Date: 2019-12-25 23:44:33 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17244 270
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:pam | 2 | 1.000 | 0.961 | 0.985 | ** | |
| CV:hclust | 2 | 1.000 | 0.984 | 0.986 | ** | |
| CV:kmeans | 2 | 1.000 | 0.996 | 0.996 | ** | |
| CV:mclust | 2 | 1.000 | 0.998 | 0.999 | ** | |
| MAD:kmeans | 2 | 1.000 | 0.970 | 0.988 | ** | |
| MAD:pam | 2 | 1.000 | 0.980 | 0.992 | ** | |
| ATC:NMF | 2 | 1.000 | 0.968 | 0.988 | ** | |
| SD:mclust | 2 | 0.999 | 0.957 | 0.982 | ** | |
| MAD:mclust | 2 | 0.976 | 0.947 | 0.979 | ** | |
| SD:kmeans | 2 | 0.969 | 0.958 | 0.981 | ** | |
| CV:NMF | 5 | 0.951 | 0.915 | 0.959 | ** | 3,4 |
| SD:NMF | 2 | 0.939 | 0.948 | 0.979 | * | |
| CV:skmeans | 6 | 0.932 | 0.861 | 0.922 | * | 2,3,4,5 |
| SD:skmeans | 5 | 0.930 | 0.905 | 0.957 | * | 2 |
| MAD:skmeans | 5 | 0.928 | 0.874 | 0.949 | * | 2,3 |
| ATC:kmeans | 3 | 0.923 | 0.931 | 0.970 | * | 2 |
| MAD:NMF | 3 | 0.915 | 0.910 | 0.959 | * | 2 |
| ATC:skmeans | 3 | 0.913 | 0.872 | 0.948 | * | 2 |
| CV:pam | 4 | 0.906 | 0.891 | 0.953 | * | 2 |
| ATC:mclust | 2 | 0.875 | 0.929 | 0.969 | ||
| ATC:pam | 2 | 0.752 | 0.906 | 0.955 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.466 | 0.802 | 0.898 | ||
| SD:hclust | 2 | 0.461 | 0.753 | 0.883 | ||
| MAD:hclust | 2 | 0.433 | 0.733 | 0.880 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 0.939 0.948 0.979 0.493 0.506 0.506
#> CV:NMF 2 0.640 0.877 0.937 0.501 0.498 0.498
#> MAD:NMF 2 0.992 0.962 0.984 0.496 0.502 0.502
#> ATC:NMF 2 1.000 0.968 0.988 0.493 0.508 0.508
#> SD:skmeans 2 1.000 0.990 0.996 0.501 0.499 0.499
#> CV:skmeans 2 1.000 0.949 0.970 0.491 0.509 0.509
#> MAD:skmeans 2 1.000 0.982 0.992 0.501 0.499 0.499
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.991 0.996 0.502 0.498 0.498
#> SD:mclust 2 0.999 0.957 0.982 0.466 0.534 0.534
#> CV:mclust 2 1.000 0.998 0.999 0.334 0.666 0.666
#> MAD:mclust 2 0.976 0.947 0.979 0.476 0.523 0.523
#> ATC:mclust 2 0.875 0.929 0.969 0.486 0.514 0.514
#> SD:kmeans 2 0.969 0.958 0.981 0.491 0.505 0.505
#> CV:kmeans 2 1.000 0.996 0.996 0.332 0.670 0.670
#> MAD:kmeans 2 1.000 0.970 0.988 0.498 0.501 0.501
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.982 0.993 0.502 0.498 0.498
#> SD:pam 2 1.000 0.961 0.985 0.435 0.567 0.567
#> CV:pam 2 1.000 0.999 0.999 0.330 0.670 0.670
#> MAD:pam 2 1.000 0.980 0.992 0.450 0.549 0.549
#> ATC:pam 2 0.752 0.906 0.955 0.493 0.498 0.498
#> SD:hclust 2 0.461 0.753 0.883 0.469 0.501 0.501
#> CV:hclust 2 1.000 0.984 0.986 0.326 0.674 0.674
#> MAD:hclust 2 0.433 0.733 0.880 0.471 0.502 0.502
#> ATC:hclust 2 0.466 0.802 0.898 0.473 0.498 0.498
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.889 0.893 0.945 0.330 0.777 0.584
#> CV:NMF 3 1.000 0.964 0.986 0.284 0.765 0.568
#> MAD:NMF 3 0.915 0.910 0.959 0.337 0.740 0.527
#> ATC:NMF 3 0.863 0.862 0.946 0.335 0.744 0.537
#> SD:skmeans 3 0.741 0.773 0.889 0.289 0.825 0.662
#> CV:skmeans 3 0.964 0.948 0.979 0.314 0.696 0.480
#> MAD:skmeans 3 0.970 0.940 0.972 0.274 0.828 0.668
#> ATC:skmeans 3 0.913 0.872 0.948 0.252 0.862 0.728
#> SD:mclust 3 0.785 0.852 0.923 0.317 0.750 0.576
#> CV:mclust 3 0.693 0.888 0.925 0.909 0.691 0.535
#> MAD:mclust 3 0.718 0.824 0.911 0.294 0.678 0.479
#> ATC:mclust 3 0.432 0.669 0.752 0.279 0.664 0.449
#> SD:kmeans 3 0.824 0.895 0.942 0.339 0.685 0.454
#> CV:kmeans 3 0.713 0.875 0.915 0.862 0.681 0.526
#> MAD:kmeans 3 0.763 0.905 0.944 0.326 0.696 0.467
#> ATC:kmeans 3 0.923 0.931 0.970 0.320 0.705 0.478
#> SD:pam 3 0.708 0.838 0.919 0.474 0.711 0.520
#> CV:pam 3 0.732 0.883 0.934 0.842 0.716 0.580
#> MAD:pam 3 0.804 0.873 0.943 0.467 0.703 0.500
#> ATC:pam 3 0.687 0.846 0.925 0.326 0.785 0.594
#> SD:hclust 3 0.395 0.496 0.647 0.319 0.668 0.445
#> CV:hclust 3 0.573 0.609 0.808 0.694 0.843 0.767
#> MAD:hclust 3 0.367 0.535 0.721 0.320 0.728 0.508
#> ATC:hclust 3 0.497 0.672 0.820 0.352 0.773 0.575
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.808 0.837 0.901 0.1308 0.847 0.596
#> CV:NMF 4 0.971 0.941 0.976 0.1519 0.829 0.566
#> MAD:NMF 4 0.780 0.805 0.910 0.1158 0.849 0.593
#> ATC:NMF 4 0.739 0.799 0.895 0.1221 0.790 0.484
#> SD:skmeans 4 0.863 0.911 0.945 0.1348 0.844 0.602
#> CV:skmeans 4 1.000 0.962 0.984 0.1506 0.816 0.540
#> MAD:skmeans 4 0.779 0.860 0.904 0.1434 0.853 0.622
#> ATC:skmeans 4 0.783 0.784 0.849 0.1223 0.861 0.643
#> SD:mclust 4 0.553 0.588 0.755 0.1591 0.810 0.553
#> CV:mclust 4 0.675 0.791 0.859 0.0573 0.913 0.780
#> MAD:mclust 4 0.568 0.698 0.819 0.1793 0.808 0.542
#> ATC:mclust 4 0.495 0.609 0.708 0.1341 0.849 0.620
#> SD:kmeans 4 0.724 0.785 0.849 0.1298 0.822 0.537
#> CV:kmeans 4 0.778 0.904 0.907 0.1619 0.775 0.471
#> MAD:kmeans 4 0.665 0.500 0.737 0.1203 0.843 0.577
#> ATC:kmeans 4 0.674 0.610 0.786 0.1172 0.807 0.505
#> SD:pam 4 0.615 0.733 0.844 0.1287 0.755 0.439
#> CV:pam 4 0.906 0.891 0.953 0.2049 0.850 0.633
#> MAD:pam 4 0.695 0.807 0.864 0.1037 0.889 0.689
#> ATC:pam 4 0.731 0.654 0.797 0.1120 0.848 0.596
#> SD:hclust 4 0.438 0.521 0.683 0.1332 0.851 0.616
#> CV:hclust 4 0.556 0.758 0.826 0.1450 0.807 0.629
#> MAD:hclust 4 0.454 0.535 0.709 0.1327 0.755 0.429
#> ATC:hclust 4 0.562 0.581 0.751 0.1035 0.894 0.720
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.864 0.866 0.926 0.0552 0.844 0.506
#> CV:NMF 5 0.951 0.915 0.959 0.0746 0.916 0.694
#> MAD:NMF 5 0.897 0.873 0.933 0.0549 0.853 0.529
#> ATC:NMF 5 0.823 0.820 0.907 0.0702 0.849 0.516
#> SD:skmeans 5 0.930 0.905 0.957 0.0734 0.917 0.704
#> CV:skmeans 5 0.988 0.963 0.983 0.0788 0.912 0.678
#> MAD:skmeans 5 0.928 0.874 0.949 0.0777 0.908 0.680
#> ATC:skmeans 5 0.850 0.888 0.936 0.0818 0.940 0.780
#> SD:mclust 5 0.568 0.594 0.741 0.0825 0.805 0.426
#> CV:mclust 5 0.596 0.626 0.697 0.1061 0.863 0.627
#> MAD:mclust 5 0.535 0.505 0.722 0.0557 0.893 0.626
#> ATC:mclust 5 0.607 0.613 0.780 0.0546 0.832 0.556
#> SD:kmeans 5 0.836 0.850 0.905 0.0672 0.899 0.639
#> CV:kmeans 5 0.805 0.787 0.810 0.0826 0.893 0.627
#> MAD:kmeans 5 0.749 0.786 0.866 0.0665 0.832 0.459
#> ATC:kmeans 5 0.778 0.842 0.882 0.0687 0.860 0.530
#> SD:pam 5 0.701 0.687 0.819 0.0793 0.841 0.517
#> CV:pam 5 0.796 0.809 0.875 0.0462 0.963 0.867
#> MAD:pam 5 0.836 0.876 0.935 0.0693 0.889 0.625
#> ATC:pam 5 0.733 0.732 0.838 0.0674 0.923 0.721
#> SD:hclust 5 0.545 0.595 0.760 0.0880 0.882 0.600
#> CV:hclust 5 0.674 0.724 0.846 0.0976 0.975 0.924
#> MAD:hclust 5 0.533 0.616 0.762 0.0805 0.888 0.632
#> ATC:hclust 5 0.631 0.601 0.791 0.0765 0.859 0.581
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.806 0.721 0.874 0.0441 0.906 0.620
#> CV:NMF 6 0.881 0.752 0.868 0.0373 0.961 0.814
#> MAD:NMF 6 0.781 0.718 0.865 0.0431 0.890 0.571
#> ATC:NMF 6 0.791 0.711 0.849 0.0262 0.972 0.872
#> SD:skmeans 6 0.838 0.748 0.858 0.0385 0.953 0.789
#> CV:skmeans 6 0.932 0.861 0.922 0.0305 0.961 0.810
#> MAD:skmeans 6 0.838 0.763 0.871 0.0405 0.931 0.699
#> ATC:skmeans 6 0.794 0.782 0.867 0.0389 0.962 0.837
#> SD:mclust 6 0.679 0.741 0.787 0.0469 0.822 0.387
#> CV:mclust 6 0.635 0.562 0.741 0.0718 0.855 0.516
#> MAD:mclust 6 0.621 0.662 0.753 0.0461 0.875 0.516
#> ATC:mclust 6 0.706 0.751 0.843 0.0744 0.808 0.450
#> SD:kmeans 6 0.756 0.706 0.815 0.0409 0.960 0.809
#> CV:kmeans 6 0.794 0.720 0.833 0.0480 0.965 0.838
#> MAD:kmeans 6 0.745 0.667 0.772 0.0438 0.947 0.756
#> ATC:kmeans 6 0.759 0.675 0.803 0.0444 0.912 0.620
#> SD:pam 6 0.772 0.768 0.855 0.0551 0.855 0.462
#> CV:pam 6 0.857 0.844 0.905 0.0660 0.887 0.583
#> MAD:pam 6 0.804 0.712 0.868 0.0592 0.851 0.450
#> ATC:pam 6 0.828 0.821 0.902 0.0559 0.922 0.677
#> SD:hclust 6 0.580 0.480 0.712 0.0436 0.979 0.903
#> CV:hclust 6 0.661 0.587 0.811 0.0594 0.919 0.755
#> MAD:hclust 6 0.584 0.529 0.697 0.0491 0.958 0.816
#> ATC:hclust 6 0.651 0.558 0.750 0.0395 0.931 0.723
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.461 0.753 0.883 0.4694 0.501 0.501
#> 3 3 0.395 0.496 0.647 0.3185 0.668 0.445
#> 4 4 0.438 0.521 0.683 0.1332 0.851 0.616
#> 5 5 0.545 0.595 0.760 0.0880 0.882 0.600
#> 6 6 0.580 0.480 0.712 0.0436 0.979 0.903
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.6801 0.7352 0.820 0.180
#> SRR934720 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0672 0.9010 0.992 0.008
#> SRR934722 2 0.8555 0.6728 0.280 0.720
#> SRR934723 1 0.1184 0.8991 0.984 0.016
#> SRR934724 1 0.0938 0.9002 0.988 0.012
#> SRR934725 1 0.2236 0.8923 0.964 0.036
#> SRR934726 1 0.4431 0.8523 0.908 0.092
#> SRR934727 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0376 0.9014 0.996 0.004
#> SRR934729 2 0.1633 0.8139 0.024 0.976
#> SRR934730 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.2043 0.8942 0.968 0.032
#> SRR934732 2 0.0672 0.8134 0.008 0.992
#> SRR934733 1 0.8443 0.5863 0.728 0.272
#> SRR934734 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.1184 0.8139 0.016 0.984
#> SRR934738 1 0.2423 0.8903 0.960 0.040
#> SRR934740 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.1414 0.8142 0.020 0.980
#> SRR934742 1 0.1414 0.8981 0.980 0.020
#> SRR934743 1 0.3584 0.8706 0.932 0.068
#> SRR934744 1 0.8016 0.6338 0.756 0.244
#> SRR934745 1 0.5178 0.8276 0.884 0.116
#> SRR934746 2 0.1633 0.8139 0.024 0.976
#> SRR934747 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.6531 0.7513 0.832 0.168
#> SRR934750 2 0.0376 0.8128 0.004 0.996
#> SRR934749 1 0.0672 0.9010 0.992 0.008
#> SRR934751 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.2423 0.8903 0.960 0.040
#> SRR934753 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.1633 0.8967 0.976 0.024
#> SRR934755 1 0.8763 0.5280 0.704 0.296
#> SRR934756 1 0.0376 0.9009 0.996 0.004
#> SRR934757 1 0.4815 0.8412 0.896 0.104
#> SRR934758 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.9491 0.5422 0.368 0.632
#> SRR934762 1 0.2423 0.8903 0.960 0.040
#> SRR934763 1 0.0938 0.9002 0.988 0.012
#> SRR934764 1 0.1633 0.8967 0.976 0.024
#> SRR934765 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934766 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.9000 0.6289 0.316 0.684
#> SRR934770 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.6247 0.7674 0.156 0.844
#> SRR934771 1 0.0672 0.9010 0.992 0.008
#> SRR934773 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.9710 0.2024 0.600 0.400
#> SRR934775 1 0.1633 0.8974 0.976 0.024
#> SRR934776 1 0.4690 0.8458 0.900 0.100
#> SRR934777 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934778 2 0.9754 0.4678 0.408 0.592
#> SRR934779 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934780 2 0.9815 0.4471 0.420 0.580
#> SRR934781 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0376 0.8128 0.004 0.996
#> SRR934783 1 0.0938 0.9002 0.988 0.012
#> SRR934784 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0672 0.9009 0.992 0.008
#> SRR934790 1 0.8608 0.5539 0.716 0.284
#> SRR934791 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.4431 0.7988 0.092 0.908
#> SRR934793 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.2043 0.8941 0.968 0.032
#> SRR934796 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.1184 0.8139 0.016 0.984
#> SRR934801 2 0.1184 0.8139 0.016 0.984
#> SRR934802 2 0.1184 0.8139 0.016 0.984
#> SRR934803 1 0.2948 0.8816 0.948 0.052
#> SRR934804 2 0.8144 0.7051 0.252 0.748
#> SRR934805 1 0.0938 0.9002 0.988 0.012
#> SRR934806 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934807 2 0.9087 0.6174 0.324 0.676
#> SRR934809 1 0.1633 0.8966 0.976 0.024
#> SRR934810 1 0.4298 0.8521 0.912 0.088
#> SRR934811 2 0.9087 0.6174 0.324 0.676
#> SRR934808 1 0.2423 0.8898 0.960 0.040
#> SRR934812 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.9661 0.4946 0.392 0.608
#> SRR934814 1 0.2236 0.8923 0.964 0.036
#> SRR934815 2 0.6247 0.7674 0.156 0.844
#> SRR934816 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.6048 0.7721 0.148 0.852
#> SRR934818 2 0.9944 0.3481 0.456 0.544
#> SRR934819 1 0.0938 0.9004 0.988 0.012
#> SRR934820 1 0.4161 0.8586 0.916 0.084
#> SRR934821 1 0.9977 -0.0999 0.528 0.472
#> SRR934822 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0376 0.9012 0.996 0.004
#> SRR934825 2 0.4298 0.8001 0.088 0.912
#> SRR934826 1 0.0376 0.9009 0.996 0.004
#> SRR934827 1 0.3274 0.8761 0.940 0.060
#> SRR934828 2 0.6438 0.7631 0.164 0.836
#> SRR934829 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934830 2 0.9286 0.5844 0.344 0.656
#> SRR934831 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934832 2 0.9286 0.5844 0.344 0.656
#> SRR934833 1 0.9896 0.0621 0.560 0.440
#> SRR934834 1 0.1633 0.8961 0.976 0.024
#> SRR934835 2 0.8813 0.6423 0.300 0.700
#> SRR934836 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.1843 0.8135 0.028 0.972
#> SRR934840 2 0.1843 0.8135 0.028 0.972
#> SRR934841 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.1184 0.8993 0.984 0.016
#> SRR934844 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.1843 0.8135 0.028 0.972
#> SRR934847 1 0.0938 0.9002 0.988 0.012
#> SRR934848 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934851 1 0.9988 -0.1347 0.520 0.480
#> SRR934853 1 0.3114 0.8788 0.944 0.056
#> SRR934852 2 0.9881 0.3924 0.436 0.564
#> SRR934854 1 0.9661 0.2526 0.608 0.392
#> SRR934856 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.1633 0.8139 0.024 0.976
#> SRR934861 2 0.3879 0.8021 0.076 0.924
#> SRR934862 2 0.0376 0.8128 0.004 0.996
#> SRR934863 1 0.1633 0.8970 0.976 0.024
#> SRR934864 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.4298 0.8521 0.912 0.088
#> SRR934866 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.8955 0.6288 0.312 0.688
#> SRR934868 2 0.5737 0.7775 0.136 0.864
#> SRR934869 1 0.6531 0.7513 0.832 0.168
#> SRR934870 1 0.0672 0.9009 0.992 0.008
#> SRR934871 2 0.3584 0.8057 0.068 0.932
#> SRR934872 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.9732 0.4779 0.404 0.596
#> SRR934874 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0376 0.9009 0.996 0.004
#> SRR934878 2 0.9815 0.4497 0.420 0.580
#> SRR934879 1 0.8016 0.6338 0.756 0.244
#> SRR934880 1 0.3114 0.8788 0.944 0.056
#> SRR934881 2 0.9661 0.4946 0.392 0.608
#> SRR934882 2 0.7745 0.7215 0.228 0.772
#> SRR934883 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.5294 0.7853 0.120 0.880
#> SRR934885 2 0.5059 0.7889 0.112 0.888
#> SRR934886 2 0.9686 0.4936 0.396 0.604
#> SRR934887 2 0.9866 0.4198 0.432 0.568
#> SRR934888 2 0.1414 0.8140 0.020 0.980
#> SRR934889 2 0.5294 0.7853 0.120 0.880
#> SRR934890 1 0.6973 0.7237 0.812 0.188
#> SRR934891 1 0.3733 0.8687 0.928 0.072
#> SRR934892 2 0.9754 0.4731 0.408 0.592
#> SRR934893 1 0.9732 0.2086 0.596 0.404
#> SRR934894 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.8661 0.6639 0.288 0.712
#> SRR934896 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934898 1 0.4815 0.8429 0.896 0.104
#> SRR934899 2 0.9754 0.4725 0.408 0.592
#> SRR934900 1 0.9170 0.4453 0.668 0.332
#> SRR934901 2 0.1414 0.8142 0.020 0.980
#> SRR934902 2 0.9954 0.3193 0.460 0.540
#> SRR934903 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934906 1 0.9087 0.4429 0.676 0.324
#> SRR934907 2 0.8661 0.6639 0.288 0.712
#> SRR934908 2 0.0672 0.8135 0.008 0.992
#> SRR934909 2 0.4161 0.8004 0.084 0.916
#> SRR934910 2 0.1633 0.8137 0.024 0.976
#> SRR934911 2 0.0376 0.8128 0.004 0.996
#> SRR934912 2 0.8144 0.6944 0.252 0.748
#> SRR934913 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934915 2 0.9998 0.2300 0.492 0.508
#> SRR934916 1 0.4815 0.8399 0.896 0.104
#> SRR934917 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.9954 0.3193 0.460 0.540
#> SRR934919 2 0.6247 0.7682 0.156 0.844
#> SRR934920 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.9661 0.5091 0.392 0.608
#> SRR934924 2 0.9209 0.5775 0.336 0.664
#> SRR934923 1 0.0376 0.9015 0.996 0.004
#> SRR934925 2 0.9044 0.6238 0.320 0.680
#> SRR934926 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.9044 0.6261 0.320 0.680
#> SRR934928 1 0.1633 0.8966 0.976 0.024
#> SRR934929 1 0.9970 -0.0751 0.532 0.468
#> SRR934930 2 0.9944 0.3444 0.456 0.544
#> SRR934931 2 0.8955 0.6348 0.312 0.688
#> SRR934932 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.9358 0.5677 0.352 0.648
#> SRR934936 2 0.9732 0.4820 0.404 0.596
#> SRR934933 1 0.3274 0.8761 0.940 0.060
#> SRR934937 1 0.8016 0.6338 0.756 0.244
#> SRR934938 2 0.9710 0.4923 0.400 0.600
#> SRR934939 1 0.2778 0.8856 0.952 0.048
#> SRR934940 2 0.9170 0.6071 0.332 0.668
#> SRR934941 2 0.9963 0.3126 0.464 0.536
#> SRR934942 2 0.8763 0.6542 0.296 0.704
#> SRR934943 2 0.5294 0.7853 0.120 0.880
#> SRR934944 1 0.1633 0.8977 0.976 0.024
#> SRR934945 2 0.9209 0.5775 0.336 0.664
#> SRR934946 1 0.9993 -0.1409 0.516 0.484
#> SRR934947 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934948 1 0.7883 0.6479 0.764 0.236
#> SRR934949 2 0.1633 0.8139 0.024 0.976
#> SRR934950 1 0.4298 0.8521 0.912 0.088
#> SRR934951 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.2948 0.8816 0.948 0.052
#> SRR934952 2 0.0376 0.8128 0.004 0.996
#> SRR934954 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.9686 0.4981 0.396 0.604
#> SRR934957 1 0.4815 0.8412 0.896 0.104
#> SRR934958 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.0672 0.9010 0.992 0.008
#> SRR934960 1 0.0376 0.9009 0.996 0.004
#> SRR934961 2 0.1414 0.8140 0.020 0.980
#> SRR934962 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934963 2 0.9754 0.4725 0.408 0.592
#> SRR934964 1 0.9977 -0.1026 0.528 0.472
#> SRR934965 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.8121 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.8207 0.6175 0.744 0.256
#> SRR934968 1 0.8016 0.6338 0.756 0.244
#> SRR934969 1 0.0376 0.9014 0.996 0.004
#> SRR934970 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.9732 0.4779 0.404 0.596
#> SRR934972 1 0.0376 0.9012 0.996 0.004
#> SRR934973 1 0.8813 0.5181 0.700 0.300
#> SRR934974 1 0.6973 0.7237 0.812 0.188
#> SRR934975 2 0.9963 0.3126 0.464 0.536
#> SRR934976 2 0.0672 0.8135 0.008 0.992
#> SRR934977 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.9988 0.2691 0.480 0.520
#> SRR934979 2 0.1633 0.8139 0.024 0.976
#> SRR934980 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.9491 0.5519 0.368 0.632
#> SRR934982 1 0.4815 0.8399 0.896 0.104
#> SRR934983 1 0.0376 0.9009 0.996 0.004
#> SRR934984 2 0.2778 0.8091 0.048 0.952
#> SRR934985 1 0.4690 0.8458 0.900 0.100
#> SRR934986 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.8763 0.6542 0.296 0.704
#> SRR934988 1 0.8327 0.6025 0.736 0.264
#> SRR934989 1 0.0000 0.9014 1.000 0.000
#> SRR934990 1 0.8016 0.6338 0.756 0.244
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 3 0.6302 0.0446 0.480 0.000 0.520
#> SRR934718 1 0.3879 0.7816 0.848 0.000 0.152
#> SRR934719 3 0.4002 0.4292 0.160 0.000 0.840
#> SRR934720 1 0.0000 0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721 3 0.6008 0.2739 0.372 0.000 0.628
#> SRR934722 2 0.6683 0.2619 0.008 0.496 0.496
#> SRR934723 1 0.4399 0.7662 0.812 0.000 0.188
#> SRR934724 3 0.6154 0.2341 0.408 0.000 0.592
#> SRR934725 3 0.6298 0.2641 0.388 0.004 0.608
#> SRR934726 1 0.7389 0.3394 0.556 0.036 0.408
#> SRR934727 1 0.3816 0.7839 0.852 0.000 0.148
#> SRR934728 3 0.6274 0.1216 0.456 0.000 0.544
#> SRR934729 2 0.4605 0.7922 0.000 0.796 0.204
#> SRR934730 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 3 0.6584 0.2818 0.380 0.012 0.608
#> SRR934732 2 0.1753 0.8595 0.000 0.952 0.048
#> SRR934733 3 0.7860 0.3856 0.228 0.116 0.656
#> SRR934734 1 0.0000 0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.5835 0.5060 0.660 0.000 0.340
#> SRR934736 1 0.0000 0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.2711 0.8509 0.000 0.912 0.088
#> SRR934738 3 0.6282 0.2657 0.384 0.004 0.612
#> SRR934740 1 0.0000 0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.4452 0.8009 0.000 0.808 0.192
#> SRR934742 1 0.4796 0.7442 0.780 0.000 0.220
#> SRR934743 1 0.4446 0.7192 0.856 0.032 0.112
#> SRR934744 3 0.3832 0.4582 0.100 0.020 0.880
#> SRR934745 1 0.6535 0.6175 0.728 0.052 0.220
#> SRR934746 2 0.2796 0.8482 0.000 0.908 0.092
#> SRR934747 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 3 0.4235 0.4201 0.176 0.000 0.824
#> SRR934750 2 0.2711 0.8487 0.000 0.912 0.088
#> SRR934749 3 0.6008 0.2739 0.372 0.000 0.628
#> SRR934751 1 0.4002 0.7769 0.840 0.000 0.160
#> SRR934752 3 0.6282 0.2705 0.384 0.004 0.612
#> SRR934753 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 3 0.6095 0.2618 0.392 0.000 0.608
#> SRR934755 3 0.4709 0.4630 0.092 0.056 0.852
#> SRR934756 1 0.6305 0.0982 0.516 0.000 0.484
#> SRR934757 3 0.7190 0.3468 0.320 0.044 0.636
#> SRR934758 1 0.3816 0.7839 0.852 0.000 0.148
#> SRR934759 1 0.0000 0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0592 0.8614 0.000 0.988 0.012
#> SRR934761 3 0.6359 0.0543 0.004 0.404 0.592
#> SRR934762 3 0.6282 0.2657 0.384 0.004 0.612
#> SRR934763 3 0.6154 0.2341 0.408 0.000 0.592
#> SRR934764 3 0.6095 0.2618 0.392 0.000 0.608
#> SRR934765 1 0.3752 0.7857 0.856 0.000 0.144
#> SRR934766 3 0.6267 0.1326 0.452 0.000 0.548
#> SRR934767 1 0.0000 0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.5835 0.5060 0.660 0.000 0.340
#> SRR934769 3 0.6451 -0.0963 0.004 0.436 0.560
#> SRR934770 1 0.3879 0.7816 0.848 0.000 0.152
#> SRR934772 2 0.6008 0.6048 0.000 0.628 0.372
#> SRR934771 3 0.6008 0.2739 0.372 0.000 0.628
#> SRR934773 1 0.0000 0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.7297 0.4705 0.108 0.188 0.704
#> SRR934775 3 0.6659 0.1033 0.460 0.008 0.532
#> SRR934776 3 0.7514 0.3421 0.328 0.056 0.616
#> SRR934777 3 0.6267 0.1326 0.452 0.000 0.548
#> SRR934778 3 0.8084 0.0931 0.072 0.384 0.544
#> SRR934779 1 0.1643 0.7828 0.956 0.000 0.044
#> SRR934780 3 0.7208 0.2126 0.040 0.340 0.620
#> SRR934781 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.2711 0.8487 0.000 0.912 0.088
#> SRR934783 3 0.6154 0.2341 0.408 0.000 0.592
#> SRR934784 2 0.0237 0.8615 0.000 0.996 0.004
#> SRR934785 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.3879 0.7816 0.848 0.000 0.152
#> SRR934787 1 0.3482 0.7882 0.872 0.000 0.128
#> SRR934788 3 0.6274 0.1228 0.456 0.000 0.544
#> SRR934789 3 0.6280 0.1114 0.460 0.000 0.540
#> SRR934790 3 0.4479 0.4612 0.096 0.044 0.860
#> SRR934791 3 0.6204 0.2027 0.424 0.000 0.576
#> SRR934792 2 0.4931 0.7515 0.000 0.768 0.232
#> SRR934793 1 0.0000 0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 3 0.6314 0.2617 0.392 0.004 0.604
#> SRR934796 1 0.3879 0.7816 0.848 0.000 0.152
#> SRR934797 1 0.0000 0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.1643 0.7828 0.956 0.000 0.044
#> SRR934799 3 0.6267 0.1326 0.452 0.000 0.548
#> SRR934800 2 0.2625 0.8525 0.000 0.916 0.084
#> SRR934801 2 0.2261 0.8550 0.000 0.932 0.068
#> SRR934802 2 0.2878 0.8481 0.000 0.904 0.096
#> SRR934803 1 0.5619 0.7015 0.744 0.012 0.244
#> SRR934804 2 0.7558 0.4401 0.044 0.556 0.400
#> SRR934805 3 0.6154 0.2341 0.408 0.000 0.592
#> SRR934806 1 0.6215 0.2897 0.572 0.000 0.428
#> SRR934807 3 0.7283 -0.1831 0.028 0.460 0.512
#> SRR934809 3 0.6126 0.2517 0.400 0.000 0.600
#> SRR934810 3 0.7228 0.3122 0.364 0.036 0.600
#> SRR934811 3 0.7283 -0.1831 0.028 0.460 0.512
#> SRR934808 3 0.6796 0.2933 0.368 0.020 0.612
#> SRR934812 1 0.1643 0.7828 0.956 0.000 0.044
#> SRR934813 3 0.5968 0.1528 0.000 0.364 0.636
#> SRR934814 3 0.6298 0.2641 0.388 0.004 0.608
#> SRR934815 2 0.6008 0.6048 0.000 0.628 0.372
#> SRR934816 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 2 0.5560 0.6620 0.000 0.700 0.300
#> SRR934818 3 0.7741 0.2907 0.068 0.324 0.608
#> SRR934819 1 0.5621 0.6121 0.692 0.000 0.308
#> SRR934820 3 0.6758 0.2947 0.360 0.020 0.620
#> SRR934821 3 0.7283 0.4170 0.068 0.260 0.672
#> SRR934822 1 0.5835 0.5060 0.660 0.000 0.340
#> SRR934823 3 0.6026 0.2686 0.376 0.000 0.624
#> SRR934825 2 0.4842 0.7595 0.000 0.776 0.224
#> SRR934826 3 0.6299 0.0406 0.476 0.000 0.524
#> SRR934827 1 0.5803 0.6912 0.736 0.016 0.248
#> SRR934828 2 0.6398 0.5949 0.008 0.620 0.372
#> SRR934829 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830 3 0.7657 -0.1326 0.044 0.448 0.508
#> SRR934831 1 0.0000 0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832 3 0.7657 -0.1326 0.044 0.448 0.508
#> SRR934833 3 0.8349 0.4235 0.128 0.264 0.608
#> SRR934834 1 0.4002 0.7763 0.840 0.000 0.160
#> SRR934835 2 0.6309 0.2224 0.000 0.504 0.496
#> SRR934836 1 0.3551 0.7878 0.868 0.000 0.132
#> SRR934837 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 3 0.6204 0.2027 0.424 0.000 0.576
#> SRR934839 2 0.3038 0.8449 0.000 0.896 0.104
#> SRR934840 2 0.3038 0.8449 0.000 0.896 0.104
#> SRR934841 1 0.1643 0.7828 0.956 0.000 0.044
#> SRR934842 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.5722 0.6375 0.704 0.004 0.292
#> SRR934844 3 0.6267 0.1326 0.452 0.000 0.548
#> SRR934845 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.3038 0.8449 0.000 0.896 0.104
#> SRR934847 3 0.6154 0.2341 0.408 0.000 0.592
#> SRR934848 3 0.6204 0.2027 0.424 0.000 0.576
#> SRR934849 1 0.3816 0.7839 0.852 0.000 0.148
#> SRR934850 1 0.3816 0.7839 0.852 0.000 0.148
#> SRR934851 3 0.6559 0.3898 0.040 0.252 0.708
#> SRR934853 3 0.5733 0.3314 0.324 0.000 0.676
#> SRR934852 3 0.6677 0.2451 0.024 0.324 0.652
#> SRR934854 3 0.8408 0.4412 0.152 0.232 0.616
#> SRR934856 3 0.6267 0.1326 0.452 0.000 0.548
#> SRR934858 1 0.4002 0.7769 0.840 0.000 0.160
#> SRR934859 2 0.1163 0.8613 0.000 0.972 0.028
#> SRR934860 2 0.2959 0.8470 0.000 0.900 0.100
#> SRR934861 2 0.4654 0.7790 0.000 0.792 0.208
#> SRR934862 2 0.1031 0.8612 0.000 0.976 0.024
#> SRR934863 3 0.6600 0.2747 0.384 0.012 0.604
#> SRR934864 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 3 0.7228 0.3122 0.364 0.036 0.600
#> SRR934866 2 0.0237 0.8596 0.000 0.996 0.004
#> SRR934867 2 0.6307 0.2283 0.000 0.512 0.488
#> SRR934868 2 0.5397 0.6886 0.000 0.720 0.280
#> SRR934869 3 0.4235 0.4201 0.176 0.000 0.824
#> SRR934870 3 0.6280 0.1114 0.460 0.000 0.540
#> SRR934871 2 0.5178 0.7487 0.000 0.744 0.256
#> SRR934872 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 3 0.7013 0.1748 0.028 0.364 0.608
#> SRR934874 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 3 0.6204 0.2027 0.424 0.000 0.576
#> SRR934877 1 0.6267 0.2135 0.548 0.000 0.452
#> SRR934878 3 0.6318 0.1757 0.008 0.356 0.636
#> SRR934879 3 0.3832 0.4582 0.100 0.020 0.880
#> SRR934880 3 0.5733 0.3314 0.324 0.000 0.676
#> SRR934881 3 0.5968 0.1528 0.000 0.364 0.636
#> SRR934882 2 0.6432 0.4321 0.004 0.568 0.428
#> SRR934883 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 2 0.5810 0.6592 0.000 0.664 0.336
#> SRR934885 2 0.5760 0.6705 0.000 0.672 0.328
#> SRR934886 3 0.6832 0.1472 0.020 0.376 0.604
#> SRR934887 3 0.6404 0.2066 0.012 0.344 0.644
#> SRR934888 2 0.2878 0.8479 0.000 0.904 0.096
#> SRR934889 2 0.5810 0.6592 0.000 0.664 0.336
#> SRR934890 3 0.3879 0.4334 0.152 0.000 0.848
#> SRR934891 3 0.6954 0.3188 0.352 0.028 0.620
#> SRR934892 3 0.6416 0.1499 0.008 0.376 0.616
#> SRR934893 3 0.5875 0.4694 0.056 0.160 0.784
#> SRR934894 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 3 0.6954 -0.2576 0.016 0.484 0.500
#> SRR934896 1 0.0000 0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0747 0.8619 0.000 0.984 0.016
#> SRR934898 3 0.7537 0.3390 0.332 0.056 0.612
#> SRR934899 3 0.7841 0.1217 0.064 0.360 0.576
#> SRR934900 3 0.5811 0.4693 0.092 0.108 0.800
#> SRR934901 2 0.4346 0.8058 0.000 0.816 0.184
#> SRR934902 3 0.6482 0.3191 0.024 0.296 0.680
#> SRR934903 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 1 0.6215 0.2897 0.572 0.000 0.428
#> SRR934906 3 0.7327 0.4715 0.132 0.160 0.708
#> SRR934907 3 0.6954 -0.2576 0.016 0.484 0.500
#> SRR934908 2 0.3941 0.8196 0.000 0.844 0.156
#> SRR934909 2 0.4750 0.7709 0.000 0.784 0.216
#> SRR934910 2 0.4575 0.8041 0.004 0.812 0.184
#> SRR934911 2 0.0892 0.8615 0.000 0.980 0.020
#> SRR934912 2 0.6244 0.3768 0.000 0.560 0.440
#> SRR934913 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 3 0.6280 0.1132 0.460 0.000 0.540
#> SRR934915 3 0.6589 0.3314 0.032 0.280 0.688
#> SRR934916 1 0.5442 0.6849 0.812 0.056 0.132
#> SRR934917 2 0.0592 0.8614 0.000 0.988 0.012
#> SRR934918 3 0.6482 0.3191 0.024 0.296 0.680
#> SRR934919 2 0.6318 0.6159 0.008 0.636 0.356
#> SRR934920 1 0.0000 0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 3 0.7192 0.1048 0.032 0.380 0.588
#> SRR934924 2 0.9386 0.4069 0.296 0.500 0.204
#> SRR934923 1 0.2066 0.7822 0.940 0.000 0.060
#> SRR934925 3 0.6442 -0.0834 0.004 0.432 0.564
#> SRR934926 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 3 0.6500 -0.1488 0.004 0.464 0.532
#> SRR934928 3 0.6126 0.2517 0.400 0.000 0.600
#> SRR934929 3 0.7739 0.4049 0.088 0.268 0.644
#> SRR934930 3 0.6341 0.2993 0.016 0.312 0.672
#> SRR934931 3 0.6931 -0.1822 0.016 0.456 0.528
#> SRR934932 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 3 0.6204 0.0115 0.000 0.424 0.576
#> SRR934936 3 0.6434 0.1381 0.008 0.380 0.612
#> SRR934933 1 0.5803 0.6912 0.736 0.016 0.248
#> SRR934937 3 0.3832 0.4582 0.100 0.020 0.880
#> SRR934938 3 0.6667 0.1484 0.016 0.368 0.616
#> SRR934939 3 0.6917 0.2974 0.368 0.024 0.608
#> SRR934940 3 0.6608 -0.0542 0.008 0.432 0.560
#> SRR934941 3 0.7218 0.3043 0.052 0.296 0.652
#> SRR934942 3 0.6505 -0.1952 0.004 0.468 0.528
#> SRR934943 2 0.5810 0.6592 0.000 0.664 0.336
#> SRR934944 1 0.6247 0.4309 0.620 0.004 0.376
#> SRR934945 2 0.9386 0.4069 0.296 0.500 0.204
#> SRR934946 3 0.7860 0.3760 0.088 0.284 0.628
#> SRR934947 1 0.6008 0.4509 0.628 0.000 0.372
#> SRR934948 3 0.3539 0.4552 0.100 0.012 0.888
#> SRR934949 2 0.2959 0.8468 0.000 0.900 0.100
#> SRR934950 3 0.7228 0.3122 0.364 0.036 0.600
#> SRR934951 3 0.6244 0.1612 0.440 0.000 0.560
#> SRR934953 1 0.5619 0.7015 0.744 0.012 0.244
#> SRR934952 2 0.2711 0.8487 0.000 0.912 0.088
#> SRR934954 2 0.0237 0.8614 0.000 0.996 0.004
#> SRR934955 1 0.1643 0.7828 0.956 0.000 0.044
#> SRR934956 3 0.6529 0.1312 0.012 0.368 0.620
#> SRR934957 3 0.7190 0.3468 0.320 0.044 0.636
#> SRR934958 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 3 0.6008 0.2739 0.372 0.000 0.628
#> SRR934960 3 0.6225 0.1791 0.432 0.000 0.568
#> SRR934961 2 0.2711 0.8493 0.000 0.912 0.088
#> SRR934962 2 0.1411 0.8607 0.000 0.964 0.036
#> SRR934963 3 0.7841 0.1217 0.064 0.360 0.576
#> SRR934964 3 0.6482 0.3984 0.040 0.244 0.716
#> SRR934965 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.8609 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.5538 0.4574 0.132 0.060 0.808
#> SRR934968 3 0.3832 0.4582 0.100 0.020 0.880
#> SRR934969 3 0.6286 0.1010 0.464 0.000 0.536
#> SRR934970 1 0.5948 0.4795 0.640 0.000 0.360
#> SRR934971 3 0.7013 0.1748 0.028 0.364 0.608
#> SRR934972 3 0.6215 0.1756 0.428 0.000 0.572
#> SRR934973 3 0.4995 0.4685 0.092 0.068 0.840
#> SRR934974 3 0.3879 0.4334 0.152 0.000 0.848
#> SRR934975 3 0.7218 0.3043 0.052 0.296 0.652
#> SRR934976 2 0.3686 0.8278 0.000 0.860 0.140
#> SRR934977 1 0.3551 0.7878 0.868 0.000 0.132
#> SRR934978 3 0.6322 0.3558 0.024 0.276 0.700
#> SRR934979 2 0.2959 0.8470 0.000 0.900 0.100
#> SRR934980 1 0.0000 0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.6661 0.0496 0.012 0.400 0.588
#> SRR934982 1 0.5442 0.6849 0.812 0.056 0.132
#> SRR934983 3 0.6295 0.0537 0.472 0.000 0.528
#> SRR934984 2 0.3482 0.8322 0.000 0.872 0.128
#> SRR934985 3 0.7514 0.3421 0.328 0.056 0.616
#> SRR934986 1 0.3879 0.7816 0.848 0.000 0.152
#> SRR934987 3 0.6505 -0.1952 0.004 0.468 0.528
#> SRR934988 3 0.6208 0.4645 0.152 0.076 0.772
#> SRR934989 1 0.0000 0.7663 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.3832 0.4582 0.100 0.020 0.880
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 4 0.4585 0.4609 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR934718 1 0.4008 0.7188 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR934719 4 0.3958 0.4708 0.052 0.000 0.112 0.836
#> SRR934720 1 0.0188 0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934721 4 0.4799 0.5757 0.224 0.000 0.032 0.744
#> SRR934722 3 0.7031 0.6487 0.000 0.224 0.576 0.200
#> SRR934723 1 0.5041 0.7121 0.728 0.000 0.040 0.232
#> SRR934724 4 0.4661 0.5677 0.256 0.000 0.016 0.728
#> SRR934725 4 0.6080 0.5473 0.236 0.000 0.100 0.664
#> SRR934726 1 0.6969 0.0854 0.452 0.000 0.112 0.436
#> SRR934727 1 0.3975 0.7229 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR934728 4 0.4746 0.5168 0.304 0.000 0.008 0.688
#> SRR934729 3 0.5165 -0.0331 0.000 0.484 0.512 0.004
#> SRR934730 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.5627 0.5787 0.240 0.000 0.068 0.692
#> SRR934732 2 0.1677 0.7943 0.000 0.948 0.040 0.012
#> SRR934733 4 0.7024 0.2521 0.128 0.000 0.360 0.512
#> SRR934734 1 0.0188 0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934735 1 0.4981 0.2284 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR934736 1 0.0188 0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934737 2 0.3577 0.7403 0.000 0.832 0.156 0.012
#> SRR934738 4 0.6104 0.5481 0.232 0.000 0.104 0.664
#> SRR934740 1 0.0188 0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.5000 0.0711 0.000 0.504 0.496 0.000
#> SRR934742 1 0.5387 0.6813 0.696 0.000 0.048 0.256
#> SRR934743 1 0.4072 0.6721 0.828 0.000 0.120 0.052
#> SRR934744 4 0.3400 0.3309 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR934745 1 0.6019 0.5716 0.688 0.000 0.176 0.136
#> SRR934746 2 0.3658 0.7460 0.000 0.836 0.144 0.020
#> SRR934747 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.4261 0.4897 0.068 0.000 0.112 0.820
#> SRR934750 2 0.4164 0.5631 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR934749 4 0.4799 0.5757 0.224 0.000 0.032 0.744
#> SRR934751 1 0.4072 0.7118 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR934752 4 0.6104 0.5475 0.232 0.000 0.104 0.664
#> SRR934753 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.5662 0.5621 0.236 0.000 0.072 0.692
#> SRR934755 4 0.5311 0.0894 0.008 0.012 0.328 0.652
#> SRR934756 4 0.5428 0.3499 0.380 0.000 0.020 0.600
#> SRR934757 4 0.6377 0.5664 0.196 0.008 0.124 0.672
#> SRR934758 1 0.3975 0.7229 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR934759 1 0.0188 0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934760 2 0.0779 0.8034 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR934761 4 0.7912 -0.3662 0.000 0.308 0.336 0.356
#> SRR934762 4 0.6104 0.5481 0.232 0.000 0.104 0.664
#> SRR934763 4 0.4661 0.5677 0.256 0.000 0.016 0.728
#> SRR934764 4 0.5662 0.5621 0.236 0.000 0.072 0.692
#> SRR934765 1 0.3873 0.7367 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR934766 4 0.4382 0.5256 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR934767 1 0.0188 0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934768 1 0.4981 0.2284 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR934769 3 0.7149 0.6671 0.000 0.184 0.552 0.264
#> SRR934770 1 0.4008 0.7188 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR934772 3 0.5279 0.5143 0.000 0.252 0.704 0.044
#> SRR934771 4 0.4799 0.5757 0.224 0.000 0.032 0.744
#> SRR934773 1 0.0188 0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934774 4 0.7502 -0.2515 0.060 0.052 0.404 0.484
#> SRR934775 4 0.5364 0.4818 0.320 0.000 0.028 0.652
#> SRR934776 4 0.6657 0.5471 0.208 0.004 0.152 0.636
#> SRR934777 4 0.4560 0.5261 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934778 3 0.6977 0.6018 0.040 0.088 0.640 0.232
#> SRR934779 1 0.2469 0.7518 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934780 3 0.7634 0.6023 0.024 0.128 0.520 0.328
#> SRR934781 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.4164 0.5631 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR934783 4 0.4661 0.5677 0.256 0.000 0.016 0.728
#> SRR934784 2 0.0707 0.8043 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.4008 0.7188 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR934787 1 0.3726 0.7370 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934788 4 0.4406 0.5204 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR934789 4 0.4814 0.5040 0.316 0.000 0.008 0.676
#> SRR934790 4 0.5033 0.1113 0.008 0.004 0.324 0.664
#> SRR934791 4 0.4372 0.5537 0.268 0.000 0.004 0.728
#> SRR934792 2 0.5836 0.5039 0.000 0.640 0.304 0.056
#> SRR934793 1 0.0188 0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.5968 0.5531 0.236 0.000 0.092 0.672
#> SRR934796 1 0.4008 0.7188 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR934797 1 0.0188 0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934798 1 0.2469 0.7518 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934799 4 0.4560 0.5261 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934800 2 0.3324 0.7538 0.000 0.852 0.136 0.012
#> SRR934801 2 0.3037 0.7682 0.000 0.880 0.100 0.020
#> SRR934802 2 0.3529 0.7410 0.000 0.836 0.152 0.012
#> SRR934803 1 0.6112 0.6423 0.656 0.000 0.096 0.248
#> SRR934804 2 0.8330 -0.1513 0.032 0.412 0.372 0.184
#> SRR934805 4 0.4661 0.5677 0.256 0.000 0.016 0.728
#> SRR934806 4 0.5236 0.1473 0.432 0.000 0.008 0.560
#> SRR934807 3 0.7151 0.6570 0.016 0.172 0.612 0.200
#> SRR934809 4 0.4776 0.5779 0.244 0.000 0.024 0.732
#> SRR934810 4 0.6779 0.5548 0.248 0.004 0.136 0.612
#> SRR934811 3 0.7151 0.6570 0.016 0.172 0.612 0.200
#> SRR934808 4 0.5820 0.5763 0.240 0.000 0.080 0.680
#> SRR934812 1 0.2469 0.7518 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934813 4 0.7874 -0.3316 0.000 0.284 0.336 0.380
#> SRR934814 4 0.6080 0.5473 0.236 0.000 0.100 0.664
#> SRR934815 3 0.5279 0.5143 0.000 0.252 0.704 0.044
#> SRR934816 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.6637 0.4656 0.000 0.616 0.240 0.144
#> SRR934818 3 0.7847 0.5465 0.036 0.120 0.500 0.344
#> SRR934819 1 0.5821 0.4775 0.592 0.000 0.040 0.368
#> SRR934820 4 0.6834 0.5221 0.240 0.000 0.164 0.596
#> SRR934821 4 0.7455 -0.3623 0.020 0.104 0.400 0.476
#> SRR934822 1 0.4981 0.2284 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR934823 4 0.4706 0.5749 0.224 0.000 0.028 0.748
#> SRR934825 2 0.5742 0.5207 0.000 0.648 0.300 0.052
#> SRR934826 4 0.5291 0.4731 0.324 0.000 0.024 0.652
#> SRR934827 1 0.6220 0.6336 0.648 0.000 0.104 0.248
#> SRR934828 3 0.5535 0.5213 0.008 0.244 0.704 0.044
#> SRR934829 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 3 0.6752 0.6481 0.024 0.128 0.664 0.184
#> SRR934831 1 0.0188 0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934832 3 0.6752 0.6481 0.024 0.128 0.664 0.184
#> SRR934833 3 0.8124 0.3364 0.084 0.076 0.472 0.368
#> SRR934834 1 0.4842 0.7315 0.760 0.000 0.048 0.192
#> SRR934835 2 0.7748 0.0798 0.000 0.440 0.280 0.280
#> SRR934836 1 0.3726 0.7380 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934837 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.4372 0.5537 0.268 0.000 0.004 0.728
#> SRR934839 2 0.3813 0.7424 0.000 0.828 0.148 0.024
#> SRR934840 2 0.3813 0.7424 0.000 0.828 0.148 0.024
#> SRR934841 1 0.2469 0.7518 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934842 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.5839 0.5126 0.604 0.000 0.044 0.352
#> SRR934844 4 0.4382 0.5256 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR934845 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.3813 0.7424 0.000 0.828 0.148 0.024
#> SRR934847 4 0.4661 0.5677 0.256 0.000 0.016 0.728
#> SRR934848 4 0.4372 0.5537 0.268 0.000 0.004 0.728
#> SRR934849 1 0.3975 0.7229 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR934850 1 0.3975 0.7229 0.760 0.000 0.000 0.240
#> SRR934851 3 0.6979 0.4691 0.012 0.080 0.500 0.408
#> SRR934853 4 0.5421 0.5778 0.200 0.000 0.076 0.724
#> SRR934852 4 0.8074 -0.3097 0.008 0.252 0.340 0.400
#> SRR934854 3 0.7837 0.1765 0.084 0.052 0.448 0.416
#> SRR934856 4 0.4382 0.5256 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR934858 1 0.4072 0.7118 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR934859 2 0.1584 0.7972 0.000 0.952 0.036 0.012
#> SRR934860 2 0.3790 0.7355 0.000 0.820 0.164 0.016
#> SRR934861 2 0.5798 0.6041 0.000 0.696 0.208 0.096
#> SRR934862 2 0.1389 0.7917 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934863 4 0.5478 0.5760 0.248 0.000 0.056 0.696
#> SRR934864 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.6779 0.5548 0.248 0.004 0.136 0.612
#> SRR934866 2 0.0336 0.8041 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934867 2 0.7777 0.0113 0.000 0.424 0.316 0.260
#> SRR934868 2 0.6390 0.5166 0.000 0.644 0.224 0.132
#> SRR934869 4 0.4261 0.4897 0.068 0.000 0.112 0.820
#> SRR934870 4 0.4814 0.5040 0.316 0.000 0.008 0.676
#> SRR934871 3 0.6068 0.1251 0.000 0.448 0.508 0.044
#> SRR934872 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873 4 0.7874 -0.3735 0.000 0.280 0.348 0.372
#> SRR934874 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.4372 0.5537 0.268 0.000 0.004 0.728
#> SRR934877 4 0.5320 0.2139 0.416 0.000 0.012 0.572
#> SRR934878 3 0.7486 0.5230 0.000 0.188 0.464 0.348
#> SRR934879 4 0.3400 0.3309 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR934880 4 0.5421 0.5778 0.200 0.000 0.076 0.724
#> SRR934881 4 0.7874 -0.3316 0.000 0.284 0.336 0.380
#> SRR934882 2 0.7648 -0.0384 0.000 0.436 0.348 0.216
#> SRR934883 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 3 0.4857 0.4610 0.000 0.284 0.700 0.016
#> SRR934885 3 0.4933 0.4444 0.000 0.296 0.688 0.016
#> SRR934886 3 0.7772 0.4318 0.000 0.240 0.392 0.368
#> SRR934887 3 0.7429 0.5168 0.000 0.176 0.464 0.360
#> SRR934888 2 0.3554 0.7486 0.000 0.844 0.136 0.020
#> SRR934889 3 0.4857 0.4610 0.000 0.284 0.700 0.016
#> SRR934890 4 0.3991 0.4577 0.048 0.000 0.120 0.832
#> SRR934891 4 0.6064 0.5738 0.220 0.000 0.108 0.672
#> SRR934892 3 0.7538 0.5616 0.000 0.188 0.428 0.384
#> SRR934893 4 0.6784 -0.1152 0.004 0.096 0.344 0.556
#> SRR934894 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 3 0.7117 0.6515 0.004 0.216 0.584 0.196
#> SRR934896 1 0.0188 0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934897 2 0.0817 0.8023 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934898 4 0.6330 0.5544 0.200 0.000 0.144 0.656
#> SRR934899 3 0.8718 0.5427 0.052 0.212 0.428 0.308
#> SRR934900 4 0.5288 0.1744 0.000 0.056 0.224 0.720
#> SRR934901 2 0.4999 0.0836 0.000 0.508 0.492 0.000
#> SRR934902 4 0.7662 -0.2823 0.000 0.220 0.344 0.436
#> SRR934903 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.5236 0.1473 0.432 0.000 0.008 0.560
#> SRR934906 4 0.7006 0.0462 0.056 0.036 0.344 0.564
#> SRR934907 3 0.7117 0.6515 0.004 0.216 0.584 0.196
#> SRR934908 2 0.4977 0.1570 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR934909 2 0.5910 0.5888 0.000 0.688 0.208 0.104
#> SRR934910 2 0.5295 0.0610 0.000 0.504 0.488 0.008
#> SRR934911 2 0.1302 0.7966 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR934912 2 0.7578 0.1769 0.000 0.480 0.284 0.236
#> SRR934913 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.4431 0.5152 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR934915 3 0.7102 0.5400 0.008 0.104 0.512 0.376
#> SRR934916 1 0.5228 0.6464 0.776 0.012 0.116 0.096
#> SRR934917 2 0.0657 0.8040 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR934918 4 0.7662 -0.2823 0.000 0.220 0.344 0.436
#> SRR934919 3 0.5462 0.5020 0.004 0.264 0.692 0.040
#> SRR934920 1 0.0188 0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.7424 0.6514 0.012 0.144 0.536 0.308
#> SRR934924 3 0.7389 0.3520 0.272 0.212 0.516 0.000
#> SRR934923 1 0.3048 0.7512 0.876 0.000 0.016 0.108
#> SRR934925 3 0.7170 0.6666 0.000 0.184 0.548 0.268
#> SRR934926 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.7874 0.2730 0.000 0.336 0.380 0.284
#> SRR934928 4 0.4776 0.5779 0.244 0.000 0.024 0.732
#> SRR934929 3 0.7161 0.4021 0.032 0.060 0.492 0.416
#> SRR934930 4 0.7386 -0.4618 0.000 0.168 0.368 0.464
#> SRR934931 3 0.6989 0.6669 0.004 0.184 0.600 0.212
#> SRR934932 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.7909 -0.0614 0.000 0.364 0.312 0.324
#> SRR934936 3 0.7558 0.5679 0.000 0.192 0.428 0.380
#> SRR934933 1 0.6192 0.6378 0.652 0.000 0.104 0.244
#> SRR934937 4 0.3400 0.3309 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR934938 3 0.7684 0.4595 0.000 0.220 0.420 0.360
#> SRR934939 4 0.5727 0.5783 0.236 0.000 0.076 0.688
#> SRR934940 3 0.7229 0.6669 0.000 0.184 0.536 0.280
#> SRR934941 3 0.6468 0.5523 0.028 0.044 0.620 0.308
#> SRR934942 3 0.7064 0.6588 0.000 0.208 0.572 0.220
#> SRR934943 3 0.4857 0.4610 0.000 0.284 0.700 0.016
#> SRR934944 1 0.5861 0.0976 0.492 0.000 0.032 0.476
#> SRR934945 3 0.7389 0.3520 0.272 0.212 0.516 0.000
#> SRR934946 3 0.7320 0.4329 0.032 0.072 0.492 0.404
#> SRR934947 1 0.5000 0.1252 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR934948 4 0.3024 0.3648 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR934949 2 0.3708 0.7441 0.000 0.832 0.148 0.020
#> SRR934950 4 0.6779 0.5548 0.248 0.004 0.136 0.612
#> SRR934951 4 0.4594 0.5386 0.280 0.000 0.008 0.712
#> SRR934953 1 0.6112 0.6423 0.656 0.000 0.096 0.248
#> SRR934952 2 0.4164 0.5631 0.000 0.736 0.264 0.000
#> SRR934954 2 0.0376 0.8055 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR934955 1 0.2469 0.7518 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934956 3 0.7629 0.6052 0.008 0.172 0.488 0.332
#> SRR934957 4 0.6377 0.5664 0.196 0.008 0.124 0.672
#> SRR934958 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.4799 0.5757 0.224 0.000 0.032 0.744
#> SRR934960 4 0.5222 0.5372 0.280 0.000 0.032 0.688
#> SRR934961 2 0.3606 0.7468 0.000 0.840 0.140 0.020
#> SRR934962 2 0.1388 0.7990 0.000 0.960 0.028 0.012
#> SRR934963 3 0.8718 0.5427 0.052 0.212 0.428 0.308
#> SRR934964 3 0.6936 0.4589 0.012 0.076 0.496 0.416
#> SRR934965 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.8066 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967 4 0.5163 0.3524 0.032 0.028 0.172 0.768
#> SRR934968 4 0.3400 0.3309 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR934969 4 0.4814 0.4988 0.316 0.000 0.008 0.676
#> SRR934970 1 0.4998 0.1679 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR934971 4 0.7874 -0.3735 0.000 0.280 0.348 0.372
#> SRR934972 4 0.5010 0.5380 0.276 0.000 0.024 0.700
#> SRR934973 4 0.4720 0.1836 0.000 0.016 0.264 0.720
#> SRR934974 4 0.3991 0.4577 0.048 0.000 0.120 0.832
#> SRR934975 3 0.6468 0.5523 0.028 0.044 0.620 0.308
#> SRR934976 2 0.4941 0.2185 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR934977 1 0.3726 0.7380 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934978 4 0.7535 -0.3998 0.008 0.148 0.376 0.468
#> SRR934979 2 0.3790 0.7355 0.000 0.820 0.164 0.016
#> SRR934980 1 0.0188 0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934981 3 0.7907 0.5925 0.008 0.216 0.444 0.332
#> SRR934982 1 0.5228 0.6464 0.776 0.012 0.116 0.096
#> SRR934983 4 0.5271 0.4808 0.320 0.000 0.024 0.656
#> SRR934984 2 0.4405 0.7188 0.000 0.800 0.152 0.048
#> SRR934985 4 0.6657 0.5471 0.208 0.004 0.152 0.636
#> SRR934986 1 0.4008 0.7188 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR934987 3 0.7064 0.6588 0.000 0.208 0.572 0.220
#> SRR934988 4 0.6057 0.2925 0.056 0.016 0.252 0.676
#> SRR934989 1 0.0188 0.7232 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934990 4 0.3400 0.3309 0.000 0.000 0.180 0.820
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.2646 0.7532 0.124 0.000 0.004 0.868 0.004
#> SRR934718 1 0.3906 0.7388 0.704 0.000 0.000 0.292 0.004
#> SRR934719 4 0.4875 0.2217 0.004 0.000 0.400 0.576 0.020
#> SRR934720 1 0.1267 0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934721 4 0.3173 0.7382 0.016 0.000 0.112 0.856 0.016
#> SRR934722 5 0.6702 0.5373 0.008 0.068 0.140 0.156 0.628
#> SRR934723 1 0.4746 0.7314 0.684 0.000 0.008 0.276 0.032
#> SRR934724 4 0.0981 0.8010 0.008 0.000 0.008 0.972 0.012
#> SRR934725 4 0.2908 0.7797 0.016 0.000 0.008 0.868 0.108
#> SRR934726 4 0.6097 0.2931 0.316 0.000 0.020 0.572 0.092
#> SRR934727 1 0.3884 0.7414 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR934728 4 0.1788 0.8027 0.056 0.000 0.004 0.932 0.008
#> SRR934729 5 0.4142 0.4143 0.004 0.252 0.016 0.000 0.728
#> SRR934730 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.2494 0.7944 0.008 0.000 0.032 0.904 0.056
#> SRR934732 2 0.1831 0.8009 0.000 0.920 0.076 0.000 0.004
#> SRR934733 4 0.4714 0.3117 0.016 0.000 0.004 0.608 0.372
#> SRR934734 1 0.1267 0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934735 4 0.4414 0.2333 0.376 0.000 0.004 0.616 0.004
#> SRR934736 1 0.1267 0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934737 2 0.4898 0.6622 0.000 0.684 0.068 0.000 0.248
#> SRR934738 4 0.2959 0.7804 0.016 0.000 0.008 0.864 0.112
#> SRR934740 1 0.1267 0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934739 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 5 0.4217 0.3781 0.004 0.280 0.012 0.000 0.704
#> SRR934742 1 0.5017 0.6887 0.652 0.000 0.008 0.300 0.040
#> SRR934743 1 0.4543 0.7236 0.780 0.000 0.020 0.088 0.112
#> SRR934744 3 0.4866 0.2930 0.004 0.000 0.580 0.396 0.020
#> SRR934745 1 0.6333 0.5876 0.616 0.000 0.032 0.188 0.164
#> SRR934746 2 0.5149 0.6593 0.000 0.680 0.104 0.000 0.216
#> SRR934747 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.4813 0.2899 0.004 0.000 0.376 0.600 0.020
#> SRR934750 2 0.4570 0.4612 0.004 0.648 0.016 0.000 0.332
#> SRR934749 4 0.3173 0.7382 0.016 0.000 0.112 0.856 0.016
#> SRR934751 1 0.3949 0.7305 0.696 0.000 0.000 0.300 0.004
#> SRR934752 4 0.2959 0.7769 0.016 0.000 0.008 0.864 0.112
#> SRR934753 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.2457 0.7933 0.016 0.000 0.008 0.900 0.076
#> SRR934755 3 0.3236 0.4717 0.000 0.000 0.828 0.152 0.020
#> SRR934756 4 0.3484 0.7182 0.152 0.000 0.004 0.820 0.024
#> SRR934757 4 0.3715 0.7392 0.004 0.000 0.064 0.824 0.108
#> SRR934758 1 0.3884 0.7414 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR934759 1 0.1267 0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934760 2 0.1282 0.8157 0.000 0.952 0.044 0.000 0.004
#> SRR934761 3 0.4956 0.4786 0.004 0.220 0.708 0.004 0.064
#> SRR934762 4 0.2959 0.7804 0.016 0.000 0.008 0.864 0.112
#> SRR934763 4 0.0981 0.8010 0.008 0.000 0.008 0.972 0.012
#> SRR934764 4 0.2457 0.7933 0.016 0.000 0.008 0.900 0.076
#> SRR934765 1 0.4290 0.7824 0.756 0.000 0.044 0.196 0.004
#> SRR934766 4 0.1843 0.8000 0.052 0.000 0.008 0.932 0.008
#> SRR934767 1 0.1267 0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934768 4 0.4414 0.2333 0.376 0.000 0.004 0.616 0.004
#> SRR934769 5 0.7553 0.4313 0.012 0.076 0.196 0.184 0.532
#> SRR934770 1 0.3906 0.7388 0.704 0.000 0.000 0.292 0.004
#> SRR934772 5 0.1471 0.5546 0.000 0.004 0.024 0.020 0.952
#> SRR934771 4 0.3173 0.7382 0.016 0.000 0.112 0.856 0.016
#> SRR934773 1 0.1267 0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934774 3 0.7554 0.0800 0.040 0.000 0.372 0.308 0.280
#> SRR934775 4 0.3262 0.7813 0.104 0.000 0.020 0.856 0.020
#> SRR934776 4 0.3484 0.7302 0.004 0.000 0.028 0.824 0.144
#> SRR934777 4 0.2158 0.7990 0.052 0.000 0.020 0.920 0.008
#> SRR934778 5 0.4288 0.5389 0.012 0.000 0.016 0.240 0.732
#> SRR934779 1 0.2536 0.8030 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR934780 5 0.7331 0.3521 0.008 0.028 0.232 0.256 0.476
#> SRR934781 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.4570 0.4612 0.004 0.648 0.016 0.000 0.332
#> SRR934783 4 0.0981 0.8010 0.008 0.000 0.008 0.972 0.012
#> SRR934784 2 0.1364 0.8192 0.000 0.952 0.012 0.000 0.036
#> SRR934785 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.3906 0.7388 0.704 0.000 0.000 0.292 0.004
#> SRR934787 1 0.3689 0.7656 0.740 0.000 0.000 0.256 0.004
#> SRR934788 4 0.1857 0.7960 0.060 0.000 0.008 0.928 0.004
#> SRR934789 4 0.1928 0.7974 0.072 0.000 0.004 0.920 0.004
#> SRR934790 3 0.3359 0.4701 0.000 0.000 0.816 0.164 0.020
#> SRR934791 4 0.1503 0.8023 0.020 0.000 0.008 0.952 0.020
#> SRR934792 2 0.6893 0.2573 0.004 0.452 0.256 0.004 0.284
#> SRR934793 1 0.1267 0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934794 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.2802 0.7841 0.016 0.000 0.008 0.876 0.100
#> SRR934796 1 0.3906 0.7388 0.704 0.000 0.000 0.292 0.004
#> SRR934797 1 0.1267 0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934798 1 0.2536 0.8030 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR934799 4 0.2032 0.7973 0.052 0.000 0.020 0.924 0.004
#> SRR934800 2 0.4787 0.6870 0.000 0.712 0.080 0.000 0.208
#> SRR934801 2 0.4038 0.7388 0.000 0.792 0.080 0.000 0.128
#> SRR934802 2 0.4905 0.6720 0.000 0.696 0.080 0.000 0.224
#> SRR934803 1 0.5956 0.6811 0.624 0.000 0.028 0.260 0.088
#> SRR934804 3 0.8192 0.1940 0.032 0.272 0.372 0.040 0.284
#> SRR934805 4 0.0981 0.8010 0.008 0.000 0.008 0.972 0.012
#> SRR934806 4 0.5478 0.3751 0.320 0.000 0.064 0.608 0.008
#> SRR934807 5 0.4511 0.5816 0.004 0.028 0.024 0.180 0.764
#> SRR934809 4 0.1836 0.7976 0.008 0.000 0.040 0.936 0.016
#> SRR934810 4 0.3589 0.7359 0.004 0.000 0.040 0.824 0.132
#> SRR934811 5 0.4511 0.5816 0.004 0.028 0.024 0.180 0.764
#> SRR934808 4 0.2521 0.7888 0.008 0.000 0.024 0.900 0.068
#> SRR934812 1 0.2536 0.8030 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR934813 3 0.4253 0.4945 0.000 0.204 0.756 0.008 0.032
#> SRR934814 4 0.2908 0.7797 0.016 0.000 0.008 0.868 0.108
#> SRR934815 5 0.1471 0.5546 0.000 0.004 0.024 0.020 0.952
#> SRR934816 2 0.0290 0.8275 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934817 2 0.6381 0.1922 0.000 0.448 0.384 0.000 0.168
#> SRR934818 5 0.7091 0.3804 0.008 0.024 0.168 0.312 0.488
#> SRR934819 1 0.5286 0.3802 0.516 0.000 0.008 0.444 0.032
#> SRR934820 4 0.3769 0.7239 0.012 0.000 0.016 0.796 0.176
#> SRR934821 3 0.7463 0.1753 0.004 0.032 0.428 0.264 0.272
#> SRR934822 4 0.4414 0.2333 0.376 0.000 0.004 0.616 0.004
#> SRR934823 4 0.2967 0.7468 0.016 0.000 0.104 0.868 0.012
#> SRR934825 2 0.6864 0.2776 0.004 0.460 0.248 0.004 0.284
#> SRR934826 4 0.2844 0.7779 0.092 0.000 0.004 0.876 0.028
#> SRR934827 1 0.6050 0.6722 0.616 0.000 0.028 0.260 0.096
#> SRR934828 5 0.1725 0.5556 0.004 0.004 0.024 0.024 0.944
#> SRR934829 2 0.0290 0.8275 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934830 5 0.3925 0.5696 0.012 0.004 0.016 0.176 0.792
#> SRR934831 1 0.1267 0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934832 5 0.3925 0.5696 0.012 0.004 0.016 0.176 0.792
#> SRR934833 5 0.4956 0.3312 0.008 0.000 0.016 0.428 0.548
#> SRR934834 1 0.4644 0.7604 0.716 0.000 0.008 0.236 0.040
#> SRR934835 3 0.4958 0.2869 0.000 0.348 0.616 0.004 0.032
#> SRR934836 1 0.3790 0.7703 0.744 0.000 0.004 0.248 0.004
#> SRR934837 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.1597 0.8031 0.024 0.000 0.008 0.948 0.020
#> SRR934839 2 0.5354 0.6434 0.000 0.664 0.128 0.000 0.208
#> SRR934840 2 0.5354 0.6434 0.000 0.664 0.128 0.000 0.208
#> SRR934841 1 0.2536 0.8030 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR934842 2 0.0162 0.8271 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934843 1 0.5336 0.4211 0.528 0.000 0.008 0.428 0.036
#> SRR934844 4 0.1843 0.8000 0.052 0.000 0.008 0.932 0.008
#> SRR934845 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.5341 0.6444 0.000 0.664 0.124 0.000 0.212
#> SRR934847 4 0.0981 0.8010 0.008 0.000 0.008 0.972 0.012
#> SRR934848 4 0.1503 0.8023 0.020 0.000 0.008 0.952 0.020
#> SRR934849 1 0.3884 0.7414 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR934850 1 0.3884 0.7414 0.708 0.000 0.000 0.288 0.004
#> SRR934851 5 0.7356 0.0804 0.008 0.024 0.344 0.204 0.420
#> SRR934853 4 0.3516 0.6750 0.004 0.000 0.164 0.812 0.020
#> SRR934852 3 0.3716 0.4919 0.004 0.176 0.800 0.008 0.012
#> SRR934854 5 0.5002 0.1586 0.008 0.000 0.016 0.484 0.492
#> SRR934856 4 0.1843 0.8000 0.052 0.000 0.008 0.932 0.008
#> SRR934858 1 0.3949 0.7305 0.696 0.000 0.000 0.300 0.004
#> SRR934859 2 0.2077 0.8057 0.000 0.920 0.040 0.000 0.040
#> SRR934860 2 0.5334 0.6334 0.000 0.652 0.104 0.000 0.244
#> SRR934861 2 0.6374 0.3976 0.000 0.512 0.280 0.000 0.208
#> SRR934862 2 0.2054 0.7918 0.004 0.916 0.008 0.000 0.072
#> SRR934863 4 0.1862 0.7961 0.004 0.000 0.016 0.932 0.048
#> SRR934864 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.3589 0.7359 0.004 0.000 0.040 0.824 0.132
#> SRR934866 2 0.0404 0.8240 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934867 3 0.5539 0.3363 0.000 0.324 0.596 0.004 0.076
#> SRR934868 2 0.6353 0.2876 0.000 0.480 0.348 0.000 0.172
#> SRR934869 4 0.4824 0.2791 0.004 0.000 0.380 0.596 0.020
#> SRR934870 4 0.1928 0.7974 0.072 0.000 0.004 0.920 0.004
#> SRR934871 5 0.5098 0.4368 0.004 0.248 0.020 0.036 0.692
#> SRR934872 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.5835 0.4840 0.000 0.188 0.668 0.032 0.112
#> SRR934874 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.1503 0.8023 0.020 0.000 0.008 0.952 0.020
#> SRR934877 4 0.3675 0.6393 0.216 0.000 0.004 0.772 0.008
#> SRR934878 3 0.6927 0.2729 0.004 0.072 0.528 0.080 0.316
#> SRR934879 3 0.4866 0.2930 0.004 0.000 0.580 0.396 0.020
#> SRR934880 4 0.3516 0.6750 0.004 0.000 0.164 0.812 0.020
#> SRR934881 3 0.4253 0.4945 0.000 0.204 0.756 0.008 0.032
#> SRR934882 3 0.7224 0.2886 0.004 0.276 0.448 0.020 0.252
#> SRR934883 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.2116 0.5457 0.000 0.028 0.040 0.008 0.924
#> SRR934885 5 0.2267 0.5430 0.000 0.048 0.028 0.008 0.916
#> SRR934886 3 0.7280 0.3913 0.004 0.140 0.560 0.100 0.196
#> SRR934887 3 0.7012 0.2733 0.004 0.068 0.520 0.092 0.316
#> SRR934888 2 0.4964 0.6751 0.000 0.700 0.096 0.000 0.204
#> SRR934889 5 0.2116 0.5457 0.000 0.028 0.040 0.008 0.924
#> SRR934890 4 0.4908 0.1714 0.004 0.000 0.416 0.560 0.020
#> SRR934891 4 0.3008 0.7737 0.004 0.000 0.036 0.868 0.092
#> SRR934892 3 0.7865 0.0501 0.004 0.080 0.400 0.180 0.336
#> SRR934893 3 0.3714 0.4976 0.004 0.044 0.836 0.104 0.012
#> SRR934894 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.6236 0.5664 0.008 0.060 0.100 0.164 0.668
#> SRR934896 1 0.1267 0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934897 2 0.1082 0.8217 0.000 0.964 0.008 0.000 0.028
#> SRR934898 4 0.3513 0.7377 0.004 0.000 0.036 0.828 0.132
#> SRR934899 3 0.8703 0.1109 0.052 0.116 0.392 0.132 0.308
#> SRR934900 3 0.5567 0.4460 0.004 0.028 0.628 0.304 0.036
#> SRR934901 5 0.4365 0.3500 0.004 0.308 0.012 0.000 0.676
#> SRR934902 3 0.4370 0.5105 0.000 0.148 0.784 0.032 0.036
#> SRR934903 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.5478 0.3751 0.320 0.000 0.064 0.608 0.008
#> SRR934906 4 0.6450 0.0853 0.008 0.000 0.156 0.508 0.328
#> SRR934907 5 0.6236 0.5664 0.008 0.060 0.100 0.164 0.668
#> SRR934908 5 0.4675 0.2673 0.004 0.360 0.016 0.000 0.620
#> SRR934909 2 0.6394 0.3784 0.000 0.504 0.292 0.000 0.204
#> SRR934910 5 0.4775 0.3353 0.008 0.332 0.020 0.000 0.640
#> SRR934911 2 0.1701 0.8083 0.000 0.936 0.016 0.000 0.048
#> SRR934912 3 0.5920 0.1891 0.000 0.356 0.540 0.004 0.100
#> SRR934913 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.1990 0.7932 0.068 0.000 0.008 0.920 0.004
#> SRR934915 5 0.6979 0.0617 0.004 0.020 0.380 0.160 0.436
#> SRR934916 1 0.5103 0.6855 0.724 0.000 0.012 0.136 0.128
#> SRR934917 2 0.1124 0.8188 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR934918 3 0.4370 0.5105 0.000 0.148 0.784 0.032 0.036
#> SRR934919 5 0.2192 0.5474 0.004 0.004 0.052 0.020 0.920
#> SRR934920 1 0.1267 0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934921 2 0.0162 0.8271 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934922 5 0.6985 0.4614 0.008 0.040 0.160 0.232 0.560
#> SRR934924 5 0.6347 0.3646 0.260 0.096 0.036 0.004 0.604
#> SRR934923 1 0.2909 0.8035 0.848 0.000 0.000 0.140 0.012
#> SRR934925 5 0.7579 0.4276 0.012 0.076 0.196 0.188 0.528
#> SRR934926 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.6709 0.3797 0.004 0.212 0.548 0.016 0.220
#> SRR934928 4 0.1836 0.7976 0.008 0.000 0.040 0.936 0.016
#> SRR934929 5 0.6301 0.3575 0.012 0.008 0.084 0.400 0.496
#> SRR934930 3 0.7683 0.2584 0.004 0.076 0.476 0.196 0.248
#> SRR934931 5 0.5405 0.5746 0.004 0.040 0.068 0.168 0.720
#> SRR934932 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.4015 0.4044 0.004 0.284 0.708 0.000 0.004
#> SRR934936 3 0.7872 0.0276 0.004 0.080 0.392 0.180 0.344
#> SRR934933 1 0.6029 0.6774 0.620 0.000 0.028 0.256 0.096
#> SRR934937 3 0.4866 0.2930 0.004 0.000 0.580 0.396 0.020
#> SRR934938 3 0.7059 0.3802 0.004 0.108 0.564 0.084 0.240
#> SRR934939 4 0.2451 0.7886 0.004 0.000 0.036 0.904 0.056
#> SRR934940 5 0.7525 0.4103 0.008 0.072 0.212 0.188 0.520
#> SRR934941 5 0.5727 0.4766 0.012 0.000 0.096 0.264 0.628
#> SRR934942 5 0.7078 0.4973 0.012 0.068 0.164 0.164 0.592
#> SRR934943 5 0.2116 0.5457 0.000 0.028 0.040 0.008 0.924
#> SRR934944 4 0.4924 0.4075 0.320 0.000 0.020 0.644 0.016
#> SRR934945 5 0.6347 0.3646 0.260 0.096 0.036 0.004 0.604
#> SRR934946 5 0.6237 0.3753 0.012 0.008 0.080 0.388 0.512
#> SRR934947 4 0.4238 0.2675 0.368 0.000 0.004 0.628 0.000
#> SRR934948 3 0.5040 0.1314 0.004 0.000 0.516 0.456 0.024
#> SRR934949 2 0.5284 0.6486 0.000 0.668 0.116 0.000 0.216
#> SRR934950 4 0.3589 0.7359 0.004 0.000 0.040 0.824 0.132
#> SRR934951 4 0.2027 0.7944 0.040 0.000 0.024 0.928 0.008
#> SRR934953 1 0.5956 0.6811 0.624 0.000 0.028 0.260 0.088
#> SRR934952 2 0.4570 0.4612 0.004 0.648 0.016 0.000 0.332
#> SRR934954 2 0.0771 0.8234 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR934955 1 0.2536 0.8030 0.868 0.000 0.000 0.128 0.004
#> SRR934956 5 0.7863 0.1357 0.008 0.068 0.336 0.184 0.404
#> SRR934957 4 0.3715 0.7392 0.004 0.000 0.064 0.824 0.108
#> SRR934958 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.3173 0.7382 0.016 0.000 0.112 0.856 0.016
#> SRR934960 4 0.2387 0.8042 0.040 0.000 0.004 0.908 0.048
#> SRR934961 2 0.4974 0.6727 0.000 0.696 0.092 0.000 0.212
#> SRR934962 2 0.1764 0.8064 0.000 0.928 0.064 0.000 0.008
#> SRR934963 3 0.8703 0.1109 0.052 0.116 0.392 0.132 0.308
#> SRR934964 5 0.7295 0.0924 0.008 0.020 0.340 0.208 0.424
#> SRR934965 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.8284 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.4805 0.1842 0.004 0.004 0.552 0.432 0.008
#> SRR934968 3 0.4866 0.2930 0.004 0.000 0.580 0.396 0.020
#> SRR934969 4 0.2054 0.7953 0.072 0.000 0.004 0.916 0.008
#> SRR934970 4 0.4490 0.1047 0.404 0.000 0.004 0.588 0.004
#> SRR934971 3 0.5835 0.4840 0.000 0.188 0.668 0.032 0.112
#> SRR934972 4 0.4038 0.7284 0.088 0.000 0.088 0.812 0.012
#> SRR934973 3 0.4268 0.4578 0.000 0.000 0.708 0.268 0.024
#> SRR934974 4 0.4908 0.1714 0.004 0.000 0.416 0.560 0.020
#> SRR934975 5 0.5727 0.4766 0.012 0.000 0.096 0.264 0.628
#> SRR934976 5 0.4759 0.2059 0.004 0.388 0.016 0.000 0.592
#> SRR934977 1 0.3790 0.7703 0.744 0.000 0.004 0.248 0.004
#> SRR934978 3 0.7901 0.2274 0.008 0.068 0.436 0.240 0.248
#> SRR934979 2 0.5288 0.6380 0.000 0.656 0.100 0.000 0.244
#> SRR934980 1 0.1267 0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934981 3 0.8235 -0.0591 0.008 0.108 0.352 0.184 0.348
#> SRR934982 1 0.5103 0.6855 0.724 0.000 0.012 0.136 0.128
#> SRR934983 4 0.2787 0.7816 0.088 0.000 0.004 0.880 0.028
#> SRR934984 2 0.5619 0.6113 0.000 0.636 0.156 0.000 0.208
#> SRR934985 4 0.3484 0.7302 0.004 0.000 0.028 0.824 0.144
#> SRR934986 1 0.3906 0.7388 0.704 0.000 0.000 0.292 0.004
#> SRR934987 5 0.7078 0.4973 0.012 0.068 0.164 0.164 0.592
#> SRR934988 3 0.5664 0.2604 0.004 0.000 0.516 0.412 0.068
#> SRR934989 1 0.1267 0.7726 0.960 0.000 0.012 0.024 0.004
#> SRR934990 3 0.4866 0.2930 0.004 0.000 0.580 0.396 0.020
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.3107 0.6466 0.116 0.000 0.000 0.832 0.000 0.052
#> SRR934718 1 0.3812 0.7271 0.712 0.000 0.000 0.264 0.000 0.024
#> SRR934719 4 0.5995 -0.7396 0.000 0.000 0.236 0.408 0.000 0.356
#> SRR934720 1 0.1226 0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934721 4 0.3897 0.3667 0.008 0.000 0.016 0.712 0.000 0.264
#> SRR934722 5 0.5791 0.5125 0.000 0.036 0.092 0.132 0.680 0.060
#> SRR934723 1 0.4465 0.7157 0.692 0.000 0.000 0.252 0.036 0.020
#> SRR934724 4 0.0891 0.6974 0.000 0.000 0.000 0.968 0.024 0.008
#> SRR934725 4 0.2933 0.6764 0.008 0.000 0.000 0.856 0.096 0.040
#> SRR934726 4 0.5860 0.2877 0.316 0.000 0.008 0.544 0.116 0.016
#> SRR934727 1 0.3734 0.7297 0.716 0.000 0.000 0.264 0.000 0.020
#> SRR934728 4 0.1624 0.7048 0.044 0.000 0.000 0.936 0.008 0.012
#> SRR934729 5 0.5597 0.3335 0.000 0.252 0.000 0.000 0.544 0.204
#> SRR934730 2 0.0260 0.8263 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934731 4 0.2839 0.6912 0.004 0.000 0.008 0.872 0.068 0.048
#> SRR934732 2 0.2871 0.7603 0.000 0.852 0.116 0.000 0.008 0.024
#> SRR934733 4 0.4884 0.2892 0.004 0.000 0.000 0.592 0.340 0.064
#> SRR934734 1 0.1226 0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934735 4 0.4514 0.2066 0.372 0.000 0.000 0.588 0.000 0.040
#> SRR934736 1 0.1226 0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934737 2 0.6339 0.5296 0.000 0.580 0.116 0.000 0.172 0.132
#> SRR934738 4 0.3000 0.6777 0.008 0.000 0.000 0.852 0.096 0.044
#> SRR934740 1 0.1226 0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934739 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 5 0.5814 0.3042 0.000 0.280 0.004 0.000 0.516 0.200
#> SRR934742 1 0.4737 0.6722 0.656 0.000 0.000 0.280 0.044 0.020
#> SRR934743 1 0.4925 0.6830 0.736 0.000 0.004 0.076 0.088 0.096
#> SRR934744 3 0.6217 -0.8244 0.000 0.000 0.396 0.236 0.008 0.360
#> SRR934745 1 0.6493 0.5146 0.572 0.000 0.004 0.160 0.160 0.104
#> SRR934746 2 0.6599 0.4863 0.000 0.548 0.164 0.000 0.160 0.128
#> SRR934747 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.5933 -0.6702 0.000 0.000 0.220 0.432 0.000 0.348
#> SRR934750 2 0.5327 0.3808 0.000 0.588 0.000 0.000 0.248 0.164
#> SRR934749 4 0.3897 0.3667 0.008 0.000 0.016 0.712 0.000 0.264
#> SRR934751 1 0.3855 0.7209 0.704 0.000 0.000 0.272 0.000 0.024
#> SRR934752 4 0.3000 0.6737 0.008 0.000 0.000 0.852 0.096 0.044
#> SRR934753 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.2492 0.6928 0.008 0.000 0.000 0.888 0.068 0.036
#> SRR934755 3 0.4390 -0.1040 0.000 0.000 0.676 0.048 0.004 0.272
#> SRR934756 4 0.3438 0.6463 0.144 0.000 0.000 0.812 0.020 0.024
#> SRR934757 4 0.3661 0.6274 0.000 0.000 0.024 0.804 0.136 0.036
#> SRR934758 1 0.3734 0.7297 0.716 0.000 0.000 0.264 0.000 0.020
#> SRR934759 1 0.1226 0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934760 2 0.1850 0.8012 0.000 0.924 0.052 0.000 0.008 0.016
#> SRR934761 3 0.3423 0.4477 0.000 0.080 0.836 0.000 0.056 0.028
#> SRR934762 4 0.3000 0.6777 0.008 0.000 0.000 0.852 0.096 0.044
#> SRR934763 4 0.0993 0.6975 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR934764 4 0.2492 0.6928 0.008 0.000 0.000 0.888 0.068 0.036
#> SRR934765 1 0.4206 0.7682 0.764 0.000 0.028 0.152 0.000 0.056
#> SRR934766 4 0.1934 0.6881 0.040 0.000 0.000 0.916 0.000 0.044
#> SRR934767 1 0.1226 0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934768 4 0.4514 0.2066 0.372 0.000 0.000 0.588 0.000 0.040
#> SRR934769 5 0.6554 0.4325 0.000 0.028 0.168 0.152 0.588 0.064
#> SRR934770 1 0.3812 0.7271 0.712 0.000 0.000 0.264 0.000 0.024
#> SRR934772 5 0.3892 0.4673 0.000 0.000 0.008 0.024 0.732 0.236
#> SRR934771 4 0.3897 0.3667 0.008 0.000 0.016 0.712 0.000 0.264
#> SRR934773 1 0.1226 0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934774 3 0.7679 -0.0778 0.032 0.000 0.308 0.284 0.308 0.068
#> SRR934775 4 0.3626 0.6848 0.096 0.000 0.008 0.828 0.032 0.036
#> SRR934776 4 0.3424 0.6257 0.000 0.000 0.004 0.796 0.168 0.032
#> SRR934777 4 0.2250 0.6791 0.040 0.000 0.000 0.896 0.000 0.064
#> SRR934778 5 0.4468 0.5239 0.000 0.000 0.000 0.212 0.696 0.092
#> SRR934779 1 0.2218 0.7898 0.884 0.000 0.000 0.104 0.000 0.012
#> SRR934780 5 0.6569 0.3975 0.000 0.004 0.160 0.220 0.540 0.076
#> SRR934781 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.5327 0.3808 0.000 0.588 0.000 0.000 0.248 0.164
#> SRR934783 4 0.0993 0.6975 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR934784 2 0.2424 0.7919 0.000 0.900 0.036 0.000 0.036 0.028
#> SRR934785 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.3812 0.7271 0.712 0.000 0.000 0.264 0.000 0.024
#> SRR934787 1 0.3593 0.7530 0.748 0.000 0.000 0.228 0.000 0.024
#> SRR934788 4 0.2001 0.6876 0.048 0.000 0.000 0.912 0.000 0.040
#> SRR934789 4 0.1976 0.7028 0.060 0.000 0.000 0.916 0.016 0.008
#> SRR934790 3 0.4617 -0.1557 0.000 0.000 0.652 0.060 0.004 0.284
#> SRR934791 4 0.1793 0.6945 0.012 0.000 0.000 0.928 0.012 0.048
#> SRR934792 3 0.7430 0.1455 0.000 0.292 0.356 0.000 0.212 0.140
#> SRR934793 1 0.1226 0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934794 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.2900 0.6817 0.008 0.000 0.000 0.860 0.088 0.044
#> SRR934796 1 0.3812 0.7271 0.712 0.000 0.000 0.264 0.000 0.024
#> SRR934797 1 0.1226 0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934798 1 0.2218 0.7898 0.884 0.000 0.000 0.104 0.000 0.012
#> SRR934799 4 0.2365 0.6751 0.040 0.000 0.000 0.888 0.000 0.072
#> SRR934800 2 0.6166 0.5534 0.000 0.604 0.136 0.000 0.144 0.116
#> SRR934801 2 0.5522 0.6193 0.000 0.672 0.128 0.000 0.112 0.088
#> SRR934802 2 0.6334 0.5313 0.000 0.584 0.136 0.000 0.152 0.128
#> SRR934803 1 0.5879 0.6612 0.620 0.000 0.016 0.228 0.096 0.040
#> SRR934804 3 0.8013 0.2742 0.012 0.152 0.440 0.040 0.216 0.140
#> SRR934805 4 0.0993 0.6975 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR934806 4 0.6100 0.2162 0.316 0.000 0.016 0.484 0.000 0.184
#> SRR934807 5 0.4500 0.5489 0.000 0.016 0.004 0.160 0.740 0.080
#> SRR934809 4 0.1933 0.6929 0.000 0.000 0.012 0.924 0.032 0.032
#> SRR934810 4 0.3704 0.6227 0.000 0.000 0.012 0.796 0.140 0.052
#> SRR934811 5 0.4500 0.5489 0.000 0.016 0.004 0.160 0.740 0.080
#> SRR934808 4 0.2342 0.6826 0.000 0.000 0.004 0.888 0.088 0.020
#> SRR934812 1 0.2218 0.7898 0.884 0.000 0.000 0.104 0.000 0.012
#> SRR934813 3 0.3021 0.4343 0.000 0.076 0.860 0.000 0.044 0.020
#> SRR934814 4 0.2933 0.6764 0.008 0.000 0.000 0.856 0.096 0.040
#> SRR934815 5 0.3892 0.4673 0.000 0.000 0.008 0.024 0.732 0.236
#> SRR934816 2 0.0405 0.8257 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR934817 3 0.6878 0.2395 0.000 0.268 0.476 0.000 0.124 0.132
#> SRR934818 5 0.6151 0.4229 0.000 0.004 0.116 0.280 0.552 0.048
#> SRR934819 1 0.5103 0.3787 0.516 0.000 0.000 0.424 0.036 0.024
#> SRR934820 4 0.3707 0.6236 0.004 0.000 0.000 0.784 0.156 0.056
#> SRR934821 3 0.7546 0.0129 0.000 0.008 0.344 0.220 0.312 0.116
#> SRR934822 4 0.4514 0.2066 0.372 0.000 0.000 0.588 0.000 0.040
#> SRR934823 4 0.3828 0.3955 0.008 0.000 0.016 0.724 0.000 0.252
#> SRR934825 3 0.7438 0.1248 0.000 0.300 0.348 0.000 0.212 0.140
#> SRR934826 4 0.2842 0.6856 0.084 0.000 0.000 0.868 0.020 0.028
#> SRR934827 1 0.5960 0.6524 0.612 0.000 0.016 0.228 0.104 0.040
#> SRR934828 5 0.3991 0.4682 0.000 0.000 0.008 0.028 0.724 0.240
#> SRR934829 2 0.0405 0.8257 0.000 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR934830 5 0.4486 0.5351 0.000 0.004 0.000 0.152 0.720 0.124
#> SRR934831 1 0.1226 0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934832 5 0.4486 0.5351 0.000 0.004 0.000 0.152 0.720 0.124
#> SRR934833 5 0.5254 0.3239 0.000 0.000 0.008 0.396 0.520 0.076
#> SRR934834 1 0.4371 0.7421 0.720 0.000 0.000 0.216 0.044 0.020
#> SRR934835 3 0.4591 0.4480 0.000 0.188 0.724 0.000 0.040 0.048
#> SRR934836 1 0.3699 0.7596 0.752 0.000 0.000 0.212 0.000 0.036
#> SRR934837 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.1887 0.6927 0.016 0.000 0.000 0.924 0.012 0.048
#> SRR934839 2 0.6726 0.4546 0.000 0.528 0.188 0.000 0.152 0.132
#> SRR934840 2 0.6726 0.4546 0.000 0.528 0.188 0.000 0.152 0.132
#> SRR934841 1 0.2218 0.7898 0.884 0.000 0.000 0.104 0.000 0.012
#> SRR934842 2 0.0291 0.8249 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR934843 1 0.5142 0.4137 0.528 0.000 0.000 0.408 0.040 0.024
#> SRR934844 4 0.1934 0.6881 0.040 0.000 0.000 0.916 0.000 0.044
#> SRR934845 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.6776 0.4433 0.000 0.520 0.192 0.000 0.156 0.132
#> SRR934847 4 0.0993 0.6975 0.000 0.000 0.000 0.964 0.024 0.012
#> SRR934848 4 0.1858 0.6931 0.012 0.000 0.000 0.924 0.012 0.052
#> SRR934849 1 0.3734 0.7297 0.716 0.000 0.000 0.264 0.000 0.020
#> SRR934850 1 0.3734 0.7297 0.716 0.000 0.000 0.264 0.000 0.020
#> SRR934851 5 0.6924 0.1949 0.000 0.000 0.304 0.172 0.436 0.088
#> SRR934853 4 0.4513 0.3436 0.000 0.000 0.060 0.700 0.012 0.228
#> SRR934852 3 0.2714 0.3998 0.000 0.064 0.872 0.000 0.004 0.060
#> SRR934854 5 0.4927 0.1780 0.000 0.000 0.008 0.452 0.496 0.044
#> SRR934856 4 0.1934 0.6881 0.040 0.000 0.000 0.916 0.000 0.044
#> SRR934858 1 0.3855 0.7209 0.704 0.000 0.000 0.272 0.000 0.024
#> SRR934859 2 0.2911 0.7722 0.000 0.868 0.072 0.000 0.036 0.024
#> SRR934860 2 0.6744 0.4619 0.000 0.528 0.160 0.000 0.172 0.140
#> SRR934861 3 0.7208 0.0274 0.000 0.332 0.380 0.000 0.152 0.136
#> SRR934862 2 0.2128 0.7810 0.000 0.908 0.004 0.000 0.056 0.032
#> SRR934863 4 0.1807 0.6909 0.000 0.000 0.000 0.920 0.060 0.020
#> SRR934864 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.3704 0.6227 0.000 0.000 0.012 0.796 0.140 0.052
#> SRR934866 2 0.0725 0.8216 0.000 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012
#> SRR934867 3 0.4766 0.4610 0.000 0.160 0.724 0.000 0.072 0.044
#> SRR934868 3 0.7008 0.1355 0.000 0.308 0.432 0.000 0.128 0.132
#> SRR934869 4 0.5937 -0.6813 0.000 0.000 0.220 0.428 0.000 0.352
#> SRR934870 4 0.1976 0.7028 0.060 0.000 0.000 0.916 0.016 0.008
#> SRR934871 5 0.6164 0.3738 0.000 0.240 0.008 0.024 0.552 0.176
#> SRR934872 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.4904 0.4449 0.000 0.056 0.744 0.012 0.100 0.088
#> SRR934874 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.1793 0.6945 0.012 0.000 0.000 0.928 0.012 0.048
#> SRR934877 4 0.3890 0.5824 0.204 0.000 0.000 0.752 0.008 0.036
#> SRR934878 3 0.6472 0.1835 0.000 0.016 0.496 0.068 0.344 0.076
#> SRR934879 3 0.6217 -0.8244 0.000 0.000 0.396 0.236 0.008 0.360
#> SRR934880 4 0.4538 0.3394 0.000 0.000 0.060 0.696 0.012 0.232
#> SRR934881 3 0.3021 0.4343 0.000 0.076 0.860 0.000 0.044 0.020
#> SRR934882 3 0.6796 0.3435 0.000 0.140 0.520 0.004 0.224 0.112
#> SRR934883 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.4428 0.4523 0.000 0.020 0.024 0.008 0.708 0.240
#> SRR934885 5 0.4574 0.4500 0.000 0.044 0.012 0.008 0.700 0.236
#> SRR934886 3 0.6457 0.3515 0.000 0.048 0.604 0.080 0.200 0.068
#> SRR934887 3 0.6599 0.1803 0.000 0.016 0.484 0.076 0.344 0.080
#> SRR934888 2 0.6461 0.5118 0.000 0.568 0.152 0.000 0.148 0.132
#> SRR934889 5 0.4428 0.4523 0.000 0.020 0.024 0.008 0.708 0.240
#> SRR934890 4 0.6154 -0.7759 0.000 0.000 0.248 0.392 0.004 0.356
#> SRR934891 4 0.3075 0.6637 0.000 0.000 0.008 0.844 0.108 0.040
#> SRR934892 5 0.7625 0.0607 0.000 0.032 0.336 0.152 0.376 0.104
#> SRR934893 3 0.3585 0.1746 0.000 0.000 0.792 0.048 0.004 0.156
#> SRR934894 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.5467 0.5369 0.000 0.036 0.060 0.140 0.704 0.060
#> SRR934896 1 0.1226 0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934897 2 0.1542 0.8149 0.000 0.944 0.016 0.000 0.016 0.024
#> SRR934898 4 0.3313 0.6296 0.000 0.000 0.008 0.808 0.160 0.024
#> SRR934899 3 0.7863 0.0765 0.024 0.032 0.436 0.120 0.284 0.104
#> SRR934900 3 0.6442 -0.5518 0.000 0.008 0.496 0.164 0.032 0.300
#> SRR934901 5 0.5931 0.3186 0.000 0.280 0.004 0.000 0.492 0.224
#> SRR934902 3 0.3569 0.3895 0.000 0.056 0.836 0.004 0.044 0.060
#> SRR934903 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.6100 0.2162 0.316 0.000 0.016 0.484 0.000 0.184
#> SRR934906 4 0.6767 -0.0421 0.000 0.000 0.108 0.444 0.336 0.112
#> SRR934907 5 0.5467 0.5369 0.000 0.036 0.060 0.140 0.704 0.060
#> SRR934908 5 0.5935 0.2868 0.004 0.300 0.000 0.000 0.484 0.212
#> SRR934909 3 0.7179 0.0559 0.000 0.324 0.392 0.000 0.148 0.136
#> SRR934910 5 0.5879 0.3335 0.004 0.260 0.000 0.000 0.508 0.228
#> SRR934911 2 0.2115 0.7997 0.000 0.916 0.020 0.000 0.032 0.032
#> SRR934912 3 0.5599 0.4261 0.000 0.200 0.644 0.000 0.076 0.080
#> SRR934913 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.2263 0.6860 0.056 0.000 0.000 0.896 0.000 0.048
#> SRR934915 5 0.6641 0.1765 0.000 0.000 0.344 0.132 0.448 0.076
#> SRR934916 1 0.5251 0.6522 0.696 0.000 0.000 0.124 0.108 0.072
#> SRR934917 2 0.1785 0.8034 0.000 0.928 0.048 0.000 0.008 0.016
#> SRR934918 3 0.3569 0.3895 0.000 0.056 0.836 0.004 0.044 0.060
#> SRR934919 5 0.4316 0.4481 0.000 0.000 0.032 0.016 0.700 0.252
#> SRR934920 1 0.1226 0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934921 2 0.0291 0.8249 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR934922 5 0.5974 0.4782 0.000 0.008 0.120 0.188 0.624 0.060
#> SRR934924 5 0.6459 0.3057 0.204 0.024 0.004 0.000 0.456 0.312
#> SRR934923 1 0.2656 0.7893 0.860 0.000 0.000 0.120 0.012 0.008
#> SRR934925 5 0.6584 0.4301 0.000 0.028 0.168 0.156 0.584 0.064
#> SRR934926 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.6144 0.3779 0.000 0.092 0.588 0.004 0.232 0.084
#> SRR934928 4 0.1933 0.6929 0.000 0.000 0.012 0.924 0.032 0.032
#> SRR934929 5 0.5879 0.3866 0.000 0.000 0.068 0.360 0.516 0.056
#> SRR934930 3 0.7695 0.1282 0.000 0.032 0.408 0.164 0.280 0.116
#> SRR934931 5 0.4758 0.5476 0.000 0.020 0.032 0.148 0.744 0.056
#> SRR934932 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.3967 0.4383 0.000 0.132 0.776 0.000 0.008 0.084
#> SRR934936 5 0.7618 0.0772 0.000 0.032 0.328 0.152 0.384 0.104
#> SRR934933 1 0.5938 0.6576 0.616 0.000 0.016 0.224 0.104 0.040
#> SRR934937 3 0.6217 -0.8244 0.000 0.000 0.396 0.236 0.008 0.360
#> SRR934938 3 0.6228 0.3316 0.000 0.020 0.592 0.068 0.240 0.080
#> SRR934939 4 0.2649 0.6829 0.000 0.000 0.012 0.880 0.072 0.036
#> SRR934940 5 0.6772 0.4137 0.000 0.032 0.172 0.156 0.568 0.072
#> SRR934941 5 0.5682 0.4901 0.000 0.000 0.060 0.232 0.620 0.088
#> SRR934942 5 0.6028 0.4847 0.000 0.032 0.120 0.140 0.652 0.056
#> SRR934943 5 0.4428 0.4523 0.000 0.020 0.024 0.008 0.708 0.240
#> SRR934944 4 0.5198 0.4030 0.312 0.000 0.008 0.612 0.028 0.040
#> SRR934945 5 0.6459 0.3057 0.204 0.024 0.004 0.000 0.456 0.312
#> SRR934946 5 0.5765 0.4040 0.000 0.000 0.064 0.352 0.532 0.052
#> SRR934947 4 0.4323 0.2167 0.376 0.000 0.000 0.600 0.004 0.020
#> SRR934948 6 0.6235 0.0000 0.000 0.000 0.344 0.296 0.004 0.356
#> SRR934949 2 0.6739 0.4583 0.000 0.528 0.176 0.000 0.160 0.136
#> SRR934950 4 0.3704 0.6227 0.000 0.000 0.012 0.796 0.140 0.052
#> SRR934951 4 0.2740 0.6374 0.028 0.000 0.000 0.852 0.000 0.120
#> SRR934953 1 0.5879 0.6612 0.620 0.000 0.016 0.228 0.096 0.040
#> SRR934952 2 0.5327 0.3808 0.000 0.588 0.000 0.000 0.248 0.164
#> SRR934954 2 0.1577 0.8075 0.000 0.940 0.036 0.000 0.008 0.016
#> SRR934955 1 0.2218 0.7898 0.884 0.000 0.000 0.104 0.000 0.012
#> SRR934956 5 0.7203 0.2138 0.000 0.024 0.292 0.160 0.452 0.072
#> SRR934957 4 0.3661 0.6274 0.000 0.000 0.024 0.804 0.136 0.036
#> SRR934958 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.3897 0.3667 0.008 0.000 0.016 0.712 0.000 0.264
#> SRR934960 4 0.2274 0.7037 0.028 0.000 0.000 0.908 0.036 0.028
#> SRR934961 2 0.6427 0.5185 0.000 0.572 0.144 0.000 0.156 0.128
#> SRR934962 2 0.2880 0.7634 0.000 0.856 0.108 0.000 0.012 0.024
#> SRR934963 3 0.7863 0.0765 0.024 0.032 0.436 0.120 0.284 0.104
#> SRR934964 5 0.6927 0.2082 0.000 0.000 0.296 0.176 0.440 0.088
#> SRR934965 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.8274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.6213 -0.8237 0.000 0.000 0.388 0.296 0.004 0.312
#> SRR934968 3 0.6217 -0.8244 0.000 0.000 0.396 0.236 0.008 0.360
#> SRR934969 4 0.1882 0.7015 0.060 0.000 0.000 0.920 0.008 0.012
#> SRR934970 4 0.4403 0.0465 0.408 0.000 0.000 0.564 0.000 0.028
#> SRR934971 3 0.4904 0.4449 0.000 0.056 0.744 0.012 0.100 0.088
#> SRR934972 4 0.4769 0.3723 0.080 0.000 0.012 0.680 0.000 0.228
#> SRR934973 3 0.5688 -0.4850 0.000 0.000 0.544 0.156 0.008 0.292
#> SRR934974 4 0.6154 -0.7759 0.000 0.000 0.248 0.392 0.004 0.356
#> SRR934975 5 0.5682 0.4901 0.000 0.000 0.060 0.232 0.620 0.088
#> SRR934976 5 0.6008 0.2505 0.004 0.316 0.000 0.000 0.460 0.220
#> SRR934977 1 0.3699 0.7596 0.752 0.000 0.000 0.212 0.000 0.036
#> SRR934978 3 0.7185 0.0977 0.000 0.012 0.440 0.204 0.268 0.076
#> SRR934979 2 0.6717 0.4691 0.000 0.532 0.156 0.000 0.172 0.140
#> SRR934980 1 0.1226 0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934981 3 0.7339 -0.1268 0.000 0.032 0.372 0.160 0.372 0.064
#> SRR934982 1 0.5200 0.6547 0.700 0.000 0.000 0.124 0.108 0.068
#> SRR934983 4 0.2790 0.6878 0.080 0.000 0.000 0.872 0.020 0.028
#> SRR934984 2 0.6890 0.3956 0.000 0.496 0.220 0.000 0.152 0.132
#> SRR934985 4 0.3424 0.6257 0.000 0.000 0.004 0.796 0.168 0.032
#> SRR934986 1 0.3812 0.7271 0.712 0.000 0.000 0.264 0.000 0.024
#> SRR934987 5 0.6028 0.4847 0.000 0.032 0.120 0.140 0.652 0.056
#> SRR934988 3 0.6855 -0.5372 0.000 0.000 0.388 0.336 0.056 0.220
#> SRR934989 1 0.1226 0.7534 0.952 0.000 0.000 0.004 0.004 0.040
#> SRR934990 3 0.6217 -0.8244 0.000 0.000 0.396 0.236 0.008 0.360
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.969 0.958 0.981 0.4906 0.505 0.505
#> 3 3 0.824 0.895 0.942 0.3391 0.685 0.454
#> 4 4 0.724 0.785 0.849 0.1298 0.822 0.537
#> 5 5 0.836 0.850 0.905 0.0672 0.899 0.639
#> 6 6 0.756 0.706 0.815 0.0409 0.960 0.809
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934722 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934724 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934744 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934745 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934755 1 0.6148 0.814 0.848 0.152
#> SRR934756 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934766 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.8016 0.703 0.244 0.756
#> SRR934771 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934775 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934780 1 0.1414 0.975 0.980 0.020
#> SRR934781 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934790 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934791 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934807 2 0.7883 0.716 0.236 0.764
#> SRR934809 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934810 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934811 2 0.4161 0.896 0.084 0.916
#> SRR934808 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934815 2 0.4298 0.892 0.088 0.912
#> SRR934816 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934818 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934821 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934828 2 0.9686 0.401 0.396 0.604
#> SRR934829 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934830 2 0.9686 0.401 0.396 0.604
#> SRR934831 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934832 2 0.4431 0.889 0.092 0.908
#> SRR934833 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934851 1 0.5294 0.857 0.880 0.120
#> SRR934853 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934854 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934856 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934869 1 0.0672 0.987 0.992 0.008
#> SRR934870 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934871 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.8955 0.586 0.312 0.688
#> SRR934874 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934878 2 0.2043 0.939 0.032 0.968
#> SRR934879 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934880 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934886 2 0.3431 0.914 0.064 0.936
#> SRR934887 2 0.8813 0.609 0.300 0.700
#> SRR934888 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934890 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934891 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934892 2 0.7219 0.764 0.200 0.800
#> SRR934893 2 0.3879 0.904 0.076 0.924
#> SRR934894 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934898 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934900 1 0.3274 0.932 0.940 0.060
#> SRR934901 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934902 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934906 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934907 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934915 1 0.7602 0.703 0.780 0.220
#> SRR934916 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934919 2 0.9881 0.291 0.436 0.564
#> SRR934920 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.7815 0.722 0.232 0.768
#> SRR934924 2 1.0000 0.091 0.496 0.504
#> SRR934923 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934928 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934930 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934931 2 0.0938 0.954 0.012 0.988
#> SRR934932 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934936 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934937 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934938 2 0.5519 0.853 0.128 0.872
#> SRR934939 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934940 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934941 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934942 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934945 2 0.7745 0.727 0.228 0.772
#> SRR934946 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934948 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934950 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.3431 0.914 0.064 0.936
#> SRR934957 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934963 1 0.1414 0.975 0.980 0.020
#> SRR934964 1 0.5946 0.824 0.856 0.144
#> SRR934965 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934968 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934969 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934972 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934973 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934974 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934975 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.5178 0.865 0.116 0.884
#> SRR934979 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.6048 0.831 0.148 0.852
#> SRR934982 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.963 0.000 1.000
#> SRR934988 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934990 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 1 0.5254 0.7667 0.736 0.000 0.264
#> SRR934718 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721 1 0.5968 0.6313 0.636 0.000 0.364
#> SRR934722 3 0.3192 0.8515 0.000 0.112 0.888
#> SRR934723 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724 3 0.0237 0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934725 1 0.5529 0.7378 0.704 0.000 0.296
#> SRR934726 3 0.0237 0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934727 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728 1 0.5529 0.7378 0.704 0.000 0.296
#> SRR934729 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 3 0.0237 0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934732 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733 1 0.5327 0.7601 0.728 0.000 0.272
#> SRR934734 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738 1 0.5431 0.7495 0.716 0.000 0.284
#> SRR934740 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745 3 0.0892 0.9364 0.020 0.000 0.980
#> SRR934746 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749 1 0.5591 0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934751 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752 1 0.6168 0.5322 0.588 0.000 0.412
#> SRR934753 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.5591 0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934755 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761 3 0.5363 0.6259 0.000 0.276 0.724
#> SRR934762 1 0.5591 0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934763 3 0.0237 0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934764 1 0.5591 0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934765 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934766 1 0.5178 0.7724 0.744 0.000 0.256
#> SRR934767 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.1964 0.9066 0.000 0.056 0.944
#> SRR934770 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772 3 0.1289 0.9273 0.000 0.032 0.968
#> SRR934771 1 0.5591 0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934773 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775 1 0.5254 0.7667 0.736 0.000 0.264
#> SRR934776 3 0.0237 0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934777 1 0.5431 0.7495 0.716 0.000 0.284
#> SRR934778 3 0.0237 0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934779 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783 3 0.0237 0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934784 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0237 0.8719 0.996 0.000 0.004
#> SRR934789 1 0.5254 0.7667 0.736 0.000 0.264
#> SRR934790 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.5591 0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934792 3 0.5138 0.6661 0.000 0.252 0.748
#> SRR934793 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 1 0.5591 0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934796 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799 1 0.5178 0.7724 0.744 0.000 0.256
#> SRR934800 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934804 3 0.5254 0.6458 0.000 0.264 0.736
#> SRR934805 1 0.5591 0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934806 1 0.4555 0.8007 0.800 0.000 0.200
#> SRR934807 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809 3 0.0237 0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934810 3 0.0237 0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934811 3 0.1411 0.9242 0.000 0.036 0.964
#> SRR934808 3 0.0237 0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934812 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.5650 0.5583 0.000 0.312 0.688
#> SRR934814 1 0.5591 0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934815 3 0.1031 0.9334 0.000 0.024 0.976
#> SRR934816 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 2 0.4504 0.7459 0.000 0.804 0.196
#> SRR934818 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.4605 0.7988 0.796 0.000 0.204
#> SRR934820 3 0.2711 0.8532 0.088 0.000 0.912
#> SRR934821 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823 1 0.5591 0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934825 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826 1 0.0237 0.8719 0.996 0.000 0.004
#> SRR934827 3 0.0237 0.9470 0.004 0.000 0.996
#> SRR934828 3 0.1399 0.9304 0.004 0.028 0.968
#> SRR934829 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832 3 0.0747 0.9391 0.000 0.016 0.984
#> SRR934833 3 0.0237 0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934834 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0237 0.9901 0.000 0.996 0.004
#> SRR934836 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.5178 0.7724 0.744 0.000 0.256
#> SRR934839 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844 1 0.5138 0.7747 0.748 0.000 0.252
#> SRR934845 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847 3 0.1643 0.9073 0.044 0.000 0.956
#> SRR934848 1 0.5591 0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934849 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852 2 0.0237 0.9901 0.000 0.996 0.004
#> SRR934854 3 0.0237 0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934856 1 0.5431 0.7495 0.716 0.000 0.284
#> SRR934858 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863 3 0.0237 0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934864 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0237 0.9901 0.000 0.996 0.004
#> SRR934868 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870 1 0.5591 0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934871 3 0.5431 0.6108 0.000 0.284 0.716
#> SRR934872 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.5591 0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934877 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881 2 0.3816 0.8191 0.000 0.852 0.148
#> SRR934882 3 0.5291 0.6391 0.000 0.268 0.732
#> SRR934883 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934886 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934890 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 3 0.1529 0.9208 0.000 0.040 0.960
#> SRR934896 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899 3 0.4842 0.7100 0.000 0.224 0.776
#> SRR934900 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 1 0.5216 0.7696 0.740 0.000 0.260
#> SRR934906 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934907 3 0.2165 0.8989 0.000 0.064 0.936
#> SRR934908 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909 2 0.1289 0.9625 0.000 0.968 0.032
#> SRR934910 2 0.1964 0.9359 0.000 0.944 0.056
#> SRR934911 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 2 0.0592 0.9826 0.000 0.988 0.012
#> SRR934913 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.5254 0.7667 0.736 0.000 0.264
#> SRR934915 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0592 0.9420 0.000 0.012 0.988
#> SRR934919 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924 1 0.0424 0.8688 0.992 0.000 0.008
#> SRR934923 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925 3 0.5138 0.6660 0.000 0.252 0.748
#> SRR934926 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 3 0.5591 0.5731 0.000 0.304 0.696
#> SRR934928 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934930 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 2 0.0237 0.9901 0.000 0.996 0.004
#> SRR934936 3 0.1964 0.9058 0.000 0.056 0.944
#> SRR934933 1 0.2625 0.8469 0.916 0.000 0.084
#> SRR934937 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940 3 0.1411 0.9242 0.000 0.036 0.964
#> SRR934941 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942 3 0.1529 0.9208 0.000 0.040 0.960
#> SRR934943 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944 1 0.4654 0.7969 0.792 0.000 0.208
#> SRR934945 1 0.7622 0.3422 0.608 0.332 0.060
#> SRR934946 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951 1 0.5178 0.7724 0.744 0.000 0.256
#> SRR934953 3 0.4291 0.7435 0.180 0.000 0.820
#> SRR934952 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934957 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 3 0.6168 0.0351 0.412 0.000 0.588
#> SRR934960 1 0.5178 0.7724 0.744 0.000 0.256
#> SRR934961 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963 3 0.1860 0.9056 0.052 0.000 0.948
#> SRR934964 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.5529 0.7378 0.704 0.000 0.296
#> SRR934970 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972 1 0.5591 0.7292 0.696 0.000 0.304
#> SRR934973 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9933 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985 3 0.0237 0.9469 0.004 0.000 0.996
#> SRR934986 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987 3 0.5138 0.6660 0.000 0.252 0.748
#> SRR934988 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.8726 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 4 0.4560 0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934718 1 0.0707 0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934719 4 0.4605 0.6149 0.000 0.000 0.336 0.664
#> SRR934720 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.6204 0.7611 0.164 0.000 0.164 0.672
#> SRR934722 3 0.5078 0.7632 0.000 0.028 0.700 0.272
#> SRR934723 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.5815 0.7702 0.140 0.000 0.152 0.708
#> SRR934725 4 0.4748 0.7715 0.268 0.000 0.016 0.716
#> SRR934726 4 0.3598 0.6739 0.028 0.000 0.124 0.848
#> SRR934727 1 0.0707 0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934728 4 0.4356 0.7689 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR934729 2 0.5256 0.6673 0.000 0.700 0.040 0.260
#> SRR934730 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.5815 0.7702 0.140 0.000 0.152 0.708
#> SRR934732 2 0.0817 0.9379 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934733 4 0.4804 0.7707 0.276 0.000 0.016 0.708
#> SRR934734 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.1389 0.8975 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR934736 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934738 4 0.4804 0.7707 0.276 0.000 0.016 0.708
#> SRR934740 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.2266 0.8923 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR934742 4 0.4730 0.6881 0.364 0.000 0.000 0.636
#> SRR934743 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.1474 0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934745 3 0.4790 0.6934 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR934746 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934747 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.4643 0.6043 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR934750 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.6202 0.7620 0.172 0.000 0.156 0.672
#> SRR934751 1 0.0707 0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934752 4 0.4635 0.7692 0.216 0.000 0.028 0.756
#> SRR934753 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.4250 0.7747 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR934755 3 0.1557 0.7973 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR934756 4 0.4989 0.4711 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR934757 3 0.4977 -0.1103 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR934758 1 0.2589 0.7979 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR934759 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0188 0.9421 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934761 3 0.1520 0.8034 0.000 0.020 0.956 0.024
#> SRR934762 4 0.4776 0.7713 0.272 0.000 0.016 0.712
#> SRR934763 4 0.4920 0.7539 0.088 0.000 0.136 0.776
#> SRR934764 4 0.4250 0.7747 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR934765 1 0.0592 0.9241 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR934766 4 0.4560 0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934767 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.5105 0.7620 0.000 0.028 0.696 0.276
#> SRR934770 1 0.0707 0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934772 3 0.4585 0.7514 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR934771 4 0.6202 0.7620 0.172 0.000 0.156 0.672
#> SRR934773 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0817 0.8041 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934775 4 0.4560 0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934776 4 0.1474 0.6319 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR934777 4 0.4560 0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934778 4 0.4817 -0.2197 0.000 0.000 0.388 0.612
#> SRR934779 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.3528 0.7891 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR934781 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.5815 0.7702 0.140 0.000 0.152 0.708
#> SRR934784 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0707 0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934787 1 0.0707 0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934788 4 0.4605 0.7264 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR934789 4 0.4382 0.7666 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR934790 3 0.1474 0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934791 4 0.4277 0.7736 0.280 0.000 0.000 0.720
#> SRR934792 3 0.4199 0.7948 0.000 0.032 0.804 0.164
#> SRR934793 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.4706 0.7725 0.248 0.000 0.020 0.732
#> SRR934796 1 0.0707 0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934797 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.4560 0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934800 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934801 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934802 2 0.0707 0.9389 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934803 1 0.0188 0.9377 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934804 3 0.5085 0.7705 0.000 0.032 0.708 0.260
#> SRR934805 4 0.4910 0.7747 0.276 0.000 0.020 0.704
#> SRR934806 4 0.5907 0.7649 0.252 0.000 0.080 0.668
#> SRR934807 3 0.4790 0.6934 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR934809 4 0.5770 0.7710 0.140 0.000 0.148 0.712
#> SRR934810 4 0.2973 0.6817 0.020 0.000 0.096 0.884
#> SRR934811 3 0.4804 0.6927 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR934808 4 0.3820 0.7220 0.064 0.000 0.088 0.848
#> SRR934812 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.2174 0.7925 0.000 0.052 0.928 0.020
#> SRR934814 4 0.4535 0.7705 0.240 0.000 0.016 0.744
#> SRR934815 3 0.4585 0.7514 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR934816 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.5724 0.2455 0.000 0.424 0.548 0.028
#> SRR934818 3 0.4916 0.6397 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR934819 4 0.4477 0.7529 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR934820 4 0.4462 0.7548 0.164 0.000 0.044 0.792
#> SRR934821 3 0.0336 0.8085 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934822 1 0.0707 0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934823 4 0.6202 0.7620 0.172 0.000 0.156 0.672
#> SRR934825 2 0.1356 0.9318 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR934826 4 0.4585 0.7303 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR934827 3 0.2266 0.8131 0.004 0.000 0.912 0.084
#> SRR934828 3 0.4907 0.6671 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR934829 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 3 0.4804 0.6927 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR934831 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 3 0.4804 0.6927 0.000 0.000 0.616 0.384
#> SRR934833 4 0.2149 0.5926 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR934834 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.5511 0.3943 0.000 0.620 0.352 0.028
#> SRR934836 1 0.0707 0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934837 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.4560 0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934839 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934840 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934841 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.4843 -0.0111 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR934844 4 0.4560 0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934845 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934847 4 0.5815 0.7702 0.140 0.000 0.152 0.708
#> SRR934848 4 0.4647 0.7711 0.288 0.000 0.008 0.704
#> SRR934849 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.1637 0.8146 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934853 4 0.4564 0.6246 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR934852 3 0.5636 0.2489 0.000 0.424 0.552 0.024
#> SRR934854 4 0.1557 0.6283 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR934856 4 0.4560 0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934858 1 0.0707 0.9296 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934859 2 0.0469 0.9406 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934860 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934861 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934862 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.5018 0.7542 0.088 0.000 0.144 0.768
#> SRR934864 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.2281 0.6585 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR934866 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867 3 0.5755 0.2054 0.000 0.444 0.528 0.028
#> SRR934868 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934869 3 0.1474 0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934870 4 0.4304 0.7723 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR934871 3 0.5254 0.7549 0.000 0.028 0.672 0.300
#> SRR934872 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.1118 0.8057 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR934874 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.4955 0.7771 0.268 0.000 0.024 0.708
#> SRR934877 4 0.4761 0.6772 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR934878 3 0.2149 0.8129 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR934879 3 0.1940 0.7728 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR934880 4 0.4564 0.6246 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR934881 3 0.4741 0.6588 0.000 0.228 0.744 0.028
#> SRR934882 3 0.2675 0.8044 0.000 0.044 0.908 0.048
#> SRR934883 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.4675 0.7235 0.000 0.736 0.020 0.244
#> SRR934885 2 0.7099 0.3934 0.000 0.552 0.168 0.280
#> SRR934886 3 0.0921 0.8066 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934887 3 0.0592 0.8064 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934888 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934889 2 0.4872 0.7138 0.000 0.728 0.028 0.244
#> SRR934890 3 0.1474 0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934891 4 0.2081 0.6443 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR934892 3 0.0469 0.8076 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934893 3 0.1211 0.8014 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934894 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 3 0.5078 0.7632 0.000 0.028 0.700 0.272
#> SRR934896 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 4 0.4500 0.1745 0.000 0.000 0.316 0.684
#> SRR934899 3 0.5105 0.7620 0.000 0.028 0.696 0.276
#> SRR934900 3 0.1302 0.7956 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934901 2 0.2125 0.8912 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR934902 3 0.0817 0.8067 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934903 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.6202 0.7620 0.172 0.000 0.156 0.672
#> SRR934906 4 0.4584 0.6372 0.004 0.000 0.300 0.696
#> SRR934907 3 0.5078 0.7632 0.000 0.028 0.700 0.272
#> SRR934908 2 0.5312 0.6558 0.000 0.692 0.040 0.268
#> SRR934909 3 0.5277 0.5385 0.000 0.304 0.668 0.028
#> SRR934910 2 0.7442 0.2592 0.000 0.504 0.212 0.284
#> SRR934911 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.5442 0.4707 0.000 0.336 0.636 0.028
#> SRR934913 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.4560 0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934915 3 0.2081 0.8137 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR934916 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934918 3 0.0707 0.8067 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934919 3 0.4585 0.7514 0.000 0.000 0.668 0.332
#> SRR934920 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.4406 0.7556 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR934924 1 0.5366 0.5424 0.684 0.000 0.040 0.276
#> SRR934923 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 3 0.5157 0.7600 0.000 0.028 0.688 0.284
#> SRR934926 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.3542 0.7741 0.000 0.120 0.852 0.028
#> SRR934928 4 0.4522 0.6310 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR934929 4 0.4994 -0.3291 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR934930 3 0.0592 0.8064 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934931 3 0.4406 0.7556 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR934932 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.5744 0.1517 0.000 0.536 0.436 0.028
#> SRR934936 3 0.1109 0.8154 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR934933 1 0.1743 0.8802 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR934937 3 0.1474 0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934938 3 0.0592 0.8064 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934939 4 0.4564 0.6246 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR934940 3 0.5078 0.7632 0.000 0.028 0.700 0.272
#> SRR934941 3 0.4431 0.7208 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR934942 3 0.5078 0.7632 0.000 0.028 0.700 0.272
#> SRR934943 2 0.4434 0.7480 0.000 0.756 0.016 0.228
#> SRR934944 4 0.4608 0.7605 0.304 0.000 0.004 0.692
#> SRR934945 1 0.5674 0.5246 0.668 0.004 0.044 0.284
#> SRR934946 3 0.4790 0.6934 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR934947 1 0.4406 0.3672 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR934948 3 0.1716 0.7829 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934949 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934950 4 0.4431 0.3082 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR934951 4 0.4560 0.7670 0.296 0.000 0.004 0.700
#> SRR934953 3 0.4868 0.7689 0.024 0.000 0.720 0.256
#> SRR934952 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0469 0.9407 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934955 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.1389 0.8156 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR934957 3 0.4164 0.7169 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR934958 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.6159 0.7499 0.132 0.000 0.196 0.672
#> SRR934960 4 0.4382 0.7666 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR934961 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934962 2 0.0336 0.9415 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934963 3 0.1716 0.8145 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934964 3 0.1474 0.8145 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934965 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9428 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.1474 0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934968 3 0.1302 0.7956 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934969 4 0.4356 0.7689 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR934970 4 0.4790 0.6679 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR934971 3 0.1302 0.8048 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934972 4 0.6202 0.7620 0.172 0.000 0.156 0.672
#> SRR934973 3 0.1302 0.7956 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934974 4 0.4661 0.5989 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR934975 3 0.4431 0.7208 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR934976 2 0.3757 0.8040 0.000 0.828 0.020 0.152
#> SRR934977 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.1118 0.8137 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR934979 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934980 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.1474 0.8148 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934982 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 4 0.4713 0.6946 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR934984 2 0.0921 0.9370 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934985 4 0.1792 0.6158 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR934986 1 0.4304 0.4182 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934987 3 0.5105 0.7620 0.000 0.028 0.696 0.276
#> SRR934988 3 0.1474 0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934989 1 0.0000 0.9404 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.1474 0.7916 0.000 0.000 0.948 0.052
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.1357 0.9242 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> SRR934718 1 0.1341 0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934719 3 0.4074 0.4865 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR934720 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934721 4 0.1197 0.9016 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR934722 5 0.1768 0.8501 0.000 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR934723 1 0.0510 0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934724 4 0.0162 0.9147 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934725 4 0.2054 0.9192 0.052 0.000 0.000 0.920 0.028
#> SRR934726 4 0.2722 0.8559 0.004 0.000 0.008 0.868 0.120
#> SRR934727 1 0.1544 0.9290 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934728 4 0.1270 0.9235 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934729 5 0.1197 0.8215 0.000 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR934730 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.0162 0.9147 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934732 2 0.2733 0.9112 0.016 0.888 0.080 0.000 0.016
#> SRR934733 4 0.2054 0.9192 0.052 0.000 0.000 0.920 0.028
#> SRR934734 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934735 1 0.1608 0.9259 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934736 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934737 2 0.3479 0.8961 0.016 0.852 0.076 0.000 0.056
#> SRR934738 4 0.1965 0.9205 0.052 0.000 0.000 0.924 0.024
#> SRR934740 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934739 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 5 0.4746 -0.0270 0.016 0.480 0.000 0.000 0.504
#> SRR934742 4 0.2179 0.8880 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR934743 1 0.0510 0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934744 3 0.1732 0.8469 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934745 5 0.1768 0.8500 0.000 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR934746 2 0.3479 0.8961 0.016 0.852 0.076 0.000 0.056
#> SRR934747 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.3932 0.5633 0.000 0.000 0.672 0.328 0.000
#> SRR934750 2 0.0162 0.9402 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934749 4 0.1197 0.9016 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR934751 1 0.1341 0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934752 4 0.2304 0.9033 0.020 0.000 0.004 0.908 0.068
#> SRR934753 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.1270 0.9235 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934755 3 0.1197 0.8518 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934756 4 0.2813 0.8294 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR934757 4 0.2189 0.8585 0.000 0.000 0.084 0.904 0.012
#> SRR934758 1 0.3177 0.7522 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934759 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934760 2 0.1768 0.9229 0.000 0.924 0.072 0.000 0.004
#> SRR934761 3 0.1285 0.8426 0.000 0.004 0.956 0.004 0.036
#> SRR934762 4 0.1965 0.9205 0.052 0.000 0.000 0.924 0.024
#> SRR934763 4 0.0794 0.9093 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934764 4 0.1270 0.9235 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934765 1 0.1399 0.9339 0.952 0.000 0.020 0.028 0.000
#> SRR934766 4 0.1430 0.9236 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934767 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934768 1 0.0510 0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934769 5 0.2136 0.8437 0.000 0.000 0.088 0.008 0.904
#> SRR934770 1 0.1341 0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934772 5 0.0609 0.8456 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934771 4 0.1121 0.9034 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR934773 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934774 3 0.2863 0.8484 0.000 0.000 0.876 0.064 0.060
#> SRR934775 4 0.1270 0.9235 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934776 4 0.3086 0.7974 0.000 0.000 0.004 0.816 0.180
#> SRR934777 4 0.1357 0.9242 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> SRR934778 5 0.1809 0.8271 0.000 0.000 0.012 0.060 0.928
#> SRR934779 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934780 5 0.4206 0.5882 0.000 0.000 0.288 0.016 0.696
#> SRR934781 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.0162 0.9147 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934784 2 0.0404 0.9402 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.1341 0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934787 1 0.1341 0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934788 4 0.1732 0.9126 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR934789 4 0.1270 0.9235 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934790 3 0.1732 0.8469 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934791 4 0.1430 0.9236 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934792 3 0.4574 0.5583 0.016 0.004 0.676 0.004 0.300
#> SRR934793 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934794 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.1965 0.9205 0.052 0.000 0.000 0.924 0.024
#> SRR934796 1 0.1341 0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934797 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934798 1 0.0510 0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934799 4 0.1430 0.9236 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934800 2 0.3356 0.9003 0.016 0.860 0.068 0.000 0.056
#> SRR934801 2 0.3159 0.9055 0.016 0.872 0.056 0.000 0.056
#> SRR934802 2 0.3385 0.8969 0.016 0.856 0.044 0.000 0.084
#> SRR934803 1 0.0510 0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934804 5 0.1965 0.8362 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR934805 4 0.0963 0.9241 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR934806 4 0.1893 0.9029 0.024 0.000 0.048 0.928 0.000
#> SRR934807 5 0.1544 0.8510 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934809 4 0.0162 0.9150 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934810 4 0.1892 0.8909 0.000 0.000 0.004 0.916 0.080
#> SRR934811 5 0.1410 0.8521 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934808 4 0.1502 0.9002 0.000 0.000 0.004 0.940 0.056
#> SRR934812 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934813 3 0.1211 0.8415 0.000 0.016 0.960 0.000 0.024
#> SRR934814 4 0.2054 0.9192 0.052 0.000 0.000 0.920 0.028
#> SRR934815 5 0.0609 0.8456 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934816 2 0.1018 0.9357 0.016 0.968 0.000 0.000 0.016
#> SRR934817 3 0.4890 0.6546 0.016 0.176 0.736 0.000 0.072
#> SRR934818 5 0.3803 0.7566 0.000 0.000 0.056 0.140 0.804
#> SRR934819 4 0.1410 0.9215 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR934820 4 0.2177 0.8936 0.008 0.000 0.004 0.908 0.080
#> SRR934821 3 0.2676 0.8411 0.000 0.000 0.884 0.036 0.080
#> SRR934822 1 0.1341 0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934823 4 0.1197 0.9016 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR934825 5 0.6095 0.0452 0.016 0.404 0.080 0.000 0.500
#> SRR934826 4 0.1792 0.9085 0.084 0.000 0.000 0.916 0.000
#> SRR934827 3 0.4138 0.6545 0.000 0.000 0.708 0.016 0.276
#> SRR934828 5 0.0609 0.8456 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934829 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.1478 0.8518 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR934831 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934832 5 0.1478 0.8518 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR934833 5 0.2193 0.8044 0.000 0.000 0.008 0.092 0.900
#> SRR934834 1 0.0609 0.9530 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934835 3 0.5659 0.2482 0.016 0.368 0.564 0.000 0.052
#> SRR934836 1 0.1341 0.9380 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.1430 0.9236 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934839 2 0.3418 0.8984 0.016 0.856 0.072 0.000 0.056
#> SRR934840 2 0.3538 0.8936 0.016 0.848 0.080 0.000 0.056
#> SRR934841 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934842 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 4 0.3816 0.6096 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000
#> SRR934844 4 0.1430 0.9236 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.3479 0.8961 0.016 0.852 0.076 0.000 0.056
#> SRR934847 4 0.0404 0.9137 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934848 4 0.1357 0.9242 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> SRR934849 1 0.0510 0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934850 1 0.0510 0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934851 3 0.3882 0.7340 0.000 0.000 0.756 0.020 0.224
#> SRR934853 4 0.1478 0.8904 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR934852 3 0.2389 0.7780 0.000 0.116 0.880 0.000 0.004
#> SRR934854 4 0.3461 0.7382 0.000 0.000 0.004 0.772 0.224
#> SRR934856 4 0.1430 0.9236 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934858 1 0.1270 0.9400 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR934859 2 0.1934 0.9253 0.016 0.928 0.052 0.000 0.004
#> SRR934860 2 0.3538 0.8936 0.016 0.848 0.080 0.000 0.056
#> SRR934861 2 0.3538 0.8936 0.016 0.848 0.080 0.000 0.056
#> SRR934862 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.0671 0.9090 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR934864 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.2389 0.8626 0.000 0.000 0.004 0.880 0.116
#> SRR934866 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 3 0.4623 0.6873 0.016 0.148 0.764 0.000 0.072
#> SRR934868 2 0.3538 0.8936 0.016 0.848 0.080 0.000 0.056
#> SRR934869 3 0.1671 0.8481 0.000 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR934870 4 0.1270 0.9235 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934871 5 0.1041 0.8446 0.000 0.000 0.032 0.004 0.964
#> SRR934872 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.1568 0.8494 0.000 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR934874 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0865 0.9215 0.024 0.000 0.004 0.972 0.000
#> SRR934877 4 0.2230 0.8853 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR934878 3 0.4329 0.5983 0.000 0.000 0.672 0.016 0.312
#> SRR934879 3 0.1792 0.8450 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934880 4 0.1478 0.8904 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR934881 3 0.1828 0.8313 0.004 0.028 0.936 0.000 0.032
#> SRR934882 3 0.2234 0.8270 0.016 0.004 0.916 0.004 0.060
#> SRR934883 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.4390 0.6792 0.016 0.156 0.052 0.000 0.776
#> SRR934885 5 0.2791 0.7834 0.016 0.036 0.056 0.000 0.892
#> SRR934886 3 0.1469 0.8482 0.000 0.000 0.948 0.016 0.036
#> SRR934887 3 0.2659 0.8486 0.000 0.000 0.888 0.052 0.060
#> SRR934888 2 0.3418 0.8984 0.016 0.856 0.072 0.000 0.056
#> SRR934889 5 0.4817 0.6424 0.016 0.168 0.072 0.000 0.744
#> SRR934890 3 0.1792 0.8450 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934891 4 0.3160 0.7826 0.000 0.000 0.004 0.808 0.188
#> SRR934892 3 0.2659 0.8486 0.000 0.000 0.888 0.052 0.060
#> SRR934893 3 0.1197 0.8518 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.1544 0.8510 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934896 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934897 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 4 0.4054 0.7043 0.000 0.000 0.028 0.748 0.224
#> SRR934899 5 0.1608 0.8502 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR934900 3 0.1410 0.8513 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR934901 2 0.4291 0.0413 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR934902 3 0.1836 0.8531 0.000 0.000 0.932 0.036 0.032
#> SRR934903 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.1597 0.9002 0.012 0.000 0.048 0.940 0.000
#> SRR934906 4 0.1893 0.8976 0.000 0.000 0.048 0.928 0.024
#> SRR934907 5 0.1544 0.8510 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934908 5 0.1043 0.8267 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR934909 3 0.3674 0.7591 0.016 0.076 0.840 0.000 0.068
#> SRR934910 5 0.1082 0.8357 0.000 0.028 0.008 0.000 0.964
#> SRR934911 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.3470 0.7784 0.016 0.052 0.852 0.000 0.080
#> SRR934913 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.1430 0.9236 0.052 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934915 3 0.4232 0.6071 0.000 0.000 0.676 0.012 0.312
#> SRR934916 1 0.0510 0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934917 2 0.3479 0.8961 0.016 0.852 0.076 0.000 0.056
#> SRR934918 3 0.1121 0.8524 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR934919 5 0.1357 0.8413 0.000 0.000 0.048 0.004 0.948
#> SRR934920 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934921 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 5 0.1894 0.8485 0.000 0.000 0.072 0.008 0.920
#> SRR934924 5 0.1965 0.8008 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR934923 1 0.0510 0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934925 5 0.2136 0.8437 0.000 0.000 0.088 0.008 0.904
#> SRR934926 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.1365 0.8418 0.000 0.004 0.952 0.004 0.040
#> SRR934928 4 0.0963 0.9027 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR934929 4 0.5272 0.2892 0.000 0.000 0.052 0.552 0.396
#> SRR934930 3 0.2300 0.8530 0.000 0.000 0.908 0.052 0.040
#> SRR934931 5 0.1544 0.8510 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934932 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.4751 0.6324 0.016 0.204 0.732 0.000 0.048
#> SRR934936 3 0.2464 0.8327 0.000 0.000 0.888 0.016 0.096
#> SRR934933 1 0.1877 0.9269 0.924 0.000 0.000 0.064 0.012
#> SRR934937 3 0.1732 0.8469 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934938 3 0.2588 0.8496 0.000 0.000 0.892 0.048 0.060
#> SRR934939 4 0.2020 0.8555 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR934940 5 0.2011 0.8450 0.000 0.000 0.088 0.004 0.908
#> SRR934941 5 0.6498 0.2435 0.000 0.000 0.196 0.352 0.452
#> SRR934942 5 0.1704 0.8510 0.000 0.000 0.068 0.004 0.928
#> SRR934943 5 0.4925 0.6233 0.016 0.180 0.072 0.000 0.732
#> SRR934944 4 0.1608 0.9173 0.072 0.000 0.000 0.928 0.000
#> SRR934945 5 0.1908 0.8038 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR934946 5 0.1704 0.8507 0.000 0.000 0.068 0.004 0.928
#> SRR934947 1 0.4273 0.1654 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000
#> SRR934948 3 0.1792 0.8450 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934949 2 0.3538 0.8936 0.016 0.848 0.080 0.000 0.056
#> SRR934950 4 0.3649 0.7943 0.000 0.000 0.040 0.808 0.152
#> SRR934951 4 0.1357 0.9242 0.048 0.000 0.004 0.948 0.000
#> SRR934953 5 0.2899 0.8254 0.028 0.000 0.096 0.004 0.872
#> SRR934952 2 0.0290 0.9381 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934954 2 0.2499 0.9196 0.016 0.908 0.036 0.000 0.040
#> SRR934955 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934956 3 0.2727 0.8207 0.000 0.000 0.868 0.016 0.116
#> SRR934957 4 0.4624 0.6895 0.000 0.000 0.096 0.740 0.164
#> SRR934958 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.1197 0.9016 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR934960 4 0.1341 0.9225 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR934961 2 0.3159 0.9055 0.016 0.872 0.056 0.000 0.056
#> SRR934962 2 0.2173 0.9232 0.016 0.920 0.052 0.000 0.012
#> SRR934963 3 0.3563 0.7493 0.000 0.000 0.780 0.012 0.208
#> SRR934964 3 0.3912 0.7311 0.000 0.000 0.752 0.020 0.228
#> SRR934965 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9425 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.1410 0.8513 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR934968 3 0.1732 0.8469 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934969 4 0.1270 0.9235 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934970 4 0.2074 0.8953 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR934971 3 0.2635 0.8114 0.016 0.000 0.888 0.008 0.088
#> SRR934972 4 0.1197 0.9016 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR934973 3 0.1410 0.8513 0.000 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR934974 3 0.4074 0.4865 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR934975 5 0.6492 0.2550 0.000 0.000 0.196 0.348 0.456
#> SRR934976 5 0.3274 0.7159 0.000 0.220 0.000 0.000 0.780
#> SRR934977 1 0.0510 0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934978 3 0.3003 0.8385 0.000 0.000 0.864 0.044 0.092
#> SRR934979 2 0.3479 0.8961 0.016 0.852 0.076 0.000 0.056
#> SRR934980 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934981 3 0.3639 0.7695 0.000 0.000 0.792 0.024 0.184
#> SRR934982 1 0.0510 0.9539 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934983 4 0.2127 0.8923 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR934984 2 0.3538 0.8936 0.016 0.848 0.080 0.000 0.056
#> SRR934985 5 0.3949 0.5446 0.000 0.000 0.004 0.300 0.696
#> SRR934986 1 0.4235 0.2511 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR934987 5 0.1768 0.8501 0.000 0.000 0.072 0.004 0.924
#> SRR934988 3 0.1792 0.8450 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934989 1 0.0912 0.9539 0.972 0.000 0.000 0.016 0.012
#> SRR934990 3 0.1732 0.8469 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.3123 0.8111 0.076 0.000 0.000 0.836 0.000 0.088
#> SRR934718 1 0.2513 0.8150 0.852 0.000 0.000 0.140 0.000 0.008
#> SRR934719 3 0.4704 0.5645 0.000 0.000 0.684 0.160 0.000 0.156
#> SRR934720 1 0.2118 0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934721 4 0.5095 0.7046 0.016 0.000 0.156 0.672 0.000 0.156
#> SRR934722 5 0.1353 0.8087 0.000 0.000 0.024 0.012 0.952 0.012
#> SRR934723 1 0.0767 0.8691 0.976 0.000 0.000 0.008 0.004 0.012
#> SRR934724 4 0.2491 0.8178 0.000 0.000 0.020 0.868 0.000 0.112
#> SRR934725 4 0.2001 0.8171 0.016 0.000 0.000 0.920 0.020 0.044
#> SRR934726 4 0.4788 0.6882 0.016 0.000 0.008 0.716 0.176 0.084
#> SRR934727 1 0.2810 0.7973 0.832 0.000 0.000 0.156 0.004 0.008
#> SRR934728 4 0.1503 0.8246 0.016 0.000 0.000 0.944 0.008 0.032
#> SRR934729 5 0.2234 0.7813 0.000 0.004 0.000 0.000 0.872 0.124
#> SRR934730 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.2527 0.8182 0.000 0.000 0.024 0.868 0.000 0.108
#> SRR934732 6 0.4246 0.6009 0.000 0.452 0.016 0.000 0.000 0.532
#> SRR934733 4 0.2622 0.8071 0.024 0.000 0.000 0.888 0.044 0.044
#> SRR934734 1 0.2118 0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934735 1 0.3404 0.6786 0.744 0.000 0.000 0.248 0.004 0.004
#> SRR934736 1 0.2020 0.8626 0.896 0.000 0.000 0.000 0.008 0.096
#> SRR934737 6 0.3833 0.6295 0.000 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR934738 4 0.2001 0.8171 0.016 0.000 0.000 0.920 0.020 0.044
#> SRR934740 1 0.2118 0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934739 2 0.0146 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934741 5 0.6089 -0.0844 0.000 0.308 0.000 0.000 0.392 0.300
#> SRR934742 4 0.3252 0.7769 0.128 0.000 0.000 0.828 0.012 0.032
#> SRR934743 1 0.1003 0.8674 0.964 0.000 0.000 0.004 0.004 0.028
#> SRR934744 3 0.1204 0.7968 0.000 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR934745 5 0.1483 0.8117 0.000 0.000 0.008 0.012 0.944 0.036
#> SRR934746 6 0.3823 0.6385 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR934747 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.4496 0.6055 0.000 0.000 0.708 0.136 0.000 0.156
#> SRR934750 2 0.0692 0.8621 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020 0.000
#> SRR934749 4 0.5062 0.7089 0.016 0.000 0.152 0.676 0.000 0.156
#> SRR934751 1 0.2633 0.8292 0.864 0.000 0.000 0.112 0.004 0.020
#> SRR934752 4 0.1693 0.8146 0.004 0.000 0.000 0.932 0.020 0.044
#> SRR934753 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.1078 0.8252 0.016 0.000 0.000 0.964 0.008 0.012
#> SRR934755 3 0.0547 0.8048 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934756 4 0.3386 0.7386 0.176 0.000 0.000 0.796 0.012 0.016
#> SRR934757 4 0.5093 0.7069 0.000 0.000 0.136 0.704 0.052 0.108
#> SRR934758 1 0.3954 0.5732 0.684 0.000 0.000 0.296 0.004 0.016
#> SRR934759 1 0.2118 0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934760 2 0.2933 0.5389 0.000 0.796 0.000 0.004 0.000 0.200
#> SRR934761 3 0.2911 0.7473 0.000 0.000 0.832 0.000 0.024 0.144
#> SRR934762 4 0.1913 0.8184 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR934763 4 0.2195 0.8204 0.000 0.000 0.016 0.904 0.012 0.068
#> SRR934764 4 0.0976 0.8257 0.016 0.000 0.000 0.968 0.008 0.008
#> SRR934765 1 0.1500 0.8556 0.936 0.000 0.052 0.000 0.000 0.012
#> SRR934766 4 0.2134 0.8226 0.044 0.000 0.000 0.904 0.000 0.052
#> SRR934767 1 0.2118 0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934768 1 0.1219 0.8650 0.948 0.000 0.000 0.048 0.004 0.000
#> SRR934769 5 0.2007 0.8063 0.000 0.000 0.032 0.012 0.920 0.036
#> SRR934770 1 0.2513 0.8150 0.852 0.000 0.000 0.140 0.000 0.008
#> SRR934772 5 0.2146 0.7901 0.000 0.000 0.004 0.000 0.880 0.116
#> SRR934771 4 0.5143 0.7075 0.020 0.000 0.152 0.672 0.000 0.156
#> SRR934773 1 0.2118 0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934774 3 0.2912 0.7899 0.000 0.000 0.856 0.012 0.104 0.028
#> SRR934775 4 0.3215 0.8216 0.072 0.000 0.000 0.828 0.000 0.100
#> SRR934776 4 0.4513 0.6163 0.000 0.000 0.004 0.700 0.212 0.084
#> SRR934777 4 0.2277 0.8249 0.032 0.000 0.000 0.892 0.000 0.076
#> SRR934778 5 0.3104 0.7808 0.000 0.000 0.004 0.068 0.844 0.084
#> SRR934779 1 0.2070 0.8617 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR934780 5 0.4664 0.5134 0.000 0.000 0.264 0.012 0.668 0.056
#> SRR934781 2 0.0146 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0146 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.2199 0.8199 0.000 0.000 0.020 0.892 0.000 0.088
#> SRR934784 2 0.1863 0.7452 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR934785 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.2513 0.8150 0.852 0.000 0.000 0.140 0.000 0.008
#> SRR934787 1 0.2538 0.8241 0.860 0.000 0.000 0.124 0.000 0.016
#> SRR934788 4 0.3193 0.7845 0.124 0.000 0.000 0.824 0.000 0.052
#> SRR934789 4 0.1492 0.8286 0.024 0.000 0.000 0.940 0.000 0.036
#> SRR934790 3 0.0865 0.8020 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934791 4 0.1779 0.8298 0.016 0.000 0.000 0.920 0.000 0.064
#> SRR934792 5 0.5741 0.0175 0.000 0.000 0.372 0.000 0.456 0.172
#> SRR934793 1 0.2118 0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934794 2 0.0146 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.1913 0.8184 0.016 0.000 0.000 0.924 0.016 0.044
#> SRR934796 1 0.2513 0.8150 0.852 0.000 0.000 0.140 0.000 0.008
#> SRR934797 1 0.2118 0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934798 1 0.0547 0.8695 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR934799 4 0.2912 0.8118 0.072 0.000 0.000 0.852 0.000 0.076
#> SRR934800 6 0.3828 0.6342 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR934801 6 0.3847 0.6032 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR934802 2 0.5794 -0.4004 0.000 0.436 0.000 0.000 0.180 0.384
#> SRR934803 1 0.1629 0.8620 0.940 0.000 0.024 0.004 0.004 0.028
#> SRR934804 5 0.2790 0.7280 0.000 0.000 0.140 0.000 0.840 0.020
#> SRR934805 4 0.1719 0.8288 0.016 0.000 0.000 0.924 0.000 0.060
#> SRR934806 4 0.6096 0.6703 0.084 0.000 0.156 0.604 0.000 0.156
#> SRR934807 5 0.1503 0.8078 0.000 0.000 0.008 0.016 0.944 0.032
#> SRR934809 4 0.2070 0.8238 0.000 0.000 0.008 0.892 0.000 0.100
#> SRR934810 4 0.3410 0.7542 0.000 0.000 0.004 0.820 0.100 0.076
#> SRR934811 5 0.1410 0.8092 0.000 0.000 0.008 0.004 0.944 0.044
#> SRR934808 4 0.2563 0.7901 0.000 0.000 0.004 0.880 0.076 0.040
#> SRR934812 1 0.2070 0.8617 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR934813 3 0.2623 0.7557 0.000 0.000 0.852 0.000 0.016 0.132
#> SRR934814 4 0.2001 0.8171 0.016 0.000 0.000 0.920 0.020 0.044
#> SRR934815 5 0.2196 0.7916 0.000 0.000 0.004 0.004 0.884 0.108
#> SRR934816 2 0.3151 0.4152 0.000 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR934817 6 0.4931 0.3392 0.000 0.064 0.356 0.000 0.004 0.576
#> SRR934818 5 0.3834 0.6877 0.000 0.000 0.008 0.172 0.772 0.048
#> SRR934819 4 0.2699 0.7877 0.124 0.000 0.000 0.856 0.012 0.008
#> SRR934820 4 0.2420 0.7982 0.000 0.000 0.000 0.884 0.040 0.076
#> SRR934821 3 0.3219 0.7639 0.000 0.000 0.820 0.012 0.148 0.020
#> SRR934822 1 0.2544 0.8155 0.852 0.000 0.000 0.140 0.004 0.004
#> SRR934823 4 0.5176 0.7036 0.020 0.000 0.156 0.668 0.000 0.156
#> SRR934825 6 0.5884 0.2345 0.000 0.156 0.008 0.000 0.380 0.456
#> SRR934826 4 0.2036 0.8187 0.064 0.000 0.000 0.912 0.008 0.016
#> SRR934827 3 0.5396 0.4362 0.024 0.000 0.572 0.012 0.348 0.044
#> SRR934828 5 0.1788 0.8044 0.000 0.000 0.004 0.004 0.916 0.076
#> SRR934829 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.1845 0.8090 0.000 0.000 0.008 0.004 0.916 0.072
#> SRR934831 1 0.2118 0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934832 5 0.1787 0.8094 0.000 0.000 0.008 0.004 0.920 0.068
#> SRR934833 5 0.3107 0.7502 0.000 0.000 0.000 0.116 0.832 0.052
#> SRR934834 1 0.1642 0.8593 0.936 0.000 0.000 0.004 0.028 0.032
#> SRR934835 6 0.5463 0.4552 0.000 0.148 0.312 0.000 0.000 0.540
#> SRR934836 1 0.2877 0.7856 0.820 0.000 0.000 0.168 0.000 0.012
#> SRR934837 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.2197 0.8229 0.044 0.000 0.000 0.900 0.000 0.056
#> SRR934839 6 0.3828 0.6342 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR934840 6 0.4261 0.6571 0.000 0.408 0.020 0.000 0.000 0.572
#> SRR934841 1 0.2070 0.8617 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR934842 2 0.0146 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934843 4 0.4450 0.6306 0.236 0.000 0.000 0.700 0.012 0.052
#> SRR934844 4 0.2856 0.8110 0.076 0.000 0.000 0.856 0.000 0.068
#> SRR934845 2 0.0146 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934846 6 0.3823 0.6385 0.000 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR934847 4 0.2696 0.8185 0.000 0.000 0.028 0.856 0.000 0.116
#> SRR934848 4 0.1594 0.8283 0.016 0.000 0.000 0.932 0.000 0.052
#> SRR934849 1 0.0405 0.8702 0.988 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR934850 1 0.0653 0.8702 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR934851 3 0.3859 0.6559 0.000 0.000 0.720 0.012 0.256 0.012
#> SRR934853 4 0.5150 0.6698 0.000 0.000 0.188 0.624 0.000 0.188
#> SRR934852 3 0.3900 0.6570 0.000 0.048 0.764 0.000 0.008 0.180
#> SRR934854 4 0.4918 0.4117 0.000 0.000 0.000 0.596 0.320 0.084
#> SRR934856 4 0.2197 0.8229 0.044 0.000 0.000 0.900 0.000 0.056
#> SRR934858 1 0.2070 0.8401 0.892 0.000 0.000 0.100 0.000 0.008
#> SRR934859 2 0.3747 -0.1694 0.000 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR934860 6 0.4261 0.6571 0.000 0.408 0.020 0.000 0.000 0.572
#> SRR934861 6 0.4269 0.6550 0.000 0.412 0.020 0.000 0.000 0.568
#> SRR934862 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.2294 0.8194 0.000 0.000 0.020 0.896 0.008 0.076
#> SRR934864 2 0.0146 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.4732 0.5567 0.000 0.000 0.004 0.664 0.248 0.084
#> SRR934866 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 6 0.4900 0.3112 0.000 0.052 0.364 0.000 0.008 0.576
#> SRR934868 6 0.4261 0.6571 0.000 0.408 0.020 0.000 0.000 0.572
#> SRR934869 3 0.2346 0.7567 0.000 0.000 0.868 0.008 0.000 0.124
#> SRR934870 4 0.1194 0.8228 0.004 0.000 0.000 0.956 0.008 0.032
#> SRR934871 5 0.2053 0.7936 0.000 0.000 0.004 0.000 0.888 0.108
#> SRR934872 2 0.0146 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.2988 0.7467 0.000 0.000 0.824 0.000 0.024 0.152
#> SRR934874 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.1594 0.8283 0.016 0.000 0.000 0.932 0.000 0.052
#> SRR934877 4 0.3392 0.7749 0.128 0.000 0.000 0.820 0.012 0.040
#> SRR934878 3 0.4559 0.2788 0.000 0.000 0.528 0.012 0.444 0.016
#> SRR934879 3 0.1753 0.7855 0.000 0.000 0.912 0.004 0.000 0.084
#> SRR934880 4 0.5093 0.6700 0.000 0.000 0.192 0.632 0.000 0.176
#> SRR934881 3 0.3750 0.6687 0.000 0.020 0.764 0.000 0.016 0.200
#> SRR934882 3 0.4361 0.2519 0.000 0.000 0.552 0.000 0.024 0.424
#> SRR934883 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.4629 0.2326 0.000 0.040 0.000 0.000 0.524 0.436
#> SRR934885 5 0.3971 0.3020 0.000 0.004 0.000 0.000 0.548 0.448
#> SRR934886 3 0.2706 0.7625 0.000 0.000 0.852 0.000 0.024 0.124
#> SRR934887 3 0.1605 0.8084 0.000 0.000 0.940 0.012 0.032 0.016
#> SRR934888 6 0.4212 0.6364 0.000 0.424 0.000 0.000 0.016 0.560
#> SRR934889 6 0.4640 0.2280 0.000 0.044 0.004 0.000 0.348 0.604
#> SRR934890 3 0.2218 0.7690 0.000 0.000 0.884 0.012 0.000 0.104
#> SRR934891 4 0.5168 0.3489 0.000 0.000 0.004 0.564 0.344 0.088
#> SRR934892 3 0.2554 0.7980 0.000 0.000 0.880 0.012 0.088 0.020
#> SRR934893 3 0.0363 0.8051 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934894 2 0.0146 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.1053 0.8098 0.000 0.000 0.020 0.012 0.964 0.004
#> SRR934896 1 0.2118 0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934897 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 4 0.5133 0.2597 0.000 0.000 0.004 0.536 0.384 0.076
#> SRR934899 5 0.1624 0.8021 0.000 0.000 0.044 0.012 0.936 0.008
#> SRR934900 3 0.0713 0.8029 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934901 2 0.5123 0.0553 0.000 0.508 0.000 0.000 0.408 0.084
#> SRR934902 3 0.1950 0.7946 0.000 0.000 0.912 0.000 0.024 0.064
#> SRR934903 2 0.0146 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.6586 0.5204 0.076 0.000 0.260 0.508 0.000 0.156
#> SRR934906 4 0.4643 0.7528 0.000 0.000 0.116 0.716 0.012 0.156
#> SRR934907 5 0.1409 0.8065 0.000 0.000 0.032 0.012 0.948 0.008
#> SRR934908 5 0.2100 0.7861 0.000 0.004 0.000 0.000 0.884 0.112
#> SRR934909 6 0.4546 0.2340 0.000 0.020 0.388 0.000 0.012 0.580
#> SRR934910 5 0.1897 0.7992 0.000 0.004 0.004 0.000 0.908 0.084
#> SRR934911 2 0.0146 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934912 6 0.4607 0.2420 0.000 0.028 0.392 0.000 0.008 0.572
#> SRR934913 2 0.0146 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.2451 0.8184 0.060 0.000 0.000 0.884 0.000 0.056
#> SRR934915 3 0.4462 0.4647 0.000 0.000 0.612 0.012 0.356 0.020
#> SRR934916 1 0.1313 0.8664 0.952 0.000 0.000 0.016 0.004 0.028
#> SRR934917 6 0.3828 0.6342 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR934918 3 0.0692 0.8053 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR934919 5 0.3534 0.6922 0.000 0.000 0.016 0.000 0.740 0.244
#> SRR934920 1 0.2118 0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934921 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 5 0.2084 0.8006 0.000 0.000 0.024 0.016 0.916 0.044
#> SRR934924 5 0.2948 0.7681 0.060 0.000 0.000 0.000 0.848 0.092
#> SRR934923 1 0.1003 0.8674 0.964 0.000 0.000 0.004 0.004 0.028
#> SRR934925 5 0.2081 0.8047 0.000 0.000 0.036 0.012 0.916 0.036
#> SRR934926 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.3163 0.7475 0.000 0.000 0.820 0.000 0.040 0.140
#> SRR934928 4 0.4261 0.7592 0.000 0.000 0.112 0.732 0.000 0.156
#> SRR934929 5 0.5271 0.2469 0.000 0.000 0.012 0.380 0.536 0.072
#> SRR934930 3 0.1930 0.8066 0.000 0.000 0.924 0.012 0.036 0.028
#> SRR934931 5 0.1426 0.8070 0.000 0.000 0.008 0.016 0.948 0.028
#> SRR934932 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.5152 -0.1075 0.000 0.084 0.468 0.000 0.000 0.448
#> SRR934936 3 0.4380 0.6875 0.000 0.000 0.716 0.012 0.216 0.056
#> SRR934933 1 0.3716 0.8211 0.828 0.000 0.012 0.084 0.040 0.036
#> SRR934937 3 0.1141 0.7975 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934938 3 0.1686 0.8051 0.000 0.000 0.924 0.000 0.064 0.012
#> SRR934939 4 0.5951 0.6030 0.000 0.000 0.216 0.580 0.036 0.168
#> SRR934940 5 0.1693 0.8110 0.000 0.000 0.020 0.012 0.936 0.032
#> SRR934941 5 0.6489 0.4330 0.000 0.000 0.132 0.248 0.532 0.088
#> SRR934942 5 0.1275 0.8107 0.000 0.000 0.016 0.012 0.956 0.016
#> SRR934943 6 0.4675 0.1836 0.000 0.052 0.000 0.000 0.368 0.580
#> SRR934944 4 0.4430 0.7844 0.128 0.000 0.008 0.744 0.004 0.116
#> SRR934945 5 0.2826 0.7740 0.052 0.000 0.000 0.000 0.856 0.092
#> SRR934946 5 0.1503 0.8059 0.000 0.000 0.008 0.016 0.944 0.032
#> SRR934947 1 0.4602 -0.0598 0.484 0.000 0.000 0.484 0.004 0.028
#> SRR934948 3 0.1958 0.7767 0.000 0.000 0.896 0.004 0.000 0.100
#> SRR934949 6 0.4261 0.6571 0.000 0.408 0.020 0.000 0.000 0.572
#> SRR934950 4 0.5528 0.3468 0.000 0.000 0.024 0.556 0.336 0.084
#> SRR934951 4 0.3663 0.8015 0.072 0.000 0.004 0.796 0.000 0.128
#> SRR934953 5 0.4069 0.7353 0.056 0.000 0.092 0.012 0.804 0.036
#> SRR934952 2 0.1152 0.8295 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044 0.000
#> SRR934954 2 0.3789 -0.2446 0.000 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR934955 1 0.2070 0.8617 0.892 0.000 0.000 0.000 0.008 0.100
#> SRR934956 3 0.3845 0.7126 0.000 0.000 0.756 0.012 0.204 0.028
#> SRR934957 4 0.6195 0.2687 0.000 0.000 0.080 0.504 0.340 0.076
#> SRR934958 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.5127 0.7009 0.016 0.000 0.160 0.668 0.000 0.156
#> SRR934960 4 0.1173 0.8246 0.016 0.000 0.000 0.960 0.008 0.016
#> SRR934961 6 0.3847 0.6032 0.000 0.456 0.000 0.000 0.000 0.544
#> SRR934962 2 0.3804 -0.2775 0.000 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR934963 3 0.4192 0.7019 0.004 0.000 0.740 0.012 0.204 0.040
#> SRR934964 3 0.3735 0.6923 0.000 0.000 0.748 0.008 0.224 0.020
#> SRR934965 2 0.0000 0.8865 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0146 0.8859 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.1531 0.7934 0.000 0.000 0.928 0.004 0.000 0.068
#> SRR934968 3 0.1141 0.7975 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934969 4 0.1503 0.8246 0.016 0.000 0.000 0.944 0.008 0.032
#> SRR934970 4 0.3432 0.7683 0.148 0.000 0.000 0.800 0.000 0.052
#> SRR934971 6 0.4264 -0.0826 0.000 0.000 0.484 0.000 0.016 0.500
#> SRR934972 4 0.5554 0.6920 0.040 0.000 0.160 0.644 0.000 0.156
#> SRR934973 3 0.0260 0.8051 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934974 3 0.4671 0.5700 0.000 0.000 0.688 0.160 0.000 0.152
#> SRR934975 5 0.6458 0.4392 0.000 0.000 0.128 0.248 0.536 0.088
#> SRR934976 5 0.4728 0.4219 0.000 0.340 0.000 0.004 0.604 0.052
#> SRR934977 1 0.0717 0.8695 0.976 0.000 0.000 0.016 0.000 0.008
#> SRR934978 3 0.2020 0.7996 0.000 0.000 0.896 0.000 0.096 0.008
#> SRR934979 6 0.3828 0.6342 0.000 0.440 0.000 0.000 0.000 0.560
#> SRR934980 1 0.2165 0.8601 0.884 0.000 0.000 0.000 0.008 0.108
#> SRR934981 3 0.3487 0.7188 0.000 0.000 0.776 0.012 0.200 0.012
#> SRR934982 1 0.1693 0.8686 0.932 0.000 0.000 0.020 0.004 0.044
#> SRR934983 4 0.2975 0.7812 0.132 0.000 0.000 0.840 0.012 0.016
#> SRR934984 6 0.4326 0.6562 0.000 0.404 0.024 0.000 0.000 0.572
#> SRR934985 5 0.4941 0.0750 0.000 0.000 0.000 0.444 0.492 0.064
#> SRR934986 1 0.4184 0.0289 0.504 0.000 0.000 0.484 0.000 0.012
#> SRR934987 5 0.1364 0.8112 0.000 0.000 0.016 0.012 0.952 0.020
#> SRR934988 3 0.1806 0.7829 0.000 0.000 0.908 0.004 0.000 0.088
#> SRR934989 1 0.2118 0.8611 0.888 0.000 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR934990 3 0.1141 0.7975 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.990 0.996 0.5011 0.499 0.499
#> 3 3 0.741 0.773 0.889 0.2892 0.825 0.662
#> 4 4 0.863 0.911 0.945 0.1348 0.844 0.602
#> 5 5 0.930 0.905 0.957 0.0734 0.917 0.704
#> 6 6 0.838 0.748 0.858 0.0385 0.953 0.789
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934722 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934724 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934744 1 0.1843 0.968 0.972 0.028
#> SRR934745 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934755 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934766 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934771 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934775 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934780 2 0.3431 0.932 0.064 0.936
#> SRR934781 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934790 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934791 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934807 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934809 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934810 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934811 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934808 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934815 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934818 1 0.0672 0.987 0.992 0.008
#> SRR934819 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934821 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934828 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934830 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934832 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934833 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934851 2 0.3879 0.918 0.076 0.924
#> SRR934853 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934854 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934856 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934869 1 0.7299 0.748 0.796 0.204
#> SRR934870 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934871 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934878 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934879 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934880 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934886 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934887 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934890 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934891 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934892 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934893 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934898 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934900 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934902 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934906 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934907 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934915 2 0.0376 0.993 0.004 0.996
#> SRR934916 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934919 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934924 2 0.2778 0.949 0.048 0.952
#> SRR934923 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934928 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934930 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934931 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934936 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934937 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934938 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934939 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934940 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934941 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934942 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934945 2 0.0672 0.989 0.008 0.992
#> SRR934946 1 0.1184 0.979 0.984 0.016
#> SRR934947 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934948 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR934949 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934950 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934957 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934963 2 0.0938 0.986 0.012 0.988
#> SRR934964 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.7056 0.766 0.808 0.192
#> SRR934968 1 0.8713 0.591 0.708 0.292
#> SRR934969 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934972 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934973 2 0.7139 0.756 0.196 0.804
#> SRR934974 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934975 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934988 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR934990 1 0.2423 0.955 0.960 0.040
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934718 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721 1 0.6307 0.4571 0.512 0.000 0.488
#> SRR934722 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724 1 0.6305 0.4654 0.516 0.000 0.484
#> SRR934725 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934726 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934729 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 1 0.6305 0.4654 0.516 0.000 0.484
#> SRR934732 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733 1 0.2356 0.7886 0.928 0.000 0.072
#> SRR934734 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934740 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749 1 0.6307 0.4571 0.512 0.000 0.488
#> SRR934751 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934753 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934755 3 0.5650 0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934756 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757 3 0.3816 0.5766 0.148 0.000 0.852
#> SRR934758 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761 3 0.6307 0.1242 0.000 0.488 0.512
#> SRR934762 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934763 1 0.6079 0.6215 0.612 0.000 0.388
#> SRR934764 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934765 1 0.3816 0.6705 0.852 0.000 0.148
#> SRR934766 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934767 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772 2 0.3116 0.8359 0.108 0.892 0.000
#> SRR934771 1 0.6307 0.4571 0.512 0.000 0.488
#> SRR934773 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775 1 0.3879 0.7652 0.848 0.000 0.152
#> SRR934776 1 0.5968 0.6527 0.636 0.000 0.364
#> SRR934777 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934778 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934779 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783 1 0.6305 0.4654 0.516 0.000 0.484
#> SRR934784 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934790 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934792 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934796 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934800 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934805 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934806 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934807 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934809 1 0.6305 0.4654 0.516 0.000 0.484
#> SRR934810 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934811 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934808 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934812 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.6291 0.1907 0.000 0.468 0.532
#> SRR934814 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934815 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934818 1 0.7809 0.5802 0.568 0.060 0.372
#> SRR934819 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934820 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934821 3 0.5178 0.6251 0.000 0.256 0.744
#> SRR934822 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823 1 0.6307 0.4571 0.512 0.000 0.488
#> SRR934825 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827 1 0.5560 0.3964 0.700 0.000 0.300
#> SRR934828 2 0.1860 0.9045 0.052 0.948 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830 2 0.2959 0.8314 0.000 0.900 0.100
#> SRR934831 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934833 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934834 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934839 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934845 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847 1 0.6305 0.4654 0.516 0.000 0.484
#> SRR934848 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934849 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.4618 0.6732 0.136 0.024 0.840
#> SRR934853 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852 2 0.1031 0.9369 0.000 0.976 0.024
#> SRR934854 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934856 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934858 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863 1 0.6305 0.4654 0.516 0.000 0.484
#> SRR934864 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 1 0.6305 0.4654 0.516 0.000 0.484
#> SRR934866 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934871 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 3 0.7001 0.4794 0.032 0.340 0.628
#> SRR934874 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934877 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.5621 0.5588 0.000 0.308 0.692
#> SRR934879 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881 2 0.3752 0.7887 0.000 0.856 0.144
#> SRR934882 2 0.0237 0.9570 0.000 0.996 0.004
#> SRR934883 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934886 3 0.6168 0.3475 0.000 0.412 0.588
#> SRR934887 3 0.0237 0.7815 0.000 0.004 0.996
#> SRR934888 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934890 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891 1 0.6302 0.4730 0.520 0.000 0.480
#> SRR934892 3 0.4399 0.6957 0.000 0.188 0.812
#> SRR934893 3 0.5650 0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934894 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898 3 0.5948 -0.0207 0.360 0.000 0.640
#> SRR934899 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934900 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902 3 0.5650 0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934903 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 3 0.6308 -0.4278 0.492 0.000 0.508
#> SRR934906 3 0.6180 -0.2251 0.416 0.000 0.584
#> SRR934907 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934915 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 3 0.5650 0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934919 2 0.3686 0.7939 0.140 0.860 0.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 3 0.1163 0.7728 0.000 0.028 0.972
#> SRR934924 2 0.6295 0.2391 0.472 0.528 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 2 0.6235 0.1285 0.000 0.564 0.436
#> SRR934928 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934930 3 0.5650 0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934931 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 2 0.6026 0.3170 0.000 0.624 0.376
#> SRR934936 2 0.5678 0.4709 0.000 0.684 0.316
#> SRR934933 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938 3 0.5650 0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934939 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934941 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934945 2 0.5785 0.5122 0.332 0.668 0.000
#> SRR934946 1 0.8817 0.4680 0.500 0.120 0.380
#> SRR934947 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934953 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.6299 0.1649 0.000 0.476 0.524
#> SRR934957 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 3 0.6309 -0.4367 0.496 0.000 0.504
#> SRR934960 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934961 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963 2 0.8762 0.2145 0.404 0.484 0.112
#> SRR934964 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934970 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971 2 0.6045 0.3056 0.000 0.620 0.380
#> SRR934972 1 0.6307 0.4571 0.512 0.000 0.488
#> SRR934973 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.5650 0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934979 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.5650 0.5532 0.000 0.312 0.688
#> SRR934982 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985 1 0.5650 0.7107 0.688 0.000 0.312
#> SRR934986 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.9608 0.000 1.000 0.000
#> SRR934988 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.8063 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.7828 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 4 0.3542 0.889 0.120 0.000 0.028 0.852
#> SRR934718 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.2469 0.807 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934720 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.3157 0.893 0.004 0.000 0.144 0.852
#> SRR934722 2 0.1042 0.950 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR934723 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.2999 0.899 0.004 0.000 0.132 0.864
#> SRR934725 4 0.0707 0.913 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934726 4 0.4776 0.512 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR934727 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.2546 0.917 0.060 0.000 0.028 0.912
#> SRR934729 2 0.0592 0.956 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934730 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.2999 0.899 0.004 0.000 0.132 0.864
#> SRR934732 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934733 4 0.0921 0.911 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934734 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738 4 0.0707 0.913 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934740 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0188 0.962 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934742 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0336 0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934745 1 0.0707 0.963 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934746 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.0336 0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934750 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.3157 0.893 0.004 0.000 0.144 0.852
#> SRR934751 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.0592 0.912 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934753 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.2032 0.920 0.036 0.000 0.028 0.936
#> SRR934755 3 0.0592 0.900 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934756 1 0.4999 -0.141 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR934757 4 0.2973 0.893 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934758 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.3074 0.842 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR934762 4 0.0707 0.913 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934763 4 0.3047 0.906 0.012 0.000 0.116 0.872
#> SRR934764 4 0.2214 0.919 0.044 0.000 0.028 0.928
#> SRR934765 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934766 4 0.3367 0.896 0.108 0.000 0.028 0.864
#> SRR934767 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0927 0.952 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR934770 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 2 0.3196 0.848 0.000 0.856 0.008 0.136
#> SRR934771 4 0.3157 0.893 0.004 0.000 0.144 0.852
#> SRR934773 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0336 0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934775 4 0.3672 0.854 0.164 0.000 0.012 0.824
#> SRR934776 4 0.0000 0.906 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777 4 0.3547 0.908 0.072 0.000 0.064 0.864
#> SRR934778 4 0.0336 0.902 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934779 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.0469 0.898 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934781 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.2944 0.901 0.004 0.000 0.128 0.868
#> SRR934784 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.3907 0.776 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR934789 4 0.3367 0.896 0.108 0.000 0.028 0.864
#> SRR934790 3 0.0336 0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934791 4 0.1724 0.919 0.032 0.000 0.020 0.948
#> SRR934792 2 0.0336 0.960 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.0707 0.913 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934796 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.3542 0.889 0.120 0.000 0.028 0.852
#> SRR934800 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0524 0.958 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR934805 4 0.3279 0.911 0.032 0.000 0.096 0.872
#> SRR934806 1 0.1743 0.921 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR934807 2 0.4647 0.650 0.000 0.704 0.008 0.288
#> SRR934809 4 0.2714 0.906 0.004 0.000 0.112 0.884
#> SRR934810 4 0.0592 0.912 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934811 2 0.3351 0.835 0.000 0.844 0.008 0.148
#> SRR934808 4 0.2984 0.909 0.084 0.000 0.028 0.888
#> SRR934812 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.3024 0.845 0.000 0.148 0.852 0.000
#> SRR934814 4 0.0707 0.913 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934815 2 0.3196 0.848 0.000 0.856 0.008 0.136
#> SRR934816 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.1867 0.897 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR934818 4 0.0336 0.907 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934819 4 0.3942 0.771 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR934820 4 0.0592 0.912 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934821 3 0.0336 0.900 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.3157 0.893 0.004 0.000 0.144 0.852
#> SRR934825 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826 4 0.2921 0.876 0.140 0.000 0.000 0.860
#> SRR934827 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828 2 0.3351 0.835 0.000 0.844 0.008 0.148
#> SRR934829 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 2 0.4295 0.721 0.000 0.752 0.008 0.240
#> SRR934831 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 2 0.3351 0.835 0.000 0.844 0.008 0.148
#> SRR934833 4 0.0336 0.902 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934834 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.3367 0.896 0.108 0.000 0.028 0.864
#> SRR934839 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844 4 0.3542 0.889 0.120 0.000 0.028 0.852
#> SRR934845 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.2999 0.899 0.004 0.000 0.132 0.864
#> SRR934848 4 0.2660 0.919 0.036 0.000 0.056 0.908
#> SRR934849 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.2647 0.850 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR934853 4 0.3024 0.890 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR934852 3 0.4585 0.592 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR934854 4 0.0000 0.906 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934856 4 0.3367 0.896 0.108 0.000 0.028 0.864
#> SRR934858 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.2888 0.902 0.004 0.000 0.124 0.872
#> SRR934864 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.0188 0.907 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934866 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869 3 0.0336 0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934870 4 0.2214 0.919 0.044 0.000 0.028 0.928
#> SRR934871 2 0.0779 0.954 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934872 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.3052 0.852 0.004 0.136 0.860 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.2032 0.920 0.028 0.000 0.036 0.936
#> SRR934877 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.2530 0.855 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR934879 3 0.0336 0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934880 4 0.3024 0.890 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR934881 3 0.4817 0.469 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR934882 2 0.4843 0.273 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0592 0.956 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934885 2 0.0188 0.962 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934886 3 0.2921 0.851 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.899 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934890 3 0.0336 0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934891 4 0.0000 0.906 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892 3 0.0188 0.900 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934893 3 0.0707 0.900 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 2 0.3196 0.848 0.000 0.856 0.008 0.136
#> SRR934896 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 4 0.0707 0.912 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934899 2 0.0672 0.956 0.000 0.984 0.008 0.008
#> SRR934900 3 0.0336 0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934901 2 0.0592 0.956 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934902 3 0.2149 0.880 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 1 0.4936 0.530 0.672 0.000 0.316 0.012
#> SRR934906 4 0.1305 0.915 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR934907 2 0.2611 0.887 0.000 0.896 0.008 0.096
#> SRR934908 2 0.0927 0.952 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR934909 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934910 2 0.1042 0.950 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR934911 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912 2 0.2530 0.850 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.3271 0.882 0.132 0.000 0.012 0.856
#> SRR934915 3 0.2760 0.845 0.000 0.000 0.872 0.128
#> SRR934916 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.1940 0.885 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR934919 2 0.2861 0.863 0.096 0.888 0.000 0.016
#> SRR934920 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.5476 0.463 0.000 0.020 0.584 0.396
#> SRR934924 1 0.0707 0.963 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934923 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0927 0.952 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR934926 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.3074 0.842 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR934928 4 0.2868 0.897 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR934929 4 0.2760 0.852 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR934930 3 0.1474 0.893 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR934931 2 0.3351 0.835 0.000 0.844 0.008 0.148
#> SRR934932 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.4222 0.698 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR934936 2 0.4916 0.159 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0336 0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934938 3 0.0921 0.898 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934939 4 0.3024 0.890 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR934940 2 0.0927 0.952 0.000 0.976 0.008 0.016
#> SRR934941 4 0.0817 0.907 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934942 2 0.2675 0.883 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR934943 2 0.0188 0.962 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934944 1 0.0188 0.978 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934945 1 0.1297 0.948 0.964 0.016 0.000 0.020
#> SRR934946 4 0.0336 0.902 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934947 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0336 0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934949 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950 4 0.0592 0.909 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR934951 4 0.3754 0.905 0.064 0.000 0.084 0.852
#> SRR934953 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.2589 0.864 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR934957 4 0.2814 0.899 0.000 0.000 0.132 0.868
#> SRR934958 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.3157 0.893 0.004 0.000 0.144 0.852
#> SRR934960 4 0.1824 0.914 0.060 0.000 0.004 0.936
#> SRR934961 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.0707 0.959 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.2647 0.850 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR934965 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0336 0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934968 3 0.0336 0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934969 4 0.2915 0.910 0.080 0.000 0.028 0.892
#> SRR934970 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.4103 0.722 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR934972 4 0.3157 0.893 0.004 0.000 0.144 0.852
#> SRR934973 3 0.0336 0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934974 3 0.2647 0.792 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR934975 4 0.0817 0.907 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934976 2 0.1042 0.950 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR934977 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.2813 0.878 0.000 0.080 0.896 0.024
#> SRR934979 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.2546 0.875 0.000 0.092 0.900 0.008
#> SRR934982 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934985 4 0.0188 0.908 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934986 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.1042 0.950 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR934988 3 0.0336 0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934989 1 0.0000 0.982 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0336 0.899 0.000 0.000 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.2561 0.8024 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.0794 0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934722 5 0.0510 0.8536 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934723 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934725 4 0.0510 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934726 4 0.3684 0.6195 0.280 0.000 0.000 0.720 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934729 5 0.3336 0.7263 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR934730 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934733 4 0.1469 0.9317 0.036 0.000 0.000 0.948 0.016
#> SRR934734 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934738 4 0.0510 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934740 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.3774 0.5363 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR934742 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934745 5 0.3109 0.7114 0.200 0.000 0.000 0.000 0.800
#> SRR934746 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.1608 0.8882 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.0794 0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.0510 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934753 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934755 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934756 1 0.3424 0.6681 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR934757 4 0.0162 0.9599 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.1270 0.9093 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR934762 4 0.0404 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934763 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934764 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 5 0.1965 0.8244 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR934770 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 5 0.0510 0.8537 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934771 4 0.0794 0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934775 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934776 4 0.1043 0.9432 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934777 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934778 5 0.0000 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 5 0.4235 0.2812 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR934781 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.1732 0.8891 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR934789 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934790 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934791 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.2471 0.8110 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR934793 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.0404 0.9578 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934796 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0404 0.9482 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934803 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 5 0.4182 0.3694 0.000 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR934805 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.3002 0.8241 0.856 0.000 0.028 0.116 0.000
#> SRR934807 5 0.0000 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934810 4 0.0794 0.9506 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934811 5 0.0000 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934808 4 0.0162 0.9603 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934812 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.0794 0.9310 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR934814 4 0.0510 0.9564 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934815 5 0.0290 0.8542 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934816 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934818 5 0.4088 0.3921 0.000 0.000 0.000 0.368 0.632
#> SRR934819 4 0.3039 0.7531 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR934820 4 0.0703 0.9527 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934821 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.0794 0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934826 4 0.0162 0.9600 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934827 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828 5 0.0000 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.0000 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.0000 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833 5 0.0000 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934848 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.3109 0.7804 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR934853 4 0.0794 0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934852 2 0.2561 0.8165 0.000 0.856 0.144 0.000 0.000
#> SRR934854 4 0.1043 0.9432 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934856 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.1043 0.9432 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934866 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869 3 0.0404 0.9436 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934870 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934871 5 0.3143 0.7514 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR934872 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.1965 0.8579 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.3210 0.7663 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934879 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934880 4 0.0794 0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934881 2 0.3003 0.7648 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000
#> SRR934882 2 0.2891 0.7815 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.4015 0.5305 0.000 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR934885 2 0.3480 0.6332 0.000 0.752 0.000 0.000 0.248
#> SRR934886 3 0.0794 0.9310 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934890 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934891 4 0.1043 0.9432 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934892 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934893 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.0000 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 4 0.1043 0.9432 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934899 5 0.3177 0.7214 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR934900 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934901 5 0.3424 0.7112 0.000 0.240 0.000 0.000 0.760
#> SRR934902 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 1 0.6478 -0.0342 0.420 0.000 0.396 0.184 0.000
#> SRR934906 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934907 5 0.0162 0.8541 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934908 5 0.1043 0.8480 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR934909 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934910 5 0.1043 0.8480 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR934911 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 2 0.0290 0.9520 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934915 3 0.3143 0.7761 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR934916 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934919 5 0.5014 0.4589 0.040 0.368 0.000 0.000 0.592
#> SRR934920 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 5 0.0000 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924 5 0.3366 0.6761 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR934923 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 5 0.1965 0.8244 0.000 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR934926 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.1608 0.8873 0.000 0.072 0.928 0.000 0.000
#> SRR934928 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934929 4 0.3710 0.7389 0.192 0.000 0.000 0.784 0.024
#> SRR934930 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934931 5 0.0000 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.3336 0.7121 0.000 0.772 0.228 0.000 0.000
#> SRR934936 2 0.3932 0.5316 0.000 0.672 0.328 0.000 0.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934939 4 0.0880 0.9458 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934940 5 0.2966 0.7627 0.000 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR934941 4 0.3970 0.7067 0.000 0.000 0.020 0.744 0.236
#> SRR934942 5 0.0000 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934943 2 0.3612 0.5951 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934944 1 0.1197 0.9311 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR934945 5 0.3366 0.6761 0.232 0.000 0.000 0.000 0.768
#> SRR934946 5 0.0000 0.8536 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950 4 0.1043 0.9432 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934951 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.4161 0.3114 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934954 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934957 4 0.0955 0.9493 0.000 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR934958 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.0794 0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934960 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.3109 0.7804 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR934965 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934969 4 0.0000 0.9613 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0880 0.9486 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR934971 2 0.3074 0.7548 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000
#> SRR934972 4 0.0794 0.9484 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934973 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934974 3 0.2690 0.7871 0.000 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR934975 4 0.3970 0.7067 0.000 0.000 0.020 0.744 0.236
#> SRR934976 5 0.1043 0.8480 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR934977 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0963 0.9317 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934979 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.1341 0.9181 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR934982 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0609 0.9604 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9592 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934985 4 0.4045 0.4508 0.000 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR934986 1 0.0794 0.9526 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR934987 5 0.0510 0.8536 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934988 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9793 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.9516 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.3782 0.5797 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR934718 1 0.1075 0.9320 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.5221 0.0715 0.000 0.000 0.476 0.432 0.000 0.092
#> SRR934720 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.3915 0.5699 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000 0.412
#> SRR934722 5 0.2495 0.8058 0.000 0.060 0.016 0.032 0.892 0.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 6 0.1444 0.6241 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR934725 4 0.4122 0.3824 0.000 0.000 0.000 0.704 0.048 0.248
#> SRR934726 6 0.2006 0.6031 0.080 0.000 0.000 0.016 0.000 0.904
#> SRR934727 1 0.0146 0.9580 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934728 6 0.1141 0.6487 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR934729 5 0.3012 0.7576 0.000 0.196 0.000 0.008 0.796 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 6 0.1444 0.6241 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR934732 2 0.0520 0.9242 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR934733 4 0.4237 0.3806 0.004 0.000 0.000 0.704 0.048 0.244
#> SRR934734 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.1910 0.8760 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0405 0.9251 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934738 4 0.4061 0.3877 0.000 0.000 0.000 0.708 0.044 0.248
#> SRR934740 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.3707 0.4654 0.000 0.680 0.000 0.008 0.312 0.000
#> SRR934742 1 0.2135 0.8514 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0458 0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934745 5 0.3383 0.6177 0.268 0.000 0.000 0.004 0.728 0.000
#> SRR934746 2 0.1074 0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.4767 0.4819 0.000 0.000 0.620 0.304 0.000 0.076
#> SRR934750 2 0.1957 0.8242 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR934749 4 0.3915 0.5699 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000 0.412
#> SRR934751 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.4061 0.3877 0.000 0.000 0.000 0.708 0.044 0.248
#> SRR934753 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 6 0.3854 -0.4358 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR934755 3 0.0458 0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934756 4 0.5383 0.2036 0.416 0.000 0.000 0.472 0.000 0.112
#> SRR934757 6 0.1219 0.6411 0.000 0.000 0.004 0.048 0.000 0.948
#> SRR934758 1 0.0632 0.9483 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0146 0.9265 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.1471 0.8604 0.000 0.064 0.932 0.004 0.000 0.000
#> SRR934762 4 0.3558 0.4150 0.000 0.000 0.000 0.736 0.016 0.248
#> SRR934763 6 0.0260 0.6596 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934764 6 0.3854 -0.4358 0.000 0.000 0.000 0.464 0.000 0.536
#> SRR934765 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766 4 0.3823 0.5735 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR934767 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0260 0.9565 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR934769 5 0.3220 0.8016 0.000 0.076 0.016 0.040 0.856 0.012
#> SRR934770 1 0.1444 0.9124 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR934772 5 0.2554 0.8080 0.000 0.048 0.000 0.076 0.876 0.000
#> SRR934771 4 0.3915 0.5699 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000 0.412
#> SRR934773 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.1003 0.8985 0.000 0.000 0.964 0.016 0.000 0.020
#> SRR934775 6 0.2020 0.6130 0.008 0.000 0.000 0.096 0.000 0.896
#> SRR934776 6 0.2218 0.6313 0.000 0.000 0.000 0.104 0.012 0.884
#> SRR934777 4 0.3817 0.5760 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR934778 5 0.4282 0.5748 0.000 0.000 0.000 0.304 0.656 0.040
#> SRR934779 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 6 0.6678 0.0805 0.000 0.000 0.288 0.032 0.296 0.384
#> SRR934781 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 6 0.0260 0.6568 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934784 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0865 0.9408 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0363 0.9545 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.5173 0.5576 0.108 0.000 0.000 0.568 0.000 0.324
#> SRR934789 6 0.1007 0.6508 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR934790 3 0.0458 0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934791 4 0.2883 0.5451 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934792 2 0.3419 0.7099 0.000 0.792 0.016 0.012 0.180 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.3558 0.4150 0.000 0.000 0.000 0.736 0.016 0.248
#> SRR934796 1 0.0865 0.9408 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.3804 0.5786 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR934800 2 0.0820 0.9208 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR934801 2 0.1074 0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934802 2 0.2631 0.7347 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 5 0.3684 0.5718 0.000 0.332 0.004 0.000 0.664 0.000
#> SRR934805 6 0.0790 0.6540 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR934806 4 0.5318 0.5162 0.120 0.000 0.004 0.580 0.000 0.296
#> SRR934807 5 0.1387 0.7968 0.000 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR934809 6 0.1663 0.6278 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR934810 6 0.4653 0.4103 0.000 0.000 0.000 0.360 0.052 0.588
#> SRR934811 5 0.1075 0.7986 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR934808 6 0.0858 0.6586 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004 0.968
#> SRR934812 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.0363 0.8990 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814 4 0.4061 0.3877 0.000 0.000 0.000 0.708 0.044 0.248
#> SRR934815 5 0.1866 0.7974 0.000 0.008 0.000 0.084 0.908 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.1332 0.9120 0.000 0.952 0.008 0.028 0.012 0.000
#> SRR934818 6 0.4566 0.4374 0.000 0.000 0.000 0.068 0.280 0.652
#> SRR934819 4 0.5612 0.4450 0.144 0.000 0.000 0.428 0.000 0.428
#> SRR934820 6 0.4620 0.3981 0.000 0.000 0.000 0.368 0.048 0.584
#> SRR934821 3 0.1401 0.8863 0.000 0.000 0.948 0.020 0.028 0.004
#> SRR934822 1 0.1501 0.9081 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.3915 0.5699 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000 0.412
#> SRR934825 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934826 4 0.3717 0.4472 0.016 0.000 0.000 0.708 0.000 0.276
#> SRR934827 1 0.0790 0.9346 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828 5 0.1863 0.7862 0.000 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.2664 0.7330 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.1714 0.7871 0.000 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR934833 5 0.4203 0.5829 0.000 0.000 0.000 0.316 0.652 0.032
#> SRR934834 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0820 0.9206 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR934836 1 0.2053 0.8735 0.888 0.000 0.000 0.108 0.000 0.004
#> SRR934837 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.3817 0.5749 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR934839 2 0.1074 0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934840 2 0.1074 0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.2219 0.8432 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000 0.000
#> SRR934844 4 0.3782 0.5845 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR934845 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.1074 0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934847 6 0.1387 0.6266 0.000 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934848 4 0.3828 0.5699 0.000 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR934849 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.3481 0.7908 0.000 0.000 0.804 0.072 0.124 0.000
#> SRR934853 6 0.2838 0.4755 0.000 0.000 0.004 0.188 0.000 0.808
#> SRR934852 2 0.3668 0.5201 0.000 0.668 0.328 0.004 0.000 0.000
#> SRR934854 6 0.4357 0.4368 0.000 0.000 0.000 0.340 0.036 0.624
#> SRR934856 4 0.3823 0.5735 0.000 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR934858 1 0.0363 0.9545 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0520 0.9242 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR934860 2 0.1074 0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934861 2 0.1074 0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 6 0.0000 0.6588 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 6 0.4712 0.4212 0.000 0.000 0.000 0.344 0.060 0.596
#> SRR934866 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0820 0.9206 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR934868 2 0.1074 0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934869 3 0.3920 0.6900 0.000 0.000 0.736 0.216 0.000 0.048
#> SRR934870 6 0.1141 0.6487 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR934871 5 0.2814 0.7750 0.000 0.172 0.000 0.008 0.820 0.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.2766 0.7778 0.000 0.124 0.852 0.020 0.004 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.3288 0.5651 0.000 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR934877 1 0.2491 0.8056 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.4133 0.6727 0.000 0.000 0.708 0.032 0.252 0.008
#> SRR934879 3 0.0717 0.9015 0.000 0.000 0.976 0.016 0.000 0.008
#> SRR934880 6 0.2003 0.5894 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR934881 2 0.3742 0.4847 0.000 0.648 0.348 0.004 0.000 0.000
#> SRR934882 2 0.4640 0.4165 0.000 0.592 0.368 0.028 0.012 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.4419 0.4064 0.000 0.384 0.000 0.032 0.584 0.000
#> SRR934885 2 0.3210 0.7536 0.000 0.804 0.000 0.028 0.168 0.000
#> SRR934886 3 0.0692 0.8943 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000 0.000
#> SRR934887 3 0.0622 0.8975 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934889 2 0.1649 0.9009 0.000 0.932 0.000 0.036 0.032 0.000
#> SRR934890 3 0.2859 0.8019 0.000 0.000 0.828 0.156 0.000 0.016
#> SRR934891 6 0.4139 0.4479 0.000 0.000 0.000 0.336 0.024 0.640
#> SRR934892 3 0.2402 0.8595 0.000 0.000 0.896 0.032 0.060 0.012
#> SRR934893 3 0.0458 0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.0891 0.8012 0.000 0.008 0.000 0.024 0.968 0.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 6 0.2389 0.6387 0.000 0.000 0.000 0.060 0.052 0.888
#> SRR934899 5 0.2340 0.7926 0.000 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR934900 3 0.0458 0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934901 5 0.3190 0.7374 0.000 0.220 0.000 0.008 0.772 0.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.9012 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.4880 0.5426 0.012 0.000 0.044 0.580 0.000 0.364
#> SRR934906 4 0.2402 0.5302 0.000 0.000 0.000 0.868 0.012 0.120
#> SRR934907 5 0.1003 0.8035 0.000 0.016 0.000 0.020 0.964 0.000
#> SRR934908 5 0.2389 0.8003 0.000 0.128 0.000 0.008 0.864 0.000
#> SRR934909 2 0.1074 0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934910 5 0.2389 0.8003 0.000 0.128 0.000 0.008 0.864 0.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 2 0.1780 0.8973 0.000 0.932 0.028 0.028 0.012 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.3804 0.5791 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR934915 3 0.3958 0.7510 0.000 0.000 0.764 0.108 0.128 0.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0820 0.9205 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.9012 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934919 5 0.5705 0.3898 0.048 0.372 0.000 0.036 0.532 0.012
#> SRR934920 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 5 0.1850 0.7912 0.000 0.000 0.016 0.052 0.924 0.008
#> SRR934924 5 0.3409 0.5785 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 5 0.3277 0.8003 0.000 0.088 0.016 0.040 0.848 0.008
#> SRR934926 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.2918 0.8414 0.000 0.048 0.868 0.020 0.064 0.000
#> SRR934928 6 0.1663 0.6151 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR934929 4 0.2981 0.4821 0.008 0.000 0.000 0.852 0.040 0.100
#> SRR934930 3 0.1003 0.8927 0.000 0.000 0.964 0.020 0.016 0.000
#> SRR934931 5 0.1327 0.7974 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.4619 0.3621 0.000 0.576 0.388 0.024 0.012 0.000
#> SRR934936 2 0.5914 0.3671 0.000 0.568 0.300 0.032 0.088 0.012
#> SRR934933 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0458 0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.9012 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939 6 0.2053 0.5884 0.000 0.000 0.004 0.108 0.000 0.888
#> SRR934940 5 0.3518 0.7961 0.000 0.092 0.016 0.040 0.836 0.016
#> SRR934941 6 0.6606 0.2997 0.000 0.000 0.056 0.332 0.164 0.448
#> SRR934942 5 0.2030 0.7967 0.000 0.016 0.016 0.036 0.924 0.008
#> SRR934943 2 0.3094 0.7877 0.000 0.824 0.000 0.036 0.140 0.000
#> SRR934944 6 0.4401 0.0593 0.464 0.000 0.000 0.024 0.000 0.512
#> SRR934945 5 0.3409 0.5785 0.300 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000
#> SRR934946 5 0.3221 0.6749 0.000 0.000 0.000 0.264 0.736 0.000
#> SRR934947 1 0.1745 0.9088 0.924 0.000 0.000 0.020 0.000 0.056
#> SRR934948 3 0.1003 0.8983 0.000 0.000 0.964 0.020 0.000 0.016
#> SRR934949 2 0.1074 0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934950 6 0.4763 0.4194 0.000 0.000 0.000 0.344 0.064 0.592
#> SRR934951 4 0.3804 0.5746 0.000 0.000 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR934953 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.3782 0.2036 0.000 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.2611 0.8498 0.000 0.000 0.880 0.028 0.080 0.012
#> SRR934957 6 0.1564 0.6488 0.000 0.000 0.000 0.024 0.040 0.936
#> SRR934958 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.3915 0.5699 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000 0.412
#> SRR934960 4 0.3464 0.4489 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR934961 2 0.1074 0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934962 2 0.0725 0.9217 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.3518 0.7907 0.000 0.000 0.804 0.092 0.104 0.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9274 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.2783 0.8102 0.000 0.000 0.836 0.148 0.000 0.016
#> SRR934968 3 0.0458 0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934969 6 0.1075 0.6504 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR934970 1 0.4654 0.1673 0.544 0.000 0.000 0.412 0.000 0.044
#> SRR934971 2 0.4670 0.3800 0.000 0.580 0.380 0.028 0.012 0.000
#> SRR934972 4 0.3915 0.5699 0.000 0.000 0.004 0.584 0.000 0.412
#> SRR934973 3 0.0458 0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934974 4 0.5347 0.1946 0.000 0.000 0.384 0.504 0.000 0.112
#> SRR934975 6 0.6581 0.2995 0.000 0.000 0.052 0.332 0.168 0.448
#> SRR934976 5 0.2135 0.8010 0.000 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR934977 1 0.0363 0.9545 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0713 0.8972 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934979 2 0.0520 0.9240 0.000 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.2872 0.8143 0.000 0.000 0.836 0.024 0.140 0.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 4 0.4096 -0.0362 0.484 0.000 0.000 0.508 0.000 0.008
#> SRR934984 2 0.1074 0.9162 0.000 0.960 0.000 0.028 0.012 0.000
#> SRR934985 6 0.2712 0.6270 0.000 0.000 0.000 0.088 0.048 0.864
#> SRR934986 1 0.4241 0.3588 0.608 0.000 0.000 0.368 0.000 0.024
#> SRR934987 5 0.2419 0.8067 0.000 0.060 0.016 0.028 0.896 0.000
#> SRR934988 3 0.1334 0.8923 0.000 0.000 0.948 0.032 0.000 0.020
#> SRR934989 1 0.0000 0.9598 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0458 0.9028 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.961 0.985 0.4349 0.567 0.567
#> 3 3 0.708 0.838 0.919 0.4741 0.711 0.520
#> 4 4 0.615 0.733 0.844 0.1287 0.755 0.439
#> 5 5 0.701 0.687 0.819 0.0793 0.841 0.517
#> 6 6 0.772 0.768 0.855 0.0551 0.855 0.462
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934722 1 0.9795 0.2841 0.584 0.416
#> SRR934723 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934724 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934744 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934745 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934755 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934766 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934769 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934772 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934771 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934775 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934780 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934790 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934791 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0672 0.9719 0.008 0.992
#> SRR934793 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934807 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934809 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934810 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934811 1 0.0376 0.9830 0.996 0.004
#> SRR934808 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934815 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934818 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934821 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934828 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934830 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934832 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934833 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934851 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934853 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934854 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934856 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934869 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934870 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934871 1 0.9248 0.4832 0.660 0.340
#> SRR934872 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934873 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934878 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934879 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934880 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934882 1 0.8661 0.5914 0.712 0.288
#> SRR934883 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934885 1 0.9129 0.5118 0.672 0.328
#> SRR934886 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934887 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.4298 0.8897 0.088 0.912
#> SRR934890 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934891 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934892 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934893 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.9998 0.0272 0.492 0.508
#> SRR934896 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934898 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934899 2 0.8909 0.5525 0.308 0.692
#> SRR934900 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934902 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934906 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934907 2 0.0938 0.9681 0.012 0.988
#> SRR934908 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934915 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934918 1 0.8081 0.6674 0.752 0.248
#> SRR934919 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934922 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934924 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.9998 0.0270 0.492 0.508
#> SRR934926 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934928 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934930 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934931 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934936 1 0.7299 0.7386 0.796 0.204
#> SRR934933 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934937 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934938 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934939 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934940 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934941 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934942 1 0.8813 0.5699 0.700 0.300
#> SRR934943 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934945 1 0.7674 0.7076 0.776 0.224
#> SRR934946 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934948 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934950 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934956 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934957 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934964 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934968 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934969 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934971 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934972 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934973 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934974 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934975 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934978 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934981 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9791 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.9000 0.5342 0.316 0.684
#> SRR934988 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
#> SRR934990 1 0.0000 0.9868 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 1 0.6079 0.5037 0.612 0.000 0.388
#> SRR934718 1 0.3116 0.8474 0.892 0.000 0.108
#> SRR934719 3 0.4346 0.7066 0.184 0.000 0.816
#> SRR934720 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721 3 0.5327 0.5651 0.272 0.000 0.728
#> SRR934722 3 0.2261 0.8496 0.000 0.068 0.932
#> SRR934723 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934725 1 0.6111 0.5526 0.604 0.000 0.396
#> SRR934726 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934727 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934728 3 0.3686 0.7754 0.140 0.000 0.860
#> SRR934729 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733 1 0.6111 0.5526 0.604 0.000 0.396
#> SRR934734 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934736 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738 1 0.6111 0.5526 0.604 0.000 0.396
#> SRR934740 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742 1 0.6140 0.4613 0.596 0.000 0.404
#> SRR934743 1 0.2165 0.8435 0.936 0.000 0.064
#> SRR934744 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 3 0.1163 0.8834 0.028 0.000 0.972
#> SRR934750 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749 3 0.5760 0.4550 0.328 0.000 0.672
#> SRR934751 1 0.4346 0.8169 0.816 0.000 0.184
#> SRR934752 1 0.6154 0.5304 0.592 0.000 0.408
#> SRR934753 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.6309 0.2408 0.504 0.000 0.496
#> SRR934755 3 0.0592 0.8931 0.012 0.000 0.988
#> SRR934756 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934757 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934759 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761 3 0.6126 0.3652 0.000 0.400 0.600
#> SRR934762 1 0.6154 0.5304 0.592 0.000 0.408
#> SRR934763 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934764 1 0.6168 0.5019 0.588 0.000 0.412
#> SRR934765 1 0.3686 0.8183 0.860 0.000 0.140
#> SRR934766 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934767 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.2959 0.8472 0.900 0.000 0.100
#> SRR934772 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934771 3 0.6291 -0.0541 0.468 0.000 0.532
#> SRR934773 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775 3 0.3192 0.8068 0.112 0.000 0.888
#> SRR934776 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777 1 0.4178 0.8243 0.828 0.000 0.172
#> SRR934778 3 0.4750 0.6349 0.216 0.000 0.784
#> SRR934779 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934787 1 0.3619 0.8449 0.864 0.000 0.136
#> SRR934788 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934789 3 0.5591 0.5192 0.304 0.000 0.696
#> SRR934790 3 0.0592 0.8929 0.012 0.000 0.988
#> SRR934791 1 0.6111 0.5526 0.604 0.000 0.396
#> SRR934792 3 0.4654 0.6943 0.000 0.208 0.792
#> SRR934793 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 1 0.6154 0.5304 0.592 0.000 0.408
#> SRR934796 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934797 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799 1 0.5397 0.7015 0.720 0.000 0.280
#> SRR934800 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803 3 0.6180 0.2742 0.416 0.000 0.584
#> SRR934804 3 0.4504 0.7079 0.000 0.196 0.804
#> SRR934805 3 0.1529 0.8750 0.040 0.000 0.960
#> SRR934806 1 0.6204 0.4308 0.576 0.000 0.424
#> SRR934807 3 0.1860 0.8665 0.052 0.000 0.948
#> SRR934809 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934810 3 0.2356 0.8507 0.072 0.000 0.928
#> SRR934811 3 0.1860 0.8665 0.052 0.000 0.948
#> SRR934808 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934814 1 0.6154 0.5304 0.592 0.000 0.408
#> SRR934815 3 0.1031 0.8863 0.024 0.000 0.976
#> SRR934816 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 2 0.2356 0.9098 0.000 0.928 0.072
#> SRR934818 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.4121 0.8292 0.832 0.000 0.168
#> SRR934820 1 0.6154 0.5304 0.592 0.000 0.408
#> SRR934821 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822 1 0.2261 0.8437 0.932 0.000 0.068
#> SRR934823 3 0.5254 0.5776 0.264 0.000 0.736
#> SRR934825 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934827 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934828 3 0.2066 0.8601 0.060 0.000 0.940
#> SRR934829 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830 3 0.2261 0.8536 0.068 0.000 0.932
#> SRR934831 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832 3 0.1860 0.8665 0.052 0.000 0.948
#> SRR934833 3 0.1860 0.8665 0.052 0.000 0.948
#> SRR934834 3 0.5363 0.5540 0.276 0.000 0.724
#> SRR934835 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836 1 0.2537 0.8458 0.920 0.000 0.080
#> SRR934837 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934839 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934844 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934845 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934848 1 0.4702 0.7949 0.788 0.000 0.212
#> SRR934849 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934854 3 0.1860 0.8665 0.052 0.000 0.948
#> SRR934856 1 0.4121 0.8280 0.832 0.000 0.168
#> SRR934858 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934859 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 3 0.1163 0.8835 0.028 0.000 0.972
#> SRR934866 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870 3 0.2878 0.8266 0.096 0.000 0.904
#> SRR934871 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.5882 0.6329 0.652 0.000 0.348
#> SRR934877 1 0.3816 0.8388 0.852 0.000 0.148
#> SRR934878 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934882 3 0.4346 0.7292 0.000 0.184 0.816
#> SRR934883 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0592 0.9778 0.000 0.988 0.012
#> SRR934885 3 0.6079 0.4102 0.000 0.388 0.612
#> SRR934886 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889 3 0.6095 0.3837 0.000 0.392 0.608
#> SRR934890 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 3 0.2261 0.8496 0.000 0.068 0.932
#> SRR934896 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899 3 0.4346 0.7247 0.000 0.184 0.816
#> SRR934900 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902 3 0.2356 0.8391 0.000 0.072 0.928
#> SRR934903 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 3 0.5397 0.5467 0.280 0.000 0.720
#> SRR934906 3 0.6154 0.0424 0.408 0.000 0.592
#> SRR934907 3 0.3482 0.7882 0.000 0.128 0.872
#> SRR934908 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909 3 0.6111 0.3744 0.000 0.396 0.604
#> SRR934910 2 0.6225 0.1986 0.000 0.568 0.432
#> SRR934911 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 2 0.2356 0.9079 0.000 0.928 0.072
#> SRR934913 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934915 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.5529 0.6628 0.704 0.000 0.296
#> SRR934917 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 3 0.3192 0.8050 0.000 0.112 0.888
#> SRR934919 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924 1 0.5098 0.6636 0.752 0.000 0.248
#> SRR934923 1 0.1289 0.8301 0.968 0.000 0.032
#> SRR934925 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 3 0.6126 0.3648 0.000 0.400 0.600
#> SRR934928 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929 3 0.2261 0.8532 0.068 0.000 0.932
#> SRR934930 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934936 3 0.0237 0.8969 0.000 0.004 0.996
#> SRR934933 3 0.2959 0.8191 0.100 0.000 0.900
#> SRR934937 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934941 3 0.1860 0.8665 0.052 0.000 0.948
#> SRR934942 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934943 3 0.6299 0.1492 0.000 0.476 0.524
#> SRR934944 3 0.5363 0.5540 0.276 0.000 0.724
#> SRR934945 1 0.5619 0.6607 0.744 0.012 0.244
#> SRR934946 3 0.1860 0.8665 0.052 0.000 0.948
#> SRR934947 1 0.5706 0.6486 0.680 0.000 0.320
#> SRR934948 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951 1 0.3619 0.8446 0.864 0.000 0.136
#> SRR934953 3 0.0747 0.8912 0.016 0.000 0.984
#> SRR934952 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934957 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 3 0.4504 0.6893 0.196 0.000 0.804
#> SRR934960 1 0.4504 0.8084 0.804 0.000 0.196
#> SRR934961 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963 3 0.1860 0.8683 0.052 0.000 0.948
#> SRR934964 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0592 0.8931 0.012 0.000 0.988
#> SRR934968 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969 3 0.3816 0.7623 0.148 0.000 0.852
#> SRR934970 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934971 3 0.0237 0.8969 0.000 0.004 0.996
#> SRR934972 3 0.5465 0.5322 0.288 0.000 0.712
#> SRR934973 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975 3 0.0592 0.8930 0.012 0.000 0.988
#> SRR934976 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 1 0.1860 0.8419 0.948 0.000 0.052
#> SRR934978 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934984 2 0.0000 0.9906 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934986 1 0.3551 0.8462 0.868 0.000 0.132
#> SRR934987 3 0.0237 0.8964 0.000 0.004 0.996
#> SRR934988 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.8312 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.8987 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 4 0.4261 0.74838 0.112 0.000 0.068 0.820
#> SRR934718 4 0.4679 0.55436 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR934719 4 0.3907 0.70855 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR934720 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.4491 0.74826 0.060 0.000 0.140 0.800
#> SRR934722 3 0.3048 0.78434 0.000 0.016 0.876 0.108
#> SRR934723 1 0.2469 0.83632 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934724 4 0.3356 0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934725 4 0.2530 0.72512 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR934726 4 0.5488 0.09342 0.016 0.000 0.452 0.532
#> SRR934727 4 0.4331 0.64402 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR934728 4 0.1389 0.74654 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR934729 3 0.4331 0.54670 0.000 0.288 0.712 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.3356 0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934732 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934733 4 0.2704 0.72148 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR934734 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 4 0.4134 0.67012 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR934736 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0921 0.91934 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934738 4 0.2469 0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934740 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.4500 0.51143 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR934742 4 0.4534 0.74361 0.132 0.000 0.068 0.800
#> SRR934743 1 0.2408 0.84353 0.896 0.000 0.000 0.104
#> SRR934744 3 0.3907 0.64655 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR934745 3 0.3969 0.77592 0.016 0.000 0.804 0.180
#> SRR934746 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.4008 0.69959 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR934750 2 0.0817 0.92300 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934749 4 0.3398 0.75622 0.060 0.000 0.068 0.872
#> SRR934751 4 0.6627 0.64329 0.300 0.000 0.112 0.588
#> SRR934752 4 0.2469 0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934753 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.1557 0.74508 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR934755 4 0.4477 0.63234 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR934756 4 0.4072 0.67447 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR934757 4 0.3356 0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934758 4 0.4072 0.67447 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR934759 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.2345 0.78644 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR934762 4 0.2469 0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934763 4 0.3356 0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934764 4 0.1557 0.74502 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR934765 1 0.3143 0.79379 0.876 0.000 0.100 0.024
#> SRR934766 4 0.3873 0.69012 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR934767 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.2345 0.84294 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR934769 3 0.3219 0.78356 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR934770 4 0.4661 0.56094 0.348 0.000 0.000 0.652
#> SRR934772 3 0.3356 0.78207 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR934771 4 0.3903 0.75647 0.076 0.000 0.080 0.844
#> SRR934773 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 4 0.3764 0.69045 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR934775 4 0.4907 0.73365 0.060 0.000 0.176 0.764
#> SRR934776 4 0.4989 0.02135 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR934777 4 0.3172 0.71643 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR934778 3 0.4382 0.67156 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR934779 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.3400 0.77653 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934781 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.1792 0.88934 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR934783 4 0.3074 0.73036 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR934784 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786 4 0.4522 0.60142 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR934787 4 0.4522 0.60102 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR934788 4 0.3907 0.68807 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR934789 4 0.3948 0.75291 0.096 0.000 0.064 0.840
#> SRR934790 4 0.4222 0.67660 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR934791 4 0.2469 0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934792 3 0.2214 0.79519 0.000 0.028 0.928 0.044
#> SRR934793 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.2469 0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934796 4 0.4522 0.60142 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR934797 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.4686 0.74114 0.144 0.000 0.068 0.788
#> SRR934800 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934802 3 0.4679 0.44628 0.000 0.352 0.648 0.000
#> SRR934803 1 0.7259 0.00566 0.492 0.000 0.156 0.352
#> SRR934804 3 0.2021 0.78172 0.000 0.012 0.932 0.056
#> SRR934805 4 0.0592 0.75246 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR934806 4 0.5428 0.73732 0.140 0.000 0.120 0.740
#> SRR934807 3 0.4103 0.69782 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR934809 4 0.2408 0.73324 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR934810 4 0.0817 0.74831 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934811 3 0.4103 0.69782 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR934808 4 0.3808 0.72246 0.012 0.000 0.176 0.812
#> SRR934812 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.4933 0.20706 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR934814 4 0.2469 0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934815 3 0.3649 0.74371 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934816 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.5407 -0.02548 0.000 0.504 0.484 0.012
#> SRR934818 3 0.4331 0.68342 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR934819 4 0.3895 0.72270 0.184 0.000 0.012 0.804
#> SRR934820 4 0.2647 0.72377 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR934821 3 0.2469 0.78320 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934822 4 0.4713 0.54010 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR934823 4 0.4776 0.73971 0.060 0.000 0.164 0.776
#> SRR934825 2 0.4981 0.10377 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR934826 4 0.3907 0.68807 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR934827 3 0.4356 0.74762 0.064 0.000 0.812 0.124
#> SRR934828 3 0.4164 0.69329 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR934829 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 3 0.4164 0.69329 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR934831 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 3 0.4134 0.69567 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR934833 3 0.4543 0.64172 0.000 0.000 0.676 0.324
#> SRR934834 1 0.6240 0.48952 0.664 0.000 0.200 0.136
#> SRR934835 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934836 4 0.4624 0.57085 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR934837 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.3873 0.69012 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR934839 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0188 0.93702 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 4 0.4250 0.65130 0.276 0.000 0.000 0.724
#> SRR934844 4 0.3873 0.69012 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR934845 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.3219 0.72758 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR934848 4 0.2469 0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934849 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.2345 0.84294 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR934851 3 0.2647 0.79954 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR934853 4 0.3356 0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934852 2 0.3907 0.67336 0.000 0.768 0.232 0.000
#> SRR934854 4 0.2647 0.69691 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR934856 4 0.3074 0.71758 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934858 4 0.4697 0.55123 0.356 0.000 0.000 0.644
#> SRR934859 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.4981 0.13455 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.3356 0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934864 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.1474 0.74962 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR934866 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867 3 0.4933 0.23606 0.000 0.432 0.568 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869 4 0.4888 0.45000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR934870 4 0.1302 0.74658 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR934871 3 0.0921 0.79882 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934872 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.2654 0.78270 0.004 0.000 0.888 0.108
#> SRR934874 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.2469 0.72606 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934877 4 0.4158 0.69957 0.224 0.000 0.008 0.768
#> SRR934878 3 0.2921 0.79744 0.000 0.000 0.860 0.140
#> SRR934879 4 0.4222 0.67660 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR934880 4 0.3356 0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934881 3 0.4222 0.57514 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR934882 3 0.2469 0.78320 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934883 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.4948 0.19536 0.000 0.560 0.440 0.000
#> SRR934885 3 0.5538 0.48480 0.000 0.320 0.644 0.036
#> SRR934886 3 0.2469 0.78320 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934887 3 0.2469 0.78320 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934888 2 0.1389 0.90516 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934889 3 0.6382 0.45166 0.000 0.340 0.580 0.080
#> SRR934890 4 0.4222 0.67660 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR934891 4 0.3219 0.67762 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR934892 3 0.2530 0.78398 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR934893 3 0.3266 0.73671 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR934894 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 3 0.2814 0.77831 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR934896 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 4 0.4981 -0.03087 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR934899 3 0.2032 0.78112 0.000 0.028 0.936 0.036
#> SRR934900 3 0.3074 0.75254 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR934901 2 0.4981 0.13333 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR934902 3 0.2469 0.78320 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934903 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.5100 0.73455 0.076 0.000 0.168 0.756
#> SRR934906 4 0.2483 0.73284 0.032 0.000 0.052 0.916
#> SRR934907 3 0.2944 0.77907 0.000 0.004 0.868 0.128
#> SRR934908 3 0.4222 0.56489 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR934909 3 0.6701 0.44551 0.000 0.328 0.564 0.108
#> SRR934910 3 0.5272 0.70632 0.000 0.136 0.752 0.112
#> SRR934911 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912 2 0.3448 0.76272 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR934913 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.3873 0.69012 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR934915 3 0.3528 0.78980 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR934916 1 0.5142 0.72015 0.744 0.000 0.064 0.192
#> SRR934917 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.2081 0.79229 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR934919 3 0.4472 0.74375 0.020 0.000 0.760 0.220
#> SRR934920 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.3311 0.79170 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR934924 3 0.6971 0.38935 0.276 0.000 0.568 0.156
#> SRR934923 1 0.1022 0.88266 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934925 3 0.1557 0.79788 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR934926 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.1474 0.79822 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934928 4 0.2589 0.72781 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR934929 4 0.3356 0.65265 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934930 3 0.1716 0.79687 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934931 3 0.2814 0.77831 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR934932 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.1716 0.88358 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR934936 3 0.1867 0.79562 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934933 4 0.5531 0.72256 0.128 0.000 0.140 0.732
#> SRR934937 4 0.4304 0.66455 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR934938 3 0.1637 0.79734 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934939 4 0.3356 0.72124 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934940 3 0.2814 0.79310 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR934941 3 0.4817 0.63865 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR934942 3 0.2704 0.78194 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR934943 3 0.5848 0.36946 0.000 0.376 0.584 0.040
#> SRR934944 4 0.5314 0.72855 0.084 0.000 0.176 0.740
#> SRR934945 3 0.6080 0.62357 0.132 0.008 0.704 0.156
#> SRR934946 3 0.4134 0.69567 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR934947 4 0.5346 0.71612 0.192 0.000 0.076 0.732
#> SRR934948 4 0.4222 0.67660 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR934949 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950 4 0.4643 0.26869 0.000 0.000 0.344 0.656
#> SRR934951 4 0.4399 0.69780 0.224 0.000 0.016 0.760
#> SRR934953 3 0.5288 0.73928 0.068 0.000 0.732 0.200
#> SRR934952 2 0.2760 0.82704 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.2469 0.78320 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934957 4 0.4998 -0.03254 0.000 0.000 0.488 0.512
#> SRR934958 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.4050 0.73515 0.024 0.000 0.168 0.808
#> SRR934960 4 0.3219 0.71789 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR934961 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963 3 0.2329 0.79639 0.012 0.000 0.916 0.072
#> SRR934964 3 0.3528 0.78980 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR934965 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967 4 0.4277 0.66968 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934968 3 0.3873 0.65127 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR934969 4 0.1118 0.74769 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934970 4 0.4228 0.69160 0.232 0.000 0.008 0.760
#> SRR934971 3 0.2469 0.78320 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934972 4 0.4782 0.74282 0.068 0.000 0.152 0.780
#> SRR934973 3 0.4933 0.08679 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934974 4 0.4164 0.68358 0.000 0.000 0.264 0.736
#> SRR934975 3 0.4431 0.70835 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR934976 3 0.4222 0.56489 0.000 0.272 0.728 0.000
#> SRR934977 1 0.4994 -0.23406 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934978 3 0.2281 0.79546 0.000 0.000 0.904 0.096
#> SRR934979 2 0.0000 0.93993 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.1637 0.79734 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934982 1 0.2647 0.82801 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR934983 4 0.4072 0.67447 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR934984 2 0.0188 0.93696 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934985 4 0.4998 -0.03254 0.000 0.000 0.488 0.512
#> SRR934986 4 0.4134 0.67002 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR934987 3 0.1940 0.79655 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR934988 4 0.4661 0.56025 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR934989 1 0.0000 0.91196 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 4 0.4250 0.67285 0.000 0.000 0.276 0.724
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.3003 0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934718 4 0.2280 0.73573 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR934719 4 0.4101 0.65922 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.3003 0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934722 5 0.0404 0.74166 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934723 1 0.3636 0.69245 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR934724 3 0.4030 0.28571 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR934725 4 0.0000 0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934726 3 0.5284 0.54468 0.000 0.000 0.568 0.376 0.056
#> SRR934727 4 0.0451 0.82175 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000
#> SRR934728 4 0.0703 0.82985 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR934729 5 0.0404 0.74340 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934730 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 3 0.3636 0.46759 0.000 0.000 0.728 0.272 0.000
#> SRR934732 2 0.0162 0.92151 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934733 4 0.0000 0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 4 0.0290 0.82193 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.1043 0.89550 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR934738 4 0.0000 0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 5 0.4192 0.23047 0.000 0.404 0.000 0.000 0.596
#> SRR934742 4 0.2124 0.75091 0.004 0.000 0.096 0.900 0.000
#> SRR934743 1 0.3919 0.74025 0.776 0.000 0.036 0.188 0.000
#> SRR934744 3 0.2966 0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934745 5 0.5940 0.40914 0.004 0.000 0.200 0.184 0.612
#> SRR934746 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.4101 0.07373 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR934750 2 0.2230 0.82508 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR934749 4 0.3003 0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934751 3 0.5520 0.51941 0.076 0.000 0.560 0.364 0.000
#> SRR934752 4 0.0000 0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0000 0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934755 3 0.0000 0.62815 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934756 4 0.0162 0.82297 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934757 3 0.3480 0.50728 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR934758 4 0.0162 0.82297 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.1197 0.88767 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.3684 0.50923 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934762 4 0.0000 0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934763 3 0.3480 0.50728 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR934764 4 0.2966 0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934765 1 0.3109 0.66376 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR934766 4 0.2966 0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.3586 0.70383 0.736 0.000 0.000 0.264 0.000
#> SRR934769 5 0.4305 -0.21583 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR934770 4 0.2280 0.73573 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR934772 3 0.6301 0.34627 0.000 0.000 0.516 0.184 0.300
#> SRR934771 4 0.3003 0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.1043 0.63337 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR934775 3 0.3913 0.36124 0.000 0.000 0.676 0.324 0.000
#> SRR934776 3 0.5731 0.53247 0.000 0.000 0.568 0.328 0.104
#> SRR934777 4 0.2966 0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934778 5 0.3177 0.60748 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR934779 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.3906 0.53753 0.000 0.000 0.704 0.004 0.292
#> SRR934781 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.2424 0.80981 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR934783 4 0.4060 0.62007 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 4 0.4072 0.79660 0.100 0.000 0.108 0.792 0.000
#> SRR934787 4 0.2563 0.73125 0.120 0.000 0.008 0.872 0.000
#> SRR934788 4 0.2929 0.83592 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR934789 4 0.0404 0.82697 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934790 3 0.0000 0.62815 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934791 4 0.2966 0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934792 5 0.4297 -0.14722 0.000 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR934793 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.0000 0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934796 4 0.2338 0.74834 0.112 0.000 0.004 0.884 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.2966 0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934802 5 0.4268 0.10542 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR934803 3 0.6110 0.49637 0.216 0.000 0.568 0.216 0.000
#> SRR934804 5 0.1043 0.72532 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR934805 4 0.3003 0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934806 4 0.4558 0.79531 0.060 0.000 0.216 0.724 0.000
#> SRR934807 5 0.0000 0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809 4 0.3003 0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934810 4 0.2377 0.69157 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR934811 5 0.0000 0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934808 3 0.4249 0.49001 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 2 0.6715 -0.08059 0.000 0.392 0.248 0.000 0.360
#> SRR934814 4 0.0000 0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934815 5 0.3123 0.62372 0.000 0.000 0.004 0.184 0.812
#> SRR934816 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.4779 0.47465 0.000 0.628 0.340 0.000 0.032
#> SRR934818 3 0.5880 0.52109 0.000 0.000 0.568 0.304 0.128
#> SRR934819 4 0.0000 0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934820 4 0.0000 0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934821 3 0.3143 0.58757 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR934822 4 0.2074 0.75422 0.104 0.000 0.000 0.896 0.000
#> SRR934823 4 0.3003 0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934825 2 0.4060 0.44318 0.000 0.640 0.000 0.000 0.360
#> SRR934826 4 0.0000 0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934827 3 0.3550 0.59503 0.020 0.000 0.796 0.184 0.000
#> SRR934828 5 0.3003 0.62085 0.000 0.000 0.000 0.188 0.812
#> SRR934829 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.0000 0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.0000 0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833 5 0.3796 0.51141 0.000 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR934834 3 0.5994 0.50862 0.208 0.000 0.604 0.184 0.004
#> SRR934835 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836 4 0.5083 0.76411 0.120 0.000 0.184 0.696 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.2966 0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0566 0.91426 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR934841 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 4 0.0609 0.81671 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934844 4 0.3003 0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.3109 0.82702 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR934848 4 0.2966 0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.3003 0.76480 0.812 0.000 0.000 0.188 0.000
#> SRR934851 3 0.4126 0.38327 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR934853 3 0.4030 0.28571 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR934852 2 0.5716 0.45764 0.000 0.616 0.240 0.000 0.144
#> SRR934854 5 0.6510 0.15309 0.000 0.000 0.196 0.360 0.444
#> SRR934856 4 0.2966 0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934858 4 0.4734 0.79128 0.088 0.000 0.188 0.724 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.4465 0.64959 0.000 0.732 0.056 0.000 0.212
#> SRR934861 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 3 0.3480 0.50728 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.4682 0.00937 0.000 0.000 0.356 0.620 0.024
#> SRR934866 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.6347 0.26649 0.000 0.524 0.228 0.000 0.248
#> SRR934868 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869 3 0.2516 0.57661 0.000 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR934870 4 0.3003 0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934871 5 0.0000 0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.2966 0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934874 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.3003 0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934877 4 0.2719 0.68477 0.004 0.000 0.144 0.852 0.000
#> SRR934878 5 0.4235 -0.05341 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR934879 3 0.0880 0.63293 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR934880 3 0.3480 0.50728 0.000 0.000 0.752 0.248 0.000
#> SRR934881 2 0.6695 -0.08707 0.000 0.392 0.240 0.000 0.368
#> SRR934882 3 0.3003 0.59167 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934883 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.4029 0.42885 0.000 0.316 0.004 0.000 0.680
#> SRR934885 5 0.5847 0.55053 0.000 0.148 0.132 0.040 0.680
#> SRR934886 3 0.2966 0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934887 3 0.2966 0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934888 2 0.2377 0.81277 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR934889 3 0.6452 0.22336 0.000 0.268 0.500 0.000 0.232
#> SRR934890 3 0.3895 0.16969 0.000 0.000 0.680 0.320 0.000
#> SRR934891 3 0.4272 0.56179 0.000 0.000 0.752 0.196 0.052
#> SRR934892 3 0.3452 0.56839 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR934893 3 0.2966 0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934894 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.0000 0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.4162 0.59876 0.000 0.000 0.768 0.176 0.056
#> SRR934899 5 0.0963 0.72750 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR934900 3 0.2966 0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934901 5 0.3707 0.48850 0.000 0.284 0.000 0.000 0.716
#> SRR934902 3 0.3003 0.59167 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934903 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.3388 0.82719 0.008 0.000 0.200 0.792 0.000
#> SRR934906 4 0.3675 0.82303 0.000 0.000 0.188 0.788 0.024
#> SRR934907 5 0.0963 0.72750 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR934908 5 0.0000 0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934909 3 0.3789 0.48927 0.000 0.224 0.760 0.000 0.016
#> SRR934910 5 0.0000 0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 2 0.4074 0.50073 0.000 0.636 0.364 0.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.2966 0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934915 3 0.4276 0.38465 0.000 0.000 0.616 0.004 0.380
#> SRR934916 3 0.6108 0.46217 0.248 0.000 0.564 0.188 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.3983 0.43397 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR934919 3 0.5823 0.50506 0.004 0.000 0.628 0.188 0.180
#> SRR934920 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 5 0.3366 0.49998 0.000 0.000 0.212 0.004 0.784
#> SRR934924 5 0.2127 0.68656 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR934923 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 5 0.4305 -0.19982 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR934926 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.4101 0.38536 0.000 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR934928 3 0.4060 0.26562 0.000 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR934929 4 0.5477 0.33750 0.000 0.000 0.132 0.648 0.220
#> SRR934930 3 0.4126 0.38629 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR934931 5 0.0000 0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.2891 0.76115 0.000 0.824 0.176 0.000 0.000
#> SRR934936 3 0.4305 0.22440 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR934933 3 0.5030 0.56205 0.044 0.000 0.604 0.352 0.000
#> SRR934937 3 0.0162 0.62854 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934938 3 0.4088 0.39448 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR934939 3 0.4015 0.29692 0.000 0.000 0.652 0.348 0.000
#> SRR934940 5 0.2648 0.61489 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848
#> SRR934941 5 0.6606 -0.26997 0.000 0.000 0.364 0.216 0.420
#> SRR934942 5 0.0000 0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934943 5 0.5233 0.54214 0.000 0.192 0.128 0.000 0.680
#> SRR934944 3 0.4390 0.49176 0.004 0.000 0.568 0.428 0.000
#> SRR934945 5 0.0794 0.73680 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR934946 5 0.0000 0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947 3 0.5133 0.51573 0.044 0.000 0.568 0.388 0.000
#> SRR934948 3 0.0703 0.63249 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950 3 0.6080 0.58261 0.000 0.000 0.568 0.248 0.184
#> SRR934951 4 0.2966 0.83491 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934953 3 0.4231 0.60756 0.020 0.000 0.796 0.052 0.132
#> SRR934952 2 0.3966 0.50305 0.000 0.664 0.000 0.000 0.336
#> SRR934954 2 0.0290 0.91867 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934955 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.3143 0.58564 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR934957 3 0.4125 0.58845 0.000 0.000 0.772 0.172 0.056
#> SRR934958 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.3561 0.77401 0.000 0.000 0.260 0.740 0.000
#> SRR934960 4 0.0000 0.82424 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963 3 0.4276 0.39477 0.004 0.000 0.616 0.000 0.380
#> SRR934964 3 0.4126 0.38327 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR934965 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.92396 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.2561 0.57243 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR934968 3 0.2966 0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934969 4 0.1121 0.83329 0.000 0.000 0.044 0.956 0.000
#> SRR934970 4 0.2773 0.83799 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR934971 3 0.3171 0.59984 0.000 0.000 0.816 0.176 0.008
#> SRR934972 4 0.3003 0.83377 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934973 3 0.2966 0.59457 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934974 4 0.4171 0.62387 0.000 0.000 0.396 0.604 0.000
#> SRR934975 3 0.6244 0.33657 0.000 0.000 0.444 0.144 0.412
#> SRR934976 5 0.0000 0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.6311 0.09236 0.504 0.000 0.176 0.320 0.000
#> SRR934978 3 0.4201 0.34303 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR934979 2 0.0703 0.90794 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934980 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.4256 0.31332 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR934982 1 0.3274 0.74184 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR934983 4 0.0162 0.82297 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934984 2 0.0510 0.91347 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934985 3 0.5880 0.52109 0.000 0.000 0.568 0.304 0.128
#> SRR934986 4 0.0703 0.81549 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR934987 5 0.0000 0.74702 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934988 3 0.0290 0.62989 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.91799 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.62815 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.2527 0.7898 0.000 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR934718 6 0.1845 0.7459 0.028 0.000 0.000 0.052 0.000 0.920
#> SRR934719 4 0.4085 0.7430 0.000 0.000 0.120 0.752 0.000 0.128
#> SRR934720 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.2738 0.7895 0.000 0.000 0.004 0.820 0.000 0.176
#> SRR934722 5 0.1387 0.7921 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR934723 6 0.3290 0.6399 0.252 0.000 0.000 0.004 0.000 0.744
#> SRR934724 4 0.1564 0.7428 0.000 0.000 0.040 0.936 0.000 0.024
#> SRR934725 6 0.2527 0.7720 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934726 6 0.7133 0.4548 0.004 0.000 0.124 0.284 0.144 0.444
#> SRR934727 6 0.3101 0.7828 0.032 0.000 0.000 0.148 0.000 0.820
#> SRR934728 4 0.3782 0.1576 0.000 0.000 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR934729 5 0.0632 0.8154 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.2402 0.6843 0.000 0.000 0.120 0.868 0.000 0.012
#> SRR934732 2 0.1082 0.9341 0.000 0.956 0.040 0.000 0.000 0.004
#> SRR934733 6 0.2527 0.7720 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934734 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 6 0.1753 0.7437 0.004 0.000 0.000 0.084 0.000 0.912
#> SRR934736 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.2454 0.8023 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR934738 6 0.2697 0.7671 0.000 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR934740 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 5 0.2527 0.7052 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR934742 6 0.2531 0.7698 0.004 0.000 0.008 0.128 0.000 0.860
#> SRR934743 6 0.4108 0.7154 0.164 0.000 0.000 0.092 0.000 0.744
#> SRR934744 3 0.0713 0.8431 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934745 5 0.5484 0.6288 0.004 0.000 0.092 0.132 0.684 0.088
#> SRR934746 2 0.0777 0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934747 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.4003 0.7391 0.000 0.000 0.124 0.760 0.000 0.116
#> SRR934750 2 0.2597 0.7843 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176 0.000
#> SRR934749 4 0.2597 0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934751 6 0.4972 0.7190 0.016 0.000 0.088 0.232 0.000 0.664
#> SRR934752 6 0.2527 0.7720 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934753 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 6 0.1714 0.7544 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR934755 3 0.0000 0.8432 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934756 6 0.1806 0.7589 0.004 0.000 0.000 0.088 0.000 0.908
#> SRR934757 4 0.3193 0.6662 0.000 0.000 0.124 0.824 0.000 0.052
#> SRR934758 6 0.3314 0.7763 0.012 0.000 0.000 0.224 0.000 0.764
#> SRR934759 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.1349 0.9197 0.000 0.940 0.056 0.000 0.000 0.004
#> SRR934761 3 0.0713 0.8398 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934762 6 0.2135 0.7282 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR934763 4 0.2624 0.6752 0.000 0.000 0.124 0.856 0.000 0.020
#> SRR934764 4 0.3023 0.7738 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR934765 1 0.2265 0.8899 0.896 0.000 0.024 0.004 0.000 0.076
#> SRR934766 4 0.2597 0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934767 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 6 0.3360 0.6417 0.264 0.000 0.000 0.004 0.000 0.732
#> SRR934769 5 0.4203 0.6216 0.000 0.000 0.216 0.068 0.716 0.000
#> SRR934770 6 0.1807 0.7443 0.020 0.000 0.000 0.060 0.000 0.920
#> SRR934772 5 0.1829 0.7976 0.000 0.000 0.056 0.024 0.920 0.000
#> SRR934771 4 0.2597 0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934773 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 4 0.4936 0.0702 0.000 0.000 0.436 0.500 0.000 0.064
#> SRR934775 4 0.3206 0.7055 0.000 0.000 0.068 0.828 0.000 0.104
#> SRR934776 6 0.6578 0.5982 0.000 0.000 0.104 0.256 0.120 0.520
#> SRR934777 4 0.2597 0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934778 5 0.4827 0.4170 0.000 0.000 0.000 0.084 0.620 0.296
#> SRR934779 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 5 0.6061 0.2826 0.000 0.000 0.340 0.168 0.476 0.016
#> SRR934781 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.2092 0.8464 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR934783 4 0.1644 0.7460 0.000 0.000 0.040 0.932 0.000 0.028
#> SRR934784 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 6 0.3541 0.5230 0.020 0.000 0.000 0.232 0.000 0.748
#> SRR934787 6 0.1829 0.7452 0.024 0.000 0.000 0.056 0.000 0.920
#> SRR934788 4 0.3126 0.7428 0.000 0.000 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR934789 6 0.4408 0.6442 0.000 0.000 0.036 0.356 0.000 0.608
#> SRR934790 3 0.0632 0.8437 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934791 4 0.3023 0.7736 0.000 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR934792 3 0.3862 0.1757 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 6 0.1610 0.7569 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR934796 6 0.2094 0.7349 0.020 0.000 0.000 0.080 0.000 0.900
#> SRR934797 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0291 0.9837 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR934799 4 0.2597 0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934800 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0692 0.9441 0.000 0.976 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR934802 5 0.3868 -0.0697 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR934803 6 0.4686 0.7116 0.088 0.000 0.136 0.040 0.000 0.736
#> SRR934804 5 0.2491 0.7115 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR934805 4 0.2129 0.7509 0.000 0.000 0.040 0.904 0.000 0.056
#> SRR934806 4 0.3076 0.7528 0.000 0.000 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR934807 5 0.0146 0.8193 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934809 4 0.1610 0.7611 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR934810 6 0.3023 0.7579 0.000 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR934811 5 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934808 6 0.5121 0.6797 0.000 0.000 0.124 0.272 0.000 0.604
#> SRR934812 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.2905 0.7849 0.000 0.084 0.852 0.000 0.064 0.000
#> SRR934814 6 0.2527 0.7720 0.000 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934815 5 0.0914 0.8189 0.000 0.000 0.016 0.000 0.968 0.016
#> SRR934816 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.3468 0.5863 0.000 0.284 0.712 0.000 0.000 0.004
#> SRR934818 5 0.5814 0.5175 0.000 0.000 0.124 0.232 0.600 0.044
#> SRR934819 6 0.1957 0.7651 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR934820 6 0.2883 0.7635 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR934821 3 0.1863 0.8338 0.000 0.000 0.920 0.044 0.036 0.000
#> SRR934822 6 0.3588 0.7848 0.060 0.000 0.000 0.152 0.000 0.788
#> SRR934823 4 0.2772 0.7893 0.000 0.000 0.004 0.816 0.000 0.180
#> SRR934825 2 0.3867 0.0864 0.000 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000
#> SRR934826 6 0.1806 0.7565 0.004 0.000 0.000 0.088 0.000 0.908
#> SRR934827 3 0.2822 0.7938 0.004 0.000 0.864 0.056 0.000 0.076
#> SRR934828 5 0.2883 0.6415 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934829 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.1267 0.8076 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934831 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934833 5 0.4757 0.5737 0.000 0.000 0.000 0.180 0.676 0.144
#> SRR934834 6 0.5350 0.7039 0.036 0.000 0.132 0.168 0.000 0.664
#> SRR934835 2 0.0777 0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934836 4 0.3582 0.7431 0.016 0.000 0.000 0.732 0.000 0.252
#> SRR934837 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.2597 0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934839 2 0.0777 0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934840 2 0.1080 0.9371 0.000 0.960 0.032 0.000 0.004 0.004
#> SRR934841 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 6 0.1958 0.7879 0.004 0.000 0.000 0.100 0.000 0.896
#> SRR934844 4 0.2631 0.7878 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR934845 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0777 0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934847 4 0.1794 0.7458 0.000 0.000 0.040 0.924 0.000 0.036
#> SRR934848 4 0.2631 0.7886 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR934849 1 0.0146 0.9869 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934850 6 0.3290 0.6399 0.252 0.000 0.000 0.004 0.000 0.744
#> SRR934851 3 0.2655 0.8180 0.000 0.000 0.872 0.012 0.096 0.020
#> SRR934853 4 0.1549 0.7410 0.000 0.000 0.044 0.936 0.000 0.020
#> SRR934852 3 0.2482 0.7433 0.000 0.148 0.848 0.000 0.000 0.004
#> SRR934854 6 0.3911 0.7443 0.000 0.000 0.000 0.256 0.032 0.712
#> SRR934856 4 0.2597 0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934858 4 0.4604 0.6304 0.152 0.000 0.000 0.696 0.000 0.152
#> SRR934859 2 0.0777 0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934860 2 0.4763 0.3453 0.000 0.576 0.048 0.000 0.372 0.004
#> SRR934861 2 0.0777 0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934862 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.2624 0.6770 0.000 0.000 0.124 0.856 0.000 0.020
#> SRR934864 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 6 0.5507 0.4331 0.000 0.000 0.068 0.420 0.024 0.488
#> SRR934866 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 3 0.3663 0.7356 0.000 0.128 0.796 0.000 0.072 0.004
#> SRR934868 2 0.0777 0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934869 4 0.4929 0.5961 0.000 0.000 0.280 0.620 0.000 0.100
#> SRR934870 4 0.2003 0.7500 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR934871 5 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.1267 0.8289 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR934874 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.2631 0.7886 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR934877 6 0.2101 0.7643 0.004 0.000 0.004 0.100 0.000 0.892
#> SRR934878 5 0.4094 0.6266 0.000 0.000 0.224 0.040 0.728 0.008
#> SRR934879 3 0.3221 0.6087 0.000 0.000 0.736 0.264 0.000 0.000
#> SRR934880 4 0.2446 0.6805 0.000 0.000 0.124 0.864 0.000 0.012
#> SRR934881 3 0.3017 0.7810 0.000 0.084 0.844 0.000 0.072 0.000
#> SRR934882 3 0.0547 0.8441 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.1232 0.8097 0.000 0.016 0.024 0.000 0.956 0.004
#> SRR934885 5 0.0937 0.8137 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR934886 3 0.0146 0.8430 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934887 3 0.0937 0.8403 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR934888 2 0.3679 0.6553 0.000 0.724 0.012 0.000 0.260 0.004
#> SRR934889 5 0.5203 -0.0213 0.000 0.456 0.076 0.000 0.464 0.004
#> SRR934890 3 0.4929 0.3655 0.000 0.000 0.608 0.300 0.000 0.092
#> SRR934891 4 0.3072 0.6704 0.000 0.000 0.084 0.840 0.000 0.076
#> SRR934892 3 0.4763 0.5774 0.000 0.000 0.688 0.136 0.172 0.004
#> SRR934893 3 0.0146 0.8438 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 4 0.6324 0.2632 0.000 0.000 0.252 0.528 0.172 0.048
#> SRR934899 5 0.2219 0.7384 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR934900 3 0.0632 0.8437 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934901 5 0.0937 0.8095 0.000 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR934902 3 0.0632 0.8437 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.3290 0.7498 0.000 0.000 0.004 0.744 0.000 0.252
#> SRR934906 4 0.3078 0.7842 0.000 0.000 0.000 0.796 0.012 0.192
#> SRR934907 5 0.2003 0.7568 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR934908 5 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909 3 0.3370 0.7241 0.000 0.140 0.812 0.000 0.044 0.004
#> SRR934910 5 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.1753 0.8002 0.000 0.084 0.912 0.000 0.000 0.004
#> SRR934913 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.2597 0.7888 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934915 3 0.3228 0.8051 0.000 0.000 0.844 0.044 0.092 0.020
#> SRR934916 6 0.4372 0.7006 0.176 0.000 0.040 0.040 0.000 0.744
#> SRR934917 2 0.0777 0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934918 3 0.1267 0.8334 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR934919 6 0.6525 0.5096 0.000 0.000 0.144 0.112 0.192 0.552
#> SRR934920 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 5 0.4957 0.6054 0.000 0.000 0.196 0.108 0.680 0.016
#> SRR934924 5 0.3646 0.6486 0.052 0.000 0.000 0.000 0.776 0.172
#> SRR934923 1 0.1757 0.9074 0.916 0.000 0.000 0.008 0.000 0.076
#> SRR934925 5 0.3558 0.6106 0.000 0.000 0.248 0.016 0.736 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.1444 0.8297 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR934928 4 0.2365 0.7274 0.000 0.000 0.072 0.888 0.000 0.040
#> SRR934929 6 0.2815 0.7695 0.000 0.000 0.024 0.056 0.044 0.876
#> SRR934930 3 0.2121 0.8214 0.000 0.000 0.892 0.012 0.096 0.000
#> SRR934931 5 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.3652 0.5033 0.000 0.324 0.672 0.000 0.000 0.004
#> SRR934936 3 0.4828 0.0968 0.000 0.000 0.500 0.044 0.452 0.004
#> SRR934933 6 0.4958 0.7117 0.020 0.000 0.124 0.164 0.000 0.692
#> SRR934937 3 0.0632 0.8437 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934938 3 0.1444 0.8306 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR934939 4 0.2070 0.7070 0.000 0.000 0.092 0.896 0.000 0.012
#> SRR934940 5 0.2629 0.7734 0.000 0.000 0.060 0.068 0.872 0.000
#> SRR934941 6 0.5549 0.5762 0.000 0.000 0.000 0.232 0.212 0.556
#> SRR934942 5 0.0458 0.8186 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934943 5 0.1082 0.8127 0.000 0.000 0.040 0.000 0.956 0.004
#> SRR934944 6 0.4882 0.6974 0.004 0.000 0.124 0.204 0.000 0.668
#> SRR934945 5 0.1334 0.8063 0.020 0.000 0.000 0.000 0.948 0.032
#> SRR934946 5 0.2066 0.7980 0.000 0.000 0.000 0.052 0.908 0.040
#> SRR934947 6 0.4114 0.7574 0.016 0.000 0.052 0.176 0.000 0.756
#> SRR934948 3 0.1327 0.8321 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0777 0.9427 0.000 0.972 0.024 0.000 0.000 0.004
#> SRR934950 4 0.3552 0.6292 0.000 0.000 0.084 0.800 0.000 0.116
#> SRR934951 4 0.2631 0.7878 0.000 0.000 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR934953 3 0.4862 0.3498 0.004 0.000 0.600 0.052 0.004 0.340
#> SRR934952 2 0.3499 0.5535 0.000 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR934954 2 0.2266 0.8592 0.000 0.880 0.012 0.000 0.108 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.1572 0.8388 0.000 0.000 0.936 0.036 0.028 0.000
#> SRR934957 4 0.5480 0.4197 0.000 0.000 0.180 0.628 0.172 0.020
#> SRR934958 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.2706 0.7907 0.000 0.000 0.008 0.832 0.000 0.160
#> SRR934960 6 0.1714 0.7544 0.000 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR934961 2 0.0603 0.9456 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR934962 2 0.0405 0.9481 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR934963 3 0.3900 0.7717 0.004 0.000 0.796 0.020 0.128 0.052
#> SRR934964 3 0.2383 0.8156 0.000 0.000 0.880 0.000 0.096 0.024
#> SRR934965 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9517 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 4 0.5226 0.3192 0.000 0.000 0.444 0.464 0.000 0.092
#> SRR934968 3 0.0632 0.8437 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934969 4 0.3330 0.5441 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR934970 4 0.3244 0.7434 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR934971 3 0.0146 0.8430 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934972 4 0.3265 0.7558 0.000 0.000 0.004 0.748 0.000 0.248
#> SRR934973 3 0.0632 0.8437 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934974 4 0.3921 0.7426 0.000 0.000 0.116 0.768 0.000 0.116
#> SRR934975 6 0.6205 0.6101 0.000 0.000 0.176 0.232 0.044 0.548
#> SRR934976 5 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 4 0.5601 0.5389 0.248 0.000 0.000 0.544 0.000 0.208
#> SRR934978 3 0.2378 0.7858 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR934979 2 0.2526 0.8680 0.000 0.876 0.024 0.000 0.096 0.004
#> SRR934980 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.3221 0.6356 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR934982 6 0.3482 0.5834 0.316 0.000 0.000 0.000 0.000 0.684
#> SRR934983 6 0.2668 0.7746 0.004 0.000 0.000 0.168 0.000 0.828
#> SRR934984 2 0.1082 0.9338 0.000 0.956 0.040 0.000 0.000 0.004
#> SRR934985 5 0.7282 0.0981 0.000 0.000 0.124 0.256 0.404 0.216
#> SRR934986 6 0.1644 0.7424 0.004 0.000 0.000 0.076 0.000 0.920
#> SRR934987 5 0.0000 0.8192 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934988 3 0.3835 0.4967 0.000 0.000 0.668 0.320 0.000 0.012
#> SRR934989 1 0.0000 0.9900 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0632 0.8437 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.999 0.957 0.982 0.4657 0.534 0.534
#> 3 3 0.785 0.852 0.923 0.3169 0.750 0.576
#> 4 4 0.553 0.588 0.755 0.1591 0.810 0.553
#> 5 5 0.568 0.594 0.741 0.0825 0.805 0.426
#> 6 6 0.679 0.741 0.787 0.0469 0.822 0.387
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934719 2 0.0376 0.9836 0.004 0.996
#> SRR934720 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934721 2 0.0376 0.9836 0.004 0.996
#> SRR934722 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934724 2 0.0376 0.9836 0.004 0.996
#> SRR934725 1 0.3733 0.9112 0.928 0.072
#> SRR934726 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934731 2 0.0376 0.9836 0.004 0.996
#> SRR934732 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.0376 0.9706 0.996 0.004
#> SRR934734 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0376 0.9706 0.996 0.004
#> SRR934740 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934744 2 0.0376 0.9836 0.004 0.996
#> SRR934745 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934748 2 0.0376 0.9836 0.004 0.996
#> SRR934750 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934749 2 0.0376 0.9836 0.004 0.996
#> SRR934751 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.8081 0.6850 0.752 0.248
#> SRR934753 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.2043 0.9488 0.968 0.032
#> SRR934755 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934757 2 0.4298 0.8977 0.088 0.912
#> SRR934758 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.1414 0.9589 0.980 0.020
#> SRR934763 1 0.9608 0.4109 0.616 0.384
#> SRR934764 1 0.0672 0.9680 0.992 0.008
#> SRR934765 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934766 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934771 2 0.4690 0.8836 0.100 0.900
#> SRR934773 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934774 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934775 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934776 2 0.0376 0.9834 0.004 0.996
#> SRR934777 1 0.2043 0.9481 0.968 0.032
#> SRR934778 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934780 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.9635 0.3984 0.612 0.388
#> SRR934784 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934790 2 0.3274 0.9288 0.060 0.940
#> SRR934791 1 0.0376 0.9706 0.996 0.004
#> SRR934792 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.6623 0.7952 0.828 0.172
#> SRR934796 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.0376 0.9706 0.996 0.004
#> SRR934806 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934807 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934809 2 0.3879 0.9108 0.076 0.924
#> SRR934810 2 0.9087 0.5028 0.324 0.676
#> SRR934811 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934808 1 0.1843 0.9513 0.972 0.028
#> SRR934812 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.8443 0.6459 0.728 0.272
#> SRR934815 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934818 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.1184 0.9621 0.984 0.016
#> SRR934821 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934823 2 0.6887 0.7714 0.184 0.816
#> SRR934825 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934828 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934830 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934832 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934833 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934847 2 0.1633 0.9654 0.024 0.976
#> SRR934848 1 0.0672 0.9680 0.992 0.008
#> SRR934849 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934851 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934853 2 0.0376 0.9836 0.004 0.996
#> SRR934852 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934854 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934856 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.9393 0.4755 0.644 0.356
#> SRR934864 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.9635 0.4017 0.612 0.388
#> SRR934866 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934869 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934870 1 0.0376 0.9706 0.996 0.004
#> SRR934871 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.4431 0.8933 0.092 0.908
#> SRR934874 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.4431 0.8909 0.908 0.092
#> SRR934877 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934878 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934879 2 0.0376 0.9836 0.004 0.996
#> SRR934880 2 0.8144 0.6627 0.252 0.748
#> SRR934881 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934886 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934887 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934890 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934891 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934892 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934893 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934898 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934900 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934902 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.0376 0.9705 0.996 0.004
#> SRR934906 2 0.2043 0.9570 0.032 0.968
#> SRR934907 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934915 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934919 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934924 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934928 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934929 2 0.9896 0.2117 0.440 0.560
#> SRR934930 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934931 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934936 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934937 2 0.0376 0.9836 0.004 0.996
#> SRR934938 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934939 2 0.0376 0.9836 0.004 0.996
#> SRR934940 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934941 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934942 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934945 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934946 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934948 2 0.0376 0.9836 0.004 0.996
#> SRR934949 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934950 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934951 1 0.3431 0.9178 0.936 0.064
#> SRR934953 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934957 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934959 2 0.0376 0.9836 0.004 0.996
#> SRR934960 1 0.0376 0.9706 0.996 0.004
#> SRR934961 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934964 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934967 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934968 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934972 2 0.9983 0.0791 0.476 0.524
#> SRR934973 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934974 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934975 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934985 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934988 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9731 1.000 0.000
#> SRR934990 2 0.0000 0.9867 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 1 0.3267 0.8588 0.884 0.000 0.116
#> SRR934718 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934720 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721 3 0.2448 0.8963 0.000 0.076 0.924
#> SRR934722 3 0.1643 0.8964 0.000 0.044 0.956
#> SRR934723 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724 3 0.2356 0.8680 0.072 0.000 0.928
#> SRR934725 3 0.0475 0.8877 0.004 0.004 0.992
#> SRR934726 3 0.5621 0.5364 0.308 0.000 0.692
#> SRR934727 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728 1 0.2448 0.9125 0.924 0.000 0.076
#> SRR934729 3 0.0424 0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934730 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 3 0.2056 0.8919 0.024 0.024 0.952
#> SRR934732 3 0.6307 0.1603 0.000 0.488 0.512
#> SRR934733 1 0.2537 0.9097 0.920 0.000 0.080
#> SRR934734 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738 3 0.2945 0.8229 0.088 0.004 0.908
#> SRR934740 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 3 0.3192 0.8532 0.000 0.112 0.888
#> SRR934742 1 0.1643 0.9359 0.956 0.000 0.044
#> SRR934743 1 0.0237 0.9502 0.996 0.000 0.004
#> SRR934744 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934745 1 0.5098 0.7073 0.752 0.000 0.248
#> SRR934746 3 0.6252 0.3053 0.000 0.444 0.556
#> SRR934747 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934750 3 0.6079 0.3716 0.000 0.388 0.612
#> SRR934749 3 0.2448 0.8963 0.000 0.076 0.924
#> SRR934751 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752 3 0.2959 0.8129 0.100 0.000 0.900
#> SRR934753 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 3 0.5956 0.4796 0.324 0.004 0.672
#> SRR934755 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934756 1 0.0592 0.9479 0.988 0.000 0.012
#> SRR934757 3 0.2926 0.8901 0.040 0.036 0.924
#> SRR934758 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.5785 0.4542 0.000 0.668 0.332
#> SRR934761 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934762 3 0.5650 0.5083 0.312 0.000 0.688
#> SRR934763 3 0.5835 0.4532 0.340 0.000 0.660
#> SRR934764 1 0.4605 0.7750 0.796 0.000 0.204
#> SRR934765 1 0.3267 0.8588 0.884 0.000 0.116
#> SRR934766 1 0.0592 0.9479 0.988 0.000 0.012
#> SRR934767 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.1753 0.8966 0.000 0.048 0.952
#> SRR934770 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934771 3 0.2939 0.8949 0.012 0.072 0.916
#> SRR934773 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.1878 0.8977 0.004 0.044 0.952
#> SRR934775 1 0.2711 0.8872 0.912 0.000 0.088
#> SRR934776 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934777 1 0.1529 0.9376 0.960 0.000 0.040
#> SRR934778 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934779 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.2356 0.8974 0.000 0.072 0.928
#> SRR934781 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.4062 0.7589 0.000 0.836 0.164
#> SRR934783 3 0.6274 0.1438 0.456 0.000 0.544
#> SRR934784 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789 1 0.1289 0.9395 0.968 0.000 0.032
#> SRR934790 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934791 1 0.3038 0.8881 0.896 0.000 0.104
#> SRR934792 3 0.2625 0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934793 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 3 0.1647 0.8721 0.036 0.004 0.960
#> SRR934796 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0237 0.9505 0.996 0.000 0.004
#> SRR934800 2 0.0424 0.9179 0.000 0.992 0.008
#> SRR934801 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 3 0.5988 0.4250 0.000 0.368 0.632
#> SRR934803 1 0.3192 0.8632 0.888 0.000 0.112
#> SRR934804 3 0.1753 0.8966 0.000 0.048 0.952
#> SRR934805 1 0.4121 0.8014 0.832 0.000 0.168
#> SRR934806 1 0.3340 0.8548 0.880 0.000 0.120
#> SRR934807 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934809 3 0.4062 0.7456 0.164 0.000 0.836
#> SRR934810 3 0.0983 0.8826 0.016 0.004 0.980
#> SRR934811 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934808 3 0.6215 0.1811 0.428 0.000 0.572
#> SRR934812 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934814 3 0.0475 0.8877 0.004 0.004 0.992
#> SRR934815 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934816 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 3 0.3879 0.8446 0.000 0.152 0.848
#> SRR934818 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934819 1 0.1411 0.9377 0.964 0.000 0.036
#> SRR934820 3 0.6308 -0.0609 0.492 0.000 0.508
#> SRR934821 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934822 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823 3 0.2866 0.8950 0.008 0.076 0.916
#> SRR934825 3 0.3551 0.8630 0.000 0.132 0.868
#> SRR934826 1 0.1289 0.9395 0.968 0.000 0.032
#> SRR934827 3 0.6062 0.3585 0.384 0.000 0.616
#> SRR934828 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934829 2 0.6302 -0.0174 0.000 0.520 0.480
#> SRR934830 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934831 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934833 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934834 1 0.1163 0.9422 0.972 0.000 0.028
#> SRR934835 3 0.5882 0.5485 0.000 0.348 0.652
#> SRR934836 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.0747 0.9464 0.984 0.000 0.016
#> SRR934839 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840 3 0.3941 0.8400 0.000 0.156 0.844
#> SRR934841 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.1411 0.9377 0.964 0.000 0.036
#> SRR934844 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.5591 0.5182 0.000 0.696 0.304
#> SRR934847 3 0.6075 0.5492 0.316 0.008 0.676
#> SRR934848 1 0.4452 0.7806 0.808 0.000 0.192
#> SRR934849 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.1643 0.8970 0.000 0.044 0.956
#> SRR934853 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934852 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934854 3 0.0475 0.8877 0.004 0.004 0.992
#> SRR934856 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 3 0.4346 0.8131 0.000 0.184 0.816
#> SRR934861 3 0.5835 0.5643 0.000 0.340 0.660
#> SRR934862 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863 3 0.4974 0.6458 0.236 0.000 0.764
#> SRR934864 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 3 0.0475 0.8866 0.004 0.004 0.992
#> SRR934866 3 0.6008 0.4142 0.000 0.372 0.628
#> SRR934867 3 0.2625 0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934868 3 0.5138 0.7200 0.000 0.252 0.748
#> SRR934869 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934870 1 0.3340 0.8742 0.880 0.000 0.120
#> SRR934871 3 0.1031 0.8936 0.000 0.024 0.976
#> SRR934872 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934874 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.5098 0.6987 0.752 0.000 0.248
#> SRR934877 1 0.0424 0.9486 0.992 0.000 0.008
#> SRR934878 3 0.1753 0.8966 0.000 0.048 0.952
#> SRR934879 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934880 3 0.3028 0.8924 0.032 0.048 0.920
#> SRR934881 3 0.5058 0.7304 0.000 0.244 0.756
#> SRR934882 3 0.2625 0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934883 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 3 0.0424 0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934885 3 0.0424 0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934886 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934887 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934888 2 0.5058 0.6718 0.000 0.756 0.244
#> SRR934889 3 0.1964 0.8972 0.000 0.056 0.944
#> SRR934890 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934891 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934892 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934893 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934894 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 3 0.0747 0.8916 0.000 0.016 0.984
#> SRR934896 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0424 0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934899 3 0.1411 0.8956 0.000 0.036 0.964
#> SRR934900 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934901 3 0.3192 0.8567 0.000 0.112 0.888
#> SRR934902 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934903 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 3 0.3554 0.8736 0.064 0.036 0.900
#> SRR934906 3 0.1399 0.8885 0.028 0.004 0.968
#> SRR934907 3 0.1643 0.8964 0.000 0.044 0.956
#> SRR934908 3 0.1163 0.8858 0.000 0.028 0.972
#> SRR934909 3 0.2625 0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934910 3 0.0424 0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934911 2 0.4555 0.7395 0.000 0.800 0.200
#> SRR934912 3 0.3116 0.8829 0.000 0.108 0.892
#> SRR934913 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934915 3 0.1643 0.8964 0.000 0.044 0.956
#> SRR934916 1 0.1163 0.9422 0.972 0.000 0.028
#> SRR934917 3 0.6192 0.3788 0.000 0.420 0.580
#> SRR934918 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934919 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934920 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0424 0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934924 1 0.2066 0.9287 0.940 0.000 0.060
#> SRR934923 1 0.0592 0.9473 0.988 0.000 0.012
#> SRR934925 3 0.2165 0.8976 0.000 0.064 0.936
#> SRR934926 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 3 0.2625 0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934928 3 0.2926 0.8925 0.036 0.040 0.924
#> SRR934929 3 0.2400 0.8476 0.064 0.004 0.932
#> SRR934930 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934931 3 0.0424 0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934932 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 3 0.4346 0.8060 0.000 0.184 0.816
#> SRR934936 3 0.2625 0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934933 1 0.1411 0.9333 0.964 0.000 0.036
#> SRR934937 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934938 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934939 3 0.2939 0.8968 0.012 0.072 0.916
#> SRR934940 3 0.0592 0.8905 0.000 0.012 0.988
#> SRR934941 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934942 3 0.0424 0.8891 0.000 0.008 0.992
#> SRR934943 3 0.2625 0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934944 1 0.2711 0.8885 0.912 0.000 0.088
#> SRR934945 1 0.2066 0.9287 0.940 0.000 0.060
#> SRR934946 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934947 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934949 2 0.5560 0.5442 0.000 0.700 0.300
#> SRR934950 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934951 1 0.3941 0.8257 0.844 0.000 0.156
#> SRR934953 1 0.4842 0.7462 0.776 0.000 0.224
#> SRR934952 2 0.6235 0.2436 0.000 0.564 0.436
#> SRR934954 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.2625 0.8952 0.000 0.084 0.916
#> SRR934957 3 0.1411 0.8969 0.000 0.036 0.964
#> SRR934958 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 3 0.2448 0.8963 0.000 0.076 0.924
#> SRR934960 1 0.2165 0.9213 0.936 0.000 0.064
#> SRR934961 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963 1 0.6154 0.3552 0.592 0.000 0.408
#> SRR934964 3 0.1643 0.8970 0.000 0.044 0.956
#> SRR934965 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9241 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934968 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934969 1 0.1289 0.9395 0.968 0.000 0.032
#> SRR934970 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934972 3 0.3039 0.8898 0.036 0.044 0.920
#> SRR934973 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934974 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934975 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934976 3 0.1163 0.8858 0.000 0.028 0.972
#> SRR934977 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.2066 0.8980 0.000 0.060 0.940
#> SRR934979 2 0.6244 0.1539 0.000 0.560 0.440
#> SRR934980 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.1753 0.8974 0.000 0.048 0.952
#> SRR934982 1 0.1031 0.9429 0.976 0.000 0.024
#> SRR934983 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984 3 0.3340 0.8741 0.000 0.120 0.880
#> SRR934985 3 0.0237 0.8880 0.000 0.004 0.996
#> SRR934986 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987 3 0.1643 0.8964 0.000 0.044 0.956
#> SRR934988 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
#> SRR934989 1 0.0000 0.9515 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.2537 0.8960 0.000 0.080 0.920
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 1 0.8040 0.5429 0.568 0.216 0.064 0.152
#> SRR934718 1 0.0188 0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.4933 0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934720 1 0.2399 0.8819 0.920 0.032 0.048 0.000
#> SRR934721 4 0.5578 0.2514 0.040 0.000 0.312 0.648
#> SRR934722 4 0.2704 0.5824 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR934723 1 0.1610 0.8889 0.952 0.016 0.032 0.000
#> SRR934724 4 0.3123 0.5847 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR934725 4 0.1474 0.6394 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR934726 4 0.6756 0.3047 0.356 0.032 0.044 0.568
#> SRR934727 1 0.0188 0.8891 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934728 1 0.4961 0.1699 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR934729 4 0.5113 0.3247 0.000 0.024 0.292 0.684
#> SRR934730 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934731 4 0.2466 0.6419 0.056 0.000 0.028 0.916
#> SRR934732 3 0.7313 -0.2304 0.000 0.380 0.464 0.156
#> SRR934733 1 0.2010 0.8757 0.932 0.004 0.004 0.060
#> SRR934734 1 0.2197 0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934735 1 0.0336 0.8888 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.1388 0.8893 0.960 0.012 0.028 0.000
#> SRR934737 2 0.4283 0.9286 0.000 0.740 0.256 0.004
#> SRR934738 4 0.2345 0.6210 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR934740 1 0.2197 0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934739 2 0.5113 0.9038 0.000 0.712 0.252 0.036
#> SRR934741 4 0.5697 0.2884 0.000 0.052 0.292 0.656
#> SRR934742 1 0.3387 0.8722 0.888 0.028 0.052 0.032
#> SRR934743 1 0.5065 0.8154 0.772 0.032 0.172 0.024
#> SRR934744 3 0.4933 0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934745 1 0.5712 0.7507 0.756 0.036 0.072 0.136
#> SRR934746 2 0.7313 0.4382 0.000 0.464 0.380 0.156
#> SRR934747 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934748 3 0.4933 0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934750 4 0.7828 -0.1970 0.000 0.296 0.292 0.412
#> SRR934749 4 0.5906 0.2982 0.064 0.000 0.292 0.644
#> SRR934751 1 0.5169 0.7805 0.744 0.212 0.020 0.024
#> SRR934752 4 0.1716 0.6338 0.064 0.000 0.000 0.936
#> SRR934753 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934754 4 0.3074 0.5839 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934755 3 0.3448 0.5949 0.000 0.004 0.828 0.168
#> SRR934756 1 0.0188 0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934757 4 0.5480 0.4805 0.140 0.000 0.124 0.736
#> SRR934758 1 0.0000 0.8891 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.2399 0.8819 0.920 0.032 0.048 0.000
#> SRR934760 3 0.7188 -0.4023 0.000 0.428 0.436 0.136
#> SRR934761 3 0.3311 0.5960 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR934762 4 0.3528 0.5473 0.192 0.000 0.000 0.808
#> SRR934763 4 0.1302 0.6414 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR934764 4 0.4331 0.4687 0.288 0.000 0.000 0.712
#> SRR934765 3 0.8326 -0.2317 0.340 0.220 0.416 0.024
#> SRR934766 1 0.1004 0.8831 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR934767 1 0.2197 0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934768 1 0.0336 0.8888 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934769 4 0.2408 0.6017 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR934770 1 0.0188 0.8892 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934772 4 0.5193 0.3053 0.000 0.020 0.324 0.656
#> SRR934771 4 0.6775 0.0382 0.100 0.000 0.384 0.516
#> SRR934773 1 0.2399 0.8819 0.920 0.032 0.048 0.000
#> SRR934774 4 0.4406 0.2818 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR934775 1 0.6094 0.7318 0.712 0.164 0.016 0.108
#> SRR934776 4 0.0376 0.6496 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR934777 4 0.4941 0.1787 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR934778 4 0.0707 0.6485 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934779 1 0.2197 0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934780 4 0.2011 0.6226 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR934781 2 0.4934 0.9119 0.000 0.720 0.252 0.028
#> SRR934782 2 0.6521 0.8021 0.000 0.620 0.256 0.124
#> SRR934783 4 0.3257 0.5902 0.152 0.000 0.004 0.844
#> SRR934784 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934785 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934786 1 0.0188 0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.7229 0.6893 0.612 0.220 0.144 0.024
#> SRR934788 1 0.0188 0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934789 1 0.1118 0.8784 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934790 3 0.5775 0.4515 0.000 0.212 0.696 0.092
#> SRR934791 4 0.4989 0.0878 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR934792 3 0.5088 0.3328 0.000 0.004 0.572 0.424
#> SRR934793 1 0.2197 0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934794 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934795 4 0.2281 0.6246 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR934796 1 0.0188 0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.2197 0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934798 1 0.1042 0.8900 0.972 0.008 0.020 0.000
#> SRR934799 1 0.1398 0.8774 0.956 0.004 0.000 0.040
#> SRR934800 2 0.4103 0.9300 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR934801 2 0.4252 0.9299 0.000 0.744 0.252 0.004
#> SRR934802 4 0.7890 -0.1988 0.000 0.288 0.352 0.360
#> SRR934803 1 0.8349 0.4895 0.432 0.244 0.300 0.024
#> SRR934804 3 0.5279 0.3345 0.000 0.012 0.588 0.400
#> SRR934805 4 0.4679 0.4016 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR934806 3 0.8225 -0.1231 0.296 0.220 0.460 0.024
#> SRR934807 4 0.0707 0.6485 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934809 4 0.2281 0.6214 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR934810 4 0.1022 0.6441 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR934811 4 0.1022 0.6467 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR934808 4 0.3764 0.5205 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR934812 1 0.1452 0.8876 0.956 0.008 0.036 0.000
#> SRR934813 3 0.4632 0.5331 0.000 0.004 0.688 0.308
#> SRR934814 4 0.1118 0.6428 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934815 4 0.4222 0.3866 0.000 0.000 0.272 0.728
#> SRR934816 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934817 3 0.5408 0.4404 0.000 0.016 0.576 0.408
#> SRR934818 4 0.1118 0.6440 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR934819 1 0.1124 0.8899 0.972 0.004 0.012 0.012
#> SRR934820 4 0.2868 0.5918 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR934821 4 0.4941 -0.1175 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR934822 1 0.0188 0.8891 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.6766 0.0533 0.100 0.000 0.380 0.520
#> SRR934825 3 0.6979 0.2951 0.000 0.120 0.504 0.376
#> SRR934826 1 0.0895 0.8842 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR934827 3 0.9120 -0.1136 0.284 0.244 0.396 0.076
#> SRR934828 4 0.4695 0.3900 0.004 0.012 0.252 0.732
#> SRR934829 3 0.6936 0.0595 0.000 0.284 0.568 0.148
#> SRR934830 4 0.0817 0.6479 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934831 1 0.2197 0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934832 4 0.0817 0.6479 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934833 4 0.0188 0.6494 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934834 1 0.7754 0.6776 0.564 0.232 0.172 0.032
#> SRR934835 3 0.6323 0.4444 0.000 0.164 0.660 0.176
#> SRR934836 1 0.0707 0.8882 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934838 1 0.1004 0.8831 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR934839 2 0.5358 0.8907 0.000 0.700 0.252 0.048
#> SRR934840 3 0.6811 0.3067 0.000 0.216 0.604 0.180
#> SRR934841 1 0.1854 0.8862 0.940 0.012 0.048 0.000
#> SRR934842 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934843 1 0.2521 0.8856 0.924 0.032 0.028 0.016
#> SRR934844 1 0.1182 0.8856 0.968 0.016 0.000 0.016
#> SRR934845 2 0.4252 0.9299 0.000 0.744 0.252 0.004
#> SRR934846 2 0.6813 0.7067 0.000 0.576 0.292 0.132
#> SRR934847 4 0.4434 0.5235 0.228 0.000 0.016 0.756
#> SRR934848 4 0.4543 0.4412 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR934849 1 0.0524 0.8890 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR934850 1 0.1059 0.8898 0.972 0.012 0.016 0.000
#> SRR934851 3 0.4877 0.3365 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR934853 4 0.5313 0.0819 0.016 0.000 0.376 0.608
#> SRR934852 3 0.6295 0.4746 0.000 0.212 0.656 0.132
#> SRR934854 4 0.0188 0.6491 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934856 1 0.3534 0.7750 0.840 0.008 0.004 0.148
#> SRR934858 1 0.0336 0.8889 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.6138 0.8275 0.000 0.648 0.260 0.092
#> SRR934860 3 0.7385 -0.0792 0.000 0.340 0.484 0.176
#> SRR934861 3 0.6104 0.4844 0.000 0.140 0.680 0.180
#> SRR934862 2 0.4343 0.9240 0.000 0.732 0.264 0.004
#> SRR934863 4 0.1209 0.6479 0.032 0.000 0.004 0.964
#> SRR934864 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934865 4 0.0469 0.6487 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934866 4 0.7896 -0.2240 0.000 0.296 0.336 0.368
#> SRR934867 3 0.4079 0.5929 0.000 0.020 0.800 0.180
#> SRR934868 3 0.5632 0.5652 0.000 0.092 0.712 0.196
#> SRR934869 3 0.4941 0.4124 0.000 0.000 0.564 0.436
#> SRR934870 4 0.4843 0.3061 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR934871 4 0.2281 0.6171 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR934872 2 0.4737 0.9188 0.000 0.728 0.252 0.020
#> SRR934873 3 0.3311 0.5960 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR934874 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934875 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934876 4 0.3311 0.5720 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR934877 1 0.3460 0.8726 0.884 0.036 0.056 0.024
#> SRR934878 4 0.4624 0.1653 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934879 3 0.4933 0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934880 4 0.6430 -0.1601 0.068 0.000 0.428 0.504
#> SRR934881 3 0.5457 0.5569 0.000 0.088 0.728 0.184
#> SRR934882 3 0.4054 0.5933 0.000 0.016 0.796 0.188
#> SRR934883 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934884 4 0.5207 0.3200 0.000 0.028 0.292 0.680
#> SRR934885 4 0.5388 0.0223 0.000 0.012 0.456 0.532
#> SRR934886 3 0.3266 0.5951 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR934887 3 0.4996 0.3290 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR934888 2 0.7636 0.5179 0.000 0.468 0.284 0.248
#> SRR934889 4 0.5268 0.0441 0.000 0.008 0.452 0.540
#> SRR934890 3 0.4933 0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934891 4 0.0000 0.6491 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892 3 0.4996 0.3219 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR934893 3 0.3444 0.5959 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR934894 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934895 4 0.1557 0.6344 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR934896 1 0.2399 0.8819 0.920 0.032 0.048 0.000
#> SRR934897 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934898 4 0.1022 0.6452 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR934899 3 0.5039 0.3232 0.000 0.004 0.592 0.404
#> SRR934900 3 0.4933 0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934901 4 0.5623 0.2944 0.000 0.048 0.292 0.660
#> SRR934902 3 0.3486 0.5950 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR934903 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934905 3 0.6705 0.3214 0.100 0.220 0.656 0.024
#> SRR934906 4 0.2131 0.6459 0.036 0.000 0.032 0.932
#> SRR934907 4 0.2011 0.6199 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR934908 4 0.5546 0.3000 0.000 0.044 0.292 0.664
#> SRR934909 3 0.4136 0.5913 0.000 0.016 0.788 0.196
#> SRR934910 4 0.5193 0.2919 0.000 0.020 0.324 0.656
#> SRR934911 2 0.7128 0.6901 0.000 0.556 0.260 0.184
#> SRR934912 3 0.5240 0.5745 0.000 0.072 0.740 0.188
#> SRR934913 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934914 1 0.1576 0.8780 0.948 0.004 0.000 0.048
#> SRR934915 4 0.3610 0.4770 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR934916 1 0.7803 0.6705 0.556 0.240 0.172 0.032
#> SRR934917 3 0.7379 -0.1656 0.000 0.364 0.468 0.168
#> SRR934918 3 0.3528 0.5945 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR934919 4 0.5028 0.1932 0.004 0.000 0.400 0.596
#> SRR934920 1 0.2197 0.8840 0.928 0.024 0.048 0.000
#> SRR934921 2 0.5810 0.8565 0.000 0.672 0.256 0.072
#> SRR934922 4 0.1302 0.6407 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934924 1 0.5346 0.8116 0.760 0.036 0.172 0.032
#> SRR934923 1 0.7620 0.6739 0.564 0.244 0.168 0.024
#> SRR934925 4 0.3837 0.4412 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR934926 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934927 3 0.5112 0.4129 0.000 0.004 0.560 0.436
#> SRR934928 4 0.2751 0.6302 0.040 0.000 0.056 0.904
#> SRR934929 4 0.5463 0.4820 0.224 0.020 0.032 0.724
#> SRR934930 3 0.4948 0.4076 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR934931 4 0.1302 0.6407 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934932 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934934 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934935 3 0.5062 0.5804 0.000 0.064 0.752 0.184
#> SRR934936 3 0.4999 0.3045 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR934933 1 0.7585 0.6775 0.568 0.244 0.164 0.024
#> SRR934937 3 0.4933 0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934938 4 0.4981 -0.2172 0.000 0.000 0.464 0.536
#> SRR934939 4 0.4713 0.1308 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR934940 4 0.1557 0.6348 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR934941 4 0.0707 0.6489 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934942 4 0.1389 0.6392 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR934943 4 0.5698 0.2107 0.000 0.036 0.356 0.608
#> SRR934944 1 0.6297 0.7397 0.688 0.220 0.040 0.052
#> SRR934945 1 0.5346 0.8116 0.760 0.036 0.172 0.032
#> SRR934946 4 0.0817 0.6479 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934947 1 0.0188 0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.4933 0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934949 2 0.6956 0.6893 0.000 0.564 0.288 0.148
#> SRR934950 4 0.0188 0.6491 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934951 4 0.6762 0.1460 0.428 0.004 0.080 0.488
#> SRR934953 1 0.8582 0.3746 0.372 0.244 0.352 0.032
#> SRR934952 4 0.7795 -0.1881 0.000 0.296 0.280 0.424
#> SRR934954 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934955 1 0.1854 0.8862 0.940 0.012 0.048 0.000
#> SRR934956 3 0.4343 0.5441 0.000 0.004 0.732 0.264
#> SRR934957 4 0.1474 0.6385 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR934958 2 0.5025 0.9081 0.000 0.716 0.252 0.032
#> SRR934959 4 0.5929 0.1348 0.048 0.000 0.356 0.596
#> SRR934960 1 0.1489 0.8743 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR934961 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934962 2 0.6049 0.8335 0.000 0.652 0.264 0.084
#> SRR934963 3 0.8580 -0.1598 0.276 0.244 0.440 0.040
#> SRR934964 4 0.4661 0.1450 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR934965 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934966 2 0.4072 0.9317 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934967 3 0.4948 0.4076 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR934968 3 0.4933 0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934969 1 0.4948 0.1923 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR934970 1 0.4323 0.7920 0.776 0.204 0.000 0.020
#> SRR934971 3 0.3400 0.5960 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934972 3 0.8557 0.3771 0.108 0.216 0.532 0.144
#> SRR934973 3 0.3400 0.5962 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934974 3 0.4948 0.4076 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR934975 4 0.0469 0.6493 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934976 4 0.5546 0.3000 0.000 0.044 0.292 0.664
#> SRR934977 1 0.6415 0.7386 0.676 0.220 0.080 0.024
#> SRR934978 3 0.4697 0.4314 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR934979 2 0.7049 0.6657 0.000 0.548 0.300 0.152
#> SRR934980 1 0.2131 0.8854 0.932 0.032 0.036 0.000
#> SRR934981 4 0.4761 0.0878 0.000 0.000 0.372 0.628
#> SRR934982 1 0.5257 0.8114 0.764 0.032 0.172 0.032
#> SRR934983 1 0.0188 0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934984 3 0.5160 0.5713 0.000 0.072 0.748 0.180
#> SRR934985 4 0.0707 0.6485 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934986 1 0.0188 0.8890 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934987 4 0.1716 0.6301 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR934988 3 0.4981 0.3649 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR934989 1 0.2399 0.8819 0.920 0.032 0.048 0.000
#> SRR934990 3 0.4933 0.4119 0.000 0.000 0.568 0.432
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.5725 0.56747 0.124 0.000 0.040 0.692 0.144
#> SRR934718 4 0.1270 0.54508 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934719 3 0.3443 0.79057 0.008 0.000 0.816 0.012 0.164
#> SRR934720 1 0.3177 0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934721 5 0.6867 0.26492 0.012 0.000 0.240 0.276 0.472
#> SRR934722 5 0.2068 0.72267 0.004 0.000 0.092 0.000 0.904
#> SRR934723 1 0.4151 0.67345 0.652 0.000 0.004 0.344 0.000
#> SRR934724 5 0.3579 0.59962 0.000 0.000 0.004 0.240 0.756
#> SRR934725 5 0.1952 0.75935 0.004 0.000 0.000 0.084 0.912
#> SRR934726 5 0.7707 -0.10360 0.320 0.004 0.048 0.236 0.392
#> SRR934727 4 0.4135 -0.08448 0.340 0.000 0.000 0.656 0.004
#> SRR934728 4 0.4101 0.35096 0.000 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR934729 2 0.6409 0.40698 0.008 0.440 0.132 0.000 0.420
#> SRR934730 2 0.0693 0.75184 0.012 0.980 0.008 0.000 0.000
#> SRR934731 5 0.3054 0.75240 0.012 0.000 0.060 0.052 0.876
#> SRR934732 2 0.4801 0.67632 0.000 0.668 0.284 0.000 0.048
#> SRR934733 4 0.6417 0.03969 0.336 0.000 0.004 0.496 0.164
#> SRR934734 1 0.3177 0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934735 4 0.4283 -0.36398 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR934736 1 0.4276 0.64072 0.616 0.000 0.004 0.380 0.000
#> SRR934737 2 0.2773 0.76151 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000
#> SRR934738 5 0.3727 0.62123 0.016 0.000 0.000 0.216 0.768
#> SRR934740 1 0.3177 0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934739 2 0.0566 0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.6126 0.61247 0.008 0.564 0.128 0.000 0.300
#> SRR934742 1 0.5343 0.34702 0.572 0.000 0.036 0.380 0.012
#> SRR934743 1 0.5047 0.36807 0.588 0.000 0.032 0.376 0.004
#> SRR934744 3 0.3080 0.80676 0.008 0.000 0.844 0.008 0.140
#> SRR934745 1 0.6328 0.25656 0.576 0.000 0.044 0.300 0.080
#> SRR934746 2 0.4203 0.74763 0.000 0.760 0.188 0.000 0.052
#> SRR934747 2 0.0566 0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.3277 0.80137 0.008 0.000 0.832 0.012 0.148
#> SRR934750 2 0.5861 0.68131 0.012 0.632 0.128 0.000 0.228
#> SRR934749 5 0.6951 0.24124 0.016 0.000 0.236 0.280 0.468
#> SRR934751 4 0.2678 0.53625 0.100 0.000 0.016 0.880 0.004
#> SRR934752 5 0.1768 0.76073 0.004 0.000 0.000 0.072 0.924
#> SRR934753 2 0.0404 0.74933 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 5 0.2471 0.71544 0.000 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR934755 3 0.1932 0.79704 0.008 0.020 0.936 0.004 0.032
#> SRR934756 4 0.3282 0.35542 0.188 0.000 0.000 0.804 0.008
#> SRR934757 5 0.7406 0.28847 0.084 0.000 0.216 0.184 0.516
#> SRR934758 4 0.2798 0.46203 0.140 0.000 0.000 0.852 0.008
#> SRR934759 1 0.3177 0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934760 2 0.4481 0.72021 0.000 0.720 0.232 0.000 0.048
#> SRR934761 3 0.3112 0.72752 0.000 0.100 0.856 0.000 0.044
#> SRR934762 5 0.2763 0.70413 0.004 0.000 0.000 0.148 0.848
#> SRR934763 5 0.2228 0.76326 0.004 0.000 0.012 0.076 0.908
#> SRR934764 5 0.3534 0.57138 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR934765 4 0.5209 0.44567 0.172 0.000 0.116 0.704 0.008
#> SRR934766 4 0.2843 0.59096 0.008 0.000 0.000 0.848 0.144
#> SRR934767 1 0.3177 0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934768 4 0.4304 -0.41127 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR934769 5 0.2392 0.71410 0.000 0.004 0.104 0.004 0.888
#> SRR934770 4 0.1671 0.52911 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR934772 2 0.7090 0.53082 0.108 0.524 0.056 0.008 0.304
#> SRR934771 4 0.6336 0.43700 0.020 0.000 0.140 0.580 0.260
#> SRR934773 1 0.3177 0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934774 5 0.5710 0.06743 0.040 0.000 0.400 0.024 0.536
#> SRR934775 4 0.5374 0.57517 0.120 0.000 0.024 0.712 0.144
#> SRR934776 5 0.0740 0.77008 0.004 0.000 0.008 0.008 0.980
#> SRR934777 4 0.4030 0.40180 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR934778 5 0.0854 0.76869 0.008 0.000 0.004 0.012 0.976
#> SRR934779 1 0.3274 0.72418 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR934780 5 0.2233 0.71951 0.000 0.000 0.104 0.004 0.892
#> SRR934781 2 0.0693 0.75000 0.012 0.980 0.008 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.4807 0.74007 0.000 0.728 0.132 0.000 0.140
#> SRR934783 5 0.3652 0.64112 0.004 0.000 0.012 0.200 0.784
#> SRR934784 2 0.1281 0.75618 0.012 0.956 0.032 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0693 0.75000 0.012 0.980 0.008 0.000 0.000
#> SRR934786 4 0.1341 0.54356 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR934787 4 0.3888 0.47657 0.176 0.000 0.032 0.788 0.004
#> SRR934788 4 0.1408 0.55535 0.044 0.000 0.000 0.948 0.008
#> SRR934789 4 0.2719 0.59131 0.004 0.000 0.000 0.852 0.144
#> SRR934790 3 0.2626 0.77175 0.056 0.008 0.904 0.012 0.020
#> SRR934791 4 0.4030 0.39571 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR934792 2 0.6827 0.36412 0.004 0.424 0.256 0.000 0.316
#> SRR934793 1 0.3177 0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934794 2 0.0566 0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934795 5 0.2068 0.75021 0.004 0.000 0.000 0.092 0.904
#> SRR934796 4 0.1341 0.54356 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR934797 1 0.3177 0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934798 1 0.4283 0.51614 0.544 0.000 0.000 0.456 0.000
#> SRR934799 4 0.3011 0.59259 0.016 0.000 0.000 0.844 0.140
#> SRR934800 2 0.3752 0.76404 0.000 0.804 0.148 0.000 0.048
#> SRR934801 2 0.2179 0.76324 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR934802 2 0.5337 0.71834 0.004 0.684 0.136 0.000 0.176
#> SRR934803 4 0.5205 0.21525 0.360 0.000 0.044 0.592 0.004
#> SRR934804 2 0.6392 0.61848 0.008 0.556 0.208 0.000 0.228
#> SRR934805 4 0.4294 0.09349 0.000 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR934806 4 0.5457 0.44368 0.164 0.000 0.136 0.688 0.012
#> SRR934807 5 0.0854 0.76672 0.012 0.000 0.004 0.008 0.976
#> SRR934809 5 0.3983 0.42875 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934810 5 0.1478 0.76522 0.000 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR934811 5 0.1875 0.75476 0.016 0.028 0.008 0.008 0.940
#> SRR934808 5 0.2445 0.74827 0.004 0.000 0.004 0.108 0.884
#> SRR934812 1 0.3837 0.63213 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR934813 3 0.4617 0.49224 0.000 0.224 0.716 0.000 0.060
#> SRR934814 5 0.1638 0.76642 0.004 0.000 0.000 0.064 0.932
#> SRR934815 5 0.4422 0.60600 0.028 0.132 0.044 0.004 0.792
#> SRR934816 2 0.2230 0.76367 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.5164 0.43816 0.000 0.256 0.660 0.000 0.084
#> SRR934818 5 0.0865 0.76528 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR934819 4 0.5227 0.50999 0.144 0.000 0.012 0.712 0.132
#> SRR934820 5 0.2286 0.73834 0.004 0.000 0.000 0.108 0.888
#> SRR934821 3 0.5191 0.72798 0.016 0.048 0.688 0.004 0.244
#> SRR934822 4 0.4302 -0.40814 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR934823 4 0.6631 0.47650 0.044 0.000 0.136 0.580 0.240
#> SRR934825 2 0.5843 0.69470 0.008 0.636 0.188 0.000 0.168
#> SRR934826 4 0.3409 0.58474 0.032 0.000 0.000 0.824 0.144
#> SRR934827 1 0.7935 -0.02822 0.332 0.000 0.300 0.296 0.072
#> SRR934828 5 0.5551 0.49638 0.104 0.184 0.012 0.008 0.692
#> SRR934829 2 0.5280 0.70674 0.008 0.668 0.248 0.000 0.076
#> SRR934830 5 0.1016 0.76621 0.012 0.004 0.004 0.008 0.972
#> SRR934831 1 0.3177 0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934832 5 0.1143 0.76562 0.012 0.008 0.004 0.008 0.968
#> SRR934833 5 0.0324 0.77012 0.004 0.000 0.000 0.004 0.992
#> SRR934834 1 0.5363 0.34635 0.572 0.000 0.052 0.372 0.004
#> SRR934835 2 0.5114 0.62767 0.000 0.608 0.340 0.000 0.052
#> SRR934836 4 0.1357 0.54842 0.048 0.000 0.000 0.948 0.004
#> SRR934837 2 0.0566 0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.2843 0.59096 0.008 0.000 0.000 0.848 0.144
#> SRR934839 2 0.2909 0.76214 0.000 0.848 0.140 0.000 0.012
#> SRR934840 2 0.5074 0.69568 0.000 0.660 0.268 0.000 0.072
#> SRR934841 1 0.3684 0.67420 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR934842 2 0.0566 0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.4435 0.64785 0.664 0.000 0.008 0.320 0.008
#> SRR934844 4 0.3106 0.59214 0.020 0.000 0.000 0.840 0.140
#> SRR934845 2 0.0566 0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.3536 0.75901 0.000 0.812 0.156 0.000 0.032
#> SRR934847 5 0.5215 0.12775 0.008 0.000 0.028 0.444 0.520
#> SRR934848 4 0.4235 0.22449 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR934849 4 0.4273 -0.32102 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR934850 1 0.4219 0.59462 0.584 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR934851 3 0.6361 0.63886 0.036 0.100 0.644 0.016 0.204
#> SRR934853 5 0.6487 0.38983 0.008 0.000 0.268 0.192 0.532
#> SRR934852 3 0.3228 0.77555 0.052 0.028 0.880 0.012 0.028
#> SRR934854 5 0.0703 0.76979 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934856 4 0.3810 0.58843 0.040 0.000 0.000 0.792 0.168
#> SRR934858 4 0.1270 0.54444 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934859 2 0.3616 0.75519 0.000 0.804 0.164 0.000 0.032
#> SRR934860 2 0.5039 0.71281 0.000 0.676 0.244 0.000 0.080
#> SRR934861 2 0.5174 0.62567 0.000 0.604 0.340 0.000 0.056
#> SRR934862 2 0.2930 0.76232 0.000 0.832 0.164 0.000 0.004
#> SRR934863 5 0.2141 0.76659 0.004 0.000 0.016 0.064 0.916
#> SRR934864 2 0.0404 0.74933 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 5 0.1041 0.76920 0.004 0.000 0.000 0.032 0.964
#> SRR934866 2 0.5709 0.69970 0.012 0.656 0.132 0.000 0.200
#> SRR934867 2 0.5255 0.56780 0.000 0.560 0.388 0.000 0.052
#> SRR934868 2 0.5328 0.60947 0.000 0.584 0.352 0.000 0.064
#> SRR934869 3 0.2629 0.81278 0.000 0.000 0.860 0.004 0.136
#> SRR934870 5 0.4114 0.33641 0.000 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR934871 5 0.4788 0.52443 0.004 0.136 0.120 0.000 0.740
#> SRR934872 2 0.0566 0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.3688 0.78436 0.060 0.040 0.852 0.004 0.044
#> SRR934874 2 0.0566 0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0566 0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.4302 0.05645 0.000 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR934877 1 0.5430 0.32990 0.560 0.000 0.040 0.388 0.012
#> SRR934878 5 0.2284 0.72258 0.004 0.000 0.096 0.004 0.896
#> SRR934879 3 0.3210 0.80174 0.008 0.000 0.832 0.008 0.152
#> SRR934880 5 0.6534 0.16860 0.008 0.000 0.156 0.368 0.468
#> SRR934881 2 0.5309 0.59473 0.000 0.576 0.364 0.000 0.060
#> SRR934882 2 0.5216 0.49262 0.000 0.520 0.436 0.000 0.044
#> SRR934883 2 0.0566 0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.6177 -0.00717 0.004 0.316 0.140 0.000 0.540
#> SRR934885 2 0.6551 0.61774 0.024 0.560 0.156 0.000 0.260
#> SRR934886 3 0.3336 0.74969 0.004 0.088 0.856 0.004 0.048
#> SRR934887 3 0.4299 0.66883 0.004 0.000 0.672 0.008 0.316
#> SRR934888 2 0.5079 0.72636 0.000 0.700 0.136 0.000 0.164
#> SRR934889 2 0.6214 0.62725 0.004 0.568 0.188 0.000 0.240
#> SRR934890 3 0.3167 0.80320 0.008 0.000 0.836 0.008 0.148
#> SRR934891 5 0.0880 0.76895 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR934892 5 0.4621 0.12080 0.004 0.000 0.412 0.008 0.576
#> SRR934893 3 0.1808 0.79794 0.000 0.020 0.936 0.004 0.040
#> SRR934894 2 0.0566 0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.2011 0.72532 0.004 0.000 0.088 0.000 0.908
#> SRR934896 1 0.3177 0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934897 2 0.1357 0.75908 0.004 0.948 0.048 0.000 0.000
#> SRR934898 5 0.1243 0.76543 0.004 0.000 0.028 0.008 0.960
#> SRR934899 2 0.6883 0.61308 0.048 0.552 0.156 0.000 0.244
#> SRR934900 3 0.2989 0.80864 0.008 0.000 0.852 0.008 0.132
#> SRR934901 2 0.6156 0.60268 0.008 0.556 0.128 0.000 0.308
#> SRR934902 3 0.2227 0.79285 0.000 0.032 0.916 0.004 0.048
#> SRR934903 2 0.0566 0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.6545 0.28438 0.128 0.000 0.396 0.460 0.016
#> SRR934906 5 0.5766 0.15133 0.024 0.000 0.044 0.396 0.536
#> SRR934907 5 0.1965 0.72066 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR934908 2 0.6178 0.60432 0.008 0.556 0.132 0.000 0.304
#> SRR934909 2 0.5272 0.56040 0.000 0.552 0.396 0.000 0.052
#> SRR934910 2 0.6185 0.61894 0.008 0.568 0.144 0.000 0.280
#> SRR934911 2 0.4845 0.73673 0.000 0.724 0.128 0.000 0.148
#> SRR934912 2 0.5284 0.57961 0.000 0.568 0.376 0.000 0.056
#> SRR934913 2 0.0566 0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.2561 0.59197 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR934915 5 0.2284 0.72460 0.004 0.000 0.096 0.004 0.896
#> SRR934916 1 0.5363 0.34635 0.572 0.000 0.052 0.372 0.004
#> SRR934917 2 0.4655 0.71467 0.000 0.700 0.248 0.000 0.052
#> SRR934918 3 0.1992 0.78659 0.000 0.032 0.924 0.000 0.044
#> SRR934919 2 0.7800 0.51645 0.104 0.508 0.132 0.016 0.240
#> SRR934920 1 0.3177 0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934921 2 0.1965 0.76652 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR934922 5 0.1928 0.73537 0.004 0.000 0.072 0.004 0.920
#> SRR934924 1 0.3962 0.59060 0.800 0.000 0.036 0.152 0.012
#> SRR934923 4 0.5080 0.19278 0.368 0.000 0.044 0.588 0.000
#> SRR934925 5 0.2233 0.71377 0.004 0.000 0.104 0.000 0.892
#> SRR934926 2 0.0566 0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.5098 0.74232 0.004 0.092 0.696 0.000 0.208
#> SRR934928 5 0.4872 0.56245 0.004 0.000 0.056 0.248 0.692
#> SRR934929 5 0.8009 -0.04780 0.280 0.024 0.044 0.236 0.416
#> SRR934930 3 0.3870 0.73141 0.004 0.000 0.732 0.004 0.260
#> SRR934931 5 0.0740 0.76631 0.004 0.000 0.008 0.008 0.980
#> SRR934932 2 0.0693 0.75241 0.012 0.980 0.008 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0566 0.74930 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.5228 0.60843 0.000 0.588 0.356 0.000 0.056
#> SRR934936 5 0.3861 0.48563 0.004 0.000 0.284 0.000 0.712
#> SRR934933 4 0.5319 0.21238 0.360 0.000 0.044 0.588 0.008
#> SRR934937 3 0.3080 0.80676 0.008 0.000 0.844 0.008 0.140
#> SRR934938 3 0.4487 0.64842 0.004 0.008 0.660 0.004 0.324
#> SRR934939 5 0.4025 0.58834 0.008 0.000 0.232 0.012 0.748
#> SRR934940 5 0.2233 0.71377 0.004 0.000 0.104 0.000 0.892
#> SRR934941 5 0.1173 0.77030 0.004 0.000 0.012 0.020 0.964
#> SRR934942 5 0.1952 0.72786 0.004 0.000 0.084 0.000 0.912
#> SRR934943 2 0.6294 0.58016 0.004 0.532 0.160 0.000 0.304
#> SRR934944 4 0.5118 0.54195 0.160 0.000 0.028 0.732 0.080
#> SRR934945 1 0.3962 0.59060 0.800 0.000 0.036 0.152 0.012
#> SRR934946 5 0.0740 0.76800 0.004 0.000 0.008 0.008 0.980
#> SRR934947 4 0.1282 0.55202 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004
#> SRR934948 3 0.3124 0.80564 0.008 0.000 0.840 0.008 0.144
#> SRR934949 2 0.5039 0.73303 0.000 0.700 0.184 0.000 0.116
#> SRR934950 5 0.1202 0.76946 0.004 0.000 0.004 0.032 0.960
#> SRR934951 4 0.6282 0.54744 0.056 0.000 0.116 0.640 0.188
#> SRR934953 4 0.6914 -0.09181 0.352 0.000 0.276 0.368 0.004
#> SRR934952 2 0.5705 0.69000 0.008 0.644 0.128 0.000 0.220
#> SRR934954 2 0.2179 0.76421 0.000 0.888 0.112 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.3636 0.68244 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000
#> SRR934956 3 0.5989 0.35806 0.012 0.268 0.612 0.004 0.104
#> SRR934957 5 0.1618 0.76237 0.008 0.000 0.040 0.008 0.944
#> SRR934958 2 0.0404 0.74933 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 5 0.6972 0.08805 0.008 0.000 0.260 0.336 0.396
#> SRR934960 4 0.3048 0.58269 0.004 0.000 0.000 0.820 0.176
#> SRR934961 2 0.1908 0.76411 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.2170 0.76524 0.004 0.904 0.088 0.000 0.004
#> SRR934963 4 0.6957 -0.09344 0.320 0.000 0.328 0.348 0.004
#> SRR934964 3 0.4732 0.34755 0.004 0.004 0.520 0.004 0.468
#> SRR934965 2 0.0404 0.74933 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0404 0.74933 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.2942 0.81014 0.008 0.000 0.856 0.008 0.128
#> SRR934968 3 0.3035 0.80785 0.008 0.000 0.848 0.008 0.136
#> SRR934969 4 0.4030 0.39066 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR934970 4 0.1251 0.55789 0.036 0.000 0.000 0.956 0.008
#> SRR934971 3 0.3336 0.74969 0.004 0.088 0.856 0.004 0.048
#> SRR934972 4 0.6936 0.45556 0.116 0.000 0.248 0.560 0.076
#> SRR934973 3 0.1917 0.79952 0.008 0.016 0.936 0.004 0.036
#> SRR934974 3 0.3450 0.79308 0.008 0.000 0.808 0.008 0.176
#> SRR934975 5 0.0898 0.77034 0.000 0.000 0.008 0.020 0.972
#> SRR934976 2 0.6110 0.61665 0.008 0.568 0.128 0.000 0.296
#> SRR934977 4 0.3732 0.47657 0.176 0.000 0.032 0.792 0.000
#> SRR934978 3 0.5158 0.66490 0.004 0.092 0.704 0.004 0.196
#> SRR934979 2 0.5002 0.73422 0.000 0.708 0.160 0.000 0.132
#> SRR934980 1 0.4181 0.67679 0.712 0.000 0.020 0.268 0.000
#> SRR934981 3 0.5024 0.63099 0.000 0.044 0.640 0.004 0.312
#> SRR934982 1 0.4865 0.43714 0.640 0.000 0.032 0.324 0.004
#> SRR934983 4 0.3053 0.45845 0.128 0.000 0.012 0.852 0.008
#> SRR934984 2 0.5252 0.59751 0.000 0.580 0.364 0.000 0.056
#> SRR934985 5 0.0960 0.77011 0.004 0.000 0.008 0.016 0.972
#> SRR934986 4 0.1502 0.54609 0.056 0.000 0.000 0.940 0.004
#> SRR934987 5 0.2020 0.71659 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR934988 3 0.3578 0.77636 0.004 0.000 0.784 0.008 0.204
#> SRR934989 1 0.3177 0.73254 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934990 3 0.3035 0.80785 0.008 0.000 0.848 0.008 0.136
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.3031 0.7915 0.108 0.000 0.044 0.844 0.004 0.000
#> SRR934718 1 0.4308 0.7966 0.728 0.000 0.000 0.152 0.000 0.120
#> SRR934719 3 0.2728 0.7711 0.000 0.000 0.872 0.040 0.080 0.008
#> SRR934720 6 0.1204 0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934721 4 0.5604 0.5875 0.048 0.000 0.268 0.612 0.068 0.004
#> SRR934722 5 0.3481 0.7377 0.000 0.000 0.072 0.124 0.804 0.000
#> SRR934723 1 0.3989 0.7285 0.720 0.000 0.000 0.044 0.000 0.236
#> SRR934724 4 0.2332 0.8192 0.036 0.000 0.020 0.904 0.040 0.000
#> SRR934725 4 0.2865 0.7752 0.004 0.000 0.004 0.848 0.128 0.016
#> SRR934726 4 0.4888 0.7462 0.156 0.000 0.048 0.732 0.048 0.016
#> SRR934727 1 0.4392 0.7966 0.720 0.000 0.000 0.144 0.000 0.136
#> SRR934728 4 0.1865 0.8042 0.040 0.000 0.000 0.920 0.000 0.040
#> SRR934729 5 0.4146 0.7144 0.044 0.120 0.028 0.016 0.792 0.000
#> SRR934730 2 0.0551 0.8874 0.000 0.984 0.008 0.000 0.004 0.004
#> SRR934731 4 0.3221 0.8049 0.024 0.000 0.048 0.848 0.080 0.000
#> SRR934732 2 0.6073 0.2547 0.052 0.500 0.384 0.000 0.032 0.032
#> SRR934733 4 0.3889 0.7758 0.068 0.000 0.000 0.800 0.028 0.104
#> SRR934734 6 0.1204 0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934735 1 0.4354 0.7920 0.724 0.000 0.000 0.132 0.000 0.144
#> SRR934736 1 0.4142 0.7377 0.712 0.000 0.000 0.056 0.000 0.232
#> SRR934737 2 0.3274 0.8597 0.036 0.856 0.072 0.000 0.016 0.020
#> SRR934738 4 0.2784 0.8102 0.004 0.000 0.004 0.872 0.048 0.072
#> SRR934740 6 0.1204 0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934739 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934741 5 0.4571 0.6563 0.052 0.164 0.032 0.008 0.744 0.000
#> SRR934742 1 0.3549 0.7612 0.824 0.000 0.004 0.112 0.024 0.036
#> SRR934743 1 0.2758 0.7506 0.872 0.000 0.004 0.028 0.008 0.088
#> SRR934744 3 0.2781 0.7713 0.000 0.000 0.868 0.040 0.084 0.008
#> SRR934745 1 0.5604 0.5895 0.660 0.000 0.004 0.116 0.164 0.056
#> SRR934746 2 0.6498 0.5128 0.044 0.564 0.184 0.000 0.188 0.020
#> SRR934747 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934748 3 0.2781 0.7706 0.000 0.000 0.868 0.040 0.084 0.008
#> SRR934750 5 0.5616 0.2287 0.048 0.372 0.036 0.008 0.536 0.000
#> SRR934749 4 0.5463 0.6384 0.048 0.000 0.240 0.640 0.068 0.004
#> SRR934751 1 0.3394 0.8092 0.804 0.000 0.000 0.144 0.000 0.052
#> SRR934752 4 0.2407 0.7873 0.004 0.000 0.004 0.884 0.096 0.012
#> SRR934753 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934754 4 0.1926 0.8041 0.000 0.000 0.000 0.912 0.068 0.020
#> SRR934755 3 0.3106 0.7811 0.008 0.040 0.872 0.032 0.044 0.004
#> SRR934756 1 0.4518 0.7883 0.696 0.000 0.000 0.200 0.000 0.104
#> SRR934757 4 0.4656 0.7568 0.076 0.000 0.112 0.748 0.064 0.000
#> SRR934758 1 0.4418 0.7945 0.708 0.000 0.000 0.192 0.000 0.100
#> SRR934759 6 0.1204 0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934760 2 0.4421 0.8203 0.048 0.784 0.104 0.000 0.032 0.032
#> SRR934761 3 0.3581 0.7591 0.056 0.040 0.848 0.004 0.024 0.028
#> SRR934762 4 0.2532 0.8020 0.004 0.000 0.000 0.884 0.060 0.052
#> SRR934763 4 0.2810 0.7690 0.004 0.000 0.008 0.832 0.156 0.000
#> SRR934764 4 0.2144 0.8131 0.004 0.000 0.000 0.908 0.040 0.048
#> SRR934765 1 0.3467 0.7967 0.828 0.000 0.020 0.120 0.016 0.016
#> SRR934766 4 0.2442 0.7827 0.068 0.000 0.000 0.884 0.000 0.048
#> SRR934767 6 0.1204 0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934768 1 0.4526 0.7812 0.704 0.000 0.000 0.132 0.000 0.164
#> SRR934769 5 0.3941 0.7287 0.016 0.004 0.076 0.108 0.796 0.000
#> SRR934770 1 0.4308 0.7966 0.728 0.000 0.000 0.152 0.000 0.120
#> SRR934772 5 0.4913 0.7208 0.056 0.108 0.016 0.064 0.752 0.004
#> SRR934771 4 0.5328 0.6560 0.052 0.000 0.216 0.664 0.064 0.004
#> SRR934773 6 0.1204 0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934774 3 0.5190 0.6700 0.068 0.000 0.692 0.164 0.076 0.000
#> SRR934775 4 0.3076 0.7911 0.112 0.000 0.044 0.840 0.004 0.000
#> SRR934776 4 0.3404 0.6608 0.000 0.000 0.004 0.744 0.248 0.004
#> SRR934777 4 0.2138 0.7966 0.052 0.000 0.000 0.908 0.004 0.036
#> SRR934778 5 0.4122 0.1097 0.000 0.000 0.004 0.472 0.520 0.004
#> SRR934779 6 0.1757 0.9560 0.076 0.000 0.000 0.008 0.000 0.916
#> SRR934780 5 0.6333 0.0429 0.024 0.000 0.360 0.188 0.428 0.000
#> SRR934781 2 0.0260 0.8869 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.3663 0.8507 0.060 0.836 0.032 0.000 0.056 0.016
#> SRR934783 4 0.2462 0.8177 0.032 0.000 0.012 0.892 0.064 0.000
#> SRR934784 2 0.0622 0.8869 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR934785 2 0.0632 0.8859 0.024 0.976 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.4308 0.7966 0.728 0.000 0.000 0.152 0.000 0.120
#> SRR934787 1 0.2846 0.8033 0.840 0.000 0.004 0.140 0.000 0.016
#> SRR934788 1 0.4406 0.7804 0.696 0.000 0.000 0.224 0.000 0.080
#> SRR934789 4 0.2442 0.7827 0.068 0.000 0.000 0.884 0.000 0.048
#> SRR934790 3 0.3471 0.7801 0.024 0.036 0.856 0.040 0.040 0.004
#> SRR934791 4 0.1749 0.8132 0.024 0.000 0.000 0.932 0.008 0.036
#> SRR934792 3 0.5286 0.7100 0.032 0.040 0.704 0.056 0.168 0.000
#> SRR934793 6 0.1204 0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934794 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934795 4 0.2504 0.7894 0.004 0.000 0.000 0.880 0.088 0.028
#> SRR934796 1 0.4308 0.7966 0.728 0.000 0.000 0.152 0.000 0.120
#> SRR934797 6 0.1204 0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934798 1 0.5029 0.6921 0.620 0.000 0.000 0.120 0.000 0.260
#> SRR934799 4 0.2499 0.7796 0.072 0.000 0.000 0.880 0.000 0.048
#> SRR934800 2 0.3496 0.8541 0.036 0.844 0.076 0.000 0.024 0.020
#> SRR934801 2 0.3398 0.8575 0.040 0.852 0.064 0.000 0.024 0.020
#> SRR934802 2 0.4875 0.6841 0.052 0.704 0.040 0.004 0.200 0.000
#> SRR934803 1 0.2834 0.7589 0.876 0.000 0.008 0.048 0.008 0.060
#> SRR934804 3 0.6073 0.2825 0.008 0.140 0.476 0.012 0.364 0.000
#> SRR934805 4 0.1789 0.8054 0.044 0.000 0.000 0.924 0.000 0.032
#> SRR934806 1 0.4126 0.7722 0.776 0.000 0.044 0.148 0.028 0.004
#> SRR934807 5 0.2979 0.7224 0.000 0.000 0.004 0.188 0.804 0.004
#> SRR934809 4 0.2027 0.8191 0.032 0.000 0.016 0.920 0.032 0.000
#> SRR934810 4 0.2773 0.7733 0.004 0.000 0.004 0.852 0.128 0.012
#> SRR934811 5 0.2952 0.7402 0.000 0.008 0.004 0.156 0.828 0.004
#> SRR934808 4 0.2320 0.8041 0.024 0.000 0.004 0.892 0.080 0.000
#> SRR934812 6 0.2448 0.9117 0.064 0.000 0.000 0.052 0.000 0.884
#> SRR934813 3 0.4013 0.7365 0.044 0.076 0.816 0.000 0.036 0.028
#> SRR934814 4 0.3032 0.7754 0.004 0.000 0.004 0.840 0.128 0.024
#> SRR934815 5 0.3369 0.7556 0.000 0.084 0.012 0.072 0.832 0.000
#> SRR934816 2 0.2190 0.8781 0.032 0.916 0.032 0.000 0.012 0.008
#> SRR934817 3 0.4408 0.7162 0.040 0.108 0.784 0.000 0.036 0.032
#> SRR934818 5 0.3923 0.3243 0.000 0.000 0.004 0.416 0.580 0.000
#> SRR934819 4 0.3159 0.7796 0.108 0.000 0.004 0.836 0.000 0.052
#> SRR934820 4 0.2056 0.7953 0.004 0.000 0.000 0.904 0.080 0.012
#> SRR934821 3 0.4220 0.7581 0.048 0.012 0.788 0.036 0.116 0.000
#> SRR934822 1 0.4425 0.7885 0.716 0.000 0.000 0.132 0.000 0.152
#> SRR934823 4 0.5401 0.6331 0.052 0.000 0.228 0.652 0.064 0.004
#> SRR934825 3 0.6705 -0.0471 0.004 0.268 0.368 0.008 0.340 0.012
#> SRR934826 4 0.3822 0.6935 0.128 0.000 0.000 0.776 0.000 0.096
#> SRR934827 1 0.6265 0.3348 0.552 0.000 0.300 0.076 0.028 0.044
#> SRR934828 5 0.4207 0.7535 0.024 0.084 0.004 0.108 0.780 0.000
#> SRR934829 2 0.3835 0.8366 0.012 0.812 0.112 0.000 0.036 0.028
#> SRR934830 5 0.3020 0.7311 0.000 0.004 0.004 0.176 0.812 0.004
#> SRR934831 6 0.1204 0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934832 5 0.2986 0.7330 0.000 0.004 0.004 0.172 0.816 0.004
#> SRR934833 5 0.4006 0.3882 0.000 0.000 0.004 0.392 0.600 0.004
#> SRR934834 1 0.2888 0.7621 0.872 0.000 0.004 0.056 0.012 0.056
#> SRR934835 3 0.5558 0.5557 0.052 0.236 0.648 0.000 0.032 0.032
#> SRR934836 1 0.4276 0.8008 0.728 0.000 0.000 0.168 0.000 0.104
#> SRR934837 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934838 4 0.2442 0.7827 0.068 0.000 0.000 0.884 0.000 0.048
#> SRR934839 2 0.3747 0.8492 0.040 0.832 0.072 0.000 0.028 0.028
#> SRR934840 2 0.5570 0.5685 0.032 0.612 0.288 0.000 0.040 0.028
#> SRR934841 6 0.2190 0.9304 0.060 0.000 0.000 0.040 0.000 0.900
#> SRR934842 2 0.0146 0.8867 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.4339 0.7881 0.760 0.000 0.000 0.096 0.024 0.120
#> SRR934844 4 0.4022 0.5112 0.252 0.000 0.000 0.708 0.000 0.040
#> SRR934845 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934846 2 0.4388 0.8254 0.052 0.788 0.096 0.000 0.036 0.028
#> SRR934847 4 0.3092 0.8126 0.036 0.000 0.040 0.860 0.064 0.000
#> SRR934848 4 0.1572 0.8100 0.028 0.000 0.000 0.936 0.000 0.036
#> SRR934849 1 0.4462 0.7875 0.712 0.000 0.000 0.136 0.000 0.152
#> SRR934850 1 0.4432 0.7745 0.708 0.000 0.000 0.104 0.000 0.188
#> SRR934851 3 0.4930 0.7256 0.060 0.004 0.724 0.064 0.148 0.000
#> SRR934853 4 0.5899 0.3184 0.036 0.000 0.376 0.504 0.080 0.004
#> SRR934852 3 0.4389 0.7322 0.072 0.104 0.780 0.000 0.020 0.024
#> SRR934854 4 0.3421 0.7162 0.004 0.000 0.004 0.780 0.200 0.012
#> SRR934856 4 0.2599 0.7910 0.076 0.000 0.004 0.884 0.008 0.028
#> SRR934858 1 0.4308 0.7966 0.728 0.000 0.000 0.152 0.000 0.120
#> SRR934859 2 0.4292 0.8292 0.052 0.796 0.088 0.000 0.036 0.028
#> SRR934860 2 0.5618 0.5952 0.052 0.624 0.264 0.000 0.040 0.020
#> SRR934861 3 0.5390 0.5989 0.040 0.216 0.672 0.000 0.040 0.032
#> SRR934862 2 0.3520 0.8554 0.036 0.844 0.072 0.000 0.028 0.020
#> SRR934863 4 0.3056 0.7671 0.008 0.000 0.012 0.820 0.160 0.000
#> SRR934864 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934865 4 0.3164 0.7383 0.004 0.000 0.004 0.804 0.180 0.008
#> SRR934866 2 0.5513 0.4297 0.048 0.576 0.036 0.008 0.332 0.000
#> SRR934867 3 0.4738 0.6810 0.040 0.156 0.744 0.000 0.028 0.032
#> SRR934868 3 0.5569 0.5001 0.036 0.272 0.624 0.000 0.036 0.032
#> SRR934869 3 0.1860 0.7829 0.004 0.004 0.928 0.036 0.028 0.000
#> SRR934870 4 0.1585 0.8156 0.012 0.000 0.000 0.940 0.012 0.036
#> SRR934871 5 0.3365 0.7526 0.000 0.084 0.036 0.040 0.840 0.000
#> SRR934872 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934873 3 0.4453 0.7690 0.056 0.040 0.800 0.028 0.064 0.012
#> SRR934874 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934875 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934876 4 0.1679 0.8152 0.016 0.000 0.000 0.936 0.012 0.036
#> SRR934877 1 0.3549 0.7612 0.824 0.000 0.004 0.112 0.024 0.036
#> SRR934878 3 0.5333 0.4815 0.000 0.000 0.564 0.136 0.300 0.000
#> SRR934879 3 0.2781 0.7713 0.000 0.000 0.868 0.040 0.084 0.008
#> SRR934880 3 0.5924 0.2741 0.028 0.000 0.516 0.352 0.100 0.004
#> SRR934881 3 0.5045 0.6613 0.040 0.168 0.720 0.000 0.040 0.032
#> SRR934882 3 0.3723 0.7534 0.044 0.056 0.840 0.004 0.032 0.024
#> SRR934883 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934884 5 0.4009 0.7251 0.044 0.100 0.028 0.020 0.808 0.000
#> SRR934885 5 0.4518 0.7142 0.020 0.128 0.048 0.036 0.768 0.000
#> SRR934886 3 0.3895 0.7766 0.040 0.040 0.836 0.028 0.044 0.012
#> SRR934887 3 0.4216 0.7482 0.024 0.000 0.768 0.076 0.132 0.000
#> SRR934888 2 0.4215 0.7743 0.052 0.768 0.036 0.000 0.144 0.000
#> SRR934889 5 0.4585 0.6754 0.000 0.164 0.104 0.012 0.720 0.000
#> SRR934890 3 0.2617 0.7717 0.000 0.000 0.876 0.040 0.080 0.004
#> SRR934891 4 0.3327 0.7292 0.004 0.000 0.004 0.792 0.188 0.012
#> SRR934892 3 0.4305 0.7216 0.016 0.000 0.752 0.084 0.148 0.000
#> SRR934893 3 0.2895 0.7816 0.008 0.040 0.880 0.032 0.040 0.000
#> SRR934894 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934895 5 0.3248 0.7389 0.000 0.000 0.032 0.164 0.804 0.000
#> SRR934896 6 0.1204 0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934897 2 0.1599 0.8822 0.024 0.940 0.028 0.000 0.008 0.000
#> SRR934898 4 0.3405 0.6251 0.000 0.000 0.004 0.724 0.272 0.000
#> SRR934899 5 0.6150 0.4652 0.028 0.124 0.240 0.016 0.588 0.004
#> SRR934900 3 0.2728 0.7711 0.000 0.000 0.872 0.040 0.080 0.008
#> SRR934901 5 0.4381 0.6861 0.052 0.140 0.028 0.012 0.768 0.000
#> SRR934902 3 0.2970 0.7824 0.016 0.040 0.884 0.028 0.024 0.008
#> SRR934903 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934905 1 0.6125 0.5176 0.556 0.000 0.260 0.144 0.036 0.004
#> SRR934906 4 0.4275 0.7780 0.072 0.000 0.060 0.780 0.088 0.000
#> SRR934907 5 0.3172 0.7495 0.000 0.000 0.048 0.128 0.824 0.000
#> SRR934908 5 0.4263 0.7038 0.052 0.128 0.028 0.012 0.780 0.000
#> SRR934909 3 0.4033 0.7419 0.044 0.072 0.816 0.000 0.036 0.032
#> SRR934910 5 0.3574 0.7163 0.004 0.132 0.040 0.012 0.812 0.000
#> SRR934911 2 0.3730 0.8222 0.052 0.812 0.032 0.000 0.104 0.000
#> SRR934912 3 0.4519 0.7084 0.040 0.112 0.776 0.000 0.040 0.032
#> SRR934913 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934914 4 0.2420 0.7843 0.076 0.000 0.000 0.884 0.000 0.040
#> SRR934915 3 0.5383 0.5039 0.000 0.000 0.580 0.172 0.248 0.000
#> SRR934916 1 0.2888 0.7621 0.872 0.000 0.004 0.056 0.012 0.056
#> SRR934917 2 0.4410 0.8199 0.052 0.784 0.104 0.000 0.032 0.028
#> SRR934918 3 0.2665 0.7823 0.004 0.040 0.896 0.028 0.024 0.008
#> SRR934919 5 0.5865 0.6902 0.084 0.076 0.068 0.064 0.700 0.008
#> SRR934920 6 0.1204 0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934921 2 0.1552 0.8835 0.000 0.940 0.036 0.000 0.020 0.004
#> SRR934922 5 0.3541 0.6804 0.000 0.000 0.020 0.232 0.748 0.000
#> SRR934924 1 0.4857 0.5976 0.688 0.000 0.004 0.028 0.052 0.228
#> SRR934923 1 0.2905 0.7554 0.864 0.000 0.004 0.036 0.008 0.088
#> SRR934925 5 0.4351 0.6660 0.008 0.000 0.148 0.104 0.740 0.000
#> SRR934926 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934927 3 0.4432 0.7565 0.044 0.060 0.796 0.008 0.072 0.020
#> SRR934928 4 0.3005 0.8067 0.024 0.000 0.060 0.864 0.052 0.000
#> SRR934929 4 0.4901 0.7473 0.128 0.000 0.056 0.736 0.072 0.008
#> SRR934930 3 0.4169 0.7605 0.024 0.000 0.780 0.068 0.124 0.004
#> SRR934931 5 0.2979 0.7224 0.000 0.000 0.004 0.188 0.804 0.004
#> SRR934932 2 0.0146 0.8873 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934935 3 0.5452 0.6159 0.060 0.196 0.676 0.000 0.048 0.020
#> SRR934936 3 0.4540 0.6913 0.024 0.000 0.724 0.064 0.188 0.000
#> SRR934933 1 0.2981 0.7666 0.868 0.000 0.004 0.072 0.024 0.032
#> SRR934937 3 0.2728 0.7711 0.000 0.000 0.872 0.040 0.080 0.008
#> SRR934938 3 0.3944 0.7551 0.032 0.000 0.788 0.044 0.136 0.000
#> SRR934939 3 0.5440 0.4293 0.000 0.000 0.556 0.288 0.156 0.000
#> SRR934940 5 0.3642 0.7397 0.012 0.000 0.048 0.140 0.800 0.000
#> SRR934941 4 0.3481 0.7068 0.004 0.000 0.004 0.772 0.208 0.012
#> SRR934942 5 0.3210 0.7365 0.000 0.000 0.028 0.168 0.804 0.000
#> SRR934943 5 0.5373 0.6493 0.036 0.156 0.072 0.012 0.708 0.016
#> SRR934944 1 0.4872 0.3561 0.532 0.000 0.040 0.420 0.004 0.004
#> SRR934945 1 0.4857 0.5976 0.688 0.000 0.004 0.028 0.052 0.228
#> SRR934946 5 0.3805 0.5329 0.000 0.000 0.004 0.328 0.664 0.004
#> SRR934947 1 0.4244 0.7940 0.720 0.000 0.000 0.200 0.000 0.080
#> SRR934948 3 0.2933 0.7674 0.000 0.000 0.856 0.040 0.096 0.008
#> SRR934949 2 0.4318 0.8258 0.052 0.792 0.092 0.000 0.044 0.020
#> SRR934950 4 0.3295 0.7328 0.004 0.000 0.004 0.796 0.184 0.012
#> SRR934951 4 0.4111 0.7811 0.080 0.000 0.080 0.796 0.040 0.004
#> SRR934953 1 0.3331 0.7526 0.852 0.000 0.008 0.064 0.028 0.048
#> SRR934952 5 0.5596 0.1201 0.052 0.404 0.028 0.008 0.508 0.000
#> SRR934954 2 0.2814 0.8697 0.032 0.884 0.052 0.000 0.012 0.020
#> SRR934955 6 0.2119 0.9355 0.060 0.000 0.000 0.036 0.000 0.904
#> SRR934956 3 0.4898 0.7331 0.048 0.028 0.732 0.032 0.160 0.000
#> SRR934957 4 0.5219 0.5016 0.000 0.000 0.152 0.604 0.244 0.000
#> SRR934958 2 0.0291 0.8869 0.000 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR934959 4 0.5664 0.5301 0.044 0.000 0.296 0.588 0.068 0.004
#> SRR934960 4 0.2604 0.7953 0.036 0.000 0.000 0.880 0.008 0.076
#> SRR934961 2 0.2272 0.8773 0.024 0.912 0.040 0.000 0.008 0.016
#> SRR934962 2 0.1851 0.8798 0.012 0.928 0.036 0.000 0.024 0.000
#> SRR934963 1 0.3729 0.7328 0.836 0.000 0.024 0.044 0.048 0.048
#> SRR934964 3 0.4813 0.6662 0.008 0.000 0.692 0.144 0.156 0.000
#> SRR934965 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934966 2 0.0291 0.8866 0.004 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934967 3 0.2420 0.7737 0.000 0.000 0.884 0.040 0.076 0.000
#> SRR934968 3 0.2781 0.7724 0.000 0.000 0.868 0.040 0.084 0.008
#> SRR934969 4 0.1930 0.8000 0.048 0.000 0.000 0.916 0.000 0.036
#> SRR934970 1 0.3909 0.7736 0.720 0.000 0.000 0.244 0.000 0.036
#> SRR934971 3 0.3891 0.7763 0.036 0.040 0.836 0.028 0.048 0.012
#> SRR934972 3 0.6985 0.0745 0.244 0.000 0.384 0.316 0.052 0.004
#> SRR934973 3 0.2189 0.7807 0.008 0.004 0.912 0.032 0.044 0.000
#> SRR934974 3 0.2468 0.7742 0.000 0.000 0.888 0.048 0.060 0.004
#> SRR934975 4 0.3327 0.7288 0.004 0.000 0.004 0.792 0.188 0.012
#> SRR934976 5 0.4356 0.6889 0.052 0.140 0.032 0.008 0.768 0.000
#> SRR934977 1 0.3438 0.8037 0.816 0.000 0.000 0.112 0.004 0.068
#> SRR934978 3 0.4384 0.7500 0.048 0.012 0.772 0.036 0.132 0.000
#> SRR934979 2 0.4574 0.8082 0.036 0.772 0.088 0.000 0.084 0.020
#> SRR934980 1 0.4092 0.5701 0.636 0.000 0.000 0.020 0.000 0.344
#> SRR934981 3 0.4399 0.7473 0.044 0.012 0.768 0.036 0.140 0.000
#> SRR934982 1 0.3442 0.7622 0.840 0.000 0.004 0.064 0.024 0.068
#> SRR934983 1 0.4438 0.7863 0.708 0.000 0.004 0.208 0.000 0.080
#> SRR934984 3 0.5293 0.5621 0.028 0.244 0.660 0.000 0.036 0.032
#> SRR934985 4 0.3599 0.6878 0.020 0.000 0.004 0.756 0.220 0.000
#> SRR934986 1 0.4297 0.7990 0.724 0.000 0.000 0.176 0.000 0.100
#> SRR934987 5 0.3107 0.7487 0.000 0.000 0.052 0.116 0.832 0.000
#> SRR934988 3 0.2328 0.7746 0.000 0.000 0.892 0.056 0.052 0.000
#> SRR934989 6 0.1204 0.9809 0.056 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR934990 3 0.2728 0.7711 0.000 0.000 0.872 0.040 0.080 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.939 0.948 0.979 0.4930 0.506 0.506
#> 3 3 0.889 0.893 0.945 0.3299 0.777 0.584
#> 4 4 0.808 0.837 0.901 0.1308 0.847 0.596
#> 5 5 0.864 0.866 0.926 0.0552 0.844 0.506
#> 6 6 0.806 0.721 0.874 0.0441 0.906 0.620
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934722 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934724 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934744 1 0.0938 0.9711 0.988 0.012
#> SRR934745 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934755 2 0.5519 0.8509 0.128 0.872
#> SRR934756 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934766 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.8267 0.6576 0.260 0.740
#> SRR934771 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934775 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934780 1 0.6973 0.7634 0.812 0.188
#> SRR934781 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934790 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934791 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934807 2 0.9988 0.0900 0.480 0.520
#> SRR934809 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934810 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934811 2 0.4939 0.8733 0.108 0.892
#> SRR934808 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934815 2 0.5059 0.8688 0.112 0.888
#> SRR934816 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934818 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934821 1 0.8016 0.6743 0.756 0.244
#> SRR934822 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934828 1 0.4690 0.8797 0.900 0.100
#> SRR934829 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934830 1 0.9988 0.0532 0.520 0.480
#> SRR934831 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934832 2 0.5408 0.8553 0.124 0.876
#> SRR934833 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934851 1 0.7950 0.6796 0.760 0.240
#> SRR934853 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934854 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934856 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934869 1 0.5059 0.8665 0.888 0.112
#> SRR934870 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934871 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.7745 0.7117 0.228 0.772
#> SRR934874 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934878 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934879 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934880 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934886 2 0.0938 0.9642 0.012 0.988
#> SRR934887 2 0.6712 0.7892 0.176 0.824
#> SRR934888 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934890 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934891 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934892 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934893 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934898 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934900 2 0.6438 0.8055 0.164 0.836
#> SRR934901 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934902 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934906 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934907 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934915 1 0.9795 0.2740 0.584 0.416
#> SRR934916 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934919 1 0.9944 0.1430 0.544 0.456
#> SRR934920 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.5178 0.8644 0.116 0.884
#> SRR934924 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934928 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934930 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934931 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934936 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934937 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934938 2 0.1184 0.9610 0.016 0.984
#> SRR934939 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934940 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934941 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934942 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934945 2 0.9922 0.2032 0.448 0.552
#> SRR934946 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934948 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934950 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.2778 0.9332 0.048 0.952
#> SRR934957 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934963 1 0.1633 0.9600 0.976 0.024
#> SRR934964 2 0.9996 0.0610 0.488 0.512
#> SRR934965 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.1414 0.9638 0.980 0.020
#> SRR934968 1 0.5737 0.8355 0.864 0.136
#> SRR934969 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934972 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934973 1 0.6048 0.8198 0.852 0.148
#> SRR934974 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934975 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.2423 0.9404 0.040 0.960
#> SRR934979 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.2778 0.9333 0.048 0.952
#> SRR934982 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.9737 0.000 1.000
#> SRR934988 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9819 1.000 0.000
#> SRR934990 1 0.3114 0.9279 0.944 0.056
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 3 0.2711 0.9255 0.088 0.000 0.912
#> SRR934718 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.1964 0.9377 0.056 0.000 0.944
#> SRR934720 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721 3 0.1964 0.9391 0.056 0.000 0.944
#> SRR934722 2 0.2537 0.8958 0.000 0.920 0.080
#> SRR934723 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724 3 0.1289 0.9416 0.032 0.000 0.968
#> SRR934725 1 0.6295 0.1699 0.528 0.000 0.472
#> SRR934726 3 0.4750 0.7527 0.216 0.000 0.784
#> SRR934727 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728 3 0.1031 0.9378 0.024 0.000 0.976
#> SRR934729 2 0.1643 0.9217 0.000 0.956 0.044
#> SRR934730 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 3 0.1411 0.9418 0.036 0.000 0.964
#> SRR934732 2 0.0237 0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934733 1 0.5465 0.6264 0.712 0.000 0.288
#> SRR934734 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738 3 0.4974 0.6845 0.236 0.000 0.764
#> SRR934740 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0424 0.9436 0.000 0.992 0.008
#> SRR934742 1 0.0237 0.9479 0.996 0.000 0.004
#> SRR934743 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.1529 0.9413 0.040 0.000 0.960
#> SRR934745 1 0.1860 0.9113 0.948 0.000 0.052
#> SRR934746 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 3 0.2165 0.9344 0.064 0.000 0.936
#> SRR934750 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749 3 0.2066 0.9377 0.060 0.000 0.940
#> SRR934751 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752 3 0.2356 0.9027 0.072 0.000 0.928
#> SRR934753 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 3 0.1031 0.9329 0.024 0.000 0.976
#> SRR934755 3 0.8013 0.3588 0.072 0.364 0.564
#> SRR934756 1 0.2165 0.9046 0.936 0.000 0.064
#> SRR934757 3 0.1860 0.9402 0.052 0.000 0.948
#> SRR934758 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761 2 0.0237 0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934762 3 0.1031 0.9329 0.024 0.000 0.976
#> SRR934763 3 0.0424 0.9347 0.008 0.000 0.992
#> SRR934764 3 0.0892 0.9339 0.020 0.000 0.980
#> SRR934765 1 0.4452 0.7342 0.808 0.000 0.192
#> SRR934766 3 0.2448 0.9336 0.076 0.000 0.924
#> SRR934767 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0747 0.9379 0.000 0.984 0.016
#> SRR934770 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772 2 0.1860 0.9162 0.000 0.948 0.052
#> SRR934771 3 0.2066 0.9377 0.060 0.000 0.940
#> SRR934773 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.1643 0.9408 0.044 0.000 0.956
#> SRR934775 3 0.2356 0.9351 0.072 0.000 0.928
#> SRR934776 3 0.0747 0.9345 0.016 0.000 0.984
#> SRR934777 3 0.1860 0.9410 0.052 0.000 0.948
#> SRR934778 1 0.6260 0.2488 0.552 0.000 0.448
#> SRR934779 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.0237 0.9352 0.004 0.000 0.996
#> SRR934781 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783 3 0.0747 0.9388 0.016 0.000 0.984
#> SRR934784 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788 3 0.5905 0.5386 0.352 0.000 0.648
#> SRR934789 3 0.1643 0.9412 0.044 0.000 0.956
#> SRR934790 3 0.2878 0.9114 0.096 0.000 0.904
#> SRR934791 3 0.1411 0.9407 0.036 0.000 0.964
#> SRR934792 2 0.0237 0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934793 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 3 0.1529 0.9262 0.040 0.000 0.960
#> SRR934796 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799 3 0.2261 0.9363 0.068 0.000 0.932
#> SRR934800 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934805 3 0.1529 0.9421 0.040 0.000 0.960
#> SRR934806 3 0.6168 0.3639 0.412 0.000 0.588
#> SRR934807 2 0.6286 0.2191 0.000 0.536 0.464
#> SRR934809 3 0.1163 0.9412 0.028 0.000 0.972
#> SRR934810 3 0.0747 0.9345 0.016 0.000 0.984
#> SRR934811 2 0.3425 0.8647 0.004 0.884 0.112
#> SRR934808 3 0.0747 0.9345 0.016 0.000 0.984
#> SRR934812 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0747 0.9389 0.000 0.984 0.016
#> SRR934814 1 0.6295 0.1699 0.528 0.000 0.472
#> SRR934815 2 0.2261 0.9051 0.000 0.932 0.068
#> SRR934816 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 2 0.0237 0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934818 3 0.0848 0.9332 0.008 0.008 0.984
#> SRR934819 3 0.3038 0.8826 0.104 0.000 0.896
#> SRR934820 3 0.1529 0.9265 0.040 0.000 0.960
#> SRR934821 3 0.4136 0.8511 0.020 0.116 0.864
#> SRR934822 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823 3 0.2066 0.9377 0.060 0.000 0.940
#> SRR934825 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826 1 0.5988 0.4643 0.632 0.000 0.368
#> SRR934827 1 0.4784 0.7110 0.796 0.004 0.200
#> SRR934828 1 0.6599 0.7232 0.748 0.168 0.084
#> SRR934829 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830 2 0.9778 0.1155 0.236 0.408 0.356
#> SRR934831 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832 2 0.6062 0.6422 0.016 0.708 0.276
#> SRR934833 3 0.2066 0.9127 0.060 0.000 0.940
#> SRR934834 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0237 0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934836 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 3 0.2356 0.9351 0.072 0.000 0.928
#> SRR934839 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.1753 0.9144 0.952 0.000 0.048
#> SRR934844 3 0.2878 0.9216 0.096 0.000 0.904
#> SRR934845 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847 3 0.1411 0.9418 0.036 0.000 0.964
#> SRR934848 3 0.1529 0.9410 0.040 0.000 0.960
#> SRR934849 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.4615 0.8189 0.020 0.144 0.836
#> SRR934853 3 0.1529 0.9413 0.040 0.000 0.960
#> SRR934852 2 0.0237 0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934854 3 0.1031 0.9331 0.024 0.000 0.976
#> SRR934856 3 0.2356 0.9351 0.072 0.000 0.928
#> SRR934858 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0237 0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934862 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863 3 0.0237 0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934864 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 3 0.0237 0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934866 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869 3 0.2200 0.9370 0.056 0.004 0.940
#> SRR934870 3 0.0892 0.9364 0.020 0.000 0.980
#> SRR934871 2 0.1753 0.9191 0.000 0.952 0.048
#> SRR934872 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 2 0.5939 0.6831 0.224 0.748 0.028
#> SRR934874 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 3 0.1529 0.9421 0.040 0.000 0.960
#> SRR934877 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.0424 0.9329 0.000 0.008 0.992
#> SRR934879 3 0.1753 0.9400 0.048 0.000 0.952
#> SRR934880 3 0.1289 0.9414 0.032 0.000 0.968
#> SRR934881 2 0.0237 0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934882 2 0.0237 0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934883 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 2 0.1529 0.9244 0.000 0.960 0.040
#> SRR934885 2 0.0237 0.9455 0.000 0.996 0.004
#> SRR934886 2 0.1182 0.9347 0.012 0.976 0.012
#> SRR934887 3 0.1753 0.9187 0.000 0.048 0.952
#> SRR934888 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0424 0.9436 0.000 0.992 0.008
#> SRR934890 3 0.1860 0.9390 0.052 0.000 0.948
#> SRR934891 3 0.0237 0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934892 3 0.1411 0.9255 0.000 0.036 0.964
#> SRR934893 2 0.6941 0.0962 0.016 0.520 0.464
#> SRR934894 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 2 0.5785 0.5548 0.000 0.668 0.332
#> SRR934896 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0237 0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934899 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934900 3 0.2096 0.9382 0.052 0.004 0.944
#> SRR934901 2 0.0237 0.9455 0.000 0.996 0.004
#> SRR934902 2 0.4178 0.7833 0.000 0.828 0.172
#> SRR934903 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 3 0.4555 0.7894 0.200 0.000 0.800
#> SRR934906 3 0.1529 0.9419 0.040 0.000 0.960
#> SRR934907 2 0.4121 0.8100 0.000 0.832 0.168
#> SRR934908 2 0.1289 0.9294 0.000 0.968 0.032
#> SRR934909 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934910 2 0.1289 0.9294 0.000 0.968 0.032
#> SRR934911 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 2 0.0237 0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934913 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 3 0.2356 0.9356 0.072 0.000 0.928
#> SRR934915 3 0.0237 0.9336 0.000 0.004 0.996
#> SRR934916 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 2 0.4346 0.7679 0.000 0.816 0.184
#> SRR934919 2 0.6319 0.6656 0.228 0.732 0.040
#> SRR934920 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0000 0.9332 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924 1 0.1525 0.9247 0.964 0.004 0.032
#> SRR934923 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0892 0.9371 0.000 0.980 0.020
#> SRR934926 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 2 0.0424 0.9437 0.000 0.992 0.008
#> SRR934928 3 0.1411 0.9415 0.036 0.000 0.964
#> SRR934929 3 0.1964 0.9381 0.056 0.000 0.944
#> SRR934930 3 0.3619 0.8293 0.000 0.136 0.864
#> SRR934931 2 0.6192 0.3492 0.000 0.580 0.420
#> SRR934932 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 2 0.0237 0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934936 2 0.6225 0.2411 0.000 0.568 0.432
#> SRR934933 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.1964 0.9377 0.056 0.000 0.944
#> SRR934938 3 0.2165 0.9072 0.000 0.064 0.936
#> SRR934939 3 0.1031 0.9407 0.024 0.000 0.976
#> SRR934940 2 0.2356 0.9019 0.000 0.928 0.072
#> SRR934941 3 0.0237 0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934942 2 0.6140 0.3923 0.000 0.596 0.404
#> SRR934943 2 0.0424 0.9436 0.000 0.992 0.008
#> SRR934944 3 0.4654 0.7910 0.208 0.000 0.792
#> SRR934945 1 0.2187 0.9128 0.948 0.024 0.028
#> SRR934946 3 0.0848 0.9331 0.008 0.008 0.984
#> SRR934947 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.1529 0.9413 0.040 0.000 0.960
#> SRR934949 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950 3 0.0237 0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934951 3 0.2448 0.9312 0.076 0.000 0.924
#> SRR934953 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956 2 0.0592 0.9413 0.000 0.988 0.012
#> SRR934957 3 0.0237 0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934958 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 3 0.2066 0.9377 0.060 0.000 0.940
#> SRR934960 3 0.5216 0.6829 0.260 0.000 0.740
#> SRR934961 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.1031 0.9305 0.000 0.024 0.976
#> SRR934965 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.1964 0.9377 0.056 0.000 0.944
#> SRR934968 3 0.2063 0.9394 0.044 0.008 0.948
#> SRR934969 3 0.1411 0.9407 0.036 0.000 0.964
#> SRR934970 1 0.0237 0.9476 0.996 0.000 0.004
#> SRR934971 2 0.0237 0.9457 0.000 0.996 0.004
#> SRR934972 3 0.2448 0.9294 0.076 0.000 0.924
#> SRR934973 3 0.2703 0.9319 0.056 0.016 0.928
#> SRR934974 3 0.1964 0.9377 0.056 0.000 0.944
#> SRR934975 3 0.0237 0.9343 0.004 0.000 0.996
#> SRR934976 2 0.1031 0.9344 0.000 0.976 0.024
#> SRR934977 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978 2 0.4346 0.7730 0.000 0.816 0.184
#> SRR934979 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.1031 0.9327 0.976 0.000 0.024
#> SRR934981 3 0.2878 0.8777 0.000 0.096 0.904
#> SRR934982 1 0.0592 0.9420 0.988 0.000 0.012
#> SRR934983 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9471 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985 3 0.1860 0.9188 0.052 0.000 0.948
#> SRR934986 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.2356 0.9021 0.000 0.928 0.072
#> SRR934988 3 0.1964 0.9377 0.056 0.000 0.944
#> SRR934989 1 0.0000 0.9508 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.1964 0.9377 0.056 0.000 0.944
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 3 0.3647 0.8019 0.108 0.000 0.852 0.040
#> SRR934718 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.0188 0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934720 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 3 0.0921 0.8531 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934722 2 0.4961 0.1002 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR934723 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 3 0.3688 0.7689 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR934725 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934726 4 0.4690 0.5860 0.276 0.000 0.012 0.712
#> SRR934727 1 0.3444 0.7570 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR934728 3 0.5000 0.1720 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR934729 4 0.3219 0.7344 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR934730 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 3 0.3311 0.7967 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR934732 2 0.0336 0.9519 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934733 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.1792 0.9029 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR934736 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0921 0.9334 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934742 1 0.3801 0.7021 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR934743 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0000 0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934745 4 0.2197 0.8074 0.080 0.004 0.000 0.916
#> SRR934746 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.0188 0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934750 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749 3 0.1302 0.8505 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934751 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0921 0.8351 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934755 3 0.2868 0.7366 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR934756 4 0.3907 0.6604 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR934757 3 0.1716 0.8462 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934758 1 0.3726 0.7151 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934759 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934761 2 0.3688 0.7640 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR934762 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934763 4 0.3688 0.6604 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR934764 4 0.2760 0.7560 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR934765 1 0.1716 0.9107 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR934766 3 0.3764 0.7612 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR934767 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 4 0.3569 0.7064 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR934771 3 0.0188 0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934773 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0188 0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934775 3 0.4049 0.7625 0.008 0.000 0.780 0.212
#> SRR934776 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777 3 0.3444 0.7883 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR934778 4 0.0188 0.8490 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934779 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.3123 0.8065 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR934781 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783 3 0.4008 0.7315 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR934784 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788 1 0.7638 -0.1086 0.420 0.000 0.372 0.208
#> SRR934789 3 0.4643 0.5738 0.000 0.000 0.656 0.344
#> SRR934790 3 0.0000 0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791 3 0.4624 0.5834 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR934792 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 3 0.3400 0.7911 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934800 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934805 3 0.3975 0.7362 0.000 0.000 0.760 0.240
#> SRR934806 3 0.2593 0.7955 0.104 0.000 0.892 0.004
#> SRR934807 4 0.0188 0.8490 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934809 3 0.3726 0.7655 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934810 4 0.0188 0.8477 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934811 4 0.0336 0.8477 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934808 4 0.3219 0.7171 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR934812 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 2 0.3801 0.7481 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR934814 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934815 4 0.0592 0.8438 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934816 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.0336 0.9519 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934818 4 0.3266 0.7126 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934819 4 0.4079 0.7174 0.180 0.000 0.020 0.800
#> SRR934820 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934821 3 0.2053 0.8055 0.000 0.072 0.924 0.004
#> SRR934822 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 3 0.0336 0.8546 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934825 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934827 1 0.1302 0.9301 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR934828 4 0.0336 0.8477 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934829 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 4 0.0188 0.8490 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934831 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 4 0.0188 0.8490 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934833 4 0.0188 0.8490 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934834 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.1118 0.9328 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 3 0.3649 0.7723 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934839 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934840 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 4 0.4679 0.4466 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR934844 3 0.4609 0.7798 0.056 0.000 0.788 0.156
#> SRR934845 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934847 3 0.3266 0.7990 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR934848 3 0.4134 0.7116 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR934849 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.4284 0.6737 0.000 0.020 0.780 0.200
#> SRR934853 3 0.0336 0.8546 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934852 2 0.1389 0.9236 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934854 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934856 3 0.3486 0.7852 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR934858 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0336 0.9519 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.4877 0.1889 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR934864 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934868 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934869 3 0.0188 0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934870 4 0.4431 0.4836 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR934871 4 0.4916 0.3368 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR934872 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873 2 0.7129 0.4594 0.196 0.560 0.244 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 3 0.3726 0.7651 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934877 1 0.1557 0.9158 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR934878 3 0.4978 0.3639 0.000 0.004 0.612 0.384
#> SRR934879 3 0.0188 0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934880 3 0.0817 0.8536 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934881 2 0.2647 0.8619 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR934882 2 0.1716 0.9109 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 4 0.3764 0.6879 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR934885 2 0.0188 0.9525 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934886 2 0.3801 0.7483 0.000 0.780 0.220 0.000
#> SRR934887 3 0.0188 0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934888 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889 2 0.1474 0.9104 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR934890 3 0.0188 0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934891 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892 3 0.0188 0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934893 3 0.1637 0.8134 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 4 0.1637 0.8158 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934896 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 4 0.4072 0.5880 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR934899 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934900 3 0.0000 0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934901 2 0.1022 0.9300 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934902 2 0.4916 0.3441 0.000 0.576 0.424 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 3 0.0188 0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934906 3 0.2081 0.8397 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR934907 4 0.4331 0.5892 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR934908 4 0.4804 0.4042 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR934909 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934910 4 0.4941 0.2533 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR934911 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912 2 0.2345 0.8802 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 3 0.4008 0.7317 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR934915 4 0.5000 -0.0476 0.000 0.000 0.500 0.500
#> SRR934916 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934918 3 0.4977 0.0287 0.000 0.460 0.540 0.000
#> SRR934919 4 0.6822 0.5685 0.204 0.192 0.000 0.604
#> SRR934920 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 2 0.2530 0.8694 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR934928 3 0.1211 0.8513 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934929 4 0.3074 0.7106 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR934930 3 0.3764 0.6377 0.000 0.216 0.784 0.000
#> SRR934931 4 0.0188 0.8490 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934932 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.2760 0.8541 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934936 2 0.0188 0.9528 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934933 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0000 0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934939 3 0.2647 0.8237 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR934940 4 0.3726 0.6935 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR934941 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942 4 0.0469 0.8459 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934943 2 0.0469 0.9467 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934944 3 0.5066 0.7612 0.120 0.000 0.768 0.112
#> SRR934945 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934946 4 0.0000 0.8493 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.3123 0.7968 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR934948 3 0.0188 0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934949 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950 4 0.0188 0.8477 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934951 3 0.1867 0.8433 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934953 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0921 0.9341 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934954 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 2 0.2589 0.8660 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR934957 3 0.4193 0.7005 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR934958 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934959 3 0.0188 0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934960 4 0.3975 0.5963 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR934961 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.3649 0.6921 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934965 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0000 0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969 3 0.4977 0.2855 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR934970 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934971 2 0.2647 0.8619 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR934972 3 0.0188 0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934973 3 0.0000 0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974 3 0.0188 0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934975 4 0.0188 0.8477 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934976 2 0.4843 0.3000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR934977 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 2 0.4406 0.6264 0.000 0.700 0.300 0.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.9549 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.3266 0.6987 0.000 0.168 0.832 0.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0188 0.9538 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934985 4 0.0188 0.8490 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934986 1 0.2216 0.8768 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR934987 4 0.4134 0.6498 0.000 0.260 0.000 0.740
#> SRR934988 3 0.0188 0.8545 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934989 1 0.0000 0.9663 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.8531 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.2136 0.8855 0.008 0.000 0.088 0.904 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.3661 0.5708 0.000 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.2179 0.8766 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR934722 5 0.3983 0.4960 0.000 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR934723 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.1671 0.8886 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR934725 5 0.0963 0.8857 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR934726 4 0.0981 0.8704 0.012 0.000 0.008 0.972 0.008
#> SRR934727 1 0.0162 0.9670 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934728 4 0.0566 0.8792 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR934729 2 0.2879 0.8760 0.000 0.880 0.008 0.080 0.032
#> SRR934730 2 0.0290 0.9502 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.0794 0.8876 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934732 2 0.1121 0.9405 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934733 5 0.0162 0.9019 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934734 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.3366 0.6856 0.768 0.000 0.000 0.232 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0880 0.9465 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934738 5 0.4242 0.1544 0.000 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934740 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0693 0.9454 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR934742 4 0.1894 0.8428 0.072 0.000 0.008 0.920 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0880 0.8747 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR934745 5 0.4212 0.5450 0.292 0.004 0.004 0.004 0.696
#> SRR934746 2 0.1444 0.9410 0.000 0.948 0.040 0.012 0.000
#> SRR934747 2 0.0162 0.9505 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.1608 0.8589 0.000 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR934750 2 0.0162 0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934749 4 0.2127 0.8786 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.3816 0.6188 0.000 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR934753 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0865 0.8694 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR934755 3 0.0771 0.8715 0.000 0.020 0.976 0.004 0.000
#> SRR934756 4 0.3192 0.8161 0.112 0.000 0.000 0.848 0.040
#> SRR934757 4 0.2471 0.8095 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR934758 1 0.0162 0.9670 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0290 0.9501 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.2230 0.8139 0.000 0.116 0.884 0.000 0.000
#> SRR934762 4 0.2719 0.8227 0.000 0.000 0.004 0.852 0.144
#> SRR934763 4 0.0290 0.8784 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934764 4 0.0404 0.8770 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934765 1 0.1544 0.9076 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR934766 4 0.1732 0.8879 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 2 0.1285 0.9311 0.000 0.956 0.004 0.036 0.004
#> SRR934770 1 0.0794 0.9454 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR934772 2 0.4855 0.7557 0.000 0.760 0.028 0.088 0.124
#> SRR934771 4 0.2929 0.8214 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0609 0.8760 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934775 4 0.2260 0.8722 0.064 0.000 0.028 0.908 0.000
#> SRR934776 4 0.1557 0.8489 0.000 0.000 0.008 0.940 0.052
#> SRR934777 4 0.1851 0.8858 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR934778 5 0.0162 0.9019 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934779 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.6120 0.4272 0.000 0.000 0.564 0.196 0.240
#> SRR934781 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0162 0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934783 4 0.0404 0.8844 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934784 2 0.0290 0.9502 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.2189 0.8601 0.084 0.000 0.012 0.904 0.000
#> SRR934789 4 0.0727 0.8845 0.004 0.000 0.012 0.980 0.004
#> SRR934790 3 0.0671 0.8762 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR934791 4 0.2351 0.8836 0.000 0.000 0.088 0.896 0.016
#> SRR934792 3 0.2891 0.7533 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.2280 0.8302 0.000 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR934796 1 0.0290 0.9636 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.1732 0.8879 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR934800 2 0.0963 0.9438 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0963 0.9456 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0162 0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934803 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 3 0.4410 0.7395 0.000 0.124 0.764 0.000 0.112
#> SRR934805 4 0.0880 0.8880 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934806 1 0.5414 0.5566 0.660 0.000 0.140 0.200 0.000
#> SRR934807 5 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809 4 0.2127 0.8786 0.000 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR934810 5 0.0404 0.8998 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934811 5 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934808 4 0.0324 0.8813 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR934812 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.2127 0.8259 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR934814 4 0.3932 0.5161 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR934815 5 0.3369 0.8287 0.000 0.024 0.028 0.092 0.856
#> SRR934816 2 0.0404 0.9496 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.1544 0.9293 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR934818 4 0.0613 0.8791 0.000 0.004 0.008 0.984 0.004
#> SRR934819 4 0.0451 0.8775 0.004 0.000 0.000 0.988 0.008
#> SRR934820 5 0.0162 0.9019 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934821 3 0.1830 0.8770 0.000 0.028 0.932 0.040 0.000
#> SRR934822 1 0.0162 0.9670 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934823 4 0.2648 0.8482 0.000 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934826 4 0.2777 0.8316 0.016 0.000 0.000 0.864 0.120
#> SRR934827 1 0.3534 0.6514 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR934828 5 0.0898 0.8937 0.000 0.000 0.008 0.020 0.972
#> SRR934829 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833 5 0.0162 0.9019 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934834 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.1121 0.9408 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934836 1 0.1965 0.8726 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR934837 2 0.0162 0.9505 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.1908 0.8847 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR934839 2 0.1043 0.9423 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.1410 0.9321 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0162 0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934843 4 0.4974 0.0582 0.484 0.000 0.004 0.492 0.020
#> SRR934844 4 0.2189 0.8861 0.012 0.000 0.084 0.904 0.000
#> SRR934845 2 0.0162 0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934846 2 0.1121 0.9408 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.1671 0.8886 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR934848 4 0.1792 0.8870 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.2228 0.8441 0.000 0.004 0.908 0.012 0.076
#> SRR934853 4 0.2179 0.8766 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR934852 2 0.3816 0.5358 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000
#> SRR934854 4 0.4288 0.2896 0.000 0.000 0.004 0.612 0.384
#> SRR934856 4 0.1732 0.8879 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0703 0.9467 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.1410 0.9362 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.1478 0.9318 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0324 0.9494 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934863 4 0.0162 0.8798 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934864 2 0.0162 0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934865 5 0.0510 0.8977 0.000 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR934866 2 0.0162 0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934867 2 0.1043 0.9426 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.1638 0.9328 0.000 0.932 0.064 0.004 0.000
#> SRR934869 4 0.4192 0.4357 0.000 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR934870 4 0.1124 0.8884 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR934871 2 0.1954 0.9231 0.000 0.932 0.008 0.028 0.032
#> SRR934872 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.4096 0.7040 0.176 0.052 0.772 0.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0162 0.9505 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.2020 0.8818 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR934877 1 0.2929 0.7678 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000
#> SRR934878 3 0.1830 0.8625 0.000 0.004 0.932 0.012 0.052
#> SRR934879 3 0.1197 0.8696 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934880 4 0.3003 0.8127 0.000 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934881 3 0.3707 0.6400 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000
#> SRR934882 3 0.4201 0.3289 0.000 0.408 0.592 0.000 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.3593 0.8488 0.000 0.844 0.020 0.092 0.044
#> SRR934885 2 0.1710 0.9340 0.000 0.944 0.020 0.024 0.012
#> SRR934886 3 0.2127 0.8146 0.000 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR934887 3 0.0794 0.8756 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934888 2 0.1124 0.9445 0.000 0.960 0.036 0.000 0.004
#> SRR934889 2 0.3163 0.8702 0.000 0.864 0.032 0.092 0.012
#> SRR934890 3 0.1544 0.8611 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR934891 5 0.2377 0.8258 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR934892 3 0.2127 0.8324 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR934893 3 0.0566 0.8740 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR934894 2 0.0162 0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934895 5 0.0290 0.8981 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934896 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0290 0.9493 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934898 4 0.0324 0.8813 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR934899 2 0.5876 0.1102 0.000 0.512 0.104 0.000 0.384
#> SRR934900 3 0.0880 0.8747 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR934901 2 0.0579 0.9475 0.000 0.984 0.008 0.000 0.008
#> SRR934902 3 0.1478 0.8483 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0162 0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934905 3 0.1544 0.8611 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR934906 3 0.1704 0.8603 0.000 0.000 0.928 0.068 0.004
#> SRR934907 5 0.0404 0.8960 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934908 2 0.1124 0.9375 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR934909 2 0.1830 0.9291 0.000 0.924 0.068 0.008 0.000
#> SRR934910 5 0.3109 0.7172 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR934911 2 0.0162 0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934912 2 0.1608 0.9241 0.000 0.928 0.072 0.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0162 0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934914 4 0.2011 0.8858 0.004 0.000 0.088 0.908 0.000
#> SRR934915 3 0.3039 0.7400 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR934916 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0794 0.9462 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.1469 0.8729 0.000 0.036 0.948 0.016 0.000
#> SRR934919 2 0.5729 0.7155 0.108 0.728 0.032 0.100 0.032
#> SRR934920 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0162 0.9499 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934922 5 0.0290 0.9009 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934924 1 0.0880 0.9449 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR934923 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0613 0.9477 0.000 0.984 0.008 0.004 0.004
#> SRR934926 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.2377 0.8116 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR934928 3 0.1732 0.8541 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934929 5 0.4980 0.2619 0.000 0.000 0.036 0.380 0.584
#> SRR934930 3 0.2491 0.8628 0.000 0.068 0.896 0.036 0.000
#> SRR934931 5 0.0000 0.9013 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.3857 0.5688 0.000 0.312 0.688 0.000 0.000
#> SRR934936 2 0.0613 0.9477 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004
#> SRR934933 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0880 0.8747 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR934938 3 0.0566 0.8759 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR934939 4 0.1544 0.8892 0.000 0.000 0.068 0.932 0.000
#> SRR934940 2 0.3402 0.7738 0.000 0.804 0.008 0.184 0.004
#> SRR934941 5 0.0162 0.9019 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934942 5 0.1901 0.8753 0.000 0.024 0.004 0.040 0.932
#> SRR934943 2 0.2741 0.8980 0.000 0.892 0.032 0.064 0.012
#> SRR934944 4 0.1956 0.8645 0.076 0.000 0.008 0.916 0.000
#> SRR934945 1 0.1041 0.9420 0.964 0.004 0.000 0.000 0.032
#> SRR934946 5 0.0290 0.9011 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934947 4 0.2516 0.8052 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934948 3 0.1544 0.8611 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR934949 2 0.1410 0.9321 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR934950 5 0.0290 0.9011 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934951 4 0.1908 0.8847 0.000 0.000 0.092 0.908 0.000
#> SRR934953 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.3210 0.7340 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934954 2 0.0290 0.9502 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.3715 0.6852 0.000 0.260 0.736 0.000 0.004
#> SRR934957 4 0.0290 0.8835 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.2179 0.8766 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR934960 4 0.2171 0.8764 0.000 0.000 0.024 0.912 0.064
#> SRR934961 2 0.0880 0.9465 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.1043 0.9426 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.0162 0.9662 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.2130 0.8416 0.000 0.000 0.908 0.012 0.080
#> SRR934965 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9505 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.1908 0.8270 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR934968 3 0.0794 0.8756 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934969 4 0.0566 0.8837 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR934970 1 0.1671 0.8958 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR934971 2 0.1671 0.9209 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR934972 4 0.4278 0.2967 0.000 0.000 0.452 0.548 0.000
#> SRR934973 3 0.0671 0.8762 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR934974 4 0.3752 0.6691 0.000 0.000 0.292 0.708 0.000
#> SRR934975 5 0.0162 0.9019 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934976 5 0.3210 0.7097 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934977 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.1300 0.8760 0.000 0.028 0.956 0.016 0.000
#> SRR934979 2 0.0880 0.9465 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.2074 0.8734 0.000 0.044 0.920 0.036 0.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.1410 0.9321 0.000 0.940 0.060 0.000 0.000
#> SRR934985 4 0.1557 0.8490 0.000 0.000 0.008 0.940 0.052
#> SRR934986 4 0.3003 0.7613 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR934987 2 0.4182 0.4416 0.000 0.644 0.004 0.000 0.352
#> SRR934988 3 0.1732 0.8541 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9698 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0703 0.8759 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.0146 0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934718 1 0.2969 0.708707 0.776 0.000 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR934719 4 0.2883 0.709563 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.0260 0.882127 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR934722 2 0.5169 0.380866 0.000 0.624 0.004 0.000 0.240 0.132
#> SRR934723 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.0692 0.879060 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020 0.000
#> SRR934725 6 0.0632 0.874542 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR934726 5 0.4062 0.093529 0.008 0.000 0.000 0.440 0.552 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.1141 0.865027 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR934729 5 0.2302 0.611802 0.000 0.120 0.000 0.000 0.872 0.008
#> SRR934730 2 0.0547 0.838138 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934731 4 0.0363 0.881103 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934732 2 0.1498 0.822701 0.000 0.940 0.032 0.000 0.028 0.000
#> SRR934733 6 0.0000 0.878378 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.3854 0.234572 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 5 0.4083 0.001359 0.000 0.460 0.008 0.000 0.532 0.000
#> SRR934738 6 0.3727 0.402395 0.000 0.000 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR934740 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0260 0.838134 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934741 5 0.2762 0.596284 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934742 4 0.4219 0.447270 0.320 0.000 0.000 0.648 0.032 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0260 0.868490 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934745 5 0.6471 -0.005078 0.356 0.020 0.000 0.000 0.376 0.248
#> SRR934746 5 0.3615 0.445788 0.000 0.292 0.008 0.000 0.700 0.000
#> SRR934747 2 0.0363 0.839450 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934748 4 0.3695 0.400725 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR934750 2 0.0632 0.831955 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934749 4 0.0146 0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.1910 0.818897 0.000 0.000 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR934753 2 0.0547 0.838138 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934754 4 0.1075 0.864134 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934755 3 0.0547 0.860823 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR934756 4 0.1152 0.858231 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR934757 5 0.5084 0.418634 0.000 0.000 0.124 0.264 0.612 0.000
#> SRR934758 1 0.3938 0.539049 0.660 0.000 0.000 0.324 0.000 0.016
#> SRR934759 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0603 0.838627 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR934761 3 0.1320 0.840296 0.000 0.036 0.948 0.000 0.016 0.000
#> SRR934762 4 0.0458 0.879841 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934763 4 0.3175 0.626467 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR934764 4 0.0363 0.880176 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934765 1 0.0937 0.864606 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766 4 0.0146 0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0146 0.890702 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934769 5 0.3866 0.113678 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR934770 1 0.3804 0.344205 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR934772 5 0.1787 0.637213 0.000 0.068 0.004 0.000 0.920 0.008
#> SRR934771 4 0.1124 0.868958 0.000 0.000 0.036 0.956 0.008 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0260 0.867634 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934775 4 0.0909 0.877789 0.012 0.000 0.000 0.968 0.020 0.000
#> SRR934776 5 0.3684 0.303512 0.000 0.000 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR934777 4 0.0146 0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934778 6 0.0000 0.878378 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 4 0.7302 0.090288 0.000 0.036 0.216 0.424 0.280 0.044
#> SRR934781 2 0.0000 0.839562 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0632 0.831896 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934783 4 0.1204 0.858666 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR934784 2 0.1204 0.823895 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934785 2 0.0260 0.839611 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934786 1 0.3428 0.595670 0.696 0.000 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0260 0.888955 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934788 4 0.0146 0.882140 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934789 4 0.0713 0.876026 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934790 3 0.0146 0.868484 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934791 4 0.0146 0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934792 3 0.2178 0.750687 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0146 0.839087 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934795 4 0.0692 0.877340 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 0.020
#> SRR934796 1 0.2793 0.731952 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.0146 0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934800 2 0.3984 0.488598 0.000 0.648 0.016 0.000 0.336 0.000
#> SRR934801 2 0.3874 0.462515 0.000 0.636 0.008 0.000 0.356 0.000
#> SRR934802 2 0.0713 0.837614 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 3 0.1950 0.831152 0.000 0.024 0.912 0.000 0.000 0.064
#> SRR934805 4 0.0547 0.878798 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934806 4 0.3629 0.596204 0.260 0.000 0.016 0.724 0.000 0.000
#> SRR934807 6 0.1007 0.867468 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934809 4 0.0363 0.881148 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR934810 6 0.1556 0.843363 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR934811 6 0.1556 0.847756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.080 0.920
#> SRR934808 4 0.4080 0.159201 0.000 0.000 0.000 0.536 0.456 0.008
#> SRR934812 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.0000 0.867847 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814 6 0.2445 0.812264 0.000 0.000 0.000 0.108 0.020 0.872
#> SRR934815 5 0.2201 0.617575 0.000 0.036 0.004 0.000 0.904 0.056
#> SRR934816 2 0.2378 0.752122 0.000 0.848 0.000 0.000 0.152 0.000
#> SRR934817 5 0.5438 0.325300 0.000 0.148 0.304 0.000 0.548 0.000
#> SRR934818 4 0.3309 0.604498 0.000 0.000 0.000 0.720 0.280 0.000
#> SRR934819 4 0.0458 0.879230 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934820 6 0.0000 0.878378 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934821 3 0.0520 0.867719 0.000 0.000 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR934822 1 0.3198 0.667984 0.740 0.000 0.000 0.260 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.0790 0.873204 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0790 0.827372 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR934826 4 0.0363 0.880479 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934827 1 0.3864 0.080366 0.520 0.000 0.480 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828 5 0.2631 0.522942 0.000 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934829 2 0.0000 0.839562 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 6 0.0000 0.878378 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 6 0.0000 0.878378 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833 6 0.1391 0.867691 0.000 0.000 0.000 0.016 0.040 0.944
#> SRR934834 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.3563 0.716401 0.000 0.800 0.092 0.000 0.108 0.000
#> SRR934836 1 0.3867 0.133961 0.512 0.000 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0458 0.839098 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934838 4 0.0146 0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934839 2 0.4101 0.521450 0.000 0.664 0.028 0.000 0.308 0.000
#> SRR934840 2 0.4609 0.263263 0.000 0.540 0.040 0.000 0.420 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0547 0.833740 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934843 1 0.1812 0.830793 0.912 0.000 0.000 0.080 0.008 0.000
#> SRR934844 4 0.0146 0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0713 0.829582 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR934846 2 0.4461 0.320589 0.000 0.564 0.032 0.000 0.404 0.000
#> SRR934847 4 0.0260 0.881808 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934848 4 0.0146 0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0363 0.866228 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934853 4 0.1049 0.874969 0.000 0.000 0.032 0.960 0.008 0.000
#> SRR934852 2 0.2312 0.759377 0.000 0.876 0.112 0.000 0.012 0.000
#> SRR934854 5 0.5583 0.270009 0.000 0.000 0.000 0.244 0.548 0.208
#> SRR934856 4 0.0146 0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0777 0.835998 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024 0.000
#> SRR934860 5 0.3867 0.368689 0.000 0.328 0.012 0.000 0.660 0.000
#> SRR934861 5 0.5257 0.000398 0.000 0.432 0.096 0.000 0.472 0.000
#> SRR934862 2 0.1204 0.809530 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934863 4 0.2092 0.798126 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR934864 2 0.0146 0.839087 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934865 6 0.2070 0.826167 0.000 0.000 0.000 0.100 0.008 0.892
#> SRR934866 2 0.0713 0.829825 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR934867 2 0.3454 0.671001 0.000 0.768 0.024 0.000 0.208 0.000
#> SRR934868 5 0.3333 0.585178 0.000 0.192 0.024 0.000 0.784 0.000
#> SRR934869 4 0.2320 0.793001 0.000 0.004 0.132 0.864 0.000 0.000
#> SRR934870 4 0.0260 0.881808 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934871 5 0.1349 0.621635 0.000 0.056 0.000 0.000 0.940 0.004
#> SRR934872 2 0.0146 0.839087 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934873 3 0.4151 0.697432 0.092 0.028 0.780 0.000 0.100 0.000
#> SRR934874 2 0.0363 0.839450 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934875 2 0.0458 0.839047 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934876 4 0.0146 0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934877 1 0.3126 0.687140 0.752 0.000 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.0964 0.863231 0.000 0.000 0.968 0.004 0.012 0.016
#> SRR934879 3 0.0790 0.857167 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934880 4 0.2019 0.832115 0.000 0.000 0.088 0.900 0.012 0.000
#> SRR934881 3 0.1267 0.835762 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882 3 0.2593 0.748209 0.000 0.008 0.844 0.000 0.148 0.000
#> SRR934883 2 0.0458 0.839047 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934884 5 0.1082 0.623293 0.000 0.040 0.000 0.004 0.956 0.000
#> SRR934885 5 0.1910 0.643480 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR934886 3 0.1168 0.846060 0.000 0.016 0.956 0.000 0.028 0.000
#> SRR934887 3 0.0146 0.868484 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934888 2 0.2859 0.736837 0.000 0.828 0.016 0.000 0.156 0.000
#> SRR934889 5 0.1858 0.641334 0.000 0.092 0.000 0.004 0.904 0.000
#> SRR934890 3 0.3866 0.020391 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR934891 6 0.5276 0.437304 0.000 0.000 0.000 0.312 0.124 0.564
#> SRR934892 3 0.5966 0.357470 0.000 0.052 0.532 0.328 0.088 0.000
#> SRR934893 3 0.0146 0.866746 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934894 2 0.0363 0.836852 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934895 6 0.1074 0.871347 0.000 0.000 0.012 0.000 0.028 0.960
#> SRR934896 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.1501 0.810700 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR934898 4 0.3862 0.122052 0.000 0.000 0.000 0.524 0.476 0.000
#> SRR934899 2 0.3764 0.658549 0.000 0.784 0.044 0.000 0.012 0.160
#> SRR934900 3 0.0260 0.868490 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934901 2 0.1444 0.800677 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934902 3 0.0146 0.866746 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934903 2 0.0260 0.838134 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934905 4 0.4400 0.124766 0.008 0.000 0.456 0.524 0.012 0.000
#> SRR934906 4 0.3136 0.725825 0.000 0.000 0.188 0.796 0.000 0.016
#> SRR934907 6 0.1814 0.811188 0.000 0.000 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR934908 2 0.4294 0.564003 0.000 0.692 0.000 0.000 0.060 0.248
#> SRR934909 5 0.2868 0.627327 0.000 0.132 0.028 0.000 0.840 0.000
#> SRR934910 2 0.5108 0.082463 0.000 0.484 0.000 0.000 0.080 0.436
#> SRR934911 2 0.0547 0.838138 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934912 3 0.5100 0.362544 0.000 0.116 0.600 0.000 0.284 0.000
#> SRR934913 2 0.0146 0.839087 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934914 4 0.0146 0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934915 3 0.0937 0.855236 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR934916 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.2882 0.717589 0.000 0.812 0.008 0.000 0.180 0.000
#> SRR934918 3 0.0260 0.868490 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934919 5 0.1760 0.631398 0.020 0.048 0.004 0.000 0.928 0.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0632 0.831955 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934922 6 0.4812 0.437776 0.000 0.000 0.068 0.000 0.344 0.588
#> SRR934924 1 0.1957 0.809232 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR934923 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 5 0.4044 0.460775 0.000 0.312 0.012 0.000 0.668 0.008
#> SRR934926 2 0.0547 0.838138 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934927 3 0.0260 0.866817 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934928 3 0.3244 0.603720 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000 0.000
#> SRR934929 4 0.1913 0.841586 0.000 0.000 0.012 0.908 0.000 0.080
#> SRR934930 3 0.1059 0.862416 0.000 0.016 0.964 0.016 0.004 0.000
#> SRR934931 6 0.0547 0.875778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934932 2 0.0000 0.839562 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0146 0.839087 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934935 3 0.4038 0.568408 0.000 0.216 0.728 0.000 0.056 0.000
#> SRR934936 2 0.2668 0.694007 0.000 0.828 0.000 0.004 0.168 0.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0260 0.868490 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.867847 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939 4 0.0713 0.874652 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934940 5 0.4026 0.359901 0.000 0.376 0.000 0.012 0.612 0.000
#> SRR934941 6 0.0000 0.878378 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942 5 0.5292 -0.107986 0.000 0.100 0.000 0.000 0.468 0.432
#> SRR934943 5 0.1644 0.640892 0.000 0.076 0.004 0.000 0.920 0.000
#> SRR934944 4 0.4687 0.581514 0.136 0.000 0.000 0.684 0.180 0.000
#> SRR934945 1 0.1957 0.808996 0.888 0.000 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR934946 6 0.2902 0.707391 0.000 0.000 0.000 0.196 0.004 0.800
#> SRR934947 1 0.5022 0.098034 0.496 0.000 0.000 0.432 0.072 0.000
#> SRR934948 3 0.1007 0.849503 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934949 2 0.5316 0.125881 0.000 0.480 0.104 0.000 0.416 0.000
#> SRR934950 6 0.0405 0.877137 0.000 0.000 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR934951 4 0.0146 0.882734 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934953 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0865 0.826434 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR934954 2 0.1267 0.822364 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 2 0.4944 0.015412 0.000 0.488 0.448 0.000 0.064 0.000
#> SRR934957 5 0.4109 0.247661 0.000 0.000 0.008 0.392 0.596 0.004
#> SRR934958 2 0.0547 0.838138 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934959 4 0.0458 0.880024 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR934960 4 0.0260 0.881809 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934961 2 0.3955 0.405831 0.000 0.608 0.008 0.000 0.384 0.000
#> SRR934962 2 0.1802 0.807474 0.000 0.916 0.012 0.000 0.072 0.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.0458 0.865399 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR934965 2 0.0260 0.839611 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934966 2 0.0260 0.838134 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934967 3 0.4951 0.302685 0.000 0.016 0.560 0.384 0.040 0.000
#> SRR934968 3 0.0260 0.868490 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934969 4 0.0632 0.878147 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934970 4 0.3620 0.377422 0.352 0.000 0.000 0.648 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.5667 0.223220 0.024 0.092 0.524 0.000 0.360 0.000
#> SRR934972 4 0.2121 0.821894 0.000 0.000 0.096 0.892 0.012 0.000
#> SRR934973 3 0.0260 0.868490 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934974 4 0.1643 0.847413 0.000 0.000 0.068 0.924 0.008 0.000
#> SRR934975 6 0.0000 0.878378 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976 2 0.3618 0.645821 0.000 0.776 0.000 0.000 0.048 0.176
#> SRR934977 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.3043 0.727674 0.000 0.148 0.828 0.012 0.012 0.000
#> SRR934979 2 0.3742 0.482885 0.000 0.648 0.004 0.000 0.348 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0972 0.858925 0.000 0.008 0.964 0.028 0.000 0.000
#> SRR934982 1 0.0260 0.888955 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934983 1 0.4339 0.547063 0.648 0.000 0.000 0.316 0.004 0.032
#> SRR934984 2 0.4993 0.341412 0.000 0.560 0.080 0.000 0.360 0.000
#> SRR934985 5 0.3360 0.478100 0.000 0.000 0.000 0.264 0.732 0.004
#> SRR934986 4 0.1141 0.853674 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.4616 0.410067 0.000 0.648 0.000 0.000 0.280 0.072
#> SRR934988 3 0.3489 0.569003 0.000 0.000 0.708 0.288 0.004 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.893097 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0260 0.868490 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.984 0.986 0.3255 0.674 0.674
#> 3 3 0.573 0.609 0.808 0.6943 0.843 0.767
#> 4 4 0.556 0.758 0.826 0.1450 0.807 0.629
#> 5 5 0.674 0.724 0.846 0.0976 0.975 0.924
#> 6 6 0.661 0.587 0.811 0.0594 0.919 0.755
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 2 0.2043 0.985 0.032 0.968
#> SRR934718 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934719 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934721 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934722 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934723 2 0.0672 0.971 0.008 0.992
#> SRR934724 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0672 0.987 0.992 0.008
#> SRR934727 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934728 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934729 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934730 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934731 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934732 2 0.2423 0.982 0.040 0.960
#> SRR934733 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934734 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR934735 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934736 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934737 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934738 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934740 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR934739 2 0.2043 0.984 0.032 0.968
#> SRR934741 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934742 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> SRR934743 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934744 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934745 1 0.0938 0.985 0.988 0.012
#> SRR934746 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934747 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934748 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934750 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934749 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934752 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934753 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934754 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934755 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934756 1 0.1843 0.976 0.972 0.028
#> SRR934757 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934759 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934760 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934761 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934762 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934766 2 0.2043 0.985 0.032 0.968
#> SRR934767 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR934768 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934769 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934770 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934772 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934771 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934773 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934774 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934775 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934776 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934779 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR934780 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934781 2 0.2043 0.984 0.032 0.968
#> SRR934782 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934783 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.3733 0.959 0.072 0.928
#> SRR934785 2 0.4431 0.939 0.092 0.908
#> SRR934786 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934787 2 0.1414 0.979 0.020 0.980
#> SRR934788 1 0.0938 0.985 0.988 0.012
#> SRR934789 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934790 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934791 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.3733 0.959 0.072 0.928
#> SRR934793 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR934794 2 0.4562 0.934 0.096 0.904
#> SRR934795 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934797 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934798 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934799 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.3733 0.959 0.072 0.928
#> SRR934801 2 0.3733 0.959 0.072 0.928
#> SRR934802 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934803 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934804 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934805 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934807 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934809 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934810 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934811 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934808 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934813 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934815 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934816 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934817 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934818 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934819 1 0.1184 0.983 0.984 0.016
#> SRR934820 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934821 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934822 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934823 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934825 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934826 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.1843 0.976 0.972 0.028
#> SRR934828 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934829 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934830 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934831 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934832 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934833 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934834 2 0.0376 0.968 0.004 0.996
#> SRR934835 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934836 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934837 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934838 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934839 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934840 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934841 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934842 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934843 1 0.1633 0.978 0.976 0.024
#> SRR934844 2 0.2043 0.985 0.032 0.968
#> SRR934845 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934846 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934847 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934850 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934851 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934853 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934852 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934854 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934856 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR934858 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934859 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934860 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934861 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934862 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934863 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934864 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934865 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934866 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934867 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934868 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934869 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934870 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934871 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934872 2 0.4431 0.939 0.092 0.908
#> SRR934873 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934874 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934875 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934876 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.1184 0.983 0.984 0.016
#> SRR934878 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934879 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934880 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934881 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934882 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934883 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934884 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934885 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934886 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934887 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934888 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934889 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934890 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934891 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934892 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934893 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934894 1 0.8016 0.665 0.756 0.244
#> SRR934895 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934896 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934897 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934898 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934899 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934900 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934901 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934902 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934903 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934905 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR934906 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934907 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934908 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934909 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934910 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934911 2 0.3733 0.959 0.072 0.928
#> SRR934912 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934913 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934914 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934915 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934916 1 0.1843 0.976 0.972 0.028
#> SRR934917 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934918 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934919 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934920 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934921 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934922 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934924 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934923 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934925 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934926 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934927 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934928 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934930 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934931 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934932 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934934 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934935 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934936 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934933 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934937 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934938 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934939 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934940 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934941 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934942 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934943 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934944 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934945 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934946 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934947 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934948 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934949 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934950 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.1843 0.976 0.972 0.028
#> SRR934952 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934954 2 0.2043 0.984 0.032 0.968
#> SRR934955 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934956 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934957 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934958 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934959 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934960 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934961 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934962 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934963 1 0.0672 0.987 0.992 0.008
#> SRR934964 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934965 1 0.0376 0.989 0.996 0.004
#> SRR934966 2 0.2043 0.984 0.032 0.968
#> SRR934967 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934968 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934969 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934970 2 0.1843 0.983 0.028 0.972
#> SRR934971 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934972 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR934973 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934974 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934975 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934976 2 0.2043 0.984 0.032 0.968
#> SRR934977 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934978 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934979 2 0.2778 0.977 0.048 0.952
#> SRR934980 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934981 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934982 2 0.1633 0.982 0.024 0.976
#> SRR934983 2 0.2043 0.985 0.032 0.968
#> SRR934984 2 0.2236 0.986 0.036 0.964
#> SRR934985 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934987 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934988 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.2043 0.973 0.968 0.032
#> SRR934990 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 3 0.0237 0.9864 0.000 0.004 0.996
#> SRR934718 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934719 1 0.0592 0.6500 0.988 0.012 0.000
#> SRR934720 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934721 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934722 1 0.1529 0.6300 0.960 0.040 0.000
#> SRR934723 3 0.1163 0.9757 0.000 0.028 0.972
#> SRR934724 1 0.0237 0.6544 0.996 0.004 0.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934726 1 0.5327 0.5383 0.728 0.272 0.000
#> SRR934727 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934729 1 0.6280 -0.7319 0.540 0.460 0.000
#> SRR934730 1 0.6305 -0.7991 0.516 0.484 0.000
#> SRR934731 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732 3 0.0661 0.9828 0.004 0.008 0.988
#> SRR934733 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734 3 0.1289 0.9732 0.000 0.032 0.968
#> SRR934735 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934736 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934737 1 0.6274 -0.7159 0.544 0.456 0.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740 3 0.1289 0.9732 0.000 0.032 0.968
#> SRR934739 3 0.0237 0.9862 0.000 0.004 0.996
#> SRR934741 1 0.5678 -0.1817 0.684 0.316 0.000
#> SRR934742 3 0.0747 0.9822 0.000 0.016 0.984
#> SRR934743 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934744 1 0.1643 0.6234 0.956 0.044 0.000
#> SRR934745 1 0.5706 0.5205 0.680 0.320 0.000
#> SRR934746 1 0.5905 -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934747 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934748 1 0.0592 0.6500 0.988 0.012 0.000
#> SRR934750 2 0.6267 0.9289 0.452 0.548 0.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934751 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934753 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934755 1 0.3879 0.4464 0.848 0.152 0.000
#> SRR934756 1 0.5988 0.4994 0.632 0.368 0.000
#> SRR934757 1 0.1753 0.6481 0.952 0.048 0.000
#> SRR934758 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934759 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934760 2 0.6309 0.8437 0.496 0.504 0.000
#> SRR934761 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934765 1 0.6180 0.4801 0.584 0.416 0.000
#> SRR934766 3 0.0237 0.9864 0.000 0.004 0.996
#> SRR934767 3 0.1289 0.9732 0.000 0.032 0.968
#> SRR934768 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934769 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934772 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934771 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934773 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934774 1 0.1529 0.6304 0.960 0.040 0.000
#> SRR934775 1 0.3686 0.5994 0.860 0.140 0.000
#> SRR934776 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0237 0.6544 0.996 0.004 0.000
#> SRR934778 1 0.1031 0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934779 3 0.1289 0.9732 0.000 0.032 0.968
#> SRR934780 1 0.1031 0.6436 0.976 0.024 0.000
#> SRR934781 3 0.0237 0.9862 0.000 0.004 0.996
#> SRR934782 2 0.6267 0.9289 0.452 0.548 0.000
#> SRR934783 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934784 3 0.1877 0.9625 0.012 0.032 0.956
#> SRR934785 3 0.2384 0.9491 0.008 0.056 0.936
#> SRR934786 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934787 3 0.0747 0.9822 0.000 0.016 0.984
#> SRR934788 1 0.4346 0.5774 0.816 0.184 0.000
#> SRR934789 1 0.3038 0.6167 0.896 0.104 0.000
#> SRR934790 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934792 3 0.1877 0.9625 0.012 0.032 0.956
#> SRR934793 3 0.1289 0.9732 0.000 0.032 0.968
#> SRR934794 3 0.2550 0.9446 0.012 0.056 0.932
#> SRR934795 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934796 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934797 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934798 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934799 1 0.0237 0.6544 0.996 0.004 0.000
#> SRR934800 3 0.1877 0.9625 0.012 0.032 0.956
#> SRR934801 3 0.1877 0.9625 0.012 0.032 0.956
#> SRR934802 2 0.6299 0.8906 0.476 0.524 0.000
#> SRR934803 1 0.6267 0.4485 0.548 0.452 0.000
#> SRR934804 2 0.6291 0.9067 0.468 0.532 0.000
#> SRR934805 1 0.1163 0.6487 0.972 0.028 0.000
#> SRR934806 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934807 1 0.1031 0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934809 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934810 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934811 1 0.1031 0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934808 1 0.3038 0.6167 0.896 0.104 0.000
#> SRR934812 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934813 1 0.4291 0.3757 0.820 0.180 0.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934815 1 0.4887 0.2238 0.772 0.228 0.000
#> SRR934816 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934817 1 0.5859 -0.3182 0.656 0.344 0.000
#> SRR934818 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.4796 0.5605 0.780 0.220 0.000
#> SRR934820 1 0.0237 0.6533 0.996 0.004 0.000
#> SRR934821 1 0.1031 0.6436 0.976 0.024 0.000
#> SRR934822 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934825 1 0.6095 -0.5047 0.608 0.392 0.000
#> SRR934826 1 0.1163 0.6489 0.972 0.028 0.000
#> SRR934827 1 0.6252 0.4525 0.556 0.444 0.000
#> SRR934828 1 0.4887 0.2238 0.772 0.228 0.000
#> SRR934829 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934830 1 0.1031 0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934831 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934832 1 0.1031 0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934833 1 0.0424 0.6520 0.992 0.008 0.000
#> SRR934834 3 0.1289 0.9732 0.000 0.032 0.968
#> SRR934835 1 0.4796 0.2439 0.780 0.220 0.000
#> SRR934836 1 0.6154 0.4845 0.592 0.408 0.000
#> SRR934837 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934838 1 0.0237 0.6544 0.996 0.004 0.000
#> SRR934839 1 0.5905 -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934840 1 0.5905 -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934841 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934842 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934843 1 0.5948 0.5027 0.640 0.360 0.000
#> SRR934844 3 0.0237 0.9864 0.000 0.004 0.996
#> SRR934845 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934846 1 0.5905 -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934847 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934849 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934850 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934851 1 0.1031 0.6427 0.976 0.024 0.000
#> SRR934853 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934852 2 0.6309 0.8376 0.500 0.500 0.000
#> SRR934854 1 0.0237 0.6533 0.996 0.004 0.000
#> SRR934856 3 0.0592 0.9839 0.000 0.012 0.988
#> SRR934858 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934859 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934860 1 0.5905 -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934861 1 0.5905 -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934862 2 0.6274 0.9221 0.456 0.544 0.000
#> SRR934863 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934864 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934865 1 0.0237 0.6533 0.996 0.004 0.000
#> SRR934866 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934867 1 0.4842 0.2251 0.776 0.224 0.000
#> SRR934868 1 0.5859 -0.3182 0.656 0.344 0.000
#> SRR934869 1 0.0592 0.6500 0.988 0.012 0.000
#> SRR934870 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934871 1 0.5138 0.0925 0.748 0.252 0.000
#> SRR934872 3 0.2384 0.9491 0.008 0.056 0.936
#> SRR934873 1 0.3686 0.5375 0.860 0.140 0.000
#> SRR934874 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934875 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934877 1 0.5397 0.5342 0.720 0.280 0.000
#> SRR934878 1 0.2537 0.5802 0.920 0.080 0.000
#> SRR934879 1 0.1643 0.6234 0.956 0.044 0.000
#> SRR934880 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934881 1 0.4399 0.3525 0.812 0.188 0.000
#> SRR934882 1 0.4931 0.2183 0.768 0.232 0.000
#> SRR934883 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934884 1 0.4931 0.2085 0.768 0.232 0.000
#> SRR934885 1 0.4887 0.2238 0.772 0.228 0.000
#> SRR934886 1 0.2796 0.5607 0.908 0.092 0.000
#> SRR934887 1 0.2537 0.5802 0.920 0.080 0.000
#> SRR934888 1 0.5968 -0.4045 0.636 0.364 0.000
#> SRR934889 1 0.4887 0.2238 0.772 0.228 0.000
#> SRR934890 1 0.0592 0.6500 0.988 0.012 0.000
#> SRR934891 1 0.0237 0.6533 0.996 0.004 0.000
#> SRR934892 1 0.1031 0.6436 0.976 0.024 0.000
#> SRR934893 1 0.3941 0.4382 0.844 0.156 0.000
#> SRR934894 2 0.9815 0.6198 0.332 0.416 0.252
#> SRR934895 1 0.1529 0.6300 0.960 0.040 0.000
#> SRR934896 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934897 1 0.6302 -0.7886 0.520 0.480 0.000
#> SRR934898 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899 1 0.2959 0.5643 0.900 0.100 0.000
#> SRR934900 1 0.1753 0.6191 0.952 0.048 0.000
#> SRR934901 1 0.6026 -0.4418 0.624 0.376 0.000
#> SRR934902 1 0.3116 0.5340 0.892 0.108 0.000
#> SRR934903 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934905 3 0.0592 0.9839 0.000 0.012 0.988
#> SRR934906 1 0.0592 0.6500 0.988 0.012 0.000
#> SRR934907 1 0.1529 0.6300 0.960 0.040 0.000
#> SRR934908 2 0.6291 0.9067 0.468 0.532 0.000
#> SRR934909 1 0.5905 -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934910 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934911 3 0.1877 0.9625 0.012 0.032 0.956
#> SRR934912 1 0.5905 -0.3509 0.648 0.352 0.000
#> SRR934913 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934914 1 0.3340 0.6088 0.880 0.120 0.000
#> SRR934915 1 0.1031 0.6427 0.976 0.024 0.000
#> SRR934916 1 0.6154 0.4836 0.592 0.408 0.000
#> SRR934917 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934919 1 0.4887 0.2238 0.772 0.228 0.000
#> SRR934920 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934921 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934922 1 0.1031 0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934924 1 0.6192 0.4768 0.580 0.420 0.000
#> SRR934923 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934925 1 0.2625 0.5741 0.916 0.084 0.000
#> SRR934926 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934927 1 0.3038 0.5409 0.896 0.104 0.000
#> SRR934928 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934929 1 0.1753 0.6470 0.952 0.048 0.000
#> SRR934930 1 0.1031 0.6440 0.976 0.024 0.000
#> SRR934931 1 0.1031 0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934932 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934934 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934935 1 0.4121 0.4073 0.832 0.168 0.000
#> SRR934936 1 0.1031 0.6436 0.976 0.024 0.000
#> SRR934933 1 0.6180 0.4797 0.584 0.416 0.000
#> SRR934937 1 0.1643 0.6234 0.956 0.044 0.000
#> SRR934938 1 0.2711 0.5679 0.912 0.088 0.000
#> SRR934939 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934940 1 0.1031 0.6436 0.976 0.024 0.000
#> SRR934941 1 0.0892 0.6455 0.980 0.020 0.000
#> SRR934942 1 0.1289 0.6369 0.968 0.032 0.000
#> SRR934943 1 0.4931 0.2085 0.768 0.232 0.000
#> SRR934944 1 0.6154 0.4845 0.592 0.408 0.000
#> SRR934945 1 0.6192 0.4768 0.580 0.420 0.000
#> SRR934946 1 0.1031 0.6434 0.976 0.024 0.000
#> SRR934947 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949 1 0.5882 -0.3346 0.652 0.348 0.000
#> SRR934950 1 0.0237 0.6533 0.996 0.004 0.000
#> SRR934951 1 0.0237 0.6544 0.996 0.004 0.000
#> SRR934953 1 0.6260 0.4506 0.552 0.448 0.000
#> SRR934952 2 0.6267 0.9289 0.452 0.548 0.000
#> SRR934954 3 0.0237 0.9862 0.000 0.004 0.996
#> SRR934955 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934956 1 0.1031 0.6436 0.976 0.024 0.000
#> SRR934957 1 0.0892 0.6465 0.980 0.020 0.000
#> SRR934958 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934959 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961 1 0.6291 -0.7565 0.532 0.468 0.000
#> SRR934962 2 0.6260 0.9310 0.448 0.552 0.000
#> SRR934963 1 0.3619 0.5694 0.864 0.136 0.000
#> SRR934964 1 0.1031 0.6427 0.976 0.024 0.000
#> SRR934965 2 0.6192 0.9564 0.420 0.580 0.000
#> SRR934966 3 0.0237 0.9862 0.000 0.004 0.996
#> SRR934967 1 0.0747 0.6479 0.984 0.016 0.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934970 3 0.0424 0.9853 0.000 0.008 0.992
#> SRR934971 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972 3 0.0592 0.9839 0.000 0.012 0.988
#> SRR934973 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975 1 0.0892 0.6455 0.980 0.020 0.000
#> SRR934976 3 0.0237 0.9862 0.000 0.004 0.996
#> SRR934977 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934978 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979 3 0.0892 0.9788 0.000 0.020 0.980
#> SRR934980 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934981 1 0.2878 0.5558 0.904 0.096 0.000
#> SRR934982 3 0.0592 0.9839 0.000 0.012 0.988
#> SRR934983 3 0.0237 0.9864 0.000 0.004 0.996
#> SRR934984 3 0.0000 0.9870 0.000 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.0000 0.6544 1.000 0.000 0.000
#> SRR934986 1 0.6168 0.4828 0.588 0.412 0.000
#> SRR934987 1 0.1289 0.6369 0.968 0.032 0.000
#> SRR934988 1 0.1031 0.6443 0.976 0.024 0.000
#> SRR934989 1 0.6192 0.4772 0.580 0.420 0.000
#> SRR934990 1 0.1643 0.6234 0.956 0.044 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 3 0.1059 0.90709 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR934718 1 0.4193 0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934719 4 0.0524 0.82550 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR934720 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934721 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934722 4 0.1118 0.81426 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR934723 3 0.3428 0.86333 0.012 0.144 0.844 0.000
#> SRR934724 4 0.0469 0.82207 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934725 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934726 4 0.5167 -0.46517 0.488 0.004 0.000 0.508
#> SRR934727 1 0.4193 0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934728 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934729 2 0.5000 0.57061 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR934730 2 0.4989 0.65007 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR934731 3 0.0000 0.90926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732 3 0.5624 0.83171 0.172 0.108 0.720 0.000
#> SRR934733 3 0.0336 0.90926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR934734 3 0.3718 0.85169 0.012 0.168 0.820 0.000
#> SRR934735 1 0.4222 0.93693 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934736 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934737 4 0.5290 -0.50215 0.008 0.476 0.000 0.516
#> SRR934738 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934740 3 0.3718 0.85169 0.012 0.168 0.820 0.000
#> SRR934739 3 0.5512 0.83504 0.172 0.100 0.728 0.000
#> SRR934741 4 0.4957 0.20081 0.012 0.320 0.000 0.668
#> SRR934742 3 0.2329 0.89258 0.012 0.072 0.916 0.000
#> SRR934743 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934744 4 0.1388 0.81082 0.012 0.028 0.000 0.960
#> SRR934745 4 0.5570 -0.27793 0.440 0.020 0.000 0.540
#> SRR934746 4 0.5070 -0.03684 0.008 0.372 0.000 0.620
#> SRR934747 2 0.4277 0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934748 4 0.0524 0.82550 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR934750 2 0.4855 0.79878 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR934749 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934751 1 0.4193 0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934752 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934753 2 0.4331 0.88136 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934754 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934755 4 0.3529 0.66881 0.012 0.152 0.000 0.836
#> SRR934756 1 0.4543 0.87570 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR934757 4 0.1610 0.80944 0.032 0.016 0.000 0.952
#> SRR934758 1 0.4164 0.94008 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR934759 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934760 2 0.5244 0.79932 0.012 0.600 0.000 0.388
#> SRR934761 3 0.0469 0.90832 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934762 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934763 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934764 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934765 1 0.3942 0.93729 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR934766 3 0.1059 0.90709 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR934767 3 0.3718 0.85169 0.012 0.168 0.820 0.000
#> SRR934768 1 0.4193 0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934769 3 0.1174 0.90888 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR934770 1 0.4193 0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934772 3 0.1388 0.90933 0.012 0.028 0.960 0.000
#> SRR934771 3 0.0000 0.90926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934774 4 0.1584 0.81472 0.012 0.036 0.000 0.952
#> SRR934775 4 0.4843 -0.09125 0.396 0.000 0.000 0.604
#> SRR934776 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934777 4 0.0469 0.82202 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934778 4 0.0895 0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934779 3 0.3718 0.85169 0.012 0.168 0.820 0.000
#> SRR934780 4 0.0895 0.82360 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934781 3 0.5512 0.83504 0.172 0.100 0.728 0.000
#> SRR934782 2 0.4855 0.79878 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR934783 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934784 3 0.6025 0.81571 0.172 0.140 0.688 0.000
#> SRR934785 3 0.6243 0.80143 0.172 0.160 0.668 0.000
#> SRR934786 1 0.4193 0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934787 3 0.1637 0.90032 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR934788 4 0.3907 0.48623 0.232 0.000 0.000 0.768
#> SRR934789 4 0.3172 0.64398 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR934790 3 0.0336 0.90879 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934791 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934792 3 0.6025 0.81571 0.172 0.140 0.688 0.000
#> SRR934793 3 0.3718 0.85169 0.012 0.168 0.820 0.000
#> SRR934794 3 0.6284 0.79803 0.172 0.164 0.664 0.000
#> SRR934795 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934796 1 0.4193 0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934797 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934798 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934799 4 0.0469 0.82202 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934800 3 0.6025 0.81571 0.172 0.140 0.688 0.000
#> SRR934801 3 0.6025 0.81571 0.172 0.140 0.688 0.000
#> SRR934802 2 0.4948 0.73606 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR934803 1 0.6023 0.77292 0.612 0.060 0.000 0.328
#> SRR934804 2 0.4933 0.75285 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR934805 4 0.1211 0.79682 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR934806 1 0.4193 0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934807 4 0.0895 0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934809 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934810 3 0.0336 0.90926 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR934811 4 0.0895 0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934808 4 0.2973 0.66540 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934812 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934813 4 0.3937 0.60281 0.012 0.188 0.000 0.800
#> SRR934814 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934815 4 0.4284 0.52437 0.012 0.224 0.000 0.764
#> SRR934816 2 0.4277 0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934817 4 0.5040 0.00544 0.008 0.364 0.000 0.628
#> SRR934818 3 0.1174 0.90985 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR934819 4 0.4222 0.36426 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR934820 4 0.0188 0.82520 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934821 4 0.0895 0.82360 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934822 1 0.4222 0.93693 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934823 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934825 4 0.5172 -0.21212 0.008 0.404 0.000 0.588
#> SRR934826 4 0.1118 0.80046 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934827 1 0.6058 0.75742 0.604 0.060 0.000 0.336
#> SRR934828 4 0.4284 0.52437 0.012 0.224 0.000 0.764
#> SRR934829 2 0.4277 0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934830 4 0.0895 0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934831 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934832 4 0.0895 0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934833 4 0.0376 0.82567 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR934834 3 0.3718 0.85169 0.012 0.168 0.820 0.000
#> SRR934835 4 0.4353 0.50084 0.012 0.232 0.000 0.756
#> SRR934836 1 0.4222 0.93672 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934837 2 0.4277 0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934838 4 0.0469 0.82202 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934839 4 0.5070 -0.03684 0.008 0.372 0.000 0.620
#> SRR934840 4 0.5070 -0.03684 0.008 0.372 0.000 0.620
#> SRR934841 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934842 2 0.4277 0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934843 1 0.4817 0.77303 0.612 0.000 0.000 0.388
#> SRR934844 3 0.1059 0.90709 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR934845 2 0.4277 0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934846 4 0.5070 -0.03684 0.008 0.372 0.000 0.620
#> SRR934847 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934848 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934849 1 0.4164 0.94008 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR934850 1 0.4193 0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934851 4 0.0707 0.82219 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934853 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934852 2 0.5339 0.80375 0.016 0.600 0.000 0.384
#> SRR934854 4 0.0188 0.82520 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934856 3 0.1474 0.90226 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR934858 1 0.4193 0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934859 3 0.2089 0.90160 0.020 0.048 0.932 0.000
#> SRR934860 4 0.5070 -0.03684 0.008 0.372 0.000 0.620
#> SRR934861 4 0.5085 -0.05775 0.008 0.376 0.000 0.616
#> SRR934862 2 0.4843 0.80044 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR934863 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934864 2 0.4331 0.88136 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934865 4 0.0188 0.82520 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934866 2 0.4277 0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934867 4 0.4228 0.50423 0.008 0.232 0.000 0.760
#> SRR934868 4 0.5055 -0.01490 0.008 0.368 0.000 0.624
#> SRR934869 4 0.0524 0.82550 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR934870 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934871 4 0.4483 0.36770 0.004 0.284 0.000 0.712
#> SRR934872 3 0.6243 0.80143 0.172 0.160 0.668 0.000
#> SRR934873 4 0.4188 0.69798 0.064 0.112 0.000 0.824
#> SRR934874 2 0.4277 0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934875 2 0.4277 0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934876 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934877 1 0.4998 0.52881 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR934878 4 0.2101 0.78141 0.012 0.060 0.000 0.928
#> SRR934879 4 0.1388 0.81082 0.012 0.028 0.000 0.960
#> SRR934880 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934881 4 0.4019 0.58700 0.012 0.196 0.000 0.792
#> SRR934882 4 0.4295 0.49095 0.008 0.240 0.000 0.752
#> SRR934883 2 0.4277 0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934884 4 0.4319 0.51332 0.012 0.228 0.000 0.760
#> SRR934885 4 0.4284 0.52437 0.012 0.224 0.000 0.764
#> SRR934886 4 0.2949 0.75803 0.024 0.088 0.000 0.888
#> SRR934887 4 0.2101 0.78141 0.012 0.060 0.000 0.928
#> SRR934888 4 0.5138 -0.14937 0.008 0.392 0.000 0.600
#> SRR934889 4 0.4284 0.52437 0.012 0.224 0.000 0.764
#> SRR934890 4 0.0524 0.82550 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR934891 4 0.0188 0.82520 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934892 4 0.0895 0.82360 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934893 4 0.3625 0.65685 0.012 0.160 0.000 0.828
#> SRR934894 2 0.6979 0.60324 0.184 0.624 0.012 0.180
#> SRR934895 4 0.1118 0.81426 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR934896 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934897 2 0.4992 0.63911 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR934898 3 0.1174 0.90985 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR934899 4 0.3243 0.75278 0.036 0.088 0.000 0.876
#> SRR934900 4 0.1584 0.80637 0.012 0.036 0.000 0.952
#> SRR934901 4 0.5125 -0.12861 0.008 0.388 0.000 0.604
#> SRR934902 4 0.2675 0.73950 0.008 0.100 0.000 0.892
#> SRR934903 2 0.4277 0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934905 3 0.1557 0.90129 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR934906 4 0.0524 0.82550 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR934907 4 0.1118 0.81426 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR934908 2 0.4933 0.75285 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR934909 4 0.5070 -0.03684 0.008 0.372 0.000 0.620
#> SRR934910 3 0.4150 0.87091 0.120 0.056 0.824 0.000
#> SRR934911 3 0.6025 0.81571 0.172 0.140 0.688 0.000
#> SRR934912 4 0.5085 -0.05775 0.008 0.376 0.000 0.616
#> SRR934913 2 0.4277 0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934914 4 0.3024 0.65746 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934915 4 0.0592 0.82315 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934916 1 0.4134 0.93388 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR934917 3 0.2089 0.90160 0.020 0.048 0.932 0.000
#> SRR934918 3 0.1209 0.90723 0.004 0.032 0.964 0.000
#> SRR934919 4 0.4284 0.52437 0.012 0.224 0.000 0.764
#> SRR934920 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934921 2 0.4277 0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934922 4 0.0895 0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934924 1 0.3982 0.93146 0.776 0.004 0.000 0.220
#> SRR934923 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934925 4 0.2345 0.75951 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR934926 2 0.4277 0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934927 4 0.2676 0.74431 0.012 0.092 0.000 0.896
#> SRR934928 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934929 4 0.1489 0.79755 0.044 0.004 0.000 0.952
#> SRR934930 4 0.0895 0.82404 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934931 4 0.0895 0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934932 2 0.4748 0.86211 0.016 0.716 0.000 0.268
#> SRR934934 2 0.4748 0.86211 0.016 0.716 0.000 0.268
#> SRR934935 4 0.3718 0.63998 0.012 0.168 0.000 0.820
#> SRR934936 4 0.0895 0.82360 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934933 1 0.3942 0.93593 0.764 0.000 0.000 0.236
#> SRR934937 4 0.1388 0.81082 0.012 0.028 0.000 0.960
#> SRR934938 4 0.2402 0.76557 0.012 0.076 0.000 0.912
#> SRR934939 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934940 4 0.0895 0.82360 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934941 4 0.0469 0.82438 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934942 4 0.0921 0.81850 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934943 4 0.4319 0.51332 0.012 0.228 0.000 0.760
#> SRR934944 1 0.4222 0.93672 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934945 1 0.3982 0.93146 0.776 0.004 0.000 0.220
#> SRR934946 4 0.0895 0.82322 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934947 1 0.4193 0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934948 3 0.0000 0.90926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949 4 0.5055 -0.01583 0.008 0.368 0.000 0.624
#> SRR934950 4 0.0188 0.82520 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934951 4 0.0469 0.82202 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934953 1 0.6041 0.76536 0.608 0.060 0.000 0.332
#> SRR934952 2 0.4855 0.79878 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR934954 3 0.5512 0.83504 0.172 0.100 0.728 0.000
#> SRR934955 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934956 4 0.0895 0.82360 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934957 4 0.0779 0.82498 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR934958 2 0.4331 0.88136 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934959 3 0.0000 0.90926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934960 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934961 2 0.4998 0.60357 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR934962 2 0.5070 0.82636 0.008 0.620 0.000 0.372
#> SRR934963 4 0.3966 0.72267 0.072 0.088 0.000 0.840
#> SRR934964 4 0.0592 0.82315 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934965 2 0.4277 0.88312 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934966 3 0.5512 0.83504 0.172 0.100 0.728 0.000
#> SRR934967 4 0.0657 0.82500 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR934968 3 0.0000 0.90926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934970 3 0.1938 0.89953 0.012 0.052 0.936 0.000
#> SRR934971 3 0.1004 0.90971 0.004 0.024 0.972 0.000
#> SRR934972 3 0.1557 0.90129 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR934973 3 0.0817 0.90970 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR934974 3 0.0000 0.90926 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934975 4 0.0469 0.82438 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934976 3 0.5265 0.84336 0.160 0.092 0.748 0.000
#> SRR934977 1 0.4193 0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934978 3 0.0817 0.90970 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR934979 3 0.5678 0.83026 0.172 0.112 0.716 0.000
#> SRR934980 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934981 4 0.2662 0.75921 0.016 0.084 0.000 0.900
#> SRR934982 3 0.1938 0.89954 0.012 0.052 0.936 0.000
#> SRR934983 3 0.1059 0.90709 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR934984 3 0.2089 0.90160 0.020 0.048 0.932 0.000
#> SRR934985 4 0.0336 0.82456 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934986 1 0.4193 0.93988 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934987 4 0.0921 0.81850 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934988 4 0.0895 0.82434 0.004 0.020 0.000 0.976
#> SRR934989 1 0.3726 0.93188 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934990 4 0.1388 0.81082 0.012 0.028 0.000 0.960
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 5 0.4030 0.4985 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934718 1 0.2773 0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934719 4 0.0451 0.8568 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934720 1 0.1608 0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934721 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934722 4 0.1478 0.8394 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR934723 5 0.2929 0.6855 0.000 0.000 0.180 0.000 0.820
#> SRR934724 4 0.0404 0.8560 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR934725 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934726 1 0.4451 0.2755 0.504 0.004 0.000 0.492 0.000
#> SRR934727 1 0.2773 0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934728 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934729 2 0.4999 0.4635 0.032 0.604 0.000 0.360 0.004
#> SRR934730 2 0.4040 0.6571 0.012 0.712 0.000 0.276 0.000
#> SRR934731 3 0.3895 0.6624 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR934732 3 0.0451 0.6677 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR934733 3 0.4171 0.5277 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR934734 5 0.0290 0.7060 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934735 1 0.2813 0.8946 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR934736 1 0.1608 0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934737 2 0.4928 0.2599 0.020 0.548 0.000 0.428 0.004
#> SRR934738 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934740 5 0.0290 0.7060 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934739 3 0.0162 0.6697 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934741 4 0.5331 0.3805 0.048 0.344 0.000 0.600 0.008
#> SRR934742 5 0.3508 0.6456 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR934743 1 0.1608 0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934744 4 0.1403 0.8435 0.024 0.024 0.000 0.952 0.000
#> SRR934745 4 0.4818 -0.0927 0.460 0.020 0.000 0.520 0.000
#> SRR934746 4 0.5089 0.1645 0.028 0.432 0.000 0.536 0.004
#> SRR934747 2 0.0451 0.7903 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR934748 4 0.0451 0.8568 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934750 2 0.3242 0.7346 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR934749 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934751 1 0.2773 0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934752 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934753 2 0.1205 0.7958 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR934754 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934755 4 0.3565 0.7259 0.024 0.176 0.000 0.800 0.000
#> SRR934756 1 0.3274 0.8382 0.780 0.000 0.000 0.220 0.000
#> SRR934757 4 0.1364 0.8465 0.036 0.012 0.000 0.952 0.000
#> SRR934758 1 0.2732 0.8977 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR934759 1 0.1608 0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934760 2 0.3488 0.7437 0.024 0.808 0.000 0.168 0.000
#> SRR934761 3 0.3932 0.6537 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR934762 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934763 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934764 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934765 1 0.2020 0.8883 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR934766 5 0.4030 0.4985 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934767 5 0.0290 0.7060 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934768 1 0.2773 0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934769 3 0.3561 0.7026 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR934770 1 0.2773 0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934772 3 0.3612 0.6993 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR934771 3 0.3895 0.6624 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR934773 1 0.1608 0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934774 4 0.1568 0.8485 0.020 0.036 0.000 0.944 0.000
#> SRR934775 4 0.4307 -0.2308 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR934776 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934777 4 0.0404 0.8553 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR934778 4 0.0771 0.8560 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR934779 5 0.0290 0.7060 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934780 4 0.0510 0.8562 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR934781 3 0.0162 0.6697 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934782 2 0.3274 0.7321 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR934783 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934784 3 0.0963 0.6511 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934785 3 0.1341 0.6344 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.2773 0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934787 3 0.4268 0.4259 0.000 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR934788 4 0.3612 0.5302 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR934789 4 0.2732 0.7218 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR934790 3 0.3913 0.6579 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR934791 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934792 3 0.0963 0.6511 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934793 5 0.0290 0.7060 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934794 3 0.1410 0.6302 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934796 1 0.2773 0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934797 1 0.1608 0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934798 1 0.1608 0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934799 4 0.0404 0.8553 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR934800 3 0.0963 0.6511 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934801 3 0.0963 0.6511 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934802 2 0.4101 0.5596 0.004 0.664 0.000 0.332 0.000
#> SRR934803 1 0.4915 0.7343 0.696 0.064 0.000 0.236 0.004
#> SRR934804 2 0.4047 0.5852 0.004 0.676 0.000 0.320 0.000
#> SRR934805 4 0.1043 0.8412 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR934806 1 0.2773 0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934807 4 0.0771 0.8560 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR934809 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934810 3 0.4171 0.5277 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR934811 4 0.0771 0.8560 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR934808 4 0.2561 0.7430 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR934812 1 0.1608 0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934813 4 0.4268 0.5994 0.024 0.268 0.000 0.708 0.000
#> SRR934814 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934815 4 0.4377 0.6780 0.048 0.184 0.000 0.760 0.008
#> SRR934816 2 0.0290 0.7918 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934817 4 0.5064 0.2176 0.028 0.416 0.000 0.552 0.004
#> SRR934818 3 0.3730 0.6888 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934819 4 0.3837 0.4321 0.308 0.000 0.000 0.692 0.000
#> SRR934820 4 0.0451 0.8571 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934821 4 0.0703 0.8559 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR934822 1 0.2813 0.8946 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR934823 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934825 4 0.5045 0.0447 0.024 0.464 0.000 0.508 0.004
#> SRR934826 4 0.1043 0.8411 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR934827 1 0.4967 0.7234 0.688 0.064 0.000 0.244 0.004
#> SRR934828 4 0.4377 0.6780 0.048 0.184 0.000 0.760 0.008
#> SRR934829 2 0.0290 0.7918 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934830 4 0.0771 0.8560 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR934831 1 0.1608 0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934832 4 0.0771 0.8560 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR934833 4 0.0579 0.8574 0.008 0.008 0.000 0.984 0.000
#> SRR934834 5 0.1270 0.6964 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR934835 4 0.4794 0.5008 0.032 0.308 0.000 0.656 0.004
#> SRR934836 1 0.2813 0.8945 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR934837 2 0.0451 0.7903 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR934838 4 0.0404 0.8553 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR934839 4 0.5089 0.1645 0.028 0.432 0.000 0.536 0.004
#> SRR934840 4 0.5089 0.1645 0.028 0.432 0.000 0.536 0.004
#> SRR934841 1 0.1608 0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934842 2 0.0290 0.7918 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934843 1 0.3730 0.7506 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR934844 5 0.4256 0.1519 0.000 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR934845 2 0.0963 0.7956 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR934846 4 0.5089 0.1645 0.028 0.432 0.000 0.536 0.004
#> SRR934847 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934848 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934849 1 0.2732 0.8977 0.840 0.000 0.000 0.160 0.000
#> SRR934850 1 0.2773 0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934851 4 0.0865 0.8526 0.004 0.024 0.000 0.972 0.000
#> SRR934853 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934852 2 0.3214 0.7550 0.036 0.844 0.000 0.120 0.000
#> SRR934854 4 0.0451 0.8571 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934856 3 0.4256 0.4468 0.000 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR934858 1 0.2773 0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934859 3 0.3177 0.7100 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR934860 4 0.5089 0.1645 0.028 0.432 0.000 0.536 0.004
#> SRR934861 4 0.5099 0.1351 0.028 0.440 0.000 0.528 0.004
#> SRR934862 2 0.3690 0.7399 0.020 0.780 0.000 0.200 0.000
#> SRR934863 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934864 2 0.1205 0.7958 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR934865 4 0.0451 0.8571 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934866 2 0.0290 0.7918 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934867 4 0.4351 0.6155 0.028 0.244 0.000 0.724 0.004
#> SRR934868 4 0.5089 0.1652 0.028 0.432 0.000 0.536 0.004
#> SRR934869 4 0.0451 0.8568 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934870 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934871 4 0.4416 0.4210 0.012 0.356 0.000 0.632 0.000
#> SRR934872 3 0.1341 0.6344 0.000 0.056 0.944 0.000 0.000
#> SRR934873 4 0.3888 0.7531 0.076 0.120 0.000 0.804 0.000
#> SRR934874 2 0.0451 0.7903 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR934875 2 0.0451 0.7903 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR934876 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934877 1 0.4150 0.5651 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR934878 4 0.2012 0.8261 0.020 0.060 0.000 0.920 0.000
#> SRR934879 4 0.1403 0.8435 0.024 0.024 0.000 0.952 0.000
#> SRR934880 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934881 4 0.4360 0.5704 0.024 0.284 0.000 0.692 0.000
#> SRR934882 4 0.4428 0.5807 0.020 0.284 0.000 0.692 0.004
#> SRR934883 2 0.0451 0.7903 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR934884 4 0.4726 0.6157 0.048 0.228 0.000 0.716 0.008
#> SRR934885 4 0.4377 0.6780 0.048 0.184 0.000 0.760 0.008
#> SRR934886 4 0.3304 0.7955 0.052 0.092 0.000 0.852 0.004
#> SRR934887 4 0.2012 0.8261 0.020 0.060 0.000 0.920 0.000
#> SRR934888 4 0.5099 0.1312 0.028 0.440 0.000 0.528 0.004
#> SRR934889 4 0.4377 0.6780 0.048 0.184 0.000 0.760 0.008
#> SRR934890 4 0.0451 0.8568 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934891 4 0.0451 0.8571 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934892 4 0.0510 0.8562 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR934893 4 0.3602 0.7211 0.024 0.180 0.000 0.796 0.000
#> SRR934894 2 0.4533 0.4995 0.032 0.704 0.260 0.000 0.004
#> SRR934895 4 0.1478 0.8394 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR934896 1 0.1608 0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934897 2 0.4194 0.6547 0.012 0.708 0.000 0.276 0.004
#> SRR934898 3 0.3730 0.6888 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934899 4 0.3612 0.7794 0.064 0.100 0.000 0.832 0.004
#> SRR934900 4 0.1579 0.8407 0.024 0.032 0.000 0.944 0.000
#> SRR934901 4 0.5453 0.1454 0.044 0.420 0.000 0.528 0.008
#> SRR934902 4 0.2616 0.7964 0.020 0.100 0.000 0.880 0.000
#> SRR934903 2 0.0290 0.7918 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934905 3 0.4262 0.4365 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR934906 4 0.0451 0.8568 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934907 4 0.1478 0.8394 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000
#> SRR934908 2 0.4047 0.5852 0.004 0.676 0.000 0.320 0.000
#> SRR934909 4 0.5089 0.1645 0.028 0.432 0.000 0.536 0.004
#> SRR934910 3 0.2020 0.6945 0.000 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR934911 3 0.0963 0.6511 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934912 4 0.5111 0.0910 0.028 0.452 0.000 0.516 0.004
#> SRR934913 2 0.0290 0.7918 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934914 4 0.2773 0.7168 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR934915 4 0.0671 0.8543 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000
#> SRR934916 1 0.2329 0.8881 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR934917 3 0.3177 0.7100 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR934918 3 0.3452 0.7061 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR934919 4 0.4377 0.6780 0.048 0.184 0.000 0.760 0.008
#> SRR934920 1 0.1608 0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934921 2 0.0290 0.7918 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934922 4 0.0771 0.8560 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR934924 1 0.1892 0.8785 0.916 0.004 0.000 0.080 0.000
#> SRR934923 1 0.1671 0.8803 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR934925 4 0.2516 0.7816 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR934926 2 0.0451 0.7903 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR934927 4 0.2653 0.7966 0.024 0.096 0.000 0.880 0.000
#> SRR934928 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934929 4 0.1282 0.8424 0.044 0.004 0.000 0.952 0.000
#> SRR934930 4 0.0798 0.8569 0.008 0.016 0.000 0.976 0.000
#> SRR934931 4 0.0771 0.8560 0.004 0.020 0.000 0.976 0.000
#> SRR934932 2 0.0955 0.7616 0.028 0.968 0.000 0.000 0.004
#> SRR934934 2 0.1041 0.7593 0.032 0.964 0.000 0.000 0.004
#> SRR934935 4 0.3745 0.6992 0.024 0.196 0.000 0.780 0.000
#> SRR934936 4 0.0510 0.8562 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR934933 1 0.2020 0.8864 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR934937 4 0.1403 0.8435 0.024 0.024 0.000 0.952 0.000
#> SRR934938 4 0.2362 0.8129 0.024 0.076 0.000 0.900 0.000
#> SRR934939 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934940 4 0.0510 0.8562 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR934941 4 0.0404 0.8555 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR934942 4 0.0794 0.8534 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR934943 4 0.4697 0.6224 0.048 0.224 0.000 0.720 0.008
#> SRR934944 1 0.2813 0.8945 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000
#> SRR934945 1 0.1892 0.8785 0.916 0.004 0.000 0.080 0.000
#> SRR934946 4 0.0865 0.8553 0.004 0.024 0.000 0.972 0.000
#> SRR934947 1 0.2773 0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934948 3 0.3876 0.6660 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934949 4 0.5078 0.1913 0.028 0.424 0.000 0.544 0.004
#> SRR934950 4 0.0451 0.8571 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR934951 4 0.0404 0.8553 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR934953 1 0.4941 0.7295 0.692 0.064 0.000 0.240 0.004
#> SRR934952 2 0.3242 0.7346 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR934954 3 0.0162 0.6697 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934955 1 0.1608 0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934956 4 0.0510 0.8562 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR934957 4 0.0693 0.8574 0.008 0.012 0.000 0.980 0.000
#> SRR934958 2 0.1205 0.7958 0.004 0.956 0.000 0.040 0.000
#> SRR934959 3 0.3876 0.6660 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934960 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934961 2 0.4696 0.3690 0.012 0.584 0.000 0.400 0.004
#> SRR934962 2 0.3280 0.7507 0.012 0.812 0.000 0.176 0.000
#> SRR934963 4 0.3911 0.7623 0.100 0.084 0.000 0.812 0.004
#> SRR934964 4 0.0671 0.8543 0.004 0.016 0.000 0.980 0.000
#> SRR934965 2 0.0451 0.7903 0.004 0.988 0.000 0.008 0.000
#> SRR934966 3 0.0162 0.6697 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934967 4 0.0566 0.8562 0.012 0.004 0.000 0.984 0.000
#> SRR934968 3 0.3876 0.6660 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934969 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934970 5 0.3774 0.5974 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR934971 3 0.3636 0.6980 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR934972 3 0.4262 0.4365 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR934973 3 0.3796 0.6805 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR934974 3 0.3876 0.6660 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934975 4 0.0404 0.8555 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR934976 3 0.0703 0.6772 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934977 1 0.2773 0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934978 3 0.3796 0.6805 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR934979 3 0.0693 0.6682 0.000 0.012 0.980 0.000 0.008
#> SRR934980 1 0.1608 0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934981 4 0.3047 0.8024 0.044 0.084 0.000 0.868 0.004
#> SRR934982 5 0.3636 0.6293 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728
#> SRR934983 5 0.4030 0.4985 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934984 3 0.3177 0.7100 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR934985 4 0.0290 0.8566 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934986 1 0.2773 0.8977 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934987 4 0.1197 0.8473 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR934988 4 0.0798 0.8572 0.008 0.016 0.000 0.976 0.000
#> SRR934989 1 0.1608 0.8783 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934990 4 0.1403 0.8435 0.024 0.024 0.000 0.952 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 3 0.4508 0.0526 0.000 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR934718 1 0.2092 0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934719 4 0.0777 0.7833 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR934720 1 0.0363 0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934722 4 0.2070 0.7284 0.000 0.044 0.000 0.908 0.048 0.000
#> SRR934723 3 0.5686 -0.3260 0.000 0.000 0.456 0.000 0.160 0.384
#> SRR934724 4 0.0363 0.7884 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934725 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934726 1 0.4086 0.1632 0.528 0.000 0.000 0.464 0.008 0.000
#> SRR934727 1 0.2092 0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934729 2 0.6025 0.1406 0.008 0.480 0.000 0.208 0.304 0.000
#> SRR934730 2 0.4855 0.5249 0.000 0.660 0.000 0.136 0.204 0.000
#> SRR934731 3 0.0858 0.5850 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR934732 3 0.4095 0.3986 0.000 0.008 0.512 0.000 0.000 0.480
#> SRR934733 3 0.2309 0.5238 0.000 0.000 0.888 0.000 0.028 0.084
#> SRR934734 6 0.5769 0.6462 0.000 0.000 0.236 0.000 0.256 0.508
#> SRR934735 1 0.2135 0.8719 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0363 0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.5795 -0.0935 0.000 0.496 0.000 0.284 0.220 0.000
#> SRR934738 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934740 6 0.5769 0.6462 0.000 0.000 0.236 0.000 0.256 0.508
#> SRR934739 3 0.3866 0.4031 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR934741 5 0.6053 0.7186 0.008 0.192 0.000 0.360 0.440 0.000
#> SRR934742 3 0.5144 -0.1638 0.000 0.000 0.536 0.000 0.092 0.372
#> SRR934743 1 0.0363 0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934744 4 0.2358 0.6918 0.000 0.016 0.000 0.876 0.108 0.000
#> SRR934745 4 0.4465 -0.1247 0.472 0.004 0.000 0.504 0.020 0.000
#> SRR934746 4 0.6114 -0.4366 0.000 0.352 0.000 0.352 0.296 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.0777 0.7833 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR934750 2 0.3908 0.5998 0.000 0.768 0.000 0.132 0.100 0.000
#> SRR934749 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934751 1 0.2092 0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934753 2 0.1225 0.6910 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036 0.000
#> SRR934754 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934755 4 0.4693 0.3166 0.004 0.116 0.000 0.692 0.188 0.000
#> SRR934756 1 0.2631 0.8146 0.820 0.000 0.000 0.180 0.000 0.000
#> SRR934757 4 0.1418 0.7679 0.032 0.000 0.000 0.944 0.024 0.000
#> SRR934758 1 0.2048 0.8750 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0363 0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.4013 0.6184 0.004 0.728 0.000 0.040 0.228 0.000
#> SRR934761 3 0.0909 0.5913 0.000 0.000 0.968 0.000 0.020 0.012
#> SRR934762 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934763 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934764 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934765 1 0.1141 0.8642 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934766 3 0.4508 0.0526 0.000 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR934767 6 0.5769 0.6462 0.000 0.000 0.236 0.000 0.256 0.508
#> SRR934768 1 0.2092 0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.2147 0.6000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.020 0.084
#> SRR934770 1 0.2092 0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934772 3 0.2020 0.5966 0.000 0.000 0.896 0.000 0.008 0.096
#> SRR934771 3 0.0858 0.5850 0.000 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR934773 1 0.0363 0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934774 4 0.2002 0.7545 0.008 0.020 0.000 0.916 0.056 0.000
#> SRR934775 1 0.3854 0.1216 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR934776 4 0.0405 0.7891 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR934777 4 0.0363 0.7873 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934778 4 0.1226 0.7723 0.004 0.004 0.000 0.952 0.040 0.000
#> SRR934779 6 0.5769 0.6462 0.000 0.000 0.236 0.000 0.256 0.508
#> SRR934780 4 0.0858 0.7783 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR934781 3 0.3866 0.4031 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR934782 2 0.3947 0.5955 0.000 0.764 0.000 0.136 0.100 0.000
#> SRR934783 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934784 3 0.4717 0.3869 0.000 0.024 0.504 0.000 0.012 0.460
#> SRR934785 6 0.4887 -0.4389 0.000 0.048 0.472 0.000 0.004 0.476
#> SRR934786 1 0.2092 0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934787 3 0.2660 0.5155 0.000 0.000 0.868 0.000 0.048 0.084
#> SRR934788 4 0.3288 0.3052 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR934789 4 0.2491 0.5502 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR934790 3 0.0547 0.5869 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR934791 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934792 3 0.4717 0.3869 0.000 0.024 0.504 0.000 0.012 0.460
#> SRR934793 6 0.5769 0.6462 0.000 0.000 0.236 0.000 0.256 0.508
#> SRR934794 3 0.4984 0.3557 0.000 0.048 0.480 0.000 0.008 0.464
#> SRR934795 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934796 1 0.2092 0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0363 0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0363 0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.0363 0.7873 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934800 3 0.4717 0.3869 0.000 0.024 0.504 0.000 0.012 0.460
#> SRR934801 3 0.4717 0.3869 0.000 0.024 0.504 0.000 0.012 0.460
#> SRR934802 2 0.4771 0.3829 0.000 0.652 0.000 0.248 0.100 0.000
#> SRR934803 1 0.4775 0.7102 0.712 0.048 0.000 0.188 0.052 0.000
#> SRR934804 2 0.4723 0.4197 0.000 0.664 0.000 0.232 0.104 0.000
#> SRR934805 4 0.0937 0.7648 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934806 1 0.2092 0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934807 4 0.1155 0.7750 0.004 0.004 0.000 0.956 0.036 0.000
#> SRR934809 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934810 3 0.2309 0.5238 0.000 0.000 0.888 0.000 0.028 0.084
#> SRR934811 4 0.1226 0.7723 0.004 0.004 0.000 0.952 0.040 0.000
#> SRR934808 4 0.2300 0.5911 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0363 0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934813 4 0.5479 -0.0157 0.004 0.220 0.000 0.588 0.188 0.000
#> SRR934814 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934815 5 0.4821 0.8762 0.008 0.036 0.000 0.472 0.484 0.000
#> SRR934816 2 0.0260 0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934817 4 0.6110 -0.4354 0.000 0.336 0.000 0.368 0.296 0.000
#> SRR934818 3 0.1757 0.5989 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR934819 4 0.3482 0.2151 0.316 0.000 0.000 0.684 0.000 0.000
#> SRR934820 4 0.0405 0.7898 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934821 4 0.1049 0.7795 0.000 0.008 0.000 0.960 0.032 0.000
#> SRR934822 1 0.2135 0.8719 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934825 2 0.6062 -0.3290 0.000 0.408 0.000 0.304 0.288 0.000
#> SRR934826 4 0.0937 0.7614 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934827 1 0.4833 0.6958 0.704 0.048 0.000 0.196 0.052 0.000
#> SRR934828 5 0.4821 0.8762 0.008 0.036 0.000 0.472 0.484 0.000
#> SRR934829 2 0.0260 0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934830 4 0.1226 0.7723 0.004 0.004 0.000 0.952 0.040 0.000
#> SRR934831 1 0.0363 0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934832 4 0.1226 0.7723 0.004 0.004 0.000 0.952 0.040 0.000
#> SRR934833 4 0.0951 0.7867 0.008 0.004 0.000 0.968 0.020 0.000
#> SRR934834 6 0.5922 0.5893 0.000 0.000 0.284 0.000 0.252 0.464
#> SRR934835 4 0.5803 -0.2939 0.000 0.248 0.000 0.500 0.252 0.000
#> SRR934836 1 0.2135 0.8726 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.0363 0.7873 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934839 4 0.6114 -0.4366 0.000 0.352 0.000 0.352 0.296 0.000
#> SRR934840 4 0.6114 -0.4366 0.000 0.352 0.000 0.352 0.296 0.000
#> SRR934841 1 0.0363 0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0260 0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934843 1 0.3151 0.7037 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR934844 3 0.3964 0.2626 0.000 0.000 0.724 0.000 0.044 0.232
#> SRR934845 2 0.1088 0.6904 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016 0.000
#> SRR934846 2 0.6114 -0.1451 0.000 0.352 0.000 0.352 0.296 0.000
#> SRR934847 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934848 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934849 1 0.2048 0.8750 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.2092 0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934851 4 0.1686 0.7489 0.000 0.012 0.000 0.924 0.064 0.000
#> SRR934853 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934852 2 0.3438 0.6147 0.008 0.764 0.000 0.008 0.220 0.000
#> SRR934854 4 0.0551 0.7894 0.008 0.004 0.000 0.984 0.004 0.000
#> SRR934856 3 0.2554 0.5237 0.000 0.000 0.876 0.000 0.048 0.076
#> SRR934858 1 0.2092 0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934859 3 0.3151 0.5478 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR934860 2 0.6114 -0.1451 0.000 0.352 0.000 0.352 0.296 0.000
#> SRR934861 2 0.6113 -0.1220 0.000 0.360 0.000 0.344 0.296 0.000
#> SRR934862 2 0.4273 0.5802 0.000 0.732 0.000 0.120 0.148 0.000
#> SRR934863 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934864 2 0.1225 0.6910 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036 0.000
#> SRR934865 4 0.0405 0.7898 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0260 0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934867 4 0.5440 -0.1622 0.000 0.200 0.000 0.576 0.224 0.000
#> SRR934868 2 0.6114 -0.1468 0.000 0.352 0.000 0.352 0.296 0.000
#> SRR934869 4 0.0777 0.7833 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR934870 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934871 4 0.5461 -0.3218 0.004 0.308 0.000 0.556 0.132 0.000
#> SRR934872 6 0.4887 -0.4389 0.000 0.048 0.472 0.000 0.004 0.476
#> SRR934873 4 0.4948 0.4188 0.060 0.088 0.000 0.720 0.132 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934877 1 0.3634 0.4727 0.644 0.000 0.000 0.356 0.000 0.000
#> SRR934878 4 0.3054 0.6460 0.004 0.040 0.000 0.840 0.116 0.000
#> SRR934879 4 0.2358 0.6918 0.000 0.016 0.000 0.876 0.108 0.000
#> SRR934880 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934881 4 0.5582 -0.0805 0.004 0.240 0.000 0.568 0.188 0.000
#> SRR934882 4 0.5663 -0.1611 0.004 0.220 0.000 0.556 0.220 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.5287 0.8642 0.008 0.076 0.000 0.424 0.492 0.000
#> SRR934885 5 0.4821 0.8762 0.008 0.036 0.000 0.472 0.484 0.000
#> SRR934886 4 0.4213 0.5255 0.040 0.080 0.000 0.780 0.100 0.000
#> SRR934887 4 0.3054 0.6460 0.004 0.040 0.000 0.840 0.116 0.000
#> SRR934888 2 0.6105 -0.1663 0.000 0.360 0.000 0.352 0.288 0.000
#> SRR934889 5 0.4821 0.8762 0.008 0.036 0.000 0.472 0.484 0.000
#> SRR934890 4 0.0858 0.7818 0.004 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR934891 4 0.0405 0.7898 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934892 4 0.0858 0.7783 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR934893 4 0.4674 0.3276 0.004 0.120 0.000 0.696 0.180 0.000
#> SRR934894 2 0.4725 0.3625 0.000 0.648 0.000 0.000 0.088 0.264
#> SRR934895 4 0.2070 0.7284 0.000 0.044 0.000 0.908 0.048 0.000
#> SRR934896 1 0.0363 0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.4931 0.5128 0.000 0.648 0.000 0.136 0.216 0.000
#> SRR934898 3 0.1757 0.5989 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR934899 4 0.4408 0.4969 0.052 0.088 0.000 0.768 0.092 0.000
#> SRR934900 4 0.2536 0.6768 0.000 0.020 0.000 0.864 0.116 0.000
#> SRR934901 5 0.6284 0.5359 0.008 0.280 0.000 0.316 0.396 0.000
#> SRR934902 4 0.3756 0.5433 0.004 0.076 0.000 0.788 0.132 0.000
#> SRR934903 2 0.0260 0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934905 3 0.2608 0.5198 0.000 0.000 0.872 0.000 0.048 0.080
#> SRR934906 4 0.0858 0.7840 0.004 0.000 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR934907 4 0.2070 0.7284 0.000 0.044 0.000 0.908 0.048 0.000
#> SRR934908 2 0.4723 0.4197 0.000 0.664 0.000 0.232 0.104 0.000
#> SRR934909 2 0.6114 -0.1451 0.000 0.352 0.000 0.352 0.296 0.000
#> SRR934910 3 0.3652 0.5022 0.000 0.000 0.672 0.000 0.004 0.324
#> SRR934911 3 0.4717 0.3869 0.000 0.024 0.504 0.000 0.012 0.460
#> SRR934912 2 0.6104 -0.0979 0.000 0.372 0.000 0.336 0.292 0.000
#> SRR934913 2 0.0260 0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934914 4 0.2527 0.5481 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR934915 4 0.1462 0.7594 0.000 0.008 0.000 0.936 0.056 0.000
#> SRR934916 1 0.1588 0.8639 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR934917 3 0.3151 0.5478 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000 0.252
#> SRR934918 3 0.2738 0.5752 0.000 0.000 0.820 0.000 0.004 0.176
#> SRR934919 5 0.4821 0.8762 0.008 0.036 0.000 0.472 0.484 0.000
#> SRR934920 1 0.0363 0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0260 0.6897 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934922 4 0.1155 0.7750 0.004 0.004 0.000 0.956 0.036 0.000
#> SRR934924 1 0.0748 0.8485 0.976 0.004 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR934923 1 0.0458 0.8527 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934925 4 0.3370 0.5492 0.000 0.124 0.000 0.812 0.064 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 4 0.3689 0.5529 0.004 0.068 0.000 0.792 0.136 0.000
#> SRR934928 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934929 4 0.1644 0.7597 0.040 0.000 0.000 0.932 0.028 0.000
#> SRR934930 4 0.0922 0.7839 0.004 0.004 0.000 0.968 0.024 0.000
#> SRR934931 4 0.1155 0.7750 0.004 0.004 0.000 0.956 0.036 0.000
#> SRR934932 2 0.1501 0.6372 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR934934 2 0.1556 0.6345 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR934935 4 0.4957 0.2260 0.004 0.148 0.000 0.664 0.184 0.000
#> SRR934936 4 0.0858 0.7783 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR934933 1 0.1082 0.8593 0.956 0.000 0.000 0.040 0.004 0.000
#> SRR934937 4 0.2358 0.6918 0.000 0.016 0.000 0.876 0.108 0.000
#> SRR934938 4 0.3355 0.6020 0.004 0.048 0.000 0.816 0.132 0.000
#> SRR934939 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934940 4 0.0858 0.7783 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR934941 4 0.1265 0.7674 0.000 0.008 0.000 0.948 0.044 0.000
#> SRR934942 4 0.1297 0.7670 0.000 0.012 0.000 0.948 0.040 0.000
#> SRR934943 5 0.5290 0.8671 0.008 0.076 0.000 0.428 0.488 0.000
#> SRR934944 1 0.2135 0.8726 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000 0.000
#> SRR934945 1 0.0748 0.8485 0.976 0.004 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR934946 4 0.1410 0.7668 0.004 0.008 0.000 0.944 0.044 0.000
#> SRR934947 1 0.2092 0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0713 0.5864 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934949 4 0.6113 -0.4365 0.000 0.344 0.000 0.360 0.296 0.000
#> SRR934950 4 0.0405 0.7898 0.008 0.004 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934951 4 0.0363 0.7873 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934953 1 0.4804 0.7036 0.708 0.048 0.000 0.192 0.052 0.000
#> SRR934952 2 0.3908 0.5998 0.000 0.768 0.000 0.132 0.100 0.000
#> SRR934954 3 0.3866 0.4031 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR934955 1 0.0363 0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934956 4 0.0858 0.7783 0.000 0.004 0.000 0.968 0.028 0.000
#> SRR934957 4 0.0777 0.7862 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR934958 2 0.1225 0.6910 0.000 0.952 0.000 0.012 0.036 0.000
#> SRR934959 3 0.0713 0.5864 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934960 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934961 2 0.5703 0.2485 0.000 0.524 0.000 0.244 0.232 0.000
#> SRR934962 2 0.3698 0.6271 0.000 0.788 0.000 0.096 0.116 0.000
#> SRR934963 4 0.4688 0.4551 0.088 0.072 0.000 0.748 0.092 0.000
#> SRR934964 4 0.1462 0.7594 0.000 0.008 0.000 0.936 0.056 0.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.6881 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 3 0.3866 0.4031 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR934967 4 0.1152 0.7712 0.004 0.000 0.000 0.952 0.044 0.000
#> SRR934968 3 0.0713 0.5864 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934969 4 0.0260 0.7896 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR934970 3 0.4926 -0.0461 0.000 0.000 0.584 0.000 0.080 0.336
#> SRR934971 3 0.2266 0.5949 0.000 0.000 0.880 0.000 0.012 0.108
#> SRR934972 3 0.2608 0.5198 0.000 0.000 0.872 0.000 0.048 0.080
#> SRR934973 3 0.1812 0.5980 0.000 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR934974 3 0.0632 0.5878 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934975 4 0.1265 0.7674 0.000 0.008 0.000 0.948 0.044 0.000
#> SRR934976 3 0.3854 0.4183 0.000 0.000 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR934977 1 0.2092 0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.1757 0.5981 0.000 0.000 0.916 0.000 0.008 0.076
#> SRR934979 3 0.4184 0.4261 0.000 0.008 0.556 0.000 0.004 0.432
#> SRR934980 1 0.0363 0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934981 4 0.3748 0.5870 0.028 0.068 0.000 0.812 0.092 0.000
#> SRR934982 3 0.5045 -0.1331 0.000 0.000 0.552 0.000 0.084 0.364
#> SRR934983 3 0.4508 0.0526 0.000 0.000 0.632 0.000 0.052 0.316
#> SRR934984 3 0.3023 0.5557 0.000 0.000 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR934985 4 0.0405 0.7891 0.008 0.000 0.000 0.988 0.004 0.000
#> SRR934986 1 0.2092 0.8751 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934987 4 0.1720 0.7522 0.000 0.032 0.000 0.928 0.040 0.000
#> SRR934988 4 0.0777 0.7865 0.004 0.000 0.000 0.972 0.024 0.000
#> SRR934989 1 0.0363 0.8507 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934990 4 0.2358 0.6918 0.000 0.016 0.000 0.876 0.108 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.996 0.996 0.3317 0.670 0.670
#> 3 3 0.713 0.875 0.915 0.8620 0.681 0.526
#> 4 4 0.778 0.904 0.907 0.1619 0.775 0.471
#> 5 5 0.805 0.787 0.810 0.0826 0.893 0.627
#> 6 6 0.794 0.720 0.833 0.0480 0.965 0.838
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934718 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934719 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934721 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934722 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934723 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934724 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934725 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934726 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934727 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934728 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934729 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934730 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934731 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934732 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934733 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934734 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934735 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934736 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934737 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934738 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934740 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934739 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934741 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934742 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934743 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934744 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934745 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934746 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934747 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934748 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934750 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934749 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934751 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934752 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR934753 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934755 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934756 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934757 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934758 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934759 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934760 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934761 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934762 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934763 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934764 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934765 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934766 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934767 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934768 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934769 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934770 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934772 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934771 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934773 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934774 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934775 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934776 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934778 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934779 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934780 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934781 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934782 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934783 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR934784 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934785 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934786 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934787 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934788 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934789 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934790 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934791 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934792 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934793 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934794 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934795 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934796 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934797 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934798 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934799 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934800 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934801 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934802 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934803 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934804 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934805 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934806 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934807 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934809 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934810 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR934811 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934808 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934812 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934813 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934814 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR934815 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934816 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934817 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934818 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934819 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934820 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934821 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934822 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934823 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934825 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934826 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934827 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934828 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934829 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934830 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934831 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934832 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934833 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR934834 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934835 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934837 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934839 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934840 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934842 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934844 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934845 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934846 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934847 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR934848 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934849 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934850 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934851 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934853 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR934852 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934854 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR934856 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934858 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934859 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934860 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934861 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934862 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934863 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR934864 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934865 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR934866 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934867 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934868 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934869 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934870 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934871 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934872 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934873 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934874 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934875 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934877 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934878 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934879 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934880 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934881 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934882 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934883 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934884 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934885 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934886 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934887 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934888 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934889 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934890 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934891 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR934892 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934893 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934895 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934896 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934897 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934898 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934899 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934900 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934901 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934902 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934903 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934905 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934906 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR934907 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934908 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934909 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934910 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934911 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934912 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934913 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934915 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934916 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934917 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934918 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934919 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR934920 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934921 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934922 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934924 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934923 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934925 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934926 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934927 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934928 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR934929 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934930 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934931 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934932 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934934 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934935 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934936 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934933 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934937 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934938 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934939 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934940 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934941 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934942 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934943 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934944 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934945 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934946 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934947 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934948 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934949 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934950 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934953 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934952 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934955 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934956 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR934957 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934958 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934959 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR934960 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934961 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934962 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934963 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934964 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934965 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934967 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934968 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934969 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934970 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934971 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934972 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934973 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934974 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934975 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934976 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934977 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934978 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934979 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934980 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934981 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934982 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934983 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934984 2 0.0672 0.997 0.008 0.992
#> SRR934985 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR934986 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934987 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934988 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0672 0.995 0.992 0.008
#> SRR934990 1 0.0000 0.997 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934718 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934719 3 0.6260 0.0737 0.448 0.000 0.552
#> SRR934720 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934721 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934722 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934723 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934724 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934725 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934726 1 0.3619 0.9005 0.864 0.000 0.136
#> SRR934727 1 0.2165 0.9161 0.936 0.000 0.064
#> SRR934728 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934729 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934730 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934731 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934732 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934733 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934734 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934735 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934736 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934737 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934738 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934740 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934739 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934741 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934742 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934743 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934744 3 0.4178 0.7691 0.172 0.000 0.828
#> SRR934745 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934746 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934747 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934748 3 0.6307 -0.1104 0.488 0.000 0.512
#> SRR934750 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934749 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934751 1 0.1964 0.9149 0.944 0.000 0.056
#> SRR934752 1 0.4605 0.8626 0.796 0.000 0.204
#> SRR934753 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934754 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934755 3 0.1289 0.8924 0.032 0.000 0.968
#> SRR934756 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934757 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934758 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934759 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934760 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934761 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934762 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934763 1 0.4346 0.8809 0.816 0.000 0.184
#> SRR934764 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934765 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934766 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934767 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934768 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934769 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934770 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934772 2 0.0424 0.9798 0.008 0.992 0.000
#> SRR934771 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934773 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934774 3 0.6252 0.0907 0.444 0.000 0.556
#> SRR934775 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934776 1 0.5216 0.7933 0.740 0.000 0.260
#> SRR934777 1 0.4178 0.8880 0.828 0.000 0.172
#> SRR934778 1 0.6244 0.3719 0.560 0.000 0.440
#> SRR934779 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934780 3 0.5178 0.6332 0.256 0.000 0.744
#> SRR934781 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934782 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934783 1 0.4605 0.8626 0.796 0.000 0.204
#> SRR934784 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934785 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934786 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934787 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934788 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934789 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934790 2 0.1163 0.9785 0.028 0.972 0.000
#> SRR934791 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934792 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934793 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934794 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934795 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934796 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934797 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934798 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934799 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934800 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934801 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934802 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934803 1 0.2066 0.9155 0.940 0.000 0.060
#> SRR934804 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.4178 0.8880 0.828 0.000 0.172
#> SRR934806 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934807 3 0.5016 0.6631 0.240 0.000 0.760
#> SRR934809 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934810 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934811 3 0.2356 0.8637 0.072 0.000 0.928
#> SRR934808 1 0.4062 0.8911 0.836 0.000 0.164
#> SRR934812 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934813 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.4750 0.8500 0.784 0.000 0.216
#> SRR934815 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934816 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934817 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934818 2 0.1031 0.9790 0.024 0.976 0.000
#> SRR934819 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934820 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934821 3 0.4062 0.7790 0.164 0.000 0.836
#> SRR934822 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934823 1 0.2878 0.9115 0.904 0.000 0.096
#> SRR934825 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934826 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934827 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934828 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934829 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934830 3 0.4399 0.7476 0.188 0.000 0.812
#> SRR934831 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934832 3 0.3340 0.8237 0.120 0.000 0.880
#> SRR934833 1 0.5178 0.7994 0.744 0.000 0.256
#> SRR934834 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934835 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934837 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934838 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934839 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934840 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934842 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934843 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934844 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934845 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934846 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.4605 0.8626 0.796 0.000 0.204
#> SRR934848 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934849 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934850 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934851 3 0.4062 0.7790 0.164 0.000 0.836
#> SRR934853 1 0.4931 0.8319 0.768 0.000 0.232
#> SRR934852 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934854 1 0.4931 0.8319 0.768 0.000 0.232
#> SRR934856 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934858 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934859 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934860 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934861 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934862 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934863 1 0.5058 0.8165 0.756 0.000 0.244
#> SRR934864 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934865 1 0.4931 0.8319 0.768 0.000 0.232
#> SRR934866 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934867 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934868 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934869 3 0.4452 0.7418 0.192 0.000 0.808
#> SRR934870 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934871 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934873 3 0.4399 0.7533 0.188 0.000 0.812
#> SRR934874 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934875 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934876 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934877 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934878 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879 3 0.5905 0.4070 0.352 0.000 0.648
#> SRR934880 1 0.5216 0.7933 0.740 0.000 0.260
#> SRR934881 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934882 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934883 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934884 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934885 3 0.0424 0.9082 0.000 0.008 0.992
#> SRR934886 3 0.1031 0.8972 0.024 0.000 0.976
#> SRR934887 3 0.1643 0.8844 0.044 0.000 0.956
#> SRR934888 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934889 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934890 3 0.5835 0.4402 0.340 0.000 0.660
#> SRR934891 1 0.5098 0.8109 0.752 0.000 0.248
#> SRR934892 3 0.3941 0.7881 0.156 0.000 0.844
#> SRR934893 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894 3 0.4196 0.7765 0.024 0.112 0.864
#> SRR934895 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934897 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934898 2 0.0892 0.9793 0.020 0.980 0.000
#> SRR934899 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934900 3 0.3752 0.8006 0.144 0.000 0.856
#> SRR934901 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934902 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934903 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934905 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934906 1 0.4974 0.8269 0.764 0.000 0.236
#> SRR934907 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934908 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934909 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934911 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934912 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934913 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934914 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934915 3 0.4002 0.7837 0.160 0.000 0.840
#> SRR934916 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934917 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934918 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934919 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934920 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934921 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934922 3 0.4002 0.7837 0.160 0.000 0.840
#> SRR934924 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934923 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934925 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934926 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934927 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934928 1 0.4974 0.8269 0.764 0.000 0.236
#> SRR934929 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934930 3 0.1289 0.8924 0.032 0.000 0.968
#> SRR934931 3 0.4002 0.7837 0.160 0.000 0.840
#> SRR934932 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934934 3 0.1170 0.9002 0.008 0.016 0.976
#> SRR934935 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934936 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934937 3 0.4235 0.7640 0.176 0.000 0.824
#> SRR934938 3 0.0592 0.9039 0.012 0.000 0.988
#> SRR934939 3 0.6295 -0.0378 0.472 0.000 0.528
#> SRR934940 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934941 3 0.6252 0.0907 0.444 0.000 0.556
#> SRR934942 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934943 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934944 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934945 1 0.4002 0.8317 0.840 0.000 0.160
#> SRR934946 3 0.4002 0.7837 0.160 0.000 0.840
#> SRR934947 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934948 2 0.0424 0.9799 0.008 0.992 0.000
#> SRR934949 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934950 1 0.5178 0.7994 0.744 0.000 0.256
#> SRR934951 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934953 1 0.2448 0.9150 0.924 0.000 0.076
#> SRR934952 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934954 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934955 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934956 3 0.4178 0.7756 0.172 0.000 0.828
#> SRR934957 3 0.6267 0.0559 0.452 0.000 0.548
#> SRR934958 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934959 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934960 1 0.4178 0.8880 0.828 0.000 0.172
#> SRR934961 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934962 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934963 1 0.2261 0.9166 0.932 0.000 0.068
#> SRR934964 3 0.4002 0.7837 0.160 0.000 0.840
#> SRR934965 3 0.0747 0.9070 0.000 0.016 0.984
#> SRR934966 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934967 3 0.3482 0.8162 0.128 0.000 0.872
#> SRR934968 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969 1 0.4291 0.8843 0.820 0.000 0.180
#> SRR934970 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934971 2 0.0424 0.9798 0.008 0.992 0.000
#> SRR934972 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934973 2 0.0000 0.9800 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974 2 0.1163 0.9785 0.028 0.972 0.000
#> SRR934975 3 0.6280 0.0193 0.460 0.000 0.540
#> SRR934976 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934977 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934978 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934979 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934980 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934981 3 0.3941 0.7881 0.156 0.000 0.844
#> SRR934982 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934983 2 0.1643 0.9783 0.044 0.956 0.000
#> SRR934984 2 0.1031 0.9789 0.024 0.976 0.000
#> SRR934985 1 0.5058 0.8165 0.756 0.000 0.244
#> SRR934986 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934987 3 0.0000 0.9092 0.000 0.000 1.000
#> SRR934988 1 0.5988 0.5772 0.632 0.000 0.368
#> SRR934989 1 0.1860 0.9141 0.948 0.000 0.052
#> SRR934990 3 0.4002 0.7837 0.160 0.000 0.840
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934718 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934719 4 0.3691 0.889 0.068 0.076 0.000 0.856
#> SRR934720 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934721 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934722 4 0.3486 0.825 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR934723 3 0.3663 0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934724 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934725 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934726 4 0.3024 0.880 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934727 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934728 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934729 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934730 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934731 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934732 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934733 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934734 3 0.3663 0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934735 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934736 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934737 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934738 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934740 3 0.3663 0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934739 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934741 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934742 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934743 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934744 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934745 1 0.4454 0.514 0.692 0.000 0.000 0.308
#> SRR934746 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934747 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934748 4 0.3691 0.889 0.068 0.076 0.000 0.856
#> SRR934750 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934749 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934751 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934752 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934753 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934754 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934755 4 0.4454 0.661 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR934756 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934757 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934758 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934759 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934760 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934761 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934762 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934763 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934764 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934765 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934766 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934767 3 0.3663 0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934768 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934769 3 0.0937 0.934 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR934770 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934772 3 0.0469 0.934 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR934771 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934773 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934774 4 0.3691 0.889 0.068 0.076 0.000 0.856
#> SRR934775 4 0.3074 0.876 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934776 4 0.3335 0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934777 4 0.3024 0.880 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934778 4 0.3667 0.890 0.088 0.056 0.000 0.856
#> SRR934779 3 0.3663 0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934780 4 0.3196 0.870 0.008 0.136 0.000 0.856
#> SRR934781 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934782 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934783 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934784 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934785 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934786 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934787 3 0.3663 0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934788 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934789 4 0.3074 0.876 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934790 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934791 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934792 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934793 3 0.3663 0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934794 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934795 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934796 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934797 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934798 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934799 4 0.3074 0.876 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934800 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934801 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934802 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934803 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934804 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934805 4 0.3024 0.880 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934806 1 0.1022 0.988 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934807 4 0.3196 0.870 0.008 0.136 0.000 0.856
#> SRR934809 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934810 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934811 4 0.3266 0.843 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934808 4 0.3024 0.880 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934812 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934813 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934814 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934815 2 0.3801 0.687 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR934816 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934817 2 0.2973 0.807 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR934818 3 0.2676 0.936 0.000 0.012 0.896 0.092
#> SRR934819 1 0.1022 0.988 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934820 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934821 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934822 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934823 4 0.3024 0.880 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934825 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934826 4 0.3074 0.876 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934827 1 0.1022 0.988 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934828 2 0.4776 0.325 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR934829 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934830 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934831 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934832 4 0.3219 0.848 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR934833 4 0.3335 0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934834 3 0.3663 0.933 0.016 0.008 0.848 0.128
#> SRR934835 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934836 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934837 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934838 4 0.3074 0.876 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934839 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934840 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934841 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934842 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934843 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934844 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934845 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934846 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934847 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934848 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934849 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934850 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934851 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934853 4 0.3271 0.888 0.132 0.012 0.000 0.856
#> SRR934852 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934854 4 0.3271 0.888 0.132 0.012 0.000 0.856
#> SRR934856 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934858 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934859 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934860 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934861 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934862 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934863 4 0.3335 0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934864 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934865 4 0.3271 0.888 0.132 0.012 0.000 0.856
#> SRR934866 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934867 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934868 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934869 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934870 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934871 4 0.4866 0.448 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR934872 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934873 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934874 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934875 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934876 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934877 1 0.1022 0.988 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934878 4 0.3266 0.843 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934879 4 0.3587 0.883 0.040 0.104 0.000 0.856
#> SRR934880 4 0.3335 0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934881 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934882 2 0.3074 0.796 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR934883 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934884 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934885 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934886 4 0.4040 0.755 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR934887 4 0.3219 0.847 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR934888 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934889 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934890 4 0.3557 0.881 0.036 0.108 0.000 0.856
#> SRR934891 4 0.3335 0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934892 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934893 4 0.4877 0.445 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR934894 2 0.4100 0.746 0.012 0.820 0.152 0.016
#> SRR934895 4 0.3311 0.840 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR934896 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934897 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934898 3 0.1902 0.937 0.000 0.004 0.932 0.064
#> SRR934899 2 0.4790 0.292 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR934900 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934901 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934902 4 0.4103 0.743 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR934903 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934905 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934906 4 0.3271 0.888 0.132 0.012 0.000 0.856
#> SRR934907 4 0.3444 0.829 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR934908 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934909 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934910 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934911 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934912 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934913 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934914 4 0.3074 0.876 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934915 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934916 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934917 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934918 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934919 2 0.4713 0.371 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR934920 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934921 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934922 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934924 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934923 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934925 4 0.4985 0.258 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR934926 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934927 2 0.5000 -0.153 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR934928 4 0.3335 0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934929 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934930 4 0.3219 0.847 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR934931 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934932 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934934 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934935 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934936 4 0.3486 0.825 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR934933 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934937 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934938 4 0.3356 0.837 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR934939 4 0.3691 0.889 0.068 0.076 0.000 0.856
#> SRR934940 4 0.3266 0.843 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934941 4 0.3691 0.889 0.068 0.076 0.000 0.856
#> SRR934942 4 0.3266 0.843 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934943 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934944 1 0.1022 0.988 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934945 1 0.1406 0.959 0.960 0.024 0.000 0.016
#> SRR934946 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934947 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934948 3 0.2441 0.937 0.012 0.004 0.916 0.068
#> SRR934949 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934950 4 0.3335 0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934951 4 0.3074 0.876 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934953 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934952 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934954 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934955 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934956 4 0.3450 0.854 0.008 0.156 0.000 0.836
#> SRR934957 4 0.3691 0.889 0.068 0.076 0.000 0.856
#> SRR934958 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934959 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934960 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934961 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934962 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934963 1 0.1022 0.988 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934964 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934965 2 0.0469 0.959 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934966 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934967 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934968 3 0.1771 0.937 0.012 0.004 0.948 0.036
#> SRR934969 4 0.2973 0.884 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934970 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934971 3 0.0937 0.934 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR934972 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934973 3 0.0657 0.936 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR934974 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934975 4 0.3691 0.889 0.068 0.076 0.000 0.856
#> SRR934976 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934977 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934978 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934979 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934980 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934981 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR934982 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934983 3 0.3672 0.933 0.012 0.012 0.848 0.128
#> SRR934984 3 0.1059 0.933 0.012 0.000 0.972 0.016
#> SRR934985 4 0.3335 0.889 0.128 0.016 0.000 0.856
#> SRR934986 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934987 4 0.4877 0.438 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR934988 4 0.3587 0.890 0.104 0.040 0.000 0.856
#> SRR934989 1 0.0921 0.992 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934990 4 0.2973 0.866 0.000 0.144 0.000 0.856
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 5 0.3983 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934718 1 0.0404 0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934719 3 0.4610 -0.0343 0.008 0.020 0.676 0.296 0.000
#> SRR934720 1 0.0703 0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934721 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934722 3 0.1818 0.7518 0.000 0.044 0.932 0.024 0.000
#> SRR934723 5 0.4060 0.8490 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR934724 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934725 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934726 4 0.4958 0.8826 0.032 0.000 0.400 0.568 0.000
#> SRR934727 1 0.0510 0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934728 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934729 2 0.1701 0.9057 0.000 0.936 0.016 0.048 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 5 0.4384 0.8573 0.000 0.000 0.016 0.324 0.660
#> SRR934732 5 0.0404 0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934733 5 0.3983 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934734 5 0.4494 0.8320 0.012 0.000 0.000 0.380 0.608
#> SRR934735 1 0.0510 0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934736 1 0.0404 0.9390 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934737 2 0.0703 0.9178 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934738 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934740 5 0.4074 0.8474 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR934739 5 0.0162 0.8637 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934741 2 0.1357 0.9066 0.000 0.948 0.004 0.048 0.000
#> SRR934742 5 0.3983 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934743 1 0.0404 0.9390 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934744 3 0.1082 0.7580 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> SRR934745 1 0.6063 0.3871 0.568 0.000 0.256 0.176 0.000
#> SRR934746 2 0.2068 0.8786 0.000 0.904 0.092 0.004 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.3250 0.5709 0.008 0.020 0.844 0.128 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934751 1 0.0404 0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934752 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934755 3 0.2513 0.7167 0.000 0.116 0.876 0.008 0.000
#> SRR934756 4 0.4262 0.1120 0.440 0.000 0.000 0.560 0.000
#> SRR934757 3 0.4506 -0.1022 0.028 0.000 0.676 0.296 0.000
#> SRR934758 1 0.0510 0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934759 1 0.0703 0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934760 2 0.0162 0.9229 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934761 5 0.0510 0.8648 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934762 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934763 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934764 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.9406 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766 5 0.3983 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934767 5 0.4074 0.8474 0.000 0.000 0.000 0.364 0.636
#> SRR934768 1 0.0404 0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934769 5 0.0671 0.8655 0.000 0.000 0.016 0.004 0.980
#> SRR934770 1 0.0404 0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934772 5 0.1018 0.8670 0.000 0.000 0.016 0.016 0.968
#> SRR934771 5 0.4366 0.8576 0.000 0.000 0.016 0.320 0.664
#> SRR934773 1 0.0703 0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934774 3 0.1059 0.7527 0.008 0.020 0.968 0.004 0.000
#> SRR934775 4 0.5236 0.8631 0.052 0.000 0.380 0.568 0.000
#> SRR934776 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934777 4 0.5103 0.8862 0.040 0.000 0.404 0.556 0.000
#> SRR934778 4 0.5090 0.7322 0.016 0.012 0.460 0.512 0.000
#> SRR934779 5 0.4060 0.8490 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR934780 3 0.1471 0.7487 0.004 0.024 0.952 0.020 0.000
#> SRR934781 5 0.0162 0.8637 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934782 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934784 5 0.1364 0.8421 0.000 0.036 0.012 0.000 0.952
#> SRR934785 5 0.0404 0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934786 1 0.0404 0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934787 5 0.4182 0.8508 0.000 0.000 0.004 0.352 0.644
#> SRR934788 4 0.4682 0.1759 0.420 0.000 0.016 0.564 0.000
#> SRR934789 4 0.5236 0.8631 0.052 0.000 0.380 0.568 0.000
#> SRR934790 5 0.4309 0.8599 0.000 0.000 0.016 0.308 0.676
#> SRR934791 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934792 5 0.0404 0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934793 5 0.4494 0.8320 0.012 0.000 0.000 0.380 0.608
#> SRR934794 5 0.0404 0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934795 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934796 1 0.0404 0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934797 1 0.0703 0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934798 1 0.0703 0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934799 4 0.5236 0.8631 0.052 0.000 0.380 0.568 0.000
#> SRR934800 5 0.0404 0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934801 5 0.0404 0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934802 2 0.0771 0.9178 0.000 0.976 0.020 0.004 0.000
#> SRR934803 1 0.0404 0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934804 3 0.5065 0.0575 0.000 0.420 0.544 0.036 0.000
#> SRR934805 4 0.5103 0.8862 0.040 0.000 0.404 0.556 0.000
#> SRR934806 1 0.4734 0.3765 0.604 0.000 0.024 0.372 0.000
#> SRR934807 3 0.4774 -0.0610 0.004 0.024 0.632 0.340 0.000
#> SRR934809 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934810 5 0.4306 0.8570 0.000 0.000 0.012 0.328 0.660
#> SRR934811 3 0.4620 0.0944 0.000 0.028 0.652 0.320 0.000
#> SRR934808 4 0.4909 0.8913 0.028 0.000 0.412 0.560 0.000
#> SRR934812 1 0.0703 0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934813 3 0.4420 0.0262 0.000 0.448 0.548 0.004 0.000
#> SRR934814 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934815 3 0.5185 0.2168 0.000 0.384 0.568 0.048 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.4211 0.3358 0.000 0.360 0.636 0.004 0.000
#> SRR934818 5 0.3527 0.8691 0.000 0.000 0.016 0.192 0.792
#> SRR934819 4 0.4833 0.2001 0.412 0.000 0.024 0.564 0.000
#> SRR934820 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934821 3 0.0955 0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR934822 1 0.0510 0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934823 4 0.5077 0.8754 0.040 0.000 0.392 0.568 0.000
#> SRR934825 2 0.1082 0.9166 0.000 0.964 0.008 0.028 0.000
#> SRR934826 4 0.5236 0.8631 0.052 0.000 0.380 0.568 0.000
#> SRR934827 1 0.4080 0.6678 0.728 0.000 0.252 0.020 0.000
#> SRR934828 2 0.6443 0.1546 0.000 0.504 0.248 0.248 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 3 0.4674 0.0696 0.004 0.024 0.656 0.316 0.000
#> SRR934831 1 0.0703 0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934832 3 0.4602 0.1135 0.000 0.028 0.656 0.316 0.000
#> SRR934833 4 0.4885 0.8648 0.028 0.000 0.400 0.572 0.000
#> SRR934834 5 0.4060 0.8490 0.000 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR934835 2 0.3635 0.6990 0.000 0.748 0.248 0.004 0.000
#> SRR934836 1 0.0510 0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.5236 0.8631 0.052 0.000 0.380 0.568 0.000
#> SRR934839 2 0.0451 0.9212 0.000 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR934840 2 0.2719 0.8340 0.000 0.852 0.144 0.004 0.000
#> SRR934841 1 0.0703 0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 4 0.4307 -0.0818 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR934844 5 0.3983 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934845 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.2124 0.8756 0.000 0.900 0.096 0.004 0.000
#> SRR934847 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934848 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.9406 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0404 0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934851 3 0.0955 0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR934853 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934852 2 0.2329 0.8385 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR934854 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934856 5 0.4366 0.8576 0.000 0.000 0.016 0.320 0.664
#> SRR934858 1 0.0404 0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934859 5 0.0000 0.8640 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.2193 0.8780 0.000 0.900 0.092 0.008 0.000
#> SRR934861 2 0.2583 0.8454 0.000 0.864 0.132 0.004 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.4403 0.3029 0.000 0.560 0.436 0.004 0.000
#> SRR934868 2 0.3086 0.7945 0.000 0.816 0.180 0.004 0.000
#> SRR934869 3 0.1399 0.7488 0.000 0.028 0.952 0.020 0.000
#> SRR934870 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934871 3 0.3521 0.6790 0.000 0.140 0.820 0.040 0.000
#> SRR934872 5 0.0404 0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934873 3 0.1485 0.7575 0.000 0.032 0.948 0.020 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934877 4 0.4674 0.1883 0.416 0.000 0.016 0.568 0.000
#> SRR934878 3 0.0794 0.7602 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000
#> SRR934879 3 0.1153 0.7545 0.004 0.024 0.964 0.008 0.000
#> SRR934880 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934881 2 0.4430 0.2207 0.000 0.540 0.456 0.004 0.000
#> SRR934882 3 0.4402 0.3378 0.000 0.352 0.636 0.012 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.2304 0.8954 0.000 0.908 0.044 0.048 0.000
#> SRR934885 2 0.2304 0.8954 0.000 0.908 0.044 0.048 0.000
#> SRR934886 3 0.2017 0.7392 0.000 0.080 0.912 0.008 0.000
#> SRR934887 3 0.0955 0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR934888 2 0.1704 0.8947 0.000 0.928 0.068 0.004 0.000
#> SRR934889 2 0.1981 0.9022 0.000 0.924 0.028 0.048 0.000
#> SRR934890 3 0.1153 0.7545 0.004 0.024 0.964 0.008 0.000
#> SRR934891 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934892 3 0.1082 0.7580 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> SRR934893 3 0.2843 0.6950 0.000 0.144 0.848 0.008 0.000
#> SRR934894 2 0.3039 0.7802 0.000 0.836 0.012 0.000 0.152
#> SRR934895 3 0.1579 0.7545 0.000 0.032 0.944 0.024 0.000
#> SRR934896 1 0.0703 0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 5 0.2519 0.8709 0.000 0.000 0.016 0.100 0.884
#> SRR934899 3 0.4301 0.5381 0.000 0.260 0.712 0.028 0.000
#> SRR934900 3 0.0955 0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR934901 2 0.1282 0.9065 0.000 0.952 0.004 0.044 0.000
#> SRR934902 3 0.2017 0.7409 0.000 0.080 0.912 0.008 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 5 0.4366 0.8576 0.000 0.000 0.016 0.320 0.664
#> SRR934906 4 0.4961 0.8530 0.028 0.000 0.448 0.524 0.000
#> SRR934907 3 0.1818 0.7518 0.000 0.044 0.932 0.024 0.000
#> SRR934908 2 0.1484 0.9065 0.000 0.944 0.008 0.048 0.000
#> SRR934909 2 0.3885 0.6692 0.000 0.724 0.268 0.008 0.000
#> SRR934910 5 0.0290 0.8645 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934911 5 0.0404 0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934912 2 0.3756 0.7002 0.000 0.744 0.248 0.008 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.5236 0.8631 0.052 0.000 0.380 0.568 0.000
#> SRR934915 3 0.1082 0.7580 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> SRR934916 1 0.0510 0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934917 5 0.0000 0.8640 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934918 5 0.0510 0.8648 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934919 3 0.5067 0.4581 0.000 0.288 0.648 0.064 0.000
#> SRR934920 1 0.0703 0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.1300 0.7511 0.000 0.028 0.956 0.016 0.000
#> SRR934924 1 0.0609 0.9378 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934923 1 0.0510 0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934925 3 0.3495 0.6705 0.000 0.160 0.812 0.028 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.3519 0.6351 0.000 0.216 0.776 0.008 0.000
#> SRR934928 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934929 3 0.4824 -0.4482 0.028 0.000 0.596 0.376 0.000
#> SRR934930 3 0.0955 0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR934931 3 0.3495 0.5831 0.000 0.028 0.812 0.160 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.4437 -0.0295 0.000 0.464 0.532 0.004 0.000
#> SRR934936 3 0.1205 0.7596 0.000 0.040 0.956 0.004 0.000
#> SRR934933 1 0.0510 0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934937 3 0.0955 0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR934938 3 0.1331 0.7592 0.000 0.040 0.952 0.008 0.000
#> SRR934939 4 0.5072 0.7925 0.008 0.020 0.456 0.516 0.000
#> SRR934940 3 0.1830 0.7514 0.000 0.028 0.932 0.040 0.000
#> SRR934941 3 0.3792 0.4477 0.008 0.020 0.792 0.180 0.000
#> SRR934942 3 0.1830 0.7514 0.000 0.028 0.932 0.040 0.000
#> SRR934943 2 0.2304 0.8954 0.000 0.908 0.044 0.048 0.000
#> SRR934944 1 0.3906 0.6620 0.744 0.000 0.016 0.240 0.000
#> SRR934945 1 0.0609 0.9378 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934946 3 0.3650 0.5499 0.000 0.028 0.796 0.176 0.000
#> SRR934947 1 0.0510 0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934948 5 0.3343 0.8700 0.000 0.000 0.016 0.172 0.812
#> SRR934949 2 0.2629 0.8412 0.000 0.860 0.136 0.004 0.000
#> SRR934950 4 0.4942 0.8797 0.028 0.000 0.432 0.540 0.000
#> SRR934951 4 0.5236 0.8631 0.052 0.000 0.380 0.568 0.000
#> SRR934953 1 0.3877 0.7212 0.764 0.000 0.212 0.024 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934954 5 0.0162 0.8637 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934955 1 0.0703 0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934956 3 0.1195 0.7595 0.000 0.028 0.960 0.012 0.000
#> SRR934957 3 0.3933 0.4048 0.008 0.020 0.776 0.196 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 5 0.4384 0.8573 0.000 0.000 0.016 0.324 0.660
#> SRR934960 4 0.5111 0.8886 0.040 0.000 0.408 0.552 0.000
#> SRR934961 2 0.1205 0.9092 0.000 0.956 0.040 0.004 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.4736 0.3816 0.576 0.000 0.404 0.020 0.000
#> SRR934964 3 0.1082 0.7580 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.9238 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 5 0.0162 0.8637 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934967 3 0.1082 0.7602 0.000 0.028 0.964 0.008 0.000
#> SRR934968 5 0.2677 0.8711 0.000 0.000 0.016 0.112 0.872
#> SRR934969 4 0.4924 0.8957 0.028 0.000 0.420 0.552 0.000
#> SRR934970 5 0.3983 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934971 5 0.0912 0.8666 0.000 0.000 0.016 0.012 0.972
#> SRR934972 5 0.4366 0.8576 0.000 0.000 0.016 0.320 0.664
#> SRR934973 5 0.1626 0.8688 0.000 0.000 0.016 0.044 0.940
#> SRR934974 5 0.4138 0.8635 0.000 0.000 0.016 0.276 0.708
#> SRR934975 3 0.4001 0.3766 0.008 0.020 0.768 0.204 0.000
#> SRR934976 5 0.0162 0.8637 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934977 1 0.0404 0.9412 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934978 5 0.0510 0.8648 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934979 5 0.0404 0.8637 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934980 1 0.0404 0.9390 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934981 3 0.0955 0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
#> SRR934982 5 0.3983 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934983 5 0.3983 0.8560 0.000 0.000 0.000 0.340 0.660
#> SRR934984 5 0.0000 0.8640 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934985 4 0.4893 0.8702 0.028 0.000 0.404 0.568 0.000
#> SRR934986 1 0.0510 0.9404 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934987 3 0.3283 0.6864 0.000 0.140 0.832 0.028 0.000
#> SRR934988 3 0.1200 0.7383 0.016 0.012 0.964 0.008 0.000
#> SRR934989 1 0.0703 0.9363 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934990 3 0.0955 0.7600 0.000 0.028 0.968 0.004 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 6 0.3833 0.7702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR934718 1 0.0363 0.9069 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934719 4 0.3995 -0.1346 0.000 0.000 0.480 0.516 0.004 0.000
#> SRR934720 1 0.2537 0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934721 4 0.0551 0.8628 0.004 0.000 0.008 0.984 0.004 0.000
#> SRR934722 3 0.4306 0.7152 0.000 0.012 0.752 0.124 0.112 0.000
#> SRR934723 6 0.4561 0.7605 0.004 0.000 0.028 0.000 0.424 0.544
#> SRR934724 4 0.0405 0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934725 4 0.0862 0.8610 0.004 0.000 0.008 0.972 0.016 0.000
#> SRR934726 4 0.2019 0.8064 0.088 0.000 0.000 0.900 0.012 0.000
#> SRR934727 1 0.0458 0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.0405 0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934729 2 0.4177 0.5759 0.000 0.684 0.032 0.004 0.280 0.000
#> SRR934730 2 0.0146 0.7946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934731 6 0.3955 0.7711 0.000 0.000 0.004 0.000 0.436 0.560
#> SRR934732 6 0.0865 0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934733 6 0.3833 0.7702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR934734 6 0.4664 0.7201 0.004 0.000 0.032 0.000 0.476 0.488
#> SRR934735 1 0.0458 0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.2432 0.8916 0.888 0.000 0.024 0.008 0.080 0.000
#> SRR934737 2 0.3394 0.6847 0.000 0.776 0.024 0.000 0.200 0.000
#> SRR934738 4 0.0767 0.8618 0.004 0.000 0.008 0.976 0.012 0.000
#> SRR934740 6 0.4571 0.7562 0.004 0.000 0.028 0.000 0.432 0.536
#> SRR934739 6 0.0405 0.7879 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR934741 2 0.3812 0.6129 0.000 0.712 0.024 0.000 0.264 0.000
#> SRR934742 6 0.3843 0.7669 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR934743 1 0.1518 0.9026 0.944 0.000 0.024 0.008 0.024 0.000
#> SRR934744 3 0.2631 0.7783 0.000 0.004 0.856 0.128 0.012 0.000
#> SRR934745 1 0.6795 0.2409 0.516 0.000 0.124 0.184 0.176 0.000
#> SRR934746 2 0.4232 0.6286 0.000 0.732 0.100 0.000 0.168 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.3468 0.5954 0.000 0.000 0.712 0.284 0.004 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.0551 0.8628 0.004 0.000 0.008 0.984 0.004 0.000
#> SRR934751 1 0.0458 0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.0862 0.8610 0.004 0.000 0.008 0.972 0.016 0.000
#> SRR934753 2 0.0146 0.7946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934754 4 0.0405 0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934755 3 0.4090 0.6373 0.000 0.048 0.792 0.068 0.092 0.000
#> SRR934756 4 0.2994 0.6680 0.208 0.000 0.000 0.788 0.004 0.000
#> SRR934757 4 0.3778 0.4723 0.000 0.000 0.288 0.696 0.016 0.000
#> SRR934758 1 0.0458 0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.2537 0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934760 2 0.0865 0.7806 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR934761 6 0.0603 0.7906 0.000 0.000 0.016 0.000 0.004 0.980
#> SRR934762 4 0.0767 0.8618 0.004 0.000 0.008 0.976 0.012 0.000
#> SRR934763 4 0.0405 0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934764 4 0.0405 0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934765 1 0.1180 0.9060 0.960 0.000 0.012 0.012 0.016 0.000
#> SRR934766 6 0.3833 0.7702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR934767 6 0.4571 0.7562 0.004 0.000 0.028 0.000 0.432 0.536
#> SRR934768 1 0.0363 0.9069 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934769 6 0.0717 0.7922 0.000 0.000 0.008 0.000 0.016 0.976
#> SRR934770 1 0.0363 0.9069 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934772 6 0.1148 0.7926 0.004 0.000 0.016 0.000 0.020 0.960
#> SRR934771 6 0.4051 0.7715 0.000 0.000 0.008 0.000 0.432 0.560
#> SRR934773 1 0.2537 0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934774 3 0.2320 0.7776 0.000 0.000 0.864 0.132 0.004 0.000
#> SRR934775 4 0.2053 0.7924 0.108 0.000 0.000 0.888 0.004 0.000
#> SRR934776 4 0.0520 0.8613 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008 0.000
#> SRR934777 4 0.0547 0.8538 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR934778 4 0.4603 0.5353 0.000 0.000 0.148 0.696 0.156 0.000
#> SRR934779 6 0.4571 0.7562 0.004 0.000 0.028 0.000 0.432 0.536
#> SRR934780 3 0.3672 0.7463 0.000 0.004 0.792 0.140 0.064 0.000
#> SRR934781 6 0.0405 0.7879 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR934782 2 0.0146 0.7946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934783 4 0.0405 0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934784 6 0.1408 0.7729 0.000 0.020 0.036 0.000 0.000 0.944
#> SRR934785 6 0.0865 0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934786 1 0.0363 0.9069 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934787 6 0.4417 0.7677 0.000 0.000 0.028 0.000 0.416 0.556
#> SRR934788 4 0.3023 0.6633 0.212 0.000 0.000 0.784 0.004 0.000
#> SRR934789 4 0.1753 0.8120 0.084 0.000 0.000 0.912 0.004 0.000
#> SRR934790 6 0.4150 0.7776 0.000 0.000 0.016 0.000 0.392 0.592
#> SRR934791 4 0.0405 0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934792 6 0.0865 0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934793 6 0.4664 0.7201 0.004 0.000 0.032 0.000 0.476 0.488
#> SRR934794 6 0.0865 0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934795 4 0.0767 0.8618 0.004 0.000 0.008 0.976 0.012 0.000
#> SRR934796 1 0.0458 0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.2537 0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934798 1 0.2537 0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934799 4 0.1663 0.8109 0.088 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR934800 6 0.0865 0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934801 6 0.0865 0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934802 2 0.3088 0.7201 0.000 0.832 0.048 0.000 0.120 0.000
#> SRR934803 1 0.1245 0.8941 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032 0.000
#> SRR934804 3 0.3968 0.4465 0.000 0.124 0.772 0.004 0.100 0.000
#> SRR934805 4 0.0458 0.8560 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR934806 4 0.4261 0.2940 0.408 0.000 0.000 0.572 0.020 0.000
#> SRR934807 4 0.5614 0.1921 0.000 0.004 0.300 0.540 0.156 0.000
#> SRR934809 4 0.0405 0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934810 6 0.3961 0.7707 0.000 0.000 0.004 0.000 0.440 0.556
#> SRR934811 4 0.5804 0.0432 0.000 0.004 0.332 0.492 0.172 0.000
#> SRR934808 4 0.0146 0.8613 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934812 1 0.2537 0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934813 3 0.2858 0.5634 0.000 0.124 0.844 0.000 0.032 0.000
#> SRR934814 4 0.0862 0.8610 0.004 0.000 0.008 0.972 0.016 0.000
#> SRR934815 5 0.5902 0.3478 0.000 0.156 0.408 0.008 0.428 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.4342 0.4058 0.000 0.108 0.748 0.012 0.132 0.000
#> SRR934818 6 0.3261 0.7944 0.000 0.000 0.016 0.000 0.204 0.780
#> SRR934819 4 0.3023 0.6633 0.212 0.000 0.000 0.784 0.004 0.000
#> SRR934820 4 0.0951 0.8597 0.004 0.000 0.008 0.968 0.020 0.000
#> SRR934821 3 0.2278 0.7788 0.000 0.004 0.868 0.128 0.000 0.000
#> SRR934822 1 0.0458 0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.1152 0.8398 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR934825 2 0.3782 0.6538 0.000 0.740 0.036 0.000 0.224 0.000
#> SRR934826 4 0.0937 0.8419 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934827 1 0.4734 0.3643 0.604 0.000 0.348 0.016 0.032 0.000
#> SRR934828 5 0.7248 0.4313 0.000 0.256 0.128 0.200 0.416 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 4 0.5713 0.0643 0.000 0.004 0.336 0.504 0.156 0.000
#> SRR934831 1 0.2537 0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934832 4 0.5804 0.0432 0.000 0.004 0.332 0.492 0.172 0.000
#> SRR934833 4 0.2709 0.7556 0.000 0.000 0.020 0.848 0.132 0.000
#> SRR934834 6 0.4423 0.7658 0.000 0.000 0.028 0.000 0.420 0.552
#> SRR934835 2 0.5519 0.0034 0.000 0.512 0.344 0.000 0.144 0.000
#> SRR934836 1 0.0458 0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.1007 0.8401 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR934839 2 0.3245 0.7044 0.000 0.800 0.028 0.000 0.172 0.000
#> SRR934840 2 0.4953 0.4875 0.000 0.652 0.176 0.000 0.172 0.000
#> SRR934841 1 0.2537 0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 4 0.3738 0.5627 0.280 0.000 0.000 0.704 0.016 0.000
#> SRR934844 6 0.3833 0.7702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR934845 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.4393 0.6068 0.000 0.716 0.112 0.000 0.172 0.000
#> SRR934847 4 0.0405 0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934848 4 0.0405 0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934849 1 0.1078 0.9055 0.964 0.000 0.016 0.008 0.012 0.000
#> SRR934850 1 0.0363 0.9069 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.2278 0.7788 0.000 0.004 0.868 0.128 0.000 0.000
#> SRR934853 4 0.0508 0.8615 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR934852 2 0.3738 0.4767 0.000 0.752 0.208 0.000 0.040 0.000
#> SRR934854 4 0.1196 0.8476 0.000 0.000 0.008 0.952 0.040 0.000
#> SRR934856 6 0.4199 0.7727 0.000 0.000 0.016 0.000 0.416 0.568
#> SRR934858 1 0.0363 0.9069 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934859 6 0.0146 0.7887 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR934860 2 0.4549 0.5872 0.000 0.680 0.088 0.000 0.232 0.000
#> SRR934861 2 0.4798 0.5305 0.000 0.672 0.156 0.000 0.172 0.000
#> SRR934862 2 0.0146 0.7946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934863 4 0.0551 0.8630 0.004 0.000 0.008 0.984 0.004 0.000
#> SRR934864 2 0.0146 0.7946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934865 4 0.1196 0.8476 0.000 0.000 0.008 0.952 0.040 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 3 0.5350 -0.2562 0.000 0.296 0.564 0.000 0.140 0.000
#> SRR934868 2 0.5191 0.3850 0.000 0.616 0.212 0.000 0.172 0.000
#> SRR934869 3 0.2848 0.7607 0.000 0.004 0.828 0.160 0.008 0.000
#> SRR934870 4 0.0405 0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934871 3 0.5082 0.4864 0.000 0.048 0.680 0.064 0.208 0.000
#> SRR934872 6 0.0865 0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934873 3 0.3151 0.7532 0.004 0.004 0.840 0.112 0.040 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0405 0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934877 4 0.3290 0.6577 0.208 0.000 0.000 0.776 0.016 0.000
#> SRR934878 3 0.2346 0.7785 0.000 0.008 0.868 0.124 0.000 0.000
#> SRR934879 3 0.2531 0.7767 0.000 0.000 0.856 0.132 0.012 0.000
#> SRR934880 4 0.0725 0.8608 0.000 0.000 0.012 0.976 0.012 0.000
#> SRR934881 3 0.4040 0.2027 0.000 0.280 0.688 0.000 0.032 0.000
#> SRR934882 3 0.3740 0.5566 0.000 0.100 0.808 0.020 0.072 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.5005 0.4728 0.000 0.612 0.088 0.004 0.296 0.000
#> SRR934885 2 0.5047 0.4183 0.000 0.584 0.080 0.004 0.332 0.000
#> SRR934886 3 0.2976 0.7442 0.000 0.028 0.860 0.088 0.024 0.000
#> SRR934887 3 0.2600 0.7773 0.000 0.008 0.860 0.124 0.008 0.000
#> SRR934888 2 0.4095 0.6444 0.000 0.748 0.100 0.000 0.152 0.000
#> SRR934889 2 0.4773 0.5100 0.000 0.632 0.068 0.004 0.296 0.000
#> SRR934890 3 0.2531 0.7767 0.000 0.000 0.856 0.132 0.012 0.000
#> SRR934891 4 0.1265 0.8450 0.000 0.000 0.008 0.948 0.044 0.000
#> SRR934892 3 0.2631 0.7776 0.000 0.004 0.856 0.128 0.012 0.000
#> SRR934893 3 0.3219 0.6990 0.000 0.056 0.852 0.060 0.032 0.000
#> SRR934894 2 0.2609 0.6544 0.000 0.868 0.036 0.000 0.000 0.096
#> SRR934895 3 0.4033 0.7363 0.000 0.012 0.776 0.124 0.088 0.000
#> SRR934896 1 0.2537 0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934897 2 0.0363 0.7924 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934898 6 0.2060 0.7964 0.000 0.000 0.016 0.000 0.084 0.900
#> SRR934899 3 0.3931 0.6627 0.000 0.080 0.804 0.044 0.072 0.000
#> SRR934900 3 0.2631 0.7783 0.000 0.004 0.856 0.128 0.012 0.000
#> SRR934901 2 0.3368 0.6442 0.000 0.756 0.012 0.000 0.232 0.000
#> SRR934902 3 0.2918 0.7413 0.000 0.032 0.864 0.084 0.020 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 6 0.4199 0.7727 0.000 0.000 0.016 0.000 0.416 0.568
#> SRR934906 4 0.1867 0.8192 0.000 0.000 0.064 0.916 0.020 0.000
#> SRR934907 3 0.3829 0.7473 0.000 0.012 0.792 0.124 0.072 0.000
#> SRR934908 2 0.4014 0.5907 0.000 0.696 0.024 0.004 0.276 0.000
#> SRR934909 2 0.5890 -0.1830 0.000 0.448 0.340 0.000 0.212 0.000
#> SRR934910 6 0.0405 0.7892 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR934911 6 0.0865 0.7870 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934912 2 0.5775 -0.0340 0.000 0.480 0.328 0.000 0.192 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.1219 0.8364 0.048 0.000 0.000 0.948 0.004 0.000
#> SRR934915 3 0.2968 0.7735 0.000 0.004 0.840 0.128 0.028 0.000
#> SRR934916 1 0.1594 0.8837 0.932 0.000 0.000 0.016 0.052 0.000
#> SRR934917 6 0.0146 0.7887 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR934918 6 0.0458 0.7900 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934919 3 0.6156 -0.5150 0.004 0.104 0.444 0.036 0.412 0.000
#> SRR934920 1 0.2537 0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.4010 0.7250 0.000 0.004 0.764 0.148 0.084 0.000
#> SRR934924 1 0.3222 0.8642 0.824 0.000 0.024 0.012 0.140 0.000
#> SRR934923 1 0.1245 0.8941 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032 0.000
#> SRR934925 3 0.4480 0.6874 0.000 0.048 0.760 0.084 0.108 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.2687 0.6905 0.000 0.072 0.876 0.044 0.008 0.000
#> SRR934928 4 0.0725 0.8608 0.000 0.000 0.012 0.976 0.012 0.000
#> SRR934929 4 0.4204 0.5107 0.000 0.000 0.252 0.696 0.052 0.000
#> SRR934930 3 0.2488 0.7788 0.000 0.008 0.864 0.124 0.004 0.000
#> SRR934931 3 0.5650 0.3373 0.000 0.004 0.508 0.344 0.144 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.3727 0.4454 0.000 0.128 0.784 0.000 0.088 0.000
#> SRR934936 3 0.3238 0.7708 0.000 0.012 0.832 0.120 0.036 0.000
#> SRR934933 1 0.1245 0.8941 0.952 0.000 0.000 0.016 0.032 0.000
#> SRR934937 3 0.2631 0.7783 0.000 0.004 0.856 0.128 0.012 0.000
#> SRR934938 3 0.2473 0.7672 0.000 0.012 0.876 0.104 0.008 0.000
#> SRR934939 4 0.2019 0.7982 0.000 0.000 0.088 0.900 0.012 0.000
#> SRR934940 3 0.4564 0.6831 0.000 0.008 0.720 0.136 0.136 0.000
#> SRR934941 3 0.5012 0.4183 0.000 0.000 0.576 0.336 0.088 0.000
#> SRR934942 3 0.4673 0.6709 0.000 0.008 0.708 0.136 0.148 0.000
#> SRR934943 2 0.5005 0.4728 0.000 0.612 0.088 0.004 0.296 0.000
#> SRR934944 1 0.4099 0.3562 0.612 0.000 0.000 0.372 0.016 0.000
#> SRR934945 1 0.3265 0.8603 0.824 0.004 0.024 0.008 0.140 0.000
#> SRR934946 3 0.5694 0.3406 0.000 0.004 0.512 0.328 0.156 0.000
#> SRR934947 1 0.0603 0.9045 0.980 0.000 0.000 0.016 0.004 0.000
#> SRR934948 6 0.3230 0.7948 0.000 0.000 0.012 0.000 0.212 0.776
#> SRR934949 2 0.4893 0.4962 0.000 0.660 0.168 0.000 0.172 0.000
#> SRR934950 4 0.3206 0.7337 0.000 0.000 0.104 0.828 0.068 0.000
#> SRR934951 4 0.1152 0.8398 0.044 0.000 0.000 0.952 0.004 0.000
#> SRR934953 1 0.4926 0.5607 0.688 0.000 0.192 0.020 0.100 0.000
#> SRR934952 2 0.0146 0.7946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934954 6 0.0405 0.7879 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR934955 1 0.2537 0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934956 3 0.2673 0.7763 0.004 0.004 0.856 0.128 0.008 0.000
#> SRR934957 3 0.4795 0.3616 0.000 0.000 0.544 0.400 0.056 0.000
#> SRR934958 2 0.0146 0.7946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934959 6 0.3955 0.7711 0.000 0.000 0.004 0.000 0.436 0.560
#> SRR934960 4 0.0508 0.8597 0.012 0.000 0.004 0.984 0.000 0.000
#> SRR934961 2 0.3877 0.6650 0.000 0.764 0.076 0.000 0.160 0.000
#> SRR934962 2 0.0632 0.7863 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934963 3 0.4800 0.1488 0.372 0.000 0.580 0.016 0.032 0.000
#> SRR934964 3 0.2531 0.7784 0.000 0.004 0.860 0.128 0.008 0.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.7951 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 6 0.0405 0.7879 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR934967 3 0.2804 0.7717 0.000 0.004 0.852 0.120 0.024 0.000
#> SRR934968 6 0.2664 0.7974 0.000 0.000 0.016 0.000 0.136 0.848
#> SRR934969 4 0.0405 0.8633 0.004 0.000 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR934970 6 0.3843 0.7669 0.000 0.000 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR934971 6 0.1168 0.7929 0.000 0.000 0.016 0.000 0.028 0.956
#> SRR934972 6 0.4199 0.7727 0.000 0.000 0.016 0.000 0.416 0.568
#> SRR934973 6 0.1657 0.7952 0.000 0.000 0.016 0.000 0.056 0.928
#> SRR934974 6 0.3992 0.7819 0.000 0.000 0.012 0.000 0.364 0.624
#> SRR934975 3 0.5140 0.3251 0.000 0.000 0.520 0.392 0.088 0.000
#> SRR934976 6 0.0405 0.7879 0.004 0.000 0.008 0.000 0.000 0.988
#> SRR934977 1 0.0363 0.9069 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR934978 6 0.0914 0.7920 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016 0.968
#> SRR934979 6 0.0790 0.7873 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR934980 1 0.2432 0.8916 0.888 0.000 0.024 0.008 0.080 0.000
#> SRR934981 3 0.2278 0.7788 0.000 0.004 0.868 0.128 0.000 0.000
#> SRR934982 6 0.3833 0.7702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR934983 6 0.3833 0.7702 0.000 0.000 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR934984 6 0.0291 0.7890 0.004 0.000 0.004 0.000 0.000 0.992
#> SRR934985 4 0.1196 0.8461 0.000 0.000 0.008 0.952 0.040 0.000
#> SRR934986 1 0.0458 0.9061 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934987 3 0.4811 0.6552 0.000 0.048 0.728 0.088 0.136 0.000
#> SRR934988 3 0.2402 0.7740 0.000 0.000 0.856 0.140 0.004 0.000
#> SRR934989 1 0.2537 0.8897 0.880 0.000 0.024 0.008 0.088 0.000
#> SRR934990 3 0.2631 0.7783 0.000 0.004 0.856 0.128 0.012 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 6.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.949 0.970 0.4910 0.509 0.509
#> 3 3 0.964 0.948 0.979 0.3139 0.696 0.480
#> 4 4 1.000 0.962 0.984 0.1506 0.816 0.540
#> 5 5 0.988 0.963 0.983 0.0788 0.912 0.678
#> 6 6 0.932 0.861 0.922 0.0305 0.961 0.810
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 6
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4 5
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 5 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934718 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934719 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934721 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934722 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934723 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934724 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934728 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934730 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934731 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934733 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934734 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934735 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934736 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934737 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934738 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934740 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934742 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934743 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934744 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934745 1 0.2603 0.95610 0.956 0.044
#> SRR934746 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934747 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934748 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934750 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934749 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934752 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934754 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934755 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934756 1 0.2043 0.96102 0.968 0.032
#> SRR934757 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934759 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934760 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934761 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934766 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934767 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934768 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934769 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934772 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934771 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934773 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934774 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934775 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934779 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934780 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934783 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934787 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934788 1 0.2778 0.95439 0.952 0.048
#> SRR934789 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934790 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934793 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934797 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934798 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934799 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934803 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934804 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934805 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934807 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934809 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934810 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934811 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934808 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934813 2 0.8327 0.69805 0.264 0.736
#> SRR934814 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934815 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934816 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934817 1 0.0376 0.97012 0.996 0.004
#> SRR934818 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.2043 0.96102 0.968 0.032
#> SRR934820 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934821 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934822 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934823 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934825 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934826 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934828 1 0.9983 0.00673 0.524 0.476
#> SRR934829 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934830 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934831 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934832 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934833 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934834 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934835 2 0.3431 0.95408 0.064 0.936
#> SRR934836 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934837 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934838 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934840 2 0.3584 0.95115 0.068 0.932
#> SRR934841 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934842 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934843 1 0.2043 0.96102 0.968 0.032
#> SRR934844 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934845 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934846 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934847 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934850 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934851 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934853 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0376 0.96291 0.004 0.996
#> SRR934854 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934856 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934858 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934859 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934861 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934862 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934863 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934865 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934866 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934867 1 0.9460 0.38171 0.636 0.364
#> SRR934868 2 0.4298 0.93427 0.088 0.912
#> SRR934869 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934870 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934871 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934873 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934874 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934875 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934876 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.2043 0.96102 0.968 0.032
#> SRR934878 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934879 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934880 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934881 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934882 2 0.4690 0.92255 0.100 0.900
#> SRR934883 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934884 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934885 2 0.3274 0.95689 0.060 0.940
#> SRR934886 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934887 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934888 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934889 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934890 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934891 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934892 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934893 2 0.9993 0.14370 0.484 0.516
#> SRR934894 2 0.1414 0.96271 0.020 0.980
#> SRR934895 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934896 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934897 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934898 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934899 1 0.7745 0.68665 0.772 0.228
#> SRR934900 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934901 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934902 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934903 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934905 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934906 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934907 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934908 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934909 2 0.4022 0.94140 0.080 0.920
#> SRR934910 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934913 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934914 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934915 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934916 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934917 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934919 1 0.7299 0.72738 0.796 0.204
#> SRR934920 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934921 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934922 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934924 1 0.3274 0.94820 0.940 0.060
#> SRR934923 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934925 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934926 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934927 1 0.0938 0.96475 0.988 0.012
#> SRR934928 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934930 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934931 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934932 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934934 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934935 2 0.9710 0.40277 0.400 0.600
#> SRR934936 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934933 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934937 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934938 1 0.1184 0.96185 0.984 0.016
#> SRR934939 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934940 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934941 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934942 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934943 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934944 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934945 1 0.7950 0.73143 0.760 0.240
#> SRR934946 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934947 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934948 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934950 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934952 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934954 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934956 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934957 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934958 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934959 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934962 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934963 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934964 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934965 2 0.2948 0.96160 0.052 0.948
#> SRR934966 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934968 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934970 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934971 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934972 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934973 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934974 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934975 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934978 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934981 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934982 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934983 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.96288 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934987 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934988 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.2948 0.95260 0.948 0.052
#> SRR934990 1 0.0000 0.97258 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934718 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934719 1 0.6045 0.419 0.620 0.380 0
#> SRR934720 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934721 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934722 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934723 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934724 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934725 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934726 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934727 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934728 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934729 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934730 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934731 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934732 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934733 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934734 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934735 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934736 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934737 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934738 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934740 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934739 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934741 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934742 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934743 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934744 2 0.1529 0.936 0.040 0.960 0
#> SRR934745 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934746 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934747 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934748 1 0.5216 0.666 0.740 0.260 0
#> SRR934750 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934749 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934751 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934752 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934753 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934754 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934755 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934756 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934757 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934758 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934759 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934760 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934761 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934762 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934763 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934764 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934765 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934766 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934767 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934768 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934769 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934770 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934772 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934771 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934773 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934774 1 0.5591 0.586 0.696 0.304 0
#> SRR934775 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934776 1 0.3879 0.818 0.848 0.152 0
#> SRR934777 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934778 1 0.4654 0.745 0.792 0.208 0
#> SRR934779 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934780 1 0.6095 0.376 0.608 0.392 0
#> SRR934781 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934782 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934783 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934786 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934788 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934789 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934790 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934791 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934792 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934793 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934794 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934795 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934796 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934797 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934798 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934799 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934800 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934801 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934802 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934803 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934804 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934805 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934806 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934807 2 0.6045 0.367 0.380 0.620 0
#> SRR934809 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934810 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934811 2 0.2448 0.899 0.076 0.924 0
#> SRR934808 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934812 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934813 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934814 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934815 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934816 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934817 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934818 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934819 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934820 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934821 2 0.0747 0.959 0.016 0.984 0
#> SRR934822 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934823 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934825 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934826 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934827 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934828 2 0.1964 0.920 0.056 0.944 0
#> SRR934829 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934830 2 0.4504 0.748 0.196 0.804 0
#> SRR934831 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934832 2 0.2448 0.899 0.076 0.924 0
#> SRR934833 1 0.1289 0.938 0.968 0.032 0
#> SRR934834 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934835 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934836 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934837 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934838 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934839 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934840 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934841 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934842 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934843 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934844 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934845 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934846 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934847 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934848 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934849 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934850 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934851 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934853 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934852 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934854 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934856 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934858 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934859 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934860 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934861 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934862 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934863 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934864 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934865 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934866 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934867 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934868 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934869 2 0.4121 0.788 0.168 0.832 0
#> SRR934870 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934871 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934872 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934873 2 0.4555 0.747 0.200 0.800 0
#> SRR934874 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934875 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934876 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934877 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934878 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934879 2 0.6204 0.234 0.424 0.576 0
#> SRR934880 1 0.2066 0.912 0.940 0.060 0
#> SRR934881 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934882 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934883 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934884 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934885 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934886 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934887 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934888 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934889 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934890 2 0.6192 0.247 0.420 0.580 0
#> SRR934891 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934892 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934893 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934894 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934895 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934896 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934897 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934898 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934899 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934900 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934901 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934902 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934903 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934905 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934906 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934907 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934908 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934909 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934910 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934911 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934912 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934913 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934914 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934915 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934916 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934917 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934918 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934919 2 0.3879 0.811 0.152 0.848 0
#> SRR934920 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934921 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934922 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934924 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934923 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934925 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934926 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934927 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934928 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934929 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934930 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934931 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934932 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934934 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934935 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934936 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934933 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934937 2 0.1529 0.936 0.040 0.960 0
#> SRR934938 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934939 1 0.4750 0.733 0.784 0.216 0
#> SRR934940 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934941 1 0.5948 0.465 0.640 0.360 0
#> SRR934942 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934943 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934944 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934945 1 0.3038 0.864 0.896 0.104 0
#> SRR934946 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934947 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934948 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934949 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934950 1 0.2165 0.908 0.936 0.064 0
#> SRR934951 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934953 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934952 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934954 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934955 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934956 2 0.4555 0.747 0.200 0.800 0
#> SRR934957 1 0.4887 0.716 0.772 0.228 0
#> SRR934958 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934959 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934960 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934961 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934962 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934963 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934964 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934965 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934966 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934967 2 0.0237 0.969 0.004 0.996 0
#> SRR934968 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934969 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934970 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934971 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934972 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934973 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934974 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934975 1 0.5650 0.569 0.688 0.312 0
#> SRR934976 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934977 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934978 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934979 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934980 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934981 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934982 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934983 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934984 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1
#> SRR934985 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934986 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934987 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
#> SRR934988 1 0.4291 0.783 0.820 0.180 0
#> SRR934989 1 0.0000 0.966 1.000 0.000 0
#> SRR934990 2 0.0000 0.973 0.000 1.000 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934722 2 0.0707 0.960 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934723 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934724 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934725 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934726 4 0.4072 0.667 0.252 0.000 0.000 0.748
#> SRR934727 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934734 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934740 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934739 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934742 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934751 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934755 2 0.3219 0.801 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR934756 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934757 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934762 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934763 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934764 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934765 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934767 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775 4 0.4977 0.188 0.460 0.000 0.000 0.540
#> SRR934776 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934778 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934780 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934784 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934789 4 0.4776 0.424 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR934790 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934792 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934794 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934796 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.4761 0.434 0.372 0.000 0.000 0.628
#> SRR934800 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934805 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934806 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934807 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934810 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934811 4 0.3610 0.742 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR934808 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934812 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934814 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934815 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934818 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934819 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934820 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934821 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826 4 0.2081 0.889 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR934827 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828 2 0.0188 0.973 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934829 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 4 0.1867 0.898 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR934833 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934848 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934849 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934854 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934856 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934871 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934872 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 2 0.6482 0.549 0.208 0.640 0.000 0.152
#> SRR934874 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934877 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934886 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934887 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934890 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893 2 0.1118 0.944 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934894 2 0.0469 0.967 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934895 2 0.1637 0.922 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR934896 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934900 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934902 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934906 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934907 2 0.1022 0.949 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934908 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934910 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.4382 0.593 0.296 0.000 0.000 0.704
#> SRR934915 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919 2 0.3444 0.768 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR934920 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.1211 0.942 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR934926 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934928 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934930 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934936 2 0.3219 0.802 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR934933 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938 2 0.3801 0.720 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR934939 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940 4 0.4040 0.665 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR934941 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942 4 0.3610 0.742 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR934943 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934944 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934945 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934946 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934953 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 2 0.7557 0.281 0.232 0.484 0.000 0.284
#> SRR934957 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934960 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.976 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 4 0.0188 0.965 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934968 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934970 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934971 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934972 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934973 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934975 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934983 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934984 3 0.0000 1.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934986 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0469 0.967 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934988 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 1.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 4 0.0000 0.968 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934718 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934719 3 0.4235 0.211 0.000 0.000 0.576 0.424 0
#> SRR934720 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934721 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934722 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934723 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934724 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934725 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934726 4 0.3074 0.763 0.196 0.000 0.000 0.804 0
#> SRR934727 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934728 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934729 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934730 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934731 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934732 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934733 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934734 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934735 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934736 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934737 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934738 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934740 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934739 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934741 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934742 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934743 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934744 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934745 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934746 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934747 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934748 3 0.0609 0.941 0.000 0.000 0.980 0.020 0
#> SRR934750 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934749 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934751 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934752 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934753 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934754 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934755 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934756 1 0.1792 0.908 0.916 0.000 0.000 0.084 0
#> SRR934757 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934758 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934759 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934760 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934761 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934762 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934763 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934764 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934765 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934766 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934767 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934768 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934769 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934770 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934772 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934771 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934773 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934774 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934775 4 0.3274 0.728 0.220 0.000 0.000 0.780 0
#> SRR934776 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934777 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934778 4 0.0162 0.965 0.000 0.000 0.004 0.996 0
#> SRR934779 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934780 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934781 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934782 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934783 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934784 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934785 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934786 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934787 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934788 1 0.1965 0.893 0.904 0.000 0.000 0.096 0
#> SRR934789 4 0.1965 0.883 0.096 0.000 0.000 0.904 0
#> SRR934790 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934791 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934792 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934793 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934794 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934795 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934796 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934797 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934798 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934799 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934800 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934801 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934802 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934803 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934804 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934805 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934806 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934807 4 0.1043 0.940 0.000 0.000 0.040 0.960 0
#> SRR934809 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934810 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934811 4 0.2864 0.843 0.000 0.112 0.024 0.864 0
#> SRR934808 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934812 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934813 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934814 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934815 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934816 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934817 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934818 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934819 1 0.1908 0.898 0.908 0.000 0.000 0.092 0
#> SRR934820 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934821 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934822 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934823 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934825 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934826 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934827 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934828 2 0.0162 0.986 0.000 0.996 0.000 0.004 0
#> SRR934829 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934830 4 0.0880 0.946 0.000 0.000 0.032 0.968 0
#> SRR934831 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934832 4 0.0880 0.946 0.000 0.000 0.032 0.968 0
#> SRR934833 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934834 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934835 2 0.2020 0.880 0.000 0.900 0.100 0.000 0
#> SRR934836 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934837 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934838 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934839 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934840 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934841 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934842 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934843 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934844 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934845 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934846 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934847 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934848 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934849 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934850 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934851 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934853 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934852 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934854 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934856 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934858 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934859 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934860 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934861 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934862 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934863 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934864 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934865 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934866 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934867 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934868 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934869 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934870 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934871 2 0.3816 0.550 0.000 0.696 0.304 0.000 0
#> SRR934872 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934873 3 0.3109 0.736 0.200 0.000 0.800 0.000 0
#> SRR934874 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934875 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934876 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934877 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934878 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934879 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934880 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934881 3 0.3452 0.688 0.000 0.244 0.756 0.000 0
#> SRR934882 3 0.1608 0.899 0.000 0.072 0.928 0.000 0
#> SRR934883 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934884 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934885 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934886 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934887 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934888 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934889 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934890 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934891 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934892 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934893 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934894 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934895 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934896 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934897 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934898 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934899 3 0.3452 0.689 0.000 0.244 0.756 0.000 0
#> SRR934900 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934901 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934902 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934903 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934905 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934906 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934907 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934908 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934909 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934910 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934911 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934912 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934913 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934914 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934915 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934916 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934917 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934918 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934919 2 0.2648 0.814 0.152 0.848 0.000 0.000 0
#> SRR934920 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934921 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934922 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934924 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934923 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934925 3 0.0510 0.945 0.000 0.016 0.984 0.000 0
#> SRR934926 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934927 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934928 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934929 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934930 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934931 4 0.3561 0.677 0.000 0.000 0.260 0.740 0
#> SRR934932 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934934 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934935 3 0.3109 0.752 0.000 0.200 0.800 0.000 0
#> SRR934936 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934933 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934937 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934938 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934939 4 0.2471 0.847 0.000 0.000 0.136 0.864 0
#> SRR934940 3 0.1341 0.914 0.000 0.056 0.944 0.000 0
#> SRR934941 4 0.3913 0.561 0.000 0.000 0.324 0.676 0
#> SRR934942 3 0.0290 0.950 0.000 0.008 0.992 0.000 0
#> SRR934943 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934944 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934945 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934946 4 0.2516 0.843 0.000 0.000 0.140 0.860 0
#> SRR934947 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934948 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934949 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934950 4 0.0404 0.960 0.000 0.000 0.012 0.988 0
#> SRR934951 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934953 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934952 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934954 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934955 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934956 3 0.2424 0.827 0.132 0.000 0.868 0.000 0
#> SRR934957 4 0.0880 0.946 0.000 0.000 0.032 0.968 0
#> SRR934958 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934959 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934960 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934961 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934962 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934963 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934964 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934965 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0
#> SRR934966 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934967 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934968 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934969 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934970 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934971 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934972 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934973 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934974 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934975 4 0.3366 0.723 0.000 0.000 0.232 0.768 0
#> SRR934976 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934977 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934978 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934979 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934980 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934981 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934982 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934983 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934984 5 0.0000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1
#> SRR934985 4 0.0000 0.967 0.000 0.000 0.000 1.000 0
#> SRR934986 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934987 3 0.3508 0.670 0.000 0.252 0.748 0.000 0
#> SRR934988 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
#> SRR934989 1 0.0000 0.994 1.000 0.000 0.000 0.000 0
#> SRR934990 3 0.0000 0.955 0.000 0.000 1.000 0.000 0
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.3175 0.4626 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934722 5 0.3578 0.6521 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR934723 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934724 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934725 4 0.0547 0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934726 4 0.2793 0.7134 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934729 2 0.1714 0.8420 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934733 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0458 0.8889 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934738 4 0.0547 0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934740 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934739 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934741 2 0.1714 0.8420 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR934742 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934745 1 0.2219 0.8433 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR934746 2 0.3244 0.7787 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.0937 0.8063 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.0547 0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934755 3 0.3198 0.6023 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR934756 4 0.3756 0.3854 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR934757 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934762 4 0.0547 0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934763 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934764 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934767 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934770 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 6 0.0790 0.9811 0.000 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR934771 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934775 4 0.2854 0.7026 0.208 0.000 0.000 0.792 0.000 0.000
#> SRR934776 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934777 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934778 5 0.3853 0.5405 0.000 0.000 0.016 0.304 0.680 0.000
#> SRR934779 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934780 3 0.3868 -0.3887 0.000 0.000 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR934781 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934782 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934784 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934785 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934786 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934788 4 0.3727 0.4122 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000 0.000
#> SRR934789 4 0.1141 0.8945 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR934790 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791 4 0.0260 0.9400 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934792 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934793 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934794 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934795 4 0.0547 0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934800 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934801 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934802 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0146 0.8914 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934805 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0260 0.9881 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR934807 5 0.4716 0.6414 0.000 0.000 0.136 0.184 0.680 0.000
#> SRR934809 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934810 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934811 5 0.4591 0.6211 0.000 0.004 0.084 0.224 0.688 0.000
#> SRR934808 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814 4 0.0547 0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934815 5 0.3866 -0.4652 0.000 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.3383 0.5899 0.000 0.004 0.728 0.000 0.268 0.000
#> SRR934818 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819 4 0.3774 0.3622 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000 0.000
#> SRR934820 4 0.0547 0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934821 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0146 0.8916 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934826 4 0.0547 0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934827 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828 5 0.3515 -0.0276 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.4549 0.6178 0.000 0.000 0.088 0.232 0.680 0.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.4587 0.6328 0.000 0.000 0.108 0.204 0.688 0.000
#> SRR934833 5 0.3547 0.4904 0.000 0.000 0.000 0.332 0.668 0.000
#> SRR934834 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934835 2 0.3865 0.7689 0.000 0.720 0.032 0.000 0.248 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934839 2 0.3244 0.7787 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR934840 2 0.3383 0.7767 0.000 0.728 0.004 0.000 0.268 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.3383 0.7767 0.000 0.728 0.004 0.000 0.268 0.000
#> SRR934847 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934848 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934853 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854 4 0.0547 0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934856 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934860 2 0.3244 0.7787 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR934861 2 0.3383 0.7767 0.000 0.728 0.004 0.000 0.268 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.0547 0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.2668 0.8277 0.000 0.828 0.004 0.000 0.168 0.000
#> SRR934868 2 0.3383 0.7767 0.000 0.728 0.004 0.000 0.268 0.000
#> SRR934869 3 0.2499 0.7282 0.000 0.000 0.880 0.048 0.072 0.000
#> SRR934870 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934871 5 0.3612 0.6258 0.000 0.036 0.200 0.000 0.764 0.000
#> SRR934872 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934873 3 0.4410 0.5621 0.164 0.000 0.716 0.000 0.120 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0260 0.9875 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934879 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934880 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934881 3 0.3847 0.2375 0.000 0.456 0.544 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882 3 0.4487 0.5209 0.000 0.068 0.668 0.000 0.264 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.3620 0.7125 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR934885 2 0.3620 0.7125 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR934886 3 0.1663 0.7762 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934888 2 0.3076 0.7945 0.000 0.760 0.000 0.000 0.240 0.000
#> SRR934889 2 0.3620 0.7125 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR934890 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934891 4 0.0547 0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934892 3 0.1141 0.7945 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR934893 3 0.1858 0.7787 0.000 0.012 0.912 0.000 0.076 0.000
#> SRR934894 2 0.1007 0.8619 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR934895 5 0.3672 0.6241 0.000 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899 5 0.5045 0.4315 0.000 0.364 0.084 0.000 0.552 0.000
#> SRR934900 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934901 2 0.1610 0.8426 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934906 4 0.0632 0.9336 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934907 5 0.3774 0.5661 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR934908 2 0.1610 0.8426 0.000 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR934909 2 0.3383 0.7767 0.000 0.728 0.004 0.000 0.268 0.000
#> SRR934910 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934911 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934912 2 0.3383 0.7767 0.000 0.728 0.004 0.000 0.268 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934915 3 0.1075 0.7978 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934918 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934919 2 0.4254 0.6897 0.020 0.624 0.004 0.000 0.352 0.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 5 0.3789 0.5512 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR934924 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 5 0.3578 0.6521 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934928 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934929 4 0.1387 0.8954 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR934930 3 0.1141 0.7945 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR934931 5 0.4029 0.6705 0.000 0.000 0.292 0.028 0.680 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.4067 0.5562 0.000 0.040 0.700 0.000 0.260 0.000
#> SRR934936 3 0.3862 -0.3329 0.000 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939 4 0.2562 0.7317 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000 0.000
#> SRR934940 5 0.3578 0.6521 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR934941 5 0.4047 0.5969 0.000 0.000 0.384 0.012 0.604 0.000
#> SRR934942 5 0.3578 0.6521 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660 0.000
#> SRR934943 2 0.3620 0.7125 0.000 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934945 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934946 5 0.4291 0.6721 0.000 0.000 0.268 0.052 0.680 0.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948 6 0.0713 0.9812 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934949 2 0.3383 0.7767 0.000 0.728 0.004 0.000 0.268 0.000
#> SRR934950 4 0.2971 0.7924 0.000 0.000 0.052 0.844 0.104 0.000
#> SRR934951 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934953 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934954 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934955 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.2362 0.6842 0.136 0.000 0.860 0.000 0.004 0.000
#> SRR934957 4 0.1644 0.8642 0.000 0.000 0.076 0.920 0.004 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934960 4 0.0547 0.9360 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934961 2 0.3244 0.7787 0.000 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.0260 0.8323 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.8932 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934967 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934968 6 0.0865 0.9809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR934969 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934970 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934971 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934972 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934973 6 0.0865 0.9809 0.000 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964
#> SRR934974 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975 5 0.4470 0.6207 0.000 0.000 0.356 0.040 0.604 0.000
#> SRR934976 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934977 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934979 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934980 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0146 0.8341 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934982 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934983 6 0.0000 0.9810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934984 6 0.1007 0.9803 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934985 4 0.0000 0.9423 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987 5 0.3789 0.6549 0.000 0.008 0.332 0.000 0.660 0.000
#> SRR934988 3 0.0291 0.8331 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9966 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.8367 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 4.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 0.999 0.3299 0.670 0.670
#> 3 3 0.732 0.883 0.934 0.8420 0.716 0.580
#> 4 4 0.906 0.891 0.953 0.2049 0.850 0.633
#> 5 5 0.796 0.809 0.875 0.0462 0.963 0.867
#> 6 6 0.857 0.844 0.905 0.0660 0.887 0.583
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 4
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934718 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934722 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934723 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934724 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934729 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934730 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934731 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934732 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934733 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934734 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934735 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934737 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934738 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934740 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934739 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934741 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934742 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934743 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934744 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934745 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934746 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934747 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934748 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934750 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934749 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934753 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934755 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934756 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934760 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934761 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934766 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934767 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934768 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934771 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934773 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934775 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934779 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934780 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934781 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934782 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934783 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934787 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934788 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934790 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934793 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934794 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934802 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934803 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934804 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934805 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934807 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934809 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934810 2 0.295 0.945 0.052 0.948
#> SRR934811 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934808 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934813 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934814 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934815 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934816 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934817 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934818 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934821 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934822 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934825 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934826 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934828 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934829 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934830 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934831 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934832 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934833 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934834 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934835 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934836 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934837 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934839 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934840 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934841 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934842 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934844 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934845 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934846 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934847 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934851 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934853 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934852 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934854 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934856 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934858 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934860 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934861 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934862 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934863 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934864 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934865 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934866 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934867 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934868 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934869 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934870 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934871 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934872 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934873 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934874 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934875 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934878 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934879 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934880 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934881 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934882 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934883 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934884 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934885 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934886 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934887 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934888 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934889 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934890 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934891 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934892 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934893 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934894 2 0.552 0.854 0.128 0.872
#> SRR934895 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934896 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934897 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934898 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934899 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934900 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934901 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934902 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934903 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934905 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934906 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934907 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934908 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934909 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934910 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934912 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934913 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934915 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934916 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934919 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934920 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934921 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934922 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934924 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934923 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934925 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934926 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934927 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934928 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934930 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934931 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934932 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934934 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934935 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934936 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934933 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934937 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934938 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934939 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934940 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934941 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934942 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934943 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934944 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934945 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934946 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934947 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934948 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934949 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934950 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934952 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934956 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934957 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934958 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934959 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934960 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934961 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934962 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934963 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934964 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934965 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934968 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934970 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934971 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934972 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934973 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934974 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934975 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934976 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934979 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934981 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934982 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934983 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934984 2 0.000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934987 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934988 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934990 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719 1 0.4654 0.820 0.792 0.208 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0424 0.895 0.992 0.008 0.000
#> SRR934722 2 0.0424 0.946 0.008 0.992 0.000
#> SRR934723 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934724 1 0.1289 0.893 0.968 0.032 0.000
#> SRR934725 1 0.1289 0.893 0.968 0.032 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0424 0.895 0.992 0.008 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934733 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734 3 0.0237 0.982 0.004 0.000 0.996
#> SRR934735 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934739 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744 1 0.4931 0.801 0.768 0.232 0.000
#> SRR934745 1 0.1753 0.890 0.952 0.048 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 1 0.4346 0.835 0.816 0.184 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752 1 0.1529 0.892 0.960 0.040 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.1411 0.893 0.964 0.036 0.000
#> SRR934755 1 0.4931 0.802 0.768 0.232 0.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757 1 0.1411 0.893 0.964 0.036 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.1411 0.893 0.964 0.036 0.000
#> SRR934763 1 0.1411 0.893 0.964 0.036 0.000
#> SRR934764 1 0.0892 0.894 0.980 0.020 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934766 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934767 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934771 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774 1 0.4654 0.820 0.792 0.208 0.000
#> SRR934775 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934776 1 0.4235 0.840 0.824 0.176 0.000
#> SRR934777 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934778 1 0.4178 0.843 0.828 0.172 0.000
#> SRR934779 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934780 1 0.4654 0.820 0.792 0.208 0.000
#> SRR934781 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783 1 0.1860 0.890 0.948 0.052 0.000
#> SRR934784 2 0.4555 0.684 0.000 0.800 0.200
#> SRR934785 2 0.5529 0.498 0.000 0.704 0.296
#> SRR934786 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934790 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934792 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934793 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934794 3 0.5733 0.522 0.000 0.324 0.676
#> SRR934795 1 0.1411 0.893 0.964 0.036 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934800 3 0.6111 0.355 0.000 0.396 0.604
#> SRR934801 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934805 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934807 1 0.5363 0.755 0.724 0.276 0.000
#> SRR934809 1 0.1411 0.893 0.964 0.036 0.000
#> SRR934810 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934811 1 0.5363 0.755 0.724 0.276 0.000
#> SRR934808 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934814 1 0.1753 0.891 0.952 0.048 0.000
#> SRR934815 1 0.5178 0.776 0.744 0.256 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934818 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934820 1 0.1411 0.893 0.964 0.036 0.000
#> SRR934821 1 0.4654 0.820 0.792 0.208 0.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934828 1 0.5138 0.779 0.748 0.252 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830 1 0.5327 0.759 0.728 0.272 0.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832 1 0.5497 0.734 0.708 0.292 0.000
#> SRR934833 1 0.4002 0.850 0.840 0.160 0.000
#> SRR934834 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847 1 0.1860 0.890 0.948 0.052 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851 1 0.4796 0.811 0.780 0.220 0.000
#> SRR934853 1 0.3116 0.872 0.892 0.108 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934854 1 0.3116 0.872 0.892 0.108 0.000
#> SRR934856 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863 1 0.3340 0.867 0.880 0.120 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 1 0.3412 0.866 0.876 0.124 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869 1 0.4931 0.801 0.768 0.232 0.000
#> SRR934870 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934871 1 0.5650 0.705 0.688 0.312 0.000
#> SRR934872 2 0.6267 0.105 0.000 0.548 0.452
#> SRR934873 1 0.1964 0.887 0.944 0.056 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.1163 0.894 0.972 0.028 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878 1 0.5591 0.717 0.696 0.304 0.000
#> SRR934879 1 0.4750 0.814 0.784 0.216 0.000
#> SRR934880 1 0.3619 0.860 0.864 0.136 0.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934882 2 0.6168 0.105 0.412 0.588 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885 2 0.4702 0.701 0.212 0.788 0.000
#> SRR934886 1 0.4887 0.805 0.772 0.228 0.000
#> SRR934887 1 0.5291 0.765 0.732 0.268 0.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889 2 0.1031 0.928 0.024 0.976 0.000
#> SRR934890 1 0.4931 0.801 0.768 0.232 0.000
#> SRR934891 1 0.4062 0.846 0.836 0.164 0.000
#> SRR934892 1 0.4887 0.805 0.772 0.228 0.000
#> SRR934893 1 0.6111 0.546 0.604 0.396 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 2 0.0237 0.951 0.004 0.996 0.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899 2 0.3816 0.779 0.148 0.852 0.000
#> SRR934900 1 0.4974 0.798 0.764 0.236 0.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902 1 0.5058 0.790 0.756 0.244 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934906 1 0.3752 0.858 0.856 0.144 0.000
#> SRR934907 2 0.4291 0.723 0.180 0.820 0.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934910 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934911 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934915 1 0.5254 0.769 0.736 0.264 0.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934919 1 0.2356 0.885 0.928 0.072 0.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 1 0.5327 0.760 0.728 0.272 0.000
#> SRR934924 1 0.0237 0.894 0.996 0.004 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.6274 -0.109 0.456 0.544 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 2 0.0237 0.951 0.004 0.996 0.000
#> SRR934928 1 0.2796 0.878 0.908 0.092 0.000
#> SRR934929 1 0.2356 0.885 0.928 0.072 0.000
#> SRR934930 1 0.5591 0.717 0.696 0.304 0.000
#> SRR934931 1 0.5397 0.750 0.720 0.280 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934936 1 0.6140 0.533 0.596 0.404 0.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934937 1 0.4931 0.801 0.768 0.232 0.000
#> SRR934938 1 0.5621 0.711 0.692 0.308 0.000
#> SRR934939 1 0.4796 0.811 0.780 0.220 0.000
#> SRR934940 1 0.5058 0.790 0.756 0.244 0.000
#> SRR934941 1 0.4931 0.801 0.768 0.232 0.000
#> SRR934942 1 0.6309 0.258 0.500 0.500 0.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934945 1 0.4555 0.726 0.800 0.200 0.000
#> SRR934946 1 0.5497 0.734 0.708 0.292 0.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950 1 0.4504 0.828 0.804 0.196 0.000
#> SRR934951 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934953 1 0.1031 0.894 0.976 0.024 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956 1 0.4702 0.818 0.788 0.212 0.000
#> SRR934957 1 0.4750 0.815 0.784 0.216 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963 1 0.1860 0.887 0.948 0.052 0.000
#> SRR934964 1 0.5397 0.750 0.720 0.280 0.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.955 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.5254 0.769 0.736 0.264 0.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934970 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934971 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934973 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975 1 0.4796 0.812 0.780 0.220 0.000
#> SRR934976 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981 1 0.4931 0.801 0.768 0.232 0.000
#> SRR934982 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934983 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934984 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.2796 0.878 0.908 0.092 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.3816 0.776 0.148 0.852 0.000
#> SRR934988 1 0.4702 0.817 0.788 0.212 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990 1 0.4931 0.801 0.768 0.232 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 4 0.1174 0.9247 0.012 0.020 0.000 0.968
#> SRR934720 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934722 2 0.3172 0.8054 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR934723 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934724 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934725 4 0.1389 0.9054 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR934726 4 0.0592 0.9256 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934727 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934729 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934734 3 0.2704 0.8410 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738 4 0.1389 0.9054 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR934740 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934739 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934742 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934745 1 0.3400 0.7525 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR934746 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.0000 0.9247 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934751 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934753 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934755 4 0.5085 0.5589 0.020 0.304 0.000 0.676
#> SRR934756 1 0.4998 0.0502 0.512 0.000 0.000 0.488
#> SRR934757 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934758 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934762 4 0.0707 0.9236 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934763 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934764 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934765 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934767 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 4 0.0927 0.9223 0.016 0.008 0.000 0.976
#> SRR934775 4 0.2408 0.8539 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR934776 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934777 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934778 4 0.0657 0.9268 0.012 0.004 0.000 0.984
#> SRR934779 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934780 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934781 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934784 2 0.2530 0.8435 0.000 0.888 0.112 0.000
#> SRR934785 2 0.3528 0.7372 0.000 0.808 0.192 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.4961 0.1812 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR934789 4 0.0921 0.9216 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934790 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791 4 0.0592 0.9253 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934792 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793 3 0.0336 0.9707 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR934794 3 0.4817 0.3536 0.000 0.388 0.612 0.000
#> SRR934795 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934796 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.2760 0.8249 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR934800 3 0.4992 0.0779 0.000 0.476 0.524 0.000
#> SRR934801 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0469 0.9521 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934803 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0469 0.9521 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934805 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934806 1 0.4994 0.0406 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934807 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934809 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934810 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934811 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934808 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934812 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0592 0.9496 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934814 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934815 4 0.4770 0.6319 0.012 0.288 0.000 0.700
#> SRR934816 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.1118 0.9291 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934818 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934819 4 0.4888 0.2979 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR934820 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934821 4 0.1624 0.9139 0.020 0.028 0.000 0.952
#> SRR934822 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934825 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826 4 0.4406 0.5617 0.300 0.000 0.000 0.700
#> SRR934827 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828 4 0.7327 0.2889 0.320 0.176 0.000 0.504
#> SRR934829 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 4 0.0336 0.9249 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934831 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934833 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934834 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.2868 0.8159 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR934839 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934848 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934849 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 4 0.1510 0.9157 0.016 0.028 0.000 0.956
#> SRR934853 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934852 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934854 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934856 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934864 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934866 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0188 0.9560 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934869 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934870 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934871 4 0.3569 0.7598 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR934872 2 0.4746 0.3991 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR934873 4 0.5519 0.5733 0.264 0.052 0.000 0.684
#> SRR934874 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934877 1 0.4916 0.2575 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR934878 4 0.2921 0.8230 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR934879 4 0.0707 0.9229 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934880 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934881 2 0.0469 0.9521 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934882 2 0.2999 0.8331 0.004 0.864 0.000 0.132
#> SRR934883 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0336 0.9534 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934885 2 0.0469 0.9505 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934886 4 0.2174 0.8972 0.020 0.052 0.000 0.928
#> SRR934887 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934888 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934890 4 0.0707 0.9228 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934891 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934892 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934893 2 0.5313 0.3654 0.016 0.608 0.000 0.376
#> SRR934894 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 2 0.3486 0.7669 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934896 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934899 2 0.0592 0.9496 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934900 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934901 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934902 2 0.5013 0.5747 0.020 0.688 0.000 0.292
#> SRR934903 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934906 4 0.0336 0.9263 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934907 4 0.4992 0.1154 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR934908 2 0.0469 0.9521 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934909 2 0.0469 0.9505 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934910 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.3569 0.7401 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR934915 4 0.0336 0.9249 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934916 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919 4 0.4855 0.3144 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR934920 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934924 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 4 0.4898 0.3151 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR934926 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 2 0.3219 0.8007 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR934928 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934929 4 0.0921 0.9206 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934930 4 0.3219 0.7979 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR934931 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934932 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.0469 0.9521 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934936 4 0.4985 0.1453 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR934933 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934938 4 0.3528 0.7634 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR934939 4 0.0188 0.9250 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934940 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934941 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934942 4 0.1118 0.9161 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR934943 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934944 1 0.3649 0.7178 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR934945 1 0.0469 0.9318 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934946 4 0.1211 0.9135 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR934947 1 0.0188 0.9407 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934948 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950 4 0.0188 0.9250 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934951 4 0.0592 0.9253 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934953 1 0.0188 0.9402 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934952 2 0.0469 0.9521 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934954 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 4 0.1174 0.9200 0.020 0.012 0.000 0.968
#> SRR934957 4 0.0000 0.9247 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934960 4 0.1474 0.9026 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR934961 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.0469 0.9318 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934964 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934965 2 0.0000 0.9583 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 4 0.0707 0.9234 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934968 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934970 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934971 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934972 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934973 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934975 4 0.0336 0.9249 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934976 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 4 0.1109 0.9199 0.004 0.028 0.000 0.968
#> SRR934982 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934983 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934984 3 0.0000 0.9783 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985 4 0.0469 0.9267 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934986 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.4907 0.2544 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR934988 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934989 1 0.0000 0.9442 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 4 0.0921 0.9205 0.000 0.028 0.000 0.972
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934719 4 0.2233 0.8155 0.000 0.016 0.000 0.904 0.080
#> SRR934720 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934721 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934722 2 0.5009 0.7291 0.000 0.652 0.000 0.060 0.288
#> SRR934723 3 0.0609 0.9324 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934724 4 0.0162 0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934725 4 0.0992 0.8164 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008
#> SRR934726 4 0.0703 0.8228 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR934727 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934728 4 0.0162 0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934729 2 0.3336 0.8238 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR934730 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934732 5 0.3876 0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934733 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934734 3 0.2423 0.7921 0.080 0.000 0.896 0.000 0.024
#> SRR934735 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934736 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934737 2 0.1197 0.8510 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR934738 4 0.0992 0.8164 0.024 0.000 0.000 0.968 0.008
#> SRR934740 3 0.0609 0.9324 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934739 5 0.3876 0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934741 2 0.1270 0.8514 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934742 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934744 4 0.4275 0.7450 0.000 0.020 0.000 0.696 0.284
#> SRR934745 1 0.3143 0.6994 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR934746 2 0.2516 0.8522 0.000 0.860 0.000 0.000 0.140
#> SRR934747 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.0000 0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934750 2 0.1851 0.8551 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR934749 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934751 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934752 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934753 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934755 4 0.6928 0.4784 0.028 0.200 0.000 0.512 0.260
#> SRR934756 4 0.4504 0.1881 0.428 0.000 0.000 0.564 0.008
#> SRR934757 4 0.0162 0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934758 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934759 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934760 2 0.0162 0.8436 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934761 3 0.3684 0.3752 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR934762 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934763 4 0.0000 0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934764 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934765 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934766 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934767 3 0.0609 0.9324 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934768 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934769 3 0.4126 -0.0685 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR934770 1 0.0162 0.9658 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934772 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934771 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934774 4 0.2433 0.8196 0.024 0.012 0.000 0.908 0.056
#> SRR934775 4 0.1410 0.7984 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR934776 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934777 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934778 4 0.1608 0.8205 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934779 3 0.0609 0.9324 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934780 4 0.3351 0.7996 0.004 0.020 0.000 0.828 0.148
#> SRR934781 5 0.3876 0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934782 2 0.1270 0.8457 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934783 4 0.0000 0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934784 5 0.4464 0.6254 0.000 0.288 0.028 0.000 0.684
#> SRR934785 5 0.5153 0.7024 0.000 0.204 0.112 0.000 0.684
#> SRR934786 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934787 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.4559 0.0561 0.480 0.000 0.000 0.512 0.008
#> SRR934789 4 0.0510 0.8242 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR934790 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934791 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934792 5 0.3876 0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934793 3 0.0865 0.9230 0.004 0.000 0.972 0.000 0.024
#> SRR934794 5 0.5137 0.7826 0.000 0.108 0.208 0.000 0.684
#> SRR934795 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934796 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934797 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934798 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934799 4 0.1341 0.7983 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR934800 5 0.5082 0.7912 0.000 0.096 0.220 0.000 0.684
#> SRR934801 5 0.3876 0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934802 2 0.3707 0.7896 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934803 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934804 2 0.3707 0.7896 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934805 4 0.0162 0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934806 4 0.4297 0.1483 0.472 0.000 0.000 0.528 0.000
#> SRR934807 4 0.4318 0.7451 0.000 0.020 0.000 0.688 0.292
#> SRR934809 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934810 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934811 4 0.4318 0.7451 0.000 0.020 0.000 0.688 0.292
#> SRR934808 4 0.0162 0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934812 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934813 2 0.3707 0.7896 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934814 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934815 4 0.5888 0.6145 0.000 0.136 0.000 0.576 0.288
#> SRR934816 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.3689 0.8061 0.000 0.740 0.000 0.004 0.256
#> SRR934818 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934819 4 0.4045 0.4133 0.356 0.000 0.000 0.644 0.000
#> SRR934820 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934821 4 0.4915 0.7450 0.028 0.020 0.000 0.684 0.268
#> SRR934822 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934823 4 0.0162 0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934825 2 0.1965 0.8558 0.000 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR934826 4 0.3519 0.6360 0.216 0.000 0.000 0.776 0.008
#> SRR934827 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934828 4 0.7201 0.3964 0.308 0.064 0.000 0.492 0.136
#> SRR934829 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 4 0.2929 0.7977 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934831 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934832 4 0.4318 0.7451 0.000 0.020 0.000 0.688 0.292
#> SRR934833 4 0.0963 0.8251 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR934834 3 0.0404 0.9394 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934835 2 0.0404 0.8453 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934836 1 0.0404 0.9632 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.1628 0.7961 0.056 0.000 0.000 0.936 0.008
#> SRR934839 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.2891 0.8451 0.000 0.824 0.000 0.000 0.176
#> SRR934841 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934842 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0290 0.9628 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934844 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.2424 0.8535 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR934847 4 0.0000 0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934848 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934849 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934850 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934851 4 0.4789 0.7443 0.024 0.016 0.000 0.684 0.276
#> SRR934853 4 0.0000 0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934856 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934859 5 0.3876 0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934860 2 0.2813 0.8469 0.000 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR934861 2 0.2377 0.8539 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR934862 2 0.2329 0.8540 0.000 0.876 0.000 0.000 0.124
#> SRR934863 4 0.0000 0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934866 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.3210 0.8314 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934868 2 0.2966 0.8428 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR934869 4 0.3690 0.7800 0.000 0.020 0.000 0.780 0.200
#> SRR934870 4 0.0000 0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934871 4 0.5213 0.6882 0.000 0.076 0.000 0.640 0.284
#> SRR934872 5 0.5191 0.7141 0.000 0.192 0.124 0.000 0.684
#> SRR934873 4 0.6692 0.5616 0.252 0.032 0.000 0.556 0.160
#> SRR934874 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934877 1 0.4307 0.0319 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR934878 4 0.4969 0.7107 0.000 0.056 0.000 0.652 0.292
#> SRR934879 4 0.3044 0.8045 0.004 0.008 0.000 0.840 0.148
#> SRR934880 4 0.0000 0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934881 2 0.3707 0.7896 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934882 2 0.4953 0.7443 0.004 0.664 0.000 0.048 0.284
#> SRR934883 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.2966 0.8428 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR934885 2 0.3475 0.8406 0.004 0.804 0.000 0.012 0.180
#> SRR934886 4 0.5169 0.7266 0.028 0.028 0.000 0.660 0.284
#> SRR934887 4 0.4428 0.7443 0.004 0.020 0.000 0.692 0.284
#> SRR934888 2 0.3534 0.8080 0.000 0.744 0.000 0.000 0.256
#> SRR934889 2 0.2377 0.8537 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR934890 4 0.3656 0.7836 0.000 0.020 0.000 0.784 0.196
#> SRR934891 4 0.0000 0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934892 4 0.4428 0.7443 0.004 0.020 0.000 0.692 0.284
#> SRR934893 2 0.7230 0.2923 0.024 0.424 0.000 0.268 0.284
#> SRR934894 5 0.3876 0.5964 0.000 0.316 0.000 0.000 0.684
#> SRR934895 2 0.5404 0.6919 0.000 0.620 0.000 0.088 0.292
#> SRR934896 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934897 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934899 2 0.3707 0.7896 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934900 4 0.4428 0.7443 0.004 0.020 0.000 0.692 0.284
#> SRR934901 2 0.2179 0.8558 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR934902 2 0.6730 0.5795 0.028 0.532 0.000 0.156 0.284
#> SRR934903 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934906 4 0.1792 0.8199 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR934907 4 0.6796 0.0672 0.000 0.336 0.000 0.372 0.292
#> SRR934908 2 0.3561 0.8059 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR934909 2 0.2966 0.8428 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR934910 5 0.4210 0.7047 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR934911 5 0.3876 0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934912 2 0.2966 0.8428 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR934913 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.2806 0.7145 0.152 0.000 0.000 0.844 0.004
#> SRR934915 4 0.3430 0.7841 0.000 0.004 0.000 0.776 0.220
#> SRR934916 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934917 5 0.3876 0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934918 5 0.4304 0.5296 0.000 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR934919 4 0.4249 0.1952 0.432 0.000 0.000 0.568 0.000
#> SRR934920 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934921 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 4 0.4318 0.7451 0.000 0.020 0.000 0.688 0.292
#> SRR934924 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934923 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934925 4 0.6706 0.2430 0.000 0.288 0.000 0.428 0.284
#> SRR934926 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 2 0.4988 0.7325 0.000 0.656 0.000 0.060 0.284
#> SRR934928 4 0.0000 0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934929 4 0.2653 0.8151 0.024 0.000 0.000 0.880 0.096
#> SRR934930 4 0.5047 0.7015 0.000 0.064 0.000 0.652 0.284
#> SRR934931 4 0.4318 0.7451 0.000 0.020 0.000 0.688 0.292
#> SRR934932 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.3707 0.7896 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934936 4 0.6771 0.1136 0.000 0.324 0.000 0.392 0.284
#> SRR934933 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934937 4 0.4405 0.7470 0.004 0.020 0.000 0.696 0.280
#> SRR934938 4 0.5213 0.6873 0.000 0.076 0.000 0.640 0.284
#> SRR934939 4 0.0290 0.8272 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934940 4 0.4286 0.7571 0.004 0.020 0.000 0.716 0.260
#> SRR934941 4 0.4227 0.7474 0.000 0.016 0.000 0.692 0.292
#> SRR934942 4 0.4404 0.7420 0.000 0.024 0.000 0.684 0.292
#> SRR934943 2 0.2929 0.8440 0.000 0.820 0.000 0.000 0.180
#> SRR934944 1 0.3143 0.6921 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR934945 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934946 4 0.4442 0.7455 0.000 0.028 0.000 0.688 0.284
#> SRR934947 1 0.0404 0.9626 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934949 2 0.3210 0.8319 0.000 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934950 4 0.0404 0.8262 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934951 4 0.0290 0.8255 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934953 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934952 2 0.3707 0.7896 0.000 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934954 5 0.3876 0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934955 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934956 4 0.4214 0.7824 0.028 0.012 0.000 0.764 0.196
#> SRR934957 4 0.0000 0.8260 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934960 4 0.1082 0.8145 0.028 0.000 0.000 0.964 0.008
#> SRR934961 2 0.2471 0.8527 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR934962 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.0579 0.9601 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR934964 4 0.4318 0.7451 0.000 0.020 0.000 0.688 0.292
#> SRR934965 2 0.0000 0.8427 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 5 0.3876 0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934967 4 0.3419 0.7932 0.000 0.016 0.000 0.804 0.180
#> SRR934968 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934969 4 0.0162 0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934970 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934972 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934973 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934974 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934975 4 0.2966 0.7964 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR934976 5 0.3876 0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934977 1 0.0290 0.9658 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934978 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934979 5 0.3876 0.8515 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934980 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934981 4 0.4651 0.7414 0.012 0.020 0.000 0.684 0.284
#> SRR934982 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983 3 0.0000 0.9492 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984 3 0.3966 0.1583 0.000 0.000 0.664 0.000 0.336
#> SRR934985 4 0.0162 0.8257 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934986 1 0.0794 0.9473 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR934987 2 0.6671 0.3053 0.000 0.440 0.000 0.268 0.292
#> SRR934988 4 0.3031 0.8033 0.004 0.020 0.000 0.856 0.120
#> SRR934989 1 0.0162 0.9655 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934990 4 0.4428 0.7443 0.004 0.020 0.000 0.692 0.284
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934718 1 0.1010 0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934719 4 0.2300 0.8089 0.000 0.000 0.144 0.856 0.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0363 0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934721 4 0.0865 0.8885 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934722 3 0.1007 0.9038 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR934723 6 0.0000 0.8467 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934724 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934725 4 0.0146 0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934726 4 0.2420 0.8462 0.076 0.000 0.040 0.884 0.000 0.000
#> SRR934727 1 0.1082 0.9381 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934729 2 0.3101 0.7831 0.000 0.756 0.244 0.000 0.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934732 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934733 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934734 6 0.0363 0.8342 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934735 1 0.1082 0.9384 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0363 0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934737 2 0.1610 0.8727 0.000 0.916 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR934738 4 0.0146 0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934740 6 0.0000 0.8467 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934739 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934741 2 0.1501 0.8742 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000 0.000
#> SRR934742 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934743 1 0.0458 0.9379 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0146 0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934745 1 0.3547 0.5997 0.696 0.000 0.004 0.300 0.000 0.000
#> SRR934746 2 0.2762 0.8310 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934750 2 0.1863 0.8684 0.000 0.896 0.104 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.0937 0.8875 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934751 1 0.1010 0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.0146 0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0146 0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934755 3 0.0865 0.9019 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934756 4 0.3852 0.3602 0.384 0.000 0.004 0.612 0.000 0.000
#> SRR934757 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934758 1 0.1010 0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0363 0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934760 2 0.0363 0.8821 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761 5 0.3862 -0.0810 0.000 0.000 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR934762 4 0.0146 0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934763 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934764 4 0.0146 0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0405 0.9349 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR934766 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934767 6 0.0000 0.8467 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934768 1 0.1010 0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934769 5 0.3789 0.1577 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR934770 1 0.1010 0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934772 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934771 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934773 1 0.0363 0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934774 4 0.2340 0.8165 0.000 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000
#> SRR934775 4 0.1082 0.8884 0.004 0.000 0.040 0.956 0.000 0.000
#> SRR934776 4 0.0865 0.8870 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934777 4 0.0146 0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934778 4 0.2793 0.7148 0.000 0.000 0.200 0.800 0.000 0.000
#> SRR934779 6 0.0000 0.8467 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934780 4 0.3695 0.4692 0.000 0.000 0.376 0.624 0.000 0.000
#> SRR934781 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934782 2 0.2491 0.7897 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934784 5 0.2260 0.7536 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934785 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934786 1 0.1010 0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934787 6 0.2260 0.9562 0.000 0.000 0.000 0.000 0.140 0.860
#> SRR934788 4 0.3872 0.3357 0.392 0.000 0.004 0.604 0.000 0.000
#> SRR934789 4 0.1391 0.8851 0.016 0.000 0.040 0.944 0.000 0.000
#> SRR934790 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934791 4 0.0146 0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934792 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934793 6 0.0363 0.8342 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934794 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934795 4 0.0146 0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934796 1 0.1010 0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0363 0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934798 1 0.0363 0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934799 4 0.0291 0.8809 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR934800 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934801 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934802 3 0.1007 0.9038 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR934803 1 0.1010 0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934804 3 0.1007 0.9038 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR934805 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934806 1 0.4471 -0.0325 0.500 0.000 0.028 0.472 0.000 0.000
#> SRR934807 3 0.0260 0.9197 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934809 4 0.0790 0.8884 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR934810 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934811 3 0.0937 0.9040 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR934808 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0363 0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934813 3 0.1007 0.9038 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814 4 0.0146 0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934815 3 0.1082 0.9048 0.000 0.004 0.956 0.040 0.000 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.3854 0.3174 0.000 0.536 0.464 0.000 0.000 0.000
#> SRR934818 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934819 4 0.3807 0.3955 0.368 0.000 0.004 0.628 0.000 0.000
#> SRR934820 4 0.0146 0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934821 3 0.0790 0.9052 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934822 1 0.1082 0.9384 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934825 2 0.2048 0.8647 0.000 0.880 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR934826 4 0.3023 0.6822 0.212 0.000 0.004 0.784 0.000 0.000
#> SRR934827 1 0.1124 0.9382 0.956 0.000 0.008 0.036 0.000 0.000
#> SRR934828 4 0.5848 0.2915 0.256 0.000 0.256 0.488 0.000 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 3 0.2823 0.7405 0.000 0.000 0.796 0.204 0.000 0.000
#> SRR934831 1 0.0363 0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934832 3 0.0937 0.9040 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR934833 4 0.1814 0.8234 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR934834 6 0.0713 0.8695 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934835 2 0.0547 0.8814 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836 1 0.1349 0.9265 0.940 0.000 0.004 0.056 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.0291 0.8803 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.2912 0.8150 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0363 0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.1010 0.9361 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934844 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934845 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.2730 0.8339 0.000 0.808 0.192 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934848 4 0.0146 0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.9350 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0790 0.9381 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0632 0.9101 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934853 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854 4 0.0865 0.8870 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934856 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934858 1 0.0935 0.9396 0.964 0.000 0.004 0.032 0.000 0.000
#> SRR934859 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934860 2 0.2854 0.8218 0.000 0.792 0.208 0.000 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.2697 0.8365 0.000 0.812 0.188 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.2631 0.8411 0.000 0.820 0.180 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.0937 0.8875 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.2941 0.8114 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.2941 0.8114 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869 4 0.3804 0.3410 0.000 0.000 0.424 0.576 0.000 0.000
#> SRR934870 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934871 3 0.1010 0.9087 0.000 0.036 0.960 0.004 0.000 0.000
#> SRR934872 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934873 3 0.3293 0.7413 0.140 0.000 0.812 0.048 0.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0146 0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934877 4 0.4010 0.2888 0.408 0.000 0.008 0.584 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.0146 0.9200 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934879 4 0.3515 0.5687 0.000 0.000 0.324 0.676 0.000 0.000
#> SRR934880 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934881 3 0.1007 0.9038 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882 3 0.0865 0.9088 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.2941 0.8114 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR934885 2 0.3230 0.8131 0.000 0.776 0.212 0.012 0.000 0.000
#> SRR934886 3 0.0146 0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934887 3 0.0146 0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934888 3 0.3869 -0.2253 0.000 0.500 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR934889 2 0.2631 0.8409 0.000 0.820 0.180 0.000 0.000 0.000
#> SRR934890 3 0.3050 0.6546 0.000 0.000 0.764 0.236 0.000 0.000
#> SRR934891 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934892 3 0.0260 0.9187 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934893 3 0.0291 0.9203 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR934894 5 0.2454 0.7341 0.000 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000
#> SRR934895 3 0.1010 0.9074 0.000 0.036 0.960 0.004 0.000 0.000
#> SRR934896 1 0.0363 0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934899 3 0.1007 0.9038 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR934900 3 0.0146 0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934901 2 0.2178 0.8610 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000 0.000
#> SRR934902 3 0.0146 0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934906 4 0.2941 0.7288 0.000 0.000 0.220 0.780 0.000 0.000
#> SRR934907 3 0.0508 0.9188 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000 0.000
#> SRR934908 3 0.3023 0.6493 0.000 0.232 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR934909 2 0.2941 0.8114 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR934910 5 0.2597 0.7230 0.000 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR934911 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934912 2 0.2941 0.8114 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.2553 0.7688 0.144 0.000 0.008 0.848 0.000 0.000
#> SRR934915 3 0.1910 0.8280 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR934916 1 0.1010 0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934917 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934918 5 0.2883 0.6669 0.000 0.000 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934919 4 0.3934 0.3367 0.376 0.000 0.008 0.616 0.000 0.000
#> SRR934920 1 0.0363 0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0146 0.9200 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934924 1 0.0665 0.9360 0.980 0.000 0.004 0.008 0.008 0.000
#> SRR934923 1 0.1010 0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934925 3 0.0291 0.9203 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.0363 0.9192 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934928 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934929 3 0.3866 0.0904 0.000 0.000 0.516 0.484 0.000 0.000
#> SRR934930 3 0.0146 0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934931 3 0.0260 0.9197 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.1765 0.8548 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR934936 3 0.0405 0.9202 0.000 0.008 0.988 0.004 0.000 0.000
#> SRR934933 1 0.1010 0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0260 0.9189 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0291 0.9203 0.000 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR934939 4 0.1075 0.8865 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR934940 3 0.2178 0.8093 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR934941 3 0.0260 0.9197 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934942 3 0.0146 0.9200 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934943 2 0.2941 0.8114 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000 0.000
#> SRR934944 1 0.3979 0.5959 0.708 0.000 0.036 0.256 0.000 0.000
#> SRR934945 1 0.1643 0.8788 0.924 0.000 0.068 0.000 0.008 0.000
#> SRR934946 3 0.1007 0.9052 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934947 1 0.1082 0.9381 0.956 0.000 0.004 0.040 0.000 0.000
#> SRR934948 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934949 2 0.3409 0.6994 0.000 0.700 0.300 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950 4 0.1075 0.8865 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR934951 4 0.0291 0.8820 0.004 0.000 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR934953 1 0.2404 0.8746 0.884 0.000 0.080 0.036 0.000 0.000
#> SRR934952 3 0.1007 0.9038 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR934954 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934955 1 0.0363 0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934956 3 0.2320 0.7988 0.004 0.000 0.864 0.132 0.000 0.000
#> SRR934957 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934960 4 0.0146 0.8816 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934961 2 0.2762 0.8310 0.000 0.804 0.196 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.3727 0.6951 0.748 0.000 0.216 0.036 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.0260 0.9197 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.8827 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934967 4 0.3828 0.2811 0.000 0.000 0.440 0.560 0.000 0.000
#> SRR934968 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934969 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934970 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934971 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934972 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934973 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934974 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934975 3 0.2562 0.7550 0.000 0.000 0.828 0.172 0.000 0.000
#> SRR934976 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934977 1 0.1010 0.9394 0.960 0.000 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934978 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934979 5 0.0363 0.8905 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934980 1 0.0363 0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934981 3 0.0146 0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934982 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934983 6 0.2300 0.9590 0.000 0.000 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934984 5 0.3789 0.1699 0.000 0.000 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR934985 4 0.0937 0.8892 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934986 1 0.1858 0.8906 0.904 0.000 0.004 0.092 0.000 0.000
#> SRR934987 3 0.1082 0.9058 0.000 0.040 0.956 0.004 0.000 0.000
#> SRR934988 4 0.2912 0.7271 0.000 0.000 0.216 0.784 0.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0363 0.9338 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934990 3 0.0146 0.9197 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.998 0.999 0.3339 0.666 0.666
#> 3 3 0.693 0.888 0.925 0.9091 0.691 0.535
#> 4 4 0.675 0.791 0.859 0.0573 0.913 0.780
#> 5 5 0.596 0.626 0.697 0.1061 0.863 0.627
#> 6 6 0.635 0.562 0.741 0.0718 0.855 0.516
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934718 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934722 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934723 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934724 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934729 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934730 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934731 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934732 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934733 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934734 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934735 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934737 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934738 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934740 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934739 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934741 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934742 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934743 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934744 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934745 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934746 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934747 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934748 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934750 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934749 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934753 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934755 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934756 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934760 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934761 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934766 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934767 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934768 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934771 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934773 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934775 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934779 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934780 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934781 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934782 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934783 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934787 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934788 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934790 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934793 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934794 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934802 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934803 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934804 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934805 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934807 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934809 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934810 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934811 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934808 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934813 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934814 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934815 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934816 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934817 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934818 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934821 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934822 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934825 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934826 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934828 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934829 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934830 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934831 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934832 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934833 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934834 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934835 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934836 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934837 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934839 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934840 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934841 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934842 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934844 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934845 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934846 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934847 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934851 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934853 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.833 0.641 0.264 0.736
#> SRR934854 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934856 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934858 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934860 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934861 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934862 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934863 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934864 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934865 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934866 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934867 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934868 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934869 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934870 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934871 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934872 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934873 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934874 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934875 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934878 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934879 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934880 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934881 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934882 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934883 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934884 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934885 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934886 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934887 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934888 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934889 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934890 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934891 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934892 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934893 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934894 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934895 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934896 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934897 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934898 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934899 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934900 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934901 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934902 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934903 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934905 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934906 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934907 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934908 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934909 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934910 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934912 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934913 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934915 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934916 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934919 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934920 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934921 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934922 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934924 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934923 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934925 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934926 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934927 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934928 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934930 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934931 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934932 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934934 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934935 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934936 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934933 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934937 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934938 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934939 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934940 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934941 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934942 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934943 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934944 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934945 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934946 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934947 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934948 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934949 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934950 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934952 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934956 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934957 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934958 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934959 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934960 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934961 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934962 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934963 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934964 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934965 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934968 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934970 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934971 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934972 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934973 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934974 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934975 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934976 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934979 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934981 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934982 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934983 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934984 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934987 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934988 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR934990 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934719 3 0.6204 0.401 0.424 0.000 0.576
#> SRR934720 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934721 1 0.2711 0.826 0.912 0.000 0.088
#> SRR934722 3 0.2796 0.902 0.092 0.000 0.908
#> SRR934723 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934724 1 0.3192 0.809 0.888 0.000 0.112
#> SRR934725 1 0.3038 0.815 0.896 0.000 0.104
#> SRR934726 1 0.4291 0.873 0.820 0.000 0.180
#> SRR934727 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934728 1 0.0237 0.850 0.996 0.000 0.004
#> SRR934729 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934730 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934731 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934734 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934736 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934737 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0237 0.850 0.996 0.000 0.004
#> SRR934740 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934742 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.3551 0.899 0.868 0.000 0.132
#> SRR934744 1 0.5859 0.432 0.656 0.000 0.344
#> SRR934745 1 0.4452 0.864 0.808 0.000 0.192
#> SRR934746 3 0.1860 0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934747 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.6180 0.200 0.584 0.000 0.416
#> SRR934750 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.2537 0.832 0.920 0.000 0.080
#> SRR934751 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934752 1 0.3038 0.815 0.896 0.000 0.104
#> SRR934753 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.2261 0.838 0.932 0.000 0.068
#> SRR934755 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934757 1 0.5138 0.811 0.748 0.000 0.252
#> SRR934758 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934759 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934760 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934762 1 0.2066 0.842 0.940 0.000 0.060
#> SRR934763 1 0.4002 0.760 0.840 0.000 0.160
#> SRR934764 1 0.1163 0.850 0.972 0.000 0.028
#> SRR934765 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934766 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934767 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934769 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934772 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934774 3 0.1964 0.882 0.056 0.000 0.944
#> SRR934775 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934776 3 0.5621 0.670 0.308 0.000 0.692
#> SRR934777 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR934778 3 0.3816 0.871 0.148 0.000 0.852
#> SRR934779 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934780 3 0.2625 0.907 0.084 0.000 0.916
#> SRR934781 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.3816 0.772 0.852 0.000 0.148
#> SRR934784 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934787 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934789 1 0.3340 0.900 0.880 0.000 0.120
#> SRR934790 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791 1 0.1289 0.849 0.968 0.000 0.032
#> SRR934792 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 1 0.2066 0.842 0.940 0.000 0.060
#> SRR934796 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934797 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934798 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934799 1 0.3038 0.896 0.896 0.000 0.104
#> SRR934800 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.3551 0.899 0.868 0.000 0.132
#> SRR934804 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.1411 0.855 0.964 0.000 0.036
#> SRR934806 1 0.3619 0.898 0.864 0.000 0.136
#> SRR934807 3 0.3038 0.896 0.104 0.000 0.896
#> SRR934809 1 0.4002 0.762 0.840 0.000 0.160
#> SRR934810 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934811 3 0.1964 0.916 0.056 0.000 0.944
#> SRR934808 1 0.3116 0.897 0.892 0.000 0.108
#> SRR934812 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934813 3 0.2066 0.915 0.060 0.000 0.940
#> SRR934814 1 0.3038 0.815 0.896 0.000 0.104
#> SRR934815 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934816 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934817 3 0.2537 0.908 0.080 0.000 0.920
#> SRR934818 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934819 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934820 1 0.1411 0.849 0.964 0.000 0.036
#> SRR934821 3 0.0892 0.920 0.020 0.000 0.980
#> SRR934822 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934823 1 0.3551 0.872 0.868 0.000 0.132
#> SRR934825 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.3116 0.897 0.892 0.000 0.108
#> SRR934827 1 0.4504 0.860 0.804 0.000 0.196
#> SRR934828 3 0.6008 0.181 0.372 0.000 0.628
#> SRR934829 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934830 3 0.3038 0.896 0.104 0.000 0.896
#> SRR934831 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934832 3 0.3038 0.896 0.104 0.000 0.896
#> SRR934833 3 0.3412 0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934834 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934835 3 0.0237 0.925 0.004 0.000 0.996
#> SRR934836 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934837 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.2165 0.879 0.936 0.000 0.064
#> SRR934839 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934840 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934842 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934844 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934845 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934846 3 0.1860 0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934847 1 0.4002 0.759 0.840 0.000 0.160
#> SRR934848 1 0.2356 0.836 0.928 0.000 0.072
#> SRR934849 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934850 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934851 3 0.0892 0.922 0.020 0.000 0.980
#> SRR934853 3 0.3752 0.874 0.144 0.000 0.856
#> SRR934852 2 0.6509 0.122 0.004 0.524 0.472
#> SRR934854 3 0.6302 0.226 0.480 0.000 0.520
#> SRR934856 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934859 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934861 3 0.1860 0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934862 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.4178 0.744 0.828 0.000 0.172
#> SRR934864 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.4887 0.672 0.772 0.000 0.228
#> SRR934866 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934867 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934868 3 0.1860 0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934869 3 0.2796 0.902 0.092 0.000 0.908
#> SRR934870 1 0.0237 0.850 0.996 0.000 0.004
#> SRR934871 3 0.1860 0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934872 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 3 0.3619 0.777 0.136 0.000 0.864
#> SRR934874 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934875 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.2537 0.831 0.920 0.000 0.080
#> SRR934877 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934878 3 0.3412 0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934879 3 0.3412 0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934880 1 0.2261 0.838 0.932 0.000 0.068
#> SRR934881 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934882 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934883 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934884 3 0.1860 0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934885 3 0.1860 0.883 0.052 0.000 0.948
#> SRR934886 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934887 3 0.3192 0.891 0.112 0.000 0.888
#> SRR934888 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934889 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934890 3 0.3412 0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934891 1 0.5327 0.597 0.728 0.000 0.272
#> SRR934892 3 0.3412 0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934893 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 3 0.2796 0.902 0.092 0.000 0.908
#> SRR934896 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934897 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934898 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934899 3 0.0237 0.922 0.004 0.000 0.996
#> SRR934900 3 0.3482 0.881 0.128 0.000 0.872
#> SRR934901 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934903 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934905 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934906 3 0.6295 0.248 0.472 0.000 0.528
#> SRR934907 3 0.2796 0.902 0.092 0.000 0.908
#> SRR934908 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934909 3 0.2066 0.915 0.060 0.000 0.940
#> SRR934910 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934913 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934915 3 0.3412 0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934916 1 0.6590 0.830 0.756 0.112 0.132
#> SRR934917 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919 3 0.1031 0.908 0.024 0.000 0.976
#> SRR934920 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934921 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934922 3 0.3412 0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934924 1 0.5981 0.855 0.788 0.080 0.132
#> SRR934923 1 0.6590 0.830 0.756 0.112 0.132
#> SRR934925 3 0.2625 0.906 0.084 0.000 0.916
#> SRR934926 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934927 3 0.2796 0.902 0.092 0.000 0.908
#> SRR934928 1 0.5465 0.547 0.712 0.000 0.288
#> SRR934929 1 0.4702 0.847 0.788 0.000 0.212
#> SRR934930 3 0.3412 0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934931 3 0.3340 0.885 0.120 0.000 0.880
#> SRR934932 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934934 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934935 3 0.1753 0.918 0.048 0.000 0.952
#> SRR934936 3 0.2796 0.902 0.092 0.000 0.908
#> SRR934933 1 0.6590 0.830 0.756 0.112 0.132
#> SRR934937 3 0.4702 0.775 0.212 0.000 0.788
#> SRR934938 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939 3 0.5621 0.671 0.308 0.000 0.692
#> SRR934940 3 0.2959 0.898 0.100 0.000 0.900
#> SRR934941 3 0.3482 0.881 0.128 0.000 0.872
#> SRR934942 3 0.3267 0.888 0.116 0.000 0.884
#> SRR934943 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934945 1 0.5981 0.855 0.788 0.080 0.132
#> SRR934946 3 0.3038 0.896 0.104 0.000 0.896
#> SRR934947 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934948 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949 3 0.1860 0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934950 1 0.5529 0.531 0.704 0.000 0.296
#> SRR934951 1 0.3619 0.870 0.864 0.000 0.136
#> SRR934953 1 0.5581 0.863 0.788 0.036 0.176
#> SRR934952 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934956 3 0.3879 0.755 0.152 0.000 0.848
#> SRR934957 3 0.3412 0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934958 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934959 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934960 1 0.0237 0.850 0.996 0.000 0.004
#> SRR934961 3 0.1860 0.917 0.052 0.000 0.948
#> SRR934962 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934963 1 0.5072 0.857 0.792 0.012 0.196
#> SRR934964 3 0.3412 0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934965 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.3412 0.882 0.124 0.000 0.876
#> SRR934968 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969 1 0.0000 0.850 1.000 0.000 0.000
#> SRR934970 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934972 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934973 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934975 3 0.4178 0.854 0.172 0.000 0.828
#> SRR934976 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934978 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934981 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934983 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985 1 0.5529 0.605 0.704 0.000 0.296
#> SRR934986 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934987 3 0.2711 0.904 0.088 0.000 0.912
#> SRR934988 3 0.1163 0.921 0.028 0.000 0.972
#> SRR934989 1 0.3412 0.901 0.876 0.000 0.124
#> SRR934990 3 0.4654 0.818 0.208 0.000 0.792
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 4 0.4776 0.90977 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR934718 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 2 0.6656 0.66090 0.136 0.608 0.000 0.256
#> SRR934720 1 0.0188 0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934721 1 0.7513 0.36489 0.492 0.284 0.000 0.224
#> SRR934722 2 0.3356 0.85195 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934723 4 0.4277 0.92559 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934724 2 0.7717 -0.00925 0.384 0.392 0.000 0.224
#> SRR934725 1 0.7677 0.32819 0.460 0.268 0.000 0.272
#> SRR934726 1 0.2675 0.80918 0.892 0.008 0.000 0.100
#> SRR934727 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 1 0.4888 0.72576 0.740 0.036 0.000 0.224
#> SRR934729 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.4713 0.91740 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR934732 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733 4 0.4776 0.90977 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR934734 4 0.4277 0.92559 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934735 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738 1 0.4609 0.73187 0.752 0.024 0.000 0.224
#> SRR934740 4 0.4277 0.92559 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934739 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934742 4 0.4356 0.93075 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR934743 1 0.2282 0.80977 0.924 0.052 0.000 0.024
#> SRR934744 1 0.7662 0.13397 0.436 0.344 0.000 0.220
#> SRR934745 1 0.3080 0.79180 0.880 0.096 0.000 0.024
#> SRR934746 2 0.1557 0.87301 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR934747 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 2 0.7483 0.38529 0.288 0.496 0.000 0.216
#> SRR934750 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749 1 0.7347 0.45779 0.528 0.244 0.000 0.228
#> SRR934751 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 1 0.7692 0.31768 0.456 0.268 0.000 0.276
#> SRR934753 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 1 0.7530 0.37975 0.492 0.272 0.000 0.236
#> SRR934755 2 0.2345 0.87071 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR934756 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934757 1 0.6488 0.43876 0.604 0.292 0.000 0.104
#> SRR934758 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0188 0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934760 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934762 1 0.6042 0.67267 0.672 0.104 0.000 0.224
#> SRR934763 2 0.7331 0.49895 0.212 0.528 0.000 0.260
#> SRR934764 1 0.7120 0.53305 0.564 0.212 0.000 0.224
#> SRR934765 1 0.0336 0.84005 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934766 4 0.4776 0.90977 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR934767 4 0.4277 0.92559 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934768 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771 3 0.4605 0.08744 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR934773 1 0.0188 0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934774 2 0.3612 0.86234 0.044 0.856 0.000 0.100
#> SRR934775 1 0.1389 0.83143 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR934776 2 0.4372 0.80023 0.004 0.728 0.000 0.268
#> SRR934777 1 0.4888 0.72549 0.740 0.036 0.000 0.224
#> SRR934778 2 0.3486 0.84704 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934779 4 0.4277 0.92559 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934780 2 0.4037 0.85380 0.056 0.832 0.000 0.112
#> SRR934781 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783 2 0.7866 0.06387 0.348 0.376 0.000 0.276
#> SRR934784 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 4 0.4331 0.92935 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR934788 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934789 1 0.1022 0.83585 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934790 3 0.4250 0.33008 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934791 1 0.5816 0.68713 0.688 0.088 0.000 0.224
#> SRR934792 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793 4 0.4277 0.92559 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934794 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 1 0.6724 0.61222 0.612 0.164 0.000 0.224
#> SRR934796 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0188 0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934798 1 0.0188 0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934799 1 0.1302 0.83288 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR934800 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803 1 0.2060 0.81371 0.932 0.052 0.000 0.016
#> SRR934804 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934805 1 0.4105 0.77321 0.812 0.032 0.000 0.156
#> SRR934806 1 0.1489 0.83261 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR934807 2 0.3649 0.84104 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR934809 1 0.7660 0.34369 0.464 0.260 0.000 0.276
#> SRR934810 4 0.4790 0.90486 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR934811 2 0.0707 0.87320 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934808 1 0.2345 0.81188 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR934812 1 0.0188 0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934813 2 0.2589 0.86848 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR934814 1 0.6606 0.62876 0.624 0.152 0.000 0.224
#> SRR934815 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.3123 0.85920 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR934818 3 0.0469 0.90038 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934819 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934820 1 0.5756 0.69029 0.692 0.084 0.000 0.224
#> SRR934821 2 0.4155 0.84828 0.072 0.828 0.000 0.100
#> SRR934822 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 1 0.2987 0.80330 0.880 0.016 0.000 0.104
#> SRR934825 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826 1 0.0336 0.83996 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934827 1 0.3080 0.79180 0.880 0.096 0.000 0.024
#> SRR934828 2 0.4372 0.54995 0.268 0.728 0.000 0.004
#> SRR934829 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 2 0.3528 0.84739 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR934831 1 0.0188 0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934832 2 0.2530 0.86721 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR934833 2 0.4567 0.79139 0.008 0.716 0.000 0.276
#> SRR934834 4 0.4277 0.92559 0.000 0.000 0.280 0.720
#> SRR934835 2 0.2149 0.87210 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR934836 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 1 0.1302 0.83288 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR934839 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.1474 0.87240 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR934841 1 0.0188 0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934842 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844 4 0.4776 0.90977 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR934845 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.1557 0.87301 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR934847 1 0.7556 0.37940 0.488 0.264 0.000 0.248
#> SRR934848 1 0.6798 0.59946 0.604 0.172 0.000 0.224
#> SRR934849 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 2 0.2867 0.86979 0.012 0.884 0.000 0.104
#> SRR934853 2 0.7129 0.57112 0.196 0.560 0.000 0.244
#> SRR934852 2 0.2704 0.78039 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR934854 2 0.5742 0.74199 0.060 0.664 0.000 0.276
#> SRR934856 3 0.4713 -0.01772 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR934858 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.2081 0.87284 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR934862 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863 2 0.7457 0.46507 0.220 0.504 0.000 0.276
#> SRR934864 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 2 0.6814 0.62907 0.140 0.584 0.000 0.276
#> SRR934866 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.1474 0.87240 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR934868 2 0.2281 0.87195 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR934869 2 0.3123 0.85917 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR934870 1 0.5056 0.72121 0.732 0.044 0.000 0.224
#> SRR934871 2 0.1637 0.87358 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR934872 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 2 0.5938 0.66861 0.232 0.676 0.000 0.092
#> SRR934874 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 1 0.7712 0.07515 0.404 0.372 0.000 0.224
#> SRR934877 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878 2 0.3688 0.83820 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR934879 2 0.6229 0.71883 0.132 0.664 0.000 0.204
#> SRR934880 1 0.6685 0.50717 0.600 0.268 0.000 0.132
#> SRR934881 2 0.1940 0.87285 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934882 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0188 0.87130 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934885 2 0.1978 0.83553 0.068 0.928 0.000 0.004
#> SRR934886 2 0.0188 0.87157 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934887 2 0.3583 0.84972 0.004 0.816 0.000 0.180
#> SRR934888 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934890 2 0.3498 0.85653 0.008 0.832 0.000 0.160
#> SRR934891 2 0.6855 0.62100 0.144 0.580 0.000 0.276
#> SRR934892 2 0.3486 0.84704 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934893 2 0.1940 0.87285 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934894 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 2 0.3356 0.85195 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934896 1 0.0188 0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934897 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.1557 0.84970 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR934899 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934900 2 0.5766 0.76398 0.104 0.704 0.000 0.192
#> SRR934901 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934902 2 0.2345 0.87071 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR934903 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.4564 0.93288 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR934906 2 0.5940 0.74951 0.120 0.692 0.000 0.188
#> SRR934907 2 0.3172 0.85788 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR934908 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934909 2 0.2149 0.87313 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR934910 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 2 0.1716 0.87304 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR934913 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 1 0.1474 0.83011 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934915 2 0.3726 0.83623 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934916 1 0.3716 0.77581 0.852 0.096 0.000 0.052
#> SRR934917 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919 2 0.1398 0.85434 0.040 0.956 0.000 0.004
#> SRR934920 1 0.0188 0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934921 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922 2 0.3837 0.82979 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR934924 1 0.2483 0.80608 0.916 0.052 0.000 0.032
#> SRR934923 1 0.3716 0.77581 0.852 0.096 0.000 0.052
#> SRR934925 2 0.2868 0.86448 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR934926 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 2 0.3219 0.85653 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR934928 2 0.6618 0.66031 0.124 0.604 0.000 0.272
#> SRR934929 2 0.6845 0.10841 0.448 0.452 0.000 0.100
#> SRR934930 2 0.3569 0.84409 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934931 2 0.3610 0.84269 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR934932 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.2281 0.87129 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR934936 2 0.3356 0.85195 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934933 1 0.3716 0.77581 0.852 0.096 0.000 0.052
#> SRR934937 2 0.7385 0.39648 0.296 0.508 0.000 0.196
#> SRR934938 2 0.2081 0.87244 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR934939 2 0.4539 0.79435 0.008 0.720 0.000 0.272
#> SRR934940 2 0.3400 0.85044 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR934941 2 0.4222 0.80021 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR934942 2 0.3610 0.84269 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR934943 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934944 1 0.0921 0.83675 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934945 1 0.2483 0.80608 0.916 0.052 0.000 0.032
#> SRR934946 2 0.3486 0.84704 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934947 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948 4 0.4564 0.93288 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR934949 2 0.0336 0.87189 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934950 2 0.6450 0.67904 0.108 0.616 0.000 0.276
#> SRR934951 1 0.2867 0.80526 0.884 0.012 0.000 0.104
#> SRR934953 1 0.3587 0.77791 0.856 0.104 0.000 0.040
#> SRR934952 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0188 0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934956 2 0.5820 0.67464 0.232 0.684 0.000 0.084
#> SRR934957 2 0.3688 0.83820 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR934958 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.4790 0.90445 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR934960 1 0.4399 0.73580 0.760 0.016 0.000 0.224
#> SRR934961 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.3813 0.75495 0.828 0.148 0.000 0.024
#> SRR934964 2 0.3837 0.82979 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR934965 2 0.0000 0.87092 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 2 0.3649 0.84023 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR934968 4 0.4661 0.92316 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR934969 1 0.5816 0.69009 0.688 0.088 0.000 0.224
#> SRR934970 4 0.4564 0.93288 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR934971 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934972 3 0.4761 -0.08062 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR934973 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974 3 0.4925 -0.35012 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR934975 2 0.4222 0.80021 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR934976 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0188 0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934981 2 0.2345 0.87071 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR934982 4 0.4431 0.93303 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR934983 4 0.4776 0.90977 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR934984 3 0.0000 0.91409 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985 2 0.6170 0.70841 0.192 0.672 0.000 0.136
#> SRR934986 1 0.0000 0.84048 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.3024 0.86262 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR934988 2 0.2987 0.86920 0.016 0.880 0.000 0.104
#> SRR934989 1 0.0188 0.83977 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934990 2 0.6885 0.60981 0.196 0.596 0.000 0.208
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 3 0.1671 0.8404 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934718 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934719 4 0.7383 0.3543 0.104 0.232 0.000 0.524 0.140
#> SRR934720 1 0.1341 0.7777 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR934721 4 0.4014 0.5653 0.256 0.016 0.000 0.728 0.000
#> SRR934722 2 0.6009 0.5226 0.000 0.544 0.000 0.320 0.136
#> SRR934723 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.4042 0.6105 0.212 0.032 0.000 0.756 0.000
#> SRR934725 4 0.3612 0.5911 0.228 0.008 0.000 0.764 0.000
#> SRR934726 1 0.6046 0.1631 0.520 0.044 0.000 0.396 0.040
#> SRR934727 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934728 4 0.3715 0.5571 0.260 0.004 0.000 0.736 0.000
#> SRR934729 2 0.2344 0.6662 0.000 0.904 0.000 0.064 0.032
#> SRR934730 2 0.1386 0.6533 0.000 0.952 0.000 0.016 0.032
#> SRR934731 3 0.2280 0.7846 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR934732 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934733 3 0.1671 0.8404 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934734 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934736 1 0.2712 0.8065 0.880 0.000 0.000 0.088 0.032
#> SRR934737 2 0.1818 0.6417 0.000 0.932 0.000 0.024 0.044
#> SRR934738 4 0.3969 0.4586 0.304 0.004 0.000 0.692 0.000
#> SRR934740 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934741 2 0.2473 0.6427 0.000 0.896 0.000 0.032 0.072
#> SRR934742 3 0.0162 0.8421 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934743 1 0.5085 0.6777 0.780 0.048 0.028 0.068 0.076
#> SRR934744 4 0.8047 0.3034 0.184 0.232 0.000 0.436 0.148
#> SRR934745 1 0.7188 0.5052 0.532 0.172 0.004 0.240 0.052
#> SRR934746 2 0.3779 0.6462 0.000 0.776 0.000 0.200 0.024
#> SRR934747 2 0.1571 0.6366 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR934748 4 0.7663 0.1763 0.116 0.316 0.000 0.444 0.124
#> SRR934750 2 0.3526 0.6534 0.000 0.832 0.000 0.072 0.096
#> SRR934749 4 0.3942 0.5936 0.232 0.020 0.000 0.748 0.000
#> SRR934751 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934752 4 0.3454 0.6317 0.156 0.028 0.000 0.816 0.000
#> SRR934753 2 0.1571 0.6321 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR934754 4 0.3690 0.5978 0.224 0.012 0.000 0.764 0.000
#> SRR934755 2 0.6808 0.5008 0.020 0.488 0.000 0.320 0.172
#> SRR934756 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934757 4 0.8216 0.2706 0.292 0.180 0.000 0.376 0.152
#> SRR934758 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934759 1 0.1270 0.7792 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR934760 2 0.2460 0.6290 0.004 0.900 0.000 0.024 0.072
#> SRR934761 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934762 4 0.3861 0.5520 0.264 0.008 0.000 0.728 0.000
#> SRR934763 4 0.4121 0.6390 0.100 0.112 0.000 0.788 0.000
#> SRR934764 4 0.3750 0.5904 0.232 0.012 0.000 0.756 0.000
#> SRR934765 1 0.2389 0.8048 0.880 0.000 0.000 0.116 0.004
#> SRR934766 3 0.1732 0.8366 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR934767 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934769 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934770 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934772 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934771 3 0.4060 0.0624 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR934773 1 0.1270 0.7792 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR934774 2 0.7725 0.3380 0.080 0.404 0.000 0.336 0.180
#> SRR934775 1 0.3010 0.7634 0.824 0.004 0.000 0.172 0.000
#> SRR934776 4 0.4676 0.3640 0.008 0.264 0.000 0.696 0.032
#> SRR934777 4 0.3790 0.5370 0.272 0.004 0.000 0.724 0.000
#> SRR934778 2 0.6099 0.4866 0.000 0.512 0.000 0.352 0.136
#> SRR934779 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780 2 0.7585 0.4003 0.084 0.428 0.000 0.340 0.148
#> SRR934781 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934782 2 0.1282 0.6639 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR934783 4 0.3810 0.6277 0.176 0.036 0.000 0.788 0.000
#> SRR934784 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934785 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934786 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934787 3 0.0162 0.8421 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934788 1 0.2536 0.7983 0.868 0.004 0.000 0.128 0.000
#> SRR934789 1 0.3266 0.7386 0.796 0.004 0.000 0.200 0.000
#> SRR934790 3 0.4262 -0.3928 0.000 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR934791 4 0.3835 0.5582 0.260 0.008 0.000 0.732 0.000
#> SRR934792 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934793 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934795 4 0.3671 0.5867 0.236 0.008 0.000 0.756 0.000
#> SRR934796 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934797 1 0.1197 0.7803 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR934798 1 0.1992 0.7926 0.924 0.000 0.000 0.032 0.044
#> SRR934799 1 0.3231 0.7401 0.800 0.004 0.000 0.196 0.000
#> SRR934800 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934801 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934802 2 0.2189 0.6655 0.000 0.904 0.000 0.084 0.012
#> SRR934803 1 0.5415 0.6973 0.732 0.084 0.004 0.132 0.048
#> SRR934804 2 0.3697 0.6541 0.008 0.832 0.000 0.088 0.072
#> SRR934805 4 0.4283 0.4176 0.348 0.008 0.000 0.644 0.000
#> SRR934806 1 0.4002 0.7514 0.780 0.008 0.000 0.184 0.028
#> SRR934807 2 0.6121 0.4480 0.000 0.488 0.000 0.380 0.132
#> SRR934809 4 0.3779 0.6158 0.200 0.024 0.000 0.776 0.000
#> SRR934810 3 0.1671 0.8404 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934811 2 0.6717 0.5675 0.024 0.536 0.000 0.264 0.176
#> SRR934808 1 0.4298 0.4545 0.640 0.008 0.000 0.352 0.000
#> SRR934812 1 0.1121 0.7815 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR934813 2 0.5245 0.5572 0.000 0.608 0.000 0.328 0.064
#> SRR934814 4 0.3519 0.6028 0.216 0.008 0.000 0.776 0.000
#> SRR934815 2 0.5952 0.6240 0.024 0.652 0.000 0.168 0.156
#> SRR934816 2 0.2570 0.6471 0.000 0.888 0.000 0.028 0.084
#> SRR934817 2 0.6009 0.5226 0.000 0.544 0.000 0.320 0.136
#> SRR934818 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934819 1 0.2471 0.7942 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR934820 4 0.3783 0.5689 0.252 0.008 0.000 0.740 0.000
#> SRR934821 2 0.7667 0.4114 0.084 0.424 0.000 0.328 0.164
#> SRR934822 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934823 1 0.4648 0.1135 0.524 0.012 0.000 0.464 0.000
#> SRR934825 2 0.2850 0.6319 0.000 0.872 0.000 0.036 0.092
#> SRR934826 1 0.3160 0.7503 0.808 0.004 0.000 0.188 0.000
#> SRR934827 1 0.7318 0.4486 0.508 0.212 0.004 0.228 0.048
#> SRR934828 2 0.7694 0.3704 0.140 0.496 0.000 0.212 0.152
#> SRR934829 2 0.3226 0.6531 0.000 0.852 0.000 0.060 0.088
#> SRR934830 2 0.6416 0.4572 0.000 0.452 0.000 0.372 0.176
#> SRR934831 1 0.1197 0.7803 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR934832 2 0.6117 0.5465 0.000 0.540 0.000 0.304 0.156
#> SRR934833 4 0.4844 0.2216 0.000 0.280 0.000 0.668 0.052
#> SRR934834 3 0.0000 0.8402 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.4297 0.6058 0.000 0.692 0.000 0.288 0.020
#> SRR934836 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934837 2 0.1410 0.6345 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR934838 1 0.3796 0.5790 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR934839 2 0.2293 0.6427 0.000 0.900 0.000 0.016 0.084
#> SRR934840 2 0.4343 0.6607 0.000 0.768 0.000 0.136 0.096
#> SRR934841 1 0.1522 0.7862 0.944 0.000 0.000 0.012 0.044
#> SRR934842 2 0.1430 0.6392 0.000 0.944 0.000 0.004 0.052
#> SRR934843 1 0.3116 0.8012 0.852 0.012 0.000 0.124 0.012
#> SRR934844 3 0.1671 0.8404 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934845 2 0.1410 0.6345 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR934846 2 0.3319 0.6593 0.000 0.820 0.000 0.160 0.020
#> SRR934847 4 0.3909 0.6063 0.216 0.024 0.000 0.760 0.000
#> SRR934848 4 0.3835 0.5582 0.260 0.008 0.000 0.732 0.000
#> SRR934849 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934850 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934851 2 0.7301 0.4613 0.044 0.444 0.000 0.328 0.184
#> SRR934853 4 0.6307 0.5658 0.132 0.128 0.000 0.656 0.084
#> SRR934852 2 0.7967 0.3313 0.080 0.544 0.064 0.124 0.188
#> SRR934854 4 0.2516 0.5559 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR934856 3 0.4030 0.0727 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR934858 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934859 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934860 2 0.3039 0.6637 0.000 0.836 0.000 0.152 0.012
#> SRR934861 2 0.3789 0.6424 0.000 0.768 0.000 0.212 0.020
#> SRR934862 2 0.1117 0.6575 0.000 0.964 0.000 0.016 0.020
#> SRR934863 4 0.3857 0.6459 0.108 0.084 0.000 0.808 0.000
#> SRR934864 2 0.1670 0.6387 0.000 0.936 0.000 0.012 0.052
#> SRR934865 4 0.2825 0.5799 0.016 0.124 0.000 0.860 0.000
#> SRR934866 2 0.3593 0.6563 0.000 0.828 0.000 0.084 0.088
#> SRR934867 2 0.4918 0.6498 0.000 0.708 0.000 0.192 0.100
#> SRR934868 2 0.4141 0.6267 0.000 0.728 0.000 0.248 0.024
#> SRR934869 2 0.6144 0.4899 0.000 0.512 0.000 0.344 0.144
#> SRR934870 4 0.3766 0.5440 0.268 0.004 0.000 0.728 0.000
#> SRR934871 2 0.6131 0.5638 0.000 0.548 0.000 0.284 0.168
#> SRR934872 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934873 2 0.8131 0.2696 0.200 0.392 0.000 0.280 0.128
#> SRR934874 2 0.2208 0.6181 0.000 0.908 0.000 0.020 0.072
#> SRR934875 2 0.1638 0.6355 0.000 0.932 0.000 0.004 0.064
#> SRR934876 4 0.4233 0.6104 0.208 0.044 0.000 0.748 0.000
#> SRR934877 1 0.2865 0.7955 0.856 0.004 0.000 0.132 0.008
#> SRR934878 2 0.6080 0.4902 0.000 0.520 0.000 0.344 0.136
#> SRR934879 4 0.7802 0.0831 0.112 0.332 0.000 0.412 0.144
#> SRR934880 4 0.8217 0.4148 0.252 0.268 0.000 0.360 0.120
#> SRR934881 2 0.3961 0.6270 0.000 0.736 0.000 0.248 0.016
#> SRR934882 2 0.6899 0.5871 0.008 0.572 0.040 0.228 0.152
#> SRR934883 2 0.2017 0.6229 0.000 0.912 0.000 0.008 0.080
#> SRR934884 2 0.2136 0.6695 0.000 0.904 0.000 0.088 0.008
#> SRR934885 2 0.6794 0.4389 0.080 0.592 0.000 0.208 0.120
#> SRR934886 2 0.6488 0.5991 0.032 0.596 0.000 0.184 0.188
#> SRR934887 2 0.6188 0.4430 0.000 0.492 0.000 0.364 0.144
#> SRR934888 2 0.1571 0.6664 0.000 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR934889 2 0.3019 0.6637 0.000 0.864 0.000 0.088 0.048
#> SRR934890 2 0.6638 0.2742 0.012 0.428 0.000 0.408 0.152
#> SRR934891 4 0.3521 0.5612 0.024 0.144 0.000 0.824 0.008
#> SRR934892 2 0.6140 0.4680 0.000 0.504 0.000 0.356 0.140
#> SRR934893 2 0.7753 0.4566 0.024 0.448 0.044 0.320 0.164
#> SRR934894 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934895 2 0.6009 0.5226 0.000 0.544 0.000 0.320 0.136
#> SRR934896 1 0.1341 0.7777 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR934897 2 0.2685 0.6443 0.000 0.880 0.000 0.028 0.092
#> SRR934898 5 0.4235 0.8547 0.000 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR934899 2 0.5140 0.6303 0.016 0.720 0.000 0.096 0.168
#> SRR934900 4 0.7362 -0.1338 0.060 0.384 0.000 0.408 0.148
#> SRR934901 2 0.0693 0.6537 0.000 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR934902 2 0.6866 0.5128 0.024 0.496 0.000 0.304 0.176
#> SRR934903 2 0.1544 0.6316 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR934905 3 0.1341 0.8453 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR934906 4 0.7808 0.0458 0.132 0.328 0.000 0.416 0.124
#> SRR934907 2 0.6022 0.5172 0.000 0.540 0.000 0.324 0.136
#> SRR934908 2 0.1579 0.6545 0.000 0.944 0.000 0.024 0.032
#> SRR934909 2 0.5600 0.5804 0.000 0.616 0.000 0.268 0.116
#> SRR934910 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934911 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934912 2 0.4021 0.6516 0.000 0.764 0.000 0.200 0.036
#> SRR934913 2 0.1571 0.6382 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR934914 1 0.3132 0.7613 0.820 0.008 0.000 0.172 0.000
#> SRR934915 2 0.6117 0.4671 0.000 0.504 0.000 0.360 0.136
#> SRR934916 1 0.7621 0.4491 0.544 0.208 0.032 0.156 0.060
#> SRR934917 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934918 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934919 2 0.7384 0.4270 0.096 0.528 0.000 0.208 0.168
#> SRR934920 1 0.1270 0.7792 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR934921 2 0.1628 0.6413 0.000 0.936 0.000 0.008 0.056
#> SRR934922 2 0.6220 0.3436 0.000 0.432 0.000 0.428 0.140
#> SRR934924 1 0.6871 0.5551 0.636 0.024 0.116 0.148 0.076
#> SRR934923 1 0.6931 0.5409 0.632 0.136 0.032 0.140 0.060
#> SRR934925 2 0.5967 0.5310 0.000 0.556 0.000 0.308 0.136
#> SRR934926 2 0.1410 0.6345 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR934927 2 0.6035 0.5082 0.000 0.536 0.000 0.328 0.136
#> SRR934928 4 0.4696 0.6457 0.136 0.112 0.000 0.748 0.004
#> SRR934929 4 0.8212 0.1742 0.264 0.224 0.000 0.380 0.132
#> SRR934930 2 0.6090 0.4852 0.000 0.516 0.000 0.348 0.136
#> SRR934931 2 0.6146 0.4489 0.000 0.488 0.000 0.376 0.136
#> SRR934932 2 0.2669 0.6063 0.000 0.876 0.000 0.020 0.104
#> SRR934934 2 0.3031 0.5924 0.004 0.856 0.000 0.020 0.120
#> SRR934935 2 0.4817 0.5873 0.000 0.656 0.000 0.300 0.044
#> SRR934936 2 0.6035 0.5082 0.000 0.536 0.000 0.328 0.136
#> SRR934933 1 0.7074 0.5263 0.616 0.136 0.032 0.156 0.060
#> SRR934937 4 0.8119 0.2051 0.164 0.264 0.000 0.412 0.160
#> SRR934938 2 0.7682 0.4411 0.016 0.440 0.040 0.312 0.192
#> SRR934939 4 0.5501 0.3614 0.008 0.228 0.000 0.660 0.104
#> SRR934940 2 0.5996 0.5295 0.000 0.548 0.000 0.316 0.136
#> SRR934941 4 0.5781 0.0962 0.000 0.308 0.000 0.576 0.116
#> SRR934942 2 0.6047 0.5086 0.000 0.532 0.000 0.332 0.136
#> SRR934943 2 0.0290 0.6571 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934944 1 0.3047 0.7745 0.832 0.004 0.000 0.160 0.004
#> SRR934945 1 0.6871 0.5551 0.636 0.024 0.116 0.148 0.076
#> SRR934946 2 0.6080 0.5048 0.000 0.528 0.000 0.332 0.140
#> SRR934947 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934948 3 0.1121 0.8473 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934949 2 0.2920 0.6603 0.000 0.852 0.000 0.132 0.016
#> SRR934950 4 0.3256 0.5564 0.016 0.148 0.000 0.832 0.004
#> SRR934951 1 0.4504 0.2270 0.564 0.008 0.000 0.428 0.000
#> SRR934953 1 0.7506 0.4367 0.544 0.220 0.028 0.156 0.052
#> SRR934952 2 0.1124 0.6637 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR934954 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934955 1 0.1121 0.7815 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR934956 2 0.8251 0.2491 0.216 0.380 0.000 0.260 0.144
#> SRR934957 2 0.6390 0.3757 0.008 0.468 0.000 0.392 0.132
#> SRR934958 2 0.1410 0.6336 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR934959 3 0.1671 0.8404 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934960 4 0.3861 0.5076 0.284 0.004 0.000 0.712 0.000
#> SRR934961 2 0.2130 0.6659 0.000 0.908 0.000 0.080 0.012
#> SRR934962 2 0.1493 0.6575 0.000 0.948 0.000 0.028 0.024
#> SRR934963 1 0.7385 0.3580 0.484 0.276 0.004 0.188 0.048
#> SRR934964 4 0.6361 -0.3301 0.004 0.424 0.000 0.432 0.140
#> SRR934965 2 0.1571 0.6374 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR934966 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934967 2 0.6270 0.4451 0.004 0.496 0.000 0.364 0.136
#> SRR934968 3 0.1341 0.8452 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR934969 4 0.3835 0.5565 0.260 0.008 0.000 0.732 0.000
#> SRR934970 3 0.1121 0.8473 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934971 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934972 3 0.4088 -0.0316 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR934973 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934974 3 0.3586 0.4492 0.000 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR934975 4 0.5254 0.2493 0.000 0.272 0.000 0.644 0.084
#> SRR934976 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934977 1 0.2179 0.8096 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004
#> SRR934978 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934979 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934980 1 0.1695 0.7755 0.940 0.008 0.008 0.000 0.044
#> SRR934981 2 0.7002 0.4859 0.028 0.468 0.000 0.328 0.176
#> SRR934982 3 0.0162 0.8421 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934983 3 0.1671 0.8404 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934984 5 0.4030 0.9954 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR934985 4 0.8016 -0.0461 0.144 0.292 0.000 0.412 0.152
#> SRR934986 1 0.2233 0.8096 0.892 0.000 0.000 0.104 0.004
#> SRR934987 2 0.5905 0.5533 0.000 0.572 0.000 0.292 0.136
#> SRR934988 2 0.7161 0.2621 0.032 0.404 0.000 0.384 0.180
#> SRR934989 1 0.1341 0.7777 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR934990 4 0.7828 0.0915 0.116 0.328 0.000 0.412 0.144
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 6 0.3175 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR934718 1 0.0146 0.5235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934719 3 0.4334 0.3113 0.004 0.004 0.616 0.360 0.016 0.000
#> SRR934720 1 0.5182 0.0834 0.484 0.024 0.000 0.040 0.452 0.000
#> SRR934721 4 0.3405 0.8089 0.076 0.000 0.112 0.812 0.000 0.000
#> SRR934722 3 0.1225 0.6436 0.000 0.036 0.952 0.000 0.012 0.000
#> SRR934723 6 0.3838 0.7003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR934724 4 0.3054 0.7908 0.036 0.000 0.136 0.828 0.000 0.000
#> SRR934725 4 0.3211 0.8096 0.120 0.000 0.056 0.824 0.000 0.000
#> SRR934726 3 0.6762 -0.1433 0.376 0.052 0.436 0.116 0.020 0.000
#> SRR934727 1 0.0260 0.5222 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934728 4 0.3054 0.7995 0.136 0.000 0.036 0.828 0.000 0.000
#> SRR934729 2 0.4833 0.7213 0.000 0.668 0.256 0.044 0.032 0.000
#> SRR934730 2 0.3431 0.7925 0.000 0.756 0.228 0.000 0.016 0.000
#> SRR934731 6 0.3050 0.8318 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR934732 6 0.0260 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934733 6 0.3175 0.8243 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR934734 6 0.3838 0.7003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR934735 1 0.0146 0.5231 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934736 1 0.3426 0.3522 0.720 0.000 0.000 0.004 0.276 0.000
#> SRR934737 2 0.2170 0.7879 0.000 0.888 0.100 0.000 0.012 0.000
#> SRR934738 4 0.3101 0.7871 0.148 0.000 0.032 0.820 0.000 0.000
#> SRR934740 6 0.3838 0.7003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR934739 6 0.0000 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.2214 0.7839 0.000 0.888 0.096 0.000 0.016 0.000
#> SRR934742 6 0.3782 0.7302 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR934743 1 0.7219 -0.6011 0.456 0.048 0.048 0.148 0.300 0.000
#> SRR934744 3 0.5001 0.4560 0.016 0.016 0.616 0.324 0.028 0.000
#> SRR934745 1 0.8453 -0.6577 0.352 0.156 0.100 0.148 0.244 0.000
#> SRR934746 3 0.3956 0.3149 0.000 0.264 0.704 0.000 0.032 0.000
#> SRR934747 2 0.2772 0.8091 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR934748 3 0.5083 0.2795 0.040 0.004 0.584 0.352 0.020 0.000
#> SRR934750 2 0.3012 0.7718 0.000 0.796 0.196 0.000 0.008 0.000
#> SRR934749 4 0.3612 0.8101 0.100 0.000 0.104 0.796 0.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0458 0.5214 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934752 4 0.3511 0.7314 0.024 0.000 0.216 0.760 0.000 0.000
#> SRR934753 2 0.2595 0.8056 0.000 0.836 0.160 0.000 0.004 0.000
#> SRR934754 4 0.3215 0.8156 0.100 0.000 0.072 0.828 0.000 0.000
#> SRR934755 3 0.5549 0.6345 0.008 0.128 0.656 0.176 0.032 0.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.5232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934757 3 0.7059 0.3640 0.156 0.068 0.468 0.288 0.020 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.5232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.4147 0.2581 0.552 0.000 0.000 0.012 0.436 0.000
#> SRR934760 2 0.2798 0.7635 0.000 0.852 0.112 0.000 0.036 0.000
#> SRR934761 6 0.0000 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934762 4 0.3054 0.7995 0.136 0.000 0.036 0.828 0.000 0.000
#> SRR934763 4 0.2907 0.7781 0.020 0.000 0.152 0.828 0.000 0.000
#> SRR934764 4 0.3130 0.8064 0.124 0.000 0.048 0.828 0.000 0.000
#> SRR934765 1 0.1503 0.5072 0.944 0.000 0.016 0.008 0.032 0.000
#> SRR934766 6 0.3101 0.8290 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244 0.756
#> SRR934767 6 0.3838 0.7003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR934768 1 0.0146 0.5235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934769 6 0.0000 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0146 0.5235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934772 6 0.0000 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934771 6 0.2854 0.8385 0.000 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR934773 1 0.4123 0.2686 0.568 0.000 0.000 0.012 0.420 0.000
#> SRR934774 3 0.5805 0.5843 0.020 0.112 0.632 0.208 0.028 0.000
#> SRR934775 1 0.3905 0.3663 0.716 0.000 0.024 0.256 0.004 0.000
#> SRR934776 4 0.4128 0.1445 0.000 0.004 0.488 0.504 0.004 0.000
#> SRR934777 4 0.3210 0.7740 0.168 0.000 0.028 0.804 0.000 0.000
#> SRR934778 3 0.2068 0.6647 0.000 0.020 0.916 0.048 0.016 0.000
#> SRR934779 6 0.3838 0.7003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR934780 3 0.4276 0.6486 0.032 0.080 0.796 0.068 0.024 0.000
#> SRR934781 6 0.0000 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.3907 0.7535 0.000 0.704 0.268 0.000 0.028 0.000
#> SRR934783 4 0.3248 0.7802 0.032 0.000 0.164 0.804 0.000 0.000
#> SRR934784 6 0.0260 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934785 6 0.0260 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934786 1 0.0547 0.5190 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934787 6 0.3789 0.7270 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR934788 1 0.1745 0.5047 0.924 0.000 0.020 0.056 0.000 0.000
#> SRR934789 1 0.4224 0.2940 0.632 0.000 0.028 0.340 0.000 0.000
#> SRR934790 6 0.1814 0.8567 0.000 0.000 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR934791 4 0.3377 0.7566 0.188 0.000 0.028 0.784 0.000 0.000
#> SRR934792 6 0.0260 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934793 6 0.3838 0.7003 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448 0.552
#> SRR934794 6 0.0260 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934795 4 0.3215 0.8158 0.100 0.000 0.072 0.828 0.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.5232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.4157 0.2536 0.544 0.000 0.000 0.012 0.444 0.000
#> SRR934798 1 0.3950 0.2738 0.564 0.000 0.000 0.004 0.432 0.000
#> SRR934799 1 0.4332 0.2723 0.616 0.000 0.032 0.352 0.000 0.000
#> SRR934800 6 0.0260 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934801 6 0.0260 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934802 2 0.4292 0.6610 0.000 0.628 0.340 0.000 0.032 0.000
#> SRR934803 1 0.7008 -0.3813 0.524 0.052 0.072 0.096 0.256 0.000
#> SRR934804 2 0.6477 0.1711 0.012 0.472 0.368 0.076 0.072 0.000
#> SRR934805 4 0.4146 0.6257 0.288 0.000 0.036 0.676 0.000 0.000
#> SRR934806 1 0.5229 0.3046 0.668 0.020 0.040 0.236 0.036 0.000
#> SRR934807 3 0.1536 0.6580 0.000 0.024 0.944 0.020 0.012 0.000
#> SRR934809 4 0.3718 0.8104 0.132 0.000 0.084 0.784 0.000 0.000
#> SRR934810 6 0.3245 0.8337 0.000 0.000 0.000 0.008 0.228 0.764
#> SRR934811 3 0.3641 0.6095 0.008 0.148 0.804 0.016 0.024 0.000
#> SRR934808 1 0.4886 0.2787 0.620 0.000 0.076 0.300 0.004 0.000
#> SRR934812 1 0.4067 0.2596 0.548 0.000 0.000 0.008 0.444 0.000
#> SRR934813 3 0.3628 0.5703 0.000 0.112 0.816 0.040 0.032 0.000
#> SRR934814 4 0.3644 0.8101 0.088 0.000 0.120 0.792 0.000 0.000
#> SRR934815 3 0.5414 0.4558 0.016 0.240 0.652 0.052 0.040 0.000
#> SRR934816 2 0.2948 0.7787 0.000 0.804 0.188 0.000 0.008 0.000
#> SRR934817 3 0.1745 0.6250 0.000 0.068 0.920 0.000 0.012 0.000
#> SRR934818 6 0.0146 0.8646 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934819 1 0.1682 0.5040 0.928 0.000 0.020 0.052 0.000 0.000
#> SRR934820 4 0.3123 0.8016 0.136 0.000 0.040 0.824 0.000 0.000
#> SRR934821 3 0.5475 0.6161 0.020 0.108 0.672 0.176 0.024 0.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.5232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 1 0.5482 -0.2121 0.456 0.004 0.092 0.444 0.004 0.000
#> SRR934825 2 0.2630 0.7714 0.008 0.876 0.096 0.008 0.012 0.000
#> SRR934826 1 0.3876 0.3526 0.700 0.000 0.024 0.276 0.000 0.000
#> SRR934827 1 0.8532 -0.6521 0.348 0.156 0.116 0.148 0.232 0.000
#> SRR934828 2 0.8191 -0.2418 0.040 0.296 0.276 0.144 0.244 0.000
#> SRR934829 2 0.3198 0.7750 0.000 0.796 0.188 0.008 0.008 0.000
#> SRR934830 3 0.2386 0.6594 0.000 0.052 0.900 0.024 0.024 0.000
#> SRR934831 1 0.4157 0.2536 0.544 0.000 0.000 0.012 0.444 0.000
#> SRR934832 3 0.2345 0.6562 0.000 0.060 0.900 0.020 0.020 0.000
#> SRR934833 3 0.3620 0.2912 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000 0.000
#> SRR934834 6 0.3789 0.7270 0.000 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR934835 3 0.3865 0.3523 0.000 0.248 0.720 0.000 0.032 0.000
#> SRR934836 1 0.0146 0.5235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934837 2 0.2772 0.8091 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR934838 4 0.4602 0.1509 0.480 0.004 0.028 0.488 0.000 0.000
#> SRR934839 2 0.2389 0.7993 0.000 0.864 0.128 0.000 0.008 0.000
#> SRR934840 2 0.4493 0.1557 0.000 0.492 0.484 0.008 0.016 0.000
#> SRR934841 1 0.3966 0.2649 0.552 0.000 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR934842 2 0.2346 0.8043 0.000 0.868 0.124 0.000 0.008 0.000
#> SRR934843 1 0.5551 0.2522 0.684 0.036 0.076 0.036 0.168 0.000
#> SRR934844 6 0.3198 0.8225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR934845 2 0.2772 0.8091 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR934846 3 0.4060 0.2628 0.000 0.284 0.684 0.000 0.032 0.000
#> SRR934847 4 0.3775 0.8065 0.092 0.000 0.128 0.780 0.000 0.000
#> SRR934848 4 0.3344 0.7949 0.152 0.000 0.044 0.804 0.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0146 0.5235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934850 1 0.2562 0.4355 0.828 0.000 0.000 0.000 0.172 0.000
#> SRR934851 3 0.5212 0.6444 0.028 0.112 0.704 0.140 0.016 0.000
#> SRR934853 4 0.5105 0.1924 0.068 0.000 0.428 0.500 0.004 0.000
#> SRR934852 2 0.7117 0.1229 0.004 0.508 0.064 0.024 0.204 0.196
#> SRR934854 4 0.2883 0.7313 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR934856 6 0.3023 0.8336 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR934858 1 0.0146 0.5235 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934859 6 0.0000 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934860 3 0.4657 -0.2993 0.000 0.456 0.508 0.004 0.032 0.000
#> SRR934861 3 0.3934 0.3189 0.000 0.260 0.708 0.000 0.032 0.000
#> SRR934862 2 0.3470 0.8005 0.000 0.772 0.200 0.000 0.028 0.000
#> SRR934863 4 0.3217 0.7291 0.008 0.000 0.224 0.768 0.000 0.000
#> SRR934864 2 0.2450 0.7965 0.000 0.868 0.116 0.000 0.016 0.000
#> SRR934865 4 0.2883 0.7351 0.000 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR934866 2 0.3012 0.7718 0.000 0.796 0.196 0.000 0.008 0.000
#> SRR934867 3 0.4551 0.0251 0.000 0.436 0.536 0.012 0.016 0.000
#> SRR934868 3 0.3766 0.3768 0.000 0.232 0.736 0.000 0.032 0.000
#> SRR934869 3 0.4182 0.5571 0.000 0.028 0.724 0.228 0.020 0.000
#> SRR934870 4 0.3054 0.7995 0.136 0.000 0.036 0.828 0.000 0.000
#> SRR934871 3 0.3242 0.5942 0.000 0.148 0.816 0.004 0.032 0.000
#> SRR934872 6 0.0260 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934873 3 0.5113 0.5562 0.128 0.092 0.724 0.032 0.024 0.000
#> SRR934874 2 0.1918 0.7792 0.000 0.904 0.088 0.000 0.008 0.000
#> SRR934875 2 0.2772 0.8091 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR934876 4 0.3254 0.8007 0.056 0.000 0.124 0.820 0.000 0.000
#> SRR934877 1 0.3610 0.4189 0.836 0.016 0.080 0.040 0.028 0.000
#> SRR934878 3 0.3111 0.6233 0.000 0.008 0.820 0.156 0.016 0.000
#> SRR934879 3 0.4845 0.4779 0.016 0.012 0.624 0.324 0.024 0.000
#> SRR934880 3 0.5880 -0.1128 0.140 0.012 0.456 0.392 0.000 0.000
#> SRR934881 3 0.4996 0.1868 0.000 0.304 0.624 0.040 0.032 0.000
#> SRR934882 3 0.6230 0.3647 0.012 0.276 0.564 0.080 0.068 0.000
#> SRR934883 2 0.1970 0.7822 0.000 0.900 0.092 0.000 0.008 0.000
#> SRR934884 2 0.4389 0.6050 0.000 0.596 0.372 0.000 0.032 0.000
#> SRR934885 2 0.6789 0.3127 0.048 0.588 0.136 0.144 0.084 0.000
#> SRR934886 3 0.6313 0.4420 0.024 0.184 0.608 0.124 0.060 0.000
#> SRR934887 3 0.4056 0.5962 0.000 0.008 0.704 0.264 0.024 0.000
#> SRR934888 2 0.4135 0.7108 0.000 0.668 0.300 0.000 0.032 0.000
#> SRR934889 2 0.5176 0.6451 0.000 0.640 0.264 0.056 0.040 0.000
#> SRR934890 3 0.5020 0.5116 0.000 0.044 0.600 0.332 0.024 0.000
#> SRR934891 4 0.3244 0.6712 0.000 0.000 0.268 0.732 0.000 0.000
#> SRR934892 3 0.4130 0.5060 0.000 0.012 0.704 0.260 0.024 0.000
#> SRR934893 3 0.6797 0.4926 0.012 0.176 0.524 0.216 0.072 0.000
#> SRR934894 6 0.0260 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934895 3 0.1218 0.6472 0.000 0.028 0.956 0.004 0.012 0.000
#> SRR934896 1 0.4157 0.2536 0.544 0.000 0.000 0.012 0.444 0.000
#> SRR934897 2 0.3073 0.7800 0.000 0.788 0.204 0.000 0.008 0.000
#> SRR934898 6 0.0632 0.8610 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934899 3 0.7236 0.1686 0.028 0.316 0.440 0.140 0.076 0.000
#> SRR934900 3 0.4649 0.5045 0.004 0.024 0.632 0.324 0.016 0.000
#> SRR934901 2 0.2841 0.8058 0.000 0.824 0.164 0.000 0.012 0.000
#> SRR934902 3 0.4611 0.6002 0.008 0.132 0.752 0.076 0.032 0.000
#> SRR934903 2 0.2706 0.8095 0.000 0.832 0.160 0.000 0.008 0.000
#> SRR934905 6 0.3288 0.8154 0.000 0.000 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR934906 3 0.5845 0.4116 0.052 0.040 0.584 0.300 0.024 0.000
#> SRR934907 3 0.1478 0.6441 0.000 0.032 0.944 0.004 0.020 0.000
#> SRR934908 2 0.2830 0.8039 0.000 0.836 0.144 0.000 0.020 0.000
#> SRR934909 3 0.2998 0.5980 0.000 0.096 0.856 0.024 0.024 0.000
#> SRR934910 6 0.0000 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934911 6 0.0260 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934912 3 0.5615 0.0398 0.000 0.364 0.532 0.068 0.036 0.000
#> SRR934913 2 0.2805 0.8096 0.000 0.812 0.184 0.000 0.004 0.000
#> SRR934914 1 0.4015 0.3701 0.720 0.000 0.028 0.244 0.008 0.000
#> SRR934915 3 0.4164 0.4805 0.000 0.016 0.688 0.280 0.016 0.000
#> SRR934916 1 0.8213 -0.7051 0.336 0.160 0.060 0.148 0.296 0.000
#> SRR934917 6 0.0000 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934918 6 0.0260 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934919 3 0.7803 0.1058 0.060 0.292 0.408 0.144 0.096 0.000
#> SRR934920 1 0.4157 0.2536 0.544 0.000 0.000 0.012 0.444 0.000
#> SRR934921 2 0.2772 0.8096 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR934922 3 0.4102 0.5016 0.000 0.016 0.700 0.268 0.016 0.000
#> SRR934924 5 0.7325 1.0000 0.304 0.052 0.048 0.156 0.440 0.000
#> SRR934923 1 0.7909 -0.7121 0.388 0.112 0.056 0.148 0.296 0.000
#> SRR934925 3 0.1367 0.6411 0.000 0.044 0.944 0.000 0.012 0.000
#> SRR934926 2 0.2772 0.8091 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR934927 3 0.2220 0.6458 0.000 0.036 0.908 0.044 0.012 0.000
#> SRR934928 4 0.3731 0.7229 0.020 0.004 0.240 0.736 0.000 0.000
#> SRR934929 3 0.6226 0.5295 0.132 0.072 0.624 0.152 0.020 0.000
#> SRR934930 3 0.3876 0.5337 0.000 0.016 0.728 0.244 0.012 0.000
#> SRR934931 3 0.1518 0.6564 0.000 0.024 0.944 0.024 0.008 0.000
#> SRR934932 2 0.1563 0.7609 0.000 0.932 0.056 0.000 0.012 0.000
#> SRR934934 2 0.2263 0.7498 0.000 0.896 0.056 0.000 0.048 0.000
#> SRR934935 3 0.3686 0.4105 0.000 0.220 0.748 0.000 0.032 0.000
#> SRR934936 3 0.1296 0.6479 0.000 0.032 0.952 0.004 0.012 0.000
#> SRR934933 1 0.8079 -0.7109 0.360 0.140 0.056 0.148 0.296 0.000
#> SRR934937 3 0.5803 0.4422 0.024 0.044 0.556 0.340 0.036 0.000
#> SRR934938 3 0.6622 0.5203 0.012 0.144 0.536 0.244 0.064 0.000
#> SRR934939 4 0.4289 0.2873 0.000 0.004 0.444 0.540 0.012 0.000
#> SRR934940 3 0.1138 0.6540 0.000 0.024 0.960 0.004 0.012 0.000
#> SRR934941 3 0.4394 -0.1323 0.000 0.004 0.496 0.484 0.016 0.000
#> SRR934942 3 0.1149 0.6514 0.000 0.024 0.960 0.008 0.008 0.000
#> SRR934943 2 0.3454 0.7882 0.000 0.768 0.208 0.000 0.024 0.000
#> SRR934944 1 0.3513 0.4337 0.804 0.000 0.020 0.152 0.024 0.000
#> SRR934945 5 0.7325 1.0000 0.304 0.052 0.048 0.156 0.440 0.000
#> SRR934946 3 0.1844 0.6638 0.000 0.016 0.928 0.040 0.016 0.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.5232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948 6 0.3330 0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR934949 2 0.4509 0.4873 0.000 0.532 0.436 0.000 0.032 0.000
#> SRR934950 4 0.3215 0.7119 0.004 0.000 0.240 0.756 0.000 0.000
#> SRR934951 4 0.5063 0.2725 0.432 0.004 0.064 0.500 0.000 0.000
#> SRR934953 1 0.8411 -0.6859 0.336 0.156 0.088 0.148 0.272 0.000
#> SRR934952 2 0.3999 0.7484 0.000 0.696 0.272 0.000 0.032 0.000
#> SRR934954 6 0.0000 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.3966 0.2649 0.552 0.000 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR934956 3 0.5831 0.4962 0.140 0.092 0.672 0.068 0.028 0.000
#> SRR934957 3 0.3977 0.4692 0.000 0.004 0.692 0.284 0.020 0.000
#> SRR934958 2 0.2772 0.8091 0.000 0.816 0.180 0.000 0.004 0.000
#> SRR934959 6 0.3126 0.8275 0.000 0.000 0.000 0.000 0.248 0.752
#> SRR934960 4 0.3023 0.7957 0.140 0.000 0.032 0.828 0.000 0.000
#> SRR934961 2 0.4344 0.6378 0.000 0.612 0.356 0.000 0.032 0.000
#> SRR934962 2 0.3368 0.7916 0.000 0.756 0.232 0.000 0.012 0.000
#> SRR934963 1 0.8714 -0.5567 0.328 0.164 0.192 0.148 0.168 0.000
#> SRR934964 3 0.4097 0.4742 0.000 0.012 0.688 0.284 0.016 0.000
#> SRR934965 2 0.2738 0.8093 0.000 0.820 0.176 0.000 0.004 0.000
#> SRR934966 6 0.0000 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934967 3 0.4080 0.5030 0.000 0.016 0.704 0.264 0.016 0.000
#> SRR934968 6 0.2941 0.8384 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 0.780
#> SRR934969 4 0.3094 0.7967 0.140 0.000 0.036 0.824 0.000 0.000
#> SRR934970 6 0.3330 0.8123 0.000 0.000 0.000 0.000 0.284 0.716
#> SRR934971 6 0.0000 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972 6 0.2941 0.8371 0.000 0.000 0.000 0.000 0.220 0.780
#> SRR934973 6 0.0000 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974 6 0.2631 0.8501 0.000 0.000 0.000 0.008 0.152 0.840
#> SRR934975 4 0.4165 0.3685 0.000 0.004 0.420 0.568 0.008 0.000
#> SRR934976 6 0.0000 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0632 0.5177 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934978 6 0.0000 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979 6 0.0260 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934980 1 0.5406 0.1013 0.616 0.032 0.032 0.024 0.296 0.000
#> SRR934981 3 0.4043 0.6239 0.012 0.120 0.796 0.048 0.024 0.000
#> SRR934982 6 0.3782 0.7302 0.000 0.000 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR934983 6 0.3198 0.8225 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR934984 6 0.0000 0.8647 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934985 3 0.4794 0.6446 0.036 0.084 0.756 0.100 0.024 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.5232 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987 3 0.1563 0.6342 0.000 0.056 0.932 0.000 0.012 0.000
#> SRR934988 3 0.5810 0.5108 0.004 0.108 0.536 0.332 0.020 0.000
#> SRR934989 1 0.4712 0.1815 0.512 0.024 0.000 0.012 0.452 0.000
#> SRR934990 3 0.4789 0.4787 0.012 0.012 0.620 0.332 0.024 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.640 0.877 0.937 0.5014 0.498 0.498
#> 3 3 1.000 0.964 0.986 0.2837 0.765 0.568
#> 4 4 0.971 0.941 0.976 0.1519 0.829 0.566
#> 5 5 0.951 0.915 0.959 0.0746 0.916 0.694
#> 6 6 0.881 0.752 0.868 0.0373 0.961 0.814
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 3 4
There is also optional best \(k\) = 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934718 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.4298 0.8851 0.912 0.088
#> SRR934720 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934722 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934723 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934724 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934731 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934732 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934733 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934734 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934740 2 0.8813 0.6809 0.300 0.700
#> SRR934739 2 0.3584 0.8898 0.068 0.932
#> SRR934741 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934742 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934743 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934744 1 0.9866 0.3511 0.568 0.432
#> SRR934745 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.2423 0.9202 0.960 0.040
#> SRR934750 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934755 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934762 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934766 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934767 2 0.9000 0.6538 0.316 0.684
#> SRR934768 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934770 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934771 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934773 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.6438 0.8190 0.836 0.164
#> SRR934775 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.2603 0.9176 0.956 0.044
#> SRR934779 2 0.8555 0.7120 0.280 0.720
#> SRR934780 1 0.6531 0.8150 0.832 0.168
#> SRR934781 2 0.3879 0.8862 0.076 0.924
#> SRR934782 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934787 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934788 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934790 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934791 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.2948 0.8970 0.052 0.948
#> SRR934793 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.1414 0.9089 0.020 0.980
#> SRR934802 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934807 1 0.6887 0.7983 0.816 0.184
#> SRR934809 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934810 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934811 1 0.6887 0.7983 0.816 0.184
#> SRR934808 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934815 1 0.9996 0.1735 0.512 0.488
#> SRR934816 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934818 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934819 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934821 1 0.6801 0.8026 0.820 0.180
#> SRR934822 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934828 2 0.9833 0.1708 0.424 0.576
#> SRR934829 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934830 1 0.6887 0.7983 0.816 0.184
#> SRR934831 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934832 1 0.6887 0.7983 0.816 0.184
#> SRR934833 1 0.1633 0.9307 0.976 0.024
#> SRR934834 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934835 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934844 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934845 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934851 1 0.6887 0.7983 0.816 0.184
#> SRR934853 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934854 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934856 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934858 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.6712 0.8324 0.176 0.824
#> SRR934860 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934869 2 0.9866 0.1325 0.432 0.568
#> SRR934870 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934871 2 0.3431 0.8742 0.064 0.936
#> SRR934872 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934873 1 0.6712 0.8067 0.824 0.176
#> SRR934874 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934878 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934879 1 0.5629 0.8483 0.868 0.132
#> SRR934880 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934885 2 0.5737 0.8061 0.136 0.864
#> SRR934886 1 0.9209 0.5795 0.664 0.336
#> SRR934887 2 0.0938 0.9094 0.012 0.988
#> SRR934888 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934890 1 0.6623 0.8111 0.828 0.172
#> SRR934891 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934892 1 0.9087 0.6035 0.676 0.324
#> SRR934893 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934898 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934899 2 0.4431 0.8488 0.092 0.908
#> SRR934900 1 0.9608 0.4753 0.616 0.384
#> SRR934901 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934902 2 0.2948 0.8845 0.052 0.948
#> SRR934903 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934905 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934906 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934907 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934911 2 0.2603 0.8999 0.044 0.956
#> SRR934912 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934915 1 0.7219 0.7834 0.800 0.200
#> SRR934916 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.6712 0.8324 0.176 0.824
#> SRR934918 2 0.6712 0.8324 0.176 0.824
#> SRR934919 1 0.9944 0.2686 0.544 0.456
#> SRR934920 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934922 1 0.7056 0.7910 0.808 0.192
#> SRR934924 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934928 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934930 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934931 1 0.7139 0.7872 0.804 0.196
#> SRR934932 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934936 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934937 2 0.9983 -0.0483 0.476 0.524
#> SRR934938 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934939 1 0.5519 0.8521 0.872 0.128
#> SRR934940 2 0.6531 0.7652 0.168 0.832
#> SRR934941 1 0.6247 0.8277 0.844 0.156
#> SRR934942 2 0.1414 0.9048 0.020 0.980
#> SRR934943 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934945 1 0.3431 0.9024 0.936 0.064
#> SRR934946 1 0.7453 0.7702 0.788 0.212
#> SRR934947 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934948 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934949 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934950 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934956 1 0.6712 0.8067 0.824 0.176
#> SRR934957 1 0.6438 0.8189 0.836 0.164
#> SRR934958 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934959 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934960 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934963 1 0.4298 0.8850 0.912 0.088
#> SRR934964 1 0.6887 0.7983 0.816 0.184
#> SRR934965 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.4815 0.8727 0.104 0.896
#> SRR934967 2 0.1414 0.9051 0.020 0.980
#> SRR934968 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934969 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934970 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934971 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934972 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934973 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934974 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934975 1 0.3431 0.9033 0.936 0.064
#> SRR934976 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934977 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934979 2 0.5737 0.8557 0.136 0.864
#> SRR934980 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934981 1 0.6887 0.7983 0.816 0.184
#> SRR934982 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934983 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934984 2 0.6887 0.8274 0.184 0.816
#> SRR934985 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.9154 0.000 1.000
#> SRR934988 1 0.0376 0.9435 0.996 0.004
#> SRR934989 1 0.0000 0.9460 1.000 0.000
#> SRR934990 2 0.9954 0.0195 0.460 0.540
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934718 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934719 1 0.3941 0.80811 0.844 0.156 0
#> SRR934720 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934721 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934722 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934723 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934724 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934725 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934726 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934727 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934728 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934729 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934730 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934731 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934732 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934733 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934734 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934735 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934736 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934737 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934738 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934740 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934739 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934741 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934742 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934743 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934744 2 0.0237 0.97853 0.004 0.996 0
#> SRR934745 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934746 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934747 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934748 1 0.0592 0.96627 0.988 0.012 0
#> SRR934750 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934749 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934751 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934752 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934753 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934754 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934755 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934756 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934757 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934758 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934759 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934760 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934761 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934762 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934763 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934764 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934765 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934766 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934767 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934768 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934769 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934770 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934772 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934771 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934773 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934774 1 0.2878 0.87827 0.904 0.096 0
#> SRR934775 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934776 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934777 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934778 1 0.1411 0.94261 0.964 0.036 0
#> SRR934779 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934780 1 0.5254 0.63515 0.736 0.264 0
#> SRR934781 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934782 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934783 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934784 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934785 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934786 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934787 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934788 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934789 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934790 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934791 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934792 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934793 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934794 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934795 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934796 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934797 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934798 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934799 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934800 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934801 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934802 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934803 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934804 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934805 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934806 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934807 1 0.6309 0.00728 0.500 0.500 0
#> SRR934809 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934810 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934811 2 0.4654 0.74216 0.208 0.792 0
#> SRR934808 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934812 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934813 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934814 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934815 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934816 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934817 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934818 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934819 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934820 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934821 2 0.5058 0.68497 0.244 0.756 0
#> SRR934822 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934823 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934825 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934826 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934827 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934828 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934829 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934830 2 0.6095 0.36182 0.392 0.608 0
#> SRR934831 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934832 2 0.0747 0.96645 0.016 0.984 0
#> SRR934833 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934834 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934835 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934836 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934837 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934838 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934839 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934840 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934841 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934842 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934843 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934844 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934845 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934846 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934847 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934848 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934849 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934850 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934851 2 0.4178 0.79016 0.172 0.828 0
#> SRR934853 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934852 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934854 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934856 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934858 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934859 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934860 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934861 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934862 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934863 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934864 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934865 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934866 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934867 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934868 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934869 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934870 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934871 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934872 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934873 2 0.4750 0.73046 0.216 0.784 0
#> SRR934874 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934875 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934876 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934877 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934878 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934879 1 0.6026 0.40961 0.624 0.376 0
#> SRR934880 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934881 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934882 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934883 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934884 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934885 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934886 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934887 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934888 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934889 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934890 1 0.5968 0.43751 0.636 0.364 0
#> SRR934891 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934892 2 0.0237 0.97854 0.004 0.996 0
#> SRR934893 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934894 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934895 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934896 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934897 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934898 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934899 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934900 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934901 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934902 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934903 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934905 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934906 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934907 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934908 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934909 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934910 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934911 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934912 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934913 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934914 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934915 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934916 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934917 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934918 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934919 2 0.2356 0.90618 0.072 0.928 0
#> SRR934920 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934921 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934922 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934924 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934923 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934925 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934926 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934927 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934928 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934929 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934930 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934931 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934932 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934934 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934935 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934936 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934933 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934937 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934938 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934939 1 0.2261 0.90898 0.932 0.068 0
#> SRR934940 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934941 1 0.5810 0.50956 0.664 0.336 0
#> SRR934942 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934943 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934944 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934945 1 0.0424 0.97008 0.992 0.008 0
#> SRR934946 2 0.0237 0.97853 0.004 0.996 0
#> SRR934947 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934948 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934949 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934950 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934951 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934953 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934952 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934954 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934955 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934956 2 0.4974 0.69857 0.236 0.764 0
#> SRR934957 1 0.0237 0.97383 0.996 0.004 0
#> SRR934958 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934959 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934960 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934961 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934962 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934963 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934964 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934965 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934966 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934967 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934968 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934969 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934970 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934971 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934972 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934973 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934974 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934975 1 0.0424 0.97011 0.992 0.008 0
#> SRR934976 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934977 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934978 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934979 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934980 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934981 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934982 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934983 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934984 3 0.0000 1.00000 0.000 0.000 1
#> SRR934985 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934986 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934987 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
#> SRR934988 1 0.0424 0.97015 0.992 0.008 0
#> SRR934989 1 0.0000 0.97740 1.000 0.000 0
#> SRR934990 2 0.0000 0.98236 0.000 1.000 0
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934722 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934723 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934724 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934725 4 0.1792 0.901 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR934726 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.0188 0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934729 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.4977 0.153 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738 4 0.0469 0.948 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934740 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934739 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934742 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.0188 0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934753 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0469 0.948 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934755 2 0.0921 0.947 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934756 1 0.0188 0.979 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934757 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934762 4 0.0188 0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934763 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934764 4 0.0188 0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934765 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934767 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 4 0.1022 0.931 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR934775 4 0.4746 0.425 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR934776 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934778 4 0.0817 0.940 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934779 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934780 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934784 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 3 0.1118 0.958 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934788 4 0.3356 0.780 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR934789 4 0.0592 0.946 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934790 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934792 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793 1 0.1389 0.937 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR934794 3 0.0336 0.990 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934795 4 0.0188 0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934796 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.0592 0.946 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934800 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934805 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934806 1 0.0469 0.971 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934807 4 0.0469 0.947 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934809 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934810 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934811 2 0.4941 0.210 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR934808 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934814 4 0.1211 0.927 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR934815 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934818 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934819 1 0.3528 0.749 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR934820 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934821 4 0.2216 0.876 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR934822 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.0188 0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934825 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826 4 0.3356 0.779 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR934827 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828 2 0.2469 0.865 0.108 0.892 0.000 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 4 0.3356 0.780 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR934831 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 4 0.4277 0.616 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR934833 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.0592 0.946 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934839 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934848 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 4 0.4356 0.596 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR934853 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934854 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934856 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869 4 0.4746 0.431 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR934870 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934871 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934872 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 2 0.4008 0.672 0.244 0.756 0.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878 4 0.4331 0.604 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR934879 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934886 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934887 4 0.1211 0.924 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR934888 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934890 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893 2 0.3074 0.809 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR934894 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 2 0.1302 0.931 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934896 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934900 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934902 2 0.1557 0.920 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR934903 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934906 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934907 2 0.0188 0.967 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934908 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934910 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.0817 0.940 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934915 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919 2 0.1474 0.924 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934928 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929 4 0.0188 0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934930 2 0.4713 0.425 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR934931 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934936 2 0.0469 0.960 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934933 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938 4 0.4804 0.391 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR934939 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940 2 0.3172 0.797 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR934941 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942 4 0.4761 0.417 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR934943 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934944 1 0.2760 0.843 0.872 0.000 0.000 0.128
#> SRR934945 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934946 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951 4 0.0188 0.952 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934953 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 2 0.4059 0.733 0.200 0.788 0.000 0.012
#> SRR934957 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934960 4 0.0592 0.945 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934961 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 2 0.4916 0.245 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR934968 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934970 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934971 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934972 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934973 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934975 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 4 0.1867 0.895 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR934982 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934983 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934984 3 0.0000 0.999 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985 4 0.0707 0.943 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934986 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0188 0.967 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934988 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.983 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 4 0.0000 0.954 0.000 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.2377 0.8208 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.2020 0.8840 0.000 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR934722 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934723 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934724 4 0.1043 0.9259 0.000 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR934725 4 0.0404 0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934726 1 0.3074 0.7454 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.0162 0.9360 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934729 2 0.1018 0.9324 0.000 0.968 0.016 0.016 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934733 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734 1 0.4088 0.4200 0.632 0.000 0.000 0.000 0.368
#> SRR934735 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0162 0.9500 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934738 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934740 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934739 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0162 0.9500 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934742 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0510 0.9203 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934745 1 0.1571 0.9157 0.936 0.004 0.000 0.060 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.1478 0.8875 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.1851 0.8935 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.0404 0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0290 0.9347 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934755 3 0.0703 0.9216 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR934756 4 0.0963 0.9205 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR934757 4 0.4464 0.3482 0.008 0.000 0.408 0.584 0.000
#> SRR934758 1 0.0404 0.9650 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.4306 0.0144 0.000 0.508 0.492 0.000 0.000
#> SRR934761 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934762 4 0.0162 0.9353 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934763 4 0.0290 0.9359 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934764 4 0.0162 0.9360 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934767 5 0.0162 0.9945 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR934768 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934771 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0451 0.9218 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000
#> SRR934775 4 0.4449 0.0761 0.484 0.000 0.004 0.512 0.000
#> SRR934776 4 0.0404 0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934777 4 0.0880 0.9298 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934778 4 0.0609 0.9313 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934779 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934780 3 0.3966 0.4510 0.000 0.000 0.664 0.336 0.000
#> SRR934781 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.0510 0.9348 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934784 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934785 5 0.1341 0.9311 0.000 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR934786 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934788 4 0.1121 0.9168 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR934789 4 0.0671 0.9330 0.016 0.000 0.004 0.980 0.000
#> SRR934790 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791 4 0.0510 0.9348 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934792 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.1270 0.9237 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR934794 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934795 4 0.0404 0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.1117 0.9288 0.020 0.000 0.016 0.964 0.000
#> SRR934800 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934801 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0963 0.9328 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934805 4 0.0794 0.9313 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934807 4 0.0404 0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934809 4 0.0880 0.9299 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934810 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934811 4 0.3456 0.7282 0.000 0.184 0.016 0.800 0.000
#> SRR934808 4 0.0290 0.9359 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.1121 0.9132 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR934814 4 0.0404 0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934815 2 0.2054 0.8964 0.000 0.920 0.028 0.052 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.2377 0.8353 0.000 0.128 0.872 0.000 0.000
#> SRR934818 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819 4 0.0963 0.9197 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR934820 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934821 3 0.0566 0.9214 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.2377 0.8586 0.000 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR934825 2 0.0162 0.9500 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934826 4 0.0290 0.9347 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934827 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828 2 0.3016 0.8062 0.000 0.848 0.020 0.132 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 4 0.0510 0.9324 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 4 0.0671 0.9310 0.000 0.004 0.016 0.980 0.000
#> SRR934833 4 0.0404 0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934834 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934835 2 0.4161 0.3259 0.000 0.608 0.392 0.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.0510 0.9348 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934839 2 0.0794 0.9380 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0880 0.9355 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0703 0.9426 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.0963 0.9279 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR934848 4 0.0510 0.9348 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0609 0.9225 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR934853 4 0.2471 0.8506 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR934852 3 0.4138 0.4417 0.000 0.384 0.616 0.000 0.000
#> SRR934854 4 0.0404 0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934856 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0510 0.9463 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.1121 0.9269 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.0290 0.9359 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.0000 0.9357 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0794 0.9359 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.1671 0.9019 0.000 0.924 0.076 0.000 0.000
#> SRR934869 3 0.4989 0.2981 0.000 0.416 0.552 0.032 0.000
#> SRR934870 4 0.0290 0.9359 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934871 2 0.0290 0.9495 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934872 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934873 3 0.1809 0.8883 0.060 0.012 0.928 0.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0794 0.9313 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934877 1 0.3796 0.5539 0.700 0.000 0.000 0.300 0.000
#> SRR934878 3 0.0609 0.9225 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR934879 3 0.0510 0.9203 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934880 4 0.2516 0.8465 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR934881 3 0.2891 0.7990 0.000 0.176 0.824 0.000 0.000
#> SRR934882 3 0.1671 0.8888 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0693 0.9435 0.000 0.980 0.012 0.008 0.000
#> SRR934885 2 0.0833 0.9396 0.004 0.976 0.016 0.004 0.000
#> SRR934886 3 0.1121 0.9118 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR934887 3 0.0566 0.9214 0.000 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR934888 2 0.0510 0.9463 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0671 0.9433 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR934890 3 0.0794 0.9151 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934891 4 0.0162 0.9360 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934892 3 0.0794 0.9151 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934893 3 0.0703 0.9216 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 2 0.4503 0.5943 0.000 0.696 0.268 0.036 0.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899 2 0.0880 0.9332 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934900 3 0.0510 0.9203 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934901 2 0.0162 0.9500 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934902 3 0.0703 0.9216 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934906 4 0.2179 0.8735 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR934907 2 0.4262 0.1737 0.000 0.560 0.440 0.000 0.000
#> SRR934908 2 0.0162 0.9500 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934909 2 0.3242 0.7323 0.000 0.784 0.216 0.000 0.000
#> SRR934910 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934911 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934912 3 0.3636 0.6443 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.0404 0.9356 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934915 3 0.0000 0.9193 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934916 1 0.0162 0.9733 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934917 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934918 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934919 2 0.3961 0.7551 0.160 0.792 0.044 0.004 0.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 4 0.1671 0.8996 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000
#> SRR934924 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.1121 0.9118 0.000 0.044 0.956 0.000 0.000
#> SRR934928 4 0.2852 0.8097 0.000 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR934929 4 0.0912 0.9340 0.012 0.000 0.016 0.972 0.000
#> SRR934930 3 0.0703 0.9216 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR934931 4 0.0510 0.9324 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.1908 0.8766 0.000 0.092 0.908 0.000 0.000
#> SRR934936 2 0.0404 0.9463 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0510 0.9203 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934938 3 0.0510 0.9227 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR934939 4 0.2471 0.8523 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR934940 2 0.2992 0.8467 0.000 0.868 0.068 0.064 0.000
#> SRR934941 4 0.4045 0.4666 0.000 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR934942 4 0.5220 0.1083 0.000 0.440 0.044 0.516 0.000
#> SRR934943 2 0.0609 0.9444 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934944 1 0.0162 0.9729 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934945 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934946 4 0.0404 0.9337 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.2230 0.8565 0.000 0.884 0.116 0.000 0.000
#> SRR934950 4 0.0404 0.9354 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934951 4 0.1725 0.9157 0.020 0.000 0.044 0.936 0.000
#> SRR934953 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934954 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.3319 0.7800 0.160 0.020 0.820 0.000 0.000
#> SRR934957 4 0.0703 0.9330 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934960 4 0.0290 0.9359 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0162 0.9500 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.0703 0.9173 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934967 3 0.0510 0.9227 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR934968 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969 4 0.0290 0.9359 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934970 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934971 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934973 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975 4 0.1792 0.8896 0.000 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR934976 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0955 0.9154 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000
#> SRR934982 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934983 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934984 5 0.0000 0.9986 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934985 4 0.0510 0.9324 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.9515 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934988 3 0.0703 0.9175 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9765 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0510 0.9203 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 5 0.5259 -0.36801 0.000 0.000 0.436 0.096 0.468 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.4177 0.79073 0.000 0.000 0.012 0.520 0.468 0.000
#> SRR934722 2 0.1010 0.78073 0.000 0.960 0.004 0.036 0.000 0.000
#> SRR934723 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934724 4 0.4089 0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934725 4 0.0260 0.59694 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934726 1 0.5077 0.28550 0.552 0.000 0.000 0.088 0.360 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.3986 0.79242 0.000 0.000 0.004 0.532 0.464 0.000
#> SRR934729 5 0.5073 0.54424 0.000 0.448 0.000 0.076 0.476 0.000
#> SRR934730 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934733 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734 1 0.3838 0.18891 0.552 0.000 0.000 0.000 0.000 0.448
#> SRR934735 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 5 0.3868 0.57164 0.000 0.492 0.000 0.000 0.508 0.000
#> SRR934738 4 0.2664 0.69111 0.000 0.000 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR934740 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934739 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934741 5 0.3864 0.58798 0.000 0.480 0.000 0.000 0.520 0.000
#> SRR934742 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0146 0.88566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934745 1 0.2879 0.76168 0.816 0.004 0.000 0.176 0.004 0.000
#> SRR934746 2 0.3868 -0.57066 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR934747 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.3388 0.70948 0.000 0.000 0.792 0.036 0.172 0.000
#> SRR934750 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.4089 0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.2219 0.67045 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000
#> SRR934753 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.3989 0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934755 3 0.1010 0.86839 0.000 0.004 0.960 0.000 0.036 0.000
#> SRR934756 4 0.4574 0.77556 0.036 0.000 0.000 0.524 0.440 0.000
#> SRR934757 3 0.5615 0.24937 0.036 0.000 0.532 0.068 0.364 0.000
#> SRR934758 1 0.0790 0.89786 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.2491 0.62667 0.000 0.836 0.164 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934762 4 0.3854 0.79158 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR934763 4 0.3989 0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934764 4 0.3989 0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934767 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934771 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0146 0.88566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934775 5 0.6194 -0.50475 0.304 0.000 0.008 0.252 0.436 0.000
#> SRR934776 4 0.3620 0.75675 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352 0.000
#> SRR934777 4 0.4089 0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934778 4 0.2996 0.27129 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR934779 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934780 3 0.6088 0.27252 0.000 0.044 0.536 0.296 0.124 0.000
#> SRR934781 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.4089 0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934784 6 0.0547 0.97492 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR934785 6 0.1765 0.87718 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR934786 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934788 4 0.4120 0.79146 0.004 0.000 0.004 0.524 0.468 0.000
#> SRR934789 4 0.4217 0.79155 0.004 0.000 0.008 0.524 0.464 0.000
#> SRR934790 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791 4 0.3989 0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934792 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.1267 0.86801 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR934794 6 0.0458 0.98035 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR934795 4 0.3659 0.76681 0.000 0.000 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.4089 0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934800 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934801 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0291 0.81483 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 3 0.2664 0.77619 0.000 0.016 0.848 0.000 0.136 0.000
#> SRR934805 4 0.4089 0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934806 1 0.3971 0.29988 0.548 0.000 0.004 0.000 0.448 0.000
#> SRR934807 4 0.0713 0.57039 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934809 4 0.4089 0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934810 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934811 4 0.2909 0.40298 0.000 0.136 0.000 0.836 0.028 0.000
#> SRR934808 4 0.3979 0.79131 0.000 0.000 0.004 0.540 0.456 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.0458 0.88168 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814 4 0.0632 0.57376 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934815 5 0.4513 0.38349 0.000 0.032 0.000 0.440 0.528 0.000
#> SRR934816 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.3699 0.50919 0.000 0.004 0.660 0.000 0.336 0.000
#> SRR934818 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819 4 0.4117 0.79166 0.004 0.000 0.004 0.528 0.464 0.000
#> SRR934820 4 0.0632 0.60652 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934821 3 0.0000 0.88588 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.4177 0.79073 0.000 0.000 0.012 0.520 0.468 0.000
#> SRR934825 5 0.3868 0.56468 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR934826 4 0.3854 0.79158 0.000 0.000 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR934827 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828 5 0.3986 0.36158 0.000 0.004 0.000 0.464 0.532 0.000
#> SRR934829 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 4 0.1007 0.55496 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 4 0.1327 0.53319 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR934833 4 0.0632 0.57376 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934834 6 0.0146 0.99390 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934835 2 0.3582 0.43875 0.000 0.732 0.252 0.000 0.016 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0632 0.79632 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934838 4 0.4089 0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934839 2 0.4210 -0.10155 0.000 0.636 0.028 0.000 0.336 0.000
#> SRR934840 5 0.4705 0.58077 0.000 0.472 0.044 0.000 0.484 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934845 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 5 0.4592 0.59831 0.000 0.468 0.036 0.000 0.496 0.000
#> SRR934847 4 0.4089 0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934848 4 0.3989 0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0146 0.88570 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934853 4 0.4333 0.78698 0.000 0.000 0.020 0.512 0.468 0.000
#> SRR934852 3 0.3860 0.13697 0.000 0.472 0.528 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854 4 0.0363 0.60029 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934856 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934860 5 0.4523 0.61398 0.000 0.452 0.032 0.000 0.516 0.000
#> SRR934861 5 0.4705 0.58077 0.000 0.472 0.044 0.000 0.484 0.000
#> SRR934862 2 0.0146 0.81117 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934863 4 0.4086 0.79231 0.000 0.000 0.008 0.528 0.464 0.000
#> SRR934864 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.0865 0.61340 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.81461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.2431 0.64967 0.000 0.860 0.132 0.000 0.008 0.000
#> SRR934868 5 0.4847 0.60531 0.000 0.444 0.056 0.000 0.500 0.000
#> SRR934869 2 0.4690 0.06824 0.000 0.512 0.028 0.008 0.452 0.000
#> SRR934870 4 0.3989 0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934871 5 0.6107 0.51836 0.000 0.260 0.020 0.204 0.516 0.000
#> SRR934872 6 0.0146 0.99276 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR934873 3 0.2234 0.78317 0.124 0.004 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0458 0.80321 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.81461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.4089 0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934877 1 0.5461 0.20443 0.528 0.000 0.000 0.140 0.332 0.000
#> SRR934878 3 0.0146 0.88570 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934879 3 0.0146 0.88566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934880 4 0.4177 0.79073 0.000 0.000 0.012 0.520 0.468 0.000
#> SRR934881 3 0.2378 0.76751 0.000 0.152 0.848 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882 3 0.0520 0.88207 0.000 0.008 0.984 0.000 0.008 0.000
#> SRR934883 2 0.0291 0.81456 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR934884 5 0.4676 0.61133 0.000 0.428 0.000 0.044 0.528 0.000
#> SRR934885 5 0.4453 0.61244 0.000 0.444 0.000 0.028 0.528 0.000
#> SRR934886 3 0.0260 0.88406 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934887 3 0.0146 0.88566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934888 2 0.3964 0.30845 0.000 0.724 0.044 0.000 0.232 0.000
#> SRR934889 5 0.4246 0.61042 0.000 0.452 0.000 0.016 0.532 0.000
#> SRR934890 3 0.1720 0.84335 0.000 0.000 0.928 0.032 0.040 0.000
#> SRR934891 4 0.2278 0.66839 0.000 0.000 0.004 0.868 0.128 0.000
#> SRR934892 3 0.1471 0.84763 0.000 0.000 0.932 0.004 0.064 0.000
#> SRR934893 3 0.0146 0.88570 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.81461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 4 0.6068 -0.23167 0.000 0.360 0.264 0.376 0.000 0.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0790 0.78769 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR934898 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899 2 0.3428 0.39220 0.000 0.696 0.304 0.000 0.000 0.000
#> SRR934900 3 0.0260 0.88426 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934901 5 0.3868 0.56666 0.000 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR934902 3 0.0146 0.88570 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934906 4 0.4520 0.78452 0.000 0.000 0.032 0.520 0.448 0.000
#> SRR934907 2 0.5847 -0.00123 0.000 0.444 0.360 0.196 0.000 0.000
#> SRR934908 2 0.4010 -0.34236 0.000 0.584 0.000 0.008 0.408 0.000
#> SRR934909 5 0.5233 0.58220 0.000 0.404 0.096 0.000 0.500 0.000
#> SRR934910 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934911 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934912 3 0.5888 -0.23317 0.000 0.200 0.400 0.000 0.400 0.000
#> SRR934913 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.3989 0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934915 3 0.0260 0.88393 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934916 1 0.3446 0.54892 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR934917 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934918 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934919 5 0.6383 0.51235 0.056 0.236 0.000 0.176 0.532 0.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 4 0.3695 0.38022 0.000 0.000 0.272 0.712 0.016 0.000
#> SRR934924 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.5454 0.15791 0.000 0.616 0.184 0.012 0.188 0.000
#> SRR934926 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.0260 0.88406 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934928 4 0.5538 0.46293 0.000 0.000 0.340 0.512 0.148 0.000
#> SRR934929 4 0.3244 0.72863 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268 0.000
#> SRR934930 3 0.0146 0.88570 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934931 4 0.0713 0.57039 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934932 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.81461 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.1261 0.86689 0.000 0.024 0.952 0.000 0.024 0.000
#> SRR934936 2 0.0260 0.81372 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0146 0.88566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934938 3 0.0146 0.88570 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939 4 0.4704 0.77354 0.000 0.000 0.044 0.488 0.468 0.000
#> SRR934940 2 0.3212 0.63784 0.000 0.840 0.100 0.048 0.012 0.000
#> SRR934941 4 0.3810 -0.05249 0.000 0.000 0.428 0.572 0.000 0.000
#> SRR934942 4 0.5422 -0.06297 0.000 0.324 0.100 0.564 0.012 0.000
#> SRR934943 5 0.4322 0.61525 0.000 0.452 0.020 0.000 0.528 0.000
#> SRR934944 1 0.3789 0.53562 0.668 0.000 0.004 0.004 0.324 0.000
#> SRR934945 1 0.0146 0.92380 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934946 4 0.0713 0.57713 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949 5 0.4944 0.58927 0.000 0.448 0.064 0.000 0.488 0.000
#> SRR934950 4 0.0603 0.60204 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR934951 4 0.4089 0.79204 0.000 0.000 0.008 0.524 0.468 0.000
#> SRR934953 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0146 0.81426 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934954 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.4003 0.70579 0.116 0.124 0.760 0.000 0.000 0.000
#> SRR934957 4 0.4736 0.75834 0.000 0.000 0.060 0.588 0.352 0.000
#> SRR934958 2 0.0291 0.81456 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR934959 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934960 4 0.3989 0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934961 2 0.3868 -0.57060 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492 0.000
#> SRR934962 2 0.0858 0.79350 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028 0.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.0146 0.88570 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934965 2 0.0146 0.81651 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934967 3 0.0146 0.88566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934968 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969 4 0.3989 0.79244 0.000 0.000 0.004 0.528 0.468 0.000
#> SRR934970 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934971 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934973 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975 4 0.2416 0.44641 0.000 0.000 0.156 0.844 0.000 0.000
#> SRR934976 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0767 0.88047 0.000 0.008 0.976 0.004 0.012 0.000
#> SRR934982 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934983 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934984 6 0.0000 0.99688 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934985 4 0.3961 0.61775 0.000 0.004 0.000 0.556 0.440 0.000
#> SRR934986 1 0.3804 0.36085 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424 0.000
#> SRR934987 2 0.1340 0.76953 0.000 0.948 0.008 0.040 0.004 0.000
#> SRR934988 3 0.2048 0.80182 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.92709 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0146 0.88566 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.433 0.733 0.880 0.4709 0.502 0.502
#> 3 3 0.367 0.535 0.721 0.3204 0.728 0.508
#> 4 4 0.454 0.535 0.709 0.1327 0.755 0.429
#> 5 5 0.533 0.616 0.762 0.0805 0.888 0.632
#> 6 6 0.584 0.529 0.697 0.0491 0.958 0.816
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.5408 0.8044 0.876 0.124
#> SRR934720 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934722 2 0.9491 0.5228 0.368 0.632
#> SRR934723 1 0.1184 0.8807 0.984 0.016
#> SRR934724 1 0.0376 0.8834 0.996 0.004
#> SRR934725 1 0.0938 0.8818 0.988 0.012
#> SRR934726 1 0.4562 0.8348 0.904 0.096
#> SRR934727 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.2603 0.8164 0.044 0.956
#> SRR934730 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.1414 0.8793 0.980 0.020
#> SRR934732 2 0.4298 0.8014 0.088 0.912
#> SRR934733 1 0.8813 0.5311 0.700 0.300
#> SRR934734 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0376 0.8212 0.004 0.996
#> SRR934738 1 0.1633 0.8777 0.976 0.024
#> SRR934740 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.2423 0.8171 0.040 0.960
#> SRR934742 1 0.1184 0.8807 0.984 0.016
#> SRR934743 1 0.6801 0.7427 0.820 0.180
#> SRR934744 1 0.8267 0.6195 0.740 0.260
#> SRR934745 1 0.9460 0.3743 0.636 0.364
#> SRR934746 2 0.0376 0.8212 0.004 0.996
#> SRR934747 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.5178 0.8126 0.884 0.116
#> SRR934750 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.1633 0.8777 0.976 0.024
#> SRR934753 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0938 0.8818 0.988 0.012
#> SRR934755 1 0.9754 0.2537 0.592 0.408
#> SRR934756 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.5059 0.8200 0.888 0.112
#> SRR934758 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0376 0.8212 0.004 0.996
#> SRR934761 2 0.8763 0.6299 0.296 0.704
#> SRR934762 1 0.1633 0.8777 0.976 0.024
#> SRR934763 1 0.0376 0.8834 0.996 0.004
#> SRR934764 1 0.0938 0.8818 0.988 0.012
#> SRR934765 1 0.3733 0.8467 0.928 0.072
#> SRR934766 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.9427 0.5367 0.360 0.640
#> SRR934770 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.6531 0.7621 0.168 0.832
#> SRR934771 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.9775 0.2180 0.588 0.412
#> SRR934775 1 0.1414 0.8793 0.980 0.020
#> SRR934776 1 0.4815 0.8261 0.896 0.104
#> SRR934777 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934778 2 0.9661 0.4712 0.392 0.608
#> SRR934779 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934780 2 0.9977 0.2500 0.472 0.528
#> SRR934781 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.0376 0.8834 0.996 0.004
#> SRR934784 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0376 0.8834 0.996 0.004
#> SRR934790 1 0.9358 0.4239 0.648 0.352
#> SRR934791 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.2948 0.8157 0.052 0.948
#> SRR934793 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.1633 0.8777 0.976 0.024
#> SRR934796 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0376 0.8212 0.004 0.996
#> SRR934801 2 0.0376 0.8212 0.004 0.996
#> SRR934802 2 0.0376 0.8212 0.004 0.996
#> SRR934803 1 0.9170 0.4548 0.668 0.332
#> SRR934804 2 0.9635 0.4788 0.388 0.612
#> SRR934805 1 0.0376 0.8834 0.996 0.004
#> SRR934806 1 0.0672 0.8826 0.992 0.008
#> SRR934807 2 0.8909 0.6198 0.308 0.692
#> SRR934809 1 0.2423 0.8703 0.960 0.040
#> SRR934810 1 0.3733 0.8522 0.928 0.072
#> SRR934811 2 0.8909 0.6198 0.308 0.692
#> SRR934808 1 0.4815 0.8260 0.896 0.104
#> SRR934812 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.8713 0.6334 0.292 0.708
#> SRR934814 1 0.0938 0.8818 0.988 0.012
#> SRR934815 2 0.6531 0.7621 0.168 0.832
#> SRR934816 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.5842 0.7795 0.140 0.860
#> SRR934818 1 0.9970 -0.0270 0.532 0.468
#> SRR934819 1 0.1184 0.8807 0.984 0.016
#> SRR934820 1 0.3431 0.8575 0.936 0.064
#> SRR934821 1 0.9710 0.2666 0.600 0.400
#> SRR934822 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934825 2 0.2043 0.8191 0.032 0.968
#> SRR934826 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.9580 0.3204 0.620 0.380
#> SRR934828 2 0.7376 0.7304 0.208 0.792
#> SRR934829 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934830 2 0.8909 0.6194 0.308 0.692
#> SRR934831 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934832 2 0.8909 0.6194 0.308 0.692
#> SRR934833 1 0.9393 0.3965 0.644 0.356
#> SRR934834 1 0.4298 0.8423 0.912 0.088
#> SRR934835 2 0.5519 0.7852 0.128 0.872
#> SRR934836 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0376 0.8212 0.004 0.996
#> SRR934840 2 0.0376 0.8212 0.004 0.996
#> SRR934841 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.1184 0.8807 0.984 0.016
#> SRR934844 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0672 0.8211 0.008 0.992
#> SRR934847 1 0.0376 0.8834 0.996 0.004
#> SRR934848 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934851 1 1.0000 -0.1420 0.504 0.496
#> SRR934853 1 0.5737 0.7893 0.864 0.136
#> SRR934852 2 0.9129 0.5780 0.328 0.672
#> SRR934854 1 0.9323 0.4193 0.652 0.348
#> SRR934856 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.2423 0.8172 0.040 0.960
#> SRR934862 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.3733 0.8522 0.928 0.072
#> SRR934866 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.5178 0.7914 0.116 0.884
#> SRR934868 2 0.4431 0.8015 0.092 0.908
#> SRR934869 1 0.5178 0.8126 0.884 0.116
#> SRR934870 1 0.0376 0.8834 0.996 0.004
#> SRR934871 2 0.4298 0.8042 0.088 0.912
#> SRR934872 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.8386 0.6723 0.268 0.732
#> SRR934874 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934878 2 0.9552 0.5048 0.376 0.624
#> SRR934879 1 0.7950 0.6532 0.760 0.240
#> SRR934880 1 0.5737 0.7893 0.864 0.136
#> SRR934881 2 0.8713 0.6334 0.292 0.708
#> SRR934882 2 0.6048 0.7772 0.148 0.852
#> SRR934883 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.5519 0.7862 0.128 0.872
#> SRR934885 2 0.5178 0.7922 0.116 0.884
#> SRR934886 2 0.9686 0.4619 0.396 0.604
#> SRR934887 2 0.9866 0.3591 0.432 0.568
#> SRR934888 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.5737 0.7819 0.136 0.864
#> SRR934890 1 0.5519 0.8004 0.872 0.128
#> SRR934891 1 0.4431 0.8368 0.908 0.092
#> SRR934892 2 0.9881 0.3595 0.436 0.564
#> SRR934893 1 0.9922 0.1053 0.552 0.448
#> SRR934894 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.9460 0.5319 0.364 0.636
#> SRR934896 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934898 1 0.5519 0.8036 0.872 0.128
#> SRR934899 2 0.9954 0.2860 0.460 0.540
#> SRR934900 1 0.9286 0.4465 0.656 0.344
#> SRR934901 2 0.2423 0.8171 0.040 0.960
#> SRR934902 2 0.9933 0.2861 0.452 0.548
#> SRR934903 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.0672 0.8826 0.992 0.008
#> SRR934906 1 0.9427 0.3802 0.640 0.360
#> SRR934907 2 0.9460 0.5319 0.364 0.636
#> SRR934908 2 0.2423 0.8175 0.040 0.960
#> SRR934909 2 0.3431 0.8121 0.064 0.936
#> SRR934910 2 0.4939 0.7959 0.108 0.892
#> SRR934911 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.5629 0.7828 0.132 0.868
#> SRR934913 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934915 2 0.9993 0.2090 0.484 0.516
#> SRR934916 1 0.2236 0.8726 0.964 0.036
#> SRR934917 2 0.0376 0.8212 0.004 0.996
#> SRR934918 2 0.9944 0.2742 0.456 0.544
#> SRR934919 2 0.7299 0.7374 0.204 0.796
#> SRR934920 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.9732 0.4423 0.404 0.596
#> SRR934924 2 0.8443 0.6681 0.272 0.728
#> SRR934923 1 0.0672 0.8825 0.992 0.008
#> SRR934925 2 0.9427 0.5367 0.360 0.640
#> SRR934926 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.7376 0.7324 0.208 0.792
#> SRR934928 1 0.2423 0.8703 0.960 0.040
#> SRR934929 1 0.9988 -0.0794 0.520 0.480
#> SRR934930 2 0.9881 0.3517 0.436 0.564
#> SRR934931 2 0.9000 0.6087 0.316 0.684
#> SRR934932 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.7139 0.7403 0.196 0.804
#> SRR934936 2 0.9866 0.3709 0.432 0.568
#> SRR934933 1 0.9170 0.4548 0.668 0.332
#> SRR934937 1 0.8267 0.6195 0.740 0.260
#> SRR934938 1 0.9933 0.0859 0.548 0.452
#> SRR934939 1 0.3431 0.8567 0.936 0.064
#> SRR934940 2 0.9552 0.5071 0.376 0.624
#> SRR934941 2 0.9993 0.2067 0.484 0.516
#> SRR934942 2 0.9427 0.5367 0.360 0.640
#> SRR934943 2 0.5519 0.7862 0.128 0.872
#> SRR934944 1 0.2603 0.8686 0.956 0.044
#> SRR934945 2 0.8443 0.6681 0.272 0.728
#> SRR934946 2 1.0000 0.1480 0.500 0.500
#> SRR934947 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934948 1 0.7602 0.6846 0.780 0.220
#> SRR934949 2 0.0672 0.8211 0.008 0.992
#> SRR934950 1 0.3733 0.8522 0.928 0.072
#> SRR934951 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.9170 0.4548 0.668 0.332
#> SRR934952 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.9922 0.3256 0.448 0.552
#> SRR934957 1 0.5059 0.8200 0.888 0.112
#> SRR934958 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0376 0.8212 0.004 0.996
#> SRR934962 2 0.0376 0.8212 0.004 0.996
#> SRR934963 2 0.9954 0.2860 0.460 0.540
#> SRR934964 1 1.0000 -0.1420 0.504 0.496
#> SRR934965 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.7674 0.6830 0.776 0.224
#> SRR934968 1 0.8267 0.6195 0.740 0.260
#> SRR934969 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.8386 0.6723 0.268 0.732
#> SRR934972 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934973 1 0.9044 0.5024 0.680 0.320
#> SRR934974 1 0.5408 0.8044 0.876 0.124
#> SRR934975 2 0.9993 0.2067 0.484 0.516
#> SRR934976 2 0.2948 0.8149 0.052 0.948
#> SRR934977 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934978 1 0.9993 -0.0902 0.516 0.484
#> SRR934979 2 0.0000 0.8207 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.9922 0.3256 0.448 0.552
#> SRR934982 1 0.2236 0.8726 0.964 0.036
#> SRR934983 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0938 0.8207 0.012 0.988
#> SRR934985 1 0.4815 0.8261 0.896 0.104
#> SRR934986 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.9427 0.5367 0.360 0.640
#> SRR934988 1 0.8861 0.5383 0.696 0.304
#> SRR934989 1 0.0000 0.8839 1.000 0.000
#> SRR934990 1 0.8267 0.6195 0.740 0.260
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 1 0.5785 0.6906 0.668 0.000 0.332
#> SRR934718 1 0.2537 0.6721 0.920 0.000 0.080
#> SRR934719 3 0.6189 -0.0951 0.364 0.004 0.632
#> SRR934720 1 0.0747 0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934721 1 0.6235 0.6114 0.564 0.000 0.436
#> SRR934722 3 0.6859 0.3617 0.024 0.356 0.620
#> SRR934723 1 0.5859 0.6538 0.656 0.000 0.344
#> SRR934724 1 0.6291 0.5451 0.532 0.000 0.468
#> SRR934725 1 0.6215 0.5928 0.572 0.000 0.428
#> SRR934726 1 0.7178 0.4313 0.512 0.024 0.464
#> SRR934727 1 0.2448 0.6717 0.924 0.000 0.076
#> SRR934728 1 0.6168 0.6269 0.588 0.000 0.412
#> SRR934729 2 0.5404 0.6783 0.004 0.740 0.256
#> SRR934730 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 1 0.6672 0.5307 0.520 0.008 0.472
#> SRR934732 2 0.3752 0.7523 0.000 0.856 0.144
#> SRR934733 3 0.9008 0.2201 0.360 0.140 0.500
#> SRR934734 1 0.0747 0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934735 1 0.5016 0.7019 0.760 0.000 0.240
#> SRR934736 1 0.0747 0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934737 2 0.1643 0.8455 0.000 0.956 0.044
#> SRR934738 1 0.6252 0.5708 0.556 0.000 0.444
#> SRR934740 1 0.0747 0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934739 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.5138 0.6854 0.000 0.748 0.252
#> SRR934742 1 0.5882 0.6531 0.652 0.000 0.348
#> SRR934743 1 0.7591 0.2670 0.632 0.068 0.300
#> SRR934744 3 0.6201 0.3276 0.208 0.044 0.748
#> SRR934745 3 0.9579 0.3364 0.368 0.200 0.432
#> SRR934746 2 0.1411 0.8460 0.000 0.964 0.036
#> SRR934747 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 3 0.6247 -0.1328 0.376 0.004 0.620
#> SRR934750 2 0.1031 0.8472 0.000 0.976 0.024
#> SRR934749 1 0.6235 0.6114 0.564 0.000 0.436
#> SRR934751 1 0.4291 0.6943 0.820 0.000 0.180
#> SRR934752 1 0.6252 0.5708 0.556 0.000 0.444
#> SRR934753 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.6215 0.5928 0.572 0.000 0.428
#> SRR934755 3 0.6255 0.4960 0.112 0.112 0.776
#> SRR934756 1 0.5760 0.6855 0.672 0.000 0.328
#> SRR934757 3 0.7309 -0.2459 0.416 0.032 0.552
#> SRR934758 1 0.2448 0.6717 0.924 0.000 0.076
#> SRR934759 1 0.0747 0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934760 2 0.0592 0.8490 0.000 0.988 0.012
#> SRR934761 3 0.6489 0.0379 0.004 0.456 0.540
#> SRR934762 1 0.6252 0.5708 0.556 0.000 0.444
#> SRR934763 1 0.6286 0.5534 0.536 0.000 0.464
#> SRR934764 1 0.6215 0.5928 0.572 0.000 0.428
#> SRR934765 1 0.5591 0.5579 0.696 0.000 0.304
#> SRR934766 1 0.5882 0.6835 0.652 0.000 0.348
#> SRR934767 1 0.0747 0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934768 1 0.5016 0.7019 0.760 0.000 0.240
#> SRR934769 3 0.7050 0.3346 0.028 0.372 0.600
#> SRR934770 1 0.2537 0.6721 0.920 0.000 0.080
#> SRR934772 2 0.6994 0.4043 0.020 0.556 0.424
#> SRR934771 1 0.6235 0.6114 0.564 0.000 0.436
#> SRR934773 1 0.0747 0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934774 3 0.7615 0.5397 0.164 0.148 0.688
#> SRR934775 1 0.6398 0.6608 0.620 0.008 0.372
#> SRR934776 3 0.7561 -0.2955 0.444 0.040 0.516
#> SRR934777 1 0.5882 0.6835 0.652 0.000 0.348
#> SRR934778 3 0.8308 0.3392 0.096 0.336 0.568
#> SRR934779 1 0.1163 0.6472 0.972 0.000 0.028
#> SRR934780 3 0.7523 0.5456 0.080 0.260 0.660
#> SRR934781 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.1031 0.8472 0.000 0.976 0.024
#> SRR934783 1 0.6280 0.5586 0.540 0.000 0.460
#> SRR934784 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.2537 0.6721 0.920 0.000 0.080
#> SRR934787 1 0.2356 0.6683 0.928 0.000 0.072
#> SRR934788 1 0.5785 0.6903 0.668 0.000 0.332
#> SRR934789 1 0.6192 0.6119 0.580 0.000 0.420
#> SRR934790 3 0.5974 0.4403 0.148 0.068 0.784
#> SRR934791 1 0.5948 0.6779 0.640 0.000 0.360
#> SRR934792 2 0.3784 0.7945 0.004 0.864 0.132
#> SRR934793 1 0.0747 0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934794 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 1 0.6252 0.5708 0.556 0.000 0.444
#> SRR934796 1 0.2537 0.6721 0.920 0.000 0.080
#> SRR934797 1 0.0747 0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934798 1 0.1643 0.6552 0.956 0.000 0.044
#> SRR934799 1 0.5810 0.6881 0.664 0.000 0.336
#> SRR934800 2 0.1529 0.8461 0.000 0.960 0.040
#> SRR934801 2 0.1529 0.8446 0.000 0.960 0.040
#> SRR934802 2 0.1529 0.8461 0.000 0.960 0.040
#> SRR934803 3 0.8246 0.3894 0.312 0.100 0.588
#> SRR934804 3 0.8037 0.3452 0.076 0.352 0.572
#> SRR934805 1 0.6280 0.5586 0.540 0.000 0.460
#> SRR934806 1 0.6126 0.6473 0.600 0.000 0.400
#> SRR934807 3 0.8199 0.0381 0.072 0.440 0.488
#> SRR934809 3 0.6521 -0.4878 0.496 0.004 0.500
#> SRR934810 3 0.6825 -0.4453 0.492 0.012 0.496
#> SRR934811 3 0.8199 0.0381 0.072 0.440 0.488
#> SRR934808 3 0.7549 -0.2795 0.436 0.040 0.524
#> SRR934812 1 0.1163 0.6472 0.972 0.000 0.028
#> SRR934813 3 0.6267 0.0327 0.000 0.452 0.548
#> SRR934814 1 0.6215 0.5928 0.572 0.000 0.428
#> SRR934815 2 0.6994 0.4043 0.020 0.556 0.424
#> SRR934816 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 2 0.5621 0.5884 0.000 0.692 0.308
#> SRR934818 3 0.8408 0.5620 0.144 0.244 0.612
#> SRR934819 1 0.5882 0.6531 0.652 0.000 0.348
#> SRR934820 1 0.6678 0.4769 0.512 0.008 0.480
#> SRR934821 3 0.7160 0.5359 0.132 0.148 0.720
#> SRR934822 1 0.5016 0.7019 0.760 0.000 0.240
#> SRR934823 1 0.6235 0.6114 0.564 0.000 0.436
#> SRR934825 2 0.3340 0.8094 0.000 0.880 0.120
#> SRR934826 1 0.5905 0.6779 0.648 0.000 0.352
#> SRR934827 3 0.8229 0.4720 0.256 0.124 0.620
#> SRR934828 2 0.7801 0.3248 0.052 0.520 0.428
#> SRR934829 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830 3 0.8310 0.0605 0.080 0.420 0.500
#> SRR934831 1 0.0747 0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934832 3 0.8310 0.0605 0.080 0.420 0.500
#> SRR934833 3 0.9045 0.4325 0.256 0.192 0.552
#> SRR934834 1 0.6603 0.5439 0.648 0.020 0.332
#> SRR934835 2 0.5529 0.6018 0.000 0.704 0.296
#> SRR934836 1 0.3192 0.6822 0.888 0.000 0.112
#> SRR934837 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.5905 0.6811 0.648 0.000 0.352
#> SRR934839 2 0.1753 0.8423 0.000 0.952 0.048
#> SRR934840 2 0.1753 0.8423 0.000 0.952 0.048
#> SRR934841 1 0.1163 0.6472 0.972 0.000 0.028
#> SRR934842 2 0.0237 0.8497 0.000 0.996 0.004
#> SRR934843 1 0.5859 0.6538 0.656 0.000 0.344
#> SRR934844 1 0.5835 0.6871 0.660 0.000 0.340
#> SRR934845 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.1753 0.8414 0.000 0.952 0.048
#> SRR934847 1 0.6280 0.5586 0.540 0.000 0.460
#> SRR934848 1 0.5905 0.6811 0.648 0.000 0.352
#> SRR934849 1 0.2448 0.6717 0.924 0.000 0.076
#> SRR934850 1 0.2448 0.6717 0.924 0.000 0.076
#> SRR934851 3 0.7478 0.5736 0.116 0.192 0.692
#> SRR934853 3 0.5926 -0.0816 0.356 0.000 0.644
#> SRR934852 3 0.7069 0.1836 0.024 0.408 0.568
#> SRR934854 3 0.8994 0.4227 0.260 0.184 0.556
#> SRR934856 1 0.5882 0.6835 0.652 0.000 0.348
#> SRR934858 1 0.4235 0.6939 0.824 0.000 0.176
#> SRR934859 2 0.1643 0.8443 0.000 0.956 0.044
#> SRR934860 2 0.1411 0.8471 0.000 0.964 0.036
#> SRR934861 2 0.3619 0.7877 0.000 0.864 0.136
#> SRR934862 2 0.0892 0.8472 0.000 0.980 0.020
#> SRR934863 1 0.6291 0.5492 0.532 0.000 0.468
#> SRR934864 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 3 0.6825 -0.4453 0.492 0.012 0.496
#> SRR934866 2 0.0237 0.8497 0.000 0.996 0.004
#> SRR934867 2 0.5363 0.6336 0.000 0.724 0.276
#> SRR934868 2 0.4842 0.7043 0.000 0.776 0.224
#> SRR934869 3 0.6247 -0.1328 0.376 0.004 0.620
#> SRR934870 1 0.6192 0.6119 0.580 0.000 0.420
#> SRR934871 2 0.5864 0.6252 0.008 0.704 0.288
#> SRR934872 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 2 0.7067 0.1184 0.020 0.512 0.468
#> SRR934874 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.5948 0.6779 0.640 0.000 0.360
#> SRR934877 1 0.5650 0.6944 0.688 0.000 0.312
#> SRR934878 3 0.6994 0.3706 0.028 0.360 0.612
#> SRR934879 3 0.6168 0.2873 0.224 0.036 0.740
#> SRR934880 3 0.5926 -0.0816 0.356 0.000 0.644
#> SRR934881 3 0.6267 0.0327 0.000 0.452 0.548
#> SRR934882 2 0.5845 0.5794 0.004 0.688 0.308
#> SRR934883 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 2 0.6079 0.5128 0.000 0.612 0.388
#> SRR934885 2 0.6209 0.5318 0.004 0.628 0.368
#> SRR934886 3 0.7337 0.4757 0.056 0.300 0.644
#> SRR934887 3 0.7396 0.4810 0.060 0.296 0.644
#> SRR934888 2 0.1289 0.8479 0.000 0.968 0.032
#> SRR934889 2 0.6111 0.4958 0.000 0.604 0.396
#> SRR934890 3 0.6169 -0.0807 0.360 0.004 0.636
#> SRR934891 3 0.7159 -0.3424 0.448 0.024 0.528
#> SRR934892 3 0.6601 0.4807 0.028 0.296 0.676
#> SRR934893 3 0.6848 0.5183 0.100 0.164 0.736
#> SRR934894 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 3 0.7809 0.3074 0.060 0.372 0.568
#> SRR934896 1 0.0747 0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934897 2 0.0592 0.8502 0.000 0.988 0.012
#> SRR934898 3 0.7681 -0.2020 0.412 0.048 0.540
#> SRR934899 3 0.7226 0.5164 0.080 0.228 0.692
#> SRR934900 3 0.6920 0.4370 0.164 0.104 0.732
#> SRR934901 2 0.5138 0.6854 0.000 0.748 0.252
#> SRR934902 3 0.7558 0.4776 0.072 0.284 0.644
#> SRR934903 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 1 0.6126 0.6473 0.600 0.000 0.400
#> SRR934906 3 0.7926 0.4884 0.216 0.128 0.656
#> SRR934907 3 0.7809 0.3074 0.060 0.372 0.568
#> SRR934908 2 0.5158 0.7046 0.004 0.764 0.232
#> SRR934909 2 0.4062 0.7654 0.000 0.836 0.164
#> SRR934910 2 0.6625 0.5806 0.024 0.660 0.316
#> SRR934911 2 0.0747 0.8497 0.000 0.984 0.016
#> SRR934912 2 0.5560 0.5947 0.000 0.700 0.300
#> SRR934913 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.5785 0.6906 0.668 0.000 0.332
#> SRR934915 3 0.7543 0.5680 0.104 0.216 0.680
#> SRR934916 1 0.2939 0.6158 0.916 0.012 0.072
#> SRR934917 2 0.0592 0.8494 0.000 0.988 0.012
#> SRR934918 3 0.7528 0.4841 0.072 0.280 0.648
#> SRR934919 2 0.6925 0.3116 0.016 0.532 0.452
#> SRR934920 1 0.0747 0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934921 2 0.0237 0.8497 0.000 0.996 0.004
#> SRR934922 3 0.7234 0.4460 0.048 0.312 0.640
#> SRR934924 2 0.9195 0.2503 0.152 0.464 0.384
#> SRR934923 1 0.2537 0.6513 0.920 0.000 0.080
#> SRR934925 3 0.7050 0.3346 0.028 0.372 0.600
#> SRR934926 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 2 0.6244 0.3096 0.000 0.560 0.440
#> SRR934928 3 0.6521 -0.4878 0.496 0.004 0.500
#> SRR934929 3 0.8372 0.5584 0.152 0.228 0.620
#> SRR934930 3 0.7056 0.4877 0.044 0.300 0.656
#> SRR934931 3 0.8100 0.0823 0.068 0.420 0.512
#> SRR934932 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 2 0.6154 0.3919 0.000 0.592 0.408
#> SRR934936 3 0.6744 0.4796 0.032 0.300 0.668
#> SRR934933 3 0.8246 0.3894 0.312 0.100 0.588
#> SRR934937 3 0.6201 0.3276 0.208 0.044 0.748
#> SRR934938 3 0.7216 0.5378 0.112 0.176 0.712
#> SRR934939 3 0.6944 -0.4160 0.468 0.016 0.516
#> SRR934940 3 0.6917 0.3579 0.024 0.368 0.608
#> SRR934941 3 0.7592 0.5526 0.112 0.208 0.680
#> SRR934942 3 0.7050 0.3346 0.028 0.372 0.600
#> SRR934943 2 0.6079 0.5128 0.000 0.612 0.388
#> SRR934944 1 0.6513 0.6075 0.592 0.008 0.400
#> SRR934945 2 0.9195 0.2503 0.152 0.464 0.384
#> SRR934946 3 0.8374 0.5403 0.144 0.240 0.616
#> SRR934947 1 0.5098 0.7020 0.752 0.000 0.248
#> SRR934948 3 0.6264 0.2449 0.244 0.032 0.724
#> SRR934949 2 0.1529 0.8444 0.000 0.960 0.040
#> SRR934950 3 0.6825 -0.4453 0.492 0.012 0.496
#> SRR934951 1 0.5905 0.6825 0.648 0.000 0.352
#> SRR934953 3 0.8246 0.3894 0.312 0.100 0.588
#> SRR934952 2 0.1031 0.8472 0.000 0.976 0.024
#> SRR934954 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.1163 0.6472 0.972 0.000 0.028
#> SRR934956 3 0.6872 0.5156 0.044 0.276 0.680
#> SRR934957 3 0.7309 -0.2459 0.416 0.032 0.552
#> SRR934958 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 1 0.6235 0.6114 0.564 0.000 0.436
#> SRR934960 1 0.5905 0.6779 0.648 0.000 0.352
#> SRR934961 2 0.1289 0.8464 0.000 0.968 0.032
#> SRR934962 2 0.0892 0.8480 0.000 0.980 0.020
#> SRR934963 3 0.7304 0.5128 0.084 0.228 0.688
#> SRR934964 3 0.7478 0.5736 0.116 0.192 0.692
#> SRR934965 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.8496 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.6869 0.2356 0.264 0.048 0.688
#> SRR934968 3 0.6201 0.3276 0.208 0.044 0.748
#> SRR934969 1 0.6180 0.6243 0.584 0.000 0.416
#> SRR934970 1 0.3340 0.6841 0.880 0.000 0.120
#> SRR934971 2 0.7067 0.1184 0.020 0.512 0.468
#> SRR934972 1 0.6235 0.6114 0.564 0.000 0.436
#> SRR934973 3 0.6625 0.4158 0.176 0.080 0.744
#> SRR934974 3 0.6189 -0.0951 0.364 0.004 0.632
#> SRR934975 3 0.7592 0.5526 0.112 0.208 0.680
#> SRR934976 2 0.5158 0.7046 0.004 0.764 0.232
#> SRR934977 1 0.2448 0.6688 0.924 0.000 0.076
#> SRR934978 3 0.7447 0.5756 0.120 0.184 0.696
#> SRR934979 2 0.1411 0.8471 0.000 0.964 0.036
#> SRR934980 1 0.0747 0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934981 3 0.6872 0.5156 0.044 0.276 0.680
#> SRR934982 1 0.2939 0.6158 0.916 0.012 0.072
#> SRR934983 1 0.5905 0.6779 0.648 0.000 0.352
#> SRR934984 2 0.2066 0.8368 0.000 0.940 0.060
#> SRR934985 3 0.7561 -0.2955 0.444 0.040 0.516
#> SRR934986 1 0.2878 0.6774 0.904 0.000 0.096
#> SRR934987 3 0.7050 0.3346 0.028 0.372 0.600
#> SRR934988 3 0.7092 0.4028 0.208 0.084 0.708
#> SRR934989 1 0.0747 0.6153 0.984 0.000 0.016
#> SRR934990 3 0.6201 0.3276 0.208 0.044 0.748
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 4 0.3123 0.4801 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR934718 1 0.4994 0.6722 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934719 4 0.5102 0.5239 0.220 0.000 0.048 0.732
#> SRR934720 1 0.5057 0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934721 4 0.2125 0.6096 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR934722 3 0.8741 0.6468 0.092 0.180 0.500 0.228
#> SRR934723 4 0.5559 0.3338 0.240 0.000 0.064 0.696
#> SRR934724 4 0.1837 0.6260 0.028 0.000 0.028 0.944
#> SRR934725 4 0.3611 0.5993 0.060 0.000 0.080 0.860
#> SRR934726 4 0.5714 0.5401 0.128 0.000 0.156 0.716
#> SRR934727 1 0.4972 0.7071 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR934728 4 0.2376 0.5988 0.068 0.000 0.016 0.916
#> SRR934729 3 0.5050 0.2556 0.004 0.408 0.588 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.2660 0.6302 0.036 0.000 0.056 0.908
#> SRR934732 2 0.4426 0.7431 0.044 0.840 0.064 0.052
#> SRR934733 4 0.6090 0.1711 0.052 0.000 0.384 0.564
#> SRR934734 1 0.5057 0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934735 4 0.4456 0.1899 0.280 0.000 0.004 0.716
#> SRR934736 1 0.5057 0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934737 2 0.2125 0.8197 0.004 0.920 0.076 0.000
#> SRR934738 4 0.3873 0.6001 0.060 0.000 0.096 0.844
#> SRR934740 1 0.5057 0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934739 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741 3 0.4898 0.2394 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR934742 4 0.5528 0.3450 0.236 0.000 0.064 0.700
#> SRR934743 1 0.7894 0.2544 0.364 0.000 0.292 0.344
#> SRR934744 4 0.7306 0.2303 0.340 0.008 0.132 0.520
#> SRR934745 3 0.8230 0.2720 0.204 0.028 0.468 0.300
#> SRR934746 2 0.1978 0.8246 0.004 0.928 0.068 0.000
#> SRR934747 2 0.0469 0.8383 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934748 4 0.4957 0.5439 0.204 0.000 0.048 0.748
#> SRR934750 2 0.2081 0.7975 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934749 4 0.2125 0.6096 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR934751 4 0.4817 -0.3112 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR934752 4 0.3873 0.6001 0.060 0.000 0.096 0.844
#> SRR934753 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.3611 0.5993 0.060 0.000 0.080 0.860
#> SRR934755 4 0.8624 -0.0820 0.352 0.032 0.260 0.356
#> SRR934756 4 0.4244 0.4814 0.168 0.000 0.032 0.800
#> SRR934757 4 0.4663 0.5946 0.064 0.000 0.148 0.788
#> SRR934758 1 0.4972 0.7071 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR934759 1 0.5057 0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934760 2 0.0657 0.8385 0.004 0.984 0.012 0.000
#> SRR934761 2 0.9643 -0.0253 0.216 0.368 0.264 0.152
#> SRR934762 4 0.3873 0.6001 0.060 0.000 0.096 0.844
#> SRR934763 4 0.1733 0.6254 0.024 0.000 0.028 0.948
#> SRR934764 4 0.3611 0.5993 0.060 0.000 0.080 0.860
#> SRR934765 1 0.6080 0.2411 0.488 0.000 0.044 0.468
#> SRR934766 4 0.2760 0.5145 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR934767 1 0.5057 0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934768 4 0.4456 0.1899 0.280 0.000 0.004 0.716
#> SRR934769 3 0.8595 0.6527 0.092 0.156 0.516 0.236
#> SRR934770 1 0.4994 0.6722 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934772 3 0.4728 0.5807 0.016 0.188 0.776 0.020
#> SRR934771 4 0.2125 0.6096 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR934773 1 0.5057 0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934774 3 0.7700 0.3399 0.152 0.012 0.440 0.396
#> SRR934775 4 0.4199 0.5278 0.164 0.000 0.032 0.804
#> SRR934776 4 0.4225 0.5846 0.024 0.000 0.184 0.792
#> SRR934777 4 0.2760 0.5145 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR934778 3 0.5640 0.6357 0.032 0.044 0.740 0.184
#> SRR934779 1 0.4830 0.7590 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934780 3 0.8507 0.5402 0.116 0.084 0.468 0.332
#> SRR934781 2 0.0188 0.8379 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934782 2 0.2081 0.7975 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934783 4 0.1520 0.6243 0.024 0.000 0.020 0.956
#> SRR934784 2 0.0469 0.8383 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934785 2 0.0188 0.8379 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934786 1 0.4994 0.6722 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934787 1 0.4967 0.7126 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR934788 4 0.3024 0.4932 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934789 4 0.2101 0.6072 0.060 0.000 0.012 0.928
#> SRR934790 4 0.8009 0.0517 0.348 0.008 0.232 0.412
#> SRR934791 4 0.2345 0.5491 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR934792 2 0.5135 0.7135 0.048 0.784 0.140 0.028
#> SRR934793 1 0.5057 0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934794 2 0.0188 0.8379 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934795 4 0.3873 0.6001 0.060 0.000 0.096 0.844
#> SRR934796 1 0.4994 0.6722 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934797 1 0.5057 0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934798 1 0.4898 0.7444 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR934799 4 0.3024 0.4943 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934800 2 0.1978 0.8233 0.004 0.928 0.068 0.000
#> SRR934801 2 0.2053 0.8224 0.004 0.924 0.072 0.000
#> SRR934802 2 0.1978 0.8233 0.004 0.928 0.068 0.000
#> SRR934803 4 0.7523 -0.1650 0.184 0.000 0.404 0.412
#> SRR934804 3 0.8462 0.6350 0.096 0.188 0.544 0.172
#> SRR934805 4 0.1520 0.6243 0.024 0.000 0.020 0.956
#> SRR934806 4 0.3495 0.5646 0.140 0.000 0.016 0.844
#> SRR934807 3 0.5776 0.6691 0.012 0.124 0.736 0.128
#> SRR934809 4 0.2586 0.6281 0.040 0.000 0.048 0.912
#> SRR934810 4 0.3525 0.6207 0.040 0.000 0.100 0.860
#> SRR934811 3 0.5776 0.6691 0.012 0.124 0.736 0.128
#> SRR934808 4 0.4332 0.5913 0.032 0.000 0.176 0.792
#> SRR934812 1 0.4830 0.7590 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934813 2 0.9641 -0.0211 0.228 0.368 0.256 0.148
#> SRR934814 4 0.3611 0.5993 0.060 0.000 0.080 0.860
#> SRR934815 3 0.4728 0.5807 0.016 0.188 0.776 0.020
#> SRR934816 2 0.0469 0.8383 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934817 2 0.7453 0.5014 0.124 0.620 0.204 0.052
#> SRR934818 3 0.8008 0.4257 0.072 0.076 0.456 0.396
#> SRR934819 4 0.5528 0.3450 0.236 0.000 0.064 0.700
#> SRR934820 4 0.3787 0.6113 0.036 0.000 0.124 0.840
#> SRR934821 4 0.8697 -0.2177 0.200 0.052 0.328 0.420
#> SRR934822 4 0.4456 0.1899 0.280 0.000 0.004 0.716
#> SRR934823 4 0.2125 0.6096 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR934825 2 0.4574 0.7352 0.044 0.808 0.136 0.012
#> SRR934826 4 0.3581 0.5449 0.116 0.000 0.032 0.852
#> SRR934827 3 0.7493 0.2855 0.156 0.004 0.448 0.392
#> SRR934828 3 0.4837 0.5973 0.024 0.160 0.788 0.028
#> SRR934829 2 0.0469 0.8383 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934830 3 0.5257 0.6573 0.024 0.084 0.784 0.108
#> SRR934831 1 0.5057 0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934832 3 0.5257 0.6573 0.024 0.084 0.784 0.108
#> SRR934833 4 0.6631 -0.1696 0.032 0.028 0.452 0.488
#> SRR934834 4 0.7109 -0.0485 0.336 0.000 0.144 0.520
#> SRR934835 2 0.7292 0.5278 0.116 0.636 0.196 0.052
#> SRR934836 4 0.5000 -0.6334 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934837 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.2647 0.5248 0.120 0.000 0.000 0.880
#> SRR934839 2 0.2342 0.8151 0.008 0.912 0.080 0.000
#> SRR934840 2 0.2342 0.8151 0.008 0.912 0.080 0.000
#> SRR934841 1 0.4830 0.7590 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934842 2 0.0188 0.8382 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934843 4 0.5559 0.3338 0.240 0.000 0.064 0.696
#> SRR934844 4 0.2973 0.4984 0.144 0.000 0.000 0.856
#> SRR934845 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.2266 0.8148 0.004 0.912 0.084 0.000
#> SRR934847 4 0.1520 0.6243 0.024 0.000 0.020 0.956
#> SRR934848 4 0.2589 0.5289 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR934849 1 0.4972 0.7071 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR934850 1 0.4972 0.7071 0.544 0.000 0.000 0.456
#> SRR934851 3 0.7339 0.5713 0.132 0.020 0.576 0.272
#> SRR934853 4 0.5184 0.5186 0.212 0.000 0.056 0.732
#> SRR934852 2 0.9825 -0.1255 0.240 0.324 0.264 0.172
#> SRR934854 4 0.6622 -0.1333 0.032 0.028 0.440 0.500
#> SRR934856 4 0.2704 0.5194 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR934858 4 0.4855 -0.3517 0.400 0.000 0.000 0.600
#> SRR934859 2 0.1584 0.8312 0.012 0.952 0.036 0.000
#> SRR934860 2 0.2124 0.8256 0.008 0.924 0.068 0.000
#> SRR934861 2 0.4584 0.7332 0.056 0.808 0.128 0.008
#> SRR934862 2 0.1867 0.8083 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR934863 4 0.1820 0.6274 0.020 0.000 0.036 0.944
#> SRR934864 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.3525 0.6207 0.040 0.000 0.100 0.860
#> SRR934866 2 0.0336 0.8377 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934867 2 0.7006 0.5559 0.108 0.656 0.192 0.044
#> SRR934868 2 0.6202 0.6367 0.088 0.716 0.164 0.032
#> SRR934869 4 0.4957 0.5439 0.204 0.000 0.048 0.748
#> SRR934870 4 0.2101 0.6072 0.060 0.000 0.012 0.928
#> SRR934871 3 0.6521 0.2747 0.012 0.424 0.516 0.048
#> SRR934872 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873 2 0.9296 0.0667 0.184 0.412 0.284 0.120
#> SRR934874 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0469 0.8383 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934876 4 0.2345 0.5491 0.100 0.000 0.000 0.900
#> SRR934877 4 0.3486 0.4342 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR934878 3 0.9650 0.5104 0.180 0.224 0.388 0.208
#> SRR934879 4 0.7067 0.2609 0.332 0.004 0.124 0.540
#> SRR934880 4 0.5184 0.5186 0.212 0.000 0.056 0.732
#> SRR934881 2 0.9641 -0.0211 0.228 0.368 0.256 0.148
#> SRR934882 2 0.7685 0.3835 0.100 0.572 0.272 0.056
#> SRR934883 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 3 0.4567 0.5264 0.000 0.244 0.740 0.016
#> SRR934885 3 0.5278 0.4867 0.008 0.284 0.688 0.020
#> SRR934886 3 0.9003 0.5845 0.140 0.132 0.468 0.260
#> SRR934887 3 0.9852 0.4254 0.228 0.188 0.328 0.256
#> SRR934888 2 0.1635 0.8321 0.008 0.948 0.044 0.000
#> SRR934889 3 0.4502 0.5343 0.000 0.236 0.748 0.016
#> SRR934890 4 0.5254 0.5174 0.220 0.000 0.056 0.724
#> SRR934891 4 0.3895 0.6100 0.036 0.000 0.132 0.832
#> SRR934892 3 0.9730 0.5054 0.184 0.192 0.356 0.268
#> SRR934893 1 0.9295 -0.3661 0.332 0.084 0.256 0.328
#> SRR934894 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 3 0.7888 0.6765 0.060 0.152 0.584 0.204
#> SRR934896 1 0.5057 0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934897 2 0.0817 0.8373 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934898 4 0.4677 0.5762 0.040 0.000 0.192 0.768
#> SRR934899 3 0.7364 0.6199 0.116 0.044 0.616 0.224
#> SRR934900 4 0.8449 0.0656 0.340 0.044 0.176 0.440
#> SRR934901 3 0.4898 0.2394 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR934902 1 0.9939 -0.3955 0.276 0.196 0.260 0.268
#> SRR934903 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.3495 0.5646 0.140 0.000 0.016 0.844
#> SRR934906 3 0.7081 0.2944 0.124 0.000 0.452 0.424
#> SRR934907 3 0.7888 0.6765 0.060 0.152 0.584 0.204
#> SRR934908 2 0.5000 -0.0204 0.000 0.504 0.496 0.000
#> SRR934909 2 0.5429 0.6888 0.064 0.760 0.156 0.020
#> SRR934910 3 0.5190 0.4059 0.008 0.328 0.656 0.008
#> SRR934911 2 0.1022 0.8332 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR934912 2 0.7363 0.5210 0.116 0.632 0.196 0.056
#> SRR934913 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.3024 0.4920 0.148 0.000 0.000 0.852
#> SRR934915 3 0.7744 0.5785 0.128 0.040 0.556 0.276
#> SRR934916 1 0.6087 0.7312 0.596 0.004 0.048 0.352
#> SRR934917 2 0.0592 0.8384 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934918 1 0.9930 -0.3963 0.276 0.192 0.260 0.272
#> SRR934919 3 0.5740 0.6122 0.028 0.180 0.736 0.056
#> SRR934920 1 0.5057 0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934921 2 0.0188 0.8382 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934922 3 0.8462 0.6351 0.108 0.112 0.524 0.256
#> SRR934924 3 0.5611 0.5671 0.108 0.132 0.748 0.012
#> SRR934923 1 0.5775 0.7194 0.560 0.000 0.032 0.408
#> SRR934925 3 0.8595 0.6527 0.092 0.156 0.516 0.236
#> SRR934926 2 0.0188 0.8379 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934927 2 0.9021 0.0252 0.168 0.440 0.292 0.100
#> SRR934928 4 0.2586 0.6281 0.040 0.000 0.048 0.912
#> SRR934929 3 0.6384 0.5455 0.052 0.016 0.612 0.320
#> SRR934930 3 0.9900 0.4258 0.244 0.188 0.300 0.268
#> SRR934931 3 0.5946 0.6772 0.020 0.124 0.732 0.124
#> SRR934932 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.8603 0.3184 0.176 0.508 0.236 0.080
#> SRR934936 3 0.9650 0.5195 0.172 0.188 0.372 0.268
#> SRR934933 4 0.7523 -0.1650 0.184 0.000 0.404 0.412
#> SRR934937 4 0.7306 0.2303 0.340 0.008 0.132 0.520
#> SRR934938 4 0.9200 -0.2206 0.288 0.072 0.296 0.344
#> SRR934939 4 0.3333 0.6224 0.040 0.000 0.088 0.872
#> SRR934940 3 0.8930 0.6340 0.108 0.172 0.480 0.240
#> SRR934941 3 0.6381 0.5780 0.088 0.004 0.628 0.280
#> SRR934942 3 0.8629 0.6530 0.092 0.160 0.512 0.236
#> SRR934943 3 0.4567 0.5264 0.000 0.244 0.740 0.016
#> SRR934944 4 0.5007 0.5403 0.172 0.000 0.068 0.760
#> SRR934945 3 0.5611 0.5671 0.108 0.132 0.748 0.012
#> SRR934946 3 0.6407 0.5678 0.052 0.020 0.624 0.304
#> SRR934947 4 0.4356 0.1137 0.292 0.000 0.000 0.708
#> SRR934948 4 0.6374 0.3249 0.324 0.000 0.084 0.592
#> SRR934949 2 0.2124 0.8223 0.008 0.924 0.068 0.000
#> SRR934950 4 0.3525 0.6207 0.040 0.000 0.100 0.860
#> SRR934951 4 0.2868 0.5218 0.136 0.000 0.000 0.864
#> SRR934953 4 0.7523 -0.1650 0.184 0.000 0.404 0.412
#> SRR934952 2 0.2081 0.7975 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934954 2 0.0336 0.8390 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934955 1 0.4830 0.7590 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934956 3 0.9361 0.5218 0.168 0.144 0.416 0.272
#> SRR934957 4 0.4663 0.5946 0.064 0.000 0.148 0.788
#> SRR934958 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.2125 0.6096 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR934960 4 0.3581 0.5449 0.116 0.000 0.032 0.852
#> SRR934961 2 0.1902 0.8255 0.004 0.932 0.064 0.000
#> SRR934962 2 0.1209 0.8344 0.004 0.964 0.032 0.000
#> SRR934963 3 0.7412 0.6207 0.120 0.044 0.612 0.224
#> SRR934964 3 0.7339 0.5713 0.132 0.020 0.576 0.272
#> SRR934965 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.8385 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967 4 0.6912 0.3487 0.292 0.012 0.104 0.592
#> SRR934968 4 0.7306 0.2303 0.340 0.008 0.132 0.520
#> SRR934969 4 0.2335 0.6026 0.060 0.000 0.020 0.920
#> SRR934970 4 0.4981 -0.5467 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR934971 2 0.9296 0.0667 0.184 0.412 0.284 0.120
#> SRR934972 4 0.2125 0.6096 0.076 0.000 0.004 0.920
#> SRR934973 4 0.8098 0.1055 0.332 0.020 0.196 0.452
#> SRR934974 4 0.5179 0.5212 0.220 0.000 0.052 0.728
#> SRR934975 3 0.6381 0.5780 0.088 0.004 0.628 0.280
#> SRR934976 2 0.5000 -0.0157 0.000 0.504 0.496 0.000
#> SRR934977 1 0.4977 0.7080 0.540 0.000 0.000 0.460
#> SRR934978 3 0.7652 0.5483 0.152 0.024 0.548 0.276
#> SRR934979 2 0.1978 0.8264 0.004 0.928 0.068 0.000
#> SRR934980 1 0.5057 0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934981 3 0.9361 0.5218 0.168 0.144 0.416 0.272
#> SRR934982 1 0.6087 0.7312 0.596 0.004 0.048 0.352
#> SRR934983 4 0.3581 0.5449 0.116 0.000 0.032 0.852
#> SRR934984 2 0.2795 0.8081 0.012 0.896 0.088 0.004
#> SRR934985 4 0.4225 0.5846 0.024 0.000 0.184 0.792
#> SRR934986 4 0.5000 -0.6382 0.500 0.000 0.000 0.500
#> SRR934987 3 0.8629 0.6530 0.092 0.160 0.512 0.236
#> SRR934988 4 0.7719 0.1806 0.256 0.016 0.196 0.532
#> SRR934989 1 0.5057 0.7723 0.648 0.000 0.012 0.340
#> SRR934990 4 0.7306 0.2303 0.340 0.008 0.132 0.520
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.3612 6.60e-01 0.228 0.000 0.008 0.764 0.000
#> SRR934718 1 0.3579 7.70e-01 0.756 0.000 0.004 0.240 0.000
#> SRR934719 4 0.4759 3.55e-01 0.020 0.000 0.328 0.644 0.008
#> SRR934720 1 0.1522 8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934721 4 0.3612 7.17e-01 0.064 0.000 0.100 0.832 0.004
#> SRR934722 5 0.8212 3.96e-01 0.008 0.132 0.224 0.196 0.440
#> SRR934723 4 0.5306 4.93e-01 0.320 0.000 0.004 0.616 0.060
#> SRR934724 4 0.1405 7.44e-01 0.016 0.000 0.008 0.956 0.020
#> SRR934725 4 0.3461 7.44e-01 0.068 0.000 0.008 0.848 0.076
#> SRR934726 4 0.5952 6.31e-01 0.164 0.000 0.040 0.668 0.128
#> SRR934727 1 0.3352 8.07e-01 0.800 0.000 0.004 0.192 0.004
#> SRR934728 4 0.2573 7.58e-01 0.104 0.000 0.000 0.880 0.016
#> SRR934729 5 0.3920 4.19e-01 0.004 0.268 0.004 0.000 0.724
#> SRR934730 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.2599 7.48e-01 0.028 0.000 0.024 0.904 0.044
#> SRR934732 2 0.3300 7.58e-01 0.004 0.792 0.204 0.000 0.000
#> SRR934733 4 0.5774 1.81e-01 0.052 0.000 0.020 0.548 0.380
#> SRR934734 1 0.1522 8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934735 4 0.4828 2.97e-01 0.408 0.000 0.012 0.572 0.008
#> SRR934736 1 0.1597 8.37e-01 0.940 0.000 0.000 0.048 0.012
#> SRR934737 2 0.3047 8.52e-01 0.004 0.868 0.044 0.000 0.084
#> SRR934738 4 0.3690 7.37e-01 0.068 0.000 0.008 0.832 0.092
#> SRR934740 1 0.1522 8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934739 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 5 0.3968 4.13e-01 0.004 0.276 0.004 0.000 0.716
#> SRR934742 4 0.5289 5.01e-01 0.316 0.000 0.004 0.620 0.060
#> SRR934743 1 0.6627 2.70e-01 0.480 0.000 0.004 0.216 0.300
#> SRR934744 3 0.4610 4.79e-01 0.020 0.000 0.676 0.296 0.008
#> SRR934745 5 0.6569 3.82e-01 0.240 0.000 0.004 0.252 0.504
#> SRR934746 2 0.3078 8.55e-01 0.008 0.872 0.064 0.000 0.056
#> SRR934747 2 0.0693 8.89e-01 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR934748 4 0.4521 4.00e-01 0.012 0.000 0.316 0.664 0.008
#> SRR934750 2 0.2964 7.75e-01 0.004 0.840 0.004 0.000 0.152
#> SRR934749 4 0.3612 7.17e-01 0.064 0.000 0.100 0.832 0.004
#> SRR934751 1 0.4383 3.83e-01 0.572 0.000 0.004 0.424 0.000
#> SRR934752 4 0.3690 7.37e-01 0.068 0.000 0.008 0.832 0.092
#> SRR934753 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.3461 7.44e-01 0.068 0.000 0.008 0.848 0.076
#> SRR934755 3 0.2801 5.01e-01 0.024 0.004 0.884 0.084 0.004
#> SRR934756 4 0.4514 6.77e-01 0.228 0.000 0.008 0.728 0.036
#> SRR934757 4 0.3849 6.56e-01 0.000 0.000 0.080 0.808 0.112
#> SRR934758 1 0.3352 8.07e-01 0.800 0.000 0.004 0.192 0.004
#> SRR934759 1 0.1522 8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934760 2 0.1124 8.85e-01 0.004 0.960 0.036 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.4818 3.73e-01 0.012 0.300 0.668 0.012 0.008
#> SRR934762 4 0.3690 7.37e-01 0.068 0.000 0.008 0.832 0.092
#> SRR934763 4 0.1503 7.46e-01 0.020 0.000 0.008 0.952 0.020
#> SRR934764 4 0.3461 7.44e-01 0.068 0.000 0.008 0.848 0.076
#> SRR934765 1 0.6246 4.91e-01 0.564 0.000 0.236 0.196 0.004
#> SRR934766 4 0.3439 6.96e-01 0.188 0.000 0.008 0.800 0.004
#> SRR934767 1 0.1522 8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934768 4 0.4828 2.97e-01 0.408 0.000 0.012 0.572 0.008
#> SRR934769 5 0.7687 4.69e-01 0.008 0.084 0.188 0.216 0.504
#> SRR934770 1 0.3550 7.74e-01 0.760 0.000 0.004 0.236 0.000
#> SRR934772 5 0.2647 5.60e-01 0.008 0.028 0.032 0.024 0.908
#> SRR934771 4 0.3612 7.17e-01 0.064 0.000 0.100 0.832 0.004
#> SRR934773 1 0.1522 8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934774 4 0.7053 -3.85e-01 0.008 0.000 0.308 0.348 0.336
#> SRR934775 4 0.4328 6.85e-01 0.208 0.000 0.016 0.752 0.024
#> SRR934776 4 0.3822 6.58e-01 0.020 0.000 0.020 0.808 0.152
#> SRR934777 4 0.3439 6.96e-01 0.188 0.000 0.008 0.800 0.004
#> SRR934778 5 0.3759 5.88e-01 0.004 0.000 0.024 0.180 0.792
#> SRR934779 1 0.1965 8.40e-01 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR934780 5 0.7683 3.57e-01 0.008 0.040 0.232 0.316 0.404
#> SRR934781 2 0.0162 8.89e-01 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934782 2 0.2964 7.75e-01 0.004 0.840 0.004 0.000 0.152
#> SRR934783 4 0.1299 7.46e-01 0.020 0.000 0.008 0.960 0.012
#> SRR934784 2 0.0693 8.89e-01 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR934785 2 0.0162 8.89e-01 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934786 1 0.3550 7.74e-01 0.760 0.000 0.004 0.236 0.000
#> SRR934787 1 0.3333 7.99e-01 0.788 0.000 0.004 0.208 0.000
#> SRR934788 4 0.3611 6.81e-01 0.208 0.000 0.008 0.780 0.004
#> SRR934789 4 0.2189 7.61e-01 0.084 0.000 0.000 0.904 0.012
#> SRR934790 3 0.3602 5.01e-01 0.036 0.000 0.820 0.140 0.004
#> SRR934791 4 0.3252 7.25e-01 0.156 0.000 0.008 0.828 0.008
#> SRR934792 2 0.5141 6.92e-01 0.004 0.712 0.192 0.008 0.084
#> SRR934793 1 0.1522 8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934794 2 0.0162 8.89e-01 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934795 4 0.3690 7.37e-01 0.068 0.000 0.008 0.832 0.092
#> SRR934796 1 0.3579 7.70e-01 0.756 0.000 0.004 0.240 0.000
#> SRR934797 1 0.1522 8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934798 1 0.2471 8.32e-01 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR934799 4 0.3455 6.80e-01 0.208 0.000 0.008 0.784 0.000
#> SRR934800 2 0.2867 8.59e-01 0.004 0.880 0.044 0.000 0.072
#> SRR934801 2 0.3002 8.56e-01 0.008 0.876 0.068 0.000 0.048
#> SRR934802 2 0.2867 8.59e-01 0.004 0.880 0.044 0.000 0.072
#> SRR934803 5 0.8054 3.14e-01 0.172 0.000 0.124 0.340 0.364
#> SRR934804 5 0.8095 3.37e-01 0.012 0.152 0.236 0.132 0.468
#> SRR934805 4 0.1299 7.46e-01 0.020 0.000 0.008 0.960 0.012
#> SRR934806 4 0.4664 6.95e-01 0.152 0.000 0.096 0.748 0.004
#> SRR934807 5 0.3682 6.02e-01 0.000 0.040 0.012 0.120 0.828
#> SRR934809 4 0.2654 7.36e-01 0.016 0.000 0.044 0.900 0.040
#> SRR934810 4 0.3602 7.17e-01 0.020 0.000 0.036 0.840 0.104
#> SRR934811 5 0.3682 6.02e-01 0.000 0.040 0.012 0.120 0.828
#> SRR934808 4 0.3841 6.65e-01 0.012 0.000 0.032 0.808 0.148
#> SRR934812 1 0.1965 8.40e-01 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR934813 3 0.4575 3.77e-01 0.012 0.296 0.680 0.008 0.004
#> SRR934814 4 0.3461 7.44e-01 0.068 0.000 0.008 0.848 0.076
#> SRR934815 5 0.2647 5.60e-01 0.008 0.028 0.032 0.024 0.908
#> SRR934816 2 0.0693 8.89e-01 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR934817 2 0.5249 3.40e-01 0.008 0.544 0.416 0.000 0.032
#> SRR934818 5 0.7493 3.63e-01 0.012 0.036 0.168 0.376 0.408
#> SRR934819 4 0.5289 5.01e-01 0.316 0.000 0.004 0.620 0.060
#> SRR934820 4 0.3496 7.17e-01 0.040 0.000 0.004 0.832 0.124
#> SRR934821 3 0.7299 1.66e-01 0.008 0.032 0.476 0.300 0.184
#> SRR934822 4 0.4828 2.97e-01 0.408 0.000 0.012 0.572 0.008
#> SRR934823 4 0.3612 7.17e-01 0.064 0.000 0.100 0.832 0.004
#> SRR934825 2 0.4946 7.21e-01 0.004 0.732 0.160 0.004 0.100
#> SRR934826 4 0.4042 7.30e-01 0.156 0.000 0.008 0.792 0.044
#> SRR934827 5 0.7943 3.60e-01 0.124 0.000 0.152 0.332 0.392
#> SRR934828 5 0.1530 5.62e-01 0.008 0.008 0.004 0.028 0.952
#> SRR934829 2 0.0693 8.89e-01 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR934830 5 0.2787 5.94e-01 0.004 0.004 0.012 0.104 0.876
#> SRR934831 1 0.1522 8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934832 5 0.2787 5.94e-01 0.004 0.004 0.012 0.104 0.876
#> SRR934833 4 0.5161 -1.70e-01 0.024 0.000 0.008 0.488 0.480
#> SRR934834 1 0.7005 1.43e-01 0.448 0.000 0.048 0.384 0.120
#> SRR934835 2 0.4730 3.86e-01 0.004 0.568 0.416 0.000 0.012
#> SRR934836 1 0.3861 7.17e-01 0.712 0.000 0.004 0.284 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.3525 7.03e-01 0.184 0.000 0.008 0.800 0.008
#> SRR934839 2 0.3229 8.44e-01 0.008 0.860 0.088 0.000 0.044
#> SRR934840 2 0.3229 8.44e-01 0.008 0.860 0.088 0.000 0.044
#> SRR934841 1 0.1965 8.40e-01 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR934842 2 0.0404 8.86e-01 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934843 4 0.5306 4.93e-01 0.320 0.000 0.004 0.616 0.060
#> SRR934844 4 0.3578 6.85e-01 0.204 0.000 0.008 0.784 0.004
#> SRR934845 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.3229 8.44e-01 0.008 0.860 0.088 0.000 0.044
#> SRR934847 4 0.1299 7.46e-01 0.020 0.000 0.008 0.960 0.012
#> SRR934848 4 0.3488 7.06e-01 0.180 0.000 0.008 0.804 0.008
#> SRR934849 1 0.3352 8.07e-01 0.800 0.000 0.004 0.192 0.004
#> SRR934850 1 0.3352 8.07e-01 0.800 0.000 0.004 0.192 0.004
#> SRR934851 5 0.7062 4.42e-01 0.012 0.016 0.248 0.212 0.512
#> SRR934853 4 0.4877 3.58e-01 0.024 0.000 0.312 0.652 0.012
#> SRR934852 3 0.4198 4.34e-01 0.012 0.252 0.728 0.004 0.004
#> SRR934854 4 0.5157 -1.28e-01 0.024 0.000 0.008 0.500 0.468
#> SRR934856 4 0.3402 7.00e-01 0.184 0.000 0.008 0.804 0.004
#> SRR934858 1 0.4321 4.65e-01 0.600 0.000 0.004 0.396 0.000
#> SRR934859 2 0.1557 8.79e-01 0.000 0.940 0.052 0.000 0.008
#> SRR934860 2 0.3087 8.57e-01 0.004 0.868 0.064 0.000 0.064
#> SRR934861 2 0.4436 7.21e-01 0.008 0.744 0.208 0.000 0.040
#> SRR934862 2 0.2179 8.35e-01 0.004 0.896 0.000 0.000 0.100
#> SRR934863 4 0.1780 7.49e-01 0.024 0.000 0.008 0.940 0.028
#> SRR934864 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.3602 7.17e-01 0.020 0.000 0.036 0.840 0.104
#> SRR934866 2 0.0510 8.86e-01 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR934867 2 0.4686 4.32e-01 0.004 0.588 0.396 0.000 0.012
#> SRR934868 2 0.4965 5.79e-01 0.008 0.652 0.304 0.000 0.036
#> SRR934869 4 0.4521 4.00e-01 0.012 0.000 0.316 0.664 0.008
#> SRR934870 4 0.2189 7.61e-01 0.084 0.000 0.000 0.904 0.012
#> SRR934871 5 0.5704 4.03e-01 0.008 0.300 0.020 0.048 0.624
#> SRR934872 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.6529 3.00e-01 0.012 0.344 0.544 0.048 0.052
#> SRR934874 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0693 8.89e-01 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR934876 4 0.3252 7.25e-01 0.156 0.000 0.008 0.828 0.008
#> SRR934877 4 0.4039 6.16e-01 0.268 0.000 0.008 0.720 0.004
#> SRR934878 3 0.7842 2.20e-01 0.004 0.176 0.484 0.116 0.220
#> SRR934879 3 0.4925 4.18e-01 0.020 0.000 0.624 0.344 0.012
#> SRR934880 4 0.4877 3.58e-01 0.024 0.000 0.312 0.652 0.012
#> SRR934881 3 0.4575 3.77e-01 0.012 0.296 0.680 0.008 0.004
#> SRR934882 2 0.6600 2.20e-01 0.008 0.516 0.356 0.024 0.096
#> SRR934883 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.3380 5.47e-01 0.004 0.088 0.028 0.020 0.860
#> SRR934885 5 0.4019 5.28e-01 0.004 0.132 0.032 0.020 0.812
#> SRR934886 3 0.8290 -2.11e-01 0.008 0.100 0.352 0.220 0.320
#> SRR934887 3 0.6985 3.76e-01 0.004 0.144 0.600 0.100 0.152
#> SRR934888 2 0.2142 8.76e-01 0.004 0.920 0.028 0.000 0.048
#> SRR934889 5 0.3264 5.50e-01 0.004 0.080 0.028 0.020 0.868
#> SRR934890 4 0.4791 3.39e-01 0.020 0.000 0.336 0.636 0.008
#> SRR934891 4 0.3507 6.92e-01 0.012 0.000 0.036 0.840 0.112
#> SRR934892 3 0.8551 8.33e-02 0.012 0.156 0.392 0.216 0.224
#> SRR934893 3 0.2987 5.02e-01 0.020 0.024 0.888 0.060 0.008
#> SRR934894 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.7107 5.33e-01 0.000 0.108 0.140 0.180 0.572
#> SRR934896 1 0.1522 8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934897 2 0.1282 8.82e-01 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR934898 4 0.4160 6.28e-01 0.008 0.000 0.044 0.780 0.168
#> SRR934899 5 0.6838 4.84e-01 0.008 0.020 0.240 0.184 0.548
#> SRR934900 3 0.4576 5.14e-01 0.020 0.024 0.744 0.208 0.004
#> SRR934901 5 0.3968 4.13e-01 0.004 0.276 0.004 0.000 0.716
#> SRR934902 3 0.4719 5.11e-01 0.016 0.148 0.764 0.068 0.004
#> SRR934903 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.4664 6.95e-01 0.152 0.000 0.096 0.748 0.004
#> SRR934906 5 0.6968 3.18e-01 0.020 0.000 0.184 0.372 0.424
#> SRR934907 5 0.7107 5.33e-01 0.000 0.108 0.140 0.180 0.572
#> SRR934908 5 0.4402 3.14e-01 0.004 0.372 0.004 0.000 0.620
#> SRR934909 2 0.4912 6.51e-01 0.008 0.688 0.256 0.000 0.048
#> SRR934910 5 0.3595 4.87e-01 0.004 0.188 0.004 0.008 0.796
#> SRR934911 2 0.1270 8.74e-01 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934912 2 0.4738 3.76e-01 0.004 0.564 0.420 0.000 0.012
#> SRR934913 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.3643 6.79e-01 0.212 0.000 0.008 0.776 0.004
#> SRR934915 5 0.7366 4.37e-01 0.008 0.032 0.228 0.252 0.480
#> SRR934916 1 0.3146 8.14e-01 0.856 0.000 0.000 0.092 0.052
#> SRR934917 2 0.0865 8.87e-01 0.004 0.972 0.024 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.4678 5.12e-01 0.016 0.144 0.768 0.068 0.004
#> SRR934919 5 0.4082 5.53e-01 0.004 0.028 0.088 0.056 0.824
#> SRR934920 1 0.1522 8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934921 2 0.0404 8.86e-01 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934922 5 0.7728 4.31e-01 0.004 0.072 0.224 0.236 0.464
#> SRR934924 5 0.2787 5.26e-01 0.104 0.012 0.004 0.004 0.876
#> SRR934923 1 0.3730 8.19e-01 0.820 0.000 0.016 0.136 0.028
#> SRR934925 5 0.7687 4.69e-01 0.008 0.084 0.188 0.216 0.504
#> SRR934926 2 0.0162 8.89e-01 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934927 3 0.6766 2.06e-01 0.004 0.384 0.468 0.024 0.120
#> SRR934928 4 0.2654 7.36e-01 0.016 0.000 0.044 0.900 0.040
#> SRR934929 5 0.5607 5.20e-01 0.008 0.000 0.076 0.312 0.604
#> SRR934930 3 0.7711 3.37e-01 0.008 0.148 0.528 0.168 0.148
#> SRR934931 5 0.4682 5.97e-01 0.000 0.060 0.048 0.112 0.780
#> SRR934932 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.4758 -5.87e-05 0.012 0.432 0.552 0.004 0.000
#> SRR934936 3 0.8592 3.79e-02 0.012 0.152 0.376 0.220 0.240
#> SRR934933 5 0.8029 3.08e-01 0.172 0.000 0.120 0.344 0.364
#> SRR934937 3 0.4610 4.79e-01 0.020 0.000 0.676 0.296 0.008
#> SRR934938 3 0.5180 4.62e-01 0.008 0.040 0.756 0.104 0.092
#> SRR934939 4 0.2728 7.17e-01 0.004 0.000 0.040 0.888 0.068
#> SRR934940 5 0.8146 3.85e-01 0.008 0.108 0.220 0.228 0.436
#> SRR934941 5 0.5981 5.26e-01 0.008 0.000 0.132 0.260 0.600
#> SRR934942 5 0.7731 4.68e-01 0.008 0.088 0.188 0.216 0.500
#> SRR934943 5 0.3380 5.47e-01 0.004 0.088 0.028 0.020 0.860
#> SRR934944 4 0.5590 6.62e-01 0.208 0.000 0.064 0.684 0.044
#> SRR934945 5 0.2787 5.26e-01 0.104 0.012 0.004 0.004 0.876
#> SRR934946 5 0.5519 5.35e-01 0.008 0.000 0.076 0.292 0.624
#> SRR934947 4 0.4403 1.59e-01 0.436 0.000 0.004 0.560 0.000
#> SRR934948 3 0.5173 1.66e-01 0.020 0.000 0.508 0.460 0.012
#> SRR934949 2 0.2992 8.54e-01 0.008 0.876 0.072 0.000 0.044
#> SRR934950 4 0.3602 7.17e-01 0.020 0.000 0.036 0.840 0.104
#> SRR934951 4 0.3513 7.00e-01 0.180 0.000 0.020 0.800 0.000
#> SRR934953 5 0.8054 3.14e-01 0.172 0.000 0.124 0.340 0.364
#> SRR934952 2 0.2964 7.75e-01 0.004 0.840 0.004 0.000 0.152
#> SRR934954 2 0.0566 8.89e-01 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR934955 1 0.1965 8.40e-01 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR934956 3 0.8242 2.97e-02 0.008 0.116 0.408 0.192 0.276
#> SRR934957 4 0.3849 6.56e-01 0.000 0.000 0.080 0.808 0.112
#> SRR934958 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.3612 7.17e-01 0.064 0.000 0.100 0.832 0.004
#> SRR934960 4 0.4042 7.30e-01 0.156 0.000 0.008 0.792 0.044
#> SRR934961 2 0.2875 8.60e-01 0.008 0.884 0.056 0.000 0.052
#> SRR934962 2 0.2026 8.74e-01 0.008 0.924 0.056 0.000 0.012
#> SRR934963 5 0.6937 4.83e-01 0.012 0.020 0.240 0.184 0.544
#> SRR934964 5 0.7062 4.42e-01 0.012 0.016 0.248 0.212 0.512
#> SRR934965 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 8.89e-01 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.5072 1.28e-01 0.020 0.000 0.516 0.456 0.008
#> SRR934968 3 0.4610 4.79e-01 0.020 0.000 0.676 0.296 0.008
#> SRR934969 4 0.2505 7.61e-01 0.092 0.000 0.000 0.888 0.020
#> SRR934970 1 0.4335 6.21e-01 0.664 0.000 0.008 0.324 0.004
#> SRR934971 3 0.6529 3.00e-01 0.012 0.344 0.544 0.048 0.052
#> SRR934972 4 0.3612 7.17e-01 0.064 0.000 0.100 0.832 0.004
#> SRR934973 3 0.3840 5.07e-01 0.012 0.000 0.772 0.208 0.008
#> SRR934974 4 0.4775 3.47e-01 0.020 0.000 0.332 0.640 0.008
#> SRR934975 5 0.5981 5.26e-01 0.008 0.000 0.132 0.260 0.600
#> SRR934976 5 0.4402 3.13e-01 0.004 0.372 0.004 0.000 0.620
#> SRR934977 1 0.3461 7.90e-01 0.772 0.000 0.004 0.224 0.000
#> SRR934978 5 0.7350 3.80e-01 0.016 0.016 0.292 0.220 0.456
#> SRR934979 2 0.3021 8.59e-01 0.004 0.872 0.060 0.000 0.064
#> SRR934980 1 0.1522 8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934981 3 0.8232 3.62e-02 0.008 0.116 0.412 0.192 0.272
#> SRR934982 1 0.3146 8.14e-01 0.856 0.000 0.000 0.092 0.052
#> SRR934983 4 0.4042 7.30e-01 0.156 0.000 0.008 0.792 0.044
#> SRR934984 2 0.3518 8.31e-01 0.008 0.840 0.104 0.000 0.048
#> SRR934985 4 0.3822 6.58e-01 0.020 0.000 0.020 0.808 0.152
#> SRR934986 1 0.3814 7.20e-01 0.720 0.000 0.004 0.276 0.000
#> SRR934987 5 0.7731 4.68e-01 0.008 0.088 0.188 0.216 0.500
#> SRR934988 3 0.5652 2.80e-01 0.008 0.000 0.532 0.400 0.060
#> SRR934989 1 0.1522 8.37e-01 0.944 0.000 0.000 0.044 0.012
#> SRR934990 3 0.4610 4.79e-01 0.020 0.000 0.676 0.296 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.4220 0.6337 0.208 0.000 0.040 0.736 0.004 0.012
#> SRR934718 1 0.3642 0.7699 0.776 0.000 0.020 0.192 0.004 0.008
#> SRR934719 4 0.4407 0.1003 0.000 0.000 0.480 0.496 0.000 0.024
#> SRR934720 1 0.0984 0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934721 4 0.4371 0.5969 0.044 0.000 0.216 0.720 0.000 0.020
#> SRR934722 6 0.8088 0.1842 0.004 0.092 0.084 0.140 0.284 0.396
#> SRR934723 4 0.5420 0.4657 0.316 0.000 0.000 0.584 0.032 0.068
#> SRR934724 4 0.1364 0.7036 0.000 0.000 0.016 0.952 0.012 0.020
#> SRR934725 4 0.3665 0.6874 0.052 0.000 0.004 0.828 0.040 0.076
#> SRR934726 4 0.6278 0.5778 0.156 0.000 0.036 0.628 0.060 0.120
#> SRR934727 1 0.2994 0.7979 0.820 0.000 0.008 0.164 0.000 0.008
#> SRR934728 4 0.2315 0.7228 0.084 0.000 0.008 0.892 0.000 0.016
#> SRR934729 5 0.4168 0.4029 0.000 0.256 0.000 0.000 0.696 0.048
#> SRR934730 2 0.0458 0.8274 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR934731 4 0.2969 0.7053 0.012 0.000 0.036 0.876 0.024 0.052
#> SRR934732 2 0.4989 0.6426 0.000 0.640 0.140 0.000 0.000 0.220
#> SRR934733 4 0.6562 0.1624 0.040 0.000 0.008 0.504 0.264 0.184
#> SRR934734 1 0.0984 0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934735 4 0.4697 0.3282 0.396 0.000 0.012 0.568 0.004 0.020
#> SRR934736 1 0.0984 0.8269 0.968 0.000 0.000 0.012 0.012 0.008
#> SRR934737 2 0.4227 0.7228 0.000 0.692 0.000 0.000 0.052 0.256
#> SRR934738 4 0.3919 0.6814 0.052 0.000 0.004 0.812 0.056 0.076
#> SRR934740 1 0.0984 0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934739 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 5 0.4212 0.3970 0.000 0.264 0.000 0.000 0.688 0.048
#> SRR934742 4 0.5406 0.4734 0.312 0.000 0.000 0.588 0.032 0.068
#> SRR934743 1 0.6959 0.2954 0.492 0.000 0.004 0.156 0.236 0.112
#> SRR934744 3 0.2805 0.5794 0.000 0.000 0.828 0.160 0.000 0.012
#> SRR934745 5 0.7449 0.1108 0.224 0.000 0.000 0.208 0.392 0.176
#> SRR934746 2 0.4088 0.7025 0.000 0.668 0.004 0.000 0.020 0.308
#> SRR934747 2 0.0806 0.8265 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR934748 4 0.4399 0.1607 0.000 0.000 0.460 0.516 0.000 0.024
#> SRR934750 2 0.3130 0.6947 0.000 0.824 0.004 0.000 0.144 0.028
#> SRR934749 4 0.4371 0.5969 0.044 0.000 0.216 0.720 0.000 0.020
#> SRR934751 1 0.4395 0.3731 0.580 0.000 0.016 0.396 0.000 0.008
#> SRR934752 4 0.3919 0.6814 0.052 0.000 0.004 0.812 0.056 0.076
#> SRR934753 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.3611 0.6900 0.052 0.000 0.004 0.832 0.040 0.072
#> SRR934755 3 0.2669 0.5613 0.004 0.000 0.864 0.024 0.000 0.108
#> SRR934756 4 0.4540 0.6582 0.212 0.000 0.012 0.716 0.008 0.052
#> SRR934757 4 0.4469 0.5901 0.004 0.000 0.048 0.752 0.040 0.156
#> SRR934758 1 0.2994 0.7979 0.820 0.000 0.008 0.164 0.000 0.008
#> SRR934759 1 0.0984 0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934760 2 0.2613 0.7930 0.000 0.848 0.012 0.000 0.000 0.140
#> SRR934761 3 0.5901 0.2889 0.004 0.168 0.496 0.004 0.000 0.328
#> SRR934762 4 0.3919 0.6814 0.052 0.000 0.004 0.812 0.056 0.076
#> SRR934763 4 0.1508 0.7053 0.004 0.000 0.016 0.948 0.012 0.020
#> SRR934764 4 0.3611 0.6900 0.052 0.000 0.004 0.832 0.040 0.072
#> SRR934765 1 0.5689 0.4402 0.548 0.000 0.320 0.116 0.004 0.012
#> SRR934766 4 0.3889 0.6647 0.164 0.000 0.044 0.776 0.000 0.016
#> SRR934767 1 0.0984 0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934768 4 0.4697 0.3282 0.396 0.000 0.012 0.568 0.004 0.020
#> SRR934769 6 0.7619 0.1331 0.004 0.048 0.068 0.148 0.328 0.404
#> SRR934770 1 0.3611 0.7737 0.780 0.000 0.020 0.188 0.004 0.008
#> SRR934772 5 0.3007 0.4750 0.004 0.004 0.004 0.020 0.848 0.120
#> SRR934771 4 0.4371 0.5969 0.044 0.000 0.216 0.720 0.000 0.020
#> SRR934773 1 0.0984 0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934774 6 0.7750 0.2346 0.004 0.000 0.232 0.256 0.188 0.320
#> SRR934775 4 0.4683 0.6608 0.192 0.000 0.024 0.724 0.012 0.048
#> SRR934776 4 0.4089 0.6040 0.008 0.000 0.004 0.768 0.068 0.152
#> SRR934777 4 0.3889 0.6647 0.164 0.000 0.044 0.776 0.000 0.016
#> SRR934778 5 0.5357 0.3157 0.000 0.000 0.008 0.120 0.592 0.280
#> SRR934779 1 0.1493 0.8349 0.936 0.000 0.004 0.056 0.004 0.000
#> SRR934780 6 0.7740 0.2347 0.004 0.024 0.108 0.216 0.232 0.416
#> SRR934781 2 0.0146 0.8259 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934782 2 0.3130 0.6947 0.000 0.824 0.004 0.000 0.144 0.028
#> SRR934783 4 0.1204 0.7060 0.004 0.000 0.016 0.960 0.004 0.016
#> SRR934784 2 0.0806 0.8265 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR934785 2 0.0146 0.8259 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934786 1 0.3611 0.7737 0.780 0.000 0.020 0.188 0.004 0.008
#> SRR934787 1 0.3324 0.7932 0.808 0.000 0.016 0.164 0.004 0.008
#> SRR934788 4 0.3990 0.6535 0.184 0.000 0.040 0.760 0.000 0.016
#> SRR934789 4 0.2086 0.7211 0.064 0.000 0.008 0.912 0.004 0.012
#> SRR934790 3 0.2739 0.5712 0.012 0.000 0.876 0.048 0.000 0.064
#> SRR934791 4 0.3433 0.6927 0.132 0.000 0.040 0.816 0.000 0.012
#> SRR934792 2 0.6112 0.5078 0.000 0.516 0.080 0.008 0.048 0.348
#> SRR934793 1 0.0984 0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934794 2 0.0146 0.8259 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934795 4 0.3919 0.6814 0.052 0.000 0.004 0.812 0.056 0.076
#> SRR934796 1 0.3642 0.7699 0.776 0.000 0.020 0.192 0.004 0.008
#> SRR934797 1 0.0984 0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934798 1 0.2418 0.8255 0.884 0.000 0.008 0.096 0.004 0.008
#> SRR934799 4 0.4288 0.6440 0.188 0.000 0.048 0.744 0.004 0.016
#> SRR934800 2 0.4044 0.7306 0.000 0.704 0.000 0.000 0.040 0.256
#> SRR934801 2 0.4086 0.7066 0.000 0.676 0.012 0.000 0.012 0.300
#> SRR934802 2 0.4044 0.7306 0.000 0.704 0.000 0.000 0.040 0.256
#> SRR934803 6 0.8633 0.0978 0.172 0.000 0.084 0.252 0.228 0.264
#> SRR934804 6 0.7958 0.0553 0.004 0.084 0.116 0.088 0.320 0.388
#> SRR934805 4 0.1204 0.7060 0.004 0.000 0.016 0.960 0.004 0.016
#> SRR934806 4 0.5505 0.5851 0.132 0.000 0.200 0.640 0.004 0.024
#> SRR934807 5 0.5380 0.4160 0.000 0.036 0.004 0.080 0.648 0.232
#> SRR934809 4 0.2763 0.6934 0.004 0.000 0.040 0.884 0.024 0.048
#> SRR934810 4 0.3415 0.6730 0.008 0.000 0.020 0.844 0.064 0.064
#> SRR934811 5 0.5380 0.4160 0.000 0.036 0.004 0.080 0.648 0.232
#> SRR934808 4 0.3992 0.6151 0.004 0.000 0.008 0.780 0.072 0.136
#> SRR934812 1 0.1493 0.8349 0.936 0.000 0.004 0.056 0.004 0.000
#> SRR934813 3 0.5869 0.2874 0.004 0.160 0.496 0.004 0.000 0.336
#> SRR934814 4 0.3665 0.6874 0.052 0.000 0.004 0.828 0.040 0.076
#> SRR934815 5 0.3007 0.4750 0.004 0.004 0.004 0.020 0.848 0.120
#> SRR934816 2 0.0806 0.8265 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR934817 6 0.6299 -0.1569 0.000 0.332 0.244 0.000 0.012 0.412
#> SRR934818 6 0.7624 0.1684 0.004 0.020 0.076 0.300 0.236 0.364
#> SRR934819 4 0.5406 0.4734 0.312 0.000 0.000 0.588 0.032 0.068
#> SRR934820 4 0.3457 0.6769 0.024 0.000 0.000 0.832 0.084 0.060
#> SRR934821 3 0.7528 -0.1143 0.000 0.020 0.368 0.204 0.088 0.320
#> SRR934822 4 0.4697 0.3282 0.396 0.000 0.012 0.568 0.004 0.020
#> SRR934823 4 0.4371 0.5969 0.044 0.000 0.216 0.720 0.000 0.020
#> SRR934825 2 0.5908 0.5479 0.000 0.540 0.056 0.004 0.064 0.336
#> SRR934826 4 0.4103 0.7045 0.136 0.000 0.012 0.784 0.016 0.052
#> SRR934827 6 0.8526 0.1101 0.124 0.000 0.092 0.240 0.252 0.292
#> SRR934828 5 0.2201 0.4856 0.000 0.000 0.000 0.028 0.896 0.076
#> SRR934829 2 0.0806 0.8265 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR934830 5 0.4572 0.4133 0.000 0.000 0.004 0.064 0.668 0.264
#> SRR934831 1 0.0984 0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934832 5 0.4572 0.4133 0.000 0.000 0.004 0.064 0.668 0.264
#> SRR934833 4 0.6278 -0.1093 0.008 0.000 0.004 0.436 0.324 0.228
#> SRR934834 1 0.7221 0.2291 0.468 0.000 0.052 0.308 0.084 0.088
#> SRR934835 6 0.6168 -0.2301 0.000 0.372 0.252 0.000 0.004 0.372
#> SRR934836 1 0.3990 0.7141 0.728 0.000 0.016 0.240 0.004 0.012
#> SRR934837 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.3764 0.6707 0.160 0.000 0.044 0.784 0.000 0.012
#> SRR934839 2 0.4259 0.6811 0.000 0.648 0.020 0.000 0.008 0.324
#> SRR934840 2 0.4259 0.6811 0.000 0.648 0.020 0.000 0.008 0.324
#> SRR934841 1 0.1493 0.8349 0.936 0.000 0.004 0.056 0.004 0.000
#> SRR934842 2 0.0458 0.8213 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934843 4 0.5420 0.4657 0.316 0.000 0.000 0.584 0.032 0.068
#> SRR934844 4 0.4086 0.6524 0.180 0.000 0.048 0.756 0.000 0.016
#> SRR934845 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.4319 0.6812 0.000 0.648 0.024 0.000 0.008 0.320
#> SRR934847 4 0.1293 0.7061 0.004 0.000 0.020 0.956 0.004 0.016
#> SRR934848 4 0.3729 0.6734 0.156 0.000 0.044 0.788 0.000 0.012
#> SRR934849 1 0.2994 0.7979 0.820 0.000 0.008 0.164 0.000 0.008
#> SRR934850 1 0.2994 0.7979 0.820 0.000 0.008 0.164 0.000 0.008
#> SRR934851 6 0.7284 0.0456 0.000 0.000 0.172 0.136 0.312 0.380
#> SRR934853 4 0.4802 0.1576 0.000 0.000 0.404 0.540 0.000 0.056
#> SRR934852 3 0.5612 0.3337 0.004 0.136 0.552 0.000 0.004 0.304
#> SRR934854 4 0.6256 -0.0728 0.008 0.000 0.004 0.448 0.312 0.228
#> SRR934856 4 0.3854 0.6676 0.160 0.000 0.044 0.780 0.000 0.016
#> SRR934858 1 0.4382 0.4662 0.612 0.000 0.020 0.360 0.000 0.008
#> SRR934859 2 0.2750 0.7939 0.000 0.844 0.020 0.000 0.000 0.136
#> SRR934860 2 0.4308 0.7047 0.000 0.664 0.008 0.000 0.028 0.300
#> SRR934861 2 0.5336 0.5342 0.000 0.532 0.088 0.000 0.008 0.372
#> SRR934862 2 0.2170 0.7677 0.000 0.888 0.000 0.000 0.100 0.012
#> SRR934863 4 0.1823 0.7059 0.004 0.000 0.016 0.932 0.012 0.036
#> SRR934864 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.3472 0.6722 0.008 0.000 0.020 0.840 0.064 0.068
#> SRR934866 2 0.0806 0.8203 0.000 0.972 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR934867 2 0.6118 0.2072 0.000 0.384 0.232 0.000 0.004 0.380
#> SRR934868 2 0.5934 0.3775 0.000 0.444 0.148 0.000 0.012 0.396
#> SRR934869 4 0.4399 0.1607 0.000 0.000 0.460 0.516 0.000 0.024
#> SRR934870 4 0.2086 0.7211 0.064 0.000 0.008 0.912 0.004 0.012
#> SRR934871 5 0.5934 0.3567 0.000 0.276 0.004 0.032 0.568 0.120
#> SRR934872 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 6 0.6865 -0.1813 0.000 0.152 0.380 0.032 0.028 0.408
#> SRR934874 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0806 0.8265 0.000 0.972 0.000 0.000 0.008 0.020
#> SRR934876 4 0.3433 0.6927 0.132 0.000 0.040 0.816 0.000 0.012
#> SRR934877 4 0.4205 0.5999 0.248 0.000 0.032 0.708 0.000 0.012
#> SRR934878 6 0.7760 0.2203 0.004 0.088 0.292 0.084 0.096 0.436
#> SRR934879 3 0.3424 0.5422 0.000 0.000 0.772 0.204 0.000 0.024
#> SRR934880 4 0.4802 0.1576 0.000 0.000 0.404 0.540 0.000 0.056
#> SRR934881 3 0.5869 0.2874 0.004 0.160 0.496 0.004 0.000 0.336
#> SRR934882 6 0.6797 -0.0525 0.000 0.328 0.192 0.012 0.036 0.432
#> SRR934883 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.3818 0.4734 0.004 0.064 0.000 0.012 0.800 0.120
#> SRR934885 5 0.4463 0.4677 0.004 0.108 0.004 0.016 0.760 0.108
#> SRR934886 6 0.8123 0.2681 0.000 0.056 0.232 0.144 0.180 0.388
#> SRR934887 3 0.6932 0.0374 0.000 0.068 0.440 0.056 0.060 0.376
#> SRR934888 2 0.3345 0.7659 0.000 0.776 0.000 0.000 0.020 0.204
#> SRR934889 5 0.3834 0.4736 0.004 0.056 0.000 0.016 0.800 0.124
#> SRR934890 4 0.4473 0.0914 0.000 0.000 0.480 0.492 0.000 0.028
#> SRR934891 4 0.3591 0.6422 0.008 0.000 0.008 0.816 0.048 0.120
#> SRR934892 6 0.7934 0.3354 0.004 0.084 0.220 0.140 0.096 0.456
#> SRR934893 3 0.3470 0.5320 0.000 0.000 0.772 0.028 0.000 0.200
#> SRR934894 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.7389 0.0292 0.000 0.080 0.036 0.132 0.392 0.360
#> SRR934896 1 0.0984 0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934897 2 0.1572 0.8171 0.000 0.936 0.000 0.000 0.036 0.028
#> SRR934898 4 0.4511 0.5646 0.004 0.000 0.012 0.732 0.080 0.172
#> SRR934899 5 0.7404 -0.0425 0.004 0.008 0.132 0.128 0.372 0.356
#> SRR934900 3 0.4003 0.5899 0.000 0.016 0.784 0.104 0.000 0.096
#> SRR934901 5 0.4212 0.3970 0.000 0.264 0.000 0.000 0.688 0.048
#> SRR934902 3 0.5048 0.4706 0.004 0.096 0.676 0.016 0.000 0.208
#> SRR934903 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.5505 0.5851 0.132 0.000 0.200 0.640 0.004 0.024
#> SRR934906 4 0.7588 -0.3746 0.000 0.000 0.156 0.296 0.276 0.272
#> SRR934907 5 0.7389 0.0292 0.000 0.080 0.036 0.132 0.392 0.360
#> SRR934908 5 0.5035 0.3216 0.000 0.360 0.000 0.000 0.556 0.084
#> SRR934909 2 0.5797 0.4356 0.000 0.468 0.128 0.000 0.012 0.392
#> SRR934910 5 0.4483 0.4558 0.000 0.180 0.000 0.008 0.720 0.092
#> SRR934911 2 0.1616 0.8108 0.000 0.932 0.000 0.000 0.048 0.020
#> SRR934912 2 0.6176 0.1577 0.000 0.372 0.256 0.000 0.004 0.368
#> SRR934913 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.4022 0.6523 0.188 0.000 0.040 0.756 0.000 0.016
#> SRR934915 6 0.7649 0.1180 0.000 0.012 0.144 0.180 0.304 0.360
#> SRR934916 1 0.2886 0.8087 0.872 0.000 0.000 0.060 0.040 0.028
#> SRR934917 2 0.2135 0.8010 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR934918 3 0.5030 0.4720 0.004 0.092 0.676 0.016 0.000 0.212
#> SRR934919 5 0.4602 0.4214 0.004 0.004 0.052 0.036 0.748 0.156
#> SRR934920 1 0.0984 0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934921 2 0.0458 0.8213 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934922 6 0.7696 0.1889 0.004 0.040 0.080 0.172 0.288 0.416
#> SRR934924 5 0.4200 0.4432 0.088 0.004 0.000 0.000 0.744 0.164
#> SRR934923 1 0.3362 0.8162 0.848 0.000 0.032 0.084 0.020 0.016
#> SRR934925 6 0.7619 0.1331 0.004 0.048 0.068 0.148 0.328 0.404
#> SRR934926 2 0.0146 0.8259 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934927 6 0.6755 0.0248 0.000 0.224 0.264 0.008 0.040 0.464
#> SRR934928 4 0.2763 0.6934 0.004 0.000 0.040 0.884 0.024 0.048
#> SRR934929 5 0.6543 0.0834 0.000 0.000 0.032 0.240 0.440 0.288
#> SRR934930 6 0.7503 0.0542 0.000 0.076 0.356 0.112 0.060 0.396
#> SRR934931 5 0.5828 0.3784 0.000 0.052 0.008 0.080 0.608 0.252
#> SRR934932 2 0.0146 0.8267 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934934 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 6 0.6005 -0.1764 0.000 0.236 0.380 0.000 0.000 0.384
#> SRR934936 6 0.7959 0.3563 0.004 0.084 0.204 0.144 0.104 0.460
#> SRR934933 6 0.8608 0.0960 0.172 0.000 0.080 0.256 0.228 0.264
#> SRR934937 3 0.2805 0.5794 0.000 0.000 0.828 0.160 0.000 0.012
#> SRR934938 3 0.5296 0.4249 0.000 0.024 0.672 0.036 0.044 0.224
#> SRR934939 4 0.2894 0.6659 0.004 0.000 0.012 0.860 0.020 0.104
#> SRR934940 6 0.7734 0.2293 0.004 0.060 0.080 0.148 0.260 0.448
#> SRR934941 5 0.6840 0.0731 0.000 0.000 0.068 0.180 0.400 0.352
#> SRR934942 6 0.7661 0.1337 0.004 0.052 0.068 0.148 0.324 0.404
#> SRR934943 5 0.3818 0.4734 0.004 0.064 0.000 0.012 0.800 0.120
#> SRR934944 4 0.5878 0.6257 0.196 0.000 0.068 0.644 0.020 0.072
#> SRR934945 5 0.4200 0.4432 0.088 0.004 0.000 0.000 0.744 0.164
#> SRR934946 5 0.6478 0.1097 0.000 0.000 0.032 0.220 0.456 0.292
#> SRR934947 4 0.4370 0.1809 0.428 0.000 0.008 0.552 0.000 0.012
#> SRR934948 3 0.4476 0.4263 0.000 0.000 0.640 0.308 0.000 0.052
#> SRR934949 2 0.3991 0.7096 0.000 0.680 0.012 0.000 0.008 0.300
#> SRR934950 4 0.3415 0.6730 0.008 0.000 0.020 0.844 0.064 0.064
#> SRR934951 4 0.4760 0.6423 0.164 0.000 0.092 0.720 0.004 0.020
#> SRR934953 6 0.8633 0.0978 0.172 0.000 0.084 0.252 0.228 0.264
#> SRR934952 2 0.3130 0.6947 0.000 0.824 0.004 0.000 0.144 0.028
#> SRR934954 2 0.1444 0.8186 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR934955 1 0.1493 0.8349 0.936 0.000 0.004 0.056 0.004 0.000
#> SRR934956 6 0.8211 0.3528 0.000 0.072 0.256 0.140 0.156 0.376
#> SRR934957 4 0.4469 0.5901 0.004 0.000 0.048 0.752 0.040 0.156
#> SRR934958 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.4371 0.5969 0.044 0.000 0.216 0.720 0.000 0.020
#> SRR934960 4 0.4103 0.7045 0.136 0.000 0.012 0.784 0.016 0.052
#> SRR934961 2 0.3797 0.7197 0.000 0.692 0.000 0.000 0.016 0.292
#> SRR934962 2 0.3323 0.7509 0.000 0.752 0.008 0.000 0.000 0.240
#> SRR934963 5 0.7497 -0.0405 0.008 0.008 0.132 0.128 0.368 0.356
#> SRR934964 6 0.7284 0.0456 0.000 0.000 0.172 0.136 0.312 0.380
#> SRR934965 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.8263 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.4538 0.3720 0.000 0.000 0.624 0.324 0.000 0.052
#> SRR934968 3 0.2805 0.5794 0.000 0.000 0.828 0.160 0.000 0.012
#> SRR934969 4 0.2182 0.7220 0.068 0.000 0.008 0.904 0.000 0.020
#> SRR934970 1 0.4235 0.6088 0.672 0.000 0.020 0.296 0.000 0.012
#> SRR934971 6 0.6865 -0.1813 0.000 0.152 0.380 0.032 0.028 0.408
#> SRR934972 4 0.4371 0.5969 0.044 0.000 0.216 0.720 0.000 0.020
#> SRR934973 3 0.3367 0.5873 0.000 0.000 0.816 0.104 0.000 0.080
#> SRR934974 4 0.4407 0.0934 0.000 0.000 0.484 0.492 0.000 0.024
#> SRR934975 5 0.6840 0.0731 0.000 0.000 0.068 0.180 0.400 0.352
#> SRR934976 5 0.5230 0.3221 0.000 0.352 0.004 0.000 0.552 0.092
#> SRR934977 1 0.3494 0.7828 0.788 0.000 0.016 0.184 0.004 0.008
#> SRR934978 6 0.7439 0.1127 0.000 0.000 0.208 0.144 0.292 0.356
#> SRR934979 2 0.4047 0.7141 0.000 0.676 0.000 0.000 0.028 0.296
#> SRR934980 1 0.0984 0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934981 6 0.8191 0.3536 0.000 0.072 0.256 0.140 0.152 0.380
#> SRR934982 1 0.2886 0.8087 0.872 0.000 0.000 0.060 0.040 0.028
#> SRR934983 4 0.4103 0.7045 0.136 0.000 0.012 0.784 0.016 0.052
#> SRR934984 2 0.4514 0.6659 0.000 0.632 0.028 0.000 0.012 0.328
#> SRR934985 4 0.4089 0.6040 0.008 0.000 0.004 0.768 0.068 0.152
#> SRR934986 1 0.3843 0.7229 0.740 0.000 0.016 0.232 0.004 0.008
#> SRR934987 6 0.7661 0.1337 0.004 0.052 0.068 0.148 0.324 0.404
#> SRR934988 3 0.6136 0.3033 0.000 0.000 0.504 0.280 0.020 0.196
#> SRR934989 1 0.0984 0.8249 0.968 0.000 0.000 0.008 0.012 0.012
#> SRR934990 3 0.2805 0.5794 0.000 0.000 0.828 0.160 0.000 0.012
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.970 0.988 0.4982 0.501 0.501
#> 3 3 0.763 0.905 0.944 0.3259 0.696 0.467
#> 4 4 0.665 0.500 0.737 0.1203 0.843 0.577
#> 5 5 0.749 0.786 0.866 0.0665 0.832 0.459
#> 6 6 0.745 0.667 0.772 0.0438 0.947 0.756
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934722 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934724 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934744 1 0.0672 0.9829 0.992 0.008
#> SRR934745 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934755 1 0.9552 0.3889 0.624 0.376
#> SRR934756 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934766 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.3584 0.9244 0.068 0.932
#> SRR934771 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934775 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934780 2 0.9795 0.3049 0.416 0.584
#> SRR934781 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934790 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934791 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934807 2 0.1414 0.9694 0.020 0.980
#> SRR934809 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934810 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934811 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934808 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934815 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934818 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934821 1 0.9850 0.2417 0.572 0.428
#> SRR934822 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934828 2 0.3879 0.9166 0.076 0.924
#> SRR934829 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934830 2 0.3879 0.9166 0.076 0.924
#> SRR934831 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934832 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934833 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934851 2 0.8327 0.6564 0.264 0.736
#> SRR934853 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934854 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934856 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934869 1 0.1843 0.9631 0.972 0.028
#> SRR934870 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934871 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.1414 0.9694 0.020 0.980
#> SRR934874 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934878 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934879 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934880 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934886 2 0.1414 0.9694 0.020 0.980
#> SRR934887 2 0.1633 0.9660 0.024 0.976
#> SRR934888 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934890 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934891 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934892 2 0.1414 0.9694 0.020 0.980
#> SRR934893 2 0.1414 0.9694 0.020 0.980
#> SRR934894 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934898 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934900 1 0.9993 0.0424 0.516 0.484
#> SRR934901 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934902 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934906 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934907 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934915 2 0.7453 0.7420 0.212 0.788
#> SRR934916 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934919 2 0.2948 0.9406 0.052 0.948
#> SRR934920 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.1414 0.9694 0.020 0.980
#> SRR934924 2 0.3879 0.9166 0.076 0.924
#> SRR934923 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934928 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934930 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934931 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934936 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934937 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934938 2 0.1414 0.9694 0.020 0.980
#> SRR934939 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934940 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934941 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934942 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934945 2 0.0672 0.9782 0.008 0.992
#> SRR934946 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934948 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934950 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934957 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934963 2 0.8661 0.6102 0.288 0.712
#> SRR934964 2 0.7528 0.7352 0.216 0.784
#> SRR934965 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.0938 0.9789 0.988 0.012
#> SRR934968 1 0.1184 0.9751 0.984 0.016
#> SRR934969 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934972 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934973 1 0.1414 0.9711 0.980 0.020
#> SRR934974 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934975 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.1633 0.9661 0.024 0.976
#> SRR934979 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.1414 0.9694 0.020 0.980
#> SRR934982 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.9840 0.000 1.000
#> SRR934988 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9903 1.000 0.000
#> SRR934990 1 0.0376 0.9866 0.996 0.004
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934718 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721 1 0.4796 0.834 0.780 0.000 0.220
#> SRR934722 3 0.4654 0.763 0.000 0.208 0.792
#> SRR934723 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724 3 0.4452 0.699 0.192 0.000 0.808
#> SRR934725 1 0.3879 0.876 0.848 0.000 0.152
#> SRR934726 3 0.1753 0.897 0.048 0.000 0.952
#> SRR934727 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934729 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 3 0.2878 0.839 0.096 0.000 0.904
#> SRR934732 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733 1 0.3267 0.886 0.884 0.000 0.116
#> SRR934734 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738 1 0.4002 0.873 0.840 0.000 0.160
#> SRR934740 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745 3 0.1411 0.904 0.036 0.000 0.964
#> SRR934746 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749 1 0.4796 0.834 0.780 0.000 0.220
#> SRR934751 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934753 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934755 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761 3 0.4235 0.791 0.000 0.176 0.824
#> SRR934762 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934763 3 0.1643 0.893 0.044 0.000 0.956
#> SRR934764 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934765 1 0.2261 0.891 0.932 0.000 0.068
#> SRR934766 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934767 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.4654 0.763 0.000 0.208 0.792
#> SRR934770 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772 3 0.3686 0.834 0.000 0.140 0.860
#> SRR934771 1 0.4796 0.834 0.780 0.000 0.220
#> SRR934773 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775 1 0.4504 0.854 0.804 0.000 0.196
#> SRR934776 3 0.0747 0.915 0.016 0.000 0.984
#> SRR934777 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934778 3 0.1964 0.891 0.056 0.000 0.944
#> SRR934779 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783 3 0.3551 0.793 0.132 0.000 0.868
#> SRR934784 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934790 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934792 3 0.4796 0.747 0.000 0.220 0.780
#> SRR934793 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934796 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799 1 0.4235 0.867 0.824 0.000 0.176
#> SRR934800 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803 1 0.1860 0.899 0.948 0.000 0.052
#> SRR934804 3 0.4796 0.747 0.000 0.220 0.780
#> SRR934805 1 0.4504 0.854 0.804 0.000 0.196
#> SRR934806 1 0.4291 0.866 0.820 0.000 0.180
#> SRR934807 3 0.1411 0.908 0.000 0.036 0.964
#> SRR934809 3 0.5397 0.520 0.280 0.000 0.720
#> SRR934810 3 0.2711 0.850 0.088 0.000 0.912
#> SRR934811 3 0.4654 0.763 0.000 0.208 0.792
#> SRR934808 3 0.2165 0.876 0.064 0.000 0.936
#> SRR934812 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.4654 0.760 0.000 0.208 0.792
#> SRR934814 1 0.3879 0.876 0.848 0.000 0.152
#> SRR934815 3 0.3752 0.831 0.000 0.144 0.856
#> SRR934816 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 2 0.2959 0.882 0.000 0.900 0.100
#> SRR934818 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934820 1 0.5497 0.724 0.708 0.000 0.292
#> SRR934821 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823 1 0.4796 0.834 0.780 0.000 0.220
#> SRR934825 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934828 3 0.4618 0.834 0.024 0.136 0.840
#> SRR934829 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830 3 0.1860 0.900 0.000 0.052 0.948
#> SRR934831 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832 3 0.3879 0.823 0.000 0.152 0.848
#> SRR934833 3 0.1753 0.897 0.048 0.000 0.952
#> SRR934834 1 0.3340 0.823 0.880 0.000 0.120
#> SRR934835 2 0.0424 0.987 0.000 0.992 0.008
#> SRR934836 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.4235 0.867 0.824 0.000 0.176
#> SRR934839 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844 1 0.4235 0.867 0.824 0.000 0.176
#> SRR934845 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847 1 0.5216 0.784 0.740 0.000 0.260
#> SRR934848 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934849 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853 3 0.0592 0.917 0.012 0.000 0.988
#> SRR934852 2 0.0892 0.976 0.000 0.980 0.020
#> SRR934854 3 0.1860 0.894 0.052 0.000 0.948
#> SRR934856 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934858 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863 3 0.1411 0.900 0.036 0.000 0.964
#> SRR934864 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0237 0.990 0.000 0.996 0.004
#> SRR934868 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870 1 0.4346 0.862 0.816 0.000 0.184
#> SRR934871 3 0.4796 0.747 0.000 0.220 0.780
#> SRR934872 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934877 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881 2 0.3619 0.833 0.000 0.864 0.136
#> SRR934882 3 0.4796 0.747 0.000 0.220 0.780
#> SRR934883 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885 2 0.0424 0.986 0.000 0.992 0.008
#> SRR934886 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934890 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 3 0.4605 0.768 0.000 0.204 0.796
#> SRR934896 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899 3 0.4750 0.753 0.000 0.216 0.784
#> SRR934900 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 1 0.4796 0.834 0.780 0.000 0.220
#> SRR934906 3 0.0592 0.917 0.012 0.000 0.988
#> SRR934907 3 0.4654 0.763 0.000 0.208 0.792
#> SRR934908 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909 2 0.1031 0.972 0.000 0.976 0.024
#> SRR934910 2 0.3619 0.832 0.000 0.864 0.136
#> SRR934911 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 2 0.0892 0.976 0.000 0.980 0.020
#> SRR934913 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934915 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934919 3 0.0237 0.923 0.000 0.004 0.996
#> SRR934920 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924 3 0.6126 0.427 0.400 0.000 0.600
#> SRR934923 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925 3 0.4796 0.747 0.000 0.220 0.780
#> SRR934926 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 3 0.5254 0.687 0.000 0.264 0.736
#> SRR934928 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934930 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931 3 0.1529 0.906 0.000 0.040 0.960
#> SRR934932 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 2 0.0747 0.980 0.000 0.984 0.016
#> SRR934936 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.6267 0.371 0.548 0.000 0.452
#> SRR934937 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940 3 0.4555 0.772 0.000 0.200 0.800
#> SRR934941 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942 3 0.4654 0.763 0.000 0.208 0.792
#> SRR934943 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944 1 0.4504 0.854 0.804 0.000 0.196
#> SRR934945 3 0.6799 0.247 0.012 0.456 0.532
#> SRR934946 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951 1 0.4235 0.867 0.824 0.000 0.176
#> SRR934953 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934957 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 1 0.4796 0.834 0.780 0.000 0.220
#> SRR934960 1 0.3116 0.888 0.892 0.000 0.108
#> SRR934961 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934964 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.4291 0.865 0.820 0.000 0.180
#> SRR934970 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972 1 0.4796 0.834 0.780 0.000 0.220
#> SRR934973 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.993 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985 3 0.1860 0.894 0.052 0.000 0.948
#> SRR934986 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987 3 0.4796 0.747 0.000 0.220 0.780
#> SRR934988 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.908 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.925 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 1 0.6000 0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934718 1 0.1940 0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934719 4 0.1940 0.3328 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR934720 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.4431 0.2367 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR934722 3 0.1398 0.6457 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR934723 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.5609 0.3364 0.200 0.000 0.088 0.712
#> SRR934725 1 0.6396 0.1948 0.468 0.000 0.064 0.468
#> SRR934726 4 0.5607 0.0140 0.020 0.000 0.488 0.492
#> SRR934727 1 0.1940 0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934728 4 0.6005 -0.1866 0.460 0.000 0.040 0.500
#> SRR934729 3 0.5155 -0.0682 0.000 0.468 0.528 0.004
#> SRR934730 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.5609 0.3364 0.200 0.000 0.088 0.712
#> SRR934732 2 0.0779 0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934733 1 0.6354 0.3153 0.520 0.000 0.064 0.416
#> SRR934734 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.2011 0.7327 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934736 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0657 0.9288 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR934738 4 0.6396 -0.2197 0.468 0.000 0.064 0.468
#> SRR934740 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934741 2 0.2888 0.8292 0.000 0.872 0.124 0.004
#> SRR934742 1 0.5848 0.4203 0.584 0.000 0.040 0.376
#> SRR934743 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 4 0.4925 -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934745 3 0.1716 0.6270 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934746 2 0.0779 0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934747 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.1940 0.3328 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR934750 2 0.0657 0.9264 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR934749 4 0.4477 0.2226 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR934751 1 0.1940 0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934752 4 0.6392 -0.1799 0.452 0.000 0.064 0.484
#> SRR934753 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.6005 -0.1866 0.460 0.000 0.040 0.500
#> SRR934755 4 0.4898 -0.2488 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR934756 1 0.5512 0.5218 0.660 0.000 0.040 0.300
#> SRR934757 4 0.4477 -0.1397 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR934758 1 0.3355 0.6812 0.836 0.000 0.004 0.160
#> SRR934759 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0188 0.9321 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934761 3 0.6487 0.4262 0.000 0.072 0.500 0.428
#> SRR934762 4 0.6392 -0.1799 0.452 0.000 0.064 0.484
#> SRR934763 4 0.5911 0.3324 0.196 0.000 0.112 0.692
#> SRR934764 4 0.6005 -0.1866 0.460 0.000 0.040 0.500
#> SRR934765 1 0.3444 0.5393 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR934766 1 0.6000 0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934767 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.1706 0.6466 0.000 0.036 0.948 0.016
#> SRR934770 1 0.1940 0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934772 3 0.1716 0.6317 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934771 4 0.4477 0.2226 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR934773 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.4994 0.3937 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR934775 4 0.6005 -0.1839 0.460 0.000 0.040 0.500
#> SRR934776 3 0.4967 0.0310 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR934777 1 0.6000 0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934778 3 0.3726 0.4558 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934779 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.3024 0.6294 0.000 0.000 0.852 0.148
#> SRR934781 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934782 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934783 4 0.5609 0.3364 0.200 0.000 0.088 0.712
#> SRR934784 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.1940 0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934787 1 0.1940 0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934788 1 0.5942 0.3516 0.548 0.000 0.040 0.412
#> SRR934789 4 0.6005 -0.1866 0.460 0.000 0.040 0.500
#> SRR934790 4 0.4916 -0.2447 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR934791 4 0.6010 -0.2139 0.472 0.000 0.040 0.488
#> SRR934792 3 0.3895 0.6250 0.000 0.036 0.832 0.132
#> SRR934793 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934795 4 0.6392 -0.1799 0.452 0.000 0.064 0.484
#> SRR934796 1 0.1940 0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934797 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 1 0.6000 0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934800 2 0.0657 0.9288 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR934801 2 0.0657 0.9288 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR934802 2 0.0779 0.9262 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR934803 1 0.1767 0.7053 0.944 0.000 0.044 0.012
#> SRR934804 3 0.2319 0.6409 0.000 0.040 0.924 0.036
#> SRR934805 4 0.6000 -0.1677 0.452 0.000 0.040 0.508
#> SRR934806 4 0.4804 0.0483 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR934807 3 0.1716 0.6270 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934809 4 0.5593 0.3252 0.212 0.000 0.080 0.708
#> SRR934810 4 0.6726 0.2600 0.100 0.000 0.364 0.536
#> SRR934811 3 0.1792 0.6269 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR934808 4 0.6992 0.2812 0.156 0.000 0.280 0.564
#> SRR934812 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.7644 0.3628 0.000 0.208 0.412 0.380
#> SRR934814 1 0.6396 0.1948 0.468 0.000 0.064 0.468
#> SRR934815 3 0.1716 0.6317 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934816 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.6623 0.4053 0.000 0.620 0.232 0.148
#> SRR934818 3 0.2081 0.6275 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR934819 1 0.6010 0.2337 0.488 0.000 0.040 0.472
#> SRR934820 4 0.6906 -0.0904 0.408 0.000 0.108 0.484
#> SRR934821 3 0.4898 0.4737 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR934822 1 0.1940 0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934823 4 0.4477 0.2226 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR934825 2 0.1059 0.9264 0.000 0.972 0.012 0.016
#> SRR934826 1 0.5807 0.4324 0.596 0.000 0.040 0.364
#> SRR934827 3 0.4431 0.5604 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR934828 3 0.1867 0.6245 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934829 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 3 0.1792 0.6269 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR934831 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 3 0.1792 0.6269 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR934833 3 0.4843 0.1267 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR934834 1 0.2892 0.6500 0.896 0.000 0.068 0.036
#> SRR934835 2 0.5496 0.6064 0.000 0.724 0.188 0.088
#> SRR934836 1 0.1940 0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934837 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 1 0.5996 0.2828 0.512 0.000 0.040 0.448
#> SRR934839 2 0.0779 0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934840 2 0.0779 0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934841 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934843 1 0.5417 0.5460 0.676 0.000 0.040 0.284
#> SRR934844 1 0.6000 0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934845 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934846 2 0.0779 0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934847 4 0.5394 0.3123 0.228 0.000 0.060 0.712
#> SRR934848 1 0.6011 0.2087 0.480 0.000 0.040 0.480
#> SRR934849 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.4624 0.5392 0.000 0.000 0.660 0.340
#> SRR934853 4 0.0817 0.3621 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934852 3 0.7824 0.3447 0.000 0.328 0.404 0.268
#> SRR934854 3 0.4925 0.0795 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR934856 1 0.6000 0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934858 1 0.1940 0.7346 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934859 2 0.0188 0.9321 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934860 2 0.0779 0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934861 2 0.0779 0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934862 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934863 4 0.5632 0.3387 0.196 0.000 0.092 0.712
#> SRR934864 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934865 4 0.4967 0.0763 0.000 0.000 0.452 0.548
#> SRR934866 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934867 2 0.4485 0.6727 0.000 0.772 0.200 0.028
#> SRR934868 2 0.0779 0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934869 4 0.4925 -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934870 4 0.6140 -0.1702 0.452 0.000 0.048 0.500
#> SRR934871 3 0.2816 0.6317 0.000 0.064 0.900 0.036
#> SRR934872 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934873 3 0.4992 0.4186 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR934874 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.6011 -0.2332 0.480 0.000 0.040 0.480
#> SRR934877 1 0.5658 0.4853 0.632 0.000 0.040 0.328
#> SRR934878 3 0.4331 0.5690 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR934879 4 0.4925 -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934880 4 0.0707 0.3634 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934881 3 0.7766 0.3258 0.000 0.344 0.412 0.244
#> SRR934882 3 0.7054 0.4794 0.000 0.144 0.536 0.320
#> SRR934883 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.5203 0.4968 0.000 0.636 0.348 0.016
#> SRR934885 3 0.5597 -0.0793 0.000 0.464 0.516 0.020
#> SRR934886 3 0.4994 0.4137 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR934887 3 0.4992 0.4029 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR934888 2 0.0376 0.9320 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR934889 2 0.5026 0.5601 0.000 0.672 0.312 0.016
#> SRR934890 4 0.4925 -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934891 3 0.4916 0.1434 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR934892 3 0.4989 0.4087 0.000 0.000 0.528 0.472
#> SRR934893 4 0.4916 -0.2606 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR934894 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934895 3 0.2021 0.6451 0.000 0.040 0.936 0.024
#> SRR934896 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934898 3 0.4040 0.5040 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR934899 3 0.1211 0.6450 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR934900 4 0.4925 -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934901 2 0.2944 0.8220 0.000 0.868 0.128 0.004
#> SRR934902 3 0.4999 0.3977 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR934903 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934905 4 0.4477 0.2232 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR934906 4 0.3587 0.4225 0.088 0.000 0.052 0.860
#> SRR934907 3 0.1398 0.6457 0.000 0.040 0.956 0.004
#> SRR934908 3 0.5168 -0.1340 0.000 0.492 0.504 0.004
#> SRR934909 2 0.6350 0.4297 0.000 0.636 0.252 0.112
#> SRR934910 3 0.4964 0.2055 0.000 0.380 0.616 0.004
#> SRR934911 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934912 2 0.7629 -0.2236 0.000 0.404 0.392 0.204
#> SRR934913 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934914 1 0.6000 0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934915 3 0.4431 0.5611 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR934916 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0779 0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934918 4 0.4998 -0.3795 0.000 0.000 0.488 0.512
#> SRR934919 3 0.1716 0.6373 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934920 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934922 3 0.1302 0.6367 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934924 3 0.6148 0.2549 0.408 0.000 0.540 0.052
#> SRR934923 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 3 0.1211 0.6450 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.7438 0.4428 0.000 0.244 0.512 0.244
#> SRR934928 4 0.0895 0.3674 0.004 0.000 0.020 0.976
#> SRR934929 3 0.4456 0.4703 0.004 0.000 0.716 0.280
#> SRR934930 3 0.4992 0.4029 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR934931 3 0.1474 0.6326 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934932 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.6373 0.4802 0.000 0.652 0.200 0.148
#> SRR934936 3 0.4679 0.5301 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR934933 1 0.5434 0.4121 0.696 0.000 0.252 0.052
#> SRR934937 4 0.4925 -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934938 3 0.4977 0.4280 0.000 0.000 0.540 0.460
#> SRR934939 4 0.1474 0.3516 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR934940 3 0.2411 0.6426 0.000 0.040 0.920 0.040
#> SRR934941 3 0.3528 0.6081 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR934942 3 0.2411 0.6426 0.000 0.040 0.920 0.040
#> SRR934943 2 0.4936 0.6133 0.000 0.700 0.280 0.020
#> SRR934944 4 0.6055 -0.1238 0.436 0.000 0.044 0.520
#> SRR934945 3 0.6854 0.3204 0.348 0.056 0.568 0.028
#> SRR934946 3 0.1792 0.6246 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR934947 1 0.4304 0.5795 0.716 0.000 0.000 0.284
#> SRR934948 4 0.4925 -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934949 2 0.0779 0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934950 3 0.4250 0.5345 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934951 1 0.6000 0.2744 0.508 0.000 0.040 0.452
#> SRR934953 3 0.1792 0.6417 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR934952 2 0.0657 0.9264 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR934954 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.4661 0.5353 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR934957 3 0.4830 0.4891 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR934958 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.4222 0.2793 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR934960 1 0.5957 0.3354 0.540 0.000 0.040 0.420
#> SRR934961 2 0.0188 0.9321 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934962 2 0.0188 0.9321 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934963 3 0.4564 0.5479 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR934964 3 0.4746 0.5168 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR934965 2 0.0000 0.9326 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0188 0.9323 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934967 4 0.4898 -0.2452 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR934968 4 0.4925 -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934969 4 0.6005 -0.1866 0.460 0.000 0.040 0.500
#> SRR934970 1 0.4697 0.4939 0.644 0.000 0.000 0.356
#> SRR934971 3 0.4996 0.4085 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR934972 4 0.4477 0.2226 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR934973 4 0.4933 -0.2609 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR934974 4 0.2149 0.3178 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR934975 3 0.3528 0.6081 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR934976 2 0.5088 0.3261 0.000 0.572 0.424 0.004
#> SRR934977 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.4855 0.4934 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR934979 2 0.0657 0.9288 0.000 0.984 0.004 0.012
#> SRR934980 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.4761 0.5148 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR934982 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.4955 0.5746 0.708 0.000 0.024 0.268
#> SRR934984 2 0.0779 0.9272 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934985 3 0.4916 0.0866 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR934986 1 0.4277 0.5832 0.720 0.000 0.000 0.280
#> SRR934987 3 0.1913 0.6446 0.000 0.040 0.940 0.020
#> SRR934988 4 0.4925 -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934989 1 0.0000 0.7426 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 4 0.4925 -0.2441 0.000 0.000 0.428 0.572
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.2424 0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934718 1 0.3707 0.73783 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934719 3 0.4227 0.43022 0.000 0.000 0.580 0.420 0.000
#> SRR934720 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934721 4 0.0880 0.79336 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934722 5 0.0609 0.87415 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934723 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934724 4 0.0579 0.80039 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR934725 4 0.2707 0.83297 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> SRR934726 4 0.4655 0.33905 0.004 0.000 0.012 0.600 0.384
#> SRR934727 1 0.3906 0.71953 0.704 0.000 0.000 0.292 0.004
#> SRR934728 4 0.2583 0.83225 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934729 5 0.0798 0.86811 0.008 0.016 0.000 0.000 0.976
#> SRR934730 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.0451 0.80218 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR934732 2 0.3814 0.86558 0.064 0.816 0.116 0.000 0.004
#> SRR934733 4 0.2707 0.83297 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> SRR934734 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934735 1 0.3774 0.71893 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR934736 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934737 2 0.3838 0.86798 0.064 0.820 0.108 0.000 0.008
#> SRR934738 4 0.2707 0.83297 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> SRR934740 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.4996 0.24988 0.032 0.548 0.000 0.000 0.420
#> SRR934742 4 0.2583 0.83225 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934743 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934744 3 0.2377 0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934745 5 0.0290 0.87623 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934746 2 0.3888 0.86593 0.064 0.816 0.112 0.000 0.008
#> SRR934747 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.4101 0.53599 0.000 0.000 0.628 0.372 0.000
#> SRR934750 2 0.0510 0.91217 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR934749 4 0.0880 0.79336 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934751 1 0.3774 0.71893 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR934752 4 0.2771 0.83277 0.128 0.000 0.000 0.860 0.012
#> SRR934753 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.2583 0.83225 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934755 3 0.1908 0.83103 0.000 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR934756 4 0.3662 0.67567 0.252 0.000 0.000 0.744 0.004
#> SRR934757 4 0.3934 0.46544 0.000 0.000 0.276 0.716 0.008
#> SRR934758 1 0.4288 0.51440 0.612 0.000 0.000 0.384 0.004
#> SRR934759 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934760 2 0.2813 0.88650 0.024 0.868 0.108 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.0898 0.81335 0.000 0.008 0.972 0.000 0.020
#> SRR934762 4 0.2707 0.83297 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> SRR934763 4 0.1430 0.79591 0.000 0.000 0.004 0.944 0.052
#> SRR934764 4 0.2583 0.83225 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934765 1 0.4503 0.71192 0.756 0.000 0.124 0.120 0.000
#> SRR934766 4 0.2424 0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934767 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934768 1 0.1671 0.89556 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR934769 5 0.0865 0.87211 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR934770 1 0.3707 0.73783 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934772 5 0.0324 0.87572 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR934771 4 0.0880 0.79336 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934773 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934774 3 0.3176 0.82313 0.000 0.000 0.856 0.080 0.064
#> SRR934775 4 0.2280 0.83322 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR934776 4 0.4675 0.18321 0.004 0.000 0.008 0.544 0.444
#> SRR934777 4 0.2424 0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934778 5 0.0324 0.87566 0.000 0.000 0.004 0.004 0.992
#> SRR934779 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934780 5 0.3812 0.67614 0.000 0.000 0.204 0.024 0.772
#> SRR934781 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.0451 0.80218 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR934784 2 0.0451 0.91864 0.008 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR934785 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.3707 0.73783 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934787 1 0.3707 0.73783 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934788 4 0.2424 0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934789 4 0.2424 0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934790 3 0.2377 0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934791 4 0.2424 0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934792 3 0.4626 0.43980 0.020 0.000 0.616 0.000 0.364
#> SRR934793 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.2707 0.83297 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> SRR934796 1 0.3684 0.74223 0.720 0.000 0.000 0.280 0.000
#> SRR934797 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934798 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934799 4 0.2424 0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934800 2 0.3627 0.87605 0.064 0.836 0.092 0.000 0.008
#> SRR934801 2 0.3515 0.87974 0.064 0.844 0.084 0.000 0.008
#> SRR934802 2 0.1701 0.91098 0.028 0.944 0.016 0.000 0.012
#> SRR934803 1 0.3757 0.82687 0.828 0.000 0.088 0.076 0.008
#> SRR934804 5 0.3300 0.67505 0.004 0.000 0.204 0.000 0.792
#> SRR934805 4 0.1965 0.83071 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR934806 4 0.1485 0.79716 0.020 0.000 0.032 0.948 0.000
#> SRR934807 5 0.0290 0.87623 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934809 4 0.0290 0.80354 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934810 4 0.3203 0.72562 0.000 0.000 0.012 0.820 0.168
#> SRR934811 5 0.0162 0.87597 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934808 4 0.2953 0.74354 0.000 0.000 0.012 0.844 0.144
#> SRR934812 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934813 3 0.0992 0.80973 0.000 0.024 0.968 0.000 0.008
#> SRR934814 4 0.2707 0.83297 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> SRR934815 5 0.0324 0.87572 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR934816 2 0.1331 0.91144 0.040 0.952 0.000 0.000 0.008
#> SRR934817 3 0.5337 0.48261 0.064 0.252 0.668 0.000 0.016
#> SRR934818 5 0.2390 0.81888 0.000 0.000 0.020 0.084 0.896
#> SRR934819 4 0.2583 0.83225 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934820 4 0.3517 0.81276 0.100 0.000 0.000 0.832 0.068
#> SRR934821 3 0.3146 0.81108 0.000 0.000 0.856 0.052 0.092
#> SRR934822 1 0.3612 0.75331 0.732 0.000 0.000 0.268 0.000
#> SRR934823 4 0.0880 0.79336 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934825 2 0.6500 0.64373 0.064 0.616 0.112 0.000 0.208
#> SRR934826 4 0.2583 0.83225 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934827 3 0.4219 0.65315 0.000 0.000 0.716 0.024 0.260
#> SRR934828 5 0.0324 0.87572 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR934829 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.0290 0.87623 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934831 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934832 5 0.0290 0.87623 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934833 5 0.0290 0.87405 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934834 1 0.4583 0.71824 0.740 0.000 0.004 0.064 0.192
#> SRR934835 3 0.5636 0.17620 0.064 0.368 0.560 0.000 0.008
#> SRR934836 1 0.3707 0.73783 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.2424 0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934839 2 0.3888 0.86593 0.064 0.816 0.112 0.000 0.008
#> SRR934840 2 0.3936 0.86325 0.064 0.812 0.116 0.000 0.008
#> SRR934841 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 4 0.3969 0.58056 0.304 0.000 0.000 0.692 0.004
#> SRR934844 4 0.2424 0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.3888 0.86593 0.064 0.816 0.112 0.000 0.008
#> SRR934847 4 0.0162 0.80340 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934848 4 0.2424 0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934849 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934850 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934851 3 0.3852 0.71765 0.000 0.000 0.760 0.020 0.220
#> SRR934853 4 0.2074 0.73849 0.000 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR934852 3 0.1285 0.80368 0.004 0.036 0.956 0.000 0.004
#> SRR934854 5 0.4562 -0.02690 0.000 0.000 0.008 0.492 0.500
#> SRR934856 4 0.2424 0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934858 1 0.3707 0.73783 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934859 2 0.3209 0.88576 0.060 0.860 0.076 0.000 0.004
#> SRR934860 2 0.3936 0.86325 0.064 0.812 0.116 0.000 0.008
#> SRR934861 2 0.3936 0.86325 0.064 0.812 0.116 0.000 0.008
#> SRR934862 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.0955 0.79568 0.000 0.000 0.004 0.968 0.028
#> SRR934864 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.4016 0.57098 0.000 0.000 0.012 0.716 0.272
#> SRR934866 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 3 0.5591 0.22772 0.064 0.352 0.576 0.000 0.008
#> SRR934868 2 0.3936 0.86325 0.064 0.812 0.116 0.000 0.008
#> SRR934869 3 0.2424 0.82584 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR934870 4 0.2707 0.83297 0.132 0.000 0.000 0.860 0.008
#> SRR934871 5 0.0579 0.87459 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR934872 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0955 0.81583 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR934874 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.2377 0.83328 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR934877 4 0.2629 0.82968 0.136 0.000 0.000 0.860 0.004
#> SRR934878 3 0.4668 0.50414 0.000 0.000 0.624 0.024 0.352
#> SRR934879 3 0.2377 0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934880 4 0.2280 0.72302 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR934881 3 0.2352 0.78231 0.048 0.032 0.912 0.000 0.008
#> SRR934882 3 0.2456 0.78148 0.064 0.008 0.904 0.000 0.024
#> SRR934883 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.4769 0.69215 0.064 0.120 0.044 0.000 0.772
#> SRR934885 5 0.3572 0.75955 0.068 0.012 0.076 0.000 0.844
#> SRR934886 3 0.1082 0.81737 0.000 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR934887 3 0.3035 0.82929 0.000 0.000 0.856 0.112 0.032
#> SRR934888 2 0.3449 0.87966 0.064 0.844 0.088 0.000 0.004
#> SRR934889 5 0.5914 0.59758 0.068 0.136 0.108 0.000 0.688
#> SRR934890 3 0.2377 0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934891 4 0.4659 -0.00954 0.000 0.000 0.012 0.496 0.492
#> SRR934892 3 0.3064 0.82904 0.000 0.000 0.856 0.108 0.036
#> SRR934893 3 0.2074 0.83055 0.000 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.0510 0.87516 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934896 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 5 0.4826 0.06024 0.000 0.000 0.020 0.472 0.508
#> SRR934899 5 0.0510 0.87516 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934900 3 0.2377 0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934901 2 0.4375 0.25368 0.004 0.576 0.000 0.000 0.420
#> SRR934902 3 0.1012 0.82025 0.000 0.000 0.968 0.012 0.020
#> SRR934903 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.1851 0.75175 0.000 0.000 0.088 0.912 0.000
#> SRR934906 4 0.2793 0.75126 0.000 0.000 0.088 0.876 0.036
#> SRR934907 5 0.0510 0.87516 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934908 5 0.0798 0.86811 0.008 0.016 0.000 0.000 0.976
#> SRR934909 3 0.4475 0.64117 0.068 0.160 0.764 0.000 0.008
#> SRR934910 5 0.0671 0.86931 0.004 0.016 0.000 0.000 0.980
#> SRR934911 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.2844 0.76700 0.064 0.032 0.888 0.000 0.016
#> SRR934913 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.2424 0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934915 3 0.4508 0.55366 0.000 0.000 0.648 0.020 0.332
#> SRR934916 1 0.1704 0.89713 0.928 0.000 0.000 0.068 0.004
#> SRR934917 2 0.3888 0.86593 0.064 0.816 0.112 0.000 0.008
#> SRR934918 3 0.1732 0.83230 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934919 5 0.1644 0.85638 0.008 0.000 0.048 0.004 0.940
#> SRR934920 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 5 0.0865 0.87211 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR934924 5 0.0609 0.86954 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR934923 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934925 5 0.1116 0.87100 0.004 0.000 0.028 0.004 0.964
#> SRR934926 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.2104 0.79312 0.044 0.008 0.924 0.000 0.024
#> SRR934928 4 0.2280 0.72246 0.000 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR934929 5 0.4744 0.01045 0.000 0.000 0.016 0.476 0.508
#> SRR934930 3 0.2654 0.83111 0.000 0.000 0.884 0.084 0.032
#> SRR934931 5 0.0290 0.87623 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934932 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.4861 0.55196 0.060 0.220 0.712 0.000 0.008
#> SRR934936 3 0.3449 0.75671 0.000 0.000 0.812 0.024 0.164
#> SRR934933 1 0.5588 0.65222 0.632 0.000 0.056 0.288 0.024
#> SRR934937 3 0.2377 0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934938 3 0.3119 0.82237 0.000 0.000 0.860 0.072 0.068
#> SRR934939 4 0.2719 0.69514 0.000 0.000 0.144 0.852 0.004
#> SRR934940 5 0.0932 0.87401 0.004 0.000 0.020 0.004 0.972
#> SRR934941 5 0.5738 0.41814 0.000 0.000 0.264 0.132 0.604
#> SRR934942 5 0.0404 0.87563 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934943 5 0.5889 0.58986 0.068 0.148 0.096 0.000 0.688
#> SRR934944 4 0.1671 0.82692 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR934945 5 0.0671 0.87063 0.016 0.004 0.000 0.000 0.980
#> SRR934946 5 0.0510 0.87484 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934947 4 0.3774 0.59390 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000
#> SRR934948 3 0.2377 0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934949 2 0.3888 0.86593 0.064 0.816 0.112 0.000 0.008
#> SRR934950 4 0.5302 0.17578 0.000 0.000 0.052 0.536 0.412
#> SRR934951 4 0.2329 0.83347 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR934953 5 0.2280 0.79294 0.000 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR934952 2 0.0794 0.90488 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934954 2 0.2928 0.88986 0.064 0.872 0.064 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934956 3 0.3012 0.79155 0.000 0.000 0.852 0.024 0.124
#> SRR934957 4 0.6240 0.05556 0.000 0.000 0.152 0.488 0.360
#> SRR934958 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.1732 0.75835 0.000 0.000 0.080 0.920 0.000
#> SRR934960 4 0.2583 0.83225 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934961 2 0.3398 0.88303 0.064 0.852 0.076 0.000 0.008
#> SRR934962 2 0.3274 0.88438 0.064 0.856 0.076 0.000 0.004
#> SRR934963 3 0.3656 0.74202 0.000 0.000 0.784 0.020 0.196
#> SRR934964 3 0.4100 0.74577 0.000 0.000 0.764 0.044 0.192
#> SRR934965 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.92062 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.2377 0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934968 3 0.2377 0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934969 4 0.2424 0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934970 4 0.2424 0.83239 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934971 3 0.2426 0.78078 0.064 0.000 0.900 0.000 0.036
#> SRR934972 4 0.0880 0.79336 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934973 3 0.2329 0.82834 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR934974 3 0.4249 0.40037 0.000 0.000 0.568 0.432 0.000
#> SRR934975 5 0.5738 0.41814 0.000 0.000 0.264 0.132 0.604
#> SRR934976 5 0.2891 0.73689 0.000 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR934977 1 0.1608 0.89736 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934978 3 0.3242 0.82031 0.000 0.000 0.852 0.072 0.076
#> SRR934979 2 0.3838 0.86798 0.064 0.820 0.108 0.000 0.008
#> SRR934980 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934981 3 0.3241 0.78220 0.000 0.000 0.832 0.024 0.144
#> SRR934982 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934983 4 0.3949 0.58401 0.300 0.000 0.000 0.696 0.004
#> SRR934984 2 0.3936 0.86325 0.064 0.812 0.116 0.000 0.008
#> SRR934985 5 0.3044 0.76330 0.004 0.000 0.008 0.148 0.840
#> SRR934986 4 0.3857 0.55711 0.312 0.000 0.000 0.688 0.000
#> SRR934987 5 0.0404 0.87563 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934988 3 0.2377 0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934989 1 0.1544 0.89906 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934990 3 0.2377 0.82774 0.000 0.000 0.872 0.128 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.3578 0.7176 0.052 0.164 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR934718 1 0.4330 0.5665 0.632 0.036 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.5509 0.4223 0.000 0.292 0.544 0.164 0.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.5035 0.6016 0.000 0.296 0.104 0.600 0.000 0.000
#> SRR934722 5 0.2007 0.8253 0.000 0.016 0.040 0.012 0.924 0.008
#> SRR934723 1 0.1219 0.8231 0.948 0.004 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.3171 0.7197 0.000 0.204 0.012 0.784 0.000 0.000
#> SRR934725 4 0.3135 0.7239 0.068 0.048 0.000 0.856 0.028 0.000
#> SRR934726 4 0.6071 0.3695 0.000 0.140 0.036 0.536 0.288 0.000
#> SRR934727 1 0.4636 0.3363 0.532 0.032 0.000 0.432 0.004 0.000
#> SRR934728 4 0.2866 0.7328 0.052 0.084 0.000 0.860 0.004 0.000
#> SRR934729 5 0.1644 0.8176 0.000 0.028 0.000 0.000 0.932 0.040
#> SRR934730 2 0.3999 0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934731 4 0.3141 0.7209 0.000 0.200 0.012 0.788 0.000 0.000
#> SRR934732 6 0.1088 0.6148 0.000 0.016 0.024 0.000 0.000 0.960
#> SRR934733 4 0.3345 0.7209 0.068 0.052 0.000 0.844 0.036 0.000
#> SRR934734 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.4516 0.4343 0.564 0.036 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.8316 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 6 0.0146 0.6123 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR934738 4 0.3057 0.7239 0.068 0.048 0.000 0.860 0.024 0.000
#> SRR934740 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934741 5 0.5956 -0.0833 0.000 0.224 0.000 0.000 0.420 0.356
#> SRR934742 4 0.2432 0.7173 0.080 0.024 0.000 0.888 0.008 0.000
#> SRR934743 1 0.0909 0.8293 0.968 0.012 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.2331 0.7863 0.000 0.080 0.888 0.032 0.000 0.000
#> SRR934745 5 0.1452 0.8270 0.000 0.020 0.020 0.012 0.948 0.000
#> SRR934746 6 0.0291 0.6179 0.000 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR934747 2 0.3999 0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934748 3 0.5304 0.4782 0.000 0.292 0.572 0.136 0.000 0.000
#> SRR934750 2 0.4407 0.9503 0.000 0.496 0.000 0.000 0.024 0.480
#> SRR934749 4 0.4871 0.6138 0.000 0.296 0.088 0.616 0.000 0.000
#> SRR934751 1 0.4573 0.4691 0.584 0.044 0.000 0.372 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.2767 0.7321 0.044 0.048 0.000 0.880 0.028 0.000
#> SRR934753 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934754 4 0.2220 0.7346 0.044 0.036 0.000 0.908 0.012 0.000
#> SRR934755 3 0.2133 0.7915 0.000 0.052 0.912 0.020 0.000 0.016
#> SRR934756 4 0.3304 0.6330 0.168 0.020 0.000 0.804 0.008 0.000
#> SRR934757 4 0.6228 0.4192 0.000 0.184 0.268 0.516 0.032 0.000
#> SRR934758 4 0.4478 -0.1244 0.452 0.016 0.000 0.524 0.008 0.000
#> SRR934759 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 6 0.3728 -0.5782 0.000 0.344 0.004 0.000 0.000 0.652
#> SRR934761 3 0.2402 0.7540 0.000 0.000 0.868 0.000 0.012 0.120
#> SRR934762 4 0.2688 0.7322 0.044 0.048 0.000 0.884 0.024 0.000
#> SRR934763 4 0.3124 0.7275 0.000 0.140 0.024 0.828 0.008 0.000
#> SRR934764 4 0.2186 0.7338 0.048 0.036 0.000 0.908 0.008 0.000
#> SRR934765 1 0.5644 0.5168 0.620 0.100 0.232 0.048 0.000 0.000
#> SRR934766 4 0.2971 0.7183 0.052 0.104 0.000 0.844 0.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.2703 0.7531 0.824 0.004 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR934769 5 0.2603 0.8177 0.000 0.024 0.060 0.012 0.892 0.012
#> SRR934770 1 0.4344 0.5615 0.628 0.036 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR934772 5 0.1341 0.8239 0.000 0.028 0.000 0.000 0.948 0.024
#> SRR934771 4 0.5035 0.6016 0.000 0.296 0.104 0.600 0.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.2340 0.7807 0.000 0.024 0.900 0.016 0.060 0.000
#> SRR934775 4 0.3419 0.7376 0.040 0.152 0.004 0.804 0.000 0.000
#> SRR934776 4 0.5936 0.3325 0.000 0.136 0.024 0.524 0.316 0.000
#> SRR934777 4 0.3235 0.7187 0.052 0.128 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR934778 5 0.2058 0.8097 0.000 0.056 0.000 0.036 0.908 0.000
#> SRR934779 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 5 0.5006 0.5613 0.000 0.076 0.264 0.016 0.644 0.000
#> SRR934781 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934782 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934783 4 0.2912 0.7257 0.000 0.172 0.012 0.816 0.000 0.000
#> SRR934784 6 0.3907 -0.7903 0.000 0.408 0.000 0.004 0.000 0.588
#> SRR934785 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934786 1 0.4330 0.5665 0.632 0.036 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.4348 0.5807 0.640 0.040 0.000 0.320 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.3413 0.7056 0.080 0.108 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR934789 4 0.2875 0.7343 0.052 0.096 0.000 0.852 0.000 0.000
#> SRR934790 3 0.2221 0.7883 0.000 0.072 0.896 0.032 0.000 0.000
#> SRR934791 4 0.3235 0.7186 0.052 0.128 0.000 0.820 0.000 0.000
#> SRR934792 3 0.5780 0.0925 0.000 0.020 0.460 0.000 0.416 0.104
#> SRR934793 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934795 4 0.2767 0.7321 0.044 0.048 0.000 0.880 0.028 0.000
#> SRR934796 1 0.4330 0.5665 0.632 0.036 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0458 0.8312 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.3316 0.7176 0.052 0.136 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR934800 6 0.0146 0.6123 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR934801 6 0.0603 0.5946 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980
#> SRR934802 6 0.4272 -0.4262 0.000 0.288 0.000 0.000 0.044 0.668
#> SRR934803 1 0.3574 0.7183 0.808 0.012 0.148 0.016 0.016 0.000
#> SRR934804 5 0.3748 0.6535 0.000 0.012 0.212 0.000 0.756 0.020
#> SRR934805 4 0.3050 0.7372 0.028 0.136 0.004 0.832 0.000 0.000
#> SRR934806 4 0.5223 0.5940 0.004 0.300 0.108 0.588 0.000 0.000
#> SRR934807 5 0.1053 0.8292 0.000 0.020 0.012 0.004 0.964 0.000
#> SRR934809 4 0.2738 0.7321 0.000 0.176 0.004 0.820 0.000 0.000
#> SRR934810 4 0.4507 0.6716 0.000 0.116 0.028 0.748 0.108 0.000
#> SRR934811 5 0.0777 0.8259 0.000 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR934808 4 0.4271 0.6903 0.000 0.120 0.028 0.768 0.084 0.000
#> SRR934812 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.2402 0.7540 0.000 0.000 0.868 0.000 0.012 0.120
#> SRR934814 4 0.3135 0.7239 0.068 0.048 0.000 0.856 0.028 0.000
#> SRR934815 5 0.1341 0.8239 0.000 0.028 0.000 0.000 0.948 0.024
#> SRR934816 6 0.3189 -0.1666 0.000 0.236 0.000 0.004 0.000 0.760
#> SRR934817 6 0.3782 0.2865 0.000 0.000 0.360 0.000 0.004 0.636
#> SRR934818 5 0.4208 0.7223 0.000 0.112 0.024 0.092 0.772 0.000
#> SRR934819 4 0.1956 0.7195 0.080 0.008 0.000 0.908 0.004 0.000
#> SRR934820 4 0.3394 0.7223 0.028 0.104 0.000 0.832 0.036 0.000
#> SRR934821 3 0.2542 0.7701 0.000 0.020 0.884 0.016 0.080 0.000
#> SRR934822 1 0.3998 0.5749 0.644 0.016 0.000 0.340 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.5035 0.6016 0.000 0.296 0.104 0.600 0.000 0.000
#> SRR934825 6 0.4397 0.4228 0.000 0.012 0.032 0.000 0.284 0.672
#> SRR934826 4 0.2658 0.7148 0.080 0.036 0.000 0.876 0.008 0.000
#> SRR934827 3 0.4511 0.5305 0.000 0.036 0.672 0.016 0.276 0.000
#> SRR934828 5 0.0972 0.8251 0.000 0.028 0.000 0.000 0.964 0.008
#> SRR934829 2 0.3999 0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934830 5 0.0865 0.8263 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR934831 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.0790 0.8263 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR934833 5 0.2941 0.7994 0.000 0.060 0.024 0.048 0.868 0.000
#> SRR934834 1 0.5915 0.5680 0.640 0.076 0.012 0.088 0.184 0.000
#> SRR934835 6 0.3515 0.3831 0.000 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676
#> SRR934836 1 0.4913 0.5086 0.588 0.080 0.000 0.332 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.3999 0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934838 4 0.3017 0.7189 0.052 0.108 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR934839 6 0.0260 0.6086 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934840 6 0.0547 0.6250 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934841 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934843 4 0.3799 0.5749 0.208 0.024 0.000 0.756 0.012 0.000
#> SRR934844 4 0.3107 0.7181 0.052 0.116 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR934845 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934846 6 0.0260 0.6213 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934847 4 0.3483 0.7194 0.000 0.212 0.024 0.764 0.000 0.000
#> SRR934848 4 0.3062 0.7193 0.052 0.112 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0790 0.8281 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0937 0.8260 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.3750 0.6680 0.000 0.020 0.764 0.016 0.200 0.000
#> SRR934853 4 0.5735 0.4943 0.000 0.352 0.176 0.472 0.000 0.000
#> SRR934852 3 0.2473 0.7430 0.000 0.000 0.856 0.000 0.008 0.136
#> SRR934854 4 0.5995 0.0962 0.000 0.124 0.024 0.448 0.404 0.000
#> SRR934856 4 0.3017 0.7189 0.052 0.108 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR934858 1 0.4332 0.5818 0.644 0.040 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR934859 6 0.2092 0.3649 0.000 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR934860 6 0.0547 0.6250 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934861 6 0.0632 0.6243 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934862 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934863 4 0.3086 0.7247 0.000 0.156 0.020 0.820 0.004 0.000
#> SRR934864 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934865 4 0.6024 0.3094 0.000 0.136 0.028 0.512 0.324 0.000
#> SRR934866 2 0.3999 0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934867 6 0.3728 0.3273 0.000 0.000 0.344 0.000 0.004 0.652
#> SRR934868 6 0.0547 0.6250 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934869 3 0.4065 0.6863 0.000 0.220 0.724 0.056 0.000 0.000
#> SRR934870 4 0.2772 0.7339 0.040 0.092 0.000 0.864 0.004 0.000
#> SRR934871 5 0.1959 0.8220 0.000 0.032 0.020 0.000 0.924 0.024
#> SRR934872 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934873 3 0.2531 0.7477 0.000 0.000 0.856 0.000 0.012 0.132
#> SRR934874 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934875 2 0.3999 0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934876 4 0.3088 0.7225 0.048 0.120 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR934877 4 0.2981 0.7024 0.100 0.040 0.000 0.852 0.008 0.000
#> SRR934878 3 0.4684 0.3243 0.000 0.024 0.580 0.016 0.380 0.000
#> SRR934879 3 0.2537 0.7813 0.000 0.096 0.872 0.032 0.000 0.000
#> SRR934880 4 0.5648 0.5097 0.000 0.304 0.180 0.516 0.000 0.000
#> SRR934881 3 0.3046 0.6930 0.000 0.000 0.800 0.000 0.012 0.188
#> SRR934882 3 0.4200 0.3729 0.000 0.004 0.592 0.000 0.012 0.392
#> SRR934883 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934884 5 0.4322 0.3899 0.000 0.028 0.000 0.000 0.600 0.372
#> SRR934885 5 0.4652 0.4644 0.000 0.032 0.016 0.000 0.628 0.324
#> SRR934886 3 0.2402 0.7540 0.000 0.000 0.868 0.000 0.012 0.120
#> SRR934887 3 0.1078 0.7973 0.000 0.008 0.964 0.016 0.012 0.000
#> SRR934888 6 0.0520 0.6028 0.000 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984
#> SRR934889 6 0.4802 0.0701 0.000 0.028 0.016 0.000 0.404 0.552
#> SRR934890 3 0.3318 0.7416 0.000 0.172 0.796 0.032 0.000 0.000
#> SRR934891 4 0.6187 0.0960 0.000 0.144 0.028 0.432 0.396 0.000
#> SRR934892 3 0.2001 0.7877 0.000 0.020 0.920 0.016 0.044 0.000
#> SRR934893 3 0.2133 0.7915 0.000 0.052 0.912 0.020 0.000 0.016
#> SRR934894 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934895 5 0.1862 0.8277 0.000 0.016 0.032 0.012 0.932 0.008
#> SRR934896 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934898 4 0.6176 0.0451 0.000 0.132 0.032 0.420 0.416 0.000
#> SRR934899 5 0.2127 0.8192 0.000 0.012 0.060 0.012 0.912 0.004
#> SRR934900 3 0.2221 0.7883 0.000 0.072 0.896 0.032 0.000 0.000
#> SRR934901 5 0.5850 -0.1194 0.000 0.384 0.000 0.000 0.424 0.192
#> SRR934902 3 0.1625 0.7842 0.000 0.000 0.928 0.000 0.012 0.060
#> SRR934903 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934905 4 0.5726 0.4675 0.000 0.300 0.196 0.504 0.000 0.000
#> SRR934906 4 0.5485 0.6210 0.000 0.296 0.108 0.580 0.016 0.000
#> SRR934907 5 0.2332 0.8195 0.000 0.016 0.060 0.012 0.904 0.008
#> SRR934908 5 0.1777 0.8208 0.000 0.032 0.012 0.000 0.932 0.024
#> SRR934909 6 0.4274 0.0713 0.000 0.008 0.424 0.000 0.008 0.560
#> SRR934910 5 0.1448 0.8245 0.000 0.024 0.012 0.000 0.948 0.016
#> SRR934911 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934912 6 0.3998 -0.1459 0.000 0.000 0.492 0.000 0.004 0.504
#> SRR934913 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934914 4 0.3017 0.7189 0.052 0.108 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR934915 3 0.4391 0.4969 0.000 0.020 0.652 0.016 0.312 0.000
#> SRR934916 1 0.1167 0.8282 0.960 0.012 0.000 0.020 0.008 0.000
#> SRR934917 6 0.0363 0.6230 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934918 3 0.0951 0.7947 0.000 0.000 0.968 0.008 0.004 0.020
#> SRR934919 5 0.3864 0.7603 0.000 0.044 0.032 0.000 0.796 0.128
#> SRR934920 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934922 5 0.2479 0.8102 0.000 0.028 0.064 0.016 0.892 0.000
#> SRR934924 5 0.1418 0.8217 0.024 0.032 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR934923 1 0.0622 0.8308 0.980 0.012 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR934925 5 0.2939 0.8052 0.000 0.024 0.084 0.012 0.868 0.012
#> SRR934926 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934927 3 0.2944 0.7323 0.000 0.008 0.832 0.000 0.012 0.148
#> SRR934928 4 0.5492 0.5463 0.000 0.280 0.168 0.552 0.000 0.000
#> SRR934929 5 0.5554 0.2836 0.000 0.068 0.032 0.364 0.536 0.000
#> SRR934930 3 0.1223 0.7968 0.000 0.008 0.960 0.016 0.012 0.004
#> SRR934931 5 0.1269 0.8277 0.000 0.020 0.012 0.012 0.956 0.000
#> SRR934932 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934934 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934935 6 0.3774 0.1875 0.000 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR934936 3 0.4680 0.5658 0.000 0.024 0.688 0.016 0.252 0.020
#> SRR934933 1 0.6812 0.4405 0.524 0.068 0.040 0.280 0.088 0.000
#> SRR934937 3 0.2331 0.7863 0.000 0.080 0.888 0.032 0.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0777 0.7982 0.000 0.004 0.972 0.000 0.024 0.000
#> SRR934939 4 0.6018 0.5046 0.000 0.272 0.180 0.528 0.020 0.000
#> SRR934940 5 0.2415 0.8234 0.000 0.024 0.048 0.012 0.904 0.012
#> SRR934941 5 0.6411 0.4962 0.000 0.104 0.152 0.176 0.568 0.000
#> SRR934942 5 0.2007 0.8250 0.000 0.016 0.040 0.012 0.924 0.008
#> SRR934943 6 0.4695 -0.0836 0.000 0.028 0.008 0.000 0.460 0.504
#> SRR934944 4 0.3425 0.7346 0.028 0.164 0.008 0.800 0.000 0.000
#> SRR934945 5 0.1390 0.8239 0.016 0.032 0.000 0.000 0.948 0.004
#> SRR934946 5 0.1777 0.8214 0.000 0.032 0.024 0.012 0.932 0.000
#> SRR934947 4 0.4239 0.5501 0.248 0.056 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.3023 0.7608 0.000 0.140 0.828 0.032 0.000 0.000
#> SRR934949 6 0.0260 0.6213 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934950 4 0.6362 0.0438 0.000 0.136 0.044 0.412 0.408 0.000
#> SRR934951 4 0.3807 0.7064 0.052 0.192 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR934953 5 0.3955 0.6942 0.000 0.036 0.188 0.016 0.760 0.000
#> SRR934952 2 0.4592 0.9198 0.000 0.496 0.000 0.000 0.036 0.468
#> SRR934954 6 0.1765 0.4373 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR934955 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.3272 0.7222 0.000 0.020 0.820 0.016 0.144 0.000
#> SRR934957 4 0.7228 0.0543 0.000 0.148 0.144 0.380 0.328 0.000
#> SRR934958 2 0.3999 0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934959 4 0.5119 0.5952 0.000 0.308 0.108 0.584 0.000 0.000
#> SRR934960 4 0.2563 0.7169 0.076 0.040 0.000 0.880 0.004 0.000
#> SRR934961 6 0.0777 0.5816 0.000 0.024 0.000 0.004 0.000 0.972
#> SRR934962 6 0.1765 0.4424 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000 0.904
#> SRR934963 3 0.3578 0.7064 0.000 0.028 0.796 0.016 0.160 0.000
#> SRR934964 3 0.3268 0.7159 0.000 0.020 0.808 0.008 0.164 0.000
#> SRR934965 2 0.3999 0.9917 0.000 0.500 0.000 0.004 0.000 0.496
#> SRR934966 2 0.3868 0.9945 0.000 0.504 0.000 0.000 0.000 0.496
#> SRR934967 3 0.2901 0.7670 0.000 0.128 0.840 0.032 0.000 0.000
#> SRR934968 3 0.2331 0.7863 0.000 0.080 0.888 0.032 0.000 0.000
#> SRR934969 4 0.2968 0.7326 0.052 0.092 0.000 0.852 0.004 0.000
#> SRR934970 4 0.3566 0.6963 0.096 0.104 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.3955 0.4003 0.000 0.000 0.608 0.000 0.008 0.384
#> SRR934972 4 0.5089 0.5950 0.000 0.300 0.108 0.592 0.000 0.000
#> SRR934973 3 0.2106 0.7901 0.000 0.064 0.904 0.032 0.000 0.000
#> SRR934974 3 0.5611 0.3866 0.000 0.292 0.528 0.180 0.000 0.000
#> SRR934975 5 0.6411 0.4962 0.000 0.104 0.152 0.176 0.568 0.000
#> SRR934976 5 0.3817 0.5856 0.000 0.252 0.000 0.000 0.720 0.028
#> SRR934977 1 0.2579 0.7883 0.872 0.040 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.1152 0.7964 0.000 0.004 0.952 0.000 0.044 0.000
#> SRR934979 6 0.0000 0.6159 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0865 0.8312 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.2981 0.7432 0.000 0.020 0.848 0.016 0.116 0.000
#> SRR934982 1 0.0870 0.8298 0.972 0.012 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR934983 4 0.4028 0.5501 0.224 0.036 0.000 0.732 0.008 0.000
#> SRR934984 6 0.0632 0.6243 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934985 5 0.5820 0.3062 0.000 0.120 0.024 0.320 0.536 0.000
#> SRR934986 4 0.4481 0.4339 0.284 0.060 0.000 0.656 0.000 0.000
#> SRR934987 5 0.1963 0.8268 0.000 0.016 0.032 0.012 0.928 0.012
#> SRR934988 3 0.3062 0.7589 0.000 0.144 0.824 0.032 0.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0713 0.8331 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.2331 0.7863 0.000 0.080 0.888 0.032 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.982 0.992 0.5014 0.499 0.499
#> 3 3 0.970 0.940 0.972 0.2743 0.828 0.668
#> 4 4 0.779 0.860 0.904 0.1434 0.853 0.622
#> 5 5 0.928 0.874 0.949 0.0777 0.908 0.680
#> 6 6 0.838 0.763 0.871 0.0405 0.931 0.699
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3
There is also optional best \(k\) = 2 3 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934722 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934724 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934744 1 0.8207 0.666 0.744 0.256
#> SRR934745 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934755 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934766 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934771 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934775 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934780 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934790 1 0.2043 0.958 0.968 0.032
#> SRR934791 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934807 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934809 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934810 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934811 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934808 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934815 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934818 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934821 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.4939 0.876 0.892 0.108
#> SRR934828 2 0.0672 0.990 0.008 0.992
#> SRR934829 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934830 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934832 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934833 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934851 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934853 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934854 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934856 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934869 1 0.7139 0.760 0.804 0.196
#> SRR934870 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934871 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934878 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934879 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934880 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934886 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934887 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934890 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934891 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934892 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934893 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934898 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934900 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934902 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934906 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934907 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934915 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934919 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934924 2 0.0672 0.990 0.008 0.992
#> SRR934923 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934928 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934930 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934931 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934936 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934937 1 0.0938 0.977 0.988 0.012
#> SRR934938 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934939 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934940 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934941 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934942 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934945 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934946 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934948 1 0.0938 0.977 0.988 0.012
#> SRR934949 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934950 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.9323 0.479 0.652 0.348
#> SRR934952 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934957 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934963 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934964 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.6247 0.816 0.844 0.156
#> SRR934968 1 0.9491 0.435 0.632 0.368
#> SRR934969 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934972 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934973 2 0.8763 0.568 0.296 0.704
#> SRR934974 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934975 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR934988 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934990 1 0.8327 0.652 0.736 0.264
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934718 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721 1 0.2796 0.913 0.908 0.000 0.092
#> SRR934722 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724 1 0.2625 0.921 0.916 0.000 0.084
#> SRR934725 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934729 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 1 0.2625 0.921 0.916 0.000 0.084
#> SRR934732 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749 1 0.2796 0.913 0.908 0.000 0.092
#> SRR934751 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934753 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934755 3 0.0237 0.944 0.000 0.004 0.996
#> SRR934756 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757 3 0.5327 0.634 0.272 0.000 0.728
#> SRR934758 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761 3 0.2796 0.879 0.000 0.092 0.908
#> SRR934762 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934763 1 0.2537 0.924 0.920 0.000 0.080
#> SRR934764 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934765 3 0.5835 0.538 0.340 0.000 0.660
#> SRR934766 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934767 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771 1 0.2796 0.913 0.908 0.000 0.092
#> SRR934773 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934776 1 0.1031 0.968 0.976 0.000 0.024
#> SRR934777 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934778 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783 1 0.2537 0.924 0.920 0.000 0.080
#> SRR934784 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934790 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934792 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934796 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934800 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934805 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934806 1 0.1529 0.957 0.960 0.000 0.040
#> SRR934807 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934809 1 0.1964 0.944 0.944 0.000 0.056
#> SRR934810 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934811 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934808 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934812 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.2625 0.886 0.000 0.084 0.916
#> SRR934814 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934815 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934818 1 0.1753 0.950 0.952 0.000 0.048
#> SRR934819 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934821 3 0.0237 0.944 0.000 0.004 0.996
#> SRR934822 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823 1 0.2796 0.913 0.908 0.000 0.092
#> SRR934825 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827 3 0.5560 0.623 0.300 0.000 0.700
#> SRR934828 2 0.1529 0.931 0.040 0.960 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830 2 0.0747 0.957 0.016 0.984 0.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934833 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934834 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934839 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934845 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847 1 0.2711 0.917 0.912 0.000 0.088
#> SRR934848 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934849 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0592 0.941 0.000 0.012 0.988
#> SRR934853 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852 2 0.5882 0.458 0.000 0.652 0.348
#> SRR934854 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934856 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934858 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863 1 0.2537 0.924 0.920 0.000 0.080
#> SRR934864 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 1 0.1860 0.947 0.948 0.000 0.052
#> SRR934866 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934871 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 3 0.3038 0.868 0.000 0.104 0.896
#> SRR934874 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934877 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.0747 0.939 0.000 0.016 0.984
#> SRR934879 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881 2 0.5529 0.569 0.000 0.704 0.296
#> SRR934882 2 0.3340 0.851 0.000 0.880 0.120
#> SRR934883 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934886 3 0.2625 0.887 0.000 0.084 0.916
#> SRR934887 3 0.0237 0.944 0.000 0.004 0.996
#> SRR934888 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934890 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891 1 0.1163 0.965 0.972 0.000 0.028
#> SRR934892 3 0.0237 0.944 0.000 0.004 0.996
#> SRR934893 3 0.0424 0.942 0.000 0.008 0.992
#> SRR934894 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898 1 0.4002 0.834 0.840 0.000 0.160
#> SRR934899 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934900 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902 3 0.0892 0.936 0.000 0.020 0.980
#> SRR934903 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 1 0.6274 0.181 0.544 0.000 0.456
#> SRR934906 1 0.2066 0.942 0.940 0.000 0.060
#> SRR934907 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934915 3 0.0592 0.941 0.000 0.012 0.988
#> SRR934916 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0424 0.942 0.000 0.008 0.992
#> SRR934919 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 3 0.5178 0.662 0.000 0.256 0.744
#> SRR934924 2 0.2625 0.877 0.084 0.916 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 2 0.6079 0.356 0.000 0.612 0.388
#> SRR934928 3 0.2959 0.868 0.100 0.000 0.900
#> SRR934929 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934930 3 0.0592 0.941 0.000 0.012 0.988
#> SRR934931 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 2 0.6095 0.345 0.000 0.608 0.392
#> SRR934936 2 0.5621 0.545 0.000 0.692 0.308
#> SRR934933 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938 3 0.0424 0.942 0.000 0.008 0.992
#> SRR934939 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934941 3 0.3412 0.851 0.124 0.000 0.876
#> SRR934942 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934945 2 0.0747 0.958 0.016 0.984 0.000
#> SRR934946 1 0.0661 0.976 0.988 0.004 0.008
#> SRR934947 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950 3 0.4974 0.708 0.236 0.000 0.764
#> SRR934951 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934953 1 0.5426 0.786 0.820 0.088 0.092
#> SRR934952 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.2625 0.887 0.000 0.084 0.916
#> SRR934957 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 1 0.3482 0.875 0.872 0.000 0.128
#> SRR934960 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963 2 0.6779 0.164 0.012 0.544 0.444
#> SRR934964 3 0.0424 0.943 0.000 0.008 0.992
#> SRR934965 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934970 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.5363 0.624 0.000 0.276 0.724
#> SRR934972 1 0.2796 0.913 0.908 0.000 0.092
#> SRR934973 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975 3 0.3482 0.847 0.128 0.000 0.872
#> SRR934976 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0592 0.941 0.000 0.012 0.988
#> SRR934979 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.1529 0.923 0.000 0.040 0.960
#> SRR934982 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985 1 0.0424 0.978 0.992 0.000 0.008
#> SRR934986 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.974 0.000 1.000 0.000
#> SRR934988 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.979 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.944 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934718 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.3837 0.5977 0.000 0.000 0.776 0.224
#> SRR934720 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.4323 0.8184 0.028 0.000 0.184 0.788
#> SRR934722 2 0.3726 0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934723 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.4375 0.8213 0.032 0.000 0.180 0.788
#> SRR934725 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934726 4 0.4008 0.8447 0.244 0.000 0.000 0.756
#> SRR934727 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934729 2 0.1389 0.9117 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR934730 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.4467 0.8265 0.040 0.000 0.172 0.788
#> SRR934732 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934733 4 0.4804 0.6209 0.384 0.000 0.000 0.616
#> SRR934734 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934740 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0188 0.9346 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934742 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934745 1 0.3726 0.7106 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934746 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.3123 0.7116 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR934750 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.4323 0.8184 0.028 0.000 0.184 0.788
#> SRR934751 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934753 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934755 3 0.0188 0.8746 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934756 1 0.4585 0.3260 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR934757 4 0.4136 0.8072 0.016 0.000 0.196 0.788
#> SRR934758 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.3444 0.8024 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934762 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934763 4 0.4638 0.8374 0.060 0.000 0.152 0.788
#> SRR934764 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934765 1 0.1302 0.9068 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR934766 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934767 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 2 0.1867 0.8975 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR934770 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 2 0.3726 0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934771 4 0.4323 0.8184 0.028 0.000 0.184 0.788
#> SRR934773 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934775 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934776 4 0.2670 0.8285 0.040 0.000 0.052 0.908
#> SRR934777 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934778 4 0.0000 0.7760 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.1637 0.8574 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934781 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.4467 0.8265 0.040 0.000 0.172 0.788
#> SRR934784 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934789 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934790 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934792 2 0.0188 0.9346 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934793 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934796 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934800 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 2 0.3123 0.8360 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR934805 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934806 1 0.5836 0.5884 0.700 0.000 0.112 0.188
#> SRR934807 2 0.3726 0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934809 4 0.4780 0.8557 0.096 0.000 0.116 0.788
#> SRR934810 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934811 2 0.3726 0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934808 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934812 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.3444 0.8024 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934814 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934815 2 0.3726 0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934816 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.2760 0.8091 0.000 0.872 0.128 0.000
#> SRR934818 4 0.1389 0.7937 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR934819 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934820 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934821 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.4323 0.8184 0.028 0.000 0.184 0.788
#> SRR934825 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934827 1 0.3975 0.6657 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR934828 2 0.3726 0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934829 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 2 0.3726 0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934831 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 2 0.3726 0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934833 4 0.0000 0.7760 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0469 0.9279 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934839 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934845 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.4323 0.8184 0.028 0.000 0.184 0.788
#> SRR934848 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934849 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.3311 0.8116 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR934853 4 0.3726 0.7904 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934852 3 0.3907 0.7558 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR934854 4 0.2216 0.8448 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR934856 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934858 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.4467 0.8265 0.040 0.000 0.172 0.788
#> SRR934864 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.1059 0.7962 0.016 0.000 0.012 0.972
#> SRR934866 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869 3 0.0921 0.8557 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934870 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934871 2 0.1302 0.9141 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934872 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.3311 0.8114 0.000 0.172 0.828 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934877 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.3486 0.8022 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR934879 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934880 4 0.3726 0.7904 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934881 3 0.3907 0.7558 0.000 0.232 0.768 0.000
#> SRR934882 2 0.4888 0.1934 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0592 0.9291 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934885 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934886 3 0.3400 0.8056 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934890 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934891 4 0.1489 0.8157 0.044 0.000 0.004 0.952
#> SRR934892 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934893 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 2 0.3726 0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934896 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 4 0.3074 0.8032 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR934899 2 0.3528 0.8116 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR934900 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934901 2 0.0469 0.9309 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934902 3 0.3074 0.8230 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 1 0.7767 0.1132 0.432 0.000 0.300 0.268
#> SRR934906 4 0.4375 0.8744 0.180 0.000 0.032 0.788
#> SRR934907 2 0.3726 0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934908 2 0.3688 0.8019 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR934909 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934910 2 0.3726 0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934911 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912 2 0.4072 0.6103 0.000 0.748 0.252 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934915 3 0.3400 0.8069 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934916 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0469 0.8736 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934919 2 0.0592 0.9291 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934920 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.7666 0.0568 0.000 0.392 0.396 0.212
#> SRR934924 1 0.3726 0.7106 0.788 0.000 0.000 0.212
#> SRR934923 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0707 0.9272 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934926 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.3873 0.7603 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR934928 4 0.3726 0.7904 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934929 4 0.3444 0.8561 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR934930 3 0.1637 0.8619 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR934931 2 0.3726 0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934932 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.4008 0.7403 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR934936 2 0.4817 0.2666 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0336 0.8737 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934939 4 0.3726 0.7904 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934940 2 0.1637 0.9046 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR934941 4 0.2216 0.7072 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR934942 2 0.3726 0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934943 2 0.0188 0.9346 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934944 1 0.4916 -0.0251 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR934945 2 0.7036 0.5247 0.212 0.576 0.000 0.212
#> SRR934946 4 0.0000 0.7760 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950 4 0.0707 0.7829 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934951 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934953 1 0.1211 0.9119 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR934952 2 0.2647 0.8622 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR934954 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.3444 0.8024 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934957 4 0.3726 0.7904 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934958 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.4323 0.8184 0.028 0.000 0.184 0.788
#> SRR934960 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934961 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.4786 0.7047 0.796 0.132 0.008 0.064
#> SRR934964 3 0.3219 0.8161 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR934965 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969 4 0.3726 0.8773 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934970 1 0.0188 0.9460 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934971 3 0.3837 0.7646 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR934972 4 0.4323 0.8184 0.028 0.000 0.184 0.788
#> SRR934973 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974 3 0.4406 0.4328 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR934975 4 0.2216 0.7072 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR934976 2 0.3726 0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934977 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.3074 0.8223 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR934979 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.3074 0.8223 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR934982 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9362 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934985 4 0.3074 0.8642 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934986 1 0.0188 0.9460 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934987 2 0.3726 0.7987 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934988 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9498 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.8748 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.3707 0.58700 0.000 0.000 0.716 0.284 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.0162 0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934722 5 0.0703 0.87022 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934723 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934725 4 0.0703 0.94122 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934726 4 0.0794 0.93117 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934729 5 0.3210 0.73816 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934730 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934733 1 0.4798 0.28742 0.580 0.000 0.000 0.396 0.024
#> SRR934734 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934738 4 0.0703 0.94122 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934740 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.4307 -0.08162 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR934742 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934745 5 0.0000 0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.3109 0.71506 0.000 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR934750 2 0.1197 0.89483 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR934749 4 0.0162 0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.0703 0.94122 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934753 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934755 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934756 1 0.0703 0.95306 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934757 4 0.0162 0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.0290 0.92082 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR934762 4 0.0510 0.94525 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934763 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934764 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0162 0.97302 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934766 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 5 0.3074 0.75561 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR934770 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 5 0.0290 0.87361 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934771 4 0.0162 0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934775 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934776 4 0.0510 0.94505 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934777 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934778 5 0.0000 0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 5 0.4101 0.40595 0.000 0.000 0.372 0.000 0.628
#> SRR934781 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.1544 0.89099 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR934789 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934790 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934791 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0609 0.92209 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934793 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.0510 0.94525 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934796 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0162 0.93604 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934803 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 5 0.4273 0.21846 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR934805 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.4138 0.36439 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000
#> SRR934807 5 0.0000 0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934810 4 0.0794 0.93887 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934811 5 0.0000 0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934808 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.0162 0.92396 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934814 4 0.0703 0.94122 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934815 5 0.0000 0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934818 5 0.4030 0.41898 0.000 0.000 0.000 0.352 0.648
#> SRR934819 4 0.0290 0.94701 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934820 4 0.0703 0.94122 0.000 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934821 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.0162 0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934826 4 0.1908 0.86823 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR934827 1 0.3305 0.69455 0.776 0.000 0.224 0.000 0.000
#> SRR934828 5 0.0000 0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.0000 0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.0000 0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833 5 0.0162 0.87146 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934834 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0290 0.96968 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934848 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.3003 0.76113 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934853 4 0.0162 0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934852 2 0.4201 0.34045 0.000 0.592 0.408 0.000 0.000
#> SRR934854 4 0.0880 0.93614 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR934856 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.0794 0.93887 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934866 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869 3 0.2280 0.81037 0.000 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR934870 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934871 5 0.3210 0.73816 0.000 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934872 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.1478 0.86312 0.000 0.064 0.936 0.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.2690 0.79689 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR934879 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934880 4 0.0162 0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934881 2 0.3796 0.58077 0.000 0.700 0.300 0.000 0.000
#> SRR934882 2 0.3274 0.70869 0.000 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.4249 0.29264 0.000 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR934885 2 0.3336 0.65345 0.000 0.772 0.000 0.000 0.228
#> SRR934886 3 0.0162 0.92396 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934890 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934891 4 0.0794 0.93887 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934892 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934893 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.0000 0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 4 0.0609 0.94332 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934899 5 0.2329 0.80242 0.000 0.124 0.000 0.000 0.876
#> SRR934900 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934901 5 0.3336 0.71793 0.000 0.228 0.000 0.000 0.772
#> SRR934902 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.6248 0.24193 0.172 0.000 0.308 0.520 0.000
#> SRR934906 4 0.0162 0.95005 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934907 5 0.0290 0.87362 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934908 5 0.0794 0.86862 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934909 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934910 5 0.0703 0.87022 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934911 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 2 0.0404 0.92866 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934915 3 0.3177 0.73770 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR934916 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934919 2 0.4300 -0.00538 0.000 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR934920 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 5 0.0000 0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924 5 0.0703 0.86255 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR934923 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 5 0.3857 0.57901 0.000 0.312 0.000 0.000 0.688
#> SRR934926 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.4182 0.27691 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR934928 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934929 4 0.4183 0.74626 0.136 0.000 0.000 0.780 0.084
#> SRR934930 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934931 5 0.0000 0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.3837 0.56614 0.000 0.692 0.308 0.000 0.000
#> SRR934936 2 0.3534 0.65675 0.000 0.744 0.256 0.000 0.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934939 4 0.0162 0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934940 5 0.3177 0.74239 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR934941 4 0.6647 -0.03406 0.000 0.000 0.224 0.392 0.384
#> SRR934942 5 0.0162 0.87379 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934943 2 0.3816 0.50852 0.000 0.696 0.000 0.000 0.304
#> SRR934944 4 0.3508 0.64949 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> SRR934945 5 0.0703 0.86255 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR934946 5 0.0000 0.87344 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.0510 0.96254 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950 4 0.0794 0.93887 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934951 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.0404 0.96611 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR934952 2 0.4306 -0.05255 0.000 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR934954 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.0162 0.92450 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934957 4 0.0324 0.94903 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR934958 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.0162 0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934960 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.3003 0.76113 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934965 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0162 0.92400 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934969 4 0.0000 0.95117 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0794 0.95115 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000
#> SRR934971 2 0.4101 0.43325 0.000 0.628 0.372 0.000 0.000
#> SRR934972 4 0.0162 0.94999 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934973 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934974 3 0.4150 0.35417 0.000 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR934975 4 0.6647 -0.03406 0.000 0.000 0.224 0.392 0.384
#> SRR934976 5 0.0794 0.86862 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934977 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0162 0.92450 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934979 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0162 0.92450 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934982 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.93958 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934985 4 0.4227 0.26785 0.000 0.000 0.000 0.580 0.420
#> SRR934986 1 0.0880 0.94697 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR934987 5 0.0703 0.87022 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934988 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.97634 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.92655 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.3482 0.68782 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934718 1 0.3797 0.32388 0.580 0.000 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR934719 4 0.5662 0.18904 0.000 0.000 0.384 0.460 0.000 0.156
#> SRR934720 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.3482 0.65549 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934722 5 0.1710 0.84702 0.000 0.020 0.012 0.020 0.940 0.008
#> SRR934723 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 6 0.1556 0.78744 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR934725 4 0.3141 0.62173 0.000 0.000 0.000 0.788 0.012 0.200
#> SRR934726 6 0.0806 0.81329 0.008 0.000 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR934727 1 0.1075 0.84194 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR934728 6 0.1765 0.78737 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR934729 5 0.2668 0.77017 0.000 0.168 0.000 0.004 0.828 0.000
#> SRR934730 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934731 6 0.1610 0.78440 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR934732 2 0.0291 0.94073 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR934733 4 0.4024 0.61211 0.068 0.000 0.000 0.776 0.016 0.140
#> SRR934734 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.3828 0.28002 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0146 0.94177 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934738 4 0.3141 0.62173 0.000 0.000 0.000 0.788 0.012 0.200
#> SRR934740 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934741 2 0.3966 0.15093 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444 0.000
#> SRR934742 1 0.4333 0.13979 0.512 0.000 0.000 0.468 0.000 0.020
#> SRR934743 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0547 0.88194 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934745 5 0.0837 0.84943 0.004 0.000 0.000 0.020 0.972 0.004
#> SRR934746 2 0.0405 0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934747 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934748 3 0.5333 0.36620 0.000 0.000 0.564 0.300 0.000 0.136
#> SRR934750 2 0.2491 0.77339 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934749 4 0.3482 0.65549 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934751 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.3141 0.62173 0.000 0.000 0.000 0.788 0.012 0.200
#> SRR934753 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934754 4 0.3706 0.65463 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR934755 3 0.0458 0.88224 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934756 4 0.4711 0.47938 0.280 0.000 0.000 0.640 0.000 0.080
#> SRR934757 6 0.1584 0.79129 0.000 0.000 0.008 0.064 0.000 0.928
#> SRR934758 1 0.2854 0.69942 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934761 3 0.0713 0.87320 0.000 0.028 0.972 0.000 0.000 0.000
#> SRR934762 4 0.3073 0.62727 0.000 0.000 0.000 0.788 0.008 0.204
#> SRR934763 6 0.0458 0.81424 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934764 4 0.3706 0.65463 0.000 0.000 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR934765 1 0.0146 0.87005 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766 4 0.3371 0.71031 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR934767 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.2260 0.76318 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934769 5 0.3364 0.80191 0.000 0.096 0.020 0.020 0.844 0.020
#> SRR934770 1 0.3838 0.25642 0.552 0.000 0.000 0.448 0.000 0.000
#> SRR934772 5 0.0909 0.85205 0.000 0.012 0.000 0.020 0.968 0.000
#> SRR934771 4 0.3482 0.65549 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934773 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0603 0.88217 0.000 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR934775 6 0.2092 0.76973 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR934776 6 0.2309 0.78666 0.000 0.000 0.000 0.084 0.028 0.888
#> SRR934777 4 0.3409 0.70186 0.000 0.000 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR934778 5 0.3794 0.68792 0.000 0.000 0.000 0.216 0.744 0.040
#> SRR934779 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 6 0.6247 0.33936 0.000 0.000 0.236 0.024 0.240 0.500
#> SRR934781 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934782 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934783 6 0.0865 0.80856 0.000 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964
#> SRR934784 2 0.0146 0.94182 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934786 1 0.3756 0.36974 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0260 0.86865 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.4449 0.70514 0.088 0.000 0.000 0.696 0.000 0.216
#> SRR934789 6 0.1444 0.79940 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR934790 3 0.0547 0.88194 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934791 4 0.2300 0.69532 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR934792 2 0.3829 0.74381 0.000 0.792 0.072 0.012 0.124 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934795 4 0.3043 0.62490 0.000 0.000 0.000 0.792 0.008 0.200
#> SRR934796 1 0.3756 0.36978 0.600 0.000 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0146 0.87078 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.3515 0.69327 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR934800 2 0.0291 0.94073 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR934801 2 0.0405 0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934802 2 0.1714 0.86082 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 5 0.3711 0.65723 0.000 0.260 0.020 0.000 0.720 0.000
#> SRR934805 6 0.1267 0.80657 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934806 4 0.4339 0.65636 0.060 0.000 0.000 0.684 0.000 0.256
#> SRR934807 5 0.1010 0.84743 0.000 0.000 0.000 0.036 0.960 0.004
#> SRR934809 6 0.1910 0.79216 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR934810 6 0.4009 0.64192 0.000 0.000 0.000 0.288 0.028 0.684
#> SRR934811 5 0.0790 0.84835 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR934808 6 0.1152 0.80984 0.000 0.000 0.000 0.044 0.004 0.952
#> SRR934812 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.0000 0.88139 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814 4 0.3141 0.62173 0.000 0.000 0.000 0.788 0.012 0.200
#> SRR934815 5 0.0777 0.85011 0.000 0.004 0.000 0.024 0.972 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.94262 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.0551 0.93745 0.000 0.984 0.004 0.008 0.004 0.000
#> SRR934818 6 0.3948 0.68479 0.000 0.000 0.000 0.064 0.188 0.748
#> SRR934819 4 0.4047 0.66045 0.012 0.000 0.000 0.604 0.000 0.384
#> SRR934820 6 0.3927 0.58277 0.000 0.000 0.000 0.344 0.012 0.644
#> SRR934821 3 0.0820 0.87608 0.000 0.000 0.972 0.016 0.012 0.000
#> SRR934822 1 0.3810 0.31109 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.3482 0.65549 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934825 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934826 4 0.3679 0.64741 0.052 0.000 0.000 0.772 0.000 0.176
#> SRR934827 1 0.2854 0.66140 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828 5 0.0865 0.84845 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR934829 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934830 5 0.1204 0.84161 0.000 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.0865 0.84771 0.000 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR934833 5 0.3440 0.72364 0.000 0.000 0.000 0.196 0.776 0.028
#> SRR934834 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0291 0.94073 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR934836 1 0.3993 0.15891 0.520 0.000 0.000 0.476 0.000 0.004
#> SRR934837 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934838 4 0.3351 0.71076 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934839 2 0.0405 0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934840 2 0.0405 0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934843 1 0.4377 0.23118 0.540 0.000 0.000 0.436 0.000 0.024
#> SRR934844 4 0.3351 0.70686 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934845 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934846 2 0.0405 0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934847 6 0.1556 0.78744 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR934848 4 0.3351 0.71076 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934849 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.2431 0.79684 0.000 0.000 0.860 0.008 0.132 0.000
#> SRR934853 6 0.2597 0.70504 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR934852 3 0.3737 0.36776 0.000 0.392 0.608 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854 6 0.3888 0.65621 0.000 0.000 0.000 0.252 0.032 0.716
#> SRR934856 4 0.3371 0.70987 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR934858 1 0.0458 0.86391 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0291 0.94259 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR934860 2 0.0405 0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934861 2 0.0405 0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934862 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934863 6 0.0260 0.81411 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934864 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934865 6 0.3909 0.66455 0.000 0.000 0.000 0.244 0.036 0.720
#> SRR934866 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934867 2 0.0291 0.94073 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR934868 2 0.0405 0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934869 3 0.4832 0.54439 0.000 0.000 0.648 0.244 0.000 0.108
#> SRR934870 6 0.1765 0.78737 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR934871 5 0.2703 0.76587 0.000 0.172 0.000 0.004 0.824 0.000
#> SRR934872 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934873 3 0.1806 0.82185 0.000 0.088 0.908 0.004 0.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934875 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934876 4 0.2762 0.71532 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934877 1 0.3851 0.22268 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.2890 0.80957 0.000 0.000 0.856 0.016 0.108 0.020
#> SRR934879 3 0.1297 0.87123 0.000 0.000 0.948 0.040 0.000 0.012
#> SRR934880 6 0.2260 0.74585 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR934881 3 0.3851 0.15738 0.000 0.460 0.540 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882 2 0.3955 0.45596 0.000 0.648 0.340 0.008 0.004 0.000
#> SRR934883 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934884 2 0.4080 0.09751 0.000 0.536 0.000 0.008 0.456 0.000
#> SRR934885 2 0.2912 0.76207 0.000 0.816 0.000 0.012 0.172 0.000
#> SRR934886 3 0.0547 0.87726 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR934887 3 0.0603 0.87796 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR934888 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934889 2 0.0820 0.93103 0.000 0.972 0.000 0.012 0.016 0.000
#> SRR934890 3 0.3101 0.77989 0.000 0.000 0.820 0.148 0.000 0.032
#> SRR934891 6 0.3745 0.67018 0.000 0.000 0.000 0.240 0.028 0.732
#> SRR934892 3 0.1546 0.86543 0.000 0.000 0.944 0.016 0.020 0.020
#> SRR934893 3 0.0458 0.88224 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934895 5 0.0696 0.85038 0.000 0.008 0.004 0.004 0.980 0.004
#> SRR934896 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934898 6 0.2070 0.79876 0.000 0.000 0.000 0.044 0.048 0.908
#> SRR934899 5 0.1588 0.83996 0.000 0.072 0.004 0.000 0.924 0.000
#> SRR934900 3 0.0363 0.88220 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934901 5 0.2805 0.75508 0.000 0.184 0.000 0.004 0.812 0.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.88139 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934905 4 0.4016 0.65138 0.004 0.000 0.020 0.684 0.000 0.292
#> SRR934906 4 0.1714 0.68763 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR934907 5 0.0798 0.85105 0.000 0.012 0.004 0.004 0.976 0.004
#> SRR934908 5 0.1471 0.84205 0.000 0.064 0.000 0.004 0.932 0.000
#> SRR934909 2 0.0405 0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934910 5 0.1349 0.84562 0.000 0.056 0.000 0.004 0.940 0.000
#> SRR934911 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934912 2 0.1542 0.89704 0.000 0.936 0.052 0.008 0.004 0.000
#> SRR934913 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934914 4 0.3266 0.71526 0.000 0.000 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR934915 3 0.3268 0.75841 0.000 0.000 0.812 0.044 0.144 0.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0405 0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.88139 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934919 2 0.4200 0.30606 0.000 0.592 0.000 0.012 0.392 0.004
#> SRR934920 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934922 5 0.1693 0.83945 0.000 0.000 0.012 0.032 0.936 0.020
#> SRR934924 5 0.1349 0.83117 0.056 0.000 0.000 0.004 0.940 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 5 0.4849 0.58668 0.000 0.284 0.020 0.020 0.656 0.020
#> SRR934926 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934927 3 0.3515 0.69079 0.000 0.192 0.780 0.016 0.012 0.000
#> SRR934928 6 0.2219 0.74865 0.000 0.000 0.000 0.136 0.000 0.864
#> SRR934929 4 0.2858 0.66198 0.016 0.000 0.000 0.864 0.028 0.092
#> SRR934930 3 0.1003 0.87348 0.000 0.000 0.964 0.016 0.020 0.000
#> SRR934931 5 0.0858 0.84846 0.000 0.000 0.000 0.028 0.968 0.004
#> SRR934932 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934934 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934935 2 0.4096 -0.01162 0.000 0.508 0.484 0.008 0.000 0.000
#> SRR934936 2 0.4935 0.47496 0.000 0.648 0.288 0.016 0.028 0.020
#> SRR934933 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0547 0.88194 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.88139 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939 6 0.2135 0.74812 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR934940 5 0.3489 0.77947 0.000 0.132 0.008 0.020 0.820 0.020
#> SRR934941 5 0.7360 0.02209 0.000 0.000 0.116 0.248 0.360 0.276
#> SRR934942 5 0.1710 0.84407 0.000 0.012 0.008 0.020 0.940 0.020
#> SRR934943 2 0.2730 0.78650 0.000 0.836 0.000 0.012 0.152 0.000
#> SRR934944 6 0.3225 0.69714 0.092 0.000 0.000 0.080 0.000 0.828
#> SRR934945 5 0.1410 0.83954 0.044 0.008 0.000 0.004 0.944 0.000
#> SRR934946 5 0.2520 0.78251 0.000 0.000 0.000 0.152 0.844 0.004
#> SRR934947 1 0.4476 0.47203 0.640 0.000 0.000 0.052 0.000 0.308
#> SRR934948 3 0.1856 0.85611 0.000 0.000 0.920 0.048 0.000 0.032
#> SRR934949 2 0.0405 0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934950 6 0.3975 0.66240 0.000 0.000 0.000 0.244 0.040 0.716
#> SRR934951 4 0.3531 0.67057 0.000 0.000 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR934953 1 0.0632 0.85601 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934952 5 0.3659 0.47907 0.000 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.94262 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.1542 0.86557 0.000 0.000 0.944 0.016 0.024 0.016
#> SRR934957 6 0.1074 0.81030 0.000 0.000 0.000 0.012 0.028 0.960
#> SRR934958 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934959 4 0.3482 0.65549 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934960 4 0.2883 0.65903 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934961 2 0.0405 0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934962 2 0.0291 0.94073 0.000 0.992 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR934963 1 0.0363 0.86405 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.2301 0.82189 0.000 0.000 0.884 0.020 0.096 0.000
#> SRR934965 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934966 2 0.0146 0.94321 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934967 3 0.2826 0.80165 0.000 0.000 0.844 0.128 0.000 0.028
#> SRR934968 3 0.0547 0.88194 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934969 6 0.1765 0.78737 0.000 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR934970 4 0.4610 0.26977 0.388 0.000 0.000 0.568 0.000 0.044
#> SRR934971 3 0.4199 0.20263 0.000 0.444 0.544 0.008 0.004 0.000
#> SRR934972 4 0.3482 0.65549 0.000 0.000 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR934973 3 0.0363 0.88220 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934974 4 0.5593 0.40472 0.000 0.000 0.280 0.536 0.000 0.184
#> SRR934975 5 0.7319 0.00946 0.000 0.000 0.108 0.248 0.360 0.284
#> SRR934976 5 0.1267 0.84393 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR934977 1 0.0260 0.86906 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0000 0.88139 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934979 2 0.0405 0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0914 0.87477 0.000 0.000 0.968 0.016 0.016 0.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 4 0.3747 0.21481 0.396 0.000 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0405 0.93957 0.000 0.988 0.000 0.008 0.004 0.000
#> SRR934985 6 0.3277 0.74929 0.000 0.000 0.000 0.084 0.092 0.824
#> SRR934986 4 0.4634 0.23722 0.400 0.000 0.000 0.556 0.000 0.044
#> SRR934987 5 0.1293 0.84921 0.000 0.020 0.004 0.016 0.956 0.004
#> SRR934988 3 0.3020 0.79934 0.000 0.000 0.844 0.076 0.000 0.080
#> SRR934989 1 0.0000 0.87264 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0547 0.88194 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.980 0.992 0.4504 0.549 0.549
#> 3 3 0.804 0.873 0.943 0.4671 0.703 0.500
#> 4 4 0.695 0.807 0.864 0.1037 0.889 0.689
#> 5 5 0.836 0.876 0.935 0.0693 0.889 0.625
#> 6 6 0.804 0.712 0.868 0.0592 0.851 0.450
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934722 2 0.4298 0.897 0.088 0.912
#> SRR934723 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934724 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934744 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934745 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934755 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934766 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934769 1 0.6531 0.798 0.832 0.168
#> SRR934770 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934772 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934771 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934775 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934780 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934790 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934791 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934807 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934809 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934810 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934811 1 0.6148 0.820 0.848 0.152
#> SRR934808 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934815 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934818 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934821 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934828 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934830 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934832 1 0.2603 0.951 0.956 0.044
#> SRR934833 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934851 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934853 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934854 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934856 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934869 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934870 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934871 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR934872 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934873 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934878 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934879 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934880 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934885 2 0.6148 0.818 0.152 0.848
#> SRR934886 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934887 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.6148 0.818 0.152 0.848
#> SRR934890 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934891 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934892 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934893 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR934896 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934898 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934900 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934902 1 0.8016 0.676 0.756 0.244
#> SRR934903 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934906 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934907 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934915 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.9977 0.112 0.472 0.528
#> SRR934919 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934922 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934924 1 0.1843 0.967 0.972 0.028
#> SRR934923 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934928 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934930 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934931 1 0.3274 0.934 0.940 0.060
#> SRR934932 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934936 1 0.7528 0.723 0.784 0.216
#> SRR934933 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934937 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934938 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934939 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934940 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934941 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934942 2 0.2236 0.952 0.036 0.964
#> SRR934943 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934945 2 0.9815 0.281 0.420 0.580
#> SRR934946 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934948 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934950 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934956 1 0.0672 0.987 0.992 0.008
#> SRR934957 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934964 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934968 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934969 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934971 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934972 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934973 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934974 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934975 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934978 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934981 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.985 0.000 1.000
#> SRR934988 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR934990 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 1 0.4750 0.717 0.784 0.000 0.216
#> SRR934718 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934719 3 0.4702 0.715 0.212 0.000 0.788
#> SRR934720 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721 3 0.6111 0.385 0.396 0.000 0.604
#> SRR934722 3 0.4974 0.678 0.000 0.236 0.764
#> SRR934723 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934725 1 0.4750 0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934726 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934727 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934728 1 0.4504 0.771 0.804 0.000 0.196
#> SRR934729 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733 1 0.4750 0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934734 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934736 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738 1 0.4750 0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934740 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742 1 0.4605 0.735 0.796 0.000 0.204
#> SRR934743 1 0.1163 0.910 0.972 0.000 0.028
#> SRR934744 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 3 0.4654 0.720 0.208 0.000 0.792
#> SRR934750 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749 1 0.6280 0.104 0.540 0.000 0.460
#> SRR934751 1 0.4121 0.783 0.832 0.000 0.168
#> SRR934752 1 0.4750 0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934753 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934755 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934757 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934759 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761 3 0.5327 0.635 0.000 0.272 0.728
#> SRR934762 1 0.4750 0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934763 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934764 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934765 3 0.6095 0.391 0.392 0.000 0.608
#> SRR934766 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934767 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934772 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934771 1 0.4504 0.745 0.804 0.000 0.196
#> SRR934773 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775 3 0.0237 0.911 0.004 0.000 0.996
#> SRR934776 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934778 1 0.5327 0.673 0.728 0.000 0.272
#> SRR934779 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934787 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934788 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934789 3 0.4796 0.724 0.220 0.000 0.780
#> SRR934790 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.4750 0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934792 3 0.5497 0.587 0.000 0.292 0.708
#> SRR934793 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 1 0.4750 0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934796 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934797 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934800 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803 3 0.5465 0.612 0.288 0.000 0.712
#> SRR934804 3 0.5859 0.484 0.000 0.344 0.656
#> SRR934805 3 0.1031 0.899 0.024 0.000 0.976
#> SRR934806 1 0.4399 0.757 0.812 0.000 0.188
#> SRR934807 3 0.1031 0.899 0.024 0.000 0.976
#> SRR934809 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934810 3 0.5098 0.645 0.248 0.000 0.752
#> SRR934811 3 0.1031 0.899 0.024 0.000 0.976
#> SRR934808 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934814 1 0.4750 0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934815 3 0.0592 0.907 0.012 0.000 0.988
#> SRR934816 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 2 0.0424 0.976 0.000 0.992 0.008
#> SRR934818 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.0892 0.915 0.980 0.000 0.020
#> SRR934820 1 0.4887 0.732 0.772 0.000 0.228
#> SRR934821 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823 3 0.5678 0.564 0.316 0.000 0.684
#> SRR934825 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934827 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934828 3 0.5138 0.632 0.252 0.000 0.748
#> SRR934829 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830 3 0.5560 0.542 0.300 0.000 0.700
#> SRR934831 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832 3 0.2486 0.870 0.060 0.008 0.932
#> SRR934833 3 0.3192 0.822 0.112 0.000 0.888
#> SRR934834 3 0.4702 0.715 0.212 0.000 0.788
#> SRR934835 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934837 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934839 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934844 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934845 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934848 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934849 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934854 3 0.1031 0.899 0.024 0.000 0.976
#> SRR934856 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934858 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934859 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 3 0.0424 0.909 0.008 0.000 0.992
#> SRR934866 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870 3 0.5431 0.580 0.284 0.000 0.716
#> SRR934871 3 0.0424 0.909 0.000 0.008 0.992
#> SRR934872 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.0424 0.922 0.992 0.000 0.008
#> SRR934877 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934878 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934882 3 0.4750 0.714 0.000 0.216 0.784
#> SRR934883 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885 2 0.6267 0.100 0.000 0.548 0.452
#> SRR934886 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889 3 0.4750 0.714 0.000 0.216 0.784
#> SRR934890 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 3 0.5560 0.573 0.000 0.300 0.700
#> SRR934896 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899 3 0.5760 0.522 0.000 0.328 0.672
#> SRR934900 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902 3 0.3192 0.832 0.000 0.112 0.888
#> SRR934903 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 3 0.5859 0.505 0.344 0.000 0.656
#> SRR934906 1 0.5216 0.693 0.740 0.000 0.260
#> SRR934907 3 0.6154 0.328 0.000 0.408 0.592
#> SRR934908 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909 3 0.4796 0.709 0.000 0.220 0.780
#> SRR934910 2 0.4796 0.689 0.000 0.780 0.220
#> SRR934911 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 2 0.0237 0.980 0.000 0.996 0.004
#> SRR934913 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934915 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.2878 0.866 0.904 0.000 0.096
#> SRR934917 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0237 0.911 0.000 0.004 0.996
#> SRR934919 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924 1 0.5551 0.735 0.768 0.020 0.212
#> SRR934923 1 0.0892 0.913 0.980 0.000 0.020
#> SRR934925 3 0.0237 0.911 0.000 0.004 0.996
#> SRR934926 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 3 0.6302 0.140 0.000 0.480 0.520
#> SRR934928 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929 3 0.5560 0.527 0.300 0.000 0.700
#> SRR934930 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934936 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934933 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934937 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934941 3 0.1163 0.897 0.028 0.000 0.972
#> SRR934942 3 0.0237 0.911 0.000 0.004 0.996
#> SRR934943 2 0.6045 0.332 0.000 0.620 0.380
#> SRR934944 3 0.4702 0.715 0.212 0.000 0.788
#> SRR934945 1 0.9411 0.386 0.500 0.288 0.212
#> SRR934946 3 0.2625 0.851 0.084 0.000 0.916
#> SRR934947 1 0.2356 0.878 0.928 0.000 0.072
#> SRR934948 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934953 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934957 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 3 0.4702 0.715 0.212 0.000 0.788
#> SRR934960 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934961 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934964 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.2878 0.843 0.096 0.000 0.904
#> SRR934968 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.4750 0.747 0.784 0.000 0.216
#> SRR934970 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934971 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972 1 0.6192 0.253 0.580 0.000 0.420
#> SRR934973 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974 3 0.2448 0.862 0.076 0.000 0.924
#> SRR934975 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934978 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934984 2 0.0000 0.984 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934986 1 0.0237 0.924 0.996 0.000 0.004
#> SRR934987 3 0.2711 0.850 0.000 0.088 0.912
#> SRR934988 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.923 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.913 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 1 0.4916 0.5797 0.576 0.000 0.424 0.000
#> SRR934718 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934719 3 0.0188 0.8174 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934720 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934721 3 0.4134 0.4568 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR934722 4 0.1867 0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934723 1 0.1211 0.8210 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR934724 3 0.0000 0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934726 3 0.1474 0.8244 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934727 1 0.3791 0.8790 0.796 0.000 0.200 0.004
#> SRR934728 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934729 4 0.2647 0.8025 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR934730 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 3 0.0000 0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934733 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934734 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934735 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934736 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934737 2 0.3726 0.7080 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR934738 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934740 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934739 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741 4 0.3942 0.6910 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR934742 1 0.4866 0.6214 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR934743 1 0.1256 0.8001 0.964 0.000 0.028 0.008
#> SRR934744 3 0.3486 0.7858 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR934745 4 0.4855 0.2315 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR934746 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.0188 0.8174 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934750 4 0.4454 0.5799 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR934749 3 0.4746 0.1218 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR934751 1 0.4817 0.6743 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR934752 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934755 3 0.1474 0.8270 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934756 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934757 3 0.1022 0.8267 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR934758 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934759 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934760 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.6049 0.6571 0.000 0.120 0.680 0.200
#> SRR934762 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934763 3 0.0000 0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934765 3 0.4948 0.3869 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR934766 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934767 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934768 1 0.0188 0.8015 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934769 4 0.4999 -0.1933 0.000 0.000 0.492 0.508
#> SRR934770 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934772 4 0.2345 0.8087 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR934771 1 0.4830 0.6431 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR934773 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934774 3 0.1302 0.8284 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934775 3 0.0188 0.8179 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934776 3 0.1474 0.8244 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934777 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934778 4 0.3144 0.8004 0.072 0.000 0.044 0.884
#> SRR934779 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934780 3 0.3569 0.7790 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR934781 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.1940 0.9003 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934783 3 0.0188 0.8174 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934787 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934788 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934789 3 0.3074 0.6802 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR934790 3 0.1302 0.8267 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934791 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934792 4 0.1867 0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934793 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934794 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934796 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934797 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934798 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934799 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934802 4 0.3266 0.7628 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934803 3 0.3335 0.7217 0.128 0.000 0.856 0.016
#> SRR934804 4 0.1867 0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934805 3 0.2011 0.7570 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR934806 1 0.4843 0.6434 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR934807 4 0.2489 0.8152 0.068 0.000 0.020 0.912
#> SRR934809 3 0.0188 0.8174 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934810 3 0.4560 0.3876 0.296 0.000 0.700 0.004
#> SRR934811 4 0.2489 0.8152 0.068 0.000 0.020 0.912
#> SRR934808 3 0.0188 0.8205 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934812 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934813 2 0.3172 0.7728 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR934814 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934815 4 0.2926 0.8151 0.048 0.000 0.056 0.896
#> SRR934816 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.1388 0.9347 0.000 0.960 0.012 0.028
#> SRR934818 3 0.3172 0.7959 0.000 0.000 0.840 0.160
#> SRR934819 1 0.3837 0.8658 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR934820 1 0.4500 0.7642 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR934821 3 0.3649 0.7751 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934822 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934823 3 0.3311 0.6315 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR934825 4 0.3942 0.6910 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR934826 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934827 3 0.3610 0.7785 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR934828 4 0.3071 0.8049 0.068 0.000 0.044 0.888
#> SRR934829 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 4 0.2489 0.8152 0.068 0.000 0.020 0.912
#> SRR934831 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934832 4 0.2489 0.8152 0.068 0.000 0.020 0.912
#> SRR934833 4 0.3144 0.8004 0.072 0.000 0.044 0.884
#> SRR934834 3 0.3919 0.7835 0.104 0.000 0.840 0.056
#> SRR934835 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934836 1 0.3528 0.8777 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934842 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934844 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847 3 0.0188 0.8174 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934848 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934849 1 0.1474 0.7875 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934850 1 0.0188 0.8015 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934851 3 0.3726 0.7704 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934853 3 0.0000 0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.3024 0.7891 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR934854 3 0.3239 0.7876 0.068 0.000 0.880 0.052
#> SRR934856 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934858 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.3528 0.7397 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR934861 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863 3 0.0000 0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 3 0.0779 0.8125 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR934866 2 0.1118 0.9419 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934867 2 0.1389 0.9226 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR934868 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869 3 0.1211 0.8263 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934870 3 0.4134 0.4741 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR934871 4 0.1867 0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934872 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.3649 0.7751 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934874 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934877 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934878 3 0.3726 0.7704 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934879 3 0.1302 0.8267 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934880 3 0.0000 0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934881 2 0.3444 0.7357 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR934882 3 0.3791 0.7754 0.000 0.004 0.796 0.200
#> SRR934883 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 4 0.3907 0.6961 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR934885 4 0.4852 0.7734 0.000 0.152 0.072 0.776
#> SRR934886 3 0.3649 0.7751 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934887 3 0.3649 0.7751 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934888 4 0.4331 0.6089 0.000 0.288 0.000 0.712
#> SRR934889 4 0.4985 0.7713 0.000 0.152 0.080 0.768
#> SRR934890 3 0.1398 0.8260 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR934891 3 0.0336 0.8220 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934892 3 0.3649 0.7751 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934893 3 0.3311 0.7935 0.000 0.000 0.828 0.172
#> SRR934894 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 4 0.1867 0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934896 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934897 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.1637 0.8247 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934899 4 0.2224 0.8213 0.000 0.032 0.040 0.928
#> SRR934900 3 0.3569 0.7808 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR934901 4 0.3907 0.6954 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR934902 3 0.3791 0.7754 0.000 0.004 0.796 0.200
#> SRR934903 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 3 0.3444 0.6093 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR934906 1 0.4889 0.7000 0.636 0.000 0.360 0.004
#> SRR934907 4 0.1978 0.8127 0.000 0.004 0.068 0.928
#> SRR934908 4 0.2589 0.8045 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR934909 3 0.4095 0.6730 0.000 0.192 0.792 0.016
#> SRR934910 4 0.2589 0.8045 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR934911 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912 2 0.1118 0.9362 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934913 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934915 3 0.3801 0.7641 0.000 0.000 0.780 0.220
#> SRR934916 1 0.3725 0.6645 0.812 0.000 0.180 0.008
#> SRR934917 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.3870 0.7708 0.000 0.004 0.788 0.208
#> SRR934919 3 0.3400 0.7869 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934920 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934921 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.4877 0.4547 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR934924 4 0.2530 0.8083 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR934923 1 0.2670 0.7711 0.904 0.000 0.024 0.072
#> SRR934925 4 0.4776 0.2658 0.000 0.000 0.376 0.624
#> SRR934926 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 4 0.5158 -0.0977 0.000 0.004 0.472 0.524
#> SRR934928 3 0.0000 0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934929 3 0.5109 0.6085 0.212 0.000 0.736 0.052
#> SRR934930 3 0.3688 0.7730 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR934931 4 0.1867 0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934932 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934936 3 0.4277 0.6961 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR934933 3 0.0336 0.8220 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934937 3 0.2011 0.8240 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR934938 3 0.3726 0.7704 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934939 3 0.0000 0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934940 4 0.2760 0.7644 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR934941 3 0.5318 0.7512 0.072 0.000 0.732 0.196
#> SRR934942 4 0.1867 0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934943 4 0.4893 0.7609 0.000 0.168 0.064 0.768
#> SRR934944 3 0.0000 0.8194 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934945 4 0.2216 0.8141 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR934946 4 0.3056 0.8029 0.072 0.000 0.040 0.888
#> SRR934947 1 0.4277 0.8160 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR934948 3 0.1302 0.8267 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR934949 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950 3 0.2973 0.8038 0.000 0.000 0.856 0.144
#> SRR934951 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934953 3 0.3649 0.7751 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934952 4 0.5000 0.1052 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR934954 2 0.3219 0.7865 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR934955 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934956 3 0.3649 0.7751 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934957 3 0.2011 0.8233 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR934958 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 3 0.2149 0.7512 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934960 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963 3 0.4222 0.7092 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR934964 3 0.4040 0.7371 0.000 0.000 0.752 0.248
#> SRR934965 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0188 0.8206 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934968 3 0.3486 0.7858 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR934969 1 0.3801 0.8690 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR934970 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934971 3 0.3610 0.7785 0.000 0.000 0.800 0.200
#> SRR934972 3 0.4817 0.0223 0.388 0.000 0.612 0.000
#> SRR934973 3 0.3123 0.8003 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR934974 3 0.0657 0.8209 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR934975 3 0.3569 0.7781 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR934976 4 0.2589 0.8045 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR934977 1 0.4356 0.8519 0.804 0.000 0.148 0.048
#> SRR934978 3 0.4679 0.5785 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR934979 2 0.1716 0.9151 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR934980 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934981 3 0.3726 0.7704 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934982 1 0.0188 0.8015 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934983 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9727 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934985 3 0.1474 0.8244 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934986 1 0.3649 0.8807 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR934987 4 0.1867 0.8107 0.000 0.000 0.072 0.928
#> SRR934988 3 0.1389 0.8271 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR934989 1 0.1867 0.7801 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934990 3 0.1716 0.8262 0.000 0.000 0.936 0.064
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.0609 0.9478 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934718 4 0.0963 0.9237 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR934719 4 0.2970 0.8105 0.000 0.000 0.168 0.828 0.004
#> SRR934720 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.0771 0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934722 5 0.1270 0.8988 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR934723 1 0.4256 0.2296 0.564 0.000 0.000 0.436 0.000
#> SRR934724 3 0.3366 0.7946 0.000 0.000 0.784 0.212 0.004
#> SRR934725 4 0.0000 0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934726 3 0.3639 0.8402 0.000 0.000 0.812 0.144 0.044
#> SRR934727 4 0.1200 0.9394 0.016 0.000 0.012 0.964 0.008
#> SRR934728 4 0.0566 0.9473 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR934729 5 0.0290 0.9251 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934730 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 3 0.3741 0.7223 0.000 0.000 0.732 0.264 0.004
#> SRR934732 2 0.0963 0.9355 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934733 4 0.0000 0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 4 0.0000 0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.3774 0.5681 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR934738 4 0.0000 0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 5 0.0963 0.9121 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934742 4 0.1197 0.9162 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR934743 1 0.4594 0.3442 0.620 0.000 0.364 0.012 0.004
#> SRR934744 3 0.0290 0.8779 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934745 5 0.3876 0.4763 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934746 2 0.0162 0.9577 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934747 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.4397 0.2145 0.000 0.000 0.432 0.564 0.004
#> SRR934750 5 0.2648 0.8099 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934749 4 0.0771 0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934751 3 0.3475 0.8215 0.012 0.000 0.804 0.180 0.004
#> SRR934752 4 0.0000 0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0000 0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934755 3 0.0000 0.8782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934756 4 0.0000 0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934757 3 0.2563 0.8566 0.000 0.000 0.872 0.120 0.008
#> SRR934758 4 0.0000 0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0609 0.9471 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.2208 0.8282 0.000 0.072 0.908 0.000 0.020
#> SRR934762 4 0.0000 0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934763 3 0.3048 0.8261 0.000 0.000 0.820 0.176 0.004
#> SRR934764 4 0.0162 0.9490 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934765 3 0.3783 0.6965 0.252 0.000 0.740 0.008 0.000
#> SRR934766 4 0.0290 0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.1671 0.8640 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR934769 5 0.4138 0.3687 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR934770 4 0.0880 0.9274 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000
#> SRR934772 5 0.0865 0.9160 0.000 0.000 0.004 0.024 0.972
#> SRR934771 4 0.0771 0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934773 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0451 0.8792 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR934775 3 0.3790 0.7212 0.000 0.000 0.724 0.272 0.004
#> SRR934776 3 0.3639 0.8403 0.000 0.000 0.812 0.144 0.044
#> SRR934777 4 0.0566 0.9487 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR934778 5 0.0703 0.9166 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934779 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.0703 0.8771 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934781 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.1671 0.8987 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR934783 4 0.2488 0.8456 0.000 0.000 0.124 0.872 0.004
#> SRR934784 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 4 0.0693 0.9450 0.012 0.000 0.008 0.980 0.000
#> SRR934787 4 0.0898 0.9402 0.020 0.000 0.008 0.972 0.000
#> SRR934788 4 0.0693 0.9450 0.012 0.000 0.008 0.980 0.000
#> SRR934789 4 0.0671 0.9473 0.000 0.000 0.016 0.980 0.004
#> SRR934790 3 0.0000 0.8782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934791 4 0.0290 0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934792 5 0.2074 0.8574 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR934793 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.0000 0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934796 4 0.0693 0.9450 0.012 0.000 0.008 0.980 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.0290 0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934802 5 0.1671 0.8826 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924
#> SRR934803 3 0.3479 0.8420 0.084 0.000 0.836 0.080 0.000
#> SRR934804 5 0.1544 0.8860 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934805 4 0.0771 0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934806 4 0.1173 0.9443 0.012 0.000 0.020 0.964 0.004
#> SRR934807 5 0.0000 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809 4 0.0771 0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934810 4 0.2660 0.8255 0.000 0.000 0.128 0.864 0.008
#> SRR934811 5 0.0162 0.9251 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934808 3 0.3209 0.8282 0.000 0.000 0.812 0.180 0.008
#> SRR934812 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 2 0.3687 0.7693 0.000 0.792 0.180 0.000 0.028
#> SRR934814 4 0.0000 0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934815 5 0.0703 0.9166 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934816 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.2020 0.8820 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR934818 3 0.3800 0.8426 0.000 0.000 0.812 0.108 0.080
#> SRR934819 4 0.0000 0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934820 4 0.0162 0.9486 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934821 3 0.0404 0.8784 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934822 4 0.1197 0.9112 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000
#> SRR934823 4 0.0771 0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934825 5 0.2074 0.8597 0.000 0.104 0.000 0.000 0.896
#> SRR934826 4 0.0000 0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934827 3 0.0451 0.8784 0.000 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR934828 5 0.0703 0.9166 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934829 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.0162 0.9251 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934831 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.0162 0.9251 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934833 5 0.1270 0.8912 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR934834 3 0.3600 0.8556 0.044 0.000 0.848 0.080 0.028
#> SRR934835 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836 4 0.1168 0.9292 0.032 0.000 0.008 0.960 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.0290 0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 4 0.0510 0.9406 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR934844 4 0.0609 0.9478 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.0771 0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934848 4 0.0290 0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934849 1 0.0404 0.9161 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934850 1 0.0703 0.9086 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934851 3 0.0794 0.8730 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934853 3 0.3300 0.8033 0.000 0.000 0.792 0.204 0.004
#> SRR934852 2 0.3513 0.7767 0.000 0.800 0.180 0.000 0.020
#> SRR934854 3 0.3934 0.8397 0.000 0.000 0.800 0.124 0.076
#> SRR934856 4 0.0290 0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934858 4 0.1173 0.9443 0.012 0.000 0.020 0.964 0.004
#> SRR934859 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.2753 0.8252 0.000 0.856 0.008 0.000 0.136
#> SRR934861 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 3 0.3048 0.8261 0.000 0.000 0.820 0.176 0.004
#> SRR934864 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 3 0.4313 0.7730 0.000 0.000 0.732 0.228 0.040
#> SRR934866 2 0.0963 0.9347 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934867 2 0.2127 0.8735 0.000 0.892 0.108 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869 3 0.1965 0.8558 0.000 0.000 0.904 0.096 0.000
#> SRR934870 4 0.0771 0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934871 5 0.0162 0.9250 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934872 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0290 0.8779 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934874 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0771 0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934877 4 0.2674 0.8342 0.012 0.000 0.120 0.868 0.000
#> SRR934878 3 0.2074 0.8512 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR934879 3 0.0000 0.8782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934880 3 0.3048 0.8261 0.000 0.000 0.820 0.176 0.004
#> SRR934881 2 0.3602 0.7731 0.000 0.796 0.180 0.000 0.024
#> SRR934882 3 0.0609 0.8748 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934883 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.0880 0.9145 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR934885 5 0.0771 0.9197 0.000 0.020 0.004 0.000 0.976
#> SRR934886 3 0.0510 0.8762 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934887 3 0.0609 0.8748 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934888 5 0.2127 0.8562 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934889 5 0.2193 0.8694 0.000 0.092 0.008 0.000 0.900
#> SRR934890 4 0.4294 0.2021 0.000 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR934891 3 0.3132 0.8282 0.000 0.000 0.820 0.172 0.008
#> SRR934892 3 0.0404 0.8784 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934893 3 0.0404 0.8772 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934894 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.0162 0.9250 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934896 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.2513 0.8579 0.000 0.000 0.876 0.116 0.008
#> SRR934899 5 0.1544 0.8860 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934900 3 0.0290 0.8779 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934901 5 0.0880 0.9145 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR934902 3 0.0609 0.8748 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934903 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.0932 0.9466 0.004 0.000 0.020 0.972 0.004
#> SRR934906 4 0.0865 0.9459 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR934907 5 0.0703 0.9168 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR934908 5 0.0162 0.9255 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934909 3 0.1965 0.8289 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR934910 5 0.0162 0.9255 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934911 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 2 0.2813 0.8113 0.000 0.832 0.168 0.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.0290 0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934915 3 0.0880 0.8718 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934916 1 0.4268 0.6062 0.728 0.000 0.244 0.024 0.004
#> SRR934917 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0794 0.8730 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934919 3 0.3209 0.8003 0.000 0.000 0.812 0.008 0.180
#> SRR934920 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.3661 0.6600 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR934924 5 0.0162 0.9251 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934923 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 3 0.4287 0.1971 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR934926 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.3534 0.6259 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR934928 3 0.3123 0.8203 0.000 0.000 0.812 0.184 0.004
#> SRR934929 4 0.4127 0.5255 0.000 0.000 0.312 0.680 0.008
#> SRR934930 3 0.0703 0.8741 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934931 5 0.0162 0.9250 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934932 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.1851 0.8921 0.000 0.912 0.088 0.000 0.000
#> SRR934936 3 0.2891 0.7908 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934933 3 0.2805 0.8605 0.012 0.000 0.872 0.108 0.008
#> SRR934937 3 0.0162 0.8782 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934938 3 0.0794 0.8730 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934939 3 0.3266 0.8069 0.000 0.000 0.796 0.200 0.004
#> SRR934940 5 0.1270 0.8944 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR934941 3 0.4119 0.7861 0.000 0.000 0.752 0.212 0.036
#> SRR934942 5 0.0162 0.9250 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934943 5 0.0992 0.9173 0.000 0.024 0.008 0.000 0.968
#> SRR934944 3 0.3123 0.8262 0.000 0.000 0.812 0.184 0.004
#> SRR934945 5 0.0162 0.9251 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934946 5 0.0000 0.9247 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947 3 0.3544 0.8122 0.008 0.000 0.788 0.200 0.004
#> SRR934948 3 0.0000 0.8782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950 3 0.3141 0.8445 0.000 0.000 0.832 0.152 0.016
#> SRR934951 4 0.0290 0.9489 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR934953 3 0.0404 0.8784 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934952 5 0.4268 0.2037 0.000 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR934954 2 0.3913 0.5049 0.000 0.676 0.000 0.000 0.324
#> SRR934955 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.0609 0.8748 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934957 3 0.2660 0.8535 0.000 0.000 0.864 0.128 0.008
#> SRR934958 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.2763 0.8211 0.000 0.000 0.148 0.848 0.004
#> SRR934960 4 0.0000 0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963 3 0.1478 0.8594 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR934964 3 0.1270 0.8634 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR934965 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.2233 0.8523 0.000 0.000 0.892 0.104 0.004
#> SRR934968 3 0.0290 0.8779 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934969 4 0.0566 0.9473 0.000 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR934970 4 0.0404 0.9491 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934971 3 0.0290 0.8779 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934972 4 0.0771 0.9467 0.000 0.000 0.020 0.976 0.004
#> SRR934973 3 0.0290 0.8779 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934974 4 0.3300 0.7644 0.000 0.000 0.204 0.792 0.004
#> SRR934975 3 0.3090 0.8630 0.000 0.000 0.856 0.104 0.040
#> SRR934976 5 0.0162 0.9255 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934977 1 0.4746 0.0236 0.504 0.000 0.016 0.480 0.000
#> SRR934978 3 0.2230 0.8172 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR934979 2 0.3003 0.7585 0.000 0.812 0.000 0.000 0.188
#> SRR934980 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0794 0.8730 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934982 1 0.0703 0.9086 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934983 4 0.0000 0.9485 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9604 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934985 3 0.3791 0.8425 0.000 0.000 0.812 0.112 0.076
#> SRR934986 4 0.0162 0.9473 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934987 5 0.0162 0.9250 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934988 3 0.0000 0.8782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9233 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.8782 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.0260 0.74940 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934718 6 0.3961 0.37145 0.004 0.000 0.000 0.440 0.000 0.556
#> SRR934719 4 0.2178 0.65804 0.000 0.000 0.132 0.868 0.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.0000 0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934722 5 0.0260 0.90882 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR934723 6 0.4057 0.15070 0.436 0.000 0.000 0.008 0.000 0.556
#> SRR934724 4 0.4212 0.33598 0.000 0.000 0.016 0.560 0.000 0.424
#> SRR934725 6 0.2941 0.54202 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR934726 6 0.3871 0.48967 0.000 0.000 0.148 0.084 0.000 0.768
#> SRR934727 6 0.2969 0.54204 0.000 0.000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR934728 6 0.3782 0.24549 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR934729 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.5252 0.21377 0.000 0.000 0.096 0.480 0.000 0.424
#> SRR934732 2 0.2135 0.83497 0.000 0.872 0.128 0.000 0.000 0.000
#> SRR934733 6 0.3076 0.53364 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR934734 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 6 0.3833 0.36833 0.000 0.000 0.000 0.444 0.000 0.556
#> SRR934736 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.3592 0.47284 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR934738 6 0.2762 0.54812 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR934740 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742 6 0.2941 0.53151 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR934743 6 0.3766 0.46242 0.232 0.000 0.000 0.032 0.000 0.736
#> SRR934744 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934745 5 0.3982 0.66671 0.000 0.000 0.060 0.000 0.740 0.200
#> SRR934746 2 0.0146 0.96726 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.2664 0.60734 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR934750 5 0.1501 0.85064 0.000 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR934749 4 0.0000 0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934751 6 0.5576 -0.01917 0.000 0.000 0.144 0.376 0.000 0.480
#> SRR934752 6 0.2941 0.54202 0.000 0.000 0.000 0.220 0.000 0.780
#> SRR934753 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 6 0.3789 0.39666 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR934755 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934756 6 0.3789 0.39666 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR934757 6 0.5982 0.00628 0.000 0.000 0.240 0.332 0.000 0.428
#> SRR934758 6 0.2793 0.54782 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR934759 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.1007 0.92979 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934762 6 0.3782 0.40054 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR934763 6 0.5636 -0.13946 0.000 0.000 0.148 0.424 0.000 0.428
#> SRR934764 4 0.1863 0.67755 0.000 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR934765 1 0.3062 0.75290 0.824 0.000 0.144 0.032 0.000 0.000
#> SRR934766 4 0.0458 0.74522 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934767 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 6 0.4815 0.24297 0.384 0.000 0.000 0.060 0.000 0.556
#> SRR934769 5 0.3698 0.76673 0.000 0.000 0.116 0.000 0.788 0.096
#> SRR934770 6 0.3867 0.29844 0.000 0.000 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR934772 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771 4 0.0000 0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.5432 0.12783 0.000 0.000 0.480 0.120 0.000 0.400
#> SRR934775 4 0.5246 0.22175 0.000 0.000 0.096 0.488 0.000 0.416
#> SRR934776 6 0.2783 0.53208 0.000 0.000 0.148 0.016 0.000 0.836
#> SRR934777 4 0.0146 0.75076 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934778 6 0.3823 0.13352 0.000 0.000 0.000 0.000 0.436 0.564
#> SRR934779 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.4325 0.29699 0.000 0.000 0.568 0.016 0.004 0.412
#> SRR934781 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.1444 0.90469 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934783 4 0.3528 0.50367 0.000 0.000 0.004 0.700 0.000 0.296
#> SRR934784 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 4 0.0458 0.74522 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934787 4 0.3747 -0.06840 0.000 0.000 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR934788 4 0.0547 0.74346 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934789 6 0.3860 -0.15319 0.000 0.000 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR934790 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934791 4 0.0790 0.73722 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934792 5 0.2823 0.74597 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 6 0.3782 0.40042 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR934796 4 0.0632 0.74072 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934797 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0146 0.98313 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.0146 0.75076 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934800 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934802 5 0.0260 0.90811 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934803 6 0.7262 0.43144 0.188 0.000 0.188 0.184 0.000 0.440
#> SRR934804 5 0.0937 0.88957 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR934805 4 0.3699 0.46006 0.000 0.000 0.004 0.660 0.000 0.336
#> SRR934806 4 0.0000 0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934807 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934809 4 0.3151 0.54859 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR934810 6 0.0363 0.56949 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934811 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934808 6 0.3027 0.52877 0.000 0.000 0.148 0.028 0.000 0.824
#> SRR934812 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.2340 0.75375 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814 6 0.3126 0.53004 0.000 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR934815 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.3684 0.43130 0.000 0.372 0.628 0.000 0.000 0.000
#> SRR934818 6 0.3282 0.52135 0.000 0.000 0.164 0.016 0.012 0.808
#> SRR934819 6 0.2883 0.53576 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR934820 6 0.0458 0.57416 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934821 3 0.1714 0.80774 0.000 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR934822 6 0.4052 0.45516 0.016 0.000 0.000 0.356 0.000 0.628
#> SRR934823 4 0.0000 0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934825 5 0.0260 0.90811 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934826 6 0.3789 0.39666 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR934827 3 0.2762 0.69619 0.000 0.000 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR934828 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.0146 0.91033 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934831 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934833 6 0.2219 0.52936 0.000 0.000 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR934834 6 0.3257 0.53268 0.012 0.000 0.152 0.020 0.000 0.816
#> SRR934835 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836 4 0.0000 0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.0458 0.74522 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934839 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 6 0.3151 0.52823 0.000 0.000 0.000 0.252 0.000 0.748
#> SRR934844 4 0.0000 0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.3937 0.35123 0.000 0.000 0.004 0.572 0.000 0.424
#> SRR934848 4 0.0547 0.74467 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934849 1 0.1082 0.94010 0.956 0.000 0.000 0.004 0.000 0.040
#> SRR934850 6 0.3961 0.14304 0.440 0.000 0.000 0.004 0.000 0.556
#> SRR934851 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934853 4 0.5029 0.28205 0.000 0.000 0.076 0.524 0.000 0.400
#> SRR934852 3 0.2340 0.75375 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854 6 0.0000 0.57120 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934856 4 0.0547 0.74467 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934858 4 0.2912 0.57732 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR934859 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.2790 0.81827 0.000 0.844 0.024 0.000 0.132 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 6 0.5636 -0.14063 0.000 0.000 0.148 0.424 0.000 0.428
#> SRR934864 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 6 0.2765 0.53815 0.000 0.000 0.132 0.016 0.004 0.848
#> SRR934866 2 0.0865 0.93955 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR934867 3 0.3351 0.58663 0.000 0.288 0.712 0.000 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869 4 0.3756 0.28863 0.000 0.000 0.400 0.600 0.000 0.000
#> SRR934870 4 0.3151 0.54824 0.000 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR934871 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0146 0.75102 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934877 6 0.3244 0.49954 0.000 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR934878 5 0.4717 0.40764 0.000 0.000 0.364 0.000 0.580 0.056
#> SRR934879 3 0.0508 0.87033 0.000 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR934880 4 0.5636 0.11337 0.000 0.000 0.148 0.428 0.000 0.424
#> SRR934881 3 0.2340 0.75375 0.000 0.148 0.852 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934886 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934888 5 0.0363 0.90572 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR934889 5 0.0260 0.90811 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934890 3 0.3672 0.38826 0.000 0.000 0.632 0.368 0.000 0.000
#> SRR934891 6 0.5480 0.08273 0.000 0.000 0.144 0.328 0.000 0.528
#> SRR934892 3 0.2520 0.74394 0.000 0.000 0.844 0.004 0.000 0.152
#> SRR934893 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 6 0.5963 0.02447 0.000 0.000 0.240 0.320 0.000 0.440
#> SRR934899 5 0.1910 0.83688 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR934900 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934901 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.0000 0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934906 4 0.0713 0.74268 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934907 5 0.0146 0.91060 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934908 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909 3 0.2945 0.74714 0.000 0.156 0.824 0.000 0.020 0.000
#> SRR934910 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.2527 0.73514 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.0363 0.74746 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934915 3 0.0692 0.86681 0.000 0.000 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR934916 6 0.3833 0.13730 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR934917 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934919 5 0.4957 0.54558 0.000 0.000 0.148 0.000 0.648 0.204
#> SRR934920 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 5 0.5737 0.37120 0.000 0.000 0.248 0.000 0.516 0.236
#> SRR934924 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934923 1 0.0146 0.98313 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934925 5 0.3126 0.68450 0.000 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.0146 0.87635 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934928 4 0.5450 0.16237 0.000 0.000 0.120 0.452 0.000 0.428
#> SRR934929 6 0.3071 0.54317 0.000 0.000 0.016 0.180 0.000 0.804
#> SRR934930 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934931 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.3531 0.51893 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR934936 5 0.3309 0.63459 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR934933 6 0.2869 0.53129 0.000 0.000 0.148 0.020 0.000 0.832
#> SRR934937 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939 4 0.5216 0.22064 0.000 0.000 0.092 0.484 0.000 0.424
#> SRR934940 5 0.1349 0.87454 0.000 0.000 0.004 0.000 0.940 0.056
#> SRR934941 6 0.0363 0.56944 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934942 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934943 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944 6 0.5008 0.32933 0.000 0.000 0.148 0.212 0.000 0.640
#> SRR934945 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934946 5 0.1327 0.87434 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934947 6 0.3637 0.55784 0.000 0.000 0.084 0.124 0.000 0.792
#> SRR934948 3 0.0692 0.86510 0.000 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR934949 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950 6 0.4222 0.45690 0.000 0.000 0.184 0.088 0.000 0.728
#> SRR934951 4 0.0458 0.74522 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934953 3 0.3418 0.67889 0.000 0.000 0.784 0.016 0.008 0.192
#> SRR934952 5 0.3838 0.16942 0.000 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR934954 2 0.3737 0.35684 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934957 6 0.5957 -0.01119 0.000 0.000 0.228 0.344 0.000 0.428
#> SRR934958 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.0146 0.75081 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934960 6 0.3789 0.39666 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR934961 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963 3 0.1204 0.84273 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR934964 3 0.0260 0.87512 0.000 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934965 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 4 0.3866 0.04994 0.000 0.000 0.484 0.516 0.000 0.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934969 4 0.3634 0.38043 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR934970 4 0.0000 0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934972 4 0.0000 0.75167 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934973 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934974 4 0.3041 0.63944 0.000 0.000 0.128 0.832 0.000 0.040
#> SRR934975 6 0.3457 0.47512 0.000 0.000 0.232 0.016 0.000 0.752
#> SRR934976 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 4 0.1814 0.68374 0.100 0.000 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0146 0.87635 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934979 2 0.3101 0.67456 0.000 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934982 6 0.3833 0.13730 0.444 0.000 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR934983 6 0.3371 0.50558 0.000 0.000 0.000 0.292 0.000 0.708
#> SRR934984 2 0.0000 0.97060 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934985 6 0.3035 0.53058 0.000 0.000 0.148 0.016 0.008 0.828
#> SRR934986 4 0.3244 0.33695 0.000 0.000 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR934987 5 0.0000 0.91208 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934988 3 0.4428 0.32054 0.000 0.000 0.580 0.032 0.000 0.388
#> SRR934989 1 0.0000 0.98670 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.87848 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.976 0.947 0.979 0.4759 0.523 0.523
#> 3 3 0.718 0.824 0.911 0.2943 0.678 0.479
#> 4 4 0.568 0.698 0.819 0.1793 0.808 0.542
#> 5 5 0.535 0.505 0.722 0.0557 0.893 0.626
#> 6 6 0.621 0.662 0.753 0.0461 0.875 0.516
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934719 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934721 2 0.0376 0.981 0.004 0.996
#> SRR934722 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934724 2 0.9427 0.429 0.360 0.640
#> SRR934725 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.2043 0.941 0.968 0.032
#> SRR934727 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934731 2 0.4431 0.888 0.092 0.908
#> SRR934732 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934744 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934745 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934748 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934749 2 0.1414 0.966 0.020 0.980
#> SRR934751 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934755 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934757 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.6801 0.775 0.820 0.180
#> SRR934764 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934766 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934771 2 0.7376 0.730 0.208 0.792
#> SRR934773 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934774 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934775 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.9775 0.325 0.588 0.412
#> SRR934777 1 0.0376 0.965 0.996 0.004
#> SRR934778 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934780 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.5842 0.827 0.860 0.140
#> SRR934784 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934790 2 0.0938 0.973 0.012 0.988
#> SRR934791 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934807 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934809 1 0.7453 0.727 0.788 0.212
#> SRR934810 1 0.2236 0.937 0.964 0.036
#> SRR934811 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934808 1 0.2236 0.937 0.964 0.036
#> SRR934812 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934815 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934818 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934821 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934823 2 0.7056 0.754 0.192 0.808
#> SRR934825 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.9580 0.399 0.620 0.380
#> SRR934828 2 0.0376 0.981 0.004 0.996
#> SRR934829 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934830 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934832 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934833 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.9522 0.431 0.628 0.372
#> SRR934848 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934851 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934853 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934854 2 0.2778 0.937 0.048 0.952
#> SRR934856 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.6148 0.812 0.848 0.152
#> SRR934864 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.0376 0.965 0.996 0.004
#> SRR934866 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934869 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934870 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934871 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934878 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934879 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934880 2 0.9732 0.309 0.404 0.596
#> SRR934881 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934886 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934887 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934890 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934891 2 0.9522 0.393 0.372 0.628
#> SRR934892 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934893 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934898 2 0.4298 0.893 0.088 0.912
#> SRR934899 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934900 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934902 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.9954 0.162 0.540 0.460
#> SRR934906 1 0.9896 0.227 0.560 0.440
#> SRR934907 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934915 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934919 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934924 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934928 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934929 1 0.9427 0.448 0.640 0.360
#> SRR934930 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934931 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934936 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934937 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934938 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934939 2 0.0672 0.977 0.008 0.992
#> SRR934940 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934941 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934942 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934945 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934946 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934948 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934950 2 0.9248 0.473 0.340 0.660
#> SRR934951 1 0.0672 0.962 0.992 0.008
#> SRR934953 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934957 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934959 2 0.0376 0.981 0.004 0.996
#> SRR934960 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934964 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934967 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934968 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934972 2 0.9209 0.490 0.336 0.664
#> SRR934973 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934974 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934975 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934985 2 0.0672 0.977 0.008 0.992
#> SRR934986 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934988 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.968 1.000 0.000
#> SRR934990 2 0.0000 0.984 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 3 0.6209 0.4727 0.368 0.004 0.628
#> SRR934718 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934719 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934720 1 0.0237 0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934721 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934722 3 0.0237 0.8689 0.000 0.004 0.996
#> SRR934723 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934724 3 0.3619 0.8129 0.136 0.000 0.864
#> SRR934725 3 0.4654 0.7197 0.208 0.000 0.792
#> SRR934726 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934727 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934728 1 0.0747 0.9401 0.984 0.000 0.016
#> SRR934729 3 0.0424 0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934730 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934731 3 0.2261 0.8570 0.068 0.000 0.932
#> SRR934732 2 0.5058 0.6791 0.000 0.756 0.244
#> SRR934733 1 0.1411 0.9269 0.964 0.000 0.036
#> SRR934734 1 0.0237 0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934735 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934736 1 0.0661 0.9417 0.988 0.004 0.008
#> SRR934737 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934738 3 0.5859 0.4973 0.344 0.000 0.656
#> SRR934740 1 0.0237 0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934739 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934741 3 0.5397 0.5345 0.000 0.280 0.720
#> SRR934742 1 0.5291 0.6445 0.732 0.000 0.268
#> SRR934743 1 0.5201 0.6849 0.760 0.004 0.236
#> SRR934744 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934745 3 0.3454 0.8128 0.104 0.008 0.888
#> SRR934746 2 0.5650 0.5338 0.000 0.688 0.312
#> SRR934747 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934748 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934750 2 0.5926 0.5556 0.000 0.644 0.356
#> SRR934749 3 0.3310 0.8662 0.028 0.064 0.908
#> SRR934751 1 0.3349 0.8576 0.888 0.004 0.108
#> SRR934752 1 0.5465 0.6572 0.712 0.000 0.288
#> SRR934753 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934754 1 0.3619 0.8360 0.864 0.000 0.136
#> SRR934755 3 0.2356 0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934756 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934757 3 0.2446 0.8724 0.012 0.052 0.936
#> SRR934758 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934759 1 0.0237 0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934760 2 0.2537 0.8848 0.000 0.920 0.080
#> SRR934761 3 0.2356 0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934762 1 0.2959 0.8769 0.900 0.000 0.100
#> SRR934763 3 0.6309 -0.0378 0.500 0.000 0.500
#> SRR934764 1 0.1411 0.9291 0.964 0.000 0.036
#> SRR934765 3 0.6075 0.5722 0.316 0.008 0.676
#> SRR934766 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934767 1 0.0237 0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934768 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934769 3 0.2066 0.8717 0.000 0.060 0.940
#> SRR934770 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934772 3 0.0424 0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934771 3 0.3610 0.8404 0.096 0.016 0.888
#> SRR934773 1 0.0237 0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934774 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934775 3 0.6095 0.4238 0.392 0.000 0.608
#> SRR934776 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777 1 0.0892 0.9371 0.980 0.000 0.020
#> SRR934778 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779 1 0.0237 0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934780 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934781 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934782 2 0.1411 0.9169 0.000 0.964 0.036
#> SRR934783 3 0.6215 0.2993 0.428 0.000 0.572
#> SRR934784 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934785 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934786 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934787 1 0.4784 0.7430 0.796 0.004 0.200
#> SRR934788 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934789 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934790 3 0.2356 0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934791 1 0.0592 0.9413 0.988 0.000 0.012
#> SRR934792 3 0.2261 0.8700 0.000 0.068 0.932
#> SRR934793 1 0.0237 0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934794 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934795 1 0.4750 0.7429 0.784 0.000 0.216
#> SRR934796 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934797 1 0.0237 0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934798 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934799 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934800 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934801 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934802 3 0.6244 0.2204 0.000 0.440 0.560
#> SRR934803 3 0.6297 0.5035 0.352 0.008 0.640
#> SRR934804 3 0.1289 0.8713 0.000 0.032 0.968
#> SRR934805 1 0.1411 0.9273 0.964 0.000 0.036
#> SRR934806 3 0.5988 0.5930 0.304 0.008 0.688
#> SRR934807 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809 3 0.6095 0.4176 0.392 0.000 0.608
#> SRR934810 3 0.5948 0.4238 0.360 0.000 0.640
#> SRR934811 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934808 3 0.5678 0.5532 0.316 0.000 0.684
#> SRR934812 1 0.0237 0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934813 3 0.2448 0.8672 0.000 0.076 0.924
#> SRR934814 3 0.5465 0.5756 0.288 0.000 0.712
#> SRR934815 3 0.0424 0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934816 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934817 3 0.5497 0.6249 0.000 0.292 0.708
#> SRR934818 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.1753 0.9187 0.952 0.000 0.048
#> SRR934820 1 0.3879 0.8407 0.848 0.000 0.152
#> SRR934821 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934822 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934823 3 0.3356 0.8611 0.056 0.036 0.908
#> SRR934825 3 0.6299 0.0755 0.000 0.476 0.524
#> SRR934826 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934827 3 0.0848 0.8691 0.008 0.008 0.984
#> SRR934828 3 0.0424 0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934829 2 0.5621 0.5947 0.000 0.692 0.308
#> SRR934830 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0237 0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934832 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834 3 0.6509 0.1321 0.472 0.004 0.524
#> SRR934835 3 0.6274 0.2513 0.000 0.456 0.544
#> SRR934836 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934837 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934838 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934839 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934840 2 0.5560 0.6114 0.000 0.700 0.300
#> SRR934841 1 0.0000 0.9379 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934843 1 0.0892 0.9374 0.980 0.000 0.020
#> SRR934844 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934845 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934846 2 0.0747 0.9289 0.000 0.984 0.016
#> SRR934847 3 0.5178 0.6686 0.256 0.000 0.744
#> SRR934848 1 0.0592 0.9413 0.988 0.000 0.012
#> SRR934849 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934850 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934851 3 0.1289 0.8713 0.000 0.032 0.968
#> SRR934853 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934852 3 0.2356 0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934854 3 0.0747 0.8650 0.016 0.000 0.984
#> SRR934856 1 0.1163 0.9310 0.972 0.000 0.028
#> SRR934858 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934859 2 0.0424 0.9334 0.000 0.992 0.008
#> SRR934860 2 0.4555 0.7598 0.000 0.800 0.200
#> SRR934861 3 0.6215 0.3409 0.000 0.428 0.572
#> SRR934862 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934863 3 0.4654 0.7225 0.208 0.000 0.792
#> SRR934864 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934865 3 0.4931 0.6626 0.232 0.000 0.768
#> SRR934866 2 0.6095 0.4733 0.000 0.608 0.392
#> SRR934867 3 0.2959 0.8512 0.000 0.100 0.900
#> SRR934868 3 0.5948 0.4935 0.000 0.360 0.640
#> SRR934869 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934870 1 0.1163 0.9342 0.972 0.000 0.028
#> SRR934871 3 0.0424 0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934872 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934873 3 0.2356 0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934874 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934875 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934876 1 0.1031 0.9349 0.976 0.000 0.024
#> SRR934877 1 0.5443 0.6411 0.736 0.004 0.260
#> SRR934878 3 0.1289 0.8723 0.000 0.032 0.968
#> SRR934879 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934880 3 0.2165 0.8588 0.064 0.000 0.936
#> SRR934881 3 0.4452 0.7736 0.000 0.192 0.808
#> SRR934882 3 0.2356 0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934883 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934884 3 0.0424 0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934885 3 0.0424 0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934886 3 0.2356 0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934887 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934888 2 0.3482 0.8415 0.000 0.872 0.128
#> SRR934889 3 0.2066 0.8718 0.000 0.060 0.940
#> SRR934890 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934891 3 0.1753 0.8513 0.048 0.000 0.952
#> SRR934892 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934893 3 0.2356 0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934894 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934895 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0237 0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934897 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934898 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899 3 0.0424 0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934900 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934901 3 0.4291 0.7190 0.000 0.180 0.820
#> SRR934902 3 0.2356 0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934903 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934905 3 0.3445 0.8451 0.088 0.016 0.896
#> SRR934906 3 0.3267 0.8286 0.116 0.000 0.884
#> SRR934907 3 0.0747 0.8709 0.000 0.016 0.984
#> SRR934908 3 0.1411 0.8600 0.000 0.036 0.964
#> SRR934909 3 0.2796 0.8566 0.000 0.092 0.908
#> SRR934910 3 0.0424 0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934911 2 0.2537 0.8864 0.000 0.920 0.080
#> SRR934912 3 0.5733 0.5599 0.000 0.324 0.676
#> SRR934913 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934914 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934915 3 0.1031 0.8715 0.000 0.024 0.976
#> SRR934916 1 0.6518 -0.0344 0.512 0.004 0.484
#> SRR934917 2 0.3686 0.8274 0.000 0.860 0.140
#> SRR934918 3 0.2261 0.8700 0.000 0.068 0.932
#> SRR934919 3 0.0424 0.8684 0.000 0.008 0.992
#> SRR934920 1 0.0237 0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934921 2 0.0592 0.9312 0.000 0.988 0.012
#> SRR934922 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924 3 0.6442 0.2116 0.432 0.004 0.564
#> SRR934923 1 0.5754 0.5649 0.700 0.004 0.296
#> SRR934925 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934926 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934927 3 0.2261 0.8700 0.000 0.068 0.932
#> SRR934928 3 0.2400 0.8591 0.064 0.004 0.932
#> SRR934929 3 0.1411 0.8576 0.036 0.000 0.964
#> SRR934930 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934931 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934934 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934935 3 0.5948 0.4948 0.000 0.360 0.640
#> SRR934936 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934933 3 0.6373 0.3750 0.408 0.004 0.588
#> SRR934937 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934938 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934939 3 0.2446 0.8723 0.012 0.052 0.936
#> SRR934940 3 0.0892 0.8720 0.000 0.020 0.980
#> SRR934941 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934943 3 0.4178 0.7771 0.000 0.172 0.828
#> SRR934944 3 0.5982 0.5499 0.328 0.004 0.668
#> SRR934945 3 0.6442 0.2116 0.432 0.004 0.564
#> SRR934946 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934948 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934949 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934950 3 0.1643 0.8536 0.044 0.000 0.956
#> SRR934951 3 0.5733 0.5609 0.324 0.000 0.676
#> SRR934953 3 0.3607 0.8065 0.112 0.008 0.880
#> SRR934952 2 0.5397 0.6844 0.000 0.720 0.280
#> SRR934954 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934955 1 0.0237 0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934956 3 0.2356 0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934957 3 0.1411 0.8727 0.000 0.036 0.964
#> SRR934958 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934959 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934960 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934961 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934962 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934963 3 0.1015 0.8661 0.012 0.008 0.980
#> SRR934964 3 0.1163 0.8720 0.000 0.028 0.972
#> SRR934965 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934966 2 0.0237 0.9354 0.000 0.996 0.004
#> SRR934967 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934968 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934969 1 0.0592 0.9413 0.988 0.000 0.012
#> SRR934970 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934971 3 0.2356 0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934972 3 0.3484 0.8623 0.048 0.048 0.904
#> SRR934973 3 0.2356 0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934974 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934975 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976 3 0.1964 0.8485 0.000 0.056 0.944
#> SRR934977 1 0.3425 0.8534 0.884 0.004 0.112
#> SRR934978 3 0.2356 0.8686 0.000 0.072 0.928
#> SRR934979 2 0.3619 0.8352 0.000 0.864 0.136
#> SRR934980 1 0.0661 0.9417 0.988 0.004 0.008
#> SRR934981 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934982 1 0.5443 0.6462 0.736 0.004 0.260
#> SRR934983 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934984 3 0.5835 0.5337 0.000 0.340 0.660
#> SRR934985 3 0.0000 0.8678 0.000 0.000 1.000
#> SRR934986 1 0.0424 0.9427 0.992 0.000 0.008
#> SRR934987 3 0.0237 0.8689 0.000 0.004 0.996
#> SRR934988 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
#> SRR934989 1 0.0237 0.9379 0.996 0.004 0.000
#> SRR934990 3 0.2165 0.8711 0.000 0.064 0.936
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 4 0.7679 0.31416 0.316 0.000 0.236 0.448
#> SRR934718 1 0.0188 0.87102 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934719 3 0.4277 0.76829 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR934720 1 0.2011 0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934721 4 0.5387 0.54375 0.048 0.000 0.256 0.696
#> SRR934722 4 0.4103 0.42689 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR934723 1 0.1022 0.86997 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR934724 4 0.3161 0.68569 0.124 0.000 0.012 0.864
#> SRR934725 4 0.4434 0.62443 0.228 0.000 0.016 0.756
#> SRR934726 4 0.4046 0.68668 0.048 0.000 0.124 0.828
#> SRR934727 1 0.0000 0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 1 0.4585 0.41933 0.668 0.000 0.000 0.332
#> SRR934729 4 0.4542 0.62604 0.000 0.108 0.088 0.804
#> SRR934730 2 0.0188 0.90751 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934731 4 0.2142 0.71182 0.056 0.000 0.016 0.928
#> SRR934732 2 0.5724 0.62226 0.000 0.716 0.144 0.140
#> SRR934733 1 0.0817 0.86736 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934734 1 0.2011 0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.1022 0.87037 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR934737 2 0.0188 0.90750 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934738 4 0.4679 0.45569 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR934740 1 0.2011 0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934739 2 0.0469 0.90432 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934741 4 0.4880 0.55688 0.000 0.188 0.052 0.760
#> SRR934742 1 0.5174 0.75278 0.756 0.000 0.152 0.092
#> SRR934743 1 0.5968 0.69430 0.672 0.000 0.236 0.092
#> SRR934744 3 0.4250 0.77480 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934745 4 0.7790 0.50096 0.224 0.040 0.164 0.572
#> SRR934746 2 0.4055 0.76896 0.000 0.832 0.060 0.108
#> SRR934747 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.4008 0.78008 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR934750 2 0.5746 0.46814 0.000 0.612 0.040 0.348
#> SRR934749 4 0.5491 0.54856 0.052 0.000 0.260 0.688
#> SRR934751 1 0.4841 0.77722 0.780 0.000 0.140 0.080
#> SRR934752 4 0.3764 0.63222 0.216 0.000 0.000 0.784
#> SRR934753 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.5151 0.17811 0.464 0.000 0.004 0.532
#> SRR934755 3 0.3653 0.76424 0.000 0.028 0.844 0.128
#> SRR934756 1 0.0469 0.86977 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934757 4 0.3444 0.58298 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR934758 1 0.0188 0.87002 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934759 1 0.2011 0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934760 2 0.3372 0.81976 0.000 0.868 0.036 0.096
#> SRR934761 3 0.4417 0.78090 0.000 0.044 0.796 0.160
#> SRR934762 4 0.4985 0.18109 0.468 0.000 0.000 0.532
#> SRR934763 4 0.2124 0.70722 0.068 0.000 0.008 0.924
#> SRR934764 1 0.4981 0.04767 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR934765 3 0.5050 0.44964 0.152 0.000 0.764 0.084
#> SRR934766 1 0.0817 0.86326 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934767 1 0.2011 0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 4 0.3688 0.53188 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR934770 1 0.0000 0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 4 0.3877 0.66690 0.000 0.048 0.112 0.840
#> SRR934771 4 0.5742 0.50707 0.052 0.000 0.300 0.648
#> SRR934773 1 0.2011 0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934774 4 0.4888 -0.09303 0.000 0.000 0.412 0.588
#> SRR934775 4 0.6979 0.27522 0.376 0.000 0.120 0.504
#> SRR934776 4 0.0895 0.71198 0.020 0.000 0.004 0.976
#> SRR934777 4 0.4981 0.15171 0.464 0.000 0.000 0.536
#> SRR934778 4 0.2124 0.71288 0.028 0.000 0.040 0.932
#> SRR934779 1 0.2011 0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934780 4 0.3123 0.61103 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934781 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.1302 0.88822 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934783 4 0.2773 0.69072 0.116 0.000 0.004 0.880
#> SRR934784 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.5907 0.69041 0.668 0.000 0.252 0.080
#> SRR934788 1 0.0188 0.87002 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934789 1 0.1867 0.83135 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934790 3 0.2737 0.74063 0.000 0.008 0.888 0.104
#> SRR934791 1 0.4222 0.55337 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934792 3 0.4925 0.63831 0.000 0.000 0.572 0.428
#> SRR934793 1 0.2011 0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.4522 0.52193 0.320 0.000 0.000 0.680
#> SRR934796 1 0.0188 0.87102 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934797 1 0.2011 0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934798 1 0.1022 0.86970 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR934799 1 0.2149 0.83510 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR934800 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0188 0.90755 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934802 2 0.7066 0.29567 0.000 0.544 0.152 0.304
#> SRR934803 3 0.6164 0.24961 0.264 0.000 0.644 0.092
#> SRR934804 3 0.6561 0.64522 0.000 0.092 0.564 0.344
#> SRR934805 4 0.4990 0.42271 0.352 0.000 0.008 0.640
#> SRR934806 3 0.4805 0.47361 0.132 0.000 0.784 0.084
#> SRR934807 4 0.0817 0.70620 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934809 4 0.3668 0.64836 0.188 0.000 0.004 0.808
#> SRR934810 4 0.2281 0.69443 0.096 0.000 0.000 0.904
#> SRR934811 4 0.2494 0.69776 0.000 0.036 0.048 0.916
#> SRR934808 4 0.3032 0.68454 0.124 0.000 0.008 0.868
#> SRR934812 1 0.2011 0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934813 3 0.4808 0.79397 0.000 0.028 0.736 0.236
#> SRR934814 4 0.4158 0.62834 0.224 0.000 0.008 0.768
#> SRR934815 4 0.3818 0.66354 0.000 0.048 0.108 0.844
#> SRR934816 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.5664 0.78477 0.000 0.076 0.696 0.228
#> SRR934818 4 0.0817 0.70620 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934819 1 0.2596 0.84125 0.908 0.000 0.024 0.068
#> SRR934820 4 0.4164 0.58881 0.264 0.000 0.000 0.736
#> SRR934821 3 0.4855 0.67301 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR934822 1 0.0000 0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.6168 0.35742 0.056 0.000 0.388 0.556
#> SRR934825 2 0.7299 0.22199 0.000 0.520 0.184 0.296
#> SRR934826 1 0.0469 0.86977 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934827 3 0.5850 0.58515 0.100 0.004 0.708 0.188
#> SRR934828 4 0.3775 0.69035 0.016 0.040 0.080 0.864
#> SRR934829 2 0.6650 0.48943 0.000 0.624 0.200 0.176
#> SRR934830 4 0.2197 0.70174 0.000 0.024 0.048 0.928
#> SRR934831 1 0.2011 0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934832 4 0.2300 0.70107 0.000 0.028 0.048 0.924
#> SRR934833 4 0.0376 0.70954 0.004 0.000 0.004 0.992
#> SRR934834 1 0.6428 0.64981 0.624 0.000 0.264 0.112
#> SRR934835 3 0.7203 0.55801 0.000 0.312 0.524 0.164
#> SRR934836 1 0.0592 0.87124 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 1 0.0469 0.86814 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934839 2 0.0336 0.90621 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934840 2 0.6159 0.56393 0.000 0.672 0.196 0.132
#> SRR934841 1 0.1867 0.86337 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.2319 0.86086 0.924 0.000 0.036 0.040
#> SRR934844 1 0.0779 0.86905 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR934845 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.1256 0.89338 0.000 0.964 0.008 0.028
#> SRR934847 4 0.3547 0.67451 0.144 0.000 0.016 0.840
#> SRR934848 1 0.4925 0.14472 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR934849 1 0.0000 0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.5839 0.67902 0.000 0.044 0.604 0.352
#> SRR934853 4 0.4713 0.25261 0.000 0.000 0.360 0.640
#> SRR934852 3 0.3196 0.75822 0.000 0.008 0.856 0.136
#> SRR934854 4 0.0921 0.71154 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934856 1 0.4343 0.62664 0.732 0.000 0.004 0.264
#> SRR934858 1 0.0592 0.87000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR934859 2 0.1022 0.89531 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934860 2 0.4174 0.74817 0.000 0.816 0.044 0.140
#> SRR934861 3 0.7170 0.59820 0.000 0.288 0.540 0.172
#> SRR934862 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.1743 0.71122 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR934864 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.1302 0.70968 0.044 0.000 0.000 0.956
#> SRR934866 2 0.5793 0.49614 0.000 0.628 0.048 0.324
#> SRR934867 3 0.5159 0.76926 0.000 0.088 0.756 0.156
#> SRR934868 3 0.6790 0.69116 0.000 0.196 0.608 0.196
#> SRR934869 3 0.4164 0.78477 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR934870 1 0.4985 0.00861 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR934871 4 0.3542 0.64775 0.000 0.028 0.120 0.852
#> SRR934872 2 0.0336 0.90621 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934873 3 0.4417 0.78090 0.000 0.044 0.796 0.160
#> SRR934874 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.4888 0.28595 0.412 0.000 0.000 0.588
#> SRR934877 1 0.5653 0.72331 0.712 0.000 0.192 0.096
#> SRR934878 3 0.4992 0.54419 0.000 0.000 0.524 0.476
#> SRR934879 3 0.4222 0.77610 0.000 0.000 0.728 0.272
#> SRR934880 4 0.5294 -0.28816 0.008 0.000 0.484 0.508
#> SRR934881 3 0.5533 0.78622 0.000 0.072 0.708 0.220
#> SRR934882 3 0.5256 0.78624 0.000 0.064 0.732 0.204
#> SRR934883 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 4 0.4791 0.60212 0.000 0.136 0.080 0.784
#> SRR934885 4 0.6334 0.28395 0.000 0.080 0.328 0.592
#> SRR934886 3 0.4322 0.77670 0.000 0.044 0.804 0.152
#> SRR934887 3 0.4713 0.73017 0.000 0.000 0.640 0.360
#> SRR934888 2 0.3266 0.77951 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR934889 4 0.6295 0.18931 0.000 0.072 0.348 0.580
#> SRR934890 3 0.4134 0.77986 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR934891 4 0.1109 0.71225 0.028 0.000 0.004 0.968
#> SRR934892 3 0.4477 0.76691 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR934893 3 0.4417 0.78090 0.000 0.044 0.796 0.160
#> SRR934894 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 4 0.2530 0.65445 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR934896 1 0.2011 0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 4 0.1022 0.70446 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR934899 3 0.6176 0.62091 0.000 0.060 0.572 0.368
#> SRR934900 3 0.4134 0.77974 0.000 0.000 0.740 0.260
#> SRR934901 4 0.4919 0.58684 0.000 0.152 0.076 0.772
#> SRR934902 3 0.4507 0.78297 0.000 0.044 0.788 0.168
#> SRR934903 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 3 0.3858 0.57699 0.056 0.000 0.844 0.100
#> SRR934906 4 0.5032 0.64548 0.080 0.000 0.156 0.764
#> SRR934907 4 0.3649 0.54028 0.000 0.000 0.204 0.796
#> SRR934908 4 0.4938 0.58915 0.000 0.148 0.080 0.772
#> SRR934909 3 0.5392 0.78201 0.000 0.072 0.724 0.204
#> SRR934910 4 0.4879 0.60293 0.000 0.128 0.092 0.780
#> SRR934911 2 0.2530 0.83756 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR934912 3 0.6110 0.73977 0.000 0.144 0.680 0.176
#> SRR934913 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 1 0.2281 0.82825 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR934915 4 0.4877 -0.18570 0.000 0.000 0.408 0.592
#> SRR934916 1 0.6378 0.65468 0.628 0.000 0.264 0.108
#> SRR934917 2 0.2915 0.83607 0.000 0.892 0.028 0.080
#> SRR934918 3 0.4914 0.79126 0.000 0.044 0.748 0.208
#> SRR934919 4 0.5179 0.57087 0.000 0.052 0.220 0.728
#> SRR934920 1 0.2011 0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934921 2 0.1820 0.88075 0.000 0.944 0.020 0.036
#> SRR934922 4 0.2216 0.67446 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR934924 1 0.6238 0.67557 0.652 0.000 0.236 0.112
#> SRR934923 1 0.5989 0.68222 0.656 0.000 0.264 0.080
#> SRR934925 4 0.4830 -0.08283 0.000 0.000 0.392 0.608
#> SRR934926 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.4406 0.77457 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR934928 4 0.2670 0.70529 0.040 0.000 0.052 0.908
#> SRR934929 4 0.3959 0.69574 0.068 0.000 0.092 0.840
#> SRR934930 3 0.4454 0.76926 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR934931 4 0.1940 0.68315 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR934932 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.6163 0.71858 0.000 0.164 0.676 0.160
#> SRR934936 3 0.4790 0.69852 0.000 0.000 0.620 0.380
#> SRR934933 1 0.6773 0.54618 0.544 0.000 0.348 0.108
#> SRR934937 3 0.4164 0.77909 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR934938 3 0.4761 0.71725 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR934939 4 0.4250 0.39396 0.000 0.000 0.276 0.724
#> SRR934940 4 0.2530 0.65722 0.000 0.000 0.112 0.888
#> SRR934941 4 0.0336 0.70808 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934942 4 0.2281 0.67131 0.000 0.000 0.096 0.904
#> SRR934943 4 0.5507 0.55193 0.000 0.156 0.112 0.732
#> SRR934944 4 0.7569 0.16882 0.368 0.000 0.196 0.436
#> SRR934945 1 0.6238 0.67557 0.652 0.000 0.236 0.112
#> SRR934946 4 0.0817 0.70620 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934947 1 0.0000 0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.4250 0.77480 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934949 2 0.1545 0.88687 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR934950 4 0.0524 0.71046 0.008 0.000 0.004 0.988
#> SRR934951 4 0.6862 0.42440 0.312 0.000 0.128 0.560
#> SRR934953 3 0.5902 0.42690 0.160 0.000 0.700 0.140
#> SRR934952 2 0.5323 0.49229 0.000 0.628 0.020 0.352
#> SRR934954 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.2011 0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934956 3 0.5807 0.71143 0.000 0.044 0.612 0.344
#> SRR934957 4 0.1302 0.70062 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934958 2 0.0336 0.90621 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934959 4 0.5736 0.42790 0.044 0.000 0.328 0.628
#> SRR934960 1 0.0188 0.87002 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934961 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.1610 0.88986 0.000 0.952 0.016 0.032
#> SRR934963 3 0.5574 0.48705 0.124 0.000 0.728 0.148
#> SRR934964 3 0.4933 0.63568 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR934965 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.90830 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.4072 0.78543 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR934968 3 0.4250 0.77480 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934969 1 0.4331 0.51590 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR934970 1 0.2644 0.84115 0.908 0.000 0.032 0.060
#> SRR934971 3 0.4417 0.78090 0.000 0.044 0.796 0.160
#> SRR934972 3 0.4916 0.56596 0.056 0.000 0.760 0.184
#> SRR934973 3 0.4224 0.77829 0.000 0.044 0.812 0.144
#> SRR934974 3 0.4406 0.76221 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR934975 4 0.0336 0.70788 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934976 4 0.4938 0.58915 0.000 0.148 0.080 0.772
#> SRR934977 1 0.5185 0.76211 0.748 0.000 0.176 0.076
#> SRR934978 3 0.5657 0.71647 0.000 0.044 0.644 0.312
#> SRR934979 2 0.2546 0.84296 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR934980 1 0.1854 0.86701 0.940 0.000 0.048 0.012
#> SRR934981 3 0.4888 0.65735 0.000 0.000 0.588 0.412
#> SRR934982 1 0.6134 0.68451 0.660 0.000 0.236 0.104
#> SRR934983 1 0.0000 0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984 3 0.6198 0.71088 0.000 0.176 0.672 0.152
#> SRR934985 4 0.0921 0.70825 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934986 1 0.0000 0.87098 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987 4 0.2760 0.64300 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR934988 3 0.4277 0.78073 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR934989 1 0.2011 0.86111 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934990 3 0.4103 0.78033 0.000 0.000 0.744 0.256
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.6999 0.51894 0.148 0.000 0.076 0.568 0.208
#> SRR934718 4 0.0510 0.52804 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR934719 3 0.2520 0.69325 0.004 0.000 0.888 0.012 0.096
#> SRR934720 1 0.3109 0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934721 4 0.7125 0.16572 0.016 0.000 0.252 0.396 0.336
#> SRR934722 5 0.2813 0.57054 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934723 1 0.4829 0.44889 0.496 0.000 0.020 0.484 0.000
#> SRR934724 5 0.4989 0.34891 0.000 0.000 0.056 0.296 0.648
#> SRR934725 5 0.4218 0.28654 0.000 0.000 0.008 0.332 0.660
#> SRR934726 5 0.7850 0.09908 0.232 0.004 0.092 0.208 0.464
#> SRR934727 4 0.3395 0.24300 0.236 0.000 0.000 0.764 0.000
#> SRR934728 4 0.3366 0.57404 0.000 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR934729 5 0.6006 0.15154 0.000 0.356 0.124 0.000 0.520
#> SRR934730 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 5 0.4700 0.50595 0.000 0.000 0.088 0.184 0.728
#> SRR934732 2 0.5250 0.10595 0.000 0.536 0.416 0.000 0.048
#> SRR934733 4 0.6392 0.14011 0.356 0.000 0.000 0.468 0.176
#> SRR934734 1 0.3109 0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934735 4 0.4015 -0.04638 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR934736 1 0.4798 0.52850 0.540 0.000 0.020 0.440 0.000
#> SRR934737 2 0.0609 0.84792 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934738 5 0.5441 0.00357 0.044 0.000 0.008 0.412 0.536
#> SRR934740 1 0.3109 0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934739 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 5 0.6037 0.05885 0.000 0.392 0.120 0.000 0.488
#> SRR934742 4 0.5531 -0.21555 0.432 0.000 0.056 0.508 0.004
#> SRR934743 1 0.5613 0.25422 0.520 0.000 0.064 0.412 0.004
#> SRR934744 3 0.2408 0.70176 0.004 0.000 0.892 0.008 0.096
#> SRR934745 1 0.8336 0.08613 0.464 0.112 0.068 0.080 0.276
#> SRR934746 2 0.3800 0.74106 0.000 0.812 0.108 0.000 0.080
#> SRR934747 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.3063 0.67123 0.004 0.000 0.864 0.036 0.096
#> SRR934750 2 0.5719 0.46133 0.000 0.596 0.120 0.000 0.284
#> SRR934749 4 0.7149 0.24038 0.020 0.000 0.248 0.424 0.308
#> SRR934751 4 0.4298 0.37388 0.184 0.000 0.060 0.756 0.000
#> SRR934752 5 0.4244 0.38556 0.016 0.000 0.004 0.268 0.712
#> SRR934753 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 5 0.4341 0.11192 0.000 0.000 0.004 0.404 0.592
#> SRR934755 3 0.2493 0.71521 0.024 0.028 0.916 0.012 0.020
#> SRR934756 4 0.3424 0.23509 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR934757 5 0.6587 0.22420 0.012 0.000 0.344 0.156 0.488
#> SRR934758 4 0.2929 0.35726 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR934759 1 0.3109 0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934760 2 0.4616 0.50601 0.000 0.676 0.288 0.000 0.036
#> SRR934761 3 0.3707 0.71458 0.008 0.108 0.828 0.000 0.056
#> SRR934762 5 0.4403 0.03037 0.000 0.000 0.004 0.436 0.560
#> SRR934763 5 0.3535 0.54740 0.000 0.000 0.028 0.164 0.808
#> SRR934764 4 0.4273 0.26809 0.000 0.000 0.000 0.552 0.448
#> SRR934765 4 0.5766 0.30477 0.220 0.000 0.164 0.616 0.000
#> SRR934766 4 0.3003 0.58428 0.000 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR934767 1 0.3109 0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934768 4 0.4126 -0.15153 0.380 0.000 0.000 0.620 0.000
#> SRR934769 5 0.2891 0.56645 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR934770 4 0.0703 0.52468 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR934772 5 0.7095 0.22223 0.064 0.324 0.092 0.008 0.512
#> SRR934771 4 0.7269 0.32597 0.036 0.000 0.232 0.460 0.272
#> SRR934773 1 0.3109 0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934774 3 0.5827 0.23078 0.016 0.004 0.552 0.052 0.376
#> SRR934775 4 0.6428 0.54528 0.096 0.000 0.064 0.616 0.224
#> SRR934776 5 0.2228 0.62780 0.000 0.000 0.040 0.048 0.912
#> SRR934777 4 0.3612 0.56368 0.000 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR934778 5 0.1405 0.62843 0.020 0.000 0.016 0.008 0.956
#> SRR934779 1 0.3534 0.72206 0.744 0.000 0.000 0.256 0.000
#> SRR934780 5 0.3612 0.53163 0.000 0.000 0.228 0.008 0.764
#> SRR934781 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.3532 0.74921 0.000 0.832 0.092 0.000 0.076
#> SRR934783 5 0.4498 0.38576 0.000 0.000 0.032 0.280 0.688
#> SRR934784 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 4 0.0609 0.52724 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934787 4 0.4197 0.34308 0.244 0.000 0.028 0.728 0.000
#> SRR934788 4 0.0609 0.52724 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934789 4 0.3074 0.58446 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR934790 3 0.2029 0.69568 0.028 0.008 0.932 0.028 0.004
#> SRR934791 4 0.3242 0.58216 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR934792 3 0.6274 0.48889 0.000 0.208 0.536 0.000 0.256
#> SRR934793 1 0.3109 0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934794 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 5 0.4066 0.30210 0.000 0.000 0.004 0.324 0.672
#> SRR934796 4 0.0609 0.52724 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934797 1 0.3109 0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934798 4 0.4278 -0.34573 0.452 0.000 0.000 0.548 0.000
#> SRR934799 4 0.2929 0.58557 0.000 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934800 2 0.1638 0.82092 0.000 0.932 0.064 0.000 0.004
#> SRR934801 2 0.0404 0.84990 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934802 2 0.5109 0.59159 0.000 0.696 0.132 0.000 0.172
#> SRR934803 4 0.5668 0.12603 0.364 0.000 0.076 0.556 0.004
#> SRR934804 3 0.6641 0.19714 0.000 0.368 0.408 0.000 0.224
#> SRR934805 4 0.4088 0.42428 0.000 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR934806 4 0.5773 0.30527 0.216 0.000 0.168 0.616 0.000
#> SRR934807 5 0.0794 0.63077 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR934809 5 0.4958 0.13489 0.000 0.000 0.032 0.400 0.568
#> SRR934810 5 0.3675 0.51561 0.000 0.000 0.024 0.188 0.788
#> SRR934811 5 0.3152 0.59408 0.064 0.048 0.016 0.000 0.872
#> SRR934808 5 0.3399 0.53384 0.000 0.000 0.020 0.168 0.812
#> SRR934812 1 0.3143 0.75039 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR934813 3 0.4940 0.66272 0.008 0.180 0.724 0.000 0.088
#> SRR934814 5 0.5573 0.23016 0.076 0.000 0.008 0.304 0.612
#> SRR934815 5 0.5221 0.48085 0.028 0.184 0.072 0.000 0.716
#> SRR934816 2 0.0566 0.84999 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004
#> SRR934817 3 0.5086 0.59886 0.004 0.236 0.684 0.000 0.076
#> SRR934818 5 0.1725 0.63546 0.000 0.000 0.044 0.020 0.936
#> SRR934819 4 0.5943 0.53724 0.100 0.000 0.044 0.664 0.192
#> SRR934820 5 0.4015 0.37328 0.004 0.000 0.004 0.284 0.708
#> SRR934821 3 0.4017 0.67103 0.008 0.012 0.776 0.008 0.196
#> SRR934822 4 0.4015 -0.04638 0.348 0.000 0.000 0.652 0.000
#> SRR934823 4 0.7364 0.33174 0.044 0.000 0.232 0.460 0.264
#> SRR934825 2 0.6254 0.31118 0.000 0.536 0.268 0.000 0.196
#> SRR934826 4 0.3464 0.55319 0.068 0.000 0.000 0.836 0.096
#> SRR934827 3 0.7745 0.31277 0.260 0.008 0.492 0.124 0.116
#> SRR934828 5 0.6010 0.38460 0.116 0.248 0.012 0.004 0.620
#> SRR934829 2 0.4704 0.64426 0.000 0.736 0.152 0.000 0.112
#> SRR934830 5 0.2568 0.60597 0.048 0.032 0.016 0.000 0.904
#> SRR934831 1 0.3109 0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934832 5 0.2747 0.60619 0.048 0.036 0.020 0.000 0.896
#> SRR934833 5 0.1386 0.63559 0.000 0.000 0.032 0.016 0.952
#> SRR934834 1 0.5652 0.24677 0.524 0.000 0.068 0.404 0.004
#> SRR934835 3 0.5334 0.19954 0.000 0.436 0.512 0.000 0.052
#> SRR934836 4 0.0404 0.52368 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000
#> SRR934837 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.2891 0.58583 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR934839 2 0.0162 0.85203 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.5569 0.34635 0.000 0.588 0.320 0.000 0.092
#> SRR934841 1 0.3143 0.75039 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR934842 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 4 0.4560 -0.41900 0.484 0.000 0.008 0.508 0.000
#> SRR934844 4 0.2424 0.58231 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR934845 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.1121 0.83911 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934847 5 0.5211 0.04544 0.000 0.000 0.044 0.432 0.524
#> SRR934848 4 0.3586 0.56662 0.000 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR934849 4 0.3274 0.28523 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000
#> SRR934850 4 0.4510 -0.31406 0.432 0.000 0.008 0.560 0.000
#> SRR934851 3 0.4997 0.68291 0.016 0.076 0.748 0.008 0.152
#> SRR934853 5 0.6814 0.26068 0.004 0.000 0.332 0.244 0.420
#> SRR934852 3 0.3910 0.72071 0.036 0.048 0.848 0.020 0.048
#> SRR934854 5 0.2139 0.62517 0.000 0.000 0.032 0.052 0.916
#> SRR934856 4 0.3607 0.57945 0.000 0.000 0.004 0.752 0.244
#> SRR934858 4 0.0000 0.53036 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.2020 0.79450 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.5579 0.44243 0.000 0.620 0.264 0.000 0.116
#> SRR934861 2 0.5406 -0.09336 0.000 0.480 0.464 0.000 0.056
#> SRR934862 2 0.1270 0.83482 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR934863 5 0.3667 0.57217 0.000 0.000 0.048 0.140 0.812
#> SRR934864 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 5 0.3012 0.59699 0.000 0.000 0.036 0.104 0.860
#> SRR934866 2 0.5555 0.52860 0.000 0.640 0.140 0.000 0.220
#> SRR934867 3 0.5351 0.33456 0.000 0.380 0.560 0.000 0.060
#> SRR934868 2 0.5594 0.00231 0.000 0.492 0.436 0.000 0.072
#> SRR934869 3 0.2136 0.71659 0.000 0.000 0.904 0.008 0.088
#> SRR934870 4 0.4294 0.20513 0.000 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR934871 5 0.5046 0.47391 0.000 0.140 0.156 0.000 0.704
#> SRR934872 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.3932 0.72360 0.032 0.072 0.836 0.004 0.056
#> SRR934874 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.3774 0.53165 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR934877 1 0.5542 0.24821 0.500 0.000 0.068 0.432 0.000
#> SRR934878 5 0.3612 0.52944 0.000 0.000 0.228 0.008 0.764
#> SRR934879 3 0.2352 0.70072 0.004 0.000 0.896 0.008 0.092
#> SRR934880 5 0.7157 0.28552 0.020 0.000 0.268 0.284 0.428
#> SRR934881 3 0.5815 0.43109 0.008 0.328 0.576 0.000 0.088
#> SRR934882 3 0.5606 0.41548 0.008 0.340 0.584 0.000 0.068
#> SRR934883 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.5986 0.17506 0.000 0.348 0.124 0.000 0.528
#> SRR934885 5 0.6792 0.01953 0.008 0.376 0.200 0.000 0.416
#> SRR934886 3 0.3961 0.71811 0.020 0.092 0.828 0.004 0.056
#> SRR934887 3 0.3957 0.59031 0.000 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR934888 2 0.4016 0.71395 0.000 0.796 0.092 0.000 0.112
#> SRR934889 5 0.6785 -0.01027 0.004 0.380 0.224 0.000 0.392
#> SRR934890 3 0.2249 0.70124 0.000 0.000 0.896 0.008 0.096
#> SRR934891 5 0.2304 0.62809 0.000 0.000 0.044 0.048 0.908
#> SRR934892 5 0.4562 -0.07557 0.000 0.000 0.492 0.008 0.500
#> SRR934893 3 0.2438 0.72314 0.012 0.032 0.916 0.008 0.032
#> SRR934894 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.2732 0.57634 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR934896 1 0.3109 0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934897 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 5 0.3019 0.62873 0.000 0.000 0.088 0.048 0.864
#> SRR934899 3 0.7011 0.14318 0.008 0.360 0.360 0.000 0.272
#> SRR934900 3 0.1924 0.70860 0.004 0.000 0.924 0.008 0.064
#> SRR934901 5 0.6032 0.07202 0.000 0.388 0.120 0.000 0.492
#> SRR934902 3 0.3494 0.72180 0.012 0.084 0.848 0.000 0.056
#> SRR934903 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 3 0.6711 -0.26664 0.204 0.000 0.396 0.396 0.004
#> SRR934906 5 0.8053 -0.14635 0.136 0.000 0.156 0.344 0.364
#> SRR934907 5 0.2813 0.57054 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934908 5 0.6040 0.10965 0.000 0.372 0.124 0.000 0.504
#> SRR934909 3 0.5558 0.41401 0.004 0.344 0.580 0.000 0.072
#> SRR934910 5 0.6321 0.06165 0.000 0.376 0.160 0.000 0.464
#> SRR934911 2 0.3862 0.72296 0.000 0.808 0.088 0.000 0.104
#> SRR934912 3 0.5512 0.37533 0.004 0.364 0.568 0.000 0.064
#> SRR934913 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.3074 0.58573 0.000 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR934915 5 0.4538 0.07555 0.000 0.000 0.452 0.008 0.540
#> SRR934916 1 0.5594 0.25636 0.532 0.000 0.064 0.400 0.004
#> SRR934917 2 0.4622 0.55413 0.000 0.692 0.264 0.000 0.044
#> SRR934918 3 0.2209 0.72753 0.000 0.032 0.912 0.000 0.056
#> SRR934919 5 0.7869 0.02743 0.044 0.348 0.236 0.012 0.360
#> SRR934920 1 0.3109 0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934921 2 0.0703 0.84707 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934922 5 0.2929 0.58353 0.000 0.000 0.152 0.008 0.840
#> SRR934924 1 0.5467 0.51884 0.700 0.000 0.064 0.192 0.044
#> SRR934923 4 0.5406 0.13211 0.360 0.000 0.068 0.572 0.000
#> SRR934925 5 0.2813 0.57054 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934926 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.4226 0.68664 0.000 0.060 0.764 0.000 0.176
#> SRR934928 5 0.5808 0.39831 0.000 0.000 0.160 0.232 0.608
#> SRR934929 5 0.8083 0.05435 0.244 0.008 0.100 0.208 0.440
#> SRR934930 3 0.3699 0.66679 0.008 0.000 0.780 0.008 0.204
#> SRR934931 5 0.2329 0.59503 0.000 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR934932 2 0.0162 0.85347 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.5657 0.39101 0.008 0.356 0.568 0.000 0.068
#> SRR934936 5 0.3816 0.42439 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR934933 4 0.5406 0.12965 0.360 0.000 0.068 0.572 0.000
#> SRR934937 3 0.1990 0.70779 0.004 0.000 0.920 0.008 0.068
#> SRR934938 3 0.3561 0.67577 0.008 0.000 0.796 0.008 0.188
#> SRR934939 5 0.4168 0.56280 0.000 0.000 0.200 0.044 0.756
#> SRR934940 5 0.2732 0.57634 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR934941 5 0.2843 0.62925 0.000 0.000 0.076 0.048 0.876
#> SRR934942 5 0.2690 0.57905 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934943 5 0.6218 0.14945 0.000 0.364 0.148 0.000 0.488
#> SRR934944 4 0.7386 0.46079 0.216 0.000 0.072 0.508 0.204
#> SRR934945 1 0.5502 0.51994 0.700 0.000 0.064 0.188 0.048
#> SRR934946 5 0.1331 0.63259 0.000 0.000 0.040 0.008 0.952
#> SRR934947 4 0.0609 0.52724 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934948 3 0.2621 0.69337 0.004 0.000 0.876 0.008 0.112
#> SRR934949 2 0.3037 0.77553 0.000 0.860 0.100 0.000 0.040
#> SRR934950 5 0.2304 0.62809 0.000 0.000 0.044 0.048 0.908
#> SRR934951 4 0.5930 0.53835 0.016 0.000 0.128 0.632 0.224
#> SRR934953 4 0.7000 -0.07493 0.340 0.004 0.256 0.396 0.004
#> SRR934952 2 0.5765 0.43307 0.000 0.580 0.116 0.000 0.304
#> SRR934954 2 0.0162 0.85228 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.3143 0.75039 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR934956 3 0.5961 0.58829 0.008 0.224 0.628 0.004 0.136
#> SRR934957 5 0.4065 0.57738 0.000 0.000 0.180 0.048 0.772
#> SRR934958 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.7079 0.23329 0.016 0.000 0.256 0.428 0.300
#> SRR934960 4 0.3586 0.58138 0.020 0.000 0.000 0.792 0.188
#> SRR934961 2 0.0324 0.85291 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0794 0.84494 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934963 3 0.6831 0.07180 0.284 0.008 0.488 0.216 0.004
#> SRR934964 3 0.3885 0.59444 0.000 0.000 0.724 0.008 0.268
#> SRR934965 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0290 0.85406 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.1557 0.71091 0.000 0.000 0.940 0.008 0.052
#> SRR934968 3 0.2237 0.71066 0.004 0.000 0.904 0.008 0.084
#> SRR934969 4 0.3242 0.58028 0.000 0.000 0.000 0.784 0.216
#> SRR934970 4 0.0510 0.52969 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR934971 3 0.3775 0.71850 0.016 0.092 0.832 0.000 0.060
#> SRR934972 4 0.7855 0.42058 0.136 0.000 0.248 0.460 0.156
#> SRR934973 3 0.1554 0.71633 0.004 0.012 0.952 0.008 0.024
#> SRR934974 3 0.2771 0.69174 0.000 0.000 0.860 0.012 0.128
#> SRR934975 5 0.2903 0.62760 0.000 0.000 0.080 0.048 0.872
#> SRR934976 5 0.6032 0.06857 0.000 0.388 0.120 0.000 0.492
#> SRR934977 4 0.4000 0.35450 0.228 0.000 0.024 0.748 0.000
#> SRR934978 3 0.4336 0.70656 0.012 0.056 0.796 0.008 0.128
#> SRR934979 2 0.4410 0.69176 0.000 0.764 0.112 0.000 0.124
#> SRR934980 1 0.4707 0.57044 0.588 0.000 0.020 0.392 0.000
#> SRR934981 3 0.3875 0.68374 0.008 0.012 0.792 0.008 0.180
#> SRR934982 1 0.4969 0.48738 0.676 0.000 0.056 0.264 0.004
#> SRR934983 4 0.3663 0.27788 0.208 0.000 0.016 0.776 0.000
#> SRR934984 3 0.5423 0.31353 0.000 0.388 0.548 0.000 0.064
#> SRR934985 5 0.1485 0.63574 0.000 0.000 0.032 0.020 0.948
#> SRR934986 4 0.0609 0.52724 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934987 5 0.2813 0.57054 0.000 0.000 0.168 0.000 0.832
#> SRR934988 3 0.3111 0.68712 0.004 0.000 0.840 0.012 0.144
#> SRR934989 1 0.3109 0.75369 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934990 3 0.1990 0.70779 0.004 0.000 0.920 0.008 0.068
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.3580 0.6880 0.128 0.000 0.036 0.812 0.000 0.024
#> SRR934718 1 0.5051 0.7873 0.596 0.000 0.000 0.300 0.000 0.104
#> SRR934719 3 0.1585 0.7382 0.012 0.000 0.940 0.000 0.012 0.036
#> SRR934720 6 0.1267 0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934721 4 0.5489 0.5012 0.052 0.000 0.340 0.568 0.004 0.036
#> SRR934722 5 0.3797 0.5154 0.000 0.000 0.292 0.016 0.692 0.000
#> SRR934723 1 0.5327 0.7605 0.596 0.000 0.000 0.208 0.000 0.196
#> SRR934724 4 0.4538 0.6714 0.000 0.000 0.144 0.728 0.116 0.012
#> SRR934725 4 0.3756 0.7000 0.000 0.000 0.012 0.788 0.152 0.048
#> SRR934726 4 0.5609 0.6427 0.120 0.000 0.080 0.688 0.096 0.016
#> SRR934727 1 0.5346 0.7772 0.584 0.000 0.000 0.252 0.000 0.164
#> SRR934728 4 0.0547 0.7042 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934729 5 0.2859 0.6116 0.000 0.156 0.016 0.000 0.828 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.5034 0.6260 0.000 0.000 0.172 0.672 0.144 0.012
#> SRR934732 2 0.6465 0.0404 0.112 0.428 0.392 0.000 0.068 0.000
#> SRR934733 4 0.5304 0.1697 0.216 0.000 0.000 0.624 0.008 0.152
#> SRR934734 6 0.1267 0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934735 1 0.5346 0.7772 0.584 0.000 0.000 0.252 0.000 0.164
#> SRR934736 1 0.5228 0.7636 0.612 0.000 0.000 0.196 0.000 0.192
#> SRR934737 2 0.2506 0.8456 0.068 0.880 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR934738 4 0.3240 0.6591 0.000 0.000 0.008 0.820 0.028 0.144
#> SRR934740 6 0.1267 0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934739 2 0.0790 0.8597 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 5 0.3284 0.5550 0.032 0.168 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR934742 1 0.4145 0.7588 0.724 0.000 0.004 0.220 0.000 0.052
#> SRR934743 1 0.2958 0.7222 0.860 0.000 0.004 0.096 0.012 0.028
#> SRR934744 3 0.2078 0.7332 0.012 0.000 0.916 0.000 0.032 0.040
#> SRR934745 5 0.7392 0.3309 0.336 0.060 0.032 0.108 0.444 0.020
#> SRR934746 2 0.5472 0.6786 0.096 0.668 0.072 0.000 0.164 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.1894 0.7383 0.012 0.000 0.928 0.004 0.016 0.040
#> SRR934750 2 0.4534 0.2863 0.032 0.496 0.000 0.000 0.472 0.000
#> SRR934749 4 0.5333 0.5392 0.056 0.000 0.316 0.592 0.000 0.036
#> SRR934751 1 0.3559 0.7590 0.744 0.000 0.004 0.240 0.000 0.012
#> SRR934752 4 0.2446 0.7204 0.000 0.000 0.000 0.864 0.124 0.012
#> SRR934753 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.2762 0.6948 0.000 0.000 0.000 0.860 0.048 0.092
#> SRR934755 3 0.4887 0.7273 0.084 0.060 0.760 0.000 0.056 0.040
#> SRR934756 1 0.5346 0.7772 0.584 0.000 0.000 0.252 0.000 0.164
#> SRR934757 4 0.6072 0.4733 0.028 0.000 0.324 0.544 0.080 0.024
#> SRR934758 1 0.5346 0.7772 0.584 0.000 0.000 0.252 0.000 0.164
#> SRR934759 6 0.1267 0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934760 2 0.4984 0.7483 0.112 0.720 0.104 0.000 0.064 0.000
#> SRR934761 3 0.4483 0.7307 0.060 0.064 0.784 0.000 0.072 0.020
#> SRR934762 4 0.2923 0.6766 0.000 0.000 0.000 0.848 0.052 0.100
#> SRR934763 4 0.4526 0.5966 0.000 0.000 0.080 0.676 0.244 0.000
#> SRR934764 4 0.2437 0.7005 0.000 0.000 0.004 0.888 0.036 0.072
#> SRR934765 1 0.3551 0.7382 0.804 0.000 0.040 0.144 0.000 0.012
#> SRR934766 4 0.0508 0.7043 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR934767 6 0.1267 0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934768 1 0.5356 0.7753 0.584 0.000 0.000 0.248 0.000 0.168
#> SRR934769 5 0.3915 0.5194 0.004 0.000 0.288 0.016 0.692 0.000
#> SRR934770 1 0.5164 0.7839 0.584 0.000 0.000 0.300 0.000 0.116
#> SRR934772 5 0.5623 0.6139 0.036 0.152 0.068 0.056 0.688 0.000
#> SRR934771 4 0.5310 0.5621 0.060 0.000 0.296 0.608 0.000 0.036
#> SRR934773 6 0.1267 0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934774 3 0.4272 0.6749 0.016 0.000 0.788 0.088 0.084 0.024
#> SRR934775 4 0.3292 0.6971 0.108 0.000 0.032 0.836 0.000 0.024
#> SRR934776 5 0.5011 0.0445 0.000 0.000 0.072 0.420 0.508 0.000
#> SRR934777 4 0.0520 0.7072 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR934778 5 0.4540 0.3867 0.008 0.000 0.040 0.308 0.644 0.000
#> SRR934779 6 0.2308 0.9371 0.040 0.000 0.000 0.068 0.000 0.892
#> SRR934780 5 0.4500 0.3684 0.008 0.000 0.376 0.024 0.592 0.000
#> SRR934781 2 0.0858 0.8616 0.000 0.968 0.028 0.000 0.004 0.000
#> SRR934782 2 0.3113 0.8298 0.048 0.844 0.008 0.000 0.100 0.000
#> SRR934783 4 0.5387 0.5654 0.000 0.000 0.196 0.616 0.180 0.008
#> SRR934784 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0260 0.8642 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934786 1 0.5127 0.7853 0.588 0.000 0.000 0.300 0.000 0.112
#> SRR934787 1 0.3046 0.7619 0.800 0.000 0.000 0.188 0.000 0.012
#> SRR934788 1 0.5119 0.7834 0.584 0.000 0.000 0.308 0.000 0.108
#> SRR934789 4 0.0508 0.7043 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR934790 3 0.4816 0.7269 0.088 0.060 0.764 0.000 0.048 0.040
#> SRR934791 4 0.0508 0.7043 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR934792 3 0.4044 0.6678 0.028 0.016 0.752 0.004 0.200 0.000
#> SRR934793 6 0.1267 0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934794 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.3375 0.7043 0.000 0.000 0.000 0.816 0.096 0.088
#> SRR934796 1 0.5127 0.7853 0.588 0.000 0.000 0.300 0.000 0.112
#> SRR934797 6 0.1267 0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934798 1 0.5492 0.7602 0.564 0.000 0.000 0.244 0.000 0.192
#> SRR934799 4 0.0993 0.6933 0.024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.012
#> SRR934800 2 0.2506 0.8469 0.068 0.880 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR934801 2 0.2237 0.8518 0.068 0.896 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR934802 2 0.4339 0.7122 0.036 0.728 0.028 0.000 0.208 0.000
#> SRR934803 1 0.2950 0.7160 0.864 0.000 0.004 0.088 0.016 0.028
#> SRR934804 3 0.6084 0.2740 0.016 0.172 0.472 0.000 0.340 0.000
#> SRR934805 4 0.0622 0.7158 0.000 0.000 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR934806 1 0.5035 0.6535 0.688 0.000 0.124 0.164 0.000 0.024
#> SRR934807 5 0.3588 0.5792 0.000 0.000 0.060 0.152 0.788 0.000
#> SRR934809 4 0.3488 0.7101 0.000 0.000 0.060 0.820 0.108 0.012
#> SRR934810 4 0.3755 0.6387 0.000 0.000 0.036 0.744 0.220 0.000
#> SRR934811 5 0.4208 0.6214 0.020 0.048 0.028 0.112 0.792 0.000
#> SRR934808 4 0.3555 0.6604 0.000 0.000 0.040 0.776 0.184 0.000
#> SRR934812 6 0.1556 0.9726 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR934813 3 0.5125 0.6947 0.084 0.100 0.728 0.000 0.076 0.012
#> SRR934814 4 0.3904 0.6934 0.000 0.000 0.008 0.784 0.096 0.112
#> SRR934815 5 0.4650 0.6406 0.020 0.144 0.028 0.056 0.752 0.000
#> SRR934816 2 0.1921 0.8560 0.052 0.916 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR934817 3 0.5695 0.6517 0.112 0.132 0.664 0.000 0.088 0.004
#> SRR934818 5 0.4638 0.3943 0.000 0.000 0.068 0.296 0.636 0.000
#> SRR934819 4 0.1946 0.7004 0.072 0.000 0.004 0.912 0.000 0.012
#> SRR934820 4 0.2234 0.7186 0.000 0.000 0.004 0.872 0.124 0.000
#> SRR934821 3 0.2382 0.7435 0.008 0.000 0.896 0.004 0.072 0.020
#> SRR934822 1 0.5356 0.7753 0.584 0.000 0.000 0.248 0.000 0.168
#> SRR934823 4 0.5448 0.5164 0.064 0.000 0.320 0.580 0.000 0.036
#> SRR934825 2 0.6897 -0.0640 0.048 0.336 0.332 0.000 0.284 0.000
#> SRR934826 1 0.5720 0.5866 0.436 0.000 0.000 0.400 0.000 0.164
#> SRR934827 3 0.6115 0.5506 0.196 0.000 0.628 0.084 0.064 0.028
#> SRR934828 5 0.5470 0.6303 0.068 0.132 0.020 0.080 0.700 0.000
#> SRR934829 2 0.4099 0.8021 0.056 0.792 0.060 0.000 0.092 0.000
#> SRR934830 5 0.4472 0.6205 0.020 0.060 0.028 0.120 0.772 0.000
#> SRR934831 6 0.1267 0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934832 5 0.4188 0.6189 0.020 0.044 0.028 0.116 0.792 0.000
#> SRR934833 5 0.4553 0.3521 0.000 0.000 0.052 0.328 0.620 0.000
#> SRR934834 1 0.3109 0.7100 0.860 0.000 0.012 0.084 0.016 0.028
#> SRR934835 3 0.6044 0.5181 0.112 0.236 0.584 0.000 0.068 0.000
#> SRR934836 1 0.5051 0.7873 0.596 0.000 0.000 0.300 0.000 0.104
#> SRR934837 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.1176 0.6886 0.024 0.000 0.000 0.956 0.000 0.020
#> SRR934839 2 0.3019 0.8424 0.080 0.860 0.036 0.000 0.024 0.000
#> SRR934840 2 0.5413 0.7022 0.108 0.680 0.136 0.000 0.076 0.000
#> SRR934841 6 0.1610 0.9683 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR934842 2 0.0146 0.8639 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934843 1 0.5095 0.7643 0.632 0.000 0.000 0.184 0.000 0.184
#> SRR934844 4 0.1838 0.6490 0.068 0.000 0.000 0.916 0.000 0.016
#> SRR934845 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.3520 0.8215 0.108 0.820 0.016 0.000 0.056 0.000
#> SRR934847 4 0.5020 0.5933 0.000 0.000 0.248 0.648 0.092 0.012
#> SRR934848 4 0.0291 0.7084 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR934849 1 0.5240 0.7834 0.584 0.000 0.000 0.284 0.000 0.132
#> SRR934850 1 0.5371 0.7731 0.584 0.000 0.000 0.240 0.000 0.176
#> SRR934851 3 0.3949 0.7082 0.008 0.012 0.780 0.016 0.172 0.012
#> SRR934853 3 0.6030 0.0533 0.004 0.000 0.516 0.344 0.100 0.036
#> SRR934852 3 0.5742 0.6896 0.164 0.092 0.668 0.000 0.052 0.024
#> SRR934854 4 0.4726 0.2747 0.000 0.000 0.048 0.528 0.424 0.000
#> SRR934856 4 0.0520 0.7085 0.008 0.000 0.000 0.984 0.000 0.008
#> SRR934858 1 0.5051 0.7873 0.596 0.000 0.000 0.300 0.000 0.104
#> SRR934859 2 0.4258 0.7921 0.104 0.776 0.080 0.000 0.040 0.000
#> SRR934860 2 0.5981 0.5877 0.112 0.608 0.200 0.000 0.080 0.000
#> SRR934861 3 0.6290 0.3835 0.112 0.296 0.524 0.000 0.068 0.000
#> SRR934862 2 0.2389 0.8482 0.060 0.888 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR934863 4 0.5507 0.4527 0.000 0.000 0.168 0.548 0.284 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.4780 0.3475 0.000 0.000 0.056 0.552 0.392 0.000
#> SRR934866 2 0.5170 0.3789 0.036 0.512 0.028 0.000 0.424 0.000
#> SRR934867 3 0.5933 0.5786 0.100 0.204 0.612 0.000 0.084 0.000
#> SRR934868 2 0.6740 0.0262 0.112 0.420 0.368 0.000 0.100 0.000
#> SRR934869 3 0.1598 0.7552 0.008 0.008 0.940 0.000 0.040 0.004
#> SRR934870 4 0.0458 0.7170 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934871 5 0.2527 0.6369 0.000 0.084 0.032 0.004 0.880 0.000
#> SRR934872 2 0.0713 0.8607 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.4261 0.7430 0.036 0.064 0.796 0.000 0.084 0.020
#> SRR934874 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0291 0.7084 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR934877 1 0.3129 0.7350 0.820 0.000 0.004 0.152 0.000 0.024
#> SRR934878 5 0.4179 0.1041 0.000 0.000 0.472 0.012 0.516 0.000
#> SRR934879 3 0.1657 0.7378 0.012 0.000 0.936 0.000 0.012 0.040
#> SRR934880 3 0.5973 0.3405 0.004 0.000 0.588 0.228 0.144 0.036
#> SRR934881 3 0.5880 0.6347 0.112 0.148 0.656 0.000 0.068 0.016
#> SRR934882 3 0.4840 0.7137 0.052 0.096 0.752 0.000 0.084 0.016
#> SRR934883 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.3172 0.6079 0.012 0.152 0.016 0.000 0.820 0.000
#> SRR934885 5 0.4293 0.5532 0.004 0.164 0.096 0.000 0.736 0.000
#> SRR934886 3 0.4477 0.7400 0.056 0.064 0.784 0.000 0.076 0.020
#> SRR934887 3 0.3354 0.6296 0.004 0.000 0.780 0.004 0.204 0.008
#> SRR934888 2 0.3521 0.7984 0.036 0.804 0.012 0.000 0.148 0.000
#> SRR934889 5 0.4653 0.5258 0.004 0.188 0.112 0.000 0.696 0.000
#> SRR934890 3 0.1616 0.7408 0.012 0.000 0.940 0.000 0.020 0.028
#> SRR934891 4 0.4721 0.2918 0.000 0.000 0.048 0.532 0.420 0.000
#> SRR934892 3 0.3693 0.5288 0.000 0.000 0.708 0.004 0.280 0.008
#> SRR934893 3 0.4239 0.7419 0.052 0.060 0.804 0.000 0.056 0.028
#> SRR934894 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.4307 0.5660 0.000 0.000 0.224 0.072 0.704 0.000
#> SRR934896 6 0.1267 0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934897 2 0.0891 0.8632 0.024 0.968 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934898 5 0.5737 0.2718 0.000 0.000 0.216 0.272 0.512 0.000
#> SRR934899 5 0.5613 0.2543 0.004 0.164 0.284 0.000 0.548 0.000
#> SRR934900 3 0.1922 0.7397 0.012 0.000 0.924 0.000 0.024 0.040
#> SRR934901 5 0.3385 0.5377 0.032 0.180 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR934902 3 0.3331 0.7435 0.004 0.072 0.844 0.000 0.064 0.016
#> SRR934903 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 1 0.6273 0.3319 0.500 0.000 0.300 0.164 0.000 0.036
#> SRR934906 4 0.5599 0.6539 0.092 0.000 0.152 0.684 0.044 0.028
#> SRR934907 5 0.3955 0.5562 0.000 0.004 0.240 0.032 0.724 0.000
#> SRR934908 5 0.3128 0.5859 0.012 0.168 0.008 0.000 0.812 0.000
#> SRR934909 3 0.5030 0.6946 0.064 0.116 0.724 0.000 0.092 0.004
#> SRR934910 5 0.3695 0.5723 0.000 0.164 0.060 0.000 0.776 0.000
#> SRR934911 2 0.3094 0.8080 0.036 0.824 0.000 0.000 0.140 0.000
#> SRR934912 3 0.5514 0.6530 0.104 0.136 0.684 0.000 0.068 0.008
#> SRR934913 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.0508 0.7043 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR934915 3 0.4109 0.4449 0.000 0.000 0.648 0.024 0.328 0.000
#> SRR934916 1 0.2950 0.7160 0.864 0.000 0.004 0.088 0.016 0.028
#> SRR934917 2 0.4940 0.7512 0.112 0.724 0.100 0.000 0.064 0.000
#> SRR934918 3 0.2856 0.7491 0.004 0.060 0.868 0.000 0.064 0.004
#> SRR934919 5 0.5258 0.5481 0.032 0.148 0.132 0.004 0.684 0.000
#> SRR934920 6 0.1267 0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934921 2 0.1913 0.8520 0.012 0.908 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR934922 5 0.3970 0.5279 0.000 0.000 0.280 0.028 0.692 0.000
#> SRR934924 1 0.5011 0.3366 0.660 0.000 0.012 0.000 0.104 0.224
#> SRR934923 1 0.2958 0.7222 0.860 0.000 0.004 0.096 0.012 0.028
#> SRR934925 5 0.3998 0.4753 0.004 0.004 0.316 0.008 0.668 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.5945 0.6653 0.096 0.092 0.660 0.004 0.136 0.012
#> SRR934928 4 0.5835 0.5523 0.036 0.000 0.276 0.596 0.076 0.016
#> SRR934929 4 0.5462 0.6555 0.128 0.000 0.072 0.704 0.072 0.024
#> SRR934930 3 0.3197 0.6549 0.004 0.000 0.800 0.004 0.184 0.008
#> SRR934931 5 0.4240 0.5946 0.000 0.000 0.140 0.124 0.736 0.000
#> SRR934932 2 0.0458 0.8642 0.016 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.5891 0.6131 0.108 0.172 0.644 0.000 0.064 0.012
#> SRR934936 3 0.4256 0.2303 0.012 0.000 0.564 0.004 0.420 0.000
#> SRR934933 1 0.3124 0.7344 0.828 0.000 0.008 0.140 0.000 0.024
#> SRR934937 3 0.1657 0.7378 0.012 0.000 0.936 0.000 0.012 0.040
#> SRR934938 3 0.2319 0.7400 0.008 0.000 0.904 0.008 0.060 0.020
#> SRR934939 3 0.5685 -0.0794 0.000 0.000 0.472 0.124 0.396 0.008
#> SRR934940 5 0.3936 0.5337 0.004 0.000 0.276 0.020 0.700 0.000
#> SRR934941 4 0.5027 0.1916 0.000 0.000 0.072 0.488 0.440 0.000
#> SRR934942 5 0.3855 0.5378 0.000 0.000 0.272 0.024 0.704 0.000
#> SRR934943 5 0.4441 0.5583 0.028 0.204 0.044 0.000 0.724 0.000
#> SRR934944 4 0.4153 0.6498 0.176 0.000 0.044 0.756 0.000 0.024
#> SRR934945 1 0.5011 0.3366 0.660 0.000 0.012 0.000 0.104 0.224
#> SRR934946 5 0.4291 0.4622 0.000 0.000 0.052 0.268 0.680 0.000
#> SRR934947 1 0.5112 0.7875 0.592 0.000 0.000 0.296 0.000 0.112
#> SRR934948 3 0.3307 0.6573 0.012 0.000 0.828 0.000 0.120 0.040
#> SRR934949 2 0.3337 0.8219 0.108 0.824 0.004 0.000 0.064 0.000
#> SRR934950 4 0.4991 0.3005 0.000 0.000 0.072 0.524 0.404 0.000
#> SRR934951 4 0.4922 0.6332 0.112 0.000 0.140 0.712 0.000 0.036
#> SRR934953 1 0.3688 0.7073 0.832 0.000 0.032 0.084 0.024 0.028
#> SRR934952 5 0.4532 -0.2416 0.032 0.468 0.000 0.000 0.500 0.000
#> SRR934954 2 0.2358 0.8554 0.056 0.900 0.016 0.000 0.028 0.000
#> SRR934955 6 0.1610 0.9683 0.000 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR934956 3 0.3899 0.7326 0.024 0.040 0.800 0.000 0.128 0.008
#> SRR934957 5 0.5544 0.3237 0.000 0.000 0.356 0.144 0.500 0.000
#> SRR934958 2 0.1082 0.8567 0.004 0.956 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.5451 0.4654 0.056 0.000 0.356 0.552 0.000 0.036
#> SRR934960 4 0.2558 0.6089 0.004 0.000 0.000 0.840 0.000 0.156
#> SRR934961 2 0.1074 0.8627 0.028 0.960 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934962 2 0.1716 0.8536 0.004 0.932 0.028 0.000 0.036 0.000
#> SRR934963 1 0.4153 0.6090 0.800 0.000 0.048 0.024 0.100 0.028
#> SRR934964 3 0.2784 0.7128 0.000 0.000 0.848 0.012 0.132 0.008
#> SRR934965 2 0.0363 0.8631 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.8635 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.1116 0.7525 0.008 0.000 0.960 0.000 0.028 0.004
#> SRR934968 3 0.1750 0.7388 0.012 0.000 0.932 0.000 0.016 0.040
#> SRR934969 4 0.0508 0.7058 0.004 0.000 0.000 0.984 0.000 0.012
#> SRR934970 1 0.4530 0.7594 0.600 0.000 0.000 0.356 0.000 0.044
#> SRR934971 3 0.3471 0.7434 0.004 0.064 0.836 0.000 0.076 0.020
#> SRR934972 4 0.6529 0.3183 0.204 0.000 0.320 0.440 0.000 0.036
#> SRR934973 3 0.3131 0.7490 0.036 0.012 0.868 0.000 0.048 0.036
#> SRR934974 3 0.1299 0.7422 0.004 0.000 0.952 0.004 0.036 0.004
#> SRR934975 4 0.4851 0.3129 0.000 0.000 0.060 0.536 0.404 0.000
#> SRR934976 5 0.3317 0.5827 0.012 0.168 0.016 0.000 0.804 0.000
#> SRR934977 1 0.3368 0.7712 0.756 0.000 0.000 0.232 0.000 0.012
#> SRR934978 3 0.2912 0.7431 0.008 0.008 0.856 0.000 0.112 0.016
#> SRR934979 2 0.5304 0.7030 0.072 0.680 0.076 0.000 0.172 0.000
#> SRR934980 1 0.5527 0.4259 0.460 0.000 0.000 0.132 0.000 0.408
#> SRR934981 3 0.2988 0.7339 0.008 0.004 0.852 0.004 0.116 0.016
#> SRR934982 1 0.3182 0.7171 0.852 0.000 0.004 0.084 0.016 0.044
#> SRR934983 1 0.5451 0.7793 0.584 0.000 0.004 0.252 0.000 0.160
#> SRR934984 3 0.6287 0.3826 0.108 0.292 0.528 0.000 0.072 0.000
#> SRR934985 5 0.4862 0.0405 0.004 0.000 0.048 0.428 0.520 0.000
#> SRR934986 1 0.5164 0.7839 0.584 0.000 0.000 0.300 0.000 0.116
#> SRR934987 5 0.3936 0.5327 0.004 0.000 0.276 0.020 0.700 0.000
#> SRR934988 3 0.1914 0.7431 0.012 0.000 0.928 0.008 0.040 0.012
#> SRR934989 6 0.1267 0.9895 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR934990 3 0.1657 0.7378 0.012 0.000 0.936 0.000 0.012 0.040
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.992 0.962 0.984 0.4963 0.502 0.502
#> 3 3 0.915 0.910 0.959 0.3368 0.740 0.527
#> 4 4 0.780 0.805 0.910 0.1158 0.849 0.593
#> 5 5 0.897 0.873 0.933 0.0549 0.853 0.529
#> 6 6 0.781 0.718 0.865 0.0431 0.890 0.571
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934722 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934724 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934744 1 0.4298 0.8993 0.912 0.088
#> SRR934745 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934755 2 0.4431 0.8908 0.092 0.908
#> SRR934756 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934766 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.8813 0.5933 0.300 0.700
#> SRR934771 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934775 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934780 2 0.9998 0.0672 0.492 0.508
#> SRR934781 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934790 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934791 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934807 2 0.5946 0.8318 0.144 0.856
#> SRR934809 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934810 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934811 2 0.1414 0.9582 0.020 0.980
#> SRR934808 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934815 2 0.4298 0.8946 0.088 0.912
#> SRR934816 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934818 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934821 2 0.8661 0.6142 0.288 0.712
#> SRR934822 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934827 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934828 1 0.3114 0.9357 0.944 0.056
#> SRR934829 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934830 2 0.8661 0.6158 0.288 0.712
#> SRR934831 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934832 2 0.2043 0.9480 0.032 0.968
#> SRR934833 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934851 1 0.9983 0.0462 0.524 0.476
#> SRR934853 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934854 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934856 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934869 1 0.1633 0.9685 0.976 0.024
#> SRR934870 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934871 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934878 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934879 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934880 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934886 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934887 2 0.1633 0.9549 0.024 0.976
#> SRR934888 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934890 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934891 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934892 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934893 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934898 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934900 2 0.5059 0.8691 0.112 0.888
#> SRR934901 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934902 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934906 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934907 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934915 2 0.9833 0.2954 0.424 0.576
#> SRR934916 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934919 2 0.8443 0.6447 0.272 0.728
#> SRR934920 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.0376 0.9709 0.004 0.996
#> SRR934924 1 0.2948 0.9399 0.948 0.052
#> SRR934923 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934928 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934930 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934931 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934936 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934937 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934938 2 0.0672 0.9679 0.008 0.992
#> SRR934939 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934940 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934941 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934942 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934945 2 0.7139 0.7631 0.196 0.804
#> SRR934946 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934948 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934950 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934957 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934963 1 0.6531 0.7946 0.832 0.168
#> SRR934964 2 0.8713 0.6083 0.292 0.708
#> SRR934965 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.0938 0.9802 0.988 0.012
#> SRR934968 1 0.6148 0.8166 0.848 0.152
#> SRR934969 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934972 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934973 1 0.4815 0.8806 0.896 0.104
#> SRR934974 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934975 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.2778 0.9336 0.048 0.952
#> SRR934979 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.0938 0.9647 0.012 0.988
#> SRR934982 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.9740 0.000 1.000
#> SRR934988 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9912 1.000 0.000
#> SRR934990 1 0.4939 0.8751 0.892 0.108
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 3 0.1529 0.923 0.040 0.000 0.960
#> SRR934718 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934719 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934721 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934722 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724 3 0.0424 0.936 0.008 0.000 0.992
#> SRR934725 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934726 1 0.5254 0.633 0.736 0.000 0.264
#> SRR934727 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728 3 0.5529 0.621 0.296 0.000 0.704
#> SRR934729 2 0.0237 0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934730 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934731 3 0.0592 0.935 0.012 0.000 0.988
#> SRR934732 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934733 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934739 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934744 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745 1 0.0237 0.959 0.996 0.004 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934750 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934751 1 0.0424 0.960 0.992 0.000 0.008
#> SRR934752 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934754 1 0.2711 0.883 0.912 0.000 0.088
#> SRR934755 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934758 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934761 2 0.1411 0.946 0.000 0.964 0.036
#> SRR934762 1 0.1529 0.931 0.960 0.000 0.040
#> SRR934763 3 0.1031 0.931 0.024 0.000 0.976
#> SRR934764 1 0.5058 0.660 0.756 0.000 0.244
#> SRR934765 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934766 3 0.2165 0.907 0.064 0.000 0.936
#> SRR934767 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934768 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934769 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934772 1 0.6299 0.102 0.524 0.476 0.000
#> SRR934771 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934773 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934775 3 0.1753 0.918 0.048 0.000 0.952
#> SRR934776 3 0.2945 0.887 0.088 0.004 0.908
#> SRR934777 3 0.1031 0.931 0.024 0.000 0.976
#> SRR934778 1 0.0237 0.959 0.996 0.004 0.000
#> SRR934779 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934780 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934781 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934782 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783 3 0.0424 0.936 0.008 0.000 0.992
#> SRR934784 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934787 1 0.0424 0.960 0.992 0.000 0.008
#> SRR934788 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934789 3 0.2165 0.907 0.064 0.000 0.936
#> SRR934790 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791 3 0.5397 0.650 0.280 0.000 0.720
#> SRR934792 2 0.0592 0.965 0.000 0.988 0.012
#> SRR934793 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934794 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934797 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934798 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934799 3 0.1163 0.929 0.028 0.000 0.972
#> SRR934800 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934804 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934805 3 0.1031 0.931 0.024 0.000 0.976
#> SRR934806 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934807 2 0.5465 0.586 0.288 0.712 0.000
#> SRR934809 3 0.0592 0.935 0.012 0.000 0.988
#> SRR934810 3 0.5988 0.478 0.368 0.000 0.632
#> SRR934811 1 0.6008 0.415 0.628 0.372 0.000
#> SRR934808 3 0.2066 0.910 0.060 0.000 0.940
#> SRR934812 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934813 2 0.1529 0.942 0.000 0.960 0.040
#> SRR934814 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934815 2 0.5465 0.581 0.288 0.712 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934818 3 0.1919 0.924 0.020 0.024 0.956
#> SRR934819 1 0.0892 0.952 0.980 0.000 0.020
#> SRR934820 1 0.1031 0.946 0.976 0.000 0.024
#> SRR934821 3 0.1411 0.914 0.000 0.036 0.964
#> SRR934822 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934823 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934825 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827 1 0.9088 0.050 0.464 0.140 0.396
#> SRR934828 1 0.0237 0.959 0.996 0.004 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830 1 0.0892 0.947 0.980 0.020 0.000
#> SRR934831 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934832 1 0.4887 0.702 0.772 0.228 0.000
#> SRR934833 1 0.0237 0.959 0.996 0.004 0.000
#> SRR934834 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934835 2 0.0592 0.965 0.000 0.988 0.012
#> SRR934836 1 0.0747 0.955 0.984 0.000 0.016
#> SRR934837 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 3 0.3192 0.866 0.112 0.000 0.888
#> SRR934839 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934840 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934841 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934842 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844 3 0.2537 0.895 0.080 0.000 0.920
#> SRR934845 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934847 3 0.0424 0.936 0.008 0.000 0.992
#> SRR934848 3 0.1753 0.918 0.048 0.000 0.952
#> SRR934849 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934850 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851 2 0.8705 0.236 0.116 0.524 0.360
#> SRR934853 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934852 2 0.0424 0.967 0.000 0.992 0.008
#> SRR934854 1 0.1289 0.940 0.968 0.000 0.032
#> SRR934856 3 0.1643 0.921 0.044 0.000 0.956
#> SRR934858 1 0.0892 0.952 0.980 0.000 0.020
#> SRR934859 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934860 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934862 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863 3 0.0592 0.935 0.012 0.000 0.988
#> SRR934864 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 3 0.1643 0.923 0.044 0.000 0.956
#> SRR934866 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934868 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934869 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870 3 0.2261 0.904 0.068 0.000 0.932
#> SRR934871 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 2 0.4452 0.753 0.000 0.808 0.192
#> SRR934874 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 3 0.1031 0.931 0.024 0.000 0.976
#> SRR934877 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.5882 0.483 0.000 0.348 0.652
#> SRR934879 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934881 2 0.0892 0.959 0.000 0.980 0.020
#> SRR934882 2 0.0592 0.965 0.000 0.988 0.012
#> SRR934883 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0237 0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934885 2 0.0237 0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934886 2 0.1163 0.953 0.000 0.972 0.028
#> SRR934887 3 0.0237 0.933 0.000 0.004 0.996
#> SRR934888 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0237 0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934890 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891 3 0.1529 0.925 0.040 0.000 0.960
#> SRR934892 3 0.0237 0.933 0.000 0.004 0.996
#> SRR934893 3 0.0237 0.933 0.000 0.004 0.996
#> SRR934894 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0592 0.935 0.012 0.000 0.988
#> SRR934899 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934900 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902 3 0.4974 0.695 0.000 0.236 0.764
#> SRR934903 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934906 3 0.0747 0.934 0.016 0.000 0.984
#> SRR934907 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934908 2 0.0237 0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934909 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934910 2 0.0237 0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 2 0.0592 0.965 0.000 0.988 0.012
#> SRR934913 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 3 0.5882 0.516 0.348 0.000 0.652
#> SRR934915 3 0.5109 0.728 0.008 0.212 0.780
#> SRR934916 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934918 3 0.0424 0.932 0.000 0.008 0.992
#> SRR934919 2 0.5650 0.535 0.312 0.688 0.000
#> SRR934920 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934921 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 2 0.6307 -0.020 0.000 0.512 0.488
#> SRR934924 1 0.0237 0.959 0.996 0.004 0.000
#> SRR934923 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934925 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 2 0.0892 0.959 0.000 0.980 0.020
#> SRR934928 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934929 1 0.3482 0.834 0.872 0.000 0.128
#> SRR934930 3 0.4452 0.758 0.000 0.192 0.808
#> SRR934931 2 0.0237 0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934932 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934934 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934935 2 0.0892 0.959 0.000 0.980 0.020
#> SRR934936 3 0.5988 0.434 0.000 0.368 0.632
#> SRR934933 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934937 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938 3 0.1031 0.922 0.000 0.024 0.976
#> SRR934939 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934940 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934941 3 0.5327 0.663 0.272 0.000 0.728
#> SRR934942 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944 3 0.1163 0.929 0.028 0.000 0.972
#> SRR934945 1 0.0892 0.946 0.980 0.020 0.000
#> SRR934946 2 0.9333 0.317 0.268 0.516 0.216
#> SRR934947 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934948 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934950 3 0.0892 0.934 0.020 0.000 0.980
#> SRR934951 3 0.0892 0.932 0.020 0.000 0.980
#> SRR934953 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934952 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934956 2 0.0892 0.959 0.000 0.980 0.020
#> SRR934957 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934958 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934959 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934960 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934961 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934963 1 0.3340 0.845 0.880 0.120 0.000
#> SRR934964 3 0.4235 0.778 0.000 0.176 0.824
#> SRR934965 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934966 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969 3 0.4605 0.759 0.204 0.000 0.796
#> SRR934970 1 0.1411 0.938 0.964 0.000 0.036
#> SRR934971 2 0.0892 0.959 0.000 0.980 0.020
#> SRR934972 3 0.0237 0.936 0.004 0.000 0.996
#> SRR934973 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975 3 0.5785 0.554 0.332 0.000 0.668
#> SRR934976 2 0.0237 0.968 0.004 0.996 0.000
#> SRR934977 1 0.1031 0.949 0.976 0.000 0.024
#> SRR934978 2 0.3752 0.828 0.000 0.856 0.144
#> SRR934979 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.5058 0.683 0.000 0.244 0.756
#> SRR934982 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0237 0.969 0.000 0.996 0.004
#> SRR934985 1 0.0983 0.953 0.980 0.004 0.016
#> SRR934986 1 0.0237 0.962 0.996 0.000 0.004
#> SRR934987 2 0.0000 0.970 0.000 1.000 0.000
#> SRR934988 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.935 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 3 0.3948 0.7813 0.036 0.000 0.828 0.136
#> SRR934718 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.0188 0.8310 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934720 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 3 0.1118 0.8292 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR934722 2 0.4331 0.5490 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934723 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 3 0.4008 0.7184 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR934725 4 0.0188 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934726 4 0.4789 0.6690 0.172 0.000 0.056 0.772
#> SRR934727 1 0.4193 0.6152 0.732 0.000 0.000 0.268
#> SRR934728 4 0.4977 -0.0847 0.000 0.000 0.460 0.540
#> SRR934729 4 0.3873 0.6614 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR934730 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 3 0.3907 0.7289 0.000 0.000 0.768 0.232
#> SRR934732 2 0.0817 0.9330 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934733 4 0.0188 0.8239 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934734 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.2216 0.8585 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR934736 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738 4 0.0188 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934740 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.2589 0.8326 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR934742 1 0.4999 0.0545 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR934743 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0000 0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934745 4 0.0707 0.8194 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934746 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.0188 0.8310 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934750 2 0.0188 0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934749 3 0.1474 0.8253 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934751 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.0188 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934753 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0188 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934755 3 0.2973 0.7126 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR934756 4 0.4431 0.5031 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR934757 3 0.0817 0.8313 0.000 0.000 0.976 0.024
#> SRR934758 1 0.4331 0.5801 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR934759 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0336 0.9431 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934761 2 0.4250 0.6635 0.000 0.724 0.276 0.000
#> SRR934762 4 0.0188 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934763 4 0.3610 0.6392 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR934764 4 0.1022 0.8088 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR934765 1 0.4804 0.4051 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR934766 3 0.4356 0.6631 0.000 0.000 0.708 0.292
#> SRR934767 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0188 0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934770 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 4 0.3219 0.7173 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR934771 3 0.0707 0.8317 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934773 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0336 0.8313 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934775 3 0.4193 0.6926 0.000 0.000 0.732 0.268
#> SRR934776 4 0.0000 0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777 3 0.3873 0.7320 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR934778 4 0.0000 0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.3219 0.7785 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR934781 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783 3 0.4454 0.6410 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR934784 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788 1 0.7349 0.2870 0.528 0.000 0.236 0.236
#> SRR934789 3 0.4855 0.4728 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR934790 3 0.0188 0.8288 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934791 3 0.4898 0.4415 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR934792 2 0.0188 0.9450 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.0188 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934796 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 3 0.3982 0.7369 0.004 0.000 0.776 0.220
#> SRR934800 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0188 0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934803 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0188 0.9450 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934805 3 0.4500 0.6293 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR934806 3 0.2345 0.7791 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR934807 4 0.0188 0.8239 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934809 3 0.4277 0.6785 0.000 0.000 0.720 0.280
#> SRR934810 4 0.0188 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934811 4 0.1022 0.8137 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR934808 4 0.3266 0.6808 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934812 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 2 0.4304 0.6508 0.000 0.716 0.284 0.000
#> SRR934814 4 0.0188 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934815 4 0.1389 0.8045 0.000 0.048 0.000 0.952
#> SRR934816 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.0707 0.9357 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934818 4 0.2973 0.7078 0.000 0.000 0.144 0.856
#> SRR934819 4 0.4374 0.7087 0.120 0.000 0.068 0.812
#> SRR934820 4 0.0188 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934821 3 0.3123 0.6997 0.000 0.156 0.844 0.000
#> SRR934822 1 0.0921 0.9217 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934823 3 0.0707 0.8317 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934825 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826 4 0.1109 0.8127 0.028 0.000 0.004 0.968
#> SRR934827 1 0.6608 0.5404 0.628 0.168 0.204 0.000
#> SRR934828 4 0.0817 0.8177 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR934829 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 4 0.0469 0.8221 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934831 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 4 0.0817 0.8177 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR934833 4 0.0000 0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.1474 0.9127 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 3 0.4567 0.7097 0.016 0.000 0.740 0.244
#> SRR934839 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 4 0.4746 0.3637 0.368 0.000 0.000 0.632
#> SRR934844 3 0.4635 0.7287 0.028 0.000 0.756 0.216
#> SRR934845 2 0.0188 0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934846 2 0.0188 0.9450 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934847 3 0.3726 0.7449 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934848 3 0.4679 0.5702 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR934849 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.6523 0.4862 0.000 0.208 0.636 0.156
#> SRR934853 3 0.0707 0.8317 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934852 2 0.2408 0.8703 0.000 0.896 0.104 0.000
#> SRR934854 4 0.0000 0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934856 3 0.4008 0.7174 0.000 0.000 0.756 0.244
#> SRR934858 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0188 0.9450 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0469 0.9408 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934862 2 0.0188 0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934863 4 0.4925 0.0592 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934864 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.0188 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934866 2 0.0188 0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934867 2 0.0336 0.9431 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869 3 0.0000 0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934870 4 0.4103 0.5417 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR934871 2 0.4866 0.2340 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR934872 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873 2 0.4331 0.6430 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 3 0.4164 0.6970 0.000 0.000 0.736 0.264
#> SRR934877 1 0.1118 0.9147 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934878 3 0.5334 0.5408 0.000 0.036 0.680 0.284
#> SRR934879 3 0.0000 0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934880 3 0.0707 0.8317 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934881 2 0.2973 0.8330 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR934882 2 0.2216 0.8812 0.000 0.908 0.092 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 4 0.4277 0.5945 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR934885 2 0.0336 0.9424 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934886 2 0.4103 0.6939 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934888 2 0.0188 0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934889 2 0.0592 0.9366 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934890 3 0.0000 0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934891 4 0.0188 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934892 3 0.0000 0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934893 3 0.2081 0.7728 0.000 0.084 0.916 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 4 0.2814 0.7436 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR934896 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0188 0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934898 4 0.3764 0.6142 0.000 0.000 0.216 0.784
#> SRR934899 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934900 3 0.0188 0.8288 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934901 2 0.2704 0.8229 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR934902 2 0.4925 0.3444 0.000 0.572 0.428 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 3 0.0000 0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934906 3 0.2216 0.8123 0.000 0.000 0.908 0.092
#> SRR934907 4 0.4994 0.1329 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR934908 4 0.4790 0.4097 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR934909 2 0.0336 0.9431 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934910 4 0.4888 0.3323 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR934911 2 0.0188 0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934912 2 0.2647 0.8560 0.000 0.880 0.120 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 3 0.4632 0.6393 0.004 0.000 0.688 0.308
#> SRR934915 3 0.4955 0.2252 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR934916 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.4008 0.5972 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR934919 4 0.6465 0.3098 0.072 0.412 0.000 0.516
#> SRR934920 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0188 0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934922 4 0.0000 0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0188 0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934926 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 2 0.2704 0.8523 0.000 0.876 0.124 0.000
#> SRR934928 3 0.0921 0.8307 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934929 4 0.4331 0.4161 0.000 0.000 0.288 0.712
#> SRR934930 3 0.3837 0.6215 0.000 0.224 0.776 0.000
#> SRR934931 4 0.0469 0.8221 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934932 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 2 0.3074 0.8248 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR934936 2 0.0707 0.9346 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0000 0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0188 0.8288 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934939 3 0.2469 0.8056 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934940 4 0.4500 0.5663 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934941 4 0.0188 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934942 4 0.2081 0.7801 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR934943 2 0.1389 0.9079 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR934944 3 0.3355 0.7786 0.004 0.000 0.836 0.160
#> SRR934945 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934946 4 0.0000 0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.3801 0.6927 0.780 0.000 0.000 0.220
#> SRR934948 3 0.0000 0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950 4 0.0336 0.8223 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934951 3 0.2530 0.8085 0.004 0.000 0.896 0.100
#> SRR934953 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0592 0.9372 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR934954 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 2 0.2589 0.8606 0.000 0.884 0.116 0.000
#> SRR934957 3 0.4605 0.5975 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR934958 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 3 0.0707 0.8317 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934960 4 0.4257 0.6797 0.048 0.000 0.140 0.812
#> SRR934961 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0188 0.9450 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.3569 0.6839 0.000 0.000 0.804 0.196
#> SRR934965 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9464 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0188 0.8288 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969 3 0.4998 0.2378 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR934970 1 0.0336 0.9383 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934971 2 0.3172 0.8165 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR934972 3 0.0336 0.8313 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934973 3 0.0188 0.8288 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934974 3 0.0188 0.8310 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934975 4 0.0188 0.8243 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934976 4 0.4989 0.1583 0.000 0.472 0.000 0.528
#> SRR934977 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 2 0.4996 0.1828 0.000 0.516 0.484 0.000
#> SRR934979 2 0.0188 0.9448 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934980 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.4040 0.5923 0.000 0.248 0.752 0.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0336 0.9431 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934985 4 0.0000 0.8244 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934986 1 0.3052 0.8042 0.860 0.000 0.004 0.136
#> SRR934987 4 0.4804 0.4171 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR934988 3 0.0000 0.8303 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9448 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0188 0.8288 0.000 0.004 0.996 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.2238 0.9063 0.020 0.000 0.064 0.912 0.004
#> SRR934718 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.3074 0.7254 0.000 0.000 0.804 0.196 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.2179 0.8920 0.000 0.000 0.100 0.896 0.004
#> SRR934722 2 0.4268 0.1798 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934723 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.1638 0.9098 0.000 0.000 0.064 0.932 0.004
#> SRR934725 5 0.0880 0.9167 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR934726 4 0.0727 0.9041 0.000 0.004 0.004 0.980 0.012
#> SRR934727 1 0.1792 0.8734 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR934728 4 0.0693 0.9118 0.000 0.000 0.008 0.980 0.012
#> SRR934729 2 0.2005 0.9147 0.000 0.924 0.004 0.056 0.016
#> SRR934730 2 0.0404 0.9576 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.0609 0.9151 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934732 2 0.1270 0.9357 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR934733 5 0.0404 0.9199 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934734 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.3333 0.7254 0.788 0.000 0.000 0.208 0.004
#> SRR934736 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0290 0.9576 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934738 5 0.2648 0.8099 0.000 0.000 0.000 0.152 0.848
#> SRR934740 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934741 2 0.0771 0.9492 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000
#> SRR934742 4 0.1329 0.8952 0.032 0.000 0.004 0.956 0.008
#> SRR934743 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0510 0.8820 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934745 5 0.4501 0.6852 0.212 0.036 0.000 0.012 0.740
#> SRR934746 2 0.1200 0.9492 0.000 0.964 0.016 0.012 0.008
#> SRR934747 2 0.0162 0.9582 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.1121 0.8732 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR934750 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934749 4 0.2179 0.8920 0.000 0.000 0.100 0.896 0.004
#> SRR934751 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.3857 0.5936 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR934753 2 0.0290 0.9581 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0671 0.9059 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR934755 3 0.0510 0.8790 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR934756 4 0.2408 0.8655 0.092 0.000 0.000 0.892 0.016
#> SRR934757 4 0.3388 0.7511 0.000 0.000 0.200 0.792 0.008
#> SRR934758 1 0.1364 0.9144 0.952 0.000 0.000 0.036 0.012
#> SRR934759 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.1041 0.9492 0.000 0.964 0.032 0.000 0.004
#> SRR934761 3 0.1732 0.8381 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR934762 4 0.1732 0.8888 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR934763 4 0.0404 0.9080 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934764 4 0.0566 0.9108 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR934765 1 0.3913 0.5274 0.676 0.000 0.324 0.000 0.000
#> SRR934766 4 0.1282 0.9140 0.000 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR934767 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0960 0.9493 0.000 0.972 0.004 0.016 0.008
#> SRR934770 1 0.2127 0.8517 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR934772 2 0.4131 0.7715 0.000 0.788 0.004 0.064 0.144
#> SRR934771 4 0.2929 0.8200 0.000 0.000 0.180 0.820 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.1121 0.8735 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000
#> SRR934775 4 0.1502 0.9120 0.004 0.000 0.056 0.940 0.000
#> SRR934776 4 0.1026 0.8988 0.000 0.004 0.004 0.968 0.024
#> SRR934777 4 0.1502 0.9110 0.000 0.000 0.056 0.940 0.004
#> SRR934778 5 0.0404 0.9199 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934779 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.6229 0.3143 0.000 0.028 0.540 0.352 0.080
#> SRR934781 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934782 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934783 4 0.0693 0.9128 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR934784 2 0.0162 0.9582 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0162 0.9583 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0162 0.9445 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.2116 0.8835 0.076 0.000 0.004 0.912 0.008
#> SRR934789 4 0.0693 0.9130 0.000 0.000 0.012 0.980 0.008
#> SRR934790 3 0.0162 0.8825 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934791 4 0.2344 0.9022 0.000 0.000 0.064 0.904 0.032
#> SRR934792 3 0.2773 0.7643 0.000 0.164 0.836 0.000 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934795 4 0.1410 0.8977 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934796 1 0.0609 0.9336 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.1243 0.9156 0.008 0.000 0.028 0.960 0.004
#> SRR934800 2 0.0510 0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0510 0.9565 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934803 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 3 0.3532 0.7688 0.000 0.128 0.824 0.000 0.048
#> SRR934805 4 0.0865 0.9149 0.000 0.000 0.024 0.972 0.004
#> SRR934806 1 0.4417 0.7147 0.760 0.000 0.092 0.148 0.000
#> SRR934807 5 0.0404 0.9199 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934809 4 0.2124 0.8942 0.000 0.000 0.096 0.900 0.004
#> SRR934810 5 0.1197 0.9082 0.000 0.000 0.000 0.048 0.952
#> SRR934811 5 0.0510 0.9165 0.000 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934808 4 0.0451 0.9106 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR934812 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.1270 0.8580 0.000 0.052 0.948 0.000 0.000
#> SRR934814 4 0.3857 0.5360 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR934815 5 0.3338 0.8377 0.000 0.076 0.004 0.068 0.852
#> SRR934816 2 0.0162 0.9582 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934817 2 0.1197 0.9419 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR934818 4 0.0613 0.9095 0.000 0.004 0.008 0.984 0.004
#> SRR934819 4 0.0451 0.9091 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR934820 5 0.0404 0.9199 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934821 3 0.1018 0.8837 0.000 0.016 0.968 0.016 0.000
#> SRR934822 1 0.0451 0.9394 0.988 0.000 0.000 0.008 0.004
#> SRR934823 4 0.2516 0.8627 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR934825 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934826 4 0.2228 0.8909 0.040 0.000 0.000 0.912 0.048
#> SRR934827 1 0.4510 0.2323 0.560 0.008 0.432 0.000 0.000
#> SRR934828 5 0.0932 0.9124 0.000 0.004 0.004 0.020 0.972
#> SRR934829 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.0451 0.9194 0.000 0.004 0.000 0.008 0.988
#> SRR934831 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.0290 0.9172 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934833 5 0.0703 0.9196 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934834 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0963 0.9476 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934836 1 0.2127 0.8508 0.892 0.000 0.000 0.108 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.2005 0.9100 0.016 0.000 0.056 0.924 0.004
#> SRR934839 2 0.0510 0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0510 0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934843 4 0.4708 0.2096 0.436 0.000 0.000 0.548 0.016
#> SRR934844 4 0.2381 0.9038 0.036 0.000 0.052 0.908 0.004
#> SRR934845 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934846 2 0.0510 0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.1282 0.9142 0.000 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR934848 4 0.1282 0.9140 0.000 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR934849 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0955 0.8733 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR934853 4 0.2516 0.8649 0.000 0.000 0.140 0.860 0.000
#> SRR934852 3 0.4196 0.4593 0.000 0.356 0.640 0.000 0.004
#> SRR934854 4 0.2930 0.7636 0.000 0.000 0.004 0.832 0.164
#> SRR934856 4 0.1282 0.9140 0.000 0.000 0.044 0.952 0.004
#> SRR934858 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0510 0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0671 0.9556 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR934861 2 0.1121 0.9446 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0162 0.9574 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934863 4 0.0290 0.9093 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934864 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934865 5 0.1792 0.8860 0.000 0.000 0.000 0.084 0.916
#> SRR934866 2 0.0162 0.9574 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934867 2 0.0609 0.9556 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0960 0.9527 0.000 0.972 0.016 0.004 0.008
#> SRR934869 3 0.3876 0.5071 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR934870 4 0.0992 0.9149 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR934871 2 0.1243 0.9411 0.000 0.960 0.004 0.028 0.008
#> SRR934872 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934873 3 0.2362 0.8341 0.024 0.076 0.900 0.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0290 0.9581 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0290 0.9581 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.2011 0.8984 0.000 0.000 0.088 0.908 0.004
#> SRR934877 1 0.2719 0.8078 0.852 0.000 0.000 0.144 0.004
#> SRR934878 3 0.0865 0.8816 0.000 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR934879 3 0.0880 0.8781 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000
#> SRR934880 4 0.3684 0.6634 0.000 0.000 0.280 0.720 0.000
#> SRR934881 3 0.3210 0.6992 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR934882 2 0.4060 0.4374 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000
#> SRR934883 2 0.0162 0.9583 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.2238 0.9033 0.000 0.912 0.004 0.064 0.020
#> SRR934885 2 0.1483 0.9385 0.000 0.952 0.008 0.028 0.012
#> SRR934886 3 0.1792 0.8352 0.000 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR934887 3 0.0609 0.8816 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934888 2 0.0671 0.9572 0.000 0.980 0.016 0.000 0.004
#> SRR934889 2 0.2266 0.9064 0.000 0.912 0.008 0.064 0.016
#> SRR934890 3 0.0703 0.8806 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934891 5 0.3635 0.6929 0.000 0.000 0.004 0.248 0.748
#> SRR934892 3 0.2124 0.8386 0.000 0.004 0.900 0.096 0.000
#> SRR934893 3 0.0290 0.8815 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934895 5 0.0703 0.9113 0.000 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934896 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9580 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 4 0.0290 0.9093 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934899 2 0.6012 0.0456 0.000 0.484 0.116 0.000 0.400
#> SRR934900 3 0.0510 0.8820 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934901 2 0.0613 0.9543 0.000 0.984 0.004 0.004 0.008
#> SRR934902 3 0.0963 0.8686 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934905 3 0.1281 0.8756 0.012 0.000 0.956 0.032 0.000
#> SRR934906 3 0.1697 0.8621 0.000 0.000 0.932 0.060 0.008
#> SRR934907 5 0.0865 0.9100 0.000 0.024 0.004 0.000 0.972
#> SRR934908 2 0.0865 0.9475 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR934909 2 0.1588 0.9421 0.000 0.948 0.028 0.016 0.008
#> SRR934910 5 0.1608 0.8823 0.000 0.072 0.000 0.000 0.928
#> SRR934911 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934912 2 0.1908 0.8996 0.000 0.908 0.092 0.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934914 4 0.1970 0.9094 0.012 0.000 0.060 0.924 0.004
#> SRR934915 3 0.3010 0.7636 0.000 0.000 0.824 0.004 0.172
#> SRR934916 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0510 0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0671 0.8806 0.000 0.016 0.980 0.004 0.000
#> SRR934919 2 0.2714 0.8890 0.004 0.892 0.008 0.076 0.020
#> SRR934920 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934922 5 0.1041 0.9181 0.000 0.004 0.000 0.032 0.964
#> SRR934924 1 0.1410 0.9011 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR934923 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0693 0.9535 0.000 0.980 0.000 0.008 0.012
#> SRR934926 2 0.0162 0.9583 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.2011 0.8323 0.000 0.088 0.908 0.000 0.004
#> SRR934928 3 0.1544 0.8593 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000
#> SRR934929 5 0.5624 0.1152 0.004 0.000 0.064 0.420 0.512
#> SRR934930 3 0.1106 0.8809 0.000 0.024 0.964 0.012 0.000
#> SRR934931 5 0.0404 0.9164 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934932 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934934 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934935 3 0.3636 0.6215 0.000 0.272 0.728 0.000 0.000
#> SRR934936 2 0.0912 0.9500 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR934933 1 0.1043 0.9172 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR934937 3 0.0510 0.8820 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934938 3 0.0162 0.8825 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934939 4 0.1357 0.9145 0.000 0.000 0.048 0.948 0.004
#> SRR934940 2 0.3256 0.8126 0.000 0.832 0.004 0.148 0.016
#> SRR934941 5 0.0404 0.9199 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934942 5 0.3427 0.7367 0.000 0.192 0.000 0.012 0.796
#> SRR934943 2 0.1883 0.9226 0.000 0.932 0.008 0.048 0.012
#> SRR934944 4 0.1186 0.9127 0.020 0.000 0.008 0.964 0.008
#> SRR934945 1 0.1282 0.9130 0.952 0.004 0.000 0.000 0.044
#> SRR934946 5 0.1270 0.9048 0.000 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR934947 4 0.1892 0.8755 0.080 0.000 0.000 0.916 0.004
#> SRR934948 3 0.0963 0.8767 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR934949 2 0.0510 0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934950 5 0.0794 0.9170 0.000 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934951 4 0.2206 0.9058 0.016 0.000 0.068 0.912 0.004
#> SRR934953 1 0.0510 0.9366 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.2966 0.7772 0.000 0.816 0.000 0.000 0.184
#> SRR934954 2 0.0510 0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.3838 0.6243 0.000 0.280 0.716 0.000 0.004
#> SRR934957 4 0.0579 0.9117 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR934958 2 0.0404 0.9576 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.2230 0.8815 0.000 0.000 0.116 0.884 0.000
#> SRR934960 4 0.1949 0.9094 0.012 0.000 0.016 0.932 0.040
#> SRR934961 2 0.0510 0.9565 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0510 0.9568 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.0324 0.9406 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.0955 0.8740 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028
#> SRR934965 2 0.0162 0.9583 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0324 0.9581 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004
#> SRR934967 3 0.2561 0.7775 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR934968 3 0.0404 0.8823 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934969 4 0.0579 0.9124 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR934970 1 0.4287 0.1082 0.540 0.000 0.000 0.460 0.000
#> SRR934971 2 0.1965 0.8994 0.000 0.904 0.096 0.000 0.000
#> SRR934972 3 0.4278 0.0992 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR934973 3 0.0162 0.8825 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934974 4 0.4060 0.5070 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000
#> SRR934975 5 0.0404 0.9199 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934976 5 0.1792 0.8692 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR934977 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0566 0.8817 0.000 0.012 0.984 0.004 0.000
#> SRR934979 2 0.0404 0.9574 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0912 0.8830 0.000 0.016 0.972 0.012 0.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0579 0.9373 0.984 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR934984 2 0.0794 0.9519 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934985 4 0.1026 0.8988 0.000 0.004 0.004 0.968 0.024
#> SRR934986 4 0.2536 0.8375 0.128 0.000 0.000 0.868 0.004
#> SRR934987 2 0.1571 0.9178 0.000 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR934988 3 0.1732 0.8508 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9467 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0404 0.8823 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.0405 0.8289 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR934718 1 0.3866 0.0733 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR934719 4 0.2454 0.7407 0.000 0.000 0.160 0.840 0.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.0632 0.8266 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR934722 2 0.4034 0.3629 0.000 0.624 0.004 0.000 0.364 0.008
#> SRR934723 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.1908 0.7770 0.000 0.000 0.004 0.900 0.096 0.000
#> SRR934725 6 0.0777 0.8003 0.000 0.000 0.000 0.024 0.004 0.972
#> SRR934726 5 0.3448 0.5848 0.000 0.004 0.000 0.280 0.716 0.000
#> SRR934727 1 0.1806 0.8038 0.908 0.000 0.000 0.088 0.004 0.000
#> SRR934728 4 0.2340 0.7550 0.000 0.000 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR934729 5 0.2527 0.6212 0.000 0.168 0.000 0.000 0.832 0.000
#> SRR934730 2 0.0508 0.8692 0.000 0.984 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR934731 4 0.1082 0.8180 0.000 0.000 0.004 0.956 0.040 0.000
#> SRR934732 2 0.2558 0.7838 0.000 0.840 0.156 0.000 0.004 0.000
#> SRR934733 6 0.0000 0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 4 0.3838 0.1373 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.2964 0.7589 0.000 0.792 0.004 0.000 0.204 0.000
#> SRR934738 6 0.3607 0.4499 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR934740 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0458 0.8672 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934741 5 0.3727 0.1655 0.000 0.388 0.000 0.000 0.612 0.000
#> SRR934742 4 0.4302 0.6189 0.116 0.000 0.000 0.728 0.156 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0790 0.8530 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR934745 5 0.6039 0.3818 0.224 0.056 0.000 0.000 0.584 0.136
#> SRR934746 2 0.3940 0.5472 0.000 0.640 0.012 0.000 0.348 0.000
#> SRR934747 2 0.0146 0.8706 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934748 4 0.3607 0.4985 0.000 0.000 0.348 0.652 0.000 0.000
#> SRR934750 2 0.1444 0.8393 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934749 4 0.0458 0.8280 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0146 0.8845 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934752 4 0.2454 0.7449 0.000 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR934753 2 0.0405 0.8700 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR934754 4 0.1610 0.7986 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934755 3 0.0547 0.8467 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR934756 4 0.2182 0.7883 0.068 0.000 0.000 0.904 0.020 0.008
#> SRR934757 5 0.4618 0.5801 0.000 0.000 0.092 0.236 0.672 0.000
#> SRR934758 1 0.5059 0.2269 0.528 0.000 0.000 0.392 0.000 0.080
#> SRR934759 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0865 0.8640 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.1471 0.8184 0.000 0.064 0.932 0.000 0.004 0.000
#> SRR934762 4 0.1219 0.8167 0.000 0.000 0.000 0.948 0.004 0.048
#> SRR934763 5 0.3789 0.3424 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584 0.000
#> SRR934764 4 0.1075 0.8155 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934765 1 0.3050 0.6453 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766 4 0.0000 0.8281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0790 0.8639 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR934769 5 0.3515 0.5121 0.000 0.324 0.000 0.000 0.676 0.000
#> SRR934770 4 0.3647 0.4032 0.360 0.000 0.000 0.640 0.000 0.000
#> SRR934772 5 0.2301 0.6413 0.000 0.096 0.000 0.020 0.884 0.000
#> SRR934771 4 0.1267 0.8137 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.1528 0.8414 0.000 0.000 0.936 0.048 0.016 0.000
#> SRR934775 4 0.1349 0.8093 0.000 0.000 0.004 0.940 0.056 0.000
#> SRR934776 5 0.3076 0.6093 0.000 0.000 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR934777 4 0.0146 0.8281 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934778 6 0.0000 0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 5 0.5430 0.2460 0.000 0.020 0.068 0.412 0.500 0.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.8703 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.1267 0.8473 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR934783 4 0.3175 0.5510 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256 0.000
#> SRR934784 2 0.0632 0.8689 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.8703 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 4 0.3756 0.3131 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.0458 0.8259 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000 0.000
#> SRR934789 4 0.1910 0.7775 0.000 0.000 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR934790 3 0.0363 0.8554 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934791 4 0.0260 0.8287 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934792 3 0.3974 0.5233 0.000 0.296 0.680 0.024 0.000 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0363 0.8682 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934795 4 0.1616 0.8098 0.000 0.000 0.000 0.932 0.020 0.048
#> SRR934796 1 0.3804 0.2675 0.576 0.000 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.0000 0.8281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934800 2 0.2949 0.8004 0.000 0.832 0.028 0.000 0.140 0.000
#> SRR934801 2 0.2595 0.7979 0.000 0.836 0.004 0.000 0.160 0.000
#> SRR934802 2 0.0146 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934804 3 0.1865 0.8254 0.000 0.040 0.920 0.000 0.000 0.040
#> SRR934805 4 0.1411 0.8138 0.000 0.000 0.004 0.936 0.060 0.000
#> SRR934806 4 0.2964 0.6813 0.204 0.000 0.004 0.792 0.000 0.000
#> SRR934807 6 0.1007 0.7940 0.000 0.000 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934809 4 0.1088 0.8256 0.000 0.000 0.024 0.960 0.016 0.000
#> SRR934810 6 0.2313 0.7483 0.000 0.000 0.004 0.100 0.012 0.884
#> SRR934811 6 0.2257 0.7435 0.000 0.008 0.000 0.000 0.116 0.876
#> SRR934808 5 0.3862 0.4459 0.000 0.000 0.004 0.388 0.608 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.0146 0.8518 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814 6 0.3624 0.6771 0.000 0.000 0.000 0.156 0.060 0.784
#> SRR934815 5 0.2942 0.6192 0.000 0.064 0.000 0.008 0.860 0.068
#> SRR934816 2 0.1556 0.8495 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR934817 3 0.6116 -0.0227 0.000 0.312 0.368 0.000 0.320 0.000
#> SRR934818 4 0.3843 0.0408 0.000 0.000 0.000 0.548 0.452 0.000
#> SRR934819 4 0.0865 0.8199 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR934820 6 0.0000 0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934821 3 0.1745 0.8341 0.000 0.000 0.924 0.056 0.020 0.000
#> SRR934822 1 0.3857 0.1448 0.532 0.000 0.000 0.468 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.0865 0.8235 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934825 2 0.1387 0.8428 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000
#> SRR934826 4 0.1493 0.8117 0.004 0.000 0.000 0.936 0.004 0.056
#> SRR934827 3 0.3857 0.1059 0.468 0.000 0.532 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828 5 0.3288 0.4641 0.000 0.000 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934829 2 0.0260 0.8690 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934830 6 0.0000 0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 6 0.0000 0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833 6 0.1196 0.7925 0.000 0.000 0.000 0.040 0.008 0.952
#> SRR934834 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.3211 0.7889 0.000 0.824 0.120 0.000 0.056 0.000
#> SRR934836 4 0.3672 0.3926 0.368 0.000 0.000 0.632 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0291 0.8704 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR934838 4 0.0000 0.8281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934839 2 0.3211 0.7970 0.000 0.824 0.056 0.000 0.120 0.000
#> SRR934840 2 0.3796 0.7444 0.000 0.764 0.060 0.000 0.176 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.1267 0.8473 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR934843 1 0.3857 0.6950 0.776 0.000 0.000 0.148 0.072 0.004
#> SRR934844 4 0.0405 0.8289 0.008 0.000 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR934845 2 0.1444 0.8393 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934846 2 0.3672 0.7553 0.000 0.776 0.056 0.000 0.168 0.000
#> SRR934847 4 0.0603 0.8261 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016 0.000
#> SRR934848 4 0.0000 0.8281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0777 0.8506 0.000 0.000 0.972 0.004 0.000 0.024
#> SRR934853 4 0.3420 0.6319 0.000 0.000 0.240 0.748 0.012 0.000
#> SRR934852 2 0.3647 0.4507 0.000 0.640 0.360 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854 5 0.3998 0.5888 0.000 0.000 0.000 0.248 0.712 0.040
#> SRR934856 4 0.0000 0.8281 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.1082 0.8618 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004 0.000
#> SRR934860 2 0.4518 0.5001 0.000 0.604 0.044 0.000 0.352 0.000
#> SRR934861 2 0.4556 0.6573 0.000 0.688 0.100 0.000 0.212 0.000
#> SRR934862 2 0.1957 0.8072 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112 0.000
#> SRR934863 4 0.3482 0.4411 0.000 0.000 0.000 0.684 0.316 0.000
#> SRR934864 2 0.0458 0.8672 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934865 6 0.3361 0.6537 0.000 0.000 0.004 0.188 0.020 0.788
#> SRR934866 2 0.1444 0.8393 0.000 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000
#> SRR934867 2 0.2786 0.8222 0.000 0.860 0.056 0.000 0.084 0.000
#> SRR934868 2 0.4756 0.3512 0.000 0.540 0.052 0.000 0.408 0.000
#> SRR934869 4 0.2234 0.7693 0.000 0.004 0.124 0.872 0.000 0.000
#> SRR934870 4 0.0937 0.8198 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR934871 5 0.2378 0.6285 0.000 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000
#> SRR934872 2 0.0458 0.8672 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934873 3 0.2608 0.7733 0.000 0.080 0.872 0.000 0.048 0.000
#> SRR934874 2 0.0146 0.8706 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934875 2 0.0146 0.8706 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934876 4 0.0363 0.8283 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR934877 1 0.3817 0.2599 0.568 0.000 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.1408 0.8469 0.000 0.000 0.944 0.036 0.020 0.000
#> SRR934879 3 0.1141 0.8441 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000 0.000
#> SRR934880 4 0.4306 0.4219 0.000 0.000 0.344 0.624 0.032 0.000
#> SRR934881 3 0.0547 0.8492 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882 3 0.2390 0.7906 0.000 0.056 0.888 0.000 0.056 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.8703 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.0858 0.6372 0.000 0.028 0.000 0.000 0.968 0.004
#> SRR934885 5 0.2969 0.5898 0.000 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR934886 3 0.1958 0.7865 0.000 0.100 0.896 0.000 0.004 0.000
#> SRR934887 3 0.1049 0.8522 0.000 0.000 0.960 0.032 0.008 0.000
#> SRR934888 2 0.1838 0.8495 0.000 0.916 0.016 0.000 0.068 0.000
#> SRR934889 5 0.2442 0.6185 0.000 0.144 0.000 0.004 0.852 0.000
#> SRR934890 4 0.3647 0.4750 0.000 0.000 0.360 0.640 0.000 0.000
#> SRR934891 6 0.6305 -0.0482 0.000 0.000 0.008 0.316 0.292 0.384
#> SRR934892 3 0.5044 0.5286 0.000 0.028 0.652 0.256 0.064 0.000
#> SRR934893 3 0.0260 0.8509 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR934894 2 0.1075 0.8541 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR934895 6 0.1511 0.7904 0.000 0.004 0.012 0.000 0.044 0.940
#> SRR934896 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.1007 0.8635 0.000 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR934898 5 0.3684 0.5223 0.000 0.000 0.004 0.332 0.664 0.000
#> SRR934899 2 0.5001 0.5200 0.000 0.660 0.048 0.000 0.040 0.252
#> SRR934900 3 0.0865 0.8518 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934901 2 0.2135 0.7927 0.000 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.8528 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0632 0.8644 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934905 4 0.3672 0.4578 0.000 0.000 0.368 0.632 0.000 0.000
#> SRR934906 4 0.3490 0.7013 0.000 0.000 0.176 0.784 0.000 0.040
#> SRR934907 6 0.2003 0.7355 0.000 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR934908 2 0.3328 0.7716 0.000 0.816 0.000 0.000 0.120 0.064
#> SRR934909 5 0.4332 0.4189 0.000 0.288 0.048 0.000 0.664 0.000
#> SRR934910 6 0.5085 0.4032 0.000 0.272 0.000 0.000 0.120 0.608
#> SRR934911 2 0.0260 0.8705 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.4633 0.5362 0.000 0.224 0.676 0.000 0.100 0.000
#> SRR934913 2 0.0363 0.8682 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934914 4 0.0146 0.8281 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934915 3 0.1267 0.8337 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR934916 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.2706 0.8209 0.000 0.860 0.036 0.000 0.104 0.000
#> SRR934918 3 0.0363 0.8554 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934919 5 0.1757 0.6423 0.000 0.076 0.000 0.008 0.916 0.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.1204 0.8504 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934922 5 0.5213 0.1623 0.000 0.000 0.048 0.024 0.544 0.384
#> SRR934924 1 0.3101 0.6436 0.756 0.000 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR934923 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 5 0.3151 0.5774 0.000 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000
#> SRR934926 2 0.0291 0.8704 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR934927 3 0.0405 0.8554 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR934928 3 0.2703 0.7263 0.000 0.000 0.824 0.172 0.004 0.000
#> SRR934929 4 0.1970 0.8072 0.000 0.000 0.028 0.912 0.000 0.060
#> SRR934930 3 0.2196 0.8314 0.000 0.016 0.908 0.056 0.020 0.000
#> SRR934931 6 0.0000 0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.8703 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8703 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.3374 0.6506 0.000 0.208 0.772 0.000 0.020 0.000
#> SRR934936 2 0.3652 0.4816 0.000 0.672 0.000 0.004 0.324 0.000
#> SRR934933 1 0.1958 0.8018 0.896 0.000 0.100 0.000 0.004 0.000
#> SRR934937 3 0.0713 0.8541 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0260 0.8549 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934939 4 0.1349 0.8093 0.000 0.000 0.004 0.940 0.056 0.000
#> SRR934940 5 0.3221 0.5673 0.000 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR934941 6 0.0000 0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942 5 0.4662 0.5210 0.000 0.236 0.000 0.000 0.668 0.096
#> SRR934943 5 0.1714 0.6417 0.000 0.092 0.000 0.000 0.908 0.000
#> SRR934944 4 0.4763 0.1702 0.048 0.000 0.004 0.576 0.372 0.000
#> SRR934945 1 0.2933 0.6987 0.796 0.004 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR934946 6 0.4095 0.0119 0.000 0.000 0.000 0.480 0.008 0.512
#> SRR934947 1 0.6114 -0.1610 0.368 0.000 0.000 0.328 0.304 0.000
#> SRR934948 3 0.1531 0.8326 0.000 0.000 0.928 0.068 0.004 0.000
#> SRR934949 2 0.3825 0.7490 0.000 0.768 0.072 0.000 0.160 0.000
#> SRR934950 6 0.1908 0.7780 0.000 0.000 0.044 0.012 0.020 0.924
#> SRR934951 4 0.0146 0.8281 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR934953 1 0.0146 0.8844 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.2020 0.8201 0.000 0.896 0.000 0.000 0.008 0.096
#> SRR934954 2 0.1297 0.8624 0.000 0.948 0.012 0.000 0.040 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.4875 0.3673 0.000 0.376 0.568 0.008 0.048 0.000
#> SRR934957 5 0.3789 0.6012 0.000 0.000 0.024 0.260 0.716 0.000
#> SRR934958 2 0.0146 0.8706 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.0865 0.8235 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000 0.000
#> SRR934960 4 0.0790 0.8236 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934961 2 0.2877 0.7871 0.000 0.820 0.012 0.000 0.168 0.000
#> SRR934962 2 0.2058 0.8443 0.000 0.908 0.056 0.000 0.036 0.000
#> SRR934963 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.0858 0.8491 0.000 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR934965 2 0.0000 0.8703 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.1075 0.8539 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR934967 4 0.5170 0.1240 0.000 0.064 0.444 0.484 0.008 0.000
#> SRR934968 3 0.0632 0.8549 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR934969 4 0.1556 0.8054 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080 0.000
#> SRR934970 4 0.2730 0.6859 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.4566 0.5850 0.000 0.140 0.700 0.000 0.160 0.000
#> SRR934972 4 0.1765 0.7919 0.000 0.000 0.096 0.904 0.000 0.000
#> SRR934973 3 0.0458 0.8556 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR934974 4 0.1501 0.8050 0.000 0.000 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR934975 6 0.0000 0.8053 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976 6 0.5002 0.2144 0.000 0.412 0.000 0.000 0.072 0.516
#> SRR934977 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.1780 0.8409 0.000 0.048 0.924 0.028 0.000 0.000
#> SRR934979 2 0.2841 0.7908 0.000 0.824 0.012 0.000 0.164 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.1528 0.8461 0.000 0.016 0.936 0.048 0.000 0.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.4968 0.3354 0.556 0.000 0.000 0.368 0.000 0.076
#> SRR934984 2 0.4074 0.7288 0.000 0.748 0.092 0.000 0.160 0.000
#> SRR934985 5 0.2664 0.6279 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934986 4 0.1267 0.8049 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.3390 0.5477 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000
#> SRR934988 3 0.4064 0.4448 0.000 0.000 0.644 0.336 0.020 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.8874 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0547 0.8555 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.466 0.802 0.898 0.4726 0.498 0.498
#> 3 3 0.497 0.672 0.820 0.3524 0.773 0.575
#> 4 4 0.562 0.581 0.751 0.1035 0.894 0.720
#> 5 5 0.631 0.601 0.791 0.0765 0.859 0.581
#> 6 6 0.651 0.558 0.750 0.0395 0.931 0.723
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0672 0.9111 0.992 0.008
#> SRR934718 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.7815 0.7060 0.768 0.232
#> SRR934720 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.2236 0.9030 0.964 0.036
#> SRR934722 2 0.7376 0.7745 0.208 0.792
#> SRR934723 1 0.0376 0.9105 0.996 0.004
#> SRR934724 1 0.5519 0.8346 0.872 0.128
#> SRR934725 1 0.0938 0.9114 0.988 0.012
#> SRR934726 1 0.7528 0.7245 0.784 0.216
#> SRR934727 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0938 0.9113 0.988 0.012
#> SRR934729 2 0.9286 0.5987 0.344 0.656
#> SRR934730 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.8144 0.6715 0.748 0.252
#> SRR934732 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.2778 0.8970 0.952 0.048
#> SRR934734 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0938 0.9114 0.988 0.012
#> SRR934740 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.0376 0.9105 0.996 0.004
#> SRR934743 1 0.1184 0.9104 0.984 0.016
#> SRR934744 2 0.8608 0.6972 0.284 0.716
#> SRR934745 1 0.8555 0.6037 0.720 0.280
#> SRR934746 2 0.0376 0.8494 0.004 0.996
#> SRR934747 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.3431 0.8871 0.936 0.064
#> SRR934750 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.2043 0.9049 0.968 0.032
#> SRR934751 1 0.2043 0.9050 0.968 0.032
#> SRR934752 1 0.0938 0.9114 0.988 0.012
#> SRR934753 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0938 0.9114 0.988 0.012
#> SRR934755 1 0.9710 0.2603 0.600 0.400
#> SRR934756 1 0.0672 0.9114 0.992 0.008
#> SRR934757 1 0.7815 0.7065 0.768 0.232
#> SRR934758 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0672 0.8492 0.008 0.992
#> SRR934762 1 0.0938 0.9114 0.988 0.012
#> SRR934763 1 0.1414 0.9095 0.980 0.020
#> SRR934764 1 0.0938 0.9114 0.988 0.012
#> SRR934765 1 0.2236 0.9034 0.964 0.036
#> SRR934766 1 0.0938 0.9112 0.988 0.012
#> SRR934767 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.4161 0.8330 0.084 0.916
#> SRR934770 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.9170 0.6246 0.332 0.668
#> SRR934771 1 0.2423 0.9011 0.960 0.040
#> SRR934773 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.8763 0.5812 0.704 0.296
#> SRR934775 1 0.2043 0.9050 0.968 0.032
#> SRR934776 1 0.7056 0.7586 0.808 0.192
#> SRR934777 1 0.0672 0.9111 0.992 0.008
#> SRR934778 1 0.6712 0.7797 0.824 0.176
#> SRR934779 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934780 2 0.9460 0.5649 0.364 0.636
#> SRR934781 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.5059 0.8479 0.888 0.112
#> SRR934784 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0376 0.9105 0.996 0.004
#> SRR934788 1 0.0672 0.9111 0.992 0.008
#> SRR934789 1 0.0938 0.9113 0.988 0.012
#> SRR934790 2 0.8443 0.7124 0.272 0.728
#> SRR934791 1 0.0672 0.9111 0.992 0.008
#> SRR934792 2 0.3879 0.8354 0.076 0.924
#> SRR934793 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0938 0.9114 0.988 0.012
#> SRR934796 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0672 0.9111 0.992 0.008
#> SRR934800 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.4815 0.8585 0.896 0.104
#> SRR934804 2 0.3114 0.8407 0.056 0.944
#> SRR934805 1 0.2236 0.9033 0.964 0.036
#> SRR934806 1 0.1633 0.9079 0.976 0.024
#> SRR934807 2 0.9661 0.4977 0.392 0.608
#> SRR934809 1 0.5059 0.8479 0.888 0.112
#> SRR934810 1 0.5737 0.8268 0.864 0.136
#> SRR934811 2 0.9661 0.4977 0.392 0.608
#> SRR934808 1 0.5629 0.8305 0.868 0.132
#> SRR934812 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0672 0.8492 0.008 0.992
#> SRR934814 1 0.0938 0.9114 0.988 0.012
#> SRR934815 2 0.9170 0.6246 0.332 0.668
#> SRR934816 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.3879 0.8349 0.076 0.924
#> SRR934818 2 0.9522 0.5474 0.372 0.628
#> SRR934819 1 0.0938 0.9114 0.988 0.012
#> SRR934820 1 0.4022 0.8750 0.920 0.080
#> SRR934821 1 0.9608 0.3205 0.616 0.384
#> SRR934822 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.2043 0.9049 0.968 0.032
#> SRR934825 2 0.2948 0.8415 0.052 0.948
#> SRR934826 1 0.0672 0.9114 0.992 0.008
#> SRR934827 2 0.9996 0.2048 0.488 0.512
#> SRR934828 2 0.9129 0.6311 0.328 0.672
#> SRR934829 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934830 2 0.9661 0.4977 0.392 0.608
#> SRR934831 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934832 2 0.9661 0.4977 0.392 0.608
#> SRR934833 1 0.9427 0.4134 0.640 0.360
#> SRR934834 1 0.3584 0.8846 0.932 0.068
#> SRR934835 2 0.0376 0.8495 0.004 0.996
#> SRR934836 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0672 0.9111 0.992 0.008
#> SRR934839 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0672 0.9114 0.992 0.008
#> SRR934844 1 0.0672 0.9114 0.992 0.008
#> SRR934845 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.0938 0.9113 0.988 0.012
#> SRR934848 1 0.0672 0.9111 0.992 0.008
#> SRR934849 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934851 2 0.7674 0.7620 0.224 0.776
#> SRR934853 1 0.9686 0.2791 0.604 0.396
#> SRR934852 2 0.0672 0.8493 0.008 0.992
#> SRR934854 1 0.7602 0.7158 0.780 0.220
#> SRR934856 1 0.0672 0.9114 0.992 0.008
#> SRR934858 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0376 0.8494 0.004 0.996
#> SRR934861 2 0.2778 0.8422 0.048 0.952
#> SRR934862 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.1414 0.9095 0.980 0.020
#> SRR934864 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.5737 0.8268 0.864 0.136
#> SRR934866 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0376 0.8495 0.004 0.996
#> SRR934868 2 0.3114 0.8405 0.056 0.944
#> SRR934869 1 0.7815 0.7060 0.768 0.232
#> SRR934870 1 0.0938 0.9113 0.988 0.012
#> SRR934871 2 0.7745 0.7586 0.228 0.772
#> SRR934872 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.7139 0.7837 0.196 0.804
#> SRR934874 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0376 0.9106 0.996 0.004
#> SRR934877 1 0.0376 0.9105 0.996 0.004
#> SRR934878 2 0.6712 0.7949 0.176 0.824
#> SRR934879 2 0.8661 0.6921 0.288 0.712
#> SRR934880 1 0.9686 0.2791 0.604 0.396
#> SRR934881 2 0.0672 0.8492 0.008 0.992
#> SRR934882 2 0.0672 0.8492 0.008 0.992
#> SRR934883 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.9286 0.5987 0.344 0.656
#> SRR934885 2 0.8909 0.6612 0.308 0.692
#> SRR934886 2 0.9993 0.1973 0.484 0.516
#> SRR934887 2 0.6712 0.7949 0.176 0.824
#> SRR934888 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.8955 0.6559 0.312 0.688
#> SRR934890 1 0.7815 0.7060 0.768 0.232
#> SRR934891 1 0.6887 0.7752 0.816 0.184
#> SRR934892 2 0.7528 0.7682 0.216 0.784
#> SRR934893 2 0.8443 0.7123 0.272 0.728
#> SRR934894 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.7219 0.7798 0.200 0.800
#> SRR934896 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934898 2 0.9922 0.3421 0.448 0.552
#> SRR934899 2 0.5519 0.8170 0.128 0.872
#> SRR934900 2 0.8207 0.7310 0.256 0.744
#> SRR934901 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934902 2 0.6343 0.8029 0.160 0.840
#> SRR934903 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.2423 0.9011 0.960 0.040
#> SRR934906 1 0.4562 0.8647 0.904 0.096
#> SRR934907 2 0.7219 0.7798 0.200 0.800
#> SRR934908 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.4562 0.8287 0.096 0.904
#> SRR934910 2 0.9286 0.5987 0.344 0.656
#> SRR934911 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0938 0.8487 0.012 0.988
#> SRR934913 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0672 0.9111 0.992 0.008
#> SRR934915 2 0.7815 0.7558 0.232 0.768
#> SRR934916 1 0.1184 0.9088 0.984 0.016
#> SRR934917 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.4939 0.8248 0.108 0.892
#> SRR934919 2 0.9170 0.6246 0.332 0.668
#> SRR934920 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.7674 0.7619 0.224 0.776
#> SRR934924 2 0.9286 0.5987 0.344 0.656
#> SRR934923 1 0.1184 0.9104 0.984 0.016
#> SRR934925 2 0.7299 0.7772 0.204 0.796
#> SRR934926 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.1184 0.8481 0.016 0.984
#> SRR934928 1 0.6801 0.7800 0.820 0.180
#> SRR934929 1 0.7602 0.7254 0.780 0.220
#> SRR934930 2 0.7139 0.7827 0.196 0.804
#> SRR934931 2 0.7602 0.7649 0.220 0.780
#> SRR934932 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0376 0.8494 0.004 0.996
#> SRR934936 2 0.7453 0.7715 0.212 0.788
#> SRR934933 1 0.4815 0.8585 0.896 0.104
#> SRR934937 2 0.8608 0.6972 0.284 0.716
#> SRR934938 2 0.7219 0.7803 0.200 0.800
#> SRR934939 1 0.6887 0.7750 0.816 0.184
#> SRR934940 2 0.7815 0.7548 0.232 0.768
#> SRR934941 1 0.9170 0.4903 0.668 0.332
#> SRR934942 2 0.7883 0.7510 0.236 0.764
#> SRR934943 2 0.8909 0.6612 0.308 0.692
#> SRR934944 1 0.2043 0.9050 0.968 0.032
#> SRR934945 2 0.9286 0.5987 0.344 0.656
#> SRR934946 1 0.7602 0.7254 0.780 0.220
#> SRR934947 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934948 2 0.9710 0.4828 0.400 0.600
#> SRR934949 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934950 1 0.6801 0.7800 0.820 0.180
#> SRR934951 1 0.0672 0.9111 0.992 0.008
#> SRR934953 2 0.9963 0.2937 0.464 0.536
#> SRR934952 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.7745 0.7584 0.228 0.772
#> SRR934957 1 0.7815 0.7065 0.768 0.232
#> SRR934958 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.2423 0.9011 0.960 0.040
#> SRR934960 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934963 2 0.9977 0.2421 0.472 0.528
#> SRR934964 2 0.8443 0.7133 0.272 0.728
#> SRR934965 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.8492 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.7883 0.6993 0.764 0.236
#> SRR934968 2 0.8608 0.6972 0.284 0.716
#> SRR934969 1 0.0938 0.9113 0.988 0.012
#> SRR934970 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.7056 0.7858 0.192 0.808
#> SRR934972 1 0.2423 0.9011 0.960 0.040
#> SRR934973 2 0.8327 0.7213 0.264 0.736
#> SRR934974 1 0.7815 0.7060 0.768 0.232
#> SRR934975 1 0.9129 0.5009 0.672 0.328
#> SRR934976 2 0.0376 0.8485 0.004 0.996
#> SRR934977 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.7299 0.7743 0.204 0.796
#> SRR934979 2 0.0376 0.8494 0.004 0.996
#> SRR934980 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.7745 0.7585 0.228 0.772
#> SRR934982 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0672 0.8493 0.008 0.992
#> SRR934985 1 0.7453 0.7300 0.788 0.212
#> SRR934986 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.7528 0.7688 0.216 0.784
#> SRR934988 1 0.9944 0.0358 0.544 0.456
#> SRR934989 1 0.0000 0.9095 1.000 0.000
#> SRR934990 2 0.8608 0.6972 0.284 0.716
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 1 0.3941 0.82163 0.844 0.000 0.156
#> SRR934718 1 0.0237 0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934719 3 0.6373 0.01976 0.408 0.004 0.588
#> SRR934720 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934721 1 0.5291 0.74519 0.732 0.000 0.268
#> SRR934722 3 0.5058 0.61921 0.000 0.244 0.756
#> SRR934723 1 0.3267 0.83640 0.884 0.000 0.116
#> SRR934724 1 0.6235 0.46145 0.564 0.000 0.436
#> SRR934725 1 0.2261 0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934726 1 0.7392 0.29874 0.500 0.032 0.468
#> SRR934727 1 0.0237 0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934728 1 0.3686 0.82942 0.860 0.000 0.140
#> SRR934729 3 0.7084 0.50832 0.036 0.336 0.628
#> SRR934730 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 3 0.7152 -0.12922 0.444 0.024 0.532
#> SRR934732 2 0.5058 0.64386 0.000 0.756 0.244
#> SRR934733 1 0.4326 0.81977 0.844 0.012 0.144
#> SRR934734 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934735 1 0.0237 0.82943 0.996 0.000 0.004
#> SRR934736 1 0.0237 0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934737 2 0.2796 0.83218 0.000 0.908 0.092
#> SRR934738 1 0.2261 0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934740 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934739 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0892 0.88171 0.000 0.980 0.020
#> SRR934742 1 0.3412 0.83469 0.876 0.000 0.124
#> SRR934743 1 0.4605 0.79344 0.796 0.000 0.204
#> SRR934744 3 0.3715 0.65826 0.004 0.128 0.868
#> SRR934745 3 0.7724 0.05224 0.396 0.052 0.552
#> SRR934746 2 0.1529 0.87237 0.000 0.960 0.040
#> SRR934747 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 1 0.5835 0.65789 0.660 0.000 0.340
#> SRR934750 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749 1 0.5138 0.76029 0.748 0.000 0.252
#> SRR934751 1 0.4931 0.77206 0.768 0.000 0.232
#> SRR934752 1 0.2261 0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934753 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.2261 0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934755 3 0.4842 0.48693 0.224 0.000 0.776
#> SRR934756 1 0.1753 0.83912 0.952 0.000 0.048
#> SRR934757 3 0.6984 0.00926 0.420 0.020 0.560
#> SRR934758 1 0.0237 0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934759 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934760 2 0.0592 0.88760 0.000 0.988 0.012
#> SRR934761 2 0.6274 0.22259 0.000 0.544 0.456
#> SRR934762 1 0.2261 0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934763 1 0.4504 0.80069 0.804 0.000 0.196
#> SRR934764 1 0.2261 0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934765 1 0.5591 0.71038 0.696 0.000 0.304
#> SRR934766 1 0.3686 0.82838 0.860 0.000 0.140
#> SRR934767 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934768 1 0.0237 0.82943 0.996 0.000 0.004
#> SRR934769 3 0.6299 0.11312 0.000 0.476 0.524
#> SRR934770 1 0.0237 0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934772 3 0.6482 0.56619 0.024 0.296 0.680
#> SRR934771 1 0.5497 0.71816 0.708 0.000 0.292
#> SRR934773 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934774 3 0.7209 0.20509 0.360 0.036 0.604
#> SRR934775 1 0.4931 0.77206 0.768 0.000 0.232
#> SRR934776 1 0.7159 0.37700 0.528 0.024 0.448
#> SRR934777 1 0.3619 0.82959 0.864 0.000 0.136
#> SRR934778 1 0.7190 0.51547 0.608 0.036 0.356
#> SRR934779 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934780 3 0.5760 0.67289 0.064 0.140 0.796
#> SRR934781 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783 1 0.6154 0.51959 0.592 0.000 0.408
#> SRR934784 2 0.0237 0.88994 0.000 0.996 0.004
#> SRR934785 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0237 0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934787 1 0.3551 0.83254 0.868 0.000 0.132
#> SRR934788 1 0.3482 0.83250 0.872 0.000 0.128
#> SRR934789 1 0.3686 0.82942 0.860 0.000 0.140
#> SRR934790 3 0.3918 0.65584 0.004 0.140 0.856
#> SRR934791 1 0.3686 0.82778 0.860 0.000 0.140
#> SRR934792 3 0.6307 0.06145 0.000 0.488 0.512
#> SRR934793 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934794 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 1 0.2261 0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934796 1 0.0237 0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934797 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934798 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934799 1 0.3267 0.83548 0.884 0.000 0.116
#> SRR934800 2 0.2796 0.83218 0.000 0.908 0.092
#> SRR934801 2 0.1031 0.88311 0.000 0.976 0.024
#> SRR934802 2 0.2796 0.83218 0.000 0.908 0.092
#> SRR934803 1 0.6264 0.58471 0.616 0.004 0.380
#> SRR934804 3 0.6295 0.04258 0.000 0.472 0.528
#> SRR934805 1 0.4555 0.80088 0.800 0.000 0.200
#> SRR934806 1 0.4605 0.79665 0.796 0.000 0.204
#> SRR934807 3 0.7477 0.55578 0.068 0.284 0.648
#> SRR934809 1 0.6154 0.51959 0.592 0.000 0.408
#> SRR934810 1 0.6724 0.47456 0.568 0.012 0.420
#> SRR934811 3 0.7477 0.55578 0.068 0.284 0.648
#> SRR934808 1 0.6701 0.49061 0.576 0.012 0.412
#> SRR934812 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934813 2 0.6274 0.22259 0.000 0.544 0.456
#> SRR934814 1 0.2261 0.84040 0.932 0.000 0.068
#> SRR934815 3 0.6482 0.56619 0.024 0.296 0.680
#> SRR934816 2 0.0237 0.88994 0.000 0.996 0.004
#> SRR934817 3 0.6154 0.26589 0.000 0.408 0.592
#> SRR934818 3 0.5588 0.67349 0.068 0.124 0.808
#> SRR934819 1 0.2796 0.84075 0.908 0.000 0.092
#> SRR934820 1 0.6019 0.70261 0.700 0.012 0.288
#> SRR934821 3 0.5016 0.45797 0.240 0.000 0.760
#> SRR934822 1 0.0237 0.82943 0.996 0.000 0.004
#> SRR934823 1 0.5138 0.76029 0.748 0.000 0.252
#> SRR934825 2 0.5497 0.52006 0.000 0.708 0.292
#> SRR934826 1 0.1753 0.83912 0.952 0.000 0.048
#> SRR934827 3 0.7108 0.61348 0.184 0.100 0.716
#> SRR934828 3 0.6357 0.56375 0.020 0.296 0.684
#> SRR934829 2 0.0237 0.88994 0.000 0.996 0.004
#> SRR934830 3 0.7477 0.55578 0.068 0.284 0.648
#> SRR934831 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934832 3 0.7477 0.55578 0.068 0.284 0.648
#> SRR934833 3 0.8872 0.21485 0.348 0.132 0.520
#> SRR934834 1 0.5929 0.67424 0.676 0.004 0.320
#> SRR934835 2 0.4974 0.66519 0.000 0.764 0.236
#> SRR934836 1 0.0237 0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934837 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.3267 0.83548 0.884 0.000 0.116
#> SRR934839 2 0.3192 0.81770 0.000 0.888 0.112
#> SRR934840 2 0.1643 0.87176 0.000 0.956 0.044
#> SRR934841 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934842 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.1753 0.83912 0.952 0.000 0.048
#> SRR934844 1 0.2711 0.84128 0.912 0.000 0.088
#> SRR934845 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.1643 0.87176 0.000 0.956 0.044
#> SRR934847 1 0.3686 0.82942 0.860 0.000 0.140
#> SRR934848 1 0.3340 0.83477 0.880 0.000 0.120
#> SRR934849 1 0.0237 0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934850 1 0.0237 0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934851 3 0.4399 0.63700 0.000 0.188 0.812
#> SRR934853 3 0.4931 0.47170 0.232 0.000 0.768
#> SRR934852 2 0.6244 0.26341 0.000 0.560 0.440
#> SRR934854 1 0.7905 0.30757 0.500 0.056 0.444
#> SRR934856 1 0.2796 0.84124 0.908 0.000 0.092
#> SRR934858 1 0.0237 0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934859 2 0.0237 0.88991 0.000 0.996 0.004
#> SRR934860 2 0.1753 0.86895 0.000 0.952 0.048
#> SRR934861 2 0.5016 0.62555 0.000 0.760 0.240
#> SRR934862 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863 1 0.4605 0.79525 0.796 0.000 0.204
#> SRR934864 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 1 0.6724 0.47456 0.568 0.012 0.420
#> SRR934866 2 0.0237 0.88994 0.000 0.996 0.004
#> SRR934867 2 0.4974 0.66519 0.000 0.764 0.236
#> SRR934868 2 0.6244 0.21899 0.000 0.560 0.440
#> SRR934869 3 0.6373 0.01976 0.408 0.004 0.588
#> SRR934870 1 0.3686 0.82942 0.860 0.000 0.140
#> SRR934871 3 0.5024 0.63845 0.004 0.220 0.776
#> SRR934872 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 3 0.5070 0.60679 0.004 0.224 0.772
#> SRR934874 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.2878 0.83905 0.904 0.000 0.096
#> SRR934877 1 0.2261 0.84177 0.932 0.000 0.068
#> SRR934878 3 0.5327 0.55350 0.000 0.272 0.728
#> SRR934879 3 0.3896 0.65979 0.008 0.128 0.864
#> SRR934880 3 0.4931 0.47170 0.232 0.000 0.768
#> SRR934881 2 0.6274 0.22259 0.000 0.544 0.456
#> SRR934882 2 0.6192 0.30997 0.000 0.580 0.420
#> SRR934883 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 3 0.7084 0.50832 0.036 0.336 0.628
#> SRR934885 3 0.6501 0.54315 0.020 0.316 0.664
#> SRR934886 3 0.7157 0.61132 0.188 0.100 0.712
#> SRR934887 3 0.5327 0.55350 0.000 0.272 0.728
#> SRR934888 2 0.2356 0.85020 0.000 0.928 0.072
#> SRR934889 3 0.6473 0.54886 0.020 0.312 0.668
#> SRR934890 3 0.6373 0.01976 0.408 0.004 0.588
#> SRR934891 1 0.7075 0.24645 0.496 0.020 0.484
#> SRR934892 3 0.4750 0.63504 0.000 0.216 0.784
#> SRR934893 3 0.3619 0.65524 0.000 0.136 0.864
#> SRR934894 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 3 0.5016 0.61642 0.000 0.240 0.760
#> SRR934896 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934897 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898 3 0.6486 0.65392 0.144 0.096 0.760
#> SRR934899 3 0.5859 0.44707 0.000 0.344 0.656
#> SRR934900 3 0.4172 0.64960 0.004 0.156 0.840
#> SRR934901 2 0.0892 0.88171 0.000 0.980 0.020
#> SRR934902 3 0.5497 0.50454 0.000 0.292 0.708
#> SRR934903 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 1 0.5560 0.70896 0.700 0.000 0.300
#> SRR934906 1 0.5882 0.64605 0.652 0.000 0.348
#> SRR934907 3 0.5016 0.61642 0.000 0.240 0.760
#> SRR934908 2 0.0592 0.88506 0.000 0.988 0.012
#> SRR934909 3 0.6215 0.25327 0.000 0.428 0.572
#> SRR934910 3 0.7084 0.50832 0.036 0.336 0.628
#> SRR934911 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 2 0.6252 0.24701 0.000 0.556 0.444
#> SRR934913 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.3686 0.82778 0.860 0.000 0.140
#> SRR934915 3 0.4235 0.64289 0.000 0.176 0.824
#> SRR934916 1 0.1289 0.82191 0.968 0.000 0.032
#> SRR934917 2 0.0592 0.88760 0.000 0.988 0.012
#> SRR934918 3 0.6062 0.31131 0.000 0.384 0.616
#> SRR934919 3 0.6482 0.56619 0.024 0.296 0.680
#> SRR934920 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934921 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 3 0.4654 0.64081 0.000 0.208 0.792
#> SRR934924 3 0.7084 0.50832 0.036 0.336 0.628
#> SRR934923 1 0.4702 0.78758 0.788 0.000 0.212
#> SRR934925 3 0.4974 0.62021 0.000 0.236 0.764
#> SRR934926 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 2 0.6286 0.18394 0.000 0.536 0.464
#> SRR934928 1 0.6955 0.25687 0.496 0.016 0.488
#> SRR934929 3 0.6421 -0.04615 0.424 0.004 0.572
#> SRR934930 3 0.4796 0.61637 0.000 0.220 0.780
#> SRR934931 3 0.4796 0.63633 0.000 0.220 0.780
#> SRR934932 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 2 0.6260 0.25163 0.000 0.552 0.448
#> SRR934936 3 0.4796 0.63175 0.000 0.220 0.780
#> SRR934933 1 0.6264 0.58471 0.616 0.004 0.380
#> SRR934937 3 0.3715 0.65826 0.004 0.128 0.868
#> SRR934938 3 0.4796 0.60288 0.000 0.220 0.780
#> SRR934939 1 0.6825 0.26345 0.496 0.012 0.492
#> SRR934940 3 0.4978 0.64047 0.004 0.216 0.780
#> SRR934941 3 0.6769 0.32161 0.320 0.028 0.652
#> SRR934942 3 0.4931 0.64245 0.004 0.212 0.784
#> SRR934943 3 0.6501 0.54315 0.020 0.316 0.664
#> SRR934944 1 0.4931 0.77206 0.768 0.000 0.232
#> SRR934945 3 0.7084 0.50832 0.036 0.336 0.628
#> SRR934946 3 0.6421 -0.04615 0.424 0.004 0.572
#> SRR934947 1 0.0237 0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934948 3 0.3589 0.66617 0.052 0.048 0.900
#> SRR934949 2 0.1643 0.87176 0.000 0.956 0.044
#> SRR934950 1 0.6955 0.25687 0.496 0.016 0.488
#> SRR934951 1 0.3412 0.83475 0.876 0.000 0.124
#> SRR934953 3 0.6920 0.63899 0.164 0.104 0.732
#> SRR934952 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0237 0.88991 0.000 0.996 0.004
#> SRR934955 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934956 3 0.4605 0.64374 0.000 0.204 0.796
#> SRR934957 3 0.6984 0.00926 0.420 0.020 0.560
#> SRR934958 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 1 0.5431 0.72759 0.716 0.000 0.284
#> SRR934960 1 0.0592 0.83219 0.988 0.000 0.012
#> SRR934961 2 0.1163 0.87964 0.000 0.972 0.028
#> SRR934962 2 0.0747 0.88664 0.000 0.984 0.016
#> SRR934963 3 0.7108 0.61817 0.184 0.100 0.716
#> SRR934964 3 0.3918 0.65777 0.004 0.140 0.856
#> SRR934965 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.89084 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.6359 0.03578 0.404 0.004 0.592
#> SRR934968 3 0.3715 0.65826 0.004 0.128 0.868
#> SRR934969 1 0.3686 0.82942 0.860 0.000 0.140
#> SRR934970 1 0.0237 0.82943 0.996 0.000 0.004
#> SRR934971 3 0.5115 0.60518 0.004 0.228 0.768
#> SRR934972 1 0.5497 0.71816 0.708 0.000 0.292
#> SRR934973 3 0.3752 0.65385 0.000 0.144 0.856
#> SRR934974 3 0.6373 0.01976 0.408 0.004 0.588
#> SRR934975 3 0.6794 0.31165 0.324 0.028 0.648
#> SRR934976 2 0.0424 0.88773 0.000 0.992 0.008
#> SRR934977 1 0.0237 0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934978 3 0.6684 0.54189 0.032 0.292 0.676
#> SRR934979 2 0.1753 0.86895 0.000 0.952 0.048
#> SRR934980 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934981 3 0.4291 0.64245 0.000 0.180 0.820
#> SRR934982 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934983 1 0.0237 0.82943 0.996 0.000 0.004
#> SRR934984 2 0.2165 0.85775 0.000 0.936 0.064
#> SRR934985 1 0.7386 0.32369 0.508 0.032 0.460
#> SRR934986 1 0.0237 0.83243 0.996 0.000 0.004
#> SRR934987 3 0.4974 0.62565 0.000 0.236 0.764
#> SRR934988 3 0.5610 0.55383 0.196 0.028 0.776
#> SRR934989 1 0.0592 0.82592 0.988 0.000 0.012
#> SRR934990 3 0.3715 0.65826 0.004 0.128 0.868
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 1 0.4237 0.70018 0.808 0.000 0.040 0.152
#> SRR934718 1 0.2011 0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934719 4 0.7917 0.07526 0.344 0.000 0.312 0.344
#> SRR934720 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934721 1 0.5940 0.58712 0.672 0.000 0.088 0.240
#> SRR934722 3 0.5241 0.56406 0.008 0.088 0.768 0.136
#> SRR934723 1 0.3441 0.70847 0.856 0.000 0.024 0.120
#> SRR934724 1 0.7401 0.30179 0.504 0.000 0.196 0.300
#> SRR934725 1 0.1584 0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934726 4 0.6844 -0.12788 0.444 0.000 0.100 0.456
#> SRR934727 1 0.2011 0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934728 1 0.3711 0.69918 0.836 0.000 0.024 0.140
#> SRR934729 4 0.6265 0.53685 0.032 0.176 0.084 0.708
#> SRR934730 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934731 1 0.7881 -0.00419 0.384 0.000 0.296 0.320
#> SRR934732 2 0.4761 0.44856 0.000 0.664 0.332 0.004
#> SRR934733 1 0.3638 0.69950 0.848 0.000 0.032 0.120
#> SRR934734 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934735 1 0.2469 0.68202 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934736 1 0.2011 0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934737 2 0.3448 0.78638 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR934738 1 0.1584 0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934740 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934739 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934741 2 0.2266 0.87412 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR934742 1 0.3441 0.70528 0.856 0.000 0.024 0.120
#> SRR934743 1 0.4881 0.65697 0.756 0.000 0.048 0.196
#> SRR934744 3 0.2076 0.56982 0.008 0.004 0.932 0.056
#> SRR934745 4 0.7427 0.19057 0.352 0.004 0.156 0.488
#> SRR934746 2 0.1854 0.90586 0.000 0.940 0.048 0.012
#> SRR934747 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934748 1 0.6663 0.49238 0.596 0.000 0.124 0.280
#> SRR934750 2 0.0336 0.93087 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934749 1 0.5759 0.60293 0.688 0.000 0.080 0.232
#> SRR934751 1 0.5235 0.62651 0.716 0.000 0.048 0.236
#> SRR934752 1 0.1584 0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934753 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934754 1 0.1584 0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934755 3 0.7312 -0.04382 0.188 0.000 0.520 0.292
#> SRR934756 1 0.1256 0.71394 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR934757 1 0.7916 -0.09949 0.352 0.000 0.336 0.312
#> SRR934758 1 0.2011 0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934759 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934760 2 0.1305 0.91725 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR934761 3 0.4877 0.32612 0.000 0.408 0.592 0.000
#> SRR934762 1 0.1584 0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934763 1 0.4716 0.66134 0.764 0.000 0.040 0.196
#> SRR934764 1 0.1584 0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934765 1 0.6461 0.54715 0.632 0.000 0.128 0.240
#> SRR934766 1 0.4008 0.69324 0.820 0.000 0.032 0.148
#> SRR934767 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934768 1 0.2469 0.68202 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934769 3 0.6644 0.45968 0.008 0.316 0.592 0.084
#> SRR934770 1 0.2011 0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934772 4 0.8071 0.32220 0.020 0.180 0.380 0.420
#> SRR934771 1 0.6221 0.55634 0.644 0.000 0.100 0.256
#> SRR934773 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934774 3 0.7896 -0.24253 0.312 0.000 0.376 0.312
#> SRR934775 1 0.5235 0.62651 0.716 0.000 0.048 0.236
#> SRR934776 1 0.6878 0.16743 0.472 0.000 0.104 0.424
#> SRR934777 1 0.3913 0.69465 0.824 0.000 0.028 0.148
#> SRR934778 1 0.6529 0.39524 0.592 0.004 0.084 0.320
#> SRR934779 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934780 3 0.7077 0.21160 0.060 0.032 0.536 0.372
#> SRR934781 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934782 2 0.0336 0.93087 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934783 1 0.7220 0.35849 0.532 0.000 0.176 0.292
#> SRR934784 2 0.0188 0.93241 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934785 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934786 1 0.2011 0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934787 1 0.3760 0.69913 0.836 0.000 0.028 0.136
#> SRR934788 1 0.3598 0.70464 0.848 0.000 0.028 0.124
#> SRR934789 1 0.3711 0.69918 0.836 0.000 0.024 0.140
#> SRR934790 3 0.2307 0.58177 0.008 0.016 0.928 0.048
#> SRR934791 1 0.4010 0.69110 0.816 0.000 0.028 0.156
#> SRR934792 3 0.6696 0.45081 0.008 0.328 0.580 0.084
#> SRR934793 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934794 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934795 1 0.1584 0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934796 1 0.2011 0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934797 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934798 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934799 1 0.3384 0.70676 0.860 0.000 0.024 0.116
#> SRR934800 2 0.3448 0.78638 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR934801 2 0.1209 0.91954 0.000 0.964 0.032 0.004
#> SRR934802 2 0.3448 0.78638 0.000 0.828 0.168 0.004
#> SRR934803 1 0.7028 0.43197 0.568 0.000 0.172 0.260
#> SRR934804 3 0.4761 0.48013 0.000 0.332 0.664 0.004
#> SRR934805 1 0.4864 0.66548 0.768 0.000 0.060 0.172
#> SRR934806 1 0.5111 0.64735 0.740 0.000 0.056 0.204
#> SRR934807 4 0.6618 0.55178 0.060 0.136 0.100 0.704
#> SRR934809 1 0.7237 0.35331 0.528 0.000 0.176 0.296
#> SRR934810 1 0.7290 0.30220 0.504 0.000 0.168 0.328
#> SRR934811 4 0.6618 0.55178 0.060 0.136 0.100 0.704
#> SRR934808 1 0.7225 0.32101 0.512 0.000 0.160 0.328
#> SRR934812 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934813 3 0.4877 0.32612 0.000 0.408 0.592 0.000
#> SRR934814 1 0.1584 0.71554 0.952 0.000 0.012 0.036
#> SRR934815 4 0.8071 0.32220 0.020 0.180 0.380 0.420
#> SRR934816 2 0.0188 0.93241 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934817 3 0.4546 0.53550 0.000 0.256 0.732 0.012
#> SRR934818 3 0.7085 0.17864 0.064 0.028 0.524 0.384
#> SRR934819 1 0.2376 0.71699 0.916 0.000 0.016 0.068
#> SRR934820 1 0.6052 0.54396 0.640 0.000 0.076 0.284
#> SRR934821 3 0.7433 -0.07635 0.208 0.000 0.504 0.288
#> SRR934822 1 0.2469 0.68202 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934823 1 0.5759 0.60293 0.688 0.000 0.080 0.232
#> SRR934825 2 0.6054 0.31148 0.000 0.592 0.352 0.056
#> SRR934826 1 0.1256 0.71394 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR934827 3 0.7895 0.08317 0.172 0.024 0.512 0.292
#> SRR934828 4 0.7950 0.39000 0.020 0.180 0.316 0.484
#> SRR934829 2 0.0188 0.93241 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934830 4 0.6618 0.55178 0.060 0.136 0.100 0.704
#> SRR934831 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934832 4 0.6618 0.55178 0.060 0.136 0.100 0.704
#> SRR934833 4 0.6777 0.33203 0.296 0.012 0.092 0.600
#> SRR934834 1 0.6399 0.52202 0.620 0.000 0.104 0.276
#> SRR934835 2 0.4837 0.44191 0.000 0.648 0.348 0.004
#> SRR934836 1 0.2011 0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934837 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934838 1 0.3384 0.70676 0.860 0.000 0.024 0.116
#> SRR934839 2 0.3577 0.79640 0.000 0.832 0.156 0.012
#> SRR934840 2 0.2021 0.90122 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR934841 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934842 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934843 1 0.1256 0.71394 0.964 0.000 0.008 0.028
#> SRR934844 1 0.3037 0.71331 0.880 0.000 0.020 0.100
#> SRR934845 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934846 2 0.2021 0.90122 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR934847 1 0.3711 0.69918 0.836 0.000 0.024 0.140
#> SRR934848 1 0.3497 0.70480 0.852 0.000 0.024 0.124
#> SRR934849 1 0.2011 0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934850 1 0.2011 0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934851 3 0.3001 0.60480 0.004 0.064 0.896 0.036
#> SRR934853 3 0.7416 -0.04662 0.192 0.000 0.496 0.312
#> SRR934852 3 0.4925 0.28487 0.000 0.428 0.572 0.000
#> SRR934854 4 0.6844 -0.11767 0.444 0.000 0.100 0.456
#> SRR934856 1 0.2843 0.71506 0.892 0.000 0.020 0.088
#> SRR934858 1 0.2011 0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934859 2 0.0376 0.93275 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR934860 2 0.2021 0.90095 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR934861 2 0.4957 0.48239 0.000 0.668 0.320 0.012
#> SRR934862 2 0.0188 0.93259 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934863 1 0.4881 0.65565 0.756 0.000 0.048 0.196
#> SRR934864 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934865 1 0.7270 0.30358 0.504 0.000 0.164 0.332
#> SRR934866 2 0.0188 0.93241 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934867 2 0.4837 0.44191 0.000 0.648 0.348 0.004
#> SRR934868 3 0.5329 0.30127 0.000 0.420 0.568 0.012
#> SRR934869 1 0.7917 -0.12296 0.344 0.000 0.312 0.344
#> SRR934870 1 0.3711 0.69918 0.836 0.000 0.024 0.140
#> SRR934871 3 0.5629 0.52622 0.012 0.076 0.736 0.176
#> SRR934872 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934873 3 0.3372 0.60814 0.000 0.096 0.868 0.036
#> SRR934874 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934875 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934876 1 0.2882 0.71680 0.892 0.000 0.024 0.084
#> SRR934877 1 0.2909 0.71819 0.888 0.000 0.020 0.092
#> SRR934878 3 0.3612 0.59715 0.004 0.144 0.840 0.012
#> SRR934879 3 0.2156 0.56754 0.008 0.004 0.928 0.060
#> SRR934880 3 0.7416 -0.04662 0.192 0.000 0.496 0.312
#> SRR934881 3 0.4877 0.32612 0.000 0.408 0.592 0.000
#> SRR934882 3 0.5119 0.23705 0.000 0.440 0.556 0.004
#> SRR934883 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934884 4 0.6265 0.53685 0.032 0.176 0.084 0.708
#> SRR934885 4 0.8163 0.29970 0.020 0.196 0.384 0.400
#> SRR934886 3 0.7215 0.21234 0.152 0.020 0.608 0.220
#> SRR934887 3 0.3612 0.59715 0.004 0.144 0.840 0.012
#> SRR934888 2 0.2654 0.85898 0.000 0.888 0.108 0.004
#> SRR934889 4 0.8142 0.30464 0.020 0.192 0.384 0.404
#> SRR934890 4 0.7917 0.07526 0.344 0.000 0.312 0.344
#> SRR934891 1 0.7768 0.10639 0.428 0.000 0.260 0.312
#> SRR934892 3 0.4725 0.57717 0.008 0.076 0.804 0.112
#> SRR934893 3 0.2010 0.58141 0.008 0.012 0.940 0.040
#> SRR934894 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934895 3 0.5106 0.58050 0.008 0.100 0.780 0.112
#> SRR934896 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934897 2 0.0000 0.93284 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.7613 0.11998 0.120 0.024 0.508 0.348
#> SRR934899 3 0.5384 0.56445 0.000 0.196 0.728 0.076
#> SRR934900 3 0.2310 0.59165 0.004 0.028 0.928 0.040
#> SRR934901 2 0.2266 0.87412 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR934902 3 0.3926 0.58629 0.004 0.160 0.820 0.016
#> SRR934903 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934905 1 0.6301 0.54579 0.636 0.000 0.104 0.260
#> SRR934906 1 0.6634 0.48590 0.592 0.000 0.116 0.292
#> SRR934907 3 0.5106 0.58050 0.008 0.100 0.780 0.112
#> SRR934908 2 0.1902 0.89280 0.000 0.932 0.004 0.064
#> SRR934909 3 0.4831 0.51889 0.000 0.280 0.704 0.016
#> SRR934910 4 0.6265 0.53685 0.032 0.176 0.084 0.708
#> SRR934911 2 0.0000 0.93284 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.4907 0.29010 0.000 0.420 0.580 0.000
#> SRR934913 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934914 1 0.4010 0.69110 0.816 0.000 0.028 0.156
#> SRR934915 3 0.3089 0.60272 0.008 0.044 0.896 0.052
#> SRR934916 1 0.3266 0.65353 0.832 0.000 0.000 0.168
#> SRR934917 2 0.1305 0.91725 0.000 0.960 0.036 0.004
#> SRR934918 3 0.4391 0.53647 0.000 0.252 0.740 0.008
#> SRR934919 4 0.8071 0.32220 0.020 0.180 0.380 0.420
#> SRR934920 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934921 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934922 3 0.4768 0.57595 0.008 0.072 0.800 0.120
#> SRR934924 4 0.6265 0.53685 0.032 0.176 0.084 0.708
#> SRR934923 1 0.5288 0.63669 0.732 0.000 0.068 0.200
#> SRR934925 3 0.4932 0.58370 0.008 0.096 0.792 0.104
#> SRR934926 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934927 3 0.4830 0.35475 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR934928 1 0.7753 0.11308 0.432 0.000 0.256 0.312
#> SRR934929 1 0.7902 -0.07789 0.364 0.000 0.300 0.336
#> SRR934930 3 0.3056 0.60735 0.004 0.072 0.892 0.032
#> SRR934931 3 0.4837 0.57225 0.008 0.076 0.796 0.120
#> SRR934932 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934934 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934935 3 0.4866 0.32159 0.000 0.404 0.596 0.000
#> SRR934936 3 0.4617 0.58351 0.008 0.080 0.812 0.100
#> SRR934933 1 0.7028 0.43197 0.568 0.000 0.172 0.260
#> SRR934937 3 0.1909 0.57278 0.008 0.004 0.940 0.048
#> SRR934938 3 0.3301 0.60478 0.004 0.092 0.876 0.028
#> SRR934939 1 0.7744 0.12871 0.440 0.000 0.268 0.292
#> SRR934940 3 0.5257 0.53593 0.008 0.064 0.756 0.172
#> SRR934941 3 0.7756 -0.16050 0.268 0.000 0.436 0.296
#> SRR934942 3 0.5341 0.52889 0.008 0.064 0.748 0.180
#> SRR934943 4 0.8163 0.29970 0.020 0.196 0.384 0.400
#> SRR934944 1 0.5235 0.62651 0.716 0.000 0.048 0.236
#> SRR934945 4 0.6265 0.53685 0.032 0.176 0.084 0.708
#> SRR934946 1 0.7902 -0.07789 0.364 0.000 0.300 0.336
#> SRR934947 1 0.2011 0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934948 3 0.4756 0.38555 0.052 0.000 0.772 0.176
#> SRR934949 2 0.2021 0.90122 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR934950 1 0.7753 0.11308 0.432 0.000 0.256 0.312
#> SRR934951 1 0.3427 0.70739 0.860 0.000 0.028 0.112
#> SRR934953 3 0.7900 0.07647 0.160 0.024 0.496 0.320
#> SRR934952 2 0.0336 0.93087 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934954 2 0.0524 0.93163 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR934955 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934956 3 0.5150 0.55428 0.008 0.068 0.768 0.156
#> SRR934957 1 0.7916 -0.09949 0.352 0.000 0.336 0.312
#> SRR934958 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934959 1 0.6139 0.56914 0.656 0.000 0.100 0.244
#> SRR934960 1 0.2081 0.69355 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR934961 2 0.1488 0.91514 0.000 0.956 0.032 0.012
#> SRR934962 2 0.1004 0.92603 0.000 0.972 0.024 0.004
#> SRR934963 3 0.7389 0.16678 0.148 0.020 0.580 0.252
#> SRR934964 3 0.2825 0.58205 0.012 0.024 0.908 0.056
#> SRR934965 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934966 2 0.0188 0.93360 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934967 1 0.7920 -0.12788 0.344 0.000 0.316 0.340
#> SRR934968 3 0.1822 0.57410 0.008 0.004 0.944 0.044
#> SRR934969 1 0.3711 0.69918 0.836 0.000 0.024 0.140
#> SRR934970 1 0.2469 0.68202 0.892 0.000 0.000 0.108
#> SRR934971 3 0.3279 0.60879 0.000 0.096 0.872 0.032
#> SRR934972 1 0.6221 0.55634 0.644 0.000 0.100 0.256
#> SRR934973 3 0.2131 0.58483 0.008 0.016 0.936 0.040
#> SRR934974 4 0.7917 0.07526 0.344 0.000 0.312 0.344
#> SRR934975 3 0.7767 -0.16299 0.268 0.000 0.432 0.300
#> SRR934976 2 0.0817 0.92361 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934977 1 0.2011 0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934978 3 0.6960 0.50388 0.032 0.216 0.644 0.108
#> SRR934979 2 0.2021 0.90095 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR934980 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934981 3 0.3785 0.59729 0.004 0.056 0.856 0.084
#> SRR934982 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934983 1 0.2814 0.66969 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR934984 2 0.2402 0.88533 0.000 0.912 0.076 0.012
#> SRR934985 1 0.6887 0.10356 0.452 0.000 0.104 0.444
#> SRR934986 1 0.2011 0.69421 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934987 3 0.5324 0.55631 0.008 0.084 0.760 0.148
#> SRR934988 3 0.6982 0.09293 0.172 0.000 0.576 0.252
#> SRR934989 1 0.3024 0.66014 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934990 3 0.1909 0.57278 0.008 0.004 0.940 0.048
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 1 0.4451 0.1645 0.504 0.000 0.004 0.492 0.000
#> SRR934718 1 0.2074 0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934719 4 0.2470 0.5843 0.000 0.000 0.104 0.884 0.012
#> SRR934720 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.3607 0.5185 0.244 0.000 0.004 0.752 0.000
#> SRR934722 3 0.5279 0.6092 0.000 0.028 0.724 0.108 0.140
#> SRR934723 1 0.4307 0.1297 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR934724 4 0.2992 0.6381 0.092 0.000 0.024 0.872 0.012
#> SRR934725 1 0.3895 0.5909 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR934726 4 0.6002 0.4795 0.132 0.000 0.008 0.596 0.264
#> SRR934727 1 0.2074 0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934728 1 0.4307 0.1876 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR934729 5 0.0324 0.7408 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR934730 2 0.0162 0.9145 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.4973 0.5822 0.064 0.000 0.132 0.756 0.048
#> SRR934732 2 0.4126 0.3359 0.000 0.620 0.380 0.000 0.000
#> SRR934733 1 0.4937 0.3339 0.544 0.000 0.000 0.428 0.028
#> SRR934734 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.1478 0.7464 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR934736 1 0.2074 0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934737 2 0.3582 0.7183 0.000 0.768 0.224 0.000 0.008
#> SRR934738 1 0.3932 0.5826 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.3521 0.7095 0.000 0.764 0.004 0.000 0.232
#> SRR934742 4 0.4304 -0.0978 0.484 0.000 0.000 0.516 0.000
#> SRR934743 4 0.4524 0.3616 0.336 0.000 0.000 0.644 0.020
#> SRR934744 3 0.3171 0.6375 0.000 0.000 0.816 0.176 0.008
#> SRR934745 4 0.6031 0.2984 0.068 0.000 0.028 0.568 0.336
#> SRR934746 2 0.2079 0.8822 0.000 0.916 0.064 0.000 0.020
#> SRR934747 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.3381 0.5891 0.176 0.000 0.016 0.808 0.000
#> SRR934750 2 0.0771 0.9092 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR934749 4 0.3741 0.4925 0.264 0.000 0.004 0.732 0.000
#> SRR934751 4 0.4249 0.4440 0.296 0.000 0.000 0.688 0.016
#> SRR934752 1 0.3932 0.5826 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 1 0.3932 0.5826 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR934755 4 0.4313 0.2267 0.000 0.000 0.356 0.636 0.008
#> SRR934756 1 0.3707 0.6262 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934757 4 0.2723 0.5669 0.000 0.000 0.124 0.864 0.012
#> SRR934758 1 0.2074 0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.1478 0.8865 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.4066 0.5261 0.000 0.324 0.672 0.000 0.004
#> SRR934762 1 0.3932 0.5826 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR934763 4 0.4201 0.1635 0.408 0.000 0.000 0.592 0.000
#> SRR934764 1 0.3932 0.5826 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR934765 4 0.4549 0.5478 0.220 0.000 0.048 0.728 0.004
#> SRR934766 4 0.4291 -0.0463 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.1478 0.7464 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR934769 3 0.5927 0.5557 0.000 0.244 0.632 0.024 0.100
#> SRR934770 1 0.2074 0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934772 5 0.6047 0.5438 0.000 0.012 0.304 0.108 0.576
#> SRR934771 4 0.3519 0.5498 0.216 0.000 0.008 0.776 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 4 0.4545 0.4892 0.008 0.000 0.188 0.748 0.056
#> SRR934775 4 0.4249 0.4440 0.296 0.000 0.000 0.688 0.016
#> SRR934776 4 0.6096 0.5156 0.148 0.000 0.012 0.604 0.236
#> SRR934777 4 0.4294 -0.0632 0.468 0.000 0.000 0.532 0.000
#> SRR934778 4 0.6694 0.2476 0.304 0.000 0.004 0.464 0.228
#> SRR934779 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.7044 0.1255 0.000 0.012 0.408 0.260 0.320
#> SRR934781 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0771 0.9092 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR934783 4 0.2968 0.6301 0.112 0.000 0.012 0.864 0.012
#> SRR934784 2 0.0290 0.9141 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.2074 0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934787 4 0.4446 -0.0514 0.476 0.000 0.004 0.520 0.000
#> SRR934788 4 0.4307 -0.1751 0.496 0.000 0.000 0.504 0.000
#> SRR934789 1 0.4307 0.1876 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR934790 3 0.2929 0.6490 0.000 0.000 0.840 0.152 0.008
#> SRR934791 4 0.4283 -0.0127 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR934792 3 0.5950 0.5483 0.000 0.256 0.624 0.024 0.096
#> SRR934793 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 1 0.3932 0.5826 0.672 0.000 0.000 0.328 0.000
#> SRR934796 1 0.2074 0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0162 0.7285 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934799 1 0.4291 0.2865 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR934800 2 0.3582 0.7183 0.000 0.768 0.224 0.000 0.008
#> SRR934801 2 0.1331 0.9004 0.000 0.952 0.040 0.000 0.008
#> SRR934802 2 0.3582 0.7183 0.000 0.768 0.224 0.000 0.008
#> SRR934803 4 0.4396 0.6128 0.152 0.000 0.068 0.772 0.008
#> SRR934804 3 0.4262 0.5993 0.000 0.252 0.724 0.016 0.008
#> SRR934805 4 0.4192 0.1837 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR934806 4 0.3983 0.3547 0.340 0.000 0.000 0.660 0.000
#> SRR934807 5 0.1990 0.7387 0.004 0.000 0.008 0.068 0.920
#> SRR934809 4 0.2917 0.6307 0.108 0.000 0.012 0.868 0.012
#> SRR934810 4 0.3454 0.6360 0.100 0.000 0.016 0.848 0.036
#> SRR934811 5 0.1990 0.7387 0.004 0.000 0.008 0.068 0.920
#> SRR934808 4 0.3346 0.6325 0.108 0.000 0.008 0.848 0.036
#> SRR934812 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.4066 0.5261 0.000 0.324 0.672 0.000 0.004
#> SRR934814 1 0.3895 0.5909 0.680 0.000 0.000 0.320 0.000
#> SRR934815 5 0.6047 0.5438 0.000 0.012 0.304 0.108 0.576
#> SRR934816 2 0.0290 0.9141 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.3521 0.6429 0.000 0.172 0.808 0.008 0.012
#> SRR934818 3 0.7084 0.0914 0.000 0.012 0.388 0.272 0.328
#> SRR934819 1 0.4150 0.4758 0.612 0.000 0.000 0.388 0.000
#> SRR934820 4 0.4157 0.5087 0.264 0.000 0.000 0.716 0.020
#> SRR934821 4 0.4252 0.2748 0.000 0.000 0.340 0.652 0.008
#> SRR934822 1 0.1478 0.7464 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR934823 4 0.3741 0.4925 0.264 0.000 0.004 0.732 0.000
#> SRR934825 2 0.5604 0.1667 0.000 0.532 0.404 0.008 0.056
#> SRR934826 1 0.3707 0.6262 0.716 0.000 0.000 0.284 0.000
#> SRR934827 4 0.7071 -0.2073 0.012 0.012 0.364 0.440 0.172
#> SRR934828 5 0.5362 0.6256 0.000 0.012 0.236 0.080 0.672
#> SRR934829 2 0.0290 0.9141 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.1990 0.7387 0.004 0.000 0.008 0.068 0.920
#> SRR934831 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.1990 0.7387 0.004 0.000 0.008 0.068 0.920
#> SRR934833 5 0.5917 0.0232 0.072 0.000 0.012 0.408 0.508
#> SRR934834 4 0.4774 0.5696 0.204 0.000 0.020 0.732 0.044
#> SRR934835 2 0.4403 0.3605 0.000 0.608 0.384 0.000 0.008
#> SRR934836 1 0.2074 0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 1 0.4291 0.2865 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000
#> SRR934839 2 0.3355 0.7710 0.000 0.804 0.184 0.000 0.012
#> SRR934840 2 0.2069 0.8784 0.000 0.912 0.076 0.000 0.012
#> SRR934841 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.3730 0.6220 0.712 0.000 0.000 0.288 0.000
#> SRR934844 1 0.4410 0.3318 0.556 0.000 0.004 0.440 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.2069 0.8784 0.000 0.912 0.076 0.000 0.012
#> SRR934847 1 0.4307 0.1876 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR934848 1 0.4297 0.2606 0.528 0.000 0.000 0.472 0.000
#> SRR934849 1 0.2074 0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934850 1 0.2074 0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934851 3 0.2856 0.6775 0.000 0.016 0.872 0.104 0.008
#> SRR934853 4 0.4193 0.2619 0.000 0.000 0.304 0.684 0.012
#> SRR934852 3 0.3999 0.4944 0.000 0.344 0.656 0.000 0.000
#> SRR934854 4 0.6164 0.4680 0.148 0.000 0.008 0.576 0.268
#> SRR934856 1 0.4383 0.3800 0.572 0.000 0.004 0.424 0.000
#> SRR934858 1 0.2074 0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934859 2 0.0404 0.9124 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.2208 0.8772 0.000 0.908 0.072 0.000 0.020
#> SRR934861 2 0.4723 0.3832 0.000 0.612 0.368 0.008 0.012
#> SRR934862 2 0.0566 0.9124 0.000 0.984 0.004 0.000 0.012
#> SRR934863 4 0.4182 0.1885 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.3352 0.6352 0.100 0.000 0.012 0.852 0.036
#> SRR934866 2 0.0290 0.9141 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.4403 0.3605 0.000 0.608 0.384 0.000 0.008
#> SRR934868 3 0.4734 0.4884 0.000 0.344 0.632 0.008 0.016
#> SRR934869 4 0.2470 0.5843 0.000 0.000 0.104 0.884 0.012
#> SRR934870 1 0.4307 0.1876 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR934871 3 0.5678 0.5477 0.000 0.024 0.672 0.104 0.200
#> SRR934872 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.2824 0.6867 0.000 0.028 0.888 0.068 0.016
#> SRR934874 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 1 0.4074 0.5174 0.636 0.000 0.000 0.364 0.000
#> SRR934877 1 0.3837 0.5926 0.692 0.000 0.000 0.308 0.000
#> SRR934878 3 0.3494 0.6884 0.000 0.084 0.848 0.056 0.012
#> SRR934879 3 0.3209 0.6346 0.000 0.000 0.812 0.180 0.008
#> SRR934880 4 0.4193 0.2619 0.000 0.000 0.304 0.684 0.012
#> SRR934881 3 0.4066 0.5261 0.000 0.324 0.672 0.000 0.004
#> SRR934882 3 0.4313 0.4616 0.000 0.356 0.636 0.000 0.008
#> SRR934883 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.0324 0.7408 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR934885 5 0.5848 0.5424 0.000 0.016 0.324 0.076 0.584
#> SRR934886 3 0.5800 0.2174 0.000 0.008 0.488 0.436 0.068
#> SRR934887 3 0.3426 0.6872 0.000 0.084 0.852 0.052 0.012
#> SRR934888 2 0.2971 0.8090 0.000 0.836 0.156 0.000 0.008
#> SRR934889 5 0.5756 0.5450 0.000 0.012 0.324 0.076 0.588
#> SRR934890 4 0.2470 0.5843 0.000 0.000 0.104 0.884 0.012
#> SRR934891 4 0.2721 0.6243 0.028 0.000 0.068 0.892 0.012
#> SRR934892 3 0.4887 0.6302 0.000 0.024 0.756 0.112 0.108
#> SRR934893 3 0.2886 0.6500 0.000 0.000 0.844 0.148 0.008
#> SRR934894 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 3 0.5225 0.6354 0.000 0.044 0.740 0.108 0.108
#> SRR934896 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0162 0.9144 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934898 4 0.6829 -0.2963 0.000 0.008 0.380 0.404 0.208
#> SRR934899 3 0.5504 0.6486 0.000 0.136 0.720 0.080 0.064
#> SRR934900 3 0.2865 0.6600 0.000 0.004 0.856 0.132 0.008
#> SRR934901 2 0.3521 0.7095 0.000 0.764 0.004 0.000 0.232
#> SRR934902 3 0.3428 0.6753 0.000 0.092 0.848 0.052 0.008
#> SRR934903 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.3455 0.5581 0.208 0.000 0.008 0.784 0.000
#> SRR934906 4 0.4348 0.5644 0.216 0.000 0.032 0.744 0.008
#> SRR934907 3 0.5225 0.6354 0.000 0.044 0.740 0.108 0.108
#> SRR934908 2 0.2806 0.8063 0.000 0.844 0.004 0.000 0.152
#> SRR934909 3 0.4268 0.6262 0.000 0.200 0.760 0.020 0.020
#> SRR934910 5 0.0324 0.7408 0.000 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR934911 2 0.0162 0.9144 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.4118 0.5039 0.000 0.336 0.660 0.000 0.004
#> SRR934913 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.4283 -0.0127 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR934915 3 0.3005 0.6786 0.000 0.012 0.856 0.124 0.008
#> SRR934916 1 0.1117 0.7192 0.964 0.000 0.000 0.016 0.020
#> SRR934917 2 0.1478 0.8865 0.000 0.936 0.064 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.3881 0.6434 0.000 0.180 0.788 0.024 0.008
#> SRR934919 5 0.6047 0.5438 0.000 0.012 0.304 0.108 0.576
#> SRR934920 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.4976 0.6288 0.000 0.024 0.748 0.124 0.104
#> SRR934924 5 0.0486 0.7412 0.000 0.004 0.004 0.004 0.988
#> SRR934923 4 0.4088 0.4369 0.304 0.000 0.008 0.688 0.000
#> SRR934925 3 0.5175 0.6407 0.000 0.044 0.744 0.112 0.100
#> SRR934926 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.3990 0.5549 0.000 0.308 0.688 0.000 0.004
#> SRR934928 4 0.2656 0.6264 0.028 0.000 0.064 0.896 0.012
#> SRR934929 4 0.2956 0.5985 0.012 0.000 0.096 0.872 0.020
#> SRR934930 3 0.3096 0.6794 0.000 0.024 0.860 0.108 0.008
#> SRR934931 3 0.4894 0.6240 0.000 0.020 0.752 0.116 0.112
#> SRR934932 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.4047 0.5304 0.000 0.320 0.676 0.000 0.004
#> SRR934936 3 0.4971 0.6347 0.000 0.028 0.752 0.112 0.108
#> SRR934933 4 0.4396 0.6128 0.152 0.000 0.068 0.772 0.008
#> SRR934937 3 0.3053 0.6430 0.000 0.000 0.828 0.164 0.008
#> SRR934938 3 0.2952 0.6797 0.000 0.036 0.872 0.088 0.004
#> SRR934939 4 0.3348 0.6318 0.040 0.000 0.080 0.860 0.020
#> SRR934940 3 0.5514 0.5646 0.000 0.020 0.688 0.108 0.184
#> SRR934941 4 0.3807 0.4255 0.000 0.000 0.240 0.748 0.012
#> SRR934942 3 0.5578 0.5546 0.000 0.020 0.680 0.108 0.192
#> SRR934943 5 0.5848 0.5424 0.000 0.016 0.324 0.076 0.584
#> SRR934944 4 0.4249 0.4440 0.296 0.000 0.000 0.688 0.016
#> SRR934945 5 0.0486 0.7412 0.000 0.004 0.004 0.004 0.988
#> SRR934946 4 0.2956 0.5985 0.012 0.000 0.096 0.872 0.020
#> SRR934947 1 0.2074 0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934948 3 0.4341 0.4279 0.000 0.000 0.628 0.364 0.008
#> SRR934949 2 0.2069 0.8784 0.000 0.912 0.076 0.000 0.012
#> SRR934950 4 0.2656 0.6264 0.028 0.000 0.064 0.896 0.012
#> SRR934951 1 0.4304 0.2323 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000
#> SRR934953 4 0.7366 -0.2437 0.012 0.012 0.352 0.380 0.244
#> SRR934952 2 0.0771 0.9092 0.000 0.976 0.004 0.000 0.020
#> SRR934954 2 0.0794 0.9065 0.000 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.5327 0.6048 0.000 0.020 0.712 0.148 0.120
#> SRR934957 4 0.2723 0.5669 0.000 0.000 0.124 0.864 0.012
#> SRR934958 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.3612 0.5386 0.228 0.000 0.008 0.764 0.000
#> SRR934960 1 0.1965 0.7472 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR934961 2 0.1701 0.8934 0.000 0.936 0.048 0.000 0.016
#> SRR934962 2 0.1197 0.8997 0.000 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR934963 4 0.6069 -0.1899 0.000 0.008 0.448 0.452 0.092
#> SRR934964 3 0.2971 0.6499 0.000 0.000 0.836 0.156 0.008
#> SRR934965 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9150 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 4 0.2522 0.5819 0.000 0.000 0.108 0.880 0.012
#> SRR934968 3 0.3013 0.6450 0.000 0.000 0.832 0.160 0.008
#> SRR934969 1 0.4307 0.1876 0.504 0.000 0.000 0.496 0.000
#> SRR934970 1 0.1671 0.7483 0.924 0.000 0.000 0.076 0.000
#> SRR934971 3 0.2784 0.6875 0.000 0.028 0.888 0.072 0.012
#> SRR934972 4 0.3519 0.5498 0.216 0.000 0.008 0.776 0.000
#> SRR934973 3 0.2763 0.6535 0.000 0.000 0.848 0.148 0.004
#> SRR934974 4 0.2470 0.5843 0.000 0.000 0.104 0.884 0.012
#> SRR934975 4 0.3779 0.4311 0.000 0.000 0.236 0.752 0.012
#> SRR934976 2 0.1571 0.8883 0.000 0.936 0.004 0.000 0.060
#> SRR934977 1 0.2074 0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934978 3 0.6416 0.5829 0.000 0.176 0.616 0.168 0.040
#> SRR934979 2 0.2208 0.8772 0.000 0.908 0.072 0.000 0.020
#> SRR934980 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.4195 0.6720 0.000 0.024 0.796 0.140 0.040
#> SRR934982 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0703 0.7355 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934984 2 0.2408 0.8639 0.000 0.892 0.092 0.000 0.016
#> SRR934985 4 0.6150 0.4926 0.144 0.000 0.012 0.592 0.252
#> SRR934986 1 0.2074 0.7504 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000
#> SRR934987 3 0.5435 0.5945 0.000 0.028 0.708 0.108 0.156
#> SRR934988 4 0.4697 0.0212 0.000 0.000 0.388 0.592 0.020
#> SRR934989 1 0.0000 0.7274 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.3053 0.6430 0.000 0.000 0.828 0.164 0.008
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.4116 0.23685 0.416 0.000 0.000 0.572 0.000 0.012
#> SRR934718 1 0.2260 0.77602 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934719 4 0.4473 0.44712 0.000 0.000 0.072 0.676 0.000 0.252
#> SRR934720 1 0.0260 0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934721 4 0.3637 0.61919 0.164 0.000 0.000 0.780 0.000 0.056
#> SRR934722 3 0.3799 0.44575 0.000 0.008 0.808 0.052 0.116 0.016
#> SRR934723 4 0.4229 0.19083 0.436 0.000 0.000 0.548 0.000 0.016
#> SRR934724 4 0.3176 0.63442 0.036 0.000 0.040 0.860 0.004 0.060
#> SRR934725 1 0.4004 0.46305 0.620 0.000 0.000 0.368 0.000 0.012
#> SRR934726 4 0.5699 0.44405 0.080 0.000 0.024 0.624 0.248 0.024
#> SRR934727 1 0.2178 0.77915 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.3810 0.19550 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR934729 5 0.0146 0.72323 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934730 2 0.0405 0.89775 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR934731 4 0.4981 0.52462 0.024 0.000 0.144 0.732 0.036 0.064
#> SRR934732 2 0.4961 0.32744 0.000 0.592 0.320 0.000 0.000 0.088
#> SRR934733 1 0.5032 0.04453 0.484 0.000 0.008 0.468 0.020 0.020
#> SRR934734 1 0.0405 0.76630 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR934735 1 0.1663 0.78330 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.2178 0.77915 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.4366 0.65939 0.000 0.712 0.212 0.000 0.004 0.072
#> SRR934738 1 0.4026 0.44766 0.612 0.000 0.000 0.376 0.000 0.012
#> SRR934740 1 0.0260 0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934739 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.3411 0.69834 0.000 0.756 0.008 0.000 0.232 0.004
#> SRR934742 4 0.4254 0.26822 0.404 0.000 0.000 0.576 0.000 0.020
#> SRR934743 4 0.4049 0.55910 0.224 0.000 0.004 0.736 0.012 0.024
#> SRR934744 6 0.4316 0.72078 0.000 0.000 0.312 0.040 0.000 0.648
#> SRR934745 4 0.5847 0.23654 0.032 0.000 0.052 0.572 0.316 0.028
#> SRR934746 2 0.2796 0.84331 0.000 0.868 0.080 0.000 0.008 0.044
#> SRR934747 2 0.0405 0.89785 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR934748 4 0.3658 0.64372 0.104 0.000 0.000 0.792 0.000 0.104
#> SRR934750 2 0.0837 0.89301 0.000 0.972 0.004 0.000 0.020 0.004
#> SRR934749 4 0.3490 0.60959 0.176 0.000 0.000 0.784 0.000 0.040
#> SRR934751 4 0.3404 0.59802 0.184 0.000 0.004 0.792 0.008 0.012
#> SRR934752 1 0.4026 0.44766 0.612 0.000 0.000 0.376 0.000 0.012
#> SRR934753 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 1 0.4026 0.44766 0.612 0.000 0.000 0.376 0.000 0.012
#> SRR934755 6 0.3835 0.31556 0.000 0.000 0.012 0.320 0.000 0.668
#> SRR934756 1 0.3852 0.53553 0.664 0.000 0.000 0.324 0.000 0.012
#> SRR934757 4 0.4824 0.42961 0.000 0.000 0.136 0.680 0.004 0.180
#> SRR934758 1 0.2178 0.77915 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0260 0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934760 2 0.1807 0.86588 0.000 0.920 0.060 0.000 0.000 0.020
#> SRR934761 3 0.5648 0.30974 0.000 0.240 0.536 0.000 0.000 0.224
#> SRR934762 1 0.4026 0.44766 0.612 0.000 0.000 0.376 0.000 0.012
#> SRR934763 4 0.3531 0.42845 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000 0.000
#> SRR934764 1 0.4026 0.44766 0.612 0.000 0.000 0.376 0.000 0.012
#> SRR934765 4 0.4752 0.61374 0.140 0.000 0.000 0.676 0.000 0.184
#> SRR934766 4 0.3992 0.36175 0.364 0.000 0.000 0.624 0.000 0.012
#> SRR934767 1 0.0260 0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934768 1 0.1663 0.78330 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.6020 0.41091 0.000 0.180 0.636 0.016 0.080 0.088
#> SRR934770 1 0.2260 0.77602 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934772 5 0.5520 0.56476 0.000 0.000 0.368 0.076 0.532 0.024
#> SRR934771 4 0.3435 0.63050 0.136 0.000 0.000 0.804 0.000 0.060
#> SRR934773 1 0.0260 0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934774 4 0.5939 0.31069 0.000 0.000 0.164 0.588 0.040 0.208
#> SRR934775 4 0.3404 0.59802 0.184 0.000 0.004 0.792 0.008 0.012
#> SRR934776 4 0.5669 0.48603 0.096 0.000 0.020 0.636 0.224 0.024
#> SRR934777 4 0.4004 0.35255 0.368 0.000 0.000 0.620 0.000 0.012
#> SRR934778 4 0.6456 0.37172 0.248 0.000 0.008 0.496 0.224 0.024
#> SRR934779 1 0.0260 0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934780 3 0.6516 0.10606 0.000 0.000 0.460 0.220 0.284 0.036
#> SRR934781 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0837 0.89301 0.000 0.972 0.004 0.000 0.020 0.004
#> SRR934783 4 0.3187 0.64774 0.052 0.000 0.036 0.860 0.004 0.048
#> SRR934784 2 0.0603 0.89639 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR934785 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.2260 0.77602 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934787 4 0.4326 0.28803 0.404 0.000 0.000 0.572 0.000 0.024
#> SRR934788 4 0.3984 0.28960 0.396 0.000 0.000 0.596 0.000 0.008
#> SRR934789 4 0.3810 0.19550 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR934790 6 0.4428 0.68797 0.000 0.000 0.388 0.032 0.000 0.580
#> SRR934791 4 0.3967 0.37768 0.356 0.000 0.000 0.632 0.000 0.012
#> SRR934792 3 0.6072 0.40736 0.000 0.188 0.628 0.016 0.076 0.092
#> SRR934793 1 0.0260 0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934794 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 1 0.4026 0.44766 0.612 0.000 0.000 0.376 0.000 0.012
#> SRR934796 1 0.2260 0.77602 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0260 0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934798 1 0.0260 0.77088 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.4067 0.13756 0.444 0.000 0.000 0.548 0.000 0.008
#> SRR934800 2 0.4366 0.65939 0.000 0.712 0.212 0.000 0.004 0.072
#> SRR934801 2 0.1528 0.88067 0.000 0.936 0.048 0.000 0.000 0.016
#> SRR934802 2 0.4366 0.65939 0.000 0.712 0.212 0.000 0.004 0.072
#> SRR934803 4 0.3672 0.64514 0.064 0.000 0.052 0.824 0.000 0.060
#> SRR934804 3 0.5590 0.30502 0.000 0.188 0.588 0.004 0.004 0.216
#> SRR934805 4 0.4331 0.42648 0.340 0.000 0.016 0.632 0.000 0.012
#> SRR934806 4 0.3695 0.55140 0.244 0.000 0.000 0.732 0.000 0.024
#> SRR934807 5 0.2039 0.72057 0.000 0.000 0.012 0.052 0.916 0.020
#> SRR934809 4 0.3123 0.64593 0.048 0.000 0.036 0.864 0.004 0.048
#> SRR934810 4 0.3600 0.63518 0.044 0.000 0.044 0.844 0.024 0.044
#> SRR934811 5 0.2039 0.72057 0.000 0.000 0.012 0.052 0.916 0.020
#> SRR934808 4 0.3528 0.64003 0.048 0.000 0.036 0.848 0.024 0.044
#> SRR934812 1 0.0260 0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934813 3 0.5648 0.30974 0.000 0.240 0.536 0.000 0.000 0.224
#> SRR934814 1 0.4004 0.46305 0.620 0.000 0.000 0.368 0.000 0.012
#> SRR934815 5 0.5520 0.56476 0.000 0.000 0.368 0.076 0.532 0.024
#> SRR934816 2 0.0603 0.89639 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR934817 3 0.4418 0.33874 0.000 0.100 0.708 0.000 0.000 0.192
#> SRR934818 3 0.6674 0.08460 0.000 0.000 0.436 0.228 0.292 0.044
#> SRR934819 1 0.4300 0.25383 0.548 0.000 0.000 0.432 0.000 0.020
#> SRR934820 4 0.4085 0.60019 0.200 0.000 0.012 0.752 0.012 0.024
#> SRR934821 6 0.3912 0.26467 0.000 0.000 0.012 0.340 0.000 0.648
#> SRR934822 1 0.1663 0.78330 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.3490 0.60959 0.176 0.000 0.000 0.784 0.000 0.040
#> SRR934825 2 0.6277 0.06605 0.000 0.464 0.388 0.008 0.044 0.096
#> SRR934826 1 0.3852 0.53553 0.664 0.000 0.000 0.324 0.000 0.012
#> SRR934827 3 0.6790 0.11386 0.004 0.000 0.404 0.384 0.136 0.072
#> SRR934828 5 0.4851 0.62582 0.000 0.000 0.292 0.060 0.636 0.012
#> SRR934829 2 0.0603 0.89639 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR934830 5 0.2039 0.72057 0.000 0.000 0.012 0.052 0.916 0.020
#> SRR934831 1 0.0260 0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934832 5 0.2039 0.72057 0.000 0.000 0.012 0.052 0.916 0.020
#> SRR934833 5 0.5519 0.09244 0.032 0.000 0.020 0.428 0.496 0.024
#> SRR934834 4 0.4016 0.63573 0.100 0.000 0.020 0.808 0.032 0.040
#> SRR934835 2 0.5357 0.26999 0.000 0.536 0.340 0.000 0.000 0.124
#> SRR934836 1 0.2260 0.77602 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.4067 0.13756 0.444 0.000 0.000 0.548 0.000 0.008
#> SRR934839 2 0.3776 0.73078 0.000 0.760 0.188 0.000 0.000 0.052
#> SRR934840 2 0.2697 0.83917 0.000 0.864 0.092 0.000 0.000 0.044
#> SRR934841 1 0.0260 0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934842 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.3883 0.52146 0.656 0.000 0.000 0.332 0.000 0.012
#> SRR934844 4 0.4338 0.00346 0.488 0.000 0.000 0.492 0.000 0.020
#> SRR934845 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.2697 0.83917 0.000 0.864 0.092 0.000 0.000 0.044
#> SRR934847 4 0.3810 0.19550 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR934848 4 0.4039 0.19489 0.424 0.000 0.000 0.568 0.000 0.008
#> SRR934849 1 0.2178 0.77915 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.2178 0.77915 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.4521 -0.34721 0.000 0.004 0.568 0.028 0.000 0.400
#> SRR934853 4 0.5385 -0.08008 0.000 0.000 0.112 0.468 0.000 0.420
#> SRR934852 3 0.5749 0.29665 0.000 0.260 0.512 0.000 0.000 0.228
#> SRR934854 4 0.5819 0.43333 0.096 0.000 0.020 0.608 0.252 0.024
#> SRR934856 1 0.4260 0.08125 0.512 0.000 0.000 0.472 0.000 0.016
#> SRR934858 1 0.2178 0.77915 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0508 0.89639 0.000 0.984 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR934860 2 0.2914 0.83847 0.000 0.860 0.084 0.000 0.008 0.048
#> SRR934861 2 0.5434 0.31280 0.000 0.544 0.312 0.000 0.000 0.144
#> SRR934862 2 0.0653 0.89617 0.000 0.980 0.004 0.000 0.012 0.004
#> SRR934863 4 0.3652 0.43661 0.324 0.000 0.000 0.672 0.000 0.004
#> SRR934864 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.3598 0.63551 0.044 0.000 0.040 0.844 0.024 0.048
#> SRR934866 2 0.0603 0.89639 0.000 0.980 0.016 0.000 0.000 0.004
#> SRR934867 2 0.5357 0.26999 0.000 0.536 0.340 0.000 0.000 0.124
#> SRR934868 3 0.5620 0.30791 0.000 0.272 0.552 0.000 0.004 0.172
#> SRR934869 4 0.4473 0.44712 0.000 0.000 0.072 0.676 0.000 0.252
#> SRR934870 4 0.3810 0.19550 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR934871 3 0.4291 0.41260 0.000 0.004 0.756 0.064 0.160 0.016
#> SRR934872 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.3779 0.13748 0.000 0.000 0.708 0.008 0.008 0.276
#> SRR934874 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 1 0.3828 0.28328 0.560 0.000 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR934877 1 0.3911 0.45625 0.624 0.000 0.000 0.368 0.000 0.008
#> SRR934878 3 0.4882 0.02474 0.000 0.044 0.636 0.016 0.004 0.300
#> SRR934879 6 0.4377 0.71930 0.000 0.000 0.312 0.044 0.000 0.644
#> SRR934880 4 0.5385 -0.08008 0.000 0.000 0.112 0.468 0.000 0.420
#> SRR934881 3 0.5648 0.30974 0.000 0.240 0.536 0.000 0.000 0.224
#> SRR934882 3 0.5640 0.30878 0.000 0.268 0.532 0.000 0.000 0.200
#> SRR934883 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.0146 0.72323 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR934885 5 0.5294 0.55755 0.000 0.004 0.380 0.056 0.544 0.016
#> SRR934886 3 0.6754 0.00768 0.000 0.000 0.428 0.276 0.048 0.248
#> SRR934887 3 0.4930 0.01201 0.000 0.044 0.624 0.016 0.004 0.312
#> SRR934888 2 0.3695 0.74917 0.000 0.776 0.164 0.000 0.000 0.060
#> SRR934889 5 0.5170 0.55834 0.000 0.000 0.384 0.056 0.544 0.016
#> SRR934890 4 0.4473 0.44712 0.000 0.000 0.072 0.676 0.000 0.252
#> SRR934891 4 0.3914 0.56198 0.012 0.000 0.096 0.796 0.004 0.092
#> SRR934892 3 0.3590 0.43561 0.000 0.000 0.828 0.052 0.076 0.044
#> SRR934893 6 0.4482 0.65430 0.000 0.000 0.416 0.032 0.000 0.552
#> SRR934894 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 3 0.4069 0.45106 0.000 0.016 0.808 0.052 0.084 0.040
#> SRR934896 1 0.0260 0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934897 2 0.0291 0.89771 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR934898 3 0.6729 0.12162 0.000 0.000 0.404 0.364 0.172 0.060
#> SRR934899 3 0.5421 0.43302 0.000 0.084 0.720 0.048 0.056 0.092
#> SRR934900 6 0.4499 0.63432 0.000 0.000 0.428 0.032 0.000 0.540
#> SRR934901 2 0.3411 0.69834 0.000 0.756 0.008 0.000 0.232 0.004
#> SRR934902 3 0.5390 -0.27507 0.000 0.072 0.508 0.016 0.000 0.404
#> SRR934903 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.3508 0.63340 0.132 0.000 0.000 0.800 0.000 0.068
#> SRR934906 4 0.4945 0.61464 0.160 0.000 0.004 0.680 0.004 0.152
#> SRR934907 3 0.4069 0.45106 0.000 0.016 0.808 0.052 0.084 0.040
#> SRR934908 2 0.2734 0.79214 0.000 0.840 0.008 0.000 0.148 0.004
#> SRR934909 3 0.5129 0.34864 0.000 0.128 0.672 0.008 0.008 0.184
#> SRR934910 5 0.0363 0.71920 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934911 2 0.0291 0.89771 0.000 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR934912 3 0.5608 0.31101 0.000 0.260 0.540 0.000 0.000 0.200
#> SRR934913 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.3967 0.37768 0.356 0.000 0.000 0.632 0.000 0.012
#> SRR934915 3 0.4794 -0.13846 0.000 0.004 0.620 0.052 0.004 0.320
#> SRR934916 1 0.1321 0.75569 0.952 0.000 0.000 0.024 0.020 0.004
#> SRR934917 2 0.1807 0.86588 0.000 0.920 0.060 0.000 0.000 0.020
#> SRR934918 3 0.5523 0.12761 0.000 0.140 0.548 0.004 0.000 0.308
#> SRR934919 5 0.5520 0.56476 0.000 0.000 0.368 0.076 0.532 0.024
#> SRR934920 1 0.0260 0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934921 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.3758 0.43158 0.000 0.000 0.816 0.068 0.076 0.040
#> SRR934924 5 0.0508 0.72032 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR934923 4 0.3618 0.59153 0.192 0.000 0.000 0.768 0.000 0.040
#> SRR934925 3 0.4031 0.44791 0.000 0.016 0.812 0.052 0.076 0.044
#> SRR934926 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.5481 0.31723 0.000 0.232 0.568 0.000 0.000 0.200
#> SRR934928 4 0.3960 0.56275 0.012 0.000 0.092 0.792 0.004 0.100
#> SRR934929 4 0.4465 0.48395 0.000 0.000 0.080 0.704 0.004 0.212
#> SRR934930 3 0.2776 0.38033 0.000 0.000 0.860 0.052 0.000 0.088
#> SRR934931 3 0.3755 0.43533 0.000 0.000 0.816 0.056 0.084 0.044
#> SRR934932 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.5649 0.30246 0.000 0.228 0.536 0.000 0.000 0.236
#> SRR934936 3 0.3578 0.44283 0.000 0.004 0.832 0.052 0.080 0.032
#> SRR934933 4 0.3672 0.64514 0.064 0.000 0.052 0.824 0.000 0.060
#> SRR934937 6 0.4363 0.72401 0.000 0.000 0.324 0.040 0.000 0.636
#> SRR934938 6 0.4722 0.46952 0.000 0.012 0.476 0.024 0.000 0.488
#> SRR934939 4 0.3768 0.57799 0.012 0.000 0.096 0.812 0.008 0.072
#> SRR934940 3 0.4035 0.43036 0.000 0.000 0.776 0.060 0.144 0.020
#> SRR934941 4 0.5428 0.19139 0.000 0.000 0.128 0.560 0.004 0.308
#> SRR934942 3 0.4108 0.42348 0.000 0.000 0.768 0.060 0.152 0.020
#> SRR934943 5 0.5294 0.55755 0.000 0.004 0.380 0.056 0.544 0.016
#> SRR934944 4 0.3404 0.59802 0.184 0.000 0.004 0.792 0.008 0.012
#> SRR934945 5 0.0508 0.72032 0.000 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR934946 4 0.4465 0.48395 0.000 0.000 0.080 0.704 0.004 0.212
#> SRR934947 1 0.2178 0.77915 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934948 6 0.4890 0.52435 0.000 0.000 0.204 0.140 0.000 0.656
#> SRR934949 2 0.2697 0.83917 0.000 0.864 0.092 0.000 0.000 0.044
#> SRR934950 4 0.3960 0.56275 0.012 0.000 0.092 0.792 0.004 0.100
#> SRR934951 4 0.4051 0.18940 0.432 0.000 0.000 0.560 0.000 0.008
#> SRR934953 3 0.6913 0.08504 0.004 0.000 0.392 0.340 0.212 0.052
#> SRR934952 2 0.0837 0.89301 0.000 0.972 0.004 0.000 0.020 0.004
#> SRR934954 2 0.1003 0.88893 0.000 0.964 0.020 0.000 0.000 0.016
#> SRR934955 1 0.0260 0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934956 3 0.4420 0.41007 0.000 0.000 0.768 0.088 0.088 0.056
#> SRR934957 4 0.4824 0.42961 0.000 0.000 0.136 0.680 0.004 0.180
#> SRR934958 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.3551 0.62646 0.148 0.000 0.000 0.792 0.000 0.060
#> SRR934960 1 0.2048 0.77805 0.880 0.000 0.000 0.120 0.000 0.000
#> SRR934961 2 0.2249 0.86302 0.000 0.900 0.064 0.000 0.004 0.032
#> SRR934962 2 0.1616 0.87815 0.000 0.932 0.048 0.000 0.000 0.020
#> SRR934963 3 0.6974 0.03965 0.000 0.000 0.408 0.300 0.072 0.220
#> SRR934964 6 0.4396 0.70756 0.000 0.000 0.352 0.036 0.000 0.612
#> SRR934965 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.89871 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 4 0.4495 0.44232 0.000 0.000 0.072 0.672 0.000 0.256
#> SRR934968 6 0.4446 0.71703 0.000 0.000 0.348 0.040 0.000 0.612
#> SRR934969 4 0.3810 0.19550 0.428 0.000 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR934970 1 0.1863 0.78315 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.3863 0.19481 0.000 0.000 0.728 0.020 0.008 0.244
#> SRR934972 4 0.3435 0.63050 0.136 0.000 0.000 0.804 0.000 0.060
#> SRR934973 6 0.4468 0.66427 0.000 0.000 0.408 0.032 0.000 0.560
#> SRR934974 4 0.4473 0.44712 0.000 0.000 0.072 0.676 0.000 0.252
#> SRR934975 4 0.5395 0.19796 0.000 0.000 0.124 0.564 0.004 0.308
#> SRR934976 2 0.1555 0.87190 0.000 0.932 0.004 0.000 0.060 0.004
#> SRR934977 1 0.2260 0.77602 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.6859 0.26881 0.000 0.120 0.528 0.060 0.036 0.256
#> SRR934979 2 0.2914 0.83847 0.000 0.860 0.084 0.000 0.008 0.048
#> SRR934980 1 0.0146 0.76768 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934981 3 0.5328 0.08523 0.000 0.004 0.640 0.072 0.032 0.252
#> SRR934982 1 0.0291 0.76657 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR934983 1 0.0937 0.77697 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.3049 0.82455 0.000 0.844 0.104 0.000 0.004 0.048
#> SRR934985 4 0.5790 0.45740 0.092 0.000 0.024 0.620 0.240 0.024
#> SRR934986 1 0.2260 0.77602 0.860 0.000 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR934987 3 0.3985 0.44309 0.000 0.008 0.792 0.056 0.128 0.016
#> SRR934988 4 0.6055 -0.23916 0.000 0.000 0.212 0.400 0.004 0.384
#> SRR934989 1 0.0260 0.76716 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934990 6 0.4363 0.72401 0.000 0.000 0.324 0.040 0.000 0.636
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.982 0.993 0.5019 0.498 0.498
#> 3 3 0.923 0.931 0.970 0.3198 0.705 0.478
#> 4 4 0.674 0.610 0.786 0.1172 0.807 0.505
#> 5 5 0.778 0.842 0.882 0.0687 0.860 0.530
#> 6 6 0.759 0.675 0.803 0.0444 0.912 0.620
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934722 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934724 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934744 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934745 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934755 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934766 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934771 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934775 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934780 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934790 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934807 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934809 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934810 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934811 2 0.9460 0.441 0.364 0.636
#> SRR934808 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934815 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934818 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934821 1 0.0938 0.987 0.988 0.012
#> SRR934822 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934827 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934828 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934830 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934832 2 0.6148 0.819 0.152 0.848
#> SRR934833 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934851 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934853 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934854 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934856 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934869 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934870 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934871 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934878 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934879 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934880 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934886 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934887 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934890 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934891 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934892 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934893 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934898 2 0.5519 0.850 0.128 0.872
#> SRR934899 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934900 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934902 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934906 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934907 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934915 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934919 2 0.6801 0.781 0.180 0.820
#> SRR934920 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934924 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934928 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934930 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934931 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934936 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934937 2 0.0376 0.982 0.004 0.996
#> SRR934938 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934939 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934940 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934941 1 0.1414 0.979 0.980 0.020
#> SRR934942 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934945 2 0.9710 0.349 0.400 0.600
#> SRR934946 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934948 2 0.7139 0.758 0.196 0.804
#> SRR934949 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934950 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934953 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934957 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934963 2 0.9732 0.338 0.404 0.596
#> SRR934964 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934968 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934972 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934973 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934974 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934975 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
#> SRR934988 1 0.5629 0.845 0.868 0.132
#> SRR934989 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR934990 2 0.0000 0.986 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934718 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934722 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934723 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724 3 0.3038 0.8528 0.104 0.000 0.896
#> SRR934725 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934726 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934727 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934729 3 0.5058 0.6812 0.000 0.244 0.756
#> SRR934730 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 3 0.0237 0.9417 0.004 0.000 0.996
#> SRR934732 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934734 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934740 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934743 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745 3 0.0892 0.9298 0.020 0.000 0.980
#> SRR934746 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 3 0.4842 0.7130 0.224 0.000 0.776
#> SRR934750 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934751 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934752 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934753 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934755 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761 3 0.6154 0.2814 0.000 0.408 0.592
#> SRR934762 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934763 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934764 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934765 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934766 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934767 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934770 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934771 1 0.0747 0.9824 0.984 0.000 0.016
#> SRR934773 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934776 3 0.0892 0.9298 0.020 0.000 0.980
#> SRR934777 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934778 3 0.4931 0.7057 0.232 0.000 0.768
#> SRR934779 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783 1 0.3340 0.8616 0.880 0.000 0.120
#> SRR934784 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934790 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934792 3 0.5431 0.5813 0.000 0.284 0.716
#> SRR934793 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934796 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934800 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934804 3 0.6252 0.1617 0.000 0.444 0.556
#> SRR934805 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934806 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934807 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809 1 0.5058 0.6698 0.756 0.000 0.244
#> SRR934810 3 0.0592 0.9360 0.012 0.000 0.988
#> SRR934811 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934808 3 0.5291 0.6527 0.268 0.000 0.732
#> SRR934812 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813 2 0.5529 0.6035 0.000 0.704 0.296
#> SRR934814 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934815 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 3 0.3340 0.8343 0.000 0.120 0.880
#> SRR934818 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934820 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934821 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934825 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934828 3 0.0747 0.9329 0.016 0.000 0.984
#> SRR934829 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833 3 0.2878 0.8618 0.096 0.000 0.904
#> SRR934834 3 0.5591 0.5843 0.304 0.000 0.696
#> SRR934835 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934839 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934845 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934848 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934849 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934853 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852 2 0.4750 0.7292 0.000 0.784 0.216
#> SRR934854 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934856 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934858 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934864 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867 2 0.4346 0.7742 0.000 0.816 0.184
#> SRR934868 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934871 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934872 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934874 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934877 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934879 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881 2 0.5397 0.6318 0.000 0.720 0.280
#> SRR934882 2 0.5529 0.6036 0.000 0.704 0.296
#> SRR934883 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 3 0.5098 0.6751 0.000 0.248 0.752
#> SRR934885 3 0.4931 0.6993 0.000 0.232 0.768
#> SRR934886 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934887 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934888 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889 3 0.4931 0.6993 0.000 0.232 0.768
#> SRR934890 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934894 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934896 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899 3 0.0424 0.9406 0.000 0.008 0.992
#> SRR934900 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934901 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934903 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 3 0.5560 0.5826 0.300 0.000 0.700
#> SRR934906 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934907 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934908 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934910 3 0.5098 0.6751 0.000 0.248 0.752
#> SRR934911 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 2 0.5431 0.6251 0.000 0.716 0.284
#> SRR934913 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934915 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934916 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 3 0.1643 0.9112 0.000 0.044 0.956
#> SRR934919 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924 3 0.5621 0.5768 0.308 0.000 0.692
#> SRR934923 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934926 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 2 0.5497 0.6110 0.000 0.708 0.292
#> SRR934928 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934930 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934931 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 2 0.3752 0.8211 0.000 0.856 0.144
#> SRR934936 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934933 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934937 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934939 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934941 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934943 2 0.6299 0.0388 0.000 0.524 0.476
#> SRR934944 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934945 3 0.4861 0.7570 0.192 0.008 0.800
#> SRR934946 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934953 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934957 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 1 0.0747 0.9824 0.984 0.000 0.016
#> SRR934960 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934964 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934965 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934969 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934970 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934972 1 0.0237 0.9937 0.996 0.000 0.004
#> SRR934973 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934974 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934979 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934982 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9631 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985 3 0.5733 0.5452 0.324 0.000 0.676
#> SRR934986 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987 3 0.0237 0.9430 0.000 0.004 0.996
#> SRR934988 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9938 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.9438 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 4 0.5000 -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934718 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 4 0.3172 0.6048 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR934720 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.5604 -0.1642 0.476 0.000 0.020 0.504
#> SRR934722 3 0.4406 0.6992 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR934723 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.2704 0.6166 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR934725 1 0.4994 0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934726 4 0.3172 0.5361 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR934727 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 1 0.4994 0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934729 4 0.7430 -0.1526 0.000 0.228 0.260 0.512
#> SRR934730 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.2345 0.6219 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR934732 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934733 4 0.5000 -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934734 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0469 0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934738 1 0.4994 0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934740 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.3463 0.8476 0.000 0.864 0.040 0.096
#> SRR934742 4 0.5000 -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934743 1 0.1867 0.7294 0.928 0.000 0.000 0.072
#> SRR934744 3 0.0707 0.7896 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934745 4 0.3266 0.4419 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934746 2 0.5453 0.4902 0.000 0.660 0.304 0.036
#> SRR934747 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.3528 0.5891 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR934750 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749 1 0.4994 0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934751 1 0.4999 0.2197 0.508 0.000 0.000 0.492
#> SRR934752 4 0.5000 -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934753 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 1 0.4994 0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934755 3 0.3356 0.6988 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR934756 1 0.2281 0.7179 0.904 0.000 0.000 0.096
#> SRR934757 4 0.3942 0.5259 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR934758 1 0.1118 0.7507 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934759 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.0707 0.7872 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934762 4 0.5000 -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934763 4 0.4961 -0.0721 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR934764 1 0.4994 0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934765 1 0.5861 0.1873 0.492 0.000 0.032 0.476
#> SRR934766 1 0.4994 0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934767 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.3444 0.7506 0.000 0.000 0.816 0.184
#> SRR934770 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 3 0.4761 0.6514 0.000 0.000 0.628 0.372
#> SRR934771 4 0.5846 -0.1029 0.452 0.000 0.032 0.516
#> SRR934773 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 4 0.4431 0.4287 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR934775 4 0.4713 0.1773 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR934776 4 0.0336 0.6167 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934777 1 0.4994 0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934778 4 0.0000 0.6145 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.5000 0.4896 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR934781 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.3907 0.5530 0.140 0.000 0.032 0.828
#> SRR934784 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.4790 0.4229 0.620 0.000 0.000 0.380
#> SRR934788 1 0.4948 0.3249 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR934789 1 0.4992 0.2630 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR934790 3 0.0707 0.7896 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934791 4 0.5000 -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934792 3 0.2402 0.7698 0.000 0.076 0.912 0.012
#> SRR934793 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795 1 0.5000 0.2065 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR934796 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 1 0.4961 0.3106 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR934800 2 0.0469 0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934801 2 0.0592 0.9533 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803 4 0.4855 0.1989 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR934804 3 0.1637 0.7764 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR934805 4 0.5000 -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934806 1 0.4992 0.2630 0.524 0.000 0.000 0.476
#> SRR934807 4 0.3266 0.4419 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934809 4 0.3907 0.5530 0.140 0.000 0.032 0.828
#> SRR934810 4 0.2345 0.6219 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR934811 4 0.3907 0.3044 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR934808 4 0.1398 0.6101 0.040 0.000 0.004 0.956
#> SRR934812 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.2760 0.7377 0.000 0.128 0.872 0.000
#> SRR934814 1 0.4994 0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934815 3 0.4994 0.5210 0.000 0.000 0.520 0.480
#> SRR934816 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.0657 0.7887 0.000 0.012 0.984 0.004
#> SRR934818 4 0.5000 -0.4966 0.000 0.000 0.496 0.504
#> SRR934819 4 0.5000 -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934820 4 0.3311 0.5242 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR934821 3 0.4866 0.5183 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR934822 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.5604 -0.1642 0.476 0.000 0.020 0.504
#> SRR934825 2 0.1557 0.9169 0.000 0.944 0.056 0.000
#> SRR934826 1 0.1557 0.7410 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR934827 3 0.2469 0.7655 0.000 0.000 0.892 0.108
#> SRR934828 4 0.3266 0.4419 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934829 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 4 0.3219 0.4483 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR934831 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 4 0.3975 0.2830 0.000 0.000 0.240 0.760
#> SRR934833 4 0.0000 0.6145 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834 4 0.0469 0.6131 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934835 3 0.4477 0.5071 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 1 0.4948 0.3233 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR934839 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840 3 0.4989 0.0933 0.000 0.472 0.528 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.2647 0.7024 0.880 0.000 0.000 0.120
#> SRR934844 1 0.4967 0.3044 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR934845 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0469 0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934847 4 0.5000 -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934848 1 0.4994 0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934849 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0592 0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934853 4 0.3266 0.6017 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934852 3 0.3873 0.6278 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR934854 4 0.1557 0.6002 0.056 0.000 0.000 0.944
#> SRR934856 4 0.5000 -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934858 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.4713 0.4230 0.000 0.640 0.360 0.000
#> SRR934861 3 0.4624 0.4486 0.000 0.340 0.660 0.000
#> SRR934862 2 0.0469 0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934863 4 0.3219 0.5324 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR934864 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.1792 0.6246 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR934866 2 0.0469 0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934867 3 0.3074 0.7357 0.000 0.152 0.848 0.000
#> SRR934868 3 0.4477 0.5204 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR934869 4 0.4356 0.4217 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR934870 4 0.5000 -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934871 3 0.4697 0.6586 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR934872 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0592 0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934874 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 1 0.4994 0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934877 1 0.3172 0.6722 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR934878 3 0.0469 0.7903 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934879 3 0.0707 0.7896 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934880 4 0.3837 0.5671 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR934881 3 0.2973 0.7288 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR934882 3 0.2408 0.7570 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 4 0.7491 -0.1791 0.000 0.232 0.268 0.500
#> SRR934885 3 0.6972 0.5535 0.000 0.124 0.520 0.356
#> SRR934886 3 0.3726 0.7181 0.000 0.000 0.788 0.212
#> SRR934887 3 0.0000 0.7892 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934888 2 0.0469 0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934889 3 0.6972 0.5535 0.000 0.124 0.520 0.356
#> SRR934890 3 0.4406 0.5996 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR934891 4 0.1557 0.6042 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR934892 3 0.3219 0.7417 0.000 0.000 0.836 0.164
#> SRR934893 3 0.0592 0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934894 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 3 0.4250 0.7132 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934896 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.4898 0.5178 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR934899 3 0.2345 0.7770 0.000 0.000 0.900 0.100
#> SRR934900 3 0.0592 0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934901 2 0.0469 0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.7892 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.4957 0.5709 0.048 0.000 0.204 0.748
#> SRR934906 4 0.3726 0.4736 0.212 0.000 0.000 0.788
#> SRR934907 3 0.3486 0.7506 0.000 0.000 0.812 0.188
#> SRR934908 2 0.6906 0.3711 0.000 0.580 0.264 0.156
#> SRR934909 3 0.2011 0.7827 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR934910 4 0.7554 -0.2013 0.000 0.244 0.268 0.488
#> SRR934911 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.2281 0.7615 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.5000 -0.2046 0.496 0.000 0.000 0.504
#> SRR934915 3 0.0592 0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934916 1 0.3569 0.6419 0.804 0.000 0.000 0.196
#> SRR934917 2 0.0469 0.9560 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.7892 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919 3 0.4999 0.4980 0.000 0.000 0.508 0.492
#> SRR934920 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.4730 0.6587 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR934924 4 0.6511 0.2111 0.188 0.000 0.172 0.640
#> SRR934923 1 0.4008 0.5922 0.756 0.000 0.000 0.244
#> SRR934925 3 0.3123 0.7598 0.000 0.000 0.844 0.156
#> SRR934926 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.2469 0.7547 0.000 0.108 0.892 0.000
#> SRR934928 4 0.3172 0.6048 0.000 0.000 0.160 0.840
#> SRR934929 4 0.1940 0.6236 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR934930 3 0.0000 0.7892 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934931 3 0.4746 0.6550 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR934932 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.4193 0.5627 0.000 0.268 0.732 0.000
#> SRR934936 3 0.4605 0.6736 0.000 0.000 0.664 0.336
#> SRR934933 4 0.3528 0.5811 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR934937 3 0.0707 0.7896 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934938 3 0.0000 0.7892 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934939 4 0.3688 0.5513 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR934940 3 0.4697 0.6586 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR934941 3 0.4661 0.5580 0.000 0.000 0.652 0.348
#> SRR934942 3 0.4697 0.6586 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR934943 3 0.7886 0.3672 0.000 0.296 0.380 0.324
#> SRR934944 4 0.3942 0.4370 0.236 0.000 0.000 0.764
#> SRR934945 4 0.7137 -0.0194 0.188 0.000 0.256 0.556
#> SRR934946 4 0.3266 0.4419 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934947 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.1940 0.7673 0.000 0.000 0.924 0.076
#> SRR934949 2 0.0592 0.9533 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934950 4 0.2408 0.6203 0.000 0.000 0.104 0.896
#> SRR934951 1 0.4898 0.3557 0.584 0.000 0.000 0.416
#> SRR934953 3 0.4866 0.5635 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR934952 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.2149 0.7853 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR934957 4 0.3569 0.5396 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR934958 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.5846 -0.1029 0.452 0.000 0.032 0.516
#> SRR934960 1 0.1118 0.7506 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934961 2 0.0336 0.9580 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963 3 0.4843 0.5543 0.000 0.000 0.604 0.396
#> SRR934964 3 0.0592 0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934965 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9617 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.4522 0.5794 0.000 0.000 0.680 0.320
#> SRR934968 3 0.0592 0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934969 1 0.4994 0.2553 0.520 0.000 0.000 0.480
#> SRR934970 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.0592 0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934972 4 0.5853 -0.1268 0.460 0.000 0.032 0.508
#> SRR934973 3 0.0592 0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934974 4 0.4431 0.4341 0.000 0.000 0.304 0.696
#> SRR934975 4 0.3726 0.5429 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934976 2 0.2662 0.8784 0.000 0.900 0.016 0.084
#> SRR934977 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0000 0.7892 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979 2 0.3768 0.7506 0.000 0.808 0.184 0.008
#> SRR934980 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0592 0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934982 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.4730 0.4151 0.000 0.636 0.364 0.000
#> SRR934985 4 0.0000 0.6145 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987 3 0.4697 0.6586 0.000 0.000 0.644 0.356
#> SRR934988 3 0.4431 0.5935 0.000 0.000 0.696 0.304
#> SRR934989 1 0.0000 0.7646 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0592 0.7904 0.000 0.000 0.984 0.016
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.2773 0.835 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR934718 1 0.0404 0.947 0.988 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR934719 4 0.1485 0.776 0.000 0.000 0.020 0.948 0.032
#> SRR934720 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.3074 0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934722 5 0.1608 0.855 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR934723 1 0.0290 0.949 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934724 4 0.1043 0.787 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934725 4 0.3242 0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934726 4 0.2659 0.812 0.052 0.000 0.000 0.888 0.060
#> SRR934727 1 0.0290 0.949 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934728 4 0.3210 0.822 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR934729 5 0.1043 0.883 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR934730 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.1410 0.780 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934732 2 0.1638 0.920 0.000 0.932 0.064 0.000 0.004
#> SRR934733 4 0.3074 0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0290 0.949 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.2946 0.881 0.000 0.868 0.088 0.000 0.044
#> SRR934738 4 0.3242 0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 5 0.3695 0.716 0.000 0.164 0.036 0.000 0.800
#> SRR934742 4 0.3074 0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934743 1 0.1478 0.913 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000
#> SRR934744 3 0.2233 0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934745 5 0.1764 0.878 0.000 0.000 0.008 0.064 0.928
#> SRR934746 5 0.4588 0.691 0.000 0.116 0.136 0.000 0.748
#> SRR934747 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.0404 0.796 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934750 2 0.0290 0.945 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934749 4 0.3143 0.827 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR934751 4 0.3039 0.832 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR934752 4 0.3074 0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.3143 0.827 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR934755 3 0.3953 0.794 0.000 0.000 0.784 0.168 0.048
#> SRR934756 1 0.3242 0.730 0.784 0.000 0.000 0.216 0.000
#> SRR934757 4 0.3734 0.641 0.000 0.000 0.036 0.796 0.168
#> SRR934758 1 0.2966 0.781 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.1205 0.932 0.000 0.956 0.040 0.000 0.004
#> SRR934761 3 0.1121 0.863 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934762 4 0.3074 0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934763 4 0.2583 0.835 0.132 0.000 0.000 0.864 0.004
#> SRR934764 4 0.3242 0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934765 4 0.2723 0.834 0.124 0.000 0.012 0.864 0.000
#> SRR934766 4 0.3074 0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 5 0.3003 0.753 0.000 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR934770 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 5 0.1216 0.881 0.000 0.000 0.020 0.020 0.960
#> SRR934771 4 0.2516 0.835 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 4 0.3695 0.637 0.000 0.000 0.036 0.800 0.164
#> SRR934775 4 0.1732 0.828 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR934776 4 0.3177 0.675 0.000 0.000 0.000 0.792 0.208
#> SRR934777 4 0.3074 0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934778 5 0.4151 0.534 0.000 0.000 0.004 0.344 0.652
#> SRR934779 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 5 0.1809 0.879 0.000 0.000 0.012 0.060 0.928
#> SRR934781 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0290 0.945 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934783 4 0.1740 0.823 0.056 0.000 0.000 0.932 0.012
#> SRR934784 2 0.0290 0.945 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934785 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0703 0.940 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR934787 4 0.3661 0.741 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000
#> SRR934788 4 0.3242 0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934789 4 0.3242 0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934790 3 0.2233 0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934791 4 0.3074 0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934792 3 0.1704 0.853 0.000 0.004 0.928 0.000 0.068
#> SRR934793 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.3074 0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934796 1 0.1121 0.926 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.3242 0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934800 2 0.2830 0.887 0.000 0.876 0.080 0.000 0.044
#> SRR934801 2 0.3346 0.862 0.000 0.844 0.092 0.000 0.064
#> SRR934802 2 0.1195 0.936 0.000 0.960 0.028 0.000 0.012
#> SRR934803 4 0.3759 0.652 0.000 0.000 0.056 0.808 0.136
#> SRR934804 3 0.1121 0.863 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934805 4 0.3039 0.832 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR934806 4 0.3210 0.822 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR934807 5 0.1764 0.878 0.000 0.000 0.008 0.064 0.928
#> SRR934809 4 0.1670 0.822 0.052 0.000 0.000 0.936 0.012
#> SRR934810 4 0.1478 0.777 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934811 5 0.1282 0.883 0.000 0.000 0.004 0.044 0.952
#> SRR934808 4 0.2233 0.789 0.016 0.000 0.000 0.904 0.080
#> SRR934812 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.1357 0.861 0.000 0.004 0.948 0.000 0.048
#> SRR934814 4 0.3242 0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934815 5 0.1331 0.883 0.000 0.000 0.008 0.040 0.952
#> SRR934816 2 0.0955 0.937 0.000 0.968 0.004 0.000 0.028
#> SRR934817 3 0.1410 0.859 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR934818 5 0.1697 0.879 0.000 0.000 0.008 0.060 0.932
#> SRR934819 4 0.3074 0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934820 4 0.1942 0.826 0.068 0.000 0.000 0.920 0.012
#> SRR934821 5 0.4971 0.713 0.000 0.000 0.116 0.176 0.708
#> SRR934822 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.3039 0.832 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR934825 2 0.3691 0.840 0.000 0.820 0.104 0.000 0.076
#> SRR934826 1 0.3074 0.762 0.804 0.000 0.000 0.196 0.000
#> SRR934827 3 0.4254 0.784 0.000 0.000 0.772 0.080 0.148
#> SRR934828 5 0.1764 0.878 0.000 0.000 0.008 0.064 0.928
#> SRR934829 2 0.0290 0.945 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934830 5 0.1764 0.878 0.000 0.000 0.008 0.064 0.928
#> SRR934831 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.1408 0.882 0.000 0.000 0.008 0.044 0.948
#> SRR934833 5 0.2329 0.848 0.000 0.000 0.000 0.124 0.876
#> SRR934834 5 0.3715 0.705 0.000 0.000 0.004 0.260 0.736
#> SRR934835 3 0.2325 0.840 0.000 0.028 0.904 0.000 0.068
#> SRR934836 1 0.1197 0.923 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.3242 0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934839 2 0.2423 0.901 0.000 0.896 0.080 0.000 0.024
#> SRR934840 3 0.4923 0.544 0.000 0.252 0.680 0.000 0.068
#> SRR934841 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.3143 0.750 0.796 0.000 0.000 0.204 0.000
#> SRR934844 4 0.3242 0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.3130 0.872 0.000 0.856 0.096 0.000 0.048
#> SRR934847 4 0.3003 0.833 0.188 0.000 0.000 0.812 0.000
#> SRR934848 4 0.3242 0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.2233 0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934853 4 0.1836 0.765 0.000 0.000 0.036 0.932 0.032
#> SRR934852 3 0.1557 0.858 0.000 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR934854 4 0.2511 0.800 0.028 0.000 0.000 0.892 0.080
#> SRR934856 4 0.3074 0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.6311 0.355 0.000 0.504 0.320 0.000 0.176
#> SRR934861 3 0.2325 0.840 0.000 0.028 0.904 0.000 0.068
#> SRR934862 2 0.1124 0.933 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR934863 4 0.1981 0.825 0.064 0.000 0.000 0.920 0.016
#> SRR934864 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.2891 0.689 0.000 0.000 0.000 0.824 0.176
#> SRR934866 2 0.1124 0.933 0.000 0.960 0.004 0.000 0.036
#> SRR934867 3 0.2172 0.845 0.000 0.016 0.908 0.000 0.076
#> SRR934868 3 0.2645 0.828 0.000 0.044 0.888 0.000 0.068
#> SRR934869 4 0.3650 0.640 0.000 0.000 0.028 0.796 0.176
#> SRR934870 4 0.3039 0.832 0.192 0.000 0.000 0.808 0.000
#> SRR934871 5 0.1043 0.868 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR934872 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.2233 0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934874 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.3242 0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934877 1 0.3508 0.658 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR934878 3 0.2208 0.880 0.000 0.000 0.908 0.072 0.020
#> SRR934879 3 0.2233 0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934880 4 0.2632 0.736 0.000 0.000 0.072 0.888 0.040
#> SRR934881 3 0.1484 0.859 0.000 0.008 0.944 0.000 0.048
#> SRR934882 3 0.1408 0.860 0.000 0.008 0.948 0.000 0.044
#> SRR934883 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.1043 0.883 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR934885 5 0.1544 0.858 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR934886 3 0.4558 0.757 0.000 0.000 0.740 0.080 0.180
#> SRR934887 3 0.1872 0.880 0.000 0.000 0.928 0.052 0.020
#> SRR934888 2 0.3130 0.872 0.000 0.856 0.096 0.000 0.048
#> SRR934889 5 0.1478 0.859 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR934890 3 0.4933 0.717 0.000 0.000 0.704 0.200 0.096
#> SRR934891 4 0.3659 0.623 0.000 0.000 0.012 0.768 0.220
#> SRR934892 3 0.4212 0.784 0.000 0.000 0.776 0.080 0.144
#> SRR934893 3 0.2233 0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934894 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.1908 0.845 0.000 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR934896 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 5 0.3911 0.802 0.000 0.000 0.060 0.144 0.796
#> SRR934899 3 0.2648 0.804 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR934900 3 0.2233 0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934901 2 0.1282 0.930 0.000 0.952 0.004 0.000 0.044
#> SRR934902 3 0.0807 0.873 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR934903 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.0609 0.792 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934906 4 0.1894 0.826 0.072 0.000 0.000 0.920 0.008
#> SRR934907 5 0.3336 0.702 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR934908 5 0.1894 0.847 0.000 0.008 0.072 0.000 0.920
#> SRR934909 3 0.1851 0.852 0.000 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR934910 5 0.1043 0.883 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR934911 2 0.0162 0.946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934912 3 0.1408 0.860 0.000 0.008 0.948 0.000 0.044
#> SRR934913 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.3074 0.831 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934915 3 0.2233 0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934916 1 0.3508 0.652 0.748 0.000 0.000 0.252 0.000
#> SRR934917 2 0.2735 0.890 0.000 0.880 0.084 0.000 0.036
#> SRR934918 3 0.0807 0.872 0.000 0.000 0.976 0.012 0.012
#> SRR934919 5 0.2172 0.870 0.000 0.000 0.016 0.076 0.908
#> SRR934920 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 5 0.2873 0.837 0.000 0.000 0.120 0.020 0.860
#> SRR934924 5 0.1628 0.880 0.000 0.000 0.008 0.056 0.936
#> SRR934923 4 0.4291 0.303 0.464 0.000 0.000 0.536 0.000
#> SRR934925 3 0.4088 0.428 0.000 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR934926 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.1408 0.860 0.000 0.008 0.948 0.000 0.044
#> SRR934928 4 0.1997 0.760 0.000 0.000 0.036 0.924 0.040
#> SRR934929 4 0.3171 0.667 0.000 0.000 0.008 0.816 0.176
#> SRR934930 3 0.1965 0.880 0.000 0.000 0.924 0.052 0.024
#> SRR934931 5 0.1764 0.871 0.000 0.000 0.064 0.008 0.928
#> SRR934932 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.1557 0.858 0.000 0.008 0.940 0.000 0.052
#> SRR934936 5 0.2020 0.841 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR934933 4 0.3477 0.673 0.000 0.000 0.040 0.824 0.136
#> SRR934937 3 0.2233 0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934938 3 0.1774 0.880 0.000 0.000 0.932 0.052 0.016
#> SRR934939 4 0.3650 0.640 0.000 0.000 0.028 0.796 0.176
#> SRR934940 5 0.1043 0.868 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR934941 3 0.5514 0.653 0.000 0.000 0.652 0.176 0.172
#> SRR934942 5 0.1043 0.868 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR934943 5 0.1341 0.859 0.000 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR934944 4 0.1732 0.828 0.080 0.000 0.000 0.920 0.000
#> SRR934945 5 0.1043 0.883 0.000 0.000 0.000 0.040 0.960
#> SRR934946 5 0.1764 0.878 0.000 0.000 0.008 0.064 0.928
#> SRR934947 1 0.0290 0.949 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934948 3 0.3085 0.849 0.000 0.000 0.852 0.116 0.032
#> SRR934949 2 0.3401 0.858 0.000 0.840 0.096 0.000 0.064
#> SRR934950 4 0.3495 0.668 0.000 0.000 0.028 0.812 0.160
#> SRR934951 4 0.3242 0.820 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000
#> SRR934953 5 0.3806 0.800 0.000 0.000 0.104 0.084 0.812
#> SRR934952 2 0.0290 0.945 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934954 2 0.0162 0.946 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934955 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.4805 0.529 0.000 0.000 0.648 0.040 0.312
#> SRR934957 4 0.3724 0.637 0.000 0.000 0.028 0.788 0.184
#> SRR934958 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.2516 0.835 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934960 1 0.2773 0.803 0.836 0.000 0.000 0.164 0.000
#> SRR934961 2 0.1997 0.917 0.000 0.924 0.040 0.000 0.036
#> SRR934962 2 0.0771 0.940 0.000 0.976 0.020 0.000 0.004
#> SRR934963 5 0.3971 0.791 0.000 0.000 0.100 0.100 0.800
#> SRR934964 3 0.2233 0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934965 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.947 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.5185 0.681 0.000 0.000 0.672 0.228 0.100
#> SRR934968 3 0.2233 0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934969 4 0.3210 0.822 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR934970 1 0.2471 0.840 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR934971 3 0.2172 0.879 0.000 0.000 0.908 0.076 0.016
#> SRR934972 4 0.2690 0.835 0.156 0.000 0.000 0.844 0.000
#> SRR934973 3 0.2233 0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934974 4 0.3616 0.642 0.000 0.000 0.032 0.804 0.164
#> SRR934975 4 0.3612 0.645 0.000 0.000 0.028 0.800 0.172
#> SRR934976 5 0.3741 0.602 0.000 0.264 0.004 0.000 0.732
#> SRR934977 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.1106 0.875 0.000 0.000 0.964 0.012 0.024
#> SRR934979 2 0.5896 0.447 0.000 0.564 0.128 0.000 0.308
#> SRR934980 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.2233 0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
#> SRR934982 1 0.0162 0.950 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934983 1 0.0290 0.949 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934984 2 0.5513 0.294 0.000 0.524 0.408 0.000 0.068
#> SRR934985 5 0.3752 0.645 0.000 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR934986 1 0.1121 0.926 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR934987 5 0.1270 0.865 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR934988 3 0.4981 0.719 0.000 0.000 0.708 0.172 0.120
#> SRR934989 1 0.0000 0.952 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.2233 0.879 0.000 0.000 0.904 0.080 0.016
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.1141 0.7893 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR934718 1 0.3747 0.5671 0.604 0.000 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR934719 6 0.4065 0.6307 0.000 0.000 0.000 0.300 0.028 0.672
#> SRR934720 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.2260 0.7066 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR934722 5 0.2110 0.8229 0.004 0.000 0.084 0.000 0.900 0.012
#> SRR934723 1 0.2178 0.8190 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934724 6 0.4276 0.4390 0.000 0.000 0.000 0.416 0.020 0.564
#> SRR934725 4 0.1297 0.8112 0.040 0.000 0.000 0.948 0.000 0.012
#> SRR934726 4 0.3806 0.5558 0.000 0.000 0.000 0.752 0.048 0.200
#> SRR934727 1 0.3620 0.6286 0.648 0.000 0.000 0.352 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.1049 0.8141 0.032 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR934729 5 0.0862 0.8499 0.004 0.000 0.008 0.000 0.972 0.016
#> SRR934730 2 0.0146 0.8761 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 6 0.4565 0.3906 0.000 0.000 0.000 0.432 0.036 0.532
#> SRR934732 2 0.3405 0.7035 0.004 0.724 0.272 0.000 0.000 0.000
#> SRR934733 4 0.0363 0.8128 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934734 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.3717 0.5855 0.616 0.000 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.4535 0.5498 0.016 0.548 0.424 0.000 0.012 0.000
#> SRR934738 4 0.1225 0.8127 0.036 0.000 0.000 0.952 0.000 0.012
#> SRR934740 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 5 0.3122 0.7528 0.020 0.000 0.176 0.000 0.804 0.000
#> SRR934742 4 0.0363 0.8131 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934743 1 0.3810 0.5018 0.572 0.000 0.000 0.428 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.3975 0.6438 0.000 0.000 0.544 0.000 0.004 0.452
#> SRR934745 5 0.1610 0.8317 0.000 0.000 0.000 0.000 0.916 0.084
#> SRR934746 5 0.4550 0.3581 0.020 0.000 0.448 0.000 0.524 0.008
#> SRR934747 2 0.0937 0.8693 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 6 0.3782 0.4632 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR934750 2 0.1074 0.8697 0.012 0.960 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.1644 0.7743 0.004 0.000 0.000 0.920 0.000 0.076
#> SRR934751 4 0.0260 0.8128 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934752 4 0.0363 0.8128 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934753 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0806 0.8150 0.020 0.000 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR934755 6 0.1812 0.4183 0.000 0.000 0.080 0.000 0.008 0.912
#> SRR934756 4 0.2793 0.6067 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR934757 6 0.4026 0.7104 0.000 0.000 0.000 0.160 0.088 0.752
#> SRR934758 4 0.2883 0.5856 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.2933 0.7698 0.004 0.796 0.200 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.2362 0.6982 0.000 0.000 0.860 0.000 0.004 0.136
#> SRR934762 4 0.0260 0.8129 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934763 4 0.0790 0.8042 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934764 4 0.1082 0.8119 0.040 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004
#> SRR934765 6 0.3737 0.4957 0.000 0.000 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR934766 4 0.0000 0.8127 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.1863 0.8290 0.896 0.000 0.000 0.104 0.000 0.000
#> SRR934769 5 0.3309 0.7430 0.004 0.000 0.192 0.000 0.788 0.016
#> SRR934770 1 0.2664 0.7903 0.816 0.000 0.000 0.184 0.000 0.000
#> SRR934772 5 0.0725 0.8498 0.000 0.000 0.012 0.000 0.976 0.012
#> SRR934771 4 0.3499 0.3749 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR934773 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934774 6 0.3727 0.7073 0.000 0.000 0.000 0.128 0.088 0.784
#> SRR934775 4 0.3652 0.3831 0.000 0.000 0.000 0.672 0.004 0.324
#> SRR934776 6 0.5190 0.4765 0.000 0.000 0.000 0.376 0.096 0.528
#> SRR934777 4 0.0865 0.7990 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934778 5 0.4796 0.5043 0.000 0.000 0.000 0.116 0.660 0.224
#> SRR934779 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934780 5 0.2378 0.7799 0.000 0.000 0.000 0.000 0.848 0.152
#> SRR934781 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0993 0.8706 0.012 0.964 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.3899 0.1185 0.000 0.000 0.000 0.592 0.004 0.404
#> SRR934784 2 0.2263 0.8420 0.016 0.884 0.100 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.3782 0.5379 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR934787 4 0.0632 0.8129 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.0937 0.8116 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934789 4 0.1196 0.8118 0.040 0.000 0.000 0.952 0.000 0.008
#> SRR934790 3 0.3975 0.6438 0.000 0.000 0.544 0.000 0.004 0.452
#> SRR934791 4 0.1444 0.7746 0.000 0.000 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR934792 3 0.3355 0.6455 0.016 0.000 0.836 0.000 0.072 0.076
#> SRR934793 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.0260 0.8129 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934796 1 0.3843 0.4547 0.548 0.000 0.000 0.452 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.0937 0.8116 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934800 2 0.4551 0.5404 0.016 0.536 0.436 0.000 0.012 0.000
#> SRR934801 2 0.5405 0.4651 0.020 0.480 0.436 0.000 0.064 0.000
#> SRR934802 2 0.3320 0.7705 0.016 0.772 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR934803 6 0.3912 0.7102 0.000 0.000 0.000 0.164 0.076 0.760
#> SRR934804 3 0.2320 0.6978 0.000 0.000 0.864 0.000 0.004 0.132
#> SRR934805 4 0.2340 0.7054 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR934806 4 0.2277 0.7864 0.032 0.000 0.000 0.892 0.000 0.076
#> SRR934807 5 0.1444 0.8381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934809 4 0.4076 -0.0915 0.000 0.000 0.000 0.540 0.008 0.452
#> SRR934810 6 0.4703 0.4369 0.000 0.000 0.000 0.408 0.048 0.544
#> SRR934811 5 0.1327 0.8414 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR934808 6 0.4666 0.4093 0.000 0.000 0.000 0.420 0.044 0.536
#> SRR934812 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.2362 0.6982 0.000 0.000 0.860 0.000 0.004 0.136
#> SRR934814 4 0.1297 0.8112 0.040 0.000 0.000 0.948 0.000 0.012
#> SRR934815 5 0.1584 0.8420 0.000 0.000 0.008 0.000 0.928 0.064
#> SRR934816 2 0.3542 0.7923 0.020 0.796 0.164 0.000 0.020 0.000
#> SRR934817 3 0.2933 0.6785 0.008 0.000 0.852 0.000 0.032 0.108
#> SRR934818 5 0.1267 0.8403 0.000 0.000 0.000 0.000 0.940 0.060
#> SRR934819 4 0.0146 0.8129 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934820 4 0.3741 0.3931 0.000 0.000 0.000 0.672 0.008 0.320
#> SRR934821 6 0.2883 0.5555 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934822 1 0.2300 0.8141 0.856 0.000 0.000 0.144 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.2300 0.7015 0.000 0.000 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR934825 3 0.5800 -0.4271 0.020 0.444 0.448 0.000 0.080 0.008
#> SRR934826 4 0.3101 0.5224 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR934827 6 0.4482 -0.3344 0.000 0.000 0.360 0.000 0.040 0.600
#> SRR934828 5 0.1444 0.8381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934829 2 0.1500 0.8623 0.012 0.936 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.1444 0.8381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934831 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.1444 0.8381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934833 5 0.2178 0.7973 0.000 0.000 0.000 0.000 0.868 0.132
#> SRR934834 5 0.5209 0.2604 0.000 0.000 0.000 0.112 0.564 0.324
#> SRR934835 3 0.2295 0.6008 0.016 0.004 0.900 0.000 0.072 0.008
#> SRR934836 1 0.3866 0.3730 0.516 0.000 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.0937 0.8116 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934839 2 0.4199 0.5751 0.016 0.568 0.416 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840 3 0.2687 0.5889 0.016 0.020 0.884 0.000 0.072 0.008
#> SRR934841 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 4 0.2941 0.5709 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR934844 4 0.0937 0.8116 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.4789 0.5061 0.016 0.512 0.448 0.000 0.024 0.000
#> SRR934847 4 0.2416 0.6950 0.000 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR934848 4 0.0937 0.8116 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934849 1 0.2178 0.8198 0.868 0.000 0.000 0.132 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.1610 0.8337 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.3966 0.6516 0.000 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444
#> SRR934853 6 0.3743 0.6674 0.000 0.000 0.000 0.252 0.024 0.724
#> SRR934852 3 0.2504 0.6980 0.004 0.000 0.856 0.000 0.004 0.136
#> SRR934854 4 0.3637 0.6091 0.000 0.000 0.000 0.780 0.056 0.164
#> SRR934856 4 0.0260 0.8114 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934858 1 0.2562 0.7981 0.828 0.000 0.000 0.172 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0865 0.8684 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860 3 0.5884 0.0658 0.020 0.244 0.584 0.000 0.144 0.008
#> SRR934861 3 0.2295 0.6008 0.016 0.004 0.900 0.000 0.072 0.008
#> SRR934862 2 0.3571 0.7957 0.020 0.816 0.116 0.000 0.048 0.000
#> SRR934863 4 0.3672 0.4317 0.000 0.000 0.000 0.688 0.008 0.304
#> SRR934864 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 6 0.5147 0.5114 0.000 0.000 0.000 0.356 0.096 0.548
#> SRR934866 2 0.4108 0.7650 0.020 0.768 0.152 0.000 0.060 0.000
#> SRR934867 3 0.2405 0.5935 0.016 0.004 0.892 0.000 0.080 0.008
#> SRR934868 3 0.2407 0.5981 0.016 0.008 0.896 0.000 0.072 0.008
#> SRR934869 6 0.4361 0.7073 0.000 0.000 0.000 0.168 0.112 0.720
#> SRR934870 4 0.0260 0.8129 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934871 5 0.1010 0.8443 0.000 0.000 0.036 0.000 0.960 0.004
#> SRR934872 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.3828 0.6559 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR934874 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0937 0.8116 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934877 4 0.2912 0.5796 0.216 0.000 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.3955 0.6566 0.000 0.000 0.560 0.000 0.004 0.436
#> SRR934879 3 0.3975 0.6438 0.000 0.000 0.544 0.000 0.004 0.452
#> SRR934880 6 0.3652 0.6938 0.000 0.000 0.004 0.196 0.032 0.768
#> SRR934881 3 0.2799 0.6924 0.012 0.000 0.852 0.000 0.012 0.124
#> SRR934882 3 0.2377 0.6959 0.004 0.000 0.868 0.000 0.004 0.124
#> SRR934883 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.0862 0.8499 0.004 0.000 0.008 0.000 0.972 0.016
#> SRR934885 5 0.2488 0.8002 0.008 0.000 0.124 0.000 0.864 0.004
#> SRR934886 6 0.5609 -0.2423 0.000 0.000 0.336 0.000 0.160 0.504
#> SRR934887 3 0.3823 0.6578 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR934888 2 0.4682 0.5469 0.016 0.548 0.416 0.000 0.020 0.000
#> SRR934889 5 0.2884 0.7739 0.008 0.000 0.164 0.000 0.824 0.004
#> SRR934890 6 0.1930 0.5715 0.000 0.000 0.012 0.036 0.028 0.924
#> SRR934891 6 0.4992 0.5448 0.000 0.000 0.000 0.112 0.268 0.620
#> SRR934892 6 0.4769 -0.3231 0.000 0.000 0.364 0.000 0.060 0.576
#> SRR934893 3 0.3828 0.6559 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR934894 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.2095 0.8290 0.004 0.000 0.076 0.000 0.904 0.016
#> SRR934896 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0547 0.8738 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 6 0.3997 -0.0706 0.000 0.000 0.004 0.000 0.488 0.508
#> SRR934899 3 0.3891 0.5984 0.004 0.000 0.768 0.000 0.164 0.064
#> SRR934900 3 0.3833 0.6537 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934901 2 0.3752 0.7866 0.020 0.804 0.116 0.000 0.060 0.000
#> SRR934902 3 0.3409 0.6885 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000 0.300
#> SRR934903 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 6 0.3756 0.4850 0.000 0.000 0.000 0.400 0.000 0.600
#> SRR934906 4 0.3601 0.3975 0.000 0.000 0.000 0.684 0.004 0.312
#> SRR934907 5 0.3401 0.7276 0.004 0.000 0.204 0.000 0.776 0.016
#> SRR934908 5 0.2357 0.8033 0.012 0.000 0.116 0.000 0.872 0.000
#> SRR934909 3 0.2402 0.6066 0.008 0.000 0.888 0.000 0.084 0.020
#> SRR934910 5 0.0862 0.8499 0.004 0.000 0.008 0.000 0.972 0.016
#> SRR934911 2 0.0291 0.8757 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.2191 0.6957 0.000 0.000 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR934913 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.1501 0.7714 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR934915 3 0.3966 0.6516 0.000 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444
#> SRR934916 4 0.3616 0.5227 0.232 0.000 0.000 0.748 0.008 0.012
#> SRR934917 2 0.4546 0.5437 0.016 0.540 0.432 0.000 0.012 0.000
#> SRR934918 3 0.3198 0.6931 0.000 0.000 0.740 0.000 0.000 0.260
#> SRR934919 5 0.2743 0.7733 0.000 0.000 0.008 0.000 0.828 0.164
#> SRR934920 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 5 0.3101 0.7813 0.000 0.000 0.032 0.000 0.820 0.148
#> SRR934924 5 0.1444 0.8381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934923 4 0.2092 0.7312 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR934925 3 0.3759 0.5054 0.008 0.000 0.752 0.000 0.216 0.024
#> SRR934926 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.2278 0.6973 0.000 0.000 0.868 0.000 0.004 0.128
#> SRR934928 6 0.3860 0.6796 0.000 0.000 0.000 0.236 0.036 0.728
#> SRR934929 6 0.5094 0.5501 0.000 0.000 0.000 0.336 0.096 0.568
#> SRR934930 3 0.3828 0.6581 0.000 0.000 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR934931 5 0.1141 0.8481 0.000 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934932 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.2748 0.6911 0.016 0.000 0.856 0.000 0.008 0.120
#> SRR934936 5 0.2575 0.8225 0.004 0.000 0.072 0.000 0.880 0.044
#> SRR934933 6 0.3996 0.7100 0.000 0.000 0.000 0.168 0.080 0.752
#> SRR934937 3 0.3975 0.6438 0.000 0.000 0.544 0.000 0.004 0.452
#> SRR934938 3 0.3823 0.6578 0.000 0.000 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR934939 6 0.4328 0.7010 0.000 0.000 0.000 0.192 0.092 0.716
#> SRR934940 5 0.1124 0.8442 0.000 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR934941 6 0.2020 0.5855 0.000 0.000 0.008 0.000 0.096 0.896
#> SRR934942 5 0.1124 0.8442 0.000 0.000 0.036 0.000 0.956 0.008
#> SRR934943 5 0.2553 0.7881 0.008 0.000 0.144 0.000 0.848 0.000
#> SRR934944 6 0.4098 0.2138 0.000 0.000 0.000 0.496 0.008 0.496
#> SRR934945 5 0.0937 0.8473 0.000 0.000 0.000 0.000 0.960 0.040
#> SRR934946 5 0.1444 0.8381 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934947 1 0.3782 0.5416 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR934948 6 0.3468 -0.1303 0.000 0.000 0.284 0.000 0.004 0.712
#> SRR934949 2 0.5381 0.4347 0.016 0.464 0.452 0.000 0.068 0.000
#> SRR934950 6 0.4328 0.6996 0.000 0.000 0.000 0.192 0.092 0.716
#> SRR934951 4 0.0937 0.8116 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934953 5 0.4015 0.4475 0.000 0.000 0.012 0.000 0.616 0.372
#> SRR934952 2 0.1074 0.8697 0.012 0.960 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR934954 2 0.1219 0.8641 0.004 0.948 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.5980 0.4353 0.000 0.000 0.444 0.000 0.264 0.292
#> SRR934957 6 0.4165 0.6950 0.000 0.000 0.000 0.128 0.128 0.744
#> SRR934958 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.3499 0.3749 0.000 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR934960 4 0.3390 0.3974 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR934961 2 0.4890 0.6457 0.020 0.620 0.316 0.000 0.044 0.000
#> SRR934962 2 0.3163 0.7653 0.004 0.764 0.232 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963 6 0.3872 0.1856 0.000 0.000 0.004 0.000 0.392 0.604
#> SRR934964 3 0.3966 0.6516 0.000 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444
#> SRR934965 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.8767 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 6 0.2351 0.5997 0.000 0.000 0.012 0.052 0.036 0.900
#> SRR934968 3 0.3833 0.6537 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934969 4 0.1049 0.8141 0.032 0.000 0.000 0.960 0.000 0.008
#> SRR934970 4 0.3409 0.3813 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.3971 0.6532 0.000 0.000 0.548 0.000 0.004 0.448
#> SRR934972 4 0.3464 0.3952 0.000 0.000 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR934973 3 0.3966 0.6516 0.000 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444
#> SRR934974 6 0.4235 0.7064 0.000 0.000 0.000 0.192 0.084 0.724
#> SRR934975 6 0.4108 0.7088 0.000 0.000 0.000 0.164 0.092 0.744
#> SRR934976 5 0.4080 0.7370 0.020 0.088 0.112 0.000 0.780 0.000
#> SRR934977 1 0.2092 0.8228 0.876 0.000 0.000 0.124 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.3595 0.6930 0.000 0.000 0.704 0.000 0.008 0.288
#> SRR934979 3 0.6615 -0.1152 0.020 0.252 0.432 0.000 0.288 0.008
#> SRR934980 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.3966 0.6516 0.000 0.000 0.552 0.000 0.004 0.444
#> SRR934982 1 0.3266 0.7160 0.728 0.000 0.000 0.272 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.3854 0.4308 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR934984 3 0.5179 0.1105 0.016 0.260 0.644 0.000 0.072 0.008
#> SRR934985 5 0.4760 0.5198 0.000 0.000 0.000 0.120 0.668 0.212
#> SRR934986 1 0.3854 0.4254 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR934987 5 0.1297 0.8425 0.000 0.000 0.040 0.000 0.948 0.012
#> SRR934988 6 0.1498 0.5153 0.000 0.000 0.032 0.000 0.028 0.940
#> SRR934989 1 0.0547 0.8448 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.3833 0.6537 0.000 0.000 0.556 0.000 0.000 0.444
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.991 0.996 0.5022 0.498 0.498
#> 3 3 0.913 0.872 0.948 0.2520 0.862 0.728
#> 4 4 0.783 0.784 0.849 0.1223 0.861 0.643
#> 5 5 0.850 0.888 0.936 0.0818 0.940 0.780
#> 6 6 0.794 0.782 0.867 0.0389 0.962 0.837
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934722 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934723 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934724 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934744 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934745 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934746 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934750 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934755 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934756 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934766 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934771 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934775 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934779 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934780 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934781 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934790 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934804 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934807 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934809 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934810 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934811 2 0.278 0.948 0.048 0.952
#> SRR934808 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934815 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934816 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934818 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934821 1 0.373 0.920 0.928 0.072
#> SRR934822 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934825 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934827 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934828 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934829 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934830 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934831 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934832 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934833 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934834 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934844 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934851 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934853 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934854 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934856 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934866 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934869 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934870 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934871 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934874 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934878 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934879 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934880 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934881 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934882 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934883 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934885 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934886 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934887 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934890 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934891 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934892 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934893 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934898 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934899 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934900 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934902 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934906 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934907 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934908 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934915 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934919 2 0.118 0.981 0.016 0.984
#> SRR934920 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934924 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934923 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934928 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934930 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934931 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934936 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934937 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934938 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934939 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934940 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934941 1 0.584 0.837 0.860 0.140
#> SRR934942 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934943 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934945 2 0.430 0.904 0.088 0.912
#> SRR934946 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934947 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934948 2 0.552 0.854 0.128 0.872
#> SRR934949 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934950 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934953 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934952 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934957 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934958 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934960 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934963 2 0.697 0.770 0.188 0.812
#> SRR934964 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934968 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934972 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934973 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934974 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934975 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934976 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934979 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934982 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR934988 1 0.946 0.429 0.636 0.364
#> SRR934989 1 0.000 0.996 1.000 0.000
#> SRR934990 2 0.000 0.996 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719 1 0.6140 0.3929 0.596 0.000 0.404
#> SRR934720 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934722 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724 1 0.3879 0.7955 0.848 0.000 0.152
#> SRR934725 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 1 0.6192 0.3578 0.580 0.000 0.420
#> SRR934750 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934755 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757 1 0.6302 0.2007 0.520 0.000 0.480
#> SRR934758 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761 3 0.6225 0.3872 0.000 0.432 0.568
#> SRR934762 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934765 1 0.1289 0.9171 0.968 0.000 0.032
#> SRR934766 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.4887 0.6071 0.228 0.000 0.772
#> SRR934775 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934776 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934778 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780 2 0.6215 0.0814 0.000 0.572 0.428
#> SRR934781 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934790 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803 1 0.6274 0.2681 0.544 0.000 0.456
#> SRR934804 3 0.6225 0.3872 0.000 0.432 0.568
#> SRR934805 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934807 1 0.0237 0.9402 0.996 0.004 0.000
#> SRR934809 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934810 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934811 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934808 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.5254 0.6519 0.000 0.264 0.736
#> SRR934814 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934815 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 3 0.6302 0.2540 0.000 0.480 0.520
#> SRR934818 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934821 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934828 1 0.5760 0.5067 0.672 0.328 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934833 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853 1 0.6295 0.2247 0.528 0.000 0.472
#> SRR934852 3 0.6235 0.3771 0.000 0.436 0.564
#> SRR934854 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934856 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869 1 0.6180 0.3668 0.584 0.000 0.416
#> SRR934870 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934871 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880 3 0.4555 0.6580 0.200 0.000 0.800
#> SRR934881 2 0.5650 0.4519 0.000 0.688 0.312
#> SRR934882 3 0.6225 0.3872 0.000 0.432 0.568
#> SRR934883 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934886 3 0.6215 0.3955 0.000 0.428 0.572
#> SRR934887 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934890 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891 1 0.0892 0.9276 0.980 0.000 0.020
#> SRR934892 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934900 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 1 0.6111 0.4093 0.604 0.000 0.396
#> SRR934906 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934907 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 3 0.6235 0.3771 0.000 0.436 0.564
#> SRR934913 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934915 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934919 3 0.6140 0.3666 0.000 0.404 0.596
#> SRR934920 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0592 0.8658 0.000 0.012 0.988
#> SRR934924 1 0.2261 0.8683 0.932 0.068 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 3 0.6225 0.3872 0.000 0.432 0.568
#> SRR934928 1 0.6291 0.2364 0.532 0.000 0.468
#> SRR934929 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934930 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 3 0.6225 0.3872 0.000 0.432 0.568
#> SRR934936 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934933 1 0.6140 0.3927 0.596 0.000 0.404
#> SRR934937 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939 1 0.6280 0.2584 0.540 0.000 0.460
#> SRR934940 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934941 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934945 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934946 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950 1 0.6244 0.3095 0.560 0.000 0.440
#> SRR934951 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934953 3 0.1643 0.8457 0.000 0.044 0.956
#> SRR934952 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.6140 0.4399 0.000 0.404 0.596
#> SRR934957 1 0.6286 0.2467 0.536 0.000 0.464
#> SRR934958 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963 2 0.9602 -0.2282 0.200 0.404 0.396
#> SRR934964 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934973 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974 1 0.6140 0.3929 0.596 0.000 0.404
#> SRR934975 1 0.6309 0.1500 0.504 0.000 0.496
#> SRR934976 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978 2 0.6168 0.1489 0.000 0.588 0.412
#> SRR934979 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.9785 0.000 1.000 0.000
#> SRR934988 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9441 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.8722 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 4 0.0336 0.840 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934718 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934719 4 0.0921 0.828 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934720 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934721 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934722 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934723 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934724 4 0.0707 0.834 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR934725 4 0.3074 0.600 0.152 0.000 0.000 0.848
#> SRR934726 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934727 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934728 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934729 2 0.4955 0.462 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934733 4 0.3219 0.573 0.164 0.000 0.000 0.836
#> SRR934734 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934735 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934736 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934737 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934738 4 0.0592 0.831 0.016 0.000 0.000 0.984
#> SRR934740 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934739 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.1637 0.913 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR934742 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934743 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934744 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934745 1 0.0000 0.368 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.0921 0.828 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934750 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934751 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934752 4 0.0707 0.827 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934753 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934755 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934756 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934757 4 0.3837 0.609 0.000 0.000 0.224 0.776
#> SRR934758 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934759 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934760 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.4790 0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934762 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934763 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934764 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934765 4 0.4941 -0.549 0.436 0.000 0.000 0.564
#> SRR934766 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934767 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934768 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934769 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934770 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934772 2 0.1211 0.929 0.040 0.960 0.000 0.000
#> SRR934771 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934773 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934774 4 0.4661 0.443 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR934775 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934776 4 0.2216 0.763 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR934777 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934778 4 0.4898 0.362 0.416 0.000 0.000 0.584
#> SRR934779 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934780 1 0.7510 -0.477 0.436 0.184 0.380 0.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934787 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934788 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934789 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934790 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934792 2 0.0817 0.934 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934793 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934794 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934796 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934797 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934798 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934799 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934803 4 0.7706 -0.442 0.348 0.000 0.228 0.424
#> SRR934804 3 0.4790 0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934805 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934806 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934807 1 0.4830 -0.165 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934809 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934810 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934811 2 0.4955 0.462 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR934808 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934812 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934813 3 0.4761 0.561 0.000 0.372 0.628 0.000
#> SRR934814 4 0.3123 0.591 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR934815 2 0.1940 0.900 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.4955 0.412 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR934818 2 0.4955 0.462 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR934819 4 0.3610 0.476 0.200 0.000 0.000 0.800
#> SRR934820 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934821 3 0.0592 0.855 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR934822 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934823 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934826 4 0.3172 0.582 0.160 0.000 0.000 0.840
#> SRR934827 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934828 1 0.3801 0.125 0.780 0.220 0.000 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 1 0.4830 -0.165 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934831 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934832 2 0.4955 0.462 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR934833 1 0.4855 -0.177 0.600 0.000 0.000 0.400
#> SRR934834 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934835 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934836 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934837 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934842 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934844 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934848 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934849 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934850 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934851 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934853 4 0.3123 0.686 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934852 3 0.4790 0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934854 4 0.4103 0.552 0.256 0.000 0.000 0.744
#> SRR934856 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934858 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934859 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.2216 0.763 0.092 0.000 0.000 0.908
#> SRR934866 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934869 4 0.0921 0.828 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934870 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934871 2 0.2011 0.896 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934877 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934878 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934879 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934880 4 0.4790 0.400 0.000 0.000 0.380 0.620
#> SRR934881 3 0.4955 0.412 0.000 0.444 0.556 0.000
#> SRR934882 3 0.4790 0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.4955 0.462 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934886 3 0.4730 0.573 0.000 0.364 0.636 0.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934890 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934891 4 0.2987 0.737 0.104 0.000 0.016 0.880
#> SRR934892 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934893 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934896 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934897 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934900 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.1792 0.791 0.000 0.000 0.068 0.932
#> SRR934906 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934907 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934908 2 0.1637 0.913 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934910 2 0.4955 0.462 0.444 0.556 0.000 0.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.4790 0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934915 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934916 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934917 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919 3 0.5253 0.424 0.016 0.360 0.624 0.000
#> SRR934920 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934921 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0469 0.857 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934924 1 0.0000 0.368 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934923 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934925 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.4790 0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934928 4 0.2760 0.720 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR934929 4 0.0336 0.840 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934930 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934931 2 0.3486 0.786 0.188 0.812 0.000 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.4790 0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934936 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934933 4 0.6482 -0.360 0.352 0.000 0.084 0.564
#> SRR934937 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934939 4 0.2589 0.735 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR934940 2 0.2081 0.893 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR934941 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934942 2 0.2081 0.893 0.084 0.916 0.000 0.000
#> SRR934943 2 0.1940 0.900 0.076 0.924 0.000 0.000
#> SRR934944 4 0.4817 -0.401 0.388 0.000 0.000 0.612
#> SRR934945 1 0.1118 0.346 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR934946 4 0.4955 0.323 0.444 0.000 0.000 0.556
#> SRR934947 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934948 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950 4 0.1557 0.802 0.000 0.000 0.056 0.944
#> SRR934951 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934953 3 0.1209 0.847 0.004 0.032 0.964 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934956 3 0.4697 0.583 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR934957 4 0.3105 0.702 0.004 0.000 0.140 0.856
#> SRR934958 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934960 4 0.3123 0.591 0.156 0.000 0.000 0.844
#> SRR934961 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.6790 0.151 0.540 0.372 0.080 0.008
#> SRR934964 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.2408 0.770 0.000 0.000 0.896 0.104
#> SRR934968 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934969 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934970 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934971 3 0.0469 0.856 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934972 4 0.0000 0.847 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934973 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974 4 0.0921 0.828 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934975 4 0.3400 0.653 0.000 0.000 0.180 0.820
#> SRR934976 2 0.1637 0.913 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR934977 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934978 3 0.4790 0.550 0.000 0.380 0.620 0.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934980 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934981 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934982 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934983 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934984 2 0.0000 0.958 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934985 4 0.4925 0.341 0.428 0.000 0.000 0.572
#> SRR934986 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934987 2 0.1389 0.923 0.048 0.952 0.000 0.000
#> SRR934988 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934989 1 0.4955 0.829 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR934990 3 0.0000 0.861 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.4074 0.677 0.364 0.000 0.000 0.636 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934719 4 0.2471 0.853 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.2516 0.854 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934722 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.0000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934725 4 0.4182 0.611 0.400 0.000 0.000 0.600 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.2179 0.837 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR934729 5 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.0290 0.815 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934733 1 0.1792 0.860 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934738 4 0.3561 0.818 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0609 0.973 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934742 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934745 5 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.2471 0.853 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.2605 0.855 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.3586 0.815 0.264 0.000 0.000 0.736 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.3480 0.829 0.248 0.000 0.000 0.752 0.000
#> SRR934755 3 0.0510 0.871 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934757 4 0.0510 0.802 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.3177 0.743 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR934762 4 0.3424 0.835 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR934763 4 0.2127 0.835 0.108 0.000 0.000 0.892 0.000
#> SRR934764 4 0.3561 0.818 0.260 0.000 0.000 0.740 0.000
#> SRR934765 1 0.2020 0.849 0.900 0.000 0.000 0.100 0.000
#> SRR934766 4 0.3424 0.835 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 2 0.0290 0.984 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934771 4 0.2516 0.854 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 4 0.0794 0.794 0.000 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934775 4 0.1121 0.831 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR934776 4 0.1121 0.829 0.044 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR934777 4 0.2966 0.852 0.184 0.000 0.000 0.816 0.000
#> SRR934778 5 0.3825 0.811 0.060 0.000 0.000 0.136 0.804
#> SRR934779 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 5 0.1965 0.838 0.000 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR934781 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.0290 0.815 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.3999 0.714 0.344 0.000 0.000 0.656 0.000
#> SRR934789 4 0.3109 0.842 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR934790 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934791 4 0.3210 0.846 0.212 0.000 0.000 0.788 0.000
#> SRR934792 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.3452 0.832 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.3424 0.835 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934803 1 0.5526 0.529 0.648 0.000 0.200 0.152 0.000
#> SRR934804 3 0.3177 0.743 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR934805 4 0.1043 0.829 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR934806 4 0.3366 0.839 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR934807 5 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934809 4 0.0162 0.812 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934810 4 0.0162 0.812 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934811 5 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934808 4 0.1043 0.828 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.3143 0.746 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR934814 4 0.4273 0.503 0.448 0.000 0.000 0.552 0.000
#> SRR934815 2 0.0880 0.962 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934816 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.4171 0.466 0.000 0.396 0.604 0.000 0.000
#> SRR934818 5 0.0290 0.922 0.000 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934819 1 0.0963 0.924 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000
#> SRR934820 4 0.1043 0.828 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR934821 3 0.1117 0.863 0.000 0.000 0.964 0.020 0.016
#> SRR934822 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.2516 0.854 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934826 1 0.1341 0.898 0.944 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR934827 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934828 5 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934833 5 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.3424 0.835 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934844 4 0.3636 0.807 0.272 0.000 0.000 0.728 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847 4 0.0162 0.812 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934848 4 0.3424 0.835 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934853 4 0.0162 0.808 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934852 3 0.3210 0.738 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR934854 5 0.5811 0.379 0.108 0.000 0.000 0.340 0.552
#> SRR934856 4 0.3452 0.832 0.244 0.000 0.000 0.756 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 4 0.1478 0.833 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.0000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869 4 0.2471 0.853 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR934870 4 0.2179 0.837 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR934871 2 0.2230 0.870 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR934872 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.3424 0.835 0.240 0.000 0.000 0.760 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934879 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934880 4 0.0703 0.797 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR934881 3 0.4126 0.504 0.000 0.380 0.620 0.000 0.000
#> SRR934882 3 0.3177 0.743 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934886 3 0.3143 0.746 0.000 0.204 0.796 0.000 0.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934890 3 0.1270 0.847 0.000 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR934891 4 0.0000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934892 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934893 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 2 0.0162 0.987 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934896 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.2020 0.813 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934900 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.2471 0.853 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR934906 4 0.3612 0.811 0.268 0.000 0.000 0.732 0.000
#> SRR934907 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934908 2 0.0609 0.973 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934909 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934910 5 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.3177 0.743 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.2929 0.853 0.180 0.000 0.000 0.820 0.000
#> SRR934915 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934919 3 0.5933 0.422 0.000 0.320 0.576 0.092 0.012
#> SRR934920 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0703 0.867 0.000 0.024 0.976 0.000 0.000
#> SRR934924 5 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.3177 0.743 0.000 0.208 0.792 0.000 0.000
#> SRR934928 4 0.0162 0.808 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934929 4 0.3932 0.734 0.328 0.000 0.000 0.672 0.000
#> SRR934930 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934931 5 0.3612 0.589 0.000 0.268 0.000 0.000 0.732
#> SRR934932 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.3210 0.738 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR934936 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934933 1 0.5131 0.305 0.540 0.000 0.040 0.420 0.000
#> SRR934937 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934939 4 0.0000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934940 2 0.2471 0.845 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR934941 3 0.0703 0.867 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934942 2 0.4088 0.419 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR934943 2 0.0794 0.966 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934944 1 0.4210 0.333 0.588 0.000 0.000 0.412 0.000
#> SRR934945 5 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934946 5 0.0000 0.929 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950 4 0.0000 0.810 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934951 4 0.3366 0.839 0.232 0.000 0.000 0.768 0.000
#> SRR934953 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.2813 0.773 0.000 0.168 0.832 0.000 0.000
#> SRR934957 4 0.0162 0.808 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.2516 0.854 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934960 4 0.4283 0.484 0.456 0.000 0.000 0.544 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.6008 0.341 0.584 0.200 0.216 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.3242 0.648 0.000 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934969 4 0.2179 0.837 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934972 4 0.2561 0.854 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR934973 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934974 4 0.2471 0.853 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR934975 4 0.0162 0.808 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934976 2 0.0703 0.970 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934977 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.3336 0.720 0.000 0.228 0.772 0.000 0.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.990 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934985 5 0.3861 0.809 0.068 0.000 0.000 0.128 0.804
#> SRR934986 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.1043 0.955 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR934988 3 0.1043 0.857 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.962 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.878 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.3512 0.6899 0.272 0.000 0.000 0.720 0.000 0.008
#> SRR934718 1 0.0146 0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934719 4 0.3717 0.4186 0.016 0.000 0.000 0.708 0.000 0.276
#> SRR934720 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.4634 0.6169 0.124 0.000 0.000 0.688 0.000 0.188
#> SRR934722 2 0.2933 0.8406 0.000 0.852 0.000 0.008 0.032 0.108
#> SRR934723 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 6 0.2340 0.6758 0.000 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR934725 4 0.4420 0.6061 0.308 0.000 0.000 0.644 0.000 0.048
#> SRR934726 1 0.1913 0.8314 0.908 0.000 0.000 0.080 0.000 0.012
#> SRR934727 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 6 0.5058 0.5836 0.076 0.000 0.000 0.424 0.000 0.500
#> SRR934729 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 6 0.3409 0.7136 0.000 0.000 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR934732 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934733 1 0.4026 0.2466 0.636 0.000 0.000 0.348 0.000 0.016
#> SRR934734 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0146 0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934738 4 0.3989 0.6713 0.236 0.000 0.000 0.720 0.000 0.044
#> SRR934740 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.2333 0.8510 0.000 0.872 0.000 0.004 0.120 0.004
#> SRR934742 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0146 0.8417 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934745 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.3717 0.4186 0.016 0.000 0.000 0.708 0.000 0.276
#> SRR934750 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934749 4 0.4416 0.6307 0.124 0.000 0.000 0.716 0.000 0.160
#> SRR934751 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.3989 0.6713 0.236 0.000 0.000 0.720 0.000 0.044
#> SRR934753 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.3964 0.6713 0.232 0.000 0.000 0.724 0.000 0.044
#> SRR934755 3 0.4950 0.5960 0.000 0.000 0.652 0.184 0.000 0.164
#> SRR934756 1 0.3101 0.5644 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR934757 6 0.2178 0.6723 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR934758 1 0.0146 0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.2730 0.7458 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000 0.000
#> SRR934762 4 0.3964 0.6713 0.232 0.000 0.000 0.724 0.000 0.044
#> SRR934763 6 0.4868 0.6256 0.060 0.000 0.000 0.416 0.000 0.524
#> SRR934764 4 0.3989 0.6713 0.236 0.000 0.000 0.720 0.000 0.044
#> SRR934765 1 0.3650 0.6880 0.792 0.000 0.000 0.092 0.000 0.116
#> SRR934766 4 0.3885 0.7054 0.220 0.000 0.000 0.736 0.000 0.044
#> SRR934767 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 2 0.2612 0.8537 0.000 0.868 0.008 0.016 0.000 0.108
#> SRR934770 1 0.0146 0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934772 2 0.1737 0.9088 0.000 0.932 0.000 0.020 0.040 0.008
#> SRR934771 4 0.4587 0.5957 0.108 0.000 0.000 0.688 0.000 0.204
#> SRR934773 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 6 0.2135 0.6640 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR934775 6 0.4482 0.6717 0.032 0.000 0.000 0.416 0.000 0.552
#> SRR934776 6 0.3717 0.7265 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR934777 4 0.4095 0.6997 0.208 0.000 0.000 0.728 0.000 0.064
#> SRR934778 5 0.6397 0.1325 0.044 0.000 0.000 0.200 0.512 0.244
#> SRR934779 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 5 0.3539 0.7463 0.000 0.000 0.008 0.016 0.768 0.208
#> SRR934781 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 6 0.3647 0.7369 0.000 0.000 0.000 0.360 0.000 0.640
#> SRR934784 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0146 0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.3390 0.6582 0.296 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR934789 4 0.5997 -0.1801 0.240 0.000 0.000 0.416 0.000 0.344
#> SRR934790 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934791 4 0.3259 0.7009 0.216 0.000 0.000 0.772 0.000 0.012
#> SRR934792 2 0.0547 0.9398 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.3964 0.6713 0.232 0.000 0.000 0.724 0.000 0.044
#> SRR934796 1 0.0146 0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.2941 0.6998 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934803 1 0.5640 0.4530 0.628 0.000 0.120 0.044 0.000 0.208
#> SRR934804 3 0.2697 0.7495 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR934805 6 0.4159 0.7034 0.016 0.000 0.000 0.396 0.000 0.588
#> SRR934806 4 0.4631 0.6344 0.140 0.000 0.000 0.692 0.000 0.168
#> SRR934807 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934809 6 0.3428 0.7270 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR934810 6 0.3592 0.7411 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR934811 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934808 6 0.3695 0.7301 0.000 0.000 0.000 0.376 0.000 0.624
#> SRR934812 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.2697 0.7495 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR934814 4 0.4408 0.5998 0.320 0.000 0.000 0.636 0.000 0.044
#> SRR934815 2 0.2920 0.8258 0.000 0.844 0.000 0.020 0.128 0.008
#> SRR934816 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.3659 0.5158 0.000 0.364 0.636 0.000 0.000 0.000
#> SRR934818 5 0.2196 0.8263 0.000 0.004 0.000 0.004 0.884 0.108
#> SRR934819 1 0.3854 -0.1436 0.536 0.000 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR934820 6 0.3782 0.7076 0.000 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR934821 3 0.5845 0.2533 0.000 0.000 0.472 0.152 0.008 0.368
#> SRR934822 1 0.0146 0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.4560 0.5982 0.108 0.000 0.000 0.692 0.000 0.200
#> SRR934825 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934826 1 0.4161 -0.1190 0.540 0.000 0.000 0.448 0.000 0.012
#> SRR934827 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934828 5 0.0146 0.8957 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934833 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934836 1 0.1141 0.8777 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.2941 0.6998 0.220 0.000 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0713 0.9052 0.972 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR934844 4 0.3371 0.6757 0.292 0.000 0.000 0.708 0.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934847 6 0.3717 0.7230 0.000 0.000 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR934848 4 0.3287 0.6950 0.220 0.000 0.000 0.768 0.000 0.012
#> SRR934849 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934853 6 0.2178 0.6608 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR934852 3 0.2730 0.7458 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000 0.000
#> SRR934854 6 0.7074 0.4111 0.076 0.000 0.000 0.264 0.268 0.392
#> SRR934856 4 0.3885 0.7054 0.220 0.000 0.000 0.736 0.000 0.044
#> SRR934858 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934863 6 0.4109 0.6978 0.012 0.000 0.000 0.412 0.000 0.576
#> SRR934864 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 6 0.3563 0.7429 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000 0.664
#> SRR934866 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934869 4 0.3717 0.4186 0.016 0.000 0.000 0.708 0.000 0.276
#> SRR934870 6 0.5058 0.5836 0.076 0.000 0.000 0.424 0.000 0.500
#> SRR934871 2 0.5830 0.3340 0.000 0.544 0.000 0.028 0.312 0.116
#> SRR934872 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.3287 0.6950 0.220 0.000 0.000 0.768 0.000 0.012
#> SRR934877 1 0.0547 0.9125 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934879 3 0.0146 0.8417 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934880 6 0.2135 0.6640 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR934881 3 0.3531 0.5702 0.000 0.328 0.672 0.000 0.000 0.000
#> SRR934882 3 0.2697 0.7495 0.000 0.188 0.812 0.000 0.000 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885 2 0.0622 0.9417 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR934886 3 0.2762 0.7415 0.000 0.196 0.804 0.000 0.000 0.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0622 0.9417 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR934890 4 0.5764 0.2093 0.000 0.000 0.228 0.508 0.000 0.264
#> SRR934891 6 0.3742 0.7408 0.000 0.000 0.000 0.348 0.004 0.648
#> SRR934892 3 0.2358 0.7808 0.000 0.000 0.876 0.016 0.000 0.108
#> SRR934893 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 2 0.4437 0.7517 0.000 0.768 0.016 0.016 0.092 0.108
#> SRR934896 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.3745 0.6828 0.000 0.000 0.732 0.028 0.000 0.240
#> SRR934899 2 0.2356 0.8685 0.000 0.884 0.016 0.004 0.000 0.096
#> SRR934900 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934901 2 0.0260 0.9493 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.4745 0.5153 0.088 0.000 0.000 0.644 0.000 0.268
#> SRR934906 4 0.1745 0.5918 0.056 0.000 0.000 0.924 0.000 0.020
#> SRR934907 2 0.3303 0.8294 0.000 0.840 0.016 0.008 0.028 0.108
#> SRR934908 2 0.2219 0.8413 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136 0.000
#> SRR934909 2 0.0520 0.9444 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR934910 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.2664 0.7525 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.4200 0.6975 0.208 0.000 0.000 0.720 0.000 0.072
#> SRR934915 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934919 3 0.5260 0.5546 0.000 0.244 0.660 0.020 0.028 0.048
#> SRR934920 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.3090 0.7572 0.000 0.004 0.828 0.028 0.000 0.140
#> SRR934924 5 0.0146 0.8947 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.2712 0.8505 0.000 0.864 0.012 0.016 0.000 0.108
#> SRR934926 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.2631 0.7552 0.000 0.180 0.820 0.000 0.000 0.000
#> SRR934928 6 0.2178 0.6671 0.000 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR934929 4 0.1625 0.5908 0.060 0.000 0.000 0.928 0.000 0.012
#> SRR934930 3 0.2263 0.7864 0.000 0.000 0.884 0.016 0.000 0.100
#> SRR934931 5 0.5333 0.5487 0.000 0.224 0.000 0.024 0.640 0.112
#> SRR934932 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.2730 0.7458 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000 0.000
#> SRR934936 2 0.2358 0.8600 0.000 0.876 0.000 0.016 0.000 0.108
#> SRR934933 6 0.4586 0.2170 0.400 0.000 0.004 0.032 0.000 0.564
#> SRR934937 3 0.0146 0.8417 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934938 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939 6 0.2135 0.6640 0.000 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR934940 2 0.5819 0.2870 0.000 0.528 0.000 0.024 0.332 0.116
#> SRR934941 6 0.3860 -0.0533 0.000 0.000 0.472 0.000 0.000 0.528
#> SRR934942 2 0.5944 -0.0139 0.000 0.440 0.000 0.024 0.420 0.116
#> SRR934943 2 0.2825 0.8241 0.000 0.844 0.000 0.012 0.136 0.008
#> SRR934944 1 0.4530 0.3163 0.600 0.000 0.000 0.044 0.000 0.356
#> SRR934945 5 0.0000 0.8972 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934946 5 0.0547 0.8880 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980 0.000
#> SRR934947 1 0.0146 0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.2178 0.7610 0.000 0.000 0.868 0.000 0.000 0.132
#> SRR934949 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934950 6 0.3101 0.7313 0.000 0.000 0.000 0.244 0.000 0.756
#> SRR934951 4 0.4007 0.7041 0.220 0.000 0.000 0.728 0.000 0.052
#> SRR934953 3 0.1116 0.8294 0.000 0.000 0.960 0.008 0.004 0.028
#> SRR934952 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.4227 0.7396 0.000 0.112 0.764 0.016 0.000 0.108
#> SRR934957 6 0.2883 0.7192 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR934958 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.4587 0.5957 0.108 0.000 0.000 0.688 0.000 0.204
#> SRR934960 4 0.4052 0.5778 0.356 0.000 0.000 0.628 0.000 0.016
#> SRR934961 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.5637 0.3142 0.584 0.176 0.228 0.012 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 4 0.5624 0.2403 0.000 0.000 0.200 0.536 0.000 0.264
#> SRR934968 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934969 6 0.5058 0.5836 0.076 0.000 0.000 0.424 0.000 0.500
#> SRR934970 1 0.0146 0.9256 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.0146 0.8422 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR934972 4 0.4587 0.5957 0.108 0.000 0.000 0.688 0.000 0.204
#> SRR934973 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934974 4 0.3695 0.4227 0.016 0.000 0.000 0.712 0.000 0.272
#> SRR934975 6 0.2883 0.7196 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR934976 2 0.2793 0.7635 0.000 0.800 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.3330 0.6367 0.000 0.284 0.716 0.000 0.000 0.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0547 0.9125 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9541 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934985 5 0.6193 0.2799 0.056 0.000 0.000 0.148 0.560 0.236
#> SRR934986 1 0.0632 0.9082 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.4803 0.6210 0.000 0.684 0.000 0.008 0.200 0.108
#> SRR934988 3 0.3351 0.6127 0.000 0.000 0.712 0.000 0.000 0.288
#> SRR934989 1 0.0000 0.9275 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.8430 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.752 0.906 0.955 0.4928 0.498 0.498
#> 3 3 0.687 0.846 0.925 0.3258 0.785 0.594
#> 4 4 0.731 0.654 0.797 0.1120 0.848 0.596
#> 5 5 0.733 0.732 0.838 0.0674 0.923 0.721
#> 6 6 0.828 0.821 0.902 0.0559 0.922 0.677
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934722 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934724 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0376 0.916 0.004 0.996
#> SRR934730 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934744 2 0.8955 0.637 0.312 0.688
#> SRR934745 1 0.0672 0.975 0.992 0.008
#> SRR934746 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934755 1 0.6887 0.754 0.816 0.184
#> SRR934756 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934766 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.7674 0.742 0.224 0.776
#> SRR934771 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934774 1 0.4298 0.889 0.912 0.088
#> SRR934775 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934777 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934778 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934780 2 0.9000 0.631 0.316 0.684
#> SRR934781 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934790 2 0.9000 0.631 0.316 0.684
#> SRR934791 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934807 1 0.2948 0.931 0.948 0.052
#> SRR934809 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934810 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934811 2 0.9000 0.631 0.316 0.684
#> SRR934808 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934815 2 0.9000 0.631 0.316 0.684
#> SRR934816 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934818 2 0.9000 0.631 0.316 0.684
#> SRR934819 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934821 2 0.9963 0.277 0.464 0.536
#> SRR934822 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934827 2 0.9000 0.631 0.316 0.684
#> SRR934828 1 0.2603 0.939 0.956 0.044
#> SRR934829 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934830 1 0.1633 0.960 0.976 0.024
#> SRR934831 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934832 1 0.9881 0.095 0.564 0.436
#> SRR934833 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934851 2 0.8713 0.665 0.292 0.708
#> SRR934853 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934854 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934856 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934866 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934869 1 0.7528 0.698 0.784 0.216
#> SRR934870 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934871 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.8081 0.716 0.248 0.752
#> SRR934874 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934878 2 0.5737 0.824 0.136 0.864
#> SRR934879 2 0.9000 0.631 0.316 0.684
#> SRR934880 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.0376 0.916 0.004 0.996
#> SRR934885 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934886 2 0.9000 0.631 0.316 0.684
#> SRR934887 2 0.1633 0.905 0.024 0.976
#> SRR934888 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934890 1 0.6887 0.754 0.816 0.184
#> SRR934891 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934892 2 0.9000 0.631 0.316 0.684
#> SRR934893 2 0.8763 0.659 0.296 0.704
#> SRR934894 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934898 2 0.9000 0.631 0.316 0.684
#> SRR934899 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934900 2 0.8555 0.680 0.280 0.720
#> SRR934901 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934902 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934906 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934907 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.0376 0.916 0.004 0.996
#> SRR934911 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934915 2 0.8955 0.637 0.312 0.688
#> SRR934916 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934919 2 0.9000 0.631 0.316 0.684
#> SRR934920 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.9000 0.631 0.316 0.684
#> SRR934924 1 0.4022 0.900 0.920 0.080
#> SRR934923 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934928 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934930 2 0.3584 0.877 0.068 0.932
#> SRR934931 2 0.8763 0.659 0.296 0.704
#> SRR934932 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934936 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934937 2 0.9000 0.631 0.316 0.684
#> SRR934938 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934939 1 0.5842 0.820 0.860 0.140
#> SRR934940 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934941 1 0.6887 0.754 0.816 0.184
#> SRR934942 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934945 2 0.3584 0.876 0.068 0.932
#> SRR934946 1 0.3274 0.922 0.940 0.060
#> SRR934947 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934948 2 0.9393 0.555 0.356 0.644
#> SRR934949 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934950 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934951 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934953 2 0.9000 0.631 0.316 0.684
#> SRR934952 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.3274 0.882 0.060 0.940
#> SRR934957 1 0.0672 0.975 0.992 0.008
#> SRR934958 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934963 2 0.9608 0.494 0.384 0.616
#> SRR934964 2 0.8909 0.643 0.308 0.692
#> SRR934965 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934967 1 0.6712 0.766 0.824 0.176
#> SRR934968 2 0.8499 0.685 0.276 0.724
#> SRR934969 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.4690 0.853 0.100 0.900
#> SRR934972 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934973 2 0.8443 0.689 0.272 0.728
#> SRR934974 1 0.6887 0.754 0.816 0.184
#> SRR934975 1 0.0672 0.975 0.992 0.008
#> SRR934976 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.8713 0.665 0.292 0.708
#> SRR934982 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.919 0.000 1.000
#> SRR934988 2 0.9000 0.631 0.316 0.684
#> SRR934989 1 0.0000 0.983 1.000 0.000
#> SRR934990 2 0.8955 0.637 0.312 0.688
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719 1 0.5363 0.7035 0.724 0.000 0.276
#> SRR934720 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721 1 0.1643 0.9049 0.956 0.000 0.044
#> SRR934722 3 0.4555 0.7362 0.000 0.200 0.800
#> SRR934723 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724 1 0.5291 0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934725 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934726 1 0.1289 0.9110 0.968 0.000 0.032
#> SRR934727 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934729 2 0.5201 0.7252 0.004 0.760 0.236
#> SRR934730 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 1 0.5291 0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934732 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733 1 0.0892 0.9167 0.980 0.000 0.020
#> SRR934734 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0237 0.9286 0.000 0.996 0.004
#> SRR934738 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.3267 0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934742 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745 1 0.5905 0.5800 0.648 0.000 0.352
#> SRR934746 2 0.3752 0.8423 0.000 0.856 0.144
#> SRR934747 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 3 0.6267 0.0683 0.452 0.000 0.548
#> SRR934750 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934755 3 0.0592 0.8766 0.012 0.000 0.988
#> SRR934756 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757 3 0.3267 0.7931 0.116 0.000 0.884
#> SRR934758 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761 3 0.4002 0.7777 0.000 0.160 0.840
#> SRR934762 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934763 1 0.3752 0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934764 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934765 1 0.3816 0.8427 0.852 0.000 0.148
#> SRR934766 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.3816 0.7877 0.000 0.148 0.852
#> SRR934770 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772 3 0.4504 0.7034 0.000 0.196 0.804
#> SRR934771 1 0.3752 0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934773 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0424 0.8792 0.008 0.000 0.992
#> SRR934775 1 0.3686 0.8484 0.860 0.000 0.140
#> SRR934776 1 0.5291 0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934777 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934778 1 0.3816 0.8427 0.852 0.000 0.148
#> SRR934779 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783 1 0.3816 0.8427 0.852 0.000 0.148
#> SRR934784 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934790 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.0747 0.9185 0.984 0.000 0.016
#> SRR934792 3 0.5733 0.5299 0.000 0.324 0.676
#> SRR934793 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803 3 0.3192 0.7968 0.112 0.000 0.888
#> SRR934804 3 0.4002 0.7777 0.000 0.160 0.840
#> SRR934805 1 0.3752 0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934806 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934807 1 0.6062 0.5148 0.616 0.000 0.384
#> SRR934809 1 0.3816 0.8427 0.852 0.000 0.148
#> SRR934810 1 0.5291 0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934811 2 0.9481 0.1231 0.184 0.432 0.384
#> SRR934808 1 0.5291 0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934812 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.5291 0.6342 0.000 0.268 0.732
#> SRR934814 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934815 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 3 0.4002 0.7777 0.000 0.160 0.840
#> SRR934818 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934820 1 0.3752 0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934821 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0747 0.9185 0.984 0.000 0.016
#> SRR934825 2 0.3267 0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934826 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934828 1 0.5733 0.6300 0.676 0.000 0.324
#> SRR934829 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830 1 0.6062 0.5148 0.616 0.000 0.384
#> SRR934831 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832 1 0.6235 0.3908 0.564 0.000 0.436
#> SRR934833 1 0.5291 0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934834 1 0.5291 0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934835 2 0.3267 0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934836 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840 2 0.3267 0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934841 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847 1 0.3752 0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934848 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853 3 0.3267 0.7931 0.116 0.000 0.884
#> SRR934852 3 0.5291 0.6342 0.000 0.268 0.732
#> SRR934854 1 0.3752 0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934856 1 0.0747 0.9185 0.984 0.000 0.016
#> SRR934858 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 2 0.3267 0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934861 2 0.3192 0.8708 0.000 0.888 0.112
#> SRR934862 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863 1 0.3752 0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934864 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 1 0.5291 0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934866 2 0.0592 0.9252 0.000 0.988 0.012
#> SRR934867 2 0.3340 0.8651 0.000 0.880 0.120
#> SRR934868 2 0.3267 0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934869 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934870 1 0.0747 0.9185 0.984 0.000 0.016
#> SRR934871 3 0.6079 0.2899 0.000 0.388 0.612
#> SRR934872 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880 3 0.3267 0.7931 0.116 0.000 0.884
#> SRR934881 3 0.5291 0.6342 0.000 0.268 0.732
#> SRR934882 3 0.4121 0.7698 0.000 0.168 0.832
#> SRR934883 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 2 0.5244 0.7204 0.004 0.756 0.240
#> SRR934885 2 0.5016 0.7228 0.000 0.760 0.240
#> SRR934886 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.1031 0.9198 0.000 0.976 0.024
#> SRR934889 2 0.4974 0.7283 0.000 0.764 0.236
#> SRR934890 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891 1 0.5291 0.7139 0.732 0.000 0.268
#> SRR934892 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 3 0.3752 0.7912 0.000 0.144 0.856
#> SRR934896 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899 3 0.4002 0.7777 0.000 0.160 0.840
#> SRR934900 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0892 0.9217 0.000 0.980 0.020
#> SRR934902 3 0.3686 0.7943 0.000 0.140 0.860
#> SRR934903 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 3 0.4002 0.7414 0.160 0.000 0.840
#> SRR934906 1 0.3686 0.8484 0.860 0.000 0.140
#> SRR934907 3 0.4002 0.7777 0.000 0.160 0.840
#> SRR934908 2 0.3482 0.8581 0.000 0.872 0.128
#> SRR934909 2 0.5178 0.6991 0.000 0.744 0.256
#> SRR934910 2 0.6247 0.4686 0.004 0.620 0.376
#> SRR934911 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 3 0.4002 0.7777 0.000 0.160 0.840
#> SRR934913 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 1 0.0237 0.9233 0.996 0.000 0.004
#> SRR934915 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 3 0.3816 0.7877 0.000 0.148 0.852
#> SRR934919 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924 1 0.6045 0.5220 0.620 0.000 0.380
#> SRR934923 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925 3 0.3816 0.7877 0.000 0.148 0.852
#> SRR934926 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 3 0.4750 0.7125 0.000 0.216 0.784
#> SRR934928 3 0.5733 0.4302 0.324 0.000 0.676
#> SRR934929 1 0.5216 0.7236 0.740 0.000 0.260
#> SRR934930 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 3 0.5926 0.5104 0.000 0.356 0.644
#> SRR934936 3 0.3752 0.7910 0.000 0.144 0.856
#> SRR934933 3 0.3267 0.7931 0.116 0.000 0.884
#> SRR934937 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940 3 0.0424 0.8804 0.000 0.008 0.992
#> SRR934941 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942 3 0.6079 0.3560 0.000 0.388 0.612
#> SRR934943 2 0.4842 0.7438 0.000 0.776 0.224
#> SRR934944 1 0.3686 0.8488 0.860 0.000 0.140
#> SRR934945 2 0.5285 0.7157 0.004 0.752 0.244
#> SRR934946 1 0.6286 0.3119 0.536 0.000 0.464
#> SRR934947 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.3267 0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934950 3 0.6308 -0.1556 0.492 0.000 0.508
#> SRR934951 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934953 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934957 3 0.4555 0.6872 0.200 0.000 0.800
#> SRR934958 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 1 0.3752 0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934960 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934964 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9301 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934972 1 0.3752 0.8458 0.856 0.000 0.144
#> SRR934973 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934975 3 0.2537 0.8247 0.080 0.000 0.920
#> SRR934976 2 0.3267 0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934977 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.3816 0.7877 0.000 0.148 0.852
#> SRR934979 2 0.3267 0.8682 0.000 0.884 0.116
#> SRR934980 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.3482 0.8581 0.000 0.872 0.128
#> SRR934985 1 0.4605 0.7893 0.796 0.000 0.204
#> SRR934986 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.5016 0.7228 0.000 0.760 0.240
#> SRR934988 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9249 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.8840 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 1 0.4948 0.8316 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR934718 1 0.4877 0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934719 4 0.1174 0.5986 0.020 0.000 0.012 0.968
#> SRR934720 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.4933 -0.6110 0.432 0.000 0.000 0.568
#> SRR934722 3 0.2089 0.8141 0.000 0.048 0.932 0.020
#> SRR934723 1 0.4877 0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934724 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934725 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934726 4 0.4679 -0.3855 0.352 0.000 0.000 0.648
#> SRR934727 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934728 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934729 2 0.5992 0.4496 0.000 0.516 0.444 0.040
#> SRR934730 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934732 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934733 4 0.4961 -0.6366 0.448 0.000 0.000 0.552
#> SRR934734 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934736 1 0.4877 0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934737 2 0.2814 0.7676 0.000 0.868 0.132 0.000
#> SRR934738 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934740 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.5590 0.4582 0.000 0.524 0.456 0.020
#> SRR934742 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934743 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934744 3 0.4830 0.2259 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR934745 4 0.0000 0.5965 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934746 2 0.5594 0.4516 0.000 0.520 0.460 0.020
#> SRR934747 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.5440 0.3293 0.020 0.000 0.384 0.596
#> SRR934750 2 0.0707 0.8244 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934749 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934751 1 0.4925 0.8466 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR934752 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934753 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934755 4 0.4999 0.1103 0.000 0.000 0.492 0.508
#> SRR934756 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934757 4 0.4925 0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934758 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934759 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934762 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934763 4 0.0817 0.5900 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934764 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934765 4 0.0817 0.5899 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934766 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934767 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.4877 0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934769 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770 1 0.4877 0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934772 3 0.7443 0.3567 0.000 0.196 0.492 0.312
#> SRR934771 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934773 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 4 0.4925 0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934775 4 0.3400 0.2731 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR934776 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934777 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934778 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934779 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 3 0.4817 0.2955 0.000 0.000 0.612 0.388
#> SRR934781 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934784 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934787 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934788 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934789 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934790 3 0.4564 0.3904 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR934791 1 0.4967 0.8143 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR934792 3 0.2408 0.7661 0.000 0.104 0.896 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934796 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934797 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934800 2 0.1389 0.8134 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR934801 2 0.1297 0.8210 0.000 0.964 0.016 0.020
#> SRR934802 2 0.0707 0.8245 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934803 4 0.4948 0.2342 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR934804 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934805 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934806 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934807 4 0.1474 0.5689 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR934809 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934810 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934811 4 0.7650 -0.0218 0.000 0.224 0.328 0.448
#> SRR934808 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934812 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934814 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934815 4 0.4985 0.1106 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR934816 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934818 4 0.4907 0.2416 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR934819 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934820 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934821 4 0.4933 0.2532 0.000 0.000 0.432 0.568
#> SRR934822 1 0.4877 0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934823 1 0.4941 0.8362 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR934825 2 0.5590 0.4582 0.000 0.524 0.456 0.020
#> SRR934826 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934827 3 0.3649 0.6436 0.000 0.000 0.796 0.204
#> SRR934828 4 0.0000 0.5965 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934830 4 0.0000 0.5965 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 4 0.0817 0.5910 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR934833 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934834 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934835 2 0.4977 0.4630 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR934836 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934837 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934839 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.4977 0.4630 0.000 0.540 0.460 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934844 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934845 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.1474 0.8117 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR934847 4 0.1211 0.5681 0.040 0.000 0.000 0.960
#> SRR934848 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934849 1 0.4877 0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934850 1 0.4877 0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934851 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934853 4 0.4925 0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934852 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934854 4 0.0817 0.5901 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934856 1 0.4941 0.8362 0.564 0.000 0.000 0.436
#> SRR934858 1 0.4877 0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934859 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.5594 0.4516 0.000 0.520 0.460 0.020
#> SRR934861 2 0.4961 0.4788 0.000 0.552 0.448 0.000
#> SRR934862 2 0.0707 0.8244 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934863 4 0.2469 0.4500 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR934864 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934866 2 0.2002 0.8099 0.000 0.936 0.044 0.020
#> SRR934867 2 0.5402 0.4347 0.000 0.516 0.472 0.012
#> SRR934868 2 0.5594 0.4516 0.000 0.520 0.460 0.020
#> SRR934869 4 0.4948 0.2342 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR934870 1 0.4985 0.7895 0.532 0.000 0.000 0.468
#> SRR934871 3 0.6578 0.1806 0.000 0.300 0.592 0.108
#> SRR934872 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934877 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934878 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934879 3 0.4967 0.0284 0.000 0.000 0.548 0.452
#> SRR934880 4 0.4925 0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934881 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934882 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.6060 0.4492 0.000 0.516 0.440 0.044
#> SRR934885 2 0.5597 0.4433 0.000 0.516 0.464 0.020
#> SRR934886 3 0.0469 0.8660 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR934887 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934888 2 0.3335 0.7680 0.000 0.860 0.120 0.020
#> SRR934889 2 0.5594 0.4516 0.000 0.520 0.460 0.020
#> SRR934890 3 0.4898 0.1521 0.000 0.000 0.584 0.416
#> SRR934891 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934892 3 0.2647 0.7570 0.000 0.000 0.880 0.120
#> SRR934893 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 3 0.0707 0.8600 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934896 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 4 0.4948 0.2342 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR934899 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934900 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934901 2 0.2489 0.7976 0.000 0.912 0.068 0.020
#> SRR934902 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.4925 0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934906 4 0.3356 0.2848 0.176 0.000 0.000 0.824
#> SRR934907 3 0.0188 0.8706 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934908 2 0.5590 0.4582 0.000 0.524 0.456 0.020
#> SRR934909 2 0.5600 0.4345 0.000 0.512 0.468 0.020
#> SRR934910 4 0.5406 -0.1450 0.000 0.480 0.012 0.508
#> SRR934911 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 1 0.4925 0.8465 0.572 0.000 0.000 0.428
#> SRR934915 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934916 1 0.4916 0.8509 0.576 0.000 0.000 0.424
#> SRR934917 2 0.2345 0.7873 0.000 0.900 0.100 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934919 4 0.4948 0.2342 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR934920 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0188 0.8708 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934924 4 0.5186 0.3216 0.084 0.000 0.164 0.752
#> SRR934923 1 0.4981 0.7961 0.536 0.000 0.000 0.464
#> SRR934925 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934928 4 0.5487 0.3044 0.020 0.000 0.400 0.580
#> SRR934929 4 0.3400 0.2731 0.180 0.000 0.000 0.820
#> SRR934930 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934931 3 0.1867 0.8336 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR934932 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.4697 0.4123 0.000 0.356 0.644 0.000
#> SRR934936 3 0.0707 0.8600 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934933 4 0.4925 0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934937 3 0.4972 0.0139 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR934938 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934939 4 0.4925 0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934940 3 0.0707 0.8600 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934941 4 0.4948 0.2342 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR934942 3 0.5291 0.5602 0.000 0.180 0.740 0.080
#> SRR934943 2 0.5594 0.4516 0.000 0.520 0.460 0.020
#> SRR934944 4 0.3486 0.2474 0.188 0.000 0.000 0.812
#> SRR934945 2 0.5768 0.4492 0.000 0.516 0.456 0.028
#> SRR934946 4 0.0469 0.5962 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR934947 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934948 4 0.4999 0.1102 0.000 0.000 0.492 0.508
#> SRR934949 2 0.5586 0.4638 0.000 0.528 0.452 0.020
#> SRR934950 4 0.4642 0.5157 0.020 0.000 0.240 0.740
#> SRR934951 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934953 3 0.3528 0.6600 0.000 0.000 0.808 0.192
#> SRR934952 2 0.0707 0.8244 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934954 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934957 4 0.4477 0.4319 0.000 0.000 0.312 0.688
#> SRR934958 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.0707 0.5944 0.020 0.000 0.000 0.980
#> SRR934960 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934961 2 0.0707 0.8244 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934962 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934963 3 0.1389 0.8377 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR934964 3 0.1118 0.8481 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR934965 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.8301 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.4776 0.2613 0.000 0.000 0.624 0.376
#> SRR934968 3 0.0188 0.8709 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934969 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934970 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934971 3 0.1474 0.8351 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR934972 4 0.0921 0.5849 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934973 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974 4 0.4948 0.2342 0.000 0.000 0.440 0.560
#> SRR934975 4 0.4925 0.2623 0.000 0.000 0.428 0.572
#> SRR934976 2 0.5576 0.4724 0.000 0.536 0.444 0.020
#> SRR934977 1 0.4877 0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934978 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979 2 0.5590 0.4582 0.000 0.524 0.456 0.020
#> SRR934980 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934982 1 0.4877 0.8501 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934983 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934984 2 0.5508 0.5156 0.000 0.572 0.408 0.020
#> SRR934985 4 0.2760 0.4073 0.128 0.000 0.000 0.872
#> SRR934986 1 0.4907 0.8548 0.580 0.000 0.000 0.420
#> SRR934987 2 0.5597 0.4433 0.000 0.516 0.464 0.020
#> SRR934988 4 0.4955 0.2249 0.000 0.000 0.444 0.556
#> SRR934989 1 0.0000 0.5540 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.8728 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.0609 0.90551 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934718 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934719 5 0.2886 0.77773 0.000 0.000 0.008 0.148 0.844
#> SRR934720 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934721 4 0.4235 0.15290 0.000 0.000 0.000 0.576 0.424
#> SRR934722 3 0.5704 0.55225 0.100 0.048 0.696 0.000 0.156
#> SRR934723 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934724 5 0.2690 0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934725 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934726 4 0.3336 0.65089 0.000 0.000 0.000 0.772 0.228
#> SRR934727 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934728 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.7876 0.35296 0.100 0.384 0.344 0.000 0.172
#> SRR934730 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 5 0.2690 0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934732 2 0.1341 0.76239 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR934733 4 0.2230 0.79598 0.000 0.000 0.000 0.884 0.116
#> SRR934734 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934735 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934736 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.2859 0.74484 0.056 0.876 0.068 0.000 0.000
#> SRR934738 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.7798 0.35559 0.100 0.388 0.356 0.000 0.156
#> SRR934742 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934743 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934744 3 0.3895 0.43166 0.000 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR934745 5 0.0290 0.74437 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR934746 2 0.7800 0.34804 0.100 0.384 0.360 0.000 0.156
#> SRR934747 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 5 0.3061 0.76468 0.000 0.000 0.136 0.020 0.844
#> SRR934750 2 0.3278 0.71065 0.020 0.824 0.000 0.000 0.156
#> SRR934749 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934751 4 0.0290 0.91594 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934752 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934755 3 0.4306 -0.07040 0.000 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR934756 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934757 5 0.2690 0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934758 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934760 2 0.1341 0.76239 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR934761 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934762 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934763 5 0.4182 0.39191 0.000 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR934764 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934765 5 0.3210 0.72850 0.000 0.000 0.000 0.212 0.788
#> SRR934766 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934768 4 0.1410 0.86660 0.060 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR934769 3 0.1608 0.81683 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR934770 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934772 5 0.4886 0.40533 0.100 0.000 0.188 0.000 0.712
#> SRR934771 5 0.2690 0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934773 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934774 5 0.2690 0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934775 4 0.4182 0.26295 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR934776 5 0.2690 0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934777 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934778 5 0.3895 0.56536 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR934779 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934780 5 0.3857 0.56891 0.000 0.000 0.312 0.000 0.688
#> SRR934781 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 5 0.2690 0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934784 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934787 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934788 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934789 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934790 3 0.3752 0.48637 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR934791 4 0.0880 0.89395 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR934792 3 0.3420 0.72849 0.076 0.084 0.840 0.000 0.000
#> SRR934793 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934796 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934798 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934799 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.1943 0.75961 0.056 0.924 0.020 0.000 0.000
#> SRR934801 2 0.3764 0.72534 0.156 0.800 0.000 0.000 0.044
#> SRR934802 2 0.1502 0.76250 0.056 0.940 0.004 0.000 0.000
#> SRR934803 5 0.2690 0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934804 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934805 5 0.2690 0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934806 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934807 5 0.1270 0.71148 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR934809 5 0.2690 0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934810 5 0.2690 0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934811 5 0.5544 0.16041 0.100 0.000 0.292 0.000 0.608
#> SRR934808 5 0.2690 0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934812 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934813 3 0.1341 0.82737 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR934814 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934815 5 0.2654 0.65314 0.032 0.000 0.084 0.000 0.884
#> SRR934816 2 0.0404 0.77060 0.012 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.2329 0.80342 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR934818 5 0.0162 0.73768 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934819 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934820 5 0.2690 0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934821 5 0.2690 0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934822 4 0.1544 0.85802 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR934823 4 0.0510 0.90923 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934825 2 0.7990 0.37832 0.128 0.388 0.328 0.000 0.156
#> SRR934826 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934827 3 0.2891 0.67818 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934828 5 0.3196 0.62428 0.004 0.000 0.000 0.192 0.804
#> SRR934829 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 5 0.0000 0.73888 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934832 5 0.3410 0.60770 0.092 0.000 0.068 0.000 0.840
#> SRR934833 5 0.2690 0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934834 5 0.2690 0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934835 2 0.5987 0.49465 0.140 0.556 0.304 0.000 0.000
#> SRR934836 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.1341 0.76239 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR934840 2 0.5880 0.50228 0.128 0.568 0.304 0.000 0.000
#> SRR934841 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934844 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.2036 0.75893 0.056 0.920 0.024 0.000 0.000
#> SRR934847 5 0.2891 0.76150 0.000 0.000 0.000 0.176 0.824
#> SRR934848 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934849 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934850 4 0.0510 0.90950 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR934851 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934853 5 0.2690 0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934852 3 0.1341 0.82737 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR934854 5 0.4235 0.32621 0.000 0.000 0.000 0.424 0.576
#> SRR934856 4 0.0510 0.90923 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934858 4 0.3074 0.67969 0.196 0.000 0.000 0.804 0.000
#> SRR934859 2 0.1341 0.76239 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR934860 2 0.8134 0.39005 0.156 0.384 0.304 0.000 0.156
#> SRR934861 2 0.5921 0.50776 0.136 0.568 0.296 0.000 0.000
#> SRR934862 2 0.4599 0.67992 0.100 0.744 0.000 0.000 0.156
#> SRR934863 4 0.4305 -0.05524 0.000 0.000 0.000 0.512 0.488
#> SRR934864 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 5 0.2690 0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934866 2 0.5833 0.66356 0.100 0.688 0.056 0.000 0.156
#> SRR934867 3 0.6644 -0.17383 0.132 0.384 0.464 0.000 0.020
#> SRR934868 2 0.8112 0.39339 0.156 0.388 0.304 0.000 0.152
#> SRR934869 5 0.2773 0.74934 0.000 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR934870 4 0.1197 0.87663 0.000 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR934871 5 0.7158 -0.14233 0.100 0.076 0.368 0.000 0.456
#> SRR934872 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934877 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934878 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934879 3 0.4030 0.35127 0.000 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR934880 5 0.2690 0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934881 3 0.0880 0.83914 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR934882 3 0.1270 0.82958 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 2 0.7893 0.35310 0.100 0.384 0.340 0.000 0.176
#> SRR934885 2 0.7800 0.34804 0.100 0.384 0.360 0.000 0.156
#> SRR934886 3 0.0404 0.84651 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934887 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934888 2 0.6216 0.65562 0.156 0.644 0.044 0.000 0.156
#> SRR934889 2 0.7800 0.34804 0.100 0.384 0.360 0.000 0.156
#> SRR934890 3 0.3983 0.38273 0.000 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR934891 5 0.2690 0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934892 3 0.1410 0.81317 0.000 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR934893 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 3 0.4599 0.62216 0.100 0.000 0.744 0.000 0.156
#> SRR934896 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 5 0.2690 0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934899 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934900 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934901 2 0.5257 0.67317 0.100 0.720 0.024 0.000 0.156
#> SRR934902 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 5 0.2690 0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934906 4 0.4192 0.25077 0.000 0.000 0.000 0.596 0.404
#> SRR934907 3 0.2017 0.80666 0.080 0.000 0.912 0.000 0.008
#> SRR934908 2 0.7798 0.35559 0.100 0.388 0.356 0.000 0.156
#> SRR934909 2 0.7947 0.35724 0.120 0.380 0.344 0.000 0.156
#> SRR934910 5 0.5963 0.00786 0.100 0.332 0.008 0.000 0.560
#> SRR934911 2 0.0162 0.77176 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.1341 0.82737 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.0290 0.91624 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934915 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934916 4 0.0162 0.91913 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934917 2 0.2661 0.74913 0.056 0.888 0.056 0.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934919 5 0.1671 0.75986 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR934920 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0162 0.84899 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934924 5 0.7731 0.07715 0.100 0.000 0.144 0.364 0.392
#> SRR934923 4 0.0880 0.89331 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR934925 3 0.1544 0.81900 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.1341 0.82737 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR934928 5 0.3061 0.76468 0.000 0.000 0.136 0.020 0.844
#> SRR934929 4 0.4182 0.26295 0.000 0.000 0.000 0.600 0.400
#> SRR934930 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934931 3 0.5678 0.38760 0.084 0.000 0.524 0.000 0.392
#> SRR934932 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.5188 0.36107 0.056 0.344 0.600 0.000 0.000
#> SRR934936 3 0.2595 0.78685 0.080 0.000 0.888 0.000 0.032
#> SRR934933 5 0.2690 0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934937 3 0.4045 0.34018 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR934938 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934939 5 0.2690 0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934940 3 0.5812 0.39230 0.100 0.000 0.528 0.000 0.372
#> SRR934941 5 0.2690 0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934942 5 0.6213 -0.14705 0.100 0.012 0.400 0.000 0.488
#> SRR934943 2 0.7800 0.34804 0.100 0.384 0.360 0.000 0.156
#> SRR934944 4 0.4161 0.28638 0.000 0.000 0.000 0.608 0.392
#> SRR934945 2 0.7821 0.35081 0.100 0.384 0.356 0.000 0.160
#> SRR934946 5 0.0290 0.73641 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934947 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934948 5 0.3796 0.57813 0.000 0.000 0.300 0.000 0.700
#> SRR934949 2 0.8128 0.39676 0.156 0.388 0.300 0.000 0.156
#> SRR934950 5 0.3336 0.78338 0.000 0.000 0.060 0.096 0.844
#> SRR934951 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934953 3 0.3661 0.54152 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR934952 2 0.3278 0.71065 0.020 0.824 0.000 0.000 0.156
#> SRR934954 2 0.1341 0.76239 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934956 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934957 5 0.2806 0.75712 0.000 0.000 0.152 0.004 0.844
#> SRR934958 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 5 0.2690 0.77572 0.000 0.000 0.000 0.156 0.844
#> SRR934960 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.5046 0.67927 0.140 0.704 0.000 0.000 0.156
#> SRR934962 2 0.1341 0.76239 0.056 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963 3 0.1121 0.82669 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934964 3 0.0963 0.83246 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934965 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.77224 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.3730 0.49614 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR934968 3 0.0162 0.84902 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934969 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934970 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934971 3 0.1197 0.82485 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR934972 5 0.2773 0.77041 0.000 0.000 0.000 0.164 0.836
#> SRR934973 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934974 5 0.2891 0.73959 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR934975 5 0.2690 0.75473 0.000 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR934976 2 0.7790 0.37244 0.100 0.400 0.344 0.000 0.156
#> SRR934977 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934979 2 0.8128 0.39676 0.156 0.388 0.300 0.000 0.156
#> SRR934980 1 0.3177 0.93527 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000
#> SRR934981 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934982 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934983 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.8009 0.46169 0.156 0.436 0.252 0.000 0.156
#> SRR934985 4 0.4283 0.07243 0.000 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR934986 4 0.0000 0.92205 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.7800 0.34804 0.100 0.384 0.360 0.000 0.156
#> SRR934988 5 0.3612 0.63516 0.000 0.000 0.268 0.000 0.732
#> SRR934989 1 0.2690 0.99639 0.844 0.000 0.000 0.156 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.84977 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.2697 0.8039 0.000 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR934718 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934721 6 0.3797 0.0737 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000 0.580
#> SRR934722 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934723 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934725 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934726 4 0.2969 0.6495 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR934727 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934729 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934732 2 0.2776 0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934733 4 0.0790 0.8686 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR934734 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934735 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.2776 0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934738 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934742 4 0.0260 0.8819 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934743 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.1556 0.8410 0.000 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR934745 6 0.3394 0.6999 0.000 0.000 0.000 0.024 0.200 0.776
#> SRR934746 5 0.2361 0.8961 0.028 0.000 0.088 0.000 0.884 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750 5 0.2793 0.7679 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR934749 4 0.2762 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934751 4 0.0937 0.8667 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR934752 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934755 3 0.3737 0.3391 0.000 0.000 0.608 0.000 0.000 0.392
#> SRR934756 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757 6 0.1267 0.8064 0.000 0.000 0.060 0.000 0.000 0.940
#> SRR934758 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.2776 0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934761 3 0.0891 0.8891 0.008 0.000 0.968 0.000 0.024 0.000
#> SRR934762 4 0.2762 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934763 6 0.3482 0.5967 0.000 0.000 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR934764 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934765 6 0.0547 0.8203 0.000 0.000 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR934766 4 0.2762 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934767 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934768 4 0.2300 0.7643 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000 0.000
#> SRR934769 3 0.2048 0.8238 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR934770 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934771 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934773 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934774 6 0.0146 0.8285 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934775 6 0.3774 0.1375 0.000 0.000 0.000 0.408 0.000 0.592
#> SRR934776 6 0.2762 0.7225 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR934777 4 0.2762 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934778 6 0.3483 0.7063 0.000 0.000 0.000 0.212 0.024 0.764
#> SRR934779 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934780 6 0.4389 0.5341 0.000 0.000 0.288 0.000 0.052 0.660
#> SRR934781 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.2762 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934789 4 0.0146 0.8833 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934790 3 0.1663 0.8342 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR934791 4 0.2969 0.7752 0.000 0.000 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR934792 3 0.1556 0.8590 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934793 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934796 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.2762 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934800 2 0.2776 0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934801 5 0.4653 0.2262 0.052 0.360 0.000 0.000 0.588 0.000
#> SRR934802 2 0.2776 0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934803 6 0.2762 0.7012 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR934804 3 0.0632 0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934805 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934806 4 0.2823 0.7873 0.000 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR934807 6 0.3860 0.1778 0.000 0.000 0.000 0.000 0.472 0.528
#> SRR934809 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934810 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934811 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934808 6 0.0937 0.8180 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR934812 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.2647 0.8250 0.044 0.000 0.868 0.000 0.088 0.000
#> SRR934814 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934815 5 0.4094 0.7216 0.000 0.000 0.080 0.000 0.740 0.180
#> SRR934816 2 0.0820 0.9365 0.012 0.972 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934817 3 0.3017 0.8237 0.052 0.000 0.840 0.000 0.108 0.000
#> SRR934818 6 0.3050 0.6676 0.000 0.000 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR934819 4 0.0146 0.8833 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934820 6 0.2762 0.7225 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR934821 6 0.2854 0.6883 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR934822 4 0.2378 0.7550 0.152 0.000 0.000 0.848 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.2996 0.7716 0.000 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR934825 5 0.1984 0.8851 0.032 0.000 0.056 0.000 0.912 0.000
#> SRR934826 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827 3 0.0632 0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934828 5 0.3531 0.4465 0.000 0.000 0.000 0.000 0.672 0.328
#> SRR934829 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934830 6 0.3023 0.6713 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR934831 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.2039 0.8949 0.000 0.000 0.076 0.000 0.904 0.020
#> SRR934833 6 0.3440 0.7147 0.000 0.000 0.000 0.196 0.028 0.776
#> SRR934834 6 0.2762 0.7225 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR934835 2 0.4400 0.7200 0.052 0.708 0.012 0.000 0.228 0.000
#> SRR934836 4 0.2340 0.8202 0.000 0.000 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR934837 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.2762 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934839 2 0.2776 0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934840 2 0.3682 0.8299 0.052 0.792 0.008 0.000 0.148 0.000
#> SRR934841 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844 4 0.2762 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934845 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.2776 0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934847 6 0.0790 0.8107 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968
#> SRR934848 4 0.2762 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934849 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850 4 0.1075 0.8548 0.048 0.000 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934853 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852 3 0.2647 0.8268 0.044 0.000 0.868 0.000 0.088 0.000
#> SRR934854 6 0.3765 0.4249 0.000 0.000 0.000 0.404 0.000 0.596
#> SRR934856 4 0.2793 0.7904 0.000 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR934858 4 0.3409 0.5178 0.300 0.000 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.2776 0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934860 5 0.1141 0.8416 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934861 2 0.3992 0.8025 0.052 0.764 0.012 0.000 0.172 0.000
#> SRR934862 5 0.2260 0.8221 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934863 6 0.3868 0.1521 0.000 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504
#> SRR934864 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934866 5 0.2568 0.8833 0.000 0.056 0.068 0.000 0.876 0.000
#> SRR934867 3 0.4538 0.5499 0.052 0.000 0.624 0.000 0.324 0.000
#> SRR934868 5 0.2875 0.7594 0.052 0.096 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR934869 6 0.0713 0.8187 0.000 0.000 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934870 4 0.3050 0.7634 0.000 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR934871 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.2762 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934877 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.0632 0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934879 3 0.1663 0.8342 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR934880 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881 3 0.2136 0.8557 0.048 0.000 0.904 0.000 0.048 0.000
#> SRR934882 3 0.2608 0.8338 0.048 0.000 0.872 0.000 0.080 0.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934885 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934886 3 0.0632 0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934887 3 0.0260 0.8912 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934888 5 0.1141 0.8416 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934889 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934890 3 0.1663 0.8342 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR934891 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892 3 0.0632 0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934893 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 5 0.1863 0.8955 0.000 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR934896 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 6 0.2854 0.6875 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000 0.792
#> SRR934899 3 0.0632 0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934900 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934901 5 0.2260 0.8221 0.000 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934906 6 0.3810 0.0987 0.000 0.000 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR934907 3 0.2996 0.6826 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR934908 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934909 5 0.2365 0.8886 0.040 0.000 0.072 0.000 0.888 0.000
#> SRR934910 5 0.2053 0.8180 0.000 0.000 0.004 0.000 0.888 0.108
#> SRR934911 2 0.0291 0.9445 0.004 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR934912 3 0.2776 0.8212 0.052 0.000 0.860 0.000 0.088 0.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.2941 0.7786 0.000 0.000 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR934915 3 0.0632 0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934916 4 0.0363 0.8802 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934917 2 0.2776 0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934919 6 0.2933 0.7001 0.000 0.000 0.004 0.000 0.200 0.796
#> SRR934920 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0632 0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934924 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934923 4 0.1007 0.8641 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR934925 3 0.1765 0.8461 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.2776 0.8212 0.052 0.000 0.860 0.000 0.088 0.000
#> SRR934928 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929 4 0.3774 0.1989 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR934930 3 0.0632 0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934931 5 0.1814 0.8974 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.5574 0.5531 0.052 0.232 0.628 0.000 0.088 0.000
#> SRR934936 3 0.3857 0.0566 0.000 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR934933 6 0.2762 0.7012 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR934937 3 0.1663 0.8342 0.000 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR934938 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934939 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934941 6 0.2762 0.7012 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR934942 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934943 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934944 4 0.3774 0.2034 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR934945 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934946 6 0.3151 0.6470 0.000 0.000 0.000 0.000 0.252 0.748
#> SRR934947 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.3390 0.5635 0.000 0.000 0.704 0.000 0.000 0.296
#> SRR934949 5 0.1141 0.8416 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934950 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951 4 0.2762 0.7924 0.000 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR934953 3 0.0891 0.8887 0.000 0.000 0.968 0.000 0.024 0.008
#> SRR934952 5 0.2793 0.7679 0.000 0.200 0.000 0.000 0.800 0.000
#> SRR934954 2 0.2776 0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934955 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.0632 0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934957 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 6 0.0000 0.8292 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934960 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961 5 0.1398 0.8382 0.052 0.008 0.000 0.000 0.940 0.000
#> SRR934962 2 0.2776 0.8859 0.052 0.860 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934963 3 0.0632 0.8900 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934964 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9473 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.3592 0.5197 0.000 0.000 0.656 0.000 0.000 0.344
#> SRR934968 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934969 4 0.0632 0.8745 0.000 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934970 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.0458 0.8909 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR934972 6 0.0260 0.8258 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR934973 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934974 6 0.0363 0.8248 0.000 0.000 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934975 6 0.2762 0.7012 0.000 0.000 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR934976 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934977 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934979 5 0.1141 0.8416 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934980 1 0.2527 0.8500 0.832 0.000 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934982 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984 5 0.1141 0.8416 0.052 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000
#> SRR934985 4 0.3982 -0.0239 0.000 0.000 0.000 0.536 0.004 0.460
#> SRR934986 4 0.0000 0.8845 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987 5 0.1663 0.9042 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR934988 3 0.3866 0.0510 0.000 0.000 0.516 0.000 0.000 0.484
#> SRR934989 1 0.1141 0.9914 0.948 0.000 0.000 0.052 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.8912 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.875 0.929 0.969 0.4860 0.514 0.514
#> 3 3 0.432 0.669 0.752 0.2794 0.664 0.449
#> 4 4 0.495 0.609 0.708 0.1341 0.849 0.620
#> 5 5 0.607 0.613 0.780 0.0546 0.832 0.556
#> 6 6 0.706 0.751 0.843 0.0744 0.808 0.450
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934719 2 0.6801 0.80231 0.180 0.820
#> SRR934720 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.7528 0.71085 0.784 0.216
#> SRR934722 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934724 2 0.9754 0.35503 0.408 0.592
#> SRR934725 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.1414 0.95630 0.980 0.020
#> SRR934727 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.8081 0.66012 0.752 0.248
#> SRR934732 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934744 2 0.0672 0.96006 0.008 0.992
#> SRR934745 1 0.2603 0.93743 0.956 0.044
#> SRR934746 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934748 2 0.6712 0.80742 0.176 0.824
#> SRR934750 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.0376 0.96821 0.996 0.004
#> SRR934751 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934755 2 0.6712 0.80742 0.176 0.824
#> SRR934756 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934757 2 0.6801 0.80232 0.180 0.820
#> SRR934758 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.1633 0.95314 0.976 0.024
#> SRR934766 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934771 1 0.0672 0.96559 0.992 0.008
#> SRR934773 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934774 2 0.6712 0.80742 0.176 0.824
#> SRR934775 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.9998 0.00927 0.508 0.492
#> SRR934777 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934778 2 0.2603 0.93331 0.044 0.956
#> SRR934779 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934780 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.0376 0.96821 0.996 0.004
#> SRR934784 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934790 2 0.6048 0.83903 0.148 0.852
#> SRR934791 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.1633 0.95314 0.976 0.024
#> SRR934804 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.0376 0.96821 0.996 0.004
#> SRR934806 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934807 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934809 1 0.2778 0.93006 0.952 0.048
#> SRR934810 1 0.9988 0.02223 0.520 0.480
#> SRR934811 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934808 1 0.3274 0.91764 0.940 0.060
#> SRR934812 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934815 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934818 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0376 0.96821 0.996 0.004
#> SRR934821 2 0.6438 0.82098 0.164 0.836
#> SRR934822 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0376 0.96821 0.996 0.004
#> SRR934825 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934827 2 0.6623 0.81290 0.172 0.828
#> SRR934828 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934830 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934832 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934833 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934834 1 0.1633 0.95314 0.976 0.024
#> SRR934835 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.0376 0.96821 0.996 0.004
#> SRR934848 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934851 2 0.0672 0.96006 0.008 0.992
#> SRR934853 2 0.6712 0.80742 0.176 0.824
#> SRR934852 2 0.3431 0.91729 0.064 0.936
#> SRR934854 2 0.8713 0.61868 0.292 0.708
#> SRR934856 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.0672 0.96546 0.992 0.008
#> SRR934864 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934865 2 0.9993 0.10395 0.484 0.516
#> SRR934866 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934869 2 0.6712 0.80742 0.176 0.824
#> SRR934870 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934871 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.0672 0.96006 0.008 0.992
#> SRR934874 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934878 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934879 2 0.0672 0.96006 0.008 0.992
#> SRR934880 2 0.9044 0.55398 0.320 0.680
#> SRR934881 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934886 2 0.4298 0.89689 0.088 0.912
#> SRR934887 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934890 2 0.6531 0.81694 0.168 0.832
#> SRR934891 2 0.6148 0.83481 0.152 0.848
#> SRR934892 2 0.0376 0.96225 0.004 0.996
#> SRR934893 2 0.0672 0.96006 0.008 0.992
#> SRR934894 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934898 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934900 2 0.0672 0.96006 0.008 0.992
#> SRR934901 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934902 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.1843 0.95017 0.972 0.028
#> SRR934906 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934907 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934915 2 0.0672 0.96006 0.008 0.992
#> SRR934916 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934919 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934924 1 0.2043 0.94775 0.968 0.032
#> SRR934923 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934928 2 0.6712 0.80742 0.176 0.824
#> SRR934929 1 0.8443 0.61566 0.728 0.272
#> SRR934930 2 0.3584 0.91548 0.068 0.932
#> SRR934931 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934936 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.1843 0.95017 0.972 0.028
#> SRR934937 2 0.0672 0.96006 0.008 0.992
#> SRR934938 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934939 2 0.6712 0.80742 0.176 0.824
#> SRR934940 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934941 2 0.0938 0.95757 0.012 0.988
#> SRR934942 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934945 1 0.2043 0.94775 0.968 0.032
#> SRR934946 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934948 2 0.0672 0.96006 0.008 0.992
#> SRR934949 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934950 1 1.0000 -0.05978 0.500 0.500
#> SRR934951 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934953 1 0.9129 0.49970 0.672 0.328
#> SRR934952 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934957 2 0.6247 0.83027 0.156 0.844
#> SRR934958 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.3879 0.90019 0.924 0.076
#> SRR934960 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934963 1 0.2043 0.94755 0.968 0.032
#> SRR934964 2 0.0672 0.96006 0.008 0.992
#> SRR934965 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934967 2 0.4815 0.88345 0.104 0.896
#> SRR934968 2 0.0672 0.96006 0.008 0.992
#> SRR934969 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934972 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934973 2 0.4690 0.88694 0.100 0.900
#> SRR934974 2 0.8016 0.70810 0.244 0.756
#> SRR934975 2 0.6623 0.81219 0.172 0.828
#> SRR934976 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.3584 0.91401 0.068 0.932
#> SRR934979 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934985 2 0.4562 0.88894 0.096 0.904
#> SRR934986 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.96445 0.000 1.000
#> SRR934988 2 0.6712 0.80742 0.176 0.824
#> SRR934989 1 0.0000 0.97060 1.000 0.000
#> SRR934990 2 0.0672 0.96006 0.008 0.992
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 3 0.6225 0.13178 0.432 0.000 0.568
#> SRR934718 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934719 3 0.3009 0.69697 0.028 0.052 0.920
#> SRR934720 1 0.0237 0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934721 3 0.5024 0.57799 0.220 0.004 0.776
#> SRR934722 3 0.6204 0.50386 0.000 0.424 0.576
#> SRR934723 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934724 3 0.4068 0.67216 0.120 0.016 0.864
#> SRR934725 1 0.5926 0.50355 0.644 0.000 0.356
#> SRR934726 3 0.5431 0.51458 0.284 0.000 0.716
#> SRR934727 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934728 1 0.4654 0.73615 0.792 0.000 0.208
#> SRR934729 3 0.5926 0.58379 0.000 0.356 0.644
#> SRR934730 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934731 3 0.3349 0.67087 0.108 0.004 0.888
#> SRR934732 2 0.6274 -0.28864 0.000 0.544 0.456
#> SRR934733 1 0.2066 0.85958 0.940 0.000 0.060
#> SRR934734 1 0.0000 0.87631 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934736 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934737 2 0.1411 0.85934 0.000 0.964 0.036
#> SRR934738 1 0.5706 0.57212 0.680 0.000 0.320
#> SRR934740 1 0.0237 0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934739 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934741 2 0.3686 0.74273 0.000 0.860 0.140
#> SRR934742 1 0.6126 0.40760 0.600 0.000 0.400
#> SRR934743 1 0.4172 0.77917 0.840 0.004 0.156
#> SRR934744 3 0.3686 0.68845 0.000 0.140 0.860
#> SRR934745 3 0.5304 0.63311 0.108 0.068 0.824
#> SRR934746 3 0.6215 0.49622 0.000 0.428 0.572
#> SRR934747 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934748 3 0.3845 0.67195 0.116 0.012 0.872
#> SRR934750 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934749 3 0.6264 0.30409 0.380 0.004 0.616
#> SRR934751 1 0.3340 0.82858 0.880 0.000 0.120
#> SRR934752 1 0.6252 0.24113 0.556 0.000 0.444
#> SRR934753 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934754 1 0.5785 0.55694 0.668 0.000 0.332
#> SRR934755 3 0.3412 0.64069 0.000 0.124 0.876
#> SRR934756 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934757 3 0.1163 0.68125 0.028 0.000 0.972
#> SRR934758 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934759 1 0.0237 0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934760 2 0.3879 0.70527 0.000 0.848 0.152
#> SRR934761 3 0.5216 0.61168 0.000 0.260 0.740
#> SRR934762 1 0.6095 0.43080 0.608 0.000 0.392
#> SRR934763 3 0.6267 0.13037 0.452 0.000 0.548
#> SRR934764 1 0.5760 0.56071 0.672 0.000 0.328
#> SRR934765 3 0.6663 0.64069 0.124 0.124 0.752
#> SRR934766 1 0.5497 0.62356 0.708 0.000 0.292
#> SRR934767 1 0.0237 0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934768 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934769 2 0.6274 -0.28499 0.000 0.544 0.456
#> SRR934770 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934772 3 0.5363 0.60119 0.000 0.276 0.724
#> SRR934771 3 0.5778 0.59487 0.200 0.032 0.768
#> SRR934773 1 0.0237 0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934774 3 0.0237 0.67772 0.000 0.004 0.996
#> SRR934775 3 0.5926 0.35935 0.356 0.000 0.644
#> SRR934776 3 0.6589 0.64890 0.032 0.280 0.688
#> SRR934777 1 0.6225 0.31520 0.568 0.000 0.432
#> SRR934778 3 0.5692 0.64830 0.008 0.268 0.724
#> SRR934779 1 0.0237 0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934780 3 0.5882 0.60414 0.000 0.348 0.652
#> SRR934781 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934782 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934783 3 0.5848 0.51910 0.268 0.012 0.720
#> SRR934784 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934785 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934786 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934787 1 0.2261 0.85481 0.932 0.000 0.068
#> SRR934788 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934789 1 0.1411 0.87052 0.964 0.000 0.036
#> SRR934790 3 0.3619 0.64044 0.000 0.136 0.864
#> SRR934791 1 0.6252 0.30475 0.556 0.000 0.444
#> SRR934792 2 0.6286 -0.31243 0.000 0.536 0.464
#> SRR934793 1 0.0237 0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934794 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934795 1 0.5988 0.48416 0.632 0.000 0.368
#> SRR934796 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934797 1 0.0237 0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934798 1 0.0661 0.87916 0.988 0.004 0.008
#> SRR934799 1 0.1411 0.87052 0.964 0.000 0.036
#> SRR934800 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934801 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934802 2 0.0592 0.87752 0.000 0.988 0.012
#> SRR934803 3 0.4413 0.64606 0.024 0.124 0.852
#> SRR934804 3 0.6252 0.48242 0.000 0.444 0.556
#> SRR934805 3 0.6295 0.00980 0.472 0.000 0.528
#> SRR934806 1 0.6140 0.39496 0.596 0.000 0.404
#> SRR934807 3 0.5882 0.59184 0.000 0.348 0.652
#> SRR934809 3 0.4834 0.59638 0.204 0.004 0.792
#> SRR934810 3 0.4345 0.66433 0.136 0.016 0.848
#> SRR934811 3 0.5905 0.58703 0.000 0.352 0.648
#> SRR934808 3 0.4261 0.65963 0.140 0.012 0.848
#> SRR934812 1 0.0237 0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934813 3 0.5529 0.64805 0.000 0.296 0.704
#> SRR934814 1 0.5988 0.48495 0.632 0.000 0.368
#> SRR934815 3 0.5835 0.60815 0.000 0.340 0.660
#> SRR934816 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934817 3 0.6111 0.55049 0.000 0.396 0.604
#> SRR934818 3 0.5291 0.62376 0.000 0.268 0.732
#> SRR934819 1 0.3412 0.81370 0.876 0.000 0.124
#> SRR934820 3 0.5517 0.50902 0.268 0.004 0.728
#> SRR934821 3 0.1411 0.67627 0.000 0.036 0.964
#> SRR934822 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934823 3 0.4178 0.61936 0.172 0.000 0.828
#> SRR934825 2 0.4002 0.69441 0.000 0.840 0.160
#> SRR934826 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934827 3 0.3412 0.64069 0.000 0.124 0.876
#> SRR934828 3 0.5678 0.61604 0.000 0.316 0.684
#> SRR934829 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934830 3 0.5810 0.60473 0.000 0.336 0.664
#> SRR934831 1 0.0237 0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934832 3 0.5926 0.58379 0.000 0.356 0.644
#> SRR934833 3 0.5678 0.62430 0.000 0.316 0.684
#> SRR934834 3 0.5698 0.46238 0.252 0.012 0.736
#> SRR934835 3 0.6235 0.49108 0.000 0.436 0.564
#> SRR934836 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934837 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934838 1 0.2537 0.85300 0.920 0.000 0.080
#> SRR934839 2 0.1860 0.84454 0.000 0.948 0.052
#> SRR934840 2 0.6252 -0.25285 0.000 0.556 0.444
#> SRR934841 1 0.0237 0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934842 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934843 1 0.2711 0.83472 0.912 0.000 0.088
#> SRR934844 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934845 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934846 2 0.5138 0.52255 0.000 0.748 0.252
#> SRR934847 3 0.6669 0.03282 0.468 0.008 0.524
#> SRR934848 1 0.4178 0.78035 0.828 0.000 0.172
#> SRR934849 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934850 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934851 3 0.3686 0.68845 0.000 0.140 0.860
#> SRR934853 3 0.5710 0.70397 0.080 0.116 0.804
#> SRR934852 3 0.3686 0.64022 0.000 0.140 0.860
#> SRR934854 3 0.6335 0.66289 0.036 0.240 0.724
#> SRR934856 3 0.6299 -0.05494 0.476 0.000 0.524
#> SRR934858 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934859 2 0.0424 0.88019 0.000 0.992 0.008
#> SRR934860 2 0.5497 0.36098 0.000 0.708 0.292
#> SRR934861 3 0.6204 0.50953 0.000 0.424 0.576
#> SRR934862 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934863 3 0.6772 0.48467 0.304 0.032 0.664
#> SRR934864 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934865 3 0.6337 0.66192 0.028 0.264 0.708
#> SRR934866 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934867 2 0.6299 -0.34635 0.000 0.524 0.476
#> SRR934868 3 0.6215 0.49622 0.000 0.428 0.572
#> SRR934869 3 0.2878 0.70285 0.000 0.096 0.904
#> SRR934870 1 0.6062 0.45472 0.616 0.000 0.384
#> SRR934871 3 0.6192 0.50937 0.000 0.420 0.580
#> SRR934872 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934873 3 0.5138 0.61521 0.000 0.252 0.748
#> SRR934874 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934875 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934876 1 0.2959 0.83641 0.900 0.000 0.100
#> SRR934877 1 0.2261 0.84890 0.932 0.000 0.068
#> SRR934878 3 0.5835 0.61121 0.000 0.340 0.660
#> SRR934879 3 0.3686 0.68845 0.000 0.140 0.860
#> SRR934880 3 0.5892 0.69836 0.104 0.100 0.796
#> SRR934881 3 0.6192 0.52540 0.000 0.420 0.580
#> SRR934882 3 0.6111 0.55000 0.000 0.396 0.604
#> SRR934883 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934884 3 0.5926 0.58379 0.000 0.356 0.644
#> SRR934885 3 0.6299 0.40689 0.000 0.476 0.524
#> SRR934886 3 0.3412 0.64069 0.000 0.124 0.876
#> SRR934887 3 0.5465 0.65110 0.000 0.288 0.712
#> SRR934888 2 0.2537 0.81470 0.000 0.920 0.080
#> SRR934889 3 0.6215 0.49622 0.000 0.428 0.572
#> SRR934890 3 0.1031 0.68209 0.000 0.024 0.976
#> SRR934891 3 0.6387 0.63780 0.020 0.300 0.680
#> SRR934892 3 0.6045 0.57061 0.000 0.380 0.620
#> SRR934893 3 0.3816 0.68767 0.000 0.148 0.852
#> SRR934894 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934895 3 0.6168 0.52538 0.000 0.412 0.588
#> SRR934896 1 0.0237 0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934897 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934898 3 0.5327 0.66547 0.000 0.272 0.728
#> SRR934899 3 0.6308 0.39962 0.000 0.492 0.508
#> SRR934900 3 0.3686 0.68845 0.000 0.140 0.860
#> SRR934901 2 0.1643 0.85561 0.000 0.956 0.044
#> SRR934902 3 0.3816 0.68767 0.000 0.148 0.852
#> SRR934903 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934905 3 0.6597 0.64151 0.120 0.124 0.756
#> SRR934906 3 0.5244 0.55147 0.240 0.004 0.756
#> SRR934907 3 0.6204 0.50386 0.000 0.424 0.576
#> SRR934908 2 0.3941 0.71221 0.000 0.844 0.156
#> SRR934909 3 0.6180 0.51837 0.000 0.416 0.584
#> SRR934910 3 0.5988 0.58481 0.008 0.304 0.688
#> SRR934911 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934912 3 0.5882 0.61006 0.000 0.348 0.652
#> SRR934913 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934914 3 0.6299 -0.00877 0.476 0.000 0.524
#> SRR934915 3 0.5216 0.66752 0.000 0.260 0.740
#> SRR934916 1 0.6252 0.24565 0.556 0.000 0.444
#> SRR934917 2 0.4654 0.59265 0.000 0.792 0.208
#> SRR934918 3 0.5254 0.60822 0.000 0.264 0.736
#> SRR934919 3 0.4974 0.67454 0.000 0.236 0.764
#> SRR934920 1 0.0237 0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934921 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934922 3 0.6062 0.56561 0.000 0.384 0.616
#> SRR934924 3 0.5956 0.43552 0.264 0.016 0.720
#> SRR934923 1 0.2878 0.83991 0.904 0.000 0.096
#> SRR934925 3 0.6180 0.51837 0.000 0.416 0.584
#> SRR934926 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934927 3 0.6079 0.56009 0.000 0.388 0.612
#> SRR934928 3 0.4830 0.69843 0.084 0.068 0.848
#> SRR934929 3 0.1832 0.67361 0.036 0.008 0.956
#> SRR934930 3 0.5465 0.65184 0.000 0.288 0.712
#> SRR934931 3 0.6111 0.54748 0.000 0.396 0.604
#> SRR934932 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934934 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934935 3 0.5882 0.60447 0.000 0.348 0.652
#> SRR934936 3 0.6126 0.54449 0.000 0.400 0.600
#> SRR934933 3 0.5000 0.64871 0.044 0.124 0.832
#> SRR934937 3 0.3686 0.68845 0.000 0.140 0.860
#> SRR934938 3 0.3816 0.68767 0.000 0.148 0.852
#> SRR934939 3 0.4346 0.69866 0.000 0.184 0.816
#> SRR934940 3 0.6180 0.51837 0.000 0.416 0.584
#> SRR934941 3 0.5431 0.66113 0.000 0.284 0.716
#> SRR934942 3 0.6095 0.55471 0.000 0.392 0.608
#> SRR934943 2 0.6299 -0.23914 0.000 0.524 0.476
#> SRR934944 3 0.5291 0.50818 0.268 0.000 0.732
#> SRR934945 3 0.5956 0.43552 0.264 0.016 0.720
#> SRR934946 3 0.5621 0.63932 0.000 0.308 0.692
#> SRR934947 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934948 3 0.3686 0.68845 0.000 0.140 0.860
#> SRR934949 2 0.1964 0.84105 0.000 0.944 0.056
#> SRR934950 3 0.6990 0.68648 0.108 0.164 0.728
#> SRR934951 1 0.5529 0.62104 0.704 0.000 0.296
#> SRR934953 3 0.3412 0.64069 0.000 0.124 0.876
#> SRR934952 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934954 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934955 1 0.0237 0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934956 3 0.5465 0.61868 0.000 0.288 0.712
#> SRR934957 3 0.6067 0.67985 0.028 0.236 0.736
#> SRR934958 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934959 3 0.4002 0.62867 0.160 0.000 0.840
#> SRR934960 1 0.4002 0.77762 0.840 0.000 0.160
#> SRR934961 2 0.1031 0.86977 0.000 0.976 0.024
#> SRR934962 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934963 3 0.3412 0.64069 0.000 0.124 0.876
#> SRR934964 3 0.3816 0.68873 0.000 0.148 0.852
#> SRR934965 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934966 2 0.0237 0.88272 0.000 0.996 0.004
#> SRR934967 3 0.4002 0.70383 0.000 0.160 0.840
#> SRR934968 3 0.3686 0.68845 0.000 0.140 0.860
#> SRR934969 1 0.2796 0.84087 0.908 0.000 0.092
#> SRR934970 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934971 3 0.3816 0.64133 0.000 0.148 0.852
#> SRR934972 3 0.6960 0.62668 0.152 0.116 0.732
#> SRR934973 3 0.3686 0.64022 0.000 0.140 0.860
#> SRR934974 3 0.3340 0.64361 0.000 0.120 0.880
#> SRR934975 3 0.5803 0.69068 0.028 0.212 0.760
#> SRR934976 2 0.3816 0.73860 0.000 0.852 0.148
#> SRR934977 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934978 3 0.3551 0.64091 0.000 0.132 0.868
#> SRR934979 2 0.3941 0.73380 0.000 0.844 0.156
#> SRR934980 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934981 3 0.3816 0.68767 0.000 0.148 0.852
#> SRR934982 1 0.3941 0.77833 0.844 0.000 0.156
#> SRR934983 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934984 3 0.6215 0.48917 0.000 0.428 0.572
#> SRR934985 3 0.5618 0.65084 0.008 0.260 0.732
#> SRR934986 1 0.0424 0.87990 0.992 0.000 0.008
#> SRR934987 3 0.6215 0.49622 0.000 0.428 0.572
#> SRR934988 3 0.2165 0.68851 0.000 0.064 0.936
#> SRR934989 1 0.0237 0.87599 0.996 0.004 0.000
#> SRR934990 3 0.3686 0.68845 0.000 0.140 0.860
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 4 0.4891 0.60643 0.308 0.000 0.012 0.680
#> SRR934718 1 0.0188 0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934719 3 0.6273 0.56415 0.000 0.100 0.636 0.264
#> SRR934720 1 0.4222 0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934721 4 0.7772 0.38753 0.240 0.000 0.368 0.392
#> SRR934722 3 0.3610 0.72606 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR934723 1 0.0188 0.76443 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934724 3 0.7809 0.40501 0.076 0.096 0.580 0.248
#> SRR934725 1 0.5664 0.55388 0.720 0.000 0.156 0.124
#> SRR934726 4 0.6845 0.66573 0.236 0.000 0.168 0.596
#> SRR934727 1 0.0188 0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934728 1 0.4856 0.62915 0.780 0.000 0.084 0.136
#> SRR934729 3 0.3831 0.72484 0.000 0.204 0.792 0.004
#> SRR934730 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.7058 0.67183 0.200 0.000 0.228 0.572
#> SRR934732 2 0.6197 -0.02068 0.000 0.508 0.440 0.052
#> SRR934733 4 0.5949 0.60705 0.288 0.000 0.068 0.644
#> SRR934734 1 0.3907 0.69583 0.768 0.000 0.000 0.232
#> SRR934735 1 0.0000 0.76454 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0188 0.76443 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934737 2 0.1118 0.86140 0.000 0.964 0.036 0.000
#> SRR934738 1 0.4552 0.65186 0.800 0.000 0.072 0.128
#> SRR934740 1 0.4222 0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934739 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.4981 0.09211 0.000 0.536 0.464 0.000
#> SRR934742 4 0.6028 0.62996 0.280 0.000 0.076 0.644
#> SRR934743 4 0.5938 0.29723 0.480 0.000 0.036 0.484
#> SRR934744 3 0.4083 0.74260 0.000 0.100 0.832 0.068
#> SRR934745 4 0.5543 0.48868 0.028 0.000 0.360 0.612
#> SRR934746 3 0.4008 0.68839 0.000 0.244 0.756 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.8214 0.10529 0.116 0.064 0.496 0.324
#> SRR934750 2 0.3024 0.76855 0.000 0.852 0.148 0.000
#> SRR934749 4 0.7773 0.46399 0.284 0.000 0.284 0.432
#> SRR934751 4 0.5420 0.57126 0.352 0.000 0.024 0.624
#> SRR934752 1 0.7815 -0.19841 0.392 0.000 0.352 0.256
#> SRR934753 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934754 1 0.6851 0.24800 0.568 0.000 0.300 0.132
#> SRR934755 4 0.4972 0.32224 0.000 0.000 0.456 0.544
#> SRR934756 1 0.1637 0.74273 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR934757 3 0.5190 0.03992 0.004 0.004 0.596 0.396
#> SRR934758 1 0.1474 0.74532 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934759 1 0.4222 0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934760 2 0.3873 0.67789 0.000 0.772 0.228 0.000
#> SRR934761 3 0.5894 0.20928 0.000 0.040 0.568 0.392
#> SRR934762 1 0.7603 -0.08039 0.436 0.000 0.360 0.204
#> SRR934763 3 0.7841 -0.34313 0.284 0.000 0.404 0.312
#> SRR934764 1 0.4318 0.66795 0.816 0.000 0.068 0.116
#> SRR934765 4 0.6722 0.65477 0.200 0.000 0.184 0.616
#> SRR934766 4 0.5311 0.57772 0.328 0.000 0.024 0.648
#> SRR934767 1 0.4222 0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934768 1 0.0336 0.76421 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934769 3 0.5354 0.71459 0.000 0.232 0.712 0.056
#> SRR934770 1 0.0000 0.76454 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 3 0.4985 -0.13289 0.000 0.000 0.532 0.468
#> SRR934771 4 0.5458 0.65633 0.236 0.000 0.060 0.704
#> SRR934773 1 0.4222 0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934774 3 0.6264 0.50790 0.004 0.080 0.636 0.280
#> SRR934775 4 0.5781 0.63914 0.252 0.000 0.072 0.676
#> SRR934776 3 0.6381 0.67169 0.012 0.140 0.684 0.164
#> SRR934777 4 0.7719 0.47174 0.284 0.000 0.268 0.448
#> SRR934778 3 0.5949 0.66259 0.004 0.144 0.708 0.144
#> SRR934779 1 0.4164 0.68257 0.736 0.000 0.000 0.264
#> SRR934780 3 0.3910 0.75138 0.000 0.156 0.820 0.024
#> SRR934781 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934783 3 0.7469 -0.23557 0.188 0.000 0.472 0.340
#> SRR934784 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0188 0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934787 4 0.5691 0.35434 0.468 0.000 0.024 0.508
#> SRR934788 1 0.3047 0.70560 0.872 0.000 0.012 0.116
#> SRR934789 1 0.3760 0.67961 0.836 0.000 0.028 0.136
#> SRR934790 3 0.5292 -0.18824 0.008 0.000 0.512 0.480
#> SRR934791 4 0.7823 0.44062 0.280 0.000 0.308 0.412
#> SRR934792 3 0.5288 0.73554 0.000 0.200 0.732 0.068
#> SRR934793 1 0.4222 0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934794 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934795 1 0.7398 -0.00883 0.456 0.000 0.376 0.168
#> SRR934796 1 0.0188 0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934797 1 0.4222 0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934798 1 0.3649 0.70011 0.796 0.000 0.000 0.204
#> SRR934799 1 0.4267 0.62916 0.788 0.000 0.024 0.188
#> SRR934800 2 0.0188 0.87820 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934801 2 0.3444 0.73048 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR934802 2 0.0188 0.87820 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934803 4 0.6078 0.54120 0.068 0.000 0.312 0.620
#> SRR934804 3 0.5527 0.68708 0.000 0.104 0.728 0.168
#> SRR934805 4 0.7748 0.46962 0.276 0.000 0.284 0.440
#> SRR934806 4 0.4624 0.56566 0.340 0.000 0.000 0.660
#> SRR934807 3 0.3751 0.72961 0.000 0.196 0.800 0.004
#> SRR934809 4 0.7684 0.35760 0.216 0.000 0.388 0.396
#> SRR934810 3 0.7905 0.36961 0.068 0.096 0.548 0.288
#> SRR934811 3 0.3791 0.72763 0.000 0.200 0.796 0.004
#> SRR934808 3 0.7313 -0.28428 0.152 0.000 0.432 0.416
#> SRR934812 1 0.4222 0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934813 3 0.4843 0.72814 0.000 0.104 0.784 0.112
#> SRR934814 1 0.6341 0.43786 0.652 0.000 0.212 0.136
#> SRR934815 3 0.3494 0.74416 0.000 0.172 0.824 0.004
#> SRR934816 2 0.0592 0.87310 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934817 3 0.3160 0.74988 0.000 0.108 0.872 0.020
#> SRR934818 3 0.5353 -0.10123 0.000 0.012 0.556 0.432
#> SRR934819 4 0.5925 0.61068 0.284 0.000 0.068 0.648
#> SRR934820 3 0.7478 -0.22989 0.188 0.000 0.468 0.344
#> SRR934821 4 0.4994 0.25633 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR934822 1 0.0336 0.76421 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934823 4 0.5850 0.64684 0.244 0.000 0.080 0.676
#> SRR934825 2 0.4888 0.24491 0.000 0.588 0.412 0.000
#> SRR934826 1 0.2385 0.73621 0.920 0.000 0.028 0.052
#> SRR934827 4 0.4907 0.37864 0.000 0.000 0.420 0.580
#> SRR934828 3 0.3863 0.71564 0.000 0.144 0.828 0.028
#> SRR934829 2 0.0707 0.87133 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934830 3 0.3978 0.73258 0.000 0.192 0.796 0.012
#> SRR934831 1 0.4222 0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934832 3 0.3831 0.72484 0.000 0.204 0.792 0.004
#> SRR934833 3 0.4996 0.72180 0.000 0.192 0.752 0.056
#> SRR934834 4 0.6450 0.58637 0.108 0.000 0.276 0.616
#> SRR934835 3 0.4391 0.69052 0.000 0.252 0.740 0.008
#> SRR934836 1 0.0188 0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934837 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934838 1 0.4644 0.56878 0.748 0.000 0.024 0.228
#> SRR934839 2 0.1716 0.84460 0.000 0.936 0.064 0.000
#> SRR934840 3 0.5399 0.22061 0.000 0.468 0.520 0.012
#> SRR934841 1 0.4222 0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934842 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934843 1 0.4707 0.54642 0.760 0.000 0.036 0.204
#> SRR934844 1 0.3610 0.62987 0.800 0.000 0.000 0.200
#> SRR934845 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.4817 0.29405 0.000 0.612 0.388 0.000
#> SRR934847 4 0.7883 0.39094 0.284 0.000 0.352 0.364
#> SRR934848 1 0.6194 0.44464 0.668 0.000 0.200 0.132
#> SRR934849 1 0.0188 0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934850 1 0.0188 0.76443 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934851 3 0.5247 0.70650 0.000 0.100 0.752 0.148
#> SRR934853 3 0.5050 0.71835 0.008 0.100 0.784 0.108
#> SRR934852 3 0.5277 -0.13615 0.008 0.000 0.532 0.460
#> SRR934854 3 0.6908 0.44577 0.044 0.080 0.648 0.228
#> SRR934856 4 0.5026 0.60163 0.312 0.000 0.016 0.672
#> SRR934858 1 0.0188 0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934859 2 0.0469 0.87582 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934860 2 0.4843 0.27796 0.000 0.604 0.396 0.000
#> SRR934861 3 0.3873 0.70609 0.000 0.228 0.772 0.000
#> SRR934862 2 0.1211 0.86014 0.000 0.960 0.040 0.000
#> SRR934863 3 0.7345 -0.17850 0.172 0.000 0.492 0.336
#> SRR934864 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934865 3 0.5670 0.66170 0.008 0.104 0.736 0.152
#> SRR934866 2 0.3610 0.70746 0.000 0.800 0.200 0.000
#> SRR934867 3 0.7363 0.47208 0.000 0.200 0.516 0.284
#> SRR934868 3 0.3975 0.69419 0.000 0.240 0.760 0.000
#> SRR934869 3 0.5102 0.72180 0.000 0.100 0.764 0.136
#> SRR934870 4 0.7909 0.37136 0.304 0.000 0.340 0.356
#> SRR934871 3 0.3649 0.72366 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.5746 0.30922 0.000 0.040 0.612 0.348
#> SRR934874 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934876 1 0.5527 0.55255 0.728 0.000 0.104 0.168
#> SRR934877 1 0.4464 0.56633 0.768 0.000 0.024 0.208
#> SRR934878 3 0.2737 0.74640 0.000 0.104 0.888 0.008
#> SRR934879 3 0.4083 0.74260 0.000 0.100 0.832 0.068
#> SRR934880 3 0.4851 0.72822 0.004 0.104 0.792 0.100
#> SRR934881 3 0.5167 0.73914 0.000 0.132 0.760 0.108
#> SRR934882 3 0.4477 0.74159 0.000 0.108 0.808 0.084
#> SRR934883 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934884 3 0.3831 0.72484 0.000 0.204 0.792 0.004
#> SRR934885 3 0.7220 0.21480 0.000 0.420 0.440 0.140
#> SRR934886 4 0.4994 0.24346 0.000 0.000 0.480 0.520
#> SRR934887 3 0.3840 0.74651 0.000 0.104 0.844 0.052
#> SRR934888 2 0.3172 0.72879 0.000 0.840 0.160 0.000
#> SRR934889 3 0.3831 0.72484 0.000 0.204 0.792 0.004
#> SRR934890 3 0.5309 0.69249 0.000 0.092 0.744 0.164
#> SRR934891 3 0.4538 0.73609 0.004 0.124 0.808 0.064
#> SRR934892 3 0.2714 0.74761 0.000 0.112 0.884 0.004
#> SRR934893 3 0.4888 0.71989 0.000 0.096 0.780 0.124
#> SRR934894 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934895 3 0.3610 0.72606 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR934896 1 0.4222 0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934897 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.3616 0.75109 0.000 0.112 0.852 0.036
#> SRR934899 3 0.6819 0.41555 0.000 0.112 0.540 0.348
#> SRR934900 3 0.4224 0.74120 0.000 0.100 0.824 0.076
#> SRR934901 2 0.2973 0.77554 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR934902 3 0.5247 0.70463 0.000 0.100 0.752 0.148
#> SRR934903 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934905 4 0.6678 0.66152 0.172 0.000 0.208 0.620
#> SRR934906 4 0.5938 0.65346 0.232 0.000 0.092 0.676
#> SRR934907 3 0.3688 0.72233 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR934908 2 0.4855 0.27090 0.000 0.600 0.400 0.000
#> SRR934909 3 0.3486 0.73376 0.000 0.188 0.812 0.000
#> SRR934910 4 0.5871 0.29218 0.008 0.020 0.440 0.532
#> SRR934911 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.4786 0.72976 0.000 0.104 0.788 0.108
#> SRR934913 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.5535 0.60272 0.304 0.000 0.040 0.656
#> SRR934915 3 0.3697 0.74600 0.000 0.100 0.852 0.048
#> SRR934916 4 0.6124 0.62855 0.276 0.000 0.084 0.640
#> SRR934917 2 0.3837 0.67661 0.000 0.776 0.224 0.000
#> SRR934918 3 0.6702 0.41495 0.000 0.100 0.544 0.356
#> SRR934919 3 0.6028 0.49863 0.000 0.076 0.644 0.280
#> SRR934920 1 0.4222 0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934921 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.4322 0.75064 0.000 0.152 0.804 0.044
#> SRR934924 4 0.5905 0.53664 0.060 0.000 0.304 0.636
#> SRR934923 4 0.6090 0.51750 0.384 0.000 0.052 0.564
#> SRR934925 3 0.3610 0.72763 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.4114 0.74667 0.000 0.112 0.828 0.060
#> SRR934928 3 0.5812 0.64872 0.004 0.100 0.712 0.184
#> SRR934929 4 0.5592 0.47236 0.024 0.000 0.404 0.572
#> SRR934930 3 0.4285 0.73805 0.000 0.104 0.820 0.076
#> SRR934931 3 0.3610 0.72606 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.4055 0.74548 0.000 0.108 0.832 0.060
#> SRR934936 3 0.3444 0.73565 0.000 0.184 0.816 0.000
#> SRR934933 4 0.6121 0.56123 0.072 0.000 0.308 0.620
#> SRR934937 3 0.4083 0.74260 0.000 0.100 0.832 0.068
#> SRR934938 3 0.4727 0.72877 0.000 0.100 0.792 0.108
#> SRR934939 3 0.4010 0.73860 0.000 0.100 0.836 0.064
#> SRR934940 3 0.3610 0.72606 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR934941 3 0.3043 0.74721 0.004 0.112 0.876 0.008
#> SRR934942 3 0.4059 0.73196 0.000 0.200 0.788 0.012
#> SRR934943 3 0.4072 0.67254 0.000 0.252 0.748 0.000
#> SRR934944 4 0.5113 0.64460 0.252 0.000 0.036 0.712
#> SRR934945 4 0.5905 0.53664 0.060 0.000 0.304 0.636
#> SRR934946 3 0.3591 0.74586 0.000 0.168 0.824 0.008
#> SRR934947 1 0.0336 0.76345 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934948 3 0.4083 0.74260 0.000 0.100 0.832 0.068
#> SRR934949 2 0.4331 0.55053 0.000 0.712 0.288 0.000
#> SRR934950 3 0.5519 0.68972 0.008 0.100 0.748 0.144
#> SRR934951 4 0.5951 0.59539 0.300 0.000 0.064 0.636
#> SRR934953 4 0.5543 0.47777 0.028 0.000 0.360 0.612
#> SRR934952 2 0.1867 0.83748 0.000 0.928 0.072 0.000
#> SRR934954 2 0.0188 0.87820 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934955 1 0.4222 0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934956 3 0.6501 0.48062 0.000 0.096 0.588 0.316
#> SRR934957 3 0.4193 0.73490 0.004 0.100 0.832 0.064
#> SRR934958 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.5995 0.65249 0.232 0.000 0.096 0.672
#> SRR934960 1 0.2759 0.72801 0.904 0.000 0.052 0.044
#> SRR934961 2 0.1940 0.82887 0.000 0.924 0.076 0.000
#> SRR934962 2 0.0188 0.87820 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934963 4 0.5903 0.51134 0.052 0.000 0.332 0.616
#> SRR934964 3 0.4083 0.74260 0.000 0.100 0.832 0.068
#> SRR934965 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.87932 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.2924 0.74618 0.000 0.100 0.884 0.016
#> SRR934968 3 0.4083 0.74260 0.000 0.100 0.832 0.068
#> SRR934969 1 0.4462 0.65473 0.804 0.000 0.064 0.132
#> SRR934970 1 0.0921 0.75589 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934971 3 0.4972 -0.10846 0.000 0.000 0.544 0.456
#> SRR934972 4 0.5873 0.64804 0.256 0.000 0.076 0.668
#> SRR934973 3 0.4981 -0.12463 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR934974 4 0.4855 0.40980 0.000 0.000 0.400 0.600
#> SRR934975 3 0.4606 0.72316 0.004 0.100 0.808 0.088
#> SRR934976 2 0.4905 0.36266 0.000 0.632 0.364 0.004
#> SRR934977 1 0.0469 0.76372 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934978 3 0.4981 -0.12463 0.000 0.000 0.536 0.464
#> SRR934979 2 0.4830 0.28741 0.000 0.608 0.392 0.000
#> SRR934980 1 0.1211 0.75013 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR934981 3 0.5247 0.70622 0.000 0.100 0.752 0.148
#> SRR934982 1 0.5708 -0.09705 0.556 0.000 0.028 0.416
#> SRR934983 1 0.0188 0.76408 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934984 3 0.6454 0.21113 0.000 0.076 0.544 0.380
#> SRR934985 3 0.4682 0.41471 0.004 0.024 0.760 0.212
#> SRR934986 1 0.0188 0.76454 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934987 3 0.3649 0.72366 0.000 0.204 0.796 0.000
#> SRR934988 3 0.5113 0.69648 0.000 0.088 0.760 0.152
#> SRR934989 1 0.4222 0.67915 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934990 3 0.4083 0.74260 0.000 0.100 0.832 0.068
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.2471 0.5681 0.000 0.000 0.000 0.864 0.136
#> SRR934718 4 0.2424 0.6074 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934719 3 0.3215 0.6420 0.000 0.000 0.852 0.092 0.056
#> SRR934720 1 0.0510 0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934721 4 0.6309 -0.2296 0.000 0.000 0.192 0.520 0.288
#> SRR934722 3 0.4546 0.6218 0.000 0.028 0.668 0.000 0.304
#> SRR934723 4 0.3305 0.5380 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR934724 3 0.6366 -0.5924 0.000 0.000 0.440 0.164 0.396
#> SRR934725 4 0.5006 0.2331 0.008 0.000 0.020 0.564 0.408
#> SRR934726 5 0.6378 0.3993 0.000 0.000 0.176 0.348 0.476
#> SRR934727 4 0.2329 0.6100 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR934728 4 0.4900 0.2213 0.004 0.000 0.020 0.564 0.412
#> SRR934729 3 0.4789 0.6140 0.004 0.028 0.644 0.000 0.324
#> SRR934730 2 0.0162 0.9132 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934731 3 0.6792 -0.4855 0.000 0.000 0.372 0.288 0.340
#> SRR934732 3 0.4276 0.6095 0.000 0.244 0.724 0.000 0.032
#> SRR934733 4 0.4201 0.2592 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR934734 1 0.2377 0.8372 0.872 0.000 0.000 0.128 0.000
#> SRR934735 4 0.2516 0.6026 0.140 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR934736 4 0.2561 0.6017 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR934737 2 0.2707 0.8125 0.000 0.876 0.100 0.000 0.024
#> SRR934738 4 0.4806 0.2399 0.004 0.000 0.016 0.572 0.408
#> SRR934740 1 0.0510 0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 3 0.6363 0.5404 0.000 0.192 0.504 0.000 0.304
#> SRR934742 4 0.1831 0.5885 0.004 0.000 0.000 0.920 0.076
#> SRR934743 4 0.3629 0.5351 0.028 0.000 0.056 0.848 0.068
#> SRR934744 3 0.0740 0.7042 0.004 0.008 0.980 0.000 0.008
#> SRR934745 3 0.5271 0.5645 0.000 0.000 0.628 0.076 0.296
#> SRR934746 3 0.4920 0.6172 0.000 0.048 0.644 0.000 0.308
#> SRR934747 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 3 0.5010 0.3748 0.000 0.000 0.708 0.148 0.144
#> SRR934750 2 0.1310 0.8924 0.000 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR934749 4 0.4138 0.4547 0.000 0.000 0.016 0.708 0.276
#> SRR934751 4 0.1591 0.5964 0.004 0.000 0.004 0.940 0.052
#> SRR934752 4 0.4760 0.2083 0.000 0.000 0.020 0.564 0.416
#> SRR934753 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934754 4 0.4892 0.2275 0.004 0.000 0.020 0.568 0.408
#> SRR934755 3 0.4181 0.6105 0.004 0.000 0.732 0.020 0.244
#> SRR934756 4 0.1544 0.6174 0.068 0.000 0.000 0.932 0.000
#> SRR934757 3 0.3346 0.6543 0.000 0.000 0.844 0.092 0.064
#> SRR934758 4 0.1478 0.6175 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR934759 1 0.0510 0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934760 2 0.3550 0.7388 0.000 0.796 0.184 0.000 0.020
#> SRR934761 3 0.3807 0.6557 0.008 0.012 0.776 0.000 0.204
#> SRR934762 4 0.4767 0.1962 0.000 0.000 0.020 0.560 0.420
#> SRR934763 4 0.5406 -0.2036 0.000 0.000 0.056 0.476 0.468
#> SRR934764 4 0.4769 0.2742 0.004 0.000 0.016 0.588 0.392
#> SRR934765 4 0.6121 -0.1158 0.004 0.000 0.376 0.504 0.116
#> SRR934766 4 0.3534 0.4851 0.000 0.000 0.000 0.744 0.256
#> SRR934767 1 0.0510 0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934768 4 0.3305 0.5380 0.224 0.000 0.000 0.776 0.000
#> SRR934769 3 0.4049 0.6696 0.000 0.164 0.780 0.000 0.056
#> SRR934770 4 0.2605 0.5990 0.148 0.000 0.000 0.852 0.000
#> SRR934772 3 0.4602 0.6167 0.004 0.016 0.640 0.000 0.340
#> SRR934771 4 0.5562 0.2112 0.000 0.000 0.100 0.604 0.296
#> SRR934773 1 0.0510 0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934774 3 0.2074 0.6877 0.000 0.000 0.920 0.044 0.036
#> SRR934775 4 0.4350 0.2563 0.000 0.000 0.004 0.588 0.408
#> SRR934776 3 0.5705 0.4044 0.000 0.008 0.604 0.088 0.300
#> SRR934777 4 0.4138 0.4536 0.000 0.000 0.016 0.708 0.276
#> SRR934778 3 0.5745 0.3867 0.000 0.012 0.568 0.068 0.352
#> SRR934779 1 0.1965 0.8831 0.904 0.000 0.000 0.096 0.000
#> SRR934780 3 0.2625 0.7012 0.000 0.016 0.876 0.000 0.108
#> SRR934781 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0162 0.9132 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934783 5 0.6219 0.6958 0.000 0.000 0.196 0.260 0.544
#> SRR934784 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934786 4 0.2471 0.6061 0.136 0.000 0.000 0.864 0.000
#> SRR934787 4 0.1788 0.5969 0.008 0.000 0.004 0.932 0.056
#> SRR934788 4 0.2171 0.6039 0.024 0.000 0.000 0.912 0.064
#> SRR934789 4 0.4235 0.3942 0.008 0.000 0.000 0.656 0.336
#> SRR934790 3 0.4164 0.6050 0.008 0.000 0.728 0.012 0.252
#> SRR934791 4 0.4249 0.4297 0.000 0.000 0.016 0.688 0.296
#> SRR934792 3 0.3953 0.6612 0.000 0.168 0.784 0.000 0.048
#> SRR934793 1 0.0510 0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934795 4 0.4760 0.2034 0.000 0.000 0.020 0.564 0.416
#> SRR934796 4 0.2230 0.6123 0.116 0.000 0.000 0.884 0.000
#> SRR934797 1 0.0510 0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934798 4 0.4192 0.2138 0.404 0.000 0.000 0.596 0.000
#> SRR934799 4 0.3728 0.4968 0.008 0.000 0.000 0.748 0.244
#> SRR934800 2 0.1310 0.8891 0.000 0.956 0.024 0.000 0.020
#> SRR934801 2 0.3449 0.7491 0.000 0.812 0.164 0.000 0.024
#> SRR934802 2 0.0898 0.9012 0.000 0.972 0.008 0.000 0.020
#> SRR934803 3 0.6393 0.3281 0.004 0.000 0.540 0.232 0.224
#> SRR934804 3 0.4149 0.6618 0.000 0.128 0.784 0.000 0.088
#> SRR934805 4 0.4689 0.2000 0.000 0.000 0.016 0.560 0.424
#> SRR934806 4 0.0771 0.6040 0.004 0.000 0.000 0.976 0.020
#> SRR934807 3 0.4309 0.6168 0.000 0.016 0.676 0.000 0.308
#> SRR934809 5 0.6647 0.7242 0.000 0.000 0.264 0.288 0.448
#> SRR934810 5 0.6401 0.6581 0.000 0.000 0.380 0.172 0.448
#> SRR934811 3 0.4473 0.6140 0.000 0.020 0.656 0.000 0.324
#> SRR934808 5 0.6661 0.7183 0.000 0.000 0.272 0.284 0.444
#> SRR934812 1 0.0510 0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934813 3 0.1153 0.7082 0.004 0.008 0.964 0.000 0.024
#> SRR934814 4 0.5006 0.2331 0.008 0.000 0.020 0.564 0.408
#> SRR934815 3 0.3757 0.6691 0.000 0.020 0.772 0.000 0.208
#> SRR934816 2 0.0693 0.9061 0.000 0.980 0.012 0.000 0.008
#> SRR934817 3 0.3264 0.6872 0.000 0.016 0.820 0.000 0.164
#> SRR934818 3 0.4184 0.6582 0.000 0.016 0.700 0.000 0.284
#> SRR934819 4 0.3508 0.4872 0.000 0.000 0.000 0.748 0.252
#> SRR934820 5 0.6172 0.5834 0.000 0.000 0.144 0.356 0.500
#> SRR934821 3 0.3381 0.6615 0.000 0.000 0.808 0.016 0.176
#> SRR934822 4 0.2852 0.5813 0.172 0.000 0.000 0.828 0.000
#> SRR934823 4 0.5570 0.2160 0.000 0.000 0.104 0.608 0.288
#> SRR934825 3 0.4976 0.2308 0.000 0.468 0.504 0.000 0.028
#> SRR934826 4 0.5141 0.5337 0.092 0.000 0.000 0.672 0.236
#> SRR934827 3 0.4096 0.6034 0.004 0.000 0.724 0.012 0.260
#> SRR934828 3 0.4292 0.6482 0.000 0.024 0.704 0.000 0.272
#> SRR934829 2 0.0451 0.9100 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR934830 3 0.4249 0.6173 0.000 0.016 0.688 0.000 0.296
#> SRR934831 1 0.0510 0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934832 3 0.4348 0.6151 0.000 0.016 0.668 0.000 0.316
#> SRR934833 3 0.5368 0.5290 0.000 0.016 0.632 0.048 0.304
#> SRR934834 3 0.6784 0.1488 0.004 0.000 0.440 0.308 0.248
#> SRR934835 3 0.3650 0.6671 0.000 0.176 0.796 0.000 0.028
#> SRR934836 4 0.2179 0.6135 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934838 4 0.3728 0.4968 0.008 0.000 0.000 0.748 0.244
#> SRR934839 2 0.1117 0.8966 0.000 0.964 0.016 0.000 0.020
#> SRR934840 3 0.4206 0.5935 0.000 0.272 0.708 0.000 0.020
#> SRR934841 1 0.0510 0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934843 4 0.2426 0.6140 0.064 0.000 0.000 0.900 0.036
#> SRR934844 4 0.0510 0.6126 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934846 2 0.4836 0.2905 0.000 0.612 0.356 0.000 0.032
#> SRR934847 4 0.5178 0.0255 0.004 0.000 0.032 0.516 0.448
#> SRR934848 4 0.4462 0.4204 0.004 0.000 0.016 0.672 0.308
#> SRR934849 4 0.2561 0.6016 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR934850 4 0.3143 0.5566 0.204 0.000 0.000 0.796 0.000
#> SRR934851 3 0.2445 0.6898 0.004 0.004 0.884 0.000 0.108
#> SRR934853 3 0.2446 0.6826 0.000 0.000 0.900 0.056 0.044
#> SRR934852 3 0.4159 0.6095 0.008 0.000 0.716 0.008 0.268
#> SRR934854 3 0.5923 0.1308 0.000 0.008 0.496 0.080 0.416
#> SRR934856 4 0.2179 0.5759 0.000 0.000 0.000 0.888 0.112
#> SRR934858 4 0.2561 0.6016 0.144 0.000 0.000 0.856 0.000
#> SRR934859 2 0.0404 0.9096 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934860 3 0.5889 0.3603 0.000 0.392 0.504 0.000 0.104
#> SRR934861 3 0.3622 0.6924 0.000 0.056 0.820 0.000 0.124
#> SRR934862 2 0.4164 0.7430 0.000 0.784 0.120 0.000 0.096
#> SRR934863 5 0.5930 0.6600 0.000 0.000 0.196 0.208 0.596
#> SRR934864 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934865 3 0.5639 0.3411 0.000 0.000 0.568 0.092 0.340
#> SRR934866 2 0.4482 0.7087 0.000 0.752 0.160 0.000 0.088
#> SRR934867 3 0.4313 0.6464 0.000 0.172 0.760 0.000 0.068
#> SRR934868 3 0.4342 0.6526 0.000 0.040 0.728 0.000 0.232
#> SRR934869 3 0.1753 0.6944 0.000 0.000 0.936 0.032 0.032
#> SRR934870 4 0.4760 0.2083 0.000 0.000 0.020 0.564 0.416
#> SRR934871 3 0.4400 0.6177 0.000 0.020 0.672 0.000 0.308
#> SRR934872 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934873 3 0.3365 0.6582 0.008 0.000 0.808 0.004 0.180
#> SRR934874 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934876 4 0.4380 0.4407 0.004 0.000 0.016 0.688 0.292
#> SRR934877 4 0.1478 0.6169 0.064 0.000 0.000 0.936 0.000
#> SRR934878 3 0.3652 0.6598 0.000 0.012 0.784 0.004 0.200
#> SRR934879 3 0.0613 0.7035 0.004 0.004 0.984 0.000 0.008
#> SRR934880 3 0.2507 0.7043 0.000 0.012 0.900 0.016 0.072
#> SRR934881 3 0.3452 0.6770 0.000 0.148 0.820 0.000 0.032
#> SRR934882 3 0.2685 0.6986 0.000 0.092 0.880 0.000 0.028
#> SRR934883 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934884 3 0.4540 0.6162 0.000 0.024 0.656 0.000 0.320
#> SRR934885 3 0.5339 0.6415 0.000 0.152 0.672 0.000 0.176
#> SRR934886 3 0.4017 0.6100 0.004 0.000 0.736 0.012 0.248
#> SRR934887 3 0.0566 0.7049 0.000 0.012 0.984 0.000 0.004
#> SRR934888 2 0.3284 0.7593 0.000 0.828 0.148 0.000 0.024
#> SRR934889 3 0.5358 0.6423 0.000 0.104 0.648 0.000 0.248
#> SRR934890 3 0.1251 0.7007 0.000 0.000 0.956 0.008 0.036
#> SRR934891 3 0.5456 0.4152 0.000 0.000 0.592 0.080 0.328
#> SRR934892 3 0.3360 0.6757 0.000 0.012 0.816 0.004 0.168
#> SRR934893 3 0.2741 0.6821 0.004 0.004 0.860 0.000 0.132
#> SRR934894 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934895 3 0.4546 0.6218 0.000 0.028 0.668 0.000 0.304
#> SRR934896 1 0.0510 0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0865 0.7062 0.000 0.000 0.972 0.004 0.024
#> SRR934899 3 0.4169 0.6606 0.000 0.116 0.784 0.000 0.100
#> SRR934900 3 0.0486 0.7038 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR934901 2 0.5867 0.4894 0.000 0.588 0.144 0.000 0.268
#> SRR934902 3 0.2956 0.6776 0.004 0.008 0.848 0.000 0.140
#> SRR934903 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934905 3 0.6410 0.0608 0.004 0.000 0.468 0.376 0.152
#> SRR934906 4 0.5433 0.2442 0.000 0.000 0.092 0.620 0.288
#> SRR934907 3 0.4276 0.6532 0.000 0.028 0.716 0.000 0.256
#> SRR934908 3 0.6274 0.5561 0.000 0.208 0.536 0.000 0.256
#> SRR934909 3 0.3283 0.6955 0.000 0.028 0.832 0.000 0.140
#> SRR934910 3 0.4954 0.6021 0.008 0.016 0.608 0.004 0.364
#> SRR934911 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.3214 0.6849 0.000 0.120 0.844 0.000 0.036
#> SRR934913 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934914 4 0.3661 0.4684 0.000 0.000 0.000 0.724 0.276
#> SRR934915 3 0.1074 0.7051 0.000 0.012 0.968 0.004 0.016
#> SRR934916 4 0.4643 0.4750 0.072 0.000 0.012 0.756 0.160
#> SRR934917 2 0.4360 0.4907 0.000 0.680 0.300 0.000 0.020
#> SRR934918 3 0.3548 0.6567 0.004 0.012 0.796 0.000 0.188
#> SRR934919 3 0.3280 0.6754 0.000 0.004 0.808 0.004 0.184
#> SRR934920 1 0.0510 0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934922 3 0.3909 0.6627 0.000 0.024 0.760 0.000 0.216
#> SRR934924 3 0.7602 0.3286 0.084 0.000 0.464 0.172 0.280
#> SRR934923 4 0.1924 0.5926 0.008 0.000 0.004 0.924 0.064
#> SRR934925 3 0.4113 0.6533 0.000 0.028 0.740 0.000 0.232
#> SRR934926 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934927 3 0.1216 0.7088 0.000 0.020 0.960 0.000 0.020
#> SRR934928 3 0.3075 0.6496 0.000 0.000 0.860 0.092 0.048
#> SRR934929 3 0.5759 0.4949 0.000 0.000 0.616 0.160 0.224
#> SRR934930 3 0.2407 0.6997 0.000 0.012 0.896 0.004 0.088
#> SRR934931 3 0.4565 0.6190 0.000 0.028 0.664 0.000 0.308
#> SRR934932 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934935 3 0.1173 0.7083 0.004 0.012 0.964 0.000 0.020
#> SRR934936 3 0.4546 0.6218 0.000 0.028 0.668 0.000 0.304
#> SRR934933 3 0.6033 0.4021 0.000 0.000 0.580 0.200 0.220
#> SRR934937 3 0.0486 0.7038 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR934938 3 0.0932 0.7046 0.004 0.004 0.972 0.000 0.020
#> SRR934939 3 0.4763 0.5951 0.000 0.000 0.712 0.076 0.212
#> SRR934940 3 0.4565 0.6190 0.000 0.028 0.664 0.000 0.308
#> SRR934941 3 0.3686 0.6589 0.000 0.012 0.780 0.004 0.204
#> SRR934942 3 0.3612 0.6913 0.000 0.028 0.800 0.000 0.172
#> SRR934943 3 0.5272 0.6109 0.000 0.072 0.620 0.000 0.308
#> SRR934944 4 0.4437 0.4139 0.000 0.000 0.100 0.760 0.140
#> SRR934945 3 0.7602 0.3286 0.084 0.000 0.464 0.172 0.280
#> SRR934946 3 0.4493 0.6224 0.000 0.016 0.700 0.012 0.272
#> SRR934947 4 0.2280 0.6112 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR934948 3 0.0775 0.7032 0.004 0.004 0.980 0.004 0.008
#> SRR934949 2 0.4445 0.4626 0.000 0.676 0.300 0.000 0.024
#> SRR934950 3 0.5580 0.3759 0.000 0.000 0.576 0.088 0.336
#> SRR934951 4 0.4057 0.4871 0.008 0.000 0.008 0.732 0.252
#> SRR934953 3 0.4096 0.6034 0.004 0.000 0.724 0.012 0.260
#> SRR934952 2 0.2331 0.8515 0.000 0.900 0.020 0.000 0.080
#> SRR934954 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0510 0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934956 3 0.3550 0.6636 0.000 0.020 0.796 0.000 0.184
#> SRR934957 3 0.4905 0.5712 0.000 0.000 0.696 0.080 0.224
#> SRR934958 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934959 4 0.5613 0.2071 0.000 0.000 0.108 0.604 0.288
#> SRR934960 4 0.5215 0.5192 0.088 0.000 0.000 0.656 0.256
#> SRR934961 2 0.4720 0.6981 0.000 0.736 0.124 0.000 0.140
#> SRR934962 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963 3 0.4818 0.5729 0.004 0.000 0.688 0.048 0.260
#> SRR934964 3 0.0451 0.7043 0.000 0.008 0.988 0.000 0.004
#> SRR934965 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9147 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0671 0.7035 0.000 0.000 0.980 0.004 0.016
#> SRR934968 3 0.0833 0.7043 0.004 0.004 0.976 0.000 0.016
#> SRR934969 4 0.4814 0.2343 0.004 0.000 0.016 0.568 0.412
#> SRR934970 4 0.2179 0.6130 0.112 0.000 0.000 0.888 0.000
#> SRR934971 3 0.3611 0.6417 0.004 0.000 0.780 0.008 0.208
#> SRR934972 4 0.4457 0.3278 0.000 0.000 0.152 0.756 0.092
#> SRR934973 3 0.4057 0.6073 0.008 0.000 0.732 0.008 0.252
#> SRR934974 3 0.3961 0.6216 0.000 0.000 0.736 0.016 0.248
#> SRR934975 3 0.5064 0.5334 0.000 0.000 0.672 0.080 0.248
#> SRR934976 3 0.5932 0.2287 0.000 0.440 0.456 0.000 0.104
#> SRR934977 4 0.2773 0.5930 0.164 0.000 0.000 0.836 0.000
#> SRR934978 3 0.3998 0.6151 0.004 0.004 0.732 0.004 0.256
#> SRR934979 3 0.5876 0.3757 0.000 0.384 0.512 0.000 0.104
#> SRR934980 4 0.3430 0.5385 0.220 0.000 0.004 0.776 0.000
#> SRR934981 3 0.2338 0.6887 0.000 0.004 0.884 0.000 0.112
#> SRR934982 4 0.3359 0.5804 0.108 0.000 0.000 0.840 0.052
#> SRR934983 4 0.2329 0.6100 0.124 0.000 0.000 0.876 0.000
#> SRR934984 3 0.4610 0.6538 0.004 0.112 0.756 0.000 0.128
#> SRR934985 3 0.5798 0.3944 0.000 0.012 0.576 0.076 0.336
#> SRR934986 4 0.2377 0.6092 0.128 0.000 0.000 0.872 0.000
#> SRR934987 3 0.4380 0.6205 0.000 0.020 0.676 0.000 0.304
#> SRR934988 3 0.1041 0.7007 0.000 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR934989 1 0.0510 0.9820 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000
#> SRR934990 3 0.0486 0.7038 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 1 0.3390 0.4779 0.704 0.000 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0820 0.8192 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR934719 4 0.4502 0.5672 0.016 0.000 0.240 0.696 0.048 0.000
#> SRR934720 6 0.0260 0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934721 4 0.4012 0.7233 0.232 0.000 0.008 0.728 0.032 0.000
#> SRR934722 5 0.2584 0.8173 0.000 0.004 0.144 0.004 0.848 0.000
#> SRR934723 1 0.1010 0.8163 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR934724 4 0.4162 0.6564 0.020 0.000 0.140 0.768 0.072 0.000
#> SRR934725 4 0.2095 0.7718 0.076 0.000 0.000 0.904 0.016 0.004
#> SRR934726 4 0.4250 0.7279 0.108 0.000 0.144 0.744 0.000 0.004
#> SRR934727 1 0.0993 0.8192 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR934728 4 0.1967 0.7723 0.084 0.000 0.000 0.904 0.012 0.000
#> SRR934729 5 0.2592 0.8092 0.016 0.000 0.116 0.004 0.864 0.000
#> SRR934730 2 0.0146 0.8927 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934731 4 0.3731 0.6397 0.024 0.000 0.212 0.756 0.008 0.000
#> SRR934732 3 0.4276 0.6319 0.004 0.228 0.716 0.004 0.048 0.000
#> SRR934733 4 0.2053 0.7767 0.108 0.000 0.004 0.888 0.000 0.000
#> SRR934734 6 0.1007 0.9487 0.044 0.000 0.000 0.000 0.000 0.956
#> SRR934735 1 0.0993 0.8192 0.964 0.000 0.000 0.012 0.000 0.024
#> SRR934736 1 0.0935 0.8169 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR934737 2 0.1080 0.8811 0.004 0.960 0.000 0.004 0.032 0.000
#> SRR934738 4 0.1967 0.7736 0.084 0.000 0.000 0.904 0.012 0.000
#> SRR934740 6 0.0260 0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934739 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934741 5 0.3916 0.4869 0.000 0.300 0.020 0.000 0.680 0.000
#> SRR934742 1 0.1411 0.7942 0.936 0.000 0.000 0.060 0.000 0.004
#> SRR934743 1 0.0696 0.8150 0.980 0.000 0.004 0.008 0.004 0.004
#> SRR934744 3 0.0790 0.8487 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR934745 3 0.5968 0.4768 0.096 0.000 0.620 0.068 0.208 0.008
#> SRR934746 5 0.2984 0.7144 0.000 0.104 0.044 0.004 0.848 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.8933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934748 4 0.5372 0.1661 0.056 0.000 0.424 0.496 0.024 0.000
#> SRR934750 2 0.0603 0.8909 0.000 0.980 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR934749 4 0.3508 0.7026 0.292 0.000 0.004 0.704 0.000 0.000
#> SRR934751 1 0.1049 0.8172 0.960 0.000 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR934752 4 0.1983 0.7724 0.072 0.000 0.000 0.908 0.020 0.000
#> SRR934753 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934754 4 0.1951 0.7726 0.076 0.000 0.000 0.908 0.016 0.000
#> SRR934755 3 0.2009 0.8345 0.000 0.000 0.908 0.068 0.024 0.000
#> SRR934756 1 0.2882 0.6851 0.812 0.000 0.000 0.180 0.000 0.008
#> SRR934757 3 0.4357 0.5274 0.016 0.000 0.660 0.304 0.020 0.000
#> SRR934758 1 0.1049 0.8162 0.960 0.000 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR934759 6 0.0260 0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934760 2 0.2610 0.8326 0.004 0.884 0.060 0.004 0.048 0.000
#> SRR934761 3 0.0363 0.8486 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR934762 4 0.1983 0.7724 0.072 0.000 0.000 0.908 0.020 0.000
#> SRR934763 4 0.2088 0.7722 0.068 0.000 0.000 0.904 0.028 0.000
#> SRR934764 4 0.2408 0.7719 0.108 0.000 0.000 0.876 0.012 0.004
#> SRR934765 1 0.4861 0.5837 0.660 0.000 0.244 0.088 0.008 0.000
#> SRR934766 4 0.3428 0.6941 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR934767 6 0.0260 0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934768 1 0.0935 0.8176 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR934769 3 0.3393 0.7680 0.000 0.108 0.820 0.004 0.068 0.000
#> SRR934770 1 0.1151 0.8181 0.956 0.000 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR934772 3 0.3936 0.7158 0.000 0.000 0.760 0.060 0.176 0.004
#> SRR934771 4 0.3668 0.7031 0.228 0.000 0.028 0.744 0.000 0.000
#> SRR934773 6 0.0260 0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934774 3 0.3637 0.7493 0.008 0.000 0.788 0.164 0.040 0.000
#> SRR934775 4 0.2442 0.7722 0.144 0.000 0.004 0.852 0.000 0.000
#> SRR934776 5 0.6074 0.3490 0.016 0.000 0.176 0.324 0.484 0.000
#> SRR934777 4 0.3547 0.6987 0.300 0.000 0.004 0.696 0.000 0.000
#> SRR934778 5 0.5927 0.3352 0.016 0.000 0.148 0.336 0.500 0.000
#> SRR934779 6 0.0363 0.9916 0.012 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR934780 3 0.4012 0.4117 0.000 0.000 0.640 0.016 0.344 0.000
#> SRR934781 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.8933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934783 4 0.2478 0.7479 0.024 0.000 0.012 0.888 0.076 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.8933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934786 1 0.0820 0.8192 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR934787 1 0.1049 0.8172 0.960 0.000 0.000 0.032 0.000 0.008
#> SRR934788 1 0.2854 0.6474 0.792 0.000 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR934789 4 0.2871 0.7605 0.192 0.000 0.004 0.804 0.000 0.000
#> SRR934790 3 0.1082 0.8370 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000
#> SRR934791 4 0.3240 0.7360 0.244 0.000 0.004 0.752 0.000 0.000
#> SRR934792 3 0.3389 0.7667 0.004 0.116 0.824 0.004 0.052 0.000
#> SRR934793 6 0.0260 0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934794 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934795 4 0.1983 0.7724 0.072 0.000 0.000 0.908 0.020 0.000
#> SRR934796 1 0.0914 0.8195 0.968 0.000 0.000 0.016 0.000 0.016
#> SRR934797 6 0.0260 0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934798 1 0.3198 0.5591 0.740 0.000 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR934799 4 0.3428 0.6941 0.304 0.000 0.000 0.696 0.000 0.000
#> SRR934800 2 0.1080 0.8811 0.004 0.960 0.000 0.004 0.032 0.000
#> SRR934801 2 0.1674 0.8631 0.000 0.924 0.004 0.004 0.068 0.000
#> SRR934802 2 0.1003 0.8828 0.004 0.964 0.000 0.004 0.028 0.000
#> SRR934803 1 0.6056 0.2291 0.476 0.000 0.392 0.088 0.040 0.004
#> SRR934804 3 0.1549 0.8334 0.000 0.020 0.936 0.000 0.044 0.000
#> SRR934805 4 0.1958 0.7770 0.100 0.000 0.004 0.896 0.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0937 0.8134 0.960 0.000 0.000 0.040 0.000 0.000
#> SRR934807 5 0.2584 0.8087 0.004 0.000 0.144 0.004 0.848 0.000
#> SRR934809 4 0.1679 0.7641 0.028 0.000 0.008 0.936 0.028 0.000
#> SRR934810 4 0.3834 0.6718 0.024 0.000 0.140 0.792 0.044 0.000
#> SRR934811 5 0.2500 0.8110 0.012 0.000 0.116 0.004 0.868 0.000
#> SRR934808 4 0.3226 0.7141 0.028 0.000 0.116 0.836 0.020 0.000
#> SRR934812 6 0.0260 0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934813 3 0.0713 0.8488 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934814 4 0.2095 0.7718 0.076 0.000 0.000 0.904 0.016 0.004
#> SRR934815 5 0.3390 0.6867 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR934816 2 0.0146 0.8930 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.2362 0.8111 0.000 0.004 0.860 0.000 0.136 0.000
#> SRR934818 3 0.4431 0.5599 0.000 0.000 0.688 0.060 0.248 0.004
#> SRR934819 4 0.3565 0.6955 0.304 0.000 0.004 0.692 0.000 0.000
#> SRR934820 4 0.2322 0.7618 0.036 0.000 0.004 0.896 0.064 0.000
#> SRR934821 3 0.2125 0.8378 0.004 0.000 0.908 0.068 0.016 0.004
#> SRR934822 1 0.1010 0.8166 0.960 0.000 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR934823 4 0.3323 0.7118 0.240 0.000 0.008 0.752 0.000 0.000
#> SRR934825 2 0.3207 0.7888 0.004 0.840 0.052 0.004 0.100 0.000
#> SRR934826 4 0.3690 0.6833 0.308 0.000 0.000 0.684 0.000 0.008
#> SRR934827 3 0.2258 0.8302 0.000 0.000 0.896 0.060 0.044 0.000
#> SRR934828 5 0.2886 0.8061 0.016 0.000 0.144 0.004 0.836 0.000
#> SRR934829 2 0.0291 0.8928 0.000 0.992 0.004 0.000 0.004 0.000
#> SRR934830 5 0.2624 0.8065 0.004 0.000 0.148 0.004 0.844 0.000
#> SRR934831 6 0.0260 0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934832 5 0.2288 0.8133 0.004 0.000 0.116 0.004 0.876 0.000
#> SRR934833 5 0.4199 0.7444 0.004 0.000 0.148 0.100 0.748 0.000
#> SRR934834 1 0.5652 0.2946 0.520 0.000 0.380 0.068 0.028 0.004
#> SRR934835 3 0.4082 0.6809 0.004 0.184 0.752 0.004 0.056 0.000
#> SRR934836 1 0.0820 0.8192 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR934837 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934838 4 0.3547 0.6987 0.300 0.000 0.004 0.696 0.000 0.000
#> SRR934839 2 0.1413 0.8752 0.004 0.948 0.008 0.004 0.036 0.000
#> SRR934840 3 0.4256 0.6661 0.004 0.192 0.736 0.004 0.064 0.000
#> SRR934841 6 0.0260 0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934842 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934843 1 0.2877 0.6934 0.820 0.000 0.000 0.168 0.000 0.012
#> SRR934844 1 0.1610 0.7859 0.916 0.000 0.000 0.084 0.000 0.000
#> SRR934845 2 0.1663 0.8947 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934846 2 0.3300 0.7575 0.004 0.832 0.108 0.004 0.052 0.000
#> SRR934847 4 0.2149 0.7773 0.080 0.000 0.004 0.900 0.016 0.000
#> SRR934848 4 0.3420 0.7335 0.240 0.000 0.000 0.748 0.012 0.000
#> SRR934849 1 0.0820 0.8192 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR934850 1 0.0935 0.8176 0.964 0.000 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR934851 3 0.0000 0.8475 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934853 3 0.4681 0.6054 0.016 0.000 0.712 0.176 0.096 0.000
#> SRR934852 3 0.1082 0.8388 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040 0.000
#> SRR934854 4 0.5888 0.2754 0.020 0.000 0.144 0.532 0.304 0.000
#> SRR934856 1 0.3101 0.5906 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0820 0.8192 0.972 0.000 0.000 0.012 0.000 0.016
#> SRR934859 2 0.0665 0.8931 0.004 0.980 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR934860 5 0.6047 0.3491 0.000 0.228 0.320 0.004 0.448 0.000
#> SRR934861 3 0.4323 0.7255 0.004 0.120 0.748 0.004 0.124 0.000
#> SRR934862 2 0.2738 0.7603 0.000 0.820 0.004 0.000 0.176 0.000
#> SRR934863 4 0.2568 0.7315 0.016 0.000 0.012 0.876 0.096 0.000
#> SRR934864 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934865 4 0.5037 0.5378 0.012 0.000 0.192 0.668 0.128 0.000
#> SRR934866 2 0.2320 0.8105 0.000 0.864 0.004 0.000 0.132 0.000
#> SRR934867 3 0.4191 0.6931 0.004 0.164 0.752 0.004 0.076 0.000
#> SRR934868 3 0.5073 0.4977 0.000 0.096 0.608 0.004 0.292 0.000
#> SRR934869 3 0.2900 0.8213 0.008 0.000 0.860 0.088 0.044 0.000
#> SRR934870 4 0.1913 0.7727 0.080 0.000 0.000 0.908 0.012 0.000
#> SRR934871 5 0.2320 0.8182 0.000 0.000 0.132 0.004 0.864 0.000
#> SRR934872 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934873 3 0.0146 0.8464 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934874 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934875 2 0.1714 0.8946 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092 0.000
#> SRR934876 4 0.3151 0.7277 0.252 0.000 0.000 0.748 0.000 0.000
#> SRR934877 1 0.2692 0.7172 0.840 0.000 0.000 0.148 0.000 0.012
#> SRR934878 3 0.2243 0.8153 0.000 0.004 0.880 0.004 0.112 0.000
#> SRR934879 3 0.0790 0.8487 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR934880 3 0.2881 0.8138 0.012 0.000 0.864 0.040 0.084 0.000
#> SRR934881 3 0.3652 0.7310 0.004 0.148 0.796 0.004 0.048 0.000
#> SRR934882 3 0.2129 0.8185 0.000 0.040 0.904 0.000 0.056 0.000
#> SRR934883 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934884 5 0.2500 0.8110 0.012 0.000 0.116 0.004 0.868 0.000
#> SRR934885 5 0.5012 0.5297 0.000 0.088 0.336 0.000 0.576 0.000
#> SRR934886 3 0.2461 0.8288 0.000 0.000 0.888 0.064 0.044 0.004
#> SRR934887 3 0.1204 0.8439 0.000 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR934888 2 0.2144 0.8504 0.004 0.912 0.048 0.004 0.032 0.000
#> SRR934889 5 0.2988 0.8111 0.000 0.024 0.152 0.000 0.824 0.000
#> SRR934890 3 0.2088 0.8417 0.000 0.000 0.904 0.068 0.028 0.000
#> SRR934891 4 0.6136 -0.0432 0.008 0.000 0.388 0.396 0.208 0.000
#> SRR934892 3 0.2149 0.8190 0.000 0.004 0.888 0.004 0.104 0.000
#> SRR934893 3 0.0260 0.8473 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR934894 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934895 5 0.3011 0.7905 0.000 0.004 0.192 0.004 0.800 0.000
#> SRR934896 6 0.0260 0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934897 2 0.0000 0.8933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934898 3 0.1890 0.8441 0.000 0.000 0.916 0.060 0.024 0.000
#> SRR934899 3 0.3249 0.7917 0.004 0.080 0.840 0.004 0.072 0.000
#> SRR934900 3 0.0713 0.8487 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934901 2 0.3595 0.5931 0.000 0.704 0.008 0.000 0.288 0.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.8475 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934903 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934905 1 0.5621 0.5201 0.596 0.000 0.272 0.096 0.036 0.000
#> SRR934906 4 0.3323 0.7118 0.240 0.000 0.008 0.752 0.000 0.000
#> SRR934907 5 0.4308 0.2591 0.000 0.008 0.452 0.008 0.532 0.000
#> SRR934908 5 0.3529 0.6095 0.000 0.208 0.028 0.000 0.764 0.000
#> SRR934909 3 0.3265 0.6870 0.000 0.004 0.748 0.000 0.248 0.000
#> SRR934910 5 0.5477 0.5852 0.028 0.060 0.312 0.000 0.592 0.008
#> SRR934911 2 0.0000 0.8933 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934912 3 0.1549 0.8334 0.000 0.020 0.936 0.000 0.044 0.000
#> SRR934913 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934914 4 0.3508 0.7026 0.292 0.000 0.004 0.704 0.000 0.000
#> SRR934915 3 0.1556 0.8347 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR934916 1 0.2854 0.7488 0.860 0.000 0.048 0.088 0.000 0.004
#> SRR934917 2 0.3509 0.7470 0.004 0.816 0.116 0.004 0.060 0.000
#> SRR934918 3 0.0146 0.8479 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934919 3 0.2173 0.8388 0.000 0.000 0.904 0.064 0.028 0.004
#> SRR934920 6 0.0260 0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934921 2 0.1663 0.8947 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088 0.000
#> SRR934922 5 0.4122 0.2687 0.000 0.004 0.472 0.004 0.520 0.000
#> SRR934924 1 0.6715 0.1917 0.468 0.000 0.312 0.004 0.152 0.064
#> SRR934923 1 0.1080 0.8168 0.960 0.000 0.004 0.032 0.000 0.004
#> SRR934925 3 0.4187 0.4271 0.000 0.016 0.624 0.004 0.356 0.000
#> SRR934926 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934927 3 0.2237 0.8198 0.000 0.036 0.896 0.000 0.068 0.000
#> SRR934928 4 0.5240 0.4332 0.016 0.000 0.320 0.588 0.076 0.000
#> SRR934929 4 0.4235 0.5261 0.024 0.000 0.300 0.668 0.008 0.000
#> SRR934930 3 0.1908 0.8254 0.000 0.004 0.900 0.000 0.096 0.000
#> SRR934931 5 0.2504 0.8184 0.000 0.004 0.136 0.004 0.856 0.000
#> SRR934932 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934934 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934935 3 0.2571 0.7955 0.000 0.060 0.876 0.000 0.064 0.000
#> SRR934936 5 0.3404 0.7330 0.000 0.004 0.248 0.004 0.744 0.000
#> SRR934933 1 0.6016 0.1643 0.452 0.000 0.412 0.096 0.040 0.000
#> SRR934937 3 0.0790 0.8487 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR934938 3 0.0632 0.8485 0.000 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR934939 3 0.4472 0.6310 0.008 0.000 0.728 0.152 0.112 0.000
#> SRR934940 5 0.2504 0.8181 0.000 0.004 0.136 0.004 0.856 0.000
#> SRR934941 3 0.3233 0.7790 0.004 0.000 0.832 0.060 0.104 0.000
#> SRR934942 5 0.2462 0.8184 0.000 0.004 0.132 0.004 0.860 0.000
#> SRR934943 5 0.2679 0.7951 0.000 0.032 0.096 0.004 0.868 0.000
#> SRR934944 1 0.3575 0.6071 0.708 0.000 0.008 0.284 0.000 0.000
#> SRR934945 1 0.6715 0.1917 0.468 0.000 0.312 0.004 0.152 0.064
#> SRR934946 5 0.2814 0.8032 0.000 0.000 0.172 0.008 0.820 0.000
#> SRR934947 1 0.0972 0.8174 0.964 0.000 0.000 0.028 0.000 0.008
#> SRR934948 3 0.0865 0.8487 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR934949 2 0.2487 0.8346 0.004 0.888 0.028 0.004 0.076 0.000
#> SRR934950 4 0.5405 0.3702 0.008 0.000 0.312 0.568 0.112 0.000
#> SRR934951 4 0.3547 0.6987 0.300 0.000 0.004 0.696 0.000 0.000
#> SRR934953 3 0.2734 0.8232 0.004 0.000 0.876 0.064 0.052 0.004
#> SRR934952 2 0.0935 0.8852 0.000 0.964 0.004 0.000 0.032 0.000
#> SRR934954 2 0.0436 0.8939 0.004 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000
#> SRR934955 6 0.0260 0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934956 3 0.1949 0.8473 0.000 0.020 0.924 0.036 0.020 0.000
#> SRR934957 3 0.5585 0.2272 0.008 0.000 0.520 0.352 0.120 0.000
#> SRR934958 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934959 4 0.3271 0.7114 0.232 0.000 0.008 0.760 0.000 0.000
#> SRR934960 4 0.3634 0.6908 0.296 0.000 0.000 0.696 0.000 0.008
#> SRR934961 2 0.3271 0.6847 0.000 0.760 0.008 0.000 0.232 0.000
#> SRR934962 2 0.0146 0.8927 0.004 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934963 1 0.6086 0.1190 0.444 0.000 0.428 0.064 0.060 0.004
#> SRR934964 3 0.0790 0.8477 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR934965 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934966 2 0.1970 0.8940 0.000 0.900 0.000 0.008 0.092 0.000
#> SRR934967 3 0.2308 0.8359 0.000 0.000 0.892 0.040 0.068 0.000
#> SRR934968 3 0.0713 0.8487 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR934969 4 0.1967 0.7723 0.084 0.000 0.000 0.904 0.012 0.000
#> SRR934970 1 0.0891 0.8185 0.968 0.000 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR934971 3 0.1657 0.8433 0.000 0.000 0.928 0.056 0.016 0.000
#> SRR934972 1 0.4409 0.6851 0.736 0.000 0.120 0.136 0.008 0.000
#> SRR934973 3 0.0858 0.8402 0.000 0.000 0.968 0.004 0.028 0.000
#> SRR934974 3 0.1745 0.8379 0.000 0.000 0.920 0.068 0.012 0.000
#> SRR934975 4 0.5555 0.3719 0.016 0.000 0.316 0.560 0.108 0.000
#> SRR934976 2 0.4269 0.2873 0.000 0.568 0.020 0.000 0.412 0.000
#> SRR934977 1 0.1625 0.7982 0.928 0.000 0.000 0.012 0.000 0.060
#> SRR934978 3 0.1863 0.8385 0.000 0.000 0.920 0.044 0.036 0.000
#> SRR934979 2 0.4473 0.0221 0.000 0.488 0.028 0.000 0.484 0.000
#> SRR934980 1 0.1806 0.7762 0.908 0.000 0.000 0.004 0.000 0.088
#> SRR934981 3 0.0146 0.8483 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934982 1 0.2201 0.7833 0.896 0.000 0.000 0.076 0.000 0.028
#> SRR934983 1 0.2106 0.7926 0.904 0.000 0.000 0.064 0.000 0.032
#> SRR934984 3 0.4700 0.6506 0.004 0.176 0.704 0.004 0.112 0.000
#> SRR934985 5 0.5721 0.5263 0.024 0.000 0.144 0.244 0.588 0.000
#> SRR934986 1 0.1003 0.8192 0.964 0.000 0.000 0.020 0.000 0.016
#> SRR934987 5 0.2320 0.8182 0.000 0.000 0.132 0.004 0.864 0.000
#> SRR934988 3 0.2009 0.8416 0.000 0.000 0.908 0.068 0.024 0.000
#> SRR934989 6 0.0260 0.9962 0.008 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR934990 3 0.0790 0.8487 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17244 rows and 270 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.968 0.988 0.4928 0.508 0.508
#> 3 3 0.863 0.862 0.946 0.3352 0.744 0.537
#> 4 4 0.739 0.799 0.895 0.1221 0.790 0.484
#> 5 5 0.823 0.820 0.907 0.0702 0.849 0.516
#> 6 6 0.791 0.711 0.849 0.0262 0.972 0.872
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR934717 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934718 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934719 1 0.5408 0.854 0.876 0.124
#> SRR934720 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934721 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934722 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934724 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934728 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934729 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934731 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934732 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934744 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934745 2 0.9087 0.518 0.324 0.676
#> SRR934746 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934748 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934749 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934751 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934755 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934757 1 0.8267 0.648 0.740 0.260
#> SRR934758 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934761 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934762 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934763 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934764 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934765 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934766 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934772 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934771 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934773 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934774 2 0.4562 0.886 0.096 0.904
#> SRR934775 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934776 1 0.2043 0.957 0.968 0.032
#> SRR934777 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934778 2 0.9866 0.238 0.432 0.568
#> SRR934779 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934780 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934781 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934783 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934789 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934790 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934791 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934792 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934795 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934796 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934799 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934803 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934804 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934805 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934806 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934807 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934809 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934810 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934811 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934808 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934812 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934813 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934815 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934817 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934818 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934820 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934821 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934822 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934823 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934827 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934828 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934830 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934832 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934833 2 0.9963 0.133 0.464 0.536
#> SRR934834 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934838 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934839 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934847 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934848 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934851 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934853 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934854 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934856 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934863 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934864 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934865 1 0.0938 0.977 0.988 0.012
#> SRR934866 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934869 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934870 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934871 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934873 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934876 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934877 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934878 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934879 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934880 1 0.6048 0.823 0.852 0.148
#> SRR934881 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934882 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934883 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934886 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934887 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934890 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934891 2 0.5294 0.857 0.120 0.880
#> SRR934892 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934893 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934898 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934900 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934902 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934905 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934906 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934907 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934912 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934913 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934914 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934915 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934918 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934919 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934920 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934922 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934924 2 0.9954 0.147 0.460 0.540
#> SRR934923 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934927 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934928 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934929 1 0.8861 0.562 0.696 0.304
#> SRR934930 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934931 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934935 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934936 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934933 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934937 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934938 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934939 2 0.2236 0.952 0.036 0.964
#> SRR934940 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934941 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934942 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934944 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934945 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934946 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934948 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934950 1 0.9963 0.126 0.536 0.464
#> SRR934951 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934953 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934956 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934957 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934959 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934960 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934963 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934964 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934967 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934968 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934970 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934971 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934972 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934973 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934974 2 0.0938 0.976 0.012 0.988
#> SRR934975 2 0.2236 0.952 0.036 0.964
#> SRR934976 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934978 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934981 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934985 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934988 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.988 1.000 0.000
#> SRR934990 2 0.0000 0.987 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR934717 1 0.2261 0.8678 0.932 0.000 0.068
#> SRR934718 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934719 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934720 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934721 3 0.0237 0.8988 0.004 0.000 0.996
#> SRR934722 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934723 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934724 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934725 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934726 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934727 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934728 3 0.6291 0.1365 0.468 0.000 0.532
#> SRR934729 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934730 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934731 3 0.5098 0.6488 0.248 0.000 0.752
#> SRR934732 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934733 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934734 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934738 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934741 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934742 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934743 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934745 2 0.4121 0.7926 0.168 0.832 0.000
#> SRR934746 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934747 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934748 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934750 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934749 3 0.4346 0.7353 0.184 0.000 0.816
#> SRR934751 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934752 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934753 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934754 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934755 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934756 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934757 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934758 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934761 2 0.2625 0.8898 0.000 0.916 0.084
#> SRR934762 1 0.5397 0.5930 0.720 0.000 0.280
#> SRR934763 1 0.5706 0.5146 0.680 0.000 0.320
#> SRR934764 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934765 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934766 1 0.4750 0.6979 0.784 0.000 0.216
#> SRR934767 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934770 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934772 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934771 3 0.0237 0.8988 0.004 0.000 0.996
#> SRR934773 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934775 3 0.6225 0.2506 0.432 0.000 0.568
#> SRR934776 3 0.4887 0.6759 0.228 0.000 0.772
#> SRR934777 3 0.5948 0.4416 0.360 0.000 0.640
#> SRR934778 1 0.6305 0.0101 0.516 0.484 0.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934780 2 0.5905 0.4145 0.000 0.648 0.352
#> SRR934781 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934782 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934783 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934784 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934786 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934788 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934789 1 0.4504 0.7257 0.804 0.000 0.196
#> SRR934790 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934791 3 0.6244 0.2316 0.440 0.000 0.560
#> SRR934792 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934795 1 0.4555 0.7204 0.800 0.000 0.200
#> SRR934796 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934799 1 0.4555 0.7204 0.800 0.000 0.200
#> SRR934800 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934801 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934802 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934803 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934804 2 0.1411 0.9390 0.000 0.964 0.036
#> SRR934805 3 0.4931 0.6727 0.232 0.000 0.768
#> SRR934806 1 0.6140 0.3094 0.596 0.000 0.404
#> SRR934807 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934809 3 0.0237 0.8988 0.004 0.000 0.996
#> SRR934810 3 0.0237 0.8988 0.004 0.000 0.996
#> SRR934811 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934808 1 0.6307 0.0146 0.512 0.000 0.488
#> SRR934812 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934814 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934815 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934816 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934817 3 0.4121 0.7538 0.000 0.168 0.832
#> SRR934818 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934819 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934820 3 0.2796 0.8293 0.092 0.000 0.908
#> SRR934821 3 0.4750 0.7035 0.000 0.216 0.784
#> SRR934822 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934823 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934825 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934826 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934827 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934828 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934829 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934830 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934831 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934832 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934833 2 0.4062 0.7954 0.164 0.836 0.000
#> SRR934834 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934836 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934838 1 0.4702 0.7036 0.788 0.000 0.212
#> SRR934839 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934840 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934843 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934844 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934845 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934846 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934847 3 0.0237 0.8988 0.004 0.000 0.996
#> SRR934848 1 0.5465 0.5783 0.712 0.000 0.288
#> SRR934849 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934853 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934852 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934854 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934856 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934858 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934860 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934861 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934862 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934863 3 0.6062 0.3855 0.384 0.000 0.616
#> SRR934864 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934865 3 0.0237 0.8988 0.004 0.000 0.996
#> SRR934866 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934867 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934868 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934869 3 0.4654 0.7121 0.000 0.208 0.792
#> SRR934870 1 0.6126 0.3211 0.600 0.000 0.400
#> SRR934871 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934872 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934873 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934874 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934876 1 0.6235 0.2101 0.564 0.000 0.436
#> SRR934877 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934878 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934879 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934880 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934881 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934882 2 0.6308 0.0587 0.000 0.508 0.492
#> SRR934883 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934884 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934885 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934886 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934887 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934888 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934889 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934890 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934891 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934892 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934893 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934894 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934895 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934896 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934898 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934899 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934900 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934901 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934902 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934903 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934905 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934906 3 0.6192 0.2921 0.420 0.000 0.580
#> SRR934907 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934908 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934909 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934911 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934912 2 0.6291 0.1622 0.000 0.532 0.468
#> SRR934913 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934914 3 0.6140 0.3357 0.404 0.000 0.596
#> SRR934915 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934916 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934918 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934919 2 0.5291 0.6396 0.000 0.732 0.268
#> SRR934920 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934922 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934924 2 0.6168 0.3291 0.412 0.588 0.000
#> SRR934923 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934926 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934927 3 0.6215 0.1900 0.000 0.428 0.572
#> SRR934928 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934929 3 0.7263 0.3065 0.400 0.032 0.568
#> SRR934930 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934931 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934932 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934934 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934935 2 0.4702 0.7266 0.000 0.788 0.212
#> SRR934936 2 0.5138 0.6323 0.000 0.748 0.252
#> SRR934933 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934937 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934939 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934940 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934941 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934942 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934943 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934944 3 0.6274 0.1756 0.456 0.000 0.544
#> SRR934945 2 0.1753 0.9278 0.048 0.952 0.000
#> SRR934946 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934947 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934948 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934949 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934950 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934951 1 0.6154 0.2977 0.592 0.000 0.408
#> SRR934953 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934952 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934956 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934957 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934958 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934959 3 0.0237 0.8988 0.004 0.000 0.996
#> SRR934960 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934961 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934962 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934963 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934964 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934965 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934966 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934967 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934968 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934969 1 0.6045 0.3750 0.620 0.000 0.380
#> SRR934970 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.6291 0.0708 0.000 0.468 0.532
#> SRR934972 3 0.4842 0.6854 0.224 0.000 0.776
#> SRR934973 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934974 3 0.3879 0.7699 0.000 0.152 0.848
#> SRR934975 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934976 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934977 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934978 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934979 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934985 1 0.2796 0.8252 0.908 0.092 0.000
#> SRR934986 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934987 2 0.0000 0.9719 0.000 1.000 0.000
#> SRR934988 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
#> SRR934989 1 0.0000 0.9261 1.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.9008 0.000 0.000 1.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR934717 4 0.5151 0.3494 0.464 0.000 0.004 0.532
#> SRR934718 1 0.0469 0.9219 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934719 4 0.4843 0.5114 0.000 0.000 0.396 0.604
#> SRR934720 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.5184 0.7367 0.056 0.000 0.212 0.732
#> SRR934722 2 0.2589 0.8442 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR934723 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.2216 0.8323 0.000 0.000 0.092 0.908
#> SRR934725 4 0.0921 0.8510 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934726 4 0.0524 0.8480 0.008 0.004 0.000 0.988
#> SRR934727 1 0.0921 0.9081 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934728 4 0.2300 0.8501 0.064 0.000 0.016 0.920
#> SRR934729 2 0.3400 0.7878 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR934730 2 0.0817 0.9004 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934731 4 0.1635 0.8496 0.008 0.000 0.044 0.948
#> SRR934732 3 0.4477 0.5829 0.000 0.312 0.688 0.000
#> SRR934733 4 0.2081 0.8427 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR934734 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.0336 0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934738 4 0.0921 0.8510 0.028 0.000 0.000 0.972
#> SRR934740 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0188 0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934741 2 0.0817 0.9026 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR934742 1 0.0188 0.9291 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934743 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0592 0.8548 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR934745 2 0.4040 0.7245 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR934746 2 0.0336 0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934747 2 0.0188 0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934748 3 0.4382 0.4503 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR934750 2 0.0188 0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934749 4 0.5952 0.7373 0.184 0.000 0.124 0.692
#> SRR934751 1 0.0921 0.9080 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934752 4 0.1022 0.8512 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR934753 2 0.0469 0.9060 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934754 4 0.0817 0.8512 0.024 0.000 0.000 0.976
#> SRR934755 3 0.0000 0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934756 4 0.3569 0.7814 0.196 0.000 0.000 0.804
#> SRR934757 3 0.5000 -0.1536 0.000 0.000 0.504 0.496
#> SRR934758 4 0.3444 0.7918 0.184 0.000 0.000 0.816
#> SRR934759 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.4746 0.3688 0.000 0.632 0.368 0.000
#> SRR934761 3 0.3172 0.7907 0.000 0.160 0.840 0.000
#> SRR934762 4 0.0469 0.8497 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934763 4 0.0336 0.8491 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934764 4 0.2589 0.8291 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR934765 1 0.4741 0.4895 0.668 0.000 0.328 0.004
#> SRR934766 4 0.4538 0.7616 0.216 0.000 0.024 0.760
#> SRR934767 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 2 0.0336 0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934770 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934772 2 0.0921 0.9011 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR934771 4 0.6682 0.5702 0.112 0.000 0.312 0.576
#> SRR934773 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.4454 0.4621 0.000 0.000 0.692 0.308
#> SRR934775 4 0.1545 0.8500 0.008 0.000 0.040 0.952
#> SRR934776 4 0.0000 0.8461 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934777 4 0.4037 0.8150 0.136 0.000 0.040 0.824
#> SRR934778 4 0.0000 0.8461 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR934779 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 4 0.0469 0.8427 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934781 2 0.0469 0.9060 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934782 2 0.0188 0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934783 4 0.1305 0.8498 0.004 0.000 0.036 0.960
#> SRR934784 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934785 2 0.0188 0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934786 1 0.1118 0.8986 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934787 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934788 4 0.4222 0.7074 0.272 0.000 0.000 0.728
#> SRR934789 4 0.2593 0.8453 0.080 0.000 0.016 0.904
#> SRR934790 3 0.0000 0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934791 4 0.2174 0.8530 0.052 0.000 0.020 0.928
#> SRR934792 2 0.0817 0.9000 0.000 0.976 0.024 0.000
#> SRR934793 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0188 0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934795 4 0.0469 0.8497 0.012 0.000 0.000 0.988
#> SRR934796 1 0.3123 0.7456 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR934797 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.4426 0.7720 0.204 0.000 0.024 0.772
#> SRR934800 2 0.0336 0.9074 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934801 2 0.0188 0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934802 2 0.0336 0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934803 3 0.2002 0.8331 0.044 0.000 0.936 0.020
#> SRR934804 3 0.3569 0.7537 0.000 0.196 0.804 0.000
#> SRR934805 4 0.2319 0.8528 0.040 0.000 0.036 0.924
#> SRR934806 1 0.5992 -0.1467 0.516 0.000 0.040 0.444
#> SRR934807 4 0.4250 0.5112 0.000 0.276 0.000 0.724
#> SRR934809 4 0.1576 0.8478 0.004 0.000 0.048 0.948
#> SRR934810 4 0.0921 0.8486 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR934811 2 0.4008 0.7267 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR934808 4 0.0188 0.8477 0.004 0.000 0.000 0.996
#> SRR934812 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.0921 0.8539 0.000 0.028 0.972 0.000
#> SRR934814 4 0.1389 0.8496 0.048 0.000 0.000 0.952
#> SRR934815 2 0.4522 0.6355 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR934816 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934817 3 0.2973 0.8050 0.000 0.144 0.856 0.000
#> SRR934818 2 0.4072 0.7196 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR934819 4 0.1118 0.8522 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR934820 4 0.0672 0.8505 0.008 0.000 0.008 0.984
#> SRR934821 3 0.2266 0.8382 0.000 0.084 0.912 0.004
#> SRR934822 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.6084 0.6816 0.096 0.000 0.244 0.660
#> SRR934825 2 0.0188 0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934826 4 0.4134 0.7185 0.260 0.000 0.000 0.740
#> SRR934827 3 0.0376 0.8590 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR934828 2 0.4477 0.6428 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR934829 2 0.0188 0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934830 4 0.3444 0.6718 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR934831 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 2 0.4543 0.6230 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR934833 4 0.0469 0.8432 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR934834 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 3 0.4985 0.2074 0.000 0.468 0.532 0.000
#> SRR934836 1 0.3688 0.6565 0.792 0.000 0.000 0.208
#> SRR934837 2 0.0188 0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934838 4 0.4927 0.7108 0.264 0.000 0.024 0.712
#> SRR934839 2 0.3688 0.7043 0.000 0.792 0.208 0.000
#> SRR934840 2 0.4941 0.1610 0.000 0.564 0.436 0.000
#> SRR934841 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.0188 0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934843 1 0.4877 0.2371 0.592 0.000 0.000 0.408
#> SRR934844 4 0.4713 0.5819 0.360 0.000 0.000 0.640
#> SRR934845 2 0.0188 0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934846 2 0.3975 0.6534 0.000 0.760 0.240 0.000
#> SRR934847 4 0.3404 0.8283 0.032 0.000 0.104 0.864
#> SRR934848 4 0.3224 0.8284 0.120 0.000 0.016 0.864
#> SRR934849 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0188 0.8581 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934853 4 0.4356 0.6535 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR934852 3 0.3688 0.7419 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR934854 4 0.0188 0.8452 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR934856 4 0.4605 0.6219 0.336 0.000 0.000 0.664
#> SRR934858 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.2973 0.7952 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR934860 2 0.0336 0.9074 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934861 3 0.4250 0.6504 0.000 0.276 0.724 0.000
#> SRR934862 2 0.0336 0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934863 4 0.0336 0.8491 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR934864 2 0.0188 0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934865 4 0.0188 0.8469 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934866 2 0.0336 0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934867 2 0.1637 0.8751 0.000 0.940 0.060 0.000
#> SRR934868 2 0.3764 0.6873 0.000 0.784 0.216 0.000
#> SRR934869 4 0.6065 0.6513 0.000 0.176 0.140 0.684
#> SRR934870 4 0.0804 0.8516 0.012 0.000 0.008 0.980
#> SRR934871 2 0.3356 0.7925 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR934872 2 0.0188 0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934873 3 0.0000 0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934874 2 0.0336 0.9074 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934875 2 0.0336 0.9074 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934876 4 0.4485 0.7738 0.200 0.000 0.028 0.772
#> SRR934877 1 0.0188 0.9291 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934878 3 0.1389 0.8382 0.000 0.000 0.952 0.048
#> SRR934879 3 0.0707 0.8531 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934880 4 0.4985 0.2508 0.000 0.000 0.468 0.532
#> SRR934881 3 0.3688 0.7419 0.000 0.208 0.792 0.000
#> SRR934882 3 0.2647 0.8198 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR934883 2 0.0188 0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934884 2 0.3266 0.7987 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR934885 2 0.0336 0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934886 3 0.4103 0.6808 0.000 0.256 0.744 0.000
#> SRR934887 3 0.0707 0.8537 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934888 2 0.0524 0.9083 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR934889 2 0.2149 0.8642 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR934890 3 0.0707 0.8514 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934891 4 0.0188 0.8469 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934892 3 0.3400 0.7066 0.000 0.000 0.820 0.180
#> SRR934893 3 0.0000 0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934894 2 0.0188 0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934895 2 0.4040 0.7246 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR934896 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.0188 0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934898 4 0.1635 0.8463 0.000 0.008 0.044 0.948
#> SRR934899 2 0.1452 0.8957 0.000 0.956 0.036 0.008
#> SRR934900 3 0.0188 0.8581 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934901 2 0.0469 0.9069 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934902 3 0.0000 0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934903 2 0.0188 0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934905 3 0.1940 0.8102 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR934906 4 0.5463 0.7090 0.256 0.000 0.052 0.692
#> SRR934907 2 0.1118 0.8968 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934908 2 0.0707 0.9041 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934909 3 0.4998 0.1160 0.000 0.488 0.512 0.000
#> SRR934910 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934911 2 0.0188 0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934912 3 0.2281 0.8309 0.000 0.096 0.904 0.000
#> SRR934913 2 0.0188 0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934914 4 0.4037 0.8241 0.112 0.000 0.056 0.832
#> SRR934915 3 0.1022 0.8477 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR934916 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934917 2 0.1474 0.8821 0.000 0.948 0.052 0.000
#> SRR934918 3 0.0469 0.8571 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR934919 3 0.6262 0.6588 0.000 0.132 0.660 0.208
#> SRR934920 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.0188 0.9085 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934922 4 0.0188 0.8469 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR934924 2 0.5600 0.3824 0.376 0.596 0.000 0.028
#> SRR934923 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 2 0.1118 0.8981 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR934926 2 0.0188 0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934927 3 0.2345 0.8292 0.000 0.100 0.900 0.000
#> SRR934928 4 0.4356 0.6524 0.000 0.000 0.292 0.708
#> SRR934929 4 0.5236 0.7744 0.184 0.008 0.056 0.752
#> SRR934930 3 0.0921 0.8497 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR934931 2 0.4585 0.6154 0.000 0.668 0.000 0.332
#> SRR934932 2 0.0469 0.9060 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934934 2 0.0592 0.9043 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934935 3 0.2814 0.8131 0.000 0.132 0.868 0.000
#> SRR934936 2 0.2714 0.8468 0.000 0.884 0.004 0.112
#> SRR934933 3 0.5032 0.6852 0.080 0.000 0.764 0.156
#> SRR934937 3 0.0336 0.8572 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR934938 3 0.0000 0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934939 4 0.2149 0.8345 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR934940 2 0.4406 0.6645 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR934941 4 0.4406 0.6186 0.000 0.000 0.300 0.700
#> SRR934942 2 0.4356 0.6750 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR934943 2 0.1474 0.8878 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR934944 4 0.1807 0.8481 0.008 0.000 0.052 0.940
#> SRR934945 2 0.3160 0.8238 0.108 0.872 0.000 0.020
#> SRR934946 4 0.0592 0.8418 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934947 4 0.4431 0.6643 0.304 0.000 0.000 0.696
#> SRR934948 3 0.0707 0.8533 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR934949 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934950 4 0.1302 0.8471 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934951 4 0.5520 0.7170 0.244 0.000 0.060 0.696
#> SRR934953 1 0.7827 0.0410 0.416 0.388 0.188 0.008
#> SRR934952 2 0.0000 0.9086 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934954 2 0.0921 0.8983 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934955 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 2 0.5383 0.0869 0.000 0.536 0.452 0.012
#> SRR934957 4 0.1302 0.8471 0.000 0.000 0.044 0.956
#> SRR934958 2 0.0707 0.9023 0.000 0.980 0.020 0.000
#> SRR934959 4 0.6027 0.6744 0.088 0.000 0.252 0.660
#> SRR934960 4 0.4790 0.5403 0.380 0.000 0.000 0.620
#> SRR934961 2 0.0336 0.9079 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934962 2 0.2081 0.8545 0.000 0.916 0.084 0.000
#> SRR934963 1 0.5308 0.5200 0.684 0.280 0.036 0.000
#> SRR934964 3 0.0188 0.8581 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934965 2 0.0336 0.9074 0.000 0.992 0.008 0.000
#> SRR934966 2 0.0188 0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934967 3 0.0000 0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934968 3 0.0188 0.8581 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR934969 4 0.2179 0.8502 0.064 0.000 0.012 0.924
#> SRR934970 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934971 3 0.2647 0.8195 0.000 0.120 0.880 0.000
#> SRR934972 1 0.5962 0.5382 0.660 0.000 0.260 0.080
#> SRR934973 3 0.0000 0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934974 4 0.6653 0.6215 0.024 0.080 0.252 0.644
#> SRR934975 4 0.1716 0.8423 0.000 0.000 0.064 0.936
#> SRR934976 2 0.0469 0.9069 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934977 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 3 0.3610 0.7509 0.000 0.200 0.800 0.000
#> SRR934979 2 0.0188 0.9084 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934980 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0000 0.8589 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.3486 0.7370 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR934985 4 0.0592 0.8414 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR934986 4 0.4776 0.5527 0.376 0.000 0.000 0.624
#> SRR934987 2 0.1637 0.8827 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR934988 3 0.4500 0.4256 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR934989 1 0.0000 0.9320 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0336 0.8572 0.000 0.000 0.992 0.008
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR934717 4 0.1043 0.90240 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000
#> SRR934718 4 0.2424 0.83064 0.132 0.000 0.000 0.868 0.000
#> SRR934719 4 0.0775 0.90351 0.004 0.008 0.004 0.980 0.004
#> SRR934720 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.0609 0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934722 5 0.3461 0.66313 0.000 0.224 0.000 0.004 0.772
#> SRR934723 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.3857 0.77527 0.000 0.000 0.108 0.808 0.084
#> SRR934725 4 0.2970 0.77214 0.004 0.000 0.000 0.828 0.168
#> SRR934726 5 0.2471 0.79161 0.000 0.000 0.000 0.136 0.864
#> SRR934727 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934728 4 0.2017 0.86522 0.008 0.000 0.000 0.912 0.080
#> SRR934729 5 0.2230 0.79328 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR934730 2 0.0290 0.90321 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934731 4 0.0671 0.90490 0.004 0.000 0.000 0.980 0.016
#> SRR934732 2 0.2289 0.84851 0.000 0.904 0.080 0.004 0.012
#> SRR934733 4 0.6541 0.20695 0.256 0.000 0.000 0.480 0.264
#> SRR934734 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.1197 0.91739 0.952 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.2179 0.86738 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR934738 4 0.0898 0.90410 0.008 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR934740 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.0000 0.90554 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934741 2 0.3857 0.61691 0.000 0.688 0.000 0.000 0.312
#> SRR934742 1 0.2984 0.83593 0.860 0.000 0.000 0.108 0.032
#> SRR934743 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.0162 0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934745 5 0.1430 0.83220 0.000 0.052 0.000 0.004 0.944
#> SRR934746 2 0.1197 0.90284 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR934747 2 0.0865 0.90758 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR934748 4 0.0981 0.90243 0.008 0.000 0.012 0.972 0.008
#> SRR934750 2 0.2179 0.86687 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR934749 4 0.0609 0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934751 1 0.0162 0.95662 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.0693 0.90603 0.008 0.000 0.000 0.980 0.012
#> SRR934753 2 0.0290 0.90321 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934754 4 0.0898 0.90410 0.008 0.000 0.000 0.972 0.020
#> SRR934755 3 0.0898 0.86889 0.000 0.020 0.972 0.000 0.008
#> SRR934756 4 0.1557 0.89617 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008
#> SRR934757 3 0.3366 0.64558 0.000 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR934758 1 0.3838 0.57631 0.716 0.000 0.000 0.280 0.004
#> SRR934759 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.1442 0.88209 0.000 0.952 0.032 0.004 0.012
#> SRR934761 3 0.4801 0.32040 0.000 0.396 0.584 0.008 0.012
#> SRR934762 4 0.0566 0.90529 0.004 0.000 0.000 0.984 0.012
#> SRR934763 4 0.4201 0.27887 0.000 0.000 0.000 0.592 0.408
#> SRR934764 4 0.0671 0.90782 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR934765 3 0.4060 0.44673 0.360 0.000 0.640 0.000 0.000
#> SRR934766 4 0.0609 0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 2 0.2732 0.82885 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR934770 4 0.4219 0.35006 0.416 0.000 0.000 0.584 0.000
#> SRR934772 5 0.4201 0.19737 0.000 0.408 0.000 0.000 0.592
#> SRR934771 4 0.0865 0.90709 0.024 0.000 0.000 0.972 0.004
#> SRR934773 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.0609 0.87278 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934775 4 0.3612 0.74663 0.000 0.000 0.028 0.800 0.172
#> SRR934776 5 0.3074 0.73709 0.000 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR934777 4 0.0510 0.90789 0.016 0.000 0.000 0.984 0.000
#> SRR934778 5 0.2813 0.76488 0.000 0.000 0.000 0.168 0.832
#> SRR934779 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 5 0.1525 0.82611 0.000 0.012 0.004 0.036 0.948
#> SRR934781 2 0.0290 0.90365 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934782 2 0.0671 0.90828 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016
#> SRR934783 4 0.1205 0.89338 0.000 0.000 0.004 0.956 0.040
#> SRR934784 2 0.0703 0.90742 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934785 2 0.0404 0.90740 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934786 4 0.1671 0.87908 0.076 0.000 0.000 0.924 0.000
#> SRR934787 1 0.1251 0.93234 0.956 0.000 0.000 0.008 0.036
#> SRR934788 4 0.0609 0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934789 4 0.2136 0.85780 0.008 0.000 0.000 0.904 0.088
#> SRR934790 3 0.0000 0.87915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934791 4 0.0579 0.90636 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR934792 2 0.0880 0.90614 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR934793 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.0963 0.90522 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934795 4 0.0798 0.90526 0.008 0.000 0.000 0.976 0.016
#> SRR934796 4 0.1965 0.86402 0.096 0.000 0.000 0.904 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.0609 0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934800 2 0.0162 0.90436 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934801 2 0.0703 0.90770 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934802 2 0.2471 0.84998 0.000 0.864 0.000 0.000 0.136
#> SRR934803 3 0.0955 0.86638 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004
#> SRR934804 3 0.0324 0.87759 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR934805 4 0.0865 0.90096 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR934806 4 0.0963 0.90382 0.036 0.000 0.000 0.964 0.000
#> SRR934807 5 0.1484 0.83320 0.000 0.048 0.000 0.008 0.944
#> SRR934809 4 0.0771 0.90242 0.000 0.000 0.004 0.976 0.020
#> SRR934810 5 0.4065 0.73461 0.000 0.000 0.048 0.180 0.772
#> SRR934811 5 0.1430 0.83220 0.000 0.052 0.000 0.004 0.944
#> SRR934808 5 0.3039 0.74086 0.000 0.000 0.000 0.192 0.808
#> SRR934812 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.1153 0.86540 0.000 0.024 0.964 0.004 0.008
#> SRR934814 4 0.1914 0.88131 0.016 0.000 0.000 0.924 0.060
#> SRR934815 5 0.1569 0.83209 0.000 0.044 0.004 0.008 0.944
#> SRR934816 2 0.0963 0.90522 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934817 3 0.1673 0.85760 0.000 0.032 0.944 0.008 0.016
#> SRR934818 5 0.4238 0.30151 0.000 0.368 0.000 0.004 0.628
#> SRR934819 4 0.0579 0.90636 0.008 0.000 0.000 0.984 0.008
#> SRR934820 4 0.4304 0.01454 0.000 0.000 0.000 0.516 0.484
#> SRR934821 3 0.0162 0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934822 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.0703 0.90716 0.024 0.000 0.000 0.976 0.000
#> SRR934825 2 0.1341 0.89897 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR934826 4 0.1571 0.89216 0.060 0.000 0.000 0.936 0.004
#> SRR934827 3 0.0162 0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934828 5 0.1484 0.83307 0.000 0.048 0.000 0.008 0.944
#> SRR934829 2 0.0451 0.90750 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR934830 5 0.1484 0.83307 0.000 0.048 0.000 0.008 0.944
#> SRR934831 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.1430 0.83220 0.000 0.052 0.000 0.004 0.944
#> SRR934833 5 0.2377 0.79550 0.000 0.000 0.000 0.128 0.872
#> SRR934834 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.1502 0.87468 0.000 0.940 0.056 0.000 0.004
#> SRR934836 4 0.1341 0.89327 0.056 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR934837 2 0.0609 0.90775 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934838 4 0.0609 0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934839 2 0.1267 0.89011 0.000 0.960 0.024 0.004 0.012
#> SRR934840 2 0.3670 0.72980 0.000 0.792 0.188 0.008 0.012
#> SRR934841 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.1282 0.90297 0.000 0.952 0.000 0.004 0.044
#> SRR934843 1 0.4138 0.72314 0.776 0.000 0.000 0.160 0.064
#> SRR934844 4 0.0794 0.90647 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR934845 2 0.1197 0.90203 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR934846 2 0.2408 0.83960 0.000 0.892 0.096 0.004 0.008
#> SRR934847 4 0.0579 0.90430 0.000 0.000 0.008 0.984 0.008
#> SRR934848 4 0.0671 0.90782 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR934849 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0162 0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934853 4 0.4450 -0.00719 0.000 0.000 0.488 0.508 0.004
#> SRR934852 3 0.4781 0.35231 0.000 0.388 0.592 0.008 0.012
#> SRR934854 5 0.2966 0.74978 0.000 0.000 0.000 0.184 0.816
#> SRR934856 4 0.1661 0.89517 0.024 0.000 0.000 0.940 0.036
#> SRR934858 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.1626 0.87989 0.000 0.940 0.044 0.000 0.016
#> SRR934860 2 0.0162 0.90667 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934861 2 0.4594 0.40424 0.000 0.620 0.364 0.004 0.012
#> SRR934862 2 0.2629 0.84795 0.000 0.860 0.000 0.004 0.136
#> SRR934863 4 0.3774 0.55433 0.000 0.000 0.000 0.704 0.296
#> SRR934864 2 0.0162 0.90641 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934865 5 0.3177 0.72295 0.000 0.000 0.000 0.208 0.792
#> SRR934866 2 0.2233 0.87105 0.000 0.892 0.000 0.004 0.104
#> SRR934867 2 0.0451 0.90275 0.000 0.988 0.008 0.000 0.004
#> SRR934868 2 0.3087 0.77774 0.000 0.836 0.152 0.004 0.008
#> SRR934869 4 0.1041 0.88944 0.000 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR934870 4 0.2813 0.76853 0.000 0.000 0.000 0.832 0.168
#> SRR934871 5 0.1502 0.83030 0.000 0.056 0.000 0.004 0.940
#> SRR934872 2 0.0451 0.90750 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR934873 3 0.0162 0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934874 2 0.0000 0.90554 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934875 2 0.0451 0.90750 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR934876 4 0.0609 0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934877 1 0.0290 0.95357 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR934878 3 0.0609 0.87272 0.000 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR934879 3 0.0162 0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934880 3 0.3809 0.62691 0.000 0.000 0.736 0.256 0.008
#> SRR934881 3 0.4064 0.59665 0.000 0.272 0.716 0.004 0.008
#> SRR934882 3 0.0162 0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934883 2 0.0703 0.90766 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934884 5 0.1544 0.82278 0.000 0.068 0.000 0.000 0.932
#> SRR934885 2 0.4307 0.11197 0.000 0.504 0.000 0.000 0.496
#> SRR934886 3 0.4607 0.40952 0.000 0.368 0.616 0.004 0.012
#> SRR934887 3 0.0162 0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934888 2 0.2843 0.84215 0.000 0.848 0.008 0.000 0.144
#> SRR934889 2 0.4166 0.51758 0.000 0.648 0.000 0.004 0.348
#> SRR934890 4 0.3375 0.79332 0.000 0.096 0.040 0.852 0.012
#> SRR934891 5 0.3432 0.78008 0.000 0.000 0.040 0.132 0.828
#> SRR934892 3 0.2074 0.80605 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR934893 3 0.1186 0.86594 0.000 0.020 0.964 0.008 0.008
#> SRR934894 2 0.0963 0.90522 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934895 5 0.1430 0.83220 0.000 0.052 0.000 0.004 0.944
#> SRR934896 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.1341 0.89897 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR934898 5 0.6812 0.47293 0.000 0.028 0.240 0.196 0.536
#> SRR934899 2 0.5595 0.38898 0.000 0.568 0.356 0.004 0.072
#> SRR934900 3 0.0000 0.87915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934901 2 0.2852 0.81715 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR934902 3 0.0162 0.87859 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934903 2 0.0703 0.90783 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934905 4 0.3266 0.86012 0.040 0.024 0.016 0.880 0.040
#> SRR934906 4 0.1124 0.90369 0.036 0.004 0.000 0.960 0.000
#> SRR934907 5 0.2852 0.73637 0.000 0.172 0.000 0.000 0.828
#> SRR934908 2 0.3636 0.68876 0.000 0.728 0.000 0.000 0.272
#> SRR934909 2 0.4457 0.49276 0.000 0.656 0.328 0.004 0.012
#> SRR934910 2 0.2852 0.84110 0.000 0.828 0.000 0.000 0.172
#> SRR934911 2 0.0510 0.90815 0.000 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR934912 3 0.0324 0.87759 0.000 0.000 0.992 0.004 0.004
#> SRR934913 2 0.0566 0.90782 0.000 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR934914 4 0.0671 0.90782 0.016 0.000 0.000 0.980 0.004
#> SRR934915 3 0.0404 0.87638 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR934916 1 0.0162 0.95598 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934917 2 0.1412 0.88611 0.000 0.952 0.004 0.008 0.036
#> SRR934918 3 0.0451 0.87640 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR934919 3 0.4383 0.22214 0.000 0.004 0.572 0.000 0.424
#> SRR934920 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.1831 0.88843 0.000 0.920 0.000 0.004 0.076
#> SRR934922 5 0.3521 0.73878 0.000 0.000 0.140 0.040 0.820
#> SRR934924 1 0.3064 0.80669 0.856 0.108 0.000 0.000 0.036
#> SRR934923 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 5 0.3459 0.76638 0.000 0.052 0.116 0.000 0.832
#> SRR934926 2 0.0162 0.90641 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934927 3 0.0162 0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934928 3 0.4397 0.57711 0.000 0.000 0.696 0.276 0.028
#> SRR934929 4 0.0613 0.90605 0.008 0.004 0.000 0.984 0.004
#> SRR934930 3 0.0290 0.87804 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR934931 5 0.1710 0.82870 0.000 0.040 0.016 0.004 0.940
#> SRR934932 2 0.0290 0.90571 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934934 2 0.0290 0.90321 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934935 3 0.2907 0.78257 0.000 0.116 0.864 0.008 0.012
#> SRR934936 2 0.2798 0.84530 0.000 0.852 0.000 0.008 0.140
#> SRR934933 3 0.3410 0.77523 0.068 0.000 0.840 0.000 0.092
#> SRR934937 3 0.0000 0.87915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934938 3 0.0000 0.87915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934939 4 0.0566 0.90415 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR934940 5 0.1357 0.83247 0.000 0.048 0.000 0.004 0.948
#> SRR934941 3 0.3607 0.62151 0.000 0.000 0.752 0.004 0.244
#> SRR934942 5 0.1357 0.83247 0.000 0.048 0.000 0.004 0.948
#> SRR934943 2 0.4088 0.49655 0.000 0.632 0.000 0.000 0.368
#> SRR934944 5 0.7446 0.26662 0.044 0.000 0.324 0.216 0.416
#> SRR934945 1 0.5426 0.42611 0.608 0.308 0.000 0.000 0.084
#> SRR934946 4 0.0912 0.90015 0.000 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR934947 1 0.0324 0.95496 0.992 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR934948 3 0.0404 0.87584 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934949 2 0.1197 0.90201 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR934950 5 0.5236 0.33957 0.000 0.000 0.380 0.052 0.568
#> SRR934951 4 0.0609 0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934953 3 0.2970 0.74300 0.168 0.004 0.828 0.000 0.000
#> SRR934952 2 0.1908 0.88036 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR934954 2 0.0162 0.90436 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR934955 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.0671 0.87273 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR934957 5 0.4563 0.61354 0.000 0.000 0.244 0.048 0.708
#> SRR934958 2 0.0290 0.90321 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR934959 4 0.0609 0.90782 0.020 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR934960 4 0.2280 0.84713 0.120 0.000 0.000 0.880 0.000
#> SRR934961 2 0.1357 0.90172 0.000 0.948 0.000 0.004 0.048
#> SRR934962 2 0.0854 0.89625 0.000 0.976 0.008 0.004 0.012
#> SRR934963 1 0.2891 0.75595 0.824 0.176 0.000 0.000 0.000
#> SRR934964 3 0.0162 0.87905 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR934965 2 0.0162 0.90598 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR934966 2 0.0703 0.90825 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR934967 4 0.3921 0.74551 0.000 0.128 0.048 0.812 0.012
#> SRR934968 3 0.0000 0.87915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934969 4 0.1764 0.87821 0.008 0.000 0.000 0.928 0.064
#> SRR934970 1 0.2074 0.90434 0.920 0.000 0.000 0.044 0.036
#> SRR934971 3 0.1857 0.83909 0.000 0.060 0.928 0.004 0.008
#> SRR934972 4 0.2221 0.87974 0.052 0.000 0.000 0.912 0.036
#> SRR934973 3 0.0727 0.87565 0.000 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR934974 4 0.2522 0.84097 0.004 0.076 0.000 0.896 0.024
#> SRR934975 3 0.5010 0.23771 0.000 0.000 0.572 0.036 0.392
#> SRR934976 2 0.2605 0.84012 0.000 0.852 0.000 0.000 0.148
#> SRR934977 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 2 0.2734 0.84833 0.000 0.892 0.052 0.008 0.048
#> SRR934979 2 0.0794 0.90718 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934980 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0000 0.87915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR934982 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934983 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.2053 0.86975 0.000 0.924 0.024 0.004 0.048
#> SRR934985 5 0.1952 0.81580 0.000 0.004 0.000 0.084 0.912
#> SRR934986 4 0.0794 0.90641 0.028 0.000 0.000 0.972 0.000
#> SRR934987 5 0.3143 0.69236 0.000 0.204 0.000 0.000 0.796
#> SRR934988 3 0.3491 0.66574 0.000 0.000 0.768 0.228 0.004
#> SRR934989 1 0.0000 0.95986 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0000 0.87915 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR934717 4 0.1542 0.89171 0.016 0.000 0.024 0.944 0.000 0.016
#> SRR934718 4 0.2454 0.76916 0.160 0.000 0.000 0.840 0.000 0.000
#> SRR934719 4 0.0665 0.89993 0.000 0.004 0.008 0.980 0.000 0.008
#> SRR934720 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934721 4 0.0837 0.89961 0.004 0.000 0.004 0.972 0.000 0.020
#> SRR934722 5 0.4694 0.18425 0.000 0.212 0.004 0.000 0.684 0.100
#> SRR934723 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934724 4 0.6500 0.37189 0.000 0.000 0.124 0.560 0.140 0.176
#> SRR934725 4 0.2300 0.80330 0.000 0.000 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR934726 5 0.4878 0.56545 0.032 0.000 0.000 0.084 0.704 0.180
#> SRR934727 1 0.0790 0.88858 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR934728 4 0.5037 0.51408 0.000 0.000 0.000 0.640 0.172 0.188
#> SRR934729 5 0.3054 0.52083 0.000 0.036 0.000 0.000 0.828 0.136
#> SRR934730 2 0.1349 0.83772 0.000 0.940 0.004 0.000 0.000 0.056
#> SRR934731 4 0.0653 0.90115 0.000 0.000 0.004 0.980 0.004 0.012
#> SRR934732 2 0.2088 0.81393 0.000 0.904 0.028 0.000 0.000 0.068
#> SRR934733 5 0.5697 0.13826 0.140 0.000 0.000 0.392 0.464 0.004
#> SRR934734 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934735 1 0.3050 0.64134 0.764 0.000 0.000 0.236 0.000 0.000
#> SRR934736 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934737 2 0.3056 0.74301 0.000 0.804 0.008 0.000 0.004 0.184
#> SRR934738 4 0.0713 0.89594 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028 0.000
#> SRR934740 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934739 2 0.1327 0.83345 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR934741 2 0.5421 0.19556 0.000 0.580 0.000 0.000 0.208 0.212
#> SRR934742 4 0.6213 0.17672 0.256 0.000 0.000 0.460 0.012 0.272
#> SRR934743 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934744 3 0.1584 0.79205 0.000 0.000 0.928 0.000 0.008 0.064
#> SRR934745 5 0.2946 0.62908 0.000 0.012 0.004 0.000 0.824 0.160
#> SRR934746 2 0.1219 0.83989 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004 0.048
#> SRR934747 2 0.0547 0.83766 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR934748 4 0.1478 0.88799 0.004 0.000 0.032 0.944 0.000 0.020
#> SRR934750 2 0.2830 0.75135 0.000 0.836 0.000 0.000 0.020 0.144
#> SRR934749 4 0.0436 0.90126 0.004 0.000 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR934751 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934752 4 0.0458 0.89947 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000
#> SRR934753 2 0.0458 0.83983 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR934754 4 0.0603 0.89994 0.000 0.000 0.000 0.980 0.016 0.004
#> SRR934755 3 0.3227 0.71115 0.000 0.084 0.828 0.000 0.000 0.088
#> SRR934756 4 0.0363 0.90142 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934757 3 0.5011 0.60326 0.000 0.000 0.644 0.000 0.180 0.176
#> SRR934758 1 0.3183 0.75915 0.828 0.000 0.000 0.112 0.060 0.000
#> SRR934759 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934760 2 0.1349 0.82658 0.000 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR934761 3 0.4683 0.36367 0.000 0.320 0.616 0.000 0.000 0.064
#> SRR934762 4 0.0146 0.90028 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934763 5 0.5871 0.28950 0.000 0.000 0.004 0.332 0.480 0.184
#> SRR934764 4 0.0146 0.90080 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934765 3 0.3578 0.47627 0.340 0.000 0.660 0.000 0.000 0.000
#> SRR934766 4 0.0146 0.90080 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934767 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934768 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934769 6 0.6167 0.52218 0.000 0.312 0.004 0.000 0.272 0.412
#> SRR934770 4 0.3288 0.61491 0.276 0.000 0.000 0.724 0.000 0.000
#> SRR934772 6 0.6096 0.52166 0.000 0.240 0.004 0.000 0.324 0.432
#> SRR934771 4 0.1262 0.89578 0.008 0.000 0.016 0.956 0.000 0.020
#> SRR934773 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934774 3 0.3445 0.74630 0.000 0.000 0.796 0.000 0.048 0.156
#> SRR934775 4 0.6006 0.36064 0.000 0.000 0.040 0.576 0.220 0.164
#> SRR934776 5 0.4697 0.55064 0.000 0.000 0.008 0.084 0.684 0.224
#> SRR934777 4 0.0146 0.90080 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934778 5 0.1196 0.64729 0.000 0.000 0.000 0.040 0.952 0.008
#> SRR934779 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934780 5 0.4363 0.58228 0.000 0.020 0.040 0.004 0.732 0.204
#> SRR934781 2 0.0937 0.83678 0.000 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR934782 2 0.1531 0.83814 0.000 0.928 0.000 0.000 0.004 0.068
#> SRR934783 4 0.1426 0.89179 0.000 0.000 0.008 0.948 0.016 0.028
#> SRR934784 2 0.0458 0.83944 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR934785 2 0.1007 0.83969 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR934786 4 0.1141 0.88470 0.052 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR934787 1 0.4645 0.54648 0.648 0.000 0.000 0.076 0.000 0.276
#> SRR934788 4 0.0964 0.90044 0.012 0.000 0.000 0.968 0.004 0.016
#> SRR934789 4 0.5229 0.48897 0.000 0.000 0.004 0.628 0.192 0.176
#> SRR934790 3 0.0865 0.79084 0.000 0.000 0.964 0.000 0.000 0.036
#> SRR934791 4 0.0405 0.90097 0.000 0.000 0.000 0.988 0.004 0.008
#> SRR934792 2 0.4188 0.64698 0.000 0.756 0.096 0.000 0.008 0.140
#> SRR934793 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934794 2 0.1701 0.82106 0.000 0.920 0.000 0.000 0.008 0.072
#> SRR934795 4 0.0363 0.90061 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012 0.000
#> SRR934796 4 0.0937 0.89130 0.040 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR934797 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934798 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934799 4 0.0146 0.90080 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934800 2 0.0713 0.84067 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR934801 2 0.1007 0.83454 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR934802 2 0.2890 0.76872 0.000 0.844 0.004 0.000 0.024 0.128
#> SRR934803 3 0.3266 0.74450 0.084 0.000 0.832 0.000 0.004 0.080
#> SRR934804 3 0.1010 0.79544 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR934805 4 0.1168 0.89053 0.000 0.000 0.000 0.956 0.016 0.028
#> SRR934806 4 0.0820 0.90004 0.016 0.000 0.000 0.972 0.000 0.012
#> SRR934807 5 0.0777 0.64377 0.000 0.000 0.000 0.004 0.972 0.024
#> SRR934809 4 0.1536 0.88970 0.000 0.000 0.020 0.944 0.012 0.024
#> SRR934810 5 0.4689 0.53683 0.000 0.000 0.120 0.108 0.736 0.036
#> SRR934811 5 0.1908 0.59902 0.000 0.004 0.000 0.000 0.900 0.096
#> SRR934808 5 0.4490 0.56433 0.000 0.000 0.012 0.064 0.708 0.216
#> SRR934812 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934813 3 0.1333 0.78869 0.000 0.008 0.944 0.000 0.000 0.048
#> SRR934814 4 0.2163 0.84355 0.004 0.000 0.000 0.892 0.096 0.008
#> SRR934815 5 0.3268 0.62920 0.000 0.008 0.016 0.012 0.828 0.136
#> SRR934816 2 0.0632 0.83810 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR934817 3 0.5408 0.47060 0.000 0.212 0.600 0.004 0.000 0.184
#> SRR934818 6 0.5742 0.49419 0.000 0.184 0.000 0.000 0.332 0.484
#> SRR934819 4 0.0146 0.90028 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000
#> SRR934820 5 0.5936 0.20005 0.000 0.000 0.012 0.400 0.440 0.148
#> SRR934821 3 0.5814 0.56891 0.000 0.040 0.600 0.000 0.136 0.224
#> SRR934822 1 0.0458 0.89942 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR934823 4 0.0779 0.90069 0.008 0.000 0.008 0.976 0.000 0.008
#> SRR934825 2 0.1524 0.82681 0.000 0.932 0.000 0.000 0.008 0.060
#> SRR934826 4 0.0622 0.90091 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008 0.000
#> SRR934827 3 0.1398 0.79535 0.000 0.000 0.940 0.000 0.008 0.052
#> SRR934828 5 0.2062 0.64264 0.000 0.004 0.000 0.008 0.900 0.088
#> SRR934829 2 0.0260 0.83896 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR934830 5 0.0603 0.64292 0.000 0.000 0.000 0.004 0.980 0.016
#> SRR934831 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934832 5 0.1010 0.63351 0.000 0.004 0.000 0.000 0.960 0.036
#> SRR934833 5 0.1049 0.64806 0.000 0.000 0.000 0.032 0.960 0.008
#> SRR934834 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934835 2 0.1765 0.82302 0.000 0.924 0.024 0.000 0.000 0.052
#> SRR934836 4 0.0790 0.89603 0.032 0.000 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR934837 2 0.0363 0.83911 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR934838 4 0.0146 0.90080 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934839 2 0.2288 0.80905 0.000 0.896 0.028 0.004 0.000 0.072
#> SRR934840 2 0.2420 0.80448 0.000 0.888 0.032 0.004 0.000 0.076
#> SRR934841 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934842 2 0.1757 0.81553 0.000 0.916 0.000 0.000 0.008 0.076
#> SRR934843 1 0.5193 0.51532 0.632 0.000 0.000 0.200 0.164 0.004
#> SRR934844 4 0.0508 0.90036 0.012 0.000 0.000 0.984 0.000 0.004
#> SRR934845 2 0.1462 0.83130 0.000 0.936 0.000 0.000 0.008 0.056
#> SRR934846 2 0.2814 0.77708 0.000 0.864 0.052 0.004 0.000 0.080
#> SRR934847 4 0.1082 0.89021 0.000 0.000 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR934848 4 0.0146 0.90080 0.004 0.000 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR934849 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934850 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934851 3 0.0891 0.79672 0.000 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024
#> SRR934853 3 0.6500 0.19486 0.000 0.000 0.412 0.376 0.040 0.172
#> SRR934852 3 0.4455 0.48461 0.000 0.240 0.684 0.000 0.000 0.076
#> SRR934854 5 0.2136 0.64541 0.000 0.000 0.000 0.048 0.904 0.048
#> SRR934856 4 0.1297 0.89074 0.012 0.000 0.000 0.948 0.000 0.040
#> SRR934858 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934859 2 0.1779 0.82164 0.000 0.920 0.016 0.000 0.000 0.064
#> SRR934860 2 0.1610 0.81936 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR934861 2 0.3693 0.69211 0.000 0.788 0.092 0.000 0.000 0.120
#> SRR934862 2 0.2981 0.72964 0.000 0.820 0.000 0.000 0.020 0.160
#> SRR934863 4 0.5848 0.02663 0.000 0.000 0.004 0.468 0.356 0.172
#> SRR934864 2 0.0713 0.83988 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR934865 5 0.4275 0.59006 0.000 0.000 0.012 0.092 0.752 0.144
#> SRR934866 2 0.2346 0.78845 0.000 0.868 0.000 0.000 0.008 0.124
#> SRR934867 2 0.1707 0.82371 0.000 0.928 0.012 0.004 0.000 0.056
#> SRR934868 2 0.2747 0.77868 0.000 0.860 0.044 0.000 0.000 0.096
#> SRR934869 4 0.1053 0.89517 0.000 0.012 0.004 0.964 0.000 0.020
#> SRR934870 4 0.4273 0.62471 0.000 0.000 0.000 0.716 0.204 0.080
#> SRR934871 5 0.5012 0.27319 0.000 0.132 0.000 0.000 0.632 0.236
#> SRR934872 2 0.0790 0.83532 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR934873 3 0.1010 0.79521 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR934874 2 0.0458 0.83926 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR934875 2 0.0713 0.84021 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR934876 4 0.0291 0.90094 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR934877 1 0.4947 0.52042 0.636 0.000 0.000 0.120 0.244 0.000
#> SRR934878 3 0.1700 0.79311 0.000 0.000 0.928 0.000 0.024 0.048
#> SRR934879 3 0.1524 0.79315 0.000 0.000 0.932 0.000 0.008 0.060
#> SRR934880 3 0.4925 0.66277 0.000 0.000 0.692 0.084 0.028 0.196
#> SRR934881 3 0.4437 0.19685 0.000 0.392 0.576 0.000 0.000 0.032
#> SRR934882 3 0.1349 0.79633 0.000 0.000 0.940 0.000 0.004 0.056
#> SRR934883 2 0.1327 0.83807 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR934884 5 0.2771 0.56401 0.000 0.032 0.000 0.000 0.852 0.116
#> SRR934885 2 0.5143 0.35087 0.000 0.612 0.000 0.000 0.140 0.248
#> SRR934886 2 0.4422 0.44463 0.000 0.680 0.252 0.000 0.000 0.068
#> SRR934887 3 0.2170 0.78254 0.000 0.000 0.888 0.000 0.012 0.100
#> SRR934888 2 0.4700 0.58439 0.000 0.704 0.044 0.000 0.040 0.212
#> SRR934889 2 0.5206 0.34856 0.000 0.636 0.000 0.008 0.140 0.216
#> SRR934890 4 0.2027 0.87219 0.000 0.016 0.032 0.920 0.000 0.032
#> SRR934891 5 0.2032 0.65394 0.000 0.000 0.020 0.036 0.920 0.024
#> SRR934892 3 0.3626 0.74079 0.000 0.000 0.788 0.000 0.068 0.144
#> SRR934893 3 0.1141 0.78832 0.000 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR934894 2 0.1858 0.81474 0.000 0.904 0.000 0.000 0.004 0.092
#> SRR934895 5 0.4166 0.48694 0.000 0.044 0.032 0.000 0.764 0.160
#> SRR934896 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934897 2 0.1411 0.82797 0.000 0.936 0.000 0.000 0.004 0.060
#> SRR934898 6 0.7332 0.00921 0.000 0.008 0.264 0.108 0.196 0.424
#> SRR934899 2 0.5227 0.45535 0.000 0.664 0.196 0.000 0.028 0.112
#> SRR934900 3 0.0547 0.79490 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934901 2 0.4668 0.48734 0.000 0.680 0.000 0.000 0.116 0.204
#> SRR934902 3 0.0363 0.79367 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR934903 2 0.1700 0.82824 0.000 0.916 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR934905 4 0.4865 0.61217 0.012 0.000 0.164 0.692 0.000 0.132
#> SRR934906 4 0.1677 0.89138 0.016 0.008 0.016 0.944 0.004 0.012
#> SRR934907 5 0.4609 0.40844 0.000 0.128 0.040 0.000 0.744 0.088
#> SRR934908 2 0.5746 -0.19123 0.000 0.488 0.000 0.000 0.324 0.188
#> SRR934909 2 0.4124 0.63188 0.000 0.748 0.132 0.000 0.000 0.120
#> SRR934910 6 0.5166 0.44141 0.000 0.364 0.000 0.000 0.096 0.540
#> SRR934911 2 0.1753 0.82151 0.000 0.912 0.000 0.000 0.004 0.084
#> SRR934912 3 0.1152 0.79062 0.000 0.004 0.952 0.000 0.000 0.044
#> SRR934913 2 0.0713 0.83708 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR934914 4 0.0837 0.89899 0.000 0.000 0.004 0.972 0.004 0.020
#> SRR934915 3 0.1633 0.79479 0.000 0.000 0.932 0.000 0.024 0.044
#> SRR934916 1 0.1564 0.87058 0.936 0.000 0.000 0.000 0.024 0.040
#> SRR934917 2 0.1364 0.83557 0.000 0.944 0.004 0.004 0.000 0.048
#> SRR934918 3 0.0937 0.79322 0.000 0.000 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR934919 3 0.5764 0.37167 0.000 0.000 0.508 0.000 0.264 0.228
#> SRR934920 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934921 2 0.2165 0.79829 0.000 0.884 0.000 0.000 0.008 0.108
#> SRR934922 5 0.5670 0.32271 0.000 0.012 0.248 0.004 0.588 0.148
#> SRR934924 1 0.3918 0.69357 0.776 0.016 0.000 0.000 0.160 0.048
#> SRR934923 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934925 3 0.6620 0.23091 0.000 0.048 0.456 0.000 0.296 0.200
#> SRR934926 2 0.0363 0.83906 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR934927 3 0.0858 0.79588 0.000 0.000 0.968 0.000 0.004 0.028
#> SRR934928 3 0.4648 0.68578 0.000 0.000 0.740 0.116 0.036 0.108
#> SRR934929 4 0.0862 0.89987 0.008 0.000 0.004 0.972 0.000 0.016
#> SRR934930 3 0.4727 0.70009 0.000 0.044 0.700 0.000 0.040 0.216
#> SRR934931 5 0.1296 0.65000 0.000 0.000 0.012 0.004 0.952 0.032
#> SRR934932 2 0.0632 0.83805 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR934934 2 0.1141 0.83275 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR934935 3 0.4439 0.51233 0.000 0.240 0.692 0.004 0.000 0.064
#> SRR934936 2 0.3101 0.75491 0.000 0.820 0.000 0.000 0.032 0.148
#> SRR934933 3 0.4455 0.71813 0.096 0.000 0.752 0.000 0.028 0.124
#> SRR934937 3 0.0405 0.79518 0.000 0.000 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR934938 3 0.1082 0.78930 0.000 0.000 0.956 0.000 0.004 0.040
#> SRR934939 4 0.1152 0.89376 0.000 0.000 0.000 0.952 0.004 0.044
#> SRR934940 5 0.4502 0.54408 0.000 0.048 0.016 0.000 0.696 0.240
#> SRR934941 3 0.5119 0.56820 0.000 0.000 0.628 0.004 0.244 0.124
#> SRR934942 5 0.3293 0.56711 0.000 0.032 0.012 0.000 0.824 0.132
#> SRR934943 2 0.5667 -0.04806 0.000 0.528 0.000 0.000 0.264 0.208
#> SRR934944 5 0.8609 0.10756 0.272 0.000 0.124 0.108 0.272 0.224
#> SRR934945 1 0.6310 0.30504 0.576 0.128 0.000 0.000 0.196 0.100
#> SRR934946 4 0.1219 0.88654 0.000 0.004 0.000 0.948 0.048 0.000
#> SRR934947 1 0.4076 0.70193 0.776 0.000 0.000 0.024 0.140 0.060
#> SRR934948 3 0.1531 0.79481 0.000 0.000 0.928 0.000 0.004 0.068
#> SRR934949 2 0.1858 0.81602 0.000 0.912 0.012 0.000 0.000 0.076
#> SRR934950 3 0.5569 0.14410 0.000 0.000 0.460 0.012 0.432 0.096
#> SRR934951 4 0.0291 0.90094 0.004 0.000 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR934953 3 0.4379 0.65991 0.136 0.004 0.748 0.000 0.104 0.008
#> SRR934952 2 0.2658 0.79280 0.000 0.864 0.000 0.000 0.036 0.100
#> SRR934954 2 0.1556 0.82260 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR934955 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934956 3 0.3616 0.76357 0.000 0.040 0.824 0.000 0.048 0.088
#> SRR934957 5 0.5659 0.37591 0.000 0.000 0.212 0.016 0.592 0.180
#> SRR934958 2 0.1007 0.83166 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR934959 4 0.0976 0.89913 0.008 0.000 0.008 0.968 0.000 0.016
#> SRR934960 4 0.1398 0.88253 0.052 0.000 0.000 0.940 0.008 0.000
#> SRR934961 2 0.0858 0.84064 0.000 0.968 0.000 0.000 0.004 0.028
#> SRR934962 2 0.1471 0.82268 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000 0.064
#> SRR934963 1 0.4039 0.27659 0.632 0.352 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR934964 3 0.1010 0.79473 0.000 0.000 0.960 0.000 0.004 0.036
#> SRR934965 2 0.0632 0.83834 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR934966 2 0.2191 0.80777 0.000 0.876 0.000 0.000 0.004 0.120
#> SRR934967 4 0.3889 0.66328 0.000 0.164 0.016 0.776 0.000 0.044
#> SRR934968 3 0.0547 0.79473 0.000 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020
#> SRR934969 4 0.3977 0.69231 0.000 0.000 0.000 0.760 0.144 0.096
#> SRR934970 1 0.5285 0.25810 0.524 0.000 0.000 0.368 0.000 0.108
#> SRR934971 3 0.3894 0.63666 0.000 0.168 0.760 0.000 0.000 0.072
#> SRR934972 4 0.2395 0.85833 0.012 0.000 0.020 0.892 0.000 0.076
#> SRR934973 3 0.1082 0.79178 0.000 0.004 0.956 0.000 0.000 0.040
#> SRR934974 4 0.0820 0.89521 0.000 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> SRR934975 3 0.5046 0.42078 0.000 0.000 0.560 0.004 0.364 0.072
#> SRR934976 2 0.5875 -0.24843 0.000 0.476 0.000 0.000 0.288 0.236
#> SRR934977 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934978 2 0.5184 -0.10150 0.000 0.500 0.076 0.004 0.000 0.420
#> SRR934979 2 0.0865 0.83451 0.000 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR934980 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934981 3 0.0713 0.79471 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR934982 1 0.0146 0.90951 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR934983 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934984 2 0.4028 0.42882 0.000 0.668 0.024 0.000 0.000 0.308
#> SRR934985 5 0.1779 0.65043 0.000 0.000 0.000 0.016 0.920 0.064
#> SRR934986 4 0.0363 0.90064 0.012 0.000 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR934987 5 0.4648 -0.22761 0.000 0.408 0.000 0.000 0.548 0.044
#> SRR934988 3 0.5058 0.65344 0.000 0.000 0.672 0.084 0.028 0.216
#> SRR934989 1 0.0000 0.91198 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR934990 3 0.0713 0.79582 0.000 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0