0.66140 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828     5  0.0865    0.84845 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR934829     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934830     5  0.1204    0.84161 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR934831     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.0865    0.84771 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR934833     5  0.3440    0.72364 0.000 0.000 0.000 0.196 0.776 0.028
#> SRR934834     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0291    0.94073 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR934836     1  0.3993    0.15891 0.520 0.000 0.000 0.476 0.000 0.004
#> SRR934837     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934838     4  0.3351    0.71076 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934839     2  0.0405    0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934840     2  0.0405    0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934841     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934843     1  0.4377    0.23118 0.540 0.000 0.000 0.436 0.000 0.024
#> SRR934844     4  0.3351    0.70686 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934845     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934846     2  0.0405    0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934847     6  0.1556    0.78744 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR934848     4  0.3351    0.71076 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934849     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.2431    0.79684 0.000 0.000 0.860 0.008 0.132 0.000
#> SRR934853     6  0.2597    0.70504 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR934852     3  0.3737    0.36776 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854     6  0.3888    0.65621 0.000 0.000 0.000 0.252 0.032 0.716
#> SRR934856     4  0.3371    0.70987 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR934858     1  0.0458    0.86391 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0291    0.94259 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR934860     2  0.0405    0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934861     2  0.0405    0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934862     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934863     6  0.0260    0.81411 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934864     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934865     6  0.3909    0.66455 0.000 0.000 0.000 0.244 0.036 0.720
#> SRR934866     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934867     2  0.0291    0.94073 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR934868     2  0.0405    0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934869     3  0.4832    0.54439 0.000 0.000 0.648 0.244 0.000 0.108
#> SRR934870     6  0.1765    0.78737 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR934871     5  0.2703    0.76587 0.000 0.172 0.000 0.004 0.824 0.000
#> SRR934872     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934873     3  0.1806    0.82185 0.000 0.088 0.908 0.004 0.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934875     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934876     4  0.2762    0.71532 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934877     1  0.3851    0.22268 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.2890    0.80957 0.000 0.000 0.856 0.016 0.108 0.020
#> SRR934879     3  0.1297    0.87123 0.000 0.000 0.948 0.040 0.000 0.012
#> SRR934880     6  0.2260    0.74585 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR934881     3  0.3851    0.15738 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882     2  0.3955    0.45596 0.000 0.648 0.340 0.008 0.004 0.000
#> SRR934883     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934884     2  0.4080    0.09751 0.000 0.536 0.000 0.008 0.456 0.000
#> SRR934885     2  0.2912    0.76207 0.000 0.816 0.000 0.012 0.172 0.000
#> SRR934886     3  0.0547    0.87726 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR934887     3  0.0603    0.87796 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR934888     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934889     2  0.0820    0.93103 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016 0.000
#> SRR934890     3  0.3101    0.77989 0.000 0.000 0.820 0.148 0.000 0.032
#> SRR934891     6  0.3745    0.67018 0.000 0.000 0.000 0.240 0.028 0.732
#> SRR934892     3  0.1546    0.86543 0.000 0.000 0.944 0.016 0.020 0.020
#> SRR934893     3  0.0458    0.88224 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934895     5  0.0696    0.85038 0.000 0.008 0.004 0.004 0.980 0.004
#> SRR934896     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934898     6  0.2070    0.79876 0.000 0.000 0.000 0.044 0.048 0.908
#> SRR934899     5  0.1588    0.83996 0.000 0.072 0.004 0.000 0.924 0.000
#> SRR934900     3  0.0363    0.88220 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934901     5  0.2805    0.75508 0.000 0.184 0.000 0.004 0.812 0.000
#> SRR934902     3  0.0000    0.88139 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934905     4  0.4016    0.65138 0.004 0.000 0.020 0.684 0.000 0.292
#> SRR934906     4  0.1714    0.68763 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR934907     5  0.0798    0.85105 0.000 0.012 0.004 0.004 0.976 0.004
#> SRR934908     5  0.1471    0.84205 0.000 0.064 0.000 0.004 0.932 0.000
#> SRR934909     2  0.0405    0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934910     5  0.1349    0.84562 0.000 0.056 0.000 0.004 0.940 0.000
#> SRR934911     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934912     2  0.1542    0.89704 0.000 0.936 0.052 0.008 0.004 0.000
#> SRR934913     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934914     4  0.3266    0.71526 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR934915     3  0.3268    0.75841 0.000 0.000 0.812 0.044 0.144 0.000
#> SRR934916     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0405    0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934918     3  0.0000    0.88139 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934919     2  0.4200    0.30606 0.000 0.592 0.000 0.012 0.392 0.004
#> SRR934920     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934922     5  0.1693    0.83945 0.000 0.000 0.012 0.032 0.936 0.020
#> SRR934924     5  0.1349    0.83117 0.056 0.000 0.000 0.004 0.940 0.000
#> SRR934923     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     5  0.4849    0.58668 0.000 0.284 0.020 0.020 0.656 0.020
#> SRR934926     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934927     3  0.3515    0.69079 0.000 0.192 0.780 0.016 0.012 0.000
#> SRR934928     6  0.2219    0.74865 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR934929     4  0.2858    0.66198 0.016 0.000 0.000 0.864 0.028 0.092
#> SRR934930     3  0.1003    0.87348 0.000 0.000 0.964 0.016 0.020 0.000
#> SRR934931     5  0.0858    0.84846 0.000 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR934932     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934934     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934935     2  0.4096   -0.01162 0.000 0.508 0.484 0.008 0.000 0.000
#> SRR934936     2  0.4935    0.47496 0.000 0.648 0.288 0.016 0.028 0.020
#> SRR934933     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0547    0.88194 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0000    0.88139 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939     6  0.2135    0.74812 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR934940     5  0.3489    0.77947 0.000 0.132 0.008 0.020 0.820 0.020
#> SRR934941     5  0.7360    0.02209 0.000 0.000 0.116 0.248 0.360 0.276
#> SRR934942     5  0.1710    0.84407 0.000 0.012 0.008 0.020 0.940 0.020
#> SRR934943     2  0.2730    0.78650 0.000 0.836 0.000 0.012 0.152 0.000
#> SRR934944     6  0.3225    0.69714 0.092 0.000 0.000 0.080 0.000 0.828
#> SRR934945     5  0.1410    0.83954 0.044 0.008 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934946     5  0.2520    0.78251 0.000 0.000 0.000 0.152 0.844 0.004
#> SRR934947     1  0.4476    0.47203 0.640 0.000 0.000 0.052 0.000 0.308
#> SRR934948     3  0.1856    0.85611 0.000 0.000 0.920 0.048 0.000 0.032
#> SRR934949     2  0.0405    0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934950     6  0.3975    0.66240 0.000 0.000 0.000 0.244 0.040 0.716
#> SRR934951     4  0.3531    0.67057 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR934953     1  0.0632    0.85601 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934952     5  0.3659    0.47907 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR934954     2  0.0000    0.94262 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.1542    0.86557 0.000 0.000 0.944 0.016 0.024 0.016
#> SRR934957     6  0.1074    0.81030 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028 0.960
#> SRR934958     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934959     4  0.3482    0.65549 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934960     4  0.2883    0.65903 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934961     2  0.0405    0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934962     2  0.0291    0.94073 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR934963     1  0.0363    0.86405 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.2301    0.82189 0.000 0.000 0.884 0.020 0.096 0.000
#> SRR934965     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934966     2  0.0146    0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934967     3  0.2826    0.80165 0.000 0.000 0.844 0.128 0.000 0.028
#> SRR934968     3  0.0547    0.88194 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934969     6  0.1765    0.78737 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR934970     4  0.4610    0.26977 0.388 0.000 0.000 0.568 0.000 0.044
#> SRR934971     3  0.4199    0.20263 0.000 0.444 0.544 0.008 0.004 0.000
#> SRR934972     4  0.3482    0.65549 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934973     3  0.0363    0.88220 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934974     4  0.5593    0.40472 0.000 0.000 0.280 0.536 0.000 0.184
#> SRR934975     5  0.7319    0.00946 0.000 0.000 0.108 0.248 0.360 0.284
#> SRR934976     5  0.1267    0.84393 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR934977     1  0.0260    0.86906 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0000    0.88139 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934979     2  0.0405    0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934980     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0914    0.87477 0.000 0.000 0.968 0.016 0.016 0.000
#> SRR934982     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     4  0.3747    0.21481 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0405    0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934985     6  0.3277    0.74929 0.000 0.000 0.000 0.084 0.092 0.824
#> SRR934986     4  0.4634    0.23722 0.400 0.000 0.000 0.556 0.000 0.044
#> SRR934987     5  0.1293    0.84921 0.000 0.020 0.004 0.016 0.956 0.004
#> SRR934988     3  0.3020    0.79934 0.000 0.000 0.844 0.076 0.000 0.080
#> SRR934989     1  0.0000    0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0547    0.88194 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:pam**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.980       0.992         0.4504 0.549   0.549
#> 3 3 0.804           0.873       0.943         0.4671 0.703   0.500
#> 4 4 0.695           0.807       0.864         0.1037 0.889   0.689
#> 5 5 0.836           0.876       0.935         0.0693 0.889   0.625
#> 6 6 0.804           0.712       0.868         0.0592 0.851   0.450

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934719     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934722     2  0.4298      0.897 0.088 0.912
#> SRR934723     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934724     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934725     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934730     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934731     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934733     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934742     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934744     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934745     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934750     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934755     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934756     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934757     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934758     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934766     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934769     1  0.6531      0.798 0.832 0.168
#> SRR934770     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934772     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934771     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934774     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934775     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934776     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934778     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934779     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934780     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934781     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934790     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934791     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934793     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934807     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934809     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934810     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934811     1  0.6148      0.820 0.848 0.152
#> SRR934808     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934815     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934816     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934818     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934819     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934821     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934822     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934827     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934828     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934829     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934830     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934831     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934832     1  0.2603      0.951 0.956 0.044
#> SRR934833     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934834     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934851     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934853     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934854     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934856     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934869     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934870     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934871     2  0.0376      0.982 0.004 0.996
#> SRR934872     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934873     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934878     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934879     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934880     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934881     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934882     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934883     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934885     2  0.6148      0.818 0.152 0.848
#> SRR934886     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934887     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934888     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.6148      0.818 0.152 0.848
#> SRR934890     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934891     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934892     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934893     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.0376      0.982 0.004 0.996
#> SRR934896     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934898     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934899     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934900     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934901     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934902     1  0.8016      0.676 0.756 0.244
#> SRR934903     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934906     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934907     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934908     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934913     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934915     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934916     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.9977      0.112 0.472 0.528
#> SRR934919     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934920     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934922     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934924     1  0.1843      0.967 0.972 0.028
#> SRR934923     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934926     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934928     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934929     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934930     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934931     1  0.3274      0.934 0.940 0.060
#> SRR934932     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934936     1  0.7528      0.723 0.784 0.216
#> SRR934933     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934937     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934938     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934939     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934940     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934941     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934942     2  0.2236      0.952 0.036 0.964
#> SRR934943     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934945     2  0.9815      0.281 0.420 0.580
#> SRR934946     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934947     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934948     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934950     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934951     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934956     1  0.0672      0.987 0.992 0.008
#> SRR934957     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934958     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934959     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934960     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934963     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934964     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934965     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934967     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934968     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934969     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934971     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934972     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934973     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934974     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934975     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934976     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934978     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934979     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934981     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934982     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934985     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934986     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000      0.985 0.000 1.000
#> SRR934988     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0000      0.995 1.000 0.000
#> SRR934990     1  0.0000      0.995 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     1  0.4750      0.717 0.784 0.000 0.216
#> SRR934718     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934719     3  0.4702      0.715 0.212 0.000 0.788
#> SRR934720     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721     3  0.6111      0.385 0.396 0.000 0.604
#> SRR934722     3  0.4974      0.678 0.000 0.236 0.764
#> SRR934723     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934725     1  0.4750      0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934726     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934727     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934728     1  0.4504      0.771 0.804 0.000 0.196
#> SRR934729     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733     1  0.4750      0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934734     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934736     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738     1  0.4750      0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934740     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742     1  0.4605      0.735 0.796 0.000 0.204
#> SRR934743     1  0.1163      0.910 0.972 0.000 0.028
#> SRR934744     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934746     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     3  0.4654      0.720 0.208 0.000 0.792
#> SRR934750     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749     1  0.6280      0.104 0.540 0.000 0.460
#> SRR934751     1  0.4121      0.783 0.832 0.000 0.168
#> SRR934752     1  0.4750      0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934753     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934755     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934757     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934759     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761     3  0.5327      0.635 0.000 0.272 0.728
#> SRR934762     1  0.4750      0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934763     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934764     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934765     3  0.6095      0.391 0.392 0.000 0.608
#> SRR934766     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934767     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934772     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934771     1  0.4504      0.745 0.804 0.000 0.196
#> SRR934773     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775     3  0.0237      0.911 0.004 0.000 0.996
#> SRR934776     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934778     1  0.5327      0.673 0.728 0.000 0.272
#> SRR934779     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934784     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934787     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934788     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934789     3  0.4796      0.724 0.220 0.000 0.780
#> SRR934790     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791     1  0.4750      0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934792     3  0.5497      0.587 0.000 0.292 0.708
#> SRR934793     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     1  0.4750      0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934796     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934797     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934800     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803     3  0.5465      0.612 0.288 0.000 0.712
#> SRR934804     3  0.5859      0.484 0.000 0.344 0.656
#> SRR934805     3  0.1031      0.899 0.024 0.000 0.976
#> SRR934806     1  0.4399      0.757 0.812 0.000 0.188
#> SRR934807     3  0.1031      0.899 0.024 0.000 0.976
#> SRR934809     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934810     3  0.5098      0.645 0.248 0.000 0.752
#> SRR934811     3  0.1031      0.899 0.024 0.000 0.976
#> SRR934808     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934812     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934814     1  0.4750      0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934815     3  0.0592      0.907 0.012 0.000 0.988
#> SRR934816     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     2  0.0424      0.976 0.000 0.992 0.008
#> SRR934818     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819     1  0.0892      0.915 0.980 0.000 0.020
#> SRR934820     1  0.4887      0.732 0.772 0.000 0.228
#> SRR934821     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823     3  0.5678      0.564 0.316 0.000 0.684
#> SRR934825     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934827     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934828     3  0.5138      0.632 0.252 0.000 0.748
#> SRR934829     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830     3  0.5560      0.542 0.300 0.000 0.700
#> SRR934831     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832     3  0.2486      0.870 0.060 0.008 0.932
#> SRR934833     3  0.3192      0.822 0.112 0.000 0.888
#> SRR934834     3  0.4702      0.715 0.212 0.000 0.788
#> SRR934835     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934837     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934839     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934844     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934845     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934848     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934849     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934854     3  0.1031      0.899 0.024 0.000 0.976
#> SRR934856     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934858     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934859     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934864     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     3  0.0424      0.909 0.008 0.000 0.992
#> SRR934866     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870     3  0.5431      0.580 0.284 0.000 0.716
#> SRR934871     3  0.0424      0.909 0.000 0.008 0.992
#> SRR934872     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934874     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1  0.0424      0.922 0.992 0.000 0.008
#> SRR934877     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934878     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934882     3  0.4750      0.714 0.000 0.216 0.784
#> SRR934883     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885     2  0.6267      0.100 0.000 0.548 0.452
#> SRR934886     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934887     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889     3  0.4750      0.714 0.000 0.216 0.784
#> SRR934890     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     3  0.5560      0.573 0.000 0.300 0.700
#> SRR934896     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899     3  0.5760      0.522 0.000 0.328 0.672
#> SRR934900     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902     3  0.3192      0.832 0.000 0.112 0.888
#> SRR934903     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     3  0.5859      0.505 0.344 0.000 0.656
#> SRR934906     1  0.5216      0.693 0.740 0.000 0.260
#> SRR934907     3  0.6154      0.328 0.000 0.408 0.592
#> SRR934908     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909     3  0.4796      0.709 0.000 0.220 0.780
#> SRR934910     2  0.4796      0.689 0.000 0.780 0.220
#> SRR934911     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     2  0.0237      0.980 0.000 0.996 0.004
#> SRR934913     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934915     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916     1  0.2878      0.866 0.904 0.000 0.096
#> SRR934917     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0237      0.911 0.000 0.004 0.996
#> SRR934919     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934920     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924     1  0.5551      0.735 0.768 0.020 0.212
#> SRR934923     1  0.0892      0.913 0.980 0.000 0.020
#> SRR934925     3  0.0237      0.911 0.000 0.004 0.996
#> SRR934926     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     3  0.6302      0.140 0.000 0.480 0.520
#> SRR934928     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929     3  0.5560      0.527 0.300 0.000 0.700
#> SRR934930     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934936     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934933     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934937     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934941     3  0.1163      0.897 0.028 0.000 0.972
#> SRR934942     3  0.0237      0.911 0.000 0.004 0.996
#> SRR934943     2  0.6045      0.332 0.000 0.620 0.380
#> SRR934944     3  0.4702      0.715 0.212 0.000 0.788
#> SRR934945     1  0.9411      0.386 0.500 0.288 0.212
#> SRR934946     3  0.2625      0.851 0.084 0.000 0.916
#> SRR934947     1  0.2356      0.878 0.928 0.000 0.072
#> SRR934948     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934953     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934952     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934957     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     3  0.4702      0.715 0.212 0.000 0.788
#> SRR934960     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934961     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934964     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.2878      0.843 0.096 0.000 0.904
#> SRR934968     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969     1  0.4750      0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934970     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934971     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972     1  0.6192      0.253 0.580 0.000 0.420
#> SRR934973     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974     3  0.2448      0.862 0.076 0.000 0.924
#> SRR934975     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934978     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934984     2  0.0000      0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934986     1  0.0237      0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934987     3  0.2711      0.850 0.000 0.088 0.912
#> SRR934988     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000      0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000      0.913 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     1  0.4916     0.5797 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR934718     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934719     3  0.0188     0.8174 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934720     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934721     3  0.4134     0.4568 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR934722     4  0.1867     0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934723     1  0.1211     0.8210 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR934724     3  0.0000     0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934725     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934726     3  0.1474     0.8244 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934727     1  0.3791     0.8790 0.796 0.000 0.200 0.004
#> SRR934728     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934729     4  0.2647     0.8025 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR934730     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     3  0.0000     0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934733     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934734     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934735     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934736     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934737     2  0.3726     0.7080 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934738     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934740     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934739     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741     4  0.3942     0.6910 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR934742     1  0.4866     0.6214 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR934743     1  0.1256     0.8001 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR934744     3  0.3486     0.7858 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR934745     4  0.4855     0.2315 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR934746     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.0188     0.8174 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934750     4  0.4454     0.5799 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR934749     3  0.4746     0.1218 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR934751     1  0.4817     0.6743 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR934752     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934755     3  0.1474     0.8270 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934756     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934757     3  0.1022     0.8267 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR934758     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934759     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934760     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.6049     0.6571 0.000 0.120 0.680 0.200
#> SRR934762     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934763     3  0.0000     0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934765     3  0.4948     0.3869 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR934766     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934767     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934768     1  0.0188     0.8015 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934769     4  0.4999    -0.1933 0.000 0.000 0.492 0.508
#> SRR934770     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934772     4  0.2345     0.8087 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR934771     1  0.4830     0.6431 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR934773     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934774     3  0.1302     0.8284 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934775     3  0.0188     0.8179 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934776     3  0.1474     0.8244 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934777     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934778     4  0.3144     0.8004 0.072 0.000 0.044 0.884
#> SRR934779     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934780     3  0.3569     0.7790 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR934781     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.1940     0.9003 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934783     3  0.0188     0.8174 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934784     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934787     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934788     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934789     3  0.3074     0.6802 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR934790     3  0.1302     0.8267 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934791     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934792     4  0.1867     0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934793     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934794     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934796     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934797     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934798     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934799     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934800     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934802     4  0.3266     0.7628 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934803     3  0.3335     0.7217 0.128 0.000 0.856 0.016
#> SRR934804     4  0.1867     0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934805     3  0.2011     0.7570 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR934806     1  0.4843     0.6434 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR934807     4  0.2489     0.8152 0.068 0.000 0.020 0.912
#> SRR934809     3  0.0188     0.8174 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934810     3  0.4560     0.3876 0.296 0.000 0.700 0.004
#> SRR934811     4  0.2489     0.8152 0.068 0.000 0.020 0.912
#> SRR934808     3  0.0188     0.8205 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934812     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934813     2  0.3172     0.7728 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR934814     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934815     4  0.2926     0.8151 0.048 0.000 0.056 0.896
#> SRR934816     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.1388     0.9347 0.000 0.960 0.012 0.028
#> SRR934818     3  0.3172     0.7959 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR934819     1  0.3837     0.8658 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR934820     1  0.4500     0.7642 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR934821     3  0.3649     0.7751 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934822     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934823     3  0.3311     0.6315 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR934825     4  0.3942     0.6910 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR934826     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934827     3  0.3610     0.7785 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR934828     4  0.3071     0.8049 0.068 0.000 0.044 0.888
#> SRR934829     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     4  0.2489     0.8152 0.068 0.000 0.020 0.912
#> SRR934831     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934832     4  0.2489     0.8152 0.068 0.000 0.020 0.912
#> SRR934833     4  0.3144     0.8004 0.072 0.000 0.044 0.884
#> SRR934834     3  0.3919     0.7835 0.104 0.000 0.840 0.056
#> SRR934835     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934836     1  0.3528     0.8777 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934839     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934842     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934844     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847     3  0.0188     0.8174 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934848     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934849     1  0.1474     0.7875 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934850     1  0.0188     0.8015 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934851     3  0.3726     0.7704 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934853     3  0.0000     0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934852     2  0.3024     0.7891 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR934854     3  0.3239     0.7876 0.068 0.000 0.880 0.052
#> SRR934856     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934858     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.3528     0.7397 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR934861     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863     3  0.0000     0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     3  0.0779     0.8125 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR934866     2  0.1118     0.9419 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934867     2  0.1389     0.9226 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR934868     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869     3  0.1211     0.8263 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934870     3  0.4134     0.4741 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR934871     4  0.1867     0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934872     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.3649     0.7751 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934874     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934877     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934878     3  0.3726     0.7704 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934879     3  0.1302     0.8267 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934880     3  0.0000     0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934881     2  0.3444     0.7357 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934882     3  0.3791     0.7754 0.000 0.004 0.796 0.200
#> SRR934883     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     4  0.3907     0.6961 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR934885     4  0.4852     0.7734 0.000 0.152 0.072 0.776
#> SRR934886     3  0.3649     0.7751 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934887     3  0.3649     0.7751 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934888     4  0.4331     0.6089 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR934889     4  0.4985     0.7713 0.000 0.152 0.080 0.768
#> SRR934890     3  0.1398     0.8260 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR934891     3  0.0336     0.8220 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934892     3  0.3649     0.7751 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934893     3  0.3311     0.7935 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR934894     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     4  0.1867     0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934896     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934897     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.1637     0.8247 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934899     4  0.2224     0.8213 0.000 0.032 0.040 0.928
#> SRR934900     3  0.3569     0.7808 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR934901     4  0.3907     0.6954 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR934902     3  0.3791     0.7754 0.000 0.004 0.796 0.200
#> SRR934903     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     3  0.3444     0.6093 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR934906     1  0.4889     0.7000 0.636 0.000 0.360 0.004
#> SRR934907     4  0.1978     0.8127 0.000 0.004 0.068 0.928
#> SRR934908     4  0.2589     0.8045 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR934909     3  0.4095     0.6730 0.000 0.192 0.792 0.016
#> SRR934910     4  0.2589     0.8045 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR934911     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912     2  0.1118     0.9362 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934913     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934915     3  0.3801     0.7641 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR934916     1  0.3725     0.6645 0.812 0.000 0.180 0.008
#> SRR934917     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.3870     0.7708 0.000 0.004 0.788 0.208
#> SRR934919     3  0.3400     0.7869 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934920     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934921     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.4877     0.4547 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR934924     4  0.2530     0.8083 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR934923     1  0.2670     0.7711 0.904 0.000 0.024 0.072
#> SRR934925     4  0.4776     0.2658 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR934926     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     4  0.5158    -0.0977 0.000 0.004 0.472 0.524
#> SRR934928     3  0.0000     0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934929     3  0.5109     0.6085 0.212 0.000 0.736 0.052
#> SRR934930     3  0.3688     0.7730 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR934931     4  0.1867     0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934932     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934936     3  0.4277     0.6961 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR934933     3  0.0336     0.8220 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934937     3  0.2011     0.8240 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR934938     3  0.3726     0.7704 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934939     3  0.0000     0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934940     4  0.2760     0.7644 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR934941     3  0.5318     0.7512 0.072 0.000 0.732 0.196
#> SRR934942     4  0.1867     0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934943     4  0.4893     0.7609 0.000 0.168 0.064 0.768
#> SRR934944     3  0.0000     0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934945     4  0.2216     0.8141 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR934946     4  0.3056     0.8029 0.072 0.000 0.040 0.888
#> SRR934947     1  0.4277     0.8160 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR934948     3  0.1302     0.8267 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934949     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950     3  0.2973     0.8038 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR934951     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934953     3  0.3649     0.7751 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934952     4  0.5000     0.1052 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR934954     2  0.3219     0.7865 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR934955     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934956     3  0.3649     0.7751 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934957     3  0.2011     0.8233 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR934958     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     3  0.2149     0.7512 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934960     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934961     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963     3  0.4222     0.7092 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR934964     3  0.4040     0.7371 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR934965     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0188     0.8206 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934968     3  0.3486     0.7858 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR934969     1  0.3801     0.8690 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR934970     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934971     3  0.3610     0.7785 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR934972     3  0.4817     0.0223 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR934973     3  0.3123     0.8003 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR934974     3  0.0657     0.8209 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR934975     3  0.3569     0.7781 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR934976     4  0.2589     0.8045 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR934977     1  0.4356     0.8519 0.804 0.000 0.148 0.048
#> SRR934978     3  0.4679     0.5785 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR934979     2  0.1716     0.9151 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR934980     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934981     3  0.3726     0.7704 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934982     1  0.0188     0.8015 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934983     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934985     3  0.1474     0.8244 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934986     1  0.3649     0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934987     4  0.1867     0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934988     3  0.1389     0.8271 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR934989     1  0.1867     0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934990     3  0.1716     0.8262 0.000 0.000 0.936 0.064

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.0609     0.9478 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934718     4  0.0963     0.9237 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR934719     4  0.2970     0.8105 0.000 0.000 0.168 0.828 0.004
#> SRR934720     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.0771     0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934722     5  0.1270     0.8988 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR934723     1  0.4256     0.2296 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR934724     3  0.3366     0.7946 0.000 0.000 0.784 0.212 0.004
#> SRR934725     4  0.0000     0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934726     3  0.3639     0.8402 0.000 0.000 0.812 0.144 0.044
#> SRR934727     4  0.1200     0.9394 0.016 0.000 0.012 0.964 0.008
#> SRR934728     4  0.0566     0.9473 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR934729     5  0.0290     0.9251 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934730     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     3  0.3741     0.7223 0.000 0.000 0.732 0.264 0.004
#> SRR934732     2  0.0963     0.9355 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934733     4  0.0000     0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     4  0.0000     0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.3774     0.5681 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR934738     4  0.0000     0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     5  0.0963     0.9121 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934742     4  0.1197     0.9162 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR934743     1  0.4594     0.3442 0.620 0.000 0.364 0.012 0.004
#> SRR934744     3  0.0290     0.8779 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934745     5  0.3876     0.4763 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934746     2  0.0162     0.9577 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934747     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.4397     0.2145 0.000 0.000 0.432 0.564 0.004
#> SRR934750     5  0.2648     0.8099 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934749     4  0.0771     0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934751     3  0.3475     0.8215 0.012 0.000 0.804 0.180 0.004
#> SRR934752     4  0.0000     0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0000     0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934755     3  0.0000     0.8782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934756     4  0.0000     0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934757     3  0.2563     0.8566 0.000 0.000 0.872 0.120 0.008
#> SRR934758     4  0.0000     0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0609     0.9471 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.2208     0.8282 0.000 0.072 0.908 0.000 0.020
#> SRR934762     4  0.0000     0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934763     3  0.3048     0.8261 0.000 0.000 0.820 0.176 0.004
#> SRR934764     4  0.0162     0.9490 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934765     3  0.3783     0.6965 0.252 0.000 0.740 0.008 0.000
#> SRR934766     4  0.0290     0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934767     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.1671     0.8640 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR934769     5  0.4138     0.3687 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR934770     4  0.0880     0.9274 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR934772     5  0.0865     0.9160 0.000 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR934771     4  0.0771     0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934773     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0451     0.8792 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR934775     3  0.3790     0.7212 0.000 0.000 0.724 0.272 0.004
#> SRR934776     3  0.3639     0.8403 0.000 0.000 0.812 0.144 0.044
#> SRR934777     4  0.0566     0.9487 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR934778     5  0.0703     0.9166 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934779     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.0703     0.8771 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934781     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.1671     0.8987 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934783     4  0.2488     0.8456 0.000 0.000 0.124 0.872 0.004
#> SRR934784     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     4  0.0693     0.9450 0.012 0.000 0.008 0.980 0.000
#> SRR934787     4  0.0898     0.9402 0.020 0.000 0.008 0.972 0.000
#> SRR934788     4  0.0693     0.9450 0.012 0.000 0.008 0.980 0.000
#> SRR934789     4  0.0671     0.9473 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR934790     3  0.0000     0.8782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934791     4  0.0290     0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934792     5  0.2074     0.8574 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR934793     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.0000     0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934796     4  0.0693     0.9450 0.012 0.000 0.008 0.980 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.0290     0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934800     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934802     5  0.1671     0.8826 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR934803     3  0.3479     0.8420 0.084 0.000 0.836 0.080 0.000
#> SRR934804     5  0.1544     0.8860 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934805     4  0.0771     0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934806     4  0.1173     0.9443 0.012 0.000 0.020 0.964 0.004
#> SRR934807     5  0.0000     0.9247 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809     4  0.0771     0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934810     4  0.2660     0.8255 0.000 0.000 0.128 0.864 0.008
#> SRR934811     5  0.0162     0.9251 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934808     3  0.3209     0.8282 0.000 0.000 0.812 0.180 0.008
#> SRR934812     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     2  0.3687     0.7693 0.000 0.792 0.180 0.000 0.028
#> SRR934814     4  0.0000     0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934815     5  0.0703     0.9166 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934816     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.2020     0.8820 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR934818     3  0.3800     0.8426 0.000 0.000 0.812 0.108 0.080
#> SRR934819     4  0.0000     0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934820     4  0.0162     0.9486 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934821     3  0.0404     0.8784 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934822     4  0.1197     0.9112 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR934823     4  0.0771     0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934825     5  0.2074     0.8597 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR934826     4  0.0000     0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934827     3  0.0451     0.8784 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR934828     5  0.0703     0.9166 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934829     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.0162     0.9251 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934831     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.0162     0.9251 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934833     5  0.1270     0.8912 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR934834     3  0.3600     0.8556 0.044 0.000 0.848 0.080 0.028
#> SRR934835     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836     4  0.1168     0.9292 0.032 0.000 0.008 0.960 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.0290     0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934839     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     4  0.0510     0.9406 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR934844     4  0.0609     0.9478 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.0771     0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934848     4  0.0290     0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934849     1  0.0404     0.9161 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934850     1  0.0703     0.9086 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934851     3  0.0794     0.8730 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934853     3  0.3300     0.8033 0.000 0.000 0.792 0.204 0.004
#> SRR934852     2  0.3513     0.7767 0.000 0.800 0.180 0.000 0.020
#> SRR934854     3  0.3934     0.8397 0.000 0.000 0.800 0.124 0.076
#> SRR934856     4  0.0290     0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934858     4  0.1173     0.9443 0.012 0.000 0.020 0.964 0.004
#> SRR934859     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.2753     0.8252 0.000 0.856 0.008 0.000 0.136
#> SRR934861     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     3  0.3048     0.8261 0.000 0.000 0.820 0.176 0.004
#> SRR934864     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     3  0.4313     0.7730 0.000 0.000 0.732 0.228 0.040
#> SRR934866     2  0.0963     0.9347 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934867     2  0.2127     0.8735 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869     3  0.1965     0.8558 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR934870     4  0.0771     0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934871     5  0.0162     0.9250 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934872     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0290     0.8779 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934874     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0771     0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934877     4  0.2674     0.8342 0.012 0.000 0.120 0.868 0.000
#> SRR934878     3  0.2074     0.8512 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR934879     3  0.0000     0.8782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934880     3  0.3048     0.8261 0.000 0.000 0.820 0.176 0.004
#> SRR934881     2  0.3602     0.7731 0.000 0.796 0.180 0.000 0.024
#> SRR934882     3  0.0609     0.8748 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934883     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.0880     0.9145 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR934885     5  0.0771     0.9197 0.000 0.020 0.004 0.000 0.976
#> SRR934886     3  0.0510     0.8762 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934887     3  0.0609     0.8748 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934888     5  0.2127     0.8562 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934889     5  0.2193     0.8694 0.000 0.092 0.008 0.000 0.900
#> SRR934890     4  0.4294     0.2021 0.000 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR934891     3  0.3132     0.8282 0.000 0.000 0.820 0.172 0.008
#> SRR934892     3  0.0404     0.8784 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934893     3  0.0404     0.8772 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934894     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.0162     0.9250 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934896     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.2513     0.8579 0.000 0.000 0.876 0.116 0.008
#> SRR934899     5  0.1544     0.8860 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934900     3  0.0290     0.8779 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934901     5  0.0880     0.9145 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR934902     3  0.0609     0.8748 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934903     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.0932     0.9466 0.004 0.000 0.020 0.972 0.004
#> SRR934906     4  0.0865     0.9459 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR934907     5  0.0703     0.9168 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR934908     5  0.0162     0.9255 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934909     3  0.1965     0.8289 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR934910     5  0.0162     0.9255 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934911     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     2  0.2813     0.8113 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.0290     0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934915     3  0.0880     0.8718 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934916     1  0.4268     0.6062 0.728 0.000 0.244 0.024 0.004
#> SRR934917     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0794     0.8730 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934919     3  0.3209     0.8003 0.000 0.000 0.812 0.008 0.180
#> SRR934920     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.3661     0.6600 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR934924     5  0.0162     0.9251 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934923     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     3  0.4287     0.1971 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR934926     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.3534     0.6259 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR934928     3  0.3123     0.8203 0.000 0.000 0.812 0.184 0.004
#> SRR934929     4  0.4127     0.5255 0.000 0.000 0.312 0.680 0.008
#> SRR934930     3  0.0703     0.8741 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934931     5  0.0162     0.9250 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934932     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.1851     0.8921 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR934936     3  0.2891     0.7908 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934933     3  0.2805     0.8605 0.012 0.000 0.872 0.108 0.008
#> SRR934937     3  0.0162     0.8782 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934938     3  0.0794     0.8730 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934939     3  0.3266     0.8069 0.000 0.000 0.796 0.200 0.004
#> SRR934940     5  0.1270     0.8944 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR934941     3  0.4119     0.7861 0.000 0.000 0.752 0.212 0.036
#> SRR934942     5  0.0162     0.9250 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934943     5  0.0992     0.9173 0.000 0.024 0.008 0.000 0.968
#> SRR934944     3  0.3123     0.8262 0.000 0.000 0.812 0.184 0.004
#> SRR934945     5  0.0162     0.9251 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934946     5  0.0000     0.9247 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947     3  0.3544     0.8122 0.008 0.000 0.788 0.200 0.004
#> SRR934948     3  0.0000     0.8782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950     3  0.3141     0.8445 0.000 0.000 0.832 0.152 0.016
#> SRR934951     4  0.0290     0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934953     3  0.0404     0.8784 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934952     5  0.4268     0.2037 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR934954     2  0.3913     0.5049 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR934955     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.0609     0.8748 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934957     3  0.2660     0.8535 0.000 0.000 0.864 0.128 0.008
#> SRR934958     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.2763     0.8211 0.000 0.000 0.148 0.848 0.004
#> SRR934960     4  0.0000     0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963     3  0.1478     0.8594 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR934964     3  0.1270     0.8634 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR934965     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.2233     0.8523 0.000 0.000 0.892 0.104 0.004
#> SRR934968     3  0.0290     0.8779 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934969     4  0.0566     0.9473 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR934970     4  0.0404     0.9491 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934971     3  0.0290     0.8779 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934972     4  0.0771     0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934973     3  0.0290     0.8779 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934974     4  0.3300     0.7644 0.000 0.000 0.204 0.792 0.004
#> SRR934975     3  0.3090     0.8630 0.000 0.000 0.856 0.104 0.040
#> SRR934976     5  0.0162     0.9255 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934977     1  0.4746     0.0236 0.504 0.000 0.016 0.480 0.000
#> SRR934978     3  0.2230     0.8172 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR934979     2  0.3003     0.7585 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR934980     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0794     0.8730 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934982     1  0.0703     0.9086 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934983     4  0.0000     0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934985     3  0.3791     0.8425 0.000 0.000 0.812 0.112 0.076
#> SRR934986     4  0.0162     0.9473 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934987     5  0.0162     0.9250 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934988     3  0.0000     0.8782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000     0.8782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.0260    0.74940 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934718     6  0.3961    0.37145 0.004 0.000 0.000 0.440 0.000 0.556
#> SRR934719     4  0.2178    0.65804 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.0000    0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934722     5  0.0260    0.90882 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR934723     6  0.4057    0.15070 0.436 0.000 0.000 0.008 0.000 0.556
#> SRR934724     4  0.4212    0.33598 0.000 0.000 0.016 0.560 0.000 0.424
#> SRR934725     6  0.2941    0.54202 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR934726     6  0.3871    0.48967 0.000 0.000 0.148 0.084 0.000 0.768
#> SRR934727     6  0.2969    0.54204 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR934728     6  0.3782    0.24549 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR934729     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.5252    0.21377 0.000 0.000 0.096 0.480 0.000 0.424
#> SRR934732     2  0.2135    0.83497 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000 0.000
#> SRR934733     6  0.3076    0.53364 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR934734     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     6  0.3833    0.36833 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR934736     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.3592    0.47284 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR934738     6  0.2762    0.54812 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR934740     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742     6  0.2941    0.53151 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR934743     6  0.3766    0.46242 0.232 0.000 0.000 0.032 0.000 0.736
#> SRR934744     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934745     5  0.3982    0.66671 0.000 0.000 0.060 0.000 0.740 0.200
#> SRR934746     2  0.0146    0.96726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934747     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.2664    0.60734 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR934750     5  0.1501    0.85064 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR934749     4  0.0000    0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934751     6  0.5576   -0.01917 0.000 0.000 0.144 0.376 0.000 0.480
#> SRR934752     6  0.2941    0.54202 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR934753     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     6  0.3789    0.39666 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR934755     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934756     6  0.3789    0.39666 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR934757     6  0.5982    0.00628 0.000 0.000 0.240 0.332 0.000 0.428
#> SRR934758     6  0.2793    0.54782 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR934759     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.1007    0.92979 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934762     6  0.3782    0.40054 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR934763     6  0.5636   -0.13946 0.000 0.000 0.148 0.424 0.000 0.428
#> SRR934764     4  0.1863    0.67755 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR934765     1  0.3062    0.75290 0.824 0.000 0.144 0.032 0.000 0.000
#> SRR934766     4  0.0458    0.74522 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934767     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     6  0.4815    0.24297 0.384 0.000 0.000 0.060 0.000 0.556
#> SRR934769     5  0.3698    0.76673 0.000 0.000 0.116 0.000 0.788 0.096
#> SRR934770     6  0.3867    0.29844 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR934772     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771     4  0.0000    0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.5432    0.12783 0.000 0.000 0.480 0.120 0.000 0.400
#> SRR934775     4  0.5246    0.22175 0.000 0.000 0.096 0.488 0.000 0.416
#> SRR934776     6  0.2783    0.53208 0.000 0.000 0.148 0.016 0.000 0.836
#> SRR934777     4  0.0146    0.75076 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934778     6  0.3823    0.13352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR934779     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.4325    0.29699 0.000 0.000 0.568 0.016 0.004 0.412
#> SRR934781     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.1444    0.90469 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934783     4  0.3528    0.50367 0.000 0.000 0.004 0.700 0.000 0.296
#> SRR934784     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     4  0.0458    0.74522 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934787     4  0.3747   -0.06840 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR934788     4  0.0547    0.74346 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934789     6  0.3860   -0.15319 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR934790     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934791     4  0.0790    0.73722 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934792     5  0.2823    0.74597 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR934793     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     6  0.3782    0.40042 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR934796     4  0.0632    0.74072 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934797     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0146    0.98313 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.0146    0.75076 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934800     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934802     5  0.0260    0.90811 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934803     6  0.7262    0.43144 0.188 0.000 0.188 0.184 0.000 0.440
#> SRR934804     5  0.0937    0.88957 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR934805     4  0.3699    0.46006 0.000 0.000 0.004 0.660 0.000 0.336
#> SRR934806     4  0.0000    0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934807     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934809     4  0.3151    0.54859 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR934810     6  0.0363    0.56949 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934811     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934808     6  0.3027    0.52877 0.000 0.000 0.148 0.028 0.000 0.824
#> SRR934812     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.2340    0.75375 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814     6  0.3126    0.53004 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR934815     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934816     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.3684    0.43130 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000 0.000
#> SRR934818     6  0.3282    0.52135 0.000 0.000 0.164 0.016 0.012 0.808
#> SRR934819     6  0.2883    0.53576 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR934820     6  0.0458    0.57416 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934821     3  0.1714    0.80774 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR934822     6  0.4052    0.45516 0.016 0.000 0.000 0.356 0.000 0.628
#> SRR934823     4  0.0000    0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934825     5  0.0260    0.90811 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934826     6  0.3789    0.39666 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR934827     3  0.2762    0.69619 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR934828     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934829     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.0146    0.91033 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934831     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934833     6  0.2219    0.52936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR934834     6  0.3257    0.53268 0.012 0.000 0.152 0.020 0.000 0.816
#> SRR934835     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836     4  0.0000    0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.0458    0.74522 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934839     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     6  0.3151    0.52823 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR934844     4  0.0000    0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.3937    0.35123 0.000 0.000 0.004 0.572 0.000 0.424
#> SRR934848     4  0.0547    0.74467 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934849     1  0.1082    0.94010 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR934850     6  0.3961    0.14304 0.440 0.000 0.000 0.004 0.000 0.556
#> SRR934851     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934853     4  0.5029    0.28205 0.000 0.000 0.076 0.524 0.000 0.400
#> SRR934852     3  0.2340    0.75375 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854     6  0.0000    0.57120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934856     4  0.0547    0.74467 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934858     4  0.2912    0.57732 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR934859     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.2790    0.81827 0.000 0.844 0.024 0.000 0.132 0.000
#> SRR934861     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     6  0.5636   -0.14063 0.000 0.000 0.148 0.424 0.000 0.428
#> SRR934864     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     6  0.2765    0.53815 0.000 0.000 0.132 0.016 0.004 0.848
#> SRR934866     2  0.0865    0.93955 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR934867     3  0.3351    0.58663 0.000 0.288 0.712 0.000 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869     4  0.3756    0.28863 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR934870     4  0.3151    0.54824 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR934871     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934872     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0146    0.75102 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934877     6  0.3244    0.49954 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR934878     5  0.4717    0.40764 0.000 0.000 0.364 0.000 0.580 0.056
#> SRR934879     3  0.0508    0.87033 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR934880     4  0.5636    0.11337 0.000 0.000 0.148 0.428 0.000 0.424
#> SRR934881     3  0.2340    0.75375 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934883     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934886     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934887     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934888     5  0.0363    0.90572 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR934889     5  0.0260    0.90811 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934890     3  0.3672    0.38826 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR934891     6  0.5480    0.08273 0.000 0.000 0.144 0.328 0.000 0.528
#> SRR934892     3  0.2520    0.74394 0.000 0.000 0.844 0.004 0.000 0.152
#> SRR934893     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934896     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     6  0.5963    0.02447 0.000 0.000 0.240 0.320 0.000 0.440
#> SRR934899     5  0.1910    0.83688 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR934900     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934901     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.0000    0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934906     4  0.0713    0.74268 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934907     5  0.0146    0.91060 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934908     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909     3  0.2945    0.74714 0.000 0.156 0.824 0.000 0.020 0.000
#> SRR934910     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.2527    0.73514 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.0363    0.74746 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934915     3  0.0692    0.86681 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR934916     6  0.3833    0.13730 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR934917     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934919     5  0.4957    0.54558 0.000 0.000 0.148 0.000 0.648 0.204
#> SRR934920     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     5  0.5737    0.37120 0.000 0.000 0.248 0.000 0.516 0.236
#> SRR934924     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934923     1  0.0146    0.98313 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934925     5  0.3126    0.68450 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR934926     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.0146    0.87635 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934928     4  0.5450    0.16237 0.000 0.000 0.120 0.452 0.000 0.428
#> SRR934929     6  0.3071    0.54317 0.000 0.000 0.016 0.180 0.000 0.804
#> SRR934930     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934931     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934932     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.3531    0.51893 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR934936     5  0.3309    0.63459 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR934933     6  0.2869    0.53129 0.000 0.000 0.148 0.020 0.000 0.832
#> SRR934937     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939     4  0.5216    0.22064 0.000 0.000 0.092 0.484 0.000 0.424
#> SRR934940     5  0.1349    0.87454 0.000 0.000 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR934941     6  0.0363    0.56944 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934942     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934943     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944     6  0.5008    0.32933 0.000 0.000 0.148 0.212 0.000 0.640
#> SRR934945     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934946     5  0.1327    0.87434 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934947     6  0.3637    0.55784 0.000 0.000 0.084 0.124 0.000 0.792
#> SRR934948     3  0.0692    0.86510 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR934949     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950     6  0.4222    0.45690 0.000 0.000 0.184 0.088 0.000 0.728
#> SRR934951     4  0.0458    0.74522 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934953     3  0.3418    0.67889 0.000 0.000 0.784 0.016 0.008 0.192
#> SRR934952     5  0.3838    0.16942 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR934954     2  0.3737    0.35684 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR934955     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934957     6  0.5957   -0.01119 0.000 0.000 0.228 0.344 0.000 0.428
#> SRR934958     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.0146    0.75081 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934960     6  0.3789    0.39666 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR934961     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963     3  0.1204    0.84273 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR934964     3  0.0260    0.87512 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934965     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     4  0.3866    0.04994 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR934968     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934969     4  0.3634    0.38043 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR934970     4  0.0000    0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934972     4  0.0000    0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934973     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934974     4  0.3041    0.63944 0.000 0.000 0.128 0.832 0.000 0.040
#> SRR934975     6  0.3457    0.47512 0.000 0.000 0.232 0.016 0.000 0.752
#> SRR934976     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     4  0.1814    0.68374 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0146    0.87635 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934979     2  0.3101    0.67456 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR934980     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934982     6  0.3833    0.13730 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR934983     6  0.3371    0.50558 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR934984     2  0.0000    0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934985     6  0.3035    0.53058 0.000 0.000 0.148 0.016 0.008 0.828
#> SRR934986     4  0.3244    0.33695 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR934987     5  0.0000    0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934988     3  0.4428    0.32054 0.000 0.000 0.580 0.032 0.000 0.388
#> SRR934989     1  0.0000    0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000    0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:mclust**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.976           0.947       0.979         0.4759 0.523   0.523
#> 3 3 0.718           0.824       0.911         0.2943 0.678   0.479
#> 4 4 0.568           0.698       0.819         0.1793 0.808   0.542
#> 5 5 0.535           0.505       0.722         0.0557 0.893   0.626
#> 6 6 0.621           0.662       0.753         0.0461 0.875   0.516

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934719     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934720     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934721     2  0.0376      0.981 0.004 0.996
#> SRR934722     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934723     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934724     2  0.9427      0.429 0.360 0.640
#> SRR934725     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.2043      0.941 0.968 0.032
#> SRR934727     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934730     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934731     2  0.4431      0.888 0.092 0.908
#> SRR934732     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934733     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934742     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934744     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934745     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934748     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934750     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934749     2  0.1414      0.966 0.020 0.980
#> SRR934751     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934755     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934756     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934757     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934758     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.6801      0.775 0.820 0.180
#> SRR934764     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934766     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934771     2  0.7376      0.730 0.208 0.792
#> SRR934773     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934774     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934775     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934776     1  0.9775      0.325 0.588 0.412
#> SRR934777     1  0.0376      0.965 0.996 0.004
#> SRR934778     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934779     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934780     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934781     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.5842      0.827 0.860 0.140
#> SRR934784     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934790     2  0.0938      0.973 0.012 0.988
#> SRR934791     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934793     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934807     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934809     1  0.7453      0.727 0.788 0.212
#> SRR934810     1  0.2236      0.937 0.964 0.036
#> SRR934811     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934808     1  0.2236      0.937 0.964 0.036
#> SRR934812     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934815     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934816     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934818     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934819     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934821     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934822     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934823     2  0.7056      0.754 0.192 0.808
#> SRR934825     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934827     1  0.9580      0.399 0.620 0.380
#> SRR934828     2  0.0376      0.981 0.004 0.996
#> SRR934829     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934830     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934832     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934833     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934834     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.9522      0.431 0.628 0.372
#> SRR934848     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934851     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934853     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934852     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934854     2  0.2778      0.937 0.048 0.952
#> SRR934856     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.6148      0.812 0.848 0.152
#> SRR934864     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.0376      0.965 0.996 0.004
#> SRR934866     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934869     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934870     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934871     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934872     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934873     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934874     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934878     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934879     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934880     2  0.9732      0.309 0.404 0.596
#> SRR934881     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934882     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934883     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934885     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934886     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934887     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934888     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934890     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934891     2  0.9522      0.393 0.372 0.628
#> SRR934892     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934893     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934898     2  0.4298      0.893 0.088 0.912
#> SRR934899     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934900     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934902     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.9954      0.162 0.540 0.460
#> SRR934906     1  0.9896      0.227 0.560 0.440
#> SRR934907     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934908     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934913     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934915     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934916     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934919     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934920     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934922     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934924     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934923     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934926     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934928     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934929     1  0.9427      0.448 0.640 0.360
#> SRR934930     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934931     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934936     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934933     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934937     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934938     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934939     2  0.0672      0.977 0.008 0.992
#> SRR934940     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934941     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934942     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934943     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934945     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934946     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934948     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934950     2  0.9248      0.473 0.340 0.660
#> SRR934951     1  0.0672      0.962 0.992 0.008
#> SRR934953     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934956     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934957     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934958     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934959     2  0.0376      0.981 0.004 0.996
#> SRR934960     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934963     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934964     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934967     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934968     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934969     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934972     2  0.9209      0.490 0.336 0.664
#> SRR934973     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934974     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934975     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934976     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934978     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934979     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934981     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934982     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934985     2  0.0672      0.977 0.008 0.992
#> SRR934986     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934988     2  0.0000      0.984 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000      0.968 1.000 0.000
#> SRR934990     2  0.0000      0.984 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     3  0.6209     0.4727 0.368 0.004 0.628
#> SRR934718     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934719     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934720     1  0.0237     0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934721     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934722     3  0.0237     0.8689 0.000 0.004 0.996
#> SRR934723     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934724     3  0.3619     0.8129 0.136 0.000 0.864
#> SRR934725     3  0.4654     0.7197 0.208 0.000 0.792
#> SRR934726     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934727     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934728     1  0.0747     0.9401 0.984 0.000 0.016
#> SRR934729     3  0.0424     0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934730     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934731     3  0.2261     0.8570 0.068 0.000 0.932
#> SRR934732     2  0.5058     0.6791 0.000 0.756 0.244
#> SRR934733     1  0.1411     0.9269 0.964 0.000 0.036
#> SRR934734     1  0.0237     0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934735     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934736     1  0.0661     0.9417 0.988 0.004 0.008
#> SRR934737     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934738     3  0.5859     0.4973 0.344 0.000 0.656
#> SRR934740     1  0.0237     0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934739     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934741     3  0.5397     0.5345 0.000 0.280 0.720
#> SRR934742     1  0.5291     0.6445 0.732 0.000 0.268
#> SRR934743     1  0.5201     0.6849 0.760 0.004 0.236
#> SRR934744     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934745     3  0.3454     0.8128 0.104 0.008 0.888
#> SRR934746     2  0.5650     0.5338 0.000 0.688 0.312
#> SRR934747     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934748     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934750     2  0.5926     0.5556 0.000 0.644 0.356
#> SRR934749     3  0.3310     0.8662 0.028 0.064 0.908
#> SRR934751     1  0.3349     0.8576 0.888 0.004 0.108
#> SRR934752     1  0.5465     0.6572 0.712 0.000 0.288
#> SRR934753     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934754     1  0.3619     0.8360 0.864 0.000 0.136
#> SRR934755     3  0.2356     0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934756     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934757     3  0.2446     0.8724 0.012 0.052 0.936
#> SRR934758     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934759     1  0.0237     0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934760     2  0.2537     0.8848 0.000 0.920 0.080
#> SRR934761     3  0.2356     0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934762     1  0.2959     0.8769 0.900 0.000 0.100
#> SRR934763     3  0.6309    -0.0378 0.500 0.000 0.500
#> SRR934764     1  0.1411     0.9291 0.964 0.000 0.036
#> SRR934765     3  0.6075     0.5722 0.316 0.008 0.676
#> SRR934766     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934767     1  0.0237     0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934768     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934769     3  0.2066     0.8717 0.000 0.060 0.940
#> SRR934770     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934772     3  0.0424     0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934771     3  0.3610     0.8404 0.096 0.016 0.888
#> SRR934773     1  0.0237     0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934774     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934775     3  0.6095     0.4238 0.392 0.000 0.608
#> SRR934776     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777     1  0.0892     0.9371 0.980 0.000 0.020
#> SRR934778     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779     1  0.0237     0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934780     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934781     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934782     2  0.1411     0.9169 0.000 0.964 0.036
#> SRR934783     3  0.6215     0.2993 0.428 0.000 0.572
#> SRR934784     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934785     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934786     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934787     1  0.4784     0.7430 0.796 0.004 0.200
#> SRR934788     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934789     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934790     3  0.2356     0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934791     1  0.0592     0.9413 0.988 0.000 0.012
#> SRR934792     3  0.2261     0.8700 0.000 0.068 0.932
#> SRR934793     1  0.0237     0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934794     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934795     1  0.4750     0.7429 0.784 0.000 0.216
#> SRR934796     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934797     1  0.0237     0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934798     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934799     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934800     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934801     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934802     3  0.6244     0.2204 0.000 0.440 0.560
#> SRR934803     3  0.6297     0.5035 0.352 0.008 0.640
#> SRR934804     3  0.1289     0.8713 0.000 0.032 0.968
#> SRR934805     1  0.1411     0.9273 0.964 0.000 0.036
#> SRR934806     3  0.5988     0.5930 0.304 0.008 0.688
#> SRR934807     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809     3  0.6095     0.4176 0.392 0.000 0.608
#> SRR934810     3  0.5948     0.4238 0.360 0.000 0.640
#> SRR934811     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934808     3  0.5678     0.5532 0.316 0.000 0.684
#> SRR934812     1  0.0237     0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934813     3  0.2448     0.8672 0.000 0.076 0.924
#> SRR934814     3  0.5465     0.5756 0.288 0.000 0.712
#> SRR934815     3  0.0424     0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934816     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934817     3  0.5497     0.6249 0.000 0.292 0.708
#> SRR934818     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819     1  0.1753     0.9187 0.952 0.000 0.048
#> SRR934820     1  0.3879     0.8407 0.848 0.000 0.152
#> SRR934821     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934822     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934823     3  0.3356     0.8611 0.056 0.036 0.908
#> SRR934825     3  0.6299     0.0755 0.000 0.476 0.524
#> SRR934826     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934827     3  0.0848     0.8691 0.008 0.008 0.984
#> SRR934828     3  0.0424     0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934829     2  0.5621     0.5947 0.000 0.692 0.308
#> SRR934830     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0237     0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934832     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834     3  0.6509     0.1321 0.472 0.004 0.524
#> SRR934835     3  0.6274     0.2513 0.000 0.456 0.544
#> SRR934836     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934837     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934838     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934839     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934840     2  0.5560     0.6114 0.000 0.700 0.300
#> SRR934841     1  0.0000     0.9379 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934843     1  0.0892     0.9374 0.980 0.000 0.020
#> SRR934844     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934845     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934846     2  0.0747     0.9289 0.000 0.984 0.016
#> SRR934847     3  0.5178     0.6686 0.256 0.000 0.744
#> SRR934848     1  0.0592     0.9413 0.988 0.000 0.012
#> SRR934849     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934850     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934851     3  0.1289     0.8713 0.000 0.032 0.968
#> SRR934853     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934852     3  0.2356     0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934854     3  0.0747     0.8650 0.016 0.000 0.984
#> SRR934856     1  0.1163     0.9310 0.972 0.000 0.028
#> SRR934858     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934859     2  0.0424     0.9334 0.000 0.992 0.008
#> SRR934860     2  0.4555     0.7598 0.000 0.800 0.200
#> SRR934861     3  0.6215     0.3409 0.000 0.428 0.572
#> SRR934862     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934863     3  0.4654     0.7225 0.208 0.000 0.792
#> SRR934864     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934865     3  0.4931     0.6626 0.232 0.000 0.768
#> SRR934866     2  0.6095     0.4733 0.000 0.608 0.392
#> SRR934867     3  0.2959     0.8512 0.000 0.100 0.900
#> SRR934868     3  0.5948     0.4935 0.000 0.360 0.640
#> SRR934869     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934870     1  0.1163     0.9342 0.972 0.000 0.028
#> SRR934871     3  0.0424     0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934872     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934873     3  0.2356     0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934874     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934875     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934876     1  0.1031     0.9349 0.976 0.000 0.024
#> SRR934877     1  0.5443     0.6411 0.736 0.004 0.260
#> SRR934878     3  0.1289     0.8723 0.000 0.032 0.968
#> SRR934879     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934880     3  0.2165     0.8588 0.064 0.000 0.936
#> SRR934881     3  0.4452     0.7736 0.000 0.192 0.808
#> SRR934882     3  0.2356     0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934883     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934884     3  0.0424     0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934885     3  0.0424     0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934886     3  0.2356     0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934887     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934888     2  0.3482     0.8415 0.000 0.872 0.128
#> SRR934889     3  0.2066     0.8718 0.000 0.060 0.940
#> SRR934890     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934891     3  0.1753     0.8513 0.048 0.000 0.952
#> SRR934892     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934893     3  0.2356     0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934894     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934895     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0237     0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934897     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934898     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899     3  0.0424     0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934900     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934901     3  0.4291     0.7190 0.000 0.180 0.820
#> SRR934902     3  0.2356     0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934903     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934905     3  0.3445     0.8451 0.088 0.016 0.896
#> SRR934906     3  0.3267     0.8286 0.116 0.000 0.884
#> SRR934907     3  0.0747     0.8709 0.000 0.016 0.984
#> SRR934908     3  0.1411     0.8600 0.000 0.036 0.964
#> SRR934909     3  0.2796     0.8566 0.000 0.092 0.908
#> SRR934910     3  0.0424     0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934911     2  0.2537     0.8864 0.000 0.920 0.080
#> SRR934912     3  0.5733     0.5599 0.000 0.324 0.676
#> SRR934913     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934914     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934915     3  0.1031     0.8715 0.000 0.024 0.976
#> SRR934916     1  0.6518    -0.0344 0.512 0.004 0.484
#> SRR934917     2  0.3686     0.8274 0.000 0.860 0.140
#> SRR934918     3  0.2261     0.8700 0.000 0.068 0.932
#> SRR934919     3  0.0424     0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934920     1  0.0237     0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934921     2  0.0592     0.9312 0.000 0.988 0.012
#> SRR934922     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924     3  0.6442     0.2116 0.432 0.004 0.564
#> SRR934923     1  0.5754     0.5649 0.700 0.004 0.296
#> SRR934925     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934926     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934927     3  0.2261     0.8700 0.000 0.068 0.932
#> SRR934928     3  0.2400     0.8591 0.064 0.004 0.932
#> SRR934929     3  0.1411     0.8576 0.036 0.000 0.964
#> SRR934930     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934931     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934934     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934935     3  0.5948     0.4948 0.000 0.360 0.640
#> SRR934936     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934933     3  0.6373     0.3750 0.408 0.004 0.588
#> SRR934937     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934938     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934939     3  0.2446     0.8723 0.012 0.052 0.936
#> SRR934940     3  0.0892     0.8720 0.000 0.020 0.980
#> SRR934941     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934943     3  0.4178     0.7771 0.000 0.172 0.828
#> SRR934944     3  0.5982     0.5499 0.328 0.004 0.668
#> SRR934945     3  0.6442     0.2116 0.432 0.004 0.564
#> SRR934946     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934948     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934949     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934950     3  0.1643     0.8536 0.044 0.000 0.956
#> SRR934951     3  0.5733     0.5609 0.324 0.000 0.676
#> SRR934953     3  0.3607     0.8065 0.112 0.008 0.880
#> SRR934952     2  0.5397     0.6844 0.000 0.720 0.280
#> SRR934954     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934955     1  0.0237     0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934956     3  0.2356     0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934957     3  0.1411     0.8727 0.000 0.036 0.964
#> SRR934958     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934959     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934960     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934961     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934962     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934963     3  0.1015     0.8661 0.012 0.008 0.980
#> SRR934964     3  0.1163     0.8720 0.000 0.028 0.972
#> SRR934965     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934966     2  0.0237     0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934967     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934968     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934969     1  0.0592     0.9413 0.988 0.000 0.012
#> SRR934970     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934971     3  0.2356     0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934972     3  0.3484     0.8623 0.048 0.048 0.904
#> SRR934973     3  0.2356     0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934974     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934975     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976     3  0.1964     0.8485 0.000 0.056 0.944
#> SRR934977     1  0.3425     0.8534 0.884 0.004 0.112
#> SRR934978     3  0.2356     0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934979     2  0.3619     0.8352 0.000 0.864 0.136
#> SRR934980     1  0.0661     0.9417 0.988 0.004 0.008
#> SRR934981     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934982     1  0.5443     0.6462 0.736 0.004 0.260
#> SRR934983     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934984     3  0.5835     0.5337 0.000 0.340 0.660
#> SRR934985     3  0.0000     0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934986     1  0.0424     0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934987     3  0.0237     0.8689 0.000 0.004 0.996
#> SRR934988     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934989     1  0.0237     0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934990     3  0.2165     0.8711 0.000 0.064 0.936

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     4  0.7679    0.31416 0.316 0.000 0.236 0.448
#> SRR934718     1  0.0188    0.87102 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934719     3  0.4277    0.76829 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR934720     1  0.2011    0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934721     4  0.5387    0.54375 0.048 0.000 0.256 0.696
#> SRR934722     4  0.4103    0.42689 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR934723     1  0.1022    0.86997 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR934724     4  0.3161    0.68569 0.124 0.000 0.012 0.864
#> SRR934725     4  0.4434    0.62443 0.228 0.000 0.016 0.756
#> SRR934726     4  0.4046    0.68668 0.048 0.000 0.124 0.828
#> SRR934727     1  0.0000    0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     1  0.4585    0.41933 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR934729     4  0.4542    0.62604 0.000 0.108 0.088 0.804
#> SRR934730     2  0.0188    0.90751 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934731     4  0.2142    0.71182 0.056 0.000 0.016 0.928
#> SRR934732     2  0.5724    0.62226 0.000 0.716 0.144 0.140
#> SRR934733     1  0.0817    0.86736 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934734     1  0.2011    0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934735     1  0.0000    0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.1022    0.87037 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR934737     2  0.0188    0.90750 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934738     4  0.4679    0.45569 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR934740     1  0.2011    0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934739     2  0.0469    0.90432 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934741     4  0.4880    0.55688 0.000 0.188 0.052 0.760
#> SRR934742     1  0.5174    0.75278 0.756 0.000 0.152 0.092
#> SRR934743     1  0.5968    0.69430 0.672 0.000 0.236 0.092
#> SRR934744     3  0.4250    0.77480 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934745     4  0.7790    0.50096 0.224 0.040 0.164 0.572
#> SRR934746     2  0.4055    0.76896 0.000 0.832 0.060 0.108
#> SRR934747     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.4008    0.78008 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR934750     2  0.5746    0.46814 0.000 0.612 0.040 0.348
#> SRR934749     4  0.5491    0.54856 0.052 0.000 0.260 0.688
#> SRR934751     1  0.4841    0.77722 0.780 0.000 0.140 0.080
#> SRR934752     4  0.3764    0.63222 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR934753     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.5151    0.17811 0.464 0.000 0.004 0.532
#> SRR934755     3  0.3653    0.76424 0.000 0.028 0.844 0.128
#> SRR934756     1  0.0469    0.86977 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934757     4  0.3444    0.58298 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR934758     1  0.0188    0.87002 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934759     1  0.2011    0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934760     2  0.3372    0.81976 0.000 0.868 0.036 0.096
#> SRR934761     3  0.4417    0.78090 0.000 0.044 0.796 0.160
#> SRR934762     4  0.4985    0.18109 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR934763     4  0.2124    0.70722 0.068 0.000 0.008 0.924
#> SRR934764     1  0.4981    0.04767 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR934765     3  0.5050    0.44964 0.152 0.000 0.764 0.084
#> SRR934766     1  0.0817    0.86326 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934767     1  0.2011    0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934768     1  0.0000    0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     4  0.3688    0.53188 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR934770     1  0.0000    0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     4  0.3877    0.66690 0.000 0.048 0.112 0.840
#> SRR934771     4  0.5742    0.50707 0.052 0.000 0.300 0.648
#> SRR934773     1  0.2011    0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934774     4  0.4888   -0.09303 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR934775     4  0.6979    0.27522 0.376 0.000 0.120 0.504
#> SRR934776     4  0.0895    0.71198 0.020 0.000 0.004 0.976
#> SRR934777     4  0.4981    0.15171 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR934778     4  0.2124    0.71288 0.028 0.000 0.040 0.932
#> SRR934779     1  0.2011    0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934780     4  0.3123    0.61103 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934781     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.1302    0.88822 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934783     4  0.2773    0.69072 0.116 0.000 0.004 0.880
#> SRR934784     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000    0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.5907    0.69041 0.668 0.000 0.252 0.080
#> SRR934788     1  0.0188    0.87002 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934789     1  0.1867    0.83135 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934790     3  0.2737    0.74063 0.000 0.008 0.888 0.104
#> SRR934791     1  0.4222    0.55337 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934792     3  0.4925    0.63831 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR934793     1  0.2011    0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934794     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.4522    0.52193 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR934796     1  0.0188    0.87102 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934797     1  0.2011    0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934798     1  0.1022    0.86970 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR934799     1  0.2149    0.83510 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR934800     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0188    0.90755 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934802     2  0.7066    0.29567 0.000 0.544 0.152 0.304
#> SRR934803     3  0.6164    0.24961 0.264 0.000 0.644 0.092
#> SRR934804     3  0.6561    0.64522 0.000 0.092 0.564 0.344
#> SRR934805     4  0.4990    0.42271 0.352 0.000 0.008 0.640
#> SRR934806     3  0.4805    0.47361 0.132 0.000 0.784 0.084
#> SRR934807     4  0.0817    0.70620 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934809     4  0.3668    0.64836 0.188 0.000 0.004 0.808
#> SRR934810     4  0.2281    0.69443 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR934811     4  0.2494    0.69776 0.000 0.036 0.048 0.916
#> SRR934808     4  0.3032    0.68454 0.124 0.000 0.008 0.868
#> SRR934812     1  0.2011    0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934813     3  0.4808    0.79397 0.000 0.028 0.736 0.236
#> SRR934814     4  0.4158    0.62834 0.224 0.000 0.008 0.768
#> SRR934815     4  0.3818    0.66354 0.000 0.048 0.108 0.844
#> SRR934816     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.5664    0.78477 0.000 0.076 0.696 0.228
#> SRR934818     4  0.0817    0.70620 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934819     1  0.2596    0.84125 0.908 0.000 0.024 0.068
#> SRR934820     4  0.4164    0.58881 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR934821     3  0.4855    0.67301 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR934822     1  0.0000    0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.6168    0.35742 0.056 0.000 0.388 0.556
#> SRR934825     2  0.7299    0.22199 0.000 0.520 0.184 0.296
#> SRR934826     1  0.0469    0.86977 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934827     3  0.5850    0.58515 0.100 0.004 0.708 0.188
#> SRR934828     4  0.3775    0.69035 0.016 0.040 0.080 0.864
#> SRR934829     2  0.6650    0.48943 0.000 0.624 0.200 0.176
#> SRR934830     4  0.2197    0.70174 0.000 0.024 0.048 0.928
#> SRR934831     1  0.2011    0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934832     4  0.2300    0.70107 0.000 0.028 0.048 0.924
#> SRR934833     4  0.0376    0.70954 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR934834     1  0.6428    0.64981 0.624 0.000 0.264 0.112
#> SRR934835     3  0.7203    0.55801 0.000 0.312 0.524 0.164
#> SRR934836     1  0.0592    0.87124 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR934837     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     1  0.0469    0.86814 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934839     2  0.0336    0.90621 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934840     2  0.6159    0.56393 0.000 0.672 0.196 0.132
#> SRR934841     1  0.1867    0.86337 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR934842     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.2319    0.86086 0.924 0.000 0.036 0.040
#> SRR934844     1  0.0779    0.86905 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR934845     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.1256    0.89338 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR934847     4  0.3547    0.67451 0.144 0.000 0.016 0.840
#> SRR934848     1  0.4925    0.14472 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR934849     1  0.0000    0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000    0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.5839    0.67902 0.000 0.044 0.604 0.352
#> SRR934853     4  0.4713    0.25261 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR934852     3  0.3196    0.75822 0.000 0.008 0.856 0.136
#> SRR934854     4  0.0921    0.71154 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934856     1  0.4343    0.62664 0.732 0.000 0.004 0.264
#> SRR934858     1  0.0592    0.87000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR934859     2  0.1022    0.89531 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934860     2  0.4174    0.74817 0.000 0.816 0.044 0.140
#> SRR934861     3  0.7170    0.59820 0.000 0.288 0.540 0.172
#> SRR934862     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.1743    0.71122 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR934864     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.1302    0.70968 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR934866     2  0.5793    0.49614 0.000 0.628 0.048 0.324
#> SRR934867     3  0.5159    0.76926 0.000 0.088 0.756 0.156
#> SRR934868     3  0.6790    0.69116 0.000 0.196 0.608 0.196
#> SRR934869     3  0.4164    0.78477 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR934870     1  0.4985    0.00861 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR934871     4  0.3542    0.64775 0.000 0.028 0.120 0.852
#> SRR934872     2  0.0336    0.90621 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934873     3  0.4417    0.78090 0.000 0.044 0.796 0.160
#> SRR934874     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.4888    0.28595 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR934877     1  0.5653    0.72331 0.712 0.000 0.192 0.096
#> SRR934878     3  0.4992    0.54419 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR934879     3  0.4222    0.77610 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR934880     4  0.5294   -0.28816 0.008 0.000 0.484 0.508
#> SRR934881     3  0.5533    0.78622 0.000 0.072 0.708 0.220
#> SRR934882     3  0.5256    0.78624 0.000 0.064 0.732 0.204
#> SRR934883     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     4  0.4791    0.60212 0.000 0.136 0.080 0.784
#> SRR934885     4  0.6334    0.28395 0.000 0.080 0.328 0.592
#> SRR934886     3  0.4322    0.77670 0.000 0.044 0.804 0.152
#> SRR934887     3  0.4713    0.73017 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR934888     2  0.3266    0.77951 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR934889     4  0.6295    0.18931 0.000 0.072 0.348 0.580
#> SRR934890     3  0.4134    0.77986 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR934891     4  0.1109    0.71225 0.028 0.000 0.004 0.968
#> SRR934892     3  0.4477    0.76691 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR934893     3  0.4417    0.78090 0.000 0.044 0.796 0.160
#> SRR934894     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     4  0.2530    0.65445 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR934896     1  0.2011    0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934897     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     4  0.1022    0.70446 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR934899     3  0.6176    0.62091 0.000 0.060 0.572 0.368
#> SRR934900     3  0.4134    0.77974 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR934901     4  0.4919    0.58684 0.000 0.152 0.076 0.772
#> SRR934902     3  0.4507    0.78297 0.000 0.044 0.788 0.168
#> SRR934903     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     3  0.3858    0.57699 0.056 0.000 0.844 0.100
#> SRR934906     4  0.5032    0.64548 0.080 0.000 0.156 0.764
#> SRR934907     4  0.3649    0.54028 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR934908     4  0.4938    0.58915 0.000 0.148 0.080 0.772
#> SRR934909     3  0.5392    0.78201 0.000 0.072 0.724 0.204
#> SRR934910     4  0.4879    0.60293 0.000 0.128 0.092 0.780
#> SRR934911     2  0.2530    0.83756 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR934912     3  0.6110    0.73977 0.000 0.144 0.680 0.176
#> SRR934913     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     1  0.2281    0.82825 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR934915     4  0.4877   -0.18570 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR934916     1  0.6378    0.65468 0.628 0.000 0.264 0.108
#> SRR934917     2  0.2915    0.83607 0.000 0.892 0.028 0.080
#> SRR934918     3  0.4914    0.79126 0.000 0.044 0.748 0.208
#> SRR934919     4  0.5179    0.57087 0.000 0.052 0.220 0.728
#> SRR934920     1  0.2011    0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934921     2  0.1820    0.88075 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR934922     4  0.2216    0.67446 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR934924     1  0.6238    0.67557 0.652 0.000 0.236 0.112
#> SRR934923     1  0.5989    0.68222 0.656 0.000 0.264 0.080
#> SRR934925     4  0.4830   -0.08283 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR934926     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.4406    0.77457 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR934928     4  0.2670    0.70529 0.040 0.000 0.052 0.908
#> SRR934929     4  0.3959    0.69574 0.068 0.000 0.092 0.840
#> SRR934930     3  0.4454    0.76926 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR934931     4  0.1940    0.68315 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR934932     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.6163    0.71858 0.000 0.164 0.676 0.160
#> SRR934936     3  0.4790    0.69852 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR934933     1  0.6773    0.54618 0.544 0.000 0.348 0.108
#> SRR934937     3  0.4164    0.77909 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR934938     3  0.4761    0.71725 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR934939     4  0.4250    0.39396 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR934940     4  0.2530    0.65722 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR934941     4  0.0336    0.70808 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934942     4  0.2281    0.67131 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR934943     4  0.5507    0.55193 0.000 0.156 0.112 0.732
#> SRR934944     4  0.7569    0.16882 0.368 0.000 0.196 0.436
#> SRR934945     1  0.6238    0.67557 0.652 0.000 0.236 0.112
#> SRR934946     4  0.0817    0.70620 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934947     1  0.0000    0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.4250    0.77480 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934949     2  0.1545    0.88687 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR934950     4  0.0524    0.71046 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR934951     4  0.6862    0.42440 0.312 0.000 0.128 0.560
#> SRR934953     3  0.5902    0.42690 0.160 0.000 0.700 0.140
#> SRR934952     2  0.5323    0.49229 0.000 0.628 0.020 0.352
#> SRR934954     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.2011    0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934956     3  0.5807    0.71143 0.000 0.044 0.612 0.344
#> SRR934957     4  0.1302    0.70062 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934958     2  0.0336    0.90621 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934959     4  0.5736    0.42790 0.044 0.000 0.328 0.628
#> SRR934960     1  0.0188    0.87002 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934961     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.1610    0.88986 0.000 0.952 0.016 0.032
#> SRR934963     3  0.5574    0.48705 0.124 0.000 0.728 0.148
#> SRR934964     3  0.4933    0.63568 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934965     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000    0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.4072    0.78543 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR934968     3  0.4250    0.77480 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934969     1  0.4331    0.51590 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR934970     1  0.2644    0.84115 0.908 0.000 0.032 0.060
#> SRR934971     3  0.4417    0.78090 0.000 0.044 0.796 0.160
#> SRR934972     3  0.4916    0.56596 0.056 0.000 0.760 0.184
#> SRR934973     3  0.4224    0.77829 0.000 0.044 0.812 0.144
#> SRR934974     3  0.4406    0.76221 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR934975     4  0.0336    0.70788 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934976     4  0.4938    0.58915 0.000 0.148 0.080 0.772
#> SRR934977     1  0.5185    0.76211 0.748 0.000 0.176 0.076
#> SRR934978     3  0.5657    0.71647 0.000 0.044 0.644 0.312
#> SRR934979     2  0.2546    0.84296 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR934980     1  0.1854    0.86701 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR934981     3  0.4888    0.65735 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR934982     1  0.6134    0.68451 0.660 0.000 0.236 0.104
#> SRR934983     1  0.0000    0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984     3  0.6198    0.71088 0.000 0.176 0.672 0.152
#> SRR934985     4  0.0921    0.70825 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934986     1  0.0000    0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987     4  0.2760    0.64300 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR934988     3  0.4277    0.78073 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR934989     1  0.2011    0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934990     3  0.4103    0.78033 0.000 0.000 0.744 0.256

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.6999    0.51894 0.148 0.000 0.076 0.568 0.208
#> SRR934718     4  0.0510    0.52804 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR934719     3  0.2520    0.69325 0.004 0.000 0.888 0.012 0.096
#> SRR934720     1  0.3109    0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934721     4  0.7125    0.16572 0.016 0.000 0.252 0.396 0.336
#> SRR934722     5  0.2813    0.57054 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934723     1  0.4829    0.44889 0.496 0.000 0.020 0.484 0.000
#> SRR934724     5  0.4989    0.34891 0.000 0.000 0.056 0.296 0.648
#> SRR934725     5  0.4218    0.28654 0.000 0.000 0.008 0.332 0.660
#> SRR934726     5  0.7850    0.09908 0.232 0.004 0.092 0.208 0.464
#> SRR934727     4  0.3395    0.24300 0.236 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR934728     4  0.3366    0.57404 0.000 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR934729     5  0.6006    0.15154 0.000 0.356 0.124 0.000 0.520
#> SRR934730     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     5  0.4700    0.50595 0.000 0.000 0.088 0.184 0.728
#> SRR934732     2  0.5250    0.10595 0.000 0.536 0.416 0.000 0.048
#> SRR934733     4  0.6392    0.14011 0.356 0.000 0.000 0.468 0.176
#> SRR934734     1  0.3109    0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934735     4  0.4015   -0.04638 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR934736     1  0.4798    0.52850 0.540 0.000 0.020 0.440 0.000
#> SRR934737     2  0.0609    0.84792 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934738     5  0.5441    0.00357 0.044 0.000 0.008 0.412 0.536
#> SRR934740     1  0.3109    0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934739     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     5  0.6037    0.05885 0.000 0.392 0.120 0.000 0.488
#> SRR934742     4  0.5531   -0.21555 0.432 0.000 0.056 0.508 0.004
#> SRR934743     1  0.5613    0.25422 0.520 0.000 0.064 0.412 0.004
#> SRR934744     3  0.2408    0.70176 0.004 0.000 0.892 0.008 0.096
#> SRR934745     1  0.8336    0.08613 0.464 0.112 0.068 0.080 0.276
#> SRR934746     2  0.3800    0.74106 0.000 0.812 0.108 0.000 0.080
#> SRR934747     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.3063    0.67123 0.004 0.000 0.864 0.036 0.096
#> SRR934750     2  0.5719    0.46133 0.000 0.596 0.120 0.000 0.284
#> SRR934749     4  0.7149    0.24038 0.020 0.000 0.248 0.424 0.308
#> SRR934751     4  0.4298    0.37388 0.184 0.000 0.060 0.756 0.000
#> SRR934752     5  0.4244    0.38556 0.016 0.000 0.004 0.268 0.712
#> SRR934753     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     5  0.4341    0.11192 0.000 0.000 0.004 0.404 0.592
#> SRR934755     3  0.2493    0.71521 0.024 0.028 0.916 0.012 0.020
#> SRR934756     4  0.3424    0.23509 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR934757     5  0.6587    0.22420 0.012 0.000 0.344 0.156 0.488
#> SRR934758     4  0.2929    0.35726 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR934759     1  0.3109    0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934760     2  0.4616    0.50601 0.000 0.676 0.288 0.000 0.036
#> SRR934761     3  0.3707    0.71458 0.008 0.108 0.828 0.000 0.056
#> SRR934762     5  0.4403    0.03037 0.000 0.000 0.004 0.436 0.560
#> SRR934763     5  0.3535    0.54740 0.000 0.000 0.028 0.164 0.808
#> SRR934764     4  0.4273    0.26809 0.000 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR934765     4  0.5766    0.30477 0.220 0.000 0.164 0.616 0.000
#> SRR934766     4  0.3003    0.58428 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR934767     1  0.3109    0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934768     4  0.4126   -0.15153 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR934769     5  0.2891    0.56645 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR934770     4  0.0703    0.52468 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR934772     5  0.7095    0.22223 0.064 0.324 0.092 0.008 0.512
#> SRR934771     4  0.7269    0.32597 0.036 0.000 0.232 0.460 0.272
#> SRR934773     1  0.3109    0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934774     3  0.5827    0.23078 0.016 0.004 0.552 0.052 0.376
#> SRR934775     4  0.6428    0.54528 0.096 0.000 0.064 0.616 0.224
#> SRR934776     5  0.2228    0.62780 0.000 0.000 0.040 0.048 0.912
#> SRR934777     4  0.3612    0.56368 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR934778     5  0.1405    0.62843 0.020 0.000 0.016 0.008 0.956
#> SRR934779     1  0.3534    0.72206 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR934780     5  0.3612    0.53163 0.000 0.000 0.228 0.008 0.764
#> SRR934781     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.3532    0.74921 0.000 0.832 0.092 0.000 0.076
#> SRR934783     5  0.4498    0.38576 0.000 0.000 0.032 0.280 0.688
#> SRR934784     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     4  0.0609    0.52724 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934787     4  0.4197    0.34308 0.244 0.000 0.028 0.728 0.000
#> SRR934788     4  0.0609    0.52724 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934789     4  0.3074    0.58446 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR934790     3  0.2029    0.69568 0.028 0.008 0.932 0.028 0.004
#> SRR934791     4  0.3242    0.58216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR934792     3  0.6274    0.48889 0.000 0.208 0.536 0.000 0.256
#> SRR934793     1  0.3109    0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934794     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     5  0.4066    0.30210 0.000 0.000 0.004 0.324 0.672
#> SRR934796     4  0.0609    0.52724 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934797     1  0.3109    0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934798     4  0.4278   -0.34573 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR934799     4  0.2929    0.58557 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934800     2  0.1638    0.82092 0.000 0.932 0.064 0.000 0.004
#> SRR934801     2  0.0404    0.84990 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934802     2  0.5109    0.59159 0.000 0.696 0.132 0.000 0.172
#> SRR934803     4  0.5668    0.12603 0.364 0.000 0.076 0.556 0.004
#> SRR934804     3  0.6641    0.19714 0.000 0.368 0.408 0.000 0.224
#> SRR934805     4  0.4088    0.42428 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR934806     4  0.5773    0.30527 0.216 0.000 0.168 0.616 0.000
#> SRR934807     5  0.0794    0.63077 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934809     5  0.4958    0.13489 0.000 0.000 0.032 0.400 0.568
#> SRR934810     5  0.3675    0.51561 0.000 0.000 0.024 0.188 0.788
#> SRR934811     5  0.3152    0.59408 0.064 0.048 0.016 0.000 0.872
#> SRR934808     5  0.3399    0.53384 0.000 0.000 0.020 0.168 0.812
#> SRR934812     1  0.3143    0.75039 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR934813     3  0.4940    0.66272 0.008 0.180 0.724 0.000 0.088
#> SRR934814     5  0.5573    0.23016 0.076 0.000 0.008 0.304 0.612
#> SRR934815     5  0.5221    0.48085 0.028 0.184 0.072 0.000 0.716
#> SRR934816     2  0.0566    0.84999 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR934817     3  0.5086    0.59886 0.004 0.236 0.684 0.000 0.076
#> SRR934818     5  0.1725    0.63546 0.000 0.000 0.044 0.020 0.936
#> SRR934819     4  0.5943    0.53724 0.100 0.000 0.044 0.664 0.192
#> SRR934820     5  0.4015    0.37328 0.004 0.000 0.004 0.284 0.708
#> SRR934821     3  0.4017    0.67103 0.008 0.012 0.776 0.008 0.196
#> SRR934822     4  0.4015   -0.04638 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR934823     4  0.7364    0.33174 0.044 0.000 0.232 0.460 0.264
#> SRR934825     2  0.6254    0.31118 0.000 0.536 0.268 0.000 0.196
#> SRR934826     4  0.3464    0.55319 0.068 0.000 0.000 0.836 0.096
#> SRR934827     3  0.7745    0.31277 0.260 0.008 0.492 0.124 0.116
#> SRR934828     5  0.6010    0.38460 0.116 0.248 0.012 0.004 0.620
#> SRR934829     2  0.4704    0.64426 0.000 0.736 0.152 0.000 0.112
#> SRR934830     5  0.2568    0.60597 0.048 0.032 0.016 0.000 0.904
#> SRR934831     1  0.3109    0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934832     5  0.2747    0.60619 0.048 0.036 0.020 0.000 0.896
#> SRR934833     5  0.1386    0.63559 0.000 0.000 0.032 0.016 0.952
#> SRR934834     1  0.5652    0.24677 0.524 0.000 0.068 0.404 0.004
#> SRR934835     3  0.5334    0.19954 0.000 0.436 0.512 0.000 0.052
#> SRR934836     4  0.0404    0.52368 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR934837     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.2891    0.58583 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR934839     2  0.0162    0.85203 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.5569    0.34635 0.000 0.588 0.320 0.000 0.092
#> SRR934841     1  0.3143    0.75039 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR934842     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     4  0.4560   -0.41900 0.484 0.000 0.008 0.508 0.000
#> SRR934844     4  0.2424    0.58231 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR934845     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.1121    0.83911 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934847     5  0.5211    0.04544 0.000 0.000 0.044 0.432 0.524
#> SRR934848     4  0.3586    0.56662 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR934849     4  0.3274    0.28523 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR934850     4  0.4510   -0.31406 0.432 0.000 0.008 0.560 0.000
#> SRR934851     3  0.4997    0.68291 0.016 0.076 0.748 0.008 0.152
#> SRR934853     5  0.6814    0.26068 0.004 0.000 0.332 0.244 0.420
#> SRR934852     3  0.3910    0.72071 0.036 0.048 0.848 0.020 0.048
#> SRR934854     5  0.2139    0.62517 0.000 0.000 0.032 0.052 0.916
#> SRR934856     4  0.3607    0.57945 0.000 0.000 0.004 0.752 0.244
#> SRR934858     4  0.0000    0.53036 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.2020    0.79450 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.5579    0.44243 0.000 0.620 0.264 0.000 0.116
#> SRR934861     2  0.5406   -0.09336 0.000 0.480 0.464 0.000 0.056
#> SRR934862     2  0.1270    0.83482 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR934863     5  0.3667    0.57217 0.000 0.000 0.048 0.140 0.812
#> SRR934864     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     5  0.3012    0.59699 0.000 0.000 0.036 0.104 0.860
#> SRR934866     2  0.5555    0.52860 0.000 0.640 0.140 0.000 0.220
#> SRR934867     3  0.5351    0.33456 0.000 0.380 0.560 0.000 0.060
#> SRR934868     2  0.5594    0.00231 0.000 0.492 0.436 0.000 0.072
#> SRR934869     3  0.2136    0.71659 0.000 0.000 0.904 0.008 0.088
#> SRR934870     4  0.4294    0.20513 0.000 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR934871     5  0.5046    0.47391 0.000 0.140 0.156 0.000 0.704
#> SRR934872     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.3932    0.72360 0.032 0.072 0.836 0.004 0.056
#> SRR934874     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.3774    0.53165 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR934877     1  0.5542    0.24821 0.500 0.000 0.068 0.432 0.000
#> SRR934878     5  0.3612    0.52944 0.000 0.000 0.228 0.008 0.764
#> SRR934879     3  0.2352    0.70072 0.004 0.000 0.896 0.008 0.092
#> SRR934880     5  0.7157    0.28552 0.020 0.000 0.268 0.284 0.428
#> SRR934881     3  0.5815    0.43109 0.008 0.328 0.576 0.000 0.088
#> SRR934882     3  0.5606    0.41548 0.008 0.340 0.584 0.000 0.068
#> SRR934883     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.5986    0.17506 0.000 0.348 0.124 0.000 0.528
#> SRR934885     5  0.6792    0.01953 0.008 0.376 0.200 0.000 0.416
#> SRR934886     3  0.3961    0.71811 0.020 0.092 0.828 0.004 0.056
#> SRR934887     3  0.3957    0.59031 0.000 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR934888     2  0.4016    0.71395 0.000 0.796 0.092 0.000 0.112
#> SRR934889     5  0.6785   -0.01027 0.004 0.380 0.224 0.000 0.392
#> SRR934890     3  0.2249    0.70124 0.000 0.000 0.896 0.008 0.096
#> SRR934891     5  0.2304    0.62809 0.000 0.000 0.044 0.048 0.908
#> SRR934892     5  0.4562   -0.07557 0.000 0.000 0.492 0.008 0.500
#> SRR934893     3  0.2438    0.72314 0.012 0.032 0.916 0.008 0.032
#> SRR934894     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.2732    0.57634 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR934896     1  0.3109    0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934897     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     5  0.3019    0.62873 0.000 0.000 0.088 0.048 0.864
#> SRR934899     3  0.7011    0.14318 0.008 0.360 0.360 0.000 0.272
#> SRR934900     3  0.1924    0.70860 0.004 0.000 0.924 0.008 0.064
#> SRR934901     5  0.6032    0.07202 0.000 0.388 0.120 0.000 0.492
#> SRR934902     3  0.3494    0.72180 0.012 0.084 0.848 0.000 0.056
#> SRR934903     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     3  0.6711   -0.26664 0.204 0.000 0.396 0.396 0.004
#> SRR934906     5  0.8053   -0.14635 0.136 0.000 0.156 0.344 0.364
#> SRR934907     5  0.2813    0.57054 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934908     5  0.6040    0.10965 0.000 0.372 0.124 0.000 0.504
#> SRR934909     3  0.5558    0.41401 0.004 0.344 0.580 0.000 0.072
#> SRR934910     5  0.6321    0.06165 0.000 0.376 0.160 0.000 0.464
#> SRR934911     2  0.3862    0.72296 0.000 0.808 0.088 0.000 0.104
#> SRR934912     3  0.5512    0.37533 0.004 0.364 0.568 0.000 0.064
#> SRR934913     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.3074    0.58573 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR934915     5  0.4538    0.07555 0.000 0.000 0.452 0.008 0.540
#> SRR934916     1  0.5594    0.25636 0.532 0.000 0.064 0.400 0.004
#> SRR934917     2  0.4622    0.55413 0.000 0.692 0.264 0.000 0.044
#> SRR934918     3  0.2209    0.72753 0.000 0.032 0.912 0.000 0.056
#> SRR934919     5  0.7869    0.02743 0.044 0.348 0.236 0.012 0.360
#> SRR934920     1  0.3109    0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934921     2  0.0703    0.84707 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934922     5  0.2929    0.58353 0.000 0.000 0.152 0.008 0.840
#> SRR934924     1  0.5467    0.51884 0.700 0.000 0.064 0.192 0.044
#> SRR934923     4  0.5406    0.13211 0.360 0.000 0.068 0.572 0.000
#> SRR934925     5  0.2813    0.57054 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934926     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.4226    0.68664 0.000 0.060 0.764 0.000 0.176
#> SRR934928     5  0.5808    0.39831 0.000 0.000 0.160 0.232 0.608
#> SRR934929     5  0.8083    0.05435 0.244 0.008 0.100 0.208 0.440
#> SRR934930     3  0.3699    0.66679 0.008 0.000 0.780 0.008 0.204
#> SRR934931     5  0.2329    0.59503 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR934932     2  0.0162    0.85347 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.5657    0.39101 0.008 0.356 0.568 0.000 0.068
#> SRR934936     5  0.3816    0.42439 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR934933     4  0.5406    0.12965 0.360 0.000 0.068 0.572 0.000
#> SRR934937     3  0.1990    0.70779 0.004 0.000 0.920 0.008 0.068
#> SRR934938     3  0.3561    0.67577 0.008 0.000 0.796 0.008 0.188
#> SRR934939     5  0.4168    0.56280 0.000 0.000 0.200 0.044 0.756
#> SRR934940     5  0.2732    0.57634 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR934941     5  0.2843    0.62925 0.000 0.000 0.076 0.048 0.876
#> SRR934942     5  0.2690    0.57905 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934943     5  0.6218    0.14945 0.000 0.364 0.148 0.000 0.488
#> SRR934944     4  0.7386    0.46079 0.216 0.000 0.072 0.508 0.204
#> SRR934945     1  0.5502    0.51994 0.700 0.000 0.064 0.188 0.048
#> SRR934946     5  0.1331    0.63259 0.000 0.000 0.040 0.008 0.952
#> SRR934947     4  0.0609    0.52724 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934948     3  0.2621    0.69337 0.004 0.000 0.876 0.008 0.112
#> SRR934949     2  0.3037    0.77553 0.000 0.860 0.100 0.000 0.040
#> SRR934950     5  0.2304    0.62809 0.000 0.000 0.044 0.048 0.908
#> SRR934951     4  0.5930    0.53835 0.016 0.000 0.128 0.632 0.224
#> SRR934953     4  0.7000   -0.07493 0.340 0.004 0.256 0.396 0.004
#> SRR934952     2  0.5765    0.43307 0.000 0.580 0.116 0.000 0.304
#> SRR934954     2  0.0162    0.85228 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.3143    0.75039 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR934956     3  0.5961    0.58829 0.008 0.224 0.628 0.004 0.136
#> SRR934957     5  0.4065    0.57738 0.000 0.000 0.180 0.048 0.772
#> SRR934958     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.7079    0.23329 0.016 0.000 0.256 0.428 0.300
#> SRR934960     4  0.3586    0.58138 0.020 0.000 0.000 0.792 0.188
#> SRR934961     2  0.0324    0.85291 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0794    0.84494 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934963     3  0.6831    0.07180 0.284 0.008 0.488 0.216 0.004
#> SRR934964     3  0.3885    0.59444 0.000 0.000 0.724 0.008 0.268
#> SRR934965     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0290    0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.1557    0.71091 0.000 0.000 0.940 0.008 0.052
#> SRR934968     3  0.2237    0.71066 0.004 0.000 0.904 0.008 0.084
#> SRR934969     4  0.3242    0.58028 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR934970     4  0.0510    0.52969 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR934971     3  0.3775    0.71850 0.016 0.092 0.832 0.000 0.060
#> SRR934972     4  0.7855    0.42058 0.136 0.000 0.248 0.460 0.156
#> SRR934973     3  0.1554    0.71633 0.004 0.012 0.952 0.008 0.024
#> SRR934974     3  0.2771    0.69174 0.000 0.000 0.860 0.012 0.128
#> SRR934975     5  0.2903    0.62760 0.000 0.000 0.080 0.048 0.872
#> SRR934976     5  0.6032    0.06857 0.000 0.388 0.120 0.000 0.492
#> SRR934977     4  0.4000    0.35450 0.228 0.000 0.024 0.748 0.000
#> SRR934978     3  0.4336    0.70656 0.012 0.056 0.796 0.008 0.128
#> SRR934979     2  0.4410    0.69176 0.000 0.764 0.112 0.000 0.124
#> SRR934980     1  0.4707    0.57044 0.588 0.000 0.020 0.392 0.000
#> SRR934981     3  0.3875    0.68374 0.008 0.012 0.792 0.008 0.180
#> SRR934982     1  0.4969    0.48738 0.676 0.000 0.056 0.264 0.004
#> SRR934983     4  0.3663    0.27788 0.208 0.000 0.016 0.776 0.000
#> SRR934984     3  0.5423    0.31353 0.000 0.388 0.548 0.000 0.064
#> SRR934985     5  0.1485    0.63574 0.000 0.000 0.032 0.020 0.948
#> SRR934986     4  0.0609    0.52724 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934987     5  0.2813    0.57054 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934988     3  0.3111    0.68712 0.004 0.000 0.840 0.012 0.144
#> SRR934989     1  0.3109    0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934990     3  0.1990    0.70779 0.004 0.000 0.920 0.008 0.068

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.3580     0.6880 0.128 0.000 0.036 0.812 0.000 0.024
#> SRR934718     1  0.5051     0.7873 0.596 0.000 0.000 0.300 0.000 0.104
#> SRR934719     3  0.1585     0.7382 0.012 0.000 0.940 0.000 0.012 0.036
#> SRR934720     6  0.1267     0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934721     4  0.5489     0.5012 0.052 0.000 0.340 0.568 0.004 0.036
#> SRR934722     5  0.3797     0.5154 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692 0.000
#> SRR934723     1  0.5327     0.7605 0.596 0.000 0.000 0.208 0.000 0.196
#> SRR934724     4  0.4538     0.6714 0.000 0.000 0.144 0.728 0.116 0.012
#> SRR934725     4  0.3756     0.7000 0.000 0.000 0.012 0.788 0.152 0.048
#> SRR934726     4  0.5609     0.6427 0.120 0.000 0.080 0.688 0.096 0.016
#> SRR934727     1  0.5346     0.7772 0.584 0.000 0.000 0.252 0.000 0.164
#> SRR934728     4  0.0547     0.7042 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934729     5  0.2859     0.6116 0.000 0.156 0.016 0.000 0.828 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.5034     0.6260 0.000 0.000 0.172 0.672 0.144 0.012
#> SRR934732     2  0.6465     0.0404 0.112 0.428 0.392 0.000 0.068 0.000
#> SRR934733     4  0.5304     0.1697 0.216 0.000 0.000 0.624 0.008 0.152
#> SRR934734     6  0.1267     0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934735     1  0.5346     0.7772 0.584 0.000 0.000 0.252 0.000 0.164
#> SRR934736     1  0.5228     0.7636 0.612 0.000 0.000 0.196 0.000 0.192
#> SRR934737     2  0.2506     0.8456 0.068 0.880 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR934738     4  0.3240     0.6591 0.000 0.000 0.008 0.820 0.028 0.144
#> SRR934740     6  0.1267     0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934739     2  0.0790     0.8597 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     5  0.3284     0.5550 0.032 0.168 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR934742     1  0.4145     0.7588 0.724 0.000 0.004 0.220 0.000 0.052
#> SRR934743     1  0.2958     0.7222 0.860 0.000 0.004 0.096 0.012 0.028
#> SRR934744     3  0.2078     0.7332 0.012 0.000 0.916 0.000 0.032 0.040
#> SRR934745     5  0.7392     0.3309 0.336 0.060 0.032 0.108 0.444 0.020
#> SRR934746     2  0.5472     0.6786 0.096 0.668 0.072 0.000 0.164 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.1894     0.7383 0.012 0.000 0.928 0.004 0.016 0.040
#> SRR934750     2  0.4534     0.2863 0.032 0.496 0.000 0.000 0.472 0.000
#> SRR934749     4  0.5333     0.5392 0.056 0.000 0.316 0.592 0.000 0.036
#> SRR934751     1  0.3559     0.7590 0.744 0.000 0.004 0.240 0.000 0.012
#> SRR934752     4  0.2446     0.7204 0.000 0.000 0.000 0.864 0.124 0.012
#> SRR934753     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.2762     0.6948 0.000 0.000 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR934755     3  0.4887     0.7273 0.084 0.060 0.760 0.000 0.056 0.040
#> SRR934756     1  0.5346     0.7772 0.584 0.000 0.000 0.252 0.000 0.164
#> SRR934757     4  0.6072     0.4733 0.028 0.000 0.324 0.544 0.080 0.024
#> SRR934758     1  0.5346     0.7772 0.584 0.000 0.000 0.252 0.000 0.164
#> SRR934759     6  0.1267     0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934760     2  0.4984     0.7483 0.112 0.720 0.104 0.000 0.064 0.000
#> SRR934761     3  0.4483     0.7307 0.060 0.064 0.784 0.000 0.072 0.020
#> SRR934762     4  0.2923     0.6766 0.000 0.000 0.000 0.848 0.052 0.100
#> SRR934763     4  0.4526     0.5966 0.000 0.000 0.080 0.676 0.244 0.000
#> SRR934764     4  0.2437     0.7005 0.000 0.000 0.004 0.888 0.036 0.072
#> SRR934765     1  0.3551     0.7382 0.804 0.000 0.040 0.144 0.000 0.012
#> SRR934766     4  0.0508     0.7043 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR934767     6  0.1267     0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934768     1  0.5356     0.7753 0.584 0.000 0.000 0.248 0.000 0.168
#> SRR934769     5  0.3915     0.5194 0.004 0.000 0.288 0.016 0.692 0.000
#> SRR934770     1  0.5164     0.7839 0.584 0.000 0.000 0.300 0.000 0.116
#> SRR934772     5  0.5623     0.6139 0.036 0.152 0.068 0.056 0.688 0.000
#> SRR934771     4  0.5310     0.5621 0.060 0.000 0.296 0.608 0.000 0.036
#> SRR934773     6  0.1267     0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934774     3  0.4272     0.6749 0.016 0.000 0.788 0.088 0.084 0.024
#> SRR934775     4  0.3292     0.6971 0.108 0.000 0.032 0.836 0.000 0.024
#> SRR934776     5  0.5011     0.0445 0.000 0.000 0.072 0.420 0.508 0.000
#> SRR934777     4  0.0520     0.7072 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR934778     5  0.4540     0.3867 0.008 0.000 0.040 0.308 0.644 0.000
#> SRR934779     6  0.2308     0.9371 0.040 0.000 0.000 0.068 0.000 0.892
#> SRR934780     5  0.4500     0.3684 0.008 0.000 0.376 0.024 0.592 0.000
#> SRR934781     2  0.0858     0.8616 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004 0.000
#> SRR934782     2  0.3113     0.8298 0.048 0.844 0.008 0.000 0.100 0.000
#> SRR934783     4  0.5387     0.5654 0.000 0.000 0.196 0.616 0.180 0.008
#> SRR934784     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0260     0.8642 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934786     1  0.5127     0.7853 0.588 0.000 0.000 0.300 0.000 0.112
#> SRR934787     1  0.3046     0.7619 0.800 0.000 0.000 0.188 0.000 0.012
#> SRR934788     1  0.5119     0.7834 0.584 0.000 0.000 0.308 0.000 0.108
#> SRR934789     4  0.0508     0.7043 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR934790     3  0.4816     0.7269 0.088 0.060 0.764 0.000 0.048 0.040
#> SRR934791     4  0.0508     0.7043 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR934792     3  0.4044     0.6678 0.028 0.016 0.752 0.004 0.200 0.000
#> SRR934793     6  0.1267     0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934794     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.3375     0.7043 0.000 0.000 0.000 0.816 0.096 0.088
#> SRR934796     1  0.5127     0.7853 0.588 0.000 0.000 0.300 0.000 0.112
#> SRR934797     6  0.1267     0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934798     1  0.5492     0.7602 0.564 0.000 0.000 0.244 0.000 0.192
#> SRR934799     4  0.0993     0.6933 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR934800     2  0.2506     0.8469 0.068 0.880 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR934801     2  0.2237     0.8518 0.068 0.896 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR934802     2  0.4339     0.7122 0.036 0.728 0.028 0.000 0.208 0.000
#> SRR934803     1  0.2950     0.7160 0.864 0.000 0.004 0.088 0.016 0.028
#> SRR934804     3  0.6084     0.2740 0.016 0.172 0.472 0.000 0.340 0.000
#> SRR934805     4  0.0622     0.7158 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR934806     1  0.5035     0.6535 0.688 0.000 0.124 0.164 0.000 0.024
#> SRR934807     5  0.3588     0.5792 0.000 0.000 0.060 0.152 0.788 0.000
#> SRR934809     4  0.3488     0.7101 0.000 0.000 0.060 0.820 0.108 0.012
#> SRR934810     4  0.3755     0.6387 0.000 0.000 0.036 0.744 0.220 0.000
#> SRR934811     5  0.4208     0.6214 0.020 0.048 0.028 0.112 0.792 0.000
#> SRR934808     4  0.3555     0.6604 0.000 0.000 0.040 0.776 0.184 0.000
#> SRR934812     6  0.1556     0.9726 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR934813     3  0.5125     0.6947 0.084 0.100 0.728 0.000 0.076 0.012
#> SRR934814     4  0.3904     0.6934 0.000 0.000 0.008 0.784 0.096 0.112
#> SRR934815     5  0.4650     0.6406 0.020 0.144 0.028 0.056 0.752 0.000
#> SRR934816     2  0.1921     0.8560 0.052 0.916 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR934817     3  0.5695     0.6517 0.112 0.132 0.664 0.000 0.088 0.004
#> SRR934818     5  0.4638     0.3943 0.000 0.000 0.068 0.296 0.636 0.000
#> SRR934819     4  0.1946     0.7004 0.072 0.000 0.004 0.912 0.000 0.012
#> SRR934820     4  0.2234     0.7186 0.000 0.000 0.004 0.872 0.124 0.000
#> SRR934821     3  0.2382     0.7435 0.008 0.000 0.896 0.004 0.072 0.020
#> SRR934822     1  0.5356     0.7753 0.584 0.000 0.000 0.248 0.000 0.168
#> SRR934823     4  0.5448     0.5164 0.064 0.000 0.320 0.580 0.000 0.036
#> SRR934825     2  0.6897    -0.0640 0.048 0.336 0.332 0.000 0.284 0.000
#> SRR934826     1  0.5720     0.5866 0.436 0.000 0.000 0.400 0.000 0.164
#> SRR934827     3  0.6115     0.5506 0.196 0.000 0.628 0.084 0.064 0.028
#> SRR934828     5  0.5470     0.6303 0.068 0.132 0.020 0.080 0.700 0.000
#> SRR934829     2  0.4099     0.8021 0.056 0.792 0.060 0.000 0.092 0.000
#> SRR934830     5  0.4472     0.6205 0.020 0.060 0.028 0.120 0.772 0.000
#> SRR934831     6  0.1267     0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934832     5  0.4188     0.6189 0.020 0.044 0.028 0.116 0.792 0.000
#> SRR934833     5  0.4553     0.3521 0.000 0.000 0.052 0.328 0.620 0.000
#> SRR934834     1  0.3109     0.7100 0.860 0.000 0.012 0.084 0.016 0.028
#> SRR934835     3  0.6044     0.5181 0.112 0.236 0.584 0.000 0.068 0.000
#> SRR934836     1  0.5051     0.7873 0.596 0.000 0.000 0.300 0.000 0.104
#> SRR934837     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.1176     0.6886 0.024 0.000 0.000 0.956 0.000 0.020
#> SRR934839     2  0.3019     0.8424 0.080 0.860 0.036 0.000 0.024 0.000
#> SRR934840     2  0.5413     0.7022 0.108 0.680 0.136 0.000 0.076 0.000
#> SRR934841     6  0.1610     0.9683 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR934842     2  0.0146     0.8639 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934843     1  0.5095     0.7643 0.632 0.000 0.000 0.184 0.000 0.184
#> SRR934844     4  0.1838     0.6490 0.068 0.000 0.000 0.916 0.000 0.016
#> SRR934845     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.3520     0.8215 0.108 0.820 0.016 0.000 0.056 0.000
#> SRR934847     4  0.5020     0.5933 0.000 0.000 0.248 0.648 0.092 0.012
#> SRR934848     4  0.0291     0.7084 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR934849     1  0.5240     0.7834 0.584 0.000 0.000 0.284 0.000 0.132
#> SRR934850     1  0.5371     0.7731 0.584 0.000 0.000 0.240 0.000 0.176
#> SRR934851     3  0.3949     0.7082 0.008 0.012 0.780 0.016 0.172 0.012
#> SRR934853     3  0.6030     0.0533 0.004 0.000 0.516 0.344 0.100 0.036
#> SRR934852     3  0.5742     0.6896 0.164 0.092 0.668 0.000 0.052 0.024
#> SRR934854     4  0.4726     0.2747 0.000 0.000 0.048 0.528 0.424 0.000
#> SRR934856     4  0.0520     0.7085 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR934858     1  0.5051     0.7873 0.596 0.000 0.000 0.300 0.000 0.104
#> SRR934859     2  0.4258     0.7921 0.104 0.776 0.080 0.000 0.040 0.000
#> SRR934860     2  0.5981     0.5877 0.112 0.608 0.200 0.000 0.080 0.000
#> SRR934861     3  0.6290     0.3835 0.112 0.296 0.524 0.000 0.068 0.000
#> SRR934862     2  0.2389     0.8482 0.060 0.888 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR934863     4  0.5507     0.4527 0.000 0.000 0.168 0.548 0.284 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.4780     0.3475 0.000 0.000 0.056 0.552 0.392 0.000
#> SRR934866     2  0.5170     0.3789 0.036 0.512 0.028 0.000 0.424 0.000
#> SRR934867     3  0.5933     0.5786 0.100 0.204 0.612 0.000 0.084 0.000
#> SRR934868     2  0.6740     0.0262 0.112 0.420 0.368 0.000 0.100 0.000
#> SRR934869     3  0.1598     0.7552 0.008 0.008 0.940 0.000 0.040 0.004
#> SRR934870     4  0.0458     0.7170 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934871     5  0.2527     0.6369 0.000 0.084 0.032 0.004 0.880 0.000
#> SRR934872     2  0.0713     0.8607 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.4261     0.7430 0.036 0.064 0.796 0.000 0.084 0.020
#> SRR934874     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0291     0.7084 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR934877     1  0.3129     0.7350 0.820 0.000 0.004 0.152 0.000 0.024
#> SRR934878     5  0.4179     0.1041 0.000 0.000 0.472 0.012 0.516 0.000
#> SRR934879     3  0.1657     0.7378 0.012 0.000 0.936 0.000 0.012 0.040
#> SRR934880     3  0.5973     0.3405 0.004 0.000 0.588 0.228 0.144 0.036
#> SRR934881     3  0.5880     0.6347 0.112 0.148 0.656 0.000 0.068 0.016
#> SRR934882     3  0.4840     0.7137 0.052 0.096 0.752 0.000 0.084 0.016
#> SRR934883     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.3172     0.6079 0.012 0.152 0.016 0.000 0.820 0.000
#> SRR934885     5  0.4293     0.5532 0.004 0.164 0.096 0.000 0.736 0.000
#> SRR934886     3  0.4477     0.7400 0.056 0.064 0.784 0.000 0.076 0.020
#> SRR934887     3  0.3354     0.6296 0.004 0.000 0.780 0.004 0.204 0.008
#> SRR934888     2  0.3521     0.7984 0.036 0.804 0.012 0.000 0.148 0.000
#> SRR934889     5  0.4653     0.5258 0.004 0.188 0.112 0.000 0.696 0.000
#> SRR934890     3  0.1616     0.7408 0.012 0.000 0.940 0.000 0.020 0.028
#> SRR934891     4  0.4721     0.2918 0.000 0.000 0.048 0.532 0.420 0.000
#> SRR934892     3  0.3693     0.5288 0.000 0.000 0.708 0.004 0.280 0.008
#> SRR934893     3  0.4239     0.7419 0.052 0.060 0.804 0.000 0.056 0.028
#> SRR934894     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.4307     0.5660 0.000 0.000 0.224 0.072 0.704 0.000
#> SRR934896     6  0.1267     0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934897     2  0.0891     0.8632 0.024 0.968 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934898     5  0.5737     0.2718 0.000 0.000 0.216 0.272 0.512 0.000
#> SRR934899     5  0.5613     0.2543 0.004 0.164 0.284 0.000 0.548 0.000
#> SRR934900     3  0.1922     0.7397 0.012 0.000 0.924 0.000 0.024 0.040
#> SRR934901     5  0.3385     0.5377 0.032 0.180 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR934902     3  0.3331     0.7435 0.004 0.072 0.844 0.000 0.064 0.016
#> SRR934903     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     1  0.6273     0.3319 0.500 0.000 0.300 0.164 0.000 0.036
#> SRR934906     4  0.5599     0.6539 0.092 0.000 0.152 0.684 0.044 0.028
#> SRR934907     5  0.3955     0.5562 0.000 0.004 0.240 0.032 0.724 0.000
#> SRR934908     5  0.3128     0.5859 0.012 0.168 0.008 0.000 0.812 0.000
#> SRR934909     3  0.5030     0.6946 0.064 0.116 0.724 0.000 0.092 0.004
#> SRR934910     5  0.3695     0.5723 0.000 0.164 0.060 0.000 0.776 0.000
#> SRR934911     2  0.3094     0.8080 0.036 0.824 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR934912     3  0.5514     0.6530 0.104 0.136 0.684 0.000 0.068 0.008
#> SRR934913     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.0508     0.7043 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR934915     3  0.4109     0.4449 0.000 0.000 0.648 0.024 0.328 0.000
#> SRR934916     1  0.2950     0.7160 0.864 0.000 0.004 0.088 0.016 0.028
#> SRR934917     2  0.4940     0.7512 0.112 0.724 0.100 0.000 0.064 0.000
#> SRR934918     3  0.2856     0.7491 0.004 0.060 0.868 0.000 0.064 0.004
#> SRR934919     5  0.5258     0.5481 0.032 0.148 0.132 0.004 0.684 0.000
#> SRR934920     6  0.1267     0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934921     2  0.1913     0.8520 0.012 0.908 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR934922     5  0.3970     0.5279 0.000 0.000 0.280 0.028 0.692 0.000
#> SRR934924     1  0.5011     0.3366 0.660 0.000 0.012 0.000 0.104 0.224
#> SRR934923     1  0.2958     0.7222 0.860 0.000 0.004 0.096 0.012 0.028
#> SRR934925     5  0.3998     0.4753 0.004 0.004 0.316 0.008 0.668 0.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.5945     0.6653 0.096 0.092 0.660 0.004 0.136 0.012
#> SRR934928     4  0.5835     0.5523 0.036 0.000 0.276 0.596 0.076 0.016
#> SRR934929     4  0.5462     0.6555 0.128 0.000 0.072 0.704 0.072 0.024
#> SRR934930     3  0.3197     0.6549 0.004 0.000 0.800 0.004 0.184 0.008
#> SRR934931     5  0.4240     0.5946 0.000 0.000 0.140 0.124 0.736 0.000
#> SRR934932     2  0.0458     0.8642 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.5891     0.6131 0.108 0.172 0.644 0.000 0.064 0.012
#> SRR934936     3  0.4256     0.2303 0.012 0.000 0.564 0.004 0.420 0.000
#> SRR934933     1  0.3124     0.7344 0.828 0.000 0.008 0.140 0.000 0.024
#> SRR934937     3  0.1657     0.7378 0.012 0.000 0.936 0.000 0.012 0.040
#> SRR934938     3  0.2319     0.7400 0.008 0.000 0.904 0.008 0.060 0.020
#> SRR934939     3  0.5685    -0.0794 0.000 0.000 0.472 0.124 0.396 0.008
#> SRR934940     5  0.3936     0.5337 0.004 0.000 0.276 0.020 0.700 0.000
#> SRR934941     4  0.5027     0.1916 0.000 0.000 0.072 0.488 0.440 0.000
#> SRR934942     5  0.3855     0.5378 0.000 0.000 0.272 0.024 0.704 0.000
#> SRR934943     5  0.4441     0.5583 0.028 0.204 0.044 0.000 0.724 0.000
#> SRR934944     4  0.4153     0.6498 0.176 0.000 0.044 0.756 0.000 0.024
#> SRR934945     1  0.5011     0.3366 0.660 0.000 0.012 0.000 0.104 0.224
#> SRR934946     5  0.4291     0.4622 0.000 0.000 0.052 0.268 0.680 0.000
#> SRR934947     1  0.5112     0.7875 0.592 0.000 0.000 0.296 0.000 0.112
#> SRR934948     3  0.3307     0.6573 0.012 0.000 0.828 0.000 0.120 0.040
#> SRR934949     2  0.3337     0.8219 0.108 0.824 0.004 0.000 0.064 0.000
#> SRR934950     4  0.4991     0.3005 0.000 0.000 0.072 0.524 0.404 0.000
#> SRR934951     4  0.4922     0.6332 0.112 0.000 0.140 0.712 0.000 0.036
#> SRR934953     1  0.3688     0.7073 0.832 0.000 0.032 0.084 0.024 0.028
#> SRR934952     5  0.4532    -0.2416 0.032 0.468 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR934954     2  0.2358     0.8554 0.056 0.900 0.016 0.000 0.028 0.000
#> SRR934955     6  0.1610     0.9683 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR934956     3  0.3899     0.7326 0.024 0.040 0.800 0.000 0.128 0.008
#> SRR934957     5  0.5544     0.3237 0.000 0.000 0.356 0.144 0.500 0.000
#> SRR934958     2  0.1082     0.8567 0.004 0.956 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.5451     0.4654 0.056 0.000 0.356 0.552 0.000 0.036
#> SRR934960     4  0.2558     0.6089 0.004 0.000 0.000 0.840 0.000 0.156
#> SRR934961     2  0.1074     0.8627 0.028 0.960 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934962     2  0.1716     0.8536 0.004 0.932 0.028 0.000 0.036 0.000
#> SRR934963     1  0.4153     0.6090 0.800 0.000 0.048 0.024 0.100 0.028
#> SRR934964     3  0.2784     0.7128 0.000 0.000 0.848 0.012 0.132 0.008
#> SRR934965     2  0.0363     0.8631 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.1116     0.7525 0.008 0.000 0.960 0.000 0.028 0.004
#> SRR934968     3  0.1750     0.7388 0.012 0.000 0.932 0.000 0.016 0.040
#> SRR934969     4  0.0508     0.7058 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR934970     1  0.4530     0.7594 0.600 0.000 0.000 0.356 0.000 0.044
#> SRR934971     3  0.3471     0.7434 0.004 0.064 0.836 0.000 0.076 0.020
#> SRR934972     4  0.6529     0.3183 0.204 0.000 0.320 0.440 0.000 0.036
#> SRR934973     3  0.3131     0.7490 0.036 0.012 0.868 0.000 0.048 0.036
#> SRR934974     3  0.1299     0.7422 0.004 0.000 0.952 0.004 0.036 0.004
#> SRR934975     4  0.4851     0.3129 0.000 0.000 0.060 0.536 0.404 0.000
#> SRR934976     5  0.3317     0.5827 0.012 0.168 0.016 0.000 0.804 0.000
#> SRR934977     1  0.3368     0.7712 0.756 0.000 0.000 0.232 0.000 0.012
#> SRR934978     3  0.2912     0.7431 0.008 0.008 0.856 0.000 0.112 0.016
#> SRR934979     2  0.5304     0.7030 0.072 0.680 0.076 0.000 0.172 0.000
#> SRR934980     1  0.5527     0.4259 0.460 0.000 0.000 0.132 0.000 0.408
#> SRR934981     3  0.2988     0.7339 0.008 0.004 0.852 0.004 0.116 0.016
#> SRR934982     1  0.3182     0.7171 0.852 0.000 0.004 0.084 0.016 0.044
#> SRR934983     1  0.5451     0.7793 0.584 0.000 0.004 0.252 0.000 0.160
#> SRR934984     3  0.6287     0.3826 0.108 0.292 0.528 0.000 0.072 0.000
#> SRR934985     5  0.4862     0.0405 0.004 0.000 0.048 0.428 0.520 0.000
#> SRR934986     1  0.5164     0.7839 0.584 0.000 0.000 0.300 0.000 0.116
#> SRR934987     5  0.3936     0.5327 0.004 0.000 0.276 0.020 0.700 0.000
#> SRR934988     3  0.1914     0.7431 0.012 0.000 0.928 0.008 0.040 0.012
#> SRR934989     6  0.1267     0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934990     3  0.1657     0.7378 0.012 0.000 0.936 0.000 0.012 0.040

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


MAD:NMF*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk MAD-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk MAD-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.992           0.962       0.984         0.4963 0.502   0.502
#> 3 3 0.915           0.910       0.959         0.3368 0.740   0.527
#> 4 4 0.780           0.805       0.910         0.1158 0.849   0.593
#> 5 5 0.897           0.873       0.933         0.0549 0.853   0.529
#> 6 6 0.781           0.718       0.865         0.0431 0.890   0.571

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934719     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934722     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934723     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934724     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934725     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934731     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934733     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934742     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934744     1  0.4298     0.8993 0.912 0.088
#> SRR934745     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934750     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934755     2  0.4431     0.8908 0.092 0.908
#> SRR934756     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934757     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934758     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934766     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.8813     0.5933 0.300 0.700
#> SRR934771     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934774     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934775     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934776     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934778     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934779     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934780     2  0.9998     0.0672 0.492 0.508
#> SRR934781     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934790     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934791     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934807     2  0.5946     0.8318 0.144 0.856
#> SRR934809     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934810     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934811     2  0.1414     0.9582 0.020 0.980
#> SRR934808     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934815     2  0.4298     0.8946 0.088 0.912
#> SRR934816     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934818     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934819     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934821     2  0.8661     0.6142 0.288 0.712
#> SRR934822     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934827     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934828     1  0.3114     0.9357 0.944 0.056
#> SRR934829     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934830     2  0.8661     0.6158 0.288 0.712
#> SRR934831     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934832     2  0.2043     0.9480 0.032 0.968
#> SRR934833     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934834     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934851     1  0.9983     0.0462 0.524 0.476
#> SRR934853     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934854     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934856     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934869     1  0.1633     0.9685 0.976 0.024
#> SRR934870     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934871     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934872     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934873     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934878     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934879     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934880     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934881     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934882     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934885     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934886     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934887     2  0.1633     0.9549 0.024 0.976
#> SRR934888     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934890     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934891     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934892     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934893     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934898     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934899     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934900     2  0.5059     0.8691 0.112 0.888
#> SRR934901     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934902     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934906     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934907     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934908     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934915     2  0.9833     0.2954 0.424 0.576
#> SRR934916     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934919     2  0.8443     0.6447 0.272 0.728
#> SRR934920     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934922     2  0.0376     0.9709 0.004 0.996
#> SRR934924     1  0.2948     0.9399 0.948 0.052
#> SRR934923     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934928     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934929     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934930     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934931     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934936     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934933     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934937     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934938     2  0.0672     0.9679 0.008 0.992
#> SRR934939     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934940     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934941     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934942     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934943     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934945     2  0.7139     0.7631 0.196 0.804
#> SRR934946     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934947     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934948     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934950     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934951     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934956     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934957     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934959     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934960     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934963     1  0.6531     0.7946 0.832 0.168
#> SRR934964     2  0.8713     0.6083 0.292 0.708
#> SRR934965     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934967     1  0.0938     0.9802 0.988 0.012
#> SRR934968     1  0.6148     0.8166 0.848 0.152
#> SRR934969     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934972     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934973     1  0.4815     0.8806 0.896 0.104
#> SRR934974     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934975     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934976     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934978     2  0.2778     0.9336 0.048 0.952
#> SRR934979     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934981     2  0.0938     0.9647 0.012 0.988
#> SRR934982     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934985     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934986     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000     0.9740 0.000 1.000
#> SRR934988     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9912 1.000 0.000
#> SRR934990     1  0.4939     0.8751 0.892 0.108

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     3  0.1529      0.923 0.040 0.000 0.960
#> SRR934718     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934719     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934721     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934722     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934723     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724     3  0.0424      0.936 0.008 0.000 0.992
#> SRR934725     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934726     1  0.5254      0.633 0.736 0.000 0.264
#> SRR934727     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728     3  0.5529      0.621 0.296 0.000 0.704
#> SRR934729     2  0.0237      0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934730     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934731     3  0.0592      0.935 0.012 0.000 0.988
#> SRR934732     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934733     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934739     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934744     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745     1  0.0237      0.959 0.996 0.004 0.000
#> SRR934746     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934750     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934751     1  0.0424      0.960 0.992 0.000 0.008
#> SRR934752     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934754     1  0.2711      0.883 0.912 0.000 0.088
#> SRR934755     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934758     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934761     2  0.1411      0.946 0.000 0.964 0.036
#> SRR934762     1  0.1529      0.931 0.960 0.000 0.040
#> SRR934763     3  0.1031      0.931 0.024 0.000 0.976
#> SRR934764     1  0.5058      0.660 0.756 0.000 0.244
#> SRR934765     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934766     3  0.2165      0.907 0.064 0.000 0.936
#> SRR934767     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934768     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934769     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934772     1  0.6299      0.102 0.524 0.476 0.000
#> SRR934771     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934773     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934775     3  0.1753      0.918 0.048 0.000 0.952
#> SRR934776     3  0.2945      0.887 0.088 0.004 0.908
#> SRR934777     3  0.1031      0.931 0.024 0.000 0.976
#> SRR934778     1  0.0237      0.959 0.996 0.004 0.000
#> SRR934779     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934780     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934781     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934782     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783     3  0.0424      0.936 0.008 0.000 0.992
#> SRR934784     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934787     1  0.0424      0.960 0.992 0.000 0.008
#> SRR934788     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934789     3  0.2165      0.907 0.064 0.000 0.936
#> SRR934790     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791     3  0.5397      0.650 0.280 0.000 0.720
#> SRR934792     2  0.0592      0.965 0.000 0.988 0.012
#> SRR934793     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934794     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934797     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934798     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934799     3  0.1163      0.929 0.028 0.000 0.972
#> SRR934800     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934804     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934805     3  0.1031      0.931 0.024 0.000 0.976
#> SRR934806     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934807     2  0.5465      0.586 0.288 0.712 0.000
#> SRR934809     3  0.0592      0.935 0.012 0.000 0.988
#> SRR934810     3  0.5988      0.478 0.368 0.000 0.632
#> SRR934811     1  0.6008      0.415 0.628 0.372 0.000
#> SRR934808     3  0.2066      0.910 0.060 0.000 0.940
#> SRR934812     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934813     2  0.1529      0.942 0.000 0.960 0.040
#> SRR934814     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934815     2  0.5465      0.581 0.288 0.712 0.000
#> SRR934816     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934818     3  0.1919      0.924 0.020 0.024 0.956
#> SRR934819     1  0.0892      0.952 0.980 0.000 0.020
#> SRR934820     1  0.1031      0.946 0.976 0.000 0.024
#> SRR934821     3  0.1411      0.914 0.000 0.036 0.964
#> SRR934822     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934823     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934825     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827     1  0.9088      0.050 0.464 0.140 0.396
#> SRR934828     1  0.0237      0.959 0.996 0.004 0.000
#> SRR934829     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830     1  0.0892      0.947 0.980 0.020 0.000
#> SRR934831     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934832     1  0.4887      0.702 0.772 0.228 0.000
#> SRR934833     1  0.0237      0.959 0.996 0.004 0.000
#> SRR934834     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934835     2  0.0592      0.965 0.000 0.988 0.012
#> SRR934836     1  0.0747      0.955 0.984 0.000 0.016
#> SRR934837     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     3  0.3192      0.866 0.112 0.000 0.888
#> SRR934839     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934840     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934841     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934842     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844     3  0.2537      0.895 0.080 0.000 0.920
#> SRR934845     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934847     3  0.0424      0.936 0.008 0.000 0.992
#> SRR934848     3  0.1753      0.918 0.048 0.000 0.952
#> SRR934849     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934850     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851     2  0.8705      0.236 0.116 0.524 0.360
#> SRR934853     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934852     2  0.0424      0.967 0.000 0.992 0.008
#> SRR934854     1  0.1289      0.940 0.968 0.000 0.032
#> SRR934856     3  0.1643      0.921 0.044 0.000 0.956
#> SRR934858     1  0.0892      0.952 0.980 0.000 0.020
#> SRR934859     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934860     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934862     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863     3  0.0592      0.935 0.012 0.000 0.988
#> SRR934864     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     3  0.1643      0.923 0.044 0.000 0.956
#> SRR934866     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934868     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934869     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870     3  0.2261      0.904 0.068 0.000 0.932
#> SRR934871     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934872     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     2  0.4452      0.753 0.000 0.808 0.192
#> SRR934874     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     3  0.1031      0.931 0.024 0.000 0.976
#> SRR934877     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.5882      0.483 0.000 0.348 0.652
#> SRR934879     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934881     2  0.0892      0.959 0.000 0.980 0.020
#> SRR934882     2  0.0592      0.965 0.000 0.988 0.012
#> SRR934883     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0237      0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934885     2  0.0237      0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934886     2  0.1163      0.953 0.000 0.972 0.028
#> SRR934887     3  0.0237      0.933 0.000 0.004 0.996
#> SRR934888     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0237      0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934890     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891     3  0.1529      0.925 0.040 0.000 0.960
#> SRR934892     3  0.0237      0.933 0.000 0.004 0.996
#> SRR934893     3  0.0237      0.933 0.000 0.004 0.996
#> SRR934894     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934896     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0592      0.935 0.012 0.000 0.988
#> SRR934899     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934900     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902     3  0.4974      0.695 0.000 0.236 0.764
#> SRR934903     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934906     3  0.0747      0.934 0.016 0.000 0.984
#> SRR934907     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934908     2  0.0237      0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934909     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934910     2  0.0237      0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934911     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     2  0.0592      0.965 0.000 0.988 0.012
#> SRR934913     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     3  0.5882      0.516 0.348 0.000 0.652
#> SRR934915     3  0.5109      0.728 0.008 0.212 0.780
#> SRR934916     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934918     3  0.0424      0.932 0.000 0.008 0.992
#> SRR934919     2  0.5650      0.535 0.312 0.688 0.000
#> SRR934920     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934921     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     2  0.6307     -0.020 0.000 0.512 0.488
#> SRR934924     1  0.0237      0.959 0.996 0.004 0.000
#> SRR934923     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934925     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934926     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     2  0.0892      0.959 0.000 0.980 0.020
#> SRR934928     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934929     1  0.3482      0.834 0.872 0.000 0.128
#> SRR934930     3  0.4452      0.758 0.000 0.192 0.808
#> SRR934931     2  0.0237      0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934932     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934934     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934935     2  0.0892      0.959 0.000 0.980 0.020
#> SRR934936     3  0.5988      0.434 0.000 0.368 0.632
#> SRR934933     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934937     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938     3  0.1031      0.922 0.000 0.024 0.976
#> SRR934939     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934940     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934941     3  0.5327      0.663 0.272 0.000 0.728
#> SRR934942     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934943     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944     3  0.1163      0.929 0.028 0.000 0.972
#> SRR934945     1  0.0892      0.946 0.980 0.020 0.000
#> SRR934946     2  0.9333      0.317 0.268 0.516 0.216
#> SRR934947     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934948     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934950     3  0.0892      0.934 0.020 0.000 0.980
#> SRR934951     3  0.0892      0.932 0.020 0.000 0.980
#> SRR934953     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934952     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934956     2  0.0892      0.959 0.000 0.980 0.020
#> SRR934957     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934958     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934959     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934960     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934961     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934963     1  0.3340      0.845 0.880 0.120 0.000
#> SRR934964     3  0.4235      0.778 0.000 0.176 0.824
#> SRR934965     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934966     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969     3  0.4605      0.759 0.204 0.000 0.796
#> SRR934970     1  0.1411      0.938 0.964 0.000 0.036
#> SRR934971     2  0.0892      0.959 0.000 0.980 0.020
#> SRR934972     3  0.0237      0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934973     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975     3  0.5785      0.554 0.332 0.000 0.668
#> SRR934976     2  0.0237      0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934977     1  0.1031      0.949 0.976 0.000 0.024
#> SRR934978     2  0.3752      0.828 0.000 0.856 0.144
#> SRR934979     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.5058      0.683 0.000 0.244 0.756
#> SRR934982     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0237      0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934985     1  0.0983      0.953 0.980 0.004 0.016
#> SRR934986     1  0.0237      0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934987     2  0.0000      0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934988     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000      0.935 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     3  0.3948     0.7813 0.036 0.000 0.828 0.136
#> SRR934718     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.0188     0.8310 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934720     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     3  0.1118     0.8292 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR934722     2  0.4331     0.5490 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934723     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     3  0.4008     0.7184 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR934725     4  0.0188     0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934726     4  0.4789     0.6690 0.172 0.000 0.056 0.772
#> SRR934727     1  0.4193     0.6152 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934728     4  0.4977    -0.0847 0.000 0.000 0.460 0.540
#> SRR934729     4  0.3873     0.6614 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR934730     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     3  0.3907     0.7289 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR934732     2  0.0817     0.9330 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934733     4  0.0188     0.8239 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934734     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.2216     0.8585 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR934736     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738     4  0.0188     0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934740     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.2589     0.8326 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR934742     1  0.4999     0.0545 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR934743     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0000     0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934745     4  0.0707     0.8194 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934746     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.0188     0.8310 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934750     2  0.0188     0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934749     3  0.1474     0.8253 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934751     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.0188     0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934753     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0188     0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934755     3  0.2973     0.7126 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR934756     4  0.4431     0.5031 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR934757     3  0.0817     0.8313 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934758     1  0.4331     0.5801 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR934759     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0336     0.9431 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934761     2  0.4250     0.6635 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR934762     4  0.0188     0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934763     4  0.3610     0.6392 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR934764     4  0.1022     0.8088 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR934765     1  0.4804     0.4051 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR934766     3  0.4356     0.6631 0.000 0.000 0.708 0.292
#> SRR934767     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0188     0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934770     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     4  0.3219     0.7173 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR934771     3  0.0707     0.8317 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934773     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0336     0.8313 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934775     3  0.4193     0.6926 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR934776     4  0.0000     0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777     3  0.3873     0.7320 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR934778     4  0.0000     0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.3219     0.7785 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR934781     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783     3  0.4454     0.6410 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR934784     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788     1  0.7349     0.2870 0.528 0.000 0.236 0.236
#> SRR934789     3  0.4855     0.4728 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR934790     3  0.0188     0.8288 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934791     3  0.4898     0.4415 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR934792     2  0.0188     0.9450 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.0188     0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934796     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     3  0.3982     0.7369 0.004 0.000 0.776 0.220
#> SRR934800     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0188     0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934803     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0188     0.9450 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934805     3  0.4500     0.6293 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR934806     3  0.2345     0.7791 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR934807     4  0.0188     0.8239 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934809     3  0.4277     0.6785 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR934810     4  0.0188     0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934811     4  0.1022     0.8137 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR934808     4  0.3266     0.6808 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934812     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     2  0.4304     0.6508 0.000 0.716 0.284 0.000
#> SRR934814     4  0.0188     0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934815     4  0.1389     0.8045 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR934816     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.0707     0.9357 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934818     4  0.2973     0.7078 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934819     4  0.4374     0.7087 0.120 0.000 0.068 0.812
#> SRR934820     4  0.0188     0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934821     3  0.3123     0.6997 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR934822     1  0.0921     0.9217 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934823     3  0.0707     0.8317 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934825     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826     4  0.1109     0.8127 0.028 0.000 0.004 0.968
#> SRR934827     1  0.6608     0.5404 0.628 0.168 0.204 0.000
#> SRR934828     4  0.0817     0.8177 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR934829     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     4  0.0469     0.8221 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934831     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     4  0.0817     0.8177 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR934833     4  0.0000     0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.1474     0.9127 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     3  0.4567     0.7097 0.016 0.000 0.740 0.244
#> SRR934839     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     4  0.4746     0.3637 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR934844     3  0.4635     0.7287 0.028 0.000 0.756 0.216
#> SRR934845     2  0.0188     0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934846     2  0.0188     0.9450 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934847     3  0.3726     0.7449 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934848     3  0.4679     0.5702 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR934849     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.6523     0.4862 0.000 0.208 0.636 0.156
#> SRR934853     3  0.0707     0.8317 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934852     2  0.2408     0.8703 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR934854     4  0.0000     0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934856     3  0.4008     0.7174 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR934858     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0188     0.9450 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0469     0.9408 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934862     2  0.0188     0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934863     4  0.4925     0.0592 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934864     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.0188     0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934866     2  0.0188     0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934867     2  0.0336     0.9431 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869     3  0.0000     0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934870     4  0.4103     0.5417 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR934871     2  0.4866     0.2340 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR934872     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873     2  0.4331     0.6430 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     3  0.4164     0.6970 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR934877     1  0.1118     0.9147 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934878     3  0.5334     0.5408 0.000 0.036 0.680 0.284
#> SRR934879     3  0.0000     0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934880     3  0.0707     0.8317 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934881     2  0.2973     0.8330 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR934882     2  0.2216     0.8812 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     4  0.4277     0.5945 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR934885     2  0.0336     0.9424 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934886     2  0.4103     0.6939 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR934887     3  0.0000     0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934888     2  0.0188     0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934889     2  0.0592     0.9366 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934890     3  0.0000     0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934891     4  0.0188     0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934892     3  0.0000     0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934893     3  0.2081     0.7728 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     4  0.2814     0.7436 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR934896     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0188     0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934898     4  0.3764     0.6142 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR934899     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934900     3  0.0188     0.8288 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934901     2  0.2704     0.8229 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR934902     2  0.4925     0.3444 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     3  0.0000     0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934906     3  0.2216     0.8123 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR934907     4  0.4994     0.1329 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR934908     4  0.4790     0.4097 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR934909     2  0.0336     0.9431 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934910     4  0.4888     0.3323 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR934911     2  0.0188     0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934912     2  0.2647     0.8560 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     3  0.4632     0.6393 0.004 0.000 0.688 0.308
#> SRR934915     3  0.4955     0.2252 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR934916     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.4008     0.5972 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR934919     4  0.6465     0.3098 0.072 0.412 0.000 0.516
#> SRR934920     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0188     0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934922     4  0.0000     0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0188     0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934926     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     2  0.2704     0.8523 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR934928     3  0.0921     0.8307 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934929     4  0.4331     0.4161 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR934930     3  0.3837     0.6215 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR934931     4  0.0469     0.8221 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934932     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     2  0.3074     0.8248 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR934936     2  0.0707     0.9346 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934933     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0000     0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0188     0.8288 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934939     3  0.2469     0.8056 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934940     4  0.4500     0.5663 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934941     4  0.0188     0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934942     4  0.2081     0.7801 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR934943     2  0.1389     0.9079 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR934944     3  0.3355     0.7786 0.004 0.000 0.836 0.160
#> SRR934945     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934946     4  0.0000     0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.3801     0.6927 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR934948     3  0.0000     0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950     4  0.0336     0.8223 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934951     3  0.2530     0.8085 0.004 0.000 0.896 0.100
#> SRR934953     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0592     0.9372 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934954     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     2  0.2589     0.8606 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR934957     3  0.4605     0.5975 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR934958     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     3  0.0707     0.8317 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934960     4  0.4257     0.6797 0.048 0.000 0.140 0.812
#> SRR934961     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0188     0.9450 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934963     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.3569     0.6839 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR934965     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0188     0.8288 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934968     3  0.0000     0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969     3  0.4998     0.2378 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR934970     1  0.0336     0.9383 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934971     2  0.3172     0.8165 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR934972     3  0.0336     0.8313 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934973     3  0.0188     0.8288 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934974     3  0.0188     0.8310 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934975     4  0.0188     0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934976     4  0.4989     0.1583 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR934977     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     2  0.4996     0.1828 0.000 0.516 0.484 0.000
#> SRR934979     2  0.0188     0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934980     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.4040     0.5923 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR934982     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0336     0.9431 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934985     4  0.0000     0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934986     1  0.3052     0.8042 0.860 0.000 0.004 0.136
#> SRR934987     4  0.4804     0.4171 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR934988     3  0.0000     0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0188     0.8288 0.000 0.004 0.996 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.2238     0.9063 0.020 0.000 0.064 0.912 0.004
#> SRR934718     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.3074     0.7254 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR934720     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.2179     0.8920 0.000 0.000 0.100 0.896 0.004
#> SRR934722     2  0.4268     0.1798 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934723     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.1638     0.9098 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR934725     5  0.0880     0.9167 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR934726     4  0.0727     0.9041 0.000 0.004 0.004 0.980 0.012
#> SRR934727     1  0.1792     0.8734 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR934728     4  0.0693     0.9118 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR934729     2  0.2005     0.9147 0.000 0.924 0.004 0.056 0.016
#> SRR934730     2  0.0404     0.9576 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.0609     0.9151 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934732     2  0.1270     0.9357 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR934733     5  0.0404     0.9199 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934734     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.3333     0.7254 0.788 0.000 0.000 0.208 0.004
#> SRR934736     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0290     0.9576 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934738     5  0.2648     0.8099 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR934740     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934741     2  0.0771     0.9492 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR934742     4  0.1329     0.8952 0.032 0.000 0.004 0.956 0.008
#> SRR934743     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0510     0.8820 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934745     5  0.4501     0.6852 0.212 0.036 0.000 0.012 0.740
#> SRR934746     2  0.1200     0.9492 0.000 0.964 0.016 0.012 0.008
#> SRR934747     2  0.0162     0.9582 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.1121     0.8732 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR934750     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934749     4  0.2179     0.8920 0.000 0.000 0.100 0.896 0.004
#> SRR934751     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.3857     0.5936 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR934753     2  0.0290     0.9581 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0671     0.9059 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR934755     3  0.0510     0.8790 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR934756     4  0.2408     0.8655 0.092 0.000 0.000 0.892 0.016
#> SRR934757     4  0.3388     0.7511 0.000 0.000 0.200 0.792 0.008
#> SRR934758     1  0.1364     0.9144 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR934759     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.1041     0.9492 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR934761     3  0.1732     0.8381 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR934762     4  0.1732     0.8888 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR934763     4  0.0404     0.9080 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934764     4  0.0566     0.9108 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR934765     1  0.3913     0.5274 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR934766     4  0.1282     0.9140 0.000 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR934767     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0960     0.9493 0.000 0.972 0.004 0.016 0.008
#> SRR934770     1  0.2127     0.8517 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR934772     2  0.4131     0.7715 0.000 0.788 0.004 0.064 0.144
#> SRR934771     4  0.2929     0.8200 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR934773     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.1121     0.8735 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR934775     4  0.1502     0.9120 0.004 0.000 0.056 0.940 0.000
#> SRR934776     4  0.1026     0.8988 0.000 0.004 0.004 0.968 0.024
#> SRR934777     4  0.1502     0.9110 0.000 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR934778     5  0.0404     0.9199 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934779     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.6229     0.3143 0.000 0.028 0.540 0.352 0.080
#> SRR934781     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934782     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934783     4  0.0693     0.9128 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR934784     2  0.0162     0.9582 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0162     0.9583 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0162     0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.2116     0.8835 0.076 0.000 0.004 0.912 0.008
#> SRR934789     4  0.0693     0.9130 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR934790     3  0.0162     0.8825 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934791     4  0.2344     0.9022 0.000 0.000 0.064 0.904 0.032
#> SRR934792     3  0.2773     0.7643 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934795     4  0.1410     0.8977 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934796     1  0.0609     0.9336 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.1243     0.9156 0.008 0.000 0.028 0.960 0.004
#> SRR934800     2  0.0510     0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0510     0.9565 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934803     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     3  0.3532     0.7688 0.000 0.128 0.824 0.000 0.048
#> SRR934805     4  0.0865     0.9149 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR934806     1  0.4417     0.7147 0.760 0.000 0.092 0.148 0.000
#> SRR934807     5  0.0404     0.9199 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934809     4  0.2124     0.8942 0.000 0.000 0.096 0.900 0.004
#> SRR934810     5  0.1197     0.9082 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR934811     5  0.0510     0.9165 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934808     4  0.0451     0.9106 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR934812     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.1270     0.8580 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR934814     4  0.3857     0.5360 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR934815     5  0.3338     0.8377 0.000 0.076 0.004 0.068 0.852
#> SRR934816     2  0.0162     0.9582 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934817     2  0.1197     0.9419 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR934818     4  0.0613     0.9095 0.000 0.004 0.008 0.984 0.004
#> SRR934819     4  0.0451     0.9091 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR934820     5  0.0404     0.9199 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934821     3  0.1018     0.8837 0.000 0.016 0.968 0.016 0.000
#> SRR934822     1  0.0451     0.9394 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR934823     4  0.2516     0.8627 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR934825     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934826     4  0.2228     0.8909 0.040 0.000 0.000 0.912 0.048
#> SRR934827     1  0.4510     0.2323 0.560 0.008 0.432 0.000 0.000
#> SRR934828     5  0.0932     0.9124 0.000 0.004 0.004 0.020 0.972
#> SRR934829     2  0.0000     0.9580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.0451     0.9194 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> SRR934831     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.0290     0.9172 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934833     5  0.0703     0.9196 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934834     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0963     0.9476 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934836     1  0.2127     0.8508 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.2005     0.9100 0.016 0.000 0.056 0.924 0.004
#> SRR934839     2  0.0510     0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0510     0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934843     4  0.4708     0.2096 0.436 0.000 0.000 0.548 0.016
#> SRR934844     4  0.2381     0.9038 0.036 0.000 0.052 0.908 0.004
#> SRR934845     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934846     2  0.0510     0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.1282     0.9142 0.000 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR934848     4  0.1282     0.9140 0.000 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR934849     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0955     0.8733 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR934853     4  0.2516     0.8649 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR934852     3  0.4196     0.4593 0.000 0.356 0.640 0.000 0.004
#> SRR934854     4  0.2930     0.7636 0.000 0.000 0.004 0.832 0.164
#> SRR934856     4  0.1282     0.9140 0.000 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR934858     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0510     0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0671     0.9556 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR934861     2  0.1121     0.9446 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0162     0.9574 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934863     4  0.0290     0.9093 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934864     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934865     5  0.1792     0.8860 0.000 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR934866     2  0.0162     0.9574 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934867     2  0.0609     0.9556 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0960     0.9527 0.000 0.972 0.016 0.004 0.008
#> SRR934869     3  0.3876     0.5071 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR934870     4  0.0992     0.9149 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR934871     2  0.1243     0.9411 0.000 0.960 0.004 0.028 0.008
#> SRR934872     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934873     3  0.2362     0.8341 0.024 0.076 0.900 0.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0290     0.9581 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0290     0.9581 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.2011     0.8984 0.000 0.000 0.088 0.908 0.004
#> SRR934877     1  0.2719     0.8078 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> SRR934878     3  0.0865     0.8816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR934879     3  0.0880     0.8781 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR934880     4  0.3684     0.6634 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR934881     3  0.3210     0.6992 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR934882     2  0.4060     0.4374 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR934883     2  0.0162     0.9583 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.2238     0.9033 0.000 0.912 0.004 0.064 0.020
#> SRR934885     2  0.1483     0.9385 0.000 0.952 0.008 0.028 0.012
#> SRR934886     3  0.1792     0.8352 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR934887     3  0.0609     0.8816 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934888     2  0.0671     0.9572 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR934889     2  0.2266     0.9064 0.000 0.912 0.008 0.064 0.016
#> SRR934890     3  0.0703     0.8806 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934891     5  0.3635     0.6929 0.000 0.000 0.004 0.248 0.748
#> SRR934892     3  0.2124     0.8386 0.000 0.004 0.900 0.096 0.000
#> SRR934893     3  0.0290     0.8815 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934895     5  0.0703     0.9113 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934896     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     4  0.0290     0.9093 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934899     2  0.6012     0.0456 0.000 0.484 0.116 0.000 0.400
#> SRR934900     3  0.0510     0.8820 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934901     2  0.0613     0.9543 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008
#> SRR934902     3  0.0963     0.8686 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934905     3  0.1281     0.8756 0.012 0.000 0.956 0.032 0.000
#> SRR934906     3  0.1697     0.8621 0.000 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR934907     5  0.0865     0.9100 0.000 0.024 0.004 0.000 0.972
#> SRR934908     2  0.0865     0.9475 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR934909     2  0.1588     0.9421 0.000 0.948 0.028 0.016 0.008
#> SRR934910     5  0.1608     0.8823 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR934911     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934912     2  0.1908     0.8996 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934914     4  0.1970     0.9094 0.012 0.000 0.060 0.924 0.004
#> SRR934915     3  0.3010     0.7636 0.000 0.000 0.824 0.004 0.172
#> SRR934916     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0510     0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0671     0.8806 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR934919     2  0.2714     0.8890 0.004 0.892 0.008 0.076 0.020
#> SRR934920     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934922     5  0.1041     0.9181 0.000 0.004 0.000 0.032 0.964
#> SRR934924     1  0.1410     0.9011 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR934923     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0693     0.9535 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR934926     2  0.0162     0.9583 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.2011     0.8323 0.000 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR934928     3  0.1544     0.8593 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR934929     5  0.5624     0.1152 0.004 0.000 0.064 0.420 0.512
#> SRR934930     3  0.1106     0.8809 0.000 0.024 0.964 0.012 0.000
#> SRR934931     5  0.0404     0.9164 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934932     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934934     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934935     3  0.3636     0.6215 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR934936     2  0.0912     0.9500 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR934933     1  0.1043     0.9172 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR934937     3  0.0510     0.8820 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934938     3  0.0162     0.8825 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934939     4  0.1357     0.9145 0.000 0.000 0.048 0.948 0.004
#> SRR934940     2  0.3256     0.8126 0.000 0.832 0.004 0.148 0.016
#> SRR934941     5  0.0404     0.9199 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934942     5  0.3427     0.7367 0.000 0.192 0.000 0.012 0.796
#> SRR934943     2  0.1883     0.9226 0.000 0.932 0.008 0.048 0.012
#> SRR934944     4  0.1186     0.9127 0.020 0.000 0.008 0.964 0.008
#> SRR934945     1  0.1282     0.9130 0.952 0.004 0.000 0.000 0.044
#> SRR934946     5  0.1270     0.9048 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR934947     4  0.1892     0.8755 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR934948     3  0.0963     0.8767 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR934949     2  0.0510     0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934950     5  0.0794     0.9170 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934951     4  0.2206     0.9058 0.016 0.000 0.068 0.912 0.004
#> SRR934953     1  0.0510     0.9366 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.2966     0.7772 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR934954     2  0.0510     0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.3838     0.6243 0.000 0.280 0.716 0.000 0.004
#> SRR934957     4  0.0579     0.9117 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR934958     2  0.0404     0.9576 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.2230     0.8815 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR934960     4  0.1949     0.9094 0.012 0.000 0.016 0.932 0.040
#> SRR934961     2  0.0510     0.9565 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0510     0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.0324     0.9406 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.0955     0.8740 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR934965     2  0.0162     0.9583 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0324     0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934967     3  0.2561     0.7775 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR934968     3  0.0404     0.8823 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934969     4  0.0579     0.9124 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR934970     1  0.4287     0.1082 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR934971     2  0.1965     0.8994 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR934972     3  0.4278     0.0992 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR934973     3  0.0162     0.8825 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934974     4  0.4060     0.5070 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR934975     5  0.0404     0.9199 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934976     5  0.1792     0.8692 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR934977     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0566     0.8817 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR934979     2  0.0404     0.9574 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0912     0.8830 0.000 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR934982     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0579     0.9373 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR934984     2  0.0794     0.9519 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934985     4  0.1026     0.8988 0.000 0.004 0.004 0.968 0.024
#> SRR934986     4  0.2536     0.8375 0.128 0.000 0.000 0.868 0.004
#> SRR934987     2  0.1571     0.9178 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR934988     3  0.1732     0.8508 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0404     0.8823 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.0405     0.8289 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR934718     1  0.3866     0.0733 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR934719     4  0.2454     0.7407 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.0632     0.8266 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR934722     2  0.4034     0.3629 0.000 0.624 0.004 0.000 0.364 0.008
#> SRR934723     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.1908     0.7770 0.000 0.000 0.004 0.900 0.096 0.000
#> SRR934725     6  0.0777     0.8003 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR934726     5  0.3448     0.5848 0.000 0.004 0.000 0.280 0.716 0.000
#> SRR934727     1  0.1806     0.8038 0.908 0.000 0.000 0.088 0.004 0.000
#> SRR934728     4  0.2340     0.7550 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR934729     5  0.2527     0.6212 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR934730     2  0.0508     0.8692 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR934731     4  0.1082     0.8180 0.000 0.000 0.004 0.956 0.040 0.000
#> SRR934732     2  0.2558     0.7838 0.000 0.840 0.156 0.000 0.004 0.000
#> SRR934733     6  0.0000     0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     4  0.3838     0.1373 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.2964     0.7589 0.000 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> SRR934738     6  0.3607     0.4499 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR934740     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0458     0.8672 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934741     5  0.3727     0.1655 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000
#> SRR934742     4  0.4302     0.6189 0.116 0.000 0.000 0.728 0.156 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0790     0.8530 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934745     5  0.6039     0.3818 0.224 0.056 0.000 0.000 0.584 0.136
#> SRR934746     2  0.3940     0.5472 0.000 0.640 0.012 0.000 0.348 0.000
#> SRR934747     2  0.0146     0.8706 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934748     4  0.3607     0.4985 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR934750     2  0.1444     0.8393 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934749     4  0.0458     0.8280 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0146     0.8845 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934752     4  0.2454     0.7449 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR934753     2  0.0405     0.8700 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR934754     4  0.1610     0.7986 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934755     3  0.0547     0.8467 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR934756     4  0.2182     0.7883 0.068 0.000 0.000 0.904 0.020 0.008
#> SRR934757     5  0.4618     0.5801 0.000 0.000 0.092 0.236 0.672 0.000
#> SRR934758     1  0.5059     0.2269 0.528 0.000 0.000 0.392 0.000 0.080
#> SRR934759     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0865     0.8640 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.1471     0.8184 0.000 0.064 0.932 0.000 0.004 0.000
#> SRR934762     4  0.1219     0.8167 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR934763     5  0.3789     0.3424 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR934764     4  0.1075     0.8155 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934765     1  0.3050     0.6453 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766     4  0.0000     0.8281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0790     0.8639 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR934769     5  0.3515     0.5121 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR934770     4  0.3647     0.4032 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000
#> SRR934772     5  0.2301     0.6413 0.000 0.096 0.000 0.020 0.884 0.000
#> SRR934771     4  0.1267     0.8137 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.1528     0.8414 0.000 0.000 0.936 0.048 0.016 0.000
#> SRR934775     4  0.1349     0.8093 0.000 0.000 0.004 0.940 0.056 0.000
#> SRR934776     5  0.3076     0.6093 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR934777     4  0.0146     0.8281 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934778     6  0.0000     0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     5  0.5430     0.2460 0.000 0.020 0.068 0.412 0.500 0.000
#> SRR934781     2  0.0000     0.8703 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.1267     0.8473 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR934783     4  0.3175     0.5510 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR934784     2  0.0632     0.8689 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.8703 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     4  0.3756     0.3131 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.0458     0.8259 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR934789     4  0.1910     0.7775 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR934790     3  0.0363     0.8554 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934791     4  0.0260     0.8287 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934792     3  0.3974     0.5233 0.000 0.296 0.680 0.024 0.000 0.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0363     0.8682 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934795     4  0.1616     0.8098 0.000 0.000 0.000 0.932 0.020 0.048
#> SRR934796     1  0.3804     0.2675 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.0000     0.8281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934800     2  0.2949     0.8004 0.000 0.832 0.028 0.000 0.140 0.000
#> SRR934801     2  0.2595     0.7979 0.000 0.836 0.004 0.000 0.160 0.000
#> SRR934802     2  0.0146     0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934803     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804     3  0.1865     0.8254 0.000 0.040 0.920 0.000 0.000 0.040
#> SRR934805     4  0.1411     0.8138 0.000 0.000 0.004 0.936 0.060 0.000
#> SRR934806     4  0.2964     0.6813 0.204 0.000 0.004 0.792 0.000 0.000
#> SRR934807     6  0.1007     0.7940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934809     4  0.1088     0.8256 0.000 0.000 0.024 0.960 0.016 0.000
#> SRR934810     6  0.2313     0.7483 0.000 0.000 0.004 0.100 0.012 0.884
#> SRR934811     6  0.2257     0.7435 0.000 0.008 0.000 0.000 0.116 0.876
#> SRR934808     5  0.3862     0.4459 0.000 0.000 0.004 0.388 0.608 0.000
#> SRR934812     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.0146     0.8518 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814     6  0.3624     0.6771 0.000 0.000 0.000 0.156 0.060 0.784
#> SRR934815     5  0.2942     0.6192 0.000 0.064 0.000 0.008 0.860 0.068
#> SRR934816     2  0.1556     0.8495 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR934817     3  0.6116    -0.0227 0.000 0.312 0.368 0.000 0.320 0.000
#> SRR934818     4  0.3843     0.0408 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR934819     4  0.0865     0.8199 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR934820     6  0.0000     0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934821     3  0.1745     0.8341 0.000 0.000 0.924 0.056 0.020 0.000
#> SRR934822     1  0.3857     0.1448 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.0865     0.8235 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934825     2  0.1387     0.8428 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934826     4  0.1493     0.8117 0.004 0.000 0.000 0.936 0.004 0.056
#> SRR934827     3  0.3857     0.1059 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828     5  0.3288     0.4641 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934829     2  0.0260     0.8690 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934830     6  0.0000     0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     6  0.0000     0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833     6  0.1196     0.7925 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.952
#> SRR934834     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.3211     0.7889 0.000 0.824 0.120 0.000 0.056 0.000
#> SRR934836     4  0.3672     0.3926 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0291     0.8704 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR934838     4  0.0000     0.8281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934839     2  0.3211     0.7970 0.000 0.824 0.056 0.000 0.120 0.000
#> SRR934840     2  0.3796     0.7444 0.000 0.764 0.060 0.000 0.176 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.1267     0.8473 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR934843     1  0.3857     0.6950 0.776 0.000 0.000 0.148 0.072 0.004
#> SRR934844     4  0.0405     0.8289 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR934845     2  0.1444     0.8393 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934846     2  0.3672     0.7553 0.000 0.776 0.056 0.000 0.168 0.000
#> SRR934847     4  0.0603     0.8261 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR934848     4  0.0000     0.8281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0777     0.8506 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR934853     4  0.3420     0.6319 0.000 0.000 0.240 0.748 0.012 0.000
#> SRR934852     2  0.3647     0.4507 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854     5  0.3998     0.5888 0.000 0.000 0.000 0.248 0.712 0.040
#> SRR934856     4  0.0000     0.8281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.1082     0.8618 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004 0.000
#> SRR934860     2  0.4518     0.5001 0.000 0.604 0.044 0.000 0.352 0.000
#> SRR934861     2  0.4556     0.6573 0.000 0.688 0.100 0.000 0.212 0.000
#> SRR934862     2  0.1957     0.8072 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR934863     4  0.3482     0.4411 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR934864     2  0.0458     0.8672 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934865     6  0.3361     0.6537 0.000 0.000 0.004 0.188 0.020 0.788
#> SRR934866     2  0.1444     0.8393 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934867     2  0.2786     0.8222 0.000 0.860 0.056 0.000 0.084 0.000
#> SRR934868     2  0.4756     0.3512 0.000 0.540 0.052 0.000 0.408 0.000
#> SRR934869     4  0.2234     0.7693 0.000 0.004 0.124 0.872 0.000 0.000
#> SRR934870     4  0.0937     0.8198 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR934871     5  0.2378     0.6285 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR934872     2  0.0458     0.8672 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934873     3  0.2608     0.7733 0.000 0.080 0.872 0.000 0.048 0.000
#> SRR934874     2  0.0146     0.8706 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934875     2  0.0146     0.8706 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934876     4  0.0363     0.8283 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR934877     1  0.3817     0.2599 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.1408     0.8469 0.000 0.000 0.944 0.036 0.020 0.000
#> SRR934879     3  0.1141     0.8441 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR934880     4  0.4306     0.4219 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032 0.000
#> SRR934881     3  0.0547     0.8492 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882     3  0.2390     0.7906 0.000 0.056 0.888 0.000 0.056 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.8703 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.0858     0.6372 0.000 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004
#> SRR934885     5  0.2969     0.5898 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR934886     3  0.1958     0.7865 0.000 0.100 0.896 0.000 0.004 0.000
#> SRR934887     3  0.1049     0.8522 0.000 0.000 0.960 0.032 0.008 0.000
#> SRR934888     2  0.1838     0.8495 0.000 0.916 0.016 0.000 0.068 0.000
#> SRR934889     5  0.2442     0.6185 0.000 0.144 0.000 0.004 0.852 0.000
#> SRR934890     4  0.3647     0.4750 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000 0.000
#> SRR934891     6  0.6305    -0.0482 0.000 0.000 0.008 0.316 0.292 0.384
#> SRR934892     3  0.5044     0.5286 0.000 0.028 0.652 0.256 0.064 0.000
#> SRR934893     3  0.0260     0.8509 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934894     2  0.1075     0.8541 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR934895     6  0.1511     0.7904 0.000 0.004 0.012 0.000 0.044 0.940
#> SRR934896     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.1007     0.8635 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR934898     5  0.3684     0.5223 0.000 0.000 0.004 0.332 0.664 0.000
#> SRR934899     2  0.5001     0.5200 0.000 0.660 0.048 0.000 0.040 0.252
#> SRR934900     3  0.0865     0.8518 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934901     2  0.2135     0.7927 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR934902     3  0.0000     0.8528 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0632     0.8644 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934905     4  0.3672     0.4578 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000 0.000
#> SRR934906     4  0.3490     0.7013 0.000 0.000 0.176 0.784 0.000 0.040
#> SRR934907     6  0.2003     0.7355 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR934908     2  0.3328     0.7716 0.000 0.816 0.000 0.000 0.120 0.064
#> SRR934909     5  0.4332     0.4189 0.000 0.288 0.048 0.000 0.664 0.000
#> SRR934910     6  0.5085     0.4032 0.000 0.272 0.000 0.000 0.120 0.608
#> SRR934911     2  0.0260     0.8705 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.4633     0.5362 0.000 0.224 0.676 0.000 0.100 0.000
#> SRR934913     2  0.0363     0.8682 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934914     4  0.0146     0.8281 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934915     3  0.1267     0.8337 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR934916     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.2706     0.8209 0.000 0.860 0.036 0.000 0.104 0.000
#> SRR934918     3  0.0363     0.8554 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934919     5  0.1757     0.6423 0.000 0.076 0.000 0.008 0.916 0.000
#> SRR934920     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.1204     0.8504 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934922     5  0.5213     0.1623 0.000 0.000 0.048 0.024 0.544 0.384
#> SRR934924     1  0.3101     0.6436 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR934923     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     5  0.3151     0.5774 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> SRR934926     2  0.0291     0.8704 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR934927     3  0.0405     0.8554 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR934928     3  0.2703     0.7263 0.000 0.000 0.824 0.172 0.004 0.000
#> SRR934929     4  0.1970     0.8072 0.000 0.000 0.028 0.912 0.000 0.060
#> SRR934930     3  0.2196     0.8314 0.000 0.016 0.908 0.056 0.020 0.000
#> SRR934931     6  0.0000     0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.8703 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8703 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.3374     0.6506 0.000 0.208 0.772 0.000 0.020 0.000
#> SRR934936     2  0.3652     0.4816 0.000 0.672 0.000 0.004 0.324 0.000
#> SRR934933     1  0.1958     0.8018 0.896 0.000 0.100 0.000 0.004 0.000
#> SRR934937     3  0.0713     0.8541 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0260     0.8549 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934939     4  0.1349     0.8093 0.000 0.000 0.004 0.940 0.056 0.000
#> SRR934940     5  0.3221     0.5673 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR934941     6  0.0000     0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942     5  0.4662     0.5210 0.000 0.236 0.000 0.000 0.668 0.096
#> SRR934943     5  0.1714     0.6417 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR934944     4  0.4763     0.1702 0.048 0.000 0.004 0.576 0.372 0.000
#> SRR934945     1  0.2933     0.6987 0.796 0.004 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR934946     6  0.4095     0.0119 0.000 0.000 0.000 0.480 0.008 0.512
#> SRR934947     1  0.6114    -0.1610 0.368 0.000 0.000 0.328 0.304 0.000
#> SRR934948     3  0.1531     0.8326 0.000 0.000 0.928 0.068 0.004 0.000
#> SRR934949     2  0.3825     0.7490 0.000 0.768 0.072 0.000 0.160 0.000
#> SRR934950     6  0.1908     0.7780 0.000 0.000 0.044 0.012 0.020 0.924
#> SRR934951     4  0.0146     0.8281 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934953     1  0.0146     0.8844 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.2020     0.8201 0.000 0.896 0.000 0.000 0.008 0.096
#> SRR934954     2  0.1297     0.8624 0.000 0.948 0.012 0.000 0.040 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.4875     0.3673 0.000 0.376 0.568 0.008 0.048 0.000
#> SRR934957     5  0.3789     0.6012 0.000 0.000 0.024 0.260 0.716 0.000
#> SRR934958     2  0.0146     0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.0865     0.8235 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934960     4  0.0790     0.8236 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934961     2  0.2877     0.7871 0.000 0.820 0.012 0.000 0.168 0.000
#> SRR934962     2  0.2058     0.8443 0.000 0.908 0.056 0.000 0.036 0.000
#> SRR934963     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.0858     0.8491 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR934965     2  0.0000     0.8703 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.1075     0.8539 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR934967     4  0.5170     0.1240 0.000 0.064 0.444 0.484 0.008 0.000
#> SRR934968     3  0.0632     0.8549 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934969     4  0.1556     0.8054 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934970     4  0.2730     0.6859 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.4566     0.5850 0.000 0.140 0.700 0.000 0.160 0.000
#> SRR934972     4  0.1765     0.7919 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR934973     3  0.0458     0.8556 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934974     4  0.1501     0.8050 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR934975     6  0.0000     0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976     6  0.5002     0.2144 0.000 0.412 0.000 0.000 0.072 0.516
#> SRR934977     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.1780     0.8409 0.000 0.048 0.924 0.028 0.000 0.000
#> SRR934979     2  0.2841     0.7908 0.000 0.824 0.012 0.000 0.164 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.1528     0.8461 0.000 0.016 0.936 0.048 0.000 0.000
#> SRR934982     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.4968     0.3354 0.556 0.000 0.000 0.368 0.000 0.076
#> SRR934984     2  0.4074     0.7288 0.000 0.748 0.092 0.000 0.160 0.000
#> SRR934985     5  0.2664     0.6279 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934986     4  0.1267     0.8049 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.3390     0.5477 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR934988     3  0.4064     0.4448 0.000 0.000 0.644 0.336 0.020 0.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0547     0.8555 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-MAD-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk MAD-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-MAD-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk MAD-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:hclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'hclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-hclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-hclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.466           0.802       0.898         0.4726 0.498   0.498
#> 3 3 0.497           0.672       0.820         0.3524 0.773   0.575
#> 4 4 0.562           0.581       0.751         0.1035 0.894   0.720
#> 5 5 0.631           0.601       0.791         0.0765 0.859   0.581
#> 6 6 0.651           0.558       0.750         0.0395 0.931   0.723

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0672     0.9111 0.992 0.008
#> SRR934718     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934719     1  0.7815     0.7060 0.768 0.232
#> SRR934720     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.2236     0.9030 0.964 0.036
#> SRR934722     2  0.7376     0.7745 0.208 0.792
#> SRR934723     1  0.0376     0.9105 0.996 0.004
#> SRR934724     1  0.5519     0.8346 0.872 0.128
#> SRR934725     1  0.0938     0.9114 0.988 0.012
#> SRR934726     1  0.7528     0.7245 0.784 0.216
#> SRR934727     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0938     0.9113 0.988 0.012
#> SRR934729     2  0.9286     0.5987 0.344 0.656
#> SRR934730     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934731     1  0.8144     0.6715 0.748 0.252
#> SRR934732     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934733     1  0.2778     0.8970 0.952 0.048
#> SRR934734     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0938     0.9114 0.988 0.012
#> SRR934740     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934742     1  0.0376     0.9105 0.996 0.004
#> SRR934743     1  0.1184     0.9104 0.984 0.016
#> SRR934744     2  0.8608     0.6972 0.284 0.716
#> SRR934745     1  0.8555     0.6037 0.720 0.280
#> SRR934746     2  0.0376     0.8494 0.004 0.996
#> SRR934747     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.3431     0.8871 0.936 0.064
#> SRR934750     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.2043     0.9049 0.968 0.032
#> SRR934751     1  0.2043     0.9050 0.968 0.032
#> SRR934752     1  0.0938     0.9114 0.988 0.012
#> SRR934753     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0938     0.9114 0.988 0.012
#> SRR934755     1  0.9710     0.2603 0.600 0.400
#> SRR934756     1  0.0672     0.9114 0.992 0.008
#> SRR934757     1  0.7815     0.7065 0.768 0.232
#> SRR934758     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0672     0.8492 0.008 0.992
#> SRR934762     1  0.0938     0.9114 0.988 0.012
#> SRR934763     1  0.1414     0.9095 0.980 0.020
#> SRR934764     1  0.0938     0.9114 0.988 0.012
#> SRR934765     1  0.2236     0.9034 0.964 0.036
#> SRR934766     1  0.0938     0.9112 0.988 0.012
#> SRR934767     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.4161     0.8330 0.084 0.916
#> SRR934770     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.9170     0.6246 0.332 0.668
#> SRR934771     1  0.2423     0.9011 0.960 0.040
#> SRR934773     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934774     1  0.8763     0.5812 0.704 0.296
#> SRR934775     1  0.2043     0.9050 0.968 0.032
#> SRR934776     1  0.7056     0.7586 0.808 0.192
#> SRR934777     1  0.0672     0.9111 0.992 0.008
#> SRR934778     1  0.6712     0.7797 0.824 0.176
#> SRR934779     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934780     2  0.9460     0.5649 0.364 0.636
#> SRR934781     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.5059     0.8479 0.888 0.112
#> SRR934784     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0376     0.9105 0.996 0.004
#> SRR934788     1  0.0672     0.9111 0.992 0.008
#> SRR934789     1  0.0938     0.9113 0.988 0.012
#> SRR934790     2  0.8443     0.7124 0.272 0.728
#> SRR934791     1  0.0672     0.9111 0.992 0.008
#> SRR934792     2  0.3879     0.8354 0.076 0.924
#> SRR934793     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0938     0.9114 0.988 0.012
#> SRR934796     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0672     0.9111 0.992 0.008
#> SRR934800     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.4815     0.8585 0.896 0.104
#> SRR934804     2  0.3114     0.8407 0.056 0.944
#> SRR934805     1  0.2236     0.9033 0.964 0.036
#> SRR934806     1  0.1633     0.9079 0.976 0.024
#> SRR934807     2  0.9661     0.4977 0.392 0.608
#> SRR934809     1  0.5059     0.8479 0.888 0.112
#> SRR934810     1  0.5737     0.8268 0.864 0.136
#> SRR934811     2  0.9661     0.4977 0.392 0.608
#> SRR934808     1  0.5629     0.8305 0.868 0.132
#> SRR934812     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0672     0.8492 0.008 0.992
#> SRR934814     1  0.0938     0.9114 0.988 0.012
#> SRR934815     2  0.9170     0.6246 0.332 0.668
#> SRR934816     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.3879     0.8349 0.076 0.924
#> SRR934818     2  0.9522     0.5474 0.372 0.628
#> SRR934819     1  0.0938     0.9114 0.988 0.012
#> SRR934820     1  0.4022     0.8750 0.920 0.080
#> SRR934821     1  0.9608     0.3205 0.616 0.384
#> SRR934822     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.2043     0.9049 0.968 0.032
#> SRR934825     2  0.2948     0.8415 0.052 0.948
#> SRR934826     1  0.0672     0.9114 0.992 0.008
#> SRR934827     2  0.9996     0.2048 0.488 0.512
#> SRR934828     2  0.9129     0.6311 0.328 0.672
#> SRR934829     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934830     2  0.9661     0.4977 0.392 0.608
#> SRR934831     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934832     2  0.9661     0.4977 0.392 0.608
#> SRR934833     1  0.9427     0.4134 0.640 0.360
#> SRR934834     1  0.3584     0.8846 0.932 0.068
#> SRR934835     2  0.0376     0.8495 0.004 0.996
#> SRR934836     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0672     0.9111 0.992 0.008
#> SRR934839     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0672     0.9114 0.992 0.008
#> SRR934844     1  0.0672     0.9114 0.992 0.008
#> SRR934845     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.0938     0.9113 0.988 0.012
#> SRR934848     1  0.0672     0.9111 0.992 0.008
#> SRR934849     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934851     2  0.7674     0.7620 0.224 0.776
#> SRR934853     1  0.9686     0.2791 0.604 0.396
#> SRR934852     2  0.0672     0.8493 0.008 0.992
#> SRR934854     1  0.7602     0.7158 0.780 0.220
#> SRR934856     1  0.0672     0.9114 0.992 0.008
#> SRR934858     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0376     0.8494 0.004 0.996
#> SRR934861     2  0.2778     0.8422 0.048 0.952
#> SRR934862     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.1414     0.9095 0.980 0.020
#> SRR934864     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.5737     0.8268 0.864 0.136
#> SRR934866     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0376     0.8495 0.004 0.996
#> SRR934868     2  0.3114     0.8405 0.056 0.944
#> SRR934869     1  0.7815     0.7060 0.768 0.232
#> SRR934870     1  0.0938     0.9113 0.988 0.012
#> SRR934871     2  0.7745     0.7586 0.228 0.772
#> SRR934872     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934873     2  0.7139     0.7837 0.196 0.804
#> SRR934874     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0376     0.9106 0.996 0.004
#> SRR934877     1  0.0376     0.9105 0.996 0.004
#> SRR934878     2  0.6712     0.7949 0.176 0.824
#> SRR934879     2  0.8661     0.6921 0.288 0.712
#> SRR934880     1  0.9686     0.2791 0.604 0.396
#> SRR934881     2  0.0672     0.8492 0.008 0.992
#> SRR934882     2  0.0672     0.8492 0.008 0.992
#> SRR934883     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.9286     0.5987 0.344 0.656
#> SRR934885     2  0.8909     0.6612 0.308 0.692
#> SRR934886     2  0.9993     0.1973 0.484 0.516
#> SRR934887     2  0.6712     0.7949 0.176 0.824
#> SRR934888     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.8955     0.6559 0.312 0.688
#> SRR934890     1  0.7815     0.7060 0.768 0.232
#> SRR934891     1  0.6887     0.7752 0.816 0.184
#> SRR934892     2  0.7528     0.7682 0.216 0.784
#> SRR934893     2  0.8443     0.7123 0.272 0.728
#> SRR934894     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.7219     0.7798 0.200 0.800
#> SRR934896     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934898     2  0.9922     0.3421 0.448 0.552
#> SRR934899     2  0.5519     0.8170 0.128 0.872
#> SRR934900     2  0.8207     0.7310 0.256 0.744
#> SRR934901     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934902     2  0.6343     0.8029 0.160 0.840
#> SRR934903     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.2423     0.9011 0.960 0.040
#> SRR934906     1  0.4562     0.8647 0.904 0.096
#> SRR934907     2  0.7219     0.7798 0.200 0.800
#> SRR934908     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.4562     0.8287 0.096 0.904
#> SRR934910     2  0.9286     0.5987 0.344 0.656
#> SRR934911     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0938     0.8487 0.012 0.988
#> SRR934913     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0672     0.9111 0.992 0.008
#> SRR934915     2  0.7815     0.7558 0.232 0.768
#> SRR934916     1  0.1184     0.9088 0.984 0.016
#> SRR934917     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.4939     0.8248 0.108 0.892
#> SRR934919     2  0.9170     0.6246 0.332 0.668
#> SRR934920     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934922     2  0.7674     0.7619 0.224 0.776
#> SRR934924     2  0.9286     0.5987 0.344 0.656
#> SRR934923     1  0.1184     0.9104 0.984 0.016
#> SRR934925     2  0.7299     0.7772 0.204 0.796
#> SRR934926     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.1184     0.8481 0.016 0.984
#> SRR934928     1  0.6801     0.7800 0.820 0.180
#> SRR934929     1  0.7602     0.7254 0.780 0.220
#> SRR934930     2  0.7139     0.7827 0.196 0.804
#> SRR934931     2  0.7602     0.7649 0.220 0.780
#> SRR934932     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0376     0.8494 0.004 0.996
#> SRR934936     2  0.7453     0.7715 0.212 0.788
#> SRR934933     1  0.4815     0.8585 0.896 0.104
#> SRR934937     2  0.8608     0.6972 0.284 0.716
#> SRR934938     2  0.7219     0.7803 0.200 0.800
#> SRR934939     1  0.6887     0.7750 0.816 0.184
#> SRR934940     2  0.7815     0.7548 0.232 0.768
#> SRR934941     1  0.9170     0.4903 0.668 0.332
#> SRR934942     2  0.7883     0.7510 0.236 0.764
#> SRR934943     2  0.8909     0.6612 0.308 0.692
#> SRR934944     1  0.2043     0.9050 0.968 0.032
#> SRR934945     2  0.9286     0.5987 0.344 0.656
#> SRR934946     1  0.7602     0.7254 0.780 0.220
#> SRR934947     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934948     2  0.9710     0.4828 0.400 0.600
#> SRR934949     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934950     1  0.6801     0.7800 0.820 0.180
#> SRR934951     1  0.0672     0.9111 0.992 0.008
#> SRR934953     2  0.9963     0.2937 0.464 0.536
#> SRR934952     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934956     2  0.7745     0.7584 0.228 0.772
#> SRR934957     1  0.7815     0.7065 0.768 0.232
#> SRR934958     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934959     1  0.2423     0.9011 0.960 0.040
#> SRR934960     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934963     2  0.9977     0.2421 0.472 0.528
#> SRR934964     2  0.8443     0.7133 0.272 0.728
#> SRR934965     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.8492 0.000 1.000
#> SRR934967     1  0.7883     0.6993 0.764 0.236
#> SRR934968     2  0.8608     0.6972 0.284 0.716
#> SRR934969     1  0.0938     0.9113 0.988 0.012
#> SRR934970     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.7056     0.7858 0.192 0.808
#> SRR934972     1  0.2423     0.9011 0.960 0.040
#> SRR934973     2  0.8327     0.7213 0.264 0.736
#> SRR934974     1  0.7815     0.7060 0.768 0.232
#> SRR934975     1  0.9129     0.5009 0.672 0.328
#> SRR934976     2  0.0376     0.8485 0.004 0.996
#> SRR934977     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934978     2  0.7299     0.7743 0.204 0.796
#> SRR934979     2  0.0376     0.8494 0.004 0.996
#> SRR934980     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934981     2  0.7745     0.7585 0.228 0.772
#> SRR934982     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0672     0.8493 0.008 0.992
#> SRR934985     1  0.7453     0.7300 0.788 0.212
#> SRR934986     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.7528     0.7688 0.216 0.784
#> SRR934988     1  0.9944     0.0358 0.544 0.456
#> SRR934989     1  0.0000     0.9095 1.000 0.000
#> SRR934990     2  0.8608     0.6972 0.284 0.716

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     1  0.3941    0.82163 0.844 0.000 0.156
#> SRR934718     1  0.0237    0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934719     3  0.6373    0.01976 0.408 0.004 0.588
#> SRR934720     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934721     1  0.5291    0.74519 0.732 0.000 0.268
#> SRR934722     3  0.5058    0.61921 0.000 0.244 0.756
#> SRR934723     1  0.3267    0.83640 0.884 0.000 0.116
#> SRR934724     1  0.6235    0.46145 0.564 0.000 0.436
#> SRR934725     1  0.2261    0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934726     1  0.7392    0.29874 0.500 0.032 0.468
#> SRR934727     1  0.0237    0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934728     1  0.3686    0.82942 0.860 0.000 0.140
#> SRR934729     3  0.7084    0.50832 0.036 0.336 0.628
#> SRR934730     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     3  0.7152   -0.12922 0.444 0.024 0.532
#> SRR934732     2  0.5058    0.64386 0.000 0.756 0.244
#> SRR934733     1  0.4326    0.81977 0.844 0.012 0.144
#> SRR934734     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934735     1  0.0237    0.82943 0.996 0.000 0.004
#> SRR934736     1  0.0237    0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934737     2  0.2796    0.83218 0.000 0.908 0.092
#> SRR934738     1  0.2261    0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934740     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934739     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0892    0.88171 0.000 0.980 0.020
#> SRR934742     1  0.3412    0.83469 0.876 0.000 0.124
#> SRR934743     1  0.4605    0.79344 0.796 0.000 0.204
#> SRR934744     3  0.3715    0.65826 0.004 0.128 0.868
#> SRR934745     3  0.7724    0.05224 0.396 0.052 0.552
#> SRR934746     2  0.1529    0.87237 0.000 0.960 0.040
#> SRR934747     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     1  0.5835    0.65789 0.660 0.000 0.340
#> SRR934750     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749     1  0.5138    0.76029 0.748 0.000 0.252
#> SRR934751     1  0.4931    0.77206 0.768 0.000 0.232
#> SRR934752     1  0.2261    0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934753     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     1  0.2261    0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934755     3  0.4842    0.48693 0.224 0.000 0.776
#> SRR934756     1  0.1753    0.83912 0.952 0.000 0.048
#> SRR934757     3  0.6984    0.00926 0.420 0.020 0.560
#> SRR934758     1  0.0237    0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934759     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934760     2  0.0592    0.88760 0.000 0.988 0.012
#> SRR934761     2  0.6274    0.22259 0.000 0.544 0.456
#> SRR934762     1  0.2261    0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934763     1  0.4504    0.80069 0.804 0.000 0.196
#> SRR934764     1  0.2261    0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934765     1  0.5591    0.71038 0.696 0.000 0.304
#> SRR934766     1  0.3686    0.82838 0.860 0.000 0.140
#> SRR934767     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934768     1  0.0237    0.82943 0.996 0.000 0.004
#> SRR934769     3  0.6299    0.11312 0.000 0.476 0.524
#> SRR934770     1  0.0237    0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934772     3  0.6482    0.56619 0.024 0.296 0.680
#> SRR934771     1  0.5497    0.71816 0.708 0.000 0.292
#> SRR934773     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934774     3  0.7209    0.20509 0.360 0.036 0.604
#> SRR934775     1  0.4931    0.77206 0.768 0.000 0.232
#> SRR934776     1  0.7159    0.37700 0.528 0.024 0.448
#> SRR934777     1  0.3619    0.82959 0.864 0.000 0.136
#> SRR934778     1  0.7190    0.51547 0.608 0.036 0.356
#> SRR934779     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934780     3  0.5760    0.67289 0.064 0.140 0.796
#> SRR934781     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783     1  0.6154    0.51959 0.592 0.000 0.408
#> SRR934784     2  0.0237    0.88994 0.000 0.996 0.004
#> SRR934785     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0237    0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934787     1  0.3551    0.83254 0.868 0.000 0.132
#> SRR934788     1  0.3482    0.83250 0.872 0.000 0.128
#> SRR934789     1  0.3686    0.82942 0.860 0.000 0.140
#> SRR934790     3  0.3918    0.65584 0.004 0.140 0.856
#> SRR934791     1  0.3686    0.82778 0.860 0.000 0.140
#> SRR934792     3  0.6307    0.06145 0.000 0.488 0.512
#> SRR934793     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934794     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     1  0.2261    0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934796     1  0.0237    0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934797     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934798     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934799     1  0.3267    0.83548 0.884 0.000 0.116
#> SRR934800     2  0.2796    0.83218 0.000 0.908 0.092
#> SRR934801     2  0.1031    0.88311 0.000 0.976 0.024
#> SRR934802     2  0.2796    0.83218 0.000 0.908 0.092
#> SRR934803     1  0.6264    0.58471 0.616 0.004 0.380
#> SRR934804     3  0.6295    0.04258 0.000 0.472 0.528
#> SRR934805     1  0.4555    0.80088 0.800 0.000 0.200
#> SRR934806     1  0.4605    0.79665 0.796 0.000 0.204
#> SRR934807     3  0.7477    0.55578 0.068 0.284 0.648
#> SRR934809     1  0.6154    0.51959 0.592 0.000 0.408
#> SRR934810     1  0.6724    0.47456 0.568 0.012 0.420
#> SRR934811     3  0.7477    0.55578 0.068 0.284 0.648
#> SRR934808     1  0.6701    0.49061 0.576 0.012 0.412
#> SRR934812     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934813     2  0.6274    0.22259 0.000 0.544 0.456
#> SRR934814     1  0.2261    0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934815     3  0.6482    0.56619 0.024 0.296 0.680
#> SRR934816     2  0.0237    0.88994 0.000 0.996 0.004
#> SRR934817     3  0.6154    0.26589 0.000 0.408 0.592
#> SRR934818     3  0.5588    0.67349 0.068 0.124 0.808
#> SRR934819     1  0.2796    0.84075 0.908 0.000 0.092
#> SRR934820     1  0.6019    0.70261 0.700 0.012 0.288
#> SRR934821     3  0.5016    0.45797 0.240 0.000 0.760
#> SRR934822     1  0.0237    0.82943 0.996 0.000 0.004
#> SRR934823     1  0.5138    0.76029 0.748 0.000 0.252
#> SRR934825     2  0.5497    0.52006 0.000 0.708 0.292
#> SRR934826     1  0.1753    0.83912 0.952 0.000 0.048
#> SRR934827     3  0.7108    0.61348 0.184 0.100 0.716
#> SRR934828     3  0.6357    0.56375 0.020 0.296 0.684
#> SRR934829     2  0.0237    0.88994 0.000 0.996 0.004
#> SRR934830     3  0.7477    0.55578 0.068 0.284 0.648
#> SRR934831     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934832     3  0.7477    0.55578 0.068 0.284 0.648
#> SRR934833     3  0.8872    0.21485 0.348 0.132 0.520
#> SRR934834     1  0.5929    0.67424 0.676 0.004 0.320
#> SRR934835     2  0.4974    0.66519 0.000 0.764 0.236
#> SRR934836     1  0.0237    0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934837     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1  0.3267    0.83548 0.884 0.000 0.116
#> SRR934839     2  0.3192    0.81770 0.000 0.888 0.112
#> SRR934840     2  0.1643    0.87176 0.000 0.956 0.044
#> SRR934841     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934842     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.1753    0.83912 0.952 0.000 0.048
#> SRR934844     1  0.2711    0.84128 0.912 0.000 0.088
#> SRR934845     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.1643    0.87176 0.000 0.956 0.044
#> SRR934847     1  0.3686    0.82942 0.860 0.000 0.140
#> SRR934848     1  0.3340    0.83477 0.880 0.000 0.120
#> SRR934849     1  0.0237    0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934850     1  0.0237    0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934851     3  0.4399    0.63700 0.000 0.188 0.812
#> SRR934853     3  0.4931    0.47170 0.232 0.000 0.768
#> SRR934852     2  0.6244    0.26341 0.000 0.560 0.440
#> SRR934854     1  0.7905    0.30757 0.500 0.056 0.444
#> SRR934856     1  0.2796    0.84124 0.908 0.000 0.092
#> SRR934858     1  0.0237    0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934859     2  0.0237    0.88991 0.000 0.996 0.004
#> SRR934860     2  0.1753    0.86895 0.000 0.952 0.048
#> SRR934861     2  0.5016    0.62555 0.000 0.760 0.240
#> SRR934862     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863     1  0.4605    0.79525 0.796 0.000 0.204
#> SRR934864     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     1  0.6724    0.47456 0.568 0.012 0.420
#> SRR934866     2  0.0237    0.88994 0.000 0.996 0.004
#> SRR934867     2  0.4974    0.66519 0.000 0.764 0.236
#> SRR934868     2  0.6244    0.21899 0.000 0.560 0.440
#> SRR934869     3  0.6373    0.01976 0.408 0.004 0.588
#> SRR934870     1  0.3686    0.82942 0.860 0.000 0.140
#> SRR934871     3  0.5024    0.63845 0.004 0.220 0.776
#> SRR934872     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     3  0.5070    0.60679 0.004 0.224 0.772
#> SRR934874     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1  0.2878    0.83905 0.904 0.000 0.096
#> SRR934877     1  0.2261    0.84177 0.932 0.000 0.068
#> SRR934878     3  0.5327    0.55350 0.000 0.272 0.728
#> SRR934879     3  0.3896    0.65979 0.008 0.128 0.864
#> SRR934880     3  0.4931    0.47170 0.232 0.000 0.768
#> SRR934881     2  0.6274    0.22259 0.000 0.544 0.456
#> SRR934882     2  0.6192    0.30997 0.000 0.580 0.420
#> SRR934883     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     3  0.7084    0.50832 0.036 0.336 0.628
#> SRR934885     3  0.6501    0.54315 0.020 0.316 0.664
#> SRR934886     3  0.7157    0.61132 0.188 0.100 0.712
#> SRR934887     3  0.5327    0.55350 0.000 0.272 0.728
#> SRR934888     2  0.2356    0.85020 0.000 0.928 0.072
#> SRR934889     3  0.6473    0.54886 0.020 0.312 0.668
#> SRR934890     3  0.6373    0.01976 0.408 0.004 0.588
#> SRR934891     1  0.7075    0.24645 0.496 0.020 0.484
#> SRR934892     3  0.4750    0.63504 0.000 0.216 0.784
#> SRR934893     3  0.3619    0.65524 0.000 0.136 0.864
#> SRR934894     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     3  0.5016    0.61642 0.000 0.240 0.760
#> SRR934896     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934897     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898     3  0.6486    0.65392 0.144 0.096 0.760
#> SRR934899     3  0.5859    0.44707 0.000 0.344 0.656
#> SRR934900     3  0.4172    0.64960 0.004 0.156 0.840
#> SRR934901     2  0.0892    0.88171 0.000 0.980 0.020
#> SRR934902     3  0.5497    0.50454 0.000 0.292 0.708
#> SRR934903     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     1  0.5560    0.70896 0.700 0.000 0.300
#> SRR934906     1  0.5882    0.64605 0.652 0.000 0.348
#> SRR934907     3  0.5016    0.61642 0.000 0.240 0.760
#> SRR934908     2  0.0592    0.88506 0.000 0.988 0.012
#> SRR934909     3  0.6215    0.25327 0.000 0.428 0.572
#> SRR934910     3  0.7084    0.50832 0.036 0.336 0.628
#> SRR934911     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     2  0.6252    0.24701 0.000 0.556 0.444
#> SRR934913     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     1  0.3686    0.82778 0.860 0.000 0.140
#> SRR934915     3  0.4235    0.64289 0.000 0.176 0.824
#> SRR934916     1  0.1289    0.82191 0.968 0.000 0.032
#> SRR934917     2  0.0592    0.88760 0.000 0.988 0.012
#> SRR934918     3  0.6062    0.31131 0.000 0.384 0.616
#> SRR934919     3  0.6482    0.56619 0.024 0.296 0.680
#> SRR934920     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934921     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     3  0.4654    0.64081 0.000 0.208 0.792
#> SRR934924     3  0.7084    0.50832 0.036 0.336 0.628
#> SRR934923     1  0.4702    0.78758 0.788 0.000 0.212
#> SRR934925     3  0.4974    0.62021 0.000 0.236 0.764
#> SRR934926     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     2  0.6286    0.18394 0.000 0.536 0.464
#> SRR934928     1  0.6955    0.25687 0.496 0.016 0.488
#> SRR934929     3  0.6421   -0.04615 0.424 0.004 0.572
#> SRR934930     3  0.4796    0.61637 0.000 0.220 0.780
#> SRR934931     3  0.4796    0.63633 0.000 0.220 0.780
#> SRR934932     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     2  0.6260    0.25163 0.000 0.552 0.448
#> SRR934936     3  0.4796    0.63175 0.000 0.220 0.780
#> SRR934933     1  0.6264    0.58471 0.616 0.004 0.380
#> SRR934937     3  0.3715    0.65826 0.004 0.128 0.868
#> SRR934938     3  0.4796    0.60288 0.000 0.220 0.780
#> SRR934939     1  0.6825    0.26345 0.496 0.012 0.492
#> SRR934940     3  0.4978    0.64047 0.004 0.216 0.780
#> SRR934941     3  0.6769    0.32161 0.320 0.028 0.652
#> SRR934942     3  0.4931    0.64245 0.004 0.212 0.784
#> SRR934943     3  0.6501    0.54315 0.020 0.316 0.664
#> SRR934944     1  0.4931    0.77206 0.768 0.000 0.232
#> SRR934945     3  0.7084    0.50832 0.036 0.336 0.628
#> SRR934946     3  0.6421   -0.04615 0.424 0.004 0.572
#> SRR934947     1  0.0237    0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934948     3  0.3589    0.66617 0.052 0.048 0.900
#> SRR934949     2  0.1643    0.87176 0.000 0.956 0.044
#> SRR934950     1  0.6955    0.25687 0.496 0.016 0.488
#> SRR934951     1  0.3412    0.83475 0.876 0.000 0.124
#> SRR934953     3  0.6920    0.63899 0.164 0.104 0.732
#> SRR934952     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0237    0.88991 0.000 0.996 0.004
#> SRR934955     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934956     3  0.4605    0.64374 0.000 0.204 0.796
#> SRR934957     3  0.6984    0.00926 0.420 0.020 0.560
#> SRR934958     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     1  0.5431    0.72759 0.716 0.000 0.284
#> SRR934960     1  0.0592    0.83219 0.988 0.000 0.012
#> SRR934961     2  0.1163    0.87964 0.000 0.972 0.028
#> SRR934962     2  0.0747    0.88664 0.000 0.984 0.016
#> SRR934963     3  0.7108    0.61817 0.184 0.100 0.716
#> SRR934964     3  0.3918    0.65777 0.004 0.140 0.856
#> SRR934965     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000    0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.6359    0.03578 0.404 0.004 0.592
#> SRR934968     3  0.3715    0.65826 0.004 0.128 0.868
#> SRR934969     1  0.3686    0.82942 0.860 0.000 0.140
#> SRR934970     1  0.0237    0.82943 0.996 0.000 0.004
#> SRR934971     3  0.5115    0.60518 0.004 0.228 0.768
#> SRR934972     1  0.5497    0.71816 0.708 0.000 0.292
#> SRR934973     3  0.3752    0.65385 0.000 0.144 0.856
#> SRR934974     3  0.6373    0.01976 0.408 0.004 0.588
#> SRR934975     3  0.6794    0.31165 0.324 0.028 0.648
#> SRR934976     2  0.0424    0.88773 0.000 0.992 0.008
#> SRR934977     1  0.0237    0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934978     3  0.6684    0.54189 0.032 0.292 0.676
#> SRR934979     2  0.1753    0.86895 0.000 0.952 0.048
#> SRR934980     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934981     3  0.4291    0.64245 0.000 0.180 0.820
#> SRR934982     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934983     1  0.0237    0.82943 0.996 0.000 0.004
#> SRR934984     2  0.2165    0.85775 0.000 0.936 0.064
#> SRR934985     1  0.7386    0.32369 0.508 0.032 0.460
#> SRR934986     1  0.0237    0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934987     3  0.4974    0.62565 0.000 0.236 0.764
#> SRR934988     3  0.5610    0.55383 0.196 0.028 0.776
#> SRR934989     1  0.0592    0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934990     3  0.3715    0.65826 0.004 0.128 0.868

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     1  0.4237    0.70018 0.808 0.000 0.040 0.152
#> SRR934718     1  0.2011    0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934719     4  0.7917    0.07526 0.344 0.000 0.312 0.344
#> SRR934720     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934721     1  0.5940    0.58712 0.672 0.000 0.088 0.240
#> SRR934722     3  0.5241    0.56406 0.008 0.088 0.768 0.136
#> SRR934723     1  0.3441    0.70847 0.856 0.000 0.024 0.120
#> SRR934724     1  0.7401    0.30179 0.504 0.000 0.196 0.300
#> SRR934725     1  0.1584    0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934726     4  0.6844   -0.12788 0.444 0.000 0.100 0.456
#> SRR934727     1  0.2011    0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934728     1  0.3711    0.69918 0.836 0.000 0.024 0.140
#> SRR934729     4  0.6265    0.53685 0.032 0.176 0.084 0.708
#> SRR934730     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934731     1  0.7881   -0.00419 0.384 0.000 0.296 0.320
#> SRR934732     2  0.4761    0.44856 0.000 0.664 0.332 0.004
#> SRR934733     1  0.3638    0.69950 0.848 0.000 0.032 0.120
#> SRR934734     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934735     1  0.2469    0.68202 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934736     1  0.2011    0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934737     2  0.3448    0.78638 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR934738     1  0.1584    0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934740     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934739     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934741     2  0.2266    0.87412 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR934742     1  0.3441    0.70528 0.856 0.000 0.024 0.120
#> SRR934743     1  0.4881    0.65697 0.756 0.000 0.048 0.196
#> SRR934744     3  0.2076    0.56982 0.008 0.004 0.932 0.056
#> SRR934745     4  0.7427    0.19057 0.352 0.004 0.156 0.488
#> SRR934746     2  0.1854    0.90586 0.000 0.940 0.048 0.012
#> SRR934747     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934748     1  0.6663    0.49238 0.596 0.000 0.124 0.280
#> SRR934750     2  0.0336    0.93087 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934749     1  0.5759    0.60293 0.688 0.000 0.080 0.232
#> SRR934751     1  0.5235    0.62651 0.716 0.000 0.048 0.236
#> SRR934752     1  0.1584    0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934753     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934754     1  0.1584    0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934755     3  0.7312   -0.04382 0.188 0.000 0.520 0.292
#> SRR934756     1  0.1256    0.71394 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR934757     1  0.7916   -0.09949 0.352 0.000 0.336 0.312
#> SRR934758     1  0.2011    0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934759     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934760     2  0.1305    0.91725 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR934761     3  0.4877    0.32612 0.000 0.408 0.592 0.000
#> SRR934762     1  0.1584    0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934763     1  0.4716    0.66134 0.764 0.000 0.040 0.196
#> SRR934764     1  0.1584    0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934765     1  0.6461    0.54715 0.632 0.000 0.128 0.240
#> SRR934766     1  0.4008    0.69324 0.820 0.000 0.032 0.148
#> SRR934767     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934768     1  0.2469    0.68202 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934769     3  0.6644    0.45968 0.008 0.316 0.592 0.084
#> SRR934770     1  0.2011    0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934772     4  0.8071    0.32220 0.020 0.180 0.380 0.420
#> SRR934771     1  0.6221    0.55634 0.644 0.000 0.100 0.256
#> SRR934773     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934774     3  0.7896   -0.24253 0.312 0.000 0.376 0.312
#> SRR934775     1  0.5235    0.62651 0.716 0.000 0.048 0.236
#> SRR934776     1  0.6878    0.16743 0.472 0.000 0.104 0.424
#> SRR934777     1  0.3913    0.69465 0.824 0.000 0.028 0.148
#> SRR934778     1  0.6529    0.39524 0.592 0.004 0.084 0.320
#> SRR934779     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934780     3  0.7077    0.21160 0.060 0.032 0.536 0.372
#> SRR934781     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934782     2  0.0336    0.93087 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934783     1  0.7220    0.35849 0.532 0.000 0.176 0.292
#> SRR934784     2  0.0188    0.93241 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934785     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934786     1  0.2011    0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934787     1  0.3760    0.69913 0.836 0.000 0.028 0.136
#> SRR934788     1  0.3598    0.70464 0.848 0.000 0.028 0.124
#> SRR934789     1  0.3711    0.69918 0.836 0.000 0.024 0.140
#> SRR934790     3  0.2307    0.58177 0.008 0.016 0.928 0.048
#> SRR934791     1  0.4010    0.69110 0.816 0.000 0.028 0.156
#> SRR934792     3  0.6696    0.45081 0.008 0.328 0.580 0.084
#> SRR934793     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934794     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934795     1  0.1584    0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934796     1  0.2011    0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934797     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934798     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934799     1  0.3384    0.70676 0.860 0.000 0.024 0.116
#> SRR934800     2  0.3448    0.78638 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR934801     2  0.1209    0.91954 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR934802     2  0.3448    0.78638 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR934803     1  0.7028    0.43197 0.568 0.000 0.172 0.260
#> SRR934804     3  0.4761    0.48013 0.000 0.332 0.664 0.004
#> SRR934805     1  0.4864    0.66548 0.768 0.000 0.060 0.172
#> SRR934806     1  0.5111    0.64735 0.740 0.000 0.056 0.204
#> SRR934807     4  0.6618    0.55178 0.060 0.136 0.100 0.704
#> SRR934809     1  0.7237    0.35331 0.528 0.000 0.176 0.296
#> SRR934810     1  0.7290    0.30220 0.504 0.000 0.168 0.328
#> SRR934811     4  0.6618    0.55178 0.060 0.136 0.100 0.704
#> SRR934808     1  0.7225    0.32101 0.512 0.000 0.160 0.328
#> SRR934812     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934813     3  0.4877    0.32612 0.000 0.408 0.592 0.000
#> SRR934814     1  0.1584    0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934815     4  0.8071    0.32220 0.020 0.180 0.380 0.420
#> SRR934816     2  0.0188    0.93241 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934817     3  0.4546    0.53550 0.000 0.256 0.732 0.012
#> SRR934818     3  0.7085    0.17864 0.064 0.028 0.524 0.384
#> SRR934819     1  0.2376    0.71699 0.916 0.000 0.016 0.068
#> SRR934820     1  0.6052    0.54396 0.640 0.000 0.076 0.284
#> SRR934821     3  0.7433   -0.07635 0.208 0.000 0.504 0.288
#> SRR934822     1  0.2469    0.68202 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934823     1  0.5759    0.60293 0.688 0.000 0.080 0.232
#> SRR934825     2  0.6054    0.31148 0.000 0.592 0.352 0.056
#> SRR934826     1  0.1256    0.71394 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR934827     3  0.7895    0.08317 0.172 0.024 0.512 0.292
#> SRR934828     4  0.7950    0.39000 0.020 0.180 0.316 0.484
#> SRR934829     2  0.0188    0.93241 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934830     4  0.6618    0.55178 0.060 0.136 0.100 0.704
#> SRR934831     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934832     4  0.6618    0.55178 0.060 0.136 0.100 0.704
#> SRR934833     4  0.6777    0.33203 0.296 0.012 0.092 0.600
#> SRR934834     1  0.6399    0.52202 0.620 0.000 0.104 0.276
#> SRR934835     2  0.4837    0.44191 0.000 0.648 0.348 0.004
#> SRR934836     1  0.2011    0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934837     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934838     1  0.3384    0.70676 0.860 0.000 0.024 0.116
#> SRR934839     2  0.3577    0.79640 0.000 0.832 0.156 0.012
#> SRR934840     2  0.2021    0.90122 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR934841     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934842     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934843     1  0.1256    0.71394 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR934844     1  0.3037    0.71331 0.880 0.000 0.020 0.100
#> SRR934845     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934846     2  0.2021    0.90122 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR934847     1  0.3711    0.69918 0.836 0.000 0.024 0.140
#> SRR934848     1  0.3497    0.70480 0.852 0.000 0.024 0.124
#> SRR934849     1  0.2011    0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934850     1  0.2011    0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934851     3  0.3001    0.60480 0.004 0.064 0.896 0.036
#> SRR934853     3  0.7416   -0.04662 0.192 0.000 0.496 0.312
#> SRR934852     3  0.4925    0.28487 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR934854     4  0.6844   -0.11767 0.444 0.000 0.100 0.456
#> SRR934856     1  0.2843    0.71506 0.892 0.000 0.020 0.088
#> SRR934858     1  0.2011    0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934859     2  0.0376    0.93275 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR934860     2  0.2021    0.90095 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR934861     2  0.4957    0.48239 0.000 0.668 0.320 0.012
#> SRR934862     2  0.0188    0.93259 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934863     1  0.4881    0.65565 0.756 0.000 0.048 0.196
#> SRR934864     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934865     1  0.7270    0.30358 0.504 0.000 0.164 0.332
#> SRR934866     2  0.0188    0.93241 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934867     2  0.4837    0.44191 0.000 0.648 0.348 0.004
#> SRR934868     3  0.5329    0.30127 0.000 0.420 0.568 0.012
#> SRR934869     1  0.7917   -0.12296 0.344 0.000 0.312 0.344
#> SRR934870     1  0.3711    0.69918 0.836 0.000 0.024 0.140
#> SRR934871     3  0.5629    0.52622 0.012 0.076 0.736 0.176
#> SRR934872     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934873     3  0.3372    0.60814 0.000 0.096 0.868 0.036
#> SRR934874     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934875     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934876     1  0.2882    0.71680 0.892 0.000 0.024 0.084
#> SRR934877     1  0.2909    0.71819 0.888 0.000 0.020 0.092
#> SRR934878     3  0.3612    0.59715 0.004 0.144 0.840 0.012
#> SRR934879     3  0.2156    0.56754 0.008 0.004 0.928 0.060
#> SRR934880     3  0.7416   -0.04662 0.192 0.000 0.496 0.312
#> SRR934881     3  0.4877    0.32612 0.000 0.408 0.592 0.000
#> SRR934882     3  0.5119    0.23705 0.000 0.440 0.556 0.004
#> SRR934883     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934884     4  0.6265    0.53685 0.032 0.176 0.084 0.708
#> SRR934885     4  0.8163    0.29970 0.020 0.196 0.384 0.400
#> SRR934886     3  0.7215    0.21234 0.152 0.020 0.608 0.220
#> SRR934887     3  0.3612    0.59715 0.004 0.144 0.840 0.012
#> SRR934888     2  0.2654    0.85898 0.000 0.888 0.108 0.004
#> SRR934889     4  0.8142    0.30464 0.020 0.192 0.384 0.404
#> SRR934890     4  0.7917    0.07526 0.344 0.000 0.312 0.344
#> SRR934891     1  0.7768    0.10639 0.428 0.000 0.260 0.312
#> SRR934892     3  0.4725    0.57717 0.008 0.076 0.804 0.112
#> SRR934893     3  0.2010    0.58141 0.008 0.012 0.940 0.040
#> SRR934894     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934895     3  0.5106    0.58050 0.008 0.100 0.780 0.112
#> SRR934896     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934897     2  0.0000    0.93284 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.7613    0.11998 0.120 0.024 0.508 0.348
#> SRR934899     3  0.5384    0.56445 0.000 0.196 0.728 0.076
#> SRR934900     3  0.2310    0.59165 0.004 0.028 0.928 0.040
#> SRR934901     2  0.2266    0.87412 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR934902     3  0.3926    0.58629 0.004 0.160 0.820 0.016
#> SRR934903     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934905     1  0.6301    0.54579 0.636 0.000 0.104 0.260
#> SRR934906     1  0.6634    0.48590 0.592 0.000 0.116 0.292
#> SRR934907     3  0.5106    0.58050 0.008 0.100 0.780 0.112
#> SRR934908     2  0.1902    0.89280 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR934909     3  0.4831    0.51889 0.000 0.280 0.704 0.016
#> SRR934910     4  0.6265    0.53685 0.032 0.176 0.084 0.708
#> SRR934911     2  0.0000    0.93284 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.4907    0.29010 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR934913     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934914     1  0.4010    0.69110 0.816 0.000 0.028 0.156
#> SRR934915     3  0.3089    0.60272 0.008 0.044 0.896 0.052
#> SRR934916     1  0.3266    0.65353 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR934917     2  0.1305    0.91725 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR934918     3  0.4391    0.53647 0.000 0.252 0.740 0.008
#> SRR934919     4  0.8071    0.32220 0.020 0.180 0.380 0.420
#> SRR934920     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934921     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934922     3  0.4768    0.57595 0.008 0.072 0.800 0.120
#> SRR934924     4  0.6265    0.53685 0.032 0.176 0.084 0.708
#> SRR934923     1  0.5288    0.63669 0.732 0.000 0.068 0.200
#> SRR934925     3  0.4932    0.58370 0.008 0.096 0.792 0.104
#> SRR934926     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934927     3  0.4830    0.35475 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR934928     1  0.7753    0.11308 0.432 0.000 0.256 0.312
#> SRR934929     1  0.7902   -0.07789 0.364 0.000 0.300 0.336
#> SRR934930     3  0.3056    0.60735 0.004 0.072 0.892 0.032
#> SRR934931     3  0.4837    0.57225 0.008 0.076 0.796 0.120
#> SRR934932     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934934     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934935     3  0.4866    0.32159 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR934936     3  0.4617    0.58351 0.008 0.080 0.812 0.100
#> SRR934933     1  0.7028    0.43197 0.568 0.000 0.172 0.260
#> SRR934937     3  0.1909    0.57278 0.008 0.004 0.940 0.048
#> SRR934938     3  0.3301    0.60478 0.004 0.092 0.876 0.028
#> SRR934939     1  0.7744    0.12871 0.440 0.000 0.268 0.292
#> SRR934940     3  0.5257    0.53593 0.008 0.064 0.756 0.172
#> SRR934941     3  0.7756   -0.16050 0.268 0.000 0.436 0.296
#> SRR934942     3  0.5341    0.52889 0.008 0.064 0.748 0.180
#> SRR934943     4  0.8163    0.29970 0.020 0.196 0.384 0.400
#> SRR934944     1  0.5235    0.62651 0.716 0.000 0.048 0.236
#> SRR934945     4  0.6265    0.53685 0.032 0.176 0.084 0.708
#> SRR934946     1  0.7902   -0.07789 0.364 0.000 0.300 0.336
#> SRR934947     1  0.2011    0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934948     3  0.4756    0.38555 0.052 0.000 0.772 0.176
#> SRR934949     2  0.2021    0.90122 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR934950     1  0.7753    0.11308 0.432 0.000 0.256 0.312
#> SRR934951     1  0.3427    0.70739 0.860 0.000 0.028 0.112
#> SRR934953     3  0.7900    0.07647 0.160 0.024 0.496 0.320
#> SRR934952     2  0.0336    0.93087 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934954     2  0.0524    0.93163 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR934955     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934956     3  0.5150    0.55428 0.008 0.068 0.768 0.156
#> SRR934957     1  0.7916   -0.09949 0.352 0.000 0.336 0.312
#> SRR934958     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934959     1  0.6139    0.56914 0.656 0.000 0.100 0.244
#> SRR934960     1  0.2081    0.69355 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR934961     2  0.1488    0.91514 0.000 0.956 0.032 0.012
#> SRR934962     2  0.1004    0.92603 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR934963     3  0.7389    0.16678 0.148 0.020 0.580 0.252
#> SRR934964     3  0.2825    0.58205 0.012 0.024 0.908 0.056
#> SRR934965     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934966     2  0.0188    0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934967     1  0.7920   -0.12788 0.344 0.000 0.316 0.340
#> SRR934968     3  0.1822    0.57410 0.008 0.004 0.944 0.044
#> SRR934969     1  0.3711    0.69918 0.836 0.000 0.024 0.140
#> SRR934970     1  0.2469    0.68202 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934971     3  0.3279    0.60879 0.000 0.096 0.872 0.032
#> SRR934972     1  0.6221    0.55634 0.644 0.000 0.100 0.256
#> SRR934973     3  0.2131    0.58483 0.008 0.016 0.936 0.040
#> SRR934974     4  0.7917    0.07526 0.344 0.000 0.312 0.344
#> SRR934975     3  0.7767   -0.16299 0.268 0.000 0.432 0.300
#> SRR934976     2  0.0817    0.92361 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934977     1  0.2011    0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934978     3  0.6960    0.50388 0.032 0.216 0.644 0.108
#> SRR934979     2  0.2021    0.90095 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR934980     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934981     3  0.3785    0.59729 0.004 0.056 0.856 0.084
#> SRR934982     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934983     1  0.2814    0.66969 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR934984     2  0.2402    0.88533 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR934985     1  0.6887    0.10356 0.452 0.000 0.104 0.444
#> SRR934986     1  0.2011    0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934987     3  0.5324    0.55631 0.008 0.084 0.760 0.148
#> SRR934988     3  0.6982    0.09293 0.172 0.000 0.576 0.252
#> SRR934989     1  0.3024    0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934990     3  0.1909    0.57278 0.008 0.004 0.940 0.048

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     1  0.4451     0.1645 0.504 0.000 0.004 0.492 0.000
#> SRR934718     1  0.2074     0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934719     4  0.2470     0.5843 0.000 0.000 0.104 0.884 0.012
#> SRR934720     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.3607     0.5185 0.244 0.000 0.004 0.752 0.000
#> SRR934722     3  0.5279     0.6092 0.000 0.028 0.724 0.108 0.140
#> SRR934723     1  0.4307     0.1297 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR934724     4  0.2992     0.6381 0.092 0.000 0.024 0.872 0.012
#> SRR934725     1  0.3895     0.5909 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR934726     4  0.6002     0.4795 0.132 0.000 0.008 0.596 0.264
#> SRR934727     1  0.2074     0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934728     1  0.4307     0.1876 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR934729     5  0.0324     0.7408 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR934730     2  0.0162     0.9145 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.4973     0.5822 0.064 0.000 0.132 0.756 0.048
#> SRR934732     2  0.4126     0.3359 0.000 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR934733     1  0.4937     0.3339 0.544 0.000 0.000 0.428 0.028
#> SRR934734     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.1478     0.7464 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR934736     1  0.2074     0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934737     2  0.3582     0.7183 0.000 0.768 0.224 0.000 0.008
#> SRR934738     1  0.3932     0.5826 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR934740     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.3521     0.7095 0.000 0.764 0.004 0.000 0.232
#> SRR934742     4  0.4304    -0.0978 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR934743     4  0.4524     0.3616 0.336 0.000 0.000 0.644 0.020
#> SRR934744     3  0.3171     0.6375 0.000 0.000 0.816 0.176 0.008
#> SRR934745     4  0.6031     0.2984 0.068 0.000 0.028 0.568 0.336
#> SRR934746     2  0.2079     0.8822 0.000 0.916 0.064 0.000 0.020
#> SRR934747     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.3381     0.5891 0.176 0.000 0.016 0.808 0.000
#> SRR934750     2  0.0771     0.9092 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR934749     4  0.3741     0.4925 0.264 0.000 0.004 0.732 0.000
#> SRR934751     4  0.4249     0.4440 0.296 0.000 0.000 0.688 0.016
#> SRR934752     1  0.3932     0.5826 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     1  0.3932     0.5826 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR934755     4  0.4313     0.2267 0.000 0.000 0.356 0.636 0.008
#> SRR934756     1  0.3707     0.6262 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934757     4  0.2723     0.5669 0.000 0.000 0.124 0.864 0.012
#> SRR934758     1  0.2074     0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.1478     0.8865 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.4066     0.5261 0.000 0.324 0.672 0.000 0.004
#> SRR934762     1  0.3932     0.5826 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR934763     4  0.4201     0.1635 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR934764     1  0.3932     0.5826 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR934765     4  0.4549     0.5478 0.220 0.000 0.048 0.728 0.004
#> SRR934766     4  0.4291    -0.0463 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR934767     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.1478     0.7464 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR934769     3  0.5927     0.5557 0.000 0.244 0.632 0.024 0.100
#> SRR934770     1  0.2074     0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934772     5  0.6047     0.5438 0.000 0.012 0.304 0.108 0.576
#> SRR934771     4  0.3519     0.5498 0.216 0.000 0.008 0.776 0.000
#> SRR934773     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     4  0.4545     0.4892 0.008 0.000 0.188 0.748 0.056
#> SRR934775     4  0.4249     0.4440 0.296 0.000 0.000 0.688 0.016
#> SRR934776     4  0.6096     0.5156 0.148 0.000 0.012 0.604 0.236
#> SRR934777     4  0.4294    -0.0632 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR934778     4  0.6694     0.2476 0.304 0.000 0.004 0.464 0.228
#> SRR934779     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.7044     0.1255 0.000 0.012 0.408 0.260 0.320
#> SRR934781     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0771     0.9092 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR934783     4  0.2968     0.6301 0.112 0.000 0.012 0.864 0.012
#> SRR934784     2  0.0290     0.9141 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.2074     0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934787     4  0.4446    -0.0514 0.476 0.000 0.004 0.520 0.000
#> SRR934788     4  0.4307    -0.1751 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR934789     1  0.4307     0.1876 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR934790     3  0.2929     0.6490 0.000 0.000 0.840 0.152 0.008
#> SRR934791     4  0.4283    -0.0127 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR934792     3  0.5950     0.5483 0.000 0.256 0.624 0.024 0.096
#> SRR934793     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     1  0.3932     0.5826 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR934796     1  0.2074     0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0162     0.7285 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934799     1  0.4291     0.2865 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR934800     2  0.3582     0.7183 0.000 0.768 0.224 0.000 0.008
#> SRR934801     2  0.1331     0.9004 0.000 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR934802     2  0.3582     0.7183 0.000 0.768 0.224 0.000 0.008
#> SRR934803     4  0.4396     0.6128 0.152 0.000 0.068 0.772 0.008
#> SRR934804     3  0.4262     0.5993 0.000 0.252 0.724 0.016 0.008
#> SRR934805     4  0.4192     0.1837 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR934806     4  0.3983     0.3547 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR934807     5  0.1990     0.7387 0.004 0.000 0.008 0.068 0.920
#> SRR934809     4  0.2917     0.6307 0.108 0.000 0.012 0.868 0.012
#> SRR934810     4  0.3454     0.6360 0.100 0.000 0.016 0.848 0.036
#> SRR934811     5  0.1990     0.7387 0.004 0.000 0.008 0.068 0.920
#> SRR934808     4  0.3346     0.6325 0.108 0.000 0.008 0.848 0.036
#> SRR934812     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.4066     0.5261 0.000 0.324 0.672 0.000 0.004
#> SRR934814     1  0.3895     0.5909 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR934815     5  0.6047     0.5438 0.000 0.012 0.304 0.108 0.576
#> SRR934816     2  0.0290     0.9141 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.3521     0.6429 0.000 0.172 0.808 0.008 0.012
#> SRR934818     3  0.7084     0.0914 0.000 0.012 0.388 0.272 0.328
#> SRR934819     1  0.4150     0.4758 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR934820     4  0.4157     0.5087 0.264 0.000 0.000 0.716 0.020
#> SRR934821     4  0.4252     0.2748 0.000 0.000 0.340 0.652 0.008
#> SRR934822     1  0.1478     0.7464 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR934823     4  0.3741     0.4925 0.264 0.000 0.004 0.732 0.000
#> SRR934825     2  0.5604     0.1667 0.000 0.532 0.404 0.008 0.056
#> SRR934826     1  0.3707     0.6262 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934827     4  0.7071    -0.2073 0.012 0.012 0.364 0.440 0.172
#> SRR934828     5  0.5362     0.6256 0.000 0.012 0.236 0.080 0.672
#> SRR934829     2  0.0290     0.9141 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.1990     0.7387 0.004 0.000 0.008 0.068 0.920
#> SRR934831     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.1990     0.7387 0.004 0.000 0.008 0.068 0.920
#> SRR934833     5  0.5917     0.0232 0.072 0.000 0.012 0.408 0.508
#> SRR934834     4  0.4774     0.5696 0.204 0.000 0.020 0.732 0.044
#> SRR934835     2  0.4403     0.3605 0.000 0.608 0.384 0.000 0.008
#> SRR934836     1  0.2074     0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     1  0.4291     0.2865 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR934839     2  0.3355     0.7710 0.000 0.804 0.184 0.000 0.012
#> SRR934840     2  0.2069     0.8784 0.000 0.912 0.076 0.000 0.012
#> SRR934841     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.3730     0.6220 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR934844     1  0.4410     0.3318 0.556 0.000 0.004 0.440 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.2069     0.8784 0.000 0.912 0.076 0.000 0.012
#> SRR934847     1  0.4307     0.1876 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR934848     1  0.4297     0.2606 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> SRR934849     1  0.2074     0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934850     1  0.2074     0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934851     3  0.2856     0.6775 0.000 0.016 0.872 0.104 0.008
#> SRR934853     4  0.4193     0.2619 0.000 0.000 0.304 0.684 0.012
#> SRR934852     3  0.3999     0.4944 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR934854     4  0.6164     0.4680 0.148 0.000 0.008 0.576 0.268
#> SRR934856     1  0.4383     0.3800 0.572 0.000 0.004 0.424 0.000
#> SRR934858     1  0.2074     0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934859     2  0.0404     0.9124 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.2208     0.8772 0.000 0.908 0.072 0.000 0.020
#> SRR934861     2  0.4723     0.3832 0.000 0.612 0.368 0.008 0.012
#> SRR934862     2  0.0566     0.9124 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR934863     4  0.4182     0.1885 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.3352     0.6352 0.100 0.000 0.012 0.852 0.036
#> SRR934866     2  0.0290     0.9141 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.4403     0.3605 0.000 0.608 0.384 0.000 0.008
#> SRR934868     3  0.4734     0.4884 0.000 0.344 0.632 0.008 0.016
#> SRR934869     4  0.2470     0.5843 0.000 0.000 0.104 0.884 0.012
#> SRR934870     1  0.4307     0.1876 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR934871     3  0.5678     0.5477 0.000 0.024 0.672 0.104 0.200
#> SRR934872     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.2824     0.6867 0.000 0.028 0.888 0.068 0.016
#> SRR934874     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     1  0.4074     0.5174 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR934877     1  0.3837     0.5926 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR934878     3  0.3494     0.6884 0.000 0.084 0.848 0.056 0.012
#> SRR934879     3  0.3209     0.6346 0.000 0.000 0.812 0.180 0.008
#> SRR934880     4  0.4193     0.2619 0.000 0.000 0.304 0.684 0.012
#> SRR934881     3  0.4066     0.5261 0.000 0.324 0.672 0.000 0.004
#> SRR934882     3  0.4313     0.4616 0.000 0.356 0.636 0.000 0.008
#> SRR934883     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.0324     0.7408 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR934885     5  0.5848     0.5424 0.000 0.016 0.324 0.076 0.584
#> SRR934886     3  0.5800     0.2174 0.000 0.008 0.488 0.436 0.068
#> SRR934887     3  0.3426     0.6872 0.000 0.084 0.852 0.052 0.012
#> SRR934888     2  0.2971     0.8090 0.000 0.836 0.156 0.000 0.008
#> SRR934889     5  0.5756     0.5450 0.000 0.012 0.324 0.076 0.588
#> SRR934890     4  0.2470     0.5843 0.000 0.000 0.104 0.884 0.012
#> SRR934891     4  0.2721     0.6243 0.028 0.000 0.068 0.892 0.012
#> SRR934892     3  0.4887     0.6302 0.000 0.024 0.756 0.112 0.108
#> SRR934893     3  0.2886     0.6500 0.000 0.000 0.844 0.148 0.008
#> SRR934894     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     3  0.5225     0.6354 0.000 0.044 0.740 0.108 0.108
#> SRR934896     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0162     0.9144 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934898     4  0.6829    -0.2963 0.000 0.008 0.380 0.404 0.208
#> SRR934899     3  0.5504     0.6486 0.000 0.136 0.720 0.080 0.064
#> SRR934900     3  0.2865     0.6600 0.000 0.004 0.856 0.132 0.008
#> SRR934901     2  0.3521     0.7095 0.000 0.764 0.004 0.000 0.232
#> SRR934902     3  0.3428     0.6753 0.000 0.092 0.848 0.052 0.008
#> SRR934903     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.3455     0.5581 0.208 0.000 0.008 0.784 0.000
#> SRR934906     4  0.4348     0.5644 0.216 0.000 0.032 0.744 0.008
#> SRR934907     3  0.5225     0.6354 0.000 0.044 0.740 0.108 0.108
#> SRR934908     2  0.2806     0.8063 0.000 0.844 0.004 0.000 0.152
#> SRR934909     3  0.4268     0.6262 0.000 0.200 0.760 0.020 0.020
#> SRR934910     5  0.0324     0.7408 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR934911     2  0.0162     0.9144 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.4118     0.5039 0.000 0.336 0.660 0.000 0.004
#> SRR934913     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.4283    -0.0127 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR934915     3  0.3005     0.6786 0.000 0.012 0.856 0.124 0.008
#> SRR934916     1  0.1117     0.7192 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR934917     2  0.1478     0.8865 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.3881     0.6434 0.000 0.180 0.788 0.024 0.008
#> SRR934919     5  0.6047     0.5438 0.000 0.012 0.304 0.108 0.576
#> SRR934920     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.4976     0.6288 0.000 0.024 0.748 0.124 0.104
#> SRR934924     5  0.0486     0.7412 0.000 0.004 0.004 0.004 0.988
#> SRR934923     4  0.4088     0.4369 0.304 0.000 0.008 0.688 0.000
#> SRR934925     3  0.5175     0.6407 0.000 0.044 0.744 0.112 0.100
#> SRR934926     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.3990     0.5549 0.000 0.308 0.688 0.000 0.004
#> SRR934928     4  0.2656     0.6264 0.028 0.000 0.064 0.896 0.012
#> SRR934929     4  0.2956     0.5985 0.012 0.000 0.096 0.872 0.020
#> SRR934930     3  0.3096     0.6794 0.000 0.024 0.860 0.108 0.008
#> SRR934931     3  0.4894     0.6240 0.000 0.020 0.752 0.116 0.112
#> SRR934932     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.4047     0.5304 0.000 0.320 0.676 0.000 0.004
#> SRR934936     3  0.4971     0.6347 0.000 0.028 0.752 0.112 0.108
#> SRR934933     4  0.4396     0.6128 0.152 0.000 0.068 0.772 0.008
#> SRR934937     3  0.3053     0.6430 0.000 0.000 0.828 0.164 0.008
#> SRR934938     3  0.2952     0.6797 0.000 0.036 0.872 0.088 0.004
#> SRR934939     4  0.3348     0.6318 0.040 0.000 0.080 0.860 0.020
#> SRR934940     3  0.5514     0.5646 0.000 0.020 0.688 0.108 0.184
#> SRR934941     4  0.3807     0.4255 0.000 0.000 0.240 0.748 0.012
#> SRR934942     3  0.5578     0.5546 0.000 0.020 0.680 0.108 0.192
#> SRR934943     5  0.5848     0.5424 0.000 0.016 0.324 0.076 0.584
#> SRR934944     4  0.4249     0.4440 0.296 0.000 0.000 0.688 0.016
#> SRR934945     5  0.0486     0.7412 0.000 0.004 0.004 0.004 0.988
#> SRR934946     4  0.2956     0.5985 0.012 0.000 0.096 0.872 0.020
#> SRR934947     1  0.2074     0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934948     3  0.4341     0.4279 0.000 0.000 0.628 0.364 0.008
#> SRR934949     2  0.2069     0.8784 0.000 0.912 0.076 0.000 0.012
#> SRR934950     4  0.2656     0.6264 0.028 0.000 0.064 0.896 0.012
#> SRR934951     1  0.4304     0.2323 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR934953     4  0.7366    -0.2437 0.012 0.012 0.352 0.380 0.244
#> SRR934952     2  0.0771     0.9092 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR934954     2  0.0794     0.9065 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.5327     0.6048 0.000 0.020 0.712 0.148 0.120
#> SRR934957     4  0.2723     0.5669 0.000 0.000 0.124 0.864 0.012
#> SRR934958     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.3612     0.5386 0.228 0.000 0.008 0.764 0.000
#> SRR934960     1  0.1965     0.7472 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR934961     2  0.1701     0.8934 0.000 0.936 0.048 0.000 0.016
#> SRR934962     2  0.1197     0.8997 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR934963     4  0.6069    -0.1899 0.000 0.008 0.448 0.452 0.092
#> SRR934964     3  0.2971     0.6499 0.000 0.000 0.836 0.156 0.008
#> SRR934965     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     4  0.2522     0.5819 0.000 0.000 0.108 0.880 0.012
#> SRR934968     3  0.3013     0.6450 0.000 0.000 0.832 0.160 0.008
#> SRR934969     1  0.4307     0.1876 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR934970     1  0.1671     0.7483 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR934971     3  0.2784     0.6875 0.000 0.028 0.888 0.072 0.012
#> SRR934972     4  0.3519     0.5498 0.216 0.000 0.008 0.776 0.000
#> SRR934973     3  0.2763     0.6535 0.000 0.000 0.848 0.148 0.004
#> SRR934974     4  0.2470     0.5843 0.000 0.000 0.104 0.884 0.012
#> SRR934975     4  0.3779     0.4311 0.000 0.000 0.236 0.752 0.012
#> SRR934976     2  0.1571     0.8883 0.000 0.936 0.004 0.000 0.060
#> SRR934977     1  0.2074     0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934978     3  0.6416     0.5829 0.000 0.176 0.616 0.168 0.040
#> SRR934979     2  0.2208     0.8772 0.000 0.908 0.072 0.000 0.020
#> SRR934980     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.4195     0.6720 0.000 0.024 0.796 0.140 0.040
#> SRR934982     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0703     0.7355 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934984     2  0.2408     0.8639 0.000 0.892 0.092 0.000 0.016
#> SRR934985     4  0.6150     0.4926 0.144 0.000 0.012 0.592 0.252
#> SRR934986     1  0.2074     0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934987     3  0.5435     0.5945 0.000 0.028 0.708 0.108 0.156
#> SRR934988     4  0.4697     0.0212 0.000 0.000 0.388 0.592 0.020
#> SRR934989     1  0.0000     0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.3053     0.6430 0.000 0.000 0.828 0.164 0.008

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.4116    0.23685 0.416 0.000 0.000 0.572 0.000 0.012
#> SRR934718     1  0.2260    0.77602 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934719     4  0.4473    0.44712 0.000 0.000 0.072 0.676 0.000 0.252
#> SRR934720     1  0.0260    0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934721     4  0.3637    0.61919 0.164 0.000 0.000 0.780 0.000 0.056
#> SRR934722     3  0.3799    0.44575 0.000 0.008 0.808 0.052 0.116 0.016
#> SRR934723     4  0.4229    0.19083 0.436 0.000 0.000 0.548 0.000 0.016
#> SRR934724     4  0.3176    0.63442 0.036 0.000 0.040 0.860 0.004 0.060
#> SRR934725     1  0.4004    0.46305 0.620 0.000 0.000 0.368 0.000 0.012
#> SRR934726     4  0.5699    0.44405 0.080 0.000 0.024 0.624 0.248 0.024
#> SRR934727     1  0.2178    0.77915 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.3810    0.19550 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR934729     5  0.0146    0.72323 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934730     2  0.0405    0.89775 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR934731     4  0.4981    0.52462 0.024 0.000 0.144 0.732 0.036 0.064
#> SRR934732     2  0.4961    0.32744 0.000 0.592 0.320 0.000 0.000 0.088
#> SRR934733     1  0.5032    0.04453 0.484 0.000 0.008 0.468 0.020 0.020
#> SRR934734     1  0.0405    0.76630 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR934735     1  0.1663    0.78330 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.2178    0.77915 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.4366    0.65939 0.000 0.712 0.212 0.000 0.004 0.072
#> SRR934738     1  0.4026    0.44766 0.612 0.000 0.000 0.376 0.000 0.012
#> SRR934740     1  0.0260    0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934739     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.3411    0.69834 0.000 0.756 0.008 0.000 0.232 0.004
#> SRR934742     4  0.4254    0.26822 0.404 0.000 0.000 0.576 0.000 0.020
#> SRR934743     4  0.4049    0.55910 0.224 0.000 0.004 0.736 0.012 0.024
#> SRR934744     6  0.4316    0.72078 0.000 0.000 0.312 0.040 0.000 0.648
#> SRR934745     4  0.5847    0.23654 0.032 0.000 0.052 0.572 0.316 0.028
#> SRR934746     2  0.2796    0.84331 0.000 0.868 0.080 0.000 0.008 0.044
#> SRR934747     2  0.0405    0.89785 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR934748     4  0.3658    0.64372 0.104 0.000 0.000 0.792 0.000 0.104
#> SRR934750     2  0.0837    0.89301 0.000 0.972 0.004 0.000 0.020 0.004
#> SRR934749     4  0.3490    0.60959 0.176 0.000 0.000 0.784 0.000 0.040
#> SRR934751     4  0.3404    0.59802 0.184 0.000 0.004 0.792 0.008 0.012
#> SRR934752     1  0.4026    0.44766 0.612 0.000 0.000 0.376 0.000 0.012
#> SRR934753     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     1  0.4026    0.44766 0.612 0.000 0.000 0.376 0.000 0.012
#> SRR934755     6  0.3835    0.31556 0.000 0.000 0.012 0.320 0.000 0.668
#> SRR934756     1  0.3852    0.53553 0.664 0.000 0.000 0.324 0.000 0.012
#> SRR934757     4  0.4824    0.42961 0.000 0.000 0.136 0.680 0.004 0.180
#> SRR934758     1  0.2178    0.77915 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0260    0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934760     2  0.1807    0.86588 0.000 0.920 0.060 0.000 0.000 0.020
#> SRR934761     3  0.5648    0.30974 0.000 0.240 0.536 0.000 0.000 0.224
#> SRR934762     1  0.4026    0.44766 0.612 0.000 0.000 0.376 0.000 0.012
#> SRR934763     4  0.3531    0.42845 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000
#> SRR934764     1  0.4026    0.44766 0.612 0.000 0.000 0.376 0.000 0.012
#> SRR934765     4  0.4752    0.61374 0.140 0.000 0.000 0.676 0.000 0.184
#> SRR934766     4  0.3992    0.36175 0.364 0.000 0.000 0.624 0.000 0.012
#> SRR934767     1  0.0260    0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934768     1  0.1663    0.78330 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.6020    0.41091 0.000 0.180 0.636 0.016 0.080 0.088
#> SRR934770     1  0.2260    0.77602 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934772     5  0.5520    0.56476 0.000 0.000 0.368 0.076 0.532 0.024
#> SRR934771     4  0.3435    0.63050 0.136 0.000 0.000 0.804 0.000 0.060
#> SRR934773     1  0.0260    0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934774     4  0.5939    0.31069 0.000 0.000 0.164 0.588 0.040 0.208
#> SRR934775     4  0.3404    0.59802 0.184 0.000 0.004 0.792 0.008 0.012
#> SRR934776     4  0.5669    0.48603 0.096 0.000 0.020 0.636 0.224 0.024
#> SRR934777     4  0.4004    0.35255 0.368 0.000 0.000 0.620 0.000 0.012
#> SRR934778     4  0.6456    0.37172 0.248 0.000 0.008 0.496 0.224 0.024
#> SRR934779     1  0.0260    0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934780     3  0.6516    0.10606 0.000 0.000 0.460 0.220 0.284 0.036
#> SRR934781     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0837    0.89301 0.000 0.972 0.004 0.000 0.020 0.004
#> SRR934783     4  0.3187    0.64774 0.052 0.000 0.036 0.860 0.004 0.048
#> SRR934784     2  0.0603    0.89639 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR934785     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.2260    0.77602 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934787     4  0.4326    0.28803 0.404 0.000 0.000 0.572 0.000 0.024
#> SRR934788     4  0.3984    0.28960 0.396 0.000 0.000 0.596 0.000 0.008
#> SRR934789     4  0.3810    0.19550 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR934790     6  0.4428    0.68797 0.000 0.000 0.388 0.032 0.000 0.580
#> SRR934791     4  0.3967    0.37768 0.356 0.000 0.000 0.632 0.000 0.012
#> SRR934792     3  0.6072    0.40736 0.000 0.188 0.628 0.016 0.076 0.092
#> SRR934793     1  0.0260    0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934794     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     1  0.4026    0.44766 0.612 0.000 0.000 0.376 0.000 0.012
#> SRR934796     1  0.2260    0.77602 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0260    0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934798     1  0.0260    0.77088 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.4067    0.13756 0.444 0.000 0.000 0.548 0.000 0.008
#> SRR934800     2  0.4366    0.65939 0.000 0.712 0.212 0.000 0.004 0.072
#> SRR934801     2  0.1528    0.88067 0.000 0.936 0.048 0.000 0.000 0.016
#> SRR934802     2  0.4366    0.65939 0.000 0.712 0.212 0.000 0.004 0.072
#> SRR934803     4  0.3672    0.64514 0.064 0.000 0.052 0.824 0.000 0.060
#> SRR934804     3  0.5590    0.30502 0.000 0.188 0.588 0.004 0.004 0.216
#> SRR934805     4  0.4331    0.42648 0.340 0.000 0.016 0.632 0.000 0.012
#> SRR934806     4  0.3695    0.55140 0.244 0.000 0.000 0.732 0.000 0.024
#> SRR934807     5  0.2039    0.72057 0.000 0.000 0.012 0.052 0.916 0.020
#> SRR934809     4  0.3123    0.64593 0.048 0.000 0.036 0.864 0.004 0.048
#> SRR934810     4  0.3600    0.63518 0.044 0.000 0.044 0.844 0.024 0.044
#> SRR934811     5  0.2039    0.72057 0.000 0.000 0.012 0.052 0.916 0.020
#> SRR934808     4  0.3528    0.64003 0.048 0.000 0.036 0.848 0.024 0.044
#> SRR934812     1  0.0260    0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934813     3  0.5648    0.30974 0.000 0.240 0.536 0.000 0.000 0.224
#> SRR934814     1  0.4004    0.46305 0.620 0.000 0.000 0.368 0.000 0.012
#> SRR934815     5  0.5520    0.56476 0.000 0.000 0.368 0.076 0.532 0.024
#> SRR934816     2  0.0603    0.89639 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR934817     3  0.4418    0.33874 0.000 0.100 0.708 0.000 0.000 0.192
#> SRR934818     3  0.6674    0.08460 0.000 0.000 0.436 0.228 0.292 0.044
#> SRR934819     1  0.4300    0.25383 0.548 0.000 0.000 0.432 0.000 0.020
#> SRR934820     4  0.4085    0.60019 0.200 0.000 0.012 0.752 0.012 0.024
#> SRR934821     6  0.3912    0.26467 0.000 0.000 0.012 0.340 0.000 0.648
#> SRR934822     1  0.1663    0.78330 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.3490    0.60959 0.176 0.000 0.000 0.784 0.000 0.040
#> SRR934825     2  0.6277    0.06605 0.000 0.464 0.388 0.008 0.044 0.096
#> SRR934826     1  0.3852    0.53553 0.664 0.000 0.000 0.324 0.000 0.012
#> SRR934827     3  0.6790    0.11386 0.004 0.000 0.404 0.384 0.136 0.072
#> SRR934828     5  0.4851    0.62582 0.000 0.000 0.292 0.060 0.636 0.012
#> SRR934829     2  0.0603    0.89639 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR934830     5  0.2039    0.72057 0.000 0.000 0.012 0.052 0.916 0.020
#> SRR934831     1  0.0260    0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934832     5  0.2039    0.72057 0.000 0.000 0.012 0.052 0.916 0.020
#> SRR934833     5  0.5519    0.09244 0.032 0.000 0.020 0.428 0.496 0.024
#> SRR934834     4  0.4016    0.63573 0.100 0.000 0.020 0.808 0.032 0.040
#> SRR934835     2  0.5357    0.26999 0.000 0.536 0.340 0.000 0.000 0.124
#> SRR934836     1  0.2260    0.77602 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.4067    0.13756 0.444 0.000 0.000 0.548 0.000 0.008
#> SRR934839     2  0.3776    0.73078 0.000 0.760 0.188 0.000 0.000 0.052
#> SRR934840     2  0.2697    0.83917 0.000 0.864 0.092 0.000 0.000 0.044
#> SRR934841     1  0.0260    0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934842     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.3883    0.52146 0.656 0.000 0.000 0.332 0.000 0.012
#> SRR934844     4  0.4338    0.00346 0.488 0.000 0.000 0.492 0.000 0.020
#> SRR934845     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.2697    0.83917 0.000 0.864 0.092 0.000 0.000 0.044
#> SRR934847     4  0.3810    0.19550 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR934848     4  0.4039    0.19489 0.424 0.000 0.000 0.568 0.000 0.008
#> SRR934849     1  0.2178    0.77915 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.2178    0.77915 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.4521   -0.34721 0.000 0.004 0.568 0.028 0.000 0.400
#> SRR934853     4  0.5385   -0.08008 0.000 0.000 0.112 0.468 0.000 0.420
#> SRR934852     3  0.5749    0.29665 0.000 0.260 0.512 0.000 0.000 0.228
#> SRR934854     4  0.5819    0.43333 0.096 0.000 0.020 0.608 0.252 0.024
#> SRR934856     1  0.4260    0.08125 0.512 0.000 0.000 0.472 0.000 0.016
#> SRR934858     1  0.2178    0.77915 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0508    0.89639 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR934860     2  0.2914    0.83847 0.000 0.860 0.084 0.000 0.008 0.048
#> SRR934861     2  0.5434    0.31280 0.000 0.544 0.312 0.000 0.000 0.144
#> SRR934862     2  0.0653    0.89617 0.000 0.980 0.004 0.000 0.012 0.004
#> SRR934863     4  0.3652    0.43661 0.324 0.000 0.000 0.672 0.000 0.004
#> SRR934864     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.3598    0.63551 0.044 0.000 0.040 0.844 0.024 0.048
#> SRR934866     2  0.0603    0.89639 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR934867     2  0.5357    0.26999 0.000 0.536 0.340 0.000 0.000 0.124
#> SRR934868     3  0.5620    0.30791 0.000 0.272 0.552 0.000 0.004 0.172
#> SRR934869     4  0.4473    0.44712 0.000 0.000 0.072 0.676 0.000 0.252
#> SRR934870     4  0.3810    0.19550 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR934871     3  0.4291    0.41260 0.000 0.004 0.756 0.064 0.160 0.016
#> SRR934872     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.3779    0.13748 0.000 0.000 0.708 0.008 0.008 0.276
#> SRR934874     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     1  0.3828    0.28328 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR934877     1  0.3911    0.45625 0.624 0.000 0.000 0.368 0.000 0.008
#> SRR934878     3  0.4882    0.02474 0.000 0.044 0.636 0.016 0.004 0.300
#> SRR934879     6  0.4377    0.71930 0.000 0.000 0.312 0.044 0.000 0.644
#> SRR934880     4  0.5385   -0.08008 0.000 0.000 0.112 0.468 0.000 0.420
#> SRR934881     3  0.5648    0.30974 0.000 0.240 0.536 0.000 0.000 0.224
#> SRR934882     3  0.5640    0.30878 0.000 0.268 0.532 0.000 0.000 0.200
#> SRR934883     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.0146    0.72323 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934885     5  0.5294    0.55755 0.000 0.004 0.380 0.056 0.544 0.016
#> SRR934886     3  0.6754    0.00768 0.000 0.000 0.428 0.276 0.048 0.248
#> SRR934887     3  0.4930    0.01201 0.000 0.044 0.624 0.016 0.004 0.312
#> SRR934888     2  0.3695    0.74917 0.000 0.776 0.164 0.000 0.000 0.060
#> SRR934889     5  0.5170    0.55834 0.000 0.000 0.384 0.056 0.544 0.016
#> SRR934890     4  0.4473    0.44712 0.000 0.000 0.072 0.676 0.000 0.252
#> SRR934891     4  0.3914    0.56198 0.012 0.000 0.096 0.796 0.004 0.092
#> SRR934892     3  0.3590    0.43561 0.000 0.000 0.828 0.052 0.076 0.044
#> SRR934893     6  0.4482    0.65430 0.000 0.000 0.416 0.032 0.000 0.552
#> SRR934894     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     3  0.4069    0.45106 0.000 0.016 0.808 0.052 0.084 0.040
#> SRR934896     1  0.0260    0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934897     2  0.0291    0.89771 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR934898     3  0.6729    0.12162 0.000 0.000 0.404 0.364 0.172 0.060
#> SRR934899     3  0.5421    0.43302 0.000 0.084 0.720 0.048 0.056 0.092
#> SRR934900     6  0.4499    0.63432 0.000 0.000 0.428 0.032 0.000 0.540
#> SRR934901     2  0.3411    0.69834 0.000 0.756 0.008 0.000 0.232 0.004
#> SRR934902     3  0.5390   -0.27507 0.000 0.072 0.508 0.016 0.000 0.404
#> SRR934903     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.3508    0.63340 0.132 0.000 0.000 0.800 0.000 0.068
#> SRR934906     4  0.4945    0.61464 0.160 0.000 0.004 0.680 0.004 0.152
#> SRR934907     3  0.4069    0.45106 0.000 0.016 0.808 0.052 0.084 0.040
#> SRR934908     2  0.2734    0.79214 0.000 0.840 0.008 0.000 0.148 0.004
#> SRR934909     3  0.5129    0.34864 0.000 0.128 0.672 0.008 0.008 0.184
#> SRR934910     5  0.0363    0.71920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934911     2  0.0291    0.89771 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR934912     3  0.5608    0.31101 0.000 0.260 0.540 0.000 0.000 0.200
#> SRR934913     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.3967    0.37768 0.356 0.000 0.000 0.632 0.000 0.012
#> SRR934915     3  0.4794   -0.13846 0.000 0.004 0.620 0.052 0.004 0.320
#> SRR934916     1  0.1321    0.75569 0.952 0.000 0.000 0.024 0.020 0.004
#> SRR934917     2  0.1807    0.86588 0.000 0.920 0.060 0.000 0.000 0.020
#> SRR934918     3  0.5523    0.12761 0.000 0.140 0.548 0.004 0.000 0.308
#> SRR934919     5  0.5520    0.56476 0.000 0.000 0.368 0.076 0.532 0.024
#> SRR934920     1  0.0260    0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934921     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.3758    0.43158 0.000 0.000 0.816 0.068 0.076 0.040
#> SRR934924     5  0.0508    0.72032 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR934923     4  0.3618    0.59153 0.192 0.000 0.000 0.768 0.000 0.040
#> SRR934925     3  0.4031    0.44791 0.000 0.016 0.812 0.052 0.076 0.044
#> SRR934926     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.5481    0.31723 0.000 0.232 0.568 0.000 0.000 0.200
#> SRR934928     4  0.3960    0.56275 0.012 0.000 0.092 0.792 0.004 0.100
#> SRR934929     4  0.4465    0.48395 0.000 0.000 0.080 0.704 0.004 0.212
#> SRR934930     3  0.2776    0.38033 0.000 0.000 0.860 0.052 0.000 0.088
#> SRR934931     3  0.3755    0.43533 0.000 0.000 0.816 0.056 0.084 0.044
#> SRR934932     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.5649    0.30246 0.000 0.228 0.536 0.000 0.000 0.236
#> SRR934936     3  0.3578    0.44283 0.000 0.004 0.832 0.052 0.080 0.032
#> SRR934933     4  0.3672    0.64514 0.064 0.000 0.052 0.824 0.000 0.060
#> SRR934937     6  0.4363    0.72401 0.000 0.000 0.324 0.040 0.000 0.636
#> SRR934938     6  0.4722    0.46952 0.000 0.012 0.476 0.024 0.000 0.488
#> SRR934939     4  0.3768    0.57799 0.012 0.000 0.096 0.812 0.008 0.072
#> SRR934940     3  0.4035    0.43036 0.000 0.000 0.776 0.060 0.144 0.020
#> SRR934941     4  0.5428    0.19139 0.000 0.000 0.128 0.560 0.004 0.308
#> SRR934942     3  0.4108    0.42348 0.000 0.000 0.768 0.060 0.152 0.020
#> SRR934943     5  0.5294    0.55755 0.000 0.004 0.380 0.056 0.544 0.016
#> SRR934944     4  0.3404    0.59802 0.184 0.000 0.004 0.792 0.008 0.012
#> SRR934945     5  0.0508    0.72032 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR934946     4  0.4465    0.48395 0.000 0.000 0.080 0.704 0.004 0.212
#> SRR934947     1  0.2178    0.77915 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934948     6  0.4890    0.52435 0.000 0.000 0.204 0.140 0.000 0.656
#> SRR934949     2  0.2697    0.83917 0.000 0.864 0.092 0.000 0.000 0.044
#> SRR934950     4  0.3960    0.56275 0.012 0.000 0.092 0.792 0.004 0.100
#> SRR934951     4  0.4051    0.18940 0.432 0.000 0.000 0.560 0.000 0.008
#> SRR934953     3  0.6913    0.08504 0.004 0.000 0.392 0.340 0.212 0.052
#> SRR934952     2  0.0837    0.89301 0.000 0.972 0.004 0.000 0.020 0.004
#> SRR934954     2  0.1003    0.88893 0.000 0.964 0.020 0.000 0.000 0.016
#> SRR934955     1  0.0260    0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934956     3  0.4420    0.41007 0.000 0.000 0.768 0.088 0.088 0.056
#> SRR934957     4  0.4824    0.42961 0.000 0.000 0.136 0.680 0.004 0.180
#> SRR934958     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.3551    0.62646 0.148 0.000 0.000 0.792 0.000 0.060
#> SRR934960     1  0.2048    0.77805 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR934961     2  0.2249    0.86302 0.000 0.900 0.064 0.000 0.004 0.032
#> SRR934962     2  0.1616    0.87815 0.000 0.932 0.048 0.000 0.000 0.020
#> SRR934963     3  0.6974    0.03965 0.000 0.000 0.408 0.300 0.072 0.220
#> SRR934964     6  0.4396    0.70756 0.000 0.000 0.352 0.036 0.000 0.612
#> SRR934965     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000    0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     4  0.4495    0.44232 0.000 0.000 0.072 0.672 0.000 0.256
#> SRR934968     6  0.4446    0.71703 0.000 0.000 0.348 0.040 0.000 0.612
#> SRR934969     4  0.3810    0.19550 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR934970     1  0.1863    0.78315 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.3863    0.19481 0.000 0.000 0.728 0.020 0.008 0.244
#> SRR934972     4  0.3435    0.63050 0.136 0.000 0.000 0.804 0.000 0.060
#> SRR934973     6  0.4468    0.66427 0.000 0.000 0.408 0.032 0.000 0.560
#> SRR934974     4  0.4473    0.44712 0.000 0.000 0.072 0.676 0.000 0.252
#> SRR934975     4  0.5395    0.19796 0.000 0.000 0.124 0.564 0.004 0.308
#> SRR934976     2  0.1555    0.87190 0.000 0.932 0.004 0.000 0.060 0.004
#> SRR934977     1  0.2260    0.77602 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.6859    0.26881 0.000 0.120 0.528 0.060 0.036 0.256
#> SRR934979     2  0.2914    0.83847 0.000 0.860 0.084 0.000 0.008 0.048
#> SRR934980     1  0.0146    0.76768 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934981     3  0.5328    0.08523 0.000 0.004 0.640 0.072 0.032 0.252
#> SRR934982     1  0.0291    0.76657 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR934983     1  0.0937    0.77697 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.3049    0.82455 0.000 0.844 0.104 0.000 0.004 0.048
#> SRR934985     4  0.5790    0.45740 0.092 0.000 0.024 0.620 0.240 0.024
#> SRR934986     1  0.2260    0.77602 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934987     3  0.3985    0.44309 0.000 0.008 0.792 0.056 0.128 0.016
#> SRR934988     4  0.6055   -0.23916 0.000 0.000 0.212 0.400 0.004 0.384
#> SRR934989     1  0.0260    0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934990     6  0.4363    0.72401 0.000 0.000 0.324 0.040 0.000 0.636

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-hclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-hclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-hclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-hclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:kmeans*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-kmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-kmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.982       0.993         0.5019 0.498   0.498
#> 3 3 0.923           0.931       0.970         0.3198 0.705   0.478
#> 4 4 0.674           0.610       0.786         0.1172 0.807   0.505
#> 5 5 0.778           0.842       0.882         0.0687 0.860   0.530
#> 6 6 0.759           0.675       0.803         0.0444 0.912   0.620

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934719     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934722     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934723     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934724     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934725     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934730     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934731     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934733     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934742     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934744     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934745     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934750     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934755     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934756     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934757     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934758     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934766     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934771     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934774     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934775     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934776     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934778     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934779     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934780     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934781     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934790     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934791     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934793     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934807     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934809     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934810     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934811     2  0.9460      0.441 0.364 0.636
#> SRR934808     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934815     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934816     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934818     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934819     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934821     1  0.0938      0.987 0.988 0.012
#> SRR934822     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934827     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934828     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934829     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934830     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934831     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934832     2  0.6148      0.819 0.152 0.848
#> SRR934833     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934834     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934851     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934853     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934854     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934856     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934869     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934870     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934871     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934872     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934873     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934874     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934878     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934879     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934880     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934881     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934882     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934883     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934885     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934886     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934887     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934888     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934890     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934891     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934892     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934893     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934898     2  0.5519      0.850 0.128 0.872
#> SRR934899     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934900     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934902     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934906     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934907     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934908     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934913     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934915     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934916     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934919     2  0.6801      0.781 0.180 0.820
#> SRR934920     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934922     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934924     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934923     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934926     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934928     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934929     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934930     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934931     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934936     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934933     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934937     2  0.0376      0.982 0.004 0.996
#> SRR934938     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934939     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934940     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934941     1  0.1414      0.979 0.980 0.020
#> SRR934942     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934943     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934945     2  0.9710      0.349 0.400 0.600
#> SRR934946     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934947     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934948     2  0.7139      0.758 0.196 0.804
#> SRR934949     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934950     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934951     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934953     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934952     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934956     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934957     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934958     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934959     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934960     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934963     2  0.9732      0.338 0.404 0.596
#> SRR934964     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934967     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934968     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934969     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934972     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934973     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934974     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934975     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934976     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934978     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934979     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934981     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934982     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934985     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934986     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000      0.986 0.000 1.000
#> SRR934988     1  0.5629      0.845 0.868 0.132
#> SRR934989     1  0.0000      0.999 1.000 0.000
#> SRR934990     2  0.0000      0.986 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934718     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934722     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934723     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724     3  0.3038     0.8528 0.104 0.000 0.896
#> SRR934725     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934726     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934727     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934729     3  0.5058     0.6812 0.000 0.244 0.756
#> SRR934730     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     3  0.0237     0.9417 0.004 0.000 0.996
#> SRR934732     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934734     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934740     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934743     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745     3  0.0892     0.9298 0.020 0.000 0.980
#> SRR934746     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     3  0.4842     0.7130 0.224 0.000 0.776
#> SRR934750     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934751     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934752     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934753     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934755     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761     3  0.6154     0.2814 0.000 0.408 0.592
#> SRR934762     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934763     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934764     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934765     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934766     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934767     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934770     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934771     1  0.0747     0.9824 0.984 0.000 0.016
#> SRR934773     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934776     3  0.0892     0.9298 0.020 0.000 0.980
#> SRR934777     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934778     3  0.4931     0.7057 0.232 0.000 0.768
#> SRR934779     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783     1  0.3340     0.8616 0.880 0.000 0.120
#> SRR934784     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934790     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934792     3  0.5431     0.5813 0.000 0.284 0.716
#> SRR934793     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934796     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934800     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934804     3  0.6252     0.1617 0.000 0.444 0.556
#> SRR934805     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934806     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934807     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809     1  0.5058     0.6698 0.756 0.000 0.244
#> SRR934810     3  0.0592     0.9360 0.012 0.000 0.988
#> SRR934811     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934808     3  0.5291     0.6527 0.268 0.000 0.732
#> SRR934812     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813     2  0.5529     0.6035 0.000 0.704 0.296
#> SRR934814     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934815     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934816     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     3  0.3340     0.8343 0.000 0.120 0.880
#> SRR934818     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934820     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934821     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934825     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934828     3  0.0747     0.9329 0.016 0.000 0.984
#> SRR934829     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833     3  0.2878     0.8618 0.096 0.000 0.904
#> SRR934834     3  0.5591     0.5843 0.304 0.000 0.696
#> SRR934835     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934839     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934845     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934848     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934849     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934853     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852     2  0.4750     0.7292 0.000 0.784 0.216
#> SRR934854     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934856     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934858     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934864     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934866     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867     2  0.4346     0.7742 0.000 0.816 0.184
#> SRR934868     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934871     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934872     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934874     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934877     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934879     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881     2  0.5397     0.6318 0.000 0.720 0.280
#> SRR934882     2  0.5529     0.6036 0.000 0.704 0.296
#> SRR934883     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     3  0.5098     0.6751 0.000 0.248 0.752
#> SRR934885     3  0.4931     0.6993 0.000 0.232 0.768
#> SRR934886     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934887     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934888     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889     3  0.4931     0.6993 0.000 0.232 0.768
#> SRR934890     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934894     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934896     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899     3  0.0424     0.9406 0.000 0.008 0.992
#> SRR934900     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934901     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934903     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     3  0.5560     0.5826 0.300 0.000 0.700
#> SRR934906     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934907     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934908     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934910     3  0.5098     0.6751 0.000 0.248 0.752
#> SRR934911     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     2  0.5431     0.6251 0.000 0.716 0.284
#> SRR934913     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934915     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934916     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     3  0.1643     0.9112 0.000 0.044 0.956
#> SRR934919     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934920     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924     3  0.5621     0.5768 0.308 0.000 0.692
#> SRR934923     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934926     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     2  0.5497     0.6110 0.000 0.708 0.292
#> SRR934928     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934930     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934931     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     2  0.3752     0.8211 0.000 0.856 0.144
#> SRR934936     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934933     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934937     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934939     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934941     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934943     2  0.6299     0.0388 0.000 0.524 0.476
#> SRR934944     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934945     3  0.4861     0.7570 0.192 0.008 0.800
#> SRR934946     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934953     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934952     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934957     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     1  0.0747     0.9824 0.984 0.000 0.016
#> SRR934960     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934964     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934965     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934969     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934970     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934972     1  0.0237     0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934973     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934974     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934979     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934982     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985     3  0.5733     0.5452 0.324 0.000 0.676
#> SRR934986     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987     3  0.0237     0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934988     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000     0.9438 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     4  0.5000    -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934718     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     4  0.3172     0.6048 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR934720     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.5604    -0.1642 0.476 0.000 0.020 0.504
#> SRR934722     3  0.4406     0.6992 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR934723     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.2704     0.6166 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR934725     1  0.4994     0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934726     4  0.3172     0.5361 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR934727     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     1  0.4994     0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934729     4  0.7430    -0.1526 0.000 0.228 0.260 0.512
#> SRR934730     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.2345     0.6219 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR934732     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934733     4  0.5000    -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934734     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0469     0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934738     1  0.4994     0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934740     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.3463     0.8476 0.000 0.864 0.040 0.096
#> SRR934742     4  0.5000    -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934743     1  0.1867     0.7294 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934744     3  0.0707     0.7896 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934745     4  0.3266     0.4419 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934746     2  0.5453     0.4902 0.000 0.660 0.304 0.036
#> SRR934747     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.3528     0.5891 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR934750     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749     1  0.4994     0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934751     1  0.4999     0.2197 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR934752     4  0.5000    -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934753     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     1  0.4994     0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934755     3  0.3356     0.6988 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR934756     1  0.2281     0.7179 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR934757     4  0.3942     0.5259 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR934758     1  0.1118     0.7507 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934759     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.0707     0.7872 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934762     4  0.5000    -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934763     4  0.4961    -0.0721 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR934764     1  0.4994     0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934765     1  0.5861     0.1873 0.492 0.000 0.032 0.476
#> SRR934766     1  0.4994     0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934767     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.3444     0.7506 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR934770     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     3  0.4761     0.6514 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR934771     4  0.5846    -0.1029 0.452 0.000 0.032 0.516
#> SRR934773     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     4  0.4431     0.4287 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR934775     4  0.4713     0.1773 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR934776     4  0.0336     0.6167 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934777     1  0.4994     0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934778     4  0.0000     0.6145 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.5000     0.4896 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR934781     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.3907     0.5530 0.140 0.000 0.032 0.828
#> SRR934784     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.4790     0.4229 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR934788     1  0.4948     0.3249 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR934789     1  0.4992     0.2630 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR934790     3  0.0707     0.7896 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934791     4  0.5000    -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934792     3  0.2402     0.7698 0.000 0.076 0.912 0.012
#> SRR934793     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795     1  0.5000     0.2065 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR934796     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     1  0.4961     0.3106 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR934800     2  0.0469     0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934801     2  0.0592     0.9533 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803     4  0.4855     0.1989 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR934804     3  0.1637     0.7764 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR934805     4  0.5000    -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934806     1  0.4992     0.2630 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR934807     4  0.3266     0.4419 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934809     4  0.3907     0.5530 0.140 0.000 0.032 0.828
#> SRR934810     4  0.2345     0.6219 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR934811     4  0.3907     0.3044 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR934808     4  0.1398     0.6101 0.040 0.000 0.004 0.956
#> SRR934812     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.2760     0.7377 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR934814     1  0.4994     0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934815     3  0.4994     0.5210 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR934816     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.0657     0.7887 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR934818     4  0.5000    -0.4966 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR934819     4  0.5000    -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934820     4  0.3311     0.5242 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR934821     3  0.4866     0.5183 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR934822     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.5604    -0.1642 0.476 0.000 0.020 0.504
#> SRR934825     2  0.1557     0.9169 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR934826     1  0.1557     0.7410 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR934827     3  0.2469     0.7655 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934828     4  0.3266     0.4419 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934829     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     4  0.3219     0.4483 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR934831     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     4  0.3975     0.2830 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR934833     4  0.0000     0.6145 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834     4  0.0469     0.6131 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934835     3  0.4477     0.5071 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     1  0.4948     0.3233 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR934839     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840     3  0.4989     0.0933 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.2647     0.7024 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR934844     1  0.4967     0.3044 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR934845     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0469     0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934847     4  0.5000    -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934848     1  0.4994     0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934849     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0592     0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934853     4  0.3266     0.6017 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934852     3  0.3873     0.6278 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR934854     4  0.1557     0.6002 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR934856     4  0.5000    -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934858     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.4713     0.4230 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR934861     3  0.4624     0.4486 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR934862     2  0.0469     0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934863     4  0.3219     0.5324 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR934864     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.1792     0.6246 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR934866     2  0.0469     0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934867     3  0.3074     0.7357 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR934868     3  0.4477     0.5204 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR934869     4  0.4356     0.4217 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR934870     4  0.5000    -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934871     3  0.4697     0.6586 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR934872     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0592     0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934874     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     1  0.4994     0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934877     1  0.3172     0.6722 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR934878     3  0.0469     0.7903 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934879     3  0.0707     0.7896 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934880     4  0.3837     0.5671 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR934881     3  0.2973     0.7288 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR934882     3  0.2408     0.7570 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     4  0.7491    -0.1791 0.000 0.232 0.268 0.500
#> SRR934885     3  0.6972     0.5535 0.000 0.124 0.520 0.356
#> SRR934886     3  0.3726     0.7181 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934887     3  0.0000     0.7892 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934888     2  0.0469     0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934889     3  0.6972     0.5535 0.000 0.124 0.520 0.356
#> SRR934890     3  0.4406     0.5996 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR934891     4  0.1557     0.6042 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR934892     3  0.3219     0.7417 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR934893     3  0.0592     0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934894     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     3  0.4250     0.7132 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934896     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.4898     0.5178 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR934899     3  0.2345     0.7770 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR934900     3  0.0592     0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934901     2  0.0469     0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934902     3  0.0000     0.7892 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.4957     0.5709 0.048 0.000 0.204 0.748
#> SRR934906     4  0.3726     0.4736 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934907     3  0.3486     0.7506 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR934908     2  0.6906     0.3711 0.000 0.580 0.264 0.156
#> SRR934909     3  0.2011     0.7827 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR934910     4  0.7554    -0.2013 0.000 0.244 0.268 0.488
#> SRR934911     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.2281     0.7615 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.5000    -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934915     3  0.0592     0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934916     1  0.3569     0.6419 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR934917     2  0.0469     0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934918     3  0.0000     0.7892 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919     3  0.4999     0.4980 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR934920     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.4730     0.6587 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR934924     4  0.6511     0.2111 0.188 0.000 0.172 0.640
#> SRR934923     1  0.4008     0.5922 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR934925     3  0.3123     0.7598 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR934926     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.2469     0.7547 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR934928     4  0.3172     0.6048 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR934929     4  0.1940     0.6236 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR934930     3  0.0000     0.7892 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934931     3  0.4746     0.6550 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR934932     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.4193     0.5627 0.000 0.268 0.732 0.000
#> SRR934936     3  0.4605     0.6736 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR934933     4  0.3528     0.5811 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR934937     3  0.0707     0.7896 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934938     3  0.0000     0.7892 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934939     4  0.3688     0.5513 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR934940     3  0.4697     0.6586 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR934941     3  0.4661     0.5580 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR934942     3  0.4697     0.6586 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR934943     3  0.7886     0.3672 0.000 0.296 0.380 0.324
#> SRR934944     4  0.3942     0.4370 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR934945     4  0.7137    -0.0194 0.188 0.000 0.256 0.556
#> SRR934946     4  0.3266     0.4419 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934947     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.1940     0.7673 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR934949     2  0.0592     0.9533 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934950     4  0.2408     0.6203 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR934951     1  0.4898     0.3557 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR934953     3  0.4866     0.5635 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR934952     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.2149     0.7853 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR934957     4  0.3569     0.5396 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR934958     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.5846    -0.1029 0.452 0.000 0.032 0.516
#> SRR934960     1  0.1118     0.7506 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934961     2  0.0336     0.9580 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963     3  0.4843     0.5543 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR934964     3  0.0592     0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934965     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.4522     0.5794 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR934968     3  0.0592     0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934969     1  0.4994     0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934970     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.0592     0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934972     4  0.5853    -0.1268 0.460 0.000 0.032 0.508
#> SRR934973     3  0.0592     0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934974     4  0.4431     0.4341 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR934975     4  0.3726     0.5429 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934976     2  0.2662     0.8784 0.000 0.900 0.016 0.084
#> SRR934977     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0000     0.7892 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979     2  0.3768     0.7506 0.000 0.808 0.184 0.008
#> SRR934980     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0592     0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934982     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.4730     0.4151 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR934985     4  0.0000     0.6145 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934986     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987     3  0.4697     0.6586 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR934988     3  0.4431     0.5935 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR934989     1  0.0000     0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0592     0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.2773      0.835 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR934718     1  0.0404      0.947 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934719     4  0.1485      0.776 0.000 0.000 0.020 0.948 0.032
#> SRR934720     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.3074      0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934722     5  0.1608      0.855 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR934723     1  0.0290      0.949 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934724     4  0.1043      0.787 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934725     4  0.3242      0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934726     4  0.2659      0.812 0.052 0.000 0.000 0.888 0.060
#> SRR934727     1  0.0290      0.949 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934728     4  0.3210      0.822 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR934729     5  0.1043      0.883 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR934730     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.1410      0.780 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934732     2  0.1638      0.920 0.000 0.932 0.064 0.000 0.004
#> SRR934733     4  0.3074      0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934734     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0290      0.949 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.2946      0.881 0.000 0.868 0.088 0.000 0.044
#> SRR934738     4  0.3242      0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934740     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     5  0.3695      0.716 0.000 0.164 0.036 0.000 0.800
#> SRR934742     4  0.3074      0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934743     1  0.1478      0.913 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR934744     3  0.2233      0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934745     5  0.1764      0.878 0.000 0.000 0.008 0.064 0.928
#> SRR934746     5  0.4588      0.691 0.000 0.116 0.136 0.000 0.748
#> SRR934747     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.0404      0.796 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934750     2  0.0290      0.945 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934749     4  0.3143      0.827 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR934751     4  0.3039      0.832 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR934752     4  0.3074      0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934753     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.3143      0.827 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR934755     3  0.3953      0.794 0.000 0.000 0.784 0.168 0.048
#> SRR934756     1  0.3242      0.730 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR934757     4  0.3734      0.641 0.000 0.000 0.036 0.796 0.168
#> SRR934758     1  0.2966      0.781 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.1205      0.932 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004
#> SRR934761     3  0.1121      0.863 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934762     4  0.3074      0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934763     4  0.2583      0.835 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934764     4  0.3242      0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934765     4  0.2723      0.834 0.124 0.000 0.012 0.864 0.000
#> SRR934766     4  0.3074      0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934767     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     5  0.3003      0.753 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR934770     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     5  0.1216      0.881 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960
#> SRR934771     4  0.2516      0.835 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934773     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     4  0.3695      0.637 0.000 0.000 0.036 0.800 0.164
#> SRR934775     4  0.1732      0.828 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR934776     4  0.3177      0.675 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR934777     4  0.3074      0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934778     5  0.4151      0.534 0.000 0.000 0.004 0.344 0.652
#> SRR934779     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     5  0.1809      0.879 0.000 0.000 0.012 0.060 0.928
#> SRR934781     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0290      0.945 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934783     4  0.1740      0.823 0.056 0.000 0.000 0.932 0.012
#> SRR934784     2  0.0290      0.945 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934785     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0703      0.940 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934787     4  0.3661      0.741 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR934788     4  0.3242      0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934789     4  0.3242      0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934790     3  0.2233      0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934791     4  0.3074      0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934792     3  0.1704      0.853 0.000 0.004 0.928 0.000 0.068
#> SRR934793     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.3074      0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934796     1  0.1121      0.926 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.3242      0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934800     2  0.2830      0.887 0.000 0.876 0.080 0.000 0.044
#> SRR934801     2  0.3346      0.862 0.000 0.844 0.092 0.000 0.064
#> SRR934802     2  0.1195      0.936 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR934803     4  0.3759      0.652 0.000 0.000 0.056 0.808 0.136
#> SRR934804     3  0.1121      0.863 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934805     4  0.3039      0.832 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR934806     4  0.3210      0.822 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR934807     5  0.1764      0.878 0.000 0.000 0.008 0.064 0.928
#> SRR934809     4  0.1670      0.822 0.052 0.000 0.000 0.936 0.012
#> SRR934810     4  0.1478      0.777 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934811     5  0.1282      0.883 0.000 0.000 0.004 0.044 0.952
#> SRR934808     4  0.2233      0.789 0.016 0.000 0.000 0.904 0.080
#> SRR934812     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.1357      0.861 0.000 0.004 0.948 0.000 0.048
#> SRR934814     4  0.3242      0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934815     5  0.1331      0.883 0.000 0.000 0.008 0.040 0.952
#> SRR934816     2  0.0955      0.937 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR934817     3  0.1410      0.859 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR934818     5  0.1697      0.879 0.000 0.000 0.008 0.060 0.932
#> SRR934819     4  0.3074      0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934820     4  0.1942      0.826 0.068 0.000 0.000 0.920 0.012
#> SRR934821     5  0.4971      0.713 0.000 0.000 0.116 0.176 0.708
#> SRR934822     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.3039      0.832 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR934825     2  0.3691      0.840 0.000 0.820 0.104 0.000 0.076
#> SRR934826     1  0.3074      0.762 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR934827     3  0.4254      0.784 0.000 0.000 0.772 0.080 0.148
#> SRR934828     5  0.1764      0.878 0.000 0.000 0.008 0.064 0.928
#> SRR934829     2  0.0290      0.945 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934830     5  0.1764      0.878 0.000 0.000 0.008 0.064 0.928
#> SRR934831     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.1408      0.882 0.000 0.000 0.008 0.044 0.948
#> SRR934833     5  0.2329      0.848 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR934834     5  0.3715      0.705 0.000 0.000 0.004 0.260 0.736
#> SRR934835     3  0.2325      0.840 0.000 0.028 0.904 0.000 0.068
#> SRR934836     1  0.1197      0.923 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.3242      0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934839     2  0.2423      0.901 0.000 0.896 0.080 0.000 0.024
#> SRR934840     3  0.4923      0.544 0.000 0.252 0.680 0.000 0.068
#> SRR934841     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.3143      0.750 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR934844     4  0.3242      0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934845     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.3130      0.872 0.000 0.856 0.096 0.000 0.048
#> SRR934847     4  0.3003      0.833 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR934848     4  0.3242      0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934849     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.2233      0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934853     4  0.1836      0.765 0.000 0.000 0.036 0.932 0.032
#> SRR934852     3  0.1557      0.858 0.000 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR934854     4  0.2511      0.800 0.028 0.000 0.000 0.892 0.080
#> SRR934856     4  0.3074      0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934858     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.6311      0.355 0.000 0.504 0.320 0.000 0.176
#> SRR934861     3  0.2325      0.840 0.000 0.028 0.904 0.000 0.068
#> SRR934862     2  0.1124      0.933 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR934863     4  0.1981      0.825 0.064 0.000 0.000 0.920 0.016
#> SRR934864     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.2891      0.689 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR934866     2  0.1124      0.933 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR934867     3  0.2172      0.845 0.000 0.016 0.908 0.000 0.076
#> SRR934868     3  0.2645      0.828 0.000 0.044 0.888 0.000 0.068
#> SRR934869     4  0.3650      0.640 0.000 0.000 0.028 0.796 0.176
#> SRR934870     4  0.3039      0.832 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR934871     5  0.1043      0.868 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR934872     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.2233      0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934874     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.3242      0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934877     1  0.3508      0.658 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR934878     3  0.2208      0.880 0.000 0.000 0.908 0.072 0.020
#> SRR934879     3  0.2233      0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934880     4  0.2632      0.736 0.000 0.000 0.072 0.888 0.040
#> SRR934881     3  0.1484      0.859 0.000 0.008 0.944 0.000 0.048
#> SRR934882     3  0.1408      0.860 0.000 0.008 0.948 0.000 0.044
#> SRR934883     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.1043      0.883 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR934885     5  0.1544      0.858 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934886     3  0.4558      0.757 0.000 0.000 0.740 0.080 0.180
#> SRR934887     3  0.1872      0.880 0.000 0.000 0.928 0.052 0.020
#> SRR934888     2  0.3130      0.872 0.000 0.856 0.096 0.000 0.048
#> SRR934889     5  0.1478      0.859 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR934890     3  0.4933      0.717 0.000 0.000 0.704 0.200 0.096
#> SRR934891     4  0.3659      0.623 0.000 0.000 0.012 0.768 0.220
#> SRR934892     3  0.4212      0.784 0.000 0.000 0.776 0.080 0.144
#> SRR934893     3  0.2233      0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934894     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.1908      0.845 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR934896     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     5  0.3911      0.802 0.000 0.000 0.060 0.144 0.796
#> SRR934899     3  0.2648      0.804 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR934900     3  0.2233      0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934901     2  0.1282      0.930 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR934902     3  0.0807      0.873 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR934903     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.0609      0.792 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934906     4  0.1894      0.826 0.072 0.000 0.000 0.920 0.008
#> SRR934907     5  0.3336      0.702 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR934908     5  0.1894      0.847 0.000 0.008 0.072 0.000 0.920
#> SRR934909     3  0.1851      0.852 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR934910     5  0.1043      0.883 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR934911     2  0.0162      0.946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934912     3  0.1408      0.860 0.000 0.008 0.948 0.000 0.044
#> SRR934913     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.3074      0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934915     3  0.2233      0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934916     1  0.3508      0.652 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR934917     2  0.2735      0.890 0.000 0.880 0.084 0.000 0.036
#> SRR934918     3  0.0807      0.872 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR934919     5  0.2172      0.870 0.000 0.000 0.016 0.076 0.908
#> SRR934920     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     5  0.2873      0.837 0.000 0.000 0.120 0.020 0.860
#> SRR934924     5  0.1628      0.880 0.000 0.000 0.008 0.056 0.936
#> SRR934923     4  0.4291      0.303 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR934925     3  0.4088      0.428 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR934926     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.1408      0.860 0.000 0.008 0.948 0.000 0.044
#> SRR934928     4  0.1997      0.760 0.000 0.000 0.036 0.924 0.040
#> SRR934929     4  0.3171      0.667 0.000 0.000 0.008 0.816 0.176
#> SRR934930     3  0.1965      0.880 0.000 0.000 0.924 0.052 0.024
#> SRR934931     5  0.1764      0.871 0.000 0.000 0.064 0.008 0.928
#> SRR934932     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.1557      0.858 0.000 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR934936     5  0.2020      0.841 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR934933     4  0.3477      0.673 0.000 0.000 0.040 0.824 0.136
#> SRR934937     3  0.2233      0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934938     3  0.1774      0.880 0.000 0.000 0.932 0.052 0.016
#> SRR934939     4  0.3650      0.640 0.000 0.000 0.028 0.796 0.176
#> SRR934940     5  0.1043      0.868 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR934941     3  0.5514      0.653 0.000 0.000 0.652 0.176 0.172
#> SRR934942     5  0.1043      0.868 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR934943     5  0.1341      0.859 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR934944     4  0.1732      0.828 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR934945     5  0.1043      0.883 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR934946     5  0.1764      0.878 0.000 0.000 0.008 0.064 0.928
#> SRR934947     1  0.0290      0.949 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934948     3  0.3085      0.849 0.000 0.000 0.852 0.116 0.032
#> SRR934949     2  0.3401      0.858 0.000 0.840 0.096 0.000 0.064
#> SRR934950     4  0.3495      0.668 0.000 0.000 0.028 0.812 0.160
#> SRR934951     4  0.3242      0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934953     5  0.3806      0.800 0.000 0.000 0.104 0.084 0.812
#> SRR934952     2  0.0290      0.945 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934954     2  0.0162      0.946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934955     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.4805      0.529 0.000 0.000 0.648 0.040 0.312
#> SRR934957     4  0.3724      0.637 0.000 0.000 0.028 0.788 0.184
#> SRR934958     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.2516      0.835 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934960     1  0.2773      0.803 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934961     2  0.1997      0.917 0.000 0.924 0.040 0.000 0.036
#> SRR934962     2  0.0771      0.940 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR934963     5  0.3971      0.791 0.000 0.000 0.100 0.100 0.800
#> SRR934964     3  0.2233      0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934965     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.5185      0.681 0.000 0.000 0.672 0.228 0.100
#> SRR934968     3  0.2233      0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934969     4  0.3210      0.822 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR934970     1  0.2471      0.840 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR934971     3  0.2172      0.879 0.000 0.000 0.908 0.076 0.016
#> SRR934972     4  0.2690      0.835 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR934973     3  0.2233      0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934974     4  0.3616      0.642 0.000 0.000 0.032 0.804 0.164
#> SRR934975     4  0.3612      0.645 0.000 0.000 0.028 0.800 0.172
#> SRR934976     5  0.3741      0.602 0.000 0.264 0.004 0.000 0.732
#> SRR934977     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.1106      0.875 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR934979     2  0.5896      0.447 0.000 0.564 0.128 0.000 0.308
#> SRR934980     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.2233      0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934982     1  0.0162      0.950 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934983     1  0.0290      0.949 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934984     2  0.5513      0.294 0.000 0.524 0.408 0.000 0.068
#> SRR934985     5  0.3752      0.645 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR934986     1  0.1121      0.926 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR934987     5  0.1270      0.865 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR934988     3  0.4981      0.719 0.000 0.000 0.708 0.172 0.120
#> SRR934989     1  0.0000      0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.2233      0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.1141     0.7893 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR934718     1  0.3747     0.5671 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR934719     6  0.4065     0.6307 0.000 0.000 0.000 0.300 0.028 0.672
#> SRR934720     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.2260     0.7066 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR934722     5  0.2110     0.8229 0.004 0.000 0.084 0.000 0.900 0.012
#> SRR934723     1  0.2178     0.8190 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934724     6  0.4276     0.4390 0.000 0.000 0.000 0.416 0.020 0.564
#> SRR934725     4  0.1297     0.8112 0.040 0.000 0.000 0.948 0.000 0.012
#> SRR934726     4  0.3806     0.5558 0.000 0.000 0.000 0.752 0.048 0.200
#> SRR934727     1  0.3620     0.6286 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.1049     0.8141 0.032 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR934729     5  0.0862     0.8499 0.004 0.000 0.008 0.000 0.972 0.016
#> SRR934730     2  0.0146     0.8761 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     6  0.4565     0.3906 0.000 0.000 0.000 0.432 0.036 0.532
#> SRR934732     2  0.3405     0.7035 0.004 0.724 0.272 0.000 0.000 0.000
#> SRR934733     4  0.0363     0.8128 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934734     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.3717     0.5855 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.4535     0.5498 0.016 0.548 0.424 0.000 0.012 0.000
#> SRR934738     4  0.1225     0.8127 0.036 0.000 0.000 0.952 0.000 0.012
#> SRR934740     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     5  0.3122     0.7528 0.020 0.000 0.176 0.000 0.804 0.000
#> SRR934742     4  0.0363     0.8131 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934743     1  0.3810     0.5018 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.3975     0.6438 0.000 0.000 0.544 0.000 0.004 0.452
#> SRR934745     5  0.1610     0.8317 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR934746     5  0.4550     0.3581 0.020 0.000 0.448 0.000 0.524 0.008
#> SRR934747     2  0.0937     0.8693 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     6  0.3782     0.4632 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR934750     2  0.1074     0.8697 0.012 0.960 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.1644     0.7743 0.004 0.000 0.000 0.920 0.000 0.076
#> SRR934751     4  0.0260     0.8128 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934752     4  0.0363     0.8128 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934753     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0806     0.8150 0.020 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR934755     6  0.1812     0.4183 0.000 0.000 0.080 0.000 0.008 0.912
#> SRR934756     4  0.2793     0.6067 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR934757     6  0.4026     0.7104 0.000 0.000 0.000 0.160 0.088 0.752
#> SRR934758     4  0.2883     0.5856 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.2933     0.7698 0.004 0.796 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.2362     0.6982 0.000 0.000 0.860 0.000 0.004 0.136
#> SRR934762     4  0.0260     0.8129 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934763     4  0.0790     0.8042 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934764     4  0.1082     0.8119 0.040 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR934765     6  0.3737     0.4957 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR934766     4  0.0000     0.8127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.1863     0.8290 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR934769     5  0.3309     0.7430 0.004 0.000 0.192 0.000 0.788 0.016
#> SRR934770     1  0.2664     0.7903 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR934772     5  0.0725     0.8498 0.000 0.000 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR934771     4  0.3499     0.3749 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR934773     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934774     6  0.3727     0.7073 0.000 0.000 0.000 0.128 0.088 0.784
#> SRR934775     4  0.3652     0.3831 0.000 0.000 0.000 0.672 0.004 0.324
#> SRR934776     6  0.5190     0.4765 0.000 0.000 0.000 0.376 0.096 0.528
#> SRR934777     4  0.0865     0.7990 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934778     5  0.4796     0.5043 0.000 0.000 0.000 0.116 0.660 0.224
#> SRR934779     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934780     5  0.2378     0.7799 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR934781     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0993     0.8706 0.012 0.964 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.3899     0.1185 0.000 0.000 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR934784     2  0.2263     0.8420 0.016 0.884 0.100 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.3782     0.5379 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR934787     4  0.0632     0.8129 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.0937     0.8116 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934789     4  0.1196     0.8118 0.040 0.000 0.000 0.952 0.000 0.008
#> SRR934790     3  0.3975     0.6438 0.000 0.000 0.544 0.000 0.004 0.452
#> SRR934791     4  0.1444     0.7746 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR934792     3  0.3355     0.6455 0.016 0.000 0.836 0.000 0.072 0.076
#> SRR934793     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.0260     0.8129 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934796     1  0.3843     0.4547 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.0937     0.8116 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934800     2  0.4551     0.5404 0.016 0.536 0.436 0.000 0.012 0.000
#> SRR934801     2  0.5405     0.4651 0.020 0.480 0.436 0.000 0.064 0.000
#> SRR934802     2  0.3320     0.7705 0.016 0.772 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR934803     6  0.3912     0.7102 0.000 0.000 0.000 0.164 0.076 0.760
#> SRR934804     3  0.2320     0.6978 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004 0.132
#> SRR934805     4  0.2340     0.7054 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR934806     4  0.2277     0.7864 0.032 0.000 0.000 0.892 0.000 0.076
#> SRR934807     5  0.1444     0.8381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934809     4  0.4076    -0.0915 0.000 0.000 0.000 0.540 0.008 0.452
#> SRR934810     6  0.4703     0.4369 0.000 0.000 0.000 0.408 0.048 0.544
#> SRR934811     5  0.1327     0.8414 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934808     6  0.4666     0.4093 0.000 0.000 0.000 0.420 0.044 0.536
#> SRR934812     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.2362     0.6982 0.000 0.000 0.860 0.000 0.004 0.136
#> SRR934814     4  0.1297     0.8112 0.040 0.000 0.000 0.948 0.000 0.012
#> SRR934815     5  0.1584     0.8420 0.000 0.000 0.008 0.000 0.928 0.064
#> SRR934816     2  0.3542     0.7923 0.020 0.796 0.164 0.000 0.020 0.000
#> SRR934817     3  0.2933     0.6785 0.008 0.000 0.852 0.000 0.032 0.108
#> SRR934818     5  0.1267     0.8403 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934819     4  0.0146     0.8129 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934820     4  0.3741     0.3931 0.000 0.000 0.000 0.672 0.008 0.320
#> SRR934821     6  0.2883     0.5555 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934822     1  0.2300     0.8141 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.2300     0.7015 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR934825     3  0.5800    -0.4271 0.020 0.444 0.448 0.000 0.080 0.008
#> SRR934826     4  0.3101     0.5224 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR934827     6  0.4482    -0.3344 0.000 0.000 0.360 0.000 0.040 0.600
#> SRR934828     5  0.1444     0.8381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934829     2  0.1500     0.8623 0.012 0.936 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.1444     0.8381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934831     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.1444     0.8381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934833     5  0.2178     0.7973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR934834     5  0.5209     0.2604 0.000 0.000 0.000 0.112 0.564 0.324
#> SRR934835     3  0.2295     0.6008 0.016 0.004 0.900 0.000 0.072 0.008
#> SRR934836     1  0.3866     0.3730 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.0937     0.8116 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934839     2  0.4199     0.5751 0.016 0.568 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840     3  0.2687     0.5889 0.016 0.020 0.884 0.000 0.072 0.008
#> SRR934841     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     4  0.2941     0.5709 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR934844     4  0.0937     0.8116 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.4789     0.5061 0.016 0.512 0.448 0.000 0.024 0.000
#> SRR934847     4  0.2416     0.6950 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR934848     4  0.0937     0.8116 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934849     1  0.2178     0.8198 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.1610     0.8337 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.3966     0.6516 0.000 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444
#> SRR934853     6  0.3743     0.6674 0.000 0.000 0.000 0.252 0.024 0.724
#> SRR934852     3  0.2504     0.6980 0.004 0.000 0.856 0.000 0.004 0.136
#> SRR934854     4  0.3637     0.6091 0.000 0.000 0.000 0.780 0.056 0.164
#> SRR934856     4  0.0260     0.8114 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934858     1  0.2562     0.7981 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0865     0.8684 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860     3  0.5884     0.0658 0.020 0.244 0.584 0.000 0.144 0.008
#> SRR934861     3  0.2295     0.6008 0.016 0.004 0.900 0.000 0.072 0.008
#> SRR934862     2  0.3571     0.7957 0.020 0.816 0.116 0.000 0.048 0.000
#> SRR934863     4  0.3672     0.4317 0.000 0.000 0.000 0.688 0.008 0.304
#> SRR934864     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     6  0.5147     0.5114 0.000 0.000 0.000 0.356 0.096 0.548
#> SRR934866     2  0.4108     0.7650 0.020 0.768 0.152 0.000 0.060 0.000
#> SRR934867     3  0.2405     0.5935 0.016 0.004 0.892 0.000 0.080 0.008
#> SRR934868     3  0.2407     0.5981 0.016 0.008 0.896 0.000 0.072 0.008
#> SRR934869     6  0.4361     0.7073 0.000 0.000 0.000 0.168 0.112 0.720
#> SRR934870     4  0.0260     0.8129 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934871     5  0.1010     0.8443 0.000 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR934872     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.3828     0.6559 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR934874     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0937     0.8116 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934877     4  0.2912     0.5796 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.3955     0.6566 0.000 0.000 0.560 0.000 0.004 0.436
#> SRR934879     3  0.3975     0.6438 0.000 0.000 0.544 0.000 0.004 0.452
#> SRR934880     6  0.3652     0.6938 0.000 0.000 0.004 0.196 0.032 0.768
#> SRR934881     3  0.2799     0.6924 0.012 0.000 0.852 0.000 0.012 0.124
#> SRR934882     3  0.2377     0.6959 0.004 0.000 0.868 0.000 0.004 0.124
#> SRR934883     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.0862     0.8499 0.004 0.000 0.008 0.000 0.972 0.016
#> SRR934885     5  0.2488     0.8002 0.008 0.000 0.124 0.000 0.864 0.004
#> SRR934886     6  0.5609    -0.2423 0.000 0.000 0.336 0.000 0.160 0.504
#> SRR934887     3  0.3823     0.6578 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR934888     2  0.4682     0.5469 0.016 0.548 0.416 0.000 0.020 0.000
#> SRR934889     5  0.2884     0.7739 0.008 0.000 0.164 0.000 0.824 0.004
#> SRR934890     6  0.1930     0.5715 0.000 0.000 0.012 0.036 0.028 0.924
#> SRR934891     6  0.4992     0.5448 0.000 0.000 0.000 0.112 0.268 0.620
#> SRR934892     6  0.4769    -0.3231 0.000 0.000 0.364 0.000 0.060 0.576
#> SRR934893     3  0.3828     0.6559 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR934894     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.2095     0.8290 0.004 0.000 0.076 0.000 0.904 0.016
#> SRR934896     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0547     0.8738 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     6  0.3997    -0.0706 0.000 0.000 0.004 0.000 0.488 0.508
#> SRR934899     3  0.3891     0.5984 0.004 0.000 0.768 0.000 0.164 0.064
#> SRR934900     3  0.3833     0.6537 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934901     2  0.3752     0.7866 0.020 0.804 0.116 0.000 0.060 0.000
#> SRR934902     3  0.3409     0.6885 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR934903     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     6  0.3756     0.4850 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR934906     4  0.3601     0.3975 0.000 0.000 0.000 0.684 0.004 0.312
#> SRR934907     5  0.3401     0.7276 0.004 0.000 0.204 0.000 0.776 0.016
#> SRR934908     5  0.2357     0.8033 0.012 0.000 0.116 0.000 0.872 0.000
#> SRR934909     3  0.2402     0.6066 0.008 0.000 0.888 0.000 0.084 0.020
#> SRR934910     5  0.0862     0.8499 0.004 0.000 0.008 0.000 0.972 0.016
#> SRR934911     2  0.0291     0.8757 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.2191     0.6957 0.000 0.000 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR934913     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.1501     0.7714 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934915     3  0.3966     0.6516 0.000 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444
#> SRR934916     4  0.3616     0.5227 0.232 0.000 0.000 0.748 0.008 0.012
#> SRR934917     2  0.4546     0.5437 0.016 0.540 0.432 0.000 0.012 0.000
#> SRR934918     3  0.3198     0.6931 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR934919     5  0.2743     0.7733 0.000 0.000 0.008 0.000 0.828 0.164
#> SRR934920     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     5  0.3101     0.7813 0.000 0.000 0.032 0.000 0.820 0.148
#> SRR934924     5  0.1444     0.8381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934923     4  0.2092     0.7312 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR934925     3  0.3759     0.5054 0.008 0.000 0.752 0.000 0.216 0.024
#> SRR934926     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.2278     0.6973 0.000 0.000 0.868 0.000 0.004 0.128
#> SRR934928     6  0.3860     0.6796 0.000 0.000 0.000 0.236 0.036 0.728
#> SRR934929     6  0.5094     0.5501 0.000 0.000 0.000 0.336 0.096 0.568
#> SRR934930     3  0.3828     0.6581 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR934931     5  0.1141     0.8481 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934932     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.2748     0.6911 0.016 0.000 0.856 0.000 0.008 0.120
#> SRR934936     5  0.2575     0.8225 0.004 0.000 0.072 0.000 0.880 0.044
#> SRR934933     6  0.3996     0.7100 0.000 0.000 0.000 0.168 0.080 0.752
#> SRR934937     3  0.3975     0.6438 0.000 0.000 0.544 0.000 0.004 0.452
#> SRR934938     3  0.3823     0.6578 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR934939     6  0.4328     0.7010 0.000 0.000 0.000 0.192 0.092 0.716
#> SRR934940     5  0.1124     0.8442 0.000 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR934941     6  0.2020     0.5855 0.000 0.000 0.008 0.000 0.096 0.896
#> SRR934942     5  0.1124     0.8442 0.000 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR934943     5  0.2553     0.7881 0.008 0.000 0.144 0.000 0.848 0.000
#> SRR934944     6  0.4098     0.2138 0.000 0.000 0.000 0.496 0.008 0.496
#> SRR934945     5  0.0937     0.8473 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934946     5  0.1444     0.8381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934947     1  0.3782     0.5416 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR934948     6  0.3468    -0.1303 0.000 0.000 0.284 0.000 0.004 0.712
#> SRR934949     2  0.5381     0.4347 0.016 0.464 0.452 0.000 0.068 0.000
#> SRR934950     6  0.4328     0.6996 0.000 0.000 0.000 0.192 0.092 0.716
#> SRR934951     4  0.0937     0.8116 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934953     5  0.4015     0.4475 0.000 0.000 0.012 0.000 0.616 0.372
#> SRR934952     2  0.1074     0.8697 0.012 0.960 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR934954     2  0.1219     0.8641 0.004 0.948 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.5980     0.4353 0.000 0.000 0.444 0.000 0.264 0.292
#> SRR934957     6  0.4165     0.6950 0.000 0.000 0.000 0.128 0.128 0.744
#> SRR934958     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.3499     0.3749 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR934960     4  0.3390     0.3974 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR934961     2  0.4890     0.6457 0.020 0.620 0.316 0.000 0.044 0.000
#> SRR934962     2  0.3163     0.7653 0.004 0.764 0.232 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963     6  0.3872     0.1856 0.000 0.000 0.004 0.000 0.392 0.604
#> SRR934964     3  0.3966     0.6516 0.000 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444
#> SRR934965     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     6  0.2351     0.5997 0.000 0.000 0.012 0.052 0.036 0.900
#> SRR934968     3  0.3833     0.6537 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934969     4  0.1049     0.8141 0.032 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR934970     4  0.3409     0.3813 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.3971     0.6532 0.000 0.000 0.548 0.000 0.004 0.448
#> SRR934972     4  0.3464     0.3952 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR934973     3  0.3966     0.6516 0.000 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444
#> SRR934974     6  0.4235     0.7064 0.000 0.000 0.000 0.192 0.084 0.724
#> SRR934975     6  0.4108     0.7088 0.000 0.000 0.000 0.164 0.092 0.744
#> SRR934976     5  0.4080     0.7370 0.020 0.088 0.112 0.000 0.780 0.000
#> SRR934977     1  0.2092     0.8228 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.3595     0.6930 0.000 0.000 0.704 0.000 0.008 0.288
#> SRR934979     3  0.6615    -0.1152 0.020 0.252 0.432 0.000 0.288 0.008
#> SRR934980     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.3966     0.6516 0.000 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444
#> SRR934982     1  0.3266     0.7160 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.3854     0.4308 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR934984     3  0.5179     0.1105 0.016 0.260 0.644 0.000 0.072 0.008
#> SRR934985     5  0.4760     0.5198 0.000 0.000 0.000 0.120 0.668 0.212
#> SRR934986     1  0.3854     0.4254 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR934987     5  0.1297     0.8425 0.000 0.000 0.040 0.000 0.948 0.012
#> SRR934988     6  0.1498     0.5153 0.000 0.000 0.032 0.000 0.028 0.940
#> SRR934989     1  0.0547     0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.3833     0.6537 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-kmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-kmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-kmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-kmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:skmeans*

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 3.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-skmeans-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-skmeans-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.991       0.996         0.5022 0.498   0.498
#> 3 3 0.913           0.872       0.948         0.2520 0.862   0.728
#> 4 4 0.783           0.784       0.849         0.1223 0.861   0.643
#> 5 5 0.850           0.888       0.936         0.0818 0.940   0.780
#> 6 6 0.794           0.782       0.867         0.0389 0.962   0.837

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2

There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934718     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934719     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934720     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934721     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934722     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934723     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934724     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934725     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934726     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934727     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934728     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934729     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934730     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934731     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934732     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934733     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934734     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934735     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934736     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934737     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934738     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934740     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934739     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934741     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934742     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934743     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934744     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934745     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934746     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934747     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934748     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934750     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934749     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934751     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934752     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934753     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934754     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934755     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934756     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934757     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934758     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934759     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934760     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934761     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934762     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934763     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934764     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934765     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934766     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934767     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934768     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934769     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934770     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934772     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934771     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934773     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934774     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934775     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934776     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934777     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934778     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934779     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934780     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934781     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934782     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934783     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934784     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934785     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934786     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934787     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934788     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934789     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934790     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934791     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934792     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934793     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934794     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934795     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934796     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934797     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934798     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934799     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934800     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934801     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934802     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934803     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934804     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934805     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934806     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934807     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934809     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934810     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934811     2   0.278      0.948 0.048 0.952
#> SRR934808     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934812     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934813     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934814     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934815     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934816     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934817     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934818     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934819     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934820     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934821     1   0.373      0.920 0.928 0.072
#> SRR934822     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934823     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934825     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934826     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934827     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934828     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934829     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934830     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934831     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934832     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934833     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934834     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934835     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934836     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934837     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934838     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934839     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934840     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934841     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934842     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934843     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934844     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934845     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934846     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934847     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934848     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934849     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934850     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934851     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934853     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934852     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934854     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934856     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934858     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934859     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934860     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934861     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934862     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934863     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934864     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934865     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934866     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934867     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934868     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934869     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934870     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934871     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934872     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934873     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934874     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934875     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934876     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934877     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934878     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934879     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934880     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934881     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934882     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934883     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934884     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934885     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934886     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934887     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934888     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934889     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934890     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934891     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934892     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934893     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934894     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934895     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934896     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934897     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934898     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934899     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934900     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934901     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934902     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934903     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934905     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934906     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934907     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934908     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934909     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934910     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934911     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934912     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934913     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934914     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934915     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934916     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934917     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934918     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934919     2   0.118      0.981 0.016 0.984
#> SRR934920     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934921     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934922     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934924     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934923     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934925     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934926     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934927     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934928     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934929     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934930     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934931     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934932     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934934     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934935     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934936     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934933     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934937     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934938     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934939     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934940     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934941     1   0.584      0.837 0.860 0.140
#> SRR934942     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934943     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934944     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934945     2   0.430      0.904 0.088 0.912
#> SRR934946     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934947     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934948     2   0.552      0.854 0.128 0.872
#> SRR934949     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934950     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934951     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934953     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934952     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934954     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934955     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934956     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934957     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934958     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934959     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934960     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934961     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934962     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934963     2   0.697      0.770 0.188 0.812
#> SRR934964     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934965     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934966     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934967     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934968     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934969     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934970     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934971     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934972     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934973     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934974     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934975     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934976     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934977     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934978     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934979     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934980     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934981     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934982     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934983     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934984     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934985     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934986     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934987     2   0.000      0.996 0.000 1.000
#> SRR934988     1   0.946      0.429 0.636 0.364
#> SRR934989     1   0.000      0.996 1.000 0.000
#> SRR934990     2   0.000      0.996 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719     1  0.6140     0.3929 0.596 0.000 0.404
#> SRR934720     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934722     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934723     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724     1  0.3879     0.7955 0.848 0.000 0.152
#> SRR934725     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     1  0.6192     0.3578 0.580 0.000 0.420
#> SRR934750     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934755     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757     1  0.6302     0.2007 0.520 0.000 0.480
#> SRR934758     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761     3  0.6225     0.3872 0.000 0.432 0.568
#> SRR934762     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934765     1  0.1289     0.9171 0.968 0.000 0.032
#> SRR934766     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.4887     0.6071 0.228 0.000 0.772
#> SRR934775     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934776     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934778     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934779     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780     2  0.6215     0.0814 0.000 0.572 0.428
#> SRR934781     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934790     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803     1  0.6274     0.2681 0.544 0.000 0.456
#> SRR934804     3  0.6225     0.3872 0.000 0.432 0.568
#> SRR934805     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934807     1  0.0237     0.9402 0.996 0.004 0.000
#> SRR934809     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934810     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934811     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934808     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.5254     0.6519 0.000 0.264 0.736
#> SRR934814     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934815     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934816     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     3  0.6302     0.2540 0.000 0.480 0.520
#> SRR934818     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934819     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934821     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934828     1  0.5760     0.5067 0.672 0.328 0.000
#> SRR934829     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934831     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934833     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934834     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853     1  0.6295     0.2247 0.528 0.000 0.472
#> SRR934852     3  0.6235     0.3771 0.000 0.436 0.564
#> SRR934854     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934856     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869     1  0.6180     0.3668 0.584 0.000 0.416
#> SRR934870     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934871     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934872     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880     3  0.4555     0.6580 0.200 0.000 0.800
#> SRR934881     2  0.5650     0.4519 0.000 0.688 0.312
#> SRR934882     3  0.6225     0.3872 0.000 0.432 0.568
#> SRR934883     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934886     3  0.6215     0.3955 0.000 0.428 0.572
#> SRR934887     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934890     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891     1  0.0892     0.9276 0.980 0.000 0.020
#> SRR934892     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934896     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934900     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     1  0.6111     0.4093 0.604 0.000 0.396
#> SRR934906     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934907     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934908     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934910     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     3  0.6235     0.3771 0.000 0.436 0.564
#> SRR934913     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934915     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934919     3  0.6140     0.3666 0.000 0.404 0.596
#> SRR934920     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0592     0.8658 0.000 0.012 0.988
#> SRR934924     1  0.2261     0.8683 0.932 0.068 0.000
#> SRR934923     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     3  0.6225     0.3872 0.000 0.432 0.568
#> SRR934928     1  0.6291     0.2364 0.532 0.000 0.468
#> SRR934929     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934930     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     3  0.6225     0.3872 0.000 0.432 0.568
#> SRR934936     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934933     1  0.6140     0.3927 0.596 0.000 0.404
#> SRR934937     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939     1  0.6280     0.2584 0.540 0.000 0.460
#> SRR934940     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934941     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934943     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934945     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934946     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934947     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950     1  0.6244     0.3095 0.560 0.000 0.440
#> SRR934951     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934953     3  0.1643     0.8457 0.000 0.044 0.956
#> SRR934952     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.6140     0.4399 0.000 0.404 0.596
#> SRR934957     1  0.6286     0.2467 0.536 0.000 0.464
#> SRR934958     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934960     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963     2  0.9602    -0.2282 0.200 0.404 0.396
#> SRR934964     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934973     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974     1  0.6140     0.3929 0.596 0.000 0.404
#> SRR934975     1  0.6309     0.1500 0.504 0.000 0.496
#> SRR934976     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978     2  0.6168     0.1489 0.000 0.588 0.412
#> SRR934979     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934986     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000     0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934988     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000     0.8722 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     4  0.0336      0.840 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934718     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934719     4  0.0921      0.828 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934720     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934721     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934722     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934723     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934724     4  0.0707      0.834 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934725     4  0.3074      0.600 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934726     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934727     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934728     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934729     2  0.4955      0.462 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934733     4  0.3219      0.573 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR934734     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934735     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934736     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934737     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738     4  0.0592      0.831 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934740     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934739     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.1637      0.913 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR934742     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934743     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934744     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934745     1  0.0000      0.368 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.0921      0.828 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934750     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934751     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934752     4  0.0707      0.827 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934753     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934755     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934756     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934757     4  0.3837      0.609 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR934758     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934759     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934760     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.4790      0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934762     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934763     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934764     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934765     4  0.4941     -0.549 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR934766     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934767     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934768     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934769     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934770     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934772     2  0.1211      0.929 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934771     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934773     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934774     4  0.4661      0.443 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR934775     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934776     4  0.2216      0.763 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR934777     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934778     4  0.4898      0.362 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR934779     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934780     1  0.7510     -0.477 0.436 0.184 0.380 0.000
#> SRR934781     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934784     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934787     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934788     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934789     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934790     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934792     2  0.0817      0.934 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934793     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934794     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934796     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934797     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934798     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934799     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934800     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803     4  0.7706     -0.442 0.348 0.000 0.228 0.424
#> SRR934804     3  0.4790      0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934805     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934806     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934807     1  0.4830     -0.165 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934809     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934810     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934811     2  0.4955      0.462 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR934808     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934812     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934813     3  0.4761      0.561 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR934814     4  0.3123      0.591 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR934815     2  0.1940      0.900 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR934816     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.4955      0.412 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR934818     2  0.4955      0.462 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR934819     4  0.3610      0.476 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR934820     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934821     3  0.0592      0.855 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR934822     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934823     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934825     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826     4  0.3172      0.582 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR934827     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934828     1  0.3801      0.125 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR934829     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     1  0.4830     -0.165 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934831     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934832     2  0.4955      0.462 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR934833     1  0.4855     -0.177 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR934834     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934835     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934836     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934837     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934839     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934842     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934844     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934845     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934848     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934849     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934850     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934851     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934853     4  0.3123      0.686 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934852     3  0.4790      0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934854     4  0.4103      0.552 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR934856     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934858     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934859     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934864     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.2216      0.763 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR934866     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869     4  0.0921      0.828 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934870     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934871     2  0.2011      0.896 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR934872     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934877     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934878     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934879     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934880     4  0.4790      0.400 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR934881     3  0.4955      0.412 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR934882     3  0.4790      0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934883     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.4955      0.462 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR934885     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934886     3  0.4730      0.573 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR934887     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934888     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934890     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934891     4  0.2987      0.737 0.104 0.000 0.016 0.880
#> SRR934892     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934893     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934896     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934897     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934899     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934900     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934901     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934902     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.1792      0.791 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR934906     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934907     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934908     2  0.1637      0.913 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR934909     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934910     2  0.4955      0.462 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR934911     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.4790      0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934913     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934915     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934916     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934917     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919     3  0.5253      0.424 0.016 0.360 0.624 0.000
#> SRR934920     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934921     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0469      0.857 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934924     1  0.0000      0.368 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934925     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934926     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.4790      0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934928     4  0.2760      0.720 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR934929     4  0.0336      0.840 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934930     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934931     2  0.3486      0.786 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR934932     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.4790      0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934936     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934933     4  0.6482     -0.360 0.352 0.000 0.084 0.564
#> SRR934937     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934939     4  0.2589      0.735 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR934940     2  0.2081      0.893 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR934941     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934942     2  0.2081      0.893 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR934943     2  0.1940      0.900 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR934944     4  0.4817     -0.401 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR934945     1  0.1118      0.346 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934946     4  0.4955      0.323 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR934947     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934948     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950     4  0.1557      0.802 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR934951     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934953     3  0.1209      0.847 0.004 0.032 0.964 0.000
#> SRR934952     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934956     3  0.4697      0.583 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR934957     4  0.3105      0.702 0.004 0.000 0.140 0.856
#> SRR934958     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934960     4  0.3123      0.591 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR934961     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.6790      0.151 0.540 0.372 0.080 0.008
#> SRR934964     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934965     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.2408      0.770 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR934968     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934970     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934971     3  0.0469      0.856 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934972     4  0.0000      0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934973     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974     4  0.0921      0.828 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934975     4  0.3400      0.653 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR934976     2  0.1637      0.913 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR934977     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934978     3  0.4790      0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934979     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934980     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934981     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934982     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934983     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934984     2  0.0000      0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934985     4  0.4925      0.341 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR934986     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934987     2  0.1389      0.923 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR934988     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934989     1  0.4955      0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934990     3  0.0000      0.861 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.4074      0.677 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR934718     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719     4  0.2471      0.853 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR934720     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.2516      0.854 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934722     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934723     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.0000      0.810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934725     4  0.4182      0.611 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR934726     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.2179      0.837 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR934729     5  0.0000      0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934730     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.0290      0.815 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934732     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934733     1  0.1792      0.860 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR934734     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934738     4  0.3561      0.818 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR934740     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0609      0.973 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934742     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934745     5  0.0000      0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934746     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.2471      0.853 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR934750     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.2605      0.855 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR934751     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.3586      0.815 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR934753     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.3480      0.829 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR934755     3  0.0510      0.871 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934756     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934757     4  0.0510      0.802 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934758     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.3177      0.743 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR934762     4  0.3424      0.835 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR934763     4  0.2127      0.835 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR934764     4  0.3561      0.818 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR934765     1  0.2020      0.849 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR934766     4  0.3424      0.835 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR934767     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934770     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     2  0.0290      0.984 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934771     4  0.2516      0.854 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934773     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     4  0.0794      0.794 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934775     4  0.1121      0.831 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR934776     4  0.1121      0.829 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR934777     4  0.2966      0.852 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR934778     5  0.3825      0.811 0.060 0.000 0.000 0.136 0.804
#> SRR934779     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     5  0.1965      0.838 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR934781     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.0290      0.815 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934784     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.3999      0.714 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> SRR934789     4  0.3109      0.842 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR934790     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934791     4  0.3210      0.846 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR934792     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934793     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.3452      0.832 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR934796     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.3424      0.835 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR934800     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934803     1  0.5526      0.529 0.648 0.000 0.200 0.152 0.000
#> SRR934804     3  0.3177      0.743 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR934805     4  0.1043      0.829 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR934806     4  0.3366      0.839 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR934807     5  0.0000      0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809     4  0.0162      0.812 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934810     4  0.0162      0.812 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934811     5  0.0000      0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934808     4  0.1043      0.828 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR934812     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.3143      0.746 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR934814     4  0.4273      0.503 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR934815     2  0.0880      0.962 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934816     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.4171      0.466 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> SRR934818     5  0.0290      0.922 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934819     1  0.0963      0.924 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR934820     4  0.1043      0.828 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR934821     3  0.1117      0.863 0.000 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR934822     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.2516      0.854 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934825     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934826     1  0.1341      0.898 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934827     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934828     5  0.0000      0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934829     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.0000      0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.0000      0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833     5  0.0000      0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.3424      0.835 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR934839     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844     4  0.3636      0.807 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR934845     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847     4  0.0162      0.812 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934848     4  0.3424      0.835 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR934849     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934853     4  0.0162      0.808 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934852     3  0.3210      0.738 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR934854     5  0.5811      0.379 0.108 0.000 0.000 0.340 0.552
#> SRR934856     4  0.3452      0.832 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR934858     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     4  0.1478      0.833 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR934864     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.0000      0.810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869     4  0.2471      0.853 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR934870     4  0.2179      0.837 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR934871     2  0.2230      0.870 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR934872     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.3424      0.835 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR934877     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934879     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934880     4  0.0703      0.797 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR934881     3  0.4126      0.504 0.000 0.380 0.620 0.000 0.000
#> SRR934882     3  0.3177      0.743 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR934883     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.0000      0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934885     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934886     3  0.3143      0.746 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR934887     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934888     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934890     3  0.1270      0.847 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR934891     4  0.0000      0.810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934892     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934893     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     2  0.0162      0.987 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934896     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.2020      0.813 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR934899     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934900     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934901     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934902     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.2471      0.853 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR934906     4  0.3612      0.811 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR934907     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934908     2  0.0609      0.973 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934909     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934910     5  0.0000      0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.3177      0.743 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.2929      0.853 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR934915     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934916     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934919     3  0.5933      0.422 0.000 0.320 0.576 0.092 0.012
#> SRR934920     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0703      0.867 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR934924     5  0.0000      0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934923     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934926     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.3177      0.743 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR934928     4  0.0162      0.808 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934929     4  0.3932      0.734 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR934930     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934931     5  0.3612      0.589 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR934932     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.3210      0.738 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR934936     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934933     1  0.5131      0.305 0.540 0.000 0.040 0.420 0.000
#> SRR934937     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934939     4  0.0000      0.810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934940     2  0.2471      0.845 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR934941     3  0.0703      0.867 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934942     2  0.4088      0.419 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR934943     2  0.0794      0.966 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934944     1  0.4210      0.333 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR934945     5  0.0000      0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934946     5  0.0000      0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934949     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950     4  0.0000      0.810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934951     4  0.3366      0.839 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR934953     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.2813      0.773 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR934957     4  0.0162      0.808 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934958     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.2516      0.854 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934960     4  0.4283      0.484 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR934961     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.6008      0.341 0.584 0.200 0.216 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934965     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.3242      0.648 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR934968     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934969     4  0.2179      0.837 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR934970     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934972     4  0.2561      0.854 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR934973     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934974     4  0.2471      0.853 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR934975     4  0.0162      0.808 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934976     2  0.0703      0.970 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934977     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.3336      0.720 0.000 0.228 0.772 0.000 0.000
#> SRR934979     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934982     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000      0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934985     5  0.3861      0.809 0.068 0.000 0.000 0.128 0.804
#> SRR934986     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.1043      0.955 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR934988     3  0.1043      0.857 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR934989     1  0.0000      0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000      0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.3512     0.6899 0.272 0.000 0.000 0.720 0.000 0.008
#> SRR934718     1  0.0146     0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934719     4  0.3717     0.4186 0.016 0.000 0.000 0.708 0.000 0.276
#> SRR934720     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.4634     0.6169 0.124 0.000 0.000 0.688 0.000 0.188
#> SRR934722     2  0.2933     0.8406 0.000 0.852 0.000 0.008 0.032 0.108
#> SRR934723     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     6  0.2340     0.6758 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR934725     4  0.4420     0.6061 0.308 0.000 0.000 0.644 0.000 0.048
#> SRR934726     1  0.1913     0.8314 0.908 0.000 0.000 0.080 0.000 0.012
#> SRR934727     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     6  0.5058     0.5836 0.076 0.000 0.000 0.424 0.000 0.500
#> SRR934729     5  0.0000     0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     6  0.3409     0.7136 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR934732     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934733     1  0.4026     0.2466 0.636 0.000 0.000 0.348 0.000 0.016
#> SRR934734     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0146     0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934738     4  0.3989     0.6713 0.236 0.000 0.000 0.720 0.000 0.044
#> SRR934740     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.2333     0.8510 0.000 0.872 0.000 0.004 0.120 0.004
#> SRR934742     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0146     0.8417 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934745     5  0.0000     0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934746     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.3717     0.4186 0.016 0.000 0.000 0.708 0.000 0.276
#> SRR934750     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749     4  0.4416     0.6307 0.124 0.000 0.000 0.716 0.000 0.160
#> SRR934751     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.3989     0.6713 0.236 0.000 0.000 0.720 0.000 0.044
#> SRR934753     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.3964     0.6713 0.232 0.000 0.000 0.724 0.000 0.044
#> SRR934755     3  0.4950     0.5960 0.000 0.000 0.652 0.184 0.000 0.164
#> SRR934756     1  0.3101     0.5644 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR934757     6  0.2178     0.6723 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR934758     1  0.0146     0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.2730     0.7458 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000 0.000
#> SRR934762     4  0.3964     0.6713 0.232 0.000 0.000 0.724 0.000 0.044
#> SRR934763     6  0.4868     0.6256 0.060 0.000 0.000 0.416 0.000 0.524
#> SRR934764     4  0.3989     0.6713 0.236 0.000 0.000 0.720 0.000 0.044
#> SRR934765     1  0.3650     0.6880 0.792 0.000 0.000 0.092 0.000 0.116
#> SRR934766     4  0.3885     0.7054 0.220 0.000 0.000 0.736 0.000 0.044
#> SRR934767     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     2  0.2612     0.8537 0.000 0.868 0.008 0.016 0.000 0.108
#> SRR934770     1  0.0146     0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934772     2  0.1737     0.9088 0.000 0.932 0.000 0.020 0.040 0.008
#> SRR934771     4  0.4587     0.5957 0.108 0.000 0.000 0.688 0.000 0.204
#> SRR934773     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     6  0.2135     0.6640 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR934775     6  0.4482     0.6717 0.032 0.000 0.000 0.416 0.000 0.552
#> SRR934776     6  0.3717     0.7265 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR934777     4  0.4095     0.6997 0.208 0.000 0.000 0.728 0.000 0.064
#> SRR934778     5  0.6397     0.1325 0.044 0.000 0.000 0.200 0.512 0.244
#> SRR934779     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     5  0.3539     0.7463 0.000 0.000 0.008 0.016 0.768 0.208
#> SRR934781     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     6  0.3647     0.7369 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR934784     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0146     0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.3390     0.6582 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR934789     4  0.5997    -0.1801 0.240 0.000 0.000 0.416 0.000 0.344
#> SRR934790     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934791     4  0.3259     0.7009 0.216 0.000 0.000 0.772 0.000 0.012
#> SRR934792     2  0.0547     0.9398 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.3964     0.6713 0.232 0.000 0.000 0.724 0.000 0.044
#> SRR934796     1  0.0146     0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.2941     0.6998 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934803     1  0.5640     0.4530 0.628 0.000 0.120 0.044 0.000 0.208
#> SRR934804     3  0.2697     0.7495 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR934805     6  0.4159     0.7034 0.016 0.000 0.000 0.396 0.000 0.588
#> SRR934806     4  0.4631     0.6344 0.140 0.000 0.000 0.692 0.000 0.168
#> SRR934807     5  0.0000     0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934809     6  0.3428     0.7270 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR934810     6  0.3592     0.7411 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR934811     5  0.0000     0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934808     6  0.3695     0.7301 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR934812     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.2697     0.7495 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814     4  0.4408     0.5998 0.320 0.000 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR934815     2  0.2920     0.8258 0.000 0.844 0.000 0.020 0.128 0.008
#> SRR934816     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.3659     0.5158 0.000 0.364 0.636 0.000 0.000 0.000
#> SRR934818     5  0.2196     0.8263 0.000 0.004 0.000 0.004 0.884 0.108
#> SRR934819     1  0.3854    -0.1436 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR934820     6  0.3782     0.7076 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR934821     3  0.5845     0.2533 0.000 0.000 0.472 0.152 0.008 0.368
#> SRR934822     1  0.0146     0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.4560     0.5982 0.108 0.000 0.000 0.692 0.000 0.200
#> SRR934825     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934826     1  0.4161    -0.1190 0.540 0.000 0.000 0.448 0.000 0.012
#> SRR934827     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828     5  0.0146     0.8957 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934829     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.0000     0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934831     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.0000     0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934833     5  0.0000     0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934834     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836     1  0.1141     0.8777 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.2941     0.6998 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0713     0.9052 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR934844     4  0.3371     0.6757 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847     6  0.3717     0.7230 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR934848     4  0.3287     0.6950 0.220 0.000 0.000 0.768 0.000 0.012
#> SRR934849     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934853     6  0.2178     0.6608 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR934852     3  0.2730     0.7458 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854     6  0.7074     0.4111 0.076 0.000 0.000 0.264 0.268 0.392
#> SRR934856     4  0.3885     0.7054 0.220 0.000 0.000 0.736 0.000 0.044
#> SRR934858     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863     6  0.4109     0.6978 0.012 0.000 0.000 0.412 0.000 0.576
#> SRR934864     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     6  0.3563     0.7429 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR934866     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869     4  0.3717     0.4186 0.016 0.000 0.000 0.708 0.000 0.276
#> SRR934870     6  0.5058     0.5836 0.076 0.000 0.000 0.424 0.000 0.500
#> SRR934871     2  0.5830     0.3340 0.000 0.544 0.000 0.028 0.312 0.116
#> SRR934872     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.3287     0.6950 0.220 0.000 0.000 0.768 0.000 0.012
#> SRR934877     1  0.0547     0.9125 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934879     3  0.0146     0.8417 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934880     6  0.2135     0.6640 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR934881     3  0.3531     0.5702 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882     3  0.2697     0.7495 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.0000     0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885     2  0.0622     0.9417 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR934886     3  0.2762     0.7415 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> SRR934887     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934888     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0622     0.9417 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR934890     4  0.5764     0.2093 0.000 0.000 0.228 0.508 0.000 0.264
#> SRR934891     6  0.3742     0.7408 0.000 0.000 0.000 0.348 0.004 0.648
#> SRR934892     3  0.2358     0.7808 0.000 0.000 0.876 0.016 0.000 0.108
#> SRR934893     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     2  0.4437     0.7517 0.000 0.768 0.016 0.016 0.092 0.108
#> SRR934896     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.3745     0.6828 0.000 0.000 0.732 0.028 0.000 0.240
#> SRR934899     2  0.2356     0.8685 0.000 0.884 0.016 0.004 0.000 0.096
#> SRR934900     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934901     2  0.0260     0.9493 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934902     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.4745     0.5153 0.088 0.000 0.000 0.644 0.000 0.268
#> SRR934906     4  0.1745     0.5918 0.056 0.000 0.000 0.924 0.000 0.020
#> SRR934907     2  0.3303     0.8294 0.000 0.840 0.016 0.008 0.028 0.108
#> SRR934908     2  0.2219     0.8413 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR934909     2  0.0520     0.9444 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR934910     5  0.0000     0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.2664     0.7525 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.4200     0.6975 0.208 0.000 0.000 0.720 0.000 0.072
#> SRR934915     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934916     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934919     3  0.5260     0.5546 0.000 0.244 0.660 0.020 0.028 0.048
#> SRR934920     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.3090     0.7572 0.000 0.004 0.828 0.028 0.000 0.140
#> SRR934924     5  0.0146     0.8947 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934923     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.2712     0.8505 0.000 0.864 0.012 0.016 0.000 0.108
#> SRR934926     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.2631     0.7552 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000 0.000
#> SRR934928     6  0.2178     0.6671 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR934929     4  0.1625     0.5908 0.060 0.000 0.000 0.928 0.000 0.012
#> SRR934930     3  0.2263     0.7864 0.000 0.000 0.884 0.016 0.000 0.100
#> SRR934931     5  0.5333     0.5487 0.000 0.224 0.000 0.024 0.640 0.112
#> SRR934932     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.2730     0.7458 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000 0.000
#> SRR934936     2  0.2358     0.8600 0.000 0.876 0.000 0.016 0.000 0.108
#> SRR934933     6  0.4586     0.2170 0.400 0.000 0.004 0.032 0.000 0.564
#> SRR934937     3  0.0146     0.8417 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934938     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939     6  0.2135     0.6640 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR934940     2  0.5819     0.2870 0.000 0.528 0.000 0.024 0.332 0.116
#> SRR934941     6  0.3860    -0.0533 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR934942     2  0.5944    -0.0139 0.000 0.440 0.000 0.024 0.420 0.116
#> SRR934943     2  0.2825     0.8241 0.000 0.844 0.000 0.012 0.136 0.008
#> SRR934944     1  0.4530     0.3163 0.600 0.000 0.000 0.044 0.000 0.356
#> SRR934945     5  0.0000     0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934946     5  0.0547     0.8880 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934947     1  0.0146     0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.2178     0.7610 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR934949     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950     6  0.3101     0.7313 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR934951     4  0.4007     0.7041 0.220 0.000 0.000 0.728 0.000 0.052
#> SRR934953     3  0.1116     0.8294 0.000 0.000 0.960 0.008 0.004 0.028
#> SRR934952     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.4227     0.7396 0.000 0.112 0.764 0.016 0.000 0.108
#> SRR934957     6  0.2883     0.7192 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR934958     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.4587     0.5957 0.108 0.000 0.000 0.688 0.000 0.204
#> SRR934960     4  0.4052     0.5778 0.356 0.000 0.000 0.628 0.000 0.016
#> SRR934961     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.5637     0.3142 0.584 0.176 0.228 0.012 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     4  0.5624     0.2403 0.000 0.000 0.200 0.536 0.000 0.264
#> SRR934968     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934969     6  0.5058     0.5836 0.076 0.000 0.000 0.424 0.000 0.500
#> SRR934970     1  0.0146     0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.0146     0.8422 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934972     4  0.4587     0.5957 0.108 0.000 0.000 0.688 0.000 0.204
#> SRR934973     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934974     4  0.3695     0.4227 0.016 0.000 0.000 0.712 0.000 0.272
#> SRR934975     6  0.2883     0.7196 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR934976     2  0.2793     0.7635 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934977     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.3330     0.6367 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000 0.000
#> SRR934979     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934982     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0547     0.9125 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934985     5  0.6193     0.2799 0.056 0.000 0.000 0.148 0.560 0.236
#> SRR934986     1  0.0632     0.9082 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.4803     0.6210 0.000 0.684 0.000 0.008 0.200 0.108
#> SRR934988     3  0.3351     0.6127 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR934989     1  0.0000     0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000     0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-skmeans-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-skmeans-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-skmeans-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-skmeans-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:pam

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'pam' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-pam-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-pam-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.752           0.906       0.955         0.4928 0.498   0.498
#> 3 3 0.687           0.846       0.925         0.3258 0.785   0.594
#> 4 4 0.731           0.654       0.797         0.1120 0.848   0.596
#> 5 5 0.733           0.732       0.838         0.0674 0.923   0.721
#> 6 6 0.828           0.821       0.902         0.0559 0.922   0.677

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934719     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934720     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934722     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934723     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934724     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934725     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0376      0.916 0.004 0.996
#> SRR934730     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934731     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934733     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934742     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934744     2  0.8955      0.637 0.312 0.688
#> SRR934745     1  0.0672      0.975 0.992 0.008
#> SRR934746     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934750     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934755     1  0.6887      0.754 0.816 0.184
#> SRR934756     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934757     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934758     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934766     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.7674      0.742 0.224 0.776
#> SRR934771     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934774     1  0.4298      0.889 0.912 0.088
#> SRR934775     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934776     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934777     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934778     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934779     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934780     2  0.9000      0.631 0.316 0.684
#> SRR934781     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934790     2  0.9000      0.631 0.316 0.684
#> SRR934791     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934793     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934807     1  0.2948      0.931 0.948 0.052
#> SRR934809     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934810     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934811     2  0.9000      0.631 0.316 0.684
#> SRR934808     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934815     2  0.9000      0.631 0.316 0.684
#> SRR934816     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934818     2  0.9000      0.631 0.316 0.684
#> SRR934819     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934821     2  0.9963      0.277 0.464 0.536
#> SRR934822     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934827     2  0.9000      0.631 0.316 0.684
#> SRR934828     1  0.2603      0.939 0.956 0.044
#> SRR934829     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934830     1  0.1633      0.960 0.976 0.024
#> SRR934831     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934832     1  0.9881      0.095 0.564 0.436
#> SRR934833     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934834     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934851     2  0.8713      0.665 0.292 0.708
#> SRR934853     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934854     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934856     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934866     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934869     1  0.7528      0.698 0.784 0.216
#> SRR934870     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934871     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934872     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934873     2  0.8081      0.716 0.248 0.752
#> SRR934874     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934878     2  0.5737      0.824 0.136 0.864
#> SRR934879     2  0.9000      0.631 0.316 0.684
#> SRR934880     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934881     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934882     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934883     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.0376      0.916 0.004 0.996
#> SRR934885     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934886     2  0.9000      0.631 0.316 0.684
#> SRR934887     2  0.1633      0.905 0.024 0.976
#> SRR934888     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934890     1  0.6887      0.754 0.816 0.184
#> SRR934891     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934892     2  0.9000      0.631 0.316 0.684
#> SRR934893     2  0.8763      0.659 0.296 0.704
#> SRR934894     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934898     2  0.9000      0.631 0.316 0.684
#> SRR934899     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934900     2  0.8555      0.680 0.280 0.720
#> SRR934901     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934902     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934906     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934907     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934908     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.0376      0.916 0.004 0.996
#> SRR934911     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934913     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934915     2  0.8955      0.637 0.312 0.688
#> SRR934916     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934919     2  0.9000      0.631 0.316 0.684
#> SRR934920     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934922     2  0.9000      0.631 0.316 0.684
#> SRR934924     1  0.4022      0.900 0.920 0.080
#> SRR934923     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934926     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934928     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934929     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934930     2  0.3584      0.877 0.068 0.932
#> SRR934931     2  0.8763      0.659 0.296 0.704
#> SRR934932     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934936     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934933     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934937     2  0.9000      0.631 0.316 0.684
#> SRR934938     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934939     1  0.5842      0.820 0.860 0.140
#> SRR934940     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934941     1  0.6887      0.754 0.816 0.184
#> SRR934942     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934943     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934945     2  0.3584      0.876 0.068 0.932
#> SRR934946     1  0.3274      0.922 0.940 0.060
#> SRR934947     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934948     2  0.9393      0.555 0.356 0.644
#> SRR934949     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934950     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934951     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934953     2  0.9000      0.631 0.316 0.684
#> SRR934952     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934956     2  0.3274      0.882 0.060 0.940
#> SRR934957     1  0.0672      0.975 0.992 0.008
#> SRR934958     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934959     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934960     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934963     2  0.9608      0.494 0.384 0.616
#> SRR934964     2  0.8909      0.643 0.308 0.692
#> SRR934965     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934967     1  0.6712      0.766 0.824 0.176
#> SRR934968     2  0.8499      0.685 0.276 0.724
#> SRR934969     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.4690      0.853 0.100 0.900
#> SRR934972     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934973     2  0.8443      0.689 0.272 0.728
#> SRR934974     1  0.6887      0.754 0.816 0.184
#> SRR934975     1  0.0672      0.975 0.992 0.008
#> SRR934976     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934978     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934979     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934981     2  0.8713      0.665 0.292 0.708
#> SRR934982     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934985     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934986     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000      0.919 0.000 1.000
#> SRR934988     2  0.9000      0.631 0.316 0.684
#> SRR934989     1  0.0000      0.983 1.000 0.000
#> SRR934990     2  0.8955      0.637 0.312 0.688

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719     1  0.5363     0.7035 0.724 0.000 0.276
#> SRR934720     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721     1  0.1643     0.9049 0.956 0.000 0.044
#> SRR934722     3  0.4555     0.7362 0.000 0.200 0.800
#> SRR934723     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724     1  0.5291     0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934725     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934726     1  0.1289     0.9110 0.968 0.000 0.032
#> SRR934727     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934729     2  0.5201     0.7252 0.004 0.760 0.236
#> SRR934730     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     1  0.5291     0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934732     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733     1  0.0892     0.9167 0.980 0.000 0.020
#> SRR934734     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0237     0.9286 0.000 0.996 0.004
#> SRR934738     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.3267     0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934742     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745     1  0.5905     0.5800 0.648 0.000 0.352
#> SRR934746     2  0.3752     0.8423 0.000 0.856 0.144
#> SRR934747     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     3  0.6267     0.0683 0.452 0.000 0.548
#> SRR934750     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934755     3  0.0592     0.8766 0.012 0.000 0.988
#> SRR934756     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757     3  0.3267     0.7931 0.116 0.000 0.884
#> SRR934758     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761     3  0.4002     0.7777 0.000 0.160 0.840
#> SRR934762     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934763     1  0.3752     0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934764     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934765     1  0.3816     0.8427 0.852 0.000 0.148
#> SRR934766     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.3816     0.7877 0.000 0.148 0.852
#> SRR934770     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772     3  0.4504     0.7034 0.000 0.196 0.804
#> SRR934771     1  0.3752     0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934773     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0424     0.8792 0.008 0.000 0.992
#> SRR934775     1  0.3686     0.8484 0.860 0.000 0.140
#> SRR934776     1  0.5291     0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934777     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934778     1  0.3816     0.8427 0.852 0.000 0.148
#> SRR934779     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783     1  0.3816     0.8427 0.852 0.000 0.148
#> SRR934784     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934790     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791     1  0.0747     0.9185 0.984 0.000 0.016
#> SRR934792     3  0.5733     0.5299 0.000 0.324 0.676
#> SRR934793     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803     3  0.3192     0.7968 0.112 0.000 0.888
#> SRR934804     3  0.4002     0.7777 0.000 0.160 0.840
#> SRR934805     1  0.3752     0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934806     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934807     1  0.6062     0.5148 0.616 0.000 0.384
#> SRR934809     1  0.3816     0.8427 0.852 0.000 0.148
#> SRR934810     1  0.5291     0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934811     2  0.9481     0.1231 0.184 0.432 0.384
#> SRR934808     1  0.5291     0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934812     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.5291     0.6342 0.000 0.268 0.732
#> SRR934814     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934815     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934816     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     3  0.4002     0.7777 0.000 0.160 0.840
#> SRR934818     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934820     1  0.3752     0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934821     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0747     0.9185 0.984 0.000 0.016
#> SRR934825     2  0.3267     0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934826     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934828     1  0.5733     0.6300 0.676 0.000 0.324
#> SRR934829     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830     1  0.6062     0.5148 0.616 0.000 0.384
#> SRR934831     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832     1  0.6235     0.3908 0.564 0.000 0.436
#> SRR934833     1  0.5291     0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934834     1  0.5291     0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934835     2  0.3267     0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934836     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840     2  0.3267     0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934841     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847     1  0.3752     0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934848     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853     3  0.3267     0.7931 0.116 0.000 0.884
#> SRR934852     3  0.5291     0.6342 0.000 0.268 0.732
#> SRR934854     1  0.3752     0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934856     1  0.0747     0.9185 0.984 0.000 0.016
#> SRR934858     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     2  0.3267     0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934861     2  0.3192     0.8708 0.000 0.888 0.112
#> SRR934862     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863     1  0.3752     0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934864     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     1  0.5291     0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934866     2  0.0592     0.9252 0.000 0.988 0.012
#> SRR934867     2  0.3340     0.8651 0.000 0.880 0.120
#> SRR934868     2  0.3267     0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934869     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870     1  0.0747     0.9185 0.984 0.000 0.016
#> SRR934871     3  0.6079     0.2899 0.000 0.388 0.612
#> SRR934872     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880     3  0.3267     0.7931 0.116 0.000 0.884
#> SRR934881     3  0.5291     0.6342 0.000 0.268 0.732
#> SRR934882     3  0.4121     0.7698 0.000 0.168 0.832
#> SRR934883     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     2  0.5244     0.7204 0.004 0.756 0.240
#> SRR934885     2  0.5016     0.7228 0.000 0.760 0.240
#> SRR934886     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934887     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888     2  0.1031     0.9198 0.000 0.976 0.024
#> SRR934889     2  0.4974     0.7283 0.000 0.764 0.236
#> SRR934890     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891     1  0.5291     0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934892     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     3  0.3752     0.7912 0.000 0.144 0.856
#> SRR934896     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899     3  0.4002     0.7777 0.000 0.160 0.840
#> SRR934900     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0892     0.9217 0.000 0.980 0.020
#> SRR934902     3  0.3686     0.7943 0.000 0.140 0.860
#> SRR934903     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     3  0.4002     0.7414 0.160 0.000 0.840
#> SRR934906     1  0.3686     0.8484 0.860 0.000 0.140
#> SRR934907     3  0.4002     0.7777 0.000 0.160 0.840
#> SRR934908     2  0.3482     0.8581 0.000 0.872 0.128
#> SRR934909     2  0.5178     0.6991 0.000 0.744 0.256
#> SRR934910     2  0.6247     0.4686 0.004 0.620 0.376
#> SRR934911     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     3  0.4002     0.7777 0.000 0.160 0.840
#> SRR934913     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     1  0.0237     0.9233 0.996 0.000 0.004
#> SRR934915     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     3  0.3816     0.7877 0.000 0.148 0.852
#> SRR934919     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934920     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924     1  0.6045     0.5220 0.620 0.000 0.380
#> SRR934923     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925     3  0.3816     0.7877 0.000 0.148 0.852
#> SRR934926     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     3  0.4750     0.7125 0.000 0.216 0.784
#> SRR934928     3  0.5733     0.4302 0.324 0.000 0.676
#> SRR934929     1  0.5216     0.7236 0.740 0.000 0.260
#> SRR934930     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     3  0.5926     0.5104 0.000 0.356 0.644
#> SRR934936     3  0.3752     0.7910 0.000 0.144 0.856
#> SRR934933     3  0.3267     0.7931 0.116 0.000 0.884
#> SRR934937     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940     3  0.0424     0.8804 0.000 0.008 0.992
#> SRR934941     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942     3  0.6079     0.3560 0.000 0.388 0.612
#> SRR934943     2  0.4842     0.7438 0.000 0.776 0.224
#> SRR934944     1  0.3686     0.8488 0.860 0.000 0.140
#> SRR934945     2  0.5285     0.7157 0.004 0.752 0.244
#> SRR934946     1  0.6286     0.3119 0.536 0.000 0.464
#> SRR934947     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.3267     0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934950     3  0.6308    -0.1556 0.492 0.000 0.508
#> SRR934951     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934953     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934952     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934957     3  0.4555     0.6872 0.200 0.000 0.800
#> SRR934958     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     1  0.3752     0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934960     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934964     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972     1  0.3752     0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934973     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975     3  0.2537     0.8247 0.080 0.000 0.920
#> SRR934976     2  0.3267     0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934977     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.3816     0.7877 0.000 0.148 0.852
#> SRR934979     2  0.3267     0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934980     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.3482     0.8581 0.000 0.872 0.128
#> SRR934985     1  0.4605     0.7893 0.796 0.000 0.204
#> SRR934986     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.5016     0.7228 0.000 0.760 0.240
#> SRR934988     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000     0.8840 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     1  0.4948     0.8316 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR934718     1  0.4877     0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934719     4  0.1174     0.5986 0.020 0.000 0.012 0.968
#> SRR934720     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.4933    -0.6110 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR934722     3  0.2089     0.8141 0.000 0.048 0.932 0.020
#> SRR934723     1  0.4877     0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934724     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934725     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934726     4  0.4679    -0.3855 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR934727     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934728     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934729     2  0.5992     0.4496 0.000 0.516 0.444 0.040
#> SRR934730     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934732     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934733     4  0.4961    -0.6366 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR934734     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934736     1  0.4877     0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934737     2  0.2814     0.7676 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR934738     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934740     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.5590     0.4582 0.000 0.524 0.456 0.020
#> SRR934742     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934743     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934744     3  0.4830     0.2259 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR934745     4  0.0000     0.5965 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934746     2  0.5594     0.4516 0.000 0.520 0.460 0.020
#> SRR934747     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.5440     0.3293 0.020 0.000 0.384 0.596
#> SRR934750     2  0.0707     0.8244 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934749     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934751     1  0.4925     0.8466 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR934752     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934753     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934755     4  0.4999     0.1103 0.000 0.000 0.492 0.508
#> SRR934756     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934757     4  0.4925     0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934758     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934759     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934762     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934763     4  0.0817     0.5900 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934764     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934765     4  0.0817     0.5899 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934766     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934767     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.4877     0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934769     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770     1  0.4877     0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934772     3  0.7443     0.3567 0.000 0.196 0.492 0.312
#> SRR934771     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934773     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     4  0.4925     0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934775     4  0.3400     0.2731 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR934776     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934777     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934778     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934779     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     3  0.4817     0.2955 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR934781     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934784     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934787     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934788     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934789     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934790     3  0.4564     0.3904 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR934791     1  0.4967     0.8143 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR934792     3  0.2408     0.7661 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934796     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934797     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934800     2  0.1389     0.8134 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934801     2  0.1297     0.8210 0.000 0.964 0.016 0.020
#> SRR934802     2  0.0707     0.8245 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934803     4  0.4948     0.2342 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR934804     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934805     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934806     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934807     4  0.1474     0.5689 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR934809     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934810     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934811     4  0.7650    -0.0218 0.000 0.224 0.328 0.448
#> SRR934808     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934812     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934814     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934815     4  0.4985     0.1106 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR934816     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934818     4  0.4907     0.2416 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR934819     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934820     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934821     4  0.4933     0.2532 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR934822     1  0.4877     0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934823     1  0.4941     0.8362 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR934825     2  0.5590     0.4582 0.000 0.524 0.456 0.020
#> SRR934826     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934827     3  0.3649     0.6436 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934828     4  0.0000     0.5965 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934829     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830     4  0.0000     0.5965 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     4  0.0817     0.5910 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934833     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934834     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934835     2  0.4977     0.4630 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR934836     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934837     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934839     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.4977     0.4630 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934844     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934845     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.1474     0.8117 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR934847     4  0.1211     0.5681 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR934848     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934849     1  0.4877     0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934850     1  0.4877     0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934851     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934853     4  0.4925     0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934852     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934854     4  0.0817     0.5901 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934856     1  0.4941     0.8362 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR934858     1  0.4877     0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934859     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.5594     0.4516 0.000 0.520 0.460 0.020
#> SRR934861     2  0.4961     0.4788 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR934862     2  0.0707     0.8244 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934863     4  0.2469     0.4500 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934864     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934866     2  0.2002     0.8099 0.000 0.936 0.044 0.020
#> SRR934867     2  0.5402     0.4347 0.000 0.516 0.472 0.012
#> SRR934868     2  0.5594     0.4516 0.000 0.520 0.460 0.020
#> SRR934869     4  0.4948     0.2342 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR934870     1  0.4985     0.7895 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR934871     3  0.6578     0.1806 0.000 0.300 0.592 0.108
#> SRR934872     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934877     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934878     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934879     3  0.4967     0.0284 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR934880     4  0.4925     0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934881     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934882     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.6060     0.4492 0.000 0.516 0.440 0.044
#> SRR934885     2  0.5597     0.4433 0.000 0.516 0.464 0.020
#> SRR934886     3  0.0469     0.8660 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934887     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934888     2  0.3335     0.7680 0.000 0.860 0.120 0.020
#> SRR934889     2  0.5594     0.4516 0.000 0.520 0.460 0.020
#> SRR934890     3  0.4898     0.1521 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR934891     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934892     3  0.2647     0.7570 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR934893     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     3  0.0707     0.8600 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934896     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     4  0.4948     0.2342 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR934899     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934900     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934901     2  0.2489     0.7976 0.000 0.912 0.068 0.020
#> SRR934902     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.4925     0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934906     4  0.3356     0.2848 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR934907     3  0.0188     0.8706 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934908     2  0.5590     0.4582 0.000 0.524 0.456 0.020
#> SRR934909     2  0.5600     0.4345 0.000 0.512 0.468 0.020
#> SRR934910     4  0.5406    -0.1450 0.000 0.480 0.012 0.508
#> SRR934911     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     1  0.4925     0.8465 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR934915     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934916     1  0.4916     0.8509 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR934917     2  0.2345     0.7873 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR934918     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919     4  0.4948     0.2342 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR934920     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0188     0.8708 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934924     4  0.5186     0.3216 0.084 0.000 0.164 0.752
#> SRR934923     1  0.4981     0.7961 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR934925     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934928     4  0.5487     0.3044 0.020 0.000 0.400 0.580
#> SRR934929     4  0.3400     0.2731 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR934930     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934931     3  0.1867     0.8336 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934932     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.4697     0.4123 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR934936     3  0.0707     0.8600 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934933     4  0.4925     0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934937     3  0.4972     0.0139 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR934938     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934939     4  0.4925     0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934940     3  0.0707     0.8600 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934941     4  0.4948     0.2342 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR934942     3  0.5291     0.5602 0.000 0.180 0.740 0.080
#> SRR934943     2  0.5594     0.4516 0.000 0.520 0.460 0.020
#> SRR934944     4  0.3486     0.2474 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR934945     2  0.5768     0.4492 0.000 0.516 0.456 0.028
#> SRR934946     4  0.0469     0.5962 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934947     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934948     4  0.4999     0.1102 0.000 0.000 0.492 0.508
#> SRR934949     2  0.5586     0.4638 0.000 0.528 0.452 0.020
#> SRR934950     4  0.4642     0.5157 0.020 0.000 0.240 0.740
#> SRR934951     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934953     3  0.3528     0.6600 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR934952     2  0.0707     0.8244 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934954     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934957     4  0.4477     0.4319 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR934958     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.0707     0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934960     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934961     2  0.0707     0.8244 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934962     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963     3  0.1389     0.8377 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR934964     3  0.1118     0.8481 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR934965     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.4776     0.2613 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR934968     3  0.0188     0.8709 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934969     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934970     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934971     3  0.1474     0.8351 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934972     4  0.0921     0.5849 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934973     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974     4  0.4948     0.2342 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR934975     4  0.4925     0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934976     2  0.5576     0.4724 0.000 0.536 0.444 0.020
#> SRR934977     1  0.4877     0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934978     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979     2  0.5590     0.4582 0.000 0.524 0.456 0.020
#> SRR934980     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934982     1  0.4877     0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934983     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934984     2  0.5508     0.5156 0.000 0.572 0.408 0.020
#> SRR934985     4  0.2760     0.4073 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR934986     1  0.4907     0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934987     2  0.5597     0.4433 0.000 0.516 0.464 0.020
#> SRR934988     4  0.4955     0.2249 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR934989     1  0.0000     0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000     0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.0609    0.90551 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934718     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934719     5  0.2886    0.77773 0.000 0.000 0.008 0.148 0.844
#> SRR934720     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934721     4  0.4235    0.15290 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR934722     3  0.5704    0.55225 0.100 0.048 0.696 0.000 0.156
#> SRR934723     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934724     5  0.2690    0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934725     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934726     4  0.3336    0.65089 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR934727     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934728     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.7876    0.35296 0.100 0.384 0.344 0.000 0.172
#> SRR934730     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     5  0.2690    0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934732     2  0.1341    0.76239 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR934733     4  0.2230    0.79598 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR934734     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934735     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934736     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.2859    0.74484 0.056 0.876 0.068 0.000 0.000
#> SRR934738     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934739     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.7798    0.35559 0.100 0.388 0.356 0.000 0.156
#> SRR934742     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934743     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934744     3  0.3895    0.43166 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR934745     5  0.0290    0.74437 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934746     2  0.7800    0.34804 0.100 0.384 0.360 0.000 0.156
#> SRR934747     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     5  0.3061    0.76468 0.000 0.000 0.136 0.020 0.844
#> SRR934750     2  0.3278    0.71065 0.020 0.824 0.000 0.000 0.156
#> SRR934749     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934751     4  0.0290    0.91594 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934752     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934755     3  0.4306   -0.07040 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR934756     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934757     5  0.2690    0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934758     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934760     2  0.1341    0.76239 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934762     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934763     5  0.4182    0.39191 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR934764     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934765     5  0.3210    0.72850 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934766     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934768     4  0.1410    0.86660 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR934769     3  0.1608    0.81683 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR934770     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934772     5  0.4886    0.40533 0.100 0.000 0.188 0.000 0.712
#> SRR934771     5  0.2690    0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934773     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934774     5  0.2690    0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934775     4  0.4182    0.26295 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR934776     5  0.2690    0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934777     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934778     5  0.3895    0.56536 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR934779     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934780     5  0.3857    0.56891 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR934781     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     5  0.2690    0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934784     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934787     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934788     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934789     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934790     3  0.3752    0.48637 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR934791     4  0.0880    0.89395 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR934792     3  0.3420    0.72849 0.076 0.084 0.840 0.000 0.000
#> SRR934793     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934794     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934796     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934798     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934799     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.1943    0.75961 0.056 0.924 0.020 0.000 0.000
#> SRR934801     2  0.3764    0.72534 0.156 0.800 0.000 0.000 0.044
#> SRR934802     2  0.1502    0.76250 0.056 0.940 0.004 0.000 0.000
#> SRR934803     5  0.2690    0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934804     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934805     5  0.2690    0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934806     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934807     5  0.1270    0.71148 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR934809     5  0.2690    0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934810     5  0.2690    0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934811     5  0.5544    0.16041 0.100 0.000 0.292 0.000 0.608
#> SRR934808     5  0.2690    0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934812     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934813     3  0.1341    0.82737 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR934814     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934815     5  0.2654    0.65314 0.032 0.000 0.084 0.000 0.884
#> SRR934816     2  0.0404    0.77060 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.2329    0.80342 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR934818     5  0.0162    0.73768 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934819     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934820     5  0.2690    0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934821     5  0.2690    0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934822     4  0.1544    0.85802 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR934823     4  0.0510    0.90923 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934825     2  0.7990    0.37832 0.128 0.388 0.328 0.000 0.156
#> SRR934826     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934827     3  0.2891    0.67818 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934828     5  0.3196    0.62428 0.004 0.000 0.000 0.192 0.804
#> SRR934829     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     5  0.0000    0.73888 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934832     5  0.3410    0.60770 0.092 0.000 0.068 0.000 0.840
#> SRR934833     5  0.2690    0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934834     5  0.2690    0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934835     2  0.5987    0.49465 0.140 0.556 0.304 0.000 0.000
#> SRR934836     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.1341    0.76239 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840     2  0.5880    0.50228 0.128 0.568 0.304 0.000 0.000
#> SRR934841     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934842     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934844     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.2036    0.75893 0.056 0.920 0.024 0.000 0.000
#> SRR934847     5  0.2891    0.76150 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934848     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934849     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934850     4  0.0510    0.90950 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR934851     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934853     5  0.2690    0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934852     3  0.1341    0.82737 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR934854     5  0.4235    0.32621 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR934856     4  0.0510    0.90923 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934858     4  0.3074    0.67969 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934859     2  0.1341    0.76239 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860     2  0.8134    0.39005 0.156 0.384 0.304 0.000 0.156
#> SRR934861     2  0.5921    0.50776 0.136 0.568 0.296 0.000 0.000
#> SRR934862     2  0.4599    0.67992 0.100 0.744 0.000 0.000 0.156
#> SRR934863     4  0.4305   -0.05524 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR934864     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     5  0.2690    0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934866     2  0.5833    0.66356 0.100 0.688 0.056 0.000 0.156
#> SRR934867     3  0.6644   -0.17383 0.132 0.384 0.464 0.000 0.020
#> SRR934868     2  0.8112    0.39339 0.156 0.388 0.304 0.000 0.152
#> SRR934869     5  0.2773    0.74934 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR934870     4  0.1197    0.87663 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR934871     5  0.7158   -0.14233 0.100 0.076 0.368 0.000 0.456
#> SRR934872     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934877     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934878     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934879     3  0.4030    0.35127 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR934880     5  0.2690    0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934881     3  0.0880    0.83914 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR934882     3  0.1270    0.82958 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR934883     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     2  0.7893    0.35310 0.100 0.384 0.340 0.000 0.176
#> SRR934885     2  0.7800    0.34804 0.100 0.384 0.360 0.000 0.156
#> SRR934886     3  0.0404    0.84651 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934887     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934888     2  0.6216    0.65562 0.156 0.644 0.044 0.000 0.156
#> SRR934889     2  0.7800    0.34804 0.100 0.384 0.360 0.000 0.156
#> SRR934890     3  0.3983    0.38273 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR934891     5  0.2690    0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934892     3  0.1410    0.81317 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR934893     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     3  0.4599    0.62216 0.100 0.000 0.744 0.000 0.156
#> SRR934896     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934897     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     5  0.2690    0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934899     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934900     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934901     2  0.5257    0.67317 0.100 0.720 0.024 0.000 0.156
#> SRR934902     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     5  0.2690    0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934906     4  0.4192    0.25077 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR934907     3  0.2017    0.80666 0.080 0.000 0.912 0.000 0.008
#> SRR934908     2  0.7798    0.35559 0.100 0.388 0.356 0.000 0.156
#> SRR934909     2  0.7947    0.35724 0.120 0.380 0.344 0.000 0.156
#> SRR934910     5  0.5963    0.00786 0.100 0.332 0.008 0.000 0.560
#> SRR934911     2  0.0162    0.77176 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.1341    0.82737 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR934913     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.0290    0.91624 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934915     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934916     4  0.0162    0.91913 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934917     2  0.2661    0.74913 0.056 0.888 0.056 0.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934919     5  0.1671    0.75986 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR934920     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934921     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0162    0.84899 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934924     5  0.7731    0.07715 0.100 0.000 0.144 0.364 0.392
#> SRR934923     4  0.0880    0.89331 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR934925     3  0.1544    0.81900 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR934926     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.1341    0.82737 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR934928     5  0.3061    0.76468 0.000 0.000 0.136 0.020 0.844
#> SRR934929     4  0.4182    0.26295 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR934930     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934931     3  0.5678    0.38760 0.084 0.000 0.524 0.000 0.392
#> SRR934932     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.5188    0.36107 0.056 0.344 0.600 0.000 0.000
#> SRR934936     3  0.2595    0.78685 0.080 0.000 0.888 0.000 0.032
#> SRR934933     5  0.2690    0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934937     3  0.4045    0.34018 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR934938     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934939     5  0.2690    0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934940     3  0.5812    0.39230 0.100 0.000 0.528 0.000 0.372
#> SRR934941     5  0.2690    0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934942     5  0.6213   -0.14705 0.100 0.012 0.400 0.000 0.488
#> SRR934943     2  0.7800    0.34804 0.100 0.384 0.360 0.000 0.156
#> SRR934944     4  0.4161    0.28638 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR934945     2  0.7821    0.35081 0.100 0.384 0.356 0.000 0.160
#> SRR934946     5  0.0290    0.73641 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934947     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934948     5  0.3796    0.57813 0.000 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR934949     2  0.8128    0.39676 0.156 0.388 0.300 0.000 0.156
#> SRR934950     5  0.3336    0.78338 0.000 0.000 0.060 0.096 0.844
#> SRR934951     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934953     3  0.3661    0.54152 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR934952     2  0.3278    0.71065 0.020 0.824 0.000 0.000 0.156
#> SRR934954     2  0.1341    0.76239 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934956     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934957     5  0.2806    0.75712 0.000 0.000 0.152 0.004 0.844
#> SRR934958     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     5  0.2690    0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934960     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.5046    0.67927 0.140 0.704 0.000 0.000 0.156
#> SRR934962     2  0.1341    0.76239 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963     3  0.1121    0.82669 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934964     3  0.0963    0.83246 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934965     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000    0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.3730    0.49614 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934968     3  0.0162    0.84902 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934969     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934970     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934971     3  0.1197    0.82485 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR934972     5  0.2773    0.77041 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR934973     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934974     5  0.2891    0.73959 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR934975     5  0.2690    0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934976     2  0.7790    0.37244 0.100 0.400 0.344 0.000 0.156
#> SRR934977     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934979     2  0.8128    0.39676 0.156 0.388 0.300 0.000 0.156
#> SRR934980     1  0.3177    0.93527 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934981     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934982     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934983     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.8009    0.46169 0.156 0.436 0.252 0.000 0.156
#> SRR934985     4  0.4283    0.07243 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR934986     4  0.0000    0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.7800    0.34804 0.100 0.384 0.360 0.000 0.156
#> SRR934988     5  0.3612    0.63516 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR934989     1  0.2690    0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934990     3  0.0000    0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.2697     0.8039 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934718     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934721     6  0.3797     0.0737 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR934722     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934723     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934725     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934726     4  0.2969     0.6495 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR934727     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934729     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732     2  0.2776     0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934733     4  0.0790     0.8686 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934734     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934735     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.2776     0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934738     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934742     4  0.0260     0.8819 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934743     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.1556     0.8410 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934745     6  0.3394     0.6999 0.000 0.000 0.000 0.024 0.200 0.776
#> SRR934746     5  0.2361     0.8961 0.028 0.000 0.088 0.000 0.884 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750     5  0.2793     0.7679 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR934749     4  0.2762     0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934751     4  0.0937     0.8667 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR934752     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934755     3  0.3737     0.3391 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934756     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757     6  0.1267     0.8064 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR934758     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.2776     0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934761     3  0.0891     0.8891 0.008 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000
#> SRR934762     4  0.2762     0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934763     6  0.3482     0.5967 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934764     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934765     6  0.0547     0.8203 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934766     4  0.2762     0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934767     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934768     4  0.2300     0.7643 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR934769     3  0.2048     0.8238 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR934770     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934771     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934773     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934774     6  0.0146     0.8285 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934775     6  0.3774     0.1375 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR934776     6  0.2762     0.7225 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR934777     4  0.2762     0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934778     6  0.3483     0.7063 0.000 0.000 0.000 0.212 0.024 0.764
#> SRR934779     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934780     6  0.4389     0.5341 0.000 0.000 0.288 0.000 0.052 0.660
#> SRR934781     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934784     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.2762     0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934789     4  0.0146     0.8833 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934790     3  0.1663     0.8342 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR934791     4  0.2969     0.7752 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR934792     3  0.1556     0.8590 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934793     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934796     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.2762     0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934800     2  0.2776     0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934801     5  0.4653     0.2262 0.052 0.360 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR934802     2  0.2776     0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934803     6  0.2762     0.7012 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR934804     3  0.0632     0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934805     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934806     4  0.2823     0.7873 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR934807     6  0.3860     0.1778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR934809     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934810     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934811     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934808     6  0.0937     0.8180 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR934812     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.2647     0.8250 0.044 0.000 0.868 0.000 0.088 0.000
#> SRR934814     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934815     5  0.4094     0.7216 0.000 0.000 0.080 0.000 0.740 0.180
#> SRR934816     2  0.0820     0.9365 0.012 0.972 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934817     3  0.3017     0.8237 0.052 0.000 0.840 0.000 0.108 0.000
#> SRR934818     6  0.3050     0.6676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR934819     4  0.0146     0.8833 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934820     6  0.2762     0.7225 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR934821     6  0.2854     0.6883 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR934822     4  0.2378     0.7550 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.2996     0.7716 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR934825     5  0.1984     0.8851 0.032 0.000 0.056 0.000 0.912 0.000
#> SRR934826     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827     3  0.0632     0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934828     5  0.3531     0.4465 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR934829     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830     6  0.3023     0.6713 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR934831     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.2039     0.8949 0.000 0.000 0.076 0.000 0.904 0.020
#> SRR934833     6  0.3440     0.7147 0.000 0.000 0.000 0.196 0.028 0.776
#> SRR934834     6  0.2762     0.7225 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR934835     2  0.4400     0.7200 0.052 0.708 0.012 0.000 0.228 0.000
#> SRR934836     4  0.2340     0.8202 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR934837     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.2762     0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934839     2  0.2776     0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934840     2  0.3682     0.8299 0.052 0.792 0.008 0.000 0.148 0.000
#> SRR934841     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844     4  0.2762     0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934845     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.2776     0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934847     6  0.0790     0.8107 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR934848     4  0.2762     0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934849     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850     4  0.1075     0.8548 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0000     0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934853     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852     3  0.2647     0.8268 0.044 0.000 0.868 0.000 0.088 0.000
#> SRR934854     6  0.3765     0.4249 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR934856     4  0.2793     0.7904 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR934858     4  0.3409     0.5178 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.2776     0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934860     5  0.1141     0.8416 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934861     2  0.3992     0.8025 0.052 0.764 0.012 0.000 0.172 0.000
#> SRR934862     5  0.2260     0.8221 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934863     6  0.3868     0.1521 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR934864     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934866     5  0.2568     0.8833 0.000 0.056 0.068 0.000 0.876 0.000
#> SRR934867     3  0.4538     0.5499 0.052 0.000 0.624 0.000 0.324 0.000
#> SRR934868     5  0.2875     0.7594 0.052 0.096 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR934869     6  0.0713     0.8187 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934870     4  0.3050     0.7634 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR934871     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934872     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0000     0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.2762     0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934877     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.0632     0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934879     3  0.1663     0.8342 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR934880     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881     3  0.2136     0.8557 0.048 0.000 0.904 0.000 0.048 0.000
#> SRR934882     3  0.2608     0.8338 0.048 0.000 0.872 0.000 0.080 0.000
#> SRR934883     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934885     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934886     3  0.0632     0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934887     3  0.0260     0.8912 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934888     5  0.1141     0.8416 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934889     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934890     3  0.1663     0.8342 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR934891     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892     3  0.0632     0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934893     3  0.0000     0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     5  0.1863     0.8955 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR934896     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     6  0.2854     0.6875 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR934899     3  0.0632     0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934900     3  0.0000     0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934901     5  0.2260     0.8221 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934902     3  0.0000     0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934906     6  0.3810     0.0987 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR934907     3  0.2996     0.6826 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR934908     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934909     5  0.2365     0.8886 0.040 0.000 0.072 0.000 0.888 0.000
#> SRR934910     5  0.2053     0.8180 0.000 0.000 0.004 0.000 0.888 0.108
#> SRR934911     2  0.0291     0.9445 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934912     3  0.2776     0.8212 0.052 0.000 0.860 0.000 0.088 0.000
#> SRR934913     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.2941     0.7786 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR934915     3  0.0632     0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934916     4  0.0363     0.8802 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934917     2  0.2776     0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934918     3  0.0000     0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934919     6  0.2933     0.7001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.200 0.796
#> SRR934920     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0632     0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934924     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934923     4  0.1007     0.8641 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934925     3  0.1765     0.8461 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.2776     0.8212 0.052 0.000 0.860 0.000 0.088 0.000
#> SRR934928     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929     4  0.3774     0.1989 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR934930     3  0.0632     0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934931     5  0.1814     0.8974 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.5574     0.5531 0.052 0.232 0.628 0.000 0.088 0.000
#> SRR934936     3  0.3857     0.0566 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR934933     6  0.2762     0.7012 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR934937     3  0.1663     0.8342 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR934938     3  0.0000     0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934941     6  0.2762     0.7012 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR934942     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934943     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934944     4  0.3774     0.2034 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR934945     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934946     6  0.3151     0.6470 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR934947     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.3390     0.5635 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR934949     5  0.1141     0.8416 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934950     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951     4  0.2762     0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934953     3  0.0891     0.8887 0.000 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR934952     5  0.2793     0.7679 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR934954     2  0.2776     0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934955     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.0632     0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934957     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     6  0.0000     0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934960     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961     5  0.1398     0.8382 0.052 0.008 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR934962     2  0.2776     0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934963     3  0.0632     0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934964     3  0.0000     0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.3592     0.5197 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR934968     3  0.0000     0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934969     4  0.0632     0.8745 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934970     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.0458     0.8909 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR934972     6  0.0260     0.8258 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934973     3  0.0000     0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934974     6  0.0363     0.8248 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934975     6  0.2762     0.7012 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR934976     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934977     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.0000     0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934979     5  0.1141     0.8416 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934980     1  0.2527     0.8500 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0000     0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934982     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984     5  0.1141     0.8416 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934985     4  0.3982    -0.0239 0.000 0.000 0.000 0.536 0.004 0.460
#> SRR934986     4  0.0000     0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987     5  0.1663     0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934988     3  0.3866     0.0510 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR934989     1  0.1141     0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000     0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-pam-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-pam-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-pam-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-pam-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:mclust

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'mclust' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-mclust-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-mclust-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 0.875           0.929       0.969         0.4860 0.514   0.514
#> 3 3 0.432           0.669       0.752         0.2794 0.664   0.449
#> 4 4 0.495           0.609       0.708         0.1341 0.849   0.620
#> 5 5 0.607           0.613       0.780         0.0546 0.832   0.556
#> 6 6 0.706           0.751       0.843         0.0744 0.808   0.450

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934719     2  0.6801    0.80231 0.180 0.820
#> SRR934720     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.7528    0.71085 0.784 0.216
#> SRR934722     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934723     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934724     2  0.9754    0.35503 0.408 0.592
#> SRR934725     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.1414    0.95630 0.980 0.020
#> SRR934727     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934730     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934731     1  0.8081    0.66012 0.752 0.248
#> SRR934732     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934733     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934742     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934744     2  0.0672    0.96006 0.008 0.992
#> SRR934745     1  0.2603    0.93743 0.956 0.044
#> SRR934746     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934747     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934748     2  0.6712    0.80742 0.176 0.824
#> SRR934750     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.0376    0.96821 0.996 0.004
#> SRR934751     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934755     2  0.6712    0.80742 0.176 0.824
#> SRR934756     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934757     2  0.6801    0.80232 0.180 0.820
#> SRR934758     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.1633    0.95314 0.976 0.024
#> SRR934766     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934771     1  0.0672    0.96559 0.992 0.008
#> SRR934773     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934774     2  0.6712    0.80742 0.176 0.824
#> SRR934775     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934776     1  0.9998    0.00927 0.508 0.492
#> SRR934777     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934778     2  0.2603    0.93331 0.044 0.956
#> SRR934779     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934780     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934781     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.0376    0.96821 0.996 0.004
#> SRR934784     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934790     2  0.6048    0.83903 0.148 0.852
#> SRR934791     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934793     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.1633    0.95314 0.976 0.024
#> SRR934804     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.0376    0.96821 0.996 0.004
#> SRR934806     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934807     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934809     1  0.2778    0.93006 0.952 0.048
#> SRR934810     1  0.9988    0.02223 0.520 0.480
#> SRR934811     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934808     1  0.3274    0.91764 0.940 0.060
#> SRR934812     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934815     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934816     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934818     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934819     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0376    0.96821 0.996 0.004
#> SRR934821     2  0.6438    0.82098 0.164 0.836
#> SRR934822     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0376    0.96821 0.996 0.004
#> SRR934825     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934827     2  0.6623    0.81290 0.172 0.828
#> SRR934828     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934829     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934830     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934832     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934833     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934834     1  0.1633    0.95314 0.976 0.024
#> SRR934835     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.0376    0.96821 0.996 0.004
#> SRR934848     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934851     2  0.0672    0.96006 0.008 0.992
#> SRR934853     2  0.6712    0.80742 0.176 0.824
#> SRR934852     2  0.3431    0.91729 0.064 0.936
#> SRR934854     2  0.8713    0.61868 0.292 0.708
#> SRR934856     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934862     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.0672    0.96546 0.992 0.008
#> SRR934864     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934865     2  0.9993    0.10395 0.484 0.516
#> SRR934866     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934868     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934869     2  0.6712    0.80742 0.176 0.824
#> SRR934870     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934871     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934872     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934873     2  0.0672    0.96006 0.008 0.992
#> SRR934874     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934878     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934879     2  0.0672    0.96006 0.008 0.992
#> SRR934880     2  0.9044    0.55398 0.320 0.680
#> SRR934881     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934882     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934883     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934885     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934886     2  0.4298    0.89689 0.088 0.912
#> SRR934887     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934888     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934890     2  0.6531    0.81694 0.168 0.832
#> SRR934891     2  0.6148    0.83481 0.152 0.848
#> SRR934892     2  0.0376    0.96225 0.004 0.996
#> SRR934893     2  0.0672    0.96006 0.008 0.992
#> SRR934894     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934898     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934899     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934900     2  0.0672    0.96006 0.008 0.992
#> SRR934901     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934902     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.1843    0.95017 0.972 0.028
#> SRR934906     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934907     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934908     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934913     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934915     2  0.0672    0.96006 0.008 0.992
#> SRR934916     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934919     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934920     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934922     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934924     1  0.2043    0.94775 0.968 0.032
#> SRR934923     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934926     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934928     2  0.6712    0.80742 0.176 0.824
#> SRR934929     1  0.8443    0.61566 0.728 0.272
#> SRR934930     2  0.3584    0.91548 0.068 0.932
#> SRR934931     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934936     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934933     1  0.1843    0.95017 0.972 0.028
#> SRR934937     2  0.0672    0.96006 0.008 0.992
#> SRR934938     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934939     2  0.6712    0.80742 0.176 0.824
#> SRR934940     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934941     2  0.0938    0.95757 0.012 0.988
#> SRR934942     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934943     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934945     1  0.2043    0.94775 0.968 0.032
#> SRR934946     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934948     2  0.0672    0.96006 0.008 0.992
#> SRR934949     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934950     1  1.0000   -0.05978 0.500 0.500
#> SRR934951     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934953     1  0.9129    0.49970 0.672 0.328
#> SRR934952     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934956     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934957     2  0.6247    0.83027 0.156 0.844
#> SRR934958     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934959     1  0.3879    0.90019 0.924 0.076
#> SRR934960     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934963     1  0.2043    0.94755 0.968 0.032
#> SRR934964     2  0.0672    0.96006 0.008 0.992
#> SRR934965     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934967     2  0.4815    0.88345 0.104 0.896
#> SRR934968     2  0.0672    0.96006 0.008 0.992
#> SRR934969     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934972     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934973     2  0.4690    0.88694 0.100 0.900
#> SRR934974     2  0.8016    0.70810 0.244 0.756
#> SRR934975     2  0.6623    0.81219 0.172 0.828
#> SRR934976     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934978     2  0.3584    0.91401 0.068 0.932
#> SRR934979     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934981     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934982     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934985     2  0.4562    0.88894 0.096 0.904
#> SRR934986     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000    0.96445 0.000 1.000
#> SRR934988     2  0.6712    0.80742 0.176 0.824
#> SRR934989     1  0.0000    0.97060 1.000 0.000
#> SRR934990     2  0.0672    0.96006 0.008 0.992

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     3  0.6225    0.13178 0.432 0.000 0.568
#> SRR934718     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934719     3  0.3009    0.69697 0.028 0.052 0.920
#> SRR934720     1  0.0237    0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934721     3  0.5024    0.57799 0.220 0.004 0.776
#> SRR934722     3  0.6204    0.50386 0.000 0.424 0.576
#> SRR934723     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934724     3  0.4068    0.67216 0.120 0.016 0.864
#> SRR934725     1  0.5926    0.50355 0.644 0.000 0.356
#> SRR934726     3  0.5431    0.51458 0.284 0.000 0.716
#> SRR934727     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934728     1  0.4654    0.73615 0.792 0.000 0.208
#> SRR934729     3  0.5926    0.58379 0.000 0.356 0.644
#> SRR934730     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934731     3  0.3349    0.67087 0.108 0.004 0.888
#> SRR934732     2  0.6274   -0.28864 0.000 0.544 0.456
#> SRR934733     1  0.2066    0.85958 0.940 0.000 0.060
#> SRR934734     1  0.0000    0.87631 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934736     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934737     2  0.1411    0.85934 0.000 0.964 0.036
#> SRR934738     1  0.5706    0.57212 0.680 0.000 0.320
#> SRR934740     1  0.0237    0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934739     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934741     2  0.3686    0.74273 0.000 0.860 0.140
#> SRR934742     1  0.6126    0.40760 0.600 0.000 0.400
#> SRR934743     1  0.4172    0.77917 0.840 0.004 0.156
#> SRR934744     3  0.3686    0.68845 0.000 0.140 0.860
#> SRR934745     3  0.5304    0.63311 0.108 0.068 0.824
#> SRR934746     3  0.6215    0.49622 0.000 0.428 0.572
#> SRR934747     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934748     3  0.3845    0.67195 0.116 0.012 0.872
#> SRR934750     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934749     3  0.6264    0.30409 0.380 0.004 0.616
#> SRR934751     1  0.3340    0.82858 0.880 0.000 0.120
#> SRR934752     1  0.6252    0.24113 0.556 0.000 0.444
#> SRR934753     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934754     1  0.5785    0.55694 0.668 0.000 0.332
#> SRR934755     3  0.3412    0.64069 0.000 0.124 0.876
#> SRR934756     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934757     3  0.1163    0.68125 0.028 0.000 0.972
#> SRR934758     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934759     1  0.0237    0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934760     2  0.3879    0.70527 0.000 0.848 0.152
#> SRR934761     3  0.5216    0.61168 0.000 0.260 0.740
#> SRR934762     1  0.6095    0.43080 0.608 0.000 0.392
#> SRR934763     3  0.6267    0.13037 0.452 0.000 0.548
#> SRR934764     1  0.5760    0.56071 0.672 0.000 0.328
#> SRR934765     3  0.6663    0.64069 0.124 0.124 0.752
#> SRR934766     1  0.5497    0.62356 0.708 0.000 0.292
#> SRR934767     1  0.0237    0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934768     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934769     2  0.6274   -0.28499 0.000 0.544 0.456
#> SRR934770     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934772     3  0.5363    0.60119 0.000 0.276 0.724
#> SRR934771     3  0.5778    0.59487 0.200 0.032 0.768
#> SRR934773     1  0.0237    0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934774     3  0.0237    0.67772 0.000 0.004 0.996
#> SRR934775     3  0.5926    0.35935 0.356 0.000 0.644
#> SRR934776     3  0.6589    0.64890 0.032 0.280 0.688
#> SRR934777     1  0.6225    0.31520 0.568 0.000 0.432
#> SRR934778     3  0.5692    0.64830 0.008 0.268 0.724
#> SRR934779     1  0.0237    0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934780     3  0.5882    0.60414 0.000 0.348 0.652
#> SRR934781     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934782     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934783     3  0.5848    0.51910 0.268 0.012 0.720
#> SRR934784     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934785     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934786     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934787     1  0.2261    0.85481 0.932 0.000 0.068
#> SRR934788     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934789     1  0.1411    0.87052 0.964 0.000 0.036
#> SRR934790     3  0.3619    0.64044 0.000 0.136 0.864
#> SRR934791     1  0.6252    0.30475 0.556 0.000 0.444
#> SRR934792     2  0.6286   -0.31243 0.000 0.536 0.464
#> SRR934793     1  0.0237    0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934794     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934795     1  0.5988    0.48416 0.632 0.000 0.368
#> SRR934796     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934797     1  0.0237    0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934798     1  0.0661    0.87916 0.988 0.004 0.008
#> SRR934799     1  0.1411    0.87052 0.964 0.000 0.036
#> SRR934800     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934801     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934802     2  0.0592    0.87752 0.000 0.988 0.012
#> SRR934803     3  0.4413    0.64606 0.024 0.124 0.852
#> SRR934804     3  0.6252    0.48242 0.000 0.444 0.556
#> SRR934805     3  0.6295    0.00980 0.472 0.000 0.528
#> SRR934806     1  0.6140    0.39496 0.596 0.000 0.404
#> SRR934807     3  0.5882    0.59184 0.000 0.348 0.652
#> SRR934809     3  0.4834    0.59638 0.204 0.004 0.792
#> SRR934810     3  0.4345    0.66433 0.136 0.016 0.848
#> SRR934811     3  0.5905    0.58703 0.000 0.352 0.648
#> SRR934808     3  0.4261    0.65963 0.140 0.012 0.848
#> SRR934812     1  0.0237    0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934813     3  0.5529    0.64805 0.000 0.296 0.704
#> SRR934814     1  0.5988    0.48495 0.632 0.000 0.368
#> SRR934815     3  0.5835    0.60815 0.000 0.340 0.660
#> SRR934816     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934817     3  0.6111    0.55049 0.000 0.396 0.604
#> SRR934818     3  0.5291    0.62376 0.000 0.268 0.732
#> SRR934819     1  0.3412    0.81370 0.876 0.000 0.124
#> SRR934820     3  0.5517    0.50902 0.268 0.004 0.728
#> SRR934821     3  0.1411    0.67627 0.000 0.036 0.964
#> SRR934822     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934823     3  0.4178    0.61936 0.172 0.000 0.828
#> SRR934825     2  0.4002    0.69441 0.000 0.840 0.160
#> SRR934826     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934827     3  0.3412    0.64069 0.000 0.124 0.876
#> SRR934828     3  0.5678    0.61604 0.000 0.316 0.684
#> SRR934829     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934830     3  0.5810    0.60473 0.000 0.336 0.664
#> SRR934831     1  0.0237    0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934832     3  0.5926    0.58379 0.000 0.356 0.644
#> SRR934833     3  0.5678    0.62430 0.000 0.316 0.684
#> SRR934834     3  0.5698    0.46238 0.252 0.012 0.736
#> SRR934835     3  0.6235    0.49108 0.000 0.436 0.564
#> SRR934836     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934837     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934838     1  0.2537    0.85300 0.920 0.000 0.080
#> SRR934839     2  0.1860    0.84454 0.000 0.948 0.052
#> SRR934840     2  0.6252   -0.25285 0.000 0.556 0.444
#> SRR934841     1  0.0237    0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934842     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934843     1  0.2711    0.83472 0.912 0.000 0.088
#> SRR934844     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934845     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934846     2  0.5138    0.52255 0.000 0.748 0.252
#> SRR934847     3  0.6669    0.03282 0.468 0.008 0.524
#> SRR934848     1  0.4178    0.78035 0.828 0.000 0.172
#> SRR934849     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934850     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934851     3  0.3686    0.68845 0.000 0.140 0.860
#> SRR934853     3  0.5710    0.70397 0.080 0.116 0.804
#> SRR934852     3  0.3686    0.64022 0.000 0.140 0.860
#> SRR934854     3  0.6335    0.66289 0.036 0.240 0.724
#> SRR934856     3  0.6299   -0.05494 0.476 0.000 0.524
#> SRR934858     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934859     2  0.0424    0.88019 0.000 0.992 0.008
#> SRR934860     2  0.5497    0.36098 0.000 0.708 0.292
#> SRR934861     3  0.6204    0.50953 0.000 0.424 0.576
#> SRR934862     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934863     3  0.6772    0.48467 0.304 0.032 0.664
#> SRR934864     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934865     3  0.6337    0.66192 0.028 0.264 0.708
#> SRR934866     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934867     2  0.6299   -0.34635 0.000 0.524 0.476
#> SRR934868     3  0.6215    0.49622 0.000 0.428 0.572
#> SRR934869     3  0.2878    0.70285 0.000 0.096 0.904
#> SRR934870     1  0.6062    0.45472 0.616 0.000 0.384
#> SRR934871     3  0.6192    0.50937 0.000 0.420 0.580
#> SRR934872     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934873     3  0.5138    0.61521 0.000 0.252 0.748
#> SRR934874     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934875     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934876     1  0.2959    0.83641 0.900 0.000 0.100
#> SRR934877     1  0.2261    0.84890 0.932 0.000 0.068
#> SRR934878     3  0.5835    0.61121 0.000 0.340 0.660
#> SRR934879     3  0.3686    0.68845 0.000 0.140 0.860
#> SRR934880     3  0.5892    0.69836 0.104 0.100 0.796
#> SRR934881     3  0.6192    0.52540 0.000 0.420 0.580
#> SRR934882     3  0.6111    0.55000 0.000 0.396 0.604
#> SRR934883     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934884     3  0.5926    0.58379 0.000 0.356 0.644
#> SRR934885     3  0.6299    0.40689 0.000 0.476 0.524
#> SRR934886     3  0.3412    0.64069 0.000 0.124 0.876
#> SRR934887     3  0.5465    0.65110 0.000 0.288 0.712
#> SRR934888     2  0.2537    0.81470 0.000 0.920 0.080
#> SRR934889     3  0.6215    0.49622 0.000 0.428 0.572
#> SRR934890     3  0.1031    0.68209 0.000 0.024 0.976
#> SRR934891     3  0.6387    0.63780 0.020 0.300 0.680
#> SRR934892     3  0.6045    0.57061 0.000 0.380 0.620
#> SRR934893     3  0.3816    0.68767 0.000 0.148 0.852
#> SRR934894     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934895     3  0.6168    0.52538 0.000 0.412 0.588
#> SRR934896     1  0.0237    0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934897     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934898     3  0.5327    0.66547 0.000 0.272 0.728
#> SRR934899     3  0.6308    0.39962 0.000 0.492 0.508
#> SRR934900     3  0.3686    0.68845 0.000 0.140 0.860
#> SRR934901     2  0.1643    0.85561 0.000 0.956 0.044
#> SRR934902     3  0.3816    0.68767 0.000 0.148 0.852
#> SRR934903     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934905     3  0.6597    0.64151 0.120 0.124 0.756
#> SRR934906     3  0.5244    0.55147 0.240 0.004 0.756
#> SRR934907     3  0.6204    0.50386 0.000 0.424 0.576
#> SRR934908     2  0.3941    0.71221 0.000 0.844 0.156
#> SRR934909     3  0.6180    0.51837 0.000 0.416 0.584
#> SRR934910     3  0.5988    0.58481 0.008 0.304 0.688
#> SRR934911     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934912     3  0.5882    0.61006 0.000 0.348 0.652
#> SRR934913     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934914     3  0.6299   -0.00877 0.476 0.000 0.524
#> SRR934915     3  0.5216    0.66752 0.000 0.260 0.740
#> SRR934916     1  0.6252    0.24565 0.556 0.000 0.444
#> SRR934917     2  0.4654    0.59265 0.000 0.792 0.208
#> SRR934918     3  0.5254    0.60822 0.000 0.264 0.736
#> SRR934919     3  0.4974    0.67454 0.000 0.236 0.764
#> SRR934920     1  0.0237    0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934921     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934922     3  0.6062    0.56561 0.000 0.384 0.616
#> SRR934924     3  0.5956    0.43552 0.264 0.016 0.720
#> SRR934923     1  0.2878    0.83991 0.904 0.000 0.096
#> SRR934925     3  0.6180    0.51837 0.000 0.416 0.584
#> SRR934926     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934927     3  0.6079    0.56009 0.000 0.388 0.612
#> SRR934928     3  0.4830    0.69843 0.084 0.068 0.848
#> SRR934929     3  0.1832    0.67361 0.036 0.008 0.956
#> SRR934930     3  0.5465    0.65184 0.000 0.288 0.712
#> SRR934931     3  0.6111    0.54748 0.000 0.396 0.604
#> SRR934932     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934934     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934935     3  0.5882    0.60447 0.000 0.348 0.652
#> SRR934936     3  0.6126    0.54449 0.000 0.400 0.600
#> SRR934933     3  0.5000    0.64871 0.044 0.124 0.832
#> SRR934937     3  0.3686    0.68845 0.000 0.140 0.860
#> SRR934938     3  0.3816    0.68767 0.000 0.148 0.852
#> SRR934939     3  0.4346    0.69866 0.000 0.184 0.816
#> SRR934940     3  0.6180    0.51837 0.000 0.416 0.584
#> SRR934941     3  0.5431    0.66113 0.000 0.284 0.716
#> SRR934942     3  0.6095    0.55471 0.000 0.392 0.608
#> SRR934943     2  0.6299   -0.23914 0.000 0.524 0.476
#> SRR934944     3  0.5291    0.50818 0.268 0.000 0.732
#> SRR934945     3  0.5956    0.43552 0.264 0.016 0.720
#> SRR934946     3  0.5621    0.63932 0.000 0.308 0.692
#> SRR934947     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934948     3  0.3686    0.68845 0.000 0.140 0.860
#> SRR934949     2  0.1964    0.84105 0.000 0.944 0.056
#> SRR934950     3  0.6990    0.68648 0.108 0.164 0.728
#> SRR934951     1  0.5529    0.62104 0.704 0.000 0.296
#> SRR934953     3  0.3412    0.64069 0.000 0.124 0.876
#> SRR934952     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934954     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934955     1  0.0237    0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934956     3  0.5465    0.61868 0.000 0.288 0.712
#> SRR934957     3  0.6067    0.67985 0.028 0.236 0.736
#> SRR934958     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934959     3  0.4002    0.62867 0.160 0.000 0.840
#> SRR934960     1  0.4002    0.77762 0.840 0.000 0.160
#> SRR934961     2  0.1031    0.86977 0.000 0.976 0.024
#> SRR934962     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934963     3  0.3412    0.64069 0.000 0.124 0.876
#> SRR934964     3  0.3816    0.68873 0.000 0.148 0.852
#> SRR934965     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934966     2  0.0237    0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934967     3  0.4002    0.70383 0.000 0.160 0.840
#> SRR934968     3  0.3686    0.68845 0.000 0.140 0.860
#> SRR934969     1  0.2796    0.84087 0.908 0.000 0.092
#> SRR934970     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934971     3  0.3816    0.64133 0.000 0.148 0.852
#> SRR934972     3  0.6960    0.62668 0.152 0.116 0.732
#> SRR934973     3  0.3686    0.64022 0.000 0.140 0.860
#> SRR934974     3  0.3340    0.64361 0.000 0.120 0.880
#> SRR934975     3  0.5803    0.69068 0.028 0.212 0.760
#> SRR934976     2  0.3816    0.73860 0.000 0.852 0.148
#> SRR934977     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934978     3  0.3551    0.64091 0.000 0.132 0.868
#> SRR934979     2  0.3941    0.73380 0.000 0.844 0.156
#> SRR934980     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934981     3  0.3816    0.68767 0.000 0.148 0.852
#> SRR934982     1  0.3941    0.77833 0.844 0.000 0.156
#> SRR934983     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934984     3  0.6215    0.48917 0.000 0.428 0.572
#> SRR934985     3  0.5618    0.65084 0.008 0.260 0.732
#> SRR934986     1  0.0424    0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934987     3  0.6215    0.49622 0.000 0.428 0.572
#> SRR934988     3  0.2165    0.68851 0.000 0.064 0.936
#> SRR934989     1  0.0237    0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934990     3  0.3686    0.68845 0.000 0.140 0.860

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     4  0.4891    0.60643 0.308 0.000 0.012 0.680
#> SRR934718     1  0.0188    0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934719     3  0.6273    0.56415 0.000 0.100 0.636 0.264
#> SRR934720     1  0.4222    0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934721     4  0.7772    0.38753 0.240 0.000 0.368 0.392
#> SRR934722     3  0.3610    0.72606 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR934723     1  0.0188    0.76443 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934724     3  0.7809    0.40501 0.076 0.096 0.580 0.248
#> SRR934725     1  0.5664    0.55388 0.720 0.000 0.156 0.124
#> SRR934726     4  0.6845    0.66573 0.236 0.000 0.168 0.596
#> SRR934727     1  0.0188    0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934728     1  0.4856    0.62915 0.780 0.000 0.084 0.136
#> SRR934729     3  0.3831    0.72484 0.000 0.204 0.792 0.004
#> SRR934730     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.7058    0.67183 0.200 0.000 0.228 0.572
#> SRR934732     2  0.6197   -0.02068 0.000 0.508 0.440 0.052
#> SRR934733     4  0.5949    0.60705 0.288 0.000 0.068 0.644
#> SRR934734     1  0.3907    0.69583 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR934735     1  0.0000    0.76454 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0188    0.76443 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934737     2  0.1118    0.86140 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR934738     1  0.4552    0.65186 0.800 0.000 0.072 0.128
#> SRR934740     1  0.4222    0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934739     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.4981    0.09211 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR934742     4  0.6028    0.62996 0.280 0.000 0.076 0.644
#> SRR934743     4  0.5938    0.29723 0.480 0.000 0.036 0.484
#> SRR934744     3  0.4083    0.74260 0.000 0.100 0.832 0.068
#> SRR934745     4  0.5543    0.48868 0.028 0.000 0.360 0.612
#> SRR934746     3  0.4008    0.68839 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR934747     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.8214    0.10529 0.116 0.064 0.496 0.324
#> SRR934750     2  0.3024    0.76855 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR934749     4  0.7773    0.46399 0.284 0.000 0.284 0.432
#> SRR934751     4  0.5420    0.57126 0.352 0.000 0.024 0.624
#> SRR934752     1  0.7815   -0.19841 0.392 0.000 0.352 0.256
#> SRR934753     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754     1  0.6851    0.24800 0.568 0.000 0.300 0.132
#> SRR934755     4  0.4972    0.32224 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR934756     1  0.1637    0.74273 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR934757     3  0.5190    0.03992 0.004 0.004 0.596 0.396
#> SRR934758     1  0.1474    0.74532 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934759     1  0.4222    0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934760     2  0.3873    0.67789 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR934761     3  0.5894    0.20928 0.000 0.040 0.568 0.392
#> SRR934762     1  0.7603   -0.08039 0.436 0.000 0.360 0.204
#> SRR934763     3  0.7841   -0.34313 0.284 0.000 0.404 0.312
#> SRR934764     1  0.4318    0.66795 0.816 0.000 0.068 0.116
#> SRR934765     4  0.6722    0.65477 0.200 0.000 0.184 0.616
#> SRR934766     4  0.5311    0.57772 0.328 0.000 0.024 0.648
#> SRR934767     1  0.4222    0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934768     1  0.0336    0.76421 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934769     3  0.5354    0.71459 0.000 0.232 0.712 0.056
#> SRR934770     1  0.0000    0.76454 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     3  0.4985   -0.13289 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR934771     4  0.5458    0.65633 0.236 0.000 0.060 0.704
#> SRR934773     1  0.4222    0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934774     3  0.6264    0.50790 0.004 0.080 0.636 0.280
#> SRR934775     4  0.5781    0.63914 0.252 0.000 0.072 0.676
#> SRR934776     3  0.6381    0.67169 0.012 0.140 0.684 0.164
#> SRR934777     4  0.7719    0.47174 0.284 0.000 0.268 0.448
#> SRR934778     3  0.5949    0.66259 0.004 0.144 0.708 0.144
#> SRR934779     1  0.4164    0.68257 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR934780     3  0.3910    0.75138 0.000 0.156 0.820 0.024
#> SRR934781     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783     3  0.7469   -0.23557 0.188 0.000 0.472 0.340
#> SRR934784     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0188    0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934787     4  0.5691    0.35434 0.468 0.000 0.024 0.508
#> SRR934788     1  0.3047    0.70560 0.872 0.000 0.012 0.116
#> SRR934789     1  0.3760    0.67961 0.836 0.000 0.028 0.136
#> SRR934790     3  0.5292   -0.18824 0.008 0.000 0.512 0.480
#> SRR934791     4  0.7823    0.44062 0.280 0.000 0.308 0.412
#> SRR934792     3  0.5288    0.73554 0.000 0.200 0.732 0.068
#> SRR934793     1  0.4222    0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934794     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795     1  0.7398   -0.00883 0.456 0.000 0.376 0.168
#> SRR934796     1  0.0188    0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934797     1  0.4222    0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934798     1  0.3649    0.70011 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR934799     1  0.4267    0.62916 0.788 0.000 0.024 0.188
#> SRR934800     2  0.0188    0.87820 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934801     2  0.3444    0.73048 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR934802     2  0.0188    0.87820 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934803     4  0.6078    0.54120 0.068 0.000 0.312 0.620
#> SRR934804     3  0.5527    0.68708 0.000 0.104 0.728 0.168
#> SRR934805     4  0.7748    0.46962 0.276 0.000 0.284 0.440
#> SRR934806     4  0.4624    0.56566 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR934807     3  0.3751    0.72961 0.000 0.196 0.800 0.004
#> SRR934809     4  0.7684    0.35760 0.216 0.000 0.388 0.396
#> SRR934810     3  0.7905    0.36961 0.068 0.096 0.548 0.288
#> SRR934811     3  0.3791    0.72763 0.000 0.200 0.796 0.004
#> SRR934808     3  0.7313   -0.28428 0.152 0.000 0.432 0.416
#> SRR934812     1  0.4222    0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934813     3  0.4843    0.72814 0.000 0.104 0.784 0.112
#> SRR934814     1  0.6341    0.43786 0.652 0.000 0.212 0.136
#> SRR934815     3  0.3494    0.74416 0.000 0.172 0.824 0.004
#> SRR934816     2  0.0592    0.87310 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934817     3  0.3160    0.74988 0.000 0.108 0.872 0.020
#> SRR934818     3  0.5353   -0.10123 0.000 0.012 0.556 0.432
#> SRR934819     4  0.5925    0.61068 0.284 0.000 0.068 0.648
#> SRR934820     3  0.7478   -0.22989 0.188 0.000 0.468 0.344
#> SRR934821     4  0.4994    0.25633 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR934822     1  0.0336    0.76421 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934823     4  0.5850    0.64684 0.244 0.000 0.080 0.676
#> SRR934825     2  0.4888    0.24491 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR934826     1  0.2385    0.73621 0.920 0.000 0.028 0.052
#> SRR934827     4  0.4907    0.37864 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR934828     3  0.3863    0.71564 0.000 0.144 0.828 0.028
#> SRR934829     2  0.0707    0.87133 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934830     3  0.3978    0.73258 0.000 0.192 0.796 0.012
#> SRR934831     1  0.4222    0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934832     3  0.3831    0.72484 0.000 0.204 0.792 0.004
#> SRR934833     3  0.4996    0.72180 0.000 0.192 0.752 0.056
#> SRR934834     4  0.6450    0.58637 0.108 0.000 0.276 0.616
#> SRR934835     3  0.4391    0.69052 0.000 0.252 0.740 0.008
#> SRR934836     1  0.0188    0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934837     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838     1  0.4644    0.56878 0.748 0.000 0.024 0.228
#> SRR934839     2  0.1716    0.84460 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR934840     3  0.5399    0.22061 0.000 0.468 0.520 0.012
#> SRR934841     1  0.4222    0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934842     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843     1  0.4707    0.54642 0.760 0.000 0.036 0.204
#> SRR934844     1  0.3610    0.62987 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR934845     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.4817    0.29405 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR934847     4  0.7883    0.39094 0.284 0.000 0.352 0.364
#> SRR934848     1  0.6194    0.44464 0.668 0.000 0.200 0.132
#> SRR934849     1  0.0188    0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934850     1  0.0188    0.76443 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934851     3  0.5247    0.70650 0.000 0.100 0.752 0.148
#> SRR934853     3  0.5050    0.71835 0.008 0.100 0.784 0.108
#> SRR934852     3  0.5277   -0.13615 0.008 0.000 0.532 0.460
#> SRR934854     3  0.6908    0.44577 0.044 0.080 0.648 0.228
#> SRR934856     4  0.5026    0.60163 0.312 0.000 0.016 0.672
#> SRR934858     1  0.0188    0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934859     2  0.0469    0.87582 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934860     2  0.4843    0.27796 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR934861     3  0.3873    0.70609 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR934862     2  0.1211    0.86014 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR934863     3  0.7345   -0.17850 0.172 0.000 0.492 0.336
#> SRR934864     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865     3  0.5670    0.66170 0.008 0.104 0.736 0.152
#> SRR934866     2  0.3610    0.70746 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR934867     3  0.7363    0.47208 0.000 0.200 0.516 0.284
#> SRR934868     3  0.3975    0.69419 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR934869     3  0.5102    0.72180 0.000 0.100 0.764 0.136
#> SRR934870     4  0.7909    0.37136 0.304 0.000 0.340 0.356
#> SRR934871     3  0.3649    0.72366 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR934872     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.5746    0.30922 0.000 0.040 0.612 0.348
#> SRR934874     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876     1  0.5527    0.55255 0.728 0.000 0.104 0.168
#> SRR934877     1  0.4464    0.56633 0.768 0.000 0.024 0.208
#> SRR934878     3  0.2737    0.74640 0.000 0.104 0.888 0.008
#> SRR934879     3  0.4083    0.74260 0.000 0.100 0.832 0.068
#> SRR934880     3  0.4851    0.72822 0.004 0.104 0.792 0.100
#> SRR934881     3  0.5167    0.73914 0.000 0.132 0.760 0.108
#> SRR934882     3  0.4477    0.74159 0.000 0.108 0.808 0.084
#> SRR934883     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884     3  0.3831    0.72484 0.000 0.204 0.792 0.004
#> SRR934885     3  0.7220    0.21480 0.000 0.420 0.440 0.140
#> SRR934886     4  0.4994    0.24346 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR934887     3  0.3840    0.74651 0.000 0.104 0.844 0.052
#> SRR934888     2  0.3172    0.72879 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR934889     3  0.3831    0.72484 0.000 0.204 0.792 0.004
#> SRR934890     3  0.5309    0.69249 0.000 0.092 0.744 0.164
#> SRR934891     3  0.4538    0.73609 0.004 0.124 0.808 0.064
#> SRR934892     3  0.2714    0.74761 0.000 0.112 0.884 0.004
#> SRR934893     3  0.4888    0.71989 0.000 0.096 0.780 0.124
#> SRR934894     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895     3  0.3610    0.72606 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR934896     1  0.4222    0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934897     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.3616    0.75109 0.000 0.112 0.852 0.036
#> SRR934899     3  0.6819    0.41555 0.000 0.112 0.540 0.348
#> SRR934900     3  0.4224    0.74120 0.000 0.100 0.824 0.076
#> SRR934901     2  0.2973    0.77554 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR934902     3  0.5247    0.70463 0.000 0.100 0.752 0.148
#> SRR934903     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905     4  0.6678    0.66152 0.172 0.000 0.208 0.620
#> SRR934906     4  0.5938    0.65346 0.232 0.000 0.092 0.676
#> SRR934907     3  0.3688    0.72233 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR934908     2  0.4855    0.27090 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR934909     3  0.3486    0.73376 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934910     4  0.5871    0.29218 0.008 0.020 0.440 0.532
#> SRR934911     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.4786    0.72976 0.000 0.104 0.788 0.108
#> SRR934913     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.5535    0.60272 0.304 0.000 0.040 0.656
#> SRR934915     3  0.3697    0.74600 0.000 0.100 0.852 0.048
#> SRR934916     4  0.6124    0.62855 0.276 0.000 0.084 0.640
#> SRR934917     2  0.3837    0.67661 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR934918     3  0.6702    0.41495 0.000 0.100 0.544 0.356
#> SRR934919     3  0.6028    0.49863 0.000 0.076 0.644 0.280
#> SRR934920     1  0.4222    0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934921     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.4322    0.75064 0.000 0.152 0.804 0.044
#> SRR934924     4  0.5905    0.53664 0.060 0.000 0.304 0.636
#> SRR934923     4  0.6090    0.51750 0.384 0.000 0.052 0.564
#> SRR934925     3  0.3610    0.72763 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR934926     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.4114    0.74667 0.000 0.112 0.828 0.060
#> SRR934928     3  0.5812    0.64872 0.004 0.100 0.712 0.184
#> SRR934929     4  0.5592    0.47236 0.024 0.000 0.404 0.572
#> SRR934930     3  0.4285    0.73805 0.000 0.104 0.820 0.076
#> SRR934931     3  0.3610    0.72606 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR934932     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.4055    0.74548 0.000 0.108 0.832 0.060
#> SRR934936     3  0.3444    0.73565 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934933     4  0.6121    0.56123 0.072 0.000 0.308 0.620
#> SRR934937     3  0.4083    0.74260 0.000 0.100 0.832 0.068
#> SRR934938     3  0.4727    0.72877 0.000 0.100 0.792 0.108
#> SRR934939     3  0.4010    0.73860 0.000 0.100 0.836 0.064
#> SRR934940     3  0.3610    0.72606 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR934941     3  0.3043    0.74721 0.004 0.112 0.876 0.008
#> SRR934942     3  0.4059    0.73196 0.000 0.200 0.788 0.012
#> SRR934943     3  0.4072    0.67254 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR934944     4  0.5113    0.64460 0.252 0.000 0.036 0.712
#> SRR934945     4  0.5905    0.53664 0.060 0.000 0.304 0.636
#> SRR934946     3  0.3591    0.74586 0.000 0.168 0.824 0.008
#> SRR934947     1  0.0336    0.76345 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934948     3  0.4083    0.74260 0.000 0.100 0.832 0.068
#> SRR934949     2  0.4331    0.55053 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR934950     3  0.5519    0.68972 0.008 0.100 0.748 0.144
#> SRR934951     4  0.5951    0.59539 0.300 0.000 0.064 0.636
#> SRR934953     4  0.5543    0.47777 0.028 0.000 0.360 0.612
#> SRR934952     2  0.1867    0.83748 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR934954     2  0.0188    0.87820 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934955     1  0.4222    0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934956     3  0.6501    0.48062 0.000 0.096 0.588 0.316
#> SRR934957     3  0.4193    0.73490 0.004 0.100 0.832 0.064
#> SRR934958     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.5995    0.65249 0.232 0.000 0.096 0.672
#> SRR934960     1  0.2759    0.72801 0.904 0.000 0.052 0.044
#> SRR934961     2  0.1940    0.82887 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR934962     2  0.0188    0.87820 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934963     4  0.5903    0.51134 0.052 0.000 0.332 0.616
#> SRR934964     3  0.4083    0.74260 0.000 0.100 0.832 0.068
#> SRR934965     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000    0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.2924    0.74618 0.000 0.100 0.884 0.016
#> SRR934968     3  0.4083    0.74260 0.000 0.100 0.832 0.068
#> SRR934969     1  0.4462    0.65473 0.804 0.000 0.064 0.132
#> SRR934970     1  0.0921    0.75589 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934971     3  0.4972   -0.10846 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR934972     4  0.5873    0.64804 0.256 0.000 0.076 0.668
#> SRR934973     3  0.4981   -0.12463 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR934974     4  0.4855    0.40980 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR934975     3  0.4606    0.72316 0.004 0.100 0.808 0.088
#> SRR934976     2  0.4905    0.36266 0.000 0.632 0.364 0.004
#> SRR934977     1  0.0469    0.76372 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934978     3  0.4981   -0.12463 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR934979     2  0.4830    0.28741 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR934980     1  0.1211    0.75013 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR934981     3  0.5247    0.70622 0.000 0.100 0.752 0.148
#> SRR934982     1  0.5708   -0.09705 0.556 0.000 0.028 0.416
#> SRR934983     1  0.0188    0.76408 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934984     3  0.6454    0.21113 0.000 0.076 0.544 0.380
#> SRR934985     3  0.4682    0.41471 0.004 0.024 0.760 0.212
#> SRR934986     1  0.0188    0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934987     3  0.3649    0.72366 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR934988     3  0.5113    0.69648 0.000 0.088 0.760 0.152
#> SRR934989     1  0.4222    0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934990     3  0.4083    0.74260 0.000 0.100 0.832 0.068

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.2471     0.5681 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR934718     4  0.2424     0.6074 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934719     3  0.3215     0.6420 0.000 0.000 0.852 0.092 0.056
#> SRR934720     1  0.0510     0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934721     4  0.6309    -0.2296 0.000 0.000 0.192 0.520 0.288
#> SRR934722     3  0.4546     0.6218 0.000 0.028 0.668 0.000 0.304
#> SRR934723     4  0.3305     0.5380 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR934724     3  0.6366    -0.5924 0.000 0.000 0.440 0.164 0.396
#> SRR934725     4  0.5006     0.2331 0.008 0.000 0.020 0.564 0.408
#> SRR934726     5  0.6378     0.3993 0.000 0.000 0.176 0.348 0.476
#> SRR934727     4  0.2329     0.6100 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR934728     4  0.4900     0.2213 0.004 0.000 0.020 0.564 0.412
#> SRR934729     3  0.4789     0.6140 0.004 0.028 0.644 0.000 0.324
#> SRR934730     2  0.0162     0.9132 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934731     3  0.6792    -0.4855 0.000 0.000 0.372 0.288 0.340
#> SRR934732     3  0.4276     0.6095 0.000 0.244 0.724 0.000 0.032
#> SRR934733     4  0.4201     0.2592 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR934734     1  0.2377     0.8372 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR934735     4  0.2516     0.6026 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934736     4  0.2561     0.6017 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR934737     2  0.2707     0.8125 0.000 0.876 0.100 0.000 0.024
#> SRR934738     4  0.4806     0.2399 0.004 0.000 0.016 0.572 0.408
#> SRR934740     1  0.0510     0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     3  0.6363     0.5404 0.000 0.192 0.504 0.000 0.304
#> SRR934742     4  0.1831     0.5885 0.004 0.000 0.000 0.920 0.076
#> SRR934743     4  0.3629     0.5351 0.028 0.000 0.056 0.848 0.068
#> SRR934744     3  0.0740     0.7042 0.004 0.008 0.980 0.000 0.008
#> SRR934745     3  0.5271     0.5645 0.000 0.000 0.628 0.076 0.296
#> SRR934746     3  0.4920     0.6172 0.000 0.048 0.644 0.000 0.308
#> SRR934747     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     3  0.5010     0.3748 0.000 0.000 0.708 0.148 0.144
#> SRR934750     2  0.1310     0.8924 0.000 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR934749     4  0.4138     0.4547 0.000 0.000 0.016 0.708 0.276
#> SRR934751     4  0.1591     0.5964 0.004 0.000 0.004 0.940 0.052
#> SRR934752     4  0.4760     0.2083 0.000 0.000 0.020 0.564 0.416
#> SRR934753     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754     4  0.4892     0.2275 0.004 0.000 0.020 0.568 0.408
#> SRR934755     3  0.4181     0.6105 0.004 0.000 0.732 0.020 0.244
#> SRR934756     4  0.1544     0.6174 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR934757     3  0.3346     0.6543 0.000 0.000 0.844 0.092 0.064
#> SRR934758     4  0.1478     0.6175 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR934759     1  0.0510     0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934760     2  0.3550     0.7388 0.000 0.796 0.184 0.000 0.020
#> SRR934761     3  0.3807     0.6557 0.008 0.012 0.776 0.000 0.204
#> SRR934762     4  0.4767     0.1962 0.000 0.000 0.020 0.560 0.420
#> SRR934763     4  0.5406    -0.2036 0.000 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR934764     4  0.4769     0.2742 0.004 0.000 0.016 0.588 0.392
#> SRR934765     4  0.6121    -0.1158 0.004 0.000 0.376 0.504 0.116
#> SRR934766     4  0.3534     0.4851 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR934767     1  0.0510     0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934768     4  0.3305     0.5380 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR934769     3  0.4049     0.6696 0.000 0.164 0.780 0.000 0.056
#> SRR934770     4  0.2605     0.5990 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR934772     3  0.4602     0.6167 0.004 0.016 0.640 0.000 0.340
#> SRR934771     4  0.5562     0.2112 0.000 0.000 0.100 0.604 0.296
#> SRR934773     1  0.0510     0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934774     3  0.2074     0.6877 0.000 0.000 0.920 0.044 0.036
#> SRR934775     4  0.4350     0.2563 0.000 0.000 0.004 0.588 0.408
#> SRR934776     3  0.5705     0.4044 0.000 0.008 0.604 0.088 0.300
#> SRR934777     4  0.4138     0.4536 0.000 0.000 0.016 0.708 0.276
#> SRR934778     3  0.5745     0.3867 0.000 0.012 0.568 0.068 0.352
#> SRR934779     1  0.1965     0.8831 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR934780     3  0.2625     0.7012 0.000 0.016 0.876 0.000 0.108
#> SRR934781     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0162     0.9132 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934783     5  0.6219     0.6958 0.000 0.000 0.196 0.260 0.544
#> SRR934784     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786     4  0.2471     0.6061 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR934787     4  0.1788     0.5969 0.008 0.000 0.004 0.932 0.056
#> SRR934788     4  0.2171     0.6039 0.024 0.000 0.000 0.912 0.064
#> SRR934789     4  0.4235     0.3942 0.008 0.000 0.000 0.656 0.336
#> SRR934790     3  0.4164     0.6050 0.008 0.000 0.728 0.012 0.252
#> SRR934791     4  0.4249     0.4297 0.000 0.000 0.016 0.688 0.296
#> SRR934792     3  0.3953     0.6612 0.000 0.168 0.784 0.000 0.048
#> SRR934793     1  0.0510     0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795     4  0.4760     0.2034 0.000 0.000 0.020 0.564 0.416
#> SRR934796     4  0.2230     0.6123 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR934797     1  0.0510     0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934798     4  0.4192     0.2138 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR934799     4  0.3728     0.4968 0.008 0.000 0.000 0.748 0.244
#> SRR934800     2  0.1310     0.8891 0.000 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR934801     2  0.3449     0.7491 0.000 0.812 0.164 0.000 0.024
#> SRR934802     2  0.0898     0.9012 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR934803     3  0.6393     0.3281 0.004 0.000 0.540 0.232 0.224
#> SRR934804     3  0.4149     0.6618 0.000 0.128 0.784 0.000 0.088
#> SRR934805     4  0.4689     0.2000 0.000 0.000 0.016 0.560 0.424
#> SRR934806     4  0.0771     0.6040 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR934807     3  0.4309     0.6168 0.000 0.016 0.676 0.000 0.308
#> SRR934809     5  0.6647     0.7242 0.000 0.000 0.264 0.288 0.448
#> SRR934810     5  0.6401     0.6581 0.000 0.000 0.380 0.172 0.448
#> SRR934811     3  0.4473     0.6140 0.000 0.020 0.656 0.000 0.324
#> SRR934808     5  0.6661     0.7183 0.000 0.000 0.272 0.284 0.444
#> SRR934812     1  0.0510     0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934813     3  0.1153     0.7082 0.004 0.008 0.964 0.000 0.024
#> SRR934814     4  0.5006     0.2331 0.008 0.000 0.020 0.564 0.408
#> SRR934815     3  0.3757     0.6691 0.000 0.020 0.772 0.000 0.208
#> SRR934816     2  0.0693     0.9061 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR934817     3  0.3264     0.6872 0.000 0.016 0.820 0.000 0.164
#> SRR934818     3  0.4184     0.6582 0.000 0.016 0.700 0.000 0.284
#> SRR934819     4  0.3508     0.4872 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR934820     5  0.6172     0.5834 0.000 0.000 0.144 0.356 0.500
#> SRR934821     3  0.3381     0.6615 0.000 0.000 0.808 0.016 0.176
#> SRR934822     4  0.2852     0.5813 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR934823     4  0.5570     0.2160 0.000 0.000 0.104 0.608 0.288
#> SRR934825     3  0.4976     0.2308 0.000 0.468 0.504 0.000 0.028
#> SRR934826     4  0.5141     0.5337 0.092 0.000 0.000 0.672 0.236
#> SRR934827     3  0.4096     0.6034 0.004 0.000 0.724 0.012 0.260
#> SRR934828     3  0.4292     0.6482 0.000 0.024 0.704 0.000 0.272
#> SRR934829     2  0.0451     0.9100 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR934830     3  0.4249     0.6173 0.000 0.016 0.688 0.000 0.296
#> SRR934831     1  0.0510     0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934832     3  0.4348     0.6151 0.000 0.016 0.668 0.000 0.316
#> SRR934833     3  0.5368     0.5290 0.000 0.016 0.632 0.048 0.304
#> SRR934834     3  0.6784     0.1488 0.004 0.000 0.440 0.308 0.248
#> SRR934835     3  0.3650     0.6671 0.000 0.176 0.796 0.000 0.028
#> SRR934836     4  0.2179     0.6135 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838     4  0.3728     0.4968 0.008 0.000 0.000 0.748 0.244
#> SRR934839     2  0.1117     0.8966 0.000 0.964 0.016 0.000 0.020
#> SRR934840     3  0.4206     0.5935 0.000 0.272 0.708 0.000 0.020
#> SRR934841     1  0.0510     0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843     4  0.2426     0.6140 0.064 0.000 0.000 0.900 0.036
#> SRR934844     4  0.0510     0.6126 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846     2  0.4836     0.2905 0.000 0.612 0.356 0.000 0.032
#> SRR934847     4  0.5178     0.0255 0.004 0.000 0.032 0.516 0.448
#> SRR934848     4  0.4462     0.4204 0.004 0.000 0.016 0.672 0.308
#> SRR934849     4  0.2561     0.6016 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR934850     4  0.3143     0.5566 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR934851     3  0.2445     0.6898 0.004 0.004 0.884 0.000 0.108
#> SRR934853     3  0.2446     0.6826 0.000 0.000 0.900 0.056 0.044
#> SRR934852     3  0.4159     0.6095 0.008 0.000 0.716 0.008 0.268
#> SRR934854     3  0.5923     0.1308 0.000 0.008 0.496 0.080 0.416
#> SRR934856     4  0.2179     0.5759 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR934858     4  0.2561     0.6016 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR934859     2  0.0404     0.9096 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934860     3  0.5889     0.3603 0.000 0.392 0.504 0.000 0.104
#> SRR934861     3  0.3622     0.6924 0.000 0.056 0.820 0.000 0.124
#> SRR934862     2  0.4164     0.7430 0.000 0.784 0.120 0.000 0.096
#> SRR934863     5  0.5930     0.6600 0.000 0.000 0.196 0.208 0.596
#> SRR934864     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865     3  0.5639     0.3411 0.000 0.000 0.568 0.092 0.340
#> SRR934866     2  0.4482     0.7087 0.000 0.752 0.160 0.000 0.088
#> SRR934867     3  0.4313     0.6464 0.000 0.172 0.760 0.000 0.068
#> SRR934868     3  0.4342     0.6526 0.000 0.040 0.728 0.000 0.232
#> SRR934869     3  0.1753     0.6944 0.000 0.000 0.936 0.032 0.032
#> SRR934870     4  0.4760     0.2083 0.000 0.000 0.020 0.564 0.416
#> SRR934871     3  0.4400     0.6177 0.000 0.020 0.672 0.000 0.308
#> SRR934872     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873     3  0.3365     0.6582 0.008 0.000 0.808 0.004 0.180
#> SRR934874     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876     4  0.4380     0.4407 0.004 0.000 0.016 0.688 0.292
#> SRR934877     4  0.1478     0.6169 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR934878     3  0.3652     0.6598 0.000 0.012 0.784 0.004 0.200
#> SRR934879     3  0.0613     0.7035 0.004 0.004 0.984 0.000 0.008
#> SRR934880     3  0.2507     0.7043 0.000 0.012 0.900 0.016 0.072
#> SRR934881     3  0.3452     0.6770 0.000 0.148 0.820 0.000 0.032
#> SRR934882     3  0.2685     0.6986 0.000 0.092 0.880 0.000 0.028
#> SRR934883     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884     3  0.4540     0.6162 0.000 0.024 0.656 0.000 0.320
#> SRR934885     3  0.5339     0.6415 0.000 0.152 0.672 0.000 0.176
#> SRR934886     3  0.4017     0.6100 0.004 0.000 0.736 0.012 0.248
#> SRR934887     3  0.0566     0.7049 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR934888     2  0.3284     0.7593 0.000 0.828 0.148 0.000 0.024
#> SRR934889     3  0.5358     0.6423 0.000 0.104 0.648 0.000 0.248
#> SRR934890     3  0.1251     0.7007 0.000 0.000 0.956 0.008 0.036
#> SRR934891     3  0.5456     0.4152 0.000 0.000 0.592 0.080 0.328
#> SRR934892     3  0.3360     0.6757 0.000 0.012 0.816 0.004 0.168
#> SRR934893     3  0.2741     0.6821 0.004 0.004 0.860 0.000 0.132
#> SRR934894     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895     3  0.4546     0.6218 0.000 0.028 0.668 0.000 0.304
#> SRR934896     1  0.0510     0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0865     0.7062 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR934899     3  0.4169     0.6606 0.000 0.116 0.784 0.000 0.100
#> SRR934900     3  0.0486     0.7038 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR934901     2  0.5867     0.4894 0.000 0.588 0.144 0.000 0.268
#> SRR934902     3  0.2956     0.6776 0.004 0.008 0.848 0.000 0.140
#> SRR934903     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905     3  0.6410     0.0608 0.004 0.000 0.468 0.376 0.152
#> SRR934906     4  0.5433     0.2442 0.000 0.000 0.092 0.620 0.288
#> SRR934907     3  0.4276     0.6532 0.000 0.028 0.716 0.000 0.256
#> SRR934908     3  0.6274     0.5561 0.000 0.208 0.536 0.000 0.256
#> SRR934909     3  0.3283     0.6955 0.000 0.028 0.832 0.000 0.140
#> SRR934910     3  0.4954     0.6021 0.008 0.016 0.608 0.004 0.364
#> SRR934911     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.3214     0.6849 0.000 0.120 0.844 0.000 0.036
#> SRR934913     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914     4  0.3661     0.4684 0.000 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934915     3  0.1074     0.7051 0.000 0.012 0.968 0.004 0.016
#> SRR934916     4  0.4643     0.4750 0.072 0.000 0.012 0.756 0.160
#> SRR934917     2  0.4360     0.4907 0.000 0.680 0.300 0.000 0.020
#> SRR934918     3  0.3548     0.6567 0.004 0.012 0.796 0.000 0.188
#> SRR934919     3  0.3280     0.6754 0.000 0.004 0.808 0.004 0.184
#> SRR934920     1  0.0510     0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922     3  0.3909     0.6627 0.000 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR934924     3  0.7602     0.3286 0.084 0.000 0.464 0.172 0.280
#> SRR934923     4  0.1924     0.5926 0.008 0.000 0.004 0.924 0.064
#> SRR934925     3  0.4113     0.6533 0.000 0.028 0.740 0.000 0.232
#> SRR934926     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927     3  0.1216     0.7088 0.000 0.020 0.960 0.000 0.020
#> SRR934928     3  0.3075     0.6496 0.000 0.000 0.860 0.092 0.048
#> SRR934929     3  0.5759     0.4949 0.000 0.000 0.616 0.160 0.224
#> SRR934930     3  0.2407     0.6997 0.000 0.012 0.896 0.004 0.088
#> SRR934931     3  0.4565     0.6190 0.000 0.028 0.664 0.000 0.308
#> SRR934932     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935     3  0.1173     0.7083 0.004 0.012 0.964 0.000 0.020
#> SRR934936     3  0.4546     0.6218 0.000 0.028 0.668 0.000 0.304
#> SRR934933     3  0.6033     0.4021 0.000 0.000 0.580 0.200 0.220
#> SRR934937     3  0.0486     0.7038 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR934938     3  0.0932     0.7046 0.004 0.004 0.972 0.000 0.020
#> SRR934939     3  0.4763     0.5951 0.000 0.000 0.712 0.076 0.212
#> SRR934940     3  0.4565     0.6190 0.000 0.028 0.664 0.000 0.308
#> SRR934941     3  0.3686     0.6589 0.000 0.012 0.780 0.004 0.204
#> SRR934942     3  0.3612     0.6913 0.000 0.028 0.800 0.000 0.172
#> SRR934943     3  0.5272     0.6109 0.000 0.072 0.620 0.000 0.308
#> SRR934944     4  0.4437     0.4139 0.000 0.000 0.100 0.760 0.140
#> SRR934945     3  0.7602     0.3286 0.084 0.000 0.464 0.172 0.280
#> SRR934946     3  0.4493     0.6224 0.000 0.016 0.700 0.012 0.272
#> SRR934947     4  0.2280     0.6112 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR934948     3  0.0775     0.7032 0.004 0.004 0.980 0.004 0.008
#> SRR934949     2  0.4445     0.4626 0.000 0.676 0.300 0.000 0.024
#> SRR934950     3  0.5580     0.3759 0.000 0.000 0.576 0.088 0.336
#> SRR934951     4  0.4057     0.4871 0.008 0.000 0.008 0.732 0.252
#> SRR934953     3  0.4096     0.6034 0.004 0.000 0.724 0.012 0.260
#> SRR934952     2  0.2331     0.8515 0.000 0.900 0.020 0.000 0.080
#> SRR934954     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0510     0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934956     3  0.3550     0.6636 0.000 0.020 0.796 0.000 0.184
#> SRR934957     3  0.4905     0.5712 0.000 0.000 0.696 0.080 0.224
#> SRR934958     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959     4  0.5613     0.2071 0.000 0.000 0.108 0.604 0.288
#> SRR934960     4  0.5215     0.5192 0.088 0.000 0.000 0.656 0.256
#> SRR934961     2  0.4720     0.6981 0.000 0.736 0.124 0.000 0.140
#> SRR934962     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963     3  0.4818     0.5729 0.004 0.000 0.688 0.048 0.260
#> SRR934964     3  0.0451     0.7043 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR934965     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0671     0.7035 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934968     3  0.0833     0.7043 0.004 0.004 0.976 0.000 0.016
#> SRR934969     4  0.4814     0.2343 0.004 0.000 0.016 0.568 0.412
#> SRR934970     4  0.2179     0.6130 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR934971     3  0.3611     0.6417 0.004 0.000 0.780 0.008 0.208
#> SRR934972     4  0.4457     0.3278 0.000 0.000 0.152 0.756 0.092
#> SRR934973     3  0.4057     0.6073 0.008 0.000 0.732 0.008 0.252
#> SRR934974     3  0.3961     0.6216 0.000 0.000 0.736 0.016 0.248
#> SRR934975     3  0.5064     0.5334 0.000 0.000 0.672 0.080 0.248
#> SRR934976     3  0.5932     0.2287 0.000 0.440 0.456 0.000 0.104
#> SRR934977     4  0.2773     0.5930 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR934978     3  0.3998     0.6151 0.004 0.004 0.732 0.004 0.256
#> SRR934979     3  0.5876     0.3757 0.000 0.384 0.512 0.000 0.104
#> SRR934980     4  0.3430     0.5385 0.220 0.000 0.004 0.776 0.000
#> SRR934981     3  0.2338     0.6887 0.000 0.004 0.884 0.000 0.112
#> SRR934982     4  0.3359     0.5804 0.108 0.000 0.000 0.840 0.052
#> SRR934983     4  0.2329     0.6100 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR934984     3  0.4610     0.6538 0.004 0.112 0.756 0.000 0.128
#> SRR934985     3  0.5798     0.3944 0.000 0.012 0.576 0.076 0.336
#> SRR934986     4  0.2377     0.6092 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR934987     3  0.4380     0.6205 0.000 0.020 0.676 0.000 0.304
#> SRR934988     3  0.1041     0.7007 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR934989     1  0.0510     0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934990     3  0.0486     0.7038 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     1  0.3390     0.4779 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0820     0.8192 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR934719     4  0.4502     0.5672 0.016 0.000 0.240 0.696 0.048 0.000
#> SRR934720     6  0.0260     0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934721     4  0.4012     0.7233 0.232 0.000 0.008 0.728 0.032 0.000
#> SRR934722     5  0.2584     0.8173 0.000 0.004 0.144 0.004 0.848 0.000
#> SRR934723     1  0.1010     0.8163 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR934724     4  0.4162     0.6564 0.020 0.000 0.140 0.768 0.072 0.000
#> SRR934725     4  0.2095     0.7718 0.076 0.000 0.000 0.904 0.016 0.004
#> SRR934726     4  0.4250     0.7279 0.108 0.000 0.144 0.744 0.000 0.004
#> SRR934727     1  0.0993     0.8192 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR934728     4  0.1967     0.7723 0.084 0.000 0.000 0.904 0.012 0.000
#> SRR934729     5  0.2592     0.8092 0.016 0.000 0.116 0.004 0.864 0.000
#> SRR934730     2  0.0146     0.8927 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731     4  0.3731     0.6397 0.024 0.000 0.212 0.756 0.008 0.000
#> SRR934732     3  0.4276     0.6319 0.004 0.228 0.716 0.004 0.048 0.000
#> SRR934733     4  0.2053     0.7767 0.108 0.000 0.004 0.888 0.000 0.000
#> SRR934734     6  0.1007     0.9487 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR934735     1  0.0993     0.8192 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR934736     1  0.0935     0.8169 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR934737     2  0.1080     0.8811 0.004 0.960 0.000 0.004 0.032 0.000
#> SRR934738     4  0.1967     0.7736 0.084 0.000 0.000 0.904 0.012 0.000
#> SRR934740     6  0.0260     0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934739     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934741     5  0.3916     0.4869 0.000 0.300 0.020 0.000 0.680 0.000
#> SRR934742     1  0.1411     0.7942 0.936 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004
#> SRR934743     1  0.0696     0.8150 0.980 0.000 0.004 0.008 0.004 0.004
#> SRR934744     3  0.0790     0.8487 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR934745     3  0.5968     0.4768 0.096 0.000 0.620 0.068 0.208 0.008
#> SRR934746     5  0.2984     0.7144 0.000 0.104 0.044 0.004 0.848 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.8933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748     4  0.5372     0.1661 0.056 0.000 0.424 0.496 0.024 0.000
#> SRR934750     2  0.0603     0.8909 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR934749     4  0.3508     0.7026 0.292 0.000 0.004 0.704 0.000 0.000
#> SRR934751     1  0.1049     0.8172 0.960 0.000 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR934752     4  0.1983     0.7724 0.072 0.000 0.000 0.908 0.020 0.000
#> SRR934753     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934754     4  0.1951     0.7726 0.076 0.000 0.000 0.908 0.016 0.000
#> SRR934755     3  0.2009     0.8345 0.000 0.000 0.908 0.068 0.024 0.000
#> SRR934756     1  0.2882     0.6851 0.812 0.000 0.000 0.180 0.000 0.008
#> SRR934757     3  0.4357     0.5274 0.016 0.000 0.660 0.304 0.020 0.000
#> SRR934758     1  0.1049     0.8162 0.960 0.000 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR934759     6  0.0260     0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934760     2  0.2610     0.8326 0.004 0.884 0.060 0.004 0.048 0.000
#> SRR934761     3  0.0363     0.8486 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR934762     4  0.1983     0.7724 0.072 0.000 0.000 0.908 0.020 0.000
#> SRR934763     4  0.2088     0.7722 0.068 0.000 0.000 0.904 0.028 0.000
#> SRR934764     4  0.2408     0.7719 0.108 0.000 0.000 0.876 0.012 0.004
#> SRR934765     1  0.4861     0.5837 0.660 0.000 0.244 0.088 0.008 0.000
#> SRR934766     4  0.3428     0.6941 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR934767     6  0.0260     0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934768     1  0.0935     0.8176 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR934769     3  0.3393     0.7680 0.000 0.108 0.820 0.004 0.068 0.000
#> SRR934770     1  0.1151     0.8181 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR934772     3  0.3936     0.7158 0.000 0.000 0.760 0.060 0.176 0.004
#> SRR934771     4  0.3668     0.7031 0.228 0.000 0.028 0.744 0.000 0.000
#> SRR934773     6  0.0260     0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934774     3  0.3637     0.7493 0.008 0.000 0.788 0.164 0.040 0.000
#> SRR934775     4  0.2442     0.7722 0.144 0.000 0.004 0.852 0.000 0.000
#> SRR934776     5  0.6074     0.3490 0.016 0.000 0.176 0.324 0.484 0.000
#> SRR934777     4  0.3547     0.6987 0.300 0.000 0.004 0.696 0.000 0.000
#> SRR934778     5  0.5927     0.3352 0.016 0.000 0.148 0.336 0.500 0.000
#> SRR934779     6  0.0363     0.9916 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR934780     3  0.4012     0.4117 0.000 0.000 0.640 0.016 0.344 0.000
#> SRR934781     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.8933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783     4  0.2478     0.7479 0.024 0.000 0.012 0.888 0.076 0.000
#> SRR934784     2  0.0000     0.8933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934786     1  0.0820     0.8192 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR934787     1  0.1049     0.8172 0.960 0.000 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR934788     1  0.2854     0.6474 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR934789     4  0.2871     0.7605 0.192 0.000 0.004 0.804 0.000 0.000
#> SRR934790     3  0.1082     0.8370 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000
#> SRR934791     4  0.3240     0.7360 0.244 0.000 0.004 0.752 0.000 0.000
#> SRR934792     3  0.3389     0.7667 0.004 0.116 0.824 0.004 0.052 0.000
#> SRR934793     6  0.0260     0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934794     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934795     4  0.1983     0.7724 0.072 0.000 0.000 0.908 0.020 0.000
#> SRR934796     1  0.0914     0.8195 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR934797     6  0.0260     0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934798     1  0.3198     0.5591 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR934799     4  0.3428     0.6941 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR934800     2  0.1080     0.8811 0.004 0.960 0.000 0.004 0.032 0.000
#> SRR934801     2  0.1674     0.8631 0.000 0.924 0.004 0.004 0.068 0.000
#> SRR934802     2  0.1003     0.8828 0.004 0.964 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR934803     1  0.6056     0.2291 0.476 0.000 0.392 0.088 0.040 0.004
#> SRR934804     3  0.1549     0.8334 0.000 0.020 0.936 0.000 0.044 0.000
#> SRR934805     4  0.1958     0.7770 0.100 0.000 0.004 0.896 0.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0937     0.8134 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR934807     5  0.2584     0.8087 0.004 0.000 0.144 0.004 0.848 0.000
#> SRR934809     4  0.1679     0.7641 0.028 0.000 0.008 0.936 0.028 0.000
#> SRR934810     4  0.3834     0.6718 0.024 0.000 0.140 0.792 0.044 0.000
#> SRR934811     5  0.2500     0.8110 0.012 0.000 0.116 0.004 0.868 0.000
#> SRR934808     4  0.3226     0.7141 0.028 0.000 0.116 0.836 0.020 0.000
#> SRR934812     6  0.0260     0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934813     3  0.0713     0.8488 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934814     4  0.2095     0.7718 0.076 0.000 0.000 0.904 0.016 0.004
#> SRR934815     5  0.3390     0.6867 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR934816     2  0.0146     0.8930 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.2362     0.8111 0.000 0.004 0.860 0.000 0.136 0.000
#> SRR934818     3  0.4431     0.5599 0.000 0.000 0.688 0.060 0.248 0.004
#> SRR934819     4  0.3565     0.6955 0.304 0.000 0.004 0.692 0.000 0.000
#> SRR934820     4  0.2322     0.7618 0.036 0.000 0.004 0.896 0.064 0.000
#> SRR934821     3  0.2125     0.8378 0.004 0.000 0.908 0.068 0.016 0.004
#> SRR934822     1  0.1010     0.8166 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR934823     4  0.3323     0.7118 0.240 0.000 0.008 0.752 0.000 0.000
#> SRR934825     2  0.3207     0.7888 0.004 0.840 0.052 0.004 0.100 0.000
#> SRR934826     4  0.3690     0.6833 0.308 0.000 0.000 0.684 0.000 0.008
#> SRR934827     3  0.2258     0.8302 0.000 0.000 0.896 0.060 0.044 0.000
#> SRR934828     5  0.2886     0.8061 0.016 0.000 0.144 0.004 0.836 0.000
#> SRR934829     2  0.0291     0.8928 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR934830     5  0.2624     0.8065 0.004 0.000 0.148 0.004 0.844 0.000
#> SRR934831     6  0.0260     0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934832     5  0.2288     0.8133 0.004 0.000 0.116 0.004 0.876 0.000
#> SRR934833     5  0.4199     0.7444 0.004 0.000 0.148 0.100 0.748 0.000
#> SRR934834     1  0.5652     0.2946 0.520 0.000 0.380 0.068 0.028 0.004
#> SRR934835     3  0.4082     0.6809 0.004 0.184 0.752 0.004 0.056 0.000
#> SRR934836     1  0.0820     0.8192 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR934837     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934838     4  0.3547     0.6987 0.300 0.000 0.004 0.696 0.000 0.000
#> SRR934839     2  0.1413     0.8752 0.004 0.948 0.008 0.004 0.036 0.000
#> SRR934840     3  0.4256     0.6661 0.004 0.192 0.736 0.004 0.064 0.000
#> SRR934841     6  0.0260     0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934842     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934843     1  0.2877     0.6934 0.820 0.000 0.000 0.168 0.000 0.012
#> SRR934844     1  0.1610     0.7859 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR934845     2  0.1663     0.8947 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934846     2  0.3300     0.7575 0.004 0.832 0.108 0.004 0.052 0.000
#> SRR934847     4  0.2149     0.7773 0.080 0.000 0.004 0.900 0.016 0.000
#> SRR934848     4  0.3420     0.7335 0.240 0.000 0.000 0.748 0.012 0.000
#> SRR934849     1  0.0820     0.8192 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR934850     1  0.0935     0.8176 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR934851     3  0.0000     0.8475 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934853     3  0.4681     0.6054 0.016 0.000 0.712 0.176 0.096 0.000
#> SRR934852     3  0.1082     0.8388 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000
#> SRR934854     4  0.5888     0.2754 0.020 0.000 0.144 0.532 0.304 0.000
#> SRR934856     1  0.3101     0.5906 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0820     0.8192 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR934859     2  0.0665     0.8931 0.004 0.980 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR934860     5  0.6047     0.3491 0.000 0.228 0.320 0.004 0.448 0.000
#> SRR934861     3  0.4323     0.7255 0.004 0.120 0.748 0.004 0.124 0.000
#> SRR934862     2  0.2738     0.7603 0.000 0.820 0.004 0.000 0.176 0.000
#> SRR934863     4  0.2568     0.7315 0.016 0.000 0.012 0.876 0.096 0.000
#> SRR934864     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934865     4  0.5037     0.5378 0.012 0.000 0.192 0.668 0.128 0.000
#> SRR934866     2  0.2320     0.8105 0.000 0.864 0.004 0.000 0.132 0.000
#> SRR934867     3  0.4191     0.6931 0.004 0.164 0.752 0.004 0.076 0.000
#> SRR934868     3  0.5073     0.4977 0.000 0.096 0.608 0.004 0.292 0.000
#> SRR934869     3  0.2900     0.8213 0.008 0.000 0.860 0.088 0.044 0.000
#> SRR934870     4  0.1913     0.7727 0.080 0.000 0.000 0.908 0.012 0.000
#> SRR934871     5  0.2320     0.8182 0.000 0.000 0.132 0.004 0.864 0.000
#> SRR934872     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934873     3  0.0146     0.8464 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934874     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934875     2  0.1714     0.8946 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR934876     4  0.3151     0.7277 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR934877     1  0.2692     0.7172 0.840 0.000 0.000 0.148 0.000 0.012
#> SRR934878     3  0.2243     0.8153 0.000 0.004 0.880 0.004 0.112 0.000
#> SRR934879     3  0.0790     0.8487 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR934880     3  0.2881     0.8138 0.012 0.000 0.864 0.040 0.084 0.000
#> SRR934881     3  0.3652     0.7310 0.004 0.148 0.796 0.004 0.048 0.000
#> SRR934882     3  0.2129     0.8185 0.000 0.040 0.904 0.000 0.056 0.000
#> SRR934883     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934884     5  0.2500     0.8110 0.012 0.000 0.116 0.004 0.868 0.000
#> SRR934885     5  0.5012     0.5297 0.000 0.088 0.336 0.000 0.576 0.000
#> SRR934886     3  0.2461     0.8288 0.000 0.000 0.888 0.064 0.044 0.004
#> SRR934887     3  0.1204     0.8439 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR934888     2  0.2144     0.8504 0.004 0.912 0.048 0.004 0.032 0.000
#> SRR934889     5  0.2988     0.8111 0.000 0.024 0.152 0.000 0.824 0.000
#> SRR934890     3  0.2088     0.8417 0.000 0.000 0.904 0.068 0.028 0.000
#> SRR934891     4  0.6136    -0.0432 0.008 0.000 0.388 0.396 0.208 0.000
#> SRR934892     3  0.2149     0.8190 0.000 0.004 0.888 0.004 0.104 0.000
#> SRR934893     3  0.0260     0.8473 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934894     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934895     5  0.3011     0.7905 0.000 0.004 0.192 0.004 0.800 0.000
#> SRR934896     6  0.0260     0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934897     2  0.0000     0.8933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898     3  0.1890     0.8441 0.000 0.000 0.916 0.060 0.024 0.000
#> SRR934899     3  0.3249     0.7917 0.004 0.080 0.840 0.004 0.072 0.000
#> SRR934900     3  0.0713     0.8487 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934901     2  0.3595     0.5931 0.000 0.704 0.008 0.000 0.288 0.000
#> SRR934902     3  0.0000     0.8475 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934905     1  0.5621     0.5201 0.596 0.000 0.272 0.096 0.036 0.000
#> SRR934906     4  0.3323     0.7118 0.240 0.000 0.008 0.752 0.000 0.000
#> SRR934907     5  0.4308     0.2591 0.000 0.008 0.452 0.008 0.532 0.000
#> SRR934908     5  0.3529     0.6095 0.000 0.208 0.028 0.000 0.764 0.000
#> SRR934909     3  0.3265     0.6870 0.000 0.004 0.748 0.000 0.248 0.000
#> SRR934910     5  0.5477     0.5852 0.028 0.060 0.312 0.000 0.592 0.008
#> SRR934911     2  0.0000     0.8933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912     3  0.1549     0.8334 0.000 0.020 0.936 0.000 0.044 0.000
#> SRR934913     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934914     4  0.3508     0.7026 0.292 0.000 0.004 0.704 0.000 0.000
#> SRR934915     3  0.1556     0.8347 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934916     1  0.2854     0.7488 0.860 0.000 0.048 0.088 0.000 0.004
#> SRR934917     2  0.3509     0.7470 0.004 0.816 0.116 0.004 0.060 0.000
#> SRR934918     3  0.0146     0.8479 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934919     3  0.2173     0.8388 0.000 0.000 0.904 0.064 0.028 0.004
#> SRR934920     6  0.0260     0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934921     2  0.1663     0.8947 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934922     5  0.4122     0.2687 0.000 0.004 0.472 0.004 0.520 0.000
#> SRR934924     1  0.6715     0.1917 0.468 0.000 0.312 0.004 0.152 0.064
#> SRR934923     1  0.1080     0.8168 0.960 0.000 0.004 0.032 0.000 0.004
#> SRR934925     3  0.4187     0.4271 0.000 0.016 0.624 0.004 0.356 0.000
#> SRR934926     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934927     3  0.2237     0.8198 0.000 0.036 0.896 0.000 0.068 0.000
#> SRR934928     4  0.5240     0.4332 0.016 0.000 0.320 0.588 0.076 0.000
#> SRR934929     4  0.4235     0.5261 0.024 0.000 0.300 0.668 0.008 0.000
#> SRR934930     3  0.1908     0.8254 0.000 0.004 0.900 0.000 0.096 0.000
#> SRR934931     5  0.2504     0.8184 0.000 0.004 0.136 0.004 0.856 0.000
#> SRR934932     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934934     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934935     3  0.2571     0.7955 0.000 0.060 0.876 0.000 0.064 0.000
#> SRR934936     5  0.3404     0.7330 0.000 0.004 0.248 0.004 0.744 0.000
#> SRR934933     1  0.6016     0.1643 0.452 0.000 0.412 0.096 0.040 0.000
#> SRR934937     3  0.0790     0.8487 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR934938     3  0.0632     0.8485 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934939     3  0.4472     0.6310 0.008 0.000 0.728 0.152 0.112 0.000
#> SRR934940     5  0.2504     0.8181 0.000 0.004 0.136 0.004 0.856 0.000
#> SRR934941     3  0.3233     0.7790 0.004 0.000 0.832 0.060 0.104 0.000
#> SRR934942     5  0.2462     0.8184 0.000 0.004 0.132 0.004 0.860 0.000
#> SRR934943     5  0.2679     0.7951 0.000 0.032 0.096 0.004 0.868 0.000
#> SRR934944     1  0.3575     0.6071 0.708 0.000 0.008 0.284 0.000 0.000
#> SRR934945     1  0.6715     0.1917 0.468 0.000 0.312 0.004 0.152 0.064
#> SRR934946     5  0.2814     0.8032 0.000 0.000 0.172 0.008 0.820 0.000
#> SRR934947     1  0.0972     0.8174 0.964 0.000 0.000 0.028 0.000 0.008
#> SRR934948     3  0.0865     0.8487 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR934949     2  0.2487     0.8346 0.004 0.888 0.028 0.004 0.076 0.000
#> SRR934950     4  0.5405     0.3702 0.008 0.000 0.312 0.568 0.112 0.000
#> SRR934951     4  0.3547     0.6987 0.300 0.000 0.004 0.696 0.000 0.000
#> SRR934953     3  0.2734     0.8232 0.004 0.000 0.876 0.064 0.052 0.004
#> SRR934952     2  0.0935     0.8852 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR934954     2  0.0436     0.8939 0.004 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR934955     6  0.0260     0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934956     3  0.1949     0.8473 0.000 0.020 0.924 0.036 0.020 0.000
#> SRR934957     3  0.5585     0.2272 0.008 0.000 0.520 0.352 0.120 0.000
#> SRR934958     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934959     4  0.3271     0.7114 0.232 0.000 0.008 0.760 0.000 0.000
#> SRR934960     4  0.3634     0.6908 0.296 0.000 0.000 0.696 0.000 0.008
#> SRR934961     2  0.3271     0.6847 0.000 0.760 0.008 0.000 0.232 0.000
#> SRR934962     2  0.0146     0.8927 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963     1  0.6086     0.1190 0.444 0.000 0.428 0.064 0.060 0.004
#> SRR934964     3  0.0790     0.8477 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR934965     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934966     2  0.1970     0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934967     3  0.2308     0.8359 0.000 0.000 0.892 0.040 0.068 0.000
#> SRR934968     3  0.0713     0.8487 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934969     4  0.1967     0.7723 0.084 0.000 0.000 0.904 0.012 0.000
#> SRR934970     1  0.0891     0.8185 0.968 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR934971     3  0.1657     0.8433 0.000 0.000 0.928 0.056 0.016 0.000
#> SRR934972     1  0.4409     0.6851 0.736 0.000 0.120 0.136 0.008 0.000
#> SRR934973     3  0.0858     0.8402 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR934974     3  0.1745     0.8379 0.000 0.000 0.920 0.068 0.012 0.000
#> SRR934975     4  0.5555     0.3719 0.016 0.000 0.316 0.560 0.108 0.000
#> SRR934976     2  0.4269     0.2873 0.000 0.568 0.020 0.000 0.412 0.000
#> SRR934977     1  0.1625     0.7982 0.928 0.000 0.000 0.012 0.000 0.060
#> SRR934978     3  0.1863     0.8385 0.000 0.000 0.920 0.044 0.036 0.000
#> SRR934979     2  0.4473     0.0221 0.000 0.488 0.028 0.000 0.484 0.000
#> SRR934980     1  0.1806     0.7762 0.908 0.000 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR934981     3  0.0146     0.8483 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934982     1  0.2201     0.7833 0.896 0.000 0.000 0.076 0.000 0.028
#> SRR934983     1  0.2106     0.7926 0.904 0.000 0.000 0.064 0.000 0.032
#> SRR934984     3  0.4700     0.6506 0.004 0.176 0.704 0.004 0.112 0.000
#> SRR934985     5  0.5721     0.5263 0.024 0.000 0.144 0.244 0.588 0.000
#> SRR934986     1  0.1003     0.8192 0.964 0.000 0.000 0.020 0.000 0.016
#> SRR934987     5  0.2320     0.8182 0.000 0.000 0.132 0.004 0.864 0.000
#> SRR934988     3  0.2009     0.8416 0.000 0.000 0.908 0.068 0.024 0.000
#> SRR934989     6  0.0260     0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934990     3  0.0790     0.8487 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-mclust-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-mclust-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-mclust-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-mclust-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.


ATC:NMF**

The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:

res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]

A summary of res and all the functions that can be applied to it:

res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#>   On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#>   Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#>   Subgroups are detected by 'NMF' method.
#>   Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#>   Best k for subgroups seems to be 2.
#> 
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#>  [1] "cola_report"             "collect_classes"         "collect_plots"          
#>  [4] "collect_stats"           "colnames"                "compare_signatures"     
#>  [7] "consensus_heatmap"       "dimension_reduction"     "functional_enrichment"  
#> [10] "get_anno_col"            "get_anno"                "get_classes"            
#> [13] "get_consensus"           "get_matrix"              "get_membership"         
#> [16] "get_param"               "get_signatures"          "get_stats"              
#> [19] "is_best_k"               "is_stable_k"             "membership_heatmap"     
#> [22] "ncol"                    "nrow"                    "plot_ecdf"              
#> [25] "rownames"                "select_partition_number" "show"                   
#> [28] "suggest_best_k"          "test_to_known_factors"

collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions) into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.

collect_plots(res)

plot of chunk ATC-NMF-collect-plots

The plots are:

All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.

select_partition_number() produces several plots showing different statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:

The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.

Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index measure how similar the current partition is compared to partition with k-1. If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.

select_partition_number(res)

plot of chunk ATC-NMF-select-partition-number

The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().

get_stats(res)
#>   k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased  Rand Jaccard
#> 2 2 1.000           0.968       0.988         0.4928 0.508   0.508
#> 3 3 0.863           0.862       0.946         0.3352 0.744   0.537
#> 4 4 0.739           0.799       0.895         0.1221 0.790   0.484
#> 5 5 0.823           0.820       0.907         0.0702 0.849   0.516
#> 6 6 0.791           0.711       0.849         0.0262 0.972   0.872

suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:

suggest_best_k(res)
#> [1] 2

Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*) is inferred by clue::cl_consensus() function with the SE method. Basically the value in the membership matrix represents the probability to belong to a certain group. The finall class label for an item is determined with the group with highest probability it belongs to.

In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#>           class entropy silhouette    p1    p2
#> SRR934717     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934718     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934719     1  0.5408      0.854 0.876 0.124
#> SRR934720     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934721     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934722     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934723     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934724     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934725     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934728     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934729     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934730     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934731     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934732     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934733     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934738     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934741     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934742     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934744     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934745     2  0.9087      0.518 0.324 0.676
#> SRR934746     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934747     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934748     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934750     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934749     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934751     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934754     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934755     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934756     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934757     1  0.8267      0.648 0.740 0.260
#> SRR934758     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934761     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934762     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934763     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934764     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934765     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934766     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934770     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934772     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934771     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934773     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934774     2  0.4562      0.886 0.096 0.904
#> SRR934775     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934776     1  0.2043      0.957 0.968 0.032
#> SRR934777     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934778     2  0.9866      0.238 0.432 0.568
#> SRR934779     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934780     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934781     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934782     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934783     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934784     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934785     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934786     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934789     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934790     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934791     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934792     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934793     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934795     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934796     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934799     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934801     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934802     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934803     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934804     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934805     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934806     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934807     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934809     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934810     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934811     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934808     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934812     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934813     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934815     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934816     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934817     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934818     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934819     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934820     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934821     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934822     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934823     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934825     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934826     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934827     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934828     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934829     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934830     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934831     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934832     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934833     2  0.9963      0.133 0.464 0.536
#> SRR934834     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934836     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934838     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934839     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934840     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934841     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934843     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934846     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934847     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934848     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934851     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934853     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934852     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934854     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934856     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934860     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934861     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934862     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934863     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934864     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934865     1  0.0938      0.977 0.988 0.012
#> SRR934866     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934867     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934868     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934869     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934870     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934871     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934872     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934873     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934874     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934875     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934876     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934877     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934878     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934879     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934880     1  0.6048      0.823 0.852 0.148
#> SRR934881     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934882     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934883     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934884     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934885     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934886     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934887     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934888     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934889     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934890     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934891     2  0.5294      0.857 0.120 0.880
#> SRR934892     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934893     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934895     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934896     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934898     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934899     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934900     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934902     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934905     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934906     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934907     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934908     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934909     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934910     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934911     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934912     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934913     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934914     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934915     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934916     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934918     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934919     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934920     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934922     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934924     2  0.9954      0.147 0.460 0.540
#> SRR934923     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934926     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934927     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934928     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934929     1  0.8861      0.562 0.696 0.304
#> SRR934930     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934931     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934932     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934934     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934935     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934936     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934933     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934937     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934938     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934939     2  0.2236      0.952 0.036 0.964
#> SRR934940     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934941     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934942     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934943     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934944     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934945     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934946     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934947     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934948     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934950     1  0.9963      0.126 0.536 0.464
#> SRR934951     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934953     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934952     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934954     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934955     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934956     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934957     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934958     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934959     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934960     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934962     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934963     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934964     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934966     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934967     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934968     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934969     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934970     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934971     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934972     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934973     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934974     2  0.0938      0.976 0.012 0.988
#> SRR934975     2  0.2236      0.952 0.036 0.964
#> SRR934976     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934977     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934978     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934979     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934980     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934981     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934982     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934985     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934986     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934988     2  0.0000      0.987 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000      0.988 1.000 0.000
#> SRR934990     2  0.0000      0.987 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3
#> SRR934717     1  0.2261     0.8678 0.932 0.000 0.068
#> SRR934718     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721     3  0.0237     0.8988 0.004 0.000 0.996
#> SRR934722     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934723     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934725     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934726     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934727     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728     3  0.6291     0.1365 0.468 0.000 0.532
#> SRR934729     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731     3  0.5098     0.6488 0.248 0.000 0.752
#> SRR934732     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934734     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745     2  0.4121     0.7926 0.168 0.832 0.000
#> SRR934746     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749     3  0.4346     0.7353 0.184 0.000 0.816
#> SRR934751     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934753     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934755     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761     2  0.2625     0.8898 0.000 0.916 0.084
#> SRR934762     1  0.5397     0.5930 0.720 0.000 0.280
#> SRR934763     1  0.5706     0.5146 0.680 0.000 0.320
#> SRR934764     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934765     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934766     1  0.4750     0.6979 0.784 0.000 0.216
#> SRR934767     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771     3  0.0237     0.8988 0.004 0.000 0.996
#> SRR934773     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775     3  0.6225     0.2506 0.432 0.000 0.568
#> SRR934776     3  0.4887     0.6759 0.228 0.000 0.772
#> SRR934777     3  0.5948     0.4416 0.360 0.000 0.640
#> SRR934778     1  0.6305     0.0101 0.516 0.484 0.000
#> SRR934779     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780     2  0.5905     0.4145 0.000 0.648 0.352
#> SRR934781     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934784     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789     1  0.4504     0.7257 0.804 0.000 0.196
#> SRR934790     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791     3  0.6244     0.2316 0.440 0.000 0.560
#> SRR934792     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795     1  0.4555     0.7204 0.800 0.000 0.200
#> SRR934796     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799     1  0.4555     0.7204 0.800 0.000 0.200
#> SRR934800     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934804     2  0.1411     0.9390 0.000 0.964 0.036
#> SRR934805     3  0.4931     0.6727 0.232 0.000 0.768
#> SRR934806     1  0.6140     0.3094 0.596 0.000 0.404
#> SRR934807     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934809     3  0.0237     0.8988 0.004 0.000 0.996
#> SRR934810     3  0.0237     0.8988 0.004 0.000 0.996
#> SRR934811     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934808     1  0.6307     0.0146 0.512 0.000 0.488
#> SRR934812     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934814     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934815     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934816     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817     3  0.4121     0.7538 0.000 0.168 0.832
#> SRR934818     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934819     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934820     3  0.2796     0.8293 0.092 0.000 0.908
#> SRR934821     3  0.4750     0.7035 0.000 0.216 0.784
#> SRR934822     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934825     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934828     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934829     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934831     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934833     2  0.4062     0.7954 0.164 0.836 0.000
#> SRR934834     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838     1  0.4702     0.7036 0.788 0.000 0.212
#> SRR934839     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934845     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847     3  0.0237     0.8988 0.004 0.000 0.996
#> SRR934848     1  0.5465     0.5783 0.712 0.000 0.288
#> SRR934849     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934854     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934856     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934858     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863     3  0.6062     0.3855 0.384 0.000 0.616
#> SRR934864     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865     3  0.0237     0.8988 0.004 0.000 0.996
#> SRR934866     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869     3  0.4654     0.7121 0.000 0.208 0.792
#> SRR934870     1  0.6126     0.3211 0.600 0.000 0.400
#> SRR934871     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934872     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934874     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876     1  0.6235     0.2101 0.564 0.000 0.436
#> SRR934877     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934882     2  0.6308     0.0587 0.000 0.508 0.492
#> SRR934883     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934886     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934887     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934890     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934896     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934900     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934903     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934906     3  0.6192     0.2921 0.420 0.000 0.580
#> SRR934907     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934908     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934910     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912     2  0.6291     0.1622 0.000 0.532 0.468
#> SRR934913     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914     3  0.6140     0.3357 0.404 0.000 0.596
#> SRR934915     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934919     2  0.5291     0.6396 0.000 0.732 0.268
#> SRR934920     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924     2  0.6168     0.3291 0.412 0.588 0.000
#> SRR934923     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934926     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927     3  0.6215     0.1900 0.000 0.428 0.572
#> SRR934928     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929     3  0.7263     0.3065 0.400 0.032 0.568
#> SRR934930     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934932     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935     2  0.4702     0.7266 0.000 0.788 0.212
#> SRR934936     2  0.5138     0.6323 0.000 0.748 0.252
#> SRR934933     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934937     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934941     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934943     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944     3  0.6274     0.1756 0.456 0.000 0.544
#> SRR934945     2  0.1753     0.9278 0.048 0.952 0.000
#> SRR934946     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934947     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951     1  0.6154     0.2977 0.592 0.000 0.408
#> SRR934953     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934952     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934957     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959     3  0.0237     0.8988 0.004 0.000 0.996
#> SRR934960     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934964     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969     1  0.6045     0.3750 0.620 0.000 0.380
#> SRR934970     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.6291     0.0708 0.000 0.468 0.532
#> SRR934972     3  0.4842     0.6854 0.224 0.000 0.776
#> SRR934973     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974     3  0.3879     0.7699 0.000 0.152 0.848
#> SRR934975     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985     1  0.2796     0.8252 0.908 0.092 0.000
#> SRR934986     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987     2  0.0000     0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934988     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989     1  0.0000     0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000     0.9008 0.000 0.000 1.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4
#> SRR934717     4  0.5151     0.3494 0.464 0.000 0.004 0.532
#> SRR934718     1  0.0469     0.9219 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934719     4  0.4843     0.5114 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR934720     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.5184     0.7367 0.056 0.000 0.212 0.732
#> SRR934722     2  0.2589     0.8442 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR934723     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.2216     0.8323 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR934725     4  0.0921     0.8510 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934726     4  0.0524     0.8480 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR934727     1  0.0921     0.9081 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934728     4  0.2300     0.8501 0.064 0.000 0.016 0.920
#> SRR934729     2  0.3400     0.7878 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR934730     2  0.0817     0.9004 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934731     4  0.1635     0.8496 0.008 0.000 0.044 0.948
#> SRR934732     3  0.4477     0.5829 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR934733     4  0.2081     0.8427 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR934734     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.0336     0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934738     4  0.0921     0.8510 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934740     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0188     0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934741     2  0.0817     0.9026 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934742     1  0.0188     0.9291 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934743     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0592     0.8548 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934745     2  0.4040     0.7245 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR934746     2  0.0336     0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934747     2  0.0188     0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934748     3  0.4382     0.4503 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR934750     2  0.0188     0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934749     4  0.5952     0.7373 0.184 0.000 0.124 0.692
#> SRR934751     1  0.0921     0.9080 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934752     4  0.1022     0.8512 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR934753     2  0.0469     0.9060 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934754     4  0.0817     0.8512 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934755     3  0.0000     0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934756     4  0.3569     0.7814 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR934757     3  0.5000    -0.1536 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR934758     4  0.3444     0.7918 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR934759     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.4746     0.3688 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR934761     3  0.3172     0.7907 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR934762     4  0.0469     0.8497 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934763     4  0.0336     0.8491 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934764     4  0.2589     0.8291 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR934765     1  0.4741     0.4895 0.668 0.000 0.328 0.004
#> SRR934766     4  0.4538     0.7616 0.216 0.000 0.024 0.760
#> SRR934767     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     2  0.0336     0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934770     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772     2  0.0921     0.9011 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934771     4  0.6682     0.5702 0.112 0.000 0.312 0.576
#> SRR934773     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.4454     0.4621 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR934775     4  0.1545     0.8500 0.008 0.000 0.040 0.952
#> SRR934776     4  0.0000     0.8461 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777     4  0.4037     0.8150 0.136 0.000 0.040 0.824
#> SRR934778     4  0.0000     0.8461 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     4  0.0469     0.8427 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934781     2  0.0469     0.9060 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934782     2  0.0188     0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934783     4  0.1305     0.8498 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR934784     2  0.0000     0.9086 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785     2  0.0188     0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934786     1  0.1118     0.8986 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934787     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788     4  0.4222     0.7074 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR934789     4  0.2593     0.8453 0.080 0.000 0.016 0.904
#> SRR934790     3  0.0000     0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791     4  0.2174     0.8530 0.052 0.000 0.020 0.928
#> SRR934792     2  0.0817     0.9000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934793     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0188     0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934795     4  0.0469     0.8497 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934796     1  0.3123     0.7456 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR934797     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.4426     0.7720 0.204 0.000 0.024 0.772
#> SRR934800     2  0.0336     0.9074 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934801     2  0.0188     0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934802     2  0.0336     0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934803     3  0.2002     0.8331 0.044 0.000 0.936 0.020
#> SRR934804     3  0.3569     0.7537 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR934805     4  0.2319     0.8528 0.040 0.000 0.036 0.924
#> SRR934806     1  0.5992    -0.1467 0.516 0.000 0.040 0.444
#> SRR934807     4  0.4250     0.5112 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR934809     4  0.1576     0.8478 0.004 0.000 0.048 0.948
#> SRR934810     4  0.0921     0.8486 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934811     2  0.4008     0.7267 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR934808     4  0.0188     0.8477 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934812     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.0921     0.8539 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934814     4  0.1389     0.8496 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR934815     2  0.4522     0.6355 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR934816     2  0.0000     0.9086 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817     3  0.2973     0.8050 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR934818     2  0.4072     0.7196 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR934819     4  0.1118     0.8522 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934820     4  0.0672     0.8505 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR934821     3  0.2266     0.8382 0.000 0.084 0.912 0.004
#> SRR934822     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.6084     0.6816 0.096 0.000 0.244 0.660
#> SRR934825     2  0.0188     0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934826     4  0.4134     0.7185 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR934827     3  0.0376     0.8590 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR934828     2  0.4477     0.6428 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR934829     2  0.0188     0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934830     4  0.3444     0.6718 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR934831     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     2  0.4543     0.6230 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR934833     4  0.0469     0.8432 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934834     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     3  0.4985     0.2074 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR934836     1  0.3688     0.6565 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR934837     2  0.0188     0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934838     4  0.4927     0.7108 0.264 0.000 0.024 0.712
#> SRR934839     2  0.3688     0.7043 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR934840     2  0.4941     0.1610 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR934841     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.0188     0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934843     1  0.4877     0.2371 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934844     4  0.4713     0.5819 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR934845     2  0.0188     0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934846     2  0.3975     0.6534 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR934847     4  0.3404     0.8283 0.032 0.000 0.104 0.864
#> SRR934848     4  0.3224     0.8284 0.120 0.000 0.016 0.864
#> SRR934849     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0188     0.8581 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934853     4  0.4356     0.6535 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR934852     3  0.3688     0.7419 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR934854     4  0.0188     0.8452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934856     4  0.4605     0.6219 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR934858     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.2973     0.7952 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR934860     2  0.0336     0.9074 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934861     3  0.4250     0.6504 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR934862     2  0.0336     0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934863     4  0.0336     0.8491 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934864     2  0.0188     0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934865     4  0.0188     0.8469 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934866     2  0.0336     0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934867     2  0.1637     0.8751 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR934868     2  0.3764     0.6873 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR934869     4  0.6065     0.6513 0.000 0.176 0.140 0.684
#> SRR934870     4  0.0804     0.8516 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR934871     2  0.3356     0.7925 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934872     2  0.0188     0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934873     3  0.0000     0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934874     2  0.0336     0.9074 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934875     2  0.0336     0.9074 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934876     4  0.4485     0.7738 0.200 0.000 0.028 0.772
#> SRR934877     1  0.0188     0.9291 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934878     3  0.1389     0.8382 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR934879     3  0.0707     0.8531 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934880     4  0.4985     0.2508 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR934881     3  0.3688     0.7419 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR934882     3  0.2647     0.8198 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR934883     2  0.0188     0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934884     2  0.3266     0.7987 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR934885     2  0.0336     0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934886     3  0.4103     0.6808 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR934887     3  0.0707     0.8537 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934888     2  0.0524     0.9083 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR934889     2  0.2149     0.8642 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR934890     3  0.0707     0.8514 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934891     4  0.0188     0.8469 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934892     3  0.3400     0.7066 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934893     3  0.0000     0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934894     2  0.0188     0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934895     2  0.4040     0.7246 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR934896     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.0188     0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934898     4  0.1635     0.8463 0.000 0.008 0.044 0.948
#> SRR934899     2  0.1452     0.8957 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR934900     3  0.0188     0.8581 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934901     2  0.0469     0.9069 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934902     3  0.0000     0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934903     2  0.0188     0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934905     3  0.1940     0.8102 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR934906     4  0.5463     0.7090 0.256 0.000 0.052 0.692
#> SRR934907     2  0.1118     0.8968 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934908     2  0.0707     0.9041 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934909     3  0.4998     0.1160 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR934910     2  0.0000     0.9086 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934911     2  0.0188     0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934912     3  0.2281     0.8309 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR934913     2  0.0188     0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934914     4  0.4037     0.8241 0.112 0.000 0.056 0.832
#> SRR934915     3  0.1022     0.8477 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR934916     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917     2  0.1474     0.8821 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR934918     3  0.0469     0.8571 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934919     3  0.6262     0.6588 0.000 0.132 0.660 0.208
#> SRR934920     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.0188     0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934922     4  0.0188     0.8469 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934924     2  0.5600     0.3824 0.376 0.596 0.000 0.028
#> SRR934923     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     2  0.1118     0.8981 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934926     2  0.0188     0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934927     3  0.2345     0.8292 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR934928     4  0.4356     0.6524 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR934929     4  0.5236     0.7744 0.184 0.008 0.056 0.752
#> SRR934930     3  0.0921     0.8497 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934931     2  0.4585     0.6154 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR934932     2  0.0469     0.9060 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934934     2  0.0592     0.9043 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934935     3  0.2814     0.8131 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR934936     2  0.2714     0.8468 0.000 0.884 0.004 0.112
#> SRR934933     3  0.5032     0.6852 0.080 0.000 0.764 0.156
#> SRR934937     3  0.0336     0.8572 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934938     3  0.0000     0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934939     4  0.2149     0.8345 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR934940     2  0.4406     0.6645 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR934941     4  0.4406     0.6186 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR934942     2  0.4356     0.6750 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR934943     2  0.1474     0.8878 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR934944     4  0.1807     0.8481 0.008 0.000 0.052 0.940
#> SRR934945     2  0.3160     0.8238 0.108 0.872 0.000 0.020
#> SRR934946     4  0.0592     0.8418 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934947     4  0.4431     0.6643 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR934948     3  0.0707     0.8533 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934949     2  0.0000     0.9086 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950     4  0.1302     0.8471 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934951     4  0.5520     0.7170 0.244 0.000 0.060 0.696
#> SRR934953     1  0.7827     0.0410 0.416 0.388 0.188 0.008
#> SRR934952     2  0.0000     0.9086 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954     2  0.0921     0.8983 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934955     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     2  0.5383     0.0869 0.000 0.536 0.452 0.012
#> SRR934957     4  0.1302     0.8471 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934958     2  0.0707     0.9023 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934959     4  0.6027     0.6744 0.088 0.000 0.252 0.660
#> SRR934960     4  0.4790     0.5403 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR934961     2  0.0336     0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934962     2  0.2081     0.8545 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934963     1  0.5308     0.5200 0.684 0.280 0.036 0.000
#> SRR934964     3  0.0188     0.8581 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934965     2  0.0336     0.9074 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934966     2  0.0188     0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934967     3  0.0000     0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934968     3  0.0188     0.8581 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934969     4  0.2179     0.8502 0.064 0.000 0.012 0.924
#> SRR934970     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934971     3  0.2647     0.8195 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR934972     1  0.5962     0.5382 0.660 0.000 0.260 0.080
#> SRR934973     3  0.0000     0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974     4  0.6653     0.6215 0.024 0.080 0.252 0.644
#> SRR934975     4  0.1716     0.8423 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR934976     2  0.0469     0.9069 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934977     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     3  0.3610     0.7509 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR934979     2  0.0188     0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934980     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0000     0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934982     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.3486     0.7370 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR934985     4  0.0592     0.8414 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934986     4  0.4776     0.5527 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR934987     2  0.1637     0.8827 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR934988     3  0.4500     0.4256 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR934989     1  0.0000     0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0336     0.8572 0.000 0.000 0.992 0.008

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5
#> SRR934717     4  0.1043    0.90240 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR934718     4  0.2424    0.83064 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934719     4  0.0775    0.90351 0.004 0.008 0.004 0.980 0.004
#> SRR934720     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.0609    0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934722     5  0.3461    0.66313 0.000 0.224 0.000 0.004 0.772
#> SRR934723     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.3857    0.77527 0.000 0.000 0.108 0.808 0.084
#> SRR934725     4  0.2970    0.77214 0.004 0.000 0.000 0.828 0.168
#> SRR934726     5  0.2471    0.79161 0.000 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR934727     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728     4  0.2017    0.86522 0.008 0.000 0.000 0.912 0.080
#> SRR934729     5  0.2230    0.79328 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR934730     2  0.0290    0.90321 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934731     4  0.0671    0.90490 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR934732     2  0.2289    0.84851 0.000 0.904 0.080 0.004 0.012
#> SRR934733     4  0.6541    0.20695 0.256 0.000 0.000 0.480 0.264
#> SRR934734     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.1197    0.91739 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR934736     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.2179    0.86738 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR934738     4  0.0898    0.90410 0.008 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR934740     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.0000    0.90554 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741     2  0.3857    0.61691 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR934742     1  0.2984    0.83593 0.860 0.000 0.000 0.108 0.032
#> SRR934743     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.0162    0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934745     5  0.1430    0.83220 0.000 0.052 0.000 0.004 0.944
#> SRR934746     2  0.1197    0.90284 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR934747     2  0.0865    0.90758 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR934748     4  0.0981    0.90243 0.008 0.000 0.012 0.972 0.008
#> SRR934750     2  0.2179    0.86687 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR934749     4  0.0609    0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934751     1  0.0162    0.95662 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.0693    0.90603 0.008 0.000 0.000 0.980 0.012
#> SRR934753     2  0.0290    0.90321 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934754     4  0.0898    0.90410 0.008 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR934755     3  0.0898    0.86889 0.000 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR934756     4  0.1557    0.89617 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008
#> SRR934757     3  0.3366    0.64558 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR934758     1  0.3838    0.57631 0.716 0.000 0.000 0.280 0.004
#> SRR934759     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.1442    0.88209 0.000 0.952 0.032 0.004 0.012
#> SRR934761     3  0.4801    0.32040 0.000 0.396 0.584 0.008 0.012
#> SRR934762     4  0.0566    0.90529 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR934763     4  0.4201    0.27887 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR934764     4  0.0671    0.90782 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR934765     3  0.4060    0.44673 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> SRR934766     4  0.0609    0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934767     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     2  0.2732    0.82885 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR934770     4  0.4219    0.35006 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR934772     5  0.4201    0.19737 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR934771     4  0.0865    0.90709 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR934773     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.0609    0.87278 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934775     4  0.3612    0.74663 0.000 0.000 0.028 0.800 0.172
#> SRR934776     5  0.3074    0.73709 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR934777     4  0.0510    0.90789 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR934778     5  0.2813    0.76488 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934779     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     5  0.1525    0.82611 0.000 0.012 0.004 0.036 0.948
#> SRR934781     2  0.0290    0.90365 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934782     2  0.0671    0.90828 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR934783     4  0.1205    0.89338 0.000 0.000 0.004 0.956 0.040
#> SRR934784     2  0.0703    0.90742 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934785     2  0.0404    0.90740 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934786     4  0.1671    0.87908 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR934787     1  0.1251    0.93234 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR934788     4  0.0609    0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934789     4  0.2136    0.85780 0.008 0.000 0.000 0.904 0.088
#> SRR934790     3  0.0000    0.87915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934791     4  0.0579    0.90636 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR934792     2  0.0880    0.90614 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934793     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.0963    0.90522 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934795     4  0.0798    0.90526 0.008 0.000 0.000 0.976 0.016
#> SRR934796     4  0.1965    0.86402 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR934797     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.0609    0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934800     2  0.0162    0.90436 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934801     2  0.0703    0.90770 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934802     2  0.2471    0.84998 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR934803     3  0.0955    0.86638 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004
#> SRR934804     3  0.0324    0.87759 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR934805     4  0.0865    0.90096 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR934806     4  0.0963    0.90382 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR934807     5  0.1484    0.83320 0.000 0.048 0.000 0.008 0.944
#> SRR934809     4  0.0771    0.90242 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR934810     5  0.4065    0.73461 0.000 0.000 0.048 0.180 0.772
#> SRR934811     5  0.1430    0.83220 0.000 0.052 0.000 0.004 0.944
#> SRR934808     5  0.3039    0.74086 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR934812     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.1153    0.86540 0.000 0.024 0.964 0.004 0.008
#> SRR934814     4  0.1914    0.88131 0.016 0.000 0.000 0.924 0.060
#> SRR934815     5  0.1569    0.83209 0.000 0.044 0.004 0.008 0.944
#> SRR934816     2  0.0963    0.90522 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934817     3  0.1673    0.85760 0.000 0.032 0.944 0.008 0.016
#> SRR934818     5  0.4238    0.30151 0.000 0.368 0.000 0.004 0.628
#> SRR934819     4  0.0579    0.90636 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR934820     4  0.4304    0.01454 0.000 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR934821     3  0.0162    0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934822     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.0703    0.90716 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR934825     2  0.1341    0.89897 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR934826     4  0.1571    0.89216 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004
#> SRR934827     3  0.0162    0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934828     5  0.1484    0.83307 0.000 0.048 0.000 0.008 0.944
#> SRR934829     2  0.0451    0.90750 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR934830     5  0.1484    0.83307 0.000 0.048 0.000 0.008 0.944
#> SRR934831     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.1430    0.83220 0.000 0.052 0.000 0.004 0.944
#> SRR934833     5  0.2377    0.79550 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR934834     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.1502    0.87468 0.000 0.940 0.056 0.000 0.004
#> SRR934836     4  0.1341    0.89327 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR934837     2  0.0609    0.90775 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934838     4  0.0609    0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934839     2  0.1267    0.89011 0.000 0.960 0.024 0.004 0.012
#> SRR934840     2  0.3670    0.72980 0.000 0.792 0.188 0.008 0.012
#> SRR934841     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.1282    0.90297 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR934843     1  0.4138    0.72314 0.776 0.000 0.000 0.160 0.064
#> SRR934844     4  0.0794    0.90647 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR934845     2  0.1197    0.90203 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR934846     2  0.2408    0.83960 0.000 0.892 0.096 0.004 0.008
#> SRR934847     4  0.0579    0.90430 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR934848     4  0.0671    0.90782 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR934849     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0162    0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934853     4  0.4450   -0.00719 0.000 0.000 0.488 0.508 0.004
#> SRR934852     3  0.4781    0.35231 0.000 0.388 0.592 0.008 0.012
#> SRR934854     5  0.2966    0.74978 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR934856     4  0.1661    0.89517 0.024 0.000 0.000 0.940 0.036
#> SRR934858     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.1626    0.87989 0.000 0.940 0.044 0.000 0.016
#> SRR934860     2  0.0162    0.90667 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934861     2  0.4594    0.40424 0.000 0.620 0.364 0.004 0.012
#> SRR934862     2  0.2629    0.84795 0.000 0.860 0.000 0.004 0.136
#> SRR934863     4  0.3774    0.55433 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR934864     2  0.0162    0.90641 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934865     5  0.3177    0.72295 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR934866     2  0.2233    0.87105 0.000 0.892 0.000 0.004 0.104
#> SRR934867     2  0.0451    0.90275 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR934868     2  0.3087    0.77774 0.000 0.836 0.152 0.004 0.008
#> SRR934869     4  0.1041    0.88944 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR934870     4  0.2813    0.76853 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR934871     5  0.1502    0.83030 0.000 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR934872     2  0.0451    0.90750 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR934873     3  0.0162    0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934874     2  0.0000    0.90554 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875     2  0.0451    0.90750 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR934876     4  0.0609    0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934877     1  0.0290    0.95357 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934878     3  0.0609    0.87272 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934879     3  0.0162    0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934880     3  0.3809    0.62691 0.000 0.000 0.736 0.256 0.008
#> SRR934881     3  0.4064    0.59665 0.000 0.272 0.716 0.004 0.008
#> SRR934882     3  0.0162    0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934883     2  0.0703    0.90766 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934884     5  0.1544    0.82278 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR934885     2  0.4307    0.11197 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR934886     3  0.4607    0.40952 0.000 0.368 0.616 0.004 0.012
#> SRR934887     3  0.0162    0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934888     2  0.2843    0.84215 0.000 0.848 0.008 0.000 0.144
#> SRR934889     2  0.4166    0.51758 0.000 0.648 0.000 0.004 0.348
#> SRR934890     4  0.3375    0.79332 0.000 0.096 0.040 0.852 0.012
#> SRR934891     5  0.3432    0.78008 0.000 0.000 0.040 0.132 0.828
#> SRR934892     3  0.2074    0.80605 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR934893     3  0.1186    0.86594 0.000 0.020 0.964 0.008 0.008
#> SRR934894     2  0.0963    0.90522 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934895     5  0.1430    0.83220 0.000 0.052 0.000 0.004 0.944
#> SRR934896     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.1341    0.89897 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR934898     5  0.6812    0.47293 0.000 0.028 0.240 0.196 0.536
#> SRR934899     2  0.5595    0.38898 0.000 0.568 0.356 0.004 0.072
#> SRR934900     3  0.0000    0.87915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934901     2  0.2852    0.81715 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR934902     3  0.0162    0.87859 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934903     2  0.0703    0.90783 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934905     4  0.3266    0.86012 0.040 0.024 0.016 0.880 0.040
#> SRR934906     4  0.1124    0.90369 0.036 0.004 0.000 0.960 0.000
#> SRR934907     5  0.2852    0.73637 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR934908     2  0.3636    0.68876 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934909     2  0.4457    0.49276 0.000 0.656 0.328 0.004 0.012
#> SRR934910     2  0.2852    0.84110 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR934911     2  0.0510    0.90815 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR934912     3  0.0324    0.87759 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR934913     2  0.0566    0.90782 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR934914     4  0.0671    0.90782 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR934915     3  0.0404    0.87638 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934916     1  0.0162    0.95598 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934917     2  0.1412    0.88611 0.000 0.952 0.004 0.008 0.036
#> SRR934918     3  0.0451    0.87640 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR934919     3  0.4383    0.22214 0.000 0.004 0.572 0.000 0.424
#> SRR934920     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.1831    0.88843 0.000 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR934922     5  0.3521    0.73878 0.000 0.000 0.140 0.040 0.820
#> SRR934924     1  0.3064    0.80669 0.856 0.108 0.000 0.000 0.036
#> SRR934923     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     5  0.3459    0.76638 0.000 0.052 0.116 0.000 0.832
#> SRR934926     2  0.0162    0.90641 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934927     3  0.0162    0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934928     3  0.4397    0.57711 0.000 0.000 0.696 0.276 0.028
#> SRR934929     4  0.0613    0.90605 0.008 0.004 0.000 0.984 0.004
#> SRR934930     3  0.0290    0.87804 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934931     5  0.1710    0.82870 0.000 0.040 0.016 0.004 0.940
#> SRR934932     2  0.0290    0.90571 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934934     2  0.0290    0.90321 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934935     3  0.2907    0.78257 0.000 0.116 0.864 0.008 0.012
#> SRR934936     2  0.2798    0.84530 0.000 0.852 0.000 0.008 0.140
#> SRR934933     3  0.3410    0.77523 0.068 0.000 0.840 0.000 0.092
#> SRR934937     3  0.0000    0.87915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934938     3  0.0000    0.87915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934939     4  0.0566    0.90415 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR934940     5  0.1357    0.83247 0.000 0.048 0.000 0.004 0.948
#> SRR934941     3  0.3607    0.62151 0.000 0.000 0.752 0.004 0.244
#> SRR934942     5  0.1357    0.83247 0.000 0.048 0.000 0.004 0.948
#> SRR934943     2  0.4088    0.49655 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR934944     5  0.7446    0.26662 0.044 0.000 0.324 0.216 0.416
#> SRR934945     1  0.5426    0.42611 0.608 0.308 0.000 0.000 0.084
#> SRR934946     4  0.0912    0.90015 0.000 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR934947     1  0.0324    0.95496 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR934948     3  0.0404    0.87584 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934949     2  0.1197    0.90201 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR934950     5  0.5236    0.33957 0.000 0.000 0.380 0.052 0.568
#> SRR934951     4  0.0609    0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934953     3  0.2970    0.74300 0.168 0.004 0.828 0.000 0.000
#> SRR934952     2  0.1908    0.88036 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR934954     2  0.0162    0.90436 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934955     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.0671    0.87273 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR934957     5  0.4563    0.61354 0.000 0.000 0.244 0.048 0.708
#> SRR934958     2  0.0290    0.90321 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934959     4  0.0609    0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934960     4  0.2280    0.84713 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR934961     2  0.1357    0.90172 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR934962     2  0.0854    0.89625 0.000 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR934963     1  0.2891    0.75595 0.824 0.176 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964     3  0.0162    0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934965     2  0.0162    0.90598 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934966     2  0.0703    0.90825 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934967     4  0.3921    0.74551 0.000 0.128 0.048 0.812 0.012
#> SRR934968     3  0.0000    0.87915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934969     4  0.1764    0.87821 0.008 0.000 0.000 0.928 0.064
#> SRR934970     1  0.2074    0.90434 0.920 0.000 0.000 0.044 0.036
#> SRR934971     3  0.1857    0.83909 0.000 0.060 0.928 0.004 0.008
#> SRR934972     4  0.2221    0.87974 0.052 0.000 0.000 0.912 0.036
#> SRR934973     3  0.0727    0.87565 0.000 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR934974     4  0.2522    0.84097 0.004 0.076 0.000 0.896 0.024
#> SRR934975     3  0.5010    0.23771 0.000 0.000 0.572 0.036 0.392
#> SRR934976     2  0.2605    0.84012 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934977     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     2  0.2734    0.84833 0.000 0.892 0.052 0.008 0.048
#> SRR934979     2  0.0794    0.90718 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934980     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0000    0.87915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934982     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.2053    0.86975 0.000 0.924 0.024 0.004 0.048
#> SRR934985     5  0.1952    0.81580 0.000 0.004 0.000 0.084 0.912
#> SRR934986     4  0.0794    0.90641 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR934987     5  0.3143    0.69236 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR934988     3  0.3491    0.66574 0.000 0.000 0.768 0.228 0.004
#> SRR934989     1  0.0000    0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0000    0.87915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000

show/hide code output

cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#>           class entropy silhouette    p1    p2    p3    p4    p5    p6
#> SRR934717     4  0.1542    0.89171 0.016 0.000 0.024 0.944 0.000 0.016
#> SRR934718     4  0.2454    0.76916 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR934719     4  0.0665    0.89993 0.000 0.004 0.008 0.980 0.000 0.008
#> SRR934720     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721     4  0.0837    0.89961 0.004 0.000 0.004 0.972 0.000 0.020
#> SRR934722     5  0.4694    0.18425 0.000 0.212 0.004 0.000 0.684 0.100
#> SRR934723     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724     4  0.6500    0.37189 0.000 0.000 0.124 0.560 0.140 0.176
#> SRR934725     4  0.2300    0.80330 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR934726     5  0.4878    0.56545 0.032 0.000 0.000 0.084 0.704 0.180
#> SRR934727     1  0.0790    0.88858 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR934728     4  0.5037    0.51408 0.000 0.000 0.000 0.640 0.172 0.188
#> SRR934729     5  0.3054    0.52083 0.000 0.036 0.000 0.000 0.828 0.136
#> SRR934730     2  0.1349    0.83772 0.000 0.940 0.004 0.000 0.000 0.056
#> SRR934731     4  0.0653    0.90115 0.000 0.000 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR934732     2  0.2088    0.81393 0.000 0.904 0.028 0.000 0.000 0.068
#> SRR934733     5  0.5697    0.13826 0.140 0.000 0.000 0.392 0.464 0.004
#> SRR934734     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735     1  0.3050    0.64134 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000 0.000
#> SRR934736     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737     2  0.3056    0.74301 0.000 0.804 0.008 0.000 0.004 0.184
#> SRR934738     4  0.0713    0.89594 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934740     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739     2  0.1327    0.83345 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR934741     2  0.5421    0.19556 0.000 0.580 0.000 0.000 0.208 0.212
#> SRR934742     4  0.6213    0.17672 0.256 0.000 0.000 0.460 0.012 0.272
#> SRR934743     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744     3  0.1584    0.79205 0.000 0.000 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR934745     5  0.2946    0.62908 0.000 0.012 0.004 0.000 0.824 0.160
#> SRR934746     2  0.1219    0.83989 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR934747     2  0.0547    0.83766 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR934748     4  0.1478    0.88799 0.004 0.000 0.032 0.944 0.000 0.020
#> SRR934750     2  0.2830    0.75135 0.000 0.836 0.000 0.000 0.020 0.144
#> SRR934749     4  0.0436    0.90126 0.004 0.000 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR934751     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752     4  0.0458    0.89947 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934753     2  0.0458    0.83983 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR934754     4  0.0603    0.89994 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR934755     3  0.3227    0.71115 0.000 0.084 0.828 0.000 0.000 0.088
#> SRR934756     4  0.0363    0.90142 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934757     3  0.5011    0.60326 0.000 0.000 0.644 0.000 0.180 0.176
#> SRR934758     1  0.3183    0.75915 0.828 0.000 0.000 0.112 0.060 0.000
#> SRR934759     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760     2  0.1349    0.82658 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR934761     3  0.4683    0.36367 0.000 0.320 0.616 0.000 0.000 0.064
#> SRR934762     4  0.0146    0.90028 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934763     5  0.5871    0.28950 0.000 0.000 0.004 0.332 0.480 0.184
#> SRR934764     4  0.0146    0.90080 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934765     3  0.3578    0.47627 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766     4  0.0146    0.90080 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934767     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769     6  0.6167    0.52218 0.000 0.312 0.004 0.000 0.272 0.412
#> SRR934770     4  0.3288    0.61491 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR934772     6  0.6096    0.52166 0.000 0.240 0.004 0.000 0.324 0.432
#> SRR934771     4  0.1262    0.89578 0.008 0.000 0.016 0.956 0.000 0.020
#> SRR934773     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774     3  0.3445    0.74630 0.000 0.000 0.796 0.000 0.048 0.156
#> SRR934775     4  0.6006    0.36064 0.000 0.000 0.040 0.576 0.220 0.164
#> SRR934776     5  0.4697    0.55064 0.000 0.000 0.008 0.084 0.684 0.224
#> SRR934777     4  0.0146    0.90080 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934778     5  0.1196    0.64729 0.000 0.000 0.000 0.040 0.952 0.008
#> SRR934779     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780     5  0.4363    0.58228 0.000 0.020 0.040 0.004 0.732 0.204
#> SRR934781     2  0.0937    0.83678 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR934782     2  0.1531    0.83814 0.000 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR934783     4  0.1426    0.89179 0.000 0.000 0.008 0.948 0.016 0.028
#> SRR934784     2  0.0458    0.83944 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR934785     2  0.1007    0.83969 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR934786     4  0.1141    0.88470 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR934787     1  0.4645    0.54648 0.648 0.000 0.000 0.076 0.000 0.276
#> SRR934788     4  0.0964    0.90044 0.012 0.000 0.000 0.968 0.004 0.016
#> SRR934789     4  0.5229    0.48897 0.000 0.000 0.004 0.628 0.192 0.176
#> SRR934790     3  0.0865    0.79084 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934791     4  0.0405    0.90097 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR934792     2  0.4188    0.64698 0.000 0.756 0.096 0.000 0.008 0.140
#> SRR934793     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794     2  0.1701    0.82106 0.000 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR934795     4  0.0363    0.90061 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934796     4  0.0937    0.89130 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934797     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799     4  0.0146    0.90080 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934800     2  0.0713    0.84067 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR934801     2  0.1007    0.83454 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR934802     2  0.2890    0.76872 0.000 0.844 0.004 0.000 0.024 0.128
#> SRR934803     3  0.3266    0.74450 0.084 0.000 0.832 0.000 0.004 0.080
#> SRR934804     3  0.1010    0.79544 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR934805     4  0.1168    0.89053 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR934806     4  0.0820    0.90004 0.016 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012
#> SRR934807     5  0.0777    0.64377 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR934809     4  0.1536    0.88970 0.000 0.000 0.020 0.944 0.012 0.024
#> SRR934810     5  0.4689    0.53683 0.000 0.000 0.120 0.108 0.736 0.036
#> SRR934811     5  0.1908    0.59902 0.000 0.004 0.000 0.000 0.900 0.096
#> SRR934808     5  0.4490    0.56433 0.000 0.000 0.012 0.064 0.708 0.216
#> SRR934812     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813     3  0.1333    0.78869 0.000 0.008 0.944 0.000 0.000 0.048
#> SRR934814     4  0.2163    0.84355 0.004 0.000 0.000 0.892 0.096 0.008
#> SRR934815     5  0.3268    0.62920 0.000 0.008 0.016 0.012 0.828 0.136
#> SRR934816     2  0.0632    0.83810 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR934817     3  0.5408    0.47060 0.000 0.212 0.600 0.004 0.000 0.184
#> SRR934818     6  0.5742    0.49419 0.000 0.184 0.000 0.000 0.332 0.484
#> SRR934819     4  0.0146    0.90028 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934820     5  0.5936    0.20005 0.000 0.000 0.012 0.400 0.440 0.148
#> SRR934821     3  0.5814    0.56891 0.000 0.040 0.600 0.000 0.136 0.224
#> SRR934822     1  0.0458    0.89942 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934823     4  0.0779    0.90069 0.008 0.000 0.008 0.976 0.000 0.008
#> SRR934825     2  0.1524    0.82681 0.000 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR934826     4  0.0622    0.90091 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR934827     3  0.1398    0.79535 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR934828     5  0.2062    0.64264 0.000 0.004 0.000 0.008 0.900 0.088
#> SRR934829     2  0.0260    0.83896 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934830     5  0.0603    0.64292 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR934831     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832     5  0.1010    0.63351 0.000 0.004 0.000 0.000 0.960 0.036
#> SRR934833     5  0.1049    0.64806 0.000 0.000 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR934834     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835     2  0.1765    0.82302 0.000 0.924 0.024 0.000 0.000 0.052
#> SRR934836     4  0.0790    0.89603 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR934837     2  0.0363    0.83911 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR934838     4  0.0146    0.90080 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934839     2  0.2288    0.80905 0.000 0.896 0.028 0.004 0.000 0.072
#> SRR934840     2  0.2420    0.80448 0.000 0.888 0.032 0.004 0.000 0.076
#> SRR934841     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842     2  0.1757    0.81553 0.000 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR934843     1  0.5193    0.51532 0.632 0.000 0.000 0.200 0.164 0.004
#> SRR934844     4  0.0508    0.90036 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR934845     2  0.1462    0.83130 0.000 0.936 0.000 0.000 0.008 0.056
#> SRR934846     2  0.2814    0.77708 0.000 0.864 0.052 0.004 0.000 0.080
#> SRR934847     4  0.1082    0.89021 0.000 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR934848     4  0.0146    0.90080 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934849     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851     3  0.0891    0.79672 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR934853     3  0.6500    0.19486 0.000 0.000 0.412 0.376 0.040 0.172
#> SRR934852     3  0.4455    0.48461 0.000 0.240 0.684 0.000 0.000 0.076
#> SRR934854     5  0.2136    0.64541 0.000 0.000 0.000 0.048 0.904 0.048
#> SRR934856     4  0.1297    0.89074 0.012 0.000 0.000 0.948 0.000 0.040
#> SRR934858     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859     2  0.1779    0.82164 0.000 0.920 0.016 0.000 0.000 0.064
#> SRR934860     2  0.1610    0.81936 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR934861     2  0.3693    0.69211 0.000 0.788 0.092 0.000 0.000 0.120
#> SRR934862     2  0.2981    0.72964 0.000 0.820 0.000 0.000 0.020 0.160
#> SRR934863     4  0.5848    0.02663 0.000 0.000 0.004 0.468 0.356 0.172
#> SRR934864     2  0.0713    0.83988 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR934865     5  0.4275    0.59006 0.000 0.000 0.012 0.092 0.752 0.144
#> SRR934866     2  0.2346    0.78845 0.000 0.868 0.000 0.000 0.008 0.124
#> SRR934867     2  0.1707    0.82371 0.000 0.928 0.012 0.004 0.000 0.056
#> SRR934868     2  0.2747    0.77868 0.000 0.860 0.044 0.000 0.000 0.096
#> SRR934869     4  0.1053    0.89517 0.000 0.012 0.004 0.964 0.000 0.020
#> SRR934870     4  0.4273    0.62471 0.000 0.000 0.000 0.716 0.204 0.080
#> SRR934871     5  0.5012    0.27319 0.000 0.132 0.000 0.000 0.632 0.236
#> SRR934872     2  0.0790    0.83532 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR934873     3  0.1010    0.79521 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR934874     2  0.0458    0.83926 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR934875     2  0.0713    0.84021 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR934876     4  0.0291    0.90094 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR934877     1  0.4947    0.52042 0.636 0.000 0.000 0.120 0.244 0.000
#> SRR934878     3  0.1700    0.79311 0.000 0.000 0.928 0.000 0.024 0.048
#> SRR934879     3  0.1524    0.79315 0.000 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR934880     3  0.4925    0.66277 0.000 0.000 0.692 0.084 0.028 0.196
#> SRR934881     3  0.4437    0.19685 0.000 0.392 0.576 0.000 0.000 0.032
#> SRR934882     3  0.1349    0.79633 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR934883     2  0.1327    0.83807 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR934884     5  0.2771    0.56401 0.000 0.032 0.000 0.000 0.852 0.116
#> SRR934885     2  0.5143    0.35087 0.000 0.612 0.000 0.000 0.140 0.248
#> SRR934886     2  0.4422    0.44463 0.000 0.680 0.252 0.000 0.000 0.068
#> SRR934887     3  0.2170    0.78254 0.000 0.000 0.888 0.000 0.012 0.100
#> SRR934888     2  0.4700    0.58439 0.000 0.704 0.044 0.000 0.040 0.212
#> SRR934889     2  0.5206    0.34856 0.000 0.636 0.000 0.008 0.140 0.216
#> SRR934890     4  0.2027    0.87219 0.000 0.016 0.032 0.920 0.000 0.032
#> SRR934891     5  0.2032    0.65394 0.000 0.000 0.020 0.036 0.920 0.024
#> SRR934892     3  0.3626    0.74079 0.000 0.000 0.788 0.000 0.068 0.144
#> SRR934893     3  0.1141    0.78832 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934894     2  0.1858    0.81474 0.000 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR934895     5  0.4166    0.48694 0.000 0.044 0.032 0.000 0.764 0.160
#> SRR934896     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897     2  0.1411    0.82797 0.000 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR934898     6  0.7332    0.00921 0.000 0.008 0.264 0.108 0.196 0.424
#> SRR934899     2  0.5227    0.45535 0.000 0.664 0.196 0.000 0.028 0.112
#> SRR934900     3  0.0547    0.79490 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934901     2  0.4668    0.48734 0.000 0.680 0.000 0.000 0.116 0.204
#> SRR934902     3  0.0363    0.79367 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934903     2  0.1700    0.82824 0.000 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR934905     4  0.4865    0.61217 0.012 0.000 0.164 0.692 0.000 0.132
#> SRR934906     4  0.1677    0.89138 0.016 0.008 0.016 0.944 0.004 0.012
#> SRR934907     5  0.4609    0.40844 0.000 0.128 0.040 0.000 0.744 0.088
#> SRR934908     2  0.5746   -0.19123 0.000 0.488 0.000 0.000 0.324 0.188
#> SRR934909     2  0.4124    0.63188 0.000 0.748 0.132 0.000 0.000 0.120
#> SRR934910     6  0.5166    0.44141 0.000 0.364 0.000 0.000 0.096 0.540
#> SRR934911     2  0.1753    0.82151 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> SRR934912     3  0.1152    0.79062 0.000 0.004 0.952 0.000 0.000 0.044
#> SRR934913     2  0.0713    0.83708 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR934914     4  0.0837    0.89899 0.000 0.000 0.004 0.972 0.004 0.020
#> SRR934915     3  0.1633    0.79479 0.000 0.000 0.932 0.000 0.024 0.044
#> SRR934916     1  0.1564    0.87058 0.936 0.000 0.000 0.000 0.024 0.040
#> SRR934917     2  0.1364    0.83557 0.000 0.944 0.004 0.004 0.000 0.048
#> SRR934918     3  0.0937    0.79322 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR934919     3  0.5764    0.37167 0.000 0.000 0.508 0.000 0.264 0.228
#> SRR934920     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921     2  0.2165    0.79829 0.000 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> SRR934922     5  0.5670    0.32271 0.000 0.012 0.248 0.004 0.588 0.148
#> SRR934924     1  0.3918    0.69357 0.776 0.016 0.000 0.000 0.160 0.048
#> SRR934923     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925     3  0.6620    0.23091 0.000 0.048 0.456 0.000 0.296 0.200
#> SRR934926     2  0.0363    0.83906 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR934927     3  0.0858    0.79588 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR934928     3  0.4648    0.68578 0.000 0.000 0.740 0.116 0.036 0.108
#> SRR934929     4  0.0862    0.89987 0.008 0.000 0.004 0.972 0.000 0.016
#> SRR934930     3  0.4727    0.70009 0.000 0.044 0.700 0.000 0.040 0.216
#> SRR934931     5  0.1296    0.65000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.952 0.032
#> SRR934932     2  0.0632    0.83805 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR934934     2  0.1141    0.83275 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR934935     3  0.4439    0.51233 0.000 0.240 0.692 0.004 0.000 0.064
#> SRR934936     2  0.3101    0.75491 0.000 0.820 0.000 0.000 0.032 0.148
#> SRR934933     3  0.4455    0.71813 0.096 0.000 0.752 0.000 0.028 0.124
#> SRR934937     3  0.0405    0.79518 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR934938     3  0.1082    0.78930 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR934939     4  0.1152    0.89376 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR934940     5  0.4502    0.54408 0.000 0.048 0.016 0.000 0.696 0.240
#> SRR934941     3  0.5119    0.56820 0.000 0.000 0.628 0.004 0.244 0.124
#> SRR934942     5  0.3293    0.56711 0.000 0.032 0.012 0.000 0.824 0.132
#> SRR934943     2  0.5667   -0.04806 0.000 0.528 0.000 0.000 0.264 0.208
#> SRR934944     5  0.8609    0.10756 0.272 0.000 0.124 0.108 0.272 0.224
#> SRR934945     1  0.6310    0.30504 0.576 0.128 0.000 0.000 0.196 0.100
#> SRR934946     4  0.1219    0.88654 0.000 0.004 0.000 0.948 0.048 0.000
#> SRR934947     1  0.4076    0.70193 0.776 0.000 0.000 0.024 0.140 0.060
#> SRR934948     3  0.1531    0.79481 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR934949     2  0.1858    0.81602 0.000 0.912 0.012 0.000 0.000 0.076
#> SRR934950     3  0.5569    0.14410 0.000 0.000 0.460 0.012 0.432 0.096
#> SRR934951     4  0.0291    0.90094 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR934953     3  0.4379    0.65991 0.136 0.004 0.748 0.000 0.104 0.008
#> SRR934952     2  0.2658    0.79280 0.000 0.864 0.000 0.000 0.036 0.100
#> SRR934954     2  0.1556    0.82260 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR934955     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956     3  0.3616    0.76357 0.000 0.040 0.824 0.000 0.048 0.088
#> SRR934957     5  0.5659    0.37591 0.000 0.000 0.212 0.016 0.592 0.180
#> SRR934958     2  0.1007    0.83166 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR934959     4  0.0976    0.89913 0.008 0.000 0.008 0.968 0.000 0.016
#> SRR934960     4  0.1398    0.88253 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008 0.000
#> SRR934961     2  0.0858    0.84064 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR934962     2  0.1471    0.82268 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR934963     1  0.4039    0.27659 0.632 0.352 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR934964     3  0.1010    0.79473 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR934965     2  0.0632    0.83834 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR934966     2  0.2191    0.80777 0.000 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR934967     4  0.3889    0.66328 0.000 0.164 0.016 0.776 0.000 0.044
#> SRR934968     3  0.0547    0.79473 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934969     4  0.3977    0.69231 0.000 0.000 0.000 0.760 0.144 0.096
#> SRR934970     1  0.5285    0.25810 0.524 0.000 0.000 0.368 0.000 0.108
#> SRR934971     3  0.3894    0.63666 0.000 0.168 0.760 0.000 0.000 0.072
#> SRR934972     4  0.2395    0.85833 0.012 0.000 0.020 0.892 0.000 0.076
#> SRR934973     3  0.1082    0.79178 0.000 0.004 0.956 0.000 0.000 0.040
#> SRR934974     4  0.0820    0.89521 0.000 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> SRR934975     3  0.5046    0.42078 0.000 0.000 0.560 0.004 0.364 0.072
#> SRR934976     2  0.5875   -0.24843 0.000 0.476 0.000 0.000 0.288 0.236
#> SRR934977     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978     2  0.5184   -0.10150 0.000 0.500 0.076 0.004 0.000 0.420
#> SRR934979     2  0.0865    0.83451 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR934980     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981     3  0.0713    0.79471 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934982     1  0.0146    0.90951 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934983     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984     2  0.4028    0.42882 0.000 0.668 0.024 0.000 0.000 0.308
#> SRR934985     5  0.1779    0.65043 0.000 0.000 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR934986     4  0.0363    0.90064 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934987     5  0.4648   -0.22761 0.000 0.408 0.000 0.000 0.548 0.044
#> SRR934988     3  0.5058    0.65344 0.000 0.000 0.672 0.084 0.028 0.216
#> SRR934989     1  0.0000    0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990     3  0.0713    0.79582 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028

Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.

consensus_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-1

consensus_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-2

consensus_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-3

consensus_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-4

consensus_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-NMF-consensus-heatmap-5

Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:

membership_heatmap(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-1

membership_heatmap(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-2

membership_heatmap(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-3

membership_heatmap(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-4

membership_heatmap(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-NMF-membership-heatmap-5

As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.

Signature heatmaps where rows are scaled:

get_signatures(res, k = 2)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-1

get_signatures(res, k = 3)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-2

get_signatures(res, k = 4)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-3

get_signatures(res, k = 5)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-4

get_signatures(res, k = 6)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-5

Signature heatmaps where rows are not scaled:

get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-1

get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-2

get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-3

get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-4

get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)

plot of chunk tab-ATC-NMF-get-signatures-no-scale-5

Compare the overlap of signatures from different k:

compare_signatures(res)

plot of chunk ATC-NMF-signature_compare

get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.

# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)

An example of the output of tb is:

#>   which_row         fdr    mean_1    mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1        38 0.042760348  8.373488  9.131774    -0.5533452     0.5164555  1
#> 2        40 0.018707592  7.106213  8.469186    -0.6173731     0.5762149  1
#> 3        55 0.019134737 10.221463 11.207825    -0.6159697     0.5749050  1
#> 4        59 0.006059896  5.921854  7.869574    -0.6899429     0.6439467  1
#> 5        60 0.018055526  8.928898 10.211722    -0.6204761     0.5791110  1
#> 6        98 0.009384629 15.714769 14.887706     0.6635654    -0.6193277  2
...

The columns in tb are:

  1. which_row: row indices corresponding to the input matrix.
  2. fdr: FDR for the differential test.
  3. mean_x: The mean value in group x.
  4. scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.
  5. km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.

UMAP plot which shows how samples are separated.

dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-1

dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-2

dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-3

dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-4

dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")

plot of chunk tab-ATC-NMF-dimension-reduction-5

Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:

collect_classes(res)

plot of chunk ATC-NMF-collect-classes

If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res, ...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.

Session info

sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#> 
#> Matrix products: default
#> BLAS:   /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#> 
#> locale:
#>  [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8       LC_NUMERIC=C               LC_TIME=en_GB.UTF-8       
#>  [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8     LC_MONETARY=en_GB.UTF-8    LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8   
#>  [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8       LC_NAME=C                  LC_ADDRESS=C              
#> [10] LC_TELEPHONE=C             LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       
#> 
#> attached base packages:
#> [1] grid      stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
#> 
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0    ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1         knitr_1.26          
#> [5] GetoptLong_0.1.7     cola_1.3.2          
#> 
#> loaded via a namespace (and not attached):
#>  [1] circlize_0.4.8       shape_1.4.4          xfun_0.11            slam_0.1-46         
#>  [5] lattice_0.20-38      splines_3.6.0        colorspace_1.4-1     vctrs_0.2.0         
#>  [9] stats4_3.6.0         blob_1.2.0           XML_3.98-1.20        survival_2.44-1.1   
#> [13] rlang_0.4.2          pillar_1.4.2         DBI_1.0.0            BiocGenerics_0.30.0 
#> [17] bit64_0.9-7          RColorBrewer_1.1-2   matrixStats_0.55.0   stringr_1.4.0       
#> [21] GlobalOptions_0.1.1  evaluate_0.14        memoise_1.1.0        Biobase_2.44.0      
#> [25] IRanges_2.18.3       parallel_3.6.0       AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8           
#> [29] Rcpp_1.0.3           xtable_1.8-4         backports_1.1.5      S4Vectors_0.22.1    
#> [33] annotate_1.62.0      skmeans_0.2-11       bit_1.1-14           microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6           impute_1.58.0        rjson_0.2.20         png_0.1-7           
#> [41] digest_0.6.23        stringi_1.4.3        polyclip_1.10-0      clue_0.3-57         
#> [45] tools_3.6.0          bitops_1.0-6         magrittr_1.5         eulerr_6.0.0        
#> [49] RCurl_1.95-4.12      RSQLite_2.1.4        tibble_2.1.3         cluster_2.1.0       
#> [53] crayon_1.3.4         pkgconfig_2.0.3      zeallot_0.1.0        Matrix_1.2-17       
#> [57] xml2_1.2.2           httr_1.4.1           R6_2.4.1             mclust_5.4.5        
#> [61] compiler_3.6.0