Date: 2019-12-25 23:56:53 CET, cola version: 1.3.2
Document is loading...
All available functions which can be applied to this res_list object:
res_list
#> A 'ConsensusPartitionList' object with 24 methods.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows are extracted by 'SD, CV, MAD, ATC' methods.
#> Subgroups are detected by 'hclust, kmeans, skmeans, pam, mclust, NMF' method.
#> Number of partitions are tried for k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> Performed in total 30000 partitions by row resampling.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartitionList' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots" "collect_stats"
#> [5] "colnames" "functional_enrichment" "get_anno_col" "get_anno"
#> [9] "get_classes" "get_matrix" "get_membership" "get_stats"
#> [13] "is_best_k" "is_stable_k" "ncol" "nrow"
#> [17] "rownames" "show" "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
#> [21] "top_rows_heatmap" "top_rows_overlap"
#>
#> You can get result for a single method by, e.g. object["SD", "hclust"] or object["SD:hclust"]
#> or a subset of methods by object[c("SD", "CV")], c("hclust", "kmeans")]
The call of run_all_consensus_partition_methods() was:
#> run_all_consensus_partition_methods(data = mat, mc.cores = 4)
Dimension of the input matrix:
mat = get_matrix(res_list)
dim(mat)
#> [1] 17367 178
The density distribution for each sample is visualized as in one column in the following heatmap. The clustering is based on the distance which is the Kolmogorov-Smirnov statistic between two distributions.
library(ComplexHeatmap)
densityHeatmap(mat, ylab = "value", cluster_columns = TRUE, show_column_names = FALSE,
mc.cores = 4)
Folowing table shows the best k (number of partitions) for each combination
of top-value methods and partition methods. Clicking on the method name in
the table goes to the section for a single combination of methods.
The cola vignette explains the definition of the metrics used for determining the best number of partitions.
suggest_best_k(res_list)
| The best k | 1-PAC | Mean silhouette | Concordance | Optional k | ||
|---|---|---|---|---|---|---|
| SD:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| SD:skmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| SD:pam | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| SD:mclust | 2 | 1.000 | 0.995 | 0.998 | ** | |
| SD:NMF | 2 | 1.000 | 0.987 | 0.995 | ** | |
| CV:hclust | 2 | 1.000 | 0.997 | 0.998 | ** | |
| CV:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| CV:skmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| CV:pam | 2 | 1.000 | 0.997 | 0.999 | ** | |
| CV:mclust | 2 | 1.000 | 0.998 | 0.999 | ** | |
| CV:NMF | 2 | 1.000 | 0.994 | 0.998 | ** | |
| MAD:hclust | 2 | 1.000 | 0.990 | 0.996 | ** | |
| MAD:kmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| MAD:skmeans | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| MAD:pam | 2 | 1.000 | 0.999 | 0.999 | ** | |
| MAD:mclust | 2 | 1.000 | 0.993 | 0.997 | ** | |
| MAD:NMF | 2 | 1.000 | 0.985 | 0.995 | ** | |
| ATC:kmeans | 2 | 1.000 | 0.997 | 0.999 | ** | |
| ATC:mclust | 2 | 1.000 | 1.000 | 1.000 | ** | |
| ATC:skmeans | 3 | 0.994 | 0.953 | 0.980 | ** | 2 |
| ATC:pam | 5 | 0.918 | 0.880 | 0.950 | * | 2,3,4 |
| ATC:NMF | 3 | 0.911 | 0.910 | 0.960 | * | 2 |
| SD:hclust | 2 | 0.811 | 0.958 | 0.971 | ||
| ATC:hclust | 2 | 0.541 | 0.822 | 0.915 |
**: 1-PAC > 0.95, *: 1-PAC > 0.9
Cumulative distribution function curves of consensus matrix for all methods.
collect_plots(res_list, fun = plot_ecdf)
Consensus heatmaps for all methods. (What is a consensus heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = consensus_heatmap, mc.cores = 4)
Membership heatmaps for all methods. (What is a membership heatmap?)
collect_plots(res_list, k = 2, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = membership_heatmap, mc.cores = 4)
Signature heatmaps for all methods. (What is a signature heatmap?)
Note in following heatmaps, rows are scaled.
collect_plots(res_list, k = 2, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 3, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 4, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 5, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
collect_plots(res_list, k = 6, fun = get_signatures, mc.cores = 4)
The statistics used for measuring the stability of consensus partitioning. (How are they defined?)
get_stats(res_list, k = 2)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 2 1.000 0.987 0.995 0.502 0.499 0.499
#> CV:NMF 2 1.000 0.994 0.998 0.502 0.499 0.499
#> MAD:NMF 2 1.000 0.985 0.995 0.502 0.498 0.498
#> ATC:NMF 2 1.000 0.988 0.995 0.500 0.500 0.500
#> SD:skmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.502 0.499 0.499
#> CV:skmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.502 0.499 0.499
#> MAD:skmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.502 0.499 0.499
#> ATC:skmeans 2 1.000 0.994 0.998 0.503 0.497 0.497
#> SD:mclust 2 1.000 0.995 0.998 0.502 0.499 0.499
#> CV:mclust 2 1.000 0.998 0.999 0.502 0.499 0.499
#> MAD:mclust 2 1.000 0.993 0.997 0.501 0.499 0.499
#> ATC:mclust 2 1.000 1.000 1.000 0.502 0.499 0.499
#> SD:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.502 0.499 0.499
#> CV:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.502 0.499 0.499
#> MAD:kmeans 2 1.000 1.000 1.000 0.502 0.499 0.499
#> ATC:kmeans 2 1.000 0.997 0.999 0.503 0.497 0.497
#> SD:pam 2 1.000 1.000 1.000 0.502 0.499 0.499
#> CV:pam 2 1.000 0.997 0.999 0.502 0.499 0.499
#> MAD:pam 2 1.000 0.999 0.999 0.502 0.499 0.499
#> ATC:pam 2 1.000 0.963 0.985 0.502 0.497 0.497
#> SD:hclust 2 0.811 0.958 0.971 0.496 0.499 0.499
#> CV:hclust 2 1.000 0.997 0.998 0.502 0.499 0.499
#> MAD:hclust 2 1.000 0.990 0.996 0.502 0.499 0.499
#> ATC:hclust 2 0.541 0.822 0.915 0.486 0.502 0.502
get_stats(res_list, k = 3)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 3 0.682 0.742 0.865 0.182 0.989 0.977
#> CV:NMF 3 0.807 0.823 0.902 0.178 0.899 0.800
#> MAD:NMF 3 0.726 0.862 0.870 0.171 0.989 0.978
#> ATC:NMF 3 0.911 0.910 0.960 0.296 0.790 0.603
#> SD:skmeans 3 0.872 0.917 0.943 0.248 0.874 0.747
#> CV:skmeans 3 0.715 0.681 0.839 0.219 0.942 0.884
#> MAD:skmeans 3 0.865 0.910 0.941 0.249 0.874 0.747
#> ATC:skmeans 3 0.994 0.953 0.980 0.207 0.888 0.777
#> SD:mclust 3 0.758 0.839 0.886 0.232 0.888 0.775
#> CV:mclust 3 0.747 0.648 0.851 0.182 0.990 0.979
#> MAD:mclust 3 0.724 0.826 0.873 0.230 0.885 0.770
#> ATC:mclust 3 0.699 0.706 0.832 0.211 0.927 0.854
#> SD:kmeans 3 0.669 0.521 0.726 0.243 0.956 0.912
#> CV:kmeans 3 0.658 0.624 0.793 0.241 0.910 0.819
#> MAD:kmeans 3 0.661 0.595 0.767 0.242 0.929 0.857
#> ATC:kmeans 3 0.750 0.778 0.797 0.250 0.869 0.740
#> SD:pam 3 0.757 0.918 0.902 0.232 0.890 0.780
#> CV:pam 3 0.702 0.874 0.856 0.231 0.890 0.780
#> MAD:pam 3 0.756 0.921 0.886 0.230 0.892 0.784
#> ATC:pam 3 0.950 0.912 0.957 0.245 0.863 0.730
#> SD:hclust 3 0.823 0.801 0.894 0.218 0.887 0.775
#> CV:hclust 3 0.652 0.760 0.773 0.236 0.862 0.723
#> MAD:hclust 3 0.822 0.898 0.915 0.195 0.907 0.815
#> ATC:hclust 3 0.556 0.782 0.850 0.284 0.837 0.682
get_stats(res_list, k = 4)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 4 0.560 0.477 0.769 0.116 0.911 0.819
#> CV:NMF 4 0.633 0.715 0.817 0.118 0.926 0.826
#> MAD:NMF 4 0.568 0.506 0.789 0.112 0.926 0.852
#> ATC:NMF 4 0.645 0.715 0.844 0.126 0.781 0.470
#> SD:skmeans 4 0.744 0.815 0.884 0.170 0.891 0.708
#> CV:skmeans 4 0.730 0.770 0.872 0.187 0.792 0.544
#> MAD:skmeans 4 0.745 0.823 0.888 0.171 0.890 0.706
#> ATC:skmeans 4 0.877 0.863 0.941 0.166 0.899 0.744
#> SD:mclust 4 0.668 0.699 0.841 0.109 0.961 0.902
#> CV:mclust 4 0.571 0.518 0.679 0.146 0.822 0.639
#> MAD:mclust 4 0.669 0.774 0.836 0.116 0.961 0.902
#> ATC:mclust 4 0.654 0.651 0.780 0.135 0.827 0.607
#> SD:kmeans 4 0.593 0.554 0.679 0.128 0.781 0.537
#> CV:kmeans 4 0.602 0.679 0.698 0.132 0.775 0.492
#> MAD:kmeans 4 0.599 0.497 0.642 0.131 0.766 0.489
#> ATC:kmeans 4 0.664 0.807 0.827 0.138 0.861 0.643
#> SD:pam 4 0.756 0.840 0.897 0.186 0.883 0.698
#> CV:pam 4 0.633 0.753 0.839 0.195 0.862 0.650
#> MAD:pam 4 0.756 0.838 0.887 0.188 0.872 0.677
#> ATC:pam 4 0.915 0.892 0.955 0.172 0.883 0.693
#> SD:hclust 4 0.636 0.700 0.766 0.136 0.962 0.910
#> CV:hclust 4 0.594 0.635 0.771 0.160 0.887 0.705
#> MAD:hclust 4 0.612 0.472 0.793 0.129 0.985 0.965
#> ATC:hclust 4 0.740 0.818 0.884 0.103 0.967 0.909
get_stats(res_list, k = 5)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 5 0.540 0.367 0.637 0.0636 0.889 0.734
#> CV:NMF 5 0.580 0.544 0.757 0.0796 0.879 0.693
#> MAD:NMF 5 0.543 0.307 0.673 0.0628 0.790 0.562
#> ATC:NMF 5 0.603 0.579 0.754 0.0422 0.865 0.567
#> SD:skmeans 5 0.761 0.781 0.873 0.0763 0.933 0.752
#> CV:skmeans 5 0.702 0.668 0.757 0.0619 0.904 0.672
#> MAD:skmeans 5 0.762 0.771 0.866 0.0720 0.932 0.747
#> ATC:skmeans 5 0.813 0.811 0.886 0.0733 0.932 0.772
#> SD:mclust 5 0.658 0.581 0.793 0.0924 0.878 0.677
#> CV:mclust 5 0.576 0.588 0.742 0.1109 0.808 0.468
#> MAD:mclust 5 0.639 0.620 0.763 0.0942 0.860 0.635
#> ATC:mclust 5 0.778 0.833 0.873 0.1078 0.882 0.627
#> SD:kmeans 5 0.552 0.669 0.721 0.0776 0.885 0.617
#> CV:kmeans 5 0.556 0.537 0.603 0.0737 0.848 0.531
#> MAD:kmeans 5 0.564 0.716 0.744 0.0728 0.855 0.532
#> ATC:kmeans 5 0.788 0.744 0.801 0.0855 0.900 0.653
#> SD:pam 5 0.746 0.791 0.865 0.0775 0.904 0.666
#> CV:pam 5 0.651 0.684 0.800 0.0548 0.942 0.789
#> MAD:pam 5 0.769 0.819 0.874 0.0801 0.900 0.654
#> ATC:pam 5 0.918 0.880 0.950 0.0787 0.906 0.672
#> SD:hclust 5 0.633 0.546 0.735 0.0904 0.800 0.517
#> CV:hclust 5 0.592 0.578 0.736 0.0375 0.936 0.792
#> MAD:hclust 5 0.613 0.626 0.743 0.0931 0.871 0.688
#> ATC:hclust 5 0.733 0.744 0.820 0.0946 0.913 0.739
get_stats(res_list, k = 6)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> SD:NMF 6 0.539 0.480 0.706 0.0564 0.839 0.561
#> CV:NMF 6 0.566 0.465 0.708 0.0504 0.917 0.742
#> MAD:NMF 6 0.528 0.248 0.608 0.0493 0.783 0.496
#> ATC:NMF 6 0.609 0.621 0.764 0.0241 0.906 0.659
#> SD:skmeans 6 0.776 0.724 0.846 0.0405 0.962 0.821
#> CV:skmeans 6 0.750 0.718 0.825 0.0526 0.927 0.701
#> MAD:skmeans 6 0.768 0.727 0.855 0.0408 0.948 0.763
#> ATC:skmeans 6 0.868 0.833 0.893 0.0529 0.926 0.704
#> SD:mclust 6 0.718 0.658 0.815 0.0591 0.877 0.583
#> CV:mclust 6 0.607 0.587 0.739 0.0373 0.893 0.586
#> MAD:mclust 6 0.738 0.667 0.826 0.0561 0.919 0.700
#> ATC:mclust 6 0.776 0.752 0.874 0.0354 0.964 0.851
#> SD:kmeans 6 0.605 0.604 0.701 0.0512 0.952 0.782
#> CV:kmeans 6 0.584 0.670 0.695 0.0529 0.913 0.656
#> MAD:kmeans 6 0.618 0.655 0.729 0.0577 0.959 0.817
#> ATC:kmeans 6 0.781 0.797 0.814 0.0475 0.930 0.696
#> SD:pam 6 0.750 0.781 0.839 0.0452 0.945 0.743
#> CV:pam 6 0.689 0.637 0.786 0.0580 0.906 0.622
#> MAD:pam 6 0.750 0.712 0.832 0.0417 0.942 0.731
#> ATC:pam 6 0.820 0.766 0.854 0.0374 0.952 0.779
#> SD:hclust 6 0.649 0.600 0.714 0.0528 0.878 0.556
#> CV:hclust 6 0.580 0.538 0.672 0.0636 0.895 0.621
#> MAD:hclust 6 0.621 0.525 0.732 0.0497 0.925 0.749
#> ATC:hclust 6 0.791 0.798 0.876 0.0691 0.919 0.684
Following heatmap plots the partition for each combination of methods and the lightness correspond to the silhouette scores for samples in each method. On top the consensus subgroup is inferred from all methods by taking the mean silhouette scores as weight.
collect_stats(res_list, k = 2)
collect_stats(res_list, k = 3)
collect_stats(res_list, k = 4)
collect_stats(res_list, k = 5)
collect_stats(res_list, k = 6)
Collect partitions from all methods:
collect_classes(res_list, k = 2)
collect_classes(res_list, k = 3)
collect_classes(res_list, k = 4)
collect_classes(res_list, k = 5)
collect_classes(res_list, k = 6)
Overlap of top rows from different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "euler")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "euler")
Also visualize the correspondance of rankings between different top-row methods:
top_rows_overlap(res_list, top_n = 1000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 2000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 3000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 4000, method = "correspondance")
top_rows_overlap(res_list, top_n = 5000, method = "correspondance")
Heatmaps of the top rows:
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 1000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 2000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 3000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 4000)
top_rows_heatmap(res_list, top_n = 5000)
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.811 0.958 0.971 0.4964 0.499 0.499
#> 3 3 0.823 0.801 0.894 0.2178 0.887 0.775
#> 4 4 0.636 0.700 0.766 0.1358 0.962 0.910
#> 5 5 0.633 0.546 0.735 0.0904 0.800 0.517
#> 6 6 0.649 0.600 0.714 0.0528 0.878 0.556
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146077 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146080 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146081 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.6531 0.852 0.832 0.168
#> SRR1146083 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.6531 0.852 0.832 0.168
#> SRR1146085 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146089 1 0.6531 0.852 0.832 0.168
#> SRR1146090 1 0.6531 0.852 0.832 0.168
#> SRR1146091 1 0.6531 0.852 0.832 0.168
#> SRR1146092 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146097 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.6531 0.852 0.832 0.168
#> SRR1146100 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146102 1 0.6531 0.852 0.832 0.168
#> SRR1146103 1 0.6438 0.856 0.836 0.164
#> SRR1146104 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146105 1 0.6343 0.859 0.840 0.160
#> SRR1146106 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146111 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.0938 0.956 0.988 0.012
#> SRR1146113 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.0938 0.956 0.988 0.012
#> SRR1146120 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146123 1 0.1184 0.955 0.984 0.016
#> SRR1146124 1 0.0938 0.956 0.988 0.012
#> SRR1146125 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146126 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146127 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.1184 0.955 0.984 0.016
#> SRR1146129 1 0.6531 0.852 0.832 0.168
#> SRR1146130 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146131 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146132 1 0.3431 0.927 0.936 0.064
#> SRR1146133 1 0.4298 0.907 0.912 0.088
#> SRR1146134 1 0.6531 0.852 0.832 0.168
#> SRR1146135 1 0.0938 0.956 0.988 0.012
#> SRR1146136 1 0.0938 0.956 0.988 0.012
#> SRR1146137 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146138 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146139 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146140 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.0376 0.991 0.004 0.996
#> SRR1146144 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146145 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146146 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146147 1 0.3114 0.930 0.944 0.056
#> SRR1146148 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146149 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146150 1 0.6531 0.852 0.832 0.168
#> SRR1146151 1 0.7056 0.825 0.808 0.192
#> SRR1146152 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146153 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146154 1 0.4022 0.912 0.920 0.080
#> SRR1146155 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0376 0.956 0.996 0.004
#> SRR1146158 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146159 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146160 1 0.0938 0.956 0.988 0.012
#> SRR1146161 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146162 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.6438 0.856 0.836 0.164
#> SRR1146164 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146165 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146167 2 0.5059 0.877 0.112 0.888
#> SRR1146168 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146169 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146170 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146171 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146172 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146173 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146174 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146175 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146176 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146177 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146178 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146179 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146180 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146181 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146182 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146183 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146184 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146185 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146186 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146187 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146188 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146189 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146190 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146191 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146192 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146193 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146194 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146195 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146196 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146197 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146198 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146199 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146201 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146202 1 0.6531 0.852 0.832 0.168
#> SRR1146203 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.1184 0.955 0.984 0.016
#> SRR1146205 1 0.4161 0.909 0.916 0.084
#> SRR1146206 1 0.4298 0.908 0.912 0.088
#> SRR1146207 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146208 1 0.0376 0.956 0.996 0.004
#> SRR1146209 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146210 1 0.1184 0.955 0.984 0.016
#> SRR1146211 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146212 1 0.4431 0.905 0.908 0.092
#> SRR1146213 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146214 1 0.1184 0.955 0.984 0.016
#> SRR1146215 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146217 1 0.9833 0.338 0.576 0.424
#> SRR1146218 1 0.1633 0.952 0.976 0.024
#> SRR1146219 1 0.2236 0.947 0.964 0.036
#> SRR1146220 1 0.0938 0.956 0.988 0.012
#> SRR1146221 1 0.0938 0.956 0.988 0.012
#> SRR1146222 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146224 1 0.6531 0.852 0.832 0.168
#> SRR1146225 1 0.0672 0.957 0.992 0.008
#> SRR1146226 1 0.0376 0.956 0.996 0.004
#> SRR1146227 1 0.1633 0.953 0.976 0.024
#> SRR1146228 1 0.6438 0.856 0.836 0.164
#> SRR1146229 1 0.0376 0.956 0.996 0.004
#> SRR1146230 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146231 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146232 2 0.0000 0.989 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.1184 0.955 0.984 0.016
#> SRR1146235 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146237 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146239 1 0.1184 0.955 0.984 0.016
#> SRR1146240 1 0.0938 0.956 0.988 0.012
#> SRR1146241 1 0.0938 0.956 0.988 0.012
#> SRR1146242 1 0.0376 0.956 0.996 0.004
#> SRR1146243 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146244 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146245 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146246 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146247 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146248 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146249 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146250 2 0.0938 0.996 0.012 0.988
#> SRR1146252 1 0.0376 0.956 0.996 0.004
#> SRR1146253 1 0.0000 0.955 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0938 0.956 0.988 0.012
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146077 1 0.1163 0.735 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146078 1 0.0237 0.721 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146079 1 0.5706 0.708 0.680 0.000 0.320
#> SRR1146080 1 0.5760 0.703 0.672 0.000 0.328
#> SRR1146081 1 0.1163 0.735 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146082 3 0.0892 0.765 0.020 0.000 0.980
#> SRR1146083 1 0.0000 0.723 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.2796 0.726 0.092 0.000 0.908
#> SRR1146085 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146086 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146087 1 0.5058 0.740 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146088 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146089 3 0.0892 0.765 0.020 0.000 0.980
#> SRR1146090 3 0.0747 0.766 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146091 3 0.0237 0.768 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146092 1 0.0000 0.723 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.1163 0.735 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146094 1 0.5216 0.733 0.740 0.000 0.260
#> SRR1146095 1 0.4555 0.751 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146096 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.1529 0.741 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146098 1 0.0000 0.723 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.2796 0.726 0.092 0.000 0.908
#> SRR1146100 1 0.0592 0.731 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146101 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146102 3 0.2796 0.726 0.092 0.000 0.908
#> SRR1146103 3 0.3482 0.686 0.128 0.000 0.872
#> SRR1146104 1 0.2261 0.747 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146105 3 0.1964 0.753 0.056 0.000 0.944
#> SRR1146106 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146107 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146108 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146109 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146110 1 0.3038 0.749 0.896 0.000 0.104
#> SRR1146111 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146112 1 0.5905 0.678 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146113 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146114 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146115 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146116 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146117 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146118 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146119 3 0.6307 -0.327 0.488 0.000 0.512
#> SRR1146120 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146121 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146122 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146123 1 0.5905 0.678 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146124 1 0.5968 0.664 0.636 0.000 0.364
#> SRR1146125 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146126 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146128 1 0.5835 0.691 0.660 0.000 0.340
#> SRR1146129 3 0.0237 0.768 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146130 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146132 3 0.7744 -0.234 0.448 0.048 0.504
#> SRR1146133 1 0.8131 0.513 0.548 0.076 0.376
#> SRR1146134 3 0.0237 0.768 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146135 3 0.6307 -0.327 0.488 0.000 0.512
#> SRR1146136 1 0.5882 0.687 0.652 0.000 0.348
#> SRR1146137 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146138 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146139 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.723 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.3941 0.751 0.844 0.000 0.156
#> SRR1146142 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146143 2 0.0424 0.984 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146144 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146145 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146146 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146147 1 0.7357 0.641 0.620 0.048 0.332
#> SRR1146148 1 0.5905 0.679 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146149 1 0.5650 0.713 0.688 0.000 0.312
#> SRR1146150 3 0.0237 0.768 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146151 3 0.1267 0.754 0.004 0.024 0.972
#> SRR1146152 1 0.5733 0.708 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146153 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146154 1 0.7944 0.572 0.580 0.072 0.348
#> SRR1146155 1 0.0237 0.722 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146156 1 0.0892 0.734 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146157 1 0.0892 0.733 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146158 1 0.4605 0.753 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146159 1 0.5859 0.689 0.656 0.000 0.344
#> SRR1146160 1 0.5529 0.723 0.704 0.000 0.296
#> SRR1146161 1 0.5760 0.706 0.672 0.000 0.328
#> SRR1146162 1 0.4605 0.745 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146163 3 0.3551 0.684 0.132 0.000 0.868
#> SRR1146164 1 0.5291 0.735 0.732 0.000 0.268
#> SRR1146165 1 0.0000 0.723 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146167 2 0.3267 0.854 0.000 0.884 0.116
#> SRR1146168 1 0.5760 0.706 0.672 0.000 0.328
#> SRR1146169 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146170 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146171 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146172 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146173 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146174 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146175 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146176 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146177 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146178 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146181 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146182 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146183 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146184 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146185 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146186 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146187 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146188 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146189 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146190 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146191 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146192 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146193 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146194 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146195 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146196 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146197 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146198 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146199 1 0.5254 0.732 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146200 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146201 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146202 3 0.0237 0.768 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146203 1 0.0237 0.725 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146204 1 0.5882 0.685 0.652 0.000 0.348
#> SRR1146205 1 0.8071 0.544 0.564 0.076 0.360
#> SRR1146206 3 0.8179 -0.168 0.424 0.072 0.504
#> SRR1146207 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146208 1 0.1289 0.730 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146209 1 0.5591 0.724 0.696 0.000 0.304
#> SRR1146210 1 0.5882 0.685 0.652 0.000 0.348
#> SRR1146211 1 0.5733 0.706 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146212 1 0.8157 0.501 0.540 0.076 0.384
#> SRR1146213 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146214 1 0.5882 0.685 0.652 0.000 0.348
#> SRR1146215 1 0.0747 0.733 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146216 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146217 2 0.9773 -0.281 0.240 0.420 0.340
#> SRR1146218 1 0.6079 0.628 0.612 0.000 0.388
#> SRR1146219 1 0.6307 0.105 0.512 0.000 0.488
#> SRR1146220 1 0.5948 0.669 0.640 0.000 0.360
#> SRR1146221 3 0.6308 -0.336 0.492 0.000 0.508
#> SRR1146222 1 0.0000 0.723 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.5591 0.724 0.696 0.000 0.304
#> SRR1146224 3 0.0237 0.768 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146225 1 0.5760 0.702 0.672 0.000 0.328
#> SRR1146226 1 0.0892 0.733 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146227 3 0.6274 -0.043 0.456 0.000 0.544
#> SRR1146228 3 0.2066 0.750 0.060 0.000 0.940
#> SRR1146229 1 0.1289 0.730 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146230 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146231 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146232 2 0.0592 0.982 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146233 1 0.0000 0.723 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.3038 0.740 0.896 0.000 0.104
#> SRR1146235 1 0.4555 0.752 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146236 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146237 1 0.0000 0.723 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146239 1 0.2711 0.737 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146240 1 0.5733 0.707 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146241 1 0.2261 0.736 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146242 1 0.0424 0.727 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146243 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146244 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146245 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146246 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146247 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146248 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146249 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146250 2 0.0000 0.988 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146252 1 0.5216 0.740 0.740 0.000 0.260
#> SRR1146253 1 0.0592 0.731 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146254 1 0.5591 0.718 0.696 0.000 0.304
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 2 0.0188 0.802 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146077 1 0.4267 0.676 0.788 0.000 0.024 0.188
#> SRR1146078 1 0.3528 0.663 0.808 0.000 0.000 0.192
#> SRR1146079 1 0.4452 0.698 0.732 0.000 0.260 0.008
#> SRR1146080 1 0.4511 0.694 0.724 0.000 0.268 0.008
#> SRR1146081 1 0.4267 0.676 0.788 0.000 0.024 0.188
#> SRR1146082 3 0.0779 0.898 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1146083 1 0.3219 0.662 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1146084 3 0.2216 0.848 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1146085 2 0.4948 0.632 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1146086 2 0.4948 0.632 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1146087 1 0.4829 0.709 0.776 0.000 0.156 0.068
#> SRR1146088 2 0.0188 0.802 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146089 3 0.0779 0.898 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1146090 3 0.1059 0.898 0.016 0.000 0.972 0.012
#> SRR1146091 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.3219 0.662 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1146093 1 0.4267 0.676 0.788 0.000 0.024 0.188
#> SRR1146094 1 0.4832 0.703 0.768 0.000 0.176 0.056
#> SRR1146095 1 0.3542 0.719 0.852 0.000 0.120 0.028
#> SRR1146096 2 0.2469 0.787 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1146097 1 0.4638 0.685 0.776 0.000 0.044 0.180
#> SRR1146098 1 0.3219 0.662 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1146099 3 0.2216 0.848 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1146100 1 0.3695 0.675 0.828 0.000 0.016 0.156
#> SRR1146101 2 0.0921 0.803 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146102 3 0.2216 0.848 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1146103 3 0.3217 0.790 0.128 0.000 0.860 0.012
#> SRR1146104 1 0.4782 0.691 0.780 0.000 0.068 0.152
#> SRR1146105 3 0.2142 0.878 0.056 0.000 0.928 0.016
#> SRR1146106 2 0.4907 0.634 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1146107 2 0.4948 0.632 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1146108 2 0.4916 0.635 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1146109 2 0.4933 0.635 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1146110 1 0.4724 0.701 0.792 0.000 0.096 0.112
#> SRR1146111 2 0.4916 0.636 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1146112 1 0.4673 0.678 0.700 0.000 0.292 0.008
#> SRR1146113 2 0.4907 0.634 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1146114 2 0.4898 0.638 0.000 0.584 0.000 0.416
#> SRR1146115 2 0.4941 0.632 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1146116 2 0.4907 0.634 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1146117 2 0.4948 0.632 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1146118 2 0.4907 0.636 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1146119 1 0.5738 0.443 0.540 0.000 0.432 0.028
#> SRR1146120 2 0.4941 0.632 0.000 0.564 0.000 0.436
#> SRR1146121 2 0.4948 0.632 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1146122 2 0.2530 0.789 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1146123 1 0.5157 0.680 0.688 0.000 0.284 0.028
#> SRR1146124 1 0.5131 0.669 0.692 0.000 0.280 0.028
#> SRR1146125 2 0.1022 0.804 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146126 2 0.4776 0.665 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1146127 2 0.4817 0.657 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1146128 1 0.5078 0.688 0.700 0.000 0.272 0.028
#> SRR1146129 3 0.0895 0.894 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1146130 2 0.4776 0.665 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1146131 2 0.2704 0.789 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146132 1 0.6905 0.379 0.504 0.044 0.420 0.032
#> SRR1146133 1 0.7096 0.585 0.604 0.048 0.284 0.064
#> SRR1146134 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146135 1 0.5738 0.443 0.540 0.000 0.432 0.028
#> SRR1146136 1 0.4690 0.685 0.712 0.000 0.276 0.012
#> SRR1146137 2 0.0469 0.803 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146138 2 0.1389 0.800 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146139 2 0.1557 0.799 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1146140 1 0.3219 0.662 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1146141 1 0.5948 0.702 0.696 0.000 0.144 0.160
#> SRR1146142 2 0.4790 0.667 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1146143 2 0.4830 0.679 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1146144 2 0.1557 0.799 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1146145 2 0.4761 0.700 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1146146 2 0.4679 0.636 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146147 1 0.6190 0.659 0.676 0.044 0.248 0.032
#> SRR1146148 1 0.5050 0.678 0.704 0.000 0.268 0.028
#> SRR1146149 1 0.4391 0.701 0.740 0.000 0.252 0.008
#> SRR1146150 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.3353 0.840 0.060 0.004 0.880 0.056
#> SRR1146152 1 0.4516 0.698 0.736 0.000 0.252 0.012
#> SRR1146153 2 0.0469 0.803 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146154 1 0.6861 0.622 0.636 0.048 0.256 0.060
#> SRR1146155 1 0.3306 0.666 0.840 0.000 0.004 0.156
#> SRR1146156 1 0.3853 0.674 0.820 0.000 0.020 0.160
#> SRR1146157 1 0.3853 0.673 0.820 0.000 0.020 0.160
#> SRR1146158 1 0.5972 0.710 0.692 0.000 0.176 0.132
#> SRR1146159 1 0.5105 0.687 0.696 0.000 0.276 0.028
#> SRR1146160 1 0.4360 0.707 0.744 0.000 0.248 0.008
#> SRR1146161 1 0.4546 0.697 0.732 0.000 0.256 0.012
#> SRR1146162 1 0.6104 0.704 0.680 0.000 0.180 0.140
#> SRR1146163 3 0.2760 0.794 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1146164 1 0.4049 0.714 0.780 0.000 0.212 0.008
#> SRR1146165 1 0.3219 0.662 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1146166 2 0.0469 0.803 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146167 2 0.7020 0.582 0.020 0.568 0.084 0.328
#> SRR1146168 1 0.4546 0.697 0.732 0.000 0.256 0.012
#> SRR1146169 2 0.4250 0.717 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1146170 2 0.0921 0.803 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146171 2 0.2469 0.796 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1146172 2 0.0921 0.803 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146173 2 0.4277 0.686 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146174 2 0.2011 0.801 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1146175 2 0.2216 0.802 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1146176 2 0.2011 0.801 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1146177 2 0.4624 0.714 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1146178 2 0.0188 0.802 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146179 2 0.1940 0.801 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1146180 2 0.3801 0.762 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146181 2 0.0188 0.802 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146182 2 0.2704 0.791 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146183 2 0.0921 0.803 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146184 2 0.0336 0.803 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146185 2 0.0188 0.802 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146186 2 0.4277 0.686 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146187 2 0.0188 0.802 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146188 2 0.2469 0.796 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1146189 2 0.0469 0.803 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146190 2 0.0336 0.802 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146191 2 0.4277 0.686 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146192 2 0.0336 0.803 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146193 2 0.2345 0.795 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146194 2 0.2345 0.795 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146195 2 0.0336 0.802 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146196 2 0.1637 0.795 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1146197 2 0.0469 0.803 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146198 2 0.3569 0.745 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146199 1 0.4789 0.704 0.772 0.000 0.172 0.056
#> SRR1146200 2 0.1118 0.803 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146201 2 0.0336 0.803 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146202 3 0.0000 0.901 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.3402 0.663 0.832 0.000 0.004 0.164
#> SRR1146204 1 0.4933 0.683 0.688 0.000 0.296 0.016
#> SRR1146205 1 0.7004 0.605 0.620 0.048 0.268 0.064
#> SRR1146206 1 0.7446 0.330 0.480 0.048 0.412 0.060
#> SRR1146207 2 0.2469 0.796 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1146208 1 0.3913 0.670 0.824 0.000 0.028 0.148
#> SRR1146209 1 0.4420 0.708 0.748 0.000 0.240 0.012
#> SRR1146210 1 0.4933 0.683 0.688 0.000 0.296 0.016
#> SRR1146211 1 0.4840 0.695 0.732 0.000 0.240 0.028
#> SRR1146212 1 0.7138 0.577 0.596 0.048 0.292 0.064
#> SRR1146213 2 0.3356 0.752 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1146214 1 0.4933 0.683 0.688 0.000 0.296 0.016
#> SRR1146215 1 0.3695 0.674 0.828 0.000 0.016 0.156
#> SRR1146216 2 0.4543 0.694 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146217 1 0.9755 -0.103 0.292 0.288 0.276 0.144
#> SRR1146218 1 0.5364 0.648 0.652 0.000 0.320 0.028
#> SRR1146219 1 0.5167 0.166 0.508 0.000 0.488 0.004
#> SRR1146220 1 0.4963 0.673 0.696 0.000 0.284 0.020
#> SRR1146221 1 0.5564 0.449 0.544 0.000 0.436 0.020
#> SRR1146222 1 0.3219 0.662 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1146223 1 0.4420 0.708 0.748 0.000 0.240 0.012
#> SRR1146224 3 0.0188 0.900 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1146225 1 0.4576 0.694 0.728 0.000 0.260 0.012
#> SRR1146226 1 0.3853 0.673 0.820 0.000 0.020 0.160
#> SRR1146227 3 0.5564 -0.148 0.436 0.000 0.544 0.020
#> SRR1146228 3 0.2222 0.874 0.060 0.000 0.924 0.016
#> SRR1146229 1 0.3913 0.670 0.824 0.000 0.028 0.148
#> SRR1146230 2 0.4679 0.636 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146231 2 0.3801 0.725 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146232 2 0.4916 0.635 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1146233 1 0.3219 0.662 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1146234 1 0.4888 0.688 0.780 0.000 0.096 0.124
#> SRR1146235 1 0.3529 0.721 0.836 0.000 0.152 0.012
#> SRR1146236 2 0.4679 0.636 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146237 1 0.3123 0.666 0.844 0.000 0.000 0.156
#> SRR1146238 2 0.4643 0.644 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1146239 1 0.5003 0.677 0.768 0.000 0.084 0.148
#> SRR1146240 1 0.4635 0.697 0.720 0.000 0.268 0.012
#> SRR1146241 1 0.4735 0.681 0.784 0.000 0.068 0.148
#> SRR1146242 1 0.3498 0.668 0.832 0.000 0.008 0.160
#> SRR1146243 2 0.4679 0.636 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146244 2 0.4679 0.636 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146245 2 0.4382 0.681 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1146246 2 0.4522 0.662 0.000 0.680 0.000 0.320
#> SRR1146247 2 0.3975 0.734 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1146248 2 0.4679 0.636 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146249 2 0.4431 0.673 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1146250 2 0.4697 0.643 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1146252 1 0.3933 0.716 0.792 0.000 0.200 0.008
#> SRR1146253 1 0.3577 0.673 0.832 0.000 0.012 0.156
#> SRR1146254 1 0.4283 0.702 0.740 0.000 0.256 0.004
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 2 0.4256 0.4278 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1146077 1 0.4757 0.4713 0.596 0.000 0.024 0.000 0.380
#> SRR1146078 1 0.4288 0.4703 0.612 0.000 0.004 0.000 0.384
#> SRR1146079 5 0.6269 0.7402 0.284 0.000 0.188 0.000 0.528
#> SRR1146080 5 0.6271 0.7400 0.272 0.000 0.196 0.000 0.532
#> SRR1146081 1 0.4757 0.4713 0.596 0.000 0.024 0.000 0.380
#> SRR1146082 3 0.1211 0.8325 0.016 0.000 0.960 0.000 0.024
#> SRR1146083 1 0.0000 0.7532 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.1908 0.8015 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.1043 0.5534 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146086 2 0.1043 0.5534 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146087 5 0.2570 0.3673 0.084 0.000 0.028 0.000 0.888
#> SRR1146088 2 0.4256 0.4278 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1146089 3 0.1211 0.8325 0.016 0.000 0.960 0.000 0.024
#> SRR1146090 3 0.1740 0.8244 0.012 0.000 0.932 0.000 0.056
#> SRR1146091 3 0.0162 0.8292 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146092 1 0.0000 0.7532 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.4757 0.4713 0.596 0.000 0.024 0.000 0.380
#> SRR1146094 5 0.2900 0.3681 0.108 0.000 0.028 0.000 0.864
#> SRR1146095 5 0.4852 0.3346 0.184 0.000 0.100 0.000 0.716
#> SRR1146096 2 0.3983 0.4902 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1146097 1 0.4876 0.4591 0.576 0.000 0.028 0.000 0.396
#> SRR1146098 1 0.0000 0.7532 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.1908 0.8015 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.1195 0.7538 0.960 0.000 0.012 0.000 0.028
#> SRR1146101 2 0.4278 0.4036 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1146102 3 0.1908 0.8015 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.4233 0.6801 0.044 0.000 0.748 0.000 0.208
#> SRR1146104 1 0.2795 0.6892 0.872 0.000 0.028 0.000 0.100
#> SRR1146105 3 0.3326 0.7765 0.024 0.000 0.824 0.000 0.152
#> SRR1146106 2 0.0000 0.5629 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.1121 0.5507 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146108 2 0.0162 0.5633 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146109 2 0.1270 0.5476 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146110 1 0.4428 0.3794 0.700 0.000 0.032 0.000 0.268
#> SRR1146111 2 0.0510 0.5626 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146112 5 0.6371 0.7401 0.268 0.000 0.216 0.000 0.516
#> SRR1146113 2 0.0000 0.5629 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0510 0.5639 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146115 2 0.0963 0.5554 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.5629 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.1043 0.5534 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146118 2 0.0290 0.5636 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146119 5 0.6424 0.6553 0.252 0.000 0.240 0.000 0.508
#> SRR1146120 2 0.0963 0.5554 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146121 2 0.1043 0.5534 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146122 4 0.4262 -0.0546 0.000 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1146123 5 0.6266 0.6354 0.376 0.000 0.152 0.000 0.472
#> SRR1146124 5 0.5325 0.7294 0.276 0.000 0.088 0.000 0.636
#> SRR1146125 2 0.4304 0.3371 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1146126 2 0.1270 0.5741 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146127 2 0.0963 0.5726 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146128 5 0.6248 0.6291 0.384 0.000 0.148 0.000 0.468
#> SRR1146129 3 0.2377 0.7813 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1146130 2 0.1270 0.5741 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146131 2 0.4268 0.2551 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1146132 5 0.7195 0.6335 0.220 0.000 0.224 0.048 0.508
#> SRR1146133 5 0.6665 0.6843 0.236 0.000 0.080 0.092 0.592
#> SRR1146134 3 0.0290 0.8296 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146135 5 0.6424 0.6553 0.252 0.000 0.240 0.000 0.508
#> SRR1146136 5 0.6394 0.7439 0.292 0.000 0.204 0.000 0.504
#> SRR1146137 2 0.4273 0.4055 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1146138 2 0.4161 0.4641 0.000 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146139 2 0.4138 0.4689 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.7532 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.3828 0.6060 0.808 0.000 0.072 0.000 0.120
#> SRR1146142 2 0.1478 0.5730 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1146143 2 0.2966 0.5148 0.000 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1146144 2 0.4138 0.4689 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1146145 2 0.3424 0.4880 0.000 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1146146 4 0.0510 0.6721 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146147 5 0.5823 0.7103 0.232 0.000 0.064 0.048 0.656
#> SRR1146148 5 0.5150 0.7276 0.272 0.000 0.076 0.000 0.652
#> SRR1146149 5 0.6246 0.7412 0.292 0.000 0.180 0.000 0.528
#> SRR1146150 3 0.0290 0.8296 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146151 3 0.4370 0.6894 0.000 0.000 0.724 0.040 0.236
#> SRR1146152 5 0.6231 0.7420 0.288 0.000 0.180 0.000 0.532
#> SRR1146153 2 0.4262 0.4187 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1146154 5 0.6180 0.6760 0.228 0.000 0.052 0.088 0.632
#> SRR1146155 1 0.0955 0.7558 0.968 0.000 0.004 0.000 0.028
#> SRR1146156 1 0.1399 0.7480 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR1146157 1 0.1357 0.7429 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR1146158 1 0.5252 0.2199 0.632 0.000 0.076 0.000 0.292
#> SRR1146159 5 0.6140 0.6537 0.372 0.000 0.136 0.000 0.492
#> SRR1146160 5 0.6377 0.7181 0.336 0.000 0.180 0.000 0.484
#> SRR1146161 5 0.6258 0.7435 0.288 0.000 0.184 0.000 0.528
#> SRR1146162 1 0.4691 0.3358 0.680 0.000 0.044 0.000 0.276
#> SRR1146163 3 0.3339 0.7080 0.048 0.000 0.840 0.000 0.112
#> SRR1146164 5 0.6124 0.7142 0.336 0.000 0.144 0.000 0.520
#> SRR1146165 1 0.0290 0.7535 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146166 2 0.4262 0.4187 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1146167 4 0.4779 0.5581 0.000 0.140 0.024 0.760 0.076
#> SRR1146168 5 0.6258 0.7435 0.288 0.000 0.184 0.000 0.528
#> SRR1146169 2 0.2648 0.5592 0.000 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1146170 2 0.4278 0.4036 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1146171 4 0.4235 0.1361 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1146172 2 0.4278 0.4036 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1146173 4 0.2074 0.6806 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1146174 2 0.4304 0.2848 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1146175 2 0.4249 0.3832 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1146176 2 0.4304 0.2848 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1146177 2 0.3707 0.4033 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1146178 2 0.4256 0.4278 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1146179 2 0.4302 0.2969 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1146180 4 0.3452 0.5555 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1146181 2 0.4256 0.4278 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1146182 4 0.4242 -0.0278 0.000 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1146183 2 0.4278 0.4036 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1146184 2 0.4283 0.4076 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1146185 2 0.4256 0.4278 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1146186 4 0.2074 0.6806 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1146187 2 0.4256 0.4278 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1146188 4 0.4235 0.1361 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1146189 2 0.4256 0.4336 0.000 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1146190 2 0.4262 0.4208 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1146191 4 0.2074 0.6806 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1146192 2 0.4273 0.4168 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1146193 4 0.4219 0.1537 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1146194 4 0.4219 0.1537 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1146195 2 0.4262 0.4208 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1146196 4 0.4297 -0.1948 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1146197 2 0.4283 0.4007 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1146198 4 0.3109 0.5930 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146199 5 0.2104 0.3769 0.060 0.000 0.024 0.000 0.916
#> SRR1146200 4 0.4287 -0.0744 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1146201 2 0.4283 0.4076 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1146202 3 0.0162 0.8292 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146203 1 0.0404 0.7551 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146204 5 0.6529 0.7217 0.296 0.000 0.228 0.000 0.476
#> SRR1146205 5 0.6500 0.6853 0.244 0.000 0.064 0.092 0.600
#> SRR1146206 5 0.7589 0.5985 0.220 0.000 0.204 0.088 0.488
#> SRR1146207 4 0.4235 0.1361 0.000 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1146208 1 0.1965 0.7403 0.924 0.000 0.024 0.000 0.052
#> SRR1146209 1 0.6347 -0.5555 0.432 0.000 0.160 0.000 0.408
#> SRR1146210 5 0.6529 0.7217 0.296 0.000 0.228 0.000 0.476
#> SRR1146211 5 0.4780 0.7080 0.280 0.000 0.048 0.000 0.672
#> SRR1146212 5 0.6691 0.6854 0.232 0.000 0.084 0.092 0.592
#> SRR1146213 4 0.3242 0.5835 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1146214 5 0.6529 0.7217 0.296 0.000 0.228 0.000 0.476
#> SRR1146215 1 0.1444 0.7519 0.948 0.000 0.012 0.000 0.040
#> SRR1146216 2 0.2377 0.5640 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1146217 4 0.7660 -0.1669 0.068 0.000 0.204 0.424 0.304
#> SRR1146218 5 0.6392 0.6540 0.356 0.000 0.176 0.000 0.468
#> SRR1146219 3 0.6469 -0.2253 0.380 0.000 0.436 0.000 0.184
#> SRR1146220 5 0.5923 0.7452 0.280 0.000 0.144 0.000 0.576
#> SRR1146221 5 0.6608 0.6608 0.256 0.000 0.284 0.000 0.460
#> SRR1146222 1 0.0000 0.7532 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.6346 -0.5423 0.436 0.000 0.160 0.000 0.404
#> SRR1146224 3 0.0510 0.8290 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146225 5 0.6071 0.7492 0.284 0.000 0.160 0.000 0.556
#> SRR1146226 1 0.1357 0.7429 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR1146227 3 0.6337 -0.1493 0.320 0.000 0.500 0.000 0.180
#> SRR1146228 3 0.3412 0.7710 0.028 0.000 0.820 0.000 0.152
#> SRR1146229 1 0.1965 0.7403 0.924 0.000 0.024 0.000 0.052
#> SRR1146230 4 0.0510 0.6721 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146231 4 0.2891 0.6295 0.000 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1146232 2 0.0162 0.5633 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146233 1 0.0290 0.7547 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146234 1 0.4088 0.5718 0.776 0.000 0.056 0.000 0.168
#> SRR1146235 1 0.6034 -0.5487 0.456 0.000 0.116 0.000 0.428
#> SRR1146236 4 0.0510 0.6721 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146237 1 0.0510 0.7550 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1146238 4 0.1270 0.6805 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1146239 1 0.3146 0.6734 0.856 0.000 0.052 0.000 0.092
#> SRR1146240 5 0.6455 0.7186 0.312 0.000 0.204 0.000 0.484
#> SRR1146241 1 0.2771 0.6594 0.860 0.000 0.012 0.000 0.128
#> SRR1146242 1 0.0794 0.7534 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1146243 4 0.0510 0.6721 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146244 4 0.0510 0.6721 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146245 4 0.1851 0.6822 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1146246 4 0.1341 0.6818 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1146247 4 0.2813 0.6340 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1146248 4 0.0510 0.6721 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146249 4 0.1732 0.6816 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1146250 4 0.0794 0.6733 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1146252 5 0.6214 0.6569 0.380 0.000 0.144 0.000 0.476
#> SRR1146253 1 0.1364 0.7516 0.952 0.000 0.012 0.000 0.036
#> SRR1146254 5 0.6416 0.7220 0.332 0.000 0.188 0.000 0.480
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.5368 0.51373 0.000 0.400 0.000 0.488 0.000 0.112
#> SRR1146077 6 0.5182 0.96068 0.428 0.000 0.016 0.000 0.052 0.504
#> SRR1146078 6 0.4636 0.89528 0.444 0.000 0.000 0.000 0.040 0.516
#> SRR1146079 5 0.4404 0.72662 0.036 0.000 0.124 0.000 0.760 0.080
#> SRR1146080 5 0.4444 0.72427 0.036 0.000 0.128 0.000 0.756 0.080
#> SRR1146081 6 0.5182 0.96068 0.428 0.000 0.016 0.000 0.052 0.504
#> SRR1146082 3 0.1003 0.82194 0.016 0.000 0.964 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146083 1 0.0260 0.72918 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146084 3 0.1970 0.78504 0.092 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146085 2 0.1334 0.77460 0.000 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1146086 2 0.1334 0.77460 0.000 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1146087 5 0.4427 0.23714 0.020 0.000 0.004 0.000 0.548 0.428
#> SRR1146088 4 0.5249 0.50877 0.000 0.420 0.000 0.484 0.000 0.096
#> SRR1146089 3 0.1003 0.82194 0.016 0.000 0.964 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146090 3 0.1563 0.81665 0.012 0.000 0.932 0.000 0.056 0.000
#> SRR1146091 3 0.0363 0.82151 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146092 1 0.0260 0.72918 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146093 6 0.5178 0.95895 0.424 0.000 0.016 0.000 0.052 0.508
#> SRR1146094 5 0.4434 0.23760 0.028 0.000 0.000 0.000 0.544 0.428
#> SRR1146095 5 0.5980 0.21133 0.080 0.000 0.048 0.000 0.444 0.428
#> SRR1146096 2 0.4223 -0.10498 0.000 0.612 0.004 0.368 0.000 0.016
#> SRR1146097 6 0.5478 0.93035 0.416 0.000 0.020 0.000 0.072 0.492
#> SRR1146098 1 0.0260 0.72918 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146099 3 0.1970 0.78504 0.092 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146100 1 0.1767 0.75602 0.932 0.000 0.012 0.000 0.036 0.020
#> SRR1146101 4 0.4649 0.48343 0.000 0.468 0.000 0.492 0.000 0.040
#> SRR1146102 3 0.1970 0.78504 0.092 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146103 3 0.4023 0.67010 0.020 0.000 0.724 0.000 0.240 0.016
#> SRR1146104 1 0.3384 0.64038 0.800 0.000 0.024 0.000 0.168 0.008
#> SRR1146105 3 0.3166 0.77255 0.024 0.000 0.816 0.000 0.156 0.004
#> SRR1146106 2 0.0790 0.77169 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1146107 2 0.1408 0.77412 0.000 0.944 0.000 0.036 0.000 0.020
#> SRR1146108 2 0.0935 0.77272 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR1146109 2 0.1633 0.76973 0.000 0.932 0.000 0.044 0.000 0.024
#> SRR1146110 1 0.5084 0.28018 0.588 0.000 0.020 0.000 0.340 0.052
#> SRR1146111 2 0.1049 0.77803 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032
#> SRR1146112 5 0.4458 0.71840 0.036 0.000 0.140 0.000 0.752 0.072
#> SRR1146113 2 0.0790 0.77169 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1146114 2 0.0972 0.77867 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR1146115 2 0.1257 0.77599 0.000 0.952 0.000 0.028 0.000 0.020
#> SRR1146116 2 0.1745 0.75219 0.000 0.920 0.000 0.012 0.000 0.068
#> SRR1146117 2 0.1334 0.77460 0.000 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1146118 2 0.0951 0.77812 0.000 0.968 0.004 0.008 0.000 0.020
#> SRR1146119 5 0.4209 0.60785 0.056 0.000 0.192 0.000 0.740 0.012
#> SRR1146120 2 0.1257 0.77599 0.000 0.952 0.000 0.028 0.000 0.020
#> SRR1146121 2 0.1334 0.77460 0.000 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020
#> SRR1146122 4 0.4502 0.54505 0.000 0.364 0.004 0.600 0.000 0.032
#> SRR1146123 5 0.5128 0.62496 0.216 0.000 0.104 0.000 0.660 0.020
#> SRR1146124 5 0.2245 0.71930 0.040 0.000 0.036 0.000 0.908 0.016
#> SRR1146125 4 0.4520 0.50287 0.000 0.448 0.000 0.520 0.000 0.032
#> SRR1146126 2 0.2672 0.71104 0.000 0.868 0.000 0.080 0.000 0.052
#> SRR1146127 2 0.2263 0.74182 0.000 0.896 0.000 0.056 0.000 0.048
#> SRR1146128 5 0.5177 0.62291 0.224 0.000 0.104 0.000 0.652 0.020
#> SRR1146129 3 0.2135 0.77770 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1146130 2 0.3123 0.69447 0.000 0.836 0.000 0.088 0.000 0.076
#> SRR1146131 4 0.5071 0.36856 0.000 0.444 0.004 0.488 0.000 0.064
#> SRR1146132 5 0.3319 0.60103 0.000 0.000 0.164 0.000 0.800 0.036
#> SRR1146133 5 0.2092 0.67023 0.000 0.000 0.000 0.000 0.876 0.124
#> SRR1146134 3 0.0820 0.82130 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1146135 5 0.4209 0.60785 0.056 0.000 0.192 0.000 0.740 0.012
#> SRR1146136 5 0.4388 0.72614 0.044 0.000 0.136 0.000 0.760 0.060
#> SRR1146137 4 0.5358 0.52499 0.000 0.392 0.000 0.496 0.000 0.112
#> SRR1146138 2 0.5329 -0.46093 0.000 0.452 0.000 0.444 0.000 0.104
#> SRR1146139 2 0.4882 -0.39644 0.000 0.512 0.000 0.428 0.000 0.060
#> SRR1146140 1 0.0260 0.72918 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146141 1 0.3985 0.58926 0.780 0.000 0.068 0.000 0.136 0.016
#> SRR1146142 2 0.1984 0.76516 0.000 0.912 0.000 0.056 0.000 0.032
#> SRR1146143 2 0.3053 0.68045 0.000 0.812 0.004 0.172 0.000 0.012
#> SRR1146144 2 0.4882 -0.39644 0.000 0.512 0.000 0.428 0.000 0.060
#> SRR1146145 2 0.3481 0.60870 0.000 0.756 0.004 0.228 0.000 0.012
#> SRR1146146 4 0.2048 0.48663 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1146147 5 0.2841 0.69013 0.012 0.000 0.012 0.000 0.848 0.128
#> SRR1146148 5 0.2500 0.71851 0.036 0.000 0.032 0.000 0.896 0.036
#> SRR1146149 5 0.4264 0.73212 0.044 0.000 0.108 0.000 0.776 0.072
#> SRR1146150 3 0.0458 0.82264 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146151 3 0.4618 0.64456 0.000 0.000 0.672 0.000 0.236 0.092
#> SRR1146152 5 0.4219 0.72956 0.040 0.000 0.120 0.000 0.776 0.064
#> SRR1146153 4 0.5408 0.51742 0.000 0.412 0.004 0.484 0.000 0.100
#> SRR1146154 5 0.2814 0.65336 0.008 0.000 0.000 0.000 0.820 0.172
#> SRR1146155 1 0.1552 0.75665 0.940 0.000 0.004 0.000 0.036 0.020
#> SRR1146156 1 0.1511 0.71195 0.940 0.000 0.004 0.000 0.012 0.044
#> SRR1146157 1 0.1949 0.73736 0.904 0.000 0.004 0.000 0.088 0.004
#> SRR1146158 1 0.5644 0.21505 0.528 0.000 0.060 0.000 0.368 0.044
#> SRR1146159 5 0.5528 0.59286 0.244 0.000 0.100 0.000 0.620 0.036
#> SRR1146160 5 0.4707 0.72608 0.084 0.000 0.124 0.000 0.740 0.052
#> SRR1146161 5 0.4368 0.72907 0.040 0.000 0.124 0.000 0.764 0.072
#> SRR1146162 1 0.4643 0.35619 0.648 0.000 0.028 0.000 0.300 0.024
#> SRR1146163 3 0.3476 0.70170 0.020 0.000 0.808 0.000 0.148 0.024
#> SRR1146164 5 0.4540 0.72679 0.092 0.000 0.072 0.000 0.760 0.076
#> SRR1146165 1 0.0603 0.72816 0.980 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1146166 4 0.5408 0.51742 0.000 0.412 0.004 0.484 0.000 0.100
#> SRR1146167 4 0.6519 0.30346 0.000 0.100 0.004 0.544 0.108 0.244
#> SRR1146168 5 0.4368 0.72907 0.040 0.000 0.124 0.000 0.764 0.072
#> SRR1146169 2 0.4641 0.43439 0.000 0.684 0.000 0.200 0.000 0.116
#> SRR1146170 4 0.4649 0.48343 0.000 0.468 0.000 0.492 0.000 0.040
#> SRR1146171 4 0.4736 0.54380 0.000 0.312 0.004 0.624 0.000 0.060
#> SRR1146172 4 0.4649 0.48343 0.000 0.468 0.000 0.492 0.000 0.040
#> SRR1146173 4 0.2350 0.54491 0.000 0.076 0.000 0.888 0.000 0.036
#> SRR1146174 4 0.4701 0.49687 0.000 0.436 0.004 0.524 0.000 0.036
#> SRR1146175 4 0.4948 0.41567 0.000 0.464 0.000 0.472 0.000 0.064
#> SRR1146176 4 0.4701 0.49687 0.000 0.436 0.004 0.524 0.000 0.036
#> SRR1146177 2 0.4794 0.32430 0.000 0.608 0.004 0.328 0.000 0.060
#> SRR1146178 4 0.5368 0.51373 0.000 0.400 0.000 0.488 0.000 0.112
#> SRR1146179 4 0.4705 0.49257 0.000 0.440 0.004 0.520 0.000 0.036
#> SRR1146180 4 0.3253 0.55458 0.000 0.192 0.000 0.788 0.000 0.020
#> SRR1146181 4 0.5147 0.50313 0.000 0.436 0.000 0.480 0.000 0.084
#> SRR1146182 4 0.4200 0.49507 0.000 0.392 0.004 0.592 0.000 0.012
#> SRR1146183 4 0.4649 0.48343 0.000 0.468 0.000 0.492 0.000 0.040
#> SRR1146184 4 0.4802 0.49700 0.000 0.452 0.000 0.496 0.000 0.052
#> SRR1146185 4 0.5368 0.51373 0.000 0.400 0.000 0.488 0.000 0.112
#> SRR1146186 4 0.2350 0.54491 0.000 0.076 0.000 0.888 0.000 0.036
#> SRR1146187 4 0.5368 0.51373 0.000 0.400 0.000 0.488 0.000 0.112
#> SRR1146188 4 0.4736 0.54380 0.000 0.312 0.004 0.624 0.000 0.060
#> SRR1146189 4 0.5033 0.48636 0.000 0.452 0.000 0.476 0.000 0.072
#> SRR1146190 4 0.5396 0.51998 0.000 0.396 0.000 0.488 0.000 0.116
#> SRR1146191 4 0.2350 0.54491 0.000 0.076 0.000 0.888 0.000 0.036
#> SRR1146192 4 0.5142 0.51206 0.000 0.428 0.000 0.488 0.000 0.084
#> SRR1146193 4 0.4704 0.54971 0.000 0.304 0.004 0.632 0.000 0.060
#> SRR1146194 4 0.4704 0.54971 0.000 0.304 0.004 0.632 0.000 0.060
#> SRR1146195 4 0.5396 0.51998 0.000 0.396 0.000 0.488 0.000 0.116
#> SRR1146196 4 0.4703 0.55453 0.000 0.380 0.000 0.568 0.000 0.052
#> SRR1146197 4 0.5022 0.51230 0.000 0.432 0.000 0.496 0.000 0.072
#> SRR1146198 4 0.2692 0.56472 0.000 0.148 0.000 0.840 0.000 0.012
#> SRR1146199 5 0.3828 0.27283 0.000 0.000 0.000 0.000 0.560 0.440
#> SRR1146200 4 0.4846 0.55054 0.000 0.344 0.004 0.592 0.000 0.060
#> SRR1146201 4 0.4802 0.49700 0.000 0.452 0.000 0.496 0.000 0.052
#> SRR1146202 3 0.0725 0.82056 0.000 0.000 0.976 0.000 0.012 0.012
#> SRR1146203 1 0.0858 0.75661 0.968 0.000 0.000 0.000 0.028 0.004
#> SRR1146204 5 0.5947 0.66289 0.172 0.000 0.152 0.000 0.612 0.064
#> SRR1146205 5 0.2513 0.67172 0.008 0.000 0.000 0.000 0.852 0.140
#> SRR1146206 5 0.4003 0.56785 0.000 0.000 0.124 0.000 0.760 0.116
#> SRR1146207 4 0.4736 0.54380 0.000 0.312 0.004 0.624 0.000 0.060
#> SRR1146208 1 0.2340 0.74830 0.900 0.000 0.024 0.000 0.060 0.016
#> SRR1146209 5 0.6347 0.49387 0.300 0.000 0.112 0.000 0.516 0.072
#> SRR1146210 5 0.5947 0.66289 0.172 0.000 0.152 0.000 0.612 0.064
#> SRR1146211 5 0.4295 0.64094 0.160 0.000 0.000 0.000 0.728 0.112
#> SRR1146212 5 0.2191 0.67051 0.000 0.000 0.004 0.000 0.876 0.120
#> SRR1146213 4 0.3041 0.56474 0.000 0.128 0.000 0.832 0.000 0.040
#> SRR1146214 5 0.5947 0.66289 0.172 0.000 0.152 0.000 0.612 0.064
#> SRR1146215 1 0.2138 0.74795 0.908 0.000 0.004 0.000 0.052 0.036
#> SRR1146216 2 0.2925 0.66142 0.000 0.832 0.004 0.148 0.000 0.016
#> SRR1146217 5 0.7231 0.25480 0.000 0.000 0.108 0.264 0.400 0.228
#> SRR1146218 5 0.5128 0.63352 0.200 0.000 0.132 0.000 0.656 0.012
#> SRR1146219 3 0.6578 0.00196 0.252 0.000 0.400 0.000 0.320 0.028
#> SRR1146220 5 0.3095 0.72840 0.044 0.000 0.104 0.000 0.844 0.008
#> SRR1146221 5 0.4491 0.60486 0.060 0.000 0.240 0.000 0.692 0.008
#> SRR1146222 1 0.0363 0.72831 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146223 5 0.6326 0.47806 0.308 0.000 0.112 0.000 0.512 0.068
#> SRR1146224 3 0.1003 0.82103 0.000 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1146225 5 0.3728 0.73667 0.040 0.000 0.092 0.000 0.816 0.052
#> SRR1146226 1 0.2062 0.73586 0.900 0.000 0.004 0.000 0.088 0.008
#> SRR1146227 3 0.6462 0.14451 0.236 0.000 0.468 0.000 0.264 0.032
#> SRR1146228 3 0.3158 0.76663 0.020 0.000 0.812 0.000 0.164 0.004
#> SRR1146229 1 0.2340 0.74830 0.900 0.000 0.024 0.000 0.060 0.016
#> SRR1146230 4 0.2048 0.48663 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1146231 4 0.3278 0.55954 0.000 0.152 0.000 0.808 0.000 0.040
#> SRR1146232 2 0.0935 0.77272 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR1146233 1 0.0692 0.75091 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1146234 1 0.4598 0.51592 0.708 0.000 0.040 0.000 0.216 0.036
#> SRR1146235 5 0.6003 0.43340 0.352 0.000 0.072 0.000 0.512 0.064
#> SRR1146236 4 0.2003 0.48917 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1146237 1 0.0972 0.75619 0.964 0.000 0.000 0.000 0.028 0.008
#> SRR1146238 4 0.2113 0.51823 0.000 0.028 0.004 0.908 0.000 0.060
#> SRR1146239 1 0.3491 0.64144 0.804 0.000 0.040 0.000 0.148 0.008
#> SRR1146240 5 0.5197 0.71772 0.096 0.000 0.112 0.000 0.704 0.088
#> SRR1146241 1 0.3894 0.33229 0.664 0.000 0.008 0.000 0.324 0.004
#> SRR1146242 1 0.1462 0.75482 0.936 0.000 0.000 0.000 0.056 0.008
#> SRR1146243 4 0.2003 0.48917 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1146244 4 0.2003 0.48917 0.000 0.000 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1146245 4 0.2058 0.54181 0.000 0.056 0.000 0.908 0.000 0.036
#> SRR1146246 4 0.1720 0.52660 0.000 0.032 0.000 0.928 0.000 0.040
#> SRR1146247 4 0.2446 0.55792 0.000 0.124 0.000 0.864 0.000 0.012
#> SRR1146248 4 0.2048 0.48663 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1146249 4 0.2872 0.50346 0.000 0.024 0.000 0.836 0.000 0.140
#> SRR1146250 4 0.2357 0.49046 0.000 0.012 0.000 0.872 0.000 0.116
#> SRR1146252 5 0.5220 0.69618 0.140 0.000 0.096 0.000 0.696 0.068
#> SRR1146253 1 0.2101 0.74629 0.912 0.000 0.008 0.000 0.052 0.028
#> SRR1146254 5 0.4677 0.72485 0.080 0.000 0.132 0.000 0.740 0.048
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.5017 0.499 0.499
#> 3 3 0.669 0.521 0.726 0.2432 0.956 0.912
#> 4 4 0.593 0.554 0.679 0.1278 0.781 0.537
#> 5 5 0.552 0.669 0.721 0.0776 0.885 0.617
#> 6 6 0.605 0.604 0.701 0.0512 0.952 0.782
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0 1 0 1
#> SRR1146077 1 0 1 1 0
#> SRR1146078 1 0 1 1 0
#> SRR1146079 1 0 1 1 0
#> SRR1146080 1 0 1 1 0
#> SRR1146081 1 0 1 1 0
#> SRR1146082 1 0 1 1 0
#> SRR1146083 1 0 1 1 0
#> SRR1146084 1 0 1 1 0
#> SRR1146085 2 0 1 0 1
#> SRR1146086 2 0 1 0 1
#> SRR1146087 1 0 1 1 0
#> SRR1146088 2 0 1 0 1
#> SRR1146089 1 0 1 1 0
#> SRR1146090 1 0 1 1 0
#> SRR1146091 1 0 1 1 0
#> SRR1146092 1 0 1 1 0
#> SRR1146093 1 0 1 1 0
#> SRR1146094 1 0 1 1 0
#> SRR1146095 1 0 1 1 0
#> SRR1146096 2 0 1 0 1
#> SRR1146097 1 0 1 1 0
#> SRR1146098 1 0 1 1 0
#> SRR1146099 1 0 1 1 0
#> SRR1146100 1 0 1 1 0
#> SRR1146101 2 0 1 0 1
#> SRR1146102 1 0 1 1 0
#> SRR1146103 1 0 1 1 0
#> SRR1146104 1 0 1 1 0
#> SRR1146105 1 0 1 1 0
#> SRR1146106 2 0 1 0 1
#> SRR1146107 2 0 1 0 1
#> SRR1146108 2 0 1 0 1
#> SRR1146109 2 0 1 0 1
#> SRR1146110 1 0 1 1 0
#> SRR1146111 2 0 1 0 1
#> SRR1146112 1 0 1 1 0
#> SRR1146113 2 0 1 0 1
#> SRR1146114 2 0 1 0 1
#> SRR1146115 2 0 1 0 1
#> SRR1146116 2 0 1 0 1
#> SRR1146117 2 0 1 0 1
#> SRR1146118 2 0 1 0 1
#> SRR1146119 1 0 1 1 0
#> SRR1146120 2 0 1 0 1
#> SRR1146121 2 0 1 0 1
#> SRR1146122 2 0 1 0 1
#> SRR1146123 1 0 1 1 0
#> SRR1146124 1 0 1 1 0
#> SRR1146125 2 0 1 0 1
#> SRR1146126 2 0 1 0 1
#> SRR1146127 2 0 1 0 1
#> SRR1146128 1 0 1 1 0
#> SRR1146129 1 0 1 1 0
#> SRR1146130 2 0 1 0 1
#> SRR1146131 2 0 1 0 1
#> SRR1146132 1 0 1 1 0
#> SRR1146133 1 0 1 1 0
#> SRR1146134 1 0 1 1 0
#> SRR1146135 1 0 1 1 0
#> SRR1146136 1 0 1 1 0
#> SRR1146137 2 0 1 0 1
#> SRR1146138 2 0 1 0 1
#> SRR1146139 2 0 1 0 1
#> SRR1146140 1 0 1 1 0
#> SRR1146141 1 0 1 1 0
#> SRR1146142 2 0 1 0 1
#> SRR1146143 2 0 1 0 1
#> SRR1146144 2 0 1 0 1
#> SRR1146145 2 0 1 0 1
#> SRR1146146 2 0 1 0 1
#> SRR1146147 1 0 1 1 0
#> SRR1146148 1 0 1 1 0
#> SRR1146149 1 0 1 1 0
#> SRR1146150 1 0 1 1 0
#> SRR1146151 1 0 1 1 0
#> SRR1146152 1 0 1 1 0
#> SRR1146153 2 0 1 0 1
#> SRR1146154 1 0 1 1 0
#> SRR1146155 1 0 1 1 0
#> SRR1146156 1 0 1 1 0
#> SRR1146157 1 0 1 1 0
#> SRR1146158 1 0 1 1 0
#> SRR1146159 1 0 1 1 0
#> SRR1146160 1 0 1 1 0
#> SRR1146161 1 0 1 1 0
#> SRR1146162 1 0 1 1 0
#> SRR1146163 1 0 1 1 0
#> SRR1146164 1 0 1 1 0
#> SRR1146165 1 0 1 1 0
#> SRR1146166 2 0 1 0 1
#> SRR1146167 2 0 1 0 1
#> SRR1146168 1 0 1 1 0
#> SRR1146169 2 0 1 0 1
#> SRR1146170 2 0 1 0 1
#> SRR1146171 2 0 1 0 1
#> SRR1146172 2 0 1 0 1
#> SRR1146173 2 0 1 0 1
#> SRR1146174 2 0 1 0 1
#> SRR1146175 2 0 1 0 1
#> SRR1146176 2 0 1 0 1
#> SRR1146177 2 0 1 0 1
#> SRR1146178 2 0 1 0 1
#> SRR1146179 2 0 1 0 1
#> SRR1146180 2 0 1 0 1
#> SRR1146181 2 0 1 0 1
#> SRR1146182 2 0 1 0 1
#> SRR1146183 2 0 1 0 1
#> SRR1146184 2 0 1 0 1
#> SRR1146185 2 0 1 0 1
#> SRR1146186 2 0 1 0 1
#> SRR1146187 2 0 1 0 1
#> SRR1146188 2 0 1 0 1
#> SRR1146189 2 0 1 0 1
#> SRR1146190 2 0 1 0 1
#> SRR1146191 2 0 1 0 1
#> SRR1146192 2 0 1 0 1
#> SRR1146193 2 0 1 0 1
#> SRR1146194 2 0 1 0 1
#> SRR1146195 2 0 1 0 1
#> SRR1146196 2 0 1 0 1
#> SRR1146197 2 0 1 0 1
#> SRR1146198 2 0 1 0 1
#> SRR1146199 1 0 1 1 0
#> SRR1146200 2 0 1 0 1
#> SRR1146201 2 0 1 0 1
#> SRR1146202 1 0 1 1 0
#> SRR1146203 1 0 1 1 0
#> SRR1146204 1 0 1 1 0
#> SRR1146205 1 0 1 1 0
#> SRR1146206 1 0 1 1 0
#> SRR1146207 2 0 1 0 1
#> SRR1146208 1 0 1 1 0
#> SRR1146209 1 0 1 1 0
#> SRR1146210 1 0 1 1 0
#> SRR1146211 1 0 1 1 0
#> SRR1146212 1 0 1 1 0
#> SRR1146213 2 0 1 0 1
#> SRR1146214 1 0 1 1 0
#> SRR1146215 1 0 1 1 0
#> SRR1146216 2 0 1 0 1
#> SRR1146217 1 0 1 1 0
#> SRR1146218 1 0 1 1 0
#> SRR1146219 1 0 1 1 0
#> SRR1146220 1 0 1 1 0
#> SRR1146221 1 0 1 1 0
#> SRR1146222 1 0 1 1 0
#> SRR1146223 1 0 1 1 0
#> SRR1146224 1 0 1 1 0
#> SRR1146225 1 0 1 1 0
#> SRR1146226 1 0 1 1 0
#> SRR1146227 1 0 1 1 0
#> SRR1146228 1 0 1 1 0
#> SRR1146229 1 0 1 1 0
#> SRR1146230 2 0 1 0 1
#> SRR1146231 2 0 1 0 1
#> SRR1146232 2 0 1 0 1
#> SRR1146233 1 0 1 1 0
#> SRR1146234 1 0 1 1 0
#> SRR1146235 1 0 1 1 0
#> SRR1146236 2 0 1 0 1
#> SRR1146237 1 0 1 1 0
#> SRR1146238 2 0 1 0 1
#> SRR1146239 1 0 1 1 0
#> SRR1146240 1 0 1 1 0
#> SRR1146241 1 0 1 1 0
#> SRR1146242 1 0 1 1 0
#> SRR1146243 2 0 1 0 1
#> SRR1146244 2 0 1 0 1
#> SRR1146245 2 0 1 0 1
#> SRR1146246 2 0 1 0 1
#> SRR1146247 2 0 1 0 1
#> SRR1146248 2 0 1 0 1
#> SRR1146249 2 0 1 0 1
#> SRR1146250 2 0 1 0 1
#> SRR1146252 1 0 1 1 0
#> SRR1146253 1 0 1 1 0
#> SRR1146254 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.2711 0.861 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146077 1 0.4605 0.422 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146078 1 0.4605 0.422 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146079 1 0.1860 0.421 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146080 1 0.1753 0.424 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146081 1 0.4605 0.422 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146082 1 0.6260 -0.585 0.552 0.000 0.448
#> SRR1146083 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146084 3 0.6215 0.961 0.428 0.000 0.572
#> SRR1146085 2 0.5882 0.792 0.000 0.652 0.348
#> SRR1146086 2 0.5882 0.792 0.000 0.652 0.348
#> SRR1146087 1 0.0237 0.442 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146088 2 0.2711 0.861 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146089 3 0.6225 0.965 0.432 0.000 0.568
#> SRR1146090 3 0.6225 0.965 0.432 0.000 0.568
#> SRR1146091 1 0.6260 -0.585 0.552 0.000 0.448
#> SRR1146092 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146093 1 0.4605 0.422 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146094 1 0.0000 0.442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.5835 0.793 0.000 0.660 0.340
#> SRR1146097 1 0.4605 0.422 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146098 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146099 3 0.6215 0.961 0.428 0.000 0.572
#> SRR1146100 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146101 2 0.0892 0.865 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146102 3 0.6215 0.961 0.428 0.000 0.572
#> SRR1146103 1 0.6095 -0.403 0.608 0.000 0.392
#> SRR1146104 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146105 1 0.6095 -0.403 0.608 0.000 0.392
#> SRR1146106 2 0.5810 0.794 0.000 0.664 0.336
#> SRR1146107 2 0.5882 0.792 0.000 0.652 0.348
#> SRR1146108 2 0.5810 0.794 0.000 0.664 0.336
#> SRR1146109 2 0.5882 0.792 0.000 0.652 0.348
#> SRR1146110 1 0.4605 0.422 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146111 2 0.5835 0.793 0.000 0.660 0.340
#> SRR1146112 1 0.5882 -0.301 0.652 0.000 0.348
#> SRR1146113 2 0.5810 0.794 0.000 0.664 0.336
#> SRR1146114 2 0.5882 0.792 0.000 0.652 0.348
#> SRR1146115 2 0.5882 0.792 0.000 0.652 0.348
#> SRR1146116 2 0.6168 0.791 0.000 0.588 0.412
#> SRR1146117 2 0.5882 0.792 0.000 0.652 0.348
#> SRR1146118 2 0.5835 0.793 0.000 0.660 0.340
#> SRR1146119 1 0.5905 -0.304 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146120 2 0.5882 0.792 0.000 0.652 0.348
#> SRR1146121 2 0.5882 0.792 0.000 0.652 0.348
#> SRR1146122 2 0.0747 0.865 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146123 1 0.1860 0.421 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146124 1 0.2261 0.397 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146125 2 0.0892 0.865 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146126 2 0.6168 0.791 0.000 0.588 0.412
#> SRR1146127 2 0.6168 0.791 0.000 0.588 0.412
#> SRR1146128 1 0.3879 0.391 0.848 0.000 0.152
#> SRR1146129 1 0.6095 -0.403 0.608 0.000 0.392
#> SRR1146130 2 0.6168 0.791 0.000 0.588 0.412
#> SRR1146131 2 0.6180 0.791 0.000 0.584 0.416
#> SRR1146132 1 0.5905 -0.304 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146133 1 0.2066 0.410 0.940 0.000 0.060
#> SRR1146134 1 0.6260 -0.350 0.552 0.000 0.448
#> SRR1146135 1 0.5988 -0.338 0.632 0.000 0.368
#> SRR1146136 1 0.5254 -0.135 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146137 2 0.2711 0.861 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146138 2 0.2711 0.861 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146139 2 0.6168 0.791 0.000 0.588 0.412
#> SRR1146140 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146141 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146142 2 0.5882 0.792 0.000 0.652 0.348
#> SRR1146143 2 0.5882 0.792 0.000 0.652 0.348
#> SRR1146144 2 0.5621 0.827 0.000 0.692 0.308
#> SRR1146145 2 0.5882 0.792 0.000 0.652 0.348
#> SRR1146146 2 0.0747 0.863 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146147 1 0.1753 0.424 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146148 1 0.1860 0.421 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146149 1 0.1753 0.424 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146150 1 0.6111 -0.417 0.604 0.000 0.396
#> SRR1146151 1 0.5905 -0.304 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146152 1 0.1860 0.421 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146153 2 0.2711 0.861 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146154 1 0.1860 0.421 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146155 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146156 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146157 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146158 1 0.2711 0.434 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146159 1 0.1860 0.421 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146160 1 0.4605 0.422 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146161 1 0.1860 0.421 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146162 1 0.2796 0.434 0.908 0.000 0.092
#> SRR1146163 3 0.6307 0.787 0.488 0.000 0.512
#> SRR1146164 1 0.4605 0.422 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146165 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146166 2 0.2711 0.861 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146167 2 0.4654 0.854 0.000 0.792 0.208
#> SRR1146168 1 0.2165 0.404 0.936 0.000 0.064
#> SRR1146169 2 0.5216 0.840 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146170 2 0.0892 0.865 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146171 2 0.2625 0.860 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146172 2 0.1964 0.865 0.000 0.944 0.056
#> SRR1146173 2 0.0424 0.865 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146174 2 0.1529 0.866 0.000 0.960 0.040
#> SRR1146175 2 0.6168 0.791 0.000 0.588 0.412
#> SRR1146176 2 0.5733 0.798 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146177 2 0.6180 0.791 0.000 0.584 0.416
#> SRR1146178 2 0.2537 0.859 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146179 2 0.5785 0.794 0.000 0.668 0.332
#> SRR1146180 2 0.4605 0.855 0.000 0.796 0.204
#> SRR1146181 2 0.2711 0.861 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146182 2 0.0747 0.863 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146183 2 0.0892 0.865 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146184 2 0.0237 0.865 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146185 2 0.2537 0.859 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146186 2 0.2537 0.859 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146187 2 0.2711 0.861 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146188 2 0.2625 0.860 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146189 2 0.2711 0.861 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146190 2 0.2537 0.859 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146191 2 0.2537 0.859 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146192 2 0.2537 0.859 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146193 2 0.2625 0.860 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146194 2 0.2537 0.859 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146195 2 0.2537 0.859 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146196 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146197 2 0.2537 0.862 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146198 2 0.0592 0.863 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146199 1 0.1860 0.421 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146200 2 0.2711 0.861 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146201 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146202 1 0.5988 -0.338 0.632 0.000 0.368
#> SRR1146203 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146204 1 0.6140 -0.442 0.596 0.000 0.404
#> SRR1146205 1 0.2165 0.404 0.936 0.000 0.064
#> SRR1146206 1 0.5905 -0.304 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146207 2 0.2537 0.859 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146208 1 0.5327 0.301 0.728 0.000 0.272
#> SRR1146209 1 0.0592 0.439 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146210 1 0.4887 0.411 0.772 0.000 0.228
#> SRR1146211 1 0.0000 0.442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146212 1 0.5905 -0.304 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146213 2 0.2878 0.860 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146214 1 0.6299 -0.604 0.524 0.000 0.476
#> SRR1146215 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146216 2 0.6111 0.793 0.000 0.604 0.396
#> SRR1146217 1 0.1860 0.421 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146218 1 0.5988 -0.338 0.632 0.000 0.368
#> SRR1146219 3 0.6225 0.965 0.432 0.000 0.568
#> SRR1146220 1 0.5905 -0.304 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146221 1 0.5988 -0.338 0.632 0.000 0.368
#> SRR1146222 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146223 1 0.0592 0.439 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146224 1 0.5905 -0.304 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146225 1 0.1860 0.421 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146226 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146227 3 0.6225 0.965 0.432 0.000 0.568
#> SRR1146228 1 0.6062 -0.380 0.616 0.000 0.384
#> SRR1146229 1 0.6252 -0.510 0.556 0.000 0.444
#> SRR1146230 2 0.0747 0.863 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146231 2 0.0000 0.864 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146232 2 0.5810 0.794 0.000 0.664 0.336
#> SRR1146233 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146234 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146235 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146236 2 0.0747 0.863 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146237 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146238 2 0.0747 0.863 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146239 1 0.6309 -0.727 0.500 0.000 0.500
#> SRR1146240 1 0.4121 0.401 0.832 0.000 0.168
#> SRR1146241 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146242 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146243 2 0.0747 0.863 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146244 2 0.0747 0.863 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146245 2 0.0747 0.863 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146246 2 0.0747 0.863 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146247 2 0.0747 0.863 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146248 2 0.0747 0.863 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146249 2 0.2796 0.860 0.000 0.908 0.092
#> SRR1146250 2 0.0892 0.864 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146252 1 0.0000 0.442 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.4796 0.416 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146254 1 0.6126 -0.429 0.600 0.000 0.400
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 4 0.0804 0.7068 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR1146077 1 0.1488 0.7434 0.956 0.012 0.032 0.000
#> SRR1146078 1 0.1677 0.7378 0.948 0.012 0.040 0.000
#> SRR1146079 3 0.6087 0.5958 0.412 0.048 0.540 0.000
#> SRR1146080 3 0.6087 0.5958 0.412 0.048 0.540 0.000
#> SRR1146081 1 0.1677 0.7378 0.948 0.012 0.040 0.000
#> SRR1146082 3 0.7869 0.2621 0.276 0.356 0.368 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 0.7638 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.7814 0.0103 0.416 0.304 0.280 0.000
#> SRR1146085 2 0.5587 0.8210 0.000 0.600 0.028 0.372
#> SRR1146086 2 0.5204 0.8406 0.000 0.612 0.012 0.376
#> SRR1146087 3 0.5604 0.4968 0.476 0.020 0.504 0.000
#> SRR1146088 4 0.0927 0.7074 0.000 0.008 0.016 0.976
#> SRR1146089 1 0.7869 -0.0503 0.380 0.340 0.280 0.000
#> SRR1146090 1 0.7838 -0.0114 0.404 0.316 0.280 0.000
#> SRR1146091 3 0.7861 0.2672 0.272 0.360 0.368 0.000
#> SRR1146092 1 0.0336 0.7617 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.1677 0.7378 0.948 0.012 0.040 0.000
#> SRR1146094 3 0.5119 0.5595 0.440 0.004 0.556 0.000
#> SRR1146095 3 0.5657 0.5621 0.436 0.024 0.540 0.000
#> SRR1146096 2 0.5827 0.7988 0.000 0.568 0.036 0.396
#> SRR1146097 1 0.1677 0.7378 0.948 0.012 0.040 0.000
#> SRR1146098 1 0.0188 0.7626 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.7814 0.0103 0.416 0.304 0.280 0.000
#> SRR1146100 1 0.0188 0.7629 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146101 4 0.3300 0.6766 0.000 0.144 0.008 0.848
#> SRR1146102 1 0.7814 0.0103 0.416 0.304 0.280 0.000
#> SRR1146103 3 0.7553 0.3922 0.200 0.344 0.456 0.000
#> SRR1146104 1 0.0188 0.7629 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.7481 0.3989 0.200 0.316 0.484 0.000
#> SRR1146106 2 0.4866 0.8249 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1146107 2 0.5326 0.8357 0.000 0.604 0.016 0.380
#> SRR1146108 2 0.4855 0.8279 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1146109 2 0.5204 0.8406 0.000 0.612 0.012 0.376
#> SRR1146110 1 0.0657 0.7558 0.984 0.004 0.012 0.000
#> SRR1146111 2 0.4830 0.8351 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1146112 3 0.4589 0.6131 0.168 0.048 0.784 0.000
#> SRR1146113 2 0.4888 0.8190 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1146114 2 0.5414 0.8400 0.000 0.604 0.020 0.376
#> SRR1146115 2 0.5204 0.8406 0.000 0.612 0.012 0.376
#> SRR1146116 4 0.5404 -0.5693 0.000 0.476 0.012 0.512
#> SRR1146117 2 0.5298 0.8343 0.000 0.612 0.016 0.372
#> SRR1146118 2 0.5279 0.8174 0.000 0.588 0.012 0.400
#> SRR1146119 3 0.4423 0.6123 0.168 0.040 0.792 0.000
#> SRR1146120 2 0.5204 0.8406 0.000 0.612 0.012 0.376
#> SRR1146121 2 0.5298 0.8343 0.000 0.612 0.016 0.372
#> SRR1146122 4 0.4206 0.6721 0.000 0.136 0.048 0.816
#> SRR1146123 3 0.5320 0.6011 0.416 0.012 0.572 0.000
#> SRR1146124 3 0.5256 0.6131 0.392 0.012 0.596 0.000
#> SRR1146125 4 0.3529 0.6732 0.000 0.152 0.012 0.836
#> SRR1146126 4 0.4994 -0.5729 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1146127 4 0.5404 -0.5693 0.000 0.476 0.012 0.512
#> SRR1146128 1 0.6023 -0.2226 0.600 0.056 0.344 0.000
#> SRR1146129 3 0.7481 0.3989 0.200 0.316 0.484 0.000
#> SRR1146130 4 0.4985 -0.5528 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1146131 4 0.6031 -0.4846 0.000 0.420 0.044 0.536
#> SRR1146132 3 0.4290 0.6120 0.164 0.036 0.800 0.000
#> SRR1146133 3 0.4877 0.6062 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1146134 3 0.7227 0.4081 0.148 0.368 0.484 0.000
#> SRR1146135 3 0.5477 0.5897 0.180 0.092 0.728 0.000
#> SRR1146136 3 0.6078 0.6011 0.312 0.068 0.620 0.000
#> SRR1146137 4 0.0672 0.7075 0.000 0.008 0.008 0.984
#> SRR1146138 4 0.1151 0.7049 0.000 0.008 0.024 0.968
#> SRR1146139 4 0.5329 -0.4703 0.000 0.420 0.012 0.568
#> SRR1146140 1 0.0336 0.7617 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0592 0.7582 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.4776 0.8410 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1146143 2 0.4776 0.8410 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1146144 4 0.5420 0.0268 0.000 0.272 0.044 0.684
#> SRR1146145 2 0.5085 0.8388 0.000 0.616 0.008 0.376
#> SRR1146146 4 0.5051 0.6466 0.000 0.132 0.100 0.768
#> SRR1146147 3 0.4888 0.6029 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1146148 3 0.5310 0.6025 0.412 0.012 0.576 0.000
#> SRR1146149 3 0.6087 0.5958 0.412 0.048 0.540 0.000
#> SRR1146150 3 0.7613 0.3803 0.208 0.352 0.440 0.000
#> SRR1146151 3 0.5427 0.5881 0.164 0.100 0.736 0.000
#> SRR1146152 3 0.6087 0.5958 0.412 0.048 0.540 0.000
#> SRR1146153 4 0.1488 0.7015 0.000 0.012 0.032 0.956
#> SRR1146154 3 0.4888 0.6029 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1146155 1 0.0000 0.7638 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0188 0.7629 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.7638 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.3743 0.5297 0.824 0.016 0.160 0.000
#> SRR1146159 3 0.5193 0.6031 0.412 0.008 0.580 0.000
#> SRR1146160 1 0.3143 0.6519 0.876 0.024 0.100 0.000
#> SRR1146161 3 0.6087 0.5958 0.412 0.048 0.540 0.000
#> SRR1146162 1 0.3743 0.5297 0.824 0.016 0.160 0.000
#> SRR1146163 2 0.7902 -0.5903 0.300 0.364 0.336 0.000
#> SRR1146164 1 0.2214 0.7203 0.928 0.028 0.044 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.7638 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.1938 0.6981 0.000 0.012 0.052 0.936
#> SRR1146167 4 0.4646 0.5943 0.000 0.120 0.084 0.796
#> SRR1146168 3 0.6061 0.6032 0.400 0.048 0.552 0.000
#> SRR1146169 4 0.4353 0.2472 0.000 0.232 0.012 0.756
#> SRR1146170 4 0.3450 0.6709 0.000 0.156 0.008 0.836
#> SRR1146171 4 0.2125 0.7051 0.000 0.004 0.076 0.920
#> SRR1146172 4 0.1576 0.7136 0.000 0.048 0.004 0.948
#> SRR1146173 4 0.4039 0.6998 0.000 0.084 0.080 0.836
#> SRR1146174 4 0.4532 0.6406 0.000 0.156 0.052 0.792
#> SRR1146175 4 0.6024 -0.4759 0.000 0.416 0.044 0.540
#> SRR1146176 2 0.6081 0.6299 0.000 0.484 0.044 0.472
#> SRR1146177 4 0.5925 -0.5420 0.000 0.452 0.036 0.512
#> SRR1146178 4 0.0336 0.7090 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146179 2 0.5673 0.7231 0.000 0.528 0.024 0.448
#> SRR1146180 4 0.4874 0.4730 0.000 0.180 0.056 0.764
#> SRR1146181 4 0.1059 0.7097 0.000 0.016 0.012 0.972
#> SRR1146182 4 0.5351 0.6454 0.000 0.152 0.104 0.744
#> SRR1146183 4 0.3450 0.6706 0.000 0.156 0.008 0.836
#> SRR1146184 4 0.3552 0.6821 0.000 0.128 0.024 0.848
#> SRR1146185 4 0.0817 0.7107 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146186 4 0.2271 0.7074 0.000 0.008 0.076 0.916
#> SRR1146187 4 0.0804 0.7068 0.000 0.008 0.012 0.980
#> SRR1146188 4 0.1807 0.7031 0.000 0.008 0.052 0.940
#> SRR1146189 4 0.0804 0.7087 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1146190 4 0.0592 0.7118 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1146191 4 0.1902 0.7114 0.000 0.004 0.064 0.932
#> SRR1146192 4 0.0592 0.7118 0.000 0.000 0.016 0.984
#> SRR1146193 4 0.2610 0.7027 0.000 0.012 0.088 0.900
#> SRR1146194 4 0.1824 0.7061 0.000 0.004 0.060 0.936
#> SRR1146195 4 0.0817 0.7107 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146196 4 0.3105 0.6861 0.000 0.120 0.012 0.868
#> SRR1146197 4 0.1767 0.7118 0.000 0.044 0.012 0.944
#> SRR1146198 4 0.4740 0.6570 0.000 0.132 0.080 0.788
#> SRR1146199 3 0.5050 0.6033 0.408 0.004 0.588 0.000
#> SRR1146200 4 0.1854 0.6994 0.000 0.012 0.048 0.940
#> SRR1146201 4 0.3441 0.6851 0.000 0.120 0.024 0.856
#> SRR1146202 3 0.7429 0.4185 0.176 0.360 0.464 0.000
#> SRR1146203 1 0.0000 0.7638 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 3 0.6724 0.5292 0.224 0.164 0.612 0.000
#> SRR1146205 3 0.4855 0.6108 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1146206 3 0.4149 0.6130 0.168 0.028 0.804 0.000
#> SRR1146207 4 0.1474 0.7061 0.000 0.000 0.052 0.948
#> SRR1146208 1 0.1792 0.7038 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1146209 3 0.5345 0.5843 0.428 0.012 0.560 0.000
#> SRR1146210 1 0.2060 0.7215 0.932 0.052 0.016 0.000
#> SRR1146211 3 0.5126 0.5596 0.444 0.004 0.552 0.000
#> SRR1146212 3 0.4746 0.6119 0.168 0.056 0.776 0.000
#> SRR1146213 4 0.2845 0.6979 0.000 0.028 0.076 0.896
#> SRR1146214 1 0.5519 0.4069 0.684 0.052 0.264 0.000
#> SRR1146215 1 0.0188 0.7629 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146216 4 0.5938 -0.6121 0.000 0.480 0.036 0.484
#> SRR1146217 3 0.6087 0.5958 0.412 0.048 0.540 0.000
#> SRR1146218 3 0.6513 0.5603 0.180 0.180 0.640 0.000
#> SRR1146219 1 0.7890 -0.0900 0.380 0.308 0.312 0.000
#> SRR1146220 3 0.4423 0.6123 0.168 0.040 0.792 0.000
#> SRR1146221 3 0.5823 0.5748 0.176 0.120 0.704 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 0.7638 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 3 0.5345 0.5843 0.428 0.012 0.560 0.000
#> SRR1146224 3 0.6570 0.5480 0.164 0.204 0.632 0.000
#> SRR1146225 3 0.4888 0.6029 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.7638 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.7862 -0.0356 0.388 0.332 0.280 0.000
#> SRR1146228 3 0.7429 0.4095 0.192 0.316 0.492 0.000
#> SRR1146229 1 0.3569 0.5395 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1146230 4 0.5051 0.6466 0.000 0.132 0.100 0.768
#> SRR1146231 4 0.3962 0.6825 0.000 0.124 0.044 0.832
#> SRR1146232 2 0.4855 0.8279 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1146233 1 0.0000 0.7638 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.1209 0.7426 0.964 0.004 0.032 0.000
#> SRR1146235 1 0.1936 0.7257 0.940 0.028 0.032 0.000
#> SRR1146236 4 0.5051 0.6466 0.000 0.132 0.100 0.768
#> SRR1146237 1 0.0000 0.7638 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 4 0.5484 0.6430 0.000 0.132 0.132 0.736
#> SRR1146239 1 0.5848 0.3926 0.684 0.088 0.228 0.000
#> SRR1146240 1 0.6108 -0.3836 0.528 0.048 0.424 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.7638 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.7638 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 4 0.4948 0.6539 0.000 0.124 0.100 0.776
#> SRR1146244 4 0.5051 0.6466 0.000 0.132 0.100 0.768
#> SRR1146245 4 0.4758 0.6532 0.000 0.156 0.064 0.780
#> SRR1146246 4 0.5160 0.6452 0.000 0.136 0.104 0.760
#> SRR1146247 4 0.5434 0.6432 0.000 0.132 0.128 0.740
#> SRR1146248 4 0.5160 0.6452 0.000 0.136 0.104 0.760
#> SRR1146249 4 0.3182 0.6885 0.000 0.028 0.096 0.876
#> SRR1146250 4 0.5110 0.6453 0.000 0.132 0.104 0.764
#> SRR1146252 3 0.6323 0.5574 0.440 0.060 0.500 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.7638 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 3 0.6440 0.5597 0.208 0.148 0.644 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 4 0.345 0.741 0.008 0.176 0.008 0.808 0.000
#> SRR1146077 1 0.468 0.830 0.748 0.000 0.004 0.104 0.144
#> SRR1146078 1 0.496 0.813 0.728 0.000 0.008 0.104 0.160
#> SRR1146079 5 0.544 0.758 0.160 0.000 0.072 0.052 0.716
#> SRR1146080 5 0.548 0.756 0.164 0.000 0.072 0.052 0.712
#> SRR1146081 1 0.489 0.812 0.728 0.000 0.004 0.108 0.160
#> SRR1146082 3 0.580 0.596 0.088 0.000 0.548 0.004 0.360
#> SRR1146083 1 0.236 0.892 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR1146084 3 0.664 0.578 0.216 0.000 0.476 0.004 0.304
#> SRR1146085 2 0.172 0.815 0.008 0.936 0.052 0.004 0.000
#> SRR1146086 2 0.096 0.828 0.008 0.972 0.016 0.004 0.000
#> SRR1146087 5 0.580 0.605 0.244 0.000 0.016 0.104 0.636
#> SRR1146088 4 0.333 0.743 0.008 0.176 0.004 0.812 0.000
#> SRR1146089 3 0.632 0.601 0.160 0.000 0.524 0.004 0.312
#> SRR1146090 3 0.653 0.590 0.192 0.000 0.492 0.004 0.312
#> SRR1146091 3 0.569 0.591 0.080 0.000 0.560 0.004 0.356
#> SRR1146092 1 0.347 0.878 0.840 0.000 0.004 0.052 0.104
#> SRR1146093 1 0.484 0.815 0.732 0.000 0.004 0.104 0.160
#> SRR1146094 5 0.482 0.705 0.200 0.000 0.004 0.076 0.720
#> SRR1146095 5 0.529 0.709 0.200 0.000 0.028 0.068 0.704
#> SRR1146096 2 0.292 0.787 0.052 0.884 0.052 0.012 0.000
#> SRR1146097 1 0.484 0.815 0.732 0.000 0.004 0.104 0.160
#> SRR1146098 1 0.331 0.880 0.844 0.000 0.000 0.052 0.104
#> SRR1146099 3 0.664 0.578 0.216 0.000 0.476 0.004 0.304
#> SRR1146100 1 0.207 0.892 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1146101 4 0.582 0.703 0.020 0.320 0.068 0.592 0.000
#> SRR1146102 3 0.664 0.578 0.216 0.000 0.476 0.004 0.304
#> SRR1146103 3 0.524 0.561 0.048 0.000 0.540 0.000 0.412
#> SRR1146104 1 0.298 0.888 0.860 0.000 0.000 0.032 0.108
#> SRR1146105 3 0.529 0.537 0.048 0.000 0.496 0.000 0.456
#> SRR1146106 2 0.215 0.824 0.028 0.924 0.012 0.036 0.000
#> SRR1146107 2 0.155 0.826 0.016 0.948 0.032 0.004 0.000
#> SRR1146108 2 0.178 0.826 0.028 0.940 0.008 0.024 0.000
#> SRR1146109 2 0.117 0.827 0.012 0.964 0.020 0.004 0.000
#> SRR1146110 1 0.350 0.875 0.832 0.000 0.004 0.040 0.124
#> SRR1146111 2 0.128 0.831 0.020 0.960 0.004 0.016 0.000
#> SRR1146112 5 0.285 0.624 0.004 0.000 0.076 0.040 0.880
#> SRR1146113 2 0.223 0.823 0.028 0.920 0.012 0.040 0.000
#> SRR1146114 2 0.074 0.830 0.008 0.980 0.008 0.004 0.000
#> SRR1146115 2 0.128 0.826 0.016 0.960 0.020 0.004 0.000
#> SRR1146116 2 0.398 0.737 0.028 0.796 0.016 0.160 0.000
#> SRR1146117 2 0.141 0.823 0.008 0.952 0.036 0.004 0.000
#> SRR1146118 2 0.150 0.831 0.024 0.952 0.008 0.016 0.000
#> SRR1146119 5 0.234 0.591 0.008 0.000 0.052 0.028 0.912
#> SRR1146120 2 0.106 0.828 0.008 0.968 0.020 0.004 0.000
#> SRR1146121 2 0.141 0.823 0.008 0.952 0.036 0.004 0.000
#> SRR1146122 4 0.641 0.680 0.040 0.344 0.080 0.536 0.000
#> SRR1146123 5 0.416 0.761 0.168 0.000 0.020 0.028 0.784
#> SRR1146124 5 0.378 0.762 0.148 0.000 0.020 0.020 0.812
#> SRR1146125 4 0.466 0.703 0.012 0.324 0.012 0.652 0.000
#> SRR1146126 2 0.365 0.753 0.024 0.812 0.008 0.156 0.000
#> SRR1146127 2 0.384 0.736 0.024 0.800 0.012 0.164 0.000
#> SRR1146128 5 0.696 0.332 0.376 0.000 0.104 0.056 0.464
#> SRR1146129 3 0.565 0.513 0.048 0.000 0.472 0.012 0.468
#> SRR1146130 2 0.397 0.717 0.020 0.772 0.008 0.200 0.000
#> SRR1146131 2 0.563 0.637 0.064 0.696 0.060 0.180 0.000
#> SRR1146132 5 0.205 0.601 0.000 0.000 0.052 0.028 0.920
#> SRR1146133 5 0.332 0.769 0.160 0.000 0.000 0.020 0.820
#> SRR1146134 3 0.564 0.500 0.024 0.008 0.528 0.020 0.420
#> SRR1146135 5 0.417 0.395 0.028 0.000 0.152 0.028 0.792
#> SRR1146136 5 0.497 0.673 0.076 0.000 0.116 0.048 0.760
#> SRR1146137 4 0.321 0.743 0.008 0.180 0.000 0.812 0.000
#> SRR1146138 4 0.397 0.736 0.008 0.180 0.028 0.784 0.000
#> SRR1146139 2 0.557 0.553 0.040 0.644 0.040 0.276 0.000
#> SRR1146140 1 0.236 0.892 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR1146141 1 0.334 0.885 0.848 0.000 0.012 0.028 0.112
#> SRR1146142 2 0.029 0.830 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.029 0.830 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146144 4 0.622 0.266 0.048 0.392 0.048 0.512 0.000
#> SRR1146145 2 0.139 0.821 0.016 0.952 0.032 0.000 0.000
#> SRR1146146 4 0.680 0.582 0.000 0.292 0.348 0.360 0.000
#> SRR1146147 5 0.385 0.764 0.164 0.000 0.004 0.036 0.796
#> SRR1146148 5 0.361 0.767 0.160 0.000 0.012 0.016 0.812
#> SRR1146149 5 0.548 0.755 0.164 0.000 0.068 0.056 0.712
#> SRR1146150 3 0.537 0.514 0.028 0.000 0.540 0.016 0.416
#> SRR1146151 5 0.377 0.383 0.000 0.000 0.180 0.032 0.788
#> SRR1146152 5 0.537 0.759 0.160 0.000 0.072 0.048 0.720
#> SRR1146153 4 0.426 0.729 0.004 0.184 0.048 0.764 0.000
#> SRR1146154 5 0.366 0.766 0.160 0.000 0.000 0.036 0.804
#> SRR1146155 1 0.236 0.890 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR1146156 1 0.252 0.892 0.884 0.000 0.004 0.008 0.104
#> SRR1146157 1 0.247 0.889 0.884 0.000 0.000 0.012 0.104
#> SRR1146158 1 0.507 0.666 0.668 0.000 0.012 0.044 0.276
#> SRR1146159 5 0.312 0.768 0.160 0.000 0.012 0.000 0.828
#> SRR1146160 1 0.559 0.639 0.640 0.000 0.024 0.060 0.276
#> SRR1146161 5 0.537 0.759 0.160 0.000 0.072 0.048 0.720
#> SRR1146162 1 0.501 0.650 0.664 0.000 0.016 0.032 0.288
#> SRR1146163 3 0.574 0.600 0.104 0.000 0.564 0.000 0.332
#> SRR1146164 1 0.543 0.753 0.692 0.000 0.032 0.068 0.208
#> SRR1146165 1 0.236 0.892 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR1146166 4 0.490 0.722 0.024 0.184 0.056 0.736 0.000
#> SRR1146167 4 0.766 0.533 0.052 0.296 0.264 0.388 0.000
#> SRR1146168 5 0.493 0.759 0.152 0.000 0.072 0.028 0.748
#> SRR1146169 4 0.567 0.286 0.028 0.412 0.032 0.528 0.000
#> SRR1146170 4 0.588 0.699 0.020 0.324 0.072 0.584 0.000
#> SRR1146171 4 0.684 0.706 0.064 0.188 0.164 0.584 0.000
#> SRR1146172 4 0.508 0.747 0.024 0.244 0.040 0.692 0.000
#> SRR1146173 4 0.693 0.705 0.024 0.256 0.216 0.504 0.000
#> SRR1146174 4 0.650 0.629 0.060 0.364 0.060 0.516 0.000
#> SRR1146175 2 0.594 0.610 0.084 0.664 0.052 0.200 0.000
#> SRR1146176 2 0.558 0.565 0.068 0.704 0.060 0.168 0.000
#> SRR1146177 2 0.495 0.699 0.048 0.752 0.052 0.148 0.000
#> SRR1146178 4 0.305 0.743 0.004 0.176 0.000 0.820 0.000
#> SRR1146179 2 0.440 0.684 0.032 0.784 0.040 0.144 0.000
#> SRR1146180 4 0.745 0.466 0.068 0.368 0.148 0.416 0.000
#> SRR1146181 4 0.365 0.745 0.012 0.200 0.004 0.784 0.000
#> SRR1146182 2 0.778 -0.570 0.060 0.364 0.268 0.308 0.000
#> SRR1146183 4 0.588 0.699 0.020 0.324 0.072 0.584 0.000
#> SRR1146184 4 0.428 0.708 0.008 0.312 0.004 0.676 0.000
#> SRR1146185 4 0.321 0.743 0.008 0.180 0.000 0.812 0.000
#> SRR1146186 4 0.635 0.718 0.016 0.184 0.216 0.584 0.000
#> SRR1146187 4 0.333 0.742 0.004 0.176 0.008 0.812 0.000
#> SRR1146188 4 0.649 0.710 0.064 0.200 0.116 0.620 0.000
#> SRR1146189 4 0.353 0.744 0.016 0.192 0.000 0.792 0.000
#> SRR1146190 4 0.412 0.751 0.008 0.180 0.036 0.776 0.000
#> SRR1146191 4 0.631 0.728 0.024 0.184 0.184 0.608 0.000
#> SRR1146192 4 0.393 0.750 0.008 0.176 0.028 0.788 0.000
#> SRR1146193 4 0.724 0.679 0.064 0.204 0.208 0.524 0.000
#> SRR1146194 4 0.541 0.715 0.048 0.184 0.060 0.708 0.000
#> SRR1146195 4 0.321 0.744 0.004 0.176 0.004 0.816 0.000
#> SRR1146196 4 0.435 0.718 0.012 0.304 0.004 0.680 0.000
#> SRR1146197 4 0.378 0.742 0.012 0.216 0.004 0.768 0.000
#> SRR1146198 4 0.668 0.638 0.000 0.284 0.280 0.436 0.000
#> SRR1146199 5 0.388 0.763 0.160 0.000 0.000 0.048 0.792
#> SRR1146200 4 0.544 0.714 0.048 0.188 0.060 0.704 0.000
#> SRR1146201 4 0.426 0.709 0.008 0.308 0.004 0.680 0.000
#> SRR1146202 3 0.521 0.509 0.020 0.000 0.548 0.016 0.416
#> SRR1146203 1 0.207 0.892 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1146204 5 0.546 0.283 0.036 0.000 0.236 0.052 0.676
#> SRR1146205 5 0.324 0.768 0.152 0.000 0.000 0.020 0.828
#> SRR1146206 5 0.184 0.608 0.000 0.000 0.036 0.032 0.932
#> SRR1146207 4 0.637 0.716 0.064 0.184 0.116 0.636 0.000
#> SRR1146208 1 0.301 0.861 0.844 0.000 0.000 0.016 0.140
#> SRR1146209 5 0.448 0.736 0.192 0.000 0.012 0.044 0.752
#> SRR1146210 1 0.527 0.792 0.740 0.000 0.088 0.056 0.116
#> SRR1146211 5 0.439 0.722 0.200 0.000 0.004 0.048 0.748
#> SRR1146212 5 0.257 0.617 0.000 0.000 0.068 0.040 0.892
#> SRR1146213 4 0.656 0.684 0.008 0.204 0.268 0.520 0.000
#> SRR1146214 1 0.681 0.406 0.512 0.000 0.096 0.056 0.336
#> SRR1146215 1 0.283 0.891 0.872 0.000 0.004 0.020 0.104
#> SRR1146216 2 0.385 0.760 0.020 0.824 0.044 0.112 0.000
#> SRR1146217 5 0.495 0.760 0.160 0.000 0.068 0.028 0.744
#> SRR1146218 5 0.500 0.237 0.028 0.000 0.268 0.024 0.680
#> SRR1146219 3 0.703 0.500 0.168 0.000 0.412 0.028 0.392
#> SRR1146220 5 0.205 0.595 0.000 0.000 0.052 0.028 0.920
#> SRR1146221 5 0.424 0.389 0.024 0.000 0.168 0.028 0.780
#> SRR1146222 1 0.236 0.892 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR1146223 5 0.469 0.729 0.192 0.000 0.012 0.056 0.740
#> SRR1146224 5 0.462 0.184 0.000 0.000 0.304 0.032 0.664
#> SRR1146225 5 0.358 0.766 0.160 0.000 0.000 0.032 0.808
#> SRR1146226 1 0.207 0.892 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1146227 3 0.688 0.582 0.176 0.000 0.492 0.024 0.308
#> SRR1146228 3 0.511 0.520 0.036 0.000 0.496 0.000 0.468
#> SRR1146229 1 0.366 0.738 0.768 0.000 0.000 0.012 0.220
#> SRR1146230 4 0.680 0.582 0.000 0.292 0.348 0.360 0.000
#> SRR1146231 4 0.662 0.697 0.016 0.304 0.164 0.516 0.000
#> SRR1146232 2 0.178 0.826 0.028 0.940 0.008 0.024 0.000
#> SRR1146233 1 0.236 0.892 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR1146234 1 0.374 0.860 0.808 0.000 0.000 0.052 0.140
#> SRR1146235 1 0.449 0.846 0.784 0.000 0.028 0.060 0.128
#> SRR1146236 4 0.680 0.585 0.000 0.288 0.348 0.364 0.000
#> SRR1146237 1 0.207 0.892 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1146238 3 0.769 -0.701 0.048 0.320 0.332 0.300 0.000
#> SRR1146239 1 0.609 0.440 0.608 0.000 0.116 0.020 0.256
#> SRR1146240 5 0.618 0.661 0.232 0.000 0.064 0.072 0.632
#> SRR1146241 1 0.236 0.890 0.888 0.000 0.000 0.008 0.104
#> SRR1146242 1 0.207 0.892 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1146243 4 0.678 0.590 0.000 0.280 0.352 0.368 0.000
#> SRR1146244 4 0.680 0.585 0.000 0.288 0.348 0.364 0.000
#> SRR1146245 4 0.676 0.635 0.004 0.336 0.228 0.432 0.000
#> SRR1146246 4 0.682 0.578 0.000 0.308 0.344 0.348 0.000
#> SRR1146247 3 0.742 -0.703 0.028 0.312 0.348 0.312 0.000
#> SRR1146248 4 0.681 0.579 0.000 0.296 0.352 0.352 0.000
#> SRR1146249 4 0.660 0.647 0.004 0.200 0.320 0.476 0.000
#> SRR1146250 3 0.714 -0.700 0.012 0.308 0.348 0.332 0.000
#> SRR1146252 5 0.602 0.708 0.200 0.000 0.068 0.072 0.660
#> SRR1146253 1 0.267 0.891 0.876 0.000 0.000 0.020 0.104
#> SRR1146254 5 0.543 0.353 0.032 0.000 0.216 0.064 0.688
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.0767 0.5993 0.000 0.012 0.008 0.976 0.000 0.004
#> SRR1146077 1 0.5495 0.7969 0.600 0.036 0.004 0.000 0.296 0.064
#> SRR1146078 1 0.5769 0.7604 0.560 0.040 0.008 0.000 0.328 0.064
#> SRR1146079 5 0.3445 0.6993 0.000 0.000 0.048 0.000 0.796 0.156
#> SRR1146080 5 0.3481 0.6975 0.000 0.000 0.048 0.000 0.792 0.160
#> SRR1146081 1 0.5607 0.7643 0.568 0.036 0.004 0.000 0.328 0.064
#> SRR1146082 3 0.3518 0.7948 0.056 0.012 0.816 0.000 0.116 0.000
#> SRR1146083 1 0.3380 0.8668 0.748 0.004 0.000 0.000 0.244 0.004
#> SRR1146084 3 0.4170 0.7552 0.160 0.012 0.756 0.000 0.072 0.000
#> SRR1146085 2 0.3432 0.7856 0.016 0.844 0.016 0.080 0.000 0.044
#> SRR1146086 2 0.2863 0.7989 0.016 0.872 0.016 0.084 0.000 0.012
#> SRR1146087 5 0.3548 0.6079 0.068 0.036 0.004 0.000 0.836 0.056
#> SRR1146088 4 0.0767 0.5997 0.000 0.012 0.008 0.976 0.000 0.004
#> SRR1146089 3 0.3744 0.7765 0.116 0.012 0.800 0.000 0.072 0.000
#> SRR1146090 3 0.3949 0.7670 0.136 0.012 0.780 0.000 0.072 0.000
#> SRR1146091 3 0.3744 0.7937 0.048 0.012 0.812 0.000 0.116 0.012
#> SRR1146092 1 0.4803 0.8396 0.680 0.032 0.000 0.000 0.240 0.048
#> SRR1146093 1 0.5607 0.7643 0.568 0.036 0.004 0.000 0.328 0.064
#> SRR1146094 5 0.1434 0.7218 0.008 0.020 0.000 0.000 0.948 0.024
#> SRR1146095 5 0.3032 0.7171 0.016 0.004 0.020 0.000 0.852 0.108
#> SRR1146096 2 0.6138 0.6506 0.120 0.660 0.060 0.092 0.000 0.068
#> SRR1146097 1 0.5607 0.7643 0.568 0.036 0.004 0.000 0.328 0.064
#> SRR1146098 1 0.4803 0.8396 0.680 0.032 0.000 0.000 0.240 0.048
#> SRR1146099 3 0.4170 0.7552 0.160 0.012 0.756 0.000 0.072 0.000
#> SRR1146100 1 0.3349 0.8669 0.748 0.000 0.000 0.000 0.244 0.008
#> SRR1146101 4 0.6153 0.3444 0.072 0.144 0.032 0.644 0.000 0.108
#> SRR1146102 3 0.4170 0.7552 0.160 0.012 0.756 0.000 0.072 0.000
#> SRR1146103 3 0.2841 0.7782 0.012 0.000 0.824 0.000 0.164 0.000
#> SRR1146104 1 0.4387 0.8606 0.704 0.012 0.004 0.000 0.244 0.036
#> SRR1146105 3 0.3171 0.7635 0.012 0.000 0.784 0.000 0.204 0.000
#> SRR1146106 2 0.3334 0.7961 0.020 0.832 0.024 0.120 0.000 0.004
#> SRR1146107 2 0.3493 0.7922 0.012 0.840 0.024 0.084 0.000 0.040
#> SRR1146108 2 0.3058 0.7990 0.020 0.848 0.024 0.108 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.2939 0.7987 0.012 0.868 0.024 0.084 0.000 0.012
#> SRR1146110 1 0.3721 0.8638 0.728 0.004 0.000 0.000 0.252 0.016
#> SRR1146111 2 0.2393 0.8058 0.000 0.884 0.020 0.092 0.000 0.004
#> SRR1146112 5 0.5683 0.4404 0.000 0.004 0.224 0.000 0.552 0.220
#> SRR1146113 2 0.3418 0.7945 0.020 0.824 0.024 0.128 0.000 0.004
#> SRR1146114 2 0.2849 0.8033 0.016 0.872 0.020 0.084 0.000 0.008
#> SRR1146115 2 0.2857 0.7993 0.012 0.872 0.020 0.084 0.000 0.012
#> SRR1146116 2 0.4929 0.6927 0.028 0.676 0.052 0.240 0.000 0.004
#> SRR1146117 2 0.3149 0.7928 0.016 0.860 0.016 0.080 0.000 0.028
#> SRR1146118 2 0.2830 0.8054 0.012 0.868 0.024 0.092 0.000 0.004
#> SRR1146119 5 0.4725 0.3616 0.000 0.000 0.264 0.000 0.648 0.088
#> SRR1146120 2 0.2578 0.8003 0.012 0.884 0.012 0.084 0.000 0.008
#> SRR1146121 2 0.3273 0.7909 0.012 0.852 0.016 0.080 0.000 0.040
#> SRR1146122 4 0.7226 0.3317 0.096 0.184 0.080 0.544 0.000 0.096
#> SRR1146123 5 0.2412 0.7097 0.000 0.000 0.028 0.000 0.880 0.092
#> SRR1146124 5 0.2308 0.7150 0.000 0.000 0.040 0.000 0.892 0.068
#> SRR1146125 4 0.3856 0.4751 0.008 0.172 0.024 0.780 0.000 0.016
#> SRR1146126 2 0.4102 0.7049 0.016 0.700 0.016 0.268 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.5021 0.6884 0.032 0.668 0.052 0.244 0.000 0.004
#> SRR1146128 5 0.7021 0.2161 0.212 0.008 0.124 0.000 0.504 0.152
#> SRR1146129 3 0.3748 0.7486 0.012 0.016 0.748 0.000 0.224 0.000
#> SRR1146130 2 0.4453 0.6422 0.020 0.636 0.016 0.328 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.7948 0.3292 0.188 0.396 0.072 0.264 0.000 0.080
#> SRR1146132 5 0.4831 0.3715 0.000 0.012 0.256 0.000 0.660 0.072
#> SRR1146133 5 0.1552 0.7294 0.000 0.020 0.004 0.000 0.940 0.036
#> SRR1146134 3 0.4654 0.7293 0.004 0.012 0.720 0.000 0.172 0.092
#> SRR1146135 5 0.5145 0.1490 0.004 0.000 0.336 0.000 0.572 0.088
#> SRR1146136 5 0.5609 0.5569 0.008 0.004 0.172 0.000 0.596 0.220
#> SRR1146137 4 0.0964 0.5993 0.004 0.012 0.016 0.968 0.000 0.000
#> SRR1146138 4 0.1901 0.5965 0.004 0.012 0.008 0.924 0.000 0.052
#> SRR1146139 4 0.6742 -0.3110 0.076 0.408 0.052 0.424 0.000 0.040
#> SRR1146140 1 0.3215 0.8655 0.756 0.000 0.000 0.000 0.240 0.004
#> SRR1146141 1 0.3855 0.8658 0.728 0.004 0.008 0.000 0.248 0.012
#> SRR1146142 2 0.1897 0.8040 0.004 0.908 0.000 0.084 0.000 0.004
#> SRR1146143 2 0.2040 0.8037 0.004 0.904 0.004 0.084 0.000 0.004
#> SRR1146144 4 0.6516 0.4342 0.108 0.132 0.068 0.624 0.000 0.068
#> SRR1146145 2 0.3960 0.7654 0.056 0.808 0.004 0.084 0.000 0.048
#> SRR1146146 6 0.5056 0.7751 0.000 0.100 0.000 0.312 0.000 0.588
#> SRR1146147 5 0.0622 0.7328 0.000 0.012 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1146148 5 0.0993 0.7305 0.000 0.000 0.024 0.000 0.964 0.012
#> SRR1146149 5 0.3332 0.7036 0.000 0.000 0.048 0.000 0.808 0.144
#> SRR1146150 3 0.4286 0.7400 0.008 0.000 0.744 0.000 0.156 0.092
#> SRR1146151 5 0.5445 0.0764 0.000 0.020 0.348 0.000 0.552 0.080
#> SRR1146152 5 0.3457 0.7046 0.000 0.004 0.052 0.000 0.808 0.136
#> SRR1146153 4 0.2460 0.5935 0.004 0.016 0.020 0.896 0.000 0.064
#> SRR1146154 5 0.0909 0.7313 0.000 0.020 0.000 0.000 0.968 0.012
#> SRR1146155 1 0.3863 0.8633 0.728 0.008 0.000 0.000 0.244 0.020
#> SRR1146156 1 0.4109 0.8664 0.720 0.008 0.008 0.000 0.244 0.020
#> SRR1146157 1 0.3941 0.8619 0.724 0.008 0.000 0.000 0.244 0.024
#> SRR1146158 1 0.5579 0.6697 0.512 0.012 0.028 0.000 0.404 0.044
#> SRR1146159 5 0.1297 0.7322 0.000 0.000 0.012 0.000 0.948 0.040
#> SRR1146160 1 0.6273 0.5660 0.444 0.012 0.024 0.000 0.400 0.120
#> SRR1146161 5 0.3457 0.7046 0.000 0.004 0.052 0.000 0.808 0.136
#> SRR1146162 1 0.5139 0.6798 0.536 0.012 0.024 0.000 0.408 0.020
#> SRR1146163 3 0.3488 0.7933 0.060 0.000 0.820 0.000 0.108 0.012
#> SRR1146164 1 0.6103 0.5590 0.440 0.004 0.028 0.000 0.416 0.112
#> SRR1146165 1 0.3380 0.8668 0.748 0.004 0.000 0.000 0.244 0.004
#> SRR1146166 4 0.4422 0.5492 0.044 0.016 0.080 0.784 0.000 0.076
#> SRR1146167 6 0.7439 0.2546 0.168 0.112 0.012 0.344 0.000 0.364
#> SRR1146168 5 0.4024 0.6949 0.000 0.004 0.064 0.000 0.752 0.180
#> SRR1146169 4 0.5885 0.4139 0.096 0.180 0.020 0.648 0.000 0.056
#> SRR1146170 4 0.6241 0.3491 0.080 0.176 0.032 0.628 0.000 0.084
#> SRR1146171 4 0.6804 0.2035 0.196 0.008 0.072 0.512 0.000 0.212
#> SRR1146172 4 0.4762 0.5309 0.072 0.056 0.032 0.768 0.000 0.072
#> SRR1146173 4 0.7195 -0.2790 0.084 0.064 0.068 0.460 0.000 0.324
#> SRR1146174 4 0.7680 0.3114 0.152 0.192 0.092 0.484 0.000 0.080
#> SRR1146175 2 0.8089 0.3242 0.188 0.376 0.096 0.268 0.000 0.072
#> SRR1146176 2 0.8058 0.2101 0.184 0.400 0.092 0.244 0.000 0.080
#> SRR1146177 2 0.7198 0.5359 0.112 0.520 0.068 0.232 0.000 0.068
#> SRR1146178 4 0.0405 0.5970 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.6573 0.5048 0.076 0.564 0.068 0.252 0.000 0.040
#> SRR1146180 4 0.8318 0.0576 0.200 0.160 0.080 0.384 0.000 0.176
#> SRR1146181 4 0.1341 0.5998 0.000 0.028 0.024 0.948 0.000 0.000
#> SRR1146182 6 0.8411 0.3958 0.188 0.188 0.060 0.248 0.000 0.316
#> SRR1146183 4 0.6230 0.3443 0.072 0.164 0.032 0.632 0.000 0.100
#> SRR1146184 4 0.3663 0.4766 0.000 0.152 0.032 0.796 0.000 0.020
#> SRR1146185 4 0.0767 0.5880 0.004 0.000 0.008 0.976 0.000 0.012
#> SRR1146186 4 0.5773 -0.0934 0.044 0.004 0.068 0.556 0.000 0.328
#> SRR1146187 4 0.0881 0.6002 0.000 0.012 0.008 0.972 0.000 0.008
#> SRR1146188 4 0.6687 0.3196 0.196 0.020 0.072 0.560 0.000 0.152
#> SRR1146189 4 0.1321 0.5956 0.000 0.024 0.020 0.952 0.000 0.004
#> SRR1146190 4 0.2110 0.5511 0.004 0.000 0.012 0.900 0.000 0.084
#> SRR1146191 4 0.5936 0.1656 0.084 0.004 0.068 0.600 0.000 0.244
#> SRR1146192 4 0.1285 0.5731 0.000 0.000 0.004 0.944 0.000 0.052
#> SRR1146193 4 0.7162 0.0378 0.196 0.016 0.072 0.456 0.000 0.260
#> SRR1146194 4 0.4603 0.5079 0.104 0.004 0.068 0.760 0.000 0.064
#> SRR1146195 4 0.0717 0.5864 0.000 0.000 0.008 0.976 0.000 0.016
#> SRR1146196 4 0.3213 0.5159 0.004 0.124 0.036 0.832 0.000 0.004
#> SRR1146197 4 0.1697 0.5915 0.004 0.036 0.020 0.936 0.000 0.004
#> SRR1146198 6 0.5674 0.5836 0.008 0.092 0.008 0.432 0.000 0.460
#> SRR1146199 5 0.0767 0.7297 0.004 0.012 0.000 0.000 0.976 0.008
#> SRR1146200 4 0.5028 0.5198 0.084 0.016 0.084 0.740 0.000 0.076
#> SRR1146201 4 0.3272 0.4851 0.000 0.144 0.020 0.820 0.000 0.016
#> SRR1146202 3 0.4256 0.7430 0.004 0.004 0.748 0.000 0.160 0.084
#> SRR1146203 1 0.3596 0.8658 0.740 0.008 0.000 0.000 0.244 0.008
#> SRR1146204 3 0.6816 0.0848 0.024 0.012 0.380 0.000 0.340 0.244
#> SRR1146205 5 0.1767 0.7271 0.000 0.020 0.012 0.000 0.932 0.036
#> SRR1146206 5 0.4836 0.3998 0.000 0.020 0.236 0.000 0.676 0.068
#> SRR1146207 4 0.6274 0.3533 0.196 0.004 0.072 0.584 0.000 0.144
#> SRR1146208 1 0.4789 0.8312 0.712 0.012 0.040 0.000 0.204 0.032
#> SRR1146209 5 0.1872 0.7310 0.004 0.004 0.008 0.000 0.920 0.064
#> SRR1146210 1 0.6844 0.6540 0.484 0.012 0.052 0.000 0.256 0.196
#> SRR1146211 5 0.1078 0.7280 0.008 0.012 0.000 0.000 0.964 0.016
#> SRR1146212 5 0.5356 0.4396 0.000 0.012 0.232 0.000 0.620 0.136
#> SRR1146213 4 0.5184 -0.3630 0.024 0.024 0.012 0.548 0.000 0.392
#> SRR1146214 1 0.7801 0.1987 0.356 0.012 0.168 0.000 0.220 0.244
#> SRR1146215 1 0.4122 0.8655 0.720 0.012 0.008 0.000 0.244 0.016
#> SRR1146216 2 0.5173 0.7174 0.036 0.700 0.052 0.188 0.000 0.024
#> SRR1146217 5 0.4060 0.6998 0.000 0.012 0.048 0.000 0.752 0.188
#> SRR1146218 3 0.5539 0.2494 0.004 0.004 0.504 0.000 0.384 0.104
#> SRR1146219 3 0.6190 0.6742 0.136 0.008 0.620 0.000 0.132 0.104
#> SRR1146220 5 0.4719 0.3712 0.000 0.000 0.272 0.000 0.644 0.084
#> SRR1146221 5 0.5615 0.0103 0.004 0.004 0.368 0.000 0.508 0.116
#> SRR1146222 1 0.3380 0.8668 0.748 0.004 0.000 0.000 0.244 0.004
#> SRR1146223 5 0.2238 0.7288 0.004 0.004 0.016 0.000 0.900 0.076
#> SRR1146224 3 0.5960 0.2545 0.000 0.012 0.460 0.000 0.372 0.156
#> SRR1146225 5 0.0622 0.7336 0.000 0.008 0.000 0.000 0.980 0.012
#> SRR1146226 1 0.3349 0.8669 0.748 0.000 0.000 0.000 0.244 0.008
#> SRR1146227 3 0.4940 0.7516 0.132 0.008 0.732 0.000 0.072 0.056
#> SRR1146228 3 0.3073 0.7618 0.008 0.000 0.788 0.000 0.204 0.000
#> SRR1146229 1 0.4958 0.7195 0.720 0.008 0.116 0.000 0.128 0.028
#> SRR1146230 6 0.5190 0.7748 0.004 0.100 0.000 0.312 0.000 0.584
#> SRR1146231 4 0.6688 -0.0267 0.052 0.120 0.036 0.552 0.000 0.240
#> SRR1146232 2 0.2844 0.8014 0.016 0.860 0.020 0.104 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.3240 0.8663 0.752 0.000 0.000 0.000 0.244 0.004
#> SRR1146234 1 0.5406 0.7965 0.604 0.012 0.008 0.000 0.288 0.088
#> SRR1146235 1 0.6237 0.7375 0.540 0.012 0.032 0.000 0.288 0.128
#> SRR1146236 6 0.5190 0.7748 0.004 0.100 0.000 0.312 0.000 0.584
#> SRR1146237 1 0.3240 0.8669 0.752 0.000 0.000 0.000 0.244 0.004
#> SRR1146238 6 0.7772 0.5578 0.160 0.132 0.040 0.236 0.000 0.432
#> SRR1146239 1 0.5836 0.3964 0.592 0.008 0.272 0.000 0.088 0.040
#> SRR1146240 5 0.4731 0.6324 0.044 0.004 0.044 0.000 0.720 0.188
#> SRR1146241 1 0.3755 0.8644 0.732 0.004 0.000 0.000 0.244 0.020
#> SRR1146242 1 0.3349 0.8669 0.748 0.000 0.000 0.000 0.244 0.008
#> SRR1146243 6 0.4974 0.7667 0.000 0.088 0.000 0.324 0.000 0.588
#> SRR1146244 6 0.5056 0.7751 0.000 0.100 0.000 0.312 0.000 0.588
#> SRR1146245 4 0.6653 -0.4037 0.020 0.160 0.028 0.468 0.000 0.324
#> SRR1146246 6 0.6295 0.7516 0.024 0.124 0.020 0.308 0.000 0.524
#> SRR1146247 6 0.7332 0.6462 0.100 0.124 0.040 0.248 0.000 0.488
#> SRR1146248 6 0.5081 0.7750 0.000 0.104 0.000 0.308 0.000 0.588
#> SRR1146249 6 0.4541 0.6051 0.004 0.020 0.004 0.416 0.000 0.556
#> SRR1146250 6 0.6058 0.7288 0.056 0.112 0.000 0.272 0.000 0.560
#> SRR1146252 5 0.3815 0.6985 0.020 0.004 0.044 0.000 0.800 0.132
#> SRR1146253 1 0.3692 0.8666 0.736 0.008 0.000 0.000 0.244 0.012
#> SRR1146254 5 0.6573 0.0792 0.020 0.004 0.336 0.000 0.396 0.244
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.5017 0.499 0.499
#> 3 3 0.872 0.917 0.943 0.2481 0.874 0.747
#> 4 4 0.744 0.815 0.884 0.1702 0.891 0.708
#> 5 5 0.761 0.781 0.873 0.0763 0.933 0.752
#> 6 6 0.776 0.724 0.846 0.0405 0.962 0.821
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0 1 0 1
#> SRR1146077 1 0 1 1 0
#> SRR1146078 1 0 1 1 0
#> SRR1146079 1 0 1 1 0
#> SRR1146080 1 0 1 1 0
#> SRR1146081 1 0 1 1 0
#> SRR1146082 1 0 1 1 0
#> SRR1146083 1 0 1 1 0
#> SRR1146084 1 0 1 1 0
#> SRR1146085 2 0 1 0 1
#> SRR1146086 2 0 1 0 1
#> SRR1146087 1 0 1 1 0
#> SRR1146088 2 0 1 0 1
#> SRR1146089 1 0 1 1 0
#> SRR1146090 1 0 1 1 0
#> SRR1146091 1 0 1 1 0
#> SRR1146092 1 0 1 1 0
#> SRR1146093 1 0 1 1 0
#> SRR1146094 1 0 1 1 0
#> SRR1146095 1 0 1 1 0
#> SRR1146096 2 0 1 0 1
#> SRR1146097 1 0 1 1 0
#> SRR1146098 1 0 1 1 0
#> SRR1146099 1 0 1 1 0
#> SRR1146100 1 0 1 1 0
#> SRR1146101 2 0 1 0 1
#> SRR1146102 1 0 1 1 0
#> SRR1146103 1 0 1 1 0
#> SRR1146104 1 0 1 1 0
#> SRR1146105 1 0 1 1 0
#> SRR1146106 2 0 1 0 1
#> SRR1146107 2 0 1 0 1
#> SRR1146108 2 0 1 0 1
#> SRR1146109 2 0 1 0 1
#> SRR1146110 1 0 1 1 0
#> SRR1146111 2 0 1 0 1
#> SRR1146112 1 0 1 1 0
#> SRR1146113 2 0 1 0 1
#> SRR1146114 2 0 1 0 1
#> SRR1146115 2 0 1 0 1
#> SRR1146116 2 0 1 0 1
#> SRR1146117 2 0 1 0 1
#> SRR1146118 2 0 1 0 1
#> SRR1146119 1 0 1 1 0
#> SRR1146120 2 0 1 0 1
#> SRR1146121 2 0 1 0 1
#> SRR1146122 2 0 1 0 1
#> SRR1146123 1 0 1 1 0
#> SRR1146124 1 0 1 1 0
#> SRR1146125 2 0 1 0 1
#> SRR1146126 2 0 1 0 1
#> SRR1146127 2 0 1 0 1
#> SRR1146128 1 0 1 1 0
#> SRR1146129 1 0 1 1 0
#> SRR1146130 2 0 1 0 1
#> SRR1146131 2 0 1 0 1
#> SRR1146132 1 0 1 1 0
#> SRR1146133 1 0 1 1 0
#> SRR1146134 1 0 1 1 0
#> SRR1146135 1 0 1 1 0
#> SRR1146136 1 0 1 1 0
#> SRR1146137 2 0 1 0 1
#> SRR1146138 2 0 1 0 1
#> SRR1146139 2 0 1 0 1
#> SRR1146140 1 0 1 1 0
#> SRR1146141 1 0 1 1 0
#> SRR1146142 2 0 1 0 1
#> SRR1146143 2 0 1 0 1
#> SRR1146144 2 0 1 0 1
#> SRR1146145 2 0 1 0 1
#> SRR1146146 2 0 1 0 1
#> SRR1146147 1 0 1 1 0
#> SRR1146148 1 0 1 1 0
#> SRR1146149 1 0 1 1 0
#> SRR1146150 1 0 1 1 0
#> SRR1146151 1 0 1 1 0
#> SRR1146152 1 0 1 1 0
#> SRR1146153 2 0 1 0 1
#> SRR1146154 1 0 1 1 0
#> SRR1146155 1 0 1 1 0
#> SRR1146156 1 0 1 1 0
#> SRR1146157 1 0 1 1 0
#> SRR1146158 1 0 1 1 0
#> SRR1146159 1 0 1 1 0
#> SRR1146160 1 0 1 1 0
#> SRR1146161 1 0 1 1 0
#> SRR1146162 1 0 1 1 0
#> SRR1146163 1 0 1 1 0
#> SRR1146164 1 0 1 1 0
#> SRR1146165 1 0 1 1 0
#> SRR1146166 2 0 1 0 1
#> SRR1146167 2 0 1 0 1
#> SRR1146168 1 0 1 1 0
#> SRR1146169 2 0 1 0 1
#> SRR1146170 2 0 1 0 1
#> SRR1146171 2 0 1 0 1
#> SRR1146172 2 0 1 0 1
#> SRR1146173 2 0 1 0 1
#> SRR1146174 2 0 1 0 1
#> SRR1146175 2 0 1 0 1
#> SRR1146176 2 0 1 0 1
#> SRR1146177 2 0 1 0 1
#> SRR1146178 2 0 1 0 1
#> SRR1146179 2 0 1 0 1
#> SRR1146180 2 0 1 0 1
#> SRR1146181 2 0 1 0 1
#> SRR1146182 2 0 1 0 1
#> SRR1146183 2 0 1 0 1
#> SRR1146184 2 0 1 0 1
#> SRR1146185 2 0 1 0 1
#> SRR1146186 2 0 1 0 1
#> SRR1146187 2 0 1 0 1
#> SRR1146188 2 0 1 0 1
#> SRR1146189 2 0 1 0 1
#> SRR1146190 2 0 1 0 1
#> SRR1146191 2 0 1 0 1
#> SRR1146192 2 0 1 0 1
#> SRR1146193 2 0 1 0 1
#> SRR1146194 2 0 1 0 1
#> SRR1146195 2 0 1 0 1
#> SRR1146196 2 0 1 0 1
#> SRR1146197 2 0 1 0 1
#> SRR1146198 2 0 1 0 1
#> SRR1146199 1 0 1 1 0
#> SRR1146200 2 0 1 0 1
#> SRR1146201 2 0 1 0 1
#> SRR1146202 1 0 1 1 0
#> SRR1146203 1 0 1 1 0
#> SRR1146204 1 0 1 1 0
#> SRR1146205 1 0 1 1 0
#> SRR1146206 1 0 1 1 0
#> SRR1146207 2 0 1 0 1
#> SRR1146208 1 0 1 1 0
#> SRR1146209 1 0 1 1 0
#> SRR1146210 1 0 1 1 0
#> SRR1146211 1 0 1 1 0
#> SRR1146212 1 0 1 1 0
#> SRR1146213 2 0 1 0 1
#> SRR1146214 1 0 1 1 0
#> SRR1146215 1 0 1 1 0
#> SRR1146216 2 0 1 0 1
#> SRR1146217 1 0 1 1 0
#> SRR1146218 1 0 1 1 0
#> SRR1146219 1 0 1 1 0
#> SRR1146220 1 0 1 1 0
#> SRR1146221 1 0 1 1 0
#> SRR1146222 1 0 1 1 0
#> SRR1146223 1 0 1 1 0
#> SRR1146224 1 0 1 1 0
#> SRR1146225 1 0 1 1 0
#> SRR1146226 1 0 1 1 0
#> SRR1146227 1 0 1 1 0
#> SRR1146228 1 0 1 1 0
#> SRR1146229 1 0 1 1 0
#> SRR1146230 2 0 1 0 1
#> SRR1146231 2 0 1 0 1
#> SRR1146232 2 0 1 0 1
#> SRR1146233 1 0 1 1 0
#> SRR1146234 1 0 1 1 0
#> SRR1146235 1 0 1 1 0
#> SRR1146236 2 0 1 0 1
#> SRR1146237 1 0 1 1 0
#> SRR1146238 2 0 1 0 1
#> SRR1146239 1 0 1 1 0
#> SRR1146240 1 0 1 1 0
#> SRR1146241 1 0 1 1 0
#> SRR1146242 1 0 1 1 0
#> SRR1146243 2 0 1 0 1
#> SRR1146244 2 0 1 0 1
#> SRR1146245 2 0 1 0 1
#> SRR1146246 2 0 1 0 1
#> SRR1146247 2 0 1 0 1
#> SRR1146248 2 0 1 0 1
#> SRR1146249 2 0 1 0 1
#> SRR1146250 2 0 1 0 1
#> SRR1146252 1 0 1 1 0
#> SRR1146253 1 0 1 1 0
#> SRR1146254 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146077 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0237 0.9064 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146080 1 0.0237 0.9064 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146081 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.4702 0.8969 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146083 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146084 3 0.4702 0.8969 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146085 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146086 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146087 1 0.4555 0.7894 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146088 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146089 3 0.4702 0.8969 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146090 3 0.4702 0.8969 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146091 3 0.4702 0.8969 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146092 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146093 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.4555 0.7894 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146095 1 0.0237 0.9064 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146096 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146097 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146099 3 0.4702 0.8969 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146100 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146101 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146102 3 0.4702 0.8969 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146103 3 0.4452 0.8961 0.192 0.000 0.808
#> SRR1146104 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146105 3 0.0747 0.8211 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146106 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146107 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146108 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146109 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146110 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146112 3 0.4796 0.8923 0.220 0.000 0.780
#> SRR1146113 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146114 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146115 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146116 2 0.0592 0.9949 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146117 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146118 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146119 3 0.0747 0.8180 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146120 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146121 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146122 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146123 1 0.4504 0.7912 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146124 1 0.6062 0.5392 0.616 0.000 0.384
#> SRR1146125 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146126 2 0.0592 0.9949 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146127 2 0.0592 0.9949 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146128 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146129 3 0.0747 0.8211 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146130 2 0.0592 0.9949 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146131 2 0.0592 0.9949 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146132 3 0.0747 0.8180 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146133 1 0.4555 0.7894 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146134 3 0.4452 0.8961 0.192 0.000 0.808
#> SRR1146135 3 0.0747 0.8180 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146136 3 0.6111 0.6199 0.396 0.000 0.604
#> SRR1146137 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146138 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146139 2 0.0592 0.9949 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146140 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146141 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146142 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146143 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146144 2 0.0424 0.9959 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146145 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146146 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146147 1 0.4555 0.7894 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146148 1 0.4555 0.7894 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146149 1 0.0237 0.9064 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146150 3 0.4702 0.8969 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146151 3 0.0592 0.8157 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146152 1 0.0237 0.9064 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146153 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146154 1 0.4555 0.7894 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146155 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146156 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146157 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146158 1 0.3267 0.8427 0.884 0.000 0.116
#> SRR1146159 1 0.4555 0.7894 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146160 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146161 1 0.0892 0.8986 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146162 1 0.4504 0.7912 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146163 3 0.4702 0.8969 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146164 1 0.0000 0.9074 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146166 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146167 2 0.0424 0.9959 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146168 1 0.0237 0.9064 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146169 2 0.0424 0.9959 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146170 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146171 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146172 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146173 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146174 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146175 2 0.0592 0.9949 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146176 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146177 2 0.0592 0.9949 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146178 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146179 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146180 2 0.0424 0.9959 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146181 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146182 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146183 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146184 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146185 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146186 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146187 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146188 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146189 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146190 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146191 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146192 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146193 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146194 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146195 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146196 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146197 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146198 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146199 1 0.4555 0.7894 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146200 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146201 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146202 3 0.4452 0.8962 0.192 0.000 0.808
#> SRR1146203 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146204 3 0.4796 0.8917 0.220 0.000 0.780
#> SRR1146205 1 0.4555 0.7894 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146206 3 0.0747 0.8180 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146207 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146208 1 0.4452 0.6566 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146209 1 0.4235 0.8063 0.824 0.000 0.176
#> SRR1146210 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146211 1 0.4504 0.7912 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146212 3 0.4452 0.8962 0.192 0.000 0.808
#> SRR1146213 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146214 1 0.6111 0.0529 0.604 0.000 0.396
#> SRR1146215 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146216 2 0.0592 0.9949 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146217 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146218 3 0.4702 0.8969 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146219 3 0.4796 0.8917 0.220 0.000 0.780
#> SRR1146220 3 0.0747 0.8180 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146221 3 0.0592 0.8197 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146222 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146223 1 0.3816 0.8246 0.852 0.000 0.148
#> SRR1146224 3 0.4399 0.8954 0.188 0.000 0.812
#> SRR1146225 1 0.4555 0.7894 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146226 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146227 3 0.4702 0.8969 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146228 3 0.1643 0.8342 0.044 0.000 0.956
#> SRR1146229 1 0.6126 0.0348 0.600 0.000 0.400
#> SRR1146230 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146231 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146232 2 0.0424 0.9948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146233 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146234 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146235 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146236 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146237 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146238 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146239 3 0.5905 0.7097 0.352 0.000 0.648
#> SRR1146240 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146241 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146242 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146243 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146244 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146245 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146246 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146247 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146248 2 0.0000 0.9961 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146249 2 0.0237 0.9961 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146250 2 0.0237 0.9958 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146252 1 0.0237 0.9064 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146253 1 0.0237 0.9077 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146254 3 0.4796 0.8917 0.220 0.000 0.780
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 4 0.0188 0.8669 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146077 1 0.0000 0.8910 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.8910 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.1389 0.8776 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.1211 0.8798 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0188 0.8905 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.3610 0.8882 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146083 1 0.0469 0.8898 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146084 3 0.3610 0.8882 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146085 2 0.1389 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146086 2 0.1389 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146087 1 0.4579 0.7671 0.768 0.032 0.200 0.000
#> SRR1146088 4 0.0188 0.8669 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146089 3 0.3610 0.8882 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146090 3 0.3610 0.8882 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146091 3 0.3610 0.8882 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146092 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.8910 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.4919 0.7602 0.752 0.048 0.200 0.000
#> SRR1146095 1 0.1389 0.8776 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.1389 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146097 1 0.0000 0.8910 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146099 3 0.3610 0.8882 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146100 1 0.0469 0.8898 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146101 4 0.3610 0.8089 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146102 3 0.3610 0.8882 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146103 3 0.3356 0.8869 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1146104 1 0.0469 0.8898 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146105 3 0.0000 0.8047 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.1474 0.8742 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146107 2 0.1474 0.8742 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146108 2 0.1389 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146109 2 0.1474 0.8742 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146110 1 0.0000 0.8910 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.1389 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146112 3 0.5008 0.8549 0.228 0.040 0.732 0.000
#> SRR1146113 2 0.1474 0.8742 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146114 2 0.1389 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146115 2 0.1474 0.8742 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146116 2 0.4008 0.7846 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146117 2 0.1389 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146118 2 0.1389 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146119 3 0.1256 0.7921 0.008 0.028 0.964 0.000
#> SRR1146120 2 0.1389 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146121 2 0.1474 0.8742 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146122 4 0.3649 0.8080 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1146123 1 0.3972 0.7744 0.788 0.008 0.204 0.000
#> SRR1146124 1 0.5830 0.5981 0.620 0.048 0.332 0.000
#> SRR1146125 4 0.3610 0.8089 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146126 2 0.4040 0.7833 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146127 2 0.4008 0.7846 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146128 1 0.0469 0.8898 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146129 3 0.0000 0.8047 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.4040 0.7833 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146131 2 0.4008 0.7846 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146132 3 0.0672 0.7988 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR1146133 1 0.4919 0.7602 0.752 0.048 0.200 0.000
#> SRR1146134 3 0.3444 0.8887 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1146135 3 0.0672 0.7988 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR1146136 3 0.5700 0.5369 0.412 0.028 0.560 0.000
#> SRR1146137 4 0.0188 0.8669 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146138 4 0.0188 0.8669 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146139 2 0.4008 0.7846 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146140 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146141 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146142 2 0.1389 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146143 2 0.1389 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146144 2 0.4972 0.4667 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1146145 2 0.1389 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146146 4 0.3569 0.8096 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146147 1 0.4919 0.7602 0.752 0.048 0.200 0.000
#> SRR1146148 1 0.4919 0.7602 0.752 0.048 0.200 0.000
#> SRR1146149 1 0.1389 0.8776 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1146150 3 0.3610 0.8882 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146151 3 0.0336 0.8010 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146152 1 0.1389 0.8776 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1146153 4 0.0336 0.8664 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146154 1 0.4919 0.7602 0.752 0.048 0.200 0.000
#> SRR1146155 1 0.0469 0.8898 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146156 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146157 1 0.0469 0.8898 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146158 1 0.2589 0.8344 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1146159 1 0.4919 0.7602 0.752 0.048 0.200 0.000
#> SRR1146160 1 0.0188 0.8913 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146161 1 0.2089 0.8704 0.932 0.048 0.020 0.000
#> SRR1146162 1 0.3791 0.7766 0.796 0.004 0.200 0.000
#> SRR1146163 3 0.3610 0.8882 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146164 1 0.0000 0.8910 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146166 4 0.0336 0.8664 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146167 2 0.4866 0.5886 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1146168 1 0.1389 0.8776 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1146169 4 0.4998 -0.3495 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1146170 4 0.3610 0.8089 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146171 4 0.0188 0.8666 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146172 4 0.0336 0.8675 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146173 4 0.0592 0.8668 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146174 2 0.4431 0.5115 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1146175 2 0.4008 0.7846 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146176 2 0.1389 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146177 2 0.4008 0.7846 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146178 4 0.0188 0.8669 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146179 2 0.1389 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146180 2 0.4454 0.7261 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1146181 4 0.0336 0.8664 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146182 4 0.4382 0.6882 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1146183 4 0.3610 0.8089 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146184 4 0.3649 0.8080 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1146185 4 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146186 4 0.0188 0.8666 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146187 4 0.0188 0.8669 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146188 4 0.4730 0.1260 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1146189 4 0.0188 0.8669 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146190 4 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146191 4 0.0188 0.8666 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146192 4 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146193 4 0.0188 0.8666 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146194 4 0.0188 0.8666 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146195 4 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146196 4 0.2281 0.8475 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1146197 4 0.0188 0.8669 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146198 4 0.3569 0.8096 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146199 1 0.4919 0.7602 0.752 0.048 0.200 0.000
#> SRR1146200 4 0.0336 0.8664 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146201 4 0.3610 0.8089 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146202 3 0.3444 0.8887 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1146203 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146204 3 0.4040 0.8513 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1146205 1 0.4919 0.7602 0.752 0.048 0.200 0.000
#> SRR1146206 3 0.0804 0.7976 0.008 0.012 0.980 0.000
#> SRR1146207 4 0.0188 0.8666 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146208 1 0.3688 0.6222 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146209 1 0.4544 0.7876 0.788 0.048 0.164 0.000
#> SRR1146210 1 0.0469 0.8898 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146211 1 0.3933 0.7751 0.792 0.008 0.200 0.000
#> SRR1146212 3 0.3626 0.8884 0.184 0.004 0.812 0.000
#> SRR1146213 4 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.4877 -0.0050 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1146215 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146216 2 0.4008 0.7846 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146217 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146218 3 0.3610 0.8882 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146219 3 0.3837 0.8719 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1146220 3 0.1151 0.7939 0.008 0.024 0.968 0.000
#> SRR1146221 3 0.0000 0.8047 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146223 1 0.4257 0.8036 0.812 0.048 0.140 0.000
#> SRR1146224 3 0.3444 0.8887 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1146225 1 0.4919 0.7602 0.752 0.048 0.200 0.000
#> SRR1146226 1 0.0469 0.8898 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146227 3 0.3610 0.8882 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146228 3 0.1118 0.8266 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1146229 1 0.4888 -0.0237 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1146230 4 0.3569 0.8096 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146231 4 0.3219 0.8245 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1146232 2 0.1389 0.8755 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146233 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146234 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146235 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146236 4 0.3569 0.8096 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146237 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146238 4 0.3610 0.8091 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146239 3 0.4679 0.7075 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1146240 1 0.0188 0.8913 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146241 1 0.0469 0.8898 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146242 1 0.0469 0.8898 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146243 4 0.0921 0.8639 0.000 0.028 0.000 0.972
#> SRR1146244 4 0.3569 0.8096 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146245 4 0.3610 0.8091 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146246 4 0.3610 0.8091 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146247 4 0.3610 0.8091 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146248 4 0.3610 0.8091 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146249 4 0.0000 0.8667 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.4817 0.2994 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1146252 1 0.1389 0.8776 0.952 0.048 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0336 0.8912 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146254 3 0.4327 0.8722 0.216 0.016 0.768 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 4 0.0510 0.855 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146077 1 0.4161 0.208 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1146078 1 0.4161 0.208 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1146079 5 0.4169 0.771 0.240 0.000 0.028 0.000 0.732
#> SRR1146080 5 0.4275 0.716 0.284 0.000 0.020 0.000 0.696
#> SRR1146081 5 0.4227 0.448 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1146082 3 0.1478 0.890 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.2179 0.867 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0404 0.866 0.000 0.988 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146087 5 0.2329 0.799 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1146088 4 0.0510 0.855 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146089 3 0.1478 0.890 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.2074 0.872 0.104 0.000 0.896 0.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.1197 0.890 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0324 0.879 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146093 1 0.4161 0.208 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1146094 5 0.1341 0.822 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1146095 5 0.3534 0.761 0.256 0.000 0.000 0.000 0.744
#> SRR1146096 2 0.0162 0.869 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146097 1 0.4161 0.208 0.608 0.000 0.000 0.000 0.392
#> SRR1146098 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.2230 0.863 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146101 4 0.3398 0.798 0.000 0.216 0.000 0.780 0.004
#> SRR1146102 3 0.1965 0.877 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.1626 0.892 0.044 0.000 0.940 0.000 0.016
#> SRR1146104 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.1740 0.876 0.012 0.000 0.932 0.000 0.056
#> SRR1146106 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.0290 0.875 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146111 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.5150 0.742 0.136 0.000 0.172 0.000 0.692
#> SRR1146113 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.3109 0.784 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146119 3 0.3913 0.692 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146120 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146122 4 0.3398 0.797 0.000 0.216 0.000 0.780 0.004
#> SRR1146123 1 0.3395 0.603 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1146124 5 0.1484 0.814 0.048 0.000 0.008 0.000 0.944
#> SRR1146125 4 0.3242 0.798 0.000 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1146126 2 0.3109 0.784 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1146127 2 0.3109 0.784 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1146128 1 0.0162 0.878 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146129 3 0.3427 0.810 0.012 0.000 0.796 0.000 0.192
#> SRR1146130 2 0.3143 0.782 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1146131 2 0.3333 0.779 0.000 0.788 0.000 0.208 0.004
#> SRR1146132 3 0.3635 0.770 0.004 0.000 0.748 0.000 0.248
#> SRR1146133 5 0.1341 0.822 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1146134 3 0.1331 0.890 0.040 0.000 0.952 0.000 0.008
#> SRR1146135 3 0.3579 0.776 0.004 0.000 0.756 0.000 0.240
#> SRR1146136 5 0.5688 0.521 0.100 0.000 0.328 0.000 0.572
#> SRR1146137 4 0.0510 0.855 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146138 4 0.0510 0.855 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146139 2 0.3366 0.765 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1146140 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0324 0.877 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146142 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.4446 0.354 0.000 0.520 0.000 0.476 0.004
#> SRR1146145 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146146 4 0.5105 0.793 0.000 0.164 0.048 0.736 0.052
#> SRR1146147 5 0.1410 0.823 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1146148 5 0.1341 0.822 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1146149 5 0.3835 0.770 0.244 0.000 0.012 0.000 0.744
#> SRR1146150 3 0.1197 0.890 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.3333 0.800 0.004 0.000 0.788 0.000 0.208
#> SRR1146152 5 0.4479 0.803 0.184 0.000 0.072 0.000 0.744
#> SRR1146153 4 0.0671 0.854 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1146154 5 0.1341 0.822 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1146155 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0671 0.868 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1146159 5 0.5153 0.222 0.436 0.000 0.040 0.000 0.524
#> SRR1146160 1 0.1774 0.830 0.932 0.000 0.052 0.000 0.016
#> SRR1146161 5 0.4528 0.809 0.144 0.000 0.104 0.000 0.752
#> SRR1146162 1 0.3366 0.612 0.768 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1146163 3 0.1270 0.890 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.4150 0.221 0.612 0.000 0.000 0.000 0.388
#> SRR1146165 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.0671 0.854 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1146167 2 0.4954 0.544 0.000 0.592 0.012 0.380 0.016
#> SRR1146168 5 0.4609 0.805 0.152 0.000 0.104 0.000 0.744
#> SRR1146169 4 0.4305 -0.277 0.000 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1146170 4 0.3398 0.798 0.000 0.216 0.000 0.780 0.004
#> SRR1146171 4 0.0404 0.855 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146172 4 0.1282 0.857 0.000 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR1146173 4 0.1568 0.856 0.000 0.020 0.000 0.944 0.036
#> SRR1146174 2 0.4029 0.422 0.000 0.680 0.000 0.316 0.004
#> SRR1146175 2 0.3430 0.771 0.000 0.776 0.000 0.220 0.004
#> SRR1146176 2 0.1124 0.853 0.000 0.960 0.000 0.036 0.004
#> SRR1146177 2 0.3266 0.783 0.000 0.796 0.000 0.200 0.004
#> SRR1146178 4 0.0404 0.855 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1146179 2 0.0955 0.857 0.000 0.968 0.000 0.028 0.004
#> SRR1146180 2 0.3969 0.686 0.000 0.692 0.000 0.304 0.004
#> SRR1146181 4 0.0510 0.855 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146182 4 0.5135 0.695 0.000 0.284 0.008 0.656 0.052
#> SRR1146183 4 0.3398 0.798 0.000 0.216 0.000 0.780 0.004
#> SRR1146184 4 0.3210 0.800 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1146185 4 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146186 4 0.0963 0.852 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1146187 4 0.0510 0.855 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146188 4 0.4218 0.280 0.000 0.332 0.000 0.660 0.008
#> SRR1146189 4 0.0510 0.855 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146190 4 0.0162 0.856 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146191 4 0.0510 0.855 0.000 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146192 4 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146193 4 0.0880 0.853 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1146194 4 0.0451 0.855 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1146195 4 0.0000 0.855 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146196 4 0.2230 0.843 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1146197 4 0.0794 0.856 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1146198 4 0.4823 0.798 0.000 0.164 0.048 0.752 0.036
#> SRR1146199 5 0.1341 0.822 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1146200 4 0.0671 0.854 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1146201 4 0.3210 0.800 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1146202 3 0.1386 0.888 0.032 0.000 0.952 0.000 0.016
#> SRR1146203 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146204 3 0.4192 0.407 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1146205 5 0.1341 0.822 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944
#> SRR1146206 3 0.3928 0.725 0.004 0.000 0.700 0.000 0.296
#> SRR1146207 4 0.0290 0.855 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146208 1 0.0404 0.874 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146209 5 0.3764 0.822 0.156 0.000 0.044 0.000 0.800
#> SRR1146210 1 0.0404 0.877 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.4300 0.100 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1146212 3 0.2153 0.886 0.044 0.000 0.916 0.000 0.040
#> SRR1146213 4 0.1893 0.847 0.000 0.000 0.048 0.928 0.024
#> SRR1146214 1 0.0794 0.859 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0162 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146216 2 0.3231 0.786 0.000 0.800 0.000 0.196 0.004
#> SRR1146217 1 0.0451 0.874 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1146218 3 0.1608 0.888 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1146219 3 0.2230 0.863 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1146220 3 0.3561 0.750 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260
#> SRR1146221 3 0.1502 0.873 0.004 0.000 0.940 0.000 0.056
#> SRR1146222 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146223 5 0.3991 0.817 0.172 0.000 0.048 0.000 0.780
#> SRR1146224 3 0.1386 0.888 0.032 0.000 0.952 0.000 0.016
#> SRR1146225 5 0.1410 0.823 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1146226 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146227 3 0.1478 0.889 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1146228 3 0.1750 0.886 0.028 0.000 0.936 0.000 0.036
#> SRR1146229 1 0.0794 0.859 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1146230 4 0.5105 0.793 0.000 0.164 0.048 0.736 0.052
#> SRR1146231 4 0.3011 0.832 0.000 0.140 0.000 0.844 0.016
#> SRR1146232 2 0.0000 0.870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.879 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0566 0.872 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1146236 4 0.5105 0.793 0.000 0.164 0.048 0.736 0.052
#> SRR1146237 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146238 4 0.5170 0.792 0.000 0.164 0.048 0.732 0.056
#> SRR1146239 1 0.2648 0.723 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.4298 0.309 0.640 0.000 0.008 0.000 0.352
#> SRR1146241 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0162 0.880 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146243 4 0.3614 0.836 0.000 0.048 0.048 0.852 0.052
#> SRR1146244 4 0.5105 0.793 0.000 0.164 0.048 0.736 0.052
#> SRR1146245 4 0.4297 0.792 0.000 0.200 0.008 0.756 0.036
#> SRR1146246 4 0.5105 0.793 0.000 0.164 0.048 0.736 0.052
#> SRR1146247 4 0.5170 0.792 0.000 0.164 0.048 0.732 0.056
#> SRR1146248 4 0.5105 0.793 0.000 0.164 0.048 0.736 0.052
#> SRR1146249 4 0.2450 0.838 0.000 0.000 0.048 0.900 0.052
#> SRR1146250 2 0.6145 0.200 0.000 0.564 0.048 0.336 0.052
#> SRR1146252 5 0.4264 0.792 0.212 0.000 0.044 0.000 0.744
#> SRR1146253 1 0.0162 0.877 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146254 3 0.3641 0.802 0.120 0.000 0.820 0.000 0.060
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.0146 0.7566 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146077 1 0.4773 0.2220 0.556 0.000 0.000 0.000 0.388 0.056
#> SRR1146078 1 0.4773 0.2220 0.556 0.000 0.000 0.000 0.388 0.056
#> SRR1146079 5 0.3245 0.8121 0.104 0.000 0.032 0.000 0.840 0.024
#> SRR1146080 5 0.3934 0.7791 0.136 0.000 0.028 0.000 0.788 0.048
#> SRR1146081 5 0.4737 0.3878 0.372 0.000 0.000 0.000 0.572 0.056
#> SRR1146082 3 0.0790 0.8759 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0146 0.8741 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146084 3 0.1663 0.8543 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.1387 0.7925 0.000 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1146086 2 0.0000 0.8356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146087 5 0.3686 0.7559 0.124 0.000 0.000 0.000 0.788 0.088
#> SRR1146088 4 0.0146 0.7566 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146089 3 0.0790 0.8759 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.1501 0.8616 0.076 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.0260 0.8747 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0458 0.8704 0.984 0.000 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1146093 1 0.4773 0.2220 0.556 0.000 0.000 0.000 0.388 0.056
#> SRR1146094 5 0.2320 0.7917 0.000 0.000 0.004 0.000 0.864 0.132
#> SRR1146095 5 0.3416 0.7943 0.140 0.000 0.000 0.000 0.804 0.056
#> SRR1146096 2 0.1501 0.7903 0.000 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1146097 1 0.4747 0.2438 0.568 0.000 0.000 0.000 0.376 0.056
#> SRR1146098 1 0.0260 0.8732 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146099 3 0.1765 0.8494 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.8746 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 4 0.3364 0.6130 0.000 0.196 0.000 0.780 0.000 0.024
#> SRR1146102 3 0.1444 0.8638 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.0909 0.8776 0.020 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.8746 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.0713 0.8719 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 0.8356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.8356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.8356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.8356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.0692 0.8662 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1146111 2 0.0000 0.8356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.4624 0.7815 0.084 0.000 0.100 0.000 0.752 0.064
#> SRR1146113 2 0.0146 0.8346 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.8356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.8356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.2933 0.7377 0.000 0.796 0.004 0.200 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0146 0.8340 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146118 2 0.0000 0.8356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146119 3 0.5019 0.6059 0.000 0.000 0.604 0.000 0.292 0.104
#> SRR1146120 2 0.0000 0.8356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0146 0.8340 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146122 4 0.4573 0.5801 0.000 0.208 0.000 0.688 0.000 0.104
#> SRR1146123 1 0.3980 0.6499 0.760 0.000 0.004 0.000 0.168 0.068
#> SRR1146124 5 0.2146 0.7900 0.000 0.000 0.004 0.000 0.880 0.116
#> SRR1146125 4 0.3043 0.6266 0.000 0.200 0.000 0.792 0.000 0.008
#> SRR1146126 2 0.2697 0.7482 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.2933 0.7377 0.000 0.796 0.004 0.200 0.000 0.000
#> SRR1146128 1 0.0291 0.8726 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146129 3 0.3295 0.8020 0.000 0.000 0.816 0.000 0.128 0.056
#> SRR1146130 2 0.3175 0.7016 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.4836 0.6298 0.000 0.644 0.004 0.268 0.000 0.084
#> SRR1146132 3 0.4566 0.7261 0.000 0.000 0.696 0.000 0.184 0.120
#> SRR1146133 5 0.2520 0.7841 0.000 0.000 0.004 0.000 0.844 0.152
#> SRR1146134 3 0.0260 0.8747 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146135 3 0.4141 0.7565 0.000 0.000 0.740 0.000 0.168 0.092
#> SRR1146136 5 0.5246 0.6254 0.048 0.000 0.244 0.000 0.648 0.060
#> SRR1146137 4 0.0000 0.7563 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146138 4 0.0260 0.7565 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146139 2 0.3774 0.4840 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0146 0.8741 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146141 1 0.0603 0.8679 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.8356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.8356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 4 0.3936 0.6016 0.000 0.140 0.004 0.772 0.000 0.084
#> SRR1146145 2 0.0000 0.8356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146146 6 0.4431 0.8661 0.000 0.076 0.000 0.236 0.000 0.688
#> SRR1146147 5 0.1204 0.8122 0.000 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1146148 5 0.1753 0.7997 0.000 0.000 0.004 0.000 0.912 0.084
#> SRR1146149 5 0.3046 0.8163 0.100 0.000 0.024 0.000 0.852 0.024
#> SRR1146150 3 0.0405 0.8748 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146151 3 0.3967 0.7714 0.000 0.000 0.760 0.000 0.148 0.092
#> SRR1146152 5 0.3133 0.8220 0.064 0.000 0.068 0.000 0.852 0.016
#> SRR1146153 4 0.1556 0.7332 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1146154 5 0.2402 0.7878 0.000 0.000 0.004 0.000 0.856 0.140
#> SRR1146155 1 0.0000 0.8746 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0405 0.8723 0.988 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008
#> SRR1146157 1 0.0000 0.8746 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0692 0.8667 0.976 0.000 0.004 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146159 5 0.4947 0.1669 0.416 0.000 0.036 0.000 0.532 0.016
#> SRR1146160 1 0.4022 0.6895 0.768 0.000 0.040 0.000 0.168 0.024
#> SRR1146161 5 0.3106 0.8172 0.048 0.000 0.084 0.000 0.852 0.016
#> SRR1146162 1 0.3707 0.6757 0.784 0.000 0.004 0.000 0.156 0.056
#> SRR1146163 3 0.0458 0.8760 0.016 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.4537 0.2172 0.552 0.000 0.000 0.000 0.412 0.036
#> SRR1146165 1 0.0146 0.8741 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146166 4 0.1753 0.7304 0.000 0.000 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR1146167 2 0.5731 0.4126 0.000 0.516 0.000 0.260 0.000 0.224
#> SRR1146168 5 0.3351 0.8146 0.048 0.000 0.084 0.000 0.840 0.028
#> SRR1146169 4 0.3672 0.2244 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000 0.000
#> SRR1146170 4 0.3394 0.6094 0.000 0.200 0.000 0.776 0.000 0.024
#> SRR1146171 4 0.3023 0.6459 0.000 0.000 0.004 0.784 0.000 0.212
#> SRR1146172 4 0.1858 0.7334 0.000 0.076 0.000 0.912 0.000 0.012
#> SRR1146173 4 0.4025 0.3331 0.000 0.016 0.004 0.668 0.000 0.312
#> SRR1146174 4 0.4874 0.4851 0.000 0.308 0.000 0.608 0.000 0.084
#> SRR1146175 2 0.4260 0.5909 0.000 0.640 0.004 0.332 0.000 0.024
#> SRR1146176 2 0.4700 0.4509 0.000 0.648 0.000 0.268 0.000 0.084
#> SRR1146177 2 0.3183 0.7351 0.000 0.788 0.004 0.200 0.000 0.008
#> SRR1146178 4 0.0000 0.7563 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.2613 0.7205 0.000 0.848 0.000 0.140 0.000 0.012
#> SRR1146180 2 0.5331 0.3374 0.000 0.496 0.004 0.408 0.000 0.092
#> SRR1146181 4 0.0146 0.7572 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1146182 6 0.5743 0.5076 0.000 0.292 0.000 0.204 0.000 0.504
#> SRR1146183 4 0.3470 0.6049 0.000 0.200 0.000 0.772 0.000 0.028
#> SRR1146184 4 0.2933 0.6257 0.000 0.200 0.000 0.796 0.000 0.004
#> SRR1146185 4 0.0000 0.7563 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146186 4 0.3601 0.3359 0.000 0.000 0.004 0.684 0.000 0.312
#> SRR1146187 4 0.0146 0.7566 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146188 4 0.4234 0.5877 0.000 0.152 0.004 0.744 0.000 0.100
#> SRR1146189 4 0.0291 0.7565 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1146190 4 0.0363 0.7547 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146191 4 0.2703 0.6322 0.000 0.000 0.004 0.824 0.000 0.172
#> SRR1146192 4 0.0260 0.7554 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146193 4 0.3636 0.4707 0.000 0.000 0.004 0.676 0.000 0.320
#> SRR1146194 4 0.1753 0.7304 0.000 0.000 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR1146195 4 0.0260 0.7554 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146196 4 0.1958 0.7201 0.000 0.100 0.000 0.896 0.000 0.004
#> SRR1146197 4 0.1285 0.7460 0.000 0.052 0.000 0.944 0.000 0.004
#> SRR1146198 4 0.5064 -0.3578 0.000 0.076 0.000 0.492 0.000 0.432
#> SRR1146199 5 0.2234 0.7932 0.000 0.000 0.004 0.000 0.872 0.124
#> SRR1146200 4 0.1753 0.7304 0.000 0.000 0.004 0.912 0.000 0.084
#> SRR1146201 4 0.2902 0.6287 0.000 0.196 0.000 0.800 0.000 0.004
#> SRR1146202 3 0.0260 0.8747 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.0000 0.8746 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 3 0.4675 0.4059 0.360 0.000 0.592 0.000 0.004 0.044
#> SRR1146205 5 0.2320 0.7904 0.000 0.000 0.004 0.000 0.864 0.132
#> SRR1146206 3 0.5005 0.6491 0.000 0.000 0.628 0.000 0.248 0.124
#> SRR1146207 4 0.2006 0.7249 0.000 0.000 0.004 0.892 0.000 0.104
#> SRR1146208 1 0.0146 0.8741 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146209 5 0.2437 0.8317 0.072 0.000 0.036 0.000 0.888 0.004
#> SRR1146210 1 0.1478 0.8497 0.944 0.000 0.020 0.000 0.004 0.032
#> SRR1146211 1 0.5407 0.2932 0.536 0.000 0.004 0.000 0.348 0.112
#> SRR1146212 3 0.2594 0.8568 0.020 0.000 0.888 0.000 0.036 0.056
#> SRR1146213 4 0.3592 0.1969 0.000 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1146214 1 0.1036 0.8621 0.964 0.000 0.008 0.000 0.004 0.024
#> SRR1146215 1 0.0291 0.8735 0.992 0.000 0.000 0.000 0.004 0.004
#> SRR1146216 2 0.3074 0.7367 0.000 0.792 0.004 0.200 0.000 0.004
#> SRR1146217 1 0.1478 0.8491 0.944 0.000 0.020 0.000 0.004 0.032
#> SRR1146218 3 0.1320 0.8763 0.036 0.000 0.948 0.000 0.000 0.016
#> SRR1146219 3 0.2163 0.8499 0.092 0.000 0.892 0.000 0.000 0.016
#> SRR1146220 3 0.4767 0.5998 0.000 0.000 0.620 0.000 0.304 0.076
#> SRR1146221 3 0.1088 0.8717 0.000 0.000 0.960 0.000 0.024 0.016
#> SRR1146222 1 0.0146 0.8741 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146223 5 0.2451 0.8306 0.068 0.000 0.040 0.000 0.888 0.004
#> SRR1146224 3 0.0717 0.8742 0.008 0.000 0.976 0.000 0.000 0.016
#> SRR1146225 5 0.0260 0.8149 0.000 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146226 1 0.0000 0.8746 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 3 0.1219 0.8707 0.048 0.000 0.948 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146228 3 0.0909 0.8763 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146229 1 0.0146 0.8741 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146230 6 0.4431 0.8661 0.000 0.076 0.000 0.236 0.000 0.688
#> SRR1146231 4 0.4279 0.5755 0.000 0.128 0.000 0.732 0.000 0.140
#> SRR1146232 2 0.0000 0.8356 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.8746 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.8746 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.3540 0.7380 0.812 0.000 0.020 0.000 0.132 0.036
#> SRR1146236 6 0.4431 0.8661 0.000 0.076 0.000 0.236 0.000 0.688
#> SRR1146237 1 0.0000 0.8746 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 6 0.3907 0.8115 0.000 0.084 0.000 0.152 0.000 0.764
#> SRR1146239 1 0.2320 0.7586 0.864 0.000 0.132 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146240 1 0.5133 0.2520 0.552 0.000 0.020 0.000 0.380 0.048
#> SRR1146241 1 0.0000 0.8746 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.8746 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 6 0.3816 0.7901 0.000 0.016 0.000 0.296 0.000 0.688
#> SRR1146244 6 0.4431 0.8661 0.000 0.076 0.000 0.236 0.000 0.688
#> SRR1146245 4 0.5726 -0.0534 0.000 0.196 0.000 0.504 0.000 0.300
#> SRR1146246 6 0.4479 0.8639 0.000 0.080 0.000 0.236 0.000 0.684
#> SRR1146247 6 0.3982 0.8149 0.000 0.076 0.004 0.156 0.000 0.764
#> SRR1146248 6 0.4431 0.8661 0.000 0.076 0.000 0.236 0.000 0.688
#> SRR1146249 6 0.3547 0.7336 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1146250 6 0.4751 0.5782 0.000 0.300 0.000 0.076 0.000 0.624
#> SRR1146252 5 0.3142 0.8217 0.092 0.000 0.044 0.000 0.848 0.016
#> SRR1146253 1 0.0146 0.8740 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146254 3 0.4863 0.6489 0.052 0.000 0.704 0.000 0.192 0.052
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.5017 0.499 0.499
#> 3 3 0.757 0.918 0.902 0.2319 0.890 0.780
#> 4 4 0.756 0.840 0.897 0.1860 0.883 0.698
#> 5 5 0.746 0.791 0.865 0.0775 0.904 0.666
#> 6 6 0.750 0.781 0.839 0.0452 0.945 0.743
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146077 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146089 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146090 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146091 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146102 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146123 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146131 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146134 1 0.0376 0.996 0.996 0.004
#> SRR1146135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146138 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146139 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146144 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146145 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146146 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146147 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146151 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146152 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146154 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146167 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146168 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146170 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146171 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146172 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146173 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146174 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146175 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146176 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146177 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146181 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146182 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146183 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146184 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146185 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146186 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146187 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146188 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146189 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146190 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146191 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146192 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146193 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146194 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146195 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146196 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146197 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146198 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146199 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146201 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146202 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146206 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146207 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146212 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146213 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146217 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146218 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146224 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146225 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146231 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146232 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146239 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146244 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146245 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146246 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146247 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146248 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146249 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 3 0.5397 0.507 0.000 0.280 0.720
#> SRR1146077 1 0.0424 0.923 0.992 0.008 0.000
#> SRR1146078 1 0.1643 0.926 0.956 0.044 0.000
#> SRR1146079 1 0.3619 0.925 0.864 0.136 0.000
#> SRR1146080 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146081 1 0.1529 0.917 0.960 0.040 0.000
#> SRR1146082 1 0.2165 0.928 0.936 0.064 0.000
#> SRR1146083 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146084 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146085 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146086 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.3267 0.927 0.884 0.116 0.000
#> SRR1146088 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146089 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146090 1 0.1643 0.920 0.956 0.044 0.000
#> SRR1146091 1 0.3412 0.926 0.876 0.124 0.000
#> SRR1146092 1 0.1529 0.917 0.960 0.040 0.000
#> SRR1146093 1 0.1860 0.920 0.948 0.052 0.000
#> SRR1146094 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146095 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146096 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.1031 0.927 0.976 0.024 0.000
#> SRR1146098 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146099 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146100 1 0.1529 0.917 0.960 0.040 0.000
#> SRR1146101 2 0.6252 0.539 0.000 0.556 0.444
#> SRR1146102 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146103 1 0.3412 0.927 0.876 0.124 0.000
#> SRR1146104 1 0.1529 0.917 0.960 0.040 0.000
#> SRR1146105 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146106 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146107 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146108 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146109 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.1529 0.917 0.960 0.040 0.000
#> SRR1146111 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146113 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146114 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146115 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146116 3 0.0592 0.952 0.000 0.012 0.988
#> SRR1146117 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146118 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146120 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146121 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.4750 0.947 0.000 0.784 0.216
#> SRR1146123 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146124 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146125 2 0.4974 0.926 0.000 0.764 0.236
#> SRR1146126 3 0.1031 0.945 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146127 3 0.0237 0.957 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146128 1 0.3619 0.925 0.864 0.136 0.000
#> SRR1146129 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146130 3 0.1031 0.945 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146131 3 0.1031 0.945 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146132 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146133 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146134 1 0.8858 0.457 0.532 0.136 0.332
#> SRR1146135 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146136 1 0.3340 0.927 0.880 0.120 0.000
#> SRR1146137 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146138 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146139 3 0.1031 0.945 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146140 1 0.1529 0.917 0.960 0.040 0.000
#> SRR1146141 1 0.3192 0.927 0.888 0.112 0.000
#> SRR1146142 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146143 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146144 3 0.4002 0.760 0.000 0.160 0.840
#> SRR1146145 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146146 2 0.4452 0.963 0.000 0.808 0.192
#> SRR1146147 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146148 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146149 1 0.3551 0.925 0.868 0.132 0.000
#> SRR1146150 1 0.3619 0.925 0.864 0.136 0.000
#> SRR1146151 1 0.6383 0.840 0.768 0.128 0.104
#> SRR1146152 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146153 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146154 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146155 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146156 1 0.1860 0.918 0.948 0.052 0.000
#> SRR1146157 1 0.1529 0.917 0.960 0.040 0.000
#> SRR1146158 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146159 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146160 1 0.1964 0.919 0.944 0.056 0.000
#> SRR1146161 1 0.3619 0.925 0.864 0.136 0.000
#> SRR1146162 1 0.0892 0.925 0.980 0.020 0.000
#> SRR1146163 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146164 1 0.2066 0.926 0.940 0.060 0.000
#> SRR1146165 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146166 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146167 3 0.1529 0.932 0.000 0.040 0.960
#> SRR1146168 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146169 3 0.1031 0.945 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146170 2 0.6267 0.529 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146171 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146172 2 0.4504 0.962 0.000 0.804 0.196
#> SRR1146173 2 0.4555 0.960 0.000 0.800 0.200
#> SRR1146174 2 0.6204 0.596 0.000 0.576 0.424
#> SRR1146175 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146176 3 0.6309 -0.404 0.000 0.496 0.504
#> SRR1146177 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146179 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146180 3 0.0424 0.955 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146181 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146182 2 0.4974 0.926 0.000 0.764 0.236
#> SRR1146183 2 0.4555 0.960 0.000 0.800 0.200
#> SRR1146184 2 0.4555 0.960 0.000 0.800 0.200
#> SRR1146185 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146186 2 0.4399 0.965 0.000 0.812 0.188
#> SRR1146187 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146188 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146189 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146190 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146191 2 0.4555 0.960 0.000 0.800 0.200
#> SRR1146192 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146193 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146194 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146195 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146196 2 0.4399 0.965 0.000 0.812 0.188
#> SRR1146197 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146198 2 0.4399 0.965 0.000 0.812 0.188
#> SRR1146199 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146200 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146201 2 0.4399 0.965 0.000 0.812 0.188
#> SRR1146202 1 0.3619 0.925 0.864 0.136 0.000
#> SRR1146203 1 0.1643 0.917 0.956 0.044 0.000
#> SRR1146204 1 0.1289 0.927 0.968 0.032 0.000
#> SRR1146205 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146206 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146207 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146208 1 0.1529 0.917 0.960 0.040 0.000
#> SRR1146209 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146210 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146211 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146212 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146213 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146214 1 0.1643 0.917 0.956 0.044 0.000
#> SRR1146215 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146216 3 0.0892 0.948 0.000 0.020 0.980
#> SRR1146217 1 0.3619 0.925 0.864 0.136 0.000
#> SRR1146218 1 0.3619 0.925 0.864 0.136 0.000
#> SRR1146219 1 0.1643 0.918 0.956 0.044 0.000
#> SRR1146220 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146221 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146222 1 0.1643 0.917 0.956 0.044 0.000
#> SRR1146223 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146224 1 0.7163 0.792 0.720 0.136 0.144
#> SRR1146225 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146226 1 0.1529 0.917 0.960 0.040 0.000
#> SRR1146227 1 0.1643 0.920 0.956 0.044 0.000
#> SRR1146228 1 0.3340 0.927 0.880 0.120 0.000
#> SRR1146229 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146230 2 0.4555 0.960 0.000 0.800 0.200
#> SRR1146231 2 0.4555 0.960 0.000 0.800 0.200
#> SRR1146232 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.1643 0.917 0.956 0.044 0.000
#> SRR1146234 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146235 1 0.0747 0.922 0.984 0.016 0.000
#> SRR1146236 2 0.4399 0.965 0.000 0.812 0.188
#> SRR1146237 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146238 2 0.4555 0.960 0.000 0.800 0.200
#> SRR1146239 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146240 1 0.1753 0.926 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146241 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146242 1 0.1529 0.917 0.960 0.040 0.000
#> SRR1146243 2 0.4291 0.965 0.000 0.820 0.180
#> SRR1146244 2 0.4399 0.965 0.000 0.812 0.188
#> SRR1146245 2 0.4555 0.960 0.000 0.800 0.200
#> SRR1146246 2 0.4555 0.960 0.000 0.800 0.200
#> SRR1146247 2 0.4555 0.960 0.000 0.800 0.200
#> SRR1146248 2 0.4555 0.960 0.000 0.800 0.200
#> SRR1146249 2 0.4235 0.965 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146250 3 0.0000 0.959 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.3482 0.926 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146253 1 0.1753 0.916 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146254 1 0.3619 0.925 0.864 0.136 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 2 0.4972 0.358 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1146077 1 0.1118 0.875 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146078 1 0.1940 0.876 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1146079 1 0.3764 0.857 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1146080 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.2704 0.860 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1146083 1 0.0336 0.866 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146084 3 0.3688 0.812 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146087 1 0.3569 0.861 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1146088 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146089 3 0.3688 0.812 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1146090 3 0.3649 0.821 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1146091 3 0.2216 0.869 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0921 0.875 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1146094 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146095 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.1637 0.877 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1146098 1 0.0336 0.866 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146099 3 0.3688 0.812 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 4 0.4916 0.452 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1146102 3 0.3688 0.812 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1146103 3 0.0469 0.883 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.0817 0.882 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146112 3 0.2281 0.805 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.1716 0.882 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1146117 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146119 1 0.3907 0.844 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146122 4 0.3764 0.823 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1146123 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146124 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146125 4 0.3942 0.804 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1146126 2 0.2704 0.847 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146127 2 0.1474 0.888 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146128 3 0.0817 0.882 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146129 3 0.0817 0.882 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146130 2 0.3610 0.791 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146131 2 0.3610 0.791 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146132 3 0.0817 0.871 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146133 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146134 3 0.0000 0.881 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146135 3 0.4941 -0.133 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1146136 1 0.4817 0.583 0.612 0.000 0.388 0.000
#> SRR1146137 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146138 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146139 2 0.3610 0.791 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146140 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.3356 0.863 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.4406 0.670 0.000 0.700 0.000 0.300
#> SRR1146145 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146146 4 0.2814 0.869 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1146147 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146148 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146149 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146150 3 0.0000 0.881 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.0336 0.878 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146152 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146153 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146154 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146155 1 0.0707 0.861 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146156 1 0.0469 0.868 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146157 1 0.0469 0.864 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146158 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146159 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146160 1 0.1022 0.872 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1146161 1 0.3726 0.857 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1146162 1 0.1389 0.876 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1146163 3 0.2011 0.872 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1146164 1 0.2469 0.874 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1146165 1 0.0336 0.866 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146166 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146167 2 0.3764 0.778 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1146168 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146169 2 0.3610 0.791 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146170 4 0.4967 0.411 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146171 4 0.0817 0.885 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1146172 4 0.2973 0.863 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1146173 4 0.3610 0.836 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146174 4 0.4916 0.481 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1146175 2 0.1716 0.882 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1146176 2 0.5000 -0.288 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1146177 2 0.0188 0.909 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146178 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.2081 0.871 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146181 4 0.0188 0.886 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146182 4 0.3942 0.804 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1146183 4 0.3610 0.836 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146184 4 0.3444 0.845 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1146185 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146186 4 0.1474 0.885 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1146187 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146188 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146189 4 0.0188 0.886 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146190 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146191 4 0.3123 0.858 0.000 0.156 0.000 0.844
#> SRR1146192 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146193 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146194 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146195 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146196 4 0.2704 0.871 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1146197 4 0.0188 0.886 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146198 4 0.1792 0.883 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1146199 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146200 4 0.0592 0.886 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146201 4 0.2647 0.872 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1146202 3 0.0000 0.881 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.2530 0.871 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1146205 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146206 1 0.4955 0.481 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1146207 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.0817 0.858 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146209 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146210 1 0.1118 0.867 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146211 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146212 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146213 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.1118 0.867 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146215 1 0.0336 0.866 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146216 2 0.3219 0.820 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1146217 1 0.3764 0.857 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1146218 3 0.0000 0.881 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146219 3 0.3649 0.815 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1146220 3 0.0469 0.877 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1146221 3 0.0336 0.878 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146222 1 0.0188 0.867 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146223 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146224 3 0.0000 0.881 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146225 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 3 0.3528 0.822 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1146228 3 0.2149 0.873 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1146229 1 0.1022 0.854 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1146230 4 0.3528 0.841 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1146231 4 0.3610 0.836 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146232 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0188 0.867 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146234 1 0.0707 0.861 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146235 1 0.1716 0.874 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1146236 4 0.1940 0.881 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1146237 1 0.0707 0.861 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146238 4 0.3610 0.836 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146239 3 0.3688 0.812 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1146240 1 0.2281 0.876 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1146241 1 0.0336 0.866 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.868 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 4 0.0707 0.887 0.000 0.020 0.000 0.980
#> SRR1146244 4 0.1940 0.881 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1146245 4 0.3610 0.836 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146246 4 0.3610 0.836 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146247 4 0.3569 0.838 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146248 4 0.3610 0.836 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146249 4 0.0000 0.885 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.0000 0.910 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146252 1 0.3688 0.858 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146253 1 0.0336 0.866 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146254 3 0.0000 0.881 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 2 0.5597 0.397 0.008 0.536 0.056 0.400 0.000
#> SRR1146077 1 0.4264 0.483 0.620 0.000 0.004 0.000 0.376
#> SRR1146078 1 0.4383 0.366 0.572 0.000 0.004 0.000 0.424
#> SRR1146079 5 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146080 5 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146081 1 0.4166 0.539 0.648 0.000 0.004 0.000 0.348
#> SRR1146082 3 0.3849 0.849 0.112 0.000 0.808 0.000 0.080
#> SRR1146083 1 0.0290 0.811 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146084 3 0.3074 0.791 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146087 5 0.1732 0.821 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1146088 4 0.1628 0.860 0.008 0.000 0.056 0.936 0.000
#> SRR1146089 3 0.3074 0.791 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.3355 0.805 0.184 0.000 0.804 0.000 0.012
#> SRR1146091 3 0.3916 0.856 0.092 0.000 0.804 0.000 0.104
#> SRR1146092 1 0.0609 0.813 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1146093 1 0.3928 0.624 0.700 0.000 0.004 0.000 0.296
#> SRR1146094 5 0.1638 0.830 0.064 0.000 0.004 0.000 0.932
#> SRR1146095 5 0.0324 0.874 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1146096 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.4118 0.548 0.660 0.000 0.004 0.000 0.336
#> SRR1146098 1 0.0290 0.811 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146099 3 0.3109 0.788 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.1768 0.824 0.924 0.000 0.004 0.000 0.072
#> SRR1146101 4 0.5218 0.534 0.000 0.336 0.060 0.604 0.000
#> SRR1146102 3 0.3109 0.788 0.200 0.000 0.800 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.3355 0.844 0.012 0.000 0.804 0.000 0.184
#> SRR1146104 1 0.3160 0.778 0.808 0.000 0.004 0.000 0.188
#> SRR1146105 3 0.3039 0.839 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146106 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.4367 0.480 0.580 0.000 0.004 0.000 0.416
#> SRR1146111 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.0290 0.872 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146113 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.3323 0.855 0.000 0.844 0.056 0.100 0.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146119 5 0.2068 0.798 0.004 0.000 0.092 0.000 0.904
#> SRR1146120 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146122 4 0.2732 0.844 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1146123 5 0.0609 0.867 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1146124 5 0.0290 0.874 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146125 4 0.2929 0.829 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1146126 2 0.4082 0.824 0.008 0.796 0.056 0.140 0.000
#> SRR1146127 2 0.3269 0.857 0.000 0.848 0.056 0.096 0.000
#> SRR1146128 3 0.3835 0.762 0.008 0.000 0.732 0.000 0.260
#> SRR1146129 3 0.3074 0.838 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146130 2 0.4124 0.821 0.008 0.792 0.056 0.144 0.000
#> SRR1146131 2 0.3846 0.826 0.000 0.800 0.056 0.144 0.000
#> SRR1146132 5 0.3999 0.330 0.000 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1146133 5 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146134 3 0.3109 0.836 0.000 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146135 3 0.3837 0.689 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1146136 5 0.1981 0.832 0.028 0.000 0.048 0.000 0.924
#> SRR1146137 4 0.1628 0.860 0.008 0.000 0.056 0.936 0.000
#> SRR1146138 4 0.1628 0.860 0.008 0.000 0.056 0.936 0.000
#> SRR1146139 2 0.4124 0.821 0.008 0.792 0.056 0.144 0.000
#> SRR1146140 1 0.0451 0.811 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146141 1 0.4560 0.228 0.508 0.000 0.008 0.000 0.484
#> SRR1146142 2 0.0510 0.909 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.5176 0.659 0.008 0.656 0.056 0.280 0.000
#> SRR1146145 2 0.1341 0.891 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1146146 4 0.2629 0.860 0.000 0.004 0.136 0.860 0.000
#> SRR1146147 5 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146148 5 0.0290 0.874 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146149 5 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146150 3 0.3196 0.840 0.004 0.000 0.804 0.000 0.192
#> SRR1146151 5 0.4300 -0.153 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146152 5 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146153 4 0.1628 0.860 0.008 0.000 0.056 0.936 0.000
#> SRR1146154 5 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146155 1 0.1764 0.793 0.928 0.000 0.064 0.000 0.008
#> SRR1146156 1 0.3039 0.776 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1146157 1 0.3003 0.778 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1146158 5 0.3607 0.574 0.244 0.000 0.004 0.000 0.752
#> SRR1146159 5 0.0162 0.875 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1146160 5 0.4420 -0.179 0.448 0.000 0.004 0.000 0.548
#> SRR1146161 5 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146162 1 0.3430 0.753 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR1146163 3 0.3912 0.857 0.088 0.000 0.804 0.000 0.108
#> SRR1146164 5 0.3210 0.581 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1146165 1 0.0290 0.811 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146166 4 0.1628 0.860 0.008 0.000 0.056 0.936 0.000
#> SRR1146167 2 0.4075 0.823 0.000 0.780 0.160 0.060 0.000
#> SRR1146168 5 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146169 2 0.4124 0.821 0.008 0.792 0.056 0.144 0.000
#> SRR1146170 4 0.4171 0.493 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1146171 4 0.0963 0.868 0.000 0.000 0.036 0.964 0.000
#> SRR1146172 4 0.2516 0.855 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1146173 4 0.2561 0.853 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1146174 4 0.4238 0.552 0.004 0.368 0.000 0.628 0.000
#> SRR1146175 2 0.1502 0.893 0.000 0.940 0.004 0.056 0.000
#> SRR1146176 4 0.4297 0.315 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1146177 2 0.1341 0.891 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1146178 4 0.1628 0.860 0.008 0.000 0.056 0.936 0.000
#> SRR1146179 2 0.0000 0.914 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.1410 0.891 0.000 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1146181 4 0.0290 0.873 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146182 4 0.2929 0.829 0.000 0.180 0.000 0.820 0.000
#> SRR1146183 4 0.3064 0.861 0.000 0.108 0.036 0.856 0.000
#> SRR1146184 4 0.2561 0.853 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1146185 4 0.1628 0.860 0.008 0.000 0.056 0.936 0.000
#> SRR1146186 4 0.1965 0.869 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000
#> SRR1146187 4 0.1628 0.860 0.008 0.000 0.056 0.936 0.000
#> SRR1146188 4 0.1628 0.860 0.008 0.000 0.056 0.936 0.000
#> SRR1146189 4 0.0000 0.873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146190 4 0.1628 0.860 0.008 0.000 0.056 0.936 0.000
#> SRR1146191 4 0.2516 0.855 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1146192 4 0.0000 0.873 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146193 4 0.1628 0.860 0.008 0.000 0.056 0.936 0.000
#> SRR1146194 4 0.1628 0.860 0.008 0.000 0.056 0.936 0.000
#> SRR1146195 4 0.1628 0.860 0.008 0.000 0.056 0.936 0.000
#> SRR1146196 4 0.2516 0.855 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1146197 4 0.0290 0.873 0.008 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146198 4 0.2471 0.860 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1146199 5 0.1478 0.831 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1146200 4 0.0854 0.872 0.008 0.004 0.012 0.976 0.000
#> SRR1146201 4 0.2516 0.855 0.000 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1146202 3 0.3074 0.838 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146203 1 0.1608 0.824 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1146204 3 0.4194 0.832 0.132 0.000 0.780 0.000 0.088
#> SRR1146205 5 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146206 5 0.1043 0.851 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1146207 4 0.1341 0.862 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1146208 1 0.2795 0.798 0.880 0.000 0.064 0.000 0.056
#> SRR1146209 5 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146210 1 0.3480 0.727 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1146211 5 0.0324 0.874 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1146212 5 0.0290 0.873 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992
#> SRR1146213 4 0.2471 0.860 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1146214 1 0.3911 0.767 0.796 0.000 0.060 0.000 0.144
#> SRR1146215 1 0.1851 0.825 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1146216 2 0.3759 0.832 0.000 0.808 0.056 0.136 0.000
#> SRR1146217 5 0.0162 0.875 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1146218 5 0.4015 0.321 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1146219 3 0.3246 0.802 0.184 0.000 0.808 0.000 0.008
#> SRR1146220 3 0.3039 0.839 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146221 5 0.4015 0.321 0.000 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1146222 1 0.0290 0.811 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146223 5 0.0324 0.874 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1146224 3 0.3143 0.832 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146225 5 0.0000 0.876 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146226 1 0.1768 0.824 0.924 0.000 0.004 0.000 0.072
#> SRR1146227 3 0.3355 0.803 0.184 0.000 0.804 0.000 0.012
#> SRR1146228 3 0.3857 0.857 0.084 0.000 0.808 0.000 0.108
#> SRR1146229 1 0.1764 0.793 0.928 0.000 0.064 0.000 0.008
#> SRR1146230 4 0.2753 0.860 0.000 0.008 0.136 0.856 0.000
#> SRR1146231 4 0.2561 0.853 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1146232 2 0.0703 0.906 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146233 1 0.0290 0.811 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146234 1 0.3950 0.772 0.796 0.000 0.068 0.000 0.136
#> SRR1146235 5 0.5680 -0.229 0.428 0.000 0.080 0.000 0.492
#> SRR1146236 4 0.2471 0.860 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1146237 1 0.1764 0.793 0.928 0.000 0.064 0.000 0.008
#> SRR1146238 4 0.2561 0.853 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1146239 3 0.3857 0.637 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR1146240 5 0.2424 0.720 0.132 0.000 0.000 0.000 0.868
#> SRR1146241 1 0.1608 0.824 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1146242 1 0.1608 0.824 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1146243 4 0.2471 0.860 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1146244 4 0.2471 0.860 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1146245 4 0.2561 0.853 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1146246 4 0.2561 0.853 0.000 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1146247 4 0.2753 0.860 0.000 0.008 0.136 0.856 0.000
#> SRR1146248 4 0.2753 0.860 0.000 0.008 0.136 0.856 0.000
#> SRR1146249 4 0.3039 0.856 0.000 0.000 0.192 0.808 0.000
#> SRR1146250 2 0.3759 0.828 0.000 0.808 0.136 0.056 0.000
#> SRR1146252 5 0.0324 0.874 0.004 0.000 0.004 0.000 0.992
#> SRR1146253 1 0.2230 0.820 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1146254 3 0.3074 0.838 0.000 0.000 0.804 0.000 0.196
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.2568 0.8194 0.000 0.056 0.000 0.876 0.000 0.068
#> SRR1146077 1 0.5835 0.5456 0.568 0.000 0.032 0.124 0.276 0.000
#> SRR1146078 1 0.5896 0.5155 0.552 0.000 0.032 0.124 0.292 0.000
#> SRR1146079 5 0.0000 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146080 5 0.0405 0.8795 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR1146081 1 0.5926 0.5636 0.568 0.000 0.040 0.124 0.268 0.000
#> SRR1146082 3 0.1151 0.8955 0.032 0.000 0.956 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146083 1 0.0363 0.8167 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.1910 0.8760 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 0.9035 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.9035 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146087 5 0.3933 0.7319 0.080 0.000 0.012 0.124 0.784 0.000
#> SRR1146088 4 0.2260 0.8567 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1146089 3 0.1444 0.8868 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.1910 0.8762 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.1563 0.8942 0.056 0.000 0.932 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146092 1 0.2699 0.7829 0.856 0.000 0.012 0.124 0.008 0.000
#> SRR1146093 1 0.5584 0.6261 0.620 0.000 0.032 0.124 0.224 0.000
#> SRR1146094 5 0.3544 0.7697 0.032 0.000 0.028 0.124 0.816 0.000
#> SRR1146095 5 0.0632 0.8744 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 0.9035 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.5733 0.6195 0.608 0.000 0.040 0.124 0.228 0.000
#> SRR1146098 1 0.2706 0.7841 0.852 0.000 0.024 0.124 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.2562 0.8240 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.1418 0.8239 0.944 0.000 0.024 0.000 0.032 0.000
#> SRR1146101 6 0.3928 0.7451 0.000 0.160 0.000 0.080 0.000 0.760
#> SRR1146102 3 0.2135 0.8456 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.1501 0.8979 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1146104 1 0.3488 0.7656 0.780 0.000 0.036 0.000 0.184 0.000
#> SRR1146105 3 0.2218 0.8811 0.012 0.000 0.884 0.000 0.104 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 0.9035 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.9035 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.9035 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.9035 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.4432 0.5332 0.600 0.000 0.036 0.000 0.364 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.9035 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.0146 0.8814 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 0.9035 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.9035 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.9035 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.2454 0.7984 0.000 0.840 0.000 0.160 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.9035 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.9035 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146119 5 0.1267 0.8530 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 0.9035 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.9035 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146122 6 0.4556 0.7178 0.000 0.116 0.000 0.188 0.000 0.696
#> SRR1146123 5 0.0603 0.8769 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146124 5 0.1556 0.8512 0.000 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1146125 6 0.3558 0.7420 0.000 0.212 0.000 0.028 0.000 0.760
#> SRR1146126 2 0.3647 0.4960 0.000 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.2491 0.7941 0.000 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR1146128 3 0.2896 0.8534 0.016 0.000 0.824 0.000 0.160 0.000
#> SRR1146129 3 0.2260 0.8672 0.000 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1146130 2 0.3607 0.5204 0.000 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.2793 0.7476 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1146132 5 0.3266 0.5643 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1146133 5 0.0146 0.8813 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1146134 3 0.2697 0.8298 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1146135 3 0.2730 0.7984 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1146136 5 0.2909 0.7950 0.028 0.000 0.136 0.000 0.836 0.000
#> SRR1146137 4 0.2092 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146138 4 0.2092 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146139 4 0.3101 0.6127 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0713 0.8166 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.4654 0.6297 0.652 0.000 0.080 0.000 0.268 0.000
#> SRR1146142 2 0.0458 0.8986 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1146143 2 0.0146 0.9025 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146144 4 0.3215 0.6205 0.000 0.240 0.000 0.756 0.000 0.004
#> SRR1146145 2 0.1610 0.8604 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1146146 6 0.2487 0.7396 0.000 0.000 0.032 0.092 0.000 0.876
#> SRR1146147 5 0.0146 0.8813 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1146148 5 0.0937 0.8712 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1146149 5 0.0260 0.8807 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146150 3 0.1700 0.8976 0.024 0.000 0.928 0.000 0.048 0.000
#> SRR1146151 5 0.3868 -0.1245 0.000 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1146152 5 0.0000 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146153 4 0.2491 0.8470 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1146154 5 0.0146 0.8813 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1146155 1 0.1204 0.8081 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.2667 0.8038 0.852 0.000 0.020 0.000 0.128 0.000
#> SRR1146157 1 0.2748 0.8037 0.848 0.000 0.024 0.000 0.128 0.000
#> SRR1146158 5 0.3454 0.6620 0.208 0.000 0.024 0.000 0.768 0.000
#> SRR1146159 5 0.0000 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146160 5 0.5086 -0.0663 0.384 0.000 0.084 0.000 0.532 0.000
#> SRR1146161 5 0.0000 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.3247 0.7868 0.808 0.000 0.036 0.000 0.156 0.000
#> SRR1146163 3 0.1500 0.8952 0.052 0.000 0.936 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146164 5 0.4066 0.5679 0.204 0.000 0.064 0.000 0.732 0.000
#> SRR1146165 1 0.0458 0.8177 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.2135 0.8615 0.000 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1146167 2 0.4088 0.7700 0.000 0.780 0.020 0.100 0.000 0.100
#> SRR1146168 5 0.0000 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146169 4 0.3101 0.6127 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000 0.000
#> SRR1146170 6 0.4300 0.7190 0.000 0.208 0.000 0.080 0.000 0.712
#> SRR1146171 6 0.3390 0.6122 0.000 0.000 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1146172 6 0.3834 0.7828 0.000 0.116 0.000 0.108 0.000 0.776
#> SRR1146173 6 0.2146 0.7937 0.000 0.116 0.000 0.004 0.000 0.880
#> SRR1146174 4 0.5717 0.2941 0.000 0.212 0.000 0.516 0.000 0.272
#> SRR1146175 2 0.1610 0.8604 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1146176 2 0.5071 0.0905 0.000 0.540 0.000 0.084 0.000 0.376
#> SRR1146177 2 0.1610 0.8604 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1146178 4 0.2092 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146179 2 0.0458 0.8983 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1146180 2 0.1700 0.8616 0.000 0.916 0.004 0.000 0.000 0.080
#> SRR1146181 4 0.3351 0.6549 0.000 0.000 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1146182 6 0.3558 0.7420 0.000 0.212 0.000 0.028 0.000 0.760
#> SRR1146183 6 0.3518 0.7914 0.000 0.092 0.000 0.104 0.000 0.804
#> SRR1146184 6 0.4641 0.7584 0.000 0.116 0.000 0.200 0.000 0.684
#> SRR1146185 4 0.2092 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146186 6 0.3419 0.7907 0.000 0.084 0.000 0.104 0.000 0.812
#> SRR1146187 4 0.2219 0.8588 0.000 0.000 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1146188 4 0.3136 0.8166 0.000 0.016 0.000 0.796 0.000 0.188
#> SRR1146189 6 0.3578 0.4958 0.000 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1146190 4 0.2378 0.8467 0.000 0.000 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1146191 6 0.3834 0.7828 0.000 0.116 0.000 0.108 0.000 0.776
#> SRR1146192 6 0.3499 0.6249 0.000 0.000 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1146193 4 0.2092 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146194 4 0.2092 0.8621 0.000 0.000 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146195 4 0.2883 0.7996 0.000 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1146196 6 0.3834 0.7828 0.000 0.116 0.000 0.108 0.000 0.776
#> SRR1146197 4 0.2854 0.7902 0.000 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1146198 6 0.2106 0.7505 0.000 0.000 0.032 0.064 0.000 0.904
#> SRR1146199 5 0.3000 0.7805 0.032 0.000 0.004 0.124 0.840 0.000
#> SRR1146200 4 0.2912 0.7950 0.000 0.000 0.000 0.784 0.000 0.216
#> SRR1146201 6 0.4695 0.7521 0.000 0.116 0.000 0.208 0.000 0.676
#> SRR1146202 3 0.1714 0.8935 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1146203 1 0.1334 0.8231 0.948 0.000 0.020 0.000 0.032 0.000
#> SRR1146204 3 0.2563 0.8807 0.072 0.000 0.876 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146205 5 0.0146 0.8813 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1146206 5 0.0790 0.8711 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1146207 6 0.3446 0.5896 0.000 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1146208 1 0.1921 0.8183 0.916 0.000 0.052 0.000 0.032 0.000
#> SRR1146209 5 0.0000 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.4054 0.7460 0.740 0.000 0.072 0.000 0.188 0.000
#> SRR1146211 5 0.0713 0.8746 0.000 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1146212 5 0.0405 0.8797 0.008 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000
#> SRR1146213 6 0.2537 0.7725 0.000 0.000 0.032 0.096 0.000 0.872
#> SRR1146214 1 0.3745 0.7756 0.784 0.000 0.100 0.000 0.116 0.000
#> SRR1146215 1 0.1863 0.8274 0.920 0.000 0.036 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146216 2 0.3210 0.7713 0.000 0.804 0.000 0.168 0.000 0.028
#> SRR1146217 5 0.0260 0.8813 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146218 5 0.3266 0.5598 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1146219 3 0.1556 0.8884 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146220 3 0.2135 0.8739 0.000 0.000 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1146221 5 0.3266 0.5598 0.000 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1146222 1 0.0458 0.8168 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 5 0.0993 0.8691 0.012 0.000 0.024 0.000 0.964 0.000
#> SRR1146224 3 0.2823 0.8176 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1146225 5 0.0000 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.1418 0.8239 0.944 0.000 0.024 0.000 0.032 0.000
#> SRR1146227 3 0.1524 0.8918 0.060 0.000 0.932 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146228 3 0.2258 0.8959 0.044 0.000 0.896 0.000 0.060 0.000
#> SRR1146229 1 0.1814 0.7974 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 6 0.0790 0.7558 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000 0.968
#> SRR1146231 6 0.3834 0.7828 0.000 0.116 0.000 0.108 0.000 0.776
#> SRR1146232 2 0.0713 0.8934 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1146233 1 0.0632 0.8156 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.3792 0.7804 0.780 0.000 0.108 0.000 0.112 0.000
#> SRR1146235 1 0.5555 0.4221 0.480 0.000 0.140 0.000 0.380 0.000
#> SRR1146236 6 0.2487 0.7396 0.000 0.000 0.032 0.092 0.000 0.876
#> SRR1146237 1 0.1663 0.8017 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 6 0.2003 0.7927 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000 0.884
#> SRR1146239 3 0.2969 0.7313 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 5 0.3274 0.7435 0.096 0.000 0.080 0.000 0.824 0.000
#> SRR1146241 1 0.1245 0.8238 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032 0.000
#> SRR1146242 1 0.2653 0.7991 0.844 0.000 0.012 0.000 0.144 0.000
#> SRR1146243 6 0.2487 0.7396 0.000 0.000 0.032 0.092 0.000 0.876
#> SRR1146244 6 0.2487 0.7396 0.000 0.000 0.032 0.092 0.000 0.876
#> SRR1146245 6 0.2696 0.7969 0.000 0.116 0.000 0.028 0.000 0.856
#> SRR1146246 6 0.2696 0.7969 0.000 0.116 0.000 0.028 0.000 0.856
#> SRR1146247 6 0.2106 0.7505 0.000 0.000 0.032 0.064 0.000 0.904
#> SRR1146248 6 0.2487 0.7396 0.000 0.000 0.032 0.092 0.000 0.876
#> SRR1146249 6 0.3062 0.6892 0.000 0.000 0.032 0.144 0.000 0.824
#> SRR1146250 2 0.4020 0.6685 0.000 0.692 0.032 0.000 0.000 0.276
#> SRR1146252 5 0.2176 0.8338 0.024 0.000 0.080 0.000 0.896 0.000
#> SRR1146253 1 0.2744 0.8200 0.864 0.000 0.064 0.000 0.072 0.000
#> SRR1146254 3 0.1753 0.8950 0.004 0.000 0.912 0.000 0.084 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.995 0.998 0.5015 0.499 0.499
#> 3 3 0.758 0.839 0.886 0.2325 0.888 0.775
#> 4 4 0.668 0.699 0.841 0.1087 0.961 0.902
#> 5 5 0.658 0.581 0.793 0.0924 0.878 0.677
#> 6 6 0.718 0.658 0.815 0.0591 0.877 0.583
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146077 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146089 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146090 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146091 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146102 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146123 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146126 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146127 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146131 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146132 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146134 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146135 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146138 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146139 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146140 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146144 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146145 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146146 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146147 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146151 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146152 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146154 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146167 2 0.917 0.503 0.332 0.668
#> SRR1146168 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146170 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146171 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146172 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146173 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146174 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146175 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146176 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146177 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146181 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146182 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146183 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146184 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146185 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146186 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146187 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146188 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146189 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146190 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146191 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146192 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146193 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146194 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146195 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146196 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146197 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146198 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146199 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146201 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146202 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146206 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146207 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146212 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146213 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146217 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146218 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146224 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146225 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146231 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146232 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146239 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146244 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146245 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146246 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146247 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146248 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146249 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.000 0.996 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.2625 0.920 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146077 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.6079 -0.146 0.612 0.000 0.388
#> SRR1146079 3 0.5810 0.878 0.336 0.000 0.664
#> SRR1146080 3 0.5621 0.913 0.308 0.000 0.692
#> SRR1146081 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.3116 0.786 0.892 0.000 0.108
#> SRR1146083 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.2356 0.792 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146085 2 0.2878 0.937 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146086 2 0.2878 0.937 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146087 3 0.5138 0.931 0.252 0.000 0.748
#> SRR1146088 2 0.2537 0.922 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146089 1 0.2356 0.792 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146090 1 0.2356 0.792 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146091 1 0.3879 0.761 0.848 0.000 0.152
#> SRR1146092 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 3 0.5138 0.931 0.252 0.000 0.748
#> SRR1146095 1 0.5138 0.556 0.748 0.000 0.252
#> SRR1146096 2 0.2878 0.937 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146097 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.2356 0.792 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146100 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146102 1 0.2356 0.792 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146103 1 0.3879 0.757 0.848 0.000 0.152
#> SRR1146104 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.5058 0.670 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146106 2 0.2959 0.937 0.000 0.900 0.100
#> SRR1146107 2 0.2878 0.937 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146108 2 0.2959 0.937 0.000 0.900 0.100
#> SRR1146109 2 0.2878 0.937 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146110 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.2878 0.937 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146112 3 0.5529 0.921 0.296 0.000 0.704
#> SRR1146113 2 0.2959 0.937 0.000 0.900 0.100
#> SRR1146114 2 0.2878 0.937 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146115 2 0.2878 0.937 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146116 2 0.2878 0.938 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146117 2 0.2878 0.937 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146118 2 0.2878 0.937 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146119 1 0.5810 0.379 0.664 0.000 0.336
#> SRR1146120 2 0.2878 0.937 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146121 2 0.2878 0.937 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146122 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146123 1 0.5810 0.377 0.664 0.000 0.336
#> SRR1146124 1 0.5810 0.379 0.664 0.000 0.336
#> SRR1146125 2 0.0424 0.948 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146126 2 0.2878 0.938 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146127 2 0.2878 0.938 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146128 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.5291 0.639 0.732 0.000 0.268
#> SRR1146130 2 0.2878 0.938 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146131 2 0.2625 0.940 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146132 3 0.5138 0.931 0.252 0.000 0.748
#> SRR1146133 3 0.5138 0.931 0.252 0.000 0.748
#> SRR1146134 3 0.4974 0.859 0.236 0.000 0.764
#> SRR1146135 1 0.5529 0.487 0.704 0.000 0.296
#> SRR1146136 1 0.4002 0.689 0.840 0.000 0.160
#> SRR1146137 2 0.2625 0.920 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146138 2 0.2625 0.920 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146139 2 0.2878 0.938 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146140 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.2878 0.937 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146143 2 0.2878 0.937 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146144 2 0.1163 0.949 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146145 2 0.2878 0.937 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146146 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146147 3 0.5138 0.931 0.252 0.000 0.748
#> SRR1146148 1 0.5810 0.379 0.664 0.000 0.336
#> SRR1146149 3 0.5650 0.910 0.312 0.000 0.688
#> SRR1146150 3 0.5560 0.792 0.300 0.000 0.700
#> SRR1146151 3 0.5138 0.931 0.252 0.000 0.748
#> SRR1146152 1 0.6280 -0.269 0.540 0.000 0.460
#> SRR1146153 2 0.2625 0.920 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146154 3 0.5138 0.931 0.252 0.000 0.748
#> SRR1146155 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.5733 0.149 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146157 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.4291 0.690 0.820 0.000 0.180
#> SRR1146159 3 0.5254 0.931 0.264 0.000 0.736
#> SRR1146160 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 3 0.5859 0.862 0.344 0.000 0.656
#> SRR1146162 1 0.4504 0.674 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146163 1 0.2356 0.792 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146164 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.2625 0.920 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146167 2 0.5988 0.474 0.000 0.632 0.368
#> SRR1146168 3 0.5621 0.913 0.308 0.000 0.692
#> SRR1146169 2 0.2711 0.939 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146170 2 0.1163 0.948 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146171 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146172 2 0.2261 0.930 0.000 0.932 0.068
#> SRR1146173 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146174 2 0.0424 0.949 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146175 2 0.2796 0.938 0.000 0.908 0.092
#> SRR1146176 2 0.2959 0.937 0.000 0.900 0.100
#> SRR1146177 2 0.2796 0.938 0.000 0.908 0.092
#> SRR1146178 2 0.2625 0.920 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146179 2 0.2796 0.940 0.000 0.908 0.092
#> SRR1146180 2 0.1289 0.948 0.000 0.968 0.032
#> SRR1146181 2 0.2625 0.920 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146182 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146183 2 0.0424 0.949 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146184 2 0.2448 0.926 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146185 2 0.2625 0.920 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146186 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146187 2 0.2625 0.920 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146188 2 0.1289 0.948 0.000 0.968 0.032
#> SRR1146189 2 0.2625 0.920 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146190 2 0.2625 0.920 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146191 2 0.1529 0.938 0.000 0.960 0.040
#> SRR1146192 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146193 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146194 2 0.0424 0.947 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146195 2 0.2261 0.927 0.000 0.932 0.068
#> SRR1146196 2 0.0424 0.947 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146197 2 0.2625 0.920 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146198 2 0.0747 0.946 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146199 3 0.5138 0.931 0.252 0.000 0.748
#> SRR1146200 2 0.2625 0.920 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146201 2 0.2711 0.920 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146202 1 0.5706 0.517 0.680 0.000 0.320
#> SRR1146203 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 3 0.5926 0.854 0.356 0.000 0.644
#> SRR1146205 3 0.5138 0.931 0.252 0.000 0.748
#> SRR1146206 3 0.5138 0.931 0.252 0.000 0.748
#> SRR1146207 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146208 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.5706 0.410 0.680 0.000 0.320
#> SRR1146210 1 0.2261 0.786 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146211 3 0.5138 0.931 0.252 0.000 0.748
#> SRR1146212 3 0.5497 0.923 0.292 0.000 0.708
#> SRR1146213 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146214 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.2796 0.938 0.000 0.908 0.092
#> SRR1146217 3 0.5591 0.916 0.304 0.000 0.696
#> SRR1146218 1 0.4178 0.695 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146219 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.5810 0.379 0.664 0.000 0.336
#> SRR1146221 3 0.5327 0.929 0.272 0.000 0.728
#> SRR1146222 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.5650 0.426 0.688 0.000 0.312
#> SRR1146224 3 0.5058 0.854 0.244 0.000 0.756
#> SRR1146225 3 0.6045 0.741 0.380 0.000 0.620
#> SRR1146226 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.4887 0.688 0.772 0.000 0.228
#> SRR1146229 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146231 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146232 2 0.2959 0.937 0.000 0.900 0.100
#> SRR1146233 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146237 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146239 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.6111 -0.117 0.604 0.000 0.396
#> SRR1146241 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0592 0.837 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146243 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146244 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146245 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146246 2 0.0237 0.948 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146247 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146248 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146249 2 0.0000 0.948 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146250 2 0.1753 0.946 0.000 0.952 0.048
#> SRR1146252 1 0.4235 0.686 0.824 0.000 0.176
#> SRR1146253 1 0.0000 0.845 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0592 0.838 0.988 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 2 0.3610 0.6093 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146077 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 3 0.5894 0.2072 0.428 0.000 0.536 0.036
#> SRR1146079 3 0.2101 0.8019 0.060 0.000 0.928 0.012
#> SRR1146080 3 0.1388 0.8108 0.028 0.000 0.960 0.012
#> SRR1146081 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.3706 0.8078 0.848 0.000 0.040 0.112
#> SRR1146083 1 0.0592 0.8553 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146084 1 0.3108 0.8156 0.872 0.000 0.016 0.112
#> SRR1146085 2 0.4304 0.4904 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1146086 2 0.4222 0.5087 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1146087 3 0.1489 0.8083 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR1146088 2 0.4819 0.2029 0.000 0.652 0.004 0.344
#> SRR1146089 1 0.3108 0.8156 0.872 0.000 0.016 0.112
#> SRR1146090 1 0.3108 0.8156 0.872 0.000 0.016 0.112
#> SRR1146091 1 0.4840 0.7627 0.784 0.000 0.116 0.100
#> SRR1146092 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.3638 0.7805 0.848 0.000 0.120 0.032
#> SRR1146094 3 0.0895 0.8091 0.020 0.000 0.976 0.004
#> SRR1146095 1 0.4907 0.3833 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1146096 2 0.3907 0.5886 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1146097 1 0.2443 0.8273 0.916 0.000 0.060 0.024
#> SRR1146098 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.3108 0.8156 0.872 0.000 0.016 0.112
#> SRR1146100 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.1118 0.7487 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146102 1 0.2988 0.8174 0.876 0.000 0.012 0.112
#> SRR1146103 1 0.3404 0.8031 0.864 0.000 0.104 0.032
#> SRR1146104 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.5633 0.6945 0.716 0.000 0.184 0.100
#> SRR1146106 2 0.4164 0.5267 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146107 2 0.4222 0.5123 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1146108 2 0.3837 0.6011 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1146109 2 0.4103 0.5436 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1146110 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.3219 0.6755 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1146112 3 0.3991 0.8057 0.020 0.000 0.808 0.172
#> SRR1146113 2 0.3801 0.6064 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146114 2 0.4222 0.5087 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1146115 2 0.3801 0.6064 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146116 2 0.4304 0.5604 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1146117 2 0.4356 0.4620 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1146118 2 0.4222 0.5087 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1146119 3 0.4920 0.2286 0.368 0.000 0.628 0.004
#> SRR1146120 2 0.4164 0.5229 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146121 2 0.4382 0.4504 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1146122 2 0.1824 0.7436 0.000 0.936 0.004 0.060
#> SRR1146123 3 0.5599 0.2734 0.352 0.000 0.616 0.032
#> SRR1146124 1 0.4991 0.4126 0.608 0.000 0.388 0.004
#> SRR1146125 2 0.1637 0.7440 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1146126 2 0.1792 0.7482 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146127 2 0.3837 0.6628 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1146128 1 0.0817 0.8557 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146129 1 0.6477 0.5580 0.600 0.000 0.300 0.100
#> SRR1146130 2 0.2281 0.7357 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1146131 2 0.3024 0.7318 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1146132 3 0.3401 0.8066 0.008 0.000 0.840 0.152
#> SRR1146133 3 0.3768 0.7978 0.008 0.000 0.808 0.184
#> SRR1146134 3 0.4797 0.7683 0.020 0.000 0.720 0.260
#> SRR1146135 1 0.4761 0.5386 0.664 0.000 0.332 0.004
#> SRR1146136 1 0.4697 0.5087 0.644 0.000 0.356 0.000
#> SRR1146137 2 0.3610 0.6093 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146138 2 0.3610 0.6093 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146139 2 0.2281 0.7357 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1146140 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0336 0.8583 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146142 2 0.3726 0.6180 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1146143 2 0.3123 0.6884 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1146144 2 0.2216 0.7336 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1146145 2 0.2814 0.7094 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1146146 2 0.2976 0.7249 0.000 0.872 0.008 0.120
#> SRR1146147 3 0.3636 0.8013 0.008 0.000 0.820 0.172
#> SRR1146148 1 0.4991 0.4126 0.608 0.000 0.388 0.004
#> SRR1146149 3 0.1489 0.8105 0.044 0.000 0.952 0.004
#> SRR1146150 3 0.4673 0.7680 0.076 0.000 0.792 0.132
#> SRR1146151 3 0.3768 0.7978 0.008 0.000 0.808 0.184
#> SRR1146152 3 0.2530 0.7679 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1146153 2 0.3610 0.6093 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146154 3 0.3768 0.7978 0.008 0.000 0.808 0.184
#> SRR1146155 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.5151 0.0985 0.532 0.000 0.464 0.004
#> SRR1146157 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.3219 0.7617 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1146159 3 0.1118 0.8101 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 3 0.1576 0.8089 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR1146162 1 0.3695 0.7605 0.828 0.000 0.156 0.016
#> SRR1146163 1 0.2542 0.8323 0.904 0.000 0.012 0.084
#> SRR1146164 1 0.1557 0.8425 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.3610 0.6093 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146167 4 0.7448 0.0000 0.000 0.400 0.172 0.428
#> SRR1146168 3 0.1624 0.8139 0.020 0.000 0.952 0.028
#> SRR1146169 2 0.2345 0.7360 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146170 2 0.1716 0.7412 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1146171 2 0.2124 0.7305 0.000 0.924 0.008 0.068
#> SRR1146172 2 0.1867 0.7332 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146173 2 0.1356 0.7462 0.000 0.960 0.008 0.032
#> SRR1146174 2 0.0592 0.7515 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146175 2 0.3801 0.6690 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146176 2 0.2216 0.7312 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1146177 2 0.2589 0.7391 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1146178 2 0.3610 0.6093 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146179 2 0.1940 0.7392 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1146180 2 0.3873 0.6380 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1146181 2 0.3610 0.6093 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146182 2 0.3032 0.7126 0.000 0.868 0.008 0.124
#> SRR1146183 2 0.1557 0.7430 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1146184 2 0.3074 0.6797 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1146185 2 0.3569 0.6151 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146186 2 0.2124 0.7327 0.000 0.924 0.008 0.068
#> SRR1146187 2 0.3610 0.6093 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146188 2 0.2281 0.7385 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1146189 2 0.3569 0.6129 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146190 2 0.3311 0.6465 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146191 2 0.2408 0.7134 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1146192 2 0.2149 0.7232 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146193 2 0.2342 0.7340 0.000 0.912 0.008 0.080
#> SRR1146194 2 0.2342 0.7245 0.000 0.912 0.008 0.080
#> SRR1146195 2 0.3074 0.6699 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1146196 2 0.1022 0.7476 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146197 2 0.3266 0.6330 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1146198 2 0.1302 0.7471 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1146199 3 0.3681 0.8005 0.008 0.000 0.816 0.176
#> SRR1146200 2 0.3610 0.6093 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146201 2 0.3266 0.6586 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1146202 1 0.6938 0.2637 0.488 0.000 0.400 0.112
#> SRR1146203 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 3 0.3004 0.7937 0.060 0.000 0.892 0.048
#> SRR1146205 3 0.3768 0.7978 0.008 0.000 0.808 0.184
#> SRR1146206 3 0.3768 0.7978 0.008 0.000 0.808 0.184
#> SRR1146207 2 0.2198 0.7288 0.000 0.920 0.008 0.072
#> SRR1146208 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 3 0.4977 -0.0676 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1146210 1 0.3907 0.6993 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1146211 3 0.1807 0.8011 0.008 0.000 0.940 0.052
#> SRR1146212 3 0.4012 0.8003 0.016 0.000 0.800 0.184
#> SRR1146213 2 0.2342 0.7332 0.000 0.912 0.008 0.080
#> SRR1146214 1 0.2973 0.7861 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.3266 0.6963 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1146217 3 0.4576 0.7857 0.020 0.000 0.748 0.232
#> SRR1146218 1 0.5620 0.3791 0.560 0.000 0.416 0.024
#> SRR1146219 1 0.0188 0.8590 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146220 1 0.4830 0.4120 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146221 3 0.1004 0.8098 0.024 0.000 0.972 0.004
#> SRR1146222 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.4790 0.4352 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1146224 3 0.4399 0.7915 0.020 0.000 0.768 0.212
#> SRR1146225 3 0.1118 0.8084 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0336 0.8582 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146228 1 0.5633 0.6945 0.716 0.000 0.184 0.100
#> SRR1146229 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.2859 0.7233 0.000 0.880 0.008 0.112
#> SRR1146231 2 0.1151 0.7469 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1146232 2 0.3837 0.6023 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1146233 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.2546 0.7311 0.000 0.900 0.008 0.092
#> SRR1146237 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.3300 0.6971 0.000 0.848 0.008 0.144
#> SRR1146239 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 3 0.4158 0.6547 0.224 0.000 0.768 0.008
#> SRR1146241 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.3649 0.7280 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1146243 2 0.2675 0.7420 0.000 0.892 0.008 0.100
#> SRR1146244 2 0.2271 0.7395 0.000 0.916 0.008 0.076
#> SRR1146245 2 0.1970 0.7440 0.000 0.932 0.008 0.060
#> SRR1146246 2 0.2799 0.7287 0.000 0.884 0.008 0.108
#> SRR1146247 2 0.2412 0.7349 0.000 0.908 0.008 0.084
#> SRR1146248 2 0.3032 0.7126 0.000 0.868 0.008 0.124
#> SRR1146249 2 0.3249 0.7347 0.000 0.852 0.008 0.140
#> SRR1146250 2 0.3123 0.6916 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1146252 1 0.3907 0.6810 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.8596 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.2408 0.8147 0.896 0.000 0.104 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 4 0.3555 0.6678 0.000 0.052 0.124 0.824 0.000
#> SRR1146077 1 0.0162 0.7891 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 5 0.3491 0.1480 0.228 0.004 0.000 0.000 0.768
#> SRR1146079 5 0.2848 0.5864 0.004 0.000 0.156 0.000 0.840
#> SRR1146080 5 0.3487 0.6029 0.008 0.000 0.212 0.000 0.780
#> SRR1146081 1 0.0000 0.7894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.5541 0.0157 0.496 0.004 0.444 0.000 0.056
#> SRR1146083 1 0.0486 0.7899 0.988 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146084 1 0.4533 0.1383 0.544 0.000 0.448 0.000 0.008
#> SRR1146085 2 0.3921 0.7940 0.000 0.784 0.044 0.172 0.000
#> SRR1146086 2 0.2891 0.8133 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1146087 5 0.0579 0.6186 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR1146088 4 0.5136 0.5720 0.000 0.180 0.128 0.692 0.000
#> SRR1146089 1 0.5032 0.0833 0.520 0.000 0.448 0.000 0.032
#> SRR1146090 1 0.4723 0.1213 0.536 0.000 0.448 0.000 0.016
#> SRR1146091 1 0.5695 -0.0256 0.484 0.004 0.444 0.000 0.068
#> SRR1146092 1 0.0451 0.7892 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.2339 0.7171 0.892 0.004 0.004 0.000 0.100
#> SRR1146094 5 0.0898 0.6140 0.008 0.000 0.020 0.000 0.972
#> SRR1146095 1 0.3551 0.5882 0.772 0.000 0.008 0.000 0.220
#> SRR1146096 2 0.3366 0.8316 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1146097 1 0.2646 0.6930 0.868 0.004 0.004 0.000 0.124
#> SRR1146098 1 0.0486 0.7899 0.988 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146099 1 0.4533 0.1383 0.544 0.000 0.448 0.000 0.008
#> SRR1146100 1 0.0451 0.7892 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146101 4 0.3661 0.6010 0.000 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1146102 1 0.4533 0.1383 0.544 0.000 0.448 0.000 0.008
#> SRR1146103 1 0.4922 0.4558 0.684 0.004 0.256 0.000 0.056
#> SRR1146104 1 0.0162 0.7895 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146105 1 0.5323 0.3840 0.644 0.004 0.276 0.000 0.076
#> SRR1146106 2 0.3210 0.8287 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1146107 2 0.3074 0.8245 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1146108 2 0.3508 0.8273 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1146109 2 0.3534 0.8259 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1146110 1 0.0290 0.7897 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.3684 0.8117 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1146112 5 0.3928 0.5839 0.004 0.000 0.296 0.000 0.700
#> SRR1146113 2 0.3366 0.8316 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1146114 2 0.3003 0.8211 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1146115 2 0.3636 0.8154 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1146116 2 0.4171 0.6432 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1146117 2 0.3844 0.7871 0.000 0.792 0.044 0.164 0.000
#> SRR1146118 2 0.2891 0.8133 0.000 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1146119 5 0.4897 -0.3515 0.460 0.000 0.024 0.000 0.516
#> SRR1146120 2 0.3143 0.8275 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1146121 2 0.3914 0.7845 0.000 0.788 0.048 0.164 0.000
#> SRR1146122 4 0.3582 0.6506 0.000 0.224 0.008 0.768 0.000
#> SRR1146123 5 0.4047 -0.2851 0.320 0.000 0.004 0.000 0.676
#> SRR1146124 1 0.3720 0.5615 0.760 0.000 0.012 0.000 0.228
#> SRR1146125 4 0.4210 0.6524 0.000 0.224 0.036 0.740 0.000
#> SRR1146126 2 0.4273 0.6350 0.000 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1146127 2 0.4283 0.6197 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1146128 1 0.2233 0.7294 0.892 0.004 0.000 0.000 0.104
#> SRR1146129 5 0.6605 -0.7225 0.252 0.004 0.248 0.000 0.496
#> SRR1146130 4 0.4227 -0.3425 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1146131 4 0.3837 0.1646 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1146132 5 0.1478 0.6325 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1146133 5 0.2930 0.6153 0.004 0.000 0.164 0.000 0.832
#> SRR1146134 5 0.4201 0.5423 0.000 0.008 0.328 0.000 0.664
#> SRR1146135 1 0.3835 0.5446 0.744 0.000 0.012 0.000 0.244
#> SRR1146136 1 0.3177 0.6158 0.792 0.000 0.000 0.000 0.208
#> SRR1146137 4 0.3555 0.6678 0.000 0.052 0.124 0.824 0.000
#> SRR1146138 4 0.3485 0.6707 0.000 0.048 0.124 0.828 0.000
#> SRR1146139 2 0.4283 0.6269 0.000 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1146140 1 0.0486 0.7899 0.988 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146141 1 0.0451 0.7900 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1146142 2 0.3612 0.8180 0.000 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1146143 2 0.3636 0.8154 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1146144 4 0.2068 0.6677 0.000 0.092 0.004 0.904 0.000
#> SRR1146145 2 0.4201 0.5184 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1146146 4 0.4522 0.6450 0.000 0.176 0.080 0.744 0.000
#> SRR1146147 5 0.2488 0.6291 0.004 0.000 0.124 0.000 0.872
#> SRR1146148 1 0.3586 0.5233 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1146149 5 0.2859 0.5734 0.056 0.000 0.068 0.000 0.876
#> SRR1146150 5 0.3760 0.5322 0.028 0.000 0.188 0.000 0.784
#> SRR1146151 5 0.2966 0.6130 0.000 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1146152 5 0.4589 0.0716 0.212 0.000 0.064 0.000 0.724
#> SRR1146153 4 0.3622 0.6700 0.000 0.056 0.124 0.820 0.000
#> SRR1146154 5 0.3048 0.6078 0.004 0.000 0.176 0.000 0.820
#> SRR1146155 1 0.0451 0.7892 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146156 5 0.5160 -0.1900 0.288 0.004 0.060 0.000 0.648
#> SRR1146157 1 0.0162 0.7897 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.1851 0.7402 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1146159 5 0.0771 0.6158 0.004 0.000 0.020 0.000 0.976
#> SRR1146160 1 0.0000 0.7894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 5 0.2574 0.6049 0.012 0.000 0.112 0.000 0.876
#> SRR1146162 1 0.3196 0.6223 0.804 0.000 0.004 0.000 0.192
#> SRR1146163 1 0.4169 0.5011 0.724 0.004 0.256 0.000 0.016
#> SRR1146164 1 0.2741 0.6761 0.860 0.004 0.004 0.000 0.132
#> SRR1146165 1 0.0451 0.7892 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.3365 0.6753 0.000 0.044 0.120 0.836 0.000
#> SRR1146167 2 0.5784 0.3323 0.000 0.580 0.076 0.332 0.012
#> SRR1146168 5 0.2890 0.6034 0.004 0.000 0.160 0.000 0.836
#> SRR1146169 4 0.3636 0.2999 0.000 0.272 0.000 0.728 0.000
#> SRR1146170 4 0.3837 0.5498 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1146171 4 0.0510 0.7083 0.000 0.000 0.016 0.984 0.000
#> SRR1146172 4 0.4355 0.6905 0.000 0.164 0.076 0.760 0.000
#> SRR1146173 4 0.3214 0.7005 0.000 0.120 0.036 0.844 0.000
#> SRR1146174 4 0.3730 0.5882 0.000 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1146175 2 0.4262 0.6302 0.000 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1146176 2 0.3999 0.6974 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1146177 4 0.3837 0.1931 0.000 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1146178 4 0.3437 0.6731 0.000 0.048 0.120 0.832 0.000
#> SRR1146179 4 0.4294 -0.0190 0.000 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1146180 4 0.5264 -0.1619 0.000 0.392 0.052 0.556 0.000
#> SRR1146181 4 0.3875 0.6763 0.000 0.072 0.124 0.804 0.000
#> SRR1146182 4 0.4062 0.6507 0.000 0.196 0.040 0.764 0.000
#> SRR1146183 4 0.3814 0.6018 0.000 0.276 0.004 0.720 0.000
#> SRR1146184 4 0.5423 0.6492 0.000 0.244 0.112 0.644 0.000
#> SRR1146185 4 0.3555 0.6678 0.000 0.052 0.124 0.824 0.000
#> SRR1146186 4 0.0290 0.7103 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1146187 4 0.3555 0.6678 0.000 0.052 0.124 0.824 0.000
#> SRR1146188 4 0.3143 0.4975 0.000 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1146189 4 0.4104 0.6806 0.000 0.088 0.124 0.788 0.000
#> SRR1146190 4 0.2361 0.6974 0.000 0.012 0.096 0.892 0.000
#> SRR1146191 4 0.1197 0.7085 0.000 0.000 0.048 0.952 0.000
#> SRR1146192 4 0.0451 0.7130 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1146193 4 0.0703 0.7070 0.000 0.000 0.024 0.976 0.000
#> SRR1146194 4 0.0290 0.7094 0.000 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1146195 4 0.2069 0.7021 0.000 0.012 0.076 0.912 0.000
#> SRR1146196 4 0.4429 0.6707 0.000 0.192 0.064 0.744 0.000
#> SRR1146197 4 0.4720 0.6832 0.000 0.140 0.124 0.736 0.000
#> SRR1146198 4 0.4559 0.6875 0.000 0.152 0.100 0.748 0.000
#> SRR1146199 5 0.2806 0.6201 0.004 0.000 0.152 0.000 0.844
#> SRR1146200 4 0.3555 0.6678 0.000 0.052 0.124 0.824 0.000
#> SRR1146201 4 0.5572 0.6414 0.000 0.248 0.124 0.628 0.000
#> SRR1146202 3 0.6603 0.0000 0.212 0.000 0.396 0.000 0.392
#> SRR1146203 1 0.0451 0.7892 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146204 5 0.4088 0.5197 0.064 0.004 0.140 0.000 0.792
#> SRR1146205 5 0.2930 0.6153 0.004 0.000 0.164 0.000 0.832
#> SRR1146206 5 0.2732 0.6150 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1146207 4 0.0566 0.7073 0.000 0.012 0.004 0.984 0.000
#> SRR1146208 1 0.0162 0.7892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146209 1 0.4626 0.2543 0.616 0.000 0.020 0.000 0.364
#> SRR1146210 1 0.5646 -0.2756 0.528 0.004 0.068 0.000 0.400
#> SRR1146211 5 0.0162 0.6221 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996
#> SRR1146212 5 0.3684 0.5909 0.000 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1146213 4 0.1893 0.7126 0.000 0.024 0.048 0.928 0.000
#> SRR1146214 1 0.2890 0.6528 0.836 0.004 0.000 0.000 0.160
#> SRR1146215 1 0.0162 0.7897 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.3949 0.7817 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1146217 5 0.4067 0.5732 0.000 0.008 0.300 0.000 0.692
#> SRR1146218 5 0.4576 -0.4152 0.456 0.004 0.004 0.000 0.536
#> SRR1146219 1 0.0162 0.7891 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.3424 0.5578 0.760 0.000 0.000 0.000 0.240
#> SRR1146221 5 0.1168 0.5954 0.032 0.000 0.008 0.000 0.960
#> SRR1146222 1 0.0486 0.7899 0.988 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146223 1 0.2605 0.6878 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1146224 5 0.3837 0.5720 0.000 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1146225 5 0.1012 0.6106 0.012 0.000 0.020 0.000 0.968
#> SRR1146226 1 0.0162 0.7892 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146227 1 0.0162 0.7891 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.5396 0.3710 0.636 0.004 0.280 0.000 0.080
#> SRR1146229 1 0.0000 0.7894 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 4 0.4294 0.6607 0.000 0.152 0.080 0.768 0.000
#> SRR1146231 4 0.3196 0.6649 0.000 0.192 0.004 0.804 0.000
#> SRR1146232 2 0.3534 0.8259 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1146233 1 0.0451 0.7892 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0162 0.7891 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0451 0.7892 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146236 4 0.4627 0.6348 0.000 0.188 0.080 0.732 0.000
#> SRR1146237 1 0.0324 0.7896 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146238 4 0.4818 0.6164 0.000 0.212 0.080 0.708 0.000
#> SRR1146239 1 0.0162 0.7897 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146240 5 0.4060 0.5248 0.052 0.004 0.156 0.000 0.788
#> SRR1146241 1 0.0290 0.7897 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.4470 -0.0999 0.596 0.004 0.004 0.000 0.396
#> SRR1146243 4 0.3110 0.7023 0.000 0.060 0.080 0.860 0.000
#> SRR1146244 4 0.4334 0.6583 0.000 0.156 0.080 0.764 0.000
#> SRR1146245 4 0.3231 0.6615 0.000 0.196 0.004 0.800 0.000
#> SRR1146246 4 0.4294 0.6607 0.000 0.152 0.080 0.768 0.000
#> SRR1146247 4 0.4238 0.6588 0.000 0.164 0.068 0.768 0.000
#> SRR1146248 4 0.4693 0.6326 0.000 0.196 0.080 0.724 0.000
#> SRR1146249 4 0.2017 0.6992 0.000 0.008 0.080 0.912 0.000
#> SRR1146250 4 0.5165 0.2724 0.000 0.376 0.048 0.576 0.000
#> SRR1146252 1 0.1892 0.7480 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR1146253 1 0.0451 0.7892 0.988 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.1410 0.7611 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.1124 0.6564 0.000 0.036 0.000 0.956 0.000 0.008
#> SRR1146077 1 0.0777 0.8288 0.972 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR1146078 5 0.4105 0.7749 0.052 0.000 0.120 0.024 0.792 0.012
#> SRR1146079 5 0.2454 0.8162 0.000 0.000 0.160 0.000 0.840 0.000
#> SRR1146080 5 0.0937 0.8425 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1146081 1 0.0291 0.8343 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146082 3 0.2318 0.7043 0.064 0.000 0.892 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146083 1 0.1668 0.7840 0.928 0.000 0.000 0.004 0.060 0.008
#> SRR1146084 3 0.2996 0.6596 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.2793 0.7028 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1146086 2 0.0790 0.7857 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1146087 5 0.2178 0.8127 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1146088 4 0.4274 0.0860 0.000 0.012 0.008 0.600 0.000 0.380
#> SRR1146089 3 0.2376 0.7070 0.068 0.000 0.888 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146090 3 0.2376 0.7070 0.068 0.000 0.888 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146091 3 0.3077 0.7018 0.064 0.000 0.864 0.024 0.044 0.004
#> SRR1146092 1 0.0146 0.8348 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.2135 0.8084 0.920 0.000 0.012 0.024 0.032 0.012
#> SRR1146094 5 0.0937 0.8385 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1146095 1 0.3828 0.7464 0.776 0.000 0.124 0.000 0.100 0.000
#> SRR1146096 2 0.0363 0.7875 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146097 1 0.4043 0.7615 0.796 0.000 0.120 0.024 0.048 0.012
#> SRR1146098 1 0.0405 0.8315 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146099 3 0.2996 0.6596 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.8353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.4294 0.0669 0.000 0.552 0.000 0.428 0.000 0.020
#> SRR1146102 3 0.2996 0.6596 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.5199 0.3601 0.420 0.000 0.516 0.016 0.044 0.004
#> SRR1146104 1 0.2912 0.7822 0.844 0.000 0.116 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146105 3 0.5216 0.4602 0.368 0.000 0.560 0.016 0.052 0.004
#> SRR1146106 2 0.1049 0.7871 0.000 0.960 0.000 0.008 0.000 0.032
#> SRR1146107 2 0.2178 0.7494 0.000 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1146108 2 0.1418 0.7906 0.000 0.944 0.000 0.024 0.000 0.032
#> SRR1146109 2 0.0000 0.7870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.8353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0547 0.7900 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.1151 0.8402 0.000 0.000 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1146113 2 0.1334 0.7903 0.000 0.948 0.000 0.020 0.000 0.032
#> SRR1146114 2 0.0790 0.7857 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1146115 2 0.0458 0.7899 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.3543 0.7152 0.000 0.768 0.000 0.200 0.000 0.032
#> SRR1146117 2 0.2793 0.7062 0.000 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200
#> SRR1146118 2 0.0790 0.7857 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1146119 1 0.5222 0.4117 0.584 0.000 0.128 0.000 0.288 0.000
#> SRR1146120 2 0.0790 0.7857 0.000 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1146121 2 0.2823 0.7039 0.000 0.796 0.000 0.000 0.000 0.204
#> SRR1146122 4 0.5527 0.2473 0.000 0.232 0.000 0.560 0.000 0.208
#> SRR1146123 5 0.5171 0.5302 0.200 0.000 0.132 0.008 0.656 0.004
#> SRR1146124 1 0.3997 0.7349 0.760 0.000 0.132 0.000 0.108 0.000
#> SRR1146125 4 0.4570 0.4257 0.000 0.148 0.000 0.700 0.000 0.152
#> SRR1146126 2 0.2854 0.7227 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.3572 0.7139 0.000 0.764 0.000 0.204 0.000 0.032
#> SRR1146128 1 0.3999 0.7550 0.792 0.000 0.124 0.024 0.056 0.004
#> SRR1146129 5 0.5620 0.3048 0.100 0.000 0.372 0.016 0.512 0.000
#> SRR1146130 2 0.3266 0.6645 0.000 0.728 0.000 0.272 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.3659 0.5273 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1146132 5 0.1434 0.8240 0.000 0.000 0.048 0.000 0.940 0.012
#> SRR1146133 5 0.1434 0.8246 0.000 0.000 0.048 0.000 0.940 0.012
#> SRR1146134 5 0.1625 0.8326 0.000 0.000 0.060 0.000 0.928 0.012
#> SRR1146135 1 0.4124 0.7218 0.748 0.000 0.132 0.000 0.120 0.000
#> SRR1146136 1 0.3828 0.7417 0.776 0.000 0.124 0.000 0.100 0.000
#> SRR1146137 4 0.1124 0.6564 0.000 0.036 0.000 0.956 0.000 0.008
#> SRR1146138 4 0.1010 0.6575 0.000 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1146139 2 0.2883 0.7101 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0405 0.8315 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146141 1 0.1141 0.8274 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0547 0.7900 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.7870 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 4 0.3993 -0.1427 0.000 0.476 0.000 0.520 0.000 0.004
#> SRR1146145 2 0.1714 0.7563 0.000 0.908 0.000 0.092 0.000 0.000
#> SRR1146146 6 0.2999 0.6804 0.000 0.048 0.000 0.112 0.000 0.840
#> SRR1146147 5 0.0000 0.8433 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.3997 0.7349 0.760 0.000 0.132 0.000 0.108 0.000
#> SRR1146149 5 0.2489 0.8111 0.012 0.000 0.128 0.000 0.860 0.000
#> SRR1146150 5 0.3669 0.7938 0.008 0.000 0.204 0.008 0.768 0.012
#> SRR1146151 5 0.1563 0.8229 0.000 0.000 0.056 0.000 0.932 0.012
#> SRR1146152 5 0.4242 0.6565 0.136 0.000 0.128 0.000 0.736 0.000
#> SRR1146153 4 0.1124 0.6564 0.000 0.036 0.000 0.956 0.000 0.008
#> SRR1146154 5 0.1434 0.8246 0.000 0.000 0.048 0.000 0.940 0.012
#> SRR1146155 1 0.0146 0.8348 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146156 5 0.3826 0.7866 0.060 0.000 0.136 0.004 0.792 0.008
#> SRR1146157 1 0.0000 0.8353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.3803 0.7625 0.796 0.000 0.128 0.008 0.064 0.004
#> SRR1146159 5 0.2135 0.8139 0.000 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.8353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 5 0.2178 0.8199 0.000 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1146162 1 0.3534 0.7650 0.800 0.000 0.124 0.000 0.076 0.000
#> SRR1146163 3 0.5194 0.3722 0.416 0.000 0.520 0.016 0.044 0.004
#> SRR1146164 1 0.3368 0.7805 0.828 0.000 0.124 0.016 0.028 0.004
#> SRR1146165 1 0.0146 0.8348 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.1010 0.6572 0.000 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1146167 2 0.4783 0.4591 0.000 0.536 0.008 0.036 0.000 0.420
#> SRR1146168 5 0.0790 0.8418 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1146169 2 0.3966 0.3259 0.000 0.552 0.000 0.444 0.000 0.004
#> SRR1146170 2 0.4064 0.3480 0.000 0.644 0.000 0.336 0.000 0.020
#> SRR1146171 4 0.4524 0.0374 0.000 0.040 0.000 0.584 0.000 0.376
#> SRR1146172 4 0.2703 0.5697 0.000 0.172 0.000 0.824 0.000 0.004
#> SRR1146173 4 0.5292 -0.0732 0.000 0.108 0.000 0.520 0.000 0.372
#> SRR1146174 2 0.3578 0.3839 0.000 0.660 0.000 0.340 0.000 0.000
#> SRR1146175 2 0.2793 0.7143 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1146176 2 0.1387 0.7766 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1146177 2 0.3563 0.5750 0.000 0.664 0.000 0.336 0.000 0.000
#> SRR1146178 4 0.0865 0.6573 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.2941 0.6298 0.000 0.780 0.000 0.220 0.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.4979 0.6079 0.000 0.640 0.000 0.136 0.000 0.224
#> SRR1146181 4 0.0935 0.6548 0.000 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1146182 6 0.5434 0.6873 0.000 0.164 0.000 0.272 0.000 0.564
#> SRR1146183 2 0.4254 0.1211 0.000 0.576 0.000 0.404 0.000 0.020
#> SRR1146184 4 0.3511 0.5126 0.000 0.216 0.000 0.760 0.000 0.024
#> SRR1146185 4 0.1124 0.6558 0.000 0.036 0.000 0.956 0.000 0.008
#> SRR1146186 4 0.4420 0.1567 0.000 0.040 0.000 0.620 0.000 0.340
#> SRR1146187 4 0.1124 0.6564 0.000 0.036 0.000 0.956 0.000 0.008
#> SRR1146188 4 0.4175 -0.0759 0.000 0.464 0.000 0.524 0.000 0.012
#> SRR1146189 4 0.1010 0.6575 0.000 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1146190 4 0.1196 0.6553 0.000 0.040 0.000 0.952 0.000 0.008
#> SRR1146191 4 0.2190 0.6275 0.000 0.040 0.000 0.900 0.000 0.060
#> SRR1146192 4 0.4191 0.2996 0.000 0.040 0.000 0.676 0.000 0.284
#> SRR1146193 4 0.4576 -0.0586 0.000 0.040 0.000 0.560 0.000 0.400
#> SRR1146194 4 0.4482 0.0948 0.000 0.040 0.000 0.600 0.000 0.360
#> SRR1146195 4 0.1391 0.6523 0.000 0.040 0.000 0.944 0.000 0.016
#> SRR1146196 4 0.3686 0.5072 0.000 0.220 0.000 0.748 0.000 0.032
#> SRR1146197 4 0.1524 0.6499 0.000 0.060 0.000 0.932 0.000 0.008
#> SRR1146198 4 0.3953 0.4144 0.000 0.060 0.000 0.744 0.000 0.196
#> SRR1146199 5 0.1007 0.8280 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1146200 4 0.1010 0.6575 0.000 0.036 0.000 0.960 0.000 0.004
#> SRR1146201 4 0.3348 0.5152 0.000 0.216 0.000 0.768 0.000 0.016
#> SRR1146202 5 0.4249 0.4919 0.032 0.000 0.328 0.000 0.640 0.000
#> SRR1146203 1 0.0146 0.8348 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146204 5 0.3184 0.8189 0.008 0.000 0.132 0.024 0.832 0.004
#> SRR1146205 5 0.1434 0.8246 0.000 0.000 0.048 0.000 0.940 0.012
#> SRR1146206 5 0.1434 0.8246 0.000 0.000 0.048 0.000 0.940 0.012
#> SRR1146207 4 0.4482 0.0948 0.000 0.040 0.000 0.600 0.000 0.360
#> SRR1146208 1 0.2003 0.8022 0.884 0.000 0.116 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.4552 0.6499 0.700 0.000 0.128 0.000 0.172 0.000
#> SRR1146210 1 0.6006 0.2309 0.520 0.000 0.124 0.024 0.328 0.004
#> SRR1146211 5 0.2488 0.8132 0.000 0.000 0.124 0.008 0.864 0.004
#> SRR1146212 5 0.0909 0.8425 0.000 0.000 0.020 0.000 0.968 0.012
#> SRR1146213 6 0.4632 0.4790 0.000 0.040 0.000 0.440 0.000 0.520
#> SRR1146214 1 0.5265 0.5732 0.672 0.000 0.124 0.024 0.176 0.004
#> SRR1146215 1 0.0000 0.8353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0790 0.7905 0.000 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1146217 5 0.1320 0.8395 0.000 0.000 0.036 0.000 0.948 0.016
#> SRR1146218 5 0.5433 0.5387 0.200 0.000 0.124 0.024 0.648 0.004
#> SRR1146219 1 0.2804 0.7933 0.852 0.000 0.120 0.024 0.000 0.004
#> SRR1146220 1 0.3997 0.7349 0.760 0.000 0.132 0.000 0.108 0.000
#> SRR1146221 5 0.0405 0.8445 0.004 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000
#> SRR1146222 1 0.0405 0.8315 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146223 1 0.3822 0.7472 0.776 0.000 0.128 0.000 0.096 0.000
#> SRR1146224 5 0.1500 0.8356 0.000 0.000 0.052 0.000 0.936 0.012
#> SRR1146225 5 0.0632 0.8445 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.8353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0777 0.8288 0.972 0.000 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR1146228 3 0.5033 0.4716 0.364 0.000 0.572 0.008 0.052 0.004
#> SRR1146229 1 0.0000 0.8353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 6 0.4671 0.7668 0.000 0.068 0.000 0.304 0.000 0.628
#> SRR1146231 4 0.5899 -0.1695 0.000 0.208 0.000 0.432 0.000 0.360
#> SRR1146232 2 0.1418 0.7906 0.000 0.944 0.000 0.024 0.000 0.032
#> SRR1146233 1 0.0146 0.8348 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0862 0.8325 0.972 0.000 0.008 0.016 0.000 0.004
#> SRR1146235 1 0.0000 0.8353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 6 0.4122 0.7860 0.000 0.048 0.000 0.248 0.000 0.704
#> SRR1146237 1 0.0146 0.8348 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146238 6 0.4247 0.7861 0.000 0.060 0.000 0.240 0.000 0.700
#> SRR1146239 1 0.0000 0.8353 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 5 0.2896 0.8094 0.016 0.000 0.160 0.000 0.824 0.000
#> SRR1146241 1 0.0146 0.8348 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146242 5 0.5523 0.4430 0.288 0.000 0.120 0.004 0.580 0.008
#> SRR1146243 6 0.4186 0.7655 0.000 0.032 0.000 0.312 0.000 0.656
#> SRR1146244 6 0.4107 0.7852 0.000 0.036 0.000 0.280 0.000 0.684
#> SRR1146245 4 0.5945 -0.1805 0.000 0.220 0.000 0.420 0.000 0.360
#> SRR1146246 6 0.4697 0.7448 0.000 0.064 0.000 0.324 0.000 0.612
#> SRR1146247 6 0.4756 0.6337 0.000 0.056 0.000 0.380 0.000 0.564
#> SRR1146248 6 0.2999 0.6804 0.000 0.048 0.000 0.112 0.000 0.840
#> SRR1146249 6 0.3139 0.7035 0.000 0.032 0.000 0.152 0.000 0.816
#> SRR1146250 2 0.5300 0.4580 0.000 0.600 0.000 0.212 0.000 0.188
#> SRR1146252 1 0.3426 0.7671 0.808 0.000 0.124 0.000 0.068 0.000
#> SRR1146253 1 0.0146 0.8348 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.3534 0.7623 0.800 0.000 0.124 0.000 0.076 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["SD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["SD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'SD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.987 0.995 0.5022 0.499 0.499
#> 3 3 0.682 0.742 0.865 0.1821 0.989 0.977
#> 4 4 0.560 0.477 0.769 0.1161 0.911 0.819
#> 5 5 0.540 0.367 0.637 0.0636 0.889 0.734
#> 6 6 0.539 0.480 0.706 0.0564 0.839 0.561
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146077 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146089 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146090 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146091 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146102 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146123 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146131 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146132 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146134 1 0.9286 0.481 0.656 0.344
#> SRR1146135 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146138 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146139 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146144 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146145 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146146 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146147 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146151 1 0.9944 0.173 0.544 0.456
#> SRR1146152 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146154 1 0.0376 0.987 0.996 0.004
#> SRR1146155 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146167 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146168 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146170 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146171 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146172 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146173 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146174 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146175 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146176 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146177 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146181 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146182 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146183 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146184 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146185 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146186 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146187 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146188 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146189 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146190 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146191 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146192 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146193 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146194 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146195 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146196 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146197 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146198 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146199 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146201 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146202 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146206 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146207 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146212 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146213 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146217 1 0.0938 0.979 0.988 0.012
#> SRR1146218 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146224 1 0.2948 0.938 0.948 0.052
#> SRR1146225 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146231 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146232 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146239 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146244 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146245 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146246 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146247 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146248 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146249 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 0.991 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.3752 0.7840 0.000 0.856 0.144
#> SRR1146077 1 0.5178 0.5661 0.744 0.000 0.256
#> SRR1146078 1 0.6460 0.0223 0.556 0.004 0.440
#> SRR1146079 1 0.2878 0.7766 0.904 0.000 0.096
#> SRR1146080 1 0.4750 0.6402 0.784 0.000 0.216
#> SRR1146081 1 0.4002 0.7138 0.840 0.000 0.160
#> SRR1146082 1 0.5138 0.6774 0.748 0.000 0.252
#> SRR1146083 1 0.0000 0.8242 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.5016 0.6902 0.760 0.000 0.240
#> SRR1146085 2 0.4605 0.7804 0.000 0.796 0.204
#> SRR1146086 2 0.5216 0.7151 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146087 1 0.5902 0.4296 0.680 0.004 0.316
#> SRR1146088 2 0.1163 0.8720 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146089 1 0.4974 0.6946 0.764 0.000 0.236
#> SRR1146090 1 0.5016 0.6873 0.760 0.000 0.240
#> SRR1146091 1 0.5621 0.6061 0.692 0.000 0.308
#> SRR1146092 1 0.3551 0.7385 0.868 0.000 0.132
#> SRR1146093 1 0.5621 0.4589 0.692 0.000 0.308
#> SRR1146094 1 0.6659 -0.0791 0.532 0.008 0.460
#> SRR1146095 1 0.3879 0.7172 0.848 0.000 0.152
#> SRR1146096 2 0.3116 0.8550 0.000 0.892 0.108
#> SRR1146097 1 0.5431 0.5113 0.716 0.000 0.284
#> SRR1146098 1 0.1163 0.8164 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146099 1 0.4931 0.6982 0.768 0.000 0.232
#> SRR1146100 1 0.0000 0.8242 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0892 0.8789 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146102 1 0.4887 0.7021 0.772 0.000 0.228
#> SRR1146103 1 0.4504 0.7297 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146104 1 0.0000 0.8242 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.4931 0.6983 0.768 0.000 0.232
#> SRR1146106 2 0.4796 0.7642 0.000 0.780 0.220
#> SRR1146107 2 0.4555 0.7851 0.000 0.800 0.200
#> SRR1146108 2 0.4291 0.8040 0.000 0.820 0.180
#> SRR1146109 2 0.3412 0.8459 0.000 0.876 0.124
#> SRR1146110 1 0.1411 0.8128 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146111 2 0.2878 0.8606 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146112 1 0.1753 0.8155 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146113 2 0.4235 0.8075 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146114 2 0.4750 0.7681 0.000 0.784 0.216
#> SRR1146115 2 0.3116 0.8550 0.000 0.892 0.108
#> SRR1146116 2 0.5431 0.7012 0.000 0.716 0.284
#> SRR1146117 2 0.5178 0.7201 0.000 0.744 0.256
#> SRR1146118 2 0.5291 0.7042 0.000 0.732 0.268
#> SRR1146119 1 0.2261 0.8075 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146120 2 0.4842 0.7597 0.000 0.776 0.224
#> SRR1146121 2 0.5254 0.7098 0.000 0.736 0.264
#> SRR1146122 2 0.0424 0.8790 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146123 1 0.0000 0.8242 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 0.8242 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146126 2 0.2959 0.8588 0.000 0.900 0.100
#> SRR1146127 2 0.3551 0.8409 0.000 0.868 0.132
#> SRR1146128 1 0.0424 0.8240 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146129 1 0.5016 0.6873 0.760 0.000 0.240
#> SRR1146130 2 0.3619 0.8545 0.000 0.864 0.136
#> SRR1146131 2 0.3116 0.8533 0.000 0.892 0.108
#> SRR1146132 1 0.4555 0.7281 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146133 1 0.1860 0.8070 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146134 1 0.7980 0.3891 0.572 0.072 0.356
#> SRR1146135 1 0.2878 0.7948 0.904 0.000 0.096
#> SRR1146136 1 0.0424 0.8240 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146137 2 0.0892 0.8760 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146138 2 0.3340 0.8091 0.000 0.880 0.120
#> SRR1146139 2 0.2959 0.8588 0.000 0.900 0.100
#> SRR1146140 1 0.1289 0.8147 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146141 1 0.0000 0.8242 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.2959 0.8588 0.000 0.900 0.100
#> SRR1146143 2 0.2537 0.8676 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146144 2 0.1753 0.8756 0.000 0.952 0.048
#> SRR1146145 2 0.2066 0.8730 0.000 0.940 0.060
#> SRR1146146 2 0.6252 -0.0864 0.000 0.556 0.444
#> SRR1146147 1 0.7021 -0.0396 0.544 0.020 0.436
#> SRR1146148 1 0.0424 0.8230 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146149 1 0.4346 0.6849 0.816 0.000 0.184
#> SRR1146150 1 0.5733 0.5826 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146151 1 0.9243 0.1328 0.472 0.160 0.368
#> SRR1146152 1 0.0892 0.8217 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146153 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146154 3 0.8633 -0.0386 0.436 0.100 0.464
#> SRR1146155 1 0.0000 0.8242 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0424 0.8230 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146157 1 0.0000 0.8242 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0424 0.8230 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146159 1 0.0424 0.8241 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146160 1 0.0237 0.8241 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146161 1 0.4452 0.6746 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146162 1 0.1529 0.8109 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146163 1 0.4702 0.7163 0.788 0.000 0.212
#> SRR1146164 1 0.3879 0.7227 0.848 0.000 0.152
#> SRR1146165 1 0.0424 0.8230 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146166 2 0.0747 0.8770 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146167 2 0.4931 0.7311 0.000 0.768 0.232
#> SRR1146168 1 0.1860 0.8079 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146169 2 0.1753 0.8786 0.000 0.952 0.048
#> SRR1146170 2 0.1031 0.8786 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146171 2 0.0747 0.8761 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146172 2 0.0237 0.8786 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146173 2 0.1031 0.8725 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146174 2 0.1964 0.8740 0.000 0.944 0.056
#> SRR1146175 2 0.2796 0.8650 0.000 0.908 0.092
#> SRR1146176 2 0.2625 0.8658 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146177 2 0.1643 0.8763 0.000 0.956 0.044
#> SRR1146178 2 0.4654 0.7099 0.000 0.792 0.208
#> SRR1146179 2 0.2356 0.8698 0.000 0.928 0.072
#> SRR1146180 2 0.1289 0.8778 0.000 0.968 0.032
#> SRR1146181 2 0.0892 0.8742 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146182 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146183 2 0.0892 0.8789 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146184 2 0.1031 0.8725 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146185 2 0.5016 0.6687 0.000 0.760 0.240
#> SRR1146186 2 0.5733 0.3748 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146187 2 0.4062 0.7669 0.000 0.836 0.164
#> SRR1146188 2 0.4504 0.7509 0.000 0.804 0.196
#> SRR1146189 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146190 2 0.1753 0.8663 0.000 0.952 0.048
#> SRR1146191 2 0.1031 0.8725 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146192 2 0.1163 0.8720 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146193 2 0.1529 0.8702 0.000 0.960 0.040
#> SRR1146194 2 0.3412 0.8129 0.000 0.876 0.124
#> SRR1146195 2 0.1964 0.8608 0.000 0.944 0.056
#> SRR1146196 2 0.0237 0.8776 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146197 2 0.0000 0.8780 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146198 2 0.0892 0.8740 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146199 1 0.8142 -0.3602 0.468 0.068 0.464
#> SRR1146200 2 0.0237 0.8781 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146201 2 0.1643 0.8627 0.000 0.956 0.044
#> SRR1146202 1 0.6318 0.5180 0.636 0.008 0.356
#> SRR1146203 1 0.0237 0.8238 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146204 1 0.3619 0.7733 0.864 0.000 0.136
#> SRR1146205 1 0.5726 0.5976 0.760 0.024 0.216
#> SRR1146206 1 0.3412 0.7805 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146207 2 0.1289 0.8727 0.000 0.968 0.032
#> SRR1146208 1 0.1411 0.8180 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146209 1 0.1753 0.8096 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146210 1 0.0237 0.8241 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146211 1 0.5968 0.3126 0.636 0.000 0.364
#> SRR1146212 1 0.1964 0.8128 0.944 0.000 0.056
#> SRR1146213 2 0.0592 0.8770 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146214 1 0.1529 0.8176 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146215 1 0.0892 0.8217 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146216 2 0.2625 0.8660 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146217 1 0.7263 0.1681 0.592 0.036 0.372
#> SRR1146218 1 0.3267 0.7853 0.884 0.000 0.116
#> SRR1146219 1 0.2796 0.7979 0.908 0.000 0.092
#> SRR1146220 1 0.1753 0.8155 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146221 1 0.4346 0.7392 0.816 0.000 0.184
#> SRR1146222 1 0.0747 0.8209 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146223 1 0.1529 0.8109 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146224 1 0.7571 0.4333 0.592 0.052 0.356
#> SRR1146225 1 0.2711 0.7788 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146226 1 0.0000 0.8242 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.4002 0.7571 0.840 0.000 0.160
#> SRR1146228 1 0.5098 0.6817 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146229 1 0.2356 0.8059 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146230 2 0.1411 0.8673 0.000 0.964 0.036
#> SRR1146231 2 0.0592 0.8761 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146232 2 0.3879 0.8269 0.000 0.848 0.152
#> SRR1146233 1 0.0424 0.8230 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146234 1 0.0237 0.8241 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146235 1 0.0237 0.8241 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146236 2 0.1031 0.8725 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146237 1 0.0000 0.8242 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0237 0.8776 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146239 1 0.2448 0.8042 0.924 0.000 0.076
#> SRR1146240 1 0.0747 0.8227 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146241 1 0.0000 0.8242 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.8242 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.3192 0.8093 0.000 0.888 0.112
#> SRR1146244 2 0.4235 0.7203 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146245 2 0.0747 0.8752 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146246 2 0.3267 0.8012 0.000 0.884 0.116
#> SRR1146247 2 0.0237 0.8776 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146248 2 0.6252 -0.0864 0.000 0.556 0.444
#> SRR1146249 3 0.6008 0.0865 0.000 0.372 0.628
#> SRR1146250 2 0.0892 0.8790 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146252 1 0.2796 0.7798 0.908 0.000 0.092
#> SRR1146253 1 0.0747 0.8227 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146254 1 0.2448 0.8051 0.924 0.000 0.076
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 2 0.7325 0.06715 0.000 0.528 0.264 0.208
#> SRR1146077 1 0.2670 0.57905 0.904 0.000 0.024 0.072
#> SRR1146078 1 0.5467 0.07404 0.612 0.000 0.024 0.364
#> SRR1146079 1 0.1411 0.64761 0.960 0.000 0.020 0.020
#> SRR1146080 1 0.5496 0.08733 0.604 0.000 0.024 0.372
#> SRR1146081 1 0.1677 0.62355 0.948 0.000 0.012 0.040
#> SRR1146082 1 0.4933 -0.24895 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1146083 1 0.0707 0.64798 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146084 1 0.4933 -0.23604 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1146085 2 0.3545 0.63560 0.000 0.828 0.164 0.008
#> SRR1146086 2 0.4679 0.60546 0.000 0.772 0.184 0.044
#> SRR1146087 1 0.3497 0.51373 0.852 0.000 0.024 0.124
#> SRR1146088 4 0.6653 0.57234 0.000 0.356 0.096 0.548
#> SRR1146089 1 0.4843 -0.08702 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1146090 1 0.4948 -0.27503 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1146091 3 0.5353 0.69071 0.432 0.012 0.556 0.000
#> SRR1146092 1 0.2376 0.59179 0.916 0.000 0.016 0.068
#> SRR1146093 1 0.3813 0.47503 0.828 0.000 0.024 0.148
#> SRR1146094 1 0.3659 0.49712 0.840 0.000 0.024 0.136
#> SRR1146095 1 0.0895 0.64378 0.976 0.000 0.004 0.020
#> SRR1146096 2 0.2342 0.68614 0.000 0.912 0.080 0.008
#> SRR1146097 1 0.2813 0.56885 0.896 0.000 0.024 0.080
#> SRR1146098 1 0.1824 0.61199 0.936 0.000 0.004 0.060
#> SRR1146099 1 0.4907 -0.17851 0.580 0.000 0.420 0.000
#> SRR1146100 1 0.0921 0.64544 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1146101 2 0.4194 0.64662 0.000 0.800 0.028 0.172
#> SRR1146102 1 0.4804 -0.00924 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1146103 1 0.4500 0.29630 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1146104 1 0.0336 0.65025 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146105 1 0.4564 0.25404 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1146106 2 0.6835 0.28206 0.000 0.576 0.288 0.136
#> SRR1146107 2 0.5572 0.55544 0.000 0.716 0.196 0.088
#> SRR1146108 2 0.6320 0.41871 0.000 0.656 0.204 0.140
#> SRR1146109 2 0.4776 0.61318 0.000 0.776 0.164 0.060
#> SRR1146110 1 0.0188 0.64850 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146111 2 0.1767 0.69524 0.000 0.944 0.044 0.012
#> SRR1146112 1 0.6339 -0.48206 0.524 0.004 0.420 0.052
#> SRR1146113 2 0.7023 0.24571 0.000 0.564 0.272 0.164
#> SRR1146114 2 0.3636 0.63101 0.000 0.820 0.172 0.008
#> SRR1146115 2 0.2965 0.68516 0.000 0.892 0.072 0.036
#> SRR1146116 2 0.5018 0.47499 0.000 0.656 0.332 0.012
#> SRR1146117 2 0.3636 0.62994 0.000 0.820 0.172 0.008
#> SRR1146118 2 0.4501 0.59682 0.000 0.764 0.212 0.024
#> SRR1146119 1 0.4331 0.36307 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1146120 2 0.4238 0.62067 0.000 0.796 0.176 0.028
#> SRR1146121 2 0.4379 0.61949 0.000 0.792 0.172 0.036
#> SRR1146122 2 0.2011 0.68157 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1146123 1 0.0592 0.65150 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146124 1 0.4212 0.49117 0.772 0.000 0.216 0.012
#> SRR1146125 2 0.2888 0.69148 0.000 0.872 0.004 0.124
#> SRR1146126 2 0.3818 0.64939 0.000 0.844 0.048 0.108
#> SRR1146127 2 0.4483 0.62467 0.000 0.808 0.104 0.088
#> SRR1146128 1 0.0188 0.64959 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146129 1 0.4855 -0.09855 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1146130 2 0.6019 0.47313 0.000 0.688 0.176 0.136
#> SRR1146131 2 0.2411 0.69622 0.000 0.920 0.040 0.040
#> SRR1146132 1 0.5765 0.13150 0.652 0.036 0.304 0.008
#> SRR1146133 1 0.0336 0.64928 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146134 3 0.5957 0.69314 0.296 0.048 0.648 0.008
#> SRR1146135 1 0.4134 0.43409 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1146136 1 0.4122 0.46386 0.760 0.000 0.236 0.004
#> SRR1146137 4 0.7648 0.52239 0.000 0.348 0.216 0.436
#> SRR1146138 2 0.7121 0.19764 0.000 0.564 0.220 0.216
#> SRR1146139 2 0.4419 0.63462 0.000 0.812 0.084 0.104
#> SRR1146140 1 0.1209 0.63249 0.964 0.000 0.004 0.032
#> SRR1146141 1 0.0000 0.64912 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.2737 0.67489 0.000 0.888 0.104 0.008
#> SRR1146143 2 0.2271 0.68760 0.000 0.916 0.076 0.008
#> SRR1146144 2 0.2521 0.68982 0.000 0.912 0.024 0.064
#> SRR1146145 2 0.2021 0.69746 0.000 0.932 0.056 0.012
#> SRR1146146 4 0.4610 0.57897 0.000 0.236 0.020 0.744
#> SRR1146147 1 0.5696 -0.06993 0.492 0.000 0.024 0.484
#> SRR1146148 1 0.4059 0.51534 0.788 0.000 0.200 0.012
#> SRR1146149 1 0.4748 0.32799 0.716 0.000 0.016 0.268
#> SRR1146150 3 0.5161 0.57595 0.476 0.004 0.520 0.000
#> SRR1146151 3 0.7392 0.66645 0.364 0.040 0.524 0.072
#> SRR1146152 1 0.4335 0.53273 0.796 0.000 0.168 0.036
#> SRR1146153 2 0.3390 0.64327 0.000 0.852 0.016 0.132
#> SRR1146154 4 0.5746 -0.15469 0.348 0.000 0.040 0.612
#> SRR1146155 1 0.1557 0.63907 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1146156 1 0.2222 0.61011 0.924 0.000 0.016 0.060
#> SRR1146157 1 0.1474 0.63506 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146158 1 0.0779 0.65159 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1146159 1 0.2654 0.61079 0.888 0.000 0.108 0.004
#> SRR1146160 1 0.2266 0.62583 0.912 0.000 0.084 0.004
#> SRR1146161 1 0.5659 0.07927 0.600 0.000 0.032 0.368
#> SRR1146162 1 0.0188 0.64850 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146163 1 0.4624 0.21158 0.660 0.000 0.340 0.000
#> SRR1146164 1 0.0657 0.64490 0.984 0.000 0.004 0.012
#> SRR1146165 1 0.0188 0.64851 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146166 2 0.5132 0.53521 0.000 0.748 0.068 0.184
#> SRR1146167 2 0.5648 0.54784 0.000 0.684 0.252 0.064
#> SRR1146168 1 0.7344 -0.20831 0.504 0.000 0.180 0.316
#> SRR1146169 2 0.2871 0.68610 0.000 0.896 0.072 0.032
#> SRR1146170 2 0.2402 0.69242 0.000 0.912 0.012 0.076
#> SRR1146171 2 0.2704 0.66068 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146172 2 0.6637 0.21815 0.000 0.572 0.104 0.324
#> SRR1146173 2 0.4509 0.39288 0.000 0.708 0.004 0.288
#> SRR1146174 2 0.2048 0.69526 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1146175 2 0.1389 0.69685 0.000 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146176 2 0.1837 0.70032 0.000 0.944 0.028 0.028
#> SRR1146177 2 0.0657 0.69895 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1146178 4 0.7188 0.57091 0.000 0.164 0.308 0.528
#> SRR1146179 2 0.2060 0.69268 0.000 0.932 0.016 0.052
#> SRR1146180 2 0.1975 0.69413 0.000 0.936 0.016 0.048
#> SRR1146181 4 0.6770 0.56941 0.000 0.268 0.140 0.592
#> SRR1146182 2 0.2413 0.69175 0.000 0.916 0.020 0.064
#> SRR1146183 2 0.4054 0.64790 0.000 0.796 0.016 0.188
#> SRR1146184 2 0.4741 0.24755 0.000 0.668 0.004 0.328
#> SRR1146185 4 0.7269 0.60473 0.000 0.200 0.264 0.536
#> SRR1146186 4 0.4920 0.58623 0.000 0.368 0.004 0.628
#> SRR1146187 2 0.7923 -0.42187 0.000 0.344 0.328 0.328
#> SRR1146188 2 0.4282 0.63944 0.000 0.816 0.124 0.060
#> SRR1146189 2 0.5954 0.16728 0.000 0.604 0.052 0.344
#> SRR1146190 4 0.6483 0.58891 0.000 0.392 0.076 0.532
#> SRR1146191 2 0.4730 0.19931 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1146192 2 0.4888 0.00627 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1146193 2 0.2011 0.68389 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1146194 2 0.3907 0.63168 0.000 0.828 0.032 0.140
#> SRR1146195 4 0.5277 0.43570 0.000 0.460 0.008 0.532
#> SRR1146196 2 0.2760 0.65071 0.000 0.872 0.000 0.128
#> SRR1146197 4 0.6842 0.38376 0.000 0.436 0.100 0.464
#> SRR1146198 2 0.5040 0.11377 0.000 0.628 0.008 0.364
#> SRR1146199 1 0.6324 0.00415 0.572 0.000 0.072 0.356
#> SRR1146200 2 0.2611 0.67005 0.000 0.896 0.008 0.096
#> SRR1146201 4 0.5673 0.59391 0.000 0.372 0.032 0.596
#> SRR1146202 3 0.5138 0.74931 0.392 0.000 0.600 0.008
#> SRR1146203 1 0.0336 0.64984 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146204 1 0.4356 0.36456 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1146205 1 0.5299 0.06930 0.600 0.004 0.008 0.388
#> SRR1146206 1 0.4295 0.45255 0.752 0.000 0.240 0.008
#> SRR1146207 2 0.2859 0.66450 0.000 0.880 0.008 0.112
#> SRR1146208 1 0.3356 0.54713 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1146209 1 0.1356 0.64722 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1146210 1 0.3873 0.48257 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146211 1 0.2174 0.60609 0.928 0.000 0.020 0.052
#> SRR1146212 1 0.1302 0.63781 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146213 2 0.2973 0.64695 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1146214 1 0.3975 0.46911 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1146215 1 0.0188 0.64868 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146216 2 0.2611 0.67957 0.000 0.896 0.096 0.008
#> SRR1146217 1 0.6090 -0.06479 0.512 0.012 0.024 0.452
#> SRR1146218 1 0.4164 0.42909 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1146219 1 0.4193 0.42064 0.732 0.000 0.268 0.000
#> SRR1146220 1 0.4252 0.43557 0.744 0.000 0.252 0.004
#> SRR1146221 1 0.4543 0.28051 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1146222 1 0.0927 0.64383 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1146223 1 0.1356 0.64688 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1146224 3 0.6823 0.74196 0.416 0.076 0.500 0.008
#> SRR1146225 1 0.2662 0.61462 0.900 0.000 0.016 0.084
#> SRR1146226 1 0.1211 0.64021 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146227 1 0.4304 0.38387 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1146228 1 0.4776 0.02878 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1146229 1 0.3688 0.50720 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146230 2 0.4677 0.33069 0.000 0.680 0.004 0.316
#> SRR1146231 2 0.3486 0.59103 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1146232 2 0.5676 0.52655 0.000 0.720 0.144 0.136
#> SRR1146233 1 0.0000 0.64912 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.3356 0.54656 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1146235 1 0.3402 0.56143 0.832 0.000 0.164 0.004
#> SRR1146236 2 0.3982 0.56836 0.000 0.776 0.004 0.220
#> SRR1146237 1 0.0336 0.64984 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146238 2 0.2928 0.68297 0.000 0.880 0.012 0.108
#> SRR1146239 1 0.3649 0.51161 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1146240 1 0.4719 0.50966 0.772 0.000 0.180 0.048
#> SRR1146241 1 0.0336 0.65074 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146242 1 0.2844 0.60301 0.900 0.000 0.048 0.052
#> SRR1146243 2 0.5093 0.28508 0.000 0.640 0.012 0.348
#> SRR1146244 2 0.5500 -0.19866 0.000 0.520 0.016 0.464
#> SRR1146245 2 0.3528 0.58338 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146246 2 0.5149 0.30286 0.000 0.648 0.016 0.336
#> SRR1146247 2 0.2647 0.66364 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1146248 4 0.5696 0.18598 0.000 0.480 0.024 0.496
#> SRR1146249 4 0.5131 0.57052 0.000 0.280 0.028 0.692
#> SRR1146250 2 0.2342 0.68644 0.000 0.912 0.008 0.080
#> SRR1146252 1 0.1520 0.64659 0.956 0.000 0.020 0.024
#> SRR1146253 1 0.0188 0.64850 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146254 1 0.4103 0.43463 0.744 0.000 0.256 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 5 0.6056 0.07362 0.000 0.316 0.016 0.096 0.572
#> SRR1146077 1 0.3044 0.61116 0.840 0.000 0.004 0.148 0.008
#> SRR1146078 1 0.4699 0.29523 0.588 0.000 0.008 0.396 0.008
#> SRR1146079 1 0.4011 0.62179 0.804 0.000 0.048 0.136 0.012
#> SRR1146080 1 0.6874 0.25257 0.556 0.000 0.044 0.184 0.216
#> SRR1146081 1 0.2911 0.62065 0.852 0.000 0.004 0.136 0.008
#> SRR1146082 3 0.4242 0.40992 0.428 0.000 0.572 0.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0609 0.67304 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.4450 -0.28881 0.508 0.000 0.488 0.000 0.004
#> SRR1146085 2 0.1956 0.53771 0.000 0.928 0.052 0.012 0.008
#> SRR1146086 2 0.3621 0.45904 0.000 0.788 0.192 0.000 0.020
#> SRR1146087 1 0.3328 0.59164 0.812 0.000 0.004 0.176 0.008
#> SRR1146088 4 0.8041 -0.28853 0.000 0.168 0.144 0.424 0.264
#> SRR1146089 3 0.4300 0.30782 0.476 0.000 0.524 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.4517 0.40228 0.436 0.000 0.556 0.000 0.008
#> SRR1146091 3 0.3857 0.49698 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.2787 0.62111 0.856 0.000 0.004 0.136 0.004
#> SRR1146093 1 0.3365 0.58513 0.808 0.000 0.004 0.180 0.008
#> SRR1146094 1 0.3399 0.59650 0.812 0.000 0.004 0.172 0.012
#> SRR1146095 1 0.2833 0.63493 0.864 0.000 0.004 0.120 0.012
#> SRR1146096 2 0.1569 0.54368 0.000 0.948 0.032 0.008 0.012
#> SRR1146097 1 0.3087 0.60953 0.836 0.000 0.004 0.152 0.008
#> SRR1146098 1 0.2445 0.63824 0.884 0.000 0.004 0.108 0.004
#> SRR1146099 3 0.4648 0.34243 0.464 0.000 0.524 0.000 0.012
#> SRR1146100 1 0.0510 0.67332 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.6722 -0.29957 0.000 0.444 0.092 0.420 0.044
#> SRR1146102 1 0.4291 -0.18644 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.4256 -0.05808 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0703 0.67122 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.4813 0.28974 0.476 0.008 0.508 0.000 0.008
#> SRR1146106 3 0.5844 -0.40119 0.000 0.432 0.492 0.012 0.064
#> SRR1146107 2 0.5369 0.39719 0.000 0.652 0.280 0.040 0.028
#> SRR1146108 2 0.5380 0.14513 0.000 0.556 0.396 0.012 0.036
#> SRR1146109 2 0.3722 0.49477 0.000 0.796 0.176 0.024 0.004
#> SRR1146110 1 0.1116 0.66882 0.964 0.000 0.004 0.028 0.004
#> SRR1146111 2 0.1869 0.54710 0.000 0.936 0.028 0.028 0.008
#> SRR1146112 5 0.6421 0.28033 0.208 0.008 0.208 0.004 0.572
#> SRR1146113 3 0.6966 -0.47009 0.000 0.352 0.428 0.016 0.204
#> SRR1146114 2 0.3566 0.46985 0.000 0.812 0.160 0.004 0.024
#> SRR1146115 2 0.2670 0.53365 0.000 0.888 0.080 0.028 0.004
#> SRR1146116 2 0.4074 0.44843 0.000 0.772 0.188 0.004 0.036
#> SRR1146117 2 0.3573 0.47956 0.000 0.816 0.156 0.012 0.016
#> SRR1146118 2 0.3961 0.44900 0.000 0.780 0.184 0.004 0.032
#> SRR1146119 1 0.4497 -0.04447 0.568 0.000 0.424 0.000 0.008
#> SRR1146120 2 0.3907 0.46560 0.000 0.772 0.204 0.008 0.016
#> SRR1146121 2 0.4752 0.44946 0.000 0.724 0.220 0.036 0.020
#> SRR1146122 2 0.3707 0.33318 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1146123 1 0.0963 0.66863 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.3276 0.61299 0.836 0.000 0.132 0.000 0.032
#> SRR1146125 2 0.4819 0.39329 0.000 0.716 0.092 0.192 0.000
#> SRR1146126 2 0.4292 0.46700 0.000 0.748 0.216 0.012 0.024
#> SRR1146127 2 0.2921 0.52069 0.000 0.856 0.124 0.000 0.020
#> SRR1146128 1 0.0609 0.67221 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146129 3 0.4307 0.26598 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.5190 0.43294 0.000 0.716 0.168 0.016 0.100
#> SRR1146131 2 0.1117 0.54592 0.000 0.964 0.000 0.020 0.016
#> SRR1146132 1 0.5606 -0.04452 0.564 0.004 0.360 0.000 0.072
#> SRR1146133 1 0.2445 0.65076 0.884 0.000 0.004 0.108 0.004
#> SRR1146134 3 0.3621 0.47368 0.192 0.020 0.788 0.000 0.000
#> SRR1146135 1 0.4171 0.03906 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.3639 0.62610 0.824 0.000 0.100 0.000 0.076
#> SRR1146137 5 0.7113 0.51721 0.000 0.120 0.156 0.148 0.576
#> SRR1146138 2 0.6603 -0.10967 0.000 0.488 0.004 0.292 0.216
#> SRR1146139 2 0.3946 0.50807 0.000 0.820 0.108 0.020 0.052
#> SRR1146140 1 0.0865 0.67223 0.972 0.000 0.004 0.024 0.000
#> SRR1146141 1 0.0162 0.67382 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.1372 0.54916 0.000 0.956 0.024 0.016 0.004
#> SRR1146143 2 0.0854 0.55018 0.000 0.976 0.008 0.012 0.004
#> SRR1146144 2 0.3753 0.50862 0.000 0.828 0.020 0.036 0.116
#> SRR1146145 2 0.0932 0.55012 0.000 0.972 0.004 0.020 0.004
#> SRR1146146 4 0.3366 0.50976 0.000 0.212 0.004 0.784 0.000
#> SRR1146147 1 0.4852 0.38233 0.624 0.000 0.012 0.348 0.016
#> SRR1146148 1 0.2673 0.66011 0.892 0.000 0.076 0.016 0.016
#> SRR1146149 1 0.4364 0.60099 0.784 0.000 0.028 0.148 0.040
#> SRR1146150 3 0.4192 0.43769 0.404 0.000 0.596 0.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.5902 0.41970 0.208 0.000 0.600 0.000 0.192
#> SRR1146152 1 0.4534 0.61876 0.796 0.000 0.072 0.068 0.064
#> SRR1146153 2 0.4925 0.21776 0.000 0.624 0.020 0.344 0.012
#> SRR1146154 4 0.4816 -0.38305 0.484 0.000 0.008 0.500 0.008
#> SRR1146155 1 0.3508 0.38107 0.748 0.000 0.252 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.2820 0.64389 0.884 0.000 0.056 0.056 0.004
#> SRR1146157 1 0.2773 0.54284 0.836 0.000 0.164 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0510 0.67371 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.1671 0.65601 0.924 0.000 0.076 0.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.1952 0.65198 0.912 0.000 0.084 0.000 0.004
#> SRR1146161 1 0.6411 0.31634 0.596 0.000 0.064 0.076 0.264
#> SRR1146162 1 0.0162 0.67503 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.4262 -0.07395 0.560 0.000 0.440 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.2362 0.65250 0.900 0.000 0.008 0.084 0.008
#> SRR1146165 1 0.0486 0.67455 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1146166 2 0.4655 0.25435 0.000 0.660 0.004 0.312 0.024
#> SRR1146167 2 0.6602 -0.17689 0.000 0.476 0.020 0.376 0.128
#> SRR1146168 5 0.6748 0.26979 0.232 0.000 0.172 0.036 0.560
#> SRR1146169 2 0.4335 0.47680 0.000 0.792 0.020 0.124 0.064
#> SRR1146170 2 0.5322 0.20223 0.000 0.612 0.060 0.324 0.004
#> SRR1146171 2 0.3913 0.26038 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1146172 4 0.7892 0.43333 0.000 0.316 0.152 0.412 0.120
#> SRR1146173 2 0.4383 0.02042 0.000 0.572 0.000 0.424 0.004
#> SRR1146174 2 0.3013 0.46764 0.000 0.832 0.000 0.160 0.008
#> SRR1146175 2 0.1202 0.54591 0.000 0.960 0.004 0.032 0.004
#> SRR1146176 2 0.1502 0.53711 0.000 0.940 0.000 0.056 0.004
#> SRR1146177 2 0.0932 0.54761 0.000 0.972 0.004 0.020 0.004
#> SRR1146178 4 0.6629 0.22232 0.000 0.140 0.016 0.456 0.388
#> SRR1146179 2 0.2277 0.54334 0.000 0.916 0.052 0.016 0.016
#> SRR1146180 2 0.3895 0.28119 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1146181 5 0.7469 0.50441 0.000 0.072 0.228 0.208 0.492
#> SRR1146182 2 0.3210 0.41939 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1146183 4 0.7575 0.37314 0.000 0.372 0.136 0.404 0.088
#> SRR1146184 4 0.5428 0.25374 0.000 0.460 0.040 0.492 0.008
#> SRR1146185 4 0.6526 0.41946 0.000 0.188 0.008 0.520 0.284
#> SRR1146186 4 0.4235 0.49622 0.000 0.336 0.000 0.656 0.008
#> SRR1146187 5 0.6670 0.48503 0.000 0.164 0.104 0.112 0.620
#> SRR1146188 2 0.4988 0.28353 0.000 0.656 0.000 0.284 0.060
#> SRR1146189 4 0.7216 0.41712 0.000 0.364 0.112 0.452 0.072
#> SRR1146190 4 0.5129 0.50640 0.000 0.328 0.000 0.616 0.056
#> SRR1146191 2 0.4440 -0.11946 0.000 0.528 0.000 0.468 0.004
#> SRR1146192 4 0.4593 0.22630 0.000 0.480 0.004 0.512 0.004
#> SRR1146193 2 0.4009 0.28038 0.000 0.684 0.000 0.312 0.004
#> SRR1146194 2 0.4286 0.22705 0.000 0.652 0.004 0.340 0.004
#> SRR1146195 4 0.4313 0.47504 0.000 0.356 0.000 0.636 0.008
#> SRR1146196 2 0.4390 0.03857 0.000 0.568 0.004 0.428 0.000
#> SRR1146197 4 0.8202 0.18271 0.000 0.180 0.152 0.384 0.284
#> SRR1146198 4 0.5029 0.32615 0.000 0.444 0.004 0.528 0.024
#> SRR1146199 1 0.4911 0.49781 0.708 0.000 0.020 0.232 0.040
#> SRR1146200 2 0.3766 0.34925 0.000 0.728 0.000 0.268 0.004
#> SRR1146201 4 0.6345 0.41771 0.000 0.156 0.052 0.636 0.156
#> SRR1146202 3 0.4703 0.38396 0.156 0.004 0.744 0.000 0.096
#> SRR1146203 1 0.0609 0.67270 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.4287 -0.14943 0.540 0.000 0.460 0.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.4904 0.54187 0.748 0.000 0.032 0.060 0.160
#> SRR1146206 1 0.4331 0.03377 0.596 0.004 0.400 0.000 0.000
#> SRR1146207 2 0.4555 0.21706 0.000 0.636 0.000 0.344 0.020
#> SRR1146208 1 0.4074 0.08704 0.636 0.000 0.364 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.2798 0.66240 0.888 0.000 0.060 0.044 0.008
#> SRR1146210 1 0.4060 0.17235 0.640 0.000 0.360 0.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.2964 0.61339 0.840 0.000 0.004 0.152 0.004
#> SRR1146212 1 0.2516 0.57837 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1146213 2 0.4278 -0.03518 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1146214 1 0.4138 0.11083 0.616 0.000 0.384 0.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0566 0.67432 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1146216 2 0.2577 0.52280 0.000 0.892 0.084 0.008 0.016
#> SRR1146217 4 0.4570 0.13172 0.184 0.044 0.012 0.756 0.004
#> SRR1146218 1 0.4227 -0.03083 0.580 0.000 0.420 0.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.4201 0.02347 0.592 0.000 0.408 0.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.5341 0.00651 0.564 0.000 0.376 0.000 0.060
#> SRR1146221 1 0.4256 -0.05808 0.564 0.000 0.436 0.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0486 0.67455 0.988 0.000 0.004 0.004 0.004
#> SRR1146223 1 0.2766 0.66315 0.892 0.000 0.056 0.040 0.012
#> SRR1146224 3 0.5255 0.50072 0.272 0.028 0.664 0.000 0.036
#> SRR1146225 1 0.3730 0.63834 0.832 0.000 0.048 0.104 0.016
#> SRR1146226 1 0.0510 0.67332 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.4249 -0.04898 0.568 0.000 0.432 0.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.4291 -0.16745 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.4088 0.07571 0.632 0.000 0.368 0.000 0.000
#> SRR1146230 4 0.4287 0.28176 0.000 0.460 0.000 0.540 0.000
#> SRR1146231 2 0.4249 0.02772 0.000 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1146232 2 0.5129 0.27919 0.000 0.604 0.356 0.012 0.028
#> SRR1146233 1 0.0000 0.67409 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.3796 0.31469 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.2338 0.63649 0.884 0.000 0.112 0.000 0.004
#> SRR1146236 2 0.4268 -0.02073 0.000 0.556 0.000 0.444 0.000
#> SRR1146237 1 0.0609 0.67221 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.3913 0.26459 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1146239 1 0.4114 0.05546 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.3842 0.63356 0.832 0.000 0.092 0.028 0.048
#> SRR1146241 1 0.0703 0.67122 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0771 0.67563 0.976 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1146243 2 0.4294 -0.08375 0.000 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1146244 4 0.4171 0.41631 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1146245 2 0.4242 0.03700 0.000 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1146246 4 0.4306 0.18814 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1146247 2 0.3949 0.25276 0.000 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1146248 4 0.4192 0.36718 0.000 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1146249 4 0.3430 0.51377 0.000 0.220 0.000 0.776 0.004
#> SRR1146250 2 0.4030 0.23348 0.000 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1146252 1 0.2341 0.66649 0.912 0.000 0.056 0.020 0.012
#> SRR1146253 1 0.0162 0.67392 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146254 1 0.4299 0.08782 0.608 0.000 0.388 0.000 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 6 0.8399 0.00000 0.000 0.116 0.084 0.244 0.228 0.328
#> SRR1146077 1 0.2996 0.64191 0.772 0.000 0.000 0.000 0.000 0.228
#> SRR1146078 1 0.4613 0.47763 0.596 0.000 0.024 0.004 0.008 0.368
#> SRR1146079 1 0.4016 0.65316 0.752 0.000 0.036 0.000 0.016 0.196
#> SRR1146080 1 0.5538 0.41626 0.592 0.000 0.048 0.012 0.312 0.036
#> SRR1146081 1 0.2883 0.65312 0.788 0.000 0.000 0.000 0.000 0.212
#> SRR1146082 3 0.4325 0.73109 0.244 0.064 0.692 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.1333 0.68152 0.944 0.000 0.048 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146084 3 0.4598 0.74204 0.280 0.060 0.656 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146085 2 0.5013 0.61187 0.000 0.596 0.048 0.340 0.008 0.008
#> SRR1146086 2 0.5235 0.52766 0.000 0.676 0.124 0.172 0.024 0.004
#> SRR1146087 1 0.3337 0.62852 0.736 0.000 0.004 0.000 0.000 0.260
#> SRR1146088 5 0.7026 -0.31980 0.000 0.076 0.004 0.212 0.444 0.264
#> SRR1146089 3 0.4249 0.75914 0.328 0.032 0.640 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.4796 0.72940 0.260 0.084 0.652 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146091 3 0.3871 0.51429 0.084 0.148 0.768 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.2980 0.66541 0.800 0.000 0.008 0.000 0.000 0.192
#> SRR1146093 1 0.3175 0.62527 0.744 0.000 0.000 0.000 0.000 0.256
#> SRR1146094 1 0.3442 0.63776 0.756 0.004 0.004 0.000 0.004 0.232
#> SRR1146095 1 0.2932 0.67475 0.820 0.000 0.016 0.000 0.000 0.164
#> SRR1146096 2 0.3870 0.53625 0.000 0.752 0.008 0.212 0.004 0.024
#> SRR1146097 1 0.3023 0.64023 0.768 0.000 0.000 0.000 0.000 0.232
#> SRR1146098 1 0.3053 0.67907 0.812 0.000 0.020 0.000 0.000 0.168
#> SRR1146099 3 0.5103 0.73738 0.336 0.084 0.576 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146100 1 0.1584 0.66618 0.928 0.000 0.064 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146101 4 0.3735 0.56186 0.000 0.036 0.012 0.780 0.172 0.000
#> SRR1146102 3 0.4445 0.75346 0.396 0.032 0.572 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.3833 0.73244 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.1049 0.68935 0.960 0.000 0.032 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146105 3 0.4195 0.74071 0.440 0.008 0.548 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146106 2 0.5980 0.10352 0.000 0.528 0.116 0.036 0.320 0.000
#> SRR1146107 2 0.5389 0.48033 0.000 0.632 0.132 0.220 0.012 0.004
#> SRR1146108 2 0.6364 0.41351 0.000 0.512 0.048 0.164 0.276 0.000
#> SRR1146109 2 0.5666 0.54811 0.000 0.532 0.072 0.364 0.028 0.004
#> SRR1146110 1 0.1082 0.69970 0.956 0.000 0.004 0.000 0.000 0.040
#> SRR1146111 2 0.5008 0.57397 0.000 0.524 0.036 0.424 0.012 0.004
#> SRR1146112 5 0.4485 0.24815 0.180 0.000 0.084 0.000 0.724 0.012
#> SRR1146113 5 0.5108 -0.13817 0.000 0.356 0.032 0.036 0.576 0.000
#> SRR1146114 2 0.3807 0.56448 0.000 0.784 0.044 0.160 0.008 0.004
#> SRR1146115 2 0.5278 0.56285 0.000 0.508 0.044 0.424 0.020 0.004
#> SRR1146116 2 0.3767 0.49538 0.000 0.804 0.096 0.088 0.004 0.008
#> SRR1146117 2 0.5196 0.50194 0.000 0.644 0.144 0.204 0.004 0.004
#> SRR1146118 2 0.2803 0.48387 0.000 0.864 0.048 0.084 0.000 0.004
#> SRR1146119 3 0.3982 0.72175 0.460 0.000 0.536 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146120 2 0.5600 0.50890 0.000 0.640 0.136 0.188 0.032 0.004
#> SRR1146121 2 0.5302 0.40807 0.000 0.632 0.196 0.164 0.004 0.004
#> SRR1146122 4 0.4353 0.22904 0.000 0.388 0.000 0.588 0.004 0.020
#> SRR1146123 1 0.1434 0.68305 0.940 0.000 0.048 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146124 1 0.3236 0.59276 0.820 0.000 0.140 0.000 0.004 0.036
#> SRR1146125 4 0.4688 0.13609 0.000 0.300 0.004 0.636 0.060 0.000
#> SRR1146126 2 0.5654 0.59813 0.000 0.588 0.020 0.276 0.112 0.004
#> SRR1146127 2 0.5357 0.59490 0.000 0.660 0.020 0.220 0.084 0.016
#> SRR1146128 1 0.1152 0.68032 0.952 0.000 0.044 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146129 3 0.4612 0.74174 0.308 0.052 0.636 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146130 2 0.6588 0.52340 0.000 0.532 0.032 0.288 0.100 0.048
#> SRR1146131 2 0.4961 0.47933 0.000 0.692 0.048 0.212 0.004 0.044
#> SRR1146132 3 0.4502 0.72300 0.444 0.004 0.532 0.000 0.016 0.004
#> SRR1146133 1 0.4601 0.58369 0.688 0.000 0.112 0.000 0.000 0.200
#> SRR1146134 3 0.4000 0.45244 0.064 0.164 0.764 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146135 3 0.4080 0.72428 0.456 0.000 0.536 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146136 1 0.4585 0.56794 0.720 0.000 0.104 0.000 0.164 0.012
#> SRR1146137 5 0.3451 0.11638 0.000 0.028 0.000 0.156 0.804 0.012
#> SRR1146138 4 0.5652 0.42849 0.000 0.104 0.024 0.664 0.032 0.176
#> SRR1146139 2 0.6309 0.52342 0.000 0.460 0.012 0.348 0.168 0.012
#> SRR1146140 1 0.1492 0.69841 0.940 0.000 0.024 0.000 0.000 0.036
#> SRR1146141 1 0.0458 0.69143 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.4740 0.61024 0.000 0.576 0.036 0.380 0.004 0.004
#> SRR1146143 2 0.4438 0.61740 0.000 0.612 0.016 0.360 0.008 0.004
#> SRR1146144 2 0.5905 0.50868 0.000 0.472 0.000 0.368 0.148 0.012
#> SRR1146145 2 0.4234 0.59824 0.000 0.608 0.000 0.372 0.016 0.004
#> SRR1146146 4 0.3111 0.54839 0.000 0.000 0.032 0.836 0.008 0.124
#> SRR1146147 1 0.4268 0.59212 0.696 0.000 0.008 0.004 0.028 0.264
#> SRR1146148 1 0.2882 0.68959 0.860 0.000 0.060 0.000 0.004 0.076
#> SRR1146149 1 0.4338 0.66032 0.772 0.000 0.032 0.008 0.056 0.132
#> SRR1146150 3 0.4549 0.71829 0.232 0.088 0.680 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.4490 0.51605 0.104 0.000 0.700 0.000 0.196 0.000
#> SRR1146152 1 0.4732 0.63956 0.728 0.000 0.044 0.000 0.072 0.156
#> SRR1146153 4 0.5755 0.32880 0.000 0.232 0.000 0.604 0.124 0.040
#> SRR1146154 1 0.5925 0.25906 0.472 0.000 0.000 0.152 0.012 0.364
#> SRR1146155 1 0.2823 0.41797 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.4404 0.52925 0.736 0.000 0.164 0.012 0.000 0.088
#> SRR1146157 1 0.2883 0.41352 0.788 0.000 0.212 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.1204 0.67642 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.1387 0.67111 0.932 0.000 0.068 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.1471 0.67881 0.932 0.000 0.064 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146161 1 0.5215 0.39694 0.576 0.000 0.044 0.004 0.352 0.024
#> SRR1146162 1 0.0458 0.69217 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.3838 0.73062 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.2333 0.69040 0.872 0.000 0.004 0.000 0.004 0.120
#> SRR1146165 1 0.1010 0.68790 0.960 0.000 0.036 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146166 4 0.7147 -0.11442 0.000 0.352 0.036 0.420 0.052 0.140
#> SRR1146167 4 0.3339 0.59447 0.000 0.040 0.100 0.836 0.000 0.024
#> SRR1146168 5 0.4625 0.23950 0.224 0.000 0.060 0.004 0.700 0.012
#> SRR1146169 4 0.4673 -0.33965 0.000 0.428 0.004 0.540 0.012 0.016
#> SRR1146170 4 0.3876 0.52371 0.000 0.156 0.004 0.772 0.068 0.000
#> SRR1146171 4 0.4605 0.33089 0.000 0.356 0.000 0.600 0.004 0.040
#> SRR1146172 4 0.4075 0.51616 0.000 0.036 0.016 0.744 0.204 0.000
#> SRR1146173 4 0.2717 0.66223 0.000 0.064 0.032 0.884 0.012 0.008
#> SRR1146174 2 0.5345 0.35387 0.000 0.536 0.000 0.384 0.048 0.032
#> SRR1146175 2 0.4605 0.56683 0.000 0.584 0.008 0.384 0.008 0.016
#> SRR1146176 2 0.4718 0.48300 0.000 0.624 0.000 0.324 0.016 0.036
#> SRR1146177 2 0.4013 0.56120 0.000 0.696 0.004 0.280 0.004 0.016
#> SRR1146178 4 0.6465 0.22322 0.000 0.064 0.044 0.616 0.140 0.136
#> SRR1146179 2 0.5266 0.58271 0.000 0.576 0.004 0.312 0.108 0.000
#> SRR1146180 4 0.3141 0.55954 0.000 0.200 0.000 0.788 0.000 0.012
#> SRR1146181 5 0.3343 0.15212 0.000 0.016 0.000 0.128 0.824 0.032
#> SRR1146182 2 0.4453 0.18687 0.000 0.524 0.000 0.452 0.004 0.020
#> SRR1146183 4 0.4304 0.48315 0.000 0.040 0.016 0.716 0.228 0.000
#> SRR1146184 4 0.3437 0.62865 0.000 0.052 0.000 0.832 0.092 0.024
#> SRR1146185 4 0.5661 0.40936 0.000 0.088 0.028 0.684 0.056 0.144
#> SRR1146186 4 0.3494 0.64049 0.000 0.080 0.008 0.840 0.032 0.040
#> SRR1146187 5 0.6078 -0.24495 0.000 0.044 0.016 0.340 0.532 0.068
#> SRR1146188 4 0.7095 -0.24918 0.000 0.276 0.040 0.396 0.016 0.272
#> SRR1146189 4 0.3129 0.58230 0.000 0.024 0.004 0.820 0.152 0.000
#> SRR1146190 4 0.1988 0.65992 0.000 0.004 0.004 0.920 0.048 0.024
#> SRR1146191 4 0.2327 0.66626 0.000 0.044 0.028 0.908 0.012 0.008
#> SRR1146192 4 0.1426 0.66538 0.000 0.016 0.000 0.948 0.028 0.008
#> SRR1146193 4 0.4721 0.30067 0.000 0.372 0.004 0.584 0.004 0.036
#> SRR1146194 4 0.6615 -0.12159 0.000 0.360 0.040 0.424 0.004 0.172
#> SRR1146195 4 0.2122 0.66322 0.000 0.032 0.000 0.916 0.028 0.024
#> SRR1146196 4 0.1918 0.65144 0.000 0.088 0.000 0.904 0.008 0.000
#> SRR1146197 5 0.4372 -0.13662 0.000 0.024 0.000 0.432 0.544 0.000
#> SRR1146198 4 0.2468 0.61452 0.000 0.008 0.012 0.884 0.092 0.004
#> SRR1146199 1 0.5201 0.54517 0.624 0.008 0.044 0.004 0.020 0.300
#> SRR1146200 2 0.6252 -0.00657 0.000 0.448 0.032 0.400 0.008 0.112
#> SRR1146201 4 0.3888 0.45748 0.000 0.008 0.008 0.736 0.236 0.012
#> SRR1146202 3 0.5256 0.57528 0.136 0.032 0.672 0.000 0.160 0.000
#> SRR1146203 1 0.1141 0.67759 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 3 0.3986 0.71032 0.464 0.000 0.532 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.4502 0.62308 0.752 0.000 0.032 0.008 0.156 0.052
#> SRR1146206 3 0.4393 0.68134 0.480 0.016 0.500 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146207 4 0.3172 0.60088 0.000 0.148 0.000 0.816 0.000 0.036
#> SRR1146208 1 0.3854 -0.59445 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.2560 0.69321 0.872 0.000 0.036 0.000 0.000 0.092
#> SRR1146210 1 0.3819 -0.16768 0.624 0.000 0.372 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.3568 0.65554 0.764 0.000 0.016 0.008 0.000 0.212
#> SRR1146212 1 0.4400 -0.28245 0.592 0.032 0.376 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146213 4 0.0935 0.66577 0.000 0.032 0.000 0.964 0.000 0.004
#> SRR1146214 1 0.3854 -0.53435 0.536 0.000 0.464 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.1584 0.69329 0.928 0.000 0.064 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146216 2 0.4351 0.62908 0.000 0.680 0.028 0.280 0.004 0.008
#> SRR1146217 4 0.5939 0.14063 0.192 0.000 0.060 0.632 0.012 0.104
#> SRR1146218 3 0.3864 0.69517 0.480 0.000 0.520 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.3868 -0.63606 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.4591 -0.59499 0.500 0.000 0.464 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146221 3 0.3838 0.73194 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.1531 0.69148 0.928 0.000 0.068 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146223 1 0.2542 0.69157 0.876 0.000 0.044 0.000 0.000 0.080
#> SRR1146224 3 0.6321 0.67546 0.264 0.072 0.540 0.000 0.124 0.000
#> SRR1146225 1 0.3695 0.66501 0.776 0.000 0.044 0.000 0.004 0.176
#> SRR1146226 1 0.1285 0.67652 0.944 0.000 0.052 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146227 3 0.3833 0.73318 0.444 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146228 3 0.4062 0.73982 0.440 0.008 0.552 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.3868 -0.67150 0.504 0.000 0.496 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 4 0.1592 0.65035 0.000 0.000 0.032 0.940 0.008 0.020
#> SRR1146231 4 0.1296 0.66847 0.000 0.032 0.012 0.952 0.004 0.000
#> SRR1146232 2 0.5967 0.47051 0.000 0.592 0.048 0.152 0.208 0.000
#> SRR1146233 1 0.0790 0.68453 0.968 0.000 0.032 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.3175 0.30332 0.744 0.000 0.256 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.1663 0.66133 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 4 0.0725 0.66659 0.000 0.012 0.000 0.976 0.000 0.012
#> SRR1146237 1 0.1007 0.67906 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 4 0.4127 0.35866 0.000 0.364 0.000 0.620 0.004 0.012
#> SRR1146239 1 0.3869 -0.67476 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.4052 0.64346 0.792 0.000 0.072 0.004 0.108 0.024
#> SRR1146241 1 0.1333 0.68424 0.944 0.000 0.048 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146242 1 0.1720 0.69374 0.928 0.000 0.040 0.000 0.000 0.032
#> SRR1146243 4 0.0806 0.66620 0.000 0.020 0.000 0.972 0.000 0.008
#> SRR1146244 4 0.2437 0.60634 0.000 0.000 0.036 0.888 0.004 0.072
#> SRR1146245 4 0.1285 0.66159 0.000 0.052 0.000 0.944 0.004 0.000
#> SRR1146246 4 0.2422 0.63225 0.000 0.012 0.040 0.896 0.000 0.052
#> SRR1146247 4 0.3046 0.58955 0.000 0.188 0.000 0.800 0.000 0.012
#> SRR1146248 4 0.2500 0.60109 0.000 0.012 0.004 0.868 0.000 0.116
#> SRR1146249 4 0.2404 0.61175 0.000 0.016 0.000 0.872 0.000 0.112
#> SRR1146250 4 0.3014 0.52702 0.000 0.184 0.000 0.804 0.000 0.012
#> SRR1146252 1 0.1857 0.69025 0.924 0.000 0.044 0.000 0.004 0.028
#> SRR1146253 1 0.1049 0.69497 0.960 0.000 0.032 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146254 1 0.4010 -0.39927 0.584 0.000 0.408 0.000 0.008 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.998 0.5017 0.499 0.499
#> 3 3 0.652 0.760 0.773 0.2359 0.862 0.723
#> 4 4 0.594 0.635 0.771 0.1600 0.887 0.705
#> 5 5 0.592 0.578 0.736 0.0375 0.936 0.792
#> 6 6 0.580 0.538 0.672 0.0636 0.895 0.621
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146077 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1146080 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.2603 0.957 0.956 0.044
#> SRR1146088 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146089 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146090 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146091 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0672 0.992 0.992 0.008
#> SRR1146095 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1146096 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146102 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146123 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146126 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146127 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146131 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146132 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1146134 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146135 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146138 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146139 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146144 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146145 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146146 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR1146147 1 0.0672 0.992 0.992 0.008
#> SRR1146148 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1146149 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146151 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146152 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1146153 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146154 1 0.0938 0.989 0.988 0.012
#> SRR1146155 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1146159 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1146160 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146167 2 0.0938 0.988 0.012 0.988
#> SRR1146168 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146170 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146171 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146172 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146173 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR1146174 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146175 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146176 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146177 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146181 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146182 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146183 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146184 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146185 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146186 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR1146187 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146188 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146189 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146190 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146191 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR1146192 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146193 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146194 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146195 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146196 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146197 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146198 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146199 1 0.2603 0.957 0.956 0.044
#> SRR1146200 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146201 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146202 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.1414 0.981 0.980 0.020
#> SRR1146206 1 0.0672 0.992 0.992 0.008
#> SRR1146207 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1146210 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0672 0.992 0.992 0.008
#> SRR1146212 1 0.0672 0.992 0.992 0.008
#> SRR1146213 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146217 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146218 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1146224 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146225 1 0.0376 0.995 0.996 0.004
#> SRR1146226 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR1146231 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR1146232 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR1146237 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR1146239 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR1146244 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR1146245 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146246 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR1146247 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR1146248 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR1146249 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR1146250 2 0.0376 0.997 0.004 0.996
#> SRR1146252 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 0.998 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.4504 0.8965 0.000 0.804 0.196
#> SRR1146077 1 0.1031 0.7419 0.976 0.000 0.024
#> SRR1146078 1 0.1031 0.7375 0.976 0.000 0.024
#> SRR1146079 3 0.6260 0.8776 0.448 0.000 0.552
#> SRR1146080 1 0.4452 0.5733 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146081 1 0.1031 0.7419 0.976 0.000 0.024
#> SRR1146082 3 0.6154 0.8967 0.408 0.000 0.592
#> SRR1146083 1 0.0000 0.7468 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.6291 -0.6669 0.532 0.000 0.468
#> SRR1146085 2 0.0592 0.9125 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146086 2 0.0592 0.9125 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146087 3 0.7228 0.8257 0.364 0.036 0.600
#> SRR1146088 2 0.3267 0.9149 0.000 0.884 0.116
#> SRR1146089 3 0.6154 0.8967 0.408 0.000 0.592
#> SRR1146090 3 0.6154 0.8967 0.408 0.000 0.592
#> SRR1146091 3 0.6154 0.8967 0.408 0.000 0.592
#> SRR1146092 1 0.0892 0.7404 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146093 1 0.1031 0.7419 0.976 0.000 0.024
#> SRR1146094 3 0.6235 0.8213 0.436 0.000 0.564
#> SRR1146095 1 0.6095 -0.3573 0.608 0.000 0.392
#> SRR1146096 2 0.1964 0.9165 0.000 0.944 0.056
#> SRR1146097 1 0.0892 0.7446 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146098 1 0.0747 0.7413 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146099 3 0.6154 0.8967 0.408 0.000 0.592
#> SRR1146100 1 0.0592 0.7477 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146101 2 0.2711 0.8989 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146102 3 0.6154 0.8967 0.408 0.000 0.592
#> SRR1146103 3 0.6299 0.8427 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146104 1 0.2448 0.7136 0.924 0.000 0.076
#> SRR1146105 3 0.6126 0.8968 0.400 0.000 0.600
#> SRR1146106 2 0.1643 0.9162 0.000 0.956 0.044
#> SRR1146107 2 0.0592 0.9125 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146108 2 0.0747 0.9135 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146109 2 0.0592 0.9125 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146110 1 0.0592 0.7477 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146111 2 0.1643 0.9162 0.000 0.956 0.044
#> SRR1146112 1 0.6302 -0.6991 0.520 0.000 0.480
#> SRR1146113 2 0.1643 0.9162 0.000 0.956 0.044
#> SRR1146114 2 0.2625 0.9163 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146115 2 0.0592 0.9125 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146116 2 0.4452 0.8950 0.000 0.808 0.192
#> SRR1146117 2 0.0592 0.9125 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146118 2 0.1964 0.9165 0.000 0.944 0.056
#> SRR1146119 3 0.6235 0.8794 0.436 0.000 0.564
#> SRR1146120 2 0.0592 0.9125 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146121 2 0.0592 0.9125 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146122 2 0.2625 0.8983 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146123 3 0.6291 0.8513 0.468 0.000 0.532
#> SRR1146124 3 0.6225 0.8812 0.432 0.000 0.568
#> SRR1146125 2 0.0424 0.9140 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146126 2 0.4002 0.9071 0.000 0.840 0.160
#> SRR1146127 2 0.4452 0.8950 0.000 0.808 0.192
#> SRR1146128 3 0.6309 0.8057 0.496 0.000 0.504
#> SRR1146129 3 0.6252 0.8696 0.444 0.000 0.556
#> SRR1146130 2 0.4399 0.8956 0.000 0.812 0.188
#> SRR1146131 2 0.4291 0.8988 0.000 0.820 0.180
#> SRR1146132 3 0.6008 0.8786 0.372 0.000 0.628
#> SRR1146133 3 0.6282 0.8714 0.384 0.004 0.612
#> SRR1146134 3 0.6126 0.8968 0.400 0.000 0.600
#> SRR1146135 3 0.6235 0.8794 0.436 0.000 0.564
#> SRR1146136 3 0.6305 0.8294 0.484 0.000 0.516
#> SRR1146137 2 0.4178 0.9046 0.000 0.828 0.172
#> SRR1146138 2 0.4605 0.8962 0.000 0.796 0.204
#> SRR1146139 2 0.3941 0.9050 0.000 0.844 0.156
#> SRR1146140 1 0.0237 0.7465 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146141 1 0.0747 0.7467 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146142 2 0.0592 0.9125 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146143 2 0.0592 0.9125 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146144 2 0.3941 0.9050 0.000 0.844 0.156
#> SRR1146145 2 0.0747 0.9125 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146146 2 0.4351 0.8581 0.004 0.828 0.168
#> SRR1146147 3 0.6267 0.8111 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146148 3 0.6252 0.8659 0.444 0.000 0.556
#> SRR1146149 1 0.4654 0.5277 0.792 0.000 0.208
#> SRR1146150 3 0.6126 0.8968 0.400 0.000 0.600
#> SRR1146151 3 0.6045 0.8822 0.380 0.000 0.620
#> SRR1146152 3 0.6260 0.8731 0.448 0.000 0.552
#> SRR1146153 2 0.3941 0.9052 0.000 0.844 0.156
#> SRR1146154 3 0.6282 0.8714 0.384 0.004 0.612
#> SRR1146155 1 0.0000 0.7468 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.7468 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.3038 0.6845 0.896 0.000 0.104
#> SRR1146158 1 0.5760 -0.0272 0.672 0.000 0.328
#> SRR1146159 1 0.6225 -0.5657 0.568 0.000 0.432
#> SRR1146160 1 0.6235 -0.6231 0.564 0.000 0.436
#> SRR1146161 1 0.6140 -0.4594 0.596 0.000 0.404
#> SRR1146162 1 0.4002 0.6286 0.840 0.000 0.160
#> SRR1146163 3 0.6168 0.8961 0.412 0.000 0.588
#> SRR1146164 1 0.4504 0.5547 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146165 1 0.0000 0.7468 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.3941 0.9052 0.000 0.844 0.156
#> SRR1146167 2 0.5216 0.8852 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146168 1 0.6154 -0.4786 0.592 0.000 0.408
#> SRR1146169 2 0.4452 0.8988 0.000 0.808 0.192
#> SRR1146170 2 0.2711 0.8989 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146171 2 0.4235 0.8992 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146172 2 0.2711 0.8989 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146173 2 0.4575 0.8624 0.004 0.812 0.184
#> SRR1146174 2 0.1753 0.9169 0.000 0.952 0.048
#> SRR1146175 2 0.4504 0.8961 0.000 0.804 0.196
#> SRR1146176 2 0.1753 0.9169 0.000 0.952 0.048
#> SRR1146177 2 0.4452 0.8950 0.000 0.808 0.192
#> SRR1146178 2 0.4605 0.8962 0.000 0.796 0.204
#> SRR1146179 2 0.0747 0.9132 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146180 2 0.3619 0.9130 0.000 0.864 0.136
#> SRR1146181 2 0.3619 0.9105 0.000 0.864 0.136
#> SRR1146182 2 0.1163 0.9114 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146183 2 0.2625 0.8976 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146184 2 0.0424 0.9142 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146185 2 0.4605 0.8962 0.000 0.796 0.204
#> SRR1146186 2 0.4575 0.8624 0.004 0.812 0.184
#> SRR1146187 2 0.4504 0.8965 0.000 0.804 0.196
#> SRR1146188 2 0.4346 0.8956 0.000 0.816 0.184
#> SRR1146189 2 0.2959 0.9166 0.000 0.900 0.100
#> SRR1146190 2 0.4399 0.9032 0.000 0.812 0.188
#> SRR1146191 2 0.4575 0.8624 0.004 0.812 0.184
#> SRR1146192 2 0.3482 0.9153 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146193 2 0.4291 0.8988 0.000 0.820 0.180
#> SRR1146194 2 0.4291 0.8988 0.000 0.820 0.180
#> SRR1146195 2 0.4346 0.9038 0.000 0.816 0.184
#> SRR1146196 2 0.1753 0.9169 0.000 0.952 0.048
#> SRR1146197 2 0.4062 0.9067 0.000 0.836 0.164
#> SRR1146198 2 0.3941 0.8669 0.000 0.844 0.156
#> SRR1146199 3 0.7190 0.8184 0.356 0.036 0.608
#> SRR1146200 2 0.4452 0.8950 0.000 0.808 0.192
#> SRR1146201 2 0.0424 0.9140 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146202 3 0.6140 0.8962 0.404 0.000 0.596
#> SRR1146203 1 0.0237 0.7466 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146204 1 0.4555 0.5579 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146205 3 0.6704 0.8706 0.376 0.016 0.608
#> SRR1146206 3 0.6169 0.8676 0.360 0.004 0.636
#> SRR1146207 2 0.4605 0.8970 0.000 0.796 0.204
#> SRR1146208 1 0.0000 0.7468 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.6302 -0.7304 0.520 0.000 0.480
#> SRR1146210 1 0.1643 0.7390 0.956 0.000 0.044
#> SRR1146211 3 0.6274 0.8004 0.456 0.000 0.544
#> SRR1146212 3 0.6330 0.8954 0.396 0.004 0.600
#> SRR1146213 2 0.5650 0.8612 0.000 0.688 0.312
#> SRR1146214 1 0.4555 0.5579 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146215 1 0.0000 0.7468 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.2625 0.9163 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146217 1 0.4555 0.5622 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146218 3 0.6307 0.8079 0.488 0.000 0.512
#> SRR1146219 3 0.6244 0.8861 0.440 0.000 0.560
#> SRR1146220 3 0.6280 0.8591 0.460 0.000 0.540
#> SRR1146221 3 0.6274 0.8679 0.456 0.000 0.544
#> SRR1146222 1 0.0000 0.7468 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.6252 -0.6192 0.556 0.000 0.444
#> SRR1146224 3 0.6140 0.8962 0.404 0.000 0.596
#> SRR1146225 3 0.6244 0.8788 0.440 0.000 0.560
#> SRR1146226 1 0.3038 0.6845 0.896 0.000 0.104
#> SRR1146227 1 0.4504 0.5325 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146228 3 0.6291 0.8589 0.468 0.000 0.532
#> SRR1146229 1 0.0000 0.7468 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.4351 0.8581 0.004 0.828 0.168
#> SRR1146231 2 0.3918 0.8898 0.004 0.856 0.140
#> SRR1146232 2 0.0592 0.9125 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146233 1 0.0237 0.7466 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146234 1 0.1753 0.7317 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146235 1 0.2537 0.7063 0.920 0.000 0.080
#> SRR1146236 2 0.4351 0.8581 0.004 0.828 0.168
#> SRR1146237 1 0.0237 0.7475 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146238 2 0.4351 0.8581 0.004 0.828 0.168
#> SRR1146239 1 0.1643 0.7335 0.956 0.000 0.044
#> SRR1146240 1 0.4452 0.5723 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146241 1 0.0000 0.7468 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.3551 0.6540 0.868 0.000 0.132
#> SRR1146243 2 0.4575 0.8610 0.004 0.812 0.184
#> SRR1146244 2 0.4351 0.8581 0.004 0.828 0.168
#> SRR1146245 2 0.2625 0.8983 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146246 2 0.4351 0.8581 0.004 0.828 0.168
#> SRR1146247 2 0.4351 0.8581 0.004 0.828 0.168
#> SRR1146248 2 0.4351 0.8581 0.004 0.828 0.168
#> SRR1146249 2 0.6104 0.8457 0.004 0.648 0.348
#> SRR1146250 2 0.4293 0.8603 0.004 0.832 0.164
#> SRR1146252 1 0.4235 0.5926 0.824 0.000 0.176
#> SRR1146253 1 0.0237 0.7475 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146254 1 0.5016 0.4028 0.760 0.000 0.240
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 2 0.1474 0.588 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146077 1 0.1118 0.834 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146078 1 0.1022 0.829 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1146079 3 0.4781 0.717 0.336 0.000 0.660 0.004
#> SRR1146080 1 0.3942 0.641 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1146081 1 0.1118 0.834 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146082 3 0.3942 0.778 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1146083 1 0.0188 0.842 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146084 3 0.4994 0.411 0.480 0.000 0.520 0.000
#> SRR1146085 2 0.4998 0.604 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1146086 2 0.4998 0.604 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1146087 3 0.2650 0.709 0.036 0.008 0.916 0.040
#> SRR1146088 2 0.2345 0.595 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146089 3 0.3942 0.778 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1146090 3 0.3942 0.778 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1146091 3 0.3942 0.778 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1146092 1 0.0921 0.832 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1146093 1 0.1118 0.834 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146094 3 0.2611 0.697 0.096 0.000 0.896 0.008
#> SRR1146095 1 0.5163 -0.336 0.516 0.000 0.480 0.004
#> SRR1146096 2 0.4907 0.630 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1146097 1 0.1302 0.835 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146098 1 0.0817 0.833 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146099 3 0.3942 0.778 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1146100 1 0.0921 0.840 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1146101 2 0.4992 -0.312 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1146102 3 0.3942 0.778 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1146103 3 0.4661 0.707 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1146104 1 0.2281 0.800 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1146105 3 0.3266 0.772 0.168 0.000 0.832 0.000
#> SRR1146106 2 0.4961 0.617 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1146107 2 0.4998 0.604 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1146108 2 0.4992 0.610 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1146109 2 0.4961 0.615 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1146110 1 0.0921 0.840 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1146111 2 0.4888 0.630 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1146112 3 0.4972 0.463 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1146113 2 0.4961 0.617 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1146114 2 0.4866 0.627 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1146115 2 0.4998 0.604 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1146116 2 0.4277 0.605 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146117 2 0.4998 0.604 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1146118 2 0.4933 0.625 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1146119 3 0.2081 0.726 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1146120 2 0.4998 0.604 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1146121 2 0.4998 0.604 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1146122 2 0.4996 -0.278 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1146123 3 0.4382 0.747 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1146124 3 0.2081 0.728 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1146125 2 0.4830 0.616 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1146126 2 0.4477 0.623 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1146127 2 0.4277 0.605 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146128 3 0.4746 0.683 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1146129 3 0.2345 0.720 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1146130 2 0.4222 0.608 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1146131 2 0.4222 0.614 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1146132 3 0.0592 0.708 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146133 3 0.1610 0.707 0.032 0.000 0.952 0.016
#> SRR1146134 3 0.3837 0.780 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1146135 3 0.2081 0.726 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1146136 3 0.4776 0.671 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1146137 2 0.2647 0.514 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1146138 2 0.2408 0.485 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1146139 2 0.2081 0.616 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146140 1 0.0469 0.838 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146141 1 0.1022 0.839 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1146142 2 0.4961 0.615 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1146143 2 0.4961 0.615 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1146144 2 0.2081 0.616 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146145 2 0.4933 0.610 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1146146 4 0.4277 0.942 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1146147 3 0.4319 0.736 0.228 0.000 0.760 0.012
#> SRR1146148 3 0.2888 0.726 0.124 0.000 0.872 0.004
#> SRR1146149 1 0.4134 0.580 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1146150 3 0.3873 0.779 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1146151 3 0.0921 0.712 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1146152 3 0.4837 0.699 0.348 0.000 0.648 0.004
#> SRR1146153 2 0.1637 0.593 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1146154 3 0.1610 0.707 0.032 0.000 0.952 0.016
#> SRR1146155 1 0.0188 0.840 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146156 1 0.0188 0.842 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146157 1 0.2647 0.778 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1146158 1 0.5158 -0.268 0.524 0.000 0.472 0.004
#> SRR1146159 3 0.5080 0.574 0.420 0.000 0.576 0.004
#> SRR1146160 3 0.4989 0.495 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1146161 3 0.4998 0.427 0.488 0.000 0.512 0.000
#> SRR1146162 1 0.4941 0.269 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1146163 3 0.4072 0.772 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1146164 1 0.4040 0.606 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.1637 0.593 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1146167 2 0.4420 0.116 0.000 0.748 0.012 0.240
#> SRR1146168 3 0.4996 0.440 0.484 0.000 0.516 0.000
#> SRR1146169 2 0.1792 0.601 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146170 2 0.4992 -0.312 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1146171 2 0.1940 0.553 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1146172 2 0.4992 -0.312 0.000 0.524 0.000 0.476
#> SRR1146173 4 0.4382 0.934 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1146174 2 0.3837 0.560 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1146175 2 0.2149 0.609 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146176 2 0.3942 0.583 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1146177 2 0.4008 0.620 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146178 2 0.2345 0.491 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146179 2 0.4564 0.598 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1146180 2 0.3074 0.607 0.000 0.848 0.000 0.152
#> SRR1146181 2 0.2345 0.574 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146182 2 0.4624 0.426 0.000 0.660 0.000 0.340
#> SRR1146183 2 0.4994 -0.320 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1146184 2 0.3907 0.525 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1146185 2 0.2408 0.485 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1146186 4 0.4382 0.934 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1146187 2 0.1474 0.588 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146188 2 0.1716 0.553 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1146189 2 0.3311 0.515 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146190 2 0.2921 0.476 0.000 0.860 0.000 0.140
#> SRR1146191 4 0.4382 0.934 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1146192 2 0.3356 0.493 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1146193 2 0.3400 0.633 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1146194 2 0.3400 0.633 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1146195 2 0.2704 0.502 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146196 2 0.4222 0.409 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1146197 2 0.2704 0.517 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146198 4 0.4522 0.883 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1146199 3 0.1545 0.681 0.000 0.008 0.952 0.040
#> SRR1146200 2 0.3400 0.629 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1146201 2 0.4103 0.461 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1146202 3 0.3907 0.779 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1146203 1 0.0188 0.841 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146204 1 0.4008 0.628 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1146205 3 0.1739 0.708 0.024 0.008 0.952 0.016
#> SRR1146206 3 0.0672 0.703 0.008 0.000 0.984 0.008
#> SRR1146207 2 0.2814 0.458 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1146208 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 3 0.4936 0.664 0.372 0.000 0.624 0.004
#> SRR1146210 1 0.1792 0.827 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1146211 3 0.3088 0.697 0.128 0.000 0.864 0.008
#> SRR1146212 3 0.4212 0.781 0.216 0.000 0.772 0.012
#> SRR1146213 2 0.4994 -0.615 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1146214 1 0.3975 0.633 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.4866 0.627 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1146217 1 0.4008 0.632 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1146218 3 0.4543 0.721 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1146219 3 0.4500 0.735 0.316 0.000 0.684 0.000
#> SRR1146220 3 0.3649 0.755 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1146221 3 0.4304 0.756 0.284 0.000 0.716 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 3 0.5119 0.550 0.440 0.000 0.556 0.004
#> SRR1146224 3 0.3873 0.780 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1146225 3 0.4608 0.740 0.304 0.000 0.692 0.004
#> SRR1146226 1 0.2647 0.778 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1146227 1 0.4040 0.584 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1146228 3 0.4477 0.745 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1146229 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 4 0.4277 0.942 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1146231 4 0.4916 0.708 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1146232 2 0.4994 0.608 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1146233 1 0.0188 0.841 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146234 1 0.1474 0.829 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146235 1 0.2216 0.799 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1146236 4 0.4277 0.942 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1146237 1 0.0188 0.842 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146238 4 0.4277 0.942 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1146239 1 0.1302 0.832 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146240 1 0.3942 0.638 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.841 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.3219 0.736 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1146243 4 0.4431 0.926 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1146244 4 0.4277 0.942 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1146245 2 0.4998 -0.312 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1146246 4 0.4304 0.939 0.000 0.284 0.000 0.716
#> SRR1146247 4 0.4277 0.942 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1146248 4 0.4277 0.942 0.000 0.280 0.000 0.720
#> SRR1146249 4 0.4996 0.633 0.000 0.484 0.000 0.516
#> SRR1146250 4 0.4431 0.914 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1146252 1 0.3873 0.642 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146253 1 0.0336 0.842 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146254 1 0.4477 0.410 0.688 0.000 0.312 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 2 0.4946 0.5529 0.000 0.664 NA 0.276 0.000
#> SRR1146077 1 0.1124 0.7989 0.960 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1146078 1 0.0963 0.7964 0.964 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146079 5 0.5434 0.4800 0.336 0.000 NA 0.000 0.588
#> SRR1146080 1 0.4010 0.6544 0.760 0.000 NA 0.000 0.208
#> SRR1146081 1 0.1124 0.7989 0.960 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1146082 5 0.6615 0.5772 0.232 0.000 NA 0.000 0.444
#> SRR1146083 1 0.0162 0.8106 0.996 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1146084 1 0.6556 -0.2181 0.476 0.000 NA 0.000 0.264
#> SRR1146085 2 0.3535 0.6272 0.000 0.808 NA 0.164 0.000
#> SRR1146086 2 0.3535 0.6272 0.000 0.808 NA 0.164 0.000
#> SRR1146087 5 0.5088 0.4037 0.036 0.000 NA 0.000 0.528
#> SRR1146088 2 0.4671 0.5485 0.000 0.640 NA 0.332 0.000
#> SRR1146089 5 0.6615 0.5772 0.232 0.000 NA 0.000 0.444
#> SRR1146090 5 0.6615 0.5772 0.232 0.000 NA 0.000 0.444
#> SRR1146091 5 0.6615 0.5772 0.232 0.000 NA 0.000 0.444
#> SRR1146092 1 0.0880 0.7990 0.968 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.1124 0.7989 0.960 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1146094 5 0.4869 0.4896 0.096 0.000 NA 0.000 0.712
#> SRR1146095 1 0.5900 -0.0110 0.516 0.000 NA 0.000 0.376
#> SRR1146096 2 0.3152 0.6452 0.000 0.840 NA 0.024 0.000
#> SRR1146097 1 0.1300 0.8007 0.956 0.000 NA 0.000 0.016
#> SRR1146098 1 0.0794 0.8006 0.972 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146099 5 0.6615 0.5772 0.232 0.000 NA 0.000 0.444
#> SRR1146100 1 0.0865 0.8085 0.972 0.000 NA 0.000 0.024
#> SRR1146101 4 0.3988 0.4850 0.000 0.252 NA 0.732 0.000
#> SRR1146102 5 0.6615 0.5772 0.232 0.000 NA 0.000 0.444
#> SRR1146103 5 0.6185 0.5128 0.348 0.000 NA 0.000 0.504
#> SRR1146104 1 0.1965 0.7738 0.904 0.000 NA 0.000 0.096
#> SRR1146105 5 0.6191 0.6019 0.164 0.000 NA 0.000 0.528
#> SRR1146106 2 0.3061 0.6463 0.000 0.844 NA 0.136 0.000
#> SRR1146107 2 0.3513 0.6197 0.000 0.800 NA 0.180 0.000
#> SRR1146108 2 0.3593 0.6415 0.000 0.824 NA 0.116 0.000
#> SRR1146109 2 0.3883 0.6437 0.000 0.780 NA 0.184 0.000
#> SRR1146110 1 0.0865 0.8085 0.972 0.000 NA 0.000 0.024
#> SRR1146111 2 0.3476 0.6549 0.000 0.804 NA 0.176 0.000
#> SRR1146112 5 0.5505 0.1836 0.452 0.000 NA 0.000 0.484
#> SRR1146113 2 0.3061 0.6463 0.000 0.844 NA 0.136 0.000
#> SRR1146114 2 0.2616 0.6514 0.000 0.880 NA 0.020 0.000
#> SRR1146115 2 0.3573 0.6326 0.000 0.812 NA 0.152 0.000
#> SRR1146116 2 0.0963 0.6504 0.000 0.964 NA 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.3476 0.6218 0.000 0.804 NA 0.176 0.000
#> SRR1146118 2 0.2864 0.6382 0.000 0.852 NA 0.012 0.000
#> SRR1146119 5 0.4139 0.6122 0.084 0.000 NA 0.000 0.784
#> SRR1146120 2 0.3536 0.6303 0.000 0.812 NA 0.156 0.000
#> SRR1146121 2 0.3476 0.6218 0.000 0.804 NA 0.176 0.000
#> SRR1146122 4 0.4854 0.4513 0.000 0.260 NA 0.680 0.000
#> SRR1146123 5 0.5562 0.5636 0.296 0.000 NA 0.000 0.604
#> SRR1146124 5 0.2889 0.5869 0.084 0.000 NA 0.000 0.872
#> SRR1146125 2 0.4106 0.6291 0.000 0.724 NA 0.256 0.000
#> SRR1146126 2 0.1403 0.6621 0.000 0.952 NA 0.024 0.000
#> SRR1146127 2 0.0963 0.6504 0.000 0.964 NA 0.000 0.000
#> SRR1146128 5 0.5627 0.4761 0.368 0.000 NA 0.000 0.548
#> SRR1146129 5 0.5263 0.5951 0.100 0.000 NA 0.000 0.660
#> SRR1146130 2 0.1502 0.6493 0.000 0.940 NA 0.004 0.000
#> SRR1146131 2 0.1597 0.6549 0.000 0.940 NA 0.012 0.000
#> SRR1146132 5 0.3992 0.5879 0.012 0.000 NA 0.000 0.720
#> SRR1146133 5 0.3876 0.5233 0.032 0.000 NA 0.000 0.776
#> SRR1146134 5 0.6465 0.5946 0.220 0.000 NA 0.000 0.492
#> SRR1146135 5 0.4094 0.6122 0.084 0.000 NA 0.000 0.788
#> SRR1146136 5 0.5037 0.4284 0.376 0.000 NA 0.000 0.584
#> SRR1146137 2 0.4787 0.4382 0.000 0.608 NA 0.364 0.000
#> SRR1146138 2 0.5341 0.3828 0.000 0.564 NA 0.376 0.000
#> SRR1146139 2 0.4167 0.5995 0.000 0.724 NA 0.252 0.000
#> SRR1146140 1 0.0510 0.8057 0.984 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0955 0.8078 0.968 0.000 NA 0.000 0.028
#> SRR1146142 2 0.4210 0.6466 0.000 0.780 NA 0.124 0.000
#> SRR1146143 2 0.4210 0.6466 0.000 0.780 NA 0.124 0.000
#> SRR1146144 2 0.4167 0.5995 0.000 0.724 NA 0.252 0.000
#> SRR1146145 2 0.4675 0.6376 0.000 0.736 NA 0.164 0.000
#> SRR1146146 4 0.0404 0.7453 0.000 0.000 NA 0.988 0.000
#> SRR1146147 5 0.5848 0.4857 0.228 0.000 NA 0.000 0.604
#> SRR1146148 5 0.3752 0.5684 0.124 0.000 NA 0.000 0.812
#> SRR1146149 1 0.4192 0.6095 0.736 0.000 NA 0.000 0.232
#> SRR1146150 5 0.6485 0.5923 0.224 0.000 NA 0.000 0.488
#> SRR1146151 5 0.4404 0.5870 0.024 0.000 NA 0.000 0.684
#> SRR1146152 5 0.5260 0.4563 0.348 0.000 NA 0.000 0.592
#> SRR1146153 2 0.4318 0.5609 0.000 0.688 NA 0.292 0.000
#> SRR1146154 5 0.3805 0.5263 0.032 0.000 NA 0.000 0.784
#> SRR1146155 1 0.0162 0.8090 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0162 0.8106 0.996 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1146157 1 0.2573 0.7512 0.880 0.000 NA 0.000 0.104
#> SRR1146158 1 0.5092 -0.0896 0.524 0.000 NA 0.000 0.440
#> SRR1146159 5 0.5131 0.3455 0.420 0.000 NA 0.000 0.540
#> SRR1146160 5 0.4977 0.2279 0.472 0.000 NA 0.000 0.500
#> SRR1146161 1 0.5114 -0.1686 0.488 0.000 NA 0.000 0.476
#> SRR1146162 1 0.4760 0.1663 0.564 0.000 NA 0.000 0.416
#> SRR1146163 5 0.6578 0.5828 0.248 0.000 NA 0.000 0.468
#> SRR1146164 1 0.4054 0.6269 0.748 0.000 NA 0.000 0.224
#> SRR1146165 1 0.0000 0.8101 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.4318 0.5609 0.000 0.688 NA 0.292 0.000
#> SRR1146167 4 0.5793 0.0986 0.000 0.428 NA 0.496 0.008
#> SRR1146168 1 0.5115 -0.1809 0.484 0.000 NA 0.000 0.480
#> SRR1146169 2 0.4793 0.5751 0.000 0.684 NA 0.260 0.000
#> SRR1146170 4 0.4040 0.4696 0.000 0.260 NA 0.724 0.000
#> SRR1146171 2 0.5006 0.5027 0.000 0.624 NA 0.328 0.000
#> SRR1146172 4 0.4040 0.4657 0.000 0.260 NA 0.724 0.000
#> SRR1146173 4 0.1914 0.7427 0.000 0.016 NA 0.924 0.000
#> SRR1146174 2 0.5901 0.5332 0.000 0.568 NA 0.300 0.000
#> SRR1146175 2 0.4378 0.5997 0.000 0.716 NA 0.248 0.000
#> SRR1146176 2 0.5778 0.5669 0.000 0.596 NA 0.272 0.000
#> SRR1146177 2 0.1918 0.6632 0.000 0.928 NA 0.036 0.000
#> SRR1146178 2 0.5331 0.3921 0.000 0.568 NA 0.372 0.000
#> SRR1146179 2 0.5181 0.6095 0.000 0.652 NA 0.268 0.000
#> SRR1146180 2 0.4928 0.5769 0.000 0.660 NA 0.284 0.000
#> SRR1146181 2 0.4608 0.5245 0.000 0.640 NA 0.336 0.000
#> SRR1146182 2 0.5887 0.3410 0.000 0.476 NA 0.424 0.000
#> SRR1146183 4 0.3934 0.4927 0.000 0.244 NA 0.740 0.000
#> SRR1146184 2 0.5624 0.4860 0.000 0.532 NA 0.388 0.000
#> SRR1146185 2 0.5341 0.3828 0.000 0.564 NA 0.376 0.000
#> SRR1146186 4 0.1914 0.7427 0.000 0.016 NA 0.924 0.000
#> SRR1146187 2 0.4946 0.5529 0.000 0.664 NA 0.276 0.000
#> SRR1146188 2 0.4990 0.4936 0.000 0.628 NA 0.324 0.000
#> SRR1146189 2 0.4752 0.4287 0.000 0.568 NA 0.412 0.000
#> SRR1146190 2 0.5185 0.3793 0.000 0.568 NA 0.384 0.000
#> SRR1146191 4 0.1914 0.7427 0.000 0.016 NA 0.924 0.000
#> SRR1146192 2 0.4841 0.3993 0.000 0.560 NA 0.416 0.000
#> SRR1146193 2 0.3237 0.6607 0.000 0.848 NA 0.104 0.000
#> SRR1146194 2 0.3237 0.6607 0.000 0.848 NA 0.104 0.000
#> SRR1146195 2 0.5143 0.4178 0.000 0.584 NA 0.368 0.000
#> SRR1146196 4 0.5042 -0.2813 0.000 0.460 NA 0.508 0.000
#> SRR1146197 2 0.4722 0.4441 0.000 0.608 NA 0.368 0.000
#> SRR1146198 4 0.1597 0.7390 0.000 0.048 NA 0.940 0.000
#> SRR1146199 5 0.4256 0.3742 0.000 0.000 NA 0.000 0.564
#> SRR1146200 2 0.2959 0.6617 0.000 0.864 NA 0.100 0.000
#> SRR1146201 4 0.4829 -0.3778 0.000 0.484 NA 0.496 0.000
#> SRR1146202 5 0.6598 0.5794 0.228 0.000 NA 0.000 0.448
#> SRR1146203 1 0.0162 0.8096 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.4073 0.6444 0.752 0.000 NA 0.000 0.216
#> SRR1146205 5 0.2969 0.5864 0.020 0.000 NA 0.000 0.852
#> SRR1146206 5 0.3861 0.5607 0.004 0.000 NA 0.000 0.712
#> SRR1146207 2 0.5221 0.3426 0.000 0.552 NA 0.400 0.000
#> SRR1146208 1 0.0000 0.8101 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146209 5 0.5026 0.4303 0.372 0.000 NA 0.000 0.588
#> SRR1146210 1 0.1893 0.7965 0.928 0.000 NA 0.000 0.048
#> SRR1146211 5 0.4922 0.5033 0.128 0.000 NA 0.000 0.716
#> SRR1146212 5 0.5714 0.6193 0.212 0.000 NA 0.000 0.624
#> SRR1146213 4 0.4364 0.6118 0.000 0.216 NA 0.736 0.000
#> SRR1146214 1 0.4042 0.6482 0.756 0.000 NA 0.000 0.212
#> SRR1146215 1 0.0000 0.8101 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.2616 0.6514 0.000 0.880 NA 0.020 0.000
#> SRR1146217 1 0.4073 0.6469 0.752 0.000 NA 0.000 0.216
#> SRR1146218 5 0.5538 0.5299 0.324 0.000 NA 0.000 0.588
#> SRR1146219 5 0.6388 0.5393 0.312 0.000 NA 0.000 0.496
#> SRR1146220 5 0.3977 0.5802 0.204 0.000 NA 0.000 0.764
#> SRR1146221 5 0.5678 0.5776 0.284 0.000 NA 0.000 0.600
#> SRR1146222 1 0.0000 0.8101 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146223 5 0.5220 0.2984 0.440 0.000 NA 0.000 0.516
#> SRR1146224 5 0.6564 0.5949 0.224 0.000 NA 0.000 0.460
#> SRR1146225 5 0.5255 0.5091 0.304 0.000 NA 0.000 0.624
#> SRR1146226 1 0.2573 0.7512 0.880 0.000 NA 0.000 0.104
#> SRR1146227 1 0.3779 0.6065 0.752 0.000 NA 0.000 0.236
#> SRR1146228 5 0.6050 0.5548 0.312 0.000 NA 0.000 0.544
#> SRR1146229 1 0.0000 0.8101 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146230 4 0.0404 0.7453 0.000 0.000 NA 0.988 0.000
#> SRR1146231 4 0.3454 0.6664 0.000 0.156 NA 0.816 0.000
#> SRR1146232 2 0.3657 0.6391 0.000 0.820 NA 0.116 0.000
#> SRR1146233 1 0.0162 0.8096 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.1357 0.8014 0.948 0.000 NA 0.000 0.048
#> SRR1146235 1 0.2130 0.7776 0.908 0.000 NA 0.000 0.080
#> SRR1146236 4 0.0404 0.7453 0.000 0.000 NA 0.988 0.000
#> SRR1146237 1 0.0162 0.8104 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146238 4 0.1410 0.7441 0.000 0.000 NA 0.940 0.000
#> SRR1146239 1 0.1121 0.8028 0.956 0.000 NA 0.000 0.044
#> SRR1146240 1 0.3961 0.6499 0.760 0.000 NA 0.000 0.212
#> SRR1146241 1 0.0000 0.8101 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.3276 0.7174 0.836 0.000 NA 0.000 0.132
#> SRR1146243 4 0.1117 0.7478 0.000 0.020 NA 0.964 0.000
#> SRR1146244 4 0.0404 0.7453 0.000 0.000 NA 0.988 0.000
#> SRR1146245 4 0.5051 0.4336 0.000 0.264 NA 0.664 0.000
#> SRR1146246 4 0.1502 0.7461 0.000 0.004 NA 0.940 0.000
#> SRR1146247 4 0.1410 0.7441 0.000 0.000 NA 0.940 0.000
#> SRR1146248 4 0.1043 0.7472 0.000 0.000 NA 0.960 0.000
#> SRR1146249 4 0.3995 0.6269 0.000 0.152 NA 0.788 0.000
#> SRR1146250 4 0.1364 0.7439 0.000 0.036 NA 0.952 0.000
#> SRR1146252 1 0.3812 0.6501 0.772 0.000 NA 0.000 0.204
#> SRR1146253 1 0.0324 0.8106 0.992 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1146254 1 0.4249 0.4787 0.688 0.000 NA 0.000 0.296
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.4950 0.7386 0.000 0.236 0.016 0.664 0.000 0.084
#> SRR1146077 1 0.2452 0.7888 0.892 0.000 0.044 0.056 0.008 0.000
#> SRR1146078 1 0.3006 0.7355 0.844 0.000 0.092 0.064 0.000 0.000
#> SRR1146079 5 0.6073 0.3609 0.208 0.000 0.184 0.040 0.568 0.000
#> SRR1146080 1 0.5631 0.5149 0.612 0.000 0.140 0.028 0.220 0.000
#> SRR1146081 1 0.2879 0.7801 0.864 0.000 0.072 0.056 0.008 0.000
#> SRR1146082 3 0.5258 0.8755 0.152 0.000 0.596 0.000 0.252 0.000
#> SRR1146083 1 0.0935 0.7940 0.964 0.000 0.032 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.5533 -0.3689 0.448 0.000 0.420 0.000 0.132 0.000
#> SRR1146085 2 0.2219 0.6769 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1146086 2 0.2219 0.6769 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1146087 5 0.6082 0.2540 0.024 0.000 0.264 0.184 0.528 0.000
#> SRR1146088 4 0.5622 0.6737 0.000 0.328 0.008 0.532 0.000 0.132
#> SRR1146089 3 0.5239 0.8742 0.152 0.000 0.600 0.000 0.248 0.000
#> SRR1146090 3 0.5269 0.8739 0.156 0.000 0.596 0.000 0.248 0.000
#> SRR1146091 3 0.5100 0.8722 0.128 0.000 0.612 0.000 0.260 0.000
#> SRR1146092 1 0.2070 0.7939 0.908 0.000 0.044 0.048 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.3033 0.7808 0.856 0.000 0.076 0.056 0.012 0.000
#> SRR1146094 5 0.4962 0.3807 0.084 0.000 0.112 0.080 0.724 0.000
#> SRR1146095 5 0.5744 0.2063 0.440 0.000 0.084 0.028 0.448 0.000
#> SRR1146096 2 0.2804 0.6330 0.000 0.852 0.004 0.120 0.000 0.024
#> SRR1146097 1 0.2550 0.7854 0.892 0.000 0.036 0.048 0.024 0.000
#> SRR1146098 1 0.2433 0.7862 0.884 0.000 0.072 0.044 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.5336 0.8594 0.168 0.000 0.588 0.000 0.244 0.000
#> SRR1146100 1 0.1873 0.7961 0.924 0.000 0.048 0.008 0.020 0.000
#> SRR1146101 6 0.5492 0.3347 0.000 0.132 0.008 0.288 0.000 0.572
#> SRR1146102 3 0.5298 0.8681 0.160 0.000 0.592 0.000 0.248 0.000
#> SRR1146103 5 0.6123 -0.0135 0.248 0.000 0.280 0.008 0.464 0.000
#> SRR1146104 1 0.3017 0.7549 0.848 0.000 0.052 0.004 0.096 0.000
#> SRR1146105 3 0.5137 0.7605 0.084 0.000 0.564 0.004 0.348 0.000
#> SRR1146106 2 0.3178 0.6812 0.000 0.844 0.012 0.052 0.000 0.092
#> SRR1146107 2 0.2558 0.6702 0.000 0.840 0.000 0.004 0.000 0.156
#> SRR1146108 2 0.2437 0.6858 0.000 0.888 0.004 0.036 0.000 0.072
#> SRR1146109 2 0.3419 0.6723 0.000 0.824 0.008 0.072 0.000 0.096
#> SRR1146110 1 0.1873 0.7960 0.924 0.000 0.048 0.008 0.020 0.000
#> SRR1146111 2 0.3960 0.6672 0.000 0.784 0.012 0.104 0.000 0.100
#> SRR1146112 5 0.6650 0.3061 0.320 0.000 0.176 0.056 0.448 0.000
#> SRR1146113 2 0.3178 0.6812 0.000 0.844 0.012 0.052 0.000 0.092
#> SRR1146114 2 0.2009 0.6715 0.000 0.916 0.004 0.040 0.000 0.040
#> SRR1146115 2 0.2101 0.6823 0.000 0.892 0.004 0.004 0.000 0.100
#> SRR1146116 2 0.2706 0.6106 0.000 0.832 0.008 0.160 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.2378 0.6718 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1146118 2 0.1405 0.6657 0.000 0.948 0.004 0.024 0.000 0.024
#> SRR1146119 5 0.3897 0.1927 0.036 0.000 0.192 0.012 0.760 0.000
#> SRR1146120 2 0.2243 0.6810 0.000 0.880 0.004 0.004 0.000 0.112
#> SRR1146121 2 0.2378 0.6718 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000 0.152
#> SRR1146122 6 0.5440 0.2736 0.000 0.200 0.000 0.224 0.000 0.576
#> SRR1146123 5 0.5769 0.2149 0.208 0.000 0.216 0.012 0.564 0.000
#> SRR1146124 5 0.2426 0.3738 0.044 0.000 0.048 0.012 0.896 0.000
#> SRR1146125 2 0.5391 0.3750 0.000 0.596 0.008 0.264 0.000 0.132
#> SRR1146126 2 0.3512 0.5743 0.000 0.740 0.008 0.248 0.000 0.004
#> SRR1146127 2 0.2948 0.5974 0.000 0.804 0.008 0.188 0.000 0.000
#> SRR1146128 5 0.5818 0.2437 0.292 0.000 0.176 0.008 0.524 0.000
#> SRR1146129 5 0.5173 -0.1754 0.068 0.000 0.328 0.016 0.588 0.000
#> SRR1146130 2 0.3555 0.5543 0.000 0.712 0.008 0.280 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.3534 0.5006 0.000 0.716 0.008 0.276 0.000 0.000
#> SRR1146132 5 0.4155 -0.1703 0.000 0.000 0.364 0.020 0.616 0.000
#> SRR1146133 5 0.4165 0.3590 0.020 0.000 0.120 0.088 0.772 0.000
#> SRR1146134 3 0.5450 0.7599 0.112 0.000 0.516 0.004 0.368 0.000
#> SRR1146135 5 0.3866 0.2008 0.036 0.000 0.188 0.012 0.764 0.000
#> SRR1146136 5 0.5514 0.2931 0.256 0.000 0.152 0.008 0.584 0.000
#> SRR1146137 4 0.5053 0.7875 0.000 0.204 0.000 0.636 0.000 0.160
#> SRR1146138 4 0.4988 0.7621 0.000 0.136 0.016 0.684 0.000 0.164
#> SRR1146139 4 0.5047 0.6572 0.000 0.348 0.000 0.564 0.000 0.088
#> SRR1146140 1 0.1088 0.7968 0.960 0.000 0.024 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.1518 0.7995 0.944 0.000 0.024 0.008 0.024 0.000
#> SRR1146142 2 0.3196 0.6758 0.000 0.836 0.004 0.064 0.000 0.096
#> SRR1146143 2 0.3196 0.6758 0.000 0.836 0.004 0.064 0.000 0.096
#> SRR1146144 4 0.5047 0.6572 0.000 0.348 0.000 0.564 0.000 0.088
#> SRR1146145 2 0.4750 0.5353 0.000 0.688 0.004 0.180 0.000 0.128
#> SRR1146146 6 0.0713 0.7638 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000 0.972
#> SRR1146147 5 0.5698 0.4199 0.192 0.000 0.108 0.064 0.636 0.000
#> SRR1146148 5 0.3177 0.4082 0.072 0.000 0.052 0.024 0.852 0.000
#> SRR1146149 1 0.5558 0.4740 0.604 0.000 0.120 0.024 0.252 0.000
#> SRR1146150 3 0.5509 0.5817 0.120 0.000 0.512 0.004 0.364 0.000
#> SRR1146151 5 0.3944 -0.3416 0.000 0.000 0.428 0.004 0.568 0.000
#> SRR1146152 5 0.5669 0.3664 0.300 0.000 0.084 0.040 0.576 0.000
#> SRR1146153 4 0.4897 0.7400 0.000 0.292 0.000 0.616 0.000 0.092
#> SRR1146154 5 0.4074 0.3595 0.020 0.000 0.116 0.084 0.780 0.000
#> SRR1146155 1 0.1536 0.8021 0.940 0.000 0.040 0.004 0.016 0.000
#> SRR1146156 1 0.1082 0.7917 0.956 0.000 0.040 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.3220 0.7318 0.832 0.000 0.108 0.004 0.056 0.000
#> SRR1146158 5 0.5605 0.2799 0.440 0.000 0.100 0.012 0.448 0.000
#> SRR1146159 5 0.5484 0.3736 0.332 0.000 0.104 0.012 0.552 0.000
#> SRR1146160 5 0.5704 0.2779 0.380 0.000 0.108 0.016 0.496 0.000
#> SRR1146161 5 0.5312 0.3314 0.408 0.000 0.080 0.008 0.504 0.000
#> SRR1146162 1 0.4400 0.1393 0.524 0.000 0.008 0.012 0.456 0.000
#> SRR1146163 3 0.5735 0.7828 0.152 0.000 0.524 0.008 0.316 0.000
#> SRR1146164 1 0.5481 0.4944 0.616 0.000 0.116 0.024 0.244 0.000
#> SRR1146165 1 0.1010 0.7903 0.960 0.000 0.036 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.4897 0.7400 0.000 0.292 0.000 0.616 0.000 0.092
#> SRR1146167 4 0.5721 0.3112 0.000 0.096 0.024 0.512 0.000 0.368
#> SRR1146168 5 0.5472 0.3456 0.384 0.000 0.100 0.008 0.508 0.000
#> SRR1146169 4 0.5206 0.7143 0.000 0.268 0.016 0.624 0.000 0.092
#> SRR1146170 6 0.5616 0.3090 0.000 0.148 0.008 0.288 0.000 0.556
#> SRR1146171 4 0.5890 0.7084 0.000 0.308 0.008 0.504 0.000 0.180
#> SRR1146172 6 0.5616 0.3049 0.000 0.148 0.008 0.288 0.000 0.556
#> SRR1146173 6 0.1719 0.7647 0.000 0.060 0.000 0.016 0.000 0.924
#> SRR1146174 2 0.5697 -0.4611 0.000 0.464 0.004 0.392 0.000 0.140
#> SRR1146175 2 0.5553 -0.4363 0.000 0.448 0.008 0.440 0.000 0.104
#> SRR1146176 2 0.5616 -0.3772 0.000 0.492 0.004 0.372 0.000 0.132
#> SRR1146177 2 0.3411 0.5668 0.000 0.756 0.008 0.232 0.000 0.004
#> SRR1146178 4 0.4956 0.7627 0.000 0.136 0.016 0.688 0.000 0.160
#> SRR1146179 2 0.4729 0.4541 0.000 0.676 0.000 0.196 0.000 0.128
#> SRR1146180 4 0.5527 0.5660 0.000 0.380 0.000 0.484 0.000 0.136
#> SRR1146181 4 0.5138 0.7646 0.000 0.276 0.000 0.600 0.000 0.124
#> SRR1146182 2 0.6121 -0.2299 0.000 0.428 0.004 0.252 0.000 0.316
#> SRR1146183 6 0.5476 0.3456 0.000 0.132 0.008 0.284 0.000 0.576
#> SRR1146184 2 0.5765 -0.4634 0.000 0.416 0.000 0.412 0.000 0.172
#> SRR1146185 4 0.4988 0.7621 0.000 0.136 0.016 0.684 0.000 0.164
#> SRR1146186 6 0.1719 0.7647 0.000 0.060 0.000 0.016 0.000 0.924
#> SRR1146187 4 0.4793 0.7389 0.000 0.240 0.008 0.668 0.000 0.084
#> SRR1146188 4 0.5795 0.7347 0.000 0.268 0.012 0.548 0.000 0.172
#> SRR1146189 4 0.5819 0.7372 0.000 0.260 0.008 0.536 0.000 0.196
#> SRR1146190 4 0.4862 0.7757 0.000 0.164 0.000 0.664 0.000 0.172
#> SRR1146191 6 0.1719 0.7647 0.000 0.060 0.000 0.016 0.000 0.924
#> SRR1146192 4 0.5606 0.7671 0.000 0.220 0.008 0.580 0.000 0.192
#> SRR1146193 2 0.4699 0.1481 0.000 0.580 0.008 0.376 0.000 0.036
#> SRR1146194 2 0.4699 0.1481 0.000 0.580 0.008 0.376 0.000 0.036
#> SRR1146195 4 0.5156 0.7891 0.000 0.216 0.000 0.620 0.000 0.164
#> SRR1146196 4 0.6197 0.6117 0.000 0.272 0.008 0.440 0.000 0.280
#> SRR1146197 4 0.5078 0.7873 0.000 0.208 0.000 0.632 0.000 0.160
#> SRR1146198 6 0.2979 0.7282 0.000 0.044 0.000 0.116 0.000 0.840
#> SRR1146199 5 0.5522 0.2494 0.000 0.000 0.256 0.188 0.556 0.000
#> SRR1146200 2 0.4583 0.2856 0.000 0.620 0.008 0.336 0.000 0.036
#> SRR1146201 4 0.6209 0.5539 0.000 0.312 0.008 0.428 0.000 0.252
#> SRR1146202 3 0.5084 0.8703 0.124 0.000 0.612 0.000 0.264 0.000
#> SRR1146203 1 0.1218 0.8003 0.956 0.000 0.028 0.004 0.012 0.000
#> SRR1146204 1 0.5676 0.5010 0.604 0.000 0.140 0.028 0.228 0.000
#> SRR1146205 5 0.3981 0.2702 0.008 0.000 0.144 0.076 0.772 0.000
#> SRR1146206 5 0.4348 0.1747 0.000 0.000 0.268 0.056 0.676 0.000
#> SRR1146207 4 0.5678 0.7253 0.000 0.176 0.012 0.576 0.000 0.236
#> SRR1146208 1 0.1074 0.7945 0.960 0.000 0.028 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146209 5 0.5076 0.3965 0.288 0.000 0.088 0.008 0.616 0.000
#> SRR1146210 1 0.3033 0.7688 0.856 0.000 0.076 0.012 0.056 0.000
#> SRR1146211 5 0.4613 0.4036 0.104 0.000 0.084 0.060 0.752 0.000
#> SRR1146212 5 0.6073 -0.0997 0.116 0.000 0.280 0.052 0.552 0.000
#> SRR1146213 6 0.4780 0.4466 0.000 0.040 0.016 0.324 0.000 0.620
#> SRR1146214 1 0.5037 0.5498 0.668 0.000 0.076 0.028 0.228 0.000
#> SRR1146215 1 0.1370 0.7919 0.948 0.000 0.036 0.004 0.012 0.000
#> SRR1146216 2 0.2772 0.6595 0.000 0.864 0.004 0.092 0.000 0.040
#> SRR1146217 1 0.5721 0.5052 0.604 0.000 0.140 0.032 0.224 0.000
#> SRR1146218 5 0.5567 0.2694 0.232 0.000 0.176 0.008 0.584 0.000
#> SRR1146219 5 0.6188 -0.2989 0.232 0.000 0.340 0.008 0.420 0.000
#> SRR1146220 5 0.4157 0.3818 0.132 0.000 0.100 0.008 0.760 0.000
#> SRR1146221 5 0.5816 0.1368 0.192 0.000 0.244 0.012 0.552 0.000
#> SRR1146222 1 0.0858 0.7927 0.968 0.000 0.028 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146223 5 0.5548 0.3603 0.356 0.000 0.088 0.020 0.536 0.000
#> SRR1146224 3 0.5531 0.8207 0.116 0.000 0.560 0.012 0.312 0.000
#> SRR1146225 5 0.5541 0.3920 0.256 0.000 0.084 0.044 0.616 0.000
#> SRR1146226 1 0.2876 0.7479 0.860 0.000 0.080 0.004 0.056 0.000
#> SRR1146227 1 0.5038 0.4976 0.648 0.000 0.084 0.016 0.252 0.000
#> SRR1146228 5 0.5982 -0.1580 0.188 0.000 0.328 0.008 0.476 0.000
#> SRR1146229 1 0.1151 0.8009 0.956 0.000 0.032 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146230 6 0.1755 0.7696 0.000 0.032 0.008 0.028 0.000 0.932
#> SRR1146231 6 0.4111 0.6777 0.000 0.132 0.008 0.096 0.000 0.764
#> SRR1146232 2 0.2420 0.6845 0.000 0.888 0.004 0.032 0.000 0.076
#> SRR1146233 1 0.1152 0.7951 0.952 0.000 0.044 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.2461 0.7868 0.888 0.000 0.064 0.004 0.044 0.000
#> SRR1146235 1 0.3556 0.7424 0.816 0.000 0.068 0.012 0.104 0.000
#> SRR1146236 6 0.1418 0.7698 0.000 0.032 0.000 0.024 0.000 0.944
#> SRR1146237 1 0.1471 0.7885 0.932 0.000 0.064 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146238 6 0.1333 0.7644 0.000 0.048 0.000 0.008 0.000 0.944
#> SRR1146239 1 0.2333 0.7882 0.896 0.000 0.060 0.004 0.040 0.000
#> SRR1146240 1 0.5574 0.5123 0.616 0.000 0.128 0.028 0.228 0.000
#> SRR1146241 1 0.1349 0.7908 0.940 0.000 0.056 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.3892 0.6909 0.788 0.000 0.120 0.012 0.080 0.000
#> SRR1146243 6 0.1341 0.7689 0.000 0.024 0.000 0.028 0.000 0.948
#> SRR1146244 6 0.1418 0.7698 0.000 0.032 0.000 0.024 0.000 0.944
#> SRR1146245 6 0.5466 0.2896 0.000 0.216 0.000 0.212 0.000 0.572
#> SRR1146246 6 0.2001 0.7689 0.000 0.048 0.000 0.040 0.000 0.912
#> SRR1146247 6 0.1528 0.7671 0.000 0.048 0.000 0.016 0.000 0.936
#> SRR1146248 6 0.0458 0.7674 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000 0.984
#> SRR1146249 6 0.3607 0.6095 0.000 0.012 0.016 0.204 0.000 0.768
#> SRR1146250 6 0.2591 0.7576 0.000 0.052 0.004 0.064 0.000 0.880
#> SRR1146252 1 0.4815 0.5704 0.688 0.000 0.068 0.024 0.220 0.000
#> SRR1146253 1 0.1889 0.7963 0.920 0.000 0.056 0.004 0.020 0.000
#> SRR1146254 1 0.5485 0.3342 0.580 0.000 0.108 0.016 0.296 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.5017 0.499 0.499
#> 3 3 0.658 0.624 0.793 0.2407 0.910 0.819
#> 4 4 0.602 0.679 0.698 0.1318 0.775 0.492
#> 5 5 0.556 0.537 0.603 0.0737 0.848 0.531
#> 6 6 0.584 0.670 0.695 0.0529 0.913 0.656
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0 1 0 1
#> SRR1146077 1 0 1 1 0
#> SRR1146078 1 0 1 1 0
#> SRR1146079 1 0 1 1 0
#> SRR1146080 1 0 1 1 0
#> SRR1146081 1 0 1 1 0
#> SRR1146082 1 0 1 1 0
#> SRR1146083 1 0 1 1 0
#> SRR1146084 1 0 1 1 0
#> SRR1146085 2 0 1 0 1
#> SRR1146086 2 0 1 0 1
#> SRR1146087 1 0 1 1 0
#> SRR1146088 2 0 1 0 1
#> SRR1146089 1 0 1 1 0
#> SRR1146090 1 0 1 1 0
#> SRR1146091 1 0 1 1 0
#> SRR1146092 1 0 1 1 0
#> SRR1146093 1 0 1 1 0
#> SRR1146094 1 0 1 1 0
#> SRR1146095 1 0 1 1 0
#> SRR1146096 2 0 1 0 1
#> SRR1146097 1 0 1 1 0
#> SRR1146098 1 0 1 1 0
#> SRR1146099 1 0 1 1 0
#> SRR1146100 1 0 1 1 0
#> SRR1146101 2 0 1 0 1
#> SRR1146102 1 0 1 1 0
#> SRR1146103 1 0 1 1 0
#> SRR1146104 1 0 1 1 0
#> SRR1146105 1 0 1 1 0
#> SRR1146106 2 0 1 0 1
#> SRR1146107 2 0 1 0 1
#> SRR1146108 2 0 1 0 1
#> SRR1146109 2 0 1 0 1
#> SRR1146110 1 0 1 1 0
#> SRR1146111 2 0 1 0 1
#> SRR1146112 1 0 1 1 0
#> SRR1146113 2 0 1 0 1
#> SRR1146114 2 0 1 0 1
#> SRR1146115 2 0 1 0 1
#> SRR1146116 2 0 1 0 1
#> SRR1146117 2 0 1 0 1
#> SRR1146118 2 0 1 0 1
#> SRR1146119 1 0 1 1 0
#> SRR1146120 2 0 1 0 1
#> SRR1146121 2 0 1 0 1
#> SRR1146122 2 0 1 0 1
#> SRR1146123 1 0 1 1 0
#> SRR1146124 1 0 1 1 0
#> SRR1146125 2 0 1 0 1
#> SRR1146126 2 0 1 0 1
#> SRR1146127 2 0 1 0 1
#> SRR1146128 1 0 1 1 0
#> SRR1146129 1 0 1 1 0
#> SRR1146130 2 0 1 0 1
#> SRR1146131 2 0 1 0 1
#> SRR1146132 1 0 1 1 0
#> SRR1146133 1 0 1 1 0
#> SRR1146134 1 0 1 1 0
#> SRR1146135 1 0 1 1 0
#> SRR1146136 1 0 1 1 0
#> SRR1146137 2 0 1 0 1
#> SRR1146138 2 0 1 0 1
#> SRR1146139 2 0 1 0 1
#> SRR1146140 1 0 1 1 0
#> SRR1146141 1 0 1 1 0
#> SRR1146142 2 0 1 0 1
#> SRR1146143 2 0 1 0 1
#> SRR1146144 2 0 1 0 1
#> SRR1146145 2 0 1 0 1
#> SRR1146146 2 0 1 0 1
#> SRR1146147 1 0 1 1 0
#> SRR1146148 1 0 1 1 0
#> SRR1146149 1 0 1 1 0
#> SRR1146150 1 0 1 1 0
#> SRR1146151 1 0 1 1 0
#> SRR1146152 1 0 1 1 0
#> SRR1146153 2 0 1 0 1
#> SRR1146154 1 0 1 1 0
#> SRR1146155 1 0 1 1 0
#> SRR1146156 1 0 1 1 0
#> SRR1146157 1 0 1 1 0
#> SRR1146158 1 0 1 1 0
#> SRR1146159 1 0 1 1 0
#> SRR1146160 1 0 1 1 0
#> SRR1146161 1 0 1 1 0
#> SRR1146162 1 0 1 1 0
#> SRR1146163 1 0 1 1 0
#> SRR1146164 1 0 1 1 0
#> SRR1146165 1 0 1 1 0
#> SRR1146166 2 0 1 0 1
#> SRR1146167 2 0 1 0 1
#> SRR1146168 1 0 1 1 0
#> SRR1146169 2 0 1 0 1
#> SRR1146170 2 0 1 0 1
#> SRR1146171 2 0 1 0 1
#> SRR1146172 2 0 1 0 1
#> SRR1146173 2 0 1 0 1
#> SRR1146174 2 0 1 0 1
#> SRR1146175 2 0 1 0 1
#> SRR1146176 2 0 1 0 1
#> SRR1146177 2 0 1 0 1
#> SRR1146178 2 0 1 0 1
#> SRR1146179 2 0 1 0 1
#> SRR1146180 2 0 1 0 1
#> SRR1146181 2 0 1 0 1
#> SRR1146182 2 0 1 0 1
#> SRR1146183 2 0 1 0 1
#> SRR1146184 2 0 1 0 1
#> SRR1146185 2 0 1 0 1
#> SRR1146186 2 0 1 0 1
#> SRR1146187 2 0 1 0 1
#> SRR1146188 2 0 1 0 1
#> SRR1146189 2 0 1 0 1
#> SRR1146190 2 0 1 0 1
#> SRR1146191 2 0 1 0 1
#> SRR1146192 2 0 1 0 1
#> SRR1146193 2 0 1 0 1
#> SRR1146194 2 0 1 0 1
#> SRR1146195 2 0 1 0 1
#> SRR1146196 2 0 1 0 1
#> SRR1146197 2 0 1 0 1
#> SRR1146198 2 0 1 0 1
#> SRR1146199 1 0 1 1 0
#> SRR1146200 2 0 1 0 1
#> SRR1146201 2 0 1 0 1
#> SRR1146202 1 0 1 1 0
#> SRR1146203 1 0 1 1 0
#> SRR1146204 1 0 1 1 0
#> SRR1146205 1 0 1 1 0
#> SRR1146206 1 0 1 1 0
#> SRR1146207 2 0 1 0 1
#> SRR1146208 1 0 1 1 0
#> SRR1146209 1 0 1 1 0
#> SRR1146210 1 0 1 1 0
#> SRR1146211 1 0 1 1 0
#> SRR1146212 1 0 1 1 0
#> SRR1146213 2 0 1 0 1
#> SRR1146214 1 0 1 1 0
#> SRR1146215 1 0 1 1 0
#> SRR1146216 2 0 1 0 1
#> SRR1146217 1 0 1 1 0
#> SRR1146218 1 0 1 1 0
#> SRR1146219 1 0 1 1 0
#> SRR1146220 1 0 1 1 0
#> SRR1146221 1 0 1 1 0
#> SRR1146222 1 0 1 1 0
#> SRR1146223 1 0 1 1 0
#> SRR1146224 1 0 1 1 0
#> SRR1146225 1 0 1 1 0
#> SRR1146226 1 0 1 1 0
#> SRR1146227 1 0 1 1 0
#> SRR1146228 1 0 1 1 0
#> SRR1146229 1 0 1 1 0
#> SRR1146230 2 0 1 0 1
#> SRR1146231 2 0 1 0 1
#> SRR1146232 2 0 1 0 1
#> SRR1146233 1 0 1 1 0
#> SRR1146234 1 0 1 1 0
#> SRR1146235 1 0 1 1 0
#> SRR1146236 2 0 1 0 1
#> SRR1146237 1 0 1 1 0
#> SRR1146238 2 0 1 0 1
#> SRR1146239 1 0 1 1 0
#> SRR1146240 1 0 1 1 0
#> SRR1146241 1 0 1 1 0
#> SRR1146242 1 0 1 1 0
#> SRR1146243 2 0 1 0 1
#> SRR1146244 2 0 1 0 1
#> SRR1146245 2 0 1 0 1
#> SRR1146246 2 0 1 0 1
#> SRR1146247 2 0 1 0 1
#> SRR1146248 2 0 1 0 1
#> SRR1146249 2 0 1 0 1
#> SRR1146250 2 0 1 0 1
#> SRR1146252 1 0 1 1 0
#> SRR1146253 1 0 1 1 0
#> SRR1146254 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.3267 0.8311 0.000 0.884 0.116
#> SRR1146077 1 0.0592 0.7070 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146078 1 0.0592 0.7070 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146079 1 0.5760 -0.2218 0.672 0.000 0.328
#> SRR1146080 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0592 0.7070 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146082 1 0.6192 -0.6666 0.580 0.000 0.420
#> SRR1146083 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.4399 0.3711 0.812 0.000 0.188
#> SRR1146085 2 0.3340 0.8080 0.000 0.880 0.120
#> SRR1146086 2 0.3116 0.8069 0.000 0.892 0.108
#> SRR1146087 1 0.6079 -0.4727 0.612 0.000 0.388
#> SRR1146088 2 0.3619 0.8357 0.000 0.864 0.136
#> SRR1146089 1 0.5706 -0.2215 0.680 0.000 0.320
#> SRR1146090 1 0.6192 -0.6666 0.580 0.000 0.420
#> SRR1146091 1 0.6168 -0.6364 0.588 0.000 0.412
#> SRR1146092 1 0.0237 0.7114 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146093 1 0.0592 0.7070 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146094 1 0.6095 -0.4915 0.608 0.000 0.392
#> SRR1146095 1 0.0592 0.7070 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146096 2 0.3116 0.8069 0.000 0.892 0.108
#> SRR1146097 1 0.0592 0.7070 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146098 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.5905 -0.3736 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146100 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.5327 0.8447 0.000 0.728 0.272
#> SRR1146102 1 0.5497 -0.0744 0.708 0.000 0.292
#> SRR1146103 1 0.6192 -0.6666 0.580 0.000 0.420
#> SRR1146104 1 0.0237 0.7105 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146105 3 0.6302 0.9823 0.480 0.000 0.520
#> SRR1146106 2 0.3267 0.8074 0.000 0.884 0.116
#> SRR1146107 2 0.3267 0.8074 0.000 0.884 0.116
#> SRR1146108 2 0.3116 0.8069 0.000 0.892 0.108
#> SRR1146109 2 0.3267 0.8074 0.000 0.884 0.116
#> SRR1146110 1 0.0237 0.7114 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146111 2 0.3267 0.8074 0.000 0.884 0.116
#> SRR1146112 1 0.6204 -0.6588 0.576 0.000 0.424
#> SRR1146113 2 0.3267 0.8074 0.000 0.884 0.116
#> SRR1146114 2 0.3116 0.8069 0.000 0.892 0.108
#> SRR1146115 2 0.3267 0.8074 0.000 0.884 0.116
#> SRR1146116 2 0.4605 0.7941 0.000 0.796 0.204
#> SRR1146117 2 0.3340 0.8075 0.000 0.880 0.120
#> SRR1146118 2 0.3482 0.8070 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146119 3 0.6307 0.9718 0.488 0.000 0.512
#> SRR1146120 2 0.3116 0.8069 0.000 0.892 0.108
#> SRR1146121 2 0.3267 0.8074 0.000 0.884 0.116
#> SRR1146122 2 0.5254 0.8452 0.000 0.736 0.264
#> SRR1146123 3 0.6299 0.9863 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146124 3 0.6299 0.9863 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146125 2 0.2066 0.8406 0.000 0.940 0.060
#> SRR1146126 2 0.4702 0.7945 0.000 0.788 0.212
#> SRR1146127 2 0.4605 0.7941 0.000 0.796 0.204
#> SRR1146128 1 0.5621 -0.1648 0.692 0.000 0.308
#> SRR1146129 3 0.6307 0.9718 0.488 0.000 0.512
#> SRR1146130 2 0.4702 0.7945 0.000 0.788 0.212
#> SRR1146131 2 0.4605 0.7941 0.000 0.796 0.204
#> SRR1146132 3 0.6299 0.9863 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146133 3 0.6299 0.9863 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146134 1 0.6305 -0.9015 0.516 0.000 0.484
#> SRR1146135 3 0.6307 0.9718 0.488 0.000 0.512
#> SRR1146136 1 0.5882 -0.3225 0.652 0.000 0.348
#> SRR1146137 2 0.5968 0.8350 0.000 0.636 0.364
#> SRR1146138 2 0.5882 0.8384 0.000 0.652 0.348
#> SRR1146139 2 0.4062 0.8116 0.000 0.836 0.164
#> SRR1146140 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.3116 0.8069 0.000 0.892 0.108
#> SRR1146143 2 0.3116 0.8069 0.000 0.892 0.108
#> SRR1146144 2 0.3038 0.8267 0.000 0.896 0.104
#> SRR1146145 2 0.3116 0.8069 0.000 0.892 0.108
#> SRR1146146 2 0.5327 0.8447 0.000 0.728 0.272
#> SRR1146147 1 0.6062 -0.4677 0.616 0.000 0.384
#> SRR1146148 3 0.6299 0.9863 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146149 1 0.0592 0.7070 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146150 1 0.5905 -0.3736 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146151 3 0.6299 0.9863 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146152 1 0.6204 -0.6588 0.576 0.000 0.424
#> SRR1146153 2 0.3192 0.8249 0.000 0.888 0.112
#> SRR1146154 3 0.6299 0.9863 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146155 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.1964 0.6473 0.944 0.000 0.056
#> SRR1146159 1 0.6111 -0.5450 0.604 0.000 0.396
#> SRR1146160 1 0.0592 0.7070 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146161 1 0.3941 0.4780 0.844 0.000 0.156
#> SRR1146162 1 0.2959 0.5772 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146163 1 0.6154 -0.6044 0.592 0.000 0.408
#> SRR1146164 1 0.0592 0.7070 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146165 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.4121 0.8410 0.000 0.832 0.168
#> SRR1146167 2 0.5988 0.8342 0.000 0.632 0.368
#> SRR1146168 1 0.5760 -0.2218 0.672 0.000 0.328
#> SRR1146169 2 0.3619 0.8348 0.000 0.864 0.136
#> SRR1146170 2 0.5327 0.8447 0.000 0.728 0.272
#> SRR1146171 2 0.5835 0.8389 0.000 0.660 0.340
#> SRR1146172 2 0.5363 0.8449 0.000 0.724 0.276
#> SRR1146173 2 0.5291 0.8455 0.000 0.732 0.268
#> SRR1146174 2 0.4931 0.8512 0.000 0.768 0.232
#> SRR1146175 2 0.3619 0.8369 0.000 0.864 0.136
#> SRR1146176 2 0.3879 0.8532 0.000 0.848 0.152
#> SRR1146177 2 0.4605 0.7941 0.000 0.796 0.204
#> SRR1146178 2 0.5968 0.8350 0.000 0.636 0.364
#> SRR1146179 2 0.3116 0.8069 0.000 0.892 0.108
#> SRR1146180 2 0.5363 0.8504 0.000 0.724 0.276
#> SRR1146181 2 0.5810 0.8401 0.000 0.664 0.336
#> SRR1146182 2 0.4654 0.8520 0.000 0.792 0.208
#> SRR1146183 2 0.5327 0.8447 0.000 0.728 0.272
#> SRR1146184 2 0.2066 0.8427 0.000 0.940 0.060
#> SRR1146185 2 0.5968 0.8350 0.000 0.636 0.364
#> SRR1146186 2 0.5397 0.8459 0.000 0.720 0.280
#> SRR1146187 2 0.3551 0.8341 0.000 0.868 0.132
#> SRR1146188 2 0.5810 0.8397 0.000 0.664 0.336
#> SRR1146189 2 0.5859 0.8398 0.000 0.656 0.344
#> SRR1146190 2 0.5988 0.8342 0.000 0.632 0.368
#> SRR1146191 2 0.5397 0.8459 0.000 0.720 0.280
#> SRR1146192 2 0.5948 0.8359 0.000 0.640 0.360
#> SRR1146193 2 0.5760 0.8411 0.000 0.672 0.328
#> SRR1146194 2 0.3038 0.8267 0.000 0.896 0.104
#> SRR1146195 2 0.5948 0.8359 0.000 0.640 0.360
#> SRR1146196 2 0.5138 0.8486 0.000 0.748 0.252
#> SRR1146197 2 0.5431 0.8475 0.000 0.716 0.284
#> SRR1146198 2 0.5327 0.8447 0.000 0.728 0.272
#> SRR1146199 3 0.6299 0.9863 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146200 2 0.3038 0.8267 0.000 0.896 0.104
#> SRR1146201 2 0.5291 0.8469 0.000 0.732 0.268
#> SRR1146202 1 0.6192 -0.6666 0.580 0.000 0.420
#> SRR1146203 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146205 3 0.6299 0.9863 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146206 3 0.6299 0.9863 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146207 2 0.5835 0.8389 0.000 0.660 0.340
#> SRR1146208 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.3116 0.5919 0.892 0.000 0.108
#> SRR1146210 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.4796 0.3247 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146212 3 0.6309 0.9388 0.496 0.000 0.504
#> SRR1146213 2 0.5560 0.8449 0.000 0.700 0.300
#> SRR1146214 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.4555 0.7944 0.000 0.800 0.200
#> SRR1146217 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146218 1 0.6079 -0.5382 0.612 0.000 0.388
#> SRR1146219 1 0.5905 -0.3520 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146220 3 0.6299 0.9863 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146221 3 0.6307 0.9718 0.488 0.000 0.512
#> SRR1146222 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.4235 0.4512 0.824 0.000 0.176
#> SRR1146224 1 0.6309 -0.9188 0.504 0.000 0.496
#> SRR1146225 3 0.6299 0.9863 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146226 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146228 3 0.6307 0.9718 0.488 0.000 0.512
#> SRR1146229 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.5327 0.8447 0.000 0.728 0.272
#> SRR1146231 2 0.5254 0.8452 0.000 0.736 0.264
#> SRR1146232 2 0.3116 0.8069 0.000 0.892 0.108
#> SRR1146233 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.5327 0.8447 0.000 0.728 0.272
#> SRR1146237 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.5254 0.8452 0.000 0.736 0.264
#> SRR1146239 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.0592 0.7070 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146241 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.5363 0.8451 0.000 0.724 0.276
#> SRR1146244 2 0.5327 0.8447 0.000 0.728 0.272
#> SRR1146245 2 0.5254 0.8452 0.000 0.736 0.264
#> SRR1146246 2 0.5254 0.8452 0.000 0.736 0.264
#> SRR1146247 2 0.5254 0.8452 0.000 0.736 0.264
#> SRR1146248 2 0.5254 0.8452 0.000 0.736 0.264
#> SRR1146249 2 0.5988 0.8342 0.000 0.632 0.368
#> SRR1146250 2 0.5327 0.8447 0.000 0.728 0.272
#> SRR1146252 1 0.0592 0.7070 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146253 1 0.0000 0.7131 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0592 0.7035 0.988 0.000 0.012
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 4 0.7661 -0.10231 0.212 0.376 0.000 0.412
#> SRR1146077 1 0.4194 0.94724 0.764 0.008 0.228 0.000
#> SRR1146078 1 0.4507 0.94289 0.756 0.020 0.224 0.000
#> SRR1146079 3 0.4606 0.55691 0.264 0.012 0.724 0.000
#> SRR1146080 1 0.4472 0.94468 0.760 0.020 0.220 0.000
#> SRR1146081 1 0.5075 0.78734 0.644 0.012 0.344 0.000
#> SRR1146082 3 0.6494 0.68203 0.136 0.232 0.632 0.000
#> SRR1146083 1 0.4538 0.94629 0.760 0.024 0.216 0.000
#> SRR1146084 3 0.7740 0.23557 0.348 0.236 0.416 0.000
#> SRR1146085 2 0.5132 0.73289 0.004 0.548 0.000 0.448
#> SRR1146086 2 0.5060 0.77623 0.004 0.584 0.000 0.412
#> SRR1146087 3 0.3479 0.61934 0.148 0.012 0.840 0.000
#> SRR1146088 4 0.7640 -0.00466 0.212 0.356 0.000 0.432
#> SRR1146089 3 0.7276 0.56728 0.224 0.236 0.540 0.000
#> SRR1146090 3 0.6523 0.67975 0.136 0.236 0.628 0.000
#> SRR1146091 3 0.6581 0.67622 0.144 0.232 0.624 0.000
#> SRR1146092 1 0.4158 0.94917 0.768 0.008 0.224 0.000
#> SRR1146093 1 0.4194 0.94724 0.764 0.008 0.228 0.000
#> SRR1146094 3 0.3390 0.64197 0.132 0.016 0.852 0.000
#> SRR1146095 1 0.5007 0.77026 0.636 0.008 0.356 0.000
#> SRR1146096 2 0.4936 0.77596 0.004 0.624 0.000 0.372
#> SRR1146097 1 0.4262 0.94446 0.756 0.008 0.236 0.000
#> SRR1146098 1 0.4248 0.94881 0.768 0.012 0.220 0.000
#> SRR1146099 3 0.7017 0.62697 0.188 0.236 0.576 0.000
#> SRR1146100 1 0.4284 0.94734 0.764 0.012 0.224 0.000
#> SRR1146101 4 0.0336 0.64416 0.008 0.000 0.000 0.992
#> SRR1146102 3 0.7372 0.54087 0.240 0.236 0.524 0.000
#> SRR1146103 3 0.6494 0.68203 0.136 0.232 0.632 0.000
#> SRR1146104 1 0.4319 0.94499 0.760 0.012 0.228 0.000
#> SRR1146105 3 0.3801 0.72826 0.000 0.220 0.780 0.000
#> SRR1146106 2 0.5097 0.77123 0.004 0.568 0.000 0.428
#> SRR1146107 2 0.5236 0.76687 0.008 0.560 0.000 0.432
#> SRR1146108 2 0.4790 0.77790 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1146109 2 0.5097 0.77123 0.004 0.568 0.000 0.428
#> SRR1146110 1 0.4319 0.94658 0.760 0.012 0.228 0.000
#> SRR1146111 2 0.5097 0.77123 0.004 0.568 0.000 0.428
#> SRR1146112 3 0.3447 0.71491 0.128 0.020 0.852 0.000
#> SRR1146113 2 0.5097 0.77123 0.004 0.568 0.000 0.428
#> SRR1146114 2 0.4761 0.77661 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1146115 2 0.5220 0.77003 0.008 0.568 0.000 0.424
#> SRR1146116 2 0.5471 0.69231 0.048 0.684 0.000 0.268
#> SRR1146117 2 0.5143 0.74069 0.004 0.540 0.000 0.456
#> SRR1146118 2 0.4889 0.77508 0.004 0.636 0.000 0.360
#> SRR1146119 3 0.1151 0.75159 0.008 0.024 0.968 0.000
#> SRR1146120 2 0.4888 0.77728 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1146121 2 0.5236 0.76687 0.008 0.560 0.000 0.432
#> SRR1146122 4 0.3383 0.65370 0.076 0.052 0.000 0.872
#> SRR1146123 3 0.0188 0.74719 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1146124 3 0.0336 0.74651 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1146125 4 0.6851 -0.14560 0.132 0.300 0.000 0.568
#> SRR1146126 2 0.5839 0.67960 0.060 0.648 0.000 0.292
#> SRR1146127 2 0.5646 0.68137 0.056 0.672 0.000 0.272
#> SRR1146128 3 0.4826 0.55546 0.264 0.020 0.716 0.000
#> SRR1146129 3 0.4175 0.72930 0.012 0.212 0.776 0.000
#> SRR1146130 2 0.6238 0.65573 0.084 0.620 0.000 0.296
#> SRR1146131 2 0.7309 0.47161 0.200 0.528 0.000 0.272
#> SRR1146132 3 0.1557 0.75209 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1146133 3 0.0657 0.74544 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR1146134 3 0.4678 0.72586 0.024 0.232 0.744 0.000
#> SRR1146135 3 0.1807 0.75294 0.008 0.052 0.940 0.000
#> SRR1146136 3 0.5109 0.65843 0.196 0.060 0.744 0.000
#> SRR1146137 4 0.6215 0.60634 0.208 0.128 0.000 0.664
#> SRR1146138 4 0.6595 0.58259 0.212 0.160 0.000 0.628
#> SRR1146139 2 0.7531 0.36050 0.208 0.476 0.000 0.316
#> SRR1146140 1 0.4123 0.94965 0.772 0.008 0.220 0.000
#> SRR1146141 1 0.4053 0.94853 0.768 0.004 0.228 0.000
#> SRR1146142 2 0.4790 0.77790 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1146143 2 0.4790 0.77790 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1146144 2 0.7603 0.21815 0.204 0.436 0.000 0.360
#> SRR1146145 2 0.4790 0.77790 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1146146 4 0.0376 0.64073 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1146147 3 0.3052 0.64571 0.136 0.004 0.860 0.000
#> SRR1146148 3 0.0336 0.74651 0.000 0.008 0.992 0.000
#> SRR1146149 1 0.5400 0.72219 0.608 0.020 0.372 0.000
#> SRR1146150 3 0.6967 0.63909 0.176 0.244 0.580 0.000
#> SRR1146151 3 0.2888 0.74611 0.004 0.124 0.872 0.000
#> SRR1146152 3 0.2921 0.71327 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1146153 2 0.7575 0.23710 0.200 0.444 0.000 0.356
#> SRR1146154 3 0.0657 0.74544 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR1146155 1 0.3801 0.94998 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1146156 1 0.4436 0.94532 0.764 0.020 0.216 0.000
#> SRR1146157 1 0.4284 0.94632 0.764 0.012 0.224 0.000
#> SRR1146158 1 0.4661 0.76674 0.652 0.000 0.348 0.000
#> SRR1146159 3 0.2408 0.69651 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1146160 1 0.4936 0.79757 0.652 0.008 0.340 0.000
#> SRR1146161 3 0.4948 -0.09226 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1146162 1 0.5007 0.72729 0.636 0.008 0.356 0.000
#> SRR1146163 3 0.6581 0.67708 0.144 0.232 0.624 0.000
#> SRR1146164 1 0.4507 0.94298 0.756 0.020 0.224 0.000
#> SRR1146165 1 0.4436 0.94532 0.764 0.020 0.216 0.000
#> SRR1146166 4 0.7553 0.17660 0.200 0.344 0.000 0.456
#> SRR1146167 4 0.5929 0.61710 0.204 0.108 0.000 0.688
#> SRR1146168 3 0.4103 0.58674 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1146169 4 0.7640 -0.01111 0.212 0.356 0.000 0.432
#> SRR1146170 4 0.0779 0.64299 0.004 0.016 0.000 0.980
#> SRR1146171 4 0.6722 0.57558 0.200 0.184 0.000 0.616
#> SRR1146172 4 0.1059 0.64655 0.012 0.016 0.000 0.972
#> SRR1146173 4 0.1716 0.64246 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1146174 4 0.5807 0.58932 0.160 0.132 0.000 0.708
#> SRR1146175 4 0.7602 0.01389 0.200 0.380 0.000 0.420
#> SRR1146176 4 0.6504 0.42586 0.148 0.216 0.000 0.636
#> SRR1146177 2 0.5141 0.70222 0.032 0.700 0.000 0.268
#> SRR1146178 4 0.6215 0.60634 0.208 0.128 0.000 0.664
#> SRR1146179 2 0.4790 0.77790 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1146180 4 0.6011 0.61237 0.180 0.132 0.000 0.688
#> SRR1146181 4 0.6655 0.58959 0.184 0.192 0.000 0.624
#> SRR1146182 4 0.5932 0.53525 0.132 0.172 0.000 0.696
#> SRR1146183 4 0.0672 0.64323 0.008 0.008 0.000 0.984
#> SRR1146184 4 0.6920 -0.05715 0.132 0.316 0.000 0.552
#> SRR1146185 4 0.6215 0.60634 0.208 0.128 0.000 0.664
#> SRR1146186 4 0.2081 0.65045 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1146187 4 0.7640 -0.01111 0.212 0.356 0.000 0.432
#> SRR1146188 4 0.6719 0.57640 0.204 0.180 0.000 0.616
#> SRR1146189 4 0.5940 0.62300 0.188 0.120 0.000 0.692
#> SRR1146190 4 0.5058 0.63166 0.128 0.104 0.000 0.768
#> SRR1146191 4 0.2081 0.65045 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1146192 4 0.6262 0.60342 0.208 0.132 0.000 0.660
#> SRR1146193 4 0.6917 0.54337 0.200 0.208 0.000 0.592
#> SRR1146194 2 0.7575 0.23710 0.200 0.444 0.000 0.356
#> SRR1146195 4 0.6262 0.60342 0.208 0.132 0.000 0.660
#> SRR1146196 4 0.5383 0.61649 0.160 0.100 0.000 0.740
#> SRR1146197 4 0.4949 0.63493 0.180 0.060 0.000 0.760
#> SRR1146198 4 0.0376 0.64073 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1146199 3 0.0469 0.74618 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1146200 2 0.7502 0.24473 0.188 0.456 0.000 0.356
#> SRR1146201 4 0.4417 0.62985 0.160 0.044 0.000 0.796
#> SRR1146202 3 0.6420 0.68690 0.132 0.228 0.640 0.000
#> SRR1146203 1 0.3982 0.94971 0.776 0.004 0.220 0.000
#> SRR1146204 1 0.4472 0.94468 0.760 0.020 0.220 0.000
#> SRR1146205 3 0.0657 0.74544 0.004 0.012 0.984 0.000
#> SRR1146206 3 0.1743 0.75162 0.004 0.056 0.940 0.000
#> SRR1146207 4 0.6650 0.58440 0.200 0.176 0.000 0.624
#> SRR1146208 1 0.4436 0.94532 0.764 0.020 0.216 0.000
#> SRR1146209 3 0.4941 -0.21593 0.436 0.000 0.564 0.000
#> SRR1146210 1 0.4436 0.94532 0.764 0.020 0.216 0.000
#> SRR1146211 3 0.4914 0.23011 0.312 0.012 0.676 0.000
#> SRR1146212 3 0.0804 0.74973 0.012 0.008 0.980 0.000
#> SRR1146213 4 0.3004 0.66264 0.060 0.048 0.000 0.892
#> SRR1146214 1 0.4436 0.94532 0.764 0.020 0.216 0.000
#> SRR1146215 1 0.4436 0.94532 0.764 0.020 0.216 0.000
#> SRR1146216 2 0.5228 0.70028 0.036 0.696 0.000 0.268
#> SRR1146217 1 0.4472 0.94468 0.760 0.020 0.220 0.000
#> SRR1146218 3 0.5906 0.70514 0.152 0.148 0.700 0.000
#> SRR1146219 3 0.6719 0.65018 0.180 0.204 0.616 0.000
#> SRR1146220 3 0.1211 0.75419 0.000 0.040 0.960 0.000
#> SRR1146221 3 0.2859 0.74952 0.008 0.112 0.880 0.000
#> SRR1146222 1 0.4436 0.94532 0.764 0.020 0.216 0.000
#> SRR1146223 3 0.5189 0.11975 0.372 0.012 0.616 0.000
#> SRR1146224 3 0.4434 0.72834 0.016 0.228 0.756 0.000
#> SRR1146225 3 0.0188 0.74760 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1146226 1 0.4194 0.94702 0.764 0.008 0.228 0.000
#> SRR1146227 1 0.4123 0.94943 0.772 0.008 0.220 0.000
#> SRR1146228 3 0.4194 0.72440 0.008 0.228 0.764 0.000
#> SRR1146229 1 0.4436 0.94532 0.764 0.020 0.216 0.000
#> SRR1146230 4 0.0376 0.64073 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1146231 4 0.1474 0.64242 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1146232 2 0.4790 0.77790 0.000 0.620 0.000 0.380
#> SRR1146233 1 0.3982 0.94966 0.776 0.004 0.220 0.000
#> SRR1146234 1 0.3982 0.94986 0.776 0.004 0.220 0.000
#> SRR1146235 1 0.3982 0.94971 0.776 0.004 0.220 0.000
#> SRR1146236 4 0.0376 0.64073 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1146237 1 0.4123 0.94905 0.772 0.008 0.220 0.000
#> SRR1146238 4 0.1474 0.63908 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1146239 1 0.4284 0.94632 0.764 0.012 0.224 0.000
#> SRR1146240 1 0.4507 0.94298 0.756 0.020 0.224 0.000
#> SRR1146241 1 0.4123 0.94905 0.772 0.008 0.220 0.000
#> SRR1146242 1 0.4434 0.94405 0.756 0.016 0.228 0.000
#> SRR1146243 4 0.0927 0.64689 0.008 0.016 0.000 0.976
#> SRR1146244 4 0.0376 0.64073 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1146245 4 0.1557 0.63926 0.000 0.056 0.000 0.944
#> SRR1146246 4 0.1474 0.63908 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1146247 4 0.1474 0.63908 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1146248 4 0.1109 0.64055 0.004 0.028 0.000 0.968
#> SRR1146249 4 0.3758 0.63084 0.048 0.104 0.000 0.848
#> SRR1146250 4 0.0376 0.64073 0.004 0.004 0.000 0.992
#> SRR1146252 1 0.3907 0.94800 0.768 0.000 0.232 0.000
#> SRR1146253 1 0.3801 0.94998 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1146254 1 0.4621 0.88501 0.708 0.008 0.284 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 2 0.277 0.4025 0.000 0.876 0.004 0.100 0.020
#> SRR1146077 1 0.133 0.8001 0.956 0.000 0.004 0.032 0.008
#> SRR1146078 1 0.367 0.7951 0.840 0.000 0.064 0.080 0.016
#> SRR1146079 5 0.571 0.3000 0.412 0.000 0.044 0.020 0.524
#> SRR1146080 1 0.454 0.7794 0.788 0.000 0.080 0.100 0.032
#> SRR1146081 1 0.430 0.6000 0.764 0.000 0.012 0.036 0.188
#> SRR1146082 3 0.653 0.7680 0.252 0.000 0.484 0.000 0.264
#> SRR1146083 1 0.346 0.7944 0.848 0.000 0.068 0.076 0.008
#> SRR1146084 3 0.638 0.5280 0.428 0.000 0.444 0.012 0.116
#> SRR1146085 2 0.683 0.3734 0.000 0.436 0.360 0.192 0.012
#> SRR1146086 2 0.668 0.4022 0.000 0.456 0.368 0.164 0.012
#> SRR1146087 5 0.476 0.6414 0.220 0.000 0.032 0.024 0.724
#> SRR1146088 2 0.351 0.3770 0.000 0.832 0.016 0.132 0.020
#> SRR1146089 3 0.648 0.7151 0.332 0.000 0.468 0.000 0.200
#> SRR1146090 3 0.653 0.7677 0.256 0.000 0.484 0.000 0.260
#> SRR1146091 3 0.656 0.7679 0.260 0.000 0.476 0.000 0.264
#> SRR1146092 1 0.124 0.8007 0.960 0.000 0.004 0.028 0.008
#> SRR1146093 1 0.165 0.8036 0.944 0.000 0.012 0.036 0.008
#> SRR1146094 5 0.376 0.6437 0.208 0.000 0.000 0.020 0.772
#> SRR1146095 1 0.463 0.5299 0.728 0.000 0.020 0.028 0.224
#> SRR1146096 2 0.684 0.4090 0.000 0.472 0.372 0.116 0.040
#> SRR1146097 1 0.246 0.7823 0.908 0.000 0.048 0.032 0.012
#> SRR1146098 1 0.108 0.8010 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> SRR1146099 3 0.658 0.7168 0.340 0.000 0.444 0.000 0.216
#> SRR1146100 1 0.131 0.7977 0.956 0.000 0.020 0.024 0.000
#> SRR1146101 4 0.379 0.8934 0.000 0.168 0.020 0.800 0.012
#> SRR1146102 3 0.642 0.6583 0.380 0.000 0.444 0.000 0.176
#> SRR1146103 3 0.652 0.7656 0.248 0.000 0.484 0.000 0.268
#> SRR1146104 1 0.173 0.7908 0.932 0.000 0.060 0.004 0.004
#> SRR1146105 3 0.638 0.5358 0.144 0.000 0.456 0.004 0.396
#> SRR1146106 2 0.657 0.4036 0.000 0.456 0.376 0.160 0.008
#> SRR1146107 2 0.668 0.4012 0.000 0.456 0.368 0.164 0.012
#> SRR1146108 2 0.634 0.4114 0.000 0.464 0.412 0.112 0.012
#> SRR1146109 2 0.657 0.4026 0.000 0.456 0.376 0.160 0.008
#> SRR1146110 1 0.139 0.7970 0.956 0.000 0.012 0.024 0.008
#> SRR1146111 2 0.647 0.4036 0.000 0.456 0.380 0.160 0.004
#> SRR1146112 5 0.572 0.5247 0.208 0.000 0.064 0.052 0.676
#> SRR1146113 2 0.655 0.4063 0.000 0.460 0.376 0.156 0.008
#> SRR1146114 2 0.637 0.4085 0.000 0.464 0.408 0.116 0.012
#> SRR1146115 2 0.659 0.4019 0.000 0.456 0.372 0.164 0.008
#> SRR1146116 2 0.462 0.4452 0.000 0.652 0.320 0.000 0.028
#> SRR1146117 2 0.673 0.3934 0.000 0.448 0.368 0.172 0.012
#> SRR1146118 2 0.627 0.4220 0.000 0.508 0.384 0.084 0.024
#> SRR1146119 5 0.365 0.6658 0.140 0.000 0.032 0.008 0.820
#> SRR1146120 2 0.655 0.4034 0.000 0.456 0.380 0.156 0.008
#> SRR1146121 2 0.668 0.4012 0.000 0.456 0.368 0.164 0.012
#> SRR1146122 4 0.556 0.6493 0.000 0.304 0.040 0.624 0.032
#> SRR1146123 5 0.363 0.6814 0.136 0.000 0.040 0.004 0.820
#> SRR1146124 5 0.291 0.6813 0.136 0.000 0.004 0.008 0.852
#> SRR1146125 2 0.592 0.2462 0.000 0.596 0.116 0.280 0.008
#> SRR1146126 2 0.465 0.4461 0.000 0.684 0.280 0.004 0.032
#> SRR1146127 2 0.448 0.4468 0.000 0.692 0.276 0.000 0.032
#> SRR1146128 5 0.606 0.2869 0.400 0.000 0.064 0.024 0.512
#> SRR1146129 5 0.615 -0.4659 0.132 0.000 0.400 0.000 0.468
#> SRR1146130 2 0.432 0.4441 0.000 0.728 0.240 0.004 0.028
#> SRR1146131 2 0.221 0.4414 0.000 0.912 0.032 0.000 0.056
#> SRR1146132 5 0.457 0.5971 0.132 0.000 0.080 0.016 0.772
#> SRR1146133 5 0.287 0.6776 0.128 0.000 0.000 0.016 0.856
#> SRR1146134 3 0.646 0.5782 0.144 0.000 0.472 0.008 0.376
#> SRR1146135 5 0.471 0.5715 0.140 0.000 0.100 0.008 0.752
#> SRR1146136 5 0.608 0.2678 0.368 0.000 0.084 0.016 0.532
#> SRR1146137 2 0.453 0.1428 0.000 0.672 0.004 0.304 0.020
#> SRR1146138 2 0.431 0.1803 0.000 0.700 0.004 0.280 0.016
#> SRR1146139 2 0.184 0.4335 0.000 0.932 0.000 0.032 0.036
#> SRR1146140 1 0.157 0.8051 0.944 0.000 0.020 0.036 0.000
#> SRR1146141 1 0.149 0.7985 0.948 0.000 0.028 0.024 0.000
#> SRR1146142 2 0.615 0.4041 0.000 0.460 0.408 0.132 0.000
#> SRR1146143 2 0.615 0.4041 0.000 0.460 0.408 0.132 0.000
#> SRR1146144 2 0.282 0.4191 0.000 0.884 0.008 0.076 0.032
#> SRR1146145 2 0.629 0.4046 0.000 0.460 0.404 0.132 0.004
#> SRR1146146 4 0.354 0.9011 0.000 0.156 0.000 0.812 0.032
#> SRR1146147 5 0.500 0.6381 0.208 0.000 0.056 0.020 0.716
#> SRR1146148 5 0.283 0.6840 0.140 0.000 0.004 0.004 0.852
#> SRR1146149 1 0.690 0.4120 0.544 0.000 0.084 0.088 0.284
#> SRR1146150 3 0.709 0.6541 0.268 0.000 0.480 0.028 0.224
#> SRR1146151 5 0.534 0.3423 0.124 0.000 0.192 0.004 0.680
#> SRR1146152 5 0.503 0.4738 0.312 0.000 0.032 0.012 0.644
#> SRR1146153 2 0.280 0.4221 0.000 0.888 0.016 0.072 0.024
#> SRR1146154 5 0.287 0.6776 0.128 0.000 0.000 0.016 0.856
#> SRR1146155 1 0.249 0.8037 0.896 0.000 0.036 0.068 0.000
#> SRR1146156 1 0.381 0.7858 0.824 0.000 0.072 0.096 0.008
#> SRR1146157 1 0.131 0.7982 0.956 0.000 0.020 0.024 0.000
#> SRR1146158 1 0.405 0.7246 0.820 0.000 0.052 0.032 0.096
#> SRR1146159 5 0.487 0.6358 0.224 0.000 0.052 0.012 0.712
#> SRR1146160 1 0.398 0.5949 0.772 0.000 0.012 0.016 0.200
#> SRR1146161 1 0.547 -0.2132 0.516 0.000 0.032 0.016 0.436
#> SRR1146162 1 0.422 0.6812 0.780 0.000 0.016 0.036 0.168
#> SRR1146163 3 0.666 0.7490 0.304 0.000 0.440 0.000 0.256
#> SRR1146164 1 0.448 0.7807 0.792 0.000 0.076 0.100 0.032
#> SRR1146165 1 0.375 0.7869 0.828 0.000 0.072 0.092 0.008
#> SRR1146166 2 0.430 0.3375 0.000 0.772 0.016 0.176 0.036
#> SRR1146167 2 0.491 0.0825 0.000 0.628 0.004 0.336 0.032
#> SRR1146168 5 0.576 0.3258 0.400 0.000 0.048 0.020 0.532
#> SRR1146169 2 0.302 0.3928 0.000 0.860 0.004 0.112 0.024
#> SRR1146170 4 0.401 0.8822 0.000 0.168 0.036 0.788 0.008
#> SRR1146171 2 0.525 0.1763 0.000 0.648 0.016 0.292 0.044
#> SRR1146172 4 0.458 0.8510 0.000 0.208 0.032 0.740 0.020
#> SRR1146173 4 0.413 0.8824 0.000 0.172 0.056 0.772 0.000
#> SRR1146174 2 0.638 -0.0509 0.000 0.504 0.064 0.388 0.044
#> SRR1146175 2 0.404 0.3939 0.000 0.808 0.016 0.124 0.052
#> SRR1146176 2 0.643 0.1183 0.000 0.552 0.076 0.324 0.048
#> SRR1146177 2 0.477 0.4438 0.000 0.632 0.340 0.004 0.024
#> SRR1146178 2 0.435 0.1465 0.000 0.680 0.004 0.304 0.012
#> SRR1146179 2 0.646 0.4067 0.000 0.464 0.396 0.128 0.012
#> SRR1146180 2 0.625 -0.0102 0.000 0.524 0.056 0.376 0.044
#> SRR1146181 2 0.513 0.1662 0.000 0.656 0.044 0.288 0.012
#> SRR1146182 2 0.711 -0.1313 0.000 0.412 0.140 0.404 0.044
#> SRR1146183 4 0.404 0.8829 0.000 0.168 0.032 0.788 0.012
#> SRR1146184 2 0.630 0.2172 0.000 0.568 0.152 0.268 0.012
#> SRR1146185 2 0.435 0.1465 0.000 0.680 0.004 0.304 0.012
#> SRR1146186 4 0.416 0.8799 0.000 0.176 0.056 0.768 0.000
#> SRR1146187 2 0.278 0.3962 0.000 0.872 0.004 0.108 0.016
#> SRR1146188 2 0.464 0.1912 0.000 0.680 0.000 0.280 0.040
#> SRR1146189 2 0.486 0.1180 0.000 0.640 0.020 0.328 0.012
#> SRR1146190 2 0.497 -0.2523 0.000 0.508 0.004 0.468 0.020
#> SRR1146191 4 0.432 0.8773 0.000 0.176 0.056 0.764 0.004
#> SRR1146192 2 0.455 0.1517 0.000 0.676 0.012 0.300 0.012
#> SRR1146193 2 0.520 0.2228 0.000 0.672 0.016 0.260 0.052
#> SRR1146194 2 0.328 0.4221 0.000 0.864 0.016 0.072 0.048
#> SRR1146195 2 0.428 0.1709 0.000 0.692 0.004 0.292 0.012
#> SRR1146196 2 0.551 -0.1093 0.000 0.524 0.056 0.416 0.004
#> SRR1146197 2 0.540 -0.0329 0.000 0.556 0.032 0.396 0.016
#> SRR1146198 4 0.354 0.9011 0.000 0.156 0.000 0.812 0.032
#> SRR1146199 5 0.306 0.6797 0.136 0.000 0.000 0.020 0.844
#> SRR1146200 2 0.328 0.4221 0.000 0.864 0.016 0.072 0.048
#> SRR1146201 2 0.524 -0.1311 0.000 0.516 0.036 0.444 0.004
#> SRR1146202 3 0.654 0.7587 0.244 0.000 0.480 0.000 0.276
#> SRR1146203 1 0.249 0.8037 0.896 0.000 0.036 0.068 0.000
#> SRR1146204 1 0.437 0.7802 0.796 0.000 0.080 0.100 0.024
#> SRR1146205 5 0.373 0.6777 0.128 0.000 0.028 0.020 0.824
#> SRR1146206 5 0.448 0.5965 0.124 0.000 0.080 0.016 0.780
#> SRR1146207 2 0.482 0.1837 0.000 0.672 0.004 0.284 0.040
#> SRR1146208 1 0.381 0.7865 0.824 0.000 0.076 0.092 0.008
#> SRR1146209 1 0.589 -0.1881 0.480 0.000 0.060 0.016 0.444
#> SRR1146210 1 0.387 0.7852 0.820 0.000 0.076 0.096 0.008
#> SRR1146211 5 0.479 0.4668 0.316 0.000 0.008 0.024 0.652
#> SRR1146212 5 0.448 0.6646 0.140 0.000 0.068 0.016 0.776
#> SRR1146213 4 0.466 0.7948 0.000 0.268 0.004 0.692 0.036
#> SRR1146214 1 0.423 0.7826 0.804 0.000 0.080 0.096 0.020
#> SRR1146215 1 0.375 0.7869 0.828 0.000 0.072 0.092 0.008
#> SRR1146216 2 0.505 0.4415 0.000 0.612 0.352 0.016 0.020
#> SRR1146217 1 0.442 0.7805 0.792 0.000 0.080 0.104 0.024
#> SRR1146218 5 0.693 -0.2400 0.280 0.000 0.284 0.008 0.428
#> SRR1146219 1 0.691 -0.7340 0.380 0.000 0.336 0.004 0.280
#> SRR1146220 5 0.456 0.6515 0.152 0.000 0.072 0.012 0.764
#> SRR1146221 5 0.591 0.2593 0.144 0.000 0.248 0.004 0.604
#> SRR1146222 1 0.375 0.7869 0.828 0.000 0.072 0.092 0.008
#> SRR1146223 1 0.575 -0.3034 0.484 0.000 0.056 0.012 0.448
#> SRR1146224 3 0.645 0.5691 0.156 0.000 0.456 0.004 0.384
#> SRR1146225 5 0.395 0.6795 0.144 0.000 0.040 0.012 0.804
#> SRR1146226 1 0.131 0.7998 0.956 0.000 0.020 0.024 0.000
#> SRR1146227 1 0.282 0.8041 0.888 0.000 0.036 0.064 0.012
#> SRR1146228 3 0.622 0.5573 0.144 0.000 0.468 0.000 0.388
#> SRR1146229 1 0.376 0.7879 0.828 0.000 0.076 0.088 0.008
#> SRR1146230 4 0.354 0.9011 0.000 0.156 0.000 0.812 0.032
#> SRR1146231 4 0.388 0.8933 0.000 0.168 0.044 0.788 0.000
#> SRR1146232 2 0.640 0.4043 0.000 0.460 0.400 0.132 0.008
#> SRR1146233 1 0.108 0.8024 0.964 0.000 0.008 0.028 0.000
#> SRR1146234 1 0.224 0.8050 0.920 0.000 0.024 0.040 0.016
#> SRR1146235 1 0.259 0.8049 0.896 0.000 0.036 0.064 0.004
#> SRR1146236 4 0.369 0.9003 0.000 0.156 0.004 0.808 0.032
#> SRR1146237 1 0.101 0.8022 0.968 0.000 0.012 0.020 0.000
#> SRR1146238 4 0.403 0.8919 0.000 0.160 0.048 0.788 0.004
#> SRR1146239 1 0.112 0.8021 0.964 0.000 0.028 0.004 0.004
#> SRR1146240 1 0.456 0.7794 0.788 0.000 0.076 0.100 0.036
#> SRR1146241 1 0.112 0.7991 0.964 0.000 0.016 0.020 0.000
#> SRR1146242 1 0.219 0.7832 0.912 0.000 0.060 0.028 0.000
#> SRR1146243 4 0.381 0.8964 0.000 0.168 0.004 0.796 0.032
#> SRR1146244 4 0.369 0.9003 0.000 0.156 0.004 0.808 0.032
#> SRR1146245 4 0.404 0.8934 0.000 0.168 0.044 0.784 0.004
#> SRR1146246 4 0.389 0.8933 0.000 0.160 0.040 0.796 0.004
#> SRR1146247 4 0.403 0.8919 0.000 0.160 0.048 0.788 0.004
#> SRR1146248 4 0.412 0.9020 0.000 0.156 0.020 0.792 0.032
#> SRR1146249 4 0.494 0.6471 0.000 0.324 0.004 0.636 0.036
#> SRR1146250 4 0.354 0.9011 0.000 0.156 0.000 0.812 0.032
#> SRR1146252 1 0.258 0.8010 0.904 0.000 0.020 0.048 0.028
#> SRR1146253 1 0.241 0.8043 0.900 0.000 0.032 0.068 0.000
#> SRR1146254 1 0.419 0.7438 0.808 0.000 0.024 0.068 0.100
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.3260 0.681 0.000 0.136 0.012 0.824 0.028 0.000
#> SRR1146077 1 0.4063 0.767 0.780 0.008 0.024 0.000 0.036 0.152
#> SRR1146078 1 0.4958 0.773 0.696 0.016 0.032 0.000 0.040 0.216
#> SRR1146079 5 0.7581 0.403 0.260 0.020 0.196 0.000 0.412 0.112
#> SRR1146080 1 0.4191 0.746 0.780 0.012 0.040 0.000 0.028 0.140
#> SRR1146081 1 0.6421 0.476 0.544 0.012 0.036 0.000 0.224 0.184
#> SRR1146082 3 0.2912 0.736 0.172 0.000 0.816 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146083 1 0.4048 0.775 0.756 0.024 0.032 0.000 0.000 0.188
#> SRR1146084 3 0.4118 0.604 0.312 0.000 0.660 0.000 0.000 0.028
#> SRR1146085 2 0.3858 0.832 0.000 0.796 0.000 0.104 0.016 0.084
#> SRR1146086 2 0.3591 0.860 0.000 0.812 0.000 0.120 0.016 0.052
#> SRR1146087 5 0.6499 0.620 0.116 0.036 0.164 0.000 0.608 0.076
#> SRR1146088 4 0.3476 0.694 0.000 0.132 0.024 0.816 0.028 0.000
#> SRR1146089 3 0.3023 0.722 0.212 0.000 0.784 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146090 3 0.3023 0.736 0.180 0.000 0.808 0.000 0.008 0.004
#> SRR1146091 3 0.3229 0.736 0.188 0.004 0.796 0.000 0.008 0.004
#> SRR1146092 1 0.4053 0.767 0.784 0.012 0.024 0.000 0.032 0.148
#> SRR1146093 1 0.3845 0.774 0.788 0.008 0.012 0.000 0.036 0.156
#> SRR1146094 5 0.5953 0.624 0.116 0.032 0.124 0.000 0.664 0.064
#> SRR1146095 1 0.6155 0.288 0.524 0.012 0.032 0.000 0.328 0.104
#> SRR1146096 2 0.4688 0.787 0.000 0.748 0.016 0.124 0.092 0.020
#> SRR1146097 1 0.5499 0.724 0.684 0.012 0.088 0.000 0.060 0.156
#> SRR1146098 1 0.3750 0.768 0.808 0.008 0.036 0.000 0.020 0.128
#> SRR1146099 3 0.3740 0.696 0.252 0.000 0.728 0.000 0.008 0.012
#> SRR1146100 1 0.3944 0.764 0.800 0.008 0.056 0.000 0.020 0.116
#> SRR1146101 6 0.6619 0.836 0.000 0.080 0.032 0.356 0.052 0.480
#> SRR1146102 3 0.3874 0.666 0.276 0.000 0.704 0.000 0.012 0.008
#> SRR1146103 3 0.2730 0.731 0.152 0.000 0.836 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146104 1 0.4429 0.767 0.780 0.012 0.096 0.000 0.048 0.064
#> SRR1146105 3 0.4030 0.583 0.052 0.012 0.780 0.000 0.148 0.008
#> SRR1146106 2 0.4125 0.854 0.000 0.788 0.024 0.120 0.008 0.060
#> SRR1146107 2 0.4231 0.852 0.000 0.776 0.008 0.120 0.016 0.080
#> SRR1146108 2 0.3106 0.859 0.000 0.840 0.024 0.120 0.016 0.000
#> SRR1146109 2 0.4148 0.854 0.000 0.788 0.016 0.120 0.016 0.060
#> SRR1146110 1 0.4425 0.760 0.760 0.004 0.044 0.000 0.048 0.144
#> SRR1146111 2 0.3936 0.855 0.000 0.796 0.020 0.120 0.004 0.060
#> SRR1146112 5 0.7363 0.499 0.148 0.028 0.232 0.000 0.480 0.112
#> SRR1146113 2 0.4125 0.854 0.000 0.788 0.024 0.120 0.008 0.060
#> SRR1146114 2 0.3291 0.852 0.000 0.836 0.012 0.120 0.016 0.016
#> SRR1146115 2 0.4017 0.856 0.000 0.792 0.008 0.120 0.016 0.064
#> SRR1146116 2 0.5553 0.693 0.000 0.628 0.048 0.260 0.052 0.012
#> SRR1146117 2 0.4087 0.849 0.000 0.784 0.004 0.112 0.016 0.084
#> SRR1146118 2 0.4644 0.817 0.000 0.756 0.044 0.136 0.048 0.016
#> SRR1146119 5 0.5192 0.602 0.052 0.020 0.248 0.000 0.660 0.020
#> SRR1146120 2 0.3606 0.861 0.000 0.816 0.004 0.120 0.016 0.044
#> SRR1146121 2 0.4070 0.854 0.000 0.784 0.004 0.120 0.016 0.076
#> SRR1146122 4 0.6979 -0.407 0.000 0.140 0.008 0.492 0.108 0.252
#> SRR1146123 5 0.4956 0.628 0.052 0.016 0.268 0.000 0.656 0.008
#> SRR1146124 5 0.4598 0.637 0.052 0.008 0.196 0.000 0.724 0.020
#> SRR1146125 4 0.5902 0.351 0.000 0.340 0.024 0.548 0.032 0.056
#> SRR1146126 2 0.5574 0.609 0.000 0.572 0.048 0.320 0.060 0.000
#> SRR1146127 2 0.6041 0.571 0.000 0.552 0.056 0.316 0.064 0.012
#> SRR1146128 5 0.7536 0.391 0.256 0.008 0.236 0.000 0.380 0.120
#> SRR1146129 3 0.4651 0.473 0.052 0.016 0.676 0.000 0.256 0.000
#> SRR1146130 2 0.4896 0.477 0.000 0.528 0.016 0.424 0.032 0.000
#> SRR1146131 4 0.6236 0.432 0.000 0.244 0.044 0.572 0.128 0.012
#> SRR1146132 5 0.6430 0.530 0.052 0.068 0.260 0.000 0.572 0.048
#> SRR1146133 5 0.5827 0.611 0.052 0.052 0.208 0.000 0.648 0.040
#> SRR1146134 3 0.4143 0.615 0.060 0.020 0.796 0.000 0.104 0.020
#> SRR1146135 5 0.5160 0.547 0.052 0.016 0.292 0.000 0.628 0.012
#> SRR1146136 5 0.7187 0.328 0.252 0.008 0.268 0.000 0.404 0.068
#> SRR1146137 4 0.1078 0.670 0.000 0.000 0.008 0.964 0.016 0.012
#> SRR1146138 4 0.0622 0.691 0.000 0.008 0.012 0.980 0.000 0.000
#> SRR1146139 4 0.4659 0.604 0.000 0.180 0.028 0.720 0.072 0.000
#> SRR1146140 1 0.3676 0.784 0.816 0.016 0.024 0.000 0.020 0.124
#> SRR1146141 1 0.4368 0.766 0.772 0.008 0.056 0.000 0.036 0.128
#> SRR1146142 2 0.2191 0.858 0.000 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR1146143 2 0.2191 0.858 0.000 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR1146144 4 0.4914 0.645 0.000 0.152 0.036 0.724 0.080 0.008
#> SRR1146145 2 0.2191 0.858 0.000 0.876 0.000 0.120 0.004 0.000
#> SRR1146146 6 0.4787 0.866 0.000 0.064 0.004 0.312 0.000 0.620
#> SRR1146147 5 0.6058 0.629 0.120 0.024 0.176 0.000 0.632 0.048
#> SRR1146148 5 0.4538 0.641 0.052 0.008 0.188 0.000 0.732 0.020
#> SRR1146149 1 0.6731 0.121 0.428 0.012 0.040 0.000 0.360 0.160
#> SRR1146150 3 0.4397 0.635 0.188 0.012 0.728 0.000 0.000 0.072
#> SRR1146151 5 0.6589 0.288 0.052 0.064 0.372 0.000 0.472 0.040
#> SRR1146152 5 0.7251 0.491 0.188 0.024 0.256 0.000 0.460 0.072
#> SRR1146153 4 0.5143 0.639 0.000 0.160 0.040 0.708 0.080 0.012
#> SRR1146154 5 0.5827 0.611 0.052 0.052 0.208 0.000 0.648 0.040
#> SRR1146155 1 0.1251 0.786 0.956 0.012 0.008 0.000 0.000 0.024
#> SRR1146156 1 0.3233 0.760 0.848 0.020 0.036 0.000 0.004 0.092
#> SRR1146157 1 0.4164 0.765 0.792 0.008 0.052 0.000 0.040 0.108
#> SRR1146158 1 0.5456 0.640 0.672 0.008 0.108 0.000 0.172 0.040
#> SRR1146159 5 0.6099 0.608 0.124 0.008 0.220 0.000 0.596 0.052
#> SRR1146160 1 0.5825 0.375 0.560 0.004 0.036 0.000 0.312 0.088
#> SRR1146161 5 0.7093 0.357 0.336 0.012 0.128 0.000 0.428 0.096
#> SRR1146162 1 0.4714 0.597 0.676 0.008 0.024 0.000 0.264 0.028
#> SRR1146163 3 0.3576 0.711 0.236 0.004 0.748 0.000 0.008 0.004
#> SRR1146164 1 0.4162 0.748 0.780 0.012 0.036 0.000 0.028 0.144
#> SRR1146165 1 0.2778 0.767 0.872 0.016 0.032 0.000 0.000 0.080
#> SRR1146166 4 0.4578 0.704 0.000 0.080 0.044 0.768 0.096 0.012
#> SRR1146167 4 0.2371 0.641 0.000 0.000 0.016 0.900 0.052 0.032
#> SRR1146168 5 0.7342 0.437 0.232 0.012 0.236 0.000 0.428 0.092
#> SRR1146169 4 0.2631 0.699 0.000 0.128 0.012 0.856 0.004 0.000
#> SRR1146170 6 0.6983 0.820 0.000 0.104 0.036 0.352 0.060 0.448
#> SRR1146171 4 0.3782 0.667 0.000 0.012 0.040 0.804 0.132 0.012
#> SRR1146172 6 0.6884 0.774 0.000 0.100 0.032 0.396 0.056 0.416
#> SRR1146173 6 0.6899 0.850 0.000 0.124 0.028 0.312 0.056 0.480
#> SRR1146174 4 0.5410 0.513 0.000 0.160 0.012 0.668 0.140 0.020
#> SRR1146175 4 0.5520 0.670 0.000 0.132 0.040 0.676 0.140 0.012
#> SRR1146176 4 0.5893 0.524 0.000 0.228 0.012 0.596 0.144 0.020
#> SRR1146177 2 0.5317 0.707 0.000 0.652 0.044 0.248 0.044 0.012
#> SRR1146178 4 0.0870 0.676 0.000 0.000 0.012 0.972 0.004 0.012
#> SRR1146179 2 0.3057 0.854 0.000 0.844 0.008 0.120 0.024 0.004
#> SRR1146180 4 0.5205 0.559 0.000 0.120 0.012 0.700 0.140 0.028
#> SRR1146181 4 0.3201 0.699 0.000 0.048 0.040 0.864 0.036 0.012
#> SRR1146182 4 0.6188 0.369 0.000 0.252 0.012 0.564 0.140 0.032
#> SRR1146183 6 0.6804 0.820 0.000 0.100 0.032 0.356 0.052 0.460
#> SRR1146184 4 0.5092 0.393 0.000 0.380 0.020 0.560 0.036 0.004
#> SRR1146185 4 0.0881 0.673 0.000 0.000 0.008 0.972 0.008 0.012
#> SRR1146186 6 0.6715 0.852 0.000 0.120 0.028 0.312 0.044 0.496
#> SRR1146187 4 0.3058 0.694 0.000 0.124 0.012 0.840 0.024 0.000
#> SRR1146188 4 0.3001 0.691 0.000 0.008 0.028 0.852 0.108 0.004
#> SRR1146189 4 0.1967 0.660 0.000 0.020 0.016 0.928 0.008 0.028
#> SRR1146190 4 0.4150 0.206 0.000 0.000 0.012 0.740 0.048 0.200
#> SRR1146191 6 0.6895 0.844 0.000 0.120 0.028 0.324 0.056 0.472
#> SRR1146192 4 0.1223 0.674 0.000 0.004 0.016 0.960 0.012 0.008
#> SRR1146193 4 0.3899 0.694 0.000 0.020 0.044 0.804 0.120 0.012
#> SRR1146194 4 0.5626 0.623 0.000 0.156 0.048 0.668 0.116 0.012
#> SRR1146195 4 0.0881 0.681 0.000 0.000 0.012 0.972 0.008 0.008
#> SRR1146196 4 0.3906 0.535 0.000 0.168 0.008 0.780 0.024 0.020
#> SRR1146197 4 0.3174 0.590 0.000 0.080 0.016 0.856 0.008 0.040
#> SRR1146198 6 0.4787 0.867 0.000 0.064 0.004 0.312 0.000 0.620
#> SRR1146199 5 0.6175 0.619 0.052 0.056 0.228 0.000 0.612 0.052
#> SRR1146200 4 0.5669 0.620 0.000 0.164 0.044 0.660 0.120 0.012
#> SRR1146201 4 0.4041 0.523 0.000 0.108 0.016 0.796 0.012 0.068
#> SRR1146202 3 0.3113 0.726 0.144 0.004 0.828 0.000 0.020 0.004
#> SRR1146203 1 0.0993 0.786 0.964 0.012 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1146204 1 0.3912 0.748 0.796 0.012 0.040 0.000 0.016 0.136
#> SRR1146205 5 0.6205 0.613 0.052 0.056 0.256 0.000 0.592 0.044
#> SRR1146206 5 0.6391 0.530 0.052 0.068 0.264 0.000 0.572 0.044
#> SRR1146207 4 0.2729 0.690 0.000 0.004 0.032 0.876 0.080 0.008
#> SRR1146208 1 0.2851 0.766 0.868 0.016 0.036 0.000 0.000 0.080
#> SRR1146209 5 0.6659 0.430 0.284 0.008 0.108 0.000 0.512 0.088
#> SRR1146210 1 0.3330 0.758 0.840 0.020 0.036 0.000 0.004 0.100
#> SRR1146211 5 0.4957 0.547 0.200 0.012 0.040 0.000 0.704 0.044
#> SRR1146212 5 0.6753 0.581 0.056 0.072 0.308 0.000 0.512 0.052
#> SRR1146213 6 0.5277 0.700 0.000 0.040 0.012 0.468 0.012 0.468
#> SRR1146214 1 0.3631 0.754 0.816 0.012 0.036 0.000 0.012 0.124
#> SRR1146215 1 0.2993 0.765 0.864 0.016 0.036 0.000 0.004 0.080
#> SRR1146216 2 0.5227 0.731 0.000 0.672 0.044 0.228 0.040 0.016
#> SRR1146217 1 0.4466 0.737 0.764 0.012 0.040 0.000 0.044 0.140
#> SRR1146218 3 0.6087 0.103 0.172 0.008 0.524 0.000 0.284 0.012
#> SRR1146219 3 0.5701 0.525 0.268 0.000 0.580 0.000 0.128 0.024
#> SRR1146220 5 0.5655 0.581 0.064 0.004 0.324 0.000 0.568 0.040
#> SRR1146221 3 0.5411 -0.221 0.052 0.012 0.504 0.000 0.420 0.012
#> SRR1146222 1 0.2778 0.767 0.872 0.016 0.032 0.000 0.000 0.080
#> SRR1146223 5 0.6808 0.419 0.296 0.008 0.144 0.000 0.480 0.072
#> SRR1146224 3 0.5470 0.560 0.072 0.056 0.712 0.000 0.116 0.044
#> SRR1146225 5 0.5694 0.631 0.052 0.024 0.252 0.000 0.628 0.044
#> SRR1146226 1 0.4388 0.771 0.776 0.016 0.060 0.000 0.028 0.120
#> SRR1146227 1 0.2788 0.780 0.880 0.004 0.044 0.000 0.016 0.056
#> SRR1146228 3 0.3585 0.610 0.052 0.008 0.812 0.000 0.124 0.004
#> SRR1146229 1 0.2501 0.772 0.888 0.012 0.028 0.000 0.000 0.072
#> SRR1146230 6 0.4751 0.864 0.000 0.072 0.000 0.312 0.000 0.616
#> SRR1146231 6 0.6966 0.846 0.000 0.140 0.020 0.332 0.060 0.448
#> SRR1146232 2 0.2556 0.857 0.000 0.864 0.008 0.120 0.008 0.000
#> SRR1146233 1 0.3434 0.774 0.832 0.008 0.028 0.000 0.020 0.112
#> SRR1146234 1 0.2415 0.784 0.900 0.000 0.036 0.000 0.024 0.040
#> SRR1146235 1 0.1913 0.783 0.920 0.004 0.004 0.000 0.012 0.060
#> SRR1146236 6 0.4668 0.866 0.000 0.064 0.000 0.316 0.000 0.620
#> SRR1146237 1 0.3603 0.772 0.824 0.008 0.040 0.000 0.020 0.108
#> SRR1146238 6 0.6514 0.856 0.000 0.136 0.016 0.312 0.036 0.500
#> SRR1146239 1 0.3647 0.777 0.832 0.008 0.060 0.000 0.032 0.068
#> SRR1146240 1 0.4342 0.744 0.768 0.012 0.036 0.000 0.036 0.148
#> SRR1146241 1 0.3900 0.767 0.808 0.008 0.044 0.000 0.032 0.108
#> SRR1146242 1 0.4860 0.749 0.732 0.012 0.116 0.000 0.024 0.116
#> SRR1146243 6 0.4606 0.856 0.000 0.052 0.000 0.344 0.000 0.604
#> SRR1146244 6 0.4668 0.866 0.000 0.064 0.000 0.316 0.000 0.620
#> SRR1146245 6 0.6693 0.849 0.000 0.140 0.012 0.344 0.048 0.456
#> SRR1146246 6 0.6514 0.861 0.000 0.136 0.016 0.312 0.036 0.500
#> SRR1146247 6 0.6424 0.857 0.000 0.132 0.016 0.312 0.032 0.508
#> SRR1146248 6 0.5266 0.865 0.000 0.108 0.004 0.312 0.000 0.576
#> SRR1146249 6 0.4097 0.631 0.000 0.000 0.008 0.488 0.000 0.504
#> SRR1146250 6 0.5020 0.864 0.000 0.072 0.004 0.312 0.004 0.608
#> SRR1146252 1 0.4099 0.754 0.792 0.004 0.028 0.000 0.092 0.084
#> SRR1146253 1 0.0993 0.786 0.964 0.012 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1146254 1 0.4648 0.704 0.760 0.012 0.040 0.000 0.108 0.080
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.5017 0.499 0.499
#> 3 3 0.715 0.681 0.839 0.2186 0.942 0.884
#> 4 4 0.730 0.770 0.872 0.1872 0.792 0.544
#> 5 5 0.702 0.668 0.757 0.0619 0.904 0.672
#> 6 6 0.750 0.718 0.825 0.0526 0.927 0.701
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0 1 0 1
#> SRR1146077 1 0 1 1 0
#> SRR1146078 1 0 1 1 0
#> SRR1146079 1 0 1 1 0
#> SRR1146080 1 0 1 1 0
#> SRR1146081 1 0 1 1 0
#> SRR1146082 1 0 1 1 0
#> SRR1146083 1 0 1 1 0
#> SRR1146084 1 0 1 1 0
#> SRR1146085 2 0 1 0 1
#> SRR1146086 2 0 1 0 1
#> SRR1146087 1 0 1 1 0
#> SRR1146088 2 0 1 0 1
#> SRR1146089 1 0 1 1 0
#> SRR1146090 1 0 1 1 0
#> SRR1146091 1 0 1 1 0
#> SRR1146092 1 0 1 1 0
#> SRR1146093 1 0 1 1 0
#> SRR1146094 1 0 1 1 0
#> SRR1146095 1 0 1 1 0
#> SRR1146096 2 0 1 0 1
#> SRR1146097 1 0 1 1 0
#> SRR1146098 1 0 1 1 0
#> SRR1146099 1 0 1 1 0
#> SRR1146100 1 0 1 1 0
#> SRR1146101 2 0 1 0 1
#> SRR1146102 1 0 1 1 0
#> SRR1146103 1 0 1 1 0
#> SRR1146104 1 0 1 1 0
#> SRR1146105 1 0 1 1 0
#> SRR1146106 2 0 1 0 1
#> SRR1146107 2 0 1 0 1
#> SRR1146108 2 0 1 0 1
#> SRR1146109 2 0 1 0 1
#> SRR1146110 1 0 1 1 0
#> SRR1146111 2 0 1 0 1
#> SRR1146112 1 0 1 1 0
#> SRR1146113 2 0 1 0 1
#> SRR1146114 2 0 1 0 1
#> SRR1146115 2 0 1 0 1
#> SRR1146116 2 0 1 0 1
#> SRR1146117 2 0 1 0 1
#> SRR1146118 2 0 1 0 1
#> SRR1146119 1 0 1 1 0
#> SRR1146120 2 0 1 0 1
#> SRR1146121 2 0 1 0 1
#> SRR1146122 2 0 1 0 1
#> SRR1146123 1 0 1 1 0
#> SRR1146124 1 0 1 1 0
#> SRR1146125 2 0 1 0 1
#> SRR1146126 2 0 1 0 1
#> SRR1146127 2 0 1 0 1
#> SRR1146128 1 0 1 1 0
#> SRR1146129 1 0 1 1 0
#> SRR1146130 2 0 1 0 1
#> SRR1146131 2 0 1 0 1
#> SRR1146132 1 0 1 1 0
#> SRR1146133 1 0 1 1 0
#> SRR1146134 1 0 1 1 0
#> SRR1146135 1 0 1 1 0
#> SRR1146136 1 0 1 1 0
#> SRR1146137 2 0 1 0 1
#> SRR1146138 2 0 1 0 1
#> SRR1146139 2 0 1 0 1
#> SRR1146140 1 0 1 1 0
#> SRR1146141 1 0 1 1 0
#> SRR1146142 2 0 1 0 1
#> SRR1146143 2 0 1 0 1
#> SRR1146144 2 0 1 0 1
#> SRR1146145 2 0 1 0 1
#> SRR1146146 2 0 1 0 1
#> SRR1146147 1 0 1 1 0
#> SRR1146148 1 0 1 1 0
#> SRR1146149 1 0 1 1 0
#> SRR1146150 1 0 1 1 0
#> SRR1146151 1 0 1 1 0
#> SRR1146152 1 0 1 1 0
#> SRR1146153 2 0 1 0 1
#> SRR1146154 1 0 1 1 0
#> SRR1146155 1 0 1 1 0
#> SRR1146156 1 0 1 1 0
#> SRR1146157 1 0 1 1 0
#> SRR1146158 1 0 1 1 0
#> SRR1146159 1 0 1 1 0
#> SRR1146160 1 0 1 1 0
#> SRR1146161 1 0 1 1 0
#> SRR1146162 1 0 1 1 0
#> SRR1146163 1 0 1 1 0
#> SRR1146164 1 0 1 1 0
#> SRR1146165 1 0 1 1 0
#> SRR1146166 2 0 1 0 1
#> SRR1146167 2 0 1 0 1
#> SRR1146168 1 0 1 1 0
#> SRR1146169 2 0 1 0 1
#> SRR1146170 2 0 1 0 1
#> SRR1146171 2 0 1 0 1
#> SRR1146172 2 0 1 0 1
#> SRR1146173 2 0 1 0 1
#> SRR1146174 2 0 1 0 1
#> SRR1146175 2 0 1 0 1
#> SRR1146176 2 0 1 0 1
#> SRR1146177 2 0 1 0 1
#> SRR1146178 2 0 1 0 1
#> SRR1146179 2 0 1 0 1
#> SRR1146180 2 0 1 0 1
#> SRR1146181 2 0 1 0 1
#> SRR1146182 2 0 1 0 1
#> SRR1146183 2 0 1 0 1
#> SRR1146184 2 0 1 0 1
#> SRR1146185 2 0 1 0 1
#> SRR1146186 2 0 1 0 1
#> SRR1146187 2 0 1 0 1
#> SRR1146188 2 0 1 0 1
#> SRR1146189 2 0 1 0 1
#> SRR1146190 2 0 1 0 1
#> SRR1146191 2 0 1 0 1
#> SRR1146192 2 0 1 0 1
#> SRR1146193 2 0 1 0 1
#> SRR1146194 2 0 1 0 1
#> SRR1146195 2 0 1 0 1
#> SRR1146196 2 0 1 0 1
#> SRR1146197 2 0 1 0 1
#> SRR1146198 2 0 1 0 1
#> SRR1146199 1 0 1 1 0
#> SRR1146200 2 0 1 0 1
#> SRR1146201 2 0 1 0 1
#> SRR1146202 1 0 1 1 0
#> SRR1146203 1 0 1 1 0
#> SRR1146204 1 0 1 1 0
#> SRR1146205 1 0 1 1 0
#> SRR1146206 1 0 1 1 0
#> SRR1146207 2 0 1 0 1
#> SRR1146208 1 0 1 1 0
#> SRR1146209 1 0 1 1 0
#> SRR1146210 1 0 1 1 0
#> SRR1146211 1 0 1 1 0
#> SRR1146212 1 0 1 1 0
#> SRR1146213 2 0 1 0 1
#> SRR1146214 1 0 1 1 0
#> SRR1146215 1 0 1 1 0
#> SRR1146216 2 0 1 0 1
#> SRR1146217 1 0 1 1 0
#> SRR1146218 1 0 1 1 0
#> SRR1146219 1 0 1 1 0
#> SRR1146220 1 0 1 1 0
#> SRR1146221 1 0 1 1 0
#> SRR1146222 1 0 1 1 0
#> SRR1146223 1 0 1 1 0
#> SRR1146224 1 0 1 1 0
#> SRR1146225 1 0 1 1 0
#> SRR1146226 1 0 1 1 0
#> SRR1146227 1 0 1 1 0
#> SRR1146228 1 0 1 1 0
#> SRR1146229 1 0 1 1 0
#> SRR1146230 2 0 1 0 1
#> SRR1146231 2 0 1 0 1
#> SRR1146232 2 0 1 0 1
#> SRR1146233 1 0 1 1 0
#> SRR1146234 1 0 1 1 0
#> SRR1146235 1 0 1 1 0
#> SRR1146236 2 0 1 0 1
#> SRR1146237 1 0 1 1 0
#> SRR1146238 2 0 1 0 1
#> SRR1146239 1 0 1 1 0
#> SRR1146240 1 0 1 1 0
#> SRR1146241 1 0 1 1 0
#> SRR1146242 1 0 1 1 0
#> SRR1146243 2 0 1 0 1
#> SRR1146244 2 0 1 0 1
#> SRR1146245 2 0 1 0 1
#> SRR1146246 2 0 1 0 1
#> SRR1146247 2 0 1 0 1
#> SRR1146248 2 0 1 0 1
#> SRR1146249 2 0 1 0 1
#> SRR1146250 2 0 1 0 1
#> SRR1146252 1 0 1 1 0
#> SRR1146253 1 0 1 1 0
#> SRR1146254 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146077 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.5926 -0.2369 0.644 0.000 0.356
#> SRR1146083 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.5397 0.1253 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146085 2 0.6180 0.8165 0.000 0.584 0.416
#> SRR1146086 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146087 1 0.5327 0.1578 0.728 0.000 0.272
#> SRR1146088 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146089 1 0.5497 0.0738 0.708 0.000 0.292
#> SRR1146090 1 0.5926 -0.2369 0.644 0.000 0.356
#> SRR1146091 1 0.5926 -0.2369 0.644 0.000 0.356
#> SRR1146092 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.5363 0.1423 0.724 0.000 0.276
#> SRR1146095 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146097 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.5905 -0.2191 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146100 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146102 1 0.5431 0.1086 0.716 0.000 0.284
#> SRR1146103 1 0.5926 -0.2369 0.644 0.000 0.356
#> SRR1146104 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.6252 0.9897 0.444 0.000 0.556
#> SRR1146106 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146107 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146108 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146109 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146110 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146112 1 0.5291 0.1718 0.732 0.000 0.268
#> SRR1146113 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146114 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146115 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146116 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146117 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146118 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146119 3 0.6252 0.9897 0.444 0.000 0.556
#> SRR1146120 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146121 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146122 2 0.3686 0.7612 0.000 0.860 0.140
#> SRR1146123 1 0.5431 0.1112 0.716 0.000 0.284
#> SRR1146124 3 0.6305 0.8882 0.484 0.000 0.516
#> SRR1146125 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146126 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146127 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146128 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146129 3 0.6252 0.9897 0.444 0.000 0.556
#> SRR1146130 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146131 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146132 3 0.6252 0.9897 0.444 0.000 0.556
#> SRR1146133 1 0.5431 0.1112 0.716 0.000 0.284
#> SRR1146134 1 0.5926 -0.2369 0.644 0.000 0.356
#> SRR1146135 3 0.6252 0.9897 0.444 0.000 0.556
#> SRR1146136 1 0.4887 0.3104 0.772 0.000 0.228
#> SRR1146137 2 0.1289 0.7863 0.000 0.968 0.032
#> SRR1146138 2 0.0424 0.7975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146139 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146140 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146143 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146144 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146145 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146146 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146147 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.5431 0.1112 0.716 0.000 0.284
#> SRR1146149 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.5397 0.1253 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146151 3 0.6252 0.9897 0.444 0.000 0.556
#> SRR1146152 1 0.0592 0.7667 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146153 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146154 1 0.5397 0.1272 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146155 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.4555 0.3834 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146163 1 0.5926 -0.2369 0.644 0.000 0.356
#> SRR1146164 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146167 2 0.5497 0.8415 0.000 0.708 0.292
#> SRR1146168 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.5621 0.8427 0.000 0.692 0.308
#> SRR1146170 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146171 2 0.0237 0.7946 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146172 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146173 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146174 2 0.5397 0.8400 0.000 0.720 0.280
#> SRR1146175 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146176 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146177 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146178 2 0.0237 0.7966 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146179 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146180 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146181 2 0.0592 0.7984 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146182 2 0.5621 0.8428 0.000 0.692 0.308
#> SRR1146183 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146184 2 0.5650 0.8429 0.000 0.688 0.312
#> SRR1146185 2 0.1289 0.7863 0.000 0.968 0.032
#> SRR1146186 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146187 2 0.5650 0.8429 0.000 0.688 0.312
#> SRR1146188 2 0.5529 0.8418 0.000 0.704 0.296
#> SRR1146189 2 0.0237 0.7966 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146190 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146191 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146192 2 0.0237 0.7946 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146193 2 0.5650 0.8429 0.000 0.688 0.312
#> SRR1146194 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146195 2 0.0000 0.7956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146196 2 0.1031 0.8008 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146197 2 0.0000 0.7956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146198 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146199 1 0.5431 0.1112 0.716 0.000 0.284
#> SRR1146200 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146201 2 0.0000 0.7956 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146202 1 0.5926 -0.2369 0.644 0.000 0.356
#> SRR1146203 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.5882 -0.2228 0.652 0.000 0.348
#> SRR1146206 3 0.6252 0.9897 0.444 0.000 0.556
#> SRR1146207 2 0.0424 0.7975 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146208 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.4555 0.3834 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146212 1 0.5926 -0.2369 0.644 0.000 0.356
#> SRR1146213 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146214 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146217 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146218 1 0.5397 0.1253 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146219 1 0.5497 0.0738 0.708 0.000 0.292
#> SRR1146220 3 0.6252 0.9897 0.444 0.000 0.556
#> SRR1146221 3 0.6252 0.9897 0.444 0.000 0.556
#> SRR1146222 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 1 0.5948 -0.2496 0.640 0.000 0.360
#> SRR1146225 1 0.5397 0.1272 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146226 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.1163 0.7457 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146228 3 0.6252 0.9897 0.444 0.000 0.556
#> SRR1146229 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146231 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146232 2 0.5678 0.8429 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146233 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146237 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146239 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146244 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146245 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146246 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146247 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146248 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146249 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146250 2 0.3482 0.7538 0.000 0.872 0.128
#> SRR1146252 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 0.7801 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 2 0.4364 0.81346 0.000 0.764 0.016 0.220
#> SRR1146077 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146078 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146079 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146082 3 0.4040 0.74587 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.4888 0.55158 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1146085 2 0.2589 0.70199 0.000 0.884 0.000 0.116
#> SRR1146086 2 0.0000 0.83954 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146087 1 0.4790 0.30964 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1146088 2 0.4253 0.81939 0.000 0.776 0.016 0.208
#> SRR1146089 3 0.4746 0.62100 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1146090 3 0.4040 0.74587 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1146091 3 0.3975 0.75001 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1146092 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146093 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146094 1 0.4843 0.26889 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1146095 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 0.83954 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146098 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146099 3 0.4250 0.72346 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 4 0.3569 0.80248 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146102 3 0.4866 0.56555 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1146103 3 0.3975 0.75001 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.0707 0.72221 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146106 2 0.0336 0.83875 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146107 2 0.0336 0.83875 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146108 2 0.0000 0.83954 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0188 0.83940 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146110 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146111 2 0.0188 0.83940 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146112 1 0.5000 -0.35547 0.504 0.000 0.496 0.000
#> SRR1146113 2 0.0336 0.83875 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146114 2 0.0000 0.83954 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0188 0.83940 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146116 2 0.3751 0.82405 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1146117 2 0.0188 0.83940 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146118 2 0.0707 0.84194 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146119 3 0.0707 0.72221 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 0.83954 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0188 0.83940 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146122 4 0.4817 0.61570 0.000 0.388 0.000 0.612
#> SRR1146123 3 0.4961 0.21130 0.448 0.000 0.552 0.000
#> SRR1146124 3 0.1474 0.72380 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1146125 2 0.0524 0.83956 0.000 0.988 0.008 0.004
#> SRR1146126 2 0.3831 0.82273 0.000 0.792 0.004 0.204
#> SRR1146127 2 0.3751 0.82405 0.000 0.800 0.004 0.196
#> SRR1146128 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146129 3 0.0921 0.72665 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1146130 2 0.3972 0.82192 0.000 0.788 0.008 0.204
#> SRR1146131 2 0.4136 0.82182 0.000 0.788 0.016 0.196
#> SRR1146132 3 0.0592 0.72100 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146133 3 0.4866 0.31676 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1146134 3 0.3975 0.75001 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1146135 3 0.0707 0.72221 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146136 1 0.4992 -0.30325 0.524 0.000 0.476 0.000
#> SRR1146137 4 0.3108 0.72531 0.000 0.112 0.016 0.872
#> SRR1146138 4 0.4175 0.64484 0.000 0.200 0.016 0.784
#> SRR1146139 2 0.4253 0.81939 0.000 0.776 0.016 0.208
#> SRR1146140 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.83954 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.83954 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.4253 0.81887 0.000 0.776 0.016 0.208
#> SRR1146145 2 0.0000 0.83954 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146146 4 0.3569 0.80248 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146147 1 0.0817 0.90395 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146148 3 0.4989 0.12114 0.472 0.000 0.528 0.000
#> SRR1146149 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146150 3 0.4888 0.55158 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1146151 3 0.0707 0.72221 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146152 1 0.2868 0.73882 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1146153 2 0.4214 0.82012 0.000 0.780 0.016 0.204
#> SRR1146154 1 0.4994 0.00938 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1146155 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146160 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146161 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146162 1 0.3764 0.63202 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1146163 3 0.4072 0.74313 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1146164 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.4327 0.81463 0.000 0.768 0.016 0.216
#> SRR1146167 2 0.4933 0.73666 0.000 0.688 0.016 0.296
#> SRR1146168 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146169 2 0.4599 0.79043 0.000 0.736 0.016 0.248
#> SRR1146170 4 0.3610 0.80149 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146171 4 0.4175 0.65387 0.000 0.200 0.016 0.784
#> SRR1146172 4 0.1398 0.78635 0.000 0.040 0.004 0.956
#> SRR1146173 4 0.3444 0.80387 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1146174 2 0.4290 0.54441 0.000 0.772 0.016 0.212
#> SRR1146175 2 0.4290 0.81651 0.000 0.772 0.016 0.212
#> SRR1146176 2 0.0804 0.83862 0.000 0.980 0.012 0.008
#> SRR1146177 2 0.3569 0.82464 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146178 4 0.3969 0.67113 0.000 0.180 0.016 0.804
#> SRR1146179 2 0.0000 0.83954 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.4290 0.81651 0.000 0.772 0.016 0.212
#> SRR1146181 4 0.4468 0.60188 0.000 0.232 0.016 0.752
#> SRR1146182 2 0.2737 0.73284 0.000 0.888 0.008 0.104
#> SRR1146183 4 0.3569 0.80248 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146184 2 0.1151 0.82519 0.000 0.968 0.008 0.024
#> SRR1146185 4 0.3108 0.72531 0.000 0.112 0.016 0.872
#> SRR1146186 4 0.0817 0.77972 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1146187 2 0.4535 0.79790 0.000 0.744 0.016 0.240
#> SRR1146188 2 0.5069 0.69653 0.000 0.664 0.016 0.320
#> SRR1146189 4 0.4054 0.66152 0.000 0.188 0.016 0.796
#> SRR1146190 4 0.0779 0.76615 0.000 0.004 0.016 0.980
#> SRR1146191 4 0.0817 0.77977 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1146192 4 0.3881 0.67894 0.000 0.172 0.016 0.812
#> SRR1146193 2 0.4327 0.81446 0.000 0.768 0.016 0.216
#> SRR1146194 2 0.4214 0.82012 0.000 0.780 0.016 0.204
#> SRR1146195 4 0.3969 0.67112 0.000 0.180 0.016 0.804
#> SRR1146196 4 0.5452 0.59566 0.000 0.428 0.016 0.556
#> SRR1146197 4 0.3969 0.67112 0.000 0.180 0.016 0.804
#> SRR1146198 4 0.3569 0.80248 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146199 3 0.4888 0.29714 0.412 0.000 0.588 0.000
#> SRR1146200 2 0.4175 0.82117 0.000 0.784 0.016 0.200
#> SRR1146201 4 0.5284 0.67828 0.000 0.368 0.016 0.616
#> SRR1146202 3 0.3975 0.75001 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1146203 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146205 3 0.3942 0.61111 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1146206 3 0.0592 0.72100 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146207 4 0.4175 0.64966 0.000 0.200 0.016 0.784
#> SRR1146208 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.3837 0.62002 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1146212 3 0.3801 0.75324 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1146213 4 0.0336 0.77412 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146214 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.3528 0.82550 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146217 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146218 3 0.4898 0.54429 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1146219 3 0.4761 0.61544 0.372 0.000 0.628 0.000
#> SRR1146220 3 0.0592 0.72100 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146221 3 0.1118 0.72990 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146224 3 0.4018 0.75267 0.224 0.004 0.772 0.000
#> SRR1146225 1 0.4996 -0.00665 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0707 0.90266 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146228 3 0.0921 0.72680 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1146229 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 4 0.3569 0.80248 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146231 4 0.3649 0.80095 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1146232 2 0.0000 0.83954 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 4 0.3569 0.80248 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146237 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 4 0.3649 0.80095 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1146239 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 4 0.0817 0.78135 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1146244 4 0.3569 0.80248 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146245 4 0.3649 0.80095 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1146246 4 0.3649 0.80095 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1146247 4 0.3649 0.80095 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1146248 4 0.3649 0.80095 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1146249 4 0.0000 0.77007 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146250 4 0.3569 0.80248 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146252 1 0.0188 0.92397 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 0.92487 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 4 0.0000 0.62055 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146077 1 0.0324 0.88311 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.1197 0.87496 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.3636 0.63329 0.728 0.272 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.1197 0.87496 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.3741 0.63723 0.732 0.264 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.3210 0.71095 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.1197 0.87496 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.4626 0.50728 0.364 0.020 0.616 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.6114 0.87891 0.000 0.536 0.000 0.312 0.152
#> SRR1146086 2 0.5687 0.92198 0.000 0.580 0.000 0.316 0.104
#> SRR1146087 1 0.6818 -0.22530 0.356 0.316 0.328 0.000 0.000
#> SRR1146088 4 0.0000 0.62055 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146089 3 0.3932 0.59178 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.3210 0.71095 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.3210 0.71095 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0290 0.88410 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0324 0.88311 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146094 3 0.6794 0.28644 0.300 0.320 0.380 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.3305 0.69053 0.776 0.224 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.5019 0.93736 0.000 0.632 0.000 0.316 0.052
#> SRR1146097 1 0.0324 0.88311 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0324 0.88311 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.3305 0.70273 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0324 0.88311 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146101 5 0.0000 0.88530 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146102 3 0.4074 0.53647 0.364 0.000 0.636 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.3210 0.71095 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0162 0.88332 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.0703 0.67446 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.5811 0.92761 0.000 0.568 0.000 0.316 0.116
#> SRR1146107 2 0.6245 0.88802 0.000 0.516 0.000 0.316 0.168
#> SRR1146108 2 0.5019 0.93736 0.000 0.632 0.000 0.316 0.052
#> SRR1146109 2 0.5811 0.92761 0.000 0.568 0.000 0.316 0.116
#> SRR1146110 1 0.0324 0.88311 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.5687 0.93020 0.000 0.580 0.000 0.316 0.104
#> SRR1146112 1 0.6683 -0.06884 0.436 0.292 0.272 0.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.5811 0.92761 0.000 0.568 0.000 0.316 0.116
#> SRR1146114 2 0.5019 0.93736 0.000 0.632 0.000 0.316 0.052
#> SRR1146115 2 0.5811 0.92761 0.000 0.568 0.000 0.316 0.116
#> SRR1146116 4 0.4283 -0.50848 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1146117 2 0.6245 0.88802 0.000 0.516 0.000 0.316 0.168
#> SRR1146118 2 0.4925 0.92960 0.000 0.632 0.000 0.324 0.044
#> SRR1146119 3 0.1568 0.67089 0.036 0.020 0.944 0.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.5459 0.93771 0.000 0.600 0.000 0.316 0.084
#> SRR1146121 2 0.6245 0.88802 0.000 0.516 0.000 0.316 0.168
#> SRR1146122 5 0.5655 0.45812 0.000 0.112 0.000 0.288 0.600
#> SRR1146123 3 0.5148 0.22884 0.432 0.040 0.528 0.000 0.000
#> SRR1146124 3 0.4437 0.58002 0.020 0.316 0.664 0.000 0.000
#> SRR1146125 4 0.5515 -0.12816 0.000 0.260 0.000 0.628 0.112
#> SRR1146126 4 0.4088 -0.25230 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1146127 4 0.4015 -0.17448 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1146128 1 0.0794 0.88272 0.972 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146129 3 0.0451 0.66750 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1146130 4 0.3796 -0.00495 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1146131 4 0.1732 0.54084 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1146132 3 0.2020 0.65235 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1146133 3 0.6229 0.51778 0.164 0.320 0.516 0.000 0.000
#> SRR1146134 3 0.3621 0.70995 0.192 0.020 0.788 0.000 0.000
#> SRR1146135 3 0.0609 0.66104 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.6624 -0.13402 0.456 0.264 0.280 0.000 0.000
#> SRR1146137 4 0.3857 0.45471 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1146138 4 0.3707 0.49986 0.000 0.000 0.000 0.716 0.284
#> SRR1146139 4 0.0000 0.62055 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0324 0.88376 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0162 0.88332 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.5019 0.93736 0.000 0.632 0.000 0.316 0.052
#> SRR1146143 2 0.5019 0.93736 0.000 0.632 0.000 0.316 0.052
#> SRR1146144 4 0.0000 0.62055 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146145 2 0.5019 0.93736 0.000 0.632 0.000 0.316 0.052
#> SRR1146146 5 0.0000 0.88530 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146147 1 0.4497 0.53543 0.632 0.352 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146148 3 0.6476 0.46434 0.204 0.320 0.476 0.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.1608 0.86816 0.928 0.072 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146150 3 0.5037 0.50967 0.336 0.048 0.616 0.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.0609 0.66104 0.000 0.020 0.980 0.000 0.000
#> SRR1146152 1 0.5579 0.37566 0.600 0.300 0.100 0.000 0.000
#> SRR1146153 4 0.0162 0.61946 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1146154 3 0.6680 0.38586 0.252 0.320 0.428 0.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.0324 0.88376 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.1197 0.87496 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0324 0.88311 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0162 0.88332 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0451 0.88190 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.2890 0.76173 0.836 0.160 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.3741 0.63723 0.732 0.264 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.3300 0.66049 0.792 0.004 0.204 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.3242 0.70848 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.1197 0.87496 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.1197 0.87496 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.0566 0.62540 0.000 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1146167 4 0.1121 0.63164 0.000 0.000 0.000 0.956 0.044
#> SRR1146168 1 0.3086 0.73835 0.816 0.180 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146169 4 0.0290 0.62447 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146170 5 0.1792 0.86311 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1146171 4 0.3928 0.48439 0.000 0.004 0.000 0.700 0.296
#> SRR1146172 5 0.4465 0.67128 0.000 0.060 0.000 0.204 0.736
#> SRR1146173 5 0.2727 0.87182 0.000 0.116 0.000 0.016 0.868
#> SRR1146174 4 0.5087 0.48230 0.000 0.148 0.000 0.700 0.152
#> SRR1146175 4 0.1792 0.53566 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1146176 4 0.4168 0.32160 0.000 0.184 0.000 0.764 0.052
#> SRR1146177 4 0.4307 -0.60114 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1146178 4 0.3752 0.48979 0.000 0.000 0.000 0.708 0.292
#> SRR1146179 2 0.5019 0.93736 0.000 0.632 0.000 0.316 0.052
#> SRR1146180 4 0.0404 0.61661 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1146181 4 0.4777 0.49478 0.000 0.052 0.000 0.680 0.268
#> SRR1146182 4 0.6012 -0.00954 0.000 0.332 0.000 0.536 0.132
#> SRR1146183 5 0.0963 0.87308 0.000 0.036 0.000 0.000 0.964
#> SRR1146184 4 0.5342 -0.07729 0.000 0.312 0.000 0.612 0.076
#> SRR1146185 4 0.3857 0.45471 0.000 0.000 0.000 0.688 0.312
#> SRR1146186 5 0.3477 0.85399 0.000 0.112 0.000 0.056 0.832
#> SRR1146187 4 0.0162 0.62295 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146188 4 0.1478 0.63303 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1146189 4 0.3752 0.48992 0.000 0.000 0.000 0.708 0.292
#> SRR1146190 4 0.4268 0.18909 0.000 0.000 0.000 0.556 0.444
#> SRR1146191 5 0.3477 0.85399 0.000 0.112 0.000 0.056 0.832
#> SRR1146192 4 0.3796 0.47719 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1146193 4 0.0324 0.62243 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1146194 4 0.0162 0.61946 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1146195 4 0.3796 0.47719 0.000 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1146196 4 0.6054 0.36196 0.000 0.148 0.000 0.548 0.304
#> SRR1146197 4 0.4067 0.47545 0.000 0.008 0.000 0.692 0.300
#> SRR1146198 5 0.0000 0.88530 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146199 3 0.6229 0.51778 0.164 0.320 0.516 0.000 0.000
#> SRR1146200 4 0.0404 0.61661 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1146201 4 0.5713 0.24396 0.000 0.084 0.000 0.500 0.416
#> SRR1146202 3 0.3210 0.71095 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.0703 0.88095 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.1197 0.87496 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146205 3 0.5659 0.56197 0.100 0.320 0.580 0.000 0.000
#> SRR1146206 3 0.2020 0.65265 0.000 0.100 0.900 0.000 0.000
#> SRR1146207 4 0.3730 0.49495 0.000 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146208 1 0.1197 0.87496 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.1205 0.86593 0.956 0.040 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.1197 0.87496 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.3757 0.63235 0.772 0.020 0.208 0.000 0.000
#> SRR1146212 3 0.4901 0.71041 0.196 0.096 0.708 0.000 0.000
#> SRR1146213 5 0.3534 0.62794 0.000 0.000 0.000 0.256 0.744
#> SRR1146214 1 0.1197 0.87496 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.1197 0.87496 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 4 0.4307 -0.60114 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000
#> SRR1146217 1 0.1197 0.87496 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146218 3 0.4161 0.48742 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000
#> SRR1146219 3 0.4339 0.57838 0.336 0.012 0.652 0.000 0.000
#> SRR1146220 3 0.4193 0.61856 0.024 0.256 0.720 0.000 0.000
#> SRR1146221 3 0.1341 0.68655 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.1197 0.87496 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.3861 0.63120 0.728 0.264 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146224 3 0.3074 0.71568 0.196 0.000 0.804 0.000 0.000
#> SRR1146225 3 0.6776 0.37318 0.292 0.316 0.392 0.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.0324 0.88311 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0671 0.87660 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146228 3 0.1197 0.68308 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.1197 0.87496 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 5 0.0000 0.88530 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146231 5 0.2230 0.87120 0.000 0.116 0.000 0.000 0.884
#> SRR1146232 2 0.5019 0.93736 0.000 0.632 0.000 0.316 0.052
#> SRR1146233 1 0.0162 0.88332 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0162 0.88332 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0609 0.88174 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 5 0.0000 0.88530 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.0162 0.88332 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146238 5 0.2179 0.87299 0.000 0.112 0.000 0.000 0.888
#> SRR1146239 1 0.0162 0.88332 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.1197 0.87496 0.952 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0324 0.88311 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0324 0.88311 0.992 0.004 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146243 5 0.1410 0.85021 0.000 0.000 0.000 0.060 0.940
#> SRR1146244 5 0.0000 0.88530 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146245 5 0.2338 0.87241 0.000 0.112 0.000 0.004 0.884
#> SRR1146246 5 0.2127 0.87431 0.000 0.108 0.000 0.000 0.892
#> SRR1146247 5 0.1792 0.88040 0.000 0.084 0.000 0.000 0.916
#> SRR1146248 5 0.1270 0.88224 0.000 0.052 0.000 0.000 0.948
#> SRR1146249 5 0.3109 0.71150 0.000 0.000 0.000 0.200 0.800
#> SRR1146250 5 0.0000 0.88530 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.0162 0.88332 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0703 0.88121 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 0.88372 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.1285 0.8692 0.000 0.052 0.004 0.944 0.000 0.000
#> SRR1146077 1 0.4076 0.7858 0.776 0.004 0.124 0.008 0.088 0.000
#> SRR1146078 1 0.1542 0.7830 0.936 0.004 0.000 0.008 0.052 0.000
#> SRR1146079 5 0.5435 0.1447 0.404 0.004 0.104 0.000 0.488 0.000
#> SRR1146080 1 0.0508 0.7795 0.984 0.000 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1146081 5 0.5957 0.1458 0.344 0.004 0.172 0.004 0.476 0.000
#> SRR1146082 3 0.1007 0.8247 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0551 0.7853 0.984 0.004 0.004 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.2378 0.7604 0.152 0.000 0.848 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.2631 0.8325 0.000 0.840 0.000 0.008 0.000 0.152
#> SRR1146086 2 0.2070 0.8711 0.000 0.896 0.000 0.012 0.000 0.092
#> SRR1146087 5 0.3082 0.5625 0.020 0.000 0.144 0.008 0.828 0.000
#> SRR1146088 4 0.1398 0.8698 0.000 0.052 0.008 0.940 0.000 0.000
#> SRR1146089 3 0.1327 0.8143 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.1007 0.8247 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.1082 0.8245 0.040 0.000 0.956 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.3934 0.7913 0.788 0.004 0.120 0.008 0.080 0.000
#> SRR1146093 1 0.3892 0.7917 0.792 0.004 0.116 0.008 0.080 0.000
#> SRR1146094 5 0.1425 0.5968 0.008 0.008 0.020 0.012 0.952 0.000
#> SRR1146095 1 0.5693 0.1233 0.468 0.004 0.120 0.004 0.404 0.000
#> SRR1146096 2 0.0508 0.8755 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1146097 1 0.4692 0.7462 0.712 0.004 0.172 0.008 0.104 0.000
#> SRR1146098 1 0.4247 0.7796 0.752 0.004 0.164 0.008 0.072 0.000
#> SRR1146099 3 0.1219 0.8233 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.4067 0.7821 0.760 0.004 0.176 0.008 0.052 0.000
#> SRR1146101 6 0.1232 0.8636 0.000 0.004 0.024 0.016 0.000 0.956
#> SRR1146102 3 0.1471 0.8092 0.064 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146103 3 0.1007 0.8247 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.3898 0.7846 0.768 0.004 0.176 0.004 0.048 0.000
#> SRR1146105 3 0.1501 0.7779 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1146106 2 0.2649 0.8719 0.000 0.880 0.028 0.016 0.000 0.076
#> SRR1146107 2 0.2975 0.8544 0.000 0.840 0.016 0.012 0.000 0.132
#> SRR1146108 2 0.1074 0.8799 0.000 0.960 0.028 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.2611 0.8711 0.000 0.880 0.028 0.012 0.000 0.080
#> SRR1146110 1 0.4365 0.7681 0.740 0.004 0.172 0.008 0.076 0.000
#> SRR1146111 2 0.2002 0.8800 0.000 0.920 0.028 0.012 0.000 0.040
#> SRR1146112 1 0.6061 -0.1464 0.504 0.000 0.172 0.012 0.308 0.004
#> SRR1146113 2 0.2649 0.8719 0.000 0.880 0.028 0.016 0.000 0.076
#> SRR1146114 2 0.0363 0.8763 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.2663 0.8703 0.000 0.876 0.028 0.012 0.000 0.084
#> SRR1146116 2 0.3136 0.7265 0.000 0.768 0.000 0.228 0.004 0.000
#> SRR1146117 2 0.2933 0.8568 0.000 0.844 0.016 0.012 0.000 0.128
#> SRR1146118 2 0.0508 0.8755 0.000 0.984 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1146119 3 0.4890 0.4241 0.052 0.000 0.580 0.008 0.360 0.000
#> SRR1146120 2 0.2282 0.8758 0.000 0.900 0.020 0.012 0.000 0.068
#> SRR1146121 2 0.2933 0.8568 0.000 0.844 0.016 0.012 0.000 0.128
#> SRR1146122 6 0.5585 0.2521 0.000 0.148 0.000 0.364 0.000 0.488
#> SRR1146123 1 0.6175 -0.0279 0.408 0.004 0.168 0.012 0.408 0.000
#> SRR1146124 5 0.1364 0.5894 0.004 0.000 0.048 0.004 0.944 0.000
#> SRR1146125 4 0.5553 0.4229 0.000 0.336 0.028 0.556 0.000 0.080
#> SRR1146126 2 0.3584 0.6246 0.000 0.688 0.000 0.308 0.004 0.000
#> SRR1146127 2 0.3547 0.6092 0.000 0.696 0.000 0.300 0.004 0.000
#> SRR1146128 1 0.3003 0.8050 0.864 0.004 0.068 0.012 0.052 0.000
#> SRR1146129 3 0.3161 0.6376 0.008 0.000 0.776 0.000 0.216 0.000
#> SRR1146130 2 0.3862 0.4555 0.000 0.608 0.004 0.388 0.000 0.000
#> SRR1146131 4 0.3489 0.6040 0.000 0.288 0.000 0.708 0.004 0.000
#> SRR1146132 5 0.4615 -0.0753 0.000 0.008 0.396 0.028 0.568 0.000
#> SRR1146133 5 0.1743 0.5906 0.004 0.008 0.028 0.024 0.936 0.000
#> SRR1146134 3 0.2302 0.7742 0.120 0.000 0.872 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146135 3 0.3918 0.4745 0.004 0.000 0.632 0.004 0.360 0.000
#> SRR1146136 5 0.5865 0.2228 0.168 0.000 0.392 0.004 0.436 0.000
#> SRR1146137 4 0.1411 0.8541 0.000 0.000 0.004 0.936 0.000 0.060
#> SRR1146138 4 0.1364 0.8622 0.000 0.004 0.004 0.944 0.000 0.048
#> SRR1146139 4 0.1141 0.8694 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.3225 0.8051 0.828 0.004 0.132 0.004 0.032 0.000
#> SRR1146141 1 0.3967 0.7906 0.772 0.004 0.164 0.008 0.052 0.000
#> SRR1146142 2 0.0363 0.8763 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0725 0.8773 0.000 0.976 0.000 0.012 0.000 0.012
#> SRR1146144 4 0.1411 0.8687 0.000 0.060 0.000 0.936 0.004 0.000
#> SRR1146145 2 0.0870 0.8783 0.000 0.972 0.004 0.012 0.000 0.012
#> SRR1146146 6 0.0603 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980
#> SRR1146147 5 0.4181 0.5359 0.256 0.000 0.028 0.012 0.704 0.000
#> SRR1146148 5 0.0935 0.5959 0.004 0.000 0.032 0.000 0.964 0.000
#> SRR1146149 1 0.1946 0.7379 0.912 0.000 0.000 0.012 0.072 0.004
#> SRR1146150 3 0.3163 0.6732 0.232 0.000 0.764 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.3955 0.4980 0.000 0.004 0.648 0.008 0.340 0.000
#> SRR1146152 5 0.5404 0.4358 0.216 0.004 0.180 0.000 0.600 0.000
#> SRR1146153 4 0.1588 0.8675 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004 0.000
#> SRR1146154 5 0.1743 0.5906 0.004 0.008 0.028 0.024 0.936 0.000
#> SRR1146155 1 0.2313 0.8051 0.884 0.000 0.100 0.012 0.000 0.004
#> SRR1146156 1 0.0436 0.7825 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146157 1 0.4067 0.7810 0.760 0.004 0.176 0.008 0.052 0.000
#> SRR1146158 1 0.3703 0.7912 0.780 0.004 0.176 0.004 0.036 0.000
#> SRR1146159 1 0.4398 0.7664 0.736 0.004 0.176 0.008 0.076 0.000
#> SRR1146160 1 0.5874 0.3788 0.512 0.004 0.172 0.004 0.308 0.000
#> SRR1146161 5 0.5850 -0.0575 0.408 0.000 0.164 0.004 0.424 0.000
#> SRR1146162 1 0.3452 0.6264 0.736 0.000 0.004 0.004 0.256 0.000
#> SRR1146163 3 0.1219 0.8233 0.048 0.000 0.948 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.0551 0.7813 0.984 0.000 0.000 0.004 0.008 0.004
#> SRR1146165 1 0.0436 0.7825 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146166 4 0.1946 0.8691 0.000 0.072 0.000 0.912 0.004 0.012
#> SRR1146167 4 0.1493 0.8690 0.000 0.056 0.004 0.936 0.000 0.004
#> SRR1146168 1 0.5381 0.4687 0.616 0.000 0.108 0.012 0.260 0.004
#> SRR1146169 4 0.1364 0.8704 0.000 0.048 0.004 0.944 0.000 0.004
#> SRR1146170 6 0.2766 0.8292 0.000 0.092 0.028 0.012 0.000 0.868
#> SRR1146171 4 0.2065 0.8612 0.000 0.032 0.000 0.912 0.004 0.052
#> SRR1146172 6 0.5018 0.5731 0.000 0.056 0.028 0.272 0.000 0.644
#> SRR1146173 6 0.2553 0.8558 0.000 0.144 0.000 0.008 0.000 0.848
#> SRR1146174 4 0.3930 0.7469 0.000 0.236 0.000 0.728 0.004 0.032
#> SRR1146175 4 0.3586 0.6294 0.000 0.280 0.000 0.712 0.004 0.004
#> SRR1146176 4 0.3954 0.6896 0.000 0.296 0.000 0.684 0.004 0.016
#> SRR1146177 2 0.2558 0.7993 0.000 0.840 0.000 0.156 0.004 0.000
#> SRR1146178 4 0.1285 0.8599 0.000 0.000 0.004 0.944 0.000 0.052
#> SRR1146179 2 0.0363 0.8763 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146180 4 0.2234 0.8501 0.000 0.124 0.000 0.872 0.004 0.000
#> SRR1146181 4 0.2966 0.8427 0.000 0.088 0.008 0.856 0.000 0.048
#> SRR1146182 4 0.4829 0.4627 0.000 0.404 0.000 0.544 0.004 0.048
#> SRR1146183 6 0.2265 0.8403 0.000 0.056 0.028 0.012 0.000 0.904
#> SRR1146184 4 0.5113 0.4702 0.000 0.360 0.028 0.572 0.000 0.040
#> SRR1146185 4 0.1411 0.8541 0.000 0.000 0.004 0.936 0.000 0.060
#> SRR1146186 6 0.2709 0.8567 0.000 0.132 0.000 0.020 0.000 0.848
#> SRR1146187 4 0.1364 0.8704 0.000 0.048 0.004 0.944 0.000 0.004
#> SRR1146188 4 0.1478 0.8723 0.000 0.032 0.000 0.944 0.004 0.020
#> SRR1146189 4 0.1850 0.8586 0.000 0.008 0.016 0.924 0.000 0.052
#> SRR1146190 4 0.3565 0.5205 0.000 0.000 0.004 0.692 0.000 0.304
#> SRR1146191 6 0.2664 0.8568 0.000 0.136 0.000 0.016 0.000 0.848
#> SRR1146192 4 0.1285 0.8599 0.000 0.000 0.004 0.944 0.000 0.052
#> SRR1146193 4 0.1753 0.8642 0.000 0.084 0.000 0.912 0.004 0.000
#> SRR1146194 4 0.1588 0.8675 0.000 0.072 0.000 0.924 0.004 0.000
#> SRR1146195 4 0.1285 0.8599 0.000 0.000 0.004 0.944 0.000 0.052
#> SRR1146196 4 0.4035 0.7555 0.000 0.196 0.000 0.744 0.004 0.056
#> SRR1146197 4 0.2257 0.8527 0.000 0.020 0.016 0.904 0.000 0.060
#> SRR1146198 6 0.0603 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980
#> SRR1146199 5 0.1579 0.5922 0.004 0.008 0.024 0.020 0.944 0.000
#> SRR1146200 4 0.2053 0.8571 0.000 0.108 0.000 0.888 0.004 0.000
#> SRR1146201 4 0.4488 0.7420 0.000 0.092 0.028 0.748 0.000 0.132
#> SRR1146202 3 0.1082 0.8245 0.040 0.000 0.956 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.1296 0.7973 0.948 0.000 0.044 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146204 1 0.0653 0.7801 0.980 0.000 0.004 0.012 0.000 0.004
#> SRR1146205 5 0.1736 0.5902 0.004 0.008 0.032 0.020 0.936 0.000
#> SRR1146206 5 0.4529 -0.0509 0.000 0.008 0.388 0.024 0.580 0.000
#> SRR1146207 4 0.1542 0.8624 0.000 0.008 0.000 0.936 0.004 0.052
#> SRR1146208 1 0.0653 0.7801 0.980 0.000 0.004 0.012 0.000 0.004
#> SRR1146209 1 0.5505 0.6343 0.624 0.004 0.172 0.012 0.188 0.000
#> SRR1146210 1 0.0653 0.7801 0.980 0.000 0.004 0.012 0.000 0.004
#> SRR1146211 1 0.4292 0.3165 0.568 0.004 0.004 0.008 0.416 0.000
#> SRR1146212 3 0.4827 0.5236 0.040 0.008 0.680 0.024 0.248 0.000
#> SRR1146213 6 0.4161 0.4726 0.000 0.000 0.004 0.348 0.016 0.632
#> SRR1146214 1 0.0767 0.7825 0.976 0.000 0.008 0.012 0.000 0.004
#> SRR1146215 1 0.0653 0.7801 0.980 0.000 0.004 0.012 0.000 0.004
#> SRR1146216 2 0.2595 0.7971 0.000 0.836 0.000 0.160 0.004 0.000
#> SRR1146217 1 0.0653 0.7801 0.980 0.000 0.004 0.012 0.000 0.004
#> SRR1146218 3 0.2451 0.7483 0.108 0.004 0.876 0.004 0.008 0.000
#> SRR1146219 3 0.2322 0.7823 0.064 0.000 0.896 0.004 0.036 0.000
#> SRR1146220 3 0.3993 0.0145 0.000 0.000 0.520 0.004 0.476 0.000
#> SRR1146221 3 0.1049 0.8087 0.008 0.000 0.960 0.000 0.032 0.000
#> SRR1146222 1 0.0436 0.7825 0.988 0.000 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146223 5 0.6018 0.0436 0.372 0.004 0.176 0.004 0.444 0.000
#> SRR1146224 3 0.1370 0.8220 0.036 0.000 0.948 0.012 0.004 0.000
#> SRR1146225 5 0.3102 0.5550 0.028 0.000 0.156 0.000 0.816 0.000
#> SRR1146226 1 0.4034 0.7835 0.764 0.004 0.172 0.008 0.052 0.000
#> SRR1146227 1 0.2405 0.8048 0.880 0.000 0.100 0.016 0.000 0.004
#> SRR1146228 3 0.0865 0.8024 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146229 1 0.0767 0.7825 0.976 0.000 0.008 0.012 0.000 0.004
#> SRR1146230 6 0.0603 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980
#> SRR1146231 6 0.2553 0.8558 0.000 0.144 0.000 0.008 0.000 0.848
#> SRR1146232 2 0.0363 0.8763 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.3771 0.7938 0.788 0.004 0.156 0.008 0.044 0.000
#> SRR1146234 1 0.3124 0.7985 0.816 0.000 0.164 0.012 0.004 0.004
#> SRR1146235 1 0.1946 0.8021 0.912 0.000 0.072 0.012 0.000 0.004
#> SRR1146236 6 0.0603 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980
#> SRR1146237 1 0.4007 0.7828 0.764 0.004 0.176 0.008 0.048 0.000
#> SRR1146238 6 0.2320 0.8596 0.000 0.132 0.000 0.004 0.000 0.864
#> SRR1146239 1 0.3868 0.7846 0.768 0.004 0.180 0.004 0.044 0.000
#> SRR1146240 1 0.0653 0.7788 0.980 0.000 0.000 0.012 0.004 0.004
#> SRR1146241 1 0.4067 0.7810 0.760 0.004 0.176 0.008 0.052 0.000
#> SRR1146242 1 0.4159 0.7785 0.752 0.004 0.180 0.008 0.056 0.000
#> SRR1146243 6 0.1390 0.8596 0.000 0.000 0.004 0.032 0.016 0.948
#> SRR1146244 6 0.0603 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980
#> SRR1146245 6 0.2868 0.8551 0.000 0.132 0.000 0.028 0.000 0.840
#> SRR1146246 6 0.2234 0.8614 0.000 0.124 0.000 0.004 0.000 0.872
#> SRR1146247 6 0.2234 0.8611 0.000 0.124 0.000 0.004 0.000 0.872
#> SRR1146248 6 0.1232 0.8659 0.000 0.024 0.000 0.004 0.016 0.956
#> SRR1146249 6 0.3212 0.7654 0.000 0.000 0.004 0.180 0.016 0.800
#> SRR1146250 6 0.0603 0.8644 0.000 0.000 0.000 0.004 0.016 0.980
#> SRR1146252 1 0.3302 0.8042 0.824 0.000 0.136 0.008 0.028 0.004
#> SRR1146253 1 0.1364 0.7984 0.944 0.000 0.048 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146254 1 0.2723 0.8048 0.852 0.000 0.128 0.016 0.000 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.5019 0.499 0.499
#> 3 3 0.702 0.874 0.856 0.2308 0.890 0.780
#> 4 4 0.633 0.753 0.839 0.1948 0.862 0.650
#> 5 5 0.651 0.684 0.800 0.0548 0.942 0.789
#> 6 6 0.689 0.637 0.786 0.0580 0.906 0.622
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146077 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146089 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146090 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146091 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146102 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146123 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146126 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146127 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146131 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146132 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146134 1 0.456 0.896 0.904 0.096
#> SRR1146135 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146138 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146139 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146140 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146144 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146145 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146146 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146147 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146151 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146152 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146154 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146167 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146168 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146170 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146171 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146172 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146173 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146174 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146175 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146176 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146177 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146181 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146182 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146183 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146184 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146185 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146186 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146187 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146188 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146189 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146190 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146191 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146192 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146193 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146194 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146195 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146196 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146197 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146198 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146199 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146201 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146202 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146206 1 0.373 0.923 0.928 0.072
#> SRR1146207 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146212 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146213 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146217 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146218 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146224 1 0.456 0.896 0.904 0.096
#> SRR1146225 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146231 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146232 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146239 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146244 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146245 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146246 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146247 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146248 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146249 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.000 0.997 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.000 0.997 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.6309 0.488 0.000 0.500 0.500
#> SRR1146077 1 0.4702 0.901 0.788 0.212 0.000
#> SRR1146078 1 0.3619 0.917 0.864 0.136 0.000
#> SRR1146079 1 0.3879 0.913 0.848 0.152 0.000
#> SRR1146080 1 0.4062 0.913 0.836 0.164 0.000
#> SRR1146081 1 0.4654 0.903 0.792 0.208 0.000
#> SRR1146082 1 0.2261 0.913 0.932 0.068 0.000
#> SRR1146083 1 0.4974 0.895 0.764 0.236 0.000
#> SRR1146084 1 0.4887 0.899 0.772 0.228 0.000
#> SRR1146085 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146086 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.6295 0.643 0.000 0.528 0.472
#> SRR1146089 1 0.3816 0.916 0.852 0.148 0.000
#> SRR1146090 1 0.1643 0.909 0.956 0.044 0.000
#> SRR1146091 1 0.2625 0.916 0.916 0.084 0.000
#> SRR1146092 1 0.4796 0.899 0.780 0.220 0.000
#> SRR1146093 1 0.4654 0.903 0.792 0.208 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.1163 0.913 0.972 0.028 0.000
#> SRR1146096 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.1031 0.913 0.976 0.024 0.000
#> SRR1146098 1 0.4702 0.901 0.788 0.212 0.000
#> SRR1146099 1 0.4654 0.904 0.792 0.208 0.000
#> SRR1146100 1 0.2878 0.918 0.904 0.096 0.000
#> SRR1146101 2 0.5465 0.930 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146102 1 0.4796 0.905 0.780 0.220 0.000
#> SRR1146103 1 0.1643 0.909 0.956 0.044 0.000
#> SRR1146104 1 0.2711 0.916 0.912 0.088 0.000
#> SRR1146105 1 0.0892 0.906 0.980 0.020 0.000
#> SRR1146106 3 0.0237 0.900 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146107 3 0.0237 0.900 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146108 3 0.0237 0.900 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146109 3 0.0237 0.900 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146110 1 0.2711 0.920 0.912 0.088 0.000
#> SRR1146111 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.3619 0.915 0.864 0.136 0.000
#> SRR1146113 3 0.0237 0.900 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146114 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146115 3 0.0237 0.900 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146116 3 0.1289 0.875 0.000 0.032 0.968
#> SRR1146117 3 0.0237 0.900 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146118 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146120 3 0.0237 0.900 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146121 3 0.0237 0.900 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146122 3 0.5397 0.391 0.000 0.280 0.720
#> SRR1146123 1 0.0237 0.910 0.996 0.004 0.000
#> SRR1146124 1 0.0892 0.906 0.980 0.020 0.000
#> SRR1146125 3 0.5327 0.431 0.000 0.272 0.728
#> SRR1146126 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146127 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.3816 0.914 0.852 0.148 0.000
#> SRR1146129 1 0.1031 0.907 0.976 0.024 0.000
#> SRR1146130 3 0.1289 0.875 0.000 0.032 0.968
#> SRR1146131 3 0.2165 0.852 0.000 0.064 0.936
#> SRR1146132 1 0.0892 0.906 0.980 0.020 0.000
#> SRR1146133 1 0.0237 0.910 0.996 0.004 0.000
#> SRR1146134 1 0.1031 0.907 0.976 0.024 0.000
#> SRR1146135 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.4605 0.905 0.796 0.204 0.000
#> SRR1146137 2 0.5216 0.929 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146138 2 0.5216 0.929 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146139 2 0.6140 0.743 0.000 0.596 0.404
#> SRR1146140 1 0.4452 0.907 0.808 0.192 0.000
#> SRR1146141 1 0.1289 0.913 0.968 0.032 0.000
#> SRR1146142 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146143 3 0.0237 0.900 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146144 2 0.5926 0.825 0.000 0.644 0.356
#> SRR1146145 3 0.0237 0.900 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146146 2 0.5465 0.930 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146147 1 0.0424 0.911 0.992 0.008 0.000
#> SRR1146148 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.4605 0.904 0.796 0.204 0.000
#> SRR1146150 1 0.4654 0.904 0.792 0.208 0.000
#> SRR1146151 1 0.0892 0.906 0.980 0.020 0.000
#> SRR1146152 1 0.1753 0.909 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146153 3 0.5216 0.441 0.000 0.260 0.740
#> SRR1146154 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.4654 0.904 0.792 0.208 0.000
#> SRR1146156 1 0.4931 0.896 0.768 0.232 0.000
#> SRR1146157 1 0.3482 0.919 0.872 0.128 0.000
#> SRR1146158 1 0.1163 0.913 0.972 0.028 0.000
#> SRR1146159 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.4605 0.905 0.796 0.204 0.000
#> SRR1146161 1 0.0237 0.911 0.996 0.004 0.000
#> SRR1146162 1 0.1753 0.914 0.952 0.048 0.000
#> SRR1146163 1 0.4654 0.904 0.792 0.208 0.000
#> SRR1146164 1 0.4931 0.896 0.768 0.232 0.000
#> SRR1146165 1 0.4974 0.895 0.764 0.236 0.000
#> SRR1146166 2 0.5216 0.929 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146167 2 0.5216 0.929 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146168 1 0.1643 0.919 0.956 0.044 0.000
#> SRR1146169 3 0.6308 -0.474 0.000 0.492 0.508
#> SRR1146170 2 0.5465 0.930 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146171 2 0.5216 0.929 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146172 2 0.5465 0.930 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146173 2 0.5497 0.930 0.000 0.708 0.292
#> SRR1146174 2 0.5497 0.930 0.000 0.708 0.292
#> SRR1146175 3 0.2537 0.838 0.000 0.080 0.920
#> SRR1146176 2 0.6111 0.789 0.000 0.604 0.396
#> SRR1146177 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.5216 0.929 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146179 3 0.0000 0.900 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.5948 0.826 0.000 0.640 0.360
#> SRR1146181 2 0.5465 0.930 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146182 3 0.6204 -0.250 0.000 0.424 0.576
#> SRR1146183 2 0.5465 0.930 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146184 3 0.4178 0.663 0.000 0.172 0.828
#> SRR1146185 2 0.5216 0.929 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146186 2 0.5465 0.931 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146187 2 0.6095 0.770 0.000 0.608 0.392
#> SRR1146188 2 0.5216 0.929 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146189 2 0.5465 0.930 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146190 2 0.5216 0.929 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146191 2 0.5497 0.930 0.000 0.708 0.292
#> SRR1146192 2 0.5254 0.931 0.000 0.736 0.264
#> SRR1146193 2 0.6126 0.751 0.000 0.600 0.400
#> SRR1146194 3 0.4555 0.643 0.000 0.200 0.800
#> SRR1146195 2 0.5216 0.929 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146196 2 0.5465 0.930 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146197 2 0.5254 0.931 0.000 0.736 0.264
#> SRR1146198 2 0.5178 0.929 0.000 0.744 0.256
#> SRR1146199 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146200 3 0.0747 0.889 0.000 0.016 0.984
#> SRR1146201 2 0.5465 0.930 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146202 1 0.1643 0.909 0.956 0.044 0.000
#> SRR1146203 1 0.4887 0.898 0.772 0.228 0.000
#> SRR1146204 1 0.4974 0.895 0.764 0.236 0.000
#> SRR1146205 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146206 1 0.0892 0.906 0.980 0.020 0.000
#> SRR1146207 2 0.5497 0.930 0.000 0.708 0.292
#> SRR1146208 1 0.4654 0.904 0.792 0.208 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.4974 0.895 0.764 0.236 0.000
#> SRR1146211 1 0.1031 0.913 0.976 0.024 0.000
#> SRR1146212 1 0.0892 0.906 0.980 0.020 0.000
#> SRR1146213 2 0.5216 0.929 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146214 1 0.4702 0.903 0.788 0.212 0.000
#> SRR1146215 1 0.4974 0.895 0.764 0.236 0.000
#> SRR1146216 3 0.1289 0.875 0.000 0.032 0.968
#> SRR1146217 1 0.3879 0.913 0.848 0.152 0.000
#> SRR1146218 1 0.1031 0.908 0.976 0.024 0.000
#> SRR1146219 1 0.3192 0.918 0.888 0.112 0.000
#> SRR1146220 1 0.1529 0.909 0.960 0.040 0.000
#> SRR1146221 1 0.0892 0.906 0.980 0.020 0.000
#> SRR1146222 1 0.4974 0.895 0.764 0.236 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 1 0.5559 0.707 0.780 0.028 0.192
#> SRR1146225 1 0.0000 0.910 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.1163 0.913 0.972 0.028 0.000
#> SRR1146227 1 0.5178 0.894 0.744 0.256 0.000
#> SRR1146228 1 0.1031 0.907 0.976 0.024 0.000
#> SRR1146229 1 0.4654 0.904 0.792 0.208 0.000
#> SRR1146230 2 0.5465 0.930 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146231 2 0.5465 0.930 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146232 3 0.0237 0.900 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146233 1 0.4654 0.904 0.792 0.208 0.000
#> SRR1146234 1 0.4974 0.895 0.764 0.236 0.000
#> SRR1146235 1 0.4974 0.895 0.764 0.236 0.000
#> SRR1146236 2 0.5178 0.929 0.000 0.744 0.256
#> SRR1146237 1 0.4974 0.895 0.764 0.236 0.000
#> SRR1146238 2 0.5497 0.930 0.000 0.708 0.292
#> SRR1146239 1 0.4452 0.912 0.808 0.192 0.000
#> SRR1146240 1 0.4974 0.895 0.764 0.236 0.000
#> SRR1146241 1 0.4654 0.904 0.792 0.208 0.000
#> SRR1146242 1 0.1163 0.915 0.972 0.028 0.000
#> SRR1146243 2 0.5216 0.929 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146244 2 0.5178 0.929 0.000 0.744 0.256
#> SRR1146245 2 0.6225 0.704 0.000 0.568 0.432
#> SRR1146246 2 0.5591 0.916 0.000 0.696 0.304
#> SRR1146247 2 0.5254 0.931 0.000 0.736 0.264
#> SRR1146248 2 0.5465 0.930 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146249 2 0.5216 0.929 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146250 2 0.5968 0.843 0.000 0.636 0.364
#> SRR1146252 1 0.3686 0.916 0.860 0.140 0.000
#> SRR1146253 1 0.4974 0.895 0.764 0.236 0.000
#> SRR1146254 1 0.5098 0.895 0.752 0.248 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 4 0.4635 0.516 0.000 0.268 0.012 0.720
#> SRR1146077 1 0.0336 0.745 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146078 1 0.2216 0.758 0.908 0.000 0.092 0.000
#> SRR1146079 3 0.4866 0.675 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1146080 1 0.1716 0.751 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1146081 1 0.0707 0.749 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146082 3 0.1792 0.795 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1146083 1 0.1867 0.726 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1146084 3 0.4277 0.678 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1146085 2 0.1867 0.878 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146086 2 0.1792 0.879 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146087 1 0.4431 0.685 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1146088 4 0.5075 0.559 0.000 0.344 0.012 0.644
#> SRR1146089 3 0.3219 0.760 0.164 0.000 0.836 0.000
#> SRR1146090 3 0.1389 0.798 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1146091 3 0.2011 0.793 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1146092 1 0.0469 0.743 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146093 1 0.0188 0.747 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146094 1 0.4500 0.674 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1146095 1 0.4040 0.724 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1146096 2 0.1867 0.878 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146097 1 0.4072 0.723 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1146098 1 0.0188 0.745 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146099 3 0.4072 0.705 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1146100 1 0.3356 0.754 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1146101 4 0.4175 0.820 0.000 0.200 0.016 0.784
#> SRR1146102 3 0.4193 0.677 0.268 0.000 0.732 0.000
#> SRR1146103 3 0.1118 0.798 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1146104 1 0.4564 0.702 0.672 0.000 0.328 0.000
#> SRR1146105 3 0.3311 0.747 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0188 0.873 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146108 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.3172 0.754 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1146111 2 0.1022 0.880 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146112 3 0.4564 0.748 0.328 0.000 0.672 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.1867 0.878 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146115 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.3610 0.784 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146117 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.1867 0.878 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146119 1 0.4500 0.674 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1146120 2 0.0921 0.879 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146121 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146122 2 0.4866 0.334 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1146123 1 0.4776 0.586 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1146124 3 0.3569 0.727 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1146125 2 0.4564 0.382 0.000 0.672 0.000 0.328
#> SRR1146126 2 0.2741 0.866 0.000 0.892 0.012 0.096
#> SRR1146127 2 0.1867 0.878 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146128 3 0.4605 0.741 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1146129 3 0.1637 0.799 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1146130 2 0.3024 0.801 0.000 0.852 0.000 0.148
#> SRR1146131 2 0.4319 0.757 0.000 0.760 0.012 0.228
#> SRR1146132 3 0.3356 0.745 0.176 0.000 0.824 0.000
#> SRR1146133 1 0.4972 0.382 0.544 0.000 0.456 0.000
#> SRR1146134 3 0.1867 0.798 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1146135 1 0.4500 0.674 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1146136 3 0.4679 0.709 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1146137 4 0.0469 0.840 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1146138 4 0.0469 0.840 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1146139 4 0.3764 0.697 0.000 0.172 0.012 0.816
#> SRR1146140 1 0.1792 0.757 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1146141 1 0.4040 0.725 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1146142 2 0.1792 0.879 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146143 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 4 0.2867 0.776 0.000 0.104 0.012 0.884
#> SRR1146145 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146146 4 0.4387 0.818 0.000 0.200 0.024 0.776
#> SRR1146147 1 0.4331 0.699 0.712 0.000 0.288 0.000
#> SRR1146148 1 0.4500 0.674 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1146149 1 0.0817 0.748 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146150 3 0.4134 0.701 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1146151 3 0.2216 0.792 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1146152 3 0.3907 0.754 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1146153 2 0.5075 0.484 0.000 0.644 0.012 0.344
#> SRR1146154 1 0.4522 0.672 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1146155 1 0.3444 0.703 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1146156 1 0.1867 0.729 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1146157 1 0.3311 0.759 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1146158 1 0.4008 0.725 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1146159 1 0.4477 0.678 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1146160 1 0.2589 0.751 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1146161 1 0.4454 0.681 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1146162 1 0.3801 0.733 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1146163 3 0.4164 0.698 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1146164 1 0.1118 0.739 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146165 1 0.2868 0.685 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1146166 4 0.0657 0.842 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1146167 4 0.0469 0.840 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1146168 1 0.3975 0.729 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1146169 4 0.4546 0.547 0.000 0.256 0.012 0.732
#> SRR1146170 4 0.4059 0.821 0.000 0.200 0.012 0.788
#> SRR1146171 4 0.0657 0.841 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1146172 4 0.3610 0.823 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146173 4 0.3217 0.837 0.000 0.128 0.012 0.860
#> SRR1146174 4 0.2469 0.844 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1146175 2 0.4164 0.739 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146176 4 0.3873 0.758 0.000 0.228 0.000 0.772
#> SRR1146177 2 0.1867 0.878 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146178 4 0.0469 0.840 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1146179 2 0.2081 0.874 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146180 4 0.2530 0.791 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1146181 4 0.3486 0.829 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1146182 4 0.4977 0.214 0.000 0.460 0.000 0.540
#> SRR1146183 4 0.4059 0.821 0.000 0.200 0.012 0.788
#> SRR1146184 2 0.3610 0.662 0.000 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146185 4 0.0469 0.840 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1146186 4 0.3161 0.839 0.000 0.124 0.012 0.864
#> SRR1146187 4 0.3428 0.750 0.000 0.144 0.012 0.844
#> SRR1146188 4 0.0469 0.840 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1146189 4 0.3528 0.827 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1146190 4 0.0817 0.839 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146191 4 0.3217 0.837 0.000 0.128 0.012 0.860
#> SRR1146192 4 0.1284 0.847 0.000 0.024 0.012 0.964
#> SRR1146193 4 0.3672 0.708 0.000 0.164 0.012 0.824
#> SRR1146194 2 0.5244 0.529 0.000 0.600 0.012 0.388
#> SRR1146195 4 0.0469 0.840 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1146196 4 0.3486 0.829 0.000 0.188 0.000 0.812
#> SRR1146197 4 0.1398 0.850 0.000 0.040 0.004 0.956
#> SRR1146198 4 0.2197 0.838 0.000 0.048 0.024 0.928
#> SRR1146199 1 0.4713 0.614 0.640 0.000 0.360 0.000
#> SRR1146200 2 0.2345 0.866 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146201 4 0.3569 0.825 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146202 3 0.1118 0.798 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1146203 1 0.3172 0.695 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1146204 1 0.2973 0.685 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1146205 1 0.4543 0.668 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1146206 3 0.3311 0.747 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1146207 4 0.2976 0.840 0.000 0.120 0.008 0.872
#> SRR1146208 1 0.3444 0.703 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1146209 1 0.4431 0.685 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1146210 1 0.2868 0.685 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1146211 1 0.4134 0.718 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1146212 3 0.3311 0.747 0.172 0.000 0.828 0.000
#> SRR1146213 4 0.0817 0.840 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146214 1 0.3400 0.702 0.820 0.000 0.180 0.000
#> SRR1146215 1 0.2868 0.685 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1146216 2 0.3444 0.800 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1146217 1 0.2281 0.742 0.904 0.000 0.096 0.000
#> SRR1146218 3 0.3444 0.750 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1146219 3 0.3975 0.776 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1146220 3 0.2469 0.788 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1146221 3 0.3444 0.739 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1146222 1 0.2973 0.688 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1146223 1 0.4431 0.685 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1146224 3 0.1940 0.800 0.076 0.000 0.924 0.000
#> SRR1146225 1 0.4500 0.675 0.684 0.000 0.316 0.000
#> SRR1146226 1 0.4103 0.721 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1146227 3 0.4679 0.592 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1146228 3 0.1792 0.798 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1146229 1 0.3444 0.703 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1146230 4 0.4387 0.818 0.000 0.200 0.024 0.776
#> SRR1146231 4 0.3610 0.823 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146232 2 0.0000 0.874 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.2469 0.745 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1146234 1 0.2868 0.685 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1146235 1 0.2868 0.685 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1146236 4 0.2670 0.830 0.000 0.072 0.024 0.904
#> SRR1146237 1 0.3837 0.578 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1146238 4 0.3552 0.837 0.000 0.128 0.024 0.848
#> SRR1146239 3 0.3942 0.708 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1146240 1 0.3266 0.663 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1146241 1 0.3074 0.726 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1146242 1 0.4008 0.727 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1146243 4 0.0817 0.840 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146244 4 0.2670 0.830 0.000 0.072 0.024 0.904
#> SRR1146245 4 0.4679 0.643 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1146246 4 0.4019 0.823 0.000 0.196 0.012 0.792
#> SRR1146247 4 0.1929 0.850 0.000 0.036 0.024 0.940
#> SRR1146248 4 0.3958 0.834 0.000 0.160 0.024 0.816
#> SRR1146249 4 0.0817 0.840 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146250 4 0.4983 0.758 0.000 0.272 0.024 0.704
#> SRR1146252 1 0.3074 0.761 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1146253 1 0.2868 0.685 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1146254 3 0.4477 0.646 0.312 0.000 0.688 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 4 0.0703 0.704 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146077 1 0.0898 0.724 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR1146078 1 0.2597 0.736 0.884 0.000 0.092 0.000 0.024
#> SRR1146079 3 0.4273 0.590 0.448 0.000 0.552 0.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.1430 0.726 0.944 0.000 0.052 0.000 0.004
#> SRR1146081 1 0.0510 0.724 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.0880 0.786 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.3359 0.695 0.844 0.000 0.072 0.000 0.084
#> SRR1146084 3 0.3366 0.686 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0703 0.868 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024
#> SRR1146086 2 0.0794 0.869 0.000 0.972 0.000 0.000 0.028
#> SRR1146087 1 0.3752 0.657 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR1146088 4 0.3239 0.704 0.000 0.068 0.000 0.852 0.080
#> SRR1146089 3 0.2377 0.752 0.128 0.000 0.872 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.0404 0.789 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.1121 0.784 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.1942 0.719 0.920 0.000 0.012 0.000 0.068
#> SRR1146093 1 0.1952 0.720 0.912 0.000 0.004 0.000 0.084
#> SRR1146094 1 0.3816 0.646 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.3395 0.696 0.764 0.000 0.236 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.1908 0.869 0.000 0.908 0.000 0.000 0.092
#> SRR1146097 1 0.3424 0.694 0.760 0.000 0.240 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.1892 0.719 0.916 0.000 0.004 0.000 0.080
#> SRR1146099 3 0.3242 0.701 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.4522 0.730 0.744 0.000 0.176 0.000 0.080
#> SRR1146101 4 0.4930 0.488 0.000 0.032 0.000 0.580 0.388
#> SRR1146102 3 0.3305 0.682 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.0000 0.789 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.5456 0.671 0.592 0.000 0.328 0.000 0.080
#> SRR1146105 3 0.2471 0.739 0.136 0.000 0.864 0.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.2230 0.866 0.000 0.884 0.000 0.000 0.116
#> SRR1146107 2 0.1732 0.865 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1146108 2 0.2179 0.867 0.000 0.888 0.000 0.000 0.112
#> SRR1146109 2 0.1341 0.868 0.000 0.944 0.000 0.000 0.056
#> SRR1146110 1 0.2605 0.729 0.852 0.000 0.148 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.2020 0.868 0.000 0.900 0.000 0.000 0.100
#> SRR1146112 3 0.4114 0.677 0.376 0.000 0.624 0.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.1410 0.870 0.000 0.940 0.000 0.000 0.060
#> SRR1146114 2 0.0880 0.866 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1146115 2 0.1671 0.866 0.000 0.924 0.000 0.000 0.076
#> SRR1146116 2 0.2674 0.799 0.000 0.856 0.000 0.140 0.004
#> SRR1146117 2 0.1732 0.865 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1146118 2 0.1544 0.867 0.000 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1146119 1 0.3857 0.644 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.1270 0.870 0.000 0.948 0.000 0.000 0.052
#> SRR1146121 2 0.1732 0.865 0.000 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1146122 4 0.6534 0.375 0.000 0.212 0.000 0.460 0.328
#> SRR1146123 1 0.4150 0.532 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR1146124 3 0.3305 0.666 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1146125 4 0.5382 0.606 0.000 0.120 0.000 0.656 0.224
#> SRR1146126 2 0.4486 0.731 0.000 0.748 0.000 0.172 0.080
#> SRR1146127 2 0.2462 0.842 0.000 0.880 0.000 0.008 0.112
#> SRR1146128 3 0.3796 0.737 0.300 0.000 0.700 0.000 0.000
#> SRR1146129 3 0.0703 0.790 0.024 0.000 0.976 0.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.3109 0.766 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1146131 2 0.3398 0.726 0.000 0.780 0.000 0.216 0.004
#> SRR1146132 3 0.2516 0.739 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.4235 0.423 0.576 0.000 0.424 0.000 0.000
#> SRR1146134 3 0.0963 0.789 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1146135 1 0.4150 0.590 0.612 0.000 0.388 0.000 0.000
#> SRR1146136 3 0.4015 0.689 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1146137 4 0.0880 0.705 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1146138 4 0.0000 0.707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146139 4 0.1571 0.709 0.000 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR1146140 1 0.3297 0.728 0.848 0.000 0.068 0.000 0.084
#> SRR1146141 1 0.4755 0.706 0.696 0.000 0.244 0.000 0.060
#> SRR1146142 2 0.1851 0.865 0.000 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1146143 2 0.1478 0.872 0.000 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1146144 4 0.1270 0.712 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1146145 2 0.2732 0.845 0.000 0.840 0.000 0.000 0.160
#> SRR1146146 5 0.2293 0.758 0.000 0.016 0.000 0.084 0.900
#> SRR1146147 1 0.3661 0.671 0.724 0.000 0.276 0.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.3816 0.646 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.0510 0.722 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146150 3 0.3305 0.696 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.1341 0.783 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1146152 3 0.3684 0.679 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1146153 4 0.4083 0.667 0.000 0.132 0.000 0.788 0.080
#> SRR1146154 1 0.3837 0.644 0.692 0.000 0.308 0.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.4647 0.669 0.732 0.000 0.184 0.000 0.084
#> SRR1146156 1 0.3359 0.698 0.844 0.000 0.072 0.000 0.084
#> SRR1146157 1 0.4373 0.731 0.760 0.000 0.160 0.000 0.080
#> SRR1146158 1 0.4933 0.707 0.688 0.000 0.236 0.000 0.076
#> SRR1146159 1 0.3796 0.650 0.700 0.000 0.300 0.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.2127 0.732 0.892 0.000 0.108 0.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.3774 0.652 0.704 0.000 0.296 0.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.4876 0.712 0.700 0.000 0.220 0.000 0.080
#> SRR1146163 3 0.3336 0.694 0.228 0.000 0.772 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.0963 0.719 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.4183 0.652 0.780 0.000 0.136 0.000 0.084
#> SRR1146166 4 0.1670 0.714 0.000 0.052 0.000 0.936 0.012
#> SRR1146167 4 0.0162 0.708 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1146168 1 0.3336 0.701 0.772 0.000 0.228 0.000 0.000
#> SRR1146169 4 0.1341 0.690 0.000 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1146170 4 0.5036 0.353 0.000 0.032 0.000 0.516 0.452
#> SRR1146171 4 0.4096 0.648 0.000 0.052 0.000 0.772 0.176
#> SRR1146172 4 0.4747 0.542 0.000 0.028 0.000 0.620 0.352
#> SRR1146173 5 0.3849 0.738 0.000 0.080 0.000 0.112 0.808
#> SRR1146174 4 0.4670 0.650 0.000 0.076 0.000 0.724 0.200
#> SRR1146175 4 0.4430 0.184 0.000 0.456 0.000 0.540 0.004
#> SRR1146176 4 0.5683 0.529 0.000 0.108 0.000 0.588 0.304
#> SRR1146177 2 0.2462 0.842 0.000 0.880 0.000 0.008 0.112
#> SRR1146178 4 0.0000 0.707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.0798 0.872 0.000 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1146180 4 0.2992 0.710 0.000 0.068 0.000 0.868 0.064
#> SRR1146181 4 0.4642 0.593 0.000 0.032 0.000 0.660 0.308
#> SRR1146182 4 0.6002 0.506 0.000 0.140 0.000 0.552 0.308
#> SRR1146183 5 0.5127 0.683 0.000 0.124 0.000 0.184 0.692
#> SRR1146184 4 0.4960 0.554 0.000 0.268 0.000 0.668 0.064
#> SRR1146185 4 0.0000 0.707 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146186 5 0.3794 0.752 0.000 0.048 0.000 0.152 0.800
#> SRR1146187 4 0.0609 0.706 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146188 4 0.0404 0.710 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1146189 4 0.4000 0.649 0.000 0.024 0.000 0.748 0.228
#> SRR1146190 4 0.4249 -0.331 0.000 0.000 0.000 0.568 0.432
#> SRR1146191 5 0.5547 0.192 0.000 0.080 0.000 0.356 0.564
#> SRR1146192 4 0.0771 0.716 0.000 0.004 0.000 0.976 0.020
#> SRR1146193 4 0.1638 0.711 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR1146194 4 0.2389 0.670 0.000 0.116 0.000 0.880 0.004
#> SRR1146195 4 0.0290 0.708 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146196 4 0.4905 0.553 0.000 0.040 0.000 0.624 0.336
#> SRR1146197 4 0.1557 0.709 0.000 0.008 0.000 0.940 0.052
#> SRR1146198 5 0.4206 0.722 0.000 0.016 0.000 0.288 0.696
#> SRR1146199 1 0.3999 0.595 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.6070 -0.257 0.000 0.444 0.000 0.436 0.120
#> SRR1146201 4 0.4548 0.643 0.000 0.124 0.000 0.752 0.124
#> SRR1146202 3 0.0000 0.789 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.4428 0.662 0.756 0.000 0.160 0.000 0.084
#> SRR1146204 1 0.4268 0.652 0.772 0.000 0.144 0.000 0.084
#> SRR1146205 1 0.3857 0.640 0.688 0.000 0.312 0.000 0.000
#> SRR1146206 3 0.2516 0.737 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
#> SRR1146207 4 0.4404 0.607 0.000 0.032 0.000 0.704 0.264
#> SRR1146208 1 0.4647 0.669 0.732 0.000 0.184 0.000 0.084
#> SRR1146209 1 0.3752 0.657 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.4183 0.652 0.780 0.000 0.136 0.000 0.084
#> SRR1146211 1 0.3480 0.689 0.752 0.000 0.248 0.000 0.000
#> SRR1146212 3 0.3274 0.670 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1146213 4 0.4030 0.247 0.000 0.000 0.000 0.648 0.352
#> SRR1146214 1 0.4612 0.668 0.736 0.000 0.180 0.000 0.084
#> SRR1146215 1 0.4183 0.652 0.780 0.000 0.136 0.000 0.084
#> SRR1146216 2 0.2864 0.802 0.000 0.852 0.000 0.136 0.012
#> SRR1146217 1 0.1952 0.715 0.912 0.000 0.084 0.000 0.004
#> SRR1146218 3 0.3366 0.672 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000
#> SRR1146219 3 0.3143 0.770 0.204 0.000 0.796 0.000 0.000
#> SRR1146220 3 0.1608 0.779 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1146221 3 0.2773 0.723 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.4268 0.656 0.772 0.000 0.144 0.000 0.084
#> SRR1146223 1 0.3752 0.657 0.708 0.000 0.292 0.000 0.000
#> SRR1146224 3 0.1043 0.791 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1146225 1 0.3816 0.646 0.696 0.000 0.304 0.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.3728 0.696 0.748 0.000 0.244 0.000 0.008
#> SRR1146227 3 0.4088 0.599 0.304 0.000 0.688 0.000 0.008
#> SRR1146228 3 0.0880 0.789 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.4647 0.669 0.732 0.000 0.184 0.000 0.084
#> SRR1146230 5 0.3754 0.737 0.000 0.100 0.000 0.084 0.816
#> SRR1146231 4 0.4774 0.536 0.000 0.028 0.000 0.612 0.360
#> SRR1146232 2 0.2773 0.843 0.000 0.836 0.000 0.000 0.164
#> SRR1146233 1 0.3857 0.713 0.808 0.000 0.108 0.000 0.084
#> SRR1146234 1 0.4127 0.655 0.784 0.000 0.136 0.000 0.080
#> SRR1146235 1 0.4183 0.652 0.780 0.000 0.136 0.000 0.084
#> SRR1146236 5 0.3895 0.702 0.000 0.000 0.000 0.320 0.680
#> SRR1146237 1 0.5039 0.514 0.676 0.000 0.244 0.000 0.080
#> SRR1146238 5 0.3102 0.757 0.000 0.056 0.000 0.084 0.860
#> SRR1146239 3 0.3003 0.714 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.2970 0.655 0.828 0.000 0.168 0.000 0.004
#> SRR1146241 1 0.4294 0.695 0.768 0.000 0.152 0.000 0.080
#> SRR1146242 1 0.3521 0.700 0.764 0.000 0.232 0.000 0.004
#> SRR1146243 5 0.4219 0.571 0.000 0.000 0.000 0.416 0.584
#> SRR1146244 5 0.3969 0.714 0.000 0.004 0.000 0.304 0.692
#> SRR1146245 4 0.5529 0.377 0.000 0.068 0.000 0.512 0.420
#> SRR1146246 5 0.4503 0.525 0.000 0.040 0.000 0.256 0.704
#> SRR1146247 5 0.4096 0.760 0.000 0.052 0.000 0.176 0.772
#> SRR1146248 5 0.3806 0.760 0.000 0.104 0.000 0.084 0.812
#> SRR1146249 5 0.4015 0.672 0.000 0.000 0.000 0.348 0.652
#> SRR1146250 5 0.2535 0.753 0.000 0.032 0.000 0.076 0.892
#> SRR1146252 1 0.2648 0.735 0.848 0.000 0.152 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.4183 0.652 0.780 0.000 0.136 0.000 0.084
#> SRR1146254 3 0.3612 0.652 0.268 0.000 0.732 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.0000 0.7528 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146077 1 0.4810 0.3423 0.624 0.000 0.084 0.000 0.292 0.000
#> SRR1146078 1 0.3653 0.2851 0.692 0.000 0.008 0.000 0.300 0.000
#> SRR1146079 5 0.4887 0.3576 0.324 0.000 0.080 0.000 0.596 0.000
#> SRR1146080 1 0.3899 0.1337 0.628 0.000 0.008 0.000 0.364 0.000
#> SRR1146081 5 0.5336 0.2480 0.284 0.000 0.144 0.000 0.572 0.000
#> SRR1146082 3 0.2933 0.7893 0.004 0.000 0.796 0.000 0.200 0.000
#> SRR1146083 1 0.2006 0.7030 0.892 0.000 0.104 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146084 3 0.2053 0.7280 0.108 0.000 0.888 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 0.8939 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0146 0.8949 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146087 5 0.1196 0.6437 0.008 0.000 0.040 0.000 0.952 0.000
#> SRR1146088 4 0.2491 0.7600 0.000 0.020 0.000 0.868 0.000 0.112
#> SRR1146089 3 0.2629 0.7782 0.040 0.000 0.868 0.000 0.092 0.000
#> SRR1146090 3 0.3578 0.7588 0.052 0.000 0.784 0.000 0.164 0.000
#> SRR1146091 3 0.2738 0.7925 0.004 0.000 0.820 0.000 0.176 0.000
#> SRR1146092 1 0.4014 0.6751 0.756 0.000 0.148 0.000 0.096 0.000
#> SRR1146093 1 0.3449 0.7117 0.808 0.000 0.116 0.000 0.076 0.000
#> SRR1146094 5 0.0000 0.6489 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146095 5 0.3709 0.5618 0.204 0.000 0.040 0.000 0.756 0.000
#> SRR1146096 2 0.1500 0.8933 0.000 0.936 0.012 0.000 0.000 0.052
#> SRR1146097 5 0.4291 0.5143 0.292 0.000 0.044 0.000 0.664 0.000
#> SRR1146098 1 0.3967 0.6834 0.760 0.000 0.148 0.000 0.092 0.000
#> SRR1146099 3 0.2003 0.7307 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.4958 0.3714 0.560 0.000 0.076 0.000 0.364 0.000
#> SRR1146101 4 0.4242 0.5841 0.000 0.004 0.012 0.572 0.000 0.412
#> SRR1146102 3 0.1700 0.7285 0.080 0.000 0.916 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146103 3 0.2823 0.7880 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1146104 1 0.4938 0.3368 0.568 0.000 0.076 0.000 0.356 0.000
#> SRR1146105 3 0.3175 0.7608 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256 0.000
#> SRR1146106 2 0.2135 0.8934 0.000 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1146107 2 0.1204 0.8912 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1146108 2 0.2219 0.8904 0.000 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1146109 2 0.1556 0.8946 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1146110 5 0.4757 0.3923 0.280 0.000 0.084 0.000 0.636 0.000
#> SRR1146111 2 0.1910 0.8970 0.000 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1146112 5 0.4873 0.4077 0.268 0.000 0.100 0.000 0.632 0.000
#> SRR1146113 2 0.1610 0.8956 0.000 0.916 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1146114 2 0.0146 0.8928 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146115 2 0.1141 0.8922 0.000 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1146116 2 0.2531 0.8292 0.000 0.856 0.012 0.132 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.1204 0.8912 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1146118 2 0.1858 0.8925 0.000 0.912 0.012 0.000 0.000 0.076
#> SRR1146119 5 0.3542 0.5920 0.160 0.000 0.052 0.000 0.788 0.000
#> SRR1146120 2 0.0713 0.8963 0.000 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1146121 2 0.1204 0.8912 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1146122 4 0.5671 0.5297 0.000 0.180 0.000 0.508 0.000 0.312
#> SRR1146123 5 0.4969 0.5289 0.156 0.000 0.196 0.000 0.648 0.000
#> SRR1146124 5 0.3819 0.2154 0.012 0.000 0.316 0.000 0.672 0.000
#> SRR1146125 4 0.3888 0.7101 0.000 0.032 0.000 0.716 0.000 0.252
#> SRR1146126 2 0.4264 0.7341 0.000 0.720 0.000 0.196 0.000 0.084
#> SRR1146127 2 0.2699 0.8647 0.000 0.856 0.012 0.008 0.000 0.124
#> SRR1146128 3 0.3564 0.6694 0.264 0.000 0.724 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146129 3 0.3288 0.7538 0.000 0.000 0.724 0.000 0.276 0.000
#> SRR1146130 2 0.2793 0.7922 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.3201 0.7525 0.000 0.780 0.012 0.208 0.000 0.000
#> SRR1146132 5 0.3868 -0.4353 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508 0.000
#> SRR1146133 5 0.1007 0.6511 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1146134 3 0.3448 0.7472 0.004 0.000 0.716 0.000 0.280 0.000
#> SRR1146135 5 0.5686 -0.0420 0.160 0.000 0.384 0.000 0.456 0.000
#> SRR1146136 3 0.5467 0.3828 0.152 0.000 0.544 0.000 0.304 0.000
#> SRR1146137 4 0.0790 0.7549 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146138 4 0.0000 0.7528 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146139 4 0.0790 0.7589 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.4634 0.6546 0.692 0.000 0.144 0.000 0.164 0.000
#> SRR1146141 5 0.4610 0.2299 0.388 0.000 0.044 0.000 0.568 0.000
#> SRR1146142 2 0.1863 0.8916 0.000 0.896 0.000 0.000 0.000 0.104
#> SRR1146143 2 0.1556 0.8974 0.000 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1146144 4 0.0865 0.7587 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000 0.000
#> SRR1146145 2 0.2697 0.8644 0.000 0.812 0.000 0.000 0.000 0.188
#> SRR1146146 6 0.1723 0.7758 0.000 0.036 0.036 0.000 0.000 0.928
#> SRR1146147 5 0.0146 0.6493 0.004 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000
#> SRR1146148 5 0.1387 0.6386 0.000 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1146149 5 0.4641 0.2407 0.404 0.000 0.044 0.000 0.552 0.000
#> SRR1146150 3 0.2871 0.7186 0.192 0.000 0.804 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146151 3 0.3309 0.7475 0.000 0.000 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1146152 5 0.4503 0.4922 0.232 0.000 0.084 0.000 0.684 0.000
#> SRR1146153 4 0.2793 0.7588 0.000 0.028 0.004 0.856 0.000 0.112
#> SRR1146154 5 0.0000 0.6489 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.4563 0.6854 0.700 0.000 0.164 0.000 0.136 0.000
#> SRR1146156 1 0.0260 0.6802 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.5058 0.5205 0.600 0.000 0.108 0.000 0.292 0.000
#> SRR1146158 5 0.4756 -0.1151 0.464 0.000 0.048 0.000 0.488 0.000
#> SRR1146159 5 0.2668 0.5951 0.168 0.000 0.004 0.000 0.828 0.000
#> SRR1146160 5 0.5738 0.0232 0.284 0.000 0.208 0.000 0.508 0.000
#> SRR1146161 5 0.0891 0.6494 0.024 0.000 0.008 0.000 0.968 0.000
#> SRR1146162 1 0.4264 0.3838 0.620 0.000 0.028 0.000 0.352 0.000
#> SRR1146163 3 0.1204 0.7420 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.4524 0.2285 0.616 0.000 0.048 0.000 0.336 0.000
#> SRR1146165 1 0.0146 0.6819 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.1757 0.7577 0.000 0.052 0.012 0.928 0.000 0.008
#> SRR1146167 4 0.0146 0.7540 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1146168 5 0.2915 0.5832 0.184 0.000 0.008 0.000 0.808 0.000
#> SRR1146169 4 0.0000 0.7528 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146170 4 0.3997 0.4814 0.000 0.004 0.000 0.508 0.000 0.488
#> SRR1146171 4 0.3889 0.7132 0.000 0.052 0.012 0.776 0.000 0.160
#> SRR1146172 4 0.3862 0.6295 0.000 0.004 0.000 0.608 0.000 0.388
#> SRR1146173 6 0.1908 0.7441 0.000 0.056 0.000 0.028 0.000 0.916
#> SRR1146174 4 0.4085 0.7198 0.000 0.052 0.000 0.716 0.000 0.232
#> SRR1146175 4 0.4697 0.3926 0.000 0.392 0.012 0.568 0.000 0.028
#> SRR1146176 4 0.5181 0.6231 0.000 0.084 0.008 0.580 0.000 0.328
#> SRR1146177 2 0.2699 0.8647 0.000 0.856 0.012 0.008 0.000 0.124
#> SRR1146178 4 0.0000 0.7528 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.1168 0.8983 0.000 0.956 0.000 0.016 0.000 0.028
#> SRR1146180 4 0.2776 0.7596 0.000 0.052 0.000 0.860 0.000 0.088
#> SRR1146181 4 0.3804 0.6764 0.000 0.008 0.000 0.656 0.000 0.336
#> SRR1146182 4 0.5065 0.6098 0.000 0.092 0.000 0.568 0.000 0.340
#> SRR1146183 6 0.3977 0.7198 0.000 0.084 0.024 0.100 0.000 0.792
#> SRR1146184 4 0.4361 0.6744 0.000 0.168 0.000 0.720 0.000 0.112
#> SRR1146185 4 0.0000 0.7528 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146186 6 0.1950 0.7574 0.000 0.024 0.000 0.064 0.000 0.912
#> SRR1146187 4 0.0000 0.7528 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146188 4 0.0363 0.7559 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1146189 4 0.3175 0.7219 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1146190 6 0.3868 0.4013 0.000 0.000 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1146191 6 0.4532 0.1394 0.000 0.056 0.000 0.308 0.000 0.636
#> SRR1146192 4 0.1082 0.7655 0.000 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040
#> SRR1146193 4 0.1075 0.7580 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000 0.000
#> SRR1146194 4 0.1225 0.7593 0.000 0.036 0.012 0.952 0.000 0.000
#> SRR1146195 4 0.0865 0.7615 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146196 4 0.4088 0.6399 0.000 0.016 0.000 0.616 0.000 0.368
#> SRR1146197 4 0.1556 0.7612 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1146198 6 0.3791 0.7680 0.000 0.016 0.036 0.168 0.000 0.780
#> SRR1146199 5 0.0458 0.6487 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146200 4 0.5750 0.4647 0.000 0.344 0.012 0.512 0.000 0.132
#> SRR1146201 4 0.4012 0.7156 0.000 0.084 0.000 0.752 0.000 0.164
#> SRR1146202 3 0.2854 0.7876 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146203 1 0.4308 0.6946 0.728 0.000 0.152 0.000 0.120 0.000
#> SRR1146204 1 0.1584 0.6819 0.928 0.000 0.064 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146205 5 0.0363 0.6488 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1146206 5 0.3817 -0.2742 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR1146207 4 0.3831 0.6949 0.000 0.008 0.012 0.712 0.000 0.268
#> SRR1146208 1 0.4352 0.6909 0.724 0.000 0.148 0.000 0.128 0.000
#> SRR1146209 5 0.3487 0.5829 0.168 0.000 0.044 0.000 0.788 0.000
#> SRR1146210 1 0.2320 0.7011 0.864 0.000 0.132 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146211 5 0.3319 0.5873 0.164 0.000 0.036 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146212 5 0.2378 0.5227 0.000 0.000 0.152 0.000 0.848 0.000
#> SRR1146213 4 0.4420 0.3082 0.000 0.000 0.036 0.604 0.000 0.360
#> SRR1146214 1 0.4798 0.6732 0.672 0.000 0.172 0.000 0.156 0.000
#> SRR1146215 1 0.1204 0.6805 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.2771 0.8358 0.000 0.852 0.000 0.116 0.000 0.032
#> SRR1146217 1 0.4084 0.0650 0.588 0.000 0.012 0.000 0.400 0.000
#> SRR1146218 5 0.3769 0.2647 0.004 0.000 0.356 0.000 0.640 0.000
#> SRR1146219 3 0.3159 0.7721 0.068 0.000 0.832 0.000 0.100 0.000
#> SRR1146220 3 0.2823 0.7880 0.000 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1146221 3 0.3774 0.5523 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408 0.000
#> SRR1146222 1 0.2856 0.7087 0.856 0.000 0.068 0.000 0.076 0.000
#> SRR1146223 5 0.3712 0.5771 0.180 0.000 0.052 0.000 0.768 0.000
#> SRR1146224 3 0.3151 0.7641 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252 0.000
#> SRR1146225 5 0.1285 0.6376 0.052 0.000 0.004 0.000 0.944 0.000
#> SRR1146226 5 0.4110 0.4964 0.268 0.000 0.040 0.000 0.692 0.000
#> SRR1146227 3 0.2883 0.6060 0.212 0.000 0.788 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146228 3 0.3198 0.7587 0.000 0.000 0.740 0.000 0.260 0.000
#> SRR1146229 1 0.4488 0.6882 0.708 0.000 0.164 0.000 0.128 0.000
#> SRR1146230 6 0.2658 0.7637 0.000 0.100 0.036 0.000 0.000 0.864
#> SRR1146231 4 0.3872 0.6256 0.000 0.004 0.000 0.604 0.000 0.392
#> SRR1146232 2 0.2730 0.8616 0.000 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1146233 1 0.4500 0.6686 0.708 0.000 0.148 0.000 0.144 0.000
#> SRR1146234 1 0.3883 0.6880 0.768 0.000 0.144 0.000 0.088 0.000
#> SRR1146235 1 0.1814 0.6924 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 6 0.3612 0.7547 0.000 0.000 0.036 0.200 0.000 0.764
#> SRR1146237 1 0.3744 0.7030 0.756 0.000 0.200 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146238 6 0.1556 0.7662 0.000 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1146239 3 0.2070 0.7671 0.044 0.000 0.908 0.000 0.048 0.000
#> SRR1146240 1 0.4402 0.3643 0.672 0.000 0.060 0.000 0.268 0.000
#> SRR1146241 1 0.5296 0.6124 0.600 0.000 0.184 0.000 0.216 0.000
#> SRR1146242 5 0.4044 0.5038 0.256 0.000 0.040 0.000 0.704 0.000
#> SRR1146243 6 0.4219 0.6571 0.000 0.000 0.036 0.304 0.000 0.660
#> SRR1146244 6 0.3628 0.7631 0.000 0.004 0.036 0.184 0.000 0.776
#> SRR1146245 4 0.4587 0.5011 0.000 0.036 0.000 0.508 0.000 0.456
#> SRR1146246 6 0.3168 0.5121 0.000 0.016 0.000 0.192 0.000 0.792
#> SRR1146247 6 0.3798 0.7826 0.000 0.076 0.036 0.076 0.000 0.812
#> SRR1146248 6 0.2843 0.7770 0.000 0.116 0.036 0.000 0.000 0.848
#> SRR1146249 6 0.3770 0.7246 0.000 0.000 0.028 0.244 0.000 0.728
#> SRR1146250 6 0.1408 0.7731 0.000 0.020 0.036 0.000 0.000 0.944
#> SRR1146252 5 0.5322 0.0584 0.424 0.000 0.104 0.000 0.472 0.000
#> SRR1146253 1 0.2048 0.6982 0.880 0.000 0.120 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 3 0.3390 0.5711 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.998 0.999 0.5016 0.499 0.499
#> 3 3 0.747 0.648 0.851 0.1820 0.990 0.979
#> 4 4 0.571 0.518 0.679 0.1465 0.822 0.639
#> 5 5 0.576 0.588 0.742 0.1109 0.808 0.468
#> 6 6 0.607 0.587 0.739 0.0373 0.893 0.586
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146077 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146089 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146090 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146091 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146102 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146123 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146126 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146127 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146131 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146132 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146134 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146135 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146138 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146139 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146140 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146144 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146145 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146146 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146147 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146151 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146152 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146154 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146167 2 0.689 0.775 0.184 0.816
#> SRR1146168 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146170 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146171 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146172 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146173 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146174 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146175 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146176 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146177 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146181 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146182 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146183 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146184 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146185 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146186 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146187 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146188 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146189 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146190 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146191 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146192 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146193 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146194 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146195 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146196 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146197 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146198 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146199 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146201 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146202 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146206 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146207 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146212 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146213 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146217 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146218 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146224 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146225 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146231 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146232 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146239 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146244 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146245 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146246 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146247 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146248 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146249 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.000 0.998 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.4931 0.5267 0.000 0.768 0.232
#> SRR1146077 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0592 0.9243 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146081 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.0592 0.9249 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146083 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0237 0.4553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146086 2 0.0237 0.4553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146087 1 0.5291 0.7560 0.732 0.000 0.268
#> SRR1146088 2 0.6225 0.1134 0.000 0.568 0.432
#> SRR1146089 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146090 1 0.0592 0.9249 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146091 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.6215 0.5937 0.572 0.000 0.428
#> SRR1146095 1 0.0592 0.9249 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146096 2 0.0000 0.4581 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.0424 0.9260 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146098 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146102 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.0592 0.9249 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146104 1 0.0592 0.9249 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146105 1 0.2261 0.9000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146106 2 0.0237 0.4553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146107 2 0.0237 0.4553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146108 2 0.0237 0.4553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146109 2 0.0237 0.4553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146110 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.4581 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146112 1 0.1411 0.9145 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146113 2 0.0237 0.4553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146114 2 0.0237 0.4553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146115 2 0.0237 0.4553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146116 2 0.0237 0.4553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146117 2 0.0237 0.4553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146118 2 0.0237 0.4553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146119 1 0.6235 0.5872 0.564 0.000 0.436
#> SRR1146120 2 0.0237 0.4553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146121 2 0.0237 0.4553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146122 2 0.5859 0.4905 0.000 0.656 0.344
#> SRR1146123 1 0.2878 0.8844 0.904 0.000 0.096
#> SRR1146124 1 0.6180 0.6047 0.584 0.000 0.416
#> SRR1146125 2 0.5254 0.5353 0.000 0.736 0.264
#> SRR1146126 2 0.1860 0.4716 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146127 2 0.1860 0.4716 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146128 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.4887 0.7863 0.772 0.000 0.228
#> SRR1146130 2 0.1964 0.4732 0.000 0.944 0.056
#> SRR1146131 2 0.4931 0.5267 0.000 0.768 0.232
#> SRR1146132 1 0.6308 0.5176 0.508 0.000 0.492
#> SRR1146133 1 0.6235 0.5872 0.564 0.000 0.436
#> SRR1146134 1 0.3038 0.8790 0.896 0.000 0.104
#> SRR1146135 1 0.6126 0.6191 0.600 0.000 0.400
#> SRR1146136 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.6291 0.3473 0.000 0.532 0.468
#> SRR1146138 2 0.6215 0.4082 0.000 0.572 0.428
#> SRR1146139 2 0.5254 0.5367 0.000 0.736 0.264
#> SRR1146140 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0592 0.9249 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146142 2 0.0000 0.4581 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.4581 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.5431 0.5300 0.000 0.716 0.284
#> SRR1146145 2 0.0747 0.4652 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146146 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146147 1 0.5098 0.7733 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146148 1 0.6126 0.6191 0.600 0.000 0.400
#> SRR1146149 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.0592 0.9243 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146151 1 0.6307 0.5231 0.512 0.000 0.488
#> SRR1146152 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.5327 0.5322 0.000 0.728 0.272
#> SRR1146154 1 0.6308 0.5176 0.508 0.000 0.492
#> SRR1146155 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0592 0.9249 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146159 1 0.1163 0.9204 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146160 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0592 0.9243 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146162 1 0.5968 0.6572 0.636 0.000 0.364
#> SRR1146163 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.5431 0.5300 0.000 0.716 0.284
#> SRR1146167 3 0.5902 -0.0513 0.004 0.316 0.680
#> SRR1146168 1 0.1411 0.9145 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146169 2 0.5327 0.5332 0.000 0.728 0.272
#> SRR1146170 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146171 3 0.6309 -0.6354 0.000 0.496 0.504
#> SRR1146172 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146173 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146174 2 0.5882 0.4865 0.000 0.652 0.348
#> SRR1146175 2 0.4750 0.5319 0.000 0.784 0.216
#> SRR1146176 2 0.6062 0.4478 0.000 0.616 0.384
#> SRR1146177 2 0.4346 0.5232 0.000 0.816 0.184
#> SRR1146178 2 0.5327 0.5335 0.000 0.728 0.272
#> SRR1146179 2 0.0592 0.4633 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146180 2 0.4750 0.5310 0.000 0.784 0.216
#> SRR1146181 2 0.5465 0.5287 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146182 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146183 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146184 2 0.5431 0.5300 0.000 0.716 0.284
#> SRR1146185 2 0.6291 0.3473 0.000 0.532 0.468
#> SRR1146186 2 0.6308 0.2938 0.000 0.508 0.492
#> SRR1146187 2 0.5254 0.5326 0.000 0.736 0.264
#> SRR1146188 2 0.6274 0.3673 0.000 0.544 0.456
#> SRR1146189 2 0.6079 0.4564 0.000 0.612 0.388
#> SRR1146190 2 0.6291 0.3473 0.000 0.532 0.468
#> SRR1146191 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146192 2 0.6295 0.3398 0.000 0.528 0.472
#> SRR1146193 2 0.5431 0.5300 0.000 0.716 0.284
#> SRR1146194 2 0.5254 0.5326 0.000 0.736 0.264
#> SRR1146195 2 0.5529 0.5255 0.000 0.704 0.296
#> SRR1146196 2 0.6252 0.3705 0.000 0.556 0.444
#> SRR1146197 2 0.5591 0.5215 0.000 0.696 0.304
#> SRR1146198 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146199 1 0.5968 0.6718 0.636 0.000 0.364
#> SRR1146200 2 0.5138 0.5312 0.000 0.748 0.252
#> SRR1146201 2 0.5926 0.4863 0.000 0.644 0.356
#> SRR1146202 1 0.1031 0.9218 0.976 0.000 0.024
#> SRR1146203 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.0424 0.9255 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146205 1 0.5968 0.6718 0.636 0.000 0.364
#> SRR1146206 1 0.6308 0.5176 0.508 0.000 0.492
#> SRR1146207 2 0.6295 0.3398 0.000 0.528 0.472
#> SRR1146208 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0592 0.9249 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146210 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.6111 0.6279 0.604 0.000 0.396
#> SRR1146212 1 0.3116 0.8769 0.892 0.000 0.108
#> SRR1146213 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146214 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.4581 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146217 1 0.1411 0.9145 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146218 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.2261 0.8998 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146221 1 0.1860 0.9097 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146222 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0592 0.9249 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146224 1 0.3340 0.8728 0.880 0.000 0.120
#> SRR1146225 1 0.3267 0.8724 0.884 0.000 0.116
#> SRR1146226 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.1529 0.9136 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146229 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146231 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146232 2 0.0237 0.4553 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146233 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146237 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146239 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0237 0.9269 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146243 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146244 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146245 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146246 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146247 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146248 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146249 2 0.6308 0.2938 0.000 0.508 0.492
#> SRR1146250 2 0.6307 0.3029 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146252 1 0.0424 0.9260 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146253 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 0.9276 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 4 0.4468 0.4597 0.000 0.232 0.016 0.752
#> SRR1146077 1 0.0188 0.6146 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.4776 0.2184 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1146079 1 0.0707 0.6186 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146080 1 0.4905 -0.1551 0.632 0.004 0.364 0.000
#> SRR1146081 1 0.2714 0.6202 0.884 0.004 0.112 0.000
#> SRR1146082 1 0.4936 0.3627 0.624 0.004 0.372 0.000
#> SRR1146083 1 0.3257 0.5500 0.844 0.004 0.152 0.000
#> SRR1146084 1 0.4364 0.4285 0.764 0.016 0.220 0.000
#> SRR1146085 2 0.4277 0.9050 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146086 2 0.4222 0.9046 0.000 0.728 0.000 0.272
#> SRR1146087 3 0.5165 0.2160 0.484 0.004 0.512 0.000
#> SRR1146088 4 0.6114 0.1733 0.000 0.428 0.048 0.524
#> SRR1146089 1 0.4781 0.4175 0.660 0.004 0.336 0.000
#> SRR1146090 1 0.4761 0.3766 0.628 0.000 0.372 0.000
#> SRR1146091 1 0.6039 0.2413 0.596 0.056 0.348 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.6159 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.6159 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.7358 -0.5028 0.448 0.160 0.392 0.000
#> SRR1146095 1 0.3219 0.5923 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1146096 2 0.4331 0.9002 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1146097 1 0.2973 0.6031 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1146098 1 0.0188 0.6146 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.5203 0.4516 0.720 0.048 0.232 0.000
#> SRR1146100 1 0.2714 0.6166 0.884 0.004 0.112 0.000
#> SRR1146101 4 0.4193 0.5989 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1146102 1 0.4348 0.4685 0.780 0.024 0.196 0.000
#> SRR1146103 1 0.4356 0.5126 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1146104 1 0.3024 0.6008 0.852 0.000 0.148 0.000
#> SRR1146105 1 0.5326 0.3024 0.604 0.016 0.380 0.000
#> SRR1146106 2 0.4250 0.9079 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1146107 2 0.4164 0.8945 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146108 2 0.4250 0.9079 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1146109 2 0.4277 0.9068 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146110 1 0.2944 0.6108 0.868 0.004 0.128 0.000
#> SRR1146111 2 0.4500 0.8650 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1146112 3 0.4972 0.4741 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1146113 2 0.4250 0.9079 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1146114 2 0.4250 0.9079 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1146115 2 0.4277 0.9057 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146116 2 0.4855 0.6808 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1146117 2 0.3975 0.8603 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1146118 2 0.4250 0.9079 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1146119 3 0.7153 0.6981 0.308 0.160 0.532 0.000
#> SRR1146120 2 0.4250 0.9079 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1146121 2 0.4008 0.8669 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146122 4 0.6515 0.5571 0.000 0.128 0.248 0.624
#> SRR1146123 1 0.5016 0.3113 0.600 0.004 0.396 0.000
#> SRR1146124 1 0.5993 0.2052 0.692 0.160 0.148 0.000
#> SRR1146125 4 0.4927 0.4133 0.000 0.264 0.024 0.712
#> SRR1146126 4 0.4999 -0.4561 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1146127 2 0.5000 0.4159 0.000 0.504 0.000 0.496
#> SRR1146128 1 0.3975 0.5752 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1146129 3 0.7369 0.6294 0.408 0.160 0.432 0.000
#> SRR1146130 4 0.4999 -0.4130 0.000 0.492 0.000 0.508
#> SRR1146131 4 0.4434 0.4612 0.000 0.228 0.016 0.756
#> SRR1146132 3 0.7153 0.6981 0.308 0.160 0.532 0.000
#> SRR1146133 3 0.7153 0.6959 0.308 0.160 0.532 0.000
#> SRR1146134 3 0.6090 0.5983 0.384 0.052 0.564 0.000
#> SRR1146135 1 0.7067 -0.1358 0.552 0.160 0.288 0.000
#> SRR1146136 1 0.2999 0.6163 0.864 0.004 0.132 0.000
#> SRR1146137 4 0.0336 0.6200 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146138 4 0.3271 0.5669 0.000 0.132 0.012 0.856
#> SRR1146139 4 0.4382 0.2877 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1146140 1 0.2868 0.6129 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1146141 1 0.3172 0.5953 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1146142 2 0.4304 0.9047 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1146143 2 0.4277 0.9069 0.000 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146144 4 0.4228 0.4525 0.000 0.232 0.008 0.760
#> SRR1146145 2 0.4500 0.8662 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1146146 4 0.4193 0.5989 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1146147 3 0.4643 0.6383 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1146148 1 0.5807 0.2373 0.708 0.160 0.132 0.000
#> SRR1146149 1 0.4746 0.2958 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1146150 1 0.5543 -0.4002 0.556 0.020 0.424 0.000
#> SRR1146151 3 0.7153 0.6978 0.308 0.160 0.532 0.000
#> SRR1146152 1 0.3528 0.5865 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1146153 4 0.4364 0.4663 0.000 0.220 0.016 0.764
#> SRR1146154 3 0.7137 0.6937 0.304 0.160 0.536 0.000
#> SRR1146155 1 0.3402 0.5434 0.832 0.004 0.164 0.000
#> SRR1146156 1 0.4456 0.2502 0.716 0.004 0.280 0.000
#> SRR1146157 1 0.2053 0.6253 0.924 0.004 0.072 0.000
#> SRR1146158 1 0.3975 0.5737 0.760 0.000 0.240 0.000
#> SRR1146159 1 0.4981 -0.0373 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1146160 1 0.0524 0.6180 0.988 0.004 0.008 0.000
#> SRR1146161 1 0.4776 0.2645 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1146162 1 0.5708 0.2575 0.716 0.160 0.124 0.000
#> SRR1146163 1 0.4599 0.5424 0.760 0.028 0.212 0.000
#> SRR1146164 1 0.0188 0.6164 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146165 1 0.2408 0.5937 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1146166 4 0.4399 0.4659 0.000 0.224 0.016 0.760
#> SRR1146167 2 0.6961 0.0399 0.000 0.512 0.120 0.368
#> SRR1146168 3 0.4985 0.4669 0.468 0.000 0.532 0.000
#> SRR1146169 4 0.4188 0.4683 0.000 0.244 0.004 0.752
#> SRR1146170 4 0.4193 0.5989 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1146171 4 0.1174 0.6206 0.000 0.012 0.020 0.968
#> SRR1146172 4 0.4134 0.6016 0.000 0.000 0.260 0.740
#> SRR1146173 4 0.4193 0.5989 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1146174 4 0.2973 0.5674 0.000 0.144 0.000 0.856
#> SRR1146175 4 0.4661 0.2093 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1146176 4 0.4382 0.3698 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1146177 4 0.4837 0.1889 0.000 0.348 0.004 0.648
#> SRR1146178 4 0.4502 0.4605 0.000 0.236 0.016 0.748
#> SRR1146179 2 0.4643 0.8145 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1146180 4 0.4585 0.2679 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1146181 4 0.4327 0.4659 0.000 0.216 0.016 0.768
#> SRR1146182 4 0.4485 0.6010 0.000 0.012 0.248 0.740
#> SRR1146183 4 0.4193 0.5989 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1146184 4 0.4974 0.4701 0.000 0.224 0.040 0.736
#> SRR1146185 4 0.0592 0.6178 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146186 4 0.3024 0.6181 0.000 0.000 0.148 0.852
#> SRR1146187 4 0.4468 0.4597 0.000 0.232 0.016 0.752
#> SRR1146188 4 0.1940 0.6027 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1146189 4 0.2976 0.5706 0.000 0.120 0.008 0.872
#> SRR1146190 4 0.0895 0.6212 0.000 0.004 0.020 0.976
#> SRR1146191 4 0.3942 0.6063 0.000 0.000 0.236 0.764
#> SRR1146192 4 0.0188 0.6208 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146193 4 0.4399 0.4659 0.000 0.224 0.016 0.760
#> SRR1146194 4 0.4434 0.4647 0.000 0.228 0.016 0.756
#> SRR1146195 4 0.4095 0.5035 0.000 0.192 0.016 0.792
#> SRR1146196 4 0.1867 0.6014 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1146197 4 0.3881 0.5214 0.000 0.172 0.016 0.812
#> SRR1146198 4 0.4193 0.5989 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1146199 3 0.7106 0.7022 0.324 0.148 0.528 0.000
#> SRR1146200 4 0.4364 0.4663 0.000 0.220 0.016 0.764
#> SRR1146201 4 0.4010 0.5942 0.000 0.100 0.064 0.836
#> SRR1146202 3 0.5938 0.3216 0.480 0.036 0.484 0.000
#> SRR1146203 1 0.0188 0.6164 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146204 1 0.4431 0.1796 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1146205 3 0.6716 0.6998 0.320 0.112 0.568 0.000
#> SRR1146206 3 0.7169 0.6996 0.312 0.160 0.528 0.000
#> SRR1146207 4 0.0817 0.6170 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1146208 1 0.4643 0.4267 0.656 0.000 0.344 0.000
#> SRR1146209 1 0.4356 0.5157 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1146210 1 0.4509 0.2589 0.708 0.004 0.288 0.000
#> SRR1146211 1 0.7367 -0.5356 0.436 0.160 0.404 0.000
#> SRR1146212 3 0.4916 0.5252 0.424 0.000 0.576 0.000
#> SRR1146213 4 0.4767 0.6013 0.000 0.020 0.256 0.724
#> SRR1146214 1 0.3801 0.4381 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1146215 1 0.3569 0.5015 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1146216 2 0.4454 0.8773 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1146217 1 0.5097 -0.3735 0.568 0.004 0.428 0.000
#> SRR1146218 1 0.4730 0.3816 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1146219 1 0.3105 0.6094 0.856 0.004 0.140 0.000
#> SRR1146220 1 0.4018 0.5305 0.772 0.004 0.224 0.000
#> SRR1146221 3 0.4877 0.5479 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1146222 1 0.3649 0.4887 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1146223 1 0.3219 0.5923 0.836 0.000 0.164 0.000
#> SRR1146224 3 0.6206 0.5902 0.404 0.056 0.540 0.000
#> SRR1146225 1 0.4948 0.1101 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1146226 1 0.2760 0.6131 0.872 0.000 0.128 0.000
#> SRR1146227 1 0.2999 0.5668 0.864 0.004 0.132 0.000
#> SRR1146228 1 0.4964 0.3494 0.616 0.004 0.380 0.000
#> SRR1146229 1 0.3569 0.5119 0.804 0.000 0.196 0.000
#> SRR1146230 4 0.4193 0.5989 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1146231 4 0.4193 0.5989 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1146232 2 0.4250 0.9079 0.000 0.724 0.000 0.276
#> SRR1146233 1 0.0000 0.6159 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.1004 0.6224 0.972 0.004 0.024 0.000
#> SRR1146235 1 0.0376 0.6166 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1146236 4 0.4193 0.5989 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1146237 1 0.0000 0.6159 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 4 0.4372 0.5963 0.000 0.004 0.268 0.728
#> SRR1146239 1 0.1661 0.6257 0.944 0.004 0.052 0.000
#> SRR1146240 1 0.3945 0.4361 0.780 0.004 0.216 0.000
#> SRR1146241 1 0.0188 0.6146 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.3649 0.5974 0.796 0.000 0.204 0.000
#> SRR1146243 4 0.4193 0.5989 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1146244 4 0.4193 0.5989 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1146245 4 0.4452 0.6004 0.000 0.008 0.260 0.732
#> SRR1146246 4 0.4372 0.5963 0.000 0.004 0.268 0.728
#> SRR1146247 4 0.4372 0.5963 0.000 0.004 0.268 0.728
#> SRR1146248 4 0.4372 0.5963 0.000 0.004 0.268 0.728
#> SRR1146249 4 0.2647 0.6202 0.000 0.000 0.120 0.880
#> SRR1146250 4 0.4193 0.5989 0.000 0.000 0.268 0.732
#> SRR1146252 1 0.3074 0.6005 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1146253 1 0.0376 0.6151 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1146254 1 0.0657 0.6194 0.984 0.004 0.012 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 4 0.3971 0.7031 0.000 0.100 0.100 0.800 0.000
#> SRR1146077 1 0.0566 0.7204 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1146078 5 0.3910 0.6799 0.248 0.000 0.008 0.004 0.740
#> SRR1146079 1 0.3934 0.4723 0.716 0.000 0.008 0.000 0.276
#> SRR1146080 5 0.3720 0.6883 0.228 0.000 0.012 0.000 0.760
#> SRR1146081 1 0.1764 0.7118 0.928 0.000 0.000 0.008 0.064
#> SRR1146082 5 0.5791 0.2221 0.400 0.000 0.004 0.080 0.516
#> SRR1146083 5 0.4994 0.3465 0.452 0.000 0.012 0.012 0.524
#> SRR1146084 1 0.5937 -0.2384 0.480 0.000 0.008 0.080 0.432
#> SRR1146085 2 0.0671 0.8224 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1146086 2 0.0290 0.8250 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146087 5 0.3236 0.6808 0.152 0.000 0.000 0.020 0.828
#> SRR1146088 4 0.4002 0.6013 0.000 0.084 0.120 0.796 0.000
#> SRR1146089 1 0.5817 -0.1145 0.496 0.000 0.004 0.080 0.420
#> SRR1146090 5 0.5770 0.2449 0.388 0.000 0.004 0.080 0.528
#> SRR1146091 5 0.5924 0.3935 0.400 0.000 0.004 0.092 0.504
#> SRR1146092 1 0.0579 0.7204 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1146093 1 0.2077 0.6956 0.908 0.000 0.008 0.000 0.084
#> SRR1146094 5 0.5798 0.6518 0.156 0.000 0.160 0.020 0.664
#> SRR1146095 1 0.2690 0.6600 0.844 0.000 0.000 0.000 0.156
#> SRR1146096 2 0.0609 0.8240 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146097 1 0.2813 0.6581 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1146098 1 0.0162 0.7207 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146099 5 0.5897 0.3804 0.412 0.000 0.004 0.088 0.496
#> SRR1146100 1 0.0854 0.7199 0.976 0.000 0.004 0.012 0.008
#> SRR1146101 3 0.3171 0.8736 0.000 0.176 0.816 0.008 0.000
#> SRR1146102 1 0.5813 -0.1815 0.500 0.000 0.004 0.080 0.416
#> SRR1146103 5 0.5591 0.1762 0.440 0.000 0.004 0.060 0.496
#> SRR1146104 1 0.1357 0.7126 0.948 0.000 0.004 0.000 0.048
#> SRR1146105 5 0.5053 0.5529 0.268 0.000 0.004 0.060 0.668
#> SRR1146106 2 0.0671 0.8227 0.000 0.980 0.016 0.004 0.000
#> SRR1146107 2 0.0865 0.8175 0.000 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1146108 2 0.0404 0.8282 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146109 2 0.0290 0.8250 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.1026 0.7186 0.968 0.000 0.004 0.004 0.024
#> SRR1146111 2 0.0794 0.8190 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1146112 5 0.3123 0.7011 0.184 0.000 0.000 0.004 0.812
#> SRR1146113 2 0.0404 0.8278 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146114 2 0.0404 0.8283 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146115 2 0.0290 0.8250 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.4152 0.4727 0.000 0.692 0.012 0.296 0.000
#> SRR1146117 2 0.1106 0.8093 0.000 0.964 0.024 0.012 0.000
#> SRR1146118 2 0.0510 0.8268 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146119 5 0.5005 0.6457 0.072 0.000 0.160 0.028 0.740
#> SRR1146120 2 0.0162 0.8266 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0992 0.8114 0.000 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR1146122 3 0.5282 0.6981 0.000 0.268 0.644 0.088 0.000
#> SRR1146123 5 0.4015 0.4649 0.348 0.000 0.000 0.000 0.652
#> SRR1146124 1 0.6516 0.3721 0.588 0.000 0.160 0.032 0.220
#> SRR1146125 4 0.5739 0.4901 0.000 0.344 0.100 0.556 0.000
#> SRR1146126 2 0.4464 0.0740 0.000 0.584 0.008 0.408 0.000
#> SRR1146127 2 0.4371 0.3519 0.000 0.644 0.012 0.344 0.000
#> SRR1146128 1 0.4171 0.2215 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1146129 5 0.5477 0.6673 0.132 0.000 0.160 0.016 0.692
#> SRR1146130 4 0.4656 0.1259 0.000 0.480 0.012 0.508 0.000
#> SRR1146131 4 0.4255 0.7051 0.000 0.128 0.096 0.776 0.000
#> SRR1146132 5 0.4776 0.6466 0.068 0.000 0.160 0.020 0.752
#> SRR1146133 5 0.5085 0.6444 0.072 0.000 0.160 0.032 0.736
#> SRR1146134 5 0.3684 0.6999 0.172 0.000 0.004 0.024 0.800
#> SRR1146135 5 0.6784 0.4540 0.344 0.000 0.160 0.020 0.476
#> SRR1146136 1 0.2520 0.6987 0.888 0.000 0.004 0.012 0.096
#> SRR1146137 4 0.5942 0.5593 0.000 0.116 0.360 0.524 0.000
#> SRR1146138 4 0.5656 0.6383 0.000 0.104 0.308 0.588 0.000
#> SRR1146139 2 0.5173 -0.2374 0.000 0.500 0.040 0.460 0.000
#> SRR1146140 1 0.2561 0.6902 0.856 0.000 0.000 0.000 0.144
#> SRR1146141 1 0.2583 0.6651 0.864 0.000 0.004 0.000 0.132
#> SRR1146142 2 0.0290 0.8290 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146143 2 0.0290 0.8290 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146144 4 0.5968 0.6640 0.000 0.268 0.156 0.576 0.000
#> SRR1146145 2 0.0609 0.8253 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146146 3 0.3086 0.8737 0.000 0.180 0.816 0.004 0.000
#> SRR1146147 5 0.2068 0.6843 0.092 0.000 0.000 0.004 0.904
#> SRR1146148 1 0.6313 0.3969 0.604 0.000 0.160 0.024 0.212
#> SRR1146149 5 0.4066 0.6262 0.324 0.000 0.004 0.000 0.672
#> SRR1146150 5 0.4301 0.6799 0.244 0.000 0.008 0.020 0.728
#> SRR1146151 5 0.4776 0.6466 0.068 0.000 0.160 0.020 0.752
#> SRR1146152 1 0.3796 0.4977 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1146153 4 0.4581 0.7089 0.000 0.196 0.072 0.732 0.000
#> SRR1146154 5 0.5161 0.6429 0.072 0.000 0.160 0.036 0.732
#> SRR1146155 1 0.4617 0.2778 0.660 0.000 0.008 0.016 0.316
#> SRR1146156 5 0.4184 0.6439 0.284 0.000 0.016 0.000 0.700
#> SRR1146157 1 0.0727 0.7200 0.980 0.000 0.004 0.012 0.004
#> SRR1146158 1 0.3561 0.6098 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260
#> SRR1146159 5 0.2813 0.6875 0.168 0.000 0.000 0.000 0.832
#> SRR1146160 1 0.0566 0.7198 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1146161 5 0.3990 0.6463 0.308 0.000 0.004 0.000 0.688
#> SRR1146162 1 0.5974 0.4441 0.636 0.000 0.160 0.016 0.188
#> SRR1146163 1 0.5915 -0.2099 0.476 0.000 0.004 0.088 0.432
#> SRR1146164 1 0.2798 0.6589 0.852 0.000 0.008 0.000 0.140
#> SRR1146165 1 0.4871 -0.0210 0.548 0.000 0.008 0.012 0.432
#> SRR1146166 4 0.4294 0.7150 0.000 0.152 0.080 0.768 0.000
#> SRR1146167 3 0.6919 -0.2183 0.000 0.200 0.480 0.300 0.020
#> SRR1146168 5 0.3300 0.6984 0.204 0.000 0.000 0.004 0.792
#> SRR1146169 4 0.5888 0.6185 0.000 0.124 0.316 0.560 0.000
#> SRR1146170 3 0.3210 0.8570 0.000 0.212 0.788 0.000 0.000
#> SRR1146171 4 0.6132 0.5029 0.000 0.132 0.388 0.480 0.000
#> SRR1146172 3 0.3882 0.8502 0.000 0.168 0.788 0.044 0.000
#> SRR1146173 3 0.3513 0.8629 0.000 0.180 0.800 0.020 0.000
#> SRR1146174 4 0.6712 0.3720 0.000 0.248 0.356 0.396 0.000
#> SRR1146175 2 0.5844 0.0330 0.000 0.528 0.104 0.368 0.000
#> SRR1146176 2 0.6000 -0.1430 0.000 0.532 0.340 0.128 0.000
#> SRR1146177 4 0.4974 0.3975 0.000 0.408 0.032 0.560 0.000
#> SRR1146178 4 0.4404 0.7067 0.000 0.088 0.152 0.760 0.000
#> SRR1146179 2 0.0703 0.8230 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146180 2 0.6772 -0.4332 0.000 0.388 0.332 0.280 0.000
#> SRR1146181 4 0.4800 0.7073 0.000 0.196 0.088 0.716 0.000
#> SRR1146182 3 0.4754 0.7637 0.000 0.264 0.684 0.052 0.000
#> SRR1146183 3 0.3086 0.8737 0.000 0.180 0.816 0.004 0.000
#> SRR1146184 4 0.5449 0.6337 0.000 0.256 0.108 0.636 0.000
#> SRR1146185 4 0.5616 0.5740 0.000 0.084 0.364 0.552 0.000
#> SRR1146186 3 0.5602 0.5454 0.000 0.164 0.640 0.196 0.000
#> SRR1146187 4 0.3971 0.7031 0.000 0.100 0.100 0.800 0.000
#> SRR1146188 4 0.5652 0.5782 0.000 0.088 0.360 0.552 0.000
#> SRR1146189 4 0.6388 0.5666 0.000 0.192 0.312 0.496 0.000
#> SRR1146190 4 0.5966 0.4194 0.000 0.108 0.432 0.460 0.000
#> SRR1146191 3 0.4872 0.7327 0.000 0.160 0.720 0.120 0.000
#> SRR1146192 4 0.6238 0.4887 0.000 0.148 0.376 0.476 0.000
#> SRR1146193 4 0.4094 0.7104 0.000 0.128 0.084 0.788 0.000
#> SRR1146194 4 0.3992 0.7054 0.000 0.124 0.080 0.796 0.000
#> SRR1146195 4 0.4724 0.7130 0.000 0.164 0.104 0.732 0.000
#> SRR1146196 4 0.6532 0.3942 0.000 0.196 0.384 0.420 0.000
#> SRR1146197 4 0.5696 0.6802 0.000 0.200 0.172 0.628 0.000
#> SRR1146198 3 0.3086 0.8737 0.000 0.180 0.816 0.004 0.000
#> SRR1146199 5 0.3581 0.6725 0.072 0.000 0.020 0.060 0.848
#> SRR1146200 4 0.4504 0.7164 0.000 0.168 0.084 0.748 0.000
#> SRR1146201 4 0.6292 0.5177 0.000 0.208 0.260 0.532 0.000
#> SRR1146202 5 0.5396 0.4655 0.376 0.000 0.000 0.064 0.560
#> SRR1146203 1 0.0290 0.7194 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146204 5 0.4108 0.6555 0.308 0.000 0.008 0.000 0.684
#> SRR1146205 5 0.3288 0.6760 0.076 0.000 0.020 0.040 0.864
#> SRR1146206 5 0.4776 0.6466 0.068 0.000 0.160 0.020 0.752
#> SRR1146207 4 0.5691 0.5547 0.000 0.088 0.376 0.536 0.000
#> SRR1146208 5 0.4819 0.3151 0.404 0.000 0.008 0.012 0.576
#> SRR1146209 1 0.4305 0.1245 0.512 0.000 0.000 0.000 0.488
#> SRR1146210 5 0.4625 0.5936 0.316 0.000 0.012 0.012 0.660
#> SRR1146211 5 0.5798 0.6593 0.156 0.000 0.160 0.020 0.664
#> SRR1146212 5 0.3340 0.7016 0.156 0.000 0.004 0.016 0.824
#> SRR1146213 3 0.4376 0.7944 0.000 0.144 0.764 0.092 0.000
#> SRR1146214 1 0.4559 -0.3457 0.512 0.000 0.008 0.000 0.480
#> SRR1146215 5 0.4819 0.4462 0.404 0.000 0.008 0.012 0.576
#> SRR1146216 2 0.1121 0.8051 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146217 5 0.4115 0.6937 0.204 0.000 0.016 0.016 0.764
#> SRR1146218 5 0.4182 0.4563 0.400 0.000 0.000 0.000 0.600
#> SRR1146219 1 0.3264 0.6797 0.840 0.000 0.004 0.024 0.132
#> SRR1146220 1 0.3895 0.5487 0.680 0.000 0.000 0.000 0.320
#> SRR1146221 5 0.1908 0.6838 0.092 0.000 0.000 0.000 0.908
#> SRR1146222 5 0.4844 0.4169 0.416 0.000 0.008 0.012 0.564
#> SRR1146223 1 0.2813 0.6562 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1146224 5 0.3882 0.6841 0.224 0.000 0.000 0.020 0.756
#> SRR1146225 5 0.2966 0.6749 0.184 0.000 0.000 0.000 0.816
#> SRR1146226 1 0.1544 0.7115 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1146227 1 0.4037 0.2716 0.704 0.000 0.004 0.004 0.288
#> SRR1146228 5 0.5002 0.4918 0.312 0.000 0.000 0.052 0.636
#> SRR1146229 1 0.4828 0.0441 0.572 0.000 0.008 0.012 0.408
#> SRR1146230 3 0.3086 0.8737 0.000 0.180 0.816 0.004 0.000
#> SRR1146231 3 0.3530 0.8593 0.000 0.204 0.784 0.012 0.000
#> SRR1146232 2 0.0290 0.8290 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146233 1 0.0579 0.7203 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1146234 1 0.0566 0.7198 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1146235 1 0.0290 0.7194 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146236 3 0.3242 0.8725 0.000 0.172 0.816 0.012 0.000
#> SRR1146237 1 0.2248 0.6931 0.900 0.000 0.012 0.000 0.088
#> SRR1146238 3 0.3039 0.8725 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1146239 1 0.0566 0.7198 0.984 0.000 0.004 0.012 0.000
#> SRR1146240 5 0.4542 0.4352 0.456 0.000 0.008 0.000 0.536
#> SRR1146241 1 0.0579 0.7203 0.984 0.000 0.008 0.008 0.000
#> SRR1146242 1 0.4171 0.1374 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1146243 3 0.3710 0.8381 0.000 0.144 0.808 0.048 0.000
#> SRR1146244 3 0.3242 0.8725 0.000 0.172 0.816 0.012 0.000
#> SRR1146245 3 0.4355 0.8195 0.000 0.224 0.732 0.044 0.000
#> SRR1146246 3 0.2966 0.8711 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR1146247 3 0.3039 0.8725 0.000 0.192 0.808 0.000 0.000
#> SRR1146248 3 0.2966 0.8711 0.000 0.184 0.816 0.000 0.000
#> SRR1146249 3 0.5740 0.3255 0.000 0.128 0.600 0.272 0.000
#> SRR1146250 3 0.3209 0.8743 0.000 0.180 0.812 0.008 0.000
#> SRR1146252 1 0.2233 0.6854 0.892 0.000 0.004 0.000 0.104
#> SRR1146253 1 0.0290 0.7194 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0727 0.7208 0.980 0.000 0.004 0.012 0.004
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.0858 0.731574 0.000 0.004 0.000 0.968 0.000 0.028
#> SRR1146077 1 0.0777 0.670387 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146078 1 0.5511 -0.172240 0.468 0.000 0.112 0.000 0.416 0.004
#> SRR1146079 1 0.4176 0.471897 0.708 0.000 0.044 0.000 0.244 0.004
#> SRR1146080 5 0.5296 0.339227 0.440 0.000 0.044 0.000 0.488 0.028
#> SRR1146081 1 0.1408 0.669191 0.944 0.000 0.036 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146082 3 0.3857 0.751034 0.152 0.000 0.768 0.000 0.080 0.000
#> SRR1146083 1 0.5953 0.247449 0.500 0.000 0.128 0.000 0.348 0.024
#> SRR1146084 3 0.4816 0.810902 0.264 0.000 0.648 0.000 0.084 0.004
#> SRR1146085 2 0.1003 0.885088 0.000 0.964 0.000 0.016 0.000 0.020
#> SRR1146086 2 0.0363 0.887155 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146087 5 0.5817 0.329043 0.388 0.000 0.144 0.000 0.460 0.008
#> SRR1146088 4 0.2683 0.694136 0.000 0.020 0.004 0.868 0.004 0.104
#> SRR1146089 3 0.4548 0.817637 0.248 0.000 0.672 0.000 0.080 0.000
#> SRR1146090 3 0.3821 0.735443 0.148 0.000 0.772 0.000 0.080 0.000
#> SRR1146091 3 0.4570 0.819079 0.252 0.000 0.668 0.000 0.080 0.000
#> SRR1146092 1 0.0777 0.670138 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146093 1 0.2723 0.632037 0.852 0.000 0.016 0.000 0.128 0.004
#> SRR1146094 5 0.5021 0.343710 0.396 0.000 0.056 0.000 0.540 0.008
#> SRR1146095 1 0.3172 0.607738 0.824 0.000 0.128 0.000 0.048 0.000
#> SRR1146096 2 0.1075 0.880313 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.3172 0.619562 0.816 0.000 0.036 0.000 0.148 0.000
#> SRR1146098 1 0.1401 0.668421 0.948 0.000 0.028 0.000 0.020 0.004
#> SRR1146099 3 0.4592 0.818439 0.256 0.000 0.664 0.000 0.080 0.000
#> SRR1146100 1 0.0937 0.667665 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 6 0.2830 0.824897 0.000 0.144 0.000 0.020 0.000 0.836
#> SRR1146102 3 0.4770 0.813779 0.264 0.000 0.652 0.000 0.080 0.004
#> SRR1146103 3 0.5029 0.496563 0.376 0.000 0.544 0.000 0.080 0.000
#> SRR1146104 1 0.1075 0.665388 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 5 0.6159 0.383099 0.220 0.000 0.352 0.000 0.420 0.008
#> SRR1146106 2 0.0935 0.885197 0.000 0.964 0.000 0.004 0.000 0.032
#> SRR1146107 2 0.1010 0.883121 0.000 0.960 0.000 0.004 0.000 0.036
#> SRR1146108 2 0.0622 0.890534 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1146109 2 0.0622 0.887957 0.000 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008
#> SRR1146110 1 0.1245 0.668148 0.952 0.000 0.032 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146111 2 0.1575 0.874459 0.000 0.936 0.000 0.032 0.000 0.032
#> SRR1146112 5 0.4656 0.647153 0.268 0.000 0.048 0.000 0.668 0.016
#> SRR1146113 2 0.1245 0.880015 0.000 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032
#> SRR1146114 2 0.0909 0.889016 0.000 0.968 0.000 0.012 0.000 0.020
#> SRR1146115 2 0.0508 0.887370 0.000 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1146116 2 0.4747 0.458400 0.000 0.608 0.000 0.324 0.000 0.068
#> SRR1146117 2 0.0603 0.887280 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1146118 2 0.1082 0.878562 0.000 0.956 0.000 0.040 0.000 0.004
#> SRR1146119 5 0.4815 0.634207 0.244 0.000 0.084 0.000 0.664 0.008
#> SRR1146120 2 0.0260 0.886363 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146121 2 0.0603 0.886504 0.000 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1146122 6 0.5845 0.165527 0.000 0.192 0.000 0.376 0.000 0.432
#> SRR1146123 1 0.5624 0.002912 0.488 0.000 0.156 0.000 0.356 0.000
#> SRR1146124 1 0.4956 0.331627 0.608 0.000 0.068 0.000 0.316 0.008
#> SRR1146125 4 0.3835 0.556241 0.000 0.300 0.000 0.684 0.000 0.016
#> SRR1146126 2 0.4264 0.373148 0.000 0.620 0.000 0.352 0.000 0.028
#> SRR1146127 2 0.4610 0.340871 0.000 0.568 0.000 0.388 0.000 0.044
#> SRR1146128 1 0.3618 0.584998 0.768 0.000 0.040 0.000 0.192 0.000
#> SRR1146129 5 0.4554 0.624149 0.152 0.000 0.120 0.000 0.720 0.008
#> SRR1146130 2 0.4406 0.080680 0.000 0.500 0.000 0.476 0.000 0.024
#> SRR1146131 4 0.1333 0.725448 0.000 0.008 0.000 0.944 0.000 0.048
#> SRR1146132 5 0.4176 0.642004 0.160 0.000 0.080 0.000 0.752 0.008
#> SRR1146133 5 0.4073 0.642702 0.160 0.000 0.072 0.000 0.760 0.008
#> SRR1146134 5 0.5528 0.647043 0.228 0.004 0.124 0.000 0.624 0.020
#> SRR1146135 1 0.5197 0.144930 0.532 0.000 0.072 0.000 0.388 0.008
#> SRR1146136 1 0.2560 0.652860 0.872 0.000 0.036 0.000 0.092 0.000
#> SRR1146137 4 0.3534 0.661382 0.000 0.016 0.000 0.740 0.000 0.244
#> SRR1146138 4 0.2871 0.695398 0.000 0.004 0.000 0.804 0.000 0.192
#> SRR1146139 4 0.3979 0.608510 0.000 0.256 0.000 0.708 0.000 0.036
#> SRR1146140 1 0.2856 0.650631 0.856 0.000 0.068 0.000 0.076 0.000
#> SRR1146141 1 0.2260 0.611838 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0260 0.889334 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0405 0.890346 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1146144 4 0.3408 0.711004 0.000 0.152 0.000 0.800 0.000 0.048
#> SRR1146145 2 0.1204 0.864657 0.000 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000
#> SRR1146146 6 0.2704 0.823471 0.000 0.140 0.000 0.016 0.000 0.844
#> SRR1146147 5 0.4767 0.660770 0.168 0.000 0.156 0.000 0.676 0.000
#> SRR1146148 1 0.4855 0.332397 0.616 0.000 0.060 0.000 0.316 0.008
#> SRR1146149 1 0.5106 0.000117 0.520 0.000 0.084 0.000 0.396 0.000
#> SRR1146150 5 0.4977 0.612341 0.300 0.000 0.084 0.000 0.612 0.004
#> SRR1146151 5 0.4377 0.634284 0.156 0.000 0.100 0.000 0.736 0.008
#> SRR1146152 1 0.3585 0.595136 0.780 0.000 0.048 0.000 0.172 0.000
#> SRR1146153 4 0.1745 0.742293 0.000 0.056 0.000 0.924 0.000 0.020
#> SRR1146154 5 0.4073 0.642725 0.160 0.000 0.072 0.000 0.760 0.008
#> SRR1146155 1 0.4573 0.356200 0.712 0.000 0.100 0.000 0.180 0.008
#> SRR1146156 1 0.5943 -0.074132 0.456 0.004 0.100 0.000 0.416 0.024
#> SRR1146157 1 0.0547 0.667894 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.4154 0.575107 0.744 0.000 0.144 0.000 0.112 0.000
#> SRR1146159 5 0.5583 0.417145 0.348 0.000 0.152 0.000 0.500 0.000
#> SRR1146160 1 0.1334 0.667865 0.948 0.000 0.032 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146161 1 0.4868 -0.022749 0.524 0.000 0.060 0.000 0.416 0.000
#> SRR1146162 1 0.4758 0.358449 0.640 0.000 0.060 0.000 0.292 0.008
#> SRR1146163 3 0.5058 0.583921 0.424 0.000 0.500 0.000 0.076 0.000
#> SRR1146164 1 0.3569 0.582018 0.792 0.000 0.036 0.000 0.164 0.008
#> SRR1146165 1 0.5331 0.379009 0.616 0.000 0.108 0.000 0.260 0.016
#> SRR1146166 4 0.1003 0.737665 0.000 0.020 0.000 0.964 0.000 0.016
#> SRR1146167 6 0.7482 0.112841 0.000 0.120 0.044 0.276 0.104 0.456
#> SRR1146168 5 0.4743 0.638315 0.280 0.000 0.056 0.000 0.652 0.012
#> SRR1146169 4 0.3807 0.673750 0.000 0.028 0.000 0.740 0.004 0.228
#> SRR1146170 6 0.3088 0.822752 0.000 0.172 0.000 0.020 0.000 0.808
#> SRR1146171 4 0.4155 0.465680 0.000 0.020 0.000 0.616 0.000 0.364
#> SRR1146172 6 0.3587 0.802772 0.000 0.140 0.000 0.068 0.000 0.792
#> SRR1146173 6 0.2907 0.825029 0.000 0.152 0.000 0.020 0.000 0.828
#> SRR1146174 4 0.5578 0.399413 0.000 0.184 0.000 0.540 0.000 0.276
#> SRR1146175 4 0.4518 0.396339 0.000 0.352 0.000 0.604 0.000 0.044
#> SRR1146176 4 0.5992 0.222509 0.000 0.340 0.000 0.420 0.000 0.240
#> SRR1146177 4 0.3454 0.680054 0.000 0.208 0.000 0.768 0.000 0.024
#> SRR1146178 4 0.1327 0.735529 0.000 0.000 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1146179 2 0.0865 0.882220 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1146180 4 0.5738 0.436247 0.000 0.284 0.000 0.508 0.000 0.208
#> SRR1146181 4 0.2740 0.717698 0.000 0.120 0.000 0.852 0.000 0.028
#> SRR1146182 6 0.5727 0.381076 0.000 0.192 0.000 0.308 0.000 0.500
#> SRR1146183 6 0.2805 0.824427 0.000 0.160 0.000 0.012 0.000 0.828
#> SRR1146184 4 0.3714 0.641252 0.000 0.196 0.000 0.760 0.000 0.044
#> SRR1146185 4 0.3565 0.589565 0.000 0.004 0.000 0.692 0.000 0.304
#> SRR1146186 6 0.4871 0.624056 0.000 0.132 0.000 0.212 0.000 0.656
#> SRR1146187 4 0.0858 0.731574 0.000 0.004 0.000 0.968 0.000 0.028
#> SRR1146188 4 0.3081 0.675885 0.000 0.004 0.000 0.776 0.000 0.220
#> SRR1146189 4 0.4760 0.602425 0.000 0.120 0.000 0.668 0.000 0.212
#> SRR1146190 6 0.4168 0.215696 0.000 0.016 0.000 0.400 0.000 0.584
#> SRR1146191 6 0.4650 0.676296 0.000 0.132 0.000 0.180 0.000 0.688
#> SRR1146192 4 0.5000 0.446494 0.000 0.088 0.000 0.580 0.000 0.332
#> SRR1146193 4 0.0820 0.737258 0.000 0.016 0.000 0.972 0.000 0.012
#> SRR1146194 4 0.0972 0.731947 0.000 0.008 0.000 0.964 0.000 0.028
#> SRR1146195 4 0.1863 0.742109 0.000 0.036 0.000 0.920 0.000 0.044
#> SRR1146196 4 0.5396 0.434895 0.000 0.152 0.000 0.564 0.000 0.284
#> SRR1146197 4 0.3455 0.696722 0.000 0.144 0.000 0.800 0.000 0.056
#> SRR1146198 6 0.2664 0.823056 0.000 0.136 0.000 0.016 0.000 0.848
#> SRR1146199 5 0.5078 0.661068 0.160 0.000 0.132 0.000 0.684 0.024
#> SRR1146200 4 0.1003 0.740240 0.000 0.020 0.000 0.964 0.000 0.016
#> SRR1146201 4 0.4767 0.562520 0.000 0.156 0.000 0.676 0.000 0.168
#> SRR1146202 3 0.6063 0.532934 0.280 0.000 0.480 0.000 0.232 0.008
#> SRR1146203 1 0.0551 0.668489 0.984 0.000 0.008 0.000 0.004 0.004
#> SRR1146204 1 0.5460 -0.108159 0.508 0.000 0.072 0.000 0.400 0.020
#> SRR1146205 5 0.5069 0.660599 0.164 0.000 0.136 0.000 0.680 0.020
#> SRR1146206 5 0.4225 0.640110 0.160 0.000 0.084 0.000 0.748 0.008
#> SRR1146207 4 0.3494 0.634833 0.000 0.012 0.000 0.736 0.000 0.252
#> SRR1146208 1 0.5951 0.205336 0.448 0.000 0.192 0.000 0.356 0.004
#> SRR1146209 1 0.5469 0.188681 0.532 0.000 0.144 0.000 0.324 0.000
#> SRR1146210 5 0.6050 0.027214 0.372 0.000 0.136 0.000 0.468 0.024
#> SRR1146211 5 0.4998 0.373639 0.384 0.000 0.056 0.000 0.552 0.008
#> SRR1146212 5 0.5242 0.664084 0.248 0.004 0.092 0.000 0.640 0.016
#> SRR1146213 6 0.4525 0.636721 0.000 0.088 0.000 0.228 0.000 0.684
#> SRR1146214 1 0.4736 0.244959 0.624 0.000 0.060 0.000 0.312 0.004
#> SRR1146215 5 0.6103 -0.072033 0.404 0.000 0.140 0.000 0.432 0.024
#> SRR1146216 2 0.2145 0.843712 0.000 0.900 0.000 0.072 0.000 0.028
#> SRR1146217 5 0.5566 0.648960 0.268 0.004 0.080 0.000 0.612 0.036
#> SRR1146218 1 0.5465 0.024763 0.508 0.000 0.132 0.000 0.360 0.000
#> SRR1146219 1 0.4224 0.079362 0.632 0.000 0.340 0.000 0.028 0.000
#> SRR1146220 1 0.4390 0.551881 0.720 0.000 0.148 0.000 0.132 0.000
#> SRR1146221 5 0.4937 0.656141 0.164 0.000 0.164 0.000 0.668 0.004
#> SRR1146222 1 0.6079 0.090033 0.432 0.000 0.136 0.000 0.408 0.024
#> SRR1146223 1 0.2790 0.609839 0.840 0.000 0.140 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146224 5 0.5455 0.609091 0.296 0.000 0.124 0.000 0.572 0.008
#> SRR1146225 5 0.5555 0.349248 0.380 0.000 0.140 0.000 0.480 0.000
#> SRR1146226 1 0.0937 0.668665 0.960 0.000 0.040 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.1926 0.634645 0.912 0.000 0.020 0.000 0.068 0.000
#> SRR1146228 1 0.6221 -0.097962 0.412 0.000 0.336 0.000 0.244 0.008
#> SRR1146229 1 0.4842 0.351090 0.688 0.000 0.108 0.000 0.192 0.012
#> SRR1146230 6 0.2877 0.820910 0.000 0.168 0.000 0.012 0.000 0.820
#> SRR1146231 6 0.3551 0.816347 0.000 0.168 0.000 0.048 0.000 0.784
#> SRR1146232 2 0.0260 0.889334 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0508 0.669543 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146234 1 0.0458 0.668551 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0291 0.669301 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146236 6 0.2623 0.821415 0.000 0.132 0.000 0.016 0.000 0.852
#> SRR1146237 1 0.2766 0.656188 0.872 0.000 0.060 0.000 0.060 0.008
#> SRR1146238 6 0.3046 0.814246 0.000 0.188 0.000 0.012 0.000 0.800
#> SRR1146239 1 0.1141 0.665256 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.4897 0.163946 0.592 0.000 0.056 0.000 0.344 0.008
#> SRR1146241 1 0.0458 0.668632 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.4407 0.456853 0.692 0.000 0.076 0.000 0.232 0.000
#> SRR1146243 6 0.3150 0.798567 0.000 0.104 0.000 0.064 0.000 0.832
#> SRR1146244 6 0.2664 0.823056 0.000 0.136 0.000 0.016 0.000 0.848
#> SRR1146245 6 0.5534 0.525301 0.000 0.196 0.000 0.248 0.000 0.556
#> SRR1146246 6 0.2948 0.813969 0.000 0.188 0.000 0.008 0.000 0.804
#> SRR1146247 6 0.2877 0.823332 0.000 0.168 0.000 0.012 0.000 0.820
#> SRR1146248 6 0.2915 0.816091 0.000 0.184 0.000 0.008 0.000 0.808
#> SRR1146249 6 0.4094 0.406873 0.000 0.024 0.000 0.324 0.000 0.652
#> SRR1146250 6 0.3027 0.825408 0.000 0.148 0.000 0.028 0.000 0.824
#> SRR1146252 1 0.2618 0.632161 0.860 0.000 0.116 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146253 1 0.0436 0.668818 0.988 0.000 0.004 0.000 0.004 0.004
#> SRR1146254 1 0.0458 0.666982 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["CV", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["CV:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'CV' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.994 0.998 0.5020 0.499 0.499
#> 3 3 0.807 0.823 0.902 0.1784 0.899 0.800
#> 4 4 0.633 0.715 0.817 0.1184 0.926 0.826
#> 5 5 0.580 0.544 0.757 0.0796 0.879 0.693
#> 6 6 0.566 0.465 0.708 0.0504 0.917 0.742
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146077 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146089 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146090 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146091 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146102 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146123 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146131 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146132 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146134 1 0.9286 0.478 0.656 0.344
#> SRR1146135 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146138 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146139 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146144 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146145 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146146 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146147 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146151 1 0.1633 0.973 0.976 0.024
#> SRR1146152 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146154 1 0.2423 0.956 0.960 0.040
#> SRR1146155 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146167 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146168 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146170 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146171 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146172 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146173 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146174 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146175 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146176 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146177 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146181 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146182 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146183 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146184 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146185 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146186 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146187 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146188 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146189 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146190 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146191 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146192 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146193 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146194 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146195 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146196 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146197 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146198 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146199 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146201 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146202 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146206 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146207 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146212 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146213 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146217 1 0.0672 0.988 0.992 0.008
#> SRR1146218 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146224 1 0.0672 0.988 0.992 0.008
#> SRR1146225 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146231 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146232 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146239 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146244 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146245 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146246 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146247 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146248 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146249 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 0.995 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.6126 0.4743 0.000 0.600 0.400
#> SRR1146077 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.5363 0.5913 0.724 0.000 0.276
#> SRR1146083 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.4178 0.7715 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146085 3 0.6154 0.6673 0.000 0.408 0.592
#> SRR1146086 3 0.6154 0.6673 0.000 0.408 0.592
#> SRR1146087 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.0747 0.8752 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146089 1 0.3267 0.8465 0.884 0.000 0.116
#> SRR1146090 1 0.3686 0.8161 0.860 0.000 0.140
#> SRR1146091 3 0.6252 0.2175 0.444 0.000 0.556
#> SRR1146092 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.4682 0.7544 0.804 0.004 0.192
#> SRR1146095 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.1964 0.8390 0.000 0.944 0.056
#> SRR1146097 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.5497 0.5579 0.708 0.000 0.292
#> SRR1146100 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0237 0.8769 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146102 1 0.1643 0.9244 0.956 0.000 0.044
#> SRR1146103 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.5650 0.5130 0.688 0.000 0.312
#> SRR1146106 3 0.6154 0.6673 0.000 0.408 0.592
#> SRR1146107 3 0.6154 0.6673 0.000 0.408 0.592
#> SRR1146108 3 0.6154 0.6673 0.000 0.408 0.592
#> SRR1146109 3 0.6225 0.6154 0.000 0.432 0.568
#> SRR1146110 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.3267 0.7604 0.000 0.884 0.116
#> SRR1146112 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146113 3 0.6154 0.6673 0.000 0.408 0.592
#> SRR1146114 3 0.6154 0.6673 0.000 0.408 0.592
#> SRR1146115 2 0.6307 -0.4260 0.000 0.512 0.488
#> SRR1146116 3 0.6154 0.6673 0.000 0.408 0.592
#> SRR1146117 3 0.6154 0.6673 0.000 0.408 0.592
#> SRR1146118 3 0.6154 0.6673 0.000 0.408 0.592
#> SRR1146119 1 0.4452 0.7606 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146120 3 0.6154 0.6673 0.000 0.408 0.592
#> SRR1146121 3 0.6154 0.6673 0.000 0.408 0.592
#> SRR1146122 2 0.0237 0.8769 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146123 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.0424 0.8756 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146126 2 0.1643 0.8504 0.000 0.956 0.044
#> SRR1146127 2 0.2066 0.8347 0.000 0.940 0.060
#> SRR1146128 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.3038 0.8670 0.896 0.000 0.104
#> SRR1146130 2 0.4842 0.6832 0.000 0.776 0.224
#> SRR1146131 2 0.0237 0.8770 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146132 1 0.2959 0.8710 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146133 1 0.4605 0.7428 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146134 3 0.6647 0.3369 0.396 0.012 0.592
#> SRR1146135 1 0.0747 0.9502 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146136 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.4002 0.7435 0.000 0.840 0.160
#> SRR1146138 2 0.6126 0.4767 0.000 0.600 0.400
#> SRR1146139 2 0.0892 0.8697 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146140 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.5497 0.3589 0.000 0.708 0.292
#> SRR1146143 2 0.5497 0.3613 0.000 0.708 0.292
#> SRR1146144 2 0.0892 0.8697 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146145 2 0.2066 0.8347 0.000 0.940 0.060
#> SRR1146146 2 0.0592 0.8762 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146147 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146150 3 0.6225 0.2514 0.432 0.000 0.568
#> SRR1146151 3 0.6520 -0.0474 0.488 0.004 0.508
#> SRR1146152 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146154 1 0.8447 0.2374 0.516 0.092 0.392
#> SRR1146155 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.0424 0.9565 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146164 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.0592 0.8761 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146167 2 0.6140 0.4711 0.000 0.596 0.404
#> SRR1146168 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.1964 0.8484 0.000 0.944 0.056
#> SRR1146170 2 0.0237 0.8769 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146171 2 0.0892 0.8732 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146172 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146173 2 0.0592 0.8762 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146174 2 0.0892 0.8697 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146175 2 0.0892 0.8697 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146176 2 0.0892 0.8697 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146177 2 0.0892 0.8697 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146178 2 0.6140 0.4718 0.000 0.596 0.404
#> SRR1146179 2 0.1860 0.8429 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146180 2 0.0892 0.8697 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146181 2 0.0592 0.8762 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146182 2 0.0237 0.8769 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146183 2 0.0424 0.8756 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146184 2 0.0237 0.8769 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146185 2 0.6154 0.4695 0.000 0.592 0.408
#> SRR1146186 2 0.0892 0.8732 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146187 2 0.6111 0.4753 0.000 0.604 0.396
#> SRR1146188 2 0.6126 0.4743 0.000 0.600 0.400
#> SRR1146189 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146190 2 0.5178 0.6421 0.000 0.744 0.256
#> SRR1146191 2 0.0747 0.8748 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146192 2 0.0892 0.8732 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146193 2 0.0237 0.8774 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146194 2 0.1031 0.8708 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146195 2 0.1643 0.8569 0.000 0.956 0.044
#> SRR1146196 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146197 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146198 2 0.0237 0.8774 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146199 1 0.4164 0.8066 0.848 0.008 0.144
#> SRR1146200 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146201 2 0.0592 0.8762 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146202 3 0.6192 0.2820 0.420 0.000 0.580
#> SRR1146203 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146206 1 0.0424 0.9566 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146207 2 0.4504 0.7059 0.000 0.804 0.196
#> SRR1146208 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0424 0.9566 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146212 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146213 2 0.0000 0.8775 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146214 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.2878 0.7893 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146217 1 0.1860 0.9052 0.948 0.052 0.000
#> SRR1146218 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 3 0.6661 0.3289 0.400 0.012 0.588
#> SRR1146225 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.0424 0.9565 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146229 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.0592 0.8773 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146231 2 0.0592 0.8762 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146232 3 0.6154 0.6673 0.000 0.408 0.592
#> SRR1146233 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0424 0.8769 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146237 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0237 0.8769 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146239 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.0592 0.8762 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146244 2 0.0592 0.8762 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146245 2 0.0237 0.8769 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146246 2 0.0747 0.8767 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146247 2 0.0237 0.8769 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146248 2 0.0747 0.8767 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146249 2 0.6140 0.4745 0.000 0.596 0.404
#> SRR1146250 2 0.0892 0.8697 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146252 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 0.9627 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 3 0.5951 0.6593 0.000 0.064 0.636 0.300
#> SRR1146077 1 0.4228 0.7797 0.760 0.008 0.232 0.000
#> SRR1146078 1 0.4482 0.7504 0.728 0.008 0.264 0.000
#> SRR1146079 1 0.4123 0.7902 0.772 0.008 0.220 0.000
#> SRR1146080 1 0.0524 0.8957 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1146081 1 0.4262 0.7761 0.756 0.008 0.236 0.000
#> SRR1146082 1 0.4194 0.7261 0.764 0.228 0.008 0.000
#> SRR1146083 1 0.1743 0.8914 0.940 0.004 0.056 0.000
#> SRR1146084 1 0.2675 0.8621 0.892 0.100 0.008 0.000
#> SRR1146085 4 0.4877 0.2359 0.000 0.328 0.008 0.664
#> SRR1146086 2 0.2530 0.6873 0.000 0.896 0.004 0.100
#> SRR1146087 1 0.4428 0.7401 0.720 0.004 0.276 0.000
#> SRR1146088 4 0.7344 0.2514 0.000 0.180 0.316 0.504
#> SRR1146089 1 0.3032 0.8442 0.868 0.124 0.008 0.000
#> SRR1146090 1 0.2918 0.8527 0.876 0.116 0.008 0.000
#> SRR1146091 2 0.5183 0.1501 0.408 0.584 0.008 0.000
#> SRR1146092 1 0.4188 0.7708 0.752 0.004 0.244 0.000
#> SRR1146093 1 0.4262 0.7761 0.756 0.008 0.236 0.000
#> SRR1146094 1 0.4964 0.6091 0.616 0.004 0.380 0.000
#> SRR1146095 1 0.2198 0.8832 0.920 0.008 0.072 0.000
#> SRR1146096 4 0.4086 0.4856 0.000 0.216 0.008 0.776
#> SRR1146097 1 0.4220 0.7674 0.748 0.004 0.248 0.000
#> SRR1146098 1 0.4422 0.7614 0.736 0.008 0.256 0.000
#> SRR1146099 1 0.4836 0.6294 0.672 0.320 0.008 0.000
#> SRR1146100 1 0.2739 0.8942 0.904 0.036 0.060 0.000
#> SRR1146101 4 0.6034 0.6643 0.000 0.164 0.148 0.688
#> SRR1146102 1 0.2048 0.8823 0.928 0.064 0.008 0.000
#> SRR1146103 1 0.1807 0.8863 0.940 0.052 0.008 0.000
#> SRR1146104 1 0.1118 0.8933 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.5257 0.3539 0.548 0.444 0.008 0.000
#> SRR1146106 2 0.1716 0.6839 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1146107 2 0.2125 0.6875 0.000 0.920 0.004 0.076
#> SRR1146108 2 0.1792 0.6854 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146109 2 0.3105 0.6604 0.000 0.856 0.004 0.140
#> SRR1146110 1 0.1970 0.8887 0.932 0.008 0.060 0.000
#> SRR1146111 2 0.4477 0.4135 0.000 0.688 0.000 0.312
#> SRR1146112 1 0.1256 0.8933 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1146113 2 0.1716 0.6839 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1146114 2 0.4353 0.6204 0.000 0.756 0.012 0.232
#> SRR1146115 2 0.4814 0.4355 0.000 0.676 0.008 0.316
#> SRR1146116 2 0.4646 0.6113 0.000 0.796 0.084 0.120
#> SRR1146117 2 0.2928 0.6844 0.000 0.880 0.012 0.108
#> SRR1146118 2 0.3444 0.6306 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1146119 1 0.4012 0.7772 0.800 0.016 0.184 0.000
#> SRR1146120 2 0.2266 0.6886 0.000 0.912 0.004 0.084
#> SRR1146121 2 0.2542 0.6864 0.000 0.904 0.012 0.084
#> SRR1146122 4 0.0188 0.7288 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146123 1 0.2759 0.8956 0.904 0.044 0.052 0.000
#> SRR1146124 1 0.1584 0.8910 0.952 0.036 0.012 0.000
#> SRR1146125 4 0.3764 0.7189 0.000 0.216 0.000 0.784
#> SRR1146126 2 0.4018 0.5821 0.000 0.772 0.004 0.224
#> SRR1146127 2 0.4697 0.2104 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1146128 1 0.1677 0.8956 0.948 0.012 0.040 0.000
#> SRR1146129 1 0.2676 0.8657 0.896 0.092 0.012 0.000
#> SRR1146130 2 0.6680 0.2150 0.000 0.604 0.136 0.260
#> SRR1146131 4 0.0804 0.7244 0.000 0.012 0.008 0.980
#> SRR1146132 1 0.4834 0.7896 0.784 0.096 0.120 0.000
#> SRR1146133 1 0.5039 0.5773 0.592 0.004 0.404 0.000
#> SRR1146134 2 0.3933 0.4737 0.200 0.792 0.008 0.000
#> SRR1146135 1 0.2060 0.8858 0.932 0.052 0.016 0.000
#> SRR1146136 1 0.1820 0.8950 0.944 0.036 0.020 0.000
#> SRR1146137 4 0.6916 0.4500 0.000 0.148 0.280 0.572
#> SRR1146138 3 0.4500 0.6974 0.000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146139 4 0.7698 0.1668 0.000 0.324 0.236 0.440
#> SRR1146140 1 0.2984 0.8869 0.888 0.028 0.084 0.000
#> SRR1146141 1 0.1302 0.8929 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146142 2 0.5112 0.2037 0.000 0.560 0.004 0.436
#> SRR1146143 4 0.5466 0.1406 0.000 0.436 0.016 0.548
#> SRR1146144 4 0.6439 0.6183 0.000 0.176 0.176 0.648
#> SRR1146145 4 0.4621 0.6365 0.000 0.284 0.008 0.708
#> SRR1146146 4 0.2334 0.7589 0.000 0.088 0.004 0.908
#> SRR1146147 1 0.3768 0.8195 0.808 0.008 0.184 0.000
#> SRR1146148 1 0.1975 0.8979 0.936 0.016 0.048 0.000
#> SRR1146149 1 0.1452 0.8934 0.956 0.008 0.036 0.000
#> SRR1146150 2 0.5244 0.0580 0.436 0.556 0.008 0.000
#> SRR1146151 1 0.6267 0.5334 0.648 0.240 0.112 0.000
#> SRR1146152 1 0.2773 0.8663 0.880 0.004 0.116 0.000
#> SRR1146153 4 0.4875 0.7257 0.000 0.160 0.068 0.772
#> SRR1146154 3 0.5257 -0.3247 0.444 0.008 0.548 0.000
#> SRR1146155 1 0.1356 0.8919 0.960 0.032 0.008 0.000
#> SRR1146156 1 0.1890 0.8880 0.936 0.008 0.056 0.000
#> SRR1146157 1 0.2032 0.8967 0.936 0.036 0.028 0.000
#> SRR1146158 1 0.1118 0.8933 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.1452 0.8960 0.956 0.008 0.036 0.000
#> SRR1146160 1 0.1474 0.8915 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146161 1 0.1042 0.8956 0.972 0.008 0.020 0.000
#> SRR1146162 1 0.0336 0.8962 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146163 1 0.1807 0.8863 0.940 0.052 0.008 0.000
#> SRR1146164 1 0.1970 0.8866 0.932 0.008 0.060 0.000
#> SRR1146165 1 0.1256 0.8946 0.964 0.008 0.028 0.000
#> SRR1146166 4 0.4212 0.5757 0.000 0.012 0.216 0.772
#> SRR1146167 3 0.4746 0.6447 0.000 0.000 0.632 0.368
#> SRR1146168 1 0.2048 0.8750 0.928 0.008 0.064 0.000
#> SRR1146169 4 0.7084 0.3840 0.000 0.164 0.284 0.552
#> SRR1146170 4 0.4624 0.7324 0.000 0.164 0.052 0.784
#> SRR1146171 4 0.0921 0.7275 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1146172 4 0.6433 0.6115 0.000 0.164 0.188 0.648
#> SRR1146173 4 0.2469 0.6963 0.000 0.000 0.108 0.892
#> SRR1146174 4 0.2385 0.7561 0.000 0.052 0.028 0.920
#> SRR1146175 4 0.2101 0.7216 0.000 0.060 0.012 0.928
#> SRR1146176 4 0.1042 0.7344 0.000 0.008 0.020 0.972
#> SRR1146177 4 0.1284 0.7222 0.000 0.024 0.012 0.964
#> SRR1146178 3 0.4331 0.6989 0.000 0.000 0.712 0.288
#> SRR1146179 4 0.3907 0.7128 0.000 0.232 0.000 0.768
#> SRR1146180 4 0.1792 0.7532 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1146181 4 0.6503 0.5987 0.000 0.164 0.196 0.640
#> SRR1146182 4 0.0469 0.7274 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146183 4 0.5800 0.6830 0.000 0.164 0.128 0.708
#> SRR1146184 4 0.3219 0.7434 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1146185 3 0.4406 0.7023 0.000 0.000 0.700 0.300
#> SRR1146186 4 0.1940 0.7139 0.000 0.000 0.076 0.924
#> SRR1146187 3 0.6915 0.5304 0.000 0.140 0.564 0.296
#> SRR1146188 3 0.4730 0.6559 0.000 0.000 0.636 0.364
#> SRR1146189 4 0.6121 0.6541 0.000 0.164 0.156 0.680
#> SRR1146190 4 0.4564 0.4654 0.000 0.000 0.328 0.672
#> SRR1146191 4 0.2589 0.6909 0.000 0.000 0.116 0.884
#> SRR1146192 4 0.5540 0.6974 0.000 0.164 0.108 0.728
#> SRR1146193 4 0.0000 0.7288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146194 4 0.1022 0.7180 0.000 0.000 0.032 0.968
#> SRR1146195 4 0.4370 0.7415 0.000 0.156 0.044 0.800
#> SRR1146196 4 0.3695 0.7464 0.000 0.156 0.016 0.828
#> SRR1146197 4 0.6163 0.6498 0.000 0.164 0.160 0.676
#> SRR1146198 4 0.2831 0.7575 0.000 0.120 0.004 0.876
#> SRR1146199 1 0.5155 0.4251 0.528 0.004 0.468 0.000
#> SRR1146200 4 0.0336 0.7307 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146201 4 0.5897 0.6735 0.000 0.164 0.136 0.700
#> SRR1146202 2 0.5290 -0.0562 0.476 0.516 0.008 0.000
#> SRR1146203 1 0.0921 0.8954 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1146204 1 0.1635 0.8907 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR1146205 1 0.3684 0.8421 0.844 0.004 0.132 0.020
#> SRR1146206 1 0.4037 0.8309 0.824 0.136 0.040 0.000
#> SRR1146207 4 0.3907 0.6240 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1146208 1 0.1635 0.8890 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR1146209 1 0.1824 0.8878 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR1146210 1 0.1151 0.8942 0.968 0.024 0.008 0.000
#> SRR1146211 1 0.3401 0.8446 0.840 0.008 0.152 0.000
#> SRR1146212 1 0.3899 0.8709 0.840 0.108 0.052 0.000
#> SRR1146213 4 0.2654 0.7585 0.000 0.108 0.004 0.888
#> SRR1146214 1 0.1256 0.8928 0.964 0.028 0.008 0.000
#> SRR1146215 1 0.0524 0.8959 0.988 0.008 0.004 0.000
#> SRR1146216 4 0.4917 0.3005 0.000 0.336 0.008 0.656
#> SRR1146217 1 0.5162 0.6146 0.752 0.012 0.040 0.196
#> SRR1146218 1 0.1807 0.8863 0.940 0.052 0.008 0.000
#> SRR1146219 1 0.1722 0.8879 0.944 0.048 0.008 0.000
#> SRR1146220 1 0.1807 0.8863 0.940 0.052 0.008 0.000
#> SRR1146221 1 0.1807 0.8863 0.940 0.052 0.008 0.000
#> SRR1146222 1 0.1545 0.8926 0.952 0.008 0.040 0.000
#> SRR1146223 1 0.2222 0.8924 0.924 0.016 0.060 0.000
#> SRR1146224 2 0.4661 0.4180 0.264 0.724 0.008 0.004
#> SRR1146225 1 0.2334 0.8791 0.908 0.004 0.088 0.000
#> SRR1146226 1 0.1824 0.8903 0.936 0.004 0.060 0.000
#> SRR1146227 1 0.1807 0.8863 0.940 0.052 0.008 0.000
#> SRR1146228 1 0.1890 0.8852 0.936 0.056 0.008 0.000
#> SRR1146229 1 0.1635 0.8890 0.948 0.044 0.008 0.000
#> SRR1146230 4 0.3355 0.7449 0.000 0.160 0.004 0.836
#> SRR1146231 4 0.4083 0.7520 0.000 0.100 0.068 0.832
#> SRR1146232 2 0.2081 0.6887 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146233 1 0.2021 0.8927 0.932 0.012 0.056 0.000
#> SRR1146234 1 0.1356 0.8925 0.960 0.032 0.008 0.000
#> SRR1146235 1 0.0336 0.8952 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146236 4 0.3024 0.7506 0.000 0.148 0.000 0.852
#> SRR1146237 1 0.1004 0.8957 0.972 0.024 0.004 0.000
#> SRR1146238 4 0.0000 0.7288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146239 1 0.1722 0.8879 0.944 0.048 0.008 0.000
#> SRR1146240 1 0.0672 0.8958 0.984 0.008 0.008 0.000
#> SRR1146241 1 0.2565 0.8949 0.912 0.032 0.056 0.000
#> SRR1146242 1 0.4423 0.8383 0.788 0.036 0.176 0.000
#> SRR1146243 4 0.2345 0.7587 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1146244 4 0.2593 0.7593 0.000 0.104 0.004 0.892
#> SRR1146245 4 0.2408 0.7585 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1146246 4 0.0188 0.7298 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146247 4 0.0000 0.7288 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146248 4 0.3569 0.4801 0.000 0.000 0.196 0.804
#> SRR1146249 4 0.3907 0.5422 0.000 0.000 0.232 0.768
#> SRR1146250 4 0.3402 0.7455 0.000 0.164 0.004 0.832
#> SRR1146252 1 0.0376 0.8958 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1146253 1 0.0817 0.8958 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146254 1 0.0927 0.8945 0.976 0.016 0.008 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 3 0.6105 0.46408 0.000 0.080 0.636 0.052 0.232
#> SRR1146077 5 0.4278 0.71168 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1146078 5 0.4060 0.77540 0.360 0.000 0.000 0.000 0.640
#> SRR1146079 1 0.4268 -0.32669 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1146080 1 0.2773 0.62677 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1146081 5 0.4227 0.76774 0.420 0.000 0.000 0.000 0.580
#> SRR1146082 1 0.2865 0.55821 0.856 0.132 0.008 0.000 0.004
#> SRR1146083 1 0.2891 0.63894 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
#> SRR1146084 1 0.1282 0.67721 0.952 0.044 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146085 4 0.5061 0.09806 0.000 0.432 0.012 0.540 0.016
#> SRR1146086 2 0.1179 0.72908 0.000 0.964 0.004 0.016 0.016
#> SRR1146087 5 0.4808 0.75035 0.348 0.000 0.032 0.000 0.620
#> SRR1146088 3 0.6750 0.44770 0.000 0.200 0.580 0.048 0.172
#> SRR1146089 1 0.1518 0.66919 0.944 0.048 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146090 1 0.2284 0.61879 0.896 0.096 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146091 1 0.5121 -0.00756 0.500 0.468 0.028 0.000 0.004
#> SRR1146092 5 0.4256 0.75366 0.436 0.000 0.000 0.000 0.564
#> SRR1146093 5 0.4219 0.77076 0.416 0.000 0.000 0.000 0.584
#> SRR1146094 5 0.5053 0.74443 0.324 0.000 0.052 0.000 0.624
#> SRR1146095 1 0.4249 -0.28076 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1146096 4 0.1894 0.60027 0.000 0.072 0.000 0.920 0.008
#> SRR1146097 5 0.4249 0.75914 0.432 0.000 0.000 0.000 0.568
#> SRR1146098 1 0.4300 -0.52340 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1146099 1 0.4335 0.20921 0.664 0.324 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146100 1 0.1965 0.68971 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1146101 4 0.5946 0.55582 0.000 0.224 0.184 0.592 0.000
#> SRR1146102 1 0.0932 0.69347 0.972 0.020 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146103 1 0.0324 0.70104 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146104 1 0.0609 0.70785 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1146105 1 0.5149 0.08888 0.572 0.388 0.036 0.000 0.004
#> SRR1146106 2 0.2818 0.70900 0.000 0.860 0.128 0.008 0.004
#> SRR1146107 2 0.1179 0.72575 0.000 0.964 0.016 0.004 0.016
#> SRR1146108 2 0.3022 0.70924 0.000 0.848 0.136 0.012 0.004
#> SRR1146109 2 0.2624 0.65085 0.000 0.872 0.012 0.116 0.000
#> SRR1146110 1 0.2773 0.64282 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1146111 2 0.3318 0.56346 0.000 0.808 0.012 0.180 0.000
#> SRR1146112 1 0.3953 0.59784 0.784 0.000 0.048 0.000 0.168
#> SRR1146113 2 0.2956 0.70584 0.000 0.848 0.140 0.008 0.004
#> SRR1146114 2 0.4347 0.61855 0.000 0.744 0.004 0.212 0.040
#> SRR1146115 2 0.3055 0.61587 0.000 0.840 0.016 0.144 0.000
#> SRR1146116 2 0.3745 0.69459 0.000 0.832 0.088 0.068 0.012
#> SRR1146117 2 0.2228 0.71908 0.000 0.920 0.012 0.028 0.040
#> SRR1146118 2 0.3197 0.67948 0.000 0.832 0.012 0.152 0.004
#> SRR1146119 1 0.2719 0.61688 0.852 0.000 0.144 0.000 0.004
#> SRR1146120 2 0.0727 0.72857 0.000 0.980 0.004 0.004 0.012
#> SRR1146121 2 0.1469 0.72248 0.000 0.948 0.016 0.000 0.036
#> SRR1146122 4 0.0451 0.65472 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1146123 1 0.1965 0.68318 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1146124 1 0.0898 0.70841 0.972 0.000 0.008 0.000 0.020
#> SRR1146125 4 0.6197 0.46029 0.000 0.192 0.232 0.572 0.004
#> SRR1146126 2 0.3482 0.71009 0.000 0.844 0.104 0.040 0.012
#> SRR1146127 2 0.4103 0.67971 0.000 0.796 0.136 0.060 0.008
#> SRR1146128 1 0.2773 0.65076 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1146129 1 0.2086 0.66306 0.924 0.048 0.020 0.000 0.008
#> SRR1146130 2 0.5206 0.32288 0.000 0.572 0.384 0.040 0.004
#> SRR1146131 4 0.1498 0.62325 0.000 0.016 0.008 0.952 0.024
#> SRR1146132 1 0.6139 0.18640 0.636 0.108 0.216 0.000 0.040
#> SRR1146133 5 0.5641 0.70253 0.312 0.000 0.088 0.004 0.596
#> SRR1146134 2 0.5284 0.42665 0.300 0.640 0.044 0.000 0.016
#> SRR1146135 1 0.0404 0.70279 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.2795 0.68501 0.872 0.000 0.028 0.000 0.100
#> SRR1146137 3 0.6947 0.51331 0.000 0.128 0.556 0.248 0.068
#> SRR1146138 3 0.5372 0.53835 0.000 0.000 0.668 0.152 0.180
#> SRR1146139 3 0.6545 0.36778 0.000 0.348 0.468 0.180 0.004
#> SRR1146140 1 0.2471 0.66132 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1146141 1 0.2929 0.63038 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1146142 2 0.3430 0.56935 0.000 0.776 0.000 0.220 0.004
#> SRR1146143 2 0.4478 0.30902 0.000 0.628 0.004 0.360 0.008
#> SRR1146144 3 0.6693 0.34942 0.000 0.208 0.440 0.348 0.004
#> SRR1146145 4 0.5447 0.45943 0.000 0.280 0.084 0.632 0.004
#> SRR1146146 4 0.4541 0.67660 0.000 0.136 0.112 0.752 0.000
#> SRR1146147 5 0.4860 0.71977 0.440 0.000 0.016 0.004 0.540
#> SRR1146148 1 0.2471 0.65399 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1146149 1 0.3508 0.50309 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1146150 1 0.4927 0.09762 0.584 0.388 0.024 0.000 0.004
#> SRR1146151 1 0.6331 0.03103 0.548 0.160 0.284 0.000 0.008
#> SRR1146152 1 0.4283 -0.42721 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1146153 4 0.6351 0.19080 0.000 0.152 0.344 0.500 0.004
#> SRR1146154 5 0.5316 0.55763 0.156 0.000 0.152 0.004 0.688
#> SRR1146155 1 0.0609 0.70856 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1146156 1 0.3039 0.61038 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1146157 1 0.0794 0.70816 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1146158 1 0.1197 0.70895 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1146159 1 0.2230 0.68973 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1146160 1 0.2719 0.66857 0.852 0.000 0.004 0.000 0.144
#> SRR1146161 1 0.3999 0.49355 0.740 0.000 0.020 0.000 0.240
#> SRR1146162 1 0.2516 0.67024 0.860 0.000 0.000 0.000 0.140
#> SRR1146163 1 0.0740 0.69819 0.980 0.008 0.008 0.000 0.004
#> SRR1146164 1 0.3684 0.43468 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1146165 1 0.2605 0.65841 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1146166 4 0.5187 0.13400 0.000 0.048 0.336 0.612 0.004
#> SRR1146167 4 0.6799 -0.19007 0.000 0.004 0.380 0.388 0.228
#> SRR1146168 1 0.5714 0.17884 0.624 0.000 0.212 0.000 0.164
#> SRR1146169 4 0.6414 0.46620 0.000 0.236 0.224 0.536 0.004
#> SRR1146170 4 0.5779 0.58271 0.000 0.212 0.172 0.616 0.000
#> SRR1146171 4 0.0324 0.64699 0.000 0.004 0.000 0.992 0.004
#> SRR1146172 3 0.6553 0.22410 0.000 0.204 0.432 0.364 0.000
#> SRR1146173 4 0.2536 0.66758 0.000 0.004 0.128 0.868 0.000
#> SRR1146174 4 0.2012 0.67274 0.000 0.060 0.020 0.920 0.000
#> SRR1146175 4 0.1717 0.66096 0.000 0.052 0.008 0.936 0.004
#> SRR1146176 4 0.1243 0.65971 0.000 0.028 0.008 0.960 0.004
#> SRR1146177 4 0.3211 0.56322 0.000 0.064 0.008 0.864 0.064
#> SRR1146178 3 0.4293 0.50142 0.000 0.004 0.772 0.064 0.160
#> SRR1146179 4 0.5865 0.33562 0.000 0.332 0.116 0.552 0.000
#> SRR1146180 4 0.2011 0.67286 0.000 0.088 0.000 0.908 0.004
#> SRR1146181 3 0.6104 0.44411 0.000 0.140 0.560 0.296 0.004
#> SRR1146182 4 0.0671 0.64823 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1146183 4 0.6059 0.52511 0.000 0.244 0.184 0.572 0.000
#> SRR1146184 4 0.5741 0.59871 0.000 0.204 0.156 0.636 0.004
#> SRR1146185 3 0.4637 0.54361 0.000 0.000 0.744 0.128 0.128
#> SRR1146186 4 0.2179 0.67010 0.000 0.000 0.112 0.888 0.000
#> SRR1146187 3 0.5742 0.55006 0.000 0.148 0.696 0.052 0.104
#> SRR1146188 4 0.6539 0.08048 0.000 0.004 0.292 0.500 0.204
#> SRR1146189 4 0.6219 0.46146 0.000 0.212 0.240 0.548 0.000
#> SRR1146190 4 0.5758 0.49710 0.000 0.028 0.308 0.608 0.056
#> SRR1146191 4 0.2471 0.66502 0.000 0.000 0.136 0.864 0.000
#> SRR1146192 4 0.5731 0.58871 0.000 0.196 0.180 0.624 0.000
#> SRR1146193 4 0.0613 0.64375 0.000 0.008 0.004 0.984 0.004
#> SRR1146194 4 0.2756 0.55098 0.000 0.004 0.092 0.880 0.024
#> SRR1146195 4 0.6159 0.57152 0.000 0.196 0.188 0.604 0.012
#> SRR1146196 4 0.5399 0.62517 0.000 0.188 0.148 0.664 0.000
#> SRR1146197 3 0.6485 0.27620 0.000 0.196 0.460 0.344 0.000
#> SRR1146198 4 0.5038 0.65728 0.000 0.164 0.132 0.704 0.000
#> SRR1146199 5 0.5484 0.65337 0.240 0.000 0.120 0.000 0.640
#> SRR1146200 4 0.1074 0.64625 0.000 0.012 0.016 0.968 0.004
#> SRR1146201 3 0.6593 0.19460 0.000 0.212 0.420 0.368 0.000
#> SRR1146202 1 0.5238 0.20206 0.640 0.292 0.064 0.000 0.004
#> SRR1146203 1 0.2329 0.68202 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1146204 1 0.1502 0.70352 0.940 0.000 0.004 0.000 0.056
#> SRR1146205 1 0.7028 -0.41010 0.428 0.008 0.320 0.004 0.240
#> SRR1146206 1 0.5594 0.41189 0.708 0.152 0.056 0.000 0.084
#> SRR1146207 4 0.4826 0.56271 0.000 0.004 0.116 0.736 0.144
#> SRR1146208 1 0.0794 0.70830 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1146209 1 0.3612 0.47940 0.732 0.000 0.000 0.000 0.268
#> SRR1146210 1 0.1608 0.70301 0.928 0.000 0.000 0.000 0.072
#> SRR1146211 5 0.4446 0.63288 0.476 0.000 0.004 0.000 0.520
#> SRR1146212 1 0.3362 0.62474 0.844 0.080 0.000 0.000 0.076
#> SRR1146213 4 0.4704 0.67135 0.000 0.152 0.112 0.736 0.000
#> SRR1146214 1 0.0794 0.70941 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1146215 1 0.2773 0.63570 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1146216 2 0.4912 0.32218 0.000 0.572 0.008 0.404 0.016
#> SRR1146217 1 0.8019 -0.13628 0.424 0.000 0.152 0.272 0.152
#> SRR1146218 1 0.0290 0.70249 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146219 1 0.0451 0.70254 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146220 1 0.0992 0.69769 0.968 0.000 0.024 0.000 0.008
#> SRR1146221 1 0.0486 0.69995 0.988 0.004 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146222 1 0.2605 0.66267 0.852 0.000 0.000 0.000 0.148
#> SRR1146223 1 0.2732 0.64137 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1146224 2 0.5687 0.32634 0.348 0.580 0.052 0.000 0.020
#> SRR1146225 1 0.4294 -0.45238 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1146226 1 0.2966 0.62337 0.816 0.000 0.000 0.000 0.184
#> SRR1146227 1 0.0451 0.70168 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146228 1 0.0613 0.69867 0.984 0.008 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146229 1 0.0162 0.70407 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146230 4 0.5460 0.61973 0.000 0.196 0.148 0.656 0.000
#> SRR1146231 4 0.5200 0.64878 0.000 0.152 0.160 0.688 0.000
#> SRR1146232 2 0.2464 0.71899 0.000 0.892 0.092 0.012 0.004
#> SRR1146233 1 0.2230 0.67792 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1146234 1 0.0609 0.70856 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1146235 1 0.2230 0.67804 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1146236 4 0.4818 0.66426 0.000 0.180 0.100 0.720 0.000
#> SRR1146237 1 0.1121 0.70929 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1146238 4 0.0566 0.64546 0.000 0.012 0.000 0.984 0.004
#> SRR1146239 1 0.0000 0.70343 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.3048 0.61216 0.820 0.000 0.004 0.000 0.176
#> SRR1146241 1 0.1908 0.68727 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1146242 1 0.2284 0.68230 0.896 0.004 0.000 0.004 0.096
#> SRR1146243 4 0.4548 0.67532 0.000 0.156 0.096 0.748 0.000
#> SRR1146244 4 0.4789 0.66806 0.000 0.156 0.116 0.728 0.000
#> SRR1146245 4 0.4922 0.66358 0.000 0.156 0.128 0.716 0.000
#> SRR1146246 4 0.3239 0.68346 0.000 0.068 0.080 0.852 0.000
#> SRR1146247 4 0.0451 0.64680 0.000 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1146248 4 0.2332 0.67269 0.000 0.076 0.016 0.904 0.004
#> SRR1146249 4 0.5049 0.62058 0.000 0.048 0.232 0.700 0.020
#> SRR1146250 4 0.5045 0.65442 0.000 0.196 0.108 0.696 0.000
#> SRR1146252 1 0.3039 0.59778 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1146253 1 0.2424 0.67205 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1146254 1 0.2286 0.68238 0.888 0.000 0.004 0.000 0.108
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 6 0.6469 -0.16325 0.000 0.012 0.396 0.028 0.140 0.424
#> SRR1146077 5 0.3446 0.81275 0.308 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000
#> SRR1146078 5 0.3357 0.79702 0.224 0.004 0.000 0.000 0.764 0.008
#> SRR1146079 5 0.3964 0.79641 0.308 0.008 0.004 0.000 0.676 0.004
#> SRR1146080 1 0.3486 0.64686 0.788 0.008 0.024 0.000 0.180 0.000
#> SRR1146081 5 0.3547 0.81613 0.300 0.000 0.000 0.000 0.696 0.004
#> SRR1146082 1 0.2647 0.65383 0.876 0.088 0.020 0.000 0.000 0.016
#> SRR1146083 1 0.3197 0.65561 0.800 0.008 0.004 0.000 0.184 0.004
#> SRR1146084 1 0.1680 0.69704 0.936 0.040 0.004 0.000 0.004 0.016
#> SRR1146085 4 0.5701 -0.18194 0.000 0.408 0.000 0.432 0.000 0.160
#> SRR1146086 2 0.3219 0.65742 0.000 0.820 0.000 0.148 0.020 0.012
#> SRR1146087 5 0.3357 0.78393 0.224 0.000 0.004 0.000 0.764 0.008
#> SRR1146088 3 0.8266 0.18021 0.000 0.216 0.308 0.076 0.300 0.100
#> SRR1146089 1 0.1464 0.69850 0.944 0.036 0.004 0.000 0.000 0.016
#> SRR1146090 1 0.2112 0.66548 0.896 0.088 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1146091 1 0.5103 0.29647 0.616 0.296 0.072 0.000 0.000 0.016
#> SRR1146092 5 0.3955 0.79138 0.340 0.000 0.004 0.000 0.648 0.008
#> SRR1146093 5 0.3330 0.81802 0.284 0.000 0.000 0.000 0.716 0.000
#> SRR1146094 5 0.4518 0.78653 0.236 0.000 0.072 0.000 0.688 0.004
#> SRR1146095 5 0.4047 0.65972 0.384 0.000 0.012 0.000 0.604 0.000
#> SRR1146096 6 0.5515 0.26500 0.000 0.136 0.000 0.372 0.000 0.492
#> SRR1146097 5 0.3784 0.81441 0.308 0.000 0.000 0.000 0.680 0.012
#> SRR1146098 5 0.4351 0.61639 0.416 0.000 0.008 0.000 0.564 0.012
#> SRR1146099 1 0.4301 0.21330 0.580 0.400 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1146100 1 0.2377 0.68495 0.868 0.000 0.004 0.000 0.124 0.004
#> SRR1146101 4 0.2302 0.56665 0.000 0.008 0.120 0.872 0.000 0.000
#> SRR1146102 1 0.1059 0.70799 0.964 0.016 0.000 0.000 0.004 0.016
#> SRR1146103 1 0.0862 0.71256 0.972 0.000 0.008 0.000 0.004 0.016
#> SRR1146104 1 0.1116 0.71904 0.960 0.000 0.004 0.000 0.028 0.008
#> SRR1146105 1 0.3972 0.34698 0.664 0.320 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1146106 2 0.3866 0.55491 0.000 0.736 0.232 0.024 0.000 0.008
#> SRR1146107 2 0.3154 0.65523 0.000 0.800 0.004 0.184 0.000 0.012
#> SRR1146108 2 0.4486 0.41352 0.000 0.584 0.384 0.028 0.000 0.004
#> SRR1146109 2 0.4251 0.54333 0.000 0.624 0.028 0.348 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.3646 0.46295 0.700 0.000 0.004 0.000 0.292 0.004
#> SRR1146111 2 0.4378 0.50672 0.000 0.600 0.032 0.368 0.000 0.000
#> SRR1146112 1 0.6182 0.17485 0.520 0.012 0.224 0.000 0.236 0.008
#> SRR1146113 2 0.4373 0.45951 0.000 0.624 0.344 0.028 0.000 0.004
#> SRR1146114 2 0.4153 0.61682 0.000 0.752 0.004 0.096 0.000 0.148
#> SRR1146115 2 0.4317 0.49426 0.000 0.572 0.016 0.408 0.000 0.004
#> SRR1146116 2 0.2879 0.62047 0.000 0.876 0.052 0.020 0.004 0.048
#> SRR1146117 2 0.3839 0.64941 0.000 0.776 0.004 0.176 0.012 0.032
#> SRR1146118 2 0.3947 0.51850 0.000 0.716 0.016 0.012 0.000 0.256
#> SRR1146119 1 0.2230 0.69335 0.892 0.000 0.084 0.000 0.000 0.024
#> SRR1146120 2 0.2631 0.65953 0.000 0.840 0.000 0.152 0.000 0.008
#> SRR1146121 2 0.3352 0.65249 0.000 0.796 0.004 0.180 0.004 0.016
#> SRR1146122 4 0.3448 0.38490 0.000 0.004 0.000 0.716 0.000 0.280
#> SRR1146123 1 0.2662 0.66091 0.840 0.000 0.004 0.000 0.152 0.004
#> SRR1146124 1 0.1785 0.71926 0.928 0.000 0.016 0.000 0.048 0.008
#> SRR1146125 4 0.6094 0.08658 0.000 0.188 0.288 0.508 0.012 0.004
#> SRR1146126 2 0.4271 0.53873 0.000 0.744 0.196 0.036 0.012 0.012
#> SRR1146127 2 0.5756 0.45327 0.000 0.628 0.220 0.084 0.004 0.064
#> SRR1146128 1 0.3658 0.59241 0.748 0.008 0.008 0.000 0.232 0.004
#> SRR1146129 1 0.2135 0.70292 0.920 0.032 0.012 0.000 0.024 0.012
#> SRR1146130 2 0.6093 0.39056 0.000 0.584 0.256 0.032 0.020 0.108
#> SRR1146131 6 0.4193 0.40235 0.000 0.044 0.000 0.272 0.000 0.684
#> SRR1146132 1 0.6959 0.12518 0.532 0.092 0.120 0.000 0.028 0.228
#> SRR1146133 5 0.5244 0.67082 0.192 0.000 0.152 0.000 0.644 0.012
#> SRR1146134 2 0.5876 0.31864 0.304 0.556 0.112 0.000 0.012 0.016
#> SRR1146135 1 0.0653 0.71377 0.980 0.000 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR1146136 1 0.5631 0.27565 0.588 0.004 0.136 0.000 0.260 0.012
#> SRR1146137 3 0.4807 0.23479 0.000 0.020 0.592 0.364 0.008 0.016
#> SRR1146138 3 0.7072 0.02393 0.000 0.000 0.424 0.200 0.096 0.280
#> SRR1146139 3 0.7017 0.20417 0.000 0.264 0.380 0.304 0.008 0.044
#> SRR1146140 1 0.3104 0.60502 0.788 0.000 0.004 0.000 0.204 0.004
#> SRR1146141 1 0.3248 0.59390 0.768 0.000 0.004 0.000 0.224 0.004
#> SRR1146142 2 0.3748 0.59271 0.000 0.688 0.000 0.300 0.000 0.012
#> SRR1146143 2 0.4739 0.29544 0.000 0.516 0.000 0.436 0.000 0.048
#> SRR1146144 4 0.6446 -0.06709 0.000 0.196 0.352 0.428 0.008 0.016
#> SRR1146145 4 0.6481 0.19684 0.000 0.328 0.060 0.496 0.008 0.108
#> SRR1146146 4 0.0146 0.60683 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146147 5 0.3859 0.80100 0.292 0.008 0.008 0.000 0.692 0.000
#> SRR1146148 1 0.3875 0.48956 0.716 0.000 0.016 0.000 0.260 0.008
#> SRR1146149 1 0.4653 0.19276 0.580 0.008 0.024 0.000 0.384 0.004
#> SRR1146150 1 0.4987 0.44131 0.696 0.184 0.096 0.000 0.008 0.016
#> SRR1146151 1 0.6000 0.14942 0.504 0.112 0.356 0.000 0.008 0.020
#> SRR1146152 5 0.4260 0.78201 0.332 0.000 0.024 0.000 0.640 0.004
#> SRR1146153 4 0.6406 0.25815 0.000 0.172 0.224 0.552 0.012 0.040
#> SRR1146154 5 0.4044 0.60741 0.112 0.008 0.096 0.000 0.780 0.004
#> SRR1146155 1 0.1370 0.72194 0.948 0.000 0.012 0.000 0.036 0.004
#> SRR1146156 1 0.3492 0.62241 0.772 0.008 0.008 0.000 0.208 0.004
#> SRR1146157 1 0.0951 0.71819 0.968 0.000 0.004 0.000 0.020 0.008
#> SRR1146158 1 0.1429 0.71724 0.940 0.000 0.004 0.000 0.052 0.004
#> SRR1146159 1 0.2920 0.66223 0.820 0.000 0.008 0.000 0.168 0.004
#> SRR1146160 1 0.4014 0.51634 0.704 0.000 0.016 0.000 0.268 0.012
#> SRR1146161 1 0.6003 -0.32211 0.444 0.000 0.180 0.000 0.368 0.008
#> SRR1146162 1 0.3096 0.65144 0.812 0.004 0.008 0.000 0.172 0.004
#> SRR1146163 1 0.2296 0.69372 0.908 0.020 0.052 0.000 0.008 0.012
#> SRR1146164 1 0.4400 -0.10992 0.524 0.008 0.012 0.000 0.456 0.000
#> SRR1146165 1 0.3273 0.64823 0.800 0.008 0.008 0.000 0.180 0.004
#> SRR1146166 4 0.6571 -0.12318 0.000 0.032 0.164 0.420 0.008 0.376
#> SRR1146167 3 0.7650 -0.03375 0.000 0.012 0.352 0.288 0.120 0.228
#> SRR1146168 3 0.6075 -0.49445 0.396 0.000 0.404 0.000 0.192 0.008
#> SRR1146169 4 0.2507 0.58669 0.000 0.020 0.060 0.892 0.000 0.028
#> SRR1146170 4 0.1858 0.59411 0.000 0.012 0.076 0.912 0.000 0.000
#> SRR1146171 4 0.3869 -0.13375 0.000 0.000 0.000 0.500 0.000 0.500
#> SRR1146172 4 0.5327 0.03724 0.000 0.100 0.360 0.536 0.000 0.004
#> SRR1146173 4 0.3175 0.41605 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1146174 4 0.4453 -0.01213 0.000 0.004 0.020 0.524 0.000 0.452
#> SRR1146175 4 0.4308 -0.07432 0.000 0.004 0.012 0.516 0.000 0.468
#> SRR1146176 4 0.4394 -0.11567 0.000 0.004 0.016 0.492 0.000 0.488
#> SRR1146177 6 0.5781 0.29704 0.000 0.164 0.004 0.344 0.000 0.488
#> SRR1146178 6 0.6961 -0.21475 0.000 0.000 0.376 0.136 0.108 0.380
#> SRR1146179 4 0.6011 0.23911 0.000 0.264 0.184 0.532 0.000 0.020
#> SRR1146180 4 0.3619 0.29938 0.000 0.004 0.000 0.680 0.000 0.316
#> SRR1146181 3 0.6356 0.23707 0.000 0.152 0.476 0.340 0.016 0.016
#> SRR1146182 4 0.4098 -0.13414 0.000 0.008 0.000 0.496 0.000 0.496
#> SRR1146183 4 0.3840 0.30874 0.000 0.020 0.284 0.696 0.000 0.000
#> SRR1146184 4 0.2488 0.57250 0.000 0.008 0.124 0.864 0.004 0.000
#> SRR1146185 4 0.7252 -0.35516 0.000 0.000 0.308 0.312 0.088 0.292
#> SRR1146186 4 0.3101 0.43369 0.000 0.000 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146187 3 0.6881 0.27277 0.000 0.016 0.516 0.184 0.068 0.216
#> SRR1146188 6 0.6124 0.00305 0.000 0.000 0.332 0.088 0.064 0.516
#> SRR1146189 4 0.3014 0.49168 0.000 0.012 0.184 0.804 0.000 0.000
#> SRR1146190 4 0.2278 0.55789 0.000 0.000 0.128 0.868 0.004 0.000
#> SRR1146191 4 0.3163 0.44344 0.000 0.000 0.004 0.764 0.000 0.232
#> SRR1146192 4 0.1155 0.60624 0.000 0.004 0.036 0.956 0.000 0.004
#> SRR1146193 6 0.4098 0.02157 0.000 0.008 0.000 0.496 0.000 0.496
#> SRR1146194 6 0.3816 0.41879 0.000 0.000 0.028 0.200 0.012 0.760
#> SRR1146195 4 0.1109 0.60804 0.000 0.004 0.016 0.964 0.012 0.004
#> SRR1146196 4 0.1332 0.61034 0.000 0.008 0.028 0.952 0.000 0.012
#> SRR1146197 4 0.5239 -0.10744 0.000 0.080 0.440 0.476 0.004 0.000
#> SRR1146198 4 0.0291 0.60814 0.000 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR1146199 5 0.4257 0.56702 0.100 0.012 0.092 0.000 0.780 0.016
#> SRR1146200 6 0.4322 0.12974 0.000 0.000 0.020 0.452 0.000 0.528
#> SRR1146201 4 0.5959 -0.11153 0.000 0.132 0.376 0.472 0.020 0.000
#> SRR1146202 1 0.5286 0.35668 0.644 0.120 0.216 0.000 0.000 0.020
#> SRR1146203 1 0.2655 0.68372 0.848 0.000 0.008 0.000 0.140 0.004
#> SRR1146204 1 0.1881 0.71416 0.928 0.008 0.020 0.000 0.040 0.004
#> SRR1146205 5 0.5901 0.62503 0.304 0.000 0.232 0.000 0.464 0.000
#> SRR1146206 1 0.5357 0.42966 0.644 0.252 0.028 0.000 0.064 0.012
#> SRR1146207 4 0.5909 0.14849 0.000 0.000 0.244 0.568 0.028 0.160
#> SRR1146208 1 0.1413 0.71492 0.948 0.004 0.008 0.000 0.036 0.004
#> SRR1146209 1 0.4294 0.22474 0.592 0.008 0.012 0.000 0.388 0.000
#> SRR1146210 1 0.1657 0.71896 0.928 0.000 0.016 0.000 0.056 0.000
#> SRR1146211 5 0.4329 0.61538 0.404 0.008 0.012 0.000 0.576 0.000
#> SRR1146212 1 0.3348 0.67324 0.832 0.060 0.000 0.000 0.096 0.012
#> SRR1146213 4 0.0000 0.60752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146214 1 0.1644 0.71998 0.932 0.000 0.012 0.000 0.052 0.004
#> SRR1146215 1 0.3240 0.65173 0.804 0.008 0.008 0.000 0.176 0.004
#> SRR1146216 2 0.5450 0.43250 0.000 0.560 0.000 0.276 0.000 0.164
#> SRR1146217 1 0.6537 0.03832 0.476 0.012 0.036 0.332 0.144 0.000
#> SRR1146218 1 0.0520 0.71615 0.984 0.000 0.000 0.000 0.008 0.008
#> SRR1146219 1 0.1346 0.71853 0.952 0.000 0.016 0.000 0.024 0.008
#> SRR1146220 1 0.1780 0.71365 0.932 0.000 0.028 0.000 0.028 0.012
#> SRR1146221 1 0.0622 0.71365 0.980 0.012 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146222 1 0.3273 0.64852 0.800 0.008 0.008 0.000 0.180 0.004
#> SRR1146223 1 0.3905 0.39464 0.668 0.000 0.016 0.000 0.316 0.000
#> SRR1146224 1 0.6264 0.10793 0.488 0.328 0.156 0.000 0.008 0.020
#> SRR1146225 5 0.3835 0.78629 0.336 0.000 0.004 0.000 0.656 0.004
#> SRR1146226 1 0.3276 0.58520 0.764 0.000 0.004 0.000 0.228 0.004
#> SRR1146227 1 0.0951 0.71566 0.968 0.000 0.020 0.000 0.004 0.008
#> SRR1146228 1 0.1015 0.71060 0.968 0.012 0.004 0.000 0.004 0.012
#> SRR1146229 1 0.0862 0.71754 0.972 0.000 0.008 0.000 0.016 0.004
#> SRR1146230 4 0.0405 0.60804 0.000 0.004 0.008 0.988 0.000 0.000
#> SRR1146231 4 0.0653 0.60951 0.000 0.004 0.012 0.980 0.000 0.004
#> SRR1146232 2 0.3130 0.59957 0.000 0.824 0.144 0.028 0.000 0.004
#> SRR1146233 1 0.2700 0.66461 0.836 0.000 0.004 0.000 0.156 0.004
#> SRR1146234 1 0.1307 0.72157 0.952 0.000 0.008 0.000 0.032 0.008
#> SRR1146235 1 0.3184 0.67391 0.828 0.008 0.020 0.000 0.140 0.004
#> SRR1146236 4 0.0405 0.60637 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1146237 1 0.1555 0.71623 0.932 0.000 0.004 0.000 0.060 0.004
#> SRR1146238 4 0.3867 -0.10646 0.000 0.000 0.000 0.512 0.000 0.488
#> SRR1146239 1 0.0551 0.71397 0.984 0.000 0.004 0.000 0.004 0.008
#> SRR1146240 1 0.4437 0.50069 0.680 0.008 0.028 0.000 0.276 0.008
#> SRR1146241 1 0.2420 0.68354 0.864 0.000 0.004 0.000 0.128 0.004
#> SRR1146242 1 0.3220 0.67269 0.840 0.004 0.004 0.000 0.096 0.056
#> SRR1146243 4 0.0260 0.60635 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146244 4 0.0000 0.60752 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146245 4 0.0551 0.60868 0.000 0.008 0.004 0.984 0.000 0.004
#> SRR1146246 4 0.1501 0.57780 0.000 0.000 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1146247 4 0.3851 -0.03411 0.000 0.000 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1146248 4 0.2006 0.54957 0.000 0.004 0.000 0.892 0.000 0.104
#> SRR1146249 4 0.1644 0.57983 0.000 0.000 0.076 0.920 0.000 0.004
#> SRR1146250 4 0.0692 0.60702 0.000 0.020 0.000 0.976 0.000 0.004
#> SRR1146252 1 0.3641 0.55279 0.732 0.000 0.020 0.000 0.248 0.000
#> SRR1146253 1 0.3206 0.65486 0.808 0.008 0.008 0.000 0.172 0.004
#> SRR1146254 1 0.2961 0.68509 0.840 0.000 0.020 0.000 0.132 0.008
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.990 0.996 0.5020 0.499 0.499
#> 3 3 0.822 0.898 0.915 0.1946 0.907 0.815
#> 4 4 0.612 0.472 0.793 0.1286 0.985 0.965
#> 5 5 0.613 0.626 0.743 0.0931 0.871 0.688
#> 6 6 0.621 0.525 0.732 0.0497 0.925 0.749
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146077 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146089 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146090 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146091 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146102 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146123 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146126 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146127 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146131 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146132 1 0.0938 0.983 0.988 0.012
#> SRR1146133 1 0.2236 0.961 0.964 0.036
#> SRR1146134 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146135 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146138 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146139 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146144 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146145 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146146 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146147 1 0.0938 0.983 0.988 0.012
#> SRR1146148 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146151 1 0.1843 0.969 0.972 0.028
#> SRR1146152 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146154 1 0.2236 0.961 0.964 0.036
#> SRR1146155 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146167 2 0.3733 0.921 0.072 0.928
#> SRR1146168 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146170 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146171 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146172 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146173 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146174 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146175 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146176 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146177 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146181 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146182 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146183 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146184 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146185 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146186 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146187 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146188 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146189 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146190 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146191 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146192 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146193 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146194 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146195 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146196 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146197 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146198 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146199 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146201 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146202 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.2423 0.957 0.960 0.040
#> SRR1146206 1 0.2236 0.961 0.964 0.036
#> SRR1146207 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0672 0.986 0.992 0.008
#> SRR1146212 1 0.2423 0.957 0.960 0.040
#> SRR1146213 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146217 1 0.9775 0.301 0.588 0.412
#> SRR1146218 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146224 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146225 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146231 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146232 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146239 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146244 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146245 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146246 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146247 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146248 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146249 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.0000 0.999 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 0.993 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146077 1 0.0592 0.848 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146078 1 0.1031 0.838 0.976 0.000 0.024
#> SRR1146079 1 0.4235 0.853 0.824 0.000 0.176
#> SRR1146080 1 0.4555 0.843 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146081 1 0.0747 0.847 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146082 3 0.3412 0.899 0.124 0.000 0.876
#> SRR1146083 1 0.0424 0.844 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146084 3 0.3816 0.884 0.148 0.000 0.852
#> SRR1146085 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146087 1 0.4452 0.849 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146088 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146089 3 0.3412 0.899 0.124 0.000 0.876
#> SRR1146090 3 0.2261 0.915 0.068 0.000 0.932
#> SRR1146091 3 0.1753 0.913 0.048 0.000 0.952
#> SRR1146092 1 0.0424 0.844 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146093 1 0.0747 0.847 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146094 1 0.4291 0.850 0.820 0.000 0.180
#> SRR1146095 1 0.3192 0.865 0.888 0.000 0.112
#> SRR1146096 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.0747 0.847 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146098 1 0.0424 0.844 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146099 3 0.3816 0.884 0.148 0.000 0.852
#> SRR1146100 1 0.1031 0.855 0.976 0.000 0.024
#> SRR1146101 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146102 3 0.3816 0.884 0.148 0.000 0.852
#> SRR1146103 3 0.4702 0.773 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146104 1 0.1753 0.855 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146105 3 0.4235 0.828 0.176 0.000 0.824
#> SRR1146106 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.1289 0.854 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146111 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146112 1 0.4702 0.837 0.788 0.000 0.212
#> SRR1146113 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146119 1 0.6140 0.563 0.596 0.000 0.404
#> SRR1146120 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146122 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146123 1 0.5291 0.782 0.732 0.000 0.268
#> SRR1146124 1 0.4235 0.851 0.824 0.000 0.176
#> SRR1146125 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146126 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146128 1 0.5216 0.786 0.740 0.000 0.260
#> SRR1146129 3 0.2261 0.915 0.068 0.000 0.932
#> SRR1146130 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146132 1 0.6381 0.673 0.648 0.012 0.340
#> SRR1146133 1 0.5775 0.799 0.728 0.012 0.260
#> SRR1146134 3 0.1753 0.911 0.048 0.000 0.952
#> SRR1146135 1 0.6140 0.563 0.596 0.000 0.404
#> SRR1146136 1 0.4504 0.848 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146137 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146138 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146139 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0424 0.844 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146141 1 0.1860 0.860 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146142 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146145 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146146 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146147 1 0.5072 0.837 0.792 0.012 0.196
#> SRR1146148 1 0.4178 0.852 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146149 1 0.3941 0.858 0.844 0.000 0.156
#> SRR1146150 3 0.1753 0.913 0.048 0.000 0.952
#> SRR1146151 3 0.1129 0.889 0.020 0.004 0.976
#> SRR1146152 1 0.4291 0.853 0.820 0.000 0.180
#> SRR1146153 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146154 1 0.5406 0.824 0.764 0.012 0.224
#> SRR1146155 1 0.0424 0.846 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146156 1 0.0747 0.848 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146157 1 0.0747 0.847 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146158 1 0.3192 0.865 0.888 0.000 0.112
#> SRR1146159 1 0.5178 0.802 0.744 0.000 0.256
#> SRR1146160 1 0.2959 0.864 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146161 1 0.4452 0.850 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146162 1 0.3752 0.861 0.856 0.000 0.144
#> SRR1146163 3 0.5098 0.763 0.248 0.000 0.752
#> SRR1146164 1 0.3412 0.863 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146165 1 0.0424 0.844 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146166 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146167 2 0.3129 0.889 0.008 0.904 0.088
#> SRR1146168 1 0.4504 0.848 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146169 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146170 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146171 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146172 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146173 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146174 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146175 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146176 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146177 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146178 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146181 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146182 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146183 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146184 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146185 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146186 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146187 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146188 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146189 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146190 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146191 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146192 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146193 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146194 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146195 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146196 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146197 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146198 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146199 1 0.4452 0.849 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146200 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146201 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146202 3 0.1753 0.911 0.048 0.000 0.952
#> SRR1146203 1 0.0424 0.844 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146204 1 0.5363 0.790 0.724 0.000 0.276
#> SRR1146205 1 0.5843 0.802 0.732 0.016 0.252
#> SRR1146206 1 0.6510 0.652 0.624 0.012 0.364
#> SRR1146207 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146208 1 0.2625 0.825 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146209 1 0.4235 0.856 0.824 0.000 0.176
#> SRR1146210 1 0.5327 0.792 0.728 0.000 0.272
#> SRR1146211 1 0.4755 0.846 0.808 0.008 0.184
#> SRR1146212 1 0.5881 0.798 0.728 0.016 0.256
#> SRR1146213 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146214 1 0.5327 0.792 0.728 0.000 0.272
#> SRR1146215 1 0.0592 0.847 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146216 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146217 2 0.9599 -0.234 0.388 0.412 0.200
#> SRR1146218 1 0.5465 0.767 0.712 0.000 0.288
#> SRR1146219 1 0.5926 0.499 0.644 0.000 0.356
#> SRR1146220 1 0.4178 0.853 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146221 1 0.6154 0.560 0.592 0.000 0.408
#> SRR1146222 1 0.0424 0.844 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146223 1 0.4121 0.858 0.832 0.000 0.168
#> SRR1146224 3 0.1753 0.911 0.048 0.000 0.952
#> SRR1146225 1 0.4291 0.853 0.820 0.000 0.180
#> SRR1146226 1 0.0747 0.847 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146227 1 0.5988 0.516 0.632 0.000 0.368
#> SRR1146228 3 0.3941 0.853 0.156 0.000 0.844
#> SRR1146229 1 0.2625 0.825 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146230 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146231 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146232 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0424 0.844 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146234 1 0.2796 0.821 0.908 0.000 0.092
#> SRR1146235 1 0.1753 0.853 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146236 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146237 1 0.0424 0.844 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146238 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146239 1 0.3340 0.817 0.880 0.000 0.120
#> SRR1146240 1 0.4002 0.860 0.840 0.000 0.160
#> SRR1146241 1 0.0592 0.844 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146242 1 0.0424 0.844 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146243 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146244 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146245 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146246 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146247 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146248 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146249 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146250 2 0.0000 0.991 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146252 1 0.3752 0.863 0.856 0.000 0.144
#> SRR1146253 1 0.0237 0.846 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146254 1 0.3551 0.863 0.868 0.000 0.132
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 2 0.0707 0.87700 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146077 1 0.5294 -0.90877 0.508 0.000 0.008 0.484
#> SRR1146078 4 0.5512 0.00000 0.492 0.000 0.016 0.492
#> SRR1146079 1 0.1356 0.44925 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1146080 1 0.1867 0.45101 0.928 0.000 0.072 0.000
#> SRR1146081 1 0.5292 -0.91184 0.512 0.000 0.008 0.480
#> SRR1146082 3 0.3966 0.87440 0.072 0.000 0.840 0.088
#> SRR1146083 1 0.4967 -0.64837 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1146084 3 0.4037 0.85371 0.056 0.000 0.832 0.112
#> SRR1146085 2 0.4391 0.78959 0.000 0.740 0.008 0.252
#> SRR1146086 2 0.4391 0.78959 0.000 0.740 0.008 0.252
#> SRR1146087 1 0.3216 0.39183 0.880 0.000 0.044 0.076
#> SRR1146088 2 0.0707 0.87700 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146089 3 0.3966 0.87440 0.072 0.000 0.840 0.088
#> SRR1146090 3 0.3377 0.89949 0.140 0.000 0.848 0.012
#> SRR1146091 3 0.3088 0.89919 0.128 0.000 0.864 0.008
#> SRR1146092 1 0.4967 -0.64837 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1146093 1 0.5292 -0.91184 0.512 0.000 0.008 0.480
#> SRR1146094 1 0.3164 0.40439 0.884 0.000 0.052 0.064
#> SRR1146095 1 0.3441 0.35437 0.856 0.000 0.024 0.120
#> SRR1146096 2 0.1474 0.87354 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146097 1 0.5292 -0.91184 0.512 0.000 0.008 0.480
#> SRR1146098 1 0.4967 -0.64837 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1146099 3 0.4037 0.85371 0.056 0.000 0.832 0.112
#> SRR1146100 1 0.5300 -0.57871 0.580 0.000 0.012 0.408
#> SRR1146101 2 0.0188 0.87803 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146102 3 0.4037 0.85371 0.056 0.000 0.832 0.112
#> SRR1146103 3 0.4804 0.78092 0.276 0.000 0.708 0.016
#> SRR1146104 1 0.5482 -0.44694 0.608 0.000 0.024 0.368
#> SRR1146105 3 0.4453 0.82149 0.244 0.000 0.744 0.012
#> SRR1146106 2 0.4040 0.79163 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146107 2 0.4220 0.79097 0.000 0.748 0.004 0.248
#> SRR1146108 2 0.4040 0.79163 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146109 2 0.4040 0.79163 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146110 1 0.4957 -0.23149 0.684 0.000 0.016 0.300
#> SRR1146111 2 0.4040 0.79163 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146112 1 0.2081 0.45265 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1146113 2 0.4040 0.79163 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146114 2 0.4360 0.79013 0.000 0.744 0.008 0.248
#> SRR1146115 2 0.4220 0.79097 0.000 0.748 0.004 0.248
#> SRR1146116 2 0.4040 0.79163 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146117 2 0.4391 0.78959 0.000 0.740 0.008 0.252
#> SRR1146118 2 0.4040 0.79163 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146119 1 0.4535 0.32594 0.704 0.000 0.292 0.004
#> SRR1146120 2 0.4220 0.79097 0.000 0.748 0.004 0.248
#> SRR1146121 2 0.4391 0.78959 0.000 0.740 0.008 0.252
#> SRR1146122 2 0.1722 0.87274 0.000 0.944 0.008 0.048
#> SRR1146123 1 0.4589 0.40835 0.784 0.000 0.168 0.048
#> SRR1146124 1 0.2053 0.45179 0.924 0.000 0.072 0.004
#> SRR1146125 2 0.0336 0.87806 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146126 2 0.3726 0.81171 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1146127 2 0.3942 0.79877 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1146128 1 0.4989 0.39607 0.764 0.000 0.164 0.072
#> SRR1146129 3 0.3377 0.89949 0.140 0.000 0.848 0.012
#> SRR1146130 2 0.3726 0.81171 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1146131 2 0.1389 0.87434 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146132 1 0.4464 0.37060 0.760 0.004 0.224 0.012
#> SRR1146133 1 0.3464 0.42188 0.856 0.004 0.124 0.016
#> SRR1146134 3 0.2868 0.89538 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1146135 1 0.4535 0.32594 0.704 0.000 0.292 0.004
#> SRR1146136 1 0.1661 0.45074 0.944 0.000 0.052 0.004
#> SRR1146137 2 0.0707 0.87700 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146138 2 0.1792 0.87564 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146139 2 0.1557 0.87152 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1146140 1 0.4967 -0.64837 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1146141 1 0.5673 -0.49273 0.596 0.000 0.032 0.372
#> SRR1146142 2 0.4040 0.79163 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146143 2 0.4295 0.80007 0.000 0.752 0.008 0.240
#> SRR1146144 2 0.1557 0.87152 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1146145 2 0.3088 0.85406 0.000 0.864 0.008 0.128
#> SRR1146146 2 0.5598 0.72181 0.000 0.704 0.076 0.220
#> SRR1146147 1 0.2748 0.43811 0.904 0.004 0.072 0.020
#> SRR1146148 1 0.2255 0.45088 0.920 0.000 0.068 0.012
#> SRR1146149 1 0.1837 0.44360 0.944 0.000 0.028 0.028
#> SRR1146150 3 0.3088 0.89919 0.128 0.000 0.864 0.008
#> SRR1146151 3 0.3257 0.85278 0.152 0.000 0.844 0.004
#> SRR1146152 1 0.1452 0.44778 0.956 0.000 0.036 0.008
#> SRR1146153 2 0.0707 0.87700 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146154 1 0.3134 0.42153 0.884 0.004 0.088 0.024
#> SRR1146155 1 0.5119 -0.61981 0.556 0.000 0.004 0.440
#> SRR1146156 1 0.5125 -0.55440 0.604 0.000 0.008 0.388
#> SRR1146157 1 0.5244 -0.61171 0.556 0.000 0.008 0.436
#> SRR1146158 1 0.4775 0.03246 0.740 0.000 0.028 0.232
#> SRR1146159 1 0.4050 0.42724 0.820 0.000 0.144 0.036
#> SRR1146160 1 0.4636 0.19087 0.772 0.000 0.040 0.188
#> SRR1146161 1 0.1398 0.44913 0.956 0.000 0.040 0.004
#> SRR1146162 1 0.5464 0.02575 0.708 0.000 0.064 0.228
#> SRR1146163 3 0.5631 0.77201 0.224 0.000 0.700 0.076
#> SRR1146164 1 0.2623 0.41411 0.908 0.000 0.028 0.064
#> SRR1146165 1 0.4961 -0.64333 0.552 0.000 0.000 0.448
#> SRR1146166 2 0.0707 0.87700 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146167 2 0.6568 0.67259 0.012 0.664 0.136 0.188
#> SRR1146168 1 0.1489 0.44998 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1146169 2 0.3123 0.83779 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1146170 2 0.0188 0.87803 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146171 2 0.1792 0.87695 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146172 2 0.0188 0.87803 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146173 2 0.3708 0.82133 0.000 0.832 0.020 0.148
#> SRR1146174 2 0.1211 0.87804 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146175 2 0.1302 0.87886 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1146176 2 0.1211 0.87804 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146177 2 0.2081 0.87324 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146178 2 0.0707 0.87700 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146179 2 0.1211 0.87804 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146180 2 0.2586 0.86499 0.000 0.912 0.048 0.040
#> SRR1146181 2 0.0707 0.87700 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146182 2 0.1545 0.87408 0.000 0.952 0.008 0.040
#> SRR1146183 2 0.0188 0.87803 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146184 2 0.0707 0.87700 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146185 2 0.0707 0.87700 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146186 2 0.3708 0.82133 0.000 0.832 0.020 0.148
#> SRR1146187 2 0.0707 0.87700 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146188 2 0.1792 0.87695 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146189 2 0.0707 0.87700 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146190 2 0.1398 0.87333 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1146191 2 0.3708 0.82133 0.000 0.832 0.020 0.148
#> SRR1146192 2 0.1398 0.87333 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1146193 2 0.1716 0.87698 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1146194 2 0.1716 0.87698 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1146195 2 0.1398 0.87333 0.000 0.956 0.004 0.040
#> SRR1146196 2 0.1211 0.87408 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146197 2 0.0707 0.87700 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146198 2 0.3320 0.84673 0.000 0.876 0.068 0.056
#> SRR1146199 1 0.3229 0.39038 0.880 0.000 0.048 0.072
#> SRR1146200 2 0.0336 0.87819 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146201 2 0.0707 0.87700 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146202 3 0.2868 0.89538 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1146203 1 0.4955 -0.62375 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1146204 1 0.3074 0.43787 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1146205 1 0.3345 0.42426 0.860 0.004 0.124 0.012
#> SRR1146206 1 0.4614 0.35564 0.752 0.004 0.228 0.016
#> SRR1146207 2 0.1792 0.87695 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146208 1 0.6532 -0.51167 0.504 0.000 0.076 0.420
#> SRR1146209 1 0.2227 0.43934 0.928 0.000 0.036 0.036
#> SRR1146210 1 0.3074 0.43865 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1146211 1 0.3071 0.43252 0.888 0.000 0.068 0.044
#> SRR1146212 1 0.3400 0.42182 0.856 0.004 0.128 0.012
#> SRR1146213 2 0.3245 0.84863 0.000 0.880 0.064 0.056
#> SRR1146214 1 0.3074 0.43865 0.848 0.000 0.152 0.000
#> SRR1146215 1 0.5105 -0.60965 0.564 0.000 0.004 0.432
#> SRR1146216 2 0.3791 0.81747 0.000 0.796 0.004 0.200
#> SRR1146217 1 0.8853 0.00839 0.476 0.248 0.088 0.188
#> SRR1146218 1 0.4332 0.41066 0.792 0.000 0.176 0.032
#> SRR1146219 1 0.7429 0.11367 0.492 0.000 0.316 0.192
#> SRR1146220 1 0.1978 0.45331 0.928 0.000 0.068 0.004
#> SRR1146221 1 0.4584 0.32447 0.696 0.000 0.300 0.004
#> SRR1146222 1 0.4967 -0.64837 0.548 0.000 0.000 0.452
#> SRR1146223 1 0.2500 0.43303 0.916 0.000 0.040 0.044
#> SRR1146224 3 0.2868 0.89538 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1146225 1 0.1356 0.44779 0.960 0.000 0.032 0.008
#> SRR1146226 1 0.5244 -0.61171 0.556 0.000 0.008 0.436
#> SRR1146227 1 0.7714 0.01849 0.440 0.000 0.316 0.244
#> SRR1146228 3 0.4284 0.84626 0.224 0.000 0.764 0.012
#> SRR1146229 1 0.6532 -0.51167 0.504 0.000 0.076 0.420
#> SRR1146230 2 0.5598 0.72181 0.000 0.704 0.076 0.220
#> SRR1146231 2 0.2814 0.84135 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1146232 2 0.4040 0.79163 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146233 1 0.4955 -0.62375 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1146234 1 0.6536 -0.32609 0.560 0.000 0.088 0.352
#> SRR1146235 1 0.4590 0.17469 0.772 0.000 0.036 0.192
#> SRR1146236 2 0.5564 0.72576 0.000 0.708 0.076 0.216
#> SRR1146237 1 0.4955 -0.62375 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1146238 2 0.4100 0.81571 0.000 0.816 0.036 0.148
#> SRR1146239 1 0.6850 -0.38330 0.516 0.000 0.108 0.376
#> SRR1146240 1 0.2546 0.44030 0.912 0.000 0.060 0.028
#> SRR1146241 1 0.5016 -0.53842 0.600 0.000 0.004 0.396
#> SRR1146242 1 0.4955 -0.62684 0.556 0.000 0.000 0.444
#> SRR1146243 2 0.5564 0.72576 0.000 0.708 0.076 0.216
#> SRR1146244 2 0.5564 0.72576 0.000 0.708 0.076 0.216
#> SRR1146245 2 0.3088 0.84217 0.000 0.864 0.008 0.128
#> SRR1146246 2 0.5011 0.77518 0.000 0.764 0.076 0.160
#> SRR1146247 2 0.3004 0.85535 0.000 0.892 0.048 0.060
#> SRR1146248 2 0.5598 0.72181 0.000 0.704 0.076 0.220
#> SRR1146249 2 0.5466 0.72976 0.000 0.712 0.068 0.220
#> SRR1146250 2 0.5421 0.73556 0.000 0.724 0.076 0.200
#> SRR1146252 1 0.2892 0.40130 0.896 0.000 0.036 0.068
#> SRR1146253 1 0.4948 -0.61858 0.560 0.000 0.000 0.440
#> SRR1146254 1 0.3873 0.37510 0.844 0.000 0.060 0.096
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 4 0.0609 0.6738 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146077 1 0.1990 0.5498 0.928 0.004 0.028 0.000 0.040
#> SRR1146078 1 0.2569 0.5074 0.896 0.004 0.068 0.000 0.032
#> SRR1146079 5 0.2104 0.7221 0.024 0.000 0.060 0.000 0.916
#> SRR1146080 5 0.2390 0.7228 0.020 0.000 0.084 0.000 0.896
#> SRR1146081 1 0.2067 0.5474 0.924 0.004 0.028 0.000 0.044
#> SRR1146082 3 0.2959 0.8612 0.100 0.000 0.864 0.000 0.036
#> SRR1146083 1 0.3661 0.8197 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1146084 3 0.2873 0.8409 0.128 0.000 0.856 0.000 0.016
#> SRR1146085 4 0.4161 0.5795 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1146086 4 0.4161 0.5795 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1146087 5 0.4668 0.4737 0.272 0.000 0.044 0.000 0.684
#> SRR1146088 4 0.0703 0.6725 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146089 3 0.2959 0.8612 0.100 0.000 0.864 0.000 0.036
#> SRR1146090 3 0.2505 0.8765 0.020 0.000 0.888 0.000 0.092
#> SRR1146091 3 0.2361 0.8802 0.012 0.000 0.892 0.000 0.096
#> SRR1146092 1 0.3661 0.8197 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1146093 1 0.2313 0.5314 0.912 0.004 0.044 0.000 0.040
#> SRR1146094 5 0.4927 0.4867 0.296 0.000 0.052 0.000 0.652
#> SRR1146095 5 0.4866 0.4776 0.344 0.000 0.036 0.000 0.620
#> SRR1146096 4 0.1732 0.6842 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000
#> SRR1146097 1 0.2067 0.5474 0.924 0.004 0.028 0.000 0.044
#> SRR1146098 1 0.3661 0.8197 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1146099 3 0.2873 0.8409 0.128 0.000 0.856 0.000 0.016
#> SRR1146100 1 0.4437 0.8062 0.664 0.000 0.020 0.000 0.316
#> SRR1146101 4 0.0703 0.6739 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146102 3 0.2873 0.8409 0.128 0.000 0.856 0.000 0.016
#> SRR1146103 3 0.4086 0.7281 0.024 0.000 0.736 0.000 0.240
#> SRR1146104 1 0.4812 0.7072 0.600 0.000 0.028 0.000 0.372
#> SRR1146105 3 0.3724 0.7811 0.020 0.000 0.776 0.000 0.204
#> SRR1146106 4 0.3999 0.5963 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1146107 4 0.4138 0.5842 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1146108 4 0.3999 0.5963 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1146109 4 0.4114 0.5890 0.000 0.376 0.000 0.624 0.000
#> SRR1146110 5 0.5143 -0.2275 0.428 0.000 0.040 0.000 0.532
#> SRR1146111 4 0.4088 0.5894 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1146112 5 0.2136 0.7234 0.008 0.000 0.088 0.000 0.904
#> SRR1146113 4 0.3999 0.5963 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1146114 4 0.4126 0.5854 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1146115 4 0.4138 0.5842 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1146116 4 0.3999 0.5963 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1146117 4 0.4161 0.5795 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1146118 4 0.4030 0.5945 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1146119 5 0.4213 0.5587 0.012 0.000 0.308 0.000 0.680
#> SRR1146120 4 0.4138 0.5842 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000
#> SRR1146121 4 0.4161 0.5795 0.000 0.392 0.000 0.608 0.000
#> SRR1146122 4 0.2230 0.6026 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1146123 5 0.4818 0.6378 0.100 0.000 0.180 0.000 0.720
#> SRR1146124 5 0.2653 0.7197 0.024 0.000 0.096 0.000 0.880
#> SRR1146125 4 0.1197 0.6769 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1146126 4 0.3796 0.6200 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1146127 4 0.3913 0.6080 0.000 0.324 0.000 0.676 0.000
#> SRR1146128 5 0.5025 0.6164 0.124 0.000 0.172 0.000 0.704
#> SRR1146129 3 0.2505 0.8765 0.020 0.000 0.888 0.000 0.092
#> SRR1146130 4 0.3796 0.6200 0.000 0.300 0.000 0.700 0.000
#> SRR1146131 4 0.3109 0.5887 0.000 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146132 5 0.4073 0.6473 0.008 0.008 0.232 0.004 0.748
#> SRR1146133 5 0.2880 0.7037 0.000 0.020 0.108 0.004 0.868
#> SRR1146134 3 0.2233 0.8759 0.004 0.000 0.892 0.000 0.104
#> SRR1146135 5 0.4213 0.5587 0.012 0.000 0.308 0.000 0.680
#> SRR1146136 5 0.2233 0.7224 0.016 0.000 0.080 0.000 0.904
#> SRR1146137 4 0.0609 0.6738 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146138 4 0.2179 0.6827 0.000 0.112 0.000 0.888 0.000
#> SRR1146139 4 0.2020 0.6814 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1146140 1 0.3661 0.8197 0.724 0.000 0.000 0.000 0.276
#> SRR1146141 1 0.4935 0.7515 0.616 0.000 0.040 0.000 0.344
#> SRR1146142 4 0.4088 0.5894 0.000 0.368 0.000 0.632 0.000
#> SRR1146143 4 0.4182 0.5792 0.000 0.400 0.000 0.600 0.000
#> SRR1146144 4 0.2020 0.6814 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1146145 4 0.3586 0.6437 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1146146 2 0.4074 0.9583 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1146147 5 0.2523 0.7085 0.020 0.008 0.064 0.004 0.904
#> SRR1146148 5 0.2769 0.7200 0.032 0.000 0.092 0.000 0.876
#> SRR1146149 5 0.2450 0.7180 0.052 0.000 0.048 0.000 0.900
#> SRR1146150 3 0.2361 0.8802 0.012 0.000 0.892 0.000 0.096
#> SRR1146151 3 0.3055 0.8205 0.000 0.016 0.840 0.000 0.144
#> SRR1146152 5 0.2236 0.7213 0.024 0.000 0.068 0.000 0.908
#> SRR1146153 4 0.0609 0.6738 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146154 5 0.2867 0.6989 0.016 0.020 0.072 0.004 0.888
#> SRR1146155 1 0.4108 0.8158 0.684 0.000 0.008 0.000 0.308
#> SRR1146156 1 0.4555 0.7564 0.636 0.000 0.020 0.000 0.344
#> SRR1146157 1 0.4127 0.8141 0.680 0.000 0.008 0.000 0.312
#> SRR1146158 5 0.5223 -0.2870 0.444 0.000 0.044 0.000 0.512
#> SRR1146159 5 0.4909 0.6441 0.120 0.000 0.164 0.000 0.716
#> SRR1146160 5 0.4972 0.4275 0.260 0.000 0.068 0.000 0.672
#> SRR1146161 5 0.2208 0.7217 0.020 0.000 0.072 0.000 0.908
#> SRR1146162 5 0.5777 -0.3295 0.444 0.000 0.088 0.000 0.468
#> SRR1146163 3 0.4693 0.7285 0.080 0.000 0.724 0.000 0.196
#> SRR1146164 5 0.3130 0.6973 0.096 0.000 0.048 0.000 0.856
#> SRR1146165 1 0.3838 0.8189 0.716 0.000 0.004 0.000 0.280
#> SRR1146166 4 0.0609 0.6738 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146167 2 0.5957 0.7643 0.000 0.528 0.064 0.388 0.020
#> SRR1146168 5 0.2110 0.7224 0.016 0.000 0.072 0.000 0.912
#> SRR1146169 4 0.3336 0.6475 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1146170 4 0.0703 0.6739 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146171 4 0.3586 0.5279 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1146172 4 0.0703 0.6739 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146173 4 0.3857 0.0421 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1146174 4 0.1544 0.6668 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1146175 4 0.1410 0.6740 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000
#> SRR1146176 4 0.1544 0.6668 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1146177 4 0.3586 0.5881 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1146178 4 0.0609 0.6738 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146179 4 0.1544 0.6668 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000
#> SRR1146180 4 0.3274 0.4278 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1146181 4 0.0609 0.6738 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146182 4 0.2280 0.6035 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1146183 4 0.0703 0.6739 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146184 4 0.0703 0.6725 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146185 4 0.0609 0.6738 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146186 4 0.3857 0.0421 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1146187 4 0.0609 0.6738 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146188 4 0.3586 0.5279 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1146189 4 0.0794 0.6751 0.000 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1146190 4 0.1121 0.6581 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1146191 4 0.3857 0.0421 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000
#> SRR1146192 4 0.1121 0.6581 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1146193 4 0.3561 0.5340 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1146194 4 0.3561 0.5340 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1146195 4 0.1121 0.6581 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1146196 4 0.1197 0.6545 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1146197 4 0.0609 0.6738 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146198 4 0.3534 0.2731 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1146199 5 0.4712 0.4711 0.268 0.000 0.048 0.000 0.684
#> SRR1146200 4 0.2424 0.5973 0.000 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1146201 4 0.0703 0.6725 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146202 3 0.2233 0.8759 0.004 0.000 0.892 0.000 0.104
#> SRR1146203 1 0.3816 0.8184 0.696 0.000 0.000 0.000 0.304
#> SRR1146204 5 0.3278 0.7128 0.020 0.000 0.156 0.000 0.824
#> SRR1146205 5 0.2866 0.7050 0.000 0.024 0.100 0.004 0.872
#> SRR1146206 5 0.3944 0.6579 0.000 0.020 0.212 0.004 0.764
#> SRR1146207 4 0.3586 0.5279 0.000 0.264 0.000 0.736 0.000
#> SRR1146208 1 0.5304 0.7393 0.628 0.000 0.080 0.000 0.292
#> SRR1146209 5 0.3975 0.6481 0.144 0.000 0.064 0.000 0.792
#> SRR1146210 5 0.3278 0.7121 0.020 0.000 0.156 0.000 0.824
#> SRR1146211 5 0.3450 0.7034 0.084 0.008 0.060 0.000 0.848
#> SRR1146212 5 0.2919 0.7036 0.000 0.024 0.104 0.004 0.868
#> SRR1146213 4 0.3561 0.2639 0.000 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1146214 5 0.3278 0.7121 0.020 0.000 0.156 0.000 0.824
#> SRR1146215 1 0.4147 0.8095 0.676 0.000 0.008 0.000 0.316
#> SRR1146216 4 0.3752 0.6273 0.000 0.292 0.000 0.708 0.000
#> SRR1146217 5 0.8089 0.1355 0.020 0.212 0.092 0.200 0.476
#> SRR1146218 5 0.4681 0.6494 0.084 0.000 0.188 0.000 0.728
#> SRR1146219 5 0.6613 0.2120 0.228 0.000 0.332 0.000 0.440
#> SRR1146220 5 0.2707 0.7223 0.024 0.000 0.100 0.000 0.876
#> SRR1146221 5 0.4183 0.5505 0.008 0.000 0.324 0.000 0.668
#> SRR1146222 1 0.3814 0.8187 0.720 0.000 0.004 0.000 0.276
#> SRR1146223 5 0.4138 0.6294 0.160 0.000 0.064 0.000 0.776
#> SRR1146224 3 0.2233 0.8759 0.004 0.000 0.892 0.000 0.104
#> SRR1146225 5 0.2104 0.7215 0.024 0.000 0.060 0.000 0.916
#> SRR1146226 1 0.4127 0.8141 0.680 0.000 0.008 0.000 0.312
#> SRR1146227 5 0.6756 0.0537 0.268 0.000 0.344 0.000 0.388
#> SRR1146228 3 0.3550 0.8102 0.020 0.000 0.796 0.000 0.184
#> SRR1146229 1 0.5304 0.7393 0.628 0.000 0.080 0.000 0.292
#> SRR1146230 2 0.4074 0.9583 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1146231 4 0.3039 0.4517 0.000 0.192 0.000 0.808 0.000
#> SRR1146232 4 0.3999 0.5963 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1146233 1 0.3774 0.8203 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1146234 5 0.5856 -0.2991 0.440 0.000 0.096 0.000 0.464
#> SRR1146235 5 0.4441 0.5009 0.236 0.000 0.044 0.000 0.720
#> SRR1146236 2 0.4088 0.9596 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1146237 1 0.3774 0.8203 0.704 0.000 0.000 0.000 0.296
#> SRR1146238 4 0.4249 -0.4604 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR1146239 1 0.5813 0.6197 0.560 0.000 0.112 0.000 0.328
#> SRR1146240 5 0.3416 0.6956 0.088 0.000 0.072 0.000 0.840
#> SRR1146241 1 0.4390 0.6184 0.568 0.000 0.004 0.000 0.428
#> SRR1146242 1 0.3837 0.8180 0.692 0.000 0.000 0.000 0.308
#> SRR1146243 2 0.4088 0.9596 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1146244 2 0.4088 0.9596 0.000 0.632 0.000 0.368 0.000
#> SRR1146245 4 0.3424 0.3490 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000
#> SRR1146246 4 0.4227 -0.4337 0.000 0.420 0.000 0.580 0.000
#> SRR1146247 4 0.3452 0.3383 0.000 0.244 0.000 0.756 0.000
#> SRR1146248 2 0.4074 0.9583 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1146249 2 0.4171 0.9218 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1146250 2 0.4138 0.9451 0.000 0.616 0.000 0.384 0.000
#> SRR1146252 5 0.3255 0.6856 0.100 0.000 0.052 0.000 0.848
#> SRR1146253 1 0.4047 0.8098 0.676 0.000 0.004 0.000 0.320
#> SRR1146254 5 0.4203 0.6523 0.128 0.000 0.092 0.000 0.780
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.0363 0.64521 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1146077 6 0.4614 0.94367 0.416 0.000 0.004 0.000 0.032 0.548
#> SRR1146078 6 0.4144 0.86994 0.360 0.000 0.000 0.000 0.020 0.620
#> SRR1146079 5 0.3402 0.73563 0.048 0.000 0.088 0.000 0.836 0.028
#> SRR1146080 5 0.4329 0.72009 0.084 0.000 0.112 0.000 0.768 0.036
#> SRR1146081 6 0.4608 0.94950 0.412 0.000 0.004 0.000 0.032 0.552
#> SRR1146082 3 0.2118 0.83965 0.104 0.000 0.888 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146083 1 0.1151 0.62902 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR1146084 3 0.2462 0.82041 0.132 0.000 0.860 0.000 0.004 0.004
#> SRR1146085 2 0.3862 0.04500 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.3862 0.04500 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000
#> SRR1146087 5 0.4795 0.48512 0.016 0.000 0.044 0.000 0.628 0.312
#> SRR1146088 4 0.0291 0.64638 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1146089 3 0.2118 0.83965 0.104 0.000 0.888 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146090 3 0.1950 0.83832 0.024 0.000 0.912 0.000 0.064 0.000
#> SRR1146091 3 0.1523 0.84290 0.008 0.000 0.940 0.000 0.044 0.008
#> SRR1146092 1 0.1225 0.62680 0.952 0.000 0.000 0.000 0.012 0.036
#> SRR1146093 6 0.4570 0.93975 0.392 0.000 0.004 0.000 0.032 0.572
#> SRR1146094 5 0.5107 0.46926 0.040 0.000 0.040 0.000 0.620 0.300
#> SRR1146095 5 0.5467 0.47541 0.088 0.000 0.024 0.000 0.584 0.304
#> SRR1146096 4 0.2278 0.59086 0.000 0.128 0.000 0.868 0.000 0.004
#> SRR1146097 6 0.4608 0.94950 0.412 0.000 0.004 0.000 0.032 0.552
#> SRR1146098 1 0.1151 0.62902 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR1146099 3 0.2462 0.82041 0.132 0.000 0.860 0.000 0.004 0.004
#> SRR1146100 1 0.1675 0.66830 0.936 0.000 0.024 0.000 0.032 0.008
#> SRR1146101 4 0.1152 0.64541 0.000 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004
#> SRR1146102 3 0.2462 0.82041 0.132 0.000 0.860 0.000 0.004 0.004
#> SRR1146103 3 0.4113 0.70881 0.056 0.000 0.744 0.000 0.192 0.008
#> SRR1146104 1 0.3486 0.62368 0.788 0.000 0.024 0.000 0.180 0.008
#> SRR1146105 3 0.3658 0.76197 0.048 0.000 0.792 0.000 0.152 0.008
#> SRR1146106 4 0.3854 0.00112 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.3866 0.03444 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR1146108 4 0.3854 0.00112 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.3869 -0.00628 0.000 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.5271 0.17621 0.512 0.000 0.012 0.000 0.408 0.068
#> SRR1146111 4 0.3868 -0.06173 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.3765 0.72522 0.044 0.000 0.112 0.000 0.808 0.036
#> SRR1146113 4 0.3854 0.00112 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.3996 0.03000 0.000 0.512 0.000 0.484 0.000 0.004
#> SRR1146115 2 0.3867 0.02604 0.000 0.512 0.000 0.488 0.000 0.000
#> SRR1146116 4 0.3996 -0.01647 0.000 0.484 0.000 0.512 0.000 0.004
#> SRR1146117 2 0.3862 0.04500 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000
#> SRR1146118 4 0.3860 -0.00702 0.000 0.472 0.000 0.528 0.000 0.000
#> SRR1146119 5 0.5310 0.52345 0.068 0.000 0.304 0.000 0.600 0.028
#> SRR1146120 2 0.3866 0.03444 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.3862 0.04500 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000
#> SRR1146122 4 0.2389 0.60300 0.000 0.128 0.000 0.864 0.000 0.008
#> SRR1146123 5 0.5605 0.55341 0.212 0.000 0.172 0.000 0.600 0.016
#> SRR1146124 5 0.3699 0.72592 0.068 0.000 0.088 0.000 0.816 0.028
#> SRR1146125 4 0.1411 0.64304 0.000 0.060 0.000 0.936 0.000 0.004
#> SRR1146126 4 0.3747 0.17776 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1146127 4 0.3950 0.10631 0.000 0.432 0.000 0.564 0.000 0.004
#> SRR1146128 5 0.5734 0.52230 0.236 0.000 0.172 0.000 0.576 0.016
#> SRR1146129 3 0.1950 0.83832 0.024 0.000 0.912 0.000 0.064 0.000
#> SRR1146130 4 0.3747 0.17776 0.000 0.396 0.000 0.604 0.000 0.000
#> SRR1146131 4 0.3421 0.52624 0.000 0.256 0.000 0.736 0.000 0.008
#> SRR1146132 5 0.4178 0.63634 0.016 0.000 0.184 0.000 0.748 0.052
#> SRR1146133 5 0.2821 0.69101 0.004 0.000 0.040 0.000 0.860 0.096
#> SRR1146134 3 0.1908 0.83448 0.000 0.000 0.916 0.000 0.056 0.028
#> SRR1146135 5 0.5310 0.52345 0.068 0.000 0.304 0.000 0.600 0.028
#> SRR1146136 5 0.3847 0.73426 0.060 0.000 0.092 0.000 0.808 0.040
#> SRR1146137 4 0.0000 0.64536 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146138 4 0.2491 0.55033 0.000 0.164 0.000 0.836 0.000 0.000
#> SRR1146139 4 0.2664 0.53742 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.1151 0.62902 0.956 0.000 0.000 0.000 0.012 0.032
#> SRR1146141 1 0.2583 0.65835 0.884 0.000 0.052 0.000 0.056 0.008
#> SRR1146142 4 0.3868 -0.06173 0.000 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR1146143 4 0.3993 0.07457 0.000 0.476 0.000 0.520 0.000 0.004
#> SRR1146144 4 0.2664 0.53742 0.000 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1146145 4 0.3714 0.38666 0.000 0.340 0.000 0.656 0.000 0.004
#> SRR1146146 2 0.5798 0.33919 0.000 0.480 0.000 0.320 0.000 0.200
#> SRR1146147 5 0.2867 0.70830 0.024 0.000 0.040 0.000 0.872 0.064
#> SRR1146148 5 0.3592 0.72720 0.064 0.000 0.084 0.000 0.824 0.028
#> SRR1146149 5 0.4155 0.72290 0.108 0.000 0.064 0.000 0.784 0.044
#> SRR1146150 3 0.2036 0.84041 0.008 0.000 0.916 0.000 0.048 0.028
#> SRR1146151 3 0.3453 0.76235 0.000 0.000 0.804 0.000 0.132 0.064
#> SRR1146152 5 0.3425 0.73518 0.048 0.000 0.084 0.000 0.836 0.032
#> SRR1146153 4 0.0000 0.64536 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146154 5 0.3210 0.69767 0.020 0.000 0.040 0.000 0.844 0.096
#> SRR1146155 1 0.1434 0.67051 0.948 0.000 0.012 0.000 0.028 0.012
#> SRR1146156 1 0.3104 0.58418 0.844 0.000 0.004 0.000 0.084 0.068
#> SRR1146157 1 0.2425 0.68104 0.880 0.000 0.008 0.000 0.100 0.012
#> SRR1146158 1 0.5081 0.38572 0.584 0.000 0.040 0.000 0.348 0.028
#> SRR1146159 5 0.5603 0.58884 0.208 0.000 0.164 0.000 0.608 0.020
#> SRR1146160 5 0.5439 0.39340 0.352 0.000 0.072 0.000 0.552 0.024
#> SRR1146161 5 0.3628 0.73491 0.060 0.000 0.080 0.000 0.824 0.036
#> SRR1146162 1 0.5223 0.43370 0.644 0.000 0.084 0.000 0.244 0.028
#> SRR1146163 3 0.4454 0.72637 0.108 0.000 0.736 0.000 0.144 0.012
#> SRR1146164 5 0.4359 0.70338 0.152 0.000 0.048 0.000 0.756 0.044
#> SRR1146165 1 0.1461 0.62116 0.940 0.000 0.000 0.000 0.016 0.044
#> SRR1146166 4 0.0000 0.64536 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146167 2 0.6949 0.26868 0.000 0.412 0.008 0.292 0.044 0.244
#> SRR1146168 5 0.3620 0.73492 0.056 0.000 0.084 0.000 0.824 0.036
#> SRR1146169 4 0.3464 0.34334 0.000 0.312 0.000 0.688 0.000 0.000
#> SRR1146170 4 0.1152 0.64541 0.000 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004
#> SRR1146171 4 0.3601 0.48640 0.000 0.312 0.000 0.684 0.000 0.004
#> SRR1146172 4 0.1152 0.64541 0.000 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004
#> SRR1146173 4 0.4332 0.28225 0.000 0.288 0.000 0.664 0.000 0.048
#> SRR1146174 4 0.1765 0.63603 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1146175 4 0.2146 0.63343 0.000 0.116 0.000 0.880 0.000 0.004
#> SRR1146176 4 0.1765 0.63603 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1146177 4 0.3601 0.49159 0.000 0.312 0.000 0.684 0.000 0.004
#> SRR1146178 4 0.0363 0.64521 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1146179 4 0.1765 0.63603 0.000 0.096 0.000 0.904 0.000 0.000
#> SRR1146180 4 0.3518 0.47121 0.000 0.256 0.000 0.732 0.000 0.012
#> SRR1146181 4 0.0000 0.64536 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146182 4 0.2473 0.60017 0.000 0.136 0.000 0.856 0.000 0.008
#> SRR1146183 4 0.1152 0.64541 0.000 0.044 0.000 0.952 0.000 0.004
#> SRR1146184 4 0.0146 0.64586 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146185 4 0.0363 0.64521 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1146186 4 0.4332 0.28225 0.000 0.288 0.000 0.664 0.000 0.048
#> SRR1146187 4 0.0363 0.64521 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1146188 4 0.3619 0.48368 0.000 0.316 0.000 0.680 0.000 0.004
#> SRR1146189 4 0.0260 0.64694 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1146190 4 0.1074 0.63733 0.000 0.028 0.000 0.960 0.000 0.012
#> SRR1146191 4 0.4332 0.28225 0.000 0.288 0.000 0.664 0.000 0.048
#> SRR1146192 4 0.0909 0.63729 0.000 0.020 0.000 0.968 0.000 0.012
#> SRR1146193 4 0.3601 0.48730 0.000 0.312 0.000 0.684 0.000 0.004
#> SRR1146194 4 0.3601 0.48730 0.000 0.312 0.000 0.684 0.000 0.004
#> SRR1146195 4 0.1074 0.63733 0.000 0.028 0.000 0.960 0.000 0.012
#> SRR1146196 4 0.1074 0.63599 0.000 0.028 0.000 0.960 0.000 0.012
#> SRR1146197 4 0.0000 0.64536 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146198 4 0.3925 0.36869 0.000 0.236 0.000 0.724 0.000 0.040
#> SRR1146199 5 0.4719 0.48803 0.016 0.000 0.040 0.000 0.636 0.308
#> SRR1146200 4 0.2703 0.57626 0.000 0.172 0.000 0.824 0.000 0.004
#> SRR1146201 4 0.0146 0.64586 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146202 3 0.1829 0.83509 0.000 0.000 0.920 0.000 0.056 0.024
#> SRR1146203 1 0.1141 0.67440 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146204 5 0.5761 0.64423 0.152 0.000 0.176 0.000 0.624 0.048
#> SRR1146205 5 0.2839 0.69318 0.004 0.000 0.044 0.000 0.860 0.092
#> SRR1146206 5 0.4125 0.63266 0.004 0.000 0.140 0.000 0.756 0.100
#> SRR1146207 4 0.3601 0.48640 0.000 0.312 0.000 0.684 0.000 0.004
#> SRR1146208 1 0.3874 0.63490 0.800 0.000 0.076 0.000 0.100 0.024
#> SRR1146209 5 0.5289 0.61325 0.240 0.000 0.080 0.000 0.644 0.036
#> SRR1146210 5 0.5792 0.64370 0.156 0.000 0.176 0.000 0.620 0.048
#> SRR1146211 5 0.4171 0.70607 0.088 0.000 0.040 0.000 0.784 0.088
#> SRR1146212 5 0.2839 0.69109 0.004 0.000 0.044 0.000 0.860 0.092
#> SRR1146213 4 0.3950 0.36332 0.000 0.240 0.000 0.720 0.000 0.040
#> SRR1146214 5 0.5792 0.64370 0.156 0.000 0.176 0.000 0.620 0.048
#> SRR1146215 1 0.2604 0.67130 0.872 0.000 0.004 0.000 0.096 0.028
#> SRR1146216 4 0.3830 0.23412 0.000 0.376 0.000 0.620 0.000 0.004
#> SRR1146217 5 0.8292 0.20434 0.020 0.080 0.076 0.160 0.404 0.260
#> SRR1146218 5 0.5538 0.58296 0.188 0.000 0.184 0.000 0.612 0.016
#> SRR1146219 1 0.6555 -0.06933 0.332 0.000 0.332 0.000 0.316 0.020
#> SRR1146220 5 0.3590 0.73151 0.068 0.000 0.092 0.000 0.820 0.020
#> SRR1146221 5 0.5275 0.51827 0.064 0.000 0.328 0.000 0.584 0.024
#> SRR1146222 1 0.1297 0.62288 0.948 0.000 0.000 0.000 0.012 0.040
#> SRR1146223 5 0.5346 0.58618 0.260 0.000 0.076 0.000 0.628 0.036
#> SRR1146224 3 0.1908 0.83448 0.000 0.000 0.916 0.000 0.056 0.028
#> SRR1146225 5 0.3320 0.73582 0.048 0.000 0.076 0.000 0.844 0.032
#> SRR1146226 1 0.2425 0.68104 0.880 0.000 0.008 0.000 0.100 0.012
#> SRR1146227 1 0.6469 0.17667 0.408 0.000 0.340 0.000 0.228 0.024
#> SRR1146228 3 0.3441 0.78481 0.044 0.000 0.812 0.000 0.136 0.008
#> SRR1146229 1 0.3874 0.63490 0.800 0.000 0.076 0.000 0.100 0.024
#> SRR1146230 2 0.5798 0.33919 0.000 0.480 0.000 0.320 0.000 0.200
#> SRR1146231 4 0.3351 0.50588 0.000 0.160 0.000 0.800 0.000 0.040
#> SRR1146232 4 0.3854 0.00112 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0692 0.65910 0.976 0.000 0.000 0.000 0.020 0.004
#> SRR1146234 1 0.5521 0.42017 0.584 0.000 0.088 0.000 0.300 0.028
#> SRR1146235 5 0.5183 0.37933 0.392 0.000 0.028 0.000 0.540 0.040
#> SRR1146236 2 0.5787 0.33741 0.000 0.480 0.000 0.324 0.000 0.196
#> SRR1146237 1 0.0806 0.66062 0.972 0.000 0.000 0.000 0.020 0.008
#> SRR1146238 4 0.4615 0.03623 0.000 0.424 0.000 0.536 0.000 0.040
#> SRR1146239 1 0.4644 0.57343 0.724 0.000 0.100 0.000 0.156 0.020
#> SRR1146240 5 0.5158 0.68880 0.148 0.000 0.076 0.000 0.700 0.076
#> SRR1146241 1 0.3905 0.45930 0.668 0.000 0.000 0.000 0.316 0.016
#> SRR1146242 1 0.2398 0.67790 0.876 0.000 0.000 0.000 0.104 0.020
#> SRR1146243 2 0.5787 0.33741 0.000 0.480 0.000 0.324 0.000 0.196
#> SRR1146244 2 0.5787 0.33741 0.000 0.480 0.000 0.324 0.000 0.196
#> SRR1146245 4 0.3835 0.45201 0.000 0.204 0.000 0.748 0.000 0.048
#> SRR1146246 4 0.4949 0.02889 0.000 0.380 0.000 0.548 0.000 0.072
#> SRR1146247 4 0.3652 0.42283 0.000 0.264 0.000 0.720 0.000 0.016
#> SRR1146248 2 0.5798 0.33919 0.000 0.480 0.000 0.320 0.000 0.200
#> SRR1146249 2 0.5806 0.31272 0.000 0.464 0.000 0.344 0.000 0.192
#> SRR1146250 2 0.5748 0.33077 0.000 0.492 0.000 0.316 0.000 0.192
#> SRR1146252 5 0.4463 0.68392 0.188 0.000 0.036 0.000 0.732 0.044
#> SRR1146253 1 0.2588 0.67124 0.876 0.000 0.008 0.000 0.092 0.024
#> SRR1146254 5 0.5344 0.58898 0.268 0.000 0.084 0.000 0.620 0.028
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.5017 0.499 0.499
#> 3 3 0.661 0.595 0.767 0.2416 0.929 0.857
#> 4 4 0.599 0.497 0.642 0.1307 0.766 0.489
#> 5 5 0.564 0.716 0.744 0.0728 0.855 0.532
#> 6 6 0.618 0.655 0.729 0.0577 0.959 0.817
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0 1 0 1
#> SRR1146077 1 0 1 1 0
#> SRR1146078 1 0 1 1 0
#> SRR1146079 1 0 1 1 0
#> SRR1146080 1 0 1 1 0
#> SRR1146081 1 0 1 1 0
#> SRR1146082 1 0 1 1 0
#> SRR1146083 1 0 1 1 0
#> SRR1146084 1 0 1 1 0
#> SRR1146085 2 0 1 0 1
#> SRR1146086 2 0 1 0 1
#> SRR1146087 1 0 1 1 0
#> SRR1146088 2 0 1 0 1
#> SRR1146089 1 0 1 1 0
#> SRR1146090 1 0 1 1 0
#> SRR1146091 1 0 1 1 0
#> SRR1146092 1 0 1 1 0
#> SRR1146093 1 0 1 1 0
#> SRR1146094 1 0 1 1 0
#> SRR1146095 1 0 1 1 0
#> SRR1146096 2 0 1 0 1
#> SRR1146097 1 0 1 1 0
#> SRR1146098 1 0 1 1 0
#> SRR1146099 1 0 1 1 0
#> SRR1146100 1 0 1 1 0
#> SRR1146101 2 0 1 0 1
#> SRR1146102 1 0 1 1 0
#> SRR1146103 1 0 1 1 0
#> SRR1146104 1 0 1 1 0
#> SRR1146105 1 0 1 1 0
#> SRR1146106 2 0 1 0 1
#> SRR1146107 2 0 1 0 1
#> SRR1146108 2 0 1 0 1
#> SRR1146109 2 0 1 0 1
#> SRR1146110 1 0 1 1 0
#> SRR1146111 2 0 1 0 1
#> SRR1146112 1 0 1 1 0
#> SRR1146113 2 0 1 0 1
#> SRR1146114 2 0 1 0 1
#> SRR1146115 2 0 1 0 1
#> SRR1146116 2 0 1 0 1
#> SRR1146117 2 0 1 0 1
#> SRR1146118 2 0 1 0 1
#> SRR1146119 1 0 1 1 0
#> SRR1146120 2 0 1 0 1
#> SRR1146121 2 0 1 0 1
#> SRR1146122 2 0 1 0 1
#> SRR1146123 1 0 1 1 0
#> SRR1146124 1 0 1 1 0
#> SRR1146125 2 0 1 0 1
#> SRR1146126 2 0 1 0 1
#> SRR1146127 2 0 1 0 1
#> SRR1146128 1 0 1 1 0
#> SRR1146129 1 0 1 1 0
#> SRR1146130 2 0 1 0 1
#> SRR1146131 2 0 1 0 1
#> SRR1146132 1 0 1 1 0
#> SRR1146133 1 0 1 1 0
#> SRR1146134 1 0 1 1 0
#> SRR1146135 1 0 1 1 0
#> SRR1146136 1 0 1 1 0
#> SRR1146137 2 0 1 0 1
#> SRR1146138 2 0 1 0 1
#> SRR1146139 2 0 1 0 1
#> SRR1146140 1 0 1 1 0
#> SRR1146141 1 0 1 1 0
#> SRR1146142 2 0 1 0 1
#> SRR1146143 2 0 1 0 1
#> SRR1146144 2 0 1 0 1
#> SRR1146145 2 0 1 0 1
#> SRR1146146 2 0 1 0 1
#> SRR1146147 1 0 1 1 0
#> SRR1146148 1 0 1 1 0
#> SRR1146149 1 0 1 1 0
#> SRR1146150 1 0 1 1 0
#> SRR1146151 1 0 1 1 0
#> SRR1146152 1 0 1 1 0
#> SRR1146153 2 0 1 0 1
#> SRR1146154 1 0 1 1 0
#> SRR1146155 1 0 1 1 0
#> SRR1146156 1 0 1 1 0
#> SRR1146157 1 0 1 1 0
#> SRR1146158 1 0 1 1 0
#> SRR1146159 1 0 1 1 0
#> SRR1146160 1 0 1 1 0
#> SRR1146161 1 0 1 1 0
#> SRR1146162 1 0 1 1 0
#> SRR1146163 1 0 1 1 0
#> SRR1146164 1 0 1 1 0
#> SRR1146165 1 0 1 1 0
#> SRR1146166 2 0 1 0 1
#> SRR1146167 2 0 1 0 1
#> SRR1146168 1 0 1 1 0
#> SRR1146169 2 0 1 0 1
#> SRR1146170 2 0 1 0 1
#> SRR1146171 2 0 1 0 1
#> SRR1146172 2 0 1 0 1
#> SRR1146173 2 0 1 0 1
#> SRR1146174 2 0 1 0 1
#> SRR1146175 2 0 1 0 1
#> SRR1146176 2 0 1 0 1
#> SRR1146177 2 0 1 0 1
#> SRR1146178 2 0 1 0 1
#> SRR1146179 2 0 1 0 1
#> SRR1146180 2 0 1 0 1
#> SRR1146181 2 0 1 0 1
#> SRR1146182 2 0 1 0 1
#> SRR1146183 2 0 1 0 1
#> SRR1146184 2 0 1 0 1
#> SRR1146185 2 0 1 0 1
#> SRR1146186 2 0 1 0 1
#> SRR1146187 2 0 1 0 1
#> SRR1146188 2 0 1 0 1
#> SRR1146189 2 0 1 0 1
#> SRR1146190 2 0 1 0 1
#> SRR1146191 2 0 1 0 1
#> SRR1146192 2 0 1 0 1
#> SRR1146193 2 0 1 0 1
#> SRR1146194 2 0 1 0 1
#> SRR1146195 2 0 1 0 1
#> SRR1146196 2 0 1 0 1
#> SRR1146197 2 0 1 0 1
#> SRR1146198 2 0 1 0 1
#> SRR1146199 1 0 1 1 0
#> SRR1146200 2 0 1 0 1
#> SRR1146201 2 0 1 0 1
#> SRR1146202 1 0 1 1 0
#> SRR1146203 1 0 1 1 0
#> SRR1146204 1 0 1 1 0
#> SRR1146205 1 0 1 1 0
#> SRR1146206 1 0 1 1 0
#> SRR1146207 2 0 1 0 1
#> SRR1146208 1 0 1 1 0
#> SRR1146209 1 0 1 1 0
#> SRR1146210 1 0 1 1 0
#> SRR1146211 1 0 1 1 0
#> SRR1146212 1 0 1 1 0
#> SRR1146213 2 0 1 0 1
#> SRR1146214 1 0 1 1 0
#> SRR1146215 1 0 1 1 0
#> SRR1146216 2 0 1 0 1
#> SRR1146217 1 0 1 1 0
#> SRR1146218 1 0 1 1 0
#> SRR1146219 1 0 1 1 0
#> SRR1146220 1 0 1 1 0
#> SRR1146221 1 0 1 1 0
#> SRR1146222 1 0 1 1 0
#> SRR1146223 1 0 1 1 0
#> SRR1146224 1 0 1 1 0
#> SRR1146225 1 0 1 1 0
#> SRR1146226 1 0 1 1 0
#> SRR1146227 1 0 1 1 0
#> SRR1146228 1 0 1 1 0
#> SRR1146229 1 0 1 1 0
#> SRR1146230 2 0 1 0 1
#> SRR1146231 2 0 1 0 1
#> SRR1146232 2 0 1 0 1
#> SRR1146233 1 0 1 1 0
#> SRR1146234 1 0 1 1 0
#> SRR1146235 1 0 1 1 0
#> SRR1146236 2 0 1 0 1
#> SRR1146237 1 0 1 1 0
#> SRR1146238 2 0 1 0 1
#> SRR1146239 1 0 1 1 0
#> SRR1146240 1 0 1 1 0
#> SRR1146241 1 0 1 1 0
#> SRR1146242 1 0 1 1 0
#> SRR1146243 2 0 1 0 1
#> SRR1146244 2 0 1 0 1
#> SRR1146245 2 0 1 0 1
#> SRR1146246 2 0 1 0 1
#> SRR1146247 2 0 1 0 1
#> SRR1146248 2 0 1 0 1
#> SRR1146249 2 0 1 0 1
#> SRR1146250 2 0 1 0 1
#> SRR1146252 1 0 1 1 0
#> SRR1146253 1 0 1 1 0
#> SRR1146254 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.6192 0.85650 0.000 0.580 0.420
#> SRR1146077 1 0.0892 0.60504 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146078 1 0.0892 0.60504 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146079 1 0.5254 0.34861 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146080 1 0.5254 0.34861 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146081 1 0.0892 0.60504 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146082 1 0.6062 -0.43482 0.616 0.000 0.384
#> SRR1146083 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.5529 -0.09498 0.704 0.000 0.296
#> SRR1146085 2 0.1031 0.77952 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146086 2 0.1031 0.77952 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146087 1 0.5138 0.36849 0.748 0.000 0.252
#> SRR1146088 2 0.6192 0.85650 0.000 0.580 0.420
#> SRR1146089 1 0.5529 -0.09498 0.704 0.000 0.296
#> SRR1146090 1 0.5529 -0.09498 0.704 0.000 0.296
#> SRR1146091 1 0.6095 -0.46712 0.608 0.000 0.392
#> SRR1146092 1 0.0237 0.60959 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146093 1 0.0892 0.60504 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146094 1 0.5138 0.36849 0.748 0.000 0.252
#> SRR1146095 1 0.4887 0.40276 0.772 0.000 0.228
#> SRR1146096 2 0.0000 0.78294 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.0892 0.60504 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146098 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.5529 -0.09498 0.704 0.000 0.296
#> SRR1146100 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.6008 0.85643 0.000 0.628 0.372
#> SRR1146102 1 0.5529 -0.09498 0.704 0.000 0.296
#> SRR1146103 1 0.6302 -0.80236 0.520 0.000 0.480
#> SRR1146104 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.6307 -0.82890 0.512 0.000 0.488
#> SRR1146106 2 0.0237 0.78376 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146107 2 0.1031 0.77952 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146108 2 0.0237 0.78376 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146109 2 0.1031 0.77952 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146110 1 0.0424 0.60888 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146111 2 0.0237 0.78247 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146112 3 0.6274 0.95661 0.456 0.000 0.544
#> SRR1146113 2 0.0237 0.78376 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146114 2 0.1031 0.77952 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146115 2 0.1031 0.77952 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146116 2 0.2356 0.78396 0.000 0.928 0.072
#> SRR1146117 2 0.1031 0.77952 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146118 2 0.0000 0.78294 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146119 3 0.6267 0.96463 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146120 2 0.1031 0.77952 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146121 2 0.1031 0.77952 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146122 2 0.5948 0.85784 0.000 0.640 0.360
#> SRR1146123 1 0.5254 0.34861 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146124 1 0.5529 0.24438 0.704 0.000 0.296
#> SRR1146125 2 0.6008 0.85643 0.000 0.628 0.372
#> SRR1146126 2 0.2356 0.78396 0.000 0.928 0.072
#> SRR1146127 2 0.2356 0.78396 0.000 0.928 0.072
#> SRR1146128 1 0.3267 0.51776 0.884 0.000 0.116
#> SRR1146129 1 0.6307 -0.82890 0.512 0.000 0.488
#> SRR1146130 2 0.2448 0.78377 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146131 2 0.2356 0.78350 0.000 0.928 0.072
#> SRR1146132 3 0.6267 0.96463 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146133 1 0.5397 0.30183 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146134 3 0.7049 0.90901 0.452 0.020 0.528
#> SRR1146135 3 0.6295 0.94863 0.472 0.000 0.528
#> SRR1146136 1 0.6204 -0.52223 0.576 0.000 0.424
#> SRR1146137 2 0.6192 0.85650 0.000 0.580 0.420
#> SRR1146138 2 0.6192 0.85650 0.000 0.580 0.420
#> SRR1146139 2 0.2448 0.78377 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146140 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.1031 0.77952 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146143 2 0.1031 0.77952 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146144 2 0.4121 0.81599 0.000 0.832 0.168
#> SRR1146145 2 0.1031 0.77952 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146146 2 0.6026 0.85492 0.000 0.624 0.376
#> SRR1146147 1 0.5254 0.34861 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146148 1 0.5254 0.34861 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146149 1 0.5254 0.34861 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146150 3 0.6307 0.90816 0.488 0.000 0.512
#> SRR1146151 3 0.6267 0.96463 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146152 1 0.5254 0.34861 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146153 2 0.6192 0.85650 0.000 0.580 0.420
#> SRR1146154 1 0.5254 0.34861 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146155 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.1031 0.60412 0.976 0.000 0.024
#> SRR1146159 1 0.5254 0.34861 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146160 1 0.0424 0.60888 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146161 1 0.5254 0.34861 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146162 1 0.0892 0.60581 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146163 1 0.5988 -0.37119 0.632 0.000 0.368
#> SRR1146164 1 0.1031 0.60339 0.976 0.000 0.024
#> SRR1146165 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.6192 0.85650 0.000 0.580 0.420
#> SRR1146167 2 0.5835 0.85242 0.000 0.660 0.340
#> SRR1146168 1 0.5431 0.28856 0.716 0.000 0.284
#> SRR1146169 2 0.4931 0.83278 0.000 0.768 0.232
#> SRR1146170 2 0.6008 0.85643 0.000 0.628 0.372
#> SRR1146171 2 0.6215 0.85485 0.000 0.572 0.428
#> SRR1146172 2 0.6192 0.85650 0.000 0.580 0.420
#> SRR1146173 2 0.6180 0.85689 0.000 0.584 0.416
#> SRR1146174 2 0.5706 0.86076 0.000 0.680 0.320
#> SRR1146175 2 0.2356 0.78396 0.000 0.928 0.072
#> SRR1146176 2 0.0237 0.78376 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146177 2 0.2261 0.78348 0.000 0.932 0.068
#> SRR1146178 2 0.6215 0.85485 0.000 0.572 0.428
#> SRR1146179 2 0.0237 0.78376 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146180 2 0.5678 0.85000 0.000 0.684 0.316
#> SRR1146181 2 0.6192 0.85650 0.000 0.580 0.420
#> SRR1146182 2 0.6026 0.85492 0.000 0.624 0.376
#> SRR1146183 2 0.6008 0.85643 0.000 0.628 0.372
#> SRR1146184 2 0.5926 0.85808 0.000 0.644 0.356
#> SRR1146185 2 0.6215 0.85485 0.000 0.572 0.428
#> SRR1146186 2 0.6215 0.85485 0.000 0.572 0.428
#> SRR1146187 2 0.6192 0.85650 0.000 0.580 0.420
#> SRR1146188 2 0.6192 0.85674 0.000 0.580 0.420
#> SRR1146189 2 0.6192 0.85650 0.000 0.580 0.420
#> SRR1146190 2 0.6215 0.85485 0.000 0.572 0.428
#> SRR1146191 2 0.6215 0.85485 0.000 0.572 0.428
#> SRR1146192 2 0.6215 0.85485 0.000 0.572 0.428
#> SRR1146193 2 0.6204 0.85528 0.000 0.576 0.424
#> SRR1146194 2 0.6215 0.85485 0.000 0.572 0.428
#> SRR1146195 2 0.6215 0.85485 0.000 0.572 0.428
#> SRR1146196 2 0.6111 0.85816 0.000 0.604 0.396
#> SRR1146197 2 0.6192 0.85650 0.000 0.580 0.420
#> SRR1146198 2 0.6045 0.85512 0.000 0.620 0.380
#> SRR1146199 1 0.5254 0.34861 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146200 2 0.6192 0.85650 0.000 0.580 0.420
#> SRR1146201 2 0.5948 0.85744 0.000 0.640 0.360
#> SRR1146202 3 0.6295 0.94863 0.472 0.000 0.528
#> SRR1146203 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.6309 -0.87295 0.504 0.000 0.496
#> SRR1146205 1 0.5397 0.30183 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146206 3 0.6267 0.96463 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146207 2 0.6215 0.85485 0.000 0.572 0.428
#> SRR1146208 1 0.2796 0.48274 0.908 0.000 0.092
#> SRR1146209 1 0.5138 0.36849 0.748 0.000 0.252
#> SRR1146210 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.5138 0.36849 0.748 0.000 0.252
#> SRR1146212 3 0.6267 0.96463 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146213 2 0.6252 0.85496 0.000 0.556 0.444
#> SRR1146214 1 0.4291 0.28914 0.820 0.000 0.180
#> SRR1146215 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.2356 0.78405 0.000 0.928 0.072
#> SRR1146217 1 0.5254 0.34861 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146218 3 0.6295 0.94863 0.472 0.000 0.528
#> SRR1146219 1 0.5560 -0.11194 0.700 0.000 0.300
#> SRR1146220 3 0.6267 0.96463 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146221 3 0.6291 0.95352 0.468 0.000 0.532
#> SRR1146222 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.5138 0.36849 0.748 0.000 0.252
#> SRR1146224 3 0.6267 0.96463 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146225 1 0.5254 0.34861 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146226 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.5529 -0.09498 0.704 0.000 0.296
#> SRR1146228 1 0.6309 -0.85704 0.504 0.000 0.496
#> SRR1146229 1 0.4555 0.22076 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146230 2 0.6026 0.85492 0.000 0.624 0.376
#> SRR1146231 2 0.6008 0.85816 0.000 0.628 0.372
#> SRR1146232 2 0.0237 0.78376 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146233 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.6026 0.85492 0.000 0.624 0.376
#> SRR1146237 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.6026 0.85492 0.000 0.624 0.376
#> SRR1146239 1 0.5254 0.00823 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146240 1 0.3941 0.49235 0.844 0.000 0.156
#> SRR1146241 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.6026 0.85492 0.000 0.624 0.376
#> SRR1146244 2 0.6026 0.85492 0.000 0.624 0.376
#> SRR1146245 2 0.6045 0.85512 0.000 0.620 0.380
#> SRR1146246 2 0.6026 0.85492 0.000 0.624 0.376
#> SRR1146247 2 0.6026 0.85492 0.000 0.624 0.376
#> SRR1146248 2 0.6026 0.85492 0.000 0.624 0.376
#> SRR1146249 2 0.6260 0.85425 0.000 0.552 0.448
#> SRR1146250 2 0.5650 0.85355 0.000 0.688 0.312
#> SRR1146252 1 0.4796 0.41323 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146253 1 0.0000 0.61014 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.6305 -0.82494 0.516 0.000 0.484
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 4 0.5159 0.8590 0.012 0.364 0.000 0.624
#> SRR1146077 1 0.4925 0.7602 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1146078 1 0.5132 0.7399 0.548 0.000 0.448 0.004
#> SRR1146079 3 0.1118 0.6755 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1146080 3 0.1452 0.6699 0.008 0.000 0.956 0.036
#> SRR1146081 1 0.4961 0.7427 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1146082 1 0.7914 -0.2327 0.356 0.000 0.332 0.312
#> SRR1146083 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146084 1 0.7498 0.1487 0.492 0.000 0.216 0.292
#> SRR1146085 2 0.0672 0.5429 0.008 0.984 0.000 0.008
#> SRR1146086 2 0.0000 0.5473 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146087 3 0.1854 0.6273 0.048 0.000 0.940 0.012
#> SRR1146088 4 0.4730 0.8635 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1146089 1 0.7553 0.1209 0.476 0.000 0.216 0.308
#> SRR1146090 1 0.7553 0.1209 0.476 0.000 0.216 0.308
#> SRR1146091 3 0.7916 0.2888 0.316 0.000 0.356 0.328
#> SRR1146092 1 0.4843 0.7816 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1146093 1 0.5132 0.7399 0.548 0.000 0.448 0.004
#> SRR1146094 3 0.1209 0.6446 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR1146095 3 0.1545 0.6355 0.040 0.000 0.952 0.008
#> SRR1146096 2 0.1733 0.5413 0.024 0.948 0.000 0.028
#> SRR1146097 1 0.4961 0.7427 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1146098 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146099 1 0.7483 0.1549 0.496 0.000 0.216 0.288
#> SRR1146100 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146101 2 0.6050 -0.4928 0.044 0.524 0.000 0.432
#> SRR1146102 1 0.7483 0.1549 0.496 0.000 0.216 0.288
#> SRR1146103 3 0.7758 0.4072 0.260 0.000 0.432 0.308
#> SRR1146104 1 0.5004 0.7824 0.604 0.000 0.392 0.004
#> SRR1146105 3 0.7722 0.4161 0.256 0.000 0.444 0.300
#> SRR1146106 2 0.1302 0.5402 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1146107 2 0.0000 0.5473 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.1302 0.5402 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1146109 2 0.0000 0.5473 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.4866 0.7764 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1146111 2 0.0817 0.5452 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1146112 3 0.4707 0.6532 0.204 0.000 0.760 0.036
#> SRR1146113 2 0.1302 0.5402 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1146114 2 0.0000 0.5473 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.5473 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.3311 0.4528 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146117 2 0.0376 0.5452 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1146118 2 0.1022 0.5435 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146119 3 0.5148 0.6448 0.208 0.000 0.736 0.056
#> SRR1146120 2 0.0000 0.5473 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0376 0.5452 0.004 0.992 0.000 0.004
#> SRR1146122 2 0.5842 -0.5278 0.032 0.520 0.000 0.448
#> SRR1146123 3 0.0657 0.6764 0.004 0.000 0.984 0.012
#> SRR1146124 3 0.0469 0.6772 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146125 2 0.5396 -0.5373 0.012 0.524 0.000 0.464
#> SRR1146126 2 0.3356 0.4504 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1146127 2 0.3356 0.4504 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1146128 3 0.4808 0.1979 0.236 0.000 0.736 0.028
#> SRR1146129 3 0.7738 0.4097 0.260 0.000 0.440 0.300
#> SRR1146130 2 0.3486 0.4405 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1146131 2 0.4323 0.4283 0.028 0.788 0.000 0.184
#> SRR1146132 3 0.5148 0.6448 0.208 0.000 0.736 0.056
#> SRR1146133 3 0.0188 0.6790 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146134 3 0.7599 0.4638 0.220 0.000 0.464 0.316
#> SRR1146135 3 0.6359 0.6046 0.220 0.000 0.648 0.132
#> SRR1146136 3 0.4015 0.6679 0.116 0.000 0.832 0.052
#> SRR1146137 4 0.4730 0.8635 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1146138 4 0.5371 0.8533 0.020 0.364 0.000 0.616
#> SRR1146139 2 0.4808 0.3638 0.028 0.736 0.000 0.236
#> SRR1146140 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146141 1 0.5004 0.7824 0.604 0.000 0.392 0.004
#> SRR1146142 2 0.0000 0.5473 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.5473 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.5587 0.0105 0.028 0.600 0.000 0.372
#> SRR1146145 2 0.0592 0.5452 0.016 0.984 0.000 0.000
#> SRR1146146 2 0.7313 -0.3547 0.156 0.464 0.000 0.380
#> SRR1146147 3 0.0524 0.6713 0.008 0.000 0.988 0.004
#> SRR1146148 3 0.0469 0.6772 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146149 3 0.1356 0.6688 0.008 0.000 0.960 0.032
#> SRR1146150 3 0.7680 0.4456 0.232 0.000 0.444 0.324
#> SRR1146151 3 0.6167 0.6125 0.208 0.000 0.668 0.124
#> SRR1146152 3 0.1118 0.6755 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1146153 4 0.5371 0.8533 0.020 0.364 0.000 0.616
#> SRR1146154 3 0.0188 0.6790 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146155 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146156 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146157 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146158 1 0.5383 0.7224 0.536 0.000 0.452 0.012
#> SRR1146159 3 0.0592 0.6784 0.000 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146160 1 0.4985 0.7149 0.532 0.000 0.468 0.000
#> SRR1146161 3 0.1118 0.6755 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1146162 1 0.5378 0.7281 0.540 0.000 0.448 0.012
#> SRR1146163 1 0.7890 -0.1723 0.380 0.000 0.312 0.308
#> SRR1146164 1 0.5132 0.7399 0.548 0.000 0.448 0.004
#> SRR1146165 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146166 4 0.5371 0.8533 0.020 0.364 0.000 0.616
#> SRR1146167 2 0.7150 -0.4146 0.136 0.480 0.000 0.384
#> SRR1146168 3 0.1118 0.6755 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1146169 2 0.5681 -0.1621 0.028 0.568 0.000 0.404
#> SRR1146170 2 0.6235 -0.4909 0.056 0.524 0.000 0.420
#> SRR1146171 4 0.6091 0.8464 0.060 0.344 0.000 0.596
#> SRR1146172 4 0.5496 0.8610 0.024 0.372 0.000 0.604
#> SRR1146173 4 0.6396 0.7824 0.076 0.360 0.000 0.564
#> SRR1146174 2 0.5755 -0.4963 0.028 0.528 0.000 0.444
#> SRR1146175 2 0.4406 0.4178 0.028 0.780 0.000 0.192
#> SRR1146176 2 0.3427 0.4892 0.028 0.860 0.000 0.112
#> SRR1146177 2 0.3958 0.4502 0.024 0.816 0.000 0.160
#> SRR1146178 4 0.4661 0.8675 0.000 0.348 0.000 0.652
#> SRR1146179 2 0.3015 0.5080 0.024 0.884 0.000 0.092
#> SRR1146180 2 0.6498 -0.4745 0.072 0.488 0.000 0.440
#> SRR1146181 4 0.4730 0.8635 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1146182 2 0.7053 -0.3350 0.132 0.512 0.000 0.356
#> SRR1146183 2 0.6044 -0.4837 0.044 0.528 0.000 0.428
#> SRR1146184 4 0.5165 0.5960 0.004 0.484 0.000 0.512
#> SRR1146185 4 0.4800 0.8641 0.004 0.340 0.000 0.656
#> SRR1146186 4 0.6265 0.8045 0.072 0.340 0.000 0.588
#> SRR1146187 4 0.5159 0.8590 0.012 0.364 0.000 0.624
#> SRR1146188 4 0.6014 0.8379 0.052 0.360 0.000 0.588
#> SRR1146189 4 0.4730 0.8635 0.000 0.364 0.000 0.636
#> SRR1146190 4 0.5289 0.8598 0.020 0.344 0.000 0.636
#> SRR1146191 4 0.6023 0.8287 0.056 0.344 0.000 0.600
#> SRR1146192 4 0.5289 0.8598 0.020 0.344 0.000 0.636
#> SRR1146193 4 0.6640 0.7739 0.096 0.352 0.000 0.552
#> SRR1146194 4 0.5271 0.8622 0.020 0.340 0.000 0.640
#> SRR1146195 4 0.4819 0.8645 0.004 0.344 0.000 0.652
#> SRR1146196 4 0.4843 0.8145 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1146197 4 0.4746 0.8620 0.000 0.368 0.000 0.632
#> SRR1146198 2 0.7206 -0.3949 0.140 0.460 0.000 0.400
#> SRR1146199 3 0.0000 0.6780 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146200 4 0.5371 0.8533 0.020 0.364 0.000 0.616
#> SRR1146201 4 0.5163 0.6003 0.004 0.480 0.000 0.516
#> SRR1146202 3 0.7629 0.4579 0.220 0.000 0.452 0.328
#> SRR1146203 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146204 3 0.6964 0.5712 0.228 0.000 0.584 0.188
#> SRR1146205 3 0.0188 0.6790 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146206 3 0.4914 0.6457 0.208 0.000 0.748 0.044
#> SRR1146207 4 0.5954 0.8518 0.052 0.344 0.000 0.604
#> SRR1146208 1 0.4431 0.7034 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1146209 3 0.1488 0.6448 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1146210 1 0.5915 0.7567 0.560 0.000 0.400 0.040
#> SRR1146211 3 0.1209 0.6446 0.032 0.000 0.964 0.004
#> SRR1146212 3 0.4745 0.6517 0.208 0.000 0.756 0.036
#> SRR1146213 4 0.7150 0.5938 0.136 0.384 0.000 0.480
#> SRR1146214 1 0.5467 0.5192 0.612 0.000 0.364 0.024
#> SRR1146215 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146216 2 0.3208 0.4660 0.004 0.848 0.000 0.148
#> SRR1146217 3 0.1118 0.6755 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1146218 3 0.6769 0.5826 0.220 0.000 0.608 0.172
#> SRR1146219 1 0.7640 0.0280 0.464 0.000 0.296 0.240
#> SRR1146220 3 0.5072 0.6461 0.208 0.000 0.740 0.052
#> SRR1146221 3 0.6702 0.5882 0.216 0.000 0.616 0.168
#> SRR1146222 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146223 3 0.1488 0.6448 0.032 0.000 0.956 0.012
#> SRR1146224 3 0.7193 0.5459 0.208 0.000 0.552 0.240
#> SRR1146225 3 0.0000 0.6780 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146227 1 0.7498 0.1487 0.492 0.000 0.216 0.292
#> SRR1146228 3 0.7728 0.4199 0.252 0.000 0.440 0.308
#> SRR1146229 1 0.3801 0.6035 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1146230 2 0.7313 -0.3547 0.156 0.464 0.000 0.380
#> SRR1146231 4 0.6222 0.7140 0.056 0.412 0.000 0.532
#> SRR1146232 2 0.1302 0.5402 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1146233 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146234 1 0.4866 0.7775 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1146235 1 0.5039 0.7773 0.592 0.000 0.404 0.004
#> SRR1146236 2 0.7313 -0.3547 0.156 0.464 0.000 0.380
#> SRR1146237 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146238 2 0.7468 -0.3499 0.184 0.464 0.000 0.352
#> SRR1146239 1 0.5346 0.4861 0.732 0.000 0.192 0.076
#> SRR1146240 3 0.3464 0.4975 0.108 0.000 0.860 0.032
#> SRR1146241 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146242 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146243 2 0.7313 -0.3547 0.156 0.464 0.000 0.380
#> SRR1146244 2 0.7313 -0.3547 0.156 0.464 0.000 0.380
#> SRR1146245 2 0.6764 -0.3939 0.096 0.500 0.000 0.404
#> SRR1146246 2 0.7313 -0.3547 0.156 0.464 0.000 0.380
#> SRR1146247 2 0.7408 -0.3485 0.172 0.464 0.000 0.364
#> SRR1146248 2 0.7313 -0.3547 0.156 0.464 0.000 0.380
#> SRR1146249 4 0.7281 0.5739 0.152 0.380 0.000 0.468
#> SRR1146250 2 0.7268 -0.2473 0.172 0.516 0.000 0.312
#> SRR1146252 3 0.1888 0.6304 0.044 0.000 0.940 0.016
#> SRR1146253 1 0.4830 0.7839 0.608 0.000 0.392 0.000
#> SRR1146254 3 0.6609 0.5999 0.236 0.000 0.620 0.144
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 4 0.0693 0.74006 0.000 0.008 0.000 0.980 0.012
#> SRR1146077 1 0.2769 0.85829 0.876 0.092 0.000 0.000 0.032
#> SRR1146078 1 0.3412 0.83554 0.848 0.096 0.008 0.000 0.048
#> SRR1146079 5 0.5503 0.76938 0.268 0.052 0.028 0.000 0.652
#> SRR1146080 5 0.5682 0.76542 0.268 0.064 0.028 0.000 0.640
#> SRR1146081 1 0.3075 0.84407 0.860 0.092 0.000 0.000 0.048
#> SRR1146082 3 0.4612 0.81863 0.232 0.000 0.712 0.000 0.056
#> SRR1146083 1 0.0703 0.89318 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.4359 0.79545 0.288 0.004 0.692 0.000 0.016
#> SRR1146085 2 0.4253 0.86921 0.000 0.756 0.032 0.204 0.008
#> SRR1146086 2 0.3907 0.87428 0.000 0.772 0.016 0.204 0.008
#> SRR1146087 5 0.5809 0.71556 0.312 0.084 0.012 0.000 0.592
#> SRR1146088 4 0.0798 0.74132 0.000 0.016 0.000 0.976 0.008
#> SRR1146089 3 0.4114 0.80454 0.272 0.000 0.712 0.000 0.016
#> SRR1146090 3 0.4268 0.80390 0.272 0.004 0.708 0.000 0.016
#> SRR1146091 3 0.4709 0.81490 0.200 0.004 0.728 0.000 0.068
#> SRR1146092 1 0.1282 0.88842 0.952 0.044 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146093 1 0.3075 0.84407 0.860 0.092 0.000 0.000 0.048
#> SRR1146094 5 0.4928 0.76201 0.284 0.056 0.000 0.000 0.660
#> SRR1146095 5 0.5809 0.72335 0.312 0.084 0.012 0.000 0.592
#> SRR1146096 2 0.4615 0.85958 0.000 0.736 0.012 0.208 0.044
#> SRR1146097 1 0.3075 0.84407 0.860 0.092 0.000 0.000 0.048
#> SRR1146098 1 0.1121 0.88975 0.956 0.044 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.4380 0.79309 0.292 0.004 0.688 0.000 0.016
#> SRR1146100 1 0.0290 0.89446 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 4 0.4988 0.70695 0.000 0.124 0.032 0.752 0.092
#> SRR1146102 3 0.4380 0.79309 0.292 0.004 0.688 0.000 0.016
#> SRR1146103 3 0.5084 0.78728 0.144 0.004 0.712 0.000 0.140
#> SRR1146104 1 0.1205 0.88976 0.956 0.040 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.5162 0.77895 0.140 0.004 0.704 0.000 0.152
#> SRR1146106 2 0.4095 0.86683 0.000 0.752 0.004 0.220 0.024
#> SRR1146107 2 0.4001 0.87393 0.000 0.768 0.020 0.204 0.008
#> SRR1146108 2 0.4095 0.86683 0.000 0.752 0.004 0.220 0.024
#> SRR1146109 2 0.4015 0.87426 0.000 0.768 0.016 0.204 0.012
#> SRR1146110 1 0.1628 0.88767 0.936 0.056 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146111 2 0.3596 0.87245 0.000 0.776 0.000 0.212 0.012
#> SRR1146112 5 0.6283 0.57505 0.100 0.064 0.196 0.000 0.640
#> SRR1146113 2 0.4155 0.86475 0.000 0.744 0.004 0.228 0.024
#> SRR1146114 2 0.4001 0.87512 0.000 0.768 0.020 0.204 0.008
#> SRR1146115 2 0.3907 0.87428 0.000 0.772 0.016 0.204 0.008
#> SRR1146116 2 0.5088 0.76438 0.000 0.608 0.008 0.352 0.032
#> SRR1146117 2 0.4089 0.87266 0.000 0.764 0.024 0.204 0.008
#> SRR1146118 2 0.3764 0.87281 0.000 0.772 0.008 0.212 0.008
#> SRR1146119 5 0.6165 0.51722 0.112 0.036 0.224 0.000 0.628
#> SRR1146120 2 0.3907 0.87428 0.000 0.772 0.016 0.204 0.008
#> SRR1146121 2 0.4089 0.87266 0.000 0.764 0.024 0.204 0.008
#> SRR1146122 4 0.4371 0.68842 0.000 0.156 0.028 0.780 0.036
#> SRR1146123 5 0.5225 0.75959 0.288 0.044 0.016 0.000 0.652
#> SRR1146124 5 0.4896 0.76872 0.252 0.020 0.032 0.000 0.696
#> SRR1146125 4 0.3953 0.69418 0.000 0.144 0.012 0.804 0.040
#> SRR1146126 2 0.4594 0.76884 0.000 0.620 0.004 0.364 0.012
#> SRR1146127 2 0.4999 0.76961 0.000 0.616 0.008 0.348 0.028
#> SRR1146128 1 0.6653 -0.17690 0.524 0.064 0.072 0.000 0.340
#> SRR1146129 3 0.5242 0.77956 0.140 0.008 0.704 0.000 0.148
#> SRR1146130 2 0.4769 0.74207 0.000 0.588 0.004 0.392 0.016
#> SRR1146131 2 0.6183 0.65565 0.000 0.508 0.012 0.380 0.100
#> SRR1146132 5 0.6075 0.52841 0.100 0.040 0.220 0.000 0.640
#> SRR1146133 5 0.3992 0.77625 0.268 0.012 0.000 0.000 0.720
#> SRR1146134 3 0.6179 0.66789 0.104 0.052 0.644 0.000 0.200
#> SRR1146135 5 0.6747 0.28950 0.120 0.040 0.316 0.000 0.524
#> SRR1146136 5 0.6776 0.65011 0.168 0.068 0.168 0.000 0.596
#> SRR1146137 4 0.0290 0.74162 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146138 4 0.1116 0.73521 0.000 0.004 0.004 0.964 0.028
#> SRR1146139 4 0.5602 -0.54391 0.000 0.456 0.008 0.484 0.052
#> SRR1146140 1 0.0609 0.89333 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.1082 0.89167 0.964 0.028 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.3807 0.87476 0.000 0.776 0.012 0.204 0.008
#> SRR1146143 2 0.3907 0.87428 0.000 0.772 0.016 0.204 0.008
#> SRR1146144 4 0.5282 0.24655 0.000 0.232 0.012 0.680 0.076
#> SRR1146145 2 0.4361 0.86947 0.000 0.752 0.012 0.204 0.032
#> SRR1146146 4 0.6851 0.61985 0.000 0.068 0.244 0.568 0.120
#> SRR1146147 5 0.4503 0.77658 0.268 0.028 0.004 0.000 0.700
#> SRR1146148 5 0.4902 0.77318 0.268 0.032 0.016 0.000 0.684
#> SRR1146149 5 0.5564 0.76814 0.268 0.056 0.028 0.000 0.648
#> SRR1146150 3 0.5849 0.71468 0.112 0.044 0.680 0.000 0.164
#> SRR1146151 5 0.6812 0.19322 0.100 0.052 0.344 0.000 0.504
#> SRR1146152 5 0.5439 0.77029 0.268 0.048 0.028 0.000 0.656
#> SRR1146153 4 0.1372 0.73646 0.000 0.016 0.004 0.956 0.024
#> SRR1146154 5 0.4350 0.77590 0.268 0.028 0.000 0.000 0.704
#> SRR1146155 1 0.0404 0.89159 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0451 0.89558 0.988 0.008 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0510 0.89147 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.3184 0.83467 0.868 0.052 0.012 0.000 0.068
#> SRR1146159 5 0.4265 0.77545 0.268 0.008 0.012 0.000 0.712
#> SRR1146160 1 0.3504 0.80253 0.840 0.064 0.004 0.000 0.092
#> SRR1146161 5 0.5439 0.77029 0.268 0.048 0.028 0.000 0.656
#> SRR1146162 1 0.2983 0.85107 0.880 0.048 0.012 0.000 0.060
#> SRR1146163 3 0.4737 0.81860 0.228 0.004 0.712 0.000 0.056
#> SRR1146164 1 0.3981 0.78321 0.812 0.084 0.008 0.000 0.096
#> SRR1146165 1 0.0510 0.89390 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.1412 0.73574 0.000 0.008 0.004 0.952 0.036
#> SRR1146167 4 0.7144 0.51726 0.000 0.120 0.100 0.552 0.228
#> SRR1146168 5 0.5304 0.76804 0.268 0.040 0.028 0.000 0.664
#> SRR1146169 4 0.4975 0.35216 0.000 0.220 0.004 0.700 0.076
#> SRR1146170 4 0.5162 0.69282 0.000 0.148 0.028 0.732 0.092
#> SRR1146171 4 0.3535 0.72816 0.000 0.000 0.028 0.808 0.164
#> SRR1146172 4 0.3018 0.74727 0.000 0.036 0.008 0.872 0.084
#> SRR1146173 4 0.4509 0.74102 0.000 0.020 0.056 0.772 0.152
#> SRR1146174 4 0.5254 0.60736 0.000 0.200 0.008 0.692 0.100
#> SRR1146175 2 0.6352 0.62037 0.000 0.480 0.012 0.392 0.116
#> SRR1146176 2 0.6073 0.59660 0.000 0.532 0.008 0.356 0.104
#> SRR1146177 2 0.5668 0.72479 0.000 0.564 0.008 0.360 0.068
#> SRR1146178 4 0.0162 0.74261 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146179 2 0.5334 0.72567 0.000 0.612 0.008 0.328 0.052
#> SRR1146180 4 0.6210 0.52995 0.000 0.156 0.048 0.648 0.148
#> SRR1146181 4 0.1471 0.74176 0.000 0.024 0.004 0.952 0.020
#> SRR1146182 4 0.7460 0.58199 0.000 0.168 0.108 0.524 0.200
#> SRR1146183 4 0.5299 0.69003 0.000 0.144 0.040 0.728 0.088
#> SRR1146184 4 0.3219 0.70188 0.000 0.136 0.004 0.840 0.020
#> SRR1146185 4 0.0324 0.74308 0.000 0.000 0.004 0.992 0.004
#> SRR1146186 4 0.3780 0.74148 0.000 0.000 0.072 0.812 0.116
#> SRR1146187 4 0.0898 0.73893 0.000 0.008 0.000 0.972 0.020
#> SRR1146188 4 0.4002 0.71305 0.000 0.028 0.024 0.804 0.144
#> SRR1146189 4 0.1310 0.74138 0.000 0.024 0.000 0.956 0.020
#> SRR1146190 4 0.1041 0.74931 0.000 0.000 0.004 0.964 0.032
#> SRR1146191 4 0.3317 0.74760 0.000 0.000 0.044 0.840 0.116
#> SRR1146192 4 0.1124 0.75032 0.000 0.000 0.004 0.960 0.036
#> SRR1146193 4 0.4681 0.70224 0.000 0.004 0.064 0.728 0.204
#> SRR1146194 4 0.1697 0.73644 0.000 0.000 0.008 0.932 0.060
#> SRR1146195 4 0.0451 0.74418 0.000 0.000 0.004 0.988 0.008
#> SRR1146196 4 0.2227 0.74702 0.000 0.048 0.004 0.916 0.032
#> SRR1146197 4 0.1471 0.74176 0.000 0.024 0.004 0.952 0.020
#> SRR1146198 4 0.6322 0.66016 0.000 0.064 0.208 0.632 0.096
#> SRR1146199 5 0.4503 0.77515 0.268 0.036 0.000 0.000 0.696
#> SRR1146200 4 0.1788 0.73296 0.000 0.004 0.008 0.932 0.056
#> SRR1146201 4 0.3080 0.70854 0.000 0.124 0.004 0.852 0.020
#> SRR1146202 3 0.5825 0.70821 0.104 0.048 0.684 0.000 0.164
#> SRR1146203 1 0.0000 0.89395 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 5 0.7553 0.00381 0.132 0.088 0.384 0.000 0.396
#> SRR1146205 5 0.3992 0.77625 0.268 0.012 0.000 0.000 0.720
#> SRR1146206 5 0.5922 0.53537 0.100 0.036 0.208 0.000 0.656
#> SRR1146207 4 0.3197 0.73017 0.000 0.000 0.024 0.836 0.140
#> SRR1146208 1 0.1774 0.83976 0.932 0.016 0.052 0.000 0.000
#> SRR1146209 5 0.5239 0.76282 0.284 0.052 0.012 0.000 0.652
#> SRR1146210 1 0.3288 0.82817 0.864 0.076 0.040 0.000 0.020
#> SRR1146211 5 0.5018 0.76380 0.284 0.052 0.004 0.000 0.660
#> SRR1146212 5 0.6223 0.55767 0.100 0.056 0.204 0.000 0.640
#> SRR1146213 4 0.5309 0.69582 0.000 0.016 0.176 0.704 0.104
#> SRR1146214 1 0.5911 0.54903 0.692 0.088 0.128 0.000 0.092
#> SRR1146215 1 0.0703 0.89544 0.976 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.5042 0.78318 0.000 0.628 0.012 0.332 0.028
#> SRR1146217 5 0.5739 0.76385 0.268 0.068 0.028 0.000 0.636
#> SRR1146218 5 0.6900 0.01537 0.120 0.040 0.396 0.000 0.444
#> SRR1146219 3 0.6339 0.71294 0.296 0.032 0.572 0.000 0.100
#> SRR1146220 5 0.5958 0.53225 0.100 0.032 0.224 0.000 0.644
#> SRR1146221 5 0.7071 0.17739 0.116 0.060 0.344 0.000 0.480
#> SRR1146222 1 0.0609 0.89333 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 5 0.5419 0.75839 0.284 0.064 0.012 0.000 0.640
#> SRR1146224 3 0.7047 0.08990 0.100 0.064 0.440 0.000 0.396
#> SRR1146225 5 0.4181 0.77646 0.268 0.020 0.000 0.000 0.712
#> SRR1146226 1 0.0404 0.89408 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 3 0.4954 0.77584 0.308 0.024 0.652 0.000 0.016
#> SRR1146228 3 0.5118 0.77082 0.132 0.004 0.708 0.000 0.156
#> SRR1146229 1 0.2818 0.69081 0.856 0.012 0.132 0.000 0.000
#> SRR1146230 4 0.6851 0.61985 0.000 0.068 0.244 0.568 0.120
#> SRR1146231 4 0.4626 0.74323 0.000 0.064 0.044 0.784 0.108
#> SRR1146232 2 0.4007 0.86769 0.000 0.756 0.004 0.220 0.020
#> SRR1146233 1 0.0609 0.89333 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.2585 0.85875 0.896 0.064 0.004 0.000 0.036
#> SRR1146235 1 0.2304 0.86882 0.908 0.068 0.004 0.000 0.020
#> SRR1146236 4 0.6851 0.61985 0.000 0.068 0.244 0.568 0.120
#> SRR1146237 1 0.0000 0.89395 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 4 0.7390 0.60773 0.000 0.084 0.200 0.520 0.196
#> SRR1146239 1 0.4526 0.23487 0.672 0.028 0.300 0.000 0.000
#> SRR1146240 5 0.6506 0.62724 0.364 0.096 0.032 0.000 0.508
#> SRR1146241 1 0.0404 0.89371 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0510 0.89437 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 4 0.6868 0.62041 0.000 0.068 0.240 0.568 0.124
#> SRR1146244 4 0.6868 0.62041 0.000 0.068 0.240 0.568 0.124
#> SRR1146245 4 0.6156 0.68644 0.000 0.100 0.128 0.672 0.100
#> SRR1146246 4 0.6884 0.62194 0.000 0.068 0.236 0.568 0.128
#> SRR1146247 4 0.7236 0.61299 0.000 0.068 0.220 0.528 0.184
#> SRR1146248 4 0.6851 0.61985 0.000 0.068 0.244 0.568 0.120
#> SRR1146249 4 0.5864 0.65530 0.000 0.016 0.220 0.640 0.124
#> SRR1146250 4 0.7905 0.49965 0.000 0.152 0.220 0.464 0.164
#> SRR1146252 5 0.5884 0.71790 0.324 0.072 0.020 0.000 0.584
#> SRR1146253 1 0.0609 0.89497 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 5 0.7694 0.12125 0.144 0.096 0.360 0.000 0.400
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.0862 0.6294 0.000 0.016 0.008 0.972 0.004 0.000
#> SRR1146077 1 0.4018 0.7700 0.768 0.008 0.012 0.000 0.036 0.176
#> SRR1146078 1 0.4365 0.7572 0.752 0.012 0.016 0.000 0.048 0.172
#> SRR1146079 5 0.6047 0.7398 0.164 0.020 0.068 0.000 0.640 0.108
#> SRR1146080 5 0.6045 0.7380 0.164 0.016 0.068 0.000 0.636 0.116
#> SRR1146081 1 0.4176 0.7587 0.756 0.008 0.008 0.000 0.052 0.176
#> SRR1146082 3 0.5104 0.8407 0.172 0.000 0.656 0.000 0.164 0.008
#> SRR1146083 1 0.0146 0.8612 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146084 3 0.5208 0.8137 0.248 0.000 0.624 0.000 0.120 0.008
#> SRR1146085 2 0.3243 0.8145 0.000 0.852 0.004 0.068 0.020 0.056
#> SRR1146086 2 0.2602 0.8287 0.000 0.884 0.000 0.072 0.020 0.024
#> SRR1146087 5 0.5319 0.6818 0.192 0.008 0.004 0.000 0.640 0.156
#> SRR1146088 4 0.0777 0.6305 0.000 0.024 0.004 0.972 0.000 0.000
#> SRR1146089 3 0.5027 0.8305 0.216 0.000 0.656 0.000 0.120 0.008
#> SRR1146090 3 0.5088 0.8299 0.220 0.000 0.648 0.000 0.124 0.008
#> SRR1146091 3 0.4937 0.8320 0.140 0.000 0.684 0.000 0.164 0.012
#> SRR1146092 1 0.1949 0.8322 0.904 0.004 0.000 0.000 0.004 0.088
#> SRR1146093 1 0.4212 0.7596 0.756 0.008 0.012 0.000 0.048 0.176
#> SRR1146094 5 0.5030 0.7281 0.176 0.016 0.004 0.000 0.688 0.116
#> SRR1146095 5 0.5645 0.7076 0.200 0.004 0.028 0.000 0.628 0.140
#> SRR1146096 2 0.4149 0.7853 0.000 0.780 0.116 0.084 0.008 0.012
#> SRR1146097 1 0.4212 0.7596 0.756 0.008 0.012 0.000 0.048 0.176
#> SRR1146098 1 0.1843 0.8342 0.912 0.004 0.000 0.000 0.004 0.080
#> SRR1146099 3 0.5228 0.8103 0.252 0.000 0.620 0.000 0.120 0.008
#> SRR1146100 1 0.0000 0.8610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 4 0.6346 0.3662 0.000 0.148 0.088 0.620 0.024 0.120
#> SRR1146102 3 0.5228 0.8103 0.252 0.000 0.620 0.000 0.120 0.008
#> SRR1146103 3 0.4843 0.7979 0.092 0.000 0.652 0.000 0.252 0.004
#> SRR1146104 1 0.2086 0.8512 0.912 0.004 0.008 0.000 0.012 0.064
#> SRR1146105 3 0.5121 0.7864 0.092 0.000 0.628 0.000 0.268 0.012
#> SRR1146106 2 0.3301 0.8225 0.000 0.840 0.044 0.100 0.008 0.008
#> SRR1146107 2 0.2515 0.8291 0.000 0.888 0.000 0.072 0.016 0.024
#> SRR1146108 2 0.3153 0.8237 0.000 0.852 0.044 0.088 0.008 0.008
#> SRR1146109 2 0.2322 0.8298 0.000 0.896 0.000 0.072 0.008 0.024
#> SRR1146110 1 0.1836 0.8520 0.928 0.004 0.008 0.000 0.012 0.048
#> SRR1146111 2 0.2648 0.8315 0.000 0.876 0.020 0.092 0.008 0.004
#> SRR1146112 5 0.5172 0.6393 0.060 0.024 0.068 0.000 0.728 0.120
#> SRR1146113 2 0.3301 0.8225 0.000 0.840 0.044 0.100 0.008 0.008
#> SRR1146114 2 0.2519 0.8304 0.000 0.888 0.000 0.072 0.020 0.020
#> SRR1146115 2 0.2322 0.8298 0.000 0.896 0.000 0.072 0.008 0.024
#> SRR1146116 2 0.4738 0.7339 0.000 0.684 0.092 0.216 0.000 0.008
#> SRR1146117 2 0.2624 0.8264 0.000 0.884 0.000 0.068 0.020 0.028
#> SRR1146118 2 0.2739 0.8314 0.000 0.876 0.024 0.084 0.008 0.008
#> SRR1146119 5 0.3999 0.6323 0.060 0.008 0.040 0.000 0.808 0.084
#> SRR1146120 2 0.2422 0.8294 0.000 0.892 0.000 0.072 0.012 0.024
#> SRR1146121 2 0.2624 0.8264 0.000 0.884 0.000 0.068 0.020 0.028
#> SRR1146122 4 0.5109 0.4777 0.000 0.156 0.048 0.720 0.024 0.052
#> SRR1146123 5 0.4714 0.7414 0.176 0.004 0.020 0.000 0.720 0.080
#> SRR1146124 5 0.4636 0.7489 0.164 0.012 0.024 0.000 0.740 0.060
#> SRR1146125 4 0.3723 0.5053 0.000 0.180 0.024 0.780 0.012 0.004
#> SRR1146126 2 0.4086 0.7441 0.000 0.716 0.032 0.244 0.000 0.008
#> SRR1146127 2 0.4646 0.7399 0.000 0.692 0.084 0.216 0.000 0.008
#> SRR1146128 1 0.7026 -0.1777 0.428 0.008 0.116 0.000 0.340 0.108
#> SRR1146129 3 0.5219 0.7824 0.092 0.004 0.616 0.000 0.280 0.008
#> SRR1146130 2 0.4710 0.7127 0.000 0.660 0.052 0.276 0.004 0.008
#> SRR1146131 2 0.6080 0.5511 0.000 0.512 0.220 0.252 0.000 0.016
#> SRR1146132 5 0.4035 0.6370 0.056 0.036 0.028 0.000 0.816 0.064
#> SRR1146133 5 0.3687 0.7581 0.164 0.032 0.000 0.000 0.788 0.016
#> SRR1146134 3 0.6408 0.6768 0.064 0.036 0.572 0.000 0.260 0.068
#> SRR1146135 5 0.5617 0.4344 0.080 0.012 0.140 0.000 0.680 0.088
#> SRR1146136 5 0.6335 0.6798 0.124 0.020 0.100 0.000 0.620 0.136
#> SRR1146137 4 0.0881 0.6294 0.000 0.012 0.000 0.972 0.008 0.008
#> SRR1146138 4 0.1431 0.6293 0.000 0.016 0.016 0.952 0.008 0.008
#> SRR1146139 2 0.6170 0.3760 0.000 0.444 0.096 0.420 0.016 0.024
#> SRR1146140 1 0.0508 0.8589 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012
#> SRR1146141 1 0.1793 0.8541 0.932 0.004 0.016 0.000 0.008 0.040
#> SRR1146142 2 0.2151 0.8305 0.000 0.904 0.000 0.072 0.008 0.016
#> SRR1146143 2 0.2565 0.8297 0.000 0.888 0.004 0.072 0.012 0.024
#> SRR1146144 4 0.5765 0.3362 0.000 0.220 0.116 0.624 0.016 0.024
#> SRR1146145 2 0.3406 0.8202 0.000 0.844 0.048 0.080 0.012 0.016
#> SRR1146146 6 0.4697 0.8928 0.000 0.048 0.000 0.348 0.004 0.600
#> SRR1146147 5 0.4036 0.7592 0.164 0.020 0.000 0.000 0.768 0.048
#> SRR1146148 5 0.4180 0.7571 0.164 0.004 0.012 0.000 0.760 0.060
#> SRR1146149 5 0.5921 0.7408 0.164 0.012 0.068 0.000 0.644 0.112
#> SRR1146150 3 0.5546 0.7553 0.080 0.012 0.652 0.000 0.216 0.040
#> SRR1146151 5 0.5975 0.3766 0.056 0.048 0.180 0.000 0.652 0.064
#> SRR1146152 5 0.5882 0.7419 0.164 0.012 0.068 0.000 0.648 0.108
#> SRR1146153 4 0.1409 0.6303 0.000 0.032 0.008 0.948 0.000 0.012
#> SRR1146154 5 0.4324 0.7589 0.164 0.032 0.000 0.000 0.752 0.052
#> SRR1146155 1 0.0692 0.8583 0.976 0.004 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1146156 1 0.0622 0.8626 0.980 0.000 0.008 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146157 1 0.0713 0.8566 0.972 0.000 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1146158 1 0.4135 0.7692 0.788 0.008 0.020 0.000 0.108 0.076
#> SRR1146159 5 0.2982 0.7615 0.164 0.000 0.004 0.000 0.820 0.012
#> SRR1146160 1 0.4508 0.7497 0.756 0.008 0.020 0.000 0.096 0.120
#> SRR1146161 5 0.5967 0.7411 0.164 0.016 0.068 0.000 0.644 0.108
#> SRR1146162 1 0.3492 0.7917 0.828 0.004 0.016 0.000 0.104 0.048
#> SRR1146163 3 0.5038 0.8410 0.176 0.000 0.664 0.000 0.152 0.008
#> SRR1146164 1 0.4848 0.6798 0.712 0.004 0.016 0.000 0.136 0.132
#> SRR1146165 1 0.0000 0.8610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.1452 0.6282 0.000 0.020 0.020 0.948 0.000 0.012
#> SRR1146167 4 0.7605 -0.1741 0.000 0.132 0.212 0.352 0.008 0.296
#> SRR1146168 5 0.5866 0.7385 0.164 0.024 0.068 0.000 0.660 0.084
#> SRR1146169 4 0.5479 0.3860 0.000 0.228 0.116 0.632 0.016 0.008
#> SRR1146170 4 0.6413 0.3677 0.000 0.172 0.088 0.608 0.024 0.108
#> SRR1146171 4 0.4893 0.4064 0.000 0.004 0.224 0.660 0.000 0.112
#> SRR1146172 4 0.4721 0.5611 0.000 0.040 0.088 0.764 0.024 0.084
#> SRR1146173 4 0.5580 0.0401 0.000 0.016 0.076 0.592 0.016 0.300
#> SRR1146174 4 0.6344 0.3888 0.000 0.212 0.176 0.564 0.024 0.024
#> SRR1146175 2 0.6677 0.5118 0.000 0.456 0.244 0.264 0.012 0.024
#> SRR1146176 2 0.6755 0.3889 0.000 0.472 0.196 0.284 0.024 0.024
#> SRR1146177 2 0.5575 0.6473 0.000 0.592 0.164 0.232 0.000 0.012
#> SRR1146178 4 0.0665 0.6238 0.000 0.000 0.004 0.980 0.008 0.008
#> SRR1146179 2 0.5660 0.5453 0.000 0.592 0.088 0.288 0.020 0.012
#> SRR1146180 4 0.6940 0.2417 0.000 0.156 0.224 0.500 0.004 0.116
#> SRR1146181 4 0.1874 0.6246 0.000 0.028 0.012 0.932 0.008 0.020
#> SRR1146182 4 0.7665 -0.3986 0.000 0.176 0.176 0.364 0.008 0.276
#> SRR1146183 4 0.6431 0.3573 0.000 0.164 0.088 0.608 0.024 0.116
#> SRR1146184 4 0.4046 0.5019 0.000 0.160 0.012 0.776 0.012 0.040
#> SRR1146185 4 0.1307 0.6149 0.000 0.000 0.008 0.952 0.008 0.032
#> SRR1146186 4 0.4812 0.0197 0.000 0.004 0.044 0.616 0.008 0.328
#> SRR1146187 4 0.0748 0.6296 0.000 0.016 0.004 0.976 0.004 0.000
#> SRR1146188 4 0.5132 0.4406 0.000 0.028 0.228 0.660 0.000 0.084
#> SRR1146189 4 0.1509 0.6267 0.000 0.024 0.012 0.948 0.008 0.008
#> SRR1146190 4 0.2846 0.5387 0.000 0.000 0.016 0.840 0.004 0.140
#> SRR1146191 4 0.4892 0.3097 0.000 0.004 0.068 0.676 0.016 0.236
#> SRR1146192 4 0.2001 0.5821 0.000 0.000 0.004 0.900 0.004 0.092
#> SRR1146193 4 0.5785 0.0739 0.000 0.008 0.224 0.548 0.000 0.220
#> SRR1146194 4 0.2592 0.5893 0.000 0.004 0.116 0.864 0.000 0.016
#> SRR1146195 4 0.1477 0.6059 0.000 0.000 0.008 0.940 0.004 0.048
#> SRR1146196 4 0.2775 0.6066 0.000 0.060 0.028 0.884 0.016 0.012
#> SRR1146197 4 0.1877 0.6218 0.000 0.024 0.012 0.932 0.008 0.024
#> SRR1146198 6 0.4866 0.7461 0.000 0.048 0.004 0.432 0.000 0.516
#> SRR1146199 5 0.4170 0.7542 0.160 0.012 0.000 0.000 0.756 0.072
#> SRR1146200 4 0.2449 0.6134 0.000 0.020 0.080 0.888 0.000 0.012
#> SRR1146201 4 0.3724 0.5088 0.000 0.136 0.012 0.804 0.008 0.040
#> SRR1146202 3 0.5967 0.7264 0.068 0.024 0.620 0.000 0.232 0.056
#> SRR1146203 1 0.0146 0.8611 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146204 5 0.7248 0.2129 0.100 0.024 0.232 0.000 0.488 0.156
#> SRR1146205 5 0.3596 0.7587 0.164 0.032 0.000 0.000 0.792 0.012
#> SRR1146206 5 0.3581 0.6534 0.056 0.032 0.024 0.000 0.844 0.044
#> SRR1146207 4 0.4543 0.4585 0.000 0.004 0.224 0.692 0.000 0.080
#> SRR1146208 1 0.2217 0.8066 0.908 0.004 0.004 0.000 0.048 0.036
#> SRR1146209 5 0.4841 0.7480 0.180 0.004 0.020 0.000 0.708 0.088
#> SRR1146210 1 0.4603 0.7197 0.756 0.020 0.072 0.000 0.020 0.132
#> SRR1146211 5 0.4378 0.7470 0.180 0.008 0.004 0.000 0.736 0.072
#> SRR1146212 5 0.4440 0.6633 0.060 0.044 0.040 0.000 0.792 0.064
#> SRR1146213 4 0.4914 -0.5655 0.000 0.020 0.020 0.520 0.004 0.436
#> SRR1146214 1 0.6223 0.4518 0.604 0.012 0.064 0.000 0.188 0.132
#> SRR1146215 1 0.0858 0.8620 0.968 0.000 0.004 0.000 0.000 0.028
#> SRR1146216 2 0.4959 0.7288 0.000 0.684 0.072 0.220 0.012 0.012
#> SRR1146217 5 0.5993 0.7413 0.164 0.032 0.060 0.000 0.652 0.092
#> SRR1146218 5 0.6241 0.1972 0.084 0.008 0.248 0.000 0.576 0.084
#> SRR1146219 3 0.6987 0.6417 0.272 0.004 0.432 0.000 0.228 0.064
#> SRR1146220 5 0.3925 0.6459 0.060 0.012 0.036 0.000 0.816 0.076
#> SRR1146221 5 0.6113 0.3588 0.060 0.028 0.184 0.000 0.632 0.096
#> SRR1146222 1 0.0146 0.8612 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146223 5 0.5060 0.7416 0.180 0.004 0.020 0.000 0.688 0.108
#> SRR1146224 5 0.6867 0.0949 0.056 0.044 0.300 0.000 0.504 0.096
#> SRR1146225 5 0.3800 0.7596 0.164 0.012 0.000 0.000 0.780 0.044
#> SRR1146226 1 0.0146 0.8614 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146227 3 0.6138 0.7936 0.244 0.004 0.576 0.000 0.120 0.056
#> SRR1146228 3 0.4960 0.7797 0.084 0.000 0.636 0.000 0.272 0.008
#> SRR1146229 1 0.2870 0.7245 0.860 0.004 0.004 0.000 0.100 0.032
#> SRR1146230 6 0.4697 0.8928 0.000 0.048 0.000 0.348 0.004 0.600
#> SRR1146231 4 0.5644 0.2810 0.000 0.048 0.052 0.644 0.024 0.232
#> SRR1146232 2 0.3086 0.8248 0.000 0.856 0.040 0.088 0.008 0.008
#> SRR1146233 1 0.0146 0.8612 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146234 1 0.2969 0.8235 0.852 0.008 0.004 0.000 0.024 0.112
#> SRR1146235 1 0.3400 0.8140 0.832 0.008 0.020 0.000 0.024 0.116
#> SRR1146236 6 0.4697 0.8928 0.000 0.048 0.000 0.348 0.004 0.600
#> SRR1146237 1 0.0000 0.8610 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 6 0.6896 0.6457 0.000 0.068 0.148 0.352 0.008 0.424
#> SRR1146239 1 0.5053 0.4837 0.720 0.004 0.116 0.000 0.104 0.056
#> SRR1146240 5 0.6713 0.6768 0.220 0.020 0.068 0.000 0.548 0.144
#> SRR1146241 1 0.0363 0.8614 0.988 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146242 1 0.0146 0.8614 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146243 6 0.4697 0.8928 0.000 0.048 0.000 0.348 0.004 0.600
#> SRR1146244 6 0.4697 0.8928 0.000 0.048 0.000 0.348 0.004 0.600
#> SRR1146245 4 0.6064 -0.4684 0.000 0.104 0.020 0.480 0.012 0.384
#> SRR1146246 6 0.5026 0.8843 0.000 0.048 0.012 0.348 0.004 0.588
#> SRR1146247 6 0.5743 0.8330 0.000 0.048 0.060 0.332 0.004 0.556
#> SRR1146248 6 0.4832 0.8908 0.000 0.048 0.004 0.348 0.004 0.596
#> SRR1146249 6 0.4474 0.7790 0.000 0.008 0.008 0.404 0.008 0.572
#> SRR1146250 6 0.6339 0.6568 0.000 0.128 0.068 0.272 0.000 0.532
#> SRR1146252 5 0.5729 0.7102 0.208 0.004 0.032 0.000 0.620 0.136
#> SRR1146253 1 0.0547 0.8615 0.980 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1146254 5 0.7064 0.2888 0.104 0.012 0.216 0.000 0.500 0.168
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.5017 0.499 0.499
#> 3 3 0.865 0.910 0.941 0.2493 0.874 0.747
#> 4 4 0.745 0.823 0.888 0.1715 0.890 0.706
#> 5 5 0.762 0.771 0.866 0.0720 0.932 0.747
#> 6 6 0.768 0.727 0.855 0.0408 0.948 0.763
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0 1 0 1
#> SRR1146077 1 0 1 1 0
#> SRR1146078 1 0 1 1 0
#> SRR1146079 1 0 1 1 0
#> SRR1146080 1 0 1 1 0
#> SRR1146081 1 0 1 1 0
#> SRR1146082 1 0 1 1 0
#> SRR1146083 1 0 1 1 0
#> SRR1146084 1 0 1 1 0
#> SRR1146085 2 0 1 0 1
#> SRR1146086 2 0 1 0 1
#> SRR1146087 1 0 1 1 0
#> SRR1146088 2 0 1 0 1
#> SRR1146089 1 0 1 1 0
#> SRR1146090 1 0 1 1 0
#> SRR1146091 1 0 1 1 0
#> SRR1146092 1 0 1 1 0
#> SRR1146093 1 0 1 1 0
#> SRR1146094 1 0 1 1 0
#> SRR1146095 1 0 1 1 0
#> SRR1146096 2 0 1 0 1
#> SRR1146097 1 0 1 1 0
#> SRR1146098 1 0 1 1 0
#> SRR1146099 1 0 1 1 0
#> SRR1146100 1 0 1 1 0
#> SRR1146101 2 0 1 0 1
#> SRR1146102 1 0 1 1 0
#> SRR1146103 1 0 1 1 0
#> SRR1146104 1 0 1 1 0
#> SRR1146105 1 0 1 1 0
#> SRR1146106 2 0 1 0 1
#> SRR1146107 2 0 1 0 1
#> SRR1146108 2 0 1 0 1
#> SRR1146109 2 0 1 0 1
#> SRR1146110 1 0 1 1 0
#> SRR1146111 2 0 1 0 1
#> SRR1146112 1 0 1 1 0
#> SRR1146113 2 0 1 0 1
#> SRR1146114 2 0 1 0 1
#> SRR1146115 2 0 1 0 1
#> SRR1146116 2 0 1 0 1
#> SRR1146117 2 0 1 0 1
#> SRR1146118 2 0 1 0 1
#> SRR1146119 1 0 1 1 0
#> SRR1146120 2 0 1 0 1
#> SRR1146121 2 0 1 0 1
#> SRR1146122 2 0 1 0 1
#> SRR1146123 1 0 1 1 0
#> SRR1146124 1 0 1 1 0
#> SRR1146125 2 0 1 0 1
#> SRR1146126 2 0 1 0 1
#> SRR1146127 2 0 1 0 1
#> SRR1146128 1 0 1 1 0
#> SRR1146129 1 0 1 1 0
#> SRR1146130 2 0 1 0 1
#> SRR1146131 2 0 1 0 1
#> SRR1146132 1 0 1 1 0
#> SRR1146133 1 0 1 1 0
#> SRR1146134 1 0 1 1 0
#> SRR1146135 1 0 1 1 0
#> SRR1146136 1 0 1 1 0
#> SRR1146137 2 0 1 0 1
#> SRR1146138 2 0 1 0 1
#> SRR1146139 2 0 1 0 1
#> SRR1146140 1 0 1 1 0
#> SRR1146141 1 0 1 1 0
#> SRR1146142 2 0 1 0 1
#> SRR1146143 2 0 1 0 1
#> SRR1146144 2 0 1 0 1
#> SRR1146145 2 0 1 0 1
#> SRR1146146 2 0 1 0 1
#> SRR1146147 1 0 1 1 0
#> SRR1146148 1 0 1 1 0
#> SRR1146149 1 0 1 1 0
#> SRR1146150 1 0 1 1 0
#> SRR1146151 1 0 1 1 0
#> SRR1146152 1 0 1 1 0
#> SRR1146153 2 0 1 0 1
#> SRR1146154 1 0 1 1 0
#> SRR1146155 1 0 1 1 0
#> SRR1146156 1 0 1 1 0
#> SRR1146157 1 0 1 1 0
#> SRR1146158 1 0 1 1 0
#> SRR1146159 1 0 1 1 0
#> SRR1146160 1 0 1 1 0
#> SRR1146161 1 0 1 1 0
#> SRR1146162 1 0 1 1 0
#> SRR1146163 1 0 1 1 0
#> SRR1146164 1 0 1 1 0
#> SRR1146165 1 0 1 1 0
#> SRR1146166 2 0 1 0 1
#> SRR1146167 2 0 1 0 1
#> SRR1146168 1 0 1 1 0
#> SRR1146169 2 0 1 0 1
#> SRR1146170 2 0 1 0 1
#> SRR1146171 2 0 1 0 1
#> SRR1146172 2 0 1 0 1
#> SRR1146173 2 0 1 0 1
#> SRR1146174 2 0 1 0 1
#> SRR1146175 2 0 1 0 1
#> SRR1146176 2 0 1 0 1
#> SRR1146177 2 0 1 0 1
#> SRR1146178 2 0 1 0 1
#> SRR1146179 2 0 1 0 1
#> SRR1146180 2 0 1 0 1
#> SRR1146181 2 0 1 0 1
#> SRR1146182 2 0 1 0 1
#> SRR1146183 2 0 1 0 1
#> SRR1146184 2 0 1 0 1
#> SRR1146185 2 0 1 0 1
#> SRR1146186 2 0 1 0 1
#> SRR1146187 2 0 1 0 1
#> SRR1146188 2 0 1 0 1
#> SRR1146189 2 0 1 0 1
#> SRR1146190 2 0 1 0 1
#> SRR1146191 2 0 1 0 1
#> SRR1146192 2 0 1 0 1
#> SRR1146193 2 0 1 0 1
#> SRR1146194 2 0 1 0 1
#> SRR1146195 2 0 1 0 1
#> SRR1146196 2 0 1 0 1
#> SRR1146197 2 0 1 0 1
#> SRR1146198 2 0 1 0 1
#> SRR1146199 1 0 1 1 0
#> SRR1146200 2 0 1 0 1
#> SRR1146201 2 0 1 0 1
#> SRR1146202 1 0 1 1 0
#> SRR1146203 1 0 1 1 0
#> SRR1146204 1 0 1 1 0
#> SRR1146205 1 0 1 1 0
#> SRR1146206 1 0 1 1 0
#> SRR1146207 2 0 1 0 1
#> SRR1146208 1 0 1 1 0
#> SRR1146209 1 0 1 1 0
#> SRR1146210 1 0 1 1 0
#> SRR1146211 1 0 1 1 0
#> SRR1146212 1 0 1 1 0
#> SRR1146213 2 0 1 0 1
#> SRR1146214 1 0 1 1 0
#> SRR1146215 1 0 1 1 0
#> SRR1146216 2 0 1 0 1
#> SRR1146217 1 0 1 1 0
#> SRR1146218 1 0 1 1 0
#> SRR1146219 1 0 1 1 0
#> SRR1146220 1 0 1 1 0
#> SRR1146221 1 0 1 1 0
#> SRR1146222 1 0 1 1 0
#> SRR1146223 1 0 1 1 0
#> SRR1146224 1 0 1 1 0
#> SRR1146225 1 0 1 1 0
#> SRR1146226 1 0 1 1 0
#> SRR1146227 1 0 1 1 0
#> SRR1146228 1 0 1 1 0
#> SRR1146229 1 0 1 1 0
#> SRR1146230 2 0 1 0 1
#> SRR1146231 2 0 1 0 1
#> SRR1146232 2 0 1 0 1
#> SRR1146233 1 0 1 1 0
#> SRR1146234 1 0 1 1 0
#> SRR1146235 1 0 1 1 0
#> SRR1146236 2 0 1 0 1
#> SRR1146237 1 0 1 1 0
#> SRR1146238 2 0 1 0 1
#> SRR1146239 1 0 1 1 0
#> SRR1146240 1 0 1 1 0
#> SRR1146241 1 0 1 1 0
#> SRR1146242 1 0 1 1 0
#> SRR1146243 2 0 1 0 1
#> SRR1146244 2 0 1 0 1
#> SRR1146245 2 0 1 0 1
#> SRR1146246 2 0 1 0 1
#> SRR1146247 2 0 1 0 1
#> SRR1146248 2 0 1 0 1
#> SRR1146249 2 0 1 0 1
#> SRR1146250 2 0 1 0 1
#> SRR1146252 1 0 1 1 0
#> SRR1146253 1 0 1 1 0
#> SRR1146254 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146077 1 0.0000 0.8988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.8988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 0.8988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 0.8988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.8988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.4702 0.8669 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146083 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146084 3 0.4702 0.8669 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146085 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146086 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146087 1 0.4504 0.7870 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146088 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146089 3 0.4702 0.8669 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146090 3 0.4702 0.8669 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146091 3 0.4702 0.8669 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146092 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146093 1 0.0000 0.8988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.4504 0.7870 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146095 1 0.0000 0.8988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146097 1 0.0000 0.8988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146099 3 0.4702 0.8669 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146100 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146101 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146102 3 0.4702 0.8669 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146103 3 0.2796 0.8589 0.092 0.000 0.908
#> SRR1146104 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146105 3 0.0747 0.8290 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146106 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146107 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146108 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146109 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146110 1 0.0000 0.8988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146112 3 0.5465 0.8180 0.288 0.000 0.712
#> SRR1146113 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146114 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146115 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146116 2 0.0592 0.9931 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146117 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146118 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146119 3 0.1411 0.8199 0.036 0.000 0.964
#> SRR1146120 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146121 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146122 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146123 1 0.4504 0.7870 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146124 1 0.5678 0.6422 0.684 0.000 0.316
#> SRR1146125 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146126 2 0.0592 0.9931 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146127 2 0.0592 0.9931 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146128 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146129 3 0.0747 0.8290 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146130 2 0.0592 0.9931 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146131 2 0.0592 0.9931 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146132 3 0.1411 0.8199 0.036 0.000 0.964
#> SRR1146133 1 0.4504 0.7870 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146134 3 0.3340 0.8669 0.120 0.000 0.880
#> SRR1146135 3 0.1289 0.8221 0.032 0.000 0.968
#> SRR1146136 3 0.6305 0.4160 0.484 0.000 0.516
#> SRR1146137 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146138 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146139 2 0.0592 0.9931 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146140 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146141 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146142 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146143 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146144 2 0.0424 0.9940 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146145 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146146 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146147 1 0.4504 0.7870 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146148 1 0.4504 0.7870 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146149 1 0.0000 0.8988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146150 3 0.4702 0.8669 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146151 3 0.0892 0.8204 0.020 0.000 0.980
#> SRR1146152 1 0.0000 0.8988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146154 1 0.4504 0.7870 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146155 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146156 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146157 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146158 1 0.2448 0.8603 0.924 0.000 0.076
#> SRR1146159 1 0.4504 0.7870 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146160 1 0.0424 0.8993 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146161 1 0.2796 0.8499 0.908 0.000 0.092
#> SRR1146162 1 0.4504 0.7870 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146163 3 0.4702 0.8669 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146164 1 0.0000 0.8988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146166 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146167 2 0.0592 0.9931 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146168 1 0.0000 0.8988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.0424 0.9940 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146170 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146171 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146172 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146173 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146174 2 0.0592 0.9939 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146175 2 0.0592 0.9931 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146176 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146177 2 0.0592 0.9931 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146178 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146180 2 0.0592 0.9931 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146181 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146182 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146183 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146184 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146185 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146186 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146187 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146188 2 0.0424 0.9940 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146189 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146190 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146191 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146192 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146193 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146194 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146195 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146196 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146197 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146198 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146199 1 0.4504 0.7870 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146200 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146201 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146202 3 0.3551 0.8680 0.132 0.000 0.868
#> SRR1146203 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146204 3 0.5327 0.8191 0.272 0.000 0.728
#> SRR1146205 1 0.4504 0.7870 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146206 3 0.1411 0.8199 0.036 0.000 0.964
#> SRR1146207 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146208 1 0.4702 0.6350 0.788 0.000 0.212
#> SRR1146209 1 0.4504 0.7870 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146210 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146211 1 0.4504 0.7870 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146212 3 0.3412 0.8659 0.124 0.000 0.876
#> SRR1146213 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146214 1 0.5859 0.2836 0.656 0.000 0.344
#> SRR1146215 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146216 2 0.0592 0.9931 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146217 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146218 3 0.4702 0.8669 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146219 3 0.5327 0.8191 0.272 0.000 0.728
#> SRR1146220 3 0.1411 0.8199 0.036 0.000 0.964
#> SRR1146221 3 0.0747 0.8290 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146222 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146223 1 0.4346 0.7949 0.816 0.000 0.184
#> SRR1146224 3 0.3267 0.8662 0.116 0.000 0.884
#> SRR1146225 1 0.4504 0.7870 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146226 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146227 3 0.4702 0.8669 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146228 3 0.0747 0.8290 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146229 1 0.6192 -0.0329 0.580 0.000 0.420
#> SRR1146230 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146231 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146232 2 0.0747 0.9930 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146233 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146234 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146235 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146236 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146237 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146238 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146239 3 0.5529 0.7892 0.296 0.000 0.704
#> SRR1146240 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146241 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146242 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146243 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146244 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146245 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146246 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146247 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146248 2 0.0237 0.9944 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146249 2 0.0000 0.9944 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146250 2 0.0592 0.9939 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146252 1 0.0000 0.8988 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0892 0.8995 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146254 3 0.5327 0.8191 0.272 0.000 0.728
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 4 0.0469 0.8721 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146077 1 0.0188 0.8964 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0188 0.8964 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0817 0.8909 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0592 0.8934 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0188 0.8964 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.3610 0.8692 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146083 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146084 3 0.3610 0.8692 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146085 2 0.1022 0.8687 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146086 2 0.1022 0.8687 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146087 1 0.4387 0.7763 0.776 0.024 0.200 0.000
#> SRR1146088 4 0.0469 0.8721 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146089 3 0.3610 0.8692 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146090 3 0.3610 0.8692 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146091 3 0.3610 0.8692 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146092 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146093 1 0.0188 0.8964 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.4579 0.7728 0.768 0.032 0.200 0.000
#> SRR1146095 1 0.1022 0.8887 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.1118 0.8693 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146097 1 0.0188 0.8964 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146099 3 0.3610 0.8692 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146100 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146101 4 0.3726 0.8170 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146102 3 0.3610 0.8692 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146103 3 0.2081 0.8592 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1146104 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146105 3 0.0000 0.8181 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.1302 0.8696 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1146107 2 0.1022 0.8687 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146108 2 0.1389 0.8695 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146109 2 0.1022 0.8687 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146110 1 0.0000 0.8967 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.1474 0.8687 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146112 3 0.4797 0.8189 0.260 0.020 0.720 0.000
#> SRR1146113 2 0.1389 0.8695 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146114 2 0.1022 0.8687 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146115 2 0.1022 0.8687 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146116 2 0.3907 0.7915 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1146117 2 0.1022 0.8687 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146118 2 0.1557 0.8676 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1146119 3 0.1256 0.8063 0.008 0.028 0.964 0.000
#> SRR1146120 2 0.1022 0.8687 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146121 2 0.1022 0.8687 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146122 4 0.3726 0.8170 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146123 1 0.3972 0.7825 0.788 0.008 0.204 0.000
#> SRR1146124 1 0.5432 0.6335 0.652 0.032 0.316 0.000
#> SRR1146125 4 0.3726 0.8170 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146126 2 0.3907 0.7915 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1146127 2 0.3907 0.7915 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1146128 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146129 3 0.0000 0.8181 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.3907 0.7915 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1146131 2 0.3907 0.7915 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1146132 3 0.0672 0.8124 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR1146133 1 0.4579 0.7728 0.768 0.032 0.200 0.000
#> SRR1146134 3 0.2704 0.8695 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1146135 3 0.0524 0.8145 0.004 0.008 0.988 0.000
#> SRR1146136 3 0.5506 0.3944 0.472 0.016 0.512 0.000
#> SRR1146137 4 0.0469 0.8721 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146138 4 0.0469 0.8721 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146139 2 0.3907 0.7915 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1146140 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146141 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146142 2 0.1022 0.8687 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146143 2 0.1022 0.8687 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146144 2 0.4961 0.5030 0.000 0.552 0.000 0.448
#> SRR1146145 2 0.1022 0.8687 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146146 4 0.3610 0.8207 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146147 1 0.4579 0.7728 0.768 0.032 0.200 0.000
#> SRR1146148 1 0.4579 0.7728 0.768 0.032 0.200 0.000
#> SRR1146149 1 0.0921 0.8899 0.972 0.028 0.000 0.000
#> SRR1146150 3 0.3610 0.8692 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146151 3 0.0336 0.8144 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146152 1 0.1022 0.8887 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1146153 4 0.0469 0.8721 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146154 1 0.4579 0.7728 0.768 0.032 0.200 0.000
#> SRR1146155 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146156 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146157 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146158 1 0.2081 0.8570 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1146159 1 0.4485 0.7737 0.772 0.028 0.200 0.000
#> SRR1146160 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146161 1 0.3082 0.8446 0.884 0.032 0.084 0.000
#> SRR1146162 1 0.3791 0.7837 0.796 0.004 0.200 0.000
#> SRR1146163 3 0.3610 0.8692 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146164 1 0.0188 0.8964 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146166 4 0.0469 0.8721 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146167 2 0.4855 0.6080 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1146168 1 0.1022 0.8887 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.4948 0.5201 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1146170 4 0.3726 0.8170 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146171 4 0.0000 0.8729 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146172 4 0.0592 0.8726 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146173 4 0.0188 0.8737 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146174 2 0.3444 0.7625 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1146175 2 0.3907 0.7915 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1146176 2 0.1389 0.8695 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146177 2 0.3907 0.7915 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1146178 4 0.0336 0.8727 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146179 2 0.1118 0.8693 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146180 2 0.4843 0.6116 0.000 0.604 0.000 0.396
#> SRR1146181 4 0.0469 0.8721 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146182 4 0.3837 0.8000 0.000 0.224 0.000 0.776
#> SRR1146183 4 0.3726 0.8170 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146184 4 0.3649 0.8203 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1146185 4 0.0000 0.8729 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146186 4 0.0000 0.8729 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146187 4 0.0469 0.8721 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146188 4 0.4998 -0.3726 0.000 0.488 0.000 0.512
#> SRR1146189 4 0.0469 0.8721 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146190 4 0.0000 0.8729 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146191 4 0.0000 0.8729 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146192 4 0.0000 0.8729 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146193 4 0.0000 0.8729 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146194 4 0.0000 0.8729 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146195 4 0.0000 0.8729 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146196 4 0.0188 0.8737 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146197 4 0.0469 0.8721 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146198 4 0.3610 0.8207 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146199 1 0.4579 0.7728 0.768 0.032 0.200 0.000
#> SRR1146200 4 0.0469 0.8721 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146201 4 0.3649 0.8203 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1146202 3 0.2814 0.8703 0.132 0.000 0.868 0.000
#> SRR1146203 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146204 3 0.4250 0.8097 0.276 0.000 0.724 0.000
#> SRR1146205 1 0.4579 0.7728 0.768 0.032 0.200 0.000
#> SRR1146206 3 0.1151 0.8076 0.008 0.024 0.968 0.000
#> SRR1146207 4 0.0000 0.8729 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.3688 0.6280 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146209 1 0.4540 0.7761 0.772 0.032 0.196 0.000
#> SRR1146210 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146211 1 0.4059 0.7811 0.788 0.012 0.200 0.000
#> SRR1146212 3 0.2918 0.8675 0.116 0.008 0.876 0.000
#> SRR1146213 4 0.0188 0.8728 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146214 1 0.4605 0.2945 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1146215 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146216 2 0.3907 0.7915 0.000 0.768 0.000 0.232
#> SRR1146217 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146218 3 0.3610 0.8692 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146219 3 0.4072 0.8318 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1146220 3 0.1256 0.8063 0.008 0.028 0.964 0.000
#> SRR1146221 3 0.0000 0.8181 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146223 1 0.4418 0.7849 0.784 0.032 0.184 0.000
#> SRR1146224 3 0.2589 0.8680 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1146225 1 0.4579 0.7728 0.768 0.032 0.200 0.000
#> SRR1146226 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146227 3 0.3610 0.8692 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146228 3 0.0000 0.8181 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.4888 -0.0114 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1146230 4 0.3610 0.8207 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146231 4 0.2704 0.8457 0.000 0.124 0.000 0.876
#> SRR1146232 2 0.1118 0.8693 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146233 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146234 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146235 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146236 4 0.3610 0.8207 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146237 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146238 4 0.3610 0.8207 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146239 3 0.4382 0.7859 0.296 0.000 0.704 0.000
#> SRR1146240 1 0.0376 0.8966 0.992 0.004 0.004 0.000
#> SRR1146241 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146242 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146243 4 0.3444 0.8280 0.000 0.184 0.000 0.816
#> SRR1146244 4 0.3610 0.8207 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146245 4 0.3610 0.8207 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146246 4 0.3610 0.8207 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146247 4 0.3610 0.8207 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146248 4 0.3610 0.8207 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146249 4 0.0000 0.8729 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.4679 0.3899 0.000 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146252 1 0.1022 0.8887 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0336 0.8973 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146254 3 0.4546 0.8233 0.256 0.012 0.732 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 4 0.0510 0.8551 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146077 1 0.4210 0.0361 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1146078 1 0.4210 0.0361 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1146079 5 0.4108 0.7320 0.308 0.000 0.008 0.000 0.684
#> SRR1146080 5 0.4339 0.6879 0.336 0.000 0.012 0.000 0.652
#> SRR1146081 5 0.4268 0.4619 0.444 0.000 0.000 0.000 0.556
#> SRR1146082 3 0.1043 0.8771 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.1121 0.8765 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0162 0.8559 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146086 2 0.0162 0.8559 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146087 5 0.2389 0.8055 0.116 0.000 0.004 0.000 0.880
#> SRR1146088 4 0.0510 0.8551 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146089 3 0.1043 0.8771 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.1121 0.8765 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.0880 0.8765 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.4210 0.0361 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1146094 5 0.2228 0.8089 0.092 0.004 0.004 0.000 0.900
#> SRR1146095 5 0.3774 0.7516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1146096 2 0.0290 0.8562 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146097 1 0.4210 0.0361 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1146098 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.1121 0.8765 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 4 0.3274 0.7913 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1146102 3 0.1121 0.8765 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.1195 0.8753 0.012 0.000 0.960 0.000 0.028
#> SRR1146104 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.1043 0.8695 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146106 2 0.0510 0.8566 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146107 2 0.0162 0.8559 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146108 2 0.0510 0.8566 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146109 2 0.0162 0.8559 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146110 1 0.1965 0.7830 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1146111 2 0.0404 0.8567 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146112 5 0.5526 0.6961 0.200 0.000 0.152 0.000 0.648
#> SRR1146113 2 0.0510 0.8566 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146114 2 0.0162 0.8559 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146115 2 0.0162 0.8559 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146116 2 0.3177 0.7792 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146117 2 0.0162 0.8559 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146118 2 0.0703 0.8553 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146119 3 0.4151 0.6471 0.000 0.004 0.652 0.000 0.344
#> SRR1146120 2 0.0162 0.8559 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146121 2 0.0162 0.8559 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146122 4 0.3430 0.7908 0.000 0.220 0.000 0.776 0.004
#> SRR1146123 1 0.3550 0.5547 0.760 0.000 0.004 0.000 0.236
#> SRR1146124 5 0.2519 0.7783 0.060 0.004 0.036 0.000 0.900
#> SRR1146125 4 0.3274 0.7898 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1146126 2 0.3177 0.7792 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146127 2 0.3177 0.7792 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146128 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146129 3 0.2074 0.8466 0.000 0.000 0.896 0.000 0.104
#> SRR1146130 2 0.3210 0.7773 0.000 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1146131 2 0.3550 0.7627 0.000 0.760 0.000 0.236 0.004
#> SRR1146132 3 0.3689 0.7439 0.000 0.004 0.740 0.000 0.256
#> SRR1146133 5 0.2228 0.8089 0.092 0.004 0.004 0.000 0.900
#> SRR1146134 3 0.1012 0.8759 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020
#> SRR1146135 3 0.3607 0.7542 0.000 0.004 0.752 0.000 0.244
#> SRR1146136 5 0.6124 0.6045 0.200 0.000 0.236 0.000 0.564
#> SRR1146137 4 0.0510 0.8551 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146138 4 0.0671 0.8541 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1146139 2 0.3741 0.7424 0.000 0.732 0.000 0.264 0.004
#> SRR1146140 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0162 0.8559 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146143 2 0.0162 0.8559 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146144 2 0.4449 0.3884 0.000 0.512 0.000 0.484 0.004
#> SRR1146145 2 0.0162 0.8559 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146146 4 0.5370 0.7714 0.000 0.176 0.028 0.708 0.088
#> SRR1146147 5 0.2068 0.8093 0.092 0.004 0.000 0.000 0.904
#> SRR1146148 5 0.2228 0.8089 0.092 0.004 0.004 0.000 0.900
#> SRR1146149 5 0.3906 0.7538 0.292 0.000 0.004 0.000 0.704
#> SRR1146150 3 0.0880 0.8765 0.032 0.000 0.968 0.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.3266 0.7876 0.000 0.004 0.796 0.000 0.200
#> SRR1146152 5 0.4114 0.7677 0.272 0.000 0.016 0.000 0.712
#> SRR1146153 4 0.0671 0.8541 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1146154 5 0.2228 0.8089 0.092 0.004 0.004 0.000 0.900
#> SRR1146155 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0162 0.8768 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146157 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0162 0.8759 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146159 5 0.3741 0.6691 0.264 0.000 0.004 0.000 0.732
#> SRR1146160 1 0.2179 0.7664 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1146161 5 0.3727 0.8010 0.216 0.000 0.016 0.000 0.768
#> SRR1146162 1 0.3430 0.5820 0.776 0.000 0.004 0.000 0.220
#> SRR1146163 3 0.1043 0.8771 0.040 0.000 0.960 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.4201 0.0525 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1146165 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.0671 0.8541 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1146167 2 0.5142 0.6027 0.000 0.600 0.000 0.348 0.052
#> SRR1146168 5 0.4181 0.7696 0.268 0.000 0.020 0.000 0.712
#> SRR1146169 2 0.4440 0.4260 0.000 0.528 0.000 0.468 0.004
#> SRR1146170 4 0.3274 0.7913 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1146171 4 0.0290 0.8555 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146172 4 0.0510 0.8551 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146173 4 0.1195 0.8551 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR1146174 2 0.3715 0.6284 0.000 0.736 0.000 0.260 0.004
#> SRR1146175 2 0.3607 0.7573 0.000 0.752 0.000 0.244 0.004
#> SRR1146176 2 0.1892 0.8294 0.000 0.916 0.000 0.080 0.004
#> SRR1146177 2 0.3177 0.7792 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146178 4 0.0290 0.8560 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146179 2 0.1544 0.8348 0.000 0.932 0.000 0.068 0.000
#> SRR1146180 2 0.4321 0.5810 0.000 0.600 0.000 0.396 0.004
#> SRR1146181 4 0.0510 0.8551 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146182 4 0.4629 0.7483 0.000 0.244 0.000 0.704 0.052
#> SRR1146183 4 0.3274 0.7913 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1146184 4 0.3210 0.7941 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1146185 4 0.0000 0.8557 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146186 4 0.0880 0.8518 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1146187 4 0.0510 0.8551 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146188 4 0.4403 -0.2059 0.000 0.436 0.000 0.560 0.004
#> SRR1146189 4 0.0510 0.8551 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146190 4 0.0162 0.8559 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146191 4 0.0290 0.8558 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146192 4 0.0162 0.8559 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146193 4 0.0880 0.8522 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1146194 4 0.0162 0.8554 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146195 4 0.0162 0.8559 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146196 4 0.0404 0.8575 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1146197 4 0.0510 0.8551 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146198 4 0.4972 0.7837 0.000 0.176 0.028 0.736 0.060
#> SRR1146199 5 0.2228 0.8089 0.092 0.004 0.004 0.000 0.900
#> SRR1146200 4 0.0671 0.8541 0.000 0.016 0.000 0.980 0.004
#> SRR1146201 4 0.3177 0.7955 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1146202 3 0.1012 0.8759 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020
#> SRR1146203 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 3 0.4307 0.1164 0.496 0.000 0.504 0.000 0.000
#> SRR1146205 5 0.2228 0.8089 0.092 0.004 0.004 0.000 0.900
#> SRR1146206 3 0.4029 0.6827 0.000 0.004 0.680 0.000 0.316
#> SRR1146207 4 0.0162 0.8554 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146208 1 0.0404 0.8680 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146209 5 0.3366 0.8046 0.212 0.000 0.004 0.000 0.784
#> SRR1146210 1 0.0290 0.8740 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146211 5 0.4331 0.4100 0.400 0.000 0.004 0.000 0.596
#> SRR1146212 3 0.2125 0.8684 0.024 0.004 0.920 0.000 0.052
#> SRR1146213 4 0.2305 0.8411 0.000 0.012 0.028 0.916 0.044
#> SRR1146214 1 0.0510 0.8638 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0162 0.8768 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146216 2 0.3109 0.7830 0.000 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1146217 1 0.0324 0.8749 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146218 3 0.1341 0.8706 0.056 0.000 0.944 0.000 0.000
#> SRR1146219 3 0.3684 0.6298 0.280 0.000 0.720 0.000 0.000
#> SRR1146220 3 0.3999 0.6499 0.000 0.000 0.656 0.000 0.344
#> SRR1146221 3 0.0880 0.8709 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146222 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 5 0.3430 0.8024 0.220 0.000 0.004 0.000 0.776
#> SRR1146224 3 0.1012 0.8759 0.012 0.000 0.968 0.000 0.020
#> SRR1146225 5 0.2068 0.8089 0.092 0.000 0.004 0.000 0.904
#> SRR1146226 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 3 0.2020 0.8357 0.100 0.000 0.900 0.000 0.000
#> SRR1146228 3 0.1124 0.8720 0.004 0.000 0.960 0.000 0.036
#> SRR1146229 1 0.0794 0.8496 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000
#> SRR1146230 4 0.5370 0.7714 0.000 0.176 0.028 0.708 0.088
#> SRR1146231 4 0.2124 0.8413 0.000 0.096 0.000 0.900 0.004
#> SRR1146232 2 0.0404 0.8566 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0451 0.8728 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146236 4 0.5370 0.7714 0.000 0.176 0.028 0.708 0.088
#> SRR1146237 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 4 0.5373 0.7702 0.000 0.180 0.024 0.704 0.092
#> SRR1146239 1 0.3003 0.6518 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.4009 0.3712 0.684 0.000 0.004 0.000 0.312
#> SRR1146241 1 0.0000 0.8787 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0162 0.8762 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146243 4 0.5188 0.7842 0.000 0.156 0.028 0.728 0.088
#> SRR1146244 4 0.5370 0.7714 0.000 0.176 0.028 0.708 0.088
#> SRR1146245 4 0.3846 0.7931 0.000 0.200 0.004 0.776 0.020
#> SRR1146246 4 0.5370 0.7714 0.000 0.176 0.028 0.708 0.088
#> SRR1146247 4 0.5421 0.7707 0.000 0.176 0.028 0.704 0.092
#> SRR1146248 4 0.5370 0.7714 0.000 0.176 0.028 0.708 0.088
#> SRR1146249 4 0.2787 0.8247 0.000 0.004 0.028 0.880 0.088
#> SRR1146250 2 0.5982 0.3412 0.000 0.600 0.028 0.296 0.076
#> SRR1146252 5 0.3774 0.7516 0.296 0.000 0.000 0.000 0.704
#> SRR1146253 1 0.0162 0.8768 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146254 3 0.5141 0.5823 0.236 0.000 0.672 0.000 0.092
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.0146 0.7981 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1146077 1 0.4445 0.1695 0.572 0.000 0.000 0.000 0.396 0.032
#> SRR1146078 1 0.4453 0.1554 0.568 0.000 0.000 0.000 0.400 0.032
#> SRR1146079 5 0.4062 0.7502 0.192 0.000 0.004 0.000 0.744 0.060
#> SRR1146080 5 0.4768 0.6951 0.228 0.000 0.008 0.000 0.676 0.088
#> SRR1146081 5 0.4468 0.3861 0.408 0.000 0.000 0.000 0.560 0.032
#> SRR1146082 3 0.0363 0.8764 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0363 0.8672 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.0363 0.8764 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0632 0.8391 0.000 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1146086 2 0.0363 0.8445 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146087 5 0.2001 0.7828 0.040 0.000 0.000 0.000 0.912 0.048
#> SRR1146088 4 0.0260 0.7982 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000 0.000
#> SRR1146089 3 0.0363 0.8764 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.0363 0.8764 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.0146 0.8759 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.8644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.4445 0.1695 0.572 0.000 0.000 0.000 0.396 0.032
#> SRR1146094 5 0.1531 0.7789 0.000 0.000 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1146095 5 0.3924 0.7483 0.208 0.000 0.000 0.000 0.740 0.052
#> SRR1146096 2 0.0363 0.8420 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146097 1 0.4445 0.1695 0.572 0.000 0.000 0.000 0.396 0.032
#> SRR1146098 1 0.0363 0.8672 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.0363 0.8764 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0363 0.8672 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 4 0.3715 0.6261 0.000 0.188 0.000 0.764 0.000 0.048
#> SRR1146102 3 0.0363 0.8764 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.0551 0.8768 0.004 0.000 0.984 0.000 0.008 0.004
#> SRR1146104 1 0.0622 0.8655 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146105 3 0.0777 0.8719 0.000 0.000 0.972 0.000 0.024 0.004
#> SRR1146106 2 0.0000 0.8453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0363 0.8445 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146108 2 0.0146 0.8453 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0363 0.8445 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146110 1 0.1556 0.8086 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.8453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.6075 0.7030 0.160 0.000 0.108 0.000 0.612 0.120
#> SRR1146113 2 0.0146 0.8453 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0260 0.8451 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146115 2 0.0363 0.8445 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146116 2 0.2762 0.7433 0.000 0.804 0.000 0.196 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0363 0.8445 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146118 2 0.0146 0.8453 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146119 3 0.4690 0.5076 0.000 0.000 0.552 0.000 0.400 0.048
#> SRR1146120 2 0.0363 0.8445 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146121 2 0.0363 0.8445 0.000 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146122 4 0.3649 0.6309 0.000 0.196 0.000 0.764 0.000 0.040
#> SRR1146123 1 0.3426 0.5538 0.720 0.000 0.000 0.000 0.276 0.004
#> SRR1146124 5 0.1327 0.7691 0.000 0.000 0.000 0.000 0.936 0.064
#> SRR1146125 4 0.3141 0.6356 0.000 0.200 0.000 0.788 0.000 0.012
#> SRR1146126 2 0.2697 0.7475 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.2730 0.7448 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1146128 1 0.0717 0.8644 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146129 3 0.1812 0.8466 0.000 0.000 0.912 0.000 0.080 0.008
#> SRR1146130 2 0.3023 0.7179 0.000 0.768 0.000 0.232 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.3993 0.6281 0.000 0.676 0.000 0.300 0.000 0.024
#> SRR1146132 3 0.4389 0.6638 0.000 0.000 0.660 0.000 0.288 0.052
#> SRR1146133 5 0.1588 0.7778 0.000 0.000 0.004 0.000 0.924 0.072
#> SRR1146134 3 0.0146 0.8753 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146135 3 0.3907 0.7015 0.000 0.000 0.704 0.000 0.268 0.028
#> SRR1146136 5 0.6399 0.6148 0.128 0.000 0.192 0.000 0.568 0.112
#> SRR1146137 4 0.0291 0.7979 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1146138 4 0.0458 0.7958 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146139 2 0.4177 0.2648 0.000 0.520 0.000 0.468 0.000 0.012
#> SRR1146140 1 0.0363 0.8672 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0363 0.8602 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146142 2 0.0260 0.8449 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146143 2 0.0260 0.8449 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146144 4 0.2826 0.6890 0.000 0.128 0.000 0.844 0.000 0.028
#> SRR1146145 2 0.0260 0.8449 0.000 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146146 6 0.3672 0.8870 0.000 0.056 0.000 0.168 0.000 0.776
#> SRR1146147 5 0.1769 0.7871 0.012 0.000 0.004 0.000 0.924 0.060
#> SRR1146148 5 0.0363 0.7841 0.000 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146149 5 0.3765 0.7775 0.156 0.000 0.004 0.000 0.780 0.060
#> SRR1146150 3 0.0146 0.8759 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.3236 0.7751 0.000 0.000 0.796 0.000 0.180 0.024
#> SRR1146152 5 0.3703 0.7904 0.132 0.000 0.008 0.000 0.796 0.064
#> SRR1146153 4 0.0717 0.7959 0.000 0.008 0.000 0.976 0.000 0.016
#> SRR1146154 5 0.1531 0.7789 0.000 0.000 0.004 0.000 0.928 0.068
#> SRR1146155 1 0.0508 0.8669 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146156 1 0.0146 0.8659 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0508 0.8669 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146158 1 0.0508 0.8606 0.984 0.000 0.000 0.000 0.012 0.004
#> SRR1146159 5 0.3163 0.6251 0.232 0.000 0.000 0.000 0.764 0.004
#> SRR1146160 1 0.3344 0.7083 0.804 0.000 0.000 0.000 0.152 0.044
#> SRR1146161 5 0.3546 0.8003 0.108 0.000 0.012 0.000 0.816 0.064
#> SRR1146162 1 0.3103 0.6548 0.784 0.000 0.000 0.000 0.208 0.008
#> SRR1146163 3 0.0405 0.8766 0.008 0.000 0.988 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146164 1 0.4326 0.1767 0.572 0.000 0.000 0.000 0.404 0.024
#> SRR1146165 1 0.0260 0.8669 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.0972 0.7921 0.000 0.008 0.000 0.964 0.000 0.028
#> SRR1146167 2 0.5835 0.3714 0.000 0.488 0.000 0.280 0.000 0.232
#> SRR1146168 5 0.4121 0.7863 0.128 0.000 0.012 0.000 0.768 0.092
#> SRR1146169 4 0.3874 0.2795 0.000 0.356 0.000 0.636 0.000 0.008
#> SRR1146170 4 0.3618 0.6288 0.000 0.192 0.000 0.768 0.000 0.040
#> SRR1146171 4 0.1765 0.7670 0.000 0.000 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1146172 4 0.1088 0.7964 0.000 0.016 0.000 0.960 0.000 0.024
#> SRR1146173 4 0.3405 0.5243 0.000 0.004 0.000 0.724 0.000 0.272
#> SRR1146174 4 0.4118 0.5378 0.000 0.312 0.000 0.660 0.000 0.028
#> SRR1146175 2 0.3953 0.5881 0.000 0.656 0.000 0.328 0.000 0.016
#> SRR1146176 2 0.4166 0.4152 0.000 0.648 0.000 0.324 0.000 0.028
#> SRR1146177 2 0.3201 0.7317 0.000 0.780 0.000 0.208 0.000 0.012
#> SRR1146178 4 0.0146 0.7973 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146179 2 0.2854 0.6599 0.000 0.792 0.000 0.208 0.000 0.000
#> SRR1146180 4 0.4473 -0.2167 0.000 0.484 0.000 0.488 0.000 0.028
#> SRR1146181 4 0.0405 0.7981 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1146182 6 0.5824 0.5326 0.000 0.300 0.000 0.216 0.000 0.484
#> SRR1146183 4 0.3683 0.6257 0.000 0.192 0.000 0.764 0.000 0.044
#> SRR1146184 4 0.3394 0.6409 0.000 0.200 0.000 0.776 0.000 0.024
#> SRR1146185 4 0.0458 0.7954 0.000 0.000 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146186 4 0.3446 0.4295 0.000 0.000 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1146187 4 0.0000 0.7975 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146188 4 0.3558 0.5895 0.000 0.212 0.000 0.760 0.000 0.028
#> SRR1146189 4 0.0405 0.7981 0.000 0.008 0.000 0.988 0.000 0.004
#> SRR1146190 4 0.1075 0.7839 0.000 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146191 4 0.1957 0.7474 0.000 0.000 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1146192 4 0.0865 0.7893 0.000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146193 4 0.3515 0.4051 0.000 0.000 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146194 4 0.0937 0.7921 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146195 4 0.0790 0.7904 0.000 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146196 4 0.0603 0.7983 0.000 0.016 0.000 0.980 0.000 0.004
#> SRR1146197 4 0.0622 0.7980 0.000 0.012 0.000 0.980 0.000 0.008
#> SRR1146198 6 0.4829 0.4441 0.000 0.056 0.000 0.424 0.000 0.520
#> SRR1146199 5 0.1387 0.7791 0.000 0.000 0.000 0.000 0.932 0.068
#> SRR1146200 4 0.0891 0.7931 0.000 0.008 0.000 0.968 0.000 0.024
#> SRR1146201 4 0.3315 0.6429 0.000 0.200 0.000 0.780 0.000 0.020
#> SRR1146202 3 0.0146 0.8753 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146203 1 0.0508 0.8669 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146204 1 0.4991 0.0185 0.476 0.000 0.456 0.000 0.000 0.068
#> SRR1146205 5 0.1444 0.7784 0.000 0.000 0.000 0.000 0.928 0.072
#> SRR1146206 3 0.4799 0.5727 0.000 0.000 0.592 0.000 0.340 0.068
#> SRR1146207 4 0.0713 0.7915 0.000 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146208 1 0.0508 0.8669 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146209 5 0.2445 0.8092 0.108 0.000 0.000 0.000 0.872 0.020
#> SRR1146210 1 0.1719 0.8378 0.924 0.000 0.016 0.000 0.000 0.060
#> SRR1146211 5 0.4807 0.1284 0.428 0.000 0.004 0.000 0.524 0.044
#> SRR1146212 3 0.3319 0.8136 0.016 0.000 0.836 0.000 0.096 0.052
#> SRR1146213 4 0.3756 0.0537 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1146214 1 0.0993 0.8611 0.964 0.000 0.012 0.000 0.000 0.024
#> SRR1146215 1 0.0000 0.8644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.2730 0.7448 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1146217 1 0.1082 0.8446 0.956 0.000 0.004 0.000 0.000 0.040
#> SRR1146218 3 0.1151 0.8675 0.032 0.000 0.956 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146219 3 0.3582 0.6254 0.252 0.000 0.732 0.000 0.000 0.016
#> SRR1146220 3 0.4975 0.4193 0.000 0.000 0.504 0.000 0.428 0.068
#> SRR1146221 3 0.0820 0.8732 0.000 0.000 0.972 0.000 0.016 0.012
#> SRR1146222 1 0.0363 0.8672 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 5 0.2491 0.8086 0.112 0.000 0.000 0.000 0.868 0.020
#> SRR1146224 3 0.0777 0.8724 0.000 0.000 0.972 0.000 0.004 0.024
#> SRR1146225 5 0.0146 0.7871 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146226 1 0.0363 0.8672 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 3 0.1970 0.8162 0.092 0.000 0.900 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146228 3 0.0363 0.8755 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146229 1 0.0508 0.8669 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146230 6 0.3672 0.8870 0.000 0.056 0.000 0.168 0.000 0.776
#> SRR1146231 4 0.2629 0.7429 0.000 0.040 0.000 0.868 0.000 0.092
#> SRR1146232 2 0.0000 0.8453 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0363 0.8672 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0146 0.8645 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146235 1 0.2876 0.7718 0.860 0.000 0.004 0.000 0.056 0.080
#> SRR1146236 6 0.3672 0.8870 0.000 0.056 0.000 0.168 0.000 0.776
#> SRR1146237 1 0.0508 0.8669 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146238 6 0.3680 0.8639 0.000 0.072 0.000 0.144 0.000 0.784
#> SRR1146239 1 0.2513 0.7489 0.852 0.000 0.140 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146240 1 0.4924 0.4262 0.636 0.000 0.004 0.000 0.268 0.092
#> SRR1146241 1 0.0508 0.8669 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146242 1 0.0363 0.8672 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 6 0.3646 0.8837 0.000 0.052 0.000 0.172 0.000 0.776
#> SRR1146244 6 0.3672 0.8870 0.000 0.056 0.000 0.168 0.000 0.776
#> SRR1146245 4 0.5535 0.0797 0.000 0.160 0.000 0.532 0.000 0.308
#> SRR1146246 6 0.3672 0.8870 0.000 0.056 0.000 0.168 0.000 0.776
#> SRR1146247 6 0.3416 0.8711 0.000 0.056 0.000 0.140 0.000 0.804
#> SRR1146248 6 0.3672 0.8870 0.000 0.056 0.000 0.168 0.000 0.776
#> SRR1146249 6 0.3050 0.7985 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1146250 6 0.4313 0.5664 0.000 0.284 0.000 0.048 0.000 0.668
#> SRR1146252 5 0.3588 0.7683 0.180 0.000 0.000 0.000 0.776 0.044
#> SRR1146253 1 0.0000 0.8644 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 3 0.6358 0.4404 0.196 0.000 0.568 0.000 0.144 0.092
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.999 0.999 0.5018 0.499 0.499
#> 3 3 0.756 0.921 0.886 0.2302 0.892 0.784
#> 4 4 0.756 0.838 0.887 0.1875 0.872 0.677
#> 5 5 0.769 0.819 0.874 0.0801 0.900 0.654
#> 6 6 0.750 0.712 0.832 0.0417 0.942 0.731
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146077 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146089 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146090 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146091 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146102 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146123 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146126 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146127 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146131 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146132 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146134 1 0.2423 0.959 0.960 0.040
#> SRR1146135 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146138 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146139 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146144 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146145 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146146 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146147 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146151 1 0.1414 0.980 0.980 0.020
#> SRR1146152 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146154 1 0.0672 0.992 0.992 0.008
#> SRR1146155 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146167 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146168 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146170 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146171 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146172 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146173 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146174 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146175 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146176 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146177 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146181 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146182 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146183 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146184 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146185 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146186 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146187 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146188 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146189 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146190 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146191 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146192 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146193 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146194 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146195 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146196 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146197 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146198 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146199 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146201 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146202 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146206 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146207 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146212 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146213 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146217 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146218 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146224 1 0.1633 0.976 0.976 0.024
#> SRR1146225 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146231 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146232 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146239 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146244 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146245 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146246 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146247 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146248 2 0.0376 0.996 0.004 0.996
#> SRR1146249 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.0000 1.000 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 0.999 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 3 0.6111 0.616 0.000 0.396 0.604
#> SRR1146077 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146078 1 0.3752 0.926 0.856 0.000 0.144
#> SRR1146079 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146082 1 0.3879 0.926 0.848 0.000 0.152
#> SRR1146083 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146084 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146085 3 0.4452 0.973 0.000 0.192 0.808
#> SRR1146086 3 0.4178 0.979 0.000 0.172 0.828
#> SRR1146087 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146089 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146090 1 0.3879 0.926 0.848 0.000 0.152
#> SRR1146091 1 0.2625 0.928 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146092 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146093 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146094 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 3 0.4235 0.978 0.000 0.176 0.824
#> SRR1146097 1 0.3340 0.928 0.880 0.000 0.120
#> SRR1146098 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146099 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146100 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146101 2 0.4842 0.646 0.000 0.776 0.224
#> SRR1146102 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146103 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146105 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146106 3 0.4178 0.979 0.000 0.172 0.828
#> SRR1146107 3 0.4399 0.974 0.000 0.188 0.812
#> SRR1146108 3 0.4178 0.979 0.000 0.172 0.828
#> SRR1146109 3 0.4452 0.973 0.000 0.192 0.808
#> SRR1146110 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146111 3 0.4452 0.973 0.000 0.192 0.808
#> SRR1146112 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146113 3 0.4178 0.979 0.000 0.172 0.828
#> SRR1146114 3 0.4178 0.979 0.000 0.172 0.828
#> SRR1146115 3 0.4452 0.973 0.000 0.192 0.808
#> SRR1146116 3 0.4235 0.977 0.000 0.176 0.824
#> SRR1146117 3 0.4452 0.973 0.000 0.192 0.808
#> SRR1146118 3 0.4178 0.979 0.000 0.172 0.828
#> SRR1146119 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146120 3 0.4178 0.979 0.000 0.172 0.828
#> SRR1146121 3 0.4452 0.973 0.000 0.192 0.808
#> SRR1146122 2 0.1031 0.940 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146123 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.1031 0.940 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146126 3 0.4291 0.976 0.000 0.180 0.820
#> SRR1146127 3 0.4235 0.977 0.000 0.176 0.824
#> SRR1146128 1 0.2537 0.928 0.920 0.000 0.080
#> SRR1146129 1 0.0592 0.923 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146130 3 0.4291 0.976 0.000 0.180 0.820
#> SRR1146131 3 0.4291 0.976 0.000 0.180 0.820
#> SRR1146132 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146134 1 0.4062 0.760 0.836 0.000 0.164
#> SRR1146135 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.0592 0.924 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146137 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146138 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146139 3 0.4291 0.976 0.000 0.180 0.820
#> SRR1146140 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146141 1 0.3482 0.928 0.872 0.000 0.128
#> SRR1146142 3 0.4452 0.973 0.000 0.192 0.808
#> SRR1146143 3 0.4452 0.973 0.000 0.192 0.808
#> SRR1146144 2 0.6295 -0.179 0.000 0.528 0.472
#> SRR1146145 3 0.4452 0.973 0.000 0.192 0.808
#> SRR1146146 2 0.0237 0.951 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146147 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.0592 0.923 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146151 1 0.2625 0.857 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146152 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146154 1 0.1643 0.894 0.956 0.044 0.000
#> SRR1146155 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146156 1 0.4062 0.924 0.836 0.000 0.164
#> SRR1146157 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146158 1 0.1411 0.926 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146159 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146161 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.3941 0.925 0.844 0.000 0.156
#> SRR1146163 1 0.1411 0.925 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146164 1 0.3412 0.927 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146165 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146166 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146167 3 0.4796 0.952 0.000 0.220 0.780
#> SRR1146168 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146169 3 0.4291 0.976 0.000 0.180 0.820
#> SRR1146170 2 0.4842 0.646 0.000 0.776 0.224
#> SRR1146171 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146172 2 0.0424 0.950 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146173 2 0.0424 0.950 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146174 2 0.5058 0.629 0.000 0.756 0.244
#> SRR1146175 3 0.4235 0.977 0.000 0.176 0.824
#> SRR1146176 2 0.5988 0.291 0.000 0.632 0.368
#> SRR1146177 3 0.4291 0.976 0.000 0.180 0.820
#> SRR1146178 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146179 3 0.4235 0.978 0.000 0.176 0.824
#> SRR1146180 3 0.4178 0.979 0.000 0.172 0.828
#> SRR1146181 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146182 2 0.1031 0.940 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146183 2 0.0424 0.950 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146184 2 0.0237 0.951 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146185 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146186 2 0.0237 0.951 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146187 2 0.1163 0.939 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146188 2 0.1411 0.934 0.000 0.964 0.036
#> SRR1146189 2 0.0237 0.951 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146190 2 0.0592 0.947 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146191 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146192 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146193 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146194 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146195 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146196 2 0.0237 0.951 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146197 2 0.0592 0.950 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146198 2 0.0237 0.951 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146199 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.0892 0.943 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146201 2 0.0237 0.951 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146202 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146204 1 0.3267 0.928 0.884 0.000 0.116
#> SRR1146205 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146206 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146207 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146208 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146209 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146211 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146212 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146213 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146214 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146215 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146216 3 0.4291 0.976 0.000 0.180 0.820
#> SRR1146217 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146218 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146220 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146223 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 1 0.3267 0.822 0.884 0.000 0.116
#> SRR1146225 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146227 1 0.4062 0.924 0.836 0.000 0.164
#> SRR1146228 1 0.3340 0.928 0.880 0.000 0.120
#> SRR1146229 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146230 2 0.0424 0.950 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146231 2 0.0424 0.950 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146232 3 0.4178 0.979 0.000 0.172 0.828
#> SRR1146233 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146234 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146235 1 0.3941 0.925 0.844 0.000 0.156
#> SRR1146236 2 0.0237 0.951 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146237 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146238 2 0.0424 0.950 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146239 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146240 1 0.3619 0.927 0.864 0.000 0.136
#> SRR1146241 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146242 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146243 2 0.0237 0.951 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146244 2 0.0237 0.951 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146245 2 0.0424 0.950 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146246 2 0.0424 0.950 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146247 2 0.0424 0.950 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146248 2 0.0424 0.950 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146249 2 0.0000 0.950 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146250 3 0.4452 0.973 0.000 0.192 0.808
#> SRR1146252 1 0.0747 0.924 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146253 1 0.4178 0.923 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146254 1 0.0000 0.922 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 2 0.4543 0.588 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146077 1 0.0188 0.864 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146078 1 0.1211 0.868 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146079 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146080 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.3610 0.824 0.200 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.3873 0.807 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1146085 2 0.2149 0.870 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146086 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146087 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146088 4 0.2216 0.860 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1146089 3 0.3873 0.807 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1146090 3 0.3649 0.822 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1146091 3 0.2704 0.854 0.124 0.000 0.876 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0921 0.868 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1146094 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146095 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146096 2 0.1637 0.880 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1146097 1 0.1637 0.868 0.940 0.000 0.060 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.3873 0.807 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1146100 1 0.0469 0.858 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146101 4 0.4500 0.613 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1146102 3 0.3873 0.807 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1146103 3 0.0592 0.864 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.0921 0.864 0.028 0.000 0.972 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.2081 0.872 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146108 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.2149 0.870 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146110 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.2011 0.873 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1146112 3 0.1302 0.835 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0188 0.889 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146115 2 0.2149 0.870 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146116 2 0.2081 0.861 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146117 2 0.2149 0.870 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146118 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146119 1 0.4164 0.813 0.736 0.000 0.264 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.2149 0.870 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146122 4 0.2760 0.882 0.000 0.128 0.000 0.872
#> SRR1146123 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146124 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146125 4 0.2647 0.888 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1146126 2 0.2345 0.855 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146127 2 0.1940 0.864 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1146128 3 0.2647 0.854 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1146129 3 0.1302 0.865 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1146130 2 0.2530 0.849 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1146131 2 0.2530 0.849 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1146132 3 0.0336 0.858 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146133 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146134 3 0.0000 0.860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146135 3 0.4972 -0.253 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1146136 1 0.4776 0.633 0.624 0.000 0.376 0.000
#> SRR1146137 4 0.2149 0.858 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1146138 4 0.2149 0.858 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1146139 2 0.2530 0.849 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1146140 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.1557 0.868 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1146142 2 0.2149 0.870 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146143 2 0.2149 0.870 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146144 2 0.4955 0.229 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1146145 2 0.2149 0.870 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146146 4 0.2149 0.900 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1146147 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146148 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146149 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146150 3 0.0592 0.864 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146151 3 0.0000 0.860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146152 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146153 4 0.2216 0.860 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1146154 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146155 1 0.0469 0.857 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146156 1 0.0469 0.866 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146157 1 0.0188 0.861 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146158 1 0.3528 0.848 0.808 0.000 0.192 0.000
#> SRR1146159 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146160 1 0.0921 0.868 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1146161 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146162 1 0.0817 0.868 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146163 3 0.1389 0.864 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1146164 1 0.2149 0.867 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.2149 0.858 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1146167 2 0.3688 0.839 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1146168 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146169 2 0.2530 0.849 0.000 0.888 0.000 0.112
#> SRR1146170 4 0.4543 0.603 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1146171 4 0.0336 0.889 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146172 4 0.2647 0.896 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1146173 4 0.2530 0.892 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1146174 4 0.4916 0.510 0.000 0.424 0.000 0.576
#> SRR1146175 2 0.1389 0.880 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146176 2 0.4977 -0.174 0.000 0.540 0.000 0.460
#> SRR1146177 2 0.2149 0.863 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146178 4 0.2149 0.858 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1146179 2 0.1211 0.885 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146180 2 0.0921 0.885 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146181 4 0.2216 0.860 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1146182 4 0.2647 0.888 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1146183 4 0.2530 0.892 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1146184 4 0.2081 0.901 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1146185 4 0.2149 0.858 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1146186 4 0.1302 0.901 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1146187 4 0.2281 0.854 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1146188 4 0.2281 0.855 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1146189 4 0.1867 0.903 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1146190 4 0.1940 0.865 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1146191 4 0.0817 0.897 0.000 0.024 0.000 0.976
#> SRR1146192 4 0.0469 0.890 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146193 4 0.0336 0.889 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146194 4 0.2149 0.858 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1146195 4 0.0469 0.890 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146196 4 0.2081 0.901 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1146197 4 0.2081 0.903 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1146198 4 0.2011 0.901 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1146199 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146200 4 0.2216 0.860 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1146201 4 0.2081 0.901 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1146202 3 0.0000 0.860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.2868 0.852 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1146205 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146206 1 0.4961 0.503 0.552 0.000 0.448 0.000
#> SRR1146207 4 0.0336 0.889 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146208 1 0.1118 0.841 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146209 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146210 1 0.1022 0.867 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1146211 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146212 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146213 4 0.1474 0.902 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1146214 1 0.1022 0.867 0.968 0.000 0.032 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.2469 0.851 0.000 0.892 0.000 0.108
#> SRR1146217 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146218 3 0.0000 0.860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146219 3 0.3873 0.807 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1146220 3 0.0000 0.860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146221 3 0.0000 0.860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146224 3 0.0000 0.860 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146225 1 0.3873 0.840 0.772 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 3 0.3801 0.812 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1146228 3 0.2921 0.847 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1146229 1 0.1118 0.841 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146230 4 0.2530 0.892 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1146231 4 0.2530 0.892 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1146232 2 0.0000 0.889 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0188 0.861 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146235 1 0.0817 0.867 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146236 4 0.2011 0.901 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1146237 1 0.0188 0.861 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146238 4 0.2530 0.892 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1146239 3 0.3873 0.807 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1146240 1 0.1940 0.868 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 4 0.2011 0.901 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1146244 4 0.2011 0.901 0.000 0.080 0.000 0.920
#> SRR1146245 4 0.2530 0.892 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1146246 4 0.2530 0.892 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1146247 4 0.2469 0.893 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1146248 4 0.2530 0.892 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1146249 4 0.0000 0.889 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.2149 0.870 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146252 1 0.3726 0.844 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.863 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 3 0.0000 0.860 0.000 0.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 2 0.5203 0.5360 0.000 0.608 0.060 0.332 0.000
#> SRR1146077 1 0.4218 0.6068 0.660 0.000 0.008 0.000 0.332
#> SRR1146078 1 0.4341 0.5535 0.628 0.000 0.008 0.000 0.364
#> SRR1146079 5 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146080 5 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146081 1 0.4218 0.6086 0.660 0.000 0.008 0.000 0.332
#> SRR1146082 3 0.3412 0.8516 0.152 0.000 0.820 0.000 0.028
#> SRR1146083 1 0.0451 0.8517 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1146084 3 0.2966 0.8274 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0671 0.9185 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1146086 2 0.0162 0.9198 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146087 5 0.0865 0.8878 0.024 0.000 0.004 0.000 0.972
#> SRR1146088 4 0.1845 0.8634 0.000 0.016 0.056 0.928 0.000
#> SRR1146089 3 0.2966 0.8274 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.3368 0.8494 0.156 0.000 0.820 0.000 0.024
#> SRR1146091 3 0.3749 0.8711 0.104 0.000 0.816 0.000 0.080
#> SRR1146092 1 0.1965 0.8233 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1146093 1 0.3582 0.7344 0.768 0.000 0.008 0.000 0.224
#> SRR1146094 5 0.0912 0.8882 0.016 0.000 0.012 0.000 0.972
#> SRR1146095 5 0.0290 0.8947 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146096 2 0.0510 0.9197 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146097 1 0.4380 0.5297 0.616 0.000 0.008 0.000 0.376
#> SRR1146098 1 0.0290 0.8498 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.3039 0.8210 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0671 0.8549 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1146101 4 0.4251 0.6157 0.000 0.316 0.012 0.672 0.000
#> SRR1146102 3 0.3039 0.8210 0.192 0.000 0.808 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.3003 0.8372 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1146104 1 0.1830 0.8448 0.924 0.000 0.008 0.000 0.068
#> SRR1146105 3 0.3003 0.8372 0.000 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1146106 2 0.0404 0.9202 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146107 2 0.0671 0.9185 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1146108 2 0.0404 0.9202 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146109 2 0.0609 0.9186 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146110 1 0.4283 0.6026 0.644 0.000 0.008 0.000 0.348
#> SRR1146111 2 0.0794 0.9209 0.000 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1146112 5 0.0162 0.8949 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146113 2 0.0404 0.9202 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146114 2 0.0162 0.9198 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146115 2 0.0671 0.9185 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1146116 2 0.3493 0.8586 0.000 0.832 0.060 0.108 0.000
#> SRR1146117 2 0.0671 0.9185 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1146118 2 0.0404 0.9202 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146119 5 0.3039 0.6943 0.000 0.000 0.192 0.000 0.808
#> SRR1146120 2 0.0162 0.9198 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0671 0.9185 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000
#> SRR1146122 4 0.2471 0.8556 0.000 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1146123 5 0.1484 0.8640 0.048 0.000 0.008 0.000 0.944
#> SRR1146124 5 0.0566 0.8927 0.004 0.000 0.012 0.000 0.984
#> SRR1146125 4 0.2377 0.8605 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1146126 2 0.3641 0.8503 0.000 0.820 0.060 0.120 0.000
#> SRR1146127 2 0.3442 0.8611 0.000 0.836 0.060 0.104 0.000
#> SRR1146128 3 0.4064 0.8650 0.092 0.000 0.792 0.000 0.116
#> SRR1146129 3 0.3242 0.8454 0.012 0.000 0.816 0.000 0.172
#> SRR1146130 2 0.3641 0.8503 0.000 0.820 0.060 0.120 0.000
#> SRR1146131 2 0.3641 0.8503 0.000 0.820 0.060 0.120 0.000
#> SRR1146132 5 0.3983 0.4012 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1146133 5 0.0162 0.8957 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146134 3 0.3039 0.8339 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146135 3 0.3336 0.7898 0.000 0.000 0.772 0.000 0.228
#> SRR1146136 5 0.1106 0.8792 0.024 0.000 0.012 0.000 0.964
#> SRR1146137 4 0.2012 0.8606 0.000 0.020 0.060 0.920 0.000
#> SRR1146138 4 0.2012 0.8606 0.000 0.020 0.060 0.920 0.000
#> SRR1146139 2 0.3641 0.8503 0.000 0.820 0.060 0.120 0.000
#> SRR1146140 1 0.0290 0.8498 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.4467 0.5868 0.640 0.000 0.016 0.000 0.344
#> SRR1146142 2 0.0609 0.9186 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146143 2 0.0609 0.9186 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146144 4 0.5459 -0.1043 0.000 0.468 0.060 0.472 0.000
#> SRR1146145 2 0.0963 0.9143 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146146 4 0.2574 0.8689 0.000 0.012 0.112 0.876 0.000
#> SRR1146147 5 0.0162 0.8957 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146148 5 0.0404 0.8940 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146149 5 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146150 3 0.3359 0.8513 0.020 0.000 0.816 0.000 0.164
#> SRR1146151 5 0.4171 0.2241 0.000 0.000 0.396 0.000 0.604
#> SRR1146152 5 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146153 4 0.1943 0.8625 0.000 0.020 0.056 0.924 0.000
#> SRR1146154 5 0.0162 0.8957 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146155 1 0.0771 0.8489 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1146156 1 0.2077 0.8387 0.908 0.000 0.008 0.000 0.084
#> SRR1146157 1 0.1557 0.8503 0.940 0.000 0.008 0.000 0.052
#> SRR1146158 5 0.4549 0.0656 0.464 0.000 0.008 0.000 0.528
#> SRR1146159 5 0.0162 0.8954 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146160 1 0.4481 0.4961 0.576 0.000 0.008 0.000 0.416
#> SRR1146161 5 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146162 1 0.2136 0.8364 0.904 0.000 0.008 0.000 0.088
#> SRR1146163 3 0.3669 0.8625 0.056 0.000 0.816 0.000 0.128
#> SRR1146164 5 0.3461 0.5896 0.224 0.000 0.004 0.000 0.772
#> SRR1146165 1 0.0162 0.8520 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146166 4 0.2012 0.8606 0.000 0.020 0.060 0.920 0.000
#> SRR1146167 2 0.4049 0.8418 0.000 0.780 0.164 0.056 0.000
#> SRR1146168 5 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146169 2 0.3641 0.8503 0.000 0.820 0.060 0.120 0.000
#> SRR1146170 4 0.3949 0.6081 0.000 0.332 0.000 0.668 0.000
#> SRR1146171 4 0.1502 0.8675 0.000 0.004 0.056 0.940 0.000
#> SRR1146172 4 0.2230 0.8671 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000
#> SRR1146173 4 0.2522 0.8659 0.000 0.108 0.012 0.880 0.000
#> SRR1146174 4 0.4030 0.5805 0.000 0.352 0.000 0.648 0.000
#> SRR1146175 2 0.1792 0.9003 0.000 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1146176 4 0.4291 0.2838 0.000 0.464 0.000 0.536 0.000
#> SRR1146177 2 0.2325 0.9036 0.000 0.904 0.028 0.068 0.000
#> SRR1146178 4 0.2012 0.8606 0.000 0.020 0.060 0.920 0.000
#> SRR1146179 2 0.0510 0.9206 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146180 2 0.1671 0.8979 0.000 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1146181 4 0.0510 0.8764 0.000 0.016 0.000 0.984 0.000
#> SRR1146182 4 0.2377 0.8605 0.000 0.128 0.000 0.872 0.000
#> SRR1146183 4 0.2439 0.8636 0.000 0.120 0.004 0.876 0.000
#> SRR1146184 4 0.2280 0.8635 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1146185 4 0.2012 0.8606 0.000 0.020 0.060 0.920 0.000
#> SRR1146186 4 0.1774 0.8801 0.000 0.016 0.052 0.932 0.000
#> SRR1146187 4 0.2193 0.8580 0.000 0.028 0.060 0.912 0.000
#> SRR1146188 4 0.2193 0.8583 0.000 0.028 0.060 0.912 0.000
#> SRR1146189 4 0.0404 0.8797 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1146190 4 0.1877 0.8643 0.000 0.012 0.064 0.924 0.000
#> SRR1146191 4 0.2074 0.8681 0.000 0.104 0.000 0.896 0.000
#> SRR1146192 4 0.0000 0.8785 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146193 4 0.1410 0.8667 0.000 0.000 0.060 0.940 0.000
#> SRR1146194 4 0.1914 0.8617 0.000 0.016 0.060 0.924 0.000
#> SRR1146195 4 0.1341 0.8679 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1146196 4 0.2127 0.8665 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1146197 4 0.0290 0.8796 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146198 4 0.2574 0.8689 0.000 0.012 0.112 0.876 0.000
#> SRR1146199 5 0.0671 0.8885 0.016 0.000 0.004 0.000 0.980
#> SRR1146200 4 0.1845 0.8634 0.000 0.016 0.056 0.928 0.000
#> SRR1146201 4 0.2280 0.8635 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1146202 3 0.3039 0.8366 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146203 1 0.0798 0.8539 0.976 0.000 0.008 0.000 0.016
#> SRR1146204 3 0.4149 0.8607 0.128 0.000 0.784 0.000 0.088
#> SRR1146205 5 0.0162 0.8957 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146206 5 0.2753 0.7672 0.008 0.000 0.136 0.000 0.856
#> SRR1146207 4 0.1341 0.8681 0.000 0.000 0.056 0.944 0.000
#> SRR1146208 1 0.1399 0.8512 0.952 0.000 0.020 0.000 0.028
#> SRR1146209 5 0.0162 0.8954 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146210 1 0.2077 0.8374 0.908 0.000 0.008 0.000 0.084
#> SRR1146211 5 0.0404 0.8950 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146212 5 0.0566 0.8908 0.012 0.000 0.004 0.000 0.984
#> SRR1146213 4 0.2338 0.8693 0.000 0.004 0.112 0.884 0.000
#> SRR1146214 1 0.2189 0.8357 0.904 0.000 0.012 0.000 0.084
#> SRR1146215 1 0.1281 0.8563 0.956 0.000 0.012 0.000 0.032
#> SRR1146216 2 0.3669 0.8522 0.000 0.816 0.056 0.128 0.000
#> SRR1146217 5 0.0162 0.8957 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146218 5 0.4135 0.3910 0.004 0.000 0.340 0.000 0.656
#> SRR1146219 3 0.3003 0.8277 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1146220 3 0.2966 0.8382 0.000 0.000 0.816 0.000 0.184
#> SRR1146221 5 0.3983 0.3949 0.000 0.000 0.340 0.000 0.660
#> SRR1146222 1 0.0451 0.8517 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1146223 5 0.0579 0.8917 0.008 0.000 0.008 0.000 0.984
#> SRR1146224 3 0.3508 0.7646 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1146225 5 0.0000 0.8961 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146226 1 0.0671 0.8549 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1146227 3 0.3171 0.8344 0.176 0.000 0.816 0.000 0.008
#> SRR1146228 3 0.3688 0.8652 0.124 0.000 0.816 0.000 0.060
#> SRR1146229 1 0.0771 0.8489 0.976 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1146230 4 0.2574 0.8689 0.000 0.012 0.112 0.876 0.000
#> SRR1146231 4 0.2127 0.8665 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000
#> SRR1146232 2 0.0290 0.9203 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146233 1 0.0451 0.8517 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1146234 1 0.1845 0.8458 0.928 0.000 0.016 0.000 0.056
#> SRR1146235 1 0.5103 0.4954 0.556 0.000 0.040 0.000 0.404
#> SRR1146236 4 0.2574 0.8689 0.000 0.012 0.112 0.876 0.000
#> SRR1146237 1 0.0566 0.8507 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1146238 4 0.2439 0.8636 0.000 0.120 0.004 0.876 0.000
#> SRR1146239 3 0.3534 0.7501 0.256 0.000 0.744 0.000 0.000
#> SRR1146240 5 0.3282 0.6450 0.188 0.000 0.008 0.000 0.804
#> SRR1146241 1 0.0671 0.8547 0.980 0.000 0.004 0.000 0.016
#> SRR1146242 1 0.0865 0.8561 0.972 0.000 0.004 0.000 0.024
#> SRR1146243 4 0.2574 0.8689 0.000 0.012 0.112 0.876 0.000
#> SRR1146244 4 0.2574 0.8689 0.000 0.012 0.112 0.876 0.000
#> SRR1146245 4 0.2280 0.8635 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1146246 4 0.2754 0.8722 0.000 0.040 0.080 0.880 0.000
#> SRR1146247 4 0.2522 0.8694 0.000 0.012 0.108 0.880 0.000
#> SRR1146248 4 0.2574 0.8689 0.000 0.012 0.112 0.876 0.000
#> SRR1146249 4 0.2773 0.8665 0.000 0.000 0.164 0.836 0.000
#> SRR1146250 2 0.3731 0.8484 0.000 0.816 0.112 0.072 0.000
#> SRR1146252 5 0.1012 0.8825 0.020 0.000 0.012 0.000 0.968
#> SRR1146253 1 0.1410 0.8495 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1146254 3 0.3039 0.8366 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.1556 0.6266 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1146077 1 0.5973 0.6433 0.592 0.000 0.048 0.000 0.204 0.156
#> SRR1146078 1 0.6251 0.5951 0.552 0.000 0.056 0.000 0.236 0.156
#> SRR1146079 5 0.0000 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146080 5 0.0146 0.9014 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1146081 1 0.5949 0.6461 0.596 0.000 0.048 0.000 0.200 0.156
#> SRR1146082 3 0.1970 0.8835 0.092 0.000 0.900 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146083 1 0.0547 0.8309 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.2260 0.8738 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0146 0.8887 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146086 2 0.0146 0.8887 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146087 5 0.3086 0.8017 0.020 0.000 0.004 0.000 0.820 0.156
#> SRR1146088 4 0.0858 0.6833 0.000 0.004 0.000 0.968 0.000 0.028
#> SRR1146089 3 0.2300 0.8734 0.144 0.000 0.856 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.2513 0.8795 0.140 0.000 0.852 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146091 3 0.2404 0.8873 0.112 0.000 0.872 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146092 1 0.3876 0.7613 0.772 0.000 0.004 0.000 0.068 0.156
#> SRR1146093 1 0.5611 0.7013 0.644 0.000 0.048 0.000 0.152 0.156
#> SRR1146094 5 0.4141 0.7777 0.008 0.000 0.080 0.000 0.756 0.156
#> SRR1146095 5 0.1219 0.8869 0.004 0.000 0.048 0.000 0.948 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.5985 0.6282 0.584 0.000 0.044 0.000 0.216 0.156
#> SRR1146098 1 0.2945 0.7813 0.824 0.000 0.020 0.000 0.000 0.156
#> SRR1146099 3 0.2631 0.8531 0.180 0.000 0.820 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0405 0.8346 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146101 6 0.5790 0.2262 0.000 0.184 0.000 0.360 0.000 0.456
#> SRR1146102 3 0.2416 0.8642 0.156 0.000 0.844 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.2442 0.8688 0.004 0.000 0.852 0.000 0.144 0.000
#> SRR1146104 1 0.2775 0.8097 0.856 0.000 0.040 0.000 0.104 0.000
#> SRR1146105 3 0.2520 0.8586 0.004 0.000 0.844 0.000 0.152 0.000
#> SRR1146106 2 0.0458 0.8885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0146 0.8887 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146108 2 0.0458 0.8885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.4349 0.6723 0.684 0.000 0.048 0.000 0.264 0.004
#> SRR1146111 2 0.0458 0.8885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.0000 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.0458 0.8885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0146 0.8887 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146116 2 0.2697 0.7824 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0146 0.8887 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146118 2 0.0458 0.8885 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146119 5 0.2340 0.8100 0.000 0.000 0.148 0.000 0.852 0.000
#> SRR1146120 2 0.0146 0.8887 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146121 2 0.0146 0.8887 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146122 4 0.5452 -0.2246 0.000 0.120 0.000 0.444 0.000 0.436
#> SRR1146123 5 0.0993 0.8954 0.024 0.000 0.012 0.000 0.964 0.000
#> SRR1146124 5 0.1779 0.8784 0.016 0.000 0.064 0.000 0.920 0.000
#> SRR1146125 6 0.5731 0.4150 0.000 0.384 0.000 0.168 0.000 0.448
#> SRR1146126 2 0.3747 0.4920 0.000 0.604 0.000 0.396 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.2697 0.7836 0.000 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000
#> SRR1146128 3 0.3372 0.8891 0.084 0.000 0.816 0.000 0.100 0.000
#> SRR1146129 3 0.2473 0.8554 0.008 0.000 0.856 0.000 0.136 0.000
#> SRR1146130 2 0.3482 0.6279 0.000 0.684 0.000 0.316 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.2823 0.7654 0.000 0.796 0.000 0.204 0.000 0.000
#> SRR1146132 5 0.3023 0.6980 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1146133 5 0.0790 0.8972 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1146134 3 0.2416 0.8395 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1146135 3 0.2632 0.8268 0.004 0.000 0.832 0.000 0.164 0.000
#> SRR1146136 5 0.2277 0.8620 0.032 0.000 0.076 0.000 0.892 0.000
#> SRR1146137 4 0.0000 0.6876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146138 4 0.0146 0.6877 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146139 4 0.2527 0.5498 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0547 0.8309 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.3923 0.7406 0.748 0.000 0.060 0.000 0.192 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.8889 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 4 0.2527 0.5498 0.000 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000
#> SRR1146145 2 0.1204 0.8628 0.000 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1146146 6 0.3516 0.7376 0.000 0.000 0.048 0.164 0.000 0.788
#> SRR1146147 5 0.0790 0.8972 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1146148 5 0.1285 0.8864 0.004 0.000 0.052 0.000 0.944 0.000
#> SRR1146149 5 0.0000 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146150 3 0.2629 0.8899 0.040 0.000 0.868 0.000 0.092 0.000
#> SRR1146151 5 0.3817 0.2262 0.000 0.000 0.432 0.000 0.568 0.000
#> SRR1146152 5 0.0000 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146153 4 0.0937 0.6801 0.000 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146154 5 0.0790 0.8972 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1146155 1 0.0632 0.8299 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.2122 0.8253 0.900 0.000 0.024 0.000 0.076 0.000
#> SRR1146157 1 0.1245 0.8345 0.952 0.000 0.016 0.000 0.032 0.000
#> SRR1146158 1 0.4757 0.0579 0.484 0.000 0.048 0.000 0.468 0.000
#> SRR1146159 5 0.0146 0.9012 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1146160 1 0.5007 0.3910 0.512 0.000 0.072 0.000 0.416 0.000
#> SRR1146161 5 0.0000 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.2499 0.8155 0.880 0.000 0.048 0.000 0.072 0.000
#> SRR1146163 3 0.2629 0.8920 0.092 0.000 0.868 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146164 5 0.3424 0.7063 0.168 0.000 0.032 0.000 0.796 0.004
#> SRR1146165 1 0.0458 0.8340 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.0000 0.6876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146167 2 0.4072 0.7655 0.000 0.772 0.020 0.060 0.000 0.148
#> SRR1146168 5 0.0000 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146169 4 0.2697 0.5303 0.000 0.188 0.000 0.812 0.000 0.000
#> SRR1146170 6 0.5890 0.2525 0.000 0.212 0.000 0.340 0.000 0.448
#> SRR1146171 4 0.3647 0.1761 0.000 0.000 0.000 0.640 0.000 0.360
#> SRR1146172 4 0.5262 -0.2198 0.000 0.096 0.000 0.456 0.000 0.448
#> SRR1146173 6 0.4165 0.7014 0.000 0.100 0.000 0.160 0.000 0.740
#> SRR1146174 4 0.4545 0.4771 0.000 0.176 0.000 0.700 0.000 0.124
#> SRR1146175 2 0.2199 0.8392 0.000 0.892 0.000 0.020 0.000 0.088
#> SRR1146176 2 0.6032 -0.1960 0.000 0.424 0.000 0.292 0.000 0.284
#> SRR1146177 2 0.2308 0.8463 0.000 0.892 0.000 0.040 0.000 0.068
#> SRR1146178 4 0.0000 0.6876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.0547 0.8825 0.000 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1146180 2 0.2070 0.8351 0.000 0.896 0.000 0.012 0.000 0.092
#> SRR1146181 4 0.1806 0.6490 0.000 0.004 0.000 0.908 0.000 0.088
#> SRR1146182 6 0.5651 0.4100 0.000 0.400 0.000 0.152 0.000 0.448
#> SRR1146183 6 0.5361 0.1923 0.000 0.108 0.000 0.440 0.000 0.452
#> SRR1146184 4 0.5392 -0.2423 0.000 0.112 0.000 0.448 0.000 0.440
#> SRR1146185 4 0.0000 0.6876 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146186 6 0.3073 0.7074 0.000 0.008 0.000 0.204 0.000 0.788
#> SRR1146187 4 0.0260 0.6870 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146188 4 0.0363 0.6838 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1146189 4 0.3797 0.0862 0.000 0.000 0.000 0.580 0.000 0.420
#> SRR1146190 4 0.0405 0.6856 0.000 0.004 0.000 0.988 0.000 0.008
#> SRR1146191 4 0.5296 -0.2224 0.000 0.100 0.000 0.452 0.000 0.448
#> SRR1146192 4 0.3915 0.0950 0.000 0.004 0.000 0.584 0.000 0.412
#> SRR1146193 4 0.0146 0.6878 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1146194 4 0.0146 0.6878 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000 0.000
#> SRR1146195 4 0.2402 0.6004 0.000 0.004 0.000 0.856 0.000 0.140
#> SRR1146196 4 0.5296 -0.2224 0.000 0.100 0.000 0.452 0.000 0.448
#> SRR1146197 4 0.1806 0.6490 0.000 0.004 0.000 0.908 0.000 0.088
#> SRR1146198 6 0.3445 0.7378 0.000 0.000 0.048 0.156 0.000 0.796
#> SRR1146199 5 0.3317 0.8018 0.004 0.000 0.032 0.000 0.808 0.156
#> SRR1146200 4 0.1082 0.6788 0.000 0.004 0.000 0.956 0.000 0.040
#> SRR1146201 6 0.5392 0.1903 0.000 0.112 0.000 0.444 0.000 0.444
#> SRR1146202 3 0.2416 0.8619 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1146203 1 0.0858 0.8346 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146204 3 0.2875 0.8761 0.096 0.000 0.852 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146205 5 0.0790 0.8972 0.000 0.000 0.032 0.000 0.968 0.000
#> SRR1146206 5 0.2278 0.8322 0.004 0.000 0.128 0.000 0.868 0.000
#> SRR1146207 4 0.3782 0.1726 0.000 0.004 0.000 0.636 0.000 0.360
#> SRR1146208 1 0.1461 0.8368 0.940 0.000 0.044 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146209 5 0.0146 0.9012 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1146210 1 0.2325 0.8213 0.892 0.000 0.048 0.000 0.060 0.000
#> SRR1146211 5 0.1588 0.8880 0.004 0.000 0.072 0.000 0.924 0.000
#> SRR1146212 5 0.1124 0.8947 0.008 0.000 0.036 0.000 0.956 0.000
#> SRR1146213 6 0.4368 0.6230 0.000 0.000 0.048 0.296 0.000 0.656
#> SRR1146214 1 0.2846 0.8174 0.856 0.000 0.084 0.000 0.060 0.000
#> SRR1146215 1 0.1625 0.8337 0.928 0.000 0.060 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146216 2 0.3422 0.7750 0.000 0.792 0.000 0.168 0.000 0.040
#> SRR1146217 5 0.0865 0.8964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1146218 5 0.2994 0.6956 0.004 0.000 0.208 0.000 0.788 0.000
#> SRR1146219 3 0.2562 0.8687 0.172 0.000 0.828 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146220 3 0.2178 0.8597 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1146221 5 0.2854 0.6976 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792 0.000
#> SRR1146222 1 0.0713 0.8315 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 5 0.1616 0.8798 0.020 0.000 0.048 0.000 0.932 0.000
#> SRR1146224 3 0.3050 0.7668 0.000 0.000 0.764 0.000 0.236 0.000
#> SRR1146225 5 0.0000 0.9017 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.0405 0.8339 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146227 3 0.2494 0.8825 0.120 0.000 0.864 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146228 3 0.2558 0.8821 0.104 0.000 0.868 0.000 0.028 0.000
#> SRR1146229 1 0.1204 0.8279 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 6 0.3445 0.7378 0.000 0.000 0.048 0.156 0.000 0.796
#> SRR1146231 4 0.5296 -0.2224 0.000 0.100 0.000 0.452 0.000 0.448
#> SRR1146232 2 0.0363 0.8890 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0547 0.8309 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.1934 0.8302 0.916 0.000 0.044 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146235 1 0.4972 0.6524 0.620 0.000 0.108 0.000 0.272 0.000
#> SRR1146236 6 0.3516 0.7376 0.000 0.000 0.048 0.164 0.000 0.788
#> SRR1146237 1 0.0713 0.8316 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 6 0.4218 0.6990 0.000 0.108 0.000 0.156 0.000 0.736
#> SRR1146239 3 0.2912 0.8168 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 5 0.3552 0.7394 0.116 0.000 0.084 0.000 0.800 0.000
#> SRR1146241 1 0.0405 0.8336 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146242 1 0.2631 0.7821 0.840 0.000 0.008 0.000 0.152 0.000
#> SRR1146243 6 0.3516 0.7376 0.000 0.000 0.048 0.164 0.000 0.788
#> SRR1146244 6 0.3516 0.7376 0.000 0.000 0.048 0.164 0.000 0.788
#> SRR1146245 6 0.4377 0.6904 0.000 0.120 0.000 0.160 0.000 0.720
#> SRR1146246 6 0.3417 0.7262 0.000 0.044 0.000 0.160 0.000 0.796
#> SRR1146247 6 0.3585 0.7382 0.000 0.004 0.048 0.156 0.000 0.792
#> SRR1146248 6 0.3516 0.7376 0.000 0.000 0.048 0.164 0.000 0.788
#> SRR1146249 6 0.3835 0.6958 0.000 0.000 0.048 0.204 0.000 0.748
#> SRR1146250 2 0.4703 0.3560 0.000 0.544 0.048 0.000 0.000 0.408
#> SRR1146252 5 0.2088 0.8674 0.028 0.000 0.068 0.000 0.904 0.000
#> SRR1146253 1 0.1492 0.8366 0.940 0.000 0.036 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146254 3 0.2482 0.8666 0.004 0.000 0.848 0.000 0.148 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.993 0.997 0.5014 0.499 0.499
#> 3 3 0.724 0.826 0.873 0.2297 0.885 0.770
#> 4 4 0.669 0.774 0.836 0.1162 0.961 0.902
#> 5 5 0.639 0.620 0.763 0.0942 0.860 0.635
#> 6 6 0.738 0.667 0.826 0.0561 0.919 0.700
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146077 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146089 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146090 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146091 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146102 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146123 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146126 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146127 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146131 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146132 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146134 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146135 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146138 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146139 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146140 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146144 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146145 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146146 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146147 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146151 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146152 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146154 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146167 2 0.993 0.175 0.452 0.548
#> SRR1146168 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146170 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146171 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146172 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146173 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146174 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146175 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146176 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146177 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146181 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146182 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146183 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146184 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146185 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146186 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146187 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146188 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146189 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146190 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146191 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146192 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146193 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146194 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146195 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146196 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146197 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146198 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146199 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146201 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146202 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146206 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146207 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146212 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146213 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146217 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146218 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146224 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146225 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146231 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146232 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146239 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146244 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146245 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146246 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146247 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146248 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146249 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.4178 0.8697 0.000 0.828 0.172
#> SRR1146077 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.5465 0.2513 0.712 0.000 0.288
#> SRR1146079 3 0.6095 0.8529 0.392 0.000 0.608
#> SRR1146080 3 0.5882 0.9050 0.348 0.000 0.652
#> SRR1146081 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.1643 0.8325 0.956 0.000 0.044
#> SRR1146083 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.1289 0.8327 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146085 2 0.2448 0.9304 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146086 2 0.2448 0.9304 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146087 3 0.5621 0.9147 0.308 0.000 0.692
#> SRR1146088 2 0.4121 0.8728 0.000 0.832 0.168
#> SRR1146089 1 0.1289 0.8327 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146090 1 0.1411 0.8335 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146091 1 0.1753 0.8285 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146092 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 3 0.5529 0.9177 0.296 0.000 0.704
#> SRR1146095 1 0.4605 0.5787 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146096 2 0.2448 0.9304 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146097 1 0.0424 0.8520 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146098 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.1289 0.8327 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146100 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146102 1 0.1289 0.8327 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146103 1 0.2537 0.8099 0.920 0.000 0.080
#> SRR1146104 1 0.0424 0.8520 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146105 1 0.4062 0.7231 0.836 0.000 0.164
#> SRR1146106 2 0.2537 0.9307 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146107 2 0.2448 0.9304 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146108 2 0.2537 0.9307 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146109 2 0.2448 0.9304 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146110 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.2448 0.9304 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146112 3 0.5785 0.9134 0.332 0.000 0.668
#> SRR1146113 2 0.2537 0.9307 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146114 2 0.2448 0.9304 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146115 2 0.2537 0.9299 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146116 2 0.3038 0.9302 0.000 0.896 0.104
#> SRR1146117 2 0.2448 0.9304 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146118 2 0.2448 0.9304 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146119 1 0.6095 -0.0236 0.608 0.000 0.392
#> SRR1146120 2 0.2448 0.9304 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146121 2 0.2448 0.9304 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146122 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146123 1 0.5497 0.4038 0.708 0.000 0.292
#> SRR1146124 1 0.6126 -0.0530 0.600 0.000 0.400
#> SRR1146125 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146126 2 0.3038 0.9302 0.000 0.896 0.104
#> SRR1146127 2 0.3038 0.9302 0.000 0.896 0.104
#> SRR1146128 1 0.0424 0.8520 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146129 1 0.4235 0.7079 0.824 0.000 0.176
#> SRR1146130 2 0.3038 0.9302 0.000 0.896 0.104
#> SRR1146131 2 0.2959 0.9302 0.000 0.900 0.100
#> SRR1146132 3 0.5465 0.9138 0.288 0.000 0.712
#> SRR1146133 3 0.5431 0.9099 0.284 0.000 0.716
#> SRR1146134 3 0.5560 0.8971 0.300 0.000 0.700
#> SRR1146135 1 0.5431 0.4265 0.716 0.000 0.284
#> SRR1146136 1 0.5058 0.4506 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146137 2 0.4178 0.8697 0.000 0.828 0.172
#> SRR1146138 2 0.4235 0.8674 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146139 2 0.3038 0.9302 0.000 0.896 0.104
#> SRR1146140 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.2448 0.9304 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146143 2 0.2448 0.9304 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146144 2 0.2066 0.9358 0.000 0.940 0.060
#> SRR1146145 2 0.2448 0.9304 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146146 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146147 3 0.5497 0.9163 0.292 0.000 0.708
#> SRR1146148 1 0.6095 -0.0236 0.608 0.000 0.392
#> SRR1146149 3 0.6079 0.8653 0.388 0.000 0.612
#> SRR1146150 3 0.5948 0.8487 0.360 0.000 0.640
#> SRR1146151 3 0.5431 0.9113 0.284 0.000 0.716
#> SRR1146152 1 0.6252 -0.3869 0.556 0.000 0.444
#> SRR1146153 2 0.4178 0.8697 0.000 0.828 0.172
#> SRR1146154 3 0.5465 0.9138 0.288 0.000 0.712
#> SRR1146155 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.5178 0.3730 0.744 0.000 0.256
#> SRR1146157 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.3267 0.7521 0.884 0.000 0.116
#> SRR1146159 3 0.5650 0.9194 0.312 0.000 0.688
#> SRR1146160 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 3 0.6062 0.8596 0.384 0.000 0.616
#> SRR1146162 1 0.3816 0.7157 0.852 0.000 0.148
#> SRR1146163 1 0.1289 0.8327 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146164 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.4178 0.8697 0.000 0.828 0.172
#> SRR1146167 2 0.6274 0.3740 0.000 0.544 0.456
#> SRR1146168 3 0.5882 0.9057 0.348 0.000 0.652
#> SRR1146169 2 0.2959 0.9302 0.000 0.900 0.100
#> SRR1146170 2 0.2066 0.9333 0.000 0.940 0.060
#> SRR1146171 2 0.1031 0.9324 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146172 2 0.2448 0.9120 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146173 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146174 2 0.0237 0.9344 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146175 2 0.3038 0.9302 0.000 0.896 0.104
#> SRR1146176 2 0.2537 0.9307 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146177 2 0.2959 0.9302 0.000 0.900 0.100
#> SRR1146178 2 0.4178 0.8697 0.000 0.828 0.172
#> SRR1146179 2 0.2537 0.9307 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146180 2 0.2625 0.9336 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146181 2 0.4235 0.8674 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146182 2 0.1031 0.9355 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146183 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146184 2 0.3686 0.8795 0.000 0.860 0.140
#> SRR1146185 2 0.4178 0.8697 0.000 0.828 0.172
#> SRR1146186 2 0.1529 0.9280 0.000 0.960 0.040
#> SRR1146187 2 0.4178 0.8697 0.000 0.828 0.172
#> SRR1146188 2 0.2959 0.9302 0.000 0.900 0.100
#> SRR1146189 2 0.4178 0.8697 0.000 0.828 0.172
#> SRR1146190 2 0.4121 0.8721 0.000 0.832 0.168
#> SRR1146191 2 0.3686 0.8876 0.000 0.860 0.140
#> SRR1146192 2 0.1163 0.9319 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146193 2 0.1031 0.9324 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146194 2 0.1289 0.9313 0.000 0.968 0.032
#> SRR1146195 2 0.4121 0.8721 0.000 0.832 0.168
#> SRR1146196 2 0.1163 0.9298 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146197 2 0.4121 0.8709 0.000 0.832 0.168
#> SRR1146198 2 0.1031 0.9303 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146199 3 0.5529 0.9177 0.296 0.000 0.704
#> SRR1146200 2 0.4235 0.8674 0.000 0.824 0.176
#> SRR1146201 2 0.3752 0.8772 0.000 0.856 0.144
#> SRR1146202 1 0.5988 0.1184 0.632 0.000 0.368
#> SRR1146203 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 3 0.6140 0.8400 0.404 0.000 0.596
#> SRR1146205 3 0.5497 0.9163 0.292 0.000 0.708
#> SRR1146206 3 0.5465 0.9138 0.288 0.000 0.712
#> SRR1146207 2 0.1031 0.9324 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146208 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.5905 0.1364 0.648 0.000 0.352
#> SRR1146210 1 0.1529 0.8275 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146211 3 0.5529 0.9177 0.296 0.000 0.704
#> SRR1146212 3 0.5650 0.9188 0.312 0.000 0.688
#> SRR1146213 2 0.0592 0.9339 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146214 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.2878 0.9305 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146217 3 0.5810 0.9081 0.336 0.000 0.664
#> SRR1146218 1 0.1964 0.8141 0.944 0.000 0.056
#> SRR1146219 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.6126 -0.0530 0.600 0.000 0.400
#> SRR1146221 3 0.6045 0.8561 0.380 0.000 0.620
#> SRR1146222 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.5760 0.2413 0.672 0.000 0.328
#> SRR1146224 3 0.5560 0.8971 0.300 0.000 0.700
#> SRR1146225 3 0.6215 0.7294 0.428 0.000 0.572
#> SRR1146226 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.3752 0.7483 0.856 0.000 0.144
#> SRR1146229 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146231 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146232 2 0.2537 0.9307 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146233 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146237 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0424 0.9351 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146239 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 3 0.6299 0.6934 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146241 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146244 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146245 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146246 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146247 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146248 2 0.0000 0.9344 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146249 2 0.0747 0.9336 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146250 2 0.2448 0.9304 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146252 1 0.4702 0.5746 0.788 0.000 0.212
#> SRR1146253 1 0.0000 0.8562 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.1860 0.8142 0.948 0.000 0.052
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 2 0.4933 0.71719 0.000 0.568 0.000 NA
#> SRR1146077 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146078 3 0.5306 0.45182 0.348 0.000 0.632 NA
#> SRR1146079 3 0.1767 0.84222 0.044 0.000 0.944 NA
#> SRR1146080 3 0.1767 0.84222 0.044 0.000 0.944 NA
#> SRR1146081 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146082 1 0.5432 0.72642 0.740 0.000 0.136 NA
#> SRR1146083 1 0.0817 0.84544 0.976 0.000 0.024 NA
#> SRR1146084 1 0.3497 0.79432 0.852 0.000 0.024 NA
#> SRR1146085 2 0.2469 0.83538 0.000 0.892 0.000 NA
#> SRR1146086 2 0.2469 0.83538 0.000 0.892 0.000 NA
#> SRR1146087 3 0.1722 0.84399 0.048 0.000 0.944 NA
#> SRR1146088 2 0.3942 0.79020 0.000 0.764 0.000 NA
#> SRR1146089 1 0.4428 0.77872 0.808 0.000 0.068 NA
#> SRR1146090 1 0.5174 0.74516 0.760 0.000 0.116 NA
#> SRR1146091 1 0.5486 0.68739 0.720 0.000 0.200 NA
#> SRR1146092 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146093 1 0.2799 0.79392 0.884 0.000 0.108 NA
#> SRR1146094 3 0.1545 0.84242 0.040 0.000 0.952 NA
#> SRR1146095 1 0.5126 0.24362 0.552 0.000 0.444 NA
#> SRR1146096 2 0.2081 0.84376 0.000 0.916 0.000 NA
#> SRR1146097 1 0.1211 0.84017 0.960 0.000 0.040 NA
#> SRR1146098 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146099 1 0.3497 0.79432 0.852 0.000 0.024 NA
#> SRR1146100 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146101 2 0.1474 0.86233 0.000 0.948 0.000 NA
#> SRR1146102 1 0.3497 0.79432 0.852 0.000 0.024 NA
#> SRR1146103 1 0.4100 0.76241 0.816 0.000 0.148 NA
#> SRR1146104 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146105 1 0.5628 0.66585 0.704 0.000 0.216 NA
#> SRR1146106 2 0.2281 0.84056 0.000 0.904 0.000 NA
#> SRR1146107 2 0.2469 0.83538 0.000 0.892 0.000 NA
#> SRR1146108 2 0.1557 0.85542 0.000 0.944 0.000 NA
#> SRR1146109 2 0.1940 0.84636 0.000 0.924 0.000 NA
#> SRR1146110 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146111 2 0.1716 0.85189 0.000 0.936 0.000 NA
#> SRR1146112 3 0.4188 0.84291 0.040 0.000 0.812 NA
#> SRR1146113 2 0.1474 0.85691 0.000 0.948 0.000 NA
#> SRR1146114 2 0.2469 0.83538 0.000 0.892 0.000 NA
#> SRR1146115 2 0.1792 0.84834 0.000 0.932 0.000 NA
#> SRR1146116 2 0.3907 0.82983 0.000 0.768 0.000 NA
#> SRR1146117 2 0.2530 0.83385 0.000 0.888 0.000 NA
#> SRR1146118 2 0.2469 0.83538 0.000 0.892 0.000 NA
#> SRR1146119 3 0.5099 0.27024 0.380 0.000 0.612 NA
#> SRR1146120 2 0.2408 0.83694 0.000 0.896 0.000 NA
#> SRR1146121 2 0.2469 0.83538 0.000 0.892 0.000 NA
#> SRR1146122 2 0.2053 0.85960 0.000 0.924 0.004 NA
#> SRR1146123 3 0.5231 0.25475 0.384 0.000 0.604 NA
#> SRR1146124 1 0.5080 0.28851 0.576 0.000 0.420 NA
#> SRR1146125 2 0.1743 0.86102 0.000 0.940 0.004 NA
#> SRR1146126 2 0.3486 0.84453 0.000 0.812 0.000 NA
#> SRR1146127 2 0.3486 0.84632 0.000 0.812 0.000 NA
#> SRR1146128 1 0.2530 0.80547 0.888 0.000 0.112 NA
#> SRR1146129 1 0.6222 0.54415 0.616 0.000 0.304 NA
#> SRR1146130 2 0.4193 0.81512 0.000 0.732 0.000 NA
#> SRR1146131 2 0.4134 0.82311 0.000 0.740 0.000 NA
#> SRR1146132 3 0.4050 0.84282 0.036 0.000 0.820 NA
#> SRR1146133 3 0.4244 0.83937 0.036 0.000 0.804 NA
#> SRR1146134 3 0.4939 0.81806 0.040 0.000 0.740 NA
#> SRR1146135 1 0.4950 0.41423 0.620 0.000 0.376 NA
#> SRR1146136 3 0.5165 -0.05829 0.484 0.000 0.512 NA
#> SRR1146137 2 0.4948 0.71070 0.000 0.560 0.000 NA
#> SRR1146138 2 0.4925 0.72033 0.000 0.572 0.000 NA
#> SRR1146139 2 0.3873 0.83167 0.000 0.772 0.000 NA
#> SRR1146140 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146141 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146142 2 0.1867 0.84714 0.000 0.928 0.000 NA
#> SRR1146143 2 0.1792 0.84834 0.000 0.932 0.000 NA
#> SRR1146144 2 0.4331 0.81110 0.000 0.712 0.000 NA
#> SRR1146145 2 0.1716 0.84969 0.000 0.936 0.000 NA
#> SRR1146146 2 0.2408 0.85742 0.000 0.920 0.036 NA
#> SRR1146147 3 0.4197 0.84055 0.036 0.000 0.808 NA
#> SRR1146148 1 0.5088 0.27981 0.572 0.000 0.424 NA
#> SRR1146149 3 0.2179 0.83715 0.064 0.000 0.924 NA
#> SRR1146150 3 0.3931 0.83579 0.040 0.000 0.832 NA
#> SRR1146151 3 0.4335 0.83756 0.036 0.000 0.796 NA
#> SRR1146152 3 0.3377 0.77450 0.140 0.000 0.848 NA
#> SRR1146153 2 0.4933 0.71719 0.000 0.568 0.000 NA
#> SRR1146154 3 0.4244 0.83937 0.036 0.000 0.804 NA
#> SRR1146155 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146156 1 0.4967 0.11684 0.548 0.000 0.452 NA
#> SRR1146157 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146158 1 0.2469 0.80552 0.892 0.000 0.108 NA
#> SRR1146159 3 0.1545 0.84272 0.040 0.000 0.952 NA
#> SRR1146160 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146161 3 0.2101 0.83875 0.060 0.000 0.928 NA
#> SRR1146162 1 0.3105 0.78215 0.856 0.000 0.140 NA
#> SRR1146163 1 0.2840 0.82416 0.900 0.000 0.044 NA
#> SRR1146164 1 0.0817 0.84874 0.976 0.000 0.024 NA
#> SRR1146165 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146166 2 0.4941 0.71402 0.000 0.564 0.000 NA
#> SRR1146167 2 0.5817 0.63544 0.000 0.676 0.076 NA
#> SRR1146168 3 0.2983 0.84690 0.040 0.000 0.892 NA
#> SRR1146169 2 0.3942 0.82344 0.000 0.764 0.000 NA
#> SRR1146170 2 0.1474 0.86014 0.000 0.948 0.000 NA
#> SRR1146171 2 0.5021 0.81099 0.000 0.724 0.036 NA
#> SRR1146172 2 0.2589 0.85387 0.000 0.884 0.000 NA
#> SRR1146173 2 0.3051 0.85411 0.000 0.884 0.028 NA
#> SRR1146174 2 0.1118 0.86169 0.000 0.964 0.000 NA
#> SRR1146175 2 0.3942 0.82891 0.000 0.764 0.000 NA
#> SRR1146176 2 0.1557 0.85900 0.000 0.944 0.000 NA
#> SRR1146177 2 0.4008 0.82463 0.000 0.756 0.000 NA
#> SRR1146178 2 0.4925 0.72034 0.000 0.572 0.000 NA
#> SRR1146179 2 0.1867 0.86190 0.000 0.928 0.000 NA
#> SRR1146180 2 0.2011 0.85406 0.000 0.920 0.000 NA
#> SRR1146181 2 0.4941 0.71452 0.000 0.564 0.000 NA
#> SRR1146182 2 0.2032 0.85581 0.000 0.936 0.028 NA
#> SRR1146183 2 0.1022 0.86168 0.000 0.968 0.000 NA
#> SRR1146184 2 0.3801 0.81499 0.000 0.780 0.000 NA
#> SRR1146185 2 0.4925 0.72090 0.000 0.572 0.000 NA
#> SRR1146186 2 0.3377 0.84837 0.000 0.848 0.012 NA
#> SRR1146187 2 0.4933 0.71719 0.000 0.568 0.000 NA
#> SRR1146188 2 0.4164 0.82291 0.000 0.736 0.000 NA
#> SRR1146189 2 0.4925 0.71944 0.000 0.572 0.000 NA
#> SRR1146190 2 0.4776 0.75600 0.000 0.624 0.000 NA
#> SRR1146191 2 0.5093 0.76831 0.000 0.640 0.012 NA
#> SRR1146192 2 0.4635 0.81050 0.000 0.720 0.012 NA
#> SRR1146193 2 0.4853 0.81921 0.000 0.744 0.036 NA
#> SRR1146194 2 0.5013 0.79540 0.000 0.688 0.020 NA
#> SRR1146195 2 0.4761 0.75844 0.000 0.628 0.000 NA
#> SRR1146196 2 0.2714 0.85297 0.000 0.884 0.004 NA
#> SRR1146197 2 0.4804 0.74655 0.000 0.616 0.000 NA
#> SRR1146198 2 0.2593 0.85459 0.000 0.892 0.004 NA
#> SRR1146199 3 0.4197 0.84055 0.036 0.000 0.808 NA
#> SRR1146200 2 0.4933 0.71719 0.000 0.568 0.000 NA
#> SRR1146201 2 0.4008 0.80136 0.000 0.756 0.000 NA
#> SRR1146202 3 0.6698 0.24504 0.372 0.000 0.532 NA
#> SRR1146203 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146204 3 0.2021 0.84313 0.040 0.000 0.936 NA
#> SRR1146205 3 0.4244 0.83937 0.036 0.000 0.804 NA
#> SRR1146206 3 0.4244 0.83937 0.036 0.000 0.804 NA
#> SRR1146207 2 0.4868 0.80851 0.000 0.720 0.024 NA
#> SRR1146208 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146209 3 0.5155 0.00866 0.468 0.000 0.528 NA
#> SRR1146210 1 0.4477 0.59733 0.688 0.000 0.312 NA
#> SRR1146211 3 0.1913 0.84389 0.040 0.000 0.940 NA
#> SRR1146212 3 0.4378 0.83884 0.040 0.000 0.796 NA
#> SRR1146213 2 0.2521 0.86182 0.000 0.912 0.024 NA
#> SRR1146214 1 0.2921 0.78856 0.860 0.000 0.140 NA
#> SRR1146215 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146216 2 0.1940 0.85082 0.000 0.924 0.000 NA
#> SRR1146217 3 0.4677 0.83321 0.040 0.000 0.768 NA
#> SRR1146218 1 0.5290 0.19696 0.516 0.000 0.476 NA
#> SRR1146219 1 0.0469 0.85120 0.988 0.000 0.012 NA
#> SRR1146220 1 0.5070 0.30091 0.580 0.000 0.416 NA
#> SRR1146221 3 0.1661 0.84008 0.052 0.000 0.944 NA
#> SRR1146222 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146223 1 0.4564 0.51632 0.672 0.000 0.328 NA
#> SRR1146224 3 0.4677 0.83026 0.040 0.000 0.768 NA
#> SRR1146225 3 0.2198 0.83269 0.072 0.000 0.920 NA
#> SRR1146226 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146227 1 0.0657 0.85103 0.984 0.000 0.012 NA
#> SRR1146228 1 0.5593 0.67137 0.708 0.000 0.212 NA
#> SRR1146229 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146230 2 0.1706 0.85785 0.000 0.948 0.036 NA
#> SRR1146231 2 0.2943 0.85561 0.000 0.892 0.032 NA
#> SRR1146232 2 0.1557 0.85372 0.000 0.944 0.000 NA
#> SRR1146233 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146234 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146235 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146236 2 0.2408 0.85357 0.000 0.920 0.036 NA
#> SRR1146237 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146238 2 0.2578 0.85203 0.000 0.912 0.036 NA
#> SRR1146239 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146240 3 0.2179 0.83800 0.064 0.000 0.924 NA
#> SRR1146241 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146242 1 0.2647 0.79501 0.880 0.000 0.120 NA
#> SRR1146243 2 0.1706 0.85785 0.000 0.948 0.036 NA
#> SRR1146244 2 0.1820 0.85797 0.000 0.944 0.036 NA
#> SRR1146245 2 0.2466 0.85829 0.000 0.916 0.028 NA
#> SRR1146246 2 0.2131 0.85802 0.000 0.932 0.036 NA
#> SRR1146247 2 0.1833 0.85734 0.000 0.944 0.032 NA
#> SRR1146248 2 0.2032 0.85623 0.000 0.936 0.036 NA
#> SRR1146249 2 0.2494 0.86074 0.000 0.916 0.036 NA
#> SRR1146250 2 0.1940 0.84722 0.000 0.924 0.000 NA
#> SRR1146252 1 0.4164 0.62522 0.736 0.000 0.264 NA
#> SRR1146253 1 0.0000 0.85347 1.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146254 1 0.3649 0.71958 0.796 0.000 0.204 NA
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 4 0.1671 0.6588 0.000 0.076 NA 0.924 0.000
#> SRR1146077 1 0.0451 0.8273 0.988 0.000 NA 0.008 0.000
#> SRR1146078 5 0.3124 0.7695 0.136 0.000 NA 0.016 0.844
#> SRR1146079 5 0.2361 0.8515 0.012 0.000 NA 0.000 0.892
#> SRR1146080 5 0.2674 0.8545 0.012 0.000 NA 0.000 0.868
#> SRR1146081 1 0.0000 0.8278 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.6299 0.4094 0.432 0.000 NA 0.000 0.152
#> SRR1146083 1 0.0510 0.8256 0.984 0.000 NA 0.000 0.016
#> SRR1146084 1 0.4833 0.5260 0.564 0.000 NA 0.000 0.024
#> SRR1146085 2 0.2732 0.6016 0.000 0.840 NA 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.1041 0.6615 0.000 0.964 NA 0.004 0.000
#> SRR1146087 5 0.1386 0.8494 0.016 0.000 NA 0.000 0.952
#> SRR1146088 4 0.6071 0.5242 0.000 0.236 NA 0.572 0.000
#> SRR1146089 1 0.5876 0.4785 0.488 0.000 NA 0.000 0.100
#> SRR1146090 1 0.6245 0.4201 0.440 0.000 NA 0.000 0.144
#> SRR1146091 1 0.6594 0.4014 0.428 0.000 NA 0.008 0.160
#> SRR1146092 1 0.0000 0.8278 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.3399 0.7378 0.812 0.000 NA 0.012 0.172
#> SRR1146094 5 0.1809 0.8546 0.012 0.000 NA 0.000 0.928
#> SRR1146095 1 0.4602 0.6028 0.656 0.000 NA 0.000 0.316
#> SRR1146096 2 0.0609 0.6799 0.000 0.980 NA 0.020 0.000
#> SRR1146097 1 0.2102 0.8107 0.916 0.000 NA 0.012 0.068
#> SRR1146098 1 0.0162 0.8279 0.996 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1146099 1 0.4833 0.5260 0.564 0.000 NA 0.000 0.024
#> SRR1146100 1 0.0000 0.8278 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.4726 -0.0736 0.000 0.580 NA 0.400 0.000
#> SRR1146102 1 0.4666 0.5350 0.572 0.000 NA 0.000 0.016
#> SRR1146103 1 0.6036 0.5772 0.572 0.000 NA 0.004 0.136
#> SRR1146104 1 0.0771 0.8250 0.976 0.000 NA 0.000 0.020
#> SRR1146105 1 0.6273 0.5228 0.524 0.000 NA 0.000 0.184
#> SRR1146106 2 0.0794 0.6810 0.000 0.972 NA 0.028 0.000
#> SRR1146107 2 0.0324 0.6729 0.000 0.992 NA 0.004 0.000
#> SRR1146108 2 0.1043 0.6819 0.000 0.960 NA 0.040 0.000
#> SRR1146109 2 0.0880 0.6822 0.000 0.968 NA 0.032 0.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.8278 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.1124 0.6816 0.000 0.960 NA 0.036 0.000
#> SRR1146112 5 0.3282 0.8458 0.008 0.000 NA 0.000 0.804
#> SRR1146113 2 0.1121 0.6802 0.000 0.956 NA 0.044 0.000
#> SRR1146114 2 0.1168 0.6645 0.000 0.960 NA 0.008 0.000
#> SRR1146115 2 0.1124 0.6816 0.000 0.960 NA 0.036 0.000
#> SRR1146116 2 0.4042 0.5477 0.000 0.756 NA 0.212 0.000
#> SRR1146117 2 0.2732 0.6016 0.000 0.840 NA 0.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.1041 0.6615 0.000 0.964 NA 0.004 0.000
#> SRR1146119 1 0.4949 0.4633 0.572 0.000 NA 0.000 0.396
#> SRR1146120 2 0.0609 0.6799 0.000 0.980 NA 0.020 0.000
#> SRR1146121 2 0.2732 0.6019 0.000 0.840 NA 0.000 0.000
#> SRR1146122 2 0.4978 -0.3287 0.000 0.496 NA 0.476 0.000
#> SRR1146123 5 0.4473 0.0466 0.412 0.000 NA 0.000 0.580
#> SRR1146124 1 0.3662 0.6908 0.744 0.000 NA 0.000 0.252
#> SRR1146125 2 0.4961 -0.2672 0.000 0.524 NA 0.448 0.000
#> SRR1146126 2 0.3913 0.4654 0.000 0.676 NA 0.324 0.000
#> SRR1146127 2 0.3366 0.5568 0.000 0.768 NA 0.232 0.000
#> SRR1146128 1 0.3129 0.7677 0.832 0.000 NA 0.008 0.156
#> SRR1146129 5 0.6988 -0.1207 0.332 0.000 NA 0.008 0.392
#> SRR1146130 2 0.4166 0.4244 0.000 0.648 NA 0.348 0.000
#> SRR1146131 2 0.4101 0.4441 0.000 0.664 NA 0.332 0.000
#> SRR1146132 5 0.2077 0.8599 0.008 0.000 NA 0.000 0.908
#> SRR1146133 5 0.2660 0.8533 0.008 0.000 NA 0.000 0.864
#> SRR1146134 5 0.3616 0.8318 0.004 0.000 NA 0.004 0.768
#> SRR1146135 1 0.3635 0.6975 0.748 0.000 NA 0.000 0.248
#> SRR1146136 1 0.4425 0.6314 0.680 0.000 NA 0.000 0.296
#> SRR1146137 4 0.1671 0.6588 0.000 0.076 NA 0.924 0.000
#> SRR1146138 4 0.1671 0.6588 0.000 0.076 NA 0.924 0.000
#> SRR1146139 2 0.3707 0.5159 0.000 0.716 NA 0.284 0.000
#> SRR1146140 1 0.0162 0.8279 0.996 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1146141 1 0.0000 0.8278 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0880 0.6822 0.000 0.968 NA 0.032 0.000
#> SRR1146143 2 0.1041 0.6819 0.000 0.964 NA 0.032 0.000
#> SRR1146144 4 0.4264 0.4240 0.000 0.376 NA 0.620 0.000
#> SRR1146145 2 0.1502 0.6732 0.000 0.940 NA 0.056 0.000
#> SRR1146146 4 0.6807 0.4507 0.000 0.304 NA 0.368 0.000
#> SRR1146147 5 0.2411 0.8573 0.008 0.000 NA 0.000 0.884
#> SRR1146148 1 0.3814 0.6701 0.720 0.000 NA 0.000 0.276
#> SRR1146149 5 0.1893 0.8505 0.024 0.000 NA 0.000 0.928
#> SRR1146150 5 0.3012 0.8438 0.024 0.000 NA 0.000 0.852
#> SRR1146151 5 0.3123 0.8456 0.004 0.000 NA 0.000 0.812
#> SRR1146152 5 0.3355 0.7412 0.132 0.000 NA 0.000 0.832
#> SRR1146153 4 0.1671 0.6588 0.000 0.076 NA 0.924 0.000
#> SRR1146154 5 0.2660 0.8533 0.008 0.000 NA 0.000 0.864
#> SRR1146155 1 0.0000 0.8278 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146156 5 0.4392 0.3873 0.380 0.000 NA 0.000 0.612
#> SRR1146157 1 0.0162 0.8277 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.2843 0.7703 0.848 0.000 NA 0.000 0.144
#> SRR1146159 5 0.1444 0.8481 0.012 0.000 NA 0.000 0.948
#> SRR1146160 1 0.0162 0.8271 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146161 5 0.1845 0.8518 0.016 0.000 NA 0.000 0.928
#> SRR1146162 1 0.3282 0.7409 0.804 0.000 NA 0.000 0.188
#> SRR1146163 1 0.4513 0.6602 0.688 0.000 NA 0.004 0.024
#> SRR1146164 1 0.2352 0.7983 0.896 0.000 NA 0.008 0.092
#> SRR1146165 1 0.0000 0.8278 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.1671 0.6588 0.000 0.076 NA 0.924 0.000
#> SRR1146167 2 0.5982 0.4304 0.000 0.608 NA 0.144 0.008
#> SRR1146168 5 0.2513 0.8583 0.008 0.000 NA 0.000 0.876
#> SRR1146169 2 0.4659 -0.0623 0.000 0.496 NA 0.492 0.000
#> SRR1146170 2 0.4746 0.0076 0.000 0.600 NA 0.376 0.000
#> SRR1146171 4 0.5659 0.5745 0.000 0.280 NA 0.604 0.000
#> SRR1146172 4 0.3980 0.6060 0.000 0.284 NA 0.708 0.000
#> SRR1146173 4 0.6243 0.5808 0.000 0.284 NA 0.532 0.000
#> SRR1146174 2 0.4074 0.1368 0.000 0.636 NA 0.364 0.000
#> SRR1146175 2 0.3274 0.5630 0.000 0.780 NA 0.220 0.000
#> SRR1146176 2 0.1043 0.6819 0.000 0.960 NA 0.040 0.000
#> SRR1146177 2 0.4549 0.0725 0.000 0.528 NA 0.464 0.000
#> SRR1146178 4 0.1792 0.6609 0.000 0.084 NA 0.916 0.000
#> SRR1146179 2 0.4029 0.2878 0.000 0.680 NA 0.316 0.000
#> SRR1146180 2 0.4901 0.5378 0.000 0.716 NA 0.116 0.000
#> SRR1146181 4 0.1732 0.6601 0.000 0.080 NA 0.920 0.000
#> SRR1146182 2 0.6326 -0.3355 0.000 0.460 NA 0.380 0.000
#> SRR1146183 2 0.4547 -0.0492 0.000 0.588 NA 0.400 0.000
#> SRR1146184 4 0.4213 0.5456 0.000 0.308 NA 0.680 0.000
#> SRR1146185 4 0.1671 0.6588 0.000 0.076 NA 0.924 0.000
#> SRR1146186 4 0.4619 0.6554 0.000 0.216 NA 0.720 0.000
#> SRR1146187 4 0.1671 0.6588 0.000 0.076 NA 0.924 0.000
#> SRR1146188 2 0.4555 0.0342 0.000 0.520 NA 0.472 0.000
#> SRR1146189 4 0.1671 0.6588 0.000 0.076 NA 0.924 0.000
#> SRR1146190 4 0.2329 0.6644 0.000 0.124 NA 0.876 0.000
#> SRR1146191 4 0.3489 0.6668 0.000 0.144 NA 0.820 0.000
#> SRR1146192 4 0.4766 0.6395 0.000 0.220 NA 0.708 0.000
#> SRR1146193 4 0.5899 0.5945 0.000 0.248 NA 0.592 0.000
#> SRR1146194 4 0.4832 0.6474 0.000 0.200 NA 0.712 0.000
#> SRR1146195 4 0.2583 0.6650 0.000 0.132 NA 0.864 0.000
#> SRR1146196 4 0.4817 0.4872 0.000 0.404 NA 0.572 0.000
#> SRR1146197 4 0.1732 0.6592 0.000 0.080 NA 0.920 0.000
#> SRR1146198 4 0.6035 0.5499 0.000 0.328 NA 0.536 0.000
#> SRR1146199 5 0.2563 0.8552 0.008 0.000 NA 0.000 0.872
#> SRR1146200 4 0.1671 0.6588 0.000 0.076 NA 0.924 0.000
#> SRR1146201 4 0.3885 0.5528 0.000 0.268 NA 0.724 0.000
#> SRR1146202 5 0.6504 0.3658 0.196 0.000 NA 0.000 0.448
#> SRR1146203 1 0.0000 0.8278 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146204 5 0.3209 0.8326 0.068 0.000 NA 0.008 0.864
#> SRR1146205 5 0.2660 0.8533 0.008 0.000 NA 0.000 0.864
#> SRR1146206 5 0.2563 0.8552 0.008 0.000 NA 0.000 0.872
#> SRR1146207 4 0.5470 0.5598 0.000 0.296 NA 0.612 0.000
#> SRR1146208 1 0.0451 0.8279 0.988 0.000 NA 0.000 0.008
#> SRR1146209 1 0.4822 0.5410 0.616 0.000 NA 0.000 0.352
#> SRR1146210 1 0.4949 0.4661 0.600 0.000 NA 0.004 0.368
#> SRR1146211 5 0.0807 0.8562 0.012 0.000 NA 0.000 0.976
#> SRR1146212 5 0.3123 0.8456 0.004 0.000 NA 0.000 0.812
#> SRR1146213 4 0.6486 0.5243 0.000 0.308 NA 0.480 0.000
#> SRR1146214 1 0.2722 0.7894 0.868 0.000 NA 0.008 0.120
#> SRR1146215 1 0.0000 0.8278 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.1831 0.6692 0.000 0.920 NA 0.076 0.000
#> SRR1146217 5 0.3675 0.8356 0.004 0.000 NA 0.008 0.772
#> SRR1146218 1 0.4815 0.2162 0.504 0.000 NA 0.008 0.480
#> SRR1146219 1 0.0960 0.8252 0.972 0.000 NA 0.008 0.016
#> SRR1146220 1 0.3662 0.6908 0.744 0.000 NA 0.000 0.252
#> SRR1146221 5 0.1894 0.8237 0.072 0.000 NA 0.000 0.920
#> SRR1146222 1 0.0290 0.8275 0.992 0.000 NA 0.000 0.008
#> SRR1146223 1 0.3550 0.7056 0.760 0.000 NA 0.000 0.236
#> SRR1146224 5 0.3266 0.8415 0.004 0.000 NA 0.000 0.796
#> SRR1146225 5 0.1568 0.8466 0.020 0.000 NA 0.000 0.944
#> SRR1146226 1 0.0162 0.8279 0.996 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1146227 1 0.0693 0.8268 0.980 0.000 NA 0.008 0.000
#> SRR1146228 1 0.6054 0.5499 0.548 0.000 NA 0.000 0.148
#> SRR1146229 1 0.0324 0.8278 0.992 0.000 NA 0.000 0.004
#> SRR1146230 4 0.6791 0.4662 0.000 0.308 NA 0.384 0.000
#> SRR1146231 4 0.5931 0.4076 0.000 0.436 NA 0.460 0.000
#> SRR1146232 2 0.0963 0.6821 0.000 0.964 NA 0.036 0.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.8278 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0162 0.8277 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.8278 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146236 4 0.6816 0.4414 0.000 0.320 NA 0.360 0.000
#> SRR1146237 1 0.0000 0.8278 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.6541 -0.0375 0.000 0.480 NA 0.264 0.000
#> SRR1146239 1 0.0162 0.8277 0.996 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146240 5 0.2623 0.8504 0.016 0.000 NA 0.004 0.884
#> SRR1146241 1 0.0000 0.8278 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.2605 0.7533 0.852 0.000 NA 0.000 0.148
#> SRR1146243 4 0.6686 0.5160 0.000 0.256 NA 0.428 0.000
#> SRR1146244 4 0.6791 0.4660 0.000 0.304 NA 0.384 0.000
#> SRR1146245 4 0.6132 0.4085 0.000 0.428 NA 0.444 0.000
#> SRR1146246 4 0.6791 0.4663 0.000 0.308 NA 0.384 0.000
#> SRR1146247 4 0.6761 0.4330 0.000 0.352 NA 0.380 0.000
#> SRR1146248 4 0.6811 0.4377 0.000 0.308 NA 0.364 0.000
#> SRR1146249 4 0.6607 0.5309 0.000 0.232 NA 0.448 0.000
#> SRR1146250 2 0.5908 0.2653 0.000 0.588 NA 0.256 0.000
#> SRR1146252 1 0.2233 0.7982 0.892 0.000 NA 0.000 0.104
#> SRR1146253 1 0.0000 0.8278 1.000 0.000 NA 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.2329 0.7893 0.876 0.000 NA 0.000 0.124
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.0436 0.7681 0.000 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR1146077 1 0.0260 0.7999 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 5 0.3820 0.7543 0.032 0.000 0.204 0.000 0.756 0.008
#> SRR1146079 5 0.2996 0.7721 0.000 0.000 0.228 0.000 0.772 0.000
#> SRR1146080 5 0.0865 0.8096 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1146081 1 0.0146 0.8006 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.1471 0.6850 0.064 0.004 0.932 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0622 0.7988 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146084 3 0.3398 0.6056 0.252 0.008 0.740 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.3133 0.6394 0.000 0.780 0.000 0.008 0.000 0.212
#> SRR1146086 2 0.0622 0.7615 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1146087 5 0.3050 0.7673 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764 0.000
#> SRR1146088 4 0.5012 -0.1914 0.000 0.048 0.012 0.540 0.000 0.400
#> SRR1146089 3 0.1757 0.6891 0.076 0.008 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.1757 0.6891 0.076 0.008 0.916 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.1471 0.6853 0.064 0.000 0.932 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.8009 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.4303 0.6466 0.740 0.000 0.132 0.000 0.124 0.004
#> SRR1146094 5 0.1075 0.8099 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1146095 1 0.4122 0.6675 0.724 0.000 0.212 0.000 0.064 0.000
#> SRR1146096 2 0.0405 0.7643 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1146097 1 0.2964 0.7269 0.792 0.000 0.204 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146098 1 0.0260 0.8019 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.3445 0.5984 0.260 0.008 0.732 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.8009 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.4310 0.2256 0.000 0.576 0.004 0.404 0.000 0.016
#> SRR1146102 3 0.3445 0.5984 0.260 0.008 0.732 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.3717 0.3994 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.2697 0.7348 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.3835 0.4950 0.336 0.004 0.656 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146106 2 0.0777 0.7667 0.000 0.972 0.000 0.024 0.000 0.004
#> SRR1146107 2 0.0972 0.7592 0.000 0.964 0.000 0.008 0.000 0.028
#> SRR1146108 2 0.0858 0.7670 0.000 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1146109 2 0.0405 0.7638 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1146110 1 0.0000 0.8009 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0692 0.7668 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.0935 0.8027 0.000 0.000 0.004 0.000 0.964 0.032
#> SRR1146113 2 0.0858 0.7670 0.000 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1146114 2 0.0622 0.7615 0.000 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012
#> SRR1146115 2 0.0603 0.7664 0.000 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004
#> SRR1146116 2 0.3398 0.6872 0.000 0.768 0.004 0.216 0.000 0.012
#> SRR1146117 2 0.3133 0.6394 0.000 0.780 0.000 0.008 0.000 0.212
#> SRR1146118 2 0.0405 0.7643 0.000 0.988 0.000 0.008 0.000 0.004
#> SRR1146119 1 0.5896 0.1395 0.460 0.000 0.224 0.000 0.316 0.000
#> SRR1146120 2 0.0520 0.7632 0.000 0.984 0.000 0.008 0.000 0.008
#> SRR1146121 2 0.3133 0.6394 0.000 0.780 0.000 0.008 0.000 0.212
#> SRR1146122 4 0.4562 0.4552 0.000 0.296 0.004 0.648 0.000 0.052
#> SRR1146123 5 0.5699 0.2843 0.252 0.000 0.224 0.000 0.524 0.000
#> SRR1146124 1 0.3487 0.7045 0.756 0.000 0.224 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146125 4 0.5046 0.4591 0.000 0.152 0.004 0.652 0.000 0.192
#> SRR1146126 2 0.3508 0.6495 0.000 0.704 0.004 0.292 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.3109 0.6860 0.000 0.772 0.000 0.224 0.000 0.004
#> SRR1146128 1 0.3885 0.6802 0.736 0.000 0.220 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146129 3 0.5229 -0.1921 0.080 0.004 0.492 0.000 0.424 0.000
#> SRR1146130 2 0.3547 0.6431 0.000 0.696 0.004 0.300 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.3601 0.6226 0.000 0.684 0.004 0.312 0.000 0.000
#> SRR1146132 5 0.0790 0.8038 0.000 0.000 0.000 0.000 0.968 0.032
#> SRR1146133 5 0.1010 0.8015 0.000 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR1146134 5 0.1296 0.7959 0.000 0.004 0.004 0.000 0.948 0.044
#> SRR1146135 1 0.3641 0.6972 0.748 0.000 0.224 0.000 0.028 0.000
#> SRR1146136 1 0.5374 0.4199 0.588 0.000 0.212 0.000 0.200 0.000
#> SRR1146137 4 0.0436 0.7681 0.000 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR1146138 4 0.0436 0.7681 0.000 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR1146139 2 0.3240 0.6793 0.000 0.752 0.004 0.244 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0260 0.8019 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.8009 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0603 0.7662 0.000 0.980 0.004 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0748 0.7664 0.000 0.976 0.004 0.016 0.000 0.004
#> SRR1146144 2 0.3998 0.2901 0.000 0.504 0.004 0.492 0.000 0.000
#> SRR1146145 2 0.1364 0.7588 0.000 0.944 0.004 0.048 0.000 0.004
#> SRR1146146 6 0.1838 0.6641 0.000 0.016 0.000 0.068 0.000 0.916
#> SRR1146147 5 0.0260 0.8087 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146148 1 0.3487 0.7045 0.756 0.000 0.224 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146149 5 0.3023 0.7700 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1146150 5 0.3978 0.7716 0.004 0.004 0.212 0.000 0.744 0.036
#> SRR1146151 5 0.1010 0.8015 0.000 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR1146152 5 0.3900 0.7248 0.040 0.000 0.232 0.000 0.728 0.000
#> SRR1146153 4 0.0436 0.7681 0.000 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR1146154 5 0.1010 0.8015 0.000 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR1146155 1 0.0000 0.8009 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 5 0.3896 0.7417 0.056 0.000 0.196 0.000 0.748 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.8009 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.3081 0.7173 0.776 0.000 0.220 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146159 5 0.3023 0.7700 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.8009 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 5 0.2883 0.7805 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1146162 1 0.2838 0.7337 0.808 0.000 0.188 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146163 3 0.3706 0.4192 0.380 0.000 0.620 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.3230 0.7172 0.776 0.000 0.212 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.8009 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.0436 0.7681 0.000 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR1146167 2 0.4961 0.1461 0.000 0.492 0.012 0.040 0.000 0.456
#> SRR1146168 5 0.0632 0.8099 0.000 0.000 0.024 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146169 2 0.3971 0.3950 0.000 0.548 0.004 0.448 0.000 0.000
#> SRR1146170 2 0.3383 0.5509 0.000 0.728 0.004 0.268 0.000 0.000
#> SRR1146171 4 0.4328 0.4909 0.000 0.040 0.004 0.672 0.000 0.284
#> SRR1146172 4 0.1982 0.7406 0.000 0.068 0.004 0.912 0.000 0.016
#> SRR1146173 4 0.3878 0.6000 0.000 0.032 0.004 0.736 0.000 0.228
#> SRR1146174 2 0.3528 0.5113 0.000 0.700 0.004 0.296 0.000 0.000
#> SRR1146175 2 0.2912 0.6885 0.000 0.784 0.000 0.216 0.000 0.000
#> SRR1146176 2 0.0777 0.7668 0.000 0.972 0.004 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146177 2 0.3955 0.4222 0.000 0.560 0.004 0.436 0.000 0.000
#> SRR1146178 4 0.0405 0.7687 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.3290 0.5840 0.000 0.744 0.004 0.252 0.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.4481 0.4838 0.000 0.648 0.000 0.056 0.000 0.296
#> SRR1146181 4 0.0146 0.7664 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1146182 6 0.6131 0.4234 0.000 0.280 0.004 0.284 0.000 0.432
#> SRR1146183 2 0.3986 0.3084 0.000 0.608 0.004 0.384 0.000 0.004
#> SRR1146184 4 0.3941 0.5677 0.000 0.208 0.004 0.744 0.000 0.044
#> SRR1146185 4 0.0748 0.7678 0.000 0.004 0.004 0.976 0.000 0.016
#> SRR1146186 4 0.2581 0.7191 0.000 0.016 0.000 0.856 0.000 0.128
#> SRR1146187 4 0.0436 0.7681 0.000 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR1146188 2 0.4076 0.4348 0.000 0.564 0.004 0.428 0.000 0.004
#> SRR1146189 4 0.0436 0.7681 0.000 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR1146190 4 0.0820 0.7670 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR1146191 4 0.1657 0.7561 0.000 0.016 0.000 0.928 0.000 0.056
#> SRR1146192 4 0.2494 0.7242 0.000 0.016 0.000 0.864 0.000 0.120
#> SRR1146193 4 0.4602 0.3914 0.000 0.048 0.004 0.628 0.000 0.320
#> SRR1146194 4 0.2932 0.6822 0.000 0.016 0.000 0.820 0.000 0.164
#> SRR1146195 4 0.0820 0.7670 0.000 0.012 0.000 0.972 0.000 0.016
#> SRR1146196 4 0.3877 0.5775 0.000 0.208 0.004 0.748 0.000 0.040
#> SRR1146197 4 0.0436 0.7681 0.000 0.004 0.004 0.988 0.000 0.004
#> SRR1146198 4 0.3955 0.4758 0.000 0.032 0.004 0.724 0.000 0.240
#> SRR1146199 5 0.0363 0.8083 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1146200 4 0.0551 0.7682 0.000 0.008 0.004 0.984 0.000 0.004
#> SRR1146201 4 0.3374 0.5785 0.000 0.208 0.000 0.772 0.000 0.020
#> SRR1146202 5 0.4420 0.4339 0.036 0.004 0.320 0.000 0.640 0.000
#> SRR1146203 1 0.0000 0.8009 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 5 0.3340 0.7766 0.016 0.000 0.196 0.000 0.784 0.004
#> SRR1146205 5 0.1010 0.8015 0.000 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR1146206 5 0.1010 0.8015 0.000 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR1146207 4 0.4418 0.5513 0.000 0.068 0.004 0.700 0.000 0.228
#> SRR1146208 1 0.1765 0.7774 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.4253 0.6485 0.704 0.000 0.232 0.000 0.064 0.000
#> SRR1146210 1 0.5937 0.0256 0.416 0.000 0.216 0.000 0.368 0.000
#> SRR1146211 5 0.3023 0.7693 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1146212 5 0.1082 0.8003 0.000 0.000 0.004 0.000 0.956 0.040
#> SRR1146213 4 0.4741 0.0447 0.000 0.040 0.004 0.536 0.000 0.420
#> SRR1146214 1 0.5214 0.4652 0.612 0.000 0.216 0.000 0.172 0.000
#> SRR1146215 1 0.0146 0.8016 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0692 0.7673 0.000 0.976 0.004 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146217 5 0.1411 0.7901 0.000 0.000 0.004 0.000 0.936 0.060
#> SRR1146218 5 0.5023 0.5421 0.144 0.000 0.220 0.000 0.636 0.000
#> SRR1146219 1 0.2664 0.7399 0.816 0.000 0.184 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.3460 0.7064 0.760 0.000 0.220 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146221 5 0.2250 0.8030 0.020 0.000 0.092 0.000 0.888 0.000
#> SRR1146222 1 0.0363 0.8014 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.3460 0.7064 0.760 0.000 0.220 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146224 5 0.1155 0.8002 0.000 0.004 0.004 0.000 0.956 0.036
#> SRR1146225 5 0.3023 0.7700 0.000 0.000 0.232 0.000 0.768 0.000
#> SRR1146226 1 0.0363 0.8014 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0713 0.7971 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146228 3 0.3684 0.5002 0.332 0.000 0.664 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146229 1 0.0260 0.8019 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 6 0.3859 0.7312 0.000 0.020 0.000 0.288 0.000 0.692
#> SRR1146231 4 0.4568 0.5554 0.000 0.076 0.004 0.684 0.000 0.236
#> SRR1146232 2 0.0858 0.7670 0.000 0.968 0.000 0.028 0.000 0.004
#> SRR1146233 1 0.0000 0.8009 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0458 0.8010 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.8009 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 6 0.3717 0.7354 0.000 0.016 0.000 0.276 0.000 0.708
#> SRR1146237 1 0.0000 0.8009 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 6 0.5882 0.4784 0.000 0.280 0.000 0.244 0.000 0.476
#> SRR1146239 1 0.0000 0.8009 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 5 0.3163 0.7686 0.004 0.000 0.232 0.000 0.764 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.8009 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.4771 0.4023 0.648 0.000 0.096 0.000 0.256 0.000
#> SRR1146243 6 0.3670 0.7335 0.000 0.012 0.000 0.284 0.000 0.704
#> SRR1146244 6 0.3778 0.7319 0.000 0.016 0.000 0.288 0.000 0.696
#> SRR1146245 4 0.5702 0.3334 0.000 0.216 0.004 0.548 0.000 0.232
#> SRR1146246 6 0.3879 0.7261 0.000 0.020 0.000 0.292 0.000 0.688
#> SRR1146247 6 0.4579 0.6902 0.000 0.052 0.004 0.300 0.000 0.644
#> SRR1146248 6 0.1838 0.6641 0.000 0.016 0.000 0.068 0.000 0.916
#> SRR1146249 6 0.1858 0.6655 0.000 0.012 0.000 0.076 0.000 0.912
#> SRR1146250 2 0.4732 0.5552 0.000 0.668 0.000 0.112 0.000 0.220
#> SRR1146252 1 0.3161 0.7173 0.776 0.000 0.216 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.8009 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.3261 0.7191 0.780 0.000 0.204 0.000 0.016 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["MAD", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["MAD:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'MAD' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.985 0.995 0.5022 0.498 0.498
#> 3 3 0.726 0.862 0.870 0.1711 0.989 0.978
#> 4 4 0.568 0.506 0.789 0.1118 0.926 0.852
#> 5 5 0.543 0.307 0.673 0.0628 0.790 0.562
#> 6 6 0.528 0.248 0.608 0.0493 0.783 0.496
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146077 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146089 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146090 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146091 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146102 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146123 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146126 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146127 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146131 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146132 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146134 1 0.936 0.45428 0.648 0.352
#> SRR1146135 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146138 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146139 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146140 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146144 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146145 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146146 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146147 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146151 2 1.000 0.00143 0.496 0.504
#> SRR1146152 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146154 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146167 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146168 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146170 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146171 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146172 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146173 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146174 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146175 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146176 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146177 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146181 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146182 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146183 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146184 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146185 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146186 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146187 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146188 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146189 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146190 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146191 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146192 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146193 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146194 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146195 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146196 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146197 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146198 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146199 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146201 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146202 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146206 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146207 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146212 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146213 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146217 1 0.163 0.97120 0.976 0.024
#> SRR1146218 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146224 1 0.443 0.89598 0.908 0.092
#> SRR1146225 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146231 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146232 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146239 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146244 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146245 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146246 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146247 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146248 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146249 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.000 0.99403 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.000 0.99486 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.2878 0.902 0.000 0.904 NA
#> SRR1146077 1 0.4750 0.814 0.784 0.000 NA
#> SRR1146078 1 0.5968 0.706 0.636 0.000 NA
#> SRR1146079 1 0.2356 0.881 0.928 0.000 NA
#> SRR1146080 1 0.3619 0.857 0.864 0.000 NA
#> SRR1146081 1 0.3267 0.865 0.884 0.000 NA
#> SRR1146082 1 0.5760 0.748 0.672 0.000 NA
#> SRR1146083 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146084 1 0.5560 0.768 0.700 0.000 NA
#> SRR1146085 2 0.4555 0.853 0.000 0.800 NA
#> SRR1146086 2 0.5678 0.762 0.000 0.684 NA
#> SRR1146087 1 0.5363 0.775 0.724 0.000 NA
#> SRR1146088 2 0.0892 0.928 0.000 0.980 NA
#> SRR1146089 1 0.5591 0.765 0.696 0.000 NA
#> SRR1146090 1 0.5678 0.757 0.684 0.000 NA
#> SRR1146091 1 0.6154 0.680 0.592 0.000 NA
#> SRR1146092 1 0.2537 0.879 0.920 0.000 NA
#> SRR1146093 1 0.5291 0.781 0.732 0.000 NA
#> SRR1146094 1 0.5882 0.720 0.652 0.000 NA
#> SRR1146095 1 0.2959 0.872 0.900 0.000 NA
#> SRR1146096 2 0.2261 0.920 0.000 0.932 NA
#> SRR1146097 1 0.5016 0.799 0.760 0.000 NA
#> SRR1146098 1 0.1411 0.891 0.964 0.000 NA
#> SRR1146099 1 0.5431 0.778 0.716 0.000 NA
#> SRR1146100 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146101 2 0.0592 0.929 0.000 0.988 NA
#> SRR1146102 1 0.5431 0.778 0.716 0.000 NA
#> SRR1146103 1 0.5058 0.803 0.756 0.000 NA
#> SRR1146104 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146105 1 0.5529 0.770 0.704 0.000 NA
#> SRR1146106 2 0.5016 0.826 0.000 0.760 NA
#> SRR1146107 2 0.4605 0.851 0.000 0.796 NA
#> SRR1146108 2 0.4291 0.867 0.000 0.820 NA
#> SRR1146109 2 0.3116 0.904 0.000 0.892 NA
#> SRR1146110 1 0.1643 0.889 0.956 0.000 NA
#> SRR1146111 2 0.1860 0.924 0.000 0.948 NA
#> SRR1146112 1 0.0747 0.893 0.984 0.000 NA
#> SRR1146113 2 0.4235 0.869 0.000 0.824 NA
#> SRR1146114 2 0.5058 0.823 0.000 0.756 NA
#> SRR1146115 2 0.1964 0.923 0.000 0.944 NA
#> SRR1146116 2 0.5882 0.739 0.000 0.652 NA
#> SRR1146117 2 0.5678 0.762 0.000 0.684 NA
#> SRR1146118 2 0.5948 0.720 0.000 0.640 NA
#> SRR1146119 1 0.1753 0.887 0.952 0.000 NA
#> SRR1146120 2 0.5016 0.826 0.000 0.760 NA
#> SRR1146121 2 0.5835 0.740 0.000 0.660 NA
#> SRR1146122 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 NA
#> SRR1146123 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146124 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146125 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 NA
#> SRR1146126 2 0.1753 0.925 0.000 0.952 NA
#> SRR1146127 2 0.3192 0.903 0.000 0.888 NA
#> SRR1146128 1 0.0237 0.894 0.996 0.000 NA
#> SRR1146129 1 0.5706 0.754 0.680 0.000 NA
#> SRR1146130 2 0.1964 0.926 0.000 0.944 NA
#> SRR1146131 2 0.1964 0.927 0.000 0.944 NA
#> SRR1146132 1 0.4750 0.818 0.784 0.000 NA
#> SRR1146133 1 0.1411 0.891 0.964 0.000 NA
#> SRR1146134 1 0.7883 0.592 0.516 0.056 NA
#> SRR1146135 1 0.2165 0.883 0.936 0.000 NA
#> SRR1146136 1 0.0592 0.894 0.988 0.000 NA
#> SRR1146137 2 0.0747 0.930 0.000 0.984 NA
#> SRR1146138 2 0.1860 0.920 0.000 0.948 NA
#> SRR1146139 2 0.1860 0.924 0.000 0.948 NA
#> SRR1146140 1 0.1411 0.891 0.964 0.000 NA
#> SRR1146141 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146142 2 0.2448 0.917 0.000 0.924 NA
#> SRR1146143 2 0.1860 0.924 0.000 0.948 NA
#> SRR1146144 2 0.1163 0.928 0.000 0.972 NA
#> SRR1146145 2 0.1411 0.927 0.000 0.964 NA
#> SRR1146146 2 0.6008 0.658 0.000 0.628 NA
#> SRR1146147 1 0.6566 0.705 0.636 0.016 NA
#> SRR1146148 1 0.0747 0.894 0.984 0.000 NA
#> SRR1146149 1 0.3116 0.869 0.892 0.000 NA
#> SRR1146150 1 0.6410 0.664 0.576 0.004 NA
#> SRR1146151 1 0.8260 0.558 0.492 0.076 NA
#> SRR1146152 1 0.1031 0.893 0.976 0.000 NA
#> SRR1146153 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 NA
#> SRR1146154 1 0.7890 0.629 0.564 0.064 NA
#> SRR1146155 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146156 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146157 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146158 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146159 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146160 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146161 1 0.4002 0.845 0.840 0.000 NA
#> SRR1146162 1 0.1529 0.890 0.960 0.000 NA
#> SRR1146163 1 0.5216 0.793 0.740 0.000 NA
#> SRR1146164 1 0.2959 0.872 0.900 0.000 NA
#> SRR1146165 1 0.0424 0.894 0.992 0.000 NA
#> SRR1146166 2 0.0424 0.930 0.000 0.992 NA
#> SRR1146167 2 0.3941 0.884 0.000 0.844 NA
#> SRR1146168 1 0.1753 0.889 0.952 0.000 NA
#> SRR1146169 2 0.1163 0.928 0.000 0.972 NA
#> SRR1146170 2 0.0592 0.929 0.000 0.988 NA
#> SRR1146171 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 NA
#> SRR1146172 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 NA
#> SRR1146173 2 0.1031 0.927 0.000 0.976 NA
#> SRR1146174 2 0.1031 0.929 0.000 0.976 NA
#> SRR1146175 2 0.2165 0.921 0.000 0.936 NA
#> SRR1146176 2 0.1860 0.924 0.000 0.948 NA
#> SRR1146177 2 0.0892 0.929 0.000 0.980 NA
#> SRR1146178 2 0.4555 0.841 0.000 0.800 NA
#> SRR1146179 2 0.1529 0.926 0.000 0.960 NA
#> SRR1146180 2 0.1163 0.928 0.000 0.972 NA
#> SRR1146181 2 0.0892 0.928 0.000 0.980 NA
#> SRR1146182 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 NA
#> SRR1146183 2 0.0424 0.930 0.000 0.992 NA
#> SRR1146184 2 0.1163 0.926 0.000 0.972 NA
#> SRR1146185 2 0.4842 0.829 0.000 0.776 NA
#> SRR1146186 2 0.4062 0.855 0.000 0.836 NA
#> SRR1146187 2 0.2537 0.909 0.000 0.920 NA
#> SRR1146188 2 0.4121 0.868 0.000 0.832 NA
#> SRR1146189 2 0.0237 0.929 0.000 0.996 NA
#> SRR1146190 2 0.1163 0.926 0.000 0.972 NA
#> SRR1146191 2 0.1031 0.927 0.000 0.976 NA
#> SRR1146192 2 0.1031 0.927 0.000 0.976 NA
#> SRR1146193 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 NA
#> SRR1146194 2 0.3619 0.884 0.000 0.864 NA
#> SRR1146195 2 0.1643 0.921 0.000 0.956 NA
#> SRR1146196 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 NA
#> SRR1146197 2 0.0237 0.929 0.000 0.996 NA
#> SRR1146198 2 0.0747 0.928 0.000 0.984 NA
#> SRR1146199 1 0.7648 0.620 0.552 0.048 NA
#> SRR1146200 2 0.0237 0.929 0.000 0.996 NA
#> SRR1146201 2 0.1411 0.924 0.000 0.964 NA
#> SRR1146202 1 0.6432 0.656 0.568 0.004 NA
#> SRR1146203 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146204 1 0.3686 0.855 0.860 0.000 NA
#> SRR1146205 1 0.5060 0.834 0.816 0.028 NA
#> SRR1146206 1 0.2796 0.874 0.908 0.000 NA
#> SRR1146207 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 NA
#> SRR1146208 1 0.0747 0.893 0.984 0.000 NA
#> SRR1146209 1 0.1753 0.888 0.952 0.000 NA
#> SRR1146210 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146211 1 0.5621 0.752 0.692 0.000 NA
#> SRR1146212 1 0.0892 0.893 0.980 0.000 NA
#> SRR1146213 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 NA
#> SRR1146214 1 0.0424 0.894 0.992 0.000 NA
#> SRR1146215 1 0.1031 0.893 0.976 0.000 NA
#> SRR1146216 2 0.1860 0.924 0.000 0.948 NA
#> SRR1146217 1 0.6597 0.755 0.696 0.036 NA
#> SRR1146218 1 0.2261 0.881 0.932 0.000 NA
#> SRR1146219 1 0.2165 0.883 0.936 0.000 NA
#> SRR1146220 1 0.1031 0.892 0.976 0.000 NA
#> SRR1146221 1 0.4555 0.826 0.800 0.000 NA
#> SRR1146222 1 0.0892 0.893 0.980 0.000 NA
#> SRR1146223 1 0.1753 0.888 0.952 0.000 NA
#> SRR1146224 1 0.7337 0.623 0.540 0.032 NA
#> SRR1146225 1 0.2448 0.880 0.924 0.000 NA
#> SRR1146226 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146227 1 0.4121 0.842 0.832 0.000 NA
#> SRR1146228 1 0.5650 0.760 0.688 0.000 NA
#> SRR1146229 1 0.1753 0.887 0.952 0.000 NA
#> SRR1146230 2 0.1411 0.924 0.000 0.964 NA
#> SRR1146231 2 0.0592 0.929 0.000 0.988 NA
#> SRR1146232 2 0.4121 0.874 0.000 0.832 NA
#> SRR1146233 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146234 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146235 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146236 2 0.1031 0.927 0.000 0.976 NA
#> SRR1146237 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146238 2 0.0000 0.930 0.000 1.000 NA
#> SRR1146239 1 0.1860 0.886 0.948 0.000 NA
#> SRR1146240 1 0.1289 0.891 0.968 0.000 NA
#> SRR1146241 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146242 1 0.0000 0.895 1.000 0.000 NA
#> SRR1146243 2 0.2356 0.911 0.000 0.928 NA
#> SRR1146244 2 0.3267 0.889 0.000 0.884 NA
#> SRR1146245 2 0.0747 0.928 0.000 0.984 NA
#> SRR1146246 2 0.2261 0.913 0.000 0.932 NA
#> SRR1146247 2 0.0424 0.929 0.000 0.992 NA
#> SRR1146248 2 0.6026 0.653 0.000 0.624 NA
#> SRR1146249 2 0.6309 0.537 0.000 0.500 NA
#> SRR1146250 2 0.0592 0.929 0.000 0.988 NA
#> SRR1146252 1 0.2356 0.881 0.928 0.000 NA
#> SRR1146253 1 0.1031 0.893 0.976 0.000 NA
#> SRR1146254 1 0.1753 0.887 0.952 0.000 NA
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 2 0.6897 0.3251 0.000 0.592 0.180 0.228
#> SRR1146077 1 0.2546 0.6069 0.900 0.000 0.008 0.092
#> SRR1146078 1 0.5220 0.0120 0.568 0.000 0.008 0.424
#> SRR1146079 1 0.0672 0.6782 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1146080 1 0.4978 0.2213 0.664 0.000 0.012 0.324
#> SRR1146081 1 0.1302 0.6578 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1146082 1 0.4994 -0.4727 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1146083 1 0.0927 0.6763 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1146084 1 0.4941 -0.2569 0.564 0.000 0.436 0.000
#> SRR1146085 2 0.4238 0.6403 0.000 0.796 0.176 0.028
#> SRR1146086 2 0.5169 0.5526 0.000 0.696 0.272 0.032
#> SRR1146087 1 0.3401 0.5265 0.840 0.000 0.008 0.152
#> SRR1146088 2 0.7039 0.0404 0.000 0.540 0.144 0.316
#> SRR1146089 1 0.4888 -0.1684 0.588 0.000 0.412 0.000
#> SRR1146090 1 0.4977 -0.3626 0.540 0.000 0.460 0.000
#> SRR1146091 3 0.4877 0.7256 0.408 0.000 0.592 0.000
#> SRR1146092 1 0.2081 0.6244 0.916 0.000 0.000 0.084
#> SRR1146093 1 0.3591 0.4992 0.824 0.000 0.008 0.168
#> SRR1146094 1 0.2831 0.5857 0.876 0.000 0.004 0.120
#> SRR1146095 1 0.0592 0.6752 0.984 0.000 0.000 0.016
#> SRR1146096 2 0.3243 0.7098 0.000 0.876 0.088 0.036
#> SRR1146097 1 0.3088 0.5599 0.864 0.000 0.008 0.128
#> SRR1146098 1 0.2149 0.6204 0.912 0.000 0.000 0.088
#> SRR1146099 1 0.4898 -0.1597 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1146100 1 0.0524 0.6780 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1146101 2 0.2048 0.7174 0.000 0.928 0.008 0.064
#> SRR1146102 1 0.4843 -0.0635 0.604 0.000 0.396 0.000
#> SRR1146103 1 0.4543 0.2486 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.6783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.4543 0.2537 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1146106 2 0.6041 0.3899 0.000 0.608 0.332 0.060
#> SRR1146107 2 0.4867 0.5964 0.000 0.736 0.232 0.032
#> SRR1146108 2 0.5590 0.5233 0.000 0.692 0.244 0.064
#> SRR1146109 2 0.3907 0.6753 0.000 0.828 0.140 0.032
#> SRR1146110 1 0.0336 0.6763 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146111 2 0.2131 0.7226 0.000 0.932 0.032 0.036
#> SRR1146112 1 0.5712 -0.0437 0.620 0.008 0.348 0.024
#> SRR1146113 2 0.5972 0.4279 0.000 0.640 0.292 0.068
#> SRR1146114 2 0.4655 0.6171 0.000 0.760 0.208 0.032
#> SRR1146115 2 0.2565 0.7181 0.000 0.912 0.056 0.032
#> SRR1146116 2 0.5838 0.2952 0.000 0.524 0.444 0.032
#> SRR1146117 2 0.4365 0.6310 0.000 0.784 0.188 0.028
#> SRR1146118 2 0.5673 0.4198 0.000 0.596 0.372 0.032
#> SRR1146119 1 0.4222 0.3962 0.728 0.000 0.272 0.000
#> SRR1146120 2 0.4867 0.5961 0.000 0.736 0.232 0.032
#> SRR1146121 2 0.4524 0.6203 0.000 0.768 0.204 0.028
#> SRR1146122 2 0.1302 0.7190 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1146123 1 0.0376 0.6783 0.992 0.000 0.004 0.004
#> SRR1146124 1 0.3831 0.5196 0.792 0.000 0.204 0.004
#> SRR1146125 2 0.1042 0.7252 0.000 0.972 0.008 0.020
#> SRR1146126 2 0.3320 0.7006 0.000 0.876 0.068 0.056
#> SRR1146127 2 0.4638 0.6326 0.000 0.776 0.180 0.044
#> SRR1146128 1 0.0188 0.6786 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146129 1 0.4925 -0.2418 0.572 0.000 0.428 0.000
#> SRR1146130 2 0.4791 0.6411 0.000 0.784 0.136 0.080
#> SRR1146131 2 0.2300 0.7241 0.000 0.920 0.064 0.016
#> SRR1146132 1 0.5689 0.1573 0.660 0.012 0.300 0.028
#> SRR1146133 1 0.0469 0.6756 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146134 3 0.5105 0.6945 0.276 0.028 0.696 0.000
#> SRR1146135 1 0.4040 0.4508 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1146136 1 0.4086 0.4989 0.776 0.000 0.216 0.008
#> SRR1146137 2 0.7379 -0.2854 0.000 0.452 0.164 0.384
#> SRR1146138 2 0.5842 0.5187 0.000 0.704 0.128 0.168
#> SRR1146139 2 0.3948 0.6806 0.000 0.840 0.096 0.064
#> SRR1146140 1 0.1302 0.6578 0.956 0.000 0.000 0.044
#> SRR1146141 1 0.0000 0.6783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.3542 0.6851 0.000 0.852 0.120 0.028
#> SRR1146143 2 0.2816 0.7166 0.000 0.900 0.064 0.036
#> SRR1146144 2 0.2926 0.7184 0.000 0.896 0.048 0.056
#> SRR1146145 2 0.2300 0.7231 0.000 0.924 0.048 0.028
#> SRR1146146 4 0.4262 0.5724 0.000 0.236 0.008 0.756
#> SRR1146147 1 0.5285 -0.0329 0.524 0.000 0.008 0.468
#> SRR1146148 1 0.2999 0.6071 0.864 0.000 0.132 0.004
#> SRR1146149 1 0.4158 0.4558 0.768 0.000 0.008 0.224
#> SRR1146150 3 0.4972 0.6365 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1146151 3 0.6929 0.6910 0.440 0.020 0.480 0.060
#> SRR1146152 1 0.4150 0.5867 0.824 0.000 0.120 0.056
#> SRR1146153 2 0.3182 0.7004 0.000 0.876 0.028 0.096
#> SRR1146154 4 0.5024 -0.1910 0.360 0.000 0.008 0.632
#> SRR1146155 1 0.1557 0.6604 0.944 0.000 0.056 0.000
#> SRR1146156 1 0.2473 0.6277 0.908 0.000 0.012 0.080
#> SRR1146157 1 0.0707 0.6752 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146158 1 0.0188 0.6788 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146159 1 0.0779 0.6784 0.980 0.000 0.016 0.004
#> SRR1146160 1 0.0657 0.6786 0.984 0.000 0.012 0.004
#> SRR1146161 1 0.5038 0.1893 0.652 0.000 0.012 0.336
#> SRR1146162 1 0.0188 0.6776 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146163 1 0.4605 0.2071 0.664 0.000 0.336 0.000
#> SRR1146164 1 0.0524 0.6774 0.988 0.000 0.004 0.008
#> SRR1146165 1 0.0188 0.6774 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146166 2 0.5452 0.5616 0.000 0.736 0.108 0.156
#> SRR1146167 2 0.5074 0.5594 0.000 0.724 0.236 0.040
#> SRR1146168 1 0.6808 -0.0805 0.560 0.000 0.120 0.320
#> SRR1146169 2 0.1305 0.7262 0.000 0.960 0.004 0.036
#> SRR1146170 2 0.1118 0.7253 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146171 2 0.2281 0.7069 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1146172 2 0.3907 0.6703 0.000 0.836 0.044 0.120
#> SRR1146173 2 0.3801 0.5778 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146174 2 0.1209 0.7271 0.000 0.964 0.004 0.032
#> SRR1146175 2 0.2282 0.7251 0.000 0.924 0.052 0.024
#> SRR1146176 2 0.1929 0.7260 0.000 0.940 0.036 0.024
#> SRR1146177 2 0.1610 0.7259 0.000 0.952 0.016 0.032
#> SRR1146178 4 0.7609 0.5287 0.000 0.272 0.252 0.476
#> SRR1146179 2 0.2844 0.7116 0.000 0.900 0.048 0.052
#> SRR1146180 2 0.1297 0.7247 0.000 0.964 0.016 0.020
#> SRR1146181 4 0.7494 0.4331 0.000 0.352 0.188 0.460
#> SRR1146182 2 0.1833 0.7243 0.000 0.944 0.024 0.032
#> SRR1146183 2 0.2198 0.7195 0.000 0.920 0.008 0.072
#> SRR1146184 2 0.4546 0.4738 0.000 0.732 0.012 0.256
#> SRR1146185 4 0.7525 0.5672 0.000 0.276 0.232 0.492
#> SRR1146186 4 0.4898 0.4463 0.000 0.416 0.000 0.584
#> SRR1146187 2 0.7328 0.1267 0.000 0.524 0.200 0.276
#> SRR1146188 2 0.3570 0.6873 0.000 0.860 0.092 0.048
#> SRR1146189 2 0.4105 0.6426 0.000 0.812 0.032 0.156
#> SRR1146190 2 0.6555 -0.3386 0.000 0.480 0.076 0.444
#> SRR1146191 2 0.4594 0.4539 0.000 0.712 0.008 0.280
#> SRR1146192 2 0.4193 0.5087 0.000 0.732 0.000 0.268
#> SRR1146193 2 0.2197 0.7146 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR1146194 2 0.4071 0.6674 0.000 0.832 0.064 0.104
#> SRR1146195 2 0.5279 0.0638 0.000 0.588 0.012 0.400
#> SRR1146196 2 0.2081 0.7025 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146197 2 0.6425 0.2149 0.000 0.604 0.096 0.300
#> SRR1146198 2 0.4212 0.5556 0.000 0.772 0.012 0.216
#> SRR1146199 1 0.6633 -0.1114 0.500 0.000 0.084 0.416
#> SRR1146200 2 0.2256 0.7151 0.000 0.924 0.020 0.056
#> SRR1146201 2 0.5842 -0.2416 0.000 0.520 0.032 0.448
#> SRR1146202 3 0.4697 0.7686 0.356 0.000 0.644 0.000
#> SRR1146203 1 0.0524 0.6780 0.988 0.000 0.008 0.004
#> SRR1146204 1 0.4277 0.3833 0.720 0.000 0.280 0.000
#> SRR1146205 1 0.5074 0.2043 0.656 0.008 0.004 0.332
#> SRR1146206 1 0.4051 0.5056 0.784 0.004 0.208 0.004
#> SRR1146207 2 0.1807 0.7160 0.000 0.940 0.008 0.052
#> SRR1146208 1 0.2921 0.5988 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1146209 1 0.0927 0.6782 0.976 0.000 0.008 0.016
#> SRR1146210 1 0.3837 0.4977 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1146211 1 0.2266 0.6211 0.912 0.000 0.004 0.084
#> SRR1146212 1 0.1824 0.6575 0.936 0.000 0.060 0.004
#> SRR1146213 2 0.1867 0.7132 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146214 1 0.3764 0.5098 0.784 0.000 0.216 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.6783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.3616 0.6931 0.000 0.852 0.112 0.036
#> SRR1146217 1 0.6554 -0.0182 0.556 0.056 0.012 0.376
#> SRR1146218 1 0.4008 0.4619 0.756 0.000 0.244 0.000
#> SRR1146219 1 0.4040 0.4561 0.752 0.000 0.248 0.000
#> SRR1146220 1 0.4220 0.4453 0.748 0.000 0.248 0.004
#> SRR1146221 1 0.4454 0.3036 0.692 0.000 0.308 0.000
#> SRR1146222 1 0.0469 0.6755 0.988 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146223 1 0.0672 0.6787 0.984 0.000 0.008 0.008
#> SRR1146224 3 0.6509 0.7507 0.416 0.028 0.528 0.028
#> SRR1146225 1 0.2197 0.6483 0.916 0.000 0.004 0.080
#> SRR1146226 1 0.0895 0.6755 0.976 0.000 0.020 0.004
#> SRR1146227 1 0.4304 0.3721 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1146228 1 0.4679 0.1315 0.648 0.000 0.352 0.000
#> SRR1146229 1 0.3486 0.5427 0.812 0.000 0.188 0.000
#> SRR1146230 2 0.3688 0.5956 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1146231 2 0.2714 0.6836 0.000 0.884 0.004 0.112
#> SRR1146232 2 0.5035 0.6022 0.000 0.744 0.204 0.052
#> SRR1146233 1 0.0188 0.6774 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146234 1 0.3266 0.5710 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1146235 1 0.2647 0.6179 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1146236 2 0.3402 0.6637 0.000 0.832 0.004 0.164
#> SRR1146237 1 0.0336 0.6781 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146238 2 0.2976 0.6972 0.000 0.872 0.008 0.120
#> SRR1146239 1 0.3610 0.5267 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1146240 1 0.5174 0.4861 0.760 0.000 0.124 0.116
#> SRR1146241 1 0.0000 0.6783 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.3176 0.6151 0.880 0.000 0.036 0.084
#> SRR1146243 2 0.4220 0.5631 0.000 0.748 0.004 0.248
#> SRR1146244 2 0.5112 0.1783 0.000 0.608 0.008 0.384
#> SRR1146245 2 0.2704 0.6830 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146246 2 0.4769 0.4290 0.000 0.684 0.008 0.308
#> SRR1146247 2 0.2197 0.7122 0.000 0.916 0.004 0.080
#> SRR1146248 4 0.5277 0.2335 0.000 0.460 0.008 0.532
#> SRR1146249 4 0.4857 0.5239 0.000 0.324 0.008 0.668
#> SRR1146250 2 0.1913 0.7228 0.000 0.940 0.020 0.040
#> SRR1146252 1 0.1042 0.6759 0.972 0.000 0.008 0.020
#> SRR1146253 1 0.0336 0.6763 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146254 1 0.4134 0.4276 0.740 0.000 0.260 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 4 0.6398 0.08082 0.000 0.068 0.416 0.476 0.040
#> SRR1146077 5 0.4321 0.66910 0.396 0.000 0.004 0.000 0.600
#> SRR1146078 5 0.3721 0.45315 0.140 0.008 0.028 0.004 0.820
#> SRR1146079 5 0.5257 0.56559 0.468 0.000 0.036 0.004 0.492
#> SRR1146080 5 0.6922 0.39060 0.372 0.004 0.224 0.004 0.396
#> SRR1146081 5 0.4341 0.66032 0.404 0.000 0.004 0.000 0.592
#> SRR1146082 1 0.3300 0.32134 0.792 0.204 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146083 1 0.4367 -0.06944 0.580 0.000 0.004 0.000 0.416
#> SRR1146084 1 0.3051 0.38081 0.852 0.120 0.000 0.000 0.028
#> SRR1146085 4 0.4410 -0.29630 0.000 0.440 0.004 0.556 0.000
#> SRR1146086 2 0.4074 0.76983 0.000 0.636 0.000 0.364 0.000
#> SRR1146087 5 0.4354 0.67120 0.368 0.000 0.008 0.000 0.624
#> SRR1146088 4 0.8113 -0.28191 0.000 0.152 0.324 0.372 0.152
#> SRR1146089 1 0.2439 0.37840 0.876 0.120 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146090 1 0.4083 0.30198 0.744 0.228 0.000 0.000 0.028
#> SRR1146091 1 0.4166 0.13596 0.648 0.348 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146092 5 0.4350 0.64605 0.408 0.000 0.004 0.000 0.588
#> SRR1146093 5 0.4251 0.67686 0.372 0.000 0.004 0.000 0.624
#> SRR1146094 5 0.4761 0.66104 0.356 0.000 0.028 0.000 0.616
#> SRR1146095 5 0.4953 0.60101 0.440 0.000 0.028 0.000 0.532
#> SRR1146096 4 0.4443 -0.41653 0.000 0.472 0.004 0.524 0.000
#> SRR1146097 5 0.4321 0.66905 0.396 0.000 0.004 0.000 0.600
#> SRR1146098 5 0.4410 0.56978 0.440 0.000 0.004 0.000 0.556
#> SRR1146099 1 0.3608 0.36061 0.812 0.148 0.000 0.000 0.040
#> SRR1146100 1 0.4375 -0.07915 0.576 0.000 0.004 0.000 0.420
#> SRR1146101 4 0.1579 0.64328 0.000 0.024 0.032 0.944 0.000
#> SRR1146102 1 0.2208 0.40565 0.908 0.072 0.000 0.000 0.020
#> SRR1146103 1 0.0324 0.42731 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146104 1 0.4383 -0.08965 0.572 0.000 0.004 0.000 0.424
#> SRR1146105 1 0.3086 0.33263 0.816 0.180 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146106 2 0.4901 0.52706 0.000 0.716 0.116 0.168 0.000
#> SRR1146107 2 0.4446 0.74629 0.000 0.592 0.008 0.400 0.000
#> SRR1146108 2 0.5289 0.65197 0.000 0.652 0.096 0.252 0.000
#> SRR1146109 4 0.4599 -0.11097 0.000 0.384 0.016 0.600 0.000
#> SRR1146110 1 0.4420 -0.19929 0.548 0.000 0.004 0.000 0.448
#> SRR1146111 4 0.4238 -0.00499 0.000 0.368 0.004 0.628 0.000
#> SRR1146112 3 0.6704 0.16496 0.324 0.080 0.532 0.000 0.064
#> SRR1146113 2 0.5764 0.36992 0.000 0.612 0.236 0.152 0.000
#> SRR1146114 2 0.4321 0.74866 0.000 0.600 0.004 0.396 0.000
#> SRR1146115 4 0.4682 -0.02463 0.000 0.356 0.024 0.620 0.000
#> SRR1146116 2 0.3913 0.76462 0.000 0.676 0.000 0.324 0.000
#> SRR1146117 2 0.4341 0.73394 0.000 0.592 0.004 0.404 0.000
#> SRR1146118 2 0.3895 0.76388 0.000 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1146119 1 0.0451 0.42841 0.988 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146120 2 0.4321 0.75557 0.000 0.600 0.004 0.396 0.000
#> SRR1146121 2 0.4415 0.75528 0.000 0.604 0.008 0.388 0.000
#> SRR1146122 4 0.2305 0.60280 0.000 0.092 0.012 0.896 0.000
#> SRR1146123 1 0.4375 -0.09431 0.576 0.000 0.004 0.000 0.420
#> SRR1146124 1 0.4309 0.03943 0.676 0.000 0.016 0.000 0.308
#> SRR1146125 4 0.4212 0.38893 0.000 0.236 0.024 0.736 0.004
#> SRR1146126 4 0.5234 -0.45169 0.000 0.460 0.044 0.496 0.000
#> SRR1146127 2 0.4833 0.66846 0.000 0.564 0.024 0.412 0.000
#> SRR1146128 1 0.4367 -0.06799 0.580 0.000 0.004 0.000 0.416
#> SRR1146129 1 0.3115 0.38219 0.852 0.112 0.000 0.000 0.036
#> SRR1146130 4 0.5828 -0.40301 0.000 0.432 0.080 0.484 0.004
#> SRR1146131 4 0.5099 -0.06770 0.000 0.368 0.016 0.596 0.020
#> SRR1146132 1 0.4404 0.34656 0.796 0.096 0.028 0.000 0.080
#> SRR1146133 5 0.4653 0.47355 0.472 0.000 0.012 0.000 0.516
#> SRR1146134 1 0.4383 -0.03094 0.572 0.424 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146135 1 0.1282 0.42780 0.952 0.004 0.000 0.000 0.044
#> SRR1146136 1 0.5425 -0.15436 0.600 0.000 0.080 0.000 0.320
#> SRR1146137 3 0.5537 0.39466 0.000 0.112 0.624 0.264 0.000
#> SRR1146138 4 0.3689 0.60020 0.000 0.008 0.144 0.816 0.032
#> SRR1146139 4 0.5353 -0.01272 0.000 0.328 0.072 0.600 0.000
#> SRR1146140 1 0.4420 -0.17888 0.548 0.000 0.004 0.000 0.448
#> SRR1146141 1 0.4383 -0.08965 0.572 0.000 0.004 0.000 0.424
#> SRR1146142 4 0.4219 -0.18239 0.000 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1146143 4 0.4126 -0.05440 0.000 0.380 0.000 0.620 0.000
#> SRR1146144 4 0.5703 0.10547 0.000 0.244 0.140 0.616 0.000
#> SRR1146145 4 0.4283 0.06095 0.000 0.348 0.008 0.644 0.000
#> SRR1146146 4 0.5286 0.40669 0.000 0.016 0.084 0.696 0.204
#> SRR1146147 5 0.5441 0.58168 0.280 0.000 0.096 0.000 0.624
#> SRR1146148 1 0.4697 -0.17032 0.592 0.000 0.020 0.000 0.388
#> SRR1146149 1 0.5412 -0.43732 0.520 0.004 0.048 0.000 0.428
#> SRR1146150 1 0.3086 0.33501 0.816 0.180 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146151 1 0.5347 0.18544 0.684 0.144 0.168 0.000 0.004
#> SRR1146152 1 0.5498 -0.50567 0.496 0.000 0.064 0.000 0.440
#> SRR1146153 4 0.3416 0.59675 0.000 0.072 0.088 0.840 0.000
#> SRR1146154 5 0.5671 0.48531 0.212 0.004 0.072 0.032 0.680
#> SRR1146155 1 0.3333 0.30810 0.788 0.000 0.004 0.000 0.208
#> SRR1146156 1 0.4551 -0.11162 0.556 0.004 0.004 0.000 0.436
#> SRR1146157 1 0.4118 0.09915 0.660 0.000 0.004 0.000 0.336
#> SRR1146158 1 0.4210 -0.05501 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1146159 1 0.4138 -0.06097 0.616 0.000 0.000 0.000 0.384
#> SRR1146160 1 0.4225 -0.05042 0.632 0.000 0.004 0.000 0.364
#> SRR1146161 5 0.6771 0.34236 0.272 0.000 0.360 0.000 0.368
#> SRR1146162 1 0.4249 -0.12563 0.568 0.000 0.000 0.000 0.432
#> SRR1146163 1 0.0324 0.42741 0.992 0.004 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146164 1 0.4650 -0.34291 0.520 0.000 0.012 0.000 0.468
#> SRR1146165 1 0.4383 -0.08965 0.572 0.000 0.004 0.000 0.424
#> SRR1146166 4 0.4334 0.55861 0.000 0.040 0.172 0.772 0.016
#> SRR1146167 4 0.2597 0.63435 0.008 0.060 0.012 0.904 0.016
#> SRR1146168 3 0.5640 0.37358 0.260 0.020 0.644 0.000 0.076
#> SRR1146169 4 0.4262 0.22398 0.000 0.288 0.012 0.696 0.004
#> SRR1146170 4 0.2685 0.59330 0.000 0.092 0.028 0.880 0.000
#> SRR1146171 4 0.1412 0.63910 0.000 0.036 0.004 0.952 0.008
#> SRR1146172 4 0.3370 0.59574 0.000 0.028 0.148 0.824 0.000
#> SRR1146173 4 0.1617 0.64161 0.000 0.020 0.012 0.948 0.020
#> SRR1146174 4 0.4162 0.45926 0.000 0.176 0.056 0.768 0.000
#> SRR1146175 4 0.4288 -0.04030 0.000 0.384 0.004 0.612 0.000
#> SRR1146176 4 0.3949 0.25049 0.000 0.300 0.004 0.696 0.000
#> SRR1146177 4 0.4166 0.08160 0.000 0.348 0.000 0.648 0.004
#> SRR1146178 4 0.5747 0.16929 0.000 0.008 0.336 0.576 0.080
#> SRR1146179 4 0.5030 -0.01178 0.000 0.352 0.044 0.604 0.000
#> SRR1146180 4 0.1357 0.63640 0.000 0.048 0.000 0.948 0.004
#> SRR1146181 3 0.6083 0.46070 0.000 0.136 0.644 0.188 0.032
#> SRR1146182 4 0.2629 0.56708 0.000 0.136 0.000 0.860 0.004
#> SRR1146183 4 0.2554 0.63502 0.000 0.036 0.072 0.892 0.000
#> SRR1146184 4 0.2673 0.63087 0.000 0.016 0.076 0.892 0.016
#> SRR1146185 4 0.5840 0.33636 0.000 0.028 0.240 0.644 0.088
#> SRR1146186 4 0.4160 0.55127 0.000 0.016 0.068 0.804 0.112
#> SRR1146187 3 0.5172 0.13795 0.000 0.032 0.580 0.380 0.008
#> SRR1146188 4 0.3348 0.61321 0.000 0.068 0.032 0.864 0.036
#> SRR1146189 4 0.3354 0.60152 0.000 0.068 0.088 0.844 0.000
#> SRR1146190 4 0.3511 0.59610 0.000 0.012 0.072 0.848 0.068
#> SRR1146191 4 0.1997 0.63696 0.000 0.016 0.024 0.932 0.028
#> SRR1146192 4 0.1306 0.64239 0.000 0.016 0.008 0.960 0.016
#> SRR1146193 4 0.1651 0.63916 0.000 0.036 0.008 0.944 0.012
#> SRR1146194 4 0.2943 0.63383 0.000 0.036 0.036 0.888 0.040
#> SRR1146195 4 0.3067 0.61224 0.000 0.016 0.040 0.876 0.068
#> SRR1146196 4 0.0162 0.64400 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1146197 4 0.5627 0.11259 0.000 0.084 0.368 0.548 0.000
#> SRR1146198 4 0.1483 0.64408 0.000 0.008 0.028 0.952 0.012
#> SRR1146199 5 0.5602 0.57159 0.288 0.008 0.084 0.000 0.620
#> SRR1146200 4 0.3730 0.58779 0.000 0.104 0.048 0.832 0.016
#> SRR1146201 4 0.6070 0.37132 0.000 0.048 0.188 0.656 0.108
#> SRR1146202 1 0.5449 0.01383 0.600 0.328 0.068 0.000 0.004
#> SRR1146203 1 0.4331 -0.03554 0.596 0.000 0.004 0.000 0.400
#> SRR1146204 1 0.1648 0.41871 0.940 0.040 0.000 0.000 0.020
#> SRR1146205 1 0.6599 -0.47727 0.436 0.000 0.220 0.000 0.344
#> SRR1146206 1 0.2464 0.40770 0.888 0.016 0.000 0.000 0.096
#> SRR1146207 4 0.1186 0.64257 0.000 0.020 0.008 0.964 0.008
#> SRR1146208 1 0.2228 0.40960 0.900 0.004 0.004 0.000 0.092
#> SRR1146209 1 0.4565 -0.23259 0.580 0.000 0.012 0.000 0.408
#> SRR1146210 1 0.1478 0.41868 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1146211 5 0.4547 0.66191 0.400 0.000 0.012 0.000 0.588
#> SRR1146212 1 0.4134 0.17387 0.704 0.008 0.004 0.000 0.284
#> SRR1146213 4 0.0404 0.64372 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146214 1 0.1197 0.42561 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1146215 1 0.4375 -0.07948 0.576 0.000 0.004 0.000 0.420
#> SRR1146216 2 0.4302 0.54012 0.000 0.520 0.000 0.480 0.000
#> SRR1146217 4 0.7313 -0.30604 0.316 0.012 0.008 0.392 0.272
#> SRR1146218 1 0.1341 0.42369 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1146219 1 0.1410 0.42019 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1146220 1 0.2522 0.40135 0.896 0.000 0.052 0.000 0.052
#> SRR1146221 1 0.0162 0.42812 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.4403 -0.12607 0.560 0.000 0.004 0.000 0.436
#> SRR1146223 1 0.4825 -0.26275 0.568 0.000 0.024 0.000 0.408
#> SRR1146224 1 0.4337 0.23728 0.696 0.284 0.016 0.000 0.004
#> SRR1146225 5 0.5048 0.55517 0.476 0.000 0.032 0.000 0.492
#> SRR1146226 1 0.4383 -0.08965 0.572 0.000 0.004 0.000 0.424
#> SRR1146227 1 0.0162 0.42808 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146228 1 0.1430 0.40884 0.944 0.052 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146229 1 0.1704 0.41802 0.928 0.000 0.004 0.000 0.068
#> SRR1146230 4 0.1195 0.64314 0.000 0.012 0.000 0.960 0.028
#> SRR1146231 4 0.0162 0.64368 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1146232 2 0.5124 0.70184 0.000 0.644 0.068 0.288 0.000
#> SRR1146233 1 0.4397 -0.12086 0.564 0.000 0.004 0.000 0.432
#> SRR1146234 1 0.2773 0.35452 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1146235 1 0.3990 0.07288 0.688 0.000 0.004 0.000 0.308
#> SRR1146236 4 0.0865 0.64405 0.000 0.004 0.000 0.972 0.024
#> SRR1146237 1 0.4350 -0.05004 0.588 0.000 0.004 0.000 0.408
#> SRR1146238 4 0.1682 0.63709 0.000 0.044 0.004 0.940 0.012
#> SRR1146239 1 0.1671 0.41732 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1146240 1 0.4957 -0.07898 0.624 0.000 0.044 0.000 0.332
#> SRR1146241 1 0.4367 -0.06799 0.580 0.000 0.004 0.000 0.416
#> SRR1146242 1 0.4415 -0.15802 0.552 0.000 0.004 0.000 0.444
#> SRR1146243 4 0.1393 0.64161 0.000 0.012 0.008 0.956 0.024
#> SRR1146244 4 0.2332 0.62070 0.000 0.016 0.004 0.904 0.076
#> SRR1146245 4 0.0162 0.64368 0.000 0.000 0.004 0.996 0.000
#> SRR1146246 4 0.2248 0.61680 0.000 0.012 0.000 0.900 0.088
#> SRR1146247 4 0.0992 0.64219 0.000 0.024 0.000 0.968 0.008
#> SRR1146248 4 0.3599 0.55665 0.000 0.016 0.024 0.828 0.132
#> SRR1146249 4 0.4461 0.50788 0.000 0.016 0.064 0.776 0.144
#> SRR1146250 4 0.2124 0.60229 0.000 0.096 0.000 0.900 0.004
#> SRR1146252 1 0.4856 -0.18932 0.584 0.000 0.028 0.000 0.388
#> SRR1146253 1 0.4397 -0.12086 0.564 0.000 0.004 0.000 0.432
#> SRR1146254 1 0.0963 0.42651 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 2 0.7288 0.00530 0.000 0.460 0.024 0.280 0.132 0.104
#> SRR1146077 1 0.3563 -0.17100 0.664 0.000 0.000 0.000 0.336 0.000
#> SRR1146078 5 0.4990 0.66909 0.452 0.000 0.000 0.000 0.480 0.068
#> SRR1146079 1 0.4381 0.14836 0.692 0.000 0.020 0.020 0.264 0.004
#> SRR1146080 1 0.6406 -0.34552 0.504 0.000 0.036 0.348 0.076 0.036
#> SRR1146081 1 0.3665 0.02355 0.696 0.000 0.004 0.004 0.296 0.000
#> SRR1146082 3 0.3390 0.76088 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.1078 0.57927 0.964 0.000 0.012 0.000 0.016 0.008
#> SRR1146084 3 0.3728 0.72291 0.344 0.000 0.652 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.3501 0.41874 0.000 0.832 0.104 0.016 0.012 0.036
#> SRR1146086 2 0.4520 0.28880 0.000 0.660 0.296 0.028 0.012 0.004
#> SRR1146087 1 0.4074 -0.16380 0.656 0.000 0.004 0.000 0.324 0.016
#> SRR1146088 4 0.7252 0.36546 0.000 0.240 0.000 0.412 0.228 0.120
#> SRR1146089 3 0.3737 0.64535 0.392 0.000 0.608 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.3724 0.76493 0.268 0.000 0.716 0.004 0.012 0.000
#> SRR1146091 3 0.2257 0.63517 0.116 0.000 0.876 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146092 1 0.3198 0.12942 0.740 0.000 0.000 0.000 0.260 0.000
#> SRR1146093 1 0.3795 -0.27555 0.632 0.000 0.000 0.000 0.364 0.004
#> SRR1146094 1 0.3703 -0.05628 0.688 0.000 0.000 0.004 0.304 0.004
#> SRR1146095 1 0.3608 0.14193 0.716 0.000 0.000 0.012 0.272 0.000
#> SRR1146096 2 0.3847 0.43271 0.000 0.812 0.088 0.020 0.008 0.072
#> SRR1146097 1 0.3464 -0.07569 0.688 0.000 0.000 0.000 0.312 0.000
#> SRR1146098 1 0.2996 0.23699 0.772 0.000 0.000 0.000 0.228 0.000
#> SRR1146099 3 0.4517 0.61390 0.412 0.000 0.560 0.012 0.016 0.000
#> SRR1146100 1 0.0603 0.58566 0.980 0.000 0.016 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146101 2 0.4709 -0.49652 0.000 0.540 0.000 0.048 0.000 0.412
#> SRR1146102 3 0.3843 0.49740 0.452 0.000 0.548 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.3937 -0.15683 0.572 0.000 0.424 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0146 0.58213 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.4135 -0.12228 0.584 0.000 0.404 0.004 0.008 0.000
#> SRR1146106 2 0.6232 -0.13531 0.000 0.408 0.336 0.248 0.008 0.000
#> SRR1146107 2 0.5533 0.21459 0.000 0.572 0.340 0.032 0.016 0.040
#> SRR1146108 2 0.5495 0.23831 0.000 0.588 0.152 0.252 0.008 0.000
#> SRR1146109 2 0.3464 0.41747 0.000 0.832 0.100 0.012 0.008 0.048
#> SRR1146110 1 0.1082 0.55813 0.956 0.000 0.004 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146111 2 0.1586 0.42636 0.000 0.940 0.012 0.004 0.004 0.040
#> SRR1146112 4 0.5183 -0.10020 0.264 0.004 0.056 0.644 0.032 0.000
#> SRR1146113 4 0.5767 0.28354 0.000 0.328 0.152 0.512 0.008 0.000
#> SRR1146114 2 0.4638 0.38629 0.000 0.720 0.208 0.024 0.020 0.028
#> SRR1146115 2 0.1711 0.42565 0.000 0.936 0.008 0.008 0.008 0.040
#> SRR1146116 2 0.5867 0.12266 0.000 0.536 0.356 0.048 0.016 0.044
#> SRR1146117 2 0.4794 0.29167 0.000 0.640 0.308 0.016 0.016 0.020
#> SRR1146118 2 0.5909 0.19519 0.000 0.584 0.292 0.036 0.024 0.064
#> SRR1146119 1 0.4002 -0.07072 0.588 0.000 0.404 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146120 2 0.4240 0.33081 0.000 0.680 0.288 0.020 0.008 0.004
#> SRR1146121 2 0.5505 0.15357 0.000 0.540 0.380 0.028 0.016 0.036
#> SRR1146122 2 0.3136 0.12426 0.000 0.768 0.000 0.000 0.004 0.228
#> SRR1146123 1 0.0260 0.57655 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146124 1 0.2956 0.57497 0.856 0.000 0.100 0.028 0.016 0.000
#> SRR1146125 2 0.3508 0.32819 0.000 0.800 0.000 0.068 0.000 0.132
#> SRR1146126 2 0.3897 0.43950 0.000 0.796 0.072 0.116 0.008 0.008
#> SRR1146127 2 0.4233 0.43016 0.000 0.768 0.104 0.112 0.004 0.012
#> SRR1146128 1 0.0717 0.58432 0.976 0.000 0.016 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146129 3 0.3482 0.74451 0.316 0.000 0.684 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.3951 0.42286 0.000 0.792 0.040 0.140 0.012 0.016
#> SRR1146131 2 0.3986 0.40349 0.000 0.772 0.012 0.016 0.024 0.176
#> SRR1146132 1 0.4730 -0.09370 0.580 0.000 0.376 0.036 0.004 0.004
#> SRR1146133 1 0.4110 0.38037 0.744 0.000 0.068 0.000 0.184 0.004
#> SRR1146134 3 0.2467 0.60472 0.100 0.004 0.880 0.008 0.008 0.000
#> SRR1146135 1 0.3706 -0.00699 0.620 0.000 0.380 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.4861 0.33144 0.684 0.000 0.064 0.224 0.028 0.000
#> SRR1146137 4 0.3261 0.54031 0.000 0.104 0.000 0.824 0.000 0.072
#> SRR1146138 2 0.5253 -0.21975 0.000 0.620 0.008 0.048 0.028 0.296
#> SRR1146139 2 0.2100 0.43490 0.000 0.884 0.000 0.112 0.000 0.004
#> SRR1146140 1 0.1285 0.54825 0.944 0.000 0.000 0.000 0.052 0.004
#> SRR1146141 1 0.0146 0.57845 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146142 2 0.1893 0.44233 0.000 0.928 0.036 0.008 0.004 0.024
#> SRR1146143 2 0.0810 0.44070 0.000 0.976 0.008 0.004 0.004 0.008
#> SRR1146144 2 0.2489 0.42484 0.000 0.860 0.000 0.128 0.000 0.012
#> SRR1146145 2 0.0665 0.44266 0.000 0.980 0.008 0.008 0.000 0.004
#> SRR1146146 6 0.4254 0.66666 0.000 0.352 0.000 0.004 0.020 0.624
#> SRR1146147 1 0.4912 -0.46222 0.564 0.000 0.000 0.028 0.384 0.024
#> SRR1146148 1 0.2812 0.54993 0.872 0.000 0.040 0.016 0.072 0.000
#> SRR1146149 1 0.4957 0.27074 0.716 0.000 0.020 0.084 0.164 0.016
#> SRR1146150 3 0.3161 0.75520 0.216 0.000 0.776 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146151 3 0.5156 0.64305 0.164 0.000 0.620 0.216 0.000 0.000
#> SRR1146152 1 0.5672 -0.05025 0.624 0.000 0.032 0.124 0.216 0.004
#> SRR1146153 2 0.5592 0.13134 0.000 0.632 0.000 0.124 0.040 0.204
#> SRR1146154 5 0.6521 0.70238 0.344 0.000 0.000 0.028 0.404 0.224
#> SRR1146155 1 0.2191 0.56593 0.876 0.000 0.120 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146156 1 0.5082 0.06994 0.688 0.000 0.036 0.000 0.096 0.180
#> SRR1146157 1 0.1610 0.58533 0.916 0.000 0.084 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0713 0.58760 0.972 0.000 0.028 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.1196 0.59043 0.952 0.000 0.040 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146160 1 0.1649 0.58137 0.936 0.000 0.040 0.008 0.016 0.000
#> SRR1146161 1 0.5916 -0.40608 0.476 0.000 0.028 0.408 0.080 0.008
#> SRR1146162 1 0.1088 0.58440 0.960 0.000 0.024 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146163 1 0.3955 -0.18397 0.560 0.000 0.436 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.2738 0.40103 0.820 0.000 0.000 0.004 0.176 0.000
#> SRR1146165 1 0.0653 0.58151 0.980 0.000 0.012 0.000 0.004 0.004
#> SRR1146166 2 0.6760 0.14499 0.000 0.508 0.004 0.096 0.136 0.256
#> SRR1146167 6 0.6265 0.55205 0.000 0.352 0.176 0.000 0.024 0.448
#> SRR1146168 4 0.4804 0.05181 0.192 0.000 0.048 0.708 0.052 0.000
#> SRR1146169 2 0.2213 0.37339 0.000 0.888 0.004 0.008 0.000 0.100
#> SRR1146170 2 0.3534 0.08293 0.000 0.740 0.000 0.016 0.000 0.244
#> SRR1146171 2 0.4004 -0.16881 0.000 0.620 0.000 0.000 0.012 0.368
#> SRR1146172 6 0.5819 0.55213 0.000 0.396 0.000 0.184 0.000 0.420
#> SRR1146173 6 0.3989 0.61458 0.000 0.468 0.000 0.000 0.004 0.528
#> SRR1146174 2 0.3292 0.40286 0.000 0.824 0.000 0.052 0.004 0.120
#> SRR1146175 2 0.1121 0.43839 0.000 0.964 0.008 0.008 0.004 0.016
#> SRR1146176 2 0.2741 0.43348 0.000 0.868 0.000 0.032 0.008 0.092
#> SRR1146177 2 0.1464 0.44592 0.000 0.944 0.000 0.004 0.016 0.036
#> SRR1146178 6 0.7039 0.49597 0.000 0.272 0.028 0.140 0.068 0.492
#> SRR1146179 2 0.2848 0.43221 0.000 0.828 0.000 0.160 0.004 0.008
#> SRR1146180 2 0.3782 -0.27594 0.000 0.636 0.000 0.000 0.004 0.360
#> SRR1146181 4 0.2995 0.52107 0.000 0.048 0.004 0.864 0.012 0.072
#> SRR1146182 2 0.3390 0.32723 0.000 0.780 0.000 0.008 0.012 0.200
#> SRR1146183 2 0.5458 -0.53773 0.000 0.480 0.000 0.124 0.000 0.396
#> SRR1146184 2 0.5624 -0.46758 0.000 0.500 0.000 0.108 0.012 0.380
#> SRR1146185 6 0.6404 0.59364 0.000 0.396 0.036 0.064 0.040 0.464
#> SRR1146186 6 0.4619 0.60359 0.000 0.468 0.004 0.008 0.016 0.504
#> SRR1146187 4 0.5982 0.05806 0.000 0.340 0.000 0.496 0.020 0.144
#> SRR1146188 2 0.4621 0.27522 0.000 0.748 0.020 0.012 0.084 0.136
#> SRR1146189 2 0.5870 -0.58236 0.000 0.424 0.004 0.168 0.000 0.404
#> SRR1146190 2 0.4403 -0.57950 0.000 0.508 0.000 0.024 0.000 0.468
#> SRR1146191 6 0.3857 0.62407 0.000 0.468 0.000 0.000 0.000 0.532
#> SRR1146192 2 0.3833 -0.47989 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1146193 2 0.4012 -0.14685 0.000 0.640 0.000 0.000 0.016 0.344
#> SRR1146194 2 0.6093 0.02323 0.000 0.508 0.004 0.020 0.148 0.320
#> SRR1146195 2 0.4083 -0.53543 0.000 0.532 0.000 0.000 0.008 0.460
#> SRR1146196 2 0.3774 -0.39905 0.000 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1146197 4 0.5719 -0.00972 0.000 0.232 0.000 0.520 0.000 0.248
#> SRR1146198 6 0.4473 0.60549 0.000 0.484 0.000 0.028 0.000 0.488
#> SRR1146199 1 0.5761 -0.49045 0.528 0.000 0.008 0.060 0.368 0.036
#> SRR1146200 2 0.5285 0.26616 0.000 0.660 0.004 0.036 0.076 0.224
#> SRR1146201 6 0.6209 0.53015 0.000 0.336 0.000 0.240 0.008 0.416
#> SRR1146202 3 0.5011 0.68998 0.180 0.000 0.644 0.176 0.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.0692 0.58538 0.976 0.000 0.020 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146204 1 0.4381 -0.30265 0.524 0.000 0.456 0.004 0.000 0.016
#> SRR1146205 1 0.4494 0.36166 0.732 0.000 0.012 0.176 0.076 0.004
#> SRR1146206 1 0.4093 -0.15088 0.584 0.000 0.404 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146207 2 0.3874 -0.27349 0.000 0.636 0.000 0.000 0.008 0.356
#> SRR1146208 1 0.4089 0.02318 0.632 0.000 0.352 0.000 0.004 0.012
#> SRR1146209 1 0.2679 0.52324 0.868 0.000 0.032 0.004 0.096 0.000
#> SRR1146210 1 0.3627 0.39605 0.740 0.000 0.244 0.004 0.008 0.004
#> SRR1146211 1 0.4294 -0.14874 0.672 0.000 0.000 0.000 0.280 0.048
#> SRR1146212 1 0.3163 0.42281 0.764 0.000 0.232 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146213 2 0.3810 -0.44817 0.000 0.572 0.000 0.000 0.000 0.428
#> SRR1146214 1 0.3772 0.19482 0.672 0.000 0.320 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146215 1 0.1672 0.57412 0.940 0.000 0.016 0.004 0.012 0.028
#> SRR1146216 2 0.2468 0.44991 0.000 0.884 0.092 0.004 0.008 0.012
#> SRR1146217 6 0.6335 0.15277 0.152 0.088 0.028 0.000 0.108 0.624
#> SRR1146218 1 0.4033 -0.12646 0.588 0.000 0.404 0.000 0.004 0.004
#> SRR1146219 1 0.3684 0.15362 0.664 0.000 0.332 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146220 1 0.4838 0.20691 0.644 0.000 0.276 0.072 0.008 0.000
#> SRR1146221 1 0.3915 -0.11096 0.584 0.000 0.412 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.1857 0.55845 0.928 0.000 0.012 0.000 0.028 0.032
#> SRR1146223 1 0.3033 0.51150 0.848 0.000 0.032 0.012 0.108 0.000
#> SRR1146224 3 0.5556 0.64875 0.328 0.004 0.544 0.120 0.004 0.000
#> SRR1146225 1 0.4363 0.19757 0.708 0.000 0.012 0.036 0.240 0.004
#> SRR1146226 1 0.0622 0.58186 0.980 0.000 0.012 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146227 1 0.4070 -0.14348 0.568 0.000 0.424 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146228 1 0.3937 -0.15683 0.572 0.000 0.424 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.3819 -0.01528 0.624 0.000 0.372 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146230 6 0.3868 0.59502 0.000 0.492 0.000 0.000 0.000 0.508
#> SRR1146231 2 0.3862 -0.54794 0.000 0.524 0.000 0.000 0.000 0.476
#> SRR1146232 2 0.5433 0.27373 0.000 0.608 0.208 0.176 0.008 0.000
#> SRR1146233 1 0.0622 0.57751 0.980 0.000 0.008 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146234 1 0.2646 0.56109 0.852 0.000 0.136 0.004 0.004 0.004
#> SRR1146235 1 0.2295 0.58404 0.900 0.000 0.072 0.008 0.016 0.004
#> SRR1146236 2 0.3833 -0.48041 0.000 0.556 0.000 0.000 0.000 0.444
#> SRR1146237 1 0.0458 0.58581 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.3925 0.00143 0.000 0.656 0.000 0.004 0.008 0.332
#> SRR1146239 1 0.3607 0.08353 0.652 0.000 0.348 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.5498 0.30194 0.696 0.000 0.044 0.152 0.072 0.036
#> SRR1146241 1 0.0458 0.58736 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.1807 0.55684 0.920 0.000 0.020 0.000 0.060 0.000
#> SRR1146243 2 0.3851 -0.51688 0.000 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1146244 6 0.4178 0.67198 0.000 0.428 0.000 0.004 0.008 0.560
#> SRR1146245 2 0.3797 -0.43155 0.000 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1146246 6 0.3872 0.67657 0.000 0.392 0.000 0.000 0.004 0.604
#> SRR1146247 2 0.3819 -0.31909 0.000 0.624 0.000 0.000 0.004 0.372
#> SRR1146248 6 0.4991 0.66279 0.000 0.404 0.000 0.000 0.072 0.524
#> SRR1146249 6 0.4423 0.67024 0.000 0.420 0.000 0.000 0.028 0.552
#> SRR1146250 2 0.3547 -0.09625 0.000 0.696 0.000 0.000 0.004 0.300
#> SRR1146252 1 0.2704 0.54231 0.876 0.000 0.036 0.012 0.076 0.000
#> SRR1146253 1 0.1015 0.57917 0.968 0.000 0.012 0.004 0.012 0.004
#> SRR1146254 1 0.4223 0.11586 0.632 0.000 0.348 0.008 0.008 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "hclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:hclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'hclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 0.541 0.822 0.915 0.4856 0.502 0.502
#> 3 3 0.556 0.782 0.850 0.2840 0.837 0.682
#> 4 4 0.740 0.818 0.884 0.1031 0.967 0.909
#> 5 5 0.733 0.744 0.820 0.0946 0.913 0.739
#> 6 6 0.791 0.798 0.876 0.0691 0.919 0.684
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.4431 0.8579 0.092 0.908
#> SRR1146077 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.3274 0.9078 0.940 0.060
#> SRR1146080 1 0.0672 0.9169 0.992 0.008
#> SRR1146081 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146082 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146083 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146084 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146085 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.5178 0.8469 0.116 0.884
#> SRR1146089 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146090 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146091 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146092 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146099 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146100 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.1184 0.8917 0.016 0.984
#> SRR1146102 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146103 2 0.7602 0.7377 0.220 0.780
#> SRR1146104 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146105 2 0.6712 0.7956 0.176 0.824
#> SRR1146106 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.4815 0.8798 0.896 0.104
#> SRR1146113 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.5178 0.8685 0.884 0.116
#> SRR1146120 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.0938 0.8919 0.012 0.988
#> SRR1146123 1 0.3584 0.9046 0.932 0.068
#> SRR1146124 1 0.4022 0.8983 0.920 0.080
#> SRR1146125 2 0.1184 0.8922 0.016 0.984
#> SRR1146126 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146127 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.3584 0.9046 0.932 0.068
#> SRR1146129 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146130 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146131 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146132 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146133 1 0.4161 0.8960 0.916 0.084
#> SRR1146134 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146135 1 0.4939 0.8762 0.892 0.108
#> SRR1146136 1 0.4022 0.8983 0.920 0.080
#> SRR1146137 2 0.4815 0.8527 0.104 0.896
#> SRR1146138 2 0.1184 0.8917 0.016 0.984
#> SRR1146139 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146144 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146145 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146146 1 0.9988 -0.0387 0.520 0.480
#> SRR1146147 1 0.2043 0.9137 0.968 0.032
#> SRR1146148 1 0.3584 0.9046 0.932 0.068
#> SRR1146149 1 0.3274 0.9078 0.940 0.060
#> SRR1146150 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146151 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146152 1 0.3584 0.9046 0.932 0.068
#> SRR1146153 2 0.1184 0.8917 0.016 0.984
#> SRR1146154 1 0.2043 0.9137 0.968 0.032
#> SRR1146155 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.3584 0.9046 0.932 0.068
#> SRR1146158 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.3274 0.9078 0.940 0.060
#> SRR1146160 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.2043 0.9137 0.968 0.032
#> SRR1146162 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146163 2 0.6712 0.7956 0.176 0.824
#> SRR1146164 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.1184 0.8917 0.016 0.984
#> SRR1146167 2 0.2236 0.8883 0.036 0.964
#> SRR1146168 1 0.2043 0.9137 0.968 0.032
#> SRR1146169 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146170 2 0.1184 0.8917 0.016 0.984
#> SRR1146171 2 0.1414 0.8915 0.020 0.980
#> SRR1146172 2 0.1414 0.8915 0.020 0.980
#> SRR1146173 1 0.9998 -0.0858 0.508 0.492
#> SRR1146174 2 0.1184 0.8917 0.016 0.984
#> SRR1146175 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146176 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146177 2 0.0938 0.8919 0.012 0.988
#> SRR1146178 2 0.1633 0.8908 0.024 0.976
#> SRR1146179 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146181 2 0.4939 0.8503 0.108 0.892
#> SRR1146182 2 0.1414 0.8915 0.020 0.980
#> SRR1146183 2 0.1414 0.8915 0.020 0.980
#> SRR1146184 2 0.5294 0.8446 0.120 0.880
#> SRR1146185 2 0.5294 0.8446 0.120 0.880
#> SRR1146186 1 0.9988 -0.0387 0.520 0.480
#> SRR1146187 2 0.0938 0.8919 0.012 0.988
#> SRR1146188 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146189 2 0.1184 0.8917 0.016 0.984
#> SRR1146190 2 0.8555 0.6442 0.280 0.720
#> SRR1146191 2 0.9988 0.1588 0.480 0.520
#> SRR1146192 2 0.8555 0.6442 0.280 0.720
#> SRR1146193 2 0.1414 0.8915 0.020 0.980
#> SRR1146194 2 0.4690 0.8541 0.100 0.900
#> SRR1146195 2 0.8555 0.6442 0.280 0.720
#> SRR1146196 2 0.4690 0.8553 0.100 0.900
#> SRR1146197 2 0.4431 0.8610 0.092 0.908
#> SRR1146198 2 0.9686 0.4116 0.396 0.604
#> SRR1146199 1 0.2043 0.9137 0.968 0.032
#> SRR1146200 2 0.4562 0.8567 0.096 0.904
#> SRR1146201 2 0.5294 0.8446 0.120 0.880
#> SRR1146202 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146203 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.5178 0.8685 0.884 0.116
#> SRR1146205 1 0.4022 0.8986 0.920 0.080
#> SRR1146206 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146207 2 0.1414 0.8915 0.020 0.980
#> SRR1146208 1 0.3584 0.9017 0.932 0.068
#> SRR1146209 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146212 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146213 2 0.1184 0.8922 0.016 0.984
#> SRR1146214 1 0.5178 0.8685 0.884 0.116
#> SRR1146215 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146217 1 0.4690 0.8834 0.900 0.100
#> SRR1146218 1 0.5737 0.8455 0.864 0.136
#> SRR1146219 1 0.4939 0.8762 0.892 0.108
#> SRR1146220 1 0.4022 0.8983 0.920 0.080
#> SRR1146221 1 0.5737 0.8455 0.864 0.136
#> SRR1146222 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146224 2 0.6343 0.8128 0.160 0.840
#> SRR1146225 1 0.3274 0.9078 0.940 0.060
#> SRR1146226 1 0.3584 0.9046 0.932 0.068
#> SRR1146227 1 0.4690 0.8834 0.900 0.100
#> SRR1146228 2 0.6712 0.7956 0.176 0.824
#> SRR1146229 1 0.3584 0.9017 0.932 0.068
#> SRR1146230 2 0.9933 0.2574 0.452 0.548
#> SRR1146231 2 0.9933 0.2387 0.452 0.548
#> SRR1146232 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.1184 0.9160 0.984 0.016
#> SRR1146235 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.9933 0.2574 0.452 0.548
#> SRR1146237 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.2236 0.8883 0.036 0.964
#> SRR1146239 1 0.4431 0.8894 0.908 0.092
#> SRR1146240 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.3584 0.9046 0.932 0.068
#> SRR1146243 2 0.9933 0.2574 0.452 0.548
#> SRR1146244 2 0.9933 0.2574 0.452 0.548
#> SRR1146245 2 0.5946 0.8194 0.144 0.856
#> SRR1146246 1 0.9998 -0.0858 0.508 0.492
#> SRR1146247 2 0.9686 0.4116 0.396 0.604
#> SRR1146248 1 0.9988 -0.0387 0.520 0.480
#> SRR1146249 1 0.9988 -0.0387 0.520 0.480
#> SRR1146250 2 0.0000 0.8915 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.9174 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.5059 0.8725 0.888 0.112
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.4589 0.774 0.008 0.820 0.172
#> SRR1146077 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.4733 0.836 0.800 0.004 0.196
#> SRR1146080 1 0.1015 0.874 0.980 0.008 0.012
#> SRR1146081 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146083 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146085 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146086 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146087 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.5109 0.735 0.008 0.780 0.212
#> SRR1146089 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146090 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146091 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146092 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.2448 0.847 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146097 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146100 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.2625 0.836 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146102 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146103 3 0.5471 0.668 0.060 0.128 0.812
#> SRR1146104 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.4209 0.698 0.016 0.128 0.856
#> SRR1146106 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146107 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146108 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146109 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146110 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146112 1 0.5216 0.784 0.740 0.000 0.260
#> SRR1146113 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146114 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146115 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146116 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146117 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146118 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146119 1 0.5254 0.783 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146120 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146121 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146122 2 0.2625 0.836 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146123 1 0.4504 0.838 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146124 1 0.4796 0.824 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146125 2 0.2878 0.830 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146126 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146127 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146128 1 0.4504 0.838 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146129 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146130 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146131 2 0.2448 0.847 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146132 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146133 1 0.5115 0.814 0.768 0.004 0.228
#> SRR1146134 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146135 1 0.5098 0.800 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146136 1 0.4796 0.824 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146137 2 0.4963 0.750 0.008 0.792 0.200
#> SRR1146138 2 0.2625 0.836 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146139 2 0.2356 0.845 0.000 0.928 0.072
#> SRR1146140 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146143 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146144 2 0.2356 0.845 0.000 0.928 0.072
#> SRR1146145 2 0.1163 0.846 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146146 3 0.9633 0.509 0.300 0.236 0.464
#> SRR1146147 1 0.4473 0.843 0.828 0.008 0.164
#> SRR1146148 1 0.4555 0.836 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146149 1 0.4504 0.838 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146150 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146151 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146152 1 0.4555 0.836 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146153 2 0.2625 0.836 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146154 1 0.4531 0.841 0.824 0.008 0.168
#> SRR1146155 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.4605 0.834 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146158 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.4555 0.836 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146160 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.4473 0.843 0.828 0.008 0.164
#> SRR1146162 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.4209 0.698 0.016 0.128 0.856
#> SRR1146164 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.2625 0.836 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146167 2 0.4504 0.735 0.000 0.804 0.196
#> SRR1146168 1 0.4473 0.843 0.828 0.008 0.164
#> SRR1146169 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146170 2 0.2625 0.836 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146171 2 0.3192 0.821 0.000 0.888 0.112
#> SRR1146172 2 0.3192 0.821 0.000 0.888 0.112
#> SRR1146173 3 0.9671 0.518 0.292 0.248 0.460
#> SRR1146174 2 0.2261 0.840 0.000 0.932 0.068
#> SRR1146175 2 0.2448 0.847 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146176 2 0.2448 0.847 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146177 2 0.1411 0.847 0.000 0.964 0.036
#> SRR1146178 2 0.3340 0.814 0.000 0.880 0.120
#> SRR1146179 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146180 2 0.2448 0.847 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146181 2 0.5122 0.745 0.012 0.788 0.200
#> SRR1146182 2 0.2711 0.834 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146183 2 0.3192 0.821 0.000 0.888 0.112
#> SRR1146184 2 0.5450 0.711 0.012 0.760 0.228
#> SRR1146185 2 0.5450 0.711 0.012 0.760 0.228
#> SRR1146186 3 0.9633 0.509 0.300 0.236 0.464
#> SRR1146187 2 0.2959 0.829 0.000 0.900 0.100
#> SRR1146188 2 0.1163 0.846 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146189 2 0.2625 0.836 0.000 0.916 0.084
#> SRR1146190 2 0.8622 0.271 0.132 0.572 0.296
#> SRR1146191 3 0.9806 0.489 0.292 0.276 0.432
#> SRR1146192 2 0.8622 0.271 0.132 0.572 0.296
#> SRR1146193 2 0.2711 0.834 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146194 2 0.4808 0.761 0.008 0.804 0.188
#> SRR1146195 2 0.8668 0.248 0.132 0.564 0.304
#> SRR1146196 2 0.4808 0.761 0.008 0.804 0.188
#> SRR1146197 2 0.4805 0.768 0.012 0.812 0.176
#> SRR1146198 3 0.9840 0.399 0.248 0.364 0.388
#> SRR1146199 1 0.4473 0.843 0.828 0.008 0.164
#> SRR1146200 2 0.4755 0.764 0.008 0.808 0.184
#> SRR1146201 2 0.5450 0.711 0.012 0.760 0.228
#> SRR1146202 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146203 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.5216 0.788 0.740 0.000 0.260
#> SRR1146205 1 0.5158 0.808 0.764 0.004 0.232
#> SRR1146206 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146207 2 0.3192 0.821 0.000 0.888 0.112
#> SRR1146208 1 0.2625 0.858 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146209 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0592 0.877 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146211 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146212 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146213 2 0.2796 0.831 0.000 0.908 0.092
#> SRR1146214 1 0.5216 0.788 0.740 0.000 0.260
#> SRR1146215 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146217 1 0.5365 0.788 0.744 0.004 0.252
#> SRR1146218 1 0.5529 0.738 0.704 0.000 0.296
#> SRR1146219 1 0.5098 0.800 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146220 1 0.4796 0.824 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146221 1 0.5529 0.738 0.704 0.000 0.296
#> SRR1146222 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 3 0.3482 0.703 0.000 0.128 0.872
#> SRR1146225 1 0.4555 0.836 0.800 0.000 0.200
#> SRR1146226 1 0.4605 0.834 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146227 1 0.5016 0.808 0.760 0.000 0.240
#> SRR1146228 3 0.4209 0.698 0.016 0.128 0.856
#> SRR1146229 1 0.2625 0.858 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146230 3 0.9813 0.464 0.268 0.304 0.428
#> SRR1146231 3 0.9910 0.449 0.292 0.308 0.400
#> SRR1146232 2 0.2448 0.844 0.000 0.924 0.076
#> SRR1146233 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.3752 0.852 0.856 0.000 0.144
#> SRR1146235 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 3 0.9813 0.464 0.268 0.304 0.428
#> SRR1146237 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.4504 0.735 0.000 0.804 0.196
#> SRR1146239 1 0.4931 0.815 0.768 0.000 0.232
#> SRR1146240 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.4605 0.834 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146243 3 0.9813 0.464 0.268 0.304 0.428
#> SRR1146244 3 0.9813 0.464 0.268 0.304 0.428
#> SRR1146245 2 0.6229 0.696 0.064 0.764 0.172
#> SRR1146246 3 0.9671 0.518 0.292 0.248 0.460
#> SRR1146247 3 0.9840 0.399 0.248 0.364 0.388
#> SRR1146248 3 0.9633 0.509 0.300 0.236 0.464
#> SRR1146249 3 0.9633 0.509 0.300 0.236 0.464
#> SRR1146250 2 0.1163 0.846 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146252 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.878 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.5138 0.796 0.748 0.000 0.252
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 2 0.4697 0.627 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1146077 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.4507 0.847 0.788 0.000 0.168 0.044
#> SRR1146080 1 0.1059 0.884 0.972 0.000 0.012 0.016
#> SRR1146081 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146087 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.4855 0.554 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1146089 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0817 0.801 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1146097 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.3975 0.750 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1146102 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.2256 0.907 0.056 0.000 0.924 0.020
#> SRR1146104 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.1174 0.968 0.012 0.000 0.968 0.020
#> SRR1146106 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146112 1 0.4867 0.806 0.736 0.000 0.232 0.032
#> SRR1146113 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146119 1 0.4776 0.799 0.732 0.000 0.244 0.024
#> SRR1146120 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146122 2 0.3942 0.753 0.000 0.764 0.000 0.236
#> SRR1146123 1 0.3969 0.851 0.804 0.000 0.180 0.016
#> SRR1146124 1 0.4500 0.838 0.776 0.000 0.192 0.032
#> SRR1146125 2 0.4040 0.745 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146126 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146128 1 0.3969 0.851 0.804 0.000 0.180 0.016
#> SRR1146129 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.0817 0.801 0.000 0.976 0.000 0.024
#> SRR1146132 3 0.0707 0.977 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146133 1 0.4669 0.832 0.764 0.000 0.200 0.036
#> SRR1146134 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146135 1 0.4576 0.814 0.748 0.000 0.232 0.020
#> SRR1146136 1 0.4500 0.838 0.776 0.000 0.192 0.032
#> SRR1146137 2 0.4817 0.577 0.000 0.612 0.000 0.388
#> SRR1146138 2 0.3975 0.750 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1146139 2 0.0188 0.799 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146140 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.0188 0.799 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146145 2 0.1940 0.797 0.000 0.924 0.000 0.076
#> SRR1146146 4 0.0000 0.845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146147 1 0.4364 0.855 0.808 0.000 0.136 0.056
#> SRR1146148 1 0.4238 0.849 0.796 0.000 0.176 0.028
#> SRR1146149 1 0.4423 0.848 0.792 0.000 0.168 0.040
#> SRR1146150 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146152 1 0.4238 0.849 0.796 0.000 0.176 0.028
#> SRR1146153 2 0.4008 0.748 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146154 1 0.4415 0.853 0.804 0.000 0.140 0.056
#> SRR1146155 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.4054 0.847 0.796 0.000 0.188 0.016
#> SRR1146158 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.4467 0.846 0.788 0.000 0.172 0.040
#> SRR1146160 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.4364 0.855 0.808 0.000 0.136 0.056
#> SRR1146162 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.1174 0.968 0.012 0.000 0.968 0.020
#> SRR1146164 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.4008 0.748 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146167 2 0.4746 0.611 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1146168 1 0.4364 0.855 0.808 0.000 0.136 0.056
#> SRR1146169 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146170 2 0.3975 0.750 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1146171 2 0.4331 0.710 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1146172 2 0.4304 0.715 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1146173 4 0.0469 0.855 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146174 2 0.3649 0.765 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146175 2 0.0921 0.801 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146176 2 0.0921 0.801 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146177 2 0.1637 0.799 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1146178 2 0.4382 0.702 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1146179 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.0921 0.801 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146181 2 0.4830 0.569 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1146182 2 0.4040 0.745 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146183 2 0.4304 0.715 0.000 0.716 0.000 0.284
#> SRR1146184 2 0.4916 0.501 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1146185 2 0.4916 0.501 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1146186 4 0.0000 0.845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146187 2 0.4164 0.733 0.000 0.736 0.000 0.264
#> SRR1146188 2 0.2345 0.793 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146189 2 0.3975 0.750 0.000 0.760 0.000 0.240
#> SRR1146190 4 0.4679 0.355 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1146191 4 0.1211 0.866 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1146192 4 0.4679 0.355 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1146193 2 0.4040 0.745 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146194 2 0.4776 0.598 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1146195 4 0.4643 0.380 0.000 0.344 0.000 0.656
#> SRR1146196 2 0.4776 0.598 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1146197 2 0.4746 0.611 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1146198 4 0.2814 0.817 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1146199 1 0.4364 0.855 0.808 0.000 0.136 0.056
#> SRR1146200 2 0.4761 0.604 0.000 0.628 0.000 0.372
#> SRR1146201 2 0.4916 0.501 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1146202 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.4744 0.804 0.736 0.000 0.240 0.024
#> SRR1146205 1 0.4877 0.824 0.752 0.000 0.204 0.044
#> SRR1146206 3 0.0707 0.977 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146207 2 0.4331 0.710 0.000 0.712 0.000 0.288
#> SRR1146208 1 0.2081 0.872 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0469 0.887 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146211 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146212 3 0.0707 0.977 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146213 2 0.4008 0.747 0.000 0.756 0.000 0.244
#> SRR1146214 1 0.4744 0.804 0.736 0.000 0.240 0.024
#> SRR1146215 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146217 1 0.4888 0.811 0.740 0.000 0.224 0.036
#> SRR1146218 1 0.5010 0.761 0.700 0.000 0.276 0.024
#> SRR1146219 1 0.4576 0.814 0.748 0.000 0.232 0.020
#> SRR1146220 1 0.4500 0.838 0.776 0.000 0.192 0.032
#> SRR1146221 1 0.5010 0.761 0.700 0.000 0.276 0.024
#> SRR1146222 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 3 0.0000 0.985 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146225 1 0.4467 0.846 0.788 0.000 0.172 0.040
#> SRR1146226 1 0.4054 0.847 0.796 0.000 0.188 0.016
#> SRR1146227 1 0.4507 0.821 0.756 0.000 0.224 0.020
#> SRR1146228 3 0.1284 0.965 0.012 0.000 0.964 0.024
#> SRR1146229 1 0.2081 0.872 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1146230 4 0.1792 0.867 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1146231 4 0.1867 0.862 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1146232 2 0.0000 0.799 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.3335 0.866 0.856 0.000 0.128 0.016
#> SRR1146235 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 4 0.1792 0.867 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1146237 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.4746 0.611 0.000 0.632 0.000 0.368
#> SRR1146239 1 0.4436 0.828 0.764 0.000 0.216 0.020
#> SRR1146240 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.4054 0.847 0.796 0.000 0.188 0.016
#> SRR1146243 4 0.1792 0.867 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1146244 4 0.1792 0.867 0.000 0.068 0.000 0.932
#> SRR1146245 2 0.4888 0.524 0.000 0.588 0.000 0.412
#> SRR1146246 4 0.0469 0.855 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146247 4 0.2814 0.817 0.000 0.132 0.000 0.868
#> SRR1146248 4 0.0000 0.845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146249 4 0.0000 0.845 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.2345 0.793 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146252 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.888 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.4610 0.810 0.744 0.000 0.236 0.020
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 2 0.4331 0.5870 0.000 0.596 0.004 0.400 0.000
#> SRR1146077 1 0.1544 0.7379 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1146078 1 0.1544 0.7379 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1146079 5 0.0807 0.8906 0.012 0.000 0.000 0.012 0.976
#> SRR1146080 5 0.4641 -0.3979 0.456 0.000 0.000 0.012 0.532
#> SRR1146081 1 0.1544 0.7379 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1146082 3 0.1043 0.9306 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146083 1 0.2280 0.7634 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1146084 3 0.1043 0.9306 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146085 2 0.0992 0.7477 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0992 0.7477 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146087 1 0.4302 0.4155 0.520 0.000 0.000 0.000 0.480
#> SRR1146088 2 0.4415 0.5139 0.000 0.552 0.004 0.444 0.000
#> SRR1146089 3 0.1043 0.9306 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146090 3 0.1043 0.9306 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146091 3 0.0794 0.9281 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146092 1 0.1544 0.7379 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1146093 1 0.1544 0.7379 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1146094 1 0.4291 0.4554 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1146095 1 0.4291 0.4554 0.536 0.000 0.000 0.000 0.464
#> SRR1146096 2 0.1270 0.7627 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146097 1 0.1544 0.7379 0.932 0.000 0.000 0.000 0.068
#> SRR1146098 1 0.2179 0.7606 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1146099 3 0.1043 0.9306 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146100 1 0.4210 0.6396 0.588 0.000 0.000 0.000 0.412
#> SRR1146101 2 0.3861 0.7116 0.000 0.712 0.004 0.284 0.000
#> SRR1146102 3 0.1043 0.9306 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146103 3 0.3508 0.7945 0.000 0.000 0.748 0.000 0.252
#> SRR1146104 1 0.4287 0.5778 0.540 0.000 0.000 0.000 0.460
#> SRR1146105 3 0.3177 0.8497 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1146106 2 0.0992 0.7477 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0992 0.7477 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0992 0.7477 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0324 0.7543 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.4171 0.6740 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396
#> SRR1146111 2 0.0798 0.7510 0.008 0.976 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.1484 0.8793 0.000 0.000 0.048 0.008 0.944
#> SRR1146113 2 0.0992 0.7477 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0992 0.7477 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0798 0.7510 0.008 0.976 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.0992 0.7477 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0992 0.7477 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0992 0.7477 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146119 5 0.1502 0.8758 0.004 0.000 0.056 0.000 0.940
#> SRR1146120 2 0.0992 0.7477 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0992 0.7477 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146122 2 0.3707 0.7135 0.000 0.716 0.000 0.284 0.000
#> SRR1146123 5 0.1956 0.8445 0.076 0.000 0.008 0.000 0.916
#> SRR1146124 5 0.1299 0.8955 0.012 0.000 0.020 0.008 0.960
#> SRR1146125 2 0.3774 0.7055 0.000 0.704 0.000 0.296 0.000
#> SRR1146126 2 0.0798 0.7510 0.008 0.976 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.0324 0.7543 0.004 0.992 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146128 5 0.1956 0.8445 0.076 0.000 0.008 0.000 0.916
#> SRR1146129 3 0.1043 0.9306 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040
#> SRR1146130 2 0.0798 0.7510 0.008 0.976 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.1270 0.7627 0.000 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146132 3 0.2732 0.8832 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1146133 5 0.0798 0.8916 0.000 0.000 0.016 0.008 0.976
#> SRR1146134 3 0.0794 0.9281 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146135 5 0.1597 0.8852 0.012 0.000 0.048 0.000 0.940
#> SRR1146136 5 0.1299 0.8955 0.012 0.000 0.020 0.008 0.960
#> SRR1146137 2 0.4397 0.5373 0.000 0.564 0.004 0.432 0.000
#> SRR1146138 2 0.3861 0.7116 0.000 0.712 0.004 0.284 0.000
#> SRR1146139 2 0.1043 0.7617 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146140 1 0.2020 0.7552 0.900 0.000 0.000 0.000 0.100
#> SRR1146141 1 0.2377 0.7645 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1146142 2 0.0798 0.7510 0.008 0.976 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0798 0.7510 0.008 0.976 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.1043 0.7617 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146145 2 0.2179 0.7602 0.000 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1146146 4 0.1809 0.8389 0.060 0.000 0.000 0.928 0.012
#> SRR1146147 5 0.1818 0.8601 0.044 0.000 0.000 0.024 0.932
#> SRR1146148 5 0.1186 0.8921 0.020 0.000 0.008 0.008 0.964
#> SRR1146149 5 0.1074 0.8912 0.016 0.000 0.004 0.012 0.968
#> SRR1146150 3 0.0794 0.9281 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146151 3 0.0794 0.9281 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146152 5 0.1186 0.8921 0.020 0.000 0.008 0.008 0.964
#> SRR1146153 2 0.3884 0.7097 0.000 0.708 0.004 0.288 0.000
#> SRR1146154 5 0.1741 0.8625 0.040 0.000 0.000 0.024 0.936
#> SRR1146155 1 0.2329 0.7631 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124
#> SRR1146156 1 0.4227 0.6527 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1146157 5 0.1082 0.8889 0.028 0.000 0.008 0.000 0.964
#> SRR1146158 1 0.4219 0.6570 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1146159 5 0.0968 0.8922 0.012 0.000 0.004 0.012 0.972
#> SRR1146160 1 0.4219 0.6570 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1146161 5 0.1818 0.8601 0.044 0.000 0.000 0.024 0.932
#> SRR1146162 1 0.3039 0.7551 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1146163 3 0.3177 0.8497 0.000 0.000 0.792 0.000 0.208
#> SRR1146164 1 0.4201 0.6650 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1146165 1 0.2230 0.7621 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1146166 2 0.3884 0.7097 0.000 0.708 0.004 0.288 0.000
#> SRR1146167 2 0.4219 0.5701 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1146168 5 0.1818 0.8601 0.044 0.000 0.000 0.024 0.932
#> SRR1146169 2 0.0798 0.7510 0.008 0.976 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146170 2 0.3861 0.7116 0.000 0.712 0.004 0.284 0.000
#> SRR1146171 2 0.4101 0.6720 0.000 0.664 0.004 0.332 0.000
#> SRR1146172 2 0.4084 0.6766 0.000 0.668 0.004 0.328 0.000
#> SRR1146173 4 0.1717 0.8486 0.052 0.004 0.000 0.936 0.008
#> SRR1146174 2 0.3607 0.7286 0.000 0.752 0.004 0.244 0.000
#> SRR1146175 2 0.1478 0.7634 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1146176 2 0.1478 0.7634 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1146177 2 0.2020 0.7620 0.000 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1146178 2 0.4135 0.6641 0.000 0.656 0.004 0.340 0.000
#> SRR1146179 2 0.0798 0.7510 0.008 0.976 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.1478 0.7634 0.000 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1146181 2 0.4403 0.5292 0.000 0.560 0.004 0.436 0.000
#> SRR1146182 2 0.3906 0.7069 0.000 0.704 0.004 0.292 0.000
#> SRR1146183 2 0.4084 0.6766 0.000 0.668 0.004 0.328 0.000
#> SRR1146184 2 0.4440 0.4593 0.000 0.528 0.004 0.468 0.000
#> SRR1146185 2 0.4440 0.4593 0.000 0.528 0.004 0.468 0.000
#> SRR1146186 4 0.1809 0.8389 0.060 0.000 0.000 0.928 0.012
#> SRR1146187 2 0.3857 0.6936 0.000 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1146188 2 0.2561 0.7549 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1146189 2 0.3861 0.7116 0.000 0.712 0.004 0.284 0.000
#> SRR1146190 4 0.3969 0.3789 0.000 0.304 0.004 0.692 0.000
#> SRR1146191 4 0.2278 0.8652 0.044 0.032 0.000 0.916 0.008
#> SRR1146192 4 0.3969 0.3789 0.000 0.304 0.004 0.692 0.000
#> SRR1146193 2 0.3906 0.7069 0.000 0.704 0.004 0.292 0.000
#> SRR1146194 2 0.4375 0.5576 0.000 0.576 0.004 0.420 0.000
#> SRR1146195 4 0.3928 0.4025 0.000 0.296 0.004 0.700 0.000
#> SRR1146196 2 0.4375 0.5575 0.000 0.576 0.004 0.420 0.000
#> SRR1146197 2 0.4359 0.5708 0.000 0.584 0.004 0.412 0.000
#> SRR1146198 4 0.2645 0.8200 0.012 0.096 0.000 0.884 0.008
#> SRR1146199 5 0.3060 0.7783 0.128 0.000 0.000 0.024 0.848
#> SRR1146200 2 0.4367 0.5643 0.000 0.580 0.004 0.416 0.000
#> SRR1146201 2 0.4440 0.4593 0.000 0.528 0.004 0.468 0.000
#> SRR1146202 3 0.0794 0.9281 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146203 1 0.3586 0.7365 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1146204 5 0.1430 0.8802 0.004 0.000 0.052 0.000 0.944
#> SRR1146205 5 0.1106 0.8853 0.000 0.000 0.024 0.012 0.964
#> SRR1146206 3 0.2732 0.8832 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1146207 2 0.4101 0.6720 0.000 0.664 0.004 0.332 0.000
#> SRR1146208 5 0.3863 0.5988 0.200 0.000 0.028 0.000 0.772
#> SRR1146209 1 0.4227 0.6525 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1146210 1 0.4283 0.5915 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1146211 1 0.4227 0.6527 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420
#> SRR1146212 3 0.2732 0.8832 0.000 0.000 0.840 0.000 0.160
#> SRR1146213 2 0.3752 0.7081 0.000 0.708 0.000 0.292 0.000
#> SRR1146214 5 0.1430 0.8802 0.004 0.000 0.052 0.000 0.944
#> SRR1146215 1 0.2280 0.7634 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1146216 2 0.0798 0.7510 0.008 0.976 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146217 5 0.1331 0.8824 0.000 0.000 0.040 0.008 0.952
#> SRR1146218 5 0.1792 0.8504 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1146219 5 0.1597 0.8852 0.012 0.000 0.048 0.000 0.940
#> SRR1146220 5 0.1299 0.8955 0.012 0.000 0.020 0.008 0.960
#> SRR1146221 5 0.1792 0.8504 0.000 0.000 0.084 0.000 0.916
#> SRR1146222 1 0.2127 0.7587 0.892 0.000 0.000 0.000 0.108
#> SRR1146223 1 0.4219 0.6570 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416
#> SRR1146224 3 0.0794 0.9281 0.000 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146225 5 0.0968 0.8922 0.012 0.000 0.004 0.012 0.972
#> SRR1146226 5 0.1082 0.8889 0.028 0.000 0.008 0.000 0.964
#> SRR1146227 5 0.1251 0.8886 0.008 0.000 0.036 0.000 0.956
#> SRR1146228 3 0.3210 0.8455 0.000 0.000 0.788 0.000 0.212
#> SRR1146229 5 0.3863 0.5988 0.200 0.000 0.028 0.000 0.772
#> SRR1146230 4 0.1569 0.8673 0.012 0.032 0.000 0.948 0.008
#> SRR1146231 4 0.2644 0.8596 0.036 0.060 0.000 0.896 0.008
#> SRR1146232 2 0.0992 0.7477 0.008 0.968 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.2377 0.7645 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1146234 5 0.4088 0.0284 0.368 0.000 0.000 0.000 0.632
#> SRR1146235 1 0.4235 0.6408 0.576 0.000 0.000 0.000 0.424
#> SRR1146236 4 0.1569 0.8673 0.012 0.032 0.000 0.948 0.008
#> SRR1146237 1 0.2377 0.7645 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1146238 2 0.4219 0.5701 0.000 0.584 0.000 0.416 0.000
#> SRR1146239 5 0.1386 0.8904 0.016 0.000 0.032 0.000 0.952
#> SRR1146240 1 0.4294 0.5702 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1146241 1 0.4294 0.5702 0.532 0.000 0.000 0.000 0.468
#> SRR1146242 5 0.1082 0.8889 0.028 0.000 0.008 0.000 0.964
#> SRR1146243 4 0.1569 0.8673 0.012 0.032 0.000 0.948 0.008
#> SRR1146244 4 0.1569 0.8673 0.012 0.032 0.000 0.948 0.008
#> SRR1146245 2 0.4430 0.4825 0.000 0.540 0.004 0.456 0.000
#> SRR1146246 4 0.1569 0.8523 0.044 0.004 0.000 0.944 0.008
#> SRR1146247 4 0.2645 0.8200 0.012 0.096 0.000 0.884 0.008
#> SRR1146248 4 0.1809 0.8389 0.060 0.000 0.000 0.928 0.012
#> SRR1146249 4 0.1809 0.8389 0.060 0.000 0.000 0.928 0.012
#> SRR1146250 2 0.2561 0.7549 0.000 0.856 0.000 0.144 0.000
#> SRR1146252 1 0.4201 0.6650 0.592 0.000 0.000 0.000 0.408
#> SRR1146253 1 0.2280 0.7634 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1146254 5 0.1484 0.8838 0.008 0.000 0.048 0.000 0.944
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.2066 0.7878 0.000 0.024 0.000 0.904 0.000 0.072
#> SRR1146077 1 0.0260 0.7244 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146078 1 0.0260 0.7244 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146079 5 0.0725 0.9142 0.012 0.000 0.000 0.000 0.976 0.012
#> SRR1146080 1 0.4264 0.3817 0.492 0.000 0.000 0.000 0.492 0.016
#> SRR1146081 1 0.0260 0.7244 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146082 3 0.0260 0.9211 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146083 1 0.1141 0.7648 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146084 3 0.0260 0.9211 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146085 2 0.0363 0.9783 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0363 0.9783 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146087 1 0.4076 0.4024 0.540 0.000 0.000 0.000 0.452 0.008
#> SRR1146088 4 0.1714 0.7602 0.000 0.000 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1146089 3 0.0260 0.9211 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146090 3 0.0260 0.9211 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146091 3 0.0520 0.9165 0.000 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146092 1 0.0260 0.7244 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146093 1 0.0260 0.7244 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146094 1 0.4057 0.4411 0.556 0.000 0.000 0.000 0.436 0.008
#> SRR1146095 1 0.4057 0.4411 0.556 0.000 0.000 0.000 0.436 0.008
#> SRR1146096 4 0.3607 0.5792 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.0260 0.7244 0.992 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146098 1 0.1007 0.7602 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146099 3 0.0260 0.9211 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146100 1 0.3607 0.6693 0.652 0.000 0.000 0.000 0.348 0.000
#> SRR1146101 4 0.1387 0.8132 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1146102 3 0.0260 0.9211 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146103 3 0.3052 0.7864 0.000 0.004 0.780 0.000 0.216 0.000
#> SRR1146104 1 0.3747 0.6192 0.604 0.000 0.000 0.000 0.396 0.000
#> SRR1146105 3 0.2703 0.8374 0.000 0.004 0.824 0.000 0.172 0.000
#> SRR1146106 2 0.0363 0.9783 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0363 0.9783 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0363 0.9783 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.1663 0.9104 0.000 0.912 0.000 0.088 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.3547 0.6962 0.668 0.000 0.000 0.000 0.332 0.000
#> SRR1146111 2 0.1007 0.9624 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.1010 0.9069 0.000 0.004 0.036 0.000 0.960 0.000
#> SRR1146113 2 0.0363 0.9783 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0363 0.9783 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0632 0.9763 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.0363 0.9783 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0363 0.9783 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0363 0.9783 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146119 5 0.1141 0.9032 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948 0.000
#> SRR1146120 2 0.0363 0.9783 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0363 0.9783 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146122 4 0.1444 0.8134 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000 0.000
#> SRR1146123 5 0.1866 0.8663 0.084 0.000 0.008 0.000 0.908 0.000
#> SRR1146124 5 0.0725 0.9167 0.012 0.000 0.012 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146125 4 0.1267 0.8151 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1146126 2 0.0632 0.9763 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.2260 0.8337 0.000 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1146128 5 0.1866 0.8663 0.084 0.000 0.008 0.000 0.908 0.000
#> SRR1146129 3 0.0260 0.9211 0.000 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146130 2 0.0632 0.9763 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146131 4 0.3607 0.5792 0.000 0.348 0.000 0.652 0.000 0.000
#> SRR1146132 3 0.2531 0.8702 0.000 0.012 0.856 0.000 0.132 0.000
#> SRR1146133 5 0.0551 0.9149 0.000 0.004 0.008 0.000 0.984 0.004
#> SRR1146134 3 0.0520 0.9165 0.000 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146135 5 0.1434 0.9098 0.012 0.000 0.048 0.000 0.940 0.000
#> SRR1146136 5 0.0725 0.9167 0.012 0.000 0.012 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146137 4 0.1556 0.7697 0.000 0.000 0.000 0.920 0.000 0.080
#> SRR1146138 4 0.1387 0.8132 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1146139 4 0.3717 0.5056 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0790 0.7521 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1146141 1 0.1267 0.7669 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1146142 2 0.1007 0.9624 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.1007 0.9624 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1146144 4 0.3717 0.5056 0.000 0.384 0.000 0.616 0.000 0.000
#> SRR1146145 4 0.3531 0.6094 0.000 0.328 0.000 0.672 0.000 0.000
#> SRR1146146 6 0.0458 0.8172 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146147 5 0.1844 0.8901 0.048 0.004 0.000 0.000 0.924 0.024
#> SRR1146148 5 0.0547 0.9139 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146149 5 0.0717 0.9143 0.016 0.000 0.000 0.000 0.976 0.008
#> SRR1146150 3 0.0520 0.9165 0.000 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146151 3 0.0520 0.9165 0.000 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146152 5 0.0547 0.9139 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146153 4 0.1327 0.8145 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1146154 5 0.1777 0.8923 0.044 0.004 0.000 0.000 0.928 0.024
#> SRR1146155 1 0.1204 0.7652 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056 0.000
#> SRR1146156 1 0.3634 0.6788 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1146157 5 0.1225 0.9098 0.036 0.000 0.012 0.000 0.952 0.000
#> SRR1146158 1 0.3620 0.6822 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1146159 5 0.0622 0.9148 0.012 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1146160 1 0.3620 0.6822 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1146161 5 0.1844 0.8901 0.048 0.004 0.000 0.000 0.924 0.024
#> SRR1146162 1 0.2092 0.7607 0.876 0.000 0.000 0.000 0.124 0.000
#> SRR1146163 3 0.2703 0.8374 0.000 0.004 0.824 0.000 0.172 0.000
#> SRR1146164 1 0.3592 0.6888 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR1146165 1 0.1075 0.7625 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048 0.000
#> SRR1146166 4 0.1327 0.8145 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1146167 4 0.1802 0.7707 0.000 0.012 0.000 0.916 0.000 0.072
#> SRR1146168 5 0.1844 0.8901 0.048 0.004 0.000 0.000 0.924 0.024
#> SRR1146169 2 0.0865 0.9682 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1146170 4 0.1387 0.8132 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1146171 4 0.0547 0.8073 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1146172 4 0.0858 0.8102 0.000 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004
#> SRR1146173 6 0.1444 0.8484 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1146174 4 0.2003 0.7943 0.000 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1146175 4 0.3563 0.6001 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> SRR1146176 4 0.3563 0.6001 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> SRR1146177 4 0.3390 0.6555 0.000 0.296 0.000 0.704 0.000 0.000
#> SRR1146178 4 0.0363 0.8043 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.0632 0.9763 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146180 4 0.3563 0.6001 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> SRR1146181 4 0.1610 0.7669 0.000 0.000 0.000 0.916 0.000 0.084
#> SRR1146182 4 0.1267 0.8150 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1146183 4 0.0858 0.8102 0.000 0.028 0.000 0.968 0.000 0.004
#> SRR1146184 4 0.2048 0.7372 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1146185 4 0.2048 0.7372 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1146186 6 0.0458 0.8172 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146187 4 0.1007 0.8149 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1146188 4 0.2941 0.7273 0.000 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1146189 4 0.1387 0.8132 0.000 0.068 0.000 0.932 0.000 0.000
#> SRR1146190 4 0.3634 0.2643 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1146191 6 0.2597 0.8645 0.000 0.000 0.000 0.176 0.000 0.824
#> SRR1146192 4 0.3634 0.2643 0.000 0.000 0.000 0.644 0.000 0.356
#> SRR1146193 4 0.1267 0.8150 0.000 0.060 0.000 0.940 0.000 0.000
#> SRR1146194 4 0.1757 0.7781 0.000 0.008 0.000 0.916 0.000 0.076
#> SRR1146195 4 0.3659 0.2383 0.000 0.000 0.000 0.636 0.000 0.364
#> SRR1146196 4 0.1588 0.7771 0.000 0.004 0.000 0.924 0.000 0.072
#> SRR1146197 4 0.1471 0.7821 0.000 0.004 0.000 0.932 0.000 0.064
#> SRR1146198 6 0.3547 0.7793 0.000 0.004 0.000 0.300 0.000 0.696
#> SRR1146199 5 0.3042 0.8041 0.128 0.004 0.000 0.000 0.836 0.032
#> SRR1146200 4 0.1701 0.7802 0.000 0.008 0.000 0.920 0.000 0.072
#> SRR1146201 4 0.2048 0.7372 0.000 0.000 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1146202 3 0.0520 0.9165 0.000 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146203 1 0.2793 0.7460 0.800 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000
#> SRR1146204 5 0.1152 0.9056 0.000 0.004 0.044 0.000 0.952 0.000
#> SRR1146205 5 0.1053 0.9117 0.000 0.004 0.020 0.000 0.964 0.012
#> SRR1146206 3 0.2531 0.8702 0.000 0.012 0.856 0.000 0.132 0.000
#> SRR1146207 4 0.0547 0.8073 0.000 0.020 0.000 0.980 0.000 0.000
#> SRR1146208 5 0.3641 0.5813 0.224 0.000 0.028 0.000 0.748 0.000
#> SRR1146209 1 0.3634 0.6785 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1146210 1 0.3797 0.5873 0.580 0.000 0.000 0.000 0.420 0.000
#> SRR1146211 1 0.3634 0.6788 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1146212 3 0.2531 0.8702 0.000 0.012 0.856 0.000 0.132 0.000
#> SRR1146213 4 0.1327 0.8144 0.000 0.064 0.000 0.936 0.000 0.000
#> SRR1146214 5 0.1152 0.9056 0.000 0.004 0.044 0.000 0.952 0.000
#> SRR1146215 1 0.1141 0.7648 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146216 2 0.0632 0.9763 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146217 5 0.1080 0.9089 0.000 0.004 0.032 0.000 0.960 0.004
#> SRR1146218 5 0.1700 0.8831 0.000 0.004 0.080 0.000 0.916 0.000
#> SRR1146219 5 0.1434 0.9098 0.012 0.000 0.048 0.000 0.940 0.000
#> SRR1146220 5 0.0725 0.9167 0.012 0.000 0.012 0.000 0.976 0.000
#> SRR1146221 5 0.1700 0.8831 0.000 0.004 0.080 0.000 0.916 0.000
#> SRR1146222 1 0.0937 0.7574 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146223 1 0.3620 0.6822 0.648 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000
#> SRR1146224 3 0.0520 0.9165 0.000 0.008 0.984 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146225 5 0.0622 0.9148 0.012 0.000 0.000 0.000 0.980 0.008
#> SRR1146226 5 0.1225 0.9098 0.036 0.000 0.012 0.000 0.952 0.000
#> SRR1146227 5 0.1320 0.9122 0.016 0.000 0.036 0.000 0.948 0.000
#> SRR1146228 3 0.2738 0.8335 0.000 0.004 0.820 0.000 0.176 0.000
#> SRR1146229 5 0.3641 0.5813 0.224 0.000 0.028 0.000 0.748 0.000
#> SRR1146230 6 0.3076 0.8511 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1146231 6 0.3081 0.8542 0.000 0.004 0.000 0.220 0.000 0.776
#> SRR1146232 2 0.0363 0.9783 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.1267 0.7669 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1146234 5 0.4025 -0.0618 0.416 0.000 0.008 0.000 0.576 0.000
#> SRR1146235 1 0.3634 0.6735 0.644 0.000 0.000 0.000 0.356 0.000
#> SRR1146236 6 0.3076 0.8511 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1146237 1 0.1267 0.7669 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000
#> SRR1146238 4 0.1802 0.7707 0.000 0.012 0.000 0.916 0.000 0.072
#> SRR1146239 5 0.1572 0.9110 0.028 0.000 0.036 0.000 0.936 0.000
#> SRR1146240 1 0.3789 0.5927 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR1146241 1 0.3789 0.5927 0.584 0.000 0.000 0.000 0.416 0.000
#> SRR1146242 5 0.1225 0.9098 0.036 0.000 0.012 0.000 0.952 0.000
#> SRR1146243 6 0.3076 0.8511 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1146244 6 0.3076 0.8511 0.000 0.000 0.000 0.240 0.000 0.760
#> SRR1146245 4 0.2357 0.7495 0.000 0.012 0.000 0.872 0.000 0.116
#> SRR1146246 6 0.1663 0.8551 0.000 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1146247 6 0.3547 0.7793 0.000 0.004 0.000 0.300 0.000 0.696
#> SRR1146248 6 0.0458 0.8172 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146249 6 0.0458 0.8172 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146250 4 0.2969 0.7243 0.000 0.224 0.000 0.776 0.000 0.000
#> SRR1146252 1 0.3592 0.6888 0.656 0.000 0.000 0.000 0.344 0.000
#> SRR1146253 1 0.1141 0.7648 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146254 5 0.1333 0.9087 0.008 0.000 0.048 0.000 0.944 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "kmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:kmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'kmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.997 0.999 0.5032 0.497 0.497
#> 3 3 0.750 0.778 0.797 0.2500 0.869 0.740
#> 4 4 0.664 0.807 0.827 0.1382 0.861 0.643
#> 5 5 0.788 0.744 0.801 0.0855 0.900 0.653
#> 6 6 0.781 0.797 0.814 0.0475 0.930 0.696
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146077 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146089 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146090 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146091 1 0.0938 0.988 0.988 0.012
#> SRR1146092 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146102 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146123 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146126 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146127 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146131 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146132 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146134 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146135 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146138 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146139 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146140 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146144 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146145 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146146 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146147 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146151 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146152 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146154 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146167 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146168 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146170 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146171 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146172 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146173 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146174 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146175 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146176 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146177 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146181 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146182 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146183 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146184 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146185 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146186 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146187 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146188 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146189 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146190 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146191 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146192 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146193 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146194 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146195 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146196 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146197 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146198 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146199 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146201 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146202 2 0.7883 0.691 0.236 0.764
#> SRR1146203 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146206 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146207 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146212 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146213 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146217 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146218 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146224 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146225 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146231 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146232 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146239 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146244 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146245 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146246 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146247 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146248 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146249 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.0000 0.997 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 1.000 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146077 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0892 0.8977 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146080 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146083 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146085 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146087 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146089 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146090 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146091 3 0.8034 0.4947 0.080 0.336 0.584
#> SRR1146092 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146100 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.6168 0.8190 0.000 0.588 0.412
#> SRR1146102 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146103 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146104 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146106 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146112 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146113 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146119 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146120 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146122 2 0.6168 0.8190 0.000 0.588 0.412
#> SRR1146123 1 0.0592 0.9066 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146124 1 0.5016 0.4266 0.760 0.000 0.240
#> SRR1146125 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146126 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146128 1 0.0592 0.9066 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146129 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146130 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146132 3 0.6180 0.7728 0.416 0.000 0.584
#> SRR1146133 1 0.5650 0.1203 0.688 0.000 0.312
#> SRR1146134 3 0.5988 0.3548 0.000 0.368 0.632
#> SRR1146135 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146136 1 0.5650 0.1203 0.688 0.000 0.312
#> SRR1146137 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146138 2 0.6168 0.8190 0.000 0.588 0.412
#> SRR1146139 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146145 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146146 2 0.6505 0.8075 0.004 0.528 0.468
#> SRR1146147 1 0.0592 0.9066 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146148 1 0.0592 0.9066 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146149 1 0.0592 0.9066 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146150 3 0.6180 0.7728 0.416 0.000 0.584
#> SRR1146151 3 0.4842 0.3350 0.000 0.224 0.776
#> SRR1146152 1 0.2165 0.8373 0.936 0.000 0.064
#> SRR1146153 2 0.6045 0.8140 0.000 0.620 0.380
#> SRR1146154 1 0.3551 0.7173 0.868 0.000 0.132
#> SRR1146155 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.2356 0.8248 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146160 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0592 0.9066 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146162 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146164 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.6140 0.8180 0.000 0.596 0.404
#> SRR1146167 2 0.5859 0.8034 0.000 0.656 0.344
#> SRR1146168 1 0.5016 0.4266 0.760 0.000 0.240
#> SRR1146169 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146170 2 0.6168 0.8190 0.000 0.588 0.412
#> SRR1146171 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146172 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146173 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146174 2 0.6168 0.8190 0.000 0.588 0.412
#> SRR1146175 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146176 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146177 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146178 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146179 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.1964 0.7388 0.000 0.944 0.056
#> SRR1146181 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146182 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146183 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146184 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146185 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146186 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146187 2 0.6168 0.8190 0.000 0.588 0.412
#> SRR1146188 2 0.6168 0.8190 0.000 0.588 0.412
#> SRR1146189 2 0.6168 0.8190 0.000 0.588 0.412
#> SRR1146190 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146191 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146192 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146193 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146194 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146195 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146196 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146197 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146198 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146199 1 0.0592 0.9066 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146200 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146201 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146202 3 0.5926 0.3770 0.000 0.356 0.644
#> SRR1146203 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146205 1 0.5835 -0.0428 0.660 0.000 0.340
#> SRR1146206 3 0.6180 0.7728 0.416 0.000 0.584
#> SRR1146207 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146208 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146212 3 0.6180 0.7728 0.416 0.000 0.584
#> SRR1146213 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146214 1 0.3816 0.6816 0.852 0.000 0.148
#> SRR1146215 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146217 1 0.5678 0.0988 0.684 0.000 0.316
#> SRR1146218 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146219 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146220 1 0.6180 -0.4169 0.584 0.000 0.416
#> SRR1146221 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146222 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 3 0.5988 0.3548 0.000 0.368 0.632
#> SRR1146225 1 0.0592 0.9066 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146226 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146228 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146229 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146231 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146232 2 0.0000 0.7284 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146237 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146239 1 0.6309 -0.7021 0.500 0.000 0.500
#> SRR1146240 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0592 0.9066 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146243 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146244 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146245 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146246 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146247 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146248 2 0.6291 0.8101 0.000 0.532 0.468
#> SRR1146249 2 0.6267 0.8214 0.000 0.548 0.452
#> SRR1146250 2 0.3879 0.7628 0.000 0.848 0.152
#> SRR1146252 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.9157 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 3 0.6267 0.8033 0.452 0.000 0.548
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 4 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1146077 1 0.0336 0.8494 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0336 0.8494 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.4399 0.8089 0.760 0.016 0.224 0.000
#> SRR1146080 1 0.4364 0.8116 0.764 0.016 0.220 0.000
#> SRR1146081 1 0.0336 0.8494 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.6344 0.8089 0.128 0.224 0.648 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.6344 0.8089 0.128 0.224 0.648 0.000
#> SRR1146085 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146086 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146087 1 0.0336 0.8494 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146088 4 0.0336 0.8834 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146089 3 0.6344 0.8089 0.128 0.224 0.648 0.000
#> SRR1146090 3 0.6344 0.8089 0.128 0.224 0.648 0.000
#> SRR1146091 3 0.6017 0.7392 0.020 0.276 0.664 0.040
#> SRR1146092 1 0.0336 0.8494 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0336 0.8494 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0336 0.8494 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0336 0.8494 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.4988 0.9237 0.000 0.692 0.020 0.288
#> SRR1146097 1 0.0336 0.8494 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0336 0.8494 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.6344 0.8089 0.128 0.224 0.648 0.000
#> SRR1146100 1 0.0469 0.8527 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146101 4 0.2385 0.8443 0.000 0.052 0.028 0.920
#> SRR1146102 3 0.6344 0.8089 0.128 0.224 0.648 0.000
#> SRR1146103 3 0.6001 0.8033 0.128 0.184 0.688 0.000
#> SRR1146104 1 0.0707 0.8527 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146105 3 0.6344 0.8089 0.128 0.224 0.648 0.000
#> SRR1146106 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146107 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146108 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146109 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146110 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146112 3 0.3707 0.7269 0.132 0.028 0.840 0.000
#> SRR1146113 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146114 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146115 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146116 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146117 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146118 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146119 3 0.2999 0.7247 0.132 0.004 0.864 0.000
#> SRR1146120 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146121 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146122 4 0.2466 0.8403 0.000 0.056 0.028 0.916
#> SRR1146123 1 0.4399 0.8089 0.760 0.016 0.224 0.000
#> SRR1146124 1 0.5488 0.3679 0.532 0.016 0.452 0.000
#> SRR1146125 4 0.0921 0.8789 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1146126 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146127 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146128 1 0.4018 0.8154 0.772 0.004 0.224 0.000
#> SRR1146129 3 0.6344 0.8089 0.128 0.224 0.648 0.000
#> SRR1146130 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146131 2 0.5386 0.8524 0.000 0.632 0.024 0.344
#> SRR1146132 3 0.6527 0.7962 0.092 0.224 0.664 0.020
#> SRR1146133 3 0.5506 -0.1846 0.472 0.016 0.512 0.000
#> SRR1146134 3 0.5524 0.7165 0.000 0.276 0.676 0.048
#> SRR1146135 3 0.2999 0.7247 0.132 0.004 0.864 0.000
#> SRR1146136 3 0.5506 -0.1846 0.472 0.016 0.512 0.000
#> SRR1146137 4 0.0000 0.8832 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146138 4 0.2385 0.8443 0.000 0.052 0.028 0.920
#> SRR1146139 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146140 1 0.0336 0.8494 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146143 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146144 2 0.5003 0.9063 0.000 0.676 0.016 0.308
#> SRR1146145 2 0.4391 0.9683 0.000 0.740 0.008 0.252
#> SRR1146146 4 0.5036 0.6192 0.000 0.024 0.280 0.696
#> SRR1146147 1 0.4472 0.8118 0.760 0.020 0.220 0.000
#> SRR1146148 1 0.4399 0.8089 0.760 0.016 0.224 0.000
#> SRR1146149 1 0.4399 0.8089 0.760 0.016 0.224 0.000
#> SRR1146150 3 0.6527 0.7962 0.092 0.224 0.664 0.020
#> SRR1146151 3 0.5910 0.7128 0.000 0.236 0.676 0.088
#> SRR1146152 1 0.4661 0.7757 0.728 0.016 0.256 0.000
#> SRR1146153 4 0.3117 0.7959 0.000 0.092 0.028 0.880
#> SRR1146154 1 0.5186 0.6395 0.640 0.016 0.344 0.000
#> SRR1146155 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.2647 0.8454 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1146157 1 0.3837 0.8173 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1146158 1 0.3311 0.8348 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1146159 1 0.4661 0.7757 0.728 0.016 0.256 0.000
#> SRR1146160 1 0.2868 0.8432 0.864 0.000 0.136 0.000
#> SRR1146161 1 0.4364 0.8116 0.764 0.016 0.220 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.6344 0.8089 0.128 0.224 0.648 0.000
#> SRR1146164 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.2623 0.8317 0.000 0.064 0.028 0.908
#> SRR1146167 4 0.0921 0.8789 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1146168 1 0.5488 0.3679 0.532 0.016 0.452 0.000
#> SRR1146169 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146170 4 0.2385 0.8443 0.000 0.052 0.028 0.920
#> SRR1146171 4 0.0707 0.8809 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1146172 4 0.0921 0.8789 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1146173 4 0.2345 0.8720 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1146174 4 0.2385 0.8443 0.000 0.052 0.028 0.920
#> SRR1146175 2 0.5062 0.9229 0.000 0.692 0.024 0.284
#> SRR1146176 2 0.5368 0.8583 0.000 0.636 0.024 0.340
#> SRR1146177 2 0.5271 0.8634 0.000 0.640 0.020 0.340
#> SRR1146178 4 0.0921 0.8789 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1146179 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146180 4 0.5774 -0.4720 0.000 0.464 0.028 0.508
#> SRR1146181 4 0.2149 0.8749 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR1146182 4 0.0817 0.8799 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146183 4 0.0921 0.8789 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1146184 4 0.2345 0.8720 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1146185 4 0.2345 0.8720 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1146186 4 0.3099 0.8545 0.000 0.020 0.104 0.876
#> SRR1146187 4 0.2385 0.8443 0.000 0.052 0.028 0.920
#> SRR1146188 4 0.2385 0.8443 0.000 0.052 0.028 0.920
#> SRR1146189 4 0.2214 0.8510 0.000 0.044 0.028 0.928
#> SRR1146190 4 0.2345 0.8720 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1146191 4 0.2345 0.8720 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1146192 4 0.2345 0.8720 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1146193 4 0.0817 0.8799 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146194 4 0.0188 0.8833 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146195 4 0.2345 0.8720 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1146196 4 0.0000 0.8832 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146197 4 0.0921 0.8823 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1146198 4 0.2345 0.8720 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1146199 1 0.4574 0.8115 0.756 0.024 0.220 0.000
#> SRR1146200 4 0.0817 0.8799 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146201 4 0.2345 0.8720 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1146202 3 0.5524 0.7165 0.000 0.276 0.676 0.048
#> SRR1146203 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 3 0.2999 0.7247 0.132 0.004 0.864 0.000
#> SRR1146205 3 0.5435 0.0266 0.420 0.016 0.564 0.000
#> SRR1146206 3 0.6527 0.7962 0.092 0.224 0.664 0.020
#> SRR1146207 4 0.0921 0.8789 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1146208 1 0.3801 0.8190 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1146209 1 0.3801 0.8190 0.780 0.000 0.220 0.000
#> SRR1146210 1 0.3726 0.8220 0.788 0.000 0.212 0.000
#> SRR1146211 1 0.2647 0.8454 0.880 0.000 0.120 0.000
#> SRR1146212 3 0.6361 0.8012 0.092 0.204 0.684 0.020
#> SRR1146213 4 0.0921 0.8789 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1146214 1 0.4897 0.6693 0.660 0.008 0.332 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146217 3 0.5506 -0.1846 0.472 0.016 0.512 0.000
#> SRR1146218 3 0.3552 0.7448 0.128 0.024 0.848 0.000
#> SRR1146219 3 0.3335 0.7400 0.128 0.016 0.856 0.000
#> SRR1146220 3 0.5110 0.3458 0.328 0.016 0.656 0.000
#> SRR1146221 3 0.5280 0.7865 0.128 0.120 0.752 0.000
#> SRR1146222 1 0.0336 0.8494 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.2921 0.8421 0.860 0.000 0.140 0.000
#> SRR1146224 3 0.5524 0.7165 0.000 0.276 0.676 0.048
#> SRR1146225 1 0.4399 0.8089 0.760 0.016 0.224 0.000
#> SRR1146226 1 0.3837 0.8173 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1146227 3 0.4181 0.7589 0.128 0.052 0.820 0.000
#> SRR1146228 3 0.6344 0.8089 0.128 0.224 0.648 0.000
#> SRR1146229 1 0.3172 0.8380 0.840 0.000 0.160 0.000
#> SRR1146230 4 0.2345 0.8720 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1146231 4 0.2149 0.8749 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR1146232 2 0.4040 0.9775 0.000 0.752 0.000 0.248
#> SRR1146233 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.3837 0.8173 0.776 0.000 0.224 0.000
#> SRR1146235 1 0.0188 0.8526 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146236 4 0.2345 0.8720 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1146237 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 4 0.0921 0.8809 0.000 0.000 0.028 0.972
#> SRR1146239 3 0.4136 0.6698 0.196 0.016 0.788 0.000
#> SRR1146240 1 0.4364 0.8116 0.764 0.016 0.220 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.4018 0.8154 0.772 0.004 0.224 0.000
#> SRR1146243 4 0.2345 0.8720 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1146244 4 0.2345 0.8720 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1146245 4 0.2149 0.8749 0.000 0.000 0.088 0.912
#> SRR1146246 4 0.2805 0.8639 0.000 0.012 0.100 0.888
#> SRR1146247 4 0.2345 0.8720 0.000 0.000 0.100 0.900
#> SRR1146248 4 0.4983 0.6303 0.000 0.024 0.272 0.704
#> SRR1146249 4 0.3099 0.8545 0.000 0.020 0.104 0.876
#> SRR1146250 4 0.5738 -0.3607 0.000 0.432 0.028 0.540
#> SRR1146252 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.8522 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 3 0.3052 0.7210 0.136 0.004 0.860 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 4 0.0404 0.79445 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146077 1 0.0404 0.90496 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0404 0.90496 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 5 0.4161 0.65872 0.392 0.000 0.000 0.000 0.608
#> SRR1146080 5 0.4542 0.56575 0.456 0.008 0.000 0.000 0.536
#> SRR1146081 1 0.0510 0.90432 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.4986 0.97461 0.024 0.008 0.600 0.000 0.368
#> SRR1146083 1 0.0162 0.90512 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146084 3 0.4986 0.97461 0.024 0.008 0.600 0.000 0.368
#> SRR1146085 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146086 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146087 1 0.0609 0.90436 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146088 4 0.0912 0.79577 0.000 0.000 0.016 0.972 0.012
#> SRR1146089 3 0.4986 0.97461 0.024 0.008 0.600 0.000 0.368
#> SRR1146090 3 0.4986 0.97461 0.024 0.008 0.600 0.000 0.368
#> SRR1146091 3 0.4874 0.95498 0.000 0.032 0.600 0.000 0.368
#> SRR1146092 1 0.0404 0.90496 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0510 0.90432 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0609 0.90436 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0609 0.90436 0.980 0.020 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.4067 0.68009 0.000 0.692 0.000 0.300 0.008
#> SRR1146097 1 0.0510 0.90432 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0510 0.90432 0.984 0.016 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.4986 0.97461 0.024 0.008 0.600 0.000 0.368
#> SRR1146100 1 0.2513 0.76245 0.876 0.008 0.000 0.000 0.116
#> SRR1146101 4 0.1764 0.75455 0.000 0.064 0.000 0.928 0.008
#> SRR1146102 3 0.4986 0.97461 0.024 0.008 0.600 0.000 0.368
#> SRR1146103 3 0.4882 0.88933 0.024 0.000 0.532 0.000 0.444
#> SRR1146104 1 0.3487 0.55310 0.780 0.008 0.000 0.000 0.212
#> SRR1146105 3 0.4722 0.97378 0.024 0.000 0.608 0.000 0.368
#> SRR1146106 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146107 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146108 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146109 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.90641 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146112 5 0.1739 0.38548 0.024 0.004 0.032 0.000 0.940
#> SRR1146113 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146114 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146115 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146116 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146117 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146118 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146119 5 0.0703 0.44881 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1146120 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146121 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146122 4 0.1638 0.75692 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR1146123 5 0.4150 0.66058 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1146124 5 0.3508 0.67549 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR1146125 4 0.0290 0.79258 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146126 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146127 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146128 5 0.4299 0.65973 0.388 0.004 0.000 0.000 0.608
#> SRR1146129 3 0.4986 0.97461 0.024 0.008 0.600 0.000 0.368
#> SRR1146130 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146131 2 0.4497 0.49360 0.000 0.568 0.000 0.424 0.008
#> SRR1146132 3 0.5170 0.94717 0.024 0.012 0.564 0.000 0.400
#> SRR1146133 5 0.3366 0.66895 0.212 0.004 0.000 0.000 0.784
#> SRR1146134 3 0.5012 0.95300 0.000 0.032 0.600 0.004 0.364
#> SRR1146135 5 0.0703 0.44881 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1146136 5 0.3210 0.66947 0.212 0.000 0.000 0.000 0.788
#> SRR1146137 4 0.0566 0.79496 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1146138 4 0.1638 0.75692 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR1146139 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146140 1 0.0404 0.90496 0.988 0.012 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.90641 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146143 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146144 2 0.4367 0.57866 0.000 0.620 0.000 0.372 0.008
#> SRR1146145 2 0.1628 0.92097 0.000 0.936 0.000 0.056 0.008
#> SRR1146146 4 0.5149 0.71477 0.004 0.000 0.388 0.572 0.036
#> SRR1146147 5 0.4278 0.57996 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1146148 5 0.4299 0.65973 0.388 0.004 0.000 0.000 0.608
#> SRR1146149 5 0.4150 0.66058 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1146150 3 0.4986 0.97196 0.024 0.008 0.600 0.000 0.368
#> SRR1146151 3 0.4943 0.95214 0.000 0.012 0.596 0.016 0.376
#> SRR1146152 5 0.4114 0.66670 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1146153 4 0.2179 0.72125 0.000 0.100 0.000 0.896 0.004
#> SRR1146154 5 0.3895 0.67468 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1146155 1 0.0162 0.90512 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146156 1 0.4003 0.32386 0.704 0.008 0.000 0.000 0.288
#> SRR1146157 5 0.4436 0.65085 0.396 0.008 0.000 0.000 0.596
#> SRR1146158 5 0.4561 0.49362 0.488 0.008 0.000 0.000 0.504
#> SRR1146159 5 0.4114 0.66670 0.376 0.000 0.000 0.000 0.624
#> SRR1146160 1 0.4510 -0.29432 0.560 0.008 0.000 0.000 0.432
#> SRR1146161 5 0.4278 0.57996 0.452 0.000 0.000 0.000 0.548
#> SRR1146162 1 0.0000 0.90641 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.4722 0.97378 0.024 0.000 0.608 0.000 0.368
#> SRR1146164 1 0.0290 0.90546 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.90641 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.1704 0.75379 0.000 0.068 0.000 0.928 0.004
#> SRR1146167 4 0.0981 0.79175 0.000 0.012 0.008 0.972 0.008
#> SRR1146168 5 0.3508 0.67549 0.252 0.000 0.000 0.000 0.748
#> SRR1146169 2 0.1282 0.93126 0.000 0.952 0.000 0.044 0.004
#> SRR1146170 4 0.1764 0.75455 0.000 0.064 0.000 0.928 0.008
#> SRR1146171 4 0.0290 0.79258 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146172 4 0.0290 0.79258 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146173 4 0.4161 0.74301 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR1146174 4 0.1764 0.75455 0.000 0.064 0.000 0.928 0.008
#> SRR1146175 2 0.3053 0.82908 0.000 0.828 0.000 0.164 0.008
#> SRR1146176 2 0.4473 0.51529 0.000 0.580 0.000 0.412 0.008
#> SRR1146177 2 0.4497 0.49360 0.000 0.568 0.000 0.424 0.008
#> SRR1146178 4 0.0290 0.79400 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146179 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146180 4 0.4446 -0.00848 0.000 0.400 0.000 0.592 0.008
#> SRR1146181 4 0.4173 0.76120 0.000 0.000 0.300 0.688 0.012
#> SRR1146182 4 0.0290 0.79258 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146183 4 0.0290 0.79258 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146184 4 0.4416 0.74964 0.000 0.000 0.356 0.632 0.012
#> SRR1146185 4 0.4403 0.74365 0.000 0.000 0.384 0.608 0.008
#> SRR1146186 4 0.4299 0.74272 0.000 0.000 0.388 0.608 0.004
#> SRR1146187 4 0.1638 0.75692 0.000 0.064 0.000 0.932 0.004
#> SRR1146188 4 0.1764 0.75455 0.000 0.064 0.000 0.928 0.008
#> SRR1146189 4 0.1571 0.76003 0.000 0.060 0.000 0.936 0.004
#> SRR1146190 4 0.4403 0.74365 0.000 0.000 0.384 0.608 0.008
#> SRR1146191 4 0.4161 0.74301 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR1146192 4 0.4403 0.74365 0.000 0.000 0.384 0.608 0.008
#> SRR1146193 4 0.0000 0.79328 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146194 4 0.0404 0.79445 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146195 4 0.4403 0.74365 0.000 0.000 0.384 0.608 0.008
#> SRR1146196 4 0.0566 0.79496 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1146197 4 0.0566 0.79496 0.000 0.000 0.004 0.984 0.012
#> SRR1146198 4 0.4354 0.74733 0.000 0.000 0.368 0.624 0.008
#> SRR1146199 5 0.4273 0.58691 0.448 0.000 0.000 0.000 0.552
#> SRR1146200 4 0.0404 0.79445 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146201 4 0.4457 0.74658 0.000 0.000 0.368 0.620 0.012
#> SRR1146202 3 0.4874 0.95510 0.000 0.032 0.600 0.000 0.368
#> SRR1146203 1 0.0451 0.90189 0.988 0.008 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146204 5 0.0703 0.44881 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1146205 5 0.3128 0.65395 0.168 0.004 0.004 0.000 0.824
#> SRR1146206 3 0.5170 0.94717 0.024 0.012 0.564 0.000 0.400
#> SRR1146207 4 0.0290 0.79258 0.000 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146208 5 0.4455 0.64382 0.404 0.008 0.000 0.000 0.588
#> SRR1146209 5 0.4546 0.56009 0.460 0.008 0.000 0.000 0.532
#> SRR1146210 5 0.4549 0.55173 0.464 0.008 0.000 0.000 0.528
#> SRR1146211 1 0.3910 0.37699 0.720 0.008 0.000 0.000 0.272
#> SRR1146212 5 0.5255 -0.82131 0.024 0.012 0.468 0.000 0.496
#> SRR1146213 4 0.0000 0.79328 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146214 5 0.4151 0.67388 0.344 0.004 0.000 0.000 0.652
#> SRR1146215 1 0.0000 0.90641 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146217 5 0.3366 0.66895 0.212 0.004 0.000 0.000 0.784
#> SRR1146218 5 0.1978 0.36240 0.024 0.004 0.044 0.000 0.928
#> SRR1146219 5 0.0703 0.44881 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1146220 5 0.2127 0.58509 0.108 0.000 0.000 0.000 0.892
#> SRR1146221 5 0.4372 -0.34876 0.024 0.004 0.260 0.000 0.712
#> SRR1146222 1 0.0290 0.90587 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.4489 -0.25459 0.572 0.008 0.000 0.000 0.420
#> SRR1146224 3 0.5083 0.95261 0.000 0.036 0.596 0.004 0.364
#> SRR1146225 5 0.4150 0.66058 0.388 0.000 0.000 0.000 0.612
#> SRR1146226 5 0.4436 0.65085 0.396 0.008 0.000 0.000 0.596
#> SRR1146227 5 0.2915 0.18343 0.024 0.000 0.116 0.000 0.860
#> SRR1146228 3 0.4722 0.97378 0.024 0.000 0.608 0.000 0.368
#> SRR1146229 5 0.4497 0.61672 0.424 0.008 0.000 0.000 0.568
#> SRR1146230 4 0.4161 0.74301 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR1146231 4 0.4088 0.76186 0.000 0.000 0.304 0.688 0.008
#> SRR1146232 2 0.1121 0.93364 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.90641 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 5 0.4436 0.65085 0.396 0.008 0.000 0.000 0.596
#> SRR1146235 1 0.0579 0.89888 0.984 0.008 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146236 4 0.4161 0.74301 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR1146237 1 0.0162 0.90512 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146238 4 0.0992 0.79510 0.000 0.000 0.024 0.968 0.008
#> SRR1146239 5 0.2754 0.48748 0.080 0.004 0.032 0.000 0.884
#> SRR1146240 5 0.4546 0.56009 0.460 0.008 0.000 0.000 0.532
#> SRR1146241 1 0.0162 0.90553 0.996 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 5 0.4299 0.65973 0.388 0.004 0.000 0.000 0.608
#> SRR1146243 4 0.4161 0.74301 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR1146244 4 0.4161 0.74301 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR1146245 4 0.4109 0.76299 0.000 0.000 0.288 0.700 0.012
#> SRR1146246 4 0.4161 0.74301 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR1146247 4 0.4161 0.74301 0.000 0.000 0.392 0.608 0.000
#> SRR1146248 4 0.5149 0.71477 0.004 0.000 0.388 0.572 0.036
#> SRR1146249 4 0.4299 0.74272 0.000 0.000 0.388 0.608 0.004
#> SRR1146250 4 0.4313 0.15963 0.000 0.356 0.000 0.636 0.008
#> SRR1146252 1 0.0290 0.90546 0.992 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.90641 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 5 0.0703 0.44881 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.4246 0.73070 0.000 0.000 0.000 0.580 0.020 0.400
#> SRR1146077 1 0.0865 0.90220 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0865 0.90220 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1146079 5 0.4174 0.78884 0.172 0.000 0.000 0.092 0.736 0.000
#> SRR1146080 5 0.5239 0.70998 0.248 0.000 0.000 0.152 0.600 0.000
#> SRR1146081 1 0.0865 0.90220 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.0405 0.94756 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0260 0.90496 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.0405 0.94756 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0632 0.95616 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146086 2 0.0146 0.96089 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146087 1 0.1588 0.89650 0.924 0.000 0.000 0.072 0.004 0.000
#> SRR1146088 4 0.4581 0.66602 0.000 0.000 0.000 0.516 0.036 0.448
#> SRR1146089 3 0.0405 0.94756 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.0405 0.94756 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.0858 0.94482 0.000 0.004 0.968 0.028 0.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0865 0.90220 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0865 0.90220 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.1327 0.90028 0.936 0.000 0.000 0.064 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.1444 0.89794 0.928 0.000 0.000 0.072 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.5144 0.18872 0.000 0.536 0.000 0.372 0.092 0.000
#> SRR1146097 1 0.0865 0.90220 0.964 0.000 0.000 0.036 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0790 0.90262 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.0405 0.94756 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.4516 0.59075 0.700 0.000 0.000 0.112 0.188 0.000
#> SRR1146101 4 0.5303 0.75133 0.000 0.072 0.000 0.596 0.024 0.308
#> SRR1146102 3 0.0405 0.94756 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.2822 0.84120 0.004 0.000 0.856 0.032 0.108 0.000
#> SRR1146104 1 0.5085 0.31307 0.608 0.000 0.000 0.120 0.272 0.000
#> SRR1146105 3 0.0922 0.94147 0.004 0.000 0.968 0.024 0.004 0.000
#> SRR1146106 2 0.0260 0.96085 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146107 2 0.0146 0.96089 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146108 2 0.0260 0.96085 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146109 2 0.0260 0.95958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146110 1 0.0260 0.90640 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0260 0.95958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146112 5 0.4438 0.63976 0.004 0.000 0.208 0.080 0.708 0.000
#> SRR1146113 2 0.0260 0.96085 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146114 2 0.0146 0.96089 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.96097 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.0260 0.96085 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146117 2 0.0547 0.95717 0.000 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146118 2 0.0260 0.96085 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146119 5 0.3562 0.69172 0.004 0.000 0.176 0.036 0.784 0.000
#> SRR1146120 2 0.0260 0.96085 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146121 2 0.0146 0.96089 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146122 4 0.5229 0.75593 0.000 0.072 0.000 0.600 0.020 0.308
#> SRR1146123 5 0.3168 0.79157 0.172 0.000 0.000 0.024 0.804 0.000
#> SRR1146124 5 0.3556 0.79291 0.104 0.000 0.068 0.012 0.816 0.000
#> SRR1146125 4 0.4057 0.74590 0.000 0.000 0.000 0.600 0.012 0.388
#> SRR1146126 2 0.0146 0.96096 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146127 2 0.0632 0.95517 0.000 0.976 0.000 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146128 5 0.4174 0.77890 0.172 0.000 0.000 0.092 0.736 0.000
#> SRR1146129 3 0.0405 0.94756 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0146 0.96096 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146131 4 0.5166 0.27555 0.000 0.384 0.000 0.524 0.092 0.000
#> SRR1146132 3 0.3265 0.89196 0.004 0.000 0.828 0.112 0.056 0.000
#> SRR1146133 5 0.4930 0.78696 0.088 0.000 0.084 0.100 0.728 0.000
#> SRR1146134 3 0.1858 0.93062 0.000 0.004 0.904 0.092 0.000 0.000
#> SRR1146135 5 0.3878 0.69185 0.004 0.000 0.176 0.056 0.764 0.000
#> SRR1146136 5 0.4485 0.78671 0.088 0.000 0.084 0.064 0.764 0.000
#> SRR1146137 4 0.4282 0.71029 0.000 0.000 0.000 0.560 0.020 0.420
#> SRR1146138 4 0.5150 0.75641 0.000 0.072 0.000 0.604 0.016 0.308
#> SRR1146139 2 0.0891 0.95047 0.000 0.968 0.000 0.008 0.024 0.000
#> SRR1146140 1 0.0790 0.90262 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.90638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0260 0.95958 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146143 2 0.0790 0.94870 0.000 0.968 0.000 0.000 0.032 0.000
#> SRR1146144 4 0.4742 0.14805 0.000 0.440 0.000 0.512 0.048 0.000
#> SRR1146145 2 0.2625 0.86546 0.000 0.872 0.000 0.056 0.072 0.000
#> SRR1146146 6 0.1364 0.90663 0.000 0.000 0.004 0.004 0.048 0.944
#> SRR1146147 5 0.4675 0.75170 0.224 0.000 0.000 0.104 0.672 0.000
#> SRR1146148 5 0.4174 0.78893 0.172 0.000 0.000 0.092 0.736 0.000
#> SRR1146149 5 0.4174 0.78893 0.172 0.000 0.000 0.092 0.736 0.000
#> SRR1146150 3 0.1411 0.94050 0.004 0.000 0.936 0.060 0.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.1814 0.93000 0.000 0.000 0.900 0.100 0.000 0.000
#> SRR1146152 5 0.4185 0.79129 0.168 0.000 0.004 0.084 0.744 0.000
#> SRR1146153 4 0.5261 0.75428 0.000 0.076 0.000 0.600 0.020 0.304
#> SRR1146154 5 0.4785 0.79422 0.132 0.000 0.040 0.100 0.728 0.000
#> SRR1146155 1 0.0508 0.90248 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1146156 1 0.5313 0.10780 0.552 0.000 0.000 0.124 0.324 0.000
#> SRR1146157 5 0.4456 0.76741 0.180 0.000 0.000 0.112 0.708 0.000
#> SRR1146158 5 0.5600 0.64098 0.296 0.000 0.000 0.176 0.528 0.000
#> SRR1146159 5 0.4210 0.79315 0.164 0.000 0.008 0.080 0.748 0.000
#> SRR1146160 5 0.5713 0.53247 0.352 0.000 0.000 0.172 0.476 0.000
#> SRR1146161 5 0.4675 0.75170 0.224 0.000 0.000 0.104 0.672 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.90638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.0405 0.94662 0.004 0.000 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.1387 0.88545 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.90638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.5261 0.75428 0.000 0.076 0.000 0.600 0.020 0.304
#> SRR1146167 4 0.4859 0.68927 0.000 0.000 0.000 0.584 0.072 0.344
#> SRR1146168 5 0.4996 0.79063 0.104 0.000 0.068 0.108 0.720 0.000
#> SRR1146169 2 0.0603 0.95497 0.000 0.980 0.000 0.004 0.016 0.000
#> SRR1146170 4 0.5303 0.75133 0.000 0.072 0.000 0.596 0.024 0.308
#> SRR1146171 4 0.4254 0.73468 0.000 0.000 0.000 0.576 0.020 0.404
#> SRR1146172 4 0.4246 0.74224 0.000 0.000 0.000 0.580 0.020 0.400
#> SRR1146173 6 0.0547 0.92127 0.000 0.000 0.000 0.000 0.020 0.980
#> SRR1146174 4 0.5885 0.73286 0.000 0.072 0.000 0.556 0.064 0.308
#> SRR1146175 2 0.4125 0.67378 0.000 0.736 0.000 0.184 0.080 0.000
#> SRR1146176 4 0.5082 0.21148 0.000 0.408 0.000 0.512 0.080 0.000
#> SRR1146177 4 0.5127 0.27711 0.000 0.384 0.000 0.528 0.088 0.000
#> SRR1146178 4 0.4237 0.73341 0.000 0.000 0.000 0.584 0.020 0.396
#> SRR1146179 2 0.0260 0.96054 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146180 4 0.6292 0.48692 0.000 0.300 0.000 0.524 0.092 0.084
#> SRR1146181 6 0.3017 0.70721 0.000 0.000 0.000 0.164 0.020 0.816
#> SRR1146182 4 0.4886 0.73242 0.000 0.000 0.000 0.540 0.064 0.396
#> SRR1146183 4 0.4199 0.74865 0.000 0.000 0.000 0.600 0.020 0.380
#> SRR1146184 6 0.2039 0.85354 0.000 0.000 0.000 0.076 0.020 0.904
#> SRR1146185 6 0.0405 0.91906 0.000 0.000 0.000 0.004 0.008 0.988
#> SRR1146186 6 0.1364 0.90663 0.000 0.000 0.004 0.004 0.048 0.944
#> SRR1146187 4 0.5229 0.75593 0.000 0.072 0.000 0.600 0.020 0.308
#> SRR1146188 4 0.6108 0.72656 0.000 0.072 0.000 0.536 0.084 0.308
#> SRR1146189 4 0.5046 0.75808 0.000 0.060 0.000 0.604 0.016 0.320
#> SRR1146190 6 0.0000 0.92197 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146191 6 0.0260 0.92254 0.000 0.000 0.000 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146192 6 0.0993 0.90764 0.000 0.000 0.000 0.024 0.012 0.964
#> SRR1146193 4 0.4666 0.74238 0.000 0.000 0.000 0.564 0.048 0.388
#> SRR1146194 4 0.4544 0.71295 0.000 0.000 0.000 0.548 0.036 0.416
#> SRR1146195 6 0.0146 0.92141 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004 0.996
#> SRR1146196 4 0.4499 0.69798 0.000 0.000 0.000 0.540 0.032 0.428
#> SRR1146197 4 0.4361 0.70212 0.000 0.000 0.000 0.552 0.024 0.424
#> SRR1146198 6 0.1745 0.86949 0.000 0.000 0.000 0.068 0.012 0.920
#> SRR1146199 5 0.4756 0.74743 0.224 0.000 0.000 0.112 0.664 0.000
#> SRR1146200 4 0.4388 0.73170 0.000 0.000 0.000 0.572 0.028 0.400
#> SRR1146201 6 0.1807 0.87139 0.000 0.000 0.000 0.060 0.020 0.920
#> SRR1146202 3 0.1531 0.93933 0.000 0.004 0.928 0.068 0.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.1806 0.86198 0.908 0.000 0.000 0.088 0.004 0.000
#> SRR1146204 5 0.3915 0.68150 0.004 0.000 0.188 0.052 0.756 0.000
#> SRR1146205 5 0.5519 0.76309 0.068 0.000 0.088 0.136 0.692 0.016
#> SRR1146206 3 0.3265 0.89196 0.004 0.000 0.828 0.112 0.056 0.000
#> SRR1146207 4 0.4057 0.74615 0.000 0.000 0.000 0.600 0.012 0.388
#> SRR1146208 5 0.4655 0.74980 0.208 0.000 0.000 0.112 0.680 0.000
#> SRR1146209 5 0.5461 0.69821 0.248 0.000 0.000 0.184 0.568 0.000
#> SRR1146210 5 0.5169 0.66181 0.292 0.000 0.000 0.120 0.588 0.000
#> SRR1146211 1 0.5648 -0.00361 0.512 0.000 0.000 0.176 0.312 0.000
#> SRR1146212 3 0.4531 0.74746 0.004 0.000 0.712 0.112 0.172 0.000
#> SRR1146213 4 0.4219 0.74372 0.000 0.000 0.000 0.592 0.020 0.388
#> SRR1146214 5 0.4324 0.79138 0.152 0.000 0.020 0.076 0.752 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.90638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0146 0.96089 0.000 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146217 5 0.4974 0.78647 0.088 0.000 0.084 0.104 0.724 0.000
#> SRR1146218 5 0.4248 0.61437 0.004 0.000 0.236 0.052 0.708 0.000
#> SRR1146219 5 0.3911 0.68877 0.004 0.000 0.180 0.056 0.760 0.000
#> SRR1146220 5 0.3737 0.75029 0.048 0.000 0.124 0.024 0.804 0.000
#> SRR1146221 5 0.4955 0.13129 0.004 0.000 0.420 0.056 0.520 0.000
#> SRR1146222 1 0.0547 0.90491 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146223 5 0.5688 0.57422 0.328 0.000 0.000 0.176 0.496 0.000
#> SRR1146224 3 0.1908 0.93017 0.000 0.004 0.900 0.096 0.000 0.000
#> SRR1146225 5 0.4174 0.78893 0.172 0.000 0.000 0.092 0.736 0.000
#> SRR1146226 5 0.4456 0.76741 0.180 0.000 0.000 0.112 0.708 0.000
#> SRR1146227 5 0.4837 0.48833 0.004 0.000 0.312 0.068 0.616 0.000
#> SRR1146228 3 0.0692 0.94403 0.004 0.000 0.976 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146229 5 0.4819 0.72882 0.228 0.000 0.000 0.116 0.656 0.000
#> SRR1146230 6 0.0632 0.92055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146231 6 0.2877 0.70051 0.000 0.000 0.000 0.168 0.012 0.820
#> SRR1146232 2 0.0260 0.96085 0.000 0.992 0.000 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.90638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 5 0.4456 0.76741 0.180 0.000 0.000 0.112 0.708 0.000
#> SRR1146235 1 0.2633 0.82210 0.864 0.000 0.000 0.104 0.032 0.000
#> SRR1146236 6 0.0632 0.92170 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146237 1 0.0508 0.90248 0.984 0.000 0.000 0.012 0.004 0.000
#> SRR1146238 4 0.4941 0.68037 0.000 0.000 0.000 0.492 0.064 0.444
#> SRR1146239 5 0.5022 0.71316 0.040 0.000 0.164 0.096 0.700 0.000
#> SRR1146240 5 0.5552 0.68891 0.252 0.000 0.000 0.196 0.552 0.000
#> SRR1146241 1 0.1958 0.85699 0.896 0.000 0.000 0.100 0.004 0.000
#> SRR1146242 5 0.4079 0.78058 0.172 0.000 0.000 0.084 0.744 0.000
#> SRR1146243 6 0.0363 0.92245 0.000 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988
#> SRR1146244 6 0.0632 0.92055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146245 6 0.3269 0.65471 0.000 0.000 0.000 0.184 0.024 0.792
#> SRR1146246 6 0.0632 0.92055 0.000 0.000 0.000 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146247 6 0.0508 0.92205 0.000 0.000 0.000 0.004 0.012 0.984
#> SRR1146248 6 0.1364 0.90663 0.000 0.000 0.004 0.004 0.048 0.944
#> SRR1146249 6 0.1364 0.90663 0.000 0.000 0.004 0.004 0.048 0.944
#> SRR1146250 4 0.6497 0.54240 0.000 0.264 0.000 0.524 0.092 0.120
#> SRR1146252 1 0.1387 0.88545 0.932 0.000 0.000 0.068 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.90638 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 5 0.3628 0.70619 0.004 0.000 0.168 0.044 0.784 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "skmeans"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:skmeans"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'skmeans' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.994 0.998 0.5032 0.497 0.497
#> 3 3 0.994 0.953 0.980 0.2066 0.888 0.777
#> 4 4 0.877 0.863 0.941 0.1656 0.899 0.744
#> 5 5 0.813 0.811 0.886 0.0733 0.932 0.772
#> 6 6 0.868 0.833 0.893 0.0529 0.926 0.704
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146077 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146078 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146079 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146080 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146081 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146082 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146083 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146084 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146085 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146086 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146087 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146088 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146089 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146090 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146091 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146092 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146093 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146094 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146095 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146096 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146097 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146098 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146099 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146100 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146101 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146102 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146103 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146104 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146105 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146106 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146107 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146108 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146109 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146110 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146111 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146112 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146113 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146114 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146115 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146116 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146117 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146118 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146119 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146120 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146121 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146122 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146123 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146124 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146125 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146126 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146127 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146128 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146129 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146130 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146131 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146132 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146133 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146134 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146135 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146136 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146137 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146138 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146139 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146140 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146141 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146142 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146143 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146144 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146145 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146146 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146147 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146148 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146149 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146150 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146151 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146152 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146153 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146154 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146155 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146156 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146157 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146158 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146159 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146160 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146161 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146162 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146163 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146164 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146165 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146166 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146167 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146168 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146169 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146170 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146171 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146172 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146173 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146174 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146175 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146176 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146177 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146178 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146179 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146180 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146181 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146182 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146183 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146184 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146185 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146186 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146187 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146188 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146189 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146190 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146191 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146192 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146193 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146194 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146195 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146196 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146197 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146198 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146199 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146200 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146201 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146202 2 0.971 0.333 0.4 0.6
#> SRR1146203 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146204 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146205 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146206 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146207 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146208 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146209 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146210 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146211 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146212 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146213 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146214 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146215 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146216 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146217 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146218 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146219 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146220 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146221 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146222 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146223 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146224 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146225 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146226 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146227 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146228 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146229 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146230 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146231 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146232 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146233 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146234 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146235 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146236 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146237 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146238 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146239 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146240 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146241 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146242 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146243 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146244 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146245 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146246 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146247 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146248 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146249 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146250 2 0.000 0.995 0.0 1.0
#> SRR1146252 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146253 1 0.000 1.000 1.0 0.0
#> SRR1146254 1 0.000 1.000 1.0 0.0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146077 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.0424 0.943 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146083 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.0424 0.943 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146085 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146087 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146089 3 0.0424 0.943 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146090 3 0.0424 0.943 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146091 3 0.0424 0.938 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146092 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.0424 0.943 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146100 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146102 3 0.0424 0.943 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146103 3 0.4654 0.745 0.208 0.000 0.792
#> SRR1146104 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.0424 0.943 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146106 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146112 1 0.4346 0.750 0.816 0.000 0.184
#> SRR1146113 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146119 1 0.5678 0.515 0.684 0.000 0.316
#> SRR1146120 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146122 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146123 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146126 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146128 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146129 3 0.0424 0.943 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146130 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146132 3 0.0424 0.943 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146133 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146134 3 0.0424 0.938 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146135 1 0.5706 0.507 0.680 0.000 0.320
#> SRR1146136 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146138 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146139 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146145 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146146 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146147 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146150 3 0.0424 0.943 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146151 3 0.0424 0.938 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146152 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146154 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.0424 0.943 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146164 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146167 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146168 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146170 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146171 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146172 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146173 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146174 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146175 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146176 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146177 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146178 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146181 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146182 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146183 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146184 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146185 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146186 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146187 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146188 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146189 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146190 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146191 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146192 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146193 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146194 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146195 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146196 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146197 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146198 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146199 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146201 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146202 3 0.0424 0.938 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146203 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.6045 0.361 0.620 0.000 0.380
#> SRR1146205 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146206 3 0.0424 0.943 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146207 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146208 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146212 3 0.0424 0.943 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146213 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146214 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146217 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146218 3 0.5733 0.545 0.324 0.000 0.676
#> SRR1146219 1 0.6126 0.304 0.600 0.000 0.400
#> SRR1146220 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146221 3 0.4654 0.745 0.208 0.000 0.792
#> SRR1146222 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 3 0.0424 0.938 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146225 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 3 0.6126 0.359 0.400 0.000 0.600
#> SRR1146228 3 0.0424 0.943 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146229 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146231 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146232 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146237 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0237 0.996 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146239 1 0.6126 0.304 0.600 0.000 0.400
#> SRR1146240 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146244 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146245 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146246 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146247 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146248 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146249 2 0.0424 0.995 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146250 2 0.0000 0.997 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146252 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 2 0.4830 0.457 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1146077 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146087 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146088 4 0.3688 0.717 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1146089 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.0188 0.930 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146092 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.3801 0.716 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146102 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.3569 0.741 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146112 1 0.3444 0.752 0.816 0.000 0.184 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146119 1 0.4477 0.529 0.688 0.000 0.312 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146122 2 0.4543 0.599 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146123 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.4431 0.626 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1146126 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146128 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146129 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146132 3 0.0188 0.930 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146133 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146134 3 0.0188 0.930 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146135 1 0.4522 0.512 0.680 0.000 0.320 0.000
#> SRR1146136 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146137 4 0.3569 0.734 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146138 2 0.4543 0.599 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146139 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146145 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146146 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146147 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146150 3 0.0188 0.930 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146151 3 0.0188 0.930 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146152 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146154 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.4543 0.599 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146167 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146168 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146170 2 0.3801 0.716 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146171 4 0.4431 0.547 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1146172 4 0.4585 0.483 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1146173 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146174 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146175 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146176 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146177 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146178 2 0.4543 0.599 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146179 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146181 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146182 2 0.4543 0.599 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146183 2 0.4543 0.599 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146184 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146185 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146186 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146187 2 0.4431 0.626 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1146188 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146189 2 0.4543 0.599 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146190 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146191 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146192 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146193 2 0.4543 0.599 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146194 4 0.4585 0.483 0.000 0.332 0.000 0.668
#> SRR1146195 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146196 4 0.4543 0.503 0.000 0.324 0.000 0.676
#> SRR1146197 4 0.3569 0.734 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146198 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146199 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.4776 0.495 0.000 0.624 0.000 0.376
#> SRR1146201 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146202 3 0.0188 0.930 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146203 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.4790 0.368 0.620 0.000 0.380 0.000
#> SRR1146205 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146206 3 0.0188 0.930 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146207 2 0.4543 0.599 0.000 0.676 0.000 0.324
#> SRR1146208 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146212 3 0.0188 0.930 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146213 2 0.4431 0.626 0.000 0.696 0.000 0.304
#> SRR1146214 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146217 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146218 3 0.4522 0.543 0.320 0.000 0.680 0.000
#> SRR1146219 1 0.4866 0.302 0.596 0.000 0.404 0.000
#> SRR1146220 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146221 3 0.3569 0.741 0.196 0.000 0.804 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 3 0.0188 0.930 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146225 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 3 0.4843 0.358 0.396 0.000 0.604 0.000
#> SRR1146228 3 0.0000 0.930 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146231 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146232 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146237 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.4866 0.426 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1146239 1 0.4855 0.312 0.600 0.000 0.400 0.000
#> SRR1146240 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146244 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146245 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146246 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146247 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146248 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146249 4 0.0188 0.914 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146250 2 0.0000 0.879 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146252 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 0.969 1.000 0.000 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 2 0.5243 0.3667 0.000 0.540 0.000 0.412 0.048
#> SRR1146077 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.0880 0.9017 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146083 1 0.3586 0.5249 0.736 0.000 0.000 0.000 0.264
#> SRR1146084 3 0.0880 0.9017 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146085 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146087 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146088 4 0.4170 0.6732 0.000 0.192 0.000 0.760 0.048
#> SRR1146089 3 0.1197 0.8934 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146090 3 0.0880 0.9017 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146091 3 0.2690 0.8916 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1146092 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.0880 0.9017 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146100 5 0.4287 0.5025 0.460 0.000 0.000 0.000 0.540
#> SRR1146101 2 0.4536 0.6645 0.000 0.712 0.000 0.240 0.048
#> SRR1146102 3 0.0880 0.9017 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146103 3 0.4276 0.3977 0.004 0.000 0.616 0.000 0.380
#> SRR1146104 1 0.0290 0.9298 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146105 3 0.1197 0.8934 0.000 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146106 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.3756 0.8626 0.248 0.000 0.008 0.000 0.744
#> SRR1146113 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146119 5 0.3970 0.8594 0.236 0.000 0.020 0.000 0.744
#> SRR1146120 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146122 2 0.4990 0.5660 0.000 0.628 0.000 0.324 0.048
#> SRR1146123 1 0.3684 0.4836 0.720 0.000 0.000 0.000 0.280
#> SRR1146124 5 0.3730 0.8637 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1146125 2 0.4938 0.5827 0.000 0.640 0.000 0.312 0.048
#> SRR1146126 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146128 1 0.4074 0.2014 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1146129 3 0.0880 0.9017 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146130 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146132 3 0.2690 0.8916 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1146133 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146134 3 0.2971 0.8881 0.000 0.008 0.836 0.000 0.156
#> SRR1146135 5 0.4029 0.8577 0.232 0.000 0.024 0.000 0.744
#> SRR1146136 5 0.3752 0.8608 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1146137 4 0.4065 0.6909 0.000 0.180 0.000 0.772 0.048
#> SRR1146138 2 0.4990 0.5660 0.000 0.628 0.000 0.324 0.048
#> SRR1146139 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0510 0.9220 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1146142 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.1597 0.8350 0.000 0.940 0.000 0.012 0.048
#> SRR1146145 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146146 4 0.1270 0.8762 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146147 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.0963 0.9005 0.964 0.000 0.000 0.000 0.036
#> SRR1146149 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146150 3 0.2690 0.8916 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1146151 3 0.2971 0.8881 0.000 0.008 0.836 0.000 0.156
#> SRR1146152 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.2520 0.8119 0.000 0.896 0.000 0.056 0.048
#> SRR1146154 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.3796 0.4268 0.700 0.000 0.000 0.000 0.300
#> SRR1146156 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 5 0.3752 0.8608 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1146158 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.0880 0.9017 0.000 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146164 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.4990 0.5660 0.000 0.628 0.000 0.324 0.048
#> SRR1146167 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146168 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146170 2 0.4536 0.6645 0.000 0.712 0.000 0.240 0.048
#> SRR1146171 4 0.4758 0.5190 0.000 0.276 0.000 0.676 0.048
#> SRR1146172 4 0.4920 0.4402 0.000 0.308 0.000 0.644 0.048
#> SRR1146173 4 0.1270 0.8762 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146174 2 0.2067 0.8252 0.000 0.920 0.000 0.032 0.048
#> SRR1146175 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146176 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146177 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146178 2 0.4990 0.5660 0.000 0.628 0.000 0.324 0.048
#> SRR1146179 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146181 4 0.0404 0.8760 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146182 2 0.4990 0.5660 0.000 0.628 0.000 0.324 0.048
#> SRR1146183 2 0.4990 0.5660 0.000 0.628 0.000 0.324 0.048
#> SRR1146184 4 0.0000 0.8795 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146185 4 0.0794 0.8819 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146186 4 0.1270 0.8762 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146187 2 0.4938 0.5827 0.000 0.640 0.000 0.312 0.048
#> SRR1146188 2 0.1197 0.8404 0.000 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1146189 2 0.4990 0.5660 0.000 0.628 0.000 0.324 0.048
#> SRR1146190 4 0.0794 0.8819 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146191 4 0.0794 0.8819 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146192 4 0.0000 0.8795 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146193 2 0.4990 0.5660 0.000 0.628 0.000 0.324 0.048
#> SRR1146194 4 0.4843 0.4825 0.000 0.292 0.000 0.660 0.048
#> SRR1146195 4 0.0794 0.8819 0.000 0.000 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146196 4 0.4822 0.4922 0.000 0.288 0.000 0.664 0.048
#> SRR1146197 4 0.4065 0.6909 0.000 0.180 0.000 0.772 0.048
#> SRR1146198 4 0.0404 0.8760 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146199 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.5195 0.4300 0.000 0.564 0.000 0.388 0.048
#> SRR1146201 4 0.0000 0.8795 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146202 3 0.2690 0.8916 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1146203 1 0.3395 0.5890 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1146204 5 0.4180 0.8492 0.220 0.000 0.036 0.000 0.744
#> SRR1146205 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146206 3 0.2690 0.8916 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1146207 2 0.4990 0.5660 0.000 0.628 0.000 0.324 0.048
#> SRR1146208 5 0.3730 0.8637 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1146209 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.3395 0.5890 0.764 0.000 0.000 0.000 0.236
#> SRR1146211 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146212 3 0.2690 0.8916 0.000 0.000 0.844 0.000 0.156
#> SRR1146213 2 0.4938 0.5827 0.000 0.640 0.000 0.312 0.048
#> SRR1146214 5 0.3730 0.8637 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1146215 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146217 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146218 5 0.4620 0.4041 0.028 0.000 0.320 0.000 0.652
#> SRR1146219 5 0.4573 0.6782 0.092 0.000 0.164 0.000 0.744
#> SRR1146220 5 0.3730 0.8637 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1146221 5 0.4622 0.0687 0.012 0.000 0.440 0.000 0.548
#> SRR1146222 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 3 0.3183 0.8832 0.000 0.016 0.828 0.000 0.156
#> SRR1146225 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146226 5 0.3752 0.8608 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1146227 5 0.4224 0.5812 0.040 0.000 0.216 0.000 0.744
#> SRR1146228 3 0.0963 0.9000 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146229 5 0.3730 0.8637 0.288 0.000 0.000 0.000 0.712
#> SRR1146230 4 0.1270 0.8762 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146231 4 0.0609 0.8723 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146232 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0290 0.9298 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146234 5 0.3752 0.8608 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1146235 1 0.3508 0.5535 0.748 0.000 0.000 0.000 0.252
#> SRR1146236 4 0.1270 0.8762 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146237 1 0.4074 0.2014 0.636 0.000 0.000 0.000 0.364
#> SRR1146238 2 0.5236 0.3777 0.000 0.544 0.000 0.408 0.048
#> SRR1146239 5 0.4180 0.8492 0.220 0.000 0.036 0.000 0.744
#> SRR1146240 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 5 0.3752 0.8608 0.292 0.000 0.000 0.000 0.708
#> SRR1146243 4 0.0963 0.8804 0.000 0.000 0.000 0.964 0.036
#> SRR1146244 4 0.1270 0.8762 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146245 4 0.0404 0.8760 0.000 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146246 4 0.1270 0.8762 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146247 4 0.0609 0.8817 0.000 0.000 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146248 4 0.1270 0.8762 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146249 4 0.1270 0.8762 0.000 0.000 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146250 2 0.0000 0.8600 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146252 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.9369 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 5 0.3586 0.8645 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.1610 0.8763 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1146077 1 0.0000 0.9315 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.9315 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0547 0.9257 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0458 0.9274 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.9315 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.3776 0.8908 0.000 0.000 0.756 0.048 0.196 0.000
#> SRR1146083 1 0.3583 0.5877 0.728 0.000 0.000 0.004 0.260 0.008
#> SRR1146084 3 0.3776 0.8908 0.000 0.000 0.756 0.048 0.196 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146087 1 0.0000 0.9315 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146088 4 0.1845 0.8550 0.000 0.052 0.000 0.920 0.000 0.028
#> SRR1146089 3 0.3864 0.8838 0.000 0.000 0.744 0.048 0.208 0.000
#> SRR1146090 3 0.3776 0.8908 0.000 0.000 0.756 0.048 0.196 0.000
#> SRR1146091 3 0.0000 0.8806 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0146 0.9312 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.9315 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.9315 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.9315 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.0000 0.9315 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0405 0.9299 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146099 3 0.3746 0.8910 0.000 0.000 0.760 0.048 0.192 0.000
#> SRR1146100 5 0.4135 0.4732 0.404 0.000 0.000 0.004 0.584 0.008
#> SRR1146101 4 0.1663 0.8738 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1146102 3 0.3776 0.8908 0.000 0.000 0.756 0.048 0.196 0.000
#> SRR1146103 5 0.3872 -0.2192 0.000 0.000 0.392 0.004 0.604 0.000
#> SRR1146104 1 0.0665 0.9261 0.980 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR1146105 3 0.3864 0.8838 0.000 0.000 0.744 0.048 0.208 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.9315 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.2558 0.8594 0.156 0.000 0.000 0.004 0.840 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146119 5 0.2431 0.8496 0.132 0.000 0.000 0.008 0.860 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146122 4 0.1610 0.8763 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1146123 1 0.3733 0.5277 0.700 0.000 0.000 0.004 0.288 0.008
#> SRR1146124 5 0.2980 0.8630 0.192 0.000 0.000 0.008 0.800 0.000
#> SRR1146125 4 0.1610 0.8763 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1146126 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146128 1 0.4127 0.1962 0.588 0.000 0.000 0.004 0.400 0.008
#> SRR1146129 3 0.3776 0.8908 0.000 0.000 0.756 0.048 0.196 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146132 3 0.0260 0.8793 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.0405 0.9299 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146134 3 0.0260 0.8793 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146135 5 0.2260 0.8533 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1146136 5 0.3012 0.8613 0.196 0.000 0.000 0.008 0.796 0.000
#> SRR1146137 4 0.1863 0.8455 0.000 0.044 0.000 0.920 0.000 0.036
#> SRR1146138 4 0.1610 0.8763 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1146139 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0405 0.9299 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146141 1 0.0767 0.9234 0.976 0.000 0.000 0.004 0.012 0.008
#> SRR1146142 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 4 0.3823 0.3105 0.000 0.436 0.000 0.564 0.000 0.000
#> SRR1146145 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146146 6 0.0260 0.8168 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146147 1 0.0547 0.9257 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.1003 0.9198 0.964 0.000 0.000 0.020 0.016 0.000
#> SRR1146149 1 0.0547 0.9257 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146150 3 0.0146 0.8801 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.0260 0.8793 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146152 1 0.0547 0.9257 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146153 4 0.1910 0.8548 0.000 0.108 0.000 0.892 0.000 0.000
#> SRR1146154 1 0.0547 0.9257 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.3861 0.4598 0.672 0.000 0.000 0.004 0.316 0.008
#> SRR1146156 1 0.0405 0.9299 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146157 5 0.3074 0.8611 0.200 0.000 0.000 0.004 0.792 0.004
#> SRR1146158 1 0.0405 0.9299 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146159 1 0.0692 0.9265 0.976 0.000 0.000 0.020 0.000 0.004
#> SRR1146160 1 0.0291 0.9314 0.992 0.000 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146161 1 0.0547 0.9257 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0405 0.9299 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146163 3 0.3776 0.8908 0.000 0.000 0.756 0.048 0.196 0.000
#> SRR1146164 1 0.0000 0.9315 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0405 0.9299 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146166 4 0.1610 0.8763 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1146167 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146168 1 0.0547 0.9257 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146170 4 0.1663 0.8738 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1146171 4 0.1845 0.8550 0.000 0.052 0.000 0.920 0.000 0.028
#> SRR1146172 4 0.1807 0.8622 0.000 0.060 0.000 0.920 0.000 0.020
#> SRR1146173 6 0.0363 0.8178 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146174 4 0.3563 0.5593 0.000 0.336 0.000 0.664 0.000 0.000
#> SRR1146175 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146176 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146177 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146178 4 0.1610 0.8763 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146181 4 0.3765 0.0837 0.000 0.000 0.000 0.596 0.000 0.404
#> SRR1146182 4 0.1663 0.8740 0.000 0.088 0.000 0.912 0.000 0.000
#> SRR1146183 4 0.1556 0.8745 0.000 0.080 0.000 0.920 0.000 0.000
#> SRR1146184 6 0.3864 0.3005 0.000 0.000 0.000 0.480 0.000 0.520
#> SRR1146185 6 0.3050 0.7419 0.000 0.000 0.000 0.236 0.000 0.764
#> SRR1146186 6 0.0260 0.8168 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146187 4 0.1610 0.8763 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1146188 2 0.3756 0.2378 0.000 0.600 0.000 0.400 0.000 0.000
#> SRR1146189 4 0.1610 0.8763 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1146190 6 0.2854 0.7666 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1146191 6 0.2823 0.7689 0.000 0.000 0.000 0.204 0.000 0.796
#> SRR1146192 6 0.3847 0.3690 0.000 0.000 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1146193 4 0.1714 0.8709 0.000 0.092 0.000 0.908 0.000 0.000
#> SRR1146194 4 0.1890 0.8620 0.000 0.060 0.000 0.916 0.000 0.024
#> SRR1146195 6 0.2854 0.7666 0.000 0.000 0.000 0.208 0.000 0.792
#> SRR1146196 4 0.1829 0.8588 0.000 0.056 0.000 0.920 0.000 0.024
#> SRR1146197 4 0.1863 0.8455 0.000 0.044 0.000 0.920 0.000 0.036
#> SRR1146198 4 0.3810 -0.0171 0.000 0.000 0.000 0.572 0.000 0.428
#> SRR1146199 1 0.0547 0.9257 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146200 4 0.1610 0.8763 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1146201 6 0.3857 0.3368 0.000 0.000 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1146202 3 0.0146 0.8801 0.000 0.000 0.996 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.3384 0.6473 0.760 0.000 0.000 0.004 0.228 0.008
#> SRR1146204 5 0.2260 0.8533 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1146205 1 0.0692 0.9238 0.976 0.000 0.000 0.020 0.004 0.000
#> SRR1146206 3 0.0260 0.8793 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146207 4 0.1610 0.8763 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1146208 5 0.3011 0.8646 0.192 0.000 0.000 0.004 0.800 0.004
#> SRR1146209 1 0.0146 0.9307 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.3384 0.6473 0.760 0.000 0.000 0.004 0.228 0.008
#> SRR1146211 1 0.0000 0.9315 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146212 3 0.0260 0.8793 0.000 0.000 0.992 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146213 4 0.1610 0.8763 0.000 0.084 0.000 0.916 0.000 0.000
#> SRR1146214 5 0.3043 0.8631 0.196 0.000 0.000 0.004 0.796 0.004
#> SRR1146215 1 0.0405 0.9299 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146216 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146217 1 0.0405 0.9299 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146218 5 0.1444 0.6034 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928 0.000
#> SRR1146219 5 0.1007 0.7473 0.044 0.000 0.000 0.000 0.956 0.000
#> SRR1146220 5 0.2948 0.8639 0.188 0.000 0.000 0.008 0.804 0.000
#> SRR1146221 5 0.2883 0.3418 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788 0.000
#> SRR1146222 1 0.0405 0.9299 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146223 1 0.0547 0.9257 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146224 3 0.0405 0.8772 0.000 0.004 0.988 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146225 1 0.0547 0.9257 0.980 0.000 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146226 5 0.3183 0.8592 0.200 0.000 0.000 0.004 0.788 0.008
#> SRR1146227 5 0.0000 0.6826 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146228 3 0.3806 0.8886 0.000 0.000 0.752 0.048 0.200 0.000
#> SRR1146229 5 0.3011 0.8646 0.192 0.000 0.000 0.004 0.800 0.004
#> SRR1146230 6 0.0363 0.8178 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146231 4 0.3737 0.1273 0.000 0.000 0.000 0.608 0.000 0.392
#> SRR1146232 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0665 0.9261 0.980 0.000 0.000 0.004 0.008 0.008
#> SRR1146234 5 0.3074 0.8611 0.200 0.000 0.000 0.004 0.792 0.004
#> SRR1146235 1 0.3512 0.6113 0.740 0.000 0.000 0.004 0.248 0.008
#> SRR1146236 6 0.0363 0.8178 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146237 1 0.4100 0.2408 0.600 0.000 0.000 0.004 0.388 0.008
#> SRR1146238 4 0.2988 0.7882 0.000 0.152 0.000 0.824 0.000 0.024
#> SRR1146239 5 0.2260 0.8533 0.140 0.000 0.000 0.000 0.860 0.000
#> SRR1146240 1 0.0000 0.9315 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0551 0.9282 0.984 0.000 0.000 0.004 0.004 0.008
#> SRR1146242 5 0.3183 0.8592 0.200 0.000 0.000 0.004 0.788 0.008
#> SRR1146243 6 0.1957 0.8045 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1146244 6 0.0363 0.8178 0.000 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988
#> SRR1146245 4 0.3774 0.0681 0.000 0.000 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1146246 6 0.0260 0.8168 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146247 6 0.3428 0.6588 0.000 0.000 0.000 0.304 0.000 0.696
#> SRR1146248 6 0.0260 0.8168 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146249 6 0.0260 0.8168 0.000 0.000 0.000 0.008 0.000 0.992
#> SRR1146250 2 0.0000 0.9868 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146252 1 0.0146 0.9307 0.996 0.000 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0405 0.9299 0.988 0.000 0.000 0.004 0.000 0.008
#> SRR1146254 5 0.2595 0.8618 0.160 0.000 0.000 0.004 0.836 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "pam"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:pam"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'pam' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 5.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.963 0.985 0.5020 0.497 0.497
#> 3 3 0.950 0.912 0.957 0.2448 0.863 0.730
#> 4 4 0.915 0.892 0.955 0.1725 0.883 0.693
#> 5 5 0.918 0.880 0.950 0.0787 0.906 0.672
#> 6 6 0.820 0.766 0.854 0.0374 0.952 0.779
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 5
#> attr(,"optional")
#> [1] 2 3 4
There is also optional best \(k\) = 2 3 4 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146077 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146089 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146090 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146091 1 0.6973 0.758 0.812 0.188
#> SRR1146092 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146102 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146112 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146123 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146126 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146127 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146131 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146132 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146134 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146135 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146138 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146139 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146144 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146145 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146146 1 0.9944 0.114 0.544 0.456
#> SRR1146147 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.0938 0.980 0.988 0.012
#> SRR1146151 2 0.7139 0.760 0.196 0.804
#> SRR1146152 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146154 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146167 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146168 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146170 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146171 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146172 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146173 2 0.7139 0.760 0.196 0.804
#> SRR1146174 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146175 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146176 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146177 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146181 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146182 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146183 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146184 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146185 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146186 2 0.8267 0.660 0.260 0.740
#> SRR1146187 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146188 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146189 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146190 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146191 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146192 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146193 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146194 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146195 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146196 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146197 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146198 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146199 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146201 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146202 2 0.9866 0.266 0.432 0.568
#> SRR1146203 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146205 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146206 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146207 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146212 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146213 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146217 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146218 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146224 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146225 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146231 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146232 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146239 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146244 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146245 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146246 2 0.7139 0.760 0.196 0.804
#> SRR1146247 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146248 2 0.9988 0.111 0.480 0.520
#> SRR1146249 2 0.7376 0.743 0.208 0.792
#> SRR1146250 2 0.0000 0.977 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 0.992 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146077 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0475 0.9803 0.992 0.004 0.004
#> SRR1146080 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146083 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146085 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146086 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146087 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146089 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146090 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146091 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146092 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146097 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146100 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 3 0.6252 0.2071 0.000 0.444 0.556
#> SRR1146102 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146103 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146104 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146106 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146107 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146108 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146109 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146110 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146112 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146113 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146114 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146115 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146116 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146117 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146118 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146119 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146120 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146121 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146122 2 0.6295 0.0734 0.000 0.528 0.472
#> SRR1146123 1 0.0475 0.9803 0.992 0.004 0.004
#> SRR1146124 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146125 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146126 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146127 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146128 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146130 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146131 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146132 1 0.1453 0.9739 0.968 0.024 0.008
#> SRR1146133 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146134 3 0.4796 0.7019 0.000 0.220 0.780
#> SRR1146135 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146136 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146137 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146138 2 0.3412 0.8375 0.000 0.876 0.124
#> SRR1146139 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146140 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146143 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146144 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146145 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146146 2 0.0424 0.9157 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146147 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146150 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146151 2 0.7970 0.3595 0.080 0.596 0.324
#> SRR1146152 1 0.1015 0.9780 0.980 0.012 0.008
#> SRR1146153 3 0.6244 0.2194 0.000 0.440 0.560
#> SRR1146154 1 0.1015 0.9780 0.980 0.012 0.008
#> SRR1146155 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.1015 0.9780 0.980 0.012 0.008
#> SRR1146160 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146164 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.5291 0.6294 0.000 0.732 0.268
#> SRR1146167 2 0.5760 0.5020 0.000 0.672 0.328
#> SRR1146168 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146169 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146170 3 0.6280 0.1532 0.000 0.460 0.540
#> SRR1146171 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146172 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146173 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146174 3 0.5465 0.5868 0.000 0.288 0.712
#> SRR1146175 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146176 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146177 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146178 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146179 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146180 3 0.1643 0.8991 0.000 0.044 0.956
#> SRR1146181 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146182 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146183 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146184 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146185 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146186 2 0.0000 0.9244 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146187 3 0.6260 0.1942 0.000 0.448 0.552
#> SRR1146188 2 0.6008 0.4018 0.000 0.628 0.372
#> SRR1146189 2 0.5216 0.6443 0.000 0.740 0.260
#> SRR1146190 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146191 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146192 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146193 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146194 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146195 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146196 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146197 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146198 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146199 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146201 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146202 1 0.9698 0.0183 0.436 0.228 0.336
#> SRR1146203 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146205 1 0.4755 0.7909 0.808 0.184 0.008
#> SRR1146206 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146207 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146208 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146212 1 0.4413 0.8246 0.832 0.160 0.008
#> SRR1146213 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146214 1 0.1170 0.9772 0.976 0.016 0.008
#> SRR1146215 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146217 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146218 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146219 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146220 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146221 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146222 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 3 0.4887 0.6954 0.000 0.228 0.772
#> SRR1146225 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146228 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
#> SRR1146229 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146231 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146232 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146233 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146237 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146239 1 0.0475 0.9803 0.992 0.004 0.004
#> SRR1146240 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0237 0.9809 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146243 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146244 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146245 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146246 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146247 2 0.0892 0.9438 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146248 2 0.0424 0.9157 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146249 2 0.0000 0.9244 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146250 3 0.0424 0.9299 0.000 0.008 0.992
#> SRR1146252 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.9814 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.1315 0.9761 0.972 0.020 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146077 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.1389 0.9295 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1146080 1 0.0336 0.9505 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146087 1 0.0336 0.9505 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146088 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146089 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.4989 0.1225 0.000 0.528 0.000 0.472
#> SRR1146102 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146112 3 0.4331 0.5744 0.288 0.000 0.712 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146119 3 0.3801 0.6942 0.220 0.000 0.780 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146122 4 0.4972 0.1110 0.000 0.456 0.000 0.544
#> SRR1146123 1 0.1474 0.9269 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146124 1 0.2408 0.8879 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1146125 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146126 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146128 1 0.0592 0.9476 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146129 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146132 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146133 1 0.2469 0.8843 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1146134 3 0.0336 0.9526 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146135 1 0.4933 0.3035 0.568 0.000 0.432 0.000
#> SRR1146136 1 0.2469 0.8843 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1146137 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146138 4 0.2647 0.8328 0.000 0.120 0.000 0.880
#> SRR1146139 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146145 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146146 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146147 1 0.0336 0.9505 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146148 1 0.0469 0.9492 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146149 1 0.0592 0.9476 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146150 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.0336 0.9526 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146152 1 0.2149 0.9015 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1146153 2 0.4967 0.1870 0.000 0.548 0.000 0.452
#> SRR1146154 1 0.2149 0.9015 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1146155 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0592 0.9477 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146158 1 0.0336 0.9505 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146159 1 0.2149 0.9015 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1146160 1 0.0336 0.9505 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146161 1 0.0336 0.9505 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.4103 0.6339 0.000 0.256 0.000 0.744
#> SRR1146167 4 0.4500 0.5087 0.000 0.316 0.000 0.684
#> SRR1146168 1 0.2469 0.8843 0.892 0.000 0.108 0.000
#> SRR1146169 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146170 2 0.4996 0.0794 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1146171 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146172 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146173 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146174 2 0.4382 0.5609 0.000 0.704 0.000 0.296
#> SRR1146175 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146176 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146177 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146178 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146181 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146182 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146183 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146184 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146185 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146186 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146187 2 0.4981 0.1493 0.000 0.536 0.000 0.464
#> SRR1146188 4 0.4679 0.4329 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1146189 4 0.4040 0.6483 0.000 0.248 0.000 0.752
#> SRR1146190 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146191 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146192 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146193 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146194 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146195 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146196 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146197 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146198 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146199 1 0.0336 0.9505 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146200 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146201 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146202 3 0.0336 0.9526 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146203 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 3 0.0707 0.9416 0.020 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146205 1 0.3610 0.7778 0.800 0.000 0.200 0.000
#> SRR1146206 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146207 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.4585 0.5068 0.668 0.000 0.332 0.000
#> SRR1146209 1 0.0336 0.9505 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146210 1 0.0336 0.9505 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146211 1 0.0336 0.9505 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146212 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146213 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.2081 0.9047 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146217 1 0.3356 0.8096 0.824 0.000 0.176 0.000
#> SRR1146218 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146219 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.2530 0.8807 0.888 0.000 0.112 0.000
#> SRR1146221 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0336 0.9505 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146224 3 0.0469 0.9490 0.000 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146225 1 0.0592 0.9476 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146226 1 0.0336 0.9505 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146227 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146228 3 0.0000 0.9593 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.4406 0.5589 0.700 0.000 0.300 0.000
#> SRR1146230 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146231 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146232 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0336 0.9505 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146239 3 0.4661 0.4447 0.348 0.000 0.652 0.000
#> SRR1146240 1 0.0336 0.9505 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.1389 0.9295 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1146243 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146244 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146245 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146246 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146247 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146248 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146249 4 0.0000 0.9561 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.0000 0.9354 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146252 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.9509 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.4933 0.3035 0.568 0.000 0.432 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146077 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 5 0.0703 0.9276 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1146080 5 0.0703 0.9276 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1146081 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0703 0.9347 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1146084 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146087 5 0.2852 0.7871 0.172 0.000 0.000 0.000 0.828
#> SRR1146088 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146089 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.1671 0.9068 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1146095 1 0.1671 0.9068 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1146096 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.3983 0.5662 0.660 0.000 0.000 0.000 0.340
#> SRR1146101 2 0.4297 0.1230 0.000 0.528 0.000 0.472 0.000
#> SRR1146102 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.2424 0.8289 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1146104 5 0.2329 0.8328 0.124 0.000 0.000 0.000 0.876
#> SRR1146105 3 0.2424 0.8289 0.000 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1146106 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.1851 0.8971 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1146113 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146119 5 0.1671 0.9054 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1146120 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146122 4 0.4283 0.1105 0.000 0.456 0.000 0.544 0.000
#> SRR1146123 5 0.0000 0.9294 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146124 5 0.1270 0.9170 0.000 0.000 0.052 0.000 0.948
#> SRR1146125 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146126 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146128 5 0.0000 0.9294 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146129 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146132 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146133 5 0.1608 0.9081 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1146134 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146135 5 0.1608 0.9081 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1146136 5 0.1608 0.9081 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1146137 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146138 4 0.2280 0.8329 0.000 0.120 0.000 0.880 0.000
#> SRR1146139 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146145 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146146 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146147 5 0.0703 0.9276 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1146148 5 0.0000 0.9294 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146149 5 0.0703 0.9276 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1146150 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146152 5 0.0000 0.9294 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146153 2 0.4278 0.1876 0.000 0.548 0.000 0.452 0.000
#> SRR1146154 5 0.0703 0.9276 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1146155 1 0.0703 0.9347 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1146156 1 0.3707 0.6628 0.716 0.000 0.000 0.000 0.284
#> SRR1146157 5 0.0000 0.9294 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146158 5 0.0000 0.9294 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146159 5 0.0000 0.9294 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146160 5 0.1197 0.9157 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1146161 5 0.0703 0.9276 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1146162 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.1671 0.9068 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1146165 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.3534 0.6339 0.000 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1146167 4 0.4029 0.5042 0.000 0.316 0.004 0.680 0.000
#> SRR1146168 5 0.1608 0.9081 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1146169 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146170 2 0.4304 0.0800 0.000 0.516 0.000 0.484 0.000
#> SRR1146171 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146172 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146173 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146174 2 0.3816 0.5460 0.000 0.696 0.000 0.304 0.000
#> SRR1146175 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146176 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146177 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146178 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146181 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146182 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146183 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146184 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146185 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146186 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146187 2 0.4291 0.1499 0.000 0.536 0.000 0.464 0.000
#> SRR1146188 4 0.3999 0.4523 0.000 0.344 0.000 0.656 0.000
#> SRR1146189 4 0.3480 0.6484 0.000 0.248 0.000 0.752 0.000
#> SRR1146190 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146191 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146192 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146193 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146194 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146195 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146196 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146197 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146198 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146199 5 0.0703 0.9276 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1146200 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146201 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146202 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.0794 0.9337 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1146204 5 0.1671 0.9054 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1146205 5 0.2248 0.8929 0.000 0.000 0.088 0.012 0.900
#> SRR1146206 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146207 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146208 5 0.1478 0.8927 0.064 0.000 0.000 0.000 0.936
#> SRR1146209 5 0.0703 0.9276 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1146210 5 0.0609 0.9251 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1146211 5 0.0880 0.9245 0.032 0.000 0.000 0.000 0.968
#> SRR1146212 3 0.4304 -0.0622 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1146213 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146214 5 0.0162 0.9294 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146215 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146217 5 0.1671 0.9054 0.000 0.000 0.076 0.000 0.924
#> SRR1146218 5 0.2179 0.8815 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1146219 5 0.4210 0.3210 0.000 0.000 0.412 0.000 0.588
#> SRR1146220 5 0.1608 0.9081 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1146221 5 0.1851 0.8971 0.000 0.000 0.088 0.000 0.912
#> SRR1146222 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 5 0.1197 0.9157 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1146224 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146225 5 0.0703 0.9276 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1146226 5 0.0000 0.9294 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146227 3 0.2813 0.7905 0.000 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1146228 3 0.0000 0.9462 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.3305 0.7719 0.776 0.000 0.000 0.000 0.224
#> SRR1146230 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146231 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146232 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 5 0.0000 0.9294 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146235 1 0.2179 0.8886 0.888 0.000 0.000 0.000 0.112
#> SRR1146236 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146237 1 0.0703 0.9347 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1146238 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146239 5 0.4278 0.0906 0.000 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146240 5 0.0703 0.9276 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1146241 1 0.0703 0.9365 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1146242 5 0.0000 0.9294 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146243 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146244 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146245 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146246 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146247 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146248 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146249 4 0.0000 0.9548 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146250 2 0.0000 0.9311 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146252 1 0.1671 0.9068 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1146253 1 0.0000 0.9458 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 5 0.1478 0.9120 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.3866 0.5071 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1146077 1 0.3101 0.7891 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.3101 0.7891 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1146079 5 0.0260 0.8677 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146080 5 0.0260 0.8677 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146081 1 0.3101 0.7891 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.0458 0.8705 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0405 0.8225 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1146084 3 0.0000 0.8719 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0146 0.9440 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146086 2 0.0632 0.9412 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146087 5 0.4791 0.4839 0.104 0.000 0.000 0.244 0.652 0.000
#> SRR1146088 6 0.1267 0.8268 0.000 0.000 0.000 0.060 0.000 0.940
#> SRR1146089 3 0.1387 0.8565 0.000 0.000 0.932 0.068 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.0547 0.8714 0.000 0.000 0.980 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.1007 0.8676 0.000 0.000 0.956 0.044 0.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.3101 0.7891 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.3101 0.7891 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.5703 0.6734 0.524 0.000 0.000 0.244 0.232 0.000
#> SRR1146095 1 0.5703 0.6734 0.524 0.000 0.000 0.244 0.232 0.000
#> SRR1146096 2 0.0146 0.9440 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.3101 0.7891 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.3101 0.7891 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.0458 0.8705 0.000 0.000 0.984 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.3710 0.5735 0.696 0.000 0.000 0.012 0.292 0.000
#> SRR1146101 4 0.5775 0.6398 0.000 0.328 0.000 0.480 0.000 0.192
#> SRR1146102 3 0.0790 0.8697 0.000 0.000 0.968 0.032 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.3221 0.7869 0.000 0.000 0.828 0.076 0.096 0.000
#> SRR1146104 5 0.3847 0.4349 0.348 0.000 0.000 0.008 0.644 0.000
#> SRR1146105 3 0.3206 0.7847 0.000 0.000 0.828 0.068 0.104 0.000
#> SRR1146106 2 0.0632 0.9412 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0632 0.9412 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0632 0.9412 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0146 0.9440 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.2234 0.8166 0.872 0.000 0.000 0.124 0.004 0.000
#> SRR1146111 2 0.0146 0.9440 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.3907 0.7467 0.000 0.000 0.068 0.176 0.756 0.000
#> SRR1146113 2 0.0632 0.9412 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0632 0.9412 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.9446 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.0632 0.9412 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0632 0.9412 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146118 2 0.0632 0.9412 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146119 5 0.3860 0.7436 0.000 0.000 0.164 0.072 0.764 0.000
#> SRR1146120 2 0.0632 0.9412 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0632 0.9412 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146122 4 0.5703 0.6903 0.000 0.268 0.000 0.520 0.000 0.212
#> SRR1146123 5 0.0790 0.8655 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1146124 5 0.2030 0.8483 0.000 0.000 0.028 0.064 0.908 0.000
#> SRR1146125 4 0.3866 0.5071 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1146126 2 0.0000 0.9446 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.0146 0.9440 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146128 5 0.0363 0.8672 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1146129 3 0.0865 0.8687 0.000 0.000 0.964 0.036 0.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 0.9446 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.1075 0.9075 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1146132 3 0.2219 0.8480 0.000 0.000 0.864 0.136 0.000 0.000
#> SRR1146133 5 0.2263 0.8400 0.000 0.000 0.048 0.056 0.896 0.000
#> SRR1146134 3 0.2178 0.8476 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1146135 5 0.3963 0.7431 0.000 0.000 0.164 0.080 0.756 0.000
#> SRR1146136 5 0.2499 0.8340 0.000 0.000 0.048 0.072 0.880 0.000
#> SRR1146137 6 0.3862 -0.4796 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146138 4 0.4735 0.5935 0.000 0.048 0.000 0.520 0.000 0.432
#> SRR1146139 2 0.3592 0.3847 0.000 0.656 0.000 0.344 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.3101 0.7891 0.756 0.000 0.000 0.244 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0146 0.8250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.9446 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0146 0.9440 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146144 2 0.3862 -0.0380 0.000 0.524 0.000 0.476 0.000 0.000
#> SRR1146145 2 0.0146 0.9440 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146146 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146147 5 0.0260 0.8677 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146148 5 0.0000 0.8678 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146149 5 0.0260 0.8677 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146150 3 0.2092 0.8502 0.000 0.000 0.876 0.124 0.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.2178 0.8476 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1146152 5 0.0000 0.8678 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146153 4 0.5625 0.6687 0.000 0.304 0.000 0.520 0.000 0.176
#> SRR1146154 5 0.0260 0.8677 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146155 1 0.0622 0.8204 0.980 0.000 0.000 0.012 0.008 0.000
#> SRR1146156 1 0.3912 0.5107 0.648 0.000 0.000 0.012 0.340 0.000
#> SRR1146157 5 0.0363 0.8672 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1146158 5 0.3323 0.6494 0.240 0.000 0.000 0.008 0.752 0.000
#> SRR1146159 5 0.0000 0.8678 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146160 5 0.2593 0.7680 0.148 0.000 0.000 0.008 0.844 0.000
#> SRR1146161 5 0.0260 0.8677 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146162 1 0.0146 0.8250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146163 3 0.0937 0.8678 0.000 0.000 0.960 0.040 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.5721 0.6714 0.520 0.000 0.000 0.244 0.236 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.8248 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.5395 0.6717 0.000 0.124 0.000 0.520 0.000 0.356
#> SRR1146167 6 0.4827 0.2806 0.000 0.236 0.000 0.112 0.000 0.652
#> SRR1146168 5 0.1575 0.8564 0.000 0.000 0.032 0.032 0.936 0.000
#> SRR1146169 2 0.0000 0.9446 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146170 4 0.5648 0.6715 0.000 0.304 0.000 0.516 0.000 0.180
#> SRR1146171 6 0.2260 0.7205 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1146172 6 0.3620 -0.0628 0.000 0.000 0.000 0.352 0.000 0.648
#> SRR1146173 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146174 4 0.5371 0.5259 0.000 0.360 0.000 0.520 0.000 0.120
#> SRR1146175 2 0.0146 0.9440 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146176 2 0.2527 0.7555 0.000 0.832 0.000 0.168 0.000 0.000
#> SRR1146177 2 0.1075 0.9075 0.000 0.952 0.000 0.048 0.000 0.000
#> SRR1146178 6 0.3862 -0.4433 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146179 2 0.0000 0.9446 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.2416 0.7806 0.000 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1146181 6 0.1007 0.8384 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1146182 6 0.1444 0.8148 0.000 0.000 0.000 0.072 0.000 0.928
#> SRR1146183 6 0.3862 -0.4822 0.000 0.000 0.000 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146184 6 0.0937 0.8412 0.000 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960
#> SRR1146185 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146186 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146187 4 0.5658 0.6844 0.000 0.292 0.000 0.520 0.000 0.188
#> SRR1146188 4 0.5612 0.6435 0.000 0.172 0.000 0.520 0.000 0.308
#> SRR1146189 4 0.5395 0.6714 0.000 0.124 0.000 0.520 0.000 0.356
#> SRR1146190 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146191 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146192 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146193 6 0.2260 0.7205 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1146194 6 0.2260 0.7205 0.000 0.000 0.000 0.140 0.000 0.860
#> SRR1146195 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146196 6 0.1007 0.8384 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1146197 6 0.1327 0.8238 0.000 0.000 0.000 0.064 0.000 0.936
#> SRR1146198 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146199 5 0.1812 0.8281 0.008 0.000 0.000 0.080 0.912 0.000
#> SRR1146200 4 0.3866 0.5071 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1146201 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146202 3 0.2178 0.8476 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.0725 0.8197 0.976 0.000 0.000 0.012 0.012 0.000
#> SRR1146204 5 0.3860 0.7436 0.000 0.000 0.164 0.072 0.764 0.000
#> SRR1146205 5 0.3851 0.7628 0.000 0.000 0.056 0.160 0.776 0.008
#> SRR1146206 3 0.2178 0.8476 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1146207 4 0.3864 0.5139 0.000 0.000 0.000 0.520 0.000 0.480
#> SRR1146208 5 0.4115 0.6039 0.268 0.000 0.004 0.032 0.696 0.000
#> SRR1146209 5 0.0260 0.8677 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146210 5 0.3445 0.6439 0.244 0.000 0.000 0.012 0.744 0.000
#> SRR1146211 5 0.1204 0.8478 0.056 0.000 0.000 0.000 0.944 0.000
#> SRR1146212 5 0.5515 0.1441 0.000 0.000 0.372 0.136 0.492 0.000
#> SRR1146213 4 0.3866 0.5071 0.000 0.000 0.000 0.516 0.000 0.484
#> SRR1146214 5 0.1719 0.8574 0.000 0.000 0.016 0.060 0.924 0.000
#> SRR1146215 1 0.0146 0.8250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.9446 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146217 5 0.2499 0.8340 0.000 0.000 0.048 0.072 0.880 0.000
#> SRR1146218 5 0.3971 0.7274 0.000 0.000 0.184 0.068 0.748 0.000
#> SRR1146219 3 0.5007 0.0989 0.000 0.000 0.512 0.072 0.416 0.000
#> SRR1146220 5 0.3790 0.7517 0.000 0.000 0.156 0.072 0.772 0.000
#> SRR1146221 5 0.3927 0.7358 0.000 0.000 0.172 0.072 0.756 0.000
#> SRR1146222 1 0.1007 0.8252 0.956 0.000 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1146223 5 0.0547 0.8646 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980 0.000
#> SRR1146224 3 0.2178 0.8476 0.000 0.000 0.868 0.132 0.000 0.000
#> SRR1146225 5 0.0260 0.8677 0.008 0.000 0.000 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146226 5 0.0363 0.8672 0.000 0.000 0.000 0.012 0.988 0.000
#> SRR1146227 3 0.3458 0.7679 0.000 0.000 0.808 0.080 0.112 0.000
#> SRR1146228 3 0.0632 0.8713 0.000 0.000 0.976 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146229 1 0.4368 0.5797 0.672 0.000 0.000 0.056 0.272 0.000
#> SRR1146230 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146231 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146232 2 0.0632 0.9412 0.000 0.976 0.000 0.024 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0146 0.8250 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146234 5 0.1074 0.8658 0.012 0.000 0.000 0.028 0.960 0.000
#> SRR1146235 1 0.3470 0.6703 0.740 0.000 0.000 0.012 0.248 0.000
#> SRR1146236 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.0405 0.8225 0.988 0.000 0.000 0.004 0.008 0.000
#> SRR1146238 6 0.0458 0.8553 0.000 0.000 0.000 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146239 3 0.4881 0.3772 0.000 0.000 0.588 0.076 0.336 0.000
#> SRR1146240 5 0.0520 0.8669 0.008 0.000 0.000 0.008 0.984 0.000
#> SRR1146241 1 0.0820 0.8193 0.972 0.000 0.000 0.012 0.016 0.000
#> SRR1146242 5 0.0790 0.8655 0.000 0.000 0.000 0.032 0.968 0.000
#> SRR1146243 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146244 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146245 6 0.1007 0.8384 0.000 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956
#> SRR1146246 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146247 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146248 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146249 6 0.0000 0.8628 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.0146 0.9440 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146252 1 0.4110 0.6952 0.712 0.000 0.000 0.052 0.236 0.000
#> SRR1146253 1 0.0458 0.8261 0.984 0.000 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146254 5 0.3893 0.7512 0.000 0.000 0.156 0.080 0.764 0.000
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "mclust"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:mclust"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'mclust' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 2.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 1.000 1.000 0.5017 0.499 0.499
#> 3 3 0.699 0.706 0.832 0.2112 0.927 0.854
#> 4 4 0.654 0.651 0.780 0.1353 0.827 0.607
#> 5 5 0.778 0.833 0.873 0.1078 0.882 0.627
#> 6 6 0.776 0.752 0.874 0.0354 0.964 0.851
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 2
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0 1 0 1
#> SRR1146077 1 0 1 1 0
#> SRR1146078 1 0 1 1 0
#> SRR1146079 1 0 1 1 0
#> SRR1146080 1 0 1 1 0
#> SRR1146081 1 0 1 1 0
#> SRR1146082 1 0 1 1 0
#> SRR1146083 1 0 1 1 0
#> SRR1146084 1 0 1 1 0
#> SRR1146085 2 0 1 0 1
#> SRR1146086 2 0 1 0 1
#> SRR1146087 1 0 1 1 0
#> SRR1146088 2 0 1 0 1
#> SRR1146089 1 0 1 1 0
#> SRR1146090 1 0 1 1 0
#> SRR1146091 1 0 1 1 0
#> SRR1146092 1 0 1 1 0
#> SRR1146093 1 0 1 1 0
#> SRR1146094 1 0 1 1 0
#> SRR1146095 1 0 1 1 0
#> SRR1146096 2 0 1 0 1
#> SRR1146097 1 0 1 1 0
#> SRR1146098 1 0 1 1 0
#> SRR1146099 1 0 1 1 0
#> SRR1146100 1 0 1 1 0
#> SRR1146101 2 0 1 0 1
#> SRR1146102 1 0 1 1 0
#> SRR1146103 1 0 1 1 0
#> SRR1146104 1 0 1 1 0
#> SRR1146105 1 0 1 1 0
#> SRR1146106 2 0 1 0 1
#> SRR1146107 2 0 1 0 1
#> SRR1146108 2 0 1 0 1
#> SRR1146109 2 0 1 0 1
#> SRR1146110 1 0 1 1 0
#> SRR1146111 2 0 1 0 1
#> SRR1146112 1 0 1 1 0
#> SRR1146113 2 0 1 0 1
#> SRR1146114 2 0 1 0 1
#> SRR1146115 2 0 1 0 1
#> SRR1146116 2 0 1 0 1
#> SRR1146117 2 0 1 0 1
#> SRR1146118 2 0 1 0 1
#> SRR1146119 1 0 1 1 0
#> SRR1146120 2 0 1 0 1
#> SRR1146121 2 0 1 0 1
#> SRR1146122 2 0 1 0 1
#> SRR1146123 1 0 1 1 0
#> SRR1146124 1 0 1 1 0
#> SRR1146125 2 0 1 0 1
#> SRR1146126 2 0 1 0 1
#> SRR1146127 2 0 1 0 1
#> SRR1146128 1 0 1 1 0
#> SRR1146129 1 0 1 1 0
#> SRR1146130 2 0 1 0 1
#> SRR1146131 2 0 1 0 1
#> SRR1146132 1 0 1 1 0
#> SRR1146133 1 0 1 1 0
#> SRR1146134 1 0 1 1 0
#> SRR1146135 1 0 1 1 0
#> SRR1146136 1 0 1 1 0
#> SRR1146137 2 0 1 0 1
#> SRR1146138 2 0 1 0 1
#> SRR1146139 2 0 1 0 1
#> SRR1146140 1 0 1 1 0
#> SRR1146141 1 0 1 1 0
#> SRR1146142 2 0 1 0 1
#> SRR1146143 2 0 1 0 1
#> SRR1146144 2 0 1 0 1
#> SRR1146145 2 0 1 0 1
#> SRR1146146 2 0 1 0 1
#> SRR1146147 1 0 1 1 0
#> SRR1146148 1 0 1 1 0
#> SRR1146149 1 0 1 1 0
#> SRR1146150 1 0 1 1 0
#> SRR1146151 1 0 1 1 0
#> SRR1146152 1 0 1 1 0
#> SRR1146153 2 0 1 0 1
#> SRR1146154 1 0 1 1 0
#> SRR1146155 1 0 1 1 0
#> SRR1146156 1 0 1 1 0
#> SRR1146157 1 0 1 1 0
#> SRR1146158 1 0 1 1 0
#> SRR1146159 1 0 1 1 0
#> SRR1146160 1 0 1 1 0
#> SRR1146161 1 0 1 1 0
#> SRR1146162 1 0 1 1 0
#> SRR1146163 1 0 1 1 0
#> SRR1146164 1 0 1 1 0
#> SRR1146165 1 0 1 1 0
#> SRR1146166 2 0 1 0 1
#> SRR1146167 2 0 1 0 1
#> SRR1146168 1 0 1 1 0
#> SRR1146169 2 0 1 0 1
#> SRR1146170 2 0 1 0 1
#> SRR1146171 2 0 1 0 1
#> SRR1146172 2 0 1 0 1
#> SRR1146173 2 0 1 0 1
#> SRR1146174 2 0 1 0 1
#> SRR1146175 2 0 1 0 1
#> SRR1146176 2 0 1 0 1
#> SRR1146177 2 0 1 0 1
#> SRR1146178 2 0 1 0 1
#> SRR1146179 2 0 1 0 1
#> SRR1146180 2 0 1 0 1
#> SRR1146181 2 0 1 0 1
#> SRR1146182 2 0 1 0 1
#> SRR1146183 2 0 1 0 1
#> SRR1146184 2 0 1 0 1
#> SRR1146185 2 0 1 0 1
#> SRR1146186 2 0 1 0 1
#> SRR1146187 2 0 1 0 1
#> SRR1146188 2 0 1 0 1
#> SRR1146189 2 0 1 0 1
#> SRR1146190 2 0 1 0 1
#> SRR1146191 2 0 1 0 1
#> SRR1146192 2 0 1 0 1
#> SRR1146193 2 0 1 0 1
#> SRR1146194 2 0 1 0 1
#> SRR1146195 2 0 1 0 1
#> SRR1146196 2 0 1 0 1
#> SRR1146197 2 0 1 0 1
#> SRR1146198 2 0 1 0 1
#> SRR1146199 1 0 1 1 0
#> SRR1146200 2 0 1 0 1
#> SRR1146201 2 0 1 0 1
#> SRR1146202 1 0 1 1 0
#> SRR1146203 1 0 1 1 0
#> SRR1146204 1 0 1 1 0
#> SRR1146205 1 0 1 1 0
#> SRR1146206 1 0 1 1 0
#> SRR1146207 2 0 1 0 1
#> SRR1146208 1 0 1 1 0
#> SRR1146209 1 0 1 1 0
#> SRR1146210 1 0 1 1 0
#> SRR1146211 1 0 1 1 0
#> SRR1146212 1 0 1 1 0
#> SRR1146213 2 0 1 0 1
#> SRR1146214 1 0 1 1 0
#> SRR1146215 1 0 1 1 0
#> SRR1146216 2 0 1 0 1
#> SRR1146217 1 0 1 1 0
#> SRR1146218 1 0 1 1 0
#> SRR1146219 1 0 1 1 0
#> SRR1146220 1 0 1 1 0
#> SRR1146221 1 0 1 1 0
#> SRR1146222 1 0 1 1 0
#> SRR1146223 1 0 1 1 0
#> SRR1146224 1 0 1 1 0
#> SRR1146225 1 0 1 1 0
#> SRR1146226 1 0 1 1 0
#> SRR1146227 1 0 1 1 0
#> SRR1146228 1 0 1 1 0
#> SRR1146229 1 0 1 1 0
#> SRR1146230 2 0 1 0 1
#> SRR1146231 2 0 1 0 1
#> SRR1146232 2 0 1 0 1
#> SRR1146233 1 0 1 1 0
#> SRR1146234 1 0 1 1 0
#> SRR1146235 1 0 1 1 0
#> SRR1146236 2 0 1 0 1
#> SRR1146237 1 0 1 1 0
#> SRR1146238 2 0 1 0 1
#> SRR1146239 1 0 1 1 0
#> SRR1146240 1 0 1 1 0
#> SRR1146241 1 0 1 1 0
#> SRR1146242 1 0 1 1 0
#> SRR1146243 2 0 1 0 1
#> SRR1146244 2 0 1 0 1
#> SRR1146245 2 0 1 0 1
#> SRR1146246 2 0 1 0 1
#> SRR1146247 2 0 1 0 1
#> SRR1146248 2 0 1 0 1
#> SRR1146249 2 0 1 0 1
#> SRR1146250 2 0 1 0 1
#> SRR1146252 1 0 1 1 0
#> SRR1146253 1 0 1 1 0
#> SRR1146254 1 0 1 1 0
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146077 1 0.2356 0.7460 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146078 1 0.3879 0.6312 0.848 0.000 0.152
#> SRR1146079 3 0.6299 0.8220 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146080 3 0.6299 0.8220 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146081 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.2878 0.7161 0.904 0.000 0.096
#> SRR1146083 1 0.3116 0.7129 0.892 0.000 0.108
#> SRR1146084 1 0.2878 0.7161 0.904 0.000 0.096
#> SRR1146085 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146086 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146087 3 0.6299 0.8220 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146088 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146089 1 0.2796 0.7213 0.908 0.000 0.092
#> SRR1146090 1 0.2878 0.7161 0.904 0.000 0.096
#> SRR1146091 1 0.1031 0.7944 0.976 0.000 0.024
#> SRR1146092 1 0.2878 0.7166 0.904 0.000 0.096
#> SRR1146093 1 0.2959 0.7128 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146094 3 0.6302 0.8131 0.480 0.000 0.520
#> SRR1146095 1 0.4178 0.5926 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146096 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146097 1 0.2165 0.7550 0.936 0.000 0.064
#> SRR1146098 1 0.2878 0.7166 0.904 0.000 0.096
#> SRR1146099 1 0.2796 0.7192 0.908 0.000 0.092
#> SRR1146100 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.2066 0.8498 0.000 0.940 0.060
#> SRR1146102 1 0.2878 0.7161 0.904 0.000 0.096
#> SRR1146103 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146107 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146108 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146109 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146110 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146112 3 0.6299 0.8220 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146113 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146114 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146115 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146116 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146117 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146118 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146119 1 0.0237 0.8062 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146120 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146121 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146122 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146123 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146126 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146127 2 0.5497 0.8476 0.000 0.708 0.292
#> SRR1146128 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.2711 0.7263 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146130 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146131 2 0.5706 0.8437 0.000 0.680 0.320
#> SRR1146132 1 0.6215 -0.5566 0.572 0.000 0.428
#> SRR1146133 3 0.6299 0.8220 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146134 1 0.6260 -0.5715 0.552 0.000 0.448
#> SRR1146135 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.6215 -0.5566 0.572 0.000 0.428
#> SRR1146137 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146138 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146139 2 0.4002 0.8455 0.000 0.840 0.160
#> SRR1146140 1 0.2711 0.7272 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146141 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146143 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146144 2 0.1163 0.8613 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146145 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146146 2 0.4796 0.8595 0.000 0.780 0.220
#> SRR1146147 3 0.6299 0.8220 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146148 1 0.0237 0.8062 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146149 1 0.6280 -0.6580 0.540 0.000 0.460
#> SRR1146150 1 0.6244 -0.5644 0.560 0.000 0.440
#> SRR1146151 1 0.6244 -0.5644 0.560 0.000 0.440
#> SRR1146152 1 0.0424 0.8037 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146153 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146154 3 0.6299 0.8220 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146155 1 0.0592 0.8023 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146156 1 0.4121 0.6222 0.832 0.000 0.168
#> SRR1146157 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.5621 -0.0844 0.692 0.000 0.308
#> SRR1146160 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.6308 -0.7537 0.508 0.000 0.492
#> SRR1146162 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.1163 0.7898 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146165 1 0.2711 0.7273 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146166 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146167 3 0.6308 -0.6986 0.000 0.492 0.508
#> SRR1146168 1 0.6215 -0.5566 0.572 0.000 0.428
#> SRR1146169 2 0.5650 0.8461 0.000 0.688 0.312
#> SRR1146170 2 0.5016 0.8612 0.000 0.760 0.240
#> SRR1146171 2 0.4178 0.8636 0.000 0.828 0.172
#> SRR1146172 2 0.1860 0.8432 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146173 2 0.2356 0.8477 0.000 0.928 0.072
#> SRR1146174 2 0.2537 0.8604 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146175 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146176 2 0.3551 0.8542 0.000 0.868 0.132
#> SRR1146177 2 0.4974 0.8609 0.000 0.764 0.236
#> SRR1146178 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.4931 0.8512 0.000 0.768 0.232
#> SRR1146180 2 0.5706 0.8437 0.000 0.680 0.320
#> SRR1146181 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146182 2 0.4750 0.8604 0.000 0.784 0.216
#> SRR1146183 2 0.2066 0.8464 0.000 0.940 0.060
#> SRR1146184 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146185 2 0.1753 0.8446 0.000 0.952 0.048
#> SRR1146186 2 0.1964 0.8416 0.000 0.944 0.056
#> SRR1146187 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146188 2 0.5621 0.8469 0.000 0.692 0.308
#> SRR1146189 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146190 2 0.1753 0.8446 0.000 0.952 0.048
#> SRR1146191 2 0.1860 0.8432 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146192 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146193 2 0.4062 0.8670 0.000 0.836 0.164
#> SRR1146194 2 0.2066 0.8690 0.000 0.940 0.060
#> SRR1146195 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146196 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146197 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146198 2 0.1964 0.8449 0.000 0.944 0.056
#> SRR1146199 3 0.6299 0.8220 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146200 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146201 2 0.0000 0.8587 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146202 1 0.4062 0.5650 0.836 0.000 0.164
#> SRR1146203 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 3 0.6286 0.8065 0.464 0.000 0.536
#> SRR1146205 3 0.6299 0.8220 0.476 0.000 0.524
#> SRR1146206 1 0.6215 -0.5566 0.572 0.000 0.428
#> SRR1146207 2 0.3038 0.8593 0.000 0.896 0.104
#> SRR1146208 1 0.0592 0.8023 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146209 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.4931 0.4606 0.768 0.000 0.232
#> SRR1146211 1 0.6154 -0.4398 0.592 0.000 0.408
#> SRR1146212 1 0.6215 -0.5566 0.572 0.000 0.428
#> SRR1146213 2 0.0237 0.8597 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146214 1 0.0592 0.8023 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146215 1 0.2959 0.7202 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146216 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146217 3 0.6286 0.8065 0.464 0.000 0.536
#> SRR1146218 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.0424 0.8037 0.992 0.000 0.008
#> SRR1146221 1 0.1411 0.7789 0.964 0.000 0.036
#> SRR1146222 1 0.3116 0.7129 0.892 0.000 0.108
#> SRR1146223 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 1 0.6215 -0.5566 0.572 0.000 0.428
#> SRR1146225 1 0.2959 0.6857 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146226 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0592 0.8023 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146228 1 0.0592 0.8023 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146229 1 0.0592 0.8023 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146230 2 0.4796 0.8595 0.000 0.780 0.220
#> SRR1146231 2 0.2165 0.8450 0.000 0.936 0.064
#> SRR1146232 2 0.5733 0.8426 0.000 0.676 0.324
#> SRR1146233 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0237 0.8064 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146236 2 0.4796 0.8595 0.000 0.780 0.220
#> SRR1146237 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.5397 0.8562 0.000 0.720 0.280
#> SRR1146239 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 3 0.6291 0.8125 0.468 0.000 0.532
#> SRR1146241 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.4796 0.8595 0.000 0.780 0.220
#> SRR1146244 2 0.4796 0.8595 0.000 0.780 0.220
#> SRR1146245 2 0.1753 0.8446 0.000 0.952 0.048
#> SRR1146246 2 0.1860 0.8432 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146247 2 0.4796 0.8595 0.000 0.780 0.220
#> SRR1146248 2 0.4796 0.8595 0.000 0.780 0.220
#> SRR1146249 2 0.4796 0.8595 0.000 0.780 0.220
#> SRR1146250 2 0.5178 0.8607 0.000 0.744 0.256
#> SRR1146252 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.8080 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0424 0.8045 0.992 0.000 0.008
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 4 0.6327 0.73782 0.000 0.444 0.060 0.496
#> SRR1146077 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.2589 0.82332 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1146079 3 0.2081 0.92600 0.084 0.000 0.916 0.000
#> SRR1146080 3 0.2918 0.91410 0.116 0.000 0.876 0.008
#> SRR1146081 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.6848 0.56689 0.592 0.000 0.160 0.248
#> SRR1146083 1 0.2737 0.86506 0.888 0.000 0.104 0.008
#> SRR1146084 1 0.6848 0.56689 0.592 0.000 0.160 0.248
#> SRR1146085 2 0.1389 0.60878 0.000 0.952 0.000 0.048
#> SRR1146086 2 0.0592 0.60440 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146087 3 0.3591 0.87590 0.168 0.000 0.824 0.008
#> SRR1146088 4 0.6337 0.68996 0.000 0.464 0.060 0.476
#> SRR1146089 1 0.6848 0.56689 0.592 0.000 0.160 0.248
#> SRR1146090 1 0.6810 0.57134 0.596 0.000 0.156 0.248
#> SRR1146091 1 0.6810 0.57134 0.596 0.000 0.156 0.248
#> SRR1146092 1 0.0188 0.88746 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146093 1 0.0817 0.88417 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146094 3 0.3498 0.88712 0.160 0.000 0.832 0.008
#> SRR1146095 1 0.1807 0.86410 0.940 0.000 0.052 0.008
#> SRR1146096 2 0.0592 0.61745 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146097 1 0.0336 0.88695 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146098 1 0.0927 0.88438 0.976 0.000 0.016 0.008
#> SRR1146099 1 0.6848 0.56689 0.592 0.000 0.160 0.248
#> SRR1146100 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 4 0.4804 0.61318 0.000 0.384 0.000 0.616
#> SRR1146102 1 0.6848 0.56689 0.592 0.000 0.160 0.248
#> SRR1146103 1 0.3088 0.84858 0.864 0.000 0.128 0.008
#> SRR1146104 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.3306 0.82974 0.840 0.000 0.156 0.004
#> SRR1146106 2 0.2281 0.57763 0.000 0.904 0.000 0.096
#> SRR1146107 2 0.0592 0.60440 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146108 2 0.1792 0.60117 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146109 2 0.0592 0.61236 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146110 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0707 0.61707 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146112 3 0.2473 0.92337 0.080 0.000 0.908 0.012
#> SRR1146113 2 0.1867 0.60126 0.000 0.928 0.000 0.072
#> SRR1146114 2 0.0592 0.60836 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146115 2 0.1557 0.60609 0.000 0.944 0.000 0.056
#> SRR1146116 2 0.1792 0.60101 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146117 2 0.0707 0.61056 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146118 2 0.0707 0.60668 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146119 1 0.2589 0.85918 0.884 0.000 0.116 0.000
#> SRR1146120 2 0.0592 0.60440 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146121 2 0.0592 0.60440 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146122 4 0.6319 0.74209 0.000 0.436 0.060 0.504
#> SRR1146123 1 0.2011 0.87811 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1146124 1 0.1716 0.88251 0.936 0.000 0.064 0.000
#> SRR1146125 2 0.6337 -0.72084 0.000 0.472 0.060 0.468
#> SRR1146126 2 0.1716 0.60355 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1146127 2 0.2973 0.52745 0.000 0.856 0.000 0.144
#> SRR1146128 1 0.1211 0.88637 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146129 1 0.6162 0.67704 0.676 0.000 0.156 0.168
#> SRR1146130 2 0.1637 0.60871 0.000 0.940 0.000 0.060
#> SRR1146131 2 0.2704 0.55414 0.000 0.876 0.000 0.124
#> SRR1146132 3 0.2401 0.92518 0.092 0.000 0.904 0.004
#> SRR1146133 3 0.2473 0.92337 0.080 0.000 0.908 0.012
#> SRR1146134 3 0.2342 0.92228 0.080 0.000 0.912 0.008
#> SRR1146135 1 0.2149 0.87285 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1146136 3 0.2921 0.90189 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1146137 4 0.6327 0.73782 0.000 0.444 0.060 0.496
#> SRR1146138 4 0.6323 0.74030 0.000 0.440 0.060 0.500
#> SRR1146139 2 0.4661 -0.17640 0.000 0.652 0.000 0.348
#> SRR1146140 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0469 0.61393 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146143 2 0.0592 0.61635 0.000 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146144 2 0.4916 -0.42815 0.000 0.576 0.000 0.424
#> SRR1146145 2 0.0921 0.61693 0.000 0.972 0.000 0.028
#> SRR1146146 2 0.5406 -0.02232 0.000 0.508 0.012 0.480
#> SRR1146147 3 0.2216 0.92523 0.092 0.000 0.908 0.000
#> SRR1146148 1 0.1474 0.88539 0.948 0.000 0.052 0.000
#> SRR1146149 3 0.2921 0.90511 0.140 0.000 0.860 0.000
#> SRR1146150 3 0.3982 0.78631 0.220 0.000 0.776 0.004
#> SRR1146151 3 0.2342 0.92445 0.080 0.000 0.912 0.008
#> SRR1146152 1 0.2408 0.86815 0.896 0.000 0.104 0.000
#> SRR1146153 4 0.6337 0.71174 0.000 0.464 0.060 0.476
#> SRR1146154 3 0.2197 0.92450 0.080 0.000 0.916 0.004
#> SRR1146155 1 0.1211 0.88643 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146156 1 0.3972 0.78753 0.788 0.000 0.204 0.008
#> SRR1146157 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 3 0.4925 0.35689 0.428 0.000 0.572 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 3 0.2868 0.90806 0.136 0.000 0.864 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.5339 0.75122 0.744 0.000 0.156 0.100
#> SRR1146164 1 0.0336 0.88695 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.6332 0.72937 0.000 0.452 0.060 0.488
#> SRR1146167 2 0.4220 0.38283 0.000 0.748 0.004 0.248
#> SRR1146168 3 0.2149 0.92607 0.088 0.000 0.912 0.000
#> SRR1146169 2 0.1302 0.61279 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1146170 2 0.5220 0.08178 0.000 0.568 0.008 0.424
#> SRR1146171 2 0.5158 -0.14367 0.000 0.524 0.004 0.472
#> SRR1146172 4 0.4990 0.63807 0.000 0.352 0.008 0.640
#> SRR1146173 4 0.5268 0.24469 0.000 0.452 0.008 0.540
#> SRR1146174 2 0.4877 -0.40805 0.000 0.592 0.000 0.408
#> SRR1146175 2 0.3311 0.49143 0.000 0.828 0.000 0.172
#> SRR1146176 2 0.4500 -0.00497 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1146177 2 0.3266 0.50046 0.000 0.832 0.000 0.168
#> SRR1146178 4 0.6337 0.71673 0.000 0.464 0.060 0.476
#> SRR1146179 2 0.2814 0.54336 0.000 0.868 0.000 0.132
#> SRR1146180 2 0.4103 0.33289 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1146181 4 0.6330 0.73424 0.000 0.448 0.060 0.492
#> SRR1146182 2 0.4990 0.22431 0.000 0.640 0.008 0.352
#> SRR1146183 4 0.5183 0.54803 0.000 0.408 0.008 0.584
#> SRR1146184 4 0.6310 0.74422 0.000 0.428 0.060 0.512
#> SRR1146185 4 0.5193 0.66888 0.000 0.324 0.020 0.656
#> SRR1146186 4 0.4746 0.59865 0.000 0.304 0.008 0.688
#> SRR1146187 4 0.6334 0.72290 0.000 0.456 0.060 0.484
#> SRR1146188 2 0.3801 0.39037 0.000 0.780 0.000 0.220
#> SRR1146189 4 0.6332 0.72937 0.000 0.452 0.060 0.488
#> SRR1146190 4 0.4999 0.66313 0.000 0.328 0.012 0.660
#> SRR1146191 4 0.4897 0.64861 0.000 0.332 0.008 0.660
#> SRR1146192 4 0.6265 0.73380 0.000 0.444 0.056 0.500
#> SRR1146193 2 0.5579 0.16784 0.000 0.688 0.060 0.252
#> SRR1146194 2 0.6327 -0.63486 0.000 0.496 0.060 0.444
#> SRR1146195 4 0.6310 0.74422 0.000 0.428 0.060 0.512
#> SRR1146196 4 0.6332 0.72937 0.000 0.452 0.060 0.488
#> SRR1146197 4 0.6315 0.74292 0.000 0.432 0.060 0.508
#> SRR1146198 4 0.5161 0.56717 0.000 0.400 0.008 0.592
#> SRR1146199 3 0.2266 0.92606 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR1146200 4 0.6337 0.70411 0.000 0.468 0.060 0.472
#> SRR1146201 4 0.6310 0.74422 0.000 0.428 0.060 0.512
#> SRR1146202 1 0.6983 0.26302 0.516 0.000 0.360 0.124
#> SRR1146203 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 3 0.3933 0.81783 0.200 0.000 0.792 0.008
#> SRR1146205 3 0.2266 0.92606 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR1146206 3 0.2401 0.92518 0.092 0.000 0.904 0.004
#> SRR1146207 4 0.5161 0.34130 0.000 0.476 0.004 0.520
#> SRR1146208 1 0.2149 0.87323 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1146209 1 0.0469 0.88923 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146210 1 0.4482 0.68380 0.728 0.000 0.264 0.008
#> SRR1146211 3 0.5290 0.24186 0.476 0.000 0.516 0.008
#> SRR1146212 3 0.2266 0.92606 0.084 0.000 0.912 0.004
#> SRR1146213 2 0.6278 -0.57781 0.000 0.532 0.060 0.408
#> SRR1146214 1 0.2814 0.85016 0.868 0.000 0.132 0.000
#> SRR1146215 1 0.0336 0.88850 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146216 2 0.0707 0.61178 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146217 3 0.2706 0.92259 0.080 0.000 0.900 0.020
#> SRR1146218 1 0.3123 0.83214 0.844 0.000 0.156 0.000
#> SRR1146219 1 0.2011 0.87624 0.920 0.000 0.080 0.000
#> SRR1146220 1 0.2345 0.86856 0.900 0.000 0.100 0.000
#> SRR1146221 1 0.3266 0.82441 0.832 0.000 0.168 0.000
#> SRR1146222 1 0.0804 0.88553 0.980 0.000 0.012 0.008
#> SRR1146223 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 3 0.2412 0.92238 0.084 0.000 0.908 0.008
#> SRR1146225 1 0.3311 0.80967 0.828 0.000 0.172 0.000
#> SRR1146226 1 0.0469 0.88931 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146227 1 0.2149 0.87310 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1146228 1 0.3306 0.82974 0.840 0.000 0.156 0.004
#> SRR1146229 1 0.2081 0.87510 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1146230 2 0.5399 0.02191 0.000 0.520 0.012 0.468
#> SRR1146231 4 0.5040 0.56614 0.000 0.364 0.008 0.628
#> SRR1146232 2 0.2216 0.58237 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1146233 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.5256 0.19674 0.000 0.596 0.012 0.392
#> SRR1146237 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.5172 0.20947 0.000 0.588 0.008 0.404
#> SRR1146239 1 0.1118 0.88689 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146240 3 0.3249 0.90258 0.140 0.000 0.852 0.008
#> SRR1146241 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.2081 0.87634 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1146243 2 0.5360 0.12124 0.000 0.552 0.012 0.436
#> SRR1146244 2 0.5383 0.07579 0.000 0.536 0.012 0.452
#> SRR1146245 4 0.5050 0.65178 0.000 0.408 0.004 0.588
#> SRR1146246 4 0.5112 0.59877 0.000 0.384 0.008 0.608
#> SRR1146247 2 0.5257 -0.02166 0.000 0.548 0.008 0.444
#> SRR1146248 2 0.5360 0.11969 0.000 0.552 0.012 0.436
#> SRR1146249 2 0.5372 0.09941 0.000 0.544 0.012 0.444
#> SRR1146250 2 0.4262 0.43689 0.000 0.756 0.008 0.236
#> SRR1146252 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.88854 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.2149 0.87332 0.912 0.000 0.088 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 4 0.4370 0.856 0.000 0.040 0.236 0.724 0.000
#> SRR1146077 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.3039 0.756 0.808 0.000 0.000 0.000 0.192
#> SRR1146079 5 0.1197 0.905 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1146080 5 0.1197 0.908 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1146081 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.4206 0.850 0.020 0.000 0.708 0.000 0.272
#> SRR1146083 1 0.3388 0.778 0.792 0.000 0.008 0.000 0.200
#> SRR1146084 3 0.4206 0.850 0.020 0.000 0.708 0.000 0.272
#> SRR1146085 2 0.1557 0.898 0.000 0.940 0.008 0.052 0.000
#> SRR1146086 2 0.0404 0.918 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146087 5 0.2020 0.844 0.100 0.000 0.000 0.000 0.900
#> SRR1146088 4 0.4747 0.847 0.000 0.084 0.196 0.720 0.000
#> SRR1146089 3 0.4206 0.850 0.020 0.000 0.708 0.000 0.272
#> SRR1146090 3 0.4206 0.850 0.020 0.000 0.708 0.000 0.272
#> SRR1146091 3 0.4206 0.850 0.020 0.000 0.708 0.000 0.272
#> SRR1146092 1 0.0162 0.874 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146093 1 0.1410 0.868 0.940 0.000 0.000 0.000 0.060
#> SRR1146094 5 0.1732 0.874 0.080 0.000 0.000 0.000 0.920
#> SRR1146095 1 0.1851 0.863 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1146096 2 0.0693 0.917 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1146097 1 0.0290 0.874 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146098 1 0.0794 0.874 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1146099 3 0.4206 0.850 0.020 0.000 0.708 0.000 0.272
#> SRR1146100 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 4 0.1831 0.838 0.000 0.076 0.004 0.920 0.000
#> SRR1146102 3 0.4206 0.850 0.020 0.000 0.708 0.000 0.272
#> SRR1146103 3 0.6727 0.415 0.364 0.000 0.384 0.000 0.252
#> SRR1146104 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.6541 0.620 0.264 0.000 0.480 0.000 0.256
#> SRR1146106 2 0.0510 0.919 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146107 2 0.0404 0.918 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146108 2 0.0510 0.919 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146109 2 0.0693 0.917 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0693 0.917 0.000 0.980 0.008 0.012 0.000
#> SRR1146112 5 0.0609 0.908 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1146113 2 0.0510 0.919 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146114 2 0.0404 0.918 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146115 2 0.0404 0.918 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146116 2 0.0510 0.919 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146117 2 0.1251 0.908 0.000 0.956 0.008 0.036 0.000
#> SRR1146118 2 0.0510 0.919 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146119 1 0.3452 0.731 0.756 0.000 0.000 0.000 0.244
#> SRR1146120 2 0.0404 0.918 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146121 2 0.0290 0.915 0.000 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146122 4 0.4370 0.856 0.000 0.040 0.236 0.724 0.000
#> SRR1146123 1 0.2773 0.817 0.836 0.000 0.000 0.000 0.164
#> SRR1146124 1 0.2280 0.844 0.880 0.000 0.000 0.000 0.120
#> SRR1146125 4 0.4619 0.850 0.000 0.064 0.216 0.720 0.000
#> SRR1146126 2 0.0510 0.919 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146127 2 0.1121 0.905 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146128 1 0.2424 0.839 0.868 0.000 0.000 0.000 0.132
#> SRR1146129 3 0.4326 0.846 0.028 0.000 0.708 0.000 0.264
#> SRR1146130 2 0.0510 0.919 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146131 2 0.0898 0.915 0.000 0.972 0.008 0.020 0.000
#> SRR1146132 5 0.0955 0.906 0.028 0.000 0.004 0.000 0.968
#> SRR1146133 5 0.0703 0.910 0.024 0.000 0.000 0.000 0.976
#> SRR1146134 5 0.0693 0.892 0.008 0.000 0.012 0.000 0.980
#> SRR1146135 1 0.2732 0.818 0.840 0.000 0.000 0.000 0.160
#> SRR1146136 5 0.2074 0.845 0.104 0.000 0.000 0.000 0.896
#> SRR1146137 4 0.4313 0.858 0.000 0.040 0.228 0.732 0.000
#> SRR1146138 4 0.3810 0.864 0.000 0.040 0.168 0.792 0.000
#> SRR1146139 2 0.4283 0.441 0.000 0.644 0.008 0.348 0.000
#> SRR1146140 1 0.0609 0.875 0.980 0.000 0.000 0.000 0.020
#> SRR1146141 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0404 0.918 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146143 2 0.0404 0.918 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146144 4 0.4025 0.657 0.000 0.292 0.008 0.700 0.000
#> SRR1146145 2 0.0404 0.918 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000
#> SRR1146146 4 0.1430 0.830 0.000 0.004 0.052 0.944 0.000
#> SRR1146147 5 0.1043 0.910 0.040 0.000 0.000 0.000 0.960
#> SRR1146148 1 0.2230 0.846 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1146149 5 0.1671 0.884 0.076 0.000 0.000 0.000 0.924
#> SRR1146150 5 0.1331 0.870 0.008 0.000 0.040 0.000 0.952
#> SRR1146151 5 0.0693 0.892 0.008 0.000 0.012 0.000 0.980
#> SRR1146152 1 0.2813 0.811 0.832 0.000 0.000 0.000 0.168
#> SRR1146153 4 0.4646 0.848 0.000 0.060 0.228 0.712 0.000
#> SRR1146154 5 0.0963 0.910 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1146155 1 0.2338 0.831 0.884 0.000 0.004 0.000 0.112
#> SRR1146156 1 0.3861 0.672 0.712 0.000 0.004 0.000 0.284
#> SRR1146157 1 0.0290 0.874 0.992 0.000 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146158 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 5 0.3586 0.532 0.264 0.000 0.000 0.000 0.736
#> SRR1146160 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 5 0.1544 0.893 0.068 0.000 0.000 0.000 0.932
#> SRR1146162 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.5811 0.763 0.140 0.000 0.596 0.000 0.264
#> SRR1146164 1 0.0162 0.874 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146165 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.4370 0.856 0.000 0.040 0.236 0.724 0.000
#> SRR1146167 2 0.4983 0.628 0.000 0.680 0.060 0.256 0.004
#> SRR1146168 5 0.1197 0.909 0.048 0.000 0.000 0.000 0.952
#> SRR1146169 2 0.0992 0.913 0.000 0.968 0.008 0.024 0.000
#> SRR1146170 4 0.2233 0.807 0.000 0.080 0.016 0.904 0.000
#> SRR1146171 4 0.0912 0.854 0.000 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR1146172 4 0.0579 0.850 0.000 0.008 0.008 0.984 0.000
#> SRR1146173 4 0.1205 0.836 0.000 0.004 0.040 0.956 0.000
#> SRR1146174 4 0.4479 0.664 0.000 0.264 0.036 0.700 0.000
#> SRR1146175 2 0.1697 0.890 0.000 0.932 0.008 0.060 0.000
#> SRR1146176 2 0.4380 0.383 0.000 0.616 0.008 0.376 0.000
#> SRR1146177 2 0.1582 0.902 0.000 0.944 0.028 0.028 0.000
#> SRR1146178 4 0.4558 0.852 0.000 0.060 0.216 0.724 0.000
#> SRR1146179 2 0.0609 0.918 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000
#> SRR1146180 2 0.4527 0.618 0.000 0.700 0.040 0.260 0.000
#> SRR1146181 4 0.4370 0.856 0.000 0.040 0.236 0.724 0.000
#> SRR1146182 4 0.2104 0.837 0.000 0.024 0.060 0.916 0.000
#> SRR1146183 4 0.0898 0.847 0.000 0.008 0.020 0.972 0.000
#> SRR1146184 4 0.4370 0.856 0.000 0.040 0.236 0.724 0.000
#> SRR1146185 4 0.2304 0.863 0.000 0.008 0.100 0.892 0.000
#> SRR1146186 4 0.1270 0.832 0.000 0.000 0.052 0.948 0.000
#> SRR1146187 4 0.4370 0.856 0.000 0.040 0.236 0.724 0.000
#> SRR1146188 2 0.4058 0.695 0.000 0.740 0.024 0.236 0.000
#> SRR1146189 4 0.4193 0.861 0.000 0.040 0.212 0.748 0.000
#> SRR1146190 4 0.2248 0.864 0.000 0.012 0.088 0.900 0.000
#> SRR1146191 4 0.0451 0.851 0.000 0.008 0.004 0.988 0.000
#> SRR1146192 4 0.3993 0.861 0.000 0.028 0.216 0.756 0.000
#> SRR1146193 4 0.4503 0.855 0.000 0.040 0.256 0.704 0.000
#> SRR1146194 4 0.4370 0.856 0.000 0.040 0.236 0.724 0.000
#> SRR1146195 4 0.4370 0.856 0.000 0.040 0.236 0.724 0.000
#> SRR1146196 4 0.4370 0.856 0.000 0.040 0.236 0.724 0.000
#> SRR1146197 4 0.4370 0.856 0.000 0.040 0.236 0.724 0.000
#> SRR1146198 4 0.0912 0.849 0.000 0.012 0.016 0.972 0.000
#> SRR1146199 5 0.0963 0.910 0.036 0.000 0.000 0.000 0.964
#> SRR1146200 4 0.4370 0.856 0.000 0.040 0.236 0.724 0.000
#> SRR1146201 4 0.4370 0.856 0.000 0.040 0.236 0.724 0.000
#> SRR1146202 3 0.4905 0.775 0.040 0.000 0.624 0.000 0.336
#> SRR1146203 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 5 0.0404 0.901 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1146205 5 0.0609 0.908 0.020 0.000 0.000 0.000 0.980
#> SRR1146206 5 0.0865 0.903 0.024 0.000 0.004 0.000 0.972
#> SRR1146207 4 0.2046 0.863 0.000 0.016 0.068 0.916 0.000
#> SRR1146208 1 0.3353 0.775 0.796 0.000 0.008 0.000 0.196
#> SRR1146209 1 0.1965 0.856 0.904 0.000 0.000 0.000 0.096
#> SRR1146210 1 0.4489 0.406 0.572 0.000 0.008 0.000 0.420
#> SRR1146211 5 0.3895 0.422 0.320 0.000 0.000 0.000 0.680
#> SRR1146212 5 0.0404 0.900 0.012 0.000 0.000 0.000 0.988
#> SRR1146213 4 0.4558 0.852 0.000 0.060 0.216 0.724 0.000
#> SRR1146214 1 0.4003 0.661 0.704 0.000 0.008 0.000 0.288
#> SRR1146215 1 0.1121 0.870 0.956 0.000 0.000 0.000 0.044
#> SRR1146216 2 0.0510 0.919 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146217 5 0.0579 0.896 0.008 0.008 0.000 0.000 0.984
#> SRR1146218 1 0.3480 0.722 0.752 0.000 0.000 0.000 0.248
#> SRR1146219 1 0.2471 0.835 0.864 0.000 0.000 0.000 0.136
#> SRR1146220 1 0.2929 0.800 0.820 0.000 0.000 0.000 0.180
#> SRR1146221 1 0.4283 0.311 0.544 0.000 0.000 0.000 0.456
#> SRR1146222 1 0.1341 0.867 0.944 0.000 0.000 0.000 0.056
#> SRR1146223 1 0.0880 0.875 0.968 0.000 0.000 0.000 0.032
#> SRR1146224 5 0.0693 0.892 0.008 0.000 0.012 0.000 0.980
#> SRR1146225 1 0.3752 0.651 0.708 0.000 0.000 0.000 0.292
#> SRR1146226 1 0.0794 0.875 0.972 0.000 0.000 0.000 0.028
#> SRR1146227 1 0.3563 0.767 0.780 0.000 0.012 0.000 0.208
#> SRR1146228 3 0.6371 0.678 0.216 0.000 0.516 0.000 0.268
#> SRR1146229 1 0.3123 0.782 0.812 0.000 0.004 0.000 0.184
#> SRR1146230 4 0.1502 0.828 0.000 0.004 0.056 0.940 0.000
#> SRR1146231 4 0.1012 0.845 0.000 0.012 0.020 0.968 0.000
#> SRR1146232 2 0.0510 0.919 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 4 0.1430 0.830 0.000 0.004 0.052 0.944 0.000
#> SRR1146237 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.5084 0.567 0.000 0.616 0.052 0.332 0.000
#> SRR1146239 1 0.1851 0.860 0.912 0.000 0.000 0.000 0.088
#> SRR1146240 5 0.1410 0.899 0.060 0.000 0.000 0.000 0.940
#> SRR1146241 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.2377 0.841 0.872 0.000 0.000 0.000 0.128
#> SRR1146243 4 0.1430 0.830 0.000 0.004 0.052 0.944 0.000
#> SRR1146244 4 0.1430 0.830 0.000 0.004 0.052 0.944 0.000
#> SRR1146245 4 0.2361 0.864 0.000 0.012 0.096 0.892 0.000
#> SRR1146246 4 0.1168 0.843 0.000 0.008 0.032 0.960 0.000
#> SRR1146247 4 0.1670 0.834 0.000 0.012 0.052 0.936 0.000
#> SRR1146248 4 0.1571 0.834 0.000 0.004 0.060 0.936 0.000
#> SRR1146249 4 0.1571 0.834 0.000 0.004 0.060 0.936 0.000
#> SRR1146250 2 0.4268 0.686 0.000 0.708 0.024 0.268 0.000
#> SRR1146252 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.873 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.2891 0.806 0.824 0.000 0.000 0.000 0.176
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 4 0.0146 0.78435 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146077 1 0.0865 0.85849 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.5254 0.67004 0.688 0.000 0.084 0.000 0.160 0.068
#> SRR1146079 5 0.1556 0.85194 0.000 0.000 0.000 0.000 0.920 0.080
#> SRR1146080 5 0.1806 0.84958 0.004 0.000 0.000 0.000 0.908 0.088
#> SRR1146081 1 0.0865 0.85849 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.0865 0.78442 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146083 1 0.2913 0.81025 0.860 0.000 0.092 0.000 0.036 0.012
#> SRR1146084 3 0.0865 0.78442 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146085 2 0.0458 0.89148 0.000 0.984 0.000 0.000 0.000 0.016
#> SRR1146086 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146087 5 0.2647 0.83012 0.044 0.000 0.000 0.000 0.868 0.088
#> SRR1146088 4 0.0363 0.78468 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146089 3 0.0865 0.78442 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146090 3 0.0865 0.78442 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146091 3 0.1007 0.78236 0.000 0.000 0.956 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146092 1 0.1225 0.85653 0.952 0.000 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146093 1 0.4436 0.77299 0.768 0.000 0.084 0.000 0.084 0.064
#> SRR1146094 5 0.1918 0.84860 0.008 0.000 0.000 0.000 0.904 0.088
#> SRR1146095 1 0.4418 0.67647 0.708 0.000 0.000 0.000 0.192 0.100
#> SRR1146096 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146097 1 0.2119 0.85585 0.904 0.000 0.036 0.000 0.000 0.060
#> SRR1146098 1 0.1225 0.85653 0.952 0.000 0.036 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146099 3 0.0937 0.78405 0.000 0.000 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146100 1 0.0865 0.85849 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 4 0.5530 0.33691 0.000 0.220 0.000 0.560 0.000 0.220
#> SRR1146102 3 0.0865 0.78442 0.000 0.000 0.964 0.000 0.036 0.000
#> SRR1146103 1 0.4010 0.29449 0.584 0.000 0.408 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146104 1 0.0260 0.86027 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.4361 0.21370 0.552 0.000 0.424 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146110 1 0.0865 0.85849 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146112 5 0.0363 0.85005 0.000 0.000 0.012 0.000 0.988 0.000
#> SRR1146113 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146117 2 0.0146 0.89858 0.000 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146118 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146119 1 0.3911 0.79241 0.804 0.000 0.040 0.000 0.068 0.088
#> SRR1146120 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146122 4 0.0000 0.78643 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146123 1 0.3013 0.81120 0.844 0.000 0.000 0.000 0.068 0.088
#> SRR1146124 1 0.2956 0.81344 0.848 0.000 0.000 0.000 0.064 0.088
#> SRR1146125 4 0.0146 0.78602 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146126 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146127 2 0.0146 0.89852 0.000 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146128 1 0.1918 0.83769 0.904 0.000 0.000 0.000 0.008 0.088
#> SRR1146129 3 0.1152 0.78156 0.004 0.000 0.952 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.0363 0.89438 0.000 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146132 5 0.1007 0.84937 0.000 0.000 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1146133 5 0.0937 0.85097 0.000 0.000 0.040 0.000 0.960 0.000
#> SRR1146134 5 0.1814 0.81554 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1146135 1 0.2979 0.82201 0.852 0.000 0.056 0.000 0.004 0.088
#> SRR1146136 5 0.3423 0.77699 0.100 0.000 0.000 0.000 0.812 0.088
#> SRR1146137 4 0.0000 0.78643 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146138 4 0.1141 0.77053 0.000 0.000 0.000 0.948 0.000 0.052
#> SRR1146139 2 0.2730 0.70734 0.000 0.808 0.000 0.192 0.000 0.000
#> SRR1146140 1 0.1367 0.85605 0.944 0.000 0.044 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146141 1 0.0865 0.85849 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146144 4 0.3076 0.55752 0.000 0.240 0.000 0.760 0.000 0.000
#> SRR1146145 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146146 6 0.1910 0.92045 0.000 0.000 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1146147 5 0.2436 0.83583 0.032 0.000 0.000 0.000 0.880 0.088
#> SRR1146148 1 0.3013 0.81120 0.844 0.000 0.000 0.000 0.068 0.088
#> SRR1146149 5 0.2712 0.82782 0.048 0.000 0.000 0.000 0.864 0.088
#> SRR1146150 5 0.3171 0.70156 0.012 0.000 0.204 0.000 0.784 0.000
#> SRR1146151 5 0.1814 0.81554 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1146152 1 0.3375 0.79079 0.816 0.000 0.000 0.000 0.096 0.088
#> SRR1146153 4 0.0000 0.78643 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146154 5 0.0000 0.84843 0.000 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.2278 0.82770 0.868 0.000 0.128 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146156 1 0.5727 0.63865 0.648 0.000 0.096 0.000 0.156 0.100
#> SRR1146157 1 0.0000 0.85981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.85981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 5 0.4801 0.48785 0.280 0.000 0.000 0.000 0.632 0.088
#> SRR1146160 1 0.0000 0.85981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 5 0.2712 0.82811 0.048 0.000 0.000 0.000 0.864 0.088
#> SRR1146162 1 0.0865 0.85849 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.4681 0.14024 0.432 0.000 0.524 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146164 1 0.1610 0.84206 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 0.084
#> SRR1146165 1 0.0865 0.85849 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 4 0.0146 0.78435 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146167 2 0.5305 0.51823 0.000 0.656 0.000 0.196 0.028 0.120
#> SRR1146168 5 0.1663 0.84993 0.000 0.000 0.000 0.000 0.912 0.088
#> SRR1146169 2 0.0458 0.89207 0.000 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146170 2 0.5861 0.00189 0.000 0.472 0.000 0.220 0.000 0.308
#> SRR1146171 4 0.3629 0.60639 0.000 0.016 0.000 0.724 0.000 0.260
#> SRR1146172 4 0.3859 0.56089 0.000 0.020 0.000 0.692 0.000 0.288
#> SRR1146173 4 0.3847 0.18702 0.000 0.000 0.000 0.544 0.000 0.456
#> SRR1146174 4 0.4461 0.25318 0.000 0.404 0.000 0.564 0.000 0.032
#> SRR1146175 2 0.1765 0.81513 0.000 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1146176 2 0.3490 0.58288 0.000 0.724 0.000 0.268 0.000 0.008
#> SRR1146177 2 0.0547 0.88976 0.000 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146178 4 0.0291 0.78560 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1146179 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146180 2 0.3888 0.59682 0.000 0.716 0.000 0.252 0.000 0.032
#> SRR1146181 4 0.0000 0.78643 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146182 2 0.5455 0.28807 0.000 0.564 0.000 0.172 0.000 0.264
#> SRR1146183 4 0.4969 0.44631 0.000 0.104 0.000 0.616 0.000 0.280
#> SRR1146184 4 0.0000 0.78643 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146185 4 0.2597 0.69832 0.000 0.000 0.000 0.824 0.000 0.176
#> SRR1146186 4 0.3817 0.26466 0.000 0.000 0.000 0.568 0.000 0.432
#> SRR1146187 4 0.0146 0.78435 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146188 2 0.3488 0.69499 0.000 0.780 0.000 0.184 0.000 0.036
#> SRR1146189 4 0.0146 0.78435 0.000 0.000 0.000 0.996 0.000 0.004
#> SRR1146190 4 0.2730 0.68655 0.000 0.000 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146191 4 0.3175 0.62088 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1146192 4 0.0363 0.78494 0.000 0.000 0.000 0.988 0.000 0.012
#> SRR1146193 4 0.3929 0.38373 0.000 0.272 0.000 0.700 0.000 0.028
#> SRR1146194 4 0.0000 0.78643 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146195 4 0.0000 0.78643 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146196 4 0.0000 0.78643 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146197 4 0.0000 0.78643 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146198 4 0.3175 0.61966 0.000 0.000 0.000 0.744 0.000 0.256
#> SRR1146199 5 0.0146 0.84982 0.000 0.000 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146200 4 0.0000 0.78643 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146201 4 0.0000 0.78643 0.000 0.000 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146202 3 0.5705 0.37438 0.204 0.000 0.516 0.000 0.280 0.000
#> SRR1146203 1 0.0865 0.85849 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 5 0.3563 0.81874 0.004 0.000 0.100 0.000 0.808 0.088
#> SRR1146205 5 0.0146 0.84918 0.000 0.000 0.004 0.000 0.996 0.000
#> SRR1146206 5 0.1075 0.84813 0.000 0.000 0.048 0.000 0.952 0.000
#> SRR1146207 4 0.3253 0.67602 0.000 0.020 0.000 0.788 0.000 0.192
#> SRR1146208 1 0.2800 0.80650 0.860 0.000 0.100 0.000 0.036 0.004
#> SRR1146209 1 0.2897 0.81602 0.852 0.000 0.000 0.000 0.060 0.088
#> SRR1146210 1 0.6484 0.34364 0.504 0.000 0.100 0.000 0.300 0.096
#> SRR1146211 5 0.5575 0.37864 0.324 0.000 0.024 0.000 0.560 0.092
#> SRR1146212 5 0.0865 0.85081 0.000 0.000 0.036 0.000 0.964 0.000
#> SRR1146213 4 0.0291 0.78564 0.000 0.004 0.000 0.992 0.000 0.004
#> SRR1146214 1 0.5024 0.72771 0.720 0.000 0.100 0.000 0.092 0.088
#> SRR1146215 1 0.1141 0.85754 0.948 0.000 0.052 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146217 5 0.1814 0.81554 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1146218 1 0.4560 0.75686 0.756 0.000 0.100 0.000 0.056 0.088
#> SRR1146219 1 0.2879 0.82863 0.864 0.000 0.056 0.000 0.008 0.072
#> SRR1146220 1 0.3013 0.81120 0.844 0.000 0.000 0.000 0.068 0.088
#> SRR1146221 1 0.5893 0.45708 0.556 0.000 0.052 0.000 0.304 0.088
#> SRR1146222 1 0.1814 0.84076 0.900 0.000 0.100 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0891 0.85841 0.968 0.000 0.000 0.000 0.008 0.024
#> SRR1146224 5 0.1814 0.81554 0.000 0.000 0.100 0.000 0.900 0.000
#> SRR1146225 1 0.4987 0.43381 0.584 0.000 0.000 0.000 0.328 0.088
#> SRR1146226 1 0.0146 0.86015 0.996 0.000 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146227 1 0.2100 0.82182 0.884 0.000 0.112 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146228 3 0.4698 0.06291 0.452 0.000 0.504 0.000 0.044 0.000
#> SRR1146229 1 0.2800 0.80650 0.860 0.000 0.100 0.000 0.036 0.004
#> SRR1146230 6 0.2793 0.88148 0.000 0.000 0.000 0.200 0.000 0.800
#> SRR1146231 4 0.3756 0.35832 0.000 0.000 0.000 0.600 0.000 0.400
#> SRR1146232 2 0.0000 0.90050 0.000 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146233 1 0.0865 0.85849 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.85981 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0865 0.85849 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 6 0.1957 0.92330 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1146237 1 0.0865 0.85849 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.5137 0.23205 0.000 0.552 0.000 0.096 0.000 0.352
#> SRR1146239 1 0.1204 0.84974 0.944 0.000 0.056 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146240 5 0.3815 0.81439 0.016 0.000 0.096 0.000 0.800 0.088
#> SRR1146241 1 0.0865 0.85849 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.2170 0.83532 0.888 0.000 0.000 0.000 0.012 0.100
#> SRR1146243 6 0.2762 0.89055 0.000 0.000 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146244 6 0.2883 0.86228 0.000 0.000 0.000 0.212 0.000 0.788
#> SRR1146245 4 0.2491 0.70594 0.000 0.000 0.000 0.836 0.000 0.164
#> SRR1146246 4 0.3371 0.57477 0.000 0.000 0.000 0.708 0.000 0.292
#> SRR1146247 4 0.6127 -0.13884 0.000 0.328 0.000 0.352 0.000 0.320
#> SRR1146248 6 0.2003 0.92181 0.000 0.000 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1146249 6 0.1957 0.92330 0.000 0.000 0.000 0.112 0.000 0.888
#> SRR1146250 2 0.3551 0.68270 0.000 0.772 0.000 0.036 0.000 0.192
#> SRR1146252 1 0.0146 0.86016 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0865 0.85849 0.964 0.000 0.036 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.1555 0.84757 0.932 0.000 0.060 0.000 0.004 0.004
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
The object with results only for a single top-value method and a single partition method can be extracted as:
res = res_list["ATC", "NMF"]
# you can also extract it by
# res = res_list["ATC:NMF"]
A summary of res and all the functions that can be applied to it:
res
#> A 'ConsensusPartition' object with k = 2, 3, 4, 5, 6.
#> On a matrix with 17367 rows and 178 columns.
#> Top rows (1000, 2000, 3000, 4000, 5000) are extracted by 'ATC' method.
#> Subgroups are detected by 'NMF' method.
#> Performed in total 1250 partitions by row resampling.
#> Best k for subgroups seems to be 3.
#>
#> Following methods can be applied to this 'ConsensusPartition' object:
#> [1] "cola_report" "collect_classes" "collect_plots"
#> [4] "collect_stats" "colnames" "compare_signatures"
#> [7] "consensus_heatmap" "dimension_reduction" "functional_enrichment"
#> [10] "get_anno_col" "get_anno" "get_classes"
#> [13] "get_consensus" "get_matrix" "get_membership"
#> [16] "get_param" "get_signatures" "get_stats"
#> [19] "is_best_k" "is_stable_k" "membership_heatmap"
#> [22] "ncol" "nrow" "plot_ecdf"
#> [25] "rownames" "select_partition_number" "show"
#> [28] "suggest_best_k" "test_to_known_factors"
collect_plots() function collects all the plots made from res for all k (number of partitions)
into one single page to provide an easy and fast comparison between different k.
collect_plots(res)
The plots are:
k and the heatmap of
predicted classes for each k.k.k.k.All the plots in panels can be made by individual functions and they are plotted later in this section.
select_partition_number() produces several plots showing different
statistics for choosing “optimized” k. There are following statistics:
k;k, the area increased is defined as \(A_k - A_{k-1}\).The detailed explanations of these statistics can be found in the cola vignette.
Generally speaking, lower PAC score, higher mean silhouette score or higher
concordance corresponds to better partition. Rand index and Jaccard index
measure how similar the current partition is compared to partition with k-1.
If they are too similar, we won't accept k is better than k-1.
select_partition_number(res)
The numeric values for all these statistics can be obtained by get_stats().
get_stats(res)
#> k 1-PAC mean_silhouette concordance area_increased Rand Jaccard
#> 2 2 1.000 0.988 0.995 0.5001 0.500 0.500
#> 3 3 0.911 0.910 0.960 0.2962 0.790 0.603
#> 4 4 0.645 0.715 0.844 0.1260 0.781 0.470
#> 5 5 0.603 0.579 0.754 0.0422 0.865 0.567
#> 6 6 0.609 0.621 0.764 0.0241 0.906 0.659
suggest_best_k() suggests the best \(k\) based on these statistics. The rules are as follows:
suggest_best_k(res)
#> [1] 3
#> attr(,"optional")
#> [1] 2
There is also optional best \(k\) = 2 that is worth to check.
Following shows the table of the partitions (You need to click the show/hide
code output link to see it). The membership matrix (columns with name p*)
is inferred by
clue::cl_consensus()
function with the SE method. Basically the value in the membership matrix
represents the probability to belong to a certain group. The finall class
label for an item is determined with the group with highest probability it
belongs to.
In get_classes() function, the entropy is calculated from the membership
matrix and the silhouette score is calculated from the consensus matrix.
cbind(get_classes(res, k = 2), get_membership(res, k = 2))
#> class entropy silhouette p1 p2
#> SRR1146076 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146077 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146082 1 0.7056 0.762 0.808 0.192
#> SRR1146083 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146084 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146086 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146087 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146089 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146090 1 0.0672 0.987 0.992 0.008
#> SRR1146091 2 0.0376 0.991 0.004 0.996
#> SRR1146092 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146097 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146099 1 0.7950 0.685 0.760 0.240
#> SRR1146100 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146102 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146103 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146105 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146106 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146107 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146108 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146109 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146112 2 0.8861 0.561 0.304 0.696
#> SRR1146113 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146114 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146115 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146116 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146117 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146118 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146119 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146121 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146122 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146123 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146126 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146127 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146128 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146129 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146131 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146132 2 0.0376 0.991 0.004 0.996
#> SRR1146133 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146134 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146135 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146138 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146139 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146140 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146143 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146144 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146145 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146146 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146147 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146150 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146151 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146152 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146154 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146155 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146163 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146167 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146168 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146170 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146171 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146172 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146173 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146174 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146175 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146176 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146177 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146178 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146179 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146180 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146181 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146182 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146183 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146184 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146185 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146186 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146187 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146188 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146189 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146190 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146191 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146192 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146193 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146194 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146195 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146196 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146197 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146198 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146199 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146200 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146201 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146202 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146203 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146204 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146205 2 0.2423 0.955 0.040 0.960
#> SRR1146206 2 0.0376 0.991 0.004 0.996
#> SRR1146207 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146208 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146212 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146213 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146214 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146217 2 0.4939 0.878 0.108 0.892
#> SRR1146218 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146219 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146220 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146221 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146224 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146225 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146227 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146228 1 0.0376 0.991 0.996 0.004
#> SRR1146229 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146230 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146231 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146232 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146233 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146237 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146239 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146244 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146245 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146246 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146247 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146248 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146249 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146250 2 0.0000 0.995 0.000 1.000
#> SRR1146252 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.0000 0.994 1.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 3), get_membership(res, k = 3))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3
#> SRR1146076 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146077 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146078 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146079 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146080 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146081 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146082 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146083 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146084 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146085 3 0.1411 0.891 0.000 0.036 0.964
#> SRR1146086 3 0.0892 0.899 0.000 0.020 0.980
#> SRR1146087 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146088 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146089 3 0.0747 0.895 0.016 0.000 0.984
#> SRR1146090 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146091 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146092 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146093 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146094 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146095 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146096 2 0.1289 0.958 0.000 0.968 0.032
#> SRR1146097 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146098 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146099 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146100 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.0592 0.968 0.000 0.988 0.012
#> SRR1146102 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146103 3 0.3752 0.797 0.144 0.000 0.856
#> SRR1146104 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.1860 0.877 0.052 0.000 0.948
#> SRR1146106 3 0.1753 0.883 0.000 0.048 0.952
#> SRR1146107 3 0.1860 0.880 0.000 0.052 0.948
#> SRR1146108 3 0.5650 0.534 0.000 0.312 0.688
#> SRR1146109 2 0.5926 0.460 0.000 0.644 0.356
#> SRR1146110 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.1860 0.942 0.000 0.948 0.052
#> SRR1146112 3 0.4178 0.774 0.172 0.000 0.828
#> SRR1146113 3 0.5835 0.476 0.000 0.340 0.660
#> SRR1146114 3 0.1411 0.891 0.000 0.036 0.964
#> SRR1146115 2 0.3192 0.882 0.000 0.888 0.112
#> SRR1146116 3 0.0747 0.900 0.000 0.016 0.984
#> SRR1146117 3 0.1031 0.897 0.000 0.024 0.976
#> SRR1146118 3 0.0892 0.899 0.000 0.020 0.980
#> SRR1146119 1 0.3038 0.864 0.896 0.000 0.104
#> SRR1146120 3 0.1643 0.886 0.000 0.044 0.956
#> SRR1146121 3 0.0892 0.899 0.000 0.020 0.980
#> SRR1146122 2 0.0237 0.971 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146123 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146125 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146126 2 0.1753 0.946 0.000 0.952 0.048
#> SRR1146127 2 0.2878 0.900 0.000 0.904 0.096
#> SRR1146128 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146129 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146130 2 0.2261 0.928 0.000 0.932 0.068
#> SRR1146131 2 0.1031 0.963 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146132 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146133 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146134 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146135 1 0.5397 0.591 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146136 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146138 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146139 2 0.1411 0.955 0.000 0.964 0.036
#> SRR1146140 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146141 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.3267 0.877 0.000 0.884 0.116
#> SRR1146143 2 0.1031 0.963 0.000 0.976 0.024
#> SRR1146144 2 0.0892 0.965 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146145 2 0.0892 0.965 0.000 0.980 0.020
#> SRR1146146 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146147 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146148 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146150 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146151 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146152 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146153 2 0.0424 0.970 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146154 1 0.6215 0.257 0.572 0.428 0.000
#> SRR1146155 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146156 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146157 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146159 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146162 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.0237 0.901 0.004 0.000 0.996
#> SRR1146164 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146165 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.0424 0.970 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146167 3 0.6026 0.405 0.000 0.376 0.624
#> SRR1146168 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146169 2 0.1163 0.960 0.000 0.972 0.028
#> SRR1146170 2 0.0747 0.967 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146171 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146172 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146173 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146174 2 0.0747 0.967 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146175 2 0.5098 0.684 0.000 0.752 0.248
#> SRR1146176 2 0.1753 0.946 0.000 0.952 0.048
#> SRR1146177 2 0.0747 0.967 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146178 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146179 2 0.1411 0.955 0.000 0.964 0.036
#> SRR1146180 2 0.1289 0.958 0.000 0.968 0.032
#> SRR1146181 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146182 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146183 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146184 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146185 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146186 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146187 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146188 2 0.0747 0.967 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146189 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146190 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146191 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146192 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146193 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146194 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146195 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146196 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146197 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146198 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146199 1 0.3816 0.792 0.852 0.148 0.000
#> SRR1146200 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146201 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146202 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146203 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146204 3 0.3551 0.811 0.132 0.000 0.868
#> SRR1146205 2 0.2356 0.901 0.072 0.928 0.000
#> SRR1146206 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146207 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146208 1 0.0747 0.957 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146209 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146210 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146211 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146212 3 0.1289 0.891 0.032 0.000 0.968
#> SRR1146213 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146214 1 0.0892 0.954 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146215 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.5706 0.546 0.000 0.680 0.320
#> SRR1146217 1 0.5785 0.504 0.668 0.332 0.000
#> SRR1146218 3 0.5760 0.520 0.328 0.000 0.672
#> SRR1146219 3 0.6267 0.198 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146220 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146221 3 0.3482 0.815 0.128 0.000 0.872
#> SRR1146222 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146225 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146226 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146227 3 0.5882 0.472 0.348 0.000 0.652
#> SRR1146228 3 0.0000 0.903 0.000 0.000 1.000
#> SRR1146229 1 0.0747 0.957 0.984 0.000 0.016
#> SRR1146230 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146231 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146232 3 0.6244 0.198 0.000 0.440 0.560
#> SRR1146233 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146236 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146237 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146238 2 0.0237 0.971 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146239 1 0.5397 0.592 0.720 0.000 0.280
#> SRR1146240 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146241 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146243 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146244 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146245 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146246 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146247 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146248 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146249 2 0.0000 0.972 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146250 2 0.0747 0.967 0.000 0.984 0.016
#> SRR1146252 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0000 0.971 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 1 0.1753 0.927 0.952 0.000 0.048
cbind(get_classes(res, k = 4), get_membership(res, k = 4))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4
#> SRR1146076 2 0.3486 0.6679 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1146077 1 0.1792 0.8742 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1146078 1 0.2011 0.8680 0.920 0.000 0.000 0.080
#> SRR1146079 1 0.1022 0.8888 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1146080 1 0.4843 0.4321 0.604 0.000 0.000 0.396
#> SRR1146081 1 0.1716 0.8759 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1146082 3 0.0000 0.7958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0188 0.8929 0.996 0.000 0.004 0.000
#> SRR1146084 3 0.0000 0.7958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146085 2 0.3444 0.7355 0.000 0.816 0.184 0.000
#> SRR1146086 2 0.3486 0.7311 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1146087 1 0.1792 0.8742 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1146088 2 0.4500 0.4099 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1146089 3 0.0336 0.7984 0.008 0.000 0.992 0.000
#> SRR1146090 3 0.0000 0.7958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146091 3 0.0000 0.7958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.1716 0.8759 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1146093 1 0.1792 0.8742 0.932 0.000 0.000 0.068
#> SRR1146094 1 0.1716 0.8759 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1146095 1 0.1022 0.8881 0.968 0.000 0.000 0.032
#> SRR1146096 2 0.2174 0.7949 0.000 0.928 0.052 0.020
#> SRR1146097 1 0.1716 0.8759 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1146098 1 0.1716 0.8759 0.936 0.000 0.000 0.064
#> SRR1146099 3 0.0000 0.7958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146100 1 0.1211 0.8758 0.960 0.000 0.040 0.000
#> SRR1146101 2 0.2868 0.7408 0.000 0.864 0.000 0.136
#> SRR1146102 3 0.0000 0.7958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.2973 0.8001 0.144 0.000 0.856 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.4387 0.7794 0.144 0.052 0.804 0.000
#> SRR1146106 2 0.3351 0.7480 0.000 0.844 0.148 0.008
#> SRR1146107 2 0.3074 0.7561 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1146108 2 0.1938 0.7915 0.000 0.936 0.052 0.012
#> SRR1146109 2 0.2973 0.7624 0.000 0.856 0.144 0.000
#> SRR1146110 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.1489 0.7983 0.000 0.952 0.044 0.004
#> SRR1146112 3 0.4713 0.7778 0.072 0.116 0.804 0.008
#> SRR1146113 2 0.1938 0.7913 0.000 0.936 0.052 0.012
#> SRR1146114 2 0.3074 0.7561 0.000 0.848 0.152 0.000
#> SRR1146115 2 0.1398 0.7985 0.000 0.956 0.040 0.004
#> SRR1146116 2 0.3400 0.7384 0.000 0.820 0.180 0.000
#> SRR1146117 2 0.3486 0.7333 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1146118 2 0.3486 0.7319 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1146119 3 0.4277 0.7301 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1146120 2 0.3123 0.7538 0.000 0.844 0.156 0.000
#> SRR1146121 2 0.3486 0.7333 0.000 0.812 0.188 0.000
#> SRR1146122 2 0.2345 0.7665 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146123 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146124 3 0.4866 0.5297 0.404 0.000 0.596 0.000
#> SRR1146125 2 0.3528 0.6889 0.000 0.808 0.000 0.192
#> SRR1146126 2 0.0657 0.7982 0.000 0.984 0.012 0.004
#> SRR1146127 2 0.1677 0.7997 0.000 0.948 0.040 0.012
#> SRR1146128 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146129 3 0.0000 0.7958 0.000 0.000 1.000 0.000
#> SRR1146130 2 0.0000 0.7964 0.000 1.000 0.000 0.000
#> SRR1146131 2 0.3239 0.7857 0.000 0.880 0.052 0.068
#> SRR1146132 3 0.3791 0.6618 0.004 0.200 0.796 0.000
#> SRR1146133 1 0.1389 0.8830 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1146134 3 0.0188 0.7958 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146135 3 0.4277 0.7283 0.280 0.000 0.720 0.000
#> SRR1146136 3 0.4948 0.4443 0.440 0.000 0.560 0.000
#> SRR1146137 4 0.4941 0.4745 0.000 0.436 0.000 0.564
#> SRR1146138 2 0.4454 0.3957 0.000 0.692 0.000 0.308
#> SRR1146139 2 0.2300 0.7977 0.000 0.924 0.028 0.048
#> SRR1146140 1 0.1389 0.8829 0.952 0.000 0.000 0.048
#> SRR1146141 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.2469 0.7776 0.000 0.892 0.108 0.000
#> SRR1146143 2 0.0707 0.7963 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146144 2 0.1792 0.7825 0.000 0.932 0.000 0.068
#> SRR1146145 2 0.0707 0.7963 0.000 0.980 0.000 0.020
#> SRR1146146 4 0.2216 0.7928 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1146147 1 0.4679 0.5523 0.648 0.000 0.000 0.352
#> SRR1146148 1 0.3688 0.6382 0.792 0.000 0.208 0.000
#> SRR1146149 1 0.5366 -0.0988 0.548 0.000 0.440 0.012
#> SRR1146150 3 0.0188 0.7958 0.000 0.000 0.996 0.004
#> SRR1146151 3 0.2542 0.7674 0.000 0.084 0.904 0.012
#> SRR1146152 1 0.4372 0.5044 0.728 0.000 0.268 0.004
#> SRR1146153 2 0.2216 0.7701 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1146154 1 0.6130 0.3168 0.548 0.052 0.000 0.400
#> SRR1146155 1 0.1940 0.8411 0.924 0.000 0.076 0.000
#> SRR1146156 1 0.2149 0.8287 0.912 0.000 0.088 0.000
#> SRR1146157 3 0.4898 0.4991 0.416 0.000 0.584 0.000
#> SRR1146158 1 0.1389 0.8673 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1146159 1 0.4948 -0.0676 0.560 0.000 0.440 0.000
#> SRR1146160 1 0.0817 0.8839 0.976 0.000 0.024 0.000
#> SRR1146161 4 0.4585 0.3195 0.332 0.000 0.000 0.668
#> SRR1146162 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146163 3 0.1302 0.8072 0.044 0.000 0.956 0.000
#> SRR1146164 1 0.0336 0.8930 0.992 0.000 0.000 0.008
#> SRR1146165 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146166 2 0.2345 0.7628 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146167 2 0.5069 0.6068 0.000 0.664 0.320 0.016
#> SRR1146168 4 0.8271 0.2069 0.160 0.060 0.252 0.528
#> SRR1146169 2 0.1302 0.7913 0.000 0.956 0.000 0.044
#> SRR1146170 2 0.2345 0.7671 0.000 0.900 0.000 0.100
#> SRR1146171 4 0.4967 0.3647 0.000 0.452 0.000 0.548
#> SRR1146172 4 0.4830 0.5089 0.000 0.392 0.000 0.608
#> SRR1146173 4 0.2281 0.7951 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1146174 2 0.2216 0.7712 0.000 0.908 0.000 0.092
#> SRR1146175 2 0.4163 0.7450 0.000 0.792 0.188 0.020
#> SRR1146176 2 0.4010 0.7739 0.000 0.836 0.100 0.064
#> SRR1146177 2 0.1022 0.7949 0.000 0.968 0.000 0.032
#> SRR1146178 4 0.4925 0.4323 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1146179 2 0.1936 0.7986 0.000 0.940 0.028 0.032
#> SRR1146180 2 0.5480 0.7287 0.000 0.736 0.124 0.140
#> SRR1146181 4 0.3311 0.7791 0.000 0.172 0.000 0.828
#> SRR1146182 2 0.3649 0.6729 0.000 0.796 0.000 0.204
#> SRR1146183 2 0.4500 0.4513 0.000 0.684 0.000 0.316
#> SRR1146184 4 0.3172 0.7827 0.000 0.160 0.000 0.840
#> SRR1146185 4 0.2281 0.7951 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1146186 4 0.2216 0.7928 0.000 0.092 0.000 0.908
#> SRR1146187 2 0.2149 0.7712 0.000 0.912 0.000 0.088
#> SRR1146188 2 0.2647 0.7577 0.000 0.880 0.000 0.120
#> SRR1146189 4 0.4925 0.4686 0.000 0.428 0.000 0.572
#> SRR1146190 4 0.2345 0.7948 0.000 0.100 0.000 0.900
#> SRR1146191 4 0.2281 0.7951 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1146192 4 0.2589 0.7943 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1146193 2 0.3400 0.7045 0.000 0.820 0.000 0.180
#> SRR1146194 2 0.4985 -0.1612 0.000 0.532 0.000 0.468
#> SRR1146195 4 0.2281 0.7951 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1146196 4 0.4454 0.6600 0.000 0.308 0.000 0.692
#> SRR1146197 2 0.4999 -0.2796 0.000 0.508 0.000 0.492
#> SRR1146198 4 0.4522 0.6431 0.000 0.320 0.000 0.680
#> SRR1146199 1 0.2124 0.8696 0.924 0.008 0.000 0.068
#> SRR1146200 2 0.3837 0.6174 0.000 0.776 0.000 0.224
#> SRR1146201 4 0.2469 0.7953 0.000 0.108 0.000 0.892
#> SRR1146202 3 0.0336 0.7957 0.000 0.000 0.992 0.008
#> SRR1146203 1 0.1389 0.8673 0.952 0.000 0.048 0.000
#> SRR1146204 3 0.2859 0.8034 0.112 0.000 0.880 0.008
#> SRR1146205 4 0.5874 0.6604 0.124 0.176 0.000 0.700
#> SRR1146206 3 0.4635 0.5471 0.012 0.268 0.720 0.000
#> SRR1146207 2 0.4948 0.0272 0.000 0.560 0.000 0.440
#> SRR1146208 3 0.4072 0.7527 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1146209 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146210 3 0.4454 0.6957 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1146211 1 0.1211 0.8875 0.960 0.000 0.000 0.040
#> SRR1146212 3 0.4980 0.4566 0.016 0.304 0.680 0.000
#> SRR1146213 2 0.3486 0.6937 0.000 0.812 0.000 0.188
#> SRR1146214 3 0.4103 0.7507 0.256 0.000 0.744 0.000
#> SRR1146215 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146216 2 0.2921 0.7641 0.000 0.860 0.140 0.000
#> SRR1146217 4 0.7006 0.4183 0.036 0.064 0.312 0.588
#> SRR1146218 3 0.3764 0.7759 0.216 0.000 0.784 0.000
#> SRR1146219 3 0.4134 0.7481 0.260 0.000 0.740 0.000
#> SRR1146220 3 0.4605 0.6566 0.336 0.000 0.664 0.000
#> SRR1146221 3 0.3649 0.7824 0.204 0.000 0.796 0.000
#> SRR1146222 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 3 0.3105 0.7253 0.000 0.140 0.856 0.004
#> SRR1146225 1 0.0188 0.8932 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146226 1 0.0336 0.8921 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146227 3 0.3444 0.7871 0.184 0.000 0.816 0.000
#> SRR1146228 3 0.1557 0.8082 0.056 0.000 0.944 0.000
#> SRR1146229 3 0.4072 0.7527 0.252 0.000 0.748 0.000
#> SRR1146230 4 0.2281 0.7951 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1146231 4 0.3569 0.7546 0.000 0.196 0.000 0.804
#> SRR1146232 2 0.2412 0.7806 0.000 0.908 0.084 0.008
#> SRR1146233 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 3 0.4454 0.6958 0.308 0.000 0.692 0.000
#> SRR1146235 1 0.2081 0.8320 0.916 0.000 0.084 0.000
#> SRR1146236 2 0.4955 0.0170 0.000 0.556 0.000 0.444
#> SRR1146237 1 0.0921 0.8816 0.972 0.000 0.028 0.000
#> SRR1146238 2 0.3569 0.6784 0.000 0.804 0.000 0.196
#> SRR1146239 3 0.3837 0.7696 0.224 0.000 0.776 0.000
#> SRR1146240 1 0.6299 -0.0790 0.520 0.000 0.420 0.060
#> SRR1146241 1 0.0336 0.8913 0.992 0.000 0.008 0.000
#> SRR1146242 1 0.1970 0.8634 0.932 0.000 0.060 0.008
#> SRR1146243 4 0.4790 0.5442 0.000 0.380 0.000 0.620
#> SRR1146244 4 0.2408 0.7958 0.000 0.104 0.000 0.896
#> SRR1146245 4 0.4382 0.6808 0.000 0.296 0.000 0.704
#> SRR1146246 4 0.2281 0.7951 0.000 0.096 0.000 0.904
#> SRR1146247 4 0.4985 0.2930 0.000 0.468 0.000 0.532
#> SRR1146248 4 0.3219 0.7769 0.000 0.164 0.000 0.836
#> SRR1146249 4 0.2589 0.7936 0.000 0.116 0.000 0.884
#> SRR1146250 2 0.1716 0.7878 0.000 0.936 0.000 0.064
#> SRR1146252 1 0.0188 0.8932 0.996 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146253 1 0.0000 0.8935 1.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146254 3 0.4193 0.7411 0.268 0.000 0.732 0.000
cbind(get_classes(res, k = 5), get_membership(res, k = 5))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5
#> SRR1146076 2 0.4380 0.2854 0.000 0.708 0.000 0.260 0.032
#> SRR1146077 1 0.1671 0.8798 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1146078 1 0.2230 0.8598 0.884 0.000 0.000 0.000 0.116
#> SRR1146079 1 0.3244 0.8561 0.860 0.000 0.008 0.084 0.048
#> SRR1146080 1 0.6643 0.6400 0.644 0.064 0.032 0.192 0.068
#> SRR1146081 1 0.1478 0.8830 0.936 0.000 0.000 0.000 0.064
#> SRR1146082 3 0.0324 0.8296 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR1146083 1 0.0566 0.8942 0.984 0.000 0.012 0.000 0.004
#> SRR1146084 3 0.0324 0.8296 0.004 0.004 0.992 0.000 0.000
#> SRR1146085 5 0.6431 0.5301 0.000 0.364 0.120 0.016 0.500
#> SRR1146086 2 0.5880 -0.4844 0.000 0.484 0.100 0.000 0.416
#> SRR1146087 1 0.1732 0.8773 0.920 0.000 0.000 0.000 0.080
#> SRR1146088 4 0.5423 0.3652 0.000 0.388 0.000 0.548 0.064
#> SRR1146089 3 0.0404 0.8330 0.012 0.000 0.988 0.000 0.000
#> SRR1146090 3 0.0671 0.8240 0.000 0.016 0.980 0.000 0.004
#> SRR1146091 3 0.0162 0.8274 0.000 0.004 0.996 0.000 0.000
#> SRR1146092 1 0.1043 0.8899 0.960 0.000 0.000 0.000 0.040
#> SRR1146093 1 0.1908 0.8721 0.908 0.000 0.000 0.000 0.092
#> SRR1146094 1 0.1270 0.8872 0.948 0.000 0.000 0.000 0.052
#> SRR1146095 1 0.0703 0.8933 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1146096 5 0.6168 0.6789 0.000 0.412 0.004 0.116 0.468
#> SRR1146097 1 0.1671 0.8789 0.924 0.000 0.000 0.000 0.076
#> SRR1146098 1 0.0703 0.8934 0.976 0.000 0.000 0.000 0.024
#> SRR1146099 3 0.1106 0.8204 0.000 0.024 0.964 0.000 0.012
#> SRR1146100 1 0.0404 0.8949 0.988 0.000 0.012 0.000 0.000
#> SRR1146101 2 0.5345 0.2179 0.000 0.632 0.000 0.280 0.088
#> SRR1146102 3 0.0404 0.8266 0.000 0.012 0.988 0.000 0.000
#> SRR1146103 3 0.2230 0.8412 0.116 0.000 0.884 0.000 0.000
#> SRR1146104 1 0.0000 0.8953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146105 3 0.4991 0.7342 0.148 0.092 0.740 0.000 0.020
#> SRR1146106 2 0.4621 0.1978 0.000 0.780 0.100 0.028 0.092
#> SRR1146107 2 0.5972 -0.5087 0.000 0.488 0.084 0.008 0.420
#> SRR1146108 2 0.4458 0.2510 0.000 0.800 0.052 0.076 0.072
#> SRR1146109 2 0.6569 -0.5543 0.000 0.468 0.068 0.052 0.412
#> SRR1146110 1 0.0000 0.8953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146111 2 0.6329 -0.6066 0.000 0.472 0.008 0.124 0.396
#> SRR1146112 2 0.7056 -0.2066 0.176 0.436 0.360 0.000 0.028
#> SRR1146113 2 0.4504 0.2329 0.000 0.796 0.048 0.072 0.084
#> SRR1146114 2 0.5921 -0.5439 0.000 0.460 0.088 0.004 0.448
#> SRR1146115 5 0.6410 0.6574 0.000 0.424 0.008 0.132 0.436
#> SRR1146116 2 0.5949 -0.3574 0.000 0.564 0.100 0.008 0.328
#> SRR1146117 5 0.6028 0.4925 0.000 0.388 0.104 0.004 0.504
#> SRR1146118 2 0.5828 -0.4400 0.000 0.520 0.100 0.000 0.380
#> SRR1146119 3 0.3317 0.8264 0.116 0.044 0.840 0.000 0.000
#> SRR1146120 2 0.5831 -0.4798 0.000 0.496 0.096 0.000 0.408
#> SRR1146121 5 0.6070 0.4838 0.000 0.428 0.104 0.004 0.464
#> SRR1146122 2 0.4823 0.2323 0.000 0.672 0.000 0.276 0.052
#> SRR1146123 1 0.0000 0.8953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146124 1 0.2690 0.7967 0.844 0.000 0.156 0.000 0.000
#> SRR1146125 4 0.5629 0.5245 0.000 0.312 0.000 0.588 0.100
#> SRR1146126 2 0.6033 -0.4106 0.000 0.556 0.008 0.108 0.328
#> SRR1146127 2 0.4704 0.1877 0.000 0.764 0.016 0.104 0.116
#> SRR1146128 1 0.0000 0.8953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146129 3 0.0613 0.8314 0.008 0.004 0.984 0.000 0.004
#> SRR1146130 2 0.5678 -0.2781 0.000 0.600 0.000 0.116 0.284
#> SRR1146131 5 0.6089 0.6273 0.000 0.324 0.000 0.144 0.532
#> SRR1146132 2 0.5207 0.1814 0.064 0.664 0.264 0.000 0.008
#> SRR1146133 1 0.1153 0.8952 0.964 0.000 0.008 0.004 0.024
#> SRR1146134 3 0.0880 0.8161 0.000 0.032 0.968 0.000 0.000
#> SRR1146135 3 0.2966 0.7990 0.184 0.000 0.816 0.000 0.000
#> SRR1146136 1 0.4203 0.7342 0.760 0.052 0.188 0.000 0.000
#> SRR1146137 2 0.5344 0.2416 0.000 0.672 0.000 0.168 0.160
#> SRR1146138 2 0.5005 0.2636 0.000 0.660 0.000 0.276 0.064
#> SRR1146139 2 0.2497 0.3227 0.000 0.880 0.004 0.112 0.004
#> SRR1146140 1 0.0162 0.8953 0.996 0.000 0.000 0.000 0.004
#> SRR1146141 1 0.0000 0.8953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146142 2 0.6403 -0.6401 0.000 0.452 0.024 0.092 0.432
#> SRR1146143 5 0.6213 0.6720 0.000 0.408 0.000 0.140 0.452
#> SRR1146144 2 0.2818 0.3254 0.000 0.856 0.000 0.132 0.012
#> SRR1146145 5 0.6177 0.6830 0.000 0.400 0.000 0.136 0.464
#> SRR1146146 4 0.1341 0.7511 0.000 0.000 0.000 0.944 0.056
#> SRR1146147 1 0.4398 0.8145 0.796 0.028 0.000 0.100 0.076
#> SRR1146148 1 0.1965 0.8524 0.904 0.000 0.096 0.000 0.000
#> SRR1146149 1 0.3938 0.8302 0.824 0.012 0.112 0.008 0.044
#> SRR1146150 3 0.0290 0.8272 0.000 0.008 0.992 0.000 0.000
#> SRR1146151 3 0.1732 0.8200 0.000 0.080 0.920 0.000 0.000
#> SRR1146152 1 0.3729 0.8189 0.828 0.040 0.120 0.004 0.008
#> SRR1146153 2 0.3182 0.3270 0.000 0.844 0.000 0.124 0.032
#> SRR1146154 1 0.4500 0.7986 0.784 0.040 0.000 0.132 0.044
#> SRR1146155 1 0.3521 0.6682 0.764 0.000 0.232 0.000 0.004
#> SRR1146156 1 0.3635 0.6162 0.748 0.000 0.248 0.000 0.004
#> SRR1146157 1 0.4210 0.2578 0.588 0.000 0.412 0.000 0.000
#> SRR1146158 1 0.2439 0.8282 0.876 0.000 0.120 0.000 0.004
#> SRR1146159 1 0.2516 0.8145 0.860 0.000 0.140 0.000 0.000
#> SRR1146160 1 0.0609 0.8937 0.980 0.000 0.020 0.000 0.000
#> SRR1146161 1 0.7129 0.5298 0.556 0.080 0.004 0.240 0.120
#> SRR1146162 1 0.0324 0.8953 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146163 3 0.0794 0.8378 0.028 0.000 0.972 0.000 0.000
#> SRR1146164 1 0.0404 0.8956 0.988 0.000 0.000 0.000 0.012
#> SRR1146165 1 0.0324 0.8953 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146166 2 0.4035 0.3268 0.000 0.784 0.000 0.156 0.060
#> SRR1146167 3 0.7668 -0.2705 0.000 0.124 0.392 0.376 0.108
#> SRR1146168 2 0.9260 0.0817 0.144 0.412 0.152 0.128 0.164
#> SRR1146169 5 0.6488 0.5863 0.000 0.408 0.004 0.160 0.428
#> SRR1146170 2 0.5482 0.2202 0.000 0.652 0.000 0.204 0.144
#> SRR1146171 4 0.3575 0.7861 0.000 0.120 0.000 0.824 0.056
#> SRR1146172 4 0.3977 0.7616 0.000 0.204 0.000 0.764 0.032
#> SRR1146173 4 0.2953 0.7933 0.000 0.100 0.004 0.868 0.028
#> SRR1146174 2 0.3914 0.2933 0.000 0.788 0.000 0.164 0.048
#> SRR1146175 2 0.6633 -0.3509 0.000 0.540 0.096 0.048 0.316
#> SRR1146176 2 0.3945 0.3119 0.000 0.820 0.044 0.112 0.024
#> SRR1146177 2 0.6299 -0.6443 0.000 0.432 0.000 0.152 0.416
#> SRR1146178 4 0.5083 0.6843 0.000 0.280 0.000 0.652 0.068
#> SRR1146179 2 0.4180 0.2510 0.000 0.804 0.016 0.104 0.076
#> SRR1146180 4 0.6542 0.5938 0.000 0.240 0.076 0.600 0.084
#> SRR1146181 4 0.6049 0.4214 0.000 0.272 0.000 0.564 0.164
#> SRR1146182 4 0.5006 0.7099 0.000 0.180 0.000 0.704 0.116
#> SRR1146183 4 0.5359 0.5888 0.000 0.304 0.000 0.616 0.080
#> SRR1146184 4 0.2362 0.7515 0.000 0.024 0.000 0.900 0.076
#> SRR1146185 4 0.2795 0.7265 0.000 0.056 0.000 0.880 0.064
#> SRR1146186 4 0.1830 0.7375 0.000 0.008 0.000 0.924 0.068
#> SRR1146187 2 0.3639 0.3213 0.000 0.792 0.000 0.184 0.024
#> SRR1146188 4 0.6781 -0.2010 0.000 0.320 0.000 0.388 0.292
#> SRR1146189 4 0.4141 0.7165 0.000 0.248 0.000 0.728 0.024
#> SRR1146190 4 0.2514 0.7572 0.000 0.044 0.000 0.896 0.060
#> SRR1146191 4 0.3567 0.7711 0.000 0.112 0.004 0.832 0.052
#> SRR1146192 4 0.1877 0.7967 0.000 0.064 0.000 0.924 0.012
#> SRR1146193 4 0.5628 0.5937 0.000 0.244 0.000 0.624 0.132
#> SRR1146194 4 0.3846 0.7420 0.000 0.144 0.000 0.800 0.056
#> SRR1146195 4 0.1981 0.7652 0.000 0.028 0.000 0.924 0.048
#> SRR1146196 4 0.2773 0.7953 0.000 0.112 0.000 0.868 0.020
#> SRR1146197 4 0.5213 0.6231 0.000 0.284 0.000 0.640 0.076
#> SRR1146198 4 0.3262 0.7917 0.000 0.124 0.000 0.840 0.036
#> SRR1146199 1 0.3479 0.8420 0.836 0.000 0.000 0.084 0.080
#> SRR1146200 2 0.5204 0.1950 0.000 0.580 0.000 0.368 0.052
#> SRR1146201 4 0.2079 0.7522 0.000 0.020 0.000 0.916 0.064
#> SRR1146202 3 0.1410 0.8211 0.000 0.060 0.940 0.000 0.000
#> SRR1146203 1 0.2338 0.8304 0.884 0.000 0.112 0.000 0.004
#> SRR1146204 3 0.2069 0.8404 0.076 0.000 0.912 0.000 0.012
#> SRR1146205 1 0.7147 0.5468 0.572 0.156 0.008 0.196 0.068
#> SRR1146206 2 0.7742 0.0600 0.120 0.460 0.276 0.000 0.144
#> SRR1146207 4 0.4489 0.7389 0.000 0.192 0.000 0.740 0.068
#> SRR1146208 3 0.3098 0.8270 0.148 0.000 0.836 0.000 0.016
#> SRR1146209 1 0.0000 0.8953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146210 3 0.3790 0.6923 0.272 0.000 0.724 0.000 0.004
#> SRR1146211 1 0.1197 0.8900 0.952 0.000 0.000 0.000 0.048
#> SRR1146212 3 0.6707 0.3663 0.124 0.252 0.572 0.000 0.052
#> SRR1146213 4 0.5470 0.5562 0.000 0.296 0.000 0.612 0.092
#> SRR1146214 3 0.2536 0.8362 0.128 0.000 0.868 0.000 0.004
#> SRR1146215 1 0.0324 0.8953 0.992 0.000 0.004 0.000 0.004
#> SRR1146216 2 0.6236 -0.5476 0.000 0.464 0.076 0.024 0.436
#> SRR1146217 3 0.7262 0.3384 0.064 0.056 0.524 0.316 0.040
#> SRR1146218 3 0.2179 0.8413 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1146219 3 0.3274 0.7650 0.220 0.000 0.780 0.000 0.000
#> SRR1146220 3 0.5783 0.3032 0.384 0.052 0.544 0.000 0.020
#> SRR1146221 3 0.2753 0.8333 0.136 0.008 0.856 0.000 0.000
#> SRR1146222 1 0.0162 0.8953 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146223 1 0.0000 0.8953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146224 3 0.4313 0.3906 0.000 0.356 0.636 0.000 0.008
#> SRR1146225 1 0.2938 0.8710 0.892 0.020 0.020 0.056 0.012
#> SRR1146226 1 0.1121 0.8829 0.956 0.000 0.044 0.000 0.000
#> SRR1146227 3 0.2179 0.8399 0.112 0.000 0.888 0.000 0.000
#> SRR1146228 3 0.1121 0.8409 0.044 0.000 0.956 0.000 0.000
#> SRR1146229 3 0.2997 0.8277 0.148 0.000 0.840 0.000 0.012
#> SRR1146230 4 0.2554 0.7961 0.000 0.072 0.000 0.892 0.036
#> SRR1146231 4 0.2813 0.7965 0.000 0.108 0.000 0.868 0.024
#> SRR1146232 2 0.6055 -0.1512 0.000 0.636 0.068 0.056 0.240
#> SRR1146233 1 0.0000 0.8953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146234 3 0.3242 0.7680 0.216 0.000 0.784 0.000 0.000
#> SRR1146235 1 0.3521 0.6822 0.764 0.000 0.232 0.000 0.004
#> SRR1146236 4 0.4072 0.7749 0.000 0.100 0.000 0.792 0.108
#> SRR1146237 1 0.0290 0.8952 0.992 0.000 0.008 0.000 0.000
#> SRR1146238 4 0.4877 0.7451 0.000 0.136 0.004 0.732 0.128
#> SRR1146239 3 0.2329 0.8395 0.124 0.000 0.876 0.000 0.000
#> SRR1146240 1 0.6126 0.5108 0.616 0.052 0.284 0.032 0.016
#> SRR1146241 1 0.0510 0.8944 0.984 0.000 0.016 0.000 0.000
#> SRR1146242 1 0.1518 0.8813 0.944 0.004 0.048 0.000 0.004
#> SRR1146243 4 0.3648 0.7846 0.000 0.084 0.000 0.824 0.092
#> SRR1146244 4 0.2795 0.7930 0.000 0.064 0.000 0.880 0.056
#> SRR1146245 4 0.2305 0.7994 0.000 0.092 0.000 0.896 0.012
#> SRR1146246 4 0.2236 0.7920 0.000 0.068 0.000 0.908 0.024
#> SRR1146247 4 0.3608 0.7841 0.000 0.112 0.000 0.824 0.064
#> SRR1146248 4 0.1952 0.7529 0.000 0.004 0.000 0.912 0.084
#> SRR1146249 4 0.1124 0.7689 0.000 0.004 0.000 0.960 0.036
#> SRR1146250 5 0.6246 0.5637 0.000 0.292 0.000 0.180 0.528
#> SRR1146252 1 0.0000 0.8953 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000
#> SRR1146253 1 0.0162 0.8953 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000
#> SRR1146254 3 0.2516 0.8317 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000
cbind(get_classes(res, k = 6), get_membership(res, k = 6))
#> class entropy silhouette p1 p2 p3 p4 p5 p6
#> SRR1146076 5 0.5932 0.0151 0.000 0.232 0.000 0.224 0.532 NA
#> SRR1146077 1 0.2219 0.8075 0.864 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146078 1 0.2631 0.7827 0.820 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146079 1 0.4782 0.7423 0.756 0.000 0.024 0.036 0.108 NA
#> SRR1146080 1 0.5126 0.7083 0.732 0.020 0.004 0.060 0.132 NA
#> SRR1146081 1 0.2300 0.8036 0.856 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146082 3 0.1219 0.7722 0.004 0.048 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR1146083 1 0.0508 0.8438 0.984 0.004 0.012 0.000 0.000 NA
#> SRR1146084 3 0.1155 0.7774 0.004 0.036 0.956 0.000 0.000 NA
#> SRR1146085 2 0.5057 0.6404 0.000 0.728 0.096 0.064 0.008 NA
#> SRR1146086 2 0.4132 0.5919 0.000 0.784 0.104 0.004 0.020 NA
#> SRR1146087 1 0.2706 0.7947 0.832 0.008 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146088 4 0.6384 0.3107 0.000 0.176 0.000 0.524 0.248 NA
#> SRR1146089 3 0.1074 0.7870 0.028 0.012 0.960 0.000 0.000 NA
#> SRR1146090 3 0.1625 0.7658 0.000 0.060 0.928 0.000 0.012 NA
#> SRR1146091 3 0.1531 0.7610 0.000 0.068 0.928 0.000 0.004 NA
#> SRR1146092 1 0.1610 0.8323 0.916 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146093 1 0.2416 0.7987 0.844 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146094 1 0.1765 0.8260 0.904 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146095 1 0.1082 0.8404 0.956 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1146096 2 0.4000 0.6901 0.000 0.764 0.008 0.164 0.000 NA
#> SRR1146097 1 0.2340 0.8012 0.852 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146098 1 0.1411 0.8390 0.936 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1146099 3 0.2527 0.7567 0.000 0.084 0.880 0.000 0.004 NA
#> SRR1146100 1 0.1957 0.7888 0.888 0.000 0.112 0.000 0.000 NA
#> SRR1146101 2 0.6903 0.3563 0.000 0.440 0.004 0.324 0.080 NA
#> SRR1146102 3 0.1265 0.7779 0.008 0.044 0.948 0.000 0.000 NA
#> SRR1146103 3 0.2260 0.7849 0.140 0.000 0.860 0.000 0.000 NA
#> SRR1146104 1 0.0146 0.8425 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1146105 3 0.4478 0.7610 0.148 0.080 0.748 0.000 0.004 NA
#> SRR1146106 2 0.6554 0.5266 0.000 0.572 0.084 0.032 0.236 NA
#> SRR1146107 2 0.4453 0.5490 0.000 0.760 0.068 0.012 0.020 NA
#> SRR1146108 2 0.6344 0.5895 0.000 0.596 0.044 0.084 0.228 NA
#> SRR1146109 2 0.4894 0.6909 0.000 0.736 0.044 0.136 0.012 NA
#> SRR1146110 1 0.0000 0.8417 1.000 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146111 2 0.3940 0.6917 0.000 0.772 0.004 0.176 0.020 NA
#> SRR1146112 5 0.6417 0.0345 0.252 0.008 0.304 0.000 0.428 NA
#> SRR1146113 2 0.5687 0.5619 0.000 0.640 0.032 0.052 0.236 NA
#> SRR1146114 2 0.3798 0.6240 0.000 0.812 0.076 0.036 0.000 NA
#> SRR1146115 2 0.3525 0.6887 0.000 0.784 0.000 0.180 0.004 NA
#> SRR1146116 2 0.4384 0.5786 0.000 0.776 0.096 0.004 0.076 NA
#> SRR1146117 2 0.4298 0.5340 0.000 0.740 0.116 0.004 0.000 NA
#> SRR1146118 2 0.4484 0.5903 0.000 0.760 0.112 0.000 0.052 NA
#> SRR1146119 3 0.4475 0.7282 0.180 0.012 0.736 0.000 0.064 NA
#> SRR1146120 2 0.3801 0.6268 0.000 0.824 0.084 0.024 0.020 NA
#> SRR1146121 2 0.4556 0.5309 0.000 0.732 0.092 0.012 0.004 NA
#> SRR1146122 2 0.6760 0.3247 0.000 0.360 0.000 0.348 0.252 NA
#> SRR1146123 1 0.0146 0.8424 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1146124 1 0.4116 0.0704 0.572 0.000 0.416 0.000 0.012 NA
#> SRR1146125 2 0.5578 0.3603 0.000 0.508 0.000 0.396 0.036 NA
#> SRR1146126 2 0.5387 0.5920 0.000 0.704 0.020 0.060 0.076 NA
#> SRR1146127 2 0.6177 0.6367 0.000 0.608 0.012 0.164 0.160 NA
#> SRR1146128 1 0.0146 0.8417 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1146129 3 0.1667 0.7745 0.008 0.032 0.940 0.000 0.008 NA
#> SRR1146130 2 0.5001 0.6776 0.000 0.708 0.000 0.156 0.084 NA
#> SRR1146131 2 0.4469 0.6773 0.000 0.724 0.008 0.192 0.004 NA
#> SRR1146132 3 0.5099 0.6775 0.036 0.072 0.712 0.000 0.164 NA
#> SRR1146133 1 0.5175 0.5401 0.660 0.000 0.240 0.036 0.004 NA
#> SRR1146134 3 0.1588 0.7575 0.000 0.072 0.924 0.000 0.004 NA
#> SRR1146135 3 0.3023 0.7399 0.232 0.000 0.768 0.000 0.000 NA
#> SRR1146136 5 0.6117 -0.0375 0.264 0.000 0.296 0.000 0.436 NA
#> SRR1146137 5 0.2828 0.4544 0.000 0.072 0.000 0.036 0.872 NA
#> SRR1146138 2 0.6789 0.3561 0.000 0.368 0.000 0.312 0.280 NA
#> SRR1146139 2 0.6743 0.4830 0.000 0.460 0.000 0.160 0.304 NA
#> SRR1146140 1 0.0405 0.8427 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1146141 1 0.0291 0.8419 0.992 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1146142 2 0.3653 0.6940 0.000 0.804 0.040 0.140 0.004 NA
#> SRR1146143 2 0.3839 0.6784 0.000 0.748 0.000 0.212 0.004 NA
#> SRR1146144 2 0.6855 0.4734 0.000 0.444 0.000 0.184 0.296 NA
#> SRR1146145 2 0.4229 0.6736 0.000 0.728 0.000 0.208 0.008 NA
#> SRR1146146 4 0.0891 0.7253 0.000 0.000 0.000 0.968 0.008 NA
#> SRR1146147 1 0.3301 0.7904 0.828 0.000 0.000 0.004 0.068 NA
#> SRR1146148 1 0.2355 0.7930 0.876 0.000 0.112 0.000 0.004 NA
#> SRR1146149 1 0.5093 0.7298 0.716 0.000 0.120 0.004 0.056 NA
#> SRR1146150 3 0.0551 0.7752 0.000 0.008 0.984 0.000 0.004 NA
#> SRR1146151 3 0.3154 0.7289 0.000 0.020 0.836 0.000 0.124 NA
#> SRR1146152 1 0.4829 0.6354 0.672 0.000 0.072 0.000 0.240 NA
#> SRR1146153 5 0.5815 0.0095 0.000 0.300 0.000 0.136 0.544 NA
#> SRR1146154 1 0.6408 0.2477 0.484 0.000 0.008 0.112 0.348 NA
#> SRR1146155 1 0.2846 0.7654 0.840 0.016 0.140 0.000 0.000 NA
#> SRR1146156 1 0.3774 0.4007 0.664 0.000 0.328 0.000 0.000 NA
#> SRR1146157 3 0.3807 0.5593 0.368 0.000 0.628 0.000 0.000 NA
#> SRR1146158 1 0.1858 0.8108 0.904 0.000 0.092 0.000 0.000 NA
#> SRR1146159 1 0.3695 0.2735 0.624 0.000 0.376 0.000 0.000 NA
#> SRR1146160 1 0.1327 0.8284 0.936 0.000 0.064 0.000 0.000 NA
#> SRR1146161 1 0.4918 0.4554 0.580 0.004 0.012 0.028 0.372 NA
#> SRR1146162 1 0.0777 0.8394 0.972 0.000 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1146163 3 0.1738 0.7921 0.052 0.016 0.928 0.000 0.004 NA
#> SRR1146164 1 0.1267 0.8383 0.940 0.000 0.000 0.000 0.000 NA
#> SRR1146165 1 0.0508 0.8419 0.984 0.000 0.012 0.000 0.000 NA
#> SRR1146166 5 0.5378 0.0290 0.000 0.300 0.000 0.088 0.592 NA
#> SRR1146167 4 0.5501 0.5074 0.000 0.072 0.180 0.668 0.004 NA
#> SRR1146168 5 0.3717 0.4884 0.100 0.008 0.072 0.008 0.812 NA
#> SRR1146169 2 0.4150 0.6655 0.000 0.720 0.000 0.236 0.016 NA
#> SRR1146170 2 0.6870 0.4519 0.000 0.448 0.000 0.296 0.084 NA
#> SRR1146171 4 0.3844 0.6367 0.000 0.192 0.000 0.764 0.016 NA
#> SRR1146172 4 0.6597 0.0898 0.000 0.396 0.012 0.428 0.052 NA
#> SRR1146173 4 0.3479 0.7105 0.000 0.104 0.012 0.832 0.012 NA
#> SRR1146174 2 0.6899 0.5137 0.000 0.464 0.000 0.236 0.216 NA
#> SRR1146175 2 0.6501 0.6378 0.000 0.596 0.040 0.144 0.048 NA
#> SRR1146176 2 0.7200 0.5471 0.000 0.508 0.020 0.160 0.128 NA
#> SRR1146177 2 0.4885 0.6608 0.000 0.684 0.000 0.204 0.016 NA
#> SRR1146178 4 0.6545 0.3340 0.000 0.248 0.000 0.488 0.216 NA
#> SRR1146179 2 0.6313 0.6154 0.000 0.596 0.020 0.136 0.196 NA
#> SRR1146180 4 0.5277 0.1452 0.000 0.404 0.016 0.528 0.008 NA
#> SRR1146181 5 0.3482 0.4207 0.000 0.012 0.000 0.168 0.796 NA
#> SRR1146182 4 0.4303 0.4991 0.000 0.284 0.000 0.676 0.008 NA
#> SRR1146183 4 0.6032 -0.0390 0.000 0.408 0.000 0.456 0.044 NA
#> SRR1146184 4 0.4293 0.5835 0.000 0.016 0.000 0.740 0.184 NA
#> SRR1146185 4 0.3124 0.6798 0.000 0.016 0.000 0.848 0.096 NA
#> SRR1146186 4 0.1863 0.7151 0.000 0.000 0.000 0.920 0.036 NA
#> SRR1146187 5 0.6567 -0.3991 0.000 0.376 0.000 0.200 0.388 NA
#> SRR1146188 2 0.4947 0.6332 0.000 0.656 0.000 0.256 0.020 NA
#> SRR1146189 4 0.6128 0.1124 0.000 0.332 0.000 0.492 0.148 NA
#> SRR1146190 4 0.1802 0.7300 0.000 0.020 0.000 0.932 0.024 NA
#> SRR1146191 4 0.3009 0.7116 0.000 0.068 0.008 0.868 0.016 NA
#> SRR1146192 4 0.0779 0.7328 0.000 0.008 0.000 0.976 0.008 NA
#> SRR1146193 4 0.3375 0.6873 0.000 0.156 0.000 0.808 0.012 NA
#> SRR1146194 4 0.5166 0.5858 0.000 0.128 0.000 0.704 0.076 NA
#> SRR1146195 4 0.1237 0.7294 0.000 0.004 0.000 0.956 0.020 NA
#> SRR1146196 4 0.2333 0.7234 0.000 0.092 0.000 0.884 0.024 NA
#> SRR1146197 4 0.5431 0.3515 0.000 0.132 0.000 0.524 0.344 NA
#> SRR1146198 4 0.2001 0.7388 0.000 0.068 0.000 0.912 0.012 NA
#> SRR1146199 1 0.6388 0.5285 0.596 0.016 0.004 0.052 0.148 NA
#> SRR1146200 4 0.6415 0.0391 0.000 0.236 0.000 0.416 0.328 NA
#> SRR1146201 4 0.2456 0.7150 0.000 0.008 0.000 0.892 0.048 NA
#> SRR1146202 3 0.1844 0.7674 0.000 0.048 0.924 0.000 0.024 NA
#> SRR1146203 1 0.1588 0.8228 0.924 0.000 0.072 0.000 0.000 NA
#> SRR1146204 3 0.3748 0.7079 0.016 0.040 0.812 0.000 0.012 NA
#> SRR1146205 5 0.5943 0.4345 0.112 0.000 0.024 0.156 0.652 NA
#> SRR1146206 3 0.5271 0.6823 0.084 0.148 0.708 0.000 0.036 NA
#> SRR1146207 4 0.4739 0.3852 0.000 0.324 0.000 0.624 0.028 NA
#> SRR1146208 3 0.5118 0.5605 0.292 0.024 0.628 0.000 0.004 NA
#> SRR1146209 1 0.0508 0.8429 0.984 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1146210 1 0.4911 0.2658 0.564 0.040 0.384 0.000 0.004 NA
#> SRR1146211 1 0.2261 0.8258 0.884 0.000 0.008 0.004 0.000 NA
#> SRR1146212 3 0.3775 0.7546 0.060 0.092 0.816 0.000 0.004 NA
#> SRR1146213 4 0.4099 0.5829 0.000 0.228 0.000 0.728 0.028 NA
#> SRR1146214 3 0.3633 0.7623 0.148 0.028 0.800 0.000 0.000 NA
#> SRR1146215 1 0.1036 0.8405 0.964 0.008 0.024 0.000 0.000 NA
#> SRR1146216 2 0.4476 0.5815 0.000 0.764 0.064 0.028 0.012 NA
#> SRR1146217 4 0.6676 0.1495 0.016 0.040 0.368 0.468 0.012 NA
#> SRR1146218 3 0.2489 0.7905 0.128 0.000 0.860 0.000 0.000 NA
#> SRR1146219 3 0.3273 0.7522 0.212 0.004 0.776 0.000 0.000 NA
#> SRR1146220 3 0.5680 0.4412 0.192 0.000 0.516 0.000 0.292 NA
#> SRR1146221 3 0.3224 0.7830 0.132 0.000 0.824 0.000 0.040 NA
#> SRR1146222 1 0.0405 0.8423 0.988 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1146223 1 0.0984 0.8439 0.968 0.000 0.012 0.000 0.012 NA
#> SRR1146224 3 0.4298 0.6892 0.000 0.068 0.756 0.000 0.152 NA
#> SRR1146225 1 0.3475 0.7806 0.816 0.000 0.008 0.004 0.132 NA
#> SRR1146226 3 0.3869 0.2654 0.500 0.000 0.500 0.000 0.000 NA
#> SRR1146227 3 0.2302 0.7859 0.120 0.000 0.872 0.000 0.000 NA
#> SRR1146228 3 0.1700 0.7932 0.080 0.000 0.916 0.000 0.004 NA
#> SRR1146229 3 0.5251 0.5540 0.312 0.024 0.604 0.000 0.004 NA
#> SRR1146230 4 0.1552 0.7386 0.000 0.036 0.000 0.940 0.004 NA
#> SRR1146231 4 0.4694 0.5705 0.000 0.264 0.000 0.668 0.016 NA
#> SRR1146232 2 0.4942 0.5933 0.000 0.732 0.032 0.036 0.156 NA
#> SRR1146233 1 0.0146 0.8417 0.996 0.000 0.004 0.000 0.000 NA
#> SRR1146234 3 0.3862 0.5229 0.388 0.000 0.608 0.000 0.000 NA
#> SRR1146235 1 0.2062 0.8163 0.900 0.008 0.088 0.000 0.000 NA
#> SRR1146236 4 0.1418 0.7379 0.000 0.032 0.000 0.944 0.000 NA
#> SRR1146237 1 0.1700 0.8185 0.916 0.000 0.080 0.000 0.000 NA
#> SRR1146238 4 0.3897 0.6671 0.000 0.164 0.004 0.780 0.016 NA
#> SRR1146239 3 0.2527 0.7769 0.168 0.000 0.832 0.000 0.000 NA
#> SRR1146240 1 0.4957 0.6833 0.700 0.016 0.180 0.000 0.096 NA
#> SRR1146241 1 0.2697 0.7064 0.812 0.000 0.188 0.000 0.000 NA
#> SRR1146242 3 0.4854 0.3082 0.452 0.008 0.508 0.000 0.008 NA
#> SRR1146243 4 0.1088 0.7371 0.000 0.024 0.000 0.960 0.000 NA
#> SRR1146244 4 0.0622 0.7320 0.000 0.008 0.000 0.980 0.000 NA
#> SRR1146245 4 0.1500 0.7378 0.000 0.052 0.000 0.936 0.012 NA
#> SRR1146246 4 0.1555 0.7178 0.000 0.012 0.000 0.940 0.008 NA
#> SRR1146247 4 0.2094 0.7345 0.000 0.080 0.000 0.900 0.000 NA
#> SRR1146248 4 0.1493 0.7148 0.000 0.004 0.000 0.936 0.004 NA
#> SRR1146249 4 0.0692 0.7259 0.000 0.000 0.000 0.976 0.004 NA
#> SRR1146250 2 0.4565 0.6425 0.000 0.680 0.000 0.244 0.004 NA
#> SRR1146252 1 0.0508 0.8429 0.984 0.000 0.000 0.000 0.004 NA
#> SRR1146253 1 0.0520 0.8423 0.984 0.000 0.008 0.000 0.000 NA
#> SRR1146254 3 0.3788 0.7173 0.244 0.012 0.732 0.000 0.000 NA
Heatmaps for the consensus matrix. It visualizes the probability of two samples to be in a same group.
consensus_heatmap(res, k = 2)
consensus_heatmap(res, k = 3)
consensus_heatmap(res, k = 4)
consensus_heatmap(res, k = 5)
consensus_heatmap(res, k = 6)
Heatmaps for the membership of samples in all partitions to see how consistent they are:
membership_heatmap(res, k = 2)
membership_heatmap(res, k = 3)
membership_heatmap(res, k = 4)
membership_heatmap(res, k = 5)
membership_heatmap(res, k = 6)
As soon as we have had the classes for columns, we can look for signatures which are significantly different between classes which can be candidate marks for certain classes. Following are the heatmaps for signatures.
Signature heatmaps where rows are scaled:
get_signatures(res, k = 2)
get_signatures(res, k = 3)
get_signatures(res, k = 4)
get_signatures(res, k = 5)
get_signatures(res, k = 6)
Signature heatmaps where rows are not scaled:
get_signatures(res, k = 2, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 3, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 4, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 5, scale_rows = FALSE)
get_signatures(res, k = 6, scale_rows = FALSE)
Compare the overlap of signatures from different k:
compare_signatures(res)
get_signature() returns a data frame invisibly. TO get the list of signatures, the function
call should be assigned to a variable explicitly. In following code, if plot argument is set
to FALSE, no heatmap is plotted while only the differential analysis is performed.
# code only for demonstration
tb = get_signature(res, k = ..., plot = FALSE)
An example of the output of tb is:
#> which_row fdr mean_1 mean_2 scaled_mean_1 scaled_mean_2 km
#> 1 38 0.042760348 8.373488 9.131774 -0.5533452 0.5164555 1
#> 2 40 0.018707592 7.106213 8.469186 -0.6173731 0.5762149 1
#> 3 55 0.019134737 10.221463 11.207825 -0.6159697 0.5749050 1
#> 4 59 0.006059896 5.921854 7.869574 -0.6899429 0.6439467 1
#> 5 60 0.018055526 8.928898 10.211722 -0.6204761 0.5791110 1
#> 6 98 0.009384629 15.714769 14.887706 0.6635654 -0.6193277 2
...
The columns in tb are:
which_row: row indices corresponding to the input matrix.fdr: FDR for the differential test. mean_x: The mean value in group x.scaled_mean_x: The mean value in group x after rows are scaled.km: Row groups if k-means clustering is applied to rows.UMAP plot which shows how samples are separated.
dimension_reduction(res, k = 2, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 3, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 4, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 5, method = "UMAP")
dimension_reduction(res, k = 6, method = "UMAP")
Following heatmap shows how subgroups are split when increasing k:
collect_classes(res)
If matrix rows can be associated to genes, consider to use functional_enrichment(res,
...) to perform function enrichment for the signature genes. See this vignette for more detailed explanations.
sessionInfo()
#> R version 3.6.0 (2019-04-26)
#> Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
#> Running under: CentOS Linux 7 (Core)
#>
#> Matrix products: default
#> BLAS: /usr/lib64/libblas.so.3.4.2
#> LAPACK: /usr/lib64/liblapack.so.3.4.2
#>
#> locale:
#> [1] LC_CTYPE=en_GB.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=en_GB.UTF-8
#> [4] LC_COLLATE=en_GB.UTF-8 LC_MONETARY=en_GB.UTF-8 LC_MESSAGES=en_GB.UTF-8
#> [7] LC_PAPER=en_GB.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C
#> [10] LC_TELEPHONE=C LC_MEASUREMENT=en_GB.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C
#>
#> attached base packages:
#> [1] grid stats graphics grDevices utils datasets methods base
#>
#> other attached packages:
#> [1] genefilter_1.66.0 ComplexHeatmap_2.3.1 markdown_1.1 knitr_1.26
#> [5] GetoptLong_0.1.7 cola_1.3.2
#>
#> loaded via a namespace (and not attached):
#> [1] circlize_0.4.8 shape_1.4.4 xfun_0.11 slam_0.1-46
#> [5] lattice_0.20-38 splines_3.6.0 colorspace_1.4-1 vctrs_0.2.0
#> [9] stats4_3.6.0 blob_1.2.0 XML_3.98-1.20 survival_2.44-1.1
#> [13] rlang_0.4.2 pillar_1.4.2 DBI_1.0.0 BiocGenerics_0.30.0
#> [17] bit64_0.9-7 RColorBrewer_1.1-2 matrixStats_0.55.0 stringr_1.4.0
#> [21] GlobalOptions_0.1.1 evaluate_0.14 memoise_1.1.0 Biobase_2.44.0
#> [25] IRanges_2.18.3 parallel_3.6.0 AnnotationDbi_1.46.1 highr_0.8
#> [29] Rcpp_1.0.3 xtable_1.8-4 backports_1.1.5 S4Vectors_0.22.1
#> [33] annotate_1.62.0 skmeans_0.2-11 bit_1.1-14 microbenchmark_1.4-7
#> [37] brew_1.0-6 impute_1.58.0 rjson_0.2.20 png_0.1-7
#> [41] digest_0.6.23 stringi_1.4.3 polyclip_1.10-0 clue_0.3-57
#> [45] tools_3.6.0 bitops_1.0-6 magrittr_1.5 eulerr_6.0.0
#> [49] RCurl_1.95-4.12 RSQLite_2.1.4 tibble_2.1.3 cluster_2.1.0
#> [53] crayon_1.3.4 pkgconfig_2.0.3 zeallot_0.1.0 Matrix_1.2-17
#> [57] xml2_1.2.2 httr_1.4.1 R6_2.4.1 mclust_5.4.5
#> [61] compiler_3.6.0